lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777 1111 11 8888888888888888888888888888888888888888888 11 1 4444444444444444444444444444444444444444 6666666666666666666666 11111 22 2222222222222222 111111 11 1111 11111111 111 222222222222222222222
lowQualScore : 000 7777 3 888 44 4444444444444444444444444444444444444444444 44 4 1 5 0 4 3 0 0 0000000000000000000000000000000000000000 8 7 2 3333333333333333333333 8 55 44444 5 3 22 4 777 7777777777777777 555555 44 3 22 555 7777 44 77777 22222222 77 333 44444 3 777777777777777777777 5 5 6
lowQualScore : ... .... . ... .. ........................................... .. . . . . . . . . ........................................ . . . ...................... . .. ..... . . .. . ... ................ ...... .. . .. ... .... .. ..... ........ .. ... ..... . ..................... . . .
lowQualScore : 000 0000 0 000 55 5555555555555555555555555555555555555555555 22 9 8 6 2 2 1 7 4 8888888888888888888888888888888888888888 2 0 5 9999999999999999999999 0 55 33333 0 0 66 4 000 7777777777777777 444444 22 1 55 444 5555 22 77777 88888888 99 999 77777 3 000000000000000000000 7 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCC---ATTGGCTATCGTAGNCTGNANNACATCTGACTGCCCATTCAAGGGTNGNGNNCCNGTATCCGCTACCTGCGCATTACACAGTNTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGNTCTACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG--AATATATNCG------GAAGTAGTCAGCGACCTGCANAGANAGTTGTGTG-CTA-G---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGN----ATC-CAAGNAA-TGATG---AT-----TAGG-------TGT------G--CTGA-CC-GCT---GTTAA--ATA--ACTG-----AAAT-------ACTGTTG--AAN-AAAG--G--CA-AAAAGNCTC---A------A----AC-AAA-C-AAAGTAACA
Reference ( gi|1 ) : AATAAGCTGAAGTATGTAAAATGTATTATTTTCTTGTTTCCGAAATTGGCTAGCACAATCCGTAATACATCTGACTG-CTAT----GGGTGGAGAGTTTGAAT-C----CCTG-ATAAGACACAGTTTCTATGATGATTAGTCTTGAACTTTGTTCTACGGCCATGAGTCTAC--C-TA----C-T----CTG--ACTATACATG------GAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGATA-TTGTGTGCCTA-G---TACTTG-TTAACCACCTAGCAA----ATC-CAAGTCA-TGATG---AT-----TTGA-------TGT------G--CTGA-CT-TCT---GTTGA--ATA--ACTG-----AAAC-------ACTGTTG--AAT-AAAG--G--CA-AAAAGTCTC---A------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|5 : TTCC---ATTGGCTATCGTAGGCTAAAACACATTTGACTGTCCA---------GGAGTCCCCGTATCC----CCTGCACATTACACACTATCTTTGATGATTTTTCATGAACTTTGTTCTA
gi|2 : ATCTGTACAACATCTGACTGCCTATTCAAGGGTTGCGAATCAG-AT-CGCTACCTG-GT----CACAG--TCTTTGATAATTGGTCATGAA---------A-----ACGAGTCTTC--C--A----CAT----TTC--AATATGCTTG------TAAGTAGTCtaaatacgaatataaatcttcctct
gi|3 : tttggttatttgttcttttgccATAGCTTTAATGATAATTGGTCATGAACTGTGCTCTAGGACAATGAGT------------------------------------------GAA-TAGTCAG--ACCTGCAGAAAT----GAGT---TACA---TGCTGG-CTAACCGTCTTTCGG----ACC-CAAGGAA-TGATG---AT-----CAGG-------TAT------G--CTGATCT-TCCCCAGTTAAACATA--TATA-----ATACTGTTCGTACTGTTG--AAA-AAAG--G--CA-Acatttacctggcaagattatcccagaaatgatcatacatgtaggggtgccgactgctgttctatgactgaaacatgattgaaaaatggcaaaa
gi|8 : CGGTCTTTGTGATTATTGGTCATGAACTTTGCTCGACGACTATGAGTCTAT--A-TATCACT-T----TTG--AATATATCCT------GAAGTAATTTGCGAC
gi|11 : tcgaattcccaccaaatTCTGGGGTGATTGGTTATGAGGGTTGTTCTACGACCATGAGTCTACTAC-TA----C-TACTACTGAAACTACA-ATGTATAAAGAAGAAGTCAGTGA
gi|18 : acataTCTGTGATGATTAGTCATGAACATTAATCTACAGCCATGA
gi|20 : tggccCTACGATGACTAGTCCTGAACTTTGTTCTACGGCCATtgg
gi|4 : gtcaTTA-TCATGAACTTTAACC-ACGGCCATAAGTCTTC--CATA------T----TGG--AAGATTTAGT------GAAGCAGTAAGTGAGTTACATAGAAAGTTGTATG--TA-T---TA-TTGTTTAACTGCCTGACGC----ATC-CAAGGAA-CGGTG---AT-----T--A-------TG----------------T-CCT---GTT---------ACTG-----AAAT-------AATGCTG-------AAG--A--CA-AAATGTGTC---A------A----A
gi|7 : tGTGTGCTCA-GGCATA-TTG-TTAACCACCTAGCAA----ATT-CCATTAA-TGATG---AT-----TAGG-------TGT------G--TGAA-CC-ACT---GTTAC--ACA--ACTACCTGTAAAT-------ACTGGTG--AAA-CAAG--GAACA-AAA---CTC---AT-----A----AC-AAA-C-AA
gi|6 : CTA-G---TACTTG-GTAACG--CTAACAC----AT----------TGACG---AT-----TTAAAATTCAGTGC------G--CTGA-CC-GCT---ATACT--ATA--ACTA-----AAGT-------ACTGTTG--AAC--AAG--C--CG-TAAACTCAC---ACAACCCA----AC-AAA-C-AAAACAATA
