lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111 222222222 2222 11111 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11111 1 3333333333333 111111 3333333333 2222222222222222222222222 7777777777777777777777777 11 777777777777
lowQualScore : 1 9 6 2 55555555 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 88888888888888 1 555555555 7777 1111 22222 11 888 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 1 5 0 66666 3 6 9999999999999 5 999999 3 5555555555 4 9 5555555555555555555555555 3 999 1 6 9999999999999999999999999 88 7 1 444444444444 3
lowQualScore : . . . . ........ .. ........................................................................................................................................ .. .............. . ......... .... .... ..... .. ... . ............................................................................. . . . . ..... . . ............. . ...... . .......... . . ......................... . ... . . ......................... .. . . ............ .
lowQualScore : 0 3 7 5 33333333 22 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 33333333333333 4 000000000 5555 0000 55555 99 888 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 8 7 7 33333 3 7 8888888888888 3 000000 5 2222222222 4 8 8888888888888888888888888 7 111 0 7 3333333333333333333333333 33 3 0 555555555555 0
consensus : GAACGTATCTTTATT-CNGAT------NTGTA--CATAG--------T--ACA---TT----A-T----AA------TACANACATACANTTA-----TTAA-GTCACGTTAAGTA--AATAAATTTAC----AA-----------AT--------CAT----------------AT-ATTA---A----TANCCTTGAAAGTATA---T---CATTTAG--TTTG--GTTTTATCATA-----TCC--TT---T-ACAGAGGA----TG--------TC----------------TNAAGTCANTGTNAATA-TTATGTAGCGTTATT-T---T--NAN-TATTAATTA-TGTCTTT--TAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAGCTAGATTAATCAAAATAGTTTT-ATTC--GTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACA-----NAG---AAGGTCTTT--GAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT-TG-ACAT----ATA--C-ATATAA--AGTGATATTCGTCTTCTATGTCGGAAGNATTACAACAT
Reference ( gi|3 ) : GAATATATCTTTATT-CCGAC------ATGTA--CATAG--------T--A-----TT----A-T----A-------TACACACATGCATTTA-----TTAA-GTCACGTTGATAA--AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CAT----------------AT-ATTA---A----TACCCCTGAGAGTATA---T---AATTTAG--TTTG--GTTTTATCATA-----TCC--TT---T-ACAGAGGA----TG--------TC----------------TGAAGTTAGTGTAAATA-TTATGAAGCGTTTTTCT---T--GAT-TATCAATTA-TGTCTTT--TTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAGCTCGATTAATCAAAATAGTATG-ATAT--GTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACA-----AAG---AAGATCATT--GACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCAT-TG-GCGT----AGA--C-ATATAA--AGTGATATTTATCTTCCAGGTAAG-AGAATTACAACATTCTG
gi|6 : GAACGTATTTTTATT-CAGAT------TTGTAATCATA------------A-----TT----AAC----A-------TTCACACATA----TA-----CAAA-ATCACGTTAAATA--AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TATGGAATGTTTTA-----ATGATTA---AATGCTATCTTTAAAGGTATA---T---CCTTTAT--TTTA--TTTTTATCATA-----TTC--TT---TTACTAAGTA----TG--------CA----------------CCAA--TATT-TACATG-T-ATGTAACGTTATG-----T--GAAACATCAATTA-TTTCTTT--TGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAGCTGGATTAATCAAAAT
gi|8 : acagaacaGAACATATCTTTATT-TAGTC------TTGTA--TATAG--------T--ACATT-TTCGTAA-T----A-------TACAAACA--CATTTACAATGTTTA-GTCACGTTAAGTA--AATACATTTAC----AA-----------CT--------CAT----------------AT-AATA---A----TA----TGAAATTACG---A---AAT---G--TTT---ATATGATAATA-----CCC--TT---tattgcattcgtag
gi|17 : gaacaGAACGTATCTCTATT-CCGAC------TTGTA--TACAG--------T--aaaataatatccctcattttttttt
gi|2 : aacaATATATCCTTAGT-CCGAT------ATGTG--CATTGGACATTGCC--A-----TT----A-T----AAACA---TACAAACATACAAT-A-----TTAA-TTTGTGTTAAGTA--ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCATTATAAAAACGGTAAAAAT-GTTA---A----TACCCTTAAAAGAATA---T---ACTTTAA--TTTG--GTTTCATCATACCTACCCT--TT---T-ACAGATGA----TGA-------AC----------------CAAAGT--GTATGTATAGTTAT----CGT-----T---T--AATATATAAGTTC-TGTCTTT--TAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTATGTAGATCAAACAAAA-AATG-G-GCATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACA-----TAG-----TAT--TT--GAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAG-TG-ACAT----gcatcgtcgtgatatacaaacctatt
gi|4 : cagaacattATATAT---TATTACCGATTCTTTTATGTA--CACAG--------T--ACACCGTC----A-T----AATACACATACACACATACAAT-G-----TTAT-GTCACA---ATAATTAGTAAATTTACTATGAA-----------AT---------ATGTACAATAATGCTA--AT-ATTATTTA----CATCATTGAAAATATA---T---CCTTTAA--TTTG--GTTTTATCATA-----TCC--TTTTAT-ATAGAGTATATGTA--------TT----------------TCACGTTATTGTTAAAA-GTATTAAGTCTGTCTCTAAGC--GAA-TGT---TTAGTGTATTTAGTT-ACTAT-T-TT----------------TATTA-----GGTTAATCAAAATAGTGTC-ATTC--CTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCA-----AAGAAAAAGGTCTTT--GAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAgtatgttagagacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|1 : tACATAT-TTTATT-CAGAA------ATGTA--CATAG--------TACA-----TC----A-TCATAA-------TACATA-ACAAATTTACGGGGTGAA-GTTACGATCAGTA--AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CTT----------------AT-AATA---a
gi|7 : aaacagtTA-----CTAATGTCACGTTTATAT--AATAA--TTAT----GA-----------A----------AT----------------AT--TTA---A-----AATGATAAAAGTATAACCTTCAAATTTTGTTTTTGTTATTATATCATT-----TCCTTTT---T-ACCGAGGA--------------------------------TGAA-------CCAATAGTTTTGCAGCGTTTTACTA--T--TAA-TATTAATTC-TGTGTTT--TAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAGCTAGATTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|16 : agcaaataaA-----------AT---------AT----------------AT-ATCA---A----TAGCCCTGAGAGTAAA---C---CATTTCG--TTT------TTATCATA-----TCC--TG---T-ACAGAGGA----TA--------Taa
gi|10 : ----TATCCCTAAGTGTATA---C---CATTTAG--TTTG--GTTTTATCATA-----TCC--TT---T-ACAGAAGA----TGGACCAATATCAGAGACATATTAAGTATTAAGTCACTGCCAATA-TTATGTAGCGTTATTGT---TTAAAG-TATTAACTA-TGTCTTT--TAGAGC
gi|5 : TTTTG--TTT----TTTTATCATT-----TCCA-TT---T-GCAGGGAA----TG-----------------------------AACCAATAT------TTATATAGCGTCATTGT---T--TAT-TGTTATTAA-TGTATTT--TAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAGCTAGATTAATT-AGATAGTTTT-ATTT--GTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACA-----CAG---A
gi|13 : acagaacagaacacatcgttcatagtacatcaccatgatatacaaacatatttacaatgttaagtaaacaattacaacgcatacatgtatactagttatgaaatgtttgtaatgatgatatcattgaaagggtatttttcagttcttgc-TGTCTTT--AAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGGCTAGACCAATTATAATAGTTTT-ATTA--GTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACA-----TAG---tgtttgtgcaaataactaataacatgtttat
gi|11 : attgtttacaatatttagtcTGTACTTCGCTTGATTAACCTAAATAGTTTT-ATTC--GTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTA-----AACATC-TT--CAAAATAATACTGTTTCATA
gi|14 : AAATAGT-TGCATTT--GCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCA-----TAA---AAGGT-ATT-------TTATATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTattcagaaactaattacatgttttt
gi|9 : T--GTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACA-----AAG---AAGGTCTCT--GACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-T-TGAACAT----ATA--C-ATATAA--AGGGATATTCATC--------AGA-AGAATTACAACATtaaacagtgtcat
gi|1 : --GTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACA-----TAG---AATGTCATTTAGA-AATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTA----ATGTGTACAT----ATA--C-ATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAacacagtgtctttt
gi|12 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcTTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACG-----CAA---AAGGTCTTT--AAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT-----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTtctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AACAAAAGAAATATTTATTCCGTCTTGTACATAGTCATACTTTTCATAATATACATACAAATATACAATGTTAATGATCAC
Unaligned ( gi|18 ): AGTACATATGTTTATTCAGACTTGTACACAGTCCATCTTCACAATATATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444444444 1111111 333333333 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111 111111 11111 11 2222222222222222222222222222222222222222222222 2 1 222222222222 222222222222 111111 2222222 11 111111111
lowQualScore : 0 3 1 22 66 66 88888888888888888888888 4 1 4444444 777777777 66 5 4 5 0 3 0000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 9999 5 44 5555555555 0 66 333333 66 5 888 77777 11 0 7777777777777777777777777777777777777777777777 66 5 777 777 5 5 3 7 5 999999999999 0 555555555555 66 55 0 4 1 777 1 8888 4 4 1 2 5 444444 1111111 0 11 3 222222222 6 7 1
lowQualScore : . . . .. .. .. ....................... . . ....... ......... .. . . . . . .... .............................................................................. ... .... . .. .......... . .. ...... .. . ... ..... .. . .............................................. .. . ... ... . . . . . ............ . ............ .. .. . . . ... . .... . . . . . ...... ....... . .. . ......... . . .
