lowQualScore : 22 666666666666666666 11111 1 111 11 11111 111 11111 111 2 22222222222 2222222222 111111 1111 111 222222222 1 11 1 3 11
lowQualScore : 7 7 888 33 6 77 6 3 77 666666666666666666 88 2 55555 4 0 8 3 111 99 3 22222 0 4 000 11111 555 0 44 9999 4 1 1 5 55555555555 2 5 8888888888 5 77 66 888 0 55 66 888888 4 777 0 2 66 6 0000 22 77 3 0 7 1 5 222 77 1 66 6 333 3 2 0 5 888888888 2 2 3 11 0 0 3 1 7 6 00 0
lowQualScore : . . ... .. . .. . . .. .................. .. . ..... . . . . ... .. . ..... . . ... ..... ... . .. .... . . . . ........... . . .......... . .. .. ... . .. .. ...... . ... . . .. . .... .. .. . . . . . ... .. . .. . ... . . . . ......... . . . .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 7 7 555 33 7 33 7 7 99 111111111111111111 99 5 66666 4 5 2 6 222 22 6 33333 9 4 888 11111 666 1 88 4444 4 7 9 4 66666666666 2 0 1111111111 0 99 99 888 4 44 99 999999 4 888 9 0 99 0 6666 44 99 6 4 3 7 7 666 99 0 88 7 555 2 5 2 0 222222222 6 2 0 00 2 8 3 0 2 0 44 3
consensus : NGGCTGCGTNACCGACATGCTC-AGGAG-CTC-G-ACCTACCAACTCTCCAACA--G------CGN-C-----GTGAGNTCAACAGN--CTGACCTTCCTGTTCAAGGTGGT-G-G-GGGGTATG-GTACCGGC---AGTGGA-CA--CTTGTGATT---TNCT---AGTCAGGCAG----AAA-C-CAAAGCG-----TNA---GGTCAA-A-CAGGTTA--CA-TTTGCAA--ACT---TTGAAACA-AAAAACAT--TTTAGAA------AACCAA-AT---TAACAATCATT--CGAAC----TGTTTCGTT--ATACAAAGTGCCAANACCGAAC-AATTTAAGAACTCT--TTCTTTGTGAGAACTGTGGTTA-AG-TNGAACCANCTAGAGGAGAGCACTACCAGCGCCAAGACAGTTGAGGCCTNTAAGAC--TAGCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACACCACCCGTAGTTATATACCAGTA-TTGGGATCTTCTACGTATTATACAG
Reference ( gi|3 ) : GGGCTGCTTAACCAGCATGCTG-AAGAG-CTC-G-ACCTACCAACTCCCCAACA--G------C-C-C-----GTGAGTTCAACAGG--CTGACCTACCTGTTCAAGATCGT-G-G-GGGGTATG-GTGCCGGC---AGTGGA-CA--CTTGTGATT---TACT---AGTCAGGCAG----AAA-CACAAAGCG-----TTA---GGTCAA-A-CAGATTA--CA-TTTGCAA--ACT---TTGAAACA-AAAAACAT--TTTAGAA------AACCAA-AT---TAACAGTCATT--CAGAC----TGTTTCGTT--ATACAAAGTGCCAATACCGAAC-AATTTAAGAACTTT--TTCTTTGTGAGAACTGCGGTTA-AG-TGGAACCATCCAGAGGAGAACACTACCACCGGCAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGAC--TAGCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACACTACCCATAGTTATATACCAGTA-CTGGGATCTTCTACGTATTATACAG
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGCAAGAG-CTC-G-ACCTACCAACTCTCCAACA--G------CGC-T-----GTGAGTTCAACAGG--TTGACCTACCTGTTCAAGATCAT-G-G-GGGTTATG-GTGACAGC---AGTGGA-CA--CTTGTGATT---TTCT---AGTCAGACAG----AAA-CCCAA---------------GGTGAA-A-CCGGTTA--CA-TTTGCAA--ACT---TTGAAACA-AAAAACAT--TTTAGAA------AAACAA-AT---TAACAATCATT--CGAAC----TGTTTCGTT--ATACAAAGTATCAATACCAAAC-AATTTAAGAACTCT--TT-TTTGTGAGAACTGTGGTTA-AG-ACGAACCATCTACAGAAGAGCACTAACAGTGCCAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGAC--CATCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACACCACCTGTAGTTATATACCAGTA-TTGGGATCTTCTATGTATTATACA
gi|2 : TGCTTTACTGACATGCTC-AGGGA-CTTTG-ACATGCAAACCTTACAACA--G------C-G-CAGAAAG-GAGCT--AC-GC--CTGACCTTCCTGTTCAAGGTGGT-G-GAGGGGT-TG-GTACCGGC---ta
gi|13 : TGCATCACTGACATGCTC-AGGGA-CTT-GGACCTGCAAACCTTACAACA--G------C-A-CAGAAAG-GAGCT--ACAC---CTTACCTTCCTGTTCAAGGTGGT-G-G-AGGGGCTG-GTACCGGCTATACTGTCTCAGCCTTATCTTT---AACC---AGTGAGAATT----AAA-CGCAAAGTG-----ACA---G--CAA-G-------G--CG-TTT-TAATGACT---TTATTTCA-ACAAGTATCGTTGAAAATAGTGTAACCAACAA---TAGCCGTTGTTTCCAAAC----T-----ATT--AT------TGCAAAAACAGAAA-CACTCAAGAACTTT--TATTTTCCCAGGACT---ATTATAGAAAGAACTACCTACAGGAtataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattactgcaaaaacagaaacactcaagaactcttattttcccaagactattatagactggaaccacctacaggacgaacaagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|5 : gaACCGACATGCTCCAGGAG-CTC-G-AGTTA-CAA--CCCGTACA--GGAGAGACGC-C-----GTCA--CCAAC-GC--CTGGCATTTTTGTACAAGATAGTCG-A-AGGGCAC--GTACCAGC---CATCAA-TA---TTGAGCAC---TACTTAAAGACA--CAG----AGA-C-CAAAGAGAACAATTAG--GGTTAA-A-CA-ATT---CA-T----AA--ACTACATTCAAAC----AAACAT--TGTGGAA------AACTCG-ATCTGTAACAcg
gi|8 : atgtgtcCATGCCT-AAGAGTCTT-G-ACTTACCATCTCTCCAAGAAAG----------------GAGACGCCACCAGAGATTGACAT-TCTGCACAAGGTGGT-G-A-AAGG-ACACGTGCCACC----------CA---TTAAGATTGAGCACT---A-TCTG--------AAATCTCAAAGAG-----GTAAAAGATCGACA-TAGACTAAACAATTTGAAA--TCT---TTGTA-TATAAAAACAT--TGTAGAA------AATTCA-GT---GACCAGCAATT--CAAAA----TGTTTTGacagcaagtgctttaagactatcaatgcaaaaagtgaaaactacagacattcatactttgtcagatctgtgtacgactggaataaactcagtgacagcacaaagtcaatagaatcattcaaatcatctgtgtccaggaatgattaagcgcactcccccgtcgtgtaaaaaccagtagtgttcactacgacgtattattcaaattca
gi|16 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagc-AAGAG-CTT-G-ACCTACCAACTCTCCAACA--G------CGC-C-----GTGAGATCAACAGG--CTGACCTACCTGTTCAAGATCGT-G-G-GAG-TATG-GTGCCGGC---AGCGGA-CA--CCTGTGATC---TTCT---AGTCAAGCAG----AAA-C-CTAAGCG-----TAA---TATCAA-A-CCGGTTA--CA-TTTGCTA--ACT---TTGAAACA-AAAAACAT--TCTAGAA------AACCAA-AT---TAACAATCATT--CGAAC----TGTTTCATT--ATAaacatatatttgctagtgtaagtcagtcaattacaaacatttctactttgtacgaacagtgatagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
gi|6 : tgcCTCCAACG--G------C-AAC-----ATGAATTCAACAGG--CTGACCGTCTTGTTTGAGATCAT-G-T-GGAA-ATG-GTGCTGGC---AGTGAA-CG--TCTGTGATT---T-CT------TAGGTAG----AAA-T-CTAAGTG-----TAC---GGTTAA-ATCAG-TGA--CA-TTTTCAA--ACA---TAGAAACA-AGAAACAT--TTTAAAA------AAACAA-AT---TACCAACTATT--CAAAC----TGGTTTGTA--GTGCAATGTGCTAAGACAGAAC-AATTTAAGAA---T--TCCTTTGTGAGAACTGTGGTTA-AG-TGGAACCAGCCAGAAGAGAGCACAACCAATTCCCAGACAATTGAGGCCTTTAAGAC--TTGCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATATCACCTGTAGTTATCTACCAGTATTTGGGAAATACTACATAT
gi|24 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagCAAC-GC--CTGACCTTCCTGTTCAAGGTGGT-G-GAGGGGT-TG-GTACTGAC----TTTAC-CA--TCTCAGCCT---TACCTTAAACCAGTGAGAATTAAA-CACAAAGTG-----TTA---gct
gi|22 : aaggag--CTGACCTTCCTGTTCAAGGTGGT-G-GAGGGGT-TG-GTACCGGC---acgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|19 : gaaaggagctacgc--CTGACCTTCCTGTTCAATGTGGT-G-G-AGGGATTG-GTtctaccatttcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaatgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|23 : gcaaaccttacaacaatgcatatagaagctacgcGACCTTCCTGTTCAAGGTGGT-GAA-GGGGT-TG-GTAGCGGC---ttccatctcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaacgacttaatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|11 : acaccaC---AGTGGA-CA--CTTGTGATT---TTCT---AGTCGGGCAG----AAA-C-CTAAGTG-----TGA---GGTCAA-A-TCGGTTA--CA-TTTGTAA--ACT---TTGAAACA-AAAAACAT--TTTAGATTT----AACCAA-AT---TAACAATCATT--CGAAC----TGTTTTTTTTTATACAAAGTACCAATACCAAAC-AATTTAAGAATTCT--TTCTTTGTGAGAATTGTGGTTA-AG-TTGAACTGTCTAGAGGAGAGCACTACCAGCGCCAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGAC--TAGCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACACTACCCGTAGTTCTATACCAGTA-TTGGGATCTTCTATGTATtataccatctcagccttatcttaaaccagtgaaaattaaacaaagtgtcagcaaggcattttaacgattttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaa
gi|12 : a---AATGGA-CA--CATGTGATT---TCTC---AGTTAGGCAG----AAC-TGTAT-GCG-----TAA---GATTAT-ATCAG-TGG--TA-TTTTTAA--TTA---TTGAAACT-AAAAACAC--TTTCGAA------AACCAT-AT---TATCAACCATT--CAAATCAAATGTT--GTA--GTCCAAAGTGCTAACGCTGAAT-ATTTTTGGAACTCC--TTCTTTGTAAGAAATGTAGTTA-AG-TAAAACCAGTTAGAAGAGTGCAT-----CC----AGACAGTTAAGGCCTATAAGACAATACC--CCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACATCACCAGTAGTTATATACCAATA-TTGTGATCTACTACGTATTCTAC
gi|15 : ggAA------AACCAA-AT---TAACAATCATC--CGAAC----TGTTTCGTT--ATACAAAGTGCCAATCCTGAACNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNGCGCGCAAACTACCCGTAGTTATATATCAGTA-TTGGAACCTTCTACGTATTATA
gi|9 : TGCTAA-AACAAAC-AATTTTA-AACGTTCATTCTTCGTGAGAACaa
gi|35 : cactacaagagagacgcctccatagaggctgacattcttgtacaaggtggtgaacgggcacgtacaagcaatcaacattgagcactttttaaaaacacttagaccgatgagaacggtagtaaatacgaggactatattcaccagaacattgccgaaaattcagtgaacaataacaaaaactgattccaaccactcttGCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACACTACCCGTAGTTATATACTAGTA-TTGGGATCTTCTACGTTTTATATAGacgaggacttgaacattctcagtgtcagtgtggtatatgtggatacggttattacagttataagagactgattaattagttctaactgcatacctcctaccgtcgagctaaagccagcgttgcttcgacgtaatatccaga
gi|40 : CCGTAATTATATACCAGTA-TTGGGATCTTCTACGTATTGTGCAGa
gi|41 : TAGTTATATACCAGTA-TTGGGATCTACTACGTATTTTAAAG
gi|42 : TTATATACCAGTA-TTGGGATCATCTACGTATTATACAGa
23 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ATCGGACGCTCGATGCATCACACAAGATTAGAGATCGAGATGGGAAATAAGAGTTTCAGCCATGCTTAAAAATATTGATCTACCACCTTTTCAAGGAAGGAGGCACCACCAGATGTTGACATTTCTGTATAAGATGGTGGAACCACACGTGCATCCATTAATATTGAGCACTATCTGAAATCTCAGAGAGTTAAACGATTCACAAGGGCTAAAAAAATTGAAGACTATGTGTATAAAAACATTGAGAAAATTCAGTGACCAACAATTCAAAATATTTCGAACCCATATATGCTAAGACAGTCAACTACAAACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGTGTTAGACTGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGGAAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGCTAAGAGTGATTAAACGCACACATCCTCCCATTATATCAAAGCAAGAATGGGTCACTCTAATACGAGAACTATTCAGATTC
Unaligned ( gi|7 ): GGTTGTGTCACTGACATGCTTATGGAACTGTACTTCCCAACACTACAAGAGAGATGATGCCATCAGAGGCTAACGTACCTGTACCAAGGTGGTGAAAGGGCATACATGTAATAGCAATTAACATCAAACAGTATTAAAAACCACTTTGACCAAACAGTTAGGGCTAGACAGTACAATAACTATATCCATCAGAACATCATTGGGATTAATTAAACAATAATAGTATACAAACTGTTTTCAGACAATCATTGCTAAGACAGACATTCTTTGTGAGAATAATCAAGGAGTGACAGTGTGGTATCTGCAGTTTAAAGACACATATCAATTTTGATTTATTGCGCACATCCACCTGTTGAGTTTAAGCCAGTAGTGGTTGCTTCGACATAATATCTAAAT
Unaligned ( gi|10 ): CAAGATAAATGACACCACTAGAGATAGATGTTCCTGTACAAGTAGGTAAAATGGGCACGTACCAGCGATCAACATCGAGCACTATTTAAAACCACTTTGACAAAAGAGAACGAAAAGGGATTTATAATATGAGAACCAAATCTACCAGAGCATCATTGAGAATTCATTGAATAATAATATCAACTGTTTCCAGTTAATCTTTGCTGAGACAGACAGACAATTTCAAGTATTCGTTCTTTGTGAGGCCACTCAAGGATAATGTGGTATCCGCAGATACAATAAACGTTTATCAGACACTTATCAATGTGGACTCAATGCTCACCACCACC
Unaligned ( gi|14 ): GACCTGGACCTTCCCGTCACAACAAGGGAGAAGCCACCACAGCAGAGAGGTTGACATTCATGTACAAGGTGGTGAAAGGGCACATAACAGCGACCAATATTGAGCACTTTAAAACCACTTAGACCGAAGAGAACAGTCAGGGCTAGAAAATACGAGGACTATATTCACTAGAACATCGTCTAAAATTCAGTGAACAATTATAAGGACTGCTTCCCGCCAATATTTGCTAAAACAGACAATTTTAAACATTCATTCTTTGTG
Unaligned ( gi|17 ): ATGCGTCACCGACGTGCTCCAGAAGCTCGAGTTAAAATCCCTACAGGACAGACGCCGACACCAACACCTGACGTTCTTGTACAAGCTAGTGGAAGGGTACGTATACATACTTTTTAAAGACACAGAGACCAAAGAGAACAATTAGGGCTATACAATTTATAAACTACGTTCAAACAAACATTGTGGAGAAC
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|20 ): GTGACCAAAGAGAATGATCAGGATTGGAAAATTCGAAGACTACCTGAACATCCTCCAGAATTTAGTGAACAAAAAAACAACTGTTTCCTGTCAATATTTGCCAACACAGTCAATTTTTAGGTATTCTTTGTGAGAACAATAAAGTACTGGGGCAGTCGGCTGACAA
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|25 ): TTGTGTCACATATATACTTAAGGACCTTACATTCCCACTACAAGGAAGACGACGTCACCAGCTGTTGATGTTTCTGTACAAGGTGGTAAAAGGGCACGTACCAGCGATCAACATCAAACACTATTAAAAAC
Unaligned ( gi|26 ): TGAAAGGGCATGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGTGAACAATAACAAGTGCTT
Unaligned ( gi|27 ): ACTGAAGTATCTCAGTGCCGCAACTGGTCCATCTCTAGTCAGCAGATCAGCAGTGTCCAAGAGTGATTTAGCGCACTCCCCCGTCATGTAAAAGCCAGTATTGGTCATTACGACGTATTATTCAGAT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|37 ): GCACTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGGTCACTACGACGTATTATTCAGATTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222 1111111 111111111 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 111 11111111 33333333333333333333333333 1111111111111 111111111
lowQualScore : 1 2 999 4 4 55 4 4 2 3 1 00 555555555555 66 1 44444 33 0 33 4 5555555 999 666 444444444 1 2 9999999 11 3 0 999999 66 3 333333 3 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3333 44 000 3333 5555 33 77 7777777 88888 00000000 2 33 5555 77777777777777777777777777 33 2 1 9 33 444 99 2 888 5 0 555 55 4 4 55 1 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 2 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . . ... . . .. . . . . . .. ............ .. . ..... .. . .. . ....... ... ... ......... . . ....... .. . . ...... .. . ...... . . ....................................................... . .... .. ... .... .... .. .. ....... ..... ........ . .. .... .......................... .. . . . .. ... .. . ... . . ... .. . . .. . . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 0 2 333 0 0 44 0 0 5 6 4 00 888888888888 00 5 88888 44 3 44 7 2222222 999 555 777777777 6 9 2222222 55 1 1 000000 55 3 111111 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 3333 22 888 1111 5555 55 33 0000000 44444 88888888 7 99 3333 55555555555555555555555555 77 5 0 9 77 777 00 7 444 9 2 000 44 0 0 55 0 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 8 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCT-ACCAACCC-TCCA--ACAG---CGCCG---TGAGNTCAACAGN--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-G-GGG-CATG---GTACCGGC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTNCT---AGTCAGGCAG------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----AA-AC-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAA-ACAA--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACAA--AGT--GCCAANACAG--A---ACAATTT--AAGA-AC--TCTTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTNACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCT-ACCAACTC-TCCA--ACAG---CGNCG---TGAGNTCAACAGN--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-G-GGG-TATG---GTACCGGC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTNCT---AGTCAGGCAG------AA-AC-CA--------A----A-GC-G------TNAGGTC----AA-AC-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAA-ACAA--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACAA--AGT--GCCAANACCG--A---ACAATTT--AAGA-AC--TCTTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TNGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTNTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : A--AAAACA-T-TGAGAA--AATTC----AGT---G-ACCAA----C--AAT-TCA-AAA----TATTTC---GAACCC--A----TATA-----T--GCTAAGACAGTCA---AC----T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagccatgcttaaaaatattgatctaccaccttttcaaggaaggaggcaccaccagatgttgacatttctgtataagatggtggaaccacacgtgcatccattaatattgagcactatctgaaatctcagagagttaaacgattcacaagggctaaaaaaattgaagactatgtgtatAT---TGAATAA----T--AATATC--AAC----TGTTTCCA-G---TT--AATCTT--------T--GCTGAGACAG--ACAGACAATTTC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgttcctgtacaagtaggtaaaatgggcacgtaccagcgatcaacatcgagcactatttaaaaccactttgacaaaagagaacgaaaagggatttataatatgagaaccaaatctaccagagcatcattgagaattcC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTTCT---AGTCGGGCAG------AA-AC-CT--------A----A-GT-G------TGAGGTC----AA-AT-C----GG--T-TAC-ATTTGT--AA--ACT---TTGAA-ACAA--AAAACATT-TTAGATTTAACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTT---T---TTTTA----TACAA--AGT--ACCAATACCA--A---ACAATTT--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a-----AA--TGGA-CA--CA---TGTG-ATTTCTC---AGTTAGGCAG------AA--C-TG--------T----ATGC-G------TAAGATT----AT-AT-C----AG--T-GGT-ATTTTT--AA--TTA---TTGAA-ACTA--AAAACACT-TTCGAA--AACCA----TAT---T-ATCAA----C--CAT-TCA-AATCAAATGTT-----G---TA--G----TCCAA--AGT--GCTAACGCTG--A---ATATTTT--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTT-GGACCT-GCAAACCT-TACA--ACAG---CACAGAAAGGAGCT--ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-A-GGG-GCTG---GTACCGGCTAT--AC--TGTCTCAGCCT---TATC-TTTAACC---AGTGAGAATT------AA-ACGCA--------A----A-GT-G------ACAG--C----A-----A----GG------C-GTTT-T--AATGACT---TTATT-TCAA--CAAGTATC-GTTGAA--AA-TAGTGTAAC---C-AACAA----T---AG-CCG---T----TGTTTC--------C--A----AACTATTATT--GCAAAAACAG--A---AACACTC--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTGGT-GAAAG-G-GCA-CATA---ACAGCGACCAAT-AT--TGAG-CA--CT---T-TA-AA--ACC---ACTTAGACCG------AA-G---A--------G----A-ACAG------TCAGGGCTAGAAA-AT-ACGAGGA--C-TAT-ATTC--------ACT---------------AGAACATC-GTCTAA--AATTC----AGT---G-AACAA----T--TAT-AAG-GAC----TGCTTCCC-G---CC--AA---TAT-----TT--GCTAAAACAG--A----CAATTTT-AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-CCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACAA--AGT--GCCAATCCTG--A---ACNNNNN--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-CTT-G-ACCT-ACCAACTC-TCCA--ACAG---CGCCG---TGAGATCAACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATCGT-G---G-G-AG--TATG---GTGCCGGC-----AG--CGGA-CA--CC---TGTG-ATCTTCT---AGTCAAGCAG------AA-AC-CT--------A----A-GC-G------TAATATC----AA-AC-C----GG--T-TAC-ATTTGC--TA--ACT---TTGAA-ACAA--AAAACATT-CTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCT-CCA-GAAG-CTC-G-AGTT-AAAATCCC-TACAGGACAGA--CGCCG-----ACACCAACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTAGT-G---G-AAGGG-TACGT--ATAC----------------A-TA--CT---T-----TTTAA----AGACA--CAG------AG-AC-CA--------A----A-G-----------AGAAC----AA-TT-A----GGGCTATACAATTTAT--AA--ACTACGTTCAA-AC-----AAACATT-GTGGAG--AAC
gi|19 : aGC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTGGT-G---G-A-GGG-ATTG---GT
