lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 11 666666666666666666666666666666666666666666 444444444444444444 11 1111 4444444444444 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 88 6 4 66 4 55 3 3 333333333333333333333333333333333333333333 3 6 000000000000000000 66 3 77 666 2 2 8888 1111111111111 66666 888888 2 33333 2 2 3 2 2 2 8888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : . .. . . .. . .. . . .......................................... . . .................. .. . .. ... . . .... ............. ..... ...... . ..... . . . . . . .... ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
lowQualScore : 0 33 7 0 88 0 55 6 7 111111111111111111111111111111111111111111 3 0 000000000000000000 66 3 55 222 9 0 9999 2222222222222 44444 888888 5 55555 1 7 8 7 7 7 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATN-ATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAATT--CT-AGTTCA-----TNCA-CTAC-TACACTNC--------TTTCT-A--A-T-TGTTAACTTCATGCCTTAC------CG-C--------TATTAAAG-AACA-TGTTAAAC--TATANTGTG--ATAAGGCA---T-----A---G-A---ATT---C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G--G---AT-G---AGTTTTAAAATAAAT--TACGT------A-----C-----A--G----TAT---CAAGCT-------TCTT--CGGTAAGCACGTACNACTTTTC-----A--A--CGTTG-------TACAC-NA-CT--T-TAC-CA---CA-NTTTTAATTA--AN-N---AGA---A----G--------CT--TACATCACTAA-NTC-AGAA-AAC---GTTT-T--C-GG-AGA-AA-AC-AC-----AGCATT-CATATC---TGGCC-TG---TA------A------TTTCG-A--CCGCGCAT-TCTTTACAAAT-GCTAAAATTGACAGAT------T-TT-TATGTGGA-CTTGCCAAGA-GATT-GTA-A-T--TAC--CT---A-N--CAN----T-------TC---TT---A--N-AAAT----AGNA-T-ATTCATT-CGATTCGGTGATA--GCGATA-CTGTGT--AGNCA--CAA---T--NTAG-GT-ATTCCTA---TGNGTACCAAT-TGTNC-ACCA------CTTGTC--------G----CA-GA-------CTTGTN-TTT--AT-ATTGCTACGAG-----AGGGATTT-------CATG----CTNG--G--CCTT-TCGCCAA-N-TACACAGG-CTGA--TG-T--CATCAATGCCT---TCAATA--ATACTTCTAGATACTTGGA--CGATATACTTAATATCGAT----AATA-------TT--T-TT----TT-CACTCAAA-TGGT----AGTNA----TTN-----CTTGCCC-GATCAGCTCCAG---NTCAA-------AGT-A-NTTTCTAATTT-TGAAACCGCTTTTCTGACATACNTCTCTNAGTTAATA
Reference ( gi|2 ) : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATA-ATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAATT--CT-AGTTCA-----TTCA-TTGC-TACACTCC--------TTTCT-T--A-T-TGTTAGCTTCATGCCTTAC------CA-A--------TATTAAAT-AACA-TGTTGAAC--TATATTGTC--ATAAGGCA---T-----A---G-A---ATT---C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G--G---AT-G---CGTTTTAAAATAAAT--TACGT------A-----C-----A--G----TAT---CAAGCT-------TCTT--CAATAAGCAAGTACAACTGCTC-----A--A--CGTTG-------TACAC-AC-CT--T-TAC-CA---CAGGGTTTAATTA--AT-T---AGT---A----G--------TT--TACATCACTAT-ATC-AGAA-AAC---ATTT-T--C-AG-AGA-AA-AC-AC-----AGCATTTTATATT---TGGCC-TG---TA------A------TTTCG-C--CCATGTAT-TCTTTACAAAT-GCTAACATTGGCAGAT------T-TTCTATGTGGA-TTTGCTAAGCCGATT-GTG-A-T--TAC--CT---A-A--CAA----T-------TC---TT---A--G-AAAT----AGCA-T-ATTCATT-CGATTCGGTGATG--GTGATG-CTGTGT--AGCCA--CAA---T--TTAG-GT-ATTCCCA---TGAGTACCAAT-TATTT-ACCA------CTTGTC--------G----CA-GA-------CTTGTG-TTT--AT-ATTGCTACGAG-----AAGGATTT-------CATA----CTTG--G--CCTT-CCGTCAA-T-TACACAGT-CTGT--TG-T--CACCAATGCCT---TCAATA--ATGTTTCTAAATACTTCGA--TAATATACCTAATGTCGAT----AATA------CTT--T-TT----TT-TACTGAAA-TGGT----AGCCA----TTA-----TTTGCCCTAGTAAGCTGCAG---A-CAA-------AGTAAAGTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTTACGTACCTCTTTATGTTAATATGTTTAAACAATACTATGCAGAAAT
gi|32 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATA-ATA
gi|5 : aaaataatataaagcacgttttatagcatattctagttcattcattactacattcctaattgttaacttcttgcgttaccactattaaagaacatgtcaaactatattgtaataaggtatgcgagaatctggtattCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTC-ATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAATT--CC-AGTATA-----TGCA-CTAC-TCCCATAC--------TTTCT-T--AAG-TGTTAACTTCACGCCTTAC------CG-C--------TGTTAAAT-AGGA-TGTAAAGG--TAAAGTGTG--ATAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT---C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A--T---AT-ATTTTTTTTTTAAATAAGA--AACGT------A-----TTAGAGA--A----TAT---CAGACG-------TCTT--TGGTAAGCA
gi|20 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTACCTTGGT--TACATA-ACAACC-ATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAATT--AT-AACTTA-------CG------TATA---C--------TTTCTAA--A-T-AGTTAACGTTATGCTTTAG------GG-C--------TATTAAAG-AACA-TGATAAAC--TATACAGTG--GTAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT---C--TGGTA--TATATctatagtgttatatatttcgaataaaatattttaattaattttaacgttattgtgttacgtattttgataaaggaggtttccatcactaattcagataacgttttgcaaaaaaaaacacacaaaaacaatacggctgtgatatttattctgtacagacgctaaaatcaaagattt
gi|14 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccgA-ATAGAAAACT-ATATAAAACACGATATA-GAGTAAGTT--CT-AGTCCA---------------TGTACT----------TTCCA-A--A-T-GGGTAACTTCATGTCTTAC------CA-T--------TGTTt
gi|11 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ACA-AAAACA--CATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATT--TTTAGT-CA-----TATA-TAAT-TACCATTC--------TTTCT-A--AAG-TGTAAATTCCATACCTTAC------TG----------CATTTAATGAACA-TTGTAAAA--TCTATTGT---GT--GAC----T-----A---ACA---ATTATCC--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG--G---AT-G---AATTGTGAACCAGACAGTACGT------A-----C---------------------GACT-------TTTT----------------AAC-----------------GTTG-------TACA------T--T-CAC-CA---TACATTTCAAT-----T-T---A-----A----G--------GC--AAGATTCCTAA-TTC-AGAA-AAC---GTTTAT--C-AG-AGA-AA-AC-Acttattaaaga
gi|15 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaaat-ATA-AAACTC-ACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAATT--CT-AATTCA-----Tatacttttgt
gi|1 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacTA-AAAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAATT--CT-AATTCAGGAACTACA-T--C-TATACT-----------TTCT-T--AAT-TGTAAAACTCGTACCTTGC------TG-C--------T-TTAAGG-ATCA-TGTTTTAT--TA-ATT-TCTGATAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT---G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G--G---AT-G---AATTTTTTTATAAAC--TACGA------A-----CC----A--GACATTAT---CAATAT-------TCTT--TGATCAGCACGTAAAACC-TTT-----A--A--CCATG-------TGTAC-GT-CT-----AA-GA---CA------AAC----AT-T-----------------------TTGATACATCGTTAA-TTC-ATAA-AAC---TCTC-C--C-AC-AAACAA-AA-AT-----A--ATTGTGT-------GACC-TG---TA------A------TTTCG-A--CCGTGCAA-ACTTTATAAAT-GCTAAATTTGACATAT------TGTTTTAT----A-CTTG-------GACT----------TGC--CT---A-G--TAG----T--------------------GTAAAT--------------CATTGTGATTGAGTAAAA--GT-ATGTCTG-----AGC-A--CA----T--TGAATGT-ATTCCCA---TGTGTACCGAT-CGTAT-ACCA------CTTGTCTCA-----A----CA-GA-------TTTGTT-TTT--AT-TTTGCTATGAG-----ACATATTT-------TATG----CTTG--G--CCTT-TGGCCGA-A-TACACAGG-CTGA--CG-T--CATCATTACGT---TTTATA--ATACTTCa
gi|32 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatt-AAAATA-ATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATATT--CT-AGTTCA-----TTCA-TTAC-TACATTC------------CT-A--A-T-TGTTAACTTCTTGCGTTAC------CA-C--------TATTAAAG-AACA-TGTCAAAC--TATATTGTA--ATAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T---C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|7 : -AAAATC-ATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAATT--CT-AGTTCA-----TTCA-C--C-T----TCC--------TTTTC-TAAA-T-TGTTAACTTCATGCCTTAC------CACAATTACCACTATTAAAG-AATA-TGATAAAC--AATGCTGCC--ATAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT---C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--aata
gi|13 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacac-AAGATA-ATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAATTGAAG-AGTGCA-------CACTTGCATACACTACTAAAATATTTTCT-A--A-TCTGTTAACTCCCTGCCTTGC------CG-C--------TATTCCAG-AACA-T-T---AC---AAATTGTG--ATTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT---C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G--G---ATGG---AGTTGT-AAACGAAT--CACGTACTGG-A-----C-----A--G----TAC---CAAACA-------TTTT--TGGTAGGCAATTACGACTTTCC-----A--A--C-TT--------TAAAC-AT-CT--T-GA---A---CA-ACTTTAAATA---------------A----G--------CT--CACATCACTGA-CGC-AGAA-AAT---GTTT-G--C-AGAAGA-AG-AT-AC-----
gi|4 : tat-ATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGATT--CT-AGTACA-----TGCA-CTAC-TGTCTTAC--------TTTCTAA--A-T-TATTAACTTCGTGCCGTATG-----C-----------TATTAAAG-TACA-CGTTTAACCTTACAATG----ATAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT---C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A--G---AT-G---AAGTGTAAGATAATG--AACCTA-----A-----CTG---A--G----TGT---TATG------------T--CGGTGAACAGGCACGACT-TTT-----A--AGCCGTGA-------T-CAC-TA-CT--T-TAC-CATCGCA-TGTTTATTTA--AGAT---AAG---A----G-------------------CTA--ATTGAGGA-AAC---GTTT-G--C-AA-GGA-AA-A--AC-----A-----CTGTATTGC-TGGCC-AGTCCTAT-----A------TTTCA-A--C-----AT-TCTTTAAACAT--TTAAAA-TGACATAC------A-TT---TGTGAA-TT-----ATC--ATT-TTA-A-TCATGT--CTTTAA-A--CAA----TATCAATGTC---TT------T-ACAT----ACTG-C-ATTTACT-TGAATC-------------TG-TTGAAT--TGCC---------T--TTAG-GGAAATACCAAT-TGCGTTCCAAT-TGTGC-AAAA------CATATT--------G----CA-GA-------TTAGT--TTT--AT-ATTGCCACGTG-----GGGGGTTT-------CATG----CATG--------------------TACACAGG-CTGA--TG-C--CATCAATGCAT---TCAATA--ATACTTCTAGATACTtatact
gi|41 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagacT-AGTTCA-----TTCT-CCAC-TACAGTAC--------T--------G-T-TGTTAACATCATGCCTTAC------CA-C--------TATTAAAG-AATA-ctaacgaggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|3 : taC-TACACTGC--------CTTCT-A--AAT-TGTTAACGTCA-ACCTTAC------CG-A--------TATTAAAA-AACA-TGCTGGAT--TGTACTCGG--ATAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT---A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A--G---AT-GA--AGTTTT-GAATATAT--TACAT------A-----A-----A--T----TATGTACAAGCCAG-----TATT--CACTAGAC--------CTTCTCCGGTTAGTA--CGTTG-------TACAT-TA-CT--T-TAA-CA---C-GCATTTAGTTA--AA-A---AGA---C----A--------CT--TATATCCCTAA-TTC-AGTA-AAC---ATTT-G--G-CG-AGG-AA-A-----------------ATATTTC-TGGTT-TG---CA------A------TTTCGAC--CTA-GCAT-TTTTTATAAATAGCT----------------------------TGGA-CGTGC-AA------T-G-A-A-T--CAC---T---A-T--CAT----T-------TT---TTTTTA--A-AAAT-------A-T-ATGTATT-TAATTCGGTGAT------ACA-TTATTT--AGACA--GAT---T--GTAG-GC-ATTCCTA---TCGGTACCAA--TATTGAACCA------CTTGTC--------G----CA-G---------T-----TTT--AT-ATTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATT----CCTA--A--CCTT-TTGCAAA-T-TACGTAGG-CTGA--TA-T--TATTTATGAAT---TCATTA--ATATTTCTGAATATCTGGA--TAATACACTTTATATGG-------ATA------CTTA-TGTT----TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAG----TGA-----CTTACCCAAAACAGCTCCAG---CTCAACTCTGTTAGT---TTTTCTAATTC-TGAAACTGCTTTTCT-------CTCTCTA--TTAATAatatca
gi|30 : a--A-T-TGTTAACTCCATGTCTTACATGTACCG-C--------TATTAAAG-GACAGTCTCAAAT--T-CAATGT---ATAAGTCA---T-----ACGAG-A---CTT---C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-TA-AT-----T--G--GCCGATTG---AAATTTGAAATAAAT--TACatggttttataagtacattg
gi|24 : taacaaaatacagtaagtgcactacgaccattattgctaaTACA-----CA-T--------TATTAAA---ACA-TGTTAATA--TATATTGAG--GTAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT---T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTTG---AT-A---AATTTTAAA-TAAAT--TAC-TGACAAAA-----C-----A--A----TAC---CGAGCT-------ACTT-----TAAGCACGTTCGATTTTTT-----A--A--CTTTGAACCCTGTACAC-AA-TT--T-CGG-CA---CATATTTCATTTA--AA-C---AGA---A----G--------CT--AGCATCTCTAA-TTC-AGAA-AAtggccag
gi|23 : C--ATAATGCA---T-----AT--G-A---CCT---TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-------------------------C------AAATAAAT--TACGT------AT----C-----A--GAGACTAT---CAAGCT-------CCAT--CGACATGGTCGCACTACT-TTT-----A--A--CAATG-------CACAC-----T--A-TAT-TA---C------TAATAA--AT-A---AAT---ACAAAA--------TT--TACAGCACTATTATA-CTAA-AAT---ACTT-T--T-GC-AAA-AG-ACTACTG---AGCATTCC--------TAGCC-AG---TA------A------GTTCG-A--CCAAGCAT-TATTTACAAAT-ACCAAAATT
gi|21 : TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTA--T--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA------T--TGCGT------AT----C-----A--GAGACTAT---CAAGCT-------TCAT--CGACAAGGTCGTACTACT-TTG-----A--A--CATTG-------CACAC-TA-CA--T-TAC-AA---AAA-----AATAA--ATAC---AA----A----A--------TT--TACAGCACTAT-A---ACAA-AAC---ACTT-T--T-GC-AAA-AG-ACTACTG---AGCATTGC--------TAGCA-AA---TA------A------GTTCG-A--TCACGCAT-TATTTACAAAT-ACCAAAATCCACCGAC------A-TGCTATG
gi|9 : -A---ATT---C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G--G---AC-GA--AGTTTT-AAATACAT--GATGT------AACAAGC-----G--G----TAT---CAAG-T-------TCTT--CGATAATCACGTACTACTTTTC-----A--G--T-TTG-------TTCAC-TA-CT--T-TAC-TA---CTCATTTAAACTA--AA-A---AGA---A----GCCTACATTCT--TACATCGTTAA-TTC-AGAA-AAC---GTTT-TGCC-GG-AGA-AATAA-AC----------TTCATTTC---TCGCC-TA---TA------A------TTTTG-A--CCTTGGAT-TCTTTACAAAT-GCTAAACTTGACATAT------T-TTATAAGTGAACTTTTCAAAG--AGTTGGCA-A-A--TCT--CT---A-T--TAT----T-------TC---TT---T--T-GAAT----AACATT-CTTGATT-CGAT--GGT-ATT--GTGATA---------AGACA--CAC---T--GTAT-GT-AGTACTA---TGCGTATGAAT-TGCGC-ACCA------CTTGTC--------G----CA-GA-------CCTGTC-TTT--TT-AT---TACAAT-----AGAGATTT-------
gi|6 : atTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G--G---AT----------------AGAG--TACG-------A-----G-----AACG----TAT---TAAGCT-------TCTT--CGGTAAGCACGCACCACTTCTC-----A--C--AGATT-------TACAC-TA-TT--T-TAC-CA---TAACTTTCAATTA--AA-G---AAA---A----GT-------TT--TACATCAATAA-TTT-AGAA-AAC---A-TT-T--C-TG-AGG-AA-A---------AGCAATACATTTC---TGGCT-TT---GA------A------ATTCA-A--ACGTACAT-TTTTTACATAT-AGTAAACTTGACAGA---------TTCCAAAGAGG-TTTG-TGA----ATC-GCA-A-T--TAT--TT--------C------T-------TT---TT---A--A-CAAC----AGAA-T-A---ATT-CAATT-GGTT-TT--GCGATA-CT-TGT----C----------------G-AT-ATCGCTC---TGCGTACCAAT-TGTTT-ACCA------CTTGTC--------A----TA-GC-------C----A-TAT--AT-ATTGTTACCAG-----AGGAATTT-------AAAG----CTGA--G--CATT-TTGCCGA----ATACAAT-C-GT--TGATAGCATCAGTGCTA---CCAATA--CTATTT----ATTCTT-GA--TA------------TCGAT----AATA-----------T-TT----TT-CACTTAAA-Ttctgaaacttcctggacaataattcatt
gi|8 : agtattgaaaagacagaTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T--G---ATAG---AGTTCTAGAAC--------------------------------G----CAT---TAAACG-------TTTT--CGTTAAGTACGCACCACTTCTC-----A--C--AGTTA-------TACAC-TA-TT--T-TAC-CA---TAACTTTCAATTA--AA-G---AGA---A----GT-------TT--TACATCAATA--ATCAAGAA-AAC---ATTT-T----GG-AGG-GG-A---------AGCACTATATTTC---TGGCCTTG---AA------A------TT----C--AAACGTACATCATAACATAT-GGTAAAATTGACAGA---------TTCCA-------------AAGAGGTTT-GTGAA-T--CAC-------A-A--AGA----TTTCG---TT---TT---A--A-TAAC----AGAA-TAATTCGAT-CGATTTTTTTATA----------TGTGT----C----------------G-AT-ATTGCTC---TGCGTACCAAC-TGTTT-ACCA------CTTGTCAAACATTTG----TA-GC-------CTTATA-TCT--TT-ATTGTTACCAG-----AGGTATTT-------AATG----C-TG--A------------------ACAC-------T--T---------AATGCCA---CAAATA--ATATTT----ATTCTT-GA--TA------------TCGAT----AAT--------TT--T-TT----TT-CACTCAAATTGAT-----GTCA----TTT-----CTTATCCtgatgtcaattcttat
gi|10 : ga-A--AT--G--A---A-------GTTTTAAA-TAAAT--TAC-T------A-----CT----A--G----TCG---GAAACTGATTTTGTCTTTACAATAAGTA--TGCA--TTTTC-----A--A--CGATG-------TACACTACTCT--TCTACGCA---C----TCTAACTA--AA-T---AA----A----G--------CT--AACAGCAATGA-AT----GA-AAT---AGTT-TGCC-AA-AAA-AA-A----------------TATATC---TGGCC-CG---TT------A------CTTCG-A--CTGCGTAT-TCTCTACAAAT-GGTA--------AGAG------T-TCACA-ACAAA-TTCAATCAG-----T-ATG-A-T--TA----T---A-G--AAG----T-------T--------------AAAT----AATA-T-ATTAATT-CGACTTGGTAAc
gi|37 : acGTATAATTTTTC-----A--A--CGGTG-------TACAC-----TAAT-TAC-CA---CACATTGTAATCA--A------AACGAAA----A--------CT--T-CATTACTAT-TTC-AGAA-ATC---GTTTGT--C-AG-AGA-AA-----------AACATTTTgtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|18 : acatacGTTA-------TATA--AC-----T-TAC-CA---CACGCTTTGATTATAAC-G---AG---------G--------CT--TCCATCACTAA-ATC-AAAATGAC----TCG-T--A-TG-AGATAA-AC-AC----------------TT---TGGCT-TG---TA------AACGTGATTTAG-C--T--TTCAT-TCCCT-CGAAT-ATTAGGATTGACCGATAAAACAT-T---AAGTAGA-AATGCCAGGGAGATT-GTA-A-T--TTA--CG---G-T--CAC----T-------TA---TT---C--G-TAAT----AAAA-T-GTTTATT-CGATACTGTAAT------ACA-GCGTAT--AG--G--CAA---TCGTTTG-GT-ATTTTCA----AAGTA--AGC-TATTT-GCGGTTTCTTTTTGTG--------A----CA-GA-------CTTGT--TTT--A
gi|17 : CAC-AT--T--T-TAC-CA---AAGACTGTAATT----T-TTACAGC---A----G--------AAA-TACTGCACTAA-TTC-CGAA-AAC---GT-----------AGG-TC-AC-ACTA---AGCAGGTCATATC---TGTCC-CG---TA------A------TTTCG-G--CGATGCCT-TCTTTACAAAA-TTTCAAATTGACATA-------T-TTATATGTTGA-CT----------AT------A-T--T---------------------T-------TT---TT--------AAAT----GCTT-T-ATTCATT-CGATTCGTTGATATTGTG-TA-TTGTGT--AACctaggag
gi|19 : T--T-TTC-CA---CACGCTTTTATTA--AG-A---AGA---G----G--------CA--AACACCACTAA-ATC-AAAATGAC---TTTTAT--G-AG-AGA-AA-AC-AC---------T------TT---TGGCT-TG---TAAACGTGA------TTTAG-C--T--TCCAT-TCCTC-CGAAT-ATTAGGATTGACCGATAAAACAT----TAAGTGGA-AATGCCAAGAAGATT-GTA-ATT--TACGGTC---A-A--CTA----T-------TC---T---------AAAT----ACAA-T-GTTTATT-CGATACTGTAATG---------------------A--CAAACGT--TT-G-GT-ATTTCCAACGCAAG---CAAT-T-TGC-ACTG------TTTGTC--------A----CA-GA-------C----A-TCT--AT-A--ACTAGAAG-----AGGGAaaattgtaatatgactggtttgattataacattgctatgacagaacctttcaccaaactacacaggctggtgtcatcaacaccttcaataatacatttagatg
gi|5 : ----G--------TT--TCCATCACTAA-TTC-AGAT-AAC---GTTT-TG-CAAA-AAA-AA-AC-ACACAAAAACA----ATA-----CGG-C-TG---TG------A------T----------ATTTAT-TCTGTACAGAC-GCTAAAATCAA-AGAT------T-Tat
gi|34 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgctatatactttgttttcaaataaattcatattaagcaaattgtaaagcaaattccagtatatgcactactcccatactttcttaagtgttaacttcacgccttaccgctgttaaataggatgtaaaggtaaagtgtgataaggcatatttgaattctttcatttatctgttttgatatatatatatatatattttttttttaaataagaaacgtattagagaatatcagacgtctttggtaagcactatagtgttatatatttcgaataaaatattttaattaattttaacgttattgtgttacgtattttgataaaggag-AGAA-AACTAAATGT-T--T-AG-GTT-AA-AT---------GAATTTCATAGTCCATAGT--TG---TA------A------TTTCG-A--CCACGCAT-TCTTCACTTATTGAAAAAATTGACACAT------T-TTATATCTTGA-CTTACCAGGACGATT-GTG-A-A--TCA--CT---A-T--C-A----T-------TT---TT---A--
gi|25 : ATTTC---TGTCC-TT---TA------A------TTTCG-A--CCGTGCAT-TCTTTACAAAT-GCTAAAATTGACAG--------T-TTCTAtga
gi|22 : caTTCG-A--TCGCGAAG-TTTTTACAAAT-GGTAAAATTGACAGAT------T-TTATATGCGCA-TTT-TTAA--CGATT-------------------------CAT----T-------TC---TT---T--T-AAGT----AGTA-C-ACACA---CGATTTGGTGATA---CAACG-TTA-----AGACA--CA----C--TAAG-GT-ATTCCTA---TGTGT-TAAACGTCTGT-ACCA------CTTACC--------G----AA-G------------T--TTC--AT-ATAGCTTTGAG-----ACGGACTT-------CATG----CTGG--A--CCTT-TCG-CAG-A-TGCACAGA-TTGG--TG-T--CAACAATGTCT---TCAATA--ctaggcttctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|35 : TCG-CAACCATGGAT-GCTTTG-AAA-----AAC---GACATAC------T-TTATATGTGGA-CTTGGCAATACATTT-GTG-A-----AG--CT---A-AATCAT----T-------TCCATTT---A--T----T----AACA-T-TTTCATT-C-ATTCAATGAT
gi|33 : taaCG-A--CCGCGT-T-TTGTTACAAAT-GCTTAAATTGGCAGAT------T-TT-TATGTGAA-CTTACCAAGAAGTTT-GTA-A-----AT--CT---ATA--CTATTTCT-------TT---TT---AACG-GTATCATGAGTA-T-ATTCATT-CGAT------ATG--GCGATG-TCGTGC--A-TAA--CTA---T--GTAT-GT-ATTACCA---TGatcgtgttaggacacattgtaagtgc
gi|12 : -AAAT----AACA-A-AAGTATT-CGATTTGGTGA-------AT--CTGTGTTCAAACA--AAG---T--GTAT-AT-ATTCCTA---TGGGTACCAAT-TGTGC-AGCA------CTTATT--------G----CA-GA-------A--GTGCTTT--AT-CTTGTAATGAG-----AGGTATTTGTAGTTTCGTG----CCGG--G--CCTT-TCGCCAA-T-TACACAGG-CTGA--TG-T--CTTCAATGCCT---TCAATA--GTACCTCTGAATACATGGG--CGATATACTTAATCTCGAT----ATTA--------T--A-TT----TT-CACCTACA-TAGT----TGTCAATTTTTATCTTTTTTGCT----TCAGCT-CAA---T-AAA-------ACTTAACTTTCTAA-TT-T----CC-------TGACATACATCTCTCAGTTAATAgtt
gi|31 : tgtgtaaatcacaatcatttctgttT-CGAT-CGGTGATA--CTG-----TGTGT--AAACA--AAG---T--GAAA-GT-ATTTCTA---CGGGTACCGAA-TGTGC-ATCA------CTAGTC--------A----CA-GA-------TTTTTT-TTTT-AT-ATTGCTATGAG-----AAGGGTTT-------CATG----CTGA--G--CCTT-TCA-CAA-TGTACACAGG-CTGA--TG-T--CATCAATGCTT---TCAAAA--ATATTGCTAGATaagtttttttttaaaatacattg
gi|27 : TG--GTGATA-CTGTAT--GTTCAGACAAGT-T--CTAT-GT-TCTTCTA---TAGGTACTGAA-TGTTT-ATCA------CTTCTC--------A----CA-GATTAAAATCTTG-A-TTT--AT-AGTGCTATGAG-----AGAGATTT-------TA-G----CTAG--A--GTTT-C--TCAA-AATACACAAC-CGGT---A-T--CGTCAAGACCT---TCAATA-------TC-----ACTTCCA---GATAT--CT--TGACGAT----ATTA------TTT--T-TTTTTGTT-TACTCAAA-TAAT----AG
gi|29 : AA---T--GTAG-GT-ATTCATA---TGGGCACCACT-TGGTT--CCA------CTAACC--------CTTACCA-GA-------CTAGAC-TTT--AT-ATTGGTACGAG-----AGTGATTT-------TCTGTTGTTTTGTTG--TTTT-TTTTCTG-C-GAAAAAATGCTGCCATG-T--CATCAATACCG---TCACTA--ATACTTGAAGATACCTAGA--CGATATA
gi|36 : T-ATTCTTA---TGCGTACCAAT-T-------------------TT--------G----CATGA-------CTTGT--TTC--ATTCTTGCTCTTTG-----GATAATTT--------GTG----CTTA--AAACCTTACCG--AA-T--ACACAGG-CTGA--TG-T--CAatttaatcctc
gi|26 : TTGTC--------G----AA-CA-------CTTGTT-TTT--GT--TT-CTATGGG-----AACCATTT-------TATA----CTTA--A--CATT-TCGCCAA-A-TACACAGG-CTGA--TG-G--TATCAGTGTCT---GTAATA--AAA----CAAATA----GAAGTAATTTA--TA----CGAT------TA-------TTAAT-TT----TT-CAATCAAA-TGGT----AGTAAC---TTT-----TTTG-CATGATAAACGTCAGCTTATCAC-------AGCAACATTTTTAATTTCTGAAtttattacttttacgatacatt
gi|10 : tgtgttcggttcgacactgaTATC--------G----CA-TA-------CTTACT-TCT---T-ATTGCTACCAGGT---AAG---TT-------CATG----AT----A--CCT-------------ACAGAGG-CCGT--TG-T--TATCAATGCAT---TCAGTATTACATTT-TGATTACTGGGA---GATATAC-TAG-ATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT----TTGTACTCATA-TGGT----AG
gi|25 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatataGTG-TTTGTAT-ATTGTTACGAG-------GGGCT---------AT-----------G--TCTT-TCGCCAA-A-TACACAAG-CCGG--TG-T--CATCAATGCTTAAAGCAATA--AT
gi|39 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtataATTT-------CATG----CTGG--G--CCTT-TTACAAA-A-TACACATTGCTGA--CG-T--CATCAGTGCAT---TTATCA--ATACTTCTAGATACCTGAA--CGACATACTTGATATCttatta
gi|17 : --CCTT-TCACCAAAC-TACACAGG-CTGG--TG-T--CATCAACACCT---TCAATA--ATACATTTAGATtaca
gi|43 : cacattttaccaaagactgtaatttttacagcagaaatactgcactaattccgaaaacgtaggtcacactaagcaggtcatatctgtcccgtaatttcggcgatgccttctttacaaaatttcaaattgacatatttatatgttgactatatttttttaaatgctttattcattcgattcgttgatattgtgtattgtgtaacaaattgtaatatgactggtttgattataacattgctatgacagaa-CTGA--TG-T--CACCAGTGTAT---TCAATA--CTACTTCCAGATAg
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TACATATATTGAAATGAATCAAGGAAGTTCATATTATTTTATACAAGTCGATAAAGCGGCTAATAATATTATCATTGTCTGATGTTTATATTATGTCAGTATTTTACAACATGAACTGGAAAGTACTTATCATATGCATATGCACTTTCCAACGAATCCAAAAATGTAAAGATATACCGTACATTGTCACGTAGAAGTTCCCGTACAGAATGTAGAAGATACGCAGGACATGCTCTCTATCATGTACTCGATTACAAAGTTAAAGTTCCATAAAAAAAACCGAGCTCTTTTATAGCAAATTTTAGTTCAT
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Unaligned ( gi|38 ): ATTTAATTAAAGAGAATCATATTTTTCTAATTTAGTAAACGTTTGCAAAAGAAAGATTTATATTTCTGTCCTGCAAATTTAACAGCGCATTTTTCATCAA
Unaligned ( gi|40 ): TGAAAGTTTTAATTGTAGTTCATACACTATTACCATACCTTCTAAATGGTTAACACCATACCTCAATGCTATTAAAG
Unaligned ( gi|42 ): ACAGAGCATTTCCTCAAATACACAGGCTAATGTCTTAATAGTGCTTTCAATTTTACATTTAGATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 11111 1 1111111111111111 4444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 3333333333333 111111111111 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111 111111111111111 1111111 111111111 3333333333333333333 1 22222222 11 222222 22222 6666666666666666 1 11 1111 11
lowQualScore : 33 5 7 55 0 0 3 2 000000000 33 1 555 88888 8 1 2 2 1111111111111111 2 777777 3 3 3 55 0 1 2 0000000000000 2 444 2 33 1 77 2 1 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 4444444 66666 8888888 4 0 3333333333333 333 333 000000000000 6666666666 4444 1 0 4 0 333333333333333333333333333333333333333333 33 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 333 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 2 2 2 1 33 33 2 333 33 55 333 000000000 444444444444444 22 22 333 1 55555555 99999999 5555 3333333 0 555555 55 2 22 333 1 333 0 2 666666666 33 6 4444444444444444444 5 5 5 0 22222222 1 44 3 666666 4 11111 0000000000000000 33 0 0 00 6666 1 77
lowQualScore : .. . . .. . . . . ......... .. . ... ..... . . . . ................ . ...... . . . .. . . . ............. . ... . .. . .. . . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ..... ....... . . ............. ... ... ............ .......... .... . . . . .......................................... .. ... . ........ .. . . . ... . ... . ............................................................................................................................................................. .. . . . . .. .. . ... .. .. ... ......... ............... .. .. ... . ........ ........ .... ....... . ...... .. . .. ... . ... . . ......... .. . ................... . . . . ........ . .. . ...... . ..... ................ .. . . .. .... . ..
