lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 5555555555555555555555555555555555555555 222 1111 111 11111 111 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1
lowQualScore : 77777 3 4 3333333333333333333333333333333333333333 5 3 7777 3 55 111 3 4444 000 88888 0 3 111 3 8888 4 8 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 7
lowQualScore : ..... . . ........................................ . . .... . .. ... . .... ... ..... . . ... . .... . . . ..................................................................................................................................................... .. .
lowQualScore : 11111 4 5 9999999999999999999999999999999999999999 9 1 3333 1 77 222 1 2222 444 44444 2 3 555 3 4444 4 3 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 0
consensus : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------AC-T------AT----CAT------GTGAAAAC-TGA--TTTG-AC-TACCN--AT-T--T-CAATAA--TTATGAA-A-TTATTCCA-ATTACTGT--CAAATTTA-ATA---AT-ACAGACTTGGTC------------ANTGT--T--T-T-------CTTATTCAAGTCCAAATNTCA--AGGAA-TG---TTGCTTTGATA---C-NTTTT---GAGAA-AT----------------A----CATAA-----A-----ATAC---------CAG--GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTCAGTATAT
Reference ( gi|5 ) : TATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------AC-T------AT----CGT------GTGAAAAC-TGA--TTTG-AC-TACCG--AT-T--C-CAATAG--TTATGAA-A-GTATTCCA-ATTACTGT--CAAATTTA-ATA---GT-ACAGTCTTGATC------------AGTGT--T--T-T-------CTTATTTCAACCCAAATGCCA--A--AATTG---TTGCTTTGGTT---C-ATTTT---GA----------------------A----CCCAA-----A-----ATGC---------CAG--GTGGCGGGTTAGCTGTACCGTTCAGTATATC
gi|15 : TATACT-----GAACAGAACAGCTAACCAATCATTTGTG---------------AC-A------AT----ATT------GTGAAAAC-TGA--TTGG-A--TACCC--AT-T--A-CAGCGA--TTATGAT-A-TAATTCCA-GTTA
gi|1 : TATACT-----GAACGGAATAGCTAACCCGCCACTTCTG---------------
gi|1 : aTATACT-----AAACGGAACAGCTAACCTGACA--TCTG---------------Atatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|16 : atatactgaacggaatagctaacccgccacttctgtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaacttTATACT-----GAAATTAACGTCTAACCCGGGACTTAGG------------------T-------T----CAT------GTGAAAAT-TGA--AT-G-GT-TTCCA--AT-T--T-CAATAA--TTATGAA-ACAT-TTCCA-ACTATT
gi|8 : TATACT-----TAACGGAACAGCTTACCCGTCACTTa
gi|10 : aTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCCACTGTTagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaaatgtttatcttattcaagtccaaattttaaggaaattgctttgataatttttgagaaaatacataaaaggtcaggtacaaaaaatgtcaggtggcggttaactgttccattcagtat
gi|2 : TATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCAGCACCTTTTcaatttccaatatcttcttcaaaatattgagtagcgttagtgaaatttgtatatgacaataacagataattatgtattgattgattgatttcacatagcgcgattgcggaactctatac
gi|9 : taTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCAAATTGTG------------------T------AT----TAT------AT------------CTTGTAC-T-CAGC-AT-TAAC-AGACAA--TTAT------GTATT--G-AT------------TTTACATA---GCAATATTCTT--CC------------A---T--T--T-T-------TTAAGTTC-----AAATTTCAGGA--AATT----T--CTTTGCTA---C-TTTTT---GAGAAAAT----------------A----CATAA-----ATAAACATGT---------TAT--ATGGTGGGTTAGCCGTTCCGTTCAGtatttccaatatcttcaatacaatatttattaccgttatcaaaatttgtttaggacattaacaggcaattgggtgttgagtttagattgcctaaatgttctaccttactcaagtttccataccaaggaaattgctttgatactttttgagaaaaagaaaatataaattgccagcattgtcaggttgctggttagcggttccggtcagttt
gi|3 : ATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTGT--------------AT-TTCCAAGAT----CTT------CTCCAAAA-TA----TTG-AG-TAGCATTAT-T--T-CAGTAA--TTGTGAA-A-TTATTTTA-ATTACTGT--CATATTTA-ATT---AT-ACAGACTTGCTC------------AATGT--TA-T-TCAAAATGCTTATTCAAGTCCAAATTTCA--AGGAA--A---TTGCTTTGATA---C--TTTT---GAGAACAT----------------G----CATAA-----A-----ATAT---------TAG--GTGGCAGGTTAACTGTTCCGTTCAGTA
gi|8 : ATACT-----GAATGGAACAGTTAA-CCGCCAC--CTG---------------ACAT------TT----TTT------GT---ACC-TGACCTTTT-ATGTATT----T-T--CTCAAAAA--TTATCAA-A-G-----CA-ATTTCCTT--AAAATTT
gi|4 : atatacttaacggaacagcttacccgtcacttagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaaatgtttatcttattcaagtccATACT-----GAACGGAACAGCTAACC----AATTTTG------------------T------ATTTCCCAT------AT----AC-ATA--TTTG-TC-AA--A--ATAT--T-AAATAGCGTTATTAA-------TTTG-ATTACGGC-----ATTTACATACACGT-AT-GTATTGATTTTACATCGTCGAAATGT--TCTT-T-------CTTAGACAAATCCACATATCA--AGGAAATG---AT--TTTGATA---C-TTTTTTCAGA----------------------AAATACATAA-----A-----ATGT---------CAG--GAGACGGATTAGCTGTTCTGCTCAGTTTA
gi|3 : cTACT-----GAACGGAACAGTTAACCTGCCACCT
