lowQualScore : 11 666666666666666666666666666666666666666666 111 444444444444444444444444444 3333333 33333333333333333333333333333333333 555555555555555555555555555 11 1111111 333333333333333 222 33333333333333333333333 111111 2222222222222
lowQualScore : 11 2 3 1 77 8 0 222222222222222222222222222222222222222222 6 555 4 5 999999999999999999999999999 0 2 777 1111111 4 66666666666666666666666666666666666 777 333333333333333333333333333 7 00 4 9999999 5 5 222222222222222 4 333 4 0 77777777777777777777777 6 0 555555 5555 0000000000000 3 8888 6 6 66666 33 6
lowQualScore : .. . . . .. . . .......................................... . ... . . ........................... . . ... ....... . ................................... ... ........................... . .. . ....... . . ............... . ... . . ....................... . . ...... .... ............. . .... . . ..... .. .
lowQualScore : 00 2 2 0 00 0 8 333333333333333333333333333333333333333333 7 777 5 0 000000000000000000000000000 2 5 888 7777777 4 99999999999999999999999999999999999 888 111111111111111111111111111 0 88 0 9999999 9 0 888888888888888 4 111 0 7 33333333333333333333333 2 7 333333 0000 8888888888888 9 9999 1 6 22222 44 6
consensus : NATAA--TGCATGAAGTTAACCAAACTTTTNAA-ATAAAGAATT-AAA--------TAAAAAAA-----A-AGA--AA--AATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAAAA--TAGAAAGCTAATNT-GTTTGTATGCACAGTTACTTTGC-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ATAT---AC-CGTG-AATAT--A---AT-----------T-A-T--GT-------GTGAA---AN-------A-TGT------CA----CTCGTGTAAAATTGAATTAATGTAT-AN------CTCTCTCTGATATGTATCA-T-A-AT------AT-TCA-TGTN-ATA-TGTATATA-ACG---TAT------TT--T--TGTTTATATTCCCTGTAAACATATATA--CTTG----TTCACATTGAATGC--------TGTATAATTTGTACATTTCAT--T-TTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
Reference ( gi|6 ) : TATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAA-ATAAAGAATTTAAA--------TAAAAAAA-----A-AGA--AAGAAATTCAGCACATAAAGAAATAGT-AAAAC--TAGAAAGCTAATCT-GTTTGTATGAACAGTTACTTTGC-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ATAT---ACCCATG-AATAT--A---AT-----------T-A-T--GT-------GTGAA---AT-------A-TGT------CA----CACGTGTAAAATTGATTTTTTGTAT-AC------CTCTCTCTCATATGTATCA-T-A-ATT-----AT-CCA-TGCA-ATA-TGTATATA-ACG---TAT------TT--T--TGTTTGTATTCCCTGCAAACATATAAA--CATG----TTCACATTGAATGC--------TTTAAAATTTATACATTTCAT--T-TTGCTTTGTTGACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATTTA
gi|10 : ATAAATTGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAA-ATAAAGAATTAAAAAAAAAAATTAAAAAAATTAAAA-AAATTAAGAAATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAAAC--TAGAAAGCTAATCT-GTTTGTATGTACAGTTACTTTGC-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ATAT---ACCCATG-AATAT--A---AT-----------T-A-T--GT-------GTGAA---AT-------A-TGT------CA----CACGTGTAAAATTGATTTTTTGTAT-
gi|2 : AA--TGCATGAAATTAAC------TTTTAA-A------------A--------TAAAAAAA-----ATAGA--AA--AATCCAGCACATAAAGAATTAGT-AAAAA--TAGAAAGCTAATAT-GTTTGTATGCACAGTTA---TG-------------------TGTGAAAT---ATGTC--ACTTGTG-AAAATTGA---AT-----------T-A----AT-------GNNNN---NN-------N-NNN------NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNNNNNNNGATATGTATCA-T-A-AT------AT-TTAATGAT-ATA-TTTATATA-ATG---TTT------TTA-T--TGTTTTTATTCCCTGCAAACATATATA--CTTG----TTCACATTGAATAC--------TTTATAATTTGTACATTTCAT--T-TTGTATTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGAAATAAAGATAA
gi|7 : agaatttggcaattctgtcaaaaataaactcaataacggtacaaatgagactaaactgcaactgttaattggtcgaatattactatcattatcaagtttgaaggttcacaaacactttctcctgatagcaatcatattcgttgcaaAA--TCCATGAAGTTAACCAAACTTTTAAG-ATAAAGAA-----A--------TAAAAAAA-----A-A------------CAGCACATAAAGAAATCGT-TTAAA--TGGAAAGCTAATAA-GTTTGTATG-------------C-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ACA-------CATG-AATGT--ATGTGT-----------TCA-TCCGT-------GTAAA---ATGGAATTAA-TGTATAACTCAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNNNNNNNGATATTTATCA-C-A-CCA-----AT-TCA-TGTT-GTA-TATATATATATG---TATATACTGTT--T--TGTTTATGTTCCTTGTAAACATATATA--CTTG----TTAACATTGAACGC--------TCTATAATTTATACATTTCAT--A-TTGTTTTGTTAACAT-----TACATGT--TTATA-----------GGAGGAAATAAAGAGAAT
gi|5 : tgaAA--TGCATGATGTTAACCAAACTTTTAAT-ATAAAGAATT--------------AAAAAA-----A-AAA--AAATAATCCAGCACATAAAAAAAAAGTAAAAAA--TAGAAAGCTAATTTAATTTGTGTGTGCAGTTACTTTGC------------------------------TAT---ACACATG-CATAT--A---AT-----------T-A-T--AT-------GTGAA---AA-------A-TGT------TA----TTCGTGTGAAATTGAATTAATGTATAACCCAATACTCTCTTTCTTTTGTTTTGTT-A-ACT-----TT-CCA-TGat
gi|4 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaAA--TATACGAATTTAAATAAACACG--AAGATAAAGAATTTAAA------------AAAA-----A-ATA--A-----TCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAAAA--TATAAAGCTAATCT-GTTTGTATG-------------C-----ACA-----GTTATTTTGCTAT---ACA-------CATG-AATAT--A---AT-----------T-A-T--GT-------GTGAA---AA-------A-TGT------CA----TTCGTGTAAAATTGAATTAATGTAT-Attcataatcttcttaagggaggtaataatgagaatata
gi|3 : GAAATTAGA--------TAAAGAAT-----T-CGA--AA-ATATCCAACACATAAAGAAATAGT-AAAAA--TAGAAAGCTTATAT-GGGTGTATGCACAATTACTTTGCTACACACATAAATATAACTGTG-TGTGAAATATGAAATTCGTGTAAAATTGA---AT-----------T-AAT--GT-------ATGAATCGAT-------A-T--------------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNNNNNNNGATATGTATCA-TTATATTTCATGAT-ATA-TGTATATA-TGTTTATA-ATGATTTTT------TT--T--TGTTTATATTCCCTGCAAACATATACA--CTTG----TTCACATTGTATGC--------TATAAAGTTTGAACACTTCAT--T-TTGTTTTGTTAACAT-----TCCAAGT--GTATAATCTCCTTAAGGGAAGAATTAAAGAGAGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatctatacgtgttcacactgaatgctgtataatttgaacatttcattttgttttgttaacattctatgttcataatctcgttaagtgaggatataaagaga
gi|21 : gtcgaagattactatcattatcaagaaagaatgttcacaaagactttctccgaatagcaattagattcgttgtaaaatgcatAAACAATGGAAAGCAAATCT-CTTTGCATG-------------C-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ACAT---A----TA-AATGT--A--------------------T--AT-------GTGAA---AA-------A-TGT------CA----TTTGTGTAAAATTGAATTAATGCAT-A
