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consensus                     :                                                    AACTATAAACTAAAACTCGTCTTAACAT-CTC--GCNTCCCGAAGTAAAA----CTGA----GCT------TAAAAAC---CTCGTAGCTTGCACTCTTCCAATTANGGTGACAGCT----------AATTTA----------TCTCC-CCTCCCCC--------ATTTTGATGCGCA
Reference ( gi|6 )            :                                                    AATTATAAAC--AAACTCGTCTTAACAT-CTC--GCATCCCGAAGTAAAA----CTGA----GCT------TAAAAAC---CTTGTAGCTTACACTCTTCCAATTAAGGTGACAGCT----------AATTTA----------TCCCC-CCCCCCCC--------ATATTGATGCGCAA
gi|4                          :                                                    AACTA-AAAC--AGACTT-TCTC----T-GTC--GCATCCCGAAGTAAAA----CTGATCAGACTA-----TAAAAAC---GT-GTAGCTTGCATCCTTCCAATCAAGGTGACAGCT----------AATTTA----------T-------CTCCCC--------ATTTTGACGCGTA
gi|2                          :                           ccctccatattttccaaagtattctatcgaTAAACTAAAACTCATATTAACAC-CCC--GCATCCCGAAGTAAAAAA--CTGA----GCT------TAAAAAC---CCTGTAGCTTGAACTCTTCCAATTAAGGTTACAGCT----------AATTTA----------TCTCC-CCTCC
gi|3                          :            tatactaaacacgtcttaacctcccgctttccaaagtattctcccTAAAC--A--CTTGGCTTAACAT-CTC--GCCTGCCAAAGTAAAA----CTAA----TCTGACTTTTAAAA-----CTTGTAGCTT-CACTCTTCCAATTAAGGTGACTACT----------AATTTA----------T------CTCCCCC--------ATATTGATGCgttgttttggacctgga
gi|9                          : ccctaaactaaaaacccgtctttccatattgcctgcctaagtaaaactccctaaacTAAACTAAAACTTGACTTAACAT-CTC--GCCTGCAAAAGTCCAA----C--A----GCTC-----TAAAA
gi|1                          :                                              agtaaaacccccAAACTAAAACTCGTCTTTACAT-CTC--GCAATCCGAAGTAGAGCTCTCTGA----TCT------TAAtaaaactcatctagctcgcccaaggtaagctgac
gi|5                          :                           gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctc--AAACACATCTTAACCTTCCC--TCTTTCCAAAGTATT-----CTGA----GCT------TAATAAA---CTTGTAGCTTGCACTCTTCCAATTATGGTGACAGCT----------AATTTA----------TCTCC-CCCTCCCCCACCCCAAATATTGATGTGCAccctcatgcttctcgaagtattctccttaaaaatcttgtagttttcactcttccaatttaggtgacagctactttatctccccctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|1                          :                                                          cccatccatactaTCTTAAC-C-CTCATGCTTCTCGAAGTA-------TTCT----CCT------TAAAAAT---CTTGTAGTTTTCACTCTTCCAATTTAGGTGACAGCT----------ACTTTA----------TCTCC-CCCcatggccata
gi|7                          :               gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcaaactaaaactcgtctttacatctcgcaatccgaagtagagctctctgaAAT----CTCA----GCT------TAAAAAC---CTTGTAGCTTGCACACTTCCAATTAAGGTGACAGCTAATGTAACTGAATTTAACTCCGCACCCCCCC-CCCCCCCC--------ATATTGATGCGCAtgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|11                         :                                                                                                      ----CTCA----GCT------TAAAACC---CTTGTAGCTTGCTATCTTCCAATTACGGTGACAACT----------AATTTA----------TCTCC-TCTCCCCC--------ATATTGATGCGCAcatgggcgtacatatgctg
gi|14                         :                                                                                                           TGA----GCT------TAAAAACAAACTTGTAGCTTGCACTCTTCCAATTAAGGCGACAGCT----------AATTTA----------T------CTCTCCC--------ATATTGATGCcatgg
gi|10                         :                                                                                                             A----GTT------TAAAAAC---CTTGTAGCTTGCACTCTTCCAATTAAGGTGACAGCA----------AATTTA----------TCTCC-CCCatatac
gi|16                         :                                                                                                                   CT------TAAAAAC----TTATAGCTTGCACCCTTCTTATGGTGGTGACAGCT--------------------------TCTCCATCTCCCAC--------ATTTTGATGCGCAtacattggtttggacctggtcgtacatgtgc
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gi|17                         :                                                                                                                 tctT------TAAAAAC---GT-GTAGCTTACATCCTTCTTATTAAGGTGACAGCT----------CCTCTA----------T------CTCGCCC--------ATTTTGATGCGTAaatatt
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gi|12                         :                                                                                                              aactctT------TAAAAAC----TCGTAGCTTGCGCCCTACTTATTACCGTGACAGCT----------CGTCAG----------T------CTCCCAC--------ATTTTGATGCatatatg