gi|9 : atactaagcggaactgaacagccaacctgccacgtttgtatttccaagatcttctccaaaatattgagtagcattatttcagtaattgtgaaattattttaattactgtcatatttaattatacagacttgctcaatgttattcaaaatgcttattcaagtccaaatttcaaggaaattgctttgatacttttgagaacatgcataaaatattCT-----GAACGGAACGGCTAACCCACCA
gi|7 : tatactgaacggaacagctaacctgcaaattgtgtattatatcttgtactcagcattaacagacaattatgtattgattttacatagcaatattcttccattttttaagttcaaatttcaggaaatttctttgctactttttgagaaaatacataaataaacatgttataT-----GAAAGAAACAGCTAACTAGCCAATTTTGTATTTCCA-------AT-T------AT----TATATCTTCGTGAAAATATG------G-AG-TAGCGTTAT-T------ATA-----ATGAC-A-TTAACCGACACTAATGTATTGATTTTACATA---AA-ACCGACTTGGTC------------ATTGA--T--G-T-------TCTATT-CAAGTCAAAAGTTA--A--AG--GAAATTGCTTTAGACGAAC-ATT------A----------------------A----T--AA-----A-----ATAT---------CAG--GTGGCGGGTTTGCTATTCTATTCAG
gi|18 : aAGCTAACCTGCCACTTTTGTAATTCCAATATTTGAC-T------GT----CGT------GTGAAAAC-TGA--TTTG-AC-TACCT--AT-T--T-AGATAA--TTATGA
gi|11 : AACCGGCCACTGTTG---------------CC-T------AT----CAA------GTGAAAAC-TTA--TTTA-AC-CACCA--AT-T--T-CAAAAG--TTATGAA-A-TTATTCCA-ATAACTGT--CAAATTTA-ATA---AT-ACATACTTGATC------------ATTGT--T--A-T-------C
gi|12 : AACCCGCCATTTTTT---------------AC-T------AT----CAT------AGGAAAGC-TGA--TTTG-AC-TACCT--AT-T--T-CAATAA--TT-TGAATA---ATTCCA-ATTACTGT--CAAATTCA-ATA---AT-ACAGAC-TGACC------------Ag
gi|17 : C-T------AT----CGT------GTGAA---------TTTG-AC-TACCA--AT-T--T-CAATAA--TTTTGAA-A-TTATTCTC-ATTACTGG--TAAATTAA-ACA---AT-ACAATCTTTGTC------------G---------T-T-------CTTAT
gi|13 : AAAAC-TGA--TTTG-AT-GACCC--AT-T--T-CAATAA--TCATGGA-G-TTATTTTA-ATTACT-T----AGTTTG-GTA---GT-ACAGATTTGGTT------------AATGTTCT--T-T-------CATATTT----CCAAATGCCA--ca
gi|20 : AC-TTA--TTTG-AT-GACCC--AT-T--T-CAATAA--TTATGAC-A-TTAGTCCA-ATTACTGT--CAAA
gi|19 : ACTGT--CAAATTAA-ATA---AT-ACAGACTTGGTC------------ATTGT--T--
gi|8 : a------------AATGT--T--TAT-------CTTATTCAAGTCCAAATTTTA--AGGAA--A---TTGCTTTGATA---A-TTTTT---GAGAAAATACATAAAAGGTCAGGTA----CAAAA-----A-----ATGT---------CAG--GTGGCGG-TTAACTGTTCCATTCAGTATatacaaaatgttctttcttattcaagtccaa
gi|9 : atatacttaacggaacagcttacccgtcacttagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaCA--T--AATTG---T--CT---GTT---A-ATGCT---GA----------------------G----TACAAGATATA-----ATACA--------CAA--TTTGCAGGTTAGCTGTTCCGTTCAGTATA
gi|1 : TGCTTTGATA---CTATTT-----A----------------------A----C--AA-----A-----ATACATAAACTTTCAG--ATGTCAGGTTAGCTGTTCCGTTTAGTATAtattgattttacatagcaatattcttccattttttaagttcaaatttcaggaaatttctttgctactttttgagaaaatacataaataaacatgttatatggtgggttagccgttccgttcag
gi|1 : atatactgaacggaatagctaacccgccacttctgtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgCGA-----A-----ATAC----------AGAAGTGGCGGGTTAGCTATTCCGTTCAGTATAT
gi|8 : C---------TAA--GTGACGGGTAAGCTGTTCCGTTAAGTATATtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|2 : AG--GTG-CTGGTTAGCTTTTCCGTTCAGTATATtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaaatgtttatcttattcaagtccaaattttaaggaaattgctttgataatttttgagaaaatacataaaaggtcaggtacaaaaaatgtcaggtggcggttaactgttccattcagtat
gi|10 : t--GTGGCAGGTTAGCTGTTCCGTTCAGTATAttttatttccaatatcttcaatacaatatttattaccgttatcaaaatttgtttaggacattaacaggcaattgggtgttgagtttagattgcctaaatgttctaccttactcaagtttccataccaaggaaattgctttgatactttttgagaaaaagaaaatataaattgccagcattgtcaggttgctggttagcggttccggtcagttt
gi|15 : GGTTAGCTGTTCTGTTCAGTATAtgttcaatttccaatatcttcttcaaaatattgagtagcgttagtgaaatttgtatatgacaataacagataattatgtattgattgattgatttcacatagcgcgattgcggaactctatac
gi|4 : GGTTAGCTGTTCCGTTCAGTATaatcatttgtgacaatattgtgaaaactgattggatacccattacagcgattatgatataattccagtta
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|14 ): TGAAACTTGATATCATGCATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTGTATTTCCAAGATCTTCTCCAAAATATTGAGTAGCATTA
Unaligned ( gi|21 ): ATAAAATATGAGGTGACCGGTTAACTGTTCTGGCCAGTATTTAG
Alignments
lowQualScore : 11111 4444444444444444444444444 111 1111 333333333333333333333333333 222 11 22222222222 333333333333333333333333333
lowQualScore : 88888 6 3333333333333333333333333 7777 44 999999 7777 0 88888 3 555 2 33 77777 2 555 3 2 111 555 1 6 9999999 44 88888 0000 777777777777777777777777777 44 0 55 1 1 666 3 0 22 666 00000000000 3 44 3 888888888888888888888888888 3 2 77777
lowQualScore : ..... . ......................... .... .. ...... .... . ..... . ... . .. ..... . ... . . ... ... . . ....... .. ..... .... ........................... .. . .. . . ... . . .. ... ........... . .. . ........................... . . .....
