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Reference ( gi|3 )            :                                                                                                            GCATTGTGCTCTCCACTGTATAATGAATTATGCAAAAAATATATATTGAATTATTATAT-AA--ACCACCTAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTAAAAGTG-AAA-TATTAGAAC-CC-------------------T-------------------GTT-T---TTAA-AT-CTTTTAAGAAAACAAACA--AAAAAATGTATCAAAATAATT-----AA----A--------TATCAA-T-----A---AAT-AT-T---------AATATCA-AT-AAATGTACTGATG-T--AT-----TTGTGTCATTGCTAA-GTTTA-GTTTGT---CTAATA--------TT-T-AA-AATTGT---TGAAATGTTT--ATGCGCA----CAC---AAGC--CCATGTGAGCTTT--GGTATACTTGTT-GTATATTGATCATATGCACT-TAATTGTCATTATGTAT-AT-TATTTGTGTTGCCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATAGTTCAGACTGATCCAAAGGCATT-----ATA-AATAAAC
gi|2                          :                                                                                                            GCATTATGTTGTTCACTGTATAATGAACAA-AAAAGAAATATATATCGTATTATTATAT-AC--ACAA---AAATATATGCCCATGTTTATTCAGTTGGCTAAAAGTG-AG---ACTGTAACAGC-------------------T-------------------GTA-T---TT-A-AC-CT------AAAATAAAC
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gi|1                          :                                                                                atggattagaaattgattttactaacggcgatgcagagcttgcaatgattttgaggatgaataacatttcatATTGAATAACTGTATTAACCACCACCAAAGTAT--GC--AA--TTATTCAATTAGTTAAAAGTA-AAAGTGTTAGAAC-TT-------------------TACTTAAATGAAATGTTTACGTT-TG--TTAA-AT-ATTTTAAGAAAGTAA-CA--AACAAATATATAAAAATAATC-----AA----A--------CTTCTT-T-----CTCCCAT-GT------------ACATTT-AT-AAATGTATAAATGCT--AT-----T-GTGTTAATGTTAT-GTTTG-ATTCAC---CTATTAGTAAAGTGTT-T-GA-ATATGT---TGAAATGTTT--ATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTTGGCTTT--GGTATATTTGTT-GTAGATGGATTACGTACACT-TAGCTACCGTTATGTGT-AA-TAATTGTGTAGTCGTGTATATTACCTTTAATATGCTACATGTAAGCCTCATGGATCACACTGATTC-GAGGCATTGTATAATA-AATAAAC
gi|4                          :                                 tgtcatcacataggttagaagttgaatgtttgtagatggtcacgaaatacaattgattttgttgacagaagacacaaacatttaaaatgtataagaagattaatacaatatcgtacaactttgtccTATTATAT-AA---CCACCCAAGTAT--GCTTGAATGTATTTAATTAATTAAAGGTGAAAA-TGTTAAAAC-TCTATTTAGCTTAAGTGTTCAT-------------------GTT-T---TTAA-AT-CTTTTGAGAAAAGAAACG--AAGGAATATATCAAAATAGTT------A----T--------TATTAA-T-----A---TAT-GT-------------------AT-AAATGTACTGA----------------TGTTATTGCTAA-GATCA-GTTCGT------ACA--------TT-TGAA-AATGAT---TATTATTTTT---TGCACA----CAC---AACC--TCATGTGGGCTTT--GGTATCCTCGTT-GTATATTAATCAATTGCACT-TAATAACAGTTACGTATAATATATATATGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCATCATGGATCATACTATTCCGAAGGAATA-----AAC-AATAAAa
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                 ttAAATT-AAG-TGTTA--AC------------------------------------------GTTCT---TTAAGAT-TTTTCAAGAAAAGAAACG--ATGAAATAGATAAAAGTAATA-----AG----A--------T-TCCT-TCTCCCA---TGT-AT-T---------TATATGA-AT-TAA----CTAATG-T--TA-----TTGTATTATTGTAAA-GTTCA-GTTCGC---CTAATG--------TT-T-GA-AAATGT---TGAACTATAT--ATGCACA----CACTGTAAAC--CAATGTGGGCTTT--GTTATA-TTGTT-GTTCATTGAACATAGGCACTAAAACTGCCTTTATGAAT-AG-TAATTATGTTGcacgttttttagtttttc
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               tttgcg---TTAA-ATTCTTTTAAGAAGAGAAACG--AACAAATGCATATAAATGGAT-----AA----ACTTCTTTCTCTCAAGT----------AT-AT-T---------AATAT--------ATGTGTTGATG-T--AG-----GTGTGTTATCGCTA-----TA--TTCGA---CTTATG--------TT-T-GA-AAATGG---TGAAATGTTT--ATGAACATAGTTAC---AAGC--CCATGT
gi|11                         :                                                         gtcgtcacatacattagaaattgaagtttgtaaatggtcataaaatagaattgattttattaacagacgatgcatactttgtaatgcgttagaggatgaatatcgttttgcattatgttgttcactgtataatgaacaaaaaagaaatatatatcgtattattatatacacaaaaatatatgcccatgtttattcagttggctaaaagtgagactgtaacagctgtatttaacctaaaataaacgtcgtgtacagcATGTTTGAAAATG-TT-----GA-------------TAT----T-----A---AGT-TT-T---------AA-ATCA-ATTAAAT---TTTATG-T--AA-----CATTGTCATGACTGATATATA-ATTTATAAAC-AGTA--------TC-A-GA-AACTACATATAAAGCATTTGAATACGCA----T-------GC--CCATGTGGGGTTTTCAGTATATTTGTTTGTACATTGATCTTAATCACT-TAACTGCTGTTATATAT-AA-TAACTGTGTTGTCACATATATTGTagac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTATTGAGATATTT-----AGTATTG--------TATTGA-T-----G---ACTCAT-TTACA-----AATATAA-AT-AATTATATTGATG-T--AA-----ATATGTTATGGATAG-GTTCA-GTTCAA---TCAATA--------TT---AA-AAGTGG---TGAAATGTTT--ATCCACA----CAC---AAGC--GCTTGTG-GCTTT--GATATATTTGTT-GTATATTAAACAAAAGCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAATAATTTCAAAAA----A--------TACCAA-T-----A---ACT-GC-TTTCTTCTCCACTGTTT-AT-AAATATATATATA-T--ATAACAATTGTCTTGTCGTTAG---CTG-GTTCGC---CTAGTG--------TT-C-GA-AAATGT---TGAAATGGTT--ATGAGCA----CCC---AAGCGCCCATGTGGGCTCA--AGTCTATTTGGT-GTACATT------ATGCACT-TAATGGCCATTATGTAT-GA-TAATTGTATTGCCATGTGTATTGTAT------------------GCCCAATGGATCAAACTGACCCGAATGCATT-----ATGCAATAAAC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttgtataatgaattacgtaaacaatttttacctttattcaattagtttaagttCTGATG-T--AA-----TCATGTCATGGTTAG-GTTCT-GTTCGC---CTAATG--------TT-T-GACAATT-T---TGAAATGTTT--ATGCACA----CAT---AAAC--CCATGTTAATGTT--TGTATATTAGTT-GTGCATTGTTCAGATGCACT-TACATGCCGTTATGCAT-AC-TAACTGTGTTGTC----GTGTTGTATTGAACATGT------TAAGCCTCATGGACAATACTGATCGAAAGATATT-----CTACAACAAAa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-ATTTATACTTGT------ATA--------TTAT-AA-A--TAT------AATGTTT--ATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TTATTGCCTCTATGTAT-A---------------ATGTG-------TTAAATATGT------TAAGCCTCGTGGATCGGACTGATCTGAA-GCTTT-----ATA-AATAAAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtataaaatataaatcatatctgtcattacatcctatgaacattcCTTT--GGTATACTTAT----ACATTGATCATATTCTCC-AAATTACCATTATGTAT-AG-TCATTATGTTGCCATGTGTATTGTATTGGATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGAATGATCCGAAGGCATT-----GTA-AATAAAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gaTTATGCAT-AT-TAATTGTG----------TATTGTATTTGATATAT------TAAGTCCCATCGATGAGACTGATACGAATGCATT-----ATaataa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttttgGTCATGTGAATTGTATTGACTATGT------TATGCCTCATGGATCAAACTGATCCGAAGGCATT-----ATACAATAAACtactatacaacaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TATGT------TACATCTCATGAATCCGACTGATCCGGAGACAAT-----GTACAATACAC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAGCCTCGTGGATCAGACTGATCTGAAGTCATT-----ACG-AAaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTTAGAACTCTATTCAGCTGAAGTGTTTACCTATAAGATTTCACATACTTTGACAAAAGAAATTAAGAAATATATCATAATAATTAAACTTCTTTCTCCCAGGTATATAGATA
Unaligned ( gi|19 ): TCATCACATAGATTAGAAGTTGAAGTTAGTAGATGGTCACGTAATATAATTGATTTTAATAACAGA






Alignments
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Reference ( family-5216 )     :     GCATTATGTTGTCCACTGTATAATGAACAA-AAAAGAAATATATATCGNATTATTATATAAACCA-CC-A----A---GTATGCCCGAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T---TTAA-A-------TCTTTTA-AG---AAA--------ANAAACGAA--GAA---ATGTATNAAAATAGTTAAATNTCNNT-----ANNT---GT--TA-ATA-T-A---A-T-AAATGTACTGATGT--AN---TTGTGTTATCGCT-ANGTTCAGTTCGCCTAA----TA--------TTTGAAANTG-T---TGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|1                          :                                                 ATTGAATAACTGTATTAACCA-CC-ACCAAA---GTATGC---AATT-ATTCAATTAGTTAAAAGTAAAAGTGTTAGAA-CTTTACTTAAATGAAATGTTTAC---------------GTT-TG--TTAA-A-------TATTTTA-AG---AAA--------GT-AACAAA--CAA---ATATATAAAAATAATCAAACTTCTTTCTC--CCAT---GT--AC-AT--T-T---A-T-AAATGTATAAATGC--TA---TTGTGTTAATGTT-ATGTTTGATTCACCTAT----TAGTAAAGTGTTTGAATATG-T---TGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTTGGCTTT--GGTATATTTGTT-GTAGATGGATTACGTACACT-TAGCTACCGTTATGTGTAATA-AT-TGTGTAGTCGTGTATATTACCTTTAATATGCTACATGTAAGCCTCATGGATCACACTGATTCG-AGGCAT------TGTATAATAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                      tgtcatcacataggttagaagttgaatgtttgtagatggtcacgaaatacaattgattttgttgacagaagacacaaacatttaaaatgtataagaagattaatacaatatcgtacaactttgtccAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TTATTGCCTCTATGTATA----------------ATGTG-------TTAAATATGT------TAAGCCTCGTGGATCGGACTGATCTGAA-GCTT------TATA-AATAAACtaaaca
gi|11                         :                                                                                                                                                           gtataaaatataaatcatatctgtcattacatcctatgaacattcaatttatacttgtatattataaatat---ATGTTTGAAAAT-GTTGA-TAT---T-----AAGT---TT--TA-A-A-TCA---A-TTAAAT---TTTATGT--AA---CATTGTCATGACTGATATATAATTTA--TAAACAGTA--------TCAGAAACTA-CATATAAAGCATTT--GAATA----CGC---ATGC--CCATGTGGGGTTTTCAGTATATTTGTTTGTACATTGATCTTAATCACT-TAACTGCTGTTATATATAATA-AC-TGTGTTGTCACATATATTGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                A-ATA-T-A---AAT-AATTATATTGATGT--AA---ATATGTTATGGAT-AGGTTCAGTTCAATCAA----TA--------TT-AAAAGTG-G---TGAAATGTTTATCCACA----CAC---AAGC--GCTTGT-GGCTTT--GATATATTTGTT-GTATATTAAACAAAAGCA
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gi|16                         :       ATTATGTTATCCATTGTATAATGAAaataa
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttttGTCATGTGAATTGTATTGACTATGT------TATGCCTCATGGATCAAACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|2                          :     GCATTATGTTGTTCACTGTATAATGAACAA-AAAAGAAATATATATCGTATTATTATATA---CA-CA-A----AAATATATGCCCATGTTTATTCAGTTGGCTA------AAAGTG---AGACTGTAA-------CAGCTGT-------------------ATT-TAACCTAA-AATAAACGTCGTGTACAGCTTAAATTCTTTTAAGAAGAGAAACGAACAAATGCATATAAATGGATAAACTTCTTT-----CTCTCAAGT-----ATATT-A---A-T-ATATGTGTTGATGT--AG---GTGTGTTATCGCT-AT-----ATTCGACTTA----TG--------TTTGAAAATG-G---TGAAATGTTTATGAACATAGTTAC---AAGC--CCATGTAGAC
gi|20                         : gtcgtcacatacattagaaattgaagtttgtaaatggtcataaaatagaattgattttattaacagacgatgcatactttgtaatgcgttagaggatgaatatcgtttt------AAAGTGG--AAA-TGTTA-------GAACCCT-------------------ATT-TAACTTAA-G-------TGTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttTATGT------TACATCTCATGAATCCGACTGATCCGGAGACAA------TGTACAATACACcacgttttttagtttttc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAGCCTCGTGGATCAGACTGATCTGAAGTCAT------TAaa
gi|3                          :     GCATTGTGCTCTCCACTGTATAATGAATTATGCAAAAAATATATATTGAATTATTATATAAACCA-CCTA----A---GTATGCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TATTA-------GAACCCT-------------------GTT-T---TTAA-A-------TCTTTTA-AG---AAA--------ACAAACAAA--AAA---ATGTATCAAAATAATTAAATATCAAT-----AAAT---AT--TA-ATA-TCA---A-T-AAATGTACTGATGT--AT---TTGTGTCATTGCT-AAGTTTAGTTTGTCTAA----TA--------TTTAAAATTG-T---TGAAATGTTTATGCGCA----CAC---AAGC--CCATGTGAGCTTT--GGTATACTTGTT-GTATATTGATCATATGCACT-TAATTGTCATTATGTATATTA-TT-TGTGTTGCCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATAGTTCAGACTGATCCAAAGGCAT------TATA-AATAAACcgaaaacacattcaacat
