lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 1 22222 2222222 66666666666666666666666
lowQualScore : 77 2 33 444 2 222222222222 55555 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777777 888 2 0 2 99999 2 4 2 2 2 1111111 44 777777 444 2 33333333333333333333333 2 66 2 2
lowQualScore : .. . .. ... . ............ ..... .. ................................................................................................................................................. ...... ... . . . ..... . . . . . ....... .. ...... ... . ....................... . .. . .
lowQualScore : 99 7 77 777 7 333333333333 44444 77 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 888888 444 5 8 4 55555 4 7 4 4 4 4444444 44 222222 444 8 22222222222222222222222 9 44 3 9
consensus : TTACA-GAA-TT--TGGGGA---AGGCA-CT---N---T-ANTTT---T-AT--AAA------AGCG--GG-TG-GAG--AG----ACACG---A---TTTTC-NANC-------TT-T----TGC--G-GAN-A-GAAA-A------A----C--G-TGATT-TT----CT--------T--TTNGAGN--T-AT-T----GGGAA---TT-TTAAA-G-TCAATTTG-GG--GGAAAA-ATA-CAT-GA-TTTTT-GCTT----N-GG-GA------AG---ACACTGAA---------TATC----A---G-T-GTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
Reference ( gi|7 ) : TTACA-AAA-TT--TGGGAA---AGGCA-CT---T---T-ATCTT---T-AT--AAA------AGTG--GGTTG-GAG--AG----AAATA---A---TTTTC-TATC-------TT-T----TGT--A-GAT-A-GAAA-A------A----C--A-TGATT-TT----CT----G---T--TTAGAGT--T-AC-T----GGGAA---TT-TTAAACG-TCACTTTG-GG--GGTAAA-ATA-CAT-GA-TTTTT-GCTT----T-AG-AA------AG---ACACTG-A---------TA------A---G-T-ATCTACAAAGA-AGGGTAAAAAT
gi|6 : TCACA-GAACTT--TGGGAAGGAAGACA-CT---G---T-AGTTT---A-AG--AAA------TATG--GA----AAA--AG----ACATG---A---TTTAC-AAGC-------TT-T----TGG--A-AAA-A-GAAA-G------T----A--G-TGGTA-TT----TT----T---T--TTCGAAG--T-AT-G----GGGAA---TT-TTAAA-G-TCGCTTTG-AGAAAAAAAA-ATA-TATGGG-TTTTT-GCTT----------A------AG-----ACTGAA---------TATC----A---G-T-GTCTGCAATGA-AGAGTAAAA
gi|11 : tttTTATA-GAA-TT--TGGTGA---AAACA-TT---C---TCATTTTATAT-AT--AAAT-----AGTG--GGGTG-GGA--AACACAAAAGG---A---TTGTT-AAAC-------TT-T----T-C--A-GA--G-GAAA-A------AGG--C--A-ACACT-TT------------------TGGAGG--T-AG-G----GCGAA---TT-T-AAATT-TCGATTTG-GG--AAAAAA-TTA-CAT-GA-TTTTT-GCTTACCGT-AGTGA------AA---ACACTG-g
gi|5 : tttTTACA-GAA-TT--TTGGGA---AGACAACT---T---T-AT-------------AA------ATTG--GGATA-AAA--A-----ACACA---A---GTTTT-TAAA-------TT-T----TG---A-GG--A-GAAA-AGTGGCAA----C--C-TGTTT-TTA---CT----T---T--TTGGAGA--T-A--T----GGGAA---AG-CTATG-G-TCAATTTA-GG--AAAGAA-ATA-CAT-AA-TTTTT-G--T----T-AG-GATGTGGGAGGGAAGGCTGAA---------TATC----A---GTT-TTCTGCAAAGA-AGGACAGAAA
gi|15 : ttTTACA-GAA-TT--TGGGGA---AGGCA-CT---C---T-AGTTT---T-AT--AAA--------TG--G---G-GAG--AC----ACACATGTACATTTTTC-TATC-------ggca
gi|2 : cctttTTACA-GAA-TT--TGGAGA---TGGCA-GT---T---T----TA---T-AT--AAA------TGAG--GCTC---AT--AA----ACACA---C---TTATA-TATTGTAAAATTT-C----TG---A-GGT-G-GAAA-A------AAATAT--A-TAATT-TTATCACT----A---T--TTTGAAAA-T-AT-T----GGGGA---AT-TTAAAGG-TCAATTAGTAG--GGAAAA-ATA-CAT-AA-TTTTT-TGTT----C-AC-AG------A----ATATTGAA---------TATT----G---G-T-GTTGGCAAAGA-TGGGCAAGAAaaaggtttcgaggaaaaaggttaaaccaaatattttagagatcagtgactttaaagagatcagtgtagatacaaacaaggccacaatt
gi|28 : ttTTACAGAAA-TT--TGAGAA----GGCA-CT---G---T-GACTC---T-AT--AAA------A--G--AGTGG-GAA--AG----Aggt
gi|16 : tTTACA-GAA-TT--TGGGAA---AAGCC-CT---G---T-AGCCT---T-AT--AAA------TGGG--AGGAG-GGG--AG----ACATT---A---TT----TAAC-------T---------T--G-G---A-GAAA-G------A----CGTG-TGATT-TT----GTTACAT---T--TTAGATT--T-AT-A----ACGAACTCTT-TTAAA
gi|10 : gaaatactatcaggacattTACA-GAA-TTGTTGG--A---AGACA-CT---T---T-AGCTT---T--T--AAA------AACA--GG--G-GTA--AC----ACAAG---A---TTTCA-GAAC-------TT-------GT----GATGA-GGAATA------A----C--AGTGATT-TT----CT------------TATATT--T--T-T----GAGA--------TAGG-G-CCAATTCG-GA--TA-AAA-ATAACAA-GA-TTTTC-GCTT----G-GG-GA------AG---AAACAG-AAC-------TT------T---G-TCATTTACAAAGA-ATGATAAAAATgt
gi|12 : ATA-GAA-TT--TGGGAA---AGGCA-CT---A---G-AT------T-AT--AAATGGATTGGGG--GGTGG-GGG--AG----ACATG---A---TTTTC-AAAC-------TT-A----TGT--GTGA--A-GACA-A------A----T--G-TCATT-TT-------------------AGAGG--T-AT-G----GGGAA---CT-TTAAA-G-TCAGTTTG-GG--GG---A-A-A-CAT-GA-ATTTT-GCTT----T-GG-GA------AG---AAGCTG-A---------a
gi|13 : ttttaACA-GAA-TT--CTGGGA---AGGCA-CT---C---T-AGTTT---C-AT--AAA------A--------TG------AG----GAATG---A---CTTCC-AAGC-------TT-T----T-T----GAT-T------------------C--A---ATT-TT----TT----AAAATG-TTGGAGA--T-A--T----GGGGA----------AGG-TCTATTTG-TG--G--AAATATA-CAT-GA-TTTTT-GTTT----G-GG-GA------AG---ACACAGAA---------TATCTGACA---T-T-GTGTACAAAGA-AGAGTAAAAATatattaaagataaaa
gi|9 : ACA-GAA-TT--TGGGGA-----GC-------T---T-GT-TT---A-AT--AAA---------------TG-GAG--AG----AAACA---A---GTAT--TATT-------TT-TGAAATGTTGG-GGG-G-GAAA-A------A----A--A-TG----TT----CTTGGAG---T--TT-GATT--T--C-G----GGGAA---TT-TTAAG-G-TAAATCTG-AG--AAAAAA-ATACCAT-AA-TTTTT-GCTT----a
gi|1 : tttaCA-GAA-CT--TGGAGA---AGGTG-CTAAAC---T-GTATG---T-ATTCGGA------AGCGAAGGGTG-GGG--AT----ACATT---G---CTTT--TATT-------TTAT----TGG--A-GAA-A-GAAA-T------A----T--A-TGATT-GT----CT----A---TCTTTCG-GT--TGATAT----GGAGA---TT-TTAA-TG-TCAATTTA-GG--AGGCAA-ATA-CAC-GA-GTCAT-G----------G-GA------AG---ATATTGAA---------TATC----A---G-T-GTTTGTTAAGA-AGGATAAAAATattggtgttgaatatcgatgtcttcaatgaagagttaaaga
gi|8 : A-GAA-TG--TGACAA---AGGCA-GT---G---C-AGCTT---T-AT--AGA------AG-G--GA--G-AAG--AG----ACCGG---A---TTGTC-TAAC-------TT-T----TTG--G-GAC-AAGAAA-A------A----T--T-GGATT-TTAAA-CT----T---T--TTAGAGA--C-AT-G----GGGAA---CT-TCAGAAGTTTATTTTG-GG--GTT-AA-ATC-CAT-CA--TTCC-GCTT-------G-GA------AA---AGACTGTA---------TA------C---G---A---ACAATGA-GGAGTAGAAAgccattaaatattgtatcattcgtattgtaaaccagttgaa
gi|4 : ttttagtAA-CT--TGGGAA---AAAAA-CA---TACAT-ATTTT---TTAT--AA---------TT--TTTTATGAA--AC----AAGTATG-A---TTTTCATACT-------TT-T----GGC--A-GAA-A-AAAA-A------A----C--A-GGGTTATT--------------T--TTAGCAT--T-TT-TTAAGGAGAA---TTATTATG-G-TCAATTTG-GG--TAAAAA-AT--CAT----TTTTT-ACTT----G-GG-GA------AG---ATGCTG-A---------AA------ATCTA-T-GTCTACAACGA-CAGGTAAAAAggc
gi|29 : AA-TT--TGGGAA---AGGCA-ATC--T---T-ATTTT---C-AT--AAA------ggtctggatgtaaaa
gi|14 : ttaagg------AATG--GGCTG-AAATAAG----ATGTG---A---TTTCC-AAAC-------TT-T----TGG--G-GAA-A-GAAA-A------G----T--G-TG-TT-TT----C--------------AAAGA--T-A--T----GGAAA---TG-TTA---G-TCACTTTG-GG--AGGAGG-GGG-CAT-AT-TTTTT-TCTTG---T-GG-GA------AG----CATT--A---------TC------A---G-T-GTCTACAATGA-taggaaaaacaca
gi|17 : tcattgtagcttgagg-A-AAAA-A------A----T--A-TGGTT-TT----CT----AAC-T--TTCGGGTGAT-AT-T----GAGAA---TT-TTAAG-G-CCATCTTA-AG--ACTAAA--TA-CAC-GA-TTTTTTGGAT----G-GG-AA------AG---ACATTGGA---------TATC----A---G-T-GTCTACAAAGA-AGGATAAAAAcagc
gi|22 : aAAAGG-TCAATTTG-AC--AA-AAA-ATA-CTT-GA-TTTCT-GCTT----T-GG-AA------AG---ACATTACA---------TATC----A---G-T-GTCCACAAGGA-TGGGTAACAAggg
gi|20 : G-TCAATTTG-GG--G--AAA-ATA-CAT-GACTTTTT-GCTT----G-GG-AA------GG---ACACTG-AATTTCACTGTATC----A---G-T-GTCTTCAGTGA-AGG---AAAATggcc
gi|19 : -TCAATTTG-GT--TG-AAT-ATA-CCC-AA-TTTT--GCTT----TGAG-GA------AG---ATGCTG-AC--------TA------GCT-G-T-GCCTACAAAGA-A-GGTAAGAAgagaccc
gi|21 : TTG-AT--GGAAAA-ATA-CAT-GA-TTTTC-GCTT----G-AG-AC------A----ATACTGAA---------TATC----A---G-C-ATCTACAAGGACAGGGAAAAAAaggcccaggaggttaaa
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CATTTTACAAAATTTTGGGAGGTCACGCTACCTTGTAAATGTGAGGAAAACACACAATGATCAGACTTTGGGATGAAAAATGATTCTATACATTTTTTATGGAAAACATAAAAAAAAATAAGGTTGCATTTGGATAAAAAAAAAGAATTTATATTTGGAGAAAACACTGAATATCGGTGTCTATAAAGAAAGATAAATAGACCCTGTAAAA
Unaligned ( gi|18 ): CATTTTCCAGAATTTGGGGAAGGAACTTGTAGTCTAAACTTTATAAATGGGGAAAAAACACAGGATTTTAACTTATAAAGGTATGAAGGCCCTGT
Unaligned ( gi|23 ): TATACAGAATTTGGGGAAAGTTATCTTGTTTAATGAATGGGGAAAAAACAATGCATGCTTTTTTTTACCTTCTGGGGGGGAAAA
Unaligned ( gi|24 ): GAAATACTTCAGGATATTTTTTACCGAATTTAGGGACTGTAGCATTATAAGTGGAGGGGACAATTTTTGATT
Unaligned ( gi|25 ): TACTGATTGTCAATCAAGGTATTACCCAGTAGAATTCAATCTAATTAGCCATAATCTAGCTCTGCAGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGAGGAAAAAGTTTCAATTTTCCAACTTTTTCAAAATACAAATGTTTAGTGA
Unaligned ( gi|27 ): ACCTTTTTACAGAACTTGAGGGAGGCACTGCAGCTTTGTGGTGTGGGGAGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 4444444444444444444 2222222222222222222222 2222 11111 444444444444444444444 1111 111 2222222222222 11111111
lowQualScore : 2 333 2 1111111111111 777 22 3333333333333333333 1 2 1 5555555555555555555555 66 1 55555 2 0000 777 444 5555 66666 0 2 5555 000000000000000000000 1 33 888 33 6666 9999999999999999 4444 1 2 2 111 22 22 4 6 2 0000000000000 2 0 11111111 4444 2 1 2
lowQualScore : . ... . ............. ... .. ................... . . . ...................... .. . ..... . .... ... ... .... ..... . . .... ..................... . .. ... .. .... ................ .... . . . ... .. .. . . . ............. . . ........ .... . . .
