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Reference ( gi|2 )            :                                                                                                                     GTCGGACAAATTAA--CAGT-TTCA-TCTTGATGGCTTAAGCGTGTTTTTATGTAAAATTAAAAGGAAA--A---AA--T-TATTTCAAAATAAATCGTCTATAT-TAA--CATTCCT---------GCA---G------TAT-T-TG--GCAAAT-------GTTTAATGGGTTTGGTGTTTTTCATTTTTTATGATTA-TAAAATAT---TTCATATGTTTATATAACATGTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGACCGATATTCAAGATGGCCGCTATTCACCGATTAATTCTTAACACAAA---A-----CAAA-----------TT----AT-A-----GCA--------------GT-----TAA---------------A----ACTA-T------------TA---------TT---GAACTGAATATCTACTGATCCGATTATGCTGACA----A---G-A----G---CATGATTGTCCACGATATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCACGCCAATTTAAGAACAACAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAGATCTACATGTATATT-----CCTATTCGCCATCATAATAAAAGTTT--TGTATTTTACTGCCAGAA---AATGTTGTA-CATATAAAAACAGATCAGTTGAAAGAAGTGTTAAAACGTCTGCTGAAA--TCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT-CTT----GAACATTTA-ACATTTGCTTCATTGTAAAATTTCC------TT-CATTGTGAATTGAAGACATTTCTCATGGC-TT---ATTATA-TCAATGCATATG-TTGACTTCGGTTTC---CA-GCTTATTGACTGCACCAGATCAATCTTTTACCTCTGGTCC-CTGTTT------ATGCTCTCAAAA------TAGGTAA---GTGCATTGATCAA-TCCGCAGTTTATTA-CTGCTTCAAATATA--A---------ATAGTCTATTTGCAATATTTGGTTGACAAAA-AGC-TAAATAAATG---TC-CTTT--TATC-GAAATCGTTTTACCTTTAAAAACTGTTTGATCAGTTGTACCTTTTGTCTCACAGTTCTAGAGACACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTCAACTATAAAGTATTTCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATC--AGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGGA--------ATGCATCTGTCTCG-TAAGTGTTTTGTTATCTGAACAGATT-TGGTCAAATA--TAGT--TAGTGCTGGTT-TCTATCAAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAATACAATAA-CAA----GTGTTGCTCTGTGT
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gi|16                         :     gaaaatcacatgttgaatctctaaaatcaaactttaaggcattaattactgttttagtaactattataaatgatattcaagtaactcgtatataaaaaaagtttttaaaagcattatttggccagttaactT-TTCG-TCTTGATGGCTTTAATGTGATTGTATGTAACATTAAAATAAAA--ATTAAACTT-TATTTTAAAATAAATTGTCTAAAT-TAA--CATTTAT---------GTA---G------TAT-TATA--GAAATT-------GTTTAATGGTTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAACTA-TAAAACAC---TTC--ATGTTTATATACCATTTAa
gi|1                          :                     aaaatattgaaaacacatgttgcatctcttaaacaatatttaagtgttttttactgttttagaaacaataattagtgatatttaggtaagtcgtataacaagtttcaaaatcatta-TTCG-TCTTGATGGCTTAAGCGTGATTTTATGTAAAATCAAAAGTAAA--A---T---T-TATTTCAAAATAAATCGTCTAAAT-TAT--CATTTCT---------ATA---GCATACTTAT-T-TATAGCAATT-------GTTTAATGGGTTTGGTGTTTTGCATTTCTTATGATTA-TAAAACAC---TTTATATGTTTATATAACATTTATAGTGTTACTATGG------TATACAATTTCAAAATGGCCGAT-TTCAAGTTGGCCGCTTTTCACTGATTAATTCTTAACGCAAA---A-----CAAA-----------TT----AT-A-----GCA--------------GC-----TAA---------------A----ACT---------------TA---------TT---GAACTGATTATCTACTGATCCGGTTATGCTGATA----A---G-T----G---CATGATTGTCCAAGATATGTTAAGCCA-ATTTTGCATTTCAAGCCAAGTTAAGAACAAGAGCAGTTTTAAAACCT----AGTGTGTGCAAAAAGTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACATTAATTTTCCATTCGTCATAAGAGTAAAA----------------TGTCAGAA---AATGTTGTTTCCTATATAAACAGATAAGTTTAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAAC-TTGTATATGTGTTCACTATTAATTAAAGC-TTTACTTACTTCT-TTT----GAACATTTT-ACATTT-----------------CC------TG-CATTGTGAAATAAAGACATTTCTCAGGGC-TT---TTTATA-TCAATGCATATG-CTGACTTTAGTTCC---TA-TCTTATTGATTGCACTTGAACAATCTTTTACGTCTGATCC-CTGTTT------ATGCTCTCGAAA------TAGGTAA---GTGCTTTGATCAA-TCCGCATTTTAATAACTGCTTCAACTATA--A---------ATAGTCTATTTGCAACGTCTGGTTGACAAAA-AGC-TAAATAAATT---TC-CTTT--TATC-GAAATCGTTGTACCTTTAACAGCTGTTTGATCAGTTTTTCCTTTTGTCTCACAGTTATAGGCCCACAATCTTCCATTTTACAATAACTGCTGTCATCGACTCACTAAACTATCAA----------------------------AACAATCCTTTTATACATC--CGTGCTGA-CAT-TAAAATCATTGATATGAA--------AGGCATCTGTCTAG-TAAGAGTTTT-TTATCTGAACATGTT-TGGTCAAATA--TAGT--TTTTGCTGGTT-TCCATCGAGACAAACAAACATCTGCAAATTTGAAACACAATAA-CAA----GTGTTGCTCTGTGag
gi|10                         :     aaaaaaacacatgttgaatttcgaaaagatatctaagtcattaattactgttttagtaactattattattgatattcaggtaactcgtatataaaaaagtttctaaaatcattatttggtcagttaaatgcattaCA-TCTTGGTGGCTTAAGCGTAATTTTATGTAAAATTAAAA-GAAA--A---AC--T-TATTTCAAAAGTAATCGTCTTAAT-TAA--CATTCCT---------GTA---G------TATAC-TA--GCAATT-------GTTTAATGGGATTGGTGTTTTTCATTTCTTATGATTA-TAAAACAC---TTCATATGTTTATATAACATTTATACAGTTGCTAGGGTAGACCTATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGACCGCTATTCGCTGATAAATTCTTAATGCA
gi|4                          : aataaaaaacacatgttgcaactcttaaacaatattttcggcattaattactgttttagtaactattattagcgatattcaggtaactcgtacataaaaacgtttttaaaaccattacttggtcagttaaatgcattatgA-TCTTAATG---T---CGTGATTTTATGTAAAACTAAAA---AA--A---TA--TATATTTCAAAATAAATCATCT-TAA-TAAAACATTCCT---------GCA---G------TGT-T---------AT----------TAATGGATTTGGTGTTTTTCATTTCTTATTATTA-TAAAAAAC---TTCATATGTTTATATAACATTTATACCGTTGCTAGGG------TATGTAATTTTAAAACGGCCGATACTCAAGATAGCCGCCATTTACTAATTAATTCTTTACGCAAACCGAC----CAAACAATAACCTTCTT----ATCACCTTTGTA--------------AT-----TAA---------------ATTATACCAGT------------TACAACCGCTATT---ACACTGATTATCTACTGATTCGATTAGGCTGACA----A---GTA----GATACGTAATTGCAGATGGCATGTTAAGCCATTTTTTGCCTTTCAAACCAAGTTAAGATTAAGAGCAGTATCAAA--------AGCATTT--AAT--CTG--CTTGATCAGTTTTAC
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                            AT-TGA--TATTTAT---------GTA---G------TAT-AATG--GCAA------------T--TGGCTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-CAAAACAC---TTCATATGTTTATAACACATaactgagtatgtattattcttgccatacgtttatgcaaacatgtagctgattgcccaagacatatgcaac
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTCCTTGTTCAAATTAACCAGTACATT-----CCCATTCGTCATAAGAGTAAA----T--CGC------CTG--AAAATGAAATGTTGTC-CATATATAAATAGGTCAGTTAAAAGAAGTGTCGATATGTCTGCTGAAA---CG-----------A--GTCAA----AG--TTTATT----------------AACATTTT-ACATTT------TCGTAA------------------TTGAGAA----ACACATTTCTCG-GGC-TA---ATTATA-TCAATGCGTATT-CTGGATTCAGTTTCAATCAAGCTTATTAATTGCAACTGGTCAATCTCTTACATCTGCTTC-ATGTTT------CTGCACTCATAA------TAGGTAA-----------------TCCGCA---T-TTA-CTGCTTCAGCTATGCTATGTTTTATTATGCTTTATTTGCAACATCTGGTTGATAAAACAGC-TAAAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATTGCCAGAA---AATGTTGTA-CATATATTAACAGATCAGTTCAAA-ATGTGTTGATACGTCTGCTTAAAC-TCGTATGTATGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT-CTT----GAACATTTT-ACATTT-----------------CC------TG-CATTGTGAAATGAAGACATTTCTCAGGGC-AT---ATTATA-TCAACGCATATG-CTGACTTCAGCTTC---TA-GCTTATTGATTGCACCTGAACAATATTTTACGTCTGCTCT-CTGTTT------ATGCTCTCTAAA------TAGG-AA---GTGCATTGATCAA-TCCGCATTTTATTA-CTGCTTCAACGATA--A---------ATAGTCTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-AGC-TAAATAAATT---TC-CTTT--TATC-GAAATCGTTTTACCATTAAAATCTGTTTAATCAGTTGTACCGTTTGTCTCACAGTTCTAGAGAC-CAATCTTCCATTTTATCATAGCAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATC--CGTGCTG--CATCT-ACATC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CATCTGCCGAAAACTCACATCTATATTCGTTATTAA-----GCATTTTCTTTCTTCTTCTTCACGGAACCATCACACA---ACTTGAATAT----TTTCCAGGTTTTTATATTGTGAAATAGAGGCGTTTGTCGTTTCATTCCAGTTACA-CCAATGATTATG-CTGACTTCAGCTTT---CATGCCTCT--ATTATATTTAATCAATATTGCAT-----GTCCACTCTTTAAAGAGATA----CAACA------TGGTTTATTTGTGGATTTATCAATTCCTAAG--TA--A-CTGTTACGAGTAAA--G---------CTTTCCCATTTACAAGGTTGGGTTTACAAAA-At
