lowQualScore : 111 11111111 55555555555555555555555555555 1111 33333333 11
lowQualScore : 3 0 1 1 1 6666666 000 55 99999999 1 1 00000000000000000000000000000 1 0000 1 66 7 1 88 2 666 2 11111111 44 77
lowQualScore : . . . . . ....... ... .. ........ . . ............................. . .... . .. . . .. . ... . ........ .. ..
lowQualScore : 9 5 9 9 7 7777777 222 99 22222222 7 7 66666666666666666666666666666 6 2222 7 33 7 9 11 0 222 0 66666666 22 66
consensus : GGGGATTTT-TTT-CTTA-CATT------A---G--GG-----A--AA-A-A--------------C----NTA---G---T-TTTGGGGAGGGGAAT-GGGGCCGAACTT-CGG-CC-CC---AA-AAAAGG--GGA--AAAAAT-ACAC
Reference ( gi|14 ) : GAGGATTTT-TTT-CTTA-CATT------A---G--GG-----A--AA-A-A--------------C----TTA---G---T-TTTGGGGAGGGGAAT-GGGGTTGAAATT-TGG-TC-CC---AA-ATAAGGCTGGA--AAAAAT-ACAC
gi|32 : GGGGATTTT-TTT-CTTA-CATT------AGT-G--GG-----A--AA-A-A--------------A----TGT---G---T-TTTGGGGAGGGTAA
gi|22 : gaGGGGATGTT-TTC-CTTA-CATT------A---G--GG-----G--A-------------------------T----G---T-ATTGGG-AGGGGAAC-AGGACTGCACTT-CAG-CC-CC---AA-ATAGGG
gi|10 : aGGGGAATTT-TTT-CTTA-CATT------AAT-G--GG-----G--GC-A-A--------------T----ATAC--G---T-TTTGGCTAAGGGAAT-TGTGTCAAACTT-TTG--A-CC---AA-A-AAGGAAAGA--AAACA--ACACagcaaaataac
gi|15 : tttgcGAGGAATTT-TT--CTTG-CATT------A---G--GG-----G--AA-A-A--------------A----ATATCTG---T-TTTGACTTGAAGAAT-GTGGTCGAATTT-CAG-CC-CCCT-AA-ACA------GA--AAAAGA-ACACtga
gi|11 : aGGGGATTTT-TTT---TA-CATA------A---G--GG-----A--AA-A-A--------------A-----TA---------TTTGTACAGGGGAAT-AAGGCCAAAATT-C-A-TC-CCACAAA-AAAAGGa
gi|19 : aattttgaGGGGAATTT-TTT-CTTC-CATA------A---G--GG-------------------------------------------------GCAAGGAGAAC-GGGGTCAAATTT-TAG-CC-CT---AACATGGGGTAGGA--AAAAA--ACACgccacaaggat
gi|16 : tgaGGGGATTTT-TTTTCTTA-GAA-------A---G--GGGAA--A--AA-A-A--------------C----ATA---T---TATTTTAGGAGGGGAAT-GGGtga
gi|21 : tttatttttgttttcgaGGATTTTTTTT-CTTACCATA------A---G--AG-----A--AA-A-A--------------C----AT----G---T-TTTAGGTGGGGAAAT--GGGTCGAATTT-TGG-ccaaaaatcgaccaaa
gi|28 : GAATTT-TTT-CT-A-CATT------AAG-G--GG-----G--AA-A-A--------------C----TT----G---T-TTT-GTTACGGGAGT-GGGG-TGTAACT-TAG-GC-CC---AA-AAAActgcttaaaagggtccaaaa
gi|25 : ATTTT-TTT-CTTA-CATT------A---G--GG-----G--AA-A-A--------------CACATTTA-------T-ATT--GGAGGGAAAT-GGG---GAACTT-CGG-CC-CA---AA-ATAGAGT---A--AAAAA
gi|2 : aATTCT-TTT-CTGA-CATT------T---G--GGGAA--A--AA-A-A--------------C----ATA---T---T-TTTGGA-AGGGGAAT-TGGGCCAAACTA-TGG-TG-TT---AA-CTAAGGGTGCA--AAAA
gi|29 : aacactgttcaaaacagttttctgagaggaaattccaTTT-TTT-CATA-AATT------A---G--GGGGA--A--AA-A-A--------------C----ATG---T---T-TTTATGGGGGGGAAT-GAAGCCAAAAca
gi|31 : TTC-TTT-CATA-AATA------A---G--GGGG---A--AA-A-A---------------------G---G---T-TTTTAGAAGGGGAAT-GGGGCCGAAAatggcaaaaa
gi|4 : TT-TTT-CTTA-CGTTTACGAAA---A--AT-----A--AA-A-A--------------C----TT----------TTTGGCAAGAGGAAT-GGGGCTGACTAC-TGG-TC-CC---CA-AAAGGGTTGAA--CAAAA--ACAC
gi|13 : taaatttatggggaattggggaaT-TTT-CATA-CATT------A---GT-GG-----ATAAA-A-A--------------C----ATAC--A---T-TATGGGGAGAGGAAT-GAAGCCAAAATT-CGACTC-CC---CA-AAAAAAC--GATTAAAAATAACACtg
gi|7 : T-TTT-CTTA-CATA------A---GA-GG-----A--AAAA-A--------------C----AT----G---T-TTTGGCAAGGGAAATGGGGGTCGAGGTT-AGG-ACTCC---AA-A-AAGtg
gi|17 : taattttgagggtacggT-TTT-CTCA-CATT------A---G--GGGGAAAA--AA-A-A--------------CA---TTA-----------TGGGAGTGGGAAT-GGGCT--AAACTACCG-CC-CC---AA-AAAAGG--GGA--AAAAagggactaacaatgacata
gi|20 : caaggggaT-TTT-CCTA-CAGT------A---C--GT-----A--AA-ACA--------------C----TTT---GCTTT-TTT----AGGGGAAT-GGGTGCGAACTT-CGG-GC-CC---AA-A-AAGG-------AAAAAT-cac
gi|5 : c-TTT-CTTG-TATC------A---GTGGG-----A--AA-A-ATACA----------C----ATATATG---T-TTTTAGGAGGGG-AT-TAGGCTGAACTT-TGG-CC-TC---AA-AAAGGGC--AA--AAGAAT--CACagcactg
gi|8 : c-TTT-CTTA-TATA------T---G--GG-----C--AA-A-A--------------C----AT----G---T-TTTTGGGAGGAGAAT-TGAGCCAGACTT-TGG-CT-TC---AA-A-AA---TGAA--AAAAAtcgctaatagactactatttca