gi|12 : -TTAA--ACC-AGGAA------C-CAAGAAA-TGATG---TT-----TTGG-------TGT------G--CAGA-CTGCCT---GTT-A--ATA--ACTG-----CAAT-------ACTGTT---AAC-AGAA--G---A-ACAAG---C---A------A----AC-AAA-tgtcgg
gi|2 : ACCTGGCAAGATTATC-CCAGAAA-TGATC---ATACATGTAGG-------GGT------G--CCGA-CT-GCT---GTTCT--ATG--ACTG-----AAAC-------ATGATTG--AAA-AATG--G--CA-AAAt
gi|9 : tttggttatttgttcttttgccatctgtacaacatctgactgcctattcaagggttgcgaatcagatcgctacctggtcacagtctttgataattggtcatgaaaacgagtcttccacatttcaatatgcttgtaagtagtccatttACCTAGCAG----ATCTCAAG-AA-GGATGCAGAC-----T-AA-------GGTTGCC--A--CTGA-TT-GTT---ATTTA--ATA--ACTG-----AAAT-------ACTGCTGAAAAT-AAAGGTG--CA-AAA
gi|10 : TC-CCAGACA-CGATA---AG-----T--A-------TGT------GAGTTAT-CC-GCT---GTTAA--GTA--ACAG-----AAAC-------ACTGTTA--AAT-ACAG--G--CG-TAATGACAT---A------A----AC-AAA-CAAAAGTAACAcacagtacaaat
gi|13 : GTCAGTGAT----AT-----TCAC-------TGTAGGTCAG--TTGA-CTGTCT----TTAA--ATG--ACTG-----AAAT-------AC-ATTG--AAA-AATG--G--CA-TAAAGCCCC---A------A----AC-AAA-C-AAAttt
gi|14 : TG---AT-----TAGA-------TGC------A--CTCA-CT-GCT---GT--A--ATATTACTG-----AAAT-------ACTGGTG--AACAAAAG--G--AA-AAAAACCTCCATA------AT---ACAAAA-C-AAA
gi|22 : T-----TAGG-------TGT------G--CTGA-CC-TCC---ATTAA--ATA--ACTG-----AAActttg
gi|16 : GG-------TGT------G--CTGA-CT-GTC---GTTAC--ATA--ACCA-----AAAT-------ATTGCTGA-AAT-AAAG--G--TACAAAACTCT
gi|15 : aa-------TGT------G--CTTA-TC-TCT---GTTGA--ATA--AGTG-----AAAT-------ATTGTTG--AA------------A-AAAAGACTT---A------AAACCAC-AAATC-GAAGTAAacactaca
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTAACTGTAAAAAGGCAAAAATCTTTAAACAAAAACAAAATCATAATATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATTAGGTGCGCTGACCACTGTAATATAACTTGAGTACTGTTG
Unaligned ( gi|21 ): TGTGTCTAGCACTGGTTAACTTCCCAGTAGACTCT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAGGAAAATAACTCAAATAATCGTTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 333 1 66666666666666666666666666666666666666 1111111 6666666666666666666666666666666666666 11 222222 2222222222222
lowQualScore : 555 3 1 1 22 2 0 33333333333333333333333333333333333333 333 1 2 4444444 3 5555555555555555555555555555555555555 9 0 1 44 6 8 8 333333 88 3 1 4 1 1 66 8888 77777 2 444 5555 0 2 33 99999999 99999 66 77 44 2 99 777 5555555555555 5 5 5 0
lowQualScore : ... . . . .. . . ...................................... ... . . ....... . ..................................... . . . .. . . . ...... .. . . . . . .. .... ..... . ... .... . . .. ........ ..... .. .. .. . .. ... ............. . . . .
lowQualScore : 000 0 0 0 00 0 7 00000000000000000000000000000000000000 999 7 6 6666666 0 0000000000000000000000000000000000000 6 7 0 33 7 0 0 888888 66 2 0 4 7 0 11 5555 77777 9 777 7777 5 7 99 77777777 33333 88 11 22 8 55 000 4444444444444 0 0 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATCC----CCTG-ATA--ACACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNA--ACGAT----GAT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATA--------ACTG-----AAATACTGTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
Reference ( family-45 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCC---ATTGGCTATCGTAGNCTGNANNACATCTGACTGCCCATTCAAGGGTNGNGNNCCNGTATCCGCTACCTGCGCATTACACAGTNTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGNTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATNCGGAAGTAGTCAGCGACCTGCANAGAN-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGNATC-CAAGNA--ATGAT----GAT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATA--------ACTG-----AAATACTGTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAACA
gi|1 : TTCCGAAATTGGCTAGCACAATCCGTAATACATCTGACTG-CTAT----GGGTGGAGAGTTTGAATC-----CCTG-ATAAGACACAGTTTCTATGATGATTAGTCTTGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTAC--C-TA----C-T----CTG-------ACTATACATGGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-A-TTGTGTGCCT-AG---TACTTG-TTAACCACCTAGCAAATC-CAAGTC--ATGAT----GAT-----TT-GATGTGC---TGA----CTTC-TGTTGAATA--------ACTG-----AAACACTGTTG--AA-TAAAG--GCAAAAAGTCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|10 : aataagctgaagtatgtaaaatgtattattttcttgtTC-CCAGAC--ACGAT----AAG-----TA-TGTGAGT---TAT----CCGC-TGTTAAGTA--------ACAG-----AAACACTGTTA--AA-TACAG--GCGTAATGACAT---A--------A----AC-AAA-CAAAAGTAACA