lowQualScore : 2 999 2 5555555555555 444 99 0000000000000000000 5 1 3 9999999999999999999999 66 0 99999 4 2222 000 111 0000 22222 1 4 0000 999999999999999999999 0 22 888 22 1111 4444444444444444 6666 9 1 1 111 99 99 2 3 1 9999999999999 1 3 99999999 7777 4 0 4
consensus : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGCAC-T-NT-AGC------TT---TAT--AAA------AGCG---G-G-T-GGAG-AGACAC-----G-------A-------TTTTCAAAC-----TT-TTG---NGGAAA-GAA---A----AAC---GTGAT-T----TT----C-----T---T------TTNGA--GN--T--ATN---GGGAA---TT-T---------TA-AG-G-TCA-ATTTG-GGGGAA--AAA--TA-CATGA-TTTTT-GCT-----T-----G-G-GGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
Reference ( family-493 ) : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGCAC-T-NT-ANT------TT---TAT--AAA------AGCG---G-G-T-GGAG-AGACAC-----G-------A-------TTTTCNANC-----TT-TTG---CGGANA-GAA---A----AAC---GTGAT-T----TT----C-----T---T------TTNGA--GN--T--ATT---GGGAA---TT-T---------TA-AA-G-TCA-ATTTG-GGGGAA--AAA--TA-CATGA-TTTTT-GCT-----T-----N-G-GGAAGACACTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
gi|1 : CAGAA-CTTGGA---GAAGGTGC-T-AA-ACT------GTATGTATTCGGA------AGCGAAGG-G-T-GGGG-ATACATT----G-------C-------TTTT--ATT-----TTATTG---GAGAAA-GAA---A----TAT---ATGAT-T----GT----C-----TATCT------TTCGGTTGA--T--AT----GGAGA---TT-T---------TA-AT-G-TCA-ATTTA-GGAGGC--AAA--TA-CACGA-GTCAT-G-----------------GGAAGATATTGAA--------TAT----CAG-TGTTTGTTAAGA-AGGATAAAAAT
gi|10 : TACAGAA-TTGTTG---GAAGACAC-T-TT-AGC------TT---T-T--AAA------AACA---G-G---GGTA-ACACAA-----G-------A-------TTTCAGAAC-----TT-GTG---ATGAG--GAA---T----AACA--GTGAT-T----TT----C-----T---T------ATA-----T--T--TTT---GAGA-----------------TA-GG-G-CCA-ATTCG-GAT-AA--AAA--TAACAAGA-TTTTC-GCT-----T-----G-G-GGAAGAAACAGAACTT-----TGT----CA----TTTACAAAGA-ATGATAAAAATgccattaaatattgtatcattcgtattgtaaaccagttgaa
gi|11 : TTATAGAA-TTTGGT---GAAAACAT-T-CTCATT------TTATATAT--AAAT-----AGTG---G-GGT-GG-G-AAACACAAAAGG-------A-------TTGTTAAAC-----TT-TT----CAGAG--GAA---A----AAG---GCAAC-A----------C-----T---T------TTGGA--GG--T--AGG---GCGAA---TT-T---------AA-AT-T-TCG-ATTTG-GGAAAA--AAT--TA-CATGA-TTTTT-GCTTACCGT-----A-G-TGAAAACACTGa
gi|12 : tttATAGAA-TTTGGG---AAAGGCAC-T-AG-A---------T---TAT--AAATGGATTGGGG---G-G-T-GGGGGAGACAT-----G-------A-------TTTTCAAAC-----TT-ATG---TGTGAA-GAC---A----AAT---GTCAT-T----TT-----------------------AGA--GG--T--ATG---GGGAA---CT-T---------TA-AA-G-TCA-GTTTG-GGGGAA--------A-CATGA-ATTTT-GCT-----T-----T-G-GGAAGAAGCTGAA--------TAT----TA
gi|13 : ttttaACAGAA-TTCTGG---GAAGGCAC-T-CT-AGT------TT---CAT--AAA------A----------T-GAGG-A---AT-----G-------A-------CTTCCAAGC-----TT-TT-----------------------------TGAT-TCAATTT----T-----T---TAAAATGTTGGA--GA--T--ATG---GGGAA--------------------G-G-TCT-ATTTG-TGG-AA--ATA--TA-CATGA-TTTTT-GTT-----T-----G-G-GGAAGACACAGAA--------TATCTGACAT-TGTGTACAAAGA-AGAGTAAAAATaagataaaa
gi|14 : -AGATGT-----G-------A-------TTTCCAAAC-----TT-TTG---GGGAAA-GAA---A----AGT---GTG-T-T----TT----C------------------AAA--GA--T--AT----GGAAA---TG-T---------TA----G-TCA-CTTTG-GGAGGA--GGG--GG-CATAT-TTTTT-TCT-----T-----GTG-GGAAG-CATT------------AT----CAG-TGTCTACAATGA-a
gi|15 : tcattgtagcttgaggaatgggctgaaataTTACAGAA-TTTGGG---GAAGGCAC-T-CT-AGT------TT---TAT--AAA-----------------T-GGGG-AGACAC-----AC------ATGTACATTTTTCTATCAAAGGTT-TCG---AGGAAA-AAGGTTA----AAC---CAAA--------T----A-----T---T------TTAGA--G------ATC---AGTGA---CT-T---------TA-AA-G-cagc
gi|16 : cctttTTACAGAA-TTTGGG---AAAAGCCC-T-GT-AGC------CT---TAT--AAA------TGGGA--G-G-A-GGGG-AGACAT-----T-------A-------TTT---AAC-----TT--------GG--A-GAA---A----GACGT-GTGAT-T----TTGTTACA----T---T------TTAGA--TT--T--ATA---ACGAACTCTT-T---------TA-AA-G-Tagatcagtgtagatacaaacaaggccacaatt
gi|17 : gaaatactatcaggacattA-AAA---A----AAT---ATGGT-T----TT----C-----TAACT------TTCGG--GTGAT--ATT---GAGAA---TT-T---------TA-AG-G-CCA-TCTTA-AG---ACTAAA--TA-CACGA-TTTTTTGGA-----T-----G-G-GAAAGACATTGGA--------TAT----CAG-TGTCTACAAAGA-AGGATAAAAA
gi|18 : aTTCCAGAA-TTTGGG---GAAGGAACTT-GT-AGTCTAAACTT---TAT--AAA--------TG---G-G---GAAA-AAACACAG---G-------A-------TTTT--AAC-----TT-ggg
gi|19 : catt-TCA-ATTTG-GTTG-A--ATA--TA-CCCAA--TTTT-GCT-----T-----T-GAGGAAGATGCTGAC--------TAG----CTG-TGCCTACAAAGA-A-GGTAAGAAataaaggtatgaaggccctgt
gi|2 : TTACAGAA-TTTGGA---GATGGCA--------GT------TT---TAT--ATA------AATGA--G-G-C-TCAT-AAACAC-----ACTTATATA-------TTGTAAAAT-----TT-CTGAGGTGGAAA-AAA---A----TAT---ATAAT-T----TTATCAC-----TAT-T------TTGAA--AA--T--ATT---GGGGA---AT-T---------TA-AA-GGTCA-ATTAGTAGGGAA--AAA--TA-CATAATTTTTT-GTT-----C-----A-C-AGA--ATATTGAA--------TAT----TGG-TGTTGGCAAAGA-TGGGCAAGAAaggcccaggaggttaaa
gi|20 : tt-G-TCA-ATTTG-GGG--A--AAA--TA-CATGACTTTTT-GCT-----T-----G-G-GAAGGACACTGAATTTCACTGTAT----CAG-TGTCTTCAGTGA-AGG---AAAATggt
gi|21 : T-T---------CA-AG-A-TTA-AGTTG-ATGGAA--AAA--TA-CATGA-TTTTC-GCT-----T-------G-AGACAATACTGAA--------TAT----CAG-CATCTACAAGGACAGGGAAAAAAgagaccc
gi|22 : tttcA-AG-G-TCA-ATTTG-ACA-AA--AAA--TA-CTTGA-TTTCT-GCT-----T-----T-G-GAAAGACATTACA--------TAT----CAG-TGTCCACAAGGA-TGGGTAACAAg
gi|27 : aTTACAGAA-CTTGAG---GGAGGCAC-T-GC-AGC------TT---T--------------GTG---GTG-T-GGGG-AGAggcc
gi|28 : acctttTTACAGAA-ATTTGA---GAAGGCAC-T-GT-GAC------TC---TAT--AAA------AGAG---T-G---GGAA-AGAt
gi|29 : tTTAAGGAA-TTTGGG---AAAGGCAA-TCTT-ATT------TT---CAT--AAA------
gi|3 : TTACAAAA-TTTTGG---GAGGTCAC-G-CT-ACC------TT----GT--AAA------TGTG---A-G---GAAA-ACACAC-----A-------A-------TGATCAGAC-----TT-T-G----GGAT--GAA---A----AA-----TGAT-T----CT----A-----TACAT------TTT-----T--T--ATG---GAAAA---CA-TAAAAAAAAATA-AG-G-TTGCATTTG-GATAAA--AAA---A-AAGAA-TTTAT-ATT-----T-----G-G-AGAAAACACTGAA--------TAT----CGG-TGTCTATAAAGA-AAGATAAAtaggaaaaacaca
gi|4 : cattT------TT---TAT--GAA------A-CA---A-G-T----------AT-----G-------A-------TTTTCATAC-----TT-TTGG--CAGAAA-AAA---A----AACAGGGTTAT-T----TT----TAGCATT---T------TTTAA--G------------GAGAA---TTAT---------TA-TG-G-TCA-ATTTG-GGTAAA--AAA--T--CAT---TTTTT-ACT-----T-----G-G-GGAAGATGCTGAA--------AAT----CTA-TGTCTACAACGA-CAGGTAAAAAtagaccctgtaaaa