lowQualScore : 22222 4 4444444444444444444444444 1111 66 666666 9999 5 11111 5 999 9 99 11111 5 444 1 9 444 888 9 7 0000000 66 33333 9999 999999999999999999999999999 66 7 55 0 4 000 2 8 77 444 66666666666 6 66 3 999999999999999999999999999 1 6 77777
consensus : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----C--GT------GTG---AAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC--AATGT--------------T--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA-TGTTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--AC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
Reference ( family-514 ) : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----C--AT------GTG---AAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC--ANTGT--------------T--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA-TGTTGCTTTGATACNTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--AC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : T---GACG-A-----A-A-TACAG--A-A--------------------------------GTGGCGGGTTAGCTATTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : TATACT-----GAACGGAATAGCTAACCCGCCACTTCTG---------------ggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|1 : aTGCTTTGATACTATTT---AACA-A-----A-A-TACAT--A-AA-----C-------T--TT---------CAG-ATGTCAGGTTAGCTGTTCCGTTT-----AGTATAtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|10 : atatactgaacggaatagctaacccgccacttctgtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCCACTGTT
gi|10 : -TGT--GAAATCAATCA-ATCA-----ATACA--TAATTA------TC----TGT--------------TA-T-T-------G--TCAT----AT--ACAAATTTCACT-AA-CGCTACTC-AATA--TTTT---GA-A-G-----A-A-GATATTGG-AA-----A-------TTGAA---------CAG--TGGCAGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAcaatttccaatatcttcttcaaaatattgagtagcgttagtgaaatttgtatatgacaataacagataattatgtattgattgattgatttcacatagcgcgattgcggaactctatac
gi|11 : AACCGGCCACTGTTG---------------CCT------AT----C--AA------GTG---AAAAC--TTATTTAACCACCA--AT-TTCAAAAG--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATAAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--TACTTG-----ATC--ATTGT--------------T--A-T-------C--tagcgcgattgcggaactctatac
gi|12 : AACCCGCCATTTTTT---------------ACT------AT----C--AT------AGG---AAAGC--TGATTTGACTACCT--AT-TTCAATAA--TT------TG-AATAATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TCA-AT-A-----ATACA--GACTg
gi|13 : ---AAAAC--TGATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TC-----ATGGAGTTATTT---TA-ATTAC-T-T----AGT---TTG-GT-A-----GTACA--GATTTG-----GTT--AATGTTC------------T--T-T-------C--ATATT----T--CCAAATGCCAgacca
gi|14 : ATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTG---------------
gi|14 : tgaaacttgatatcatgcAA-TGCTACTC-AATA-TTTTG---GA-G-A-----AGA-T-CTT--GGAA-----A-------T--AC---------AAACGTGGCAGGTTGGCTGTTCAGTTCCGCTTAGTATtatttccaagatcttctccaaaatattgagtagcatta
gi|15 : tgaaacttgatatcatgcTATACT-----GAACAGAACAGCTAACCAATCATTTGTG---------------ACA------AT----A--TT------GTG---AAAAC--TGATTGGA-TACCC--AT-TACAGCGA--TT-----ATGATATAATTC---CA-GTTAa
gi|16 : TATACT-----GAAATTAACGTCTAACCCGGGACTTAGG-----------------T-------T----C--AT------GTG---AAAAT--TGAAT-GGTTTCCA--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAACATTTC---CA-ACTAT-T
gi|17 : CT------AT----C--GT------GTG---AA--------TTTGACTACCA--AT-TTCAATAA--TT-----TTGAAATTATTC---TC-ATTAC-TGG--TAAAT---TAA-AC-A-----ATACA--ATCTTT-----GTC--G---------------------T-T-------C--TTATa
gi|18 : AGCTAACCTGCCACTTTTGTAATTCCAATATTTGACT------GT----C--GT------GTG---AAAAC--TGATTTGACTACCT--AT-TTAGATAA--TT-----ATGAca
gi|19 : AC-TGT--CAAAT---TAA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC--ATTGTTATACAAAATGTTCT--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAA
gi|2 : aTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCAGCACCTTTTT---------------ATT-------T----CCAAT------ATCTTCAATACAAT-ATTT-ATTACCG--TT-ATCAA-AA--TTTGTTTAGGACATTAA-CAGGCA-ATTGGGTGT--TGAGT---TTA-----------------GATT-------GCCTAAATGT--------------T--C-TAC-----C--TTACTCAAGTTTCCA--TACCAAGGAA--ATTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-AAAAAGA-A-AATAT--A-AA-----T-------T--GCCAGCATTGTCAG-GTTGCTGGTTAGCGGTTCCGGTC-----AGT
gi|20 : taAC--TTATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TT-----ATGACATTAGTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAtt
gi|21 : AT--A-AA-----A-------T--AT---------GAG-GTGACCGGTTAACTGTTCTGGCC-----AGTAT
gi|3 : ATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTGT--------------ATTTCCAAGAT----C--TT------CTC---CAAAA--TA--TTGAGTAGCATTAT-TTCAGTAA--TT-----GTGAAATTATTT---TA-ATTAC-TGT--CATAT---TTA-AT-T-----ATACA--GACTTG-----CTC--AATGT--------------TA-T-TCAAAATGC--TTATTCAAGT--CCAAATTTCAAGGAA--ATTGCTTTGATAC-TTTT---GA-G-A-----ACA-TGCAT--A-AA-----A-------T--AT---------TAG-GTGGCAGGTTAACTGTTCCGTTC-----AGTAttag
