lowQualScore : 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 44444 11111111 111 3333333 111111 2222 3333333333333333 1 4444444444444 1 11 1 444 888888888888888888888888888888888888888888888 11 3333333 2222 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 6 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 777 7 22222 55 55 55555555 55 1 3 44 4 111 3333333 3 4 3 555555 4 33 4444 7 0000000000000000 6 44 3 3 3 1111111111111 4 2 5 6 99 8 4 1 7 4 3 3 3 5 4 999 4 999999999999999999999999999999999999999999999 66 4 00 8 9 666 666 888 4 4 3333333 9 2222 6 000 4 666 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555 3 44 3
lowQualScore : . . ........................................................ . ... . ..... .. .. ........ .. . . .. . ... ....... . . . ...... . .. .... . ................ . .. . . . ............. . . . . .. . . . . . . . . . . ... . ............................................. .. . .. . . ... ... ... . . ....... . .... . ... . ... . . ................................................. . .. .
lowQualScore : 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 000 8 00000 00 00 66666666 55 6 3 66 2 888 3333333 6 0 9 000000 4 11 9999 0 1111111111111111 7 66 3 0 3 0000000000000 3 3 3 9 00 2 0 1 2 0 6 6 6 6 0 222 3 444444444444444444444444444444444444444444444 11 4 33 1 0 444 444 555 5 0 1111111 8 4444 0 000 0 444 3 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1 22 1
consensus : ATTCCAGGAAAAAATCTCAG-G---G--------GGG-G---T-GGGGTCG-CAGG---AACTGGA-C-CC-----T-T-TTTT---TTACTGGT-GG-G--GTGGG--TAA------AATAG--TCATTTTA-ATT--CTGGTGGGTGTGGGTA-----ATAT-TTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGGTN-----TTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTAA---AAAAA-AAC-AACATGATTTTAATTTATCT--CGCAT-GGAA-TTAAGTCACTGCTTC--TATGATATG-ATCTACAAAAAGAATTGCATCTCACTAACAATATTTTTAGAAAATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCACACAGAATATCCT-AAG-CATACTT-TTTCACT-CAGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGG-NT----------------T------AT---A----T-----AATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGCTAAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTCA-A----AACTAATTAAAATTCT-GGTGGTGGTACCCT---A-A---A-AATAAT-TCCAGTT-CCG---------AC-CC-----C-C---CC--CCCN---------TGAGA-TTTT--TT-CCTGGAATAGCCCT
Reference ( gi|2 ) : ATTCCAGGAAAAATTCTCAG-G---T--------GGG-G---T-GGGGTTGTTAAG---AACTGTA-T-CT-----T-T-TTTT---TT-CTGGC-CG-G--GTGGG--TCA------AATAG--TCATTTTA-ATT--CTAGTGGGTATGGGTA-----ATAT-TTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGGTC-----TTTTTGCCCAAATTTTATCAGCCGACAGATCAATTAA---GAAAA-AACCAACATGATTTTAAATTATCT--CACAT-GAAA-TTAAGTCACTGCTTC--TATGATATG-ATCTACAAAAAGAATTCCATCTCACTAACAATATCTTTAGAAAATGCTTTTCACTTAATTAAAAGTAAACTTTCCAAACAGAATATCCT-AAG-CATACTT-TTTCACT-CAGTGTTGAAGTGAAACAAATATGACAGAGGTTGTTGCTGTGTATAAAATACAGGATGA-G-TT----------------T------GT---A----T-----AATT--T-TTATTCTGACGGTGAAGGGTGCAAAGT--CA---AC--TAAAACTCTGGTGG-TGGTACCTCATA----AACTAATAAAAATTCT-ATTGGTAGTACCCT---A-A---A-AATAAT-TCCAG---CTA---------AC-CC-----C-T---TC--CCCA---------TGAGA-TTTT--TT-CCTGGAATAGCCCT
gi|3 : ATTCCAGGAAAAAATCTCCG-G---G--------GAG-GCA-T-GGGGT
gi|8 : tttcaataaaaaaaatcttattgttgggtgttgtcttcaagtatagacatttttatttttgacctgtgagaattaaatgtgttctagttgatgtgggtatacatttaataaaaattatttcggtatgaggtatttttgttagaattatatcagcagaaagattaattaaaaaaataacacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgcttctatgatctacaaaaagaattacatctcacttcattgaaactaaactttccaaacagaatattctaagcatactttttcactcagggttgaagtgtaacaaacatggcagaggctattatgtacaaaatacaggataaggtttacatacaatgtcatgtatataatttttattctggtggtggagggtgccaagtcaactaaaattctggtggtggtacctcaaaactaattaaaattctcattctggtaccctaaatattaattctagttccATTCCAGAAAAAAATCTCAG-G---GCCAGAGGGGAG-G---T-GGGGTC----AG---AACTTGA-C-CC-----TAT-TTTT---TTACTGGT-GGTG--GTGAG--TAA------AGTAG--TCATTGTA-ATT--CTGGTGGGTGTGGGTT------TGT-TTTAATAAAAATTATCATGG-CGTGTGGTA-----TTTATGCCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTTA---AAAAA-AAC----ATGATTTTAATTAATCT--GACAT-GGAA-TTAAGTCGCTGCTTC--TA--A---G-ATCTACAAAAAAAATTGCATCTCACTAAAAATGTTTTTAAATAAAACTTTTCA-TTCATTGAAACCAAAATTT---------------------CATATTT-TTTCACT-CAGCGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAA-G-GT----------------T------ag
gi|15 : tATTCCAGGGAAAAATCTCAG-G--------------G-A---T-A-------TAGG---AACTAGA-C-CTCTTTTT-T-TTTT---TTACTGAT-GGAG--GCGGG--TAA------AACAA--TC-------ATT--CTGGTGGATGTGGAT------ATAT-TTTATTAAAAAcacaaata
gi|16 : tATTCCAGGAAAAA-TATCAG-G---G--------GGG-A---T--GGGTCG----G---AACTGAA-TACT-----A-T-TTTT---aaaaattgtcagcattttttatttcaatttcatttgtataa
gi|11 : aagggctCAGGAAAAAATCTCAG-G---G--------GGGAG---T-GGG--TGGTGGGCTTATCTGGA-C-CC-----TAT-TTGT---TTACTGGT-GGTG--GTGGG--TAA------AATAG--TCATTTTA-ATT--CTGTTAAGTGTGAGTA-----A-GT-TTTAA-AATAATTATGTCGG-TGAGACGTA-----TTTTTGTCTGAAATTTATCAGCAGAAAGATTAATTAA---AAgatagatgtgcgtatatatttgaataacaattatcttggaggtgagggcggctatttttgtcaaaattttatcagcagaaagactgat
gi|9 : tatatAGAAAAAAGTCTCAG-G---G--------GGG-T---T-GGGG--GTCA-G---AACTGAA-T-CC-----T-T-TTTTAACTT-GTGGT----G--ATGGG--TAA------AATAG--TCATTTTA-ATT--CTGGTGGATTTGAGTATACATGTAT-TTTAATTAAAGTTATCTTGG-TGTTCGATG-----TTTTTGTCCAAATTTTAACAGCAGAAAGATTATTTATCGTGAAAA-ACCCAACATGATTTTAATTTATCT--CACAT-GGAA-TTAAGTCACTGCTTC--TATGAC------CTACAAAAAGAATTGCATCTCACTAACAATATTTTTAGAAAATACTTTTCACTCTATTGTAACTTAACTTTCCACACAGAATATTCT-AAG-CATACTC-TTTCACT-GTGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGG
gi|6 : ggctattcaaGAAAAAGATCTCAG-GGATT--------GGG-GGAGT-AGGGCCG----G---AACTGGG-C-CC-----TAT-TTTT---TTACTGGT----G--GTAGG--TAA------AATAG--TTGTTTTA-ATT--CTGGTTGATGTGGGTA------TAT-TTTAATTAAAAATATCTTTG-TGTGGGGTC-----TTTTTATTAGAATTTTATCAGCAGAAAGATTGATT-----TAAAA-AAC--ACATGATTTCGA-TTATCT--TGCAT-GGAA-TTAAGTCACTGCTTC--CATGA------TCTACAAAAAGAATTGCATCTCCCTAACAATATTTTTAGAAAATAATTTTCACAAAATTGGAAATAAACTTTCCATACAGAGTATCTT-AAG-CATACTT-TTTCACT-CAGTGTTGAAGTAAAACAAAAATGGCAGAGGTTAATGC---GTACAAAATACAGGATGAGG-TT----------------C------AT---AT---T-----TATTAGTATTATGGTGGTGGTGGATGGTGCTAAGTTATA---AT--TAAAATTCT
gi|3 : tAAAAAATCTTATTG---T--------TGG-G---T-GTTGTCTTCAAG---TA-TAGA-C-AT-----T-T-TTAT---TT-TTGAC-CT-G---TGAGAATTA------AAT-G--T--------GTT--CTAGTTGATGTGGGTA------TACATTTAATAAAAATTATTTCGG-TATGAGGTA-----TTTTTGTTAGAATTATATCAGCAGAAAGATTAATTAA---AAAAATAAC--ACATGATTTTAATTTATCT--CACAT-GGAA-TTAAGTCACTGCTTC-------TATG-ATCTACAAAAAGAATTACATCTCACT-------TCATT-GAAA---CT------------------AAACTTTCCAAACAGAATATTCT-AAG-CATACTT-TTTCACT-CAGGGTTGAAGTGTAACAAACATGGCAGAGGCTAT---TATGTACAAAATACAGGATAAGG-TTTACATACAATGTCATGT------AT---A----T-----AATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGCCAAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTCA-A----AACTAATTAAAATTCTCATT-CTGGTACCCT---A-A---ATATTAAT-TCTAGTT-CCA---------CC-CCATG--C-C---TC--CCCG----------GAGA-TTTT--TT-CCTGGAATAG
gi|5 : tttcaataaAAAAAT-CTTAG-G------------GGG-G---CAGGGGTTG----G---AACTGAACT-CT-----T-TATATT---TA-CTGGT-GGCG--GTGGG--T
gi|1 : tcctgtt-----T-C-TTTT---TA-CTGGGGCT-G--GTGGG--TAA------AATAGACTCA--TGA-AT------ATGG---TGGGT------ATAT-TTAAATAGAAATTATCTTGG-TGC-AGGTA-----TTTTTGTCCCAGTTTTA--A------AGATTAATT---------A-AACAAACATGATTTTAATTTATCT--CACAT-GGAA-TTAAGTCACTGTTTT--TATGAT----CTCCAC------ACTTTCCTCTCACTAACAATATTTTTAGAAAATAC-TTTCACTTTATTTAAATGAAAATGTCCACACAGAATATCCT-AAG-CATACTT-TTTCACA-GAGTATTGAAGCAAAACAAACCTGGCAGAGGTTAT---TGTGTACAAAGTTCATGGTGAGG-TT----------------C------GTCAGA----T-----CATT--C-CTATTCTGATGGTG-AGGGCTCTACGG--AA---AT--TAAAGTTCTGATGGTTGGTG-CTC-TACCGCAACT----AAAATTC----TGGTGATACTTC---A-AACTA-AATAAatattttaaaacaatttatcttggtgggtctttttgtctgaattttattagcaaaaagattaattaaaaaaaaaaacatgatttagatttatctcgcatgaaattgagtcactgcttctatgatctacatgtacaaacagaattgcacctcactaacaatatttttagaaaatacttttcactctattgaaactaaacttaccaaacagaatatcctaaaaaatactttttcactcagtgttgaagtaagacaaacatgaaagaggttattgtgtacaaaatacaggataaggttcacatacataatttttattctggtggtggagggtgctaggtcaactaaaattcttgtgatggtacctcagaacttattaaaattatggtgtcagt
gi|7 : agcagagggggaaatgagggtccaaacta---TT-CTGGT--G-GTAGTGGG--TAA------AATAG--TCATTTTA-ATT--CTGGTGGGAGTAGGTAT----AT-T-TTTTATAAAAATTACCTTGT-TGTGGTGTA-----TGTTTGTCCAAATTTTATCAACAGAAAGATTAATTA--------------AACATG-----AAATT-------------------AAGTCACTGCTTC--TAT------------------------CATCTCACTAACAATATTTTGAGAAAATACATTTCACTCTATTaattctgttggtgatacctcaaacctaaataaaattctggtggtggtaccatagaaataattctagttccgacgcccctccgagatattatacttggaatagccct
