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consensus : NNNNNCCTCTGTTTTGANACTACAAGGCTTAATGTTCGACAGCTAACCATGCTANNTGATAG-TNTTTA-GTTCTACATATAGCACGT----CATT--TAA-----A--G----A--CACT-GGC---GGA---TT----A---AGGGG---G------C--C------GG--G----G-----G-TC-----CN-----NA--A---C-C--CC-A---TT---------C-----T---G---AG--AT-T--T-C------CC--G----AA-TA-T------T----A----A---A-----A-A----------A--------AG-GTA---C---------C-------C----AT-TT----C---AGTGAAAATGGTGAA-A-A-A---AT-AT------A---------T------ANCTG------------------C-----CAC-----------C---T--TGGAATTT-G-AGA----A--C---CTACTCTGA-GATTCTC----A-NAATCTGCA---TCATTGG------AT------C-CTC-CAC-CCCGACTG-AAANTCCTGGATCCAC
Reference ( gi|5 ) : TGACACCTATGCTTTAAAACTA---GGCTT---GTTCAATAGCCA-CCATATTAAGTAATTG-TATTTA-ATTTTACATATAACATG-----CATT--TGA-----A--G----A--CACT-GGT---GGA---TT----A---AGGGG---G------C--T------GG--G----G-----G-TC-----CT-----TA--A---C-C--CT-A---TT--------GC-----T---G---AG--AT-T--T-C------TC--A----AA-TA-T------T----A----A---A-----A-A----------A--------AG-ATA---C---------T-------C----AT-TT----T---AGTGAAAATGGTGAA-A-A-A---GT-AT------A---------T------AACTG------------------C-----TAT-----------C---T--TGGAATTT-G-AGA----A--C---TTACTCTGA-AATTCTC----A-CAATTTGCA---TCATTGG------AT------CACTCGCACATCTGACTG-GCATTCCTGGATCCAC
gi|6 : CCTCTGTTTTGACACT----GACTTAATGTTTGACAG------ATGTTAATTGATAAATAACTA-GTTTCACA-ATGGCACT-----C-TT--TAA----------------CACCAGGT---GGAACTTT----G---GGGGA---A------T--TTA----GA--G----G-----G-TCA----CA-----TG--GGCTC-C--AG-A---TT--------CCA----T---G---TA--AT-T--T-T------CT--G----AA-TA-T------T----A----A---A-----ACA----------A--------AG-GTA---C---------C-------T----ATATT----T---A-TGAAAATAGTGAA-A-A-A----T-AG------A---------A------AACAGGCAGTCC-----------C-----CA------------C---C--TGTAATTT-C-AGT----A------TTGCTCT-----CTC-C----A-TGATTTACA---CC
gi|4 : gaagAAAACTACAAAGTTT-----TCAAT-GCTAACCA-ACTATATGATTG-TGTTTA---CCTACA-ATAA-ATGTGCAACACTGGTGT-----A--A----A--TACT-GGT---AAA---------A---ATGGG---A------C--A------GG--G----G-----G-TC-----CA-----GACCA---C-T--TT-A---T-------------------------G--AT-T--T-C------CC--G----AA-TA-TC-----T----A----A---A-----A-A----------GTTACGTACAT-GTA---C---------C-------C----AC-AT----C---AGTGAAAATGGTCAG-A-A-AC--AT-AT------ACTT------T------GACTC------------------CAA---TAT-----------C---T--GCAAGATG-G-AGA----A--CCAATTATAATGA-GATTTTC----A-AAATCTG------CATTGT------A-------CA-TAGT-CATATGACTG-AAATTCTT-GATCCAC
gi|21 : ATAG-TTTTTACATTTTATTTATAGAATA-----TAGT--T------------------TACT-TGT---GGA---TT----A---AG------------------------------------------------------TA--G---T-T--CA-G---T----------C-----T---G---AG--AT-T--TACCTAAGATC--AACTGAA-TA-T------T----C----A---A-----A-A----------A--------AA-A-A---A---------T-------T----AT-TT----T---AGTGAAAATGGTG-A-A-A-A---GC-AT----------------T------TACTG------------------G-----TA------------C---T--TGGAaaattattttt
gi|23 : TCTACAT-CAGCATGTCT--CATT--TAATGAAAA--GTTA-A--CACT-ATTAAAGCA---TT----C---AGAGA---T------A--T------GG--G----G-----A-TTGT---CT-----AA--A---C-C--CTCACCCTT--------CC-----T---G---AG--AT-T--T-C------CT--A----AA-TATT------T----T----A---A-----T-A----------A--------AG-GTA---C---------T-------T----AT-TT----C---AGAGAAAATccatcacctgg
gi|2 : AACACC-----AATT--TAA-----ATGG----AACCACT-GGC---AGA---TTTA--A---AGGGG---G------A--T------AG--G----G-----GATC-----CA-----GA--C---C-C--CC-A---C----------C-----T---C---A---------T-C------TG--A----GA-TA-T------C----A----T---G-----A-A----------C--------TT-GT----C---------G-------C----CT-TT----C---AGTGAAAATGGTAAA-A-T-C---AT-AT------A---------TGCTTGGAACTT------------------CCCCCACAC-----------CTTAT--TGGAATTTGG-AGA----C--C---CCA--CTGA-GAT--TT----A-CAA-CTACA----CATTAGCCTGCCCT------CCCTCTC---CCTGGCTG-AAATTCCTGAATCTAC
gi|3 : tacacaatgccatttaaaatcattcactacgtacattattattatatccatttgtcacatttagatgtcctcacaaaaacacagacaatctaacaaagatttttttctgaATT--TGG-----A--GGGGTA--CAG--GGA---GGA---T-----------GGG---G------T--T------GG--G----G-----GGTT-----CC-----AG--A---C-C--CT-T---CTCACCCCCCAC-----C---A---TG--AT-T--C-C------T---G----AA-TA-T------T----C----A---A-----A-A----------A--------AG-GTA---C---------TGTATATAT----AT-TT----C---AGTGAAAATGAAAGA-A-A-A---AC-AT------G---------C------ACTTGAA----------------C-----TCTTCCTCAAACC-C---T--TGAAATTT-G-GGA----A--C---CCATTCTTA-GATTTTC----A-AAATCCACA---caat
gi|1 : gcaaggATT--T-------A--G----A--CA---GGT---GGA---TG----AC--AGGGG---G---------T------GG--GGAACG-----G-AC-----CT-----C-------C-C--CT----------------C-----T---G---AG--AT-T--T-C-------G--A----AA-TA-T------TC---A----A---A-----A-ATGCTGAGATTA--------AA-ATG---CTT-------T-------C----TT-TT----TC--AGTGGAAATTGTAAA-A-A-C---AT-GA------ACTTGGACCCC------AACCC------------------CTA---TAT-----------T---T--TGG---TT-G-GAT----A--C---C--CTCTGA-CAT--TT----A-CAAATTCCA---T-ATTGG------AC------C-C---CACCCCTGACAG-AAAATTCTAGAACCGCctaaaaccctgtccctaaaattgtaagtcctgaatccccctatacaccagtgttttttataagtcataaattcaatcttacagatcttaacattttaagtgttacaaaaatttaactttaaaca
gi|25 : tacagcaataacaaattaattttatgcaatgcatacaatgtacttatatagatgaaattgttattacacacgaaaatacatgaaccaacagaacaatataattgcttcattaccatgtaatgccaatggcgg--G----A--GACT-TGTA--GGA---TT----T---AGAGG----------C--T------GG--G----G--------C-----CC-----GA--A---T-C-----A---CT--------GCACCCCT---G---AG--GT-TCTT-T------TG--G----GA-TA-T------T----A----A---C-----A-A----------A--------GG--TA---C---------C-------T----AT-TA----A---CGTGAAAAAGACGAA-A-A-AC--TT-AT------A---------T------atataaatgcaatgcatagataaatgctaatcaatctacataaactttactttaaaca
gi|26 : cgctggc----A--CACT-GGC---GGA---TC----AGTTAGAGA---A------CGAC------GG--G----G-----G-TC------------TAG-A---C-C--CT----------------C-----T---G---AG--AT-T--T-C------CT--G----AA-TA-T------T----ATTAGA---AGGTGCA-A----------A--------AG-ATA---ttggatattgcca
gi|30 : --CACT-GGT---GCA---TT----T---AGAGG---G------A--TATGAATGG--G----G-----A-TC-----CG-----GA--A---C-CG-CT-AC--TT--------CC-----T---G---AG--GT-T--T-C------CT--G----AA-TA-TCT----T----A-------------------------------------------------------T-------T----AT-TT----C---AATGAAAATGaaaacataaacttggacccctcgccttggaactcggggatctctga
gi|10 : gACT-GGT---GGAA--TT----A---GAGGA---GTGAGAAC--T------GGAGG----G-----G-TC-----A-------G--A---C-C--CC-C---T----------C-----T---G---AG--AT-T--T-C------CG--A----GA-TA-T------T----A----A---G-----A-A----------A--------CT-GTA---C---------C-------C----AT-TT----C---TGTGAAAATGATGAA-A-A-A---caagtccctcttgg
gi|17 : ACT-GGT---GGA---TTCAT-A---AAGGG---G------C--C------AA--G----C-----G-CCAAAC-CC-----CAT-A---C-C--CT-A---TTTG------GCCCCC-T---G---AG--AT-T--TCC------TG--A----AA-T--T------T----A----A---A-----G-A----------A--------AT-GTA---C---------C-------T----AT-TT----C---AGTT-AAATGGCGAA-A-A-A----T-AT------A---------T------Acaatggatactccgatgctgtcataaggctttttaaagatccagcatatgcacacaggcagttacagtaataatccttgggtaacaattattttt
gi|8 : ACT-GGC---GGA---TT----A---AGAGGTAAG----------------AG--A----G-----G-TC-----TG-----GA--A---CGC--CC-A--------------C-----C---G---AACCAT-A--T-C------CA--A----AA-AA-T------T----A----ATATA-----A-A----------A--------AA-GTA---C---------C-------T----AT-TT----C---AGTGAAAATTGT--A-A-A-A---TTCAT------G---------T------ACTTG------------------A------AC-----------C---T--T---ATTT-T-TAC----C--C---CTACTTTGA-GATTCAC----A-AAAT---CC---TTATTGG------AC------C-C---CAC-CCCGATTG-GAAAGTCTGAATCTActttgaagcccctccctctccctcgcttggattttgggaaccttgtataagattttt
gi|7 : tttaaaacaccatgtACT-GAC---AGA---TTTAGGG---AGGGG---G------T--C------GA--T----G-----G-TCTGAACCC-----CA--A---C-CT-CC-A---TT--------TC-----C---GGAGAG--AT-T--T-T------TTCTA----AA-TA-T------A----G----A---A-----A-A----------AT-------AG-GTA---A---------T------------AT-TT----C---AGTGA-AATGGTTAATA-A-A---AT-ATCCTTGGA---------C-------ACTA------------------C-----TACCAATCCTAGTGC---T--TGGAATTT-G-GGG----A--C---ATTCTCTAA-GAGTTGC----A-AAA--TGCA--------AA------AT------C-----CACAT-TG-CTG-G-ATTCC
gi|16 : ACT-GGC---AGA---TT----A---AGAGA---GGGTA--C--A------GG--G----GTTCAGA-TC-----CT-----GC--A---C-C--CC-C---CT--------GTAT---T---A---AG--AT-A--T-T------TT--A----AACTT-T------T----T----A---A-----A-A----------A--------AG-ATG-------------T-------CTATAAT-TT----C---TGTGAAAATGGT-AA-A-A-A---GC-GT-----------------------------------------------------------------------------ACTT-G-AAG----A--C---TCCTTCGGAGAATGTAC----A-TAATCTGC----TC--TGG------AT-----------GTACCT-TGTCTGAACATT-CTGGATCCA
