lowQualScore : 22222222 1 2 1 1111111 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555 222 1 11111 222222222 11
lowQualScore : 8 4 44444444 6666 2 1 5 1 66666 5555 66666 9 33 3 2 2 777 2 3333333 5555 2 33 2 55 1111 0 3 444444444444444444444444444444444444444444444444 555 33 5 2 0 33333 2 000000000 2 444 33 33 1 2 22 6 1 4 3 00
lowQualScore : . . ........ .... . . . . ..... .... ..... . .. . . . ... . ....... .... . .. . .. .... . . ................................................ ... .. . . . ..... . ......... . ... .. .. . . .. . . . . ..
lowQualScore : 9 2 00000000 1111 9 4 7 7 77777 7777 77777 3 77 3 7 1 777 7 4444444 5555 3 77 7 44 3333 1 7 777777777777777777777777777777777777777777777777 999 44 0 5 6 11111 7 000000000 5 444 44 22 3 2 88 7 6 1 4 88
consensus : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAAC--GA----T----T-TATCAAAA-TAATTTTAAAGAA-----GT----ATC----CATACAT--TA-TT-GCTCAC-AGAAA-A---CT--C--AGGTTA--TT-CAA-GAAAT----CGTTAAACAT-TTNTTT-ATCTTATTCAGCT-G-----C-TTT-TTTAA-TA------TGTGTTTT-AAT--GCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAA--------AAA-CA---CA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATTC-CCCCATGTGCAAGGTCATTCGANTAN-CACAAGTATATTC
Reference ( gi|5 ) : GTATGTCTACGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAAACTTCGTTAATAAAC--TA----T----T-TATTAAAA-TAATTTCAAAGAA-----GT----ATT----CATA-AT--TA-TT-GCTCAC-AGAAA-A---CT--C--AGGTTA--TT-CAA-GAAAT----CGTTAAACAT-TTATTT-ATTTTATTCAGCT-G-----T-TTT-TTTAAGTA------TGTGTTTTAAAT--GCCATGCA-AACATTCAAA--GTTACACAAA--------CAA-CA---CA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT-CATTC-CCCCATGGGCAAGGTCACTCAACTAA-CACAAGTATATTC
gi|1 : GTATGTATGCGAATGCTCACACATAACAATCCACGATAAAGGGAGAGTTCGTTAATAAAC--GA----T----T-TATTAAAAATAATTTCAAAGAA-----GT----ATT----CATACAT--TA-TT-GCTCAC-AGAAA-A---CT--C--AGGTTA--TT-CAA-GAAAT----CGTTAAATAT-TTTTTTAATCTTATTCAGCT-G-----C-GTT-TTTATATA------TGTGTTTT-AAT--GCCATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAA--------CAA-CA---CA--TACTC--AACTATCGATCC-TTT-CATTC-CCCAATGGGCAAGGTAACTCGACTAA-CACAAGTATATTC
gi|2 : ccaagtGTATGTCTGATTATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAAG--GA----T----T-TATTAAAA-TAATTT----GAA-----GT----AGT----CATACAT--TA-TT-GCTCAC-AGAAA-A---CT--C--AGGTTA--TT-CAA-GAAATAAATTGTTAAACAT-TTTTTT-TACTTATTCAGCT-G-----CGTTT-TTTAA-TA------TGTGTGTTTAAT--GACATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAA--------CAA-CA---CA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT--ATT--CCCCATGGGCAAGGTCACTCGACTA---ACAAGTATATTgccgccttc
gi|4 : cctagtGTATGTCTTCGCATGCTCAAACATAATACTCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAAC--GA----T----T-TATTAAAA-TGATTTTCAAGAA-----GT----TTT----CATACAT--TA-TT-GCTCAC-AGAAA-A---CT--C-----TT---TT-CAA-GAAAT----CGTT-AATTT-TTTTTT-ATCTTATTCAGCT-A-----C-GTT-TTTAA-TA------TGTATTTT-AAT--GCCATTCA-AACATTCAAA--GTTTCACAAA--------CAA-CG---CA--TACTC--AACTATCGG-CCCTTT-CATTT-CCCCATGGGCAAGGTCACTCGACTAA-CATAAGTATATCCagccgcctcc
gi|7 : tagtGTATATCTGCGCATGCTCATACATAATAATTCACGATAAAGGGAGACATCACTCATAAAC--AA----T----T-TATAAAAAATAATTTTAAAGA------GT----ATT----CATACAT--TA-AT-GCTCAT-AGAAA-A---CT--C--AGGTTA--TT-CAA-GAAAT----CTTTAAACAT-ATTTTT-ATCTTATTCAGTT-GCGT--T-TTT-TTTAA-TA------TGTGTTTTAA-T--GCCATTCA-AACATTCAAA--GTTACAC---------------------A--TACTC--AACTATCAGTCCTTTT-CATTC-CCCCGTGGGCAAGGTCACTCAACTAA-TAGAAgccg
gi|22 : cttatGCATGTCTGCGCATGCTCACACATAGTA
gi|14 : ccctagtTATGTCTGCGCATGCTCACACATTATAATCCATGATTAAGGGAGTCTTCGTTAGCAAAC--TA----T----T-TATTAAAA-TGATTTTAAAGAA-----GT----ATT----GATA-AT--AA-TT-GCTCAC-AAAAA-A---CT--C--AGGTTA--TT-CAA-GACAT----CGTTACACAT-TTATTT-ATCTTA--------G-----T-TTT-TTTAA-TA------TGTCTTTT-AGT--GCCATTCA-AACTTTCAAA--GTTA
gi|6 : taTGTCTCCACATGCTCACACATAACAATCCACGATTAAGGGAGACTTCGTTAATAAAC--GA----T----T-TATTAAAA-TAATTTTAAAGAA-----GT----ATT----CATACAT--TA-TT-ACTCAC-AGAAA-A---CT--C--CGGTTA--TT-CAA-GAAAT----CGTTAAACAT-TTTTTT-ATCTTATTCAGCT-G-----CGTTT-TTTAA-TA------TGTGTTTT-AAT--GCCATTCA-AACTTTCAAA---TTACACAAA--------CAA-CA---CA--TACTC--AACTATCGGTCC-TTT-CATTC-CCCCATGGACAAGGTCACTCGACTAA-CACAAGTATATT
