lowQualScore : 1 1 22 1 1 11 6666666666666666666666666666666666666666666 1 11 22222 11 2222222222222222222222 1111111111111 1111111111111 333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333
lowQualScore : 5 3 1 66 7 1 2 11 7777777777777777777777777777777777777777777 4 7 7 33 33 3 22 22222 5 4 3 555 4444 4 55555 3 5 2 3 33 7 33 9999999999999999999999 33 66666666 1 1 222 77777777 2 1 1 1 2 9999999999999 6666 222 4444444 2222222222222 22 222222222222222222222222222222 1 2 1 33 333333333333333333333333333333333333333333333 8888888 33 3333 5 33 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666666 1
lowQualScore : . . . .. . . . .. ........................................... . . . .. .. . .. ..... . . . ... .... . ..... . . . . .. . .. ...................... .. ........ . . ... ........ . . . . . ............. .... ... ....... ............. .. .............................. . . . .. ............................................. ....... .. .... . .. . ......................................................... .......... .
lowQualScore : 0 3 0 88 0 8 8 00 9999999999999999999999999999999999999999999 0 8 2 99 99 6 99 99999 2 4 8 888 5555 2 33333 0 6 1 5 77 0 22 6666666666666666666666 77 00000000 7 4 555 88888888 8 4 4 4 8 0000000000000 7777 333 5555555 7777777777777 11 777777777777777777777777777777 9 4 6 22 444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 44 1111 9 11 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333333 0
consensus : NNNNNNNNAAGAATGA-AATGATAT-GTATAGGTTATAGATCATTTATT------GA---T--------------A--------------A-GTTTGCGGTAACG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACG---CATA-ACT---TA----A-T---T-CGTTAGAAGATC-AATAAGTGATCTAT-GACCAACT--TAT------------ANG------T-CA--------AA-CATT-T---T--------TT-AA-CCA-ATG-A-C--A------G-C-GAG---GG---ATTT-------TCA------------AA--A---------A-AT-AC---T-----TTTNTTTTGTACC-ACTT--AATG-----AT---T----A--------G-----GT----CA--T--A-TT-------TTG--TGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--A-TA---AGT-TG------T---TTT--T-TT----AAAT--CCC-C---GC--------TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
Reference ( gi|2 ) : TGTTTTAAAACAATGA-AATAATAC-GTATTGGTAATGGATAATTTAGT------GA---T--------------A--------------A-GCTTGCTGTAACG--AAGC--GTAACGTAGTGAACT---TACA-ATT---TA----A-T---T-CATTAGAAGACC-AATAAGTGACCTAT-TATCAACT--TAT------------ATG------T-CA--------AA-CATT-T---T--------TT-AA-CCA-ATG-A-C--A------G-C-GAG---AG---ATTT-------TCA------------AA--A---------A-AT-AC---T-----TTTTTTTTGTACC-ATTT--AATG-----TT---T----A--------G-----GT----CA--T--A-TT-------TTG--TGCAGTCGGGAAACATTATGCAA--A-TA---AGTCTG--G--GT---TTT--T-TT----AAAT--CTC-C---GT--------TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTAA
gi|9 : AAGAATGATGATAATTTTGTATAGGTTATAGATAATTTATTTAACGAAA---T--------------A--------------AAGTTTTTGGTAACG--AAGT--ATAGCGGAGTGAATG---CATA-ACT---TA----A-A---G-TATAAGAAGATC-AGTAAGTGATCTAT-GAACAACT--TAT------------TGG------T-CA--------
gi|16 : ttgaacA-AATGACA--GTGCAAGTAATGGA--ATT------------------------------A--------------G-GCTTGCAGTAACG--AATA--GTAACAATGTGAACT---TACA-ACT---TA----A-TAAGT-T-TTA----ATC-AATTAGAGATCTAT-AACTTACT--TAC------------AAT------T-CA--------AA-GATA-T---T--------TT-AG-CAA-ATG-ACC--A------G-C-GAA---AA---ATTT-------TCA------------AA--ctttgttgaaattccatcttttgtcattgtttaataaacggttaaactataaattaatgcattgtttcagcattaaggtaacgt
gi|1 : -AATGATAA-GTATAGGTTATATGTCATTTATT------GA---TT-------------A--------------A-G------ACAACG--GATC--GAAGCTGAGTGAACT---CATA-ACT---TA----G-T---C-CTTTAGAAGGTC-AATACATGATTTAT-GACCAACT--TATCAAACCAATCATATG------T-TAGTAGTTAAAA-CATT-T---T--------TA-AA-CCA-ATC-A-CA-A------G-C-GAG---GG---ATTT-------TC-------------AA--A---------A-AT-AC----------TTATTTTGCACA-ACTT--AATA-----CA---T----AAGTAAGTGG-----GT----CA-----A-TT-------TTG--TGCAGTTGGT-AACATTATGAAA--A-TA---TGT-TGGTG--AT---TTT--T-TT----AAAT--CCCTC---AC--------GTGTCATTGG-----TTT----AAAATGTTTttctaagatccttggtcatacactccatca
gi|15 : gtccatatatctTAT-GTATAGATTATAGATCATTTATT------GA---TCTTTTAACGAAATAA--------------A-GTTTAC-G----G--AAGC--GGAGCGGAGTGAACG---CAAA-ACT---TT----A-T---T-CGTTAGCATGTC-AATAAGTGCTCTAT-GACAGACT--TAT------------Ataactag
gi|25 : aaattatcgtccacattgtgtgATAGGTTATAGATCATTTATT------GA---T--------------ATTCAACCGAAATAAA-GTTTGCGATAAAG--AAGC--GTATCGGAATGAACG---CATA-ACT---TA----A-T---C-AGATAGAAGATC-AATAAgttataacgcccgaattcatttgattgaaaagtaaatgagatca
gi|3 : TTTAAC------GAAATT--------------A--------------A-ATTTGCGGTAATGTCAATT--ATGGCAGAGTGAATA---TATA-ACT---TA----A-T---C-TATCAGAAAGTC-AATAAGTGTTTTTT-GACCAACT--CAT------------ACATCTAGTT-CA--------AA-CATT-T---TG-------TT-AA-CCA-AAT-A-CT-A------G-T-GAG---GG---ATTT-------CCA------------AA--AT--------A-AT-A------------TTTATTGTACC-ACTT--AATG-----AT---T----A--------A-----GT----CGGCC--AGTT-------TTG--TGCAGAAAGGAAATATTATGAAA--A-GA--------------------TT--T-TG----AAAA--TTC-CTA-GC--------TTGTAATTGG-------TTAAAAAATTGTag
gi|7 : gcaaaggttatctatatagatcatttatttatctA---T--------------A--------------A-GTTTGTGGTAACA--AAGC--GTAACGTTGAGAACA---CGTA-AT-----A----A-T---A-CATTAGACGATC-AGTAAGTGATCTAT-GACCAGTG--TAT------------AGT------T-AA--------AA-CGC---------------------CCC-ATT-A-C--A----------------------TTT-------T------------------------------AC-AC---T-------------ATACCTATTA--AATG-----AC---T----A--------A-----GTAAATCA-----A-TT-------TTG--TGCATTAAGGAAACATTATGAAA--A-CA---AGT---------T---TTT--T-T------AAT--CCCAC---GC--------TCAACATTGG--------TAAAATAATGCTTgt
gi|12 : tcatttattgatcttttaacgaaa---T--------------A--------------A-GTTAGCGGTAACG--AAGC--GTAGC--AGTGAACC---AATA-ACT---TA----A-T---A-CGTTGCAAGATT-AATAAGTGATGTAT-AACCAACTGATAG------------ATG------T-TA--------------------------------AA-CCA-ATG-A-C--A------ATC-GAGTTAAG---GTTT-------ca
gi|17 : ttatagtttataggtcatttattgatcttaaaagaaat---T--------------A--------------A-GTACGCGGTAACG--AAAT--GCAGCA-GGTAAAG-----ACA-ATTCCGTA----A-T---T-CATTGGAATATC-AATAAATGATATAT-GACCAA-G--TAA------------ATG------T-AA--------AA-CTTT-TTTAT--------TT-AA-CCA-ATT-A-TAAA------G---GAG---GG---ACCT-------TCA------------Aattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|8 : gtcatccatgtactcgtacaggttatagcccagtcattgatcttctaaat--------------A-GTTTGCGGTAACG--AGAT--GTAGCGGAGTGAACG---CAAA-AACA--TA----A-T---T-TGTCTAAAGGTC-AATAAGTGATATAT-GATCTACT--TAA------------AAC------T-AA--------AA-CA-T-A---T--------TT-AA-CCATAC--A-CA-A------A-C-AAG---AG---ACTT-------TC-------------AA--A---------A-TT-AC----------TTATTTTGTATC-ACTT--ACTT-----AT---C----A--------AAAAATGT----CA--T----TT-------TTA---ACA------AATTATCATGAAA--A-T-----GTATG-------------------------------------GC--------TTGTCATTGG-------TTAAAAAAAT
gi|13 : ttattgattttcttTTGCGGTAAC---AAGT--TTAGCAGAGTGAACTCTTTAC----T---TA----A-T---T-CATTA
gi|6 : atGCGGTAACA--AAGT--TTGGCAGAGTAAAC-----ACATACT---TA----A-T---T-TCTTAGAAGTTC-TAT-TGTGACCAACATA-CAATT--AAA------------A-----------A--------AA-AA----------------TT-AA-CCA-ATGAA-A--A------G-C-AAG---GG---ATTT-------TCA------------AA--A---------A---------T-----GTTATTTTATACC-ACTT--AATGAATGATTAAGT----G--------G-----AT----CA--T--T-TA-------TTG--TGCAGTTAGAAAACATTATGGAA--A-Ttatagctcaaacattttcttaaacattgacaagtgagggattttcaaaaatatttattttgtaccatttgatgattaagtgggtcaattttgttaattaacattccgaaatttttttttttgaaaatcacttgcttgtcattggtaaaaaaag
gi|4 : gttatagataatttatttgatcttctaatgaagttaagtgtgccgcaacaaatgaacagtacTAACA--AAGC--GTAGTGTAATGATCA---CATA-ACT---TC----A-T---T-CATT--AAGGTC-AAAAATTGATCTTT-GACCATCT--TAT------------ATG------T--A--------AA-C-TT-T---T--------TT-AA-CCA-ATG-G-TG-A------G-G-GAG---GG---ATTT-------TC-------------AA--A---------A-AT-A----T-----TTATTTTTGTACA-ACTA--AATG-----AC---T----AAGTG----G-----AT----CA-----A-TT-------TTG--TTCAGTTGGGAAATAGAATGAAA--A-TATTGATTCAG--T--GT---TTT--T-TG----AAA---ATC-T---GTTGCTTATATTGTCATAAG-------TTAAAAAAATGTTTG
gi|11 : gattttttaaggaaataaagttaaggtACG--AAGCTAGTAACGTCGTTAACG---CATATATT---AACCTTA-T---T-CGTTAGAAATCC-AATAAATGATTTAT-AACCTACT--TATAGTAC-------ATG------TACA--------AA-CAAT-T---T--------TT-AA-CC--AT------------------------------TTT-------TTT------------AA--A---------A-GT-AC----------TTAATTTGTACC-ACTT--AATT-----TT---T----A--------A-----GT----actat
gi|31 : tatatgtataggctataaattattcataataattgatctttaaacgaaattaaatttGAACG---CA-A-ACT---TA----A-T---TTCATTAGGAGGTC-AATAAATGGTCTAT-GACCAgggtaaattt
gi|3 : agcagggaA-ATT---TA----ATT---T-CGTTAAAAGATA-AATAAATGATCTAT-
gi|12 : gcaaaggttatctatA-ACT---TA----A-T---T-TCTTTTAAGATC-AATAAATGACCTAT-tgcggtaatgtcaattatggcagagtgaatatataacttaatctatcagaaagtcaataagtgttttttgaccaactcatacatctagttcaaacattttgttaaccaaatactagtgagggatttccaaaataatatttattgtaccacttaatgattaagtcggccagttttgtgcagaaaggaaatattatgaaaagattttgaaaattcctagcttgtaattggttaaaaaattgtgt
gi|6 : ttatagttt-ACT---TA----ACT---T-CATTAGAAGATCAAATAAATTATCTAT-agcggtaacgaagcgtagcagtgaaccaataacttaatacgttgcaagattaataagtgatgtataaccaactgatagatgttaaaccaatgacaatcgagttaaggtttattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|29 : gttT---TA----A-T---TTCGTTAGAAGAGC-AATAAATGATCTAT-gtgccgcaacaaatgaacagtacgcggtaacaaagtttggcagagtaaacacatacttaatttcttagaagttctattgtgaccaacatacaattaaaaaaaaattaaccaatgaaaagcaagggattttcaaaaatgttattttataccacttaatgaatgattaagtggatcatttattgtgcagttagaaaacattatggaaat
gi|14 : gtaaaggttAGAAGGTC-AATAAGTAATCTAT-CACTAACT--TAT------------AGT------T-CA--------AA-TATT-T---C--------TTCAA-CCA-ATG-A-C--A------G-A-CAG---GG---ATTT-------TCA------------AA--A---------A--T-AA---T-----TATTTT--ATACC-ACTA--AACG-----AG---T----A--------A-----GT----CGGTC--A-TT-------TTA--TACAGTTAGAAAACATTATAAAA--A-TA---AG--------------TTT--T-TA----AAAT--CCC-ggatgtggtataacgaagcatagcagca
gi|19 : cGTGACCT---TAT-AATT--CA-------------ATC------T--A--------AA-CATT-T---T--------GT-AA-C-A-ATG-A-C--A------GGC-AAG---GG---ACAT---------A------------AA--A---------ATAT-AC---A-----TTTA----GTACC-ACTT--AATGA----TTACGT----A--------G-----GT----AA-----A-TA-------GCG--TACAGTTAAGAAACATTATGTAA--A-TA--------------------TT--T-CT----AAAC--ATC-CCTTGC--------TTGTCTTTAG-----tataaagttgattagcaattgaacggaatatct
gi|5 : tAACT--TGT------------A-G------T-CA--------AAGCATA-T---T--------GT-TA-CAA-ATG-AAT--A------G-C-GAG---GG---ATTT-------TC-------------CA--A---------A-AT-AC---T-----TTGTTTT-------ATTTTAAATG-----AT---T----AATTG----G-----GT----CA--T----TT-------TTG--TGC---CGATAAAAATTATGAAA--A-TA---AGT-TG--G--TT---CTT--T-TT----caaacataagtttga
gi|10 : agattatagataatttattgaccctctggcgtgtattgtgtttgcggtaaaatgtagcgaagtgaatgcataactcaACT--TAT------------AGT------T-TA--------AA-CATA-T---T--------TT-AA-CCA-ATG-A-C--A------AAC-TAG---GG---ATTT-------TCC------------GA--A-------------------------------TTATACC-TCTT--AAAG-----AT---T----A--------A-----GT----CA--C--T-TTGGTTCAATTGAGTGCAGTTTGTAAATATCATGACA--A-TA---A-TTTG--ATCAT---TTT--T-TTA---AAATA-CCT-C---GC--------TTGTCATTTG-----TT---AAATAATGTTTGttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|13 : aaattatagttaatgtattcttaatttgttatcatgtcaatctatgT--TAT------------ATAGC----T-CA--------AA-CATT-T---TC-------TT-AA-ACA-TTG-A-C--AA-----G-T-GAG---GG---ATTT-------TCA------------AA--A---------A--T-A----------TTTATTTTGTACC-ATTT--GATG-----AT---T----AAGTG----G-----GT----CA-----A-TT-------TTG--T-TAATT----AACATTCCG-AA--A-T------TTT-------T---TTT--T-TTGA--AAAT--CACTT---GC--------TTGTCATTGG--------TAAAAAAAattc
gi|4 : atttgcggtaacaagtttagcagagtgaactctttacttaattca------T-CA--------AA-CATT-T---T--------TTTAA-CTT-ATG-A-C--AATATAAG-C-AAC---AG---ATTT-------TCA------------AA--A---------A-AC-AC---T-----g
gi|10 : gattttttaaggaaataaagttaaggttaacaaagcgtagtgtaatgatcacataacttcattcattaaggtcaaaaattgatctttgaccatcttatatgtaaacttttttaaccaatggtgagggagggattttcaaaaatatttatttttgtacaactaaatgactaagtggatcaattttgttcagttgggaaatagaatgaaaatattgattc------T-CA--------AA-CATT-A---T--------TT-AA-CAA-ATG-A-CA-A------G-C-GAG---GT---ATTT-------TAA------------AA--A---------A-AT-actat
gi|18 : aaattatagttaatgtattcttaatttgttatcatgtcaatctatgacttatagtttaaacatattttaaccaatgacaaactagggattttccgaattatacctcttaaagattaagtcactttggttcaattgagtgcagtttgtaaatatcatgacaataatttgatc------T-CA--------AA-CAGT-T---T--------TT-AA-CCA-ATG-G-C--A----------------AGTCAATTTGTTTTACTTA------------TA--A---------A-AT-AT---TGTATACTTACTGTATATC-CCTT--AATC-----TT---T----A--------A-----GTTGATCA--T--A-TT-------TC---TGCTGTTAAGAAA--TTATGAAA--A-TA---AGT-TA--G--GCATATTTAGT-TTGG--ACATCACTC-C-------------TTGTCATTGG-----CT---AAAAAATGTTattc
gi|21 : ------T-CA--------AA-CATT-T---TATAAAAAATA-AA-CCA-ATG-A-TA-A------G-C-GAG---GG---ATTT-------ga
gi|26 : aattataatctgcgtggaattttcaaaactttgtacaacttaacgataaagtgtgtcgattttgggcagtcagcaaacataatgaaaat------T-CA--------AA-ACTT-T---T--------TA-AA-CCA-ATG-A-CA-A------G-C-GAG---GG---ATact
gi|1 : ggtcatttgtgtggagttaggaaacattaaggcatttagttggttA--------AA-CATT-T---T--------A--AA-CCA-ATG-A-C--AC-----G-T-GAG---GG---ATTT---------A------------AA--A---------A-Aattattaaaa
