lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 22 55 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222 22222222222222 11 3333333333333333333333333333333 1 9999999 4
lowQualScore : 11 77 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 1 777777777 1 555555 999999999 555555 88888888888888 6 22 4444 333 4444 77777777777777 2 33 44 1111111111111111111111111111111 1 0 4 3 3 7777777 6 0
lowQualScore : .. .. . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . ......... . ...... ......... ...... .............. . .. .... ... .... .............. . .. .. ............................... . . . . . ....... . .
lowQualScore : 00 00 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 0 9 333333333 8 222222 888888888 222222 55555555555555 0 88 5555 777 5555 00000000000000 1 11 88 3333333333333333333333333333333 9 5 7 7 0 0000000 0 0
consensus : NNNNGTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATNCAAGCTGTAGATGGTANCNTACATTTTAANACGCCCTGTATGTANAGTTTTAAAAGAAGATACCACCG-NAG--------ATGAAA--AGTAAT-TATGTTT-ACA-TGTTTTGC---CT--GTGA-TTT-G--GAG--ATT--TC-AGGGAAAA-TAAAAGTGAT-A-----CATTTC--G-TGAGAGTT-A---------TTTCCCT-T--AG---GN---CAG-----ATTT----AAC----NTCN--TTTT-TTTACAAA-----AATT-A-TTGTTTGTAC---------TTG----AAAAATCGA-TTTATGT-TGATA-A--AA-GA---TAA-GT---ANA-AT-ATAGA--T---TAATCAACA-TT-GTTTTG-T---TTCGTAT-TAT-GGG-ATATA----ATTCCCN--TG--G---GCAG------TT---------CACATA------TC---------TGGT-A-AA-A-C----TTG-----T-NA--TTTAC-----GG--CA----T-----C-GG-T-TTT-AC-CA---------GA-TA------TGTG---------AA------CTG-CCCTCG---GG--AAT-TA--TAT----CC---C----ATAAT-----ACGAAA-C-AA--ATGT-TGA------TT----------TA-----A---T-TCTACATATCATATANTGNACTTT-GTTAAAATATGTTGTTACTA
Reference ( gi|2 ) : TTTGGTAATGTTGTGAATGTTGTTAATTTA--T-TACATTTAT-----AAACATATATTTAA----TAGAT--TAACA-AAATT----GATTC---------ATA--T------AAAAA---CACTGTAAG--------ATAAAA--AGCAAT-TATGTTTAATA-TGCTTTACTAACTCGGTG--TTT----GAA--ATT--T--AGAGTACA-TAAAAGTGAC-A-----CATTT-----TGAGAAAT-A---------TTTCCCT-T--AG---GG---CAA-----A-------AAC----GTCA--TTTTGTTTACAAA-----AACT-A-TTATTTGTAC---------CTG----AAAAATCGA-CTTATGT-TGATA-A--AA-GA---TAA-GT---AGA-AT-ATAGA--T---TAATCAACA-CTAATTTTG-T---TTCAAAT-AAT-GGA-ACATA----ATTTCCC--TG--G---GCAG------TT---------CACATA------TC---------TGGT-A-AA-AGC-T--TTG-----T-TA--TTTAC-----GG--CA---GT-----C-GG-T-TTT-AC-CA---------GA-TA------TGTG---------AA------CTG-CACTCG---GG--AAT-TA--TAT----CC---C----ATAGA-----ACGACG-C-AA--ATGG-TGA------TT----------TA-----A---T-TCTAGATATCATATAGTGAATTTTCGT--GCATATGCTG-TACTA
gi|1 : GTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATATAAGCTGTAAATGGTATCATACATTTTAAGACTCCCTGTATGTATAGTT------AAAGA---CATTGACAG--------AAATAA--AGTAAT--AT-TTTCGTA--GTTTTGC---CT--GTGATTTTAGG-GAA--ATTC-T--AGGGAAAA-TAAAATTGAT-ATTTCCCAGTT-----GGAGTGAT-ACTTATTAGTTTTTCCT-T--AA---GT---CAT-----ATTTTAGTAAC----AACA--TATT-TTAACAAA-----GTTC-A-TTGTGTGTAC---------TT-----AGAAATT----TTAT---------------------------------AC-ATACA--T---TAATCAACATCTGGTTT-G-T--------AT-AAC-AGA-ATATA----ATTCCCC--GG--G---GCAG------TT---------CACATA------TC---------TGTT-A-AATATC-T--TT------------TGCCC-----TG--TA---TT-----C-GGGT-TTT-AC-CA---------GA-TA------TGTG---------TA------CTG-CTTTCG---GG--AAT-TA--TAT----CT---C----AAAAT-----ACGAAA-C-AG--ACGT-TGA-------T----------TA-----ACCTT-TTTATATGCCATA
gi|4 : ttctgtATATTCAA----T-GAT--TAACC----TT----TATGC---------AAA--TTTAAAAGAAAATACCACCG-AAGGAATATTTATGAGT--AGTAATGTATGTTTGACAGTGATTTA-TA-----------------GAG--ATT--TCTAGGGAAAA-TAAAAGTAAT-AATT--CATAG-----TGGGAGTT-A---------TTTCCCT-T--TG---GT---CAG-----ATTTAAGAAACTACTGTAC--TTTTTTTCTTAAC-----AGCC-A-AAACTTGTTC---------TTG----------CGA-TTTATGT-TGATA-A--AG-AAATGTAACAT---ATACAT-GTAGA--T---AAATCAACC-GTAATTATG-T--------AT-TAT-GGG-ACATA----A---CTC--TGAGG---GCAG------TTCATCAAGTTCACATA------TC---------TGGT-acatgtaattag
gi|9 : aaattagtatcCTGTGAA--------GTGAAAGAAACAGT-TATGTT--ACA-TTTTTTGC---CT--GTGA-TTTATA-GAGCTGTC--T--AGAG-ACAATTAAAGTGAT-A-----CATTCCTAG-TGTGAATT-A---------TTTCCCT-T--TA---AC---CAG-----ATTTTGACAAC----TACC--TTTCTTTTAAAGA-----AA-T-ACTTTTTTGTTC---------TTG----AAAAATCGA--TTATGT-TGATA-tgaaccgttcaaacagtgccgtaaactaac
gi|7 : tgtcatttccaatttcacattcgtggtaagTCTGTG--TTTTGTAGAG--ATT--TTAAGAGAATA-TATAAGTTAT-A------ATTCCTGG-TAAGAGCT-A---------TTTCTCTAT--AGCCAGATTTCAG-----G-------AAT----TTTC--CTTT--TTACAAT-----ATTT-A-TTGTTTATAC---------TTA----AAAACTC----TGATGCGTG-TA-AC-AACGG---TA---T---GCA-AT-GT-----T---TA-TCAAGA-TTGGTTTCG-T--------AT-TAT-GGG-ATATA----CTTTCCT--TT--T---GCAG------TT---------CACATT------TA---------TGGT-A-AG-ATC-C--TTG-----A-AC--CTTAC-----GA--C----------------------AC-C-----------A-TA------TGTG---------AA------CTGTCA-TCG---GA--AAT-TA--
gi|5 : atatactgatagattttattgttttgGTA--TTTTA--GAG--ATTGCC--AGGGAAAA-TAAAAGTGATAA-----CACCTGG---CGAGAATTAA---------GTACCGT-T--A----GC---CAGATTTTA-------AAC----TTTA--TAT--TTTA-AAA-----AATA-A-TTGTTGGTAC---------ATG----AAAAATCGATTTTACGT-T--TA-A--A---C---TTA-GT-----A-AT-ATAAA--T---TAAGCAACA------TTTG-T---TCCGTAG-AAA-GAG-ATCTA----ACTTACT--CG--G---GCAG------GT---------CATATA------TT---------TTGT-A-AA-A-------TA-----TATA--TTTGCCTTTTGG--CA---CC-----C-GT-T-TTTCACAAA---------GG-TA------TGCG---------AA------CTG-CCTTCT---GA--GTT-TA--TAT----AC---C----ATCAT-----ACGAAG-C-a
gi|6 : ttatttcgctgcatctttgcatgt----GAG--ATT--TCAAGAGAAAA-TAAAAGTAAT-A-------TTTCACAGTGGTAATT-A---------CTCCCCT-TTTAG---A----CAG-----A-------TAT----TTCGGGTTTTTTTTTTAAA-----AA----------TACAC---------ATG----AACTATCGA-TTTATGT-TGATA-A--AT-GA----AT-GT---AGA-AT-ATAAA--T---AAATCAA------AGTTTG-T---TTCGTAT-TAT-TGG-ATATA----CGTCCTT--TG--G---TAAG------TT---------CACAT--------C---------TGGT-A-AA-AGA-A--ATGGTGCTT-TA--CTTAC--------------------------T-TTT-AC-CA---------GAGTG------TTTG---------AA-----------ATT----------ATATA--TAT----CC---C----GTTAT-----ACGAAA-T-AA--ATtgtattgtttacttacctatagagct
gi|3 : gattatgtaT-A---------TTTCCCT-TT-AGTCAGATT-CAA-----AG------AAC----CACA--TTT-GTTTTTAA--------TTGA-TTATTTTTACTTGAAAAATCTG----AAAAATCAA-TGTGTGT-TGAAA-ATAAA-GA---TAA--T---A----T-ATAGA--T---TAATCAACA-TTTGTTTTG-TATTTTGAGAT-A--------CATA----ATTATCT--TG--G---GAAG------TT---------CACATA------TC---------TGGT-A-AA-A---T--TTGAGC--C-TA-----AT-----GG--CA---CT-----C-TG-T-----AC-CA---------TG-TA------TGTGTA-------AA------CTG-CCCTCG---GG--AAT-CA--TTT----CC---C----ATAAT-----ATGAAA-C-AA--AAGT-TGG------TT----------AA-----C---C-TCTATATAatctattaacctccatataattcaactgaacagtagacacagttttgtaaa
gi|12 : T-T--AG---G--------------------AAC----GTTA--TT------ATAAT-----AACT-G-TT---TGTAT---------TTGGAAAAAAAATCTA-TTCATGT--GATATA--AA-AC---T---GT---AAT-AT-ATAGA--T---TAACCAACA-----------T---TTCATAT-TAA-GGG-ATGTA----ATTCCCG--AG--G---ATAG------TT---------CGCATA------TC---------TGGT-A-AA-Agcctcaattctgtcaaaattagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|10 : tcggaTTTCTTTACAAATTGATAAGT-G-TTACTTG--------------------AAAATCGA-TTTATAC-TAATT-A--A-------TAA-ATGTTATA-A--ATGGA--T---AAACCATCA-TTTGTTTTG-T---ATTATAT-ACT-TTA--TATA----CTTCCAT--TG--A---GCAGAAACTATT---------CCTGTT------TC---------TGGT-T-AA-AAC-T--TTG-----T-GC--TTTAC-----GA--CA---AT-----C-GG-TTTTT-AC-CAAACTTTGATGA-TA------TGCG---------AA------CTG-CTCTCA---GA--Aaagctggctaaatg
gi|8 : TGT-TGATACA--GA-AA---T---GT---AAA-ATTAAAGA--T---TAATCAACA-----TTTTG-T---TTCGTATTAAT-ATATATATA----ATTCCAT--TA--G---ACAG------TT---------AACATA------GT---------CGGC-A-AA-A-C-A--CTG-----T-GC--CTTAC-----GG--T----------------T-TTT-GA-CG---------GA-TA------TGTG---------AA------CTG-C
