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lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                         22    0 1 9                          99  8888888             8888  9     777777777  3      444      8     5                      22   77777777777777777777777     1  5   7  999  0  333333333   4       99    0000000000   7  99 33333 1 88         5 8888 3     00     0       0      
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Reference ( gi|3 )            :                                                                                                                                                                                             GAGGTTATTAAC--TGGGGT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCC--AT------CAAAGCGATATGAG--TTCCGAGGGCTATTGGCG-AT-ATCGCTTTGATGGGCTAATATTACCAAGAGGCACACCAATCCCA--GTT-----------------A-----ATAACCTCGTTATTACATGT-GT---T-----CTA-TATAAAT--ATATT-TTCAA---AAA-AT--A-----ATCAAATTTATTTACT-CA-TGTATTCAGTTATTCATTTATCAATCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                             GAGGTTATTAACACTGGGAT-T-GGTGTGTC-CGAGGTGATATTGGGCC--AT---------AGCGATATGAG--GCCCGAGGACTTCT--C--AT-ATCGCTCCAATGGGCCAATATCACCAAGAGGCACACCAATCCCA--GTT-----------------A-----ATAACCTC-TTA----------------------A-TACAAAC--ATATC-TACAAAGTAAA-ATTCA-----ATCA
gi|1                          :                                     attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacaGAGGTTATTAAC--TGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCC--AT------TGGAGCGATATGAGAAGTCCTCGGGCC-TC-----AT-ATCGCT---ATGGCCCAATATCACCTCG-GACACACCAATCCCAGTGTT-----------------A-----ATAACCTC-TTA----------------------A-TACAAAC--ATATA-TACAAAGTAAA-AT--A-----ACC-----TCTTTATTACG-TGTGTTttaatacaaacatatatacaaagtaaaataacctctttattacgtgtgttactatataaatatattatcaaaaaataatcaaatttatttattgatctactcatttatttatcgatct
gi|7                          : attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaaGAGTTTATAAAC--TGGGAT-T-GGTGTGTCTCTTAGTGATATTGGCTCTTAT------CAactatataaatatattatcaaaaaataatcaaatttatttattgatctactcatttatttatcgatct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                             GAGGTTATTAAC--AGGGAT-C-AGTGTGCCTCTGGGTGAT-TTGGCAC--ATGAGGGTCAGAGGGCT-TTAG--C-CCGAGGGA-ATC-----AT-ATCACT---ATGGGCCACTATCATCAAGAGGCACACTGATCCCA--GTT-----------------A-----ATAACCCCTTTATTACATAC-GT---TA----CTA-AATAGAT--ATATT-ATTTA---AAA-CT--AGCCTTATCAAATTCNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATCTATctttgatgggccaatttcaccaagaggcacaccaatcccagtttattaccgctttattacatgtgtataaccttattattgcatgtgttactatataaatatatcatttaaaaaataatcatatttatttatttatttattcagttattaatcgatctatctat
gi|2                          :                                                                                                                                                            acaatatagctgatatagttcgtggtacactaaGGGGTTATTAAC--TGGGAT-C-AGTGTGCCTCTTGATGATAGTGGCCC--AT---------AGTGATATGAT--TCCCTCGGGCTA-AAGCC-CT-CTGACCCTCATGTGCCAA-ATCACCCAGAGGCACACTGATCCCT--GTT-----------------A-----ATAACCTC-TTActattaatatatttattaattgatatcattttat
gi|6                          :                                                                                                                                                               acaatatagctgatatagttcgtggtacacGATGTTATTGAT--AGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGGTATTGGCCC--AT------GAAAGCGATATGAG--GCCCGAGGGtttattacatacgttactaaatagatatattatttaaaactagccttatcaaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatctatctattaatatatttattaattgatatcattttat
gi|9                          :                                        tattatcttaatattaatgagaacagctgtattttttatgtatattctgttaacgttttgattatttatgattactgagtgtcttttaaaaaatctaaacaaaaatatggtttatactattttgtttatatagtagcacatgtaataaaGAAGTTATGAAC--TGGGAT-T-TGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCC--AT------GAAAGCGATATG
gi|16                         :                                                                                                                                                              attttgactacatactagaactaaatattaaGAGGTCATTAGC--TGGGAT-T-GGTATGCCTCTTGGTAATATTtggcgatggccctgtcgttacacgtgacttttaatatgccatgtagact
gi|5                          :                                                                                                                                                                                              AGGTTATTAAC--TGGGAT-T-TGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCTC--AT---------AG--------------CGAGGGCC-TC-----AT-ATCGCTTCCATGGGCCAATATCACCAAGAGGCACACCtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                              AAGTGATTAAC--TGGGAT-C-GGTGCGC-TCTTGGTGATATTGGCCC--AT------GAAAGCGATACGAG--ttgtattacatgtgtaaattactatataaatatattatcaaaaacataatcaaatttatttatttgttttatttatttattcatttacgcatttattcatttacttatcgatctacctattta
gi|7                          :                             aaaacatcttcgtttattatcaatacgtaatctcagaagctcctagctatgattttatatgcacctgtttaacaggcctacccttgtatactatttaaaatggttaatacacgagtgagtattatagtcaatacatggatgtttatagcggttaatactaatGGTAATAAAC--TGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGAAATTGGCCC--AT------CAAAGTGATA-----------AGAGC------CA-AT-ATCACT-------------------AAGAGACACACCAATCCCA--GTT-----------------T-----ATAAACTCg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                GTTATTAAC--GGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCC--AT------CAAAGCGATATGAG--GTACGAGGGCTgctttattacatgtgtataaccttattattgcatgtgttactatataaatatatcatttaaaaaataatcatatttatttatttatttattcagttattaatcgatctatctat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                        ttattaacaTTATCAGC--TGTGATATAGGTGTGTCCCTTGGTGATATTGACCC--GT------GAAAACAAtaatatattatcaaaaaataatcacacaaat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                   -GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCC--AT------GGAAGCGATATGAG--GCCC-------------------TCGCT---ATGAGCCAATATCACCAAGAGGCACACAAATCCCA--GTT-----------------A-----ATAACCTTTGTATTACATGT-GTAAATTA---CTA-TATAAAT--ATATT-ATCAA---AAACAT--A-----ATCAAATTTATTTATT-TGTTTTATTTATTTATTCATTTACGCATTTAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                 GTGATACTGTCCC--AT------GAAAGCGATATGAG--tcatttacttatcgatctacctattta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                             AGGGCCATCGCCACAT-ATCGCTTTCATGGGCCAATATCACCAAGAGGCACACAAATCCCA--GTT-----------------C-----ATAACTTC-TTA--ATATTTAGT---T-----CTAGTATgccc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       attttgactacTATTGGCT-CTTATCACTTTGATGGGCCAATTTCACCAAGAGGCACACCAATCCCA--GTTTATTACCGCTTTATTACATGTGTATAACCTTATTATTGCATGT-GT---TA----CTA-TATAAAT--ATATCATTTAA---AAA-AT--A-----ATCATATTTATTTATT-TA-TTTATTCAGTTATTAATCGATCTATCTATgtcgttacacgtgacttttaatatgccatgtagact
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                      gagtttataaactgggattggtgtgtctcttagtga-AT-ATCGCTTTGATGGGCCAATATCACCAAGAGGCACACCAATCCCC--GTT-----------------A-----ATAAC--TGTTAATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         t-AT-ATCGCTTTCATGGGCCAATACCACCAAGAGGCACACCAATCCCT--ATC-----------------A-----ATAACATCTTTATTACATGT-GC---TA----CTA-TATAAAC--Agaggtacgagggcttaatatattatcaaaaaataatcacacaaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                  tattatcttaatattaatgagaacagctgtattttttatgtatattctgttaacgttttgattatttatgattactgagtgtcttttaaaaaatctaaacaaaaatatggtttatactatttT-ATCGCTTTCATGGGCCAATATCACCAAGA-GCGCACCGATCCCA--GTT-----------------A-----ATCAC----TTATTA---GT-AT---TAACCGCTA-TAAACATCCATGTA-TT--G---ACT-AT--A-----A-------TACTCACT-CG-TGTATTgaggcccgaggg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                     aaaacatcttcgtttattatcaatacgtaatctcagaagctcctagctatgattttatatgcacctgtttaacaggcctacccttgtatactatttaaaatggttAATATTACCAAGAGGCATACCAATCCCA--GCT-----------------A-----ATGACCTCcgagg