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cagcttccaactttgcacttgttATTTTC------TT-AATTGTGAAATGAAGACATTTCTCG-AGC-TA---ATTATA-TCAATGGACATG-CTGGCTTCAGCTTC---CA-GCTTATTGATTGCATCTGATCAATCTTTAACATCTGTTCA-ATGTTT------AATATCTCCTGA------TAGGTAA---GTGGATTGATCAA-TCAGCA---T-TTA-CTGCCTTAACCATG--C---------ATTGTCTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-AACCTAAATAGATAAACTT-CTCTCGTATCAGAAGGTGTTTCACTTTTGAAATCTGTTTTATCAGTTTAACCTATTATCTCA--ATTCTAGAACCAAAATCTTTCAAATTACCATAACAGCCATCACCGAGTCTTTAAACTATAACGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCCAAGT--TGA-CAT-T-GCATCATTAATATGAA--------ATGCATCTATCTGT-TAAGAGTTGTGTTATCTAAACAGCTT---GTCAAAAA--TGGTTATAGTTATAGTT-TCAATTAAGACAAACTAACATCTGCATATTTGCAACATAATAT-CAA----GTGTTGATCCGTGTaatggattagattaaactttttttccgaagagtgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttcC------TT-CATTGTGAAATGAAGACATTTCTCAGGGT-TA---ATTATA-TCAATGCATATG-CTGACTTCAGCTTC---CA-GCTTAATGATTGCACCTGATCAATCTTATACTTCTGCTCC-CTGTTT------ATGCTCTCGTAA------TAGGTAG---GTGGATTGATCAA-TCCGCATGTTATCA-CTGCTTCAACTATG--C---------ATTGTCTATTTGCAACATCTGGTTGACCAAA-ACC-TAAATAAACT---TCTCTTG--TATC-GAAAGCATTTCACCTTAAAAATCTGTTTGATCATTTGTACCTTTTGTCTCACAGTTCTGGAGCCATAATCTTCTATTTTACCATAACAGCTGTCACCGATTCTCTAAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATC--CGTCCTGATCAT-T-AAACCATTGATATGAA--------ATGCACCTATCTAG-TTAGAGTTTTGTTATCTGAACAGGTC-TAGTAAAATA--AAGT--TATTTCTGGTT-TCTATACGGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAACATACTAG-CAC----GTGTTGCTCAGTGTtat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTGTGAAATGAAGATATTTCTCA-GGC-TA---ATTATA-TCATTGCATATG-GTGACTTCAGCTAC---CA-GCTTACTGATTGCACCTGATCAATCTTTTAAGTATGCTCC-CTGTTT------ATGCTCATGTAA------TAGGTTA---GTG-----ATCAA-TCCGCATTTTATTA-CTACTTCAACTATG--A---------ATTGTCTATTAACAACATCTGATTGACAAAA-AGC-TAAATAAATT---TC-CTTTG-TATC-AAAAGCGTTTCACCTTTAAAATCAGCTTGATCAGTTGTACCTTTTGTTTCACAATTCTAGAGCCACAATCTTTCATTTTACCATAACAGCTGTCACCTACTCTCTAAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCACAACAATCATTTTATACATC--CGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGAA--------ATGCATCTGTCTAG-TAAGTATTTT-TTATCTGAACAGGTC-TGGTCAAAAA--AAGT--TATTGCTGGTT-TCTATTGAGATAGACAAACATCTGCATATTTGCAACACAATAG-CAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AATGAAAATGCTTGG-TTAAGTTTC---GA-TTTTGTT-ATTGCATCTGATCATTATTTCACTTCTGCTCC-CTGTTT------ATGCTCTCAGAATTCCTGTAAGTAA---GTGTATTGACCAA-CCCTCA-T---TTA-CTGTTTCAATGAAA--G---------ATTGGCTGTTTACAACATtgt
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTTACGTTTGCTCC-CTGTTT------ATGCTCTCGGAG------TAGGTAA---GTGGATTGATCAA-TCCGCATTTTATTA-CTGCTTCAACTATG--A---------ATTGTCTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --TATC-AAAAGCATTT---------AATCTGCTTGATCAGTTTTAC-TTTGGTCTCACAGTT-TAGAGCCACAATTTTCCACTTTACCATAACAGCTGCCACCAACTCTATGAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATC--AGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATACAAA--------ACGCATCTATCTAG-TAGAACTTTTGTTATCTGAACAGGTC-TAGTCAAAAC--TGGT--TATTAAAGGTG-TCTGTCGAGACAAACAAACATCCGCATATTT-------AATCT-CAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --TATC-AAAAGCATTT---------AATCTGCTTGATCAGTTTTAC-TTTGGTCTCACAGTT-TAGAGCCACAATTTTCCACTTTACCATAACAGggt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgaaaaacacatgttacaactttaaaacattatttaaagcattaattactgtttaagtaactattattagtgatattcttgtaactcctatatataaaatgtttctaaaatcattatttggtcagtgaaatacgttaataatcttaatgtcgtgattttatgtaaaactaaaaaaatatatatttcaaaataaatcatcttaataaaacattcctgcagtgttattaatggatttggtgtttttcatttcttattattataaaaaacttcatatgtttatataacatttataccgttgctagggtatgtaattttaaaacggccgatactcaagatagccgccatttactaattaattctttacgcaaaccgaccaaacaataaccttcttatcacctttgtaattaaattataccagttacaaccgctattacactgattatctactgattcgattaggctgacaagtagatacgtaattgcagatggcatgttaagccattttttgcctttcaaaccaagttaagattaagagcagTATAAAGTTTCACTTTATCAGTATGACTCTTCAAAACAATCCGTTTACACATC--CGCGCTAC-CAT-A-ACGTCATCGATATGAA--------ATGCATCTATCTGG-TAAGAGTTTTGGAATCTG
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atatgtataagaggattgTC-TGGTAAAAC---TAGA--TATTGCTT-TT-TCTATTGAGACAAATAAACATCTGCATATTTACAACACAAAAATCAAGACGGTGTTACTCTGTGTctagtgtttgatatatgtcatcaatttctatattaaacaaaaaagaactgtcagatttttgactgaggaaatcttaaagatgtcatattaaaaccttggaattcaatcaa
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTTTATTTATAACTGTCGTTAACAAGATTGGGATCCATGTTTGCGCCGAGATATTTGAAATAAATATTGCATTG






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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AATGAAAATGCTTGGTTAAGTTTC---GA-TTTTGTT-ATTGCATCTGATCATTATTTCACTTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCAGAATTCCTGTAAGTAA---GTGTATTGACCAACCCTCAT------TTA-CTGTTTCAATGAAA--G------A--TTGG---CTGTTTACAACATCC-TTT------A-A-----GC-----TTATAAAA-T-AATTTC-C
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gi|14                         : aatgaaaatgcttggttaagtttcgattttgttattgcatctgatcattatttcacttctgctccctgtttatgctctcagaattcctgtaagtaagtgtattgaccaaccctcatttactgtttcaatgaaagattggctgtttacaacatcctttaagcttataaaataatttccccatcacctcaggctagtacagatgcaaaattacaaaccatttctccaatgtccaggttt-TA-------TTATAGAATTAACTGTCTAATATAA-CATAAGT-ATAG------TAT-TAAACCAATA---ATTATTGTTTAATGACGTTGGTGTGTTCAATTTC--ATA-TTAGTAAAATACTTCCC---ATGGTTATTTAACATTTACGCTATTGTTAG-------------AAT------ATAACCGATATTC-------C----------CTAATCAATC-ATTAACAAAAAAACGACCAAAT-----TAACATTC----------------T------------------AA-A----AAT---GCT---------AT---A------CATAC--------------------TAT-------TTCTG--ATC--GTTTTGTT-CCATTTTA---A-A----G---CATAATTGt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CATTT----------------T------------------AA-A----GC----ATA---------ATTGAA------CTGAG--------------------TATGTATTATTCTTGCCATACGTTTATGCAAACA----T---GTA----G---C-TGATTGCCCAAGACATATaactgagtatgtattattcttgccatacgtttatgcaaacatgtagctgattgcccaagacatatgcaac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tattatagaattaactgtctaatataacataagtatagtattaaaccaataattattgtttaatgacgttggtgtgttcaatttcatattagtaaaatacttcccatggttatttaacatttacgctattgttagaatataaccgatattccctaatcaatcattaacaaaaaaacgaccaaattaacattctaaaaatgctatacatactatttctgatcgttttgttc-TATC-AAA-AGCATTT---------AATCTGCTTGATCAGTTTTAC-TTTGGTCTCACAG-----TT-TAGAGCCACAATTTTCCACTTTACCATAACAGCTGCCACCAACTCTATGAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATACAAA--------ACGCATCT-ATCTAGTAGAACTTTTGTTATCTGAACAGGTCTAGTCAAAACTGGTTA-TTA-A--AGGTG-TCTGT-CGAGACAAACAAACATCCGCATATTT--------AATCTCAA----GTGTTGCTCTGTGTgcaac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                --CATTATTTCGTCTTGATGGCTTTAATGTGATTGTATGTAACATTAAAA--TAA--AAA-T-TAAACTTTATTTTAAAATAAATTGTCTAAATTAA-CATTTAT-GTAG------TAT-TA------TA---GAAATTGTTTAATGGTTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAACTA-TAAAACACTTC-----ATGTTTATATACCATTTAggt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaaatattgaaaacacatgttgcatctcttaaacaatatttaagtgttttttactgttttagaaacaataattagtgatatttaggtaagtcgtataacaagtttcaaaatAAATAATATTTTTATGCATATATGT--A-CAT--------ACTAGTATGAATAGTGATCATTCATCTTAT-TGATAAG-TTTTTCTTATCTGAAACGGTCATGTTAAA-ATCCTTAATTGTC--TAATTCTCT-T-TAAGACAAACATATATCTGCAAATTag