gi|2 : gcaaaccttacaacaatgcatatagaagctacTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTTTG-ACAT-GCAAACCT-TACA--ACAG---CGCAGAAAGGAGCT--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---GAG-GGG-T-TG---GTACCGGC-----ttccatctcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaacgacttaatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|2 : T--GCAAAAACAG--A---AACACTC--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattactgcaaaaacagaaacactcaagaactcttattttcccaagactattatagactggaaccacctacaggacgaacaagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|20 : tgctttactgacatgctcagggactttgacatgcaaaccttacaacagcgcagaaaggagctacgcctgaccttcctgttcaaggtggtggaggggttggtaccggctataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattac-AAC----TGTTTC-------CT--G----T-CAA--TATTTGCCAACACAG--T----CAATTTTTAGGT-A------TTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|22 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgaacatcctccagaatttagtgaacaaaaaaacGAGCT--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---GAG-GGG-T-TG---GTACCGGC-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-GA--A-G-GGG-T-TG---GTAGCGGC-----tctaccatttcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaatgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|24 : acaccaCAAC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---GAG-GGG-T-TG---GTACTGAC-----tataccatctcagccttatcttaaaccagtgaaaattaaacaaagtgtcagcaaggcattttaacgattttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-A-AG-------G-ACCTTAC--ATTC--CCACTACAA---GGAAGA--CGACGTCACCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTGGTAA---A-A-GGG-CAC----GTACCAGC-----GA--TCAA-CA--tttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|27 : tGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGtcaaacactattaaaaac
gi|3 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-CTC-G-ACCT-ACCAACTC-CCCA--ACAG---C-CCG---TGAGTTCAACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATCGT-G---G-G-GGG-TATG---GTGCCGGC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTACT---AGTCAGGCAG------AA-ACACA--------A----A-GC-G------TTAGGTC----AA-AC-A----GA--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAA-ACAA--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAG----T--CAT-TCA-GAC----TGTTTC---G---TT--A----TACAA--AGT--GCCAATACCG--A---ACAATTT--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGat
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-CTC-G-ACCT-ACCAACTC-TCCA--ACAG---CGCTG---TGAGTTCAACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATCAT-G---G-G-GGT-TATG---GTGACAGC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTTCT---AGTCAGACAG------AA-AC-CC--------A----A-G-------------GTG----AA-AC-C----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAA-ACAA--AAAACATT-TTAGAA--AAACA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACAA--AGT--ATCAATACCA--A---ACAATTT--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCTCC-A-GGAG-CTC-G-AGTT-A-CAACCCGTACA--GGAGAGACGCCG---TCA--CCAAC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATAGTCG---A-A-GGG-CAC----GTACCAGC-----CA--TCAA-TA---T---TGAG-CACTACTTAAAGACA--CAG------AG-AC-CA--------A----A-GA-GAACAATTAGGGTT----AA-AC-A--------------ATTCAT--AA--ACTACATTCAA-AC-----AAACATT-GTGGAA--AACTC----GATCTGT-AACAA-------CA----GCAAG----TGCTTTAAGA---CT--A----T-CAA----T--GCAAAAAGTG--A---A-AACTA--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAACA---TGAATTCAACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCAT-G---T-G-GAA--ATG---GTGCTGGC-----AG--TGAA-CG--TC---TGTG-ATTTCTT---AG----GTAG------AA-AT-CT--------A----A-GT-G------TACGGTT----AA-AT-C----AG--T-GAC-ATTTTC--AA--ACA---TAGAA-ACAA--GAAACATT-TTAAAA--AAACA----AAT---T-ACCAA----C--TAT-TCA-AAC----TGGTTT---G---TA--G----TGCAA--TGT--GCTAAGACAG--A---ACAATTT--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-CTG-T-ACTT-CCCAACAC-TACA--AGAG---AGATGA--TGCCATCAG-AGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTGGT-GA--A-A-GGG-CATACATGTAATAGC-----AA--TTAA-CA------------------------TCAAACAGTATTAAAA-AC-CACTTTGACCA----A-ACAG------TTAGGGCT---AG-AC-A----G-----TAC-AAT------A--ACT---AT--A-TCCATCAGAACATCATTGGGATTAATTA----AA----C-AATAA----TAGTAT-ACA-AAC----TGTTT--------TC--A----GACAATCATT--GCTAAGACAG------ACA------------------TTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTCTT-G-ACTT-ACCATCTC-TCCA--AGAA---AG--G---AGACGCCACCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTGGT-G---A-A-AGGACACG----TGCCACCCATTAAGATTGAG-CA--CTATCTGAA-ATCTCAA---AG--AGGTAA------AAGAT-CG--------A-------C-A------T-AGACT----AA-AC-A--------------ATTTGA--AA--TCT---TTGTATATAA--AAA-CATT-GTAGAA--AATTC----AGT---G-ACCAG----C--AAT-TCA-AAA----TGTTTT---G---taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTGGT-G---A-ACGGG-CACG----TACAAGC-----AA--TCAA-CA---T---TGAGCACTTTTT---AA--AAACACTT----AG-AC-CG--------ATGAGA-AC-G------GTAG-TA----AATACGA----GGA-C-TAT-ATTCACCAGA--ACA---TTGC---CGA--AAA----T-TCAGTG--AAC------AAT-----AACAAAAACT--GAT-TCC-AAC----CACTC--------TT----------------T--GCTAAAAC-A--A---ACAATTT--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACaacatatatttgctagtgtaagtcagtcaattacaaacatttctactttgtacgaacagtgatagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|26 ): TGAAAGGGCATGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGTGAACAATAACAAGTGCTT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 1 222222222222 1111111 111111111 1111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111111 4444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111
lowQualScore : 0 3 4 4 4 4 3 3 55 222222222222 44 6666666 77777 33 0 33 4 0000000 8888888 555555555 1 2 2222222222222222222222222 33 33 888888 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2222 33 000000000000 33 44 66 3 5555 55555 99999999 2 33 5555 5555555555555555555555555555555 33 2 1 0 666666 8888 2 888 5 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . . . . . . . . .. ............ .. ....... ..... .. . .. . ....... ....... ......... . . ......................... .. .. ...... . .......................................................... . .... .. ............ .. .. .. . .... ..... ........ . .. .... ............................... .. . . . ...... .... . ... . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 4 3 4 4 4 4 6 6 00 111111111111 22 5555555 00000 44 3 44 7 9999999 5555555 555555555 9 7 7777777777777777777777777 44 99 222222 9 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 7777 99 555555555555 77 33 99 4 7777 88888 88888888 7 99 3333 0000000000000000000000000000000 44 7 0 4 666666 5555 5 222 9 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-CA-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-A-GGGCATG---GTACCGGC-----AG--TGAA-CA--CT---TGTG-ATTTNCT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-CA-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-G-GGGCATG---GTACCGGC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTNCT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCCAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCTTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : -A--AAAACA-T-TGAGAA--AATTC----AGT---G-ACCAA----C--AAT-TCA-AAA----TATTTC---GAACCC--A----TATA----------T--GCTAAGACAGTCA---AC-----T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagccatgcttaaaaatattgatctaccaccttttcaaggaaggaggcaccaccagatgttgacatttctgtataagatggtggaaccacacgtgcatccattaatattgagcactatctgaaatctcagagagttaaacgattcacaagggctaaaaaaattgaagactatgtgtatAT---TGAATAA----T--AATATC--AAC----TGTTTCCA-G---TT--AATCTT-------------T--GCTGAGACAG--ACAGACAATT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgttcctgtacaagtaggtaaaatgggcacgtaccagcgatcaacatcgagcactatttaaaaccactttgacaaaagagaacgaaaagggatttataatatgagaaccaaatctaccagagcatcattgagaattcC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTTCT---AGTCGGGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GT-G------TGAGGTC----A-A-A-T-C----GG--T-TAC-ATTTGT--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGATTTAACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTT---T---TTTTA----TACA-----A--AGT--ACCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a-----AA--TGGA-CA--CA---TGTG-ATTTCTC---AGTTAGGCA--G------AA--C-TG--------T----ATGC-G------TAAGATT----A-T-A-T-C----AG--T-GGT-ATTTTT--AA--TTA---TTGAAACT-A--AAAACACT-TTCGAA--AACCA----TAT---T-ATCAA----C--CAT-TCA-AATCAAATGTT-----G---TA--G----TCCA-----A--AGT--GCTAACGCTG--A---ATATTT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-CA-GGGA-CTT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT----ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---GAG-GGGC-TG---GTACCGGCTAT--AC--TGTCTCAGCCT---T----ATCTT-T---AACCAGTGA--G------AA----TT--------A----A-AC-G------CAAAGTG----ACA-G-C-A----AG-----GC-GTTT-T--AATGACT---TTATTTCA-A--CAAGTATC-GTTGAA--AA-TAGTGTAAC---C-AACAA----T---AG-CCG---T----TGTTTC--------C--A----AACT-----ATTATT--GCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTGGT-GAAAG-G-GCACATA---ACAGCGACCAAT-AT--TGAG-CA--CT---T-TA-AA--ACC---ACTTAGACC--G------AA-GA--G--------A----A-CA-G------TCAGGGCTAGAA-A-A-T-ACGAGGA--C-TAT-ATTC--------ACT---------------AGAACATC-GTCTAA--AATTC----AGT---G-AACAA----T--TAT-AAG-GAC----TGCTTCCC-G---CC--AA---TAT----------TT--GCTAAAACAG--A----CAATT-TT-AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-CCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCCAATCCTG--A---ACNNNN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -CA-AGAG-CTT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGATCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATCGT-G---G-G-AG-TATG---GTGCCGGC-----AG--CGGA-CA--CC---TGTG-ATCTTCT---AGTCAAGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GC-G------TAATATC----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGC--TA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-CTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCCA-GAAG-CTC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACACCA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTAGT-G---G-A-AG----G---GTAC--GT-----A---TACA-TA--CT---T-----TTTAA----AGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-G-----------AGAAC----A-A-T-T-A----GGGCTATACAATTTAT--AA--ACTACGTTCAAAC------AAACATT-GTGGAG--AAC
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTGGT-G---G-A-GGGATTG---GT
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-CA-GGGA-CTTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-A-GGGGTTG---GTACCGGC-----ttccatctcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaacgacttaatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|2 : T--GCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattactgcaaaaacagaaacactcaagaactcttattttcccaagactattatagactggaaccacctacaggacgaacaagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|20 : tgctttactgacatgctcagggactttgacatgcaaaccttacaacagcgcagaaaggagctacgcctgaccttcctgttcaaggtggtggaggggttggtaccggctataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattac-AAC----TGTTTC-------CT--G----T-CA-----A--TATTTGCCAACACAG--T----CAATT-TTTAGGT-A------TTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|22 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgaacatcctccagaatttagtgaacaaaaaaacG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-A-GGGGTTG---GTACCGGC-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---A-A-GGGGTTG---GTAGCGGC-----tctaccatttcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaatgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|24 : acaccaCA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTGGT-G---G-A-GGGGTTG---GTACTGAC-----tataccatctcagccttatcttaaaccagtgaaaattaaacaaagtgtcagcaaggcattttaacgattttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaa
gi|25 : aaggagG--ACGTCA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTGGTAA---A-A-GGGCAC----GTACCAGC-----GA--TCAA-CA--tttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|26 : ttgtgtcacatatatacttaaggaccttacattcccactacaaggaagac-GGGCATG----TACCGGC-----TA--TCAA-CA--TT---GACC-ACTATCT---A---AGACC--A------AA-AC--G--------A----A-CT-G------TCAGGGC----A-A-AAC-A----G-----TAC-----GA--GG--ACT---TT-ATTCAGA--AAAATATT-GTAGAA--AACAG----TGT---G-AACAA----T--tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|3 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-GA-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTTCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATCGT-G---G-G-GGGTATG---GTGCCGGC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTACT---AGTCAGGCA--G------AA-ACACA--------A----A-GC-G------TTAGGTC----A-A-A-C-A----GA--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAG----T--CAT-TCA-GAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCCAATACCG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGat
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGCA-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTTCA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATCAT-G---G-G-GGTTATG---GTGACAGC-----AG--TGGA-CA--CT---TGTG-ATTTTCT---AGTCAGACA--G------AA-AC-CC--------A----A-G-------------GTG----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AAACA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--ATCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCTCCA-GGAG-CTC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--CCA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATAGTCG---A-A-GGGCAC----GTACCAGC-----CA--TCAA-TA---T---TGAG-CACTACTTAAAGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-GA-GAACAATTAGGGTT----A-A-A-C-A--------------ATTCAT--AA--ACTACATTCAAAC------AAACATT-GTGGAA--AACTC----GATCTGT-AACAA-------CA----GCAAG----TGCTTTAAGA---CT--A----T-CA-----A----T--GCAAAAAGTG--A---A-AACT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATTCA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCAT-G---T-G-GAA-ATG---GTGCTGGC-----AG--TGAA-CG--TC---TGTG-ATTTCTT---AG----GTA--G------AA-AT-CT--------A----A-GT-G------TACGGTT----A-A-A-T-C----AG--T-GAC-ATTTTC--AA--ACA---TAGAAACA-A--GAAACATT-TTAAAA--AAACA----AAT---T-ACCAA----C--TAT-TCA-AAC----TGGTTT---G---TA--G----TGCA-----A--TGT--GCTAAGACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-TATGGAA-CTG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGCCATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTGGT-GA--A-A-GGGCATACATGTAATAGC-----AA--TTAA-CA------------------------TCAAACA--GTATTAAAA-AC-CACTTTGACCA----A-ACAG------TTAGGGCT---A-G-A-C-A----G-----TAC-AAT------A--ACT---AT--ATCC-ATCAGAACATCATTGGGATTAATTA----AA----C-AATAA----TAGTAT-ACA-AAC----TGTTT--------TC--A----GACA-----ATCATT--GCTAAGACAG------ACA-------------------TTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-TA-AGAGTCTT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGCCA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTGGT-GA--A-A-GGACAC----GTGCCACCCATTAAGATTGAG-CA--CTATCTGAA-ATCTCAA---AG--AGGTA--A------AAGAT-CG--------A-------C-A------T-AGACT----A-A-A-C-A--------------ATTTGA--AA--TCT---TTG-TATATA--AAAACATT-GTAGAA--AATTC----AGT---G-ACCAG----C--AAT-TCA-AAA----TGTTTT---GA--AC--A----TATATTTGCT--AGT--G-TAAGTCAG------TCAATTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTGGT-G---A-ACGGGCAC----GTACAAGC-----AA--TCAA-CA---T---TGAGCACTTTTT---AA--AAACACTT------AG-AC-CG--------ATGAGA-AC-G------GTA-GTA----A-ATA-CGA----GGA-C-TAT-ATTCACCAGA--ACA---TTG--CCG-A--AAA----T-TCAGTG--AA-CA----A-----T-AACAAAAACT--GAT-TCC-AAC----CACTC--------TT---------------------T--GCTAAAACA---A---ACAATT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333 1111111111 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111111 4444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 999 4 4 55 4 3 0 44 111111111111111111111111 77777 33 0 44 33 4 4 55 1111111111 555555555 55555 3 555 99999999999999999 33 33 888888 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2222 33 000000000000 33 44 66 3 5555 55555 99999999 2 33 5555 5555555555555555555555555555555 33 0 1 0 33 6666 8888 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . ... . . .. . . . .. ........................ ..... .. . .. .. . . .. .......... ......... ..... . ... ................. .. .. ...... . .......................................................... . .... .. ............ .. .. .. . .... ..... ........ . .. .... ............................... .. . . . .. .... .