lowQualScore : 11 4444444444444444444444444 22222222 3333333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 11111111 11111 2222 1
lowQualScore : 6 44444 2 3 11 4 0000000000000000000000000 3 7777 3 99 77 4 00000000 6666666666666666666666666666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 888888888 77 44444444 33333 0000 66666 3 2 6 44444
lowQualScore : . ..... . . .. . ......................... . .... . .. .. . ........ ............................ ............................................................................ . ......... .. ........ ..... .... ..... . . . .....
lowQualScore : 3 22222 1 3 11 0 0000000000000000000000000 6 2222 6 11 11 0 11111111 0000000000000000000000000000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 000000000 33 77777777 88888 0000 55555 0 9 4 33333
consensus : GCCATNATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCCCCGC-CNGC-CCCC-------------------------TAA-TTTTC--AT-GCCGCCCC-GACCC-TTTTTATTTTCA-TA---A-AAAA--A--AA---ANAT-----------T--AAAAAAA-----AA-A-------------TAA-A--AA-CA----CAAAAA-TT--T-AAAA---A-A-AA---AAT-AA---ATAA-AA-N-------CCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TT---TT-A---AGAAAAATT-TGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
Reference ( gi|3 ) : GCCATAATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCCCCGC-CAGC-CCCC-------------------------TAA-TTTCC--AT-GCCATCCC-GACCC-TTTTTATTTTCA-TA---A-AAAA--A--AA---AAAT-----------T--AAAAAAA-----AA-A-------------TAA-A--AA-CA---GCAAAAA-TT--T-AAAA---A-A-AA---AAT-AT---ATAA-AA-A-------CCT--CCTGCC----CTCCC-C-G-TT---AT-A---AGAAAAAAT-TGGACGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|2 : GCCATAATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCCCTGC-CCGC-TCCC-------------------------TAA-TTTTC--AT-GCATTCGT-GACCC-TTTTTATTTTCA-TA---ATAAAA--A--AA---ACAT-----------A--AAAAAAACCCT-AA-A-------------AAATA--AA-CA---TCAAAAATTT--T-AAAA---ATA-AA---AAT-------TAA-AACA-------CTT--CC-GCC----CTCCC-C-GTTT---TT-A---AG---AAATCTAGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATAGCC
gi|2 : agGCTATTATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATC
gi|4 : aggccataataaattaattgctagattatcatccctgcccgctccctaattttcatgcattcgtgaccctttttattttcataataaaaaaaacataaaaaaaaccctaaaaaataaacatcaaaaattttaaaaataaaaattaaaacacttccgccctccccgtttttaagaaatctaGCCATAATAAAATAATTGC-----TAGATAATCATCCCCGA-CTGC-CCCC-------------------------TAA-TTTTC--AT-GCCGCCAA-GACCC-TTTTTATTTTTA-T-------AAA--A--AA---ACAT-----------T--AAAAAAA-----AATT-------------TAA-A--AA-TG-----AAAA------T-AAAA---A-A-TA---AA--AA---ATAA-AA-T-------CCT--CCTGCA----CTCCC-T-GTTT---TT-A---AGAAAAATT-TGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTA-AATGGCCc
gi|4 : gGCCATT-TAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCC
gi|5 : ggccataataaaataattgctagataatcatccccgactgccccctaattttcatgccgccaagaccctttttatttttataaaaaaacattaaaaaaaaatttaaaaatgaaaataaaaaataaaaaataaaatcctcctgcactccctgtttttaagaaaaatttGCCATTATAAATTTATTGC-----TAGATTAT-----CCGC-CAc
gi|8 : atattaaaataaattgctagattatcatcctcgcccacacccttattttcatgccatcctgaccctttttattttcataaaaaaataaatttaaaaaaaaaataaataaataaataaaatcctccccaccccatctcccactttttaagaaaaattGCCATTATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATTCct
gi|6 : ccttaataaattaattgttagattatcatccccgtctgccccctcattttcatgccgcccatcaaaaatatcaacaattttaaaatgaaaataaaaaaaaataaataaataaaatcctcctgccctccatgtttttaagaaaaatttGCCATTATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCCCCGC-CGGC-CCCA-------------------------TAACTTTTC--AT-GTTGCTCC-AACCCTTTTTTGTTTTCATTA---A-AAAA--T--AA---AAAT-----------T--AATAAAA-----AT-ATTTTGTGTTTGTTTGA-A--AA-CA---CCAAAAA-TT--T-TAAATATA-A-AACTTAA--AA---ATAA-AA-T-------CCT--CCC-CC----CTCCC-C-G-TT---c
gi|1 : gGCCATACTAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCCACGCTCATC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTAA-TTTTC--AT-GTCACTCG-GACCC-TTTTTATTTTCA-TA---A-AAAA--T--GT---ATAT--------------ATATATATTTTTAT-A-------------TAA-A--AATCA---TCAAAAC-TT--TTAAAA---ATA-AG---AATTAA---ATAA-AA-T-------CCC--CCCG-------TCCC-C-T-TT---TT-A---TGGAAAATT-TGGATGATAATCTA-----GTAATTAATTTATAATtttaag
gi|9 : agGCCATCATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCC
gi|10 : aattttcgtgccgcctgaccctttttattttcacaccaaaaaatcaaataaatatacatttttttataaaaaaaacaaaccaatatttacaaaaaaaaaagaaaaatgaaaacctcccacccttcccagtttttagaaaaatttGCCATTATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCCct
gi|13 : tcataataataaattgctaatttatcatcccagcccctatccccctttttaaaaaagaaaacaacaaaaaataaaaaaaaataaaataataaaaaatccttcctcctcccccttttaaagaagaatttGCCATTATAAGTTAATTGC-----TAGATTATCATC
gi|7 : aaaaaaaacatcaaaaattttaaaaataataatatgaaataaaaaataaaatcctcatgccctcctagtttttaagaaaaattttGCCAAAGTGAACTAATTTC-----TTGATTATCATCCCCGC-Cc
gi|17 : agGCCGTTATAAATTAATTGC-----TAGATTCTCATCCcctttttattttcattaaaaaaaaatatatattaaaaaaaaaaaaaaaaaatattaataaaaaataaatataaataaatatcccaccaactcttgttaagataaaaaaaatcagattctagtgtttaatttgtaattgccta
gi|11 : cgtttttaagaaaaatttGCCATTATAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCc
gi|20 : GCCATTATAAATTAATTGC-----TAGATTATCActaaacttatgaaaaagggattgtcccttggggcatttatttaggggaatacggaagtagaaatacattcattccatatgatatatatattttgttaaatttattgttttcttac
gi|18 : ttatgGCCATTATAAATTAATTGCTACCGTAGATTATCATTCCC