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4741 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAAC--TGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCCGAGGGCCAT---C----CATATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACCGATCCCA--G--TTAATAACCTCTTTATTACATGT----------------------G----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---NNTCAA---AAA-AT--A-----ATCAAATTTATTTATT-CG-TNTATTCANT-TATTNAT---TTATCNATCTAT
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaaAATAACCTCTTTATTACGTGT----------------------G----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---TATCAA---AAA-AT--A-----ATCAAATTTATTTATT-GA-TCTACTC-----ATTTAT---TTATCGATCTaaaataatcaaatttatttattgatctactcatttatttatcgatct
gi|12                         : attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaagaggttattaactgggattggtgtgcctcttggtgatattggcccattggagcgatatgagaagtcctcgggcctcatatcgctatggcccaatatcacctcggacacaccaatcccagtgttaataacctcttaatacaaacatatatacaaagtaaGTTATTAAC--GGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATCAAAGCGATATGAG--G-------TACGAGGGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttattaacaCACAC--ATCCCA--G--TTAATAACCTTTTTATTACAGGT----------------------G----T-------AA--CAGGTACTT--TAAGTACAT---ttaatatattatcaaaaaataatcacacaaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTATCAGC--TGTGATATAGGTGTGTCCCTTGGTGATATTGACCCGTGAAAACAAat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AATATT-A-CCAAGAGGCATACCAATCCCA--G--CTAATGACCTCTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTGATACTGTCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAAC--AGGGAT-C-AGTGTGCCTCTGGGTGAT-TTGGCACATGAGGGTCA---GAG--GGCTTTAGCCCGAGGG--AA---T----CATATCACT---ATGGGCCACTATC-A-TCAAGAGGCACACTGATCCCA--G--TTAATAACCCCTTTATTACATAC----------------------G----T-------TA--C---TA-AA--TAGATATAT---TATTTA---AAA-CT--AGCCTTATCAAATTCNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN---NNNNCGATCTAT
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ----CGTATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGA-GCGCACCGATCCCA--G--TTAATCAC----TTATTA---GT----------------------A----T-------TAACC---GC-TA--TAAACAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    aaaacatcttcgtttattatcaatacgtaatctcagaagctcctagctatgattttatatgcacctgtttaacaggcctacccttgtatactatttaaaatggttaatacacgagtgagtattatagtcaatacatgg-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGGAAGCGATATGAG--G-------CCC---------------------TCGCT---ATGAGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACAAATCCCA--G--TTAATAACCTTTGTATTACATGT----------------------GTAAAT-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---TATCAA---AAACAT--A-----ATCAAATTTATTTATT-TGTTTTATTTATT-TATTCAT---TTACGCATTTATagg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGGCC-----T----CATATCGCTTTCATGGGCCAATACC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCT--A--TCAATAACATCTTTATTACATGT----------------------G----C-------TA--C---TA-TA--TAAACAtcatttacttatcgatctacctattta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                              tattatcttaatattaatgagaacagctgtattttttatgtatattctgttaacgttttgattatttatgattactgagtgtcttttaaaaaatctaaacaaaaatatggtttatactatttGAGTTTATAAAC--TGGGAT-T-GGTGTGTCTCTT-------------------AGTGATATT------------------GGC--T---C----T-TATCACTTTGATGGGCCAATTTC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTTATTACCGCTTTATTACATGTGTATAACCTTATTATTGCATGTG----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATATC--ATTTAA---AAA-AT--A-----ATCATATTTATTTATT-TA-TTTATTCAGT-TATTAAT---CGATCTATCTATgaggg
