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gi|12 : AAAC-CCAGTAA-TATCAATTCCATTTAGTTCTTATAAGGTT--A--AAAAAAT----A-GAAGACTGGAAAAGGAAT-AGGAATGCAATA----GATGCATTTAGACACTATGCAGACTTGTAA-CACAACAAT--AAA-AAAG-GTAAACCCGACATG--A-TC----TG-----CGTTGACGTCATTAAAGTA--ACTG-TTTA--CATATTTTA---G----ATATATATCAATATTGATTATGAAT---GT-TTGTCAATCG-TTA-TAGAAAG-----------------T---T-------------GTT-TTTATC-G---TATTGGATATAACAATG--C-TTTTTATG--ATGGATTTCTTAATTA-----GTACTC
gi|13 : TTAAATATATATTATTT-T------------AT--TTATAA-T-ATA-----GAAAT--T-CAGTTG--GGCCACAAGGTC---TTCCAACATTTATTTCGGCCCTCTCCa
gi|14 : tgtaaaatcaaattttgaccacgttgaaaaatcgatgttgaaaatcacgcttgttagaaccagtactaagcatatgcggataaagagtcttgctcaaggacatctcacataaccgtggcggaggatcgaactcacgaccctccgattatgggttcggtgctataccactggaccacgcgatccacactgattttttgtggTGTTGTCGT-AAAATATGATTG-TATA--TCTATTCGA---G----ATAT-TAT---TATTTATTATGATT---GA-TTGTCAATAA-TTA-TGCATAGCGT------T-------T---A-------------ATT----ATCAT---TGT-GGATAT---------------------------TTCATAATTA-----GTACTCTGATTAAAATCTTCTTGAAGATTTAATATAATATTGTACAGCTT-AAATATTTTAGTACTGTCATCGTCTACAAGATTAGAGTTGCAA-AAAATATTTACTTTAAACCC-GTCTCGGTGGAATCCTCTAATTGAGCGAAAA-
gi|15 : TTCGGTTTAAACATATTTTATTA-CCAATATAAGTATATAATTATGT-ATACA-----GCAAA--T-GGGTTG--GGCCACAAGTTC---TCTCAAC-TTAGATCCGACCCTGCCCTTA-TAACTTTTCAAACACAATTTAA-------------------TTGACA------ATAACA-AT-------------------AGCTATATA-AAAACGATCATTAAGA---TTGTC-A-CAGTGCATACAg
gi|16 : gatgttagttaaatgtaaatgtgtcgttggCC-A-CAGTGTCTACACAAGTATCTATCAGTTAATAACAATT-GAGACAA-AG-ACA------------T------A---ACAGA-TC--TAA-TACCAATTCAAATTAGTTCTTATAAGGTT-----AAGAAAG----A-GATGACTAGAAAAGGAAT-AGAGCTGAAACA----GAGGCATTTA----------------GTAATCATGACAGTA-AAACAAAC-GTTGAttgactgtttataccaagaaaagaacatggtaaggaaaaa
gi|17 : tggataaaatatatacGTTTAATAATATTGTATTG-C------------CT--TTATAT-TTGCA-----GCAAT--G-GGGTTT--GGCCAAAA--TA---TTACAAaacattgactaaaaatactcagtatatactagtgtcatcatt
gi|17 : caggtaccattttattgatgttcgaaattttgcttataaacacaaataccagtgttttaggCCA-AAATATTACAA--ATAATT--------AAAAAA-------CGTGACATG--GCATAACACATGCTACAATGACA------ACGTTA-ATACAAAATGA--A--AAGAAAATAACA-A-AAGTGTataattaaaaaacgtgacatggcataacacatgctacaatgacaacgttaatacaaaatgaaaagaaaataacaaaagtgttt