gi|8 : CCTTAATAAATTAATTGT-----TAGATTATCATCCCCGT-CTGC-CCCC-------------------------TCA-TTTTC--AT-GCCGCCC---ATC----------------A---A-AAAT--ATCAA---CAAT-----------TTTAAAATGA-----AA-A-------------TAA-A--AA---------AAAA-T-----------------A---AAT-AA---ATAA-AA-T-------CCT--CCTGCC----CTCCA-T-GTTT---TT-A---AGAAAAATT-TGAATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCccg
gi|12 : CCATAATTAATTAATTTC-----TAGATTACCATCTC--------------------------------------------------T-GCC---CC-AATCC-TTTTTATTTTCA------------------------------------------AAAAA-----AA-A-------------TAA-A----------------A-T--------------A-AA---AA--------TAA-AA-T-------CCTCACCCGCT----C-CCC-C-T-TT---TT-A---AGAAAAATT-TGGATGG-GATCTA-----GCAGTTAATTT
gi|16 : CCATAGTAAATTAATTGC-----TAGA-----------GC-C--CACCCC-------------------------TAA-TTTTC--AT-GTCGCCCC-GACCt
gi|10 : agtCATAATAA-TAAATTGC-----TAATTTATCATCCC-----AGC-CCCT------------------------------------------ATCCC----CC-TTTTTA--------------AAAA--A--GA---AAAC---------------AACAAA-----AA-A-------------TAA-A--A---------AAAAA-T----------------AA---AAT-A----ATAA-AA-AATC----CTT--CCT--C----CTCCC-C-C-TT---TTAA---AGAAGAATT-TGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGC
gi|14 : tCATAATAAATGAATTGC-----TAGATTATCATCC
gi|1 : ataataataaaaaaaatcctctcaccctccccgttttttttagaaaaatttATTATAAATTAATTAC-----TAGATTATCATCC
gi|19 : aggccatactaaattaattgctagattatcatccacgctcatcccccccccccccccccccccccccccccgtaattttcatgtcactcggaccctttttattttcataaaaaatgtatatatatatatttttatataaaaatcatcaaaacttttaaaaataagaattaaataaaatccccccgtcccctttttatggaaaatttTGATAAATGAATTGC-----TAGATTTTCATCCCTGC-CGTT-CCC
gi|5 : AAATAAATTGC-----TAGATTATCATCCTCGC-CCAC-ACCC-------------------------TTA-TTTTC--AT-GCCATCCT-GACCC-TTTTTATTTTCA-TA---A-AAAA--A--TA---AATT-----------T--AAAAAAA-----AA-A-------------T------------------AAA-T-----------------A---AAT-AA---ATAA-AA-T-------CCTC-CCCACCCCATCTCCCAC-T-TT---TT-A---AGAAAAATT-TGGCGGATAATCTA-----GCAATAAATTTATAATGGCC
gi|7 : atattaC-------------------------TAA-TTTCTTGATTATCATCCCCGCCCC-TTTTTATTTTCATTA---A-AAAA--A--AATATATAT-----------T--AAAAAAA-----AA-A--------------AA-A--AA--------AAATA-TTAAT-AAAA---A-A-TA---AAT-AT---AAAT-AA-A-------TAT--CCCACCAA--CT-CT-T-G-TTAAGAT-A---A-AAAAAAT-CAGAT-----TCTA-----GTGTTTAATTTGTAATTGCCt
gi|9 : aggccaaagtgaaAA-TTTTC--GT-GCCG-CCT-GACCC-TTTTTATTTTCA-CACCAA-AAAATCA--AAT--AAATATACATTTTTTT--ATAAAAA-----AA-A-------------CAA-ACCAA-TATTTACAAAAA-------AAAA---A-G-AA---AA-------ATGA-AA-A-------CCT--CCCACC----CTTCC-CAG-TT---TT-T---AGAAAAATT-TGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATGATGGCCta
gi|13 : -----AA-A--------------AA-A--AA-CA---TCAAAAA-TT--T-TAAA---A-ATAAT--AAT-ATGAAATAA-AA-AATAAAATCCT--CATGCC----CTCCT-A-G-TT---TTTA---AGAAAAATT-TTGATGATAATCTA-----GCAATTAACTTATAATGGCCt
gi|14 : ---AAT-A----ATAA-AA-AAAAT---CCT--CTCACC----CTCCC-C-G-TT---TT-TTTTAGAAAAATT-TGGATGATAATCTA-----GCAATTCATTTATTATG
gi|15 : at---AAT-AG---AAAATAA-A-------CCC--CC---C----CTCCT-----TT---TT-A---AGATAAATT-TGGATGATAATTTA-----GCAAT
gi|17 : t-TT---TT-A---AGAAAAATT-TGGATGAGAATCTA-----GCAATTAATTTATAACGGCCgg
gi|1 : cgt-TGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTAGTATGGCC
gi|2 : aGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATTATGGCCcgctcatcccccccccccccccccccccccccccccgtaattttcatgtcactcggaccctttttattttcataaaaaatgtatatatatatatttttatataaaaatcatcaaaacttttaaaaataagaattaaataaaatccccccgtcccctttttatggaaaatttggatgataatctagtaattaatttataat
gi|4 : aGGATGATTATCTA-----GCAATTATTTTATTATGGCCctgcccgctccctaattttcatgcattcgtgaccctttttattttcataataaaaaaaacataaaaaaaaccctaaaaaataaacatcaaaaattttaaaaataaaaattaaaacacttccgccctccccgtttttaagaaatctagatgataatctagcaattaatttataatagcc
gi|5 : GGATGATAATCTA-----GCAATTTATTT-TAATccgactgccccctaattttcatgccgccaagaccctttttatttttataaaaaaacattaaaaaaaaatttaaaaatgaaaataaaaaataaaaaataaaatcctcctgcactccctgtttttaagaaaaatttggatgataatctagcaattaatttaaatggcc
gi|8 : atGGATGATAATCTA-----ACAATTAATTTATtcgcccacacccttattttcatgccatcctgaccctttttattttcataaaaaaataaatttaaaaaaaaaataaataaataaataaaatcctccccaccccatctcccactttttaagaaaaatttggcggataatctagcaataaatttataatggcct
gi|6 : ccttaGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCccgtctgccccctcattttcatgccgcccatcaaaaatatcaacaattttaaaatgaaaataaaaaaaaataaataaataaaatcctcctgccctccatgtttttaagaaaaatttgaatgataatctagcaattaatttataatggcc
gi|19 : GGATGAAAATCTA-----GCAATTCATTTATccgccggccccataacttttcatgttgctccaacccttttttgttttcattaaaaaataaaaattaataaaaatattttgtgtttgtttgaaaacaccaaaaattttaaatataaaacttaaaaataaaatcctcccccctccccgtttttaag
gi|18 : tgGAATGATAATCTACGGTAGCAATTAATTTATAATGGCctgccgttccc
gi|11 : GATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCccccg
gi|20 : GATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCtaaacttatgaaaaagggattgtcccttggggcatttatttaggggaatacggaagtagaaatacattcattccatatgatatatatattttgttaaatttattgttttcttac
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 11 222222222222222 1111111111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111
lowQualScore : 1 77777 0000000000000000000000000 00 44 3 99999 3 3 444444444444444 3 7777 999999 555 2 5555555555 7777 55555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 3 0000 99999 444 2 5555
lowQualScore : . ..... ......................... .. .. . ..... . . ............... . .... ...... ... . .......... .... ..... .............................................................. . .. . .... ..... ... . ....