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 333 0 0 44 0 1 2 22 000000000000000000000000 00000 44 3 22 11 4 4 00 8888888888 444444444 77777 0 000 99999999999999999 44 99 222222 9 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 7777 99 555555555555 77 33 99 4 7777 88888 88888888 7 99 3333 0000000000000000000000000000000 44 6 0 4 44 2222 5555 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---GTACCGGC-----AG--TG----AACACT---TGTG-ATTTNCT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---GTACCGGC-----AG--TG----AACACT---TGTG-ATTTNCT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : -A--AAAACA-T-TGAGAA--AATTC----AGT---G-ACCAA----C--AAT-TCA-AAA----TATTTC---GAACCC--A----TATA----------T--GCTAAGACAGTCA---AC-----T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagccatgcttaaaaatattgatctaccaccttttcaaggaaggaggcaccaccagatgttgacatttctgtataagatggtggaaccacacgtgcatccattaatattgagcactatctgaaatctcagagagttaaacgattcacaagggctaaaaaaattgaagactatgtgtatTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-AAATGGG---CAC----GTACCAGC-----GA--TC----AACAcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|10 : caagataaatgacaccactagagatagatgAT---TGAATAA----T--AATATC--AAC----TGTTTCCA-G---TT--AATCTT-------------T--GCTGAGACAG--ACAGACAATT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gtcgagcactatttaaaaccactttgacaaaagagaacgaaaagggatttataatatgagaaccaaatctaccagagcatcattgagaattcattgaataataatatcaactgtttccagttaatctttgctgagacagacagacaatttcaagtattcgttctttgtgaggccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgttcctgtacaagtaggtaaaatgggcacgtaccagcgatcaacatcgagcactatttaaaaccactttgacaaaagagaacgaaaagggatttataatatgagaaccaaatctaccagagcatcattgagaattcC-----AG--TG----GACACT---TGTG-ATTTTCT---AGTCGGGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GT-G------TGAGGTC----A-A-A-T-C----GG--T-TAC-ATTTGT--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGATTTAACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTT---T---TTTTA----TACA-----A--AGT--ACCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a-----AA--TG----GACACA---TGTG-ATTTCTC---AGTTAGGCA--G------AA--C-TG--------T----ATGC-G------TAAGATT----A-T-A-T-C----AG--T-GGT-ATTTTT--AA--TTA---TTGAAACT-A--AAAACACT-TTCGAA--AACCA----TAT---T-ATCAA----C--CAT-TCA-AATCAAATGTT-----G---TA--G----TCCA-----A--AGT--GCTAACGCTG--A---ATATTT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT----ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GCTG---GTACCGGCTAT--AC--TGTCTCAGC-CT---T----ATCTT-T---AACCAGTGA--G------AA----TT--------A----A-AC-G------CAAAGTG----ACA-G-C-A----AG-----GC-GTTT-T--AATGACT---TTATTTCA-A--CAAGTATC-GTTGAA--AA-TAGTGTAAC---C-AACAA----T---AG-CCG---T----TGTTTC--------C--A----AACT-----ATTATT--GCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-AA--AGGGCACATA---ACAGCGACCAAT-AT--TG----AGCACT---T-TA-AA--ACC---ACTTAGACC--G------AA-GA--G--------A----A-CA-G------TCAGGGCTAGAA-A-A-T-ACGAGGA--C-TAT-ATTC--------ACT---------------AGAACATC-GTCTAA--AATTC----AGT---G-AACAA----T--TAT-AAG-GAC----TGCTTCCC-G---CC--AA---TAT----------TT--GCTAAAACAG--A----CAATT-TT-AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-CCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCCAATCCTG--A---ACNNNN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-CTT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGATCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G---GAG---TATG---GTGCCGGC-----AG--CG----GACACC---TGTG-ATCTTCT---AGTCAAGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GC-G------TAATATC----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGC--TA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-CTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCC-A-GAAG-CTC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACACCA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GA--AG-------G---GTAC--GT-----A---TA----CATACT---T-----TTTAA----AGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-G-----------AGAAC----A-A-T-T-A----GGGCTATACAATTTAT--AA--ACTACGTTCAAAC------AAACATT-GTGGAG--AAC
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-GA--GGG---ATTG---GT
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACCGGC-----ttccatctcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaacgacttaatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|2 : T--GCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattactgcaaaaacagaaacactcaagaactcttattttcccaagactattatagactggaaccacctacaggacgaacaagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|20 : tgctttactgacatgctcagggactttgacatgcaaaccttacaacagcgcagaaaggagctacgcctgaccttcctgttcaaggtggtggaggggttggtaccggctataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattac-AAC----TGTTTC-------CT--G----T-CA-----A--TATTTGCCAACACAG--T----CAATT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|22 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgaacatcctccagaatttagtgaacaaaaaaacG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACCGGC-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-AA--GGG---GTTG---GTAGCGGC-----tctaccatttcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaatgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|24 : acaccaCA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACTGAC-----tataccatctcagccttatcttaaaccagtgaaaattaaacaaagtgtcagcaaggcattttaacgattttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-A-AG-------G-ACCTTACATTCC-CACT--ACAA---GGA-AGA--CG--ACGTCA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-AA--GGG---CAC----GTACCAGC-----GA--TC----AACAtttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|26 : tA--GGG---CATG----TACCGGC-----TA--TC----AACATT---GACC-ACTATCT---A---AGACC--A------AA-AC--G--------A----A-CT-G------TCAGGGC----A-A-AAC-A----G-----TAC-----GA--GG--ACT---TT-ATTCAGA--AAAATATT-GTAGAA--AACAG----TGT---G-AACAA----T--tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|3 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTTCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-GG--GGG---TATG---GTGCCGGC-----AG--TG----GACACT---TGTG-ATTTACT---AGTCAGGCA--G------AA-ACACA--------A----A-GC-G------TTAGGTC----A-A-A-C-A----GA--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAG----T--CAT-TCA-GAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCCAATACCG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGat
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTTCA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-GG--GGT---TATG---GTGACAGC-----AG--TG----GACACT---TGTG-ATTTTCT---AGTCAGACA--G------AA-AC-CC--------A----A-G-------------GTG----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGAAACA-A--AAAACATT-TTAGAA--AAACA----AAT---T-AACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTTC---G---TT--A----TACA-----A--AGT--ATCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCT-CCA-GGAG-CTC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--CCA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-AA--GGG---CAC----GTACCAGC-----CA--TC----AATA-T---TGAG-CACTACTTAAAGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-GA-GAACAATTAGGGTT----A-A-A-C-A--------------ATTCAT--AA--ACTACATTCAAAC------AAACATT-GTGGAA--AACTC----GATCTGT-AACAA-------CA----GCAAG----TGCTTTAAGA---CT--A----T-CA-----A----T--GCAAAAAGTG--A---A-AACT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATTCA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-GA--A------ATG---GTGCTGGC-----AG--TG----AACGTC---TGTG-ATTTCTT---AG----GTA--G------AA-AT-CT--------A----A-GT-G------TACGGTT----A-A-A-T-C----AG--T-GAC-ATTTTC--AA--ACA---TAGAAACA-A--GAAACATT-TTAAAA--AAACA----AAT---T-ACCAA----C--TAT-TCA-AAC----TGGTTT---G---TA--G----TGCA-----A--TGT--GCTAAGACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-CTG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGCCATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAAA--GGG---CATACATGTAATAGC-----AA--TT----AACA----------------------TCAAACA--GTATTAAAA-AC-CACTTTGACCA----A-ACAG------TTAGGGCT---A-G-A-C-A----G-----TAC-AAT------A--ACT---AT--ATCC-ATCAGAACATCATTGGGATTAATTA----AA----C-AATAA----TAGTAT-ACA-AAC----TGTTT--------TC--A----GACA-----ATCATT--GCTAAGACAG--A-----------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTCTT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGCCA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-GAAA--GGA---CAC----GTGCCACCCATTAAGATTG----AGCACTATCTGAA-ATCTCAA---AG--AGGTA--A------AAGAT-CG--------A-------C-A------T-AGACT----A-A-A-C-A--------------ATTTGA--AA--TCT---TTG-TATATA--AAAACATT-GTAGAA--AATTC----AGT---G-ACCAG----C--AAT-TCA-AAA----TGTTTT---GA--AC--A----TATATTTGCT--AGT--G-TAAGTCAG------TCAATTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AGAGAGACGC-C----------TCCAT-AGAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-AAC-GGG---CAC----GTACAAGC-----AA--TC----AACA-T---TGAGCACTTTTT---AA--AAACACTT------AG-AC-CG--------ATGAGA-AC-G------GTA-GTA----A-ATA-CGA----GGA-C-TAT-ATTCACCAGA--ACA---TTG--CCG-A--AAA----T-TCAGTG--AA-CA----A-----T-AACAAAAACT--GAT-TCC-AAC----CACTC--------TT---------------------T--GCTAAAACA---A---ACAATT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333 1111111111111111111111 111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111111111111 444444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 999 4 4 55 4 3 0 44 111111111111111111111111 77777 33 0 33 33 4 4 55 9999999999 9999999999999999999999 2 666666666666666666666 77 22 888888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2222 33 0000000000000 33 99999999 55 0 66 6666666 4444 99999999 2 33 5555 555555555555555555555555555555555 33 0 1 0 666666 2 6666 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . ... . . .. . . . .. ........................ ..... .. . .. .. . . .. .......... ...................... . ..................... .. .. ......... .............................................................. . .... .. ............. .. ........ .. . .. ....... .... ........ . .. .... ................................. .. . . . ...... . .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 333 0 0 44 0 1 2 22 000000000000000000000000 00000 44 3 22 11 4 4 00 2222222222 6666666666666666666666 1 333333333333333333333 33 99 555555555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7777 77 9999999999999 44 11111111 11 1 55 8888888 8888 88888888 7 99 3333 000000000000000000000000000000000 44 6 0 4 666666 5 0000 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---GTACCGGC-----AG--T-------G----AACACT---TGTG-ATTTN---CT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-NTAGAA--AACCA----AAT---TAACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---GTACCGGC-----AG--T-------G----AACACT---TGTG-ATTTN---CT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---TAACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : -A--AA--------AACA-T-TGAGAA--AATTC----AGT---GACCAA----C--AAT-TCA-AAA----TATTT--C---GAACCC--A----TATA----------T--GCTAAGACAGTCA---AC------T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagccatgcttaaaaatattgatctaccaccttttcaaggaaggaggcaccaccagatgttgacatttctgtataagatggtggaaccacacgtgcatccattaatattgagcactatctgaaatctcagagagttaaacgattcacaagggctaaaaaaattgaagactatgtgtatTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-AAATGGG---CACG----TACCAGC-----GA--TCAACATCG----AGCACT--------ATTTAAAACC---ACTTTGACA---------AA-AG-AG--------A----A--C-G-----------------A-A-A-A-G----GG--------ATTTAT--AA----T---ATGAGAACC-A--AATCTACCAGAGCATC-ATTGAG--AATTC----ATT---GAATAA----T--AATATC--AAC----TGTTT--CCA-G---TT--AATCTT-------------T--GCTGAGACAG--ACAGACAA-TT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgC-----AG--T-------G----GACACT---TGTG-ATTTT---CT---AGTCGGGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GT-G------TGAGGTC----A-A-A-T-C----GG--T-TAC-ATTTGT--AA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-TTAGATTTAACCA----AAT---TAACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTT--T---T---TTTTA----TACA-----A--AGT--ACCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a-----AA--T-------G----GACACA---TGTG-ATTTC---TC---AGTTAGGCA--G------AA--C-TG--------T----ATGC-G------TAAGATT----A-T-A-T-C----AG--T-GGT-ATTTTT--AA--TTA---TTGA-AACT-A--AA--------AACACT-TTCGAA--AACCA----TAT---TATCAA----C--CAT-TCA-AATCAAATGTT-------G---TA--G----TCCA-----A--AGT--GCTAACGCTG--A---ATAT-TT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT----ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GCTG---GTACCGGCTAT--AC--T-------GTCTCAGC-CT---T----ATCTT----T---AACCAGTGA--G------AA----TT--------A----A-AC-G------CAAAGTG----ACA-G-C-A----AG-----GC-GTTT-T--AATGACT---TTAT-TTCA-A--CA--------AGTATC-GTTGAA--AA-TAGTGTAAC---CAACAA----T---AG-CCG---T----TGTTT--C--------C--A----AACT-----ATTATT--GCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-AA--AGGGCACATA---ACAGCGACCAAT-AT--T-------G----AGCACT---T-TA-A--AA---CC---ACTTAGACC--G------AA-G--AG--------A----A-CA-G------TCAGGGCTAGAA-A-A-T-ACGAGGA--C-TAT-ATTC--------ACT----------------AG--------AACATC-GTCTAA--AATTC----AGT---GAACAA----T--TAT-AAG-GAC----TGCTTCCC---G---CCA-A----TAT----------TT--GCTAAAACAG------ACAATTT-T--AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AACCA----AAT---TAACAA----T--CAT-CCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCCAATCCTG--A---ACNN-NN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-CTT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGATCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G---GAG---TATG---GTGCCGGC-----AG--C-------G----GACACC---TGTG-ATCTT---CT---AGTCAAGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GC-G------TAATATC----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGC--TA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-CTAGAA--AACCA----AAT---TAACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCC-A-GAAG-CTC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACACCA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GA--AG-------G---GTAC--GT-----A---T-------A----CATACT---T-----TTTA---A----AGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-G-----------AGAAC----A-A-T-T-A----GGGCTATACAATTTAT--AA--ACTACGTTCA-AAC------A--------AACATT-GTGGAG--AAC
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-GA--GGG---ATTG---GT
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACCGGC-----ttccatctcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaacgacttaatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|2 : T--GCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattactgcaaaaacagaaacactcaagaactcttattttcccaagactattatagactggaaccacctacaggacgaacaagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|20 : tgctttactgacatgctcagggactttgacatgcaaaccttacaacagcgcagaaaggagctacgcctgaccttcctgttcaaggtggtggaggggttggtaccggctataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattac-AAC----TGTTT--C-------CT--G----T-CA-----A--TATTTGCCAACACAG--T----CAA-TT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|22 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgaacatcctccagaatttagtgaacaaaaaaacG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACCGGC-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-AA--GGG---GTTG---GTAGCGGC-----tctaccatttcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaatgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|24 : acaccaCA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACTGAC-----tataccatctcagccttatcttaaaccagtgaaaattaaacaaagtgtcagcaaggcattttaacgattttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-A-AG-------G-ACCTTACATTCC-CACT--ACAA---GGA-AGA--CG--ACGTCA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-AA--GGG---CAC----GTACCAGC-----GA--T-------C----AACAtttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|26 : tA--GGG---CATG----TACCGGC-----TA--T-------C----AACATT---GACC-ACTAT---CT---A---AGACC--A------AA-AC--G--------A----A-CT-G------TCAGGGC----A-A-AAC-A----G-----TAC-----GA--GG--ACT---TT-A-TTCAGA--AA--------AATATT-GTAGAA--AACAG----TGT---GAACAA----T--tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|3 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTTCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-GG--GGG---TATG---GTGCCGGC-----AG--T-------G----GACACT---TGTG-ATTTA---CT---AGTCAGGCA--G------AA-ACACA--------A----A-GC-G------TTAGGTC----A-A-A-C-A----GA--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---TAACAG----T--CAT-TCA-GAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--AGT--GCCAATACCG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGat
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTTCA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-GG--GGT---TATG---GTGACAGC-----AG--T-------G----GACACT---TGTG-ATTTT---CT---AGTCAGACA--G------AA-AC-CC--------A----A-G-------------GTG----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGC--AA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-TTAGAA--AAACA----AAT---TAACAA----T--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--AGT--ATCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCT-CCA-GGAG-CTC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--CCA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-AA--GGG---CAC----GTACCAGC-----CA--T-------C----AATA-T---TGAG-CACTA---CTTAAAGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-GA-GAACAATTAGGGTT----A-A-A-C-A--------------ATTCAT--AA--ACTACATTCA-AAC------A--------AACATT-GTGGAA--AACTC----GATCTGTAACAA-------CA----GCAAG----TGCTT--TAAGA---CT--A----T-CA-----A----T--GCAAAAAGTG--A---A-AA-CT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATTCA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-GA--A------ATG---GTGCTGGC-----AG--T-------G----AACGTC---TGTG-ATTTC---TT---AG----GTA--G------AA-AT-CT--------A----A-GT-G------TACGGTT----A-A-A-T-C----AG--T-GAC-ATTTTC--AA--ACA---TAGA-AACA-A--GA--------AACATT-TTAAAA--AAACA----AAT---TACCAA----C--TAT-TCA-AAC----TGGTT--T---G---TA--G----TGCA-----A--TGT--GCTAAGACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-CTG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGCCATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAAA--GGG---CATACATGTAATAGC-----AA--T-------T----AACA-------------------------TCAAACA--GTATTAAAA-AC-CACTTTGACCA----A-ACAG------TTAGGGCT---A-G-A-C-A----G-----TAC-AAT------A--ACT---AT---ATCC-ATCAG--------AACATCATTGGGATTAATTA----AA----CAATAA----TAGTAT-ACA-AAC----TGTTT----------TC--A----GACA-----ATCATT--GCTAAGACAG--A------------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTCTT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGCCA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-GAAA--GGA---CAC----GTGCCACCCATTAAGATT-------G----AGCACTATCTGAA-ATCTC---AA---AG--AGGTA--A------AAGAT-CG--------A-------C-A------T-AGACT----A-A-A-C-A--------------ATTTGA--AA--TCT---TTG--TATATA--AA--------AACATT-GTAGAA--AATTC----AGT---GACCAG----C--AAT-TCA-AAA----TGTTT--T---GA--AC--A----TATATTTGCT--AGT--G-TAAGTCAG------TCAA-TTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AGAGAGACGC-C----------TCCAT-AGAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-AAC-GGG---CAC----GTACAAGC-----AA--T-------C----AACA-T---TGAGCACTTT---TT---AA--AAACACTT------AG-AC-CG--------ATGAGA-AC-G------GTA-GTA----A-ATA-CGA----GGA-C-TAT-ATTCACCAGA--ACA---TTG---CCG-A--AA--------A----T-TCAGTG--AA-CA----A-----TAACAAAAACT--GAT-TCC-AAC----CACTC----------TT---------------------T--GCTAAAACA---A---ACAA-TT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333 111111111 11111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 999 4 4 55 4 3 0 44 111111111111111111111111 77777 33 0 33 33 4 4 55 9999999999 555555555 55555 88888888888888888888888888 77 22 888888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 999 33 4444444444444 33 88888888 33 2 66 9999999 7777 555 2 44 5555 77777777777777777777777777777777777777777777 0 1 0 666666 2 6666 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . ... . . .. . . . .. ........................ ..... .. . .. .. . . .. .......... ......... ..... .......................... .. .. ......... .............................................................. . ... .. ............. .. ........ .. . .. ....... .... ... . .. .... ............................................ . . . ...... . .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 333 0 0 44 0 1 2 22 000000000000000000000000 00000 44 3 22 11 4 4 00 2222222222 444444444 77777 33333333333333333333333333 33 99 555555555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 222 77 8888888888888 22 55555555 44 5 11 5555555 7777 666 5 00 0000 11111111111111111111111111111111111111111111 6 0 4 666666 5 0000 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---GTACCGGC-----AG--TG----AACACT---TGTG----ATTTN---CT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATC-GTNGAA--AACCA----AAT---TAACAAT--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---GTACCGGC-----AG--TG----AACACT---TGTG----ATTTN---CT---AGTCAGGCA--G------AA-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-NTAGAA--AACCA----AAT---TAACAAT--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : -A--AA--------AACATT-G-AGAA--AATTC----AGT---GACCAAC--AAT-TCA-AAA----TATTT--C---GAACCC--A----TATA--------------T------GCTAAGACAGTCA---AC------T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagccatgcttaaaaatattgatctaccaccttttcaaggaaggaggcaccaccagatgttgacatttctgtataagatggtggaaccacacgtgcatccattaatattgagcactatctgaaatctcagagagttaaacgattcacaagggctaaaaaaattgaagactatgtgtatTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-AAATGGG---CACG----TACCAGC-----GA--TC----AACA-T---CGAGCACTATTTAAAACC---ACTTTGACA---------AA-AG-AG--------A----A--C-G-----------------A-A-A-A-G----GG--------ATTTATAA----T---ATGAGAACC-A--AATCTACCAGAGCATC-ATTGAG--AATTC----ATT---GAATAAT--AATATC--AAC----TGTTT--CCA-G---TT--AATCTT-----------------T------GCTGAGACAG--ACAGACAA-TT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTTT---CT---AGTCGGGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GT-G------TGAGGTC----A-A-A-T-C----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-TTAGATTTAACCA----AAT---TAACAAT--CAT-TCG-AAC----TGTTT--T---T---TTTTA----TACA-----A--A----GT------ACCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a-----AA--TG----GACACA---TGTG----ATTTC---TC---AGTTAGGCA--G------AA--C-TG--------T----ATGC-G------TAAGATT----A-T-A-T-C----AG--T-GGT-ATTTTTAA--TTA---TTGA-AACT-A--AA--------AACACT-TTCGAA--AACCA----TAT---TATCAAC--CAT-TCA-AATCAAATGTT-------G---TA--G----TCCA-----A--A----GT------GCTAACGCTG--A---ATAT-TT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT----ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GCTG---GTACCGGCTAT--AC--TGTCTCAGC-CT---T-------ATCTT----T---AACCAGTGA--G------AA----TT--------A----A-AC-G------CAAAGTG----ACA-G-C-A----AG-----GC-GTTT-TAATGACT---TTAT-TTCA-A--CA--------AGTATC-GTTGAA--AA-TAGTGTAAC---CAACAAT---AG-CCG---T----TGTTT--C--------C--A----AACT-----ATTA----TT------GCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-AA--AGGGCACATA---ACAGCGACCAAT-AT--TG----AGCACT---T-TA----A--AA---CC---ACTTAGACC--G------AA-G--AG--------A----A-CA-G------TCAGGGCTAGAA-A-A-T-ACGAGGA--C-TAT-ATTC------ACT----------------AG--------AACATC-GTCTAA--AATTC----AGT---GAACAAT--TAT-AAG-GAC----TGCTTCCC---G---CCA-A----TAT--------------TT------GCTAAAACAG------ACAATTT-T--AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AACCA----AAT---TAACAAT--CAT-CCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCCAATCCTG--A---ACNN-NN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-CTT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGATCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G---GAG---TATG---GTGCCGGC-----AG--CG----GACACC---TGTG----ATCTT---CT---AGTCAAGCA--G------AA-AC-CT--------A----A-GC-G------TAATATC----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCTA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-CTAGAA--AACCA----AAT---TAACAAT--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCC-A-GAAG-CTC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACACCA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GA--AG-------G---GTAC--GT-----A---TA----CATACT---T--------TTTA---A----AGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-G-----------AGAAC----A-A-T-T-A----GGGCTATACAATTTATAA--ACTACGTTCA-AAC------A--------AACATT-GTGGAG--AAC
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-GA--GGG---ATTG---GT
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACCGGC-----ttccatctcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaacgacttaatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|2 : CA-A--CA--------GATATC-GTTGAA--AA--A----AGTG--TAACCAA--CAA-T---AGC----CGTT-------G---TT--T----T-CA-----A--A----CTATTACTGCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattactgcaaaaacagaaacactcaagaactcttattttcccaagactattatagactggaaccacctacaggacgaacaagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|20 : tgctttactgacatgctcagggactttgacatgcaaaccttacaacagcgcagaaaggagctacgcctgaccttcctgttcaaggtggtggaggggttggtaccggctataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatct-AAC----TGTTT--C-------CT--G----T-CA-----A--T----ATTT----GCCAACACAG--T----CAA-TT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|22 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgaacatcctccagaatttagtgaacaaaaaaacG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACCGGC-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-AA--GGG---GTTG---GTAGCGGC-----tctaccatttcagccttatcttaaaccagtgagaattaaacgcaaagtgtcagcaaggcattttaatgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|24 : acaccaCA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---GTACTGAC-----tataccatctcagccttatcttaaaccagtgaaaattaaacaaagtgtcagcaaggcattttaacgattttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-A-AG-------G-ACCTTACATTCC-CACT--ACAA---GGA-AGA--CG--ACGTCA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-AA--GGG---CAC----GTACCAGC-----GA--TC----AACAtttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|26 : tA--GGG---CATG----TACCGGC-----TA--TC----AACATT---GACC----ACTAT---CT---A---AGACC--A------AA-AC--G--------A----A-CT-G------TCAGGGC----A-A-AAC-A----G-----TAC-----GAGG--ACT---TT-A-TTCAGA--AA--------AATATT-GTAGAA--AACAG----TGT---GAACAAT--tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|3 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTTCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-GG--GGG---TATG---GTGCCGGC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTTA---CT---AGTCAGGCA--G------AA-ACACA--------A----A-GC-G------TTAGGTC----A-A-A-C-A----GA--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-TTAGAA--AACCA----AAT---TAACAGT--CAT-TCA-GAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCCAATACCG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGat
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTTCA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-GG--GGT---TATG---GTGACAGC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTTT---CT---AGTCAGACA--G------AA-AC-CC--------A----A-G-------------GTG----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-AACA-A--AA--------AACATT-TTAGAA--AAACA----AAT---TAACAAT--CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------ATCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCT-CCA-GGAG-CTC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--CCA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-AA--GGG---CAC----GTACCAGC-----CA--TC----AATA-T---TGAG----CACTA---CTTAAAGACA--CA--G------AG-AC-CA--------A----A-GA-GAACAATTAGGGTT----A-A-A-C-A--------------ATTCATAA--ACTACATTCA-AAC------A--------AACATT-GTGGAA--AACTC----GATCTGTAACAA---CA----GCAAG----TGCTT--TAAGA---CT--A----T-CA-----A--------T------GCAAAAAGTG--A---A-AA-CT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATTCA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-GA--A------ATG---GTGCTGGC-----AG--TG----AACGTC---TGTG----ATTTC---TT---AG----GTA--G------AA-AT-CT--------A----A-GT-G------TACGGTT----A-A-A-T-C----AG--T-GAC-ATTTTCAA--ACA---TAGA-AACA-A--GA--------AACATT-TTAAAA--AAACA----AAT---TACCAAC--TAT-TCA-AAC----TGGTT--T---G---TA--G----TGCA-----A--T----GT------GCTAAGACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-CTG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGCCATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAAA--GGG---CATACATGTAATAGC-----AA--TT----AACA----------------------------TCAAACA--GTATTAAAA-AC-CACTTTGACCA----A-ACAG------TTAGGGCT---A-G-A-C-A----G-----TAC-AAT----A--ACT---AT---ATCC-ATCAG--------AACATCATTGGGATTAATTA----AA----CAATAATAGTAT-ACA-AAC----TGTTT----------TC--A----GACA-----ATCA----TT------GCTAAGACAG--A------------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTCTT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGCCA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-GAAA--GGA---CAC----GTGCCACCCATTAAGATTG----AGCACTATCTGAA----ATCTC---AA---AG--AGGTA--A------AAGAT-CG--------A-------C-A------T-AGACT----A-A-A-C-A--------------ATTTGAAA--TCT---TTG--TATATA--AA--------AACATT-GTAGAA--AATTC----AGT---GACCAGC--AAT-TCA-AAA----TGTTT--T---GA--AC--A----TATATTTGCT--A----GT------G-TAAGTCAG------TCAA-TTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AGAGAGACGC-C----------TCCAT-AGAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-AAC-GGG---CAC----GTACAAGC-----AA--TC----AACA-T---TGAGC---ACTTT---TT---AA--AAACACTT------AG-AC-CG--------ATGAGA-AC-G------GTA-GTA----A-ATA-CGA----GGA-C-TAT-ATTCAC-----C-----------------AG--------AACATT-GCCGAA--AATTC----AGT---GAACAAT--AAC-AAA-AAC----TGATT--C------------------CA-----ACCACTCTTT------GCTAAAACA---A---ACAA-TT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 44444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 999 4 4 55 4 3 0 44 111111111111111111111111 77777 33 0 33 33 4 4 55 9999999999 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 77777777 1 22 1111111 99999 888888 2 44 5555 77777777777777777777777777777777777777777777 0 1 0 666666 2 6666 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . ... . . .. . . . .. ........................ ..... .. . .. .. . . .. .......... . .................................................................................................................................................................... ... ........ . .. ....... ..... ...... . .. .... ............................................ . . . ...... . .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 333 0 0 44 0 1 2 22 000000000000000000000000 00000 44 3 22 11 4 4 00 2222222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 22222222 0 66 5555555 22222 333333 5 00 0000 11111111111111111111111111111111111111111111 6 0 4 666666 5 0000 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---G-TACCGGC-----AG--TG----AACACT---TGNG----ATTT--N---CT---AGTCAG-GCA--G------A--A-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-AA---CA-A--AA--------AACATCGTNGAA--AACCN----AAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---G-TACCGGC-----AG--TG----AACACT---TGTG----ATTT--N---CT---AGTCAG-GCA--G------A--A-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-AA---CA-A--AA--------AACATCGTNGAA--AACCA----AAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : -A--AA--------AACATTG-AGAA--AATTC----AGT---G-ACCAAC-----AAT-TCA-AAA----TATTT--C---GAACCC--A----TATA--------------T------GCTAAGACAGTCA---AC------T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagccatgcttaaaaatattgatctaccaccttttcaaggaaggaggcaccaccagatgttgacatttctgtataagatggtggaaccacacgtgcatccattaatattgagcactatctgaaatctcagagagttaaacgattcacaagggctaaaaaaattgaagactatgtgtatTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-AAATGGG---CACG-----TACCAGC-----GA--TC----AACA-T---CGAGCACTATTT--AAAACC---ACTTTG-ACA---------A--A-AG-AG--------A----A--C-G-----------------A-A-A-A-G----GG--------ATTTATAA----T---ATGAGAA---CC-A--AATCTACCAGAGCATCATTGAG--AATTC----ATT---G-AATAAT-----AATATC--AAC----TGTTT--CCA-G---TT--AATCTT-----------------T------GCTGAGACAG--ACAGACAA-TT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTT--T---CT---AGTCGG-GCA--G------A--A-AC-CT--------A----A-GT-G------TGAGGTC----A-A-A-T-C----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-AA---CA-A--AA--------AACATTTTAGATTTAACCA----AAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--T---T---TTTTA----TACA-----A--A----GT------ACCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a-----AA--TG----GACACA---TGTG----ATTT--C---TC---AGTTAG-GCA--G------A--A--C-TG--------T----ATGC-G------TAAGATT----A-T-A-T-C----AG--T-GGT-ATTTTTAA--TTA---TTGA-AA---CT-A--AA--------AACACTTTCGAA--AACCA----TAT---T-ATCAAC-----CAT-TCA-AATCAAATGTT-------G---TA--G----TCCA-----A--A----GT------GCTAACGCTG--A---ATAT-TT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT----ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GCTG---G-TACCGGCTAT--AC--TGTCTCAGC-CT---T-------ATCT--T----T---AACCAG-TGA--G------A--A----TT--------A----A-AC-G------CAAAGTG----ACA-G-C-A----AG-----GC-GTTT-TAATGACT---TTAT-TT---CA-A--CA--------AGTATCGTTGAA--AA-TAGTGTAAC---C-AACAAT------AG-CCG---T----TGTTT--C--------C--A----AACT-----ATTA----TT------GCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-AA--AGGGCACATA---A-CAGCGACCAAT-AT--TG----AGCACT---T-TA----A--A--A---CC---ACTTAG-ACC--G------A--A-G--AG--------A----A-CA-G------TCAGGGCTAGAA-A-A-T-ACGAGGA--C-TAT-ATTC------ACT-------------------AG--------AACATCGTCTAA--AATTC----AGT---G-AACAAT-----TAT-AAG-GAC----TGCTTCCC---G---CCA-A----TAT--------------TT------GCTAAAACAG------ACAATTT-T--AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AACCA----AAT---T-AACAAT-----CAT-CCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCCAATCCTG--A---ACNN-NN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-CTT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGATCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G---GAG---TATG---G-TGCCGGC-----AG--CG----GACACC---TGTG----ATCT--T---CT---AGTCAA-GCA--G------A--A-AC-CT--------A----A-GC-G------TAATATC----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCTA--ACT---TTGA-AA---CA-A--AA--------AACATTCTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCC-A-GAAG-CTC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACACCA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GA--AG-------G---G-TAC--GT-----A---TA----CATACT---T--------TTT--A---A----AGACA---CA--G------A--G-AC-CA--------A----A-G-----------AGAAC----A-A-T-T-A----GGGCTATACAATTTATAA--ACTACGTTCA-AA---C------A--------AACATTGTGGAG--AAC
