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Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                                 GGTGTGGTCTAGTG-GTAGAGCGTC-CGCCTCGCATGCAGAAGGTTGTGGGTTCA-ATCCCCGG-CCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGA--AGCTTCC----TCGC----TTAAC--GCT--------CAGCATTTAGAG--GAAAGTTCTCG-GTC--TGGTCAG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGAGTATCA-TACCATGTGCCTGCGGCATGAT-ACTCCAGTGTGACAGCGCTAAGAATACTGTC----TCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----TTGTTGAAAGCGACGCTAAACACCAAA-CAACAAC----AAC-AGCATTATATG----CAGTGTTT--TCTCCAGCTCCAATT-TTTCGGGGGTCATTGATGAT
gi|1                          :                                                                                                                                 GGCGTGGTCTAGAC-GTAGACTGTT-CGCCTCACTTGCGGAAGGTCGTGGGTTCA-ATCCCCGG-TCG---GGTCATACCAAA-TAC-TTTAAAA--------TTGGTA-------CCAGA--AGCTTCC----TTGC----TTGAT--GCT--------CAGCATTTAGAG--GAGAGTTTTAT-GTC--TGGTTGG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCA-TACCATGTGTCTGCGGCATGAT-ACTCCAGTGTGACTGTGCTTAGAATACTGTC----TCAAGTAGAC-ACCGTC----GCAATATGGCTGA----AAAA----TTGTTGAAAGCGACGCTAAATACCATA-CAACAACTGTTTAC-TGCAATGTATGTGTATAGTATTTGACTTCTA--TCCCATTATTT-----GTCATTCATTAT
gi|11                         : aatcatttgtgaagacaatgaaataaaggatttgttgatttggcaatttatagttttgattctttacattttgccaatacatccgtcaatacatccattagcatatgtatctgtttactgcgagaccacGTGGGGGTTGATGTGTAGAA--TCTCACTTAGCACGCTGAAGGTTTTGGGTTTT-ATCCCTAG-CCT---GGTCTTACCAAT-GAC-Taaaggtaaataattcaatggaa
gi|2                          :                                                                                                                                    GTGGTCTGGTG-GTGGAGTG-C-TGCCTTGTGTATAGATTCTTATGGGTTCA-ATCCCTGG-CAA---GGTCATACCAAA-GGC-TTAAAAA--------ATGATA-------ATAGAGAAGCTTTC----TTGC----TTGAT--GCT--------CAGTGTTTAGAA--GATAGTTCT---------GGTTGG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGA-TGGGGTAATG-TACCATGTGTCTGCGGCATGAT-ACTCTCATATGGCAGCCATTGCAATACTGTC----TCAAATAGATGGCTGAT----GT---------GA----AAAA----AATTTGAAGGCAATTTTAAACA
gi|5                          :                                                       tctgacttttttcaccatgaactattggaacagcttactattcatttcagccctttgctagcataatttccacagcgGCGGTCTAGTG-GTAGAGTGTC-AGTCTTGCTTTTAGAAGGCAGTGGACTCG-ATCCCCGG-TTGTTAGATCATACCAAA-GAA-TTGATAA--------ATGGTA-------CTGGT--A-----------CGCGAAGTTAAC--TCT-------------TTTCGGG---------CTCA-GTG--T-TTTGG-CTCTGTGT--CAGT-ATAATGacttgcagtacaatggtgtcccaattttcctctatcaagtaaaactgacacttcttcgagtatttctaagcattaaggaaataataaatagaa
gi|3                          :                                                                               agggaagcagatacaatgttctggtttccatttaaacaaagtagaatcgcagcgTGGTCCAGTG-GTACAGCATC-GGCCTTGCATGTAAAAAAACATGAATTCG-ATCCCTGGGTCA---GGCCATACCAGA-GAT-TTGAAAA--------ATGGTC-------CTAGA--AGCTTCCTAAATTAC----TTGGG--GCT--------CAGAATTTAAAG--GAAAGTTCTAG-GTC--AGGTCAG---GGGTAT--CA-C-ACAGT---------------GCATCA-CAATATGT-CCTGCAGCATGAT-AATCCAGCGTGGCAGAGCTTAGAATACT---------AAGTAGAC-ATTATC----AT---------GA----cagtgttattttgtgacatacaagtatcatcacaggcgatctgttacatctcaatagtcgttatcacaagcttataactctataaatatagtaataggaaaattgtacattttctgttacatgatcaatt
gi|12                         :       ataattcaatgaaacatttattttaatcatctgtttataaataataaaatggctgacaatttgaaggttagtattctgacttgttaaccataaacaatgccagttgacattacaatacattatgtactgcagcccG-ATAAAGCCTC-T--CTTGTATAGAGGAGATTGTGAGTTTATATCCC-AG-CTG---GATTATAACGAA-AAC-TTTAAAA--------ATtataactaaacaaagtggaatagtgcattttttaatgtcaact