gi|18                         :                                                                                                                                                 atatgtataagaggattgTTGGTCAATTTAAAACATTATC-GGTATTGACGGCTTAAAGGAGATTTTATGTAAAA-TAATG--AAATTAGACT-TA-------TTTTAAAATACACCGTCTAATTTAA-CATTAAT-ATAG------CAC-TA------TA---CTAACCGTTTTATGGTTTTGTTGT------TTTGTTATTAGCA--AAAACA-TACATTCCATGTTTATATctagtgtttgatatatgtcatcaatttctatattaaacaaaaaagaactgtcagatttttgactgaggaaatcttaaagatgtcatattaaaaccttggaattcaatcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                            attattaatgttattctgataacttatactagtttcgaaaatcattac-T-TA-------TTATAAAATAAATTGTCTAGTTTAA-TAT--------G------AAT-A-------CA---ACACTTGTTTAATGGTTTTGGTGT-----ATT-CTT-----------------TCAT------CTT-TAAAACATTTAAGCCGTTGTTAGGG------TATG-----TCAAAATGATCAATATTCAAGATGGCCGCTATTCGGCTCAACAATTACTTA
gi|2                          :                                                                                                                                                           attagacGTCGGACAAATTAA--CAGT-TT-CATCTTGATGGCTTAAGCGTGTTTTTATGTAAAATTAAAAGGAAA--AAA-T-TA-------TTTCAAAATAAATCGTCTATATTAA-CATTCCT-GCAG------TAT-T-------TG---GCAAATGTTTAATGGGTTTGGTGTTTTTCATTTTTTATGATTA-TAAAATATTTCAT---ATGTTTATATAACATGTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGACCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-ACCGATTAATT-CTTAACACAAA----AC-AAATT---ATAGCAGT-----------------T------------------AA-A----ACT---ATT---------ATTGAA------CTGAA--------------------TAT------CTACTG--ATCCGATTATGCTGACA----A---G-A----G---CATGATTGTCCACGATATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCACGCCAATTTAAGAACAACAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAGATCTACATGTATATT-----CCTATTCGCCATCATAATAAAAGTTT----TGTATTTTACTGCCAGAA---AATGTTGTA-CATATAAAAACAGATCAGTTGAAAGAAGTGTTAAAACGTCTGCTGAAA--TCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTAACA--TTTGCTTCATTGTAAAATTTCCTTCATTGTGAATTGAAGACATTTCTCA----TGGCTTATTATA-TCAATGCATATGTTGACTTCGGTTTC---CA-GCTTATTGACTGCACCAGATCAATCTTTTACCTCTGGTCCCTGTTT------ATGCTCTCAAAA------TAGGTAA---GTGCATTGATCAATCCGCAGTTTA--TTA-CTGCTTCAAATATA--A------A--TAGT---CTATTTGCAATATTTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATGTC-CTTT-TATC-GAA-ATCGTTTTACCTTTAAAAACTGTTTGATCAGTTGTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGACACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTCAACTATAAAGTATTTCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGGA--------ATGCATCT-GTCTCGTAAGTGTTTTGTTATCTGAACAGATTTGGTCAAATATAGTTA-GTG-C--TGGTT-TCTAT-CAAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAATAC-AATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AAATTGA-TATTTAT-GTAG------TAT-AA------TG---GCAATTG-------GCTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-CAAAACACTTCAT---ATGTTTATAACACAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                actttaaagacgagatataatttctgaaatctgtgttaatgaaagcatgacaTTTTACGTTTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGGAG------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATAAAGTTTCACTTTATCAGTATGACTCTTCAAAACAATCCGTTTACACATCCGCGCTAC-CAT-A-ACGTCATCGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGGAATCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCTGGTAAAAC-TAGATA-TTG-C--TT-TT-TCTAT-TGAGACAAATAAACATCTGCATATTTACAACACAAAAATCAAGACGGTGTTACTCTGTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCGTTGTTAGTG------TATGCAATTTCAAAATGACTGATATTAAAGATGGCCGCTATTC-ACTGATTAATT-CTTt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AATCTCTTACGTCTGCTTCCTGTTT------ATACTCTCGTGA------TAGGAAA---GTGGATTGACCAGT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CATCTACATCTTTACAACAC-GATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                  GCCAGTTAACT--A--CAGTATT-CCTATTGAAGGCTTAAACGTGATTTTA------------A--AAA--ATA-TATA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCCTTATGT------TAT-TGCAATTGTAATTGCAATTGTTTAATGGCTTTGGTGATTTTCGTTTCTAATAATTA-TAAAACACTTCAT---AT---------------ATACCGTTCTTAAGG------TATGAAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCACTATTC-ACTAATTTATT-CTTAATACAAA----ACGACCTTGCAATAACATTC----------------TCACCACCTTTGTGATTGTAA-A----TCC---TTT---------ATCCAA------CTAAT--------------------TAT------CTTCTG--ATCCGGTCATGATGACA----AATAG-AT---G---CGTAATTGTCAACGACAAGTGAAGCAA-ATTTTAAATTTCAAAACAAGTTAAGAACAAGAACAGTTTTAAAACCA----AGCGTCTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACGTT-----CACATTCGTCATAAGAGTAAA----TTTACTGTATTTTATCGCCAAAA---AATGATG-G-CAAAAATAAACAGATCAGTTGAAACAAGATTTGATACGCCTTCTGAAA-CTCGTCTGTGTGTTCATTATTAA----AGC-CTTGCATACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT------T------------TTAATTGTGAAATGAAGACATTTCTC-----GGGTTAATTATATTTAATGAATATGCTGGCTTCAACTAC---CA-ACTTATTGGTTGCACGTGATCAATTTTTtg
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATGAAAATGCTTGGTTAAGTTTC---GA-TTTTGTT-ATTGCATCTGATCATTATTTCACTTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCAGAATTCCTGTAAGTAA---GTGTATTGACCAACCCTCAT------TTA-CTGTTTCAATGAAA--G------A--TTGG---CTGTTTACAACATCC-TTT------A-A-----GC-----TTATAAAA-T-AATTTC-C
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gi|14                         : aatgaaaatgcttggttaagtttcgattttgttattgcatctgatcattatttcacttctgctccctgtttatgctctcagaattcctgtaagtaagtgtattgaccaaccctcatttactgtttcaatgaaagattggctgtttacaacatcctttaagcttataaaataatttccccatcacctcaggctagtacagatgcaaaattacaaaccatttctccaatgtccaggttt-TA-------TTATAGAATTAACTGTCTAATATAA-CATAAGTATA-GT-------AT-------TAAA---CCAATAATTATTGTTTAATGACGTTGGTGTGTTCAATTTC--ATA-TTAGTAAAATACTTCCC---ATGGTTATTTAACATTTACGCTATTGTTAG-------------AAT------ATAACCGATATTC-------C----------CTAATCAATC-ATTAACAAAAAAACGACCAAAT-----TAACATTC----------------T------------------AA-A----AAT---GCT---------AT---A------CATAC--------------------TAT-------TTCTG--ATC--GTTTTGTT-CCATTTTA---A-A----G---CATAATTGt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CATTT----------------T------------------AA-A----GC----ATA---------ATTGAA------CTGAG--------------------TATGTATTATTCTTGCCATACGTTTATGCAAACA----T---GTA----G---C-TGATTGCCCAAGACATATGaactgagtatgtattattcttgccatacgtttatgcaaacatgtagctgattgcccaagacatatgcaac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tattatagaattaactgtctaatataacataagtatagtattaaaccaataattattgtttaatgacgttggtgtgttcaatttcatattagtaaaatacttcccatggttatttaacatttacgctattgttagaatataaccgatattccctaatcaatcattaacaaaaaaacgaccaaattaacattctaaaaatgctatacatactatttctgatcgttttgttc-TATC-AAA-AGCATTT---------AATCTGCTTGATCAGTTTTAC-TTTGGTCTCACAG-----TT-TAGAGCCACAATTTTCCACTTTACCATAACAGCTGCCACCAACTCTATGAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATACAAA--------ACGCATCT-ATCTAGTAGAACTTTTGTTATCTGAACAGGTCTAGTCAAAACTGGTTA-TTA-A--AGGTG-TCTGT-CGAGACAAACAAACATCCGCATATTT--------AATCTCAA----GTGTTGCTCTGTGTcaac