gi|30 : -TTT-CTTA-TATA------A---G--TGC----AT-AA-A-A--------------C----CCAT--G---T-TTTGGTGAGGGGAAA-AGAGCCAAATTT-CGA-CC-CC---AA-Aataaataaaccccactgaaaactgtattcca
gi|24 : TTA-TATT------ATGTG--AA-----A--AA-A-A--------------CA---TTC---A---T-TTTCGAGAGGGGAAT-GTAACTGATCTT-TGG-CC-CC---CA-AAAA----GGA--AAATAT-ATACa
gi|1 : TTA-CATT------A---A--TG-----A--AA-A-AAAAAACAATTTTTTT----TTAT--G---A-TTTGACAAGGGAAAT-GGGGTCGAACCT-TGG-CA-CC---AA-AAAAGG--GGA--CAAt
gi|12 : attttttttttttaatttttaggggggaattcataa---G---T-TTTTGTGAGGGGAAT-GAGGTTATACTT-TGG-CC-CC---AA-AAAAGGtcactgcttaacaacaacacaa
gi|33 : tttctttatgttttgacagtaaaaagcatacagtat---T-TTTGG--AGGGGAAT-GGGATCAAAATT-CGG-CC-CC---AA-Aaccaaaaggaaac
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATATTTTCTTTTTAGTTTTGAGGGGAATTTTTACTAATATAAGCTTGAGAGAAAAAAAACGCTGTAAATTTTATTTCATGTTTAGGCAAGGTAAATGGGGCCAAACTTACCAAAAAA
Unaligned ( gi|6 ): GACAACTTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTTAGGGGAATAAATCTGACCTTAGGGGGGGAAAAAACATACTATTCTGAGACAGGAATCATGGGGCCAAATTTCGCCGAA
Unaligned ( gi|9 ): TTTTTGAAGGAATTAATTCTCACATTAAAGGGGAAAAAACCATGTTTTTGGGAATGACATGTGATTAAGTTTCACCCCCATAAAAGGTAAATAATAAACAC
Unaligned ( gi|18 ): GTGGAATTTTTTCTTGCATGCAGGGGAAAATACATGCATGTTGGCTAAGGAATGAAGCTCAACTTCGGCCCTCCAAGAGGTAAAAAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTTTTCCTATAAATTGAATTGGGGGGAAAACATGTATTTGGGAAGGGAATGCCCCCAAAAATGCAAAAAAAGCACCACACA
Unaligned ( gi|26 ): AAACAATTTTTTTTATTTATTTTATTTTTTGAGGGGAATTTTTCTGACATTAGGAGAAAAAAACATACTTTTTTGA
Unaligned ( gi|27 ): TTCAGAGATTCTTTTTCTTACACTGAGGAAAAAAACATGTTATTGCATGGGGAATGGGACTGACCAGACAA
Unaligned ( gi|34 ): TAGAGAGGAATTGTTTCTTGCATTAGGGGGAAAAAACATATGATTTG
Unaligned ( gi|35 ): AAACAATATTTGTAAAAAAACATTTAATTTTTAGGGGATTTC
Alignments
lowQualScore : 111 22222 3333333333333 1
lowQualScore : 0 2 3 1 33 111 33 222 11111 33 1 4444 2 1111111111111 1 222 7777 1 11 1 11 0 3 1 1 1 0 55555 66 0
lowQualScore : . . . . .. ... .. ... ..... .. . .... . ............. . ... .... . .. . .. . . . . . . ..... .. .
lowQualScore : 8 1 2 4 33 000 33 444 77777 33 4 8888 0 6666666666666 2 222 5555 3 88 4 99 3 2 6 7 2 7 11111 55 9
consensus : GGGGATT-TT-TTTCTTA-CAT--TA---G--G---G-----A--AAA-A----CAT--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
Reference ( family-629 ) : GGGGATT-TT-TTTCTTA-CAT--TA---G--G---G-----A--AAA-A----CNT--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
gi|1 : -T---TTGACAAG-GGAA--AT-GGGGTCGA--ACCTTGG-C-AC-CAAAAAAGG--G--GA--CAA
gi|10 : attttttttttttaatttttaggggggaattcataattacattaatgaaaaaaaaaacaatttttttttatgaGGGGAAT-TT-TTTCTTA-CAT--TAAT-G--G---G-----G--GCA-A----TAT--AC-----G---T-T---TTGGCTAA-GGGA--AT-TGTGTCAA--ACTTTTG-A-CC---AAAAAGG--A--AA--GAAAACAACACtcactgcttaacaacaacacaa
gi|11 : tttgcGGGGATT-TT-TTT--TA-CAT--AA---G--G---G-----A--AAA-A-----AT--A------------T---TTGTACAG-GGGA--AT-AAGGCCAA--AATTCAT-C-CCACAAAAAAAG--G--Gtga
gi|12 : aattttgaTTTTGA-CAG--TA----------------A--AAA-G----CAT--ACAGTATG---T-T---TTTGTGAG-GGGA--AT-GAGGTTAT--ACTTTGG-C-CC-CAAAAAAGG--ccacaaggat
gi|13 : tttctttatgT-TTTCATA-CAT--TA---GT-G---G-----ATAAAA-A----CAT--AC-----A---T-T---ATGGGGAG-AGGA--AT-GAAGCCAA--AATTCGA-CTCC-CCAAAAAAA--C--GATTAAAAATAACACaccaaaaggaaac
gi|14 : GAGGATT-TT-TTTCTTA-CAT--TA---G--G---G-----A--AAA-A----CTT--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGTTGA--AATTTGG-T-CC-CAAATAAGGCTG--GA--AAAAAT-ACACtg
gi|15 : -TT-TTTCTTG-CAT--TA---G--G---G-----G--AAA-A----AAT--ATCT---G---T-T---TTGACTTG-AAGA--AT-GTGGTCGA--ATTTCAG-C-CC-CCTAAACAG--A--AA--AAGAAC-ACA
gi|16 : agaggaaGGGGATT-TTTTTTCTTA-GA---AA---G--G---GGAA--A--AAA-A----CAT--A------T---TAT---TTTAGGAG-GGGA--AT--GGGCCAA--AAATCGA-C-C
gi|17 : tttatttttgttttcgaGGGGATT-TT----CTCA-CAT--TA---G--G---GGGAAAA--AAA-A----CAT--T------A---T--------GGGAGTGGGA--AT-GGG-CTAA--ACTACCG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAaaa
gi|18 : caaGGAAT-TT-TTTCTTG-CATG-CA---G--G---G-----G--AAA-A----TAC--ATGC---A---T-G---TTGGCTAA-GG-A--AT-GAAGCTCA--ACTTCGG-C-CC-TCCAAGAGG--T--AA--AAAAAcac
gi|2 : gtATT-CT-TTTCTGA-CAT--TT---G--G---GGAA--A--AAA-A----CAT--A------T---T-T---TTGGA-AG-GGGA--AT-TGGGCCAA--ACTATGG-T-GT-TAACTAAGG--GT-GC--AAAAAC-
gi|20 : aacactgttcaaaacagttttctgagaggaaattccaT-TTTCCTA-CAG--TA---C--G---T-----A--AAACA----CTT--T------GCTTT-T---TT----AG-GGGA--AT-GGGTGCGA--ACTTCGG-G-CC-CAAAAA-----G--GA--AAAA
gi|21 : cGGATT-TTTTTTCTTACCAT--AA---G--A---G-----A--AAA-A----CAT---------G---T-T---TTAGGTGG-GGAA--AT--GGGTCGA--ATTTTGG-C-TG-CTTAAAAGG--G--taagcactg
gi|22 : GGGGATG-TT-TTCCTTA-CAT--TA---G--G---G-----G--A----------T---------G---T-A---TTGGG-AG-GGGA--AC-AGGACTGC--ACTTCAG-C-CC-CAAATAGGG--A--GC--AAAAtccaaaa
gi|24 : aTTA-TAT--TATGTG--A---A-----A--AAA-A----CATTCA----------T-T---TTCGAGAG-GGGA--AT-GTAACTGA--TCTTTGG-C-CC-CCAAAAA----G--GA--AAATAT-ATACtaac
gi|25 : ATT-TT-TTTCTTA-CAT--TA---G--G---G-----G--AAA-A----CAC--A------T---T-TATATT--GGAG-GGAA--AT-GGG---GA--ACTTCGG---CC-CAAAATAGA--G--TA--AAAAAt
gi|26 : aGGGGAAT-TT-TT-CTGA-CAT--TA---G--GAGAA-----A--AAA-A----CAT--A------C---T-T---TT
gi|27 : aaacaattttttttatttattttattttttgaGAGATTCTT-TTTCTTA-CAC--TG---A--G---GAA---A--AAA-A----CAT---------G---T-T---ATTGCATG-GGGA--AT-GGGACTGA--ttga
gi|28 : ttcaGAAT-TT-TTTCT-A-CAT--TAAG-G--G---G-----G--AAA-A----CTT---------G---T-T---TT-GTTAC-GGGA--GT-GGGGTGTA--ACTTAGG-C-CC-AAAAAAccagacaa
gi|29 : T-TT-TTTCATA-AAT--TA---G--G---GGGA--A--AAA-A----CAT--G------T---T-T---TTATGGGG-GGGA--AT-GAAGCCAA--A
gi|3 : ------G---T-T---TAGGCAAG-GTAA--AT-GGGGCCAA--ACTT------AC-CAAAAAAaatggcaaaaa
gi|30 : atattttctttttagttttgaggggaatttttactaatataagcttgagagaaaaaaaacgctgtaaattttatttcat-TTTCTTA-TAT--AA---G--T---GC----AT-AAA-A----CCC--AT-----G---T-T---TTGGTGAG-GGGA--AA-AGAGCCAA--ATTTCGA-C-CC-CAAAA
gi|31 : T-TC-TTTCATA-AAT--AA---G--G---GGG---A--AAA-A---------G------G---T-T---TTTAGAAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--A
gi|32 : GGGGATT-TT-TTTCTTA-CAT--TAGTGG--G---A-----A--AAA-A----TGT---------G---T-T---TTGGGGAG-GGTA--Aa
gi|33 : ga---T-T---TTGG--AG-GGGA--AT-GGGATCAA--AATTCGG-C-CC-CAAAAA
gi|34 : tGAGGAAT-TG-TTTCTTG-CAT--TA---G--G---GGGA--A--AAA-A----CAT--AT-----G---A-T---TTGcagccccaaaagg
gi|4 : tagaGGGGAAT-TT-TT-CTTA-CGT--TT---A--C---G-----A--AAA-A----TAA--A------AACTT-T---TTGGCAAG-AGGA--AT-GGGGCTGACTACT--GGTC-CC-C--AAAAGG--GTTGA--ACAAAA-ACAC
gi|5 : taaatttatggggaatt-TTTCTTG-TAT--CA---GTGG---G-----A--AAA-ATACACAT--ATAT---G---T-T---TTTAGGAG-GGG---AT-TAGGCTGA--ACTTTGG-C-CT-CAAAAAGGG--C--AA--AAGAAT--CACtg
gi|6 : cTCTGA-CCT--TA---G--G---GGGGGAA--AAA-A----CAT--ACT----A---T-T---CTGAGACA-GGAATCAT-GGGGCCAA--ATTTCGtcgctaatagactactatttca
gi|7 : gacaactttatttatttatttttttttttttaggggaataaaT-TTTCTTA-CATAAGA---G--G---A-----A--AAA-A----CAT---------G---T-T---TTGGCAAG-GGAA--ATGGGGGTCGA--GGTTAGGAC-TC-CAAAAAGAG--G--GACTAACAATGACAccgaa
gi|8 : taattttgagggtacgg-TTTCTTA-TAT--AT---G--G---G-----C--AAA-A----CAT---------G---T-T---TTTGGGAG-GAGA--AT-TGAGCCAG--ACTTTGG-C-TT-C-AAAAATG--A--AA--AAAAAT-ta
gi|9 : TTCTCA-CAT--TAAAGG--G---G-----A--AAA-AAC--CAT--G------T---T-T---TTG-GGAA-TGAC--AT-GTGATTAA--GTTTCAC-C-CC-CATAAAA-G--G--TA--AATAAT-AAACaataaaccccactgaaaactgtattcca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGAGGGGAATTTTTTCTTCCATAAGGGGCAAGGAGAACGGGGTCAAATTTTAGCCCTAACATGGGGTAGGAAAAAAACACTGA
Unaligned ( gi|23 ): TTTTTCCTATAAATTGAATTGGGGGGAAAACATGTATTTGGGAAGGGAATGCCCCCAAAAATGCAAAAAAAGCACCACACA
Unaligned ( gi|35 ): AAACAATATTTGTAAAAAAACATTTAATTTTTAGGGGATTTC
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 3333333333333 1
lowQualScore : 1 1 3 1 1 33 111111 44 222 88888 33 1 77777 555555555 1111111111111 1 222 6666 1 11 1 11 0 3 1 1 1 1 55555 66 0
lowQualScore : . . . . . .. ...... .. ... ..... .. . ..... ......... ............. . ... .... . .. . .. . . . . . . ..... .. .