gi|18 : caggtaccattttattgatgttcgaaattttgcttataaacacaaataccagtgttttagggtttaataatattgtattgcctttatatttgcagcaatggggtttggCAGAGTTGATAAGTAT--GTTTCCCTCGGAGTAATAACTTGGAGGTTTTTGAAGATACATTCTAATATTGTTTTTAAAGGCAGATATACTTG------------------AGGCTATCGCTCTTAATGCTGGGTCCAACTTGtt
gi|18 : atgctGTAAGGAGTTATCTACATTATCTGAATTTCTTAATTGATAATCAGTAGTGTTGCGAATgtaaggagttatctacattatctgaatttcttaattgataatcagtagtgttgcgaatt
gi|19 : atgctcagagttgataagtatgtttccctcggagtaataacttggaggtttttgaagatacattctaatattgtttttaaaggcagatatacttgaggctatcgctcttaatgctgggtccaacttgAGTTGAAACATATTTTATTT-C------------AG--ATAT-T-TTG-A-------AAT--G-GGGTTG--GGCCACAAGTTC---TTCCAAC-TTAGATTCGGCCCTCCCCCTACAAGTA--ACAT--TTAATTt
gi|2 : tTTTAGTTTAATCATATTTTATTG-C------------AT--TTATAA-TTGCA-----GCAAT--G-TGGTTT--GGCCACAAGTTC---TCACAACATTAGTTACGGCCCTTCCCCTA-AAACATTACAA--ATAATTGGA-AA--AAAAA--------CATGACATG--GCATAACACATG--ATAA----AGGGTGAAAGTTA-ATACAAAATGA--A--AAGAGACGTACC-A-CAGTGTGTACACACTTATCCATCAGTTAATACCAATT-GAAATAATAG-AGAA--A-AATTATTTCTT---A---AAAAA-CCAGTTA-TATCAATTCCATTTAGTTCTTATAAGAAT--A--AAAAAAT----A-GAAGACTGGAAAAGGAAT-AAGAATGCAGTA----GATGCATTTAGACACTATGCAGACTTGTAA-TACAACAATA-AAA-AA-T-ATTAACCCGGTATG--A-TC----TG-----CGTTGTTGTCATTAAAGTA--ACTG-TTTA--CATATTCTA---G----ATATATATCAATATTGATTATGAAT---GT-TTGTCAATCG-TTA-TAGAAAGCTT------TTTTTATGT---T-------------TTT-TTTATC-T---TGTTGGATATAACAATG--A-TTTTTATG--ACGGATTTCTTAA-TA-----GTACTCGGATTCAAATCTTTTTGAAGATTTAATAAATTGTTGTACAGCTTTACATATTTTAGTATTATCATCGTATACAAGATTAGAATTACCATATGATATTAACCTTAAATCT-AT-TGGGTGGAATGCTCTTATTGAGCTAAAATAGTTCAATTCTTGAAGCTACATATAAGTCACATTTAAAAAA--GTAGTGCTCAttacagtgtataacaaaacaaattacatgtttgtgctaatataaacaattataaacatacagtaggtgattgagtgagaggaagaaa
gi|20 : aaatatgcgactatctttccattttccaatgccttatacaatatacgatacatgTATTTTAGTATTATCATCGTATACAAGATTAGAGTTGCCATTTGATATTAACCTGAAACCT-AT-T---TC--ACCCTTTAATTAAGCTAAAA-A-TTCAATTCTTGAAGCTACATATAAGT-----------------AGTGCTCAGCATCTTCAGTCAAATATCCACAAGTACAGACGGGATTATTTTTTAAATGGTTTAAACACATAtgtt
gi|23 : ATTACTATTGATTATAAAT---GA-TTATCAATAA-TT----GATTGTTTTGATTAT-------C---T-------------TTT-TTTATA-TAACTA-TGGA-ATAGTAATG--CTTTTTTATG--AAGAATTTCTCAATAC-----ATACTATGTTTCAAATCGTCTTGAAGATTTAACAAA
gi|24 : actgttgtcataaaaatttcaaaaCAA--ATAATTGAG-AA--A------------CATGACATT--GCATTACACATG--ATAA----A------AAGGCA-ATA