gi|16 : G-G--ATGGG--TCGGAACTGAATAC--T-ATTTT--------TGATAGATGTGCGTAT----ATAT-TTGAATAACAATTATCTTGGAGGTGAGGGCGGCTATTTTTGTCAAAATTTTATCAGCAGAAAGAgtacaaaatacaggatgaggtacacatacatcatttttattctggtggtggagggtgctaagtcaacttagataatggtggtggtacctcaaaactaattaaagttctggtggtggtaccctaaaaataattccagttacgacaatacatcctccatcccccccacccccctactgagacttttccttggactaaccctta
gi|23 : aagggctattccaggaaaaatatcagggg-G--GTGGG--TAA------AATAG--CCATTTTA-ATT--CCAGTAGGTGTctgat
gi|4 : gcggtTTTTA------CTGGTGGTGGTGGATA------TGT-TTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGGTC-----TTTTTGTCCGAATCTTATCAGC--------------A---GAAAA-AT------TGATTTTAATTTATCT--TACAT-GGAA-TTAAGTCACTGCTTC--TATGAT------CCACAAAAAGAATTGCATCTCACTAACAATATGTTTAGAAACTATTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCAAACAGAATGTCCT-AAT-CAAACTT-TTTCACT-CAGTGTTGAAGTGAAACAAACAT----GAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGTTGA-G-GT----------------TCACATAAT---A----TTATAAAATC--T-TTATTCTGGTGGTGAAGGGTGGTAAGT--CATCTACTGTAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTCA-A----AAGTAATAAAAATTCA-GGTGGTGGTACCCT---AGA---A-AATAAT-TCTAG---TC-----------C-CC-----CAC---CC--CCCAC--------CGAGA-TTTTCCTC-CCTGGAATAGCCCT
gi|5 : aaaaaatctcgagaatcggaactggatcttatttTTTATATTTACTGGTGGCGGTGGGTA------TAT-TTTAAAACAATTTATCTTGG-TG---GGTC-----TTTTTGTCTGAATTTTATTAGCAAAAAGATTAATTAA---AAAAA-AA--AACATGATTTAGATTTATCT--CGCAT-GAAA-TTGAGTCACTGCTTC--TATGATCTACATGTACAAACAGAATTGCACCTCACTAACAATATTTTTAGAAAATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTACCAAACAGAATATCCTAAAA-AATACTT-TTTCACT-CAGTGTTGAAGTAAGACAAACATGAAAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGG-TTCACA------------T------AC---A----T-----AATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGCTAGGT--CA---AC--TAAAATTCTTGTGA-TGGTACCTCA-G----AACTTATTAAAATTta
gi|18 : tcctgttaaaaatcttaggggggcaggggttggaactgaactcCAACATGACTTTAATTTATCTTGCACA--GAAATTTGAGTCACTGTTTCAGT-TAATATG-ATatggtgtcagt
gi|20 : CAACACAATTTTTGTTCATCT--CGCACAGAAT-TTAGGTCACTGTTTC--TAT--TAT-----TACAAAAAAAAagacactcatgaaagttctcactcgcgccattttt
gi|17 : aATCT--CACAT-AGAA-TTAAGCCACTGCTT-------ATATG-ATCTACAAAA-GAATTTCATCCCGCTAACAATATTTTTACAAAATACTTTCCACTCTATTGAAACTAAAATTTCCGCACAGAATATCCT-AAG-CATAC-T-TTTCACT-Cgt
gi|10 : cATCT--CAAAT-GGAA-TTAAG-CACTGCTT-------ATATG-ATCTACAAAA-GAATTTCATCCCGCTAACATTATTTTTACAAAATACTTTCCACTCTACTGAAACTAAAATTTCCACACAGAATATCGT-AAG-CATAC-T-TTTCACT-CA
gi|8 : cACACAATAACCT-CTGTCATGTTTGTTTCACTTCAACGCTGA-GTGAAA-AAATATGAaaaatacagggtgaggttcacaattttaatttttattttggtggtgggggctttaaggcaatgatgattcaagtggtggtaccct
gi|14 : tattccagaaaaaaatctcagggccagaggggaggtggggtcagaacttgaccctatttttttactggtggtggtgagtaaagtagtcattgtaattctggtgggtgtgggtttgttttaataaaaattatcatggcgtgtggtatttatgcccgaattttatcagcagaaagattaatttaaaaaaaacatgattttaattaatctgacatggaattaagtcgctgcttctaagatctacaaaaaaaattgcatctcactaaaaatgtttttaaataaaacttttcattcattgaaaccaaaatt-CATACTT-TTTCACT-TATTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAATATAC---ATGA-G-GT----------------TCACAA-AT---A----T-----CATT--T-TTATTCTGGTTGTGGGGGGTGCTAAGT--CA---Aacaaaatacaggataaggttcacaaata
gi|12 : gttcacaaatataattttcgctcacttgaaactaactttGTTATTGGGCATAAAATACTGGTTCA-C-AT----------------T-------T---A----T-----AATT--T-T-ATTTTGGTGGAGGATGGTGCAATAA--AA---AT--TAAAACTCTGATGG-CAGTACCTCA-A----AACTAATAAAAATACT-GATGGTGCTCCCCCCTAA-A---A-AATAGT-T-CAG---ATA---------A----------------------A---------TCAGA-GATT--TT-CCTGGAATAGTCC
gi|7 : TGTACAAAATACAGGATGA-G-GTACACA-----------T------AC---A----T-----CATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGCTAAGT--CA---AC--TTAGATAATGGTGG-TGGTACCTCA-A----AACTAATTAAAGTTCT-GGTGGTGGTACCCT---A-A---A-AATAAT-TCCAG---TTACGACAATACAT-CCTCCATC-C---CC--CCCACCCCCCTACTGAGA-CTTT--TC-CTTGGACTAACCCT
gi|10 : ttctggtggtagtgggtaaaatagtcattttaattctggtgggagtaggtatattttttataaaaattaccttgttgtggtgtatgtttgtccaaattttatcaacagaaagattaattaaacatgaaattaagtcactgcttctatcatctcactaacaatattttgagaaaatacatttcactctatAAAATACAGGGTGA-GGTT----------------C------AC---AATTTT-----AATT--T-TTATTTTGGTGGTGGGGGCTTTAAGG---CA---AT--GATGATTCAAGTGG-TGGTACCta
gi|1 : catctcaaatggaattaagcactgcttatatgatctacaaaagaatttcatcccgctaacattatttttacaaaatactttccactctactgaaactaaaatttccacacagaatatcgtaagcatacttttcactcaCAAACT--AA---A---TAAAATTCTGTTGG-TGATACCTCA-A----ACCTAAATAAAATTCT-GGTGGTGGTACCAT---A-G---A-AATAAT-TCTAGTT-CCG---------ACGCC-----C-C---TC--C-------------GAGA-TATT--ATACTTGGAATAGCCCTct
gi|13 : agcagagggggaaatgagggtccaaactatctttttactggggctggtgggtaaaatagactcatgaatatggtgggtatatttaaatagaaattatcttggtgcaggtatttttgtcccagttttaaagattaattaaacaaacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgtttttatgatctccacactttcctctcactaacaatatttttagaaaatactttcactttatttaaatgaaaatgtccacacagaatatcctaagcatactttttcacagagtattgaagcaaaacaaacctggcagaggttattgtgtacaaagttcatggtgaggttcgtcagatcattcctattctgatggtgagggctctacggaaattaaagttctgatggttggtgctctaccgcaactaaaattctggtgatacttA---AT--TAAAATTTTGGAGG-TTATGCCTCA-A----AACTAATTAGTATTCT-AGTGGTGGTCTCCTT--A-C---C-AATATT-TTCTGTTCCTA---------CC-CA-----C-A---CC--CCCA-----------AAA-CTTT--TT-CCTGGAATAACC
gi|10 : caagtaaacttctgatagtgatgtctccaaaaaaaaaaaaaaATTTTGGTGG-TGGGGGCTT-TA----AGGCAATGATGATTCA-AGTGGTGGTACCCT---a
gi|9 : catctcaaatggaattaagcactgcttatatgatctacaaaagaatttcatcccgctaacattatttttacaaaatactttccactctactgaaactaaaatttccacacagaatatcgtaagcatacttttcactcaaaaatacagggtgaggttcacaattttaattttt---A-A---A-AAGGAT-TC-AGTT-CTG---------AC-CC-----C-CAA-CC--CCCC---------TGAGACTTTT--TT-CTTTGAATAGCC
gi|15 : ---A-A---A-AAGAGG-TCTAG---TT--------------C-----C-TATATC--CC-----------TGAGA-TTTT--TC-CCTGGAATAtaacttgtggtgatgggtaaaatagtcattttaattctggtggatttgagtatacatgtattttaattaaagttatcttggtgttcgatgtttttgtccaaattttaacagcagaaagattatttatcgtgaaaaacccaacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgcttctatgacctacaaaaagaattgcatctcactaacaatatttttagaaaatacttttcactctattgtaacttaactttccacacagaatattctaagcatactctttcactgtgtgttgaagtgaaacaaacatgacagagg
gi|16 : ---A-A---A-AATAGTATTCAGTT-CCG---------AC-CC-----A-T---CC--CCCC---------TGATA-TTTT--T--CCTGGAATAGCCCTtttttttactgatggaggcgggtaaaacaatcattctggtggatgtggatatattttattaaaaaaaaaattgtcagcattttttatttcaatttcatttgtataa
gi|11 : a---A-GATAAG-CCCAC---C-----------AC-CCA----C-T---CC--CCCC---------TGAGA-TTTT--TT-CCTGATATAgatagatgtgcgtatatatttgaataacaattatcttggaggtgagggcggctatttttgtcaaaattttatcagcagaaagactgat
gi|22 : -AATAAT-TCCAG---T--------------CC-----C-C---CC--ACCAC--------TGAGA-TATT--TT-CCTGGAATAGCCCTggaccctatttgtttactggtggtggtgggtaaaatagtcattttaattctgttaagtgtgagtaagttttaaaataattatgtcggtgagacgtatttttgtctgaaatttatcagcagaaagattaattaaaa
gi|8 : ctaCCAC---CT-----------C-CC-----C-T---CTGGCCC----------TGAGA-TTTT--TT-TCTGGAATA
gi|21 : ---TC--CCCC---------TGGGA-TTAT--TT-CCTGGAATAGCggtcagaacttgaccctatttttttactggtggtggtgagtaaagtagtcattgtaattctggtgggtgtgggtttgttttaataaaaattatcatggcgtgtggtatttatgcccgaattttatcagcagaaagattaatttaaaaaaaacatgattttaattaatctgacatggaattaagtcgctgcttctaagatctacaaaaaaaattgcatctcactaaaaatgtttttaaataaaacttttcattcattgaaaccaaaatttcatattttttcactcagcgttgaagtgaaacaaacatgacagaggttattgtgtacaaaatacaggataaggttcacaaata
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGTTCCATGAAAAAAATCTCAGGAACAGGACCCTATTTTATTTTACTGGTTGTGATTAGTAAAATAGTTATCCTAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777 222222222 22 2222222 33333 222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111 33333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4 000000000000000000000000000000 666 55 444444444 3 0 55 555 555 44 2 6666666 3 3 1 99999 1 8888 22222 1 1 77 3 999999999999 555 2 3 3 3 3 1 5 3 777 7777777777777777777777777777777777777777777777777 55 4 55 55 555 555 555 3 666666666 4 4444 4 3 3 6 33333333333333333333333333333333333 77 55
lowQualScore : . .............................. ... .. ......... . . .. ... ... .. . ....... . . . ..... . .... ..... . . .. . ............ ... . . . . . . . . ... ................................................. .. . .. .. ... ... ... . ......... . .... . . . . ................................... .. ..