lowQualScore : 7 9 0 3 3 11 888888 44 333 55555 11 3 55555 000000000 7777777777777 2 111 8888 3 88 3 88 9 1 5 6 7 4 66666 11 9
consensus : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------T--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
Reference ( family-629 ) : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------T--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
gi|1 : GGGGAAT-TC-ATAAT-TA-CAT--TA------A--T---G-----A--AAA-AAAAAACAATTTTTTTTT--AT-----G---A-T---TTGACAAG-GGAA--AT-GGGGTCGA--ACCTTGG-C-AC-CAAAAAAGG--G--GA--CAA
gi|10 : attttttttttttaatttttaggGGGGAAT-TT-TTTCT-TA-CAT--TAAT----G--G---G-----G--GCA-A-----TA---------T--AC-----G---T-T---TTGGCTAA-GGGA--AT-TGTGTCAA--ACTTTTG-A-CC---AAAAAGG--A--AA--GAAAACAACACtcactgcttaacaacaacacaa
gi|11 : tttgcGGGGATT-TT-TTT---TA-CAT--AA------G--G---G-----A--AAA-A------A---------T--A------------T---TTGTACAG-GGGA--AT-AAGGCCAA--AATTCAT-C-CCACAAAAAAAG--G--Gtga
gi|12 : aattttgaTTTT-GA-CAG--TA-------------------A--AAA-G-----CA---------T--ACAGTATG---T-T---TTTGTGAG-GGGA--AT-GAGGTTAT--ACTTTGG-C-CC-CAAAAAAGG--ccacaaggat
gi|13 : tttctttatgT-TTTCA-TA-CAT--TA------GT-G---G-----ATAAAA-A-----CA---------T--AC-----A---T-T---ATGGGGAG-AGGA--AT-GAAGCCAA--AATTCGA-CTCC-CCAAAAAAA--C--GATTAAAAATAACACaccaaaaggaaac
gi|14 : GAGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CT---------T--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGTTGA--AATTTGG-T-CC-CAAATAAGGCTG--GA--AAAAAT-ACACtg
gi|15 : -TT-TTTCT-TG-CAT--TA------G--G---G-----G--AAA-A-----AA---------T--ATCT---G---T-T---TTGACTTG-AAGA--AT-GTGGTCGA--ATTTCAG-C-CC-CCTAAACAG--A--AA--AAGAAC-ACA
gi|16 : agaggaaGGGGATT-TTTTTTCT-TA-GA---AA------G--G---GGAA--A--AAA-A-----CA---------T--A------T---TAT---TTTAGGAG-GGGA--AT--GGGCCAA--AAATCGA-C-C
gi|17 : tttatttttgttttcgaGGGGATT-TT----CT-CA-CAT--TA------G--G---GGGAAAA--AAA-A-----CA---------T--T------A---T--------GGGAGTGGGA--AT-GGG-CTAA--ACTACCG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAaaa
gi|18 : caaGGAAT-TT-TTTCT-TG-CATG-CA------G--G---G-----G--AAA-A-----TA---------C--ATGC---A---T-G---TTGGCTAA-GG-A--AT-GAAGCTCA--ACTTCGG-C-CC-TCCAAGAGG--T--AA--AAAAAcac
gi|2 : gtATT-CT-TTTCT-GA-CAT--TT------G--G---GGAA--A--AAA-A-----CA---------T--A------T---T-T---TTGGA-AG-GGGA--AT-TGGGCCAA--ACTATGG-T-GT-TAACTAAGG--GT-GC--AAAAAC-
gi|20 : aacactgttcaaaacagttttctgagaggaaattccaT-TTTCC-TA-CAG--TA------C--G---T-----A--AAACA-----CT---------T--T------GCTTT-T---TT----AG-GGGA--AT-GGGTGCGA--ACTTCGG-G-CC-CAAAAA-----G--GA--AAAA
gi|21 : cGGATT-TTTTTTCT-TACCAT--AA------G--A---G-----A--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---TTAGGTGG-GGAA--AT--GGGTCGA--ATTTTGG-C-TG-CTTAAAAGG--G--taagcactg
gi|22 : GGGGATG-TT-TTCCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----G--A--------------------T---------G---T-A---TTGGG-AG-GGGA--AC-AGGACTGC--ACTTCAG-C-CC-CAAATAGGG--A--GC--AAAAtccaaaa
gi|23 : aT-TT-TTCCTATA-AAT--TGAATTGGG--G---G-----G--AAA-A-----CA---------T---------G---T-A---TTTGGGAA-GGGA--AT-----------------G-C-CC-CCAAAAATG--C--AA--AAAAAtaac
gi|24 : T-TA-TAT--TATGT---G--A---A-----A--AAA-A-----CA---------TTCA----------T-T---TTCGAGAG-GGGA--AT-GTAACTGA--TCTTTGG-C-CC-CCAAAAA----G--GA--AAATAT-ATACgcaccacaca
gi|25 : ATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----G--AAA-A-----CA---------C--A------T---T-TATATT--GGAG-GGAA--AT-GGG---GA--ACTTCGG---CC-CAAAATAGA--G--TA--AAAAAt
gi|26 : aGGGGAAT-TT-TT-CT-GA-CAT--TA------G--GAGAA-----A--AAA-A-----CA---------T--A------C---T-T---TT
gi|27 : aaacaattttttttatttattttattttttgaGAGATTCTT-TTTCT-TA-CAC--TG------A--G---GAA---A--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---ATTGCATG-GGGA--AT-GGGACTGA--ttga
gi|28 : ttcaGAAT-TT-TTTCT--A-CAT--TAAG----G--G---G-----G--AAA-A-----C----------T--T------G---T-T---TT-GTTAC-GGGA--GT-GGGGTGTA--ACTTAGG-C-CC-AAAAAAccagacaa
gi|29 : T-TT-TTTCA-TA-AAT--TA------G--G---GGGA--A--AAA-A-----CA---------T--G------T---T-T---TTATGGGG-GGGA--AT-GAAGCCAA--A
gi|3 : -----CA---------T---------G---T-T---TAGGCAAG-GTAA--AT-GGGGCCAA--ACTT------AC-CAAAAAAaatggcaaaaa