gi|20 : gtccatatatctaatgataagtataggttatatgtcatttattgattaagacaacggatcgaagctgagtgaactcataacttagtcctttagaaggtcaatacatgatttatgaccaacttatcaaaccaatcatatgttagtagttaaaacatttttaaaccaatcacaagcgagggattttcaaaaatacttattttgcacaacttaatacataagtaagtgggtcaattttgtgcagttggtaacattatgaaaatatgttggtgatA--------AA-CATTGT---T--------TT-AA-CCA-ATG-A-CA-A------G-C-CAG---GA---ATTT---------A------------AA--A---------A-taactag
gi|18 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctgattctatatggtatcacctattgactaaattggtcaatagtgtgcattatgaaagcataattttg--------AA-CATT-T---T--------TT-AG-CCA-ATG-A-C--A------A-G-GAG---TG---ATGT-------CCA------------AACTA---------A-AT-A
gi|3 : tcaaacagtttttaaccaatggcaagtcaatttgttttacttataaaatattgtatacttactgtatatcccttaatctttaagttgatcatatttctgctgttaagaaattatgaaaataagttaggcaATT-T---T--------TT-AA-CCA-ATT-A-CA-A------G-C-TAG---GA---ATTT-------TCA------------AA--ATCTTTTCATA-AT-AT---T-----TCCTTTCTGCACga
gi|13 : gcaaaggttatctatatagatcatttatttatcttttaacgaaattaaatttgcggtaatgtcaattatggcagagtgaatatataacttaatctatcagaaagtcaataagtgttttttgaccaactcatacatctagttcaaacattttgttaaccaaatactagtgagggatttccaaaataatatttattgtaccacttaatgattaagtcggccagttttTT-T---T--------TT-TA-CCA-ATG-A-C--AA-----G-C-AAG---TG---ATTT-------TCA------------AA--A---------A-Atgtgt
gi|8 : atttgcggtaacaagtttagcagagtgaactctttacttaattcattatatagctcaaacattttcttaaacattgacaagtgagggattttcaaaaatatttattttgtaccatttgatgattaagtgggtcaattttgttaattaacattccgaaatttttTT-T---T--------TT-AA-CCA-ATG-A-CA-A------G-C-CAT---AC---ATTT-------TCATGATAATTTGTTAA--A---------A-ATGAC---A-----TTTTTTg
gi|23 : ttattgattttcttagtttgcggtaacgagatgtagcggagtgaacgcaaaaacataatttgtctaaaggtcaataagtgatatatgatctacttaaaactaaaacatatttaaccatacacaaacaagagactttcaaaattacttattttgtatcacttacttatcT-T---T--------TT-AA-CCA-ATG-A-T--A------GGC-GAG---GG---ATTT-------TCA------------AG--A---------A-Aat
gi|22 : tctatgaccaaactatatagttaaaactcatgatttcatctggtgtcacttgatgataaagtagatcaattttgtgcagcaagaataagttgtctT-T---T--------TC-AAGCCA-ATG-A-C--A------A-TTGGG---GA---ATTT-------TCT------------AA--A---------A-TT-AC---T-----TATTGT--GTACC-ACTT--AATG-----AT---TAAAAA--------G-----AG----CA-----A-TT-------T-------AATTTTAAAACATTATG-----A-T------T---------T---TTT--T-TT----AAAT--CCCTT---GC--------TTCTAATT-------TATTGAAAAAggt
gi|24 : --------TT-AA-CCA-ATG-A-C--AA-----G-C-GAA---GG---ATTT-------TCAAAAC--------AA--A---------A-ATGACAAAC-----TTATTTTCATACC-TTTT--g
gi|21 : atgacaaactgatagttaagacgccgtgtaccatttaatgatttattggatccactgtgtgcagtaagg------G-C-GTG---GA---ATTT-------TCA------------AA--A-----------------------------CTTTGTACA-ACTT--AACG-----AT---A----A--------A-----GTG---TG--TCGA-TT-------TTG--GGCAGTCAGCAAACATAATGAAA--A-TA---AATC-------------------------------CCT-C---GC--------TTATCATTGGTTTATTTTTTATAAAATGTTTG
gi|24 : aattataatctTGTACC-ATTT--AATGA----TT---T----ATTG-----G-----AT----C---C--A-CT-------GTG--TGCAGTAAGGAAAAGGTATGAAA--A-TA---AGTTTGT-C--AT---TTT--TGTTTTGAAAATC-CTT-C---GC--------TTGTCATTGG-----TTact
gi|26 : atgacaaactgatagttaagacgccg--------G-----GT----CA--T----TT-------GTG--TGGAGTTAGGAAACATTAAGGCA--T-TT---AGTT----G--GT---T--------------AT--CCCTC---GC--------TTGTCATTGG-----TTT--AAAAAGTTTTGAaa
gi|20 : CATTATGAAAGCA-TA---ATTTTG-----------TT--T-TT----AAAT---TC-CTG-GC--------TTGTCATTGG-------TTAAAACAATGTTTttattaaaa
gi|1 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctgattctatatggtatcacctattgactaaattggtcaatagtgtgTTGTGCAA--AATA---AGT--------AT---TTT--T-GA----AAAT--CCCTC---GC--------TTGTGATTGG-----TTT---AAAAATGTTT
gi|14 : gtccatatatctaatgataagtataggttatatgtcatttattgattaagacaacggatcgaagctgagtgaactcataacttagtcctttagaaggtcaatacatgatttatgaccaacttatcaaaccaatcatatgttagtagttaTT--T-TTGA--AAAT--CCC-T---GT--------CTGTCATTGG-------TTGAAGAAATATTTGcttaatacataagtaagtgggtcaattttgtgcagttggtaacattatgaaaatatgttggtgatttttttaaatccctcacgtgtcattggtttaaaatgttttaactag
gi|10 : cagaaggtcaataagtaatctatcactaacttatagt----AAAT--CCC-TA--GT--------TTGTCATTGG-----TT---AAAATATGTTTAtaattattttataccactaaacgagtaagtcggtcattttatacagttagaaaacattataaaaataagtttttaaaatccctataaagttgattagcaattgaacggaatatct
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTATAGGTTATAGACCATTTATAAATCTTCTAACGAAATTAAGTTTGTGACAACGAAGCGACGCGAAATGAAAGCATAATTAAAT
Unaligned ( gi|28 ): ACATTATTTAGCCCTCAATGTCATATATGTATAGGTTATAGATGAGTTGTGTGATTTTCTAACGAACTTAAGTTTTCGG
Unaligned ( gi|30 ): ATCATTATGTGAGGTTTTAACGAAATAACGAAGCGAAAAAGCTCACTAAGTACGGTTAATAAT
Unaligned ( gi|32 ): TATAGATTACCAATCATTTATTGATTTTCTAACGGAATTAAGTTTGC
Unaligned ( gi|33 ): ATTCTAGAGTAACGTTGGACTTATATATATTGGTTTTTGGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222 1111111111 1 333333333333 444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555 111 3333333333
lowQualScore : 2 3 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 333 55555 33 666 2 55555 33 33 0 44444 1 333 3 3 1 1 1 1 1 0 1 7777 555555555555555555555555555555555 55555 2 11 333 2 2 2 2 8888888888 2 7777777 0 7777 111111111111 2 2 2 4444 444444444444444444444444444444444444444444 6666666 22 7777 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000 55 2 2 4 777 2 66666 1111111111
lowQualScore : . . ..... ...................................................................... .. ... ..... .. ... . ..... .. .. . ..... . ... . . . . . . . . . .... ................................. ..... . .. ... . . . . .......... . ....... . .... ............ . . . .... .......................................... ....... .. .... . .. ........................................... .. . . . ... . ..... ..........
lowQualScore : 5 2 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 999 66666 11 999 2 66666 11 11 8 55555 7 000 5 8 9 8 0 8 8 8 8 0000 222222222222222222222222222222222 66666 2 77 999 2 2 2 2 8888888888 2 2222222 2 9999 555555555555 1 1 1 5555 555555555555555555555555555555555555555555 8888888 99 4444 3 99 6666666666666666666666666666666666666666666 66 4 4 7 555 5 22222 5555555555
consensus : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---TAA-TT-C-GTTAGA-AGGTC-A-ATAAGTGA-TCTATGACC--A-ACTTAT------------ANG------T-CA--------A-----A-CATTT---T-TT-AA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATACT-----TTTATTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT-------TTG--TGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
Reference ( family-476 ) : NNNNNNNNAAGAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---TAA-TT-C-GTTAGA-AGATC-A-ATAAGTGA-TCTATGACC--A-ACTTAT------------ANG------T-CA--------A-----A-CATTT---T-TT-AA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATACT-----TTTNTTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT-------TTG--TGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
gi|1 : AATGATA----AGTATAGGTTATATGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TT-------------A--------------A--G----------------A---C-AA-----CG--GATC--GAAGCTGAGTGAACTCATA-----A-CT---TAG-TC-C-TTTAGA-AGGTC-A-ATACATGA-TTTATGACC--A-ACTTATCAAACCAATCATATG------T-TAGTAGTTAAA-----A-CATTT---T-TA-AA-CCAATC-A-CA-A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAC-------TTATTTTGCACA-ACTT-AATACA----TAAGTAAGT----G----G-----G----T----CA-----A-TT-------TTG--TGCAGTT-GGTAACATTATGAAA--ATA-------TG-T------T---GGTGATT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTC-A-C-----GTGTCATTGG-----TTT----AAAATGTTT
gi|10 : gtccatatatctAGTTAATGTATT-------CT---TAA-TT-T-GTTATC-ATGTC-A-AT--------CTATGAC-------TTAT------------AGT------T-TA--------A-----A-CATAT---T-TT-AA-CCAATG-A-C--A-AAC-TAGG-GATTT-------TCCGAA-------------------TTATACC-TCTT-AAAG-A----T-------T----A----A-----G----T----CA--C--T-TTGGTTCAATTGAGTGCAGTTTGTAAATATCATGACA--ATA-------AT-T------T---GATCATT-T--TTTTA------AA--ATAC-C-T-C-G-C-----TTGTCATTTG-----TT---AAATAATGTTTGAtaactag
gi|11 : aaattatATA----TGTATAGGCTATAAATTATTCAT-----------------------AA---------------T--------------A--------------ATTGATCTT-----TAAACGAAATT-AAATTTACG--AAGCTAGTAACGTCGTTAACGCATATATTAA-CC---TTA-TT-C-GTTAGA-AATCC-A-ATAAATGA-TTTATAACC--T-ACTTATAGTAC-------ATG------TACA--------A-----A-CAATT---T-TT-AA-CC-AT--------------------TTT-------TTTAAA-A-GTAC-------TTAATTTGTACC-ACTT-AATT-T----T-------T----A----A-----G----T----attc
gi|12 : tTATAGTTTATAGGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTAAAAGAAATT-A--------------A--G---TT-----AG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGC--AGTGAACCAATA-----A-CT---TAA-TA-C-GTTGCA-AGATT-A-ATAAGTGA-TGTATAACC--A-ACTGAT------------AGA-----------------------------TG---T-TA-AA-CCAATG-A-C--A-ATC-GAGgggtaaattt
gi|13 : t---TT-----TG--CGG---T-AA-----C---AAGT--TTAGCAGAGTGAACTCTTT-----A-CT---TAA-TT-C-ATTATATAGCTC-A-A--------------AC-----ATTT---------------TC------T-TA--------A-----A-CAT-----------------TG-A-CA-A-G-T-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA-------TTTATTTTGTACC-ATTT-GATG-A----T-------T----AAGTGG-----G----T----CA-----A-TT-------TTG--T-TAATT----AACATTCCGAAA---------------T------T---T----TT-T--TTTTTGA----AA--AT-CAC-T-T-G-C-----TTGTCATTGG--------TAAAAAAAttaaggtttattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|14 : aAGA-AGGTC-A-ATAAGTAA-TCTATCACT--A-ACTTAT------------AGT------T-CA--------A-----A-TATTT---C-TTCAA-CCAATG-A-C--A-G-A-CAGG-GATTT-------TCAAAA-A--TAAT-----T--ATTTTATACC-ACTA-AACG-A----G-------T----A----A-----G----T----CGGTC--A-TT-------TTA--TACAGTTAGAAAACATTATAAAA--ATA-------AG------------------T-T--TTTA-------AA--AT-C-C-C-g
gi|15 : cTA----TGTATAGATTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTTTAACGAAATAA--------------A--G---TT-----TA--CGG----------------AAGC--GGAGCGGAGTGAACGCAAA-----A-CT---TTA-TT-C-GTTAGC-ATGTC-A-ATAAGTGC-TCTATGACA--G-ACTTAT------------Atataaagttgattagcaattgaacggaatatct
gi|16 : aaattatcgtccacattgtgtgAAATGACA-----GTGCAAGTAATGGA------AT-----------T-------------------------------------------A--------------G--G---CT-----TG--CAG---T-AA-----CG--AATA--GTAACAATGTGAACTTACA-----A-CT---TAA-TA-A-GTTTTA-A--TC-A-ATTAGAGA-TCTATAACT--T-ACTTAC------------AAT------T-CA--------A-----A-GATAT---T-TT-AG-CAAATG-ACC--A-G-C-GAAA-AATTT-------TCAAAgttataacgcccgaattcatttgattgaaaagtaaatgagatca
gi|17 : GTACAGGTTATAGCCCAGTCAT-----------T-----------GA---------------TCTTCTAAATT----A--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CG--AAAT--GCAGCAG-GTAAA-G-ACA-----A-TTCCGTAA-TT-C-ATTGGA-ATATC-A-ATAAATGA-TATATGACC--A-A-GTAA------------ATG------T-AA--------A-----A-CTTTTTTAT-TT-AA-CCAATT-A-TAAA-G---GAGG-GACCT-------TCAAttctaagatccttggtcatacactccatca
gi|18 : gtcatccatgtactc------T-CA--------A-----A-CAGTT---T-TT-AA-CCAATG--------G-C-AAGTCAATTTGTTTTACTTATAA-A-ATATTGTATACTTACTGTATATC-CCTT-AATC-T----T-------T----A----A-----G----TTGATCA--T--A-TT-------TC---TGCTGTTAAGAAA--TTATGAAA--ATA-------AG-TTAGGCAT---A----TT-TAGTTTG-------GAC-AT-C-A-C-T-C-C-----TTGTCATTGG-----CT---AAAAAATGTT
gi|19 : TGTGACC------TTAT------------AAT------T-CA--------ATCTAAA-CATTT---T-GT-AA-C-AATG-A-C--A-GGC-AAGG-GACAT---------AAAA-ATATACA-----TTTA----GTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----ACGTAG-----G----T----AA-----A-TA-------GCG--TACAGTTAAGAAACATTATGTAA--ATA-----------------------------T--TTCT-------AAACAT-C-C-CTT-G-C-----TTGTCTTTAG--------CAAACATAAGTTTGAga
gi|2 : AACAATGAAATAATA----CGTATTGGTAATGGATAATTTAG-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---CT-----TG--CTG---T-AA-----CG--AAGC--GTAACGTAGTGAACTTACA-----A-TT---TAA-TT-C-ATTAGA-AGACC-A-ATAAGTGA-CCTATTATC--A-ACTTAT------------ATG------T-CA--------A-----A-CATTT---T-TT-AA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGA-GATTT-------TCAAAA-A-ATACT-----TTTTTTTTGTACC-ATTT-AATG-T----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT-------TTG--TGCAGTCGGGAAACATTATGCAA--ATA-------AG-T------CTGGG----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-T-C-C-G-T-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTAA
gi|20 : tgttttaaT-----TCTATATGGTATC-ACCT-ATTG-A----C-------T----AAATTG-----G----T----CA-----A-TA-------GTG--TGCA-----------TTATGAAAGCATA-------AT-T------T--------TG-T--TTTT-------AA--AT-T-C-C-T-GGC-----TTGTCATTGG-------TTAAAACAATGTTT
gi|21 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctga-G-C-GTGG-AATTT-------TCAAAA-----------------CTTTGTACA-ACTT-AACG-A----T-------A----A----A-----G----TG---TG--TCGA-TT-------TTG--GGCAGTCAGCAAACATAATGAAA--A-------------------------------------T-------AA--AT-C-C-CTC-G-C-----TTATCATTGGTTTATTTTTTATAAAATGTTTGA
gi|22 : aattataatctTT---T-TC-AAGCCAATG-A-C--A-A-TTGGGG-AATTT-------TCTAAA-A-TTACT-----T--ATTGTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----AAAAAG-----A----G----CA-----A-TT-------T-------AATTTTAAAACATTATGA-----------------T------T--------TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTT-G-C-----TTCTAATT-------TATTGAAAAAact
gi|23 : T-----TTCATCTGGTGTC-ACTT-GATG-A----TAAAG---T----A----G-----A----T----CA-----A-TT-------TTG--TGCAG--------CA-----AGA--ATA-------AG-T------T---G----TC-T--TTTCTTGA---AA--AT-C-C-CTC-G-C-----CTATCATTGG-------TTAAAAAg