gi|24 : CAATAATC--TTAGT-AATAACAATTTGAGCAAATA--------A-AAT----------------AAAA-T-AGTAAATACCAATTCAGTTTAGTTCTTATAAGGTT--A--GGAAAAC----A-GAAGACTAGAAAAGAAAT-atcttagtaataacaatttgagcaaataaaataaaatagtaaataccaattcagtttagttcttataaggttaggaaaacagaagactagaaaagaaat
gi|25 : caaataattgagaaacatgacattgcattacacatgataaaaaggTTTTATAATATTTTATTGCC------------AT--CT-TAT-TTACA-----GCAAC--A-AGATTG--GCCCTCAAGTTC---TCCTGAC---------------TC----A-AAAT-----------AATTGAACAACCAAAAAA-------TAT-ACATGTAATATAAAATATA--ATCA----A------AA
gi|26 : ggttaAATTCAATCTACTTCTAACAAGGTT--A--GAAAA----------------------------GCGATGCAAAA----TATGCATTGAGATACCTTGCA-------AA-TGCAACAAC---AA-AATT-GTTAACCCGGTATT--A-TCAACTTAGTCACCAATGTTGTCATTAAacaacaa
gi|28 : ttTTTAGTTTAGTATTATTTTATTGAC------------GT--TT-TAT-TTACG-----ACAATGGG-GGGTCA--GGACACAGGTTC---TCACAACATTA
gi|29 : gaTTTAAAGACAGCTACACTAG------------------AGTCCATCACACTTATTGCTGGATCTAACTTGTTCCGCAATGCTATCGAAGATGGTATACAAGATTGCCATCTAACTACAGTTTGGCAGTAAGGAGTTA-CTttctctgcatctgtcatgtaaaatcattgctatatattaatgaaa
gi|3 : C-A-CAGTGTGTACATAATTATCCATCAGTTAATAACAACT-GAAATAACAG-AAAAGTA-AATAAAT-------A---AATAA-TCACTTA-TACCAATGCAATTCAGTTCTTATAAG-TT--A--AAAAAATTC--A--AAGACAGTAAAAGGTAT-ATGATTGAAATA----GATGCATTTAGACACTAAACAGACTTGTAA-CATAATAACA-AAA-AA-T-GTTAACCCGGATTG--A-TC----AG-----CAATGTTGTCATTAAAATA--ACTG-TTTA--TATATTCTA---G----ATAT----CAATATTACTTATGAAT---GC-TTGACAAAAG-TTAGTA-AAAGCCT------T-------T---T-------------TT-----AT--T---TATTGGATATAACAATTATT-TTTTTATG--AAGGATTTCTTAATTA-----GTACTCAGATACAAATCATTTTGAAGATTTATTAATCTGTTGTACAGCTTTGAATATTTATGTAATATCAACGTATACAAGATAAGAGTTGCCATATAATATGAACCTTAAAC-------------------CTAGTTGAGCGAAAA-ATCTCAATTCTTGAAGCTACATACAAGTCA
gi|3 : TTCCCTCAGAGTAATAATTTGGAGGTGTTTGAAGAGACATTCTAATATTGTTTTTAAAGGCAGATATATTTATATTTATATTATATTTATAGTCTATCGCTCTTATTGCTGGGTCTTACTTGTTCCACAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccctcagagtaataatttggaggtgtttgaagagacattctaatattgtttttaaaggcagatatatttatatttatattatatttatagtctatcgctcttattgctgggtcttacttgttccacaatg
gi|30 : cacagtgtgtacataattatccatcagttaataacaactgaaataacagaaaagtaaataaataaataatcacttataccaatgcaattcagttcttataagttaaaaaaattcaaagacagtaaaaggtatatgattgaaatagatgcatttagacactaaacagacttgtaacataataacaaaaaatgttaacccggattgatcagcaatgttgtcattaaaataactgtttatatattctagatatcaatattacttatgaatgcttgacaaaagttagtaaaagccttttttatttattggatataacaattatttttttatgaaggatttcttaattagtactcagatacaaatcattttgaagatttattaatctgttgtacagctttgaatatttatgtaatatcaacgtatacaagataagagttgccatataatatgaaccttaaacctagttgagcgaaaaatctcaattcttgaagctacatacaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTTAGATCATATCTTATTG-CC-----------AT--TT-TAT-TTACA-----GCAGT--G-CGGTTG--GGCAACAAAT