lowQualScore : 7 0 0 88 11 11 11111111111111111111111 4 0 2222222 111111111 44 0 5 0 1 2 6666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 4444 3 44 6666666666 2 99 999999 99 0 888 55555 99 2 4444444444444444444444444444444444444444444444 99 0 999 999 0 0 0 1 7 333333333333 2 666666666666 99 88 9 0 0 000 9 9999 4 7 4 8 7 888888 7777777 8 00 2 222222222 0 3 0
consensus : GAACGTATCTTTATTCNGACNTGTA--CATAGT--ACA---TC------AT----A-A---T-ACACA------CATACATTTA-----TTAA-GTCA-CGTTAAGTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TATCCCTGAAAGTATA----TCN---TTTAGTT--TG-----GTT--T-T---ATCATATCC-----TTT--ACAGAGGATG--------T-----------------T-AAGCCAATGTNAATA-T-TATGTAGCG--TTATTGTT--NAA--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAGCTA------------GATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---GAA---GGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Reference ( family-646 ) : GAACGTATCTTTATTCNGATNTGTA--CATAGT--ACA---TT------AT----A-A---T-ACANA------CATACANTTA-----TTAA-GTCA-CGTTAAGTA-AATAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TANCCTTGAAAGTATA----TCA---TTTAGTT--TG-----GTT--T-T---ATCATATCC-----TTT--ACAGAGGATG--------TC----------------TNAAGTCANTGTNAATA-T-TATGTAGCG--TTATT-TT--NAN--TAT-TAA-TTATGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAGCTA------------GATTAATCAAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---GAA---GGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCTATGTCGGAAGNATTACAACAT
gi|1 : ACATAT-TTTATTCAGAAATGTA--CATAGT--ACA---TC------ATCAT-A-A---T-ACATA-------ACAAATTTACGGGGTGAA-GTTA-CGATCAGTA-AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CT-------T----------------A-T-AA-------------------------TA---
gi|1 : aaacagtTTCGTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACATA---GAA---TGTCATTTAGAAATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAATGTGT---ACAT-------ATACATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----TATCCCTAAGTGTATA----CCA---TTTAGTT--TG-----GTT--T-T---ATCATATCC-----TTT--ACAGAAGATGGACCAATATCAGAGACATATTAAGTATTAAGTCACTGCCAATA-T-TATGTAGCG--TTATTGTTTAAAG--TAT-TAA-CTATGTCTTTTAGAGCtctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|11 : TGTACTTCGCTT------------GATTAACCTAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTAAA---CATC-TTC-AAAATAATACTGTTTCATA
gi|12 : TTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACGCA---AAA---GGTC-TTTAAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTattcagaaactaattacatgttttt
gi|13 : aggt--TTGTT-TA--CAA--TAT-TTA-GTCTGTCTTTAAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGGCTA------------GACCAATTATAA--TAGTTTTATTAGTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACATA---G
gi|14 : aAAA--TAGTTGCATTTGCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCATA---AAA---GGTA-TTT-----TA-TATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTTAAACAGTG-TCAT-------
gi|16 : A-----------AT---------A-------T----------------A-T-AT-------------------------CA---A----TAGCCCTGAGAGTAAA----CCA---TTTCGTT--T-----------T-T---ATCATATCC-----TGT--ACAGAGGATA--------T
gi|17 : GAACGTATCTCTATTCCGACTTGTA--TACAGT--GCA---TC------GTCGTGATA---T-ACAAA------CCTA
gi|18 : aacaACATATGTTTATTCAGACTTGTA--CACAGT--CCATCTTC------AC----A-A---T-ATATA------tt
gi|2 : agtTATCCTTAGTCCGATATGTG--CATTGG--ACA---TTGCCATTAT----A-AACAT-ACAAA------CATACAAT-A-----TTAA-TTTG-TGTTAAGTA-ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCA-------TTATAAAAACGGTAAAAA-T-GT-------------------------TA---A----TACCCTTAAAAGAATA----TAC---TTTAATT--TG-----GTT--T-C---ATCATACCTACCCTTTT--ACAGATGATG-----------------------------AACCAAAGTG-------TATGTATAG--TTATCGTT--TAA--TATATAAGTTCTGTCTTTTAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTATGTA------------GATCAAACAAAAAATGGGC--ATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACATA---G-------TA-TTTGAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAGTG-ACAT-------GTATGT-TAG--AGt
gi|3 : cagaacattataGAATATATCTTTATTCCGACATGTA--CATAGT--A-----TT------AT----A-----T-ACACA------CATGCATTTA-----TTAA-GTCA-CGTTGATAA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TACCCCTGAGAGTATA----TAA---TTTAGTT--TG-----GTT--T-T---ATCATATCC-----TTT--ACAGAGGATG--------TC----------------TGAAGTTAGTGTAAATA-T-TATGAAGCG--TTTTTCTT--GAT--TAT-CAA-TTATGTCTTTTTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAGCTC------------GATTAATCAAAA--TAGTATGATATGTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACAAA---GAA---GATC-ATTGACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCATTG-GCGT-------AGACATATAA--AGTGATATTTATCTTCCAGGTAAG-AGAATTACAACATacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|4 : ATTCTTTTATGTA--CACAGT--ACACCGTC------AT----A-A---T-ACACATACACACATACAAT-G-----TTAT-GTCA-CAATAATTA-G-TAAATTTACTATGAA-----------ATATGTA---CAATAATGCT----------------AAT-AT-------------------------TATTTA----CATCATTGAAAATATA----TCC---TTTAATT--TG-----GTT--T-T---ATCATATCC-----TTT----------TA--------TA----------------TAGAGT--------ATA-TGTATTTCACG--TTATTGTT--AAAAGTAT-TAA-GTCTGTCTCTAAGCGAATGT-TTA------------GTGTATTTAGTTACTATTTTTATTAGGTTAATCAAAA--TAGTGTCATTCCTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCAAA---GAAAAAGGTC-TTTGAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAtctg
gi|5 : tatatattattaccgGTT--CATAGT--ACA---TC------AC----C-A---TGATATA------CAAACA--TA-----TTTA---CAATGTTAAGTA-AACAA--TTAC----AACGC--------ATA-------CA-------T----------------G-T-ATACTAGTTATGAAATGTTTGTAATGATG---A----TATCATTGAAAGGGTA----TTT---TTCAGTTCTTGCTTTTGTT--T-TTTTATCATTTCCA----TTT--GCAGGGAATG-----------------------------AACCAATAT------T-TATATAGCG--TCATTGTT--TAT--TGT-TAT-TAATGTATTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAGCTA------------GATTAATTAGA---TAGTTTTATTTGTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACACA---G-A---TGTT-TGTGCAAATAa
gi|6 : acagaacagaacacatcGAACGTATTTTTATTCAGATTTGTAATCATAATTAACA---TT------------------C-ACACA------TATACA-----------AA-ATCA-CGTTAAATA-AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TA-------TGGAATGTTTTA-----A-TGAT-------------------------TA---AATGCTATCTTTAAAGGTATA----TCC---TTTATTT--TA-----TTT--T-T---ATCATATTC-----TTTT-ACTAAGTATG--------C---------------------ACCAATATTTACA-TGTATGTAACG--TTATG-TG--AAA--CAT-CAA-TTATTTCTTTTGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAGCTG------------GATTAATCAAAA--TTATTGCATTCGTAGactaataacatgtttat
gi|7 : acagaacaTA-----CTAATGTCA-CGTTTA-TATAATAA--TTAT----GA-----------A----------A-------T----------------A-T--T-------------------------TA---A-----AATGATAAAAGTATAACCTTCAAATTTTGTTT--TT-----GTTATTAT---ATCATTTCC-----TTTTTACCGAGGATG----------------------------AA-------CCAATAGT-TTTGCAGCGTTTTACT-AT--TAA--TAT-TAA-TTCTGTGTTTTAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAGCTA------------GATTAAT
gi|8 : agcaaataaGAACATATCTTTATTTAGTCTTGTA--TATAGT--ACA---TTTTC---GT----A-A---T-ATACA------AACACATTTACAATGTTTA-GTCA-CGTTAAGTA-AATACATTTAC----AA-----------CT--------CA-------T----------------A-T-AA-------------------------TA---A----TA----TGAAATTAaa
gi|9 : gaacaGTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACAAA---GAA---GGTC-TCTGACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-TTGAACAT-------ATACATATAA--AGGGATATTC---------ATCAGAAGAATTACAACATcgaaatgtttatatgataatacccttaaaataatatccctcattttttttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AACAAAAGAAATATTTATTCCGTCTTGTACATAGTCATACTTTTCATAATATACATACAAATATACAATGTTAATGATCAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333 33333 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 22222222 11111 222 999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 11111 1 222222222222 222222222222 111111 2222222 11 111111111
lowQualScore : 0 3 1 1 4 777 000000000000000000 777 66 6 1 77777 3 5 0 4 5 0 3 0000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 9999 55 1 66 66 22222 66666666 77777 000 333333333333333333333333333333333333333333333333 66 1111111111 5 88888 5 5 1 7 5 999999999999 0 555555555555 1 66 3 0 4 1 777 1 8888 4 4 1 2 5 444444 1111111 0 11 3 888888888
lowQualScore : . . . . . ... .................. ... .. . . ..... . . . . . . . .... .............................................................................. ... .... .. . .. .. ..... ........ ..... ... ................................................ .. .......... . ..... . . . . . ............ . ............ . .. . . . . ... . .... . . . . . ...... ....... . .. . .........