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-GA--GGG---ATTG---GTTTCCATC---------TC----AGC-CT---TAT------CTTAAA---CC---AGTGAG-AAT--T------A--A-ACGCA--------A----A-GT-G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAACGACT---T----AATCTCA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AA
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---G-TACCGGC-----tagtgtaac
gi|2 : ---CA-A--CA--------GATATCGTTGAA--AA--A----AGTG--T-AACCAA-----CAA-T---AGC----CGTT-------G---TT--T----T-CA-----A--A----CTATTACTGCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatctcaacagatatcgttgaaaaaagtgtaaccaacaatagccgttgttttcaaactattactgcaaaaacagaaacactcaagaactcttattttcccaagactattatagactggaaccacctacaggacgaacaagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|20 : tgctttactgacatgctcagggactttgacatgcaaaccttacaacagcgcagaaaggagctacgcctgaccttcctgttcaaggtggtggaggggttggtaccggctataccgtctcagccttatcttaaaccacagggaattaaacgcaaactaacaaggcgtcttaacgactttatct-AAC----TGTTT--C-------CT--G----T-CA-----A--T----ATTT----GCCAACACAG--T----CAA-TT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|22 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgaacatcctccagaatttagtgaacaaaaaaacG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---G-TACCGGC-----TC--T-----ACCATT---TCAG----CCTTA-T---CTTA-AACCAG-TGA--GAATT--A--A-ACGCA--------A----A-GT-G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAATGACT---TTAT-CT---CA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AAaataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-AA--GGG---GTTG---G-TAGCGGC-----TA--T-----ACCATC---TCAG----CCTTA-T---CTTA-AACCAGTGAA--A------ATTA-AA-CA--------A----A-GT-G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAACGATT---TTAT-CT---CA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AAtagtgtaac
gi|24 : acaccaCA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---G-TACTGAC-----tagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-A-AG-------G-ACCTTACATTCC-CACT--ACAA---GGA-AGA--CG--ACGTCA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-AA--GGG---CAC----G-TACCAGC-----GA--TC----AACAtttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|26 : tA--GGG---CATG-----TACCGGC-----TA--TC----AACATT---GACC----ACTA--T---CT---A---AG-ACC--A------A--A-AC--G--------A----A-CT-G------TCAGGGC----A-A-AAC-A----G-----TAC-----GAGG--ACT---TT-A-TT---CAGA--AA--------AATATTGTAGAA--AACAG----TGT---G-AACAAT-----tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|3 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTTCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-GG--GGG---TATG---G-TGCCGGC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTT--A---CT---AGTCAG-GCA--G------A--A-ACACA--------A----A-GC-G------TTAGGTC----A-A-A-C-A----GA--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-AA---CA-A--AA--------AACATTTTAGAA--AACCA----AAT---T-AACAGT-----CAT-TCA-GAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------GCCAATACCG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGat
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTTCA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-GG--GGT---TATG---G-TGACAGC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTT--T---CT---AGTCAG-ACA--G------A--A-AC-CC--------A----A-G-------------GTG----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-AA---CA-A--AA--------AACATTTTAGAA--AAACA----AAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT------ATCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCT-CCA-GGAG-CTC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--CCA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-AA--GGG---CAC----G-TACCAGC-----CA--TC----AATA-T---TGAG----CACT--A---CTTAAAGACA---CA--G------A--G-AC-CA--------A----A-GA-GAACAATTAGGGTT----A-A-A-C-A--------------ATTCATAA--ACTACATTCA-AA---C------A--------AACATTGTGGAA--AACTC----GATCTGT-AACAA------CA----GCAAG----TGCTT--TAAGA---CT--A----T-CA-----A--------T------GCAAAAAGTG--A---A-AA-CT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATTCA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-GA--A------ATG---G-TGCTGGC-----AG--TG----AACGTC---TGTG----ATTT--C---TT---AG-----GTA--G------A--A-AT-CT--------A----A-GT-G------TACGGTT----A-A-A-T-C----AG--T-GAC-ATTTTCAA--ACA---TAGA-AA---CA-A--GA--------AACATTTTAAAA--AAACA----AAT---T-ACCAAC-----TAT-TCA-AAC----TGGTT--T---G---TA--G----TGCA-----A--T----GT------GCTAAGACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-CTG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGCCATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAAA--GGG---CATACATG-TAATAGC-----AA--TT----AACA------------------------------TCAA-ACA--GTATTAAA--A-AC-CACTTTGACCA----A-ACAG------TTAGGGCT---A-G-A-C-A----G-----TAC-AAT----A--ACT---AT---AT---CC-ATCAG--------AACATCATTGGG--A--TT----AAT---TAAACAATAATAGTAT-ACA-AAC----TGTTT----------TC--A----GACA-----ATCA----TT------GCTAAGACAG--A------------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTCTT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGCCA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-GAAA--GGA---CAC----G-TGCCACCCATTAAGATTG----AGCACTATCTGAA----ATCT--C---AA---AG--AG-GTA--A------A--AGAT-CG--------A-------C-A------T-AGACT----A-A-A-C-A--------------ATTTGAAA--TCT---TTG--TA---TATA--AA--------AACATTGTAGAA--AATTC----AGT---G-ACCAGC-----AAT-TCA-AAA----TGTTT--T---GA--AC--A----TATATTTGCT--A----GT------G-TAAGTCAG------TCAA-TTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AGAGAGACGC-C----------TCCAT-AGAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-AAC-GGG---CAC----G-TACAAGC-----AA--TC----AACA-T---TGAGC---ACTT--T---TT---AA--AA-ACACTT------A--G-AC-CG--------ATGAGA-AC-G------GTA-GTA----A-ATA-CGA----GGA-C-TAT-ATTCAC-----C--------------------AG--------AACATTGCCGAA--AATTC----AGT---G-AACAAT-----AAC-AAA-AAC----TGATT--C------------------CA-----ACCACTCTTT------GCTAAAACA---A---ACAA-TT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 5555555555555555555555555555555555555 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 999 4 4 55 4 3 0 44 111111111111111111111111 77777 33 0 33 33 4 2 55 999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 222 66666666 1 22 999999 88888 111111 33 44 5555 1111111111111111111111111111111111111 33 0 1 0 666666 2 6666 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . ... . . .. . . . .. ........................ ..... .. . .. .. . . .. ............ ................................................................................................................................................................... .. ... ........ . .. ...... ..... ...... .. .. .... ..................................... .. . . . ...... . .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 333 0 0 44 0 1 2 22 000000000000000000000000 00000 44 3 22 11 4 2 00 555555555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 999 99999999 0 55 333333 11111 666666 55 88 0000 5555555555555555555555555555555555555 44 6 0 4 666666 5 0000 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---G-TACCGGC-----AA--TG----AACACT---TGNG----ATTT---N---CT---AGTCAG-GCA--G------A--A-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAAT---N-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TC--A----TACA-----A--A----GT--GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-CTC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNTCA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---CATG---G-TACCGGC-----AG--TG----AACACT---TGNG----ATTT---N---CT---AGTCAG-GCA--G------A--A-AC-CG--------A----A-GC-G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT--GCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : -A--AA--------AACATTG-AGAA--AA---TTCAGT---G-ACCAAC-----AAT-TCA-AAA----TATTT--C---GAACCC--A----TATA--------------T--GCTAAGACAGTCA---AC------T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagccatgcttaaaaatattgatctaccaccttttcaaggaaggaggcaccaccagatgttgacatttctgtataagatggtggaaccacacgtgcatccattaatattgagcactatctgaaatctcagagagttaaacgattcacaagggctaaaaaaattgaagactatgtgtatTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-AAATGGG---CACG-----TACCAGC-----GA--TC----AACA-T---CGAGCACTATTT---AAAACC---ACTTTG-ACA---------A--A-AG-AG--------A----A--C-G-----------------A-A-A-A-G----GG--------ATTTATAA----T---ATGAGA-A---CC-A--AATCTACCAGAGCATCATTGAG--AA---TTCATT---G-AATAAT-----AATATC--AAC----TGTTT--CCA-G---TT--AATCTT-----------------T--GCTGAGACAG--ACAGACAA-TT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTT---T---CT---AGTCGG-GCA--G------A--A-AC-CT--------A----A-GT-G------TGAGGTC----A-A-A-T-C----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTTTAGATTTAA---CCAAAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--T---T---TTTTA----TACA-----A--A----GT--ACCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a-----AA--TG----GACACA---TGTG----ATTT---C---TC---AGTTAG-GCA--G------A--A--C-TG--------T----ATGC-G------TAAGATT----A-T-A-T-C----AG--T-GGT-ATTTTTAA--TTA---TTGA-A-A---CT-A--AA--------AACACTTTCGAA--AA---CCATAT---T-ATCAAC-----CAT-TCA-AATCAAATGTT-------G---TA--G----TCCA-----A--A----GT--GCTAACGCTG--A---ATAT-TT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT----ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GCTG---G-TACCGGCTAT--AC--TGTCTCAGC-CT---T-------ATCT---T----T---AACCAG-TGA--G------A--A----TT--------A----A-AC-G------CAAAGTG----ACA-G-C-A----AG-----GC-GTTT-TAATGACT---TTAT-T-T---CA-A--CA--------AGTATCGTTGAA--AATAGTGTAAC---C-AACAAT------AG-CCG---T----TGTTT--C--------C--A----AACT-----ATTA----TT--GCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-AA--AGGGCACATA---A-CAGCGACCAAT-AT--TG----AGCACT---TTAA----A------A---CC---ACTTAG-ACC--G------A--A-G--AG--------A----A-CA-G------TCAGGGCTAGAA-A-A-T-ACGAGGA--C-TAT-ATTC------ACT--------------------AG--------AACATCGTCTAA--AA---TTCAGT---G-AACAAT-----TAT-AAG-GAC----TGCTTCCC---G---CCA-A----TAT--------------TT--GCTAAAACAG------ACAATTT-T--AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AA---CCAAAT---T-AACAAT-----CAT-CCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT--GCCAATCCTG--A---ACNN-NN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-CTT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGATCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G---GAG---TATG---G-TGCCGGC-----AG--CG----GACACC---TGTG----ATCT---T---CT---AGTCAA-GCA--G------A--A-AC-CT--------A----A-GC-G------TAATATC----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCTA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTCTAGAA--AA---CCAAAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCC-A-GAAG-CTC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACACCA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GA--AG-------G---G-TAC--GT-----A---TA----CATACT---T--------TTT---A---A----AGACA---CA--G------A--G-AC-CA--------A----A-G-----------AGAAC----A-A-T-T-A----GGGCTATACAATTTATAA--ACTACGTTCA-A-A---C------A--------AACATTGTGGAG--AA---C
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-GA--GGG---ATTG---GTTTCCATC---------TC----AGC-CT---T-------ATCTTAAA---CC---AGTGAG-AAT--T------A--A-ACGCA--------A----A-GT-G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAACGACT---T----A-ATCTCA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AA---
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-CTTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---G-TACCGGC-----TA--T-----ACCGTC---TCAG----CCTTA--T---CTTA-AACCA---CA--G------G--G-AA-TT--------A----A-AC-G------CAAACT-------A-A-C-A----AG-----GC-GTCT-TAACGACT---TTAT-C-T---CA-A--CA--------GATATCGTTGAA--AAAAGTGTAAC---C-AACAAT------AG-CCG---T----TGTTT----------TC--A----AACT-----ATTA----CT--GCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tagtgtaac
gi|20 : --------AACATCCTCCAG--AA---TTTAGT---G-AACAAA-----AAA-AC--AAC----TGTTT--C-------CT--G----T-CA-----A--T----ATTTGCCAACACAG--T----CAA-TT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|22 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgG--AGCT----AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---G-TACCGGC-----TC--T-----ACCATT---TCAG----CCTTA--T---CTTA-AACCAG-TGA--GAATT--A--A-ACGCA--------A----A-GT-G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAATGACT---TTAT-C-T---CA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AA---aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-AA--GGG---GTTG---G-TAGCGGC-----TA--T-----ACCATC---TCAG----CCTTA--T---CTTA-AACCAGTGAA--A------ATTA-AA-CA--------A----A-GT-G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAACGATT---TTAT-C-T---CA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AA---tagtgtaac
gi|24 : acaccaCA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA--GGG---GTTG---G-TACTGAC-----tagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-A-AG-------G-ACCTTACATTCC-CACT--ACAA---GGA-AGA--CG--ACGTCA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-AA--GGG---CAC----G-TACCAGC-----GA--TC----AACAtttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|26 : tA--GGG---CATG-----TACCGGC-----TA--TC----AACATT---GACC----ACTA---T---CT---A---AG-ACC--A------A--A-AC--G--------A----A-CT-G------TCAGGGC----A-A-AAC-A----G-----TAC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--AA--------AATATTGTAGAA--AA---CAGTGT---G-AACAAT-----tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|3 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTTCA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-GG--GGG---TATG---G-TGCCGGC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTT---A---CT---AGTCAG-GCA--G------A--A-ACACA--------A----A-GC-G------TTAGGTC----A-A-A-C-A----GA--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTTTAGAA--AA---CCAAAT---T-AACAGT-----CAT-TCA-GAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT--GCCAATACCG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGat
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-CTC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTTCA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-GG--GGT---TATG---G-TGACAGC-----AG--TG----GACACT---TGTG----ATTT---T---CT---AGTCAG-ACA--G------A--A-AC-CC--------A----A-G-------------GTG----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTTTAGAA--AA---ACAAAT---T-AACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTTT--C---G---TT--A----TACA-----A--A----GT--ATCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCT-CCA-GGAG-CTC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--CCA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-AA--GGG---CAC----G-TACCAGC-----CA--TC----AATA-T---TGAG----CACT---A---CTTAAAGACA---CA--G------A--G-AC-CA--------A----A-GA-GAACAATTAGGGTT----A-A-A-C-A--------------ATTCATAA--ACTACATTCA-A-A---C------A--------AACATTGTGGAA--AA---CTCGATCTGT-AACAA------CA----GCAAG----TGCTT--TAAGA---CT--A----T-CA-----A--------T--GCAAAAAGTG--A---A-AA-CT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATTCA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-GA--A------ATG---G-TGCTGGC-----AG--TG----AACGTC---TGTG----ATTT---C---TT---AG-----GTA--G------A--A-AT-CT--------A----A-GT-G------TACGGTT----A-A-A-T-C----AG--T-GAC-ATTTTCAA--ACA---TAGA-A-A---CA-A--GA--------AACATTTTAAAA--AA---ACAAAT---T-ACCAAC-----TAT-TCA-AAC----TGGTT--T---G---TA--G----TGCA-----A--T----GT--GCTAAGACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-CTG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGCCATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAAA--GGG---CATACATG-TAATAGC-----AA--TT----AACA-------------------------------TCAA-ACA--GTATTAAA--A-AC-CACTTTGACCA----A-ACAG------TTAGGGCT---A-G-A-C-A----G-----TAC-AAT----A--ACT---AT---A-T---CC-ATCAG--------AACATCATTGGG--A-----TTAAT---TAAACAATAATAGTAT-ACA-AAC----TGTTT----------TC--A----GACA-----ATCA----TT--GCTAAGACAG--A------------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTCTT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGCCA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-G-AA--AGGA--CACG-----TGCCACCCATTAAGATTG----AGCACTATCTGAA----ATCT---C---AA---AG--AG-GTA--A------A--AGAT-CG--------A-------C-A------T-AGACT----A-A-A-C-A--------------ATTTGAAA--TCT---TTGT-ATA---TA-A--AA--------A-CATTGTAGAA--AA---TTCAGT---G-ACCAGC-----AAT-TCA-AAA----TGTTT--T---GA--AC--A----TATATTTGCT--A----GT--G-TAAGTCAG------TCAA-TTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AGAGAGACGC-C----------TCCAT-AGAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-AAC-GGG---CAC----G-TACAAGC-----AA--TC----AACA-T---TGAGC---ACTT---T---TT---AA--AA-ACACTT------A--G-AC-CG--------ATGAGA-AC-G------GTA-GTA----A-ATA-CGA----GGA-C-TAT-ATTC------ACC--------------------AG--------AACATTGCCGAA--AA---TTCAGT---G-AACAAT-----AAC-AAA-AAC----TGATT--C------------------CA-----ACCACTCTTT--GCTAAAACA---A---ACAA-TT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|21 ): GGTGGTGAATGGCACATAGGCTACCAGCCATCAACATTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGAACAATAACAATAAGTGCTTTAAACCGATAT