gi|24 : tctatgaccaaactatatagttaaaactcatgaTGTACC-ATTT-AATG-A----T-------TTATTG----G-----A----T----C---C--A-CT-------GTG--TGCAGTAAGGAAAAGGTATGAAA--ATA-------AGTT------T---G----TCAT--TTTTGTTTTGAAA--AT-C-CTT-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTggt
gi|25 : atgacaaactgatagttaagacgccgATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------ATTCAACCGAAATAAA--G---TT-----TG--CGA---T-AA-----AG--AAGC--GTATCGGAATGAACGCATA-----A-CT---TAA-TC-A-GATAGA-AGATC-A-ATAAaa
gi|26 : ----G-----G----T----CA--T----TT-------GTG--TGGAGTTAGGAAACATTAAGGCA--TTT-------AG-T------T---G----GT-T-----------------AT-C-C-CTC-G-C-----TTGTCATTGG-----TTT--AAAAAGT-TTTGAag
gi|27 : TATAGGTTATAGACCATTTATAAATCTTCTAAC-----------GAAAT------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGA---C-AA-----CG--AAGC--GACGCGAAATGAAAGCATA-----A-TT---AAA-Tattattaaaa
gi|28 : tA-----A-CT---TAAGTT-C-GTTAGA-AAATC-ACACAACTCA-TCTATAACCT-ATACATAT------------ATG------------------------A-CATT
gi|29 : acattatttagccctcGTAAAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GC---------------TCTTCTAACG-----A--------------A--A---TTAAGGATG--TGGTA-T-AA-----CG--AAGC--ATAGCAGttcgg
gi|29 : -CT---TAA-TTTC-GTTAGA-AGAGC-A-ATAAATGA-TCTATAACC--ca
gi|3 : gtaaaTATAGATCATTTAT-----------TTATCTTTTAACGAAAT------------T--------------A--------------A--A---TT-----TG--CGG---T-AA-----TGTCAATT--ATGGCAGAGTGAATATATA-----A-CT---TAA-TC-T-ATCAGA-AAGTC-A-ATAAGTGT-TTTTTGACC--A-ACTCAT------------ACATCTAGTT-CA--------A-----A-CATTT---TGTT-AA-CCAAAT-A-CT-A-G-T-GAGG-GATTT-------CCAAAATA-ATA-------TTTA--TTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----A-----G----T----CGGCC--AGTT-------TTG--TGCAGAAAGGAAATATTATGAAA--AGA---------------------------T-T--TTGA-------AA--AT-T-C-C-TAG-C-----TTGTAATTGG-------TTAAAAAATTGTgatgtggtataacgaagcatagcagca
gi|31 : gcaaaggttatctaAGCAGGGAGAACGCA-A-----A-CT---TAA-TTTC-ATTAGG-AGGTC-A-ATAAATGG-TCTATGACC--A-gt
gi|32 : GCA-A-----A-CT---TAA-TT-CCGTTAGA-AAATC-A-ATAAATGA-T
gi|4 : tatagattaccaA---------------T--------------A--------------A--A---GT-----TA--AGG---TTAA-----CA--AAGC--GTAGTGTAATGATCACATA-----A-CT---TCA-TT-C-ATT--A-AGGTC-A-AAAATTGA-TCTTTGACC--A-TCTTAT------------ATG------T--A--------A-----A-C-TTT---T-TT-AA-CCAATG-G-TG-A-G-G-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA-T-----TTATTTTTGTACA-ACTA-AATG-A----C-------T----AAGTGG-----A----T----CA-----A-TT-------TTG--TTCAGTTGGGAAATAGAATGAAA--ATATTGATTCAG--------T---G----TT-T--TTTGA------AA--AT-C-TGT-T-G-CTTATATTGTCATAAG-------TTAAAAAAATGTTTGA
gi|5 : gattttttaaggaaAGATTATAGATAATTTAT-----------T-----------GACCCTCTGGCGTGTATT--------------G--------------T--G---TT-----TG--CGG---T-AA----------AAT--GTAGCGAAGTGAATGCATA-----A-CT---CAA-actat
gi|5 : AAGTGAATGCATAACTCAA-ACTTGT------------A-G------T-CA--------A-----AGCATAT---T-GT-TA-CAAATG-AAT--A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-CAA-A-ATAC------TTTGTTTTAT-----TTTAAATG-A----T-------T----AATTGG-----G----T----CA--T----TT-------TTG--TGCCGATA--AAA-ATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----GT-T--CTTT-------acttgtagtcaaagcatattgttacaaatgaatagcgagggattttccaaaatactttgttttattttaaatgattaattgggtcatttttgtgccgataaaaattatgaaaataagttggttctttttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|6 : agattatagataatttattgaccctctggcgtgtattgtgtttgcggtaaaatgtagcg-----A-CT---TAACTT-C-ATTAGA-AGATCAA-ATAAATTA-TCTATAACttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|6 : --------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CA--AAGT--TTGGCAGAGTAAACACATA-------CT---TAA-TT-T-CTTAGA-AGTTC-T-AT---------TGTGACC--A-ACATAC------------AA-------T-TA--------A-----A-AAAAA---A-TT-AA-CCAATG-A-A--AAG-C-AAGG-GATTT-------TCAAAA-A-----T-----GTTATTTTATACC-ACTT-AATG-AATGAT-------T----A----A-----G----TGGATCA--T--T-TA-------TTG--TGCAGTTAGAAAACATTATGGAA--ATgtgccgcaacaaatgaacagtacgcggtaacaaagtttggcagagtaaacacatacttaatttcttagaagttctattgtgaccaacatacaattaaaaaaaaattaaccaatgaaaagcaagggattttcaaaaatgttattttataccacttaatgaatgattaagtggatcatttattgtgcagttagaaaacattatggaaat
gi|7 : gttatagataatttatttgatcttctaatgaagttaagtgtgccgcaacaaatgaacTTATTGATCTTTTAA-----------C-----------GAAAA------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGG---T-AA-----CA--AAGC--GTAACGTTGAGAACACGTA-----A------TAA-TA-C-ATTAGA-CGATC-A-GTAAGTGA-TCTATGACC--A-GTGTAT------------AGT------T-AA--------A-----A-CGC-------------CCCATT-A-C--------------ATTT-------T--------ACAC-------------TATACCTATTA-AATG-A----C-------T----A----A-----GTAAAT----CA-----A-TT-------TTG--TGCATTAAGGAAACATTATGAAA--ACA-------AG-T------T--------TT-T--TT----------A--AT-C-C-CAC-G-C-----TCAACATTGG--------TAAAATAATGCTT
gi|8 : tcatTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------TTTCTT---------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AGAT--GTAGCGGAGTGAACGCAAA-----AACA---TAA-TT-T-GTCTAA-AGGTC-A-ATAAGTGA-TATATGATC--T-ACTTAA------------AAC------T-AA--------A-----A-CA-TA---T-TT-AA-CC-ATACA-CA-A-A-C-AAGA-GACTT-------TC-AAA-A-TTAC-------TTATTTTGTATC-ACTT-ACTT-A----T-------C----A----AAAAATG----T----CA--T----TT-------TTA---ACA------AATTATCATGAAA--AT---------G-TA-----T---G------------------------------------G-C-----TTGTCATTGG-------TTAAAAAAATca
gi|9 : AAGAATGA--TGATAATTTTGTATAGGTTATAGATAATTTAT-----------TTAACGA-----AA---------------T--------------A--------------AA-G---TT-----TT--TGG---T-AA-----CG--AAGT--ATAGCGGAGTGAATGCATA-----A-CT---TAA-AG-T-ATAAGA-AGATC-A-GTAAGTGA-TCTATGAAC--A-ACTTAT------------TGG------T-CA--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATCATTATGTGAGGTTTTAACGAAATAACGAAGCGAAAAAGCTCACTAAGTACGGTTAATAAT
Unaligned ( gi|33 ): ATTCTAGAGTAACGTTGGACTTATATATATTGGTTTTTGGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222 1111111111 1 33333333 444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555 111 3333333333
lowQualScore : 1 3 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 333 55555 33 666 2 55555 33 33 0 55555 1 333 4 2 2 1 2 0 333 555555555555555555555 44 88888888 55555 2 666666 2 2 2 8888888888 2 7777777 2 4444 00000000 44 2 2 2 4444 444444444444444444444444444444444444444444 22 6666666 7777 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000 55 2 2 4 777 2 66666 1111111111
lowQualScore : . . ..... ...................................................................... .. ... ..... .. ... . ..... .. .. . ..... . ... . . . . . . ... ..................... .. ........ ..... . ...... . . . .......... . ....... . .... ........ .. . . . .... .......................................... .. ....... .... . .. ........................................... .. . . . ... . ..... ..........
lowQualScore : 0 2 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 999 66666 11 999 2 66666 11 11 8 00000 9 333 2 1 0 4 0 4 888 555555555555555555555 11 11111111 99999 4 999999 2 2 2 9999999999 2 2222222 9 9999 11111111 44 1 1 1 5555 555555555555555555555555555555555555555555 99 8888888 4444 3 99 6666666666666666666666666666666666666666666 66 4 4 7 555 5 22222 5555555555
consensus : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---TAATT-C-GTTAGA-AGGTCAATAAGTGA-TCTATGACC--AACTTAT------------ANN------T-CA--------A-----A-CATTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC------TTTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
Reference ( family-476 ) : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---TAATT-C-GTTAGA-AGGTCAATAAGTGA-TCTATGACC--AACTTAT------------ANG------T-CA--------A-----A-CATTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATACT-----TTTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
gi|1 : AATGATA----AGTATAGGTTATATGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TT-------------A--------------A--G----------------A---C-AA-----CG--GATC--GAAGCTGAGTGAACTCATA-----A-CT---TAGTC-C-TTTAGA-AGGTCAATACATGA-TTTATGACC--AACTTATCAAACCAATCATATG------T-TAGTAGTTAAA-----A-CATTT---T-TAAA-CCAATC-A-CA-A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAC-------TTA-TTTTGCACA-ACTT-AATACA----TAAGTAAGT----G----G-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAGTT-GGTAACATTATGAAA--ATA-------TG-T------T---GGTGATT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTC-A-C-----GTGTCATTGG-----TTT----AAAATGTTT
gi|10 : gtccatatatctAGTTAATGTATT-------CT---TAATT-T-GTTATC-ATGTCAAT--------CTATGAC------TTAT------------AGT------T-TA--------A-----A-CATAT---T-TTAA-CCAATG-A-CA-A-A-C-TAGG-GATTT-------TCCGAA--------------------TTATACC-TCTT-AAAG-A----T-------T----A----A-----G----T----CA--C--T-TTGGTTCAATTGAGTGCAGTTTGTAAATATCATGACA--ATA-------AT-T------T---GATCATT-T--TTTTA------AA--ATAC-C-T-C-G-C-----TTGTCATTTG-----TT---AAATAATGTTTGAtaactag
gi|11 : aaattatATA----TGTATAGGCTATAAATTATTCAT-----------------------AA---------------T--------------A--------------ATTGATCTT-----TAAACGAAATT-AAATTTACG--AAGCTAGTAACGTCGTTAACGCATATATTAA-CC---TTATT-C-GTTAGA-AATCCAATAAATGA-TTTATAACC--TACTTATAGTAC-------ATG------TACA--------A-----A-CAATT---T-TTAA-CC-AT--------------------TTT-------TTTAAA-A-GTAC-------TTA-ATTTGTACC-ACTT-AATT-T----T-------T----A----A-----G----T----attc
gi|12 : tTATAGTTTATAGGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTAAAAGAAATT-A--------------A--G---TT-----AG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGC--AGTGAACCAATA-----A-CT---TAATA-C-GTTGCA-AGATTAATAAGTGA-TGTATAACC--AACTGAT------------AGA-----------------------------TG---T-TAAA-CCAATG-A-C--A-ATC-GAGgggtaaattt
gi|13 : t---TT-----TG--CGG---T-AA-----C---AAGT--TTAGCAGAGTGAACTCTTT-----A-CT---TAATT-C-ATTATATAGCTCAA--------------AC----ATTT---------------TC------T-TA--------A-----A-CAT----------------TG-A-CA-A-G-T-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA-------TTTA-TTTTGTACC-ATTT-GATG-A----T-------T----AAGTGG-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GT-TAATT----AACATTCCGAAA---------------T------T---T----TT-T--TTTTTGA----AA--AT-CAC-T-T-G-C-----TTGTCATTGG--------TAAAAAAAttaaggtttattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|14 : aAGA-AGGTCAATAAGTAA-TCTATCACT--AACTTAT------------AGT------T-CA--------A-----A-TATTTC--T-TCAA-CCAATG-A-C--A-G-A-CAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAA-------TTA-TTTTATACC-ACTA-AACG-A----G-------T----A----A-----G----T----CGGTC--A-TT--TT-------ATACAGTTAGAAAACATTATAAAA--ATA-------AG------------------T-T--TTTA-------AA--AT-C-C-C-g
gi|15 : cTA----TGTATAGATTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTTTAACGAAATAA--------------A--G---TT-----TA--CGG----------------AAGC--GGAGCGGAGTGAACGCAAA-----A-CT---TTATT-C-GTTAGC-ATGTCAATAAGTGC-TCTATGACA--GACTTAT------------Atataaagttgattagcaattgaacggaatatct
gi|16 : aaattatcgtccacattgtgtgAAATGACA-----GTGCAAGTAATGGA------AT-----------T-------------------------------------------A--------------G--G---CT-----TG--CAG---T-AA-----CG--AATA--GTAACAATGTGAACTTACA-----A-CT---TAATA-A-GTTTTA-A--TCAATTAGAGA-TCTATAACT--TACTTAC------------AAT------T-CA--------A-----A-GATAT---T-TTAG-CAAATG-ACC--A-G-C-GAAA-AATTT-------TCAAAgttataacgcccgaattcatttgattgaaaagtaaatgagatca
gi|17 : GTACAGGTTATAGCCCAGTCAT-----------T-----------GA---------------TCTTCTAAATT----A--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CG--AAAT--GCAGCAG-GTAAA-G-ACA-----A-TTCCGTAATT-C-ATTGGA-ATATCAATAAATGA-TATATGACC--AA-GTAA------------ATG------T-AA--------A-----A-CTTTTTTAT-TTAA-CCAATT-A-TAAA-G---GAGG-GACCT-------TCAAttctaagatccttggtcatacactccatca
gi|18 : gtcatccatgtactc------T-CA--------A-----A-CAGTT---T-TTAA-CCAATG--------G-C-AAGTCAATTTGTTTTACTTATAA-A-ATATTGTATACTTA-CTGTATATC-CCTT-AATC-T----T-------T----A----A-----G----TTGATCA--T--A-TT--TC--------TGCTGTTAAGAAA--TTATGAAA--ATA-------AG-TTAGGCAT---A----TT-TAGTTTG-------GAC-AT-C-A-C-T-C-C-----TTGTCATTGG-----CT---AAAAAATGTT
gi|19 : TGTGACC-----TTAT------------AAT------T-CA--------ATCTAAA-CATTT---T-GTAA-C-AATG-A-C--A-GGC-AAGG-GACAT---------AAAA-ATATACA-----TTTA-----GTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----ACGTAG-----G----T----AA-----A-TA--GC-------GTACAGTTAAGAAACATTATGTAA--ATA-----------------------------T--TTCT-------AAACAT-C-C-CTT-G-C-----TTGTCTTTAG--------CAAACATAAGTTTGAga
gi|2 : AACAATGAAATAATA----CGTATTGGTAATGGATAATTTAG-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---CT-----TG--CTG---T-AA-----CG--AAGC--GTAACGTAGTGAACTTACA-----A-TT---TAATT-C-ATTAGA-AGACCAATAAGTGA-CCTATTATC--AACTTAT------------ATG------T-CA--------A-----A-CATTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGA-GATTT-------TCAAAA-A-ATACT-----TTTT-TTTTGTACC-ATTT-AATG-T----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTCGGGAAACATTATGCAA--ATA-------AG-T------CTGGG----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-T-C-C-G-T-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTAA
gi|20 : tgttttaaT-----TCTA-TATGGTATC-ACCT-ATTG-A----C-------T----AAATTG-----G----T----CA-----A-TA--GT-------GTGCA-----------TTATGAAAGCATA-------AT-T------T--------TG-T--TTTT-------AA--AT-T-C-C-T-GGC-----TTGTCATTGG-------TTAAAACAATGTTT