gi|4 : ATACT-----GAACGGAACAGCTAACC----AATTTTG-----------------T------ATTTCCC--AT------AT-------AC--ATATTTGTCAA--A--ATATTAAATAGCGTT-----ATTAATTTG---------ATTAC-GGC-----AT---TTACAT-ACACGTATGTATTGATTTTACATCGTCGAAATGT--------------TCTT-T-------C--TTAGACAAAT--CCACATATCAAGGAAATGAT--TTTGATACTTTTTTCAGA---A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--GT---------CAG-GAGACGGATTAGCTGTTCTGCTC-----AGTTTA
gi|5 : cTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----C--GT------GTG---AAAAC--TGATTTGACTACCG--AT-TCCAATAG--TT-----ATGAAAGTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----GTACA--GTCTTG-----ATC--AGTGT--------------T--T-T-------C--TTATTTCAAC--CCAAATGCCAA--AATTGTTGCTTTGGTTCATTTT---GA--------------ACCC--A-AA-----A-------T--GC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTACCGTTC-----AGTATAT
gi|7 : T-----GAAAGAAACAGCTAACTAGCCAATTTTGTATTTCCA-------ATT------AT----T--ATATCTTCGTG---AAAATA-TG----GAGTAGCG-----TT--ATTA--TA-----ATGACATTAACC---GACACTAA-TGTATTGATT---TTACAT-A-----AAACC--GACTTG-----GTC--ATTGA--------------T--G-T-------T--CTATTCAAGT--CAAAAGTTAAAGGAA--ATTGCTTT-AGAC--------GA-A-C-----A-T-TA-AT--A-AA-----A-------T--AT---------CAG-GTGGCGGGTTTGCTATTCTATTC-----AGc
gi|8 : a--AC---------TAA-GTGACGGGTAAGCTGTTCCGTTA-----AGTATAT
gi|8 : -----GTA--AATGT--------------T--TAT-------C--TTATTCAAGT--CCAAATTTTAAGGAA--ATTGCTTTGATAATTTTT---GA-GAA-----A-A-TACAT--A-AA-----AGGTCAGGT--ACAAAAAATGTCAG-GTGGC-GGTTAACTGTTCCATTC-----AGTATcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaaatgtttatcttattcaagtccaaattttaaggaaattgctttgataatttttgagaaaatacataaaaggtcaggtacaaaaaatgtcaggtggcggttaactgttccattcagtat
gi|9 : atatacttaacggaacagcttacccgtcacttagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCAAATTGTG-----------------T------AT----T--AT------AT--------------CTTG--TAC--------TCAGCA---TT-----AACAGA---------CA-ATTA--TGT-----AT---T-G-AT-T-----TTACA------TA-----G-C--AATAT--------------TC-T-T-------CCATTTTTTAAGT--TCAAATTTCAGGAAA-T-TT-CTTTGCTACTTTTT---GA-G-A-----A-AATACAT--A-AATAAACA-------T--GT---------TAT-ATGGTGGGTTAGCCGTTCCGTTC-----AG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111 555555555555555555555555 11111111111111 111 22222222222222222222222222222222 222 22222222222 333333333333333333333333333
lowQualScore : 00000 6 555555555555555555555555 11111111111111 2 0 88888 3 555 2 33 77777 2 555 3 2 111 555 1 6 9999999 44 88888 99999999999999999999999999999999 44 0 55 1 1 666 3 0 88 666 00000000000 3 44 3 888888888888888888888888888 3 2 77777
lowQualScore : ..... . ........................ .............. . . ..... . ... . .. ..... . ... . . ... ... . . ....... .. ..... ................................ .. . .. . . ... . . .. ... ........... . .. . ........................... . . .....
lowQualScore : 00000 5 444444444444444444444444 22222222222222 5 5 11111 5 999 9 99 11111 5 444 1 9 444 888 9 7 0000000 66 33333 88888888888888888888888888888888 66 7 55 0 4 000 2 8 33 444 66666666666 6 66 3 999999999999999999999999999 1 6 77777
consensus : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC------------AATGT--T--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA-TGTTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--AC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
Reference ( family-514 ) : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC------------AATGT--T--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA-TGTTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--AC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : T---GACG-A-----A-A-TACAG--A-A--------------------------------GTGGCGGGTTAGCTATTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : TATACT-----GAACGGAATAGCTAACCCGCCACTTCTG---------------ggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|1 : aTGCTTTGATACTATTT---AACA-A-----A-A-TACAT--A-AA-----C-------T--TT---------CAG-ATGTCAGGTTAGCTGTTCCGTTT-----AGTATAtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|10 : atatactgaacggaatagctaacccgccacttctgtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCCACTGTT
gi|10 : -TGT--GAAATCAATCA-ATCA-----ATACA--TAATTA------TC--------------TGT--TA-T-T-------G--TCAT----AT--ACAAATTTCACT-AA-CGCTACTC-AATA--TTTT---GA-A-G-----A-A-GATATTGG-AA-----A-------TTGAA---------CAG--TGGCAGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAcaatttccaatatcttcttcaaaatattgagtagcgttagtgaaatttgtatatgacaataacagataattatgtattgattgattgatttcacatagcgcgattgcggaactctatac
gi|11 : AACCGGCCACTGTTG---------------CCT------AT----CAA------GTGAAAAC--TTATTTAACCACCA--AT-TTCAAAAG--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATAAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--TACTTG-----ATC------------ATTGT--T--A-T-------C--tagcgcgattgcggaactctatac
gi|12 : AACCCGCCATTTTTT---------------ACT------AT----CAT------AGGAAAGC--TGATTTGACTACCT--AT-TTCAATAA--TT------TG-AATAATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TCA-AT-A-----ATACA--GACTg