gi|31 : cggataccataatataacctgattttcacgaatgcaggacacaaacctttggggtgtTTAAGGTTAATCACATTTTATTG-C------------AA--TTATAT-TTGCA-----GCAAaattg
gi|31 : tTTACCCTA-AAATATTACAA--ATAATTG-------AAAAAA-------CATTACATG--GCATAACGCATG--ATAA----aactattaccctaaaatattacaaataattgaaaaaacattacatggcataacgcatgataac
gi|33 : tttaaggttaatcacattttattgcaattatatttgcagcaaaactaCTTGTTACACAATGCTGTCGAATAAAATAAACAAGGATGCCTACTTACTTAAGTTCGGCATTAAGGGGTTG-C-ACAGTATCTGCATTTc
gi|34 : tgctgttgcgatCAACA----TAAGCATTAAAACACTATGCAGACTTGTTA-CACAATATT---------T-TTTAACCTGGCATG--A-TA----GG-----CAGTGTTGTCATTAAAATA--ACTG-TTTA--CATACTC
gi|35 : TGCACAATTATCCATCAGTTAATAACAATT-GGTATAATAGAAGAA--A-AA------------A---GGGAATTCAGTAA-TACCAATTCAATT
gi|36 : TTTAAACATATTTTATGC-C------------AG--TTAG---TTACA-----CCAA---G-GGGTTA--GAGTTTAAGTTC---TC-CAACA---GCCACAGACCTTCCCCTG-AAAaaaaagttgatagggttt
gi|4 : aAGTAA-TACCAATTCAATTCAGTTCTTATTAGGTT--A--AAAAAAACTTGA-AAAGACTTGAAAAGGAAT-GGTGATGCAATA----GATGTATTTAGACATTATGCAGACTTGTAA-CAGAACAATA-AAA-AAAGAGCTAACCCGGTATG--A-TC----AG-----CAGTGTTATCATTAAAGTA--ACGG-TTAC--CATATTTTA-----------TATATCAATATTGATTATGAAT---GT-TTGTCAATAG-TTA-TAGAAAGTTT------TA------T---T-------------TTTGTTTATC-T---TAT-GGATATAACAATG--C-TTTTTATG--AAGGATTTCTTAATTA-----GTACTCGGATTCAATTATTTTTGAAGATTTAATAAACTGTTGTACAGCTTTAAATATTTAAGTATCATCATCGTATACAAGATTAGAGTTGCCATATAATATTAACTTTAAACCT-AT-TGGG----------TAATGGTGCAAAAA-AA-------CTTGAAACTACATATAAGTgttaacattta
gi|41 : GTTA-ATACAAAATGG--A--AAGAGACGTACC-A-CAGTGTGTACA-AATTATCCATCAGTTAATACCAATT-GAAATAATAG-TGAA--ACAATT
gi|42 : TATCCATCAGTTAATAACAATT-GAAATAATAA-AAGA--A-GAC-----------------AAA--CAGTAA-TACCAATTCAATTAAGTTCTTATAAGGTT--A--GAAAAttc
gi|44 : TTCATCAGTTAATAACAATT-GAAAAAAGAG-AG------------------------------CTAGCAT-TACCAATCCAACTTAGTTCTTATAA
gi|45 : TAAGGAGTTG-CAACATAATCTGGATTTCTTAATTGATAATCAGTAGTGTTGCGAATCAAGGGAGGAATCAAGTCGatcaggtataaggagat
gi|46 : GCATGCACCATCGATAAGTATCTGTTACCCACTGAGTAATACTTTGAAGGTTTTTGAGGAGACATTCTAATATTG