lowQualScore : 88 7 3 22 1 8 1 7 777777777 11 0 000 66666 6 4 9 9 8888888888888888 7 777777 1 3 3 77 5 0 9 5555555555555 7 777 7 77 7 33 7 2 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 8888888 88888 1111111 1 1 3333333333333 777 777 666666666666 1111111111 5555 7 9 2 9 999999999999999999999999999999999999999999 22 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 777 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 2 2 2 0 22 22 4 999 11 33 777 111111111 888888888888888 99 44 999 0 55555555 33333333 0000 6666666 6 777777 66 1 99 777 3 777 8 7 333333333 88 4 4444444444444444444 0 0 0 0 88888888 0 55 3 000000 2 88888 5555555555555555 55 8 0 33 3333 0 00
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAATTCT-AG---------TT-CATGCACTA---CTACANTACTTTCT-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-T-GTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGTTG-------TACACTACTTTACCA---C-A---N--TT---TTA---ATT---A-AANA-G-AAG-C--------TTACATCACTA----ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATT---GACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT-AA-T--TACCT---ATCATT-------T--C---TT---NTAA----AT----AGNAT-ATTCATTCGATTCGGTGATA--GCGATACTG--TGT--A-GNCA--CAA--T--GTAGGT--A-TTCCTA-T-GNGT--A--CCAA-TT---G--TGCACCA---CTTGTC--------GCAGA-------CTTG-TTT--TT-ATA---TTGCTACGAGAGGGA-----T--TT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGA-TA--CCTGGACGATAT-ACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGT-------AGTCA-TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAG---NTCAAC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCGCTTTTCT-ACGTACCTCTCTA-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATNATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAATTCT-AG---------TT-CATNCACTA---CTACACTNCTTTCT-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-T-GTTA-AA-CTATANTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGTTG-------TACACNACTTTACCA---C-A---N--TT---TTA---ATT---A-ANNA-G-AAG-C--------TTACATCACTA----ANTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATT---GACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT-AA-T--TACCT---ANCANT-------T--C---TT---ANAA----AT----AGNAT-ATTCATTCGATTCGGTGATA--GCGATACTG--TGT--A-GNCA--CAA--T--NTAGGT--A-TTCCTA-T-GNGT--A--CCAA-TT---G--TNCACCA---CTTGTC--------GCAGA-------CTTG-TNT--TT-ATA---TTGCTACGAGAGGGA-----T--TT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAN-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGA-TA--CTTGGACGATAT-ACTTAATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGT-------AGTNA-TTNCTTGCCC-GA-TCAGCTCCAG---NTCAA-------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCGCTTTTCTGACATACNTCTCTNAGTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAATTCT-AA---------TT-CAGGAACTACATCTATACT--TTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACC---------T------TGC-TG------CT-TTAAGGATCA-T-GTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT-G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTT-------AA--CCATG-------TGTACG--TCTAAGA---C-AAACA--TT---TTG---A----------------------------TACATCGTTA----ATTCATAA-AACTCTC-C--C--A---CAAACAA---AA-AT--A--A-T----TG--TG--TGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTT---GACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TA-GTA-G---TGT-AA------------ATCATTG------TGAT---TG---AGTA----AA----AGTAT-GTC------------TG--A--GC-ACATTGAATGT--A-TTC---CCA--T--GT--GT--A---CCGA-TCGTAT--A--CCAC-TT---G--TC--TCA-----------------ACAGA-------TTTG-TTT--TT-ATT---TTGCTATGAGACATA-----T--TT-------TATG----CTTG--G--CCTTT----GGCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGATG-------TACACTACTCTTCTA---C-G---CA-CT---CTA---ACT---A-AATA---AAG-C--------TAACAGCAATG----AAT--GAA-ATAGTTT-G--C--C---AAAA-AA---A---------A-T---ATA--TC--TGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACAACAAAT----T------------------C-AATC-A-G---TAT-GA-T--TA--T---AGAAGT-------T-------------AA----AT----AATAT-ATTAATTCGACTTGGTAAGT--GCAATA
gi|10 : aca---G--TGCAATA---TATATC--------GCATA-------CTTA-CTT--CT--TA---TTGCTACCAG-GTAA-----G--TT-------CATG----ATA-----------------CC----TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATTA--CTGGGA-GATAT-ACT--AGATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT-TTGTACTCATA-TGGT-------AGtatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG---------T--CATATATAA---TTACCATTCTTTCT-AAAG-T-GTAAATTCCATACC---------T------TAC-TG------CATTTAATGAACA-TTGTAA-AATCTATTGTGTGACTAA--CA---------A---T-T---ATC-C--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGTTG-------TACA----TTCACCA---T-AC--A--TT---TCA---ATT---T-AAGG-C-AAG--------------ATTCCTA----ATTCAGAA-AACGTTTAT--C--A---GAGA-AA---AC-A
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaTGT-AAAT--CACA----ATCATT-------T--C---TG---TTAA----AT----AACAA-AAGTATTCGATTTGGTGA-------AT-CTG--TGTTCA-AACA--AAG--T--GTATAT--A-TTCCTA-T-GGGT--A--CCAA-TT---G--TGCAGCA---CTTATT--------GCAGA-------AGTG--CT--TT-ATC---TTGTAATGAGAGGTA-----T--TTGTAGTTTCGTG----CCGG--G--CCTTT----CGCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAA-TA--CATGGGCGATAT-ACTTAATCTCGAT----ATTA-------TA--T-TT-T--CACCTACA-TAGT-------TGTCA-ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAG---CTCAAT------AAA--A--CTT---AACTT-TCTAA----TTTCCTGACATACATCTCTCAGTTAATAatacttttgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAATTGA-AGAGTGCACACTTGCATACACTA---CTAAAATATTTTCT-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCC---------T------TGC-CG------CTATTCCAGAACA-T---TACAA-----ATTGTGA-TTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT-C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--C-TT--------TAAACATCTTGA--A---C-A---A--CT---TTA---A----------A-T-AAG-C--------TCACATCACTG----ACGCAGAA-AATGTTT-G--CA-G---AAGA-AG---AT-AC--aagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAGTTCT-AG---------TC-CATGTACT-------------TTCCA-AA-T-G-GGTAACTTCATGTC---------T------TAC-CATTGTTCTTATTAAAGAtatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAATTCT-AA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAATTTT-AG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTTACCA---A-A---GA-CT---GTA---ATTTTTACAGCA-G-AAA-----------TACTGCACTA----ATTCCGAA-AACGT--------------AGG-TC---AC-ACTAAGCA-GGTCATA--TC--TGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATT---GACATAT----TTA-TATG--TTGACT---------------------A-T-------------ATT-------T--T---TT----TAA----AT----GCTTT-ATTCATTCGATTCGTTGAT--------ATTG--TGT--A-----------------------------T--T-GTGT--A--ACAAATT---G--TA----A-----TAT------------GA-------CTGG-TTTGATT-ATAACATTGCTATGACAGAA-----------------------------------CCTTT----CACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGA-T
gi|18 : -------TATATAACTT-ACCA---C-A---CG-CT---TTG---ATT---A-TAAC-G-AGG-C--------TTCCATCACTA----AATCAAAATGAC-----T--C--GTATGAGATAA---AC-AC----------------TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATT---GACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AG-GGA-GA-TTGT-AA-T--TTACG---GTCACT-------T--A---TT---CGTA----AT----AAAAT-GTTTATTCGATACTGTAAT------ACAGCG--TAT--A-GG----CAA--TCGTTTGGT--A-TTTTCA---AAGT--AAGCTAT-TTGCGG--TTT-CTT---TTTGTG--------ACAGA-------CTTG-TTT--Tg
gi|19 : gtTTTTCCA---C-A---CGCTT---TTA----TT---A-AGAA-G-AGG-C--------AAACACCACTA----AATCAAAATGACTTTTAT--G--A---GAGA-AA---AC-AC------------T---TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATT---GACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AA-G-AAGA-TTGT-AA-T--TTACG---GTCAAC-------T--A---TT---CTAA----AT----ACAAT-GTTTATTCGATACTGTAATG--ACAA-AC-G--TTT---------------------GGT--ATTTCCAA-C-GCA---A--GCAA-TT------TGCACTG---TTTGTC--------ACAGA-------C-----AT--CT-ATA-----ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAATTCT-AG---------TT-CATTCATTG---CTACACTCCTTTCT-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCC---------T------TAC-CA------ATATTAAATAACA-T-GTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGTTG-------TACACACCTTTACCA---C-AG--G--GT---TTA---ATT---A-ATTA-G-TAG-T--------TTACATCACTA----TATCAGAA-AACATTT-T--C--A---GAGA-AA---AC-AC--AGCATT-TTATA--TT--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATT---GGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AA-GCC-GA-TTGT-GA-T--TACCT---AACAAT-------T--C---TT---AGAA----AT----AGCAT-ATTCATTCGATTCGGTGATG--GTGATGCTG--TGT--A-GCCA--CAA--T--TTAGGT--A-TTCCCA-T-GAGT--A--CCAA-TT---A--TTTACCA---CTTGTC--------GCAGA-------CTTG-TGT--TT-ATA---TTGCTACGAGAAGGA-----T--TT-------CATA----CTTG--G--CCTTC----CGTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAA-TA--CTTCGATAATAT-ACCTAATGTCGAT----AATAC------TT--T-TT-TT-TACTGAAA-TGGT-------AGCCA-TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAG---A-CAA-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTTACGTACCTCTTTATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAATTAT-AA---------CT-TACGTA------------TACTTTCT-AA-A-TAGTTAACGTTATGCT---------T------TAG-GG------CTATTAAAGAACA-T-GATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT-C--TGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTAT--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CATTG-------CACACTACATTACAA---A-A---A---------A---ATA---A-ATAC-A-AAA-T--------TTACAGCACTA------TAACAA-AACACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TG------C--TAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATC---CACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATT---GACAGAT----TTTATATG--CGCATTT-TT-AA-C---GA-TT-------------------CATT-------T--C---TT---TTAA----GT----AGTAC-ACACA--CGATTTGGTGATA---CAACGTTA-------A-GACA--CAC--T--A-AGGT--A-TTCCTA-T-GTGTTAA--ACGT-CT---G--T--ACCA---CTTACC--------GAAG--------------TT--TC-ATA---TAGCTTTGAGACGGA-----C--TT-------CATG----CTGG--A--CCTTT----CG-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCA---T-----AT--G-A---CCT-TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAATG-------CACACTATATTACTA-----A------------TA---AAT---A-AATACA-AAA-T--------TTACAGCACTATTATACT---AA-AATACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TC------C--TAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT---
gi|24 : c------TACACA------TTATTAAA--ACA-T-GTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT-T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTTTGAACCCTGTACACAATTTCGGCA---C-A---TA-TT---TCA---TTT---A-AACA-G-AAG-C--------TAGCATCTCTA----ATTCAGAA-AA
gi|25 : ATT--TC--TGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATT---GACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAA--T--C-AGGT--A-CTC-------GGT--T--CCTA-GT---G--TGCAAAA---CTTGTTT-------GTATA-------GT-G-TTT--GT-ATA---TTGTTACGAGGGG---------------------------CTAT--G--TCTTT----CGCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattCACTG---ATTGTC--------GAACA-------CTTG-TTT--TT-GT----TT-CTATGGGAACCA-----T--TT-------TATA----CTTA--A--CATTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAA-TA---------GAAGT-AATTTATA-CGAT------TA-------TTAAT-TT-TT-CAATCAAA-TGGT-------AGTAACTTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC-------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcgaTG--GTGATACTG--TAT--G-TTCAGACAAGTT--CTATGT--T-CTTCTA-T-AGGT--A--CTGA-AT---G--TTTATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTG--AT--TT-ATA---GTGCTATGAGAGAGA-----T--TT-------TA-G----CTAGA-G----TTT----CTCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGA-TA--TCTTGACGATAT-------TATT---------TT-------TT--T-TTGTT-TACTCAAA-TAAT-------AG
gi|29 : AA--T--GTAGGT--A-TTCATA-T-GGGC--A--CCAC-TT---GGTTCCACTAACCCTTACC----------AGA-------CTAG-ACT--TT-ATA---TTGGTACGAGAGTGA-----T--TT-------TCTGTTGTTTTGTTG--TTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGA-TA--CCTAGACGATATAATTTAAT
gi|3 : A---CTACACTGCCTTCT-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACC---------T------TAC-CG------ATATTAAAAAACA-T-GCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT-A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT-------------------------TG-------TACATTACTTTAACA---C-G---C--AT---TTA---GTT---A-AAAA-G-ACA-C--------TTATATCCCTA----ATTCAGTA-AACATTT-GG-C--G---AGGA-AA---AT-A--------T-T------TC--TGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT----------------------------------TGGACGTGC--AA---------TG--AA-T--CAC-T---ATCATT-------T--T---TTTTTAAAA----AT----A---T-ATGTATTTAATTCGGTGATA------CATTA--TTT--A-GACA--GAT--T--GTAGGC--A-TTCCTA-T-CGGT--A--CCAA-TA---T--TGAACCA---CTTGTC--------GCAG--------------TT--TT-ATA---TTGTTACGAGAGGGAAGGGAG--TT-------AATT----CCTA--A--CCTTT----TGCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAA-TA--TCTGGATAATAC-ACTTTATATGGAT----ACTT-------AT--G-TT-TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGA----CTTACCCAAA-ACAGCTCCAG---CTCAACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTGCTTTTCT-------CTCTCTA--TTAATAcctc
gi|30 : -TAACAAAATAC-AG---------TA-AGTGCACTA---CGACCATTATTGCT-AAAT-T-GTTAACTCCATGTC---------TTACATGTAC-CG------CTATTAAAGGACAGT-CTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCA---TACG--A---G-A---CTT-C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-CGGTGATA--CTG----TG--TGT--A-AACA--AAG--T--GAAAGT--A-TTTCTA-C-GGGT--A--CCGA-AT---G--TGCATCA---CTAGTC--------ACAGA-------TTTT-TTT--TTTATA---TTGCTATGAGAAGGG-----T--TT-------CATG----CTGA--G--CCTTT----CACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGA-Ttggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATATTCT-AG---------TT-CATTCATTA---CTACA----TTCCT-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCG---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAACA-T-GTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T-C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATT---GGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AA-GAA-GT-TTGT-AA-A--TCTAT---ACTATT-------T--CT--TT---TTAACGGTATCATGAGTAT-ATTCATTCGAT------ATG--GCGATGTCG--TGC--A--TAA--CTA--T--GTATGT--A-TTACCA-T-Gaata
gi|34 : -T-TCATAG-TCCATAGT-TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATT---GACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AG-G-ACGA-TTGTGAA-T--CA-CT---ATCATT-------T------TT---ATGA----gtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatAT-GCTTTGAA-AAAC---GACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AA-T-A-CATTTGT-GA-----AGCTAA-ATCATT-------T--CCATTT---AT-------T----AACAT-TTTCATTC-ATTCAATGATA--TCG----TG--T-T--AGGACA--CAT--T--GTAAGT--
gi|36 : taatcgcaaccatggT--A-TTCTTA-T-GCGT--A--CCAA-TT---T--TGCATGA---CTTGTT--------TCATT-------CTTGCTCT--TT-------------------GGA-----TAATT-------TGTG----CTTA--AAACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGGTG-------TACACTAA-TTACCA---C-AC--A--TT---GTA---ATC---A-AAAC-GAAAA-C--------TT-CATTACTA----TTTCAGAA-ATCGTTTGT--C--A---GAGA-AA---A--AC--Aatt
gi|38 : acatT---TTA---ATT---A-AAGA-G-AAT-C--------ATATTTTTCTA----ATTTAGTA-AACGTTT-G--C---------A-AA---AG-AA--AG-A-T-TTATATTTC--TGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtttt
gi|39 : aA-----T--TT-------CATG----CTGG--G--CCTTT----TACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGA-TA--CCTGAACGACAT-ACTTGATATC
gi|4 : ATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGATTCT-AG---------TA-CATGCACTA---CTGTCTTACTTTCT-AAAT-T-ATTAACTTCGTGCC---------G------TAT--G------CTATTAAAGTACA-C-GTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT-C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGTGA-------T-CACTACTTTACCATCGC-A---T--GT---TTA---TTT---A-A-GA-T-AAG------------A----GCTA----ATTGAGGA-AACGTTT-G--CAAG---GA-A-AA---AC-AC--TGTA-T-T------GC--TGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-T---GACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC---------A-TTTT-AA-TCATGTCTTTAAACAATATCAATGT--C---TT----TAC----AT----ACTGC-ATTTACTTGAATCTGT-------------TG--AAT--T-GCC--------T--TTAGGGAAA-TACCAATT-GCGT--T--CCAA-TT---G--TGCAAAA---CATATT--------GCAGA-------TTAG-T-T--TT-ATA---TTGCCACGTGGGGGG-----T--TT-------CATG----CATG----------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGA-TA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagacAATTGT-AG---------TT-CATACACTA---TTACCATACCTTCTAAA-T-G-GTTAACACCATACC---------T------CAA-TG------CTATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttT-AG---------TT-CATTCTCCA---CTACAGTACT------G-T-T-GTTAACATCATGCC---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--G--CATTT----CCTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGA-TA--atatca
gi|43 : acagaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGA-TAACCCTGAACGCTAT-ATTTCATATC
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAATTCC-AG---------TA-TATGCACTA---CTCCCATACTTTCTTAA-G-T-GTTAACTTCACGCC---------T------TAC-CG------CTGTTAAATAGGA-T-GTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT-C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TATTT-------TAATTAATTTTAACG---T-T---A--TTGTGTTACGTATTTTGATAAAG-G-AGG-T--------TTCCATCACTA----ATTCAGAT-AACGTTT-TG-C--A---AAAA-AAAACAC-AC--AAAA-A-CAATA------CGG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATC---AA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGATT-------TACACTATTTTACCA---TAA---C--TT---TCA---ATT---A-AAGA-A-AAGTT--------TTACATCAATA----ATTTAGAA-AACATTT-C--T--G---AGGA-AA---A--GC--A--A-T-ACATT--TC--TGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTT---GACAGAT----TCC-AAAG--AGG-TTTGT-----G-A--A-TCGC-AA-T--TATTT-------CT-------T--T---TT---AACA----AC----AGAAT-A---ATTCAATT-GGTT-TT--GCGATACT---TGT----------CGA--T--ATCG---------CTC-T-GCGT--A--CCAA-TT---G--TTTACCA---CTTGTC--------ATAGC-------C-----AT--AT-ATA---TTGTTACCAGAGGAA-----T--TT-------AAAG----CTGA--G--CATTT----TGCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT--------------------TAT-TCTTGATATCGAT----AATA-----------T-TT-TT-CACTTAAATTGAT--------GTCA-ATTCTT
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAATTCT-AG---------TT-CATTCAC-----CTTC-CT--TTTCTAAA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTACCACAAT------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-T-GATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT-C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--at
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGTTA-------TACACTATTTTACCA---TAA---C--TT---TCA---ATT---A-AAGA-G-AAGTT--------TTACATCAATA----ATCAAGAA-AACATTT-T-----G---GAGG-GG---A------AGCA-C-T-ATATTTC--TGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATT---GACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTGAA-T--CACA----AAGATT-------T--CGTTTT---AATA----AC----AGAATAATTCGATCGATTTTTTTATA---------TG--TGT------C--------------GAT--A-TTGCTC-T-GCGT--A--CCAA-CT---G--TTTACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGC-------CTTA-TAT--CT-TTA---TTGTTACCAGAGGTA-----T--TT-------AATG----CTGA-----------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT--------------------AT-TCTTGATATCGAT----AAT--------TT--T-TT-TT-CACTCAAATTGAT--------GTCA-TTTCTTATCC-
gi|9 : ga-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-TTG-------TTCACTACTTTACTA---CTC---A--TT---TAA---ACT---A-AAAA-G-AAG-CCTACATTCTTACATCGTTA----ATTCAGAA-AACGTTT-TGCC--G---GAGA-AAT--AA-AC-------T-TCATT--TC--TCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTT---GACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTCAAA-G-A-GT-TGGC-AA-A--TCTCT---ATTATT-------T--C---TT---TTGA----AT----A--AC-ATTC--TTGATTCGATGGTATTGTGATA----------A-GACA--CAC--T--GTATGT--A-GTACTA-T-GCGT--A--TGAA-TT---G--CGCACCA---CTTGTC--------GCAGA-------CCTG-TCT--TT-TTA---T---TACAATAGAGA-----T--TT-------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111 1 1111111111111111 4444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 3333333333333 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777777777 111111111 11111111 1111111 111111111 333333333333333333333 1 2222 2222 5555555555555555555 1 2222 2222 2222
lowQualScore : 33 5 7 2 0 0 3 2 000000000 2 1 1 0 555 0 2 7 5 2 2 1111111111111111 2 777777 6 3 55 0 2 2 0000000000000 2 444 2 33 1 77 2 1 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 3333333 444444 8888888 55 0 33 9999999999 4444444444444 0 333 2 2 2 666 6666666666 2 22 4 0 333333333333333333333333333333333333333333 33 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 88 55555 5555 6666 66 2 0 111 777777777777777777777777777777777777777777 2 1 2 1 33 2 33 44444 333 333333333 00 7777777777 22 2 0 333 2 55555 11111111 5555 3333333 0 555555 22 2 22 333 1 333 0 111111111 0 3 999999999999999999999 5 5 0 9 0000 2222 1 0 44 8888888888888888888 3 0 0 0 2222 2222 4444
lowQualScore : .. . . . . . . . ......... . . . . ... . . . . . . ................ . ...... . . .. . . . ............. . ... . .. . .. . . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ...... ....... .. . .. .......... ............. . ... . . . ... .......... . .. . . .......................................... .. ... . ........ .. . . . ... . . .............................................................. .... .. ..... .... .... .. . . ... .......................................... . . . . .. . .. ..... ... ......... .. .......... .. . . ... . ..... ........ .... ....... . ...... .. . .. ... . ... . ......... . . ..................... . . . . .... .... . . .. ................... . . . . .... .... ....