lowQualScore : 0 77777 8888888888888888888888888 11 22 3 22222 1 6 888888888888888 3 1111 666666 888 2 8888888888 1111 44444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 88 5 0000 22222 777 7 7777
consensus : GCCATAATAAATTAATTGC-----TAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-T----------A--A-AAA----AA------AA---ACAT---------TAAAAA----AA-----AAA-------------TAA-AAA-CA-CGAAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTTA---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTAGCAATTAATTTATAATGGCC
Reference ( family-6038 ) : GCCATNATAAATTAATTGC-----TAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCNGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-T----------A--A-AAA----AA------AA---ANAT---------TAAAAA----AA-----AAA-------------TAA-AAA-CA-CAAAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAANCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTTA---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTAGCAATTAATTTATAATGGCC
gi|1 : GCCATACTAAATTAATTGC-----TAGATTATCATCCACGCTCATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTAA-TTTTCATGTCACTCGGACCC-TTTTTATTTTCA-T----------A--A-AAA----AT------GT---ATAT----------ATATA----TATTTTTATA-------------TAA-AAATCA-TCAAAACTTT--TA----AAA---ATA-AG---A-ATTAAATAAAATCCC--CCCG-------TCCC-C-T-TTTTA---T-G----GAAAATTTGGATGATAATCTAGTAATTAATTTATAAT
gi|10 : agCATAATAA-TAAATTGC-----TAATTTATCAT-------------------------CCCAGCC-----CC-TA--------------TCC--CCC-TTTTTA------------------A--A-AAA----GA------AA---ACA-------------ACA----AA-----AAA-------------TAA-AAA------AAAA--T-----------A---A-A-AT---A-AT-AAA--AAATCCT--TCC-TC----CTCCC-C-C-TTTTA---AAG----AAGAATTTGGATGATAATCTAGCAATTAATTTATAATGGC
gi|11 : tGATGATAATCTAGCAATTAATTTATAATGGCC
gi|12 : CCATAATTAATTAATTTC-----TAGATTACCAT-------------------------CTCTGCC-------------------------CCAATCC-TTTTTATTTTCA-----------------------------------------------------AAA----AA-----AAA-------------TAA-AA-----------------TA----AAA---A----------------TAAAATCCTCACCCGCT----C-CCC-C-T-TTTTA---A-G----AAAAATTTGGATGG-GATCTAGCAGTTAATTTtaaacttatgaaaaagggattgtcccttggggcatttatttaggggaatacggaagtagaaatacattcattccatatgatatatatattttgttaaatttattgttttcttac
gi|13 : -AAA----AA------AA---ACAT---------CAAAAATTTTAA-----AAA-------------TAA-TAA-TA-TGAAA-------TA----AA------------------AAATAAAATCCT--CATGCC----CTCCT-A-GTTTTTA---A-G----AAAAATTTTGATGATAATCTAGCAATTAACTTATAATGGCCt
gi|14 : -A-AT---A-AT-AAAAAAAATCCT--CTCACC----CTCCC-C-G-TTTTTTTTA-G----AAAAATTTGGATGATAATCTAGCAATTCATTTATTATG
gi|15 : at-AAATAAA-------CCCCCC----CTCCT-----TTTTA---A-G----ATAAATTTGGATGATAATTTAGCAAT
gi|16 : taatagaCCATAGTAAATTAATTGC-----TAGA------------------------------------GCCCACCCC--TAA-TTTTCATGTCGCCCCGACCgg
gi|17 : agt-TTTTA---A-G----AAAAATTTGGATGAGAATCTAGCAATTAATTTATAACGGCC
gi|18 : cgtGCCATTATAAATTAATTGCTACCGTAGATTATCAT-------------------------TCCC
gi|19 : TGATAAATGAATTGC-----TAGATTTTCAT-------------------------CCCTGCCGTTCCCccg
gi|2 : GCCATAATAAATTAATTGC-----TAGATTATCAT-------------------------CCCTGCCCGCTCCC-TAA-TTTTCATGCATTCGTGACCC-TTTTTATTTTCA-T----------A--ATAAA----AA------AA---ACAT---------AAAAAA----AACCCT-AAA-------------AAATAAA-CATCAAAAA--TT--TT----AAA---A-A-TA---A-A--AATTAAAACACT--TCCGCC----CTCCC-C-GTTTTTA---A-G------AAATCTAGATGATAATCTAGCAATTAATTTATAATAGCC
gi|20 : agTGATAATCTAGCAATTAATTTATAATGGCC
gi|3 : ttatGCCATAATAAATTAATTGC-----TAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCAGCCCCC-TAA-TTTCCATGCCATCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-T----------A--A-AAA----AA------AA---AAAT---------TAAAAA----AA-----AAA-------------TAA-AAA-CAGCAAAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-ATATAAAAACCT--CCTGCC----CTCCC-C-G-TTATA---A-G----AAAAAATTGGACGATAATCTAGCAATTAATTTATAATGGCC
gi|4 : GCCATAATAAAATAATTGC-----TAGATAATCAT-------------------------CCCCGACTGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCAAGACCC-TTTTTATTTTTA-T----------------AA----AA------AA---ACAT---------TAAAAA----AA-----AAT-------------TTA-AAA--A-TGAAAA------TA----AAA---A-A-TA---A-A--AAATAAAATCCT--CCTGCA----CTCCC-T-GTTTTTA---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTAGCAATTAATTTA-AATGGCC
gi|5 : gATTA-AAATAAATTGC-----TAGATTATCAT-------------------------CCTCGCCCACACCC-TTA-TTTTCATGCCATCCTGACCC-TTTTTATTTTCA-T----------A--A-AAA----AA------TA---AATT---------TAAAAA----AA-----AAA-------------T-------------AAA--T--------------------A---A-AT-AAATAAAATCCTC-CCCACCCCATCTCCCAC-T-TTTTA---A-G----AAAAATTTGGCGGATAATCTAGCAATAAATTTATAATGGCC
gi|6 : atGCCATTATAAATTAATTGC-----TAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCGGCCCCA-TAACTTTTCATGTTGCTCCAACCCTTTTTTGTTTTCATT----------A--A-AAA----AT------AA---AAAT---------TAATAA----AA-----ATATTTTGTGTTTGTTTGA-AAA-CACCAAAAA--TT--TT----AAATATA-A-AACTTA-A--AAATAAAATCCT--CCC-CC----CTCCC-C-GTTTTTA---A-G----t
gi|7 : gGCCAAAGTGAACTAATTTC-----TTGATTATCAT-------------------------CCCCGCC
gi|7 : agCT-TGA-TTATCAT----CCCCGCCCC-TTTTTATTTTCATT----------A--A-AAA----AA------AATATATAT---------TAAAAA----AA-----AAA--------------AA-AAA-----AAATA--TTAATA----AAA---A-ATAA---ATAT-AAATAAATA--T--CCCACCAA--CTCT------TGTTA---A-GATAAAAAAAATCAGAT-----TCTAGTGTTTAATTTGTAATTGCCcctttttattttcattaaaaaaaaatatatattaaaaaaaaaaaaaaaaaatattaataaaaaataaatataaataaatatcccaccaactcttgttaagataaaaaaaatcagattctagtgtttaatttgtaattgccta
