lowQualScore : 11111111 7777777 1 1 1 22 11111111 1 111111 2 888888 11 2222222222 11111 222222222222222 222222222222222222 1 1 1 1 11 111111
lowQualScore : 6 77 5 3 66 1 33333333 7777777 9 4 2 0 55 4 888888 3 1 2 2 7 1 4 4 4 1 2 2 777 11 4 4 66666666 8 9 3 3 7 3 3 3 6 000000 5 3 4 2 333333 22 6 555 8888888888 666 33333 3 7 2 55 55 555555555555555 666666666666666666 4 7 3 3 6 2 3 8 3 7 0 66 3 000000 3
lowQualScore : . .. . . .. . ........ ....... . . . . .. . ...... . . . . . . . . . . . . ... .. . . ........ . . . . . . . . . ...... . . . . ...... .. . ... .......... ... ..... . . . .. .. ............... .................. . . . . . . . . . . . .. . ...... .
lowQualScore : 0 99 0 2 99 5 22222222 3333333 1 4 7 5 00 0 666666 2 2 2 8 5 9 0 0 0 0 3 7 888 11 4 4 11111111 0 4 4 6 5 6 6 6 5 555555 5 9 6 0 777777 77 0 888 5555555555 444 55555 6 3 6 99 55 000000000000000 888888888888888888 6 3 6 6 8 1 6 6 6 0 1 11 3 555555 9
consensus : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACCATATTGCTATATTAGAAGTTTCT--------GTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGATAAATAATCA--CTTGTAT-ATA---AN-CAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGGGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTA-TTAGTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTNATTA------GGTTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGT------AGGT--AGTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAGGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTNGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCGAA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
Reference ( gi|4 ) : CCATATAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACCATATTGCTATATTAGAAATTTCT--------GT-------AATCAATACAGTTATTATGATTAGATAAATAATCA--CTTGTAT-ATA---AA-CAATCCTCAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAATGACAAGTTGTTTGAGTGATTGGTA-TAAGTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTCATTA------GGTTG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGTTACTA-AGGT--AGTAAGAAAAGGGAGATT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAGAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAGGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAATTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGATGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGATATAGTAATAATTGAACATTCCCCGAATAGAGATAACG-TAA------ATATATGGCCA
gi|1 : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACCATATTACTATATTAGACATTTCT--------GT-------AATTAATACAGGTATTATGATTAGATAAATAATCA--CTTGTAT-ATA---AA-CAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGT-AATAAGCCTATAGTCATGAG-----------------GTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTTGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAGTGATAAGTTGTTTGAGTGATAGGTA-TAAGTAGTTAATAAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTCATTA------GGTTG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAAAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGT------AGGT--AGTAAGAAAAGGAAGGTT---G-AAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTAAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAGGTTAAGCTAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTAAATGTTAAATTGAACTGTGAGATATTAACTTGATGATTTA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGTATACAGGTGTTAGAGTAATAATTGAACATTCCCTGAATAGAGAAAACA-TAA------AT
gi|2 : gattatttgacacttgcagctgaagctgcacttaaacacttgaataatatcgagacgattttttttacaaatttacttgcattaattttattcatcctgtgtcgcactataatgagtaaggccttaggccttcttaaggaccccttataaatttcatgcatggttaatcattcctatgaataggggtttgaagtacaaatcaagatgcaggggagtaaaggggccccttaaagttacattacacaggaatacttgtggaaaatagaaaatattgtcaCCATGTAATAATTCTTATA--ACATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACCATTTTGCTATATTAGAAGTTTCT--------GTTAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGGCTAGATAGATAATCA--CGTGTATTATA---AT-CAATCCTAAGTTTTATTAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAAAGTCATGGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATAATAGCACCAGAATGTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAATGATAAGTATTTTGAGTGATGGGTA-TTAGTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTTTTTA------GGTTGATTAGGGAGTTAAAAGTATACGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATG-TACCGTAGGT--AGTAAGGAAAGGGAGGTT---GAAAGGTTAGGAAGTGA---AGT----AAGGAATAG-G-AGGTTGAAAGGTTAGGAAGTGAAGAAGGAAAGAGGAGATTGATGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTTAAGATAGTTAGGATATAAGGATAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTGATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAAATAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATACCCCGAA-AGAGATAACG-T
gi|3 : gtaaCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTAATGAATAATATTTAAT--ATTATACCATATTGCTATATTAGAAATTTCT--------GTCAAAAGTAATTAAAACAGTTATTAAGACTAAATAAATAATCA--CTTGTAT-ATA---AT-CACTCCCAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCTTACAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGAAAGAAAATATTAGTGCCAGAATATTTGCATA---GTAGTTCTGTCCGA-A-ACTTGGTACATCCTGTATAATGACATTATGT-AAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTA-TTAGTAGTGAGTGAATGAAACTGACCAATGAAACA-A-A-GGATTAATTA------GGTTGACTAGGATGTTTAAAGATTATGAGAGATATGATTGCATGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGATTGTGAAATA-GGAAGT-TG--A--A-AGGTTAAGTAAGGAAAATGAGGTT---GAAAGGTTAAGAAGGGA---AGT----AAGAGAAAT-G-AGATTGAATGGTTAAGAAATCA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TTAAGGTGAAGATAGTTGAGAAATAAGGAGAAGAAAA--GAAATAGGAAACG-TTTGAAGTGAAGGAGAATTA-AGAGGTTAGTGTTAAAGTGAATTGAAAGATATGAAATTGATGATCAA-GTTGATATTAAAATAATGA-AAATTGGATATAAGTGTTATAGTATTAAATGAACTTTCCCCAAAttcatacacagccggt
gi|12 : ttgtgtaaCCATGTAATAATTCTTATG--ATATAATTTATAAATGAAAGTTAAT--ATTA------AT----ATGTTAGAAGTTTCT--------GTCAAAAGTAAT-AATACAGTTATTAAGACTAGGTATATAATCA--CTTGAAT-ATA---AT-CAACCCTAAGTTTTATCAAAGTGCCCAAGTAAATAAACTTAGAGTCATTGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTAGACTGAAAGGAAATATTAGTGCCTGAATGTTTACTTA---ATAGTTCTGTAACA-A-ATTTGGTACATCCTGTATA--------ATGTAAAATGATAAG-------------TGGTA-TTAATAGTTAGTGACTCAAATTGACAAAGAAAAGACA-A-GGATCAATTA------GGATGATTAGGGAGTTTTAATATTATGAGAGAGGTGAACGAATGATACTAAATATAGGCGGAGTTTGAGAAGAATGATTGTTAAATATGAACGTATgaagac
gi|10 : tgtgtaaCCATGTAATAAATCTTACA--ATATT-TCTA---AGAATATTTATTGCATCCTACAGAATGGCTATGCTAAGAACTTCTTAATAAAAGT-------ATTTAATTCATCTATTAAAACTA--CAAACACTTATACTTGTAT-GTA---TA-CAATC---A-----ATGAAAGTGT-CAAGAACATAGAATTAAATTGATG-GATGGTCATATTA-TATTGTACATCCTGGAGTGGGAGGGAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCAAACTTGGAAC--TGTCACATATATAGGGCACATACTTT-TT--------TTGT-AAA--A-----TGTTTGAGTGACAGGTATTATGCAGTTTATTAGTGACACTGGCCAATGAGAGA-ATA-GGATTAATTACGGTAGGGTGA-TTAGAGAGTTTGAATATTGTGAGAGAGATGA--AACTGA-ATCAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAG-AAGATTGTAAAGTAAGGAAGTATGT--------GT--GGTAAG
gi|25 : tgtaaCCATGTAATAATTCTTATATTATATT-TTCATGAATAATATTTta
gi|6 : tgtaaA--ATGTT-TTCA------GTATTTGAT--ATTGTACCATATTGCTATATTAGAAGTTTTT--------GTCAAAAGCAATTAATACAGCTATTAAGACTAGATAAATATTCA--CTTATAT-ATATATAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTG-TTACAT-A-TGTCGTACATCCTGAGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAG---GTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATG--------GTGT-AAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGAA-TTATTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTAATTC------GGTTGATTAGGGAGTTCAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGAAACTACATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAAAGTGTGAAATATGGAAGTATGT------AGGT--AGTAAGAAAAAGGAAGTT---GAAAGG-T--------G---AG-----AAGGAAAAAGG-AGATTGATGG
gi|9 : gtaaccatgtaataattcttataatatttttatgaataatatttaatattgtacataccattttgctatattagaagtttctgtcaaaattaattaatacagttattaagactagatctataaataattacttctatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgtcacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtaccagT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACCATATTGCTATATTAGAAGTTTCT--------GTCAA----AAGTAATTAAGTTATTA-----AGATAAATGATAA--GTTGT
