lowQualScore                  :                                                                                                                                4444           11                 1                                                                                            44               1     1                            1                  111                                     1                                     
lowQualScore                  :                                       5                                     66   6                      8      5    0          6666           66                 0   8        6                     0  9      7                 0       6        3            44               7     3                            1                  888                                     1                                     
lowQualScore                  :                                       .                                     ..   .                      .      .    .          ....           ..                 .   .        .                     .  .      .                 .       .        .            ..               .     .                            .                  ...                                     .                                     
lowQualScore                  :                                       6                                     88   0                      0      0    6          0000           88                 2   0        0                     8  2      8                 8       7        7            66               0     3                            4                  000                                     4                                     
consensus                     :           AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAACTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTG--TATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Reference ( gi|1 )            :           AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTCTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGTTTATATACATGTAAGTTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGATTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCTATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGACGGTTACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGATTCGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|2                          :           AATCTGATTACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCATCTGTTTATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAGAAATGACCCATGTCGAGTATATAAAT-AAAAAAT-CGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGAAGGATACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACT-GACTTGTAACACAGGCGATTTGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|4                          :           AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGAAACAACCTTCAGTCACATGATAAAATAAAAATGGCGG---------GC-ACCT---TATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAATACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCCATGTCGAGCGTATTAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATTTAT--TCAACTTAATGACGGATACGTAATGTGTTACTTTCACGCGAATGA--ACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|9                          :          cAATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCACCATT
gi|11                         :          cAATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTGCGCAATTGACCTCTGatatcaaatatatttgtaaaatgtatgtattataaaataa
gi|13                         :           AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGAC
gi|14                         :           AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATA
gi|5                          :            ATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCG---TTTTGGAACAACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCT-------TACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTTTAATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTAT-------------GTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATATTGCCATATAT--TCAACTTAATGACTGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTT----TATTCTAGAGCTATACACGAGGTGAATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTGt
gi|10                         :           ctTCTAATCACCTCGGCCTTTATGCTACTCTATA
gi|3                          : ggcagcaggacacCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCAGTTAGGAACTACTTTTAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCGTATGTCACCTG---ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTGCCCTATAAACATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CTATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGATGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTATAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATAAGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|6                          :                                                        TAATAAGGCGCCATTTTGGAAATATTTTCAGTCACATGATAAAAAAAAA-AGGCGGGCCCCTTATGCCACCT---TGTATACATGTATTTTGAAAATATAAACATTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAAAATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAATTCAATGTAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACAAGACTTGTAACACAGGCGAATAGCTTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGACTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                       AT-CGATATAATGACGCCATATAT--TCAACTTAAAGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAAC-------TTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGAATACGGAAATACCCG--GTTTCACGATTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                             TATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGTACACAAGACTTGTAACACAGGCGAATAACGTTGGTGTATTCTATAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTGa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taCGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                   3333                                                                                                                           11                                                  1                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                2                           6      2               6666                                  6                                 3                                5                     33                                                  0                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                .                           .      .               ....                                  .                                 .                                .                     ..                                                  .                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                5                           7      5               5555                                  7                                 3                                7                     88                                                  0                                                                                                
consensus                     :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAANTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGT--ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Reference ( family-5894 )     :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAACTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGT--ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|1                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTCTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGTTTATATACATGTAAGTTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGATTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCTATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGACGGTTACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGATTCGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|10                         :                TCTAATCACCTCGGCCTTTATGCTACTCTATA
gi|11                         : ggcagcaggacacAATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTGCGCAATTGACCTCTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|13                         :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGAC
gi|14                         :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTGt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|2                          :              AATCTGATTACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCATCTGTTTATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAGAAATGACCCATGTCGAGTATATAAATAAAAAA-T-CGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGAAGGATACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACT-GACTTGTAACACAGGCGATTTGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|3                          :                 CTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCAGTTAGGAACTACTTTTAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCGTATGTCACCTG---ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTGCCCTATAAACATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CTATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGATGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTATAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATAAGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|4                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGAAACAACCTTCAGTCACATGATAAAATAAAAATGGCGG---------GC-ACCT-T--ATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAATACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCCATGTCGAGCGTATTAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATTTAT--TCAACTTAATGACGGATACGTAATGTGTTACTTTCACGCGAATGA--ACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|5                          :              cATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCG---TTTTGGAACAACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCT-------TACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTTTAATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTAT-------------GTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATATTGCCATATAT--TCAACTTAATGACTGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTT----TATTCTAGAGCTATACACGAGGTGAATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|6                          :                                                         ctTAATAAGGCGCCATTTTGGAAATATTTTCAGTCACATGATAAAAAAAAA-AGGCGGGCCCCTTATGCCACCT-T--GTATACATGTATTTTGAAAATATAAACATTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAAAATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAATTCAATGTAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACAAGACTTGTAACACAGGCGAATAGCTTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGACTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                TATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGTACACAAGACTTGTAACACAGGCGAATAACGTTGGTGTATTCTATAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                          AT-CGATATAATGACGCCATATAT--TCAACTTAAAGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAAC-------TTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGAATACGGAAATACCCG--GTTTCACGATTGa
gi|9                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCACCATT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                   3333                                                                                                                           11                                                  1                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                1                           6      2               6666                                  6                                 3                                5                     33                                                  0                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                .                           .      .               ....                                  .                                 .                                .                     ..                                                  .                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                0                           7      5               5555                                  7                                 3                                7                     88                                                  0                                                                                                
consensus                     :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAANTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGT--ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Reference ( family-5894 )     :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAANTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGT--ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|1                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTCTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGTTTATATACATGTAAGTTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGATTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCTATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGACGGTTACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGATTCGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|10                         :                TCTAATCACCTCGGCCTTTATGCTACTCTATA
gi|11                         : ggcagcaggacacAATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTGCGCAATTGACCTCTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|13                         :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGAC
gi|14                         :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTGt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|2                          :              AATCTGATTACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCATCTGTTTATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAGAAATGACCCATGTCGAGTATATAAATAAAAAA-T-CGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGAAGGATACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACT-GACTTGTAACACAGGCGATTTGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|3                          :                 CTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCAGTTAGGAACTACTTTTAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCGTATGTCACCTG---ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTGCCCTATAAACATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CTATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGATGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTATAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATAAGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|4                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGAAACAACCTTCAGTCACATGATAAAATAAAAATGGCGG---------GC-ACCT-T--ATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAATACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCCATGTCGAGCGTATTAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATTTAT--TCAACTTAATGACGGATACGTAATGTGTTACTTTCACGCGAATGA--ACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|5                          :              cATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCG---TTTTGGAACAACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCT-------TACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTTTAATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTAT-------------GTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATATTGCCATATAT--TCAACTTAATGACTGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTT----TATTCTAGAGCTATACACGAGGTGAATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|6                          :                                                         ctTAATAAGGCGCCATTTTGGAAATATTTTCAGTCACATGATAAAAAAAAA-AGGCGGGCCCCTTATGCCACCT-T--GTATACATGTATTTTGAAAATATAAACATTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAAAATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAATTCAATGTAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACAAGACTTGTAACACAGGCGAATAGCTTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGACTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                TATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGTACACAAGACTTGTAACACAGGCGAATAACGTTGGTGTATTCTATAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                          AT-CGATATAATGACGCCATATAT--TCAACTTAAAGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAAC-------TTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGAATACGGAAATACCCG--GTTTCACGATTGa
gi|9                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCACCATT


blockSeqs                     :                                                                                A                           A      C               GTTT                                  T                                 A                                T                     AA                                                  A
blockSeqs                     :                                                                                C                           .      C               G                                     .                                 C                                .                     .                                                   A
blockSeqs                     :                                                                                C                           .      C               T                                     .                                 T                                .                     .                                                   .
blockSeqs                     :                                                                                C                           .      G               T                                     .                                 A                                .                     .                                                   .
blockSeqs                     :                                                                                A                           .      .               .                                     .                                 .                                .                     .                                                   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                            .                     .                                                   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  .                                                   .