lowQualScore : 4 333333333333333333333333333333 444 00 444444444 6 3 88 444 888 66 2 9999999 3 6 2 11111 0 5555 55555 4 8 33 4 222222222222 444 2 8 3 3 6 4 1 6 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888 55 0 00 00 888 444 444 6 000000000 0 7777 0 6 6 6 55555555555555555555555555555555555 88 55
consensus : ATTCCAGGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GGG-TCG--AGG---AACTG--GACCC-----TA-TTT-TTTTACTGGTGGT-GGTGGGT---AA---AATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----ATA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA----AAAAAA--AC-AACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATACTTTTTCACTCAGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGG----------TT----------------C----AT---A----TA----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
Reference ( family-5609 ) : ATTCCAGGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GGG-TCGC-AGG---AACTG--GACCC-----T--TTT-TTTTACTGGTGG--GGTGGGT---AA---AATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----ATA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TNTTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA----AAAAAA-AAC-AACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCACACAGAATATCCT-AAGCATACTTTTTCACTCAGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGG----------NT----------------T----AT---A----TA----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------NTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|1 : CAGAG--------GGG-GAAATGAGGG-TC-C-A-----AACTA---------------TCT-TTTTACTGG-GGCTGGTGGGT---AA---AATAGACTCAT---GAATATGGTGGGT------------ATA-TTTAAATAGAAATTATCTTGG-TGCAGG------TATTTTTGTCCCAGTTTTA--------AAGATTAATTA----AACAAA-------CATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGTTTTTA--TGATCT----CCACA---C------TTTCCTCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTT-CACTTTATTTAAATGAAAATGTCCACACAGAATATCCT-AAGCATACTTTTTCACAGAGTATTGAAGCAAAACAAACCTGGCAGAGGTTAT---TGTGTACAAAGTTCATGGTGAGG----------TT----------------C----GTCAGA----TC----ATT--C-CTATTCTGATGGT-GAGGGCTC--T--ACGG--AA---AT--TAAAGTTCTGATGGTTGGTGCTCT---------A-CCGC-AACTAAAATTCTGGTGATACTTCA-AACTA-AA-TAAAAT-TC
gi|1 : agATTCTGGTGATA-------C--TTCAAAC--TA---AA--TAAAATTCTGTTGG-TGATACCTC---------A-AACCTAAATAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCATA-GA-AATAAT-TCTAGTTCCGAC-------GC-----C---CCTCC------------GAGATATTA--TACTTGGAATAGCCCTtgttggtgatacctcaaacctaaataaaattctggtggtggtaccatagaaataattctagttccgacgcccctccgagatattatacttggaatagccct
gi|10 : agcagagggggaaatgagggtccaaactatctttttactggggctggtgggtaaaatagactcatgaatatggtgggtatatttaaatagaaattatcttggtgcaggtatttttgtcccagttttaaagattaattaaacaaacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgtttttatgatctccacactttcctctcactaacaatatttttagaaaatactttcactttatttaaatgaaaatgtccacacagaatatcctaagcatactttttcacagagtattgaagcaaaacaaacctggcagaggttattgtgtacaaagttcatggtgaggttcgtcagatcattcctattctgatggtgagggctctacggaaattaaagttctgatggttggtgctctaccgcaactaaaATCTCAAATGGAA--TTAAG-CACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACATT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTACTGAAACTAAAATTTCCACACAGAATATCGT-AAGCATAC-TTTTCACTCA
gi|10 : cAAAATACAGGGTGAGG----------TT----------------C----AC---AATTTTA----ATT--T-TTATTTTGGTGGTGG-GGGCTT--T--AAGG--CA---AT--GATGATTCAAGTGG-TGGTACCaaaatacagggtgaggttcacaattttaatttttattttggtggtgggggctttaaggcaatgatgattcaagtggtggtaccct
gi|11 : catctcaaatggaattaagcactgcttatatgatctacaaaagaatttcatcccgctaacattatttttacaaaatactttccactctactgaaactaaaatttccacacagaatatcgtaagcatacttttcactcaCAGGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGGAG---TG-GG--TGGT-GGGCTTATCTG--GACCC-----TA-TTT-GTTTACTGGTGGT-GGTGGGT---AA---AATAG--TCATTTTAATTCTGTTAAGTGTGAGTA-----A-G-TTTTAA-AATAATTATGTCGG-TGAGACG-----TATTTTTGTCTGAAATTTATCAGCAGAAAGATTAATTA----AAAct
gi|12 : tatatGTTAT---TGGGCATAAAATACTGGTTCACA----------TT----------------T----AT---A----------ATT--T-T-ATTTTGGTGGAGGATGGTGCAAT--AAA----A---AT--TAAAACTCTGATGG-CAGTACCTC---------A-AAACTAATAAAAATACTGATGGTGCTCCC-CCCTA-AA-A--AAT----AGTTCAGAT-------AA-----A---TCA--------------GAGA---TT--TTCCTGGAATAGTCC
gi|13 : --CA---AG--TAAACTTCTGATAG-TGATGTCTCCAAAAAAAAA-AAAAAAATTAAAATTTTGGAGGTTAT--G-CCTCA-AA-ACTAAT-T
gi|13 : A---AT--TAAAATTTTGGAGG-TTATGCCTC---------A-AAACTAATTAGTATTCTAGTGGTGGT--CTCCTTA-CC-AATATT-TTCTGTTCCTAC-------CCA----C---ACCCCC---------A--AAAC-TTT--TTCCTGGAATAACCagtattctagtggtggtctccttaccaatattttctgttcctacccacacccccaaaactttttcctggaataacca
gi|14 : caagtaaacttctgatagtgatgtctccaaaaaaaaaaaaaaTTCACAAATATAATTTTCGCTCACTTGAAACTAA-CTTTC--------------------ATACTTTTTCACTTATTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAATATAC---ATGAGG----------TT----------------CACAAAT---A----TC----ATT--T-TTATTCTGGTTGTGGGGGGTGC--T--AAGT--CA---Aa
gi|15 : gATTCCAGGGAAAAA-TCTCAGGG--------A---------------TAT-AGG---AACTA--GACCTCTTTTT--TTT-TTTTACTGATGGA-GGCGGGT---AA---AACAA--TCATT------CTGGTGGATGTGGAT------ATA-TTTTATTAAAAA
gi|16 : tA-AA-AATAGTATTCAGTTCCGAC-------CC-----A---TCCCCC---------CTGATA--TTT--TTCCTGGAATAGCCCTaaaaattgtcagcattttttatttcaatttcatttgtataa
gi|16 : aGGGGG--GATGGGTCGGAACTGAATAC--T-ATTTT-----TGATAGATGTGCGTAT----ATA-TTTGAATAACAATTATCTTGGAGGTGAGGGCGGCTATTTTTGTCAAAATTTTATCAGCAGAAAGACTGATgatagatgtgcgtatatatttgaataacaattatcttggaggtgagggcggctatttttgtcaaaattttatcagcagaaagactgat
gi|17 : aagggctattccaggaaaaatatcaATCTCACATAGAA--TTAAGCCACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACAAT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTATTGAAACTAAAATTTCCGCACAGAATATCCT-AAGCATAC-TTTTCACTC
gi|18 : cC-AACATGACTTTAATTTATCTTGCACAGAAATTTGAGTCACTGTTTC-AGTTAATATG-ATAGACACTCATGAAAGT----TCTCACTCGCGCC-ATTTTT
gi|19 : -TCTC-AGG---AACAG--GACCC-----TATTTTATTTTACTGGTTGT-GATTAGT---AA---AATAG--TTATCCTAATTTTG
gi|2 : tgttccatgaaaaaaaATTCCAGGAAAAAT-TCTCAGGT--------GGG-G---TG-GGG-TTGTTAAG---AACTG--TATCT-----T--TTT-TTTT-CTGGCCG--GGTGGGT---CA---AATAG--TCATTTTAATTCTAGTGGGTATGGGTA-----ATA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGCCCAAATTTTATCAGCCGACAGATCAATTA----AGAAAA-AACCAACATGATTTTAAATTATCTCACATGAAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTCCATCTCACTAACAAT-ATCTTTAGAAA-ATGCTTTTCACTTAATTAAAAGTAAACTTTCCAAACAGAATATCCT-AAGCATACTTTTTCACTCAGTGTTGAAGTGAAACAAATATGACAGAGGTTGTTGCTGTGTATAAAATACAGGATGA-G----------TT----------------T----GT---A----TA----ATT--T-TTATTCTGACGGTGAAGGGTGC--A--AAGT--CA---AC--TAAAACTCTGGTGG-TGGTACCTC---------ATAAACTAATAAAAATTCTATTGGTAGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAG--CTAAC-------CC-----C---TTCCCC---------ATGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|20 : AC-AACACAATTTTTGTTCATCTCGCACAGAAT-TTAGGTCACTGTTTCTA--T--TAT-----TACA---AAAAAAA
gi|21 : CCAGTTCCGAC-------TC-----C---CCC-------------TGGGAT-TAT--TTCCTGGAATAGCgt
gi|21 : ATTCCAGGAAATAA-TCCCAGGG-----------------G-GAG-TC----GG---AACTGGTGACAT-----T--TCT-TTTTtgacatttctttttgtttttaattaat
gi|22 : gct-AATAAT-TCCAGT-----C-------CC-----C---CCACCA---------CTGAGAT-ATT--TTCCTGGAATAGCCCTgtttttaattaat
gi|23 : cta--GGTGGGT---AA---AATAG--CCATTTTAATTCCAGTAGGTGT
gi|3 : gcggtTTCTAGTTGATGTGGGTAT----ACA-TTT-AATAAAAATTATTTCGG-TATGAGG-----TATTTTTGTTAGAATTATATCAGCAGAAAGATTAATTA----AAAAAATAAC--ACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC-------TATG-ATCTACA---AAAAGAATTACATCTCACT-----TCATT----GAA----ACT-------------AAAC-----TTTCCAAACAGAATATTCT-AAGCATACTTTTTCACTCAGGGTTGAAGTGTAACAAACATGGCAGAGGCTAT---TATGTACAAAATACAGGATAAGG----------TTTACATACAATGTCATGT----AT---A----TA----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--C--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTCATTCTGGT--A-CCCTA-AATATTAAT-TCTAGTTCC-AC-------CC-----CATGCCTCCC---------CGGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAG
gi|4 : tttcaataaaaaaaatcttattgttgggtgttgtcttcaagtatagacatttttatttttgacctgtgagaattaaatgtgAAAAAA-TCTCGAGA--------A--------------TCG----G---AACTG--GATCT-----TA-TTT-TTTTACTGGTGGT-GGTGGAT---A
gi|4 : TTTTA---CTGGTGGTGGTGGATA------TG-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGTCCGAATCTTATCAGCAGAAAAATT-------------------------GATTTTAATTTATCTTACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAT------CCACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATGTTTAGAAA-CTATTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCAAACAGAATGTCCT-AATCAAACTTTTTCACTCAGTGTTGAAGTGAAACAAACAT----GAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGTTGAGGTTCACATAATAT----------------T----AT---A----AA----ATC--T-TTATTCTGGTGGTGAAGGGTGG--T--AAGT--CATCTACTGTAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAAGTAATAAAAATTCAGGTGGTGGT--A-CCCTAGAA-AATAAT-TCTAGTCCC--C-------CA-----C---CCCCCA---------CCGAGAT-TTTCCTCCCTGGAATAGCCCTtgttttaataaaaattatcttggtgtggggtctttttgtccgaatcttatcagcagaaaaattgattttaatttatcttacatggaattaagtcactgcttctatgatccacaaaaagaattgcatctcactaacaatatgtttagaaactatttttcactctattgaaactaaactttccaaacagaatgtcctaatcaaactttttcactcagtgttgaagtgaaacaaacatgaggttattgtgtacaaaatacaggttgaggttcacataatattataaaatctttattctggtggtgaagggtggtaagtcatctactgtaaaattctggtggtggtacctcaaaagtaataaaaattcaggtggtggtaccctagaaaataattctagtcccccaccccccaccgagattttcctccctggaatagccctta
gi|5 : aaaaaatctcgagaatcggaactggatcttatttAAAAA-TCTTAGGG--------GGG-C---AG-GGG-TTG----G---AACTG--AAC------------T-CTTTA--------------------------TA-------TTTA---CTGGTGGCGGTGGGTA------TA-TTTTAAAACAATTTATCTTGG-TG---GG-----TCTTTTTGTCTGAATTTTATTAGCAAAAAGATTAATTA----AAAAAA-AA--AACATGATTTAGATTTATCTCGCATGAAA--TTGAGTCACTGCTTCTA--TGATCTACATGTACA---AACAGAATTGCACCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTACCAAACAGAATATCCTAAAAAATACTTTTTCACTCAGTGTTGAAGTAAGACAAACATGAAAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGG----------TTCACA------------T----AC---A----TA----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AGGT--CA---AC--TAAAATTCTTGTGA-TGGTACCTC---------A-GAACTTATTAAAATTATGGTGta
gi|6 : tcctgttGAAAAAGA-TCTCAGGGATTGGG--GGA-G---TA-GGG-CCG----G---AACTG--GGCCC-----TA-TTT-TTTTACTGGTGG----TAGGT---AA---AATAG--TTGTTTTAATTCTGGTTGATGTGGGTA------TA-TTTTAATTAAAAATATCTTTG-TGTGGGG-----TCTTTTTATTAGAATTTTATCAGCAGAAAGATTGATTT----AAAAAA---C-A-CATGATTTCGATT-ATCTTGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCCA--TGA------TCTACA---AAAAGAATTGCATCTCCCTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATAATTTTCACAAAATTGGAAATAAACTTTCCATACAGAGTATCTT-AAGCATACTTTTTCACTCAGTGTTGAAGTAAAACAAAAATGGCAGAGGTTAA---TGCGTACAAAATACAGGATGAGG----------TT----------------C----AT---AT---TT----ATTAGTATTATGGTGGTGGTGGATGGTGC--T--AAGTTATA---AT--TAAAATTCTtcagt
gi|7 : tCTGGTGGT-AGTGGGT---AA---AATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGAGTAGGT------ATATTTTTTATAAAAATTACCTTGT-TGTGGTG-----TATGTTTGTCCAAATTTTATCAACAGAAAGATTAATTA---------------AACATGA--------------------AA--TTAAGTCACTGCTTCTA--T---------------------------CATCTCACTAACAAT-ATTTTGAGAAA-ATACATTTCACTCTATTG
gi|7 : ttTGTACAAAATACAGGATGAGG----------TA----------------C----AC---A----TACATCATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TTAGATAATGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAGTTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTACGACAATACATCCTCCATC---CCCCCCACCCCCCTACTGAGAC-TTT--TCCTTGGACTAACCCTtacaaaatacaggatgaggtacacatacatcatttttattctggtggtggagggtgctaagtcaacttagataatggtggtggtacctcaaaactaattaaagttctggtggtggtaccctaaaaataattccagttacgacaatacatcctccatcccccccacccccctactgagacttttccttggactaaccctta
gi|8 : ttctggtggtagtgggtaaaatagtcattttaattctggtgggagtaggtatattttttataaaaattaccttgttgtggtgtatgtttgtccaaattttatcaacagaaagattaattaaacatgaaattaagtcactgcttctatcatctcactaacaatattttgagaaaatacatttcactctatATTCCAGAAAAAAA-TCTCAGGGCCAGAGGGGAG-G---TG-GGG-TCA----G---AACTT--GACCC-----TA-TTT-TTTTACTGGTGGT-GGTGAGT---AA---AGTAG--TCATTGTAATTCTGGTGGGTGTGGGT------TTG-TTTTAATAAAAATTATCATGG-CGTGTGG-----TATTTATGCCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTT----AAAAAA-----AACATGATTTTAATTAATCTGACATGGAA--TTAAGTCGCTGCTTCTA----A---G-ATCTACA---AAAAAAATTGCATCTCACTAAAAAT-GTTTTTAAATA-AAACTTTTCATTC-ATTGAAACCAAAATTT--------------------CATATTTTTTCACTCAGCGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGG----------TT----------------C----AC---A-----A----ATta
gi|9 : tATTCAAAGAAAAAAGTCTCAGGG--------GGG-T---TG-GGGGTCA----G---AACTG--AATCC-----T--TTT-TTA-ACTTGTGGT-GATGGGT---AA---AATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGATTTGAGTATACATGTA-TTTTAATTAAAGTTATCTTGG-TGTTCGA-----TGTTTTTGTCCAAATTTTAACAGCAGAAAGATTATTTATCGTGAAAAA-CCC-AACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAC------CTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGTAACTTAACTTTCCACACAGAATATTCT-AAGCATACTCTTTCACTGTGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGa
Alignments
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666 1111111 22222222 11111 2222222 222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111 22222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 3 99999999999999999999999999999999999 44 7777 3 44 0000000 44 1 55555555 3 3 99999 1 00000 4444444 1 1 77 3 999999999999 555 2 3 3 3 3 4 3 3 7777 3 777 66666666666666666666666666666666666666666666666 55 4 55 55 555 555 555 3 666666666 4 4444 4 3 3 6 66666666666666666666666666666666666 77 55
lowQualScore : . . ................................... .. .... . .. ....... .. . ........ . . ..... . ..... ....... . . .. . ............ ... . . . . . . . . .... . ... ............................................... .. . .. .. ... ... ... . ......... . .... . . . . ................................... .. ..