lowQualScore : 88 7 3 9 1 8 1 9 777777777 7 4 6 9 333 9 9 1 7 9 9 8888888888888888 7 777777 2 3 77 5 9 9 5555555555555 7 777 7 77 7 33 7 2 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 1111111 000000 1111111 77 6 11 7777777777 8888888888888 5 777 1 1 5 333 1111111111 1 99 2 9 999999999999999999999999999999999999999999 22 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 11 55555 7777 1111 66 9 9 333 444444444444444444444444444444444444444444 2 0 2 0 22 4 11 77777 777 777777777 55 5555555555 99 1 2 999 4 33333 33333333 0000 6666666 6 777777 44 1 99 777 3 777 8 111111111 2 5 555555555555555555555 0 0 0 8 8888 0000 0 8 22 0000000000000000000 2 2 8 0 0000 7777 3333
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-NNTACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT-AA-T--CACC---------T--AT--C-ATTTC-TTTTA--A----AT----AGNAT-ATTCATTCGATTCGGTGATA--GCGATACTG--TGT--A-GACA--CAN--T-G-TAGGTA-TTCCTAT-GNGTA--CCAA-TTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-ANTACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT-AA-T--TACC---------T--AT--C-ATTTC-TTNTA--A----AT----AGNAT-ATTCATTCGATTCGGTGATA--GCGATACTG--TGT--A-GNCA--CAA--T-G-TAGGTA-TTCCTAT-GNGTA--CCAA-TTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGNTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAA-TTCTAA---------TT-CAGGAACTACATC-TATACTTTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACC---------T------TGC-TG------CT-TTAAGGATCA-TGTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT-G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTTA------AC--CATGTG-------TACG----TCT--AA----------GA---C-AAACA--TTTTGA-----------------------------TACATCGTT-A--ATTCATAA-AACTCTC-C--C--A---CAAACAA---AA-AT--A--A-T----TG--TG--TGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTTGACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TA-GTA-G---TGT-AA--------------------AT--C-ATT----------------------GT-----------GATTGAGTAAAA--G---TA-TG--TCT--G-AGCA--CAT--T-G-AATGTA-TTCCCAT-GTGTA--CCGA-TCG--T--A--TACCA---CTTGTCTCA-----ACAGATT----TGTT--T--T-TATT---TTGCTATGAGACATA-----TTT-------TATG----CTTG--G--CCTTT----GGCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGA-TG-------TACACTACTCT--TC----------TA---C-G---CA-CTCTAACT---A-A-ATA---AAG-C--------TAACAGCAATGA--AT---GAA-ATAGTTT-G--C--C---AAAA-AA---A---------A-T---ATA--TC--TGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACA
gi|10 : acaG--T--G--CAATA---TATATC--------GCATACT----TACT--T--C-T-TA---TTGCTACCAG-GTAA-----GTT-------CATG----ATA-----------------CC----TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATT--ACTGGGAGATATACT--AGATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT-TTGTACTCATA-TGGTAGacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG----------T-CATATATAATTAC-CATTCTTTC-TAAA-G-T-GTAAATTCCATACC---------T------TAC-TG------CATTTAATGAACATTGTAA-AATCTATTGTGTGACTAA--CA---------A---T-T---ATC-C--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGT-TG-------TACA----TTC--AC----------CA---T-AC--A--TTTCAATT---T-A-AGG-C-AAG--------------ATTCCT-A--ATTCAGAA-AACGTTTAT--C--A---GAGA-AA---AC-A
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaTGT-AAAT--CACA------------AT--C-ATTTC-TGTTA--A----AT----AACAA-AAGTATTCGATTTGGTGA-------AT-CTG--TGTTCA-AACA--AAG--T-G-TATATA-TTCCTAT-GGGTA--CCAA-TTG--T--G--CAGCA---CTTATT--------GCAGAAG----TGCT--T--T--ATC---TTGTAATGAGAGGTA-----TTTGTAGTTTCGTG----CCGG--G--CCTTT----CGCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAATA--CATGGGCGATATACTTAATCTCGAT----ATTA--------T--A-TT-TT-CACCTACA-TAGTTGTCA----ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAGCTCA--AT------AAA--A--CT---TAACTT-TCTAA-----TTTCCTGACATACATCTCTCA-GTTAATAatacttttgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAA-TTGAAGAGTGCACACTTGCATACACTACTAA-AATATTTTC-T-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCC---------T------TGC-CG------CTATTCCAGAACA---TTACAA-----ATTGTGA-TTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT-C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--CTT-TA-------AACAT--CTTG--A------------A---C-A---A--CTTTAA-----------A-T-AAG-C--------TCACATCACT-G--ACGCAGAA-AATGTTT-G--CA-G---AAGA-AG---AT-AC--aagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAG-TTCTAG---------TC-CATG------------TACTTTC-CAAA-T-G-GGTAACTTCATGTC---------T------TAC-CATTGTTCTTATTAAAGAtatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAA-TTCTAA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAA-TTTTAG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTT--AC----------CA---A-A---GA-CTGTAATTTTTACA-GCA-G-AAA-----------TACTGCACT-A--ATTCCGAA-AACGT--------------AGG-TC---AC-ACTAAGCA-GGTCATA--TC--TGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATTGACATAT----TTA-TATG--TTGACT------------------------------------------AT----ATTT--TTTTA--A----AT----GCTTT-ATTCATTCGATTCGTTG--------ATATTG--T------------------------GTA-TT------GTGTA--ACAAATTG--T--A------A-----TAT------------GACT----GGTT--TGAT-TATAACATTGCTATGACAGAA---------------------------------CCTTT----CACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGAT
gi|18 : GT-TA-------TATA--ACTT---AC----------CA---C-A---CG-CTTTGATT---A-T-AAC-G-AGG-C--------TTCCATCACT-A--AATCAAAATGAC-----T--C--GTATGAGATAA---AC-AC----------------TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AG-GGA-GA-TTGT-AA-T--TTAC---------G--GT--C-ACTTA-TTCGT--A----AT----AAAAT-GTTTATTCGATACTGTAAT------ACAGCG--TAT--A-GG----CAA--TCGTTTGGTA-TTTTCA--AAGTAAGCTAT-TTG--C--GGTTTCTT---TTTGTG--------ACAGACT----TGTT--T--T-g
gi|19 : TTT--TC----------CA---C-A---CGCTTTTA-TT---A-A-GAA-G-AGG-C--------AAACACCACT-A--AATCAAAATGACTTTTAT--G--A---GAGA-AA---AC-AC------------T---TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AA-G-AAGA-TTGT-AA-T--TTAC---------G--GT--C-AACTA-TTCTA--A----AT----ACAAT-GTTTATTCGATACTGTAATG--ACAA-AC-G--TTT---------------------GGTATTTCCAAC-GCA-A--GCAA-TT---T--G--CACTG---TTTGTC--------ACAGAC--------A--T--C-TATA-----ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATTCATTGCTAC-ACTCCTTTC-T-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCC---------T------TAC-CA------ATATTAAATAACA-TGTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGT-TG-------TACACACCTTT--AC----------CA---C-AG--G--GTTTAATT---A-A-TTA-G-TAG-T--------TTACATCACT-A--TATCAGAA-AACATTT-T--C--A---GAGA-AA---AC-AC--AGCATT-TTATA--TT--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATTGGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AA-GCC-GA-TTGT-GA-T--TACC---------T--AA--C-AATTC-TTAGA--A----AT----AGCAT-ATTCATTCGATTCGGTGATG--GTGATGCTG--TGT--A-GCCA--CAA--T-T-TAGGTA-TTCCCAT-GAGTA--CCAA-TTA--T--T--TACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTG--T--T-TATA---TTGCTACGAGAAGGA-----TTT-------CATA----CTTG--G--CCTTC----CGTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAATA--CTTCGATAATATACCTAATGTCGAT----AATAC------TT--T-TT-TT-TACTGAAA-TGGTAGCCA----TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAGA-CA--A-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTT-ACGTACCTCTTT-ATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAA-TTATAA---------CT-TACGTA----------TACTTTC-T-AA-A-TAGTTAACGTTATGCT---------T------TAG-GG------CTATTAAAGAACA-TGATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT-C--TGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTAT--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CAT-TG-------CACACTACATT--AC----------AA---A-A----------AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-A----TAACAA-AACACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TG------C--TAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATCCACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----TTTATATG--CGCATTT----------------------T--TAAC---------G--ATT-C-ATTTC-TTTTA--A----GT----AGTAC-ACACA--CGATTTGGTGATA---CAACGTTA-------A-GACA--CAC--T-A--AGGTA-TTCCTAT-GTGT----TAA-ACG--TCTG--TACCA---CTTACC--------GAAG----------T--T--T-CATA---TAGCTTTGAGACGGA-----CTT-------CATG----CTGG--A--CCTTT----CG-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCA---T-----AT--G-A---CCT-TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAA-TG-------CACACTATATT--AC----------TA-----A---------TAAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-ATTATAC-TAA-AATACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TC------C--TAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT
gi|24 : c------TACACA------TTATTAAA--ACA-TGTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT-T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTT-TGAACCCTGTACACAATTTC--GG----------CA---C-A---TA-TTTCATTT---A-A-ACA-G-AAG-C--------TAGCATCTCT-A--ATTCAGAA-AA
gi|25 : ATT--TC--TGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAGGTA-CTC------GGTT--CCTA-GTG--T--G--CAAAA---CTTGTTT-------GTATAGT-----GTT--T--G-TATA---TTGTTACGAGGGG-------------------------CTAT--G--TCTTT----CGCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatc--CACTG---ATTGTC--------GAACACT----TGTT--T--T-TGT----TT-CTATGGGAACCA-----TTT-------TATA----CTTA--A--CATTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAATA---------GAAGTAATTTATA-CGAT------TA-------TTAAT-TT-TT-CAATCAAA-TGGTAGTAAC---TTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcgaTG--GTGATACTG--TAT--G-TTCAGACAAGTT-C-TATGTT-CTTCTAT-AGGTA--CTGA-ATG--T--T--TATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTGAT--T-TATA---GTGCTATGAGAGAGA-----TTT-------TA-G----CTAGA-G----TTT----CTCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGATA--TCTTGACGATAT------TATT---------TT-------TT--T-TTGTT-TACTCAAA-TAATAG
gi|29 : AA--T-G-TAGGTA-TTCATAT-GGGCA--CCAC-TTGGTT--C--CACTAACCCTTACC----------AGACT----AGAC--T--T-TATA---TTGGTACGAGAGTGA-----TTT-------TCTGTTGTTTTGTTG--TTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGATA--CCTAGACGATATAATTTA-ATC
gi|3 : ACTAC-ACTGCCTTC-T-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACC---------T------TAC-CG------ATATTAAAAAACA-TGCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT-A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT--------------------------TG-------TACATTACTTT--AA----------CA---C-G---C--ATTTAGTT---A-A-AAA-G-ACA-C--------TTATATCCCT-A--ATTCAGTA-AACATTT-GG-C--G---AGGA-AA---AT-A--------T-T------TC--TGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT-------------------------------TGGACGTGC--AA---------TG--AA-T--CAC----------T--AT--C-ATTTT-TTTTT--A----AA----AATAT-ATGTATTTAATTCGGTGATA------CATTA--TTT--A-GACA--GAT--T-G-TAGGCA-TTCCTAT-CGGTA--CCAA-TAT--T--G--AACCA---CTTGTC--------GCAG----------T--T--T-TATA---TTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATT----CCTA--A--CCTTT----TGCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAATA--TCTGGATAATACACTTTATATGGAT----ACTT-------AT--G-TT-TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGACTTACCCAAA-ACAGCTCCAGCTCA--ACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTG-CTTTTCT-------CTCTCT-A--TTAATActc
gi|30 : -TAACAAA-ATACAG---------TA-AGTGCACTACGACCATTA-TTGC-T-AAAT-T-GTTAACTCCATGTC---------TTACATGTAC-CG------CTATTAAAGGACAGTCTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCA---TACG--A---G-A---CTT-C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-CGGTGATA--CTG----TG--TGT--A-AACA--AAG--T-G-AAAGTA-TTTCTAC-GGGTA--CCGA-ATG--T--G--CATCA---CTAGTC--------ACAGATT----TTTT--T--TTTATA---TTGCTATGAGAAGGG-----TTT-------CATG----CTGA--G--CCTTT----CACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGATtggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATA-TTCTAG---------TT-CATTCATTACTAC-A----TTCC-T-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCG---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAACA-TGTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T-C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATTGGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AA-GAA-GT-TTGT-AA-----ATC---------T--ATACT-ATTTCTTTTTA--ACGGTATCATGAGTAT-ATTCATTCGAT------ATG--GCGATGTCG--TGC--A--TAA--CTA--T-G-TATGTA-TTACCAT-Gaata
gi|34 : -T-TCATAG-TCCATAGT-TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATTGACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AG-G-ACGA-TTGTGAA-T--CA-C---------T--AT--C-ATTT--TTATG--A----gtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatAT-GCTTTGAA-AAACGACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AA-T-A-CATTTGT-GA-----AGC---------TAAAT--C-ATTTC-CATTT--A----TT----AACAT-TTTCATTC-ATTCAATGATA--TCG----TG--T-T--AGGACA--CAT--T-G-TAAGT
gi|36 : taatcgcaaccatggTA-TTCTTAT-GCGTA--CCAA-TTT--T--G--CATGA---CTTGTT--------TCATTCT----TGCT--C--T-T-------TG----GATA---A-----TTT--------GTG----CTTA--AAACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGG-TG-------TACACTAA-TT--AC----------CA---C-AC--A--TTGTAATC---A-A-AAC-GAAAA-C--------TT-CATTACT-A--TTTCAGAA-ATCGTTTGT--C--A---GAGA-AA---A--AC--Aatt
gi|38 : acatTTTAATT---A-A-AGA-G-AAT-C--------ATATTTTTCT-A--ATTTAGTA-AACGTTT-G--C---------A-AA---AG-AA--AG-A-T-TTATATTTC--TGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtttt
gi|39 : aA-----TTT-------CATG----CTGG--G--CCTTT----TACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGATA--CCTGAACGACATACTTGATATC
gi|4 : CATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGA-TTCTAG---------TA-CATGCACTACTGT-CTTACTTTC-TAAA-T-T-ATTAACTTCGTGCC---------G------TA--TG------CTATTAAAGTACA-CGTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT-C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGT-GA-------T-CACTACTTT--AC----------CATCGC-A---T--GTTTATTT---A-AGATA-A-GAG------------------CT-A--ATTGAGGA-AACGTTT-G--CAAG---GA-A-AA---AC-AC--TGTA-T-T------GC--TGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-TGACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC---------A-TTTT-AA-TCATGTCTTTAAACAAT--AT--CAATGTC-TT-TA--C----AT----ACTGC-ATTTACTTGAATCTGT-------TGA-ATTGCCTTT--A-GGGA---AA--T-A----------CCAATTGCGTT--CCAA-TTG--T--G--CAAAA---CATATT--------GCAGA-T----TAGT--T--T-TATA---TTGCCACGTGGGGGG-----TTT-------CATG----CATG----------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGATA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagaAA-TTGTAG---------TT-CATACACTATTAC-CATACCTTC-TAAA-T-G-GTTAACACCATACC---------T------CAA-TG------CTATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttTAG---------TT-CATTCTCCACTAC-AGTACT-------G-T-T-GTTAACATCATGCC---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--G--CATTT----CCTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGATA--atatca
gi|43 : acagaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGATAACCCTGAACGCTATATTTCATATC
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAA-TTCCAG---------TA-TATGCACTACTCC-CATACTTTC-TTAA-G-T-GTTAACTTCACGCC---------T------TAC-CG------CTGTTAAATAGGA-TGTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT-C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TAT-TT-------TA-ATTAATTTTAACGTTATTGTGTTA---C-GT--A--TTTTGAT------A-AAG-G-AGG-T--------TTCCATCACT-A--ATTCAGAT-AACGTTT-TG-C--A---AAAA-AAAACAC-AC--AAAA-A-CAATA------CGG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATCAA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGA-TT-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-A-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATTTAGAA-AACATTT-C--T--G---AGGA-AA---A--GC--A--A-T-ACATT--TC--TGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTGAA-T--CGCA------------AT--T-ATTTC-TTTTT--A----AC----AACAG-AATAATTCAATT-GGTT-TT--GCGATACT---------------------T-G-TCGATA-TCGCTCT-GCGTA--CCAA-TTG--T--T--TACCA---CTTGTC--------ATAGCCA----TA---------TATA---TTGTTACCAGAGGAA-----TTT-------AAAG----CTGA--G--CATTT----TGCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT-------------------TATTCTTGATATCGAT----AATA-----------T-TT-TT-CACTTAAATTGAT-GTCA----ATTCTTA
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAA-TTCTAG---------TT-CATTCAC--CTTC--CT--TTTC-TAAA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTACCACAAT------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-TGATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT-C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--t
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGT-TA-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-G-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATCAAGAA-AACATTT-T-----G---GAGG-GG---A------AGCA-C-T-ATATTTC--TGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTGAA-T--CACA------------AA--G-ATTTCGTTTTAATA----AC----AGAATAATTCGATCGATTTTTTTATA---------TG--TGT------C--------------GATA-TTGCTCT-GCGTA--CCAA-CTG--T--T--TACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGCCT----TATA--T--C-TTTA---TTGTTACCAGAGGTA-----TTT-------AATG----CTGA-----------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT-------------------ATTCTTGATATCGAT----AAT--------TT--T-TT-TT-CACTCAAATTGAT-GTCA----TTTCTTATCC-
gi|9 : ga-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-T-TG-------TTCACTACTTT--AC----------TA---CTC---A--TTTAAACT---A-A-AAA-G-AAG-CCTACATTCTTACATCGTT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-TGCC--G---GAGA-AAT--AA-AC-------T-TCATT--TC--TCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTTGACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTC-AAAG-A-GT-TGGC-AA-A--TCTC---------T--AT--T-ATTTC-TTTTG--A----AT----A--AC-ATTC--TTGATTCGATGGTATTGTGATA----------A-GACA--CAC--T-G-TATGTA-GTACTAT-GCGTA--TGAA-TTG--C--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACC----TGTC--T--T-TTTA---T---TACAATAGAGA-----TTT-------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 1 1111111111111111 4444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 3333333333333 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666666666 111111111 11111111 1111111 111111111 333333333333333333333 1 2222 2222 5555555555555555555 1 2222 2222 2222
lowQualScore : 33 5 7 2 0 0 3 2 000000000 33 1 1 0 88 0 2 4 8 2 2 1111111111111111 2 777777 3 3 3 55 0 2 2 0000000000000 2 444 2 33 1 77 2 1 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 3333333 444444 8888888 55 0 33 9999999999 4444444444444 0 333 2 2 2 666 6666666666 2 22 4 0 333333333333333333333333333333333333333333 33 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 66 444 5555 5555 66 0 2 44 1 111111111111111111111111111111 3333 4 2 1 33 33 44444 333 333333333 00 7777777777 22 2 0 333 2 55555 11111111 5555 3333333 0 555555 22 2 22 333 1 333 0 111111111 0 3 999999999999999999999 5 5 0 9 0000 2222 1 0 3 8888888888888888888 3 0 0 0 2222 2222 4444
lowQualScore : .. . . . . . . . ......... .. . . . .. . . . . . . ................ . ...... . . . .. . . . ............. . ... . .. . .. . . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ...... ....... .. . .. .......... ............. . ... . . . ... .......... . .. . . .......................................... .. ... . ........ .. . . . ... . . ............................................................... .. .. ... .... .... .. . . .. . .............................. .... . . . .. .. ..... ... ......... .. .......... .. . . ... . ..... ........ .... ....... . ...... .. . .. ... . ... . ......... . . ..................... . . . . .... .... . . . ................... . . . . .... .... ....