lowQualScore : 7 0 0 0 4 888 666666666666666666 888 11 6 7 55555 4 0 2 5 0 1 2 6666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 4444 66 0 99 99 55555 99999999 55555 666 555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9999999999 9 11111 0 0 0 1 7 333333333333 2 666666666666 7 99 4 9 0 0 000 9 9999 4 7 4 8 7 888888 7777777 8 00 2 222222222
consensus : GAACGTATCTTTATTCAGACNT-GTACATAGTA---CA---T---C------A---TAA---T--ACACACACACATTTAC---GTTAA-GTCACGTTAAGTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATCC-----TTTT--ACAGAGGATG-----AACCAATGT-A-----ATAT-TATGTA----------GC----GTT--AT----------TGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAGCTA------------GATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---GAA---GGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Reference ( family-646 ) : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGTA---CA---T---C------A---TAA---T--ACACACATACATTTA-----TTAA-GTCACGTTAAGTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TATCCCTGAAAGTATATCNTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATCC-----TTT---ACAGAGGATGTT--AAGCCAATGTNA-----ATAT-TATGTA----------GC----GTT--AT----------TGTTNA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAGCTA------------GATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---GAA---GGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
gi|1 : ACATAT-TTTATTCAGAAAT-GTACATAGTACATCA---T---C------A---TAA---T--ACATA-ACAAATTTACGGGGTGAA-GTTACGATCAGTA-AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CT-------T----------------A-T-AA-------------------------TA---
gi|1 : aaacagtTTCGTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACATA---GAA---TGTCATTTAGAAATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAATGTGT---ACAT-------ATACATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----TATCCCTAAGTGTATACCATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATCC-----TTT---ACAGAAGATG-----GACCAATATCAGAGACATAT-TAAGTATTAAGTCACTGCCAATATT--ATGTAGCGTTATTGTTTA--AAGTAT-TAA-CTATGTCTTTTAGAGCtctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|11 : TGTACTTCGCTT------------GATTAACCTAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTAAA---CATC-TTC-AAAATAATACTGTTTCATA
gi|12 : TTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACGCA---AAA---GGTC-TTTAAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTattcagaaactaattacatgttttt
gi|13 : aggt--AT----------TGTTTACAA--TAT-TTA-GTCTGTCTTTAAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGGCTA------------GACCAATTATAA--TAGTTTTATTAGTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACATA---G
gi|14 : AAA--TAGTTGCATTTGCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCATA---AAA---GGTA-TTT-----TA-TATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTTAAACAGTG-TCAT-------
gi|16 : A-----------AT---------A-------T----------------A-T-AT-------------------------CA---A----TAGCCCTGAGAGTAAACCATTTCG--TT--T---------TT--------ATCATATCC-----TGT---ACAGAGGATAT
gi|17 : GAACGTATCTCTATTCCGACTT-GTATACAGTG---CATCGT---C------G---TGA---T--ATACA
gi|18 : aacaACATATGTTTATTCAGACTT-GTACACAGTC---CATCTT---C------A---CAA---T--ATATAaacctatt
gi|2 : agtTATCCTTAGTCCGATAT-GTGCATTGGA---CA---T---TGCCATTA---TAAACAT--ACAAACATACAAT-A-----TTAA-TTTGTGTTAAGTA-ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCA-------TTATAAAAACGGTAAAAA-T-GT-------------------------TA---A----TACCCTTAAAAGAATATACTTTAA--TT--TG-----GTTTC--------ATCATACCTACCCTTTT---ACAGATGATG-----AACCAAAGTG-----------TATGTA----------TA----GTT--AT----------CGTTTA--A--TATATAAGTTCTGTCTTTTAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTATGTA------------GATCAAACAAAAAATGGG--CATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACATA---G-------TA-TTTGAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAGTG-ACAT-------GTATGT-TAG--AGt
gi|3 : cagaacattataGAATATATCTTTATTCCGACAT-GTACATAGTA--------T---T------A---TA----T--ACACACATGCATTTA-----TTAA-GTCACGTTGATAA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TACCCCTGAGAGTATATAATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATCC-----TTT---ACAGAGGATGTCTGAAGTTAGTGTAA-----ATAT-TATGAA----------GC----GTT--TT----------TCTTGA--T--TAT-CAA-TTATGTCTTTTTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAGCTC------------GATTAATCAAAA--TAGTATGATATGTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACAAA---GAA---GATC-ATTGACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCATTG-GCGT-------AGACATATAA--AGTGATATTTATCTTCCA-GGTAAGAGAATTACAACATacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|4 : T-GTACACAGTA---CACCGT---C------A---TAA---T--ACACATACACACATACAATGTTAT-GTCACAATAATTA-G-TAAATTTACTATGAA-----------ATATGTA---CAATAATGCT----------------AAT-AT-------------------------TATTTA----CATCATTGAAAATATATCCTTTAA--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATCC-----TTTTATATAGAGTAT-----------ATGT---------AT-T---TC----------AC----GTT--AT----------TGTTAA--AAGTAT-TAA-GTCTGTCTCTAAGCGAATGT-TTA------------GTGTATTTAGTTACTATTTTTATTAGGTTAATCAAAA--TAGTGTCATTCCTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCAAA---GAAAAAGGTC-TTTGAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAtctg
gi|5 : tatatattattaccgattcttttaACATCGTTCATAGTA---CA---T---C------ACCATGA---T--ATACAAACATATTTA-----C--A-AT---GTTAAGTA-AACAA--TTAC----AACGC--------ATA-------CA-------T----------------G-T-ATACTAGTTATGAAATGTTTGTAATGATG---A----TATCATTGAAAGGGTATTTTTCAG--TTCTTGCTTTTGTTTTTTT-----ATCATTTCCA----TTT---GCAGGGAATG-----AACCAATAT----------T-TATATA----------GC----GTC--AT----------TGTTTA--T--TGT-TAT-TAATGTATTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAGCTA------------GATTAATT-AGA--TAGTTTTATTTGTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACACA---G-A---TGTT-TGTGCAAATAa
gi|6 : acagaacagaacGAACGTATTTTTATTCAGATTT-GTA-----------A---T---C------A---TAA---TTAACATTCACACATATA-----CAAA-ATCACGTTAAATA-AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TA-------TGGAATGTTTTA-----A-TGAT-------------------------TA---AATGCTATCTTTAAAGGTATATCCTTTAT--TT--TA-----TTTTT--------ATCATATTC-----TTTT--ACTAAGTATGC-----ACCAATATTT-----ACATGTATGTA----------AC----GTT--AT-----------GTGAA--A--CAT-CAA-TTATTTCTTTTGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAGCTG------------GATTAATCAAAA--TTATTGCATTCGTAGactaataacatgtttat
gi|7 : acagaacaTA-----CTAATGTCACGTTTA-TATAATAA--TTAT----GA-----------A----------A-------T----------------A-T--T-------------------------TA---A----AATGA-TAAAAGTATAACCTTCAAATTT--TG-----TTTTTGTTATTATATCATTTCC-----TTTTT-ACCGAGGATG-----AACCAAT---A-----GT-T-T-TGCA----------GC----GTTTTAC----------TATT-A--A--TAT-TAA-TTCTGTGTTTTAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAGCTA------------GATTAAT
gi|8 : agcaaataaGAACATATCTTTATTTAGTCTT-GTATATAGTA---CA---TTTTC------G---TAA---T--ATACAAACACATTTACAATGTTTA-GTCACGTTAAGTA-AATACATTTAC----AA-----------CT--------CA-------T----------------A-T-AA-------------------------TA---A----TATaa
gi|9 : gaacaGTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACAAA---GAA---GGTC-TCTGACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-TTGAACAT-------ATACATATAA--AGGGATATTC---------ATCAGAAGAATTACAACATgaaattacgaaatgtttatatgataatacccttaaaataatatccctcattttttttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AACAAAAGAAATATTTATTCCGTCTTGTACATAGTCATACTTTTCATAATATACATACAAATATACAATGTTAATGATCAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333 4444444444444 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 22222222 1111 11111 000000000000000000000000000000000000000000 11111 1 222222222222 222222222222 11111111 111111 2222222 11 111111111
lowQualScore : 0 4 3 1 4 555555555555555 777 55 0 9 1 2 8888888888888 4 5 0 3 0000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 9999 55 1 66 66 22222 66666666 0000 6 5 44444 111111111111111111111111111111111111111111 66 6 88888 5 5 1 7 5 999999999999 0 555555555555 1 66 3 0 4 1 00000000 1 4 4 1 2 5 444444 1111111 0 11 3 888888888
lowQualScore : . . . . . ............... ... .. . . . . ............. . . . . .... .............................................................................. ... .... .. . .. .. ..... ........ .... . . ..... .......................................... .. . ..... . . . . . ............ . ............ . .. . . . . ........ . . . . . . ...... ....... . .. . .........