gi|15                         :                                                                                                                                                            atgTTGCATACAGAAGGTTGCGGGTTTG-ATCCACAG-ACG---GTTCAGACCATA-GA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                            CTCGT-CCG---GATCGAACCAAATG----TTGCAA--------ATGTAA-------TTAGT--AGCTTTC----ACGC----TGATC--GTTAAAAGGAATAGCATT---AG--GA--------G-GTG--TTATCAG-TTCGATGT--CAATGACAAAG-----CTG--CGGA---TCACTTCTTTG-GCCTGCGAAATGGT-ACTCAA------------TAA-AATAC-GTCCGGCTTAA--AGGG-ACCATTTATGGC---------CA----AAAAAAACCCGTTGAAATCAACAATAAAT-CCAAAGCAAC-AC----AACAAGCATggctg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                 AAA-GGC-TGTAAAACGAGTACTATAGTAACACTATCTAGT--TGTTTCC----ACGT----CTGAT--ATT--------GAGCAGTT------GAAAGTTTTGA-GAC--TTTTTAA-CACAGTAT--AAGT-ATAATGTGA--ATGGTTGGACTATTA-TGAAATGCACATGTGACATCAT-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     ttatatcaattTAACTAACT--------CAACAACCAGAGTAGAAAGTT---GAGTTATTGGTCAT-CCCTTGGT--CTGT-ATAATGTAT--CTGGATATAGTATCA-TCTCACGTAACTGCAGTAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -GTC--TGATCGGGTCCAGTATGACAGT-ATGATCTGAGACTGTGTGTGGTATCA-TGTCAAGTGTCTGCGGCACAAT-ATTCCCATGTGGCAGCGCT-----TACTGT-----GAAAGTAGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttta--TGGTCAA-CGTGTTAC--CAGT-ATCACGTGA--CTGAGAAGA-CAACA-TAACGTGCGTGTGCGGCATGGTGATTAC-GTTTGACGGCgaaagtggaaacagtttataagactctcaaaaattacgttatactattataaatattgtatttgaaaatacgtgtgtatcaggcatatctgcttttt
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGGAGTATCA-TGCCGCAGACACATGGTATGAT-ACCCCA
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Reference ( family-537 )      :                                                                                                                                        GGCGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTTGCATGCAGAAGGTCGTGGGTTCG-ATCCCC-GGCCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGN--AGCTTCC----TCGC----TTGACGCTCAGCATTTAGAG--GAA-AGTTCT----G-GT-CTGGTC-GG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCATGNCATGTGCCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGGCAGCGCTTAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----CTGTTGA-AAGCGACTCT-AAA---TACCATA-CA--ACAAC----NACANGCANTGTATGTGTATAGTATTTGACTTCTA--TCCCATTATTT-----GTCATTCATTAT
gi|1                          :                                                                                                                                        GGCGTGGTCTAGACGTAGACTGTTCGCCTCACTTGCGGAAGGTCGTGGGTTCA-ATCCCC-GGTCG---GGTCATACCAAA-TAC-TTTAAAA--------TTGGTA-------CCAGA--AGCTTCC----TTGC----TTGATGCTCAGCATTTAGAG--GAG-AGTTTT----ATGT-CTGGTT-GG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCATACCATGTGTCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACTGTGCTTAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GCAATATGGCTGA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---TACCATA-CA--ACAACTGTTTAC-TGCAATGTATGTGTATAGTATTTGACTTCTA--TCCCATTATTT-----GTCATTCATTAT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgAATA---CTGTCCCAAACAGAC-ACCGT-----AT---------GACCACATGA----CTATTTA-AAGCGACTCT-AAA---TGTCATG-C
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ---------GA----AATA----TTGTTAA-AAGCGACTCT-TAT---TATCATA-CA--ACAAC----TA
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGTGA--CTTGATGGGGTAATGTGACATGTGTTTGCAGCAggctg