lowQualScore : 88 7 3 9 1 8 1 7 777777777 11 4 6 9 88 9 9 3 6 9 9 8888888888888888 7 777777 1 3 3 77 5 9 9 5555555555555 7 777 7 77 7 33 7 2 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 1111111 000000 1111111 77 6 11 7777777777 8888888888888 5 777 1 1 5 333 1111111111 1 99 2 9 999999999999999999999999999999999999999999 22 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 99 222 7777 7777 77 3 0 22 8 333333333333333333333333333333 3333 2 1 8 11 11 77777 777 777777777 55 5555555555 99 1 2 999 4 33333 33333333 0000 6666666 6 777777 44 1 99 777 3 777 8 111111111 2 5 555555555555555555555 0 0 0 8 8888 0000 0 8 2 0000000000000000000 2 2 8 0 0000 7777 3333
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAATTCT-AG---------TT-CATGCACTACTACCATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-T-GTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT--AA-TCA--CC---------T--AT--CATTTC-TTTTA--A----AT----AGTATATTCATTCGATTCGGTGATA--GCGATATTG--TGT----A-GACACANTG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGTA--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAATTCT-AG---------TT-CATGCACTACTACNNTACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-T-GTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT--AA-TCA--CC---------T--AT--CATTTC-TTTTA--A----AT----AGNATATTCATTCGATTCGGTGATA--GCGATACTG--TGT----A-GACACANTG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGTA--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAATTCT-AA---------TT-CAGGAACTACATCTATACTTTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACC---------T------TGC-TG------CT-TTAAGGATCA-T-GTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT-G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTTA------AC--CATGTG-------TACG----TCT--AA----------GA---C-AAACA--TTTTGA-----------------------------TACATCGTT-A--ATTCATAA-AACTCTC-C--C--A---CAAACAA---AA-AT--A--A-T----TG--TG--TGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTTGACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TA-GTA-G---TGT--AA--------------------AT--CATT----------------------GT----------GATTGAGTAAAA--G---TA-TG--TCT----G-AGCACATTG-AATGTA-TTCCCA-TGTGTA--CCGATCG--T--A--TACCA---CTTGTCTCA-----ACAGATT----TGTT--T--T-TATT---TTGCTATGAGACATA-----TTT-------TATG----CTTG--G--CCTTT----GGCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGA-TG-------TACACTACTCT--TC----------TA---C-G---CA-CTCTAACT---A-A-ATA---AAG-C--------TAACAGCAATGA--AT---GAA-ATAGTTT-G--C--C---AAAA-AA---A---------A-T---ATA--TC--TGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACA
gi|10 : acaTTA--A----AT----AATATATTAATTCGACTTGGTAAGT--GCAATA-TA--TAT----C-G-CATACT------TACTTCTTA-TTGCTA--CCAacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|10 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagG--T--G--CAATA---TATATC--------GCATACT----TACT--T--C-T-TA---TTGCTACCAG-GTAA-----GTT-------CATG----ATA-----------------CC----TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATT--ACTGGGAGATATACT--AGATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT-TTGTACTCATA-TGGTAGggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG---------T--CATATATAATTACCATTCTTTC-T-AAAG-T-GTAAATTCCATACC---------T------TAC-TG------CATTTAATGAACA-TTGTAA-AATCTATTGTGTGACTAA--CA---------A---T-T---ATC-C--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGT-TG-------TACA----TTC--AC----------CA---T-AC--A--TTTCAATT---T-A-AGG-C-AAG--------------ATTCCT-A--ATTCAGAA-AACGTTTAT--C--A---GAGA-AA---AC-A
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaTGT--AAATCA--CA------------AT--CATTTC-TGTTA--A----AT----AACAAAAGTATTCGATTTGGTGA-------AT-CTG--TGTTC--A-AACAAAGTG-TATATA-TTCCTA-TGGGTA--CCAATTG--T--G--CAGCA---CTTATT--------GCAGAAG----TGCT--T--T--ATC---TTGTAATGAGAGGTA-----TTTGTAGTTTCGTG----CCGG--G--CCTTT----CGCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAATA--CATGGGCGATATACTTAATCTCGAT----ATTA--------T--A-TT-TT-CACCTACA-TAGTTGTCA----ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAGCTCA--AT------AAA--A--CT---TAACTT-TCTAA-----TTTCCTGACATACATCTCTCA-GTTAATAatacttttgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAATTGA-AGAGTGCACACTTGCATACACTACTAAAATATTTTC-T-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCC---------T------TGC-CG------CTATTCCAGAACA----TTACAA-----ATTGTGA-TTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT-C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--CTT-TA-------AACAT--CTTG--A------------A---C-A---A--CTTTAA-----------A-T-AAG-C--------TCACATCACT-G--ACGCAGAA-AATGTTT-G--CA-G---AAGA-AG---AT-AC--aagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAGTTCT-AG---------TC-CATG-----------TACTTTC-CAAA-T-G-GGTAACTTCATGTC---------T------TAC-CATTGTTCTTATTAAAGAtatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAATTCT-AA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAATTTT-AG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTT--AC----------CA---A-A---GA-CTGTAATTTTTACA-GCA-G-AAA-----------TACTGCACT-A--ATTCCGAA-AACGT--------------AGG-TC---AC-ACTAAGCA-GGTCATA--TC--TGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATTGACATAT----TTA-TATG--TTGACT-------------------------------------------AT---ATTT--TTTTA--A----AT----GCTTTATTCATTCGATTCGTTGAT--------ATTG--TGT----A-------TTG-T--GTA-------------A--CAAATTG--T--A------A-----TAT------------GACT----GGTT--TGAT-TATAACATTGCTATGACAGAA---------------------------------CCTTT----CACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGAT
gi|18 : GT-TA-------TATA--ACTT---AC----------CA---C-A---CG-CTTTGATT---A-T-AAC-G-AGG-C--------TTCCATCACT-A--AATCAAAATGAC-----T--C--GTATGAGATAA---AC-AC----------------TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AG-GGA-GA-TTGT--AA-TTT--AC---------G--GT--CACTTA-TTCGT--A----AT----AAAATGTTTATTCGATACTGTAAT------ACAGCG--TAT----A-GGCA-ATCGTTTGGTA-TTTTCA--AAGTAAGCTATTTG--C--GGTTTCTT---TTTGTG--------ACAGACT----TGTT--T--T-g
gi|19 : TTT--TC----------CA---C-A---CGCTTTTA-TT---A-A-GAA-G-AGG-C--------AAACACCACT-A--AATCAAAATGACTTTTAT--G--A---GAGA-AA---AC-AC------------T---TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AA-G-AAGA-TTGT--AA-TTT--AC---------G--GT--CAACTA-TTCTA--A----AT----ACAATGTTTATTCGATACTGTAAT-----------------------GACAAACGT-TTGGTATTTCCAA-CGCA-A--GCAATT---T--G--CACTG---TTTGTC--------ACAGAC--------A--T--C-TATA-----ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAATTCT-AG---------TT-CATTCATTGCTACACTCCTTTC-T-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCC---------T------TAC-CA------ATATTAAATAACA-T-GTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGT-TG-------TACACACCTTT--AC----------CA---C-AG--G--GTTTAATT---A-A-TTA-G-TAG-T--------TTACATCACT-A--TATCAGAA-AACATTT-T--C--A---GAGA-AA---AC-AC--AGCATT-TTATA--TT--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATTGGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AA-GCC-GA-TTGT--GA-TTA--CC---------T--AA--CAATTC-TTAGA--A----AT----AGCATATTCATTCGATTCGGTGATG--GTGATGCTG--TGT----A-GCCACAATT-TAGGTA-TTCCCA-TGAGTA--CCAATTA--T--T--TACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTG--T--T-TATA---TTGCTACGAGAAGGA-----TTT-------CATA----CTTG--G--CCTTC----CGTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAATA--CTTCGATAATATACCTAATGTCGAT----AATAC------TT--T-TT-TT-TACTGAAA-TGGTAGCCA----TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAGA-CA--A-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTT-ACGTACCTCTTT-ATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAATTAT-AA---------CT-TACGTA---------TACTTTC-T-AA-A-TAGTTAACGTTATGCT---------T------TAG-GG------CTATTAAAGAACA-T-GATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT-C--TGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTAT--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CAT-TG-------CACACTACATT--AC----------AA---A-A----------AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-A----TAACAA-AACACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TG------C--TAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATCCACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----TTTATATG--CGCATTT-TT-AA-C---GA-TT------------------------------CATTTC-TTTTA--A----GT----AGTACACACA--CGATTTGGTGATA---CAACGTTA---------A-GACACACTA--AGGTA-TTCCTA-TGTGT----TAAACG--TCTG--TACCA---CTTACC--------GAAG----------T--T--T-CATA---TAGCTTTGAGACGGA-----CTT-------CATG----CTGG--A--CCTTT----CG-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCA---T-----AT--G-A---CCT-TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAA-TG-------CACACTATATT--AC----------TA-----A---------TAAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-ATTATAC-TAA-AATACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TC------C--TAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT
gi|24 : c------TACACA------TTATTAAA--ACA-T-GTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT-T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTT-TGAACCCTGTACACAATTTC--GG----------CA---C-A---TA-TTTCATTT---A-A-ACA-G-AAG-C--------TAGCATCTCT-A--ATTCAGAA-AA
gi|25 : ATT--TC--TGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAGGTA-CTC------GGTT--CCTAGTG--T--G--CAAAA---CTTGTTT-------GTATAGT-----GTT--T--G-TATA---TTGTTACGAGGGG-------------------------CTAT--G--TCTTT----CGCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatc--CACTG---ATTGTC--------GAACACT----TGTT--T--T-TGT----TT-CTATGGGAACCA-----TTT-------TATA----CTTA--A--CATTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAATA---------GAAGTAATTTATA-CGAT------TA-------TTAAT-TT-TT-CAATCAAA-TGGTAGTAAC---TTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcgaTG--GTGATACTG--TATGTTCA-GACAAGTTC-TATGTT-CTTCTA-TAGGTA--CTGAATG--T--T--TATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTGAT--T-TATA---GTGCTATGAGAGAGA-----TTT-------TA-G----CTAGA-G----TTT----CTCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGATA--TCTTGACGATAT------TATT---------TT-------TT--T-TTGTT-TACTCAAA-TAATAG
gi|29 : AATG-TAGGTA-TTCATA-TGGGCA--CCACTTGGTT--C--CACTAACCCTTACC----------AGACT----AGAC--T--T-TATA---TTGGTACGAGAGTGA-----TTT-------TCTGTTGTTTTGTTG--TTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGATA--CCTAGACGATATAATTTA-ATC
gi|3 : ACTACACTGCCTTC-T-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACC---------T------TAC-CG------ATATTAAAAAACA-T-GCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT-A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT--------------------------TG-------TACATTACTTT--AA----------CA---C-G---C--ATTTAGTT---A-A-AAA-G-ACA-C--------TTATATCCCT-A--ATTCAGTA-AACATTT-GG-C--G---AGGA-AA---AT-A--------T-T------TC--TGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT-------------------------------TGGACGTGC--AA---------TG---AA-TCA--C----------T--AT--CATTTT-TTTTT--A----AA----AATATATGTATTTAATTCGGTGATA------CATTA--TTT----A-GACAGATTG-TAGGCA-TTCCTA-TCGGTA--CCAATAT--T--G--AACCA---CTTGTC--------GCAG----------T--T--T-TATA---TTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATT----CCTA--A--CCTTT----TGCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAATA--TCTGGATAATACACTTTATATGGAT----ACTT-------AT--G-TT-TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGACTTACCCAAA-ACAGCTCCAGCTCA--ACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTG-CTTTTCT-------CTCTCT-A--TTAATActc
gi|30 : -TAACAAAATAC-AG---------TA-AGTGCACTACGACCATTATTGC-T-AAAT-T-GTTAACTCCATGTC---------TTACATGTAC-CG------CTATTAAAGGACAGT-CTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCA---TACG--A---G-A---CTT-C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-CGGTGATA--CTG----TG--TGT----A-AACAAAGTG-AAAGTA-TTTCTA-CGGGTA--CCGAATG--T--G--CATCA---CTAGTC--------ACAGATT----TTTT--T--TTTATA---TTGCTATGAGAAGGG-----TTT-------CATG----CTGA--G--CCTTT----CACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGATtggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATATTCT-AG---------TT-CATTCATTACTACA----TTCC-T-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCG---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAACA-T-GTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T-C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATTGGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AA-GAA-GT-TTGT--AA---A--TC---------T--ATACTATTTCTTTTTA--ACGGTATCATGAGTATATTCATTCGAT------ATG--GCGATGTCG--TGC----A-TA-ACTATG-TATGTA-TTACCA-TGaata
gi|34 : -T-TCATAG-TCCATAGT-TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATTGACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AG-G-ACGA-TTGTG-AA-TCA---C---------T--AT--CATTTT-Tgtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatAT-GCTTTGAA-AAACGACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AA-T-A-CATTTGT--GA---A--GC---------TAAAT--CATTTC-CATTT--A----TT----AACATTTTCATTC-ATTCAATGATA--TCG----TG--T-T----AGGACACATTG-TAAGTatga
gi|36 : taatcgcaaccatggTA-TTCTTA-TGCGTA--CCAATTT--T--G--CATGA---CTTGTT--------TCATTCT----TGCT--C--T-T-------TG----GATA---A-----TTT--------GTG----CTTA--AAACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGG-TG-------TACACTAA-TT--AC----------CA---C-AC--A--TTGTAATC---A-A-AAC-GAAAA-C--------TT-CATTACT-A--TTTCAGAA-ATCGTTTGT--C--A---GAGA-AA---A--AC--Aatt
gi|38 : acatTTTAATT---A-A-AGA-G-AAT-C--------ATATTTTTCT-A--ATTTAGTA-AACGTTT-G--C---------A-AA---AG-AA--AG-A-T-TTATATTTC--TGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtttt
gi|39 : aA-----TTT-------CATG----CTGG--G--CCTTT----TACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGATA--CCTGAACGACATACTTGATATC
gi|4 : CATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGATTCT-AG---------TA-CATGCACTACTGTCTTACTTTC-TAAA-T-T-ATTAACTTCGTGCC---------G------TA--TG------CTATTAAAGTACA-C-GTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT-C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGT-GA-------T-CACTACTTT--AC----------CATCGC-A---T--GTTTATTT---A-AGATA-A-GAG------------------CT-A--ATTGAGGA-AACGTTT-G--CAAG---GA-A-AA---AC-AC--TGTA-T-T------GC--TGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-TGACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC---------A-TTTT--AA-TCATGTCTTTAAACAAT--AT--CAATGT-CTTTA--C----AT----ACTGCATTTACTTGAATCTGT-------TGA-ATTGCCTTT----A-G-------G-GAAATA---CCAATTGCGTT--CCAATTG--T--G--CAAAA---CATATT--------GCAGA-T----TAGT--T--T-TATA---TTGCCACGTGGGGGG-----TTT-------CATG----CATG----------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGATA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagaAATTGT-AG---------TT-CATACACTATTACCATACCTTC-TAAA-T-G-GTTAACACCATACC---------T------CAA-TG------CTATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttT-AG---------TT-CATTCTCCACTACAGTACT-------G-T-T-GTTAACATCATGCC---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--G--CATTT----CCTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGATA--atatca
gi|43 : acagaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGATAACCCTGAACGCTATATTTCATATC
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAATTCC-AG---------TA-TATGCACTACTCCCATACTTTC-TTAA-G-T-GTTAACTTCACGCC---------T------TAC-CG------CTGTTAAATAGGA-T-GTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT-C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TAT-TT-------TA-ATTAATTTTAACGTTATTGTGTTA---C-GT--A--TTTTGAT------A-AAG-G-AGG-T--------TTCCATCACT-A--ATTCAGAT-AACGTTT-TG-C--A---AAAA-AAAACAC-AC--AAAA-A-CAATA------CGG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATCAA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGA-TT-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-A-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATTTAGAA-AACATTT-C--T--G---AGGA-AA---A--GC--A--A-T-ACATT--TC--TGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTG-AA-TCG--CA------------AT--TATTTC-TTTTT--A----AC----AACAGAATAATTCAATT-GGTT-TT--GCGATACT-------------------TG-TCGATA-TCGCTC-TGCGTA--CCAATTG--T--T--TACCA---CTTGTC--------ATAGCCA----TA---------TATA---TTGTTACCAGAGGAA-----TTT-------AAAG----CTGA--G--CATTT----TGCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT-------------------TATTCTTGATATCGAT----AATA-----------T-TT-TT-CACTTAAATTGAT-GTCA----ATTCTTA
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAATTCT-AG---------TT-CATTCAC--CTTCCT---TTTC-TAAA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTACCACAAT------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-T-GATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT-C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--t
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGT-TA-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-G-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATCAAGAA-AACATTT-T-----G---GAGG-GG---A------AGCA-C-T-ATATTTC--TGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTG-AA-TCA--CA------------AA--GATTTCGTTTTAATA----AC----AGAATA---ATTCGAT------------CGAT-TTT--TTT----A-TAT---GTG-TCGATA-TTGCTC-TGCGTA--CCAACTG--T--T--TACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGCCT----TATA--T--C-TTTA---TTGTTACCAGAGGTA-----TTT-------AATG----CTGA-----------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT-------------------ATTCTTGATATCGAT----AAT--------TT--T-TT-TT-CACTCAAATTGAT-GTCA----TTTCTTATCC-
gi|9 : ga-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-T-TG-------TTCACTACTTT--AC----------TA---CTC---A--TTTAAACT---A-A-AAA-G-AAG-CCTACATTCTTACATCGTT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-TGCC--G---GAGA-AAT--AA-AC-------T-TCATT--TC--TCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTTGACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTC-AAAG-A-G--TTGGCAAA-TC---TC---------T--AT--TATTTC-TTTTG--A----AT----A--ACATTC--TTGATTCGATGGTATTGTGATA------------A-GACACACTG-TATGTA-GTACTA-TGCGTA--TGAATTG--C--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACC----TGTC--T--T-TTTA---T---TACAATAGAGA-----TTT-------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111 1 1111111111111111 4444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 3333333333333 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555555555555555555555555555 111111111 11111111 1111111 111111111 333333333333333333333 1 2222 2222 5555555555555555555 1 2222 2222 2222
lowQualScore : 33 5 7 2 0 0 3 2 000000000 2 3 111 2 7 5 2 2 1111111111111111 2 777777 6 3 55 0 2 2 0000000000000 2 444 2 33 1 77 2 1 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 3333333 444444 8888888 55 0 33 9999999999 4444444444444 0 333 2 2 2 666 6666666666 2 22 4 0 333333333333333333333333333333333333333333 33 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 44 2 5555 5555 66 0 2 44 1 9999999999999999999999999999 2 1 2 2 1 33 33 44444 333 333333333 00 7777777777 22 2 0 333 2 55555 11111111 5555 3333333 555555 1 22 2 22 333 1 333 0 111111111 0 3 999999999999999999999 5 5 0 9 0000 2222 1 0 3 8888888888888888888 3 0 0 0 2222 2222 4444
lowQualScore : .. . . . . . . . ......... . . ... . . . . . ................ . ...... . . .. . . . ............. . ... . .. . .. . . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ...... ....... .. . .. .......... ............. . ... . . . ... .......... . .. . . .......................................... .. ... . ........ .. . . . ... . . ............................................................... .. .. . .... .... .. . . .. . ............................ . . . . . .. .. ..... ... ......... .. .......... .. . . ... . ..... ........ .... ....... ...... . .. . .. ... . ... . ......... . . ..................... . . . . .... .... . . . ................... . . . . .... .... ....
lowQualScore : 88 7 3 9 1 8 1 9 777777777 7 3 999 9 1 7 9 9 8888888888888888 7 777777 2 3 77 5 9 9 5555555555555 7 777 7 77 7 33 7 2 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 1111111 000000 1111111 77 6 11 7777777777 8888888888888 5 777 1 1 5 333 1111111111 1 99 2 9 999999999999999999999999999999999999999999 22 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 22 3 7777 7777 99 5 0 22 1 1111111111111111111111111111 4 0 2 2 8 22 11 77777 777 777777777 55 5555555555 99 1 2 999 4 33333 33333333 0000 6666666 777777 1 44 1 99 777 3 777 8 111111111 2 5 555555555555555555555 0 0 0 8 8888 0000 0 8 2 0000000000000000000 2 2 8 0 0000 7777 3333
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT--AA-TCA--CC---------T--AT--CATTTC-TTTTAA----AT----AACATATTCATTCGATTCGGTGATA---CGATATTG--T-T--A-GACACANTG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGTA--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT--AA-TCA--CC---------T--AT--CATTTC-TTTTAA----AT----AGTATATTCATTCGATTCGGTGATA--GCGATATTG--TGT--A-GACACANTG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGTA--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATG----CTNG--G--CCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAA-TTCTAA---------TT-CAGGAACTACATC-TATACTTTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACC---------T------TGC-TG------CT-TTAAGGATCA-TGTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT-G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTTA------AC--CATGTG-------TACG----TCT--AA----------GA---C-AAACA--TTTTGA-----------------------------TACATCGTT-A--ATTCATAA-AACTCTC-C--C--A---CAAACAA---AA-AT--A--A-T----TG--TG--TGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTTGACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TA-GTA-G---TGT--AA--------------------AT--CATT--------------------GT----------GATTGAGTAAAA--G---TA-TG--TCT--G-AGCACATTG-AATGTA-TTCCCA-TGTGTA--CCGATCG--T--A--TACCA---CTTGTCTCA-----ACAGATT----TGTT--T--T-TATT---TTGCTATGAGACATA-----TTT-------TATG----CTTG--G--CCTTT----GGCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGA-TG-------TACACTACTCT--TC----------TA---C-G---CA-CTCTAACT---A-A-ATA---AAG-C--------TAACAGCAATGA--AT---GAA-ATAGTTT-G--C--C---AAAA-AA---A---------A-T---ATA--TC--TGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACA
gi|10 : acaTTAA----AT----AATATATTAATTCGACTTGGTAAGT--GCAATATacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|10 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagG--T--G--CAATA---TATATC--------GCATACT----TACT--T--C-T-TA---TTGCTACCAG-GTAA-----GTT-------CATG----ATA------CC---------------TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATT--ACTGGGAGATATACT--AGATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT-TTGTACTCATA-TGGTAGatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG----------T-CATATATAATTAC-CATTCTTTC-TAAA-G-T-GTAAATTCCATACC---------T------TAC-TG------CATTTAATGAACATTGTAA-AATCTATTGTGTGACTAA--CA---------A---T-T---ATC-C--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGT-TG-------TACA----TTC--AC----------CA---T-AC--A--TTTCAATT---T-A-AGG-C-AAG--------------ATTCCT-A--ATTCAGAA-AACGTTTAT--C--A---GAGA-AA---AC-A
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaTGT--AAATCA--CA------------AT--CATTTC-TGTTAA----AT----AACAAAAGTATTCGATTTGGTGA-------AT-CTG--TGTTCA-AACAAAGTG-TATATA-TTCCTA-TGGGTA--CCAATTG--T--G--CAGCA---CTTATT--------GCAGAAG----TGCT--T--T--ATC---TTGTAATGAGAGGTA-----TTTGTAGTTTCGTG----CCGG--G--CCTTT----CGCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAATA--CATGGGCGATATACTTAATCTCGAT----ATTA--------T--A-TT-TT-CACCTACA-TAGTTGTCA----ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAGCTCA--AT------AAA--A--CT---TAACTT-TCTAA-----TTTCCTGACATACATCTCTCA-GTTAATAatacttttgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAA-TTGAAGAGTGCACACTTGCATACACTACTAA-AATATTTTC-T-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCC---------T------TGC-CG------CTATTCCAGAACA---TTACAA-----ATTGTGA-TTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT-C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--CTT-TA-------AACAT--CTTG--A------------A---C-A---A--CTTTAA-----------A-T-AAG-C--------TCACATCACT-G--ACGCAGAA-AATGTTT-G--CA-G---AAGA-AG---AT-AC--aagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAG-TTCTAG---------TC-CATG------------TACTTTC-CAAA-T-G-GGTAACTTCATGTC---------T------TAC-CATTGTTCTTATTAAAGAtatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAA-TTCTAA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAA-TTTTAG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTT--AC----------CA---A-A---GA-CTGTAATTTTTACA-GCA-G-AAA-----------TACTGCACT-A--ATTCCGAA-AACGT--------------AGG-TC---AC-ACTAAGCA-GGTCATA--TC--TGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATTGACATAT----TTA-TATG--TTGACT-------------------------------------------AT---ATTT--TTTTAA----AT----GCTTTATTCATTCGATTCGTTGATA--------TTG--TGT--A-------TTG-T--GTA-------------A--CAAATTG--T--A------A-----TAT------------GACT----GGTT--TGAT-TATAACATTGCTATGACAGAA---------------------------------CCTTT----CACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGAT
gi|18 : GT-TA-------TATA--ACTT---AC----------CA---C-A---CG-CTTTGATT---A-T-AAC-G-AGG-C--------TTCCATCACT-A--AATCAAAATGAC-----T--C--GTATGAGATAA---AC-AC----------------TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AG-GGA-GA-TTGT--AA-TTT--AC---------G--GT--CACTTA-TTCGTA----AT----AAAATGTTTATTCGATACTGTAAT------ACAGCG--TAT--A-GGCA-ATCGTTTGGTA-TTTTCA--AAGTAAGCTATTTG--C--GGTTTCTT---TTTGTG--------ACAGACT----TGTT--T--T-g
gi|19 : TTT--TC----------CA---C-A---CGCTTTTA-TT---A-A-GAA-G-AGG-C--------AAACACCACT-A--AATCAAAATGACTTTTAT--G--A---GAGA-AA---AC-AC------------T---TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AA-G-AAGA-TTGT--AA-TTT--AC---------G--GT--CAACTA-TTCTAA----AT----ACAATGTTTATTCGATACTGTAAT---------------------GACAAACGT-TTGGTATTTCCAA-CGCA-A--GCAATT---T--G--CACTG---TTTGTC--------ACAGAC--------A--T--C-TATA-----ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATTCATTGCTAC-ACTCCTTTC-T-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCC---------T------TAC-CA------ATATTAAATAACA-TGTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGT-TG-------TACACACCTTT--AC----------CA---C-AG--G--GTTTAATT---A-A-TTA-G-TAG-T--------TTACATCACT-A--TATCAGAA-AACATTT-T--C--A---GAGA-AA---AC-AC--AGCATT-TTATA--TT--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATTGGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AA-GCC-GA-TTGT--GA-TTA--CC---------T--AA--CAATTC-TTAGAA----AT----AGCATATTCATTCGATTCGGTGATG--GTGATGCTG--TGT--A-GCCACAATT-TAGGTA-TTCCCA-TGAGTA--CCAATTA--T--T--TACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTG--T--T-TATA---TTGCTACGAGAAGGA-----TTT-------CATA----CTTG--G--CCTTC----CGTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAATA--CTTCGATAATATACCTAATGTCGAT----AATAC------TT--T-TT-TT-TACTGAAA-TGGTAGCCA----TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAGA-CA--A-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTT-ACGTACCTCTTT-ATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAA-TTATA------------------ACT--TACGTATACTTTC-T-AA-A-TAGTTAACGTTATGCT---------T------TAG-GG------CTATTAAAGAACA-TGATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT-C--TGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTAT--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CAT-TG-------CACACTACATT--AC----------AA---A-A----------AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-A----TAACAA-AACACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TG------C--TAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATCCACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----TTTATATG--CGCATTT-TT-AA-C---GA-TT------------------------------CATTTC-TTTTAA----GT----AGTACACACA--CGATTTGGTGATA---CAACGTTA-------A-GACACACTA--AGGTA-TTCCTA-TGTGT----TAAACG--TCTG--TACCA---CTTACC--------GAAG----------T--T--T-CATA---TAGCTTTGAGACGGA-----CTT-------CATG----CTGG--A--CCTTT----CG-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCA---T-----AT--G-A---CCT-TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAA-TG-------CACACTATATT--AC----------TA-----A---------TAAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-ATTATAC-TAA-AATACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TC------C--TAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT
gi|24 : c------TACACA------TTATTAAA--ACA-TGTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT-T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTT-TGAACCCTGTACACAATTTC--GG----------CA---C-A---TA-TTTCATTT---A-A-ACA-G-AAG-C--------TAGCATCTCT-A--ATTCAGAA-AA
gi|25 : ATT--TC--TGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAGGTA-CTC------GGTT--CCTAGTG--T--G--CAAAA---CTTGTTT-------GTATAGT-----GTT--T--G-TATA---TTGTTACGAGGGG-------------------------CTAT--G--TCTTT----CGCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatc--CACTG---ATTGTC--------GAACACT----TGTT--T--T-TGT----TT-CTATGGGAACCA-----TTT-------TATA----CTTA--A--CATTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAATA---------GAAGTAATTTATA-CGAT------TA-------TTAAT-TT-TT-CAATCAAA-TGGTAGTAAC---TTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcgaGGTGATA--CTG-TAT-G--TTC--A-GACAAGTTC-TATGTT-CTTCTA-TAGGTA--CTGAATG--T--T--TATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTGAT--T-TATA---GTGCTATGAGAGAGA-----TTT-------TA-G----CTAGA-G----TTT----CTCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGATA--TCTTGACGATAT------TATT---------TT-------TT--T-TTGTT-TACTCAAA-TAATAG
gi|29 : tAATG-TAGGTA-TTCATA-TGGGCA--CCACTTGGTT--C--CACTAACCCTTACC----------AGACT----AGAC--T--T-TATA---TTGGTACGAGAGTGA-----TTT-------TCTGTTGTTTTGTTG--TTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGATA--CCTAGACGATATAATTTA-ATC
gi|3 : ACTAC-ACTGCCTTC-T-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACC---------T------TAC-CG------ATATTAAAAAACA-TGCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT-A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT--------------------------TG-------TACATTACTTT--AA----------CA---C-G---C--ATTTAGTT---A-A-AAA-G-ACA-C--------TTATATCCCT-A--ATTCAGTA-AACATTT-GG-C--G---AGGA-AA---AT-A--------T-T------TC--TGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT-------------------------------TGGACGTGC--AA---------TG---AA-TCA--C----------T--AT--CATTTT-TTTTTA----AA----AATATATGTATTTAATTCGGTGATA------CATTA--TTT--A-GACAGATTG-TAGGCA-TTCCTA-TCGGTA--CCAATAT--T--G--AACCA---CTTGTC--------GCAG----------T--T--T-TATA---TTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATT----CCTA--A--CCTTT----TGCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAATA--TCTGGATAATACACTTTATATGGAT----ACTT-------AT--G-TT-TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGACTTACCCAAA-ACAGCTCCAGCTCA--ACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTG-CTTTTCT-------CTCTCT-A--TTAATActc
gi|30 : -TAACAAA-ATACAG---------TA-AGTGCACTACGAC-CATTATTGC-T-AAAT-T-GTTAACTCCATGTC---------TTACATGTAC-CG------CTATTAAAGGACAGTCTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCA---TACG--A---G-A---CTT-C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-CGGTGATA--CTG----TG--TGT--A-AACAAAGTG-AAAGTA-TTTCTA-CGGGTA--CCGAATG--T--G--CATCA---CTAGTC--------ACAGATT----TTTT--T--TTTATA---TTGCTATGAGAAGGG-----TTT-------CATG----CTGA--G--CCTTT----CACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGATtggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATA-TTCTAG---------TT-CATTCATTACTAC----A-TTCC-T-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCG---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAACA-TGTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T-C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATTGGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AA-GAA-GT-TTGT--AA---A--TC---------T--ATACTATTTCTTTTTAACGGTATCATGAGTATATTCATTCGAT------ATG--GCGATGTCG--TGC--A-TA-ACTATG-TATGTA-TTACCA-TGaata
gi|34 : -T-TCATAG-TCCATAGT-TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATTGACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AG-G-ACGA-TTGTG-AA-TCA---C---------T--AT--CATTTT-Tgtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatAT-GCTTTGAA-AAACGACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AA-T-A-CATTTGT--GA---A--GC---------TAAAT--CATTTC-CATTTA----TT----AACATTTTCATTC-ATTCAATGATA--TCG----TG--T-T--AGGACACATTG-TAAGTatga
gi|36 : taatcgcaaccatggTA-TTCTTA-TGCGTA--CCAATTT--T--G--CATGA---CTTGTT--------TCATTCT----TGCT--C--T-T-------TG----GATA---A-----TTT--------GTG----CTTA--AAACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGG-TG-------TACACTAA-TT--AC----------CA---C-AC--A--TTGTAATC---A-A-AAC-GAAAA-C--------TT-CATTACT-A--TTTCAGAA-ATCGTTTGT--C--A---GAGA-AA---A--AC--Aatt
gi|38 : acatTTTAATT---A-A-AGA-G-AAT-C--------ATATTTTTCT-A--ATTTAGTA-AACGTTT-G--C---------A-AA---AG-AA--AG-A-T-TTATATTTC--TGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtttt
gi|39 : aA-----TTT-------CATG----CTGG--G--CCTTT----TACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGATA--CCTGAACGACATACTTGATATC
gi|4 : CATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGA-TTCTAG---------TA-CATGCACTACTGT-CTTACTTTC-TAAA-T-T-ATTAACTTCGTGCC---------G------TA--TG------CTATTAAAGTACA-CGTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT-C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGT-GA-------T-CACTACTTT--AC----------CATCGC-A---T--GTTTATTT---A-AGATA-A-GAG------------------CT-A--ATTGAGGA-AACGTTT-G--CAAG---GA-A-AA---AC-AC--TGTA-T-T------GC--TGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-TGACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC---------A-TTTT--AA-TCATGTCTTTAAACAAT--AT--CAATGT-CTTTAC----AT----ACTGCATTTACTTGAATCTGT-------TGA-ATTGCCTTT--A-G-------G-GAAATA---CCAATTGCGTT--CCAATTG--T--G--CAAAA---CATATT--------GCAGA-T----TAGT--T--T-TATA---TTGCCACGTGGGGGG-----TTT-------CATG----CATG----------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGATA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagaAA-TTGTAG---------TT-CATACACTATTAC-CATACCTTC-TAAA-T-G-GTTAACACCATACC---------T------CAA-TG------CTATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttTAG---------TT-CATTCTCCACTAC-AGTACT-------G-T-T-GTTAACATCATGCC---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--G--CATTT----CCTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGATA--atatca
gi|43 : acagaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGATAACCCTGAACGCTATATTTCATATC
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAA-TTCCAG---------TA-TATGCACTACTCC-CATACTTTC-TTAA-G-T-GTTAACTTCACGCC---------T------TAC-CG------CTGTTAAATAGGA-TGTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT-C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TAT-TT-------TA-ATTAATTTTAACGTTATTGTGTTA---C-GT--A--TTTTGAT------A-AAG-G-AGG-T--------TTCCATCACT-A--ATTCAGAT-AACGTTT-TG-C--A---AAAA-AAAACAC-AC--AAAA-A-CAATA------CGG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATCAA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGA-TT-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-A-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATTTAGAA-AACATTT-C--T--G---AGGA-AA---A--GC--A--A-T-ACATT--TC--TGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTG-AA-TCG--CA------------AT--TATTTC-TTTTTA----AC----AACAGAATAATTCAATT-GGTT-TT--GCGATACT-----------------TG-TCGATA-TCGCTC-TGCGTA--CCAATTG--T--T--TACCA---CTTGTC--------ATAGCCA----TA---------TATA---TTGTTACCAGAGGAA-----TTT-------AAAG----CTGA--G--CATTT----TGCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT-------------------TATTCTTGATATCGAT----AATA-----------T-TT-TT-CACTTAAATTGAT-GTCA----ATTCTTA
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAA-TTCTAG---------TT-CATTCAC--CTTC-C---TTTTC-TAAA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTACCACAAT------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-TGATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT-C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--t
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGT-TA-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-G-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATCAAGAA-AACATTT-T-----G---GAGG-GG---A------AGCA-C-T-ATATTTC--TGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTG-AA-TCA--CA------------AA--GATTTC-GTTTTA----AT----AACAGAATAATTCGAT------------CGAT-TTT--TTT--A-TAT---GTG-TCGATA-TTGCTC-TGCGTA--CCAACTG--T--T--TACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGCCT----TATA--T--C-TTTA---TTGTTACCAGAGGTA-----TTT-------AATG----CTGA-----------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT-------------------ATTCTTGATATCGAT----AAT--------TT--T-TT-TT-CACTCAAATTGAT-GTCA----TTTCTTATCC-
gi|9 : ga-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-T-TG-------TTCACTACTTT--AC----------TA---CTC---A--TTTAAACT---A-A-AAA-G-AAG-CCTACATTCTTACATCGTT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-TGCC--G---GAGA-AAT--AA-AC-------T-TCATT--TC--TCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTTGACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTC-AAAG-A-G--TTGGCAAA-TC---TC---------T--AT--TATTTC-TTTTGA----AT----A--ACATTC--TTGATTCGATGGTATTGTGATA----------A-GACACACTG-TATGTA-GTACTA-TGCGTA--TGAATTG--C--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACC----TGTC--T--T-TTTA---T---TACAATAGAGA-----TTT-------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111 1 1111111111111111 4444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 3333333333333 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777777777777777777777777777777777 111111111 11111111 11111111111 111111111 333333333333333333333 1 2222 2222 5555555555555555555 1 2222 2222 2222
lowQualScore : 33 5 7 2 0 0 3 2 000000000 2 3 111 2 7 5 2 2 1111111111111111 2 777777 6 3 55 0 2 2 0000000000000 2 444 2 33 1 77 2 1 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 3333333 444444 8888888 55 0 33 9999999999 4444444444444 0 333 2 2 2 666 6666666666 2 22 4 0 333333333333333333333333333333333333333333 33 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 33 33 1 5555 5555 1 2 2 0 33 0 00000000000000000000000000000000000 3333 2 1 2 1 33 2 33 44444 333 333333333 00 7777777777 22 2 333 2 55555 11111111 88888888888 555555 1 22 2 22 333 1 333 0 111111111 0 3 999999999999999999999 5 5 0 9 0000 2222 1 0 3 8888888888888888888 3 0 0 0 2222 2222 4444
lowQualScore : .. . . . . . . . ......... . . ... . . . . . ................ . ...... . . .. . . . ............. . ... . .. . .. . . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ...... ....... .. . .. .......... ............. . ... . . . ... .......... . .. . . .......................................... .. ... . ........ .. . . . ... . . .............................................................. .. .. .. . .... .... . . . . .. . ................................... .... . . . . .. . .. ..... ... ......... .. .......... .. . ... . ..... ........ ........... ...... . .. . .. ... . ... . ......... . . ..................... . . . . .... .... . . . ................... . . . . .... .... ....