gi|23 : gcATAT-GTTTGTATGCACAGTTACTTTGC-----agt
gi|23 : TGC-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---AAA-------CTTA-AATAT--A--------------------T--GT-------GTGAA---AA-------AGTGT------CA----TTCGTGTAAAATTGAATTAATGTAT-AA------CTCtataaacttaaatatatgtgtgaaaaagtgtcattcgtgtaaaattgaattaatgtataactcaata
gi|8 : atatgtttgta---ATAT---ACCCATG-GATAT--A---ATTATGTGTGAAAT-A-T--GTCACTCGTGTAAA---ATTGAATTAA-TGTAAAACTCAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------NNNNNNNNNATATGTATCA-C-A-ATA-----GT-TCA-TG---------TATATA-ATG---T--------TT--T--TATTTGTATTCCCTGTAAACATATATA--CTTG----TTCACATTGTATGCTATATAATTTTATAATTTGTACATTTCAT--T-TTGTTTT-----------------TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATAaata
gi|18 : TTGGCAC-AG------CTCTCTCTGATAT---TCA-T---------------CA-TG---ATA-TTT-------CA---TAT------TT------GTTTATATTCCCTGTAAACATACATA--CTTG----TTCACATTGAATGC--------TGT-ATATTTGCACATca
gi|13 : tgtgtgattcatactcagaaaCATATGTATCA-T-A-ATA-----AT-CCA-TGTA-ATA-TGTATATA-ATG---T--------TT--T--TGTGTATATTCCCTGCAAACATATATA--CTTG----TTCACATTGAATGC--------TTTATAATTTATACATTTCAT--T-TTGCTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAAT
gi|12 : TGTATCA-T-A-AT------ATGTCA-TGTT-ATA-TGTATATA--TG---TATAAATG-TT--T--TGTTTATATTCCCTGTAAACATATATA--CTTG----TTCACATTGAATGC--------TGTATAATTTATACATTTCTT--T-TTGTTTTGTTAATAT-----TCCATGT--TCATAATCTCGTAAAGGGAGGAAATAAAGAGAATa
gi|9 : -TGCA-AGAATATATACA-ACA---TAT--------------ATTAATGCTCCCTGCA--CGCTTAAATTCTTT----TTCACATGTAATGC--------TGTATT-TTTGTAAGTTTCAC--A-TTGTTATGCAAACGT-----TCCATGT--TCATACTCTCCTTATAGGAGGAATTAAAGATAATTat
gi|14 : aaatacgacactatgaaaaattgaattcgtgggtattgaattttaacatatgtttcgtaacggccaaaaaagtgctaagttttgtaaggcttcattcaactA-ATA-TGTATATA-ATG---T---------T--T--TGTTTATGTTCCCTGTAAACATATATA--CTTG----TTCACATTGAATGC--------T---------GTATGTTTCAT--A-TTGTTTTGTAAACAT-----TCCATTT--TCATAATCTCCTTAAGAGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|15 : atttattataaaatttcatgtaatata-TGTATAAA-ATG---T---------T--T--TGTTTATATTCCCTACAAACATACATA--CTTG----TTTACATTGAATG----------------------CATTTCAT--T-TTGTTTTGTTAACATAATTGTTT-TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAAAGAAT
gi|17 : gtagtatgtatacttTATATA-A-----TAT------TT------GTTTATATTTCCTGTAAACATAAATA--CTTG----TTCACATATAATGC--------TGTATAATTTGCACATTTCAT--A-TTGTTTTGTTACTAT-----TCCGTGT--TCGTAATCTCCTTAATGGAGGAAATAAAGAGAATat
gi|1 : TATATT-AC-----AT------TTGATAATGTTTCTGTTACTTGTAAATATATATA--TATACTTATTCACAATGAATGC--------TACATAAGTTGTACAGT-AAT--TATTATTTTGTTATCAT-----GTCGTGT--GTAAAATCTCCTTAAAAAATGAAATAAAGAG
gi|11 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttcttttaagatattttaaggattttatatacaaaatgataattaataatcccgtatataacgaaatagcgaaaataatggagaacaaatctgtgtgcatacacattccctttgtttcacatgtaaatgaatttgtgaaaaagattattattgtagaattgaatatataccatttcagataacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaaTTCCCTGTAAACATATATA--CTTG----TTCACATTGAATGT--------TGTATAATGTGTACATCTCAT--A-TTGTTTTGTTAACCT-----TCCATGT--TCATAATCTCATCAAGGGAGGAAATAAAGAGAGTTTAgcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|20 : tgataattattacttttattttaaataaatatactataattgcattcataaaacattCCCTGTAAACTTCTATA--CTTG----TTCACATTGAATGC--------TGTATAATTTGTACATTTCAT--G-TTTTTTTTTTAACAT-----TCCATGTTCTCATAATCTCCTTAAGAGAGAAAATAAAGAGA
gi|22 : GTAAACATATATA--CTTG----TTCACATTTAGT-------------ATAATTTGCACATTTCATAAT-TT---TTGTTACCAA-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAATGGAGGAAATAGAGAGAATtta
gi|4 : ATATCTATA--CGTG----TTCACACTGAATGC--------TGTATAATTTGAACATTTCAT--T-TTGTTTTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTCGTTAAGTGAGGATATAAAGAGAat
gi|25 : aatatacgaatttaaataaacacgaagataaagaatttaaaaaaaaataatccagcacataaagaaatagtaaaaatataaagctaatctgtttgtatgcacagttattttgctatacacatgaatataattatgtgtgaaaaatgtcattcgtgtaaaattgaattaatgtataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntA--CTTG----TTTACATTTAATGC--------TGTATAATTTGCACATTTCATAAT-T---TTTGTT
gi|5 : tTTTC-T--T-TTGTTTTGTTAACTT-----TCCATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGTAATAATGAGAATATAa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATTAAAACACATATAAGCTTGTTCTATTGGATCATGACAGTATGTCATTTTATAGATATTTGTAAGAACAGTGATATAATTATTGTAAAAATTATTGTAAAAACTGTTGTAGATCTACTTTGGAGCGTATTAAACATTA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGATATAGCATTCATACATCATTAAGCTATGTTATAATAATATGTACATTGTAAAAAATCTACCTGTATAATTAACTTAATATTTGAAAGCATGTTTTGTTGGCACATATTCGTATCA
Unaligned ( gi|24 ): TAAGTAAAAAACACATCGAATTTGTACAGTTAAATGCATGGACATGTTGTTT
Unaligned ( gi|26 ): ATGAATAATTCAATTAGAACAATACAATTTAATCTGTTACCATATCAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 44444444444444 333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 222222222222222222222 6666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 99 2 1 1 1 2222 0 66666666666666 222222222222222222222222 4 4 777 1 4 666666666666666666666666666666666666666666666 000 00 6 555 555 1 3 4 33 1 777777777777777777777 1 4 8 4 8 3 4 555 888888 5555 1111111111111111111111111111111111111 8888888 2 4444 2 2 77777777 2 333 44 55555 33
lowQualScore : .. . . . . .... . .............. ........................ . . ... . . ............................................. ... .. . ... ... . . . .. . ..................... . . . . . . . ... ...... .... ..................................... ....... . .... . . ........ . ... .. ..... ..
lowQualScore : 22 2 0 0 1 1111 1 22222222222222 888888888888888888888888 4 4 888 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555 000 00 7 888 888 0 3 8 55 0 444444444444444444444 1 0 0 0 0 6 5 444 888888 7777 1111111111111111111111111111111111111 7777777 4 5555 1 1 66666666 1 777 77 99999 22