gi|11 : cctttgagcaggatttaggaactaacttctttttttccgaaatcatttaaataaattgc--AA-GA---AAT-GT---AAT-AA-ATAGA--T---TAATCAACA-TTGTTTTCG-T--------AT-TAT-TGG-ATATA----ACTGCCT--TG--G---TCAG------TT---------CA---------------------TGGT-C-A----------TG-------CA----TAA-----GG--T----------------T-TTT-AC-CA---------GA-CA------TACG---------AA------TTG---CTCGTA-AG--A----A--TAA----CT---C----ATAAT-----ACGAAATC-AA--ATGA-TGA------CT----------AA-----A---C-TCTAcaaatgggaagaagtaatacgaaacaaatattgattaacctccatatga
gi|15 : A-AA-ATAAA--T---AAATCAACA--TA----TG-T---TTCGTTT-AAT-GGG-ATATA----ATTCTCG--AA--G---GCAG------TT---------TACCTA------TC---------TTGT-A-Atgta
gi|3 : -AT-ATAGAGGT---TAACCAAC------TTTTG-T---TTCATAT-TAT-GGG-AAATG----ATTCCCG--AG--G---GCAG------TTTA-------CACATA------CA---------TGGT-ACAG-AG------TG-----C-CA---TTA------GG--C-----T-----CAAA-T-TTT-AC-CA---------GA-TA------TGTG---------AA------CTT-CCCAAG---AT--AAT-TATGTAT----CT---C----AAAAT-----ACAAAA-C-AA--ATGT-TGA-------T----------TA-----A-----TCTATATATTATagacatatg
gi|6 : tatttccctttagtcagattcaaagaaccacatttgtttttaattgattatttttacttgaaaaatctgaaaaatcaatgtgtgttgaaaataaag-AT-ATGGAGGT---TAATAGATA-TTTATTTCG-T--------AT-AAC-GGG-ATATATATAATTTC--------------AA------------------ACAC-------TC---------TGGT-A-AA-AG---------------TA--AGTAA-----AG--CACC-AT-----T-TC-T-TTT-AC-CA---------GA-T--------GTG---------AA------CT--TACCAA---AG--GACGTA--TAT----CC---A----ATAAT-----ACGAAA-C-AA--ACTT-TGA------TT----------TATTTATA---T-TCTACAT-TCATTTAagcctcaattctgtcaaaattagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|8 : gattatgtagagatttcaagagaaaataaaagtaatatttcacagtggtaattactccccttttagacagatatttcgggttttttttttaaaaatacacatgaactatcgatttatgttga-AT-ATGGAGGT---TAATCAATA------TTTG-T---TTCGTAT---T-----ACTT------CTTCCCATTT--G---GCAG------TT---------CACATA------TC---------CGTC-A-AA-AAC-----CG-------------TAA-----GGCACA---GT--------G-T-TTT-GC-CG---------AC-TA------TGTT---------AA------CTG-T-CTAAT--GG--AAT-TA--TAT--------------ATATATTAATACGAAA-CAAA--ATGT-TGATTAATCTT----------TA-----A---T-TTTACATTTCaattcaactgaacagtagacacagttttgtaaa
gi|11 : cctttgagcaggatttaggaactaacttctttttttccgaaatcatttaaataaattgctgttgataca-AC-ATAGAGTT---TAGTCATCA------TTTGAT---TTCGTAT-TAT-GAG----TT----ATTCTTA--CG--A---GCAA------TT---------CGTATG------TC---------TGGT-A-AA-AAC-C--TTA-----T----------------G--CA------------------TG-AC-CA----------------------TG---------AA------CTG--ACCAA---GGC-AGT-TA--TAT----CC---A----ATAAT-----ACGAAA-A-CA--ATGT-TGA-------T----------TA-----A-----TCTATTTATTACATga
gi|5 : aagaaT-ATAGG--TAAGTAAACAATA-C-AGCTTCG-T--------AT-GAT-GGT-ATATA----AACTCAG--AA--G---GCAG------TT---------CGCATA------CCT--------TTGTGA-AA-AACGG--GTG-----C-CA----AAA-----GG--CAAATAT-----A-TA-T-TTT-AC-AA---------AA-TA------TATG---------AC------CTG---CCCG---AGTAAGT-TA--GAT----CT---C----TTTCT-----ACGGAA-C-AA--ATGT-TG-------CT----------TA-----A---T-Ta
gi|13 : ttatttcgctgcatctttgcatgtgtattttagagattgccagggaaaataaaagtgataacacctggcgagaattaagtaccgttagccagattttaaactttatattttaaaaaataattgttggtacatgaaaaatcgattttacgtttaaacttagtaatataT-AGAGA--T---TAATCAACA-TTTATTTTG-G---T--ATAT-TATTGG-----TA-----TTACAT--TG--G---GCAG------TT---------CACATA------TC---------TGgagct
gi|1 : cacaattggtaaaatcatggtgtcttgcgatactaagAGG--T---TAATCAACG------TCTG-T---TTCGTAT-TTT-GAG-ATATA----ATTCCCG--AA--A---GCAG------TA---------CACATA------TC---------TGGT-A-AA-ACC-C----G-----A--A--TACAG-----GG--CA---AA-----A-GA-TATTT-AA-CA---------GA-TA------TGTG---------AA------CTG-CCCCGG---GG--AAT-TA--TAT----TCTGTT----ATACA-----A--AC--C-AG--ATGT-TGA------TTAATGTATGTATA-----AAATT-TCTAAGTA-CACACAATGAACTTT-GTTAAAATATGTTGTTACTAcaaatct
gi|16 : ttctgtgtaatagtgtgttgttgttaatgtaaatatgtatttatttactaaagacatatataagctgtaaatggtatcatacattttaagactccctgtatgtatagttaaagacattgacagaaataaagtaatattttcgtagttttgcctgtgattttagggaaattctagggaaaataaaattgatatttcccagttggagtgatacttattagtttttccttaagtcatatttAATCAACA-TTTGTTTTG-T--------AT-TAT-GGG-AGATA----A---CTA--TG--GATGGCAG------AT---------CATATACATGTATC---------TGGT-A-AA-Attttatatgccataacatgtaattag
gi|17 : tctgATTAACA------TTTG-T---TTCAAAT-TAT-GGG-ATATA----ATTTCTT--TT--G---ACAG------TT---------CACATT------TC---------T
gi|7 : agTA----ATTTCCG--AT--G---ACAG------TT---------CACATA------T-----------GGT-G-----------TCG-----T-AAGGTTCA-----------A---G--------GA-T-CTT-AC-CA---------TA-AA------TGTG---------AA------CTG-CAAAAG---GA--AAG-TA--TAT----CC---C----ATAAT-----ACGAAA-C-CA--ATCT-TGA------T
gi|10 : atatactgatagattttattgttttgtctgtgttttgtagagattttaagagaatatataagttataattcctggtaagagctatttctctatagccagatttcaggaattttcctttttacaatatttattgtttatacttaaaaactctgatgcgtgtaacaacggtatgcaatgtttG--A---GCAG------TT---------CGCATA------TCATCAAAGTTTGGT-A-AA-AAC-CGATTG-----T-CG----TAA-----AG--CA---CA-----A-AG-T-TTTAAC-CA---------GA-AA------CAGG---------AATAGTTTCTG---CTCAAT-GG--AAG-TA--TATAAAGTA---T----ATAAT-----ACAAAA-C-AA--ATGA-TGG------TT----------TA-----a
gi|4 : tttctttacaaattgataagtgttacttgaaaatcgatttatactaattaataaatgttataaatggaG-----T-TAG-TTTAC-----GG--CACT-GTTTGAAC-GG-T-TCA-AC-CA---------GA-TA------TGTGAACTTGATGAA------CTG-CCCTC----AG--AGT-TA--TGT----CC---C----AT--A-----AT-ACA-T-AATTACGGTTGA------TT----------TA-----------TCTACATGT-ATATGTTACATTTtcagaa
gi|12 : aaattagtatcatattcaatgattaacctttatgcaaatttaaaagaaaataccaccgaaggaatatttatgagtagtaatgtatgtttgacagtgatttatagagatttctagggaaaataaaagtaataattcatagtgggagttatttccctttggtcagatttaagaaactactgtactttttttcttaacagccaaaacttgttcttgcgatttatgttgataaagT-----C-GGAT-TTT-AC-CA---------GA-TA------TGCG---------AA------CTA-TCCTCG---GG--AAT-TA--CAT----CC---C----TTAAT-----ATG------AA--ATGT-TGG-------T----------TA-----A-----TCTATATAT--TACAGT
gi|16 : T-----C-TG-T-TTT-AC-CA---------GA-TACATGTATATG---------AT------CTG-CCATCC---AT--AGT-TA--TCT----CC---C----ATAAT-----ACAAAA-C-AA--ATGT-TGA------TT----------tttatatcacatgaatagattttttttccaaatacaaacagttattataataacgttcctaaaagctggctaaatg
gi|15 : TT-AC-AA---------GA-TA------GGTA---------AA------CTG-CCTTCG---AG--AAT-TA--TAT----CC---C----ATTAA-----ACGAAA-C-AT--ATGT-TGA------TT----------TATTT--A---T-TTTAGACAT
gi|13 : -CA---------GA-TA------TGTG---------AA------CTG-CCC----------AATGTA---AT----AC---CAATAATATA-----CCAAAA-T-AA--ATGT-TGA-------T----------TA-----A---TCTCTACAAATCatg
gi|17 : cacaattggtaaaatcatggtgtcttgcgatactaagA---------GA-AA------TGTG---------AA------CTG----TCAAAAGA--AAT-TA--TAT----CC---C----ATAAT-----TTGAAA-C-AA--ATGT-TAA------TC----------Tt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CATTTATATTACTTTTTTGATTGTGATTTATGGATTTCTAGGGGAAATGAAAGTGATAATTCCCACTGAGTGGGAATTCATTTTCTTAGCC
Alignments
lowQualScore : 22 2222 22222 2222 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333 1111111 333333 11 1 666666666666666666 11111 111111 4444444444444444444444444444 1111111 11 111111111 44444444444444444444444 444444 1111 111111111 444444444444444444444444444444444444444 111111111 22222222 2222 2222222 4
lowQualScore : 2 44 2 5555 77777 2 77 3333 77 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 11111111 1111111 55 444444 5 55 0 555555555555555555 3 4 11111 0 4 4 222222 9999999999999999999999999999 1 8888 99 4 3333333 55 55 2 88 88888 888888888 3 22 11111111111111111111111 3 7777 0 666666 1 0 3 0 0000 44 1 0 11 333333333 999999 1 0 3 333333333333333333333333333333333333333 77 3 222222222 3 888888 44 999 22 3 4 3 0 22222222 77 2 77 2222 1 1 0 8888888 6 0
lowQualScore : . .. . .... ..... . .. .... .. . ...................................................................... .. ........ ....... .. ...... . .. . .................. . . ..... . . . ...... ............................ . .... .. . ....... .. .. . .. ..... ......... . .. ....................... . .... . ...... . . . . .... .. . . .. ......... ...... . . . ....................................... .. . ......... . ...... .. ... .. . . . . ........ .. . .. .... . . . ....... . .