gi|30 : atattttctttttagttttgaggggaatttttactaatataagcttgagagaaaaaaaacgctgtaaattttattt-TTTCT-TA-TAT--AA------G--T---GC----AT-AAA-A-----CC---------C--AT-----G---T-T---TTGGTGAG-GGGA--AA-AGAGCCAA--ATTTCGA-C-CC-CAAAA
gi|31 : T-TC-TTTCA-TA-AAT--AA------G--G---G-----G--GAA-A-----AA------------G------G---T-T---TTTAGAAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--A
gi|32 : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------GT-G---G-----G--AAA-A-----AA---------T--GT-----G---T-T---TTGGGGAG-GGTA--Aa
gi|33 : ga---T-T---TTGG--AG-GGGA--AT-GGGATCAA--AATTCGG-C-CC-CAAAAA
gi|34 : tGAGGAAT-TG-TTTCT-TG-CAT--TA------G--G---GGGA--A--AAA-A-----CA---------T--AT-----G---A-T---TTGcagccccaaaagg
gi|4 : tagaGGGGAAT-TT-TT-CT-TA-CGT--TT------A--C---G-----A--AAA-A-----TA---------A--A------AACTT-T---TTGGCAAG-AGGA--AT-GGGGCTGACTACT--GGTC-CC-C--AAAAGG--GTTGA--ACAAAA-ACAC
gi|5 : taaatttatggggaatt-TTTCT-TG-TAT--CA------GTGG---G-----A--AAA-ATACA-CA---------T--ATAT---G---T-T---TTTAGGAG-GGG---AT-TAGGCTGA--ACTTTGG-C-CT-CAAAAAGGG--C--AA--AAGAAT--CACtg
gi|6 : cTCT-GA-CCT--TA------G--G---GGGGGAA--AAA-A-----CA---------T--ACT----A---T-T---CTGAGACA-GGAATCAT-GGGGCCAA--ATTTCGtcgctaatagactactatttca
gi|7 : gacaactttatttatttatttttttttttttaggggaataaaT-TTTCT-TA-CATAAGA------G--G---A-----A--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---TTGGCAAG-GGAA--ATGGGGGTCGA--GGTTAGGAC-TC-CAAAAAGAG--G--GACTAACAATGACAccgaa
gi|8 : taattttgagggtacgg-TTTCT-TA-TAT--AT------G--G---G-----C--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---TTTGGGAG-GAGA--AT-TGAGCCAG--ACTTTGG-C-TT-C-AAAAATG--A--AA--AAAAAT-ta
gi|9 : TTCT-CA-CAT--TAAAG---G--G---G-----A--AAA-AAC---CA---------T--G------T---T-T---TTG-GGAA-TGAC--AT-GTGATTAA--GTTTCAC-C-CC-CATAAAA-G--G--TA--AATAAT-AAACaataaaccccactgaaaactgtattcca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGAGGGGAATTTTTTCTTCCATAAGGGGCAAGGAGAACGGGGTCAAATTTTAGCCCTAACATGGGGTAGGAAAAAAACACTGA
Unaligned ( gi|35 ): AAACAATATTTGTAAAAAAACATTTAATTTTTAGGGGATTTC
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 3333333333333 1
lowQualScore : 1 1 3 1 1 33 111111 44 222 88888 33 1 77777 555555555 1111111111111 1 222 6666 1 11 1 11 0 3 1 1 1 1 55555 66 0
lowQualScore : . . . . . .. ...... .. ... ..... .. . ..... ......... ............. . ... .... . .. . .. . . . . . . ..... .. .
lowQualScore : 7 9 0 3 3 11 888888 44 333 55555 11 3 55555 000000000 7777777777777 2 111 8888 3 88 3 88 9 1 5 6 7 4 66666 11 9
consensus : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------T--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
Reference ( family-629 ) : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------T--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
gi|1 : GGGGAAT-TC-ATAAT-TA-CAT--TA------A--T---G-----A--AAA-AAAAAACAATTTTTTTTT--AT-----G---A-T---TTGACAAG-GGAA--AT-GGGGTCGA--ACCTTGG-C-AC-CAAAAAAGG--G--GA--CAA
gi|10 : attttttttttttaatttttaggGGGGAAT-TT-TTTCT-TA-CAT--TAAT----G--G---G-----G--GCA-A-----TA---------T--AC-----G---T-T---TTGGCTAA-GGGA--AT-TGTGTCAA--ACTTTTG-A-CC---AAAAAGG--A--AA--GAAAACAACACtcactgcttaacaacaacacaa
gi|11 : tttgcGGGGATT-TT-TTT---TA-CAT--AA------G--G---G-----A--AAA-A------A---------T--A------------T---TTGTACAG-GGGA--AT-AAGGCCAA--AATTCAT-C-CCACAAAAAAAG--G--Gtga
gi|12 : aattttgaTTTT-GA-CAG--TA-------------------A--AAA-G-----CA---------T--ACAGTATG---T-T---TTTGTGAG-GGGA--AT-GAGGTTAT--ACTTTGG-C-CC-CAAAAAAGG--ccacaaggat
gi|13 : tttctttatgT-TTTCA-TA-CAT--TA------GT-G---G-----ATAAAA-A-----CA---------T--AC-----A---T-T---ATGGGGAG-AGGA--AT-GAAGCCAA--AATTCGA-CTCC-CCAAAAAAA--C--GATTAAAAATAACACaccaaaaggaaac
gi|14 : GAGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CT---------T--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGTTGA--AATTTGG-T-CC-CAAATAAGGCTG--GA--AAAAAT-ACACtg
gi|15 : -TT-TTTCT-TG-CAT--TA------G--G---G-----G--AAA-A-----AA---------T--ATCT---G---T-T---TTGACTTG-AAGA--AT-GTGGTCGA--ATTTCAG-C-CC-CCTAAACAG--A--AA--AAGAAC-ACA
gi|16 : agaggaaGGGGATT-TTTTTTCT-TA-GA---AA------G--G---GGAA--A--AAA-A-----CA---------T--A------T---TAT---TTTAGGAG-GGGA--AT--GGGCCAA--AAATCGA-C-C
gi|17 : tttatttttgttttcgaGGGGATT-TT----CT-CA-CAT--TA------G--G---GGGAAAA--AAA-A-----CA---------T--T------A---T--------GGGAGTGGGA--AT-GGG-CTAA--ACTACCG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAaaa
gi|18 : caaGGAAT-TT-TTTCT-TG-CATG-CA------G--G---G-----G--AAA-A-----TA---------C--ATGC---A---T-G---TTGGCTAA-GG-A--AT-GAAGCTCA--ACTTCGG-C-CC-TCCAAGAGG--T--AA--AAAAAcac
gi|2 : gtATT-CT-TTTCT-GA-CAT--TT------G--G---GGAA--A--AAA-A-----CA---------T--A------T---T-T---TTGGA-AG-GGGA--AT-TGGGCCAA--ACTATGG-T-GT-TAACTAAGG--GT-GC--AAAAAC-
gi|20 : aacactgttcaaaacagttttctgagaggaaattccaT-TTTCC-TA-CAG--TA------C--G---T-----A--AAACA-----CT---------T--T------GCTTT-T---TT----AG-GGGA--AT-GGGTGCGA--ACTTCGG-G-CC-CAAAAA-----G--GA--AAAA
gi|21 : cGGATT-TTTTTTCT-TACCAT--AA------G--A---G-----A--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---TTAGGTGG-GGAA--AT--GGGTCGA--ATTTTGG-C-TG-CTTAAAAGG--G--taagcactg
gi|22 : GGGGATG-TT-TTCCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----G--A--------------------T---------G---T-A---TTGGG-AG-GGGA--AC-AGGACTGC--ACTTCAG-C-CC-CAAATAGGG--A--GC--AAAAtccaaaa
gi|23 : aT-TT-TTCCTATA-AAT--TGAATTGGG--G---G-----G--AAA-A-----CA---------T---------G---T-A---TTTGGGAA-GGGA--AT-----------------G-C-CC-CCAAAAATG--C--AA--AAAAAtaac
gi|24 : T-TA-TAT--TATGT---G--A---A-----A--AAA-A-----CA---------TTCA----------T-T---TTCGAGAG-GGGA--AT-GTAACTGA--TCTTTGG-C-CC-CCAAAAA----G--GA--AAATAT-ATACgcaccacaca
gi|25 : ATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----G--AAA-A-----CA---------C--A------T---T-TATATT--GGAG-GGAA--AT-GGG---GA--ACTTCGG---CC-CAAAATAGA--G--TA--AAAAAt
gi|26 : aGGGGAAT-TT-TT-CT-GA-CAT--TA------G--GAGAA-----A--AAA-A-----CA---------T--A------C---T-T---TT
gi|27 : aaacaattttttttatttattttattttttgaGAGATTCTT-TTTCT-TA-CAC--TG------A--G---GAA---A--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---ATTGCATG-GGGA--AT-GGGACTGA--ttga
gi|28 : ttcaGAAT-TT-TTTCT--A-CAT--TAAG----G--G---G-----G--AAA-A-----C----------T--T------G---T-T---TT-GTTAC-GGGA--GT-GGGGTGTA--ACTTAGG-C-CC-AAAAAAccagacaa
gi|29 : T-TT-TTTCA-TA-AAT--TA------G--G---GGGA--A--AAA-A-----CA---------T--G------T---T-T---TTATGGGG-GGGA--AT-GAAGCCAA--A
gi|3 : -----CA---------T---------G---T-T---TAGGCAAG-GTAA--AT-GGGGCCAA--ACTT------AC-CAAAAAAaatggcaaaaa
gi|30 : atattttctttttagttttgaggggaatttttactaatataagcttgagagaaaaaaaacgctgtaaattttattt-TTTCT-TA-TAT--AA------G--T---GC----AT-AAA-A-----CC---------C--AT-----G---T-T---TTGGTGAG-GGGA--AA-AGAGCCAA--ATTTCGA-C-CC-CAAAA
gi|31 : T-TC-TTTCA-TA-AAT--AA------G--G---G-----G--GAA-A-----AA------------G------G---T-T---TTTAGAAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--A
gi|32 : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------GT-G---G-----G--AAA-A-----AA---------T--GT-----G---T-T---TTGGGGAG-GGTA--Aa
gi|33 : ga---T-T---TTGG--AG-GGGA--AT-GGGATCAA--AATTCGG-C-CC-CAAAAA
gi|34 : tGAGGAAT-TG-TTTCT-TG-CAT--TA------G--G---GGGA--A--AAA-A-----CA---------T--AT-----G---A-T---TTGcagccccaaaagg
gi|4 : tagaGGGGAAT-TT-TT-CT-TA-CGT--TT------A--C---G-----A--AAA-A-----TA---------A--A------AACTT-T---TTGGCAAG-AGGA--AT-GGGGCTGACTACT--GGTC-CC-C--AAAAGG--GTTGA--ACAAAA-ACAC
gi|5 : taaatttatggggaatt-TTTCT-TG-TAT--CA------GTGG---G-----A--AAA-ATACA-CA---------T--ATAT---G---T-T---TTTAGGAG-GGG---AT-TAGGCTGA--ACTTTGG-C-CT-CAAAAAGGG--C--AA--AAGAAT--CACtg
gi|6 : cTCT-GA-CCT--TA------G--G---GGGGGAA--AAA-A-----CA---------T--ACT----A---T-T---CTGAGACA-GGAATCAT-GGGGCCAA--ATTTCGtcgctaatagactactatttca
gi|7 : gacaactttatttatttatttttttttttttaggggaataaaT-TTTCT-TA-CATAAGA------G--G---A-----A--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---TTGGCAAG-GGAA--ATGGGGGTCGA--GGTTAGGAC-TC-CAAAAAGAG--G--GACTAACAATGACAccgaa
gi|8 : taattttgagggtacgg-TTTCT-TA-TAT--AT------G--G---G-----C--AAA-A-----CA---------T---------G---T-T---TTTGGGAG-GAGA--AT-TGAGCCAG--ACTTTGG-C-TT-C-AAAAATG--A--AA--AAAAAT-ta
gi|9 : TTCT-CA-CAT--TAAAG---G--G---G-----A--AAA-AAC---CA---------T--G------T---T-T---TTG-GGAA-TGAC--AT-GTGATTAA--GTTTCAC-C-CC-CATAAAA-G--G--TA--AATAAT-AAACaataaaccccactgaaaactgtattcca
blockSeqs : A C T A C AA AATTGG TG AGA GGAAA TA C TACA . ACAGTATG A ATA GGCT T TC G CT T T A A G CTG TT A
blockSeqs : T . T . . G TGT T . GGGGA T . AC . ATCTG . . GTAC . . . . A . . A A GTT CT G
blockSeqs : T . . . . . AAG T . GAA . . . . ATGCA . . TGTG . . . . . . . C G GT . .