gi|3 : ctagTCCGCGACAAAGGGATATTTTGTTAATAAACGTTAACT-T----T-TATCAAAC-GAATTTTAAAGAA-----GT----ACC----AATACAT--TACTT-GCTCAT--GAAA-A---TA--C--GCGTAC--TT-CAA-CGAAT----TGGAAAACAT-TTATTGGATCTAATTTGACC-AAGGACT-TGTATGTAAGTA------CTTGTTTTAACTTTGTCATTCA-AATATTAAAA--GCAAGACAAAAAAAACAACAA-CATCGCA--TACTT--AATTATCGGTCATTTT-CGTTC-CAACATATGCCAGGTCATTCGATTAT-CACACATATATTa
gi|9 : aatTCCACGATAAAGGGAAACATCGTT----GAC--TATCGTT----T-TATCGAAA-TAATTT-AAAGAT-----GT----ATC----GATATAT--TA-CTAGCT--T-AGAAACA---TTA-C--ACGTTA--TT-CAACGAAGT----------ATA----ATTC-ATTT--TTGAACTAG-----A-TTT-C-------------TGTGTTTT-TAT--GCCATTCA-AACATTTAAA--GGAAGACAAA--------AAA-GC---CA--TATTC--ATTTAACGGTTCTTTTACATTA-TCCCATGTGCCAGGTCATTCGAATAT-TACCAATATAggcc
gi|10 : TCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGA----C--TA----TCGTTT-TATCAAAA-TAATTT-AAAGAT-----GT----ATC----TATA-----TA-TT-ACT---------------------AGCTTA--TTACAC-GTAATTAAACG--AAACAT--------A----ACTCA------------TTT-TTTAACTAGATAACTGTGTTTTTA-T--GCCATTTA-AACATTTAAA--GGAAGACAAA--------AAA-GC---CA--TATTC--AATTATCGGTCCTTTA-CATTA-TCCCATGTGCCATGTCATTCGAATAT-TACCAATATA
gi|12 : tGATAAAGAGAGACTTCGTTAATAAA---TAT---T----T-TATCAAAA-TGATTTTAAAGAAGTACGGT----ACC----CATACAT--AACTT-GCTCAG-AAAAA-AAATCA--C--ACGTAA--TT-TAA-TGAAT----TGTAAAACAT-T-------TTTGATGTAG---------------TTTGACTG------TGTTTTTT---T--GCCATTGA-AACATTTAAA--TCAAAACGAA--------AAATCA---CATGTACTCTGAATTATTGGT---------------CCATAGGTGAGGTCATTCGACTA
gi|8 : aaGATAAAGGGACACTTCGTAAATAAAC--GT----T----T-TATCAAAA-GAATTTTAAAGCG-----GT----GTC----AATACAT--TACTT-G-TTA--AGAAA-A---CA--CGTAGGTCA--TC------AAAT----C-TT-----T-TGATCT-AGTTT----AGCT-G-----T-TT--------------------------AT--GTCATTCA-AACATTTAAA-----AC---------------A-CA---TA--TACGC--AATTATCGGTCTTTTC-CTTAA-CGTCATGTGCA
gi|13 : ATAGAGAGAGATTTCGTTAATAAAC---G----T----TATATCAAAA-TAATTTTAAAGAA-----ATGTGGATG----CATA-AC--TT-TT-TTTTTC-AGAAA-A---ATTAC--ACGTAAATCT-CAA-AGAAT----CATAAAACAT---------TTTTGACCAA--------------------------------GTTT---AT--GCCATTCA-AACATTTAAA--ACAAGACGAAAGAA----CAA-CA---CA--AACTC--AATTATCGGTCCTCTT-CATTCCCCCCATGTGTAAAGTCgtgacataaaatttaattaggccacatccatgtgcaggtcattcaagtatcacaagtgtttcgccgcctcctggta
gi|17 : cgtaACAAAGGGAAATCTCGTTAATAAAC--GT----T----T-TATCAAAA-TAATTTTAAAGAA-----GT----ATC----AATACAT--TACTT-GATCACAAAAAA-A---CA--C--ACATAA--TT-CAA-CGAAT----C
gi|11 : AAAGGGAGATTTCGTTAATAAAC--AT----T----T-TATCAAAA-GAACTTTAAAGAA-----GT----ATTGATACATA-ATAGTACTT-GCT-AT--GAAA-A---TTAAC--ACATAA--TT-CA-------------TAAAACATGTTA----A----ATTCAG---------------TTTA-GCA---------GTTCTA--T--GCCATTCA-AACATTTAAA--GTAATACAAA--------AAA--A---CA--TACTC--AATTATCAGTCCTTTT-CATTC-CCAAATGTGCCAGGTCATTCGATTAT-CACAAGTATAT
gi|15 : aATTTTAAAGAA-----AT----ATT----GATATAT--TC-TT-GCTCA---GAAA-A---TG--C--A----------CAC--AAAT----CGTAAAACAT-TT-TTG-ATCTAATTTAGCT-A-----T-GTT-TT-----A------TGCCATTTAAA----CC-TTCACAACATTTAAAACGAGACAAAAA--------AAA-TA---AA--TACTG--AATTGTCGGCCCTATC-CATTC-TTCCGTGTGCAAGGTTATTCGAATAAGCACAAATATATa
gi|16 : TTAACTA------TGTGTTT---AT--GCCATTAA-AACATTTAAA--GCAAGACAAA--------ACC-CA---CA--CTCTC--AATTGTCGATCCTTTT-CGTTC-ACCCAT-------GTCATTTGATTAT-TACAAGTATATgg
gi|18 : tcaatacattacttgctcagaaaaaaaattcacacataatttgtataatatttttgatctaggGTGTTTTA--T--ACCATTCA-AACATTTAAA--G----ACAAA--------AAG-CA---CA--TACTC--AGTTATCGATCCTTTC-CACTC-CC
gi|19 : ttaatttcgttacgaaatttaAAA--------AAA-CA---CA--TACTC--AATTATTTGTCCTTTT-CATTA-CGCC----------TC---CGATTAT-CACAAGTATATTaaatg
gi|20 : gtttagctgcatgtattcattaaaaccagaaga--AATTATCAATCCTTTT-CCATC-CTCTTTATGCAGGTTCATTCGAGTAT-CACAAATATAT
gi|21 : TGTCGGTCATTTT-CATTC-CACCGTGCACAAGGACATTCGAGTAA-CACAAGTATTTTCcggcc
gi|8 : CCATGTGCA-GGTCATTCAAGTAT-CACAAGTGT-TTCgccgtc
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11 1111111 1111111111 1 33333333333333333333333333333333 11111111111
lowQualScore : 111111 2 2 2 66666 4 33 555 4 11 2 2 3333333 33 7 3 33 3333333333 66 1 8888888 0 44444444444444444444444444444444 2 666 2 33 6666 55555 33333333333 33 33 2 22 1 1 2 3
lowQualScore : ...... . . . ..... . .. ... . .. . . ....... .. . . .. .......... .. . ....... . ................................ . ... . .. .... ..... ........... .. .. . .. . . . .