lowQualScore : 5 00 5 0000 00000 5 00 0000 55 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 88888888 7777777 44 444444 0 22 0 888888888888888888 1 4 11111 1 4 4 999999 5555555555555555555555555555 0 0000 55 0 8888888 00 77 0 55 33333 222222222 6 66 77777777777777777777777 3 1111 4 111111 0 3 3 2 4444 66 1 2 55 333333333 666666 4 4 3 666666666666666666666666666666666666666 99 3 333333333 1 888888 22 000 00 6 0 6 8 33333333 99 7 99 5555 0 0 7 5555555 0 0
consensus : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTANCATACATTTTAAGACTCCCTGTATGCATA--T-TAAAAAAAGACACCGCCGAA-G--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATTT---ATAGAGATT-TCTAGG-GAAAATAAAAGTGATA-CATT--TCC--------GTGGGAATT-A-----TTTCCC-T-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATN-ATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-AGA---TA--GT-ANA-AT-ATAGATTAATCAAC----ATT----TTTGTTTCGTATTA-TGGG----ATA--TAATTCCCTTGGGC---------AG------TTCACATATCTGGT-AAAA--C---TT-GTNCTT-TA--C-----GGCA-TC--GG--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--NTCGGGAAT-TATATCCCATAATACGAAA-CAAATGTTGATTTA---A---CTCT--ATATA--TCATA-ACTGAATTCTCGTCAGNATATGCTG-TACTA
Reference ( family-5 ) : NNNNGTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATNCAAGCTGTAGATGGTANCNTACATTTTAANACGCCCTGTATGTANAGTTTTAAAAGAAGATACCACCGNA-G--------ATGAAA--AGTAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATTT---G--GAGATT-TC-AGG-GAAAATAAAAGTGATA-CATT--TC---------GTGAGAGTT-A-----TTTCCC-T-T--AGGNCAGATT----T----A------------A----CNTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATT-ATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-AGA---TAA-GT-ANA-AT-ATAGATTAATCAAC----ATT-G-TTTTGTTTCGTATTA-TGGG----ATA--TAATTCCCNTGGGC---------AG------TTCACATATCTGGT-AAAA--C---TT-GTNATT-TA--C-----GGCA-TC--GG--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCGGGAAT-TATATCCCATAATACGAAA-CAAATGTTGATTTA---A---TTCT--ACATA--TCATATANTGNACTTT-GTTAAAATATGTTGTTACTA
gi|1 : GTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATATAAGCTGTAAATGGTATCATACATTTTAAGACTCCCTGTATGTATAGTT------AAAGACATTGACAGA-A--------AT--AA--AGTAA--TATTTTC-G-TA-GTTTTGC---CT--GTG-ATTTTAGG--GAAATT-CT-AGG-GAAAATAAAATTGAT---ATT--TCCCAGTTGGAGTGATACTT-ATTAGTTTTTCC-T-T--AAGTCATATTTTAGT----A------------A----CAACA---TAT--T-TTAACA---AA--GTTC-ATTGTGTGTACTT-----AGAAAT-------------TTTAT------------------------------AC-ATACATTAATCAAC----A------TCTGGTTTGTATAA-CAGA----ATA--TAATTCCCCGGGGC---------AG------TTCACATATCTGTT-AAA--------T-ATCTTT-TGCCC-----TGTA-TTCGGG--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--TACTGCT--TTCGGGAAT-TATATCTCAAAATACGAAA-CAGACGTTGA-TTA---ACCTTTTT--ATATG--CCATA
gi|10 : ttctgt---TTT--C-TTTACA---AATTGATA-AGTGTT---ACTTG----AAAA-TC---------GA-TTTATACTAATT-A--ATAAA---T---GTTATA-A--ATGGATAAACCATC----ATT------TGTTTTGTATTA-TATACTTTATA--TACTTCCATTGAGC---------AGAAACTATTCCTGTTTCTGGTTAAAA--C---TTTGTGCTT-TA--C-----GACAATC--GG--TTTTT-AC-CAAACTTTGATGA-TA------TGCG--AACTGCT--CTCAGAAacatgtaattag
gi|11 : --A-AGA---AAT-GT-AAT-AA-ATAGATTAATCAAC----ATT-G-TTTT----CGTATTA-TTGG----ATA--TAACTGCCTTGGTC---------AG------TTCA------TG----------------GTCAT-------------GCA-TA--AGGTTTTT--AC-CA---------GA-CA------TACG--AATTGCT--CGTAAGA----ATAACTCATAATACGAAATCAAATGATGACTAA---A---CTCT--ATGTA--
gi|12 : --AATA-ACTGTTTGTATTTGGAAAAAAAATC---------TA-TTCATGT-GATATA--A-AAC---T---GT-AAT-AT-ATAGATTAACCAAC----ATT----------TCATATTA-AGGG----ATG--TAATTCCCGAGGAT---------AG------TTCGCATATCTGGT-AAAA--
gi|13 : tcggaT-AGAGATTAATCAAC----ATTTA-TTTTGGT--ATATTA-TTGG---------TA-TTACATTGGGC---------AG------TTCACATATCTG---------C---TT-AGTATCGCA--A-----GACA-CCATGA--TTTT--AC-CA----------A-T-------TGTG--ataataacgttcctaaaagctggctaaatg
gi|14 : T-TATATT--A-C-TTTTTTGA---TT--GTG-ATTT---A--TGGATT-TCTAGG-GGAAATGAAAGTGATA--ATT--CCCACTGA---GTGGGAATTCA-----TTT-TC-T-T--AGcaaatct
gi|15 : catTT--AC-AA---------GA-TA------GGTA--AACTGCC--TTCGAGAAT-TATATCCCATTAAACGAAA-CATATGTTGATTTATTTA---TTTTAGACATA--Tcc
gi|16 : -TC--TG--TTTT--AC-CA---------GA-TACATGTATATG--ATCTGCC--ATCCATAGT-TATCTCCCATAATACAAAA-CAAATGTTGATTg
gi|17 : A---------GA-AA------TGTG--AACTGTC--AAAAGAAAT-TATATCCCATAATTTGAAA-CAAATGTTAATCT
gi|2 : GTAATGTTGTGAATGTTGTTAATTTA--T-TACATTTAT-----AAACATATATTTAA----TAGAT--TAAC---------AAAAT----TG-ATTCATA----TAAAAA-------CACTGTAAG--------ATAAAA--AGCAAT-TATGTTT-AATATGCTTTACTAACTCGGTG--TTT---G--AA-ATT-T--AGA-GTACATAAAAGTGACA-CATT--T-----------TGAGAAAT-A-----TTTCCC-T-T--AGGGCAAA-----------A------------A----CGTCA---TTT--TGTTTACA---AA--AACT-ATTATTTGTACCTG----AAAAATC---------GA-CTTATGTTGATA-A--A-AGA---TAA-GT-AGA-AT-ATAGATTAATCAAC----ACT-AATTTTGTTTCAAATAA-TGGA----ACA--TAATTTCCCTGGGC---------AG------TTCACATATCTGGT-AAAAGCT---TT-GTTATT-TA--C-----GGCAGTC--GG--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCA--CTCGGGAAT-TATATCCCATAGAACGACG-CAAATGGTGATTTA---A---TTCT--AGATA--TCATATAGTGAATTTTCGT--GCATATGCTG-TACTA
gi|3 : tttgT-A-----TTTCCC-T-T--TAGTCAGATT----C----A------------AAGAACCACA---TTTGTT-TTTA----------ATTGATTATTTTTACTTG----AAAAATCTGAAAAATCAA-TGTGTGTTGAAA-ATAA-AGA---TAA--T-A----T-ATAGATTAATCAAC----ATT------TGTTTTGTATTT-TGAG----ATACATAATTATCTTGGGA---------AG------TTCACATATCTGGT-AAAA--T---TT-GAGCCT-AA--T-----GGCACTC--TG-----T--AC-CA---------TG-TA------TGTGTAAACTGCC--CTCGGGAAT-CATTTCCCATAATATGAAA-CAAAAGTTGGTTAA---C---CTCT--ATATA--GC-----CTCAATTCT-GTCAAAAT
gi|4 : CCTTTATGCAAA--TTTAAAAGAAAATACCACCGAA-GGAATATTTATGAGT--AGTAATGTATGTTTGA-CA---------------GTG-ATTT---ATAGAGATT-TCTAGG-GAAAATAAAAGTAATA--ATTCATA---------GTGGGAGTT-A-----TTTCCC-T-T--TGGTCAGATT----T----AAGAAACTACTGTA----CTTTT---TTT--C-TTAACAGCCAA--AAC---TTGTT----CTTG----------C---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-GAAATGTAACAT-ATACAT-GTAGATAAATCAACCGTAATT-A-T--------GTATTA-TGGG----ACA--TAACTCTGA-GGGCAGTTCATCAAG------TTCACATATCTGGT-TGAA--C---tagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|5 : aaattagtatcatattcaatgattaaTTTGC---AT--GTGTATTTT--A--GAGATTGCC-AGG-GAAAATAAAAGTGATAACACC--TG---------GCGAGAATT-A-----AGTACCGT-T--AG-CCAGATT----TTA--A------------A----CTTTA---TAT--T-TT-A-A---AA--AATA-ATTGTTGGTACATG----AAAAATC---------GATTTTACGTT--TA-A--A---C---TTA-GT---A-AT-ATAAATTAAGCAAC----A------TTTGTTCCGTAGAA-AGAG----ATC--TAACTTACTCGGGC---------AG------GTCATATATTTTGT-AAAA--T---AT-AT-ATT-TG--CCTTTTGGCA-CC--CG--TTTTTCACAAA---------GG-TA------TGCG--AACTGCC--TTCTGAGTT-TATATACCATCATACGAAG-Ccgttcaaacagtgccgtaaactaac
gi|6 : ttatttcgctgcatc-ATGT---A--GAGATT-TC-AAGAGAAAATAAAAGTAATA---TT--TCACA------GTGGTAATT-A-----CTCCCC-T-TTTAG-ACAGAT-----------------------A----TTTCGGGTTTT--T-TTTTTA---AA--AAT---------ACACATG----AACTATC---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-TGA----AT-GT-AGA-AT-ATAAATAAATCAAA----GTT------TGTTTCGTATTA-TTGG----ATA--TACGTCCTTTGGTA---------AG------TTCACAT--CTGGT-AAAA--GAAATG-GTGCTT-TA--C----------TT--AC--TTTT--AC-CA---------GAGTG------TTTG--AAAT------T-----ATATATATCCCGTTATACGAAA-TAAATATCTATTAA---C---CTCC--ATATAATTCA---ACTGAACtgtattgtttacttacctatagagct
gi|7 : gattTTT-A-T-TGTTTTGT---CT--GTG-TTTT---GTAGAGATT-TT-AAGAGAATATATAAGTTATA--ATT--CCTG-------GTAAGAGCT-A-----TTTCTC-TAT--AG-CCAGATT----TCAGGA------------A----TTTTC---CTT--T-TT-ACA---AT--ATTT-ATTGTTTATACTTA----AAAACTCT--------GA-TGCGTGT--AAC-A--A-CGG---TA---T-GCA-AT-GT---TTA-TCAAG----ATT-G-----GTTTCGTATTA-TGGG----ATA--TACTTTCCTTTTGC---------AG------TTCACATTTATGGT-AAGATCC---TT-GAACCT-TA--C-----GACA-CC---------------------------A-TA------TGTG--AACTGTC--ATCGGAAAT-TAagtagacacagttttgtaaa
gi|8 : atatactgatagat----T----A------------A----CTTCT---TTT--T-TT--CC---GA--AATC-ATT---------T-------AAATA---------AA-TTGCTGTTGATACA--G-AAA---T---GT-AAA-ATTAAAGATTAATCAAC----ATT-----TTGTTTCGTATTAATATAT---ATA--TAATTCCATTAGAC---------AG------TTAACATAGTCGGC-AAAA--CA--CT-GTGCCT-TA--C-----GGT----------TTTT--GA-CG---------GA-TA------TGTG--AACTGCCAAAT-GGGAAG-AA------GTAATACGAAA-CAAATATTGA-TTA---A----CCT--CCATA--Ta
gi|9 : cctttgagcaggatttaggaacGAA-G---------TGAAAGAAACAGT-TATGTT--A-CATTTTTTGC---CT--GTG-ATTT---ATAGAGCTG-TCTAGA-GACAATTAAAGTGATA-CATT--CCTA-------GTGTGAATT-A-----TTTCCC-T-T--TAACCAGATT----TTGACA------------A----CTACC---TTTC-T-TTTAAA---GA--AATA-CTTTTTTGTTCTTG----AAAAATC---------GA--TTATGTTGATA-ga
Alignments
lowQualScore : 11 2222 22222 2222 1 222222222 666666666666666666666 111 4444444444444444 33333333 1111111 1 222 444444444 222222222 666666666666666666666666666 111111111 222222222222222222 22222222 111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111 11111 33333333333 1 1 11
lowQualScore : 1 66 1 5555 77777 1 1 3333 2 1 7 666666666 0 666666666666666666666 0 0 000 0000000000000000 88 11111111 1111111 55 5 3 5 2 333 777777777 5 000000000 8 66 55 4 4444 333333333333333333333333333 8888 99 4 8888888 55 4 2 99 88888 888888888 3 22 3 55 777777777777777777 3 44 99999999 555 3 9999 44 0 44 222222222 888888 3 666666666666666666666666666666666666666666 44 3 222222222 3 888888 44 8888 0 44 3 4 55 2 44444 00000000000 0 5 88 1
lowQualScore : . .. . .... ..... . . .... . . . ......... . ..................... . . ... ................ .. ........ ....... .. . . . . ... ......... . ......... . .. .. . .... ........................... .... .. . ....... .. . . .. ..... ......... . .. . .. .................. . .. ........ ... . .... .. . .. ......... ...... . .......................................... .. . ......... . ...... .. .... . .. . . .. . ..... ........... . . .. .