gi|19                         :                                                                                                             taactctT------TAAAAAT----TCGCAGCTTGCACCCG-CTAATTGCCGTGACAGCT----------CGTCAA----------T------CTCTCAC--------ATTTTGATGCatatatgtcct
gi|21                         :                                                                                                                    ctaactctAAAAAA---CGTGTGGCTTACACTCCTCCAAAAAAGGTGACAGCT----------AATTTA----------TCTCC-Cata
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTCTAAACTAAATCCCGACCTTTTATCTCCTCTTCCCAAAGTAAACTGTCCCCTCTCAACTTAAACCATGACTTCACAGCTGGTCTCTACAAAGTAAACTGAC






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Reference ( family-642 )      :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CTC--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTGA----GCT------TAA---AAAC---CTCG--TAGCTTGCACTCTTCCAATTANGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
gi|1                          :                                                        --AAACTAAA-A-CTC----GTCTTTACAT-CTC--GCAATCCGAAGTA
gi|1                          :                        gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcAAGTAGA-G-CTCTCTGATCTTAAC-C-CTCATGCTTCTCGAAGTA-----TTCT----CCT------TAA---AAAT---CTTG--TAGTTTTCACTCTTCCAATTTAGGTGACAGCT----------ACTTTATCT----------CC-CCgagctctctgatcttaaccctcatgcttctcgaagtattctccttaaaaatcttgtagttttcactcttccaatttaggtgacagctactttatctccccctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|10                         :                                             gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcaaactaaaactcgtctttacatctcgcaatccgA----GTT------TAA---AAAC---CTTG--TAGCTTGCACTCTTCCAATTAAGGTGACAGCA----------AATTTATCT----------CC-CCctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|11                         :                                                                                                            --CTCA----GCT------TAA---AACC---CTTG--TAGCTTGCTATCTTCCAATTACGGTGACAACT----------AATTTATCT----------CC-TCTCCCCC-------ATATTGATGCGCActacattggtttggacctggtcgtacatgtgc
gi|12                         :                                                                                                                        T------TAA---AAAC----TCG--TAGCTTGCGCCCTACTTATTACCGTGACAGCT----------CGTCAGT----------------CTCCCAC-------ATTTTGATGCcatgg
gi|13                         :                                                                                                                 taactctT------TAA---AAAC----TCG--TAGCTTGCACCCTACTAATTACCGTGACAGCT----------CGCCAATCT----------CC-CACC------------TTTTGGTGCatatatgtcct
gi|14                         :                                                                                                         aactctTGA----GCT------TAA---AAACAAACTTG--TAGCTTGCACTCTTCCAATTAAGGCGACAGCT----------AATTTAT----------------CTCTCCC-------ATATTGATGCatatatgtcc
gi|15                         :                                                                                                                        T------TAA---AAAT----TCG--TAGCTTGCACTCTACTAATTACCGTGACAGC--------------TCGTC-----------AC-TCTCCCAC-------ATTTTGATGCatatac
gi|16                         :                                                                                                                  gctctCT------TAA---AAAC---TT-A--TAGCTTGCACCCTTCTTATGGTGGTGACAGCT----------------TCT----------CCATCTCCCAC-------ATTTTGATGCGCAatatatgacc
gi|17                         :                                                                                                                   aactcT------TAA---AAAC---GT-G--TAGCTTACATCCTTCTTATTAAGGTGACAGCT----------CCTCTAT----------------CTCGCCC-------ATTTTGATGCGTAtatgt
gi|18                         :                                                                                                                     tctT------TAA---AAAC----TCG--TATCTTGCACCCATCTTATTATCGTGACAGCT----------CCTTAAT----------------CTCCCAC-------ATTTTGATGCtatgtgc
gi|19                         :                                                                                                                  aactctT------TAA---AAAT----TCG--CAGCTTGCAC-CCGCTAATTGCCGTGACAGCT----------CGTCAAT----------------CTCTCAC-------ATTTTGATGCatatatg
gi|2                          :                                               ctaactctT--ATACTAAA---CAC----GTCTTAACCT-CCC--GCTTTCCAAAGTAata