gi|4                          :                                                        TATTATAT-AACCACCC-A----A---GTATGCTTGAATGTATTTAATTAATTA------AAGGTGA--AAA-TGTTA-------AAACTCTATTTAGCTTAAGTGTTCATGTT-T---TTAA-A-------TCTTTTG-AG---AAA--------AGAAACGAA--GGA---ATATATCAAAATAGTTA----------------TT---AT--TA-ATA-T-ATGTA-T-AAATGTACTGA-------------TGTTATTGCT-AAGATCAGTTCGT---A----CA--------TTTGAAAATGAT---TATTATTTTT-TGCACA----CAC---AACC--TCATGTGGGCTTT--GGTATCCTCGTT-GTATATTAATCAATTGCACT-TAATAACAGTTACGTATAATATATATATGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCATCATGGATCATACTATTCCGAAGGAA-------TAAACAATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                    -------------------GTT-T---TTAA-T-------TATTTTA-AG---AAC--------AGACACCAC--GAA---ATATATCAAAATAGATAAACTTCCTT-----CTCT---CTGATACATA-T-A-------AAATGGGCTGGTGTAAAG---TTGTA--AATGCC-ATGTTCAGTTCGCTTAA----AA--------TTTGAATTTG-T---TGACATGTTTGTTCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGATTT--TGTATTCTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATACTA-AT-TGTGTTGCCGTGTGTATATTATTGAATATGT------TAAGCCTCCTGGTTCAGACTGATGCGAAGACAT------TATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                    aaattgttatgacttaatttaacctaaatcgttacT---GT--TT-ATA---A---A-T-ATATATAT--ATAT--AACAATTGTCTTGTCGTT-AGCT--GGTTCGCCTAG----TG--------TTCGAAAATG-T---TGAAATGGTTATGAGCA----CCC---AAGCGCCCATGTGGGCTCA--AGTCTATTTGGT-GTACATT------ATGCACT-TAATGGCCATTATGTATGATA-AT-TGTATTGCCATGTGTATTGTAT------------------GCCCAATGGATCAAACTGACCCGAATGCAT------TATGCAATAAACt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATATAAACCACCCA----AG---TATGCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAATATATNAAAATAGTT-AA-A--CTTC---CTTCNCT---GT--TA-ATA-T-A---A-T-AAATGTACTGATGTAA---TTGT-GTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAA----TA--------TTTGAAANTG-T---TGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
Reference ( family-5216 )     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATATAAACCACC-A----AG---TATGCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAATGTATNAAAATAGTT-AA-A--CNTC---CTTNNNT---GT--TA-ATA-T-A---A-T-AAATGTACTGATGTAA---TTGT-GTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAA----TA--------TTTGAAANTG-T---TGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|1                          :                                                                                 ATTGAATAACTGTATTAACCACC-ACCAAAG---TATGC--AA--TTATTCAATTAGTTAAAAGTAAAAGTGTTAGAA-CTTTACTTAAATGAAATGTTTAC---------------GTT-TG-------------------------TTAA-AT-ATTTTAAGAAA-GTAACAAACAAATATATAAAAATAATC-AA-A--CTTCTTTCTCCCAT---GT--AC-ATT-T-A-----T-AAATGTATAAATGCTA---TTGT-GTTAATGTTATGTTTGATTCACCTAT----TAGTAAAGTGTTTGAATATG-T---TGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTTGGCTTT--GGTATATTTGTT-GTAGATGGATTACGTACACT-TAGCTACCGTTATGTGTAATA-AT-TGTGTAGTCGTGTATATTACCTTTAATATGCTACATGTAAGCCTCATGGATCACACTGATTCG-AGGCAT------TGTATAATAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtcatcacataggttagaagttgaatgtttgtagatggtcacgaaatacaattgattttgttgacagaagacacaaacatttaaaatgtataagaagattaatacaatatcgtacaactttgtccAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TTATTGCCTCTATGTATA----------------ATGTG-------TTAAATATGT------TAAGCCTCGTGGATCGGACTGATCTGAA-GCTT------TATA-AATAAACtaaaca
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gi|3                          :                                     GCATTGTGCTCTCCACTGTATAATGAATTATGCAAAAAATATATATTGAATTATTATATAAACCACCTA----AG---TATGCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TATTA-------GAACCCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAACAAACAAAAAAATGTATCAAAATAATT-AA-A--TATC---AATAAAT---AT--TA-ATA-TCA---A-T-AAATGTACTGATGTAT---TTGT-GTCATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAA----TA--------TTTAAAATTG-T---TGAAATGTTTATGCGCA----CAC---AAGC--CCATGTGAGCTTT--GGTATACTTGTT-GTATATTGATCATATGCACT-TAATTGTCATTATGTATATTA-TT-TGTGTTGCCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATAGTTCAGACTGATCCAAAGGCAT------TATA-AATAAACcgaaaacacattcaacat
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gi|7                          :                                                                                                                  ttgtataatgaattacgtaaacaatttttacctttattcaattagtttaagttaaataatttcaaaaaataccaataactgctttcT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAATGAAGAAATGTATCAAAATAATC-AA-A--TATC---CTTCTC-----C--CAGGTA-T----------AATGTACTGATGTAT---TTGT-ATTATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAA----TA--------TTTAAAATTG-T---TGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATAT-GGCTTA--GGTATTCTTGTT-GTATATTGATTATATGCACT-TAATTGTAGTTATGTATAATA-AT-TGTGTTGTCATGTTTATTGTATTGTATATGT------TAAGCCTCTTAAATCAGACTCATCTGAAGGCAT------TATA-AATAAACa
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consensus                     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATAT-AA--ACCACCNAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAATATATCAAAATAGTTAAA-CTTCCTTCTC---T---GT--TA-A-TA-T-A---A-TAAATGTACTGATGTAA---TTGTGTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAATA--------TTTGAAANTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