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4741 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAAC--TGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCCGAGGGCCA----C-C-----ATATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTAATAACCTCTT--TATTACATGT----------------------G----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---T-NTCAA---AAA-ATA-----ATCAAATTTATTTATT-CG-TNTATTCANT-TATTNAT---TTATCG-ATCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAACACTGGGAT-T-GGTGTGTC-CGAGGTGATATTGGGCCAT---AGCGATATGAG--G-------CCCGAGGACTT----CTC-----ATATCGCTCCAATGGGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTAATAACCTC-T--TAATACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                    attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgttGAGGTTATTAAC--TGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATTGGAGCGATATGAGAAG-------TCCTCGGGCC-----T-C-----ATATCGCT---ATGGCCCAATATC-A-CCTCG-GACACACCAATCCCAGTG--TTAATAACCTC-T--TA----------------------------------------------------A-TA--CAAACATAT---A-TACAAAGTAAA-ATA-----ACC-----TCTTTATTACG-TGTGTT-ACTATATAAATATATTATCA-ttaatacaaacatatatacaaagtaaaataacctctttattacgtgtgttactatataaatatattatcaaaaaataatcaaatttatttattgatctactcatttatttatcgatct
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaaAATAACCTCTT--TATTACGTGT----------------------G----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---T-ATCAA---AAA-ATA-----ATCAAATTTATTTATT-GA-TCTACTC-----ATTTAT---TTATCG-ATCTaaaataatcaaatttatttattgatctactcatttatttatcgatct
gi|12                         : attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaagaggttattaactgggattggtgtgcctcttggtgatattggcccattggagcgatatgagaagtcctcgggcctcatatcgctatggcccaatatcacctcggacacaccaatcccagtgttaataacctcttaatacaaacatatatacaaagtaaGTTATTAAC--GGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATCAAAGCGATATGAG--G-------TACGAGGGC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttattaacaCACAC--ATCCCA--G--TTAATAACCTTTT--TATTACAGGT----------------------G----T-------AA--CAGGTACTT--TAAGTACAT---ttaatatattatcaaaaaataatcacacaaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTATCAGC--TGTGATATAGGTGTGTCCCTTGGTGATATTGACCCGTGAAAACAAat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AATATT-A-CCAAGAGGCATACCAATCCCA--G--CTAATGACCTCTT--
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTGATACTGTCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAAC--AGGGAT-C-AGTGTGCCTCTGGGTGAT-TTGGCACATGAGGGTCA---GAG--GGCTTTAGCCCGAGGGA-A----T-C-----ATATCACT---ATGGGCCACTATC-A-TCAAGAGGCACACTGATCCCA--G--TTAATAACCCCTT--TATTACATAC----------------------G----T-------TA--C---TA-AA--TAGATATAT---T-ATTTA---AAA-CTAGCCTTATCAAATTCNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN---NNNNCG-ATCTAT
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -C-----GTATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGA-GCGCACCGATCCCA--G--TTAATCAC----T--TATTA---GT----------------------A----T-------TAACC---GC-TA--TAAACAT