gi|2                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTC----ATATTAACAC-CCC--GCATCCCGAAGTAAAAAACTGA----GCT------TAA---AAAC---CCTG--TAGCTTGAACTCTTCCAATTAAGGTTACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCGTT-------GTTTTGttctccctaaactaaaactcatattaacaccccgcatcccgaagtaaaaaactgagcttaaaaaccctgtagcttgaactcttccaattaaggttacagctaatttatctcccctccgttgttttggacctgga
gi|20                         :                                                                           tatactaaacacgtcttaacctcccgctttccaaagtattctcccT------TCA---AAAC---TT-G--TAGCTTGCACTTTTCCTATTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCgacctgga
gi|21                         :                                                                                                                             tctAA---AAAC---GT-G--TGGCTTACACTCCTCCAAAAAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-Caatatt
gi|3                          :                                                      aT--AAACTAAA-AACCC----GTCTTTCCAT-ATT--GCCTGCCTAAGTAAAA--CT
gi|3                          :                                                    cccT--AAACTAAACA-CTT----GGCTTAACAT-CTC--GCCTGCCAAAGTAAAA--CTAA----TCTGACTTTTAA---AA-----CTTG--TAGCTT-CACTCTTCCAATTAAGGTGACTACT----------AATTTAT----------------CTCCCCC-------ATATTGATGCccctaaactaaacacttggcttaacatctcgcctgccaaagtaaaactaatctgacttttaaaacttgtagcttcactcttccaattaaggtgactactaatttatctcccccatattgatgc
gi|4                          : ccctaaactaaaaacccgtctttccatattgcctgcctaagtaaaactcccCTATCGAAACTAAA-A-C-A----GACTTTCTCT-GTC--GCATCCCGAAGTAAAA--CTGATCAGACTA-----TAA---AAAC---GT-G--TAGCTTGCATCCTTCCAATCAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT-----------------CCCC-------ATTTTGACGCGTA
gi|5                          :                                     ccctccatattttccaaagtattACTAAA-A-CAC----ATCTTAACCTTCCC--TCTTTCCAAAGTATT---CTGA----GCT------TAA---TAAA---CTTG--TAGCTTGCACTCTTCCAATTATGGTGACAGCT----------AATTTATCTC---------CC-CCTCCCCCACCCCAAATATTGATGTGCA
gi|6                          :                                         cccatccatAATTAT--AAAC--AA-A-CTC----GTCTTAACAT-CTC--GCATCCCGAAGTAAAA--CTGA----GCT------TAA---AAAC---CTTG--TAGCTTACACTCTTCCAATTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCC----------CC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAcatggccata
gi|7                          :                                                                                                         AAT--CTCA----GCT------TAA---AAAC---CTTG--TAGCTTGCACACTTCCAATTAAGGTGACAGCTAATGTAACTGAATTTAACTCCGCACCCCCCC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAa
gi|9                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTT----GACTTAACAT-CTC--GCCTGCAAAAGTCCAA--C--A----GCTC-----TAAAATAAAA---CTCATCTAGCTCGCcatgggcgtacatatgctg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTCTAAACTAAATCCCGACCTTTTATCTCCTCTTCCCAAAGTAAACTGTCCCCTCTCAACTTAAACCATGACTTCACAGCTGGTCTCTACAAAGTAAACTGAC






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lowQualScore                  :                                                        11        555 9 7777 3   5  0 6  6 00  0 2        9 999  555555555555555   333333   222 4444   999999 55          8    8    8              44444444444      9999999999999999     1 7777777  4          
consensus                     :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CT-C--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTCG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
Reference ( family-642 )      :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CT-C--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTCG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
gi|1                          :                                                        --AAACTAAA-A-CTC----GTCTTTACAT-CT-C--GCAATCCGAAGTA
gi|1                          :                        gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcAAGTAGA-G-CTCTCTGATCTTAAC-C-CT-CATGCTTCTCGAAGTA-----TTC---------T----CCT------TAA---A----AAT---CTTG--TAGTTTTCAC-TCTT-CCAA-TTTAGGTGACAGCT----------ACTTTATCT----------CC-CCgagctctctgatcttaaccctcatgcttctcgaagtattctccttaaaaatcttgtagttttcactcttccaatttaggtgacagctactttatctccccctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|10                         :                                              gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcaaactaaaactcgtctttacatctcgcaatccg---------A----GTT------TAA---A----AAC---CTTG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCA----------AATTTATCT----------CC-CCctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|11                         :                                                                                                             --CTC---------A----GCT------TAA---A----ACC---CTTG--TAGCTTGCTA-TCTT-CCAA-TTACGGTGACAACT----------AATTTATCT----------CC-TCTCCCCC-------ATATTGATGCGCActacattggtttggacctggtcgtacatgtgc