lowQualScore : 7 5 0 0 0 333333333333333 000 55 5 2 9 6 8888888888888 5 0 1 2 6666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 4444 66 4 99 99 55555 99999999 6666 5 0 33333 000000000000000000000000000000000000000000 99 6 11111 0 0 0 1 7 333333333333 2 666666666666 7 99 4 9 0 0 77777777 1 4 7 4 8 7 888888 7777777 8 00 2 222222222
consensus : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-A---CA----T---CA---TAAT--ACACANACACATNTACAATG---TTAA--GTCACGTTAAGTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------A-A-TAT-TA-----------------TGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Reference ( family-646 ) : GAACGTATCTTTATTCAGACNT-GTACATAGT-A---CA----T---CA---TAAT--ACACACACACATTTAC---G---TTAA--GTCACGTTAAGTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATGT-------------A-A-TAT-TA-----------------TGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
gi|1 : ACATAT-TTTATTCAGAAAT-GTACATAGT-ACATCA----T---CA---TAAT--ACATA-ACAAATTTACGGGG---TGAA--GTTACGATCAGTA-AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CT-------T----------------A-T-AA-------------------------TA---
gi|1 : aaacagtTTCGTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACATA---G---AATGTCATTTAGAAATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAATGTGT---ACAT-------ATACATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----TATCCCTAAGTGTATACCATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----C-TTT-ACAGAAGATG-----GACCAATATCAGAGACATATTAA-G-TAT-TAAGTCACTGCCAATATTATGTAGCGTT--ATTGTTTA--AAGTAT-TAA-CTATGTCTTTTAGAGCtctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|11 : TGTACTTCG------------CTTGATTAACCTAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTA---AACATC-TTC-AAAATAATACTGTTTCATA
gi|12 : TTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACGCA---A---AAGGTC-TTTAAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTattcagaaactaattacatgttttt
gi|13 : aggt--ATTGTTTACAA--TAT-TTA-GTCTGTCTTTAAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGG------------CTAGACCAATTATAA--TAGTTTTATTAGTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACATA---G---
gi|14 : AAA--TAGTTGCATTTGCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCATA---A---AAGGTA-TTT-----TA-TATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTTAAACAGTG-TCAT-------
gi|15 : ATATTTATTCCGTCTT-GTACATAGTCA---TACTTTT---CA---TAAT--ATACATACAAATATACAATG---TTAATGATCAC
gi|16 : aacaaaagaaA-----------AT---------A-------T----------------A-T-AT-------------------------CA---A----TAGCCCTGAGAGTAAACCATTTCG--TT--T---------TT--------ATCATATC----C-TGT-ACAGAGGAT
gi|17 : GAACGTATCTCTATTCCGACTT-GTATACAGT-G---CATCG-T---CG---TGAT--ATACAAACCTATTat
gi|18 : aacaACATATGTTTATTCAGACTT-GTACACAGT-C---CATCT-T---CA---CAAT--ATATA
gi|2 : agtTATCCTTAGTCCGATAT-GTGCATTGG-A---CA----TTGCCA---TTAT--AAACATACAAACATAC---AATATTAA--TTTGTGTTAAGTA-ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCA-------TTATAAAAACGGTAAAAA-T-GT-------------------------TA---A----TACCCTTAAAAGAATATACTTTAA--TT--TG-----GTTTC--------ATCATACCTACCCTTTT-ACAGATGATG-----AACCAAAGT-------------G-------TA-----------------TGTATAGTT--ATCGTTTA--A--TATATAAGTTCTGTCTTTTAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTAT------------GTAGATCAAACAAAAAATGGG--CATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACATA---G-------TA-TTTGAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAGTG-ACAT-------GTATGT-TAG--AGt
gi|3 : cagaacattataGAATATATCTTTATTCCGACAT-GTACATAGT-A---------T---TA---TA-T--ACACACATGCATTTA--------TTAA--GTCACGTTGATAA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-AT-------------------------TA---A----TACCCCTGAGAGTATATAATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTT--ACAGAGGATGTCTGAAGTTAGTGT-------------A-AATAT-TA-----------------TGAAGCGTT--TTTCTTGA--T--TAT-CAA-TTATGTCTTTTTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAG------------CTCGATTAATCAAAA--TAGTATGATATGTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACAAA---G---AAGATC-ATTGACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCATTG-GCGT-------AGACATATAA--AGTGATATTTATCTTCCA-GGTAAGAGAATTACAACATacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|4 : T-GTACACAGT-A---CACCG-T---CA---TAAT--ACACATACACACATACAATG---TTAT--GTCACAATAATTA-G-TAAATTTACTATGAA-----------ATATGTA---CAATAATGCT----------------AAT-AT-------------------------TATTTA----CATCATTGAAAATATATCCTTTAA--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ATATAGAGT------------------------------A-TATGTA-----------------TTTCACGTT--ATTGTTAA--AAGTAT-TAA-GTCTGTCTCTAAGCGAATGT-TTA------------GTGTATTTAGTTACTATTTTTATTAGGTTAATCAAAA--TAGTGTCATTCCTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCAAA---GAAAAAGGTC-TTTGAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAtctg
gi|5 : tatatattattaccgattcttttaACATCGTTCATAGT-A---CA----T---CACCATGAT--ATACAAACATATTTAC---A------------ATGTTAAGTA-AACAA--TTAC----AACGC--------ATA-------CA-------T----------------G-T-ATACTAGTTATGAAATGTTTGTAATGATG---A----TATCATTGAAAGGGTATTTTTCAG--TTCTTGCTTTTGTTTTTTT-----ATCATTTC----CATTT-GCAGGGAATG-----AACCAATAT-------------------T-TA-----------------TATAGCGTC--ATTGTTTA--T--TGT-TAT-TAATGTATTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAG------------CTAGATTAATT-AGA--TAGTTTTATTTGTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACACA---G----ATGTT-TGTGCAAATAa
gi|6 : acagaacagaacGAACGTATTTTTATTCAGATTT-GTA------------A----T---CA---TAATTAACATTCACACATATAC---A-----AA--ATCACGTTAAATA-AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TA-------TGGAATGTTTTA-----A-TGAT-------------------------TA---AATGCTATCTTTAAAGGTATATCCTTTAT--TT--TA-----TTTTT--------ATCATATT----CTTTT-ACTAAGTATG-----CACCAATAT-------------TTA-CATGTA-----------------TGTAACGTT--AT-GTGAA--A--CAT-CAA-TTATTTCTTTTGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAG------------CTGGATTAATCAAAA--TTATTGCATTCGTAGactaataacatgtttat
gi|7 : acagaacaTAAT-GTCACGTTTA-TATAATAA--TTAT----GA-----------A----------A-------T----------------A-T--T-------------------------TA---A----AATGA-TAAAAGTATAACCTTCAAATTT--TG-----TTTTTGTTATTATATCATTTC----CTTTTTACCGAGGATG-----AACCAAT---------------A-G-T-T-T------------------TGCAGCGTTTTACTATT-A--A--TAT-TAA-TTCTGTGTTTTAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAG------------CTAGATTAAT
gi|8 : agcaaataatacGAACATATCTTTATTTAGTCTT-GTATATAGT-A---CA----TTTTCG---TAAT--ATACAAACACATTTACAATG---TTTA--GTCACGTTAAGTA-AATACATTTAC----AA-----------CT--------CA-------T----------------A-T-AA-------------------------TA---A----TATaa
gi|9 : gaacaGTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACAAA---G---AAGGTC-TCTGACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-TTGAACAT-------ATACATATAA--AGGGATATTC---------ATCAGAAGAATTACAACATgaaattacgaaatgtttatatgataatacccttaaaataatatccctcattttttttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 11 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111 11111 22222222 1111 11111 99999999999999999999999999999999999999999 11111 1 222222222222 222222222222 11111111 111111 2222222 11 111111111
lowQualScore : 0 4 1 1 4 4 44444444 777 777 55 0 5 1 1 1 00 777 66 99 5 0 0 0000 22222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 888888888888888888 55 1 66 66 22222 66666666 0000 6 5 44444 55555555555555555555555555555555555555555 66 6 88888 5 5 1 7 5 999999999999 0 555555555555 1 66 3 0 4 1 00000000 1 4 4 1 2 5 444444 1111111 0 11 3 888888888
lowQualScore : . . . . . . ........ ... ... .. . . . . . .. ... .. .. . . . .... ............................................... . . .................. .. . .. .. ..... ........ .... . . ..... ......................................... .. . ..... . . . . . ............ . ............ . .. . . . . ........ . . . . . . ...... ....... . .. . .........