gi|21 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctga-G-C-GTGG-AATTT-------TCAAAA------------------CTTTGTACA-ACTT-AACG-A----T-------A----A----A-----G----TG---TG--TCGA-TT--TT-------GGGCAGTCAGCAAACATAATGAAA--A-------------------------------------T-------AA--AT-C-C-CTC-G-C-----TTATCATTGGTTTATTTTTTATAAAATGTTTGA
gi|22 : aattataatctTT---T-TCAAGCCAATG-A-C--A-A-TTGGGG-AATTT-------TCTAAA-A-TTACT-----T--A-TTGTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----AAAAAG-----A----G----CA-----A-TT--T------------AATTTTAAAACATTATGA-----------------T------T--------TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTT-G-C-----TTCTAATT-------TATTGAAAAAact
gi|23 : T-----TTCA-TCTGGTGTC-ACTT-GATG-A----TAAAG---T----A----G-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAG--------CA-----AGA--ATA-------AG-T------T---G----TC-T--TTTCTTGA---AA--AT-C-C-CTC-G-C-----CTATCATTGG-------TTAAAAAg
gi|24 : tctatgaccaaactatatagttaaaactcatgaTGTACC-ATTT-AATG-A----T-------TTATTG----G-----A----T----C---C--A-CT--GT-------GTGCAGTAAGGAAAAGGTATGAAA--ATA-------AGTT------T---G----TCAT--TTTTGTTTTGAAA--AT-C-CTT-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTggt
gi|25 : atgacaaactgatagttaagacgccgATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------ATTCAACCGAAATAAA--G---TT-----TG--CGA---T-AA-----AG--AAGC--GTATCGGAATGAACGCATA-----A-CT---TAATC-A-GATAGA-AGATCAATAAaa
gi|26 : ----G-----G----T----CA--T----TT--GT-------GTGGAGTTAGGAAACATTAAGGCA--TTT-------AG-T------T---G----GT-T-----------------AT-C-C-CTC-G-C-----TTGTCATTGG-----TTT--AAAAAGT-TTTGAag
gi|27 : TATAGGTTATAGACCATTTATAAATCTTCTAAC-----------GAAAT------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGA---C-AA-----CG--AAGC--GACGCGAAATGAAAGCATA-----A-TT---AAATattattaaaa
gi|29 : tGTAAAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GC---------------TCTTCTAACG-----A--------------A--A---TTAAGGATG--TGGTA-T-AA-----CG--AAGC--ATAGCAG
gi|29 : -CT---TAATTTC-GTTAGA-AGAGCAATAAATGA-TCTATAACC--ca
gi|3 : gtaaaTATAGATCATTTAT-----------TTATCTTTTAACGAAAT------------T--------------A--------------A--A---TT-----TG--CGG---T-AA-----TGTCAATT--ATGGCAGAGTGAATATATA-----A-CT---TAATC-T-ATCAGA-AAGTCAATAAGTGT-TTTTTGACC--AACTCAT------------ACATCTAGTT-CA--------A-----A-CATTT---TGTTAA-CCAAAT-A-CT-A-G-T-GAGG-GATTT-------CCAAAATA-ATA-------TTTA---TTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----A-----G----T----CGGCC--AGTT--TT-------GTGCAGAAAGGAAATATTATGAAA--AGA---------------------------T-T--TTGA-------AA--AT-T-C-C-TAG-C-----TTGTAATTGG-------TTAAAAAATTGTgatgtggtataacgaagcatagcagca
gi|31 : gcaaaggttatctaAGCAGGGAGAACGCA-A-----A-CT---TAATTTC-ATTAGG-AGGTCAATAAATGG-TCTATGACC--Agt
gi|32 : GCA-A-----A-CT---TAATT-CCGTTAGA-AAATCAATAAATGA-T
gi|4 : tatagattaccaA---------------T--------------A--------------A--A---GT-----TA--AGG---TTAA-----CA--AAGC--GTAGTGTAATGATCACATA-----A-CT---TCATT-C-ATT--A-AGGTCAAAAATTGA-TCTTTGACC--ATCTTAT------------ATG------T--A--------A-----A-C-TTT---T-TTAA-CCAATG-G-TG-A-G-G-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA-------TTTATTTTTGTACA-ACTA-AATG-A----C-------T----AAGTGG-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTTCAGTTGGGAAATAGAATGAAA--ATATTGATTCAG--------T---G----TT-T--TTTGA------AA--AT-C-TGT-T-G-CTTATATTGTCATAAG-------TTAAAAAAATGTTTGA
gi|5 : gattttttaaggaaAGATTATAGATAATTTAT-----------T-----------GACCCTCTGGCGTGTATT--------------G--------------T--G---TT-----TG--CGG---T-AA----------AAT--GTAGCGAAGTGAATGCATA-----A-CT---CAAactat
gi|5 : AAGTGAATGCATAACTCAAACTTGT------------A-G------T-CA--------A-----AGCATAT---T-GTTA-CAAATG-AAT--A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-CAA-A-ATAC------TTTG-TTTTAT-----TTTAAATG-A----T-------T----AATTGG-----G----T----CA--T----TT--TT-------GTGCCGATA--AAA-ATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----GT-T--CTTT-------acttgtagtcaaagcatattgttacaaatgaatagcgagggattttccaaaatactttgttttattttaaatgattaattgggtcatttttgtgccgataaaaattatgaaaataagttggttctttttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|6 : agattatagataatttattgaccctctggcgtgtattgtgtttgcggtaaaatgtagcg--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CA--AAGT--TTGGCAGAGTAAACACATA-------CT---TAATT-T-CTTAGA-AGTTCTAT---------TGTGACC--AACATAC------------AA-------T-TA--------A-----A-AAAAA---A-TTAA-CCAATG-A-A--AAG-C-AAGG-GATTT-------TCAAAA-A-----T-----GTTA-TTTTATACC-ACTT-AATG-AATGAT-------T----A----A-----G----TGGATCA--T--T-TA--TT-------GTGCAGTTAGAAAACATTATGGAA--ATttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|7 : gttatagataatttatttgatcttctaatgaagttaagtgtgccgcaacaaatgaacTTATTGATCTTTTAA-----------C-----------GAAAA------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGG---T-AA-----CA--AAGC--GTAACGTTGAGAACACGTA-----A------TAATA-C-ATTAGA-CGATCAGTAAGTGA-TCTATGACC--AGTGTAT------------AGT------T-AA--------A-----A-CGC------------CCCATT-A-C--------------ATTT-------T--------ACAC--------------TATACCTATTA-AATG-A----C-------T----A----A-----GTAAAT----CA-----A-TT--TT-------GTGCATTAAGGAAACATTATGAAA--ACA-------AG-T------T--------TT-T--TT----------A--AT-C-C-CAC-G-C-----TCAACATTGG--------TAAAATAATGCTT
gi|8 : tcatTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------TTTCTT---------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AGAT--GTAGCGGAGTGAACGCAAA-----AACA---TAATT-T-GTCTAA-AGGTCAATAAGTGA-TATATGATC--TACTTAA------------AAC------T-AA--------A-----A-CA-TA---T-TTAA-CC-ATACA-CA-A-A-C-AAGA-GACTT-------TC-AAA-A-TTAC-------TTA-TTTTGTATC-ACTT-ACTT-A----T-------C----A----AAAAATG----T----CA--T----TT--TT-------A-ACA------AATTATCATGAAA--AT---------G-TA-----T---G------------------------------------G-C-----TTGTCATTGG-------TTAAAAAAATca
gi|9 : AAGAATGA--TGATAATTTTGTATAGGTTATAGATAATTTAT-----------TTAACGA-----AA---------------T--------------A--------------AA-G---TT-----TT--TGG---T-AA-----CG--AAGT--ATAGCGGAGTGAATGCATA-----A-CT---TAAAG-T-ATAAGA-AGATCAGTAAGTGA-TCTATGAAC--AACTTAT------------TGG------T-CA--------
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ACATTATTTAGCCCTCAATGTCATATATGTATAGGTTATAGATGAGTTGTGTGATTTTCTAACGAACTTAAGTTTTCGG
Unaligned ( gi|30 ): ATCATTATGTGAGGTTTTAACGAAATAACGAAGCGAAAAAGCTCACTAAGTACGGTTAATAAT
Unaligned ( gi|33 ): ATTCTAGAGTAACGTTGGACTTATATATATTGGTTTTTGGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222 1111111111 1 222222222 444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555 111 3333333333
lowQualScore : 1 3 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 333 55555 33 666 2 55555 33 33 0 55555 1 333 4 2 2 1 2 0 333 555555555555555555555555555 44 6666 55555 2 999999999 2 2 2 8888888888 2 7777777 2 4444 777777777 2 2 2 2 4444 444444444444444444444444444444444444444444 22 6666666 7777 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000 55 2 2 4 777 2 66666 1111111111
lowQualScore : . . ..... ...................................................................... .. ... ..... .. ... . ..... .. .. . ..... . ... . . . . . . ... ........................... .. .... ..... . ......... . . . .......... . ....... . .... ......... . . . . .... .......................................... .. ....... .... . .. ........................................... .. . . . ... . ..... ..........
lowQualScore : 0 2 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 999 66666 11 999 2 66666 11 11 8 00000 9 333 2 1 0 4 0 4 888 222222222222222222222222222 22 6666 99999 4 333333333 2 2 2 9999999999 2 2222222 9 9999 999999999 2 1 1 1 5555 888888888888888888888888888888888888888888 99 8888888 4444 3 99 6666666666666666666666666666666666666666666 66 4 4 7 555 5 22222 5555555555
consensus : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---TAATT-C-GTTAGA-AGGTCAATAAGTGA-TCTATGACC--AACTTA------T--------------------AGTT---CAA-----A-CA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
Reference ( family-476 ) : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---TAATT-C-GTTAGA-AGGTCAATAAGTGA-TCTATGACC--AACTTA------T--------------------ANNT---CAA-----A-CA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
gi|1 : AATGATA----AGTATAGGTTATATGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TT-------------A--------------A--G----------------A---C-AA-----CG--GATC--GAAGCTGAGTGAACTCATA-----A-CT---TAGTC-C-TTTAGA-AGGTCAATACATGA-TTTATGACC--AACTTA------TCAAACCAATCATATGTTAGTAGTT---AAA-----A-CA---TTT---T-TAAA-CCAATC-A-CA-A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAC--------TTA-TTTTGCACA-ACTT-AATACA----TAAGTAAGT----G----G-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAGTT-GGTAACATTATGAAA--ATA-------TG-T------T---GGTGATT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTC-A-C-----GTGTCATTGG-----TTT----AAAATGTTT
gi|10 : gtccatatatctAGTTAATGTATT-------CT---TAATT-T-GTTATC-ATGTCAAT--------CTATGAC------TTA------T--------------------AGTT---TAA-----A-CA---TAT---T-TTAA-CCAATG-A-CA-A-A-C-TAGG-GATTT-------TCCGAA---------------------TTATACC-TCTT-AAAG-A----T-------T----A----A-----G----T----CA--C--T-TTGGTTCAATTGAGTGCAGTTTGTAAATATCATGACA--ATA-------AT-T------T---GATCATT-T--TTTTA------AA--ATAC-C-T-C-G-C-----TTGTCATTTG-----TT---AAATAATGTTTGAtaactag
gi|11 : aaattatATA----TGTATAGGCTATAAATTATTCAT-----------------------AA---------------T--------------A--------------ATTGATCTT-----TAAACGAAATT-AAATTTACG--AAGCTAGTAACGTCGTTAACGCATATATTAA-CC---TTATT-C-GTTAGA-AATCCAATAAATGA-TTTATAACC--TACTTATAG---T--------------------ACATGTACAA-----A-CA---ATT---T-TTAA-CC-AT--------------------TTT-------TTTAAA-A-GTAC--------TTA-ATTTGTACC-ACTT-AATT-T----T-------T----A----A-----G----T----attc
gi|12 : tTATAGTTTATAGGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTAAAAGAAATT-A--------------A--G---TT-----AG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGC--AGTGAACCAATA-----A-CT---TAATA-C-GTTGCA-AGATTAATAAGTGA-TGTATAACC--AACTGA------T--------------------AGA--------------------TG---T-TAAA-CCAATG-A-C--A-ATC-GAGgggtaaattt
gi|13 : t---TT-----TG--CGG---T-AA-----C---AAGT--TTAGCAGAGTGAACTCTTT-----A-CT---TAATT-C-ATTATATAGCTCAA--------------AC----ATTT-----------------------------TCT---TAA-----A-CA---T----------------TG-A-CA-A-G-T-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTA-TTTTGTACC-ATTT-GATG-A----T-------T----AAGTGG-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GT-TAATT----AACATTCCGAAA---------------T------T---T----TT-T--TTTTTGA----AA--AT-CAC-T-T-G-C-----TTGTCATTGG--------TAAAAAAAttaaggtttattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|14 : aAGA-AGGTCAATAAGTAA-TCTATCACT--AACTTA------T--------------------AGTT---CAA-----A-TA---TTTC--T-TCAA-CCAATG-A-C--A-G-A-CAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAA--------TTA-TTTTATACC-ACTA-AACG-A----G-------T----A----A-----G----T----CGGTC--A-TT--TT-------ATACAGTTAGAAAACATTATAAAA--ATA-------AG------------------T-T--TTTA-------AA--AT-C-C-C-g
gi|15 : cTA----TGTATAGATTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTTTAACGAAATAA--------------A--G---TT-----TA--CGG----------------AAGC--GGAGCGGAGTGAACGCAAA-----A-CT---TTATT-C-GTTAGC-ATGTCAATAAGTGC-TCTATGACA--GACTTA------T--------------------AGTT---tataaagttgattagcaattgaacggaatatct
gi|16 : aaattatcgtccacattgtgtgAAATGACA-----GTGCAAGTAATGGA------AT-----------T-------------------------------------------A--------------G--G---CT-----TG--CAG---T-AA-----CG--AATA--GTAACAATGTGAACTTACA-----A-CT---TAATA-A-GTTTTA-A--TCAATTAGAGA-TCTATAACT--TACTTA------C--------------------AATT---CAA-----A-GA---TAT---T-TTAG-CAAATG-ACC--A-G-C-GAAA-AATTT-------TCAAAataacgcccgaattcatttgattgaaaagtaaatgagatca
gi|17 : GTACAGGTTATAGCCCAGTCAT-----------T-----------GA---------------TCTTCTAAATT----A--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CG--AAAT--GCAGCAG-GTAAA-G-ACA-----A-TTCCGTAATT-C-ATTGGA-ATATCAATAAATGA-TATATGACC--AA-GTA------A--------------------ATGT---AAA-----A-CT---TTTTTAT-TTAA-CCAATT-A-TAAA-G---GAGG-GACCT-------TCAAttctaagatccttggtcatacactccatca
gi|18 : gtcatccatgtactcT---CAA-----A-CA---GTT---T-TTAA-CCAATG--------G-C-AAGTCAATTTGTTTTACTTATAA-A-ATAT-TGTATACTTA-CTGTATATC-CCTT-AATC-T----T-------T----A----A-----G----TTGATCA--T--A-TT--TC--------TGCTGTTAAGAAA--TTATGAAA--ATA-------AG-TTAGGCAT---A----TT-TAGTTTG-------GAC-AT-C-A-C-T-C-C-----TTGTCATTGG-----CT---AAAAAATGTT
gi|19 : TGTGACC-----TTA------T--------------------AATT---CAATCTAAA-CA---TTT---T-GTAA-C-AATG-A-C--A-GGC-AAGG-GACAT---------AAAA-ATATAC----------A-TTTAGTACC-ACTT-AATG-A----TTACG---T----A----G-----G----T----AA-----A-TA--GC-------GTACAGTTAAGAAACATTATGTAA--ATA-----------------------------T--TTCT-------AAACAT-C-C-CTT-G-C-----TTGTCTTTAG--------CAAACATAAGTTTGAga