gi|12                         :                                                                                                                                  T------TAA---A----AAC----TCG--TAGCTTGCGC-CCTA-CTTA-TTACCGTGACAGCT----------CGTCAGT----------------CTCCCAC-------ATTTTGATGCcatgg
gi|13                         :                                                                                                                           taactctT------TAA---A----AAC----TCG--TAGCTTGCAC-CCTA-CTAA-TTACCGTGACAGCT----------CGCCAATCT----------CC-CACC------------TTTTGGTGCatatatgtcct
gi|14                         :                                                                                                          aactctTG---------A----GCT------TAA---A----AACAAACTTG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGCGACAGCT----------AATTTAT----------------CTCTCCC-------ATATTGATGCatatatgtcc
gi|15                         :                                                                                                                                  T------TAA---A----AAT----TCG--TAGCTTGCAC-TCTA-CTAA-TTACCGTGACAGC--------------TCGTC-----------AC-TCTCCCAC-------ATTTTGATGCatatac
gi|16                         :                                                                                                                            gctctCT------TAA---A----AAC---TT-A--TAGCTTGCAC-CCTT-CTTA-TGGTGGTGACAGCT----------------TCT----------CCATCTCCCAC-------ATTTTGATGCGCAatatatgacc
gi|17                         :                                                                                                                             aactcT------TAA---A----AAC---GT-G--TAGCTTACAT-CCTT-CTTA-TTAAGGTGACAGCT----------CCTCTAT----------------CTCGCCC-------ATTTTGATGCGTAtatgt
gi|18                         :                                                                                                                               tctT------TAA---A----AAC----TCG--TATCTTGCAC-CCAT-CTTA-TTATCGTGACAGCT----------CCTTAAT----------------CTCCCAC-------ATTTTGATGCtatgtgc
gi|19                         :                                                                                                                            aactctT------TAA---A----AAT----TCG--CAGCTTGCAC--CCG-CTAA-TTGCCGTGACAGCT----------CGTCAAT----------------CTCTCAC-------ATTTTGATGCatatatg
gi|2                          :                                               ctaactctT--ATACTAAA---CAC----GTCTTAACCT-CC-C--GCTTTCCAAAGTAata
gi|2                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTC----ATATTAACAC-CC-C--GCATCCCGAAGTAAAAAACTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CCTG--TAGCTTGAAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTTACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCGTT-------GTTTTGttctccctaaactaaaactcatattaacaccccgcatcccgaagtaaaaaactgagcttaaaaaccctgtagcttgaactcttccaattaaggttacagctaatttatctcccctccgttgttttggacctgga
gi|20                         :                                                                                     tatactaaacacgtcttaacctcccgctttccaaagtattctcccT------TCA---A----AAC---TT-G--TAGCTTGCAC-TTTT-CCTA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCgacctgga
gi|21                         :                                                                                                                                       tctAA---A----AAC---GT-G--TGGCTTACAC-TCCT-CCAA-AAAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-Caatatt
gi|3                          :                                                      aT--AAACTAAA-AACCC----GTCTTTCCAT-AT-T--GCCTGCCTAAGTAAAA--CT---------------CCC------TAA---ACT--AAA---CACT--TGGCTTA-ACATCTCGCCTG-CCAAAGTAA-AACT----------AATCT
gi|3                          :                                                    cccT--AAACTAAACA-CTT----GGCTTAACAT-CT-C--GCCTGCCAAAGTAAAA--CTA---------A----TCTGACTTTTAA---A----A-----CTTG--TAGCTT-CAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACTACT----------AATTTAT----------------CTCCCCC-------ATATTGATGCgacttttaaaacttgtagcttcactcttccaattaaggtgactactaatttatctcccccatattgatgc
gi|4                          : ccctaaactaaaaacccgtctttccatattgcctgcctaagtaaaactcccCTATCGAAACTAAA-A-C-A----GACTTTCTCT-GT-C--GCATCCCGAAGTAAAA--CTG---------ATCAGACTA-----TAA---A----AAC---GT-G--TAGCTTGCAT-CCTT-CCAA-TCAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT-----------------CCCC-------ATTTTGACGCGTA