gi|13 : AAAAC--TGATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TC-----ATGGAGTTATTT---TA-ATTAC-T-T----AGT---TTG-GT-A-----GTACA--GATTTG-----GTT------------AATGTTCT--T-T-------C--ATATT----T--CCAAATGCCAgacca
gi|14 : AA-TGCTACTC-AATA-TTTTG---GA-G-A-----AGA-T-CTT--GGAA-----A-------T--AC---------AAACGTGGCAGGTTGGCTGTTCAGTTCCGCTTAGTAT
gi|15 : tgaaacttgatatcatgcTATACT-----GAACAGAACAGCTAACCAATCATTTGTG---------------ACA------AT----ATT------GTGAAAAC--TGATTGGA-TACCC--AT-TACAGCGA--TT-----ATGATATAATTC---CA-GTTAa
gi|16 : TATACT-----GAAATTAACGTCTAACCCGGGACTTAGG-----------------T-------T----CAT------GTGAAAAT--TGAAT-GGTTTCCA--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAACATTTC---CA-ACTAT-T
gi|17 : CT------AT----CGT------GTGAA--------TTTGACTACCA--AT-TTCAATAA--TT-----TTGAAATTATTC---TC-ATTAC-TGG--TAAAT---TAA-AC-A-----ATACA--ATCTTT-----GTC------------G---------T-T-------C--TTATa
gi|18 : AGCTAACCTGCCACTTTTGTAATTCCAATATTTGACT------GT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCT--AT-TTAGATAA--TT-----ATGAca
gi|19 : AC-TGT--CAAAT---TAA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTCATTGTTATACAAAATGTTCT--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAA
gi|2 : aTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCAGCACCTTTTT---------------ATTTCCAATAT----C-T-------TCAATACAAT-ATTT-ATTACCG--TT-ATCAA-AA--TTTGTTTAGGACATTAA-CAGGCA-ATTGGGTGT--TGAGT---TTA-----------------GATT-------GCCTA----------AATGT--T--C-TAC-----C--TTACTCAAGTTTCCA--TACCAAGGAA--ATTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-AAAAAGA-A-AATAT--A-AA-----T-------T--GCCAGCATTGTCAG-GTTGCTGGTTAGCGGTTCCGGTC-----AGT
gi|20 : taAC--TTATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TT-----ATGACATTAGTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAtt
gi|21 : AT--A-AA-----A-------T--AT---------GAG-GTGACCGGTTAACTGTTCTGGCC-----AGTAT
gi|3 : ATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTGT--------------ATTTCCAAGAT----CTT------CTCCAAAA--TA--TTGAGTAGCATTAT-TTCAGTAA--TT-----GTGAAATTATTT---TA-ATTAC-TGT--CATAT---TTA-AT-T-----ATACA--GACTTG-----CTC------------AATGT--TA-T-TCAAAATGC--TTATTCAAGT--CCAAATTTCAAGGAA--ATTGCTTTGATAC-TTTT---GA-G-A-----ACA-TGCAT--A-AA-----A-------T--AT---------TAG-GTGGCAGGTTAACTGTTCCGTTC-----AGTAttag
gi|4 : ATACT-----GAACGGAACAGCTAACC----AATTTTG-----------------T------ATTTCCCAT------AT----AC--ATATTTGTCAA--A--ATATTAAATAGCGTT-----ATTAATTTG---------ATTAC-GGC-----AT---TTACAT-ACACGTATGTATTGATTTTACATCGTCGA----------AATGT--TCTT-T-------C--TTAGACAAAT--CCACATATCAAGGAAATGAT--TTTGATACTTTTTTCAGA---A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--GT---------CAG-GAGACGGATTAGCTGTTCTGCTC-----AGTTTA
gi|5 : cTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCG--AT-TCCAATAG--TT-----ATGAAAGTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----GTACA--GTCTTG-----ATC------------AGTGT--T--T-T-------C--TTATTTCAAC--CCAAATGCCAA--AATTGTTGCTTTGGTTCATTTT---GA--------------ACCC--A-AA-----A-------T--GC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTACCGTTC-----AGTATAT
gi|7 : T-----GAAAGAAACAGCTAACTAGCCAATTTTGTATTTCCA-------ATT------AT----TATATCTTCGTGAAAATA-TG----GAGTAGCG-----TT--ATTA--TA-----ATGACATTAACC---GACACTAA-TGTATTGATT---TTACAT-A-----AAACC--GACTTG-----GTC------------ATTGA--T--G-T-------T--CTATTCAAGT--CAAAAGTTAAAGGAA--ATTGCTTT-AGAC--------GA-A-C-----A-T-TA-AT--A-AA-----A-------T--AT---------CAG-GTGGCGGGTTTGCTATTCTATTC-----AGc
gi|8 : a--AC---------TAA-GTGACGGGTAAGCTGTTCCGTTA-----AGTATAT
gi|8 : -----GTA------------AATGT--T--TAT-------C--TTATTCAAGT--CCAAATTTTAAGGAA--ATTGCTTTGATAATTTTT---GA-GAA-----A-A-TACAT--A-AA-----AGGTCAGGT--ACAAAAAATGTCAG-GTGGC-GGTTAACTGTTCCATTC-----AGTATcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaaatgtttatcttattcaagtccaaattttaaggaaattgctttgataatttttgagaaaatacataaaaggtcaggtacaaaaaatgtcaggtggcggttaactgttccattcagtat
gi|9 : atatacttaacggaacagcttacccgtcacttagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCAAATTGTG-----------------T------AT----TAT------AT-----------CTTG--TAC--------TCAGCA---TT-----AACAGA---------CA-ATTA--TGT-----AT---T-G-AT-T-----TTACA------TA-----G-C------------AATAT--TC-T-T-------CCATTTTTTAAGT--TCAAATTTCAGGAAA-T-TT-CTTTGCTACTTTTT---GA-G-A-----A-AATACAT--A-AATAAACA-------T--GT---------TAT-ATGGTGGGTTAGCCGTTCCGTTC-----AG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111 555555555555555555555555 11111111111111 111 22222222222222222222222222222222 222 22222222222 333333333333333333333333333
lowQualScore : 00000 6 555555555555555555555555 11111111111111 2 0 88888 3 555 2 33 77777 2 555 3 2 111 555 1 6 9999999 44 88888 99999999999999999999999999999999 44 0 55 1 1 666 3 0 88 666 00000000000 3 44 3 888888888888888888888888888 3 2 77777
lowQualScore : ..... . ........................ .............. . . ..... . ... . .. ..... . ... . . ... ... . . ....... .. ..... ................................ .. . .. . . ... . . .. ... ........... . .. . ........................... . . .....