gi|2 : AACAATGAAATAATA----CGTATTGGTAATGGATAATTTAG-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---CT-----TG--CTG---T-AA-----CG--AAGC--GTAACGTAGTGAACTTACA-----A-TT---TAATT-C-ATTAGA-AGACCAATAAGTGA-CCTATTATC--AACTTA------T--------------------ATGT---CAA-----A-CA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGA-GATTT-------TCAAAA-A-ATACTT------TTT-TTTTGTACC-ATTT-AATG-T----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTCGGGAAACATTATGCAA--ATA-------AG-T------CTGGG----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-T-C-C-G-T-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTAA
gi|20 : tgttttaaAT-T------CTA-TATGGTATC-ACCT-ATTG-A----C-------T----AAATTG-----G----T----CA-----A-TA--GT-------GTGCA-----------TTATGAAAGCATA-------AT-T------T--------TG-T--TTTT-------AA--AT-T-C-C-T-GGC-----TTGTCATTGG-------TTAAAACAATGTTT
gi|21 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctg-G-C-GTGG-AATTT-------TCAAAA-------------------CTTTGTACA-ACTT-AACG-A----T-------A----A----A-----G----TG---TG--TCGA-TT--TT-------GGGCAGTCAGCAAACATAATGAAA--A-------------------------------------T-------AA--AT-C-C-CTC-G-C-----TTATCATTGGTTTATTTTTTATAAAATGTTTGA
gi|22 : aattataatctTT---T-TCAAGCCAATG-A-C--A-A-TTGGGG-AATTT-------TCTAAA-A-TTAC-T------T-A-TTGTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----AAAAAG-----A----G----CA-----A-TT--T------------AATTTTAAAACATTATGA-----------------T------T--------TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTT-G-C-----TTCTAATT-------TATTGAAAAAact
gi|23 : AT-T------TCA-TCTGGTGTC-ACTT-GATG-A----TAAAG---T----A----G-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAG--------CA-----AGA--ATA-------AG-T------T---G----TC-T--TTTCTTGA---AA--AT-C-C-CTC-G-C-----CTATCATTGG-------TTAAAAAg
gi|24 : tctatgaccaaactatatagttaaaactcatgTGTACC-ATTT-AATG-A----T-------TTATTG----G-----A----T----C---C--A-CT--GT-------GTGCAGTAAGGAAAAGGTATGAAA--ATA-------AGTT------T---G----TCAT--TTTTGTTTTGAAA--AT-C-CTT-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTggt
gi|25 : atgacaaactgatagttaagacgccgATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------ATTCAACCGAAATAAA--G---TT-----TG--CGA---T-AA-----AG--AAGC--GTATCGGAATGAACGCATA-----A-CT---TAATC-A-GATAGA-AGATCAATAAaa
gi|26 : ----G-----G----T----CA--T----TT--GT-------GTGGAGTTAGGAAACATTAAGGCA--TTT-------AG-T------T---G----GT-T-----------------AT-C-C-CTC-G-C-----TTGTCATTGG-----TTT--AAAAAGT-TTTGAag
gi|27 : TATAGGTTATAGACCATTTATAAATCTTCTAAC-----------GAAAT------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGA---C-AA-----CG--AAGC--GACGCGAAATGAAAGCATA-----A-TT---AAATattattaaaa
gi|29 : tGTAAAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GC---------------TCTTCTAACG-----A--------------A--A---TTAAGGATG--TGGTA-T-AA-----CG--AAGC--ATAGCAG
gi|29 : -CT---TAATTTC-GTTAGA-AGAGCAATAAATGA-TCTATAACC--ca
gi|3 : gtaaaTATAGATCATTTAT-----------TTATCTTTTAACGAAAT------------T--------------A--------------A--A---TT-----TG--CGG---T-AA-----TGTCAATT--ATGGCAGAGTGAATATATA-----A-CT---TAATC-T-ATCAGA-AAGTCAATAAGTGT-TTTTTGACC--AACTCATACATCT--------------------AGTT---CAA-----A-CA---TTT---TGTTAA-CCAAAT-A-CT-A-G-T-GAGG-GATTT-------CCAAAATA-ATA--T------TTA---TTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----A-----G----T----CGGCC--AGTT--TT-------GTGCAGAAAGGAAATATTATGAAA--AGA---------------------------T-T--TTGA-------AA--AT-T-C-C-TAG-C-----TTGTAATTGG-------TTAAAAAATTGTgatgtggtataacgaagcatagcagca
gi|31 : gcaaaggttatctaAGCAGGGAGAACGCA-A-----A-CT---TAATTTC-ATTAGG-AGGTCAATAAATGG-TCTATGACC--Agt
gi|32 : GCA-A-----A-CT---TAATT-CCGTTAGA-AAATCAATAAATGA-T
gi|4 : tatagattaccaA---------------T--------------A--------------A--A---GT-----TA--AGG---TTAA-----CA--AAGC--GTAGTGTAATGATCACATA-----A-CT---TCATT-C-ATTA---AGGTCAAAAATTGA-TCTTTGACC--ATCTTA------T--------------------ATGT----AA-----A-C----TTT---T-TTAA-CCAATG-G-TG-A-G-G-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTATTTTTGTACA-ACTA-AATG-A----C-------T----AAGTGG-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTTCAGTTGGGAAATAGAATGAAA--ATATTGATTCAG--------T---G----TT-T--TTTGA------AA--AT-C-TGT-T-G-CTTATATTGTCATAAG-------TTAAAAAAATGTTTGA
gi|5 : gattttttaaggaaAGATTATAGATAATTTAT-----------T-----------GACCCTCTGGCGTGTATT--------------G--------------T--G---TT-----TG--CGG---T-AA----------AAT--GTAGCGAAGTGAATGCATA-----A-CT---CAAactat
gi|5 : AAGTGAATGCATAACTCAAACTTG------T--------------------AG-T---CAA-----AGCA---TAT---T-GTTA-CAAATG-AAT--A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-CAA-A-ATAC-T------TTG-TTTTAT-----TTTAAATG-A----T-------T----AATTGG-----G----T----CA--T----TT--TT-------GTGCCGATA--AAA-ATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----GT-T--CTTT-------acttgtagtcaaagcatattgttacaaatgaatagcgagggattttccaaaatactttgttttattttaaatgattaattgggtcatttttgtgccgataaaaattatgaaaataagttggttctttttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|6 : agattatagataatttattgaccctctggcgtgtattgtgtttgcggtaaaatgtagcg--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CA--AAGT--TTGGCAGAGTAAACACATA-------CT---TAATT-T-CTTAGA-AGTTCTAT---------TGTGACC--AACATA------C--------------------AATT---AAA-----A-AAAAATT--------AA-CCAATG-A-A--AAG-C-AAGG-GATTT-------TCAAAA-A--TG---------TTA-TTTTATACC-ACTT-AATG-AATGAT-------T----A----A-----G----TGGATCA--T--T-TA--TT-------GTGCAGTTAGAAAACATTATGGAA--ATttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|7 : gttatagataatttatttgatcttctaatgaagttaagtgtgccgcaacaaatgaacTTATTGATCTTTTAA-----------C-----------GAAAA------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGG---T-AA-----CA--AAGC--GTAACGTTGAGAACACGTA-----A------TAATA-C-ATTAGA-CGATCAGTAAGTGA-TCTATGACC--AGTGTA------T--------------------AGTT---AAA-----A-CG---C------------CCCATT-A-C--------------ATTT-------T--------ACAC---------------TATACCTATTA-AATG-A----C-------T----A----A-----GTAAAT----CA-----A-TT--TT-------GTGCATTAAGGAAACATTATGAAA--ACA-------AG-T------T--------TT-T--TT----------A--AT-C-C-CAC-G-C-----TCAACATTGG--------TAAAATAATGCTT
gi|8 : tcatTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------TTTCTT---------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AGAT--GTAGCGGAGTGAACGCAAA-----AACA---TAATT-T-GTCTAA-AGGTCAATAAGTGA-TATATGATC--TACTTA------A--------------------AACT---AAA-----A-CA----TA---T-TTAA-CC-ATACA-CA-A-A-C-AAGA-GACTT-------TC-AAA-A-TTAC--------TTA-TTTTGTATC-ACTT-ACTT-A----T-------C----A----AAAAATG----T----CA--T----TT--TT-------A-ACA------AATTATCATGAAA--AT---------G-TA-----T---G------------------------------------G-C-----TTGTCATTGG-------TTAAAAAAATca
gi|9 : AAGAATGA--TGATAATTTTGTATAGGTTATAGATAATTTAT-----------TTAACGA-----AA---------------T--------------A--------------AA-G---TT-----TT--TGG---T-AA-----CG--AAGT--ATAGCGGAGTGAATGCATA-----A-CT---TAAAG-T-ATAAGA-AGATCAGTAAGTGA-TCTATGAAC--AACTTA------T--------------------TGGT---CA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ACATTATTTAGCCCTCAATGTCATATATGTATAGGTTATAGATGAGTTGTGTGATTTTCTAACGAACTTAAGTTTTCGG
Unaligned ( gi|30 ): ATCATTATGTGAGGTTTTAACGAAATAACGAAGCGAAAAAGCTCACTAAGTACGGTTAATAAT
Unaligned ( gi|33 ): ATTCTAGAGTAACGTTGGACTTATATATATTGGTTTTTGGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111111111111111111111111 1111111111111 1 222222222 444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555 111 3333333333
lowQualScore : 1 3 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 333 55555 33 666 2 55555 33 33 0 44444 1 333 1 1 3 1 1 1 1 0 333 888888888888888888888888888888888888888 55555 999999999 4 2 8888888888888 2 7777777 2 4444 777777777 2 2 2 2 4444 444444444444444444444444444444444444444444 22 6666666 7777 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000 55 2 2 4 777 2 66666 1111111111
lowQualScore : . . ..... ...................................................................... .. ... ..... .. ... . ..... .. .. . ..... . ... . . . . . . . . ... ....................................... ..... ......... . . ............. . ....... . .... ......... . . . . .... .......................................... .. ....... .... . .. ........................................... .. . . . ... . ..... ..........
lowQualScore : 0 2 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 999 66666 11 999 2 66666 11 11 8 88888 8 222 8 8 8 9 8 1 8 2 999 666666666666666666666666666666666666666 99999 333333333 4 2 6666666666666 2 2222222 9 9999 999999999 2 1 1 1 5555 888888888888888888888888888888888888888888 99 8888888 4444 3 99 6666666666666666666666666666666666666666666 66 4 4 7 555 5 22222 5555555555
consensus : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TA------T--------------------A-GT---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
Reference ( family-476 ) : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TA------T--------------------A-GT---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
gi|1 : AATGATA----AGTATAGGTTATATGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TT-------------A--------------A--G----------------A---C-AA-----CG--GATC--GAAGCTGAGTGAACTCATA-----A-CT---T-AG-TC-C-TTTAGA-AGGTCA-ATACATGATTTATGACCAACT---TA------TCAAACCAATCATATGTTAGTA-GT---T---AAA-----ACA---TTT---T-TAAA-CCAATC-A-CA-A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAC--------TTA-TTTTGCACA-ACTT-AATACA----TAAGTAAGT----G----G-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAGTT-GGTAACATTATGAAA--ATA-------TG-T------T---GGTGATT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTC-A-C-----GTGTCATTGG-----TTT----AAAATGTTT
gi|10 : gtccatatatctAGTTAATGTATT-------CT---T-AA-TT-T-GTTATC-ATGTCA-AT-------CTATGAC----T---TA------T--------------------A-GT---T---TAA-----ACA---TAT---T-TTAA-CCAATG-A-CA-A-A-C-TAGG-GATTT-------TCCGAA---------------------TTATACC-TCTT-AAAG-A----T-------T----A----A-----G----T----CA--C--T-TTGGTTCAATTGAGTGCAGTTTGTAAATATCATGACA--ATA-------AT-T------T---GATCATT-T--TTTTA------AA--ATAC-C-T-C-G-C-----TTGTCATTTG-----TT---AAATAATGTTTGAtaactag
gi|11 : aaattatATA----TGTATAGGCTATAAATTATTCAT-----------------------AA---------------T--------------A--------------ATTGATCTT-----TAAACGAAATT-AAATTTACG--AAGCTAGTAACGTCGTTAACGCATATATTAA-CC---T-TA-TT-C-GTTAGA-AATCCA-ATAAATGATTTATAACCTACT---TA------T--------------------A-GTACATGTACAA-----ACA---ATT---T-TTAA-CC-AT--------------------TTT-------TTTAAA-A-GTAC--------TTA-ATTTGTACC-ACTT-AATT-T----T-------T----A----A-----G----T----attc
gi|12 : tTATAGTTTATAGGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTAAAAGAAATT-A--------------A--G---TT-----AG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGC--AGTGAACCAATA-----A-CT---T-AA-TA-C-GTTGCA-AGATTA-ATAAGTGATGTATAACCAACT---GA------T--------------------A-G---------A-------------TG---T-TAAA-CCAATG-A-C--A-ATC-GAGgggtaaattt
gi|13 : t---TT-----TG--CGG---T-AA-----C---AAGT--TTAGCAGAGTGAACTCTTT-----A-CT---T-AA-TT-C-ATTATATAGCTCA-Attaaggtttattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|13 : a---TA------T--------------------A-GC---T---CAA-----ACA---TTT---TCTTAA-ACATTG-A-CA-A-G-T-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTA-TTTTGTACC-ATTT-GATG-A----T-------T----AAGTGG-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GT-TAATT----AACATTCCGAAA---------------T------T---T----TT-T--TTTTTGA----AA--AT-CAC-T-T-G-C-----TTGTCATTGG--------TAAAAAAAacattttcttaaacattgacaagtgagggattttcaaaaatatttattttgtaccatttgatgattaagtgggtcaattttgttaattaacattccgaaatttttttttttgaaaatcacttgcttgtcattggtaaaaaaag
gi|14 : atttgcggtaacaagtttagcagagtgaactctttacttaattcattaAGA-AGGTCA-ATAAGTAATCTATCACTAACT---TA------T--------------------A-GT---T---CAA-----ATA---TTTC--T-TCAA-CCAATG-A-C--A-G-A-CAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAA--------TTA-TTTTATACC-ACTA-AACG-A----G-------T----A----A-----G----T----CGGTC--A-TT--TT-------ATACAGTTAGAAAACATTATAAAA--ATA-------AG------------------T-T--TTTA-------AA--AT-C-C-C-g
gi|15 : cTA----TGTATAGATTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTTTAACGAAATAA--------------A--G---TT-----TA--CGG----------------AAGC--GGAGCGGAGTGAACGCAAA-----A-CT---T-TA-TT-C-GTTAGC-ATGTCA-ATAAGTGCTCTATGACAGACT---TA------T--------------------A-GT---T---tataaagttgattagcaattgaacggaatatct
gi|16 : aaattatcgtccacattgtgtgAAATGACA-----GTGCAAGTAATGGA------AT-----------T-------------------------------------------A--------------G--G---CT-----TG--CAG---T-AA-----CG--AATA--GTAACAATGTGAACTTACA-----A-CT---T-AA-TA-A-GTTTTA-A--TCA-ATTAGAGATCTATAACTTACT---TA------C--------------------A-AT---T---CAA-----AGA---TAT---T-TTAG-CAAATG-ACC--A-G-C-GAAA-AATTT-------TCAAAataacgcccgaattcatttgattgaaaagtaaatgagatca
gi|17 : GTACAGGTTATAGCCCAGTCAT-----------T-----------GA---------------TCTTCTAAATT----A--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CG--AAAT--GCAGCAG-GTAAA-G-ACA-----A-TTCCGT-AA-TT-C-ATTGGA-ATATCA-ATAAATGATATATGACCAAGTAAATG------T--------------------A-----------AA-----ACT---TTTTTAT-TTAA-CCAATT-A-TAAA-G---GAGG-GACCT-------TCAAttctaagatccttggtcatacactccatca