gi|5                          :                                     ccctccatattttccaaagtattACTAAA-A-CAC----ATCTTAACCTTCC-C--TCTTTCCAAAGTATT---CTG---------A----GCT------TAA---T----AAA---CTTG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTATGGTGACAGCT----------AATTTATCTC---------CC-CCTCCCCCACCCCAAATATTGATGTGCA
gi|6                          :                                         cccatccatAATTAT--AAAC--AA-A-CTC----GTCTTAACAT-CT-C--GCATCCCGAAGTAAAA--CTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTTG--TAGCTTACAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCC----------CC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAcatggccata
gi|7                          :                                                                                                          AAT--CTC---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTTG--TAGCTTGCAC-ACTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCTAATGTAACTGAATTTAACTCCGCACCCCCCC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAa
gi|8                          :                                                    CTCT--AAACTAAA-T-CCC----GACCTTTTAT-CTCC--TCTTCCCAAAGT-AAA--CTGTCCCCTCTCA----ACT------TAA---ACCATGAC---TTCA--CAGCTGGT-C-TCTA-CAAA-GTAAACTGACcatgggcgtacatatgctg
gi|9                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTT----GACTTAACAT-CT-C--GCCTGCAAAAGTCCAA--C-----------A----GCTC-----TAAAATA----AAA---CTCATCTAGCTCGC--------CCAAGGTAAGCTGAC





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lowQualScore                  :                                                        11        555 9 7777 3   5  0 6  6 00  0 2        9 999  555555555555555   333333   222 4444   999999 55          8    8    8              44444444444      9999999999999999     1 7777777  4          
consensus                     :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CT-C--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTCG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
Reference ( family-642 )      :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CT-C--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTCG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
gi|1                          :                                                        --AAACTAAA-A-CTC----GTCTTTACAT-CT-C--GCAATCCGAAGTA
gi|1                          :                        gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcAAGTAGA-G-CTCTCTGATCTTAAC-C-CT-CATGCTTCTCGAAGTA-----TTC---------T----CCT------TAA---A----AAT---CTTG--TAGTTTTCAC-TCTT-CCAA-TTTAGGTGACAGCT----------ACTTTATCT----------CC-CCgagctctctgatcttaaccctcatgcttctcgaagtattctccttaaaaatcttgtagttttcactcttccaatttaggtgacagctactttatctccccctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|10                         :                                              gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcaaactaaaactcgtctttacatctcgcaatccg---------A----GTT------TAA---A----AAC---CTTG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCA----------AATTTATCT----------CC-CCctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|11                         :                                                                                                             --CTC---------A----GCT------TAA---A----ACC---CTTG--TAGCTTGCTA-TCTT-CCAA-TTACGGTGACAACT----------AATTTATCT----------CC-TCTCCCCC-------ATATTGATGCGCActacattggtttggacctggtcgtacatgtgc
gi|12                         :                                                                                                                                  T------TAA---A----AAC----TCG--TAGCTTGCGC-CCTA-CTTA-TTACCGTGACAGCT----------CGTCAGT----------------CTCCCAC-------ATTTTGATGCcatgg
gi|13                         :                                                                                                                           taactctT------TAA---A----AAC----TCG--TAGCTTGCAC-CCTA-CTAA-TTACCGTGACAGCT----------CGCCAATCT----------CC-CACC------------TTTTGGTGCatatatgtcct
gi|14                         :                                                                                                          aactctTG---------A----GCT------TAA---A----AACAAACTTG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGCGACAGCT----------AATTTAT----------------CTCTCCC-------ATATTGATGCatatatgtcc