lowQualScore : 7 5 0 0 0 0 55555555 000 000 55 5 3 4 0 8 66 888 99 55 0 1 2 6666 33333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 777777777777777777 66 4 99 99 55555 99999999 6666 5 0 33333 99999999999999999999999999999999999999999 99 6 11111 0 0 0 1 7 333333333333 2 666666666666 7 99 4 9 0 0 77777777 1 4 7 4 8 7 888888 7777777 8 00 2 222222222
consensus : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA----T---CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------A-G-TAT-TA-----------------TGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Reference ( family-646 ) : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA----T---CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------A-A-TAT-TA-----------------TGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
gi|1 : ACATAT-TTTATTCAGAAAT-GTACATAGT-ACA----T---CA---TCATAAT--ACATA-ACAAATTTACGGGGTGAA--GT---TACGATC--A-GTA-AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CT-------T----------------A-T-AAT---------A---
gi|1 : aaacagtTTCGTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACATA---G---AATGTCATTTAGAAATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAATGTGT---ACAT-------ATACATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----TATCCCTAAGTGTATACCATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----C-TTT-ACAGAAGATG-----GACCAATATCAGAGACATATTAA-G-TAT-TAAGTCACTGCCAATATTATGTAGCGTT--ATTGTTTA--AAGTAT-TAA-CTATGTCTTTTAGAGCtctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|11 : TGTACTTCG------------CTTGATTAACCTAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTA---AACATC-TTC-AAAATAATACTGTTTCATA
gi|12 : TTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACGCA---A---AAGGTC-TTTAAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTattcagaaactaattacatgttttt
gi|13 : aggt--ATTGTTTACAA--TAT-TTA-GTCTGTCTTTAAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGG------------CTAGACCAATTATAA--TAGTTTTATTAGTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACATA---G---
gi|14 : AAA--TAGTTGCATTTGCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCATA---A---AAGGTA-TTT-----TA-TATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTTAAACAGTG-TCAT-------
gi|15 : ATATTTATTCCGTCTT-GTACATAGTCATACTTTT---CA---T---AAT--ATACATACAAATATACAATGTTAATGAT---CAC
gi|16 : aacaaaagaaA-----------AT---------A-------T----------------A-T-ATC---------A---A----TAGCCCTGAGAGTAAACCATTTCG--TT--T---------TT--------ATCATATC----C-TGT-ACAGAGGAT
gi|17 : GAACGTATCTCTATTCCGACTT-GTATACAGT-GCATCG-T---CG---T---GAT--ATACAAACat
gi|18 : aacaACATATGTTTATTCAGACTT-GTACACAGT-CCATCT-T---CA---C---AAT--ATATActatt
gi|2 : agtTATCCTTAGTCCGATAT-GTGCATTGG-ACA----TTGCCA---T---TAT--AAACATACAAACATACAATATTAA--TT---TGTGTTA--A-GTA-ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCA-------TTATAAAAACGGTAAAAA-T-GTT---------A---A----TACCCTTAAAAGAATATACTTTAA--TT--TG-----GTTTC--------ATCATACCTACCCTTTT-ACAGATGATG-----AACCAA----------------A-G-TGT--A-----------------TGTATAGTT--ATCGTTTA--A--TATATAAGTTCTGTCTTTTAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTAT------------GTAGATCAAACAAAAAATGGG--CATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACATA---G-------TA-TTTGAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAGTG-ACAT-------GTATGT-TAG--AGt
gi|3 : cagaacattataGAATATATCTTTATTCCGACAT-GTACATAGT-A------T---TA---T---A-T--ACACACATGCATTTA-----TTAA--GT---CACGTTG--A-TAA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TACCCCTGAGAGTATATAATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTT--ACAGAGGATGTCTGAAGTTAGTGT-------------A-AATAT-TA-----------------TGAAGCGTT--TTTCTTGA--T--TAT-CAA-TTATGTCTTTTTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAG------------CTCGATTAATCAAAA--TAGTATGATATGTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACAAA---G---AAGATC-ATTGACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCATTG-GCGT-------AGACATATAA--AGTGATATTTATCTTCCA-GGTAAGAGAATTACAACATacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|4 : T-GTACACAGT-ACACCG-T---CA---T---AAT--ACACATACACACATACAATGTTAT--GT---CACAATA--A-TTA-G-TAAATTTACTATGAA-----------ATATGTA---CAATAATGCT----------------AAT-ATT---------ATTTA----CATCATTGAAAATATATCCTTTAA--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ATATAGAGT-----------ATAT---------------G-TAT-T--------------------TCACGTT--ATTGTTAA--AAGTAT-TAA-GTCTGTCTCTAAGCGAATGT-TTA------------GTGTATTTAGTTACTATTTTTATTAGGTTAATCAAAA--TAGTGTCATTCCTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCAAA---GAAAAAGGTC-TTTGAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAtctg
gi|5 : tatatattattaccgattcttttaACATCGTTCATAGT-ACA----T---CACCAT---GAT--ATACAAACATATTTACAATGTTAA--GTAAACA-ATTACAACGCA-TACATGTATAC----TA-----------GT--------TA-------TGAA-------------A-T-GTTTGTAATGATG---A----TATCATTGAAAGGGTATTTTTCAG--TTCTTGCTTTTGTTTTTTT-----ATCATTTC----CATTT-GCAGGGAATG-----AACCAATAT-------------------T-TA-----------------TATAGCGTC--ATTGTTTA--T--TGT-TAT-TAATGTATTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAG------------CTAGATTAATT-AGA--TAGTTTTATTTGTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACACA---G----ATGTT-TGTGCAAATAa
gi|6 : acagaacagaacGAACGTATTTTTATTCAGATTT-GTA---------A----T---CA---T---AATTAACATTCACACATATACAA-----A--AT---CACGTTA--A-ATA-AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TA-------TGGAATGTTTTA-----A-TGATT---------A---AATGCTATCTTTAAAGGTATATCCTTTAT--TT--TA-----TTTTT--------ATCATATT----CTTTT-ACTAAGTATG-----CACCAATAT-------------TTA-CATGTA-----------------TGTAACGTT--AT-GTGAA--A--CAT-CAA-TTATTTCTTTTGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAG------------CTGGATTAATCAAAA--TTATTGCATTCGTAGactaataacatgtttat
gi|7 : acagaacaATAATACTAAT-GT---CACGTTT--A--TATAATAA--TTAT----GA-----------A----------A-------T----------------A-T--TT---------A---A----AATGA-TAAAAGTATAACCTTCAAATTT--TG-----TTTTTGTTATTATATCATTTC----CTTTTTACCGAGGATG-----AACCAATA-------------------GT-TT-----------------TGCAGCGTTTTACTATT-A--A--TAT-TAA-TTCTGTGTTTTAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAG------------CTAGATTAAT
gi|8 : agcaaGAACATATCTTTATTTAGTCTT-GTATATAGT-ACA----TTTTCG---T---AAT--ATACAAACACATTTACAATGTTTA--GT---CACGTTA--A-GTA-AATACATTTAC----AA-----------CT--------CA-------T----------------A-T-AAT---------A---A----TATaa
gi|9 : gaacaGTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACAAA---G---AAGGTC-TCTGACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-TTGAACAT-------ATACATATAA--AGGGATATTC---------ATCAGAAGAATTACAACATgaaattacgaaatgtttatatgataatacccttaaaataatatccctcattttttttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 11 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111 11111 22222222 1111 11111 999999999999999999999999999999999999999 11111 1 222222222222 222222222222 11111111 111111 2222222 11 111111111
lowQualScore : 0 4 1 1 4 4 44444444 777 777 55 0 5 1 1 1 00 777 66 99 5 0 0 0000 22222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 888888888888888888 55 1 66 66 22222 66666666 0000 6 5 44444 777777777777777777777777777777777777777 66 6 88888 5 5 1 7 5 999999999999 0 555555555555 1 66 3 0 4 1 00000000 1 4 4 1 2 5 444444 1111111 0 11 3 888888888
lowQualScore : . . . . . . ........ ... ... .. . . . . . .. ... .. .. . . . .... ............................................... . . .................. .. . .. .. ..... ........ .... . . ..... ....................................... .. . ..... . . . . . ............ . ............ . .. . . . . ........ . . . . . . ...... ....... . .. . .........