lowQualScore : 0 55 0 0000 00000 0 0 0000 0 0 3 777777777 7 000000000000000000000 7 7 666 0000000000000000 88 88888888 7777777 44 0 1 0 4 222 222222222 0 000000000 9 11 55 0 5555 888888888888888888888888888 8888 55 0 9999999 00 5 0 33 33333 222222222 6 66 6 00 000000000000000000 1 22 55555555 444 1 6666 22 3 22 333333333 888888 1 555555555555555555555555555555555555555555 66 3 333333333 1 888888 22 9999 4 66 6 0 55 6 11111 55555555555 0 0 00 0
consensus : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATTC-CCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTC-C-CA----G-TGGGA---------ATT-A--TTTCCC--T-TAGGCCAGATT----T----A------------A----CTTC---NTTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-AGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACATT---TTTGTTTCG---TATTA-TGGG----AT--ATAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGGT-AA---A------A--C-TT-GCGCCTTA--CGGC-A-TC--GG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--NTCG--GGAAT-TATATCCCATAATACGAAA-C--AAATGTTGATTNANC---TCTATATA--TCATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
Reference ( family-5 ) : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTANCATACATTTTAA-GACTC-CCTGTATGCATA-TT-AAAAAAAGACACCGCCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTT-C-C-----G-TGGGA---------ATT-A--TTTCCC--T-TAGGCCAGATT----T----A------------A----CTTC---NTTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-AGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACATT---TTTGTTTCG---TATTA-TGGG----AT--ATAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGGT-AA---A------A--C-TT-GTNCTTTA--CGGC-A-TC--GG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--NTCG--GGAAT-TATATCCCATAATACGAAA-C--AAATGTTGATTTAAC---TCTATATA--TCATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
gi|1 : GTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATATAAGCTGTAAATGGTATCATACATTTTAA-GACTC-CCTGTATGTATAGTT-----AAAGACATTGACAGAA--------AT--AA--AGTAA--TATTTTC-G-TA-GTTTTGC---CT--GTG-ATT-T-TAGGGAAATTCTAGGGAAAATAAAATTGAT---ATTT-C-CCA---G-TTGGAGTGATACTTATT-AGTTTTTCC--T-TAAGTCATATTTTAGT----A------------A----CAAC---ATAT--T-TTAACA---AA--GTTCATTGTGTGTACTT-----AGAAAT-------------TTTAT------------------------------AC-A--TACATTAATCAACA-----TCTGGTTTG---TATAA-CAGA----AT--ATAATTCCCCG--GGGC---------AG------TTCACATATCTGTT-AA---A------------T-ATCTTTTGCCCTGT-A-TTCGGG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--TACTGCT--TTCG--GGAAT-TATATCTCAAAATACGAAA-C--AGACGTTGA-TTAACCTTTTTATATG--CCATA-ACATGTAATT
gi|10 : ttctgtTTT--C-TTTACA---AATTGATAAGTGTT---ACTTG----AAAA-TC---------GA-TTTATACTAATT-A--ATAAA---TG-TTATA---A--A--TGGATAAACCATCATT---T--GTTTTG---TATTA-TATACTTTAT--ATACTTCCATT--GAGC---------AGAAACTATTCCTGTTTCTGGTTAA---A------A--C-TTTGTGCTTTA--CGACAA-TC--GGTTTTT--AC-CAAACTTTGATGA-TA------TGCG--AACTGCT--CTCA--GAAag
gi|11 : --A-AGA----A-ATGTA---AT-AAATAGATTAATCAACATT---GTT--TTCG---TATTA-TTGG----AT--ATAACTGCCTT--GGTC---------AG------TTCA------TGGT-CA----------------T-GCA---TA--AGGT----------TTTT--AC-CA---------GA-CA------TACG--AATTGC----TCGTAAGA----ATAACTCATAATACGAAATC--AAATGATGACTAAAC---TCTATGTA--
gi|12 : --AATAACTGTTTGTATTTGGAAAAAAAATC---------TA-TTCATGT-GATA-T--A-AAA---CT-GTAAT---AT-A--TAGATTAACCAACATT---T------CA---TATTA-AGGG----AT--GTAATTCCCGA--GGAT---------AG------TTCGCATATCTGGT-AA---A------A--
gi|13 : tcggaT-A--GAGATTAATCAACATT---T--ATTTTGGTATATTA-TTGG---------TA-TTACATT--GGGC---------AG------TTCACATATCTG------------------C-TTAGTATCGCA--AGAC-A-CCATGA-TTTT--AC-CA----------A-T-------TGTG--ataataacgttcctaaaagctggctaaatg
gi|14 : CATT-TATATT--A-C-TTTTTTGA---TT--GTG-ATT-TATGGA---TTTCTAGGGGAAATGAAAGTGAT-A-ATTC-C-CACTGAG-TGGGA---------ATTCA--TTT-TC--T-TAGcaaatct
gi|15 : TT--AC-AA---------GA-TA------GGTA--AACTGCC--TTCG--AGAAT-TATATCCCATTAAACGAAA-C--ATATGTTGATTTAcc
gi|15 : A---TATGTCTA---AA-A--TAAATAAATCAACATA---T--GTTTCG---TTTAA-TGGG----AT--ATAATTCTCGA--AGGC---------AG------TTTACCTATCTTGT-AA---tttattttagacatatg
gi|16 : -TC--TG-TTTT--AC-CA---------GA-TACATGTATATG--ATCTGCC--ATCC--ATAGT-TATCTCCCATAATACAAAA-C--AAATGTTGATTg
gi|17 : A---------GA-AA------TGTG--AACTGTC--AAAA--GAAAT-TATATCCCATAATTTGAAA-C--AAATGTTAATCT
gi|2 : GTAATGTTGTGAATGTTGTTAATTTA--T-TACATTTAT-----AAACATATATTTAA----TAGAT--TAACA-AAATT-----GATTC----------ATA-T------AAAAACACTGT--AAG--------ATAAAA--AGCAAT-TATGTTT-AATATGCTTTACTAACTCGGTG--TT-T---GAA-ATTT--AGAGTACATAAAAGTGAC-ACATTT-----------TGAGA---------AAT-A--TTTCCC--T-TAGGGCAAA-----------A------------A----CGTC---ATTT--TGTTTACA---AA--AACTATTATTTGTACCTG----AAAAATC---------GA-CTTATGTTGATA-A--A-AGA---TAAGTAGA---AT-A--TAGATTAATCAACACTAATTTTGTTTCA---AATAA-TGGA----AC--ATAATTTCCCT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGGT-AA---A------AGCT-TT-GTTATTTA--CGGC-AGTC--GG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCA--CTCG--GGAAT-TATATCCCATAGAACGACG-C--AAATGGTGATTTAAT---TCTAGATA--TCATATAG-TG-AATTTTCGT--GCATATGCTGTACTA
gi|3 : tttgT-A--TTTCCC--T-TTAGTCAGATT----C----A------------AAGAACCAC---ATTTGTT-TTTA---------ATTGATTATTTTTACTTG----AAAAATCTGAAAAATCAA-TGTGTGTTGAAA-ATAA-AGA---TA-ATA------T-A--TAGATTAATCAACA-----TTTGTTTTG---TATTT-TGAG----ATACATAATTATCTT--GGGA---------AG------TTCACATATCTGGT-AA---A------A--T-TT-GAGCCTAA--TGGC-ACTC--TG----T--AC-CA---------TG-TA------TGTGTAAACTGCC--CTCG--GGAAT-CATTTCCCATAATATGAAA-C--AAAAGTTGGTTAACC---TCTATATA--GC-----C-TC-AATTCT-GTCAAAAT
gi|4 : TAGTATCATA---TTCAATGATTAACCTTTATGCAAA-TTTAAAAGAAAATACCACCGAAGGAATATTTATGAGT--AGTAATGTATGTTTGA-CA---------------GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTAAT-A-ATTCAT-A-----G-TGGGA---------GTT-A--TTTCCC--T-TTGGTCAGATT----T----AAGAAACTACTGTA----CTTT---TTTT--C-TTAACAGCCAA--AAC--TTGTT----CTTG----------C---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-GAAATGTA-ACATATACAT-G--TAGATAAATCAAC--C---GTAATTATG---TATTA-TGGG----AC--ATAACTC---TGAGGGCAGTTCATCAAG------TTCACATATCTGGT-TG---A------A--C-tagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|5 : aaatTTTGC---AT--GTGTATT-T-TAGAG-ATTGCCAGGGAAAATAAAAGTGATAACACCT---G-----G-CGAGA---------ATTAA--GTACCG--T-TA-GCCAGATT----TTA--A------------A----CTTT---A-TA--T-TTTA-A---AA--AATAATTGTTGGTACATG----AAAAATC---------GATTTTACGTT--TA-A--A-CT----TA-GT--A---AT-A--TAAATTAAGCAACA-----TTTGTTCCG---TAGAA-AGAG----AT--CTAACTTACTC--GGGC---------AG------GTCATATATTTTGT-AA---AATATATA--T-TT-GCCTTTT----GGC-A-CC--CG-TTTTTCACAAA---------GG-TA------TGCG--AACTGCC--TTCT--GAGTT-TATATACCATCATACGAAG-CTGTATTGTTTACTTA-----CCTATAcgttcaaacagtgccgtaaactaac
gi|6 : ttatttcgctgcatcG-ATTATGTAGAG-ATTTCAAGAGAAAATAAAAGTAAT---ATTT-CACA----G-TGGTA---------ATT-A--CTCCCCTTT-TAGA-CAGAT-----------------------A----TTTCGGGTTTT--T-TTTTTA---AA--AATA--------CACATG----AACTATC---------GA-TTTATGTTGATA-A--A-TGA---AT-GTAGA---AT-A--TAAATAAATCAAAG-----TTTGTTTCG---TATTA-TTGG----AT--ATACGTCCTTT--GGTA---------AG------TTCAC--ATCTGGT-AAAAGA------A--A-TG-GTGCTTTA--C------TT--AC-TTTT--AC-CA---------GAGTG------TTTG--AAAT------T-------ATATATATCCCGTTATACGAAA-T--AAATATCTATTAACC---TCCATATAATTC--A-AC-TG-AAgagct
gi|7 : TTT-A-T-TGTTTTGT---CT--GTG-TTT-TGTAGAG-ATTTTAAGAGAATATATAAGTTAT-A-ATTC-C-T-----GGTAAGA---------GCT-A--TTTCTC--TATAG-CCAGATT----TCAGGA------------A----TTTT---CCTT--T-TT-ACA---AT--ATTTATTGTTTATACTTA----AAAACTCT--------GA-TGCGTGT--AAC-A--A-CGG---TA--TGCA---AT-G--T---TTA-TCAAGATT---G--GTTTCG---TATTA-TGGG----AT--ATACTTTCCTT--TTGC---------AG------TTCACATTTATGGT-AA---G------ATCC-TT-GAACCTTA--CGAC-A-CC--------------------------A-TA------TGTG--AACTGTC--ATCG--GAAAT-TAcagtagacacagttttgtaaa
gi|8 : atatactgatagatCCT--T-TGAGCAGGATT----T----AGGAACTA-----A----CTTC---TTTT--T-TT--CC---GA--AATCATT---------T-------AAATA---------AA-TTGCTGTTGATACA--G-AAA---T--GTAAA---ATTA--AAGATTAATCAACATT---TT-GTTTCG---TATTAATATAT---AT--ATAATTCCATT--AGAC---------AG------TTAACATAGTCGGC-AA---A------A--CACT-GTGCCTTA--CGGT----------TTTT--GA-CG---------GA-TA------TGTG--AACTGCCAAAT-G--GGAAG-AA------GTAATACGAAA-C--AAATATTGATTAACC---TCCATATa
gi|9 : GAAG---------TGAAAGAAACAGT-TATGTT--A-CATTTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-CTGTCTAGAGACAATTAAAGTGAT-ACATTC-C-TA----G-TGTGA---------ATT-A--TTTCCC--T-TTAACCAGATT----TTGACA------------A----CTAC---CTTTC-T-TTTAAA---GA--AATACTTTTTTGTTCTTG----AAAAATC---------GA--TTATGTTGATA-ga
Alignments
lowQualScore : 11 2222 22222 2222 1 555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 33333333 1111111 1 11 111111 222222222 1111 666666666666666666666666666 111111111 22222222222222222222 22222 1111 111111111 33333333333333333333333333333333 111111111 3333333333333 1 1 11
lowQualScore : 1 66 1 5555 77777 1 1 3333 2 777777777777777777777777777777777777 0 777 0000000000000000 88 11111111 1111111 55 5 3 5 2 5 66 444444 000000000 8 66 4 2222 333333333333333333333333333 8888 99 4 1 4 777 55 4 2 99 88888 888888888 3 22 3 3 77777777777777777777 3 55 88888 33 3 0000 44 44 333333333 999999 0 3 555 3 66666666666666666666666666666666 44 3 333333333 3 999999 44 8888 4444 0 7 3 0 777 4 55 1 1 4444444444444 0 5 88 1
lowQualScore : . .. . .... ..... . . .... . .................................... . ... ................ .. ........ ....... .. . . . . . .. ...... ......... . .. . .... ........................... .... .. . . . ... .. . . .. ..... ......... . .. . . .................... . .. ..... .. . .... .. .. ......... ...... . . ... . ................................ .. . ......... . ...... .. .... .... . . . . ... . .. . . ............. . . .. .