gi|16                         :                                                                                                                                                                           AAAT---CATTATTTCGTCTTGATGGCTTTAATGTGATTGTATGTAACATTAAAA--TAA--AAA-T-TAAACTTTATTTTAAAATAAATTGTCTAAATTAA-CATTTATGTA-GT-------AT-------TATA---GAAAT------TGTTTAATGGTTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAACTA-TAAAACACTTC-----ATGTTTATATACCATTTAggt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaatattgaaaacacatgttgcatctcttaaacaatatttaagtgttttttactgttttagaaacaataattagtgatatttaggtaagtcgtataacaagtttcaAAATAATATTTTTATGCATATATGT--A-CAT--------ACTAGTATGAATAGTGATCATTCATCTTAT-TGATAAG-TTTTTCTTATCTGAAACGGTCATGTTAAA-ATCCTTAATTGTC--TAATTCTCT-T-TAAGACAAACATATATCTGCAAATTag
gi|18                         :                                                                                                                                                       atatgtataagaggattgTTAAA---ACATTATC-GGTATTGACGGCTTAAAGGAGATTTTATGTAAAAT-AATG--AAATTAGACT-TA-------TTTTAAAATACACCGTCTAATTTAA-CATTAATATA-GC-------AC-------TATA---CTAAC------CGTTTTATGGTTTTGTTGT------TTTGTTATTAGCA--AAAACA-TACATTCCATGTTTATATctagtgtttgatatatgtcatcaatttctatattaaacaaaaaagaactgtcagatttttgactgaggaaatcttaaagatgtcatattaaaaccttggaattcaatcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                   attattaatgttattctgataacttatactagtttcgaaaatcattacttggtcaat-T-TA-------TTATAAAATAAATTGTCTAGTTTAA-TAT--------GA-------AT--------ACA---ACACT------TGTTTAATGGTTTTGGTGT-----ATT-CTT-----------------TCAT------CTT-TAAAACATTTAAGCCGTTGTTAGGG------TATG-----TCAAAATGATCAATATTCAAGATGGCCGCTATTCGGCTCAACAATTACTTA
gi|2                          :                                                                                                                                                             attagacGTCGGACAAATTAACAGT-TT-CATCTTGATGGCTTAAGCGTGTTTTTATGTAAAATTAAAAGGAAA--AAA-T-TA-------TTTCAAAATAAATCGTCTATATTAA-CATTCCTGCA-GT-------AT-------T-TG---GCAAA------TGTTTAATGGGTTTGGTGTTTTTCATTTTTTATGATTA-TAAAATATTTCAT---ATGTTTATATAACATGTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGACCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-ACCGATTAATT-CTTAACACAAA----AC-AAATT---ATAGCAGT-----------------T------------------AA-A----ACT---ATT---------ATTGAA------CTGAA--------------------TAT------CTACTG--ATCCGATTATGCTGACA----A---G-A----G---CATGATTGTCCACGATATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCACGCCAATTTAAGAACAACAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAGATCTACATGTATATT-----CCTATTCGCCATCATAATAAAAGTTT----TGTATTTTACTGCCAGAAAATG-----TTGTA-CATATAAAAACAGATCAGTTGAAAGAAGTGTTAAAACGTCTGCTGAAA--TCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTAACA--TTTGCTTCATTGTAAAATTTCCTTCATTGTGAATTGAAGACATTTCTCA----TGGCTTATTATA-TCAATGCATATGTTGACTTCGGTTTC---CA-GCTTATTGACTGCACCAGATCAATCTTTTACCTCTGGTCCCTGTTT------ATGCTCTCAAAA------TAGGTAA---GTGCATTGATCAATCCGCAGTTTA--TTA-CTGCTTCAAATATA--A------A--TAGT---CTATTTGCAATATTTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATGTC-CTTT-TATC-GAA-ATCGTTTTACCTTTAAAAACTGTTTGATCAGTTGTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGACACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTCAACTATAAAGTATTTCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGGA--------ATGCATCT-GTCTCGTAAGTGTTTTGTTATCTGAACAGATTTGGTCAAATATAGTTA-GTG-C--TGGTT-TCTAT-CAAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAATAC-AATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AAATTGA-TATTTATGTA-GT-------AT-------AATG---GCAAT------TG-------GCTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-CAAAACACTTCAT---ATGTTTATAACACAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         actttaaagacgagatataatttctgaaatctgtgttaatgaaagcatgacaTTTTACGTTTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGGAG------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TATAAAGTTTCACTTTATCAGTATGACTCTTCAAAACAATCCGTTTACACATCCGCGCTAC-CAT-A-ACGTCATCGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGGAATCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCTGGTAAAAC-TAGATA-TTG-C--TT-TT-TCTAT-TGAGACAAATAAACATCTGCATATTTACAACACAAAAATCAAGACGGTGTTACTCTGTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCGTTGTTAGTG------TATGCAATTTCAAAATGACTGATATTAAAGATGGCCGCTATTC-ACTGATTAATT-CTTt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AATCTCTTACGTCTGCTTCCTGTTT------ATACTCTCGTGA------TAGGAAA---GTGGATTGACCAGT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CATCTACATCTTTACAACAC-GATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                    GCCAGTTAACT--ACAGTATT-CCTATTGAAGGCTTAAACGTGATTTTA------------A--AAA--ATA-TATA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCCT-TATGTTATTGCAAT-------TGTAATTGCAAT------TGTTTAATGGCTTTGGTGATTTTCGTTTCTAATAATTA-TAAAACACTTCAT---AT---------------ATACCGTTCTTAAGG------TATGAAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCACTATTC-ACTAATTTATT-CTTAATACAAA----ACGACCTTGCAATAACATTC----------------TCACCACCTTTGTGATTGTAA-A----TCC---TTT---------ATCCAA------CTAAT--------------------TAT------CTTCTG--ATCCGGTCATGATGACA----AATAG-AT---G---CGTAATTGTCAACGACAAGTGAAGCAA-ATTTTAAATTTCAAAACAAGTTAAGAACAAGAACAGTTTTAAAACCA----AGCGTCTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACGTT-----CACATTCGTCATAAGAGTAAA----TTTACTGTATTTTATCGCCAAAAAATG-----ATG-G-CAAAAATAAACAGATCAGTTGAAACAAGATTTGATACGCCTTCTGAAA-CTCGTCTGTGTGTTCATTATTAA----AGC-CTTGCATACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT----------------T--TTAATTGTGAAATGAAGACATTTCTC-----GGGTTAATTATATTTAATGAATATGCTGGCTTCAACTAC---CA-ACTTATTGGTTGCACGTGATCAATTTTTtg