gi|18 : gtcatccatgtactc---T---CAA-----ACA---GTT---T-TTAA-CCAATG--------G-C-AAGTCAATTTGTTTTACTTATAA-A-ATAT-TGTATACTTA-CTGTATATC-CCTT-AATC-T----T-------T----A----A-----G----TTGATCA--T--A-TT--TC--------TGCTGTTAAGAAA--TTATGAAA--ATA-------AG-TTAGGCAT---A----TT-TAGTTTG-------GAC-AT-C-A-C-T-C-C-----TTGTCATTGG-----CT---AAAAAATGTT
gi|19 : TGTGACC---T---TA------T--------------------A-AT---T---CAATCTAAACA---TTT---T-GTAA-C-AATG-A-C--A-GGC-AAGG-GACAT---------AAAA-ATATAC----------A-TTTAGTACC-ACTT-AATG-A----TTACG---T----A----G-----G----T----AA-----A-TA--GC-------GTACAGTTAAGAAACATTATGTAA--ATA-----------------------------T--TTCT-------AAACAT-C-C-CTT-G-C-----TTGTCTTTAG--------CAAACATAAGTTTGAga
gi|2 : AACAATGAAATAATA----CGTATTGGTAATGGATAATTTAG-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---CT-----TG--CTG---T-AA-----CG--AAGC--GTAACGTAGTGAACTTACA-----A-TT---T-AA-TT-C-ATTAGA-AGACCA-ATAAGTGACCTATTATCAACT---TA------T--------------------A-TG---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGA-GATTT-------TCAAAA-A-ATACTT------TTT-TTTTGTACC-ATTT-AATG-T----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTCGGGAAACATTATGCAA--ATA-------AG-T------CTGGG----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-T-C-C-G-T-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTAA
gi|20 : tgttttaaAT-T------CTA-TATGGTATC-ACCT-ATTG-A----C-------T----AAATTG-----G----T----CA-----A-TA--GT-------GTGCA-----------TTATGAAAGCATA-------AT-T------T--------TG-T--TTTT-------AA--AT-T-C-C-T-GGC-----TTGTCATTGG-------TTAAAACAATGTTT
gi|21 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctg-G-C-GTGG-AATTT-------TCAAAA-------------------CTTTGTACA-ACTT-AACG-A----T-------A----A----A-----G----TG---TG--TCGA-TT--TT-------GGGCAGTCAGCAAACATAATGAAA--A-------------------------------------T-------AA--AT-C-C-CTC-G-C-----TTATCATTGGTTTATTTTTTATAAAATGTTTGA
gi|22 : aattataatctTT---T-TCAAGCCAATG-A-C--A-A-TTGGGG-AATTT-------TCTAAA-A-TTAC-T------T-A-TTGTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----AAAAAG-----A----G----CA-----A-TT--T------------AATTTTAAAACATTATGA-----------------T------T--------TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTT-G-C-----TTCTAATT-------TATTGAAAAAact
gi|23 : AT-T------TCA-TCTGGTGTC-ACTT-GATG-A----TAAAG---T----A----G-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAG--------CA-----AGA--ATA-------AG-T------T---G----TC-T--TTTCTTGA---AA--AT-C-C-CTC-G-C-----CTATCATTGG-------TTAAAAAg
gi|24 : tctatgaccaaactatatagttaaaactcatgTGTACC-ATTT-AATG-A----T-------TTATTG----G-----A----T----C---C--A-CT--GT-------GTGCAGTAAGGAAAAGGTATGAAA--ATA-------AGTT------T---G----TCAT--TTTTGTTTTGAAA--AT-C-CTT-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTggt
gi|25 : atgacaaactgatagttaagacgccgATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------ATTCAACCGAAATAAA--G---TT-----TG--CGA---T-AA-----AG--AAGC--GTATCGGAATGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TC-A-GATAGA-AGATCA-ATAAaa
gi|26 : ----G-----G----T----CA--T----TT--GT-------GTGGAGTTAGGAAACATTAAGGCA--TTT-------AG-T------T---G----GT-T-----------------AT-C-C-CTC-G-C-----TTGTCATTGG-----TTT--AAAAAGT-TTTGAag
gi|27 : TATAGGTTATAGACCATTTATAAATCTTCTAAC-----------GAAAT------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGA---C-AA-----CG--AAGC--GACGCGAAATGAAAGCATA-----A-TT---A-AA-Tattattaaaa
gi|28 : tA-----A-CT---T-AAGTT-C-GTTAGA-AAATCACACAACTCATCTATAACC
gi|29 : acattatttagccctcaatgtcatatatgtataGTAAAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GC---------------TCTTCTAACG-----A--------------A--A---TTAAGGATG--TGGTA-T-AA-----CG--AAGC--ATAGCAGttcgg
gi|29 : -CT---T-AA-TTTC-GTTAGA-AGAGCA-ATAAATGATCTATAACCca
gi|3 : gtaaaTATAGATCATTTAT-----------TTATCTTTTAACGAAAT------------T--------------A--------------A--A---TT-----TG--CGG---T-AA-----TGTCAATT--ATGGCAGAGTGAATATATA-----A-CT---T-AA-TC-T-ATCAGA-AAGTCA-ATAAGTGTTTTTTGACCAACT---CATACATCT--------------------A-GT---T---CAA-----ACA---TTT---TGTTAA-CCAAAT-A-CT-A-G-T-GAGG-GATTT-------CCAAAATA-ATA--T------TTA---TTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----A-----G----T----CGGCC--AGTT--TT-------GTGCAGAAAGGAAATATTATGAAA--AGA---------------------------T-T--TTGA-------AA--AT-T-C-C-TAG-C-----TTGTAATTGG-------TTAAAAAATTGTgatgtggtataacgaagcatagcagca
gi|31 : gcaaaggttatctaAGCAGGGAGAACGCA-A-----A-CT---T-AA-TTTC-ATTAGG-AGGTCA-ATAAATGGTCTATGACCAgt
gi|32 : GCA-A-----A-CT---T-AA-TT-CCGTTAGA-AAATCA-ATAAATGAT
gi|4 : tatagattaccaA---------------T--------------A--------------A--A---GT-----TA--AGG---TTAA-----CA--AAGC--GTAGTGTAATGATCACATA-----A-CT---T-CA-TT-C-ATTA---AGGTCA-AAAATTGATCTTTGACCATCT---TA------T--------------------ATGT--------AA-----AC----TTT---T-TTAA-CCAATG-G-TG-A-G-G-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTATTTTTGTACA-ACTA-AATG-A----C-------T----AAGTGG-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTTCAGTTGGGAAATAGAATGAAA--ATATTGATTCAG--------T---G----TT-T--TTTGA------AA--AT-C-TGT-T-G-CTTATATTGTCATAAG-------TTAAAAAAATGTTTGA
gi|5 : gattttttaaggaaAGATTATAGATAATTTAT-----------T-----------GACCCTCTGGCGTGTATT--------------G--------------T--G---TT-----TG--CGG---T-AA----------AAT--GTAGCGAAGTGAATGCATA-----A-CT---CAAA-CT-T-GT------AGTCA---AAG-----------CA------TA------T--------------------T-GT---T-----------ACA-------------AA-TGAAT-------A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-CAA-A-ATAC-T------TTG-TTTTAT-----TTTAAATG-A----T-------T----AATTGG-----G----T----CA--T----TT--TT-------GTGCCGATA--AAA-ATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----GT-T--CTTT-------actat
gi|6 : --------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CA--AAGT--TTGGCAGAGTAAACACATA-------CT---T-AA-TT-T-CTTAGA-AGTTCT-AT--------TGTGACCAACA---TA------C--------------------A-AT---T---AAA-----AAAAAATT--------AA-CCAATG-A-A--AAG-C-AAGG-GATTT-------TCAAAA-A--TG---------TTA-TTTTATACC-ACTT-AATG-AATGAT-------T----A----A-----G----TGGATCA--T--T-TA--TT-------GTGCAGTTAGAAAACATTATGGAA--ATttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|7 : gttatagataatttatttgatcttctaatgaagttaagtgtgccgcaacaaatgaacTTATTGATCTTTTAA-----------C-----------GAAAA------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGG---T-AA-----CA--AAGC--GTAACGTTGAGAACACGTA-----A------T-AA-TA-C-ATTAGA-CGATCA-GTAAGTGATCTATGACCAGTG---TA------T--------------------A-GT---T---AAA-----ACG---C------------CCCATT-A-C--------------ATTT-------T--------ACAC---------------TATACCTATTA-AATG-A----C-------T----A----A-----GTAAAT----CA-----A-TT--TT-------GTGCATTAAGGAAACATTATGAAA--ACA-------AG-T------T--------TT-T--TT----------A--AT-C-C-CAC-G-C-----TCAACATTGG--------TAAAATAATGCTT
gi|8 : tcatTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------TTTCTT---------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AGAT--GTAGCGGAGTGAACGCAAA-----AACA---T-AA-TT-T-GTCTAA-AGGTCA-ATAAGTGATATATGATCTACT---TA------A--------------------A-AC---T---AAA-----ACA----TA---T-TTAA-CC-ATACA-CA-A-A-C-AAGA-GACTT-------TC-AAA-A-TTAC--------TTA-TTTTGTATC-ACTT-ACTT-A----T-------C----A----AAAAATG----T----CA--T----TT--TT-------A-ACA------AATTATCATGAAA--AT---------G-TA-----T---G------------------------------------G-C-----TTGTCATTGG-------TTAAAAAAATca
gi|9 : AAGAATGA--TGATAATTTTGTATAGGTTATAGATAATTTAT-----------TTAACGA-----AA---------------T--------------A--------------AA-G---TT-----TT--TGG---T-AA-----CG--AAGT--ATAGCGGAGTGAATGCATA-----A-CT---T-AA-AG-T-ATAAGA-AGATCA-GTAAGTGATCTATGAACAACT---TA------T--------------------T-GG---T---CA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATCATTATGTGAGGTTTTAACGAAATAACGAAGCGAAAAAGCTCACTAAGTACGGTTAATAAT
Unaligned ( gi|33 ): ATTCTAGAGTAACGTTGGACTTATATATATTGGTTTTTGGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111111111111111111111111111111 1111111111111 1 222222222 444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555 111 3333333333
lowQualScore : 1 3 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 333 55555 33 666 2 55555 33 33 0 44444 1 333 1 1 3 1 1 1 1 0 333 888888888888888888888888888888888888888 55555 999999999 4 2 8888888888888 2 7777777 2 4444 777777777 2 2 2 2 4444 444444444444444444444444444444444444444444 22 6666666 7777 1 22 0000000000000000000000000000000000000000000 55 2 2 4 777 2 66666 1111111111
lowQualScore : . . ..... ...................................................................... .. ... ..... .. ... . ..... .. .. . ..... . ... . . . . . . . . ... ....................................... ..... ......... . . ............. . ....... . .... ......... . . . . .... .......................................... .. ....... .... . .. ........................................... .. . . . ... . ..... ..........
lowQualScore : 0 2 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 999 66666 11 999 2 66666 11 11 8 88888 8 222 8 8 8 9 8 1 8 2 999 666666666666666666666666666666666666666 99999 333333333 4 2 6666666666666 2 2222222 9 9999 999999999 2 1 1 1 5555 888888888888888888888888888888888888888888 99 8888888 4444 3 99 6666666666666666666666666666666666666666666 66 4 4 7 555 5 22222 5555555555
consensus : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TA------T--------------------A-GT---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
Reference ( family-476 ) : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TA------T--------------------A-GT---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
gi|1 : AATGATA----AGTATAGGTTATATGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TT-------------A--------------A--G----------------A---C-AA-----CG--GATC--GAAGCTGAGTGAACTCATA-----A-CT---T-AG-TC-C-TTTAGA-AGGTCA-ATACATGATTTATGACCAACT---TA------TCAAACCAATCATATGTTAGTA-GT---T---AAA-----ACA---TTT---T-TAAA-CCAATC-A-CA-A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAC--------TTA-TTTTGCACA-ACTT-AATACA----TAAGTAAGT----G----G-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAGTT-GGTAACATTATGAAA--ATA-------TG-T------T---GGTGATT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTC-A-C-----GTGTCATTGG-----TTT----AAAATGTTT
gi|10 : gtccatatatctAGTTAATGTATT-------CT---T-AA-TT-T-GTTATC-ATGTCA-AT-------CTATGAC----T---TA------T--------------------A-GT---T---TAA-----ACA---TAT---T-TTAA-CCAATG-A-CA-A-A-C-TAGG-GATTT-------TCCGAA---------------------TTATACC-TCTT-AAAG-A----T-------T----A----A-----G----T----CA--C--T-TTGGTTCAATTGAGTGCAGTTTGTAAATATCATGACA--ATA-------AT-T------T---GATCATT-T--TTTTA------AA--ATAC-C-T-C-G-C-----TTGTCATTTG-----TT---AAATAATGTTTGAtaactag
gi|11 : aaattatATA----TGTATAGGCTATAAATTATTCAT-----------------------AA---------------T--------------A--------------ATTGATCTT-----TAAACGAAATT-AAATTTACG--AAGCTAGTAACGTCGTTAACGCATATATTAA-CC---T-TA-TT-C-GTTAGA-AATCCA-ATAAATGATTTATAACCTACT---TA------T--------------------A-GTACATGTACAA-----ACA---ATT---T-TTAA-CC-AT--------------------TTT-------TTTAAA-A-GTAC--------TTA-ATTTGTACC-ACTT-AATT-T----T-------T----A----A-----G----T----attc
gi|12 : tTATAGTTTATAGGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTAAAAGAAATT-A--------------A--G---TT-----AG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGC--AGTGAACCAATA-----A-CT---T-AA-TA-C-GTTGCA-AGATTA-ATAAGTGATGTATAACCAACT---GA------T--------------------A-G---------A-------------TG---T-TAAA-CCAATG-A-C--A-ATC-GAGgggtaaattt
gi|13 : t---TT-----TG--CGG---T-AA-----C---AAGT--TTAGCAGAGTGAACTCTTT-----A-CT---T-AA-TT-C-ATTATATAGCTCA-Attaaggtttattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|13 : a---TA------T--------------------A-GC---T---CAA-----ACA---TTT---TCTTAA-ACATTG-A-CA-A-G-T-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTA-TTTTGTACC-ATTT-GATG-A----T-------T----AAGTGG-----G----T----CA-----A-TT--TT-------GT-TAATT----AACATTCCGAAA---------------T------T---T----TT-T--TTTTTGA----AA--AT-CAC-T-T-G-C-----TTGTCATTGG--------TAAAAAAAacattttcttaaacattgacaagtgagggattttcaaaaatatttattttgtaccatttgatgattaagtgggtcaattttgttaattaacattccgaaatttttttttttgaaaatcacttgcttgtcattggtaaaaaaag
gi|14 : atttgcggtaacaagtttagcagagtgaactctttacttaattcattaAGA-AGGTCA-ATAAGTAATCTATCACTAACT---TA------T--------------------A-GT---T---CAA-----ATA---TTTC--T-TCAA-CCAATG-A-C--A-G-A-CAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAA--------TTA-TTTTATACC-ACTA-AACG-A----G-------T----A----A-----G----T----CGGTC--A-TT--TT-------ATACAGTTAGAAAACATTATAAAA--ATA-------AG------------------T-T--TTTA-------AA--AT-C-C-C-g
gi|15 : cTA----TGTATAGATTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTTTAACGAAATAA--------------A--G---TT-----TA--CGG----------------AAGC--GGAGCGGAGTGAACGCAAA-----A-CT---T-TA-TT-C-GTTAGC-ATGTCA-ATAAGTGCTCTATGACAGACT---TA------T--------------------A-GT---T---tataaagttgattagcaattgaacggaatatct
gi|16 : aaattatcgtccacattgtgtgAAATGACA-----GTGCAAGTAATGGA------AT-----------T-------------------------------------------A--------------G--G---CT-----TG--CAG---T-AA-----CG--AATA--GTAACAATGTGAACTTACA-----A-CT---T-AA-TA-A-GTTTTA-A--TCA-ATTAGAGATCTATAACTTACT---TA------C--------------------A-AT---T---CAA-----AGA---TAT---T-TTAG-CAAATG-ACC--A-G-C-GAAA-AATTT-------TCAAAataacgcccgaattcatttgattgaaaagtaaatgagatca