gi|11 : ACA-TATCTGGGGTGATTGGTTATGAGGGTTGTTC------TACGACCATGAGTCTACTAC-TA----C-TACTACTGAAACTACAATGTATAAAGAAGAAGTCAGTGAttt
gi|12 : GGAAC-CAAGAA--ATGAT----GTT-----TT-GGTGTGC---AGA----CTGCCTGTTAA-TA--------ACTG-----CAATACTGTT---AA-CAGAA--G-AACAAG---C---A--------A----AC-AAA-
gi|13 : ttaaacca-----TA-GGTCAGT---TGA----CTGT-CTTTAAATG--------ACTG-----AAATAC-ATTG--AA-AAATG--GCATAAAGCCCC---A--------A----AC-AAA-C-AAAt
gi|14 : gtcagtgatattcactgT----GAT-----TA-GATGCAC---TCA----CTGC-TGTAATATT--------ACTG-----AAATACTGGTG--AACAAAAG--GAAAAAAACCTCCATA--------AT---ACAAAA-C-AAA
gi|15 : GTGTGC---TTA----TCTC-TGTTGAATA--------AGTG-----AAATATTGTTG--AA----------AAAAAGACTT---A--------AAACCAC-AAATC-GAAGTAActttg
gi|16 : A-GGTGTGC---TGA----CTGT-CGTTACATA--------ACCA-----AAATATTGCTGA-AA-TAAAG--GTACAAA-ACTC---actaattt
gi|18 : aGCCTCTGTGATGATTAGTCATGAACATTAATC------TACAGCCATGAtacactaca
gi|19 : tgAT-----TA-GGTGCGC---TGA----CCAC-TGTAATATA--------ACTT-----GAGTACTGTTG--tgg
gi|2 : CTGTACAACATCTGACTGCCTATTCAAGGGTTGCGAATCAG-AT-CGCTACCTG-GT----CACAG--TCTTTGATAATTGGTCATGAA---------------A-----ACGAGTCTTC--C--A----CAT----TTC-------AATATGCTTGTAAGTAGTC
gi|2 : tttggttatttgttcttttgccatATC-CCAGAA--ATGAT----CATACATGTA-GGGGTGC---CGA----CTGC-TGTTCTATG--------ACTG-----AAACATGATTG--AA-AAATG--GCAAAAcatttacctggcaagattatcccagaaatgatcatacatgtaggggtgccgactgctgttctatgactgaaacatgattgaaaaatggcaaaa
gi|20 : tttggttatttgttcttttgccatctgtacaacatctgactgcctattcaagggttgcgaatcagatcgctacctggtcacagtctttgataattggtcatgaaaacgagtcttccacatttcaatatgcttgtaagtagtccatttacctggcaagattGTCACTACGATGACTAGTCCTGAACTTTGTTC------TACGGCCAT
gi|22 : T-----TA-GGTGTGC---TGA----CCTC-CATTAAATA--------ACTG-----AAA
gi|3 : TGATAATTGGTCATGAACTGTGCTC------TAGGACAATGAGT-----------------------------------------GAA-TAGTCAG--ACCTGCAGAAATGAGTTACATG-CT-GG---C-------TAACCGTCTTTCGGACC-CAAGGA--ATGAT----GAT-----CA-GGTATGC---TGATCTTCCCC-AGTTAAACATATATAATACTGT----TCGTACTGTTG--AA-AAAAG--GCAA
gi|4 : atagctttaaTCATGAACTTTAACC-------ACGGCCATAAGTCTTC--CATA------T----TGG-------AAGATTTAGTGAAGCAGTAAGTGAGTTACATAGAA-AGTTGTATG--T-AT---TA-TTGTTTAACTGCCTGACGCATC-CAAGGA--ACGGT----GAT-----TA---TGT-C-------------C-TGTT-------------ACTG-----AAATAATGCTG--AA-GA------CAAAATGTGTC---A--------A----A
gi|5 : tttaTTCC---ATTGGCTATCGTAGGCTAAAACACATTTGACTGTCCA---------GGAGTCCCCGTATCC----CCTGCACATTACACACTATCTTTGATGATTTTTCATGAACTTTGTTCTATAAATACGAATATAAATCTTC--C-T
gi|6 : -CT-AG---TACTTG-GTAAC-GC-TAACACAT------TG--ACGATTTAAAAT-----TC-AGTGCGC---TGA----CCGC-TATACTATA--------ACTA-----AAGTACTGTTG--AA-C-AAG--CCGTAAA--CTC---ACACAACCCA----AC-AAA-C-AAAACAATAct
gi|7 : GTGTG-CTCAGGCATA-TTG-TTAACCACCTAGCAAATT-CCATTA--ATGAT----GAT-----TA-GGTGTGT---GAA----CCAC-TGTTACACA--------ACTACCTGTAAATACTGGTG--AA-ACAAG--G-AACAAAACTC---AT-------A----AC-AAA-C-AAtgtcgg
gi|8 : CGGTCTTTGTGATTATTGGTCATGAACTTTGCTC------GACGACTATGAGTCTAT--A-TATCACT-T----TTG-------AATATATCCTGAAGTAATTTGCGAC
gi|9 : tcgaattcccaccaaatCCTAGCAGATCTCAAGAAGGATGCA----GAC-----TAAGGT-TGCCACTGA----TTGT-TATTTAATA--------ACTG-----AAATACTGCTGAAAA-TAAAGGTGCAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTAACTGTAAAAAGGCAAAAATCTTTAAACAAAAACAAAATCATAATATTTGA
Unaligned ( gi|21 ): TGTGTCTAGCACTGGTTAACTTCCCAGTAGACTCT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAGGAAAATAACTCAAATAATCGTTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 222 33333 1 2222 444444444 1111111 666666666666666666666666666 11111 1 222222 11111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 111 1 1 0 1 6 55555 1 3 3 1111 333333333 1 2 4444444 3 111111111111111111111111111 11111 4 3 3 6 8 8 333333 88 3 1 4 1 5 1 00000000 77777 2 444 5555 0 2 33 66666 111111111 66 77 44 2 99 777 5555555555555 5 5 5
lowQualScore : ... . . . . . ..... . . . .... ......... . . ....... . ........................... ..... . . . . . . ...... .. . . . . . . ........ ..... . ... .... . . .. ..... ......... .. .. .. . .. ... ............. . . .
