lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        11111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      222                   111    6666666666666666666666666666                 1111       1                                1                                                                   1                                       11111111111111111111111111111111111111111111     2222222    1111111                  22        1            1                                                                                                               11      111                                                                                                                                     77777777777777777777                                                                                     1                                                                                                                                                                                              1                                   1                                                                                                                                                                            3                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   4               77                 333                   333    7777777777777777777777777777      2          0000       7    5                           6           8      0                                         2      5               6                  5    44444444444444444444444444444444444444444444     1111111    9999999     7 3    6 3   00        6            5                                     66  8                                   6      3                     5    77      000                 55          7777 44       6666  3                                 44   3  88888             3     7777       7777   88888888888888888888 66  6 4          4                                                                  7                                                                                      4                    0   0                               333   0                                        7                      6            1      66   4 66                                                                    66 66              3        6                               5 66 2              0      8 1                  777               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .               ..                 ...                   ...    ............................      .          ....       .    .                           .           .      .                                         .      .               .                  .    ............................................     .......    .......     . .    . .   ..        .            .                                     ..  .                                   .      .                     .    ..      ...                 ..          .... ..       ....  .                                 ..   .  .....             .     ....       ....   .................... ..  . .          .                                                                  .                                                                                      .                    .   .                               ...   .                                        .                      .            .      ..   . ..                                                                    .. ..              .        .                               . .. .              .      . .                  ...               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   3               99                 000                   888    1111111111111111111111111111      2          6666       0    0                           8           2      5                                         1      0               0                  2    55555555555555555555555555555555555555555555     7777777    8888888     8 3    7 3   11        6            0                                     11  9                                   0      7                     7    11      000                 00          1111 66       5555  1                                 66   3  33333             3     7777       7777   00000000000000000000 11  4 4          4                                                                  8                                                                                      4                    2   2                               999   2                                        0                      0            2      33   4 11                                                                    99 99              7        0                               0 99 2              1      9 1                  888               
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TACATTCATTTACACACTTGTA--ATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA---AAAA--------ANTC----------------AGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTNATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTC-----------------------TT-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAAC-GAAAAGGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAATTGTATTGTAATAAATCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAA-AGCTATC---GTTCATATCACGAGCTT--TCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGA----CGTAGAA----CAA--------AATTTGCAG---A--GTCT-TTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCGTAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TACATTCATTTACACACTTGTA--ATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA---AAAA--------AAT-----------------AGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTTAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTAAATATTAAATTTTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCCCCTCTATTTTGATTAAATTTAAAACAACGAGATACATTC-----------------------TT-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTTAGAAAC-GGAAATAAATAAATGAACAATTAAATAGATAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAATTGTATTGTAATAAATCACATTTCATTAAAAGCATCAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAA-CGCTATC---GTTCATATCACGAGCTT--TCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGA----CGTAGAA----CAA--------A-------G---A--GTTT-TTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTTCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATAAATTAACTTTTGGCTTTGTACACGTCATATATTCATAAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATGCTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-C-CCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TACATTCATTTACAAACTTGTA--ATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA---AAAA--------ATC-----------------AGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATCC-----------------------TT-------------------AAAGG-------AAAA----A-TTCATTCAAAAGC-GAAAAGCAATACATGTACAATTAAATAGCAAAAAATCTTCTTCTATACTTTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAGTTCTTTTGTAATAAATCACATTTCATTATAAACATCAATTTTTCGATTGATGTTAAAAGC-AAAA-AGCTATGATGGTTTATATCACGAGCTT--TCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATCAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGA----CGTAGAA----CAA--------AATTTGCAG---A--GTCT-TTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAAGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCCACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAACTCAGTTTTATACAAACTGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTTATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATTTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTGCATATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATATAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGTAATATTCATTGACCATTCACGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-ATTTTTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAATATCGCCTC---TAGAAGATATATTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TACATTAATTTACACACATGTA--ACGTGATAAAACTAAAA---GGGGTTGTCTACTTTGTTAC--AAAA--------AGTC----------------AGGTTA-AAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATCAAAAACTTAGTATTTAGTATTAAATTCTATCTTTAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAAACACTTCTATTTTGATTAGATTTAAAGCAACGAGATAAATTC-----------------------TTCTGTAC-------------AAGAGTCGTTTTAAAAGACTAATTCATTAAAAAAC-GAAAAGGAATAAATGTACAATTAAATAGCTCAAAATCTTCTTTTATACATTTTAAAAAGTGCATTTTTAC-CAAATTGAATTGTAATAAATCACATTTTATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAA-GC-AAAA-AGCTATT---GTCCATATCACGAGCTT--TCTTAAATAA----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAATAGGCACAATCAATTAAAAAT--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGA----CGTAGAA----CAA--------AATTTGCAG---A--GTCT-TTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTAT--CTCCTAGTTTTTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACACGACGATGGTCCCTGCTCATTATACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAG----------GCGGTATCTTCGC-AATTTATTACTATTTTGACCATTT--TTTGTCATTCATTAAGTTATCAAACCACACTTTTTTTTCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTAACGTATGAATATATTAACTTTTAGCTTTGTACACATCAAATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTT----AAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCGTGAAATTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--A----TTGTGTTATT---TAAGA-CTCCCACCCTAGATCGCCTC---TAGAATATATATTTGtagc
gi|5                          : tttaagacctttatattttattagagtgtcacatataaacgttacaacaatagtcatatataaaatacaatcaaactttcatatccggccgtaattacaacttgtgagacacttaaaacaacttttattcacaatgtaaaacacatatgcacttatacctatatatgctaacatatatacatataagatacatatagatacatatacacatacacatagtacacacatatatatatatattgaataaattatataattaagataaataaatgcaatgatttcatgtgattaaatagtaatatttttctaaatagtaTAAATTAATTTTCACACTTGTA--ACGTGAAAAAACTAAAATA-GGGGTCGTCTACTATATTA---ATAA--------GATC----------------AGGTTAGAAAGGTGATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAGTTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAGTTTGCTAAGACACCAATAAAACACTTATGATCACATCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATTC-----------------------TT-------------------AAAGG-------AAAA----A-TTCATTCAAAAAC-GAAAAGGAATAAATGTACAACTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTTAAAAGTGCATTT--GC-TAAATTGTTTTGTATTAAATCACATTTCATTAAAAACATCAATGTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAA-AGCTATC---GTTCATATCACGAGCTT--TCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-AT-----TTCATCTTCAACT-TCTGA----TGTAGAA----CAA--------AATTTGCAG---A--TTCT-TTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCAAGTTTCTACCACTAGAGGAATATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACAAAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTTTGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTTTTTTGTCAGTCTTTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGCATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTATACATCATATATTCATagc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                          acacgtagtacagacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgatattatgtgattaaatagttatatttttcttaatagtaTACATTCATTTACACACATGTA--ATGTGACAAAACTAAAA-AAGGGGTCGTCTTCTATGTTA---AAAA--------ATC-----------------AGGTTAGAAAGGTTATA----CTTTACTAAAAG-AAAGAGAAGCATACATAACCTAGTATTTAATATTAAATTCTGTCTTAGATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATATATTC-----------------------TT-------------------AAAGG--------AAA----AATTCATTCAGAGAC-GGAAAGGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                      atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtaTACATTCATTTACACACTTGTA--ATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGTTCGTGTAATATGTTA---AAAA--------ATC-----------------AGGTTAGAAACGTAATA----CTTTACTAAAAG-AAACAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTGTAT-TTAAATAAGTCCTATAGAATTGGCTAAAACACCAATAAAACACTAAATATCACCTCTATTTTGATAAGATTTAAAACgaatatctgaggtcagaataaaaggcacaatcaattagaaaattagtttcatcttcaacttctgacgtagaacaaa
gi|15                         :                                                                                                                                         atgnnnnnnnnnncacaaataattatctccatatatatatgcttacatatatacacataagtcatataaacatatacacatacacatagtacacacatctatattgaataatttatacaattaagataaataaatgcaatgatttcatgcgattaaatggttatatttttcaaaatagtaTATATTCAATTACACACTTGTA--ATGTAATAAAATTAAAAAG-GGGATCGTCTGCAATGTTATAAAAAG--------AATCTATATATGATAATTTCAGGCTAAAAAGGTAATT----ATTAACAAAAAGGAAAGAAGTGCATAAATAACTTAGTATCTAATATTACATTCTATCTTTAATAAGTCCTATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                            atacatatacacatacacatagtacacacatatgtattgaataaattgtataattaagataaataaatgcaatgatttcttgcgactgcatatttatatttttctaaatagtaTACATT-ATTTACACATTTATATAGTGCAATAAAACTATAAAA