consensus : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A---------TAAAAAA----A--AAGAA-------A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---GAAAGCTAATCT-GTTTGTATGCACAGTTACTTTGC-----ACA------T-ACTTTG-TAT---ATAT-A-----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGTTATA---T------GTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATN-TTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
Reference ( family-445 ) : NATAA--TGCATGAAGTTAACCAAACTTTTNAAATA----AAGAATT--AAA---------TAAAAAA----A--AAGAA-------A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---GAAAGCTAATNT-GTTTGTATGCACAGTTACTTTGC-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ATAT-A-----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGTNATA---T------GTAT----ATA--------ACG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATT-TTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|1 : CTTTTAAGATATTTTAAGGATTTTATA---------TACAAAATGATA--ATTAA-------T--A-ATCCCGTATATAACGAAATAGC-GAA-AATAATGGAGAACAAATCT-GTGTGCATACACATTCCCTTTG-------------------TTT----C---ACAT----------GTA---AATG---AATT----TGTGA---A---AAA-GATTATTATTGTAGAATTG----AATATATACC------A----TT--------TCAGATA
gi|1 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttTAT----ATT--------AC-----A-------T------TTGATAATGTTTCTG-------TTACTTGT-AAATATATATATATACTTAT-TCACAATGAAT-GCTA--------CATAAGTTG-TAC---AGT-AATTATTATTTTGTTATCAT-----GTCGTGT--GTAAAATCTCCTTAAAAAATGAAATAAAGAGacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaatatattacatttgataatgtttctgttacttgtaaatatatatatatacttattcacaatgaatgctacataagttgtacagtaattattattttgttatcatgtcgtgtgtaaaatctccttaaaaaatgaaataaagaggcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|10 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttcttttaagatattttaaggattttatatacaaaatgataattaataatcccgtatataacgaaatagcgaaaataatggagaacaaatctgtgtgcatacacattccctttgtttcacatgtaaatgaatttgtgaaaaagattattattgtagaattgaatatataccatttcagataacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaaATAAATTGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATT--AAAAAAAAAAATTAAAAAA----ATTAAAAAAATTAAGA--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-ACTA---GAAAGCTAATCT-GTTTGTATGTACAGTTACTTTGC-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ATAT-AC----CC-ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATgcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|11 : TGATA---ATTATTAC-T-T-T-TA-TTTTAAA---T------AAAT----ATA--------CTA---TA-------A------TT--G--CATTCATAAAACATTTTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GTTG--------TATAATGTG-TAC---ATCTCATA-TTGTTTTGTTAACCT-----TCCATGT--TCATAATCTCATCAAGGGAGGAAATAAAGAGAGTTTA
gi|12 : TGTATCATAAT-A-TGT-CA-TGTTATA---T------GTAT----ATA---------TG---TA-------TAAATG-TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTA-TAC---ATTTCTTT-TTGTTTTGTTAATAT-----TCCATGT--TCATAATCTCGTAAAGGGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|13 : ATATGTATCATAAT-AAT-C-CA-TGTAATA---T------GTAT----ATA--------ATG---T---------------TT--T--TGTGTATA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATT-TTGCTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATA
gi|14 : cATTTATTATAAA-A-T-TTCA-TGTAATA---TAAATATGTAT----ATA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATG-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATG-------------TTTCATA-TTGTTTTGTAAACAT-----TCCATTT--TCATAATCTCCTTAAGAGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|15 : A-TGT-ATACTTT------GTAT----AAA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATA-------TTCCCTAC-AAACATACATA----CTTGT-TTACATTGAAT-G-----------------------C---ATTTCATT-TTGTTTTGTTAACATAATTGTTT-TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAAAGAATAT
gi|17 : gtagtTAT----ATA--------A-----TA-------T------TT------GTTTATA-------TTTCCTGT-AAACATAAATA----CTTGT-TCACATATAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATA-TTGTTTTGTTACTAT-----TCCGTGT--TCGTAATCTCCTTAATGGAGGAAATAAAGAGAAT
gi|18 : -TGTGTGA---T---TCA-T---ACTCA---GAAATTG-------GCACAGCT-----C----TC--------TCTGATATTCATCATGAT-A-T-T------TCATA---T---------------------------------------------------T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATACATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TAT-ATTTG-CAC---AT
gi|2 : AA--TGCATGAAATTAAC-----TTTTAAAATA----AA----------------------AAAA----A--TAGAA-------A--A-ATCCAGCACATAAAGAATTAGT-AAA-AATA---GAAAGCTAATAT-GTTTGTATGCACAGTTA---TG-------------------TGTGAAAT---ATGTCA-----CTTGTG---AAAATTGAATTA--ATGNNN---N---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATAAT-A-T-T-TAATGATATA---T------TTAT----ATA--------ATG---TT-------T------TTA-T--TGTTTTTA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-ACTT--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATT-TTGTATTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGAAATAAAGATAA
gi|20 : agaatttggcaattctgtcaaaaataaactcaataacggtacaaatgagactaaactgcaactgttaattggtcgaatattactatcattatcaagtttgaaggttcacaaacactttctcctgatagcaatcatattcgttgcaaCCCTGT-AAACTTCTATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATG-TTTTTTTTTTAACAT-----TCCATGTTCTCATAATCTCCTTAAGAGAGAAAATAAAGAGATTA
gi|21 : GC-AAACAATG---GAAAGCAAATCT-CTTTGCATGCACAGTTACTTTGC-----------------------TAT---ACAT-A---------TA---AATGT--A-----TATGTGA---A---AAA-TGTCATTTGTGTAAAATTGAATTAATGCATA
gi|22 : GT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTTA------G--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATA-AT-TTTTGTTACCAA-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAATGGAGGAAATAGAGAGAATATagt
gi|23 : ATAT-GTTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------------------T---ATAA-A-----CT--TA---AATAT--A-----TGTGTGA---A---AAAGTGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATAACT-----C----