gi|15 : -GGC---GGA---TTTA--G---AGGAG---A------A--A------GG--T----G-----G-TC------------TAG-A---C-G--AC-A---TT--------CC-----TT--G---GG--AT-T--T-C------T---A----AA-TA-T------T----G----A---A-----A-A----------C--------A---TC---T---------T-------C----ATGTT----TG--AGTGAAAATTATG---A-A-A---GT-AT-------------------------TTG------------------C-------------------C---T----AAATTT-GCACACCCCA--C---CCGCTCTGA-GAT--TA----A-CAAATTGCG----CAGTAA------AC------CTCTTTCAC-TCCGACTG-AAAATCTTAGACCC
gi|9 : -GGT---GGG---TT----T---CGAGG---A------C--A------AG--G----A-----G-TC-----AG-----GA--A---C-CACCC-A---TT--------GT-----C-----------AT-T--T-C------CT--G----AA-CA-TAGTTACT----A----G---A-----A-A----------T--------GG-GTA---C---------A-------C----AT-TT----C---AGTGAAATTAGCGAA-A-ATA---AT-GTACTTGGA---------C------ATCTC------------------C-----TTC-----------C---T--TGGAATTT-G-GGA-----------T--CCCTG----TCCTCGTCTA-ATATTTATAACCTCGCTGG------CT--------CCCG-----CTGATTA-TAACTCCTGGACCCACgact
gi|20 : aT---GGA---CT----A---GAGGG---A------C---------AG--G----G-----G-TC-----CTATGTCCA--GGC-C-C--CT----------------C-----T---T---AG--AT-T--T-C------CA--A----AA-TA-C------TCAAAA----A---A-----ATA----------A--------AG-CTA---C---------C-------T----GG-TT----C---AGTGAAAATGATGAA-A-A-A---cc
gi|28 : atc---GGA---TT----A---AGAGGTGAG------G--T------GG--GACCAG-----G-TT-----CA-----AA--A---C-C--CA-A---AC--------TC-----C---A---AG--AT-T--T--------TC--C----TA-TA-G------T----A----ATATA-----A-A----------A--------AG-GTA---C---------C-------T----GC-TT----C---AGTGcacaaacgtgaacctaaccccttcggaagatgttgggcaattgataaataggacatttt
gi|34 : tttaaatatcaactgtatcgcc--G----A-----G-TC-----C-------A--G---A-C--CC-A---T----------C-----T---G---AG--AT-T--T-C------CC--A----AA-TA-T------T----C----A---A-----ATA----------A--------AC-AT
gi|12 : a---C-C--CT-A---TTCCG-----GT-----TTTAG---AG--AT-T--T-C------CT--G----AA-TA-T------T----A----A---A-----A-A----------A--------AA-GAA---------------------C----AT-TT----TTTAAACGAAAATAGTGAA-AGA-A---ATCAT------A---------T------AGTTGAACCTCTCAATC------C-----CAC-----------C---T--TTGAATTT-G-AAC----A--G---TT-CTCTAG-GATGC-C----ATCAATCCACAC--TCAT--G------ATCCGCCCCATCCTTACACCCAAATG-AAAATTCTAGATCCACcttgaatcccactttaatttggggacctcagagattt
gi|42 : C-----T---G---AG--AT-T--T-C------TA--A----AA-TA-T------T----AC---A---A-----A-A----------A--------AA-ACAACCT---------T-------C----CT-TT----TTC-CGTGAAAATGGTGAA-A-ata
gi|22 : ccactccaC-----T---G---AG--AT-T--T-C-------C--T----AA-TA-T------T----A----A---A-----A-C----------T--------GG-GCA---C-----------------------------------AGTGAAAATGGTGAA-A-A-A---AA-TT------A---------T------ACTTGGACCCCACCCCCACAATCC-----TAT-----------C------TGAAATTTAG-AGA----ATCT---TTAC---AA-AATTCAC----A-
gi|13 : ct-----T---G---AG--ATAT--T-C------T---G----AG-TA-C------T----G----A---A-----A-A----------A--------AGGATA---CAAAAATGCAT-------CCT--AT-TT----C---AATGAAAATGGTGAA-A-A-A----C-AT------A---------T------ACTTGGAC---------------C-----CAG-----------C---T--TG---TTT-G-ttagagtctccgactgaa
gi|27 : gacccatccactccatggaca--AT-T--T-T------TC--C----AT-TA-T------C----A----A---A-----A-A----------A--------AG-ATA---CCTA------T-------T----AT-TTCTGAC---AGTGAAAATGGTGAA-A-A-G---CT--T------A---------T------GGTTG------------------CG----CAT-----------C---TACTGAAATgcacaaatagacttagagatttatagaaatcctcactagacaccaccaaacaaactctgcatcccacccatacac
gi|43 : acttatggatttagagtggggtaacagggaccagaacaccatA-TA-C------T----G----A---A-----G-A----------A--------AT-GTA---T---------A-------C----AT-TT----C---AGTGAAAATGGTGAA-A-A-A---CT--T------G---------T------AACTG------------------
gi|36 : A-T------T----C----A---A-----A-A----------A--------AT-GTA---C---------C-------T----AC-TT----C---AGTGAAAATAGTGAA-ATATA---AT-AT------A---------T------ACTTGGACCCAA-----------C-----TAC-----------C---T--TGAGCTTT-G-CGA----A--gacc
gi|40 : aaT-TT----C---AGTGAAAATGGTGAT-A-A-ATATAT-AT------A---------C------ACCCA------------------C-----CAG-----------C---C--TAGAATTT-GAAGA----C--C---CTA-TATGA-GATTa
gi|32 : T-TT----C---AGTGAAAATGGT-CA-A-A-A---CC-AT------A---------TCCTTGAAATTC------------------C-----AAC-----------C---A--TAGAATTT-T-GGA----A--C---ACTCTCTGA-AATTaatac
17 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CACTGGCAGATTCAGAGGAGGAAATGGGGGTTCCCCTTCCTCAGATTTCCTCTACCAATTTCAGAGAAAATATTGAGAAACATTTACTTGGACCCCTTTCCAACTCTGAAATATAGGGGATCTCACTCAGAGATAAACAAAATTTACATAGGATTTGCCCCCTTTCTCCTCTGACAAATAATCCTGATCCCCA
Unaligned ( gi|14 ): GGTAGATTTAGATGGGGACAGGAAATGCACGTATAACTCATGTTCATTTTCCTGGATATTAAACGGTACATATTTCAGTGAAATAATGATAATTGTATACAAATATTTGTACACCCTCTGGATTTGGTGAACTCCTCTTAATTCATAAGATTAACACCTGACACCTTGACAGAACATTCTGGATTCAC
Unaligned ( gi|18 ): ATACAGTCAATGACATGGTAGTCTTGTAATTCAGATACACAGCAATGTCAGCTACATGACTTTACAGATTTCCAGATCTCAGTTGTTATACTTACATTGTCCAGAATGCCACACACAAGCCTACAGGGGAGATAATATTCCATTGGTTTAGTAATGATACAATTA
Unaligned ( gi|19 ): CCACTGGCAGATTTAGATGGAGGAATTAGGTTTCGACATCTCCCTGTGATTTCCTGAATGTATTTCAGTGAAAATATAAACTTGGAACCCCTACCCAACCACCACTCTGGAAATTAGGGACTCCTTCGGAGATTTACAAACTCTGCTTTGGACCCCCAACCC
Unaligned ( gi|24 ): AATCAATCTACAAAGGGTCTATTTCTGTGAAAATGGGGGGAAAAACGTACTTGGACCCTACCTCCACCACCAGCAACAATGGAATTAAGGGACTTTGAGATTCACAAAATCCACATTGGTCCCTCTCCCCG
Unaligned ( gi|29 ): ATCAGGGCAAGGACAGGAGCTCCAGTGGACCCTTCTGAGATTTAAAAAAAACAACTGTAAAACTTAAAAAGTAAATTTACCAATTTCAGTAAAAATTGTGAAAAACA
Unaligned ( gi|31 ): ATTTAGAGGATGCGGACCCCACACACCCCATTTTCAAAATTTCCAGAATATCAAAAATAAAGGTACATATATATATATTTTAGTGACAAACAGAGAAA
Unaligned ( gi|33 ): GTATATATATCATTGTAAATGTGAAAAATATGTTATTGAAACCTCCCCCTTCTCCCTGGAATTTGGGGAACTTACATGAGGTT
Unaligned ( gi|35 ): ATCCAGTGGCGGATTTAGAGGGGATGAGGGATCCTGACCTCCCTTACGATATATTTTGAAACCCCTGCCCTTTCAGTTAAGA
Unaligned ( gi|37 ): TTTTTTTTAGTGGAAAGTTAAAATACATGTACTTGGACCCAACCCTCCTGGTGTTTTAGGACATCGTCTGAAATATGCAAA
Unaligned ( gi|38 ): TATAAATTATGTTAATACTTCCTGAATATTGAAATAATGTGCTTATTTCAGTGAAATAATGAATATATGTACAAATG
Unaligned ( gi|39 ): GAACCACTGATTGGATTGTCAGAAACAATGGCAGATTTAAAGAGGGATAGGCGTTCACCGTCCCTCATCCAGATA
Unaligned ( gi|41 ): ATACACTGGCGGATTTAGAAAAGTGGACAATTGGTCTGGATTTTACTGGATTTCCTGAATATTGAAAAG
Unaligned ( gi|44 ): GATCCTCATCTGAGATTTCCAAAATATTAAAGAAAACTGTACCTGTTTC
Unaligned ( gi|45 ): GGGATAACCTCTGAGATTTACGAACTCTGCATTTGACCCCCAACCTA
Unaligned ( gi|46 ): AATTGTAGTAATGTAAAGATATAACCAAACAACGAATTGATACATA
Unaligned ( gi|47 ): GACCCCCTGAGATTTACTGAATATTAAAAAAAGTATCTATTTC
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gi|21 : atctATAG-TTTTTACATTTTATTTATAGAATAT----A--GTT--TA--------------------CTT-----GTGGA-TT-----A---AG---TAG---T------T--CA---G----------------TC-----TGA--G------AT------------T----TAC-----C--T-AA-----------G--A----TC--A--------A--CTG-AA-TA-T------TCA--A-A---AA--A----------A--------AA--A-T--------------------------TAT---T-----T--T---AGTGA-A--AATGGTG-------A-A-A-A---GC--AT------T---------T------A---CT----G------------G-----T-A-----------------C---T-------TGGAcacaaacgtgaacctaaccccttcggaagatgttgggcaattgataaataggacatttt
gi|22 : ----T-------C--T-GA-----------G--A----TT--T--------C--CT--AA-TA-T------T----A-A---AA--C----------T--------GG--G-CA-----C--------------------------------------AGTGA-A--AATGGTGA------A-A-A-A---AA--TT------A---------T------A--CTT----GGACC--------C-----C-AC--C-------------C---C-------CACAAT-------------------C-C---T-A----TCTGAAA-TT------T-A-GA-GAATCTTTA-CAAAATTCACATTAG---A--GT-C------T------------CC---GACTGAAccatcacctgg
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gi|25 : aatcaatctacGGA-TT-----T---AG---AGG-------------CT---G--G----G------G-CC-----CGA--ATC----AC-T--G-CA----C----C-------CC-T-GA-----------G--G----TTCTT--------T--TGG-GA-TA-T------T----A-A---CA--A----------A---------G--G-TA-----C-----------C-------TAT---T-----A--A---CGTGA-A--AAAGACGA------A-A-A-A---CT---T------A---------T------A--TTT----G------------
gi|26 : cgctggcgagacttgta-----A--CACTG-----GCGGA-TC-----AGTTAG---AGA---A------CGACG---G--G----G------G-TC-----TAG--A---------C--C-C----------T-------C--T-GA-----------G--A----TT--T--------C--CTG-AA-TA-T------T----A-T---TA--G----------A--------AG--G-TG-----C------------------------------------------A-A--AA-GAT--------A-A-A-A---AC--AT------A---------A------A--CTT----GGACCCC------T-----C-G---C-------------C---T-------TGGAAC-TC-G---G---GG----AT--------C---TCTGAgatattgcca
gi|27 : ACTT-----ATGGA-TT-----T---AGAGTGGG---G------TAACA---G--G----G------A--C-----CAG--A------AC-A--C-CA----T---------------------------------A----TT--T--------T--TCC-AT-TA-T------C----A-A---AA--A----------A--------AG--A-TA-----C-----------C-------TAT---TATTTCTGAC---AGTGA-A--AATGGTGA------A-A-A-G---CT---T------A---------T------G--GTT----G------------CG----C-A---T-------------C---TAC-----TGAAAT-