gi|5 : aacttgggaaaaaaacatacatattttttataattTTACAGAA-TTTTGG---GAAGACA--------AC------TT---TAT--AAA-------TTG---G-G-A-TAAA-AAACAC-----A-------A-------GTTTTTAAA-----TT-TTG---AGGAGA-AAA---GTGGCAAC---CTGTT-T----TTAC--T-----T---T------TTGGA--GA--T--AT----GGGAA---AG-C---------TA-TG-G-TCA-ATTTA-GGAAAG--AAA--TA-CATAA-TTTTT-GTTAGGA-TGTGGGA-G-GGAAG--GCTGAA--------TAT----CAGTTTTCTGCAAAGA-AGGACAGAAAggtctggatgtaaaa
gi|6 : ttTCACAGAACTTTGGGAAGGAAGACAC-T-GT-AGT------TT---AAG--AAA------TATG---G-A----AAA-AGACAT-----G-------A-------TTTACAAGC-----TT-TTG---GAAAAA-GAA---A----GTA---GTGGTAT----TT----T-----T---T------TTCGA--AG--T--ATG---GGGAA---TT-T---------TA-AA-G-TCG-CTTTG-AGAAAA--AAAAATA-TATGGGTTTTT-GCT-----T-----------AAGAC--TGAA--------TAT----CAG-TGTCTGCAATGA-AGAGTAAAAggca
gi|7 : tttTTACAAAA-TTTGGG---AAAGGCAC-T-TT-ATC------TT---TAT--AAA------AGTG---G-G-TTGGAG-AGAAAT-----A-------A-------TTTTCTATC-----TT-TTG---TAGATA-GAA---A----AAC---ATGAT-T----TT----C-----TG--T------TTAGA--GT--T--ACT---GGGAA---TT-T---------TA-AACG-TCA-CTTTG-GGGGTA--AAA--TA-CATGA-TTTTT-GCT-----T-----T-A-GAAAGACACTG-A--------TA------AG-TATCTACAAAGA-AGGGTAAAAATg
gi|8 : AGAA-TGTGAC---AAAGGCAG-T-GC-AGC------TT---TAT--AGA------AG-----G-G-A-GAAG-AGACCG-----G-------A-------TTGTCTAAC-----TT-TTT---GGGACAAGAA---A----AAT---TGGAT-T----TTAAACT-----T---T------TTAGA--GA--C--ATG---GGGAA---CT-T---------CAGAA-G-TTT-ATTTT-GGGGTT--AAA--TC-CATCA--TTCC-GCT-----T---------GGAAAAGACTGTA--------TAC----GA-------ACAATGA-GGAGTAGAAA
gi|9 : ttttagtACAGAA-TTTGGG---GAG----C-T-T---GT------TT---AAT--AAA-----------------T-GGAG-AGAAAC-----A-------AGTATTA-TTTTTGAAA-----TG-TTG----GGGGG-GAA---A----AAA---ATG--------TT----C-----T---T--------GGA--GT--TTGATTTCGGGGAA---TT-T---------TA-AG-G-TAA-ATCTG-AGAAAA--AAA--TACCATAA-TTTTT-GCTTA---T-----T-G-G-----TGTTGAA--------TAT----CGA-TGTCTTCAATGA-AGAGTTAAAggc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TATACAGAATTTGGGGAAAGTTATCTTGTTTAATGAATGGGGAAAAAACAATGCATGCTTTTTTTTACCTTCTGGGGGGGAAAA
Unaligned ( gi|24 ): GAAATACTTCAGGATATTTTTTACCGAATTTAGGGACTGTAGCATTATAAGTGGAGGGGACAATTTTTGATT
Unaligned ( gi|25 ): TACTGATTGTCAATCAAGGTATTACCCAGTAGAATTCAATCTAATTAGCCATAATCTAGCTCTGCAGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGAGGAAAAAGTTTCAATTTTCCAACTTTTTCAAAATACAAATGTTTAGTGA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444 222222222222222222222 1111111111111 11111 444444444444444444444 1111 1111111111111 11 11111111
lowQualScore : 2 333 2 6666666666 555555555555555555555555555 55 444444444444444444444 6666666 2 1111111111111 444 5555 44444 2 5555 333333333333333333333 1 33 888 33 8888 2 4444 2 888888888 2 2 2 2 1111 22 2 2 2 6 8888888888888 11 11111111 4444 2 1 2
lowQualScore : . ... . .......... ........................... .. ..................... ....... . ............. ... .... ..... . .... ..................... . .. ... .. .... . .... . ......... . . . . .... .. . . . . ............. .. ........ .... . . .
lowQualScore : 2 999 1 8888888888 777777777777777777777777777 00 777777777777777777777 9999999 4 0000000000000 111 0000 88888 4 0000 222222222222222222222 0 22 888 22 2222 4 4444 2 999999999 1 0 1 1 8888 99 1 1 1 3 2222222222222 11 99999999 7777 4 0 4
consensus : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGCAC-TGTAG------CTTTATA------AA------AGTG---G-G-T-GGAG--AGACAC-----G-------A-------TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAA---A----AAC---GTGAT-T----TT----C-----T---T------TTNGA--GN--T--ATG---GGG-AA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTTGCT-----T-G-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
Reference ( family-493 ) : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGCAC-TNTAG------CTTTATA------AA------AGCG---G-G-T-GGAG--AGACAC-----G-------A-------TTT-----TCAAA-CTTT--TGN-GG---A-AAGAA---A----AAC---GTGAT-T----TT----C-----T---T------TTNGA--GN--T--ATN---GGG-AA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTTGCT-----T-G-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
gi|1 : CAGAA-CTTGGA---GAAGGTGC-TA-AA------CTGTATGTATTCGGA------AGCGAAGG-G-T-GGGG--ATACATT----G-------C-------TTT-----T---A-TTTTATTGG-AG---A-AAGAA---A----TAT---ATGAT-T----GT----C-----TATCT------TTCGGTTGA--T--ATG---GAG-A----TT-T---------TA-AT-GTCA-ATTTA-GG--AGGC--AAAT-A-CAC-GA-GTCATG----------------GGAAGATATTGAA--------TAT----CAG-TGTTTGTTAAGA-AGGATAAAAAT
gi|10 : TACAGAA-TTGTTG---GAAGACAC-TTTAG------CTTT-TA------AA------AACA---G-G---GGTA--ACACAA-----G-------A-------TTT-----CAGAA-CTTG--TGA-TG-----AGGAA---T----AACA--GTGAT-T----TT----C-----T---T------ATA-----T--T--TTT---GAG-A-----------------TA-GG-GCCA-ATTC--GG--ATAA--AAATAA-CAA-GA-TTTTCGCT-----T-G-----GGGAAGAAACAGAACTT-----TGT----CA----TTTACAAAGA-ATGATAAAAATgccattaaatattgtatcattcgtattgtaaaccagttgaa
gi|11 : TTATAGAA-TTTGGT---GAAAACAT-TCTCA------TTTTATATATA--AAT-----AGTG---G-GGT-GG-G--AAACACAAAAGG-------A-------TTG-----TTAAA-CTTT--TCA-G------AGGAA---A----AAG---GCAAC-A----------C-----T---T------TTGGA--GG--T--AGG---GCG-AA---TT-T---------AA-AT-TTCG-ATTTG-GG--AAAA--AATT-A-CAT-GA-TTTTTGCTTACCGT-A-----GTGAAAACACTGa
gi|12 : tttATAGAA-TTTGGG---AAAGGCAC-TAGA---------TTATA------AATGGATTGGGG---G-G-T-GGGGG-AGACAT-----G-------A-------TTT-----TCAAA-CTTA--TGT-GT---G-AAGAC---A----AAT---GTCAT-T----TT-----------------------AGA--GG--T--ATG---GGG-AA---CT-T---------TA-AA-GTCA-GTTTG-GG--GGAA-------A-CAT-GA-ATTTTGCT-----T-T-----GGGAAGAAGCTGAA--------TAT----TA
gi|13 : ttttaACAGAA-TTCTGG---GAAGGCAC-TCTAG------TTTCATA------AA------A----------T-GAGG--A---AT-----G-------A-------CTT-----CCAAG-CTTT--T------------------------------TGAT-TCAATTT----T-----T---TAAAATGTTGGA--GA--T--ATG---GGG-AA--------------------G-GTCT-ATTTG-TG--G-AA--ATAT-A-CAT-GA-TTTTTGTT-----T-G-----GGGAAGACACAGAA--------TATCTGACAT-TGTGTACAAAGA-AGAGTAAAAATaagataaaa
gi|14 : CAT-TGTAG------CTTGAGG------AA------TG-G---G-C-T-GAAATAAGATGT-----G-------A-------TTT-----CCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAA---A----AGT---GTG-T-T----TT----C------------------AAA--GA--T--AT----GGA-AA---TG-T---------TA----GTCA-CTTTG-GG--AGGA--GGGG-G-CAT-AT-TTTTTTCT-----T-GT----GGGAAG-C----AT--------TAT----CAG-TGTCTACAATGA-a