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Reference ( family-5524 )     :                                                                                                                                                                 GTCAGTT---AAAT--ACATTATT-CGTCTTGATGGCTTAAGCGTGATTTTATGTAAAATTAAAA--AAA--ANA-T-TA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCNTGTA-GT-------AT-------TATA---GCAAT------TGTTTAATGGNTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-TAAAACACTTCAT---ATGTTTATATAACATTTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-GCTGATTAATT-CTTAACGCAAA----ACCAAATT---ATAACATTC----------------T------------------AA-A----ACC---GTT---------ATTGAA------CTGAT--------------------TAT------CTNCTG--ATCCGGTTATGCTGACA----A---G-A----G---CGTGATTGTCCACGACATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCAAACCAAGTTAAGAACAAGAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACATT-----CCCATTCGTCATAAGAGTAAA----T----CGTATTTTA--GCCAGAAAATG-----TTGTN-CATATATAAACAGATCAGTTNAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAA-CTCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT----------------TCCTTCATTGTGAAATGAAGACATTTCTCG----GGGCTAATTATA-TCAATGCATATGCTGACTTCAGCTTC---CA-GCTTATTGATTGCACCTGATCAATCTTTTACGTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGNAA------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATTTC-CTTT-TATC-GAA-AGCGTTTCACCTTTAAAATCTGCTTGATCAGTTNTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGCCACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCCGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGTTATCTGAACAGGTCTGGTCAAANATAGTTA-TTG-C--TGGTT-TCTAT-CGAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAACAC-AATANCAA----GTGTTGCTCTGTGT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATGAAAATGCTTGGTTAAGTTTC---GA-TTTTGTT-ATTGCATCTGATCATTATTTCACTTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCAGAATTCCTGTAAGTAA---GTGTATTGACCAACCCTCAT------TTA-CTGTTTCAATGAAA--G------A--TTGG---CTGTTTACAACATCC-TTT------A-A-----GC-----TTATAAAA-T-AATTTC-C
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gi|14                         : aatgaaaatgcttggttaagtttcgattttgttattgcatctgatcattatttcacttctgctccctgtttatgctctcagaattcctgtaagtaagtgtattgaccaaccctcatttactgtttcaatgaaagattggctgtttacaacatcctttaagcttataaaataatttccccatcacctcaggctagtacagatgcaaaattacaaaccatttctccaatgtccaggttt-TA-------TTATAGAATTAACTGTCTAATATAA-CATAAGTATA-GT-------AT-------TAAA---CCAATAATTATTGTTTAATGACGTTGGTGTGTTCAATTTC--ATA-TTAGTAAAATACTTCCC---ATGGTTATTTAACATTTACGCTATTGTTAG-------------AAT------ATAACCGATATTC-------C----------CTAATCAATC-ATTAACAAAAAAACGACCAAAT-----TAACATTC----------------T------------------AA-A----AAT---GCT---------AT---A------CATAC--------------------TAT-------TTCTG--ATC--GTTTTGTT-CCATTTTA---A-A----G---CATAATTGt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CATTT----------------T------------------AA-A----GC----ATA---------ATTGAA------CTGAG--------------------TATGTATTATTCTTGCCATACGTTTATGCAAACA----T---GTA----G---C-TGATTGCCCAAGACATATGaactgagtatgtattattcttgccatacgtttatgcaaacatgtagctgattgcccaagacatatgcaac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tattatagaattaactgtctaatataacataagtatagtattaaaccaataattattgtttaatgacgttggtgtgttcaatttcatattagtaaaatacttcccatggttatttaacatttacgctattgttagaatataaccgatattccctaatcaatcattaacaaaaaaacgaccaaattaacattctaaaaatgctatacatactatttctgatcgttttgttc-TATC-AAA-AGCATTT---------AATCTGCTTGATCAGTTTTAC-TTTGGTCTCACAG-----TT-TAGAGCCACAATTTTCCACTTTACCATAACAGCTGCCACCAACTCTATGAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATACAAA--------ACGCATCT-ATCTAGTAGAACTTTTGTTATCTGAACAGGTCTAGTCAAAACTGGTTA-TTA-A--AGGTG-TCTGT-CGAGACAAACAAACATCCGCATATTT--------AATCTCAA----GTGTTGCTCTGTGTcaac
gi|16                         :                                                                                                                                                                    AGTTTCAAAAT---CATTATTTCGTCTTGATGGCTTTAATGTGATTGTATGTAACATTAAAA--TAA--AAA-T-TAAACTTTATTTTAAAATAAATTGTCTAAATTAA-CATTTATGTA-GT-------AT-------TATA---GAAAT------TGTTTAATGGTTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAACTA-TAAAACACTTC-----ATGTTTATATACCATTTAggt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaatattgaaaacacatgttgcatctcttaaacaatatttaagtgttttttactgttttagaaacaataattagtgatatttaggtaagtcgtataacaAAATAATATTTTTATGCATATATGT--A-CAT--------ACTAGTATGAATAGTGATCATTCATCTTAT-TGATAAG-TTTTTCTTATCTGAAACGGTCATGTTAAA-ATCCTTAATTGTC--TAATTCTCT-T-TAAGACAAACATATATCTGCAAATTag
gi|18                         :                                                                                                                                               atatgtataagaggattgGTCAATT---TAAA--ACATTATC-GGTATTGACGGCTTAAAGGAGATTTTATGTAAAAT-AATG--AAATTAGACT-TA-------TTTTAAAATACACCGTCTAATTTAA-CATTAATATA-GC-------AC-------TATA---CTAAC------CGTTTTATGGTTTTGTTGT------TTTGTTATTAGCA--AAAACA-TACATTCCATGTTTATATctagtgtttgatatatgtcatcaatttctatattaaacaaaaaagaactgtcagatttttgactgaggaaatcttaaagatgtcatattaaaaccttggaattcaatcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                         attattaatgttattctgataacttatactagtttcgaaaatcattacttg-T-TA-------TTATAAAATAAATTGTCTAGTTTAA-TAT--------GA-------AT--------ACA---ACACT------TGTTTAATGGTTTTGGTGT-----ATT-CTT-----------------TCAT------CTT-TAAAACATTTAAGCCGTTGTTAGGG------TATG-----TCAAAATGATCAATATTCAAGATGGCCGCTATTCGGCTCAACAATTACTTA
gi|2                          :                                                                                                                                                          attagacGTCGGAC---AAATTAACAGT-TT-CATCTTGATGGCTTAAGCGTGTTTTTATGTAAAATTAAAAGGAAA--AAA-T-TA-------TTTCAAAATAAATCGTCTATATTAA-CATTCCTGCA-GT-------AT-------T-TG---GCAAA------TGTTTAATGGGTTTGGTGTTTTTCATTTTTTATGATTA-TAAAATATTTCAT---ATGTTTATATAACATGTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGACCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-ACCGATTAATT-CTTAACACAAA----AC-AAATT---ATAGCAGT-----------------T------------------AA-A----ACT---ATT---------ATTGAA------CTGAA--------------------TAT------CTACTG--ATCCGATTATGCTGACA----A---G-A----G---CATGATTGTCCACGATATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCACGCCAATTTAAGAACAACAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAGATCTACATGTATATT-----CCTATTCGCCATCATAATAAAAGTTT----TGTATTTTACTGCCAGAAAATG-----TTGTA-CATATAAAAACAGATCAGTTGAAAGAAGTGTTAAAACGTCTGCTGAAA--TCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTAACA--TTTGCTTCATTGTAAAATTTCCTTCATTGTGAATTGAAGACATTTCTCA----TGGCTTATTATA-TCAATGCATATGTTGACTTCGGTTTC---CA-GCTTATTGACTGCACCAGATCAATCTTTTACCTCTGGTCCCTGTTT------ATGCTCTCAAAA------TAGGTAA---GTGCATTGATCAATCCGCAGTTTA--TTA-CTGCTTCAAATATA--A------A--TAGT---CTATTTGCAATATTTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATGTC-CTTT-TATC-GAA-ATCGTTTTACCTTTAAAAACTGTTTGATCAGTTGTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGACACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTCAACTATAAAGTATTTCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGGA--------ATGCATCT-GTCTCGTAAGTGTTTTGTTATCTGAACAGATTTGGTCAAATATAGTTA-GTG-C--TGGTT-TCTAT-CAAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAATAC-AATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AAATTGA-TATTTATGTA-GT-------AT-------AATG---GCAAT------TG-------GCTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-CAAAACACTTCAT---ATGTTTATAACACAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         