lowQualScore : 0 55 0 0000 00000 0 0 0000 0 777777777777777777777777777777777777 7 999 0000000000000000 88 88888888 7777777 44 0 1 0 4 0 00 222222 000000000 9 11 0 2222 888888888888888888888888888 0000 55 0 1 1 000 00 5 0 33 33333 222222222 6 66 6 6 22222222222222222222 6 00 88888 77 3 4444 66 66 333333333 666666 2 3 888 3 77777777777777777777777777777777 66 3 333333333 3 666666 66 9999 7777 2 3 6 9 000 0 55 0 0 7777777777777 0 0 00 0
consensus : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACA-T---TTTGTTTCGTATTA-TGGG----AT--ATAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--C-----TTGTGCCTTACGGC-A-TC---G-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCG--GGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
Reference ( family-5 ) : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----AGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACATT---TTTGTTTCGTATTA-TGGG----AT--ATAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--C-----TTGCGCCTTACGGC-A-TC--GG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--NTCG--GGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTNANCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
gi|1 : GTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATATAAGCTGTAAATGGTATCATACATTTTAA-GACT--CCCTGTATGTATAGTT-----AAAGACATTGACAGAA--------AT--AA--AGTAA--TATTTTC-G-TA-GTTTTGC---CT--GTG-ATT-T-TAGGGAAATTCTAGGGAAAATAAAATTGAT-AT-TTCCC----AGTTGGAGTGATACTTATT-AGTTTTTCCT-T--AAGTCATATTTTAGT----A------------A----CAACA---TAT--T-TTAACA---AA--GTTCATTGTGTGTACTT-----AGAAAT-------------TTTAT------------------------------AC-A--TACATTAATCAACA-----TCTGGTTTGTATAA-CAGA----AT--ATAATTCCCCG--GGGC---------AG------TTCACATATCTGT-TAA---ATAT-C-----TTTTGCCCT---GT-A-TTCGGG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--TACTGCT--TTCG--GGAAT-TA-TATCTCAAAATA---CGAAA-C--AGACGTTGATTAACCTTTTTATA--TGCCATA-ACATGTAATT
gi|10 : ttctgt---TTT--C-TTTACA---AATTGATAAGTGTT---ACTTG----AAAA-TC---------GA-TTTATACTAATTA-A--TAAA---TG-TTATA---A--A--TGGATAAACCATCA-----TTTGTTTTGTATTA-TATACTTTAT--ATACTTCCATT--GAGC---------AGAAACTATTCCTGTTTCTGGTTAA---A-A--CT----TTGTGCTTTACGACAA-TC--GGTTTTT--AC-CAAACTTTGATGA-TA------TGCG--AACTGCT--CTCA--GAAag
gi|11 : --AAGA----A-ATGTA---AT-AAATAGATTAATCAACATT---GTT--TTCGTATTA-TTGG----AT--ATAACTGCCTT--GGTC---------AG------TTCA------TGG-TCA---------------TGCA---TAAGGT----------TTTT--AC-CA---------GA-CA------TACG--AATTGC----TCGTAAGA----A-TAACTCATAATA---CGAAATC--AAATGATGACTAAACTCTATGTA--
gi|12 : --AATAACTGTTTGTATTTGGAAAAAAAATC---------TA-TTCATGT-GA-TA-T--AAAA---CT-GTAAT---AT-A--TAGATTAACCAACATT---T------CATATTA-AGGG----AT--GTAATTCCCGA--GGAT---------AG------TTCGCATATCTGG-TAA---A-A--
gi|13 : tcggaCACA-AT-TGG-TAA---A-A--TCA---TGGTGTCTTGCGAT-A-C--------TA--AG-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--C-------AATGTAATA-CCAATAATATACCAAAA-T--AAATGTTGATTAATCTCTACAAA--T--Cataataacgttcctaaaagctggctaaatg
gi|14 : CATT-TATATT--A-C-TTTTTTGA---TT--GTG-ATT-TATGGA---TTTCTAGGGGAAATGAAAGTGAT-A-ATTCCCACTGAGTGGGA---------ATTCA--TTT-TCT-T--AGt
gi|15 : TT--AC-AA---------GA-TA------GGTA--AACTGCC--TTCG--AGAAT-TA-TATCCCATTAAA---CGAAA-C--ATATGTTGATTTATTTcc
gi|16 : -TC--TG-TTTT--AC-CA---------GA-TACATGTATATG--ATCTGCC--ATCC--ATAGT-TA-TCTCCCATAATA---CAAAA-C--AAATGTTGATTattttagacatatg
gi|17 : ATTAACATT---T--GTTTCAAATTA-TGGG----AT--ATAATTTCTTT--TGAC---------AG------TTCACATTTCT
gi|2 : agGTAATGTTGTGAATGTTGTTAATTTA--T-TACATTTAT-----AAACATATATTTAA----TAGAT--TAACAAA-ATT-----GATT--C---------ATA-T------AAAAACACTGT--AAG--------ATAAAA--AGCAAT-TATGTTT-AATATGCTTTACTAACTCGGTG--TT-T---GAA-ATTT--AGAGTACATAAAAGTGAC-ACATTT--------TGAGA---------AAT-A--TTTCCCT-T--AGGGCAAA-----------A------------A----CGTCA---TTT--TGTTTACA---AA--AACTATTATTTGTACCTG----AAAAATC---------GA-CTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TAAGTAGA---AT-A--TAGATTAATCAACACTAATTTTGTTTCAAATAA-TGGA----AC--ATAATTTCCCT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-AGCT-----TTGTTATTTACGGC-AGTC--GG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCA--CTCG--GGAAT-TA-TATCCCATAGAA---CGACG-C--AAATGGTGATTTAATTCTAGATA--T--CATATAG-TG-AATTTTCGT--GCATATGCTGTACTA
gi|3 : tttgT-A--TTTCCCT-T--TAGTCAGATT----C----A------------AAGAACCACA---TTTGTT-TTTA---------ATTGATTATTTTTACTTG----AAAAATCTGAAAAATCAA-TGTGTGTTGA-AA-ATAAAGA---TA-ATA------T-A--TAGATTAATCAACA-----TTTGTTTTGTATTT-TGAG----ATACATAATTATCTT--GGGA---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--T-----TTGAGCCTAATGGC-ACTC--TG----T--AC-CA---------TG-TA------TGTGTAAACTGCC--CTCG--GGAAT-CA-TTTCCCATAATA---TGAAA-C--AAAAGTTGGTTAACCTCTATATA--G--C-----C-TC-AATTCT-GTCAAAAT
gi|4 : TAGTATCATA---TTCAATGATTAACCTT-TATGCAAA-TTTAAAAGAAAATACCACCGAAGGAATATTTATGAGT--AGTAATGTATGTTTGA-CA---------------GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTAAT-A-ATTCAT----AGTGGGA---------GTT-A--TTTCCCT-T--TGGTCAGATT----T----AAGAAACTACTGTA----CTTTT---TTT--C-TTAACAGCCAA--AAC--TTGTT----CTTG----------C---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AGAAATGTA-ACATATACAT-G--TAGATAAATCAAC--C---GTAATTATGTATTA-TGGG----AC--ATAACTC---TGAGGGCAGTTCATCAAG------TTCACATATCTGG-TTG---A-A--C-----tagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|5 : aaatTTTGC---AT--GTGTATT-T-TAGAG-ATTGCCAGGGAAAATAAAAGTGATAACA--CCT----GGCGAGA---------ATTAA--GTACCGT-T--A-GCCAGATT----TTA--A------------A----CTTTA----TA--T-TTTA-A---AA--AATAATTGTTGGTACATG----AAAAATC---------GATTTTACGTT---TA-A--ACT----TA-GT--A---AT-A--TAAATTAAGCAACA-----TTTGTTCCGTAGAA-AGAG----AT--CTAACTTACTC--GGGC---------AG------GTCATATATTTTG-TAA---A-A--TATATATT-TGCCTTTTGGC-A-CC--CG-TTTTTCACAAA---------GG-TA------TGCG--AACTGCC--TTCT--GAGTT-TA-TATACCATCATA---CGAAG-CTGTATTGTTTACTTACCTATAcgttcaaacagtgccgtaaactaac
gi|6 : ttatttcgctgcatcG-ATTATGTAGAG-ATTTCAAGAGAAAATAAAAGTAAT-AT-TTCAC----AGTGGTA---------ATT-A--CTCCCCT-TTTAGAC-AGAT-----------------------A----TTTCGGGTTTT--T-TTTTTA---AA--AATA--------CACATG----AACTATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--ATGA---AT-GTAGA---AT-A--TAAATAAATCAAAG-----TTTGTTTCGTATTA-TTGG----AT--ATACGTCCTTT--GGTA---------AG------TTCAC--ATCTGG-TAAAAGA-A--A-----TGGTGCTTTAC------TT--AC-TTTT--AC-CA---------GAGTG------TTTG--AAAT------T-------ATATA-TATCCCGTTATA---CGAAA-T--AAATATCTATTAACCTCCATATAATT--C--A-AC-TG-AAgagct
gi|7 : TTT-A-T-TGTTTTGT---CT--GTG-TTT-TGTAGAG-ATTTTAAGAGAATATATAAGTTAT-A-ATTCCT----GGTAAGA---------GCT-A--TTTCTCTAT--A-GCCAGATT----TCAG-G------------A----ATTTT---CCT--T-TTTACA---AT--ATTTATTGTTTATACTTA----AAAACTCT--------GA-TGCGTGT--A-AC-A--ACGG---TA--TGCA---AT-G--T---TT-ATCAAGA-----TTGGTTTCGTATTA-TGGG----AT--ATACTTTCCTT--TTGC---------AG------TTCACATTTATGG-TAA---G-ATCC-----TTGAACCTTACGAC-A-CC--------------------------A-TA------TGTG--AACTGTC--ATCG--GAAAT-TA-cagtagacacagttttgtaaa
gi|8 : atatactgatagatCCTT-T--GAGCAGGATT----T----AGGAACTA-----A----CTTCT---TTT--T-TT--CC---GA--AATCATT---------T-------AAATA---------AA-TTGCTGTTGA-TACA--GAAA---T--GTAAA---ATTA--AAGATTAATCAACATT---TT-GTTTCGTATTAATATAT---AT--ATAATTCCATT--AGAC---------AG------TTAACATAGTCGG-CAA---A-A--CA----CTGTGCCTTACGGT----------TTTT--GA-CG---------GA-TA------TGTG--AACTGCCAAAT-G--GGAAG-AA-------GTAATA---CGAAA-C--AAATATTGATTAACCTCCATATa
gi|9 : GAAG---------TGAAAGAAACAGT-TATGTT--A-CATTTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-CTGTCTAGAGACAATTAAAGTGAT-ACATTCCT----AGTGTGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--TAACCAGATT----TTGACA------------A----CTACC---TTTC-T-TTTAAA---GA--AATACTTTTTTGTTCTTG----AAAAATC---------GA--TTATGTTGA-TA-ga
Alignments
lowQualScore : 11 2222 22222 2222 1 555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 33333333 1111111 1 11 1111111 222222222 1111 666666666666666666666666666 111111111 22222222222222222222 11111111 111111111 33333333 44444444444 111111111 3333333333333 1 1 11
lowQualScore : 1 66 1 5555 77777 1 1 3333 2 777777777777777777777777777777777777 0 777 0000000000000000 88 11111111 1111111 55 5 3 5 2 5 66 7777777 000000000 8 66 4 2222 333333333333333333333333333 8888 99 4 1 4 777 55 4 2 99 88888 888888888 3 22 3 3 55555555555555555555 3 44 22222222 3 3 6666 44 44 222222222 888888 3 555 3 44444444 88888888888 44 3 333333333 3 999999 44 666 22 0 7 3 0 777 4 55 4444444444444 0 5 88 1
lowQualScore : . .. . .... ..... . . .... . .................................... . ... ................ .. ........ ....... .. . . . . . .. ....... ......... . .. . .... ........................... .... .. . . . ... .. . . .. ..... ......... . .. . . .................... . .. ........ . . .... .. .. ......... ...... . ... . ........ ........... .. . ......... . ...... .. ... .. . . . . ... . .. ............. . . .. .