blockSeqCons                  :                                                                                                                                   T***                                                                                                                           **
originalCons                  :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAANTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGT--ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
finalCons                     :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAANTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTT---ATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAAT-CGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                   222                                                                                                                            11                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                1                           6      2               333                                   6                                 3                               5                      33                                                 777                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                .                           .      .               ...                                   .                                 .                               .                      ..                                                 ...                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                0                           7      5               333                                   7                                 3                               7                      88                                                 222                                                                                                
consensus                     :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAANTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCT---TATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAA-TCGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACAC-A-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
Reference ( family-5894 )     :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAANTACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCT---TATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAANATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAA-TCGATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACAC-A-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|1                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTCTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCTGTTTATATACATGTAAGTTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGATTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCTATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAA-TCGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGACGGTTACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACAC-A-GACTTGTAACACAGGCGATTCGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|10                         :                TCTAATCACCTCGGCCTTTATGCTACTCTATA
gi|11                         : ggcagcaggacacAATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTGCGCAATTGACCTCTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|13                         :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGAC
gi|14                         :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTGt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|2                          :              AATCTGATTACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGGAAATACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCATCTGTTTATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTTGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAGAAATGACCCATGTCGAGTATATAAATAAAAAA--TCGATATAACAACGCCATATATAATCAACTTAATGAAGGATACATTATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACAC-T-GACTTGTAACACAGGCGATTTGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTCTACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|3                          :                 CTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCAGTTAGGAACTACTTTTAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCGTATGTCACCT---GATATACATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTGCCCTATAAACATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAA-TCTATATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGATGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACAC-A-GACTTATAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATAAGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|4                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACACAATAGACCTCTGACATAATAAGGCGCCATTTTGAAACAACCTTCAGTCACATGATAAAATAAAAATGGCGG---------GC-ACCT---TATATACATGTACATTGAAAATATAAACGTTGGTT-AATCAATACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAATATGACCCATGTCGAGCGTATTAATAAAAAAA-TCGATATAATAACGCCATTTAT--TCAACTTAATGACGGATACGTAATGTGTTACTTTCACGCGAATGA--AC-A-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|5                          :              cATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCG---TTTTGGAACAACTTTCAGTCACATGATAAAATAAAA-TGGCGGCCCCCTTATGCCACCT---TA----CATGTACGTTGAAAATATAAACGTTGGTTTAATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTAT-------------GTCGAGTGTATAAATAAAAAAA-TCGATATAATATTGCCATATAT--TCAACTTAATGACTGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACAC-A-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCGTT----TATTCTAGAGCTATACACGAGGTGAATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|6                          :                                                         ctTAATAAGGCGCCATTTTGGAAATATTTTCAGTCACATGATAAAAAAAAA-AGGCGGGCCCCTTATGCCACCT---TGTATACATGTATTTTGAAAATATAAACATTGGTT-AATCAAGACTGATATTTTAAATTTCCCTATAAAAATGACCCATGTCGAGTGTATAAATAAAAAAATTCAATGTAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAACACAA-GACTTGTAACACAGGCGAATAGCTTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGACTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                TATAATAACGCCATATAT--TCAACTTAATGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGTACAC-AAGACTTGTAACACAGGCGAATAACGTTGGTGTATTCTATAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGGATACGGAAATACCCGATGTTTCACGATTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                          A-TCGATATAATGACGCCATATAT--TCAACTTAAAGACGGATACATAATTTGTTACTTTCACGCGAATGAAC--------TTGTAACACAGGCGAATAGCGTTGGTGTATTCTAGAGCTATACACGAGGTGTATTATACGGAGAATACGGAAATACCCG--GTTTCACGATTGa
gi|9                          :              AATCTGATCACCTCGGCCTTTATGCTACGCAATAGACCTCTGACATAATAAGGCACCATT