gi|2                          :                                                       ataccacttttctatttaatgttatttatacatttatagactctttttttacaataacagtaatatataaaatacaatcaaacgttcttaaccagatgtaataacgaccttgaataagacatttaaaacaaattttggtcacaatatgaaacgtgcgaatatatacatgtacatatcttattcattcacacatgcacatagtttacacacatagtaaattatataatcaagataaataaattccaatgttttatgcaaataaatacttatatgttttgttaaaaataTGTGATAAAACTAAAAAC-TGGATCGTCTACAATGTTA---AAAATGAGTATAAATTC---------------AGGTTAAAAAGATAATT----ATTTACAAAAAG-AAAGAGGTACATAGATAAC---------AATATTAAA---------------GTCCTATATAAT----------------AAAATACTTATAATCACCTCTA----GATTAGATTTAAACCAACGAGATAAATTCTTCTGTACAAGAGTCACTTCGTTTT-------------------AAAAG-------AAAA----AA-TCATTCAAAAACAAAAAAGGAACAAATGAACAATTATAGAGCTAAACATCGTCTTCTATACGTTTTAAA------ATTT--GC-TAAGTTGTAATGTAATATATCACATTTTGTTAAAAATATCAATTTTTCGGTCGATGTTAAAAGC-AAAA-AGCTTTC---GTTCATATCACGAGCTT--TCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTTAAAATAAAAGACACAATCAATTAAAAAA--TGA-GT-----TTAATCTTCAATT-TCTGA----CTTA-AA----CAAAAATTTGCA-------G---A--GTCT-TTCGTTTATA-GGTGCTTTCGTTCGAGTATATCCCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGGAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTTATGTTACAGTTAACATAGTATTCAATCTTTAATTCAGTTTTATTTAAACGGTGTGTTCGCAAATTTATTACCATTTTGACCTTTTCTTTTTTCATTCATTAATTGTTCAAACTACACAGTTTTATCTGTTGCATTTAAATACTCCCGTAATTTTCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTT-T--TTTGAATAAAGTTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGTATGTTTTTAATCTAACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGTAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                aaaagtatacatatagatacatatacacatgcatatagttcacacatatatattgaataaactaaataataaaaatgaataaatgcaatgacttcatgtgatttactagttatatttttcttaatagtatatgatAAGAGGTCGTCTACTATGTTA---ACAA--------AATC----------------AGGTGAAAGAGGTAATAGTAAATTGACTAAAAG-AAAGAAGTGCATCAATAACTTAGTCTTTAGTATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATACAATTTGCTAAAACACCAATAAAACAATTATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATAATTTC-----------------------TTCTGAACAAGAGTTGTTTTAAAAGA-------AAAA----AA--CATTCAAAAA--GAAAAGAAATAAATG-----TC-------TAAACATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAATTGTATTGAAAT-AATCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCAATTGATGGTTAAAGCAAAAA-AGCTATC---GTTCATATCACGAGCTT--TCTTAAATAG----T--GACTATG----TG-ATGTAAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGACAA--TGA-GT-----T---TCTTCAATT-TCTGA----CGAAGAA----CAA--------A-------agc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggattaggatgcaatatatactaaatatgtgtgtgcaagtgtaatgacttataccttttttagtttttttgaataattaactattaccttactAAAGGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAACATCTTCTTCTATTCAGTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAATTGTATTGTAATAAATCACATTTCATTAAAAACATGAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAA-AGTTATC---GCTCATATCACAAGCTT--TCTTGAATAG----T--GAATATT----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCATCT-TCTGA----CGTAGAA----CAAAATTTGC-A-------G---A--GTTT-TTCGTTTATA-GGTGTTTTCAGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCCAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGATCctttgcag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTACATTT--GC-TAAATTGTATTGTAATAAATCACATTTCATCAAAAACATCAATTTTTC---TGAGGTCAGAATA-AAAAGCACAATC---AATTAGAAAATGAGTTTCATCTTCAAT------T-------TC----TG-ACGT-ACAACAAAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTtttacagagtctttcgttgatatgtgtttttgatcgagtatatctcccagtttctaccgctggaggaagattgcagcttcgaatttgctagaacgcgacgattgcccctgctcacgttacagttaacatagaattcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatgtattaccatcttttgtcattcattaattgttcaaaccacaattttttatcttttgcatttaagtactgtcgtattttacgtatacatatatttacttttggctttgtacacatcataaattcattagtatctgtctcttgaataaatttaaccatgttactctcccatgtctttgaaatat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCATATGA--AGCTT--TAAGAAATAA----T--TCGTAAC----GG-AAATCTGAGTAAAACGTACAACCTATCAAAAAA--TGT-AT-----TTCATCTTCAGTTGTATGAGTGTCACAGTATTTGCAA--------A-------T---ACGGT-----CATTAACA-GGAGTTTTAGGTCTAGTGTATCGCCCAGTTTCAATAGCTAATTGGAGATTGCAACTTCTAAATTTGGATAATTTACGACGTTGGTCTCTGCTCATATTTAATTTAACATAAAATTgaatatctgaggtcagaataaaaggcacaatcaattagaaaattagtttcatcttcaacttctgacgtagaacaaaatttgcggagtctttcgttgataggtgttttcgatcgagtatatctcccagtttctaccgctagaggaagattacagcttcgaaatttgctagaacccgaagatggcccctgctcatgtttcagttaacatagttttcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatttattaccattttgaccatttcttttgtcattcagtaattgttcttttgcatttaagtactctcgtattttacatatacatatattaacttttggcttagcactcatcatatattcattagcatctgtctcttgaataaatttaagcatgttactctcccaagtctttgaaatattcatagaccattcatgcactttacgtattatgctatcgactggcatgtttttaattctacaccatagaca
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CACAAATTT--TCGTAAATAGAAACTAGGAATGTCATTGTGTAGGTCAGAATACAAGACACAGTCAGT--GAAAATGTGA-TT-----TTTATCTTCAACT-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TT--TCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGA----CGTAGAA----CAA--------AATTTGCGG---A--GTCT-TTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTACAGCTTCGAAATTTG-CTAGAACCCGAAGATGGCCCCTGCTCATGTTTCAGTTAACATAGTTTTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCAGTAATTGTTC------------------TTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACATATACATATATTAACTTTTGGCTTAGCACTCATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCAAGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATGCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatTT--TCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGA----CGTAGAA----CAA--------A-------a
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtatacattcatttacacacatgtaatgtgacaaaactaaaaaaggggtcgtcttctatgttaaaaaatcaggttagaaaggttatactttactaaaagaaagagaagcatacataacctagtatttaatattaaattctgtcttagataagtcctatataatttgctaaaacaccaataaaacactaataatcacctctattttgattagatttaaaacaacgagatatattcttaaaggaaaaattcattcagagacggaaaggaataaatgtacaattaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatAAAAAG----T--TGATATC----TA-AGACTTGAGTAAAATTCACAATCAATTA-AAAA--TGATGTTCGACTTCAACTGCAACT-TC--A----T-TAAAA----CAA--------T-------GGCAA--ATTCATTCGTTGATCTGATGTTTTCGGTCGGGTGTAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttatgttttcaactgatcatacacgtaaataattatattctcaaactgctatatgcattataTC----TG-AGGTCAGAATAAAAAGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAATT-TCTGA----CGTACAA----CAA--------AATTTACAG---A--GTCT-TTCGTTGATA-TGTGTTTTTGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTGGAGGAAGATTGCAGCTTCGAA--TTTGCTAGAACGCGACGATTGCCCCTGCTCACGTTACAGTTAACATAGAATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATGTATTACCAT-----------CTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGTATACATATATTTACTTTTGGCTTTGTACACATCATAAATTCATTAGTATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATAT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attaaatagctaaaaatcttcttctatacattttaaaaagtacatttgctaaattgtattgtaataaatcacatttcatcaaaaacatcaattttAGATTGCGGCTTTGTTGTTTTGCAAGGACATGACAATGGCCTCTTCTTATATTACAGCTAACGTAGTA----GTC--------AGTCTT------------------T-AATTTGTTACAATCCTTAC---TTTTATTGTCATTCGTTTATTGTTCAAATCACAAAT------CTTTGGT-TTTAAGTACTCTCCTATTCTATGTATACATATGATAATATTTAGCGTAGTATACATCATACATCCGTTAGCATTTAGTCATGACTTGAATAGATTAAAGCATATTACTCGCCCATGTCTTTGGAATATTTAAGGACCGTTCATGTACTTCAAGCTAGTATTAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAAGTTTTATCTATTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--TTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCGTGTCTTTGAAATGTTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATCTTTTTAATTCTATACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTT---TAGAAGATACATTTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTA-T--TTTGAATAAAATTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGCATGTTTTTAATCTTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTGTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCAATGTCTTTGAAATATTCATAGATCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGTATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CACCATAGTCGGACTGTTTC-G--GACTTTTGGTTTGCTCAACACGATC-TCCAACCCAGGTAACCTT---agca
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACCATAGTCGGACTGTTTCGG--ACTTTTGGTTTGGTCA-ACACGATC-TCCATCCCAGGTAACCTTTGATAGAAGcatagagttgtttgagcaa
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGGTCGCCTC---TAGAAGATACATTTGtgtttgagca
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GACTTTTATCTTCTATATCAGTGTCACATACAAAAATTACAAAAACAGACATACAAAAACTACAATCAAACGTTCAAACTCGGCCGCATGAGCCATTTAAAACACACGTTATTCACAATATAAAACGTACATACACATATACAACCGTGTATGTACATCAACACACATACATATAATAAATATACATAAACATGTAAATGTCGTACACTTACACATACACATACATATGTATCGAACGCGATTAAAAATCATAGCGATAGATTAAAACAAAAACATG
Unaligned ( gi|17 ): TACATAGCTTTTAGACTTTAATATTTTATTCACATACAAACGTTGCAGTAATAGTCATATAAATACAATCATACTTTTTATTACGACCTATGAAACAATTTTTATTACCACTGTAAAACGCACATACATAATAAAATTATATACATATACACATATATATTGAATAAATCATATAATAAAGATAAATAAATAAATGCAATGATTTCATGCGATTAGGTAGTTATATTTTTATAAAAGTGTGTATTTAATAGAATTTATGGTGCAATAAATAT
Unaligned ( gi|22 ): TATATTTTAAAATATTATAGACATACAAAAGTAACAATAATAGTCATGTATAAAAAACAATCAAACTTTTGTATCCGTCCGTAATTACGACCAATGAGACACTAAAAACAATTTTTATTACCAATGTAAAACGCATATACGCCTATACATATATACATATATATGCATACATATATACAAAG
Unaligned ( gi|23 ): GACTGTTATATTTTATTACAGTATCACATACAAGAGTATGACAGACATTTTAAATACAATAAAATTTTCATACCCAACTGTAATTATAACATATTGTTTTAAAACAAATATTGTTTACAATATATAAAATGTCCATTCATATATAGATACATATATATTTACAGATGTACATAAACATGTG
Unaligned ( gi|24 ): ACTGTTTAACCTTTCCTAGTTTGTTAACGCGTCTAATACTAAAATAACACTCACAAATATATAAAATTTACAATTAAACTTTCATATTCGGTCGTAATCACAACGTATGGGATACTGAAAATGAATTGTATTCGCAATTTTTAATTTTATGATATTTAATGTATGTTTATATACATA
Unaligned ( gi|25 ): TATCAAAGTGCCACATATAAAACTTATAATTACAAACATGTATACCGTACAATCAAACTTCCATACAAGGCTGTAATCATGAGACACTTACAACGAATTGAGTTTACACTTTAA
Unaligned ( gi|26 ): TGTATGGTTTGCATTGTAGCTAGGCATGCTCCCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTGATTGTTCACAAATAATTATCTCCATATATATATATATGATATG
Unaligned ( gi|30 ): GTAAATATATGTCTGGTTGTTCACAAATAGTTATCCAAATATATAATGTATGATATGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                    2                        55555555555555555555555555555                                                                                                                                                                            0000000000000000000000000000000000000000000     1111111    1111                                                                                            11  11    1111  111      11                                                         111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                  0 0                   8    77777777777777777777777777777        0          9999            4                                                                                        1                                         1     4444444444444444444444444444444444444444444     8888888    2222   1                5                                                             55  8     11  11    7777  444      11                 1                           5           000                           7777 44       6666  3                                 44   3  77777             3             3                          4                                                                                                                                                         4                                                        88                                                                               1        44   4 55                                               2                    66 66                                                       4 66 1                     4                    777               
lowQualScore                  :                                                                                                                  . .                   .    .............................        .          ....            .                                                                                        .                                         .     ...........................................     .......    ....   .                .                                                             ..  .     ..  ..    ....  ...      ..                 .                           .           ...                           .... ..       ....  .                                 ..   .  .....             .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        ..                                                                               .        ..   . ..                                               .                    .. ..                                                       . .. .                     .                    ...               