lowQualScore : 555555 7 7 1 22222 2 22 999 7 66 4 4 9999999 22 6 9 22 8888888888 22 6 8888888 8 66666666666666666666666666666666 4 555 4 22 1111 99999 55555555555 22 11 1 22 9 0 4 4
consensus : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACG---N--TTTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAA-----GTATCGATACAT--TA---TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C--ACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGT-NAAACATTT-TTN-ATCTTATTCAGCT-G----C---TTTT-T-TA-A-----TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
Reference ( family-5875 ) : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACG---A--TTTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAA-----GTATCCATACAT--TA---TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C--AGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGT-TAAACATTTNTTT-ATCTTATTCAGCT-G----C---TTTT-T-TA-A-----TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGANT-ANCACAAGTATATTC
gi|1 : GTATGTATGCGAATGCTCACACATAACAATCCACGATAAAGGGAGAGTTCGTTAATAAACG---A--TTTAT-TAAAAATAATTTCAAAGAA-----GTATTCATACAT--TA---TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C--AGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGT-TAAATATTTTTTTAATCTTATTCAGCT-G----C---GTTT-T-TATA-----TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGATCC-TTT-CATT-CCCCAATGGGCAAGGTAACTCGACT-AACACAAGTATATTC
gi|10 : ccaagtTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCG---T--TTTAT-CAAAA-TAATTT-AAAGAT-----GTATCTATATAT--TA---CTAGCTTATTA--------------C--ACGTAA--TT------------AAA-CG---AAACAT-------A----ACTCA-------------TTTT-T-TA-ACTAGATAACTGTGT-TTTTA---TGCCATTTA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--AATTATCGGTCCTTTA-CATT-ATCCCATGTGCCATGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgccttc
gi|11 : tAAAGGGAGATTTCGTTAATAAACA---T--TTTAT-CAAAA-GAACTTTAAAGAA-----GTATTGATACATAATA---GT-ACTTGCTATGAAA-A---TTAAC--ACATAA--TTCA----------------T-AAAACAT--GTTA-A----ATTCAG---------------T-T-TA-G-----CA-----GT-TCTA----TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTAATACAAAA----AA------------ACA--TACTC--AATTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCAAATGTGCCAGGTCATTCGATT-ATCACAAGTATAT
gi|12 : aGATAAAGAGAGACTTCGTTAATAAATA---T--TTTAT-CAAAA-TGATTTTAAAGAAGTACGGTACCCATACAT--AAC--TT-GCTCAG-A-AAAA-AAATCA--C--ACGTAA--TTTA---A-T----GAATTGT-AAAACATTT-TTG-ATGT-----AG---------------T-T-TG-A-----C---TGTGT-TTTTT---TGCCATTGA-AACATTTAAA--TCAAAACGAAA----AAT----------CACATGTACTCTGAATTATTGGTC------CAT-------AGGTG--AGGTCATTCGACT-Aa
gi|13 : aaATAGAGAGAGATTTCGTTAATAAACG---T--TATAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAA-----ATGTGGATGCAT--AACTTTT-TTTTTC-A-GAAA-A---ATTAC--ACGTAAATCTCA---A-A----GAATCAT-AAAACATTT-TTG-ACC----------------------------A-A------------GT-TT--A---TGCCATTCA-AACATTTAAA--ACAAGACGAAAGAACAA-----------CACA--AACTC--AATTATCGGTCCTCTT-CATTCCCCCCATGTGTAAAGTC
gi|14 : cgtaTATGTCTGCGCATGCTCACACATTATAATCCATGATTAAGGGAGTCTTCGTTAGCAAACT---A--TTTAT-TAAAA-TGATTTTAAAGAA-----GTATTGATA-AT--AA---TT-GCTCAC-A-AAAA-A---CT--C--AGGTTA--TTCA---A-G----ACATCGT-TACACATTTATTT-ATCTTA--------G----T---TTTT-T-TA-A-----TA--TGTCT-TTTAG---TGCCATTCA-AACTTTCAAA--GTTA
gi|15 : taATTTTAAAGAA-----ATATTGATATAT--TC---TT-GCTCA----GAAA-A---TG--C--A---------CA---C------AAATCGT-AAAACATTT-TTG-ATCTAATTTAGCT-A----T---GTTT-T-----------A--TGCCA-TTTAA----ACC-TTCACAACATTTAAAACGAGACAAAAAA----AA-----------TAAA--TACTG--AATTGTCGGCCCTATC-CATT-CTTCCGTGTGCAAGGTTATTCGAATAAGCACAAATATAT
gi|16 : TCAATACAT--TAC--TT-GCTCAG-A-AAAA-A----------A----A--TTCACACA-T----AATTTGT-ATAATATTT-TTG-ATCT-----AG---G-------------T-TA-AC----TA--TGTGT-TT--A---TGCCATTAA-AACATTTAAA--GCAAGACAAAA----CC-----------CACA--CTCTC--AATTGTCGATCCTTTT-CGTT-CACCCAT-------GTCATTTGATT-ATTACAAGTATATgg
gi|17 : ACAAAGGGAAATCTCGTTAATAAACG---T--TTTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAA-----GTATCAATACAT--TAC--TT-GATCACAA-AAAA-A---CA--C--ACATAA--TTCA---A-C----GAATC
gi|18 : GTGT-TTTA----TACCATTCA-AACATTTAAA--G----ACAAAA----AG-----------CACA--TACTC--AGTTATCGATCCTTTC-CACT-CCC
gi|19 : ttaatttcgttacgaaatttaAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATTTGTCCTTTT-CATT-ACGCC-------------TCCGATT-ATCACAAGTATATTaaatg
gi|2 : gtttagctgcatgtattcattaaaaccagaagaGTATGTCTGATTATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAAGG---A--TTTAT-TAAAA-TAATTT----GAA-----GTAGTCATACAT--TA---TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C--AGGTTA--TTCA---A-GAAATAAATTGT-TAAACATTTTTTT-TACTTATTCAGCT-G----CG--TTTT-T-TA-A-----TA--TGTGTGTTTAA---TGACATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT--ATT--CCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-A--ACAAGTATATT
gi|20 : cctagt--AATTATCAATCCTTTT-CCAT-CCTCTTTATGCAGGTTCATTCGAGT-ATCACAAATATATagccgcctcc
gi|21 : TGTCGGTCATTTT-CATT-CCACCGTGCACAAGGACATTCGAGT-AACACAAGTATTTTCcggcc
gi|22 : GCATGTCTGCGCATGCTCACACATAGTAgccgtc
gi|3 : ccctagtTCCGCGACAAAGGGATATTTTGTTAATAAACGTTAACTTTTAT-CAAAC-GAATTTTAAAGAA-----GTACCAATACAT--TAC--TT-GCTCAT---GAAA-A---TA--C--GCGTAC--TTCA---A-C----GAATTGG-AAAACATTTATTGGATCTAATTTGACC-AAGGAC---TTGTATGTA-AG----TA--CTTGT-TTTAACTTTGTCATTCA-AATATTAAAA--GCAAGACAAAA----AAAACAACAACATCGCA--TACTT--AATTATCGGTCATTTT-CGTT-CCAACATATGCCAGGTCATTCGATT-ATCACACATATATT