Reference ( family-5216 )     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATAT-AA--ACCACCCAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAATATATNAAAATAGTTAAA-CTTCCTTCNC---T---GT--TA-A-TA-T-A---A-TAAATGTACTGATGTAA---TTGTGTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAATA--------TTTGAAANTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|1                          :                                                                                 ATTGAATAACTGTATTAACCACCACCAAAGTAT--GC--AA--TTATTCAATTAGTTAAAAGTAAAAGTGTTAGAA-CTTTACTTAAATGAAATGTTTAC---------------GTT-TG-------------------------TTAA-AT-ATTTTAAGAAA-GTAACAAACAAATATATAAAAATAATCAAA-CTTCTTTCTCCCAT---GT--AC-A-TT-T-A-----TAAATGTATAAATGCTA---TTGTGTTAATGTTATGTTTGATTCACCTATTAGTAAAGTGTTTGAATATG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTTGGCTTT--GGTATATTTGTT-GTAGATGGATTACGTACACT-TAGCTACCGTTATGTGTAATA-AT-TGTGTAGTCGTGTATATTACCTTTAATATGCTACATGTAAGCCTCATGGATCACACTGATTCG-AGGCAT------TGTATAATAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tgtcatcacataggttagaagttgaatgtttgtagatggtcacgaaatacaattgattttgttgacagaagacacaaacatttaaaatgtataagaagattaatacaatatcgtacaactttgtccAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TTATTGCCTCTATGTATA----------------ATGTG-------TTAAATATGT------TAAGCCTCGTGGATCGGACTGATCTGAA-GCTT------TATA-AATAAACtaaaca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtataaaatataaatcatatctgtcattacatcctatgaacattcaatttatacttgtatattataaatatTGAATA----CGC---ATGC--CCATGTGGGGTTTTCAGTATATTTGTTTGTACATTGATCTTAATCACT-TAACTGCTGTTATATATAATA-AC-TGTGTTGTCACATATATTGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                atgtttgaaaatgttgatattaagttttaaatcaattaaattttatgtaacattgtcatgactgatatataatttataaacagtatcagaaactacatataaagcattA-A-TA-T-A---AATAATTATATTGATGTAA---ATATGTTATGGATAGGTTCAGTTCAATCAATA---------TTAAAAGTG-GTGAAATGTTTATCCACA----CAC---AAGC--GCTTGT-GGCTTT--GATATATTTGTT-GTATATTAAACAAAAGCA
gi|13                         :                                                                                                                                                              gtattgagatatttagtattgtattgatgactcatttacaT-T--------------------------TTAA-AT-CCTATAGGAAAATAAACGAAGAAGTATATAAAAAAAGTCAAAACTTCCTTCTC-------GC--AG-A-TG-T-A---C----ATTTACAGATATGT---TTGTGTTATTGCTTTGTTCAGTGCCTCTAATA--------TTTGAAATAG-TTGAAATGTGTATGCACT----CAC---
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tttgcgGACTTT--GGTATACTTAT----ACATTGATCATATTCTCC-AAATTACCATTATGTATAGTC-AT-TATGTTGCCATGTGTATTGTATTGGATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGAATGATCCGAAGGCAT------TGTA-AATAAAC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                      T-T--------------------------TCAC-AT-ACTTTGACAAAAGAAATTAAGAAATATATCATAATAATTAAA-CTTCTTTCTC---aataa
gi|16                         : gttagaactctattcagctgaagtgtttacctataagaATTATGTTATCCATTGTATAATGAAccaggtatatagata
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atggattagaaattgattttactaacggcgatgcagagcttgcaatgattttgaggatgaataacatttcatGTTATGCATATTA-AT-TGTG----------TATTGTATTTGATATAT------TAAGTCCCATCGATGAGACTGATACGAATGCATTATTACTATACAACAAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttttGTCATGTGAATTGTATTGACTATGT------TATGCCTCATGGATCAAACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|2                          :                                     GCATTATGTTGTTCACTGTATAATGAACAA-AAAAGAAATATATATCGTATTATTATAT-A-----CACAAAAATATATGCCCATGTTTATTCAGTTGGCTA------AAAGTG---AGACTGTAA-------CAGCTGT-------------------ATT-TAACCTAAAATAAACGTCGTGTACAGCTTAA-ATTCTTTTAAGAAGAGAAACGAACAAATGCATATAAATGGATAAA-CTTCTTTCTC---TCAAGT-----A-TATT-A---A-TATATGTGTTGATGTAG---GTGTGTTATCGCTAT-----ATTCGACTTATG--------TTTGAAAATG-GTGAAATGTTTATGAACATAGTTAC---AAGC--CCATGTAGAC
gi|20                         :                              gtcgtcacatacattagaaattgaagtttgtaaatggtcataaaatagaattgattttattaacagacgatgcatactttgtaatgcgttagaggatgaatatcgtttt------AAAGTGG--AAA-TGTTA-------GAACCCT-------------------ATT-TAAC-----------------------TTAA-GT-GTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttTATGT------TACATCTCATGAATCCGACTGATCCGGAGACAA------TGTACAATACACcacgttttttagtttttc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAGCCTCGTGGATCAGACTGATCTGAAGTCAT------TAaa
gi|3                          :                                     GCATTGTGCTCTCCACTGTATAATGAATTATGCAAAAAATATATATTGAATTATTATAT-AA--ACCACCTAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TATTA-------GAACCCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAACAAACAAAAAAATGTATCAAAATAATTAAA-TATCAATAAA---T---AT--TA-A-TA-TCA---A-TAAATGTACTGATGTAT---TTGTGTCATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAATA--------TTTAAAATTG-TTGAAATGTTTATGCGCA----CAC---AAGC--CCATGTGAGCTTT--GGTATACTTGTT-GTATATTGATCATATGCACT-TAATTGTCATTATGTATATTA-TT-TGTGTTGCCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATAGTTCAGACTGATCCAAAGGCAT------TATA-AATAAACcgaaaacacattcaacat
gi|4                          :                                                                                        TATTATAT-AA---CCACCCAAGTAT--GCTTGAATGTATTTAATTAATTA------AAGGTG---AAAATGTTA-------AAACTCTATTTAGCTTAAGTGTTCATGTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTGAGAAAAGAAACGAAGGAATATATCAAAATAGTTA------------T---T---AT--TA-A-TA-T-ATGTA-TAAATGTACTGATGT-----------TATTGCTAAGATCAGTTCGT---ACA--------TTTGAAAATGATTATTATTTTT-TGCACA----CAC---AACC--TCATGTGGGCTTT--GGTATCCTCGTT-GTATATTAATCAATTGCACT-TAATAACAGTTACGTATAATATATATATGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCATCATGGATCATACTATTCCGAAGGAA-------TAAACAATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                 -------------------GTT-T--------------------------TTAA-TT-ATTTTAAGAACAGACACCACGAAATATATCAAAATAGATAAA-CTTCCTTCTC---T---CTGATACA-TA-T-A---A---AATGGGCTGGTGTAAAG-TTGTA--AATGCCATGTTCAGTTCGCTTAAAA--------TTTGAATTTG-TTGACATGTTTGTTCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGATTT--TGTATTCTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATACTA-AT-TGTGTTGCCGTGTGTATATTATTGAATATGT------TAAGCCTCCTGGTTCAGACTGATGCGAAGACAT------TATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                     aaattgttatgacttaatttaacctaaatcgttacTTCTCCAC---T---GT--TT-A-TA---A---A-TATATATAT--ATATAACAATTGTCTTGTCGTTAGCT--GGTTCGCCTAGTG--------TTCGAAAATG-TTGAAATGGTTATGAGCA----CCC---AAGCGCCCATGTGGGCTCA--AGTCTATTTGGT-GTACATT------ATGCACT-TAATGGCCATTATGTATGATA-AT-TGTATTGCCATGTGTATTGTAT------------------GCCCAATGGATCAAACTGACCCGAATGCAT------TATGCAATAAACt
