lowQualScore : 1 11111111 1111111 1 1 4444444444444444444444444444 2222222222222 55555555555555555 3333333333333333 222 999999999999999999 2222 55555555555555555555555 111111 33 11 111111 1 11 1
lowQualScore : 5 22 77777777777 11 00000000 3333 22 3333333 2 22 1 1 444 1 2 1111111111111111111111111111 2 2 33 0 4444444444444 44444444444444444 2 0000000000000000 6 333 6 888888888888888888 6 6 1111 3 99 55555555555555555555555 7 7777 000000 55 6 00 1 2 22 2 88 2 22 1 000000 8 3 2 77 6 6 7 6 6 6
lowQualScore : . .. ........... .. ........ .... .. ....... . .. . . ... . . ............................ . . .. . ............. ................. . ................ . ... . .................. . . .... . .. ....................... . .... ...... .. . .. . . .. . .. . .. . ...... . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 2 33 66666666666 99 33333333 5555 11 0000000 5 22 7 4 444 8 5 5555555555555555555555555555 9 9 99 2 6666666666666 00000000000000000 1 4444444444444444 0 555 0 000000000000000000 0 0 2222 5 88 99999999999999999999999 3 7777 555555 00 7 00 4 4 99 1 00 0 11 0 111111 4 3 5 55 0 0 0 0 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCT--GATAGT-----------CAG-ATA------GCCACT----TCAT--TATGTCGACAT---C---AGGAACGT--ATGATGTCGACAT-CTCACTCAT--TATGTTGA-CATC-A--NC--G-TCT---T--T----ANTAA-GTC-AC--TTATTCAAA-------TGATTA--TGGCC--NNA-----TCAGTNAGTGNCCAACTACTCTGCCACCAACTTCTTNGTTACTGATATTGACATCAG--CGTCC-TGCTTCTC----TNAATANTATGT----------TG------NTT--TTCCCA-GTTG----ATTA------TC--TG-TGATGTCGACATCAGGA-CG--C-TGATGTCGACATCAGTA-ACTAATAAGTTGGTGG-----CAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGT-ATATGNGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATG
Reference ( gi|1 ) : GTGGCATAGTTCTGACAGCCT--GATAGT-----------CAG-ATA------ATCACT----TCAT--TATGTCGACAT---A---AGGAAAGT--ATGATGTCGACAT-CTGACTCAT--TATGTTGA-CATC-A--AC--G-TCT---T--T----ATCAA-GTC-AC--TTATTCAGA-------TGATTA--TGGCC--TCA-----TCAGTTAGTGGCCAATTACTCTCTCCTCAGCTTCTTCCCTACTAATAATTTCGCCCGTACGCCCATGTTTTTC----TTAATACTATGT----------TG------TTT--TTTCCA-GTTG----ATTA------TC--TG-TGATGTCCCCATCAGGA-CG--C-TGATGTCAGCATCAGTA-ACTTATAAGTTGGTGG-----TAGGATGGGGCACTAACTTATGGAAGCGT-ATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|7 : GTGGCATAGTGCTGCCAGCCC--GATAGT-----------CAG-ATA------GTCACT----CAAT--TATGCCGACAT---A---AGGAACGT--ATGATGTCGGCAT-CTCACTCAT--TATGTTGA-CATC-A--
gi|2 : tgGTGGCATTGTTCTGCCAGCCT--GATAGT-----------CAA-ATA------GCCACT----TCAT--TATTTCGACAT---C---AGGATCGT--ATGATGTCGACGT-CTCGCTCAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|19 : gGTGGCATGAATTTGCCAGCCT--GATAGA-----------CAG-AAA------GCCACT----TCAT--TATTTCGATAC---C---AGAAACGT--ACGATGTCGACA-------TCAT--------------------C--G-GCT---T--T----ATTAA-GTC-AC--CTATTCAAA-------TGATTA--TGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|8 : GTGGCATAGTTCTGCCAGCAT--GATAGT-----------CAG-ATA------GCCACT----TTAT--GATGTCGATAC---C---AGGAGCGT--ATGATGTCGACAT-CTatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|24 : atgGTGGAATAGTTCTGCCTGCCT--GATAAT-----------CAG-AT------------------CGT--CATGTAGACAT---C---AGAGACGT--TTGGTGTCGTCAT-TTCATTCAT--TATGTTGA-CATC-A--TCA-G-TTT---T----------AA-GCC-AT--TTATTGAAA-------TGATTA--cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacttcttcgttactgatgtcgacatgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCT--GATAGT-----------AAG-----------CCATT----TCAT--TATGCCGACAT---A---AGGAACGT--ATGGTGTCGATAT-CTTACTC
gi|4 : tgGTAGCATAGTTCTGCCACCAT--AAAAGT-----------CAG-ATA------GCTACT----TCAT--TATGTCGTCAC---C---AGGACCAT--ATATCGTCGACAT-CTCACTCAT--AATGGTGA-CATC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|30 : tgGTGGCATAGATCTGCCAGTCT--GATAGT-----------TAG-ATA------GCCACG----TTAT--TATGTCGGCAT---C---TGGAACGT--ATGGTGTTGACAT-Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCT--GATAGT-----------CGC-ATA------ACTACT----TCAT--TAAGTAAACAT---C---GGGAACGT--ATGTTGTCGACgc
gi|33 : atgGTGACATAGTTCTGCCAGCCT--GATAGT-----------CAC-ATG------ACCACT----TCAT--CAAGTCGACAT---C---AGGAACGT--ATG
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCT--GATTGT-----------CAG-AT------------------TAT--TATGTCCACAT---T---AGGAACCT--ATGATTACGACAT-CTTACTCAT--TATGc
gi|22 : cgGTGGCACAGTTCTG-C--CCA--GATAGC-----------CGT-ATA------GCCAGT----CCAT--CAAGTCGACAC---C---AGGAACGT--ATAATGTCGTCAT-CTCACTCAC--TATACTGGCCCTCTA--AC--T-TTTATAT--T----ATCA---TT-AC--TGACTC
gi|15 : acgGTGGCATAATTCTGCCAGTCT--GGTAGT-----------CAG-AAA------GGCACT----TCAT--TATGTCGACATCTCACTCANNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNN-N--NN--N-NNN---N--N----NNNNN-NNN-NN--NNNNNNNNN-------NNNNNN--NNNNN--NNN-----NCAGTTAGTGCCC---TGTTCTGCCACCAACTTCTTCGTTACTGAtct
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCT--AATTGC-----------CAG-ATA------GCCACT----CCGT--TATGTCGACAT---cgccag
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCT--GATAGT-----------CAG-c
gi|32 : taatacgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGA-AGT-----------CAG-ATA------GTTACTTATCTCAT--TATGTCTACAT---C---AG
gi|19 : gcGACATGGTTA-GACA---T--GTT-GT-----------CATCATA------ATCATT----TGAA--TAGGT-GACTT---A---AT-AAAGCCGATGATGTCGACAT-Catatgctggcat
gi|13 : gtggcatgaatttgccagcctgatagacagaaagccacttcattatttcgataccagaaacgtacGGCATAGTTCTGCCAGTCT--GATAGT-----------CAT-ATA------GTCACT----TAAT--TATGTCAACAT---C---AGGAtgcaa
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCT--GATAGT-----------CAC-ATG------ACTGCT----TCAT--TAAGTCGACAT---C---AGGAACAT--ATGATGTTGACAT-CTCACTCAT--TATGATGA-CAT--A--A-----TCT------------------TC-AC--TTATTCAAATAGTAAGTGATTAACTGG-C--TGAAAAAGCCAGTTAGTGTCCtcgtcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgcctgtcctgccaccaacttagtagttactgatgtcaacatcagta
gi|29 : GCATAGTTCTGTCAGCCT--GATAGT-----------CGA-ATA------GCCACT----TCAT--TATGTCGACAT---C---AGGACCGT--ATAATGTCGACAG-CTCATTCAtgtcctgccacctgccaccagtgttctgatgtcgacatcagggttacatgtcaaaaatgattcccctcgttgatacatataaatccatgctgattaagtaaatccatgctgatgtagatatcagtacgttgatgttgacatcagcaaataataagttggtggcaggatgggg
gi|18 : GCATAATTCTGCCATACT--GATATG-----------CAC-ATACATGTAACAACT----ACAT--AAAGTCGAATT---C---AGGAATGT--ATGCTGTT--CAT------TCAT--GATGGTGG-CAT-----AC----TCT---T--TTTGAAT-AA-GTC-AC--CTATTTATA-------T
gi|16 : atggtTTCTGCCAGCCT--GATAATCACATAACCTCCAG-ATA------GTCACT----T-ATAATATGGTGACAT---A---Atcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|5 : TGCCAGCAT--GATAGT-----------CAC-ATA------ACCACG----TCAT--TGAGTAGAAAT---C---AGGAATAT--ATGATG---ATAT-CTCACCCAT--TATGATAA-CATA-A--TC--G-TCT---T--G----ATTGA-TTC-AC--TTATTCAAA-------Ttcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|20 : tCCT--GATAGT-----------TAC-ATA------ACCACT----TCAT--TTAGTCGCCAT---C---AGGAACGC--ATGATGTCGGCAT-CTCATTTAT--AAC-TTAA-CATT-A--------TCT---T--C----AATAA-GTC-AC--TTATTCAAC-------TAGTTA--tgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagcaagttagtgttctgttatgccaccatcttcttagaaattgatgtaaacatcaacgccctatttagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|3 : AGC-----------CAG-TTA------ATCACT----T-AC--TAT-TTGA-AT---A---AGTGAAG---ATTATGTCATCATAATGAGTGA---GATGTCAA-CATC-AT-AT--GTTCC---T--G----AT----GTCGAC--TTAaaatcagtagatgatttactgaatgaaaaag
gi|25 : gcatagttttgccagcctgatagtcacatgactgcttcatCAA--TATGTCGAAAT---A---ATGA--GT--AAGATGTCGATAT-Cgaaaaagccagttagtgtcctgtcctgccacctgccaccagtgttctgatgtcgacatcagggttacatgtcaaaaatgattcccctcgttgatacatataaatccatgctgattaagtaaatccatgctgatgtagatatcagtacgttgatgttgacatcagcaaataataagttggtggcaggatgggg
gi|21 : tat--TATGTCGAAAT---A---ATGA--GT--AAGATGTCGATAT-Cgtcgttaataagtcgcttactgaattgtcgccaatttcagtaagtgactaac
gi|35 : tatGTCGACAT---C---AGAAACGC--ATGGTGTCGATAT-CTGACTAAT--TCTGTTGA-CGTC-A--TC--G-TCttattcgttaataagtcgcttactgaattgtcgccaacttcagtaagtgactaacttgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|25 : T--ATGATATCGACAT-CTTACTCAT--TATTTCGA-CAT-----ATTGG-TCG---T--T----AATAA-GTC-GC--TTACT--GA---------ATTG--TCGCCAATT------TCAGTAAGTGACTAA
gi|21 : T--ATGATATCGACAT-CTTACTCAT--TATTTCGA-CAT--ATTAT----TCG---T--T----AATAA-GTC-GC--TTACT--GA---------ATTG--TCGCCA-ACT-----TCAGTAAGTGACTAACTc
gi|16 : ACTTATAATATGGTGA-CATA-A--TC--A-CCT---T--G----AACAA-GTC-AC--TTA-TCA-----------ATTA----------AA-----ACAGTTAGTGATTAACTAtgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|6 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagtcATGTTGA-CATC-A--GC--G-TCC---TGAT----GTCAATATC-ATGGTTACTTGGC-------TAATTA--TAGgttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|6 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgtttt-TCT---T--G----AATAA-ATC-AC--TTATTCCAA-------T-AGTA--CGGCA--ACA-----TCAGTAAGTGcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|14 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatatCAGTTAGTGCCC--TGAC-CTGCCATCAACTTCTTAGTTACTGATATTGACATCAG--CGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-ATGTAAATCCATACTGACAAAGTTTACTTCCCA-GTTG----ATTA------TC--TG-TGA------------------------TATAAGCATCAGCA-ACTACTAAGTTGGTGA-----CAAGACAAGGCACTattaac
gi|23 : C----TTAATATTATGT----------TG------ATT--TTTCCA-GTTG----ATTA------TC--TG-TGATGTCAGCATCAGAA-CG--C-TGATGTCATCATCAGTA-ACTTATAAGTTGGTGG-----TAGGACGGGGCGCgcattttcaaccagtaaatcacttgccgatattac
gi|7 : tataC----TAAATAATATGT----------T-------------TCCCA-ATTA----GTTA------TT--TG-TGATGTAAAAATCAGGA-CG--C-TGATGACAACATCTGTA-ACTTATAAGTTGGTGG-----CAGGACGGGGCACTAACTcggtaggagatacagcc
gi|26 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcC----TGAATAATATGT----------TG------ACT--TTCCCA-ATTG----GTTA------TC--TG-TGATGTCGACATCAGGA-CG-----------------------CTTATGAGTTGGTAG-----CAGGACGGAGCA
gi|6 : ----------TG------TTT--TCTATA-ATTAGCCAAGTA------AC--CA-TGATATTGACATCAGGA-CG--C-TGATGTCAACATCAGTA-ACCAAGAAACCGGTGGCAGGATAGGACAGGGCACTAACTTACGGTAGCATAATATtat
gi|10 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcg--TTCCCA-GTTG----ATTA------TC--TG-TGACGTCGACATCAGTA-GG--C-CGATGTCGATATCGATA-GC---TAA-----TGG-----CAGGAAGGtcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|4 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TTTCCA-GTTG----ATAA------TC--TG-TGATGTTGACATCgtcaaattattca
gi|6 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacg--TTTCCAAGTTG----ATTA------CC--CG-TGATGTC--------GA-C---C------------TCAGTA-ACTAATACATTGGCGG-----CAGAA-GGGGCACTgtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|12 : ta--TTCCCA-GTTG----ATTA------TC--TG-TGACGTCGACATCAGTA-GG--C-CGATGTCGATATCGATA-GC---TAA-----TGG-----CAGGAAGGtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|3 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacTCCATGCTG----ATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTA-CG--T-TGATGTTGACATCAGCA-AATAATAAGTTGGTGG-----CAGGATGGGG
gi|3 : gcatagttttgccagcctgatagtcacatgactgcttcattaagtcgacatcaggaacatatgatgttgacatctcactcattatgatgacataatcttcacttattcaaatagtaagtgattaactggctgaaaaagccagttagtgtcctgtcctgccacctgccaccagtgttctgatgtcgacatcagggttacatgtcaaaaatgattcccctcgttgatacatataaaCCA-ACTT----ATTA------TT--TGCTGATGTCAACATCA--A-CGTAC-TGATATCTACATCAGCA-