lowQualScore : 4 6 11111111111111111111111111111111111 66 1111 5 66 0000000 66 5 11111111 1 6 11111 1 00000 4444444 4 8 33 4 222222222222 444 2 8 3 3 6 6 3 3 1111 3 888 33333333333333333333333333333333333333333333333 55 0 00 00 888 444 444 6 000000000 0 7777 0 6 6 6 88888888888888888888888888888888888 88 55
consensus : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GGG-TCG---GG----AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--CAACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGTT----------------C----AC---A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
Reference ( family-5609 ) : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GGG-TCG--AGG----AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--CAACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGTT----------------C----AT---A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|1 : CAGAG--------GGG-GAAATGAGGG-TCC--A------AACT-------------ATCTT--TTTACTGGGGCTGGTGGGTA-------AAATAGACTCAT---GAATATGGTGGGT------------A-TA-TTTAAATAGAAATTATCTTGG-TGCAGG------TATTTTTGTCCCAGTTTTA--------AAGATTAATTA-----AACAA--A------CATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGTTTTTA--TGATCT----CCACA---C------TTTCCTCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTT-CACTTTATTTAAATGAAAATGTCCACACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACAG-AGTATTGAAGCAAAACAAACCTGGCAGAGGTTAT---TGTGTACAAAGTTCATGGTGAGGTT----------------C----GTCAGA----T----------C----ATT--C-CTATTCTGATGGT-GAGGGCTC--T--ACGG--AA---AT--TAAAGTTCTGATGGTTGGTGCTCT---------A-CCGC-AACTAAAATTCTGGTGATACTTCA-AACTA-AA-TAAAAT-TC
gi|1 : agATTCTGGTGATA-------C--TTCAAAC--TA---AA--TAAAATTCTGTTGG-TGATACCTC---------A-AACCTAAATAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCATA-GA-AATAAT-TCTAGTTCCGAC-------GC-----C---CCTCC------------GAGATATTA--TACTTGGAATAGCCCTtgttggtgatacctcaaacctaaataaaattctggtggtggtaccatagaaataattctagttccgacgcccctccgagatattatacttggaatagccct
gi|10 : agcagagggggaaatgagggtccaaactatctttttactggggctggtgggtaaaatagactcatgaatatggtgggtatatttaaatagaaattatcttggtgcaggtatttttgtcccagttttaaagattaattaaacaaacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgtttttatgatctccacactttcctctcactaacaatatttttagaaaatactttcactttatttaaatgaaaatgtccacacagaatatcctaagcatactttttcacagagtattgaagcaaaacaaacctggcagaggttattgtgtacaaagttcatggtgaggttcgtcagatcattcctattctgatggtgagggctctacggaaattaaagttctgatggttggtgctctaccgcaactaaaATCTCAAATGGAA--TTAAG-CACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACATT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTACTGAAACTAAAATTTCCACACAGAATATCGT-AAGCATAC----TTTTCACTC-A
gi|10 : cAAAATACAGGGTGAGGTT----------------C----AC---AATTTT----------A----ATT--T-TTATTTTGGTGGTGG-GGGCTT--T--AAGG--CA---AT--GATGATTCAAGTGG-TGGTACCaaaatacagggtgaggttcacaattttaatttttattttggtggtgggggctttaaggcaatgatgattcaagtggtggtaccct
gi|11 : catctcaaatggaattaagcactgcttatatgatctacaaaagaatttcatcccgctaacattatttttacaaaatactttccactctactgaaactaaaatttccacacagaatatcgtaagcatacttttcactcaCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGGAG---TG-GG--TGG--TGGGCTTATCTG--GACCC----TATTTG--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGTTAAGTGTGAGTA-----A--G-TTTTAA-AATAATTATGTCGG-TGAGACG-----TATTTTTGTCTGAAATTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAct
gi|12 : tatatGTTAT---TGGGCATAAAATACTGGTTCACATT----------------------T---A----T----------A----ATT--T-T-ATTTTGGTGGAGGATGGTGCAAT--AAA----A---AT--TAAAACTCTGATGG-CAGTACCTC---------A-AAACTAATAAAAATACTGATGGTGCTCCC-CCCTA-AA-A--AAT----AGTTCAGAT-------AA-----A---TCA--------------GAGA---TT--TTCCTGGAATAGTCC
gi|13 : --CA---AG--TAAACTTCTGATAG-TGATGTCTCCAAAAAAAAA-AAAAAAATTAAAATTTTGGAGGTTAT--G-CCTCA-AA-ACTAAT-T
gi|13 : A---AT--TAAAATTTTGGAGG-TTATGCCTC---------A-AAACTAATTAGTATTCTAGTGGTGGT--CTCCTTA-CC-AATATT-TTCTGTTCCTAC-------CC-----A---CACCCC---------C-AAAAC-TTT--TTCCTGGAATAACCagtattctagtggtggtctccttaccaatattttctgttcctacccacacccccaaaactttttcctggaataacca
gi|14 : caagtaaacttctgatagtgatgtctccaaaaaaaaaaaaaaTTCACAAATATAATTTTCGCTCACTTGAAACTAA-CTTTC--------------------ATAC-T--TTTTCACTT-ATTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAATATAC---ATGAGGTT----------------CACAAAT---A----T----------C----ATT--T-TTATTCTGGTTGTGGGGGGTGC--T--AAGT--CA---Aa
gi|15 : gATTCCA-GGGAAAAA-TCTCAGGG--------A--------------TAT--AGG----AACTA--GACCTCTTTTTTTTT--TTTACTGATGGAGGCGGGTA-------AAACAA--TC------ATTCTGGTGGATGTGGAT------A-TA-TTTTATTAAAAA
gi|16 : tA-AA-AATAGTATTCAGTTCCGAC-------CC-----A---TCCCCC---------CTGATA--TTT--TTCCTGGAATAGCCCTaaaaattgtcagcattttttatttcaatttcatttgtataa
gi|16 : aATTCCA-GGAAAAA--TATCAGGG--------GGG-A---T--GGG-TC----GG----AACTG--AATAC----TATTTT-------TGATAGATGTGCGTATATATTTGAATAA--CAATT---ATCTTGG-AGGTGAGGGCG-----GCTA-TTTTTGTCAAAATTgatagatgtgcgtatatatttgaataacaattatcttggaggtgagggcggctatttttgtcaaaattttatcagcagaaagactgat
gi|16 : aagggctTATTTTTGATAGATGTGCGTAT----A-TA-TTTGAATAACAATTATCTTGGAGGTGAGGGCGGCTATTTTTGTCAAAATTTTATCAGCAGAAAGACTGATttatcagcagaaagactgat
gi|17 : aagggctattccaggaaaaatatcaggggggatgggtcggaactgaatacATCTCACATAGAA--TTAAGCCACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACAAT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTATTGAAACTAAAATTTCCGCACAGAATATCCT-AAGCATAC----TTTTCACTC-
gi|18 : c--CAACATGACTTTAATTTATCTTGCACAGAAATTTGAGTCACTGTTTC-AGTTAATATG-ATAGACACTCATGAAAGT----TCTCACTCGCGCC-ATTTTT
gi|19 : TTCCATGAAAAAAA-TCTCAGG------------------------------------AACAG--GACCC----TATTTTATTTTACTGGTTGTGATTAGTA-------AAATAG--TTATCCTAATTTTG
gi|2 : tgATTCCA-GGAAAAAT-TCTCAGGT--------GGG-G---TG-GGG-TTGTTAAG----AACTG--TATCT----T-TTTT--TTT-CTGGCCG-GGTGGGTC-------AAATAG--TCATTTTAATTCTAGTGGGTATGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGCCCAAATTTTATCAGCCGACAGATCAATTA-----AGAAA--AAACCAACATGATTTTAAATTATCTCACATGAAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTCCATCTCACTAACAAT-ATCTTTAGAAA-ATGCTTTTCACTTAATTAAAAGTAAACTTTCCAAACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAATATGACAGAGGTTGTTGCTGTGTATAAAATACAGGATGA-GTT----------------T----GT---A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGACGGTGAAGGGTGC--A--AAGT--CA---AC--TAAAACTCTGGTGG-TGGTACCTC---------ATAAACTAATAAAAATTCTATTGGTAGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAG--CTAAC-------CC-----C---TTCCCC---------ATGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|20 : A--CAACACAATTTTTGTTCATCTCGCACAGAAT-TTAGGTCACTGTTTCTA--T--TAT-----TACA---AAAAAAA
gi|21 : CCAGTTCCGAC-------TC-----C---CCC-------------TGGGAT-TAT--TTCCTGGAATAGCgt
gi|21 : ATTCCA-GGAAATAA-TCCCAGGG-----------------G-GAG-TC----GG----AACTGGTGAC-------ATTTC--TTTtgacatttctttttgtttttaattaat
gi|22 : gct-AATAAT-TCCAGT-----C-------CC-----C---CCACCA---------CTGAGAT-ATT--TTCCTGGAATAGCCCTttgtttttaattaat
gi|23 : ctaGCGGTGGTGGGTA-------AAATAG--CCATTTTAATTCCAGTAGGTGT
gi|3 : TTCTAGTTGATGTGGGTAT----A-CA-TTT-AATAAAAATTATTTCGG-TATGAGG-----TATTTTTGTTAGAATTATATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAAATAA--C-ACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC-------TATG-ATCTACA---AAAAGAATTACATCTCACT-----TCATT----GAA----ACT-------------AAAC-----TTTCCAAACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGGGTTGAAGTGTAACAAACATGGCAGAGGCTAT---TATGTACAAAATACAGGATAAGGTTTACATACAATGTCATGT----AT---A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--C--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTCATTCTGGT--A-CCCTA-AATATTAAT-TCTAGTTCC-AC-------CC-----CATGCCTCCC---------CGGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAG
gi|4 : tttcaataaaaaaaatcttattgttgggtgttgtcttcaagtatagacatttttatttttgacctgtgagaattaaatgtgAAAAAA-TCTCG--------------------A-GAA-TC----GG----AACTG--GATCT----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGATA-------
gi|4 : TTTTA---CTGGTGGTGGTGGATA-------TG-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGTCCGAATCTTATCAGCAGAAAAATT---------------------------GATTTTAATTTATCTTACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAT------CCACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATGTTTAGAAA-CTATTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCAAACAGAATGTCCT-AATCAAAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACAT----GAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGTTGAGGTT----------------C----AC---A----TAATATTATAAA----ATC--T-TTATTCTGGTGGTGAAGGGTGG--T--AAGT--CATCTACTGTAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAAGTAATAAAAATTCAGGTGGTGGT--A-CCCTAGAA-AATAAT-TCTAGTCCC--C-------CA-----C---CCCCCA---------CCGAGAT-TTTCCTCCCTGGAATAGCCCTtgttttaataaaaattatcttggtgtggggtctttttgtccgaatcttatcagcagaaaaattgattttaatttatcttacatggaattaagtcactgcttctatgatccacaaaaagaattgcatctcactaacaatatgtttagaaactatttttcactctattgaaactaaactttccaaacagaatgtcctaatcaaactttttcactcagtgttgaagtgaaacaaacatgaggttattgtgtacaaaatacaggttgaggttcacataatattataaaatctttattctggtggtgaagggtggtaagtcatctactgtaaaattctggtggtggtacctcaaaagtaataaaaattcaggtggtggtaccctagaaaataattctagtcccccaccccccaccgagattttcctccctggaatagccctta
gi|5 : aaaaaatctcgagaatcggaactggatcttatttAAAAA-TCTTAGGG--------GGG-C---AG-GGG-TTG----G----AACTG--AACTC----TTTATA--TTTACTGGTGGCGGTGGGTA----------------TATTTTAA-----------------A-----A-CA-ATTT----------ATCTTGG-T---GGG-----TCTTTTTGTCTGAATTTTATTAGCAAAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--AAACATGATTTAGATTTATCTCGCATGAAA--TTGAGTCACTGCTTCTA--TGATCTACATGTACA---AACAGAATTGCACCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTACCAAACAGAATATCCTAAAAAATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAGACAAACATGAAAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGTT----------------CACATAC---A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AGGT--CA---AC--TAAAATTCTTGTGA-TGGTACCTC---------A-GAACTTATTAAAATTATGGTGta
gi|6 : tcctgtt-GAAAAAGA-TCTCAGGGATTGGG--GGA-G---TA-GGG-CCG----G----AACTG--GGCCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTAG---GTA-------AAATAG--TTGTTTTAATTCTGGTTGATGTGGGTA-------TA-TTTTAATTAAAAATATCTTTG-TGTGGGG-----TCTTTTTATTAGAATTTTATCAGCAGAAAGATTGATTT-----AAAAA--A---CA-CATGATTTCGATT-ATCTTGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCCA--TGA------TCTACA---AAAAGAATTGCATCTCCCTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATAATTTTCACAAAATTGGAAATAAACTTTCCATACAGAGTATCTT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAAACAAAAATGGCAGAGGTTAA---TGCGTACAAAATACAGGATGAGGTT----------------C----AT---AT---T----------T----ATTAGTATTATGGTGGTGGTGGATGGTGC--T--AAGTTATA---AT--TAAAATTCTtcagt
gi|7 : tCTGGTGGTAGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGAGTAGGT------A-TATTTTTTATAAAAATTACCTTGT-TGTGGTG-----TATGTTTGTCCAAATTTTATCAACAGAAAGATTAATTA-----------------AACATGA--------------------AA--TTAAGTCACTGCTTCTA--T---------------------------CATCTCACTAACAAT-ATTTTGAGAAA-ATACATTTCACTCTATTGTA--CAAA------ATACAGGATGAGGT-ACACATACATCATTTTTATTCTGGTGGTGGAG
gi|7 : ttTGTACAAAATACAGGATGAGGTA----------------C----AC---A----T----------ACATCATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TTAGATAATGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAGTTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTACGACAATACATCCTCCATC---CCCCCCACCCCCCTACTGAGAC-TTT--TCCTTGGACTAACCCTggtgctaagtcaacttagataatggtggtggtacctcaaaactaattaaagttctggtggtggtaccctaaaaataattccagttacgacaatacatcctccatcccccccacccccctactgagacttttccttggactaaccctta
gi|8 : ttctggtggtagtgggtaaaatagtcattttaattctggtgggagtaggtatattttttataaaaattaccttgttgtggtgtatgtttgtccaaattttatcaacagaaagattaattaaacatgaaattaagtcactgcttctatcatctcactaacaatattttgagaaaatacatttcactctatATTCCA-GAAAAAAA-TCTCAGGGCCAGAGGGGAG-G---TG-GGG-TCA----G----AACTT--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGAGTA-------AAGTAG--TCATTGTAATTCTGGTGGGTGTGGGT------T-TG-TTTTAATAAAAATTATCATGG-CGTGTGG-----TATTTATGCCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTT-----AAAAA--A----AACATGATTTTAATTAATCTGACATGGAA--TTAAGTCGCTGCTTCTA----A---G-ATCTACA---AAAAAAATTGCATCTCACTAAAAAT-GTTTTTAAATA-AAACTTTTCATTC-ATTGAAACCAAAATTT--------------------CATAT-T--TTTTCACTC-AGCGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGTT----------------C----AC---A---------------A----ATta
gi|9 : tATTCAA-AGAAAAAAGTCTCAGGG--------GGG-T---TG-GGGGTCA----G----AACTG--AATCC----T--TTT--TTAACTTGTGGTGATGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGATTTGAGTATACATG-TA-TTTTAATTAAAGTTATCTTGG-TGTTCGA-----TGTTTTTGTCCAAATTTTAACAGCAGAAAGATTATTTATCGTGAAAAA--CC--CAACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAC------CTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGTAACTTAACTTTCCACACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--CTTTCACTG-TGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGa
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555 1111111 22222222 11111 2222222 222222222222 5555555555555555555555555555555555555 111111111 1111 22222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 3 888888888888888888888888888888888888 44 7777 3 44 0000000 44 1 55555555 3 3 99999 1 00000 4444444 1 1 77 3 999999999999 555 2 3 3 3 3 4 3 3 7777 3 777 666 7777 8888888888888888888888888888888888888 55 4 55 55 555 555 555 3 666666666 4 4444 4 3 3 6 66666666666666666666666666666666666 77 55
lowQualScore : . . .................................... .. .... . .. ....... .. . ........ . . ..... . ..... ....... . . .. . ............ ... . . . . . . . . .... . ... ... .... ..................................... .. . .. .. ... ... ... . ......... . .... . . . . ................................... .. ..