actttaaagacgagatataatttctgaaatctgtgttaatgaaagcatgacaTTTTACGTTTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGGAG------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TATAAAGTTTCACTTTATCAGTATGACTCTTCAAAACAATCCGTTTACACATCCGCGCTAC-CAT-A-ACGTCATCGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGGAATCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCTGGTAAAAC-TAGATA-TTG-C--TT-TT-TCTAT-TGAGACAAATAAACATCTGCATATTTACAACACAAAAATCAAGACGGTGTTACTCTGTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCGTTGTTAGTG------TATGCAATTTCAAAATGACTGATATTAAAGATGGCCGCTATTC-ACTGATTAATT-CTTt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AATCTCTTACGTCTGCTTCCTGTTT------ATACTCTCGTGA------TAGGAAA---GTGGATTGACCAGT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CATCTACATCTTTACAACAC-GATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                 GCCAGTT---AACT--ACAGTATT-CCTATTGAAGGCTTAAACGTGATTTTA------------A--AAA--ATA-TATA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCCT-TATGTTATTGCAAT-------TGTAATTGCAAT------TGTTTAATGGCTTTGGTGATTTTCGTTTCTAATAATTA-TAAAACACTTCAT---AT---------------ATACCGTTCTTAAGG------TATGAAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCACTATTC-ACTAATTTATT-CTTAATACAAA----ACGACCTTGCAATAACATTC----------------TCACCACCTTTGTGATTGTAA-A----TCC---TTT---------ATCCAA------CTAAT--------------------TAT------CTTCTG--ATCCGGTCATGATGACA----AATAG-AT---G---CGTAATTGTCAACGACAAGTGAAGCAA-ATTTTAAATTTCAAAACAAGTTAAGAACAAGAACAGTTTTAAAACCA----AGCGTCTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACGTT-----CACATTCGTCATAAGAGTAAA----TTTACTGTATTTTATCGCCAAAAAATG-----ATG-G-CAAAAATAAACAGATCAGTTGAAACAAGATTTGATACGCCTTCTGAAA-CTCGTCTGTGTGTTCATTATTAA----AGC-CTTGCATACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT----------------T--TTAATTGTGAAATGAAGACATTTCTC-----GGGTTAATTATATTTAATGAATATGCTGGCTTCAACTAC---CA-ACTTATTGGTTGCACGTGATCAATTTTTtg
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Reference ( family-5524 )     :                                                                                                                                                                 GTCAGTT---AAAT--ACATTATT-CGTCTTGATGGCTTAAGCGTGATTTTATGTAAAATTAAAA--AAA--ANA-T-TA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCNTGTA-GT-------AT-------TATA---GCAAT------TGTTTAATGGNTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-TAAAACACTTCAT---ATGTTTATATAACATTTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-GCTGATTAATT-CTTAACGCAAA----ACCAAATT---ATAACATTC----------------T------------------AA-A----ACC---GTT---------ATTGAA------CTGAT--------------------TAT------CTNCTG--ATCCGGTTATGCTGACA----A---G-A----G---CGTGATTGTCCACGACATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCAAACCAAGTTAAGAACAAGAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACATT-----CCCATTCGTCATAAGAGTAAA----T----CGTATTTTA--GCCAGAAAATG-----TTGTN-CATATATAAACAGATCAGTTNAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAA-CTCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT----------------TCCTTCATTGTGAAATGAAGACATTTCTCG----GGGCTAATTATA-TCAATGCATATGCTGACTTCAGCTTC---CA-GCTTATTGATTGCACCTGATCAATCTTTTACGTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGNAA------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATTTC-CTTT-TATC-GAA-AGCGTTTCACCTTTAAAATCTGCTTGATCAGTTNTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGCCACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCCGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGTTATCTGAACAGGTCTGGTCAAANATAGTTA-TTG-C--TGGTT-TCTAT-CGAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAACAC-AATANCAA----GTGTTGCTCTGTGT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATGAAAATGCTTGGTTAAGTTTC---GA-TTTTGTT-ATTGCATCTGATCATTATTTCACTTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCAGAATTCCTGTAAGTAA---GTGTATTGACCAACCCTCAT------TTA-CTGTTTCAATGAAA--G------A--TTGG---CTGTTTACAACATCC-TTT------A-A-----GC-----TTATAAAA-T-AATTTC-C
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gi|14                         : aatgaaaatgcttggttaagtttcgattttgttattgcatctgatcattatttcacttctgctccctgtttatgctctcagaattcctgtaagtaagtgtattgaccaaccctcatttactgtttcaatgaaagattggctgtttacaacatcctttaagcttataaaataatttccccatcacctcaggctagtacagatgcaaaattacaaaccatttctccaatgtccaggttt-TA-------TTATAGAATTAACTGTCTAATATAA-CATAAGTATA-GT-------AT-------TAAA---CCAATAATTATTGTTTAATGACGTTGGTGTGTTCAATTTC--ATA-TTAGTAAAATACTTCCC---ATGGTTATTTAACATTTACGCTATTGTTAG-------------AAT------ATAACCGATATTC-------C----------CTAATCAATC-ATTAACAAAAAAACGACCAAAT-----TAACATTC----------------T------------------AA-A----AAT---GCT---------AT---A------CATAC--------------------TAT-------TTCTG--ATC--GTTTTGTT-CCATTTTA---A-A----G---CATAATTGt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CATTT----------------T------------------AA-A----GC----ATA---------ATTGAA------CTGAG--------------------TATGTATTATTCTTGCCATACGTTTATGCAAACA----T---GTA----G---C-TGATTGCCCAAGACATATGaactgagtatgtattattcttgccatacgtttatgcaaacatgtagctgattgcccaagacatatgcaac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tattatagaattaactgtctaatataacataagtatagtattaaaccaataattattgtttaatgacgttggtgtgttcaatttcatattagtaaaatacttcccatggttatttaacatttacgctattgttagaatataaccgatattccctaatcaatcattaacaaaaaaacgaccaaattaacattctaaaaatgctatacatactatttctgatcgttttgttc-TATC-AAA-AGCATTT---------AATCTGCTTGATCAGTTTTAC-TTTGGTCTCACAG-----TT-TAGAGCCACAATTTTCCACTTTACCATAACAGCTGCCACCAACTCTATGAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATACAAA--------ACGCATCT-ATCTAGTAGAACTTTTGTTATCTGAACAGGTCTAGTCAAAACTGGTTA-TTA-A--AGGTG-TCTGT-CGAGACAAACAAACATCCGCATATTT--------AATCTCAA----GTGTTGCTCTGTGTcaac
gi|16                         :                                                                                                                                                                    AGTTTCAAAAT---CATTATTTCGTCTTGATGGCTTTAATGTGATTGTATGTAACATTAAAA--TAA--AAA-T-TAAACTTTATTTTAAAATAAATTGTCTAAATTAA-CATTTATGTA-GT-------AT-------TATA---GAAAT------TGTTTAATGGTTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAACTA-TAAAACACTTC-----ATGTTTATATACCATTTAggt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaatattgaaaacacatgttgcatctcttaaacaatatttaagtgttttttactgttttagaaacaataattagtgatatttaggtaagtcgtataacaAAATAATATTTTTATGCATATATGT--A-CAT--------ACTAGTATGAATAGTGATCATTCATCTTAT-TGATAAG-TTTTTCTTATCTGAAACGGTCATGTTAAA-ATCCTTAATTGTC--TAATTCTCT-T-TAAGACAAACATATATCTGCAAATTag
gi|18                         :                                                                                                                                               atatgtataagaggattgGTCAATT---TAAA--ACATTATC-GGTATTGACGGCTTAAAGGAGATTTTATGTAAAAT-AATG--AAATTAGACT-TA-------TTTTAAAATACACCGTCTAATTTAA-CATTAATATA-GC-------AC-------TATA---CTAAC------CGTTTTATGGTTTTGTTGT------TTTGTTATTAGCA--AAAACA-TACATTCCATGTTTATATctagtgtttgatatatgtcatcaatttctatattaaacaaaaaagaactgtcagatttttgactgaggaaatcttaaagatgtcatattaaaaccttggaattcaatcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                         attattaatgttattctgataacttatactagtttcgaaaatcattacttg-T-TA-------TTATAAAATAAATTGTCTAGTTTAA-TAT--------GA-------AT--------ACA---ACACT------TGTTTAATGGTTTTGGTGT-----ATT-CTT-----------------TCAT------CTT-TAAAACATTTAAGCCGTTGTTAGGG------TATG-----TCAAAATGATCAATATTCAAGATGGCCGCTATTCGGCTCAACAATTACTTA