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gi|8                          :                                                                                                                                                  AAATT---AAG-TGTTA---------AC----------------------GTTCT--------------------------TTAAGAT-TTTTCAAGAAAAGAAACGATGAAATAGATAAAAGTAAT-AAG-ATTCCTTCTCCCAT---GT-----A-TT-T-AT--A-TGAATTAACTAATGTTA---TTGTATTATTGTAAAGTTCAGTTCGCCTAATG--------TTTGAAAATG-TTGAACTATATATGCACA----CACTGTAAAC--CAATGTGGGCTTT--GTTATA-TTGTT-GTTCATTGAACATAGGCACTAAAACTGCCTTTATGAATAGTA-AT-TATGTTGaata
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Reference ( family-5216 )     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATAT-AA--ACCACCNAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAAT--ATATCAAAATAGTTAAA-CTTCCTTCTC---T---GT--TA-A-TA-T-A---A-TAAATGTACTGATGTAA---TTGTGTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAATA--------TTTGAAANTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|1                          :                                                                                 ATTGAATAACTGTATTAACCACCACCAAAGTAT--GC--AA--TTATTCAATTAGTTAAAAGTAAAAGTGTTAGAA-CTTTACTTAAATGAAATGTTTAC---------------GTT-TG-------------------------TTAA-AT-ATTTTAAGAAA-GTAACAAACAAAT--ATATAAAAATAATCAAA-CTTCTTTCTCCCAT---GT--AC-A-TT-T-A-----TAAATGTATAAATGCTA---TTGTGTTAATGTTATGTTTGATTCACCTATTAGTAAAGTGTTTGAATATG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTTGGCTTT--GGTATATTTGTT-GTAGATGGATTACGTACACT-TAGCTACCGTTATGTGTAATA-AT-TGTGTAGTCGTGTATATTACCTTTAATATGCTACATGTAAGCCTCATGGATCACACTGATTCG-AGGCAT------TGTATAATAAA
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gi|2                          :                                     GCATTATGTTGTTCACTGTATAATGAACAA-AAAAGAAATATATATCGTATTATTATAT-A-----CACAAAAATATATGCCCATGTTTATTCAGTTGGCTA------AAAGTG---AGACTGTAA-------CAGCTGT-------------------ATT-TAACCTAAAATAAACGTCGTGTACAGCTTAA-ATTCTTTTAAGAAGAGAAACGAACAAATGCATAT--AAATGGATAAA-CTTCTTTCTC---TCAAGT-----A-TATT-A---A-TATATGTGTTGATGTAG---GTGTGTTATCGCTAT-----ATTCGACTTATG--------TTTGAAAATG-GTGAAATGTTTATGAACATAGTTAC---AAGC--CCATGTAGAC
gi|20                         :                              gtcgtcacatacattagaaattgaagtttgtaaatggtcataaaatagaattgattttattaacagacgatgcatactttgtaatgcgttagaggatgaatatcgtttt------AAAGTGG--AAA-TGTTA-------GAACCCT-------------------ATT-TAAC-----------------------TTAA-GT-GTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTATGT------TACATCTCATGAATCCGACTGATCCGGAGACAA------TGTACAATACACcacgttttttagtttttc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGCCTCGTGGATCAGACTGATCTGAAGTCAT------TAaa
gi|3                          :                                     GCATTGTGCTCTCCACTGTATAATGAATTATGCAAAAAATATATATTGAATTATTATAT-AA--ACCACCTAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TATTA-------GAACCCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAACAAACAAAAAAAT--GTATCAAAATAATTAAA-TATCAATAAA---T---AT--TA-A-TA-TCA---A-TAAATGTACTGATGTAT---TTGTGTCATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAATA--------TTTAAAATTG-TTGAAATGTTTATGCGCA----CAC---AAGC--CCATGTGAGCTTT--GGTATACTTGTT-GTATATTGATCATATGCACT-TAATTGTCATTATGTATATTA-TT-TGTGTTGCCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATAGTTCAGACTGATCCAAAGGCAT------TATA-AATAAACcgaaaacacattcaacat
gi|4                          :                                                                                        TATTATAT-AA---CCACCCAAGTAT--GCTTGAATGTATTTAATTAATTA------AAGGTG---AAAATGTTA-------AAACTCTATTTAGCTTAAGTGTTCATGTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTGAGAAAAGAAACGAAGGAAT--ATATCAAAATAGTTA------------T---T---AT--TA-A-TA-T-ATGTA-TAAATGTACTGATGT-----------TATTGCTAAGATCAGTTCGT---ACA--------TTTGAAAATGATTATTATTTTT-TGCACA----CAC---AACC--TCATGTGGGCTTT--GGTATCCTCGTT-GTATATTAATCAATTGCACT-TAATAACAGTTACGTATAATATATATATGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCATCATGGATCATACTATTCCGAAGGAA-------TAAACAATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                 -------------------GTT-T--------------------------TTAA-TT-ATTTTAAGAACAGACACCACGAAAT--ATATCAAAATAGATAAA-CTTCCTTCTC---T---CTGATACA-TA-T-A---A---AATGGGCTGGTGTAAAG-TTGTA--AATGCCATGTTCAGTTCGCTTAAAA--------TTTGAATTTG-TTGACATGTTTGTTCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGATTT--TGTATTCTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATACTA-AT-TGTGTTGCCGTGTGTATATTATTGAATATGT------TAAGCCTCCTGGTTCAGACTGATGCGAAGACAT------TATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                             aaattgttatgacttaatttaacctaaatcgttacAAAA--ATACCAA--TAACTG---CTTTCTTCTCCACT---GT--TT-A-TA---A---A-TATATATAT--ATATAACAATTGTCTTGTCGTTAGCT--GGTTCGCCTAGTG--------TTCGAAAATG-TTGAAATGGTTATGAGCA----CCC---AAGCGCCCATGTGGGCTCA--AGTCTATTTGGT-GTACATT------ATGCACT-TAATGGCCATTATGTATGATA-AT-TGTATTGCCATGTGTATTGTAT------------------GCCCAATGGATCAAACTGACCCGAATGCAT------TATGCAATAAACt
gi|7                          :                                                                                                                                      ttgtataatgaattacgtaaacaatttttacctttattcaattagtttaagttaaataatttcaT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAATGAAGAAAT--GTATCAAAATAATCAAA-TATCCTTCTC---C-------CA-GGTA-T-A---A-T----GTACTGATGTAT---TTGTATTATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAATA--------TTTAAAATTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATATGG-CTTA--GGTATTCTTGTT-GTATATTGATTATATGCACT-TAATTGTAGTTATGTATAATA-AT-TGTGTTGTCATGTTTATTGTATTGTATATGT------TAAGCCTCTTAAATCAGACTCATCTGAAGGCAT------TATA-AATAAACa