gi|17 : GTACAGGTTATAGCCCAGTCAT-----------T-----------GA---------------TCTTCTAAATT----A--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CG--AAAT--GCAGCAG-GTAAA-G-ACA-----A-TTCCGT-AA-TT-C-ATTGGA-ATATCA-ATAAATGATATATGACCAAGTAAATG------T--------------------A-----------AA-----ACT---TTTTTAT-TTAA-CCAATT-A-TAAA-G---GAGG-GACCT-------TCAAttctaagatccttggtcatacactccatca
gi|18 : gtcatccatgtactc---T---CAA-----ACA---GTT---T-TTAA-CCAATG--------G-C-AAGTCAATTTGTTTTACTTATAA-A-ATAT-TGTATACTTA-CTGTATATC-CCTT-AATC-T----T-------T----A----A-----G----TTGATCA--T--A-TT--TC--------TGCTGTTAAGAAA--TTATGAAA--ATA-------AG-TTAGGCAT---A----TT-TAGTTTG-------GAC-AT-C-A-C-T-C-C-----TTGTCATTGG-----CT---AAAAAATGTT
gi|19 : TGTGACC---T---TA------T--------------------A-AT---T---CAATCTAAACA---TTT---T-GTAA-C-AATG-A-C--A-GGC-AAGG-GACAT---------AAAA-ATATAC----------A-TTTAGTACC-ACTT-AATG-A----TTACG---T----A----G-----G----T----AA-----A-TA--GC-------GTACAGTTAAGAAACATTATGTAA--ATA-----------------------------T--TTCT-------AAACAT-C-C-CTT-G-C-----TTGTCTTTAG--------CAAACATAAGTTTGAga
gi|2 : AACAATGAAATAATA----CGTATTGGTAATGGATAATTTAG-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---CT-----TG--CTG---T-AA-----CG--AAGC--GTAACGTAGTGAACTTACA-----A-TT---T-AA-TT-C-ATTAGA-AGACCA-ATAAGTGACCTATTATCAACT---TA------T--------------------A-TG---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGA-GATTT-------TCAAAA-A-ATACTT------TTT-TTTTGTACC-ATTT-AATG-T----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTCGGGAAACATTATGCAA--ATA-------AG-T------CTGGG----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-T-C-C-G-T-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTAA
gi|20 : tgttttaaAT-T------CTA-TATGGTATC-ACCT-ATTG-A----C-------T----AAATTG-----G----T----CA-----A-TA--GT-------GTGCA-----------TTATGAAAGCATA-------AT-T------T--------TG-T--TTTT-------AA--AT-T-C-C-T-GGC-----TTGTCATTGG-------TTAAAACAATGTTT
gi|21 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctg-G-C-GTGG-AATTT-------TCAAAA-------------------CTTTGTACA-ACTT-AACG-A----T-------A----A----A-----G----TG---TG--TCGA-TT--TT-------GGGCAGTCAGCAAACATAATGAAA--A-------------------------------------T-------AA--AT-C-C-CTC-G-C-----TTATCATTGGTTTATTTTTTATAAAATGTTTGA
gi|22 : aattataatctTT---T-TCAAGCCAATG-A-C--A-A-TTGGGG-AATTT-------TCTAAA-A-TTAC-T------T-A-TTGTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----AAAAAG-----A----G----CA-----A-TT--T------------AATTTTAAAACATTATGA-----------------T------T--------TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-CTT-G-C-----TTCTAATT-------TATTGAAAAAact
gi|23 : AT-T------TCA-TCTGGTGTC-ACTT-GATG-A----TAAAG---T----A----G-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTGCAG--------CA-----AGA--ATA-------AG-T------T---G----TC-T--TTTCTTGA---AA--AT-C-C-CTC-G-C-----CTATCATTGG-------TTAAAAAg
gi|24 : tctatgaccaaactatatagttaaaactcatgTGTACC-ATTT-AATG-A----T-------TTATTG----G-----A----T----C---C--A-CT--GT-------GTGCAGTAAGGAAAAGGTATGAAA--ATA-------AGTT------T---G----TCAT--TTTTGTTTTGAAA--AT-C-CTT-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTggt
gi|25 : atgacaaactgatagttaagacgccgATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------ATTCAACCGAAATAAA--G---TT-----TG--CGA---T-AA-----AG--AAGC--GTATCGGAATGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TC-A-GATAGA-AGATCA-ATAAaa
gi|26 : ----G-----G----T----CA--T----TT--GT-------GTGGAGTTAGGAAACATTAAGGCA--TTT-------AG-T------T---G----GT-T-----------------AT-C-C-CTC-G-C-----TTGTCATTGG-----TTT--AAAAAGT-TTTGAag
gi|27 : TATAGGTTATAGACCATTTATAAATCTTCTAAC-----------GAAAT------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGA---C-AA-----CG--AAGC--GACGCGAAATGAAAGCATA-----A-TT---A-AA-Tattattaaaa
gi|28 : tA-----A-CT---T-AAGTT-C-GTTAGA-AAATCACACAACTCATCTATAACC
gi|29 : acattatttagccctcaatgtcatatatgtataGTAAAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GC---------------TCTTCTAACG-----A--------------A--A---TTAAGGATG--TGGTA-T-AA-----CG--AAGC--ATAGCAGttcgg
gi|29 : -CT---T-AA-TTTC-GTTAGA-AGAGCA-ATAAATGATCTATAACCca
gi|3 : gtaaaTATAGATCATTTAT-----------TTATCTTTTAACGAAAT------------T--------------A--------------A--A---TT-----TG--CGG---T-AA-----TGTCAATT--ATGGCAGAGTGAATATATA-----A-CT---T-AA-TC-T-ATCAGA-AAGTCA-ATAAGTGTTTTTTGACCAACT---CATACATCT--------------------A-GT---T---CAA-----ACA---TTT---TGTTAA-CCAAAT-A-CT-A-G-T-GAGG-GATTT-------CCAAAATA-ATA--T------TTA---TTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----A-----G----T----CGGCC--AGTT--TT-------GTGCAGAAAGGAAATATTATGAAA--AGA---------------------------T-T--TTGA-------AA--AT-T-C-C-TAG-C-----TTGTAATTGG-------TTAAAAAATTGTgatgtggtataacgaagcatagcagca
gi|31 : gcaaaggttatctaAGCAGGGAGAACGCA-A-----A-CT---T-AA-TTTC-ATTAGG-AGGTCA-ATAAATGGTCTATGACCAgt
gi|32 : GCA-A-----A-CT---T-AA-TT-CCGTTAGA-AAATCA-ATAAATGAT
gi|4 : tatagattaccaA---------------T--------------A--------------A--A---GT-----TA--AGG---TTAA-----CA--AAGC--GTAGTGTAATGATCACATA-----A-CT---T-CA-TT-C-ATTA---AGGTCA-AAAATTGATCTTTGACCATCT---TA------T--------------------ATGT--------AA-----AC----TTT---T-TTAA-CCAATG-G-TG-A-G-G-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTATTTTTGTACA-ACTA-AATG-A----C-------T----AAGTGG-----A----T----CA-----A-TT--TT-------GTTCAGTTGGGAAATAGAATGAAA--ATATTGATTCAG--------T---G----TT-T--TTTGA------AA--AT-C-TGT-T-G-CTTATATTGTCATAAG-------TTAAAAAAATGTTTGA
gi|5 : gattttttaaggaaAGATTATAGATAATTTAT-----------T-----------GACCCTCTGGCGTGTATT--------------G--------------T--G---TT-----TG--CGG---T-AA----------AAT--GTAGCGAAGTGAATGCATA-----A-CT---CAAA-CT-T-GT------AGTCA---AAG-----------CA------TA------T--------------------T-GT---T-----------ACA-------------AA-TGAAT-------A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-CAA-A-ATAC-T------TTG-TTTTAT-----TTTAAATG-A----T-------T----AATTGG-----G----T----CA--T----TT--TT-------GTGCCGATA--AAA-ATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----GT-T--CTTT-------actat
gi|6 : --------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CA--AAGT--TTGGCAGAGTAAACACATA-------CT---T-AA-TT-T-CTTAGA-AGTTCT-AT--------TGTGACCAACA---TA------C--------------------A-AT---T---AAA-----AAAAAATT--------AA-CCAATG-A-A--AAG-C-AAGG-GATTT-------TCAAAA-A--TG---------TTA-TTTTATACC-ACTT-AATG-AATGAT-------T----A----A-----G----TGGATCA--T--T-TA--TT-------GTGCAGTTAGAAAACATTATGGAA--ATttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|7 : gttatagataatttatttgatcttctaatgaagttaagtgtgccgcaacaaatgaacTTATTGATCTTTTAA-----------C-----------GAAAA------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGG---T-AA-----CA--AAGC--GTAACGTTGAGAACACGTA-----A------T-AA-TA-C-ATTAGA-CGATCA-GTAAGTGATCTATGACCAGTG---TA------T--------------------A-GT---T---AAA-----ACG---C------------CCCATT-A-C--------------ATTT-------T--------ACAC---------------TATACCTATTA-AATG-A----C-------T----A----A-----GTAAAT----CA-----A-TT--TT-------GTGCATTAAGGAAACATTATGAAA--ACA-------AG-T------T--------TT-T--TT----------A--AT-C-C-CAC-G-C-----TCAACATTGG--------TAAAATAATGCTT
gi|8 : tcatTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------TTTCTT---------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AGAT--GTAGCGGAGTGAACGCAAA-----AACA---T-AA-TT-T-GTCTAA-AGGTCA-ATAAGTGATATATGATCTACT---TA------A--------------------A-AC---T---AAA-----ACA----TA---T-TTAA-CC-ATACA-CA-A-A-C-AAGA-GACTT-------TC-AAA-A-TTAC--------TTA-TTTTGTATC-ACTT-ACTT-A----T-------C----A----AAAAATG----T----CA--T----TT--TT-------A-ACA------AATTATCATGAAA--AT---------G-TA-----T---G------------------------------------G-C-----TTGTCATTGG-------TTAAAAAAATca
gi|9 : AAGAATGA--TGATAATTTTGTATAGGTTATAGATAATTTAT-----------TTAACGA-----AA---------------T--------------A--------------AA-G---TT-----TT--TGG---T-AA-----CG--AAGT--ATAGCGGAGTGAATGCATA-----A-CT---T-AA-AG-T-ATAAGA-AGATCA-GTAAGTGATCTATGAACAACT---TA------T--------------------T-GG---T---CA
blockSeqs : G A ATTTT TGACCCTCTGGCGTGTATTG TT ATC AAGGA AA AAT T ATTTA TC TA TATTA A CCG A G T C T G C AAA TAGTACATGTAC TCTAA TTTTTA C G ACACAAAC C GTTTTAC C ATA TTGTATAC T T A . ATGA TAAGTTGATCATA GG CAATTGA TTGT T GC AGTTTGTCATTTTTGTTTTGA AC A A T TT G TTATA TTTATTTTTT
blockSeqs : A T TGATCTTTTAACGAAATAA A . . . TA . . . . . . . . . T . . T . . TACATCTAGTTC . AAATT G . GACAAAC . . T TAA CTT . . . . . TAAGTGGATCATT . . TAGA C . AGTTAGGCATATTTAGTTTG C . . G TC . . TTTTA
blockSeqs : . T TGATATTCAACCGAAATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TAGTTT . TTTC . . GACAATC . . A AG TT . . . . . CAAAAAATGTCAT . . TAAG C . TTGATTCAGTGTTTTTTGA . . . . TT . . TATTG
blockSeqs : C AAATCTTCTAACGAAATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . TAGCTC . TAT . . GACAAGT . . A AA CT . . . . . TAAGTGGGTCAA . . TAAG C . ATTTGATCATTTTTTTA . . . . TC . . TTA
blockSeqs : . TTATCTTTTAACGAAATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TAGTTC . ATT . . GACCAGC . . A AA TT . . . . . TACGTAGGTAAA . . CGGG C . AGTTGTCTTTTCTTGA . . . . TC . . TTA
blockSeqs : TGATCTTAAAAGAAATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . CAATTC . TTT . . TATAAAG . . A AA CT . . . . . TAAATTGGTCAA . . CAGC C . AGTCTGGGTTTTTTT . . . . TA . . TTT
blockSeqs : TGATCTTCTAAATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TAATTC . TAT . . GACAGGC . . A AA C . . . . . AAAGTGTGTCGA . . TTTA C . TTTTTTTTTTTGA . . . . AC . . TTA
blockSeqs : TGCTCTTCTAACGA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TATGTC . GTT . . GACAATT . . A AT T . . . . . TAAAAAGAGCAA . . AAGG C . AGTTGGTTCTTT . . . . C . . TTA
blockSeqs : TTAACGAAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . CAATTA . TTT . . TACTAGT . . T AA A . . . . . AAAGTAGATCAA . . TAGG A . ATTTTGTTTTT . . . . T . . TTA
blockSeqs : TGATTTTCTT . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TAGTTA . TTT . . GGTGAGG . . A AA C . . . . . TTATTGGATCCA . . AAGG C . TTTTTTTTT . . . . T . . TT
blockSeqs : CGAAAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . AAACTA . TTT . . GAAAAGC . . A AT T . . . . . TAAGTCGGCCAG . . TGGG T . AGTTTTTTT . . . . C . . TA
blockSeqs : TGATA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TTGGTC . TTT . . GACAGA . . . A T . . . . . TAAGTGGATCAA . . TAGA T . AGTTTTTA . . . . T . . CT
blockSeqs : AATA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TATGT . TG . . GACAGC . . . A C . . . . . TAATTGGGTCAT . . AAGG C . AGTTGGTT . . . . C . . CA
blockSeqs : TA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TTGTT . TA . . GGC . . . . C . . . . . TAAGTAAATCAA . . TA C . TTTTGA . . . . T . . TA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TAG . C . . AGC . . . . . . . . . . TAAGTCGGTCA . . T T . TTTCT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TA . . . . TAC . . . . . . . . . TAAGTCACT . . . . . GTATG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TAGGTCATA . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : TAGTTC********************************* TAAGTGGGTCAA****************************** TAGG AGTTTTTTT**********************************
originalCons : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TA------T--------------------A-GT---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T-------T----A----G-----G----T----CA--T--A-TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATA-------AG-T------T---G----TT-T--TTTT-------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
finalCons : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TATAGTTC---------------------------------AA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----TTAAGTGGGTCAA------------------------------TT--TT-------GTGCAGTTAGGAAACATTATGAAA--ATAAGTTTTTTT----------------------------------AA--AT-C-C-C-C-G-C-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATCATTATGTGAGGTTTTAACGAAATAACGAAGCGAAAAAGCTCACTAAGTACGGTTAATAAT
Unaligned ( gi|33 ): ATTCTAGAGTAACGTTGGACTTATATATATTGGTTTTTGGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222222222 11111111 222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 3333333333
lowQualScore : 1 3 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 333 55555 33 666 2 55555 33 33 0 44444 1 333 1 1 3 1 1 1 1 333 1111111111111111111111111111111111111 55555 77777777777 2 33 2 99999999 2 6666666 9 6666 555555555 2 2 2 2 2 4444 333 666666 0 2 4 2 555 2 22 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 4 000 66666 1111111111
lowQualScore : . . ..... ...................................................................... .. ... ..... .. ... . ..... .. .. . ..... . ... . . . . . . . ... ..................................... ..... ........... . .. . ........ . ....... . .... ......... . . . . . .... ... ...... . . . . ... . .. .......................................................... . . . ... ..... ..........