gi|28 : CGGA-TT-----A---AG---AGGTGAG------G--TG---G--GACCAG------G-TT-----CAA--A------AC-C--C-AAA---C----T-------C--C-AA-----------G--A----TT--T--------T--CCT-A--TA-G------T----A-ATATAA--A----------A--------AG--G-TA-----C-----------C-------TGC---T-----T--C---AGTG
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gi|31 : gcaaggatttggaggggtacagC-----CAC--AC-----AC-C--C-CA----T----T-------T--TCAA-----------A--A----TT--T--------C--CAG-AA-TA-T------C----A-A---AAATA----------A--------AG--G-TA-----CATATATAT---A-------TAT---T-----T--T---AGTGACA--AACAGAGA------A-A-ccctatacaccagtgttttttataagtcataaattcaatcttacagatcttaacattttaagtgttacaaaaatttaactttaaaca
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gi|38 : aa--A----CT--T--------C--CTG-AA-TA-T------T----G-A---AA--T----------A--------AT--G-TG-----C-----------T-------TAT---T-----T--C---AGTG--A--AATAATGA------A-T-A-T---AT--GT------A---------C------A--AAT----G------------a
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gi|40 : aT---T-----T--C---AGTGA-A--AATGGTGA------T-A-A-ATATAT--AT------A---------C------A--CCC----A------------C-----C-A---G-------------C---C-------TAGAAT-TT-GA--A---GA----CC-C---T-A----TATGAGA-TT------aaattattttt
gi|41 : -----A--CACTG-----GCGGA-TTTAGAAA---AG---TGG---A------C--AA---T--T----G------G-TC-----TGG--A--------------------T----TTTA----C--T-G------------G--A----TT--T--------C--CTG-AA-TA-T------T----G-A---AA--A----------aatac
gi|42 : at------AC-T--C-CA-----------------C--T-GA-----------G--A----TT--T--------C--TAA-AA-TA-T------T----ACA---AA--A----------A--------AA--A-CAACCTTC-----------C-------TTT---T-----T--C---CGTGA-A--AATGGTGA------A-A-g
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gi|44 : C-C--T-CA----T------------C--T-GA-----------G--A----TT--T--------C--CAA-AA-TA-T------T----A-A---AG--A----------A--------AACTG-TA-----C-----------C-------TGT---T-----T--C---gacc
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gi|5 : gCCTATGCTTTAAAACTA---GGCTT---GTTCAATAGCCA-CCATATTAAGTAATTG-TATTTA-ATTTTACATATAACATG-----C--ATT--TGA-----A--G-----A--CACTG-----GTGGA-TT-----A---AG---GGG---G------C--TG---G--G----G------G-TC-----CTT--A------AC-C--C-TA----T----TG------C--T-GA-----------G--A----TT--T--------C--TCA-AA-TA-T------T----A-A---AA--A----------A--------AG--A-TA-----C-----------T-------CAT---T-----T--T---AGTGA-A--AATGGTGA------A-A-A-A---GT--AT------A---------T------A--ACT----G------------C-----T-A---T-------------C---T-------TGGAAT-TT-G---A---GA----AC-T---T-AC---TCTGAAA-TT------C-T-CA-CAATTTGCA-T--------CATTGG---A--TCAC------TCGC--A---CATCT---GACTGGCATTCCTGGATCCAC
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12 : -G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AA--G-A-A-----CA----------T-------TTT---T-----T--AAACGA-A--AATAGTGA------A---AG----A--A---ATC-A--T------A---------T-------AG--TT----GAACCTCTCAATCC-C-A---C-------------C-----T-------T-TGA--AT----TT---------GA----ACAG---T-TC---TCTAGG-A-----------TGCC-ATCAATCCACACT--CAT--G---AT-C-CGCCCCATC---CTTA---CACCC---AAATGAAAATTCTAGATCCACcca
gi|13 : ccctattccggtttta--T-G---AG--ATAT--------T--CT--G-AG-TA--C------T----G-A---AA-A----------A--------AG--GAT-A-----CAAAAATGCATCC-------TAT---T-----T--CAATGA-A--AATGGTG-------A---A-----A--A---AC--A--T------A---------T-------AC--TT----GGAC---------C-C-A---G-------------C-----T-------T-G-----T----TT-G---GCACAA----AT-A---G-AC---TTAGAG-A---TT------TATAGA--AATCC----T--CACTAG---ACAC-C------AC---C--A-----------AAC--AAACT-CTGCATCCata
gi|14 : gacccatccactccatggacaG-----GTAGA-T---TTA---GAT------------GG----G---GA----C------A---------G-----G-----AAATG--CAC--------GT--AT-------AA-C--TC--A--------T--------------G---T--T-C---AT---TTT--------C--CT--G-GA-TA--T------T----A-A---AC----------------------G--G-T-A-----C-----------A-------TAT---T-----T--CAGTGA-AATAATGATAATTGTATA---C-----A--A---AT--ATTT------G---------T-------AC--------A------------C-C-----C-------------T-----C-------T-GG---AT----TT-G---GT--GA----A--C---T-CC---TCTTA--A---TT------CATA-A--GATTAACA-C--C--TGA--------------------C--A---C-CTT---GACAGAACATTCTGGATTCACcacccatacac
gi|15 : G-----GCGGA-T---TTA---G--------------AG----GA--GA----A------A---------G-----GT----G---G--TCT--------AG--A---------C-G--AC--A--------T--------------T---CCTT-G---GG--ATTT--------C---T--A-AA-TA--T------T----G-A---AA-A----------C--------AT--C-T-T-----C-----------A-------TGT---T-----T--GAGTGA-A--AATTATG-----------A-----A--A---GT--A--T------T---------T-------GC--CT--------------------------------------------------------AA--AT----TT-GC--A---CACCCCAC-C---C-GC---TCTGAG-A---TT------AACA-A--ATTGCGCA-G--TA-------AA-C-C------TCTTTC--A---C-TCC---GACTGAAAATCTTAGACCC
gi|16 : ACTG-----GCAGA-T---TAA---GAGA-----------GG----G---TA----C------A---------G-----G-----G---G--TTC--------AG--ATCCTGC--AC-C--CC--C--------C--------------TGTAT--T-A---AG--ATAT--------T--TT--A-AACTT--T------T----T-A---AA-A----------A--------AG--A-T-G-----T-----------C-------TATAATT-----T--CTGTGA-A--AATGGT-A------A---A-----A--A---GC--G--T------A--------------------------------------------------------------C-----T-------T-GAAG-AC----T-----------------C-C---T------TCGGAGAA---TG------TACA-T--AATCTGC--T--C--TGG---A-----------TG---T--A---C-CTT---GTCTGAACATTCTGGATCCAgact
gi|17 : ACTG-----GTGGA-T---TCATAAA--------------GG----G---GC----C------A---------A-----G-----C---G--CC----------A--A--------AC-C--CC--A--------TACCCTATTTGGCCCC---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-AT--T------T----A-A---AG-A----------A--------AT--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTT--A--AATGGCG-------A---A-----A--A---AT--A--T------A---------T-------AC--TTTGAAG------------C-C-C---CTCCCTCTCCCTCGC-----T-------T-GGA--TT----TT-G---G---GA----AC-C---T-TG---TATAAG-A---TT------T
gi|19 : --CACTG-----GCAGA-T---TTA---G--------------AT----G---GA-----------G---------GAATTAG-----G---T--TTC--------GA--C--------AT-C--TC--------------------------C---C--T-G---TG--ATTT--------C--CT--G-AA-TG--T---------------------------------------------------------------------------AT---T-----T--CAGTGA-A--AATA-TAA------ACTTG-----G--A---AC--C--C------C---------T-------AC--CC----AACCA--------C-C-A---C-------------T-----C-------T-GGA--AA----TT-A---G---GG----AC-T---C-CT---TCGGAG-A---TT------TACA-A--ACTCTGC--T----TTGG---AC-C-C------CC---A--A---C-CCtt
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gi|20 : tacacaatgccatttaaaatcattcactacgtacattattattatatccatttgtcacatttagatgtcctcacaaaaacacagacaatctaacaaagatttttttctgaaacaccaTA---G--------------AG----G---GA----C------A---------G-----G-----G---G--TCCTATGTCCAGG------------C-C--CC--------------------------T---C--T-T---AG--ATTT--------C--CA--A-AA-TA--C------TCAAAA-A---AATA----------A--------AG--C-T-A-----C-----------C-------TGG---T-----T--CAGTGA-A--AATGATGA------A---AAACACA--A---AC--G--T------G---------A-------AC--CT----A------------A-C-C---C-------------C-----T-------TCGGAAGATG---TT-G---G---Gcaat
gi|21 : atctggacATAG-TTTTTACATTTTATTTATAGAATAT----A--GTT--TA--------------------CTT-----GTGGA-T---TAA---G--------------TA----G---TT----C------A---------G------------------TCT--------GA--G--------AT-----------------T--------------TAC-C--T-A---AG--ATCA--------A--CT--G-AA-TA--T------TCA--A-A---AA-A----------A--------AA--A-T---------------------------TAT---T-----T--TAGTGA-A--AATGGTG-------A---A-----A--A---GC--A--T------T---------T-------A---CT----G------------G-T-A-----------------C-----T-------T-GGA--caattgataaataggacatttt
gi|22 : --------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT----AA-TA--T------T----A-A---AA-C----------T--------GG--G-C-A-----C-----------------------------------AGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---AA--T--T------A---------T-------AC--TT----GGACC--------C-C-AC--C-------------C-----C-------C-ACA--ATCCTATC-T---G---AA----AT-T---T-A-------GAG-AATCTT------TACA-A--AATTCA------CATTAG---AG-T-C------T--------------CC---GACTGAAccatcacctgg
gi|23 : cTCTACAT-CAGCATGT----CTCATT--TAATGAAAA--GTTA--A--CACTATTAAAGC--A-T---TCA---G--------------AG----A---TA----T------G---------G-----G-----GATTG--TCT--------AA--A--------CC-C--TC--ACCCT----T--------------C---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--A-AA-TA--T------T----T-T---AATA----------A--------AG--G-T-A-----C-----------T-------TAT---T-----T--CAGAGA-A--AAT