gi|15 : tTTACAGAA-TTTGGG---GAAGGCAC-TCTAG------TTTTATA------AA-----------------T-GGGG--AGACAC-----ACATGTACA-------TTTTTCTATCAAAGGTTT--CGA-GG---A-AAAAGGTTA----AAC---CAAA--------T----A-----T---T------TTAGA--G------ATC---AGT-GA---CT-T---------TA-AA-Gcagc
gi|16 : cctttTTACAGAA-TTTGGG---AAAAGCCC-TGTAG------CCTTATA------AA------TGGGA--G-G-A-GGGG--AGACAT-----T-------A-------TTT--------AA-CTT-------GG------AGAA---A----GACGT-GTGAT-T----TTGTTACA----T---T------TTAGA--TT--T--ATA---ACG-AACTCTT-T---------TA-AA-GTagatcagtgtagatacaaacaaggccacaatt
gi|17 : gaaatactatcaggacatt-AAAAA---A----AAT---ATGGT-T----TT----C-----TAACT------TTCGG--GTGAT--ATT---GAG-AA---TT-T---------TA-AG-GCCA-TCTTA-AG-----ACTAAAT-A-CAC-GATTTTTTGGA-----T-G-----GGAAAGACATTGGA--------TAT----CAG-TGTCTACAAAGA-AGGATAAAAA
gi|18 : TTCCAGAA-TTTGGG---GAAGGAACTTGTAGTCTAAACTTTATA------AA--------TG---G-G---GAAA--AAACACAG---G-------A-------TTT-----T--AA-CTTggg
gi|19 : cattTCA-ATTTG-GT--TGAA--TA-T-A-CCC-AA-TTTT-GCT-----TTG-----AGGAAGATGCTGAC--------TAG----CTG-TGCCTACAAAGA-A-GGTAAGAAataaaggtatgaaggccctgt
gi|2 : TTACAGAA-TTTGGA---GATGGCA------G------TTTTATA------TA------AATGA--G-G-C-TCAT--AAACAC-----ACTTATATA-------TTG-----TAAAA-TTTC--TGA-GGTGGA-AAAAA---A----TAT---ATAAT-T----TTATCAC-----TAT-T------TTGAA--AA--T--ATT---GGGGAA---TT-T---------AA-AG-GTCA-ATTAGTAG--GGAA--AAAT-A-CAT-AATTTTTTGTT-----C-A-----CAGAATA--TTGAA--------TAT----TGG-TGTTGGCAAAGA-TGGGCAAGAAaggcccaggaggttaaa
gi|20 : tt-GTCA-ATTTG-GG--G--A--AAAT-A-CAT-GACTTTTTGCT-----T-G-----GGAAGGACACTGAATTTCACTGTAT----CAG-TGTCTTCAGTGA-AGG---AAAATggt
gi|21 : T-T---------CA-AG-ATTA-AGTTG-AT--GGAA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTCGCT-----T-------GAGACAATACTGAA--------TAT----CAG-CATCTACAAGGACAGGGAAAAAAgagaccc
gi|22 : tttcA-AG-GTCA-ATTTG-AC--A-AA--AAAT-A-CTT-GA-TTTCTGCT-----T-T-----GGAAAGACATTACA--------TAT----CAG-TGTCCACAAGGA-TGGGTAACAAg
gi|24 : aTTACCGAA-TTTAGG---GA-----C-TGTAG------CATTATA------A----------------G-T-GGAG--GGG-AC-----A-------A-------TTT-----Tggcc
gi|27 : gaaatacttcaggatattttTTACAGAA-CTTGAG---GGAGGCAC-TGCAG------CTTT------------------GTG---GTG-T-GGGG--AGAtgatt
gi|28 : acctttTTACAGAA-ATTTGA---GAAGGCAC-TGTGA------CTCTATA------AA------AGAG---T-G---GGAA--AGAt
gi|3 : tTTACAAAA-TTTTGG---GAGGTCAC-GCTA-------CCTTGTA------AA------TGTG---A-G---GAAA--ACACAC-----A-------A-------TGA-----TCAGA-CTTT------GG---G-ATGAA---A----AA-----TGAT-T----CT----A-----TACAT------TTT-----T--T--ATG---GAA-AA---CA-TAAAAAAAAATA-AG-GTTGCATTTG-GA--TAAA--AAA--A-AAG-AA-TTTATATT-----T-G-----GAGAAAACACTGAA--------TAT----CGG-TGTCTATAAAGA-AAGATAAA
gi|4 : cattAT-----G-------A-------TTT-----TCATA-CTTT--TGGCAG---A-AAAAA---A----AACAGGGTTAT-T----TT----TAGCATT---T------TTTAA--G------------GAG-AA---TTAT---------TA-TG-GTCA-ATTTG-GG--TAAA--AAAT---CAT----TTTTTACT-----T-G-----GGGAAGATGCTGAA--------AAT----CTA-TGTCTACAACGA-CAGGTAAAAAtagaccctgtaaaa
gi|5 : aacttgggaaaaaaacatacatattttttataattttttatgaaacaagtTTACAGAA-TTTTGG---GAAGACA------A------CTTTATA------AA-------TTG---G-G-A-TAAA--AAACAC-----A-------AG------TTT-----TTAAA--TTT--TGA-GG---A-GAAAA---GTGGCAAC---CTGTT-T----TTAC--T-----T---T------TTGGA--GA--T--ATG---GGA-AA---GC-T----------A-TG-GTCA-ATTTA-GG--AAAG--AAAT-A-CAT-AA-TTTTTGTTAGGA-T-GTGGGAGGGAAG--GCTGAA--------TAT----CAGTTTTCTGCAAAGA-AGGACAGAAAggtctggatgtaaaa
gi|6 : ttTCACAGAACTTTGGGAAGGAAGACAC-TGTAG------TTTAAGA------AA------TATG---G-A----AAA--AGACAT-----G-------A-------TTT-----ACAAG-CTTT--TGG-AA---A-AAGAA---A----GTA---GTGGTAT----TT----T-----T---T------TTCGA--AG--T--ATG---GGG-AA---TT-T---------TA-AA-GTCG-CTTTG-AGAAAAAA--AAAT-A-TATGGG-TTTTTGCT-----T----------AAGA--CTGAA--------TAT----CAG-TGTCTGCAATGA-AGAGTAAAAggca
gi|7 : tttTTACAAAA-TTTGGG---AAAGGCAC-TTTAT------CTTTATA------AA------AGTG---G-G-TTGGAG--AGAAAT-----A-------A-------TTT-----TCTAT-CTTT--TGT-AG---A-TAGAA---A----AAC---ATGAT-T----TT----C-----TG--T------TTAGA--GT--T--ACT---GGG-AA---TT-T---------TA-AACGTCA-CTTTG-GG--GGTA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTTGCT-----T-T-----AGAAAGACACTG-A--------TA------AG-TATCTACAAAGA-AGGGTAAAAATg
gi|8 : AGAA-TGTGAC---AAAGGCAG-TGCAG------CTTTATA------GA------A--G---G-G-A-GAAG--AGACCG-----G-------A-------TTG-----TCTAA-CTTT--TTG-GG---ACAAGAA---A----AAT---TGGAT-T----TTAAACT-----T---T------TTAGA--GA--C--ATG---GGG-AA---CT-T---------CAGAA-GTTT-ATTTT-GG--GGTT--AAAT-C-CAT-CA--TTCCGCT-----T-G-----GAAAAGA--CTGTA--------TAC----GA-------ACAATGA-GGAGTAGAAA
gi|9 : ttttagtACAGAA-TTTGGG---GAG----C-TT--G------TTTAATA------AA-----------------T-GGAG--AGAAAC-----A-------AGTATTATTTT-----TGAAA-TGTT--GGG-GG---G-GAAAA---A----AAT---GT---------------------T---C------TTGGA--GT--TTGATTTCGGGG-AA---TT-T---------TA-AG-GTAA-ATCTG-AG--AAAA--AAAT-ACCAT-AA-TTTTTGCT-----T-ATT---GG-----TGTTGAA--------TAT----CGA-TGTCTTCAATGA-AGAGTTAAAggc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TATACAGAATTTGGGGAAAGTTATCTTGTTTAATGAATGGGGAAAAAACAATGCATGCTTTTTTTTACCTTCTGGGGGGGAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TACTGATTGTCAATCAAGGTATTACCCAGTAGAATTCAATCTAATTAGCCATAATCTAGCTCTGCAGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGAGGAAAAAGTTTCAATTTTCCAACTTTTTCAAAATACAAATGTTTAGTGA
Unaligned ( gi|29 ): TTAAGGAATTTGGGAAAGGCAATCTTATTTTCATAAATAGGAAAAACACA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333 22222222222222 11111 44444444444444 11111 111111111111 11 11111111
lowQualScore : 2 333 55555 2 1 9999999 22 4444 7777777777777777777 555555 2 66666666666666 2 66666666 2 33 2 444 2 5555 66666 2 66666666666666 2 22 777777 33 666 444 2 9999999999 2 2 2 2 44444 22 4 2 6 2 666666666666 11 11111111 4444 2 1 2
lowQualScore : . ... ..... . . ....... .. .... ................... ...... . .............. . ........ . .. . ... . .... ..... . .............. . .. ...... .. ... ... . .......... . . . . ..... .. . . . . ............ .. ........ .... . . .