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4741 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAAC--TGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCCGAGGGC--CATC-----ATATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTAATAACCTCTT--TATTACATGT----------------------G----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---T-NTCAA---AAA-ATA-----ATCAAATTTATTTATT-CG-TNTATTCANT-TATTNAT---TTATCG-ATCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAACACTGGGAT-T-GGTGTGTC-CGAGGTGATATTGGGCCAT---AGCGATATGAG--G-------CCCGAGGACTTC-TC-----ATATCGCTCCAATGGGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTAATAACCTC-T--TAATACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                    attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgttGAGGTTATTAAC--TGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATTGGAGCGATATGAGAAG-------TCCTCGGGC--C-TC-----ATATCGCT---ATGGCCCAATATC-A-CCTCG-GACACACCAATCCCAGTG--TTAATAACCTC-T--TA----------------------------------------------------A-TA--CAAACATAT---A-TACAAAGTAAA-ATA-----ACC-----TCTTTATTACG-TGTGTT-ACTATATAAATATATTATCA-ttaatacaaacatatatacaaagtaaaataacctctttattacgtgtgttactatataaatatattatcaaaaaataatcaaatttatttattgatctactcatttatttatcgatct
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaaAATAACCTCTT--TATTACGTGT----------------------G----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---T-ATCAA---AAA-ATA-----ATCAAATTTATTTATT-GA-TCTACTC-----ATTTAT---TTATCG-ATCTaaaataatcaaatttatttattgatctactcatttatttatcgatct
gi|12                         : attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaagaggttattaactgggattggtgtgcctcttggtgatattggcccattggagcgatatgagaagtcctcgggcctcatatcgctatggcccaatatcacctcggacacaccaatcccagtgttaataacctcttaatacaaacatatatacaaagtaaGTTATTAAC--GGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATCAAAGCGATATGAG--G-------TACGAGGGC--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttattaacaCACAC--ATCCCA--G--TTAATAACCTTTT--TATTACAGGT----------------------G----T-------AA--CAGGTACTT--TAAGTACAT---ttaatatattatcaaaaaataatcacacaaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTATCAGC--TGTGATATAGGTGTGTCCCTTGGTGATATTGACCCGTGAAAACAAat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AATATT-A-CCAAGAGGCATACCAATCCCA--G--CTAATGACCTCTT--
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GTGATACTGTCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAAC--AGGGAT-C-AGTGTGCCTCTGGGTGAT-TTGGCACATGAGGGTCA---GAG--GGCTTTAGCCCGAGGGA---ATC-----ATATCACT---ATGGGCCACTATC-A-TCAAGAGGCACACTGATCCCA--G--TTAATAACCCCTT--TATTACATAC----------------------G----T-------TA--C---TA-AA--TAGATATAT---T-ATTTA---AAA-CTAGCCTTATCAAATTCNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN---NNNNCG-ATCTAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acaatatagctgatatagttcgtggtacactaaGAGGTTATTAAC--TGGGGT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATCAAAGCGATATGAG--T-------TCCGAGGGC--TATTGGCG-ATATCGCTTTGATGGGCTAATATT-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTAATAACCTCGT--TATTACATGT----------------------G----T-------T---C---TA-TA--TAAATATAT---T-TTCAA---AAA-ATA-----ATCAAATTTATTTACT-CA-TGTATTCAGT-TATTCAT---TTATCA-ATCTATctattaatatatttattaattgatatcattttat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC-----GTATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGA-GCGCACCGATCCCA--G--TTAATCAC----T--TATTA---GT----------------------A----T-------TAACC---GC-TA--TAAACAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    aaaacatcttcgtttattatcaatacgtaatctcagaagctcctagctatgattttatatgcacctgtttaacaggcctacccttgtatactatttaaaatggttaatacacgagtgagtattatagtcaatacatgg-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGGAAGCGATATGAG--G-------CCC--------------------TCGCT---ATGAGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACAAATCCCA--G--TTAATAACCTTTG--TATTACATGT----------------------GTAAAT-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---T-ATCAA---AAACATA-----ATCAAATTTATTTATT-TGTTTTATTTATT-TATTCAT---TTA-CGCATTTATgg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGGC--C-TC-----ATATCGCTTTCATGGGCCAATACC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCT--A--TCAATAACATCTT--TATTACATGT----------------------G----C-------TA--C---TA-TA--TAAACAtcatttacttatcgatctacctattta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                              