gi|19 : TATTTAAT--ATTGTACTATATTGCTATATTAGAAGTTTCT--------GTCAAAAGTAATTAATACAGTAATTAAGACTAGATAAATAATCA--CTTATAT-ATA---AT-CAATC-----------CAAAGTGCACAAGTAGATAAGATAAGAGTCCTTGGGTG-TCACAT-AGTGTTGTttgagtgatgggtattagtaattaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattaggttgattagggaatttaaagattatgagaaagatgattgagtgaaactaaatatgggagtagtttcagaagaaacagtgtgaaatatgaaagtatgtaggttaagtaagaaaaaggaggttgaaagggaaaataatgaaaaagagattgaggggttaagaggtgaaagtaggttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaataaggaacatttgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagatatgaactggatgattaaatagaaattaaaatgatgtaaattggatacaagtgttatagtaataactgaacattccccgaataaagaaaggtaatgtttcatatacggccgg
gi|7 : CATATTGCTATATTAGAAATTTCT--------GT-------AATTAATACAGTTATTATGATTAGATAAATAATCA--CTTGTAT-ATA---AA-CAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGCA-TAAGTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTCATTA------GGCTG-CTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGACGATTGAGAGATACTAAATATGGGAGAAGTCTGAGAAGAAAGAGAGTGAAATATGAGAGTATGT------ATGT--AGTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAC-G-AGATTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAGGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATATTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCGAATAGAGATAATG-TAA------A
gi|5 : TACCATATTAGAATTTATT--------GT-------AATTAATACAGTTATTAAGATTAGATGAATAATCA--CTTGTAT-ATA---AA-CAATCCTAAGTTTTATCAATGTGTGCAAGTAAATAAGTTTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATAAGTGCTAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAATGATAAGTTGTTTGAGGGATGGGTA-TTAGTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTCATTA------GGTTG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAATTATGT------AGGT--AGTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-A-AGAGTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAAGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATCAAAATGATGT-AAATTGAATTCAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCGAATAAAGATTACG-TAA------ATA
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgTGCTATGTTACAAGTTCCT--------GTTAAAAGTAATTGACACAGTTGTTAAGACTA--TAAATAATCA--CTTGTAT-ATA---AT-GAGTCCTAAGTTTGATAGAAATGTCCAAGAAGATAGGCTTAAAGTCATGGGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGAACTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGTAAA---GT-TC--TGTCACA-T-ATTGAGTACATCCTGTGTA--------TTGTAAAATAATAAGCTG-TTGAATGATAAGTA-TAAGTAGTTAGTGACTGAAACTGACAAATGAAAGA-A-AGGGATTTAAAA------GGATGATTAAGGAGTTTAAATATTGT--GAGAGATGATTGAATTA-ATTAAATATGGGAGGAGTTTTAGAAGAAAGATTGTGAAATATTTAAGTATGT------AGGA--AGTAAGAAAAAGGATGTT---GAAAGGTG--------A---AGT----GAGAGAAAG-G-AGGTTGAACAGTTAAGAAGTGA--AAG---------------TAGATTGAGAAG------------------TTAAGATTAAGATAGTTAGGAAATAAGAAGAAATAAAGTGAAATAGGAAATAGTTTAAGGTGAAGGAGAATTAGAGGAGTTATTATAAACAAGAATGGTTAGAAATGAACTAGATGATTAAGAT-GAAGTTAAAATGATGA-AAATTGGATATAAGTGTTGCAGTATTAAATAGACATTCCCCAAAAAGATATA
gi|9 : T-AAATGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTA-TTAGTAATTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-A-GGATTAATTA------GGTTGATTAGGGAATTTAAAGATTATGAGAAAGATGATTGAGTGAAACTAAATATGGGAGTAGTTTCAGAAGAAACAGTGTGAAATATGAAAGTATGT------AGGTTAAGTAAGAAAAAGGAGGTT---GAAAGGGA--------A---AAT----AATGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAA------------------TGAAGGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAAGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATAGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCGAATAAAGA-AAGG-TAATGTTTCATATACGGCC
gi|11 : ttttatgaataatatttaatattgtaccatattgctatattagaagtttctgtcaaaagtaattaagttattaagaAGTGATGGGTA-TTAGTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAGA-A-A-GGAGTAATTA------GATTGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGACAGGATTGAGTGATACAAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGT------AGGTTAAGTAAGAAATGGGAGGTT---GAAAGGTA--------A---AG-----AAGGAAAAA-GGAGATTGATAGGTTTAGAGGTTA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAGGTTAAGATAGTTAGGAAATGAGGAGAAGGAAAGTTAAATACGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTTATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAACTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTAAACATTCCCCGAACCAAGAAAATG-GAA------CTATATGGCCgg
gi|13 : ACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGCATGTGAAATATGAAAGTATGT-AATA-A-----AGTAAGAAAAGAAAAGTTTGGGAAGGG----------A---AG-----AAGAAAAGA-GGAGATTGATGTGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAGGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTGAAATGATGT-AAATTGGATTCAAGTGTTTCAGTAATAATTGAACATTCCCAGAA-AGAGATAATG-TTA------A
gi|14 : GAAAGTATGT------AGGT--AGTAAGGAAAGGGAGGTT---GAAAGGctactcagccgtttac
gi|14 : c--AGTAAAGAAAATGAGGTT---GAAAGGTT--------AGGAAGCGAAGAAGGAAAAG-G-AGATTGAAGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAG------------------TGAAGGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTGAATAGGGAACA-TTTGGAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACGGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAATTTAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTTTAGTAATAATTGAACATTCCCCGA--AGAGATAATG-TAA------ATTTACGGCaaagtaaagaaaatgaggttgaaaggttaggaagcgaagaaggaaaaggagattgaagggttaagaggtgaaagtaggttgagaagtgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttgaatagggaacatttggagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaagtgaacggtgagatatgaacttgatgataaatggaaatttaaatgatgtaaattgaatacaagtgttttagtaataattgaacattccccgaagagataatgtaaatttacggc
gi|17 : cgaaagtatgtaggtagtaaggaaagggaggttgaaaggaaAAAAG------------------TGAAGGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAATGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGG-AGTTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTTCCTGAAAAGAGATAACGTTTC------ATACACGGCC
gi|22 : ATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTTATAACTGAACATTCCCCGA--AGTGATAACG-TAA------ATATACAGCggt
gi|21 : ATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTGA--AGTGATTACG-TAA------ATATACAGCC
gi|23 : GATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTGA--AGTGATTACG-TAA------ATACACAGCC
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGATCATTTGACAGTCACAGCTGAAGCTGCATTTAAAAACTTGAATAATACAGGGAAGTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCTTGTGTCGCACTATAATGAGTAAGGCCTTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA
Unaligned ( gi|16 ): GCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGATGGTTTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCCTGTGCCTCACTATAATGAGTAATGAGTAAGGCCTTAGGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): TGATTATTTAACACTCACAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGAGACAATTTATTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTCATTCATCCTGTGTTGCACTATAATGAGTAAGGCCTTTAGCCTTCTAAAGGACCCCTTATAAATTTCATGCATGGTTAATCATTGAAGTACAAATCAAGATGCAG
Unaligned ( gi|20 ): AATTATTTGGTAATTAAGGCTCACGCTGAACTAAAAAACATGTATAATATAGACATTTTTTTTACAAATTTACTTGCATGTCTTCATCCTT
Unaligned ( gi|24 ): TATGATTATTTGACAATCAAAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATGGATACG
Alignments
lowQualScore : 22 11111111 11 2222222222 11111 222222222222222 222222222222222222 1
lowQualScore : 66 4 0 55 7777 3 0 7 0 6666 44 3 7777 1 1 0 0 2 1 3 3 0 666 00 4 4 44444444 3 3 3 3 3 3 1 3 7777 7 3 77777 3 77777 22 44 555 4444444444 555 11111 3 6 1 55 222222222222222 444444444444444444 3 3 1 3 8 1 66 6 9 888888
lowQualScore : .. . . .. .... . . . . .... .. . .... . . . . . . . . . ... .. . . ........ . . . . . . . . .... . . ..... . ..... .. .. ... .......... ... ..... . . . .. ............... .................. . . . . . . .. . . ......