lowQualScore : 00000 5 444444444444444444444444 22222222222222 5 5 11111 5 999 9 99 11111 5 444 1 9 444 888 9 7 0000000 66 33333 88888888888888888888888888888888 66 7 55 0 4 000 2 8 33 444 66666666666 6 66 3 999999999999999999999999999 1 6 77777
consensus : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC------------AATGT--T--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA-TGTTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--AC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
Reference ( family-514 ) : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC------------AATGT--T--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA-TGTTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--AC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : T---GACG-A-----A-A-TACAG--A-A--------------------------------GTGGCGGGTTAGCTATTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : TATACT-----GAACGGAATAGCTAACCCGCCACTTCTG---------------ggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|1 : aTGCTTTGATACTATTT---AACA-A-----A-A-TACAT--A-AA-----C-------T--TT---------CAG-ATGTCAGGTTAGCTGTTCCGTTT-----AGTATAtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|10 : atatactgaacggaatagctaacccgccacttctgtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCCACTGTT
gi|10 : -TGT--GAAATCAATCA-ATCA-----ATACA--TAATTA------TC--------------TGT--TA-T-T-------G--TCAT----AT--ACAAATTTCACT-AA-CGCTACTC-AATA--TTTT---GA-A-G-----A-A-GATATTGG-AA-----A-------TTGAA---------CAG--TGGCAGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAcaatttccaatatcttcttcaaaatattgagtagcgttagtgaaatttgtatatgacaataacagataattatgtattgattgattgatttcacatagcgcgattgcggaactctatac
gi|11 : AACCGGCCACTGTTG---------------CCT------AT----CAA------GTGAAAAC--TTATTTAACCACCA--AT-TTCAAAAG--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATAAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--TACTTG-----ATC------------ATTGT--T--A-T-------C--tagcgcgattgcggaactctatac
gi|12 : AACCCGCCATTTTTT---------------ACT------AT----CAT------AGGAAAGC--TGATTTGACTACCT--AT-TTCAATAA--TT------TG-AATAATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TCA-AT-A-----ATACA--GACTg
gi|13 : AAAAC--TGATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TC-----ATGGAGTTATTT---TA-ATTAC-T-T----AGT---TTG-GT-A-----GTACA--GATTTG-----GTT------------AATGTTCT--T-T-------C--ATATT----T--CCAAATGCCAgacca
gi|14 : AA-TGCTACTC-AATA-TTTTG---GA-G-A-----AGA-T-CTT--GGAA-----A-------T--AC---------AAACGTGGCAGGTTGGCTGTTCAGTTCCGCTTAGTAT
gi|15 : tgaaacttgatatcatgcTATACT-----GAACAGAACAGCTAACCAATCATTTGTG---------------ACA------AT----ATT------GTGAAAAC--TGATTGGA-TACCC--AT-TACAGCGA--TT-----ATGATATAATTC---CA-GTTAa
gi|16 : TATACT-----GAAATTAACGTCTAACCCGGGACTTAGG-----------------T-------T----CAT------GTGAAAAT--TGAAT-GGTTTCCA--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAACATTTC---CA-ACTAT-T
gi|17 : CT------AT----CGT------GTGAA--------TTTGACTACCA--AT-TTCAATAA--TT-----TTGAAATTATTC---TC-ATTAC-TGG--TAAAT---TAA-AC-A-----ATACA--ATCTTT-----GTC------------G---------T-T-------C--TTATa
gi|18 : AGCTAACCTGCCACTTTTGTAATTCCAATATTTGACT------GT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCT--AT-TTAGATAA--TT-----ATGAca
gi|19 : AC-TGT--CAAAT---TAA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTCATTGTTATACAAAATGTTCT--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAA
gi|2 : aTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCAGCACCTTTTT---------------ATTTCCAATAT----C-T-------TCAATACAAT-ATTT-ATTACCG--TT-ATCAA-AA--TTTGTTTAGGACATTAA-CAGGCA-ATTGGGTGT--TGAGT---TTA-----------------GATT-------GCCTA----------AATGT--T--C-TAC-----C--TTACTCAAGTTTCCA--TACCAAGGAA--ATTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-AAAAAGA-A-AATAT--A-AA-----T-------T--GCCAGCATTGTCAG-GTTGCTGGTTAGCGGTTCCGGTC-----AGT
gi|20 : taAC--TTATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TT-----ATGACATTAGTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAtt
gi|21 : AT--A-AA-----A-------T--AT---------GAG-GTGACCGGTTAACTGTTCTGGCC-----AGTAT
gi|3 : ATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTGT--------------ATTTCCAAGAT----CTT------CTCCAAAA--TA--TTGAGTAGCATTAT-TTCAGTAA--TT-----GTGAAATTATTT---TA-ATTAC-TGT--CATAT---TTA-AT-T-----ATACA--GACTTG-----CTC------------AATGT--TA-T-TCAAAATGC--TTATTCAAGT--CCAAATTTCAAGGAA--ATTGCTTTGATAC-TTTT---GA-G-A-----ACA-TGCAT--A-AA-----A-------T--AT---------TAG-GTGGCAGGTTAACTGTTCCGTTC-----AGTAttag
gi|4 : ATACT-----GAACGGAACAGCTAACC----AATTTTG-----------------T------ATTTCCCAT------AT----AC--ATATTTGTCAA--A--ATATTAAATAGCGTT-----ATTAATTTG---------ATTAC-GGC-----AT---TTACAT-ACACGTATGTATTGATTTTACATCGTCGA----------AATGT--TCTT-T-------C--TTAGACAAAT--CCACATATCAAGGAAATGAT--TTTGATACTTTTTTCAGA---A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--GT---------CAG-GAGACGGATTAGCTGTTCTGCTC-----AGTTTA
gi|5 : cTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCG--AT-TCCAATAG--TT-----ATGAAAGTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----GTACA--GTCTTG-----ATC------------AGTGT--T--T-T-------C--TTATTTCAAC--CCAAATGCCAA--AATTGTTGCTTTGGTTCATTTT---GA--------------ACCC--A-AA-----A-------T--GC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTACCGTTC-----AGTATAT
gi|7 : T-----GAAAGAAACAGCTAACTAGCCAATTTTGTATTTCCA-------ATT------AT----TATATCTTCGTGAAAATA-TG----GAGTAGCG-----TT--ATTA--TA-----ATGACATTAACC---GACACTAA-TGTATTGATT---TTACAT-A-----AAACC--GACTTG-----GTC------------ATTGA--T--G-T-------T--CTATTCAAGT--CAAAAGTTAAAGGAA--ATTGCTTT-AGAC--------GA-A-C-----A-T-TA-AT--A-AA-----A-------T--AT---------CAG-GTGGCGGGTTTGCTATTCTATTC-----AGc
gi|8 : a--AC---------TAA-GTGACGGGTAAGCTGTTCCGTTA-----AGTATAT
gi|8 : -----GTA------------AATGT--T--TAT-------C--TTATTCAAGT--CCAAATTTTAAGGAA--ATTGCTTTGATAATTTTT---GA-GAA-----A-A-TACAT--A-AA-----AGGTCAGGT--ACAAAAAATGTCAG-GTGGC-GGTTAACTGTTCCATTC-----AGTATcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaaatgtttatcttattcaagtccaaattttaaggaaattgctttgataatttttgagaaaatacataaaaggtcaggtacaaaaaatgtcaggtggcggttaactgttccattcagtat
gi|9 : atatacttaacggaacagcttacccgtcacttagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCAAATTGTG-----------------T------AT----TAT------AT-----------CTTG--TAC--------TCAGCA---TT-----AACAGA---------CA-ATTA--TGT-----AT---T-G-AT-T-----TTACA------TA-----G-C------------AATAT--TC-T-T-------CCATTTTTTAAGT--TCAAATTTCAGGAAA-T-TT-CTTTGCTACTTTTT---GA-G-A-----A-AATACAT--A-AATAAACA-------T--GT---------TAT-ATGGTGGGTTAGCCGTTCCGTTC-----AG
blockSeqs : AAGCG T TAATTCCAATATTTGACT TATATCTTCG G AATA C ATT A CG TGTTT T AGG C G ATT . T C ACACGT TT ACATC ATTGTTATACAAAATGTTCTTT CA TT G G ATG A CT TCA GAAAAAGA A TG G AGGTCAGGTACAAAAAATGT C A CGCTT
blockSeqs : . G TATTTCCAATT TTCCCATA G TGA T T . . . T . . . C . C C A . . AATGTTATTCAAAATG . . A G TTG A CT . CAAA . . . TTGCCAGCATTGT . A .