tattatcttaatattaatgagaacagctgtattttttatgtatattctgttaacgttttgattatttatgattactgagtgtcttttaaaaaatctaaacaaaaatatggtttatactatttGAGTTTATAAAC--TGGGAT-T-GGTGTGTCTCTTAGT-------------------GATATT------------------GGC----TC-----TTATCACTTTGATGGGCCAATTTC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTTATTACCGCTT--TATTACATGTGTATAACCTTATTATTGCATGTG----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---CATTTAA---AAA-ATA-----ATCATATTTATTTATT-TA-TTTATTCAGT-TATTAAT---CGATCT-ATCTATgaggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAGCGATATGAG--G-------ACCAAGAGC--CA-------ATATCAC---CAAGGAT--ACATCTATCCAAG-TATATACC-ATCCTA--GCATTGCTAAGC---------TACATGA----------------------G----CCGAGCAGTA--C---TA-TATTTAAATGTATCAAT-TTCAA---ATA-TTA-----CT-AAAGTCATCTAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGGGC--CATCGCCACATATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACAAATCCCA--G--TTCATAACTTCTTAATATT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTTTAGGTTTTAAACACTCTTTTAAAGCTGCGGTTCTATCTGGTGCTTCTCTAACACGTAACTAACTGATGTTAATTTATCCTCTTTAATAGCATGTTTTTATTTAAACTTAAAATATATCTCTGTCACAT
Unaligned ( gi|11 ): TTATTCTTTTAATTATTGTGTTAGTTTATTTTCTAATTATTTATTAACGAATTTATTTTGCATACTTTTGTCTAAAATAATTAGGAGAATAATCATACTTTTTATTAAA
Unaligned ( gi|15 ): TATCTAAAAAGACTAAATTAACTCATATATCTTCAAAACTAGA






Alignments
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAGGTTATTAAC--AGGGAT-C-AGTGTGCCTCTGGGTGAT-TTGGCACATGAGGGTCA---GAG--GGCTTTAGCCCGAGGGA---ATC-----ATATCACT---ATGGGCCACTATC-A-TCAAGAGGCACACTGATCCCA--G--TTAATAACCCCTT--TATTACATAC----------------------G----T-------TA--C---TA-AA--TAGATATAT---T-ATTTA---AAA-CTAGCCTTATCAAATTCNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN-NNNNNNN---NNNNCG-ATCTAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acaatatagctgatatagttcgtggtacactaaGAGGTTATTAAC--TGGGGT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATCAAAGCGATATGAG--T-------TCCGAGGGC--TATTGGCG-ATATCGCTTTGATGGGCTAATATT-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTAATAACCTCGT--TATTACATGT----------------------G----T-------T---C---TA-TA--TAAATATAT---T-TTCAA---AAA-ATA-----ATCAAATTTATTTACT-CA-TGTATTCAGT-TATTCAT---TTATCA-ATCTATctattaatatatttattaattgatatcattttat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC-----GTATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGA-GCGCACCGATCCCA--G--TTAATCAC----T--TATTA---GT----------------------A----T-------TAACC---GC-TA--TAAACAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    aaaacatcttcgtttattatcaatacgtaatctcagaagctcctagctatgattttatatgcacctgtttaacaggcctacccttgtatactatttaaaatggttaatacacgagtgagtattatagtcaatacatgg-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGGAAGCGATATGAG--G-------CCC--------------------TCGCT---ATGAGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACAAATCCCA--G--TTAATAACCTTTG--TATTACATGT----------------------GTAAAT-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---T-ATCAA---AAACATA-----ATCAAATTTATTTATT-TGTTTTATTTATT-TATTCAT---TTA-CGCATTTATgg