lowQualScore : 2 999 33333 1 4 1111111 99 5555 4444444444444444444 999999 1 33333333333333 2 44444444 4 44 5 444 4 3333 11111 5 88888888888888 5 44 000000 44 999 444 4 5555555555 2 1 1 1 00000 99 2 1 3 1 111111111111 11 99999999 7777 4 0 4
consensus : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TGTAG------CTTTAT--A----AA------AGTG---G-G-T-GGA---G--AGACAC-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTT----C----T----T-TTNGA--GN--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TG-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
Reference ( family-493 ) : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TGTAG------CTTTAT--A----AA------AGTG---G-G-T-GGA---G--AGACAC-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTT----C----T----T-TTNGA--GN--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TG-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
gi|1 : CAGAA-CTTGGA---GAAGGTGCTAAAC-TGTA--------TGTATTCG----GA------AGCGAAGG-G-T-GGG---G--ATACATT----G-------C-TTT-----T---A-TTTTATTGG-AG---A-AAGAAA----TAT---ATGAT-TGT----C----TATC-T-TTCGGTTGA--T--AT---GGAGA----TT-T---------TA-AT-GTCA-ATTTA-GG--AGGC--AAATA-CAC-GA-GTCATG----------------GGAAGATATTGAA--------TAT----CAG-TGTTTGTTAAGA-AGGATAAAAAT
gi|10 : TACAGAA-TTGTTG---GAAGAC-----AC-TTTAG------CTTT-T--A----AA------AACA---G-G---GGT---A--ACACAA-----G-------A-TTT-----CAGAA-CTTG--TGA-TG---A-G-GAAT----AACA--GTGAT-TTT----C----T----T-ATA-----T--T--TT---TGAGA-----------------TA-GG-GCCA-ATTCG-GA--T-AA--AAATAACAA-GA-TTTTCGC-T-----TG-----GGGAAGAAACAGAACTT-----TGT----CA----TTTACAAAGA-ATGATAAAAATgccattaaatattgtatcattcgtattgtaaaccagttgaa
gi|11 : TTATAGAA-TTTGGT---GAAAAC-----AT-TCTCA------TTTTAT--ATATAAAT-----AGTG---G-GGT-GG----G--AAACACAAAAGG-------A-TTG-----TTAAA-CTTT--TCA-G------AGGAAA----AAG---GCAAC-A------C----T----T-TTGGA--GG--T--AG---GGCGAA---TT-T---------AA-AT-TTCG-ATTTG-GG--AAAA--AATTA-CAT-GA-TTTTTGC-TTACCGTA-----GTGAAAACACTGa
gi|12 : tttATAGAA-TTTGGG---AAAGGC-----AC-TAGA---------TTAT--A----AATGGATTGGGG---G-G-T-GGG---GG-AGACAT-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTA--TGT-GT---G-AAGACA----AAT---GTCAT-TTT------------------AGA--GG--T--AT---GGGGAA---CT-T---------TA-AA-GTCA-GTTTG-GG--GGAA------A-CAT-GA-ATTTTGC-T-----TT-----GGGAAGAAGCTGAA--------TAT----TA
gi|13 : ttttaACAGAA-TTCTGG---GAAGGC-----AC-TCTAG------TTTCAT--A----AA------A----------T-GAG---G--A---AT-----G-------A-CTT-----CCAAG-CTTT--TTG-------------------AT---TCAAT-TTT----T----TAAAATGTTGGA--GA--T--AT---GGGGAA--------------------G-GTCT-ATTTG-TG--G-AA--ATATA-CAT-GA-TTTTTGT-T-----TG-----GGGAAGACACAGAA--------TATCTGACAT-TGTGTACAAAGA-AGAGTAAAAATaagataaaa
gi|14 : C-----AT-TGTAG------CTTGAG--G----AA--------TG---G-GCT-GAA---ATAAGATGT-----G-------A-TTT-----CCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AGT---GTG-T-TTT----C-------------AAA--GA--T--AT----GGAAA---TG-T---------TA----GTCA-CTTTG-GG--AGGA--GGGGG-CAT-AT-TTTTTTC-T-----TGT----GGGAAG-C----AT--------TAT----CAG-TGTCTACAATGA-a
gi|15 : tTTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TCTAG------TTTTAT--A----AA--------TG---G-----GGA---G--ACACAC-----ATGTAC--A-TTTTTCTATCAAAGGTTT--CGA-GG---A-AAAAcagc
gi|16 : cctttTTACAGAA-TTTGGG---AAAAGC-----CC-TGTAG------CCTTAT--A----AA--------TG---G-G-A-GGAGGGG--AGACAT-----T-------A-TTT--------AA-C--T--TGG-AG---A-AAG--A----CGT---GTGAT-TTTGTTACA---T----T-TTAGA--TT--T--AT---AACGAACTCTT-T---------TA-AA-GTggttaaaccaaatattttagagatcagtgactttaaagagatcagtgtagatacaaacaaggccacaatt
gi|17 : gaaatactatcaggacatt-AAAAAA----AAT---ATGGT-TTT----C----TAAC-T-TTCGG--GTGAT--AT---TGAGAA---TT-T---------TA-AG-GCCA-TCTTA-AG-----ACTAAATA-CAC-GATTTTTTGG-A-----TG-----GGAAAGACATTGGA--------TAT----CAG-TGTCTACAAAGA-AGGATAAAAA
gi|18 : TTCCAGAA-TTTGGG---GAAGGA-----ACTTGTAGTCTAAACTTTAT--A----AA--------TG---G-G---GAA---A--AAACACAG---G-------A-TTT-----T--AA-CTTggg
gi|19 : cattTCA-ATTTG-GT--TG-A--ATATA-CCC-AA--TTTTGCTT-----TG-----AGGAAGATGCTGAC--------TAG----CTG-TGCCTACAAAGA-A-GGTAAGAAataaaggtatgaaggccctgt
gi|2 : TTACAGAA-TTTGGA---GATGGC-----A------G------TTTTAT--A----TA------AATGA--G-G-C-TCA---T--AAACAC-----ACTTATATA-TTG-----TAAAA-TTTC--TGA-GGTGGA-AAAAAA----TAT---ATAAT-TTTATCAC----TAT--T-TTGAA--AA--T--ATT--GGGGAA---TT-T---------AA-AG-GTCA-ATTAGTAG--GGAA--AAATA-CAT-AATTTTTTGT-T-----CA-----CAGAATA--TTGAA--------TAT----TGG-TGTTGGCAAAGA-TGGGCAAGAAaggcccaggaggttaaa
gi|20 : tt-GTCA-ATTTG-GG--G--A--AAATA-CAT-GACTTTTTGC-T-----TG-----GGAAGGACACTGAATTTCACTGTAT----CAG-TGTCTTCAGTGA-AGG---AAAATggt
gi|21 : T-T---------CA-AG-ATTA-AGTTG-AT--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTCGC-T-----T------GAGACAATACTGAA--------TAT----CAG-CATCTACAAGGACAGGGAAAAAAgagaccc
gi|22 : tttcA-AG-GTCA-ATTTG-AC--A-AA--AAATA-CTT-GA-TTTCTGC-T-----TT-----GGAAAGACATTACA--------TAT----CAG-TGTCCACAAGGA-TGGGTAACAAg
gi|24 : aTTACCGAA-TTTAGG---GA----------C-TGTAG------CATTAT--A----A----------------G-T-GGA---G--GGG-AC-----A-------A-TTT-----Tggcc
gi|27 : gaaatacttcaggatattttTTACAGAA-CTTGAG---GGAGGC-----AC-TGCAG------CTTT------------------GTG---GTG-T-GGG---G--AGAtgatt
gi|28 : acctttTTACAGAA-ATTTGA---GAAGGC-----AC-TGTGA------CTCTAT--A----AA------AGAG---T-G---GGA---A--AGAt
gi|3 : tTTACAAAA-TTTTGG---GAGGTC-----AC-GCTA-------CCTTGT--A----AA------TGTG---A-G---GAA---A--ACACAC-----A-------A-TGA-----TCAGA-CTTT------GG---G-ATGAAA----AA-----TGAT-TCT----A----TACA-T-TTT-----T--T--AT---GGAAAA---CA-TAAAAAAAAATA-AG-GTTGCATTTG-GA--TAAA--AAA-A-AAG-AA-TTTATAT-T-----TG-----GAGAAAACACTGAA--------TAT----CGG-TGTCTATAAAGA-AAGATAAA
gi|4 : cattAT-----G-------A-TTT-----TCATA-CTTT--TGGCAG---A-AAAAAA----AACAGGGTTAT-TTT----TAGCAT----T-TTT--------T--AA---GGAGAA---TTAT---------TA-TG-GTCA-ATTTG-GG--TAAA--AAAT--CAT----TTTTTAC-T-----TG-----GGGAAGATGCTGAA--------AAT----CTA-TGTCTACAACGA-CAGGTAAAAAtagaccctgtaaaa
gi|5 : aacttgggaaaaaaacatacatattttttataattttttatgaaacaagtTTACAGAA-TTTTGG---GAAGAC-----A------A------CTTTAT--A----AA-------TTG---G-G-A-TAA---A--AAACAC-----A-------AGTTT-----TTAAA--TTT--TGA-GG---A-GAAAAGTGGCAAC---CTGTT-TTTAC--T----T----T-TTGGA--GA--T--AT---GGGAAA---GC-T----------A-TG-GTCA-ATTTA-GG--AAAG--AAATA-CAT-AA-TTTTTGT-TAGGA-TGTGGGAGGGAAG--GCTGAA--------TAT----CAGTTTTCTGCAAAGA-AGGACAGAAAggtctggatgtaaaa
gi|6 : ttTCACAGAACTTTGGGAAGGAAGAC-----AC-TGTAG------TTTAAG--A----AA------TATG---G-A----AA---A--AGACAT-----G-------A-TTT-----ACAAG-CTTT--TGG-AA---A-AAGAAA----GTA---GTGGTATTT----T----T----T-TTCGA--AG--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AA-GTCG-CTTTG-AGAAAAAA--AAATA-TATGGG-TTTTTGC-T-----T---------AAGA--CTGAA--------TAT----CAG-TGTCTGCAATGA-AGAGTAAAAggca
gi|7 : tttTTACAAAA-TTTGGG---AAAGGC-----AC-TTTAT------CTTTAT--A----AA------AGTG---G-G-TTGGA---G--AGAAAT-----A-------A-TTT-----TCTAT-CTTT--TGT-AG---A-TAGAAA----AAC---ATGAT-TTT----C----TG---T-TTAGA--GT--T--AC---TGGGAA---TT-T---------TA-AACGTCA-CTTTG-GG--GGTA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TT-----AGAAAGACACTG-A--------TA------AG-TATCTACAAAGA-AGGGTAAAAATg
gi|8 : AGAA-TGTGAC---AAAGGC-----AG-TGCAG------CTTTAT--A----GA------A--G---G-G-A-GAA---G--AGACCG-----G-------A-TTG-----TCTAA-CTTT--TTG-GG---ACAAGAAA----AAT---TGGAT-TTTAAACT----T----T-TTAGA--GA--C--AT---GGGGAA---CT-T---------CAGAA-GTTT-ATTTT-GG--GGTT--AAATC-CAT-CA--TTCCGC-T-----TG-----GAAAAGA--CTGTA--------TAC----GA-------ACAATGA-GGAGTAGAAA
gi|9 : ttttagtACAGAA-TTTGGG---GA--GC------T-TGT---------TTAAT--A----AA--------TG---G-A----GA---G--AAACAA-----GTATT---A-TTT-----TTGAA-ATGT--TGG-GG---G-GGAAAA----AA-------AT-GTT----C----T----T---GGA--GT--TTGATTTCGGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTAA-ATCTG-AG--AAAA--AAATACCAT-AA-TTTTTGC-T-----TATT---GG-----TGTTGAA--------TAT----CGA-TGTCTTCAATGA-AGAGTTAAAggc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TATACAGAATTTGGGGAAAGTTATCTTGTTTAATGAATGGGGAAAAAACAATGCATGCTTTTTTTTACCTTCTGGGGGGGAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TACTGATTGTCAATCAAGGTATTACCCAGTAGAATTCAATCTAATTAGCCATAATCTAGCTCTGCAGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGAGGAAAAAGTTTCAATTTTCCAACTTTTTCAAAATACAAATGTTTAGTGA
Unaligned ( gi|29 ): TTAAGGAATTTGGGAAAGGCAATCTTATTTTCATAAATAGGAAAAACACA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333 22222222222222 11111 44444444444444 11111 111111111111 11 11111111
lowQualScore : 2 333 55555 2 1 9999999 22 4444 7777777777777777777 555555 2 66666666666666 2 66666666 2 33 2 444 2 5555 66666 2 66666666666666 2 22 777777 33 666 444 2 9999999999 2 2 2 2 44444 22 4 2 6 2 666666666666 11 11111111 4444 2 1 2
lowQualScore : . ... ..... . . ....... .. .... ................... ...... . .............. . ........ . .. . ... . .... ..... . .............. . .. ...... .. ... ... . .......... . . . . ..... .. . . . . ............ .. ........ .... . . .