lowQualScore : 4 6 777777777777777777777777777777777777 66 1111 5 66 0000000 66 5 11111111 1 6 11111 1 00000 4444444 4 8 33 4 222222222222 444 2 8 3 3 6 6 3 3 1111 3 888 444 7777 8888888888888888888888888888888888888 55 0 00 00 888 444 444 6 000000000 0 7777 0 6 6 6 88888888888888888888888888888888888 88 55
consensus : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GG--G-TCG---GG---AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--CAACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----AC----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
Reference ( family-5609 ) : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GG--G-TCG---GG---AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--CAACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----AC----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|1 : CAGAG--------GGG-GAAATGAGG--G-TCC---AA---A----------C----TATCTT--TTTACTGGGGCTGGTGGGTA-------AAATAGACTCAT---GAATATGGTGGGT------------A-TA-TTTAAATAGAAATTATCTTGG-TGCAGG------TATTTTTGTCCCAGTTTTA--------AAGATTAATTA-----AACAA--A------CATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGTTTTTA--TGATCT----CCACA---C------TTTCCTCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTT-CACTTTATTTAAATGAAAATGTCCACACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACAG-AGTATTGAAGCAAAACAAACCTGGCAGAGGTTAT---TGTGTACAAAGTTCATGGTGAGGTTCGTC----AG----------------A----T----------C----ATT--C-CTATTCTGATGGT-GAGGGCTC--T--ACGG--AA---AT--TAAAGTTCTGATGGTTGGTGCTCT---------A-CCGC-AACTAAAATTCTGGTGATACTTCA-AACTA-AA-TAAAAT-TC
gi|1 : agATTCTGGTGATA-------C--TTCAAAC--TA---AA--TAAAATTCTGTTGG-TGATACCTC---------A-AACCTAAATAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCATA-GA-AATAAT-TCTAGTTCCGAC-------GC-----C---CCTCC------------GAGATATTA--TACTTGGAATAGCCCTtgttggtgatacctcaaacctaaataaaattctggtggtggtaccatagaaataattctagttccgacgcccctccgagatattatacttggaatagccct
gi|10 : agcagagggggaaatgagggtccaaactatctttttactggggctggtgggtaaaatagactcatgaatatggtgggtatatttaaatagaaattatcttggtgcaggtatttttgtcccagttttaaagattaattaaacaaacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgtttttatgatctccacactttcctctcactaacaatatttttagaaaatactttcactttatttaaatgaaaatgtccacacagaatatcctaagcatactttttcacagagtattgaagcaaaacaaacctggcagaggttattgtgtacaaagttcatggtgaggttcgtcagatcattcctattctgatggtgagggctctacggaaattaaagttctgatggttggtgctctaccgcaactaaaATCTCAAATGGAA--TTAAG-CACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACATT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTACTGAAACTAAAATTTCCACACAGAATATCGT-AAGCATAC----TTTTCACTC-A
gi|10 : cAAAATACAGGGTGAGGT---TC----AC----------------AATTTT----------A----ATT--T-TTATTTTGGTGGTGG-GGGCTT--T--AAGG--CA---AT--GATGATTCAAGTGG-TGGTACCaaaatacagggtgaggttcacaattttaatttttattttggtggtgggggctttaaggcaatgatgattcaagtggtggtaccct
gi|11 : catctcaaatggaattaagcactgcttatatgatctacaaaagaatttcatcccgctaacattatttttacaaaatactttccactctactgaaactaaaatttccacacagaatatcgtaagcatacttttcactcaCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGGAG---TG-GGTGG-T-G---GGCTTATCTG--GACCC----TATTTG--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGTTAAGTGTGAGTA-----A--G-TTTTAA-AATAATTATGTCGG-TGAGACG-----TATTTTTGTCTGAAATTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAct
gi|12 : tatatGTTAT---TGGGCATAAAATAC----TG--GT---TC----AC----------------A----TTTAT------A----ATT--T-T-ATTTTGGTGGAGGATGGTGCAAT--AAA----A---AT--TAAAACTCTGATGG-CAGTACCTC---------A-AAACTAATAAAAATACTGATGGTGCTCCC-CCCTA-AA-A--AAT----AGTTCAGAT-------AA-----A---TCA--------------GAGA---TT--TTCCTGGAATAGTCC
gi|13 : --CA---AG--TAAACTTCTGATAG-TGATGTCTCCAAAAAAAAA-AAAAAAATTAAAATTTTGGAGGTTAT--G-CCTCA-AA-ACTAAT-T
gi|13 : A---AT--TAAAATTTTGGAGG-TTATGCCTC---------A-AAACTAATTAGTATTCTAGTGGTGGT--CTCCTTA-CC-AATATT-TTCTGTTCCTAC-------CC-----A---CACCCC---------C-AAAAC-TTT--TTCCTGGAATAACCagtattctagtggtggtctccttaccaatattttctgttcctacccacacccccaaaactttttcctggaataacca
gi|14 : caagtaaacttctgatagtgatgtctccaaaaaaaaaaaaaaTTCACAAATATAATTTTCGCTCACTTGAAACTAA-CTTTC--------------------ATAC-T--TTTTCACTT-ATTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAATATAC---ATGAGGT---TC----ACAA--------------A----T----------ATC--ATT--T-TTATTCTGGTTGTGGGGGGTGC--T--AAGT--CA---Aa
gi|15 : gATTCCA-GGGAAAAA-TCTCAGGG--------A-------TA--------TA---GG---AACTA--GACCTCTTTTTTTTT--TTTACTGATGGAGGCGGGTA-------AAACAA--TC------ATTCTGGTGGATGTGGAT------A-TA-TTTTATTAAAAA
gi|16 : tA-AA-AATAGTATTCAGTTCCGAC-------CC-----A---TCCCCC---------CTGATA--TTT--TTCCTGGAATAGCCCTaaaaattgtcagcattttttatttcaatttcatttgtataa
gi|16 : aATTCCA-GGAAAAA--TATCAGGG--------GGG-A---T--GG--G-TC----GG---AACTG--AATAC----TATTTT-------TGATAGATGTGCGTATATATTTGAATAA--CAATT---ATCTTGG-AGGTGAGGGCG-----GCTA-TTTTTGTCAAAATTgatagatgtgcgtatatatttgaataacaattatcttggaggtgagggcggctatttttgtcaaaattttatcagcagaaagactgat
gi|16 : aagggctTATTTTTGATAGATGTGCGTAT----A-TA-TTTGAATAACAATTATCTTGGAGGTGAGGGCGGCTATTTTTGTCAAAATTTTATCAGCAGAAAGACTGATttatcagcagaaagactgat
gi|17 : aagggctattccaggaaaaatatcaggggggatgggtcggaactgaatacATCTCACATAGAA--TTAAGCCACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACAAT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTATTGAAACTAAAATTTCCGCACAGAATATCCT-AAGCATAC----TTTTCACTC-
gi|18 : c--CAACATGACTTTAATTTATCTTGCACAGAAATTTGAGTCACTGTTTC-AGTTAATATG-ATAGACACTCATGAAAGT----TCTCACTCGCGCC-ATTTTT
gi|19 : TTCCATGAAAAAAA-TCTCAGG-------------------------------------AACAG--GACCC----TATTTTATTTTACTGGTTGTGATTAGTA-------AAATAG--TTATCCTAATTTTG
gi|2 : tgATTCCA-GGAAAAAT-TCTCAGGT--------GGG-G---TG-GG--G-TTGTTAAG---AACTG--TATCT----T-TTTT--TTT-CTGGCCG-GGTGGGTC-------AAATAG--TCATTTTAATTCTAGTGGGTATGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGCCCAAATTTTATCAGCCGACAGATCAATTA-----AGAAA--AAACCAACATGATTTTAAATTATCTCACATGAAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTCCATCTCACTAACAAT-ATCTTTAGAAA-ATGCTTTTCACTTAATTAAAAGTAAACTTTCCAAACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAATATGACAGAGGTTGTTGCTGTGTATAAAATACAGGATGA-GT---TT----GT----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGACGGTGAAGGGTGC--A--AAGT--CA---AC--TAAAACTCTGGTGG-TGGTACCTC---------ATAAACTAATAAAAATTCTATTGGTAGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAG--CTAAC-------CC-----C---TTCCCC---------ATGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|20 : A--CAACACAATTTTTGTTCATCTCGCACAGAAT-TTAGGTCACTGTTTCTA--T--TAT-----TACA---AAAAAAA
gi|21 : CCAGTTCCGAC-------TC-----C---CCC-------------TGGGAT-TAT--TTCCTGGAATAGCgt
gi|21 : ATTCCA-GGAAATAA-TCCCAGGG-----------------G-GA--G-TC----GG---AACTGGTGAC-------ATTTC--TTTtgacatttctttttgtttttaattaat
gi|22 : gct-AATAAT-TCCAGT-----C-------CC-----C---CCACCA---------CTGAGAT-ATT--TTCCTGGAATAGCCCTttgtttttaattaat
gi|23 : ctaGCGGTGGTGGGTA-------AAATAG--CCATTTTAATTCCAGTAGGTGT
gi|3 : TTCTAGTTGATGTGGGTAT----A-CA-TTT-AATAAAAATTATTTCGG-TATGAGG-----TATTTTTGTTAGAATTATATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAAATAA--C-ACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC-------TATG-ATCTACA---AAAAGAATTACATCTCACT-----TCATT----GAA----ACT-------------AAAC-----TTTCCAAACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGGGTTGAAGTGTAACAAACATGGCAGAGGCTAT---TATGTACAAAATACAGGATAAGGT---TT----ACATACAATGTCATGTATA----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--C--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTCATTCTGGT--A-CCCTA-AATATTAAT-TCTAGTTCC-AC-------CC-----CATGCCTCCC---------CGGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAG
gi|4 : tttcaataaaaaaaatcttattgttgggtgttgtcttcaagtatagacatttttatttttgacctgtgagaattaaatgtgAAAAAA-TCTCG--------------------A-GA--A-TC----GG---AACTG--GATCT----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGATA-------
gi|4 : TTTTA---CTGGTGGTGGTGGATA-------TG-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGTCCGAATCTTATCAGCAGAAAAATT---------------------------GATTTTAATTTATCTTACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAT------CCACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATGTTTAGAAA-CTATTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCAAACAGAATGTCCT-AATCAAAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACAT----GAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGTTGAGGT---TC----AC----------------A----TAATATTATAAA----ATC--T-TTATTCTGGTGGTGAAGGGTGG--T--AAGT--CATCTACTGTAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAAGTAATAAAAATTCAGGTGGTGGT--A-CCCTAGAA-AATAAT-TCTAGTCCC--C-------CA-----C---CCCCCA---------CCGAGAT-TTTCCTCCCTGGAATAGCCCTtgttttaataaaaattatcttggtgtggggtctttttgtccgaatcttatcagcagaaaaattgattttaatttatcttacatggaattaagtcactgcttctatgatccacaaaaagaattgcatctcactaacaatatgtttagaaactatttttcactctattgaaactaaactttccaaacagaatgtcctaatcaaactttttcactcagtgttgaagtgaaacaaacatgaggttattgtgtacaaaatacaggttgaggttcacataatattataaaatctttattctggtggtgaagggtggtaagtcatctactgtaaaattctggtggtggtacctcaaaagtaataaaaattcaggtggtggtaccctagaaaataattctagtcccccaccccccaccgagattttcctccctggaatagccctta
gi|5 : aaaaaatctcgagaatcggaactggatcttatttAAAAA-TCTTAGGG--------GGG-C---AG-GG--G-TTG---G----AACTG--AACTC----TTTATA--TTTACTGGTGGCGGTGGGTA----------------TATTTTAA-----------------A-----A-CA-ATTT----------ATCTTGG-T---GGG-----TCTTTTTGTCTGAATTTTATTAGCAAAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--AAACATGATTTAGATTTATCTCGCATGAAA--TTGAGTCACTGCTTCTA--TGATCTACATGTACA---AACAGAATTGCACCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTACCAAACAGAATATCCTAAAAAATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAGACAAACATGAAAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGT---TCACATAC----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AGGT--CA---AC--TAAAATTCTTGTGA-TGGTACCTC---------A-GAACTTATTAAAATTATGGTGta