gi|24 : A-A----------A--------GG--G-T-------------------C-------TAT---T-----T--CTGTGA-A--AATGGGGGG-----A---A-----A--A---AC--G--T------ACTTGGACCCT-------AC--CTCC--A------------C-C-A---C-------------C-----AGCAACAAT-GGA--AT----TA-A---G---GG----AC-T---T--------TGAG-A---TT------CACA-A--AATCCA------CATTGG---TC-C-C------TC---T------C-CCC---G
gi|25 : aatcaatctacGGA-T---TTA---G--------------AG----G---------C------T---------G-----G-----G---G--CCC--------GA--ATC------AC-T--GC--A--------C--------------C---CC-T-G---AG--GTTC--------T--TTTGG-GA-TA--T------T----A-A---CA-A----------A---------G--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----A--ACGTGA-A--AAAGACGA------A---A-----A--A---CT-----T------A---------T-------AT--TT----G------------
gi|26 : cgctggcgagacttgta-----A--CACTG-----GCGGA-TCAGTTA---G--------------AG----AAC-GA----C------G---------G-----G-----G---G--TCT--------AG--A-----------C--CC--------------------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-T---TA-G----------A--------AG--G-T-G-----C---------------------------------------A-A--AA-GAT--------A---A-----A--A---AC--A--T------A---------A-------AC--TT----GGACCCC------T-C-G---C-------------C-----T-------T-GGA--AC----TC-G---G---GG----AT--------C---TCTGAgatattgcca
gi|27 : ACTT-----ATGGA-T---TTA---GAGT-----------GG----G---GTAA--C------A---------G-----G-----G---A---CC--------AG--A--------AC-A--CC--A--------T--------------A---T--T----------TTT--------C--C-----AT-TA--T------C----A-A---AA-A----------A--------AG--A-T-A-----C-----------C-------TAT---TATTTCTGACAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--G---CT-----T------A---------T-------GG--TT----G------------CGC-A---T-------------C-----TAC-----T-GAA--AT----
gi|28 : CGGA-T---TAA---G--------------AG----GTGAGG----T------G---------G-----GACCA-G---G--TTC--------AA--A--------AC-C--CA--AA-------C--------------T---C--C-A---AG--ATTTT-------C--CT--ATAG-TA--A------T----A-T---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TGC---T-----T--CAGTG
gi|29 : tttaaatatcaactgtatcgc---TCA---G--------------GGCAA-G---GA----C------A---------G-----G-----A---GC-TCC--------AGTGG--------AC-C--C------------T--------------T---C--T-G---AG--ATTTAAAAAAAACAACT--GTAA-AAC-T------T----A-A---AA-AGTA-------A--------AT--T-T-A-----C-----------C-------AAT---T-----T--CAGTAA-A--AATTGTGA------A---A-----A--A---
gi|3 : aG-----GAGGA-T------------------------GG----G---GT----T------G---------G-----G-----G---GGTTCC--------AG--ACCCTTCTCAC-C--CCCCA--------C--------------C---A--T-G---A-----TT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----C-A---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------TGTATATATAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGAAAG------A---A-----A--A---AC--A--T------G---------C-------AC--TT----GAACTCTTCC---T-C-AAACC-------------C-----T-------T-GAA--AT----TT-G---G---GA----AC-C---C-AT---TCTTAG-A---TT------TTCA-A--AATCCACA-C--TA--AA---AC-C-C------T-------G---T-CCCTAAAATTGTAAGTCCTGAATCCca
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-572 ) : NNNNNCCTNTGCTTTGANACTAGGCTTAATGTTCGATAGCCA-CCATATTAANTGATNG-TATTTA-ATTTTACATATAGCATGT----C--ATT--TAA-----A--G-----A--CACTG-----GCGGA-T---TTA---G--------------GG----G---GN----C------G---------G-----G-----G---G--TCC--------GG--A--------AC-C--CC--A--------T--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---AT--A--T------A---------T-------AC--CT----G------------C-C-A---C-------------C-----T-------T-GGA--AT----TT-G---G---GA----AC-C---T-AC---TCTGAG-A---TT------TACA-A--AATCCGCA-T--CATTGG---AC-C-C------TC---C--A---C-CCC---GACTGAAANTCCTGGATCCAC
gi|1 : ----C--ATG--TAA-----T--G-----C--CAATG-----GCGGA-T---TTA---GACAGGTGGATGACAGG----G---GG----T------G---------G-----G-----G---A---AC--------GG--A--------CC-T--CC--C--------C--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C------G-AAATA--T------TC---A-A---AA-ATGCTGAGATTA--------AA--A-T-G-----CTTT--------C-------TTT---T-----T--CAGTGG-A--AATTGT--------A---A-----A--A---AC--A--T------G---------A-------AC--TT----GGACC--------C-C-AAC-C-------------C-----C-------T-ATA--TT----TT-GGTTG---GAT---AC-C------C---TCTGAC-A---TT------TACA-A--ATTC--CA-T---ATTGG---AC-C---------C---C--A---C-CCCT--GACAGAAAATTCTAGAACCGC
gi|10 : tacagcaataacaaattaattttatgcaatgcatacaatgtacttatatagatgaaattgttattacacacgaaaatacatgaaccaacagaacaatataattgcttcattacACTG-----GTGGA-A---TTA---G--------------AG----G---AG----T------GAGAACTGGAG-----G-----G---G--TCA--------G------------AC-C--CC-----------C--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CG--A-GA-TA--T------T----A-A---GA-A----------A--------CT--G-T-A-----C-----------C-------CAT---T-----T--CTGTGA-A--AATGATGA------A---A-----AACA---AT--G--G------A---------T-------AC--atataaatgcaatgcatagataaatgctaatcaatctacataaactttactttaaaca
gi|11 : --CACTG-----GCAGA-T---TCA---G--------------AG----G---AGGAAAT------G---------G-----G-----G---G--TTC------------------------C--CC--T--------T--------------C---C--T-C---AG--ATTT--------C--CT--C-------------------------------------------------------T-A-----C-----------C-------AAT---T-----T--CAGAGA-A--AATATTG-------A---G-----A--A---AC--A--T------T---------T-------AC--TT----GGACCCCTTT---C-C-A---A-------------C-----TC------T-GAA--ATA---TA-G---G---GG----AT-C---TCAC---TCAGAG-A---TA------AACA-A--AATTTACA-TAGGATTTG---CC-C-CCTT---TC---T--C---C-TCT---GACAAATAATCCT-GATCCtccgatgctgtcataaggctttttaaagatccagcatatgcacacaggcagttacagtaataatccttgggtaacaattattttt
gi|12 : -G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AA--G-A-A-----CA----------T-------TTT---T-----T--AAACGA-A--AATAGTGA------A---AG----A--A---ATC-A--T------A---------T-------AG--TT----GAACCTCTCAATCC-C-A---C-------------C-----T-------T-TGA--AT----TT---------GA----ACAG---T-TC---TCTAGG-A-----------TGCC-ATCAATCCACACT--CAT--G---AT-C-CGCCCCATC---CTTA---CACCC---AAATGAAAATTCTAGATCCACcca
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gi|15 : G-----GCGGA-T---TTA---G--------------AG----GA--GA----A------A---------G-----GT----G---G--TCT--------AG--A---------C-G--AC--A--------T--------------T---CCTT-G---GG--ATTT--------C---T--A-AA-TA--T------T----G-A---AA-A----------C--------AT--C-T-T-----C-----------A-------TGT---T-----T--GAGTGA-A--AATTATG-----------A-----A--A---GT--A--T------T---------T-------GC--CT--------------------------------------------------------AA--AT----TT-GC--A---CACCCCAC-C---C-GC---TCTGAG-A---TT------AACA-A--ATTGCGCA-G--TA-------AA-C-C------TCTTTC--A---C-TCC---GACTGAAAATCTTAGACCC
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gi|17 : ACTG-----GTGGA-T---TCATAAA--------------GG----G---GC----C------A---------A-----G-----C---G--CC----------A--A--------AC-C--CC--A--------TACCCTATTTGGCCCC---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-AT--T------T----A-A---AG-A----------A--------AT--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTT--A--AATGGCG-------A---A-----A--A---AT--A--T------A---------T-------AC--TTTGAAG------------C-C-C---CTCCCTCTCCCTCGC-----T-------T-GGA--TT----TT-G---G---GA----AC-C---T-TG---TATAAG-A---TT------T
gi|19 : --CACTG-----GCAGA-T---TTA---G--------------AT----G---GA-----------G---------GAATTAG-----G---T--TTC--------GA--C--------AT-C--TC--------------------------C---C--T-G---TG--ATTT--------C--CT--G-AA-TG--T---------------------------------------------------------------------------AT---T-----T--CAGTGA-A--AATA-TAA------ACTTG-----G--A---AC--C--C------C---------T-------AC--CC----AACCA--------C-C-A---C-------------T-----C-------T-GGA--AA----TT-A---G---GG----AC-T---C-CT---TCGGAG-A---TT------TACA-A--ACTCTGC--T----TTGG---AC-C-C------CC---A--A---C-CCtt
gi|2 : c--ATT--TAA-----ATGG-----AACCACTG-----GCAGA-T---TTAAA-G--------------GG----G---GA----T------A---------G-----G-----G---GA-TCC--------AG--A--------CC-C--CC--A--------CCTCA----------T---C--T-G---AG--ATAT--------C--AT--G-AA-C---T------T-------------------------------------G-TCG-----C-----------C-------T-----T-----T--CAGTGA-A--AATGGTAA------A---A-----T--C---AT--A--T------A---------T-------GC--TT----GGAACTTCCC---C-C-A---CA------------CCTTA-T-------T-GGA--AT----TT-G---G---AG----AC-C---C--C---ACTGAG-A---TT------TACA-A-----CTACA----CATTAGCCTGC-C-C------TC---C--CTCTC-CCT---GGCTGAAATTCCTGAATCTAC