gi|8 : aggccaaagtgaactaatttCCTTAATAAATTAATTGT-----TAGATTATCAT-------------------------CCCCGTCTGCCCCC-----------------------------TCATTTTCA-TGCCGCCCATCA--A-AAATATCAA------CA---ATTT---------TAAAAT----GA-----AAA-------------TAA-AA------AAAAA--T--------------------A---A-AT-AAATAAAATCCT--CCTGCC----CTCCA-T-GTTTTTA---A-G----AAAAATTTGAATGATAATCTAGCAATTAATTTATAATGGCCta
gi|9 : AA-TTTTCGTGCCGCCT-GACCC-TTTTTATTTTCA-C----------ACCA-AAA----AATCAAATAA---ATATACATTTTTTTATAAA----AA-----AAA-------------CAA-A------CCAATA--TT--TACAAAAAA---A-A-AA---G-AA-AAATGAAAACCT--CCCACC----CTTCC-CAG-TTTTT---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTAGCAATTAATTTATGATGGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 11111111 222222222222 222222222222222222222222222222 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11111
lowQualScore : 3333333333333333333333333 4 3 3 00000000 3 444444444444 3 333333333333333333333333333333 7777 55555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 3 0000 66666 2 444 2 5555 55555
lowQualScore : ......................... . . . ........ . ............ . .............................. .... ..... ........................................................... .. . .... ..... . ... . .... .....
lowQualScore : 3333333333333333333333333 3 3 3 11111111 6 888888888888 3 222222222222222222222222222222 1111 44444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 5 0000 55555 7 777 7 7777 99999
consensus : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AAA-------------TAA-AAA-CA-C-AAAA--TT--TA----AAAA-A-AAA-AT----AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
Reference ( family-6038 ) : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AAA-------------TAA-AAA-CA-CGAAAA--TT--TA----AAAA-A-AAA-AT----AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|1 : GCCATACTAAATTAATTGCTAGATTATCATCCACGCTCATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTAA-TTTTCATGTCACTCGGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAT------G--T---ATA---T----------ATATA----TATTTTTATA-------------TAA-AAATCA-TCAAAACTTT--TA----AAAATA-AGA-ATT---AAATAAAATCCC--CCCG-------TCCC-C-T-TTTT-A---T-G----GAAAATTTGGATGATAATCTA-----GTAATTAATTTATAAT
gi|10 : agCATAATAA-TAAATTGCTAATTTATCAT-------------------------CCCAGCCC-----C-TA--------------TCC--CCC-TTTTTA--------A---------A-AAAGA------A--A---ACA----------------ACA----AA-----AAA-------------TAA-AAA------AAAA--T-----------AA-A-ATA-AT----AAA--AAATCCT--TCC-TC----CTCCC-C-C-TTTT-A---AAG----AAGAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGC
gi|11 : tGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|12 : CCATAATTAATTAATTTCTAGATTACCAT-------------------------CTCTGCCC-------------------------CAATCC-TTTTTATTTTCA---------------------------------------------------AAA----AA-----AAA-------------TAA-AA-----------------TA----AAAA----------------TAAAATCCTCACCCGCT----C-CCC-C-T-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGG-GATCTA-----GCAGTTAATTTtaaacttatgaaaaagggattgtcccttggggcatttatttaggggaatacggaagtagaaatacattcattccatatgatatatatattttgttaaatttattgttttcttac
gi|13 : -AAAAA------A--A---ACA---T---------CAAAAATTTTAA-----AAA-------------TAA-TAA-TA-TGAAA-------TA----AAAA-A--------------TAAAATCCT--CATGCC----CTCCT-A-G-TTTTTA---A-G----AAAAATTTTGATGATAATCTA-----GCAATTAACTTATAATGGCCt
gi|14 : -A-ATA-AT----AAAAAAAATCCT--CTCACC----CTCCC-C-G-TTTT-TTTTA-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTCATTTATTATG
gi|15 : at----AAATAAA-------CCCCCC----CTCCT-----TTTT-A---A-G----ATAAATTTGGATGATAATTTA-----GCAAT
gi|16 : taatagaCCATAGTAAATTAATTGCTAGA------------------------------------GCCCACCCC--TAA-TTTTCATGTCGCCCCGACCgg
gi|17 : agt-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGAGAATCTA-----GCAATTAATTTATAACGGCC
gi|18 : cgtGAATGATAATCTACGGTAGCAATTAATTTATAATGGC
gi|19 : TGATAAATGAATTGCTAGATTTTCAT-------------------------CCCTG-CCGTTCCC-ccccg
gi|2 : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCTGCCCGCTCCC-TAA-TTTTCATGCATTCGTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------ATAAAAA------A--A---ACA---T---------AAAAAA----AACCCT-AAA-------------AAATAAA-CATCAAAAA--TT--TT----AAAA-A-TAA-A-----AATTAAAACACT--TCCGCC----CTCCC-C-GTTTTT-A---A-G------AAATCTAGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATAGCC
gi|20 : agTGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|3 : ttatGCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCAGCCCCC-TAA-TTTCCATGCCATCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---AAA---T---------TAAAAA----AA-----AAA-------------TAA-AAA-CAGCAAAAA--TT--TA----AAAA-A-AAA-AT----ATATAAAAACCT--CCTGCC----CTCCC-C-G-TTAT-A---A-G----AAAAAATTGGACGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|4 : GCCATAATAAAATAATTGCTAGATAATCAT-------------------------CCCCGACTGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCAAGACCC-TTTTTATTTTTA-T-------------AAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AAT-------------TTA-AAA--A-TGAAAA------TA----AAAA-A-TAA-A-----AAATAAAATCCT--CCTGCA----CTCCC-T-GTTTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTA-AATGGCC
gi|5 : gAAATAAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCTCGCCCACACCC-TTA-TTTTCATGCCATCCTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAAT-----A--A---AT----T---------TAAAAA----AA-----AAA-------------T-------------AAA--T-----------------AA-AT----AAATAAAATCCTC-CCCACCCCATCTCCCAC-T-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGCGGATAATCTA-----GCAATAAATTTATAATGGCC