gi|25 : TA----CTTGT-TTACATTTAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATA-AT-TTTTGTTAaata
gi|3 : AATT--AGA---------TAAAGAA----T--TCGAA-------A--ATATCCAACACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---GAAAGCTTATAT-GGGTGTATGCACAATTACTTTGCTACACACATAAATATAACTGTG-TGTGAAATAT-GAAAT-TC-GTGT--AAAATTGAATTAATGTATGA---ATCGATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATTAT-A-T-TTCA-TGATATA---T------GTAT----ATATGTTTATAATGATTTT-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGC-AAACATATACA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTA--------TAAAGTTTG-AAC---ACTTCATT-TTGTTTTGTTAACAT-----TCCAAGT--GTATAATCTCCTTAAGGGAAGAATTAAAGAGAGT
gi|4 : gtcgaagattactatcattatcaagaaagaatgttcacaaagactttctccgaatagcaattagattcgttgtaaaatgcatgaAA--TATACGAATTTAAATAAACACG-AAGATA----AAGAATT--------------TAAAAAA----A--AATAA-------------TCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---TAAAGCTAATCT-GTTTGTATGCACAGTTATTTTGC-------------------------T---ATAC-A-----C--ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---AAA-TGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATA
gi|4 : ATATCTATA----CGTGT-TCACACTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-AAC---ATTTCATT-TTGTTTTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTCGTTAAGTGAGGATATAAAGAGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatctatacgtgttcacactgaatgctgtataatttgaacatttcattttgttttgttaacattctatgttcataatctcgttaagtgaggatataaagaga
gi|5 : aatatacgaatttaaataaacacgaagataaagaatttaaaaaaaaataatccagcacataaagaaatagtaaaaatataaagctaatctgtttgtatgcacagttattttgctatacacatgaatataattatgtgtgaaaaatgtcattcgtgtaaaattgaattaatgtataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAA--TGCATGATGTTAACCAAACTTTTAATATA----AAGAATT--A------------AAAAAA----A--AAAAA-------T--A-ATCCAGCACATAAAAAAAAAGTAAAA-AATA---GAAAGCTAATTTAATTTGTGTG-----------TG-------CA-----GTTACTTTGCTAT---ACA---------C-ATG---CATAT--AATTA-TATGTGA---A---AAA-TGTTATTCGTGTGAAATTGAATTAATGTATAACCCAATAC----TC--------TCT
gi|5 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaACA---T------GCAT----ATA--------A-------------------------------TTATA-------T-----GTGAAAAATGT-TA----TTCGTGTGAAATTGAATTAATG--------TATAACCCAATACTCTCTTTC-TT-TTGTTTTGTTAACTT-----TCCATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGTAATAATGAGAATATAttcttttgttttgttaactttccatgttcataatcttcttaagggaggtaataatgagaatata
gi|6 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaaatgcatgatgttaaccaaacttttaatataaagaattaaaaaaaaaaaaataatccagcacataaaaaaaaagtaaaaaatagaaagctaatttaatttgtgtgtgcagttactttgctatacATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATTT-AAA---------TAAAAAA----A--AAGAA-------AGAA-ATTCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-ACTA---GAAAGCTAATCT-GTTTGTATGAACAGTTACTTTGC-----ACA-----GTTACTTTGCTAT---ATAT-A-----CCCATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATACCT-----C----TC--------TCTCATATGTATCATAATTA-T-C-CA-TGCAATA---T------GTAT----ATA--------ACG---TA-------T------TT--T--TGTTTGTA-------TTCCCTGC-AAACATATAAA----CATGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TAAAATTTA-TAC---ATTTCATT-TTGCTTTGTTGACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATTTA
gi|7 : tAA--TCCATGAAGTTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAA------A---------TAAAAAA----A--AA------------------CAGCACATAAAGAAATCGT-TTA-AATG---GAAAGCTAATAA-GTTTGTATGCACAGTTACTTTGCT----ATA-------CACATGAATGT---ATGT-GTTCATCC-GTGTAAAATGG--AATTAATGTATAACTCA---ATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATTTATCACACC-AAT-T-CA-TGTTGTA---T------ATAT----ATAT-------ATG---TA-------TATACTGTT--T--TGTTTATG-------TTCCTTGT-AAACATATATA----CTTGT-TAACATTGAAC-GCTC--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATA-TTGTTTTGTTAACAT-----TACATGT--TTATA-----------GGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|8 : tga---ATAT-A-----CCCATG---GATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTAAAACT-----CAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-N-NN-NNNNATA---T------GTATCACAATAGTTC----ATG---TATATAATGT------TT--T--TATTTGTA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTATATAATTTTATAATTTG-TAC---ATTTCATT-TTGTTTT-----------------TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|9 : A---T------ATAT----ACA--------ACA---TA-------T--------------ATTAATG-------CTCCCTGC-ACGCTTAAATT----CTTTT-TCACATGTAAT-GCTG--------TATT-TTTG-TAA---GTTTCACA-TTGTTATGCAAACGT-----TCCATGT--TCATACTCTCCTTATAGGAGGAATTAAAGATAATca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATTAAAACACATATAAGCTTGTTCTATTGGATCATGACAGTATGTCATTTTATAGATATTTGTAAGAACAGTGATATAATTATTGTAAAAATTATTGTAAAAACTGTTGTAGATCTACTTTGGAGCGTATTAAACATTA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGATATAGCATTCATACATCATTAAGCTATGTTATAATAATATGTACATTGTAAAAAATCTACCTGTATAATTAACTTAATATTTGAAAGCATGTTTTGTTGGCACATATTCGTATCA
Unaligned ( gi|24 ): TAAGTAAAAAACACATCGAATTTGTACAGTTAAATGCATGGACATGTTGTTT
Unaligned ( gi|26 ): ATGAATAATTCAATTAGAACAATACAATTTAATCTGTTACCATATCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 111 222222222222222222222 11111 5555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 77 3 00 3 0000 0 88888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 777 1 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 222 6 555 555 1 3 4 33 1 777777777777777777777 1 4 8 4 8 3 00000 44 555 5555 3333333333333333333333333333333333 33 8888888 2 4444 2 2 77777777 2 333 1 55555 33
lowQualScore : .. . .. . .... . ............................................... . . ... . . .................................................... ... ... . ... ... . . . .. . ..................... . . . . . . ..... .. ... .... .................................. .. ....... . .... . . ........ . ... . ..... ..