lowQualScore                  :                                                                                                                  4 9                   9    22222222222222222222222222222        9          4444            4                                                                                        0                                         0     6666666666666666666666666666666666666666666     6666666    1111   4                0                                                             55  0     00  00    0000  000      00                 6                           0           000                           1111 66       5555  1                                 22   1  77777             1             3                          0                                                                                                                                                         0                                                        66                                                                               2        88   0 55                                               4                    11 11                                                       4 11 0                     0                    888               
consensus                     :                                                                           TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA---------AA------------------TCAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
Reference ( family-504 )      :                                                                           TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA---------AN------------------TCAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTNATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCGTAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|1                          :                                                                           TACATTAATTTACACACATGTAACGTGATAAAACTAAAA---GGGGTTGTCTACTTTGTTACAAAA---------AG------------------TCAGGTTA-AAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATCAAAAACTTAGTATTTAGTATTAAATTCTATCTTTAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAAACACTTCTATTTTGATTAGATTTAAAGCAACGAGATAAATTCT-----------------------TCTGTAC-------------AAGAGTCGTTTTAAAAGACTAATTCATTAAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTCAAAATCTTCTTTTATACATTTTAAAAAGTGCATTTTTAC-CAAAT--TG--AATT----GT---AATAAA--TCACATTTTATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAA-GC-AAAAAGCTATT---GTCCATATCACGAGCTTTCTTAAATAA----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAATAGGCACAATCAATTAAAAAT--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTAT--CTCCTAGTTTTTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACACGACGATGGTCCCTGCTCATTATACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAG----------GCGGTATCTTCGC-AATTTATTACTATTTTGACCATTT--TTTGTCATTCATTAAGTTATCAAACCACACTTTTTTTTCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTAACGTATGAATATATTAACTTTTAGCTTTGTACACATCAAATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTT----AAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCGTGAAATTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--A----TTGTGTTATT---TAAGA-CTCCCACCCTAGATCGCCTC---TAGAATATATATTTG
gi|10                         :                                                                                                         tttaagacctttatattttattagagtgtcacatataaacgttacaacaatagtcatatataaaatacaatcaaactttcatatccggccgtaattacaacttgtgagacacttaaaacaacttttattcacaatgtaaaacacatatgcacttatacctatatatgctaacatatatacatataagatacatatagatacatatacacatacacatagtacacacatatatatatatattgaataaattatataattaagataaataaatgcaatgatttcatgtgattaaatagtaatatttttctaaatagtaAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAACATCTTCTTCTATTCAGTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATGAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGTTATC---GCTCATATCACAAGCTTTCTTGAATAG----T--GAATATT----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCATCT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTTTTTCGTTTATA-GGTGTTTTCAGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCCAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGATCagc
gi|11                         :                                                                           TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGTTCGTGTAATATGTTA-AAAA---------A-------------------TCAGGTTAGAAACGTAATA----CTTTACTAAAAG-AAACAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTGTAT-TTAAATAAGTCCTATAGAATTGGCTAAAACACCAATAAAACACTAAATATCACCTCTATTTTGATAAGATTTAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atgnnnnnnnnnncacaaataattatctccatatatatatgcttacatatatacacataagtcatataaacatatacacatacacatagtacacacatctatattgaataatttatacaattaagataaataaatgcaatgatttcatgcgattaaatggttatatttttcaaaatagtaGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAAGTTTTATCTATTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--TTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCGTGTCTTTGAAATGTTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATCTTTTTAATTCTATACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTT---TAGAAGATACATTTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGATTGCGGCTTTGTTGTTTTGCAAGGACATGACAATGGCCTCTTCTTATATTACAGCTAACGTAGTA----GTC--------AGTCTT------------------T-AATTTGTTACAATCCTTAC---TTTTATTGTCATTCGTTTATTGTTCAAATCACAA------ATCTTTGGT-TTTAAGTACTCTCCTATTCTATGTATACATATGATAATATTTAGCGTAGTATACATCATACATCCGTTAGCATTTAGTCATGACTTGAATAGATTAAAGCATATTACTCGCCCATGTCTTTGGAATATTTAAGGACCGTTCATGTACTTCAAGCTAGTATTATagc
gi|15                         :                                                                           TATATTCAATTACACACTTGTAATGTAATAAAATTAAAAAG-GGGATCGTCTGCAATGTTATAAAA---------AGAATCTATATATGATAATTTCAGGCTAAAAAGGTAATT----ATTAACAAAAAGGAAAGAAGTGCATAAATAACTTAGTATCTAATATTACATTCTATCTTTAATAAGTCCTATA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atacatatacacatacacatagtacacacatatgtattgaataaattgtataattaagataaataaatgcaatgatttcttgcgactgcatatttatatttttctaaatagtaCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTA-T--TTTGAATAAAATTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGCATGTTTTTAATCTTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTGTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcTCATATGA--AGCTTTAAGAAATAA----T--TCGTAAC----GG-AAATCTGAGTAAAACGTACAACCTATCAAAAAA--TGT-AT-----TTCATCTTCAGTTGTATGA-GTGTCAC-AGTATTTGCAAATACGGTCATTAACA-GGAGTTTTAGGTCTAGTGTATCGCCCAGTTTCAATAGCTAATTGGAGATTGCAACTTCTAAATTTGGATAATTTACGACGTTGGTCTCTGCTCATATTTAATTTAACATAAAATTagc
gi|2                          :                                                                                                  TGTGATAAAACTAAAAAC-TGGATCGTCTACAATGTTA-AAAATGAGTATAAAT------------------TCAGGTTAAAAAGATAATT----ATTTACAAAAAG-AAAGAGGTACATAGATAAC---------AATATTAAA---------------GTCCTATATAAT----------------AAAATACTTATAATCACCTCTA----GATTAGATTTAAACCAACGAGATAAATTCTTCTGTACAAGAGTCACTTCGTTTT-------------------AAAAG-------AAAA----AAT-CATTCAAAAACAAAAAAGGAACAAATGAACAATTATAGAGCTAAACATCGTCTTCTATACGTTTTAAAA------TTT--GC-TAAGT--TG--TAAT----GT---AATATA--TCACATTTTGTTAAAAATATCAATTTTTCGGTCGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTTTC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTTAAAATAAAAGACACAATCAATTAAAAAA--TGA-GT-----TTAATCTTCAATT-TCTGACTTA-AACAAAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTTATA-GGTGCTTTCGTTCGAGTATATCCCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGGAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTTATGTTACAGTTAACATAGTATTCAATCTTTAATTCAGTTTTATTTAAACGGTGTGTTCGCAAATTTATTACCATTTTGACCTTTTCTTTTTTCATTCATTAATTGTTCAAACTACACAGTTTTATCTGTTGCATTTAAATACTCCCGTAATTTTCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTT-T--TTTGAATAAAGTTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGTATGTTTTTAATCTAACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGTAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaagtatacatatagatacatatacacatgcatatagttcacacatatatattgaataaactaaataataaaaatgaataaatgcaatgacttcatgtgatttactagttatatttttcttaatagtatatgatTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCAATGTCTTTGAAATATTCATAGATCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGTATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aAAAAAG----T--TGATATC----TA-AGACTTGAGTAAAATTCACAATCAATTA-AAAA--TGATGTTCGACTTCAACTGCAACT-TC--AT-TAAAAC-AA---TGGCAAATTCATTCGTTGATCTGATGTTTTCGGTCGGGTGTATagca
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttatgttttcaactgatcatacacgtaaataattatattctcaaactgctatatgcattataCACAAATTTTCGTAAATAGAAACTAGGAATGTCATTGTGTAGGTCAGAATACAAGACACAGTCAGT--GAAAATGTGA-TT-----TTTATCTTCAACT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CACCATAGTCGGACTGTTTC-G--GACTTTTGGTTTGCTCAACACGATCTCCAACCCAGG
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCATAGTCGGACTGTTTCGG--ACTTTTGGTTTGGTCA-ACACGA-TCTCCATCCCAGGTAACCTTTGATAGAAGtaacctttcatagagttgtttgagcaa
gi|3                          :                                                                           TACATTCATTTACAAACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA---------A-------------------TCAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATCCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----A-TTCATTCAAAAGCGAAAA-GCAATACATGTACAATTAAATAGCAAAAAATCTTCTTCTATACTTTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAGT--TC--TTTT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTATAAACATCAATTTTTCGATTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATGATGGTTTATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATCAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAAGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCCACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAACTCAGTTTTATACAAACTGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTTATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATTTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTGCATATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATATAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGTAATATTCATTGACCATTCACGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-ATTTTTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAATATCGCCTC---TAGAAGATATATTTtgtttgagca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGGTCGCCTC---TAGAAGATACATTTGtagc
gi|4                          :                                                                           TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA---------AA------------------T-AGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTTAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTAAATATTAAATTTTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCCCCTCTATTTTGATTAAATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTTAGAAACGGAAA-TAAATAAATGAACAATTAAATAGATAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAGCATCAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAACGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAA-------GAGTTTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTTCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATAAATTAACTTTTGGCTTTGTACACGTCATATATTCATAAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATGCTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-C-CCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|5                          :                                                                           TAAATTAATTTTCACACTTGTAACGTGAAAAAACTAAAATA-GGGGTCGTCTACTATATTA-ATAA---------GA------------------TCAGGTTAGAAAGGTGATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAGTTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAGTTTGCTAAGACACCAATAAAACACTTATGATCACATCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA-----ATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAACTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTTAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TTTT----GT---ATTAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATGTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-AT-----TTCATCTTCAACT-TCTGATGTAGAAC-AAAATTTGCAGATTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCAAGTTTCTACCACTAGAGGAATATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACAAAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTTTGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTTTTTTGTCAGTCTTTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGCATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTATACATCATATATTCATT
gi|6                          :                acacgtagtacagacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgatattatgtgattaaatagttatatttttcttaatagtaAAGAGGTCGTCTACTATGTTA-ACAA---------AA------------------TCAGGTGAAAGAGGTAATAGTAAATTGACTAAAAG-AAAGAAGTGCATCAATAACTTAGTCTTTAGTATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATACAATTTGCTAAAACACCAATAAAACAATTATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATAATTTCT-----------------------TCTGAACAAGAGTTGTTTTAAAAGA-------AAAA----AA--CATTCAAAAA-GAAAA-GAAATAAATGT------------CTAAACATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GA---AAT-AA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCAATTGATGGTTAAAGCAAAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GACTATG----TG-ATGTAAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGACAA--TGA-GT-----T---TCTTCAATT-TCTGACGAAGAAC-AAACTTTGCAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggattaggatgcaatatatactaaatatgtgtgtgcaagtgtaatgacttataccttttttagtttttttgaataattaactattaccttactTTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCGGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTACAGCTTCGAAA-TTTGCTAGAACCCGAAGATGGCCCCTGCTCATGTTTCAGTTAACATAGTTTTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCAGTAATTGT------------------TCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACATATACATATATTAACTTTTGGCTTAGCACTCATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCAAGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATGCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACcatcttcaacttctgacgtagaacaaaatttgcggagtctttcgttgataggtgttttcgatcgagtatatctcccagtttctaccgctagaggaagattacagcttcgaaatttgctagaacccgaagatggcccctgctcatgtttcagttaacatagttttcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatttattaccattttgaccatttcttttgtcattcagtaattgttcttttgcatttaagtactctcgtattttacatatacatatattaacttttggcttagcactcatcatatattcattagcatctgtctcttgaataaatttaagcatgttactctcccaagtctttgaaatattcatagaccattcatgcactttacgtattatgctatcgactggcatgtttttaattctacaccatagaca
gi|8                          :                               ttaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatTACATTCATTTACACACATGTAATGTGACAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTTCTATGTTA-AAAA---------A-------------------TCAGGTTAGAAAGGTTATA----CTTTACTAAAAG-AAAGAGAAGCATACATAACCTAGTATTTAATATTAAATTCTGTCTTAGATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATATATTCT-----------------------T-------------------AAAGG--------AAA----AATTCATTCAGAGACGGAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTTa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtaTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAcatcttcaacttctgacgtagaacaaa
gi|9                          : atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtatacattcatttacacacatgtaatgtgacaaaactaaaaaaggggtcgtcttctatgttaaaaaatcaggttagaaaggttatactttactaaaagaaagagaagcatacataacctagtatttaatattaaattctgtcttagataagtcctatataatttgctaaaacaccaataaaacactaataatcacctctattttgattagatttaaaacaacgagatatattcttaaaggaaaaattcattcagagacggaaaggaataaatgtacaattaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTACATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATCAAAAACATCAATTTTTC---TGAGGTCAGAA-T-AAAAAGC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TC----TG-AGGTCAGAATAAAAAGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAATT-TCTGACGTACAAC-AAAATTTACAGAGTCTTTCGTTGATA-TGTGTTTTTGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTGGAGGAAGATTGCAGCTTCGAA--TTTGCTAGAACGCGACGATTGCCCCTGCTCACGTTACAGTTAACATAGAATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATGTATTACCAT-----------CTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGTATACATATATTTACTTTTGGCTTTGTACACATCATAAATTCATTAGTATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATacaatcaattagaaaatgagtttcatcttcaatttctgacgtacaacaaaatttacagagtctttcgttgatatgtgtttttgatcgagtatatctcccagtttctaccgctggaggaagattgcagcttcgaatttgctagaacgcgacgattgcccctgctcacgttacagttaacatagaattcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatgtattaccatcttttgtcattcattaattgttcaaaccacaattttttatcttttgcatttaagtactgtcgtattttacgtatacatatatttacttttggctttgtacacatcataaattcattagtatctgtctcttgaataaatttaaccatgttactctcccatgtctttgaaatat
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATACCACTTTTCTATTTAATGTTATTTATACATTTATAGACTCTTTTTTTACAATAACAGTAATATATAAAATACAATCAAACGTTCTTAACCAGATGTAATAACGACCTTGAATAAGACATTTAAAACAAATTTTGGTCACAATATGAAACGTGCGAATATATACATGTACATATCTTATTCATTCACACATGCACATAGTTTACACACATAGTAAATTATATAATCAAGATAAATAAATTCCAATGTTTTATGCAAATAAATACTTATATGTTTTGTTAAAAATATACATTATTTACACATTTATATAGTGCAATAAAACTATAAAA
Unaligned ( gi|16 ): GACTTTTATCTTCTATATCAGTGTCACATACAAAAATTACAAAAACAGACATACAAAAACTACAATCAAACGTTCAAACTCGGCCGCATGAGCCATTTAAAACACACGTTATTCACAATATAAAACGTACATACACATATACAACCGTGTATGTACATCAACACACATACATATAATAAATATACATAAACATGTAAATGTCGTACACTTACACATACACATACATATGTATCGAACGCGATTAAAAATCATAGCGATAGATTAAAACAAAAACATG
Unaligned ( gi|17 ): TACATAGCTTTTAGACTTTAATATTTTATTCACATACAAACGTTGCAGTAATAGTCATATAAATACAATCATACTTTTTATTACGACCTATGAAACAATTTTTATTACCACTGTAAAACGCACATACATAATAAAATTATATACATATACACATATATATTGAATAAATCATATAATAAAGATAAATAAATAAATGCAATGATTTCATGCGATTAGGTAGTTATATTTTTATAAAAGTGTGTATTTAATAGAATTTATGGTGCAATAAATAT
Unaligned ( gi|22 ): TATATTTTAAAATATTATAGACATACAAAAGTAACAATAATAGTCATGTATAAAAAACAATCAAACTTTTGTATCCGTCCGTAATTACGACCAATGAGACACTAAAAACAATTTTTATTACCAATGTAAAACGCATATACGCCTATACATATATACATATATATGCATACATATATACAAAG
Unaligned ( gi|23 ): GACTGTTATATTTTATTACAGTATCACATACAAGAGTATGACAGACATTTTAAATACAATAAAATTTTCATACCCAACTGTAATTATAACATATTGTTTTAAAACAAATATTGTTTACAATATATAAAATGTCCATTCATATATAGATACATATATATTTACAGATGTACATAAACATGTG
Unaligned ( gi|24 ): ACTGTTTAACCTTTCCTAGTTTGTTAACGCGTCTAATACTAAAATAACACTCACAAATATATAAAATTTACAATTAAACTTTCATATTCGGTCGTAATCACAACGTATGGGATACTGAAAATGAATTGTATTCGCAATTTTTAATTTTATGATATTTAATGTATGTTTATATACATA
Unaligned ( gi|25 ): TATCAAAGTGCCACATATAAAACTTATAATTACAAACATGTATACCGTACAATCAAACTTCCATACAAGGCTGTAATCATGAGACACTTACAACGAATTGAGTTTACACTTTAA
Unaligned ( gi|26 ): TGTATGGTTTGCATTGTAGCTAGGCATGCTCCCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTGATTGTTCACAAATAATTATCTCCATATATATATATATGATATG
Unaligned ( gi|30 ): GTAAATATATGTCTGGTTGTTCACAAATAGTTATCCAAATATATAATGTATGATATGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                           444444444444444444444444444444                                                                                                                                                                             0000000000000000000000000000000000000000000     1111111    1111                                                                                            11  11    1111  111      11                                                         111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                   8                   4   333333333333333333333333333333 4       0          9999            4                                                                                        0                                         1     4444444444444444444444444444444444444444444     8888888    2222   1                5                                                             55  8     11  11    7777  444      11                 1                           5           000                           7777 44       6666  3                                 44   3  77777             3             3                          4                                                                                                                                                         4                                                        88                                                                               1        44   4 55                                                                    66 66                                                       4 66 1                     4                    777               
lowQualScore                  :                                                                                                                   .                   .   .............................. .       .          ....            .                                                                                        .                                         .     ...........................................     .......    ....   .                .                                                             ..  .     ..  ..    ....  ...      ..                 .                           .           ...                           .... ..       ....  .                                 ..   .  .....             .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        ..                                                                               .        ..   . ..                                                                    .. ..                                                       . .. .                     .                    ...               