Unaligned ( gi|28 ): TGAAAGGGCACGTACCGGCCATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333 1111111 111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 55555555555555555555555555555555555 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 999 3 3 3 55 3 2 1 33 66666666666666666666666666 66666666 1 33 22 4 2 0000000 333333333333333 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 66666666 1 22 888888 2 4444 111111 33 44 5555 2 11111111111111111111111111111111111 0 1 0 666666 2 6666 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . ... . . . .. . . . .. .......................... ........ . .. .. . . ....... ............... . ......................................................................................................................................................................................... .. ........ . .. ...... . .... ...... .. .. .... . ................................... . . . ...... . .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 000 6 6 6 55 6 9 4 99 11111111111111111111111111 77777777 1 11 88 0 0 2222222 777777777777777 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 33333333 0 33 555555 1 7777 333333 55 88 0000 4 55555555555555555555555555555555555 6 0 4 666666 5 0000 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNT--CA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA-------GGG---CAC---G---G-TACCGG-C----NA---T---N-------AACACT---TGNG----ATT-T---N---CT---AG------TCAG---ACA--G------A--A-AC-CG--------A----A-GC-----G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG----TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-T--C--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNT--CA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-GA-------GGG---CAT---G---G-TACCGG-C----AA---T---G-------AACACT---TGNG----ATT-T---N---CT---AG------TCAG---GCA--G------A--A-AC-CG--------A----A-GC-----G------TNAGGTC----A-A-A-C-A----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-T--C--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : CATGCT-T-A-AAAA-TATT-G-ATCTACCACCTT-TTCA--AGGA---AG--------G--AGGCACCA--CCAGA--TGTTGACATTTCTGT-ATAAGATG--GT-G-GAACCACACGTG---CAT-----------CCAT-T----AA---TATTG-------AGCACTATCTGAA----ATC-T---------------------CAG---AGA--GTT----A--A-AC--G--------A----T-TC-----A------CAAGGGCT---A-A-A-A-A--------------AATTGAAG--ACT---ATGT-GTA---TA-A--AA--------A-CATTG-AGAA--AA---TTCAG-T---GACCAAC-----AAT-TCA-AAA----TATT-T--C--GAACCC--A----TATA-------------TGCTAAGACAGTCA---AC------T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagcTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-AAAT-----GGG---CAC---G-----TACCAG-C----GA---T---C-------AACA-T---CGAGCACTATT-T---AAAACC---AC------TTTG---ACA---------A--A-AG-AG--------A----A--C-----G-----------------A-A-A-A-G----GG--------ATTTATAA----T---ATGAGA-A---CC-A--AATCTACCAGAGCATCATTGAG--AA---TTCAT-T---GAATAAT-----AATATC--AAC----TGTT-T--CCAG---TT--AATCTT----------------TGCTGAGACAG--ACAGACAA-TT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatg-C----AG---T---G-------GACACT---TGTG----ATT-T---T---CT---AG------TCGG---GCA--G------A--A-AC-CT--------A----A-GT-----G------TGAGGTC----A-A-A-T-C----GG--T-TAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTTTAGATTTAA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-T--T--T---TTTTA----TACA-----A--A---GTACCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : a----AA---T---G-------GACACA---TGTG----ATT-T---C---TC---AG------TTAG---GCA--G------A--A--C-TG--------T----ATGC-----G------TAAGATT----A-T-A-T-C----AG--T-GGT-ATTTTTAA--TTA---TTGA-A-A---CT-A--AA--------AACACTTTCGAA--AA---CCATA-T---TATCAAC-----CAT-TCA-AATCAAATGTTGT--A--G---TC---------CA-----A--A---GTGCTAACGCTG--A---ATAT-TT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-C-TT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT------ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA-------GGG---GCT---G---G-TACCGG-C----TA---T---ACTGTCTCAGC-CT---T-------ATC-T---T----T---AA------CCAG---TGA--G------A--A----TT--------A----A-AC-----G------CAAAGTG----ACA-G-C-A----AG-----GC-GTTT-TAATGACT---TTAT-T-T---CA-A--CA--------AGTATCGTTGAA--AATAGTGTAA-C---CAACAAT------AG-CCG---T----TGTT-T--C-------C--A----AACT-----ATTA---TTGCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-AA-------AGGGCACAT---A---A-CAGCGACC----AATATT---G-------AGCACT---TTAA----A-------A---CC---AC------TTAG---ACC--G------A--A-G--AG--------A----A-CA-----G------TCAGGGCTAGAA-A-A-T-ACGAGGA--C-TAT-ATTC------ACT--------------------AG--------AACATCGTCTAA--AA---TTCAG-T---GAACAAT-----TAT-AAG-GAC----TGCT-TCCC--G---CCA-A----TAT-------------TTGCTAAAACAG------ACAATTT-T--AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-CCG-AAC----TGTT-T--C--G---TT--A----TACA-----A--A---GTGCCAATCCTG--A---ACNN-NN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-C-TT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGAT--CA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G--------GAG---TAT---G---G-TGCCGG-C----AG---C---G-------GACACC---TGTG----ATC-T---T---CT---AG------TCAA---GCA--G------A--A-AC-CT--------A----A-GC-----G------TAATATC----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCTA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTCTAGAA--AA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-T--C--A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCC-A-GAAG-C-TC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACAC--CA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GA-------AG----------G---G-TAC--G-T-----A---T---A-------CATACT---T--------TT-T---A---A----AG------ACA-----CA--G------A--G-AC-CA--------A----A-G---------------AGAAC----A-A-T-T-A----GGGCTATACAATTTATAA--ACTACGTTCA-A-A---C------A--------AACATTGTGGAG--AA---C
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT------AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-GA-------GGG---ATT---G---GTTTCCAT-C---------T---C-------AGC-CT---T-------ATC-TTAAA---CC---AG------TGAG---AAT--T------A--A-ACGCA--------A----A-GT-----G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAACGACT---T----A-ATCTCA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AA---
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-C-TTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT------AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA-------GGG---GTT---G---G-TACCGG-C----TA---T-----------ACCGTC---TCAG----CCT-TA--T---CTTA-AA------CCA-----CA--G------G--G-AA-TT--------A----A-AC-----G------CAAACT-------A-A-C-A----AG-----GC-GTCT-TAACGACT---TTAT-C-T---CA-A--CA--------GATATCGTTGAA--AAAAGTGTAA-C---CAACAAT------AG-CCG---T----TGTT-T---------TC--A----AACT-----ATTA---CTGCAAAAACAG--A---AACA-CT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tagtgtaac
gi|20 : --------AACATCCTCCAG--AA---TTTAG-T---GAACAAA-----AAA-AC--AAC----TGTT-T--CCTG---TC--AA---TAT-------------TTGCCAACACAG--T----CAA-TT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|21 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgGGTG--GT-G-AA-------TGG---CACATAG---GCTACCAG-C----CA---T---C-------AACA-T---TGAAC---ACTAT---C---TT---AA------ACCGCTTACA--CT-----A--A-AA-CG--------A----A-CT-----G------TCAGGGC----A-A-AGC-A----G-----TAC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--AA--------AATATTGTGGAA--AA---CAGTG-T---GAACAAT-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|22 : G--AGCT------AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA-------GGG---GTT---G---G-TACCGG-C----TC---T-----------ACCATT---TCAG----CCT-TA--T---CTTA-AA------CCAG---TGA--GAATT--A--A-ACGCA--------A----A-GT-----G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAATGACT---TTAT-C-T---CA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AA---aacaataagtgctttaaaccgatat
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-AA-------GGG---GTT---G---G-TAGCGG-C----TA---T-----------ACCATC---TCAG----CCT-TA--T---CTTA-AA------CCAGT--GAA--A------ATTA-AA-CA--------A----A-GT-----G------TCAG--C----A-------A----GG------C-ATTT-TAACGATT---TTAT-C-T---CA-A--CA--------AATATCGTTGAA--AA---tagtgtaac
gi|24 : acacca--CA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-GA-------GGG---GTT---G---G-TACTGA-C----tagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-A-AG--------G-ACCTTACATTCC-CACT--ACAA---GGA-AGA--CG--ACGT--CA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-AA-------GGG---CAC-------G-TACCAG-C----GA---T---C-------AACAtttaccatctcagccttaccttaaaccagtgagaattaaacacaaagtgttaacgactttatctcaacaaatatcgttgaaaatagtgtaac
gi|26 : tA-------GGG---CAT---G-----TACCGG-C----TA---T---C-------AACATT---GACC----ACT-A---T---CT---A---------AG---ACC--A------A--A-AC--G--------A----A-CT-----G------TCAGGGC----A-A-AAC-A----G-----TAC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--AA--------AATATTGTAGAA--AA---CAGTG-T---GAACAAT-----tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|28 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgatttaA-------GGG---CAC---G-----TACCGG-C----CA---T---C-------AACATT---GACC----ACT-A---T---CT---AAAACCGCTAAG---ACC--A------A--A-AC-CA--------A----A-ACGAACTG------TCAGGGC----A-A-AGC-A----G-----TAC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--AA--------AATATTGTGGAA--AA---Cat
gi|3 : tgaaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-C-TC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTT--CA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-GG-------GGG---TAT---G---G-TGCCGG-C----AG---T---G-------GACACT---TGTG----ATT-T---A---CT---AG------TCAG---GCA--G------A--A-ACACA--------A----A-GC-----G------TTAGGTC----A-A-A-C-A----GA--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTTTAGAA--AA---CCAAA-T---TAACAGT-----CAT-TCA-GAC----TGTT-T--C--G---TT--A----TACA-----A--A---GTGCCAATACCG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGagtgt
gi|35 : g---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAG
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-C-TC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTT--CA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-GG-------GGT---TAT---G---G-TGACAG-C----AG---T---G-------GACACT---TGTG----ATT-T---T---CT---AG------TCAG---ACA--G------A--A-AC-CC--------A----A-G-----------------GTG----A-A-A-C-C----GG--T-TAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--AA--------AACATTTTAGAA--AA---ACAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-T--C--G---TT--A----TACA-----A--A---GTATCAATACCA--A---ACAA-TT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCT-CCA-GGAG-C-TC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--C--CA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-AA-------GGG---CAC-------G-TACCAG-C----CA---T---C-------AATA-T---TGAG----CAC-T---A---CTTAAAG------ACA-----CA--G------A--G-AC-CA--------A----A-GA-----GAACAATTAGGGTT----A-A-A-C-A--------------ATTCATAA--ACTACATTCA-A-A---C------A--------AACATTGTGGAA--AA---CTCGA-TCTGTAACAA------CA----GCAAG----TGCT-T---------TA--A----GACT-----ATCA---ATGCAAAAAGTG--A---A-AA-CT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATT--CA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-GA-------A------AT---G---G-TGCTGG-C----AG---T---G-------AACGTC---TGTG----ATT-T---C---TT---AG-------------GTA--G------A--A-AT-CT--------A----A-GT-----G------TACGGTT----A-A-A-T-C----AG--T-GAC-ATTTTCAA--ACA---TAGA-A-A---CA-A--GA--------AACATTTTAAAA--AA---ACAAA-T---TACCAAC-----TAT-TCA-AAC----TGGT-T--T--G---TA--G----TGCA-----A--T---GTGCTAAGACAG--A---ACAA-TT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-C-TG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGC--CATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAAA-------GGG---CAT---ACATG-TAATAG-C----AA---T---T-------AACA--------------------------------------TCAA---ACA--GTATTAAA--A-AC-CACTTTGACCA----A-ACA----G------TTAGGGCT---A-G-A-C-A----G-----TAC-AAT----A--ACT---AT---A-T---CC-ATCAG--------AACATCATTGGG--A-----TTAATT---AAACAATAATAGTAT-ACA-AAC----TGTT-T---------TC--A----GACA-----ATCA---TTGCTAAGACAG--A------------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTC-TT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGC--CA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-G-AA-------AGGA--CAC---G-----TGCCAC-CCATTAAGATT---G-------AGCACTATCTGAA----ATC-T---C---AA---AG--------AG---GTA--A------A--AGAT-CG--------A-------C-----A------T-AGACT----A-A-A-C-A--------------ATTTGAAA--TCT---TTGT-ATA---TA-A--AA--------A-CATTGTAGAA--AA---TTCAG-T---GACCAGC-----AAT-TCA-AAA----TGTT-T--T--GA--AC--A----TATATTTGCT--A---GTG-TAAGTCAG------TCAA-TTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AGAGAGACGC-C----------TC--CAT-AGAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-AAC------GGG---CAC-------G-TACAAG-C----AA---T---C-------AACA-T---TGAGC---ACT-T---T---TT---AA--------AA---ACACTT------A--G-AC-CG--------ATGAGA-AC-----G------GTA-GTA----A-ATA-CGA----GGA-C-TAT-ATTC------ACC--------------------AG--------AACATTGCCGAA--AA---TTCAG-T---GAACAAT-----AAC-AAA-AAC----TGAT-T--C-------C--A-----ACC-----A--CTCTTTGCTAAAACA---A---ACAA-TT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|30 ): AAAGGGCACGTACCGGCTATCAACATTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTAGAAAACAGTGT
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33333333333333333333333333 111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 555555555555555555555555555555555 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 0 3 3 3 55 3 2 1 33 66666666666666666666666666 66666666 1 33 22 4 2 1 55 1 22 444444444 0 555555555 5 5555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555 1 22 777777 2 4444 111111 33 44 5555 2 111111111111111111111111111111111 0 1 0 33 6666 8888 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .......................... ........ . .. .. . . . .. . .. ......... . ......... . ....... ........................................................................................................................................................................... ........ . .. ...... . .... ...... .. .. .... . ................................. . . . .. .... .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 9 6 6 6 55 6 9 4 99 11111111111111111111111111 77777777 1 11 88 0 0 7 99 7 11 444444444 2 777777777 7 2222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888 0 11 666666 1 7777 333333 55 88 0000 4 555555555555555555555555555555555 6 0 4 44 2222 5555 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-CA-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNT--CA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-CAC---G---G-TACCGGCNA-------TCAA-------CACT---TGNG----ACT-T---N----CT--AG------TCAG---AC-----A--G------A---A-AC-CG--------AA-GC-----G------TNAG-GNC----AAA-CA---G--G----T-AC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-N-N---CA-A--------AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-CA-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNT--CA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-CAC---G---G-TACCGGCNA-------TNAA-------CACT---TGNG----ATT-T---N----CT--AG------TCAG---AC-----A--G------A---A-AC-CG--------AA-GC-----G------TNAG-GTC----AAA-CA---G--G----T-AC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--------AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : CATGCT-TA-AAAA-TATT-G-ATCTACCACCTT-TTCA--AGGA---AG--------G--AGGCACCA--CCAGA--TGTTGACATTTCTGT-ATAAGATG--GT-G-G-A--ACCA-CAC---GT--G-CATC---CA-------TTAA-------TA-T---TGAGC---ACT-A---T----CT--GAAATC--TCAG---AG-----A--GTT----A---A-AC--G--------AT-TC-----A------CAAG-GGCT---AAA-AA----------------AATTGAAG--ACT---ATGT-GTA---TA-A--------AA--------A-CATTG-AGAA--AA---TTCAG-T---GACCAAC-----AAT-TCA-AAA----TATT-TC--GAACCC--A----TATA-------------TGCTAAGACAGTCA---AC-----T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagcTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-A-AATGG-G-CAC---G-----TACCAGCGA-------TCAA-------CA-T---CGAGCACTATT-T---AAAA-CC--AC------TTTG---AC-----A---------A---A-AG-AG--------AA--C-----G------------------AAA-AG---G--G---------ATTTATAA----T---ATGAGA-A---CC-A--------AATCTACCAGAGCATCATTGAG--AA---TTCAT-T---GAATAAT-----AATATC--AAC----TGTT-TCCAG---TT--AATCTT----------------TGCTGAGACAG--ACAGACAATT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgCAG-------TGGA-------CACT---TGTG----ATT-T---T----CT--AG------TCGG---GC-----A--G------A---A-AC-CT--------AA-GT-----G------TGAG-GTC----AAA-TC---G--G----TTAC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--------AA--------AACATTTTAGATTTAA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TT--T---TTTTA----TACA-----A--A---GTACCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : aA-------TGGA-------CACA---TGTG----ATT-T---C----TC--AG------TTAG---GC-----A--G------A---A--C-TG--------TATGC-----G------TAAG-ATT----ATATCA---GTGG----T-A---TTTTTAA--TTA---TTGA-A-A---CT-A--------AA--------AACACTTTCGAA--AA---CCATA-T---TATCAAC-----CAT-TCA-AATCAAATGTTGTA--G---TC---------CA-----A--A---GTGCTAACGCTG--A---ATATTT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggaTGCATCACTGACATGCT-CA-GGGA-C-TT-GGACCTGCAAACCT-TACA--ACAG---CAC-AGAAAGG--AGCT------ACA-C--C--TTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GCT---G---G-TACCGGCTATACTGTCTCAG-------C-CT---TATC----TTT-A---A----CC--AG------TGAG---AA-----T--T------A---A-ACGCA--------AA-GT-----G------ACAG---C----A----A---G--G-------C-GTTT-TAATGACT---TTAT-T-T---CA-A--------CA--------AGTATCGTTGAA--AATAGTGTAA-C---CAACAAT------AG-CCG---T----TGTT-TC-------C--A----AACT-----ATTA---TTGCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAGG--T--TGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-A-AA-GG-G-CAC---A-----TAACAGCGA-------CCAA-------TA-T---TGAGC---ACT-T---TAAAACC--AC------TTAG---AC-----C--G------A---A-GA--G--------AA-CA-----G------TCAG-GGCTAGAAAA-TACGAG--GAC--T-AT-ATTC------ACT--------------------------AG--------AACATCGTCTAA--AA---TTCAG-T---GAACAAT-----TAT-AAG-GAC----TGCT-TCCCG---CC--AA---TAT-------------TTGCTAAAACAG--A----CAATT-TT-AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-CCG-AAC----TGTT-TC--G---TT--A----TACA-----A--A---GTGCCAATCCTG--A---ACNNNN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -CA-AGAG-C-TT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-CG---TG--AGAT--CA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G----GA-G-TAT---G---G-TGCCGGCAG-------CGGA-------CACC---TGTG----ATC-T---T----CT--AG------TCAA---GC-----A--G------A---A-AC-CT--------AA-GC-----G------TAAT-ATC----AAA-CC---G--GT---T-AC-ATTTGCTA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--------AA--------AACATTCTAGAA--AA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCCA-GAAG-C-TC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGACAGA--CGC-C-----G--ACAC--CA--ACA-C--C--TGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GAA--GG-G-TAC---G------------TA-------TACA-------TACT---T--------TT-T---A----A---AG--------AC---AC-----A--G------A---G-AC-CA--------AA-G---------------AG-AAC----AAT-TA---G--GGCTAT-ACAATTTATAA--ACTACGTTCA-A-A---C------------A--------AACATTGTGGAG--AA---C