blockSeqs : . C TATTTCCAAG CATA G TGA T C . . . T . . . C . T . A . . TAAATGTTCTAC . . T G TG G CA . GAAG . . . TAAACATGT . A .
blockSeqs : . A ATTTCCAAT ATTG G TGA C C . . . T . . . T . A . A . . GAAATGTTCTTT . . A G A G AT . GAAC . . . ATTGAA . T .
blockSeqs : . C ACT CATG G TGA C A . . . T . . . C . A . A . . AATGTTCTTT . . G G A G CT . GAAA . . . CTTT . C .
blockSeqs : . T ACA CGTG C TGA T A . . . A . . . T . T . A . . AATGTTTAT . . T A A G T . AGA . . . ATAC . A .
blockSeqs : . A ACT CGTG C TTA T T . . . G . . . C . T . T . . AATATTCTT . . T . A G C . ACA . . . ATAT . G .
blockSeqs : . T T CTTC G ATA G G . . . T . . . C . T . A . . ATTGTTAT . . T T . C . GAA . . . ATAT . G .
blockSeqs : . C T CGTG G TGA C C . . . T . . . C . T . A . . AGTGTTTT . . . . . AA . . . ATGT . G .
blockSeqs : A T TATA . ATG C A . . . A . . . . . T . T . . ATTGATGT . . . . . . ATGC . G .
blockSeqs : T CT . TA G G . . . . . . . . . . . . . . GTT . . . ATAT . G .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : *** A****** AATGTTCTTT********************** A** ATAT***********************
originalCons : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC------------AATGT--T--T-T-------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA-TGTTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AA-----A-------T--AC---------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
finalCons : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-ATA------ATACA--GACTTG-----GTCAATGTTCTTT----------------------C--TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAAA--TTGCTTTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-A-TACAT--A-AAATAT-----------------------CAG-GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111 555555555555555555555555 11111111111111 111 3333333333333333 111111111 22222222222 444444444444444444444
lowQualScore : 66666 5 222222222222222222222222 11111111111111 2 0 88888 3 555 2 33 77777 2 555 3 2 111 555 1 6 9999999 44 88888 1111111111111111 1 333333333 4 0 0 55 1 0 66 55 88 666 44444444444 44 3 000000000000000000000 6666 44 3 88888
lowQualScore : ..... . ........................ .............. . . ..... . ... . .. ..... . ... . . ... ... . . ....... .. ..... ................ . ......... . . . .. . . .. .. .. ... ........... .. . ..................... .... .. . .....
lowQualScore : 77777 3 666666666666666666666666 22222222222222 5 5 11111 5 999 9 99 11111 5 444 1 9 444 888 9 7 0000000 66 33333 2222222222222222 4 222222222 0 7 7 55 0 1 99 55 33 444 33333333333 66 3 888888888888888888888 5555 66 7 33333
consensus : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC------------A---ATGTTCTT-T------C-TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA--ATTGCT--TTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-ATACAT--A-AA----------------A----T--GTCAG--GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
Reference ( family-514 ) : TATACT-----GAACGGAACAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCN--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTC------------A---ATGTTCTT-T------C-TTATTCAAGT--CCAAATNTCAAGGAA--ATTGCT--TTGATACTTTTT---GA-G-A-----A-ATACAT--A-AA----------------A----T--ATCAG--GTGGCGGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : T---GACG-A-----A-ATACAG--A-A--------------------------------GTGGCGGGTTAGCTATTCCGTTC-----AGTATAT
gi|1 : TATACT-----GAACGGAATAGCTAACCCGCCACTTCTG---------------ggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|1 : aTGCT--TTGATACTATTT---AACA-A-----A-ATACAT--A-AA----------------C----T--TTCAG--ATGTCAGGTTAGCTGTTCCGTTT-----AGTATAtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgtgctttgatactatttaacaaaatacataaactttcagatgtcaggttagctgttccgtttagtata
gi|10 : atatactgaacggaatagctaacccgccacttctgtatttcgtcaggatattgagtagcgttatcaaaatgtacatacgacattaacagataagtatatgcatgtattatttttttatattgtctgattgcgaaattatatacaataactcgtgcggttctgtttgatacgaaacgctcttttttgcacgTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCCACTGTT
gi|10 : -TGT--GAAATCAATCA-ATCA-----ATACA--TAATTA------TC-----------------TGTTATTGT------C-ATAT---A-----CAAATTTCACTAAC--GCTACT--C-AATA--TTTT---GA-A-G-----A-AGATATTGG-AA----------------A----TTGAACAG---TGGCAGGTTAGCTGTTCCGTTC-----AGTATAcaatttccaatatcttcttcaaaatattgagtagcgttagtgaaatttgtatatgacaataacagataattatgtattgattgattgatttcacatagcgcgattgcggaactctatac
gi|11 : AACCGGCCACTGTTG---------------CCT------AT----CAA------GTGAAAAC--TTATTTAACCACCA--AT-TTCAAAAG--TT-----ATGAAATTATTC---CA-ATAAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----ATACA--TACTTG-----ATC------------A---TTGTTtagcgcgattgcggaactctatac