lowQualScore : 7 5 0 0 0 0 55555555 000 000 55 5 3 4 0 8 66 888 99 55 0 1 2 6666 33333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 777777777777777777 66 4 99 99 55555 99999999 6666 5 0 33333 777777777777777777777777777777777777777 99 6 11111 0 0 0 1 7 333333333333 2 666666666666 7 99 4 9 0 0 77777777 1 4 7 4 8 7 888888 7777777 8 00 2 222222222
consensus : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA----T---CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------AG-TAT-----------------TATGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Reference ( family-646 ) : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA----T---CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------AG-TAT-----------------TATGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
gi|1 : ACATAT-TTTATTCAGAAAT-GTACATAGT-ACA----T---CA---TCATAAT--ACATA-ACAAATTTACGGGGTGAA--GT---TACGATC--A-GTA-AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CT-------T----------------A-T-AAT---------A---
gi|1 : aaacagtTTCGTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACATA---G---AATGTCATTTAGAAATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAATGTGT---ACAT-------ATACATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----TATCCCTAAGTGTATACCATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----C-TTT-ACAGAAGATG-----GACCAATATCAGAGACATATTAAG-TATTAAGTCACTGCCAATATTATGTAGCGTT--ATTGTTTA--AAGTAT-TAA-CTATGTCTTTTAGAGCtctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|11 : TGTACTTCG------------CTTGATTAACCTAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTA---AACATC-TTC-AAAATAATACTGTTTCATA
gi|12 : TTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACGCA---A---AAGGTC-TTTAAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTattcagaaactaattacatgttttt
gi|13 : aggt--ATTGTTTACAA--TAT-TTA-GTCTGTCTTTAAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGG------------CTAGACCAATTATAA--TAGTTTTATTAGTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACATA---G---
gi|14 : AAA--TAGTTGCATTTGCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCATA---A---AAGGTA-TTT-----TA-TATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTTAAACAGTG-TCAT-------
gi|15 : ATATTTATTCCGTCTT-GTACATAGTCATACTTTT---CA---T---AAT--ATACATACAAATATACAATGTTAATGAT---CAC
gi|16 : aacaaaagaaA-----------AT---------A-------T----------------A-T-ATC---------A---A----TAGCCCTGAGAGTAAACCATTTCG--TT--T---------TT--------ATCATATC----C-TGT-ACAGAGGAT
gi|17 : GAACGTATCTCTATTCCGACTT-GTATACAGT-GCATCG-T---CG---T---GAT--ATACAAACat
gi|18 : aacaACATATGTTTATTCAGACTT-GTACACAGT-CCATCT-T---CA---C---AAT--ATATActatt
gi|2 : agtTATCCTTAGTCCGATAT-GTGCATTGG-ACA----TTGCCA---T---TAT--AAACATACAAACATACAATATTAA--TT---TGTGTTA--A-GTA-ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCA-------TTATAAAAACGGTAAAAA-T-GTT---------A---A----TACCCTTAAAAGAATATACTTTAA--TT--TG-----GTTTC--------ATCATACCTACCCTTTT-ACAGATGATG-----AACCAA----------------AG-TGT------------------ATGTATAGTT--ATCGTTTA--A--TATATAAGTTCTGTCTTTTAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTAT------------GTAGATCAAACAAAAAATGGG--CATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACATA---G-------TA-TTTGAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAGTG-ACAT-------GTATGT-TAG--AGt
gi|3 : cagaacattataGAATATATCTTTATTCCGACAT-GTACATAGT-A------T---TA---T---A-T--ACACACATGCATTTA-----TTAA--GT---CACGTTG--A-TAA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TACCCCTGAGAGTATATAATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTT--ACAGAGGATGTCTGAAGTTAGTGT-------------AAATAT-----------------TATGAAGCGTT--TTTCTTGA--T--TAT-CAA-TTATGTCTTTTTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAG------------CTCGATTAATCAAAA--TAGTATGATATGTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACAAA---G---AAGATC-ATTGACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCATTG-GCGT-------AGACATATAA--AGTGATATTTATCTTCCA-GGTAAGAGAATTACAACATacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|4 : T-GTACACAGT-ACACCG-T---CA---T---AAT--ACACATACACACATACAATGTTAT--GT---CACAATA--A-TTA-G-TAAATTTACTATGAA-----------ATATGTA---CAATAATGCT----------------AAT-ATT---------ATTTA----CATCATTGAAAATATATCCTTTAA--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ATATAGAGT-----------ATAT--------------G-TAT-----------------T---TCACGTT--ATTGTTAA--AAGTAT-TAA-GTCTGTCTCTAAGCGAATGT-TTA------------GTGTATTTAGTTACTATTTTTATTAGGTTAATCAAAA--TAGTGTCATTCCTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCAAA---GAAAAAGGTC-TTTGAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAtctg
gi|5 : tatatattattaccgattcttttaACATCGTTCATAGT-ACA----T---CACCAT---GAT--ATACAAACATATTTACAATGTTAA--GTAAACA-ATTACAACGCA-TACATGTATAC----TA-----------GT--------TA-------TGAA-------------A-T-GTTTGTAATGATG---A----TATCATTGAAAGGGTATTTTTCAG--TTCTTGCTTTTGTTTTTTT-----ATCATTTC----CATTT-GCAGGGAATG-----AACCAATAT------------------T-----------------TATATAGCGTC--ATTGTTTA--T--TGT-TAT-TAATGTATTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAG------------CTAGATTAATT-AGA--TAGTTTTATTTGTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACACA---G----ATGTT-TGTGCAAATAa
gi|6 : acagaacagaacGAACGTATTTTTATTCAGATTT-GTA---------A----T---CA---T---AATTAACATTCACACATATACAA-----A--AT---CACGTTA--A-ATA-AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TA-------TGGAATGTTTTA-----A-TGATT---------A---AATGCTATCTTTAAAGGTATATCCTTTAT--TT--TA-----TTTTT--------ATCATATT----CTTTT-ACTAAGTATG-----CACCAATATTT-----------A--CATG----------------TATGTAACGTT--AT-GTGAA--A--CAT-CAA-TTATTTCTTTTGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAG------------CTGGATTAATCAAAA--TTATTGCATTCGTAGactaataacatgtttat
gi|7 : acagaacaATAATACTAAT-GT---CACGTTT--A--TATAATAA--TTAT----GA-----------A----------A-------T----------------A-T--TT---------A---A----AATGA-TAAAAGTATAACCTTCAAATTT--TG-----TTTTTGTTATTATATCATTTC----CTTTTTACCGAGGATG-----AACCAATA---------------G-T-T-----------------T-TGCAGCGTTTTACTATT-A--A--TAT-TAA-TTCTGTGTTTTAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAG------------CTAGATTAAT
gi|8 : agcaaGAACATATCTTTATTTAGTCTT-GTATATAGT-ACA----TTTTCG---T---AAT--ATACAAACACATTTACAATGTTTA--GT---CACGTTA--A-GTA-AATACATTTAC----AA-----------CT--------CA-------T----------------A-T-AAT---------A---A----TATaa
gi|9 : gaacaGTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACAAA---G---AAGGTC-TCTGACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-TTGAACAT-------ATACATATAA--AGGGATATTC---------ATCAGAAGAATTACAACATgaaattacgaaatgtttatatgataatacccttaaaataatatccctcattttttttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 11 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111 11111 22222222 1111 11111 999999999999999999999999999999999999999 11111 1 222222222222 222222222222 11111111 111111 2222222 11 111111111
lowQualScore : 0 4 1 1 4 4 44444444 777 777 55 0 5 1 1 1 00 777 66 99 5 0 0 0000 22222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 888888888888888888 55 1 66 66 22222 66666666 0000 6 5 44444 777777777777777777777777777777777777777 66 6 88888 5 5 1 7 5 999999999999 0 555555555555 1 66 3 0 4 1 00000000 1 4 4 1 2 5 444444 1111111 0 11 3 888888888
lowQualScore : . . . . . . ........ ... ... .. . . . . . .. ... .. .. . . . .... ............................................... . . .................. .. . .. .. ..... ........ .... . . ..... ....................................... .. . ..... . . . . . ............ . ............ . .. . . . . ........ . . . . . . ...... ....... . .. . .........