lowQualScore                  :                                                                                                                   9                   4   222222222222222222222222222222 4       9          4444            4                                                                                        8                                         0     6666666666666666666666666666666666666666666     6666666    1111   4                0                                                             55  0     00  00    0000  000      00                 6                           0           000                           1111 66       5555  1                                 22   1  77777             1             3                          0                                                                                                                                                         0                                                        66                                                                               2        88   0 55                                                                    11 11                                                       4 11 0                     0                    888               
consensus                     :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
Reference ( family-504 )      :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|1                          :                                                                          TACATTAATTTACACACATGTAACGTGATAAAACTAAAA---GGGGTTGTCTACTTTGTTACAAAA--------AG-------------------T-CAGGTTA-AAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATCAAAAACTTAGTATTTAGTATTAAATTCTATCTTTAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAAACACTTCTATTTTGATTAGATTTAAAGCAACGAGATAAATTCT-----------------------TCTGTAC-------------AAGAGTCGTTTTAAAAGACTAATTCATTAAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTCAAAATCTTCTTTTATACATTTTAAAAAGTGCATTTTTAC-CAAAT--TG--AATT----GT---AATAAA--TCACATTTTATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAA-GC-AAAAAGCTATT---GTCCATATCACGAGCTTTCTTAAATAA----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAATAGGCACAATCAATTAAAAAT--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTAT--CTCCTAGTTTTTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACACGACGATGGTCCCTGCTCATTATACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAG----------GCGGTATCTTCGC-AATTTATTACTATTTTGACCATTT--TTTGTCATTCATTAAGTTATCAAACCACACTTTTTTTTCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTAACGTATGAATATATTAACTTTTAGCTTTGTACACATCAAATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTT----AAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCGTGAAATTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--A----TTGTGTTATT---TAAGA-CTCCCACCCTAGATCGCCTC---TAGAATATATATTTG
gi|10                         :                                                                                                         tttaagacctttatattttattagagtgtcacatataaacgttacaacaatagtcatatataaaatacaatcaaactttcatatccggccgtaattacaacttgtgagacacttaaaacaacttttattcacaatgtaaaacacatatgcacttatacctatatatgctaacatatatacatataagatacatatagatacatatacacatacacatagtacacacatatatatatatattgaataaattatataattaagataaataaatgcaatgatttcatgtgattaaatagtaatatttttctaaatagtaAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAACATCTTCTTCTATTCAGTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATGAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGTTATC---GCTCATATCACAAGCTTTCTTGAATAG----T--GAATATT----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCATCT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTTTTTCGTTTATA-GGTGTTTTCAGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCCAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGATCagc
gi|11                         :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGTTCGTGTAATATGTTA-AAA---------AA-------------------T-CAGGTTAGAAACGTAATA----CTTTACTAAAAG-AAACAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTGTAT-TTAAATAAGTCCTATAGAATTGGCTAAAACACCAATAAAACACTAAATATCACCTCTATTTTGATAAGATTTAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atgnnnnnnnnnncacaaataattatctccatatatatatgcttacatatatacacataagtcatataaacatatacacatacacatagtacacacatctatattgaataatttatacaattaagataaataaatgcaatgatttcatgcgattaaatggttatatttttcaaaatagtaGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAAGTTTTATCTATTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--TTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCGTGTCTTTGAAATGTTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATCTTTTTAATTCTATACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTT---TAGAAGATACATTTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGATTGCGGCTTTGTTGTTTTGCAAGGACATGACAATGGCCTCTTCTTATATTACAGCTAACGTAGTA----GTC--------AGTCTT------------------T-AATTTGTTACAATCCTTAC---TTTTATTGTCATTCGTTTATTGTTCAAATCACAA------ATCTTTGGT-TTTAAGTACTCTCCTATTCTATGTATACATATGATAATATTTAGCGTAGTATACATCATACATCCGTTAGCATTTAGTCATGACTTGAATAGATTAAAGCATATTACTCGCCCATGTCTTTGGAATATTTAAGGACCGTTCATGTACTTCAAGCTAGTATTATagc
gi|15                         :                                                                          TATATTCAATTACACACTTGTAATGTAATAAAATTAAAAAG-GGGATCGTCTGCAATGTTA-TAAA--------AAGAATCTATATATGATAATTT-CAGGCTAAAAAGGTAATT----ATTAACAAAAAGGAAAGAAGTGCATAAATAACTTAGTATCTAATATTACATTCTATCTTTAATAAGTCCTATA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atacatatacacatacacatagtacacacatatgtattgaataaattgtataattaagataaataaatgcaatgatttcttgcgactgcatatttatatttttctaaatagtaCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTA-T--TTTGAATAAAATTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGCATGTTTTTAATCTTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTGTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcTCATATGA--AGCTTTAAGAAATAA----T--TCGTAAC----GG-AAATCTGAGTAAAACGTACAACCTATCAAAAAA--TGT-AT-----TTCATCTTCAGTTGTATGA-GTGTCAC-AGTATTTGCAAATACGGTCATTAACA-GGAGTTTTAGGTCTAGTGTATCGCCCAGTTTCAATAGCTAATTGGAGATTGCAACTTCTAAATTTGGATAATTTACGACGTTGGTCTCTGCTCATATTTAATTTAACATAAAATTagc
gi|2                          :                                                                                                 TGTGATAAAACTAAAAAC-TGGATCGTCTACAATGTTA-AAAATGAGTATAAA-------------------TTCAGGTTAAAAAGATAATT----ATTTACAAAAAG-AAAGAGGTACATAGATAAC---------AATATTAAA---------------GTCCTATATAAT----------------AAAATACTTATAATCACCTCTA----GATTAGATTTAAACCAACGAGATAAATTCTTCTGTACAAGAGTCACTTCGTTTT-------------------AAAAG-------AAAA----AAT-CATTCAAAAACAAAAAAGGAACAAATGAACAATTATAGAGCTAAACATCGTCTTCTATACGTTTTAAAA------TTT--GC-TAAGT--TG--TAAT----GT---AATATA--TCACATTTTGTTAAAAATATCAATTTTTCGGTCGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTTTC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTTAAAATAAAAGACACAATCAATTAAAAAA--TGA-GT-----TTAATCTTCAATT-TCTGACTTA-AACAAAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTTATA-GGTGCTTTCGTTCGAGTATATCCCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGGAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTTATGTTACAGTTAACATAGTATTCAATCTTTAATTCAGTTTTATTTAAACGGTGTGTTCGCAAATTTATTACCATTTTGACCTTTTCTTTTTTCATTCATTAATTGTTCAAACTACACAGTTTTATCTGTTGCATTTAAATACTCCCGTAATTTTCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTT-T--TTTGAATAAAGTTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGTATGTTTTTAATCTAACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGTAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaagtatacatatagatacatatacacatgcatatagttcacacatatatattgaataaactaaataataaaaatgaataaatgcaatgacttcatgtgatttactagttatatttttcttaatagtatatgatTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCAATGTCTTTGAAATATTCATAGATCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGTATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aAAAAAG----T--TGATATC----TA-AGACTTGAGTAAAATTCACAATCAATTA-AAAA--TGATGTTCGACTTCAACTGCAACT-TC--AT-TAAAAC-AA---TGGCAAATTCATTCGTTGATCTGATGTTTTCGGTCGGGTGTATagca
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttatgttttcaactgatcatacacgtaaataattatattctcaaactgctatatgcattataCACAAATTTTCGTAAATAGAAACTAGGAATGTCATTGTGTAGGTCAGAATACAAGACACAGTCAGT--GAAAATGTGA-TT-----TTTATCTTCAACT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CACCATAGTCGGACTGTTTC-G--GACTTTTGGTTTGCTCAACACGATCTCCAACCCAGG
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCATAGTCGGACTGTTTCGG--ACTTTTGGTTTGGTCA-ACACGA-TCTCCATCCCAGGTAACCTTTGATAGAAGtaacctttcatagagttgtttgagcaa
gi|3                          :                                                                          TACATTCATTTACAAACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------A--------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATCCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----A-TTCATTCAAAAGCGAAAA-GCAATACATGTACAATTAAATAGCAAAAAATCTTCTTCTATACTTTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAGT--TC--TTTT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTATAAACATCAATTTTTCGATTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATGATGGTTTATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATCAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAAGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCCACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAACTCAGTTTTATACAAACTGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTTATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATTTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTGCATATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATATAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGTAATATTCATTGACCATTCACGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-ATTTTTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAATATCGCCTC---TAGAAGATATATTTtgtttgagca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGGTCGCCTC---TAGAAGATACATTTGtagc
gi|4                          :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T--AGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTTAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTAAATATTAAATTTTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCCCCTCTATTTTGATTAAATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTTAGAAACGGAAA-TAAATAAATGAACAATTAAATAGATAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAGCATCAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAACGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAA-------GAGTTTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTTCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATAAATTAACTTTTGGCTTTGTACACGTCATATATTCATAAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATGCTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-C-CCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|5                          :                                                                          TAAATTAATTTTCACACTTGTAACGTGAAAAAACTAAAATA-GGGGTCGTCTACTATATTA-ATAA--------GA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTGATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAGTTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAGTTTGCTAAGACACCAATAAAACACTTATGATCACATCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA-----ATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAACTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTTAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TTTT----GT---ATTAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATGTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-AT-----TTCATCTTCAACT-TCTGATGTAGAAC-AAAATTTGCAGATTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCAAGTTTCTACCACTAGAGGAATATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACAAAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTTTGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTTTTTTGTCAGTCTTTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGCATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTATACATCATATATTCATT
gi|6                          :              acacgtagtacagacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgatattatgtgattaaatagttatatttttcttaatagtaAA-GAGGTCGTCTACTATGTTA-ACAA--------AA-------------------T-CAGGTGAAAGAGGTAATAGTAAATTGACTAAAAG-AAAGAAGTGCATCAATAACTTAGTCTTTAGTATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATACAATTTGCTAAAACACCAATAAAACAATTATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATAATTTCT-----------------------TCTGAACAAGAGTTGTTTTAAAAGA-------AAAA----AA--CATTCAAAAA-GAAAA-GAAATAAATGT------------CTAAACATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GA---AAT-AA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCAATTGATGGTTAAAGCAAAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GACTATG----TG-ATGTAAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGACAA--TGA-GT-----T---TCTTCAATT-TCTGACGAAGAAC-AAACTTTGCAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggattaggatgcaatatatactaaatatgtgtgtgcaagtgtaatgacttataccttttttagtttttttgaataattaactattaccttactTTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCGGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTACAGCTTCGAAATTT-GCTAGAACCCGAAGATGGCCCCTGCTCATGTTTCAGTTAACATAGTTTTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCAGTAATTGTTC------------------TTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACATATACATATATTAACTTTTGGCTTAGCACTCATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCAAGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATGCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACcatcttcaacttctgacgtagaacaaaatttgcggagtctttcgttgataggtgttttcgatcgagtatatctcccagtttctaccgctagaggaagattacagcttcgaaatttgctagaacccgaagatggcccctgctcatgtttcagttaacatagttttcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatttattaccattttgaccatttcttttgtcattcagtaattgttcttttgcatttaagtactctcgtattttacatatacatatattaacttttggcttagcactcatcatatattcattagcatctgtctcttgaataaatttaagcatgttactctcccaagtctttgaaatattcatagaccattcatgcactttacgtattatgctatcgactggcatgtttttaattctacaccatagaca