lowQualScore : 88 7 3 9 1 8 1 9 777777777 7 3 999 9 1 7 9 9 8888888888888888 7 777777 2 3 77 5 9 9 5555555555555 7 777 7 77 7 33 7 2 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 1111111 000000 1111111 77 6 11 7777777777 8888888888888 5 777 1 1 5 333 1111111111 1 99 2 9 999999999999999999999999999999999999999999 22 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77 77 66 7 7777 7777 4 7 7 3 88 2 66666666666666666666666666666666666 7777 2 0 2 0 22 4 11 77777 777 777777777 55 5555555555 99 1 999 4 33333 33333333 88888888888 777777 1 44 1 99 777 3 777 8 111111111 2 5 555555555555555555555 0 0 0 8 8888 0000 0 8 2 0000000000000000000 2 2 8 0 0000 7777 3333
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-T-A-C---GATAT-TG---T---T-A-GACA-ANTG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGTA--CCAA-TTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGCT--G----G--GCCTTTC----GCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-T-A-C---GATAT-TG---T---T-A-GACACANTG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGTA--CCAA-TTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGCT--N----G--GCCTTTC----GCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAA-TTCTAA---------TT-CAGGAACTACATC-TATACTTTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACC---------T------TGC-TG------CT-TTAAGGATCA-TGTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT-G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTTA------AC--CATGTG-------TACG----TCT--AA----------GA---C-AAACA--TTTTGA-----------------------------TACATCGTT-A--ATTCATAA-AACTCTC-C--C--A---CAAACAA---AA-AT--A--A-T----TG--TG--TGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTTGACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TA-GTA-G---T-GT--AA------------------A--T--CATTGT-GATTGA----GT----AAAAGTATGTC-----------TGA---G-C----ACAT-TG----------------AATG-----TA-TTCCCA-TGTGTA--CCGA-TCG--T--A--TACCA---CTTGTCTCA-----ACAGATT----TGTT--T--T-TATT---TTGCTATGAGACATA-----TTT-------TATGCT--T----G--GCCTTTG----GCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGA-TG-------TACACTACTCT--TC----------TA---C-G---CA-CTCTAACT---A-A-ATA---AAG-C--------TAACAGCAATGA--AT---GAA-ATAGTTT-G--C--C---AAAA-AA---A---------A-T---ATA--TC--TGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACA
gi|10 : acaTTAA----AT----AATA-TAT-TAATTCGACTTGGTAAGT-G-C---AATAT-acaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|10 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagG--T--G--CAATA---TATATC--------GCATACT----TACT--T--C-T-TA---TTGCTACCAG-GTAA-----GTT-------CATGAT--A--------CC---------------TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATT--ACTGGGAGATATACT--AGATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT-TTGTACTCATA-TGGTAGatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG----------T-CATATATAATTAC-CATTCTTTC-TAAA-G-T-GTAAATTCCATACC---------T------TAC-TG------CATTTAATGAACATTGTAA-AATCTATTGTGTGACTAA--CA---------A---T-T---ATC-C--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGT-TG-------TACA----TTC--AC----------CA---T-AC--A--TTTCAATT---T-A-AGG-C-AAG--------------ATTCCT-A--ATTCAGAA-AACGTTTAT--C--A---GAGA-AA---AC-A
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaT-GT--AAATCA--CA----------A--T--CATTTC-TGTTAA----AT----AACA-AAA-GTATTCGATTTGGTGA----------ATCTGTG---T---TCA-AACAAAGTG-TATATA-TTCCTA-TGGGTA--CCAA-TTG--T--G--CAGCA---CTTATT--------GCAGAAG----TGCT--T--T--ATC---TTGTAATGAGAGGTA-----TTTGTAGTTTCGTGCC--G----G--GCCTTTC----GCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAATA--CATGGGCGATATACTTAATCTCGAT----ATTA--------T--A-TT-TT-CACCTACA-TAGTTGTCA----ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAGCTCA--AT------AAA--A--CT---TAACTT-TCTAA-----TTTCCTGACATACATCTCTCA-GTTAATAatacttttgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAA-TTGAAGAGTGCACACTTGCATACACTACTAA-AATATTTTC-T-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCC---------T------TGC-CG------CTATTCCAGAACA---TTACAA-----ATTGTGA-TTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT-C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--CTT-TA-------AACAT--CTTG--A------------A---C-A---A--CTTTAA-----------A-T-AAG-C--------TCACATCACT-G--ACGCAGAA-AATGTTT-G--CA-G---AAGA-AG---AT-AC--aagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAG-TTCTAG---------TC-CATG------------TACTTTC-CAAA-T-G-GGTAACTTCATGTC---------T------TAC-CATTGTTCTTATTAAAGAtatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAA-TTCTAA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAA-TTTTAG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTT--AC----------CA---A-A---GA-CTGTAATTTTTACA-GCA-G-AAA-----------TACTGCACT-A--ATTCCGAA-AACGT--------------AGG-TC---AC-ACTAAGCA-GGTCATA--TC--TGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATTGACATAT----TTA-TATG--TTGACT------------------------------------------A--T---ATTT--TTTTAA----AT----GCTT-TAT-TCATTCGATTCGTTGA-T-A---------T-TG---T--------------------GTA-TT------GTGTA--ACAAATTG--T--A------A-----TAT------------GACT----GGTT--TGAT-TATAACATTGCTATGACAGAA---------------------------------CCTTTC----ACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGAT
gi|18 : GT-TA-------TATA--ACTT---AC----------CA---C-A---CG-CTTTGATT---A-T-AAC-G-AGG-C--------TTCCATCACT-A--AATCAAAATGAC-----T--C--GTATGAGATAA---AC-AC----------------TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AG-GGA-GA-TT-GT--AA-TTT--AC---------GG--T--CACTTA-TTCGTA----AT----AAAA-TGT-TTATTCGATACTGTAA-T-A-C------AG-CG---TA--T-A-GGCA-ATCGTTTGGTA-TTTTCA--AAGTAAGCTAT-TTG--C--GGTTTCTT---TTTGTG--------ACAGACT----TGTT--T--T-g
gi|19 : TTT--TC----------CA---C-A---CGCTTTTA-TT---A-A-GAA-G-AGG-C--------AAACACCACT-A--AATCAAAATGACTTTTAT--G--A---GAGA-AA---AC-AC------------T---TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AA-G-AAGA-TT-GT--AA-TTT--AC---------GG--T--CAACTA-TTCTAA----AT----ACAA-TGT-TTATTCGATACTGTAA-T--------------------------GACAAACGT-TTGGTATTTCCAA-CGCA-A--GCAA-TT---T--G--CACTG---TTTGTC--------ACAGAC--------A--T--C-TATA-----ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATTCATTGCTAC-ACTCCTTTC-T-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCC---------T------TAC-CA------ATATTAAATAACA-TGTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGT-TG-------TACACACCTTT--AC----------CA---C-AG--G--GTTTAATT---A-A-TTA-G-TAG-T--------TTACATCACT-A--TATCAGAA-AACATTT-T--C--A---GAGA-AA---AC-AC--AGCATT-TTATA--TT--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATTGGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AA-GCC-GA-TT-GT--GA-TTA--CC---------TA--A--CAATTC-TTAGAA----AT----AGCA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-TGG-T---GATGC-TG---TG--T-A-GCCACAATT-TAGGTA-TTCCCA-TGAGTA--CCAA-TTA--T--T--TACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTG--T--T-TATA---TTGCTACGAGAAGGA-----TTT-------CATACT--T----G--GCCTTCC----GTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAATA--CTTCGATAATATACCTAATGTCGAT----AATAC------TT--T-TT-TT-TACTGAAA-TGGTAGCCA----TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAGA-CA--A-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTT-ACGTACCTCTTT-ATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAA-TTATA------------------ACT--TACGTATACTTTC-T-AA-A-TAGTTAACGTTATGCT---------T------TAG-GG------CTATTAAAGAACA-TGATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT-C--TGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTAT--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CAT-TG-------CACACTACATT--AC----------AA---A-A----------AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-A----TAACAA-AACACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TG------C--TAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATCCACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----TTTATATG--CGCATTT-TT-AA-C---GA-TT-------------------------------CATTTC-TTTTAA----GT----AGTA-CAC-ACA--CGATTTGGTGA-T-A-C---AACGT-TA---------A-GACACACTA--AGGTA-TTCCTA-TGTGT----TAA-ACG--TCTG--TACCA---CTTACC--------GAAG----------T--T--T-CATA---TAGCTTTGAGACGGA-----CTT-------CATGCT--G----G--ACCTTTC----G-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCA---T-----AT--G-A---CCT-TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAA-TG-------CACACTATATT--AC----------TA-----A---------TAAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-ATTATAC-TAA-AATACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TC------C--TAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT
gi|24 : c------TACACA------TTATTAAA--ACA-TGTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT-T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTT-TGAACCCTGTACACAATTTC--GG----------CA---C-A---TA-TTTCATTT---A-A-ACA-G-AAG-C--------TAGCATCTCT-A--ATTCAGAA-AA
gi|25 : ATT--TC--TGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAGGTA-CTC------GGTT--CCTA-GTG--T--G--CAAAA---CTTGTTT-------GTATAGT-----GTT--T--G-TATA---TTGTTACGAGGGG---------------------CT--A----T--GTCTTTC----GCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatc--CACTG---ATTGTC--------GAACACT----TGTT--T--T-TGT----TT-CTATGGGAACCA-----TTT-------TATACT--T----A--ACATTTC----GCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAATA---------GAAGTAATTTATA-CGAT------TA-------TTAAT-TT-TT-CAATCAAA-TGGTAGTAAC---TTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcgaGGTGA-T-A-C---TGTAT--G---T---TCA-GACAAGTTC-TATGTT-CTTCTA-TAGGTA--CTGA-ATG--T--T--TATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTGAT--T-TATA---GTGCTATGAGAGAGA-----TTT-------TA-GCT--A----GA-G--TTTC----TCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGATA--TCTTGACGATAT------TATT---------TT-------TT--T-TTGTT-TACTCAAA-TAATAG
gi|29 : tAATG-TAGGTA-TTCATA-TGGGCA--CCAC-TTGGTT--C--CACTAACCCTTACC----------AGACT----AGAC--T--T-TATA---TTGGTACGAGAGTGA-----TTT-------TCTGTT--GTTTTGTTGTTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGATA--CCTAGACGATATAATTTA-ATC
gi|3 : ACTAC-ACTGCCTTC-T-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACC---------T------TAC-CG------ATATTAAAAAACA-TGCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT-A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT--------------------------TG-------TACATTACTTT--AA----------CA---C-G---C--ATTTAGTT---A-A-AAA-G-ACA-C--------TTATATCCCT-A--ATTCAGTA-AACATTT-GG-C--G---AGGA-AA---AT-A--------T-T------TC--TGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT-------------------------------TGGACGTGC--AA---------T-G---AA-TCA--C----------TA--T--CATTTT-TTTTTA----AA----AATA-TAT-GTATTTAATTCGGTGA-T-A-C---ATTAT-T--------T-A-GACAGATTG-TAGGCA-TTCCTA-TCGGTA--CCAA-TAT--T--G--AACCA---CTTGTC--------GCAG----------T--T--T-TATA---TTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATTCC--T----A--ACCTTTT----GCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAATA--TCTGGATAATACACTTTATATGGAT----ACTT-------AT--G-TT-TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGACTTACCCAAA-ACAGCTCCAGCTCA--ACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTG-CTTTTCT-------CTCTCT-A--TTAATActc
gi|30 : -TAACAAA-ATACAG---------TA-AGTGCACTACGAC-CATTATTGC-T-AAAT-T-GTTAACTCCATGTC---------TTACATGTAC-CG------CTATTAAAGGACAGTCTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCA---TACG--A---G-A---CTT-C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-CGGTGA-T-A-C---TGTGT--G---T-----A-AACAAAGTG-AAAGTA-TTTCTA-CGGGTA--CCGA-ATG--T--G--CATCA---CTAGTC--------ACAGATT----TTTT--T--TTTATA---TTGCTATGAGAAGGG-----TTT-------CATGCT--G----A--GCCTTTC----ACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGATtggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATA-TTCTAG---------TT-CATTCATTACTAC----A-TTCC-T-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCG---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAACA-TGTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T-C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATTGGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AA-GAA-GT-TT-GT--AA---A--TC---------TA--TACTATTTCTTTTTAACGGTATCATGAGTA-TAT-TCATTCGATATGG--------C---GATGT-CG---TGCAT-A----ACTATG-TATGTA-TTACCA-TGaata
gi|34 : -T-TCATAG-TCCATAGT-TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATTGACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AG-G-ACGA-TT-GTG-AA-TCA---C---------TA--T--CATTTT-Tgtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatAT-GCTTTGAA-AAACGACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AA-T-A-CA-TTTGT--GA---A--GC---------TAAAT--CATTTC-CATTTA----TT----AACA-TTT-TCATTC-ATTCAATGA-T-ATC---G-----TG---T---T-AGGACACATTG-TAAGTatga
gi|36 : taatcgcaaccatggTA-TTCTTA-TGCGTA--CCAA-TTT--T--G--CATGA---CTTGTT--------TCATTCT----TGCT--C--T--------TTG----GATA---A-----TTT--------GTGCTTAA----A--ACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGG-TG-------TACACTAA-TT--AC----------CA---C-AC--A--TTGTAATC---A-A-AAC-GAAAA-C--------TT-CATTACT-A--TTTCAGAA-ATCGTTTGT--C--A---GAGA-AA---A--AC--Aatt
gi|38 : acatTTTAATT---A-A-AGA-G-AAT-C--------ATATTTTTCT-A--ATTTAGTA-AACGTTT-G--C---------A-AA---AG-AA--AG-A-T-TTATATTTC--TGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtttt
gi|39 : aA-----TTT-------CATGCT--G----G--GCCTTTT----ACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGATA--CCTGAACGACATACTTGATATC
gi|4 : CATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGA-TTCTAG---------TA-CATGCACTACTGT-CTTACTTTC-TAAA-T-T-ATTAACTTCGTGCC---------G------TA--TG------CTATTAAAGTACA-CGTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT-C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGT-GA-------T-CACTACTTT--AC----------CATCGC-A---T--GTTTATTT---A-AGATA-A-GAG------------------CT-A--ATTGAGGA-AACGTTT-G--CAAG---GA-A-AA---AC-AC--TGTA-T-T------GC--TGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-TGACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC---------A-TT-TT--AA-TCATGTCTTTAAACAATA--T--CAATGT-CTTTAC----AT----ACTG-CAT-TTACTTGAATCTGT-------T---GA-AT-TGCCTT---T-A-G-------G-GAAATA---CCAATTGCGTT--CCAA-TTG--T--G--CAAAA---CATATT--------GCAGA-T----TAGT--T--T-TATA---TTGCCACGTGGGGGG-----TTT-------CATGCA--T----G--------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGATA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagaAA-TTGTAG---------TT-CATACACTATTAC-CATACCTTC-TAAA-T-G-GTTAACACCATACC---------T------CAA-TG------CTATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttTAG---------TT-CATTCTCCACTAC-AGTACT-------G-T-T-GTTAACATCATGCC---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--GCATTTC----CTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGATA--atatca
gi|43 : acagaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGATAACCCTGAACGCTATATTTCATATC
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAA-TTCCAG---------TA-TATGCACTACTCC-CATACTTTC-TTAA-G-T-GTTAACTTCACGCC---------T------TAC-CG------CTGTTAAATAGGA-TGTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT-C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TAT-TT-------TA-ATTAATTTTAACGTTATTGTGTTA---C-GT--A--TTTTGAT------A-AAG-G-AGG-T--------TTCCATCACT-A--ATTCAGAT-AACGTTT-TG-C--A---AAAA-AAAACAC-AC--AAAA-A-CAATA------CGG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATCAA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGA-TT-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-A-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATTTAGAA-AACATTT-C--T--G---AGGA-AA---A--GC--A--A-T-ACATT--TC--TGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTT-GTG-AA-TCG--CA----------A--T--TATTTC-TTTTTA----AC----AACA-GAA-TAATTCAATT-GGTTT-T-G-C---GATAC-T-------------------TG-TCGATA-TCGCTC-TGCGTA--CCAA-TTG--T--T--TACCA---CTTGTC--------ATAGCCA----TA---------TATA---TTGTTACCAGAGGAA-----TTT-------AAAGCT--G----A--GCATTTT----GCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT-------------------TATTCTTGATATCGAT----AATA-----------T-TT-TT-CACTTAAATTGAT-GTCA----ATTCTTA
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAA-TTCTAG---------TT-CATTCAC--CTTC-C---TTTTC-TAAA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTACCACAAT------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-TGATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT-C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--t
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGT-TA-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-G-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATCAAGAA-AACATTT-T-----G---GAGG-GG---A------AGCA-C-T-ATATTTC--TGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTT-GTG-AA-TCA--CA----------A--A--GATTTC-GTTTTA----AT----AACA-GAA-TAATTCGAT------------C---GATTT-TT---T---T-A-TAT---GTG-TCGATA-TTGCTC-TGCGTA--CCAA-CTG--T--T--TACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGCCT----TATA--T--C-TTTA---TTGTTACCAGAGGTA-----TTT-------AATGCT--G----A---------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT-------------------ATTCTTGATATCGAT----AAT--------TT--T-TT-TT-CACTCAAATTGAT-GTCA----TTTCTTATCC-
gi|9 : ga-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-T-TG-------TTCACTACTTT--AC----------TA---CTC---A--TTTAAACT---A-A-AAA-G-AAG-CCTACATTCTTACATCGTT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-TGCC--G---GAGA-AAT--AA-AC-------T-TCATT--TC--TCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTTGACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTC-AAAG-A-G--TT-GGCAAA-TC---TC---------TA--T--TATTTC-TTTTGA----AT----AACA-T---TC--TTGATTCGATGG-T-A-TTGTGATA-------------A-GACACACTG-TATGTA-GTACTA-TGCGTA--TGAA-TTG--C--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACC----TGTC--T--T-TTTA---T---TACAATAGAGA-----TTT-------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111 1 1111111111111111 4444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 3333333333333 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 1111111111 111111111 333333333333333333333 1 2222 2222 5555555555555555555 1 2222 2222 2222
lowQualScore : 33 5 7 2 0 0 3 2 000000000 2 3 111 2 7 5 2 2 1111111111111111 2 777777 6 3 55 0 2 2 0000000000000 2 444 2 33 1 77 2 1 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 3333333 444444 8888888 55 0 33 9999999999 4444444444444 0 333 2 2 2 666 6666666666 2 22 4 0 333333333333333333333333333333333333333333 33 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 1 5555 5555 1 2 2 0 33 111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 1 2 33 33 44444 0 333 333333333 00 7777777777 22 2 333 2 55555 99999999 2 6666666666 0 555555 22 2 22 333 1 333 0 111111111 0 3 999999999999999999999 5 5 0 9 0000 2222 1 0 3 8888888888888888888 3 0 0 0 2222 2222 4444
lowQualScore : .. . . . . . . . ......... . . ... . . . . . ................ . ...... . . .. . . . ............. . ... . .. . .. . . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ...... ....... .. . .. .......... ............. . ... . . . ... .......... . .. . . .......................................... .. ... . ........ .. . . . ... . . ................................................................... .. . .... .... . . . . .. ............................................. . . . . .. .. ..... . ... ......... .. .......... .. . ... . ..... ........ . .......... . ...... .. . .. ... . ... . ......... . . ..................... . . . . .... .... . . . ................... . . . . .... .... ....