lowQualScore : 000 0 0 7 0 7 77777 0 7 3 7777 777777777 7 8 6666666 0 333333333333333333333333333 88888 6 8 3 7 0 0 888888 66 2 7 4 7 3 7 66666666 77777 9 777 7777 5 7 99 77777 444444444 88 11 22 8 55 000 4444444444444 0 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A--CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
Reference ( family-45 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---ATAA--CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|1 : TTCCGAAATTGGCTAGCACAATCCGTAATACATCTGACTGC-TAT----GGGTGGAGAGTTTG-AAT-C--CCTG---ATAAGACACAGTTTCTATGATGATTAGTCTTGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTAC--C-TA----C-T----CTG-------ACTATACATGGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-A-TTGTGTGCCT-AG---TACTTG-TTAACCACCTAGCAAATC-CAAGTCATGAT----G---AT-----TT-GATGTGC---TGA----CTTC-TGTTGAATAACTG-----AAACACT---------GTTG--AA-TAAAG--GCAAAAAGTCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|10 : aataagctgaagtatgtaaaatgtattattttcttgtTC-CCAGACACGAT----A---AG-----TA-TGTGAGT---TAT----CCGC-TGTTAAGTAACAG-----AAACACT---------GTTA--AA-TACAG--GCGTAATGACAT---A--------A----AC-AAA-CAAAAGTAACA
gi|11 : TCTGGGGTGATTGGTTATGAGGGTTGTTC------TACGACCATGAGTCTACTAC-TA----C-TACTACTGAAACTACAATGTATAAAGAAGAAGTCAGTGAttt
gi|12 : acataGGAAC-CAAGAAATGAT----G---TT-----TT-GGTGTGC---AGA----CTGCCTGTTAA-TAACTG-----CAATACT---------GTT---AA-CAGAA--G-AACAAG---C---A--------A----AC-AAA-
gi|13 : ttaaacca-----TA-GGTCAGT---TGA----CTGT-CTTTAAATGACTG-----AAATAC----------ATTG--AA-AAATG--GCATAAAGCCCC---A--------A----AC-AAA-C-AAAt
gi|14 : gtcagtgatattcactgT----G---AT-----TA-GATGCAC---TCA----CTGC-TGTAATATTACTG-----AAATACT---------GGTG--AACAAAAG--GAAAAAAACCTCCATA--------AT---ACAAAA-C-AAA
gi|15 : GTGTGC---TTA----TCTC-TGTTGAATAAGTG-----AAATATT---------GTTG--AA----------AAAAAGACTT---A--------AAACCAC-AAATC-GAAGTAActttg
gi|16 : A-GGTGTGC---TGA----CTGT-CGTTACATAACCA-----AAATATT---------GCTGA-AA-TAAAG--GTACAAA-ACTC---actaattt
gi|18 : aGCCTCTGTGATGATTAGTCATGAACATTAATC------TACAGCCATGAtacactaca
gi|19 : tg---AT-----TA-GGTGCGC---TGA----CCAC-TGTAATATAACTT-----GAGTACT---------GTTG--tgg
gi|2 : CTGTACAACATCTGACTGCCTATTCAAGGGTTGCGAATCAG-ATCGCTACCTG---GT----CACAGTCTT--TGATAATTGGTCATGAA---------------A-----ACGAGTCTTC--C--A----CAT----TTC-------AATATGCTTGTAAGTAGTC
gi|2 : tttggttatttgttcttttgccatATC-CCAGAAATGAT----C---ATACATGTA-GGGGTGC---CGA----CTGC-TGTTCTATGACTG-----AAACATG---------ATTG--AA-AAATG--GCAAAAcatttacctggcaagattatcccagaaatgatcatacatgtaggggtgccgactgctgttctatgactgaaacatgattgaaaaatggcaaaa
gi|20 : tttggttatttgttcttttgccatctgtacaacatctgactgcctattcaagggttgcgaatcagatcgctacctggtcacagtctttgataattggtcatgaaaacgagtcttccacatttcaatatgcttgtaagtagtccatttacctggcaagattGTCACTACGATGACTAGTCCTGAACTTTGTTC------TACGGCCAT
gi|22 : T-----TA-GGTGTGC---TGA----CCTC-CATTAAATAACTG-----AAA
gi|3 : TGATAATTGGTCATGAACTGTGCTC------TAGGACAATGAGT-----------------------------------------GAA-TAGTCAG--ACCTGCAGAAATGAGTTACATG-CT-GG---C-------TAACCGTCTTTCGGACC-CAAGGAATGAT----G---AT-----CA-GGTATGC---TGATCTTCCCC-AGTTAAACATATA-----TAATACTGTTCGTACTGTTG--AA-AAAAG--GCAA
gi|4 : atagctttaaTCATGAACTTTAACC-------ACGGCCATAAGTCTTC--CATA------T----TGG-------AAGATTTAGTGAAGCAGTAAGTGAGTTACATAGAA-AGTTGTATG--T-AT---TA-TTGTTTAACTGCCTGACGCATC-CAAGGAACGGT----G---AT-----TA---TGT-C-------------C-TGTT-----ACTG-----AAATAAT---------GCTG--AA-GA------CAAAATGTGTC---A--------A----A
gi|5 : tttaTTCC---ATTGGCTATCGTAGGCTAAAACACATTTGACTGTCCA---------GGAGTCCCCGTATC-C--CCTGCACATTA--CACACTATCTTTGATGATTTTTCATGAACTTTGTTCTATAAATACGAATATAAATCTTC--C-T
gi|6 : -CT-AG---TACTTG-GTAAC-GC-TAACACAT------TGACGATTTAAA---AT-----TC-AGTGCGC---TGA----CCGC-TATACTATAACTA-----AAGTACT---------GTTG--AA-C-AAG--CCGTAAA--CTC---ACACAACCCA----AC-AAA-C-AAAACAATAct
gi|7 : GTGTG-CTCAGGCATA-TTG-TTAACCACCTAGCAAATT-CCATTAATGAT----G---AT-----TA-GGTGTGT---GAA----CCAC-TGTTACACAACTACCTGTAAATACT---------GGTG--AA-ACAAG--G-AACAAAACTC---AT-------A----AC-AAA-C-AAtgtcgg
gi|8 : CGGTCTTTGTGATTATTGGTCATGAACTTTGCTC------GACGACTATGAGTCTAT--A-TATCACT-T----TTG-------AATATATCCTGAAGTAATTTGCGAC
gi|9 : tcgaattcccaccaaatCCTAGCAGATCTCAAG-AAGGAT----GCAGAC-----TAAGGT-TGCCACTGA----TTGT-TATTTAATAACTG-----AAATACT---------GCTGAAAA-TAAAGGTGCAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTAACTGTAAAAAGGCAAAAATCTTTAAACAAAAACAAAATCATAATATTTGA
Unaligned ( gi|21 ): TGTGTCTAGCACTGGTTAACTTCCCAGTAGACTCT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAGGAAAATAACTCAAATAATCGTTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 222 33333 1 2222 5555555555 1111111 666666666666666666666666666 11111 1 222222 11111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 111 1 1 0 1 6 55555 1 3 3 1111 4444444444 1 2 4444444 3 111111111111111111111111111 11111 4 3 3 6 8 8 333333 88 3 1 4 1 5 1 00000000 77777 2 444 5555 0 2 33 66666 111111111 66 77 44 2 99 777 5555555555555 5 5 5
lowQualScore : ... . . . . . ..... . . . .... .......... . . ....... . ........................... ..... . . . . . . ...... .. . . . . . . ........ ..... . ... .... . . .. ..... ......... .. .. .. . .. ... ............. . . .