gi|6 : atattaGCCATTATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCGGCCCCA-TAACTTTTCATGTTGCTCCAACCCTTTTTTGTTTTCATTA---------A-AAAAT------A--A---AAA---T---------TAATAA----AA-----ATATTTTGTGTTTGTTTGA-AAA-CA-CCAAAAATTT--TA----AATA-T-AAA-ACTTAAAAATAAAATCCT--CCC-CC----CTCCC-C-GTTTTT-A---A-G----t
gi|7 : gGCCAAAGTGAACTAATTTCTTGATTATCAT-------------------------CCCCGCCC
gi|7 : agCT-TGA-TTATCAT----CCCCGCCCC-TTTTTATTTTCATTA---------A-AAAAA------A--ATATATA---T---------TAAAAA----AA-----AAA-------------AAA-AAA------AATA--TTAATA----AAAA-ATAAATAT----AAATAAA--TAT--CCCACCAA--CTCT------TGTT-A---A-GATAAAAAAAATCAGAT-----TCTA-----GTGTTTAATTTGTAATTGCCctttttattttcattaaaaaaaaatatatattaaaaaaaaaaaaaaaaaatattaataaaaaataaatataaataaatatcccaccaactcttgttaagataaaaaaaatcagattctagtgtttaatttgtaattgccta
gi|8 : aggccaaagtgaactaatttCCTTAATAAATTAATTGTTAGATTATCAT-------------------------CCCCGTCTGCCCCC-----------------------------TCATTTTCA-TGCCGCCCATCA-AAAAT------ATCA---ACAATTT---------TAAAAT----GA-----AAA-------------TAA-AAA------AAAA--T-----------------AA-AT----AAATAAAATCCT--CCTGCC----CTCCA-T-GTTTTT-A---A-G----AAAAATTTGAATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCta
gi|9 : AA-TTTTCGTGCCGCCT-GACCC-TTTTTATTTTCA-CACC-------A-AAAAATCAAATA--A---ATA---TACATTTTTTTATAAA----AA-----AAA-------------CAA-A------CCAATA--TT--TACAAAAAAA-A-AAG-AA----AAATGAAAACCT--CCCACC----CTTCC-CAG-TTTT-T---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATGATGGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 11111111 222222222222 222222222222222222222222222222 11111 1111111111111 66666666666666666666666666666666666666 1111 11111
lowQualScore : 3333333333333333333333333 4 3 3 00000000 3 444444444444 3 333333333333333333333333333333 7777 55555 3 8888888888888 3 33333333333333333333333333333333333333 3 99 66 3 0000 66666 2 444 2 5555 55555
lowQualScore : ......................... . . . ........ . ............ . .............................. .... ..... . ............. . ...................................... . .. .. . .... ..... . ... . .... .....
lowQualScore : 3333333333333333333333333 3 3 3 11111111 6 888888888888 3 222222222222222222222222222222 1111 44444 3 3333333333333 3 00000000000000000000000000000000000000 1 00 88 5 0000 55555 7 777 7 7777 99999
consensus : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-CA-C--AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
Reference ( family-6038 ) : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-CA-C--AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|1 : GCCATACTAAATTAATTGCTAGATTATCATCCACGCTCATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTAA-TTTTCATGTCACTCGGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAT------G--T---ATA---T----------ATATA----TATTTTTAT-A-------------TAA-AAATCATC--AAAACTTT--TA----AAA---ATA-AG---A-ATTAAATAAAATCCC--CCCG-------TCCC-C-T-TTTT-A---T-G----GAAAATTTGGATGATAATCTA-----GTAATTAATTTATAAT
gi|10 : agCATAATAA-TAAATTGCTAATTTATCAT-------------------------CCCAGCCC-----C-TA--------------TCC--CCC-TTTTTA--------A---------A-AAAGA------A--A---ACA----------------ACA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-------AAAA--T-----------A---A-A-AT---A-AT-AAA--AAATCCT--TCC-TC----CTCCC-C-C-TTTT-A---AAG----AAGAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGC
gi|11 : tGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|12 : CCATAATTAATTAATTTCTAGATTACCAT-------------------------CTCTGCCC-------------------------CAATCC-TTTTTATTTTCA---------------------------------------------------AAA----AA-----AA-A-------------TAA-AA------------------TA----AAA---A----------------TAAAATCCTCACCCGCT----C-CCC-C-T-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGG-GATCTA-----GCAGTTAATTTtaaacttatgaaaaagggattgtcccttggggcatttatttaggggaatacggaagtagaaatacattcattccatatgatatatatattttgttaaatttattgttttcttac
gi|13 : -AAAAA------A--A---ACA---T---------CAAAAATTTTAA-----AA-A-------------TAA-TAA-TA-T--GAAA--T--------------------A---A-A--AAATAAAATCCT--CATGCC----CTCCT-A-G-TTTTTA---A-G----AAAAATTTTGATGATAATCTA-----GCAATTAACTTATAATGGCCt
gi|14 : -A-AT---A-AT-AAAAAAAATCCT--CTCACC----CTCCC-C-G-TTTT-TTTTA-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTCATTTATTATG
gi|15 : at-AAATAAA-------CCCCCC----CTCCT-----TTTT-A---A-G----ATAAATTTGGATGATAATTTA-----GCAAT
gi|16 : taatagaCCATAGTAAATTAATTGCTAGA------------------------------------GCCCACCCC--TAA-TTTTCATGTCGCCCCGACCgg
gi|17 : agt-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGAGAATCTA-----GCAATTAATTTATAACGGCC
gi|18 : cgtGAATGATAATCTACGGTAGCAATTAATTTATAATGGC
gi|19 : TGATAAATGAATTGCTAGATTTTCAT-------------------------CCCTG-CCGTTCCC-ccccg
gi|2 : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCTGCCCGCTCCC-TAA-TTTTCATGCATTCGTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------ATAAAAA------A--A---ACA---T---------AAAAAA----AACCCT-AA-A-------------AAATAAA-CATC--AAAAATTT--TA----AAA---ATA-AA---A-AT----TAAAACACT--TCCGCC----CTCCC-C-GTTTTT-A---A-G------AAATCTAGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATAGCC
gi|20 : agTGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|3 : ttatGCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCAGCCCCC-TAA-TTTCCATGCCATCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---AAA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-CAGCA-AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-ATATAAAAACCT--CCTGCC----CTCCC-C-G-TTAT-A---A-G----AAAAAATTGGACGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|4 : GCCATAATAAAATAATTGCTAGATAATCAT-------------------------CCCCGACTGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCAAGACCC-TTTTTATTTTTA-T-------------AAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AATT-------------TAA-AAA-TG----AAAA------TA----AAA---A-A-TA---A-A--AAATAAAATCCT--CCTGCA----CTCCC-T-GTTTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTA-AATGGCC