gi|2                          :                                                                                                                                                          attagacGTCGGAC---AAATTAACAGT-TT-CATCTTGATGGCTTAAGCGTGTTTTTATGTAAAATTAAAAGGAAA--AAA-T-TA-------TTTCAAAATAAATCGTCTATATTAA-CATTCCTGCA-GT-------AT-------T-TG---GCAAA------TGTTTAATGGGTTTGGTGTTTTTCATTTTTTATGATTA-TAAAATATTTCAT---ATGTTTATATAACATGTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGACCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-ACCGATTAATT-CTTAACACAAA----AC-AAATT---ATAGCAGT-----------------T------------------AA-A----ACT---ATT---------ATTGAA------CTGAA--------------------TAT------CTACTG--ATCCGATTATGCTGACA----A---G-A----G---CATGATTGTCCACGATATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCACGCCAATTTAAGAACAACAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAGATCTACATGTATATT-----CCTATTCGCCATCATAATAAAAGTTT----TGTATTTTACTGCCAGAAAATG-----TTGTA-CATATAAAAACAGATCAGTTGAAAGAAGTGTTAAAACGTCTGCTGAAA--TCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTAACA--TTTGCTTCATTGTAAAATTTCCTTCATTGTGAATTGAAGACATTTCTCA----TGGCTTATTATA-TCAATGCATATGTTGACTTCGGTTTC---CA-GCTTATTGACTGCACCAGATCAATCTTTTACCTCTGGTCCCTGTTT------ATGCTCTCAAAA------TAGGTAA---GTGCATTGATCAATCCGCAGTTTA--TTA-CTGCTTCAAATATA--A------A--TAGT---CTATTTGCAATATTTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATGTC-CTTT-TATC-GAA-ATCGTTTTACCTTTAAAAACTGTTTGATCAGTTGTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGACACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTCAACTATAAAGTATTTCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGGA--------ATGCATCT-GTCTCGTAAGTGTTTTGTTATCTGAACAGATTTGGTCAAATATAGTTA-GTG-C--TGGTT-TCTAT-CAAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAATAC-AATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AAATTGA-TATTTATGTA-GT-------AT-------AATG---GCAAT------TG-------GCTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-CAAAACACTTCAT---ATGTTTATAACACAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         actttaaagacgagatataatttctgaaatctgtgttaatgaaagcatgacaTTTTACGTTTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGGAG------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TATAAAGTTTCACTTTATCAGTATGACTCTTCAAAACAATCCGTTTACACATCCGCGCTAC-CAT-A-ACGTCATCGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGGAATCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCTGGTAAAAC-TAGATA-TTG-C--TT-TT-TCTAT-TGAGACAAATAAACATCTGCATATTTACAACACAAAAATCAAGACGGTGTTACTCTGTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCGTTGTTAGTG------TATGCAATTTCAAAATGACTGATATTAAAGATGGCCGCTATTC-ACTGATTAATT-CTTt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AATCTCTTACGTCTGCTTCCTGTTT------ATACTCTCGTGA------TAGGAAA---GTGGATTGACCAGT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CATCTACATCTTTACAACAC-GATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                 GCCAGTT---AACT--ACAGTATT-CCTATTGAAGGCTTAAACGTGATTTTA------------A--AAA--ATA-TATA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCCT-TATGTTATTGCAAT-------TGTAATTGCAAT------TGTTTAATGGCTTTGGTGATTTTCGTTTCTAATAATTA-TAAAACACTTCAT---AT---------------ATACCGTTCTTAAGG------TATGAAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCACTATTC-ACTAATTTATT-CTTAATACAAA----ACGACCTTGCAATAACATTC----------------TCACCACCTTTGTGATTGTAA-A----TCC---TTT---------ATCCAA------CTAAT--------------------TAT------CTTCTG--ATCCGGTCATGATGACA----AATAG-AT---G---CGTAATTGTCAACGACAAGTGAAGCAA-ATTTTAAATTTCAAAACAAGTTAAGAACAAGAACAGTTTTAAAACCA----AGCGTCTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACGTT-----CACATTCGTCATAAGAGTAAA----TTTACTGTATTTTATCGCCAAAAAATG-----ATG-G-CAAAAATAAACAGATCAGTTGAAACAAGATTTGATACGCCTTCTGAAA-CTCGTCTGTGTGTTCATTATTAA----AGC-CTTGCATACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT----------------T--TTAATTGTGAAATGAAGACATTTCTC-----GGGTTAATTATATTTAATGAATATGCTGGCTTCAACTAC---CA-ACTTATTGGTTGCACGTGATCAATTTTTtg
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Reference ( family-5524 )     :                                                                                                                                                                 GTCAGTT---AAAT--ACATTATT-CGTCTTGATGGCTTAAGCGTGATTTTATGTAAAATTAAAA--AAA--ANA-T-TA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCNT---GT-------AGTATN-------ATAGCAAT------TGTTTAATGGNTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-TAAAACACTTCAT---ATGTTTATATAACATTTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-GCTGATTAATT-CTTAAC--GC-AAA-CGACCAAATT---ATAACATTC----------------T------------------AA-A----ACC---GTT---------ATTGAA------CTGAT--------------------TAT------CTNCTG--ATCCGGTTATGCTGACAA--GTAGA-GCGTGATTGTCCACGACATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCAAACCAAGTTAAGAACAAGAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACATT-----CCCATTCGTCATAAGAGTAAA----T----CGTATTTTA--GCCAGAAAATG-----TTGTA-CATATATAAACAGATCAGTTNAAAGAAGTGTTGATACGTCTGCTGAAA-CTCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT----------------TCCTTCATTGTGAAATGAAGACATTTCTCG----GGGCTAATTATA-TCAATGCATATGCTGACTTCAGCTTC---CA-GCTTATTGATTGCACCTGATCAATCTTTTACGTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGNAA------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATTTC-CTTT-TATC-GAA-AGCGTTTCACCTTTAAAATCTGCTTGATCAGTTNTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGCCACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTAAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCCGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGTTATCTGAACAGGTCTGGTCAAANATAGTTA-TTG-C--TGGTT-TCTAT-CGAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAACAC-AATANCAA----GTGTTGCTCTGTGT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATGAAAATGCTTGGTTAAGTTTC---GA-TTTTGTT-ATTGCATCTGATCATTATTTCACTTCTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCAGAATTCCTGTAAGTAA---GTGTATTGACCAACCCTCAT------TTA-CTGTTTCAATGAAA--G------A--TTGG---CTGTTTACAACATCC-TTT------A-A-----GC-----TTATAAAA-T-AATTTC-C