lowQualScore : 000 0 0 7 0 7 77777 0 7 3 7777 3333333333 7 8 6666666 0 333333333333333333333333333 88888 6 8 3 7 0 0 888888 66 2 7 4 7 3 7 66666666 77777 9 777 7777 5 7 99 77777 444444444 88 11 22 8 55 000 4444444444444 0 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
Reference ( family-45 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|1 : TTCCGAAATTGGCTAGCACAATCCGTAATACATCTGACTGC-TAT----GGGTGGAGAGTTTG-AAT-C--CCTG---AT-AAGACACAGTTTCTATGATGATTAGTCTTGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTAC--C-TA----C-T----CTG-------ACTATACATGGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-A-TTGTGTGCCT-AG---TACTTG-TTAACCACCTAGCAAATC-CAAGTCATGAT----G---AT-----TT-GATGTGC---TGA----CTTC-TGTTGAATAACTG-----AAACACT---------GTTG--AA-TAAAG--GCAAAAAGTCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|10 : aataagctgaagtatgtaaaatgtattattttcttgtTC-CCAGACACGAT----A---AG-----TA-TGTGAGT---TAT----CCGC-TGTTAAGTAACAG-----AAACACT---------GTTA--AA-TACAG--GCGTAATGACAT---A--------A----AC-AAA-CAAAAGTAACA
gi|11 : TCTGGGGTGATTGGTTATGAGGGTTGTTC------TACGACCATGAGTCTACTAC-TA----C-TACTACTGAAACTACAATGTATAAAGAAGAAGTCAGTGAttt
gi|12 : acataGGAAC-CAAGAAATGAT----G---TT-----TT-GGTGTGC---AGA----CTGCCTGTTAA-TAACTG-----CAATACT---------GTT---AA-CAGAA--G-AACAAG---C---A--------A----AC-AAA-
gi|13 : ttaaacca-----TA-GGTCAGT---TGA----CTGT-CTTTAAATGACTG-----AAATAC----------ATTG--AA-AAATG--GCATAAAGCCCC---A--------A----AC-AAA-C-AAAt
gi|14 : gtcagtgatattcactgT----G---AT-----TA-GATGCAC---TCA----CTGC-TGTAATATTACTG-----AAATACT---------GGTG--AACAAAAG--GAAAAAAACCTCCATA--------AT---ACAAAA-C-AAA
gi|15 : GTGTGC---TTA----TCTC-TGTTGAATAAGTG-----AAATATT---------GTTG--AA----------AAAAAGACTT---A--------AAACCAC-AAATC-GAAGTAActttg
gi|16 : A-GGTGTGC---TGA----CTGT-CGTTACATAACCA-----AAATATT---------GCTGA-AA-TAAAG--GTACAAA-ACTC---actaattt
gi|18 : aGCCTCTGTGATGATTAGTCATGAACATTAATC------TACAGCCATGAtacactaca
gi|19 : tg---AT-----TA-GGTGCGC---TGA----CCAC-TGTAATATAACTT-----GAGTACT---------GTTG--tgg
gi|2 : CTGTACAACATCTGACTGCCTATTCAAGGGTTGCGAATCAG-ATCGCTACCTG---GT-----CACAGTCTT--TGATAATTGGTCATGAA---------------A-----ACGAGTCTTC--C--A----CAT----TTC-------AATATGCTTGTAAGTAGTC
gi|2 : tttggttatttgttcttttgccatATC-CCAGAAATGAT----C---ATACATGTA-GGGGTGC---CGA----CTGC-TGTTCTATGACTG-----AAACATG---------ATTG--AA-AAATG--GCAAAAcatttacctggcaagattatcccagaaatgatcatacatgtaggggtgccgactgctgttctatgactgaaacatgattgaaaaatggcaaaa
gi|20 : tttggttatttgttcttttgccatctgtacaacatctgactgcctattcaagggttgcgaatcagatcgctacctggtcacagtctttgataattggtcatgaaaacgagtcttccacatttcaatatgcttgtaagtagtccatttacctggcaagattGTCACTACGATGACTAGTCCTGAACTTTGTTC------TACGGCCAT
gi|22 : T-----TA-GGTGTGC---TGA----CCTC-CATTAAATAACTG-----AAA
gi|3 : TGATAATTGGTCATGAACTGTGCTC------TAGGACAATGAGT-----------------------------------------GAA-TAGTCAG--ACCTGCAGAAATGAGTTACATG-CT-GG---C-------TAACCGTCTTTCGGACC-CAAGGAATGAT----G---AT-----CA-GGTATGC---TGATCTTCCCC-AGTTAAACATATA-----TAATACTGTTCGTACTGTTG--AA-AAAAG--GCAA
gi|4 : atagctttaaTCATGAACTTTAACC-------ACGGCCATAAGTCTTC--CATA------T----TGG-------AAGATTTAGTGAAGCAGTAAGTGAGTTACATAGAA-AGTTGTATG--T-AT---TA-TTGTTTAACTGCCTGACGCATC-CAAGGAACGGT----G---AT-----TA---TGT-C-------------C-TGTT-----ACTG-----AAATAAT---------GCTG--AA-GA------CAAAATGTGTC---A--------A----A
gi|5 : tttaTTCC---ATTGGCTATCGTAGGCTAAAACACATTTGACTGTCCA---------GGAGTCCCCGTATC-C--CCTGCACATTA---CACACTATCTTTGATGATTTTTCATGAACTTTGTTCTATAAATACGAATATAAATCTTC--C-T
gi|6 : -CT-AG---TACTTG-GTAAC-GC-TAACACAT------TGACGATTTAAA---AT-----TC-AGTGCGC---TGA----CCGC-TATACTATAACTA-----AAGTACT---------GTTG--AA-C-AAG--CCGTAAA--CTC---ACACAACCCA----AC-AAA-C-AAAACAATAct