gi|4 : aatGTATGTCTTCGCATGCTCAAACATAATACTCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACG---A--TTTAT-TAAAA-TGATTTTCAAGAA-----GTTTTCATACAT--TA---TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C-----TT---TTCA---A-G----AAATCGT-T-AATTTTTTTTT-ATCTTATTCAGCT-A----C---GTTT-T-TA-A-----TA--TGTAT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTTCACAAAC----AA-----------CGCA--TACTC--AACTATCGG-CCCTTT-CATT-TCCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-AACATAAGTATATCCggcc
gi|5 : tagtGTATGTCTACGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAAACTTCGTTAATAAACT---A--TTTAT-TAAAA-TAATTTCAAAGAA-----GTATTCATA-AT--TA---TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C--AGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGT-TAAACATTTATTT-ATTTTATTCAGCT-G----T---TTTT-T-TA-AG----TA--TGTGT-TTTAAA--TGCCATGCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGGGCAAGGTCACTCAACT-AACACAAGTATATTCgccg
gi|6 : TGTCTCCACATGCTCACACATAACAATCCACGATTAAGGGAGACTTCGTTAATAAACG---A--TTTAT-TAAAA-TAATTTTAAAGAA-----GTATTCATACAT--TA---TT-ACTCAC-A-GAAA-A---CT--C--CGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGT-TAAACATTTTTTT-ATCTTATTCAGCT-G----CG--TTTT-T-TA-A-----TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AAC-TTTCAA--ATTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCC-TTT-CATT-CCCCCATGGACAAGGTCACTCGACT-AACACAAGTATATT
gi|7 : ctagGTATATCTGCGCATGCTCATACATAATAATTCACGATAAAGGGAGACATCACTCATAAACA---A--TTTATAAAAAA-TAATTTTAAAG-A-----GTATTCATACAT--TA---AT-GCTCAT-A-GAAA-A---CT--C--AGGTTA--TTCA---A-G----AAATCTT-TAAACATATTTTT-ATCTTATTCAGTT-G----CGTTTTTT-T-TA-A-----TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTT-------------A-----------CACA--TACTC--AACTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCCCGTGGGCAAGGTCACTCAACT-AATAGAAa
gi|8 : cttatGATAAAGGGACACTTCGTAAATAAACG---T--TTTAT-CAAAA-GAATTTTAAAGCG-----GTGTCAATACAT--TAC--TT-G-TTA--A-GAAA-A---CA--CGTAGGTCA---TCA---A-------------------ATCTTTTG-ATCTAGTTTAGCT-G----T---TT----------------------------A---TGTCATTCA-AACATTTAAA-----AC-----------A-----------CATA--TACGC--AATTATCGGTCTTTTC-CTTA-ACGTCATGTGCA
gi|8 : CCATGTGCA-GGTCATTCAAGT-ATCACAAGTGT-TTCgtgacataaaatttaattaggccacatccatgtgcaggtcattcaagtatcacaagtgtttcgccgcctcctggta
gi|9 : gataaagggacacttcgtaaataaacgttttatcaaaagaattttaaagcggtgtcaatacattacttgttaagaaaacacgtaggtcatcaaatcttttgatctagtttagctgtttatgtcattcaaacatttaaaacacatatacgcaattatcggtcttttccttaacgtcatgtgcagtgacataaaatttaattaggccacatTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCG---T--TTTAT-CGAAA-TAATTT-AAAGAT-----GTATCGATATAT--TA---CTAGCTTA----GAAACA---TTA-C--ACGTTA--TTCA---ACG----AA---GTATAA---TTCATTT-------TTGAACTAG----A---TTTC-T---------------GTGT-TTTTA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--ATTTAACGGTTCTTTTACATT-ATCCCATGTGCCAGGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgcctcctggta
Alignments
lowQualScore : 1111111 1 1111 1111111 111111 4444444444444444444444444444444444 11111111111
lowQualScore : 1 66666 2 2 2 2222222 777 1 4 0000 2 7777777 1 1 33 444 000000 1 55 2 7 33 2 9999999999999999999999999999999999 2 666 2 33 6666 55555 33333333333 33 33 2 22 1 2 2 3
lowQualScore : . ..... . . . ....... ... . . .... . ....... . . .. ... ...... . .. . . .. . .................................. . ... . .. .... ..... ........... .. .. . .. . . . .
lowQualScore : 0 77777 7 7 4 3333333 444 8 7 3333 4 2222222 8 8 22 111 999999 9 99 5 5 55 5 1111111111111111111111111111111111 4 555 4 22 1111 99999 55555555555 22 11 1 22 9 6 4 4
consensus : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
Reference ( family-5875 ) : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
gi|1 : GTATGTATGCGAATGCTCACACATAACAATCCACGATAAAGGGAGAGTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAAATAATTTCAAAGAAGTA-TTC------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAATATTT-TT-TT-AAT-CTTATTCAGCT----GC---GT-T-TTTATA-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGATCC-TTT-CATT-CCCCAATGGGCAAGGTAACTCGACT-AACACAAGTATATTC
gi|10 : ccaagtTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCGTT-----TTAT-CAAAA-TAA-TTTAAAGATGTA-TCT------ATATAT---TA-CTAGCTT----------A---TTA-CACGTAA--TTAA---ACG----AAA-CATAACTCA--T-TT-TT-TAA-CT-----AG---------------------A-TAACTGTGT-TTTTA---TGCCATTTA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--AATTATCGGTCCTTTA-CATT-ATCCCATGTGCCATGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgccttc
gi|11 : tAAAGGGAGATTTCGTTAATAAACATT-----TTAT-CAAAA-GAACTTTAAAGAAGTA-TTG------ATACATAA-TA-GT-ACTTGCTATGAAA-A---TTAACACATAA--TTCA----------------TAAAACA--T-GT-T--AA-----ATTCAG----------------TTTA-G-CA-----GT-TCTA----TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTAATACAAAA----AA------------ACA--TACTC--AATTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCAAATGTGCCAGGTCATTCGATT-ATCACAAGTATAT
gi|12 : aGATAAAGAGAGACTTCGTTAATAAATATT-----TTAT-CAAAA-TGATTTTAAAGAAGTA--CGGTACCCATACAT---AACTT-GCTCAG-A-AAAA-AAATCA--CACGTAA--TTTA---A-T----GAATTGTAAAACA--T-TT-TT-GAT-GT-----AG----------------TTTG-A-C---TGTGT-TTTTT---TGCCATTGA-AACATTTAAA--TCAAAACGAAA----AAT----------CACATGTACTCTGAATTATTGGTC------CAT-------AGGTG--AGGTCATTCGACT-Aa
gi|13 : aaATAGAGAGAGATTTCGTTAATAAACGTT-----ATAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAATG-TGG------ATGCATAACTT-TT-TTTTTC-A-GAAA-A---ATTACACGTAAATCTCA---A-A----GAATCATAAAACA--T-TT-TT-GAC-C---------------------------A-A--------GT-TT--A---TGCCATTCA-AACATTTAAA--ACAAGACGAAAGAACAA-----------CACA--AACTC--AATTATCGGTCCTCTT-CATTCCCCCCATGTGTAAAGTC