gi|19 : aAACCT-TACA--ACAA---TGCATA---TAGAAGCT------AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-G-A--GG-G-ATT---G---GTTTCCATC---------TCAG-------C-CT---T-------ATC-TTAAA----CC--AG------TGAG---AA-----T--T------A---A-ACGCA--------AA-GT-----G------TCAG---C----A----A---G--G-------C-ATTT-TAACGACT---T----A-ATCTCA-A--------CA--------AATATCGTTGAA--AA---
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-CA-GGGA-C-TTTG-ACATGCAAACCT-TACA--ACAG---CGC-AGAAAGG--AGCT------AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GTT---G---G-TACCGGCTA-------T-AC-------CGTC---TCAG----CCT-TA--T----CTTAAA------CC-----AC-----A--G------G---G-AA-TT--------AA-AC-----G------CAAA-CT------AA-CA---A--G------GC-GTCT-TAACGACT---TTAT-C-T---CA-A--------CA--------GATATCGTTGAA--AAAAGTGTAA-C---CAACAAT------AG-CCG---T----TGTT-T-------TC--A----AACT-----ATTA---CTGCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tagtgtaac
gi|20 : --------AACATCCTCCAG--AA---TTTAG-T---GAACAAA-----AAA-AC--AAC----TGTT-TCCTG---TC--AA---TAT-------------TTGCCAACACAG--T----CAATT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|21 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgGGTG--GT-G-A-A--TG-G-CACATAG---GCTACCAGCCA-------TCAA-------CA-T---TGAAC---ACTAT---C----TT--AA------ACCGCTTAC-----AC-T------A---A-AA-CG--------AA-CT-----G------TCAG-GGC----AAAGCA------G----T-AC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--------AA--------AATATTGTGGAA--AA---CAGTG-T---GAACAAT-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|22 : G--AGCT------AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GTT---G---G-TACCGGCTC-------T-AC-------CATT---TCAGCCTTATC-TTAAA----CC--AG------TGAG---AA-----T--T------A---A-ACGCA--------AA-GT-----G------TCAG---C----A----A---G--G-------C-ATTT-TAATGACT---TTAT-C-T---CA-A--------CA--------AATATCGTTGAA--AA---aacaataagtgctttaaaccgatat
gi|23 : gaaagGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-A-A--GG-G-GTT---G---G-TAGCGGCTA-------T-AC-------CATC---TCAG----CCT-TA--T----CTTAAA------CCAG---TG-----A--A------AATTA-AA-CA--------AA-GT-----G------TCAG---C----A----A---G--G-------C-ATTT-TAACGATT---TTAT-C-T---CA-A--------CA--------AATATCGTTGAA--AA---tagtgtaac
gi|24 : acacca--CA--AC-GC--C--TGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GTT---G---G-TACTGACT--------TTAC-------CATC---TCAG----CCT-T---A----C-------------------C-----T--T------A---A-AC-CA------------------G------TGAGAATT----AAA-CA-----------C-AA-AGTGTTAACGACT---TTAT-C-T---CA-A--------CA--------AATATCGTTGAA--AA---tagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-TA-AG--------G-ACCTTACATTCC-CACT--ACAA---GGA-AGA--CG--ACGT--CA--CCAGC--TGTTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-A-A--GG-G-CAC-------G-TACCAGCGA-------TCAA-------CAtagtgtaac
gi|26 : t-A--GG-G-CAT---G-----TACCGGCTA-------TCAA-------CATT---GACC----ACT-A---T----CT--A---------AG---AC-----C--A------A---A-A--CG--------AA-CT-----G------TCAG-GGCA---AAA-CA------G----T-AC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--------AA--------AATATTGTAGAA--AA---CAGTG-T---GAACAAT-----tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|28 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgattta-A--GG-G-CAC---G-----TACCGGCCA-------TCAA-------CATT---GACC----ACT-A---T----CT--AAAACCGCTAAG---AC-----C--A------A---A-AC-CA--------AA-ACGAACTG------TCAG-GGC----AAAGCA------G----T-AC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--------AA--------AATATTGTGGAA--AA---Cat
gi|3 : tgaaGGCTGCTTAACCAGCATGCT-GA-AGAG-C-TC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--ACAG---C-C-CG---TG--AGTT--CA--ACAGG--C--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G-G--GG-G-TAT---G---G-TGCCGGCAG-------TGGA-------CACT---TGTG----ATT-T---A----CT--AG------TCAG---GC-----A--G------A---A-ACACA--------AA-GC-----G------TTAG-GTC----AAA-CA---G--A----TTAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--------AA--------AACATTTTAGAA--AA---CCAAA-T---TAACAGT-----CAT-TCA-GAC----TGTT-TC--G---TT--A----TACA-----A--A---GTGCCAATACCG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGagtgt
gi|30 : g-A--GG-G-CAC---G-----TACCGGCTA-------TCAA-------CATT---GACC----ACT-A---T----CT--A---------AA---ACCGCTAA--G------ACC-A-AA-CG--------AA-CT-----G------TCAGTGCA----AAA-CA------G----T-AC-----GAGG--ACT---TT-A-T-T---CAGA--------AA--------AATATTGTAGAA--AA---C
gi|35 : aa---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAGagtgt
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGCA-AGAG-C-TC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--ACAG---CGC-TG---TG--AGTT--CA--ACAGG--T--TGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-G-G--GG-T-TAT---G---G-TGACAGCAG-------TGGA-------CACT---TGTG----ATT-T---T----CT--AG------TCAG---AC-----A--G------A---A-AC-CC--------AA-G------------------GTG----AAA-CC---G--G----TTAC-ATTTGCAA--ACT---TTGA-A-A---CA-A--------AA--------AACATTTTAGAA--AA---ACAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TT--A----TACA-----A--A---GTATCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCTCCA-GGAG-C-TC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GGAGAGACGC-CG---TC--A--C--CA--AC-GC--C--TGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-A-A--GG-G-CAC-------G-TACCAGCCA-------TCAA-------TA-T---TGAGC---ACT-A---C----TT--AA------AGAC---AC-----A--G------A---G-AC-CA--------AA-GA-----GAACAATTAGG-GTT----AAA-CA----------------ATTCATAA--ACTACATTCA-A-A---C------------A--------AACATTGTGGAA--AA---CTCGA-TCTGTAACAA------CA----GCAAG----TGCT-T-------TA--A----GACT-----ATCA---ATGCAAAAAGTG--A---A-AACT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--ACGG---CAA-CA---TG--AATT--CA--ACAGG--C--TGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-G-A--A-----AT---G---G-TGCTGGCAG-------TGAA-------CGTC---TGTG----ATT-T---C----TT--AG-------------GT-----A--G------A---A-AT-CT--------AA-GT-----G------TACG-GTT----AAATCA---G--T----G-AC-ATTTTCAA--ACA---TAGA-A-A---CA-A--------GA--------AACATTTTAAAA--AA---ACAAA-T---TACCAAC-----TAT-TCA-AAC----TGGT-TT--G---TA--G----TGCA-----A--T---GTGCTAAGACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-TATGGAA-C-TG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AGAG---AG---A---TG--ATGC--CATCAGAGG--C--TAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAA-A--GG-G-CAT---ACATG-TAATAGCAA-------TTAA-------CA--------------------------------------TCAA---AC-----A--GTATTAAA---A-AC-CACTTTGACCAA-ACA----G------TTAG-GGCT---AGA-CA------G----T-AC-AAT----A--ACT---AT---A-T---CC-ATC------AG--------AACATCATTGGG--A-----TTAATT---AAACAATAATAGTAT-ACA-AAC----TGTT-T-------TC--A----GACA-----ATCA---TTGCTAAGACAG--A-----------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-TA-AGAGTC-TT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AGAA---AG---G---AG--ACGC--CA--CCAGAGAT--TGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-G-A-A--AG-GACAC---G-----TGCCACCCA-------TTAAGATTGAGCACTATCTGAA----ATC-T---C----AA--AG--------AG---GT-----A--A------A---AGAT-CG--------A---C-----A------T-AG-ACT----AAA-CA----------------ATTTGAAA--TCT---TTGT-ATA---TA-A--------AA--------A-CATTGTAGAA--AA---TTCAG-T---GACCAGC-----AAT-TCA-AAA----TGTT-TT--GA--AC--A----TATATTTGCT--A---GTG-TAAGTCAG------TCAATTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AGAGAGACGC-C----------TC--CAT-AGAGG--C--TGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-A-AC-GG-G-CAC-------G-TACAAGCAA-------TCAA-------CA-T---TGAGC---ACT-T---T----TT--AA--------AA---AC-----ACTT------A---G-AC-CG--------A----------------TGAG---------AA-C----G--G----T-A------GTAA--A-T---ACGAGG-A---CT-ATATTCACCAG--------AACATTGCCGAA--AA---TTCAG-T---GAACAAT-----AAC-AAA-AAC----TGAT-TC-------C--A-----ACC-----A--CTCTTTGCTAAAACA---A---ACAATT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
blockSeqs : C C T T . TT G G A GG CACAGAAAGGAGCT AGCTGT C AC AT A A A AT . AC ATAGGC TATACTGTC C GATTGAG TTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAAACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGA TCTACCAG T TT TAGTGT T CTGT AATAGT AT GC CAAA G TGAACATATATTTGCTAG G . CAGA TTT AC GT G T . GG A . AC T GA C CTAC . G CATCT C TG . A G T TCA A TA
blockSeqs : T G . . . T . . C . TGCATATAGAAGCT AGAGAT A A . C . . A . C ACATG GA G . TTTCAGCCTTATCTTAAACCAGTGAGAATTAAACGCAAAGTGTCAGCAAGGCATTTTAATGACTTTATCTCAA . A . AAGTGT . G A T G . . TTTTTTATACAAAG T . A TC T . T T . AG . . . G GA . NNNN . A TA C CA . A G . . . A
blockSeqs : A C . . . T . . A . CGCAGAAAGGAGCT AGGT C T . . . . C . G GGT AG G . CTTGTGATTTACTAGTCAGGCAGAAACACAAAGCGTTAGGTCAAACAGATTACATTTGCAAACTTTGAAACAA . C . TTC . T C T A . . CCAGTTAATCTT C . A TT A . C T . NN . . . C CA . CTAC . N AA N NN . A G . . . T
blockSeqs : C . . . . C . . A . GGAAGACGACGTCA AGGC G A . . . . . . C GG GA C . TTGAGCACTACTTAAAGACACAGAGACCAAAGAGAACAATTAGGGTTAAACAATTCATAAACTACATTCAAAC . T . CCA . T C C G . . CCAAACTATTAT A . A AC A . T A . TA . . . N NN . CTAA . T NN C TT . A . . . . T
blockSeqs : G . . . . C . . A . AGACGCCGTCACCA AGGC C T . . . . . . T GG AG C . CTTGTGATTTTCTAGTCGGGCAGAAACCTAAGTGTGAGGTCAAATCGGTTACATTTGTAAACTTTGAAACAA . C . CCA . C T A G . . CCCGCCAATATT A . A T A . A T . GG . . . C CA . GTGA . T TA C TT . A . . . . T
blockSeqs : C . . . . C . . A . CGCCGTGAGATCA AGGT C A . . . . . . T GG TA G . CATGTGATTTCTCAGTTAGGCAGAACTGTATGCGTAAGATTATATCAGTGGTATTTTTAATTATTGAAACTA . A . TTC . G C C G . . CGTTATACAAAG T . A T C . N N . GG . . . T GA . CAAC . T CA A TT . A . . . . A
blockSeqs : T . . . . C . . C . CGCTGTGAGTTCA AGGC C T . . . . . . A GG TA A . CCTGTGATCTTCTAGTCAAGCAGAAACCTAAGCGTAATATCAAACCGGTTACATTTGCTAACTTTGAAACAA . G . CCA . T C T G . . TCAAACTATTAC A . A C N . T A . GG . . . T CA . T . T TT T CT . A . . . . T
blockSeqs : . . . . G . . C . CAACATGAATTCA AGGC C T . . . . . . G GG CA C . TTGAACACTATCTTAAACCGCTTACACTAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGA . T . CCA . T A C G . . CCTGTCAATATT C . A N A . A T . GA . . . A GA . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . T . . A . AGATGATGCCATC AGGC C T . . . . . . C GG TC C . TCTCAGCCTTATCTTAAACCAGTGAAAATTAAACAAAGTGTCAGCAAGGCATTTTAACGATTTTATCTCAA . T . TTT . C C A A . . CGTTATACAAAG T . A C A . T T . G . . . G . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . C . ACGCCGACACCA ACC G T . . . . . . G GG TA T . TTGACCACTATCTAAAACCGCTAAGACCAAACGAACTGTCAGTGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGA . C . CAG . G C T G . . CGTTATACAAAG T . A T A . T T . . . . . . . . . T
blockSeqs : . A . CCCGTGAGTTCA ACC C T . . . . . . G GG GA C . TTGAGCACTTTAAAACCACTTAGACCGAAGAGAACAGTCAGGGCTAGAAAATACGAGGACTATATTCACT . G . CAG . G C T A . . TAAGACTATCAA A . T T A . A A . . . . . A
blockSeqs : . C . AGACGCCTCCAT GCC C A . . . . . . G GG TA C . TCTCAGCCTTATCTTAAACCACAGGGAATTAAACGCAAACTAACAAGGCGTCTTAACGACTTTATCTCAA . T . CCA . G T T A . . TGTAGTGCAATG G . A A C . A T . . . . . A
blockSeqs : . A . AGGAGACGCCA GCC A T . . . . . . C G CA C . TCTGTGATTTCTTAGGTAGAAATCTAAGTGTACGGTTAAATCAGTGACATTTTCAAACATAGAAACAA . T . ACA . T A A A . . TCAGACAATCAT G . . T A . C A . .
blockSeqs : GCC C T . . . . . . C A AG G . TCAAACAGTATTAAAAACCACTTTGACCAAACAGTTAGGGCTAGACAGTACAATAACTATATCCATC . T . CTC . T A T A . . CCAACCACTCTT G . . T . . A T .
blockSeqs : GCC G A . . . . . . C G TA C . CTTATCTTTAACCAGTGAGAATTAAACGCAAAGTGACAGCAAGGCGTTTTAATGACTTTATTTCAA . A . ACA . T . A . . . AGTCCAAAG A . . . . . . .
blockSeqs : GCC A T . . . . . . T G AG G . CTTTTTAAAGACACAGAGACCAAAGAGAACAATTAGGGCTATACAATTTATAAACTACGTTCAAAC . G . TTC . A . . . . .
blockSeqs : A A . . . . . . C G CA C . CTTATCTTAAACCAGTGAGAATTAAACGCAAAGTGTCAGCAAGGCATTTTAACGACTTAATCTCAA . A . TTC . G
blockSeqs : A . . . . . . T G AG G . CTTGTGATTTTCTAGTCAGACAGAAACCCAAGGTGAAACCGGTTACATTTGCAAACTTTGAAACAA . A . TT . G
blockSeqs : . . . . . . C G AA T . CTATCTGAAATCTCAAAGAGGTAAAAGATCGACATAGACTAAACAATTTGAAATCTTTGTATATAA . A .
blockSeqs : . . . C G CA T . TTGAGCACTTTTTAAAAACACTTAGACCGATGAGAACGGTAGTAAATACGAGGACTATATTCACC . G .
blockSeqs : . . . C G AA C . TCGAGCACTATTTAAAACCACTTTGACAAAAGAGAACGAAAAGGGATTTATAATATGAGAACCA . A .
blockSeqs : . . . . G T . . TTGACCACTATCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAACAGTACGAGGACTTTATTCAGA . T .
blockSeqs : . . . TCTCAGCCTTACCTTAAACCAGTGAGAATTAAACACAAAGTGTTAACGACTTTATCTCAA . A .
blockSeqs : . . . C .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CGCCGTGAGNCCA************* AGGC**** GG******* ** ** *** GG GA*********** CTAC***** ** TA***
originalCons : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-CA-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAG---CGC-CG---TG--AGNT--CA--ACAGN--C--TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-CAC---G---G-TACCGGCNA-------TCAA-------CACT---TGNG----ACT-T---N----CT--AG------TCAG---AC-----A--G------A---A-AC-CG--------AA-GC-----G------TNAG-GNC----AAA-CA---G--G----T-AC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-N-N---CA-A--------AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
finalCons : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-CA-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--ACAGCGCCGTGAGNCCA-------------ACAGGC----TGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-CACGG-------TACCGGCNA-------TCAA-------CACT---TGNG----ACT-T---N----CT--AG------TCAG---AC-----A--G------A---A-AC-CG--------AA-GC-----G------TNAG-GNC----AAA-CA---G--G----T-AC-ATTTGTAA--ACT---TTGA-N-N---CA-A--------AA--------AACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTAGA-----------GGA-GAGCACTAC-----CAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|29 ): GGGCACATACTGGCCATCAACATTGACCACTATATAAAACCGCTAGGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAGGCATAACGAGGACTTCATTCAGAAAAAATATTGTGGGAAACAGTGTG
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|34 ): TCTAAAACCGCTAAGACCAAAACGAACTGTCAGGGCAAAGCAGTACGAGGACTTTATTCAGAAAAATATTGTGGAAAACAGTGTGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333 11111111111 111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 11111111111 111111 555555555555555555555555555555555 1111111111111 111111111
lowQualScore : 2 999 7 3 3 5555 0 0 2 1 33 444 333333333333333333333 22222222222 1 33 22 4 2 1 55 1 1 555555555 555555555 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77777 22 22222222222 0 1 22 666666 2 4444 111111 33 44 5555 2 111111111111111111111111111111111 0 1 0 33 6666 8888 33 66 3 1 444 44 3 4 55 1 7777777777777 4 222222222 0 66 0 1 88888 0 4 33 3 6 8 3 555 3 44