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGGC--C-TC-----ATATCGCTTTCATGGGCCAATACC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCT--A--TCAATAACATCTT--TATTACATGT----------------------G----C-------TA--C---TA-TA--TAAACAtcatttacttatcgatctacctattta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                              tattatcttaatattaatgagaacagctgtattttttatgtatattctgttaacgttttgattatttatgattactgagtgtcttttaaaaaatctaaacaaaaatatggtttatactatttGAGTTTATAAAC--TGGGAT-T-GGTGTGTCTCTTAGT-------------------GATATT------------------GGC----TC-----TTATCACTTTGATGGGCCAATTTC-A-CCAAGAGGCACACCAATCCCA--G--TTTATTACCGCTT--TATTACATGTGTATAACCTTATTATTGCATGTG----T-------TA--C---TA-TA--TAAATATAT---CATTTAA---AAA-ATA-----ATCATATTTATTTATT-TA-TTTATTCAGT-TATTAAT---CGATCT-ATCTATgaggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAGCGATATGAG--G-------ACCAAGAGC--CA-------ATATCAC---CAAGGAT--ACATCTATCCAAG-TATATACC-ATCCTA--GCATTGCTAAGC---------TACATGA----------------------G----CCGAGCAGTA--C---TA-TATTTAAATGTATCAAT-TTCAA---ATA-TTA-----CT-AAAGTCATCTAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGGGC--CATCGCCACATATCGCTTTCATGGGCCAATATC-A-CCAAGAGGCACACAAATCCCA--G--TTCATAACTTCTTAATATT


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .       . .                            C             AAGT         G     TATTGGCG           TTC             . .                     .  .            T .           GCCGAGCAG                            .  .    .  .          CAT       .     .   .                    GA   N    CAGT     N  .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .       . .                            G             GT           G     CTC                TTC             . .                     .  .            T .           GTAAAT                               .  .    .  .          TA        .     .   .                    NN   G    TATT     C  .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .       . .                            G             GC           G     ATC                TTG             . .                     .  .            T .           GT                                   .  .    .  .          TA        .     .   .                    CA   T    CAGT     C  .        .
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4741 )     :                                                                                                                                                                                          GAGGTTATTAACTGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCCGAGGGCC-TC----ATATCGCTTTCATGGGCCAATATCACCAAGAGGCACACCAATCCCA--GTTAATA-ACC-TCTT----------TA--T-TACA---------------TGT----------------------GT-------TA--C---TA-TA--TAA--ATATA------T---T-NTCAAAAA-ATA-----ATCAAATTT-----------------ATTTATTNATNTATTCANTTATTNAT----TTATCGATCTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                          GAGGTTATTAACTGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATTGGAGCGATATGAGAAG-------TCCTCGGGCC-TC----ATATCGCT---ATGGCCCAATATCACCTCG-GACACACCAATCCCAGTGTTAATA-ACC-TCTTAATACAAACATA--TATACAAAGTAAAATAACCTCTTT----------------------AT-------TA--CG--TG-TG--TTACTATATAAATATAT---T-ATCAAAAA-ATA-----ATCAAATTT-----------------ATTTATTGATCTACTC----ATTTAT----TTATCGATCT
gi|12                         : attatacatttaattaattgtgtccaaaaatattgttgattttaatacacttaattaaaacaactttatctgttctaatacataactaatgttgatttcatactctttattagcctgtttttttactttaaaattacattatctctgtcacatgattgaattttactttgtagatatgtttgtattaaGTTATTAACGGGGAT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATCAAAGCGATATGAG--G-------TACGAGGGCT-TA----ATAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttattaacaCACAC--ATCCCA--GTTAATA-ACC-TTTT----------TA--T-TACA---------------GGT----------------------GT-------AA--CAGGTACTT--TAA--GTACA------T---attatcaaaaaataatcacacaaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                              TTATCAGCTGTGATATAGGTGTGTCCCTTGGTGATATTGACCCGTGAAAACAAat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATATTACCAAGAGGCATACCAATCCCA--GCTAATG-ACC-TCTT----------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                            