lowQualScore : 88 7 3 9 1 8 1 9 777777777 7 3 999 9 1 7 9 9 8888888888888888 7 777777 2 3 77 5 9 9 5555555555555 7 777 7 77 7 33 7 2 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 1111111 000000 1111111 77 6 11 7777777777 8888888888888 5 777 1 1 5 333 1111111111 1 99 2 9 999999999999999999999999999999999999999999 22 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 7 7777 7777 4 7 7 3 88 888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 0 4 22 11 77777 4 777 777777777 55 5555555555 99 1 999 9 33333 88888888 4 2222222222 6 777777 44 1 99 777 3 777 8 111111111 2 5 555555555555555555555 0 0 0 8 8888 0000 0 8 2 0000000000000000000 2 2 8 0 0000 7777 3333
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AAG-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-T-A---CGATAT-TG---T-T-A-G--ACA-A--N-TG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGT-A--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AAG-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-T-A---CGATAT-TG---T-T-A-G--ACA-A--N-TG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGT-A--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAA-TTCTAA---------TT-CAGGAACTACATC-TATACTTTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACC---------T------TGC-TG------CT-TTAAGGATCA-TGTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT-G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTTA------AC--CATGTG-------TACG----TCT--AA----------GA---C-AAACA--TTTTGA-----------------------------TACATCGTT-A--ATTCATAA-AACTCTC-C--C--A---CAAACAA---AA-AT--A--A-T----TG--TG--TGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTTGACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TAGTA-G---T-GT--AA------------------A--T--CATTGT-GATTGA----GT----AAAAGTATGTC-----------TGA---G---C-ACAT-TG----------------A--A-TG-----TA-TTCCCA-TGTGT-A--CCGATCG--T--A--TACCA---CTTGTCTCA-----ACAGATT----TGTT--T--T-TAT---TTTGCTATGAGACATA-----TTT-------TATGC-T--T----G--GCCTTT----GGCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGA-TG-------TACACTACTCT--TC----------TA---C-G---CA-CTCTAACT---A-A-ATA---AAG-C--------TAACAGCAATGA--AT---GAA-ATAGTTT-G--C--C---AAAA-AA---A---------A-T---ATA--TC--TGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACA
gi|10 : acaTTAA----AT----AATA-TAT-TAATTCGACTTGGTAAGT-G---CAATAT-acaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|10 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagG--T--G--CAATA---TATATC--------GCATACT----TACT--T--C-T-T---ATTGCTACCAG-GTAA-----GTT-------CATGA-T--A-------------------CC----TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATT--ACTGGGAGATATACT--AGATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT-TTGTACTCATA-TGGTAGatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG----------T-CATATATAATTAC-CATTCTTTC-TAAA-G-T-GTAAATTCCATACC---------T------TAC-TG------CATTTAATGAACATTGTAA-AATCTATTGTGTGACTAA--CA---------A---T-T---ATC-C--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGT-TG-------TACA----TTC--AC----------CA---T-AC--A--TTTCAATT---T-A-AGG-C-AAG--------------ATTCCT-A--ATTCAGAA-AACGTTTAT--C--A---GAGA-AA---AC-A
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaT-GT--AAATCA--CA----------A--T--CATTTC-TGTTAA----AT----AACA-AAA-GTATTCGATTTGGTGA---------ATCTGTG---T-TCA-A--ACA-A--AGTG-TATATA-TTCCTA-TGGGT-A--CCAATTG--T--G--CAGCA---CTTATT--------GCAGAAG----TGCT--T--T--AT---CTTGTAATGAGAGGTA-----TTTGTAGTTTCGTGC-C--G----G--GCCTTT----CGCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAATA--CATGGGCGATATACTTAATCTCGAT----ATTA--------T--A-TT-TT-CACCTACA-TAGTTGTCA----ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAGCTCA--AT------AAA--A--CT---TAACTT-TCTAA-----TTTCCTGACATACATCTCTCA-GTTAATAatacttttgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAA-TTGAAGAGTGCACACTTGCATACACTACTAA-AATATTTTC-T-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCC---------T------TGC-CG------CTATTCCAGAACA---TTACAA-----ATTGTGA-TTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT-C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--CTT-TA-------AACAT--CTTG--A------------A---C-A---A--CTTTAA-----------A-T-AAG-C--------TCACATCACT-G--ACGCAGAA-AATGTTT-G--CA-G---AAGA-AG---AT-AC--aagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAG-TTCTAG---------TC-CATG------------TACTTTC-CAAA-T-G-GGTAACTTCATGTC---------T------TAC-CATTGTTCTTATTAAAGAtatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAA-TTCTAA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAA-TTTTAG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTT--AC----------CA---A-A---GA-CTGTAATTTTTACA-GCA-G-AAA-----------TACTGCACT-A--ATTCCGAA-AACGT--------------AGG-TC---AC-ACTAAGCA-GGTCATA--TC--TGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATTGACATAT----TTA-TATG--TTGACT------------A-T---------------------------------ATTT--TTTTAA----AT----GCTT-TAT-TCATTCGATTCGTT----------GATAT-TG---T-----------------------GTA-T------TGTGTAA--CAAATTG--T--A---A--------TAT------------GACT----GGTT--TGAT-TATAACATTGCTATGA---------------------CA-------G----A--ACCTTT----CACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGAT
gi|18 : GT-TA-------TATA--ACTT---AC----------CA---C-A---CG-CTTTGATT---A-T-AAC-G-AGG-C--------TTCCATCACT-A--AATCAAAATGAC-----T--C--GTATGAGATAA---AC-AC----------------TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AGGGA-GA-TT-GT--AA-TTT--AC---------GG--T--CACTTA-TTCGTA----AT----AAAA-TGT-TTATTCGATACTGTAA-T-A---C---AG-CG---TAT-A-G--GCA-A--T-CGTTTGGTA-TTTTCA--AAGT-AAGCTATTTG--C--GGTTTCTT---TTTGTG--------ACAGACT----TGTT--T--T-g
gi|19 : TTT--TC----------CA---C-A---CGCTTTTA-TT---A-A-GAA-G-AGG-C--------AAACACCACT-A--AATCAAAATGACTTTTAT--G--A---GAGA-AA---AC-AC------------T---TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AAG-AAGA-TT-GT--AA-TTT--AC---------GG--T--CAACTA-TTCTAA----AT----ACAA-TGT-TTATTCGATACTGTAA-T-----------------------G--ACA-A--A-CGTTTGGTATTTCCAA-CGCA--A--GCAATT---T--G--CACTG---TTTGTC--------ACAGAC--------A--T--C-TAT---A--ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATTCATTGCTAC-ACTCCTTTC-T-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCC---------T------TAC-CA------ATATTAAATAACA-TGTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGT-TG-------TACACACCTTT--AC----------CA---C-AG--G--GTTTAATT---A-A-TTA-G-TAG-T--------TTACATCACT-A--TATCAGAA-AACATTT-T--C--A---GAGA-AA---AC-AC--AGCATT-TTATA--TT--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATTGGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AAGCC-GA-TT-GT--GA-TTA--CC---------TA--A--CAATTC-TTAGAA----AT----AGCA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-TGG---TGATGC-TG---TGT-A-GCCACA-A--T-T--TAGGTA-TTCCCA-TGAGT-A--CCAATTA--T--T--TACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTG--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAAGGA-----TTT-------CATAC-T--T----G--GCCTTC----CGTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAATA--CTTCGATAATATACCTAATGTCGAT----AATAC------TT--T-TT-TT-TACTGAAA-TGGTAGCCA----TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAGA-CA--A-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTT-ACGTACCTCTTT-ATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAA-TTATA------------------ACT--TACGTATACTTTC-T-AA-A-TAGTTAACGTTATGCT---------T------TAG-GG------CTATTAAAGAACA-TGATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT-C--TGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTAT--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CAT-TG-------CACACTACATT--AC----------AA---A-A----------AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-A----TAACAA-AACACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TG------C--TAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATCCACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----TTTATATG--CGCATTT-TT-AAC---GA-TT-------------------------------CATTTC-TTTTAA----GT----AGTA-CAC-ACA--CGATTTGGTGA-T-A---CAACGT-TA-------A-G--ACACA--C-TA--AGGTA-TTCCTA-TGTGT-----TAAACG--TCTG--TACCA---CTTACC--------GAAG----------T--T--T-CAT---ATAGCTTTGAGACGGA-----CTT-------CATGC-T--G----G--ACCTTT----CG-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCA---T-----AT--G-A---CCT-TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAA-TG-------CACACTATATT--AC----------TA-----A---------TAAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-ATTATAC-TAA-AATACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TC------C--TAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT
gi|24 : c------TACACA------TTATTAAA--ACA-TGTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT-T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTT-TGAACCCTGTACACAATTTC--GG----------CA---C-A---TA-TTTCATTT---A-A-ACA-G-AAG-C--------TAGCATCTCT-A--ATTCAGAA-AA
gi|25 : ATT--TC--TGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAGGTA-CTC------GGT-T--CCTAGTG--T--G--CAAAA---CTTGTTT-------GTATAGT-----GTT--T--G-TAT---ATTGTTACGAGGGG---------------------C-T--A----T--GTCTTT----CGCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatc--CACTG---ATTGTC--------GAACACT----TGTT--T--T-TGT----TT-CTATGGGAACCA-----TTT-------TATAC-T--T----A--ACATTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAATA---------GAAGTAATTTATA-CGAT------TA-------TTAAT-TT-TT-CAATCAAA-TGGTAGTAAC---TTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcgaGGTGA-T-A---CTGTAT--G---T-TCA-G--ACA-A--G-TTCTATGTT-CTTCTA-TAGGT-A--CTGAATG--T--T--TATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTGAT--T-TAT---AGTGCTATGAGAGAGA-----TTT-------TA-GC-T--A----GA-G--TTT----CTCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGATA--TCTTGACGATAT------TATT---------TT-------TT--T-TTGTT-TACTCAAA-TAATAG
gi|29 : t-A--A-TG-TAGGTA-TTCATA-TGGGC-A--CCACTTGGTT--C--CACTAACCCTTACC----------AGACT----AGAC--T--T-TAT---ATTGGTACGAGAGTGA-----TTT-------TCTGT-T--GTTTTGTTGTTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGATA--CCTAGACGATATAATTTA-ATC
gi|3 : ACTAC-ACTGCCTTC-T-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACC---------T------TAC-CG------ATATTAAAAAACA-TGCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT-A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT--------------------------TG-------TACATTACTTT--AA----------CA---C-G---C--ATTTAGTT---A-A-AAA-G-ACA-C--------TTATATCCCT-A--ATTCAGTA-AACATTT-GG-C--G---AGGA-AA---AT-A--------T-T------TC--TGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT-------------------------------TGGACGTGC--AA--------T-G---AA-TCA--C----------TA--T--CATTTT-TTTTTA----AA----AATA-TAT-GTATTTAATTCGGTGA-T-A---CATTAT-T------T-A-G--ACAGA--T-TG-TAGGCA-TTCCTA-TCGGT-A--CCAATAT--T--G--AACCA---CTTGTC--------GCAG----------T--T--T-TAT---ATTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATTC-C--T----A--ACCTTT----TGCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAATA--TCTGGATAATACACTTTATATGGAT----ACTT-------AT--G-TT-TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGACTTACCCAAA-ACAGCTCCAGCTCA--ACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTG-CTTTTCT-------CTCTCT-A--TTAATActc
gi|30 : -TAACAAA-ATACAG---------TA-AGTGCACTACGAC-CATTATTGC-T-AAAT-T-GTTAACTCCATGTC---------TTACATGTAC-CG------CTATTAAAGGACAGTCTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCA---TACG--A---G-A---CTT-C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-CGGTGA-T-A---CTGTGT--G---T---A-A--ACA-A--AGTG-AAAGTA-TTTCTA-CGGGT-A--CCGAATG--T--G--CATCA---CTAGTC--------ACAGATT----TTTT--T--TTTAT---ATTGCTATGAGAAGGG-----TTT-------CATGC-T--G----A--GCCTTT----CACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGATtggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATA-TTCTAG---------TT-CATTCATTACTAC----A-TTCC-T-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCG---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAACA-TGTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T-C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATTGGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AAGAA-GT-TT-GT--AA---A--TC---------TA--TACTATTTCTTTTTAACGGTATCATGAGTA-TAT-TCATTCGATATGG----------CGATGT-CG---T-----GC-ATA-ACTA-TG-TATGTA-TTACCA-TGaata
gi|34 : -T-TCATAG-TCCATAGT-TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATTGACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AGG-ACGA-TT-GTG-AA-TCA---C---------TA--T--CATTTT-Tgtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatAT-GCTTTGAA-AAACGACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AAT-A-CA-TTTGT--GA---A--GC---------TAAAT--CATTTC-CATTTA----TT----AACA-TTT-TCATTC-ATTCAATGA-T-AT--CG-----TG---T-T-AGG--ACACA--T-TG-TAAGTatga
gi|36 : taatcgcaaccatggTA-TTCTTA-TGCGT-A--CCAATTT--T--G--CATGA---CTTGTT--------TCATTCT----TGCT--C--T--------TTG----GATA---A-----TTT--------GTGC-TTAA----A--ACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGG-TG-------TACACTAA-TT--AC----------CA---C-AC--A--TTGTAATC---A-A-AAC-GAAAA-C--------TT-CATTACT-A--TTTCAGAA-ATCGTTTGT--C--A---GAGA-AA---A--AC--Aatt
gi|38 : acatTTTAATT---A-A-AGA-G-AAT-C--------ATATTTTTCT-A--ATTTAGTA-AACGTTT-G--C---------A-AA---AG-AA--AG-A-T-TTATATTTC--TGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtttt
gi|39 : aA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----TACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGATA--CCTGAACGACATACTTGATATC
gi|4 : CATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGA-TTCTAG---------TA-CATGCACTACTGT-CTTACTTTC-TAAA-T-T-ATTAACTTCGTGCC---------G------TA--TG------CTATTAAAGTACA-CGTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT-C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGT-GA-------T-CACTACTTT--AC----------CATCGC-A---T--GTTTATTT---A-AGATA-A-GAG------------------CT-A--ATTGAGGA-AACGTTT-G--CAAG---GA-A-AA---AC-AC--TGTA-T-T------GC--TGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-TGACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC--------A-TT-TT--AA-TCATGTCTTTAAACAATA--T--CAATGT-CTTTAC----AT----ACTG-CAT-TTACTTGAATCTGT---------TGA-AT-TGCCTT-T-A-G--GGA-A--A-TA----------CCAATTGCGT-T--CCAATTG--T--G--CAAAA---CATATT--------GCAGA-T----TAGT--T--T-TAT---ATTGCCACGTGGGGGG-----TTT-------CATGCAT--G-------------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGATA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagaAA-TTGTAG---------TT-CATACACTATTAC-CATACCTTC-TAAA-T-G-GTTAACACCATACC---------T------CAA-TG------CTATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttTAG---------TT-CATTCTCCACTAC-AGTACT-------G-T-T-GTTAACATCATGCC---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--G----A--GCATTT----CCTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGATA--atatca
gi|43 : acaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGATAACCCTGAACGCTATATTTCATATC
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAA-TTCCAG---------TA-TATGCACTACTCC-CATACTTTC-TTAA-G-T-GTTAACTTCACGCC---------T------TAC-CG------CTGTTAAATAGGA-TGTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT-C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TAT-TT-------TA-ATTAATTTTAACGTTATTGTGTTA---C-GT--A--TTTTGAT------A-AAG-G-AGG-T--------TTCCATCACT-A--ATTCAGAT-AACGTTT-TG-C--A---AAAA-AAAACAC-AC--AAAA-A-CAATA------CGG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATCAA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGA-TT-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-A-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATTTAGAA-AACATTT-C--T--G---AGGA-AA---A--GC--A--A-T-ACATT--TC--TGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTTGACAGAT----T-----------------CCAAAG-A-GGTTT-GTG-AA-TCG--CA----------A--T--TATTTC-TTTTTA----AC----AACA-GAA-TAATTCAATT-GGTTT-T-G---CGATAC-T----------------------TG-TCGATA-TCGCTC-TGCGT-A--CCAATTG--T--T--TACCA---CTTGTC--------ATAGCCA----TA---------TAT---ATTGTTACCAGAGGAA-----TTT-------AAAGC-T--G----A--GCATTT----TGCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT-------------------TATTCTTGATATCGAT----AATA-----------T-TT-TT-CACTTAAATTGAT-GTCA----ATTCTTA
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAA-TTCTAG---------TT-CATTCAC--CTTC-C---TTTTC-TAAA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTACCACAAT------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-TGATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT-C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--t
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGT-TA-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-G-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATCAAGAA-AACATTT-T-----G---GAGG-GG---A------AGCA-C-T-ATATTTC--TGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----T-----------------CCAAAG-A-GGTTT-GTG-AA-TCA--CA----------A--A--GATTTC-GTTTTA----AT----AACA-GAA-TAATTCGAT--------------CGATTT-TT---T-T-A-T--AT-----G-TG-TCGATA-TTGCTC-TGCGT-A--CCAACTG--T--T--TACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGCCT----TATA--T--C-TTT---ATTGTTACCAGAGGTA-----TTT-------AATGC-T--G----A---------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT-------------------ATTCTTGATATCGAT----AAT--------TT--T-TT-TT-CACTCAAATTGAT-GTCA----TTTCTTATCC-
gi|9 : ga-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-T-TG-------TTCACTACTTT--AC----------TA---CTC---A--TTTAAACT---A-A-AAA-G-AAG-CCTACATTCTTACATCGTT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-TGCC--G---GAGA-AAT--AA-AC-------T-TCATT--TC--TCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTTGACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTCAAAG-A-G--TT-GGCAAA-TC---TC---------TA--T--TATTTC-TTTTGA----AT----AAC---AT-TC--TTGATTCGATGG-T-ATTGTGATA-----------A-G--ACACA--C-TG-TATGTA-GTACTA-TGCGT-A--TGAATTG--C--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACC----TGTC--T--T-TTT---AT---TACAATAGAGA-----TTT-------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111 1 1111111111111111 4444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 3333333333333 1111111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 1111111111 111111111 333333333333333333333 1 2222 2222 5555555555555555555 1 2222 2222 2222
lowQualScore : 33 5 7 2 0 0 3 2 000000000 2 3 111 2 7 5 2 2 1111111111111111 2 777777 6 3 55 0 2 2 0000000000000 2 444 2 33 1 77 2 1 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 3333333 444444 8888888 55 0 33 9999999999 4444444444444 0 333 2 2 2 666 6666666666 2 22 4 0 333333333333333333333333333333333333333333 33 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 1 5555 5555 1 2 2 0 33 111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 1 2 33 33 44444 0 333 333333333 00 7777777777 22 2 333 2 55555 99999999 2 6666666666 0 555555 22 2 22 333 1 333 0 111111111 0 3 999999999999999999999 5 5 0 9 0000 2222 1 0 3 8888888888888888888 3 0 0 0 2222 2222 4444
lowQualScore : .. . . . . . . . ......... . . ... . . . . . ................ . ...... . . .. . . . ............. . ... . .. . .. . . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ...... ....... .. . .. .......... ............. . ... . . . ... .......... . .. . . .......................................... .. ... . ........ .. . . . ... . . ................................................................... .. . .... .... . . . . .. ............................................. . . . . .. .. ..... . ... ......... .. .......... .. . ... . ..... ........ . .......... . ...... .. . .. ... . ... . ......... . . ..................... . . . . .... .... . . . ................... . . . . .... .... ....
lowQualScore : 88 7 3 9 1 8 1 9 777777777 7 3 999 9 1 7 9 9 8888888888888888 7 777777 2 3 77 5 9 9 5555555555555 7 777 7 77 7 33 7 2 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 1111111 000000 1111111 77 6 11 7777777777 8888888888888 5 777 1 1 5 333 1111111111 1 99 2 9 999999999999999999999999999999999999999999 22 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 7 7777 7777 4 7 7 3 88 888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 0 4 22 11 77777 4 777 777777777 55 5555555555 99 1 999 9 33333 88888888 4 2222222222 6 777777 44 1 99 777 3 777 8 111111111 2 5 555555555555555555555 0 0 0 8 8888 0000 0 8 2 0000000000000000000 2 2 8 0 0000 7777 3333
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AAG-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-T-A---CGATAT-TG---T-T-A-G--ACA-A--N-TG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGT-A--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AAG-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-T-A---CGATAT-TG---T-T-A-G--ACA-A--N-TG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGT-A--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAA-TTCTAA---------TT-CAGGAACTACATC-TATACTTTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACC---------T------TGC-TG------CT-TTAAGGATCA-TGTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCA---T-----A---G-GTGTATT-G--TGGTA--TGAATTTGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTTA------AC--CATGTG-------TACG----TCT--AA----------GA---C-AAACA--TTTTGA-----------------------------TACATCGTT-A--ATTCATAA-AACTCTC-C--C--A---CAAACAA---AA-AT--A--A-T----TG--TG--TGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTTGACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TAGTA-G---T-GT--AA------------------A--T--CATTGT-GATTGA----GT----AAAAGTATGTC-----------TGA---G---C-ACAT-TG----------------A--A-TG-----TA-TTCCCA-TGTGT-A--CCGATCG--T--A--TACCA---CTTGTCTCA-----ACAGATT----TGTT--T--T-TAT---TTTGCTATGAGACATA-----TTT-------TATGC-T--T----G--GCCTTT----GGCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGA-TG-------TACACTACTCT--TC----------TA---C-G---CA-CTCTAACT---A-A-ATA---AAG-C--------TAACAGCAATGA--AT---GAA-ATAGTTT-G--C--C---AAAA-AA---A---------A-T---ATA--TC--TGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACA
gi|10 : acaTTAA----AT----AATA-TAT-TAATTCGACTTGGTAAGT-G---CAATAT-acaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|10 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagG--T--G--CAATA---TATATC--------GCATACT----TACT--T--C-T-T---ATTGCTACCAG-GTAA-----GTT-------CATGA-T--A-------------------CC----TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATT--ACTGGGAGATATACT--AGATCGATCATGAATAATGATCCTT--TATT-TTGTACTCATA-TGGTAGatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG----------T-CATATATAATTAC-CATTCTTTC-TAAA-G-T-GTAAATTCCATACC---------T------TAC-TG------CATTTAATGAACATTGTAA-AATCTATTGTGTGACTAA--CA---------A---T-T---ATC-C--GGGTA--TAAATATGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGT-TG-------TACA----TTC--AC----------CA---T-AC--A--TTTCAATT---T-A-AGG-C-AAG--------------ATTCCT-A--ATTCAGAA-AACGTTTAT--C--A---GAGA-AA---AC-A