gi|8                          :                              ttaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatTACATTCATTTACACACATGTAATGTGACAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTTCTATGTTA-AAA---------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTTATA----CTTTACTAAAAG-AAAGAGAAGCATACATAACCTAGTATTTAATATTAAATTCTGTCTTAGATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATATATTCT-----------------------T-------------------AAAGG--------AAA----AATTCATTCAGAGACGGAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTTa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtaTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAcatcttcaacttctgacgtagaacaaa
gi|9                          : atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtatacattcatttacacacatgtaatgtgacaaaactaaaaaaggggtcgtcttctatgttaaaaaatcaggttagaaaggttatactttactaaaagaaagagaagcatacataacctagtatttaatattaaattctgtcttagataagtcctatataatttgctaaaacaccaataaaacactaataatcacctctattttgattagatttaaaacaacgagatatattcttaaaggaaaaattcattcagagacggaaaggaataaatgtacaattaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTACATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATCAAAAACATCAATTTTTC---TGAGGTCAGAA-T-AAAAAGC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TC----TG-AGGTCAGAATAAAAAGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAATT-TCTGACGTACAAC-AAAATTTACAGAGTCTTTCGTTGATA-TGTGTTTTTGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTGGAGGAAGATTGCAGCTTCGAA--TTTGCTAGAACGCGACGATTGCCCCTGCTCACGTTACAGTTAACATAGAATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATGTATTACCAT-----------CTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGTATACATATATTTACTTTTGGCTTTGTACACATCATAAATTCATTAGTATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATacaatcaattagaaaatgagtttcatcttcaatttctgacgtacaacaaaatttacagagtctttcgttgatatgtgtttttgatcgagtatatctcccagtttctaccgctggaggaagattgcagcttcgaatttgctagaacgcgacgattgcccctgctcacgttacagttaacatagaattcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatgtattaccatcttttgtcattcattaattgttcaaaccacaattttttatcttttgcatttaagtactgtcgtattttacgtatacatatatttacttttggctttgtacacatcataaattcattagtatctgtctcttgaataaatttaaccatgttactctcccatgtctttgaaatat
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATACCACTTTTCTATTTAATGTTATTTATACATTTATAGACTCTTTTTTTACAATAACAGTAATATATAAAATACAATCAAACGTTCTTAACCAGATGTAATAACGACCTTGAATAAGACATTTAAAACAAATTTTGGTCACAATATGAAACGTGCGAATATATACATGTACATATCTTATTCATTCACACATGCACATAGTTTACACACATAGTAAATTATATAATCAAGATAAATAAATTCCAATGTTTTATGCAAATAAATACTTATATGTTTTGTTAAAAATATACATTATTTACACATTTATATAGTGCAATAAAACTATAAAA
Unaligned ( gi|16 ): GACTTTTATCTTCTATATCAGTGTCACATACAAAAATTACAAAAACAGACATACAAAAACTACAATCAAACGTTCAAACTCGGCCGCATGAGCCATTTAAAACACACGTTATTCACAATATAAAACGTACATACACATATACAACCGTGTATGTACATCAACACACATACATATAATAAATATACATAAACATGTAAATGTCGTACACTTACACATACACATACATATGTATCGAACGCGATTAAAAATCATAGCGATAGATTAAAACAAAAACATG
Unaligned ( gi|17 ): TACATAGCTTTTAGACTTTAATATTTTATTCACATACAAACGTTGCAGTAATAGTCATATAAATACAATCATACTTTTTATTACGACCTATGAAACAATTTTTATTACCACTGTAAAACGCACATACATAATAAAATTATATACATATACACATATATATTGAATAAATCATATAATAAAGATAAATAAATAAATGCAATGATTTCATGCGATTAGGTAGTTATATTTTTATAAAAGTGTGTATTTAATAGAATTTATGGTGCAATAAATAT
Unaligned ( gi|22 ): TATATTTTAAAATATTATAGACATACAAAAGTAACAATAATAGTCATGTATAAAAAACAATCAAACTTTTGTATCCGTCCGTAATTACGACCAATGAGACACTAAAAACAATTTTTATTACCAATGTAAAACGCATATACGCCTATACATATATACATATATATGCATACATATATACAAAG
Unaligned ( gi|23 ): GACTGTTATATTTTATTACAGTATCACATACAAGAGTATGACAGACATTTTAAATACAATAAAATTTTCATACCCAACTGTAATTATAACATATTGTTTTAAAACAAATATTGTTTACAATATATAAAATGTCCATTCATATATAGATACATATATATTTACAGATGTACATAAACATGTG
Unaligned ( gi|24 ): ACTGTTTAACCTTTCCTAGTTTGTTAACGCGTCTAATACTAAAATAACACTCACAAATATATAAAATTTACAATTAAACTTTCATATTCGGTCGTAATCACAACGTATGGGATACTGAAAATGAATTGTATTCGCAATTTTTAATTTTATGATATTTAATGTATGTTTATATACATA
Unaligned ( gi|25 ): TATCAAAGTGCCACATATAAAACTTATAATTACAAACATGTATACCGTACAATCAAACTTCCATACAAGGCTGTAATCATGAGACACTTACAACGAATTGAGTTTACACTTTAA
Unaligned ( gi|26 ): TGTATGGTTTGCATTGTAGCTAGGCATGCTCCCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTGATTGTTCACAAATAATTATCTCCATATATATATATATGATATG
Unaligned ( gi|30 ): GTAAATATATGTCTGGTTGTTCACAAATAGTTATCCAAATATATAATGTATGATATGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                           444444444444444444444444444444                                                                                                                                                                             0000000000000000000000000000000000000000000     1111111    1111                                                                                            11  11    1111  111      11                                                         111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                   8                   4   333333333333333333333333333333 4       0          9999            4                                                                                        0                                         1     4444444444444444444444444444444444444444444     8888888    2222   1                5                                                             55  8     11  11    7777  444      11                 1                           5           000                           7777 44       6666  3                                 44   3  77777             3             3                          4                                                                                                                                                         4                                                        88                                                                               1        44   4 55                                                                    66 66                                                       4 66 1                     4                    777               
lowQualScore                  :                                                                                                                   .                   .   .............................. .       .          ....            .                                                                                        .                                         .     ...........................................     .......    ....   .                .                                                             ..  .     ..  ..    ....  ...      ..                 .                           .           ...                           .... ..       ....  .                                 ..   .  .....             .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        ..                                                                               .        ..   . ..                                                                    .. ..                                                       . .. .                     .                    ...               
lowQualScore                  :                                                                                                                   9                   4   222222222222222222222222222222 4       9          4444            4                                                                                        8                                         0     6666666666666666666666666666666666666666666     6666666    1111   4                0                                                             55  0     00  00    0000  000      00                 6                           0           000                           1111 66       5555  1                                 22   1  77777             1             3                          0                                                                                                                                                         0                                                        66                                                                               2        88   0 55                                                                    11 11                                                       4 11 0                     0                    888               
consensus                     :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
Reference ( family-504 )      :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|1                          :                                                                          TACATTAATTTACACACATGTAACGTGATAAAACTAAAA---GGGGTTGTCTACTTTGTTACAAAA--------AG-------------------T-CAGGTTA-AAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATCAAAAACTTAGTATTTAGTATTAAATTCTATCTTTAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAAACACTTCTATTTTGATTAGATTTAAAGCAACGAGATAAATTCT-----------------------TCTGTAC-------------AAGAGTCGTTTTAAAAGACTAATTCATTAAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTCAAAATCTTCTTTTATACATTTTAAAAAGTGCATTTTTAC-CAAAT--TG--AATT----GT---AATAAA--TCACATTTTATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAA-GC-AAAAAGCTATT---GTCCATATCACGAGCTTTCTTAAATAA----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAATAGGCACAATCAATTAAAAAT--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTAT--CTCCTAGTTTTTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACACGACGATGGTCCCTGCTCATTATACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAG----------GCGGTATCTTCGC-AATTTATTACTATTTTGACCATTT--TTTGTCATTCATTAAGTTATCAAACCACACTTTTTTTTCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTAACGTATGAATATATTAACTTTTAGCTTTGTACACATCAAATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTT----AAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCGTGAAATTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--A----TTGTGTTATT---TAAGA-CTCCCACCCTAGATCGCCTC---TAGAATATATATTTG
gi|10                         :                                                                                                         tttaagacctttatattttattagagtgtcacatataaacgttacaacaatagtcatatataaaatacaatcaaactttcatatccggccgtaattacaacttgtgagacacttaaaacaacttttattcacaatgtaaaacacatatgcacttatacctatatatgctaacatatatacatataagatacatatagatacatatacacatacacatagtacacacatatatatatatattgaataaattatataattaagataaataaatgcaatgatttcatgtgattaaatagtaatatttttctaaatagtaAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAACATCTTCTTCTATTCAGTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATGAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGTTATC---GCTCATATCACAAGCTTTCTTGAATAG----T--GAATATT----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCATCT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTTTTTCGTTTATA-GGTGTTTTCAGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCCAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGATCagc
gi|11                         :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGTTCGTGTAATATGTTA-AAA---------AA-------------------T-CAGGTTAGAAACGTAATA----CTTTACTAAAAG-AAACAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTGTAT-TTAAATAAGTCCTATAGAATTGGCTAAAACACCAATAAAACACTAAATATCACCTCTATTTTGATAAGATTTAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atgnnnnnnnnnncacaaataattatctccatatatatatgcttacatatatacacataagtcatataaacatatacacatacacatagtacacacatctatattgaataatttatacaattaagataaataaatgcaatgatttcatgcgattaaatggttatatttttcaaaatagtaGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAAGTTTTATCTATTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--TTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCGTGTCTTTGAAATGTTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATCTTTTTAATTCTATACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTT---TAGAAGATACATTTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGATTGCGGCTTTGTTGTTTTGCAAGGACATGACAATGGCCTCTTCTTATATTACAGCTAACGTAGTA----GTC--------AGTCTT------------------T-AATTTGTTACAATCCTTAC---TTTTATTGTCATTCGTTTATTGTTCAAATCACAA------ATCTTTGGT-TTTAAGTACTCTCCTATTCTATGTATACATATGATAATATTTAGCGTAGTATACATCATACATCCGTTAGCATTTAGTCATGACTTGAATAGATTAAAGCATATTACTCGCCCATGTCTTTGGAATATTTAAGGACCGTTCATGTACTTCAAGCTAGTATTATagc
gi|15                         :                                                                          TATATTCAATTACACACTTGTAATGTAATAAAATTAAAAAG-GGGATCGTCTGCAATGTTA-TAAA--------AAGAATCTATATATGATAATTT-CAGGCTAAAAAGGTAATT----ATTAACAAAAAGGAAAGAAGTGCATAAATAACTTAGTATCTAATATTACATTCTATCTTTAATAAGTCCTATA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atacatatacacatacacatagtacacacatatgtattgaataaattgtataattaagataaataaatgcaatgatttcttgcgactgcatatttatatttttctaaatagtaCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTA-T--TTTGAATAAAATTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGCATGTTTTTAATCTTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTGTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcTCATATGA--AGCTTTAAGAAATAA----T--TCGTAAC----GG-AAATCTGAGTAAAACGTACAACCTATCAAAAAA--TGT-AT-----TTCATCTTCAGTTGTATGA-GTGTCAC-AGTATTTGCAAATACGGTCATTAACA-GGAGTTTTAGGTCTAGTGTATCGCCCAGTTTCAATAGCTAATTGGAGATTGCAACTTCTAAATTTGGATAATTTACGACGTTGGTCTCTGCTCATATTTAATTTAACATAAAATTagc
gi|2                          :                                                                                                 TGTGATAAAACTAAAAAC-TGGATCGTCTACAATGTTA-AAAATGAGTATAAA-------------------TTCAGGTTAAAAAGATAATT----ATTTACAAAAAG-AAAGAGGTACATAGATAAC---------AATATTAAA---------------GTCCTATATAAT----------------AAAATACTTATAATCACCTCTA----GATTAGATTTAAACCAACGAGATAAATTCTTCTGTACAAGAGTCACTTCGTTTT-------------------AAAAG-------AAAA----AAT-CATTCAAAAACAAAAAAGGAACAAATGAACAATTATAGAGCTAAACATCGTCTTCTATACGTTTTAAAA------TTT--GC-TAAGT--TG--TAAT----GT---AATATA--TCACATTTTGTTAAAAATATCAATTTTTCGGTCGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTTTC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTTAAAATAAAAGACACAATCAATTAAAAAA--TGA-GT-----TTAATCTTCAATT-TCTGACTTA-AACAAAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTTATA-GGTGCTTTCGTTCGAGTATATCCCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGGAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTTATGTTACAGTTAACATAGTATTCAATCTTTAATTCAGTTTTATTTAAACGGTGTGTTCGCAAATTTATTACCATTTTGACCTTTTCTTTTTTCATTCATTAATTGTTCAAACTACACAGTTTTATCTGTTGCATTTAAATACTCCCGTAATTTTCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTT-T--TTTGAATAAAGTTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGTATGTTTTTAATCTAACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGTAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaagtatacatatagatacatatacacatgcatatagttcacacatatatattgaataaactaaataataaaaatgaataaatgcaatgacttcatgtgatttactagttatatttttcttaatagtatatgatTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCAATGTCTTTGAAATATTCATAGATCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGTATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aAAAAAG----T--TGATATC----TA-AGACTTGAGTAAAATTCACAATCAATTA-AAAA--TGATGTTCGACTTCAACTGCAACT-TC--AT-TAAAAC-AA---TGGCAAATTCATTCGTTGATCTGATGTTTTCGGTCGGGTGTATagca