lowQualScore : 11 0 8 55 7777 1 7 2 8 5555 22 3 1111 0 3 7 3 9 0 3 3 4 444 99 0 0 55555555 6 6 3 3 3 3 0 3 1111 3 5 11111 1 77777 77 22 888 7777777777 888 66666 3 7 6 00 777777777777777 666666666666666666 3 3 0 3 0 9 77 0 2 888888
consensus : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
Reference ( family-4925 ) : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ANCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGGGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTNGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
gi|1 : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTACTATATTA-GACATTTCT-------GTAATTAATACAGGTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTA-ATAAGCCTATAGTCATGAG----------------GTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTTGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAG-TGATAAGTTGTTTGAGTGATAGGTATAA-GTAGTTAATAAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAAAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGAAGGTT---G-AAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTAAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGCTAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTAAATGTTAAATTGAACTGTGAGATATTAACTTGATGATTTA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGTATACAGGTGTTAGAGTAATAATTGAACATTCCCTG-AATAGAGAAAACA-TAA------AT
gi|10 : gattatttgacacttgcagctgaagctgcacttaaacacttgaataatatcgagacgattttttttacaaatttacttgcattaattttattcatcctgtgtcgcactataatgagtaaggccttaggccttcttaaggaccccttataaatttcatgcatggttaatcattcctatgaataggggtttgaagtacaaatcaagatgcaggggagtaaaggggccccttaaagttacattacacaggaatacttgtggaaaatagaaaatattgtcaCCATGTAATAAATCTTACA--ATATT-TCTA---AGAATATTTATTGCATCCTAC----AGAATGGCTATGCTAAGAACTTCTTAATAAAAGTATTTAATTCATCTATTAAAACTA--C----AAACACTTATACTTGTAT-GTA----TACAATC---A-----ATGAAAGTGT-CAAGAACATAGAATTAAATTGATGGATGGTCATATTA-TATTGTACATCCTGGAGTGGGAGGGAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCAAACTTGGAAC--TGTCACATATATAGGGCACATACTTT-TT--------TTGT-AAA---A-----TGTTTGAGTGACAGGTATTATGCAGTTTATTAGTGACACTGGCCAATGAGAGA-ATAGG-ATTAATTACGGTAGGGTGATTAGAGAGTTTGAATATTGTGAGAGAGATGA--AACTGA-ATCAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAG-AAGATTGTAAAGTAAGGAAGTAT-----G-T-------GT--G--GTAAG
gi|11 : tgtaaAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAGA-A-AGG-AGTAATTA-GAT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGACAGGATTGAGTGATACAAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAATGGGAGGTT---GAAAGGTA--------A---AG-----AAGGAAAAA-GGAGATTGATAGGTTTAGAGGTTA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATGAGGAGAAGGAAAGTTAAATACGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTTATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAACTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTAAACATTCCCCG-AACCAAGAAAATG-GAA------CTATATGGCCta
gi|12 : CCATGTAATAATTCTTATG--ATATAATTTATAAATGAAAGTTAAT--ATTA----------AT----ATGTTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAAT-AATACAGTTATTAAGACTAGGT----ATATAATCA--CTTGAAT-ATA----ATCAACCCTAAGTTTTATCAAAGTGCCCAAGTAAATAAACTTAGAGTCATTGGGTGTTACAT-A-TGTTGTACATCCTAGACTGAAAGGAAATATTAGTGCCTGAATGTTTACTTA---ATAGTTCTGTAACA-A-ATTTGGTACATCCTGTATA--------ATGTAAAA-TGATAAGT-------------GGTATTA-ATAGTTAGTGACTCAAATTGACAAAGAAAAGACA-AGG-ATCAATTA-GGA----TGATTAGGGAGTTTTAATATTATGAGAGAGGTGAACGAATGATACTAAATATAGGCGGAGTTTGAGAAGAATGATTGTTAAATATGAACGTAT-----
gi|13 : tgtgtaaACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGCATGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AA-T--AAAGTAAGAAAAGAAAAGTTTGGGAAGGG----------A---AG-----AAGAAAAGA-GGAGATTGATGTGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTGAAATGATGT-AAATTGGATTCAAGTGTTTCAGTAATAATTGAACATTCCCAG-AA-AGAGATAATGTTAA------CTACTCAGCC
gi|14 : AAGTATGTAGGTAGT--AAGGAAAGGGAGGTTGAAAG--GAAAGTA-------------------------AAGAAAATG-AGGTT---GAAAGGTT--------AGGAAGCGAAGAAGGAAAAG-G-AGATTGAAGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTGAATAGGGAACA-TTTGGAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACGGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAATTTAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTTTAGTAATAATTGAACATTCCCCG--A-AGAGATAATG-TAA------ATTTACGGCgtttac
gi|17 : cgaAAAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAATGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGG-AGTTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTTCCTGAAA-AGAGATAACGTTTC------ATACACGGCC
gi|19 : TATTTAAT--ATTGTAC----TATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTAATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTATAT-ATA----ATCAATC-----------CAAAGTGCACAAGTAGATAAGATAAGAGTCCTTGGGTGTCACAT-AGTGTTGTggt
gi|2 : CCATGTAATAATTCTTATA--ACATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTTAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGGCTAGAT----AGATAATCA--CGTGTATTATA----ATCAATCCTAAGTTTTATTAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAAAGTCATGGGGTGTTACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATAATAGCACCAGAATGTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTATTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTTTTTA-GGT----TGATTAGGGAGTTAAAAGTATACGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGTACCG-T-----AGGT--A--GTAAGGAAAGGGAGGTT---GAAAGGTTAGGAAGTGA---AGT----AAGGAATAG-G-AGGTTGAAAGGTTAGGAAGTGAAGAAGGAAAGAGGAGATTGATGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTTAAGATAGTTAGGATATAAGGATAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTGATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAAATAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATACCCCG-AA-AGAGATAACGTTTC------ATACACAGCC
gi|21 : gtaaATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATATACAGCCggt
gi|22 : ATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTTATAACTGAACATTCCCCG--A-AGTGATAACG-TAA------ATATACAGC
gi|23 : GATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATACACAGCC
gi|25 : CCATGTAATAATTCTTATATTATATT-TTCATGAATAATATTT
gi|3 : tgtaaCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTAATGAATAATATTTAAT--ATTATAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGTCAAAAGTAATTAAAACAGTTATTAAGACTAAAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCACTCCCAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCTTACAGTCATGAGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGAAAGAAAATATTAGTGCCAGAATATTTGCATA---GTAGTTCTGTCCGA-A-ACTTGGTACATCCTGTATAATGACATTATGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTGAGTGAATGAAACTGACCAATGAAACA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGACTAGGATGTTTAAAGATTATGAGAGATATGATTGCATGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGATTGTGAAATA-GGAAGT-T-----GAA-----AGGTTAA--GTAAGGAAAATGAGGTT---GAAAGGTTAAGAAGGGA---AGT----AAGAGAAAT-G-AGATTGAATGGTTAAGAAATCA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTTAA------------------GGTGAAGATAGTTGAGAAATAAGGAGAAGAAAAG--AAATAGGAAACG-TTTGAAGTGAAGGAGAATTA-AGAGGTTAGTGTTAAAGTGAATTGAAAGATATGAAATTGATGATCAA-GTTGATATTAAAATAATGA-AAATTGGATATAAGTGTTATAGTATTAAATGAACTTTCCCCA-AA-GAAGA
gi|4 : ttgtgtaaCCATATAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATCAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTCAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGACAAGTTGTTTGAGTGATTGGTATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-TTACTAAGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGATT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAGAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAATTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGATGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGATATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAACG-TAA------ATATATGGCCc
gi|5 : TACCATATTA-GAA-TTTAT-T-----GTAATTAATACAGTTATTAAGATTAGAT----GAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTAAGTTTTATCAATGTGTGCAAGTAAATAAGTTTATAGTCATGAGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATAAGTGCTAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGGGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAATTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-A-AGAGTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------AGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATCAAAATGATGT-AAATTGAATTCAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGATTACG-TAA------ATAa
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACATACCATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAATTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGATCTATAAATAATTA--CTTCTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGACTGGAAGGAAATATTAGTACCAGAATGTTTT--CA---GTATT--TG
gi|6 : gtaaA--ATGTT-TTCA------GTATTTGAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTTTGTCAAAAGCAATTAATACAGCTATTAAGACTAGAT----AAATATTCA--CTTATAT-ATATATAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTGTTACAT-A-TGTCGTACATCCTGAGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAG---GTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATG--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGAATTA-TTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTC-GGT----TGATTAGGGAGTTCAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGAAACTACATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAAAGTGTGAAATATGGAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAAGGAAGTT---GAAAGG-T--------G---AG-----AAGGAAAAAGG-AGATTGATGGatattgtaccatattgctatattagaagtttttgtcaaaagcaattaatacagctattaagactagataaatattcacttatatatatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgttacatatgtcgtacatcctgagctggaaggaaatattagtgccaggtttgcataatagtctgtcacaaattgggtacatcctgtatggtgtaaatgataagttgtttgagtgatgggaattattagttaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattcggttgattagggagttcaaagattatgagagagatgattgagtgaaactacatatgggaggagtttgagaagaaaaagtgtgaaatatggaagtatgtaggtagtaagaaaaaggaagttgaaaggtgagaaggaaaaaggagattgatgg
gi|7 : gtaaccatgtaataattcttataatatttttatgaataatatttaatattgtacataccattttgctatattagaagtttctgtcaaaattaattaatacagttattaagactagatctataaataattacttctatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgtcacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtaccag----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGCATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGC----TG-CTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGACGATTGAGAGATACTAAATATGGGAGAAGTCTGAGAAGAAAGAGAGTGAAATATGAGAGTAT-----G-T-----ATGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAC-G-AGATTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATATTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAATG-TAA------
gi|8 : TGCTATGTTA-CAAGTTCCTGTTAAAAGTAATTGACACAGTTGTTAAGACTA--T----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATGAGTCCTAAGTTTGATAGAAATGTCCAAGAAGATAGGCTTAAAGTCATGGGGTGTCACAT-A-TGTTGTACATCCTGAACTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGTAAA---GT--TC-TGTCACA-T-ATTGAGTACATCCTGTGTA--------TTGT-AAAATAATAAGCTGTT-GAATGATAAGTATAA-GTAGTTAGTGACTGAAACTGACAAATGAAAGA-A-AGGGATTTAAAA-GGA----TGATTAAGGAGTTTAAATATTGTGAGAGA--TGATTGAATTA-ATTAAATATGGGAGGAGTTTTAGAAGAAAGATTGTGAAATATTTAAGTAT-----G-T-----AGGA--A--GTAAGAAAAAGGATGTT---GAAAGGTG--------A---AGT----GAGAGAAAG-G-AGGTTGAACAGTTAAGAAGTGA--AAG---------------TAGATTGAGAAGTTAA------------------GATTAAGATAGTTAGGAAATAAGAAGAAATAAAGTGAAATAGGAAATAGTTTAAGGTGAAGGAGAATTAGAGGAGTTATTATAAACAAGAATGGTTAGAAATGAACTAGATGATTAAGAT-GAAGTTAAAATGATGA-AAATTGGATATAAGTGTTGCAGTATTAAATAGACATTCCCC--AA-AAAGATA
gi|9 : T-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTA----AGTTATTA-----AGAT----AAATGATAA--GTTGTta
gi|9 : T-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAATTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGATTAGGGAATTTAAAGATTATGAGAAAGATGATTGAGTGAAACTAAATATGGGAGTAGTTTCAGAAGAAACAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAAAAGGAGGTT---GAAAGGGA--------A---AAT----AATGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAATGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAAGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATAGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGA-AAGG-TAATGTTTCATATACGGCCttgagtgatgggtattagtaattaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattaggttgattagggaatttaaagattatgagaaagatgattgagtgaaactaaatatgggagtagtttcagaagaaacagtgtgaaatatgaaagtatgtaggttaagtaagaaaaaggaggttgaaagggaaaataatgaaaaagagattgaggggttaagaggtgaaagtaggttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaataaggaacatttgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagatatgaactggatgattaaatagaaattaaaatgatgtaaattggatacaagtgttatagtaataactgaacattccccgaataaagaaaggtaatgtttcatatacggccgg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGATCATTTGACAGTCACAGCTGAAGCTGCATTTAAAAACTTGAATAATACAGGGAAGTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCTTGTGTCGCACTATAATGAGTAAGGCCTTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA
Unaligned ( gi|16 ): GCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGATGGTTTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCCTGTGCCTCACTATAATGAGTAATGAGTAAGGCCTTAGGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): TGATTATTTAACACTCACAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGAGACAATTTATTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTCATTCATCCTGTGTTGCACTATAATGAGTAAGGCCTTTAGCCTTCTAAAGGACCCCTTATAAATTTCATGCATGGTTAATCATTGAAGTACAAATCAAGATGCAG
Unaligned ( gi|20 ): AATTATTTGGTAATTAAGGCTCACGCTGAACTAAAAAACATGTATAATATAGACATTTTTTTTACAAATTTACTTGCATGTCTTCATCCTT
Unaligned ( gi|24 ): TATGATTATTTGACAATCAAAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATGGATACG
Alignments
lowQualScore : 22 11111111 11 2222222222 11111 222222222222222 222222222222222222 1
lowQualScore : 66 4 0 55 7777 3 0 7 0 6666 44 3 7777 1 1 0 0 2 1 0 3 3 3 0 666 00 4 4 44444444 3 3 3 3 3 3 1 3 7777 7 3 77777 3 77777 22 44 555 4444444444 555 11111 3 6 1 55 222222222222222 444444444444444444 3 3 1 3 8 66 6 9 888888
lowQualScore : .. . . .. .... . . . . .... .. . .... . . . . . . . . . . . ... .. . . ........ . . . . . . . . .... . . ..... . ..... .. .. ... .......... ... ..... . . . .. ............... .................. . . . . . .. . . ......