gi|6 : tcctgtt-GAAAAAGA-TCTCAGGGATTGGG--GGA-G---TA-GG--G-CCG---G----AACTG--GGCCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTAG---GTA-------AAATAG--TTGTTTTAATTCTGGTTGATGTGGGTA-------TA-TTTTAATTAAAAATATCTTTG-TGTGGGG-----TCTTTTTATTAGAATTTTATCAGCAGAAAGATTGATTT-----AAAAA--A---CA-CATGATTTCGATT-ATCTTGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCCA--TGA------TCTACA---AAAAGAATTGCATCTCCCTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATAATTTTCACAAAATTGGAAATAAACTTTCCATACAGAGTATCTT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAAACAAAAATGGCAGAGGTTAA---TGCGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----AT----------------AT---T----------T----ATTAGTATTATGGTGGTGGTGGATGGTGC--T--AAGTTATA---AT--TAAAATTCTtcagt
gi|7 : tCTGGTGGTAGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGAGTAGGT------A-TATTTTTTATAAAAATTACCTTGT-TGTGGTG-----TATGTTTGTCCAAATTTTATCAACAGAAAGATTAATTA-----------------AACATGA--------------------AA--TTAAGTCACTGCTTCTA--T---------------------------CATCTCACTAACAAT-ATTTTGAGAAA-ATACATTTCACTCTATTGTA--CAAA------ATACAGGATGAGGT-ACACATACATCATTTTTATTCTGGTGGTGGAG
gi|7 : ttTGTACAAAATACAGGATGAGGT---AC----AC----------------A----T----------ACATCATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TTAGATAATGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAGTTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTACGACAATACATCCTCCATC---CCCCCCACCCCCCTACTGAGAC-TTT--TCCTTGGACTAACCCTggtgctaagtcaacttagataatggtggtggtacctcaaaactaattaaagttctggtggtggtaccctaaaaataattccagttacgacaatacatcctccatcccccccacccccctactgagacttttccttggactaaccctta
gi|8 : ttctggtggtagtgggtaaaatagtcattttaattctggtgggagtaggtatattttttataaaaattaccttgttgtggtgtatgtttgtccaaattttatcaacagaaagattaattaaacatgaaattaagtcactgcttctatcatctcactaacaatattttgagaaaatacatttcactctatATTCCA-GAAAAAAA-TCTCAGGGCCAGAGGGGAG-G---TG-GG--G-TCA---G----AACTT--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGAGTA-------AAGTAG--TCATTGTAATTCTGGTGGGTGTGGGT------T-TG-TTTTAATAAAAATTATCATGG-CGTGTGG-----TATTTATGCCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTT-----AAAAA--A----AACATGATTTTAATTAATCTGACATGGAA--TTAAGTCGCTGCTTCTA----A---G-ATCTACA---AAAAAAATTGCATCTCACTAAAAAT-GTTTTTAAATA-AAACTTTTCATTC-ATTGAAACCAAAATTT--------------------CATAT-T--TTTTCACTC-AGCGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGT---TC----AC----------------A---------------A----ATta
gi|9 : tATTCAA-AGAAAAAAGTCTCAGGG--------GGG-T---TG-GG--GGTCA---G----AACTG--AATCC----T--TTT--TTAACTTGTGGTGATGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGATTTGAGTATACATG-TA-TTTTAATTAAAGTTATCTTGG-TGTTCGA-----TGTTTTTGTCCAAATTTTAACAGCAGAAAGATTATTTATCGTGAAAAA--CC--CAACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAC------CTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGTAACTTAACTTTCCACACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--CTTTCACTG-TGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGa
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555 1111111 22222222 11111 2222222 222222222222 5555555555555555555555555555555555555 111111111 1111 22222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 3 888888888888888888888888888888888888 44 7777 3 44 0000000 44 1 55555555 3 3 99999 1 00000 4444444 1 1 77 3 999999999999 555 2 3 3 3 3 4 3 3 7777 3 777 666 7777 8888888888888888888888888888888888888 55 4 55 55 555 555 555 3 666666666 4 4444 4 3 3 6 66666666666666666666666666666666666 77 55
lowQualScore : . . .................................... .. .... . .. ....... .. . ........ . . ..... . ..... ....... . . .. . ............ ... . . . . . . . . .... . ... ... .... ..................................... .. . .. .. ... ... ... . ......... . .... . . . . ................................... .. ..
lowQualScore : 4 6 777777777777777777777777777777777777 66 1111 5 66 0000000 66 5 11111111 1 6 11111 1 00000 4444444 4 8 33 4 222222222222 444 2 8 3 3 6 6 3 3 1111 3 888 444 7777 8888888888888888888888888888888888888 55 0 00 00 888 444 444 6 000000000 0 7777 0 6 6 6 88888888888888888888888888888888888 88 55
consensus : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GG--G-TCG---GG---AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--CAACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----AC----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
Reference ( family-5609 ) : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GG--G-TCG---GG---AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--CAACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----AC----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|1 : CAGAG--------GGG-GAAATGAGG--G-TCC---AA---A----------C----TATCTT--TTTACTGGGGCTGGTGGGTA-------AAATAGACTCAT---GAATATGGTGGGT------------A-TA-TTTAAATAGAAATTATCTTGG-TGCAGG------TATTTTTGTCCCAGTTTTA--------AAGATTAATTA-----AACAA--A------CATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGTTTTTA--TGATCT----CCACA---C------TTTCCTCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTT-CACTTTATTTAAATGAAAATGTCCACACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACAG-AGTATTGAAGCAAAACAAACCTGGCAGAGGTTAT---TGTGTACAAAGTTCATGGTGAGGTTCGTC----AG----------------A----T----------C----ATT--C-CTATTCTGATGGT-GAGGGCTC--T--ACGG--AA---AT--TAAAGTTCTGATGGTTGGTGCTCT---------A-CCGC-AACTAAAATTCTGGTGATACTTCA-AACTA-AA-TAAAAT-TC
gi|1 : agATTCTGGTGATA-------C--TTCAAAC--TA---AA--TAAAATTCTGTTGG-TGATACCTC---------A-AACCTAAATAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCATA-GA-AATAAT-TCTAGTTCCGAC-------GC-----C---CCTCC------------GAGATATTA--TACTTGGAATAGCCCTtgttggtgatacctcaaacctaaataaaattctggtggtggtaccatagaaataattctagttccgacgcccctccgagatattatacttggaatagccct
gi|10 : agcagagggggaaatgagggtccaaactatctttttactggggctggtgggtaaaatagactcatgaatatggtgggtatatttaaatagaaattatcttggtgcaggtatttttgtcccagttttaaagattaattaaacaaacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgtttttatgatctccacactttcctctcactaacaatatttttagaaaatactttcactttatttaaatgaaaatgtccacacagaatatcctaagcatactttttcacagagtattgaagcaaaacaaacctggcagaggttattgtgtacaaagttcatggtgaggttcgtcagatcattcctattctgatggtgagggctctacggaaattaaagttctgatggttggtgctctaccgcaactaaaATCTCAAATGGAA--TTAAG-CACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACATT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTACTGAAACTAAAATTTCCACACAGAATATCGT-AAGCATAC----TTTTCACTC-A
gi|10 : cAAAATACAGGGTGAGGT---TC----AC----------------AATTTT----------A----ATT--T-TTATTTTGGTGGTGG-GGGCTT--T--AAGG--CA---AT--GATGATTCAAGTGG-TGGTACCaaaatacagggtgaggttcacaattttaatttttattttggtggtgggggctttaaggcaatgatgattcaagtggtggtaccct
gi|11 : catctcaaatggaattaagcactgcttatatgatctacaaaagaatttcatcccgctaacattatttttacaaaatactttccactctactgaaactaaaatttccacacagaatatcgtaagcatacttttcactcaCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGGAG---TG-GGTGG-T-G---GGCTTATCTG--GACCC----TATTTG--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGTTAAGTGTGAGTA-----A--G-TTTTAA-AATAATTATGTCGG-TGAGACG-----TATTTTTGTCTGAAATTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAct
gi|12 : tatatGTTAT---TGGGCATAAAATAC----TG--GT---TC----AC----------------A----TTTAT------A----ATT--T-T-ATTTTGGTGGAGGATGGTGCAAT--AAA----A---AT--TAAAACTCTGATGG-CAGTACCTC---------A-AAACTAATAAAAATACTGATGGTGCTCCC-CCCTA-AA-A--AAT----AGTTCAGAT-------AA-----A---TCA--------------GAGA---TT--TTCCTGGAATAGTCC
gi|13 : --CA---AG--TAAACTTCTGATAG-TGATGTCTCCAAAAAAAAA-AAAAAAATTAAAATTTTGGAGGTTAT--G-CCTCA-AA-ACTAAT-T
gi|13 : A---AT--TAAAATTTTGGAGG-TTATGCCTC---------A-AAACTAATTAGTATTCTAGTGGTGGT--CTCCTTA-CC-AATATT-TTCTGTTCCTAC-------CC-----A---CACCCC---------C-AAAAC-TTT--TTCCTGGAATAACCagtattctagtggtggtctccttaccaatattttctgttcctacccacacccccaaaactttttcctggaataacca
gi|14 : caagtaaacttctgatagtgatgtctccaaaaaaaaaaaaaaTTCACAAATATAATTTTCGCTCACTTGAAACTAA-CTTTC--------------------ATAC-T--TTTTCACTT-ATTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAATATAC---ATGAGGT---TC----ACAA--------------A----T----------ATC--ATT--T-TTATTCTGGTTGTGGGGGGTGC--T--AAGT--CA---Aa
gi|15 : gATTCCA-GGGAAAAA-TCTCAGGG--------A-------TA--------TA---GG---AACTA--GACCTCTTTTTTTTT--TTTACTGATGGAGGCGGGTA-------AAACAA--TC------ATTCTGGTGGATGTGGAT------A-TA-TTTTATTAAAAA
gi|16 : tA-AA-AATAGTATTCAGTTCCGAC-------CC-----A---TCCCCC---------CTGATA--TTT--TTCCTGGAATAGCCCTaaaaattgtcagcattttttatttcaatttcatttgtataa
gi|16 : aATTCCA-GGAAAAA--TATCAGGG--------GGG-A---T--GG--G-TC----GG---AACTG--AATAC----TATTTT-------TGATAGATGTGCGTATATATTTGAATAA--CAATT---ATCTTGG-AGGTGAGGGCG-----GCTA-TTTTTGTCAAAATTgatagatgtgcgtatatatttgaataacaattatcttggaggtgagggcggctatttttgtcaaaattttatcagcagaaagactgat
gi|16 : aagggctTATTTTTGATAGATGTGCGTAT----A-TA-TTTGAATAACAATTATCTTGGAGGTGAGGGCGGCTATTTTTGTCAAAATTTTATCAGCAGAAAGACTGATttatcagcagaaagactgat
gi|17 : aagggctattccaggaaaaatatcaggggggatgggtcggaactgaatacATCTCACATAGAA--TTAAGCCACTGCTT-------ATATG-ATCTACA---AAA-GAATTTCATCCCGCTAACAAT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTATTGAAACTAAAATTTCCGCACAGAATATCCT-AAGCATAC----TTTTCACTC-
gi|18 : c--CAACATGACTTTAATTTATCTTGCACAGAAATTTGAGTCACTGTTTC-AGTTAATATG-ATAGACACTCATGAAAGT----TCTCACTCGCGCC-ATTTTT
gi|19 : TTCCATGAAAAAAA-TCTCAGG-------------------------------------AACAG--GACCC----TATTTTATTTTACTGGTTGTGATTAGTA-------AAATAG--TTATCCTAATTTTG
gi|2 : tgATTCCA-GGAAAAAT-TCTCAGGT--------GGG-G---TG-GG--G-TTGTTAAG---AACTG--TATCT----T-TTTT--TTT-CTGGCCG-GGTGGGTC-------AAATAG--TCATTTTAATTCTAGTGGGTATGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGCCCAAATTTTATCAGCCGACAGATCAATTA-----AGAAA--AAACCAACATGATTTTAAATTATCTCACATGAAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTCCATCTCACTAACAAT-ATCTTTAGAAA-ATGCTTTTCACTTAATTAAAAGTAAACTTTCCAAACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAATATGACAGAGGTTGTTGCTGTGTATAAAATACAGGATGA-GT---TT----GT----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGACGGTGAAGGGTGC--A--AAGT--CA---AC--TAAAACTCTGGTGG-TGGTACCTC---------ATAAACTAATAAAAATTCTATTGGTAGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAG--CTAAC-------CC-----C---TTCCCC---------ATGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|20 : A--CAACACAATTTTTGTTCATCTCGCACAGAAT-TTAGGTCACTGTTTCTA--T--TAT-----TACA---AAAAAAA