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttatgttttcaactgatcatacacgtaaataattatattctcaaactgctatatgcattataCACAAATTTTCGTAAATAGAAACTAGGAATGTCATTGTGTAGGTCAGAATACAAGACACAGTCAGT--GAAAATGTGA-TT-----TTTATCTTCAACT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CACCATAGTCGGACTGTTTC-G--GACTTTTGGTTTGCTCAACACGATCTCCAACCCAGG
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCATAGTCGGACTGTTTCGG--ACTTTTGGTTTGGTCA-ACACGA-TCTCCATCCCAGGTAACCTTTGATAGAAGtaacctttcatagagttgtttgagcaa
gi|3                          :                                                                          TACATTCATTTACAAACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------A--------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATCCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----A-TTCATTCAAAAGCGAAAA-GCAATACATGTACAATTAAATAGCAAAAAATCTTCTTCTATACTTTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAGT--TC--TTTT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTATAAACATCAATTTTTCGATTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATGATGGTTTATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATCAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAAGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCCACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAACTCAGTTTTATACAAACTGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTTATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATTTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTGCATATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATATAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGTAATATTCATTGACCATTCACGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-ATTTTTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAATATCGCCTC---TAGAAGATATATTTtgtttgagca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGGTCGCCTC---TAGAAGATACATTTGtagc
gi|4                          :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T--AGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTTAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTAAATATTAAATTTTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCCCCTCTATTTTGATTAAATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTTAGAAACGGAAA-TAAATAAATGAACAATTAAATAGATAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAGCATCAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAACGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAA-------GAGTTTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTTCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATAAATTAACTTTTGGCTTTGTACACGTCATATATTCATAAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATGCTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-C-CCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|5                          :                                                                          TAAATTAATTTTCACACTTGTAACGTGAAAAAACTAAAATA-GGGGTCGTCTACTATATTA-ATAA--------GA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTGATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAGTTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAGTTTGCTAAGACACCAATAAAACACTTATGATCACATCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA-----ATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAACTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTTAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TTTT----GT---ATTAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATGTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-AT-----TTCATCTTCAACT-TCTGATGTAGAAC-AAAATTTGCAGATTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCAAGTTTCTACCACTAGAGGAATATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACAAAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTTTGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTTTTTTGTCAGTCTTTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGCATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTATACATCATATATTCATT
gi|6                          :              acacgtagtacagacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgatattatgtgattaaatagttatatttttcttaatagtaAA-GAGGTCGTCTACTATGTTA-ACAA--------AA-------------------T-CAGGTGAAAGAGGTAATAGTAAATTGACTAAAAG-AAAGAAGTGCATCAATAACTTAGTCTTTAGTATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATACAATTTGCTAAAACACCAATAAAACAATTATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATAATTTCT-----------------------TCTGAACAAGAGTTGTTTTAAAAGA-------AAAA----AA--CATTCAAAAA-GAAAA-GAAATAAATGT------------CTAAACATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GA---AAT-AA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCAATTGATGGTTAAAGCAAAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GACTATG----TG-ATGTAAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGACAA--TGA-GT-----T---TCTTCAATT-TCTGACGAAGAAC-AAACTTTGCAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggattaggatgcaatatatactaaatatgtgtgtgcaagtgtaatgacttataccttttttagtttttttgaataattaactattaccttactTTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCGGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTACAGCTTCGAAATTT-GCTAGAACCCGAAGATGGCCCCTGCTCATGTTTCAGTTAACATAGTTTTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCAGTAATTGTTC------------------TTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACATATACATATATTAACTTTTGGCTTAGCACTCATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCAAGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATGCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACcatcttcaacttctgacgtagaacaaaatttgcggagtctttcgttgataggtgttttcgatcgagtatatctcccagtttctaccgctagaggaagattacagcttcgaaatttgctagaacccgaagatggcccctgctcatgtttcagttaacatagttttcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatttattaccattttgaccatttcttttgtcattcagtaattgttcttttgcatttaagtactctcgtattttacatatacatatattaacttttggcttagcactcatcatatattcattagcatctgtctcttgaataaatttaagcatgttactctcccaagtctttgaaatattcatagaccattcatgcactttacgtattatgctatcgactggcatgtttttaattctacaccatagaca
gi|8                          :                              ttaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatTACATTCATTTACACACATGTAATGTGACAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTTCTATGTTA-AAA---------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTTATA----CTTTACTAAAAG-AAAGAGAAGCATACATAACCTAGTATTTAATATTAAATTCTGTCTTAGATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATATATTCT-----------------------T-------------------AAAGG--------AAA----AATTCATTCAGAGACGGAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTTa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtaTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAcatcttcaacttctgacgtagaacaaa
gi|9                          : atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtatacattcatttacacacatgtaatgtgacaaaactaaaaaaggggtcgtcttctatgttaaaaaatcaggttagaaaggttatactttactaaaagaaagagaagcatacataacctagtatttaatattaaattctgtcttagataagtcctatataatttgctaaaacaccaataaaacactaataatcacctctattttgattagatttaaaacaacgagatatattcttaaaggaaaaattcattcagagacggaaaggaataaatgtacaattaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTACATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATCAAAAACATCAATTTTTC---TGAGGTCAGAA-T-AAAAAGC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TC----TG-AGGTCAGAATAAAAAGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAATT-TCTGACGTACAAC-AAAATTTACAGAGTCTTTCGTTGATA-TGTGTTTTTGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTGGAGGAAGATTGCAGCTTCGAA--TTTGCTAGAACGCGACGATTGCCCCTGCTCACGTTACAGTTAACATAGAATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATGTATTACCAT-----------CTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGTATACATATATTTACTTTTGGCTTTGTACACATCATAAATTCATTAGTATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATacaatcaattagaaaatgagtttcatcttcaatttctgacgtacaacaaaatttacagagtctttcgttgatatgtgtttttgatcgagtatatctcccagtttctaccgctggaggaagattgcagcttcgaatttgctagaacgcgacgattgcccctgctcacgttacagttaacatagaattcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatgtattaccatcttttgtcattcattaattgttcaaaccacaattttttatcttttgcatttaagtactgtcgtattttacgtatacatatatttacttttggctttgtacacatcataaattcattagtatctgtctcttgaataaatttaaccatgttactctcccatgtctttgaaatat


blockSeqs                     :                                                                                                                   A                   .   AAAGAATCTATATATGATAATT         T                  GTAA            G                                                                                                                                  A     TCTGTACAAGAGTCACTTCGTTTT                        .          .      T                A                                                             .   T     AG  AA    TGAG  CAG      AG                 C                           A           ATG                           AAAC AG       ATTG  T                                 TG   T  TCGAC             G             A                          T                                                                                                                                                         A                                                        AG                                                                               A        TA   A GA                                                                    AG TA                                                       G TT T                     T                    TGA
blockSeqs                     :                                                                                                                   A                   .   ATGAGTATAAA                    .                  .               .                                                                                                                                  C     TCTGAACAAGAGTTGTTTTA                            .          .      T                .                                                             .   T     AG  AA    TGAG  CAG      AG                 T                           .           .                             .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        AG                                                                               G        T    . .                                                                     .  .                                                        . .  T                     .                    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                   .                   .   AAA                            .                  .               .                                                                                                                                  C     T                                               .          .      T                .                                                             .   .     .   .     .     .        .                  C                           .           .                             .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        TT                                                                               G        T    . .                                                                     .  .                                                        . .  T                     .                    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                   .                   .   AGA                            .                  .               .                                                                                                                                  C     T                                               .          .      T                .                                                             .   .     .   .     .     .        .                  C                           .           .                             .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        AT                                                                               G        T    . .                                                                     .  .                                                        . .  T                     .                    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                   .                   .   AAA                            .                  .               .                                                                                                                                  A     T                                               .          .      .                .                                                             .   .     .   .     .     .        .                  C                           .           .                             .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        AT                                                                               A        T    . .                                                                     .  .                                                        . .  A                     .                    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                   .                   .   AA                             .                  .               .                                                                                                                                  T     T                                               .          .      .                .                                                             .   .     .   .     .     .        .                  C                           .           .                             .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        TT                                                                               A        T    . .                                                                     .  .                                                        . .  C                     .                    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                   .                   .   AA                             .                  .               .                                                                                                                                                                                                                           .                                                             .   .     .   .     .     .        .                  C                           .                                         .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        .                                                                                A        T    . .                                                                     .  .                                                        . .  T                     .                    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                   .                   .   AA                             .                  .               .                                                                                                                                                                                                                                                                                         .   .     .   .     .     .        .                  .                                                                     .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        .                                                                                A        .    . .                                                                     .  .                                                        . .  T                     .                    .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .   .     .   .     .     .        .                  .                                                                     .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                                                                                                         A        .    . .                                                                                                                                                            .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .    .        .     .                                 .    .  .                 .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .     .                                 .    .  .                 .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                           AAA***************************                                                                                                                                                                             T******************************************     *******    ****                                                                                  **
originalCons                  :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
finalCons                     :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAAAA---------------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCTT------------------------------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATACCACTTTTCTATTTAATGTTATTTATACATTTATAGACTCTTTTTTTACAATAACAGTAATATATAAAATACAATCAAACGTTCTTAACCAGATGTAATAACGACCTTGAATAAGACATTTAAAACAAATTTTGGTCACAATATGAAACGTGCGAATATATACATGTACATATCTTATTCATTCACACATGCACATAGTTTACACACATAGTAAATTATATAATCAAGATAAATAAATTCCAATGTTTTATGCAAATAAATACTTATATGTTTTGTTAAAAATATACATTATTTACACATTTATATAGTGCAATAAAACTATAAAA
Unaligned ( gi|16 ): GACTTTTATCTTCTATATCAGTGTCACATACAAAAATTACAAAAACAGACATACAAAAACTACAATCAAACGTTCAAACTCGGCCGCATGAGCCATTTAAAACACACGTTATTCACAATATAAAACGTACATACACATATACAACCGTGTATGTACATCAACACACATACATATAATAAATATACATAAACATGTAAATGTCGTACACTTACACATACACATACATATGTATCGAACGCGATTAAAAATCATAGCGATAGATTAAAACAAAAACATG
Unaligned ( gi|17 ): TACATAGCTTTTAGACTTTAATATTTTATTCACATACAAACGTTGCAGTAATAGTCATATAAATACAATCATACTTTTTATTACGACCTATGAAACAATTTTTATTACCACTGTAAAACGCACATACATAATAAAATTATATACATATACACATATATATTGAATAAATCATATAATAAAGATAAATAAATAAATGCAATGATTTCATGCGATTAGGTAGTTATATTTTTATAAAAGTGTGTATTTAATAGAATTTATGGTGCAATAAATAT
Unaligned ( gi|22 ): TATATTTTAAAATATTATAGACATACAAAAGTAACAATAATAGTCATGTATAAAAAACAATCAAACTTTTGTATCCGTCCGTAATTACGACCAATGAGACACTAAAAACAATTTTTATTACCAATGTAAAACGCATATACGCCTATACATATATACATATATATGCATACATATATACAAAG
Unaligned ( gi|23 ): GACTGTTATATTTTATTACAGTATCACATACAAGAGTATGACAGACATTTTAAATACAATAAAATTTTCATACCCAACTGTAATTATAACATATTGTTTTAAAACAAATATTGTTTACAATATATAAAATGTCCATTCATATATAGATACATATATATTTACAGATGTACATAAACATGTG
Unaligned ( gi|24 ): ACTGTTTAACCTTTCCTAGTTTGTTAACGCGTCTAATACTAAAATAACACTCACAAATATATAAAATTTACAATTAAACTTTCATATTCGGTCGTAATCACAACGTATGGGATACTGAAAATGAATTGTATTCGCAATTTTTAATTTTATGATATTTAATGTATGTTTATATACATA
Unaligned ( gi|25 ): TATCAAAGTGCCACATATAAAACTTATAATTACAAACATGTATACCGTACAATCAAACTTCCATACAAGGCTGTAATCATGAGACACTTACAACGAATTGAGTTTACACTTTAA
Unaligned ( gi|26 ): TGTATGGTTTGCATTGTAGCTAGGCATGCTCCCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTGATTGTTCACAAATAATTATCTCCATATATATATATATGATATG
Unaligned ( gi|30 ): GTAAATATATGTCTGGTTGTTCACAAATAGTTATCCAAATATATAATGTATGATATGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                           444444444444444444444444444444                                                                                                                                                                             0000000000000000000000000000000000000000000     1111111    1111                                                                                            11  11    1111  111      11                                                         111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                   8                   4   333333333333333333333333333333 4       0          9999            4                                                                                        0                                         1     4444444444444444444444444444444444444444444     8888888    2222   1                5                                                             55  8     11  11    7777  444      11                 1                           5           000                           7777 44       6666  3                                 44   3  77777             3             3                          4                                                                                                                                                         4                                                        88                                                                               1        44   4 55                                                                    66 66                                                       4 66 1                     4                    777               
lowQualScore                  :                                                                                                                   .                   .   .............................. .       .          ....            .                                                                                        .                                         .     ...........................................     .......    ....   .                .                                                             ..  .     ..  ..    ....  ...      ..                 .                           .           ...                           .... ..       ....  .                                 ..   .  .....             .             .                          .                                                                                                                                                         .                                                        ..                                                                               .        ..   . ..                                                                    .. ..                                                       . .. .                     .                    ...               
lowQualScore                  :                                                                                                                   9                   4   222222222222222222222222222222 4       9          4444            4                                                                                        8                                         0     6666666666666666666666666666666666666666666     6666666    1111   4                0                                                             55  0     00  00    0000  000      00                 6                           0           000                           1111 66       5555  1                                 22   1  77777             1             3                          0                                                                                                                                                         0                                                        66                                                                               2        88   0 55                                                                    11 11                                                       4 11 0                     0                    888               
consensus                     :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
Reference ( family-504 )      :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATANATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAANTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCGTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|1                          :                                                                          TACATTAATTTACACACATGTAACGTGATAAAACTAAAA---GGGGTTGTCTACTTTGTTACAAAA--------AG-------------------T-CAGGTTA-AAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATCAAAAACTTAGTATTTAGTATTAAATTCTATCTTTAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAAACACTTCTATTTTGATTAGATTTAAAGCAACGAGATAAATTCT-----------------------TCTGTAC-------------AAGAGTCGTTTTAAAAGACTAATTCATTAAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTCAAAATCTTCTTTTATACATTTTAAAAAGTGCATTTTTAC-CAAAT--TG--AATT----GT---AATAAA--TCACATTTTATTAAAAACATCAATTTTTCGGTTGATGTTAAA-GC-AAAAAGCTATT---GTCCATATCACGAGCTTTCTTAAATAA----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAATAGGCACAATCAATTAAAAAT--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTAT--CTCCTAGTTTTTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACACGACGATGGTCCCTGCTCATTATACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAG----------GCGGTATCTTCGC-AATTTATTACTATTTTGACCATTT--TTTGTCATTCATTAAGTTATCAAACCACACTTTTTTTTCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTAACGTATGAATATATTAACTTTTAGCTTTGTACACATCAAATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTT----AAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCGTGAAATTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--A----TTGTGTTATT---TAAGA-CTCCCACCCTAGATCGCCTC---TAGAATATATATTTG
gi|10                         :                                                                                                         tttaagacctttatattttattagagtgtcacatataaacgttacaacaatagtcatatataaaatacaatcaaactttcatatccggccgtaattacaacttgtgagacacttaaaacaacttttattcacaatgtaaaacacatatgcacttatacctatatatgctaacatatatacatataagatacatatagatacatatacacatacacatagtacacacatatatatatatattgaataaattatataattaagataaataaatgcaatgatttcatgtgattaaatagtaatatttttctaaatagtaAAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAACATCTTCTTCTATTCAGTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAACATGAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGTTATC---GCTCATATCACAAGCTTTCTTGAATAG----T--GAATATT----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCATCT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTTTTTCGTTTATA-GGTGTTTTCAGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCCAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGATCagc
gi|11                         :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAA-GGGTTCGTGTAATATGTTA-AAA---------AA-------------------T-CAGGTTAGAAACGTAATA----CTTTACTAAAAG-AAACAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTGTAT-TTAAATAAGTCCTATAGAATTGGCTAAAACACCAATAAAACACTAAATATCACCTCTATTTTGATAAGATTTAAAAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atgnnnnnnnnnncacaaataattatctccatatatatatgcttacatatatacacataagtcatataaacatatacacatacacatagtacacacatctatattgaataatttatacaattaagataaataaatgcaatgatttcatgcgattaaatggttatatttttcaaaatagtaGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAAGTTTTATCTATTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTACACATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--TTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCGTGTCTTTGAAATGTTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATCTTTTTAATTCTATACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTT---TAGAAGATACATTTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGATTGCGGCTTTGTTGTTTTGCAAGGACATGACAATGGCCTCTTCTTATATTACAGCTAACGTAGTA----GTC--------AGTCTT------------------T-AATTTGTTACAATCCTTAC---TTTTATTGTCATTCGTTTATTGTTCAAATCACAA------ATCTTTGGT-TTTAAGTACTCTCCTATTCTATGTATACATATGATAATATTTAGCGTAGTATACATCATACATCCGTTAGCATTTAGTCATGACTTGAATAGATTAAAGCATATTACTCGCCCATGTCTTTGGAATATTTAAGGACCGTTCATGTACTTCAAGCTAGTATTATagc