gi|5 : gAAATAAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCTCGCCCACACCC-TTA-TTTTCATGCCATCCTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAAT-----A--A---AT----T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------T--------------AAA--T--------------------A---A-AT-AAATAAAATCCTC-CCCACCCCATCTCCCAC-T-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGCGGATAATCTA-----GCAATAAATTTATAATGGCC
gi|6 : atattaGCCATTATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCGGCCCCA-TAACTTTTCATGTTGCTCCAACCCTTTTTTGTTTTCATTA---------A-AAAAT------A--A---AAA---T---------TAATAA----AA-----AT-ATTTTGTGTTTGTTTGA-AAA-CA-CCAAAAA--TT--TT----AAATATA-A-AACTTA-A--AAATAAAATCCT--CCC-CC----CTCCC-C-GTTTTT-A---A-G----t
gi|7 : gGCCAAAGTGAACTAATTTCTTGATTATCAT-------------------------CCCCGCCC
gi|7 : agCT-TGA-TTATCAT----CCCCGCCCC-TTTTTATTTTCATTA---------A-AAAAA------A--ATATATA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------AAA-AAA-------AATA--TTAATA----AAA---A-ATAA---ATAT-AAATAAA--TAT--CCCACCAA--CTCT------TGTT-A---A-GATAAAAAAAATCAGAT-----TCTA-----GTGTTTAATTTGTAATTGCCctttttattttcattaaaaaaaaatatatattaaaaaaaaaaaaaaaaaatattaataaaaaataaatataaataaatatcccaccaactcttgttaagataaaaaaaatcagattctagtgtttaatttgtaattgccta
gi|8 : aggccaaagtgaactaatttCCTTAATAAATTAATTGTTAGATTATCAT-------------------------CCCCGTCTGCCCCC-----------------------------TCATTTTCA-TGCCGCCCATCA-AAAAT------ATCA---ACAATTT---------TAAAAT----GA-----AA-A-------------TAA-AAA-------AAAA--T--------------------A---A-AT-AAATAAAATCCT--CCTGCC----CTCCA-T-GTTTTT-A---A-G----AAAAATTTGAATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCta
gi|9 : AA-TTTTCGTGCCGCCT-GACCC-TTTTTATTTTCA-CACC-------A-AAAAATCAAATA--A---ATA---TACATTTTTTTATAAA----AA-----AA-A-------------CAA-A---C--C--AATA--TT--TACAAAAAA---A-A-AA---G-AA-AAATGAAAACCT--CCCACC----CTTCC-CAG-TTTT-T---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATGATGGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 11111111 222222222222 222222222222222222222222222222 11111 1111111111111 66666666666666666666666666666666666666 1111 11111
lowQualScore : 3333333333333333333333333 4 3 3 00000000 3 444444444444 3 333333333333333333333333333333 7777 55555 3 8888888888888 3 33333333333333333333333333333333333333 3 99 66 3 0000 66666 2 444 2 5555 55555
lowQualScore : ......................... . . . ........ . ............ . .............................. .... ..... . ............. . ...................................... . .. .. . .... ..... . ... . .... .....
lowQualScore : 3333333333333333333333333 3 3 3 11111111 6 888888888888 3 222222222222222222222222222222 1111 44444 3 3333333333333 3 00000000000000000000000000000000000000 1 00 88 5 0000 55555 7 777 7 7777 99999
consensus : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-CA-C--AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
Reference ( family-6038 ) : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-CA-C--AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|1 : GCCATACTAAATTAATTGCTAGATTATCATCCACGCTCATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTAA-TTTTCATGTCACTCGGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAT------G--T---ATA---T----------ATATA----TATTTTTAT-A-------------TAA-AAATCATC--AAAACTTT--TA----AAA---ATA-AG---A-ATTAAATAAAATCCC--CCCG-------TCCC-C-T-TTTT-A---T-G----GAAAATTTGGATGATAATCTA-----GTAATTAATTTATAAT
gi|10 : agCATAATAA-TAAATTGCTAATTTATCAT-------------------------CCCAGCCC-----C-TA--------------TCC--CCC-TTTTTA--------A---------A-AAAGA------A--A---ACA----------------ACA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-------AAAA--T-----------A---A-A-AT---A-AT-AAA--AAATCCT--TCC-TC----CTCCC-C-C-TTTT-A---AAG----AAGAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGC
gi|11 : tGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|12 : CCATAATTAATTAATTTCTAGATTACCAT-------------------------CTCTGCCC-------------------------CAATCC-TTTTTATTTTCA---------------------------------------------------AAA----AA-----AA-A-------------TAA-AA------------------TA----AAA---A----------------TAAAATCCTCACCCGCT----C-CCC-C-T-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGG-GATCTA-----GCAGTTAATTTtaaacttatgaaaaagggattgtcccttggggcatttatttaggggaatacggaagtagaaatacattcattccatatgatatatatattttgttaaatttattgttttcttac
gi|13 : -AAAAA------A--A---ACA---T---------CAAAAATTTTAA-----AA-A-------------TAA-TAA-TA-T--GAAA--T--------------------A---A-A--AAATAAAATCCT--CATGCC----CTCCT-A-G-TTTTTA---A-G----AAAAATTTTGATGATAATCTA-----GCAATTAACTTATAATGGCCt
gi|14 : -A-AT---A-AT-AAAAAAAATCCT--CTCACC----CTCCC-C-G-TTTT-TTTTA-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTCATTTATTATG
gi|15 : at-AAATAAA-------CCCCCC----CTCCT-----TTTT-A---A-G----ATAAATTTGGATGATAATTTA-----GCAAT
gi|16 : taatagaCCATAGTAAATTAATTGCTAGA------------------------------------GCCCACCCC--TAA-TTTTCATGTCGCCCCGACCgg
gi|17 : agt-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGAGAATCTA-----GCAATTAATTTATAACGGCC
gi|18 : cgtGAATGATAATCTACGGTAGCAATTAATTTATAATGGC
gi|19 : TGATAAATGAATTGCTAGATTTTCAT-------------------------CCCTG-CCGTTCCC-ccccg