gi|7 : GTGTG-CTCAGGCATA-TTG-TTAACCACCTAGCAAATT-CCATTAATGAT----G---AT-----TA-GGTGTGT---GAA----CCAC-TGTTACACAACTACCTGTAAATACT---------GGTG--AA-ACAAG--G-AACAAAACTC---AT-------A----AC-AAA-C-AAtgtcgg
gi|8 : CGGTCTTTGTGATTATTGGTCATGAACTTTGCTC------GACGACTATGAGTCTAT--A-TATCACT-T----TTG-------AATATATCCTGAAGTAATTTGCGAC
gi|9 : tcgaattcccaccaaatCCTAGCAGATCTCAAG-AAGGAT----GCAGAC-----TAAGGT-TGCCACTGA----TTGT-TATTTAATAACTG-----AAATACT---------GCTGAAAA-TAAAGGTGCAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTAACTGTAAAAAGGCAAAAATCTTTAAACAAAAACAAAATCATAATATTTGA
Unaligned ( gi|21 ): TGTGTCTAGCACTGGTTAACTTCCCAGTAGACTCT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAGGAAAATAACTCAAATAATCGTTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 222 33333 1 2222 5555555555 1111111 666666666666666666666666666 11111 1 222222 11111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 111 1 1 0 1 6 55555 1 3 3 1111 4444444444 1 2 4444444 3 111111111111111111111111111 11111 4 3 3 6 8 8 333333 88 3 1 4 1 5 1 00000000 77777 2 444 5555 0 2 33 66666 111111111 66 77 44 2 99 777 5555555555555 5 5 5
lowQualScore : ... . . . . . ..... . . . .... .......... . . ....... . ........................... ..... . . . . . . ...... .. . . . . . . ........ ..... . ... .... . . .. ..... ......... .. .. .. . .. ... ............. . . .
lowQualScore : 000 0 0 7 0 7 77777 0 7 3 7777 3333333333 7 8 6666666 0 333333333333333333333333333 88888 6 8 3 7 0 0 888888 66 2 7 4 7 3 7 66666666 77777 9 777 7777 5 7 99 77777 444444444 88 11 22 8 55 000 4444444444444 0 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
Reference ( family-45 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|1 : TTCCGAAATTGGCTAGCACAATCCGTAATACATCTGACTGC-TAT----GGGTGGAGAGTTTG-AAT-C--CCTG---AT-AAGACACAGTTTCTATGATGATTAGTCTTGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTAC--C-TA----C-T----CTG-------ACTATACATGGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-A-TTGTGTGCCT-AG---TACTTG-TTAACCACCTAGCAAATC-CAAGTCATGAT----G---AT-----TT-GATGTGC---TGA----CTTC-TGTTGAATAACTG-----AAACACT---------GTTG--AA-TAAAG--GCAAAAAGTCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|10 : aataagctgaagtatgtaaaatgtattattttcttgtTC-CCAGACACGAT----A---AG-----TA-TGTGAGT---TAT----CCGC-TGTTAAGTAACAG-----AAACACT---------GTTA--AA-TACAG--GCGTAATGACAT---A--------A----AC-AAA-CAAAAGTAACA
gi|11 : TCTGGGGTGATTGGTTATGAGGGTTGTTC------TACGACCATGAGTCTACTAC-TA----C-TACTACTGAAACTACAATGTATAAAGAAGAAGTCAGTGAttt
gi|12 : acataGGAAC-CAAGAAATGAT----G---TT-----TT-GGTGTGC---AGA----CTGCCTGTTAA-TAACTG-----CAATACT---------GTT---AA-CAGAA--G-AACAAG---C---A--------A----AC-AAA-
gi|13 : ttaaacca-----TA-GGTCAGT---TGA----CTGT-CTTTAAATGACTG-----AAATAC----------ATTG--AA-AAATG--GCATAAAGCCCC---A--------A----AC-AAA-C-AAAt
gi|14 : gtcagtgatattcactgT----G---AT-----TA-GATGCAC---TCA----CTGC-TGTAATATTACTG-----AAATACT---------GGTG--AACAAAAG--GAAAAAAACCTCCATA--------AT---ACAAAA-C-AAA
gi|15 : GTGTGC---TTA----TCTC-TGTTGAATAAGTG-----AAATATT---------GTTG--AA----------AAAAAGACTT---A--------AAACCAC-AAATC-GAAGTAActttg
gi|16 : A-GGTGTGC---TGA----CTGT-CGTTACATAACCA-----AAATATT---------GCTGA-AA-TAAAG--GTACAAA-ACTC---actaattt
gi|18 : aGCCTCTGTGATGATTAGTCATGAACATTAATC------TACAGCCATGAtacactaca
gi|19 : tg---AT-----TA-GGTGCGC---TGA----CCAC-TGTAATATAACTT-----GAGTACT---------GTTG--tgg
gi|2 : CTGTACAACATCTGACTGCCTATTCAAGGGTTGCGAATCAG-ATCGCTACCTG---GT-----CACAGTCTT--TGATAATTGGTCATGAA---------------A-----ACGAGTCTTC--C--A----CAT----TTC-------AATATGCTTGTAAGTAGTC
gi|2 : tttggttatttgttcttttgccatATC-CCAGAAATGAT----C---ATACATGTA-GGGGTGC---CGA----CTGC-TGTTCTATGACTG-----AAACATG---------ATTG--AA-AAATG--GCAAAAcatttacctggcaagattatcccagaaatgatcatacatgtaggggtgccgactgctgttctatgactgaaacatgattgaaaaatggcaaaa