gi|15                         :                                                                          TATATTCAATTACACACTTGTAATGTAATAAAATTAAAAAG-GGGATCGTCTGCAATGTTA-TAAA--------AAGAATCTATATATGATAATTT-CAGGCTAAAAAGGTAATT----ATTAACAAAAAGGAAAGAAGTGCATAAATAACTTAGTATCTAATATTACATTCTATCTTTAATAAGTCCTATA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atacatatacacatacacatagtacacacatatgtattgaataaattgtataattaagataaataaatgcaatgatttcttgcgactgcatatttatatttttctaaatagtaCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTA-T--TTTGAATAAAATTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGCATGTTTTTAATCTTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTGTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcTCATATGA--AGCTTTAAGAAATAA----T--TCGTAAC----GG-AAATCTGAGTAAAACGTACAACCTATCAAAAAA--TGT-AT-----TTCATCTTCAGTTGTATGA-GTGTCAC-AGTATTTGCAAATACGGTCATTAACA-GGAGTTTTAGGTCTAGTGTATCGCCCAGTTTCAATAGCTAATTGGAGATTGCAACTTCTAAATTTGGATAATTTACGACGTTGGTCTCTGCTCATATTTAATTTAACATAAAATTagc
gi|2                          :                                                                                                 TGTGATAAAACTAAAAAC-TGGATCGTCTACAATGTTA-AAAATGAGTATAAA-------------------TTCAGGTTAAAAAGATAATT----ATTTACAAAAAG-AAAGAGGTACATAGATAAC---------AATATTAAA---------------GTCCTATATAAT----------------AAAATACTTATAATCACCTCTA----GATTAGATTTAAACCAACGAGATAAATTCTTCTGTACAAGAGTCACTTCGTTTT-------------------AAAAG-------AAAA----AAT-CATTCAAAAACAAAAAAGGAACAAATGAACAATTATAGAGCTAAACATCGTCTTCTATACGTTTTAAAA------TTT--GC-TAAGT--TG--TAAT----GT---AATATA--TCACATTTTGTTAAAAATATCAATTTTTCGGTCGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTTTC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTTAAAATAAAAGACACAATCAATTAAAAAA--TGA-GT-----TTAATCTTCAATT-TCTGACTTA-AACAAAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTTATA-GGTGCTTTCGTTCGAGTATATCCCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGGAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTTATGTTACAGTTAACATAGTATTCAATCTTTAATTCAGTTTTATTTAAACGGTGTGTTCGCAAATTTATTACCATTTTGACCTTTTCTTTTTTCATTCATTAATTGTTCAAACTACACAGTTTTATCTGTTGCATTTAAATACTCCCGTAATTTTCGTATGCATATATTTACTTTTAGCTTTGTACACATCATATATTCGTAAGCATC--GTT-T--TTTGAATAAAGTTAAGCATGTTACTCTACCATGTCTTTGAAATATTTGTAGACCTTTCATACACTTTA--C--GTACAATTCTATCCACTGGTATGTTTTTAATCTAACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGTAAGA-CTTCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaagtatacatatagatacatatacacatgcatatagttcacacatatatattgaataaactaaataataaaaatgaataaatgcaatgacttcatgtgatttactagttatatttttcttaatagtatatgatTTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCAATGTCTTTGAAATATTCATAGATCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGTATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aAAAAAG----T--TGATATC----TA-AGACTTGAGTAAAATTCACAATCAATTA-AAAA--TGATGTTCGACTTCAACTGCAACT-TC--AT-TAAAAC-AA---TGGCAAATTCATTCGTTGATCTGATGTTTTCGGTCGGGTGTATagca
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttatgttttcaactgatcatacacgtaaataattatattctcaaactgctatatgcattataCACAAATTTTCGTAAATAGAAACTAGGAATGTCATTGTGTAGGTCAGAATACAAGACACAGTCAGT--GAAAATGTGA-TT-----TTTATCTTCAACT-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CACCATAGTCGGACTGTTTC-G--GACTTTTGGTTTGCTCAACACGATCTCCAACCCAGG
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACCATAGTCGGACTGTTTCGG--ACTTTTGGTTTGGTCA-ACACGA-TCTCCATCCCAGGTAACCTTTGATAGAAGtaacctttcatagagttgtttgagcaa
gi|3                          :                                                                          TACATTCATTTACAAACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------A--------------------T-CAGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTACATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATCCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----A-TTCATTCAAAAGCGAAAA-GCAATACATGTACAATTAAATAGCAAAAAATCTTCTTCTATACTTTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAGT--TC--TTTT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTATAAACATCAATTTTTCGATTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATGATGGTTTATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATCAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCAGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAAGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCCACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAACTCAGTTTTATACAAACTGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTTATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATTTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTGCATATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATATAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGTAATATTCATTGACCATTCACGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-ATTTTTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAATATCGCCTC---TAGAAGATATATTTtgtttgagca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGTTTTGTTAGGCAAGA-CTCCCACCCAAGGTCGCCTC---TAGAAGATACATTTGtagc
gi|4                          :                                                                          TACATTCATTTACACACTTGTAATGTGATAAAACTAAAAAAAGGGGTCGTCTACTATGTTA-AAAA--------AA-------------------T--AGGTTAGAAAGGTAATA----ATTTACTTAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTAAATATTAAATTTTATCTTAAATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCCCCTCTATTTTGATTAAATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA----AATTCATTTAGAAACGGAAA-TAAATAAATGAACAATTAAATAGATAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATTAAAAGCATCAACTTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAACGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAA-------GAGTTTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTGCAGCTTCGAAATTTTTCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACATAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACGTATACATAAATTAACTTTTGGCTTTGTACACGTCATATATTCATAAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATTCTATCGGCTGGCATGCTTTTAATTCTACACCATAGACGAACTGTTTC-A--ATTTTTTGTTTTGTTAGGCAAGA-C-CCCACCCAAGATCGCCTC---TAGAAGATACATTTGagc
gi|5                          :                                                                          TAAATTAATTTTCACACTTGTAACGTGAAAAAACTAAAATA-GGGGTCGTCTACTATATTA-ATAA--------GA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTGATA----ATTTACTAAAAG-AAAGAGGTGCATAAATAACTTAGTATTTAATATTAAGTTCTATCTTAAATAAGTCCTATATAGTTTGCTAAGACACCAATAAAACACTTATGATCACATCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATACATTCT-----------------------T-------------------AAAGG-------AAAA-----ATTCATTCAAAAACGAAAA-GGAATAAATGTACAACTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTTAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TTTT----GT---ATTAAA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATGTTTCGGTTGATGTTAAAAGC-AAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-AT-----TTCATCTTCAACT-TCTGATGTAGAAC-AAAATTTGCAGATTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGGTCGAGTATATCTCCAAGTTTCTACCACTAGAGGAATATTGCAGCTTCGAAATTTTGCTAGAACGCGACGATGGCCCCTGCTCATGTTACAGTTAACAAAGTATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTTTGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTTTTTTGTCAGTCTTTAATTGTTCAAACCACAAATTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGCATACATATATTAACTTTTGGCTTTGTATACATCATATATTCATT
gi|6                          :              acacgtagtacagacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgatattatgtgattaaatagttatatttttcttaatagtaAA-GAGGTCGTCTACTATGTTA-ACAA--------AA-------------------T-CAGGTGAAAGAGGTAATAGTAAATTGACTAAAAG-AAAGAAGTGCATCAATAACTTAGTCTTTAGTATTAAATTCTATCTTAAATAAGTCCTATACAATTTGCTAAAACACCAATAAAACAATTATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATAATTTCT-----------------------TCTGAACAAGAGTTGTTTTAAAAGA-------AAAA----AA--CATTCAAAAA-GAAAA-GAAATAAATGT------------CTAAACATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTGCATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GA---AAT-AA--TCACATTTCATTAAAAACATCAATTTTTCAATTGATGGTTAAAGCAAAAAAGCTATC---GTTCATATCACGAGCTTTCTTAAATAG----T--GACTATG----TG-ATGTAAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGACAA--TGA-GT-----T---TCTTCAATT-TCTGACGAAGAAC-AAACTTTGCAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggattaggatgcaatatatactaaatatgtgtgtgcaagtgtaatgacttataccttttttagtttttttgaataattaactattaccttactTTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAATTTGCGGAGTCTTTCGTTGATA-GGTGTTTTCGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTAGAGGAAGATTACAGCTTCGAAATTT-GCTAGAACCCGAAGATGGCCCCTGCTCATGTTTCAGTTAACATAGTTTTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATTTATTACCATTTTGACCATTTCTTTTGTCATTCAGTAATTGTTC------------------TTTTGCATTTAAGTACTCTCGTATTTTACATATACATATATTAACTTTTGGCTTAGCACTCATCATATATTCATTAGCATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAAGCATGTTACTCTCCCAAGTCTTTGAAATATTCATAGACCATTCATGCACTTTA--C--GTATTATGCTATCGACTGGCATGTTTTTAATTCTACACCATAGACcatcttcaacttctgacgtagaacaaaatttgcggagtctttcgttgataggtgttttcgatcgagtatatctcccagtttctaccgctagaggaagattacagcttcgaaatttgctagaacccgaagatggcccctgctcatgtttcagttaacatagttttcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatttattaccattttgaccatttcttttgtcattcagtaattgttcttttgcatttaagtactctcgtattttacatatacatatattaacttttggcttagcactcatcatatattcattagcatctgtctcttgaataaatttaagcatgttactctcccaagtctttgaaatattcatagaccattcatgcactttacgtattatgctatcgactggcatgtttttaattctacaccatagaca
gi|8                          :                              ttaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatTACATTCATTTACACACATGTAATGTGACAAAACTAAAAAA-GGGGTCGTCTTCTATGTTA-AAA---------AA-------------------T-CAGGTTAGAAAGGTTATA----CTTTACTAAAAG-AAAGAGAAGCATACATAACCTAGTATTTAATATTAAATTCTGTCTTAGATAAGTCCTATATAATTTGCTAAAACACCAATAAAACACTAATAATCACCTCTATTTTGATTAGATTTAAAACAACGAGATATATTCT-----------------------T-------------------AAAGG--------AAA----AATTCATTCAGAGACGGAAA-GGAATAAATGTACAATTAAATAGCTAAAAATCTTCTGCTTTAAATTTTATAAAGTGCATTT--TCTTAAATAGTGAATATCTGAGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAA-ATTAGTTTa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtaTTTCTTAAATAG----T--GAATATC----TG-AGGTCAGAATAAAAGGCACAATCAATTAGAAAA--TTA-GT-----TTCATCTTCAACT-TCTGACGTAGAAC-AAAcatcttcaacttctgacgtagaacaaa
gi|9                          : atatagatacatatacacatatacatagtacacacatatatattgaataaattatacaattaagataaataaatgcaatgctttcatgcgattagtggttatattttttattaatagtatacattcatttacacacatgtaatgtgacaaaactaaaaaaggggtcgtcttctatgttaaaaaatcaggttagaaaggttatactttactaaaagaaagagaagcatacataacctagtatttaatattaaattctgtcttagataagtcctatataatttgctaaaacaccaataaaacactaataatcacctctattttgattagatttaaaacaacgagatatattcttaaaggaaaaattcattcagagacggaaaggaataaatgtacaattaaatagctaaaaatcttctgctttaaattttataaagtgcatATTAAATAGCTAAAAATCTTCTTCTATACATTTTAAAAAGTACATTT--GC-TAAAT--TG--TATT----GT---AATAAA--TCACATTTCATCAAAAACATCAATTTTTC---TGAGGTCAGAA-T-AAAAAGC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TC----TG-AGGTCAGAATAAAAAGCACAATCAATTAGAAAA--TGA-GT-----TTCATCTTCAATT-TCTGACGTACAAC-AAAATTTACAGAGTCTTTCGTTGATA-TGTGTTTTTGATCGAGTATATCTCCCAGTTTCTACCGCTGGAGGAAGATTGCAGCTTCGAA--TTTGCTAGAACGCGACGATTGCCCCTGCTCACGTTACAGTTAACATAGAATTCAGTCTTTAATTCAGTTTTATACAAACGGTATGTTCGC-AATGTATTACCAT-----------CTTTTGTCATTCATTAATTGTTCAAACCACAATTTTTTATCTTTTGCATTTAAGTACTGTCGTATTTTACGTATACATATATTTACTTTTGGCTTTGTACACATCATAAATTCATTAGTATCT-GTC-T--CTTGAATAAATTTAACCATGTTACTCTCCCATGTCTTTGAAATATacaatcaattagaaaatgagtttcatcttcaatttctgacgtacaacaaaatttacagagtctttcgttgatatgtgtttttgatcgagtatatctcccagtttctaccgctggaggaagattgcagcttcgaatttgctagaacgcgacgattgcccctgctcacgttacagttaacatagaattcagtctttaattcagttttatacaaacggtatgttcgcaatgtattaccatcttttgtcattcattaattgttcaaaccacaattttttatcttttgcatttaagtactgtcgtattttacgtatacatatatttacttttggctttgtacacatcataaattcattagtatctgtctcttgaataaatttaaccatgttactctcccatgtctttgaaatat
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATACCACTTTTCTATTTAATGTTATTTATACATTTATAGACTCTTTTTTTACAATAACAGTAATATATAAAATACAATCAAACGTTCTTAACCAGATGTAATAACGACCTTGAATAAGACATTTAAAACAAATTTTGGTCACAATATGAAACGTGCGAATATATACATGTACATATCTTATTCATTCACACATGCACATAGTTTACACACATAGTAAATTATATAATCAAGATAAATAAATTCCAATGTTTTATGCAAATAAATACTTATATGTTTTGTTAAAAATATACATTATTTACACATTTATATAGTGCAATAAAACTATAAAA
Unaligned ( gi|16 ): GACTTTTATCTTCTATATCAGTGTCACATACAAAAATTACAAAAACAGACATACAAAAACTACAATCAAACGTTCAAACTCGGCCGCATGAGCCATTTAAAACACACGTTATTCACAATATAAAACGTACATACACATATACAACCGTGTATGTACATCAACACACATACATATAATAAATATACATAAACATGTAAATGTCGTACACTTACACATACACATACATATGTATCGAACGCGATTAAAAATCATAGCGATAGATTAAAACAAAAACATG
Unaligned ( gi|17 ): TACATAGCTTTTAGACTTTAATATTTTATTCACATACAAACGTTGCAGTAATAGTCATATAAATACAATCATACTTTTTATTACGACCTATGAAACAATTTTTATTACCACTGTAAAACGCACATACATAATAAAATTATATACATATACACATATATATTGAATAAATCATATAATAAAGATAAATAAATAAATGCAATGATTTCATGCGATTAGGTAGTTATATTTTTATAAAAGTGTGTATTTAATAGAATTTATGGTGCAATAAATAT
Unaligned ( gi|22 ): TATATTTTAAAATATTATAGACATACAAAAGTAACAATAATAGTCATGTATAAAAAACAATCAAACTTTTGTATCCGTCCGTAATTACGACCAATGAGACACTAAAAACAATTTTTATTACCAATGTAAAACGCATATACGCCTATACATATATACATATATATGCATACATATATACAAAG
Unaligned ( gi|23 ): GACTGTTATATTTTATTACAGTATCACATACAAGAGTATGACAGACATTTTAAATACAATAAAATTTTCATACCCAACTGTAATTATAACATATTGTTTTAAAACAAATATTGTTTACAATATATAAAATGTCCATTCATATATAGATACATATATATTTACAGATGTACATAAACATGTG
Unaligned ( gi|24 ): ACTGTTTAACCTTTCCTAGTTTGTTAACGCGTCTAATACTAAAATAACACTCACAAATATATAAAATTTACAATTAAACTTTCATATTCGGTCGTAATCACAACGTATGGGATACTGAAAATGAATTGTATTCGCAATTTTTAATTTTATGATATTTAATGTATGTTTATATACATA
Unaligned ( gi|25 ): TATCAAAGTGCCACATATAAAACTTATAATTACAAACATGTATACCGTACAATCAAACTTCCATACAAGGCTGTAATCATGAGACACTTACAACGAATTGAGTTTACACTTTAA
Unaligned ( gi|26 ): TGTATGGTTTGCATTGTAGCTAGGCATGCTCCCCATAGTCTGGTCTGTACATTTATGTCTGATTGTTCACAAATAATTATCTCCATATATATATATATGATATG
Unaligned ( gi|30 ): GTAAATATATGTCTGGTTGTTCACAAATAGTTATCCAAATATATAATGTATGATATGT