gi|3 : gcatagttttgccagcctgatagtcacatgactgcttcattaagtcgacatcaggaacatatgatgttgacatctcactcattatgatgacataatcttcacttattcaaatagtaagtgattaactggctgaaaaagccagttagtgtcctgtcctgccacctgccaccagtgttctgatgtcgacatcagggttacatgtcaaaaatgattcccctcgttgatacatataaatccatgctgattaagtaaatcca-TGATGTCGACATCAGAA-CA--C-TGGTG---GCA------------------GGTGG-----CAGGACAGGACACTAACTtggcaggatgggg
gi|20 : gcatagttttgccagcctgatagtcacatgactgcttcattaagtcgacatcaggaacatatgatgttgacatctcactcattatgatgacataatcttcacttattcaaatagtaagtgattaactggctgaaaaagccGTCGCCATCAGGAACG--CATGATGTCGGCATC--TC-ATTTATAACTTgggttacatgtcaaaaatgattcccctcgttgatacatataaatccatgctgattaagtaaatccatgctgatgtagatatcagtacgttgatgttgacatcagcaaataataagttggtggcaggatgggg
gi|16 : cctgatagttacataaccacttcatttaCATTAGGA-CG--C-TGATGTTGACATCAGTA-ACTAATAAATTGGTGA-----CAGGCCAGGGTACTAATTaacattatcttcaataagtcacttattcaactagttaaaatcagtagatgatttactgaatgaaaaag
gi|2 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcATCAGTA-CG--C-TGATGTTGACATCAGTA-ACGAATAAGTTGATGG-----CAGGACAGGGCACTAACTtca
gi|14 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcCAGGA-CG--C-TGATGTCAATATCAGTA-ACTAAGAAGTTGATGG-----CAGGTCAGGGCACTAACTatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|5 : agtgccttgtcttgtcaccaacttagtagttgctgatgcttatatcacagataatcaactgggaagtaaactttgtcagtatggatttacatgtatcaacgaggagaagAGGG-CG--T-TGATGTTTACATCAATT-TCTAAGAAGATGGTGG-----CATAACAGAACACTAACTTggcattttcaaccagtaaatcacttgccgatattac
gi|3 : ttgccagcatgatagtcacataaccacgtcattgagtagaaatcaggaatatatgatgatatctcacccattatgataacataatcgtcttgattgattcacttattcaaattgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagcA-CC--C-TGATGTCGACATCAGAACACTGGTG-GCAGGTGG-----CAGGACAGGACACTAACTatttagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|13 : gcatagttttgccagcctgatagtcacatgactgcttcattaagtcgacatcaggaacatatgatgttgacatctcactcattatgatgacataatcttcacttattcaaatagtaagtgattaactggctgaaaaagcc--C-TGATGTTGACATCAGTA-ACTACTAAGTTGGTGG-----CAGGACAGGtacatgtcaaaaatgattcccctcgttgatacatataaatccatgctgattaagtaaatccatgctgatgtagatatcagtacgttgatgttgacatcagcaaataataagttggtggcaggatgggg
gi|13 : ggcatagttctgccagtctgatagtcatatagtcacttaattatgtcaacatcaggatcgtcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctg--C-TGATGTCAACATCAGTA-ta
gi|15 : ggcatagttctgccagtctgatagtcatatagtcacttaattatgtcaacatcaggatcgtcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgcctgtcctgccaccaacttagtagttaGCGTCAGTA-ACGAAGAAGTTGGTGG-----CAGAACAGGGCACTAACT
gi|4 : gtggcataattctgccagtctggtagtcagaaaggcacttcattatgtcgacatctcactcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATTTATGGAAGCGT-ATATGTGACACGCTGATGGCcag
gi|9 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTATGGAAGCGT-ATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATG
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|27 ): GTCGTTGTCAGAAACAAAGATGTTGTTGGCAGAACAGGGAACTAACTGTTTCTTTTTCATCCAGTTGAATGATTTACTGATATTG
Unaligned ( gi|34 ): CAGGAAATGCACTGTCCTGTTGACAGCTTCTTCGTTATTGTCCTGATGTCAACATCGAGCGT
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 3333333333333333333333333333333333333333 1
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 1 22 1 2 1111111 2 8888888 444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333 1 2 0 66 5 8888 9999 1 111 3333333333333333333333333333333333333333 3 999999 55 3 5 2 8888 66666 4 66666 2 0 1 1 4
lowQualScore : . . ...... .... ...... . . .. . . ....... . ....... ... ......................................................................................... ......... . . . .. . .... .... . ... ........................................ . ...... .. . . . .... ..... . ..... . . . . .
lowQualScore : 7 8 000000 4444 666666 6 6 66 9 4 8888888 4 4444444 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333 0 7 6 99 7 6666 4444 0 666 7777777777777777777777777777777777777777 3 666666 00 3 4 7 1111 22222 6 22222 5 0 0 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGNTGACATNATC-G-T-CT-TT--AATAAGTCACTTAT---TCAA--A--------TGATT-------A------TG--GCC-GNA----TCAGT---TAGTGNC--------C-AA---------CTGT--CCTG---------CCACCAACTTCTTNGTTACTGATGTCGACATCAG--CGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG-----AC---T---TT---CCCA-GTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCT-GATGTCGACATCAG-----TAACTAATAAGTTGGTGGC-----AGGAC-GGGGCACTAACTTACGGAAGCGT-ATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATCANC-G-T-CT-TT--ANTAAGTCACTTAT---TCAA--A--------TGATT-------A------TG--GCC-NNA----TCAGT---NAGTGNC--------C-AA---------CTAC--TCTG---------CCACCAACTTCTTNGTTACTGATATTGACATCAG--CGTCC-TGCTTCTC----TNAATANTAT-------GT----------TG-----NT---T---TT---CCCA-GTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCT-GATGTCGACATCAG-----TAACTAATAAGTTGGTGGC-----AGGAC-GGGGCACTAACTTACGGAAGCGT-ATATGNGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGT-A-TGATGTCGACATCTGACTCAT--T-ATGTTGACATCAAC-G-T-CT-TT--ATCAAGTCACTTAT---TCAG--A--------TGATT-------A------TG--GCC-TCA----TCAGT---TAGTGGC--------C-AA---------TTAC--TCTC---------TCCTCAGCTTCTTCCCTACTAATAATTTCGCCCGTACGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG-----TT---T---TT---TCCA-GTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCT-GATGTCAGCATCAG-----TAACTTATAAGTTGGTGGT-----AGGAT-GGGGCACTAACTTATGGAAGCGT-ATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGGTGTCGATATCTTACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG-----AC---T---T----CCCA-GTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCC-GATGTCGATATCGA-----TAGCTAA--------TGGC-----AGGAA-GGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|11 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACT----TATTTAAATTGAAA------TCATAAACAT-A-TCACGTTTACATCTTACTGAT--T-ATGGTGACATAGTC-C-T-CT-TT--TATAAGTTACTTAT---CTCA--A--------TGAAT-------A------TG--GAA-ACA----TCAGA---CAGGGAT--------T-AA---------C-AG--TCTG---------
gi|12 : atactgtgATGTTCACATGGGGACACT-GACGT----ATCAG-----TTGCTAAGAAGTTGTTGGC-----AGGACAAGGGCATTAACTgaaagtcgagtaatgtctagttctccaataaacatgtaagcaatagatgtcaacaacacagaatgctactgtcataataattatttc
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccTT----TGAATAAT----------T----------TG-----AC---T---T----CCCA-GTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCC-GATGTCGATATCGA-----TAGCTAA--------TGGC-----AGGAA-GGaagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGTCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNN--N--------NNNNN-------N------NN--NNN-NNN----NNNNN---NNNNTAC--------T-AA---------ATAC--CCTGCCTGTCCTGCCACCAACTTAGTAGTTACTGATGTCAACATCAG--
gi|14 : CAA--G--------TGATTT------AC-----TG--GTT-GAAAATGCCAGT---TAGTGCC--------CTGA---------C------CTG---------CCATCAACTTCTTAGTTACTGATATTGACATCAG--CGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTGACAAAGT---TTACTT---CCCA-GTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG---------------CATCAG-----CAACTACTAAGTTGGTGAC-----AAGAC-AAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNN--N--------NNNNN-------N------NN--NNN-NNN----NCAGT---TAGTGCC---------------------CTGT--TCTG---------CCACCAACTTCTTCGTTACTGAccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAcgccag
gi|16 : TCACTTATAAT-ATGGTGACATAATC-A-C-CT-TG--AACAAGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGTGATT-------AACTAGTTG--GAA-AAG----TCAAT---TAGTACC--------C-------------TGG--CCTG---------TCACCAATTTATTAGTTACTGATGTCAACATCAG--CGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|16 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGACATTAGGACGCT-GATGTTGACATCAG-----TAACTAATAAATTGGTGAC-----AGGCC-AGGGTACTAATTGACaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaaGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGT-A-TGCTGT-------TCATTCAT--G-ATGGTGGCATACTC-T-T-TT-TG--AATAAGTCACCTAT---TTAT--A--------Ta
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGT-A-CGATGTC-----------------------GACATCATC-G-G-CT-TT--ATTAAGTCACCTAT---TCAA--A--------TGATT-------A------TG--ATG-ACA----ACA--------TGTC--------T-AA---------CCATG-TCTG---------Ctcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGT-A-TGATGTCGACGTCTCGCTCAaa
gi|2 : g---CCCA-GT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCT-GATGTTGACATCAG-----TAACGAATAAGTTGATGGC-----AGGAC-AGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGC-A-TGATGTCGGCATCTCATTTAT--A-AC-TTAACATTA-----T-CT-TC--AATAAGTCACTTAT---TCAA--C--------TAGTT-------A--------------AAA----TCAGT---AGATGttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACAT-ATT-ATT-CG-TT--AATAAGTCGCTTAC---TGA--------------ATT-------G------TC--GCC-AACT---TCAGT---AAGTGAC--------T-AA---------CTatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGT-A-TAATGTCGTCATCTCACTCAC--T-ATACTGGCtgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG-----AT---T---TT---TCCA-GTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCT-GATGTCATCATCAG-----TAACTTATAAGTTGGTGGT-----AGGAC-GGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGT-T-TGGTGTCGTCATTTCATTCAT--T-ATGTTGACATCATCAG-T-TT-------TAAGCCATTTAT---TGAA--A--------TGATT-------A------cggtaggagatacagcc
gi|25 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATATTG-G-T-CG-TT--AATAAGTCGCTTAC---TGA--------------ATT-------G------TC--GCCAATT----TCAGT---AAGTGAC--------T-AA---------C
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG-----AC---T---TT---CCCA-ATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCT-TATG------------------------AGTTGGTAGC-----AGGAC-GGAGCA
gi|27 : GTCGTTGTCAG-----AAACAAAGATGTTGTTGGC-----AGAAC-AGGGAACTAACTtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCT-A-TGATTACGACATCTTACTCAT--T-ATGgtttctttttcatccagttgaatgatttactgatattg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGT-A-TAATGTCGACAGCTCATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACAT-A-TGATGTTGACATCTCACTCAT--T-ATGATGACATAA-----T-CT-----------TCACTTAT---TCAA--ATAGTAAG-TGATT-------AAC----TG--GCT-GAAAAAGCCAGT---TAGTGTC--------C-TGTC-------CTGCCACCTG---------CCACCAG------TGTT-CTGATGTCGACATCAG--GGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TG-----ATACAT---ATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTT-GATGTTGACATCAG-----CAAATAATAAGTTGGTGGC-----AGGAT-GGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGT-A-TGGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGT-A-TGTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGatatgctggcat
gi|34 : ACGCTCGATGTTGACATCAGGACAATAACGAAGAAGCTGTCAAC-----AGGAC-AGTGCATTc
gi|35 : caggaGTCGACA------TCAGAAACGC-A-TGGTGTCGATATCTGACTAAT--T-CTGTTGACGTCATC-G-T-C
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCAT-A-TATCGTCGACATCTCACTCAT--A-ATGGTGACATC
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG-----AC---T---TT---CC-A-GTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATC----C-----------------G-----TAACTAATAATATGGAGAC-----TGAAC-AAGG----AACTTACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctaTAATTTATGGAAGCGT-ATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATAT-A-TGAT---GATATCTCACCCAT--T-ATGATAACATAATC-G-T-CT-TG--ATTGATTCACTTAT---TCAA--A--------TTGTTGAATAGGA------TGTTGTA-ACA----TCAGTATAAACTGACTGAAAAAGC-AAGTTAGTGTTCTGT--TATG---------CCACCATCTTCTTAGAAATTGATGTAAACATCAA--CGCCC-TATTT