lowQualScore : 7 5 0 0 0 0 55555555 000 000 55 5 3 4 0 8 66 888 99 55 0 1 2 6666 33333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 777777777777777777 66 4 99 99 55555 99999999 6666 5 0 33333 777777777777777777777777777777777777777 99 6 11111 0 0 0 1 7 333333333333 2 666666666666 7 99 4 9 0 0 77777777 1 4 7 4 8 7 888888 7777777 8 00 2 222222222
consensus : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA----T---CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------AG-TAT-----------------TATGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Reference ( family-646 ) : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA----T---CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------AG-TAT-----------------TATGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
gi|1 : ACATAT-TTTATTCAGAAAT-GTACATAGT-ACA----T---CA---TCATAAT--ACATA-ACAAATTTACGGGGTGAA--GT---TACGATC--A-GTA-AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CT-------T----------------A-T-AAT---------A---
gi|1 : aaacagtTTCGTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACATA---G---AATGTCATTTAGAAATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAATGTGT---ACAT-------ATACATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----TATCCCTAAGTGTATACCATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----C-TTT-ACAGAAGATG-----GACCAATATCAGAGACATATTAAG-TATTAAGTCACTGCCAATATTATGTAGCGTT--ATTGTTTA--AAGTAT-TAA-CTATGTCTTTTAGAGCtctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|11 : TGTACTTCG------------CTTGATTAACCTAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTA---AACATC-TTC-AAAATAATACTGTTTCATA
gi|12 : TTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACGCA---A---AAGGTC-TTTAAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTattcagaaactaattacatgttttt
gi|13 : aggt--ATTGTTTACAA--TAT-TTA-GTCTGTCTTTAAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGG------------CTAGACCAATTATAA--TAGTTTTATTAGTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACATA---G---
gi|14 : AAA--TAGTTGCATTTGCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCATA---A---AAGGTA-TTT-----TA-TATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTTAAACAGTG-TCAT-------
gi|15 : ATATTTATTCCGTCTT-GTACATAGTCATACTTTT---CA---T---AAT--ATACATACAAATATACAATGTTAATGAT---CAC
gi|16 : aacaaaagaaA-----------AT---------A-------T----------------A-T-ATC---------A---A----TAGCCCTGAGAGTAAACCATTTCG--TT--T---------TT--------ATCATATC----C-TGT-ACAGAGGAT
gi|17 : GAACGTATCTCTATTCCGACTT-GTATACAGT-GCATCG-T---CG---T---GAT--ATACAAACat
gi|18 : aacaACATATGTTTATTCAGACTT-GTACACAGT-CCATCT-T---CA---C---AAT--ATATActatt
gi|2 : agtTATCCTTAGTCCGATAT-GTGCATTGG-ACA----TTGCCA---T---TAT--AAACATACAAACATACAATATTAA--TT---TGTGTTA--A-GTA-ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCA-------TTATAAAAACGGTAAAAA-T-GTT---------A---A----TACCCTTAAAAGAATATACTTTAA--TT--TG-----GTTTC--------ATCATACCTACCCTTTT-ACAGATGATG-----AACCAA----------------AG-TGT------------------ATGTATAGTT--ATCGTTTA--A--TATATAAGTTCTGTCTTTTAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTAT------------GTAGATCAAACAAAAAATGGG--CATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACATA---G-------TA-TTTGAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAGTG-ACAT-------GTATGT-TAG--AGt
gi|3 : cagaacattataGAATATATCTTTATTCCGACAT-GTACATAGT-A------T---TA---T---A-T--ACACACATGCATTTA-----TTAA--GT---CACGTTG--A-TAA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TACCCCTGAGAGTATATAATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTT--ACAGAGGATGTCTGAAGTTAGTGT-------------AAATAT-----------------TATGAAGCGTT--TTTCTTGA--T--TAT-CAA-TTATGTCTTTTTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAG------------CTCGATTAATCAAAA--TAGTATGATATGTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACAAA---G---AAGATC-ATTGACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCATTG-GCGT-------AGACATATAA--AGTGATATTTATCTTCCA-GGTAAGAGAATTACAACATacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|4 : T-GTACACAGT-ACACCG-T---CA---T---AAT--ACACATACACACATACAATGTTAT--GT---CACAATA--A-TTA-G-TAAATTTACTATGAA-----------ATATGTA---CAATAATGCT----------------AAT-ATT---------ATTTA----CATCATTGAAAATATATCCTTTAA--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ATATAGAGT-----------ATAT--------------G-TAT-----------------T---TCACGTT--ATTGTTAA--AAGTAT-TAA-GTCTGTCTCTAAGCGAATGT-TTA------------GTGTATTTAGTTACTATTTTTATTAGGTTAATCAAAA--TAGTGTCATTCCTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCAAA---GAAAAAGGTC-TTTGAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAtctg
gi|5 : tatatattattaccgattcttttaACATCGTTCATAGT-ACA----T---CACCAT---GAT--ATACAAACATATTTACAATGTTAA--GTAAACA-ATTACAACGCA-TACATGTATAC----TA-----------GT--------TA-------TGAA-------------A-T-GTTTGTAATGATG---A----TATCATTGAAAGGGTATTTTTCAG--TTCTTGCTTTTGTTTTTTT-----ATCATTTC----CATTT-GCAGGGAATG-----AACCAATAT------------------T-----------------TATATAGCGTC--ATTGTTTA--T--TGT-TAT-TAATGTATTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAG------------CTAGATTAATT-AGA--TAGTTTTATTTGTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACACA---G----ATGTT-TGTGCAAATAa
gi|6 : acagaacagaacGAACGTATTTTTATTCAGATTT-GTA---------A----T---CA---T---AATTAACATTCACACATATACAA-----A--AT---CACGTTA--A-ATA-AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TA-------TGGAATGTTTTA-----A-TGATT---------A---AATGCTATCTTTAAAGGTATATCCTTTAT--TT--TA-----TTTTT--------ATCATATT----CTTTT-ACTAAGTATG-----CACCAATATTT-----------A--CATG----------------TATGTAACGTT--AT-GTGAA--A--CAT-CAA-TTATTTCTTTTGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAG------------CTGGATTAATCAAAA--TTATTGCATTCGTAGactaataacatgtttat
gi|7 : acagaacaATAATACTAAT-GT---CACGTTT--A--TATAATAA--TTAT----GA-----------A----------A-------T----------------A-T--TT---------A---A----AATGA-TAAAAGTATAACCTTCAAATTT--TG-----TTTTTGTTATTATATCATTTC----CTTTTTACCGAGGATG-----AACCAATA---------------G-T-T-----------------T-TGCAGCGTTTTACTATT-A--A--TAT-TAA-TTCTGTGTTTTAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAG------------CTAGATTAAT
gi|8 : agcaaGAACATATCTTTATTTAGTCTT-GTATATAGT-ACA----TTTTCG---T---AAT--ATACAAACACATTTACAATGTTTA--GT---CACGTTA--A-GTA-AATACATTTAC----AA-----------CT--------CA-------T----------------A-T-AAT---------A---A----TATaa
gi|9 : gaacaGTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACAAA---G---AAGGTC-TCTGACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-TTGAACAT-------ATACATATAA--AGGGATATTC---------ATCAGAAGAATTACAACATgaaattacgaaatgtttatatgataatacccttaaaataatatccctcattttttttt
blockSeqs : A C T C C CTTTT CCA . TA T A A T TG AAA CA CG T TATG ATGAAATAATCATTATAAAAACGGTAAAA A G TGTAATGATGA CC A AT CT CTTTT GTTATTAT TACC T T TCTGA TTTACATGTA TT T CAA A G C A . . TTACTATTTTTA A AA T C T TTTAA C . A A C A AGTGT TAAAAGA TT A ATCTTCCA
blockSeqs : C C T . . TCGT . . . A A A T T . . G . . CTGATTTGATAATTATGGAATGTTTTA . . AAATGC CT C . . . TTT . T . . TAAATATTA . T AAG . . C G . . . A . T . C GAAAA G . G G A . AGTGA . . A .
blockSeqs : G A T . . TCTT . . . T C T T . . . T . . ATATGTACAATAATGCT . . ATTTA CC A . . . . . T . . AGTGTA . G A . . A G . . . A . A . T AA G . G G T . ATTGG . . .
blockSeqs : C C A . . TTGC . . . C C A T . . . T . . GTTATGAA . . AA AT C . . . . . A . . TGTATT . A T . . C . . . . A . G . T AA G . G G T . TTGAA . .
blockSeqs : C C A . . CCGT . . . T T T T . . . A . . ATCAT . . AA AT T . . . . . T . . TTTA . T T . . A . . . . A . T . T GA G . G G C . AT .
blockSeqs : T A A . . TTTT . . . A C A T . . . G . . CTCAT . . AA TT C . . . . . T . . GTTT . A A . . A . . . . . . T . A GA T . G G T .
blockSeqs : C A T . . T . . . C C T . . . . . . . ATAT . . AA A C . . . . . . . . . A . . C . . . . A G G . . . .
blockSeqs : T . . T . . . A . . . AAT . . . C G . . .
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqCons : TCGT**** *** TTTA*********************************** A**** ************ ANTGA*
originalCons : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA----T---CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-------------AG-TAT-----------------TATGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACATTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
finalCons : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACATCGT----CA---T---AAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATATTTA-----------------------------------TGTAGCGTT--ATTGTTTAA----TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAG------------CTAGATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---G---AAGGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACANTGA-CAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111 11111 22222222 1111 11111 11111111111111 11111 1 222222222222 222222222222 11 2222222 11 111111111
lowQualScore : 0 4 1 1 4 4 5555 55 0 5 1 1 1 00 777 66 99 5 0 0 0000 22222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 888888888888888888 55 1 66 66 22222 66666666 0000 6 5 44444 99999999999999 66 6 88888 5 5 1 7 5 999999999999 0 555555555555 1 66 3 0 4 1 777 1 8888 4 4 1 2 5 44 55 1111111 0 11 3 888888888
lowQualScore : . . . . . . .... .. . . . . . .. ... .. .. . . . .... ............................................... . . .................. .. . .. .. ..... ........ .... . . ..... .............. .. . ..... . . . . . ............ . ............ . .. . . . . ... . .... . . . . . .. .. ....... . .. . .........