gi|20 : tacacaatgccatttaaaatcattcactacgtacattattattatatccatttgtcacatttagatgtcctcacaaaaacacagacaatctaacaaagatttttttctgaaacaccaTA---G--------------AG----G---GA----C------A---------G-----G-----G---G--TCCTATGTCCAGG------------C-C--CC--------------------------T---C--T-T---AG--ATTT--------C--CA--A-AA-TA--C------TCAAAA-A---AATA----------A--------AG--C-T-A-----C-----------C-------TGG---T-----T--CAGTGA-A--AATGATGA------A---AAACACA--A---AC--G--T------G---------A-------AC--CT----A------------A-C-C---C-------------C-----T-------TCGGAAGATG---TT-G---G---Gcaat
gi|21 : atctggacATAG-TTTTTACATTTTATTTATAGAATAT----A--GTT--TA--------------------CTT-----GTGGA-T---TAA---G--------------TA----G---TT----C------A---------G------------------TCT--------GA--G--------AT-----------------T--------------TAC-C--T-A---AG--ATCA--------A--CT--G-AA-TA--T------TCA--A-A---AA-A----------A--------AA--A-T---------------------------TAT---T-----T--TAGTGA-A--AATGGTG-------A---A-----A--A---GC--A--T------T---------T-------A---CT----G------------G-T-A-----------------C-----T-------T-GGA--caattgataaataggacatttt
gi|22 : --------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT----AA-TA--T------T----A-A---AA-C----------T--------GG--G-C-A-----C-----------------------------------AGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---AA--T--T------A---------T-------AC--TT----GGACC--------C-C-AC--C-------------C-----C-------C-ACA--ATCCTATC-T---G---AA----AT-T---T-A-------GAG-AATCTT------TACA-A--AATTCA------CATTAG---AG-T-C------T--------------CC---GACTGAAccatcacctgg
gi|23 : cTCTACAT-CAGCATGT----CTCATT--TAATGAAAA--GTTA--A--CACTATTAAAGC--A-T---TCA---G--------------AG----A---TA----T------G---------G-----G-----GATTG--TCT--------AA--A--------CC-C--TC--ACCCT----T--------------C---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--A-AA-TA--T------T----T-T---AATA----------A--------AG--G-T-A-----C-----------T-------TAT---T-----T--CAGAGA-A--AAT
gi|24 : A-A----------A--------GG--G-T-------------------C-------TAT---T-----T--CTGTGA-A--AATGGGGGG-----A---A-----A--A---AC--G--T------ACTTGGACCCT-------AC--CTCC--A------------C-C-A---C-------------C-----AGCAACAAT-GGA--AT----TA-A---G---GG----AC-T---T--------TGAG-A---TT------CACA-A--AATCCA------CATTGG---TC-C-C------TC---T------C-CCC---G
gi|25 : aatcaatctacGGA-T---TTA---G--------------AG----G---------C------T---------G-----G-----G---G--CCC--------GA--ATC------AC-T--GC--A--------C--------------C---CC-T-G---AG--GTTC--------T--TTTGG-GA-TA--T------T----A-A---CA-A----------A---------G--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----A--ACGTGA-A--AAAGACGA------A---A-----A--A---CT-----T------A---------T-------AT--TT----G------------
gi|26 : cgctggcgagacttgta-----A--CACTG-----GCGGA-TCAGTTA---G--------------AG----AAC-GA----C------G---------G-----G-----G---G--TCT--------AG--A-----------C--CC--------------------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-T---TA-G----------A--------AG--G-T-G-----C---------------------------------------A-A--AA-GAT--------A---A-----A--A---AC--A--T------A---------A-------AC--TT----GGACCCC------T-C-G---C-------------C-----T-------T-GGA--AC----TC-G---G---GG----AT--------C---TCTGAgatattgcca
gi|27 : ACTT-----ATGGA-T---TTA---GAGT-----------GG----G---GTAA--C------A---------G-----G-----G---A---CC--------AG--A--------AC-A--CC--A--------T--------------A---T--T----------TTT--------C--C-----AT-TA--T------C----A-A---AA-A----------A--------AG--A-T-A-----C-----------C-------TAT---TATTTCTGACAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--G---CT-----T------A---------T-------GG--TT----G------------CGC-A---T-------------C-----TAC-----T-GAA--AT----
gi|28 : CGGA-T---TAA---G--------------AG----GTGAGG----T------G---------G-----GACCA-G---G--TTC--------AA--A--------AC-C--CA--AA-------C--------------T---C--C-A---AG--ATTTT-------C--CT--ATAG-TA--A------T----A-T---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TGC---T-----T--CAGTG
gi|29 : tttaaatatcaactgtatcgc---TCA---G--------------GGCAA-G---GA----C------A---------G-----G-----A---GC-TCC--------AGTGG--------AC-C--C------------T--------------T---C--T-G---AG--ATTTAAAAAAAACAACT--GTAA-AAC-T------T----A-A---AA-AGTA-------A--------AT--T-T-A-----C-----------C-------AAT---T-----T--CAGTAA-A--AATTGTGA------A---A-----A--A---
gi|3 : aG-----GAGGA-T------------------------GG----G---GT----T------G---------G-----G-----G---GGTTCC--------AG--ACCCTTCTCAC-C--CCCCA--------C--------------C---A--T-G---A-----TT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----C-A---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------TGTATATATAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGAAAG------A---A-----A--A---AC--A--T------G---------C-------AC--TT----GAACTCTTCC---T-C-AAACC-------------C-----T-------T-GAA--AT----TT-G---G---GA----AC-C---C-AT---TCTTAG-A---TT------TTCA-A--AATCCACA-C--TA--AA---AC-C-C------T-------G---T-CCCTAAAATTGTAAGTCCTGAATCCca
gi|30 : gcaaggatttggaggggtacag--CACTG-----GTGCA-T---TTA---G--------------AG----G---GA----TATGAATG---------G-----G-----G---A--TCC--------GG--A--------AC-CG-CT--A--------C--------------TTC-C--T-G---AG--GTTT--------C--CT--G-AA-TATCT------T----A------------------------------------------------------T-------TAT---T-----T--CAATGA-A--AATGccctatacaccagtgttttttataagtcataaattcaatcttacagatcttaacattttaagtgttacaaaaatttaactttaaaca
gi|31 : gA-T---TTA---G--------------AG----G---AT----G------C---------G-----G-----A---C--CCC--------AC--AC-------AC-C--CC--A--------T--------------T---T--TCA---AA--ATTT--------C--CA--G-AA-TA--T------C----A-A---AA-ATA--------A--------AG--G-T-A-----CATATATAT---A-------TAT---T-----T--TAGTGACA--AACAGAGA------A---A-----caagtccctcttgg
gi|32 : T---T-----T--CAGTGA-A--AATGGT-C------A---A-----A--A---CC--A--T------A---------T-------CC--TT----GAAATT-------C-CAA---C-------------C-----A-------T-AGA--AT----TT-T---G---GA----ACAC---T--C---TCTGAA-A---TT------TATG-T--AATCCACA-T--
gi|33 : c--G-T-A-----T-----------A-------TAT---A-----T--CATTGT-A--AATG-TGA------A---A-----A--A----T--A--T------G---------TTATTGAAAC--CT----C------------C-C-C---CTTCTC--------C-----C-------T-GGA--AT----TTGG---G---GA----AC-T---T-AC----ATGAG-G---TT------
gi|34 : -----G-----A---G--TCC--------AG--A-----------C--CC--A--------T------------------C--T-G---AG--ATTT--------C--CC--A-AA-TA--T------T----C-A---AATA----------A--------A
gi|34 : a------------C-C-A---C-------------T-----T-------T---A--AT----TT-G---G---GG----AC--------C---TCAGAG-A---TT------Tcatcttgaatcccactttaatttggggacctcagagattt
gi|35 : agagtccagacccatctgagatttcccaaatattcaaataaacatcttgaatc--CAGTG-----GCGGA-T---TTA---GA-------------GG----G---GA----T------GA--------G-----G-----G---A--TCC--------TG--A--------CC-T--CC--C--------T--------------T---A--C-G---AT--ATAT--------T--TT--G-AA-
gi|36 : atcA--T------T----C-A---AA-A----------A--------AT--G-T-A-----C-----------C-------TAC---T-----T--CAGTGA-A--AATAGTGA------A---AT----AT-A---AT--A--T------A---------T-------AC--TT----GGACCCAA-----C-T-A---C-------------C-----T-------T-GAG--CT----TT-G---C---GA----Aacccctgccctttcagttaaga
gi|38 : aa--ACTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----G-A---AA-T----------A--------AT--G-T-G-----C-----------T-------TAT---T-----T--CAGTG--A--AATAATG-----------A-----A--T---AT--A--T------G---------T-------AC--a
gi|4 : tataaattatgttaatTTCAAT-GCTAACCA-ACTATATGATTG-TGTTTA---CCTACA-ATAA-ATGTGCAAC--ACTGGTGT-----A--A-----A--TACTG-----GTAAA-------A---A--------------TG----G---GA----CA-----G---------G-----G-----G---G--TCC--------AG--A--------------CC--A--------C--------------T---T--T-A---TG--ATTT--------C--CC--G-AA-TA--TC-----T----A-A---AA-A----------GTTACGTACAT--G-T-A-----C-----------C-------CAC---A-----T--CAGTGA-A--AATGGT-C------A---G-----A--A---AC--A--T------A---------T-------ACT-TT----G------------A-C-T---C-------------CAATATC-------T-GCA--AG----AT-G---GA--GA----AC-CAATT-AT---AATGAG-A---TT------TTCA-A--AATCTG------CATTGT---AC-A-TAG----TCA--T--A-------T---GACTGAAATTCTT-GATCCACaaatg
gi|40 : aaaactacaaagttT---T-----T--CAGTGA-A--AATGGTGA------T---A-----A--ATATAT--A--T------A---------C-------AC--CC----A------------C-C-A---G-------------C-----C-------T-AGA--AT----TT-GA--A---GA----CC-C---T-A----TATGAG-A---TT------aaattattttt