gi|6 : t---T---TT---CCAA-GTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC--------------------C-TCAG-----TAACTAATACATTGGCGGC-----AGAA--GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTCACTTAC--TGATGTTG------CC-G-TACTATTGGAATAAGTGATTTAT---TCAAGAA--------T-ATT-------A------TGCTACC-GTA------AGT---TAGTGCC--------C-TGTC-------CTAT--CCTG---------CCACCGGTTTCTTGGTTACTGATGTTGACATCAG--CGTCC-TG---ATG----TCAATATCATG------GT----------TA-----CT---T-----------G-GCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|6 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttct-TGATATTGACATCAGGACGCT-GATGTCAACATCAG-----TAACCAAGAAACCGGTGGCAGGATAGGAC-AGGGCACTAACTTACGGTAGCATAATATttaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccaGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGATGTCGGCATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATCAtcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNA--A-------------------------------------G----TCAGT---TAGTGCC---------------------CCGT--CCTG---------CCACCAACTTATAAGTTACAGATGTTGTCATCAG--CGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T----------------T---CCCA-ATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCT-GATGACAACATCTG-----TAACTTATAAGTTGGTGGC-----AGGAC-GGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGT-A-TGATGTCGACATCTC-NNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNN-N-N-NN-NN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNN--N--------NNNNN-------N------NN--NNN-NNN----NNNNN---NNNNNNN--------N-NN---------NNNN--NNNN---------NNNNCAACTTCTTCGTTACTGATGTCGACAT
gi|9 : atgTATGGAAGCGT-ATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444 111111111 22222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 1 22 2 1 444 6666666 1 33 444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 33 6666 66666666666666666666 222222222 3 1 77777 555 4 5 7 1 9999 1 111 11111111111111111111111111111111111111111 0 999999 55 3 8 7777 3 44 1 1
lowQualScore : . . ...... .... ...... . . .. . . ... ....... . .. ... ............................................................ . .. .... .................... ......... . . ..... ... . . . . .... . ... ......................................... . ...... .. . . .... . .. . .
lowQualScore : 7 8 000000 5555 888888 7 7 88 0 7 888 9999999 4 22 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 99 0000 22222222222222222222 333333333 1 0 77777 444 0 7 8 0 4444 0 666 33333333333333333333333333333333333333333 4 666666 00 6 0 2222 2 33 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------TGATT-------A--TG--GCC--GAA----TC---------------AGT-TAG--TG---NC--------CAA---------CTGTCCTGC---------CACCAACT-TCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGNACGCTGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGAC-GGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGNTGACATN--ATC-GTCTTTAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------TGATT-------A--TG--GCC--GNA----TC---------------AGT-TAG--TG---NC--------CAA---------CTGTCCTGC---------CACCAACT-TCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGAC-GGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGT-A-TGATGTCGACATCTGACTCAT--T-ATGTTGACATC--AAC-GTCTTTATCA--AGTCACTTAT---TCAG--A--------TGATT-------A--TG--GCC--TCA----TC---------------AGT-TAG--TG---GC--------CAA---------TTACTCTCT---------CCTCAGCT-TCTTCCCTA-----CTAATAATTTCGCCCGT-A-CGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG--TT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCTGATGTCAGCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGAT-GGGGCACTAACTTATGGAAGCGTATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGGTGTCGATATCTTACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAA-GGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|12 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTTCACATGGGGACACTGACGT----ATCAGTTGCTAAGAAGTTGTTGGCAGGACAAGGGCATTAACT
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccTT----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAA-GGaagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGTCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------NNNNN-------N--NN--NNN--NNN----NN---------------NNN-NNN--NT---AC--------TAA---------ATACCCTGCCTGTCCTGCCACCAACT-TAGTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AG
gi|14 : CAA--G--------TGATTT------AC-TG--GTT--GAAAATGCC---------------AGT-TAG--TG---CC--------C------------TGACCTGC---------CATCAACT-TCTTAGTTA-----CTGATA---TTGACATC-AGCGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTG--ACAAAGTTTACT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG--------------CATCAGCAACTACTAAGTTGGTGACAAGAC-AAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------NNNNN-------N--NN--NNN--NNN----NC---------------AGT-TAG--TG---CC--------------------CTGTTCTGC---------CACCAACT-TCTTCGTTA-----CTGACG---CCccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAag
gi|16 : TCACTTATAAT-ATGGTGACATA--ATC-ACCTTGAACA--AGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGTGATT-------AACTA--GTT--GGAAAAGTC---------------AAT-TAG--TA---CC--------C------------TGGCCTGT---------CACCAATT-TATTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AGCGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGT-A-TGCTGT-------TCATTCAT--G-ATGGTGGCATA--CTC-TTTTTGAATA--AGTCACCTAT---TTAT--A--------Taatgtca
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGT-A-CGATGTCGACATC-------------------------ATC-GGCTTTATTA--AGTCACCTAT---TCAA--A--------TGATT-------A--TG--tcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGT-A-TGATGTCGACGTCTCGCTCAatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|2 : gCCCAGT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCTGATGTTGACATCAGTAACGAATAAGTTGATGGCAGGAC-AGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGC-A-TGATGTCGGCATCTCATTTAT--A-AC-TTAACATT--A----TCTTCAATA--AGTCACTTAT---TCAA--C--------TAGTT-------A-----------AAA----TC---------------AGT-ttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTA-TTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA--------------ATT-------G--TC--GCC---AACT--TC---------------AGT-AAG--TG---AC--------TAA---------CTagatgatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGT-A-TAATGTCGTCATCTCACTCAC--T-ATACTGGCtgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG--AT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCTGATGTCATCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGAC-GGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGT-T-TGGTGTCGTCATTTCATTCAT--T-ATGTTGACATC--ATCAGTTT----TA--AGCCATTTAT---TGAA--A--------TGATT-------A--cggtaggagatacagcc
gi|25 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTG-GTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA--------------ATT-------G--TC--GCC---AATT--TC---------------AGT-AAG--TG---AC--------TAA---------C
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTTATG-------------------AGTTGGTAGCAGGAC-GGAGCA
gi|27 : AATATCAGTAAATCAT---TCAA--C--------TGG---------A--TG--AAAAAGAA----AC---------------AGT-TAG--T----TC--------C-----------CTGTTCTGC---------CAACAACA-TCTTTGTTT-----CTGACA---ACGACtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCT-A-TGATTACGACATCTTACTCAT--T-ATGg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGT-A-TAATGTCGACAGCTCATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACAT-A-TGATGTTGACATCTCACTCAT--T-ATGATGACATA--ATC--T------------TCACTTAT---TCAA--ATAGTAAG-TGATT-------AACTG--GCT--GAAAAAGCC---------------AGT-TAG--TG---TC--------------------CTGTCCTGC---------CACCTGCCACCAGTGTT------CTGATG---TCGACATC-AGGGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TGATAC--------ATATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTTGATGTTGACATCAGCAAATAATAAGTTGGTGGCAGGAT-GGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGT-A-TGGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGT-A-TGTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGatatgctggcat
gi|34 : A---------CTGTCCTGT---------TGACAGCT-TCTTCGTTATTGTCCTGATG---TCAACATCGAGCGTc
gi|35 : caggaaatgcGTCGACA------TCAGAAACGC-A-TGGTGTCGATATCTGACTAAT--T-CTGTTGACGTC--ATC-GTC
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCAT-A-TATCGTCGACATCTCACTCAT--A-ATGGTGACATC--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------NNNNN-------N--NN--NNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNGAAGC-TAG--TAAGTTC--------C-----------TTGTTCAGT---------CTCCATAT-TATTAGTTA-----CGGATG---TCAACATC-A
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG--AC--------TT-----TCC-AGTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATC----C----------------GTAACTAATAATATGGAGACTGAAC-AAGG----AACTTACcagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctaTAATTTATGGAAGCGTATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATAT-A-TGATG---ATATCTCACCCAT--T-ATGATAACATA--ATC-GTCTTGATTG--ATTCACTTAT---TCAA--A--------TTGTTGAATAGGA--TGTTGTA--ACA----TC---------------AGTATAAACTG---ACTGAAAAAGCAAGTTAGTGTTCTGTTATGC---------CACCATCT-TCTTAGAAA-----TTGATG---TAAACATC-AACGCCC-TATTT
gi|6 : t--------TT-----TCCAAGTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC-------------------C-TCAGTAACTAATACATTGGCGGCAGAA--GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTCACTTAC--TGATGTTGCCGTACTATT-GG----AATA--AGTGATTTAT---TCAAGAA--------T-ATT-------A--TGCTACC--GTA---------------------AGT-TAG--TG---CC--------CTGTC-------CTATCCTGC---------CACCGGTT-TCTTGGTTA-----CTGATG---TTGACATC-AGCGTCC-TG---ATG----TCAATATCAT-------GG----------TT--AC--------TT---------GGCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGATGTCGGCATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATC--Attaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNA--A----------------------------------G----TC---------------AGT-TAG--TG---CC--------------------CCGTCCTGC---------CACCAACT-TATAAGTTA-----CAGATG---TTGTCATC-AGCGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T--------------------TCCCAATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCTGATGACAACATCTGTAACTTATAAGTTGGTGGCAGGAC-GGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGT-A-TGATGTCGACATCTC-NNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------NNNNN-------N--NN--NNN--NNN----NN---------------NNN-NNN--NN---NN--------NNN---------NNNNNNNNN---------NNNCAACT-TCTTCGTTA-----CTGATG---TCGACAT
gi|9 : atgTATGGAAGCGTATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444 111111111 22222222222222222222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 1 22 2 1 444 5555555 1 33 444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 6666 55555555555555555555 44 222222222 1 77777 555 4 5 7 1 9999 1 111 11111111111111111111111111111111111111111 0 999999 55 3 6 11 3333 4 44 1 1
lowQualScore : . . ...... .... ...... . . .. . . ... ....... . .. ... ........................................................................... . .. .... .................... .. ......... . ..... ... . . . . .... . ... ......................................... . ...... .. . . .. .... . .. . .