lowQualScore : 11 0 8 55 7777 1 7 2 8 5555 22 3 1111 8 3 7 3 9 0 1 3 3 3 4 444 99 0 0 55555555 6 6 3 3 3 3 0 3 1111 3 5 11111 1 77777 77 22 888 7777777777 888 66666 3 7 6 00 777777777777777 666666666666666666 3 3 2 3 0 77 0 2 888888
consensus : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
Reference ( family-4925 ) : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
gi|1 : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTACTATATTA-GACATTTCT-------GTAATTAATACAGGTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTA-ATAAGCCTATAGTCATGAG-----------------GTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTTGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAG-TGATAAGTTGTTTGAGTGATAGGTATAA-GTAGTTAATAAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAAAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGAAGGTT---G-AAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTAAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGCTAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTAAATGTTAAATTGAACTGTGAGATATTAACTTGATGATTTA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGTATACAGGTGTTAGAGTAATAATTGAACATTCCCTG-AATAGAGAAAACA-TAA------AT
gi|10 : gattatttgacacttgcagctgaagctgcacttaaacacttgaataatatcgagacgattttttttacaaatttacttgcattaattttattcatcctgtgtcgcactataatgagtaaggccttaggccttcttaaggaccccttataaatttcatgcatggttaatcattcctatgaataggggtttgaagtacaaatcaagatgcaggggagtaaaggggccccttaaagttacattacacaggaatacttgtggaaaatagaaaatattgtcaCCATGTAATAAATCTTACA--ATATT-TCTA---AGAATATTTATTGCATCCTAC----AGAATGGCTATGCTAAGAACTTCTTAATAAAAGTATTTAATTCATCTATTAAAACTA--C----AAACACTTATACTTGTAT-GTA----TACAATC---A-----ATGAAAGTGT-CAAGAACATAGAATTAAATTGATG-GATGGTCATATTA-TATTGTACATCCTGGAGTGGGAGGGAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCAAACTTGGAAC--TGTCACATATATAGGGCACATACTTT-TT--------TTGT-AAA---A-----TGTTTGAGTGACAGGTATTATGCAGTTTATTAGTGACACTGGCCAATGAGAGA-ATAGG-ATTAATTACGGTAGGGTGATTAGAGAGTTTGAATATTGTGAGAGAGATGA--AACTGA-ATCAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAG-AAGATTGTAAAGTAAGGAAGTAT-----G-T-------GT--G--GTAAG
gi|11 : tgtaaAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAGA-A-AGG-AGTAATTA-GAT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGACAGGATTGAGTGATACAAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAATGGGAGGTT---GAAAGGTA--------A---AG-----AAGGAAAAA-GGAGATTGATAGGTTTAGAGGTTA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATGAGGAGAAGGAAAGTTAAATACGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTTATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAACTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTAAACATTCCCCG-AACCAAGAAAATG-GAA------CTATATGGCCta
gi|12 : CCATGTAATAATTCTTATG--ATATAATTTATAAATGAAAGTTAAT--ATTA----------AT----ATGTTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAAT-AATACAGTTATTAAGACTAGGT----ATATAATCA--CTTGAAT-ATA----ATCAACCCTAAGTTTTATCAAAGTGCCCAAGTAAATAAACTTAGAGTCATTGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTAGACTGAAAGGAAATATTAGTGCCTGAATGTTTACTTA---ATAGTTCTGTAACA-A-ATTTGGTACATCCTGTATA--------ATGTAAAA-TGATAAGT-------------GGTATTA-ATAGTTAGTGACTCAAATTGACAAAGAAAAGACA-AGG-ATCAATTA-GGA----TGATTAGGGAGTTTTAATATTATGAGAGAGGTGAACGAATGATACTAAATATAGGCGGAGTTTGAGAAGAATGATTGTTAAATATGAACGTAT-----
gi|13 : tgtgtaaACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGCATGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AA-T--AAAGTAAGAAAAGAAAAGTTTGGGAAGGG----------A---AG-----AAGAAAAGA-GGAGATTGATGTGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTGAAATGATGT-AAATTGGATTCAAGTGTTTCAGTAATAATTGAACATTCCCAG-AA-AGAGATAATGTTAA------CTACTCAGCC
gi|14 : AAGTATGTAGGTAGT--AAGGAAAGGGAGGTTGAAAG--GAAAGTA-------------------------AAGAAAATG-AGGTT---GAAAGGTT--------AGGAAGCGAAGAAGGAAAAG-G-AGATTGAAGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTGAATAGGGAACA-TTTGGAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACGGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAATTTAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTTTAGTAATAATTGAACATTCCCCG--A-AGAGATAATG-TAA------ATTTACGGCgtttac
gi|17 : cgaAAAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAATGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGG-AGTTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTTCCTGAAA-AGAGATAACGTTTC------ATACACGGCC
gi|19 : TATTTAAT--ATTGTAC----TATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTAATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTATAT-ATA----ATCAATC-----------CAAAGTGCACAAGTAGATAAGATAAGAGTCCTTGGGTG-TCACAT-AGTGTTGTggt
gi|2 : CCATGTAATAATTCTTATA--ACATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTTAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGGCTAGAT----AGATAATCA--CGTGTATTATA----ATCAATCCTAAGTTTTATTAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAAAGTCATGGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATAATAGCACCAGAATGTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTATTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTTTTTA-GGT----TGATTAGGGAGTTAAAAGTATACGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGTACCG-T-----AGGT--A--GTAAGGAAAGGGAGGTT---GAAAGGTTAGGAAGTGA---AGT----AAGGAATAG-G-AGGTTGAAAGGTTAGGAAGTGAAGAAGGAAAGAGGAGATTGATGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTTAAGATAGTTAGGATATAAGGATAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTGATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAAATAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATACCCCG-AA-AGAGATAACGTTTC------ATACACAGCC
gi|21 : gtaaATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATATACAGCCggt
gi|22 : ATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTTATAACTGAACATTCCCCG--A-AGTGATAACG-TAA------ATATACAGC
gi|23 : GATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATACACAGCC
gi|25 : CCATGTAATAATTCTTATATTATATT-TTCATGAATAATATTT
gi|3 : tgtaaCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTAATGAATAATATTTAAT--ATTATAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGTCAAAAGTAATTAAAACAGTTATTAAGACTAAAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCACTCCCAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCTTACAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGAAAGAAAATATTAGTGCCAGAATATTTGCATA---GTAGTTCTGTCCGA-A-ACTTGGTACATCCTGTATAATGACATTATGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTGAGTGAATGAAACTGACCAATGAAACA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGACTAGGATGTTTAAAGATTATGAGAGATATGATTGCATGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGATTGTGAAATA-GGAAGT-T-----GAA-----AGGTTAA--GTAAGGAAAATGAGGTT---GAAAGGTTAAGAAGGGA---AGT----AAGAGAAAT-G-AGATTGAATGGTTAAGAAATCA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTTAA------------------GGTGAAGATAGTTGAGAAATAAGGAGAAGAAAAG--AAATAGGAAACG-TTTGAAGTGAAGGAGAATTA-AGAGGTTAGTGTTAAAGTGAATTGAAAGATATGAAATTGATGATCAA-GTTGATATTAAAATAATGA-AAATTGGATATAAGTGTTATAGTATTAAATGAACTTTCCCCA-AA-GAAGA
gi|4 : ttgtgtaaCCATATAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATCAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTCAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGACAAGTTGTTTGAGTGATTGGTATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-TTACTAAGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGATT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAGAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAATTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGATGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGATATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAACG-TAA------ATATATGGCCc
gi|5 : TACCATATTA-GAA-TTTAT-T-----GTAATTAATACAGTTATTAAGATTAGAT----GAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTAAGTTTTATCAATGTGTGCAAGTAAATAAGTTTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATAAGTGCTAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGGGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAATTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-A-AGAGTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------AGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATCAAAATGATGT-AAATTGAATTCAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGATTACG-TAA------ATAa
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACATACCATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAATTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGATCTATAAATAATTA--CTTCTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGACTGGAAGGAAATATTAGTACCAGAATGTTTT--CA---GTATT--TG