blockSeqs : T . . . . . AT . . GAA . . . . TGCTT . . GGGG . . . . . . . A A A . .
blockSeqs : T . . . . . AG . . GGA . . . . AAACT . . GGGG . . . . . . . C G G . .
blockSeqs : A . . . . . . . . GGA . . . . ATATG . . GACT . . . . . . . A A C . .
blockSeqs : T . . . . . . . . AA . . . . ACTA . . TAGG . . . . . . . C G A . .
blockSeqs : T . . . . . . . . C . . . . ACG . . GGCT . . . . . . . A G G . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . ACA . . AGGT . . . . . . . A G T . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . TCA . . TGGG . . . . . . . T G G . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . ATG . . CGAG . . . . . . . A G G .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . GTG . . TGCA . . . . . . . C T A .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . ATG . . ATGG . . . . . . . C G C .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . AG . . GGCA . . . . . . . A G G .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . AT . . GGTG . . . . . . . A G G .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . TA . . TAGA . . . . . . . A A C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AT . . GGGG . . . . . . . A T G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AT . . GGCA . . . . . . . A . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AC . . TAGG . . . . . . . A . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TG . . GAGA . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GT . . GGCA . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GG . . TGGG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GT . . GGG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . GGA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . GGG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . GTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . GGG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . G . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ***** ********* ATG**********
originalCons : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------T--A------G---T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
finalCons : GGGGATT-TT-TTTCT-TA-CAT--TA------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------TATG----------T-T---TTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGAGGGGAATTTTTTCTTCCATAAGGGGCAAGGAGAACGGGGTCAAATTTTAGCCCTAACATGGGGTAGGAAAAAAACACTGA
Unaligned ( gi|35 ): AAACAATATTTGTAAAAAAACATTTAATTTTTAGGGGATTTC
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 111111111111111111111111111111 1
lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 1 1 111111 44 222 44444 33 1 999999999999999999999999999999 3 44 1 11 1 11 0 3 1 1 1 1 55555 66 0
lowQualScore : . . . . . . . . ...... .. ... ..... .. . .............................. . .. . .. . .. . . . . . . ..... .. .
lowQualScore : 7 9 7 3 3 3 3 3 888888 44 333 55555 11 3 666666666666666666666666666666 5 55 3 88 3 88 9 1 5 6 7 4 66666 11 9
consensus : GGGGATT-T-TTTT-CT-TA-CAT-T-A------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------TA-----T--G---TTTTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
Reference ( family-629 ) : GGGGATT-T-TTTT-CT-TA-CAT-T-A------G--G---G-----A--AAA-A-----CA---------TA-----T--G---TTTTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--ACTTCGG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAAT-ACAC
gi|1 : GGGGAAT-T-CATA-AT-TA-CAT-T-A------A--T---G-----A--AAA-AAAAAACAATTTTTTTTTA-----T--G---ATTTGACAAG-GGAA--AT-GGGGTCGA--ACCTTGG-C-AC-CAAAAAAGG--G--GA--CAA
gi|10 : attttttttttttaatttttaggGGGGAAT-T-TTTT-CT-TA-CAT-T-AAT----G--G---G-----G--GCA-A-----TA---------TA-----C--G---TTTTGGCTAA-GGGA--AT-TGTGTCAA--ACTTTTG-A-CC---AAAAAGG--A--AA--GAAAACAACACtcactgcttaacaacaacacaa
gi|11 : tttgcGGGGATT-T-TTTT----TA-CAT-A-A------G--G---G-----A--AAA-A------A---------TA-----T--------TTGTACAG-GGGA--AT-AAGGCCAA--AATTCAT-C-CCACAAAAAAAG--G--Gtga
gi|12 : aattttgaTT-TT-GA-CAG-T-A-------------------A--AAA-G-----CA---------TACAGTAT--G---TTTTTGTGAG-GGGA--AT-GAGGTTAT--ACTTTGG-C-CC-CAAAAAAGG--ccacaaggat
gi|13 : tttctttatg-TTTT-CA-TA-CAT-T-A------GT-G---G-----ATAAAA-A-----CA---------TA-----C--A---TTATGGGGAG-AGGA--AT-GAAGCCAA--AATTCGA-CTCC-CCAAAAAAA--C--GATTAAAAATAACACaccaaaaggaaac
gi|14 : GAGGATT-T-TTTT-CT-TA-CAT-T-A------G--G---G-----A--AAA-A-----CT---------TA--------G---TTTTGGGGAG-GGGA--AT-GGGGTTGA--AATTTGG-T-CC-CAAATAAGGCTG--GA--AAAAAT-ACACtg