GTGATACTGTCCCATGAAAGCGATATGAG--G-------CCC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                          GAGGTTATTAACAGGGAT-C-AGTGTGCCTCTGGGTGAT-TTGGCACATGAGGGTCA---GAG--GGCTTTAGCCCGAGGGAA-TC----ATATCACT---ATGGGCCACTATCATCAAGAGGCACACTGATCCCA--GTTAATA-ACC-CCTT----------TA--T-TACA---------------TAC----------------------GT-------TA--C---TA-AA--TAG--ATATA------T---T-ATTTAAAA-CTAGCCTTATCAAATTC-----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNCGATCTAT
gi|3                          :                                                                                                                                                         acaatatagctgatatagttcgtggtacactaaGAGGTTATTAACTGGGGT-T-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATCAAAGCGATATGAG--T-------TCCGAGGGCTATTGGCGATATCGCTTTGATGGGCTAATATTACCAAGAGGCACACCAATCCCA--GTTAATA-ACC-TCGT----------TA--T-TACA---------------TGT----------------------GT-------T---C---TA-TA--TAA--ATATA------T---T-TTCAAAAA-ATA-----ATCAAATTT-----------------ATTTACTCATGTATTCAGTTATTCAT----TTATCAATCTATctattaatatatttattaattgatatcattttat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           CC-TC----GTATCGCTTTCATGGGCCAATATCACCAAGA-GCGCACCGATCCCA--GTTAATC-AC-----T----------TA--T-TA------------------GT----------------------AT-------TAACC---GC-TA--TAA--ACAT
gi|5                          :                                                                    aaaacatcttcgtttattatcaatacgtaatctcagaagctcctagctatgattttatatgcacctgtttaacaggcctacccttgtatactatttaaaatggttaatacacgagtgagtattatagtcaatacatgg-GGTGTGCCTCTTGGTGATATTGGCCCATGGAAGCGATATGAG--G-------CCC-----------------TCGCT---ATGAGCCAATATCACCAAGAGGCACACAAATCCCA--GTTAATA-ACC-TTTG----------TA--T-TACA---------------TGT----------------------GTAAAT---TA--C---TA-TA--TAA--ATATA------T---T-ATCAAAAACATA-----ATCAAATTTATTTATTTGTTTTATTTATTTATTCATTTACGCATTTATTCATTTACTTATCGATCTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        GGGCC-TC----ATATCGCTTTCATGGGCCAATACCACCAAGAGGCACACCAATCCCT--ATCAATA-ACA-TCTT----------TA--T-TACA---------------TGT----------------------GC-------TA--C---TA-TA--TAA--ACAcctattta
gi|7                          :                                                                tattatcttaatattaatgagaacagctgtattttttatgtatattctgttaacgttttgattatttatgattactgagtgtcttttaaaaaatctaaacaaaaatatggtttatactatttGAGTTTATAAACTGGGAT-T-GGTGTGTCTCTTAGT-------------------GATATTGG-------------------C-TC----TTATCACTTTGATGGGCCAATTTCACCAAGAGGCACACCAATCCCA--GTTTATT-ACC-GCTT----------TA--T-TACA---------------TGTGTATAACCTTATTATTGCATGTGT-------TA--C---TA-TA--TAA--ATATA------T---CATTTAAAAA-ATA-----ATCATATTT-----------------ATTTATTTATTTATTCAGTTATTAAT----CGATCTATCTATgaggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                             AAGCGATATGAG--G-------ACCAAGAGCC-------------------------AATATCACCAAG-GATACATCTATCCAA--GT--ATATACCATCCTAGCATTGC--TAAGC-TACA---------------TGA----------------------GCCGAGCAGTA--C---TA-TATTTAA--ATGTA------TCAAT-TTCAAATA-TTA-----CT-AAAGTC-----------------ATCTAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          GCC-AC----ATATCGCTTTCATGGGCCAATATCACCAAGAGGCACACAAATCCCA--GTTCATA-ACT-TCTTAA--------TA--T-T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTTTAGGTTTTAAACACTCTTTTAAAGCTGCGGTTCTATCTGGTGCTTCTCTAACACGTAACTAACTGATGTTAATTTATCCTCTTTAATAGCATGTTTTTATTTAAACTTAAAATATATCTCTGTCACAT
Unaligned ( gi|11 ): TTATTCTTTTAATTATTGTGTTAGTTTATTTTCTAATTATTTATTAACGAATTTATTTTGCATACTTTTGTCTAAAATAATTAGGAGAATAATCATACTTTTTATTAAA
Unaligned ( gi|15 ): TATCTAAAAAGACTAAATTAACTCATATATCTTCAAAACTAGA