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaT-GT--AAATCA--CA----------A--T--CATTTC-TGTTAA----AT----AACA-AAA-GTATTCGATTTGGTGA---------ATCTGTG---T-TCA-A--ACA-A--AGTG-TATATA-TTCCTA-TGGGT-A--CCAATTG--T--G--CAGCA---CTTATT--------GCAGAAG----TGCT--T--T--AT---CTTGTAATGAGAGGTA-----TTTGTAGTTTCGTGC-C--G----G--GCCTTT----CGCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAATA--CATGGGCGATATACTTAATCTCGAT----ATTA--------T--A-TT-TT-CACCTACA-TAGTTGTCA----ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAGCTCA--AT------AAA--A--CT---TAACTT-TCTAA-----TTTCCTGACATACATCTCTCA-GTTAATAatacttttgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAA-TTGAAGAGTGCACACTTGCATACACTACTAA-AATATTTTC-T-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCC---------T------TGC-CG------CTATTCCAGAACA---TTACAA-----ATTGTGA-TTTGGCG---TTCTCGA---G-A---ATT-C--TCGCA--TAAATCTGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--CTT-TA-------AACAT--CTTG--A------------A---C-A---A--CTTTAA-----------A-T-AAG-C--------TCACATCACT-G--ACGCAGAA-AATGTTT-G--CA-G---AAGA-AG---AT-AC--aagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAG-TTCTAG---------TC-CATG------------TACTTTC-CAAA-T-G-GGTAACTTCATGTC---------T------TAC-CATTGTTCTTATTAAAGAtatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAA-TTCTAA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAA-TTTTAG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTT--AC----------CA---A-A---GA-CTGTAATTTTTACA-GCA-G-AAA-----------TACTGCACT-A--ATTCCGAA-AACGT--------------AGG-TC---AC-ACTAAGCA-GGTCATA--TC--TGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATTGACATAT----TTA-TATG--TTGACT------------A-T---------------------------------ATTT--TTTTAA----AT----GCTT-TAT-TCATTCGATTCGTT----------GATAT-TG---T-----------------------GTA-T------TGTGTAA--CAAATTG--T--A---A--------TAT------------GACT----GGTT--TGAT-TATAACATTGCTATGA---------------------CA-------G----A--ACCTTT----CACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGAT
gi|18 : GT-TA-------TATA--ACTT---AC----------CA---C-A---CG-CTTTGATT---A-T-AAC-G-AGG-C--------TTCCATCACT-A--AATCAAAATGAC-----T--C--GTATGAGATAA---AC-AC----------------TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AGGGA-GA-TT-GT--AA-TTT--AC---------GG--T--CACTTA-TTCGTA----AT----AAAA-TGT-TTATTCGATACTGTAA-T-A---C---AG-CG---TAT-A-G--GCA-A--T-CGTTTGGTA-TTTTCA--AAGT-AAGCTATTTG--C--GGTTTCTT---TTTGTG--------ACAGACT----TGTT--T--T-g
gi|19 : TTT--TC----------CA---C-A---CGCTTTTA-TT---A-A-GAA-G-AGG-C--------AAACACCACT-A--AATCAAAATGACTTTTAT--G--A---GAGA-AA---AC-AC------------T---TT--TGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AAG-AAGA-TT-GT--AA-TTT--AC---------GG--T--CAACTA-TTCTAA----AT----ACAA-TGT-TTATTCGATACTGTAA-T-----------------------G--ACA-A--A-CGTTTGGTATTTCCAA-CGCA--A--GCAATT---T--G--CACTG---TTTGTC--------ACAGAC--------A--T--C-TAT---A--ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATTCATTGCTAC-ACTCCTTTC-T-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCC---------T------TAC-CA------ATATTAAATAACA-TGTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TACATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGT-TG-------TACACACCTTT--AC----------CA---C-AG--G--GTTTAATT---A-A-TTA-G-TAG-T--------TTACATCACT-A--TATCAGAA-AACATTT-T--C--A---GAGA-AA---AC-AC--AGCATT-TTATA--TT--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATTGGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AAGCC-GA-TT-GT--GA-TTA--CC---------TA--A--CAATTC-TTAGAA----AT----AGCA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-TGG---TGATGC-TG---TGT-A-GCCACA-A--T-T--TAGGTA-TTCCCA-TGAGT-A--CCAATTA--T--T--TACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTG--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAAGGA-----TTT-------CATAC-T--T----G--GCCTTC----CGTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAATA--CTTCGATAATATACCTAATGTCGAT----AATAC------TT--T-TT-TT-TACTGAAA-TGGTAGCCA----TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAGA-CA--A-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTT-ACGTACCTCTTT-ATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAA-TTATA------------------ACT--TACGTATACTTTC-T-AA-A-TAGTTAACGTTATGCT---------T------TAG-GG------CTATTAAAGAACA-TGATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTA---TTCG--G---G-A---ATT-C--TGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCA---T-----ATG-G-C---ATTAT--TGGCA--TGAATATGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CAT-TG-------CACACTACATT--AC----------AA---A-A----------AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-A----TAACAA-AACACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TG------C--TAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATCCACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----TTTATATG--CGCATTT-TT-AAC---GA-TT-------------------------------CATTTC-TTTTAA----GT----AGTA-CAC-ACA--CGATTTGGTGA-T-A---CAACGT-TA-------A-G--ACACA--C-TA--AGGTA-TTCCTA-TGTGT-----TAAACG--TCTG--TACCA---CTTACC--------GAAG----------T--T--T-CAT---ATAGCTTTGAGACGGA-----CTT-------CATGC-T--G----G--ACCTTT----CG-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCA---T-----AT--G-A---CCT-TATTGACA--TGAATAGGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAA-TG-------CACACTATATT--AC----------TA-----A---------TAAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TTACAGCACT-ATTATAC-TAA-AATACTT-T--T--G---CAAA-AG---ACTACTGAGCA-T-TC------C--TAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT
gi|24 : c------TACACA------TTATTAAA--ACA-TGTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCA---T-----ACG-GCA---ATT-T--CTGTA--TACATATGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTT-TGAACCCTGTACACAATTTC--GG----------CA---C-A---TA-TTTCATTT---A-A-ACA-G-AAG-C--------TAGCATCTCT-A--ATTCAGAA-AA
gi|25 : ATT--TC--TGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAGGTA-CTC------GGT-T--CCTAGTG--T--G--CAAAA---CTTGTTT-------GTATAGT-----GTT--T--G-TAT---ATTGTTACGAGGGG---------------------C-T--A----T--GTCTTT----CGCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatc--CACTG---ATTGTC--------GAACACT----TGTT--T--T-TGT----TT-CTATGGGAACCA-----TTT-------TATAC-T--T----A--ACATTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAATA---------GAAGTAATTTATA-CGAT------TA-------TTAAT-TT-TT-CAATCAAA-TGGTAGTAAC---TTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcgaGGTGA-T-A---CTGTAT--G---T-TCA-G--ACA-A--G-TTCTATGTT-CTTCTA-TAGGT-A--CTGAATG--T--T--TATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTGAT--T-TAT---AGTGCTATGAGAGAGA-----TTT-------TA-GC-T--A----GA-G--TTT----CTCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGATA--TCTTGACGATAT------TATT---------TT-------TT--T-TTGTT-TACTCAAA-TAATAG
gi|29 : t-A--A-TG-TAGGTA-TTCATA-TGGGC-A--CCACTTGGTT--C--CACTAACCCTTACC----------AGACT----AGAC--T--T-TAT---ATTGGTACGAGAGTGA-----TTT-------TCTGT-T--GTTTTGTTGTTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGATA--CCTAGACGATATAATTTA-ATC
gi|3 : ACTAC-ACTGCCTTC-T-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACC---------T------TAC-CG------ATATTAAAAAACA-TGCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAGACC-----A---G-A---AAT-A--TTGTA--TGAATCTGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT--------------------------TG-------TACATTACTTT--AA----------CA---C-G---C--ATTTAGTT---A-A-AAA-G-ACA-C--------TTATATCCCT-A--ATTCAGTA-AACATTT-GG-C--G---AGGA-AA---AT-A--------T-T------TC--TGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT-------------------------------TGGACGTGC--AA--------T-G---AA-TCA--C----------TA--T--CATTTT-TTTTTA----AA----AATA-TAT-GTATTTAATTCGGTGA-T-A---CATTAT-T------T-A-G--ACAGA--T-TG-TAGGCA-TTCCTA-TCGGT-A--CCAATAT--T--G--AACCA---CTTGTC--------GCAG----------T--T--T-TAT---ATTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATTC-C--T----A--ACCTTT----TGCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAATA--TCTGGATAATACACTTTATATGGAT----ACTT-------AT--G-TT-TT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGACTTACCCAAA-ACAGCTCCAGCTCA--ACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTG-CTTTTCT-------CTCTCT-A--TTAATActc
gi|30 : -TAACAAA-ATACAG---------TA-AGTGCACTACGAC-CATTATTGC-T-AAAT-T-GTTAACTCCATGTC---------TTACATGTAC-CG------CTATTAAAGGACAGTCTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCA---TACG--A---G-A---CTT-C--TTGTA--GAAATCTATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-CGGTGA-T-A---CTGTGT--G---T---A-A--ACA-A--AGTG-AAAGTA-TTTCTA-CGGGT-A--CCGAATG--T--G--CATCA---CTAGTC--------ACAGATT----TTTT--T--TTTAT---ATTGCTATGAGAAGGG-----TTT-------CATGC-T--G----A--GCCTTT----CACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGATtggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATA-TTCTAG---------TT-CATTCATTACTAC----A-TTCC-T-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCG---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAACA-TGTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTA---TGCG--A---G-A---A-T-C--TGGTATTTCTATTTATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATTGGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AAGAA-GT-TT-GT--AA---A--TC---------TA--TACTATTTCTTTTTAACGGTATCATGAGTA-TAT-TCATTCGATATGG----------CGATGT-CG---T-----GC-ATA-ACTA-TG-TATGTA-TTACCA-TGaata
gi|34 : -T-TCATAG-TCCATAGT-TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATTGACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AGG-ACGA-TT-GTG-AA-TCA---C---------TA--T--CATTTT-Tgtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatAT-GCTTTGAA-AAACGACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AAT-A-CA-TTTGT--GA---A--GC---------TAAAT--CATTTC-CATTTA----TT----AACA-TTT-TCATTC-ATTCAATGA-T-AT--CG-----TG---T-T-AGG--ACACA--T-TG-TAAGTatga
gi|36 : taatcgcaaccatggTA-TTCTTA-TGCGT-A--CCAATTT--T--G--CATGA---CTTGTT--------TCATTCT----TGCT--C--T--------TTG----GATA---A-----TTT--------GTGC-TTAA----A--ACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGG-TG-------TACACTAA-TT--AC----------CA---C-AC--A--TTGTAATC---A-A-AAC-GAAAA-C--------TT-CATTACT-A--TTTCAGAA-ATCGTTTGT--C--A---GAGA-AA---A--AC--Aatt
gi|38 : acatTTTAATT---A-A-AGA-G-AAT-C--------ATATTTTTCT-A--ATTTAGTA-AACGTTT-G--C---------A-AA---AG-AA--AG-A-T-TTATATTTC--TGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtttt
gi|39 : aA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----TACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGATA--CCTGAACGACATACTTGATATC
gi|4 : CATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGA-TTCTAG---------TA-CATGCACTACTGT-CTTACTTTC-TAAA-T-T-ATTAACTTCGTGCC---------G------TA--TG------CTATTAAAGTACA-CGTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCAGTTT-----A---G-T---ATT-C--T------------TGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGT-GA-------T-CACTACTTT--AC----------CATCGC-A---T--GTTTATTT---A-AGATA-A-GAG------------------CT-A--ATTGAGGA-AACGTTT-G--CAAG---GA-A-AA---AC-AC--TGTA-T-T------GC--TGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-TGACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC--------A-TT-TT--AA-TCATGTCTTTAAACAATA--T--CAATGT-CTTTAC----AT----ACTG-CAT-TTACTTGAATCTGT---------TGA-AT-TGCCTT-T-A-G--GGA-A--A-TA----------CCAATTGCGT-T--CCAATTG--T--G--CAAAA---CATATT--------GCAGA-T----TAGT--T--T-TAT---ATTGCCACGTGGGGGG-----TTT-------CATGCAT--G-------------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGATA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagaAA-TTGTAG---------TT-CATACACTATTAC-CATACCTTC-TAAA-T-G-GTTAACACCATACC---------T------CAA-TG------CTATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttTAG---------TT-CATTCTCCACTAC-AGTACT-------G-T-T-GTTAACATCATGCC---------T------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--G----A--GCATTT----CCTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGATA--atatca
gi|43 : acaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGATAACCCTGAACGCTATATTTCATATC
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAA-TTCCAG---------TA-TATGCACTACTCC-CATACTTTC-TTAA-G-T-GTTAACTTCACGCC---------T------TAC-CG------CTGTTAAATAGGA-TGTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCA---T-----ATTTG-A---ATT-C--TTTCA--TTTATCTGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TAT-TT-------TA-ATTAATTTTAACGTTATTGTGTTA---C-GT--A--TTTTGAT------A-AAG-G-AGG-T--------TTCCATCACT-A--ATTCAGAT-AACGTTT-TG-C--A---AAAA-AAAACAC-AC--AAAA-A-CAATA------CGG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATCAA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGA-TT-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-A-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATTTAGAA-AACATTT-C--T--G---AGGA-AA---A--GC--A--A-T-ACATT--TC--TGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTTGACAGAT----T-----------------CCAAAG-A-GGTTT-GTG-AA-TCG--CA----------A--T--TATTTC-TTTTTA----AC----AACA-GAA-TAATTCAATT-GGTTT-T-G---CGATAC-T----------------------TG-TCGATA-TCGCTC-TGCGT-A--CCAATTG--T--T--TACCA---CTTGTC--------ATAGCCA----TA---------TAT---ATTGTTACCAGAGGAA-----TTT-------AAAGC-T--G----A--GCATTT----TGCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT-------------------TATTCTTGATATCGAT----AATA-----------T-TT-TT-CACTTAAATTGAT-GTCA----ATTCTTA
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAA-TTCTAG---------TT-CATTCAC--CTTC-C---TTTTC-TAAA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTACCACAAT------TAC-CA------CTATTAAAGAATA-TGATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCA---TACG--A---G-A---ATT-C--TGGTATTTATATCTAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--t
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGT-TA-------TACACTATTTT--AC----------CA---TAA---C--TTTCAATT---A-A-AGA-G-AAGTT--------TTACATCAAT-A--ATCAAGAA-AACATTT-T-----G---GAGG-GG---A------AGCA-C-T-ATATTTC--TGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----T-----------------CCAAAG-A-GGTTT-GTG-AA-TCA--CA----------A--A--GATTTC-GTTTTA----AT----AACA-GAA-TAATTCGAT--------------CGATTT-TT---T-T-A-T--AT-----G-TG-TCGATA-TTGCTC-TGCGT-A--CCAACTG--T--T--TACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGCCT----TATA--T--C-TTT---ATTGTTACCAGAGGTA-----TTT-------AATGC-T--G----A---------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT-------------------ATTCTTGATATCGAT----AAT--------TT--T-TT-TT-CACTCAAATTGAT-GTCA----TTTCTTATCC-
gi|9 : ga-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-T-TG-------TTCACTACTTT--AC----------TA---CTC---A--TTTAAACT---A-A-AAA-G-AAG-CCTACATTCTTACATCGTT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-TGCC--G---GAGA-AAT--AA-AC-------T-TCATT--TC--TCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTTGACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTCAAAG-A-G--TT-GGCAAA-TC---TC---------TA--T--TATTTC-TTTTGA----AT----AAC---AT-TC--TTGATTCGATGG-T-ATTGTGATA-----------A-G--ACACA--C-TG-TATGTA-GTACTA-TGCGT-A--TGAATTG--C--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACC----TGTC--T--T-TTT---AT---TACAATAGAGA-----TTT-------c
blockSeqs : TT C C A A T AGTGCACAC G A GTA . A A C A TTACCACAAT A TTGTTC T C TC G C TTCTCGA C . A AT G TT A A T C A T T T CT CAGATGAAGTTTTGAATATATTACATAAATTATGTACAAGCCAG T CT CTGATTTTG TA A TATA G A A CGAATAA GCCGT AACCCTG CT TA GTTATTGTGT TCGCATG TTT C G T CA CCTACATTC G TT T TGCAAAAAAAAACACACAAAAACAATA CA TCC T ACGTGAT GC T T A TTG G AAAACATTAAGTAGAAATGCCAGGGAGATTGTAATTTACGGT CT A CGGT CATG T . . TT GATGGTGATGCTGTGTAGCCACAATTTAG T T G A AG GT GGT ACC AAACATTTG AAAATCTTGA GA T AAC A AGGGA GTAGTTTC A GTTTTGTT TTTCTG AC T CC TTA A AAA ACCCTGAAC A AATACTTT G . T T ACAG TAG A T ACTCTGTTAGTT T C CCGC ACG ATG
blockSeqs : . . G T . . . . A CA . A A . . TTACATG . . G . C T . TTCGG . . . . C TT A C . T . . . C T ATATATTTTTTTTTTAAATAAGAAACGTATTAGAGAA . . ACCT . G . G . . C CGA . CA . . CACGCT . . . G CA TT . . T TCAGAGAAAACACAGCATTTTATA . . . ACGTGAT AT . . . . . AAAACATTAAGTGGAAATGCCAAGAAGATTGTAATTTACGGT C A . . C . . TT GATACTGTATGTTCAGACAAGTTCTAT . . T . . . CTG . TG TACT . . . T . C . TAAA CG T . . . C . CATGGGC A TATTAAT . . T A C AAA A T TCACAGCAACA T . CTG . A
blockSeqs : . . . C . . . . G AA . A . . . T . . . . C T . GACCA . . . . G . C C . C . . . . . CGGATGGAGTTGTAAACGAATCACGTACTGGACAG . . CA . A . A . . T CGT . CT . . CGCAC . . . C GA TT . . . TTGCAAAAGACTACTGAGCATTG . . . TA TT . . . . . ATTTGTGAATTATCATTTTAATCATGTCTTTAAACAATAT A A . . T . . TC GAATCTGTGTTCAAACAAAGTGTAT . . A . . . G . G TGCT . . . G . C . AGA CA T . . . C . CTTCGAT T ACTTATG . . . A . GA C . AAGTAAAG T .
blockSeqs : . . T . . . . T AC . A . . . T . . . . A C . TACGA . . . . G . T A . C . . . . . TTTGATAAATTTTAAATAAATTACTGACAAAACAA . . CT . A . T . . C CTT . CT . . TACAT . . . A C C . . . TTGCAAAAGACTACTGAGCATTC . . . C TC . . . . . TTTCTATGTGGATTTGCTAAGCCGATTGTGATTACCTAA A T . . A . . AC AATACAGCGTATAGGCAATCGTTTG . . C . . . G . G GGTT . . . G . C . GG CG A . . . C . TCTTGAC T ATTATA . . . A .
blockSeqs : . . T . . . . G AC . T . . . T . . . . T T . TGCGA . . . . G . A A . C . . . . . CGGACGAAGTTTTAAATACATGATGTAACAAGCGG . . CT . A . T . . C CGT . CA . . AAGAC . . . A T C . . . AGGTCACACTAAGCAGGTCATA . . . T AT . . . . . TTTATATCTTGACTTACCAGGACGATTGTGAATCACTAT C A . . A . . AC GATACATTATTTAGACAGATTGTAG . . A . . . A . A TGTT . . . G . C . GA CG A . . . C . CCTAGAC T AATTTT . . . T .
blockSeqs : . . C . . . . T CA . A . . . T . . . . T C . GTTTA . . . . G . A A . A . . . . . CAGATGAAGTGTAAGATAATGAACCTAACTGAG . . CT . G . G . . T CAT . TT . . CACGC . . . T G C . . . TGCCGGAGAAATAAACTTCATT . . . T AC . . . . . TTTATATGTGGACTTGGCAATACATTTGTGAAGCTAAAT C A . . C . . TC GATACTGTGTGTAAACAAAGTGAAA . . T . . . G . A TGTG . . . C . T . TG CG A . . . T . TCTGGAT G TTTTT . . . .
blockSeqs : . T . . . . G CT . . . . . T . . . . C A . TATTT . . . . T . C C . T . . . . . GGATGCGTTTTAAAATAAATTACGTACAG . . CT . G . A . . C CAA . CT . . CAGGG . . . T G C . . . GCAAAAGAAAGATTTATATT . . . G GC . . . . . TTTATAAGTGAACTTTTCAAAGAGTTGGCAAATCTCTAT T A . . T . . TT GATATCGTGTTAGGACACATTGTAA . . G . . . T . G TGTT . . . G . T . GG CG A . . . C . CCTGAAC C AATAT . . . .
blockSeqs : . T . . . . A CA . . . . . T . . . . C T . TACGA . . . . T . A C . C . . . . . GCGGATGAATTGTGAACCAGACAG . . CG . G . G . . C CTT . CT . . CATAT . . . T G T . . . GCAAGGAAAAACACTGTATT . . . G AA . . . . . TTTTATGTGAACTTACCAAGAAGTTTGTAAATCTATAC T T . . T . . TC GGTATTGTGATAAGACACACTGTAT . . G . . . G . G AGAC . . . G . T . AT CT A . . . C . CTCTAAC G
blockSeqs : . T . . . . T AG . . . . . T . . . . G C . TATG . . . . T . A T . C . . . . . TTAATTGCGTATCAGAGAC . . CT . G . T . . C CGG . TT . . CACAT . . . C G T . . . CTGAGGAAAAGCAATACATT . . . T GT . . . . . TCCAAAGAGGTTTGTGAATCGCAAT C A . . T . . AT GATACAACGTTAAGACACACTAAG . . G . . . T . G TTTT . . . G . A . TA TG T . . . C . . G
blockSeqs : . . . . . . G CA . . . . . G . . . . C G . TACG . . . . G . T C . A . . . . . AAATTACGTATCAGAGAC . . CG . T . C . . C TAT . CT . . CGTAT . . . A G T . . . TGGAGGGGAAGCACTATATT . . . T TA . . . . . TCCAAAGAGGTTTGTGAATCACAAA T T . . C . . TC CGATGTCGTGCATAACTATGTAT . . G . . . C . A TGCT . . . G . C . TA CA G . . . A . . .
blockSeqs : . . . . T C . . . . . T . . . . . C . TAT . . . . T . T C . A . . . . . GGATAGAGTACGAGAACG . . T . A . C . . . AGA . CT . . TAACT . . . A G C . . . TCGTATGAGATAAACAC . . . T GC . . . . . TTTATATGCGCATTTTTAACGATT C A . . T . . TC TGAATTGCCTTTAGGGAAATA . . G . . . G . G TAGT . . . G . C . GA TA A . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . TA . . . . G . T C . C . . . . . TGATAGAGTTCTAGAACG . . . . . . T . . . AGT . CT . . TAACT . . . G G C . . . GCCAAAAAAAATATA . . . A AC . . . . . TGGACGTGCAATGAATCACTAT C T . . C . . TC CGATTTTTTTATATGTGTCG . . C . . . G . A TATA . . . A . C . GG CC A . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . A . . . . G . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . TT . T . . CTCAT . . . T A C . . . ATGAGAGAAAACACT . . . T GC . . . . . TTATATGTTGACTAT C T . . C . . C TTTGCGATACTTGTCG . . C . . . G . T TGTC . . . T . A . GA TG A . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C . . CAAC . . . A G C . . . GGCGAGGAAAATATT . . . A GT . . . . . . G . . C . . T AATGACAAACGTTTG . . C . . . G . G GTT . . . G . A . GA A A . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CGCA . . . G A T . . . . . . A GT . . . . . . GATATTGT . . C . . . T . A TA . . . . . . . GA . . . . . T .
blockSeqs : . . . AA . . . G G . . . . . . . T TT . . . . . . . C . . . T . G A . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . A . . . A G . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . G . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C .
blockSeqCons : TACGA******** *** CGT*** CT CACAT******** G** C********* TGCGAGGAAAAACACTGCATT********************* TC GATATNGTGTTAAGACANATTGTAG******************** G******** AATTTT***************
originalCons : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCA---T-----A---G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--AC----------CA---C-A---N--TTTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTT-T--C--G---GAGA-AA---AC-AC--AGCA-T-TCATA--TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AAG-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGA-T-A---CGATAT-TG---T-T-A-G--ACA-A--N-TG-TAGGTA-TTCCTA-TGNGT-A--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGAT----AATA-------TT--T-TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
finalCons : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCC---------T------TAC-CG------CTATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCATACGA--------G-A---ATT-C--TGGTA--TAAATCTGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AACGT---TG-------TACACTACTTT--AC----------CACACAT--------TTTAATT---A-A-ANAG--AAGC---------TTACATCACT-A--ATTCAGAA-AACGTTTTGCGAGGAAAAACACTGCATT---------------------TC--TGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AAG-A-GA-TT-GT--AA-TCA--CC---------TA--T--CATTTC-TTTTAA----AT----AACA-TAT-TCATTCGATTCGGTGATATNGTGTTAAGACANATTGTAG--------------------GTA-TTCCTA-TGNGT-A--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTCG--------CAGACT----TGTT--T--T-TAT---ATTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATATACTTNATATCGATAATTTT---------------TT-TT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA
Alignments
lowQualScore : 11 111111111 111 1 111111111111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111 1111111111 3333333333333333 11111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111111 111111111 1111111111 111111111 2222222 1 2222 2222 5555555555555555555 1 2222 2222 2222
lowQualScore : 33 5 7 2 0 0 3 2 000000000 2 3 111 2 4 8 2 2 666666666666666666666666 6 3 55 0 2 2 33 0 5 2 77 44 2 2 2 2 2 2 5 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 33333333333 33 2 5555 2 2 2 3333333 444444 8888888 55 0 33 33 9999999999 2 4 2 0 0 333 2 2 2 666 4444444444 2 2 22 4 2 888 999999 55 4 0000000000000000 88888 444 2 55555555 44 2 2 2 333 2 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 44 2 5555 5555 11 0 2 2 2 777777777777777777 5555 55 3 2 2 2 1 33 33 44444 333 333333333 00 7777777777 22 2 333 2 55555 99999999 2 6666666666 0 555555 22 2 22 333 1 333 0 111111111 3 1 55 666 0 3333333 5 5 0 9 0000 2222 1 0 3 8888888888888888888 3 0 0 0 2222 2222 4444
lowQualScore : .. . . . . . . . ......... . . ... . . . . . ........................ . . .. . . . .. . . . .. .. . . . . . . . .. ......................................................................... . .. ........... .. . .... . . . ....... ...... ....... .. . .. .. .......... . . . . . ... . . . ... .......... . . .. . . ... ...... .. . ................ ..... ... . ........ .. . . . ... . . ............................................................... .. .. . .... .... .. . . . . .................. .... .. . . . . . .. .. ..... ... ......... .. .......... .. . ... . ..... ........ . .......... . ...... .. . .. ... . ... . ......... . . .. ... . ....... . . . . .... .... . . . ................... . . . . .... .... ....