gi|15                         :                                                                                                                                  T------TAA---A----AAT----TCG--TAGCTTGCAC-TCTA-CTAA-TTACCGTGACAGC--------------TCGTC-----------AC-TCTCCCAC-------ATTTTGATGCatatac
gi|16                         :                                                                                                                            gctctCT------TAA---A----AAC---TT-A--TAGCTTGCAC-CCTT-CTTA-TGGTGGTGACAGCT----------------TCT----------CCATCTCCCAC-------ATTTTGATGCGCAatatatgacc
gi|17                         :                                                                                                                             aactcT------TAA---A----AAC---GT-G--TAGCTTACAT-CCTT-CTTA-TTAAGGTGACAGCT----------CCTCTAT----------------CTCGCCC-------ATTTTGATGCGTAtatgt
gi|18                         :                                                                                                                               tctT------TAA---A----AAC----TCG--TATCTTGCAC-CCAT-CTTA-TTATCGTGACAGCT----------CCTTAAT----------------CTCCCAC-------ATTTTGATGCtatgtgc
gi|19                         :                                                                                                                            aactctT------TAA---A----AAT----TCG--CAGCTTGCAC--CCG-CTAA-TTGCCGTGACAGCT----------CGTCAAT----------------CTCTCAC-------ATTTTGATGCatatatg
gi|2                          :                                               ctaactctT--ATACTAAA---CAC----GTCTTAACCT-CC-C--GCTTTCCAAAGTAata
gi|2                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTC----ATATTAACAC-CC-C--GCATCCCGAAGTAAAAAACTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CCTG--TAGCTTGAAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTTACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCGTT-------GTTTTGttctccctaaactaaaactcatattaacaccccgcatcccgaagtaaaaaactgagcttaaaaaccctgtagcttgaactcttccaattaaggttacagctaatttatctcccctccgttgttttggacctgga
gi|20                         :                                                                                     tatactaaacacgtcttaacctcccgctttccaaagtattctcccT------TCA---A----AAC---TT-G--TAGCTTGCAC-TTTT-CCTA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCgacctgga
gi|21                         :                                                                                                                                       tctAA---A----AAC---GT-G--TGGCTTACAC-TCCT-CCAA-AAAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-Caatatt
gi|3                          :                                                      aT--AAACTAAA-AACCC----GTCTTTCCAT-AT-T--GCCTGCCTAAGTAAAA--CT---------------CCC------TAA---ACT--AAA---CACT--TGGCTTA-ACATCTCGCCTG-CCAAAGTAA-AACT----------AATCT
gi|3                          :                                                    cccT--AAACTAAACA-CTT----GGCTTAACAT-CT-C--GCCTGCCAAAGTAAAA--CTA---------A----TCTGACTTTTAA---A----A-----CTTG--TAGCTT-CAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACTACT----------AATTTAT----------------CTCCCCC-------ATATTGATGCgacttttaaaacttgtagcttcactcttccaattaaggtgactactaatttatctcccccatattgatgc
gi|4                          : ccctaaactaaaaacccgtctttccatattgcctgcctaagtaaaactcccCTATCGAAACTAAA-A-C-A----GACTTTCTCT-GT-C--GCATCCCGAAGTAAAA--CTG---------ATCAGACTA-----TAA---A----AAC---GT-G--TAGCTTGCAT-CCTT-CCAA-TCAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT-----------------CCCC-------ATTTTGACGCGTA
gi|5                          :                                     ccctccatattttccaaagtattACTAAA-A-CAC----ATCTTAACCTTCC-C--TCTTTCCAAAGTATT---CTG---------A----GCT------TAA---T----AAA---CTTG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTATGGTGACAGCT----------AATTTATCTC---------CC-CCTCCCCCACCCCAAATATTGATGTGCA
gi|6                          :                                         cccatccatAATTAT--AAAC--AA-A-CTC----GTCTTAACAT-CT-C--GCATCCCGAAGTAAAA--CTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTTG--TAGCTTACAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCC----------CC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAcatggccata
gi|7                          :                                                                                                          AAT--CTC---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTTG--TAGCTTGCAC-ACTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCTAATGTAACTGAATTTAACTCCGCACCCCCCC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAa
gi|8                          :                                                    CTCT--AAACTAAA-T-CCC----GACCTTTTAT-CTCC--TCTTCCCAAAGT-AAA--CTGTCCCCTCTCA----ACT------TAA---ACCATGAC---TTCA--CAGCTGGT-C-TCTA-CAAA-GTAAACTGACcatgggcgtacatatgctg
gi|9                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTT----GACTTAACAT-CT-C--GCCTGCAAAAGTCCAA--C-----------A----GCTC-----TAAAATA----AAA---CTCATCTAGCTCGC--------CCAAGGTAAGCTGAC


blockSeqs                     :                                                        CG        AA  T TCTG        C T  C AT  T C          AAA  GTCCCCTCTCA       GACTTT   AAT CCAT   AAACTT TC          A    G    G              AATGTAACTGA      CTCCGCACCCCCCCC      A ACCCCAA  T
blockSeqs                     :                                                        .         CA  A .           A .  . .   T T          A    GATCAG            A        .   CT     CTT    .           .    .    .              A                CTCCAT               C .        T
blockSeqs                     :                                                        .         G   T .           A .  . .   A C          A    CA                C        .   .      CTT    .           .    .    .              A                CTCCCC               A .        A
blockSeqs                     :                                                        .         A   C .           A .  . .   C G          A    GA                .        .   .      CCT    .           .    .    .              C                CTCCC                A .        T
blockSeqs                     :                                                        .         A   T .           C .  . .   C G          A    GA                .        .   .      CAC    .           .    .    .              C                CTCCT                C .        T
blockSeqs                     :                                                        .         A   A .           C .  . .   A C          T    AA                .        .   .      CTT    .           .    .    .              A                CTCCC                A .        T
blockSeqs                     :                                                        .         A   T .           A .  . .   T T          A    GA                .        .   .      CTT    .           .    .    .              C                CTCCC                A .        T
blockSeqs                     :                                                        .         T   C .           A .  . .   A C          A    GA                .        .   .      CTT    .           .    .    .              C                CTCCC                T .        T
blockSeqs                     :                                                                  A   T .           A .  . .   T C          .    CA                .        .   .      CTT    .           .    .    .              C                CTCCC                C .        T
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blockSeqCons                  :                                                                                                            A**                                        CTT***
originalCons                  :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CT-C--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTG---------A----GCT------TAA---A----AAC---CTCG--TAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
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consensus                     :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CTC--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTGA----GCT------TAA---AAAC---CT--TGTAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
Reference ( family-642 )      :                                                  AACTAT--AAACTAAA-A-CTC----GTCTTAACAT-CTC--GCNTCCCGAAGTAAAA--CTGA----GCT------TAA---AAAC---CT--TGTAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCCCC-------ATTTTGATGCGCA
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gi|1                          :                        gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcAAGTAGA-G-CTCTCTGATCTTAAC-C-CTCATGCTTCTCGAAGTA-----TTCT----CCT------TAA---AAAT---CT--TGTAGTTTTCAC-TCTT-CCAA-TTTAGGTGACAGCT----------ACTTTATCT----------CC-CCgagctctctgatcttaaccctcatgcttctcgaagtattctccttaaaaatcttgtagttttcactcttccaatttaggtgacagctactttatctccccctgaattggtttggatctgggcgtacatg
gi|10                         :                                             gttttaacctttcaactttccaaaatactctcctcaaactaaaactcgtctttacatctcgcaatccgA----GTT------TAA---AAAC---CT--TGTAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCA----------AATTTATCT----------CC-CCctgaattggtttggatctgggcgtacatg