lowQualScore : 0 2 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 999 66666 11 999 2 66666 11 11 8 88888 8 222 8 8 8 9 8 1 8 777 6666666666666666666666666666666666666 66666 88888888888 1 55 1 33333333 1 8888888 2 4444 222222222 6 2 1 1 1 5555 777 111111 8 0 0 0 222 1 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 7 000 22222 5555555555
consensus : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TAT--------------------A------GT---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T---TAAG------TGG-GTCA-ATT-TTGTGCAGTTAGGAAA-CATTATGAAA--ATA-------A-------G-------T-T-----T----TTTT--------AA-------AT-C-C-C-C-GC-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
Reference ( family-476 ) : NNNNNNNNAANAATGAAATGATA----TGTATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGCGGAGTGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TT-C-GTTAGA-AGGTCA-ATAAGTGATCTATGACCAACT---TAT--------------------A------GT---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A-ATAC-T------TTA-TTTTGTACC-ACTT-AATG-A----T---TAAG------TGG-GTCA-ATT-TTGTGCAGTTAGGAAA-CATTATGAAA--ATA-------A-------G-------T-T-----T----TTTT--------AA-------AT-C-C-C-C-GC-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTGA
gi|1 : AATGATA----AGTATAGGTTATATGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TT-------------A--------------A--G----------------A---C-AA-----CG--GATC--GAAGCTGAGTGAACTCATA-----A-CT---T-AG-TC-C-TTTAGA-AGGTCA-ATACATGATTTATGACCAACT---TATCAAACCAATCATATGTTAGTA------GT---T---AAA-----ACA---TTT---T-TAAA-CCAATC-A-C--AAG-C-GAGG-GATTT-------TCAAAA-A--TAC-T------T-A-TTTTGCACA-ACTT-AATACA----TAAGTAAG------TGG-GTCA-ATT-TTGTGCAGTT-GGTAA-CATTATGAAA--ATA-------T-------GTTGGTGAT-T-----T----TTTT--------AA-------AT-C-C-CTC-AC-----GTGTCATTGG-----TTT----AAAATGTTT
gi|10 : gtccatatatctAGTTAATGTATT-------CT---T-AA-TT-T-GTTATC-ATGTCA-AT-------CTATGAC----T---TAT--------------------A------GT---T---TAA-----ACA---TAT---T-TTAA-CCAATG-A-CA-A-A-C-TAGG-GATTT-------TCCGAA---------------------TTATACC-TCTT-AAAG-A----T---TAAGTCACTTTGG-TTCA-ATT-GAGTGCAGTTTGTAAA-TATCATGACA--ATA-------ATTTGATCA-------T-T-----T----TTTTA-------AA-------ATAC-C-T-C-GC-----TTGTCATTTG-----TT---AAATAATGTTTGAtaactag
gi|11 : aaattatATA----TGTATAGGCTATAAATTATTCAT-----------------------AA---------------T--------------A--------------ATTGATCTT-----TAAACGAAATT-AAATTTACG--AAGCTAGTAACGTCGTTAACGCATATATTAA-CC---T-TA-TT-C-GTTAGA-AATCCA-ATAAATGATTTATAACCTACT---TAT--------------------A------GTACATGTACAA-----ACA---ATT---T-TTAA-CC-AT--------------------TTT-------TTTAAA-A-GTAC--------TTA-ATTTGTACC-ACTT-AATT-T----T---TAAG------TGG-GTAA-ATT-Tattc
gi|12 : tTATAGTTTATAGGTCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTAAAAGAAATT-A--------------A--G---TT-----AG--CGG---T-AA-----CG--AAGC--GTAGC--AGTGAACCAATA-----A-CT---T-AA-TA-C-GTTGCA-AGATTA-ATAAGTGATGTATAACCAACT---GAT--------------------A------G---------A-------------TG---T-TAAA-CCAATG-A-C--A-ATC-GAG
gi|13 : t---TT-----TG--CGG---T-AA-----C---AAGT--TTAGCAGAGTGAACTCTTT-----A-CT---T-AA-TT-C-ATTATATAGCTCA-Attaaggtttattgttaggtcaatgaaatcattcaccttctatcaaataaatcaaaata
gi|13 : a---TAT--------------------A------GC---T---CAA-----ACA---TTT---TCTTAA-ACATTG-A-CA-A-G-T-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTA-TTTTGTACC-ATTT-GATG-A----T---TAAG------TGG-GTCA-ATT-TTGT-TAATT----AA-CATTCCGAAA--TT------------------------T-T-----T----TTTTTTGA----AA-------AT-CAC-T-T-GC-----TTGTCATTGG--------TAAAAAAAacattttcttaaacattgacaagtgagggattttcaaaaatatttattttgtaccatttgatgattaagtgggtcaattttgttaattaacattccgaaatttttttttttgaaaatcacttgcttgtcattggtaaaaaaag
gi|14 : atttgcggtaacaagtttagcagagtgaactctttacttaattcattaAGA-AGGTCA-ATAAGTAATCTATCACTAACT---TAT--------------------A------GT---T---CAA-----ATA---TTTC--T-TCAA-CCAATG-A-C--A-G-A-CAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATAA--------TTA-TTTTATACC-ACTA-AACG-A----G---TAAG------TCG-GTC--ATT-TTATACAGTTAGAAAA-CATTATAAAA--ATA-------A-------G---------T-----T----TTTA--------AA-------AT-C-C-C-g
gi|15 : cTA----TGTATAGATTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------TCTTTTAACGAAATAA--------------A--G---TT-----TA--CGG----------------AAGC--GGAGCGGAGTGAACGCAAA-----A-CT---T-TA-TT-C-GTTAGC-ATGTCA-ATAAGTGCTCTATGACAGACT---TAT--------------------A------GT---T---tataaagttgattagcaattgaacggaatatct
gi|16 : aaattatcgtccacattgtgtgAAATGACA-----GTGCAAGTAATGGA------AT-----------T-------------------------------------------A--------------G--G---CT-----TG--CAG---T-AA-----CG--AATA--GTAACAATGTGAACTTACA-----A-CT---T-AA-TA-A-GTTTTA-A--TCA-ATTAGAGATCTATAACTTACT---TAC--------------------A------AT---T---CAA-----AGA---TAT---T-TTAG-CAAATG-ACC--A-G-C-GAAA-AATTT-------TCAAAataacgcccgaattcatttgattgaaaagtaaatgagatca
gi|17 : GTACAGGTTATAGCCCAGTCAT-----------T-----------GA---------------TCTTCTAAATT----A--------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CG--AAAT--GCAGCAG-GTAAA-G-ACA-----A-TTCCGT-AA-TT-C-ATTGGA-ATATCA-ATAAATGATATATGACCAAGTAAATGT--------------------A----------------AA-----ACT---TTTTTAT-TTAA-CCAATT-A-TAAA-G---GAGG-GACCT-------TCAAttctaagatccttggtcatacactccatca
gi|18 : gtcatccatgtactc---T---CAA-----ACA---GTT---T-TTAA-CCAATG--------G-C-AAGTCAATTTGTTTTACTTATAA-A-ATAT-TGTATACTTA-CTGTATATC-CCTT-AATC-T----T---TAAG------TTG-ATCATATT-TC-TGCTGTTAAGAAA---TTATGAAA--ATA-------A-------G-------T-TAGGCAT----ATTT--------AGTTTGGACAT-C-A-C-T-CC-----TTGTCATTGG-----CT---AAAAAATGTT
gi|19 : TGTGACC---T---TAT--------------------A------AT---T---CAATCTAAACA---TTT---T-GTAA-C-AATG-A-C--A-GGC-AAGG-GACAT---------AAAA-ATATAC----------A-TTTAGTACC-ACTT-AATG-A----T---TACG------TAG-GTAA-ATA-GCGTACAGTTAAGAAA-CATTATGTAA--ATA-------------------------------T----TTCT--------AAAC-----AT-C-C-CTT-GC-----TTGTCTTTAG--------CAAACATAAGTTTGAga
gi|2 : AACAATGAAATAATA----CGTATTGGTAATGGATAATTTAG-----------T-----------GA---------------T--------------A--------------A--G---CT-----TG--CTG---T-AA-----CG--AAGC--GTAACGTAGTGAACTTACA-----A-TT---T-AA-TT-C-ATTAGA-AGACCA-ATAAGTGACCTATTATCAACT---TAT--------------------A------TG---T---CAA-----ACA---TTT---T-TTAA-CCAATG-A-C--A-G-C-GAGA-GATTT-------TCAAAA-A-ATACTT------TTT-TTTTGTACC-ATTT-AATG-T----T---TA----------G-GTCATATT-TTGTGCAGTCGGGAAA-CATTATGCAA--ATA-------AGTCTGG-G-------T-T-----T----TTTT--------AA-------AT-C-T-C-C-GT-----TTGTCATTGG-----TTTTAAAAAAATGTTTAA
gi|20 : tgttttaaAT-T------CTA-TATGGTATC-ACCT-ATTG-A----C---TAAA------TTG-GTCA-ATA-GTGTG------------CATTATGAAAGCATA-------A-------T-------T-TTG---T----TTTT--------AA-------AT-T-C-C-TGGC-----TTGTCATTGG-------TTAAAACAATGTTT
gi|21 : gtgagctatgacgtataataaaaacatcccatctg-G-C-GTGG-AATTT-------TCAAAA-------------------CTTTGTACA-ACTT-AACG-A----T---AAAG------TGT-GTCG-ATT-TTGGGCAGTCAGCAAA-CATAATGAAA--A-----------------------------------------T--------AA-------AT-C-C-CTC-GC-----TTATCATTGGTTTATTTTTTATAAAATGTTTGA
gi|22 : aattataatctTT---T-TCAAGCCAATG-A-C--A-A-TTGGGG-AATTT-------TCTAAA-A-TTAC-T------T-A-TTGTGTACC-ACTT-AATG-A----T---TAAA------AAG-AGCA-ATT-T-----AATTTTAAAA-CATTATG-----AT----------------T-------T-T-----T----TTTT--------AA-------AT-C-C-CTT-GC-----TTCTAATT-------TATTGAAAAAact
gi|23 : AT-T------TCA-TCTGGTGTC-ACTT-GATG-A----T---AAAG------TAG-ATCA-ATT-TTGTGCAG---------CA-----AGA--ATA-------A-------G-------T-TG----T----CTTTTCTTGA--AA-------AT-C-C-CTC-GC-----CTATCATTGG-------TTAAAAAg
gi|24 : tctatgaccaaactatatagttaaaactcatgTGTACC-ATTT-AATG-A----T---TTAT------TGG-ATCC-ACT-GTGTGCAGTAAGGAAA-AGGTATGAAA--ATA-------A-------G-------T-T-----TGTCATTTTTGTTTTGAAA-------AT-C-CTT-C-GC-----TTGTCATTGG-----TTggt
gi|25 : atgacaaactgatagttaagacgccgATAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------ATTCAACCGAAATAAA--G---TT-----TG--CGA---T-AA-----AG--AAGC--GTATCGGAATGAACGCATA-----A-CT---T-AA-TC-A-GATAGA-AGATCA-ATAAaa
gi|26 : G-GTCA-TTT-GTGTGGAGTTAGGAAA-CATTAAGGCA--TTT-------A-------G-------T-T-----G----GTT------------------AT-C-C-CTC-GC-----TTGTCATTGG-----TTT--AAAAAGT-TTTGAag
gi|27 : TATAGGTTATAGACCATTTATAAATCTTCTAAC-----------GAAAT------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGA---C-AA-----CG--AAGC--GACGCGAAATGAAAGCATA-----A-TT---A-AA-Tattattaaaa
gi|28 : tA-----A-CT---T-AAGTT-C-GTTAGA-AAATCACACAACTCATCTATAACC
gi|29 : acattatttagccctcaatgtcatatatgtataGTAAAGGTTATAGATCATTTAT-----------T-----------GC---------------TCTTCTAACG-----A--------------A--A---TTAAGGATG--TGGTA-T-AA-----CG--AAGC--ATAGCAGttcgg
gi|29 : -CT---T-AA-TTTC-GTTAGA-AGAGCA-ATAAATGATCTATAACCca
gi|3 : gtaaaTATAGATCATTTAT-----------TTATCTTTTAACGAAAT------------T--------------A--------------A--A---TT-----TG--CGG---T-AA-----TGTCAATT--ATGGCAGAGTGAATATATA-----A-CT---T-AA-TC-T-ATCAGA-AAGTCA-ATAAGTGTTTTTTGACCAACT---CAT--------------------ACATCTAGT---T---CAA-----ACA---TTT---TGTTAA-CCAAAT-A-CT-A-G-T-GAGG-GATTT-------CCAAAATA-ATA--T------TTA---TTGTACC-ACTT-AATG-A----T---TAAG------TCG-GCCA-GTT-TTGTGCAGAAAGGAAA-TATTATGAAA--AGA-------------------------T-----T----TTGA--------AA-------AT-T-C-C-TAGC-----TTGTAATTGG-------TTAAAAAATTGTgatgtggtataacgaagcatagcagca
gi|31 : gcaaaggttatctaAGCAGGGAGAACGCA-A-----A-CT---T-AA-TTTC-ATTAGG-AGGTCA-ATAAATGGTCTATGACCAgt
gi|32 : GCA-A-----A-CT---T-AA-TT-CCGTTAGA-AAATCA-ATAAATGAT
gi|4 : tatagattaccaA---------------T--------------A--------------A--A---GT-----TA--AGG---TTAA-----CA--AAGC--GTAGTGTAATGATCACATA-----A-CT---T-CA-TT-C-ATTA---AGGTCA-AAAATTGATCTTTGACCATCT---TAT--------------------AT-----GT--------AA-----AC----TTT---T-TTAA-CCAATG-G-TG-A-G-G-GAGG-GATTT-------TC-AAA-A-ATA--T------TTATTTTTGTACA-ACTA-AATG-A----C---TAAG------TGG-ATCA-ATT-TTGTTCAGTTGGGAAA-TAGAATGAAA--ATATTGATTCA-------G-------TGT-----T----TTTTGA------AA-------AT-C-TGT-T-GCTTATATTGTCATAAG-------TTAAAAAAATGTTTGA
gi|5 : gattttttaaggaaAGATTATAGATAATTTAT-----------T-----------GACCCTCTGGCGTGTATT--------------G--------------T--G---TT-----TG--CGG---T-AA----------AAT--GTAGCGAAGTGAATGCATA-----A-CT---CAAA-CT-T-GT------AGTCA---AAG-----------CA------TAT--------------------T------GT---T-----------ACA-------------AA-TGAAT-------A-G-C-GAGG-GATTT-------TC-CAA-A-ATAC-T------TTG-TTTTAT-----TTTAAATG-A----T---TAAT------TGG-GTCA-TTT-TTGTGCCGATA--AAA--ATTATGAAA--ATA-------A-------G-------T-T-----actat
gi|6 : --------------A--G---TA-----CG--CGG---T-AA-----CA--AAGT--TTGGCAGAGTAAACACATA-------CT---T-AA-TT-T-CTTAGA-AGTTCT-AT--------TGTGACCAACA---TAC--------------------A------AT---T---AAA-----AAAAAATT--------AA-CCAATG-A-A--AAG-C-AAGG-GATTT-------TCAAAA-A--TG---------TTA-TTTTATACC-ACTT-AATG-AATGAT---TAAG------TGG-ATCA-TTTATTGTGCAGTTAGAAAA-CATTATGGAA--ATggttctttttttttggggggggggggatgtctcacttgtcaatggttaaa
gi|7 : gttatagataatttatttgatcttctaatgaagttaagtgtgccgcaacaaatgaacTTATTGATCTTTTAA-----------C-----------GAAAA------------T--------------A--------------A--G---TT-----TG--TGG---T-AA-----CA--AAGC--GTAACGTTGAGAACACGTA-----A------T-AA-TA-C-ATTAGA-CGATCA-GTAAGTGATCTATGACCAGTG---TAT--------------------A------GT---T---AAA-----ACG---C------------CCCATT-A-C--------------ATTT-------T--------ACAC---------------TATACCTATTA-AATG-A----C---TAAG------TAA-ATCA-ATT-TTGTGCATTAAGGAAA-CATTATGAAA--ACA-------A-------G-------T-T-----T----TTTT---------A-------AT-C-C-CAC-GC-----TCAACATTGG--------TAAAATAATGCTT
gi|8 : tcatTTAT-----------T-----------GA---------------T--------------TTTCTT---------A--G---TT-----TG--CGG---T-AA-----CG--AGAT--GTAGCGGAGTGAACGCAAA-----AACA---T-AA-TT-T-GTCTAA-AGGTCA-ATAAGTGATATATGATCTACT---TAA--------------------A------AC---T---AAA-----ACA----TA---T-TTAA-CC-ATACA-CA-A-A-C-AAGA-GACTT-------TC-AAA-A-TTAC--------TTA-TTTTGTATC-ACTT-ACTT-A----T---CAAA------AAATGTC--ATT-T-------TTAACAAATTATCATGAAA--AT----------------G-------T---------------------------------AT-------G-GC-----TTGTCATTGG-------TTAAAAAAATca
gi|9 : AAGAATGA--TGATAATTTTGTATAGGTTATAGATAATTTAT-----------TTAACGA-----AA---------------T--------------A--------------AA-G---TT-----TT--TGG---T-AA-----CG--AAGT--ATAGCGGAGTGAATGCATA-----A-CT---T-AA-AG-T-ATAAGA-AGATCA-GTAAGTGATCTATGAACAACT---TAT--------------------T------GG---T---CA
gi|9 : ttgaacAATT---TAT--------------------A------GT---T---TAA-----CCG---TTT---A-TTAA-ACAATG-A-CA-A-A-A-GATG-GAATT-------TCAACA-A-Actttgttgaaattccatcttttgtcattgtttaataaacggttaaactataaattaatgcattgtttcagcattaaggtaacgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATCATTATGTGAGGTTTTAACGAAATAACGAAGCGAAAAAGCTCACTAAGTACGGTTAATAAT
Unaligned ( gi|33 ): ATTCTAGAGTAACGTTGGACTTATATATATTGGTTTTTGGAATTT