lowQualScore : 7 8 000000 5555 888888 7 7 88 0 7 888 5555555 4 22 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 99 0000 88888888888888888888 22 333333333 0 77777 444 0 7 8 0 4444 0 666 33333333333333333333333333333333333333333 4 666666 00 6 2 77 0000 1 33 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT--A------TG--GCC--GA---------A----TC---------------AGT-TAG--TG---NC--------CAA---------CTGTC--CTGC---------CACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGNACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGAC-GGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT--A------TG--GCC--GA---------A----TC---------------AGT-TAG--TG---NC--------CAA---------CTGTC--CTGC---------CACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGNACGCTGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGAC-GGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGT-A-TGATGTCGACATCTGACTCAT--T-ATGTTGACATC--AAC-GTCTTTATCA--AGTCACTTAT---TCAG--A--------T-------GATT--A------TG--GCC--TC---------A----TC---------------AGT-TAG--TG---GC--------CAA---------TTACT--CTCT---------CCTCAGCTTCTTCCCTA-----CTAATAATTTCGCCCGT-A-CGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG--TT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCTGATGTCAGCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGAT-GGGGCACTAACTTATGGAAGCGTATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGGTGTCGATATCTTACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAA-GGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|12 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGTTCACATGGGGACACTGACGT----ATCAGTTGCTAAGAAGTTGTTGGCAGGACAAGGGCATTAACT
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccTT----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAA-GGaagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGTCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NN---------------NNN-NNN--NT---AC--------TAA---------ATACC--CTGCCTGTCCTGCCACCAACTTAGTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AG
gi|14 : CAA--G--------T-------GATTT-AC-----TG--GTT--GA---------AAATGCC---------------AGT-TAG--TG---CC--------C------------TGAC--CTGC---------CATCAACTTCTTAGTTA-----CTGATA---TTGACATC-AGCGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTG--ACAAAGTTTACT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG--------------CATCAGCAACTACTAAGTTGGTGACAAGAC-AAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NC---------------AGT-TAG--TG---CC--------------------CTGTT--CTGC---------CACCAACTTCTTCGTTA-----CTGACG---CCccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAag
gi|16 : TCACTTATAAT-ATGGTGACATA--ATC-ACCTTGAACA--AGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGT-------GATT--AACTAGTTG--GAA--AA---------G----TC---------------AAT-TAG--TA---CC--------C------------TGGC--CTGT---------CACCAATTTATTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AGCGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGT-A-TGCTGT-------TCATTCAT--G-ATGGTGGCATA--CTC-TTTTTGAATA--AGTCACCTAT---TTAT--A--------T-------aatgtca
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGT-A-CGATGTCGACATC-------------------------ATC-GGCTTTATTA--AGTCACCTAT---TCAA--A--------T-------GATT--A------TG--tcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGT-A-TGATGTCGACGTCTCGCTCAatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|2 : gCCCAGT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCTGATGTTGACATCAGTAACGAATAAGTTGATGGCAGGAC-AGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGC-A-TGATGTCGGCATCTCATTTAT--A-AC-TTAACATT--A----TCTTCAATA--AGTCACTTAT---TCAA--C--------T-------AGTT--A---------------AA---------A----TC---------------AGT-ttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTA-TTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT--G------TC--GCC---A---------ACT--TC---------------AGT-AAG--TG---AC--------TAA---------CTagatgatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGT-A-TAATGTCGTCATCTCACTCAC--T-ATACTGGCtgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG--AT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCTGATGTCATCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGAC-GGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGT-T-TGGTGTCGTCATTTCATTCAT--T-ATGTTGACATC--ATCAGTTT----TA--AGCCATTTAT---TGAA--A--------T-------GATT--A------cggtaggagatacagcc
gi|25 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTG-GTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT--G------TC--GCC---A---------ATT--TC---------------AGT-AAG--TG---AC--------TAA---------C
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTTATG-------------------AGTTGGTAGCAGGAC-GGAGCA
gi|27 : AATATCAGTAAATCAT---TCAA--C--------T-------GG----A------TG--AAAAAGA---------A----AC---------------AGT-TAG--T----TC--------C-----------CTGTT--CTGC---------CAACAACATCTTTGTTT-----CTGACA---ACGACtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCT-A-TGATTACGACATCTTACTCAT--T-ATGg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGT-A-TAATGTCGACAGCTCATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACAT-A-TGATGTTGACATCTCACTCAT--T-ATGATGACATA--ATC---------T-----TCACTTAT---TCAA--A--------TAGTAAGTGATT--AAC----TG--GCT--GA---------AAAAGCC---------------AGT-TAG--TG---TC--------CTGTC-------CTGCCACCTGC---------CACCAG------TGTT------CTGATG---TCGACATC-AGGGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TGATAC--------ATATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTTGATGTTGACATCAGCAAATAATAAGTTGGTGGCAGGAT-GGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGT-A-TGGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGT-A-TGTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGatatgctggcat
gi|34 : A---------CTGTC--CTGT---------TGACAGCTTCTTCGTTATTGTCCTGATG---TCAACATCGAGCGTc
gi|35 : caggaaatgcGTCGACA------TCAGAAACGC-A-TGGTGTCGATATCTGACTAAT--T-CTGTTGACGTC--ATC-GTC
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCAT-A-TATCGTCGACATCTCACTCAT--A-ATGGTGACATC--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NNNNNNNNNNNNNNNGAAGC-TAG--TAAGTTC--------C-----------TTGTT--CAGT---------CTCCATATTATTAGTTA-----CGGATG---TCAACATC-A
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG--AC--------TT-----TCC-AGTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATC----C----------------GTAACTAATAATATGGAGACTGAAC-AAGG----AACTTACcagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctaTAATTTATGGAAGCGTATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATAT-A-TGATG---ATATCTCACCCAT--T-ATGATAACATA--ATC-GTCTTGATTG--ATTCACTTAT---TCAA--A--------T-------TGTTGAA------TA--G----GATGTTGTAACA----TC---------------AGTATAAACTG---ACTGAAAAAGCAAGTTAGTGTTCTGTT--ATGC---------CACCATCTTCTTAGAAA-----TTGATG---TAAACATC-AACGCCC-TATTT
gi|6 : t--------TT-----TCCAAGTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC-------------------C-TCAGTAACTAATACATTGGCGGCAGAA--GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTCACTTAC--TGATGTTGCCGTACTATT-G----GAATA--AGTGATTTAT---TCAAGAA--------T--------ATT--A------TGCTACC--G---------------TA---------------AGT-TAG--TG---CC--------CTGTC-------CTATC--CTGC---------CACCGGTTTCTTGGTTA-----CTGATG---TTGACATC-AGCGTCC-TG---ATG----TCAATATCAT-------GG----------TT--AC--------TT---------GGCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGATGTCGGCATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATC--Attaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNA------------------------------------------A---------G----TC---------------AGT-TAG--TG---CC--------------------CCGTC--CTGC---------CACCAACTTATAAGTTA-----CAGATG---TTGTCATC-AGCGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T--------------------TCCCAATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCTGATGACAACATCTGTAACTTATAAGTTGGTGGCAGGAC-GGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGT-A-TGATGTCGACATCTC-NNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NN---------------NNN-NNN--NN---NN--------NNN---------NNNNN--NNNN---------NNNCAACTTCTTCGTTA-----CTGATG---TCGACAT
gi|8 : atgTCAGTA-ACCCATGTCGACATCAGTAACGAAGAAGTTGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
gi|9 : atggtggcatagttctgccagcatgatagtcagatagccactttatgatgtcgataccaggagcgtatgatgtcgacatctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGGAAGCGTATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444 111111111 22222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 1 22 2 1 444 5555555 1 33 444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 33 5555 55555555555555555555 33 111111111 1 77777 555 3 5 7 1 9999 1 111 11111111111111111111111111111111111111111 0 999999 55 3 8888888 9999 3 2 1 1
lowQualScore : . . ...... .... ...... . . .. . . ... ....... . .. ... ........................................................................... . .. .... .................... .. ......... . ..... ... . . . . .... . ... ......................................... . ...... .. . ....... .... . . . .