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gi|4                          : ataattcaatgaaacatttattttaatcatctgtttataaataataaaatggctgacaatttgaaggttagtattctgacttgttaaccataaacaatgccagttgacattacaatacattatgtactgcagcccGGTGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCAGAAGGTTGTGGGTTCA-ATCCCC-GGCCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGA--AGCTTCC----TCGC----TTAACGCTCAGCATTTAGAG--GAA-AGTTCTC---G-GT-CTGGTC-AG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGAGTATCATACCATGTGCCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACAGCGCTAAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---CACCAAA-CA--ACAAC----AACA-GCATTATATG----CAGTGTTT--TCTCCAGCTCCAATT-TTTCGGGGGTCATTGATGATaaacaaagtggaatagtgcattttttaatgtcaact
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|1                          :                                                                                                                                        GGCGTGGTCTAGACGTAGACTGTTCGCCTCACTTGCGGAAGGTCGTGGGTTCA-ATCCCC-GGTCG---GGTCATACCAAA-TAC-TTTAAAA--------TTGGTA-------CCAGA--A-GC----TT-CC----TTGCTTGATGCTCAGC-ATTTAGAG--GAG-AGTTTT----ATGT-CTGGTT-GG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCATACCATGTGTCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACTGTGCTTAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GCAATATGGCTGA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---TACCATA-CA--ACAACTGTTTAC-TGCAATGTATGTG----TATAGTATTTGACTTCTA--TCCCATTATTT-----GTCATTCATTAT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                      tGGTTCG-ATCCTC-AGTCA---GGTCATACCAAA-TATATTTAAtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGTGA--CTTGATGGGGTAATGTGACATGTGTTTGCAGCAggctg
gi|2                          :                                                                                                                                           GTGGTCTGGTGGTGGAGTG-CTGCCTTGTGTATAGATTCTTATGGGTTCA-ATCCCT-GGCAA---GGTCATACCAAA-GGC-TTAAAAA--------ATGATA-------ATAGAGAA-GC----TT-TC----TTGCTTGATGCTCAGT-GTTTAGAA--GAT-AGTTCT----G-GT-T------GG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGA-TGGGGTAATGTACCATGTGTCTGCGGCATGATACTCTCATATGGCAGCCATTGCAATA---CTGTCTCAAATAGATGGCTGAT----GT---------GA----AAAA----AATTTGA-AGGCAATTTT-AAA---CAACTTG-CAGTACAA
gi|3                          :                                                               tctgacttttttcaccatgaactattggaacagcttactattcatttcagccctttgctagcataatttccacagcgTGGTCCAGTGGTACAGCATCGGCCTTGCATGTAAAAAAACATGAATTCG-ATCCCTGGGTCA---GGCCATACCAGA-GAT-TTGAAAA--------ATGGTC-------CTAGA--A-GC----TT-CCTAAATTACTTGGGGCTCAGA-ATTTAAAG--GAA-AGTTCTA---G-GT-CAGGTCAGG----GGTAT--CA-C-ACAGT---------------GCATCACAATATGT-CCTGCAGCATGATAATCCAGCGTGGCAGAGCTTAGAATA---CT-----AAGTAGAC-ATTATC----AT---------GAT---ATAA----CTtggtgtcccaattttcctctatcaagtaaaactgacacttcttcgagtatttctaagcattaaggaaataataaatagaa
gi|4                          : ataattcaatgaaacatttattttaatcatctgtttataaataataaaatggctgacaatttgaaggttagtattctgacttgttaaccataaacaatgccagttgacattacaatacattatgtactgcagcccGGTGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCAGAAGGTTGTGGGTTCA-ATCCCC-GGCCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGA--A-GC----TT-CC----TCGCTTAACGCTCAGC-ATTTAGAG--GAA-AGTTCTC---G-GT-CTGGTC-AG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGAGTATCATACCATGTGCCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACAGCGCTAAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---CACCAAA-CA--ACAAC----AAC-AGCATTATATG--------CAGTGTTT--TCTCCAGCTCCAATT-TTTCGGGGGTCATTGATGATaaacaaagtggaatagtgcattttttaatgtcaact