lowQualScore : 99 0 66 4 6666 1 00000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 888 6 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 111 7 888 888 0 3 8 55 0 444444444444444444444 1 0 0 0 0 6 22222 66 444 7777 0000000000000000000000000000000000 77 7777777 4 5555 1 1 66666666 1 777 0 99999 22
consensus : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-----A-A---A-------CTT---TG-T---AT---ATAT--A----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
Reference ( family-445 ) : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-----ACA--TA-------CTT---TG-T---AT---ATAT--A----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|1 : CTTTTAAGATATTTTAAGGATTTTATA----------TACAAAATGATA----A-TTAA-----T--A-ATCCCGTATATAACGAAATAGCGAA-AA-TAATGGAGAACAAATCTG-TGTGCATACACATTCCCTTTG---------------------TT---T--C---AC---AT------------GTA---AATG---AATT----TGTGA---A---AAA-GATTATTATTGTAGAATTG----AATATATACC------A----TT--------TCAGATA
gi|1 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttAT----ATA--------TTA---CA-------T------TTGATAATGTTTCTG-------TTACTTGT-AAATATATATATATACTTAT-TCACAATGAAT-GCTA--------CATAAGTTG-TAC---AGTAATTATTATTTTGTTATCAT-----GTCGTGT--GTAAAATCTCCTTAAAAAATGAAATAAAGAGacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaatatattacatttgataatgtttctgttacttgtaaatatatatatatacttattcacaatgaatgctacataagttgtacagtaattattattttgttatcatgtcgtgtgtaaaatctccttaaaaaatgaaataaagaggcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|10 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttcttttaagatattttaaggattttatatacaaaatgataattaataatcccgtatataacgaaatagcgaaaataatggagaacaaatctgtgtgcatacacattccctttgtttcacatgtaaatgaatttgtgaaaaagattattattgtagaattgaatatataccatttcagataacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaATAAATTGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATT--A-AAAAAAAAAATTAAAAAA----ATTAAA-AAAATTAAGA--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AC-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGTACAGTTACTTTGC-----ACAGTTA-------CTT---TGCT---AT---ATAT--AC---CC-ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATgcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|11 : TGATA---ATTATTAC-T-T-T-TA-TTT----TA--AA---TAAAT----ATA--------CTA---TA-------A------TT--G--CATTCATAAAACATTTTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GTTG--------TATAATGTG-TAC---ATCTCATATTGTTTTGTTAACCT-----TCCATGT--TCATAATCTCATCAAGGGAGGAAATAAAGAGAGTTTA
gi|12 : TGTATCATAAT-A-TGT-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA---------TG---TA-------TAAATG-TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTA-TAC---ATTTCTTTTTGTTTTGTTAATAT-----TCCATGT--TCATAATCTCGTAAAGGGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|13 : ATATGTATCATAAT-AAT-C-CA-TGT----AA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---T---------------TT--T--TGTGTATA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATA
gi|14 : cATTTATTATAAA-A-T-TTCA-TGTAATATAAATA---TGTAT----ATA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATG-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATG-------------TTTCATATTGTTTTGTAAACAT-----TCCATTT--TCATAATCTCCTTAAGAGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|15 : A-TGT-----A--TACTTTGTAT----AAA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATA-------TTCCCTAC-AAACATACATA----CTTGT-TTACATTGAAT-G-----------------------C---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACATAATTGTTT-TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAAAGAATAT
gi|17 : gtagtTAT----ATA--------ATA---T-------------------T--TGTTTATA-------TTTCCTGT-AAACATAAATA----CTTGT-TCACATATAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATATTGTTTTGTTACTAT-----TCCGTGT--TCGTAATCTCCTTAATGGAGGAAATAAAGAGAAT
gi|18 : -TGTGTGA---T---TCA-T---ACTCA---GAAATTG-------GCACAGCT-----C----TC--------TCTGATATTCATCATGAT-A-T-T------T----CA--TA---T---------------------------------------------T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATACATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TAT-ATTTG-CAC---AT
gi|2 : AA--TGCATGAAATTAAC-----TTTTAA-----------------A-A----------TAAAAAA----A----ATAGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAATTAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATATG-TTTGTATGCACAGTTA---TG--------------------------TG-TGAAAT---ATGTC-A----CTTGTG---AAAATTGAATTA--ATGNNN---N---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATAAT-A-T-T-TAATGA----TA--TA---TTTAT----ATA--------ATG---TT-------T------TTA-T--TGTTTTTA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-ACTT--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTATTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGAAATAAAGATAA
gi|20 : agaatttggcaattctgtcaaaaataaactcaataacggtacaaatgagactaaactgcaactgttaattggtcgaatattactatcattatcaagtttgaaggttcacaaacactttctcctgatagcaatcatattcgttgcaaCCCTGT-AAACTTCTATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATGTTTTTTTTTTAACAT-----TCCATGTTCTCATAATCTCCTTAAGAGAGAAAATAAAGAGATTA
gi|21 : GCAAACAA-TG---GAAAGCAAATCTC-TTTGCATGCACAGTTACTTTGC----------------------------T---AT---ACAT--A--------TA---AATG------TA-TATGTGA---A---AAA-TGTCATTTGTGTAAAATTGAATTAATGCATA
gi|22 : GT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTTA------G--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTACCAA-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAATGGAGGAAATAGAGAGAATATagt
gi|23 : ATATG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC---------------------------------T---ATAA--A----CT--TA---AATAT--A-----TGTGTGA---A---AAAGTGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATAACT-----C----
gi|25 : TA----CTTGT-TTACATTTAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTAaata
gi|3 : AA--TGCATGAAATTA-------------GATA----AAGAATT--C-------------------------------GAA-----A--ATATCCAACACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTTATATG-GGTGTATGCACAATTACTTTGCTACACACA--TAAATATAACTG---TG-T---GTGAAATAT--GAAATTC-GTGT--AAAATTGAATTAATGTATGA---ATCGATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATTAT-A-T-TTCA-TGA----TA--TA---TGTAT----ATATGTTTATAATGATTTT-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGC-AAACATATACA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTA--------TAAAGTTTG-AAC---ACTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCCAAGT--GTATAATCTCCTTAAGGGAAGAATTAAAGAGAGT
gi|4 : gtcgaagattactatcattatcaagaaagaatgttcacaaagactttctccgaatagcaattagattcgttgtaaAA--TATACGAATTTAAATAAACACG-AAGATA----AAGAATT---------------TAAAAAA----A----A-ATAA-----------TCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---TAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTATTTTGC---------------------------------T---ATAC--A----C--ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---AAA-TGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATA
gi|4 : ATATCTATA----CGTGT-TCACACTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-AAC---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTCGTTAAGTGAGGATATAAAGAGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatctatacgtgttcacactgaatgctgtataatttgaacatttcattttgttttgttaacattctatgttcataatctcgttaagtgaggatataaagaga
gi|5 : aatatacgaatttaaataaacacgaagataaagaatttaaaaaaaaataatccagcacataaagaaatagtaaaaatataaagctaatctgtttgtatgcacagttattttgctatacacatgaatataattatgtgtgaaaaatgtcattcgtgtaaaattgaattaatgtataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAA--TGCATGATGTTAACCAAACTTTTAATATA----AAGAATT--A-A------------AAAAA----A----A-AAAA-----T--A-ATCCAGCACATAAAAAAAAAGTAAA-AAATA---GAAAGCTAATTTAATTTGTGTGTGCAGTTACTTTGC---------------------------------T---ATAC--A----C--ATG---CATAT--AATTA-TATGTGA---A---AAA-TGTTATTCGTGTGAAATTGAATTAATGTATAACCCAATAC----TC--------TCT
gi|5 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaA--CA---TGCAT----ATA--------AT-------------------------------TATA-------T-----GTGAAAAATGT-TA----TTCGTGTGAAATTGAATTAATG--------TATAACCCAATACTCTCTTTC-TTTTGTTTTGTTAACTT-----TCCATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGTAATAATGAGAATATAttcttttgttttgttaactttccatgttcataatcttcttaagggaggtaataatgagaatata
gi|6 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaaatgcatgatgttaaccaaacttttaatataaagaattaaaaaaaaaaaaataatccagcacataaaaaaaaagtaaaaaatagaaagctaatttaatttgtgtgtgcagttactttgctatacATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATTTAA-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----AGAA-ATTCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AC-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGAACAGTTACTTTGC-----ACAGTTA-------CTT---TGCT---AT---ATAT--A----CCCATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATACCT-----C----TC--------TCTCATATGTATCATAATTA-T-C-CA-TGC----AA--TA---TGTAT----ATA--------ACG---TA-------T------TT--T--TGTTTGTA-------TTCCCTGC-AAACATATAAA----CATGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TAAAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTGACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATTTA
gi|7 : tAA--TCCATGAAGTTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAA------A----------TAAAAAA----A----A-A----------------CAGCACATAAAGAAATCGTTTA-AA-TG---GAAAGCTAATAAG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGCT----ATA--CA-------CATGAATG-T---AT---GTGTTCAT---CC-GTGTAAAATGG--AATTAATGTATAACTCA---ATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATTTATCACACC-AAT-T-CA-TGT----TG--TA---TATAT----ATAT-------ATG---TA-------TATACTGTT--T--TGTTTATG-------TTCCTTGT-AAACATATATA----CTTGT-TAACATTGAAC-GCTC--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATATTGTTTTGTTAACAT-----TACATGT--TTATA-----------GGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|8 : tga---ATAT--A----CCCATG---GATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTAAAACT-----CAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-N-NN-NNN----NA--TA---TGTATCACAATAGTTC----ATG---TATATAATGT------TT--T--TATTTGTA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTATATAATTTTATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTTTT-----------------TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|9 : A---TATAT----ACA--------ACA---TA-------T--------------ATTAATG-------CTCCCTGC-ACGCTTAAATT----CTTTT-TCACATGTAAT-GCTG--------TATT-TTTG-TAA---GTTTCACATTGTTATGCAAACGT-----TCCATGT--TCATACTCTCCTTATAGGAGGAATTAAAGATAATca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATTAAAACACATATAAGCTTGTTCTATTGGATCATGACAGTATGTCATTTTATAGATATTTGTAAGAACAGTGATATAATTATTGTAAAAATTATTGTAAAAACTGTTGTAGATCTACTTTGGAGCGTATTAAACATTA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGATATAGCATTCATACATCATTAAGCTATGTTATAATAATATGTACATTGTAAAAAATCTACCTGTATAATTAACTTAATATTTGAAAGCATGTTTTGTTGGCACATATTCGTATCA
Unaligned ( gi|24 ): TAAGTAAAAAACACATCGAATTTGTACAGTTAAATGCATGGACATGTTGTTT
Unaligned ( gi|26 ): ATGAATAATTCAATTAGAACAATACAATTTAATCTGTTACCATATCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11 222222222222222222222 11111 5555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 77 3 00 3 0000 0 88888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 777 1 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111 000 00 6 555 555 1 3 4 33 1 777777777777777777777 1 4 8 4 8 3 00000 44 555 5555 3333333333333333333333333333333333 33 8888888 2 4444 2 2 77777777 2 333 1 55555 33
lowQualScore : .. . .. . .... . ............................................... . . ... . . .................................................. ... .. . ... ... . . . .. . ..................... . . . . . . ..... .. ... .... .................................. .. ....... . .... . . ........ . ... . ..... ..