lowQualScore : 7 8 000000 5555 888888 7 7 88 0 7 888 5555555 4 22 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 77 7777 88888888888888888888 99 444444444 0 11111 000 6 0 8 0 4444 0 666 33333333333333333333333333333333333333333 4 666666 00 6 0000000 0000 2 0 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT--A------TG--GCC--GA---------A----TC---------------AGT-TAG--TG---CC--------C-A---------CTGTC--CTGC---------CACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT--A------TG--GCC--GA---------A----TC---------------AGT-TAG--TG---NC--------CAA---------CTGTC--CTGC---------CACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGNACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGT-A-TGATGTCGACATCTGACTCAT--T-ATGTTGACATC--AAC-GTCTTTATCA--AGTCACTTAT---TCAG--A--------T-------GATT--A------TG--GCC--TC---------A----TC---------------AGT-TAG--TG---GC--------CAA---------TTACT--CTCT---------CCTCAGCTTCTTCCCTA-----CTAATAATTTCGCCCGT-A-CGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG--TT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCTGATGTCAGCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGATGGGGCACTAACTTATGGAAGCGTATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGGTGTCGATATCTTACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|12 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC---------------AGT-TAA--TG---CC--------C-----------TTGTC--CTGC---------CAACAACTTCTTAGCAA-----CTGAT-------ACGTC-AGTGTCC-
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagcTT----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGTCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NN---------------NNN-NNN--NT---AC--------TAA---------ATACC--CTGCCTGTCCTGCCACCAACTTAGTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AG
gi|14 : CAA--G--------T-------GATTT-AC-----TG--GTT--GA---------AAATGCC---------------AGT-TAG--TG---CC--------C------------TGAC--CTGC---------CATCAACTTCTTAGTTA-----CTGATA---TTGACATC-AGCGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTG--ACAAAGTTTACT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG--------------CATCAGCAACTACTAAGTTGGTGACAAGACAAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NC---------------AGT-TAG--TG---CC--------------------CTGTT--CTGC---------CACCAACTTCTTCGTTA-----CTGACG---CCccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAag
gi|16 : TCACTTATAAT-ATGGTGACATA--ATC-ACCTTGAACA--AGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGT-------GATT--AACTAGTTG--GAA--AA---------G----TC---------------AAT-TAG--TA---CC--------C------------TGGC--CTGT---------CACCAATTTATTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AGCGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGT-A-TGCTGT-------TCATTCAT--G-ATGGTGGCATA--CTC-TTTTTGAATA--AGTCACCTAT---TTAT--A--------T-------aatgtca
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGT-A-CGATGTCGACATC-------------------------ATC-GGCTTTATTA--AGTCACCTAT---TCAA--A--------T-------GATT--A------TG--tcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGT-A-TGATGTCGACGTCTCGCTCAatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|2 : gCCCAGT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCTGATGTTGACATCAGTAACGAATAAGTTGATGGCAGGACAGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGC-A-TGATGTCGGCATCTCATTTAT--A-AC-TTAACATT--A----TCTTCAATA--AGTCACTTAT---TCAA--C--------T-------AGTT--A---------------AA---------A----TC---------------AGT-ttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTA-TTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT--G------TC--GCC---A---------ACT--TC---------------AGT-AAG--TG---AC--------TAA---------CTagatgatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGT-A-TAATGTCGTCATCTCACTCAC--T-ATACTGGCtgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG--AT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCTGATGTCATCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGACGGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGT-T-TGGTGTCGTCATTTCATTCAT--T-ATGTTGACATC--ATCAGTTT----TA--AGCCATTTAT---TGAA--A--------T-------GATT--A------cggtaggagatacagcc
gi|25 : T-A-TGATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTG-GTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT--G------TC--GCC---A---------ATT--TC---------------AGT-AAG--TG---AC--------TAA---------C
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTTATG-------------------AGTTGGTAGCAGGACGGAGCA
gi|27 : AATATCAGTAAATCAT---TCAA--C--------T-------GG----A------TG--AAAAAGA---------A----AC---------------AGT-TAG--T----TC--------C-----------CTGTT--CTGC---------CAACAACATCTTTGTTT-----CTGACA---ACGACtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCT-A-TGATTACGACATCTTACTCAT--T-ATGg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGT-A-TAATGTCGACAGCTCATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACAT-A-TGATGTTGACATCTCACTCAT--T-ATGATGACATA--ATC---------T-----TCACTTAT---TCAA--A--------TAGTAAGTGATT--AAC----TG--GCT--GA---------AAAAGCC---------------AGT-TAG--TG---TC--------CTGTC-------CTGCCACCTGC---------CACCAG------TGTT------CTGATG---TCGACATC-AGGGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TGATAC--------ATATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTTGATGTTGACATCAGCAAATAATAAGTTGGTGGCAGGATGGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGT-A-TGGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGT-A-TGTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGT-A-TGatatgctggcat
gi|34 : A---------CTGTC--CTGT---------TGACAGCTTCTTCGTTATTGTCCTGATG---TCAACATCGAGCGTc
gi|35 : caggaaatgcGTCGACA------TCAGAAACGC-A-TGGTGTCGATATCTGACTAAT--T-CTGTTGACGTC--ATC-GTC
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCAT-A-TATCGTCGACATCTCACTCAT--A-ATGGTGACATC--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NNNNNNNNNNNNNNNGAAGC-TAG--TAAGTTC--------C-----------TTGTT--CAGT---------CTCCATATTATTAGTTA-----CGGATG---TCAACATC-A
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG--AC--------TT-----TCC-AGTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATC----C----------------GTAACTAATAATATGGAGACTGAACAAGG----AACTTACcagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctaTAATTTATGGAAGCGTATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATAT-A-TGATG---ATATCTCACCCAT--T-ATGATAACATA--ATC-GTCTTGATTG--ATTCACTTAT---TCAA--A--------T-------TGTTGAA------TA--G----GATGTTGTAACA----TC---------------AGTATAAACTG---ACTGAAAAAGCAAGTTAGTGTTCTGTT--ATGC---------CACCATCTTCTTAGAAA-----TTGATG---TAAACATC-AACGCCC-TATTT
gi|6 : t--------TT-----TCCAAGTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC-------------------C-TCAGTAACTAATACATTGGCGGCAGAA-GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTCACTTAC--TGATGTTGCCGTACTATT-G----GAATA--AGTGATTTAT---TCAAGAA--------T--------ATT--A------TGCTACC--G---------------TA---------------AGT-TAG--TG---CC--------CTGTC-------CTATC--CTGC---------CACCGGTTTCTTGGTTA-----CTGATG---TTGACATC-AGCGTCC-TG---ATG----TCAATATCAT-------GG----------TT--AC--------TT---------GGCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-A-TGATGTCGGCATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATC--Attaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNA------------------------------------------A---------G----TC---------------AGT-TAG--TG---CC--------------------CCGTC--CTGC---------CACCAACTTATAAGTTA-----CAGATG---TTGTCATC-AGCGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T--------------------TCCCAATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCTGATGACAACATCTGTAACTTATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGT-A-TGATGTCGACATCTC-NNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN--N------NN--NNN--NN---------N----NN---------------NNN-NNN--NN---NN--------NNN---------NNNNN--NNNN---------NNNCAACTTCTTCGTTA-----CTGATG---TCGACAT
gi|8 : atgTCAGTA-ACCCATGTCGACATCAGTAACGAAGAAGTTGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
gi|9 : atggtggcatagttctgccagcatgatagtcagatagccactttatgatgtcgataccaggagcgtatgatgtcgacatctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGGAAGCGTATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333 111111111 22222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 22 22 2 1 444 5555555 1 33 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 777777777777 33 111111111 1 77777 555 3 5 7 1 9999 1 111 11111111111111111111111111111111111111111 0 999999 55 3 5 3 3 4444 0 4 3 0 1 1
lowQualScore : . . ...... .... ...... . .. .. . . ... ....... . .. ... ................................................................. .. ............ .. ......... . ..... ... . . . . .... . ... ......................................... . ...... .. . . . . .... . . . . . .
lowQualScore : 7 8 000000 5555 888888 7 33 88 0 7 888 5555555 4 22 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 777777777777 99 444444444 0 11111 000 6 0 8 0 4444 0 666 33333333333333333333333333333333333333333 4 666666 00 6 2 6 3 4444 3 3 2 6 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-AT--GATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGT--GCCC----------CTGTC--CTGCC---------ACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGT-AT--GATGTCGACATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGT--GCCC---A------CTGTC--CTGCC---------ACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGT-AT--GATGTCGACATCTGACTCAT--T-ATGTTGACATC--AAC-GTCTTTATCA--AGTCACTTAT---TCAG--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--TCA----TC---------------AGTTAGT--GGCC---AATTACTCTCTC--CT--------------CAGCTTCTTCCCTA-----CTAATAATTTCGCCCGT-A-CGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG--TT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCTGATGTCAGCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGATGGGGCACTAACTTATGGAAGCGTATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-AT--GGTGTCGATATCTTACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|12 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC---------------AGTTAAT--GCCC----------TTGTC--CTGCC---------AACAACTTCTTAGCAA-----CTGAT-------ACGTC-AGTGTCC-
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagcTT----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGTCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NN---------------NNNNNNT--ACTA---A------ATACC--CTGCCTGTCCTGCCACCAACTTAGTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AG
gi|14 : CAA--G--------T-------GATTTAC-----TG--GTT--GAAAATGCC---------------AGTTAGT--GCCC-----------TGAC--CTGCC---------ATCAACTTCTTAGTTA-----CTGATA---TTGACATC-AGCGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTG--ACAAAGTTTACT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG--------------CATCAGCAACTACTAAGTTGGTGACAAGACAAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NC---------------AGTTAGT--GCC-----------CTGTT--CTGCC---------ACCAACTTCTTCGTTA-----CTGACG---CCccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAag
gi|16 : TCACTTATAAT-ATGGTGACATA--ATC-ACCTTGAACA--AGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGT-------GATT-AACTAGTTG--GAA--AAG----TC---------------AATTAGT--ACCC-----------TGGC--CTGTC---------ACCAATTTATTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AGCGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGT-AT--GCTGT-------TCATTCAT--G-ATGGTGGCATA--CTC-TTTTTGAATA--AGTCACCTAT---TTAT--A--------T-------aatgtca
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGT-AC--GATGTCGACATC-------------------------ATC-GGCTTTATTA--AGTCACCTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--tcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGT-AT--GATGTCGACGTCTCGCTCAatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|2 : gCCCAGT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCTGATGTTGACATCAGTAACGAATAAGTTGATGGCAGGACAGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGC-AT--GATGTCGGCATCTCATTTAT--A-AC-TTAACATT--A----TCTTCAATA--AGTCACTTAT---TCAA--C--------T-------AGTT-A---------------AAA----TC---------------AGTttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : T-AT--GATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTA-TTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AACT--TC---------------AGTAAGT--Gagatgatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGT-AT--AATGTCGTCATCTCACTCAC--T-ATACTGGCactaacttgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG--AT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCTGATGTCATCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGACGGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGT-TT--GGTGTCGTCATTTCATTCAT--T-ATGTTGACATC--ATCAGTTT----TA--AGCCATTTAT---TGAA--A--------T-------GATT-A------cggtaggagatacagcc
gi|25 : T-AT--GATATCGACATCTTACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTG-GTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AATT--TC---------------AGTAAGT--G
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTTATG-------------------AGTTGGTAGCAGGACGGAGCAactaac
gi|27 : AATATCAGTAAATCAT---TCAA--C--------T-------GG---A------TG--AAAAAGAA----AC---------------AGTTAGT--TCC-----------CTGTT--CTGCC---------AACAACATCTTTGTTT-----CTGACA---ACGACtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCT-AT--GATTACGACATCTTACTCAT--T-ATGg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGT-AT--AATGTCGACAGCTCATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACAT-AT--GATGTTGACATCTCACTCAT--T-ATGATGACATA--ATC---------T-----TCACTTAT---TCAA--A--------TAGTAAGTGATT-AAC----TG--GCT--GAAAAAGCC---------------AGTTAGT--GTCCTGTC------CTGCCACCTGCC---------ACCAG------TGTT------CTGATG---TCGACATC-AGGGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TGATAC--------ATATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTTGATGTTGACATCAGCAAATAATAAGTTGGTGGCAGGATGGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGT-AT--GGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGT-AT--GTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGT-AT--Gatatgctggcat
gi|34 : C---A------CTGTC--CTGTT---------GACAGCTTCTTCGTTATTGTCCTGATG---TCAACATCGAGCGTc
gi|35 : caggaaatgGTCGACA------TCAGAAACGC-AT--GGTGTCGATATCTGACTAAT--T-CTGTTGACGTC--ATC-GTC
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCAT-AT--ATCGTCGACATCTCACTCAT--A-ATGGTGACATC--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNGAAGCTAGTAAGTTC---C------TTGTT--CAGTC---------TCCATATTATTAGTTA-----CGGATG---TCAACATC-A
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG--AC--------TT-----TCC-AGTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATCCGTAcagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagtTAATTTATGGAAGCGTATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATAT-AT--GATG---ATATCTCACCCAT--T-ATGATAACATA--ATC-GTCTTGATTG--ATTCACTTAT---TCAA--A--------T-------
gi|5 : t---------------AGTTAGT--GTTC-----------TGTT--ATGCC---------ACCATCTTCTTAGAAA-----TTGATG---TAAACATC-AACGCCC-TATTTtgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagcaagttagtgttctgttatgccaccatcttcttagaaattgatgtaaacatcaacgccctatttagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : ttgccagcatgatagtcacataaccacgtcattgagtagaaatcaggaatatatgatgatatctcacccattatgataacataatcgtcttgattgattcacttattcaaattgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagca--------TT-----TCCAAGTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC-------------------C-TCAGTAACTAATACATTGGCGGCAGAA-GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTCACTTAC--TGATGTTGCCGTACTATT-G----GAATA--AGTGATTTAT---TCAAGAA--------T--------ATT-A------TGCTACC--G------TA---------------AGTTAGT--GCCCTGTC------CTATC--CTGCC---------ACCGGTTTCTTGGTTA-----CTGATG---TTGACATC-AGCGTCC-TG---ATG----TCAATATCAT-------GG----------TT--AC--------TT---------GGCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGT-AT--GATGTCGGCATCTCACTCAT--T-ATGTTGACATC--Attaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNA-----------------------------------------AG----TC---------------AGTTAGT--GCC-----------CCGTC--CTGCC---------ACCAACTTATAAGTTA-----CAGATG---TTGTCATC-AGCGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T--------------------TCCCAATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCTGATGACAACATCTGTAACTTATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGT-AT--GATGTCGACATCTCNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NN---------------NNNNNNN--NNNN---N------NNNNN--NNNNN---------NNCAACTTCTTCGTTA-----CTGATG---TCGACAT
gi|8 : atgTCAGTA-ACCCATGTCGACATCAGTAACGAAGAAGTTGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
gi|9 : atggtggcatagttctgccagcatgatagtcagatagccactttatgatgtcgataccaggagcgtatgatgtcgacatctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGGAAGCGTATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 22222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 22 2 1 555 5555555 1 33 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 77777777 44 1 77777 555 4 5 7 1 9999 1 111 11111111111111111111111111111111111111111 0 999999 55 3 5 3 3 2222 3 2 0 1 1
lowQualScore : . . ...... .... ...... . .. . . ... ....... . .. ... ................................................................. .... ........ .. . ..... ... . . . . .... . ... ......................................... . ...... .. . . . . .... . . . . .