gi|5                          :                                                                                                                                           GCGGTCTAGTGGTAGAGTGTCAGTCTTGCTTTTAGAAGGCAGTGGACTCG-ATCCCC-GGTTGTTAGATCATACCAAA-GAA-TTGATAA--------ATGGTA-------CTGGT--ACGCGAAGTTAAC----TCTTTTCGGGCTCAGT-GTT------------------------------TT-GG-CTCTGTGT--CAGT-ATAATG
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTT----A-GT-CTGATC-GGGTCCAGTATGACAGT-ATGATCTGAGACTGTGTGTGGTATCATGTCAAGTGTCTGCGGCACAATATTCCCATGTGGCAGCGCT-----TA---CTGT-GAAAGTAGAG-AAAGTG----G-----------------AAA----CAGTTTATAA--GACTCTCAAAAATTACGTTA-T---ACTAT----TATAAATATTGTATTTGAAAATAC-GTGT
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttatatcaattTGGTC-AA-CGTGTTAC--CAGT-ATCACGTGA--CTGAG-AAGACAACATAACGTGCGTGTGCGGCATGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-537 )      :                                                                                                                                        GGCGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCAGAAGGTCGTGGGTTCG-ATCCCC-GGCCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGN--A-GC----TT-CC----TCGCTTGACGCTCAGC-GTTTAGAG--GAA-AGTTCT----G-GT-CTGGTC-GG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCATANCATGTGCCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGGCAGCGCTTAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----CTGTTGA-AAGCGACTCT-AAA---TACCATA-CA--ACAAC----TACAAGCATTGTATGTG----TACAGTGTTTGACCTCCAGCTCCNATTATTTCGGGGGTCATTNATNAT
gi|1                          :                                                                                                                                        GGCGTGGTCTAGACGTAGACTGTTCGCCTCACTTGCGGAAGGTCGTGGGTTCA-ATCCCC-GGTCG---GGTCATACCAAA-TAC-TTTAAAA--------TTGGTA-------CCAGA--A-GC----TT-CC----TTGCTTGATGCTCAGC-ATTTAGAG--GAG-AGTTTT----ATGT-CTGGTT-GG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCATACCATGTGTCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACTGTGCTTAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GCAATATGGCTGA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---TACCATA-CA--ACAACTGTTTAC-TGCAATGTATGTG----TATAGTATTTGACTTCTA--TCCCATTATTT-----GTCATTCATTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                           aatcatttgtgaagacaatgaaataaaggatttgttgatttggcaatttatagttttgattctttacattttgccaatacatccgtcaatacatccattagcatatgtatctgtttactgcgagaccacCTCAAC-AACCAGAGTAGAA-AGTTGA----G-TTATTGGTC-AT-CCCTTGGT--CTGT-ATAATGTAT--CTGGATATAGTATCATCTCACGTAACTGCAGTATaaaggtaaataattcaatggaa
gi|12                         :                                                                                                                                              taactaaGATAAAGCCTCT--CTTGTATAGAGGAGATTGTGAGTTTATATCCC--AGCTG---GATTATAACGAA-AAC-TTTAAAA--------AT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atgAATA---CTGTCCCAAACAGAC-ACCGT-----AT---------GACCACATGA----CTATTTA-AAGCGACTCT-AAA---TGTCATG-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                  acTTGCATACAGAAGGTTGCGGGTTTG-ATCCAC-AGACG---GTTCAGACCATA-GActa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---------GA----AATA----TTGTTAA-AAGCGACTCT-TAT---TATCATA-CA--ACAAC----TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                      tGGTTCG-ATCCTC-AGTCA---GGTCATACCAAA-TATATTTAAtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGTGA--CTTGATGGGGTAATGTGACATGTGTTTGCAGCAggctg