lowQualScore : 7 5 0 0 0 0 9999 55 5 3 4 0 8 66 888 99 55 0 1 2 6666 33333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 777777777777777777 66 4 99 99 55555 99999999 6666 5 0 33333 55555555555555 99 6 11111 0 0 0 1 7 333333333333 2 666666666666 7 99 4 9 0 0 000 9 9999 4 7 4 8 7 55 22 7777777 8 00 2 222222222
consensus : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA-TCGTCATAAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-----TTA------TGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAGCTA------------GATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---GAA---GGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACANTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
Reference ( family-646 ) : GAACGTATCTTTATTCNGACNT-GTACATAGT-ACA-TCGTCATAAT--ACACANACACATNTACAATGTTAA--GT---CACGTTA--A-GTA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TATCCCTGAAAGTATATCCTTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ACAGAGGATG-----AACCAATAT-----TTA------TGTAGCGTT--ATTGTTTA--A--TAT-TAA-TTNTGTCTTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTTAGCTA------------GATTAATCAAAA--TAGTTTCATTCGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACANA---GAA---GGTC-TTTGAAAATAGTATCGTTTNATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACANTG-ACAT-------ATACATATAA--AGTGATATTCGTCTTCCA-GTCAGAAGAATTACAACAT
gi|1 : ACATAT-TTTATTCAGAAAT-GTACATAGT-ACA-TCATCATAAT--ACATA-ACAAATTTACGGGGTGAA--GT---TACGATC--A-GTA-AATAAATTTAC----AA-----------CT--------CT-------T----------------A-T-AAT---------A---
gi|1 : aaacagtTTCGTAGTTTTAATT-A-TTCACTAAACTTTAACATA---GAA---TGTCATTTAGAAATATTATCGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAA---TGTGTACAT-------ATACATAGGA--AGTAATATTCATCTTCTATGTCAGAAGCATTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcgtagttttaattattcactaaactttaacatagaatgtcatttagaaatattatcgtttaatatagcattttctaagatcattaatgtgtacatatacataggaagtaatattcatcttctatgtcagaagcattatctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : aaacagtacatattttattcagaaatgtacatagtacatcatcataatacataacaaatttacggggtgaagttacgatcagtaaataaatttacaactcttataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----TATCCCTAAGTGTATACCATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----C-TTT-ACAGAAGATG-----GACCAATAT-----tctgtcatttttcggtattctgattcttgccaacccgaccacttgtatcctcgaagaatatgttaatagcatcattc
gi|10 : CCAATAT-----T-A------TGTAGCGTT--ATTGTTTA--AAGTAT-TAA-CTATGTCTTTTAGAGCcagagacatattaagtattaagtcactgccaatattatgtagcgttattgtttaaagtattaactatgtcttttagagc
gi|11 : tatccctaagtgtataccatttagtttggttttatcatatcctttacagaagatggaccaatatcagagacatattaagtattaagtcactgTGTACTTCGCTT------------GATTAACCTAAA--TAGTTTTATTCGTAGATTTCACG-AATTCAGTAAACGTCAACATCTTTAAA---CATC-TTC-AAAATAATACTGTTTCATA
gi|12 : TTTAATT-AATTCAATAATCTTAAACGCA---AAA---GGTC-TTTAAAAATAGTATAGTTTAATATAGCATTTTCT-AAGATCATTAAAACAT----CATTAAAAGAATCGATATAATTAGTG-TATTTGTattcagaaactaattacatgttttt
gi|13 : aggt--ATTGTTTACAA--TAT-TTA-GTCTGTCTTTAAGAGCAT-TATTGTAATACACATGTATATATTCGGCTA------------GACCAATTATAA--TAGTTTTATTAGTAAATTTCATT-AACTC--CGAACTTAAACATA---G
gi|14 : AAA--TAGTTGCATTTGCAGAGTTCCTA-AATTCAATAAACTTAATCATA---AAA---GGTA-TTT-----TA-TATCG----ATATAATATTTTCT-AAGCTTATTTAAACAGTG-TCAT-------
gi|15 : ATATTTATTCCGTCTT-GTACATAGTCATACTTTTCATAAT--ATACATACAAATATACAATGTTAATGAT---CAC
gi|16 : aacaaaagaaA-----------AT---------A-------T----------------A-T-ATC---------A---A----TAGCCCTGAGAGTAAACCATTTCG--TT--T---------TT--------ATCATATC----C-TGT-ACAGAGGAT
gi|17 : GAACGTATCTCTATTCCGACTT-GTATACAGT-GCA-TCGTCGTGAT--ATACAAACat
gi|18 : aacaACATATGTTTATTCAGACTT-GTACACAGT-CCA-TCTTCACAAT--ATATActatt
gi|2 : agtTATCCTTAGTCCGATAT-GTGCATTGG-ACA-TTGCCATTAT--AAACATACAAACATACAATATTAA--TT---TGTGTTA--A-GTA-ACCAAATTTAC----AA-----------ATGAAATAATCA-------TTATAAAAACGGTAAAAA-T-GTT---------A---A----TACCCTTAAAAGAATATACTTTAA--TT--TG-----GTTTC--------ATCATACCTACCCTTTT-ACAGATGATG-----AACCAAAGT-----GTA------TGTATAGTT--ATCGTTTA--A--TATATAAGTTCTGTCTTTTAGAGCATAT-TTC------------ATATATTTATGTA------------GATCAAACAAAAAATGGG--CATTGGTAGATTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACATA---G-------TA-TTTGAAAATTGTTTCGTTTTATATAGCATTTTCT-AAGATCATTGAAACAGTG-ACAT-------GTATGT-TAG--AGt
gi|3 : cagaacattataGAATATATCTTTATTCCGACAT-GTACATAGT-A------TTATA-T--ACACACATGCATTTA-----TTAA--GT---CACGTTG--A-TAA-AACAAATTTAC----AA-----------AT--------CA-------T----------------A-T-ATT---------A---A----TACCCCTGAGAGTATATAATTTAG--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTT--ACAGAGGATGTCTGAAGTTAGTGTAAATATTA------TGAAGCGTT--TTTCTTGA--T--TAT-CAA-TTATGTCTTTTTGAGCAT-T-TTA------------ATGTATTAAGCTC------------GATTAATCAAAA--TAGTATGATATGTAGATTTCATT-AATTCGATAAACTTAAACAAA---GAA---GATC-ATTGACAATAGCATCGTCTTATATAGTATTTTCT-AAGATCATTAGACCATTG-GCGT-------AGACATATAA--AGTGATATTTATCTTCCA-GGTAAGAGAATTACAACATacattacatcatacacagtatatttcatttctcagtatcctgtgtcttgcgaa
gi|4 : T-GTACACAGT-ACA-CCGTCATAAT--ACACATACACACATACAATGTTAT--GT---CACAATA--A-TTA-G-TAAATTTACTATGAA-----------ATATGTA---CAATAATGCT----------------AAT-ATT---------ATTTA----CATCATTGAAAATATATCCTTTAA--TT--TG-----GTTTT--------ATCATATC----CTTTT-ATATAGAGT-----------ATAT-----GTA------TTTCACGTT--ATTGTTAA--AAGTAT-TAA-GTCTGTCTCTAAGCGAATGT-TTA------------GTGTATTTAGTTACTATTTTTATTAGGTTAATCAAAA--TAGTGTCATTCCTATATTTCTTTCAAATCAATCAACTTCAGCAAA---GAAAAAGGTC-TTTGAAAATAGCATCGTGTCATGTAGCATTTTCCAAAGATCAtctg
gi|5 : tatatattattaccgattcttttaACATCGTTCATAGT-ACA-TCACCATGAT--ATACAAACATATTTACAATGTTAA--GTAAACA-ATTACAACGCA-TACATGTATAC----TA-----------GT--------TA-------TGAA-------------A-T-GTTTGTAATGATG---A----TATCATTGAAAGGGTATTTTTCAG--TTCTTGCTTTTGTTTTTTT-----ATCATTTC----CATTT-GCAGGGAATG-----AACCAATAT-----TTA------TATAGCGTC--ATTGTTTA--T--TGT-TAT-TAATGTATTTTAGAGCAT-T-TTA------------ATGTACTTAGCTA------------GATTAATT-AGA--TAGTTTTATTTGTAGTTTTCATT-AATTCAATAAACTTAAACACA---G-A---TGTT-TGTGCAAATAa
gi|6 : acagaacagaacGAACGTATTTTTATTCAGATTT-GTA-------------ATCATAATTAACATTCACACATATACAA-----A--AT---CACGTTA--A-ATA-AACACATTTAC----AACTGATTTGATAAT--------TA-------TGGAATGTTTTA-----A-TGATT---------A---AATGCTATCTTTAAAGGTATATCCTTTAT--TT--TA-----TTTTT--------ATCATATT----CTTTT-ACTAAGTATG-----CACCAATAT-----TTACATGTATGTAACGTT--AT-GTGAA--A--CAT-CAA-TTATTTCTTTTGTAGCAG-T-TAA------------ATGTATTTAGCTG------------GATTAATCAAAA--TTATTGCATTCGTAGactaataacatgtttat
gi|7 : acagaacaATAATACTAAT-GT---CACGTTT--A--TATAATAA--TTAT----GA-----------A----------A-------T----------------A-T--TT---------A---A----AATGA-TAAAAGTATAACCTTCAAATTT--TG-----TTTTTGTTATTATATCATTTC----CTTTTTACCGAGGATG-----AACCAATAG-----TTT------TGCAGCGTTTTACTATT-A--A--TAT-TAA-TTCTGTGTTTTAGGGCGTGT-TTA------------AT-CATCTAGCTA------------GATTAAT
gi|8 : agcaaGAACATATCTTTATTTAGTCTT-GTATATAGT-ACA-TTTTCGTAAT--ATACAAACACATTTACAATGTTTA--GT---CACGTTA--A-GTA-AATACATTTAC----AA-----------CT--------CA-------T----------------A-T-AAT---------A---A----TATaa
gi|9 : gaacaGTATATTTCGAT-GATTCAATAAACTTAAACAAA---GAA---GGTC-TCTGACAATAGTATCGTTTTATATAGTATTTTCT-AAAACAATTAAAAC-TTGAACAT-------ATACATATAA--AGGGATATTC---------ATCAGAAGAATTACAACATgaaattacgaaatgtttatatgataatacccttaaaataatatccctcattttttttt