gi|12 : AACCCGCCATTTTTT---------------ACT------AT----CAT------AGGAAAGC--TGATTTGACTACCT--AT-TTCAATAA--TT------TG-AATAATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TCA-AT-A-----ATACA--GACTatcg
gi|13 : AAAAC--TGATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TC-----ATGGAGTTATTT---TA-ATTAC-T-T----AGT---TTG-GT-A-----GTACA--GATTTG-----GTT------------A---ATGTTCTT-T------C-ATATT----T--CCAAATGCCAgacca
gi|14 : ATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTG---------------
gi|14 : tgaaacttgatatcatgcTGCTACTCAATA-TTTTG---GA-G-A-----AGAT-CTT--GGAA----------------A----T--A-CAAACGTGGCAGGTTGGCTGTTCAGTTCCGCTTAGTATtatttccaagatcttctccaaaatattgagtagcatta
gi|15 : tgaaacttgatatcatgcTATACT-----GAACAGAACAGCTAACCAATCATTTGTG---------------ACA------AT----ATT------GTGAAAAC--TGATTGGA-TACCC--AT-TACAGCGA--TT-----ATGATATAATTC---CA-GTTAtta
gi|16 : TATACT-----GAAATTAACGTCTAACCCGGGACTTAGG-----------------T-------T----CAT------GTGAAAAT--TGAAT-GGTTTCCA--AT-TTCAATAA--TT-----ATGAAACATTTC---CA-ACTAT-T
gi|17 : CT------AT----CGT------GTGAA--------TTTGACTACCA--AT-TTCAATAA--TT-----TTGAAATTATTC---TC-ATTAC-TGG--TAAAT---TAA-AC-A-----ATACA--ATCTTT-----GTC------------------GTTCTT-a
gi|18 : AGCTAACCTGCCACTTTTGTAATTCCAATATTTGACT------GT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCT--AT-TTAGATAA--TT-----ATGAatca
gi|19 : AC-TGT--CAAAT---TAA-AT-A-----ATACA--GACTTG-----GTCATTGTTATACAAA---ATGTTCTT-T------C-TTATTCAAGT--CCAA
gi|2 : aTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCAGCACCTTTTT---------------ATTTCCAATAT----C-T-------TCAATACAAT-ATTT-ATTACCG--TT-ATCAA-AA--TTTGTTTAGGACATTAA-CAGGCA-ATTGGGTGT--TGAGT---TTA-----------------GATT-------GCCTA----------A---ATGTTCTA-C------C-TTACTCAAGTTTCCA--TACCAAGGAA--ATTGCT--TTGATACTTTTT---GA-G-AAAAAGA-AAATAT--A-AATTGCC-----------AGCATT--GTCAG--GTTGCTGGTTAGCGGTTCCGGTC-----AGT
gi|20 : taAC--TTATTTGATGACCC--AT-TTCAATAA--TT-----ATGACATTAGTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAtt
gi|21 : AT--A-AA----------------A----T--ATGAG--GTGACCGGTTAACTGTTCTGGCC-----AGTAT
gi|3 : ATACTAAGCGGAACTGAACAGCCAACCTGCCACGTTTGT--------------ATTTCCAAGAT----CTT------CTCCAAAA--TA--TTGAGTAGCATTAT-TTCAGTAA--TT-----GTGAAATTATTT---TA-ATTAC-TGT--CATAT---TTA-AT-T-----ATACA--GACTTG-----CTC------------A---ATGTTATT-CAAAATGC-TTATTCAAGT--CCAAATTTCAAGGAA--ATTGCT--TTGATAC-TTTT---GA-G-A-----ACATGCAT--A-AA----------------A----T--ATTAG--GTGGCAGGTTAACTGTTCCGTTC-----AGTAttag
gi|4 : ATACT-----GAACGGAACAGCTAACC----AATTTTG-----------------T------ATTTCCCAT------AT----AC--ATATTTGTCAA--A--ATATTAAATAGCGTT-----ATTAATTTG---------ATTAC-GGC-----AT---TTACAT-ACACGTATGTATTGATTTTACATCGTCGA----------A---ATGTTCTT-T------C-TTAGACAAAT--CCACATATCAAGGAA--ATGATT--TTGATACTTTTTTCAGA---A-----A-ATACAT--A-AA----------------A----T--GTCAG--GAGACGGATTAGCTGTTCTGCTC-----AGTTTA
gi|5 : cTATACT-----GAACGGAAAAGCTAACCCGCCACTTTTG---------------ACT------AT----CGT------GTGAAAAC--TGATTTGACTACCG--AT-TCCAATAG--TT-----ATGAAAGTATTC---CA-ATTAC-TGT--CAAAT---TTA-AT-A-----GTACA--GTCTTG-----ATC------------A---GTGT--TT-T------C-TTATTTCAAC--CCAAATGCCAA--AATTGTTGCT--TTGGTTCATTTT---GA-------------ACCC--A-AA----------------A----T--GCCAG--GTGGCGGGTTAGCTGTACCGTTC-----AGTATAT
gi|7 : T-----GAAAGAAACAGCTAACTAGCCAATTTTGTATTTCCA-------ATT------AT----TATATCTTCGTGAAAATA-TG----GAGTAGCG-----TT--ATTA--TA-----ATGACATTAACC---GACACTAA-TGTATTGATT---TTACAT-A-----AAACC--GACTTG-----GTC------------ATTGATGTTCT-------------ATTCAAGT--CAAAAGTTAAAGGAA--ATTGCT--TT-AGAC--------GA-A-C-----A-TTA-AT--A-AA----------------A----T--ATCAG--GTGGCGGGTTTGCTATTCTATTC-----AGc
gi|8 : aTATACT-----TAACGGAACAGCTTACCCGTCACTT
gi|8 : a-----GTA------------A---ATGTT-TA-T------C-TTATTCAAGT--CCAAATTTTAAGGAA--ATTGCT--TTGATAATTTTT---GA-GAA-----A-ATACAT--A-AAAGGTCAGGTACAAAAAA----T--GTCAG--GTGGC-GGTTAACTGTTCCATTC-----AGTATagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcgtaaatgtttatcttattcaagtccaaattttaaggaaattgctttgataatttttgagaaaatacataaaaggtcaggtacaaaaaatgtcaggtggcggttaactgttccattcagtat
gi|9 : atatacttaacggaacagcttacccgtcacttagtcgaagtattgagtagagcttacagacaattaagtattgatttttttgcaaagcTATACT-----GAACGGAACAGCTAACCTGCAAATTGTG-----------------T------AT----TAT------AT-----------CTTG--TAC--------TCAGCA---TT-----AACAGA---------CA-ATTA--TGT-----AT---T-G-AT-T-----TTACA------TA-----G-C------------A---ATATTCTT-C------CATTTTTTAAGT--TCAAATTTCA-GGAA--ATTTCT--TTGCTACTTTTT---GA-GAA-----A-ATACAT--A-AATAAAC-----------A----T--GTTAT--ATGGTGGGTTAGCCGTTCCGTTC-----AG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN