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lowQualScore                  :                           .        .....  ...       ... .  .. ....      .......         .....   .....  ..................................     ..  . .      .....      . . ....................................................................................................................................................  ... ..   .. ......  ....    ..      ....  . .  . ... .  .   ...........   .      ...  .. . .............           .   
lowQualScore                  :                           1        88888  999       111 4  22 3333      1111111         55555   33333  1111111111111111111111111111111111     99  7 1      66666      2 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  444 44   22 000000  5555    44      4444  2 2  2 999 4  2   55555555555   1      444  99 7 4444444444444           8   
consensus                     :                      AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-AC--TATC-GATAAT--CG---GATACACTCN----AGT-----AA----CT---G--AT-TA-TCGAT--------A-GTACAA--TCGG-TTTGAT-----ATTGTG-AGAT-T-------TT---AAGAN-----ACT--AAAAT-----A-G-T--------------T--TTTCCCC-AA-A--TTTAT----T--AANAA--NAA-A----A-A--T-A--T-----T---AAA--C----A--C---T--TG--AT---TG-TAG--A------AA--TNACAACCGATGATTG-CTT-T-TT-C---A-AG-CTT-----A-----AACCGATCAA---TTA-TCA--T-ATT----ATAATCGATCATTNGAA
Reference ( gi|8 )            :                      AGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-AC--TCCT-GATAAT--GG---GATACACTCC----AGT-----AA----TG---G--AT-TG-TTGGT--------A-GTACAA--TCTG-TTTGAT-----ATTGTG-AGAT-T-------TT---AAGAA-----ACT--AAAAT----CA-G-T-------------CT--TCTTCTC-AA-A--TTTCT----T--AATAACCCAA-A----A-A--T-A--T-----T---AAA--C----A--C---T--CA--AT---TT-TAG--A------AA--CGACAATGAATGATTG-GTT-T-TT-C---A-AG-CTT-----A-----AACCGATCAA---TTG-TCA--C-ACT----A-AATCGATCATTTGAA
gi|4                          :                      AGTGATGGAAATCA-G---G-----TAAGTA---T-AC--TATT-AGTAAT--CG---GAAACAATCC----AGT-----CAC---TGTCAG--AT-TG-TTGGC--------C-GTACAA--TCAG-GTTGAT-----ATTTTG-ACAT-T-------TT---TAGTACATGTACT--AAAAT-----A-G-T--------------TAATTTTTTC-AA-A--CTTAC----T--AA-AAAATAA-A----A-ATCT-A--T-----C---AAA--C-----------------------TT-GAG--AGGTCTCAA--TATCAATGGATGGTTG-CTT-T-TT-C---A-AG-TTT-----T-----AAATGATCAG---TTA-TCAATC-AAT----C-AATCAATCA
gi|5                          :                      AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-AC--TATT-GATAAT--TG---GATATACTCA----CGT-----AA----TG---G--AG-TA-TTGCCTA------A-GCATAA--TCAA-TTTGAT-----ATAGTG-AGAT-A-------TG---AA-AT-----ATC--AAAATA---TATA-T-------------AT--TTTCCCC-AA----------------AATTACCGAA-A----A-A-----------------AAATCC----A--T---C--TA--AT---TT-CAA--ACT----AA--TGAGCAGAAATGACAA-------CC-C---A-CGACTT-----G-----AAGTGATCAA---TTG-TCA--atcatag
gi|3                          :         cgtaaatgtatatAGTGTTGGAAATCAGA---GATAAATAAATT---T-AC--CATT-GATAAT--GG---CATATACTAC----AGT-----AA----CT---G--AC-TA-TGGAT--------G-GTACA---TCT----TGTT-----ATT-TA-AGAT-A-------TT---AATA--------T--AAAATATACCA-G-TATATTCAAATATTTT--TTTTTCC-AA-A--TTT-T----T--AAAAA---AA-A----C-A--C-A--C-----A---AAA--A----A--C---C--TG--AT---CTATAGTTA------TC--TGTTAATGAATGACTGTGTT-T-TT-----A-AG-ATT-----A-----AACCAATCAG---CTA-TTG----AAT----ATAATTAATCATtttataactaactactggag
gi|7                          :                  cagcAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-AC--TAGC-GATGAT--TG---AATACGCTCTTGAAAAT-----AACCACTG---ATTAT-TAATTAAT--------G-ATAAAA--TCCG-TTTGAT-----ATTGTG-AGGT-T-------T------GAA-----A------AAT-----------------------------TCCCC-AA-A--TTTAT----T--A------CAA-A----A-AC-T-AATT-----T---AAA-------A--C---T--TATGAT---TG-TAG--A------AATTC-----TAAATGAC-G-CTT-T-TT-C---A-AA-CTTAAAAAA-----AATCTATC-A---TTGATTA--TAATT----ATAATTGATCATCGGAAccaaac
gi|9                          :                   accAGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-AC--TTATCAATAATCAGA---GATGCACTCC----AGT-----AA----CT---G--GT-TA-TCATT--------A-ATACAA--TCAG-TTTGATGAGAGATT-TA-AAAT-A-------TT---GAGAA-----A----AAAAG----AA-A-----------------------CCC-AA-A--TTTATAAGAT--AAAAATCTTG-ATTTCA-A--C-A--T-----TTC-AAA--C----A--A---T--TG--AT---TG-TAT--A------AA--TCACAA--AA--------CT-T-TC-C---A-TG-CTA-----A-----AACGGACCAA---TTct
gi|17                         :                      AGTGTCGGGAAT-G-G---GA--GGTAAATTACTT-AC--TATC-GATAATCGGGACTGATACACTCA----AGT-----AG----CT---G--AT-TA--TGAT--------A---ACAAATTCAG-ATTGAT-----ATCGTG-TGAT-T-------TG---AAATA-----TCTTAAGAAT----CG---------------------------C-AATA--TATGT----T--AATAACCCA--------------A--T-----TTCAAAA--T----A------T--CG--AT---TG-TAG--A------AA--a
gi|27                         :                    ctAGTGTTGGGAATCA-----GA--GATAAACT---T-AC--TGGT-AATAAT--TG---GATACACaca
gi|12                         :                 atgttAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TC--TATC-AATAAC--AG-----TACTTTCA----AGT-----AA----CT---G--AT-TA-TTGAT--------A-ATACAA--TGGG-TTTGAT-----AGTGTT-AGA-----------T---ATGAA-----A-T--AA------------T-------------GT--ACTT-TC-AA-A--------------AGAAA--TAA-A----T-C--T-A--TTTATCT---AAA-------A--C---T--AATGAT---TG-TAG--A------AA--TGACCACCAGTGAT----TT-T-TT-C---A-AG-GTTC----A-----AACAGAGCAA---TTA-TC
gi|19                         :                     atGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-AC--TATT-GATACA--CC---GATACAC-CC----A-------AA----C-------ATCTG-TTTATCTACATACG-ATACAA--TCAA-TTTCAT-----ATTGTG-AGAT-T-------TTAGAAAGAA-----A----AAAAT----g
gi|23                         :                        TGTCAGGGTCC------GA--GATGACTT---C-AC--TGTT-GCTAAT--CA---GATGAACTCA----AGT-----AAC---TA---A--AT-TA-TCAAT--------A-TTACAA--TCAG-TTgaaac
gi|1                          :                 tgtgttttGTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-AC--TACC-GATAAT--CA---GATATACTCT----AGT-----AA----CT---G--AT-AA-TTGATC-------A-AT---A--TCTG-TTTGAT-----ATTGTG-TGA--T-------TT---AAAAT-----ATT--AAAA
gi|13                         : agtacagacacaattaaagtcactgtcGGGAACCA-----GA--GATAGATT---TGAC--TACT---TTAT--CA---GTTACACTCG----AGT-----AG----CA---G--AT-TA-TTGAT--------A-TTTCAA--TC-------AG-----ATTG-G-AAATAT-------TT---ATGAA-----AAT--AAAA--------A-T----------------------TC-AA-A--T--------------GACCCAA-A----A-T--T----T-----C---AAA--C----A--A---T--TG--AT---TC-TGT--A------AA--TAACAATCAATGATTG-GTT-A-AG-C---A-AG-TTT-----A-----AACTGATTGATGCTTA-TTA--T-ACT----aacaatggagggggaggggcaaattaataagaaaaaacatgatttcatactattgattgtaaaaattacaaccagtgattatacctttcaagcttaatttgaaaatcgtttatcggaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
gi|2                          :                                      ---GA--GATAAATT---T-AC--TCTC-GAGAATC-AG---GGTGCATACA----AGT-----AAA---CA---G--AT-TA-TTATT--------AAGTACCT--TCTG-TTTGA------GTTGTG-ATAT-TAGCAATATT---AAAAA-----A----AAAA------A------------------T--TCT-CTA-AA-A--TT----------AATAAGGAAA-ACCATG-A--T-T--T-----T---AAA--C----T--A---T--TG--AT---CG-TAG--A------AA--ACACAAATAAGGATTG-CTT-T-TT-CAATA-AG---------A-----AACCAATCAA---CTA-TCA----ATT----ATAATCTTTCATTCGAAtgattatc
gi|6                          : tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattg---GA--TATAAAGT---T-ACAATCT---ATAAT--CA---GATAAATTCA----AGT-----AG----CT---G--AA-TG-GTGAT--------T-GTGCAA--TCAG-TT-GAT-----ATTGTG-A--T-T-------TT---------------T--GAAAT-----A-T-TG------------CA--TATACTCCAA-A--TGTGT--------ATGTTTGAA-A----G-A--A-A------------AAA--C----A--CCTTT--TA--AG---TG-CAG--A------AAA-TGACAACTGATGATTG-CCT-T-AT-T---ACAG-TTT-----A-----AACCAATCAG---TTG-TTG----ATTA---A-AATTGATCATcatca
gi|22                         :                                    cg---GA--TATAAATT---T-AC--TTTT-GATAAT--CA---GATATGTTTA----TGT-----AA----GT---G--AT-TA-TTcggagtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|20                         :      atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcgA--GATAA-TT---T-AC--TTAT-GATATT--TG---GATACACTCCAA--AAA-----AA----CT---G--AT-TA-TCAAT--------A-GTACAA--CTGG-TTTGAT-----ATCGCG-GTAT-T-------
gi|14                         :                             actggtgatgggaA--GATAAATT---T-AA--TATA-GATAAT--CA---GACATGCTTG----AGT-----AA----CT---A--AT-TA-TCAAT--------T-ATACAA--TCAGTTTTGA--------TGTG-AGAT-C-------TG---AA
gi|10                         :                                                     ttgtgtcaacccT-GATAAT--AG---GACAAACTCA----AATTTCCGAC----TA---G--A--------AA--------A-GTAAAG--TCTG-TTTGGT-----GTTGTG-ATCA-T-------TT---AAAAT-----ACT--GAAAT----AA-A-A-------------TT--GCTTC-A-AA-A--TTTATA---TGAAAGAA---AA-A----A-A--G-A--T-----TTC-AAA--T-------T---T--TA--CT---TA-TAG--A------AA--TTACAACCGATGATTACCTC-C-CT-C---ATA---TT-----A-----AACCAATCAA---atatttttaaaaaaaataaaaataaaaaaaaacacctaatttcaacaatcgtagatataacaacctatgaaactgagctcagttttctttca
gi|15                         :                                                                aattATAAT--GG---AATACACTTG----TGT-----TA----TT---G--AT-AA-TCAAT--------A-GTACAA--------TTGGT------TTG-----AT----------------GAT-----GC------------CA-G-G-------------------TTCCC-AA-A--TTTGT-------AAGAA---AA-A----G-A--A-A--C-----T---A----------------T--TG--AC---TG-TAG--A------AA--TCACAACTGATGATT---TTAT-TT-C---A-AG-CTC-----A-----AACTGTTCAA---TTA-TCA----ATT----ATAATTGATCATCGGAAccattgatgattattggaacttcacttac
gi|11                         :                                                                                   tttcaCC----ATT-----GA----T-------AT-TA-TCAAC--------A-ATACAA--TGGG-TTTGAT-----ATTGTGAAAAA-A-------TT---AAAAT-----ATT--AAAG------A-GTT-------------CC--TTTCCCC-AG-A--TTT----------ATAA---AA-A----A-AGTT-A--C-----C---AAA--TTCAAA--C---TA-TG--AT---TG-TAA--A------AA--ATACAACTGATCATTG-CCT-T-TT-C---A-AA-CTT-----AATAATAAACGATCGA---TT----A--C-AAT----C-AATCCTTCATTcatt
gi|16                         :                                                                                                                                         aattta--TCAG-TTTGAT-----ATTG-G-GGGC-T-------TT---GAAAT-----ATT--AAAA-----AA-G-TT------------CT--TTTCCAC-AA-AGATTTAT-------AAGAATACAACAT---A-A--T-T--T-----C---AAA--CTT--AGTC---T--TA--ATGGATG-TGG--A------AA--ATCCAACCAATGATTG-CTT-T-T------A-AG-CCT-----A-----AACTGATCAA---TTA-T----T-GTT----ATAATCAAC--TTTGAAgttatgaatcatcggaaatc
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                               C-AA-A--TT----------AATAAGAAAA-A----ACA--TGA--T-----T---TCA--T----A--C---TATTG--AT---TG-TAA--A------AA--TTACAACCAGTGATTATACC-T-TT-C---A-AG-CTT-----A-----Aacatcactc
gi|24                         :                                                                                                                                                agtacagacacaattaaagtcactgtcgttgagagccagatataaatttactaccgataatcagatatactctagtaactgataattgatcaatatctgtttgatattgtgtgatttaaaatattaaaaaacaatggagggggagggg---AAA--C----T--A---T--TA--AT---TG-TAG--A------AA--TCTCACTTGATGATTA-TTT-TGTT-C---A-AG-CTT-----A-----AAtttgaaaatcgtttatcggaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TAG--A------AA--TTACAGCCAATG-TTG-GTT-T-TAAC---A-AG-CTT-----T-----GACTGATCAA---TTA-TCA----ATT----ATAATTGATCATTttatctatcataatggatta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATGAT-G-CTT-T-TT-C---A-AG-CCT-----A-----AACTGATCAA---TTA-Taaaatgtcattaactata
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttttttaaatatcaaaagtagcattcacatctgATGATTG-CTT-T-TT-C---A-AG-CTT-----T-----AACTTATGAG---TTA-TCAATT-ACTTTACA-AA-CGATTATtgagtattgaccaatcaaggaaacatca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GGCCTGCATCATGCGAAGAAATTTGAGGTAAAGAAATTATAGATTGTAGAAATCATAACTGATGACT






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consensus                     :                                        AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGAT-----ATTGTGAGAT-T-------TT---A--------------AG-----ATA-CT--AAA-AT-A-GT---T--TTTCCCCAA-----------------A--T---T-TAT-TAAAA-A--N-AAA-------A-A------T----A---T-----C----------AAAC----A--C---T--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCGATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
Reference ( family-531 )      :                                        AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGAT-----ATTGTGAGAT-T-------TT---A--------------AG-----ANA-CT--AAA-AT-A-GT---T--TTTCCCCAA-----------------A--T---T-TAT-TAANA-A--N-AAA-------A-A------T----A---T-----T----------AAAC----A--C---T--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCGATCAATTATC--A--T-A--TTA--TAATCGATCATTNGAA
gi|1                          :                                           GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGAT-----ATTGTGTGA--T-------TT---A--------------AA-----ATA-TT--AAA-AA-A---------------CAATGGAGGGGGAGGGGCAAA--T---T-AAT--AAGA-A--A-AAA-------C-A------TG---A---T-----T----------TCAT----A--CTA-T--TGAT---T---------GTAA--A----AA-TTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AA
gi|10                         :                                                      agtacagacacaattaaagtcactgtcTTGATAATA-GG-----A--CAAACTCA----AATTT--C---C-G----ACTAGAAA-----A----GTAAAG--TCTG-TTTGGT-----GTTGTGATCA-T-------TT---A--------------AA-----ATA-CT--GAA-AT-A-AA---A--TTGCTTCAA-----------------AA-T---T-TATATGAAAGA--A-AAA-------A-A------G----A---T-----TTC--------AAAT-------T---T--TACT---T---------ATAG--A----AA-TTACAACCGATGATTACC-TC-C-CT-C---ATA--TT-----AAACCAATCAACCAT----------------TGAT-GATTATTGGAAtttgaaaatcgtttatcggaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
gi|11                         :                                                                                                                            aat----ATTATCAAC----A----ATACAA--TGGG-TTTGAT-----ATTGTGAAAA-AA------TT---A--------------AA-----ATA-TT--AAA-G--A-GT---TCCTTTCCCCAG-----------------A--T---T-TAT----AA-A--A-AAA-------G-T------T----A---C-----C----------AAATTCAAA--C---TA-TGAT---T---------GTAA--A----AA-ATACAACTGATCATTG-C-CT-T-TT-C---A-AACTT-----AA--TAATAAACGATC--G----A--TTA--CAATCAATCCTTcttcacttac
gi|12                         :                          aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGAT-----AGTGTTAGA-----------T---A--------------TG-----AAA--T--AAT-GT-A-CT---T--T-----CAA-----------------A-------------AGAA-A--T-AAA-------T-C------T----A---TTTATCT----------AAA-----A--C---TAATGAT---T---------GTAG--A----AA-TGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAGAGCAATTATC--cattgttatgaatcatcggaaatc
gi|13                         :                                            atGGGAACCA-----GA--GATAGATT---TGACT-ACT--TTATC-AG-----T--TACACTCG----AGTAG--C---A-G----ATTATTGAT----A----TTTCAA--TCAG------------ATTG-GAAATAT-------TT---A--------------TG-----AAA-AT--AAA-A----AT---T--------CAA-----------------A--T------------GA-C--C-CAA-------A-A------T----T---T-----C----------AAAC----A--A---T--TGAT---T---------CTGT--A----AA-TAACAATCAATGATTG-G-TT-A-AG-C---A-AGTTT-----AAACTGATTGATGCT------T-A--TTA--TACTTGATTATg
gi|14                         :                                                            A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA--------TGTGAGAT----------------------------------------CT--GAA-AT-A--T---T--TTT----AA-----------------A--A---A-AAA-TAAAA-A--T-AAA-------A-A-----------A--------------------AAAC----A--C---C--TAAT---TTCAACAATCGTAG--A----TA-TAACAACCTATGAc
gi|15                         :                                                                     ttgtgtcaacccTCAATAATG-GA-----A--TACACTTG----TGTTA--T---T-G----ATAATCAAT----A----GTACAA--TTGG-TTTGAT---------------------------------------------G-----ATG-CC--AG-------GT---T------CCCAA-----------------A--T---T-TGT--AAGA-A--A-AAG-------A-A-----------A---C-----T----------A--------------T--TGAC---T---------GTAG--A----AA-TCACAACTGATGATT----TTAT-TT-C---A-AGCTC-----AAACTGTTCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATCGGAAaactgagctcagttttctttca
gi|16                         :                                                                                                                                                         tt--TCAG-TTTGAT-----ATTG-GGGGC-T-------TT---G--------------AA-----ATA-TT--AAA-AA-A-GT---TCTTTTCCACAA-----------------AGAT---T-TAT--AAGA-A--T-ACA-------ACA------T----AATTT-----C----------AAACTT--AGTC---T--TAATGGAT---------GTGG--A----AA-ATCCAACCAATGATTG-C-TT-T-T------A-AGCCT-----AAACTGATCAATTAT------T-G--TTA--TAATCAAC--TTTGAAcatt
gi|17                         :                                        AGTGTCGGGAAT-G-G---GA--GGTAAATTACTT-ACT-ATCGATAATC-GGGACTGA--TACACTCA----AGTAG--C---T-G----ATTAT-GAT----A------ACAAATTCAG-ATTGAT-----ATCGTGTGAT-T-------TG---A--------------A------ATATCTTAAGA-AT---------------CGCAAT----------------A--T---A-TGT-TAATA-A--C-CCA-------A-T------T----T---C-----A----------AAAT----A------T--CGAT---T---------GTAG--A----AA-acatcactc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctA-------A-A------T----A---T-----C----------AAA-----------------A--------------GTAG--C----AT-TCACATCTGATGAT-G-C-TT-T-TT-C---A-AGCCT-----AAACTGATCAATTATTGAG--T-A--T----TGACCAATCAaca
gi|19                         : tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttttttGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-ACT-ATTGATACAC-CG-----A--TACACCCA----AACAT--C---T-G----TTTATCTAC----ATACGATACAA--TCAA-TTTCAT-----ATTGTGAGAT-T-------TTAGAA--------------AG-----AAA-----AAA-AT-aggaaacatca
gi|2                          :                                                        ---GA--GATAAATT---T-ACT-CTCGAGAATCAGG-----G--TGCATACA----AGTAAA-C---A-G----ATTATT-ATTA--A----GTACCT--TCTG-TTTGA------GTTGTGATAT-TAGCAATATT---A--------------AA-----AAA-----AAA-A--A----------TTCTCTAA-----------------A---------AT-TAATA-A--G-GAA-------A-ACCATGAT----T---T-----T----------AAAC----T--A---T--TGAT---C---------GTAG--A----AA-ACACAAATAAGGATTG-C-TT-T-TT-CAATA-AG--------AAACCAATCAACTATC--A----A--TTA--TAATCTTTCATTCGAAgaaac
gi|20                         :    tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGAT-----ATCGCGGTAT-T-------catca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actgTAG--A----AA-TTACAGCCAATG-TTG-G-TT-T-TAAC---A-AGCTT-----TGACTGATCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATTAAAA
gi|22                         :                                                        ---GA--TATAAATT---T-ACT-TTTGATAATC-AG-----A--TATGTTTA----TGTAA--G---T-G----ATTATtgtcattaactata
gi|23                         :                    atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgtgtttttgtcagggtcc----------AAAC----T--A---T--TAAT---T---------GTAG--A----AA-TCTCACTTGATGATTA-T-TT-TGTT-C---A-AGCTT-----A--------AATTATC-----T-A--TCA--TAATGGATTA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAT---T---------GTAG--A----AA-TCATAACTGATGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ggcctgcatcatgcgaagaaatttgaggtaaagaaattataATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----TAACTTATGAGTTATC--AATT-ACTTTA--CAAACGATTAT
gi|27                         :                                        AGTGTTGGGAATCA-----GA--GATAAACT---T-ACT-GGTAATAATT-GG-----A--TACACcatag
gi|3                          :                                   atgttAGTGTTGGAAATCAGA---GATAAATAAATT---T-ACC-ATTGATAATG-GC-----A--TATACTAC----AGTAA--C---T-G----ACTATGGAT----G----GTAC-A--TC----TTGTT-----ATT-TAAGAT-A-------TT---AATATAAAATATACCAGT----ATA-TT--CAA-AT-ATTT---T--TTTTTCCAA-----------------A--T---T-T-T-TAA-A-A--A-AAA-------C-A------C----A---C-----A----------AAAA----A--C---C--TGATC--T---------ATAGTTA----TC-TGTTAATGAATGACTG-T-GT-T-TT-T---A-AGATT-----AAACCAATCAGCTATT--G----A--ATA--TAATTAATCATCCAAA
gi|4                          :                                    cagcAGTGATGGAAATCA-G---G-----TAAGTA---T-ACT-ATTAGTAATC-GG-----A--AACAATCC----AGTCA--C---T-GTCAGATTGTTGGC----C----GTACAA--TCAG-GTTGAT-----ATTTTGACAT-T-------TT---T--------------AGTACATGTA-CT--AAA-AT-A-GT---TAATTTTTTCAA-----------------A--C---T-TAC-TAAAA-A--ATAAA-------A-A------TCT--A---T-----C----------AAAC-----------T--TGA--------------G-AG--GTCTCAA-TATCAATGGATGGTTG-C-TT-T-TT-C---A-AGTTT-----TAAATGATCAGTTATC--A----A--TCAATCAATCAATCAc
gi|5                          :                                        AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGAT-----ATAGTGAGAT-A-------TG---A--------------A------ATA-TC--AAA-AT-ATATATAT--TTTCCCCAA-----------------A--A---T-TAC-CGAAA-A--A-AAATCCATCTA-A------T----T---T-----C----------AAAC----T--A---A--TGA--------------GCAG--A----AA-TGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTGATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
gi|6                          :                                           cgtaaatgtatat---GA--TATAAAGT---T-ACA-ATCTATAATC-AG-----A--TAAATTCA----AGTAG--C---T-G----AATGGTGAT----T----GTGCAA--TCAG-TT-GAT-----ATTGTGAT-T-T-------TT---G--------------AA-----ATA-TT--GCATAT-A------------CTCCAA-----------------A--TGTGTATGT-TTGAA-A--G-AAA-------A-A----------------------------------AC----A--CCTTT--TAAG---T---------GCAG--A----AAATGACAACTGATGATTG-C-CT-T-AT-T---ACAGTTT-----AAACCAATCAGTTGTT--G----A--TTA--AAATTGATCATCGGAg
gi|7                          :                                      cgAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-ACT-AGCGATGATT-GA-----A--TACGCTCTTGAAAATAA--CCACT-G----ATTATTAATTAATG----ATAAAA--TCCG-TTTGAT-----ATTGTGAGGT-T-------T--------------------G-----A-------AAA-AT-------------TCCCCAA-----------------A--T---T-TAT-TACAA-A--A-ACT-------A-A------T--------T-----T----------AAA-----A--C---TTATGAT---T---------GTAG--A----AA-TTCTAA---ATGA-CG-C-TT-T-TT-C---A-AACTTAAAAAAAATCTATCATTGATT--A--TAA--TTA--TAATTGATCATCGGAAgtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|8                          :                                     accAGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-CCTGATAATG-GG-----A--TACACTCC----AGTAA--T---G-G----ATTGTTGGT----A----GTACAA--TCTG-TTTGAT-----ATTGTGAGAT-T-------TT---A--------------AG-----AAA-CT--AAA-ATCA-GTC--T--TCTTCTCAA-----------------A--T---T-TCT-TAATA-ACCC-AAA-------A-A------T----A---T-----T----------AAAC----A--C---T--CAAT---T---------TTAG--A----AA-CGACAATGAATGATTG-G-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCGATCAATTGTC--A--C-A--CTA---AATCGATCATTTGAAct
gi|9                          :                                        AGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-ACTTATCAATAATC-AG-----AGATGCACTCC----AGTAA--C---T-G----GTTATCATT----A----ATACAA--TCAG-TTTGATGAGAGATT-TAAAAT-A-------TT---G--------------AG-----AAA-----AAA-AG-A-A----------ACCCAA-----------------A--T---T-TAT---AAG-A--T-AAA-------A-A------TCTTGA---T-----TTCAACATTTCAAAC----A--A---T--TGAT---T---------GTAT--A----AA-TCACAA--AA---------CT-T-TC-C---A-TGCTA-----AAACGGACCAATTA





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consensus                     :                                        AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----ATA-CT------AAA-AT-A-GT---T--TTTCCCCAA-----------------A--T---T-TAT----TAA-AAA--N----A----A-A-------A-----A---T------N---TCAAAC----A--N---T--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
Reference ( family-531 )      :                                        AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----ATA-CT------AAA-AT-A-GT---T--TTTCCCCAA-----------------A--T---T-TAT----TAA-AAA--N----A----A-A-------A-----A---T------A---TCAAAC----A--C---T--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
gi|1                          :                                           GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGATATTGTGTGA--T-------TTA--------------AA-----ATA-TT------AAA-AA-A---------------CAATGGAGGGGGAGGGGCAAA--T---T-AAT----AAG-AAA--A----A----A-C-------ATG---A---T------T---TCATAC----T--A---T--TGAT---T---------GTAA--A----AA-TTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AATTTGAAAATCGTTTATC--G--
gi|10                         :                                                      agtacagacacaattaaagtcactgtcTTGATAATA-GG-----A--CAAACTCA----AATTT--C---C-G----ACTAGAAA-----A----GTAAAG--TCTG-TTTGGTGTTGTGATCA-T-------TTA--------------AA-----ATA-CT------GAA-AT-A-AA---A--TTGCTTCAA-----------------AA-T---T-TATA---TGA-AAG--A----A----A-A-------A-----AAGAT------T---TCAAAT-------T---T--TACT---T---------ATAG--A----AA-TTACAACCGATGATTACC-TC-C-CT-C---ATA--TT-----AAACCA---ATCAACCATT--G----A--T---------GATTATTGGAAgaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
gi|11                         :                                                                                                                            aat----ATTATCAAC----A----ATACAA--TGGG-TTTGATATTGTGAAAA-AA------TTA--------------AA-----ATA-TT------AAA-G--A-GT---TCCTTTCCCCAG-----------------A--T---T-TAT--------AAA--A----A----A-A-------G-----T---T------A---CCAAATTCAAA--C---TA-TGAT---T---------GTAA--A----AA-ATACAACTGATCATTG-C-CT-T-TT-C---A-AACTT-----AA--TA---ATAAACGATC--G----A--TTA--CAATCAATCcttcacttac
gi|12                         :                          aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGATA--GTG-------------TTA---------------G-----ATA--T------GAA-AT-A-AT---G--T-------------------------A--C---T-T-T----CAA-AAG--A----A----ATA-------A-----A---TCTATTTA---TCTAAA----A--C---TAATGAT---T---------GTAG--A----AA-TGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAG---AGCAATTATC--G--cttcattgttatgaatcatcggaaatc
gi|13                         :                                            atGGGAACCA-----GA--GATAGATT---TGACT-ACT--TTATC-AG-----T--TACACTCG----AGTAG--C---A-G----ATTATTGAT----A----TTTCAA--TCAG-------ATTG-GAAATAT-------TTA--------------TG-----AAA-AT------AAA-A----AT---T--------CAA-----------------A--T----------------GAC--C----C----A-A-------A-----A---T------T---TCAAAC----A--A---T--TGAT---T---------CTGT--A----AA-TAACAATCAATGATTG-G-TT-A-AG-C---A-AGTTT-----AAACTG---ATTGAT--GC--T--T-A--TTA--TACTTGATTATC
gi|14                         :                                                            A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA---TGTGAGAT-------------------------------------CT------GAA-AT-A--T---T--TTT----AA-----------------A--A---A-AAA----TAA-AAA--T----A----A-A-------A-----A----------A-----AAAC----A--C---C--TAAT---TTCAACAATCGTAG--A----TA-TAACAACCTATGA
gi|15                         :                                                                     ttgtgtcaacccTCAATAATG-GA-----A--TACACTTG----TGTTA--T---T-G----ATAATCAAT----A----GTACAA--TTGG-TTTGAT-------------------------------------G-----ATG-CC------AG-------GT---T------CCCAA-----------------A--T---T-TGT---------AA--G----A----A-A-------A-----A---G------A------AAC----T--A---T--TGAC---T---------GTAG--A----AA-TCACAACTGATGATT----TTAT-TT-C---A-AGCTC-----AAACTG---TTCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATCGGAAaactgagctcagttttctttca
gi|16                         :                                                                                                                                                         tt--TCAG-TTTGATATTG-GGGGC-T-------TTG--------------AA-----ATA-TT------AAA-AA-A-GT---TCTTTTCCACAA-----------------AGAT---T-TAT-----AA-GAA--T----A----C-A-------AC----A---T------AATTTCAAACTT--AGTC---T--TAATGGAT---------GTGG--A----AA-ATCCAACCAATGATTG-C-TT-T-T------A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATT--G-------TTA--TAATCAAcatt
gi|17                         :                                        AGTGTCGGGAAT-G-G---GA--GGTAAATTACTT-ACT-ATCGATAATC-GGGACTGA--TACACTCA----AGTAG--C---T-G----ATTAT-GAT----A------ACAAATTCAG-ATTGATATCGTGTGAT-T-------TGA--------------A------ATATCTTA----AGA-AT---------------CGCAAT----------------A--T---A-TGT----TAA-TAA--C---------C-C-------A-----A---T------T---TCAAAA----T--A---T--CGAT---T---------GTAG--A----AA-ctttgaaacatcactc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ct-A-------A-----A---T------A---TCAAA-----------------A--------------GTAG--C----AT-TCACATCTGATGAT-G-C-TT-T-TT-C---A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATTGAG--T-A--T----TGACCAATCAaca
gi|19                         : tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttttttGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-ACT-ATTGATACAC-CG-----A--TACACCCA----AACAT--C---T-G----TTTATCTAC----ATACGATACAA--TCAA-TTTCATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------aggaaacatca
gi|2                          :                                                        ---GA--GATAAATT---T-ACT-CTCGAGAATCAGG-----G--TGCATACA----AGTAAA-C---A-G----ATTATT-ATTA--A----GTACCT--TCTG-TTTGA-GTTGTGATAT-TAGCAATATTA--------------AA-----A-----------AAA-AA-A-AT---T-----CTCTAA-----------------A---------AT----TAATAAG--G----A----A-A-------ACCATGA---T------T---TTAAAC----T--A---T--TGAT---C---------GTAG--A----AA-ACACAAATAAGGATTG-C-TT-T-TT-CAATA-AG--------AAACCA---ATCAACTATC--A----A--TTA--TAATCTTTCATTCGAAgaaagaaaaaaatgaaac
gi|20                         :    tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGATATCGCGGTAT-T-------catca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actgTAG--A----AA-TTACAGCCAATG-TTG-G-TT-T-TAAC---A-AGCTT-----TGACTG---ATCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCAT
gi|22                         :                                                        ---GA--TATAAATT---T-ACT-TTTGATAATC-AG-----A--TATGTTTA----TGTAA--G---T-G----ATTATtaaaatgtcattaactata
gi|23                         :                    atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgtgtttttgtcagggtccAAAC----T--A---T--TAAT---T---------GTAG--A----AA-TCTCACTTGATGATTA-T-TT-TGTT-C---A-AGCTT-----A-----------AATTATC-----T-A--TCA--TAATGGATTA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GAT---T---------GTAG--A----AA-TCATAACTGATGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ggcctgcatcatgcgaagaaatttgaggtaaagaaattataATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----TAACTT---ATGAGTTATC--AATT-ACTTTA--CAAACGATTATC
gi|27                         :                                        AGTGTTGGGAATCA-----GA--GATAAACT---T-ACT-GGTAATAATT-GG-----A--TACACatag
gi|3                          :                                   atgttAGTGTTGGAAATCAGA---GATAAATAAATT---T-ACC-ATTGATAATG-GC-----A--TATACTAC----AGTAA--C---T-G----ACTATGGAT----G----GTAC-A--TC----TTGTTATT-TAAGAT-A-------TTAATATAAAATATACCAGT----ATA-TT------CAA-AT-ATTT---T--TTTTTCCAA-----------------A--T---T-T-T----TAA-AAA-------A----A-A-------C-----A---C------A---CAAAAA----A--C---C--TGATC--T---------ATAGTTA----TC-TGTTAATGAATGACTG-T-GT-T-TT-T---A-AGATT-----AAACCA---ATCAGCTATT--G----A--ATA--TAATTAATCATC
gi|4                          :                                    cagcAGTGATGGAAATCA-G---G-----TAAGTA---T-ACT-ATTAGTAATC-GG-----A--AACAATCC----AGTCA--C---T-GTCAGATTGTTGGC----C----GTACAA--TCAG-GTTGATATTTTGACAT-T-------TTT--------------AGTACATGTA-CT------AAA-AT-A-GT---TAATTTTTTCAA-----------------A--C---T-TAC----TAA-AAA--AT---A----A-A-------A-----A---TCT----A---TCAAAC-----------T--TGA--------------G-AG--GTCTCAA-TATCAATGGATGGTTG-C-TT-T-TT-C---A-AGTTT-----TAAATG---ATCAGTTATC--A----A--TCAATCAATCAATCAcaaac
gi|5                          :                                        AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGATATAGTGAGAT-A-------TGA--------------A------ATA-TC------AAA-AT-ATATATAT--TTTCCCCAA-----------------A--A---T-TAC----CGA-AAA--A----A----A-ATCCATCTA-----A---T------T---TCAAAC----T--A---A--TGA--------------GCAG--A----AA-TGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTG---ATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
gi|6                          :                                           cgtaaatgtatat---GA--TATAAAGT---T-ACA-ATCTATAATC-AG-----A--TAAATTCA----AGTAG--C---T-G----AATGGTGAT----T----GTGCAA--TCAG-TT-GATATTGTGAT-T-T-------TTG--------------AA-----ATA-TT------GCATAT-A------------CTCCAA-----------------A--TGTGTATGT----TTG-AAA--G----A----A-A-------A-----A------------------AC----A--CCTTT--TAAG---T---------GCAG--A----AAATGACAACTGATGATTG-C-CT-T-AT-T---ACAGTTT-----AAACCA---ATCAGTTGTT--G----A--TTA--AAATTGATCATCGGAg
gi|7                          :                                      cgAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-ACT-AGCGATGATT-GA-----A--TACGCTCTTGAAAATAA--CCACT-G----ATTATTAATTAATG----ATAAAA--TCCG-TTTGATATTGTGAGGT-T-------T-----------------G-----A-----------AAA-AT-------------TCCCCAA-----------------A--T---T-TAT----TAC-AAA--A----A----C-T-------A-----A---T----------TTAAA-----A--C---TTATGAT---T---------GTAG--A----AA-TTCTAA---ATGA-CG-C-TT-T-TT-C---A-AACTTAAAAAAAATCT---ATCATTGATT--A--TAA--TTA--TAATTGATCATCGGAAgtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|8                          :                                     accAGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-CCTGATAATG-GG-----A--TACACTCC----AGTAA--T---G-G----ATTGTTGGT----A----GTACAA--TCTG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----AAA-CT------AAA-ATCA-GTC--T--TCTTCTCAA-----------------A--T---T-TCT----TAA-TAACCC----A----A-A-------A-----A---T------A---TTAAAC----A--C---T--CAAT---T---------TTAG--A----AA-CGACAATGAATGATTG-G-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTGTC--A--C-A--CTA---AATCGATCATTTGAAct
gi|9                          :                                        AGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-ACTTATCAATAATC-AG-----AGATGCACTCC----AGTAA--C---T-G----GTTATCATT----A----ATACAA--TCAG-TTTGAT---GAGAGAT-T-------T-A--------------AA-----ATA-TTGAGAAAAAA-AG-A-A----------ACCCAA-----------------A--T---T-TATAAGATAA-AAA--TCTTGATTTCA-A-------C-----A---T------T---TCAAAC----A--A---T--TGAT---T---------GTAT--A----AA-TCACAA--AA---------CT-T-TC-C---A-TGCTA-----AAACGG---ACCAATTA





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consensus                     :                                        AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----ATA-CT------AAA-AT-A-GT---T--TTTCCCCAA-----------------A--TTTAT-----TAA-AAA--N----A----A-----A-------A-----A---TTT--CAAAC--TAT--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
Reference ( family-531 )      :                                        AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----ATA-CT------AAA-AT-A-GT---T--TTTCCCCAA-----------------A--TTTAT-----TAA-AAA--N----A----A-----A-------A-----A---TNT--CAAAC--ANT--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
gi|1                          :                                           GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGATATTGTGTGA--T-------TTA--------------AA-----ATA-TT------AAA-AA-A---------------CAATGGAGGGGGAGGGGCAAA--TTAAT-----AAG-AAA--A----A----A-----C-------ATG---A---TTT--CATAC--TAT--TGAT---T---------GTAA--A----AA-TTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AATTTGAAAATCGTTTATC--G--
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gi|11                         :                                                                                                                            aat----ATTATCAAC----A----ATACAA--TGGG-TTTGATATTGTGAAAA-AA------TTA--------------AA-----ATA-TT------AAA-G--A-GT---TCCTTTCCCCAG-----------------A--TTTAT------AA-AAA--A----A----GTTACCA-------A-----A---T-T--CAAAC--TAT---GAT---T---------GTAA--A----AA-ATACAACTGATCATTG-C-CT-T-TT-C---A-AACTT-----AA--TA---ATAAACGATC--G----A--TTA--CAATCAATCcttcacttac
gi|12                         :                          aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGATAGTGTTAGAT-A-------TGA--------------AA----------T------AAT-GT-A-CT---T--T-----CAA-----------------A-------------AG-AAA--T----A----A-----ATCT----ATTT--A---TCT--AAAAC--TAA--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAG---AGCAATTATC--G--cttcattgttatgaatcatcggaaatc
gi|13                         :                                            atGGGAACCA-----GA--GATAGATT---TGACT-ACT--TTATC-AG-----T--TACACTCG----AGTAG--C---A-G----ATTATTGAT----A----TTTCAA--TCAG-------ATTG-GAAATAT-------TTA--------------TG-----AAA-AT------AAA-A----AT---T--------CAA-----------------A--T-------------GAC--C----C----A-----A-------A-----A---TTT--CAAAC--AAT--TGAT---T---------CTGT--A----AA-TAACAATCAATGATTG-G-TT-A-AG-C---A-AGTTT-----AAACTG---ATTGAT--GC--T--T-A--TTA--TACTTGATTATC
gi|14                         :                                                            A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA---TGTGAGAT-------------------------------------CT------GAA-AT-A--T---T--TTT----AA-----------------A--AAAAA-----TAA-AAA--T----A----A-----A-------A-----A--------AAAAC--ACC--TAAT---TTCAACAATCGTAG--A----TA-TAACAACCTATGA
gi|15                         :                                                                     ttgtgtcaacccTCAATAATG-GA-----A--TACACTTG----TGTTA--T---T-G----ATAATCAAT----A----GTACAA--TTGG-TTTGAT-------------------------------------G-----ATG-CC------AG-------GT---T------CCCAA-----------------A--TTTGT----------AA--G----A----A-----A-------A-----A---G-----AAAC--TAT--TGAC---T---------GTAG--A----AA-TCACAACTGATGATT----TTAT-TT-C---A-AGCTC-----AAACTG---TTCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATCGGAAaactgagctcagttttctttca
gi|16                         :                                                                                                                                                         tt--TCAG-TTTGATATTG-GGGGC-T-------TTG--------------AA-----ATA-TT------AAA-AA-A-GT---TCTTTTCCACAA-----------------AGATTTAT------AA-GAA--T----AC---A-----ACAT----A-----A---TTT--CAAACTTAGTCTTAATGGAT---------GTGG--A----AA-ATCCAACCAATGATTG-C-TT-T-T------A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATT--G-------TTA--TAATCAAcatt
gi|17                         :                                        AGTGTCGGGAAT-G-G---GA--GGTAAATTACTT-ACT-ATCGATAATC-GGGACTGA--TACACTCA----AGTAG--C---T-G----ATTAT-GAT----A------ACAAATTCAG-ATTGATATCGTGTGAT-T-------TGA--------------A------ATATCTTA----AGA-AT---------------CGCAAT----------------A--TATGT-----TAA-TAA--C---------C-----C-------A-----A---TTT--CAAAA--TAT--CGAT---T---------GTAG--A----AA-ctttgaaacatcactc
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gi|19                         : tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttttttGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-ACT-ATTGATACAC-CG-----A--TACACCCA----AACAT--C---T-G----TTTATCTAC----ATACGATACAA--TCAA-TTTCATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------aggaaacatca
gi|2                          :                                                        ---GA--GATAAATT---T-ACT-CTCGAGAATCAGG-----G--TGCATACA----AGTAAA-C---A-G----ATTATT-ATTA--A----GTACCT--TCTG-TTTGA-GTTGTGATAT-TAGCAATATTA--------------AA-----A-----------AAA-AA-A-AT---T-----CTCTAA-----------------A-----AT-----TAATAAG--G----A----A-----A-------ACCATGA---TTT--TAAAC--TAT--TGAT---C---------GTAG--A----AA-ACACAAATAAGGATTG-C-TT-T-TT-CAATA-AG--------AAACCA---ATCAACTATC--A----A--TTA--TAATCTTTCATTCGAAgaaagaaaaaaatgaaac
gi|20                         :    tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGATATCGCGGTAT-T-------catca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 actgTAG--A----AA-TTACAGCCAATG-TTG-G-TT-T-TAAC---A-AGCTT-----TGACTG---ATCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCAT
gi|22                         :                                                        ---GA--TATAAATT---T-ACT-TTTGATAATC-AG-----A--TATGTTTA----TGTAA--G---T-G----ATTATtaaaatgtcattaactata
gi|23                         :                    atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GAT---T---------GTAG--A----AA-TCATAACTGATGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggcctgcatcatgcgaagaaatttgaggtaaagaaattataATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----TAACTT---ATGAGTTATC--AATT-ACTTTA--CAAACGATTATC
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gi|5                          :                                        AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGATATAGTGAGAT-A-------TGA--------------A------ATA-TC------AAA-AT-ATATATAT--TTTCCCCAA-----------------A--ATTAC-----CGA-AAA--A----A----A-----ATCCATCTA-----A---TTT--CAAAC--TAA--TGA--------------GCAG--A----AA-TGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTG---ATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
gi|6                          :                                           cgtaaatgtatat---GA--TATAAAGT---T-ACA-ATCTATAATC-AG-----A--TAAATTCA----AGTAG--C---T-G----AATGGTGAT----T----GTGCAA--TCAG-TT-GATATTGTGAT-T-T-------TTG--------------AA-----ATA-TT------GCATAT-A------------CTCCAA-----------------A--TGTGTATGTTTGA-AAG--A----A----A-----A-------A-----A---C------ACC--TTT--TAAG---T---------GCAG--A----AAATGACAACTGATGATTG-C-CT-T-AT-T---ACAGTTT-----AAACCA---ATCAGTTGTT--G----A--TTA--AAATTGATCATCGGAg
gi|7                          :                                      cgAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-ACT-AGCGATGATT-GA-----A--TACGCTCTTGAAAATAA--CCACT-G----ATTATTAATTAATG----ATAAAA--TCCG-TTTGATATTGTGAGGT-T-------T-----------------G-----A-----------AAA-AT-------------TCCCCAA-----------------A--TTTAT-----TAC-AAA--A----A----C-----T-------A-----A---TTT--AAAAC--TTA--TGAT---T---------GTAG--A----AA-TTCTAA---ATGA-CG-C-TT-T-TT-C---A-AACTTAAAAAAAATCT---ATCATTGATT--A--TAA--TTA--TAATTGATCATCGGAAgtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|8                          :                                     accAGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-CCTGATAATG-GG-----A--TACACTCC----AGTAA--T---G-G----ATTGTTGGT----A----GTACAA--TCTG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----AAA-CT------AAA-ATCA-GTC--T--TCTTCTCAA-----------------A--TTTCT-----TAA-TAACCC----A----A-----A-------A-----A---TAT--TAAAC--ACT--CAAT---T---------TTAG--A----AA-CGACAATGAATGATTG-G-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTGTC--A--C-A--CTA---AATCGATCATTTGAAct
gi|9                          :                                        AGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-ACTTATCAATAATC-AG-----AGATGCACTCC----AGTAA--C---T-G----GTTATCATT----A----ATACAA--TCAG-TTTGAT---GAGAGAT-T-------T-A--------------AA-----ATA-TTGAGAAAAAA-AG-A-A----------ACCCAA-----------------A--TTTATAAGA-TAA-AAA--TCTTGATTTCA-----A-------C-----A---TTT--CAAAC--AAT--TGAT---T---------GTAT--A----AA-TCACAA--AA---------CT-T-TC-C---A-TGCTA-----AAACGG---ACCAATTA





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consensus                     :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----ATA-TT------AAA-AT-A-GT---T--T-TCCCCAA-----------------A--TTTAT-----TAA-AAA--A----A----A-----A-------A-----A---TTT--CAAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
Reference ( family-531 )      :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----ATA-CT------AAA-AT-A-GT---T--TTTCCCCAA-----------------A--TTTAT-----TAA-AAA--N----A----A-----A-------A-----A---TTT--CAAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AA-TNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
gi|1                          :                                        GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGATATTGTGTGA--T-------TTA--------------AA-----ATA-TT------AAA-AA-A---------------CAATGGAGGGGGAGGGGCAAA--TTAAT-----AAG-AAA--A----A----A-----C-------ATG---A---TTT--CATACT-A---TTGAT---TGTAA--A----AA-TTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AATTTGAAAATCGTTTATC--G--
gi|10                         :                                                   agtacagacacaattaaagtcactgtcTTGATAATA-GG-----A--CAAACTCA----AATTT--C---C-G----ACTAGAAA-----A----GTAAAG--TCTG-TTTGGTGTTGTGATCA-T-------TTA--------------AA-----ATA-CT------GAA-AT-A-AA---A--TTGCTTCAA-----------------AA-TTTATA----TGA-AAG--A----A----A-----A-------A-----AAGATTT--CAAATT-----TTACT---TATAG--A----AA-TTACAACCGATGATTACC-TC-C-CT-C---ATA--TT-----AAACCA---ATCAACCATT--G----A--T---------GATTATTGGAAgaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
gi|11                         :                                                                                                                         aat----ATTATCAAC----A----ATACAA--TGGG-TTTGATATTGTGAAAA-AA------TTA--------------AA-----ATA-TT------AAA-G--A-GT---TCCTTTCCCCAG-----------------A--TTTAT------AA-AAA--A----A----GTTACCA-------A-----A---TT---CAAACT-A---T-GAT---TGTAA--A----AA-ATACAACTGATCATTG-C-CT-T-TT-C---A-AACTT-----AA--TA---ATAAACGATC--G----A--TTA--CAATCAATCcttcacttac
gi|12                         :                       aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGATAGTGTTAGAT-A-------TGA--------------AA----------T------AAT-GT-A-CT---T--T-----CAA-----------------A-------------AG-AAA--T----A----A-----ATCT----ATTT--A---TCT--AAAACT-A---ATGAT---TGTAG--A----AA-TGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAG---AGCAATTATC--G--cttcattgttatgaatcatcggaaatc
gi|13                         :                                         atGGGAACCA-----GA--GATAGATT---TGACT-ACT--TTATC-AG-----T--TACACTCG----AGTAG--C---A-G----ATTATTGAT----A----TTTCAA--TCAG-------ATTG-GAAATAT-------TTA--------------TG-----AAA-AT------AAA-A----AT---T--------CAA-----------------A--T-------------GAC--C----C----A-----A-------A-----A---TTT--CAAACA-A---TTGAT---TCTGT--A----AA-TAACAATCAATGATTG-G-TT-A-AG-C---A-AGTTT-----AAACTG---ATTGAT--GC--T--T-A--TTA--TACTTGATTATC
gi|14                         :                                                         A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA---TGTGAGAT-C-------TGA--------------A------ATA-TTTTTA--AAA-AA-A-AT-------------AA-----------------A-----AA-----TAA-AAA--A----A----A-----ACACCT--A-----A---TTT--CAA---------CAAT---CGTAG--A----TA-TAACAACCTATGA
gi|15                         :                                                                  ttgtgtcaacccTCAATAATG-GA-----A--TACACTTG----TGTTA--T---T-G----ATAATCAAT----A----GTACAA--TTGG-TTTGAT-------------------------------------G-----ATG-CC------AG-------GT---T------CCCAA-----------------A--TTTGT----------AA--G----A----A-----A-------A-----A---G-----AAACT-A---TTGAC---TGTAG--A----AA-TCACAACTGATGATT----TTAT-TT-C---A-AGCTC-----AAACTG---TTCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATCGGAAaactgagctcagttttctttca
gi|16                         :                                                                                                                                                      tt--TCAG-TTTGATATTG-GGGGC-T-------TTG--------------AA-----ATA-TT------AAA-AA-A-GT---TCTTTTCCACAA-----------------AGATTTAT------AA-GAA--T----AC---A-----ACAT----A-----A---TTT--CAAACTTAGTCTTAATGGATGTGG--A----AA-ATCCAACCAATGATTG-C-TT-T-T------A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATT--G-------TTA--TAATCAAcatt
gi|17                         :                                     AGTGTCGGGAAT-G-G---GA--GGTAAATTACTT-ACT-ATCGATAATC-GGGACTGA--TACACTCA----AGTAG--C---T-G----ATTAT-GAT----A------ACAAATTCAG-ATTGATATCGTGTGAT-T-------TGA--------------A------ATATCTTA----AGA-AT---------------CGCAAT----------------A--TATGT-----TAA-TAA--C---------C-----C-------A-----A---TTT--CAAAAT-A---TCGAT---TGTAG--A----AA-ctttgaaacatcactc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ct---TTT--TAAA-T-A---TCAAA---AGTAG--C----AT-TCACATCTGATGAT-G-C-TT-T-TT-C---A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATTGAG--T-A--T----TGACCAATCAaca
gi|19                         :  tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-ACT-ATTGATACAC-CG-----A--TACACCCA----AACAT--C---T-G----TTTATCTAC----ATACGATACAA--TCAA-TTTCATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------aggaaacatca
gi|2                          :                                                     ---GA--GATAAATT---T-ACT-CTCGAGAATCAGG-----G--TGCATACA----AGTAAA-C---A-G----ATTATT-ATTA--A----GTACCT--TCTG-TTTGA-GTTGTGATAT-TAGCAATATTA--------------AA-----A-----------AAA-AA-A-AT---T-----CTCTAA-----------------A-----AT-----TAATAAG--G----A----A-----A-------ACCATGA---TTT--TAAACT-A---TTGAT---CGTAG--A----AA-ACACAAATAAGGATTG-C-TT-T-TT-CAATA-AG--------AAACCA---ATCAACTATC--A----A--TTA--TAATCTTTCATTCGAAgaaagaaaaaaatgaaac
gi|20                         : tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGATATCGCGGTAT-T-------catca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actgTAG--A----AA-TTACAGCCAATG-TTG-G-TT-T-TAAC---A-AGCTT-----TGACTG---ATCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCAT
gi|22                         :                                                     ---GA--TATAAATT---T-ACT-TTTGATAATC-AG-----A--TATGTTTA----TGTAA--G---T-G----ATTATtaaaatgtcattaactata
gi|23                         :                 atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgtgtttttgtcagggtccAAACT-A---TTAAT---TGTAG--A----AA-TCTCACTTGATGATTA-T-TT-TGTT-C---A-AGCTT-----A-----------AATTATC-----T-A--TCA--TAATGGATTA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAATT-A---TAGAT---TGTAG--A----AA-TCATAACTGATGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggcctgcatcatgcgaagaaatttgaggtaaagATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----TAACTT---ATGAGTTATC--AATT-ACTTTA--CAAACGATTATC
gi|27                         :                                     AGTGTTGGGAATCA-----GA--GATAAACT---T-ACT-GGTAATAATT-GG-----A--TACACatag
gi|3                          :                                atgttAGTGTTGGAAATCAGA---GATAAATAAATT---T-ACC-ATTGATAATG-GC-----A--TATACTAC----AGTAA--C---T-G----ACTATGGAT----G----GTAC-A--TC----TTGTTATT-TAAGAT-A-------TTAATATAAAATATACCAGT----ATA-TT------CAA-AT-ATTT---T--TTTTTCCAA-----------------A--TTT-T-----TAA-AAA--A----A----ACACACA-------A-----A---------AAAC------CTGATC--TATAGTTA----TC-TGTTAATGAATGACTG-T-GT-T-TT-T---A-AGATT-----AAACCA---ATCAGCTATT--G----A--ATA--TAATTAATCATC
gi|4                          :                                 cagcAGTGATGGAAATCA-G---G-----TAAGTA---T-ACT-ATTAGTAATC-GG-----A--AACAATCC----AGTCA--C---T-GTCAGATTGTTGGC----C----GTACAA--TCAG-GTTGATATTTTGACAT-T-------TTT--------------AGTACATGTA-CT------AAA-AT-A-GT---TAATTTTTTCAA-----------------A--CTTAC-----TAA-AAA--AT---A----A-----A-------A-----A---TCTATCAAACT------TGA-----G-AG--GTCTCAA-TATCAATGGATGGTTG-C-TT-T-TT-C---A-AGTTT-----TAAATG---ATCAGTTATC--A----A--TCAATCAATCAATCAcaaac
gi|5                          :                                     AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGATATAGTGAGAT-A-------TGA--------------A------ATA-TC------AAA-AT-ATATATAT--TTTCCCCAA-----------------A--ATTAC-----CGA-AAA--A----A----A-----ATCCATCTA-----A---TTT--CAAACT-A---ATGA-----GCAG--A----AA-TGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTG---ATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
gi|6                          :                                        cgtaaatgtatat---GA--TATAAAGT---T-ACA-ATCTATAATC-AG-----A--TAAATTCA----AGTAG--C---T-G----AATGGTGAT----T----GTGCAA--TCAG-TT-GATATTGTGAT-T-T-------TTG--------------AA-----ATA-TT------GCATAT-A------------CTCCAA-----------------A--TGTGTATGTTTGA-AAG--A----A----A-----A-------A-----A---C------ACCT-T---TTAAG---TGCAG--A----AAATGACAACTGATGATTG-C-CT-T-AT-T---ACAGTTT-----AAACCA---ATCAGTTGTT--G----A--TTA--AAATTGATCATCGGAg
gi|7                          :                                   cgAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-ACT-AGCGATGATT-GA-----A--TACGCTCTTGAAAATAA--CCACT-G----ATTATTAATTAATG----ATAAAA--TCCG-TTTGATATTGTGAGGT-T-------T-----------------G-----A-----------AAA-AT-------------TCCCCAA-----------------A--TTTAT-----TAC-AAA--A----A----C-----T-------A-----A---TTT--AAAACT-T---ATGAT---TGTAG--A----AA-TTCTAA---ATGA-CG-C-TT-T-TT-C---A-AACTTAAAAAAAATCT---ATCATTGATT--A--TAA--TTA--TAATTGATCATCGGAAgtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|8                          :                                  accAGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-CCTGATAATG-GG-----A--TACACTCC----AGTAA--T---G-G----ATTGTTGGT----A----GTACAA--TCTG-TTTGATATTGTGAGAT-T-------TTA--------------AG-----AAA-CT------AAA-ATCA-GTC--T--TCTTCTCAA-----------------A--TTTCT-----TAA-TAACCC----A----A-----A-------A-----A---TAT--TAAACA-C---TCAAT---TTTAG--A----AA-CGACAATGAATGATTG-G-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTGTC--A--C-A--CTA---AATCGATCATTTGAAct
gi|9                          :                                     AGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-ACTTATCAATAATC-AG-----AGATGCACTCC----AGTAA--C---T-G----GTTATCATT----A----ATACAA--TCAG-TTTGAT---GAGAGAT-T-------T-A--------------AA-----ATA-TTGAGAAAAAA-AG-A-A----------ACCCAA-----------------A--TTTATAAGA-TAA-AAA--TCTTGATTTCA-----A-------C-----A---TTT--CAAACA-A---TTGAT---TGTAT--A----AA-TCACAA--AA---------CT-T-TC-C---A-TGCTA-----AAACGG---ACCAATTA





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Reference ( family-531 )      :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----ATATT----AA-A-AT-A-----G--TT---TTC--CCCA----------------A-A--TTTA-----T----TAAAAA----A-A----A-----A-------AA---TT------T--C--AAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AATNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
gi|1                          :                                        GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGATATTGTGTGA-T-TTA--------------AA-----ATATT----AA-A-AA-A--------------------CAATGGAGGGGGAGGGGCA-A--ATTA-----A----TAAGAA----A-A----A-----ACAT----GA---TT------T--C--ATACT-A---TTGAT---TGTAA--A----AATTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AATTTGAAAATCGTTTATC--G--
gi|10                         :                                                   agtacagacacaattaaagtcactgtcTTGATAATA-GG-----A--CAAACTCA----AATTT--C---C-G----ACTAGAAA-----A----GTAAAG--TCTG-TTTGGTGTTGTGATCAT-TTA--------------AA-----ATACT----GA-A-AT-A-----AAATT---GCT--TCAA----------------A-A--TTTA-----TA---TGAAAG----A-A----A-----A-------AAAGATT------T--C--AAATT-----TTACT---TATAG--A----AATTACAACCGATGATTACC-TC-C-CT-C---ATA--TT-----AAACCA---ATCAACCATT--G----A--T---------GATTATTGGAAgaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
gi|11                         :                                                                                                                         aat----ATTATCAAC----A----ATACAA--TGGG-TTTGATATTGTGAAAAAATTA--------------AA-----ATATT----AA-A-G--A-----G--TTCCTTTC--CCCA----------------G-A--TTTA-----T-----AAAAA----A-A----GTTACCA-------AA---TT---------C--AAACT-A---T-GAT---TGTAA--A----AAATACAACTGATCATTG-C-CT-T-TT-C---A-AACTT-----AA--TA---ATAAACGATC--G----A--TTA--CAATCAATCcttcacttac
gi|12                         :                       aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGATA--GTG---TT------------------AG-----ATA-T----GA-A-AT-A-----A--TG---T--------------------------A--CTT------T----CAAAAG----A-A----AT----A-------AA---TCTATTTAT--CTAAAACT-A---ATGAT---TGTAG--A----AATGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAG---AGCAATTATC--G--cttcattgttatgaatcatcggaaatc
gi|13                         :                                         atGGGAACCA-----GA--GATAGATT---TGACT-ACT--TTATC-AG-----T--TACACTCG----AGTAG--C---A-G----ATTATTGAT----A----TTTCAA--TCAG-------ATTG-GAAATA-TT-----------------------TATG----AA-A-AT-A---------------------A----------------A-A-----A-----T----TCAAAT----G-ACCC-A-----A-------AA---TT------T--C--AAACA-A---TTGAT---TCTGT--A----AATAACAATCAATGATTG-G-TT-A-AG-C---A-AGTTT-----AAACTG---ATTGAT--GC--T--T-A--TTA--TACTTGATTATC
gi|14                         :                                                         A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA---TGTGAGATC-TGA--------------A------ATATTTTTAAA-A-AA-A-----A--T------------A----------------A-A-----A-----A----TAAAAA----A-A----A-----ACACCT--AA---TT------T--C--AA---------CAAT---CGTAG--A----TATAACAACCTATGA
gi|15                         :                                                                  ttgtgtcaacccTCAATAATG-GA-----A--TACACTTG----TGTTA--T---T-G----ATAATCAAT----A----GTACAA--TTGG-TTTGATGATGCCAGGTT-------------------------------------------------------------CCCA----------------A-A--TTTG-----T-------AAG----A-A----A-----A-------AG-----------------AAACT-A---TTGAC---TGTAG--A----AATCACAACTGATGATT----TTAT-TT-C---A-AGCTC-----AAACTG---TTCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATCGGAAaactgagctcagttttctttca
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gi|19                         :  tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-ACT-ATTGATACAC-CG-----A--TACACCCA----AACAT--C---T-G----TTTATCTAC----ATACGATACAA--TCAA-TTTCATATTGTGAGATT-TTA--------------aggaaacatca
gi|2                          :                                                     ---GA--GATAAATT---T-ACT-CTCGAGAATCAGG-----G--TGCATACA----AGTAAA-C---A-G----ATTATT-ATTA--A----GTACCT--TCTG-TTTGA-GTTGTGATATT------------------AGCA---ATATT----AA-A-AA-A-----A--AAAA-TTC--TCTA----------------A-A--ATTA-----A----TAAGGA----A-A----ACC---AT------GA---TT------T--T--AAACT-A---TTGAT---CGTAG--A----AAACACAAATAAGGATTG-C-TT-T-TT-CAATA-AG--------AAACCA---ATCAACTATC--A----A--TTA--TAATCTTTCATTCGAAgaaagaaaaaaatgaaac
gi|20                         : tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGATATCGCGGTATT-catca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      actgTAG--A----AATTACAGCCAATG-TTG-G-TT-T-TAAC---A-AGCTT-----TGACTG---ATCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCAT
gi|22                         :                                                     ---GA--TATAAATT---T-ACT-TTTGATAATC-AG-----A--TATGTTTA----TGTAA--G---T-G----ATTATtaaaatgtcattaactata
gi|23                         :                 atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtgtttttgtcagggtcc--AAACT-A---TTAAT---TGTAG--A----AATCTCACTTGATGATTA-T-TT-TGTT-C---A-AGCTT-----A-----------AATTATC-----T-A--TCA--TAATGGATTA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --AAATT-A---TAGAT---TGTAG--A----AATCATAACTGATGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggcctgcatcatgcgaagaaatttgaggtaaagATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----TAACTT---ATGAGTTATC--AATT-ACTTTA--CAAACGATTATC
gi|27                         :                                     AGTGTTGGGAATCA-----GA--GATAAACT---T-ACT-GGTAATAATT-GG-----A--TACACatag
gi|3                          :                                atgttAGTGTTGGAAATCAGA---GATAAATAAATT---T-ACC-ATTGATAATG-GC-----A--TATACTAC----AGTAA--C---T-G----ACTATGGAT----G----GTAC-A--TC----TTGTTATT-TAAGATA-TTAATATAAAATATACCAGT----ATATT----CA-A-AT-ATT---T--TT---TTT--TCCA----------------A-A--TTT------T----TAAAAA----A-A----ACACACA-------AA-----------------AAAC------CTGATC--TATAGTTA----TCTGTTAATGAATGACTG-T-GT-T-TT-T---A-AGATT-----AAACCA---ATCAGCTATT--G----A--ATA--TAATTAATCATC
gi|4                          :                                 cagcAGTGATGGAAATCA-G---G-----TAAGTA---T-ACT-ATTAGTAATC-GG-----A--AACAATCC----AGTCA--C---T-GTCAGATTGTTGGC----C----GTACAA--TCAG-GTTGATATTTTGACATT-TTT--------------AGTACATGTACT----AA-A-AT-A-----G--TTAATTTT--TTCA----------------A-A--CTTA-----C----TAAAAA----ATA----A-----A-------AA---TC------TATC--AAACT------TGA-----G-AG--GTCTCAATATCAATGGATGGTTG-C-TT-T-TT-C---A-AGTTT-----TAAATG---ATCAGTTATC--A----A--TCAATCAATCAATCAcaaac
gi|5                          :                                     AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGATATAGTGAGATA-TGA--------------A------ATATC----AA-A-AT-ATATATA--TT---TTC--CCCA----------------A-A--ATTA-----C----CGAAAA----A-A----A-----ATCCATCTAA---TT------T--C--AAACT-A---ATGA-----GCAG--A----AATGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTG---ATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
gi|6                          :                                        cgtaaatgtatat---GA--TATAAAGT---T-ACA-ATCTATAATC-AG-----A--TAAATTCA----AGTAG--C---T-G----AATGGTGAT----T----GTGCAA--TCAG--TTGATATTGTGAT-TT-TTG--------------AA-----ATATT----GC-ATAT-A---------------C--TCCA----------------A-A--TGTGTATGTT----TGAAAG----A-A----A-----A-------AA---C--------------ACCT-T---TTAAG---TGCAGA-A----AATGACAACTGATGATTG-C-CT-T-AT-T---ACAGTTT-----AAACCA---ATCAGTTGTT--G----A--TTA--AAATTGATCATCGGAg
gi|7                          :                                   cgAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-ACT-AGCGATGATT-GA-----A--TACGCTCTTGAAAATAA--CCACT-G----ATTATTAATTAATG----ATAAAA--TCCG-TTTGATATTGTGAGGTT-T-----------------G-----A--------AA-A-AT----------------TC--CCCA----------------A-A--TTTA-----T----TACAAA----A-A----C-----T-------AA---TT------T--A--AAACT-T---ATGAT---TGTAG--A----AATTCTAA---ATGA-CG-C-TT-T-TT-C---A-AACTTAAAAAAAATCT---ATCATTGATT--A--TAA--TTA--TAATTGATCATCGGAAgtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|8                          :                                  accAGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-CCTGATAATG-GG-----A--TACACTCC----AGTAA--T---G-G----ATTGTTGGT----A----GTACAA--TCTG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----AAACT----AA-A-ATCA-----G--TC---TTCTTCTCA----------------A-A--TTTC-----T----TAATAACC--C-A----A-----A-------AA---TA------T--T--AAACA-C---TCAAT---TTTAG--A----AACGACAATGAATGATTG-G-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTGTC--A--C-A--CTA---AATCGATCATTTGAAct
gi|9                          :                                     AGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-ACTTATCAATAATC-AG-----AGATGCACTCC----AGTAA--C---T-G----GTTATCATT----A----ATACAA--TCAG-TTTGA---TGAGAGA-T-TTA--------------AA-----ATATTGAGAAA-A-AA-A-----G-------AAA--CCCA----------------A-A--TTTA-----TAAGATAAAAATCTTG-ATTTCA-----A-------CA---TT------T--C--AAACA-A---TTGAT---TGTAT--A----AATCACAA--AA---------CT-T-TC-C---A-TGCTA-----AAACGG---ACCAATTA





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consensus                     :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----ATATT----AA-A------AT-A---G--T---T----TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TAAAAA----A-A----A-----A-------A--A---TT------T--C--AAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AATNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
Reference ( family-531 )      :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----ATATT----AA-A------AT-A---G--T---T----TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TAAAAA----A-A----A-----A-------A--A---TT------T--C--AAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AATNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
gi|1                          :                                        GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGATATTGTGTGA-T-TTA--------------AA-----ATATT----AA-A------AA-A--------------------CAATGGAGGGGGAGGGGCAA-A--TTAA-----T----AAGAAA----A-A----A-----C-------ATGA---TT------T--C--ATACT-A---TTGAT---TGTAA--A----AATTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AATTTGAAAATCGTTTATC--G--
gi|10                         :                                                   agtacagacacaattaaagtcactgtcTTGATAATA-GG-----A--CAAACTCA----AATTT--C---C-G----ACTAGAAA-----A----GTAAAG--TCTG-TTTGGTGTTGTGATCAT-TTA--------------AA-----ATACT----GA-A------AT-A---AAAT---T----GC--TT----------------CAA-AA-TTTA-----TA---TGAAAG----A-A----A-----A-------A--AAGATT------T--C--AAATT-----TTACT---TATAG--A----AATTACAACCGATGATTACC-TC-C-CT-C---ATA--TT-----AAACCA---ATCAACCATT--G----A--T---------GATTATTGGAAgaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
gi|11                         :                                                                                                                         aat----ATTATCAAC----A----ATACAA--TGGG-TTTGATATTGTGAAAAAATTA--------------AA-----ATATT----AA-A------G--A---G--T---TCCTTTC--CC----------------CAG-A--TTTA-----T-----AAAAA----A-A----GTTACCA-------A--A---TT---------C--AAACT-A---T-GAT---TGTAA--A----AAATACAACTGATCATTG-C-CT-T-TT-C---A-AACTT-----AA--TA---ATAAACGATC--G----A--TTA--CAATCAATCcttcacttac
gi|12                         :                       aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGATA--GTG---TT------------------AG-----ATA-T----GA-A------AT-A---A--T---G----T-------------------------A--CTT------T----CAAAAG----A-A----AT----A-------A--A---TCTATTTAT--CTAAAACT-A---ATGAT---TGTAG--A----AATGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAG---AGCAATTATC--G--cttcattgttatgaatcatcggaaatc
gi|13                         :                                         atGGGAACCA-----GA--GATAGATT---TGACT-ACT--TTATC-AG-----T--TACACTCG----AGTAG--C---A-G----ATTATTGAT----A----TTTCAA--TCAG-------ATTG-GAAATA-TT-----------------------TATG----AA-A------AT-A--------------------------------------AA-A-----A-----T----TCAAAT----G-ACCC-A-----A-------A--A---TT------T--C--AAACA-A---TTGAT---TCTGT--A----AATAACAATCAATGATTG-G-TT-A-AG-C---A-AGTTT-----AAACTG---ATTGAT--GC--T--T-A--TTA--TACTTGATTATC
gi|14                         :                                                         A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA---TGTGAGATC-TGA--------------A------ATATTTTTAAA-A------AA-A---A--T-------------------------------AA-A-----A-----A----TAAAAA----A-A----A-----ACACCT--A--A---TT------T--C--AA---------CAAT---CGTAG--A----TATAACAACCTATGA
gi|15                         :                                                                  ttgtgtcaacccTCAATAATG-GA-----A--TACACTTG----TGTTA--T---T-G----ATAATCAAT----A----GTACAA--TTGG-TTTGATGATGCCAGGTT-------------------------------------------------------------------CC----------------CAA-A--TTTG-----T-------AAG----A-A----A-----A-------A--G-----------------AAACT-A---TTGAC---TGTAG--A----AATCACAACTGATGATT----TTAT-TT-C---A-AGCTC-----AAACTG---TTCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATCGGAAaactgagctcagttttctttca
gi|16                         :                                                                                                                                                      tt--TCAG-TTTGATATTG-GGGGCT-TTG--------------AA-----ATATT----AA-A------AA-A---G--T---TCTTTTC--CA----------------CAA-AGATTTA-----T----AAGAAT----A-C----A-----ACAT----A--A---TT------T--C--AAACTTAGTCTTAATGGATGTGG--A----AAATCCAACCAATGATTG-C-TT-T-T------A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATT--G-------TTA--TAATCAAcatt
gi|17                         :                                     AGTGTCGGGAAT-G-G---GA--GGTAAATTACTT-ACT-ATCGATAATC-GGGACTGA--TACACTCA----AGTAG--C---T-G----ATTAT-GAT----A------ACAAATTCAG-ATTGATATCGTGTGATT-TGA--------------AAT----ATCTT----AAGA------AT---------------------CG----------------CAATA--TATG-----T----T-AATA----A-C----C-----C-------A--A---TT------T--C--AAAAT-A---TCGAT---TGTAG--A----AActttgaaacatcactc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ct---TT------T--T--AAA-T-A---TCAAA---AGTAG--C----ATTCACATCTGATGAT-G-C-TT-T-TT-C---A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATTGAG--T-A--T----TGACCAATCAaca
gi|19                         :  tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-ACT-ATTGATACAC-CG-----A--TACACCCA----AACAT--C---T-G----TTTATCTAC----ATACGATACAA--TCAA-TTTCATATTGTGAGATT-TTA--------------aggaaacatca
gi|2                          :                                                     ---GA--GATAAATT---T-ACT-CTCGAGAATCAGG-----G--TGCATACA----AGTAAA-C---A-G----ATTATT-ATTA--A----GTACCT--TCTG-TTTGA-GTTGTGATATT------------------AGCA---ATATT----AA-A------AA-A---A--AAAAT----TC--TC----------------TAA-A--ATTA-----A----TAAGGA----A-A----ACC---AT------G--A---TT------T--T--AAACT-A---TTGAT---CGTAG--A----AAACACAAATAAGGATTG-C-TT-T-TT-CAATA-AG--------AAACCA---ATCAACTATC--A----A--TTA--TAATCTTTCATTCGAAgaaagaaaaaaatgaaac
gi|20                         : tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGATATCGCGGTATT-catca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actgTAG--A----AATTACAGCCAATG-TTG-G-TT-T-TAAC---A-AGCTT-----TGACTG---ATCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCAT
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gi|23                         :                 atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
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gi|5                          :                                     AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGATATAGTGAGATA-TGA--------------A------ATATC----AA-AATATATAT-A---T--T---T----TC--CC----------------CAA-A--ATTA-----C----CGAAAA----A-A----A-----ATCCATCTA--A---TT------T--C--AAACT-A---ATGA-----GCAG--A----AATGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTG---ATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
gi|6                          :                                        cgtaaatgtatat---GA--TATAAAGT---T-ACA-ATCTATAATC-AG-----A--TAAATTCA----AGTAG--C---T-G----AATGGTGAT----T----GTGCAA--TCAG--TTGATATTGTGAT-TT-TTG--------------AA-----ATATT----GC-AT-----AT-A----------------C--TC----------------CAA-A--TGTGTATGTT----TGAAAG----A-A----A-----A-------A--A---C--------------ACCT-T---TTAAG---TGCAGA-A----AATGACAACTGATGATTG-C-CT-T-AT-T---ACAGTTT-----AAACCA---ATCAGTTGTT--G----A--TTA--AAATTGATCATCGGAg
gi|7                          :                                   cgAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-ACT-AGCGATGATT-GA-----A--TACGCTCTTGAAAATAA--CCACT-G----ATTATTAATTAATG----ATAAAA--TCCG-TTTGATATTGTGAGGTT-T-----------------G-----A--------AA-A------AT-----------------TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TACAAA----A-A----C-----T-------A--A---TT------T--A--AAACT-T---ATGAT---TGTAG--A----AATTCTAA---ATGA-CG-C-TT-T-TT-C---A-AACTTAAAAAAAATCT---ATCATTGATT--A--TAA--TTA--TAATTGATCATCGGAAgtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|8                          :                                  accAGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-CCTGATAATG-GG-----A--TACACTCC----AGTAA--T---G-G----ATTGTTGGT----A----GTACAA--TCTG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----AAACT----AA-A------ATCA---G--TC--T----TCTTCT----------------CAA-A--TTTC-----T----TAATAACC--C-A----A-----A-------A--A---TA------T--T--AAACA-C---TCAAT---TTTAG--A----AACGACAATGAATGATTG-G-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTGTC--A--C-A--CTA---AATCGATCATTTGAAct
gi|9                          :                                     AGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-ACTTATCAATAATC-AG-----AGATGCACTCC----AGTAA--C---T-G----GTTATCATT----A----ATACAA--TCAG-TTTGA---TGAGAGA-T-TTA--------------AA-----ATATTGAGAAA-A------AA-A---G------A----AA--CC----------------CAA-A--TTTA-----TAAGATAAAAATCTTG-ATTTCA-----A-------C--A---TT------T--C--AAACA-A---TTGAT---TGTAT--A----AATCACAA--AA---------CT-T-TC-C---A-TGCTA-----AAACGG---ACCAATTA





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Reference ( family-531 )      :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----ATATT----AA-A------AT-A---G--T---T----TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TAAAAA----A-A----A-----A-------A--A---TT------T--C--AAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AATNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
gi|1                          :                                        GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGATATTGTGTGA-T-TTA--------------AA-----ATATT----AA-A------AA-A--------------------CAATGGAGGGGGAGGGGCAA-A--TTAA-----T----AAGAAA----A-A----A-----C-------ATGA---TT------T--C--ATACT-A---TTGAT---TGTAA--A----AATTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AATTTGAAAATCGTTTATC--G--
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gi|12                         :                       aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGATA--GTG---TT------------------AG-----ATA-T----GA-A------AT-A---A--T---G----T-------------------------A--CTT------T----CAAAAG----A-A----AT----A-------A--A---TCTATTTAT--CTAAAACT-A---ATGAT---TGTAG--A----AATGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAG---AGCAATTATC--G--cttcattgttatgaatcatcggaaatc
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gi|14                         :                                                         A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA---TGTGAGATC-TGA--------------A------ATATTTTTAAA-A------AA-A---A--T-------------------------------AA-A-----A-----A----TAAAAA----A-A----A-----ACACCT--A--A---TT------T--C--AA---------CAAT---CGTAG--A----TATAACAACCTATGA
gi|15                         :                                                                  ttgtgtcaacccTCAATAATG-GA-----A--TACACTTG----TGTTA--T---T-G----ATAATCAAT----A----GTACAA--TTGG-TTTGATGATGCCAGGTT-------------------------------------------------------------------CC----------------CAA-A--TTTG-----T-------AAG----A-A----A-----A-------A--G-----------------AAACT-A---TTGAC---TGTAG--A----AATCACAACTGATGATT----TTAT-TT-C---A-AGCTC-----AAACTG---TTCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCATCGGAAaactgagctcagttttctttca
gi|16                         :                                                                                                                                                      tt--TCAG-TTTGATATTG-GGGGCT-TTG--------------AA-----ATATT----AA-A------AA-A---G--T---TCTTTTC--CA----------------CAA-AGATTTA-----T----AAGAAT----A-C----A-----ACAT----A--A---TT------T--C--AAACTTAGTCTTAATGGATGTGG--A----AAATCCAACCAATGATTG-C-TT-T-T------A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATT--G-------TTA--TAATCAAcatt
gi|17                         :                                     AGTGTCGGGAAT-G-G---GA--GGTAAATTACTT-ACT-ATCGATAATC-GGGACTGA--TACACTCA----AGTAG--C---T-G----ATTAT-GAT----A------ACAAATTCAG-ATTGATATCGTGTGATT-TGA--------------AAT----ATCTT----AAGA------AT---------------------CG----------------CAATA--TATG-----T----T-AATA----A-C----C-----C-------A--A---TT------T--C--AAAAT-A---TCGAT---TGTAG--A----AActttgaaacatcactc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ct---TT------T--T--AAA-T-A---TCAAA---AGTAG--C----ATTCACATCTGATGAT-G-C-TT-T-TT-C---A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATTGAG--T-A--T----TGACCAATCAaca
gi|19                         :  tgataatctcatgtactcaaatttgcaagattttttGTGTTGGGAATTA-C---AA---ATAAATC---T-ACT-ATTGATACAC-CG-----A--TACACCCA----AACAT--C---T-G----TTTATCTAC----ATACGATACAA--TCAA-TTTCATATTGTGAGATT-TTA--------------aggaaacatca
gi|2                          :                                                     ---GA--GATAAATT---T-ACT-CTCGAGAATCAGG-----G--TGCATACA----AGTAAA-C---A-G----ATTATT-ATTA--A----GTACCT--TCTG-TTTGA-GTTGTGATATT------------------AGCA---ATATT----AA-A------AA-A---A--AAAAT----TC--TC----------------TAA-A--ATTA-----A----TAAGGA----A-A----ACC---AT------G--A---TT------T--T--AAACT-A---TTGAT---CGTAG--A----AAACACAAATAAGGATTG-C-TT-T-TT-CAATA-AG--------AAACCA---ATCAACTATC--A----A--TTA--TAATCTTTCATTCGAAgaaagaaaaaaatgaaac
gi|20                         : tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGATATCGCGGTATT-catca
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actgTAG--A----AATTACAGCCAATG-TTG-G-TT-T-TAAC---A-AGCTT-----TGACTG---ATCAATTATC--A----A--TTA--TAATTGATCAT
gi|22                         :                                                     ---GA--TATAAATT---T-ACT-TTTGATAATC-AG-----A--TATGTTTA----TGTAA--G---T-G----ATTATtaaaatgtcattaactata
gi|23                         :                 atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tgtgtttttgtcagggtcc--AAACT-A---TTAAT---TGTAG--A----AATCTCACTTGATGATTA-T-TT-TGTT-C---A-AGCTT-----A-----------AATTATC-----T-A--TCA--TAATGGATTA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --AAATT-A---TAGAT---TGTAG--A----AATCATAACTGATGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggcctgcatcatgcgaagaaatttgaggtaaagATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----TAACTT---ATGAGTTATC--AATT-ACTTTA--CAAACGATTATC
gi|27                         :                                     AGTGTTGGGAATCA-----GA--GATAAACT---T-ACT-GGTAATAATT-GG-----A--TACACatag
gi|3                          :                                atgttAGTGTTGGAAATCAGA---GATAAATAAATT---T-ACC-ATTGATAATG-GC-----A--TATACTAC----AGTAA--C---T-G----ACTATGGAT----G----GTAC-A--TC----TTGTTATT-TAAGATA-TTAATATAAAATATACCAGT----ATATT----CA-A------AT-ATTTT--T---T----TT--TC----------------CAA-A--TTT------T----TAAAAA----A-A----ACACACA-------A--A-----------------AAAC------CTGATC--TATAGTTA----TCTGTTAATGAATGACTG-T-GT-T-TT-T---A-AGATT-----AAACCA---ATCAGCTATT--G----A--ATA--TAATTAATCATC
gi|4                          :                                 cagcAGTGATGGAAATCA-G---G-----TAAGTA---T-ACT-ATTAGTAATC-GG-----A--AACAATCC----AGTCA--C---T-GTCAGATTGTTGGC----C----GTACAA--TCAG-GTTGATATTTTGACATT-TTT--------------AGTACATGTACT----AA-A------AT-A---G--T---TAATTTT--TT----------------CAA-A--CTTA-----C----TAAAAA----ATA----A-----A-------A--A---TC------TATC--AAACT------TGA-----G-AG--GTCTCAATATCAATGGATGGTTG-C-TT-T-TT-C---A-AGTTT-----TAAATG---ATCAGTTATC--A----A--TCAATCAATCAATCAcaaac
gi|5                          :                                     AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGATATAGTGAGATA-TGA--------------A------ATATC----AA-AATATATAT-A---T--T---T----TC--CC----------------CAA-A--ATTA-----C----CGAAAA----A-A----A-----ATCCATCTA--A---TT------T--C--AAACT-A---ATGA-----GCAG--A----AATGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTG---ATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
gi|6                          :                                        cgtaaatgtatat---GA--TATAAAGT---T-ACA-ATCTATAATC-AG-----A--TAAATTCA----AGTAG--C---T-G----AATGGTGAT----T----GTGCAA--TCAG--TTGATATTGTGAT-TT-TTG--------------AA-----ATATT----GC-AT-----AT-A----------------C--TC----------------CAA-A--TGTGTATGTT----TGAAAG----A-A----A-----A-------A--A---C--------------ACCT-T---TTAAG---TGCAGA-A----AATGACAACTGATGATTG-C-CT-T-AT-T---ACAGTTT-----AAACCA---ATCAGTTGTT--G----A--TTA--AAATTGATCATCGGAg
gi|7                          :                                   cgAGTGTTGGGAATTG-A---AA---ATAAAAC---T-ACT-AGCGATGATT-GA-----A--TACGCTCTTGAAAATAA--CCACT-G----ATTATTAATTAATG----ATAAAA--TCCG-TTTGATATTGTGAGGTT-T-----------------G-----A--------AA-A------AT-----------------TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TACAAA----A-A----C-----T-------A--A---TT------T--A--AAACT-T---ATGAT---TGTAG--A----AATTCTAA---ATGA-CG-C-TT-T-TT-C---A-AACTTAAAAAAAATCT---ATCATTGATT--A--TAA--TTA--TAATTGATCATCGGAAgtatcactgacaagtactcatgttaa
gi|8                          :                                  accAGTGTCGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-CCTGATAATG-GG-----A--TACACTCC----AGTAA--T---G-G----ATTGTTGGT----A----GTACAA--TCTG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----AAACT----AA-A------ATCA---G--TC--T----TCTTCT----------------CAA-A--TTTC-----T----TAATAACC--C-A----A-----A-------A--A---TA------T--T--AAACA-C---TCAAT---TTTAG--A----AACGACAATGAATGATTG-G-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTGTC--A--C-A--CTA---AATCGATCATTTGAAct
gi|9                          :                                     AGTGTTGGGAGTCA-----TA--GATACATT---T-ACTTATCAATAATC-AG-----AGATGCACTCC----AGTAA--C---T-G----GTTATCATT----A----ATACAA--TCAG-TTTGA---TGAGAGA-T-TTA--------------AA-----ATATTGAGAAA-A------AA-A---G------A----AA--CC----------------CAA-A--TTTA-----TAAGATAAAAATCTTG-ATTTCA-----A-------C--A---TT------T--C--AAACA-A---TTGAT---TGTAT--A----AATCACAA--AA---------CT-T-TC-C---A-TGCTA-----AAACGG---ACCAATTA


blockSeqs                     :                                                   ATCG   TAA       ACT G   T  T       A  GACTG GA       TTGAA     AA CAC A TCAG     AA  ATACGA         AT  T T                 TTAATATAAAATATACCAGTATATTCAAATATTTTTTTTTC                                               T GAT  GTATGTTT         TCTT T AATCCATCT          .  TCTATTTATCTA          TAGTC     GGA     TT TCTC   T    CCG       CC   A G  A AAT T     AAAAA    CA             GAGT    CT   AT
blockSeqs                     :                                                   GA     G         .   .   T  C       .  .     .        A         A  .   . .        CA  TAATGA         .   G .                 TTTAGTACATGTACTAAAATAGTTAATTTTTT                                                        . AT   ATAAGAT          CC   . GTTACCA            .  AGATTTC               A         C       A  .      T    CTG       C    . .  . .   C     C        TA             AATT    .    . 