gi|21 : CCAGTTCCGAC-------TC-----C---CCC-------------TGGGAT-TAT--TTCCTGGAATAGCgt
gi|21 : ATTCCA-GGAAATAA-TCCCAGGG-----------------G-GA--G-TC----GG---AACTGGTGAC-------ATTTC--TTTtgacatttctttttgtttttaattaat
gi|22 : gct-AATAAT-TCCAGT-----C-------CC-----C---CCACCA---------CTGAGAT-ATT--TTCCTGGAATAGCCCTttgtttttaattaat
gi|23 : ctaGCGGTGGTGGGTA-------AAATAG--CCATTTTAATTCCAGTAGGTGT
gi|3 : TTCTAGTTGATGTGGGTAT----A-CA-TTT-AATAAAAATTATTTCGG-TATGAGG-----TATTTTTGTTAGAATTATATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAAATAA--C-ACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC-------TATG-ATCTACA---AAAAGAATTACATCTCACT-----TCATT----GAA----ACT-------------AAAC-----TTTCCAAACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGGGTTGAAGTGTAACAAACATGGCAGAGGCTAT---TATGTACAAAATACAGGATAAGGT---TT----ACATACAATGTCATGTATA----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--C--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTCATTCTGGT--A-CCCTA-AATATTAAT-TCTAGTTCC-AC-------CC-----CATGCCTCCC---------CGGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAG
gi|4 : tttcaataaaaaaaatcttattgttgggtgttgtcttcaagtatagacatttttatttttgacctgtgagaattaaatgtgAAAAAA-TCTCG--------------------A-GA--A-TC----GG---AACTG--GATCT----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGATA-------
gi|4 : TTTTA---CTGGTGGTGGTGGATA-------TG-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGTCCGAATCTTATCAGCAGAAAAATT---------------------------GATTTTAATTTATCTTACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAT------CCACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATGTTTAGAAA-CTATTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCAAACAGAATGTCCT-AATCAAAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACAT----GAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGTTGAGGT---TC----AC----------------A----TAATATTATAAA----ATC--T-TTATTCTGGTGGTGAAGGGTGG--T--AAGT--CATCTACTGTAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAAGTAATAAAAATTCAGGTGGTGGT--A-CCCTAGAA-AATAAT-TCTAGTCCC--C-------CA-----C---CCCCCA---------CCGAGAT-TTTCCTCCCTGGAATAGCCCTtgttttaataaaaattatcttggtgtggggtctttttgtccgaatcttatcagcagaaaaattgattttaatttatcttacatggaattaagtcactgcttctatgatccacaaaaagaattgcatctcactaacaatatgtttagaaactatttttcactctattgaaactaaactttccaaacagaatgtcctaatcaaactttttcactcagtgttgaagtgaaacaaacatgaggttattgtgtacaaaatacaggttgaggttcacataatattataaaatctttattctggtggtgaagggtggtaagtcatctactgtaaaattctggtggtggtacctcaaaagtaataaaaattcaggtggtggtaccctagaaaataattctagtcccccaccccccaccgagattttcctccctggaatagccctta
gi|5 : aaaaaatctcgagaatcggaactggatcttatttAAAAA-TCTTAGGG--------GGG-C---AG-GG--G-TTG---G----AACTG--AACTC----TTTATA--TTTACTGGTGGCGGTGGGTA----------------TATTTTAA-----------------A-----A-CA-ATTT----------ATCTTGG-T---GGG-----TCTTTTTGTCTGAATTTTATTAGCAAAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--AAACATGATTTAGATTTATCTCGCATGAAA--TTGAGTCACTGCTTCTA--TGATCTACATGTACA---AACAGAATTGCACCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTACCAAACAGAATATCCTAAAAAATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAGACAAACATGAAAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGT---TCACATAC----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AGGT--CA---AC--TAAAATTCTTGTGA-TGGTACCTC---------A-GAACTTATTAAAATTATGGTGta
gi|6 : tcctgtt-GAAAAAGA-TCTCAGGGATTGGG--GGA-G---TA-GG--G-CCG---G----AACTG--GGCCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTAG---GTA-------AAATAG--TTGTTTTAATTCTGGTTGATGTGGGTA-------TA-TTTTAATTAAAAATATCTTTG-TGTGGGG-----TCTTTTTATTAGAATTTTATCAGCAGAAAGATTGATTT-----AAAAA--A---CA-CATGATTTCGATT-ATCTTGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCCA--TGA------TCTACA---AAAAGAATTGCATCTCCCTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATAATTTTCACAAAATTGGAAATAAACTTTCCATACAGAGTATCTT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAAACAAAAATGGCAGAGGTTAA---TGCGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----AT----------------AT---T----------T----ATTAGTATTATGGTGGTGGTGGATGGTGC--T--AAGTTATA---AT--TAAAATTCTtcagt
gi|7 : tCTGGTGGTAGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGAGTAGGT------A-TATTTTTTATAAAAATTACCTTGT-TGTGGTG-----TATGTTTGTCCAAATTTTATCAACAGAAAGATTAATTA-----------------AACATGA--------------------AA--TTAAGTCACTGCTTCTA--T---------------------------CATCTCACTAACAAT-ATTTTGAGAAA-ATACATTTCACTCTATTGTA--CAAA------ATACAGGATGAGGT-ACACATACATCATTTTTATTCTGGTGGTGGAG
gi|7 : ttTGTACAAAATACAGGATGAGGT---AC----AC----------------A----T----------ACATCATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TTAGATAATGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAGTTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTACGACAATACATCCTCCATC---CCCCCCACCCCCCTACTGAGAC-TTT--TCCTTGGACTAACCCTggtgctaagtcaacttagataatggtggtggtacctcaaaactaattaaagttctggtggtggtaccctaaaaataattccagttacgacaatacatcctccatcccccccacccccctactgagacttttccttggactaaccctta
gi|8 : ttctggtggtagtgggtaaaatagtcattttaattctggtgggagtaggtatattttttataaaaattaccttgttgtggtgtatgtttgtccaaattttatcaacagaaagattaattaaacatgaaattaagtcactgcttctatcatctcactaacaatattttgagaaaatacatttcactctatATTCCA-GAAAAAAA-TCTCAGGGCCAGAGGGGAG-G---TG-GG--G-TCA---G----AACTT--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGAGTA-------AAGTAG--TCATTGTAATTCTGGTGGGTGTGGGT------T-TG-TTTTAATAAAAATTATCATGG-CGTGTGG-----TATTTATGCCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTT-----AAAAA--A----AACATGATTTTAATTAATCTGACATGGAA--TTAAGTCGCTGCTTCTA----A---G-ATCTACA---AAAAAAATTGCATCTCACTAAAAAT-GTTTTTAAATA-AAACTTTTCATTC-ATTGAAACCAAAATTT--------------------CATAT-T--TTTTCACTC-AGCGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGT---TC----AC----------------A---------------A----ATta
gi|9 : tATTCAA-AGAAAAAAGTCTCAGGG--------GGG-T---TG-GG--GGTCA---G----AACTG--AATCC----T--TTT--TTAACTTGTGGTGATGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGATTTGAGTATACATG-TA-TTTTAATTAAAGTTATCTTGG-TGTTCGA-----TGTTTTTGTCCAAATTTTAACAGCAGAAAGATTATTTATCGTGAAAAA--CC--CAACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGAC------CTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGTAACTTAACTTTCCACACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--CTTTCACTG-TGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGa
blockSeqs : T G CCAGAGGGGAGGTGGGGTCAG GT CTTT A AT TATATTT . T ATACATG T A GCGGC A TCGTG AAACC T A AT T GTTAATATGAT CTC A T C T T A C A ATCA T TGC . ACAT ATACAATGTCATGTATATA AG A AA TC TTA TCT CTG . CAAAAAAAA T CCC G T A G AATACATCCTCCATCCCCCCCACCCCCCTACT C CC
blockSeqs : . . GGGAGTGGGTGGTGGGCTT . . T . . . C GGC . . . A . ATAAC T A T T TGATCTACAT . A T . . A C C . T . . . . ATAATATTATAAA . . . . C . A . . . CT . . . T CCCATGCCTCCCCG T .
blockSeqs : . . ATTGGGGGAGTAGGGCCGG . . A . . . T ATA . . . C . AAA C G . T TGATATGAT . A C . . T A A . T . . . . AATTTTA . . . . G . T . . . A . . . G CCATCCCCCCT T .
blockSeqs : . . GGGGTGGGGTTGTTAAG . . A . . . T ATA . . . A . CCC T A . T ATATGAT . A A . . A C A . T . . . . ATTTATA . . . . T . T . . . G . . . A CCCTTCCCCAT T .
blockSeqs : . . GGGTTGGGGGTCAG . . A . . . T AA . . . C . AC T G . C ATATGAT . A G . . T C A . T . . . . AAATATC . . . . T . G . . . A . . . G CCCCCACCACT T .
blockSeqs : . . GGGCAGGGGTTGG . . A . . . T AA . . . C . A T A . T TATGAT . A G . . T C A . T . . . . ATACATC . . . . T . T . . . A . . . G CACCCCCCACC T .
blockSeqs : . . GGGATGGGTCGG . . T . . . T AA . . . C . . A A . T TTAT . A G . . A C T . T . . . . ATTT . . . . T . C . . . A . . . . CCACACCCCC C .
blockSeqs : . . GGAGTCGG . . A . . . T A . . . A . . T G . T TGAT . A G . . T A T . T . . . . ATA . . . . T . C . . . A . . . . TCCCCCT . .
blockSeqs : . AGAATCGG . . A . . . G A . . . A . . G . . TGAT . A G . . T C C . T . . . ATA . . . . T . C . . . . . . . AAATCA . .
blockSeqs : . ATATAGG . . . . . . T A . . . G . A . . AGAT . . . . . . . . . . . . . AA . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . A . . TGAC . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . T . . .
blockSeqCons : GGGATGGGTCGG************************ ** AC***** ATTGAT****** *** ATTTATA****************************** A*** CCATCNCCCCT************************ T*
originalCons : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG--------GGG-G---TG-GG--G-TCG---GG---AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAA--AA--CAACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTA--TGATATG-ATCTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----AC----------------A----T----------A----ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC-------CC-----C---CCCCCC---------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
finalCons : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGGGGGATGGGTCGG------------------------AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATTA-----AAAAAAC-----AACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTCTAATTGAT------CTACA---AAAAGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGT---TC----ACATTTATA------------------------------ATT--T-TTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGTA---CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGACCCATCNCCCCT------------------------GAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333 1111111 22222222 111111 1111111111 44444 11111 3333333333333 111111111 1111 33333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4 3 888888888888888888888888888888888888 44 7777 3 44 0000000 44 1 55555555 3 3 99999 1 111111 4444444444 1 1 77 555 11111 33333 77 3 3 3 3 4 3 3 7777 3 777 2 3 5555555555555 888 0 55 55 555 555 555 3 666666666 4 4444 4 3 3 3 22222222222222222222222222222222 0 77 55
lowQualScore : . . .................................... .. .... . .. ....... .. . ........ . . ..... . ...... .......... . . .. ... ..... ..... .. . . . . . . . .... . ... . . ............. ... . .. .. ... ... ... . ......... . .... . . . . ................................ . .. ..