gi|6 : gtaaA--ATGTT-TTCA------GTATTTGAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTTTGTCAAAAGCAATTAATACAGCTATTAAGACTAGAT----AAATATTCA--CTTATAT-ATATATAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTG-TTACAT-A-TGTCGTACATCCTGAGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAG---GTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATG--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGAATTA-TTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTC-GGT----TGATTAGGGAGTTCAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGAAACTACATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAAAGTGTGAAATATGGAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAAGGAAGTT---GAAAGG-T--------G---AG-----AAGGAAAAAGG-AGATTGATGGatattgtaccatattgctatattagaagtttttgtcaaaagcaattaatacagctattaagactagataaatattcacttatatatatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgttacatatgtcgtacatcctgagctggaaggaaatattagtgccaggtttgcataatagtctgtcacaaattgggtacatcctgtatggtgtaaatgataagttgtttgagtgatgggaattattagttaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattcggttgattagggagttcaaagattatgagagagatgattgagtgaaactacatatgggaggagtttgagaagaaaaagtgtgaaatatggaagtatgtaggtagtaagaaaaaggaagttgaaaggtgagaaggaaaaaggagattgatgg
gi|7 : gtaaccatgtaataattcttataatatttttatgaataatatttaatattgtacataccattttgctatattagaagtttctgtcaaaattaattaatacagttattaagactagatctataaataattacttctatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgtcacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtaccag----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGCATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGC----TG-CTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGACGATTGAGAGATACTAAATATGGGAGAAGTCTGAGAAGAAAGAGAGTGAAATATGAGAGTAT-----G-T-----ATGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAC-G-AGATTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATATTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAATG-TAA------
gi|8 : TGCTATGTTA-CAAGTTCCTGTTAAAAGTAATTGACACAGTTGTTAAGACTA--T----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATGAGTCCTAAGTTTGATAGAAATGTCCAAGAAGATAGGCTTAAAGTCATGGGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGAACTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGTAAA---GT--TC-TGTCACA-T-ATTGAGTACATCCTGTGTA--------TTGT-AAAATAATAAGCTGTT-GAATGATAAGTATAA-GTAGTTAGTGACTGAAACTGACAAATGAAAGA-A-AGGGATTTAAAA-GGA----TGATTAAGGAGTTTAAATATTGTGAGAGA--TGATTGAATTA-ATTAAATATGGGAGGAGTTTTAGAAGAAAGATTGTGAAATATTTAAGTAT-----G-T-----AGGA--A--GTAAGAAAAAGGATGTT---GAAAGGTG--------A---AGT----GAGAGAAAG-G-AGGTTGAACAGTTAAGAAGTGA--AAG---------------TAGATTGAGAAGTTAA------------------GATTAAGATAGTTAGGAAATAAGAAGAAATAAAGTGAAATAGGAAATAGTTTAAGGTGAAGGAGAATTAGAGGAGTTATTATAAACAAGAATGGTTAGAAATGAACTAGATGATTAAGAT-GAAGTTAAAATGATGA-AAATTGGATATAAGTGTTGCAGTATTAAATAGACATTCCCC--AA-AAAGATA
gi|9 : T-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTA----AGTTATTA-----AGAT----AAATGATAA--GTTGTta
gi|9 : T-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAATTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGATTAGGGAATTTAAAGATTATGAGAAAGATGATTGAGTGAAACTAAATATGGGAGTAGTTTCAGAAGAAACAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAAAAGGAGGTT---GAAAGGGA--------A---AAT----AATGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAATGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAAGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATAGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGA-AAGG-TAATGTTTCATATACGGCCttgagtgatgggtattagtaattaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattaggttgattagggaatttaaagattatgagaaagatgattgagtgaaactaaatatgggagtagtttcagaagaaacagtgtgaaatatgaaagtatgtaggttaagtaagaaaaaggaggttgaaagggaaaataatgaaaaagagattgaggggttaagaggtgaaagtaggttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaataaggaacatttgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagatatgaactggatgattaaatagaaattaaaatgatgtaaattggatacaagtgttatagtaataactgaacattccccgaataaagaaaggtaatgtttcatatacggccgg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGATCATTTGACAGTCACAGCTGAAGCTGCATTTAAAAACTTGAATAATACAGGGAAGTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCTTGTGTCGCACTATAATGAGTAAGGCCTTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA
Unaligned ( gi|16 ): GCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGATGGTTTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCCTGTGCCTCACTATAATGAGTAATGAGTAAGGCCTTAGGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): TGATTATTTAACACTCACAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGAGACAATTTATTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTCATTCATCCTGTGTTGCACTATAATGAGTAAGGCCTTTAGCCTTCTAAAGGACCCCTTATAAATTTCATGCATGGTTAATCATTGAAGTACAAATCAAGATGCAG
Unaligned ( gi|20 ): AATTATTTGGTAATTAAGGCTCACGCTGAACTAAAAAACATGTATAATATAGACATTTTTTTTACAAATTTACTTGCATGTCTTCATCCTT
Unaligned ( gi|24 ): TATGATTATTTGACAATCAAAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATGGATACG
Alignments
lowQualScore : 22 11111111 11 2222222222 11111 222222222222222 222222222222222222 1
lowQualScore : 66 4 0 55 7777 3 0 7 0 6666 44 3 7777 1 1 0 0 2 1 0 3 3 3 0 666 00 4 4 44444444 3 3 3 3 3 3 1 3 7777 7 3 77777 3 77777 22 44 555 4444444444 555 11111 3 6 1 55 222222222222222 444444444444444444 3 3 1 3 8 66 6 9 888888
lowQualScore : .. . . .. .... . . . . .... .. . .... . . . . . . . . . . . ... .. . . ........ . . . . . . . . .... . . ..... . ..... .. .. ... .......... ... ..... . . . .. ............... .................. . . . . . .. . . ......
lowQualScore : 11 0 8 55 7777 1 7 2 8 5555 22 3 1111 8 3 7 3 9 0 1 3 3 3 4 444 99 0 0 55555555 6 6 3 3 3 3 0 3 1111 3 5 11111 1 77777 77 22 888 7777777777 888 66666 3 7 6 00 777777777777777 666666666666666666 3 3 2 3 0 77 0 2 888888
consensus : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
Reference ( family-4925 ) : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
gi|1 : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTACTATATTA-GACATTTCT-------GTAATTAATACAGGTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTA-ATAAGCCTATAGTCATGAG-----------------GTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTTGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAG-TGATAAGTTGTTTGAGTGATAGGTATAA-GTAGTTAATAAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAAAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGAAGGTT---G-AAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTAAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGCTAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTAAATGTTAAATTGAACTGTGAGATATTAACTTGATGATTTA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGTATACAGGTGTTAGAGTAATAATTGAACATTCCCTG-AATAGAGAAAACA-TAA------AT
gi|10 : gattatttgacacttgcagctgaagctgcacttaaacacttgaataatatcgagacgattttttttacaaatttacttgcattaattttattcatcctgtgtcgcactataatgagtaaggccttaggccttcttaaggaccccttataaatttcatgcatggttaatcattcctatgaataggggtttgaagtacaaatcaagatgcaggggagtaaaggggccccttaaagttacattacacaggaatacttgtggaaaatagaaaatattgtcaCCATGTAATAAATCTTACA--ATATT-TCTA---AGAATATTTATTGCATCCTAC----AGAATGGCTATGCTAAGAACTTCTTAATAAAAGTATTTAATTCATCTATTAAAACTA--C----AAACACTTATACTTGTAT-GTA----TACAATC---A-----ATGAAAGTGT-CAAGAACATAGAATTAAATTGATG-GATGGTCATATTA-TATTGTACATCCTGGAGTGGGAGGGAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCAAACTTGGAAC--TGTCACATATATAGGGCACATACTTT-TT--------TTGT-AAA---A-----TGTTTGAGTGACAGGTATTATGCAGTTTATTAGTGACACTGGCCAATGAGAGA-ATAGG-ATTAATTACGGTAGGGTGATTAGAGAGTTTGAATATTGTGAGAGAGATGA--AACTGA-ATCAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAG-AAGATTGTAAAGTAAGGAAGTAT-----G-T-------GT--G--GTAAG
gi|11 : tgtaaAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAGA-A-AGG-AGTAATTA-GAT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGACAGGATTGAGTGATACAAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAATGGGAGGTT---GAAAGGTA--------A---AG-----AAGGAAAAA-GGAGATTGATAGGTTTAGAGGTTA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATGAGGAGAAGGAAAGTTAAATACGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTTATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAACTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTAAACATTCCCCG-AACCAAGAAAATG-GAA------CTATATGGCCta
gi|12 : CCATGTAATAATTCTTATG--ATATAATTTATAAATGAAAGTTAAT--ATTA----------AT----ATGTTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAAT-AATACAGTTATTAAGACTAGGT----ATATAATCA--CTTGAAT-ATA----ATCAACCCTAAGTTTTATCAAAGTGCCCAAGTAAATAAACTTAGAGTCATTGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTAGACTGAAAGGAAATATTAGTGCCTGAATGTTTACTTA---ATAGTTCTGTAACA-A-ATTTGGTACATCCTGTATA--------ATGTAAAA-TGATAAGT-------------GGTATTA-ATAGTTAGTGACTCAAATTGACAAAGAAAAGACA-AGG-ATCAATTA-GGA----TGATTAGGGAGTTTTAATATTATGAGAGAGGTGAACGAATGATACTAAATATAGGCGGAGTTTGAGAAGAATGATTGTTAAATATGAACGTAT-----
gi|13 : tgtgtaaACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGCATGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AA-T--AAAGTAAGAAAAGAAAAGTTTGGGAAGGG----------A---AG-----AAGAAAAGA-GGAGATTGATGTGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTGAAATGATGT-AAATTGGATTCAAGTGTTTCAGTAATAATTGAACATTCCCAG-AA-AGAGATAATGTTAA------CTACTCAGCC
gi|14 : AAGTATGTAGGTAGT--AAGGAAAGGGAGGTTGAAAG--GAAAGTA-------------------------AAGAAAATG-AGGTT---GAAAGGTT--------AGGAAGCGAAGAAGGAAAAG-G-AGATTGAAGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTGAATAGGGAACA-TTTGGAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACGGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAATTTAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTTTAGTAATAATTGAACATTCCCCG--A-AGAGATAATG-TAA------ATTTACGGCgtttac