gi|20 : tttggttatttgttcttttgccatctgtacaacatctgactgcctattcaagggttgcgaatcagatcgctacctggtcacagtctttgataattggtcatgaaaacgagtcttccacatttcaatatgcttgtaagtagtccatttacctggcaagattGTCACTACGATGACTAGTCCTGAACTTTGTTC------TACGGCCAT
gi|22 : T-----TA-GGTGTGC---TGA----CCTC-CATTAAATAACTG-----AAA
gi|3 : TGATAATTGGTCATGAACTGTGCTC------TAGGACAATGAGT-----------------------------------------GAA-TAGTCAG--ACCTGCAGAAATGAGTTACATG-CT-GG---C-------TAACCGTCTTTCGGACC-CAAGGAATGAT----G---AT-----CA-GGTATGC---TGATCTTCCCC-AGTTAAACATATA-----TAATACTGTTCGTACTGTTG--AA-AAAAG--GCAA
gi|4 : atagctttaaTCATGAACTTTAACC-------ACGGCCATAAGTCTTC--CATA------T----TGG-------AAGATTTAGTGAAGCAGTAAGTGAGTTACATAGAA-AGTTGTATG--T-AT---TA-TTGTTTAACTGCCTGACGCATC-CAAGGAACGGT----G---AT-----TA---TGT-C-------------C-TGTT-----ACTG-----AAATAAT---------GCTG--AA-GA------CAAAATGTGTC---A--------A----A
gi|5 : tttaTTCC---ATTGGCTATCGTAGGCTAAAACACATTTGACTGTCCA---------GGAGTCCCCGTATC-C--CCTGCACATTA---CACACTATCTTTGATGATTTTTCATGAACTTTGTTCTATAAATACGAATATAAATCTTC--C-T
gi|6 : -CT-AG---TACTTG-GTAAC-GC-TAACACAT------TGACGATTTAAA---AT-----TC-AGTGCGC---TGA----CCGC-TATACTATAACTA-----AAGTACT---------GTTG--AA-C-AAG--CCGTAAA--CTC---ACACAACCCA----AC-AAA-C-AAAACAATAct
gi|7 : GTGTG-CTCAGGCATA-TTG-TTAACCACCTAGCAAATT-CCATTAATGAT----G---AT-----TA-GGTGTGT---GAA----CCAC-TGTTACACAACTACCTGTAAATACT---------GGTG--AA-ACAAG--G-AACAAAACTC---AT-------A----AC-AAA-C-AAtgtcgg
gi|8 : CGGTCTTTGTGATTATTGGTCATGAACTTTGCTC------GACGACTATGAGTCTAT--A-TATCACT-T----TTG-------AATATATCCTGAAGTAATTTGCGAC
gi|9 : tcgaattcccaccaaatCCTAGCAGATCTCAAG-AAGGAT----GCAGAC-----TAAGGT-TGCCACTGA----TTGT-TATTTAATAACTG-----AAATACT---------GCTGAAAA-TAAAGGTGCAAAA
blockSeqs : . T G A C TTCAA A A T GCTA CACATTA G T TATAAAT A TACTACTACTACTGAAACTAC ATAAA A T G G . C GCATA TT C G T C A C TTAAA ACATG A CAC TCTT C AA CCTGT GTTCGTACT AA CA GT C GA CAT CACAACCCA A T A
blockSeqs : C C . C C . C GT G A T T ATATCACTTTTG GCTTG A T . G . . TAC G T G . A A T GCAG . . . . . AA . . A T . C GC . AAACC . . .
blockSeqs : A T T T CACATTTC TTAGT A C . . TA T C C . C A T A . . . . . AA . . . C . A AC . AT . . .
blockSeqs : T C T T CATATTGG ATCCT T . . . C . . C . A G T G . . . . . AT . . . A . T GA . TA . . .
blockSeqs : G A T A . . A . A G C G . . . . . GA . . . T . C GT . A . . .
blockSeqs : . T G . G . C T C C . . . . . AC . . . A . C AA . A . . .
blockSeqs : C . . A T T G . . . . . AT . . . A . C G . A . .
blockSeqs : . . . . . G G . . . . . CT . . . G . C A . A
blockSeqs : G . . . . . AA . . . C . C . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . A . .
blockSeqs : . . . . . CT . . . T . .
blockSeqs : . . . . . AC . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : TA****
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTG-CT-AGTA----TTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTAACTGTAAAAAGGCAAAAATCTTTAAACAAAAACAAAATCATAATATTTGA
Unaligned ( gi|21 ): TGTGTCTAGCACTGGTTAACTTCCCAGTAGACTCT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAGGAAAATAACTCAAATAATCGTTAGTTT
Alignments
lowQualScore : 222 33333 1 2222 5555555555 1111111 666666666666666666666666666 11111 1 222222 11111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 111 1 1 0 1 6 55555 1 3 3 1111 4444444444 1 2 4444444 3 111111111111111111111111111 11111 4 3 3 6 8 8 444444 88 3 1 4 1 5 1 00000000 77777 2 444 5555 0 2 33 66666 111111111 66 77 44 2 99 777 5555555555555 5 5 5
lowQualScore : ... . . . . . ..... . . . .... .......... . . ....... . ........................... ..... . . . . . . ...... .. . . . . . . ........ ..... . ... .... . . .. ..... ......... .. .. .. . .. ... ............. . . .