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggtgaaaatgctataactctatctCTGATGTAA---TCATGTCATGGTTAGGTTCTGTTCGCCTAATG--------TTTGACAATT-TTGAAATGTTTATGCACA----CAT---AAAC--CCATGTTAATGTT--TGTATATTAGTT-GTGCATTGTTCAGATGCACT-TACATGCCGTTATGCATACTA-AC-TGTGTTGTC----GTGTTGTATTGAACATGT------TAAGCCTCATGGACAATACTGATCGAAAGATAT------TCTACAACAAA
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consensus                     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATAT-AA--ACCACCNAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAAT--ATATCAAAATAATTAAA-CTTCCTTCTC---T---GT--TA-A-TA-T-A---A-TAAATGTACTGATGTAA---TTGTGTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAATA--------TTTGAAANTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
Reference ( family-5216 )     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATAT-AA--ACCACCNAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAAT--ATATCAAAATAATTAAA-CTTCCTTCTC---T---GT--TA-A-TA-T-A---A-TAAATGTACTGATGTAA---TTGTGTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAATA--------TTTGAAANTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|1                          :                                                                                 ATTGAATAACTGTATTAACCACCACCAAAGTAT--GC--AA--TTATTCAATTAGTTAAAAGTAAAAGTGTTAGAA-CTTTACTTAAATGAAATGTTTAC---------------GTT-TG-------------------------TTAA-AT-ATTTTAAGAAA-GTAACAAACAAAT--ATATAAAAATAATCAAA-CTTCTTTCTCCCAT---GT--AC-A-TT-T-A-----TAAATGTATAAATGCTA---TTGTGTTAATGTTATGTTTGATTCACCTATTAGTAAAGTGTTTGAATATG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTTGGCTTT--GGTATATTTGTT-GTAGATGGATTACGTACACT-TAGCTACCGTTATGTGTAATA-AT-TGTGTAGTCGTGTATATTACCTTTAATATGCTACATGTAAGCCTCATGGATCACACTGATTCG-AGGCAT------TGTATAATAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtcatcacataggttagaagttgaatgtttgtagatggtcacgaaatacaattgattttgttgacagaagacacaaacatttaaaatgtataagaagattaatacaatatcgtacaactttgtccAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TTATTGCCTCTATGTATA----------------ATGTG-------TTAAATATGT------TAAGCCTCGTGGATCGGACTGATCTGAA-GCTT------TATA-AATAAACtaaaca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtataaaatataaatcatatctgtcattacatcctatgaacattcaatttatacttgtatattataaatatTGAATA----CGC---ATGC--CCATGTGGGGTTTTCAGTATATTTGTTTGTACATTGATCTTAATCACT-TAACTGCTGTTATATATAATA-AC-TGTGTTGTCACATATATTGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                  atgtttgaaaatgttgatattaagttttaaatcaattaaattttatgtaacattgtcatgactgatatataatttataaacagtatcagaaactacatataaagcattA-A-TA-T-A---AATAATTATATTGATGTAA---ATATGTTATGGATAGGTTCAGTTCAATCAATA--------TT-AAAAGTG-GTGAAATGTTTATCCACA----CAC---AAGC--GCTTGT-GGCTTT--GATATATTTGTT-GTATATTAAACAAAAGCA
gi|13                         :                                                                                                                                                              gtattgagatatttagtattgtattgatgactcatttacaT-T--------------------------TTAA-AT-CCTATAGGAAAATAAACGAAGAAGT--ATATAAAAAAAGTCAAAACTTCCTTCTC-------GC--AG-A-TG-T-A---C----ATTTACAGATATGT---TTGTGTTATTGCTTTGTTCAGTGCCTCTAATA--------TTTGAAATAG-TTGAAATGTGTATGCACT----CAC---
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttgcgGACTTT--GGTATACTTAT----ACATTGATCATATTCTCC-AAATTACCATTATGTATAGTC-AT-TATGTTGCCATGTGTATTGTATTGGATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGAATGATCCGAAGGCAT------TGTA-AATAAAC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                      T-T--------------------------TCAC-AT-ACTTTGACAAAAGAAATTAAGAAAT--ATATCATAATAATTAAA-CTTCTTTCTC---aataa
gi|16                         : gttagaactctattcagctgaagtgtttacctataagaATTATGTTATCCATTGTATAATGAAccaggtatatagata
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atggattagaaattgattttactaacggcgatgcagagcttgcaatgattttgaggatgaataacatttcatGTTATGCATATTA-AT-TGTG----------TATTGTATTTGATATAT------TAAGTCCCATCGATGAGACTGATACGAATGCATTATTACTATACAACAAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttttGTCATGTGAATTGTATTGACTATGT------TATGCCTCATGGATCAAACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|2                          :                                     GCATTATGTTGTTCACTGTATAATGAACAA-AAAAGAAATATATATCGTATTATTATAT-A-----CACAAAAATATATGCCCATGTTTATTCAGTTGGCTA------AAAGTG---AGACTGTAA-------CAGCTGT-------------------ATT-TAACCTAAAATAAACGTCGTGTACAGCTTAA-ATTCTTTTAAGAAGAGAAACGAACAAATGCATAT--AAATGGATAAA-CTTCTTTCTC---TCAAGT-----A-TATT-A---A-TATATGTGTTGATGTAG---GTGTGTTATCGCTAT-----ATTCGACTTATG--------TTTGAAAATG-GTGAAATGTTTATGAACATAGTTAC---AAGC--CCATGTAGAC
gi|20                         :                              gtcgtcacatacattagaaattgaagtttgtaaatggtcataaaatagaattgattttattaacagacgatgcatactttgtaatgcgttagaggatgaatatcgtttt------AAAGTGG--AAA-TGTTA-------GAACCCT-------------------ATT-TAAC-----------------------TTAA-GT-GTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTATGT------TACATCTCATGAATCCGACTGATCCGGAGACAA------TGTACAATACACcacgttttttagtttttc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGCCTCGTGGATCAGACTGATCTGAAGTCAT------TAaa
