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lowQualScore : . . ...... ....... . .......... . . .... ...... . .......... ........ .. . ..... ...... .......... . .... . .......... ..... . ... ........... ... ... .........
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Reference ( gi|12 ) : AGTTGTTTCAAATTTGAATGCAAATGAGAT------A---G---GGTCACTGCATTTTGATAAAGGTAAAG-------A--AGGT-AAATCGTGCCTG-GCG----AACA------TA-G--------C-AT--------G--CA-TT-----T------AAACC----------TGC-AA----AC-CC----T-----C-----AAA-T---C---A-T-----TA---A---GA---------TACCTGTTTATGTTTACAACGGTTCTCAGGTAAATAAAAATC
gi|8 : AGTCGATTCAAATTTGAATGCAAGCGAGAT------A---C---AGTCACTGCATTTTGATAAAGGTAAAG-------T--CGGT-AAATCATGCCTG-GTG----AACA------TA-G--------C-AT--------G--CA-TT-----T------AAACC----------TGCAAA----AC-CC----C-----C-----AAA-T---CA--A-TAA---TA---A---GG---------TGCATGTTTATGTTTACAGCAGTTCTCAGGTAAATAAAAATC
gi|6 : AGTCGATTCAAATTTGAATGCAAATGAGAT------A---T---GGTCACTACATTTTGATATAGGTAAAG-------T--AGGT-AAATCGTGCCTG-ACG----AACA------TA-G--------T-AT--------G--CA-TT-----T------AAACC----------TGC-AA----CC-CC----TCCCCCC-----AAA-T---TA--A-TAATAATA---A---GA---------CACCTGTTGATGTTTACAACGGTTCTCAGGTAAACAAAA
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gi|1 : AGTCGATTCAAATTTGAATGCAAGTGAGAT------A---G---G-TTACTGCATTTTGATAAAAGTAAAA-------A--AGGT-AAATCGTGCTTG-GCG----AACA------TA-G--------T-AT--------A--CA-TT-----T------GAACC----------TATAAA----AC-CC----C-----C-----ACA-T---CA--A-TTA---TA---A---GA---------TACCTGTTTATGTTTACAACAGTACTAAGGAAAATGAA
gi|17 : tccttccagatccgtgcagattcgtagcatttacgtgcgacatcaaggttatctttatgtttccaatgacacaaaagcgcaggtcctggttagctcattcggtagcacgacttaccatcaatccaggggtcgagttcgaactcccgtccggccatagtatcagtgacgactgatgtacgacagtgcatcccattgtctttcgtctctcaccactgattcaaatggggaaattatctgttacctaatgcgaagatatatgtgctcgagtacttgtaaaccttccaggattccaggaaagagtggttaggttgactgatcgttggttagtcctcggtggcataagaagatgctacAGTCGATTCAAATTTGAATGCATATAAGAA------A---C---GGTCACTGCATTCTGATA----------------------T-AAGTCGTGCCTG-GCG----GACA------TA-G--------T-AT--------G--CA-TT-----T------AAAAC----------TGC-AA----AC-CC----A-----C-----AAA-T---CA--A-TAA---TA---A---GA---------TACCTGTTTATGTTAACAACGGTTCTCAGGTAAATAAAAATC
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gi|23 : cAGTCGATTCAAATTTGAATGCA----------------------------T---TTTTGATATAGGTAAAG-------A--ATGT-AAAT---GCCTG-GCG----AACA------TA-G--------C-AT--------G--CA-TT-----T------CAGCC----------TGC-AAT---AC-CCAAAAT-----C-----AAA---------A-A-----TA---A---GA---------TATCTGTTTATATTCACAACGGTT-----GTAAATAAAAATc
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gi|22 : AGTCGATTCAAATTTAACGGCAAATGAAA-------A---C---GGTCAATGAATTTTGATAAAGGTAAAA-------T--AGGT-AAACCGTGCCTA-GCGTTATAACA------TATC--------C-ATTTAA----A--CA-TT-----T------TAACA----------TGC-AA----AC-TC----C-----C-----
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gi|2 : GTTGATTTGAATTTGAATGCAAATGAGAT------A---C---CGTTACTGCATTTTGATATAGGTAAAG-------T--AGAA-AAATCGTGCCTG-GCG----AACA------TA-G--------T-AT--------tg
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gi|25 : gtcgatcttAATTTAAATGCAAATGCGAT------A---C---GGTCACTGCATTTTGATATAGGTAAAG-------T--AAGT-AAATCATGCCTG-GCA----AACA------
gi|19 : TGCAAATGAGAT------A---C---GGTCACTGCATTTTGAAATACGTAAAG-------T--AGGT-AAATCGTGCCTG-GCGTTTTAACA------T-------------AT--------G--CA-TT-----T-------ATCC----------TGC-AA----ACTCC----C-----C-----AAA-T---CA--A-TAA---TA---A---GA---------TAACTGTTTATGTTTACAACGGTTCTCAAGTAAATAAGAAagtaattaactatatattagtaacaaaatgaacccttcaaaggtaaattaaaaatcac