gi|14 : cgtaTATGTCTGCGCATGCTCACACATTATAATCCATGATTAAGGGAGTCTTCGTTAGCAAACTAT-----TTAT-TAAAA-TGATTTTAAAGAAGTA-TTG------ATA-AT---AA-TT-GCTCAC-A-AAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----ACATCGTTACACA--T-TTATT-TAT-CTTA-----------GT---TT-T-TTTA-A-TA--TGTCT-TTTAG---TGCCATTCA-AACTTTCAAA--GTTA
gi|15 : taATTTTAAAGAAATA-TTG------ATATAT---TC-TT-GCTCA----GAAA-A---TG--CAC-------------A-C----AAATCGTAAAACA--T-TT-TT-GAT-CTAATTTAGCT----AT---GT-T-TT------A--TGCCA-TTTAA----ACC-TTCACAACATTTAAAACGAGACAAAAAA----AA-----------TAAA--TACTG--AATTGTCGGCCCTATC-CATT-CTTCCGTGTGCAAGGTTATTCGAATAAGCACAAATATAT
gi|16 : -TCA------ATACAT---TACTT-GCTCAG-A-AAAA-A------------AA--TTCACACA-T----AATTTGTATAATA--T-TT-TT-GAT-CT-----AG------G----------TTA-ACTA--TGTGT-TT--A---TGCCATTAA-AACATTTAAA--GCAAGACAAAA----CC-----------CACA--CTCTC--AATTGTCGATCCTTTT-CGTT-CACCCAT-------GTCATTTGATT-ATTACAAGTATATgg
gi|17 : ACAAAGGGAAATCTCGTTAATAAACGTT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCA------ATACAT---TACTT-GATCACAA-AAAA-A---CA--CACATAA--TTCA---A-C----GAATC
gi|18 : GTGT-TTTA----TACCATTCA-AACATTTAAA--G----ACAAAA----AG-----------CACA--TACTC--AGTTATCGATCCTTTC-CACT-CCC
gi|19 : ttaatttcgttacgaaatttaAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATTTGTCCTTTT-CATT-ACGCC-------------TCCGATT-ATCACAAGTATATTaaatg
gi|2 : gtttagctgcatgtattcattaaaaccagaagaGTATGTCTGATTATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAAGGAT-----TTAT-TAAAA-TAATTT----GAAGTAGTC-------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-GAAATAAATTGTTAAACA--T-TT-TT-TTTACTTATTCAGCT----GCG--TT-T-TTTA-A-TA--TGTGTGTTTAA---TGACATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT--ATT--CCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-A--ACAAGTATATT
gi|20 : cctagt--AATTATCAATCCTTTT-CCAT-CCTCTTTATGCAGGTTCATTCGAGT-ATCACAAATATATagccgcctcc
gi|21 : TGTCGGTCATTTT-CATT-CCACCGTGCACAAGGACATTCGAGT-AACACAAGTATTTTCcggcc
gi|22 : GCATGTCTGCGCATGCTCACACATAGTAgccgtc
gi|3 : ccctagtTCCGCGACAAAGGGATATTTTGTTAATAAACGTTAACTTTTAT-CAAAC-GAATTTTAAAGAAGTA-CCA------ATACAT---TACTT-GCTCAT---GAAA-A---TA--CGCGTAC--TTCA---A-C----GAATTGGAAAACA--T-TTATTGGAT-CTAATTTGACCAAGGAC---TTGTATGTA-AGTA--CTTGT-TTTAACTTTGTCATTCA-AATATTAAAA--GCAAGACAAAA----AAAACAACAACATCGCA--TACTT--AATTATCGGTCATTTT-CGTT-CCAACATATGCCAGGTCATTCGATT-ATCACACATATATT
gi|4 : aatGTATGTCTTCGCATGCTCAAACATAATACTCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAA-TGATTTTCAAGAAGTT-TTC------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C---TT---TTCA---A-G----AAATCGTTAATTT--T-TT-TT-TAT-CTTATTCAGCT----AC---GT-T-TTTA-A-TA--TGTAT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTTCACAAAC----AA-----------CGCA--TACTC--AACTATCGG-CCCTTT-CATT-TCCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-AACATAAGTATATCCggcc
gi|5 : tagtGTATGTCTACGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAAACTTCGTTAATAAACTAT-----TTAT-TAAAA-TAATTTCAAAGAAGTA-TTC------ATA-AT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAACA--T-TTATT-TAT-TTTATTCAGCT----GT---TT-T-TTTA-AGTA--TGTGT-TTTAAA--TGCCATGCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGGGCAAGGTCACTCAACT-AACACAAGTATATTCgccg
gi|6 : TGTCTCCACATGCTCACACATAACAATCCACGATTAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TTC------ATACAT---TA-TT-ACTCAC-A-GAAA-A---CT--CCGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAACAT-T-TT-TT-TAT-CTTATTCAGCT----GCG--TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AAC-TTTCAA--ATTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCC-TTT-CATT-CCCCCATGGACAAGGTCACTCGACT-AACACAAGTATATT
gi|7 : ctagGTATATCTGCGCATGCTCATACATAATAATTCACGATAAAGGGAGACATCACTCATAAACAAT-----TTATAAAAAA-TAATTTTAAAG-AGTA-TTC------ATACAT---TA-AT-GCTCAT-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCTTTAAACA--TATT-TT-TAT-CTTATTCAGTT----GCGTTTT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTT-------------A-----------CACA--TACTC--AACTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCCCGTGGGCAAGGTCACTCAACT-AATAGAAa
gi|8 : cttatGATAAAGGGACACTTCGTAAATAAACGTT-----TTAT-CAAAA-GAATTTTAAAGCGGTG-TCA------ATACAT---TACTT-G-TTA--A-GAAA-A-------CACGTAG--GTCA---T-C----AAATC------------TT-TT-GAT-CTAGTTTAGCT----GT---TT------------------------A---TGTCATTCA-AACATTTAAA-----AC-----------A-----------CATA--TACGC--AATTATCGGTCTTTTC-CTTA-ACGTCATGTGCA
gi|8 : CCATGTGCA-GGTCATTCAAGT-ATCACAAGTGT-TTCgtgacataaaatttaattaggccacatccatgtgcaggtcattcaagtatcacaagtgtttcgccgcctcctggta
gi|9 : gataaagggacacttcgtaaataaacgttttatcaaaagaattttaaagcggtgtcaatacattacttgttaagaaaacacgtaggtcatcaaatcttttgatctagtttagctgtttatgtcattcaaacatttaaaacacatatacgcaattatcggtcttttccttaacgtcatgtgcagtgacataaaatttaattaggccacatTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCGTT-----TTAT-CGAAA-TAATTT-AAAGATGTA-TCG------ATATAT---TA-CTAGCTTA----GAAACA---TTA-CACGTTA--TTCA---ACG----AAGT-ATAATTCA--T-TT-TT-GAA-CT-----AGAT--------------TTC--------TGTGT-TTTTA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--ATTTAACGGTTCTTTTACATT-ATCCCATGTGCCAGGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgcctcctggta
Alignments
lowQualScore : 1111111 1 1111 1111111 111111 4444444444444444444444444444444444 11111111111
lowQualScore : 1 66666 2 2 2 2222222 777 1 4 0000 2 7777777 1 1 33 444 000000 1 55 2 7 33 2 9999999999999999999999999999999999 2 666 2 33 6666 55555 33333333333 33 33 2 22 1 2 2 3
lowQualScore : . ..... . . . ....... ... . . .... . ....... . . .. ... ...... . .. . . .. . .................................. . ... . .. .... ..... ........... .. .. . .. . . . .