gi|3                          :                                     GCATTGTGCTCTCCACTGTATAATGAATTATGCAAAAAATATATATTGAATTATTATAT-AA--ACCACCTAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TATTA-------GAACCCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAACAAACAAAAAAAT--GTATCAAAATAATTAAA-TATCAATAAA---T---AT--TA-A-TA-TCA---A-TAAATGTACTGATGTAT---TTGTGTCATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAATA--------TTTAAAATTG-TTGAAATGTTTATGCGCA----CAC---AAGC--CCATGTGAGCTTT--GGTATACTTGTT-GTATATTGATCATATGCACT-TAATTGTCATTATGTATATTA-TT-TGTGTTGCCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATAGTTCAGACTGATCCAAAGGCAT------TATA-AATAAACcgaaaacacattcaacat
gi|4                          :                                                                                        TATTATAT-AA---CCACCCAAGTAT--GCTTGAATGTATTTAATTAATTA------AAGGTG---AAAATGTTA-------AAACTCTATTTAGCTTAAGTGTTCATGTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTGAGAAAAGAAACGAAGGAAT--ATATCAAAATAGTTA------------T---T---AT--TA-A-TA-T-ATGTA-TAAATGTACTGATGT-----------TATTGCTAAGATCAGTTCGT---ACA--------TTTGAAAATGATTATTATTTTT-TGCACA----CAC---AACC--TCATGTGGGCTTT--GGTATCCTCGTT-GTATATTAATCAATTGCACT-TAATAACAGTTACGTATAATATATATATGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCATCATGGATCATACTATTCCGAAGGAA-------TAAACAATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                 -------------------GTT-T--------------------------TTAA-TT-ATTTTAAGAACAGACACCACGAAAT--ATATCAAAATAGATAAA-CTTCCTTCTC---T---CTGATACA-TA-T-A---A---AATGGGCTGGTGTAAAG-TTGTA--AATGCCATGTTCAGTTCGCTTAAAA--------TTTGAATTTG-TTGACATGTTTGTTCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGATTT--TGTATTCTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATACTA-AT-TGTGTTGCCGTGTGTATATTATTGAATATGT------TAAGCCTCCTGGTTCAGACTGATGCGAAGACAT------TATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                             aaattgttatgacttaatttaacctaaatcgttacAAAA--ATACCAA--TAACTG---CTTTCTTCTCCACT---GT--TT-A-TA---A---A-TATATATAT--ATATAACAATTGTCTTGTCGTTAGCT--GGTTCGCCTAGTG--------TTCGAAAATG-TTGAAATGGTTATGAGCA----CCC---AAGCGCCCATGTGGGCTCA--AGTCTATTTGGT-GTACATT------ATGCACT-TAATGGCCATTATGTATGATA-AT-TGTATTGCCATGTGTATTGTAT------------------GCCCAATGGATCAAACTGACCCGAATGCAT------TATGCAATAAACt
gi|7                          :                                                                                                                                      ttgtataatgaattacgtaaacaatttttacctttattcaattagtttaagttaaataatttcaT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAATGAAGAAAT--GTATCAAAATAATCAAA-TATCCTTCTC---C-------CA-GGTA-T-A---A-T----GTACTGATGTAT---TTGTATTATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAATA--------TTTAAAATTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATATGG-CTTA--GGTATTCTTGTT-GTATATTGATTATATGCACT-TAATTGTAGTTATGTATAATA-AT-TGTGTTGTCATGTTTATTGTATTGTATATGT------TAAGCCTCTTAAATCAGACTCATCTGAAGGCAT------TATA-AATAAACa
gi|8                          :                                                                                                                                                  AAATT---AAG-TGTTA---------AC----------------------GTTCT--------------------------TTAAGAT-TTTTCAAGAAAAGAAACGATGAAAT--AGATAAAAGTAAT-AAG-ATTCCTTCTCCCAT---GT-----A-TT-T-AT--A-TGAATTAACTAATGTTA---TTGTATTATTGTAAAGTTCAGTTCGCCTAATG--------TTTGAAAATG-TTGAACTATATATGCACA----CACTGTAAAC--CAATGTGGGCTTT--GTTATA-TTGTT-GTTCATTGAACATAGGCACTAAAACTGCCTTTATGAATAGTA-AT-TATGTTGaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggtgaaaatgctataactctatctCTGATGTAA---TCATGTCATGGTTAGGTTCTGTTCGCCTAATG--------TTTGACAATT-TTGAAATGTTTATGCACA----CAT---AAAC--CCATGTTAATGTT--TGTATATTAGTT-GTGCATTGTTCAGATGCACT-TACATGCCGTTATGCATACTA-AC-TGTGTTGTC----GTGTTGTATTGAACATGT------TAAGCCTCATGGACAATACTGATCGAAAGATAT------TCTACAACAAA


blockSeqs                     :                                               G                 T T C                          AAA        A      AT  CC  G                .           G     C     CAGCTGTATTTAACCTAAAATAAACGTCGTGTACAGC                               G  TC                        GC    A            A          TCTGATAC       G  T C TGTATAA             AACAA              G                 .              G  A                  TAGT   TGT    GC             TC            T                    A                  A  T  A                               .                                      TATTAC    C
blockSeqs                     :                                               C                                                AA         T      .   TT  G                .           .     A     AAACTCTATTTAGCTTAAGTGTTCATGTTT                                      .  C                         .     C            .          CACTGTTT       .  . . AATAA               AAAG               T                 .              T  .                  .      .      .              .             .                    .                  G  .  .                               .                                      .         C
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Reference ( family-5216 )     :                                     GCATTATGTTNTCCACTGTATAATGAACNATGNAAGAAATATATATCGAATTATTATAT-AA--ACCACCNAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TGTTA-------GAACTCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAACGAAGAAAT--ATATCAAAATAATTAAA-CTTCCTTCTC---T---GT--TA-A-TA-T-A---A-TAAATGTACTGATGTAA---TTGTGTTATTGCTANGTTCAGTTCGCCTAATA--------TTTGAAANTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGCTTT--GGTATACTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATANTA-AT-TGTGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATGGATCAGACTGATCCGAAGGCAT------TATACAATAAAC