gi|34 : AAATGAGAT------A---A---G-TCACTGCATTTTGATAGAGGTAACT-------T--AAGT-AAATCGTGCCc
gi|20 : gtcgattcgT------A---C---GGTCACTGCATTTTGATATAGGTACAG-------T--AGGT-GTAGCGTGCCTG-GCA----ACCAAGTGATTA-A--------CTAT--------A--TA-TTAGTAAT------AAAC------------AC-AA----AC-CC----TT----C-----AAA-TGAAT---A-A-----TA---A---GA---------TACCTATTTATGTTAACAACGGTTCTCGGGTAAATAAA
gi|16 : ---GGTCACTTCTTTTTGATATAGGTAAAG-------T--AGGT-TAATCATACCTG-GCC----AACA------TA-G--------T-ATTTAACTATA--TA-TTAGAAAT------AAAGCGAGAAATAAATGC-AA----AA-CC----T-----C-----AAACT---C---AATAA---TA---A---GA---------TACCTGTTTATGTTTACAACGGTTGTCTGGTAAATGAAAAT
gi|37 : ACTGCATTTTGATAAAGGTAAAG-------A--AGGT-AAATCGTGCCTG-GCG----AACA------t
gi|30 : -AT--------G--CAATT-----T------AAACC----------TGC-AA----AC-CC----A-----A-----AAA-T---C---AATAA---TA---A---GA---------TACCTGTTTATGTTTACAATGGTTCTCAGGTAAATAAAAAT
gi|2 : tt------AAATC----------TGC-AA----AC-CC----C-----C-----GAA-T---C---A-A-----TA---A---CAAGTTACATGTACCTGTTTACGTTAACAACGGTTCTCAGGTAAATAAAAATC
gi|32 : gttgatttgaatttgaatgcaaatgagataccgttactgcattttgatataggtaaagtagaaaaatcgtgcctggcgaacatagtatttaactatatatttaacagtaataaagcgagaaataaatgtaC-AA----AC-CC----TT----C-----AAA-T---C---A-A-----TA---AAAAGA---------TACCTGTTGATATTTACAACGGTTCTCAGGTAAATAAGAA
gi|35 : aaa----AC-CC----C------------AA-T---C---AATAA---TA---A---GA---------TACTTGTAAATGTTTACAACGGTTCTTAGGTAAATAAA
gi|38 : cA---------TACCTGTTTATGTTTACAACGGTTCTTAGGTTAACAAA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): GTAAGATTATCATTGTAAGAACGACACAAATAATGTTAATGTATGAAGATAGTCAGATAAAC
Unaligned ( gi|36 ): CTAGTAGATGAAACATACCGTTTTATGTTTTAACAGAGACTAGAATAACTGGA
Unaligned ( gi|39 ): TATCTTTTAATTTATACCAATTCTCTTGAACTAC
Alignments
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Reference ( family-4944 ) : AGTCGATTCAAATTTGAATGCAAATGAGAT-------AC------GGTCACTGCATTTTGATATAGGTAAAGTAG---------GT-AAATCGTGCCTG-GCG----AACA------TA-----G--------TAT----------GCA-TT-----T------AAACC----------TGC-AA-----AC-CC-C-C-----AAA-T-C----A-TAATAAG------ATACCTGTTTATGTTTACAACGGTTCTCAGGTAAATAAAAATC
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gi|10 : tccttccagatccgtgcagattcgtagcatttacgtgcgacatcaaggttatctttatgtttccaatgacacaaaagcgcaggtcctggttagctcattcggtagcacgacttaccatcaatccaggggtcgagttcgaactcccgtccggccatagtatcagtgacgactgatgtacgacagtgcatcccattgtctttcgtctctcaccactgattcaaatggggaaattatctgttacctaatgcgaagatatatgtgctcgagtacttgtaaaccttccaggattccaggaaagagtggttaggttgactgatcgttggttagtcctcggtggcataagaagatgctacAGTCGATTCAGATTTAGATGCAAATGAGAT-------AC------GGTCACTGCATTTTGATATAGGTAAAGTAG---------GG-AAATCGTGCATG-ACGTTTTAACA----------------------TAT----------GCA-TT-----T------AAACC----------TGC-AA-----AC-CC-T-C-----AAA-T-CA---A-TAATGAG------ATACCTGTTTATG-TTACAACGGTTCTCTGGTAAATAGAAACC
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gi|35 : gtcgattcg-----AC-CC-C--------AA-T-C----AATAATAAG------ATACTTGTAAATGTTTACAACGGTTCTTAGGTAAATAAA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4944 ) : AGTCGATTCAAATTTGAATGCAAATGAGAT-------AC------GGTCACTGCATTTTGATATAGGTAAAGTAG---------GT-AAATCGTGCCTG-GCG----AACA------TA-----G--------TAT----------GCA-TT-----T-A------AACC----------TGC-AA-----A---------C-CC-C-C-----AAA-T---CAATAATAAG------ATACCTGTTTATGTTTACAACGGTTCTCAGGTAAATAAAAATC
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