lowQualScore : 0 55 0 0000 00000 0 0 0000 0 777777777777777777777777777777777777 7 999 0000000000000000 88 88888888 7777777 44 0 1 0 4 0 00 4444444 000000000 9 11 0 2222 888888888888888888888888888 0000 55 0 1 1 000 00 5 0 33 33333 222222222 6 66 6 6 33333333333333333333 3 66 55555555 1 1 5555 22 22 333333333 888888 1 444 3 22222222 77777777777 66 3 333333333 3 666666 66 999 88 2 3 6 9 000 0 55 7777777777777 0 0 00 0
consensus : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACA----TTTTGTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--C-----TTGTGCCTTACGGC-A-TC---G--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
Reference ( family-5 ) : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACA----TTTTGTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--C-----TTGTGCCTTACGGC-A-TC---G--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
gi|1 : GTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATATAAGCTGTAAATGGTATCATACATTTTAA-GACT--CCCTGTATGTATAGTT-----AAAGACATTGACAGAA--------AT--AA--AGTAA--TATTTTC-G-TA-GTTTTGC---CT--GTG-ATT-T-TAGGGAAATTCTAGGGAAAATAAAATTGAT-AT-TTCCC----AGTTGGAGTGATACTTATT-AGTTTTTCCT-T--AAGTCATATTTTAGT----A------------A----CAACA---TAT--T-TTAACA---AA--GTTCATTGTGTGTACTT-----AGAAAT-------------TTTAT------------------------------AC-A--TACATTAATCAACA----TCTGGTTT-GTATA-ACA-GA----ATA--TAATTCCCCG--GGGC---------AG------TTCACATATCTGT-TAA---ATAT-C-----TTTTGCCCT---GT-A-TTCGGG--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--TACTGCT--TTCGGGAAT-TA-TATCTCAAAATA---CGAAA-C--AGACGTTGATTAACCTTTTTATA--TGCCATA-ACATGTAATT
gi|10 : ttctgt---TTT--C-TTTACA---AATTGATAAGTGTT---ACTTG----AAAA-TC---------GA-TTTATACTAATTA-A--TAAA---TG-TTATA---A--A--TGGATAAACCATCA-----TTTGTTTTGTATT-ATA-TACTTTATA--TACTTCCATT--GAGC---------AGAAACTATTCCTGTTTCTGGTTAA---A-A--CT----TTGTGCTTTACGACAA-TC---GGTTTTT--AC-CAAACTTTGATGA-TA------TGCG--AACTGCT--CTCAGAAag
gi|11 : --AAGA----A-ATGTA---AT-AAATAGATTAATCAACA----TTGT-TTTCGTATT-ATT-GG----ATA--TAACTGCCTT--GGTC---------AG------TTCA------TGG-TCA-----------------TGCA-TAAGGT-----------TTTT--AC-CA---------GA-CA------TACG--AATTGCT--CGTAAGA----A-TAACTCATAATA---CGAAATC--AAATGATGACTAAACTCTATGTA--
gi|12 : --AATAACTGTTTGTATTTGGAAAAAAAATC---------TA-TTCATGT-GA-TA-T--AAAA---CT-GTAAT---AT-A--TAGATTAACCAACA----TTT-----CATATT-AAG-GG----ATG--TAATTCCCGA--GGAT---------AG------TTCGCATATCTGG-TAA---A-A--
gi|13 : tcggaCACA-AT-TGG-TAA---A-A--TCA---TGGTGTCTTGCGAT-A-C---------TA--AG-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--C-----AATGTAATA-CCAATAATATACCAAAA-T--AAATGTTGATTAATCTCTACAAA--T--Cataataacgttcctaaaagctggctaaatg
gi|14 : CATT-TATATT--A-C-TTTTTTGA---TT--GTG-ATT-TATGGA---TTTCTAGGGGAAATGAAAGTGAT-A-ATTCCCACTGAGTGGGA---------ATTCA--TTT-TCT-T--AGt
gi|15 : TT--AC-AA---------GA-TA------GGTA--AACTGCC--TTCGAGAAT-TA-TATCCCATTAAA---CGAAA-C--ATATGTTGATTcc
gi|15 : A---TATGTCTA---AA-A--TAAATAAATCAACA----TAT-GTTTCGTTTA-ATG-GG----ATA--TAATTCTCGA--AGGC---------AG------TTTACCTATCTTG-TAA---tatttattttagacatatg
gi|16 : ---G--TTTT--AC-CA---------GA-TACATGTATATG--ATCTGCC--ATCCATAGT-TA-TCTCCCATAATA---CAAAA-C--AAATGTTGATTg
gi|17 : tctATTAACA----TTT-GTTTCAAATT-ATG-GG----ATA--TAATTTCTTT--TGAC---------AG------TTCACATTTCT
gi|2 : agGTAATGTTGTGAATGTTGTTAATTTA--T-TACATTTAT-----AAACATATATTTAA----TAGAT--TAACAAA-ATT-----GATT--C---------ATA-T------AAAAACACTGT--AAG--------ATAAAA--AGCAAT-TATGTTT-AATATGCTTTACTAACTCGGTG--TT-T---GAA-ATTT--AGAGTACATAAAAGTGAC-ACATTT--------TGAGA---------AAT-A--TTTCCCT-T--AGGGCAAA-----------A------------A----CGTCA---TTT--TGTTTACA---AA--AACTATTATTTGTACCTG----AAAAATC---------GA-CTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TAAGTAGA---AT-A--TAGATTAATCAACACTAATTTTGTTTCAAATA-ATG-GA----ACA--TAATTTCCCT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-AGCT-----TTGTTATTTACGGC-AGTC---GG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCA--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAGAA---CGACG-C--AAATGGTGATTTAATTCTAGATA--T--CATATAG-TG-AATTTTCGT--GCATATGCTGTACTA
gi|3 : tttgT-A--TTTCCCT-T--TAGTCAGATT----C----A------------AAGAACCACA---TTTGTT-TTTA---------ATTGATTATTTTTACTTG----AAAAATCTGAAAAATCAA-TGTGTGTTGA-AA-ATAAAGA---TA-ATA------T-A--TAGATTAATCAACA----TTT-GTTTTGTATT-TTG-AG----ATACATAATTATCTT--GGGA---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--T-----TTGAGCCTAATGGC-ACTC-------TGT--AC-CA---------TG-TA------TGTGTAAACTGCC--CTCGGGAAT-CA-TTTCCCATAATA---TGAAA-C--AAAAGTTGGTTAACCTCTATATA--G--C-----C-TC-AATTCT-GTCAAAAT
gi|4 : TAGTATCATA---TTCAATGATTAACCTT-TATGCAAA-TTTAAAAGAAAATACCACCGAAGGAATATTTATGAGT--AGTAATGTATGTTTGA-CA---------------GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTAAT-A-ATTCAT----AGTGGGA---------GTT-A--TTTCCCT-T--TGGTCAGATT----T----AAGAAACTACTGTA----CTTTT---TTT--C-TTAACAGCCAA--AAC--TTGTT----CTTG----------C---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AGAAATGTA-ACATATACAT-G--TAGATAAATCAAC-----CGTAATTATGTATT-ATG-GG----ACA--TAACTC---TGAGGGCAGTTCATCAAG------TTCACATATCTGG-TTG---A-A--C-----tagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|5 : aaatTTTGC---AT--GTGTATT-T-TAGAG-ATTGCCAGGGAAAATAAAAGTGATAACA--CCT----GGCGAGA---------ATTAA--GTACCGT-T--A-GCCAGATT----TTA--A------------A----CTTTA----TA--T-TTTA-A---AA--AATAATTGTTGGTACATG----AAAAATC---------GATTTTACGTT---TA-A--ACT----TA-GT--A---AT-A--TAAATTAAGCAACA-----TTTGTTCCGTAGA-AAG-AG----ATC--TAACTTACTC--GGGC---------AG------GTCATATATTTTG-TAA---A-A--TATATATT-TGCCTTTTGGC-ACCC---G--TTTTTCACAAA---------GG-TA------TGCG--AACTGCC--TTCTGAGTT-TA-TATACCATCATA---CGAAG-CTGTATTGTTTACTTACCTATAcgttcaaacagtgccgtaaactaac
gi|6 : ttatttcgctgcatcG-ATTATGTAGAG-ATTTCAAGAGAAAATAAAAGTAAT-AT-TTCAC----AGTGGTA---------ATT-A--CTCCCCT-TTTAGAC-AGAT-----------------------A----TTTCGGGTTTT--T-TTTTTA---AA--AATA--------CACATG----AACTATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--ATGA---AT-GTAGA---AT-A--TAAATAAATCAA-A----GTTTGTTTCGTATT-ATT-GG----ATA--TACGTCCTTT--GGTA---------AG------TTCAC--ATCTGG-TAAAAGA-A--A-----TGGTGCTTTAC------TT---AC-TTTT--AC-CA---------GAGTG------TTTG--AAAT------T-----ATATA-TATCCCGTTATA---CGAAA-T--AAATATCTATTAACCTCCATATAATT--C--A-AC-TG-AAgagct
gi|7 : TTT-A-T-TGTTTTGT---CT--GTG-TTT-TGTAGAG-ATTTTAAGAGAATATATAAGTTAT-A-ATTCCT----GGTAAGA---------GCT-A--TTTCTCTAT--A-GCCAGATT----TCAG-G------------A----ATTTT---CCT--T-TTTACA---AT--ATTTATTGTTTATACTTA----AAAACTCT--------GA-TGCGTGT--A-AC-A--ACGG---TA--TGCA---AT-G--T---TT-ATCAAGA-----TTGGTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TACTTTCCTT--TTGC---------AG------TTCACATTTATGG-TAA---G-ATCC-----TTGAACCTTACGAC-A-CC---------------------------A-TA------TGTG--AACTGTC--ATCGGAAAT-TA-cagtagacacagttttgtaaa
gi|8 : atatactgatagatCCTT-T--GAGCAGGATT----T----AGGAACTA-----A----CTTCT---TTT--T-TT--CC---GA--AATCATT---------T-------AAATA---------AA-TTGCTGTTGA-TACA--GAAA---T--GTAAA---ATTA--AAGATTAATCAACA----TTTTGTTTCGTATTAATATAT----ATA--TAATTCCATT--AGAC---------AG------TTAACATAGTCGG-CAA---A-A--CA----CTGTGCCTTACGGT-----------TTTT--GA-CG---------GA-TA------TGTG--AACTGCCAAAT-GGGAAG-AA-------GTAATA---CGAAA-C--AAATATTGATTAACCTCCATATa
gi|9 : GAAG---------TGAAAGAAACAGT-TATGTT--A-CATTTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-CTGTCTAGAGACAATTAAAGTGAT-ACATTCCT----AGTGTGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--TAACCAGATT----TTGACA------------A----CTACC---TTTC-T-TTTAAA---GA--AATACTTTTTTGTTCTTG----AAAAATC---------GA--TTATGTTGA-TA-ga
Alignments
lowQualScore : 11 2222 22222 2222 1 555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 33333333 1111111 1 11 1111111 222222222 1111 666666666666666666666666666 111111111 22222222222222222222 11111111 111111111 33333333 44444444444 111111111 3333333333333 1 1 11
lowQualScore : 1 66 1 5555 77777 1 1 3333 2 777777777777777777777777777777777777 0 777 0000000000000000 88 11111111 1111111 55 5 3 5 2 5 66 7777777 000000000 8 66 4 2222 333333333333333333333333333 8888 99 4 1 4 777 55 4 2 99 88888 888888888 3 22 3 3 55555555555555555555 3 44 22222222 3 3 6666 44 44 222222222 888888 3 555 3 44444444 88888888888 44 3 333333333 3 999999 44 666 22 0 7 3 0 777 4 55 4444444444444 0 5 88 1
lowQualScore : . .. . .... ..... . . .... . .................................... . ... ................ .. ........ ....... .. . . . . . .. ....... ......... . .. . .... ........................... .... .. . . . ... .. . . .. ..... ......... . .. . . .................... . .. ........ . . .... .. .. ......... ...... . ... . ........ ........... .. . ......... . ...... .. ... .. . . . . ... . .. ............. . . .. .