lowQualScore : 2 999 33333 1 4 1111111 99 5555 4444444444444444444 999999 1 33333333333333 2 44444444 4 44 5 444 4 3333 11111 5 88888888888888 5 44 000000 44 999 444 4 5555555555 2 1 1 1 00000 99 2 1 3 1 111111111111 11 99999999 7777 4 0 4
consensus : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TGTAG------CTTTAT--A----AA------AGTG---G-G-T-GGA---G--AGACAC-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTT----C----T----T-TTNGA--GN--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TG-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
Reference ( family-493 ) : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TGTAG------CTTTAT--A----AA------AGTG---G-G-T-GGA---G--AGACAC-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTT----C----T----T-TTNGA--GN--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TG-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
gi|1 : CAGAA-CTTGGA---GAAGGTGCTAAAC-TGTA--------TGTATTCG----GA------AGCGAAGG-G-T-GGG---G--ATACATT----G-------C-TTT-----T---A-TTTTATTGG-AG---A-AAGAAA----TAT---ATGAT-TGT----C----TATC-T-TTCGGTTGA--T--AT---GGAGA----TT-T---------TA-AT-GTCA-ATTTA-GG--AGGC--AAATA-CAC-GA-GTCATG----------------GGAAGATATTGAA--------TAT----CAG-TGTTTGTTAAGA-AGGATAAAAAT
gi|10 : TACAGAA-TTGTTG---GAAGAC-----AC-TTTAG------CTTT-T--A----AA------AACA---G-G---GGT---A--ACACAA-----G-------A-TTT-----CAGAA-CTTG--TGA-TG---A-G-GAAT----AACA--GTGAT-TTT----C----T----T-ATA-----T--T--TT---TGAGA-----------------TA-GG-GCCA-ATTCG-GA--T-AA--AAATAACAA-GA-TTTTCGC-T-----TG-----GGGAAGAAACAGAACTT-----TGT----CA----TTTACAAAGA-ATGATAAAAATgccattaaatattgtatcattcgtattgtaaaccagttgaa
gi|11 : TTATAGAA-TTTGGT---GAAAAC-----AT-TCTCA------TTTTAT--ATATAAAT-----AGTG---G-GGT-GG----G--AAACACAAAAGG-------A-TTG-----TTAAA-CTTT--TCA-G------AGGAAA----AAG---GCAAC-A------C----T----T-TTGGA--GG--T--AG---GGCGAA---TT-T---------AA-AT-TTCG-ATTTG-GG--AAAA--AATTA-CAT-GA-TTTTTGC-TTACCGTA-----GTGAAAACACTGa
gi|12 : tttATAGAA-TTTGGG---AAAGGC-----AC-TAGA---------TTAT--A----AATGGATTGGGG---G-G-T-GGG---GG-AGACAT-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTA--TGT-GT---G-AAGACA----AAT---GTCAT-TTT------------------AGA--GG--T--AT---GGGGAA---CT-T---------TA-AA-GTCA-GTTTG-GG--GGAA------A-CAT-GA-ATTTTGC-T-----TT-----GGGAAGAAGCTGAA--------TAT----TA
gi|13 : ttttaACAGAA-TTCTGG---GAAGGC-----AC-TCTAG------TTTCAT--A----AA------A----------T-GAG---G--A---AT-----G-------A-CTT-----CCAAG-CTTT--TTG-------------------AT---TCAAT-TTT----T----TAAAATGTTGGA--GA--T--AT---GGGGAA--------------------G-GTCT-ATTTG-TG--G-AA--ATATA-CAT-GA-TTTTTGT-T-----TG-----GGGAAGACACAGAA--------TATCTGACAT-TGTGTACAAAGA-AGAGTAAAAATaagataaaa
gi|14 : C-----AT-TGTAG------CTTGAG--G----AA--------TG---G-GCT-GAA---ATAAGATGT-----G-------A-TTT-----CCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AGT---GTG-T-TTT----C-------------AAA--GA--T--AT----GGAAA---TG-T---------TA----GTCA-CTTTG-GG--AGGA--GGGGG-CAT-AT-TTTTTTC-T-----TGT----GGGAAG-C----AT--------TAT----CAG-TGTCTACAATGA-a
gi|15 : tTTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TCTAG------TTTTAT--A----AA--------TG---G-----GGA---G--ACACAC-----ATGTAC--A-TTTTTCTATCAAAGGTTT--CGA-GG---A-AAAAcagc
gi|16 : cctttTTACAGAA-TTTGGG---AAAAGC-----CC-TGTAG------CCTTAT--A----AA--------TG---G-G-A-GGAGGGG--AGACAT-----T-------A-TTT--------AA-C--T--TGG-AG---A-AAG--A----CGT---GTGAT-TTTGTTACA---T----T-TTAGA--TT--T--AT---AACGAACTCTT-T---------TA-AA-GTggttaaaccaaatattttagagatcagtgactttaaagagatcagtgtagatacaaacaaggccacaatt
gi|17 : gaaatactatcaggacatt-AAAAAA----AAT---ATGGT-TTT----C----TAAC-T-TTCGG--GTGAT--AT---TGAGAA---TT-T---------TA-AG-GCCA-TCTTA-AG-----ACTAAATA-CAC-GATTTTTTGG-A-----TG-----GGAAAGACATTGGA--------TAT----CAG-TGTCTACAAAGA-AGGATAAAAA
gi|18 : TTCCAGAA-TTTGGG---GAAGGA-----ACTTGTAGTCTAAACTTTAT--A----AA--------TG---G-G---GAA---A--AAACACAG---G-------A-TTT-----T--AA-CTTggg
gi|19 : cattTCA-ATTTG-GT--TG-A--ATATA-CCC-AA--TTTTGCTT-----TG-----AGGAAGATGCTGAC--------TAG----CTG-TGCCTACAAAGA-A-GGTAAGAAataaaggtatgaaggccctgt
gi|2 : TTACAGAA-TTTGGA---GATGGC-----A------G------TTTTAT--A----TA------AATGA--G-G-C-TCA---T--AAACAC-----ACTTATATA-TTG-----TAAAA-TTTC--TGA-GGTGGA-AAAAAA----TAT---ATAAT-TTTATCAC----TAT--T-TTGAA--AA--T--ATT--GGGGAA---TT-T---------AA-AG-GTCA-ATTAGTAG--GGAA--AAATA-CAT-AATTTTTTGT-T-----CA-----CAGAATA--TTGAA--------TAT----TGG-TGTTGGCAAAGA-TGGGCAAGAAaggcccaggaggttaaa
gi|20 : tt-GTCA-ATTTG-GG--G--A--AAATA-CAT-GACTTTTTGC-T-----TG-----GGAAGGACACTGAATTTCACTGTAT----CAG-TGTCTTCAGTGA-AGG---AAAATggt
gi|21 : T-T---------CA-AG-ATTA-AGTTG-AT--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTCGC-T-----T------GAGACAATACTGAA--------TAT----CAG-CATCTACAAGGACAGGGAAAAAAgagaccc
gi|22 : tttcA-AG-GTCA-ATTTG-AC--A-AA--AAATA-CTT-GA-TTTCTGC-T-----TT-----GGAAAGACATTACA--------TAT----CAG-TGTCCACAAGGA-TGGGTAACAAg
gi|24 : aTTACCGAA-TTTAGG---GA----------C-TGTAG------CATTAT--A----A----------------G-T-GGA---G--GGG-AC-----A-------A-TTT-----Tggcc
gi|27 : gaaatacttcaggatattttTTACAGAA-CTTGAG---GGAGGC-----AC-TGCAG------CTTT------------------GTG---GTG-T-GGG---G--AGAtgatt
gi|28 : acctttTTACAGAA-ATTTGA---GAAGGC-----AC-TGTGA------CTCTAT--A----AA------AGAG---T-G---GGA---A--AGAt
gi|3 : tTTACAAAA-TTTTGG---GAGGTC-----AC-GCTA-------CCTTGT--A----AA------TGTG---A-G---GAA---A--ACACAC-----A-------A-TGA-----TCAGA-CTTT------GG---G-ATGAAA----AA-----TGAT-TCT----A----TACA-T-TTT-----T--T--AT---GGAAAA---CA-TAAAAAAAAATA-AG-GTTGCATTTG-GA--TAAA--AAA-A-AAG-AA-TTTATAT-T-----TG-----GAGAAAACACTGAA--------TAT----CGG-TGTCTATAAAGA-AAGATAAA
gi|4 : cattAT-----G-------A-TTT-----TCATA-CTTT--TGGCAG---A-AAAAAA----AACAGGGTTAT-TTT----TAGCAT----T-TTT--------T--AA---GGAGAA---TTAT---------TA-TG-GTCA-ATTTG-GG--TAAA--AAAT--CAT----TTTTTAC-T-----TG-----GGGAAGATGCTGAA--------AAT----CTA-TGTCTACAACGA-CAGGTAAAAAtagaccctgtaaaa