gi|17 : cgaAAAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAATGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGG-AGTTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTTCCTGAAA-AGAGATAACGTTTC------ATACACGGCC
gi|19 : TATTTAAT--ATTGTAC----TATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTAATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTATAT-ATA----ATCAATC-----------CAAAGTGCACAAGTAGATAAGATAAGAGTCCTTGGGTG-TCACAT-AGTGTTGTggt
gi|2 : CCATGTAATAATTCTTATA--ACATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTTAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGGCTAGAT----AGATAATCA--CGTGTATTATA----ATCAATCCTAAGTTTTATTAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAAAGTCATGGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATAATAGCACCAGAATGTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTATTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTTTTTA-GGT----TGATTAGGGAGTTAAAAGTATACGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGTACCG-T-----AGGT--A--GTAAGGAAAGGGAGGTT---GAAAGGTTAGGAAGTGA---AGT----AAGGAATAG-G-AGGTTGAAAGGTTAGGAAGTGAAGAAGGAAAGAGGAGATTGATGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTTAAGATAGTTAGGATATAAGGATAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTGATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAAATAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATACCCCG-AA-AGAGATAACGTTTC------ATACACAGCC
gi|21 : gtaaATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATATACAGCCggt
gi|22 : ATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTTATAACTGAACATTCCCCG--A-AGTGATAACG-TAA------ATATACAGC
gi|23 : GATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATACACAGCC
gi|25 : CCATGTAATAATTCTTATATTATATT-TTCATGAATAATATTT
gi|3 : tgtaaCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTAATGAATAATATTTAAT--ATTATAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGTCAAAAGTAATTAAAACAGTTATTAAGACTAAAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCACTCCCAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCTTACAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGAAAGAAAATATTAGTGCCAGAATATTTGCATA---GTAGTTCTGTCCGA-A-ACTTGGTACATCCTGTATAATGACATTATGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTGAGTGAATGAAACTGACCAATGAAACA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGACTAGGATGTTTAAAGATTATGAGAGATATGATTGCATGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGATTGTGAAATA-GGAAGT-T-----GAA-----AGGTTAA--GTAAGGAAAATGAGGTT---GAAAGGTTAAGAAGGGA---AGT----AAGAGAAAT-G-AGATTGAATGGTTAAGAAATCA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTTAA------------------GGTGAAGATAGTTGAGAAATAAGGAGAAGAAAAG--AAATAGGAAACG-TTTGAAGTGAAGGAGAATTA-AGAGGTTAGTGTTAAAGTGAATTGAAAGATATGAAATTGATGATCAA-GTTGATATTAAAATAATGA-AAATTGGATATAAGTGTTATAGTATTAAATGAACTTTCCCCA-AA-GAAGA
gi|4 : ttgtgtaaCCATATAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATCAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTCAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGACAAGTTGTTTGAGTGATTGGTATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-TTACTAAGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGATT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAGAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAATTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGATGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGATATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAACG-TAA------ATATATGGCCc
gi|5 : TACCATATTA-GAA-TTTAT-T-----GTAATTAATACAGTTATTAAGATTAGAT----GAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTAAGTTTTATCAATGTGTGCAAGTAAATAAGTTTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATAAGTGCTAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGGGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAATTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-A-AGAGTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------AGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATCAAAATGATGT-AAATTGAATTCAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGATTACG-TAA------ATAa
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACATACCATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAATTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGATCTATAAATAATTA--CTTCTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGACTGGAAGGAAATATTAGTACCAGAATGTTTT--CA---GTATT--TG
gi|6 : gtaaA--ATGTT-TTCA------GTATTTGAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTTTGTCAAAAGCAATTAATACAGCTATTAAGACTAGAT----AAATATTCA--CTTATAT-ATATATAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTG-TTACAT-A-TGTCGTACATCCTGAGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAG---GTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATG--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGAATTA-TTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTC-GGT----TGATTAGGGAGTTCAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGAAACTACATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAAAGTGTGAAATATGGAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAAGGAAGTT---GAAAGG-T--------G---AG-----AAGGAAAAAGG-AGATTGATGGatattgtaccatattgctatattagaagtttttgtcaaaagcaattaatacagctattaagactagataaatattcacttatatatatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgttacatatgtcgtacatcctgagctggaaggaaatattagtgccaggtttgcataatagtctgtcacaaattgggtacatcctgtatggtgtaaatgataagttgtttgagtgatgggaattattagttaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattcggttgattagggagttcaaagattatgagagagatgattgagtgaaactacatatgggaggagtttgagaagaaaaagtgtgaaatatggaagtatgtaggtagtaagaaaaaggaagttgaaaggtgagaaggaaaaaggagattgatgg
gi|7 : gtaaccatgtaataattcttataatatttttatgaataatatttaatattgtacataccattttgctatattagaagtttctgtcaaaattaattaatacagttattaagactagatctataaataattacttctatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgtcacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtaccag----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGCATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGC----TG-CTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGACGATTGAGAGATACTAAATATGGGAGAAGTCTGAGAAGAAAGAGAGTGAAATATGAGAGTAT-----G-T-----ATGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAC-G-AGATTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATATTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAATG-TAA------
gi|8 : TGCTATGTTA-CAAGTTCCTGTTAAAAGTAATTGACACAGTTGTTAAGACTA--T----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATGAGTCCTAAGTTTGATAGAAATGTCCAAGAAGATAGGCTTAAAGTCATGGGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGAACTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGTAAA---GT--TC-TGTCACA-T-ATTGAGTACATCCTGTGTA--------TTGT-AAAATAATAAGCTGTT-GAATGATAAGTATAA-GTAGTTAGTGACTGAAACTGACAAATGAAAGA-A-AGGGATTTAAAA-GGA----TGATTAAGGAGTTTAAATATTGTGAGAGA--TGATTGAATTA-ATTAAATATGGGAGGAGTTTTAGAAGAAAGATTGTGAAATATTTAAGTAT-----G-T-----AGGA--A--GTAAGAAAAAGGATGTT---GAAAGGTG--------A---AGT----GAGAGAAAG-G-AGGTTGAACAGTTAAGAAGTGA--AAG---------------TAGATTGAGAAGTTAA------------------GATTAAGATAGTTAGGAAATAAGAAGAAATAAAGTGAAATAGGAAATAGTTTAAGGTGAAGGAGAATTAGAGGAGTTATTATAAACAAGAATGGTTAGAAATGAACTAGATGATTAAGAT-GAAGTTAAAATGATGA-AAATTGGATATAAGTGTTGCAGTATTAAATAGACATTCCCC--AA-AAAGATA
gi|9 : T-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTA----AGTTATTA-----AGAT----AAATGATAA--GTTGTta
gi|9 : T-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAATTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGATTAGGGAATTTAAAGATTATGAGAAAGATGATTGAGTGAAACTAAATATGGGAGTAGTTTCAGAAGAAACAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAAAAGGAGGTT---GAAAGGGA--------A---AAT----AATGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAATGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAAGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATAGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGA-AAGG-TAATGTTTCATATACGGCCttgagtgatgggtattagtaattaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattaggttgattagggaatttaaagattatgagaaagatgattgagtgaaactaaatatgggagtagtttcagaagaaacagtgtgaaatatgaaagtatgtaggttaagtaagaaaaaggaggttgaaagggaaaataatgaaaaagagattgaggggttaagaggtgaaagtaggttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaataaggaacatttgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagatatgaactggatgattaaatagaaattaaaatgatgtaaattggatacaagtgttatagtaataactgaacattccccgaataaagaaaggtaatgtttcatatacggccgg
blockSeqs : TT A GC ATAC A T CTAT TA T TATA A A C A G T G CTT TC T T ATGACATT A A T C T G A C AGGG A T GTACC A TACTA TA AA TGG TTAGGAAGTG GGA CGAAG G G T AG GAAAGAGGAGATTGA AGTAGGTTGAGAAGTGAA G G G G T AA C T TGTTTC
blockSeqs : . . . . . C . . . . T A A G . . . . TC . . . . . . . . . A . . A T . . . TA . . TTAAGAAGGG . T . G T . . . . . G . T A T T .
blockSeqs : . . . . . C . . . . T A G G . . . . C . . . . . . . . . A . . A T . . . TA . . TA . T . . A . . . . . T . T A T T .