gi|1                          :                                                                                 ATTGAATAACTGTATTAACCACCACCAAAGTAT--GC--AA--TTATTCAATTAGTTAAAAGTAAAAGTGTTAGAA-CTTTACTTAAATGAAATGTTTAC---------------GTT-TG-------------------------TTAA-AT-ATTTTAAGAAA-GTAACAAACAAAT--ATATAAAAATAATCAAA-CTTCTTTCTCCCAT---GT--AC-A-TT-T-A-----TAAATGTATAAATGCTA---TTGTGTTAATGTTATGTTTGATTCACCTATTAGTAAAGTGTTTGAATATG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATGTTGGCTTT--GGTATATTTGTT-GTAGATGGATTACGTACACT-TAGCTACCGTTATGTGTAATA-AT-TGTGTAGTCGTGTATATTACCTTTAATATGCTACATGTAAGCCTCATGGATCACACTGATTCG-AGGCAT------TGTATAATAAA
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gi|2                          :                                     GCATTATGTTGTTCACTGTATAATGAACAA-AAAAGAAATATATATCGTATTATTATAT-A-----CACAAAAATATATGCCCATGTTTATTCAGTTGGCTA------AAAGTG---AGACTGTAA-------CAGCTGT-------------------ATT-TAACCTAAAATAAACGTCGTGTACAGCTTAA-ATTCTTTTAAGAAGAGAAACGAACAAATGCATAT--AAATGGATAAA-CTTCTTTCTC---TCAAGT-----A-TATT-A---A-TATATGTGTTGATGTAG---GTGTGTTATCGCTAT-----ATTCGACTTATG--------TTTGAAAATG-GTGAAATGTTTATGAACATAGTTAC---AAGC--CCATGTAGAC
gi|20                         :                              gtcgtcacatacattagaaattgaagtttgtaaatggtcataaaatagaattgattttattaacagacgatgcatactttgtaatgcgttagaggatgaatatcgtttt------AAAGTGG--AAA-TGTTA-------GAACCCT-------------------ATT-TAAC-----------------------TTAA-GT-GTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTATGT------TACATCTCATGAATCCGACTGATCCGGAGACAA------TGTACAATACACcacgttttttagtttttc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAGCCTCGTGGATCAGACTGATCTGAAGTCAT------TAaa
gi|3                          :                                     GCATTGTGCTCTCCACTGTATAATGAATTATGCAAAAAATATATATTGAATTATTATAT-AA--ACCACCTAAGTAT--GCTTAAGTTTATTCAATTAGTTA------AAAGTG---AAA-TATTA-------GAACCCT-------------------GTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAACAAACAAAAAAAT--GTATCAAAATAATTAAA-TATCAATAAA---T---AT--TA-A-TA-TCA---A-TAAATGTACTGATGTAT---TTGTGTCATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAATA--------TTTAAAATTG-TTGAAATGTTTATGCGCA----CAC---AAGC--CCATGTGAGCTTT--GGTATACTTGTT-GTATATTGATCATATGCACT-TAATTGTCATTATGTATATTA-TT-TGTGTTGCCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCCTCATAGTTCAGACTGATCCAAAGGCAT------TATA-AATAAACcgaaaacacattcaacat
gi|4                          :                                                                                        TATTATAT-AA---CCACCCAAGTAT--GCTTGAATGTATTTAATTAATTA------AAGGTG---AAAATGTTA-------AAACTCTATTTAGCTTAAGTGTTCATGTT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTGAGAAAAGAAACGAAGGAAT--ATATCAAAATAGTTA------------T---T---AT--TA-A-TA-T-ATGTA-TAAATGTACTGATGT-----------TATTGCTAAGATCAGTTCGT---ACA--------TTTGAAAATGATTATTATTTTT-TGCACA----CAC---AACC--TCATGTGGGCTTT--GGTATCCTCGTT-GTATATTAATCAATTGCACT-TAATAACAGTTACGTATAATATATATATGTTGTCATGTGTATTGTATTGAATATGT------TAAGCATCATGGATCATACTATTCCGAAGGAA-------TAAACAATAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                 -------------------GTT-T--------------------------TTAA-TT-ATTTTAAGAACAGACACCACGAAAT--ATATCAAAATAGATAAA-CTTCCTTCTC---T---CTGATACA-TA-T-A---A---AATGGGCTGGTGTAAAG-TTGTA--AATGCCATGTTCAGTTCGCTTAAAA--------TTTGAATTTG-TTGACATGTTTGTTCACA----CAC---AAGC--CCATGTGGGATTT--TGTATTCTTGTT-GTACATTGATCATATGCACT-TAATTGCCGTTATGTATACTA-AT-TGTGTTGCCGTGTGTATATTATTGAATATGT------TAAGCCTCCTGGTTCAGACTGATGCGAAGACAT------TATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                             aaattgttatgacttaatttaacctaaatcgttacAAAA--ATACCAA--TAACTG---CTTTCTTCTCCACT---GT--TT-A-TA---A---A-TATATATAT--ATATAACAATTGTCTTGTCGTTAGCT--GGTTCGCCTAGTG--------TTCGAAAATG-TTGAAATGGTTATGAGCA----CCC---AAGCGCCCATGTGGGCTCA--AGTCTATTTGGT-GTACATT------ATGCACT-TAATGGCCATTATGTATGATA-AT-TGTATTGCCATGTGTATTGTAT------------------GCCCAATGGATCAAACTGACCCGAATGCAT------TATGCAATAAACt
gi|7                          :                                                                                                                                      ttgtataatgaattacgtaaacaatttttacctttattcaattagtttaagttaaataatttcaT-T--------------------------TTAA-AT-CTTTTAAGAAAAGAAATGAAGAAAT--GTATCAAAATAATCAAA-TATCCTTCTC---C-------CA-GGTA-T-A---A-T----GTACTGATGTAT---TTGTATTATTGCTAAGTTTAGTTTGTCTAATA--------TTTAAAATTG-TTGAAATGTTTATGCACA----CAC---AAGC--CCATATGG-CTTA--GGTATTCTTGTT-GTATATTGATTATATGCACT-TAATTGTAGTTATGTATAATA-AT-TGTGTTGTCATGTTTATTGTATTGTATATGT------TAAGCCTCTTAAATCAGACTCATCTGAAGGCAT------TATA-AATAAACa
gi|8                          :                                                                                                                                                  AAATT---AAG-TGTTA---------AC----------------------GTTCT--------------------------TTAAGAT-TTTTCAAGAAAAGAAACGATGAAAT--AGATAAAAGTAAT-AAG-ATTCCTTCTCCCAT---GT-----A-TT-T-AT--A-TGAATTAACTAATGTTA---TTGTATTATTGTAAAGTTCAGTTCGCCTAATG--------TTTGAAAATG-TTGAACTATATATGCACA----CACTGTAAAC--CAATGTGGGCTTT--GTTATA-TTGTT-GTTCATTGAACATAGGCACTAAAACTGCCTTTATGAATAGTA-AT-TATGTTGaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggtgaaaatgctataactctatctCTGATGTAA---TCATGTCATGGTTAGGTTCTGTTCGCCTAATG--------TTTGACAATT-TTGAAATGTTTATGCACA----CAT---AAAC--CCATGTTAATGTT--TGTATATTAGTT-GTGCATTGTTCAGATGCACT-TACATGCCGTTATGCATACTA-AC-TGTGTTGTC----GTGTTGTATTGAACATGT------TAAGCCTCATGGACAATACTGATCGAAAGATAT------TCTACAACAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCATCACATAGATTAGAAGTTGAAGTTAGTAGATGGTCACGTAATATAATTGATTTTAATAACAGA