gi|2                          :                                                                                                                                           GTGGTCTGGTGGTGGAGTG-CTGCCTTGTGTATAGATTCTTATGGGTTCA-ATCCCT-GGCAA---GGTCATACCAAA-GGC-TTAAAAA--------ATGATA-------ATAGAGAA-GC----TT-TC----TTGCTTGATGCTCAGT-GTTTAGAA--GAT-AGTTCT----G-GT-T------GG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGA-TGGGGTAATGTACCATGTGTCTGCGGCATGATACTCTCATATGGCAGCCATTGCAATA---CTGTCTCAAATAGATGGCTGAT----GT---------GA----AAAA----AATTTGA-AGGCAATTTT-AAA---CAACTTG-CAGTACAA
gi|3                          :                                                               tctgacttttttcaccatgaactattggaacagcttactattcatttcagccctttgctagcataatttccacagcgTGGTCCAGTGGTACAGCATCGGCCTTGCATGTAAAAAAACATGAATTCG-ATCCCTGGGTCA---GGCCATACCAGA-GAT-TTGAAAA--------ATGGTC-------CTAGA--A-GC----TT-CCTAAATTACTTGGGGCTCAGA-ATTTAAAG--GAA-AGTTCTA---G-GT-CAGGTCAGG----GGTAT--CA-C-ACAGT---------------GCATCACAATATGT-CCTGCAGCATGATAATCCAGCGTGGCAGAGCTTAGAATA---CT-----AAGTAGAC-ATTATC----AT---------GAT---ATAA----CTtggtgtcccaattttcctctatcaagtaaaactgacacttcttcgagtatttctaagcattaaggaaataataaatagaa
gi|4                          : ataattcaatgaaacatttattttaatcatctgtttataaataataaaatggctgacaatttgaaggttagtattctgacttgttaaccataaacaatgccagttgacattacaatacattatgtactgcagcccGGTGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCAGAAGGTTGTGGGTTCA-ATCCCC-GGCCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGA--A-GC----TT-CC----TCGCTTAACGCTCAGC-ATTTAGAG--GAA-AGTTCTC---G-GT-CTGGTC-AG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGAGTATCATACCATGTGCCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACAGCGCTAAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---CACCAAA-CA--ACAAC----AAC-AGCATTATATG--------CAGTGTTT--TCTCCAGCTCCAATT-TTTCGGGGGTCATTGATGATaaacaaagtggaatagtgcattttttaatgtcaact
gi|5                          :                                                                                                                                           GCGGTCTAGTGGTAGAGTGTCAGTCTTGCTTTTAGAAGGCAGTGGACTCG-ATCCCC-GGTTGTTAGATCATACCAAA-GAA-TTGATAA--------ATGGTA-------CTGGT--ACGCGAAGTTAAC----TCTTTTCGGGCTCAGT-GTT------------------------------TT-GG-CTCTGTGT--CAGT-ATAATG
gi|6                          :                                                                                                                                           agggaagcagatacaatgttctggtttccatttaaacaaagtagaatcgcagcgCTC-GTCCG---GATCGAACCAAATG----TTGCAA--------ATGTAA-------TTAGT--A-GC----TT-TC-----------ACGCTGATC-GTTAAAAG--GAATAGCATTAGGAG-GT-GTTATC-AG-TTCGATGT--CAATGACAAAG-----CT--GCGG---ATCACTTCTTTGGCCTGCGAAATGGTACTCAA-------------TAAAATACGTCCGGCTTAA--AGGG-ACCATTTATGGC---------CA----AAAAAAACCCGTTGA-AATCAACAAT-AAA---T-CCAAAGCA--AC-AC----AACAAGCATcagtgttattttgtgacatacaagtatcatcacaggcgatctgttacatctcaatagtcgttatcacaagcttataactctataaatatagtaataggaaaattgtacattttctgttacatgatcaatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTT----A-GT-CTGATC-GGGTCCAGTATGACAGT-ATGATCTGAGACTGTGTGTGGTATCATGTCAAGTGTCTGCGGCACAATATTCCCATGTGGCAGCGCT-----TA---CTGT-GAAAGTAGAG-AAAGTG----G-----------------AAA----CAGTTTATAA--GACTCTCAAAAATTACGTTA-T---ACTAT----TATAAATATTGTATTTGAAAATAC-GTGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                      AAA-GGC-TGTAAAACGAGTACTATAGTAACACTATCTAGT--T-GT----TT-CC----ACGTCTGATATTGAGCAGTT-------GAA-AGTTTT----GAGA-CTTTTT-AA-CACAGTAT--AAGT-ATAATGTGA--ATGGTTGGACTATTATGAAATGCACATGTGACATCATgtatcaggcatatctgcttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttatatcaattTGGTC-AA-CGTGTTAC--CAGT-ATCACGTGA--CTGAG-AAGACAACATAACGTGCGTGTGCGGCATGGT