gi|2 : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCTGCCCGCTCCC-TAA-TTTTCATGCATTCGTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------ATAAAAA------A--A---ACA---T---------AAAAAA----AACCCT-AA-A-------------AAATAAA-CATC--AAAAATTT--TA----AAA---ATA-AA---A-AT----TAAAACACT--TCCGCC----CTCCC-C-GTTTTT-A---A-G------AAATCTAGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATAGCC
gi|20 : agTGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|3 : ttatGCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCAGCCCCC-TAA-TTTCCATGCCATCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---AAA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-CAGCA-AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-ATATAAAAACCT--CCTGCC----CTCCC-C-G-TTAT-A---A-G----AAAAAATTGGACGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|4 : GCCATAATAAAATAATTGCTAGATAATCAT-------------------------CCCCGACTGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCAAGACCC-TTTTTATTTTTA-T-------------AAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AATT-------------TAA-AAA-TG----AAAA------TA----AAA---A-A-TA---A-A--AAATAAAATCCT--CCTGCA----CTCCC-T-GTTTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTA-AATGGCC
gi|5 : gAAATAAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCTCGCCCACACCC-TTA-TTTTCATGCCATCCTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAAT-----A--A---AT----T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------T--------------AAA--T--------------------A---A-AT-AAATAAAATCCTC-CCCACCCCATCTCCCAC-T-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGCGGATAATCTA-----GCAATAAATTTATAATGGCC
gi|6 : atattaGCCATTATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCGGCCCCA-TAACTTTTCATGTTGCTCCAACCCTTTTTTGTTTTCATTA---------A-AAAAT------A--A---AAA---T---------TAATAA----AA-----AT-ATTTTGTGTTTGTTTGA-AAA-CA-CCAAAAA--TT--TT----AAATATA-A-AACTTA-A--AAATAAAATCCT--CCC-CC----CTCCC-C-GTTTTT-A---A-G----t
gi|7 : gGCCAAAGTGAACTAATTTCTTGATTATCAT-------------------------CCCCGCCC
gi|7 : agCT-TGA-TTATCAT----CCCCGCCCC-TTTTTATTTTCATTA---------A-AAAAA------A--ATATATA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------AAA-AAA-------AATA--TTAATA----AAA---A-ATAA---ATAT-AAATAAA--TAT--CCCACCAA--CTCT------TGTT-A---A-GATAAAAAAAATCAGAT-----TCTA-----GTGTTTAATTTGTAATTGCCctttttattttcattaaaaaaaaatatatattaaaaaaaaaaaaaaaaaatattaataaaaaataaatataaataaatatcccaccaactcttgttaagataaaaaaaatcagattctagtgtttaatttgtaattgccta
gi|8 : aggccaaagtgaactaatttCCTTAATAAATTAATTGTTAGATTATCAT-------------------------CCCCGTCTGCCCCC-----------------------------TCATTTTCA-TGCCGCCCATCA-AAAAT------ATCA---ACAATTT---------TAAAAT----GA-----AA-A-------------TAA-AAA-------AAAA--T--------------------A---A-AT-AAATAAAATCCT--CCTGCC----CTCCA-T-GTTTTT-A---A-G----AAAAATTTGAATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCta
gi|9 : AA-TTTTCGTGCCGCCT-GACCC-TTTTTATTTTCA-CACC-------A-AAAAATCAAATA--A---ATA---TACATTTTTTTATAAA----AA-----AA-A-------------CAA-A---C--C--AATA--TT--TACAAAAAA---A-A-AA---G-AA-AAATGAAAACCT--CCCACC----CTTCC-CAG-TTTT-T---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATGATGGCC
blockSeqs : . A . C GTCGCCCC T TGCCGCCCATC T TCAAATAAATATACATTTTTTT TTTT CCCT T TTTTGTGTTTGTT T CACCAAAAATTTTAAATATAAAACTT T T CA G CCAT CGT T TTT A ATAA CGGTA
blockSeqs : . G . . GCATTCGT . CACC . ATCAACAATTTT . . . . . CATCAAAAATTTTAAAAATAAA . T C G AA TGT . . . . .
blockSeqs : . G . . GCCATCCC . TTA . AATATATATT . . . . . CCAATATTTACAAAAAAAAAA . T . A . ACT . . . . .
blockSeqs : . G . . GCCGCCAA . TTA . AAACATC . . . . . CAGCAAAAATTTAAAAAAAA . T . C . CGT . . . . .
blockSeqs : . G . . GCCATCCT . TA . AAACATA . . . . . AATATTAATAAAAAATAA . T . G . TGT . . . . .
blockSeqs : . A . . GTTGCTCC . TA . AAAAATT . . . . . TGAAAATAAAAAATA . T . G . CAG . . . . .
blockSeqs : . G . . GCCGCCT . TA . AAACATT . . . . . AAAATAAAAT . T . G . CC . . . . .
blockSeqs : . G . . CCCC . A . TAAATTT . . . . . TATGAAATA . A . A . CT . . . . .
blockSeqs : . . . . TCC . T . AAAAATT . . . . . TAAAAA . . . A . AG . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . AAACA . . . . . AAAATA . . . G . CG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AAATA . . . A . CG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ************************* AAANATT*********************** ***** CAAAATTTAAAAAAAA********************** T* CGT**
originalCons : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAA------A--A---ACA---T---------TAAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAA-CA-C--AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCC-C-G-TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
finalCons : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA---------A-AAAAAAAANATT-----------------------AAAAA----AA-----AA-A-------------TAA-AAACAAAATTTAAAAAAAA----------------------A-AT-AAATAAAATCCT--CCCGCC----CTCCCCGT--TTTT-A---A-G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333 1111111 1111111111 1111111 1111111111111 44444444444444444444444444 1111
lowQualScore : 3333333333333333333333333 4 3 3 0 2 5 3 6666666 999999 555 2 7777777777 0000000 88888888 88888 3 8888888888888 88888888888888888888888888 888888888888 3 99 2 5 0000 44 33 5555 55555
lowQualScore : ......................... . . . . . . . ....... ...... ... . .......... ....... ........ ..... . ............. .......................... ............ . .. . . .... .. .. .... .....