gi|15 : -T-TTTT-CT-TG-CAT-T-A------G--G---G-----G--AAA-A-----AA---------TA-----TCTG---TTTTGACTTG-AAGA--AT-GTGGTCGA--ATTTCAG-C-CC-CCTAAACAG--A--AA--AAGAAC-ACA
gi|16 : agaggaaGGGGATT-T-TTTTTCT-TA-GAA---A------G--G---GGAA--A--AAA-A-----CA---------TA-----T--T---ATTTTAGGAG-GGGA--AT--GGGCCAA--AAATCGA-C-C
gi|17 : tttatttttgttttcgaGGGGATT-T-T----CT-CA-CAT-T-A------G--G---GGGAAAA--AAA-A-----CA---------T------T--A---T----GGGAGTGGGA--AT-GGG-CTAA--ACTACCG-C-CC-CAAAAAAGG--G--GA--AAAAaaa
gi|18 : caaGGAAT-T-TTTT-CT-TG-CATGC-A------G--G---G-----G--AAA-A-----TA---------CA-----T--GCA-TGTTGGCTA--AGGA--AT-GAAGCTCA--ACTTCGG-C-CC-TCCAAGAGG--T--AA--AAAAAcac
gi|2 : gtATT-C-TTTT-CT-GA-CAT-TTG------G--G---G-----A--AAA-A-----AA---------CA-----T--A---TTTTTGGAAG-GGGA--AT-TGGGCCAA--ACTATGG-T-GT-TAACTAAGG--GT-GC--AAAAAC-
gi|20 : aacactgttcaaaacagttttctgagaggaaattcca-TTTT-CC-TA-CAG-T-A------C--G---T-----A--AAACA-----CT---------T------T--GCTTTTTT----AG-GGGA--AT-GGGTGCGA--ACTTCGG-G-CC-CAAAAA-----G--GA--AAAA
gi|21 : cGGATT-TTTTTT-CT-TACCAT-A-A------G--A---G-----A--AAA-A-----C-----------A-----T--G---TTTTAGGTGG-GGAA--AT--GGGTCGA--ATTTTGG-C-TG-CTTAAAAGG--G--taagcactg
gi|22 : GGGGATG-T-TTTC-CT-TA-CAT-T-A------G--G---G-----G--A---------------------------T--G---TATTGGG-AG-GGGA--AC-AGGACTGC--ACTTCAG-C-CC-CAAATAGGG--A--GC--AAAAtccaaaa
gi|23 : aT-T-TTTC-CTATA-AAT-T-GAATTGGG--G---G-----G--AAA-A-----CA---------TG-----T--A---TTT--GGGAA-GGGA--AT-----------------G-C-CC-CCAAAAATG--C--AA--AAAAAtaac
gi|24 : T-TA-TAT-T-ATGT---G--A---A-----A--AAA-A-----CA---------TT-----C--A---TTTTCGAGAG-GGGA--AT-GTAACTGA--TCTTTGG-C-CC-CCAAAAA----G--GA--AAATAT-ATACgcaccacaca
gi|25 : ATT-T-TTTT-CT-TA-CAT-T-A------G--G---G-----G--AAA-A-----CACATT-----TA-----T--A---TT----GGAG-GGAA--AT-GGG---GA--ACTTCGG---CC-CAAAATAGA--G--TA--AAAAAt
gi|26 : aGGGGAAT-T-TTT--CT-GA-CAT-T-A------G--GAGAA-----A--AAA-A-----CA---------TA-----C--T---TTTT
gi|27 : aaacaattttttttatttattttattttttgaGAGATTCT-TTTT-CT-TA-CAC-T-G------A--G---G-----A--AAA-A-----AA---------CA-----T--G---TTATTGCATG-GGGA--AT-GGGACTGA--tga
gi|28 : ttcaGAAT-T-TTTT-CT--A-CAT-T-AAG----G--G---G-----G--AAA-A-----C----------T------T--G---TTTT-GTTAC-GGGA--GT-GGGGTGTA--ACTTAGG-C-CC-AAAAAAccagacaa
gi|29 : T-T-TTTT-CA-TA-AAT-T-A------G--G---GGGA--A--AAA-A-----CA---------TG-----T------TTTTATGGGG-GGGA--AT-GAAGCCAA--A
gi|3 : A-----T--G---TTTAGGCAAG-GTAA--AT-GGGGCCAA--ACTT------AC-CAAAAAAaatggcaaaaa
gi|30 : atattttctttttagttttgaggggaatttttactaatataagcttgagagaaaaaaaacgctgtaaattttatttcTTT-CT-TA-TAT-A-A------G--T---GC----AT-AAA-A-----CC---------CA-----T--G---TTTTGGTGAG-GGGA--AA-AGAGCCAA--ATTTCGA-C-CC-CAAAA
gi|31 : T-T-CTTT-CA-TA-AAT-A-A------G--G---G-----G--GAA-A------A----------A-----G--G---TTTTTAGAAG-GGGA--AT-GGGGCCGA--A
gi|32 : GGGGATT-T-TTTT-CT-TA-CAT-T-A------GT-G---G-----G--AAA-A-----AA---------TG-----T--G---TTTTGGGGAG-GGTA--Aa
gi|33 : ga---TTTTGG--AG-GGGA--AT-GGGATCAA--AATTCGG-C-CC-CAAAAA
gi|34 : tGAGGAAT-T-GTTT-CT-TG-CAT-T-A------G--G---GGGA--A--AAA-A-----CA---------TA-----T--G---ATTTGcagccccaaaagg
gi|4 : tagaGGGGAAT-T-TTT--CT-TA-CGT-T-T------A--C---G-----A--AAA-A-----TA---------AAAAC--T------TTTTGGCAAG-AGGA--AT-GGGGCTGACTACT--GGTC-CC-C--AAAAGG--GTTGA--ACAAAA-ACAC
gi|5 : taaatttatggggaattTTT-CT-TG-TAT-C-A------GTGG---G-----A--AAA-A-----TACACATA---TA-----T--G---TTTTTAGGAG-GGG---AT-TAGGCTGA--ACTTTGG-C-CT-CAAAAAGGG--C--AA--AAGAAT--CACtg
gi|6 : cT-CT-GA-CCT-T-A------G--G---GGGGGAA--AAA-A-----CA---------TAC----T--A---TTCTGAGACA-GGAATCAT-GGGGCCAA--ATTTCGtcgctaatagactactatttca
gi|7 : gacaactttatttatttatttttttttttttaggggaataaa-TTTT-CT-TA-CAT-A-A------G--A---G-----G--AAA-A-----AA---------CA-----T--G---TTTTGGCAAG-GGAA--ATGGGGGTCGA--GGTTAGGAC-TC-CAAAAAGAG--G--GACTAACAATGACAccgaa
gi|8 : taattttgagggtacggTTT-CT-TA-TAT-A-T------G--G---G-----C--AAA-A-----CA---------T---------G---TTTTTGGGAG-GAGA--AT-TGAGCCAG--ACTTTGG-C-TT-C-AAAAATG--A--AA--AAAAAT-ta
gi|9 : TT-CT-CA-CAT-T-AAAG---G--G---G-----A--AAA-A-----AC---------CA-----T--G---TTTTTGGGAA-TGAC--AT-GTGATTAA--GTTTCAC-C-CC-CATAAAA-G--G--TA--AATAAT-AAACaataaaccccactgaaaactgtattcca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGAGGGGAATTTTTTCTTCCATAAGGGGCAAGGAGAACGGGGTCAAATTTTAGCCCTAACATGGGGTAGGAAAAAAACACTGA
Unaligned ( gi|35 ): AAACAATATTTGTAAAAAAACATTTAATTTTTAGGGGATTTC