lowQualScore : 0 77777 7 7 4 3333333 444 8 7 3333 4 2222222 8 8 22 111 999999 9 99 5 5 55 5 1111111111111111111111111111111111 4 555 4 22 1111 99999 55555555555 22 11 1 22 9 6 4 4
consensus : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
Reference ( family-5875 ) : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
gi|1 : GTATGTATGCGAATGCTCACACATAACAATCCACGATAAAGGGAGAGTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAAATAATTTCAAAGAAGTA-TTC------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAATATTT-TT-TT-AAT-CTTATTCAGCT----GC---GT-T-TTTATA-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGATCC-TTT-CATT-CCCCAATGGGCAAGGTAACTCGACT-AACACAAGTATATTC
gi|10 : ccaagtTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCGTT-----TTAT-CAAAA-TAA-TTTAAAGATGTA-TCT------ATATAT---TA-CTAGCTT----------A---TTA-CACGTAA--TTAA---ACG----AAA-CATAACTCA--T-TT-TT-TAA-CT-----AG---------------------A-TAACTGTGT-TTTTA---TGCCATTTA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--AATTATCGGTCCTTTA-CATT-ATCCCATGTGCCATGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgccttc
gi|11 : tAAAGGGAGATTTCGTTAATAAACATT-----TTAT-CAAAA-GAACTTTAAAGAAGTA-TTG------ATACATAA-TA-GT-ACTTGCTATGAAA-A---TTAACACATAA--TTCA----------------TAAAACA--T-GT-T--AA-----ATTCAG----------------TTTA-G-CA-----GT-TCTA----TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTAATACAAAA----AA------------ACA--TACTC--AATTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCAAATGTGCCAGGTCATTCGATT-ATCACAAGTATAT
gi|12 : aGATAAAGAGAGACTTCGTTAATAAATATT-----TTAT-CAAAA-TGATTTTAAAGAAGTA--CGGTACCCATACAT---AACTT-GCTCAG-A-AAAA-AAATCA--CACGTAA--TTTA---A-T----GAATTGTAAAACA--T-TT-TT-GAT-GT-----AG----------------TTTG-A-C---TGTGT-TTTTT---TGCCATTGA-AACATTTAAA--TCAAAACGAAA----AAT----------CACATGTACTCTGAATTATTGGTC------CAT-------AGGTG--AGGTCATTCGACT-Aa
gi|13 : aaATAGAGAGAGATTTCGTTAATAAACGTT-----ATAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAATG-TGG------ATGCATAACTT-TT-TTTTTC-A-GAAA-A---ATTACACGTAAATCTCA---A-A----GAATCATAAAACA--T-TT-TT-GAC-C---------------------------A-A--------GT-TT--A---TGCCATTCA-AACATTTAAA--ACAAGACGAAAGAACAA-----------CACA--AACTC--AATTATCGGTCCTCTT-CATTCCCCCCATGTGTAAAGTC
gi|14 : cgtaTATGTCTGCGCATGCTCACACATTATAATCCATGATTAAGGGAGTCTTCGTTAGCAAACTAT-----TTAT-TAAAA-TGATTTTAAAGAAGTA-TTG------ATA-AT---AA-TT-GCTCAC-A-AAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----ACATCGTTACACA--T-TTATT-TAT-CTTA-----------GT---TT-T-TTTA-A-TA--TGTCT-TTTAG---TGCCATTCA-AACTTTCAAA--GTTA
gi|15 : taATTTTAAAGAAATA-TTG------ATATAT---TC-TT-GCTCA----GAAA-A---TG--CAC-------------A-C----AAATCGTAAAACA--T-TT-TT-GAT-CTAATTTAGCT----AT---GT-T-TT------A--TGCCA-TTTAA----ACC-TTCACAACATTTAAAACGAGACAAAAAA----AA-----------TAAA--TACTG--AATTGTCGGCCCTATC-CATT-CTTCCGTGTGCAAGGTTATTCGAATAAGCACAAATATAT
gi|16 : -TCA------ATACAT---TACTT-GCTCAG-A-AAAA-A------------AA--TTCACACA-T----AATTTGTATAATA--T-TT-TT-GAT-CT-----AG------G----------TTA-ACTA--TGTGT-TT--A---TGCCATTAA-AACATTTAAA--GCAAGACAAAA----CC-----------CACA--CTCTC--AATTGTCGATCCTTTT-CGTT-CACCCAT-------GTCATTTGATT-ATTACAAGTATATgg
gi|17 : ACAAAGGGAAATCTCGTTAATAAACGTT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCA------ATACAT---TACTT-GATCACAA-AAAA-A---CA--CACATAA--TTCA---A-C----GAATC
gi|18 : GTGT-TTTA----TACCATTCA-AACATTTAAA--G----ACAAAA----AG-----------CACA--TACTC--AGTTATCGATCCTTTC-CACT-CCC
gi|19 : ttaatttcgttacgaaatttaAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATTTGTCCTTTT-CATT-ACGCC-------------TCCGATT-ATCACAAGTATATTaaatg
gi|2 : gtttagctgcatgtattcattaaaaccagaagaGTATGTCTGATTATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAAGGAT-----TTAT-TAAAA-TAATTT----GAAGTAGTC-------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-GAAATAAATTGTTAAACA--T-TT-TT-TTTACTTATTCAGCT----GCG--TT-T-TTTA-A-TA--TGTGTGTTTAA---TGACATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT--ATT--CCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-A--ACAAGTATATT
gi|20 : cctagt--AATTATCAATCCTTTT-CCAT-CCTCTTTATGCAGGTTCATTCGAGT-ATCACAAATATATagccgcctcc
gi|21 : TGTCGGTCATTTT-CATT-CCACCGTGCACAAGGACATTCGAGT-AACACAAGTATTTTCcggcc
gi|22 : GCATGTCTGCGCATGCTCACACATAGTAgccgtc
gi|3 : ccctagtTCCGCGACAAAGGGATATTTTGTTAATAAACGTTAACTTTTAT-CAAAC-GAATTTTAAAGAAGTA-CCA------ATACAT---TACTT-GCTCAT---GAAA-A---TA--CGCGTAC--TTCA---A-C----GAATTGGAAAACA--T-TTATTGGAT-CTAATTTGACCAAGGAC---TTGTATGTA-AGTA--CTTGT-TTTAACTTTGTCATTCA-AATATTAAAA--GCAAGACAAAA----AAAACAACAACATCGCA--TACTT--AATTATCGGTCATTTT-CGTT-CCAACATATGCCAGGTCATTCGATT-ATCACACATATATT
gi|4 : aatGTATGTCTTCGCATGCTCAAACATAATACTCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAA-TGATTTTCAAGAAGTT-TTC------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C---TT---TTCA---A-G----AAATCGTTAATTT--T-TT-TT-TAT-CTTATTCAGCT----AC---GT-T-TTTA-A-TA--TGTAT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTTCACAAAC----AA-----------CGCA--TACTC--AACTATCGG-CCCTTT-CATT-TCCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-AACATAAGTATATCCggcc
gi|5 : tagtGTATGTCTACGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAAACTTCGTTAATAAACTAT-----TTAT-TAAAA-TAATTTCAAAGAAGTA-TTC------ATA-AT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAACA--T-TTATT-TAT-TTTATTCAGCT----GT---TT-T-TTTA-AGTA--TGTGT-TTTAAA--TGCCATGCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGGGCAAGGTCACTCAACT-AACACAAGTATATTCgccg
gi|6 : TGTCTCCACATGCTCACACATAACAATCCACGATTAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TTC------ATACAT---TA-TT-ACTCAC-A-GAAA-A---CT--CCGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAACAT-T-TT-TT-TAT-CTTATTCAGCT----GCG--TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AAC-TTTCAA--ATTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCC-TTT-CATT-CCCCCATGGACAAGGTCACTCGACT-AACACAAGTATATT