lowQualScore : 3333333333333333333333333 3 3 3 2 3 2 6 3333333 666666 888 2 1111111111 8888888 22222222 33333 3 3333333333333 55555555555555555555555555 999999999999 1 00 9 3 0000 33 77 7777 99999
consensus : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA--A-AAAAA------AA---ANAT---------TAAAA-------A----A---A-----AA-A-------------TAAAAA----C----AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT-CCCGCC----CTCCCC-GTTTTTA--AG----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
Reference ( family-6038 ) : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCCGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA--A-AAAAA------AA---ANAT---------TAAAA-------A----A---A-----AA-A-------------TAAAAA----C----AAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-AAATAAAATCCT-CCCGCC----CTCCCC-GTTTTTA--AG----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|1 : GCCATACTAAATTAATTGCTAGATTATCATCCACGCTCATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTAA-TTTTCATGTCACTCGGACCC-TTTTTATTTTCA-TA--A-AAAAT------GT---ATAT----------ATAT-------A----T---ATTTTTAT-A-------------TAAAAATCATC----AAAACTTT--TA----AAA---ATA-AG---A-ATTAAATAAAATCCC-CCCG-------TCCCC--TTTTTA--TG----GAAAATTTGGATGATAATCTA-----GTAATTAATTTATAAT
gi|10 : agCATAATAA-TAAATTGCTAATTTATCAT-------------------------CCCAGCCC-----C-TA--------------TCC--CCC-TTTTTA-----------A-AAAAG------AA---AA------------CAAC-------A----A---A-----AA-A-------------TAAAAA---------AAAA--T-----------A---A-A-AT---A-AT-AA--AAAATCCT-TCC-TC----CTCCCC-CTTTTAA--AG----AAGAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGC
gi|11 : tGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|12 : CCATAATTAATTAATTTCTAGATTACCAT-------------------------CTCTGCCC-------------------------CAATCC-TTTTTATTTTCA---------------------------------------AA-------A----A---A-----AA-A-------------TAAAA--------------------TA----AAA---A----------------TAAAATCCT-CACCCG----CTCCCC-CTTTTTA--AG----AAAAATTTGGATGG-GATCTA-----GCAGTTAATTTtaaacttatgaaaaagggattgtcccttggggcatttatttaggggaatacggaagtagaaatacattcattccatatgatatatatattttgttaaatttattgttttcttac
gi|13 : -AAAAA------AA---ACAT---------CAAAA-------ATTTTA---A-----AA-A-------------TAATAA----T----A---------TG----AAA---T-A-AA---A-A----ATAAAATCCT-CATGCC----CTCCTA-GTTTTTA--AG----AAAAATTTTGATGATAATCTA-----GCAATTAACTTATAATGGCCt
gi|14 : -A-AT---A-AT-AAAAAAAATCCT-CTCACC----CTCCCC-GTTTTTTTTAG----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTCATTTATTATG
gi|15 : at-AAATAAA------CCCCCC----CTCC----TTTTTA--AG----ATAAATTTGGATGATAATTTA-----GCAAT
gi|16 : taatagaCCATAGTAAATTAATTGCTAGA------------------------------------GCCCACCCC--TAA-TTTTCATGTCGCCCCGACCgg
gi|17 : agtC-GTTTTTA--AG----AAAAATTTGGATGAGAATCTA-----GCAATTAATTTATAACGGCC
gi|18 : GAATGATAATCTACGGTAGCAATTAATTTATAATGGC
gi|19 : TGATAAATGAATTGCTAGATTTTCAT-------------------------CCCTG-CCGTTCCC-ccccg
gi|2 : GCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCTGCCCGCTCCC-TAA-TTTTCATGCATTCGTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA--ATAAAAA------AA---ACAT---------AAAAAAAACCCTA----A---A-----AA-A-------------TAAACAT---C----AAAAATTT--TA----AAA---ATA-AA---A-AT----TAAAACACT-TCCGCC----CTCCCC-GTTTTTA--AG------AAATCTAGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATAGCC
gi|20 : agTGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|3 : ttatGCCATAATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCAGCCCCC-TAA-TTTCCATGCCATCCCGACCC-TTTTTATTTTCA-TA--A-AAAAA------AA---AAAT---------TAAAA-------A----A---A-----AA-A-------------TAAAAA----CAGCAAAAA--TT--TA----AAA---A-A-AA---A-AT-ATATAAAAACCT-CCTGCC----CTCCCC-G-TTATA--AG----AAAAAATTGGACGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCC
gi|4 : GCCATAATAAAATAATTGCTAGATAATCAT-------------------------CCCCGACTGCCCCC-TAA-TTTTCATGCCGCCAAGACCC-TTTTTATTTTTA-T------AAAA------AA---ACAT---------TAAAA-------A----A---A-----AATT-------------TAAAAA----TG---AAAA------TA----AAA---A-A-TA---A-A--AAATAAAATCCT-CCTGCA----CTCCCT-GTTTTTA--AG----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTA-AATGGCC
gi|5 : gAAATAAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCTCGCCCACACCC-TTA-TTTTCATGCCATCCTGACCC-TTTTTATTTTCA-TA--A-AAAAA------TA---AATT---------TAAAA-------A----A---A-----AA-A-------------T---------------AAA--T--------------------A---A-AT-AAATAAAATCCTCCCCACCCCATCTCCCA-CTTTTTA--AG----AAAAATTTGGCGGATAATCTA-----GCAATAAATTTATAATGGCC
gi|6 : atattaGCCATTATAAATTAATTGCTAGATTATCAT-------------------------CCCCGCCGGCCCCA-TAACTTTTCATGTTGCTCCAACCCTTTTTTGTTTTCATTA--A-AAAAT------AA---AAAT---------TAATA-------A----A---A-----AT-ATTTTGTGTTTGTTTGAAAA----CACCAAAAA--TT--TT----AAATATA-A-AACTTA-A--AAATAAAATCCT-CCC-CC----CTCCCC-GTTTTTA--AG----t
gi|7 : gGCCAAAGTGAACTAATTTCTTGATTATCAT-------------------------CCCCGCCC
gi|7 : agCT-TGA-TTATCAT----CCCCGCCCC-TTTTTATTTTCATTA--A-AAAAA------AATATATAT---------TAAAA-------A----A---A-----AA-A--------------AAAAA----A----AATA--TTAATA----AAA---A-ATAA---ATAT-AAATAAA--TAT-CCCACCAA--CTC-----TTGTTA--AGATAAAAAAAATCAGAT-----TCTA-----GTGTTTAATTTGTAATTGCCctttttattttcattaaaaaaaaatatatattaaaaaaaaaaaaaaaaaatattaataaaaaataaatataaataaatatcccaccaactcttgttaagataaaaaaaatcagattctagtgtttaatttgtaattgccta
gi|8 : aggccaaagtgaactaatttCCTTAATAAATTAATTGTTAGATTATCAT-------------------------CCCCGTCTGCCCCC-TCA-TTTTCATGCCGCCC--ATC------------------------AA------AA---ATAT---------CAACA-------A----TTTTA-----AA-A-------------TGAAAA----T----AAAA------------AAA---A-A-TA---A-AT-AAATAAAATCCT-CCTGCC----CTCCAT-GTTTTTA--AG----AAAAATTTGAATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATAATGGCCta
gi|9 : AA-TTTTCGTGCCGCCT-GACCC-TTTTTATTTTCA-CACCA-AAAAATCAAATAA---ATATACATTTTTTTATAA-------A----A---A-----AA-A-------------CAAAC-----C----AATA--TT--TACAAAAAA---A-A-AA---G-AA-AAATGAAAACCT-CCCACC----CTTCCCAGTTTTTA---G----AAAAATTTGGATGATAATCTA-----GCAATTAATTTATGATGGCC