gi|41 : -----A--CACTG-----GCGGA-T---TTA---G--------------AA----A---AG----T------G---------G-----ACAATTG---G--TCT--------GG--A---------------------------T--------------TTTAC--T-G----G--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----G-A---AA-A----------aatac
gi|42 : at--------AC-T--CC--A---------------------------C--T-G---AG--ATTT--------C--TA--A-AA-TA--T------T----ACA---AA-A----------A--------AA--A-C-AACCTTC-----------C-------TTT---T-----T--CCGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----g
gi|43 : ccA-TA--C------T----G-A---AG-A----------A--------AT--G-T-A-----T-----------A-------CAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---CT-----T------G---------T-------AA--CT----G------------
gi|44 : G--A--------TC-C--TC--A--------T------------------C--T-G---AG--ATTT--------C--CA--A-AA-TA--T------T----A-A---AG-A----------A--------AACTG-T-A-----C-----------C-------TGT---T-----T--Cgacc
gi|45 : C---TCTGAG-A---TT------TACG-A--ACTCTGCA-T----TT-G---AC-C-C------CC---A--A---C-C
gi|47 : gggataac--------AC-C--CC------------------------------C--T-G---AG--ATTT--------A--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------A---G-T-A-----T-----------C-------TAT---T-----T--Cta
gi|5 : gCCTATGCTTTAAAACTAGGCTT---GTTCAATAGCCA-CCATATTAAGTAATTG-TATTTA-ATTTTACATATAACATG-----C--ATT--TGA-----A--G-----A--CACTG-----GTGGA-T---TAA---G--------------GG----G---GC----T------G---------G-----G-----G---G--TCC--------TT--A--------AC-C--CT--A--------T--------------TG--C--T-G---AG--ATTT--------C--TC--A-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AG--A-T-A-----C-----------T-------CAT---T-----T--TAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---GT--A--T------A---------T-------AA--CT----G------------C-T-A---T-------------C-----T-------T-GGA--AT----TT-G---A---GA----AC-T---T-AC---TCTGAA-A---TT------CTCA-C--AATTTGCA-T--CATTGG---AT-CAC------TCG--C--A---CATCT---GACTGGCATTCCTGGATCCAC
gi|6 : tgacaCCTCTGTTTTGACACT-GACTTAATGTTTGACAG------ATGTTAATTGATAAATAACTA-GTTTCACA-ATGGCAC-T----C---TT--TAACACC-A--GGTGGAA--CTTTG-----GGGGAAT---TTA---G--------------AG----G---GT----C------ACAT------G-----G-----G---C--TCC--------AG--A---------T-T--CC--A--------T-----------------------G---TA--ATTT--------T--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AACA----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TATA--T-----T--TA-TGA-A--AATAGTGA------A---A-----A--A---
gi|7 : gaagACTG-----ACAGA-T---TTA---G--------------GGAGGGG---GT----C------G---------A-----T-----G---G--TCT--------G---A--------AC-C--CC--AACCTCCATT--------------T---C--C-GGAGAG--ATTT--------TTTCT--A-AA-TA--T------A----G-A---AA-A----------AT-------AG--G-T-A-----A-------------------TAT---T-----T--CAGTG--A--AATGGTTA------AT--A-----A--A---AT--A--TCCTTGGA---------C-------ACTACT----A------------C-C-AAT-CCTAGTG-------C-----T-------T-GGA--AT----TT-G---G---GG----AC-A---T-TC---TCTAAG-AG--TTGCAAAATGCA-A--AATCCACA-T--TGCTGG---Atagaaaacaggcagtccccacctgtaatttcagtattgctctctccatgatttacacc
gi|8 : ACTG-----GCGGA-T---TAA---G--------------AG----G---TA----A------G---------A-----GA----G---G--TCT--------GG--A--------ACGC--CC--A---------------------------C--C-G---AACCATAT--------C--CA--A-AA-AA--T------T----A-ATATAA-A----------A--------AA--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTGA-A--AATTGT------------A-----A--A---ATTCA--T------G---------T-------AC--TT----G--------------A-A---C-------------C-----T-------T------AT----TT-T---T---AC----CC-C---T-AC---TTTGAG-A---TT------CACA-A--AATCC----T--TATTGG---AC-C---------C---C--A---C-CCC---GATTGGAAAGTCTGAATCTAttcc
gi|9 : tttaaaacaccatgtG-----GTGGG-T---TTC---G--------------AG----G---AC----A------A---------G-----G-----A---G--TCA--------GG--A--------AC-CACCC--A--------T--------------T---G--T-C---A----TTT--------C--CT--G-AA-CA--TAGTTACT----A-G---AA-A----------T--------GG--G-T-A-----C-----------A-------CAT---T-----T--CAGTGA-A--ATTAGCGA------A---A-----AT-A---AT--G--TACTTGGA---------C-------AT--CT----C------------C-T-T---C-------------C-----T-------T-GGA--AT----TT-G---G---GA----TC-CCTGT-CCTCGTCTAAT-A---TT------TATA-A-----CC----T--CGCTGG--------C------TC---C------C-GCT---GATTATAACTCCTGGACCCAC
blockSeqs : C C . AAT A CCA T G T A G A TA C GTCTCATTTAATGAAAAGTTAA TTAAA A CAG TAA AGAGGGTACAGGGGTTCAGATCCTGCACCCCCCTGTA CT C GAG CC AAAAAAAA AA TG T C TC AGTTAC CAAAA TAT AGTTACGTACAT A C ACCTT AAAAATGCATCC AAT ATTTC GA C AT AATTGTAT CTT AACAC AC TAT ATT ACTTGGACCCTACCTCCACCACCAGCAACAA C AG CCTA G GCAC CCCC CCTGTCCTCG A ATC GCAAAA G TC ACACTCATGATCCGCCCCATCCTTACACCC A A
blockSeqs : A . T T T . A G T C TCTTTAACACCAGGTGGAA . . . AA GGGGCCAAGCGCCAAACCCCATACCCTATTTGGCCCC C . . . T TT . T . C C CAA . AGTAAAT . . . ATATATATA A . . . . GGG T G T . TCA ATACTTTGAAGCCCCTCCCTCTCCCTCGCT . G A . GT . CAATTAT . G . . . ACATAGGATTTGCCCCCTTTCTCCTCT A G
blockSeqs : A . A . A C GTGCAACACTGGTGTAAA . . . . GGGGTTGGGGGGTTCCAGACCCTTCTCACCCCCCACC . . . . . . . . . . . AC . ATAAAG . . . TGTATATA . . . . . GA . T T . CA CCTTGGACACTACTACCAATCCTAGTGCT . . G . CA . CTCAC . . . . . ACACATTAGCCTGCCCTCCCTCTCCCT C G
blockSeqs : A . GCATTTGAAGA . . . . GGAGGGGGTCGATGGTCTGAACCCCAACCTCCATTT . . . . . . . . . . . A . AAAACT . . . AT . . . . . GA . . . . G ATGCTTGGAACTTCCCCCACACCTTAT . . . . GA . AGTTC . . . . . GCATCATTGGATCACTCGCACATCT A A
blockSeqs : . . . . AGGGATATGAATGGGGATCCGGAACCGCTACTTC . . . . . . . . . . . A . TAAAG . . . C . . . . . AA . . . . A ATAGTTGAACCTCTCAATCCCACCT . . . . AA . AGAC . . . . . GCAGTAAACCTCTTTCACTCC A G
blockSeqs : . . . . AGGTGAGGTGGGACCAGGTTCAAAACCCAAACT . . . . . . . . . . . G . TAAAG . . . C . . . . . AA . . . . A GCACTTGAACTCTTCCTCAAACCCT . . . . G . CTCC . . . . . ACACTAAAACCCTGTCCCTAA A G
blockSeqs : . . . . AGATATGGGGATTGTCTAAACCCTCACCCTTC . . . . . . . . . . . A . CAAAG . . . A . . . . . GA . . . . A GTTATTGAAACCTCCCCCTTCTCCC . . . . G . CCGC . . . . . GCATTGTACATAGTCATAT T G
blockSeqs : . . . . AGGAGTGAGAACTGGAGGGGTCAGACCCCCT . . . . . . . . . . . G . AATAG . . . A . . . . . GA . . . . G TTACTTGGACCCCTTTCCAACTC . . . . G . CTTG . . . . . ACATTGGTCCCTCTCCCC G G
blockSeqs : . . . . ATGGGGACAGGAAATGCACGTATAACTCATG . . . . . . . . . . . T . AACT . . . C . . . . . GA . . . . A ATACTTGGACCCAACTACCT . . . . G . TCCT . . . . . TTATTGGACCCCACCCC T G
blockSeqs : . . . . GGGGATAGGGGATCCAGACCCCCACCTCAT . . . . . . . . . . . A . AAAA . . . C . . . . . GA . . . . C AAACTTGGACCCCTCGCCT . . . . G . CCAT . . . . . TCACTAGACACCACCA T G
blockSeqs : . . . . AGGGACAGGGGTCCTATGTCCAGGCCCCT . . . . . . . . . . . A . AAAG . . . C . . . . . GA . . . . A ATCCTTGAAATTCCAACCA . . . . G . ACTC . . . . . GCTCTGGATGTACCTT A .
blockSeqs : . . . . AGTGGGGTAACAGGGACCAGAACACCATA . . . . . . . . . . . T . ACAT . . . C . . . . . AG . . . . G ATACTTTGACTCCAATATC . . . . G . TTAC . . . . . TCGCTGGCTCCCGCT C .
blockSeqs : . . . . GGCAAGGACAGGAGCTCCAGTGGACCCTT . . . . . . . . . . . A . AAAG . . . T . . . . . GA . . . . A ACTTGGACATCTCCTTCCT . . . . G . TTAC . . . . . ACACCTGACACCTT
blockSeqs : . . . . ATGGAGGAATTAGGTTTCGACATCTCC . . . . . . . . . . . A . AAAT . . . C . . . . . GA . . . . T ATACTTGGACCCCACCCC . . . . G . ATTC . . . . . ACATTAGAGTCTCC
blockSeqs : . . . . AGGGGATGAGGGATCCTGACCTCCCTT . . . . . . . . . . . A . AAAA . . . C . . . . . GA . . . . G CTACCCAACCACCACTC . . . . G . CTAC . . . . .
blockSeqs : . . . . AAAAGTGGACAATTGGTCTGGATTTTA . . . . . . . . . . . A . CTGG . . . C . . . . . GA . . . . A ATACTTGGACCCAGCT . . . . G . CCC . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGACAAGGAGTCAGGAACCACCCATT . . . . . . . . . . . A . AAGG . . . C . . . . . GA . . . . A ATGGTTGCGCATCTAC . . . . G . TTA . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGAGAAAGGTGGTCTAGACGACATT . . . . . . . . . . . C . GAAG . . . C . . . . . GA . . . . A GAACCTAACCCCT . . . . C . CTA . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGATGCGGACCCCACACACCCCATT . . . . . . . . . . . A . AAAG . . . T . . . . . GA . . . . A ACACCCACCAGCC . . . . A . CT . . .
blockSeqs : . . . . GGGGCTGGGGGTCCTTAACCCTATTG . . . . . . . . . . . A . AAAG . . . A . . . . . GA . . . . A ATAACTGCTATCT . . . . G . TT . . .
blockSeqs : . . . . AGGGTCACATGGGCTCCAGATTCCAT . . . . . . . . . . . C . AAAG . . . C . . . . . TA . . . . A GTACTTGAACCT . . . . T . C . . .
blockSeqs : . . . . AGGCTGGGGCCCGAATCACTGCACC . . . . . . . . . . . C . AAAT . . . T . . . . . GA . . . . A TTACTGGTACT . . . . G . C . . .