lowQualScore : 99 0 66 4 6666 1 00000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 888 6 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333 000 00 7 888 888 0 3 8 55 0 444444444444444444444 1 0 0 0 0 6 22222 66 444 7777 0000000000000000000000000000000000 77 7777777 4 5555 1 1 66666666 1 777 0 99999 22
consensus : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------A-A---ACTT---TG-TAT---ATAT--A----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
Reference ( family-445 ) : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------A-A---ACTT---TG-TAT---ATAT--A----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|1 : CTTTTAAGATATTTTAAGGATTTTATA----------TACAAAATGATA----A-TTAA-----T--A-ATCCCGTATATAACGAAATAGCGAA-AA-TAATGGAGAACAAATCTG-TGTGCATACACATTCCCTTTG----------------------TT---T--CAC---AT------------GTA---AATG---AATT----TGTGA---A---AAA-GATTATTATTGTAGAATTG----AATATATACC------A----TT--------TCAGATA
gi|1 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttAT----ATA--------TTA---CA-------T------TTGATAATGTTTCTG-------TTACTTGT-AAATATATATATATACTTAT-TCACAATGAAT-GCTA--------CATAAGTTG-TAC---AGTAATTATTATTTTGTTATCAT-----GTCGTGT--GTAAAATCTCCTTAAAAAATGAAATAAAGAGacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaatatattacatttgataatgtttctgttacttgtaaatatatatatatacttattcacaatgaatgctacataagttgtacagtaattattattttgttatcatgtcgtgtgtaaaatctccttaaaaaatgaaataaagaggcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|10 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttcttttaagatattttaaggattttatatacaaaatgataattaataatcccgtatataacgaaatagcgaaaataatggagaacaaatctgtgtgcatacacattccctttgtttcacatgtaaatgaatttgtgaaaaagattattattgtagaattgaatatataccatttcagataacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaATAAATTGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATT--A-AAAAAAAAAATTAAAAAA----ATTAAA-AAAATTAAGA--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AC-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGTACAGTTACTTTGC-------------ACAGTTACTT---TGCTAT---ATAT--AC---CC-ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATgcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|11 : TGATA---ATTATTAC-T-T-T-TA-TTT----TA--AA---TAAAT----ATA--------CTA---TA-------A------TT--G--CATTCATAAAACATTTTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GTTG--------TATAATGTG-TAC---ATCTCATATTGTTTTGTTAACCT-----TCCATGT--TCATAATCTCATCAAGGGAGGAAATAAAGAGAGTTTA
gi|12 : TGTATCATAAT-A-TGT-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA---------TG---TA-------TAAATG-TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTA-TAC---ATTTCTTTTTGTTTTGTTAATAT-----TCCATGT--TCATAATCTCGTAAAGGGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|13 : ATATGTATCATAAT-AAT-C-CA-TGT----AA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---T---------------TT--T--TGTGTATA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATA
gi|14 : cATTTATTATAAA-A-T-TTCA-TGTAATATAAATA---TGTAT----ATA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATG-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATG-------------TTTCATATTGTTTTGTAAACAT-----TCCATTT--TCATAATCTCCTTAAGAGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|15 : A-TGT-----A--TACTTTGTAT----AAA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATA-------TTCCCTAC-AAACATACATA----CTTGT-TTACATTGAAT-G-----------------------C---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACATAATTGTTT-TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAAAGAATAT
gi|17 : gtagtTAT----ATA--------ATA---T-------------------T--TGTTTATA-------TTTCCTGT-AAACATAAATA----CTTGT-TCACATATAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATATTGTTTTGTTACTAT-----TCCGTGT--TCGTAATCTCCTTAATGGAGGAAATAAAGAGAAT
gi|18 : -TGTGTGA---T---TCA-T---ACTCA---GAAATTG-------GCACAGCT-----C----TC--------TCTGATATTCATCATGAT-A-T-T------T----CA--TA---T---------------------------------------------T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATACATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TAT-ATTTG-CAC---AT
gi|2 : AA--TGCATGAAATTAAC-----TTTTAA-----------------A-A----------TAAAAAA----A----ATAGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAATTAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATATG-TTTGTATGCACAGTTA-TGTGT-------------G-A---A----------AT---ATGTC-A----CTTGTG---AAAATTGAATTA--ATGNNN---N---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATAAT-A-T-T-TAATGA----TA--TA---TTTAT----ATA--------ATG---TT-------T------TTA-T--TGTTTTTA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-ACTT--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTATTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGAAATAAAGATAA
gi|20 : agaatttggcaattctgtcaaaaataaactcaataacggtacaaatgagactaaactgcaactgttaattggtcgaatattactatcattatcaagtttgaaggttcacaaacactttctcctgatagcaatcatattcgttgcaaCCCTGT-AAACTTCTATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATGTTTTTTTTTTAACAT-----TCCATGTTCTCATAATCTCCTTAAGAGAGAAAATAAAGAGATTA
gi|21 : GCAAACAA-TG---GAAAGCAAATCTC-TTTGCATGCACAGTTACTTTGC-----------------------------TAT---ACAT--A--------TA---AATGT--A-----TATGTGA---A---AAA-TGTCATTTGTGTAAAATTGAATTAATGCATA
gi|22 : GT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTTA------G--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTACCAA-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAATGGAGGAAATAGAGAGAATATagt
gi|23 : ATATG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------------------------T---ATAA--A----CT--TA---AATAT--A-----TGTGTGA---A---AAAGTGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATAACT-----C----