lowQualScore : . ... . . . .... . . . . .. ... ..................... ........... . .. .. . . . .. . . ......... ......... . .................................................................................................................................................... ..... .. ........... . . .. ...... . .... ...... .. .. .... . ................................. . . . .. .... .... .. .. . . ... .. . . .. . ............. . ......... . .. . . ..... . . .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 2 000 3 6 6 1111 4 8 9 4 99 666 666666666666666666666 99999999999 1 11 88 0 0 7 66 7 7 888888888 666666666 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 11 88888888888 1 0 00 555555 1 7777 333333 55 88 0000 4 555555555555555555555555555555555 6 0 4 44 2222 5555 33 99 4 2 777 55 6 0 55 0 0000000000000 0 333333333 5 99 8 5 55555 6 1 99 6 7 6 1 444 1 11
consensus : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--AC--AG---CGC-CGT-GA-GG--C--CA--ACAG--G--CTGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-CAC---G---G-TACCGGCNA-------TCAACATTTGNG-ACT---------T-------T----CT--AG------TC------A----G---AC-----A--G------A---A-AC-CG--------AA-GC-G------TNAG-GNC-AAA-CAG--G----T-AC-ATTTGNAA--ACTTTG-ATTC--A-A-------A-AAACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
Reference ( family-491 ) : NGGCTGCGTCACCGACATGCT-C-A-GGAG-C-TC-G-ACCTACCAACCC-TACA--AC--AG---CGC-CGT-GA-GN--C--CA--ACAG--G--CTGACCTTCCTGT-NCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-CAC---G---G-TACCGGCNA-------TCAACACTTGNG-ACT---------T-------N----CT--AG------TC------A----G---AC-----A--G------A---A-AC-CG--------AA-GC-G------TNAG-GNC-AAA-CAG--G----T-AC-ATTTGTAA--ACTTTG-ANNC--A-A-------A-AAACATCGTNGAA--AA---CCNAA-T---NAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TC--A----TACA-----A--A---GTGCTAANACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCNTTCTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCANCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CCACCCGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAG
gi|1 : CATGCT-T-A-AAAA-TATT-G-ATCTACCACCTT-TTCA--AG--GA---AG------GA-GG--CACCA--CCAGATG--TTGACATTTCTGT-ATAAGATG--GT-G-G-A--ACCA-CAC---GT--G-CATC---CA-------TTAATA-TTGAGCACT---------A-------T----CT--GAAATC--TC------A----G---AG-----A--GTT----A---A-AC--G--------AT-TC-A------CAAG-GGCTAAA-AA-------------AATTGAAG--ACTATG--TGT--ATA-------A-AAACATTG-AGAA--AA---TTCAG-T---GACCAAC-----AAT-TCA-AAA----TATT-TC--GAACCC--A----TATA-------------TGCTAAGACAGTCA---AC-----T--ACAA-ACAGTCTTACTTTGTAGTACGAACAGT-GT-TAGAC--TGAAACAATCTAAGTGATAGTGTTGGGG-AAGCAGATTCCATCCAGTGCTTCAAGTCACTAGTGGC---TAAGA------------------GTGATTAAACGCACACATCCTCCC---AT-TATAT
gi|10 : atcggacgctcgatgcatcacacaagattagagatcgagatgggaaataagagtttcagcTTCCTGT-ACAAGTAG--GT-A-A-AATGG-G-CAC---G-----TACCAGCGA-------TCAACA-TCGAGCACT---------A-------T----TTAAAA------CC------ACTTTG---AC-----A--A------A---A----------------------------GAG-AAC-GAA-AAG--G-------G-ATTTATAA--TATGAG-AACC--A-AATCTACCA-GAGCATCATTGAG--AA---TTCAT-T---GAATAAT-----AATATC--AAC----TGTT-TCCAG---TT--AATCTT----------------TGCTGAGACAG--ACAGACAATT-TC-AAGT-AT--TCGTTCTTTGTGA---Gcaaagcaagaatgggtcactctaatacgagaactattcagattc
gi|11 : caagataaatgacaccactagagatagatgACACTTGTG-ATT---------T-------T----CT--AG------TC------G----G---GC-----A--G------A---A-AC-CT--------AA-GT-G------TGAG-GTC-AAA-TCG--G----TTAC-ATTTGTAA--ACTTTG-AAAC--A-A-------A-AAACATTTTAGATTTAA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TT--T---TTTTA----TACA-----A--A---GTACCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TCTTTCTTTGTGA---GAATTGTGGT-TA-AG--TTGAACTGTCTA---GA--------GGA-GAGCA----CTA-CCAGCGC--CAAGACAGTTGAGGCCTGTAAGACTA---GCCTCCTGAACTGTGACTAAGCACACACA-CTACCCGTAGT-TCTATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATgccactcaaggataatgtggtatccgcagatacaataaacgtttatcagacacttatcaatgtggactcaatgctcaccaccacc
gi|12 : acagtggACACATGTG-ATT---------T-------C----TC--AG------TT------A----G---GC-----A--G------A---A--C-TG--------TATGC-G------TAAG-ATT-ATATCAGTGG----T-A---TTTTTAA--TTATTG-AAAC--T-A-------A-AAACACTTTCGAA--AA---CCATA-T---TATCAAC-----CAT-TCA-AATCAAATGTTGTA--G---TC---------CA-----A--A---GTGCTAACGCTG--A---ATATTT-T--TGGA-AC--TCCTTCTTTGTAA---GAAATGTAGT-TA-AG--TAAAACCAGTTA---GA--------AGA-GTGCA----T---------C--CA-GACAGTTAAGGCCTATAAGACAA---TACCCCAGAGCTGCAACTAAGCTCGCACA-TCACCAGTAGT-TATATACCAATA-TTGTGAT---C-TA-CTACGTATTCTAC
gi|13 : ggaatggTGCATCACTGACATGCT-C-A-GGGA-C-TT-GGACCTGCAAACCT-TACA--AC--AG---CAC-AGA-AA-GGAGC--TAC-AC-------CTTACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GCT---G---G-TACCGGCTATACTGTCTCAGC-CTTAT---CT---------TTA-----A----CC--AG------TG------A----G---AA-----T--T------A---A-ACGCA--------AA-GT-G------ACAG---C-A----AG--G-------C-GTTT-TAATGACTTTA-TTTC--A-A-------C-AAGTATCGTTGAA--AATAGTGTAA-C---CAACAAT------AG-CCG---T----TGTT-TC-------C--A----AACT-----ATTA---TTGCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TTTTATTTTCCCA---GGACTAT--TATA-GA--AAGAACTACCTA---CA--------GGA-
gi|14 : gaAG--G--TTGACATTCATGT-ACAAGGTG--GT-G-A-AA-GG-G-CAC---A-----TAACAGCGA-------CCAATA-TTGAGCACT---------T-------TAAAACC--AC------TT------A----G---AC-----C--G------A---A-GA--G--------AA-CA-G------TCAG-GGC-TAG-AAA--A----T-AC-----GAGG--ACTAT--ATTC--A-CT------A-GAACATCGTCTAA--AA---TTCAG-T---GAACAAT-----TAT-AAG-GAC----TGCT-TCCCG---CC--AA---TAT-------------TTGCTAAAACAG--A----CAATT-TT-AAAC-AT--TCATTCTTTGTGcg
gi|15 : gacctggaccttcccgtcacaacaagggagaagccaccacagcagagAA--AA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-CCG-AAC----TGTT-TC--G---TT--A----TACA-----A--A---GTGCCAATCCTG--A---ACNNNN-N--NNNN-NN--NNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NN--NNNNNNNNNNNN---NN--------NNN-NNNNN----NNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGCGCAAA-CTACCCGTAGT-TATATATCAGTA-TTGGAAC---C-TT-CTACGTATTATA
gi|16 : -C-A-AGAG-C-TT-G-ACCTACCAACTC-TCCA--AC--AG---CGC-CGT-GA-GA--T--CA--ACAG--G--CTGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G----GA-G-TAT---G---G-TGCCGGCAG-------CGGACACCTGTG-ATC---------T-------T----CT--AG------TC------A----A---GC-----A--G------A---A-AC-CT--------AA-GC-G------TAAT-ATC-AAA-CCG--GT---T-AC-ATTTGCTA--ACTTTG-AAAC--A-A-------A-AAACATTCTAGAA--AA---CCAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--A---TT--A----TAaa
gi|17 : tgTGCGTCACCGACGTGCTCC-A-GAAG-C-TC-G-AGTTAAAATCCC-TACAGGAC--AGA--CGC-C---GA-CA--C--CA--ACA---C--CTGACGTTCTTGT-ACAAGCTA--GT-G-GAA--GG-G-TAC---G------------TA-------T--ACAT------ACT---------T-------T----TT--AA------AG------A----C---AC-----A--G------A---G-AC-CA--------AA-G-----------AG-AAC-AAT-TAG--GGCTAT-ACAATTTATAA--ACTACG--TTC--A-A-------ACAAACATTGTGGAG--AA---C
gi|19 : aAACCT-TACA--AC--AA---TGCATATAGA-AG--C--TA---C-G--C--CTGACCTTCCTGT-TCAATGTG--GT-G-G-A--GG-G-ATT---G---GTTTCCATC---------TCAGC-CTTAT---CT---------TAA-----A----CC--AG------TG------A----G---AA-----T--T------A---A-ACGCA--------AA-GT-G------TCAG---C-A----AG--G-------C-ATTT-TAACGACTTAA-TCTC--A-A-------C-AAATATCGTTGAA--AA---
gi|2 : gcaTGCTTTACTGACATGCT-C-A-GGGA-C-TTTG-ACATGCAAACCT-TACA--AC--AG---CGC-AGA-AAGGA--G--CT--AC-G--C--CTGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GTT---G---G-TACCGGCTA-------T-ACCGTCTCAG-CCT---------TA------T----CTTAAA------CC---------------AC-----A--G------G---G-AA-TT--------AA-AC-G------CAA---AC-TAA-CAA--G------GC-GTCT-TAACGACTTTA-TCTC--A-A-------C-AGATATCGTTGAA--AAAAGTGTAA-C---CAACAAT------AG-CCG---T----TGTT-T-------TC--A----AACT-----ATTA---CTGCAAAAACAG--A---AACACT-C--AAGA-AC--TCTTATTTTCCCA---AGACTATTAT-AG-AC--TGGAACCACCTA---CA--------GGACGAACA----tagtgtaac
gi|20 : AACATCCTCCAG--AA---TTTAG-T---GAACAAA-----AAA-AC--AAC----TGTT-TCCTG---TC--AA---TAT-------------TTGCCAACACAG--T----CAATT-TTTAGG-------TATTCTTTGTGA---GAACagtccttgcaaatctgtgaagattttaaatctcgtctctactcggactaataattttacatgcgctcttcccttccgttgatcatatgctagaagtgttttttcaacgtacagatacagatt
gi|21 : gtgaccaaagagaatgatcaggattggaaaattcgaagactacctgGGTG--GT-G-A-A--TG-G-CACATAG---GCTACCAGCCA-------TCAACA-TTGAACACTA--------T-------C----TT--AA------AC------C----GCTTAC-----AC-T------A---A-AA-CG--------AA-CT-G------TCAG-GGC-AAAGCA---G----T-AC-----GAGG--ACTTT--ATTC--AGA-------A-AAATATTGTGGAA--AA---CAGTG-T---GAACAAT-----aataaagtactggggcagtcggctgacaa
gi|22 : --CTGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GTT---G---G-TACCGGCTC-------T-ACCATTTCAG-CCT---------TATCTTAAA----CC--AG------TG------A----G---AA-----T--T------A---A-ACGCA--------AA-GT-G------TCAG---C-A----AG--G-------C-ATTT-TAATGACTTTA-TCTC--A-A-------C-AAATATCGTTGAA--AA---aacaataagtgctttaaaccgatat
gi|23 : gaaaggagctacgcGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-A-A--GG-G-GTT---G---G-TAGCGGCTA-------T-ACCATCTCAG-CCT---------TA------T----CTTAAA------CC------A----G---TG-----A--A------AATTA-AA-CA--------AA-GT-G------TCAG---C-A----AG--G-------C-ATTT-TAACGATTTTA-TCTC--A-A-------C-AAATATCGTTGAA--AA---tagtgtaac
gi|24 : acacca--CA--AC-G--C--CTGACCTTCCTGT-TCAAGGTG--GT-G-G-A--GG-G-GTT---G---G-TACTGACT--------TTACCATCTCAG-CCT---------T-------A----C-----------------------------C-----T--T------A---A-AC-CA--------------G------TGAGAATT-AAA-CA--------C-AA-AGTGTTAACGACTTTA-TCTC--A-A-------C-AAATATCGTTGAA--AA---tagtgtaa
gi|25 : aaggagTGTGTCACATATATACT-T-AAGGAC-C-TT---ACATTCC--CAC-TACA--AGGAAGA--CGA-CGT-----------CA--CCAGCTG--TTGATGTTTCTGT-ACAAGGTG--GTAA-A-A--GG-G-CAC-------G-TACCAGCGA-------TCAACAtagtgtaac
gi|26 : t-A--GG-G-CAT---G-----TACCGGCTA-------TCAACATTGACC-ACT---------A-------T----CT--A---------------A----G---AC-----C--A------A---A-A--CG--------AA-CT-G------TCAG-GGCAAAA-CA---G----T-AC-----GAGG--ACTTT--ATTC--AGA-------A-AAATATTGTAGAA--AA---CAGTG-T---GAACAAT-----tcaaacactattaaaaac
gi|27 : tgaaGCGCACT-CC-CCCGTCATGTAAAAGCCAGTA-TTGG--T---CATTACGACGTATTATTCAGaacaagtgctt
gi|28 : actgaagtatctcagtgccgcaactggtccatctctagtcagcagatcagcagtgtccaagagtgattta-A--GG-G-CAC---G-----TACCGGCCA-------TCAACATTGACC-ACT---------A-------T----CT--AAAACCGCTA------A----G---AC-----C--A------A---A-AC-CA--------AA-AC-GAACTG-TCAG-GGC-AAAGCAG-------T-AC-----GAGG--ACTTT--ATTC--AGA-------A-AAATATTGTGGAA--AA---Cat
gi|29 : tgaa--GG-G-CAC---A-----TACTGGCCA-------TCAACATTGACC-ACTATATAAAACC-------G----CT--AG-------------------G---AC-----C--A------A---A-A--CG--------AA-CT-G------TCAG-GGC-A----AG--G----C-AT-A-ACGAGG--ACTTC--ATTCAGA-A-------A-AAATATTGTGGGA--AA---Cagtgt
gi|3 : GGCTGCTTAACCAGCATGCT-G-A-AGAG-C-TC-G-ACCTACCAACTC-CCCA--AC--AG---C-C-CGT-GA-GT--T--CA--ACAG--G--CTGACCTACCTGT-TCAAGATC--GT-G-G-G--GG-G-TAT---G---G-TGCCGGCAG-------TGGACACTTGTG-ATT---------T-------A----CT--AG------TC------A----G---GC-----A--G------A---A-ACACA--------AA-GC-G------TTAG-GTC-AAA-CAG--A----TTAC-ATTTGCAA--ACTTTG-AAAC--A-A-------A-AAACATTTTAGAA--AA---CCAAA-T---TAACAGT-----CAT-TCA-GAC----TGTT-TC--G---TT--A----TACA-----A--A---GTGCCAATACCG--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TTTTTCTTTGTGA---GAACTGCGGT-TA-AG--TGGAACCATCCA---GA--------GGA-GAACA----CTA-CCACCGG--CAAGAAAGTTGAGGCCTTTAAGACTA---GCTTCCTGAA-TGTTACTAAGCACGCACA-CTACCCATAGT-TATATACCAGTA-CTGGGAT---C-TT-CTACGTATTATACAGagtgtg
gi|30 : g-A--GG-G-CAC---G-----TACCGGCTA-------TCAACATTGACC-ACT---------A-------T----CT--A---------------A----A---ACCGCTAA--G------ACC-A-AA-CG--------AA-CT-G------TCAGTGCA-AAA-CA---G----T-AC-----GAGG--ACTTT--ATTC--AGA-------A-AAATATTGTAGAA--AA---C
gi|34 : aa------A----G---AC-----C--A------A---A-AC--G--------AA-CT-G------TCAG-GGC-AAAGCAG-------T-AC-----GAGG--ACTTT--ATTC--AGA-------A-AAATATTGTGGAA--AA---Cagtgt
gi|35 : tctaaaaccgcta---GCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGCGCACA-CTACCCGTAGT-TATATACTAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTTTTATATAGagtgtga
gi|37 : GCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAGCCAGTA-TTGGTCA---C-TA-CGACGTATTATTCAGa
gi|4 : GGCTGCGTAACGAGCATGCTGC-A-AGAG-C-TC-G-ACCTACCAACTC-TCCA--AC--AG---CGC-TGT-GA-GT--T--CA--ACAG--G--TTGACCTACCTGT-TCAAGATC--AT-G-G-G--GG-T-TAT---G---G-TGACAGCAG-------TGGACACTTGTG-ATT---------T-------T----CT--AG------TC------A----G---AC-----A--G------A---A-AC-CC--------AA-G--G------TGA-------AA-CCG--G----TTAC-ATTTGCAA--ACTTTG-AAAC--A-A-------A-AAACATTTTAGAA--AA---ACAAA-T---TAACAAT-----CAT-TCG-AAC----TGTT-TC--G---TT--A----TACA-----A--A---GTATCAATACCA--A---ACAATT-T--AAGA-AC--TCTTT-TTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--ACGAACCATCTA---CA--------GAA-GAGCA----CTA-ACAGTGC--CAAGACAGTTAAGGCCTTTAAGACCA---TCCTCCTGAACTGTTACTAAGCGTGCACA-CCACCTGTAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTATGTATTATACAattca
gi|40 : CCGTAAT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TT-CTACGTATTGTGCAGta
gi|41 : TAGT-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-TA-CTACGTATTTTAAAG
gi|42 : T-TATATACCAGTA-TTGGGAT---C-AT-CTACGTATTATACAGa
gi|5 : TGTGTCACCGACATGCT-CCA-GGAG-C-TC-G-AGTTA-CAACCCGTACA--GG--AGAGACGC-CGT-CA-----C--CA--AC-G--C--CTGGCATTTTTGT-ACAAGATA--GTCG-A-A--GG-G-CAC-------G-TACCAGCCA-------TCAATA-TTGAGCACT---------A-------C----TT--AA------AG------A----C---AC-----A--G------A---G-AC-CA--------AA-GA-GAACAATTAGG-GTT-AAA-CA-------------ATTCATAA--ACTAC--ATTC--A-A-------ACAAACATTGTGGAA--AA---CTCGA-TCTGTAACAA------CA----GCAAG----TGCT-T-------TA--A----GACT-----ATCA---ATGCAAAAAGTG--A---A-AACT-A--CAGACAT--TCATACTTTGTCA---GATCTGTG---TA-CGACTGGAATAAACT---------------------CA----GTG-ACAGCAC--AAAGTCAATAGAATCATTCAA-ATCATCTGTGTCCAGGAATG--ATTAA--GCGCACT-CC-CCCGTCGTGTAAAAACCAGTA-GTG---TTCAC-TA-CGACGTATTATTCAat
gi|6 : aC-TCCA--AC--GG---CAA-CAT-GA-AT--T--CA--ACAG--G--CTGACCGTCTTGT-TTGAGATCATGT-G-G-A--A-----AT---G---G-TGCTGGCAG-------TGAACGTCTGTG-ATT---------T-------C----TT--AG-----------------------GT-----A--G------A---A-AT-CT--------AA-GT-G------TACG-GTT-AAATCAG--T----G-AC-ATTTTCAA--ACATAG-AAAC--A-A-------G-AAACATTTTAAAA--AA---ACAAA-T---TACCAAC-----TAT-TCA-AAC----TGGT-TT--G---TA--G----TGCA-----A--T---GTGCTAAGACAG--A---ACAATT-T--AAGA-AT--TC---CTTTGTGA---GAACTGTGGT-TA-AG--TGGAACCAGCCA---GA--------AGA-GAGCA----CAA-CCAATTC--CCAGACAATTGAGGCCTTTAAGACTT---GCCTCATGAGTTGCTACTGAGCTCGCATA-TCACCTGTAGT-TATCTACCAGTATTTGGGAA---A-TA-CTACATATaattca
gi|7 : aggggtgagtaaccaaaatgcagctataactggagGGTTGTGTCACTGACATGCT-T-ATGGAA-C-TG-T-ACTTCCCAACAC-TACA--AG--AG---AG---AT-GA-TG--C--CATCAGAG--G--CTAACGTACCTGTACCAAGGTG--GT-GAA-A--GG-G-CAT---ACATG-TAATAGCAA-------TTAACA--------------------------------------------TC------A----A---AC-----A--GTATTAAA---A-AC-CACTTTGACCAA-ACAG------TTAG-GGCTAGA-CA---G----T-AC-AAT----A--ACTAT--ATCC--ATC-------A-GAACATCATTGGG--A-----TTAATT---AAACAATAATAGTAT-ACA-AAC----TGTT-T-------TC--A----GACA-----ATCA---TTGCTAAGACAG--A-----------------------CATTCTTTGTGA---GAAgct
gi|8 : CATGCC-T-A-AGAGTC-TT-G-ACTTACCATCTC-TCCA--AG--AA---AG---GA-GA-CG--C--CA--CCAG--AGATTGACATTC-TGC-ACAAGGTG--GT-G-A-A--AG-GACAC---G-----TGCCACCCA-------TTAAGA-TTGAGCACT---------A-------T----CTGAAA------TCTCAAAGA----G---GT-----A--A------A---AGAT-CG--------A---C-A------T-AG-ACT-AAA-CA-------------ATTTGAAA--TCTTTGTATAT--A-A-------A-AA-CATTGTAGAA--AA---TTCAG-T---GACCAGC-----AAT-TCA-AAA----TGTT-TT--GA--AC--A----TATATTTGCT--A---GTG-TAAGTCAG------TCAATTAC--AAAC-AT--TTCTACTTTGTAC---GAACAGTGAT-taatcaaggagtgacagtgtggtatctgcagtttaaagacacatatcaattttgatttattgcgcacatccacctgttgagtttaagccagtagtggttgcttcgacataatatctaaat
gi|9 : tcggctggtctattcagcataaaggattaaactcgaaagagcagatatgtgttttagcC-TACA--AG--AGAGACGC-C-------T--C--CAT-AGAG--G--CTGACATTCTTGT-ACAAGGTG--GT-G-A-AC-GG-G-CAC-------G-TACAAGCAA-------TCAACA-TTGAGCACT---------T-------T----TT--AA--------------A----A---AC-----ACTT------A---G-AC-CG--------A------------TGAG------AA-CGGTAG----T-AA-ATACGAGG--ACTAT--ATTC--ACC-------A-GAACATTGCCGAA--AA---TTCAG-T---GAACAAT-----AAC-AAA-AAC----TGAT-TC-------C--A-----ACC-----A--CTCTTTGCTAAAACA---A---ACAATT-T--TA-A-ACGTTCATTCTTCGTGA---GAACagacagcaacaactcagttatggtgttgtgaagcataattcattacagtgct
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGCCGACTCCATCGAGTGTTTCAAGTCACTACTAACAAAATTGGACTAATGCGCATTCCTTCC
Unaligned ( gi|31 ): ACTACAGATATTCATATTTTGTCAGATATGTGTACGACTGGAATAAACTCAGTGACAGTATAGTTAACACAAAGTCAATAGAATCATTCAAATCAGCAGTGTCCAAGAGCG
Unaligned ( gi|32 ): TATATGTAACTAGTTTATAATTACAAAGTTAAACCATTCTTACTTTGTACAAACAGTGTTATCAGTGATAGTAAGTTACGGAAGTAGATTTCATCCAGCGCTTCA
Unaligned ( gi|33 ): TTTAAGACACTTGTCAATTTCGACTAATTGTGCTTTTCCATCTGCCGAGTTTAAGCCAGCAGTGGTTAATTTGACCTAATATCCAGA
Unaligned ( gi|36 ): AGTTGAGAGTGATTAAACCACACTCACTCCCATTGTATTAAAGCCAGGGTTGGTCACTTCAACATTCAGATCTCA
Unaligned ( gi|38 ): CTCCCCCGTCGTGTAAAAGCCAGTATTGATCACGACGACGTATTACTCATATTCA
Unaligned ( gi|39 ): TTGATAATATGCCAGAAGTGGTTTTTCAACGTACTCGTACAGATACAGA
Unaligned ( gi|43 ): CGAGTTAAAGCCAGCAGTGGTTGCTTCGGCGTAATATCC