gi|7 : ctagGTATATCTGCGCATGCTCATACATAATAATTCACGATAAAGGGAGACATCACTCATAAACAAT-----TTATAAAAAA-TAATTTTAAAG-AGTA-TTC------ATACAT---TA-AT-GCTCAT-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCTTTAAACA--TATT-TT-TAT-CTTATTCAGTT----GCGTTTT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTT-------------A-----------CACA--TACTC--AACTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCCCGTGGGCAAGGTCACTCAACT-AATAGAAa
gi|8 : cttatGATAAAGGGACACTTCGTAAATAAACGTT-----TTAT-CAAAA-GAATTTTAAAGCGGTG-TCA------ATACAT---TACTT-G-TTA--A-GAAA-A-------CACGTAG--GTCA---T-C----AAATC------------TT-TT-GAT-CTAGTTTAGCT----GT---TT------------------------A---TGTCATTCA-AACATTTAAA-----AC-----------A-----------CATA--TACGC--AATTATCGGTCTTTTC-CTTA-ACGTCATGTGCA
gi|8 : CCATGTGCA-GGTCATTCAAGT-ATCACAAGTGT-TTCgtgacataaaatttaattaggccacatccatgtgcaggtcattcaagtatcacaagtgtttcgccgcctcctggta
gi|9 : gataaagggacacttcgtaaataaacgttttatcaaaagaattttaaagcggtgtcaatacattacttgttaagaaaacacgtaggtcatcaaatcttttgatctagtttagctgtttatgtcattcaaacatttaaaacacatatacgcaattatcggtcttttccttaacgtcatgtgcagtgacataaaatttaattaggccacatTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCGTT-----TTAT-CGAAA-TAATTT-AAAGATGTA-TCG------ATATAT---TA-CTAGCTTA----GAAACA---TTA-CACGTTA--TTCA---ACG----AAGT-ATAATTCA--T-TT-TT-GAA-CT-----AGAT--------------TTC--------TGTGT-TTTTA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--ATTTAACGGTTCTTTTACATT-ATCCCATGTGCCAGGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgcctcctggta
blockSeqs : T AACTT A . G GGTACCC AAC C A CTAT C AATCA C A AT CAC GAAAT A T A A GG A AATTTGACCAAGGACTTGTATGTAAGTA G CTT C AC GAAG AGAAC AACAACAACAT TG TG A CC T A A T
blockSeqs : T . . . . T AA C A CAA . TTAA C A . . CG A . . A T . TATTCAGTTGCGTTTTTTTTAATA . A . . TAAT A T . . . A T T . T
blockSeqs : T . . . . G . C . GA . ATTA C A . . CG A . . A A . TATTCAGCTGCGTTTTTTAATA . . . . CAAA A . . . . C T C . G
blockSeqs : T . . . . G . C . CA . TTA C A . . T A . . . G . TATTCAGCTGTTTTTTTAAGTA . . . . CAAG A . . . . C T A . T
blockSeqs : A . . . . G . C . CA . TTA G T . . A T . . . G . TATTCAGCTGCGTTTTTTAATA . . . . AGAC A . . . . C T T . T
blockSeqs : T . . . . G . . . GA . CT C A . . G A . . . T . TATTCAGCTACGTTTTTAATA . . . . CAAG A . . . . C G T . T
blockSeqs : A . . . . A . . . CA . TG C A . . C A . . . G . AATTTAGCTATGTTTTA . . . . TTAC A . . . . A T C . A
blockSeqs : T . . . . A . . . CA . CA G T . . T T . . . G . TAGTTTTTTTAATA . . . . CAAG A . . . . C C G . T
blockSeqs : A . . . . A . . . CA . CT C A . . C A . . . T . ATTCAGTTTAGCA . . . . TTTC C . . . . C T G . A
blockSeqs : A . . . . C . . . CA . TA G T . . C T . . . T . AGTTTAGCTGTTT . . . . TTAC A . . . . C G T . A
blockSeqs : A . . . . C . . . TA . CT G T . . G T . . . T . AGGTTAACTA . . . . TTAC C . . . . T G C . A
blockSeqs : A . . . . C . . . T . CT G T . . G T . . . T . AGTTTGAC . . . . GAAG C . . . . C G C . A
blockSeqs : T . . . . C . . . A . CT C T . . G T . . . T . AGATAAC . . . . TT C . . . . C G C . T
blockSeqs : T . . . . A . . . . . CT C A . . G A . . . G . AGATTTC . . . . AC A . . . . C T C . T
blockSeqs : . G . . . . . . . T . . C . . . . G . AA . . . . . . . . . . A T G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T A .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **
originalCons : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
finalCons : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
Alignments
lowQualScore : 1111111 1 1111 1111111 111111 4444444444444444444444444444444444 11111111111
lowQualScore : 1 66666 2 2 2 2222222 777 1 4 0000 2 7777777 1 1 33 444 000000 1 55 2 7 33 2 9999999999999999999999999999999999 2 666 2 33 6666 55555 33333333333 33 33 2 22 1 2 2 3
lowQualScore : . ..... . . . ....... ... . . .... . ....... . . .. ... ...... . .. . . .. . .................................. . ... . .. .... ..... ........... .. .. . .. . . . .
lowQualScore : 0 77777 7 7 4 3333333 444 8 7 3333 4 2222222 8 8 22 111 999999 9 99 5 5 55 5 1111111111111111111111111111111111 4 555 4 22 1111 99999 55555555555 22 11 1 22 9 6 4 4
consensus : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
Reference ( family-5875 ) : GTATGTCTGCGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGNT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCG------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CACGTNA--TTCA---A-G----AAATCGTNAAACA--T-TT-TT-NAT-CTTATTCAGCT----GC---TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTNACACAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGTGCAAGGTCATTCGACT-ANCACAAGTATATTC
gi|1 : GTATGTATGCGAATGCTCACACATAACAATCCACGATAAAGGGAGAGTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAAATAATTTCAAAGAAGTA-TTC------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAATATTT-TT-TT-AAT-CTTATTCAGCT----GC---GT-T-TTTATA-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGATCC-TTT-CATT-CCCCAATGGGCAAGGTAACTCGACT-AACACAAGTATATTC
gi|10 : ccaagtTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCGTT-----TTAT-CAAAA-TAA-TTTAAAGATGTA-TCT------ATATAT---TA-CTAGCTT----------A---TTA-CACGTAA--TTAA---ACG----AAA-CATAACTCA--T-TT-TT-TAA-CT-----AG---------------------A-TAACTGTGT-TTTTA---TGCCATTTA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--AATTATCGGTCCTTTA-CATT-ATCCCATGTGCCATGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgccttc
gi|11 : tAAAGGGAGATTTCGTTAATAAACATT-----TTAT-CAAAA-GAACTTTAAAGAAGTA-TTG------ATACATAA-TA-GT-ACTTGCTATGAAA-A---TTAACACATAA--TTCA----------------TAAAACA--T-GT-T--AA-----ATTCAG----------------TTTA-G-CA-----GT-TCTA----TGCCATTCA-AACATTTAAA--GTAATACAAAA----AA------------ACA--TACTC--AATTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCAAATGTGCCAGGTCATTCGATT-ATCACAAGTATAT