gi|5 : aacttgggaaaaaaacatacatattttttataattttttatgaaacaagtTTACAGAA-TTTTGG---GAAGAC-----A------A------CTTTAT--A----AA-------TTG---G-G-A-TAA---A--AAACAC-----A-------AGTTT-----TTAAA--TTT--TGA-GG---A-GAAAAGTGGCAAC---CTGTT-TTTAC--T----T----T-TTGGA--GA--T--AT---GGGAAA---GC-T----------A-TG-GTCA-ATTTA-GG--AAAG--AAATA-CAT-AA-TTTTTGT-TAGGA-TGTGGGAGGGAAG--GCTGAA--------TAT----CAGTTTTCTGCAAAGA-AGGACAGAAAggtctggatgtaaaa
gi|6 : ttTCACAGAACTTTGGGAAGGAAGAC-----AC-TGTAG------TTTAAG--A----AA------TATG---G-A----AA---A--AGACAT-----G-------A-TTT-----ACAAG-CTTT--TGG-AA---A-AAGAAA----GTA---GTGGTATTT----T----T----T-TTCGA--AG--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AA-GTCG-CTTTG-AGAAAAAA--AAATA-TATGGG-TTTTTGC-T-----T---------AAGA--CTGAA--------TAT----CAG-TGTCTGCAATGA-AGAGTAAAAggca
gi|7 : tttTTACAAAA-TTTGGG---AAAGGC-----AC-TTTAT------CTTTAT--A----AA------AGTG---G-G-TTGGA---G--AGAAAT-----A-------A-TTT-----TCTAT-CTTT--TGT-AG---A-TAGAAA----AAC---ATGAT-TTT----C----TG---T-TTAGA--GT--T--AC---TGGGAA---TT-T---------TA-AACGTCA-CTTTG-GG--GGTA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TT-----AGAAAGACACTG-A--------TA------AG-TATCTACAAAGA-AGGGTAAAAATg
gi|8 : AGAA-TGTGAC---AAAGGC-----AG-TGCAG------CTTTAT--A----GA------A--G---G-G-A-GAA---G--AGACCG-----G-------A-TTG-----TCTAA-CTTT--TTG-GG---ACAAGAAA----AAT---TGGAT-TTTAAACT----T----T-TTAGA--GA--C--AT---GGGGAA---CT-T---------CAGAA-GTTT-ATTTT-GG--GGTT--AAATC-CAT-CA--TTCCGC-T-----TG-----GAAAAGA--CTGTA--------TAC----GA-------ACAATGA-GGAGTAGAAA
gi|9 : ttttagtACAGAA-TTTGGG---GA--GC------T-TGT---------TTAAT--A----AA--------TG---G-A----GA---G--AAACAA-----GTATT---A-TTT-----TTGAA-ATGT--TGG-GG---G-GGAAAA----AA-------AT-GTT----C----T----T---GGA--GT--TTGATTTCGGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTAA-ATCTG-AG--AAAA--AAATACCAT-AA-TTTTTGC-T-----TATT---GG-----TGTTGAA--------TAT----CGA-TGTCTTCAATGA-AGAGTTAAAggc
blockSeqs : C AAG . T T GTCTAAA . TATA TGGATTGGGGGGT GGGG C CACTTATAT G TTCTATCA G . C TGG C TGGC CAGGG A ATCACTAT G GG GTGA TG TTC CTC A AAAAAAAAAT G C C T AAAAA CT A G T T AGGATGTGGGA AA TTTCACTG CTGA T A C
blockSeqs : . . . . C G . . TAGTGGGGT ATA A CAAAAGG . CAG . . . . . . CAG . GTTACAT . AG GG . T . . T . . . . AAA . C . T . TACCGTA CA CTT . . A .
blockSeqs : . . . . A A . . AATGAGGC GG G CATGTAC . TTA . . . . . . GG . TTAAAA . GG GG . . . . A . . . . GGA . . . C . TATT AG . . . T .
blockSeqs : . . . . C G . . AGTGGGTT A G AGTATT . TCA . . . . . . TG . TAGCAT . AA GA . . . . T . . . . AGG . . . . . TGT CA . . . A .
blockSeqs : . . . . G G . . GTGGTGT G C CAGG . CCA . . . . . . TT . AAACTT . AG GA . . . . T . . . . GGA . . . . . TG CA . . . A .
blockSeqs : . . . . C G . . AACAGG G G AG . CCA . . . . . . TG . CTAAC . CG TT . . . . T . . . . GGA . . . . . TT TG . . . A .
blockSeqs : . . . . G G . . TGGGCT G A TG . TAA . . . . . . TG . ATACA . GA AA . . . . T . . . . TAA . . . . . TG CA . . . T .
blockSeqs : . . . . G G . . AGAGTG A A TG . TCA . . . . . . TA . ACTT . GG GA . . . . A . . . . TAA . . . . . TG TA . . . G .
blockSeqs : . . . . G G . . TGTGAG T G TG . TCA . . . . . . TA . CTG . CG AG . . . . C . . . . AAA . . . . . TG CA . . . G .
blockSeqs : . . . . G G . . TTGGGA G G TT . TTA . . . . . . CC . CT . AG GT . . . . T . . . . GGT . . . . . CA CA . . . A .
blockSeqs : . . . . G A . . TATGGA G G CA . ACA . . . . . . AG . CT . AG GA . . . . T . . . . GGT . . . . . TG TG . . . C .
blockSeqs : . . . . C A . . TGGGA A C CA . TCT . . . . . . CA . TT . GG GT . . . . T . . . . AAA . . . . . TT CA . . . A .
blockSeqs : . . . . G G . . AGGGA A A TG . TCT . . . . . . TT . CT . A T . . . . C . . . . TA . . . . . TG TG . . . T .
blockSeqs : . . . . T T . . TGGG A G CA . TTG . . . . . . . . C . T T . . . . T . . . . GA . . . . . TG C . . . A .
blockSeqs : . . . . G G . . TGGA A G TG . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . TT G . . . T .
blockSeqs : . . . . G . . . TGG G G TA . . . . . . . . . . AA . . . . . TG . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . AT G A GG . . . . . G . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . GT G . . . . . . . . . . T .
blockSeqCons : ***** G****** ** TGGGN************** CG************ TCA***** ** CT************ GN**** TG**********
originalCons : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TGTAG------CTTTAT--A----AA------AGTG---G-G-T-GGA---G--AGACAC-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTT----C----T----T-TTNGA--GN--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TG-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
finalCons : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----AC-TGTAG------CTTTAT--A----AATGGGN--------------GGA---G--AGACACG------------A-TTTTCA-----AA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTTCT------------T-TTNGAGN----T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAATA-CAT-GA-TTTTTGC-TTG----------GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TATACAGAATTTGGGGAAAGTTATCTTGTTTAATGAATGGGGAAAAAACAATGCATGCTTTTTTTTACCTTCTGGGGGGGAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TACTGATTGTCAATCAAGGTATTACCCAGTAGAATTCAATCTAATTAGCCATAATCTAGCTCTGCAGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGAGGAAAAAGTTTCAATTTTCCAACTTTTTCAAAATACAAATGTTTAGTGA
Unaligned ( gi|29 ): TTAAGGAATTTGGGAAAGGCAATCTTATTTTCATAAATAGGAAAAACACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 333333333333333333333 11111 44444444444444 11111 111111111111 11 11111111
lowQualScore : 2 333 5555555555 3 8888888 1 4444 8888888 333 44 1 1 88888888888 7777777777 222222222222222222222 2 66666666 2 33 2 55555 5555 66666 2 66666666666666 2 22 777777 33 666 444 2 9999999999 2 2 2 2 22222 22 2 2 2 6 2 666666666666 11 11111111 4444 2 1 2
lowQualScore : . ... .......... . ....... . .... ....... ... .. . . ........... .......... ..................... . ........ . .. . ..... .... ..... . .............. . .. ...... .. ... ... . .......... . . . . ..... .. . . . . . ............ .. ........ .... . . .