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gi|16                         :                                                                                                                  gctctCT------TAA---AAAC----T--TATAGCTTGCAC-CCTT-CTTA-TGGTGGTGACAGCT----------------TCT----------CCATCTCCCAC-------ATTTTGATGCGCAatatatgacc
gi|17                         :                                                                                                                   aactcT------TAA---AAAC---GT---GTAGCTTACAT-CCTT-CTTA-TTAAGGTGACAGCT----------CCTCTAT----------------CTCGCCC-------ATTTTGATGCGTAtatgt
gi|18                         :                                                                                                                     tctT------TAA---AAAC----T--CGTATCTTGCAC-CCAT-CTTA-TTATCGTGACAGCT----------CCTTAAT----------------CTCCCAC-------ATTTTGATGCtatgtgc
gi|19                         :                                                                                                                  aactctT------TAA---AAAT----T--CGCAGCTTGCAC--CCG-CTAA-TTGCCGTGACAGCT----------CGTCAAT----------------CTCTCAC-------ATTTTGATGCatatatg
gi|2                          :                                               ctaactctT--ATACTAAA---CAC----GTCTTAACCT-CCC--GCTTTCCAAAGTAata
gi|2                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTC----ATATTAACAC-CCC--GCATCCCGAAGTAAAAAACTGA----GCT------TAA---AAAC---CC--TGTAGCTTGAAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTTACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCTCCGTT-------GTTTTGttctccctaaactaaaactcatattaacaccccgcatcccgaagtaaaaaactgagcttaaaaaccctgtagcttgaactcttccaattaaggttacagctaatttatctcccctccgttgttttggacctgga
gi|20                         :                                                                           tatactaaacacgtcttaacctcccgctttccaaagtattctcccT------TCA---AAAC----T--TGTAGCTTGCAC-TTTT-CCTA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-CCgacctgga
gi|21                         :                                                                                                                             tctAA---AAAA---CG--TGTGGCTTACAC-TCCT-CCAA-AAAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT----------CC-Caatatt
gi|3                          :                                                       T--AAACTAAA-AACCC----GTCTTTCCAT-ATT--GCCTGCCTAAGTAAAA--CT------CCC------TAAACTAAACA--CT--TG--GCTTA-ACATCTCGCCTG-CCAAAGTAA-AACT----------AATCT
gi|3                          :                                                    cccT--AAACTAAACA-CTT----GGCTTAACAT-CTC--GCCTGCCAAAGTAAAA--CTAA----TCTGACTTTTAA---AA-----CT--TGTAGCTT-CAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACTACT----------AATTTAT----------------CTCCCCC-------ATATTGATGCgacttttaaaacttgtagcttcactcttccaattaaggtgactactaatttatctcccccatattgatgc
gi|4                          : ccctaaactaaaaacccgtctttccatattgcctgcctaagtaaaactcccCTATCGAAACTAAA-A-C-A----GACTTTCTCT-GTC--GCATCCCGAAGTAAAA--CTGATCAGACTA-----TAA---AAAC---GT---GTAGCTTGCAT-CCTT-CCAA-TCAAGGTGACAGCT----------AATTTATCT-----------------CCCC-------ATTTTGACGCGTA
gi|5                          :                                     ccctccatattttccaaagtattACTAAA-A-CAC----ATCTTAACCTTCCC--TCTTTCCAAAGTATT---CTGA----GCT------TAA---TAAA---CT--TGTAGCTTGCAC-TCTT-CCAA-TTATGGTGACAGCT----------AATTTATCTC---------CC-CCTCCCCCACCCCAAATATTGATGTGCA
gi|6                          :                                         cccatccatAATTAT--AAAC--AA-A-CTC----GTCTTAACAT-CTC--GCATCCCGAAGTAAAA--CTGA----GCT------TAA---AAAC---CT--TGTAGCTTACAC-TCTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCT----------AATTTATCC----------CC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAcatggccata
gi|7                          :                                                                                                         AAT--CTCA----GCT------TAA---AAAC---CT--TGTAGCTTGCAC-ACTT-CCAA-TTAAGGTGACAGCTAATGTAACTGAATTTAACTCCGCACCCCCCC-CCCCCCCC-------ATATTGATGCGCAa
gi|9                          :                                                       T--AAACTAAA-A-CTT----GACTTAACAT-CTC--GCCTGCAAAAGTCCAA--C--A----GCTC-----TAAAATAAAA---CTCATCTAGCTCGC--------CCAAGGTAAGCTGACcatgggcgtacatatgctg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTCTAAACTAAATCCCGACCTTTTATCTCCTCTTCCCAAAGTAAACTGTCCCCTCTCAACTTAAACCATGACTTCACAGCTGGTCTCTACAAAGTAAACTGAC