lowQualScore : 88 7 3 9 1 8 1 9 777777777 7 3 999 9 3 6 9 9 555555555555555555555555 2 3 77 5 9 9 99 6 6 7 33 33 9 5 9 5 5 5 0 99 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 66666666666 99 2 7777 9 7 7 1111111 000000 1111111 77 6 11 11 7777777777 2 3 1 6 5 777 1 1 5 333 0000000000 1 1 99 2 1 666 333333 11 7 1111111111111111 22222 111 4 00000000 11 1 1 1 777 1 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 22 3 7777 7777 88 4 0 0 4 444444444444444444 6666 33 5 1 1 1 8 11 11 77777 777 777777777 55 5555555555 99 1 999 9 33333 88888888 4 2222222222 6 777777 44 1 99 777 3 777 8 111111111 6 0 00 444 2 6666666 0 0 0 8 8888 0000 0 8 2 0000000000000000000 2 2 8 0 0000 7777 3333
consensus : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTAC------CG------C---------TATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCAT--ACGAGAATT-CTGGTA--TAAATC-TGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--A--C----------CA-CACAT-TTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TT-ACATCACT-A--ATTCAGAA-A-AC-G-TTTTGC--GAGGAAAAAC-AC-----TA-------CATT-----TCTGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT--AA-TCA--CC---------T--AT--CATTTC-TTTTAA----AT----AACATATTCATTCGATTC-GGTGAT----ATC-GT--GT-TNAGACANAT-TG--TAGGTA-TT-CCTA-TGNGTA--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATA-TACTTNAT--ATC---GATAAT-----T-TT-TTTT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
Reference ( family-62 ) : TCTATTTACTTTGGT--CA-ATA-AAAATCATATAAAGCGCGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATGCACTACTAC-CATACTTTC-T-AA-T-T-GTTAACTTCATGCCTTAC------CG------C---------TATTAAAGAACA-TGTTA-AA-CTATACTGTGA-TAAGGCAT--ACGAGAATT-CTGGTA--TAAATC-TGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GA----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GTACNAC-T-TTTC------AA--CGT-TG-------TACACTACTTT--A--C----------CA-CACAT-TTTAATT---A-A-ANA-G-AAG-C--------TT-ACATCACT-A--ATTCAGAA-A-AC-G-TTTTGC--GAGGAAAAAC-AC-----TG-------CATT-----TCTGGCCTG---TA-A------T-TTCGACCGCGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAGAT----TTT-TATG--TGGACTTGCC-AA-G-A-GA-TTGT--AA-TCA--CC---------T--AT--CATTTC-TTTTAA----AT----AACATATTCATTCGATTC-GGTGAT----ATN-GT--GT-TAAGACANAT-TG--TAGGTA-TT-CCTA-TGNGTA--CCAATTG--T--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTT--T--T-TATA---TTGCTACGAGAGGGA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCCT---TCAATAATACTTCTAGATA--CCTGGACGATA-TACTTNAT--ATC---GATAAT-----T-TT-TTTT-CACTCAAA-TGGTAGTCA----TTTCTTACCC-GA-TNAGCTTCAGCTCA--AC------AGT--A--NTTTCTAATTT-TGAAACCG-CTTTTCT-ACGTACCTCTCT-A-GTTAATA
gi|1 : A-AAAAACATATAAAGCGCAGCTTA-TAGCGAA-TTCTAA---------TT-CAGGAACTACATC-TATACTTTCTT-AA-T-T-GTAAAACTCGTACCTTGC------TG------C---------T-TTAAGGATCA-TGTTT-TA-TTAATTTCTGA-TAAGGCAT--AGGTGTATT-GTGGTA--TGAATT-TGATTT-GGTCT-A-TA-AA-A--GTC-G---GA-T-GA----ATTTTTTT--------ATAAACTACGA------AC----C-----A-----GACATTAT-CA--AT--AT-------TCTT--TGATCAGCAC----GTAAAAC-C-TTTA------AC--CATGTG-------TACG----TCT--AAGA----------CA-AACAT-TTTGA-----------------------------T-ACATCGTT-A--ATTCATAA-A-ACTC-TCCCAC--AAACAAAAAT-A----------------ATTG----TGTGACCTG---TA-A------T-TTCGACCGTGCAAACTTTA-T-AAAT-GCT---AA-ATTTGACATATTG--TTT-TATACTTGGACTTGCC-TA-GTA-G---TGT--AA--------------------AT--CATT-------------GT-----------------GATTG-AGTAAA----AGT-AT--GTCTGAG-CACAT-TG--AATGTA-TT-CCCA-TGTGTA--CCGATCG--T--A--TACCA---CTTGTCTCA-----ACAGATT----TGTT--T--T-TATT---TTGCTATGAGACATA-----TTT-------TATGC-T--T----G--GCCTTT----GGCCGAA-TACACAG-GCTG--ACGTC---ATCATTACGT---TTTATAATACTTC
gi|10 : tcttcaatataattcatcactttaagaaattaaaaaaggactaccattctaaatatatgcttgtttctgctaacaaagttgctgataatgatacaagctaagcgagtagaaatcattaatatatcaatacatatatacaatccatcgaatccgatattatctataaacatattatcttacattgtaaacattcggatatagttgtagaggatagaatgtaaacgtttccgaccatttattaaattcccatgttatttaA-T-GAA---GTTTTAAA---------TAAATTAC-T------A-----CT----A-----G----TCG-GA--AA--CTGATTTTGTCTTTACAATAAGTAT----GCA-----T-TTTC------AA--CGA-TG-------TACACTACTCT--T--C----------TA-CGCAC-TCTAACT---A-A-ATA---AAG-C--------TA-ACAGCAATGA--AT---GAA-A-TA-G-TTT-GC--CAAAAAAAAT-A-----------------TA-----TCTGGCCCG---TT-A------C-TTCGACTGCGTATTCTCTA-C-AAAT-GGT---AAGAGTTCACA
gi|10 : acaTTAA----AT----AATATATTAATTCGACTT-GGTAA---------GT--G--CAATATATAT-CGCATACTTACTT-CTTA-TTGCTA--CCAacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaagtgcaatatatatcgcatacttacttcttattgctaccaggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|10 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagG--T--G--CAATA---TATATC--------GCATACT----TACT--T--C-T-TA---TTGCTACCAG-GTAA-----GTT-------CATGA-T--A-------------------CC----TACAGAG-GCCG--TTGTT---ATCAATGCAT---TCAGTATTACATTTTGATT--ACTGGGAGATA-TACTAGATCGATCATGAATAATGATCCT-TTATTTTGTACTCATA-TGGTAGggtaagttcatgatacctacagaggccgttgttatcaatgcattcagtattacattttgattactgggagatatactagatcgatcatgaataatgatcctttattttgtactcatatggtag
gi|11 : acaatgaagttttaaataaattactactagtcggaaactgattttgtctttacaataagtatgcattttcaacgatgtacactactcttctacgcactctaactaaataaagctaacagcaatgaatgaaatagtttgccaaaaaaaatatatctggcccgttacttcgactgcgtattctctacaaatggtaagagttcacaacaaattcaatcagtatgattatagaagttaaataatatattaattcgacttggtaaA-ATACAAAAACACATCAAGCGCATTTAA-TAGCAAATTTTTAG----------T-CATATATAATTAC-CATTCTTTC-TAAA-G-T-GTAAATTCCATACCTTAC------TG------C---------ATTTAATGAACATTGTAA-AATCTATTGTGTGACTA--------ACAATTATC-CGGGTA--TAAATA-TGTTTT-GATCTAA-TA-AA-A--ATGCG---GA-T-GA----ATTGTGAA--------CCAG-------------A-----C-----A-----G----T----------------------------------AC----GTACGAC-T-TTTT------AA--CGT-TG-------TACA----TTC--A--C----------CA-TACAT-TTCAATT---T-A-AGG-C-AAG---------------ATTCCT-A--ATTCAGAA-A-AC-G-TTTATC---AGAGAAAAC-AA-----TA-------CTTT-----T
gi|12 : attaatacatggacattgtgaacattcatgtatagttatagatgatcaacagtgaaagcttcctgtaatgtacttcattcccaaattacaTGT--AAATCA--CA------------AT--CATTTC-TGTTAA----AT----AACAAAAGTATTCGATTT-GGTGA-----ATCTGT--GT-TCAAACAAAG-TG--TATATA-TT-CCTA-TGGGTA--CCAATTG--T--G--CAGCA---CTTATT--------GCAGAAG----TGCT--T--T--ATC---TTGTAATGAGAGGTA-----TTTGTAGTTTCGTGC-C--G----G--GCCTTT----CGCCAAT-TACACAG-GCTG--ATGTC---TTCAATGCCT---TCAATAGTACCTCTGAATA--CATGGGCGATA-TACTTAAT--CTC---GATATT-----A-TA-TTTT-CACCTACA-TAGTTGTCA----ATTTTTATCT-TT-TTTGCTTCAGCTCA--AT------AAA--A--CT---TAACTT-TCTAA-----TTTCCTGACATACATCTCTCA-GTTAATAgt
gi|13 : tg-AAGATAATTTAAAACGCAAATTAATAGCAAA-TTGAAGAGTGCACACTTGCATACACTACTAA-AATATTTTC-T-AA-TCT-GTTAACTCCCTGCCTTGC------CG------C---------TATTCCAGAACA---TTACAA-----ATTGTGA-TTTGGCGTTCTCGAGAATT-CTCGCA--TAAATC-TGTTTT-GGTTT-ATTA-AA-A--ATC-G---GA-TGGA----GTTGT-AA--------ACGAATCACGTACTGG-A-----C-----A-----G----TAC-CA--AA--CA-------TTTT--TGGTAGGCAA----TTACGAC-T-TTCC------AA--CTT-TA-------AACAT--CTTG--A--------------A-CA-AC-TTTAA-----------A-T-AAG-C--------TC-ACATCACT-G--ACGCAGAA-A-AT-G--TTTGCA-GAAGAAGAaagtttttttttaaaatacattg
gi|14 : tatA-ATAGAAAACTATATAAAACACGATATA-GAGTAAG-TTCTAG---------TC-CATG------------TACTTTC-CAAA-T-G-GGTAACTTCATGTCTTAC------CATTGTTCT---------TATTAAAGAtactatact
gi|15 : tgcagtcaaaataacatttcgttttaatgttcgtgtgccagctgataaatctaccaatgatatcagtattattttaggtttacattatgtgaagggttaacaacaaaaacaaggcagccatatacttactgtaacatcctatgaattatcagataatgttaataaacaaaccaaacgtcgtaaacagtcgggcgtatttttagagaatatagggcagatta-ATA-AAACTCACATAAAGCGCATTTTA-TGGCAAA-TTCTAA---------TT-CAT
gi|16 : ccacatagacctagagtttcgtttcgtcatcagaagaaaggaattaagaaagtcaattctaaaacattgtcaattatgtaattattatcttatgtttatattatttcaatgctataaaaaacagctaagaagttctaatgcgttttcatatgtaccttccaccgaacctgatgttgttaataaacaactattggaaatattcgggtacagtcgtcagacgataaacaggaaaaacttgctaccatgtacttgagttattcagctacT--CC-ATA-AAAA--AAACCGAGCTC-TTTTA-TAGCAAA-TTTTAG---------TT-CATa
gi|17 : tacatatattgaaatgaatcaaggaagttcatattattttatacaagtcgataaagcggctaataatattatcattgtctgatgtttatattatgtcagtattttacaacatgaactggaaagtacttatcatatgcatatgcactttccaacgaatccaaaaatgtaaagatataccgtacattgtcacgtagaagttcccgtacagaatgtagaagatacgcaggacatgctctctatcatgtactcgattacaaagttaaagtCAC-ATTTT--A--C----------CA-AAGAC-TGTAATTTTTACA-GCA-G-AAA-----------T-ACTGCACT-A--ATTCCGAA-A-AC-G-T--------AGGTCA--C-AC-----TAAGCAGGTCATA-----TCTGTCCCG---TA-A------T-TTCGGCGATGCCTTCTTTA-C-AAAA-TTT---CA-AATTGACATAT----TTA-TATG--TTGACT-------------------------------------------AT---ATTT--TTTTAA----AT----GCTTTATTCATTCGATTC-GTTGAT----ATT-GT--GT---------AT-TG--T--GTA--------------A--CAAATTG--T--A------A-----TAT------------GACT----GGTT--TGAT-TATAACATTGCTATGA---------------------CA-------G----A--ACCTTT----CACCAAACTACACAG-GCTG--GTGTC---ATCAACACCT---TCAATAATACATTTAGAT
gi|18 : GT-TA-------TATA--ACTT---A--C----------CA-CACGC-TTTGATT---A-T-AAC-G-AGG-C--------TT-CCATCACT-A--AATCAAAATG-AC---TCGTAT--GAG-ATAAAC-AC-----T------------------TTGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG--CTTTCATTCCCT--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TAGAAATGCC-AG-GGA-GA-TTGT--AA-TTT--AC---------G--GT--CACTTA-TTCGTA----AT----AAAATGTTTATTCGATAC-TGTAAT----ACA-GC--GT-ATAGGCA-AT-CGT-TTGGTA-TT-TTCA--AAGTAAGCTATTTG--C--GGTTTCTT---TTTGTG--------ACAGACT----TGTT--T--T-g
gi|19 : TTT--T--C----------CA-CACGC-TTTTATT---A-A-GAA-G-AGG-C--------AA-ACACCACT-A--AATCAAAATG-AC---TTTTAT--GAGAGAAAAC-AC-----T-----------------TTTGGCTTG---TA-AACGTGAT-TTAG-CTTC-CATTCCTC--C-GAAT-ATT---AG-GATTGACCGATAAAACAT-TAAG--TGGAAATGCC-AA-G-AAGA-TTGT--AA-TTT--AC---------G--GT--CAACTA-TTCTAA----AT----ACAATGTTTATTCGATAC-TGTAAT------------------GACAAAC-GT--TTGGTA-TTTCCAA-CGCA-A--GCAATT---T--G--CACTG---TTTGTC--------ACAGACA----T--------C-TATA-----ACTAGAAGAGGGA-----actaggag
gi|2 : TCTATTTATTTTGGT--CA-ATA-AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCAAA-TTCTAG---------TT-CATTCATTGCTAC-ACTCCTTTC-T-TA-T-T-GTTAGCTTCATGCCTTAC------CA------A---------TATTAAATAACA-TGTTG-AA-CTATATTGTCA-TAAGGCAT--A---GAATT-CTGGTA--TACATC-TGTTTT-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--G---GA-T-GC----GTTTTAAA--------ATAAATTACGT------A-----C-----A-----G----TAT-CA--AG--CT-------TCTT--CAATAAGCAA----GTACAAC-T-GCTC------AA--CGT-TG-------TACACACCTTT--A--C----------CA-CAGGG-TTTAATT---A-A-TTA-G-TAG-T--------TT-ACATCACT-A--TATCAGAA-A-AC-A-TTTTCA--GAG--AAAAC-AC-----AG-------CATTTTATATTTGGCCTG---TA-A------T-TTCGCCCATGTATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-CATTGGCAGAT----TTTCTATG--TGGATTTGCT-AA-GCC-GA-TTGT--GA-TTA--CC---------T--AA--CAATTC-TTAGAA----AT----AGCATATTCATTCGATTC-GGTGATGGTGATG-CT--GT-GTAGCCACAA-TT--TAGGTA-TT-CCCA-TGAGTA--CCAATTA--T--T--TACCA---CTTGTC--------GCAGACT----TGTG--T--T-TATA---TTGCTACGAGAAGGA-----TTT-------CATAC-T--T----G--GCCTTC----CGTCAAT-TACACAG-TCTG--TTGTC---ACCAATGCCT---TCAATAATGTTTCTAAATA--CTTCGATAATA-TACCTAAT--GTC---GATAATAC---T-TT-TTTT-TACTGAAA-TGGTAGCCA----TTATTTGCCC-TAGTAAGCTGCAGA-CA--A-------AGTAAA--GTTTCTAAGTT-TGAAGCCGCCTTTTTT-ACGTACCTCTTT-ATGTTAATAat
gi|20 : TTACCTTGGT--TACATA-ACAACCATATAAAGCGCGTTTTA-TACAAAA-TTATA------------------ACT--TACGTATACTTTC-T-AA-A-TAGTTAACGTTATGCTTTAG------GG------C---------TATTAAAGAACA-TGATA-AA-CTATACAGTGG-TAAGCTAT--TCGGGAATT-CTGGTA--TATATtgtttaaacaatactatgcagaaat
gi|21 : aacgtgaaattaccacatgatactatccaaaagaagatacttcgtgataaaattcaggtgtcgttgtagaggataaacaggacaagcttcctgttcggcaccg-TAAGGCAT--ATG-GCATTATTGGCA--TGAATA-TGTTTC-GGTCT-A-TA-AA-A--AT--------------------TTAA--------------TTGCGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------TCAT--CGACAAGGTC----GTACTAC-T-TTG-------AA--CAT-TG-------CACACTACATT--A--C----------AA-AA-------AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TT-ACAGCACT-A----TAACAA-A-AC-ACTTTTGC--AA---AAGACTAC-----TGAG-----CATT-----GCTAGCAAA---TA-A------G-TTCGATCACGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATCCACCGAt
gi|22 : -TTCGATCGCGAAGTTTTTA-C-AAAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----TTTATATG--CGCATTT-TT-AA-C---GA-TT------------------------------CATTTC-TTTTAA----GT----AGTACACACA--CGATTT-GGTGAT----ACA-AC--GT-TAAGACACAC-TA---AGGTA-TT-CCTA-TGTGT----TAAACG--TCTG--TACCA---CTTACC--------GAAG----------T--T--T-CATA---TAGCTTTGAGACGGA-----CTT-------CATGC-T--G----G--ACCTTT----CG-CAGA-TGCACAG-ATTG--GTGTC---AACAATGTCT---TCAATAcatgctatg
gi|23 : A-TAATGCAT--ATGACCTTA-TTGACA--TGAATA-GGTTTT-TGTCT-A-TA-CA-A--AT-----------------------------------AAATTACGT------AT----C-----A-----GAGACTAT-CA--AG--CT-------CCAT--CGACATGGTC----GCACTAC-T-TTT-------AA--CAA-TG-------CACACTATATT--A--C----------TA----AT----AAAT---A-A-ATACA-AAA-T--------TT-ACAGCACT-ATTATACTAAA-ATAC---TTTTGC--AA---AAGACTAC-----TGAG-----CATT-----CCTAGCCAG---TA-A------G-TTCGACCAAGCATTATTTA-C-AAAT-ACC---AA-AATT
gi|24 : cTACA-----CA------T---------TATTAAA--ACA-TGTTA-AT-ATATATTGAGG-TAAGTCAT--ACGGCAATT-TCTGTA--TACATA-TGTTTTTGGT-T-A-TA-CATA--AT--TTT-GA-T-AA----ATTTTAAA---------TAAATTAC-TGACAAAA-----C-----A-----A----TAC-CG--AG--CT-------ACTT-----TAAGCAC----GTTCGAT-T-TTTT------AA--CTT-TGAACCCTGTACACAATTTC--G--G----------CA-CATAT-TTCATTT---A-A-ACA-G-AAG-C--------TA-GCATCTCT-A--ATTCAGAA-A-A
gi|25 : ATT-----TCTGTCCTT---TA-A------T-TTCGACCGTGCATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-AATTGACAG-T----TTC-TAC---TAGGCTT
gi|25 : caAGGTA-CT-C------GGTT--CCTAGTG--T--G--CAAAA---CTTGTTT-------GTATAGT-----GTT--T--G-TATA---TTGTTACGAGGGG---------------------C-T--A----T--GTCTTT----CGCCAAA-TACACAA-GCCG--GTGTC---ATCAATGCTTAAAGCAATAATctaataatatgcatttggaggattaatcaggtactcggttcctagtgtgcaaaacttgtttgtatagtgtttgtatattgttacgaggggctatgtctttcgccaaatacacaagccggtgtcatcaatgcttaaagcaataatttatta
gi|26 : caatttctgtcctttaatttcgaccgtgcattctttacaaatgctaaaattgacagtttctactaggcttctaataatatgcatttggaggattaatc--CACTG---ATTGTC--------GAACACT----TGTT--T--T-TGT----TT-CTATGGGAACCA-----TTT-------TATAC-T--T----A--ACATTT----CGCCAAA-TACACAG-GCTG--ATGGT---ATCAGTGTCT---GTAATAAAAC----AAATA---------GAAG-TAATTTAT--A-C---GATTAT-----TAAT-TTTT-CAATCAAA-TGGTAGTAAC---TTTTTTGCAT-GA-TAAACGTCAGCTTATCAC------AGC--AACATTTTTAATTTCTGAAttatta
gi|27 : tgtgttcggttcga-GGTGAT----ACT-GTATGT-TCAGACAAGT-TC--TATGTT-CT-TCTA-TAGGTA--CTGAATG--T--T--TATCA---CTTCTC--------ACAGATTAAAATCTTGAT--T-TATA---GTGCTATGAGAGAGA-----TTT-------TA-GC-T--A----GA-G--TTT----CTCAAAA-TACACAA--CCG--GTATC---GTCAAGACCT---TCAATATCACTTCCAGATA--TCTTGACGATATTATTTT---------------T-----T-TT-TGTT-TACTCAAA-TAATAG
gi|29 : t-TG--TAGGTA-TT-CATA-TGGGCA--CCACTTGGTT--C--CACTAACCCTTACC----------AGACT----AGAC--T--T-TATA---TTGGTACGAGAGTGA-----TTT-------TCTGT-T--GTTTTGTTGTTTTTTTTCTGCGAAA----AAAT-GCTGCCATGTC---ATCAATACCG---TCACTAATACTTGAAGATA--CCTAGACGATA-TAATTTA---ATC---
gi|3 : aaACTAC-ACTGCCTTC-T-AAAT-T-GTTAACGTCA-ACCTTAC------CG------A---------TATTAAAAAACA-TGCTG-GA-TTGTACTCGGA-TAAGGCAG--ACCAGAAAT-ATTGTA--TGAATC-TGATTT-AGTAT-A-TA-AACA--ATC-A---GA-T-GAA---GTTTTGAATATATTACATAAATTATGT------A-----C-----AAGCCAG----TATTCACTAGACCT-------TCTC--CGGTTAGTAC----GT--------------------------TG-------TACATTACTTT--A--A----------CA-CGCAT-TT-AGTT---A-A-AAA-G-ACA-C--------TT-ATATCCCT-A--ATTCAGTA-A-AC-A-TTTGGC--GAGGAAAA-------------------TATT-----TCTGGTTTG---CA-A------T-TTCGACCTAGCATTTTTTA-T-AAATAGCT-------------------------------TGGACGTGC--AA---------TG---AA-TCA--C----------T--AT--CATTTT-TTTTTA----AA----AATATATGTATTTAATTC-GGTGAT----ACA-TT--AT-TTAGACAGAT-TG--TAGGCA-TT-CCTA-TCGGTA--CCAATAT--T--G--AACCA---CTTGTC--------GCAG----------T--T--T-TATA---TTGTTACGAGAGGGAAGGGAGTT-------AATTC-C--T----A--ACCTTT----TGCAAAT-TACGTAG-GCTG--ATATT---ATTTATGAAT---TCATTAATATTTCTGAATA--TCTGGATAATA-CACTTTAT--ATG---GATACT-----TATG-TTTT-CACTTGAA-TGGTTTTCAACAGTGACTTACCCAAA-ACAGCTCCAGCTCA--ACTCTGTTAGT-----TTTTCTAATTC-TGAAACTG-CTTTTCT-------CTCTCT-A--TTAATActc
gi|30 : -TAACAAA-ATACAG---------TA-AGTGCACTACGAC-CATTATTGC-T-AAAT-T-GTTAACTCCATGTCTTACATGTACCG------C---------TATTAAAGGACAGTCTCA-AA-TT-CAATGT-A-TAAGTCAT--ACGAGACTT-CTTGTA--GAAATC-TATTTC-GGTTT-A-T---A-A--TT--GGCCGATT-GA----AATTTGAA--------ATAAATTACatggttttataagtacattg
gi|31 : TCGAT-C-GGTGAT----ACT-GT--GTGTAA-ACAAAG-TG--AAAGTA-TT-TCTA-CGGGTA--CCGAATG--T--G--CATCA---CTAGTC--------ACAGATT----TTTT--T--TTTATA---TTGCTATGAGAAGGG-----TTT-------CATGC-T--G----A--GCCTTT----CACAATG-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATCAATGCTT---TCAAAAATATTGCTAGATtggccag
gi|32 : -AAAATAATATAAAGCACGTTTTA-TAGCATA-TTCTAG---------TT-CATTCATTACTAC----A-TTCC-T-AA-T-T-GTTAACTTCTTGCGTTAC------CA------C---------TATTAAAGAACA-TGTCA-AA-CTATATTGTAA-TAAGGTAT--GCGAGAA-T-CTGGTATTTCTATT-TATTTT-GGTCA-A-TA-AA-A--AT--
gi|33 : CGACCGCGT-TTTGTTA-C-AAAT-GCT---TA-AATTGGCAGAT----TTT-TATG--TGAACTTACC-AA-GAA-GT-TTGT--AA---A--TC---------T--ATACTATTTCTTTTTAACGGTATCATGAGTATATTCATTCGATAT-GGCGAT----GTC-GT--GC-----ATAACTATG--TATGTA-TT-ACCA-TGaata
gi|34 : TG---TA-A------T-TTCGACCACGCATTCTTCA-CTTATT-GAA---AA-AATTGACACAT----TTTATATC--TTGACTTACC-AG-G-ACGA-TTGTG-AA-TCA---C---------T--AT--CATTTT-Tgtt
gi|35 : agaaaactaaatgtttaggttaaatgaatttcatagtccatagtAT-GCTTTGAA-AAACGACATAC----TTTATATG--TGGACTTGGC-AA-T-A-CATTTGT--GA---A--GC---------TAAAT--CATTTC-CATTTA----TT----AACATTTTCATTC-ATTC-AATGAT----ATC-GT--GT-TAGGACACAT-TG--TAAGTatga
gi|36 : taatcgcaaccatggTA-TT-CTTA-TGCGTA--CCAATTT--T--G--CATGA---CTTGTT--------TCATTCT----TGCT--C--T--------TTG----GATA---A-----TTT--------GTGC-TTAA----A--ACCTT------ACCGAA-TACACAG-GCTG--ATGTC---ATTTATTACT---TTTACGATACgc
gi|37 : AC----GTATAAT-T-TTTC------AA--CGG-TG-------TACACTAATT---A--C----------CA-CACAT-TGTAATC---A-A-AAC-GAAAA-C--------TT--CATTACT-A--TTTCAGAA-A-TC-G-TTTGTC--AGAGAAAAAC-AT-----Tatt
gi|38 : acat-TTTAATT---A-A-AGA-G-AAT-C--------AT-ATTTTTCT-A--ATTTAGTA-A-AC-G--TTTGCA-AAAGAAAGAT--T-----TA-------TATT-----TCTGTCCTG---CA-A------A-TTTAACAGCGCATTTTTCATC-AAtt
gi|39 : aA-----TTT-------CATGC-T--G----G--GCCTTT----TACAAAA-TACACATTGCTG--ACGTC---ATCAGTGCAT---TTATCAATACTTCTAGATA--CCTGAACGACA-TACTTGAT--ATC---
gi|4 : CATATTAATCACGTTTCA-AAGTTGA-TTCTAG---------TA-CATGCACTACTGT-CTTACTTTC-TAAA-T-T-ATTAACTTCGTGCCGTA-------TG------C---------TATTAAAGTACA-CGTTT-AA-CCTTACAATGA-TAA-GCA-----G-----T-TTAGTA--T---TCTTGTGTT-GATCT-A-TA-AA-AT-ATC-A---GA-T-GA----AGTGTAAG--------ATAATGAACCTA-----A-----CTG---A-----G----TGT-TA--TG--------------T--CGGTGAACAG----GCACGAC-T-TTT-------AAGCCGT-GA-------T-CACTACTTT--A--C----------CATCGCATGTTTATTT---A-AGATA-A-GAG-------------------CT-A--ATTGAGGA-A-AC-G--TTTGC--AAGGAAAAAC-AC-----TG-------TATT-----GCTGGCCAGTCCTATA------T-TTCAA-----CATTCTTTA-A-ACAT--TT---AA-AA-TGACATAC----ATT---TG--TGAA-TTATC---------A-TTTT--AA-TCATGTCTTTAAACAAT--AT--CAATGT-CTTTAC----AT----ACTGCATTTACTTGAATCTGTTGA-----ATT-GC--CT-TTAGGGAAA------TA--------CCAATTGCGTT--CCAATTG--T--G--CAAAA---CATATT--------GCAGA-T----TAGT--T--T-TATA---TTGCCACGTGGGGGG-----TTT-------CATGCAT--G-------------------------TACACAG-GCTG--ATGCC---ATCAATGCAT---TCAATAATACTTCTAGATA--CTCTAACGAtaca
gi|40 : cgtaatcataaacattcggctacatgtgataagtagaaaagcttcctaccatattctgggctcatgggttacttacagaAA-TTGTAG---------TT-CATACACTATTAC-CATACCTTC-TAAA-T-G-GTTAACACCATACCTCAA------TG------C---------TATTAAAGggattaaattagtactaaaattgtaatca
gi|41 : tgaaagttttTAG---------TT-CATTCTCCACTAC-AGTACT-------G-T-T-GTTAACATCATGCCTTAC------CA------C---------TATTAAAGAATA-
gi|42 : ta--G----A--GCATTT----CCTCAAA-TACACAG-GCTA--ATGTCTTAAT-AGTGCTT---TCAATTTTACATTTAGATA--atatca
gi|43 : acaG-GCTG--ATGTC---ACCAGTGTAT---TCAATACTACTTCCAGATAACCCTGAACGCTA-TATTTCAT--ATC---
gi|5 : tCTATATACTTTGTTTTCA-AAT-AAATTCATATTAAGCAAATTGTA-AAGCAAA-TTCCAG---------TA-TATGCACTACTCC-CATACTTTC-TTAA-G-T-GTTAACTTCACGCCTTAC------CG------C---------TGTTAAATAGGA-TGTAA-AG-GTAAAGTGTGA-TAAGGCAT--ATTTGAATT-CTTTCA--TTTATC-TGTTTT-GATAT-A-TA-TA-T--AT--A---TA-T--ATTTTTTTTTTAA--------ATAAGAAACGT------A-----TTAGAGA-----A----TAT-CA--GA--CG-------TCTT--TGGTAAGCACTATAGTGTTATATATTTCGAATAAAA--TAT-TT-------TA-ATTAATTTTAA--CGTTATTGTGTTA-CGTAT-TTTGAT------A-AAG-G-AGG-T--------TT-CCATCACT-A--ATTCAGAT-A-AC-G-TTTTGC--AAAAAAAAAC-ACACAAAAA-------CAAT-----AC-GG-CTG---TG-A------TATT--------TATTCTGTA-C-AGAC-GCT---AA-AATCAA-AGAT----TT
gi|6 : catattctgtacattatatgtataaacattcgggcttatttgtagatgataaaaagggaaagctttttgTTT-GGTAT-A-TA-TA-A--AT--G---GA-TAGA----GT--------------ACGA-----GA------A-----C-----------G----TAT-TA--AG--CT-------TCTT--CGGTAAGCAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGA-TT-------TACACTATTTT--A--C----------CA-TAACT-TTCAATT---A-A-AGA-A-AAGTT--------TT-ACATCAAT-A--ATTTAGAA-A-AC-A-TTTC-T--GAGGAAAAGC-AA-----TA-------CATT-----TCTGGCTTT---GA-A------A-TTCAAACGTACATTTTTTA-C-ATAT-AGT---AA-ACTTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTG-AA-TCG--CA------------AT--TATTTC-TTTTTA----AC----AACAGAATAATTCAAT--------------TG-GT--TT-TGCGATAC-T-TG--TCGATA-TC-GCTC-TGCGTA--CCAATTG--T--T--TACCA---CTTGTC--------ATAGCCA----TA---------TATA---TTGTTACCAGAGGAA-----TTT-------AAAGC-T--G----A--GCATTT----TGCCGAA-TACAATC-GTTG--ATAGC---ATCAGTGCTA---CCAATACTATT-------------------TA-TTCTTGAT--ATC---GATAA------T-AT-TTTT-CACTTAAATTGAT-GTCA----ATTCTTA
gi|7 : agtattgaaaagacaga-AAAATCATATAAAGCACGTTTTA-TAGCCAA-TTCTAG---------TT-CATTCAC--CTTC-C---TTTTC-T-AAAT-T-GTTAACTTCATGCCTTAC------CA------CAATTACCACTATTAAAGAATA-TGATA-AA-CAATGCTGCCA-TAAGGCAT--ACGAGAATT-CTGGTATTTATATC-TAATTT-GAACA-A-TA-AA-A--AT--t
gi|8 : tacatgaccctagagttacgttacgttatttgaagaaatgcattaagtaatttcgttttaaatgtggttttgtgccagttgataggctgccgataatattattatttgacatcattattatatcaatgtttgacgacaatgcctggggaagcactttatttctacttcttcttaaaccgtcaactgaataccatattgaaaataaacataacacacattgttaacatttgggtatgcttgtagatggtaaacagggaaaagtttcaaactgtgtgctggagttagttacacTTT-GGTAT-A-TATAA-A--AT--T---GA-TAGA----GTTCTAGA--------AC---------------------------------G----CAT-TA--AA--CG-------TTTT--CGTTAAGTAC----GCACCAC-T-TCTC------AC--AGT-TA-------TACACTATTTT--A--C----------CA-TAACT-TTCAATT---A-A-AGA-G-AAG-T--------TTTACATCAAT-A--ATCAAGAA-A-AC-A-TTTTG---GAGGGGAAGC-AC-----TA-------TATT-----TCTGGCCTT---GA-A------A-TTCAAACGTACA-TCATAA-C-ATAT-GGT---AA-AATTGACAGAT----T-----------------CCAAA-G-A-GGTTTGTG-AA-TCA--CA------------AA--GATTTC-GTTTTA----AT----AACAGAATAATTCGA-TC-G---------ATT-TT--TT-T-----ATATGTG--TCGATA-TT-GCTC-TGCGTA--CCAACTG--T--T--TACCA---CTTGTCAAACATTTGTAGCCT----TATA--T--C-TTTA---TTGTTACCAGAGGTA-----TTT-------AATGC-T--G----A---------------------ACAC------------------TTAATGCCA---CAAATAATATTT-------------------A-TTCTTGAT--ATC---GATAAT-----T-TT-TTTT-CACTCAAATTGAT-GTCA----TTTCTTATCC-
gi|9 : gaAATT-CTGGTA--TAAATC-TGATTT-GGTAT-G-TA-AA-ACTATC-G---GA-C-GAA---GTTTTAAA---------TACATGATGT------AACAAGC-----G-----G----TAT-CA--AG---T-------TCTT--CGATAATCAC----GTACTAC-T-TTTC------AG--T-T-TG-------TTCACTACTTT--A--C----------TA-CTCAT-TTAAACT---A-A-AAA-G-AAG-CCTACATTCTT-ACATCGTT-A--ATTCAGAA-A-AC-G-TTTTGCCGGAGAAATAA--AC-----TT-------CATT-----TCTCGCCTA---TA-A------T-TTTGACCTTGGATTCTTTA-C-AAAT-GCT---AA-ACTTGACATAT----TTTATAAG--TGAACTTTTC-AAAG-A-G--TTGGCAAA-TC---TC---------T--AT--TATTTC-TTTTGA----AT----AACAT--TC--TTGATTC-GATGGT----ATT-GT--GA-TAAGACACAC-TG--TATGTA-GT-ACTA-TGCGTA--TGAATTG--C--G--CACCA---CTTGTC--------GCAGACC----TGTC--T--T-TTTA---T---TACAATAGAGA-----TTT-------c
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GTGACTATTATGATATGAAGTTTACACTATGTTAACGTTTTACGACAAGAACTAGAAAGCGCTAATCCTTATACTTATGTATCATTTACCGGATCAGATATGGTTAATAAACCAAACGAATATGGTTATCATCCGGATAAAGATGTAAAATATAATCAAGAAAAGTGCCATACCATGTACTGGA