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blockSeqs : . TAGTTCAGTCTGAGATTTAC . . . . . . . . . . . A . AAAA . . . C . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . ATGG . . . T . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . AAG . . . C . . . . . C . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . G . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : A* GTCTACANTGGTGNAA****************** A***** AAAG********************* C****************** GA****** G****** **** CTNC******** NCACTGGNCCCTCNCCCC******************************
originalCons : NNNNNCCTNTGCTTTGANACTAGGCTTAATGTTCGATAGCCA-CCATATTAANTGATNG-TATTTA-ATTTTACATATAGCATGT----C--ATT--TAA-----A--G-----A--CACTG-----GCGGA-T---TTA---G--------------GG----G---GN----C------G---------G-----G-----G---G--TCC--------GG--A--------AC-C--CC--A--------T--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---AT--A--T------A---------T-------AC--CT----G------------C-C-A---C-------------C-----T-------T-GGA--AT----TT-G---G---GA----AC-C---T-AC---TCTGAG-A---TT------TACA-A--AATCCGCA-T--CATTGG---AC-C-C------TC---C--A---C-CCC---GACTGAAANTCCTGGATCCAC
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|37 ): TTTTTTTTAGTGGAAAGTTAAAATACATGTACTTGGACCCAACCCTCCTGGTGTTTTAGGACATCGTCTGAAATATGCAAA
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Reference ( family-572 ) : NNNNNCCTNTGCTTTGANACTAGGCTTAATGTTCGATAGCCA-CCATATTAANTGATNG-TATTTAATT--TTACA-ATAGCATGT----CT---ACANT-GGTGNA---A------C-ACTG-----GCGGA-T---T-TA---G---GG----G---GN----C------G---------G-----G-----G---G--TCC--------GG--A--------AC-C--CC--A--------T--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---AT--A--T------A---------T-------AC--CT----G------------C-C-A---C-------------C-------------T-------T-GGA--AT-TT-G-G---GA----A---C-C---T-NC---TCTGAG-ATTTACA-A--AAT---CCNCA------C---T-GG-------NC--------C---C--TCNC---CCC---GACTGAAANTCCTGGATCCAC
gi|1 : ATATAATTGCTT-CA-TTACCATGTAATGC-----CAAT-GGCGGATTTA------G-ACAG-----GTGGA-T---GACA---G---GG----G---GT---------------------G-----G-----G---G--AAC--------GG--A--------CC-T--CC--C--------C--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C------G-AAATA--T------TC---A-A---AA-ATGCTGAGATTA--------AA--A-T-G-----CTTT--------C-------TTT---T-----T--CAGTGG-A--AATTGT--------A---A-----A--A---AC--A--T------G---------A-------AC--TT----GGACC--------C-C-AAC-C-------------C-------------C-------T-ATA--TT-TT-G-GTTGGAT---A---C-C------C---TCTGAC-ATTTACA-A--ATT---CCATA------T---T-GG-------AC--------C---C--CACC---CCT---GACAGAAAATTCTAGAACCGC
gi|10 : tacagcaataacaaattaattttatgcaatgcatacaatgtacttatatagatgaaattgttattacacacgaaaatacatgaaccaacagaaca-ACTG-----GTGGA-A---T-TA---G---AG----G---AG----T------GAGAACTGGAG-----G-----G---G--TCA--------G------------AC-C--CC-----------C--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CG--A-GA-TA--T------T----A-A---GA-A----------A--------CT--G-T-A-----C-----------C-------CAT---T-----T--CTGTGA-A--AATGATGA------A---A-----AACA---AT--G--G------A---------T-------AC--atataaatgcaatgcatagataaatgctaatcaatctacataaactttactttaaaca
gi|11 : ------C-ACTG-----GCAGA-T---T-CA---G---AG----G---AGGAAAT------G---------G-----G-----G---G--TTC------------------------C--CC--T--------T--------------C---C--T-C---AG--ATTT--------C--CT--C-------------------------------------------------------T-A-----C-----------C-------AAT---T-----T--CAGAGA-A--AATATTG-------A---G-----A--A---AC--A--T------T---------T-------AC--TT----GGACCCCTTT---C-C-A---A-------------C-------------TC------T-GAA--ATATA-G-G---GG----A---T-C---TCAC---TCAGAG-ATAAACA-A--AAT---TTACATAGGATT---T-GC-------CC--------C---C--TTTC---TCCTCTGACAAATAATCCT-GATCCtccgatgctgtcataaggctttttaaagatccagcatatgcacacaggcagttacagtaataatccttgggtaacaattattttt
gi|12 : -G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AA--G-A-A-----CA----------T-------TTT---T-----T--AAACGA-A--AATAGTGA------A---AG----A--A---ATC-A--T------A---------T-------AG--TT----GAACCTCTCAATCC-C-A---C-------------C-------------T-------T-TGA--AT-TT-------GA----A---CAG---T-TC---TCTAGG-A--TGCC-ATCAAT---CCACA------CTCAT-GA-------TCCGCCCCATC---C--TTACA--CCC---AAATGAAAATTCTAGATCCACcca
gi|13 : ccctattccggtttta--T-G---AG--ATAT--------T--CT--G-AG-TA--C------T----G-A---AA-A----------A--------AG--GAT-A-----CAAAAATGCATCC-------TAT---T-----T--CAATGA-A--AATGGTG-------A---A-----A--A---AC--A--T------A---------T-------AC--TT----GGAC---------C-C-A---G-------------C-------------T-------T-G-----T-TT-G-GCACAA----A---T-A---G-AC---TTAGAG-ATTTATAGA--AAT---CCTCA------C---T-AG-------AC--------A---C---CA----CCA---AAC--AAACT-CTGCATCCata
gi|14 : gacccatccactccatggacaG-----GTAGA-T---T-TA---GAT-GG----G---GA----C------A---------G-----G-----AAATG--CAC--------GT--AT-------AA-C--TC--A--------T--------------G---T--T-C---AT---TTT--------C--CT--G-GA-TA--T------T----A-A---AC----------------------G--G-T-A-----C-----------A-------TAT---T-----T--CAGTGA-AATAATGATAATTGTATA---C-----A--A---AT--ATTT------G---------T-------AC--------A------------C-C-----C-------------T-------------C-------T-GG---AT-TT-G-GT--GA----A-----C---T-CC---TCTTA--ATTCATA-A--GAT---TAACA------C---C-TG-------A-----------------CAC---CTT---GACAGAACATTCTGGATTCACcacccatacac
gi|15 : G-----GCGGA-T---T-TA---G---AG----GA--GA----A------A---------G-----GT----G---G--TCT--------AG--A---------C-G--AC--A--------T--------------T---CCTT-G---GG--ATTT--------C---T--A-AA-TA--T------T----G-A---AA-A----------C--------AT--C-T-T-----C-----------A-------TGT---T-----T--GAGTGA-A--AATTATG-----------A-----A--A---GT--A--T------T---------T-------GC--CT----------------------------------------------------------------AA--AT-TT-GCA---CACCCCA---C-C---C-GC---TCTGAG-ATTAACA-A--ATT---GCGCA------G---T-AA-------AC--------CTCTT--TCAC---TCC---GACTGAAAATCTTAGACCC
gi|16 : -ACTG-----GCAGA-T---T-AA---GAGAGG----G---TA----C------A---------G-----G-----G---G--TTC--------AG--ATCCTGC--AC-C--CC--C--------C--------------TGTAT--T-A---AG--ATAT--------T--TT--A-AACTT--T------T----T-A---AA-A----------A--------AG--A-T-G-----T-----------C-------TATAATT-----T--CTGTGA-A--AATGGT-A------A---A-----A--A---GC--G--T------A--------------------------------------------------------------C-------------T-------T-GAA--------------GA----------C---T-CCT--TCGGAGAATGTACA-T--AAT---CTGCT------C---T-GG-------A-------------T--GTAC---CTT---GTCTGAACATTCTGGATCCAgact
gi|17 : -ACTG-----GTGGA-T---T-CATAAA---GG----G---GC----C------A---------A-----G-----C---G--CC----------A--A--------AC-C--CC--A--------TACCCTATTTGGCCCC---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-AT--T------T----A-A---AG-A----------A--------AT--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTT--A--AATGGCG-------A---A-----A--A---AT--A--T------A---------T-------AC--TTTGAAG------------C-C-C---CTCCCTCTCCCTCGC-------------T-------T-GGA--TT-TT-G-G---GA----A---C-C---T-TG---TATAAG-ATTT
gi|19 : ------C-ACTG-----GCAGA-T---T-TA---G---AT----G---GA-----------G---------GAATTAG-----G---T--TTC--------GA--C--------AT-C--TC--------------------------C---C--T-G---TG--ATTT--------C--CT--G-AA-TG--T---------------------------------------------------------------------------AT---T-----T--CAGTGA-A--AATA-TAA------ACTTG-----G--A---AC--C--C------C---------T-------AC--CC----AACCA--------C-C-A---C-------------T-------------C-------T-GGA--AA-TT-A-G---GG----A---C-T---C-CT---TCGGAG-ATTTACA-A--ACT---CTGCT------T---T-GG-------AC--------C---C--CCAA---CCC---tt
gi|2 : cTGGA---A------CCACTG-----GCAGA-T---T-TAAA-G---GG----G---GA----T------A---------G-----G-----G---GA-TCC--------AG--A--------CC-C--CC--A--------CCTCA----------T---C--T-G---AG--ATAT--------C--AT--G-AA-C---T------T-------------------------------------G-TCG-----C-----------C-------T-----T-----T--CAGTGA-A--AATGGTAA------A---A-----T--C---AT--A--T------A---------T-------GC--TT----GGAACTTCCC---C-C-A---CA------------CCTTA---------T-------T-GGA--AT-TT-G-G---AG----A---C-C-----CC---ACTGAG-ATTTAC--A--ACT---ACACA------T---T-AGCCTGCCCTC--------C---C--TCTC---CCT---GGCTGAAATTCCTGAATCTAC
gi|20 : tacacaatgccatttaaaatcattcactacgtacattattattatatccatttgtcacatttagatgtcctcacaaaaacacagacaatctaacaaagatttttttctgaaacaccaatttaaa-TA---G---AG----G---GA----C------A---------G-----G-----G---G--TCCTATGTCCAGG------------C-C--CC--------------------------T---C--T-T---AG--ATTT--------C--CA--A-AA-TA--C------TCAAAA-A---AATA----------A--------AG--C-T-A-----C-----------C-------TGG---T-----T--CAGTGA-A--AATGATGA------A---AAACACA--A---AC--G--T------G---------A-------AC--CT----A------------A-C-C---C-------------C-------------T-------TCGGAAGATGTT-G-G---Gcaat
gi|21 : atctggac---C--T-A---AG--ATCA--------A--CT--G-AA-TA--T------TCA--A-A---AA-A----------A--------AA--A-T---------------------------TAT---T-----T--TAGTGA-A--AATGGTG-------A---A-----A--A---GC--A--T------T---------T-------A---CT----G------------G-T-A-----------------C-------------T-------T-GGA--caattgataaataggacatttt
gi|22 : atagtttttacattttatttatagaatatagtttacttgtggattaagtagttcagtctgagatttac--------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT----AA-TA--T------T----A-A---AA-C----------T--------GG--G-C-A-----C-----------------------------------AGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---AA--T--T------A---------T-------AC--TT----GGACC--------C-C-A---C-------------CCCCACAATCCTATC-------T-GAA--AT-TTAG-A---GA----A---T-C------------------TTTACA-A--AAT---TCACA------T---T-AG-------AG--------T---C--T-------CC---GACTGAAccatcacctgg
gi|23 : cT--CTACA-TCAGCATGT----CT----CATTTAATGAA---AAGTTAAC-ACTATTAAAGC--A-T---T-CA---G---AG----A---TA----T------G---------G-----G-----GATTG--TCT--------AA--A--------CC-C--TC--ACCCT----T--------------C---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--A-AA-TA--T------T----T-T---AATA----------A--------AG--G-T-A-----C-----------T-------TAT---T-----T--CAGAGA-A--AAT
gi|24 : A-A----------A--------GG--G-T-------------------C-------TAT---T-----T--CTGTGA-A--AATGGGGGG-----A---A-----A--A---AC--G--T------ACTTGGACCCT-------AC--CTCC--A------------C-C-A---C-------------C-------------AGCAACAAT-GGA--AT-TA-A-G---GG----A---C-T---T--------TGAG-ATTCACA-A--AAT---CCACA------T---T-GG-------TC--------C---C--TCTC---CCC---G