blockSeqs : . . . . . T . . . . T C G A . . . . C . . . . . . . . . T . . A T . . . . . . TT . T . . A . . . . . G . . A T . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . T A A C . . . . C . . . . . . . . . A . . A T . . . . . . TT . T . . A . . . . . T . . A T . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . A A A T . . . . . . . . . . . . . . C . . A T . . . . . . TT . T . . G . . . . . T . . A . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . A A A T . . . . . . . . . . . . . . C . . A A . . . . . . TT . T . . G . . . . . T . . A . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . T T G G . . . . . . . . . . . . . . A . . A T . . . . . . TG . T . . T . . . . . T . . A . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . T A G G . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . GA . . . . G . . . . . T . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . A T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . A . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . T . G A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
finalCons : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGATCATTTGACAGTCACAGCTGAAGCTGCATTTAAAAACTTGAATAATACAGGGAAGTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCTTGTGTCGCACTATAATGAGTAAGGCCTTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA
Unaligned ( gi|16 ): GCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGATGGTTTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCCTGTGCCTCACTATAATGAGTAATGAGTAAGGCCTTAGGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): TGATTATTTAACACTCACAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGAGACAATTTATTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTCATTCATCCTGTGTTGCACTATAATGAGTAAGGCCTTTAGCCTTCTAAAGGACCCCTTATAAATTTCATGCATGGTTAATCATTGAAGTACAAATCAAGATGCAG
Unaligned ( gi|20 ): AATTATTTGGTAATTAAGGCTCACGCTGAACTAAAAAACATGTATAATATAGACATTTTTTTTACAAATTTACTTGCATGTCTTCATCCTT
Unaligned ( gi|24 ): TATGATTATTTGACAATCAAAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATGGATACG
Alignments
lowQualScore : 22 11111111 11 2222222222 11111 222222222222222 222222222222222222 1
lowQualScore : 66 4 0 55 7777 3 0 7 0 6666 44 3 7777 1 1 0 0 2 1 0 3 3 3 0 666 00 4 4 44444444 3 3 3 3 3 3 1 3 7777 7 3 77777 3 77777 22 44 555 4444444444 555 11111 3 6 1 55 222222222222222 444444444444444444 3 3 1 3 8 66 6 9 888888
lowQualScore : .. . . .. .... . . . . .... .. . .... . . . . . . . . . . . ... .. . . ........ . . . . . . . . .... . . ..... . ..... .. .. ... .......... ... ..... . . . .. ............... .................. . . . . . .. . . ......
lowQualScore : 11 0 8 55 7777 1 7 2 8 5555 22 3 1111 8 3 7 3 9 0 1 3 3 3 4 444 99 0 0 55555555 6 6 3 3 3 3 0 3 1111 3 5 11111 1 77777 77 22 888 7777777777 888 66666 3 7 6 00 777777777777777 666666666666666666 3 3 2 3 0 77 0 2 888888
consensus : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
Reference ( family-4925 ) : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAGATAAGCTTANAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTNATTA-GGT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AA-AGAGATAACG-TAA------ATATACGGCC
gi|1 : CCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTACTATATTA-GACATTTCT-------GTAATTAATACAGGTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTA-ATAAGCCTATAGTCATGAG-----------------GTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTTGTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAG-TGATAAGTTGTTTGAGTGATAGGTATAA-GTAGTTAATAAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAAAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGAAGGTT---G-AAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTAAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGCTAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTAAATGTTAAATTGAACTGTGAGATATTAACTTGATGATTTA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGTATACAGGTGTTAGAGTAATAATTGAACATTCCCTG-AATAGAGAAAACA-TAA------AT
gi|10 : gattatttgacacttgcagctgaagctgcacttaaacacttgaataatatcgagacgattttttttacaaatttacttgcattaattttattcatcctgtgtcgcactataatgagtaaggccttaggccttcttaaggaccccttataaatttcatgcatggttaatcattcctatgaataggggtttgaagtacaaatcaagatgcaggggagtaaaggggccccttaaagttacattacacaggaatacttgtggaaaatagaaaatattgtcaCCATGTAATAAATCTTACA--ATATT-TCTA---AGAATATTTATTGCATCCTAC----AGAATGGCTATGCTAAGAACTTCTTAATAAAAGTATTTAATTCATCTATTAAAACTA--C----AAACACTTATACTTGTAT-GTA----TACAATC---A-----ATGAAAGTGT-CAAGAACATAGAATTAAATTGATG-GATGGTCATATTA-TATTGTACATCCTGGAGTGGGAGGGAATATTAGTGCCAGAATGTTTGCAAACTTGGAAC--TGTCACATATATAGGGCACATACTTT-TT--------TTGT-AAA---A-----TGTTTGAGTGACAGGTATTATGCAGTTTATTAGTGACACTGGCCAATGAGAGA-ATAGG-ATTAATTACGGTAGGGTGATTAGAGAGTTTGAATATTGTGAGAGAGATGA--AACTGA-ATCAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAG-AAGATTGTAAAGTAAGGAAGTAT-----G-T-------GT--G--GTAAG
gi|11 : tgtaaAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAATTGACCAATGAAAGA-A-AGG-AGTAATTA-GAT----TGATTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGACAGGATTGAGTGATACAAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAATGGGAGGTT---GAAAGGTA--------A---AG-----AAGGAAAAA-GGAGATTGATAGGTTTAGAGGTTA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATGAGGAGAAGGAAAGTTAAATACGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTTATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAACTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTAAACATTCCCCG-AACCAAGAAAATG-GAA------CTATATGGCCta
gi|12 : CCATGTAATAATTCTTATG--ATATAATTTATAAATGAAAGTTAAT--ATTA----------AT----ATGTTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAAT-AATACAGTTATTAAGACTAGGT----ATATAATCA--CTTGAAT-ATA----ATCAACCCTAAGTTTTATCAAAGTGCCCAAGTAAATAAACTTAGAGTCATTGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTAGACTGAAAGGAAATATTAGTGCCTGAATGTTTACTTA---ATAGTTCTGTAACA-A-ATTTGGTACATCCTGTATA--------ATGTAAAA-TGATAAGT-------------GGTATTA-ATAGTTAGTGACTCAAATTGACAAAGAAAAGACA-AGG-ATCAATTA-GGA----TGATTAGGGAGTTTTAATATTATGAGAGAGGTGAACGAATGATACTAAATATAGGCGGAGTTTGAGAAGAATGATTGTTAAATATGAACGTAT-----
gi|13 : tgtgtaaACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGCATGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AA-T--AAAGTAAGAAAAGAAAAGTTTGGGAAGGG----------A---AG-----AAGAAAAGA-GGAGATTGATGTGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGGAAATTGAAATGATGT-AAATTGGATTCAAGTGTTTCAGTAATAATTGAACATTCCCAG-AA-AGAGATAATGTTAA------CTACTCAGCC
gi|14 : AAGTATGTAGGTAGT--AAGGAAAGGGAGGTTGAAAG--GAAAGTA-------------------------AAGAAAATG-AGGTT---GAAAGGTT--------AGGAAGCGAAGAAGGAAAAG-G-AGATTGAAGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTGAATAGGGAACA-TTTGGAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACGGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAATTTAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTTTAGTAATAATTGAACATTCCCCG--A-AGAGATAATG-TAA------ATTTACGGCgtttac
gi|17 : cgaAAAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAAAATGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATGG-AGTTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTTCCTGAAA-AGAGATAACGTTTC------ATACACGGCC
gi|19 : TATTTAAT--ATTGTAC----TATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTAATACAGTAATTAAGACTAGAT----AAATAATCA--CTTATAT-ATA----ATCAATC-----------CAAAGTGCACAAGTAGATAAGATAAGAGTCCTTGGGTG-TCACAT-AGTGTTGTggt
gi|2 : CCATGTAATAATTCTTATA--ACATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTTAAAAGTAATTAATACAGTTATTAAGGCTAGAT----AGATAATCA--CGTGTATTATA----ATCAATCCTAAGTTTTATTAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAAAGTCATGGGGTG-TTACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATAATAGCACCAGAATGTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTATTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTTTTTA-GGT----TGATTAGGGAGTTAAAAGTATACGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTATGTACCG-T-----AGGT--A--GTAAGGAAAGGGAGGTT---GAAAGGTTAGGAAGTGA---AGT----AAGGAATAG-G-AGGTTGAAAGGTTAGGAAGTGAAGAAGGAAAGAGGAGATTGATGGGTTAAGAGGTGAAAGTAGGTTGAGAAGTGAAGGTTAAGATAGTTAGGATATAAGGATAAAGAAAGTTAAATAGGAAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTGATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGA-TAA-ATGGAAAATAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATACCCCG-AA-AGAGATAACGTTTC------ATACACAGCC
gi|21 : gtaaATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATATACAGCCggt
gi|22 : ATGATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTTATAACTGAACATTCCCCG--A-AGTGATAACG-TAA------ATATACAGC
gi|23 : GATGTTAAATTGGATAAAAGTGTTGTAGTAATAACTGAACATTCCCTG--A-AGTGATTACG-TAA------ATACACAGCC
gi|25 : CCATGTAATAATTCTTATATTATATT-TTCATGAATAATATTT
gi|3 : tgtaaCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTAATGAATAATATTTAAT--ATTATAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGTCAAAAGTAATTAAAACAGTTATTAAGACTAAAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATCACTCCCAAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCTTACAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGAAAGAAAATATTAGTGCCAGAATATTTGCATA---GTAGTTCTGTCCGA-A-ACTTGGTACATCCTGTATAATGACATTATGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAGTGAGTGAATGAAACTGACCAATGAAACA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGACTAGGATGTTTAAAGATTATGAGAGATATGATTGCATGATACTAAATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAGATTGTGAAATA-GGAAGT-T-----GAA-----AGGTTAA--GTAAGGAAAATGAGGTT---GAAAGGTTAAGAAGGGA---AGT----AAGAGAAAT-G-AGATTGAATGGTTAAGAAATCA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTTAA------------------GGTGAAGATAGTTGAGAAATAAGGAGAAGAAAAG--AAATAGGAAACG-TTTGAAGTGAAGGAGAATTA-AGAGGTTAGTGTTAAAGTGAATTGAAAGATATGAAATTGATGATCAA-GTTGATATTAAAATAATGA-AAATTGGATATAAGTGTTATAGTATTAAATGAACTTTCCCCA-AA-GAAGA
gi|4 : ttgtgtaaCCATATAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATCAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTCAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGGCTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGACAAGTTGTTTGAGTGATTGGTATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-TTACTAAGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGATT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAGAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTAAGGAAATAAGGAGAAAGAAATTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGATGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGATATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAACG-TAA------ATATATGGCCc
gi|5 : TACCATATTA-GAA-TTTAT-T-----GTAATTAATACAGTTATTAAGATTAGAT----GAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTAAGTTTTATCAATGTGTGCAAGTAAATAAGTTTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGGCTGGAAGGAAATATAAGTGCTAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGGGATGGGTATTA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGT----TG-TTAGGGAGTTTAAAGACTATGAGAGAGATGATTGAGTGATACTAAATATGGGAGGAGTCTGAGAAGAAAGAGTGTGAAATATGAAATTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAA-A-AGAGTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------AGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATCAAAATGATGT-AAATTGAATTCAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGATTACG-TAA------ATAa
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCCATGTAATAATTCTTATA--ATATT-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTACATACCATTTTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAATTAATTAATACAGTTATTAAGACTAGATCTATAAATAATTA--CTTCTAT-ATA----ATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGGACTGGAAGGAAATATTAGTACCAGAATGTTTT--CA---GTATT--TG
gi|6 : gtaaA--ATGTT-TTCA------GTATTTGAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTTTGTCAAAAGCAATTAATACAGCTATTAAGACTAGAT----AAATATTCA--CTTATAT-ATATATAATCAATCCTAAGTTTTATCAAAGTGCACAAGTAGATAAGCTCAGAGTCATGAGGTG-TTACAT-A-TGTCGTACATCCTGAGCTGGAAGGAAATATTAGTGCCAG---GTTTGCATA---ATAGTC-TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATG--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGAATTA-TTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTC-GGT----TGATTAGGGAGTTCAAAGATTATGAGAGAGATGATTGAGTGAAACTACATATGGGAGGAGTTTGAGAAGAAAAAGTGTGAAATATGGAAGTAT-----G-T-----AGGT--A--GTAAGAAAAAGGAAGTT---GAAAGG-T--------G---AG-----AAGGAAAAAGG-AGATTGATGGatattgtaccatattgctatattagaagtttttgtcaaaagcaattaatacagctattaagactagataaatattcacttatatatatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgttacatatgtcgtacatcctgagctggaaggaaatattagtgccaggtttgcataatagtctgtcacaaattgggtacatcctgtatggtgtaaatgataagttgtttgagtgatgggaattattagttaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattcggttgattagggagttcaaagattatgagagagatgattgagtgaaactacatatgggaggagtttgagaagaaaaagtgtgaaatatggaagtatgtaggtagtaagaaaaaggaagttgaaaggtgagaaggaaaaaggagattgatgg
gi|7 : gtaaccatgtaataattcttataatatttttatgaataatatttaatattgtacataccattttgctatattagaagtttctgtcaaaattaattaatacagttattaagactagatctataaataattacttctatataatcaatcctaagttttatcaaagtgcacaagtagataagctcagagtcatgaggtgtcacatatgttgtacatcctggactggaaggaaatattagtaccag----CATATTGCTATATTA-GAAATTTCTGT-------AATTAATACAGTTATTATGATTAGAT----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----AACAATCCTTAGTTTTATCAAAGCGTACAAGTAAATAAGCCTATAGTCATGAGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCTTGGACTGGAAGGAAATATTATTGCCAGAATGTTTGCACA---GTAGT--TGTCACA-A-ATTGGGTACATCCTGTATA--------GTGT-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGCATAA-GTAGTTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTCATTA-GGC----TG-CTAGGGAGTTTAAAGATTATGAGAGAGACGATTGAGAGATACTAAATATGGGAGAAGTCTGAGAAGAAAGAGAGTGAAATATGAGAGTAT-----G-T-----ATGT--A--GTAAGAAAAGGGAGGTT---GAAAGGTT--------A---AGT----AAGGAAAAC-G-AGATTGAGGGGTTAAAAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAGTGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAGGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATATTAAAGTGAACTGTGAGATATGAACTTGATGATTAA-ATGGAAATTAAAATGATGT-AAATTGAATACAAGTGTTATAGTAATAATTGAACATTCCCCG-AATAGAGATAATG-TAA------
gi|8 : TGCTATGTTA-CAAGTTCCTGTTAAAAGTAATTGACACAGTTGTTAAGACTA--T----AAATAATCA--CTTGTAT-ATA----ATGAGTCCTAAGTTTGATAGAAATGTCCAAGAAGATAGGCTTAAAGTCATGGGGTG-TCACAT-A-TGTTGTACATCCTGAACTGGAAGGAAATATTAGTGCCAGAATGTTTGTAAA---GT--TC-TGTCACA-T-ATTGAGTACATCCTGTGTA--------TTGT-AAAATAATAAGCTGTT-GAATGATAAGTATAA-GTAGTTAGTGACTGAAACTGACAAATGAAAGA-A-AGGGATTTAAAA-GGA----TGATTAAGGAGTTTAAATATTGTGAGAGA--TGATTGAATTA-ATTAAATATGGGAGGAGTTTTAGAAGAAAGATTGTGAAATATTTAAGTAT-----G-T-----AGGA--A--GTAAGAAAAAGGATGTT---GAAAGGTG--------A---AGT----GAGAGAAAG-G-AGGTTGAACAGTTAAGAAGTGA--AAG---------------TAGATTGAGAAGTTAA------------------GATTAAGATAGTTAGGAAATAAGAAGAAATAAAGTGAAATAGGAAATAGTTTAAGGTGAAGGAGAATTAGAGGAGTTATTATAAACAAGAATGGTTAGAAATGAACTAGATGATTAAGAT-GAAGTTAAAATGATGA-AAATTGGATATAAGTGTTGCAGTATTAAATAGACATTCCCC--AA-AAAGATA
gi|9 : T-TTTATGAATAATATTTAAT--ATTGTAC----CATATTGCTATATTA-GAAGTTTCTGTCAAAAGTAATTA----AGTTATTA-----AGAT----AAATGATAA--GTTGTta
gi|9 : T-AAA-TGATAAGTTGTTTGAGTGATGGGTATTA-GTAATTAATGAATGGAACTGACCAATGAAAGA-A-AGG-ATTAATTA-GGT----TGATTAGGGAATTTAAAGATTATGAGAAAGATGATTGAGTGAAACTAAATATGGGAGTAGTTTCAGAAGAAACAGTGTGAAATATGAAAGTAT-----G-T-----AGGTTAA--GTAAGAAAAAGGAGGTT---GAAAGGGA--------A---AAT----AATGAAAAA-G-AGATTGAGGGGTTAAGAGGTGA--AAG---------------TAGGTTGAGAAATGAA------------------GGTTAAGATAGTTAGGAAATAAGGAGAAAGAAAGTTAAATAAGGAACA-TTTGAAGTGAAGAAGAATTA-AGAAGTTAATGTTAAGGTGAACTGTGAGATATGAACTGGATGATTAA-ATAGAAATTAAAATGATGT-AAATTGGATACAAGTGTTATAGTAATAACTGAACATTCCCCG-AATAAAGA-AAGG-TAATGTTTCATATACGGCCttgagtgatgggtattagtaattaatgaatggaactgaccaatgaaagaaaggattaattaggttgattagggaatttaaagattatgagaaagatgattgagtgaaactaaatatgggagtagtttcagaagaaacagtgtgaaatatgaaagtatgtaggttaagtaagaaaaaggaggttgaaagggaaaataatgaaaaagagattgaggggttaagaggtgaaagtaggttgagaaatgaaggttaagatagttaggaaataaggagaaagaaagttaaataaggaacatttgaagtgaagaagaattaagaagttaatgttaaggtgaactgtgagatatgaactggatgattaaatagaaattaaaatgatgtaaattggatacaagtgttatagtaataactgaacattccccgaataaagaaaggtaatgtttcatatacggccgg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGATCATTTGACAGTCACAGCTGAAGCTGCATTTAAAAACTTGAATAATACAGGGAAGTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCTTGTGTCGCACTATAATGAGTAAGGCCTTAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA
Unaligned ( gi|16 ): GCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGATGGTTTTTTTTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTTATTCATCCTGTGCCTCACTATAATGAGTAATGAGTAAGGCCTTAGGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): TGATTATTTAACACTCACAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATAGAGACAATTTATTTTACAAATTTACTTGCATTAATTTCATTCATCCTGTGTTGCACTATAATGAGTAAGGCCTTTAGCCTTCTAAAGGACCCCTTATAAATTTCATGCATGGTTAATCATTGAAGTACAAATCAAGATGCAG
Unaligned ( gi|20 ): AATTATTTGGTAATTAAGGCTCACGCTGAACTAAAAAACATGTATAATATAGACATTTTTTTTACAAATTTACTTGCATGTCTTCATCCTT
Unaligned ( gi|24 ): TATGATTATTTGACAATCAAAGCTGAAGCTGCACTTAAAAACTTGAATAATATGGATACG