gi|47 : TTTCGTTTAATCATGTGTAATTGCC------------AT--CT-TAT-TTACA-----GCAAT--GTGGTTTG--GGCTAGAAATTC---TC
gi|48 : atatagtgtTTTTTAGGTGACATTCTTATATTGTTTTTGAAAGCAAATAAACTTG------------------AGTCTATCGGTCTTACTACTGG
gi|49 : ATTGTTTC-AAAGGCAGATATATTCA------------------AGTCTATC--CCTTATTGCTGGGTCCAGCTTGTTCCGCAATGC
gi|5 : ------AAGTTA-GTACAAAATGA--A--AAAAGACTTACC-G-CAGTGTATACACAATTATCCATCAGTTAATACTAATT-GAAATAATAG-AAAA--A-AAAAATTCTTAAAAA---AAAAA-TTGGTAA-TATCAATTCAATTTAGTTCTTATAAAGTT--A--AAAAAAT----A-GAAGAATCTAAAAGGAGT-AGGGATGCAATA----TATGCATTTAGAAACTATGCAGACTTGTAA-CACAACAATA-AAA-AAAG-GTTAACCCAGTATG--A-TC----TG-----CGTTGTTGTCATTAAAGTA--ACTG-TTTA--CATATTCTA---A----ATATATATCAATATTGATTATGAAT---GT-TTATCAATAG-TTA-TAGAAAGCTT------T-------T---C-------------TTTATTTATC-T---TACTGGATATAACAATG--C-TTTTTATG--AAGGATTTCTTAATAA-----GTACTC
gi|51 : CAATGCTATTGAAGAAGGTTTACAAGATTGCCATCTAACTACAGTTCGGCAGTAAGG
gi|52 : aTTGATAAGTATCTGTTTCCCTCCAAGTAATAATTTGGAGGTTTTTGAGGAGACA
gi|53 : atTACA-----GCAAT--G-GGGCTGTGGGCCACACATTC---TCACATTATTACTTACTGCCCTCC
gi|55 : AGTTTAATCACATTTAATTG-A------------AT--TACTAT-TTGCA-----GTAAT--G-GGTTTG--GGCCt
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gi|6 : a-TCACTTA-TACCAATTCAATTCAGTTCTTATAAG-TT--AGAAAAAAAT----A-GAAGACAGTAAAAGGAAT-TTGGATGCAATA----TATGCATTTAGACACTAAACAGACTTGTAA-CATAACAACA-AAA-AA-T-GTTAACCCGGTTTA--C-TC----AG-----CAATGTTGTCATCAAAATA--ACTG-TTTA--CATATTCTA---G-------T-TATCAATATTGCTTATGAAT---GG-TTGACAA------------AAG-TT------T-------T---T-------------TTT-TCAATC-T---TATTGGATATAACAATG--A-TTTTTATG--AAGGATTTCTTAATTA-----GTACTCGGATACAAATCATTT-GAAGATTTAATAATTTGTTGTACAGCTTTGAATATTTATGTATTATCAACGTATACAAGATAAGAGTTGCCATATAATATTAACCTTATACCTAAT-TGAG
gi|7 : AA--ATAATTGAG-AA--A-----------------CATA--ACATAACA--------------A------AACTTG-ATACAAAAT-------AGGAAAATCACCCA-CAGTATGTTCACAATTATCCATCAATTAATAA-------AAAAAATGG-AACA--A-AA-TACT---------------A-TTAG-AA-TTCCGATTTAGTTTAACTC-TAAAAAGTT--A--GGAAAAG----A-GAAGGCAAGAGAAAGAATGAGGG--GAAATACTGTGATGCA-TTAGACAC--------CCTG-----------ATA-GAA-AACT-GCTAACCAGGTATGCCACTC----AGT----CAACATTCTCATCATAGAA--ATAGTTTTATCTATGTTCTATTTG----AGATAT---AATAAGGATTATCAATAAGGCATTATTAATAATTTA-TGGCAAGc
gi|7 : TTTATGGCAAGGAATTACTAA--------ATGCTCTGATGCGAATCTTCTTGAAGATTCAATAAgaattactaaatgctctgatgcgaatcttcttgaagattcaataa