gi|25 : aatcaatctacCGCT-GGCGAG---A------C--TTG-----TAGGA-T---T-TA---G---AG----G---------C------T---------G-----G-----G---G--CCC--------GA--ATC------AC-T--GC--A--------C--------------C---CC-T-G---AG--GTTC--------T--TTTGG-GA-TA--T------T----A-A---CA-A----------A---------G--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----A--ACGTGA-A--AAAGACGA------A---A-----A--A---CT-----T------A---------T-------AT--TT----G------------
gi|26 : ---A------C-ACTG-----GCGGA-TCAGT-TA---G---AG----AAC-GA----C------G---------G-----G-----G---G--TCT--------AG--A-----------C--CC--------------------------T---C--T-G---AG--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----A-T---TA-G----------A--------AG--G-T-G-----C---------------------------------------A-A--AA-GAT--------A---A-----A--A---AC--A--T------A---------A-------AC--TT----GGACCCC------T-C-G---C-------------C-------------T-------T-GGA--AC-TC-G-G---GG----A-----------TC---TCTGAgatattgcca
gi|27 : -ACTT-----ATGGA-T---T-TA---GAGTGG----G---GTAA--C------A---------G-----G-----G---A---CC--------AG--A--------AC-A--CC--A--------T--------------A---T--T----------TTT--------C--C-----AT-TA--T------C----A-A---AA-A----------A--------AG--A-T-A-----C-----------C-------TAT---TATTTCTGACAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--G---CT-----T------A---------T-------GG--TT----G------------CGC-A---T-------------C-------------TAC-----T-GAA--AT-
gi|28 : CGGA-T---T-AA---G---AG----GTGAGG----T------G---------G-----GACCA-G---G--TTC--------AA--A--------AC-C--CA--AA-------C--------------T---C--C-A---AG--ATTTT-------C--CT--ATAG-TA--A------T----A-T---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TGC---T-----T--CAGTG
gi|29 : tttaaatatcaactgtatcgc---T-CA---G---GGCAA-G---GA----C------A---------G-----G-----A---GC-TCC--------AGTGG--------AC-C--C------------T--------------T---C--T-G---AG--ATTTAAAAAAAACAACT--GTAA-AAC-T------T----A-A---AA-AGTA-------A--------AT--T-T-A-----C-----------C-------AAT---T-----T--CAGTAA-A--AATTGTGA------A---A-----A--A---
gi|3 : aG-----GAGGA-T--------------GG----G---GT----T------G---------G-----G-----G---GGTTCC--------AG--ACCCTTCTCAC-C--CCCCA--------C--------------C---A--T-G---A-----TT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----C-A---AA-A----------A--------AG--G-T-A-----C-----------TGTATATATAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGAAAG------A---A-----A--A---AC--A--T------G---------C-------AC--TT----GAACTCTTCC---T-C-AAACC-------------C-------------T-------T-GAA--AT-TT-G-G---GA----A---C-C---C-AT---TCTTAG-ATTTTCA-A--AAT---CCACA------C---TAAA-------AC--------C---C--TGTC---CCTAA-AATTGTAAGTCCTGAATCCca
gi|30 : gcaaggatttggaggggtacag------C-ACTG-----GTGCA-T---T-TA---G---AG----G---GA----TATGAATG---------G-----G-----G---A--TCC--------GG--A--------AC-CG-CT--A--------C--------------TTC-C--T-G---AG--GTTT--------C--CT--G-AA-TATCT------T----A------------------------------------------------------T-------TAT---T-----T--CAATGA-A--AATGccctatacaccagtgttttttataagtcataaattcaatcttacagatcttaacattttaagtgttacaaaaatttaactttaaaca
gi|31 : gA-T---T-TA---G---AG----G---AT----G------C---------G-----G-----A---C--CCC--------AC--AC-------AC-C--CC--A--------T--------------T---T--TCA---AA--ATTT--------C--CA--G-AA-TA--T------C----A-A---AA-ATA--------A--------AG--G-T-A-----CATATATAT---A-------TAT---T-----T--TAGTGACA--AACAGAGA------A---A-----caagtccctcttgg
gi|32 : T---T-----T--CAGTGA-A--AATGGT-C------A---A-----A--A---CC--A--T------A---------T-------CC--TT----GAAATT-------C-CAA---C-------------C-------------A-------T-AGA--AT-TT-T-G---GA----A---C-A---C-TC---TCTGAA-ATTTATG-T--AAT---CCACA------
gi|33 : c--G-T-A-----T-----------A-------TAT---A-----T--CATTGT-A--AATG-TGA------A---A-----A--A----T--A--T------G---------TTATTGAAAC--CT----C------------C-C-C---CTTCTC--------C-------------C-------T-GGA--AT-TTGG-G---GA----A---C-T---T-AC----ATGAG-GTTt
gi|34 : -----G-----A---G--TCC--------AG--A-----------C--CC--A--------T------------------C--T-G---AG--ATTT--------C--CC--A-AA-TA--T------T----C-A---AATA----------A--------A
gi|34 : a------------C-C-A---C-------------T-------------T-------T---A--AT-TT-G-G---GG----A---C--------C---TCAGAG-ATTTcatcttgaatcccactttaatttggggacctcagagattt
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gi|36 : atcA--T------T----C-A---AA-A----------A--------AT--G-T-A-----C-----------C-------TAC---T-----T--CAGTGA-A--AATAGTGA------A---AT----AT-A---AT--A--T------A---------T-------AC--TT----GGACCCAA-----C-T-A---C-------------C-------------T-------T-GAG--CT-TT-G-C---GA----A---acccctgccctttcagttaaga
gi|38 : aa--ACTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----G-A---AA-T----------A--------AT--G-T-G-----C-----------T-------TAT---T-----T--CAGTG--A--AATAATG-----------A-----A--T---AT--A--T------G---------T-------AC--a
gi|4 : tataaattatgttaatTTCAAT-GCTAACCA-ACTATATGATTG-TGTTTA--C--CTACA-ATAA-ATGTG---CA---ACACT-GGTGTA---AA-----T-ACTG-----GTAAA--------A---A---TG----G---GA----CA-----G---------G-----G-----G---G--TCC--------AG--A--------------CC--A--------C--------------T---T--T-A---TG--ATTT--------C--CC--G-AA-TA--TC-----T----A-A---AA-A----------GTTACGTACAT--G-T-A-----C-----------C-------CAC---A-----T--CAGTGA-A--AATGGT-C------A---G-----A--A---AC--A--T------A---------T-------ACT-TT----G------------A-C-T---C-------------CAATAT--------C-------T-GCA--AG-AT-G-GA--GA----A---C-CAATT-AT---AATGAG-ATTTTCA-A--AAT---CTGCA------T---T-GT-------AC--------A---TAGTCA----TAT---GACTGAAATTCTT-GATCCACaaatg
gi|40 : aaaactacaaagttT---T-----T--CAGTGA-A--AATGGTGA------T---A-----A--ATATAT--A--T------A---------C-------AC--CC----A------------C-C-A---G-------------C-------------C-------T-AGA--AT-TT-G-A---AG----A---C-C---C-TA---TATGAG-ATTaaattattttt
gi|41 : ---A------C-ACTG-----GCGGA-T---T-TA---G---AA----A---AG----T------G---------G-----ACAATTG---G--TCT--------GG--A---------------------------T--------------TTTAC--T-G----G--ATTT--------C--CT--G-AA-TA--T------T----G-A---AA-A----------aatac
gi|42 : at--------AC-T--CC--A---------------------------C--T-G---AG--ATTT--------C--TA--A-AA-TA--T------T----ACA---AA-A----------A--------AA--A-C-AACCTTC-----------C-------TTT---T-----T--CCGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----g
gi|43 : ccA-TA--C------T----G-A---AG-A----------A--------AT--G-T-A-----T-----------A-------CAT---T-----T--CAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---CT-----T------G---------T-------AA--CT----G------------
gi|44 : G--A--------TC-C--TC--A--------T------------------C--T-G---AG--ATTT--------C--CA--A-AA-TA--T------T----A-A---AG-A----------A--------AACTG-T-A-----C-----------C-------TGT---T-----T--Cgacc
gi|45 : C---TCTGAG-ATTTACG-A--ACT---CTGCA------T---T-TG-------AC--------C---C--CCAA---CC
gi|47 : gggataac--------AC-C--CC------------------------------C--T-G---AG--ATTT--------A--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------A---G-T-A-----T-----------C-------TAT---T-----T--Cta
gi|5 : gCCTATGCTTTAAAACTAGGCTT---GTTCAATAGCCA-CCATATTAAGTAATTG-TATTTAATT--TTACATATAACATG-----------CATT---TGAAG--A------C-ACTG-----GTGGA-T---T-AA---G---GG----G---GC----T------G---------G-----G-----G---G--TCC--------TT--A--------AC-C--CT--A--------T--------------TG--C--T-G---AG--ATTT--------C--TC--A-AA-TA--T------T----A-A---AA-A----------A--------AG--A-T-A-----C-----------T-------CAT---T-----T--TAGTGA-A--AATGGTGA------A---A-----A--A---GT--A--T------A---------T-------AA--CT----G------------C-T-A---T-------------C-------------T-------T-GGA--AT-TT-G-A---GA----A---C-T---T-AC---TCTGAA-ATTCTCA-C--AATTTGCATCA------T---T-GG-------AT--------CA--C--TCGCACATCT---GACTGGCATTCCTGGATCCAC
gi|6 : tgacaCCTCTGTTTTGACACT-GACTTAATGTTTGACAG------ATGTTAATTGATAAATAACTAGTT--TCACA-ATGGCAC-T----CTTTAACACCAGGTGGA---A------C-TTTG-----GGGGAAT---T-TA---G---AG----G---GT----C------ACAT------G-----G-----G---C--TCC--------AG--A---------T-T--CC--A--------T-----------------------G---TA--ATTT--------T--CT--G-AA-TA--T------T----A-A---AACA----------A--------AG--G-T-A-----C-----------C-------TATA--T-----T--TA-TGA-A--AATAGTG-------A---A-----A--A---AT--A--G------A---------A-------AA--CA----GGCAGTCC-----C-C-A---C-------------C---------------------T-GTA--AT-TT-C-A---GT----ATTGC-T---C-TC---TCCATG-ATTTACA-
gi|7 : gaag-ACTG-----ACAGA-T---T-TA---G---GGAGGGG---GT----C------G---------A-----T-----G---G--TCT--------G---A--------AC-C--CC--AACCTCCATT--------------T---C--C-GGAGAG--ATTT--------TTTCT--A-AA-TA--T------A----G-A---AA-A----------AT-------AG--G-T-A-----A-------------------TAT---T-----T--CAGTG--A--AATGGTTA------AT--A-----A--A---AT--A--TCCTTGGA---------C-------ACTACT----A------------C-C-AAT-CCTAGTG-------C-------------T-------T-GGA--AT-TT-G-G---GG----A---C-A---T-TC---TCTAAG-AGTTGCA-A--AAT---cc
gi|8 : -ACTG-----GCGGA-T---T-AA---G---AG----G---TA----A------GA--------G-----A-----G---G--TCT--------GG--A--------ACGC--CC--A---------------------------C--C-G---AACCATAT--------C--CA--A-AA-AA--T------T----A-ATATAA-A----------A--------AA--G-T-A-----C-----------C-------TAT---T-----T--CAGTGA-A--AATTGT------------A-----A--A---ATTCA--T------G---------T-------AC--TT----G--------------A-A---C-------------C-------------T-------T------AT-TT-T-T---AC----C---C-C---T-AC---TTTGAG-ATTCACA-A--AAT---CCTTA------T---T-GG-------AC--------C---C---CAC---CCC---GATTGGAAAGTCTGAATCTAgcaaaatccacattgctggattcc
gi|9 : tttaaaacaccatgtG-----GTGGG-T---T-TC---G---AG----G---AC----A------A---------G-----G-----A---G--TCA--------GG--A--------AC-CACCC--A--------T--------------T---G--T-C---A----TTT--------C--CT--G-AA-CA--TAGTTACT----A-G---AA-A----------T--------GG--G-T-A-----C-----------A-------CAT---T-----T--CAGTGA-A--ATTAGCGA------A---A-----AT-A---AT--G--TACTTGGA---------C-------AT--CT----C------------C-T-T---C-------------C-------------T-------T-GGA--AT-TT-G-G---GA----T---C-CCTGT-CCTCGTCTAAT-ATTTATA-A--------CCTCG------C---T-GG---------------------C--TCCC---GCT---GATTATAACTCCTGGACCCAC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATACAGTCAATGACATGGTAGTCTTGTAATTCAGATACACAGCAATGTCAGCTACATGACTTTACAGATTTCCAGATCTCAGTTGTTATACTTACATTGTCCAGAATGCCACACACAAGCCTACAGGGGAGATAATATTCCATTGGTTTAGTAATGATACAATTA
Unaligned ( gi|37 ): TTTTTTTTAGTGGAAAGTTAAAATACATGTACTTGGACCCAACCCTCCTGGTGTTTTAGGACATCGTCTGAAATATGCAAA
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Unaligned ( gi|46 ): AATTGTAGTAATGTAAAGATATAACCAAACAACGAATTGATACATA