lowQualScore : 0 55 0 0000 00000 0 0 0000 0 777777777777777777777777777777777777 7 999 0000000000000000 88 88888888 7777777 44 0 1 0 4 0 00 4444444 000000000 9 11 0 2222 888888888888888888888888888 0000 55 0 1 1 000 00 5 0 33 33333 222222222 6 66 6 6 33333333333333333333 3 66 55555555 1 1 5555 22 22 333333333 888888 1 444 3 22222222 77777777777 66 3 333333333 3 666666 66 999 88 2 3 6 9 000 0 55 7777777777777 0 0 00 0
consensus : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACA----TTTTGTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--C-----TTGTGCCTTACGGC-A-TC---G--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
Reference ( family-5 ) : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACA----TTTTGTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--C-----TTGTGCCTTACGGC-A-TC---G--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
gi|1 : GTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATATAAGCTGTAAATGGTATCATACATTTTAA-GACT--CCCTGTATGTATAGTT-----AAAGACATTGACAGAA--------AT--AA--AGTAA--TATTTTC-G-TA-GTTTTGC---CT--GTG-ATT-T-TAGGGAAATTCTAGGGAAAATAAAATTGAT-AT-TTCCC----AGTTGGAGTGATACTTATT-AGTTTTTCCT-T--AAGTCATATTTTAGT----A------------A----CAACA---TAT--T-TTAACA---AA--GTTCATTGTGTGTACTT-----AGAAAT-------------TTTAT------------------------------AC-A--TACATTAATCAACA----TCTGGTTT-GTATA-ACA-GA----ATA--TAATTCCCCG--GGGC---------AG------TTCACATATCTGT-TAA---ATAT-C-----TTTTGCCCT---GT-A-TTCGGG--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--TACTGCT--TTCGGGAAT-TA-TATCTCAAAATA---CGAAA-C--AGACGTTGATTAACCTTTTTATA--TGCCATA-ACATGTAATT
gi|10 : ttctgt---TTT--C-TTTACA---AATTGATAAGTGTT---ACTTG----AAAA-TC---------GA-TTTATACTAATTA-A--TAAA---TG-TTATA---A--A--TGGATAAACCATCA-----TTTGTTTTGTATT-ATA-TACTTTATA--TACTTCCATT--GAGC---------AGAAACTATTCCTGTTTCTGGTTAA---A-A--CT----TTGTGCTTTACGACAA-TC---GGTTTTT--AC-CAAACTTTGATGA-TA------TGCG--AACTGCT--CTCAGAAag
gi|11 : --AAGA----A-ATGTA---AT-AAATAGATTAATCAACA----TTGT-TTTCGTATT-ATT-GG----ATA--TAACTGCCTT--GGTC---------AG------TTCA------TGG-TCA-----------------TGCA-TAAGGT-----------TTTT--AC-CA---------GA-CA------TACG--AATTGCT--CGTAAGA----A-TAACTCATAATA---CGAAATC--AAATGATGACTAAACTCTATGTA--
gi|12 : --AATAACTGTTTGTATTTGGAAAAAAAATC---------TA-TTCATGT-GA-TA-T--AAAA---CT-GTAAT---AT-A--TAGATTAACCAACA----TTT-----CATATT-AAG-GG----ATG--TAATTCCCGA--GGAT---------AG------TTCGCATATCTGG-TAA---A-A--
gi|13 : tcggaCACA-AT-TGG-TAA---A-A--TCA---TGGTGTCTTGCGAT-A-C---------TA--AG-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--C-----AATGTAATA-CCAATAATATACCAAAA-T--AAATGTTGATTAATCTCTACAAA--T--Cataataacgttcctaaaagctggctaaatg
gi|14 : CATT-TATATT--A-C-TTTTTTGA---TT--GTG-ATT-TATGGA---TTTCTAGGGGAAATGAAAGTGAT-A-ATTCCCACTGAGTGGGA---------ATTCA--TTT-TCT-T--AGt
gi|15 : TT--AC-AA---------GA-TA------GGTA--AACTGCC--TTCGAGAAT-TA-TATCCCATTAAA---CGAAA-C--ATATGTTGATTcc
gi|15 : A---TATGTCTA---AA-A--TAAATAAATCAACA----TAT-GTTTCGTTTA-ATG-GG----ATA--TAATTCTCGA--AGGC---------AG------TTTACCTATCTTG-TAA---tatttattttagacatatg
gi|16 : ---G--TTTT--AC-CA---------GA-TACATGTATATG--ATCTGCC--ATCCATAGT-TA-TCTCCCATAATA---CAAAA-C--AAATGTTGATTg
gi|17 : tctATTAACA----TTT-GTTTCAAATT-ATG-GG----ATA--TAATTTCTTT--TGAC---------AG------TTCACATTTCT
gi|2 : agGTAATGTTGTGAATGTTGTTAATTTA--T-TACATTTAT-----AAACATATATTTAA----TAGAT--TAACAAA-ATT-----GATT--C---------ATA-T------AAAAACACTGT--AAG--------ATAAAA--AGCAAT-TATGTTT-AATATGCTTTACTAACTCGGTG--TT-T---GAA-ATTT--AGAGTACATAAAAGTGAC-ACATTT--------TGAGA---------AAT-A--TTTCCCT-T--AGGGCAAA-----------A------------A----CGTCA---TTT--TGTTTACA---AA--AACTATTATTTGTACCTG----AAAAATC---------GA-CTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TAAGTAGA---AT-A--TAGATTAATCAACACTAATTTTGTTTCAAATA-ATG-GA----ACA--TAATTTCCCT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-AGCT-----TTGTTATTTACGGC-AGTC---GG-TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCA--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAGAA---CGACG-C--AAATGGTGATTTAATTCTAGATA--T--CATATAG-TG-AATTTTCGT--GCATATGCTGTACTA
gi|3 : tttgT-A--TTTCCCT-T--TAGTCAGATT----C----A------------AAGAACCACA---TTTGTT-TTTA---------ATTGATTATTTTTACTTG----AAAAATCTGAAAAATCAA-TGTGTGTTGA-AA-ATAAAGA---TA-ATA------T-A--TAGATTAATCAACA----TTT-GTTTTGTATT-TTG-AG----ATACATAATTATCTT--GGGA---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--T-----TTGAGCCTAATGGC-ACTC-------TGT--AC-CA---------TG-TA------TGTGTAAACTGCC--CTCGGGAAT-CA-TTTCCCATAATA---TGAAA-C--AAAAGTTGGTTAACCTCTATATA--G--C-----C-TC-AATTCT-GTCAAAAT
gi|4 : TAGTATCATA---TTCAATGATTAACCTT-TATGCAAA-TTTAAAAGAAAATACCACCGAAGGAATATTTATGAGT--AGTAATGTATGTTTGA-CA---------------GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTAAT-A-ATTCAT----AGTGGGA---------GTT-A--TTTCCCT-T--TGGTCAGATT----T----AAGAAACTACTGTA----CTTTT---TTT--C-TTAACAGCCAA--AAC--TTGTT----CTTG----------C---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AGAAATGTA-ACATATACAT-G--TAGATAAATCAAC-----CGTAATTATGTATT-ATG-GG----ACA--TAACTC---TGAGGGCAGTTCATCAAG------TTCACATATCTGG-TTG---A-A--C-----tagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|5 : aaatTTTGC---AT--GTGTATT-T-TAGAG-ATTGCCAGGGAAAATAAAAGTGATAACA--CCT----GGCGAGA---------ATTAA--GTACCGT-T--A-GCCAGATT----TTA--A------------A----CTTTA----TA--T-TTTA-A---AA--AATAATTGTTGGTACATG----AAAAATC---------GATTTTACGTT---TA-A--ACT----TA-GT--A---AT-A--TAAATTAAGCAACA-----TTTGTTCCGTAGA-AAG-AG----ATC--TAACTTACTC--GGGC---------AG------GTCATATATTTTG-TAA---A-A--TATATATT-TGCCTTTTGGC-ACCC---G--TTTTTCACAAA---------GG-TA------TGCG--AACTGCC--TTCTGAGTT-TA-TATACCATCATA---CGAAG-CTGTATTGTTTACTTACCTATAcgttcaaacagtgccgtaaactaac
gi|6 : ttatttcgctgcatcG-ATTATGTAGAG-ATTTCAAGAGAAAATAAAAGTAAT-AT-TTCAC----AGTGGTA---------ATT-A--CTCCCCT-TTTAGAC-AGAT-----------------------A----TTTCGGGTTTT--T-TTTTTA---AA--AATA--------CACATG----AACTATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--ATGA---AT-GTAGA---AT-A--TAAATAAATCAA-A----GTTTGTTTCGTATT-ATT-GG----ATA--TACGTCCTTT--GGTA---------AG------TTCAC--ATCTGG-TAAAAGA-A--A-----TGGTGCTTTAC------TT---AC-TTTT--AC-CA---------GAGTG------TTTG--AAAT------T-----ATATA-TATCCCGTTATA---CGAAA-T--AAATATCTATTAACCTCCATATAATT--C--A-AC-TG-AAgagct
gi|7 : TTT-A-T-TGTTTTGT---CT--GTG-TTT-TGTAGAG-ATTTTAAGAGAATATATAAGTTAT-A-ATTCCT----GGTAAGA---------GCT-A--TTTCTCTAT--A-GCCAGATT----TCAG-G------------A----ATTTT---CCT--T-TTTACA---AT--ATTTATTGTTTATACTTA----AAAACTCT--------GA-TGCGTGT--A-AC-A--ACGG---TA--TGCA---AT-G--T---TT-ATCAAGA-----TTGGTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TACTTTCCTT--TTGC---------AG------TTCACATTTATGG-TAA---G-ATCC-----TTGAACCTTACGAC-A-CC---------------------------A-TA------TGTG--AACTGTC--ATCGGAAAT-TA-cagtagacacagttttgtaaa
gi|8 : atatactgatagatCCTT-T--GAGCAGGATT----T----AGGAACTA-----A----CTTCT---TTT--T-TT--CC---GA--AATCATT---------T-------AAATA---------AA-TTGCTGTTGA-TACA--GAAA---T--GTAAA---ATTA--AAGATTAATCAACA----TTTTGTTTCGTATTAATATAT----ATA--TAATTCCATT--AGAC---------AG------TTAACATAGTCGG-CAA---A-A--CA----CTGTGCCTTACGGT-----------TTTT--GA-CG---------GA-TA------TGTG--AACTGCCAAAT-GGGAAG-AA-------GTAATA---CGAAA-C--AAATATTGATTAACCTCCATATa
gi|9 : GAAG---------TGAAAGAAACAGT-TATGTT--A-CATTTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-CTGTCTAGAGACAATTAAAGTGAT-ACATTCCT----AGTGTGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--TAACCAGATT----TTGACA------------A----CTACC---TTTC-T-TTTAAA---GA--AATACTTTTTTGTTCTTG----AAAAATC---------GA--TTATGTTGA-TA-ga
blockSeqs : T AA T T . C T . A TTCAATGATTAACCTTTATGCAAATTTAAAA CCG GAATATTTATGAGT TG TAATATG TAACTCG TA A A . T A CA CCACTGA . C . A TTAG TAAGAAACTACTGTA GGGT GT G T C GCC TT A G TG GGAAA TGAAAAATC T TA T C AGAAATGTAACATATAC T AA CTAATTTT A T CTTT CA GA AGTTCATCA AAACTA T AAG . TATATA AATCGGT TC A AACTTTGAT G CATGTA TA AAA CA G A TAC T TG TCATATAG . . CA A
blockSeqs : . ATTGATTCATAT T TGAAAGA T TGACA TT A . A . T . CA ATA . A . . AG TAGGAACTAA A C . T C . . A G TG G T . TG . . AAGATAAGTAGA . . TTGT . . . . . . . . . . TCA AGTCGG . . . . . . C TA A . . . . ATTCAAC .
blockSeqs : ATAAAA T TATTG AT A . G . C . CA CTG . . . . AG CAAAGAA A . . T C . . T A TT G . . TG . . TAAATGTTATA . . CGTA . . . . . . . . . . GCT ACCCG . . . . . . C CG . . . . . GCC .
blockSeqs : T ACATT CT A . G . A . A ACA . . . . TA TTGACAA T . . A T . . G A GG G . . TG . . AAAACTGTAAT . . GTTT . . . . . . . . . . TCC ACTC . . . . . . C CC . . . . .
blockSeqs : ACTT CT T . A . A . A CTG . . . . TG TCAGGA A . . T C . . A G TA G . . TG . . TAAAGATAATA . . TTTT . . . . . . . . . . CT TTAC . . . . . . T CG . . . . .
blockSeqs : . A . . . T . T CTA . . . . GA TTAAA T . . T C . . A G TG G . . TG . . ATGAATGTAGA . . TTT . . . . . . . . . . CA ACC . . . . . . A CG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . TA AA T . . T A . . T G . G . . TG . . AAGAAATGTA . . TTT . . . . . . . . . . T AC . . . . . . C CT . . . . .
blockSeqs : . . . A A C . . T . . . C T . A . . G . . ACGGTATGCA . . TAT . . . . . . . . . . C . . . . . . . C CG . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . A . . G . . T . . GAAATGTAAA . . TTT . . . . . . . . . . A . . . . . . . T G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ACTTAGTA . . TTT . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . TTT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTG . . . . . . . . .
blockSeqCons : T* ********* ** G**** TG AAAATGTAGA********** TTT***** T******* ACG********
originalCons : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-A--AAGA---TA-GTANA---AT-A--TAGATTAATCAACA----TTTTGTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-A--C-----TTGTGCCTTACGGC-A-TC---G--TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
finalCons : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGAT-ACATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCCT-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GA-TTTATGTTGA-TA-AAAAATGTAGA----------AT-A--TAGATTAATCAACATTT-----GTTTCGTATT-ATG-GG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAA---A-AT-------TTGTGCCTTACGGCACG--------TTTT--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTGCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
Alignments
lowQualScore : 11 2222 22222 2222 1 555555555555555555555555555555555555 4444444444444444 33333333 1111111 1 2222222222222 222222222 666666666666666666666666666 1111111 111111 111111111 11 1111 111111111 33333333 333333333 1111111111 111111111 111111111 3333333333333 1 1 11
lowQualScore : 1 66 1 5555 77777 1 1 3333 2 777777777777777777777777777777777777 0 777 0000000000000000 88 11111111 1111111 55 5 3 5 2 1111111111111 000000000 4 66 4 4 66666 333333333333333333333333333 8888 99 4 3333333 55 4 2 99 000000 888888888 3 3333 6 00 44 3 4444 44 999999 77777 3 3 9999 44 44 222222222 888888 3 3 88888888 7777 444444444 3333333333 3 222222222 3 888888 44 222222222 555 22 3 6 3 666 3 55 0000000000000 0 5 88 1
lowQualScore : . .. . .... ..... . . .... . .................................... . ... ................ .. ........ ....... .. . . . . ............. ......... . .. . . ..... ........................... .... .. . ....... .. . . .. ...... ......... . .... . .. .. . .... .. ...... ..... . . .... .. .. ......... ...... . . ........ .... ......... .......... . ......... . ...... .. ......... ... .. . . . ... . .. ............. . . .. .
lowQualScore : 0 55 0 0000 00000 0 0 0000 0 777777777777777777777777777777777777 7 999 0000000000000000 88 88888888 7777777 44 0 1 0 4 5555555555555 000000000 4 11 0 0 99999 888888888888888888888888888 0000 55 0 8888888 00 5 0 33 444444 222222222 6 8888 7 11 66 3 4444 00 666666 77777 1 1 6666 22 22 333333333 888888 1 6 11111111 7777 333333333 3333333333 1 333333333 1 888888 22 333333333 666 22 3 7 3 444 6 00 8888888888888 0 0 00 0
consensus : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGATA-CATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCC-T-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GATTT-ATGTTGA-TA-AN-AAAT--G-TA-G-AAT-A------TAGATTAATCAACA-----TTT-GTTTCGTATTA-TGGG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAAA-A--T-----TTGTGCCTTA----CGGCA--C-G--TTT-------T--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACT---------GCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
Reference ( family-5 ) : NNNNGTAATGNTGTGNATGTTGTTAATNTAAATATGCATTTATTTACTAAANACATATNTAAGCTGTAGATGGTATCATA-ATTTCAA-GATT--CCCT-TATGCATA-TT-----AAAAACACCGNCGAAG--------ATGAAA--AGCAAT-TATGTTT-A-CATGTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTGATA-CATTCCC----GGTGGGA---------ATT-A--TTTCCC-T-T--AGGCCAGATT----T----A------------A----CTTCN---TTT--T-TTTACA---AA--AATNATTGTTTGTACTTG----AAAAATC---------GATTT-ATGTTGA-TA-AA-AAAT--G-TA-G-AAT-A------TAGATTAATCAACA-----TTT-GTTTCGTATTA-TGGG----ATA--TAATTCCCTT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAAA-A--T-----TTGTGCCTTA----CGGCA--C-G--TTT-------T--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACT---------GCC--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAATA---CGAAA-C--AAATGTTGATTAACCTCTATATA--T--CATA-AC-TG-AATTCTCGTCAGNATATGCTGTACTA
gi|1 : GTAATAGTGTGT-TGTTGTTAATGTAAATATGTATTTATTTACTAAAGACATATATAAGCTGTAAATGGTATCATACATTTTAA-GACT--CCCTGTATGTATAGTT-----AAAGACATTGACAGAA--------AT--AA--AGTAA--TATTTTC-G-TA-GTTTTGC---CT--GTG-ATT-T-TAGGGAAATTCTAGGGAAAATAAAATTGATA-T-TTCCC----AGTTGGAGTGATACTTATT-AGTTTTTCC-T-T--AAGTCATATTTTAGT----A------------A----CAACA---TAT--T-TTAACA---AA--GTTCATTGTGTGTACTT-----AGAAAT------------TTT-AT--------------------------AC-A------TACATTAATCAACA-----TCT-GGTTTGTATAA-CAGA----ATA--TAATTCCCCG--GGGC---------AG------TTCACATATCTGT-TAAATA--TC----TTTTGCCCTGTATTCGG------G--TTT-------T--AC-CA---------GA-TA------TGTG--TACT---------GCT--TTCGGGAAT-TA-TATCTCAAAATA---CGAAA-C--AGACGTTGATTAACCTTTTTATA--TGCCATA-ACATGTAATT
gi|10 : ttctgt---TTT--C-TTTACA---AATTGATAAGTGTT---ACTTG-----AAAATC---------GATTT-ATACTAATTA-AT-AAAT--GTTA-T-AA--A------TGGATAAACCATCA-----TTT-GTTTTGTATTA-TATACTTTATA--TACTTCCATT--GAGC---------AGAAACTATTCCTGTTTCTGGTTAAA-AC-T-----TTGTGCTTTA----CGACAATC-GGTTTT-------T--AC-CAAACTTTGATGA-TA------TGCG--AACT---------GCT--CTCAGAAag
gi|11 : A-AG-AAAT--G-TA-A-TAA-A------TAGATTAATCAACA-----TTG-TTTTCGTATTA-TTGG----ATA--TAACTGCCTT--GGTC---------AG------TTCA------TGG-TCA--------------TGCA-TA----AGGT--------TTT-------T--AC-CA---------GA-CA------TACG--AATT---------GCT--CGTAAGA----A-TAACTCATAATA---CGAAATC--AAATGATGACTAAACTCTATGTA--
gi|12 : --AATAACTGTTTGTATTTGGAAAAAAAATC---------TATTC-ATGT-GA-TATAA-AACT--G-TA-A-TAT-A------TAGATTAACCAACA-----TTT-----CATATTA-AGGG----ATG--TAATTCCCGA--GGAT---------AG------TTCGCATATCTGG-TAAA-A--T-----
gi|13 : tcggCACA-AT-TGG-TAAA-A--TCA---TGGTGTCTTG----CGATA--C------T-------A--AG-CA---------GA-TA------TGTG--AACT---------GCC--C-----AATGTAATA-CCAATAATATACCAAAA-T--AAATGTTGATTAATCTCTACAAA--T--Cataataacgttcctaaaagctggctaaatg
gi|14 : CATT-TATATT--A-C-TTTTTTGA---TT--GTG-ATT-TATGGA---TTTCTAGGGGAAATGAAAGTGATA--ATTCCCACTGAGTGGGA---------ATTCA--TTT-TC-T-T--AGt
gi|15 : T-------T--AC-AA---------GA-TA------GGTA--AACT---------GCC--TTCGAGAAT-TA-TATCCCATTAAA---CGAAA-C--ATATGTTGATTcc
gi|15 : AT--G-TC-T-AAA-A------TAAATAAATCAACA-----TAT-GTTTCGTTTAA-TGGG----ATA--TAATTCTCGA--AGGC---------AG------TTTACCTATCTTG-TAAtatttattttagacatatg
gi|16 : -G--TTT-------T--AC-CA---------GA-TACATGTATATG--ATCT---------GCC--ATCCATAGT-TA-TCTCCCATAATA---CAAAA-C--AAATGTTGATTatg
gi|17 : tctATTAACA-----TTT-GTTTCAAATTA-TGGG----ATA--TAATTTCTTT--TGAC---------AG------TTCACATTTCT
gi|2 : agGTAATGTTGTGAATGTTGTTAATTTA--T-TACATTTAT-----AAACATATATTTAA----TAGAT--TAACAAA-ATT-----GATT--C---------ATA-T------AAAAACACTGT--AAG--------ATAAAA--AGCAAT-TATGTTT-AATATGCTTTACTAACTCGGTG--TT-T---GAA-ATTT--AGAGTACATAAAAGTGACA-CATTT--------TGAGA---------AAT-A--TTTCCC-T-T--AGGGCAAA-----------A------------A----CGTCA---TTT--TGTTTACA---AA--AACTATTATTTGTACCTG----AAAAATC---------GACTT-ATGTTGA-TA-AA-AGATAAG-TA-G-AAT-A------TAGATTAATCAACACTAATTTT-GTTTCAAATAA-TGGA----ACA--TAATTTCCCT--GGGC---------AG------TTCACATATCTGG-TAAA-AGCT-----TTGTTATTTA----CGGCAGTC-GG-TTT-------T--AC-CA---------GA-TA------TGTG--AACT---------GCA--CTCGGGAAT-TA-TATCCCATAGAA---CGACG-C--AAATGGTGATTTAATTCTAGATA--T--CATATAG-TG-AATTTTCGT--GCATATGCTGTACTA
gi|3 : tttgT-A--TTTCCC-T-T--TAGTCAGATT----C----A------------AAGAACCACA---TTTGTT-TTTA---------ATTGATTATTTTTACTTG----AAAAATCTGAAAAATCAATGT-GTGTTGA-AA-AT-AAAG--A-TA-A-TAT-A------TAGATTAATCAACA-----TTT-GTTTTGTATTT-TGAG----ATACATAATTATCTT--GGGA---------AG------TTCACATATCTGG-TAAA-A--T-----TTGAGCCTAA----TGGCA--C-T--CTG-------T--AC-CA---------TG-TA------TGTGTAAACT---------GCC--CTCGGGAAT-CA-TTTCCCATAATA---TGAAA-C--AAAAGTTGGTTAACCTCTATATA--G--C-----C-TC-AATTCT-GTCAAAAT
gi|4 : TAGTATCATA---TTCAATGATTAACCTT-TATGCAAA-TTTAAAAGAAAATACCACCGAAGGAATATTTATGAGT--AGTAATGTATGTTTGA-CA---------------GTG-ATT-TATAGAG-ATTTCTAGGGAAAATAAAAGTAATA--ATTCAT----AGTGGGA---------GTT-A--TTTCCC-T-T--TGGTCAGATT----T----AAGAAACTACTGTA----CTTTT---TTT--C-TTAACAGCCAA--AAC--TTGTT----CTTG----------C---------GATTT-ATGTTGA-TA-AAGAAAT--G-TA-A-CAT-ATACATGTAGATAAATCAACC-----GTA-ATTATGTATTA-TGGG----ACA--TAACTC---TGAGGGCAGTTCATCAAG------TTCACATATCTGG-Ttagacctaaacagttttctaaatgtgaacatttacatacaaaaccttgacttataaaactgtagataaatg
gi|4 : aaatTTA----CGGCA--CTG--TTTGAACGGTTCAAC-CA---------GA-TA------TGTG--AACTTGATGAACTGCC--CTCAG-AGT-TA-TGTCCCATAATA---CATAA-T--TACGGTTGATTTATCTACATGTA--T--tgaaccgttcaaacagtgccgtaaactaac
gi|5 : aaattagtatcatattcaatgattaacctttatgcaaatttaaaagaaaataccaccgaaggaatatttatgagtagtaatgtatgtttgacagtgatttatagagatttctagggaaaataaaagtaataattcatagtgggagttatttccctttggtcagatttaagaaactactgtactttttttcttaacagccaaaacttgttcttgcgatttatgttgataaagaaatgtaacatTTTGC---AT--GTGTATT-T-TAGAG-ATTGCCAGGGAAAATAAAAGTGATAACA--CCT----GGCGAGA---------ATT-A--AGTACCGT-T--AG-CCAGATT----TTA--A------------A----CTTTA---TAT--T-TT-A-A---AA--AATAATTGTTGGTACATG----AAAAATC---------GATTTTACGTT---TA-AA----C--T-TA-GTAAT-A------TAAATTAAGCAACA-----TTT-GTTCCGTAGAA-AGAG----ATC--TAACTTACTC--GGGC---------AG------GTCATATATTTTG-TAAA-A--TATATATT-TGCCTTT----TGGCACCC-G--TTT-------TTCACAAA---------GG-TA------TGCG--AACT---------GCC--TTCTGAGTT-TA-TATACCATCATA---CGAAG-CTGTATTGTTTACTTACCTATAactaac
gi|6 : ttatttcgctgcatcG-ATTATGTAGAG-ATTTCAAGAGAAAATAAAAGTAATA-T-TTCAC----AGTGGTA---------ATT-A--CTCCCC-T-TTTAGAC-AGAT-----------------------A----TTTCGGGTTTT--T-TTTTTA---AA--AATA--------CACATG----AACTATC---------GATTT-ATGTTGA-TA-AATGAAT--G-TA-G-AAT-A------TAAATAAATCAAAG-----TTT-GTTTCGTATTA-TTGG----ATA--TACGTCCTTT--GGTA---------AG------TTCAC--ATCTGG-TAAA-A--GAAA--TGGTGCTTTA----C-TTA--C----TTT-------T--AC-CA---------GAGTG------TTTG--AAAT---------------T-----ATATA-TATCCCGTTATA---CGAAA-T--AAATATCTATTAACCTCCATATAATT--C--A-AC-TG-AAgagct
gi|7 : TTT-A-T-TGTTTTGT---CT--GTG-TTT-TGTAGAG-ATTTTAAGAGAATATATAAGTTATA--ATTCCT----GGTAAGA---------GCT-A--TTTCTC-TAT--AG-CCAGATT----TCAGGA------------A----TTTTC---CTT--T-TT-ACA---AT--ATTTATTGTTTATACTTA----AAAACTCT--------GATGC-GTGT-----A-AC-AACG--G-TATGCAAT-G------T---TTA-TCAAGA-----TTG-GTTTCGTATTA-TGGG----ATA--TACTTTCCTT--TTGC---------AG------TTCACATTTATGG-TAAG-A--TCC---TTGAACCTTA----CGACA--C------------------C-------------A-TA------TGTG--AACT---------GTC--ATCGGAAAT-TA-cagtagacacagttttgtaaa
gi|8 : atatactgatagatCCT-T-T--GAGCAGGATT----T----AGGAACTA-----A----CTTCT---TTT--T-TT--CC---GA--AATCATT---------T-------AAATA---------AATTG-CTGTTGA-TACAG-AAAT--G-TA-A-AATTA------AAGATTAATCAACA-----TTTTGTTTCGTATTAATATAT---ATA--TAATTCCATT--AGAC---------AG------TTAACATAGTCGG-CAAA-A--CA----CTGTGCCTTA----CGGT--------TTT-------T--GA-CG---------GA-TA------TGTG--AACT---------GCCAAAT-GGGAAG-AA-------GTAATA---CGAAA-C--AAATATTGATTAACCTCCATATa
gi|9 : GAAG---------TGAAAGAAACAGT-TATGTT--A-CATTTTTTGC---CT--GTG-ATT-TATAGAG-CTGTCTAGAGACAATTAAAGTGATA-CATTCCT----AGTGTGA---------ATT-A--TTTCCC-T-T--TAACCAGATT----TTGACA------------A----CTACC---TTTC-T-TTTAAA---GA--AATACTTTTTTGTTCTTG----AAAAATC---------GA-TT-ATGTTGA-TA-ga