gi|8 : aaataattgagaaacataacataacaaaacttgatacaaaataggaaaatcacccacagtatgttcacaattatccatcaattaataaaaaaaatggaacaaaatactattagaattccgatttagtttaactctaaaaagttaggaaaagagaaggcaagagaaagaatgaggggaaatactgtgatgcattagacaccctgatagaaaactgctaaccaggtatgccactcagtcaacattctcatcatagaaatagttttatctatgttctatttgagatataataaggattatcaataaggcattattaataaGTTA-ATTCAAAATGA--A--AAGATGCGTACC-A-CAGTGTGTACACAGTT--CCATCAGTAAATACCAATT-GAAATAATAG-AGAA--A-AATTATTT------ATTAAAAAA-TCAGTAA-TATCAATTCCATTTAGTTCTTATAAGGTT--A--AAAAAAA----AAGAAGACTGGAAAAGGAAT-AGGAATGCAATA----GATGCATTTAGACACTATGCAGACTTGTAA-CACAACAATA-AAA-AAAG-ATAAACCCGGTATG--A-TC----TA-----CATTGTTGTCATTAAGGTA--ACTG-TTTA--CATATTCTA---G----ATATATATCAATATTTATTATATAT---TT-TTGTT--TTT-TTT-TATAAATTTT------T-------T---TTTTTTTTTTTTTTTTT-TTTTTC-T---TATTGGATATAACAATG--C-CTTTT
gi|9 : GTTTAAAGATATTTTATTG-C-------------T--TAATGTATTGCAAATAAGCAAA--G-GGGTCG--GGCCACAAGTTCTAATAACAATATTAATTAAGGCCCTTCTC
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blockSeqs : T CC . A . . . . . . A A C A . A . AGAAA T . C A . A A . . . . . . TAAC . . . . G . . . . A . TT . . TG AA . . . G A . A . . T TTCT . . . C . . T G . . G . . G . A . .
blockSeqs : T . A . . . . . . C A T A . . . AGAAA . . . . . A T . . . . . . TACT . . . . T . . . . A . AG . . AG AG . . . G A . T . . C TATT . . . A . . A A . . . . . A .
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blockSeqs : C . C . . . . . . A . . . . . . . . . . . TA . . . . T . . . . A . AG . . AG GT . . . G . . C . . C TTT . . . C . . G A
blockSeqs : C . A . . . . . . A . . . . . . . C . . . . T . . . . A . T . . TG AA . . . G . . T . . T TTC . . . A . . T T
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . AG AA . . . . . . T . . . TTT . . . C . .
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blockSeqs : . .
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14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|27 ): AAAAGTTAAATTCGGCCTTCCTCCTCCAAGTAACACATTTACAGTGCATAACAAAACCAATTACATGTTTATGCTAATATCATTCATTGTAAACATACAGTAATTGATTGAGTGAGAGAAAGG
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gi|9 : GTTTAAAGATATTTTATTG-C-------------T--TAATGTATTGCAAATAAGCAAAG-GGG--TCG--GGCCACAAGTTCTAATAACAATATTAATTAAGGCCCTTCTC
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