lowQualScore : 0 555 6666666666 9 5555555 9 0000 8888888 333 55 9 9 00000000000 8888888888 000000000000000000000 1 99999999 2 22 4 77777 0000 11111 5 88888888888888 5 44 000000 44 999 444 4 5555555555 2 1 1 1 22222 99 1 1 1 3 1 111111111111 11 99999999 7777 4 0 4
consensus : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----A--C-TGTAG------CTTT-AT----A-------A---A--T-G-GG-G---------GGA---GA---G-ACA-------C-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTT----C----T----T-TTNGA--GN--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TG-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
Reference ( family-493 ) : TTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----A--C-TGTAG------CTTT-AT----A-------A---A--T-G-GG-N---------GGA---GA---G-ACA-------C-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AAC---GTGAT-TTT----C----T----T-TTNGA--GN--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTCA-ATTTG-GG--GGAA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TG-----GGGAAGACGCTGAA--------TAT----CAG-TGTCTACAANGA-AGGGTAAAAAT
gi|1 : CAGAA-CTTGGA---GAAGGTGCTAAA--C-TGTA--------TGT-ATTCGGA-------AGCGA--A-G-GG-T---------GGG---GA---T-ACA-------TT----G-------C-TTT-----T---A-TTTTATTGG-AG---A-AAGAAA----TAT---ATGAT-TGT----C----TATC-T-TTCGGTTGA--T--AT---GGAGA----TT-T---------TA-AT-GTCA-ATTTA-GG--AGGC--AAAT-A-CAC-GA-GTCATG----------------GGAAGATATTGAA--------TAT----CAG-TGTTTGTTAAGA-AGGATAAAAAT
gi|10 : TACAGAA-TTGTTG---GAAGAC-----A--C-TTTAG------CTTTTAA----A-------A---A--C-A-GG-G---------GTA----A---C-ACA-------A-----G-------A-TTT-----CAGAA-CTTG--TGA-TG---A-G-GAAT----AACA--GTGAT-TTT----C----T----T-ATA-----T--T--TT---TGAGA-----------------TA-GG-GCCA-ATTC--GG--ATAA--AAATAA-CAA-GA-TTTTCGC-T-----TG-----GGGAAGAAACAGAACTT-----TGT----CA----TTTACAAAGA-ATGATAAAAATgccattaaatattgtatcattcgtattgtaaaccagttgaa
gi|11 : TTATAGAA-TTTGGT---GAAAAC-----A--T-TCTCA------TTTT-AT----ATATAAATA---G--T-G-GG-G---------TGG---GA---A-ACA-------CAAAAGG-------A-TTG-----TTAAA-CTTT--TCA-G------AGGAAA----AAG---GCAAC-A------C----T----T-TTGGA--GG--T--AG---GGCGAA---TT-T---------AA-AT-TTCG-ATTTG-GG--AAAA--AATT-A-CAT-GA-TTTTTGC-TTACCGTA-----GTGAAAACACTGa
gi|12 : tttATAGAA-TTTGGG---AAAGGC-----A--C-TAGA---------TT-AT----A-------A---A--T-G-GA-TTGGGGGGTGGGG---GA---G-ACA-------T-----G-------A-TTT-----TCAAA-CTTA--TGT-GT---G-AAGACA----AAT---GTCAT-TTT------------------AGA--GG--T--AT---GGGGAA---CT-T---------TA-AA-GTCA-GTTTG-GG--GGAA-------A-CAT-GA-ATTTTGC-T-----TT-----GGGAAGAAGCTGAA--------TAT----TA
gi|13 : ttttaACAGAA-TTCTGG---GAAGGC-----A--C-TCTAG------TTTC-AT----A-------A---AA-T-G----A---------GGA------------A-------T-----G-------A-CTT-----CCAAG-CTTT--TTG-------------------AT---TCAAT-TTT----T----TAAAATGTTGGA--GA--T--AT---GGGGAA--------------------G-GTCT-ATTTG-TG--G-AA--ATAT-A-CAT-GA-TTTTTGT-T-----TG-----GGGAAGACACAGAA--------TATCTGACAT-TGTGTACAAAGA-AGAGTAAAAATaagataaaa
gi|14 : C-----A--T-TGTAG------CTTG-AG----G-------A---A--T-G-GG-C---------TGA---AATAAG-ATG-------T-----G-------A-TTT-----CCAAA-CTTT--TGG-GG---A-AAGAAA----AGT---GTG-T-TTT----C-------------AAA--GA--T--AT----GGAAA---TG-T---------TA----GTCA-CTTTG-GG--AGGA--GGGG-G-CAT-AT-TTTTTTC-T-----TGT----GGGAAG-C----AT--------TAT----CAG-TGTCTACAATGA-a
gi|15 : tTTACAGAA-TTTGGG---GAAGGC-----A--C-TCTAG------TTTT-AT----A-------A---A--T-G-GG-G---------AGA---CA---C-ACA-------T-----GTAC----A-TTTTTCTATCAAAGGTTT--CGA-GG---A-AAAAcagc
gi|16 : cctttTTACAGAA-TTTGGG---AAAAGC-----C--C-TGTAG------CCTT-AT----A-------A---A--T-G-GG-A---------GGAGGGGA---G-ACA-------T-----T-------A-TTT--------AA-C--T--TGG-AG---A-AAG--A----CGT---GTGAT-TTTGTTACA---T----T-TTAGA--TT--T--AT---AACGAACTCTT-T---------TA-AA-GTggttaaaccaaatattttagagatcagtgactttaaagagatcagtgtagatacaaacaaggccacaatt
gi|17 : gaaatactatcaggacatt-AAAAAA----AAT---ATGGT-TTT----C----TAAC-T-TTCGG--GTGAT--AT---TGAGAA---TT-T---------TA-AG-GCCA-TCTTA-AG-----ACTAAAT-A-CAC-GATTTTTTGG-A-----TG-----GGAAAGACATTGGA--------TAT----CAG-TGTCTACAAAGA-AGGATAAAAA
gi|18 : TTCCAGAA-TTTGGG---GAAGGA-----A--CTTGTAGTCTAAACTTT-AT----A-------A---A--T-G-GG-----------GAA---AA---A-ACA-------CAG---G-------A-TTT-----T--AA-CTTggg
gi|19 : cattTCA-ATTTG-GT--TG-A--ATAT-A-CCC-AA--TTTTGCTT-----TG-----AGGAAGATGCTGAC--------TAG----CTG-TGCCTACAAAGA-A-GGTAAGAAataaaggtatgaaggccctgt
gi|2 : TTACAGAA-TTTGGA---GATGGC-----A--------G------TTTT-AT----ATA-----A---A--T-GAGG-C---------TCA---TA---A-ACA-------C-----ACTTATATA-TTG-----TAAAA-TTTC--TGA-GGTGGA-AAAAAA----TAT---ATAAT-TTTATCAC----TAT--T-TTGAA--AA--T--ATT--GGGGAA---TT-T---------AA-AG-GTCA-ATTAGTAG--GGAA--AAAT-A-CAT-AATTTTTTGT-T-----CA-----CAGAATA--TTGAA--------TAT----TGG-TGTTGGCAAAGA-TGGGCAAGAAaggcccaggaggttaaa
gi|20 : tt-GTCA-ATTTG-GG--G--A--AAAT-A-CAT-GACTTTTTGC-T-----TG-----GGAAGGACACTGAATTTCACTGTAT----CAG-TGTCTTCAGTGA-AGG---AAAATggt
gi|21 : T-T---------CA-AG-ATTA-AGTTG-AT--GGAA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTCGC-T-----T------GAGACAATACTGAA--------TAT----CAG-CATCTACAAGGACAGGGAAAAAAgagaccc
gi|22 : tttcA-AG-GTCA-ATTTG-AC--A-AA--AAAT-A-CTT-GA-TTTCTGC-T-----TT-----GGAAAGACATTACA--------TAT----CAG-TGTCCACAAGGA-TGGGTAACAAg
gi|23 : aTACAGAA-TTTGGG---GAAAGT-----T--A-TCTTG------TTTA-AT----G-------A---A--T-G-GG-----------GAA---AA---A-ACAATGCATGC-----T-------T-TTT-----TTTAC-CTTC--TGG-GG-----GGGAAA----Aggcc
gi|24 : taTTACCGAA-TTTAGG---GA------------C-TGTAG------CATT-AT----A-------A---G--T-G-GA-G---------GG---------G-ACA---------------------A-TTT-----T
gi|27 : gaaatacttcaggatattttTTACAGAA-CTTGAG---GGAGGC-----A--C-TGCAG------CTTT-GT------------G---G--T-G-TG-G---------GGA---GA---tgatt
gi|28 : acctttTTACAGAA-ATTTGA---GAAGGC-----A--C-TGTGA------CTCT-AT----A-------A---A--A-G-AGTG---------GGA---AA---G-At
gi|29 : tTTAAGGAA-TTTGGG---AAAGGC-----AATC-T-TAT------TTTC-AT----A-------A---A--T------A---------GGA---AA---A-ACA-------C-----
gi|3 : TTACAAAA-TTTTGG---GAGGTC-----A--C-GCTA-------CCTT-GT----A-------A---A--T-G-TG-A---------GGA---AA---ACACA-------C-----A-------A-TGA-----TCAGA-CTTT------GG---G-ATGAAA----AA-----TGAT-TCT----A----TACA-T-TTT-----T--T--AT---GGAAAA---CA-TAAAAAAAAATA-AG-GTTGCATTTG-GA--TAAA--AAA--A-AAG-AA-TTTATAT-T-----TG-----GAGAAAACACTGAA--------TAT----CGG-TGTCTATAAAGA-AAGATAAAa
gi|4 : cattA-------T-----G-------A-TTT-----TCATA-CTTT--TGGCAG---A-AAAAAA----AACAGGGTTAT-TTT----TAGCAT----T-TTT--------T--AA---GGAGAA---TTAT---------TA-TG-GTCA-ATTTG-GG--TAAA--AAAT---CAT----TTTTTAC-T-----TG-----GGGAAGATGCTGAA--------AAT----CTA-TGTCTACAACGA-CAGGTAAAAAtagaccctgtaaaa
gi|5 : aacttgggaaaaaaacatacatattttttataattttttatgaaacaagtTTACAGAA-TTTTGG---GAAGAC-----A--------A------CTTT-AT----A-------A---A--TTG-GG-A---------TAA---AA---A-ACA-------C-----A-------AGTTT-----TTAAA--TTT--TGA-GG---A-GAAAAGTGGCAAC---CTGTT-TTTAC--T----T----T-TTGGA--GA--T--AT---GGGAAA---GC-T----------A-TG-GTCA-ATTTA-GG--AAAG--AAAT-A-CAT-AA-TTTTTGT-TAGGA-TGTGGGAGGGAAG--GCTGAA--------TAT----CAGTTTTCTGCAAAGA-AGGACAGAAAggtctggatgtaaaa
gi|6 : ttTCACAGAACTTTGGGAAGGAAGAC-----A--C-TGTAG------TTTA-AG----A-------A---A--T-A-TG-G---------AAA---AA---G-ACA-------T-----G-------A-TTT-----ACAAG-CTTT--TGG-AA---A-AAGAAA----GTA---GTGGTATTT----T----T----T-TTCGA--AG--T--AT---GGGGAA---TT-T---------TA-AA-GTCG-CTTTG-AGAAAAAA--AAAT-A-TATGGG-TTTTTGC-T-----T---------AAGA--CTGAA--------TAT----CAG-TGTCTGCAATGA-AGAGTAAAAggca
gi|7 : tttTTACAAAA-TTTGGG---AAAGGC-----A--C-TTTAT------CTTT-AT----A-------A---AAGT-G-GG-TT--------GGA---GA---G-AAA-------T-----A-------A-TTT-----TCTAT-CTTT--TGT-AG---A-TAGAAA----AAC---ATGAT-TTT----C----TG---T-TTAGA--GT--T--AC---TGGGAA---TT-T---------TA-AACGTCA-CTTTG-GG--GGTA--AAAT-A-CAT-GA-TTTTTGC-T-----TT-----AGAAAGACACTG-A--------TA------AG-TATCTACAAAGA-AGGGTAAAAATg
gi|8 : AGAA-TGTGAC---AAAGGC-----A--G-TGCAG------CTTT-AT----A-------G---A--A-G-GG-A---------GAA---GA---G-ACC-------G-----G-------A-TTG-----TCTAA-CTTT--TTG-GG---ACAAGAAA----AAT---TGGAT-TTTAAACT----T----T-TTAGA--GA--C--AT---GGGGAA---CT-T---------CAGAA-GTTT-ATTTT-GG--GGTT--AAAT-C-CAT-CA--TTCCGC-T-----TG-----GAAAAGA--CTGTA--------TAC----GA-------ACAATGA-GGAGTAGAAA
gi|9 : ttttagtACAGAA-TTTGGG---GA--GC--------T-TGT---------TTA-AT----A-------A---A--T-G-GA------------GA---GA---A-ACA-------A-----GTATT---A-TTT-----TTGAA-ATGT--TGG-GG---G-GGAAAA----AA-------AT-GTT----C----T----T---GGA--GT--TTGATTTCGGGGAA---TT-T---------TA-AG-GTAA-ATCTG-AG--AAAA--AAAT-ACCAT-AA-TTTTTGC-T-----TATT---GG-----TGTTGAA--------TAT----CGA-TGTCTTCAATGA-AGAGTTAAAggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TACTGATTGTCAATCAAGGTATTACCCAGTAGAATTCAATCTAATTAGCCATAATCTAGCTCTGCAGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGAGGAAAAAGTTTCAATTTTCCAACTTTTTCAAAATACAAATGTTTAGTGA