gi|12 : aGATAAAGAGAGACTTCGTTAATAAATATT-----TTAT-CAAAA-TGATTTTAAAGAAGTA--CGGTACCCATACAT---AACTT-GCTCAG-A-AAAA-AAATCA--CACGTAA--TTTA---A-T----GAATTGTAAAACA--T-TT-TT-GAT-GT-----AG----------------TTTG-A-C---TGTGT-TTTTT---TGCCATTGA-AACATTTAAA--TCAAAACGAAA----AAT----------CACATGTACTCTGAATTATTGGTC------CAT-------AGGTG--AGGTCATTCGACT-Aa
gi|13 : aaATAGAGAGAGATTTCGTTAATAAACGTT-----ATAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAATG-TGG------ATGCATAACTT-TT-TTTTTC-A-GAAA-A---ATTACACGTAAATCTCA---A-A----GAATCATAAAACA--T-TT-TT-GAC-C---------------------------A-A--------GT-TT--A---TGCCATTCA-AACATTTAAA--ACAAGACGAAAGAACAA-----------CACA--AACTC--AATTATCGGTCCTCTT-CATTCCCCCCATGTGTAAAGTC
gi|14 : cgtaTATGTCTGCGCATGCTCACACATTATAATCCATGATTAAGGGAGTCTTCGTTAGCAAACTAT-----TTAT-TAAAA-TGATTTTAAAGAAGTA-TTG------ATA-AT---AA-TT-GCTCAC-A-AAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----ACATCGTTACACA--T-TTATT-TAT-CTTA-----------GT---TT-T-TTTA-A-TA--TGTCT-TTTAG---TGCCATTCA-AACTTTCAAA--GTTA
gi|15 : taATTTTAAAGAAATA-TTG------ATATAT---TC-TT-GCTCA----GAAA-A---TG--CAC-------------A-C----AAATCGTAAAACA--T-TT-TT-GAT-CTAATTTAGCT----AT---GT-T-TT------A--TGCCA-TTTAA----ACC-TTCACAACATTTAAAACGAGACAAAAAA----AA-----------TAAA--TACTG--AATTGTCGGCCCTATC-CATT-CTTCCGTGTGCAAGGTTATTCGAATAAGCACAAATATAT
gi|16 : -TCA------ATACAT---TACTT-GCTCAG-A-AAAA-A------------AA--TTCACACA-T----AATTTGTATAATA--T-TT-TT-GAT-CT-----AG------G----------TTA-ACTA--TGTGT-TT--A---TGCCATTAA-AACATTTAAA--GCAAGACAAAA----CC-----------CACA--CTCTC--AATTGTCGATCCTTTT-CGTT-CACCCAT-------GTCATTTGATT-ATTACAAGTATATgg
gi|17 : ACAAAGGGAAATCTCGTTAATAAACGTT-----TTAT-CAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TCA------ATACAT---TACTT-GATCACAA-AAAA-A---CA--CACATAA--TTCA---A-C----GAATC
gi|18 : GTGT-TTTA----TACCATTCA-AACATTTAAA--G----ACAAAA----AG-----------CACA--TACTC--AGTTATCGATCCTTTC-CACT-CCC
gi|19 : ttaatttcgttacgaaatttaAAAA----AA-----------CACA--TACTC--AATTATTTGTCCTTTT-CATT-ACGCC-------------TCCGATT-ATCACAAGTATATTaaatg
gi|2 : gtttagctgcatgtattcattaaaaccagaagaGTATGTCTGATTATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAAGGAT-----TTAT-TAAAA-TAATTT----GAAGTAGTC-------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-GAAATAAATTGTTAAACA--T-TT-TT-TTTACTTATTCAGCT----GCG--TT-T-TTTA-A-TA--TGTGTGTTTAA---TGACATTCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT--ATT--CCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-A--ACAAGTATATT
gi|20 : cctagt--AATTATCAATCCTTTT-CCAT-CCTCTTTATGCAGGTTCATTCGAGT-ATCACAAATATATagccgcctcc
gi|21 : TGTCGGTCATTTT-CATT-CCACCGTGCACAAGGACATTCGAGT-AACACAAGTATTTTCcggcc
gi|22 : GCATGTCTGCGCATGCTCACACATAGTAgccgtc
gi|3 : ccctagtTCCGCGACAAAGGGATATTTTGTTAATAAACGTTAACTTTTAT-CAAAC-GAATTTTAAAGAAGTA-CCA------ATACAT---TACTT-GCTCAT---GAAA-A---TA--CGCGTAC--TTCA---A-C----GAATTGGAAAACA--T-TTATTGGAT-CTAATTTGACCAAGGAC---TTGTATGTA-AGTA--CTTGT-TTTAACTTTGTCATTCA-AATATTAAAA--GCAAGACAAAA----AAAACAACAACATCGCA--TACTT--AATTATCGGTCATTTT-CGTT-CCAACATATGCCAGGTCATTCGATT-ATCACACATATATT
gi|4 : aatGTATGTCTTCGCATGCTCAAACATAATACTCCACGATAAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAA-TGATTTTCAAGAAGTT-TTC------ATACAT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--C---TT---TTCA---A-G----AAATCGTTAATTT--T-TT-TT-TAT-CTTATTCAGCT----AC---GT-T-TTTA-A-TA--TGTAT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTTTCACAAAC----AA-----------CGCA--TACTC--AACTATCGG-CCCTTT-CATT-TCCCCATGGGCAAGGTCACTCGACT-AACATAAGTATATCCggcc
gi|5 : tagtGTATGTCTACGCATGCTCACACATAATAATCCACGATAAAGGGAAACTTCGTTAATAAACTAT-----TTAT-TAAAA-TAATTTCAAAGAAGTA-TTC------ATA-AT---TA-TT-GCTCAC-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAACA--T-TTATT-TAT-TTTATTCAGCT----GT---TT-T-TTTA-AGTA--TGTGT-TTTAAA--TGCCATGCA-AACATTCAAA--GTTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCCTTTT-CATT-CCCCCATGGGCAAGGTCACTCAACT-AACACAAGTATATTCgccg
gi|6 : TGTCTCCACATGCTCACACATAACAATCCACGATTAAGGGAGACTTCGTTAATAAACGAT-----TTAT-TAAAA-TAATTTTAAAGAAGTA-TTC------ATACAT---TA-TT-ACTCAC-A-GAAA-A---CT--CCGGTTA--TTCA---A-G----AAATCGTTAAACAT-T-TT-TT-TAT-CTTATTCAGCT----GCG--TT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AAC-TTTCAA--ATTACACAAAC----AA-----------CACA--TACTC--AACTATCGGTCC-TTT-CATT-CCCCCATGGACAAGGTCACTCGACT-AACACAAGTATATT
gi|7 : ctagGTATATCTGCGCATGCTCATACATAATAATTCACGATAAAGGGAGACATCACTCATAAACAAT-----TTATAAAAAA-TAATTTTAAAG-AGTA-TTC------ATACAT---TA-AT-GCTCAT-A-GAAA-A---CT--CAGGTTA--TTCA---A-G----AAATCTTTAAACA--TATT-TT-TAT-CTTATTCAGTT----GCGTTTT-T-TTTA-A-TA--TGTGT-TTTAA---TGCCATTCA-AACATTCAAA--GTT-------------A-----------CACA--TACTC--AACTATCAGTCCTTTT-CATT-CCCCCGTGGGCAAGGTCACTCAACT-AATAGAAa
gi|8 : cttatGATAAAGGGACACTTCGTAAATAAACGTT-----TTAT-CAAAA-GAATTTTAAAGCGGTG-TCA------ATACAT---TACTT-G-TTA--A-GAAA-A-------CACGTAG--GTCA---T-C----AAATC------------TT-TT-GAT-CTAGTTTAGCT----GT---TT------------------------A---TGTCATTCA-AACATTTAAA-----AC-----------A-----------CATA--TACGC--AATTATCGGTCTTTTC-CTTA-ACGTCATGTGCA
gi|8 : CCATGTGCA-GGTCATTCAAGT-ATCACAAGTGT-TTCgtgacataaaatttaattaggccacatccatgtgcaggtcattcaagtatcacaagtgtttcgccgcctcctggta
gi|9 : gataaagggacacttcgtaaataaacgttttatcaaaagaattttaaagcggtgtcaatacattacttgttaagaaaacacgtaggtcatcaaatcttttgatctagtttagctgtttatgtcattcaaacatttaaaacacatatacgcaattatcggtcttttccttaacgtcatgtgcagtgacataaaatttaattaggccacatTCCACGATAAAGGGAAACATCGTTGACTATCGTT-----TTAT-CGAAA-TAATTT-AAAGATGTA-TCG------ATATAT---TA-CTAGCTTA----GAAACA---TTA-CACGTTA--TTCA---ACG----AAGT-ATAATTCA--T-TT-TT-GAA-CT-----AGAT--------------TTC--------TGTGT-TTTTA---TGCCATTCA-AACATTTAAA--GGAAGACAAAA----AA-----------GCCA--TATTC--ATTTAACGGTTCTTTTACATT-ATCCCATGTGCCAGGTCATTCGAAT-ATTACCAATATAgccgcctcctggta