lowQualScore : 4 6 111111111111111111111111111111111111 66 1111 5 66 0000000 66 5 11111111 1 6 11111 1 111111 5555555555 4 8 33 444 11111 11111 22 8 3 3 6 6 3 3 1111 3 000 1 6 1111111111111 999 8 00 00 888 444 444 6 000000000 0 7777 0 6 6 2 44444444444444444444444444444444 3 88 55
consensus : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG------GGG-A--T-G--GG--T--CG----G----AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATT-A----AAAAAA---C--A--ACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC---TA--A--TGATCTACA-----AAA-AGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGGCAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGTTCA-CAT----N--------TAT--NATTTTTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC----------CCAT--CCCCC-----------CCGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
Reference ( family-5609 ) : ATTCCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG------GGG-A--T-G--GG--T--CG----G----AACTG--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGTGTGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TATTTTTGTCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATT-A----AAAAAA---C--A--ACATGATTTTAATTTATCTCGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC---TA--AT-TGATCTACA-----AAA-AGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCANACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATGAGGTTCA-CAT----T--------TAT--AATTTTTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTCCGAC----------CCAT--CNCCC-----------CTGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|1 : GGG------GAA-A--T-GAGGG--T--CC----A----AACT-------------ATCTT--TTTACTGGGGCTGGTGGGTA-------AAATAGACTCAT---GAATATGGTGGGT------------A-TA-TTTAAATAGAAATTATCTTGG-TGCAGG------TATTTTTGTCCCAGTTTTA--------AAGATTAATT-A----AACAAA---C--A-----TGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGTTTT---TA-----TGATCTCCA-----CAC-----TTTCCTCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTT-CACTTTATTTAAATGAAAATGTCCACACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACAG-AGTATTGAAGCAAAACAAACCTGGCAGAGGTTAT---TGTGTACAAAGTTCATGGTGAGGTTCGTCA--------------GAT--CATTCCTATTCTGATGGT-GAGGGCTC--T--ACGG--AA---AT--TAAAGTTCTGATGGTTGGTGCTCT---------A-CCGC-AACTAAAATTCTGGTGATACTTCA-AACTA-AA-TAAAAT-TC
gi|1 : agcagagATTCTGGTGATA-------C--TTCAAAC--TA---AA--TAAAATTCTGTTGG-TGATACCTC---------A-AACCTAAATAAAATTCTGGTGGTGGT--A-CCATA-GA-AATAAT-TCTAGTTCCGAC-------------G--CCCCT-----------CCGAGATATTA--TACTTGGAATAGCCCTtgttggtgatacctcaaacctaaataaaattctggtggtggtaccatagaaataattctagttccgacgcccctccgagatattatacttggaatagccct
gi|10 : agcagagggggaaatgagggtccaaactatctttttactggggctggtgggtaaaatagactcatgaatatggtgggtatatttaaatagaaattatcttggtgcaggtatttttgtcccagttttaaagattaattaaacaaacatgattttaatttatctcacatggaattaagtcactgtttttatgatctccacactttcctctcactaacaatatttttagaaaatactttcactttatttaaatgaaaatgtccacacagaatatcctaagcatactttttcacagagtattgaagcaaaacaaacctggcagaggttattgtgtacaaagttcatggtgaggttcgtcagatcattcctattctgatggtgagggctctacggaaattaaagttctgatggttggtgctctaccgcaactaaaATCTCAAATGGAA--TTAAG-CACTGCTTA---TA-----TGATCTACA-----AAA--GAATTTCATCCCGCTAACATT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTACTGAAACTAAAATTTCCACACAGAATATCGT-AAGCATAC----TTTTCACTC-A-----------AAA-ATACAGGGT-GAGGTT-----------CACAAT-----------TTTA--AT----T--------T-T--TATTTT------GGTGGTGG-GGGCTT--T--AAGG--CA---AT--GATGATTCAAGTGG-TGGTACC
gi|11 : cCA-GGAAAAAA-TCTCAGGG------GGG-AG-T-G--GG--TGGTG----GGCTTATCTG--GACCC----TATTTG--TTTACTGGTGGTGGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGTTAAGTGTGAGTA-----A--G-TTTTAA-AATAATTATGTCGG-TGAGACG-----TATTTTTGTCTGAAATTTATCAGCAGAAAGATTAATT-A----AAAct
gi|12 : tatatGTTAT---TGGGCATAAAATAC----TG--GTTCA-CAT----T--------TAT--AATTTT-ATTTTGGTGGAGGATGGTGCAAT--AAA----A---AT--TAAAACTCTGATGG-CAGTACCTC---------A-AAACTAATAAAAATACTGATGGTGCTCCC-CCCTA-AA-A--AAT----AGTTCAGAT----------AAAT--CA----------------GAGA---TT--TTCCTGGAATAGTCC
gi|13 : --CA---AG--TAAACTTCTGATAG-TGATGTCTCCAAAAAAAAA-AAAAAAATTAAAATTTTGGAGGTTAT--G-CCTCA-AA-ACTAAT-T
gi|13 : A---AT--TAAAATTTTGGAGG-TTATGCCTC---------A-AAACTAATTAGTATTCTAGTGGTGGT--CTCCTTA-CC-AATATT-TTCTGTTCCTAC----------CCA---CACCC-----------CCAAAAC-TTT--TTCCTGGAATAACCagtattctagtggtggtctccttaccaatattttctgttcctacccacacccccaaaactttttcctggaataacca
gi|14 : caagtaaacttctgatagtgatgtctccaaaaaaaaaaaaaaTTCACAAATATAATTTTCGCTCACTTGAAACTAA-CTTTC--------------------ATAC-T--TTTTCACTT-ATTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAATATAC---ATGAGGTTCA-CAA----A--------TAT--CATTTTTATTCTGGTTGTGGGGGGTGC--T--AAGT--CA---Aa
gi|15 : gATTCCA-GGGAAAAA-TCTCAGGG----------A--T-A------T--AG----G----AACTA--GACCTCTTTTTTTTT--TTTACTGATGGAGGCGGGTA-------AAACAA--TC------ATTCTGGTGGATGTGGAT------A-TA-TTTTATTAAAAA
gi|16 : tA-AA-AATAGTATTCAGTTCCGAC----------CCAT--CCCCC-----------CTGATA--TTT--TTCCTGGAATAGCCCTaaaaattgtcagcattttttatttcaatttcatttgtataa
gi|16 : aATTCCA-GGAAAAA--TATCAGGG------GGG-A--T-G--GG--T--CG----G----AACTG--AATAC----TATTTT-------TGATAGATGTGCGTATATATTTGAATAA--CAATT---ATCTTGG-AGGTGAGGGCG-----GCTA-TTTTTGTCAAAATTgatagatgtgcgtatatatttgaataacaattatcttggaggtgagggcggctatttttgtcaaaattttatcagcagaaagactgat
gi|16 : aagggctTATTTTTGATAGATGTGCGTAT----A-TA-TTTGAATAACAATTATCTTGGAGGTGAGGGCGGCTATTTTTGTCAAAATTTTATCAGCAGAAAGACTGATttatcagcagaaagactgat
gi|17 : aagggctattccaggaaaaatatcaggggggatgggtcggaactgaatacATCTCACATAGAA--TTAAGCCACTGCTTA---TA-----TGATCTACA-----AAA--GAATTTCATCCCGCTAACAAT-ATTTTTACAAA-ATACTTTCCACTCTATTGAAACTAAAATTTCCGCACAGAATATCCT-AAGCATAC----TTTTCACTC-
gi|18 : c---C--A--ACATGACTTTAATTTATCTTGCACAGAAATTTGAGTCACTGTTTCAGTTA--ATATGATAGACACTC--ATG-AAAGT----TCTCACTCGCGCC-ATTTTT
gi|19 : TTCCATGAAAAAAA-TCTCAGG-------------------------------------AACAG--GACCC----TATTTTATTTTACTGGTTGTGATTAGTA-------AAATAG--TTATCCTAATTTTG
gi|2 : tgATTCCA-GGAAAAAT-TCTCAGGT------GGG-G--T-G--GGG-T--TGTTAAG----AACTG--TATCT----T-TTTT--TTT-CTGGCCG-GGTGGGTC-------AAATAG--TCATTTTAATTCTAGTGGGTATGGGTA-----A-TA-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGCCCAAATTTTATCAGCCGACAGATCAATT-A----AGAAAAAACC--A--ACATGATTTTAAATTATCTCACATGAAA--TTAAGTCACTGCTTC---TATGATATGATCTACA-----AAA-AGAATTCCATCTCACTAACAAT-ATCTTTAGAAA-ATGCTTTTCACTTAATTAAAAGTAAACTTTCCAAACAGAATATCCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAATATGACAGAGGTTGTTGCTGTGTATAAAATACAGGATGA-GTT-----T----G--------TAT--AATTTTTATTCTGACGGTGAAGGGTGC--A--AAGT--CA---AC--TAAAACTCTGGTGG-TGGTACCTC---------ATAAACTAATAAAAATTCTATTGGTAGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAG--CTAAC----------CCCT--TCCCC-----------ATGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAGCCCT
gi|20 : A---C--A--ACACAATTTTTGTTCATCTCGCACAGAAT-TTAGGTCACTGTTTC---T---AT-T-AT-TACA-----AAA-AAAA
gi|21 : CCAGTTCCGAC----------TC------CCC-----------CTGGGAT-TAT--TTCCTGGAATAGCgt
gi|21 : ATTCCA-GGAAATAA-TCCCAGGG------G--------G--AG--T--CG----G----AACTGGTGAC-------ATTTC--TTTtgacatttctttttgtttttaattaat
gi|22 : gct-AATAAT-TCCAGTCCC--C----------CCA-----CCA-----------CTGAGAT-ATT--TTCCTGGAATAGCCCTttgtttttaattaat
gi|23 : ctaGCGGTGGTGGGTA-------AAATAG--CCATTTTAATTCCAGTAGGTGT
gi|3 : TTCTAGTTGATGTGGGTAT----A-CA-TTT-AATAAAAATTATTTCGG-TATGAGG-----TATTTTTGTTAGAATTATATCAGCAGAAAGATTAATT-A----AAAAAA---T--AACACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC---TA-----TGATCTACA-----AAA-AGAATTACATCTCACT-----TCATT----GAA----ACT-------------AAAC-----TTTCCAAACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGGGTTGAAGTGTAACAAACATGGCAGAGGCTAT---TATGTACAAAATACAGGATAAGGTTTA-CATACAATGTCATGTATAT--AATTTTTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--C--AAGT--CA---AC--TAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAATTCTCATTCTGGT--A-CCCTA-AATATTAAT-TCTAGTTCCACC----------CCATGCCTCCC-----------CGGAGAT-TTT--TTCCTGGAATAG
gi|4 : tttcaataaaaaaaatcttattgttgggtgttgtcttcaagtatagacatttttatttttgacctgtgagaattaaatgtgAAAAAA-TCTC------------G-A----G--AA--T--CG----G----AACTG--GATCT----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGGATA-------
gi|4 : TTTTA---CTGGTGGTGGTGGATA-------TG-TTTTAATAAAAATTATCTTGG-TGTGGGG-----TCTTTTTGTCCGAATCTTATCAGCAGAAAAATT-----------------------------GATTTTAATTTATCTTACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC---TA-----TGATCCACA-----AAA-AGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATGTTTAGAAA-CTATTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTTCCAAACAGAATGTCCT-AATCAAAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTGAAACAAACAT----GAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGTTGAGGTTCA-CATAATAT--------TATAAAATCTTTATTCTGGTGGTGAAGGGTGG--T--AAGT--CATCTACTGTAAAATTCTGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAAGTAATAAAAATTCAGGTGGTGGT--A-CCCTAGAA-AATAAT-TCTAGTCC---C----------CCAC--CCCCCA----------CCGAGAT-TTTCCTCCCTGGAATAGCCCTtgttttaataaaaattatcttggtgtggggtctttttgtccgaatcttatcagcagaaaaattgattttaatttatcttacatggaattaagtcactgcttctatgatccacaaaaagaattgcatctcactaacaatatgtttagaaactatttttcactctattgaaactaaactttccaaacagaatgtcctaatcaaactttttcactcagtgttgaagtgaaacaaacatgaggttattgtgtacaaaatacaggttgaggttcacataatattataaaatctttattctggtggtgaagggtggtaagtcatctactgtaaaattctggtggtggtacctcaaaagtaataaaaattcaggtggtggtaccctagaaaataattctagtcccccaccccccaccgagattttcctccctggaatagccctta
gi|5 : aaaaaatctcgagaatcggaactggatcttatttAAAAA-TCTTAGGG------GGGCA--G-G--GG--T--TG----G----AACTG--AACTC----TTTATA--TTTACTGGTGGCGGTGGGTA----------------TATTTTAA-----------------A-----A-CA-ATTT----------ATCTTGG-T---GGG-----TCTTTTTGTCTGAATTTTATTAGCAAAAAGATTAATTAA----AAAAAA---A--A--ACATGATTTAGATTTATCTCGCATGAAA--TTGAGTCACTGCTTC---TA-----TGATCTACATGTACAAACAGAATTGCACCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGAAACTAAACTTACCAAACAGAATATCCTAAAAAATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAGACAAACATGAAAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGTTCA-CAT----A--------CAT--AATTTTTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AGGT--CA---AC--TAAAATTCTTGTGA-TGGTACCTC---------A-GAACTTATTAAAATTATGGTGta
gi|6 : tcctgtt-GAAAAAGA-TCTCAGGGATTGG-GGG-AG-TAG--GG--C--CG----G----AACTG--GGCCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTAG---GTA-------AAATAG--TTGTTTTAATTCTGGTTGATGTGGGTA-------TA-TTTTAATTAAAAATATCTTTG-TGTGGGG-----TCTTTTTATTAGAATTTTATCAGCAGAAAGATTGATT-T----AAAAAA---C--A---CATGATTTCGATT-ATCTTGCATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC---CA-----TGATCTACA-----AAA-AGAATTGCATCTCCCTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATAATTTTCACAAAATTGGAAATAAACTTTCCATACAGAGTATCTT-AAGCATAC-T--TTTTCACTC-AGTGTTGAAGTAAAACAAAAATGGCAGAGGTTAA---TGCGTACAAAATACAGGATGAGGTTCA-TAT----T--------TAT--TAGTATTATGGTGGTGGTGGATGGTGC--T--AAGTTATA---AT--TAAAATTCTtcagt
gi|7 : tCTGGTGGTAGTGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGGAGTAGGT------A-TATTTTTTATAAAAATTACCTTGT-TGTGGTG-----TATGTTTGTCCAAATTTTATCAACAGAAAGATTAATT-A----------------A--ACATGA--------------------AA--TTAAGTCACTGCTTC---T---AT--------------------------CATCTCACTAACAAT-ATTTTGAGAAA-ATACATTTCACTCTATTGTA--CAAA------ATACAGGATGAGGT-ACACATACATCATTTTTATTCTGGTGGTGGAG
gi|7 : ttTGTACAAAATACAGGATGAGGTACA-CAT----A--------CAT--CATTTTTATTCTGGTGGTGGAGGGTGC--T--AAGT--CA---AC--TTAGATAATGGTGG-TGGTACCTC---------A-AAACTAATTAAAGTTCTGGTGGTGGT--A-CCCTA-AA-AATAAT-TCCAGTTACGACAATACATCCTCCAT--CCCCCCCACCCCCCTACTGAGAC-TTT--TCCTTGGACTAACCCTggtgctaagtcaacttagataatggtggtggtacctcaaaactaattaaagttctggtggtggtaccctaaaaataattccagttacgacaatacatcctccatcccccccacccccctactgagacttttccttggactaaccctta
gi|8 : ttctggtggtagtgggtaaaatagtcattttaattctggtgggagtaggtatattttttataaaaattaccttgttgtggtgtatgtttgtccaaattttatcaacagaaagattaattaaacatgaaattaagtcactgcttctatcatctcactaacaatattttgagaaaatacatttcactctatATTCCA-GAAAAAAA-TCTCAGGGCCAGAGGGG-AGGT-G--GGG-T--CA----G----AACTT--GACCC----TATTTT--TTTACTGGTGGTGGTGAGTA-------AAGTAG--TCATTGTAATTCTGGTGGGTGTGGGT------T-TG-TTTTAATAAAAATTATCATGG-CGTGTGG-----TATTTATGCCCGAATTTTATCAGCAGAAAGATTAATT-T----AAAAAA------A--ACATGATTTTAATTAATCTGACATGGAA--TTAAGTCGCTGCTTC---TA--A---GATCTACA-----AAA-AAAATTGCATCTCACTAAAAAT-GTTTTTAAATA-AAACTTTTCATTC-ATTGAAACCAAAATTT--------------------CATAT-T--TTTTCACTC-AGCGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGTTAT---TGTGTACAAAATACAGGATAAGGTTCA-CAta
gi|9 : tATTCAA-AGAAAAAAGTCTCAGGG------GGG-T--T-G--GGGGT--CA----G----AACTG--AATCC----T--TTT--TTAACTTGTGGTGATGGGTA-------AAATAG--TCATTTTAATTCTGGTGGATTTGAGTATACATG-TA-TTTTAATTAAAGTTATCTTGG-TGTTCGA-----TGTTTTTGTCCAAATTTTAACAGCAGAAAGATTATTT-ATCGTGAAAAA---CCCA--ACATGATTTTAATTTATCTCACATGGAA--TTAAGTCACTGCTTC---TA-----TGACCTACA-----AAA-AGAATTGCATCTCACTAACAAT-ATTTTTAGAAA-ATACTTTTCACTCTATTGTAACTTAACTTTCCACACAGAATATTCT-AAGCATAC-T--CTTTCACTG-TGTGTTGAAGTGAAACAAACATGACAGAGGaata