blockSeqs                     :                                                   G      G         .   .   .  T       .  .     .        A         .  .   . .        TG  TAAG           .   G .                 TGAAATATCAAAATATATATATTTTCCC                                                            . T    ATAT             .    . AACACCT            .  TCTATC                A         .       .  .      G    CCA       G    . .  . .   .     .        AG             ATA     .    . 
blockSeqs                     :                                                   C      G         .   .   .  A       .  .     .        G         .  .   . .        TG  TAAG           .   A .                 ATTAAAATATTAAAGAGTTCCTTTCCC                                                             . C    ATT              .    . ACACACA            .  TTTC                  A         .       .  .      A    TCA       C    . .  . .   .     .        TG             TT      .    . 
blockSeqs                     :                                                   G      G         .   .   .  C       .  .     .        G         .  .   . .        CA  AG             .   A .                 TTGAAATATTAAAAAAGTTCTTTTCCA                                                             . T    AAT              .    . TTTCAA             .  TTTC                  A         .       .  .      A    CCT       C    . .  . .   .     .        TG             AT      .    . 
blockSeqs                     :                                                   A      G         .   .   .  C       .  .     .        G         .  .   . .        CA  AA             .   G .                 TTAAGAAACTAAAATCAGTCTTCTTCT                                                             . T    ATA              .    . CCCAA              .  TTTC                  A         .       .  .      C    CTG       C    . .  . .   .     .        TG             AC      .    . 
blockSeqs                     :                                                   A      G         .   .   .  T       .  .     .        A         .  .   . .        CT  AA             .   A .                 TTAAAATATTGAGAAAAAAAGAAACC                                                              . A    GTT              .    . AACAT              .  TTTC                  A         .       .  .      T    CCA       G    . .  . .   .     .        TG             G       .    . 
blockSeqs                     :                                                   A      T         .   .   .  C       .  .     .        A         .  .   . .        CA  AT             .   A .                 TTAAAATACTGAAATAAAATTGCTT                                                               . T    AAT              .    . ACCAT              .  TTTT                  A         .       .  .      C    CTG       T    . .  . .   .     .        CA             A       .    . 
blockSeqs                     :                                                   .      G         .   .   .  T       .  .     .        A         .  .   . .        CA  TA             .   A .                 AGCAATATTAAAAAAAAAAATTCTC                                                               . C    ACT              .    . ATA                .  TTTT                  A         .       .  .      C    ATA       C    . .  . .   .     .        TG             G       .    . 
blockSeqs                     :                                                   .      G         .   .   .  T       .  .     .        C         .  .   . .        GG  AG             .   T .                 TGAAATATTTTTAAAAAAAAT                                                                   . A    ACC              .    . AA                 .  TTTC                  A         .       .  .      T    CCA       T    . .  . .   .     .        TT             A       .    . 
blockSeqs                     :                                                   .      G         .   .   .  T       .  .     .        A         .  .   . .        TG  AG             .   G .                 TTGAAATATTGCATATACTC                                                                    . T    ATT              .    . AA                 .  TTTA                  A         .       .  .      C    TTG       C    . .  . .   .     .        CA             A       .    . 
blockSeqs                     :                                                   .      T         .   .   .  T       .  .     .        A         .  .   . .        TG  AT             .   A .                 TGAAATATCTTAAGAATCG                                                                     . T    CTT              .    . CC                 .  TATT                  T         .       .  .      C    CTG       C    . .  . .   .     .        TG             T       .    . 
blockSeqs                     :                                                          G         .   .   .  T       .  .     .        C         .  .   . .        TG  GG             .   A .                 AGATATGAAATAATGT                                                                        . T    AT               .    . AA                 .  TTTC                  T         .       .  .      G    TGA       C    . .  . .   .     .        TG             G       .    . 
blockSeqs                     :                                                          G         .   .   .  T       .  .     .        C         .  .   . .        TA  CG             .   A .                 TTTATGAAAATA                                                                            . T    TC               .    . AA                 .  TTC                   C         .       .  .      A    TGG       G    . .  . .   .     .        CA             A       .    . 
blockSeqs                     :                                                          .         .   .   .  C       .  .     .        A         .  .   . .        TG  TG             .   A .                 TGAAAAATTCCC                                                                            . .    GT               .    . CT                 .  C                     A         .       .  .      G    CCC       .    . .  . .   .     .        CT             G       .    . 
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finalCons                     :                                     AGTGTTGGGAATCAA----GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGATAG--------TACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----ATATT----AA-A------AT-A---G--T---T----TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TAAAAA----A-A----A-----A-------A--A---TT------T--C--AAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AATNACAACCGATGATTGC--TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA





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lowQualScore                  :                                                   33333  111       999 2   4  8       0  00000 88       55555     00 777 1 2222     55  6666666666     88  8 0                 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   4 222  555555555555     2222 4 555555555555555555 22 88888888888888888     66666     555     55 0000   0    111       999  1 1  1 777 2     44444    22222          4444444 44   44    1           
consensus                     :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----ATATT----AA-A------AT-A---G--T---T----TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TAAAAA----A-A----A-----A-------A--A---TT------T--C--AAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AATNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
Reference ( family-531 )      :                                     AGTGTTGGGAATCA-A---GA--GATAAATT---T-ACT-ATCGATAATC-GG-----A--TACACTCN----AGTAA--C---T-G----ATTATCGAT----A----GTACAA--TCGG-TTTGATATTGTGAGATT-TTA--------------AG-----ATATT----AA-A------AT-A---G--T---T----TC--CC----------------CAA-A--TTTA-----T----TAAAAA----A-A----A-----A-------A--A---TT------T--C--AAACT-A---TTGAT---TGTAG--A----AATNACAACCGATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----AAACCG---ATCAATTATC--G--T-A--TTA--TAATCGATCATCGGAA
gi|1                          :                                        GTTGAGAGCCA-----GA--TATAAATT---T-ACT-ACCGATAATC-AG-----A--TATACTCT----AGTAA--C---T-G----ATAATTGATC---A----AT---A--TCTG-TTTGATATTGTGTGA-T-TTA--------------AA-----ATATT----AA-A------AA-A--------------------CAATGGAGGGGGAGGGGCAA-A--TTAA-----T----AAGAAA----A-A----A-----C-------ATGA---TT------T--C--ATACT-A---TTGAT---TGTAA--A----AATTACAACCAGTGATTA-TACC-T-TT-C---A-AGCTT-----AATTTGAAAATCGTTTATC--G--
gi|10                         :                                                   agtacagacacaattaaagtcactgtcTTGATAATA-GG-----A--CAAACTCA----AATTT--C---C-G----ACTAGAAA-----A----GTAAAG--TCTG-TTTGGTGTTGTGATCAT-TTA--------------AA-----ATACT----GA-A------AT-A---AAAT---T----GC--TT----------------CAA-AA-TTTA-----TA---TGAAAG----A-A----A-----A-------A--AAGATT------T--C--AAATT-----TTACT---TATAG--A----AATTACAACCGATGATTACC-TC-C-CT-C---ATA--TT-----AAACCA---ATCAACCATT--G----A--T---------GATTATTGGAAgaacatcactacagtcacatggtattcatttgtaat
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gi|12                         :                       aatttaccattgatAGTGTTGGTTATCA-ATCGGG--GAATAATT---T-TCT-ATCAATAA-C-AG--------TACTTTCA----AGTAA--C---T-G----ATTATTGAT----A----ATACAA--TGGG-TTTGATA--GTG---TT------------------AG-----ATA-T----GA-A------AT-A---A--T---G----T-------------------------A--CTT------T----CAAAAG----A-A----AT----A-------A--A---TCTATTTAT--CTAAAACT-A---ATGAT---TGTAG--A----AATGACCACCAGTGAT-----TT-T-TT-C---A-AGGTTC----AAACAG---AGCAATTATC--G--cttcattgttatgaatcatcggaaatc
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gi|14                         :                                                         A--GATAAATT---T-AAT-ATAGATAATC-AG-----A--CATGCTTG----AGTAA--C---T-A----ATTATCAAT----T----ATACAA--TCAGTTTTGA---TGTGAGATC-TGA--------------A------ATATTTTTAAA-A------AA-A---A--T-------------------------------AA-A-----A-----A----TAAAAA----A-A----A-----ACACCT--A--A---TT------T--C--AA---------CAAT---CGTAG--A----TATAACAACCTATGA
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gi|16                         :                                                                                                                                                      tt--TCAG-TTTGATATTG-GGGGCT-TTG--------------AA-----ATATT----AA-A------AA-A---G--T---TCTTTTC--CA----------------CAA-AGATTTA-----T----AAGAAT----A-C----A-----ACAT----A--A---TT------T--C--AAACTTAGTCTTAATGGATGTGG--A----AAATCCAACCAATGATTG-C-TT-T-T------A-AGCCT-----AAACTG---ATCAATTATT--G-------TTA--TAATCAAcatt
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gi|20                         : tacatgtgggacaaaactaattcagtaactagaattgGTGATGGGAA------------GATAA-TT---T-ACTTAT-GATATTT-GG-----A--TACACTCC----AAAAAAAC---T-G----ATTATCAAT----A----GTACAA--CTGG-TTTGATATCGCGGTATT-catca
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gi|23                         :                 atgatgttcagacaagttggtaactgtagtttgtcg---GA--GATGACTT---C-ACT-GTTGCTAATC-AG-----A--TGAACTCA----AGTAA--C---TAA----ATTATCAAT----A----TTACAA--TCAG-TTt
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --AAATT-A---TAGAT---TGTAG--A----AATCATAACTGATGACT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggcctgcatcatgcgaagaaatttgaggtaaagATGATTG-C-TT-T-TT-C---A-AGCTT-----TAACTT---ATGAGTTATC--AATT-ACTTTA--CAAACGATTATC
gi|27                         :                                     AGTGTTGGGAATCA-----GA--GATAAACT---T-ACT-GGTAATAATT-GG-----A--TACACatag
gi|3                          :                                atgttAGTGTTGGAAATCAGA---GATAAATAAATT---T-ACC-ATTGATAATG-GC-----A--TATACTAC----AGTAA--C---T-G----ACTATGGAT----G----GTAC-A--TC----TTGTTATT-TAAGATA-TTAATATAAAATATACCAGT----ATATT----CA-A------AT-ATTTT--T---T----TT--TC----------------CAA-A--TTT------T----TAAAAA----A-A----ACACACA-------A--A-----------------AAAC------CTGATC--TATAGTTA----TCTGTTAATGAATGACTG-T-GT-T-TT-T---A-AGATT-----AAACCA---ATCAGCTATT--G----A--ATA--TAATTAATCATC
gi|4                          :                                 cagcAGTGATGGAAATCA-G---G-----TAAGTA---T-ACT-ATTAGTAATC-GG-----A--AACAATCC----AGTCA--C---T-GTCAGATTGTTGGC----C----GTACAA--TCAG-GTTGATATTTTGACATT-TTT--------------AGTACATGTACT----AA-A------AT-A---G--T---TAATTTT--TT----------------CAA-A--CTTA-----C----TAAAAA----ATA----A-----A-------A--A---TC------TATC--AAACT------TGA-----G-AG--GTCTCAATATCAATGGATGGTTG-C-TT-T-TT-C---A-AGTTT-----TAAATG---ATCAGTTATC--A----A--TCAATCAATCAATCAcaaac
gi|5                          :                                     AGTGTTGCAAATCA-A----A--GATAAATT---T-ACT-ATTGATAATT-GG-----A--TATACTCA----CGTAA--T---G-G----AGTATTGCCTA--A----GCATAA--TCAA-TTTGATATAGTGAGATA-TGA--------------A------ATATC----AA-AATATATAT-A---T--T---T----TC--CC----------------CAA-A--ATTA-----C----CGAAAA----A-A----A-----ATCCATCTA--A---TT------T--C--AAACT-A---ATGA-----GCAG--A----AATGACAACCCACGA----------------------CTT-----GAAGTG---ATCAATTGTC--A--T----TTA--TAACTAACTACTGGAatcatag
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