lowQualScore : 7 8 000000 5555 888888 8 99 1 7 111 5555555 4 44 444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 99999999 22 0 77777 444 0 0 8 0 4444 0 666 33333333333333333333333333333333333333333 4 666666 00 6 2 6 5 2222 2 0 6 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------CTGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------CTGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGTATGATGTCGACATCTG-ACTCAT--T-ATGTTGACATC--AAC-GTCTTTATCA--AGTCACTTAT---TCAG--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--TCA----TC---------------AGTTAGTG---GCCAATTACTCTCTC--CT-----CAGCTTCTTCCCTA-----CTAATAATTTCGCCCGT-A-CGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG--TT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCTGATGTCAGCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGATGGGGCACTAACTTATGGAAGCGTATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGTATGGTGTCGATATCTT-ACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|12 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC---------------AGTTAATG---CCC-------TTGTC--CTGCCAACAACTTCTTAGCAA-----CTGAT-------ACGTC-AGTGTCC-
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagcTT----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGT
gi|13 : CTGATGTTGACATCAGTAACTACTAAGTTGGTGGCAGGACAGGcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgcctgtcctgccaccaacttagtagttactgatgtcaacatcagta
gi|14 : ggcatagttctgccagtctgatagtcatatagtcacttaattatgtcaacatcaggatcgtcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgCAA--G--------T-------GATTTAC-----TG--GTT--GAAAATGCC---------------AGTTAGTG---CCC--------TGAC--CTGCCATCAACTTCTTAGTTA-----CTGATA---TTGACATC-AGCGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTG--ACAAAGTTTACT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG--------------CATCAGCAACTACTAAGTTGGTGACAAGACAAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NC---------------AGTTAGTG----CC-------CTGTT--CTGCCACCAACTTCTTCGTTA-----CTGACG---CCccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAag
gi|16 : TC-ACTTATAAT-ATGGTGACATA--ATC-ACCTTGAACA--AGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGT-------GATT-AACTAGTTG--GAA--AAG----TC---------------AATTAGTA---CCC--------TGGC--CTGTCACCAATTTATTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AGCGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGTATGCTGT-------TC-ATTCAT--G-ATGGTGGCATA--CTC-TTTTTGAATA--AGTCACCTAT---TTAT--A--------T-------aatgtca
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGTACGATGTCGACATC--------------------------ATC-GGCTTTATTA--AGTCACCTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--tcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGTATGATGTCGACGTCTC-GCTCAatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|2 : gCCCAGT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCTGATGTTGACATCAGTAACGAATAAGTTGATGGCAGGACAGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGCATGATGTCGGCATCTC-ATTTAT--A-AC-TTAACATT--A----TCTTCAATA--AGTCACTTAT---TCAA--C--------T-------AGTT-A---------------AAA----TC---------------AGTttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : TATGATATCGACATCTT-ACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTA-TTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AACT--TC---------------AGTAAGTG---agatgatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGTATAATGTCGTCATCTC-ACTCAC--T-ATACTGGCactaacttgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG--AT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCTGATGTCATCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGACGGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGTTTGGTGTCGTCATTTC-ATTCAT--T-ATGTTGACATC--ATCAGTTT----TA--AGCCATTTAT---TGAA--A--------T-------GATT-A------cggtaggagatacagcc
gi|25 : TATGATATCGACATCTT-ACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTG-GTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AATT--TC---------------AGTAAGTG---
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTTATG-------------------AGTTGGTAGCAGGACGGAGCAactaac
gi|27 : AATATCAGTAAATCAT---TCAA--C--------T-------GG---A------TG--AAAAAGAA----AC---------------AGTTAGT----TCC-------CTGTT--CTGCCAACAACATCTTTGTTT-----CTGACA---ACGACtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCTATGATTACGACATCTT-ACTCAT--T-ATGg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGTATAATGTCGACAGCTC-ATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACATATGATGTTGACATCTC-ACTCAT--T-ATGATGACATA--ATC---------T-----TCACTTAT---TCAA--A--------TAGTAAGTGATT-AAC----TG--GCT--GAAAAAGCC---------------AGTTAGTG---TCCTGTC---CTGCCACCTGCCACCAG------TGTT------CTGATG---TCGACATC-AGGGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TGATAC--------ATATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTTGATGTTGACATCAGCAAATAATAAGTTGGTGGCAGGATGGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGTATGGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGTATGTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGTATGatatgctggcat
gi|34 : -------CTGTC--CTGTTGACAGCTTCTTCGTTATTGTCCTGATG---TCAACATCGAGCGTc
gi|35 : caggaaatgcaGTCGACA------TCAGAAACGCATGGTGTCGATATCTG-ACTAAT--T-CTGTTGACGTC--ATC-GTC
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCATATATCGTCGACATCTC-ACTCAT--A-ATGGTGACATC--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNGAAGCTAGTAAGTTCC-------TTGTT--CAGTCTCCATATTATTAGTTA-----CGGATG---TCAACATC-A
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG--AC--------TT-----TCC-AGTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATCCGTAcagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagtTAATTTATGGAAGCGTATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATATATGATG---ATATCTC-ACCCAT--T-ATGATAACATA--ATC-GTCTTGATTG--ATTCACTTAT---TCAA--A--------T-------
gi|5 : t---------------AGTTAGTG---TTC--------TGTT--ATGCCACCATCTTCTTAGAAA-----TTGATG---TAAACATC-AACGCCC-TATTTtgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagcaagttagtgttctgttatgccaccatcttcttagaaattgatgtaaacatcaacgccctatttagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : ttgccagcatgatagtcacataaccacgtcattgagtagaaatcaggaatatatgatgatatctcacccattatgataacataatcgtcttgattgattcacttattcaaattgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagca--------TT-----TCCAAGTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC-------------------C-TCAGTAACTAATACATTGGCGGCAGAA-GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTC-ACTTAC--TGATGTTGCCGTACTATT-G----GAATA--AGTGATTTAT---TCAAGAA--------T--------ATT-A------TGCTACC--G------TA---------------AGTTAGTG---CCCTGTC---CTATC--CTGCCACCGGTTTCTTGGTTA-----CTGATG---TTGACATC-AGCGTCC-TG---ATG----TCAATATCAT-------GG----------TT--AC--------TT---------GGCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGTATGATGTCGGCATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATC--Attaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNA-----------------------------------------AG----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------C-GTC--CTGCCACCAACTTATAAGTTA-----CAGATG---TTGTCATC-AGCGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T--------------------TCCCAATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCTGATGACAACATCTGTAACTTATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGTATGATGTCGACATCTCNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NN---------------NNNNNNNN---NNN-------NNNNN--NNNNNNNCAACTTCTTCGTTA-----CTGATG---TCGACAT
gi|8 : atgTCAGTA-ACCCATGTCGACATCAGTAACGAAGAAGTTGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
gi|9 : atggtggcatagttctgccagcatgatagtcagatagccactttatgatgtcgataccaggagcgtatgatgtcgacatctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGGAAGCGTATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 22222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 22 2 1 555 5555555 1 33 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 77777777 44 1 77777 555 4 5 7 1 9999 1 111 11111111111111111111111111111111111111111 0 999999 55 3 5 3 3 2222 3 2 0 1 1
lowQualScore : . . ...... .... ...... . .. . . ... ....... . .. ... ................................................................. .... ........ .. . ..... ... . . . . .... . ... ......................................... . ...... .. . . . . .... . . . . .
lowQualScore : 7 8 000000 5555 888888 8 99 1 7 111 5555555 4 44 444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 99999999 22 0 77777 444 0 0 8 0 4444 0 666 33333333333333333333333333333333333333333 4 666666 00 6 2 6 5 2222 2 0 6 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------CTGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------CTGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGTATGATGTCGACATCTG-ACTCAT--T-ATGTTGACATC--AAC-GTCTTTATCA--AGTCACTTAT---TCAG--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--TCA----TC---------------AGTTAGTG---GCCAATTACTCTCTC--CT-----CAGCTTCTTCCCTA-----CTAATAATTTCGCCCGT-A-CGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG--TT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCTGATGTCAGCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGATGGGGCACTAACTTATGGAAGCGTATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGTATGGTGTCGATATCTT-ACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|12 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC---------------AGTTAATG---CCC-------TTGTC--CTGCCAACAACTTCTTAGCAA-----CTGAT-------ACGTC-AGTGTCC-
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagcTT----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGT
gi|13 : CTGATGTTGACATCAGTAACTACTAAGTTGGTGGCAGGACAGGcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgcctgtcctgccaccaacttagtagttactgatgtcaacatcagta
gi|14 : ggcatagttctgccagtctgatagtcatatagtcacttaattatgtcaacatcaggatcgtcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgCAA--G--------T-------GATTTAC-----TG--GTT--GAAAATGCC---------------AGTTAGTG---CCC--------TGAC--CTGCCATCAACTTCTTAGTTA-----CTGATA---TTGACATC-AGCGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTG--ACAAAGTTTACT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG--------------CATCAGCAACTACTAAGTTGGTGACAAGACAAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NC---------------AGTTAGTG----CC-------CTGTT--CTGCCACCAACTTCTTCGTTA-----CTGACG---CCccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAag
gi|16 : TC-ACTTATAAT-ATGGTGACATA--ATC-ACCTTGAACA--AGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGT-------GATT-AACTAGTTG--GAA--AAG----TC---------------AATTAGTA---CCC--------TGGC--CTGTCACCAATTTATTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AGCGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGTATGCTGT-------TC-ATTCAT--G-ATGGTGGCATA--CTC-TTTTTGAATA--AGTCACCTAT---TTAT--A--------T-------aatgtca
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGTACGATGTCGACATC--------------------------ATC-GGCTTTATTA--AGTCACCTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--tcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGTATGATGTCGACGTCTC-GCTCAatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|2 : gCCCAGT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCTGATGTTGACATCAGTAACGAATAAGTTGATGGCAGGACAGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGCATGATGTCGGCATCTC-ATTTAT--A-AC-TTAACATT--A----TCTTCAATA--AGTCACTTAT---TCAA--C--------T-------AGTT-A---------------AAA----TC---------------AGTttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : TATGATATCGACATCTT-ACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTA-TTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AACT--TC---------------AGTAAGTG---agatgatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGTATAATGTCGTCATCTC-ACTCAC--T-ATACTGGCactaacttgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG--AT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCTGATGTCATCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGACGGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGTTTGGTGTCGTCATTTC-ATTCAT--T-ATGTTGACATC--ATCAGTTT----TA--AGCCATTTAT---TGAA--A--------T-------GATT-A------cggtaggagatacagcc
gi|25 : TATGATATCGACATCTT-ACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTG-GTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AATT--TC---------------AGTAAGTG---
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTTATG-------------------AGTTGGTAGCAGGACGGAGCAactaac
gi|27 : AATATCAGTAAATCAT---TCAA--C--------T-------GG---A------TG--AAAAAGAA----AC---------------AGTTAGT----TCC-------CTGTT--CTGCCAACAACATCTTTGTTT-----CTGACA---ACGACtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCTATGATTACGACATCTT-ACTCAT--T-ATGg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGTATAATGTCGACAGCTC-ATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACATATGATGTTGACATCTC-ACTCAT--T-ATGATGACATA--ATC---------T-----TCACTTAT---TCAA--A--------TAGTAAGTGATT-AAC----TG--GCT--GAAAAAGCC---------------AGTTAGTG---TCCTGTC---CTGCCACCTGCCACCAG------TGTT------CTGATG---TCGACATC-AGGGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TGATAC--------ATATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTTGATGTTGACATCAGCAAATAATAAGTTGGTGGCAGGATGGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGTATGGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGTATGTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGTATGatatgctggcat
gi|34 : -------CTGTC--CTGTTGACAGCTTCTTCGTTATTGTCCTGATG---TCAACATCGAGCGTc
gi|35 : caggaaatgcaGTCGACA------TCAGAAACGCATGGTGTCGATATCTG-ACTAAT--T-CTGTTGACGTC--ATC-GTC
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCATATATCGTCGACATCTC-ACTCAT--A-ATGGTGACATC--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNGAAGCTAGTAAGTTCC-------TTGTT--CAGTCTCCATATTATTAGTTA-----CGGATG---TCAACATC-A
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG--AC--------TT-----TCC-AGTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATCCGTAcagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagtTAATTTATGGAAGCGTATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATATATGATG---ATATCTC-ACCCAT--T-ATGATAACATA--ATC-GTCTTGATTG--ATTCACTTAT---TCAA--A--------T-------
gi|5 : t---------------AGTTAGTG---TTC--------TGTT--ATGCCACCATCTTCTTAGAAA-----TTGATG---TAAACATC-AACGCCC-TATTTtgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagcaagttagtgttctgttatgccaccatcttcttagaaattgatgtaaacatcaacgccctatttagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : ttgccagcatgatagtcacataaccacgtcattgagtagaaatcaggaatatatgatgatatctcacccattatgataacataatcgtcttgattgattcacttattcaaattgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagca--------TT-----TCCAAGTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC-------------------C-TCAGTAACTAATACATTGGCGGCAGAA-GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTC-ACTTAC--TGATGTTGCCGTACTATT-G----GAATA--AGTGATTTAT---TCAAGAA--------T--------ATT-A------TGCTACC--G------TA---------------AGTTAGTG---CCCTGTC---CTATC--CTGCCACCGGTTTCTTGGTTA-----CTGATG---TTGACATC-AGCGTCC-TG---ATG----TCAATATCAT-------GG----------TT--AC--------TT---------GGCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGTATGATGTCGGCATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATC--Attaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNA-----------------------------------------AG----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------C-GTC--CTGCCACCAACTTATAAGTTA-----CAGATG---TTGTCATC-AGCGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T--------------------TCCCAATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCTGATGACAACATCTGTAACTTATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGTATGATGTCGACATCTCNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NN---------------NNNNNNNN---NNN-------NNNNN--NNNNNNNCAACTTCTTCGTTA-----CTGATG---TCGACAT
gi|8 : atgTCAGTA-ACCCATGTCGACATCAGTAACGAAGAAGTTGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
gi|9 : atggtggcatagttctgccagcatgatagtcagatagccactttatgatgtcgataccaggagcgtatgatgtcgacatctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGGAAGCGTATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
blockSeqs : A T CATGTA TATC TCTCAC N AA G N ACT NNNNNN N TC CAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA AGTT TGTCC AC A TTGTC . G . C C CTCG G TTA GTAAATCCATACTGACAAAGTTTACTT AAGTAA CA C T G C TCGA T A G A
blockSeqs : . G . . . . . . G N ACCTTG A . . AAACAGTTAGTGATTAACTAGTTGGAAAAGTC C TGTCC . A . . . . C G . G ATA TCCCCTCGTTGATACATATAAAT . . . T G C TCGA T A T
blockSeqs : . C . . . . . . G A TTTTTG A . . AATAGTAAGTGATTAACTGGCTGAAAAAGCC C T . C . . . . T A . T TGA GTTGATTTT . . . T C T TTGA T C
blockSeqs : . C . . . . . . T A GGCTTT T . . AGTGATTTACTGGTTGAAAATGCC C C . A . . . . A T . T TCA GTTGACTTT . . . A C T TTGA T C
blockSeqs : . G . . . . . . T T TTCGTT A . . AGAATATTATGCTACCGTA T C . T . . . . . . G ATA GTTGACTTT . . . G C T TCAT T C
blockSeqs : . A . . . . . . C A GTCGTT A . . NNNNNNNNNNNNNNNNNC T C . T . . . . . A AT GGTTACTT . . . T C T TTGA T C
blockSeqs : . C . . . . . . T C NNNNNN A . . ACTGGATGAAAAAGAAAC T T . C . . . . . C AT TTGACTT . . . T C T ACAA T C
blockSeqs : . T . . . . . . T A GTCTTG A . . NNNNNNNNNNNNNNNNNN C C . A . . . . A CA TTGACTT . . . G . T TCGA G T
blockSeqs : . G . . . . . . A A NNNNNN N . . ATTGTCGCCAACTTC C N . A . . . GTTT . . . T . C . . C
blockSeqs : . G . . . . . . T C NNNNNN T . . ATTGTCGCCAATTTC N . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . G C TCTTC A . . ACTAGTTAAAATC . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . A A AGTTT N . . AAGTC . . C . .
blockSeqs : . G . . . . . . T C GG N . .
blockSeqs : . C . . . . . . T N . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . N N . . .
blockSeqs : . C . . . . . . N .
blockSeqs : . G . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqs : . C . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqs : . G . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : C******* ***
originalCons : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------CTGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
finalCons : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCCC-------TGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG
Alignments
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 22222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 555555 3333 444444 1 22 2 1 555 5555555 1 33 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 77777777 44 1 77777 555 4 5 7 1 9999 1 111 11111111111111111111111111111111111111111 0 999999 55 3 5 3 3 2222 3 2 0 1 1
lowQualScore : . . ...... .... ...... . .. . . ... ....... . .. ... ................................................................. .... ........ .. . ..... ... . . . . .... . ... ......................................... . ...... .. . . . . .... . . . . .
lowQualScore : 7 8 000000 5555 888888 8 99 1 7 111 5555555 4 44 444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555 99999999 22 0 77777 444 0 0 8 0 4444 0 666 33333333333333333333333333333333333333333 4 666666 00 6 2 6 5 2222 2 0 6 0 0
consensus : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------CTGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
Reference ( family-4890 ) : GTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGAACGTATGATGTCGACATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATN--ATC-GTCTTNAATA--AGTCACTTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--GAA----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------CTGTC--CTGCCACCAACTTCTTNGTTA-----CTGATG---TCGACATC-AGCGTCC-TGCTTNTC----TNAATANTAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGTACGCCGATGTCGACATCAGTAACTAATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTTACGGAAGCGTATATGGGACACNCTGATGGCGTGCTCATGTAGGGTNAATCCTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|1 : GTGGCATAGTTCTGACAGCCTGAT-AGTCAGATA------ATCACT----TCATTATGTCGACA------TAAGGAAAGTATGATGTCGACATCTG-ACTCAT--T-ATGTTGACATC--AAC-GTCTTTATCA--AGTCACTTAT---TCAG--A--------T-------GATT-A------TG--GCC--TCA----TC---------------AGTTAGTG---GCCAATTACTCTCTC--CT-----CAGCTTCTTCCCTA-----CTAATAATTTCGCCCGT-A-CGCCCATGTTTTTC----TTAATACTAT-------GT----------TG--TT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCCCCATCAGGACGCTGATGTCAGCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGATGGGGCACTAACTTATGGAAGCGTATATGGGACATACTGATGACGTGTTCATGTAGGGTTAATCTTGTTGTGGTATGCCGACATG