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gi|14                         : aatgaaaatgcttggttaagtttcgattttgttattgcatctgatcattatttcacttctgctccctgtttatgctctcagaattcctgtaagtaagtgtattgaccaaccctcatttactgtttcaatgaaagattggctgtttacaacatcctttaagcttataaaataatttccccatcacctcaggctagtacagatgcaaaattacaaaccatttctccaatgtccaggttt-TA-------TTATAGAATTAACTGTCTAATATAA-CATAAGT---AT-------AGTATT-------AAACCAATAATTATTGTTTAATGACGTTGGTGTGTTCAATTTC--ATA-TTAGTAAAATACTTCCC---ATGGTTATTTAACATTTACGCTATTGTTAG-------------AAT------ATAACCGATATTC-------C----------CTAATCAATC-ATTAACAAAA-AAA-CGACCAAAT-----TAACATTC----------------T------------------AA-A----AAT---GCT---------AT---A------CATAC--------------------TAT-------TTCTG--ATC--GTTTTGTT--CCATTTTAAA-GCATAATTGt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CATTT----------------T------------------AA-A----GC----ATA---------ATTGAA------CTGAG--------------------TATGTATTATTCTTGCCATACGTTTATGCAAACAT--GT--A-GC-TGATTGCCCAAGACATATGaactgagtatgtattattcttgccatacgtttatgcaaacatgtagctgattgcccaagacatatgcaac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattatagaattaactgtctaatataacataagtatagtattaaaccaataattattgtttaatgacgttggtgtgttcaatttcatattagtaaaatacttcccatggttatttaacatttacgctattgttagaatataaccgatattccctaatcaatcattaacaaaaaaacgaccaaattaacattctaaaaatgctatacatactatttctgatcgttttgttc-TATC-AAA-AGCATTT---------AATCTGCTTGATCAGTTTTAC-TTTGGTCTCACAG-----TT-TAGAGCCACAATTTTCCACTTTACCATAACAGCTGCCACCAACTCTATGAACTATAAAGTTTCCCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATACAAA--------ACGCATCT-ATCTAGTAGAACTTTTGTTATCTGAACAGGTCTAGTCAAAACTGGTTA-TTA-A--AGGTG-TCTGT-CGAGACAAACAAACATCCGCATATTT--------AATCTCAA----GTGTTGCTCTGTGTcaac
gi|16                         :                                                                                                                                                                    AGTTTCAAAAT---CATTATTTCGTCTTGATGGCTTTAATGTGATTGTATGTAACATTAAAA--TAA--AAA-T-TAAACTTTATTTTAAAATAAATTGTCTAAATTAA-CATTTAT---GT-------AGTATT-------ATAGAAAT------TGTTTAATGGTTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAACTA-TAAAACACTTC-----ATGTTTATATACCATTTAggt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aaaatattgaaaacacatgttgcatctcttaaacaatatttaagtgttttttactgttttagaaacaataattagtgatatttaggtaagtcgtataacaAAATAATATTTTTATGCATATATGT--A-CAT--------ACTAGTATGAATAGTGATCATTCATCTTAT-TGATAAG-TTTTTCTTATCTGAAACGGTCATGTTAAA-ATCCTTAATTGTC--TAATTCTCT-T-TAAGACAAACATATATCTGCAAATTag
gi|18                         :                                                                                                                                               atatgtataagaggattgGTCAATT---TAAA--ACATTATC-GGTATTGACGGCTTAAAGGAGATTTTATGTAAAAT-AATG--AAATTAGACT-TA-------TTTTAAAATACACCGTCTAATTTAA-CATTAAT---AT-------AGCACT-------ATACTAAC------CGTTTTATGGTTTTGTTGT------TTTGTTATTAGCA--AAAACA-TACATTCCATGTTTATATctagtgtttgatatatgtcatcaatttctatattaaacaaaaaagaactgtcagatttttgactgaggaaatcttaaagatgtcatattaaaaccttggaattcaatcaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                         attattaatgttattctgataacttatactagtttcgaaaatcattacttg-T-TA-------TTATAAAATAAATTGTCTAGTTTAA-TAT-----------------GAAT--------ACAACACT------TGTTTAATGGTTTTGGTGT-----ATT-CTT-----------------TCAT------CTT-TAAAACATTTAAGCCGTTGTTAGGG------TATG-----TCAAAATGATCAATATTCAAGATGGCCGCTATTCGGCTCAACAATTACTTA
gi|2                          :                                                                                                                                                          attagacGTCGGAC---AAATTAACAGT-TT-CATCTTGATGGCTTAAGCGTGTTTTTATGTAAAATTAAAAGGAAA--AAA-T-TA-------TTTCAAAATAAATCGTCTATATTAA-CATTCCT---GC-------AGTATT--------TGGCAAA------TGTTTAATGGGTTTGGTGTTTTTCATTTTTTATGATTA-TAAAATATTTCAT---ATGTTTATATAACATGTATACCGTTGCTAGGG------TATGCAATTTCAAAATGACCGATATTCAAGATGGCCGCTATTC-ACCGATTAATT-CTTAAC--AC-AAA---AC-AAATT---ATAGCAGT-----------------T------------------AA-A----ACT---ATT---------ATTGAA------CTGAA--------------------TAT------CTACTG--ATCCGATTATGCTGACAA--G---A-GCATGATTGTCCACGATATGTGAAGCCA-ATTTTGCATTTCACGCCAATTTAAGAACAACAGCAGTTTTAAAACCT----AGCGTTTGCAATAATTGTCCTTGTTCAGATCTACATGTATATT-----CCTATTCGCCATCATAATAAAAGTTT----TGTATTTTACTGCCAGAAAATG-----TTGTA-CATATAAAAACAGATCAGTTGAAAGAAGTGTTAAAACGTCTGCTGAAA--TCGTATGTGTGTTCATTATTAA----AGC-TTTACTTACTACT----------------------CTTGAACATTTAACA--TTTGCTTCATTGTAAAATTTCCTTCATTGTGAATTGAAGACATTTCTCA----TGGCTTATTATA-TCAATGCATATGTTGACTTCGGTTTC---CA-GCTTATTGACTGCACCAGATCAATCTTTTACCTCTGGTCCCTGTTT------ATGCTCTCAAAA------TAGGTAA---GTGCATTGATCAATCCGCAGTTTA--TTA-CTGCTTCAAATATA--A------A--TAGT---CTATTTGCAATATTTGGTTGACAAAA-A-----GC-----T----AAA-TAAATGTC-CTTT-TATC-GAA-ATCGTTTTACCTTTAAAAACTGTTTGATCAGTTGTACCTTTTGTCTCACAG-----TTCTAGAGACACAATCTTCCATTTTACCATAACAGCTGTCACCGACTCTCTCAACTATAAAGTATTTCTTTAT------GACTCTTCAAAACAATCCTTTTATACATCAGTGCTGA-CAT-T-AAATCATTGATATGGA--------ATGCATCT-GTCTCGTAAGTGTTTTGTTATCTGAACAGATTTGGTCAAATATAGTTA-GTG-C--TGGTT-TCTAT-CAAGACAAACAAACATCTGCATATTTGCAATAC-AATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AAATTGA-TATTTAT---GT-------AGTATA-------ATGGCAAT------TG-------GCTTTGGTGTTTTTCATTTCTTATAATTA-CAAAACACTTCAT---ATGTTTATAACACAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 actttaaagacgagatataatttctgaaatctgtgttaatgaaagcatgacaTTTTACGTTTGCTCCCTGTTT------ATGCTCTCGGAG------TAGGTAA---GTGGATTGATCAATCCGCATTTTA--TTA-CTGCTTCAACTATG--A------A--TTGT---CTATTTGCAACATCTGGTTGACAAAA-A-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATAAAGTTTCACTTTATCAGTATGACTCTTCAAAACAATCCGTTTACACATCCGCGCTAC-CAT-A-ACGTCATCGATATGAA--------ATGCATCT-ATCTGGTAAGAGTTTTGGAATCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCTGGTAAAAC-TAGATA-TTG-C--TT-TT-TCTAT-TGAGACAAATAAACATCTGCATATTTACAACACAAAAATCAAGACGGTGTTACTCTGTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCGTTGTTAGTG------TATGCAATTTCAAAATGACTGATATTAAAGATGGCCGCTATTC-ACTGATTAATT-CTTt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AATCTCTTACGTCTGCTTCCTGTTT------ATACTCTCGTGA------TAGGAAA---GTGGATTGACCAGT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CATCTACATCTTTACAACAC-GATAACAA----GTGTTGCTCTGTGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                 GCCAGTT---AACT--ACAGTATT-CCTATTGAAGGCTTAAACGTGATTTTA------------A--AAA--ATA-TATA-------TTTTAAAATAAATCGTCTAAATTAA-CATTCCTTATGTTATTGCAATTGTA-------ATTGCAAT------TGTTTAATGGCTTTGGTGATTTTCGTTTCTAATAATTA-TAAAACACTTCAT---AT---------------ATACCGTTCTTAAGG------TATGAAATTTCAAAATGGCCGATATTCAAGATGGCCACTATTC-ACTAATTTATT-CTTAAT--AC-AAAACGACC---TTGCAATAACATTC----------------TCACCACCTTTGTGATTGTAA-A----TCC---TTT---------ATCCAA------CTAAT--------------------TAT------CTTCTG--ATCCGGTCATGATGACAA--ATAGATGCGTAATTGTCAACGACAAGTGAAGCAA-ATTTTAAATTTCAAAACAAGTTAAGAACAAGAACAGTTTTAAAACCA----AGCGTCTGCAATAATTGTCCTTGTTCAAATTTACATGTACGTT-----CACATTCGTCATAAGAGTAAA----TTTACTGTATTTTATCGCCAAAAAATG-----ATG-G-CAAAAATAAACAGATCAGTTGAAACAAGATTTGATACGCCTTCTGAAA-CTCGTCTGTGTGTTCATTATTAA----AGC-CTTGCATACTACT----------------------CTTGAACATTTTACA--TTT----------------T--TTAATTGTGAAATGAAGACATTTCTC-----GGGTTAATTATATTTAATGAATATGCTGGCTTCAACTAC---CA-ACTTATTGGTTGCACGTGATCAATTTTTtg
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