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-537 )      :                                                                                                                                        GGCGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCAGAAGGTCGTGGGTTCG-ATCCCC-GGCCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGN--A-GC----TT-CC----TCGCTTGACGCTCAGC-GTTTAGAG--GAA-AGTTCT----G-GT-CTGGTC-GG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCATANCATGTGCCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGGCAGCGCTTAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----CTGTTGA-AAGCGACTCT-AAA---TACCATA-CA--ACAAC----TACAAGCATTGTATGTG----TACAGTGTTTGACCTCCAGCTCCNATTATTTCGGGGGTCATTNATNAT
gi|1                          :                                                                                                                                        GGCGTGGTCTAGACGTAGACTGTTCGCCTCACTTGCGGAAGGTCGTGGGTTCA-ATCCCC-GGTCG---GGTCATACCAAA-TAC-TTTAAAA--------TTGGTA-------CCAGA--A-GC----TT-CC----TTGCTTGATGCTCAGC-ATTTAGAG--GAG-AGTTTT----ATGT-CTGGTT-GG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGGGTATCATACCATGTGTCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACTGTGCTTAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GCAATATGGCTGA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---TACCATA-CA--ACAACTGTTTAC-TGCAATGTATGTG----TATAGTATTTGACTTCTA--TCCCATTATTT-----GTCATTCATTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                           aatcatttgtgaagacaatgaaataaaggatttgttgatttggcaatttatagttttgattctttacattttgccaatacatccgtcaatacatccattagcatatgtatctgtttactgcgagaccacCTCAAC-AACCAGAGTAGAA-AGTTGA----G-TTATTGGTC-AT-CCCTTGGT--CTGT-ATAATGTAT--CTGGATATAGTATCATCTCACGTAACTGCAGTATaaaggtaaataattcaatggaa
gi|12                         :                                                                                                                                              taactaaGATAAAGCCTCT--CTTGTATAGAGGAGATTGTGAGTTTATATCCC--AGCTG---GATTATAACGAA-AAC-TTTAAAA--------AT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atgAATA---CTGTCCCAAACAGAC-ACCGT-----AT---------GACCACATGA----CTATTTA-AAGCGACTCT-AAA---TGTCATG-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                  acTTGCATACAGAAGGTTGCGGGTTTG-ATCCAC-AGACG---GTTCAGACCATA-GActa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---------GA----AATA----TTGTTAA-AAGCGACTCT-TAT---TATCATA-CA--ACAAC----TA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                      tGGTTCG-ATCCTC-AGTCA---GGTCATACCAAA-TATATTTAAtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGTGA--CTTGATGGGGTAATGTGACATGTGTTTGCAGCAggctg
gi|2                          :                                                                                                                                           GTGGTCTGGTGGTGGAGTG-CTGCCTTGTGTATAGATTCTTATGGGTTCA-ATCCCT-GGCAA---GGTCATACCAAA-GGC-TTAAAAA--------ATGATA-------ATAGAGAA-GC----TT-TC----TTGCTTGATGCTCAGT-GTTTAGAA--GAT-AGTTCT----G-GT-T------GG-CCCAGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGA-TGGGGTAATGTACCATGTGTCTGCGGCATGATACTCTCATATGGCAGCCATTGCAATA---CTGTCTCAAATAGATGGCTGAT----GT---------GA----AAAA----AATTTGA-AGGCAATTTT-AAA---CAACTTG-CAGTACAA