gi|10 : GTTGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGT---A-A------GCCATT----TCATTATGCCGACA------TAAGGAACGTATGGTGTCGATATCTT-ACTC
gi|10 : tg----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcctgccattagctatcgatatcgacatcggcctactgatgtcgacgtcacagataatcaactgggaagtcaaattattca
gi|12 : tggttgcatagttctgtcagcctgatagtaagccatttcattatgccgacataaggaacgtatggtgtcgatatcttactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC---------------AGTTAATG---CCC-------TTGTC--CTGCCAACAACTTCTTAGCAA-----CTGAT-------ACGTC-AGTGTCC-
gi|12 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagcTT----TGAATAAT----------T----------TG--AC--------TT------CCCAGTTGATT------ATC--TG-TGACGTCGACATCAGTAGGCCGATGTCGATATCGATAGCTAA--------TGGCAGGAAGGccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagatttgaataatttgacttcccagttgattatctgtgacgtcgacatcagtaggccgatgtcgatatcgatagctaatggcaggaagg
gi|13 : gagcatcagtttatttgctgaaaaagccagttaatgcccttgtcctgccaacaacttcttagcaactgatacgtcagtgtccccatgtgaacataagggttacgtgtcagatgcctctcgttgaaacatgtagaGGCATAGTTCTGCCAGTCTGAT-AGTCATATA------GTCACT----TAATTATGTCAACA------TCAGGATCGT
gi|13 : CTGATGTTGACATCAGTAACTACTAAGTTGGTGGCAGGACAGGcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgcctgtcctgccaccaacttagtagttactgatgtcaacatcagta
gi|14 : ggcatagttctgccagtctgatagtcatatagtcacttaattatgtcaacatcaggatcgtcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactaaataccctgCAA--G--------T-------GATTTAC-----TG--GTT--GAAAATGCC---------------AGTTAGTG---CCC--------TGAC--CTGCCATCAACTTCTTAGTTA-----CTGATA---TTGACATC-AGCGTCC-TGCTTCTCCTCGTTGATAC-AT-------GTAAATCCATACTG--ACAAAGTTTACT-----TCCCAGTTGATT------ATC--TG-TGAT------ATAAG--------------CATCAGCAACTACTAAGTTGGTGACAAGACAAGGCACTta
gi|15 : GTGGCATAATTCTGCCAGTCTGGT-AGTCAGAAA------GGCACT----TCATTATGTCGACATCTCACTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NC---------------AGTTAGTG----CC-------CTGTT--CTGCCACCAACTTCTTCGTTA-----CTGACG---CCccgatattac
gi|16 : TTCTGCCAGCCTGAT-AATCACATA------AC--CT----CCAag
gi|16 : TC-ACTTATAAT-ATGGTGACATA--ATC-ACCTTGAACA--AGTCACTTATCAATTAA--AACAGTTAGT-------GATT-AACTAGTTG--GAA--AAG----TC---------------AATTAGTA---CCC--------TGGC--CTGTCACCAATTTATTAGTTA-----CTGATG---TCAACATC-AGCGTCC-Tgatagtcacttataatatggtgacataatcaccttgaacaagtcacttatcaattaaaacagttagtgattaactagttggaaaagtcaattagtaccctggcctgtcaccaatttattagttactgatgtcaacatcagcgtcctaatgtca
gi|18 : ttctgccagcctgataatcacataacctccagatagGCATAATTCTGCCATACTGAT-ATGCACATACATGTAACAACT----ACATAAAGTCGAAT------TCAGGAATGTATGCTGT-------TC-ATTCAT--G-ATGGTGGCATA--CTC-TTTTTGAATA--AGTCACCTAT---TTAT--A--------T-------aatgtca
gi|19 : atggtGTGGCATGAATTTGCCAGCCTGAT-AGACAGAAA------GCCACT----TCATTATTTCGATA------CCAGAAACGTACGATGTCGACATC--------------------------ATC-GGCTTTATTA--AGTCACCTAT---TCAA--A--------T-------GATT-A------TG--tcgtgtagttattataacatcaaccattataaact
gi|2 : GTGGCATTGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCAAATA------GCCACT----TCATTATTTCGACA------TCAGGATCGTATGATGTCGACGTCTC-GCTCAatgacaacatgtctaaccatgtctgcaa
gi|2 : gCCCAGT--A--------ATC--C--TGAT-TCGATATCAGTACGCTGATGTTGACATCAGTAACGAATAAGTTGATGGCAGGACAGGGCACTAACTGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcagttagtgccctgtcctgccatcaacttattcgttactgatgtcaacatcagcgtactgatatcgaatcaggattactgggttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|20 : ggtggcattgttctgccagcctgatagtcaaatagccacttcattatttcgacatcaggatcgtatgatgtcgacgtctcgctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCTGAT-AGTTACATA------ACCACT----TCATTTAGTCGCCA------TCAGGAACGCATGATGTCGGCATCTC-ATTTAT--A-AC-TTAACATT--A----TCTTCAATA--AGTCACTTAT---TCAA--C--------T-------AGTT-A---------------AAA----TC---------------AGTttaattctataaaaatgcttcccctcattgaaacatgtaaatatttacaatatgctggtcggggagcagg
gi|21 : TATGATATCGACATCTT-ACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTA-TTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AACT--TC---------------AGTAAGTG---agatgatttactgaatgaaaaag
gi|22 : GTGGCACAGTTCTGCC---CAGAT-AGCCGTATA------GCCAGT----CCATCAAGTCGACA------CCAGGAACGTATAATGTCGTCATCTC-ACTCAC--T-ATACTGGCactaacttgttgtaaacgccggaaattgtaaacgccggaaagtgtcctgccac
gi|23 : acgC----TTAATATTAT-------GT----------TG--AT--------TT-----TTCCAGTTGATT------ATC--TG-TGATGTCAGCATCAGAACGCTGATGTCATCATCAGTAACTTATAAGTTGGTGGTAGGACGGGGCGCcctctaacttttatattatcattactgactctct
gi|24 : tataGTGGAATAGTTCTGCCTGCCTGAT-AATCAGAT------------------CGTCATGTAGACA------TCAGAGACGTTTGGTGTCGTCATTTC-ATTCAT--T-ATGTTGACATC--ATCAGTTT----TA--AGCCATTTAT---TGAA--A--------T-------GATT-A------cggtaggagatacagcc
gi|25 : TATGATATCGACATCTT-ACTCAT--T-ATTTCGACATA--TTG-GTCGTTAATA--AGTCGCTTAC---TGA---------------------ATT-G------TC--GCC---AATT--TC---------------AGTAAGTG---
gi|26 : C----TGAATAATAT-------GT----------TG--AC--------TT-----TCCCAATTGGTT------ATC--TG-TGATGTCGACATCAGGACGCTTATG-------------------AGTTGGTAGCAGGACGGAGCAactaac
gi|27 : AATATCAGTAAATCAT---TCAA--C--------T-------GG---A------TG--AAAAAGAA----AC---------------AGTTAGT----TCC-------CTGTT--CTGCCAACAACATCTTTGTTT-----CTGACA---ACGACtat
gi|28 : GTGGCATTGTTCTTCCAGCCTGAT-TGTCAGAT------------------TATTATGTCCACA------TTAGGAACCTATGATTACGACATCTT-ACTCAT--T-ATGg
gi|29 : cgGCATAGTTCTGTCAGCCTGAT-AGTCGAATA------GCCACT----TCATTATGTCGACA------TCAGGACCGTATAATGTCGACAGCTC-ATTCA
gi|3 : GCATAGTTTTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACTGCT----TCATTAAGTCGACA------TCAGGAACATATGATGTTGACATCTC-ACTCAT--T-ATGATGACATA--ATC---------T-----TCACTTAT---TCAA--A--------TAGTAAGTGATT-AAC----TG--GCT--GAAAAAGCC---------------AGTTAGTG---TCCTGTC---CTGCCACCTGCCACCAG------TGTT------CTGATG---TCGACATC-AGGGT---TACATGTC-----AAAAATGATTCCCCTCGT----------TGATAC--------ATATAAATCCATGCTGATTAAGTAAATCCATGCTGATGTAGATATCAGTACGTTGATGTTGACATCAGCAAATAATAAGTTGGTGGCAGGATGGGG
gi|30 : GTGGCATAGATCTGCCAGTCTGAT-AGTTAGATA------GCCACG----TTATTATGTCGGCA------TCTGGAACGTATGGTGTTGACATC
gi|31 : tgGTGGCATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCGCATA------ACTACT----TCATTAAGTAAACA------TCGGGAACGTATGTTGTCGACgc
gi|32 : atgTGGCATAGATCTGCCAGCTTGGGAAGTCAGATA------GTTACTTATCTCATTATGTCTACA------TCAG
gi|33 : gcGTGACATAGTTCTGCCAGCCTGAT-AGTCACATG------ACCACT----TCATCAAGTCGACA------TCAGGAACGTATGatatgctggcat
gi|34 : -------CTGTC--CTGTTGACAGCTTCTTCGTTATTGTCCTGATG---TCAACATCGAGCGTc
gi|35 : caggaaatgcaGTCGACA------TCAGAAACGCATGGTGTCGATATCTG-ACTAAT--T-CTGTTGACGTC--ATC-GTC
gi|36 : GTGCCATAGTTCTGCCAGCCTAAT-TGCCAGATA------GCCACT----CCGTTATGTCGACA------TC
gi|38 : gGTGGCATAGTTCTGCCCGTCTGAT-AGTCAG
gi|4 : taatacgGTAGCATAGTTCTGCCACCATAAA-AGTCAGATA------GCTACT----TCATTATGTCGTCA------CCAGGACCATATATCGTCGACATCTC-ACTCAT--A-ATGGTGACATC--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNNGAAGCTAGTAAGTTCC-------TTGTT--CAGTCTCCATATTATTAGTTA-----CGGATG---TCAACATC-A
gi|4 : tgTAA-------GT----------TG--AC--------TT-----TCC-AGTTGATA------ATC--TG-TGATGTTGACATCCGTAcagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|4 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagtTAATTTATGGAAGCGTATATGTGACACGCTGATGGCtacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgtaatttatggaagcgtatatgtgacacgctgatggc
gi|5 : tggtagcatagttctgccaccataaaagtcagatagctacttcattatgtcgtcaccaggaccatatatcgtcgacatctcactcataatggtgacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagctagtaagttccttgttcagtctccatattattagttacggatgtcaacatcacagattatcaactggaaagtcaacttatacataaatccgaaacattccgcatggcatagtttctgTGCCAGCATGAT-AGTCACATA------ACCACG----TCATTGAGTAGAAA------TCAGGAATATATGATG---ATATCTC-ACCCAT--T-ATGATAACATA--ATC-GTCTTGATTG--ATTCACTTAT---TCAA--A--------T-------
gi|5 : t---------------AGTTAGTG---TTC--------TGTT--ATGCCACCATCTTCTTAGAAA-----TTGATG---TAAACATC-AACGCCC-TATTTtgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagcaagttagtgttctgttatgccaccatcttcttagaaattgatgtaaacatcaacgccctatttagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : ttgccagcatgatagtcacataaccacgtcattgagtagaaatcaggaatatatgatgatatctcacccattatgataacataatcgtcttgattgattcacttattcaaattgttgaataggatgttgtaacatcagtataaactgactgaaaaagca--------TT-----TCCAAGTTGATT------ACC--CG-TGATGTCGAC-------------------C-TCAGTAACTAATACATTGGCGGCAGAA-GGGGCACTagttattatagaaactatatatgtcatgagcaatccttcggattatttattgatatttgagtctataatgttgacgtccctgttgatta
gi|6 : taTC-ACTTAC--TGATGTTGCCGTACTATT-G----GAATA--AGTGATTTAT---TCAAGAA--------T--------ATT-A------TGCTACC--G------TA---------------AGTTAGTG---CCCTGTC---CTATC--CTGCCACCGGTTTCTTGGTTA-----CTGATG---TTGACATC-AGCGTCC-TG---ATG----TCAATATCAT-------GG----------TT--AC--------TT---------GGCTAATT------ATtatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctataattagccaagtaaccatgatattgacatcaggacgctgatgtcaacatcagtaaccaagaaaccggtggcaggataggacagggcactaacttacggtagcataatattcttgaataaatcacttattccaatagtacggcaacatcagtaagtgattaac
gi|7 : taagtgccccttctgccgccaatgtattagttactgaggtcgacatcacgggtaatcaacttggaaatatatgcagtatggatctcactattaataaatccgattactgttaataaatcctcatggcgtgttttctGTGGCATAGTGCTGCCAGCCCGAT-AGTCAGATA------GTCACT----CAATTATGCCGACA------TAAGGAACGTATGATGTCGGCATCTC-ACTCAT--T-ATGTTGACATC--Attaac
gi|7 : tgCACT-----CATTATGTTGACA------TCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNA-----------------------------------------AG----TC---------------AGTTAGTG---CCC-------C-GTC--CTGCCACCAACTTATAAGTTA-----CAGATG---TTGTCATC-AGCGTCC-TGATTTTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtcagttagtgccccgtcctgccaccaacttataagttacagatgttgtcatcagcgtcctgatttttacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|7 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctC----TAAATAATAT-------GT----------T--------------------TCCCAATTAGTT------ATT--TG-TGATGTAAAAATCAGGACGCTGATGACAACATCTGTAACTTATAAGTTGGTGGCAGGACGGGGCACTAACTGACtacatcacaaataactaattgggaaacatattatttag
gi|8 : tggtggcatagtgctgccagcccgatagtcagatagtcactcaattatgccgacataaggaacgtatgatgtcggcatctcactcattatgttgacatcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGTGGCATAGTTCTGCCAGCATGAT-AGTCAGATA------GCCACT----TTATGATGTCGATA------CCAGGAGCGTATGATGTCGACATCTCNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN--NNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNN--N--------N-------NNNN-N------NN--NNN--NNN----NN---------------NNNNNNNN---NNN-------NNNNN--NNNNNNNCAACTTCTTCGTTA-----CTGATG---TCGACAT
gi|8 : atgTCAGTA-ACCCATGTCGACATCAGTAACGAAGAAGTTGgggttactgagttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
gi|9 : atggtggcatagttctgccagcatgatagtcagatagccactttatgatgtcgataccaggagcgtatgatgtcgacatctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGGAAGCGTATATGGGACACTCTGATGGTGTGCTCATGTAGGGTAAATCCTGTTATGGTATGTCGACATGgttaattatataaaaaaatgcttctcctcgttggtacatgtaaatctataccataggcgtaggagcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ATACTGTGACTTATTTAAATTGAAATCATAAACATATCACGTTTACATCTTACTGATTATGGTGACATAGTCCTCTTTTATAAGTTACTTATCTCAATGAATATGGAAACATCAGACAGGGATTAACAGTCTGGAAAGTCGAGTAATGTCTAGTTCTCCAATAAACATGTAAGCAATAGATGTCAACAACACAGAATGCTACTGTCATAATAATTATTTC
Unaligned ( gi|17 ): TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCAGTAAGTAATCAACAGGGACGTCAACATTATAGACTCAAATATCAATAAATAATCCGAAGGATTGCTCATGACATATATAGTTTCTATAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTTATGTTCATAACATCAAATCTGCTACTTATTAATGATTCG