lowQualScore : 000 0 0 7 0 7 77777 0 7 3 7777 3333333333 7 8 6666666 0 333333333333333333333333333 88888 6 8 3 7 0 0 888888 66 2 7 4 7 3 7 66666666 77777 9 777 7777 5 7 99 77777 444444444 88 11 22 8 55 000 4444444444444 0 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTGC-T-AG---TACTTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
Reference ( family-45 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCGAAATTGGCTANCGCAGNCCGTAANACATCTGACTGCCTAT----GGGTGGAGANTCCG-ATC-C--CCTG---AT-A---CACAGTCTCTGTGATGATTGGTCATGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTNC--C-TA----C-T----TTG-------AATATATANNGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-AGTTGTGTGC-T-AG---TA-TTG-TTAACCGCCTAGCGGATC-CAAGNAACGAT----G---AT-----TA-GGTGTGC---TGA----CCGC-TGTTAAATAACTG-----AAATACT---------GTTG--AA-NAAAG--GCAAAAAGNCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|1 : TTCCGAAATTGGCTAGCACAATCCGTAATACATCTGACTGC-TAT----GGGTGGAGAGTTTG-AAT-C--CCTG---AT-AAGACACAGTTTCTATGATGATTAGTCTTGAACTTTGTTC------TACGGCCATGAGTCTAC--C-TA----C-T----CTG-------ACTATACATGGAAGTAGTCGGTGACTTGCAGAGAT-A-TTGTGTGCCT-AG---TACTTG-TTAACCACCTAGCAAATC-CAAGTCATGAT----G---AT-----TT-GATGTGC---TGA----CTTC-TGTTGAATAACTG-----AAACACT---------GTTG--AA-TAAAG--GCAAAAAGTCTC---A--------A----AC-AAA-C-AAAGTAATA
gi|10 : aataagctgaagtatgtaaaatgtattattttcttgtTC-CCAGACACGAT----A---AG-----TA-TGTGAGT---TAT----CCGC-TGTTAAGTAACAG-----AAACACT---------GTTA--AA-TACAG--GCGTAATGACAT---A--------A----AC-AAA-CAAAAGTAACA
gi|11 : TCTGGGGTGATTGGTTATGAGGGTTGTTC------TACGACCATGAGTCTACTAC-TA----C-TACTACTGAAACTACAATGTATAAAGAAGAAGTCAGTGAttt
gi|12 : acataGGAAC-CAAGAAATGAT----G---TT-----TT-GGTGTGC---AGA----CTGCCTGTTAA-TAACTG-----CAATACT---------GTT---AA-CAGAA--G-AACAAG---C---A--------A----AC-AAA-
gi|13 : ttaaacca-----TA-GGTCAGT---TGA----CTGT-CTTTAAATGACTG-----AAATAC----------ATTG--AA-AAATG--GCATAAAGCCCC---A--------A----AC-AAA-C-AAAt
gi|14 : gtcagtgatattcactgT----G---AT-----TA-GATGCAC---TCA----CTGC-TGTAATATTACTG-----AAATACT---------GGTG--AACAAAAG--GAAAAAAACCTCCATA--------AT---ACAAAA-C-AAA
gi|15 : GTGTGC---TTA----TCTC-TGTTGAATAAGTG-----AAATATT---------GTTG--AA----------AAAAAGACTT---A--------AAACCAC-AAATC-GAAGTAActttg
gi|16 : A-GGTGTGC---TGA----CTGT-CGTTACATAACCA-----AAATATT---------GCTGA-AA-TAAAG--GTACAAA-ACTC---actaattt
gi|18 : aGCCTCTGTGATGATTAGTCATGAACATTAATC------TACAGCCATGAtacactaca
gi|19 : tg---AT-----TA-GGTGCGC---TGA----CCAC-TGTAATATAACTT-----GAGTACT---------GTTG--tgg
gi|2 : CTGTACAACATCTGACTGCCTATTCAAGGGTTGCGAATCAG-ATCGCTACCTG---GT-----CACAGTCTT--TGATAATTGGTCATGAA---------------A-----ACGAGTCTTC--C--A----CAT----TTC-------AATATGCTTGTAAGTAGTC
gi|2 : tttggttatttgttcttttgccatATC-CCAGAAATGAT----C---ATACATGTA-GGGGTGC---CGA----CTGC-TGTTCTATGACTG-----AAACATG---------ATTG--AA-AAATG--GCAAAAcatttacctggcaagattatcccagaaatgatcatacatgtaggggtgccgactgctgttctatgactgaaacatgattgaaaaatggcaaaa
gi|20 : tttggttatttgttcttttgccatctgtacaacatctgactgcctattcaagggttgcgaatcagatcgctacctggtcacagtctttgataattggtcatgaaaacgagtcttccacatttcaatatgcttgtaagtagtccatttacctggcaagattGTCACTACGATGACTAGTCCTGAACTTTGTTC------TACGGCCAT
gi|22 : T-----TA-GGTGTGC---TGA----CCTC-CATTAAATAACTG-----AAA
gi|3 : TGATAATTGGTCATGAACTGTGCTC------TAGGACAATGAGT-----------------------------------------GAA-TAGTCAG--ACCTGCAGAAATGAGTTACATGC-T-GG---C-------TAACCGTCTTTCGGACC-CAAGGAATGAT----G---AT-----CA-GGTATGC---TGATCTTCCCC-AGTTAAACATATA-----TAATACTGTTCGTACTGTTG--AA-AAAAG--GCAA
gi|4 : atagctttaaTCATGAACTTTAACC-------ACGGCCATAAGTCTTC--CATA------T----TGG-------AAGATTTAGTGAAGCAGTAAGTGAGTTACATAGAA-AGTTGTATG--T-AT---TA-TTGTTTAACTGCCTGACGCATC-CAAGGAACGGT----G---AT-----TA---TGT-C-------------C-TGTT-----ACTG-----AAATAAT---------GCTG--AA-GA------CAAAATGTGTC---A--------A----A
gi|5 : tttaTTCC---ATTGGCTATCGTAGGCTAAAACACATTTGACTGTCCA---------GGAGTCCCCGTATC-C--CCTGCACATTA---CACACTATCTTTGATGATTTTTCATGAACTTTGTTCTATAAATACGAATATAAATCTTC--C-T
gi|6 : C-T-AG---TACTTG-GTAAC-GC-TAACACAT------TGACGATTTAAA---AT-----TC-AGTGCGC---TGA----CCGC-TATACTATAACTA-----AAGTACT---------GTTG--AA-C-AAG--CCGTAAA--CTC---ACACAACCCA----AC-AAA-C-AAAACAATAct
gi|7 : GTGTGC-TCAGGCATA-TTG-TTAACCACCTAGCAAATT-CCATTAATGAT----G---AT-----TA-GGTGTGT---GAA----CCAC-TGTTACACAACTACCTGTAAATACT---------GGTG--AA-ACAAG--G-AACAAAACTC---AT-------A----AC-AAA-C-AAtgtcgg
gi|8 : CGGTCTTTGTGATTATTGGTCATGAACTTTGCTC------GACGACTATGAGTCTAT--A-TATCACT-T----TTG-------AATATATCCTGAAGTAATTTGCGAC
gi|9 : tcgaattcccaccaaatCCTAGCAGATCTCAAG-AAGGAT----GCAGAC-----TAAGGT-TGCCACTGA----TTGT-TATTTAATAACTG-----AAATACT---------GCTGAAAA-TAAAGGTGCAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTAACTGTAAAAAGGCAAAAATCTTTAAACAAAAACAAAATCATAATATTTGA
Unaligned ( gi|21 ): TGTGTCTAGCACTGGTTAACTTCCCAGTAGACTCT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAGGAAAATAACTCAAATAATCGTTAGTTT