gi|3                          :                                                               tctgacttttttcaccatgaactattggaacagcttactattcatttcagccctttgctagcataatttccacagcgTGGTCCAGTGGTACAGCATCGGCCTTGCATGTAAAAAAACATGAATTCG-ATCCCTGGGTCA---GGCCATACCAGA-GAT-TTGAAAA--------ATGGTC-------CTAGA--A-GC----TT-CCTAAATTACTTGGGGCTCAGA-ATTTAAAG--GAA-AGTTCTA---G-GT-CAGGTCAGG----GGTAT--CA-C-ACAGT---------------GCATCACAATATGT-CCTGCAGCATGATAATCCAGCGTGGCAGAGCTTAGAATA---CT-----AAGTAGAC-ATTATC----AT---------GAT---ATAA----CTtggtgtcccaattttcctctatcaagtaaaactgacacttcttcgagtatttctaagcattaaggaaataataaatagaa
gi|4                          : ataattcaatgaaacatttattttaatcatctgtttataaataataaaatggctgacaatttgaaggttagtattctgacttgttaaccataaacaatgccagttgacattacaatacattatgtactgcagcccGGTGTGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCAGAAGGTTGTGGGTTCA-ATCCCC-GGCCG---GGTCATACCAAA-GAC-TTTAAAA--------ATGGTA-------CTAGA--A-GC----TT-CC----TCGCTTAACGCTCAGC-ATTTAGAG--GAA-AGTTCTC---G-GT-CTGGTC-AG-CCCGGTGT--CAGT-ATAATGTGA--CTGGGTGGAGTATCATACCATGTGCCTGCGGCATGATACTCCAGTGTGACAGCGCTAAGAATA---CTGTCTCAAGTAGAC-ACCGTC----GC---------GA----AAAA----TTGTTGA-AAGCGACGCT-AAA---CACCAAA-CA--ACAAC----AAC-AGCATTATATG--------CAGTGTTT--TCTCCAGCTCCAATT-TTTCGGGGGTCATTGATGATaaacaaagtggaatagtgcattttttaatgtcaact
gi|5                          :                                                                                                                                           GCGGTCTAGTGGTAGAGTGTCAGTCTTGCTTTTAGAAGGCAGTGGACTCG-ATCCCC-GGTTGTTAGATCATACCAAA-GAA-TTGATAA--------ATGGTA-------CTGGT--ACGCGAAGTTAAC----TCTTTTCGGGCTCAGT-GTT------------------------------TT-GG-CTCTGTGT--CAGT-ATAATG
gi|6                          :                                                                                                                                           agggaagcagatacaatgttctggtttccatttaaacaaagtagaatcgcagcgCTC-GTCCG---GATCGAACCAAATG----TTGCAA--------ATGTAA-------TTAGT--A-GC----TT-TC-----------ACGCTGATC-GTTAAAAG--GAATAGCATTAGGAG-GT-GTTATC-AG-TTCGATGT--CAATGACAAAG-----CT--GCGG---ATCACTTCTTTGGCCTGCGAAATGGTACTCAA-------------TAAAATACGTCCGGCTTAA--AGGG-ACCATTTATGGC---------CA----AAAAAAACCCGTTGA-AATCAACAAT-AAA---T-CCAAAGCA--AC-AC----AACAAGCATcagtgttattttgtgacatacaagtatcatcacaggcgatctgttacatctcaatagtcgttatcacaagcttataactctataaatatagtaataggaaaattgtacattttctgttacatgatcaatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTT----A-GT-CTGATC-GGGTCCAGTATGACAGT-ATGATCTGAGACTGTGTGTGGTATCATGTCAAGTGTCTGCGGCACAATATTCCCATGTGGCAGCGCT-----TA---CTGT-GAAAGTAGAG-AAAGTG----G-----------------AAA----CAGTTTATAA--GACTCTCAAAAATTACGTTA-T---ACTAT----TATAAATATTGTATTTGAAAATAC-GTGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                      AAA-GGC-TGTAAAACGAGTACTATAGTAACACTATCTAGT--T-GT----TT-CC----ACGTCTGATATTGAGCAGTT-------GAA-AGTTTT----GAGA-CTTTTT-AA-CACAGTAT--AAGT-ATAATGTGA--ATGGTTGGACTATTATGAAATGCACATGTGACATCATgtatcaggcatatctgcttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttatatcaattTGGTC-AA-CGTGTTAC--CAGT-ATCACGTGA--CTGAG-AAGACAACATAACGTGCGTGTGCGGCATGGT
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Unaligned ( gi|11 ): GTGGGGGTTGATGTGTAGAATCTCACTTAGCACGCTGAAGGTTTTGGGTTTTATCCCTAGCCTGGTCTTACCAATGACT
Unaligned ( gi|14 ): TTATTGTACTGCAACCATAATCTAGTGGCAGAGCGTTTTTACATGTAAAAAAACAT