gi|25 : TA----CTTGT-TTACATTTAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTAaata
gi|3 : AA--TGCATGAAATTA-------------GATA----AAGAATT--C-------------------------------GAA-----A--ATATCCAACACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTTATATG-GGTGTATGCACAATTACTTTGCTACACACATAAATATA---ACTG---TG-TGTGAAATAT--GAAATTC-GTGT--AAAATTGAATTAATGTATGA---ATCGATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATTAT-A-T-TTCA-TGA----TA--TA---TGTAT----ATATGTTTATAATGATTTT-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGC-AAACATATACA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTA--------TAAAGTTTG-AAC---ACTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCCAAGT--GTATAATCTCCTTAAGGGAAGAATTAAAGAGAGT
gi|4 : gtcgaagattactatcattatcaagaaagaatgttcacaaagactttctccgaatagcaattagattcgttgtaaAA--TATACGAATTTAAATAAACACG-AAGATA----AAGAATT---------------TAAAAAA----A----A-ATAA-----------TCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---TAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTATTTTGC-----------------------------TAT---ACA---------C-ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---AAA-TGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATA
gi|4 : ATATCTATA----CGTGT-TCACACTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-AAC---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTCGTTAAGTGAGGATATAAAGAGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatctatacgtgttcacactgaatgctgtataatttgaacatttcattttgttttgttaacattctatgttcataatctcgttaagtgaggatataaagaga
gi|5 : aatatacgaatttaaataaacacgaagataaagaatttaaaaaaaaataatccagcacataaagaaatagtaaaaatataaagctaatctgtttgtatgcacagttattttgctatacacatgaatataattatgtgtgaaaaatgtcattcgtgtaaaattgaattaatgtataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAA--TGCATGATGTTAACCAAACTTTTAATATA----AAGAATT--A-A------------AAAAA----A----A-AAAA-----T--A-ATCCAGCACATAAAAAAAAAGTAAA-AAATA---GAAAGCTAATTTAATTTGTGTGTGCAGTTACTTTGC-------------------------------T---ATAC--A----C--ATG---CATAT--AATTA-TATGTGA---A---AAA-TGTTATTCGTGTGAAATTGAATTAATGTATAACCCAATAC----TC--------TCT
gi|5 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaA--CA---TGCAT----ATA--------AT-------------------------------TATA-------T-----GTGAAAAATGT-TA----TTCGTGTGAAATTGAATTAATG--------TATAACCCAATACTCTCTTTC-TTTTGTTTTGTTAACTT-----TCCATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGTAATAATGAGAATATAttcttttgttttgttaactttccatgttcataatcttcttaagggaggtaataatgagaatata
gi|6 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaaatgcatgatgttaaccaaacttttaatataaagaattaaaaaaaaaaaaataatccagcacataaaaaaaaagtaaaaaatagaaagctaatttaatttgtgtgtgcagttactttgctatacATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATTTAA-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----AGAA-ATTCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AC-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGAACAGTTACTTTGC-------------ACAGTTACTT---TGCTAT---ATAT--A----CCCATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATACCT-----C----TC--------TCTCATATGTATCATAATTA-T-C-CA-TGC----AA--TA---TGTAT----ATA--------ACG---TA-------T------TT--T--TGTTTGTA-------TTCCCTGC-AAACATATAAA----CATGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TAAAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTGACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATTTA
gi|7 : tAA--TCCATGAAGTTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAA------A----------TAAAAAA----A----A-A----------------CAGCACATAAAGAAATCGTTTA-AA-TG---GAAAGCTAATAAG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGCTAT----------A-C---ACATGAATG-TAT---GTGTTCAT---CC-GTGTAAAATGG--AATTAATGTATAACTCA---ATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATTTATCACACC-AAT-T-CA-TGT----TG--TA---TATAT----ATAT-------ATG---TA-------TATACTGTT--T--TGTTTATG-------TTCCTTGT-AAACATATATA----CTTGT-TAACATTGAAC-GCTC--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATATTGTTTTGTTAACAT-----TACATGT--TTATA-----------GGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|8 : tga---ATAT--A----CCCATG---GATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTAAAACT-----CAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-N-NN-NNN----NA--TA---TGTATCACAATAGTTC----ATG---TATATAATGT------TT--T--TATTTGTA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTATATAATTTTATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTTTT-----------------TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|9 : A---TATAT----ACA--------ACA---TA-------T--------------ATTAATG-------CTCCCTGC-ACGCTTAAATT----CTTTT-TCACATGTAAT-GCTG--------TATT-TTTG-TAA---GTTTCACATTGTTATGCAAACGT-----TCCATGT--TCATACTCTCCTTATAGGAGGAATTAAAGATAATca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATTAAAACACATATAAGCTTGTTCTATTGGATCATGACAGTATGTCATTTTATAGATATTTGTAAGAACAGTGATATAATTATTGTAAAAATTATTGTAAAAACTGTTGTAGATCTACTTTGGAGCGTATTAAACATTA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGATATAGCATTCATACATCATTAAGCTATGTTATAATAATATGTACATTGTAAAAAATCTACCTGTATAATTAACTTAATATTTGAAAGCATGTTTTGTTGGCACATATTCGTATCA
Unaligned ( gi|24 ): TAAGTAAAAAACACATCGAATTTGTACAGTTAAATGCATGGACATGTTGTTT
Unaligned ( gi|26 ): ATGAATAATTCAATTAGAACAATACAATTTAATCTGTTACCATATCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11 222222222222222222222 11111 5555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 77 3 00 3 0000 0 88888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 777 1 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111 000 00 6 555 555 1 3 4 33 1 777777777777777777777 1 4 8 4 8 3 00000 44 555 5555 3333333333333333333333333333333333 33 8888888 2 4444 2 2 77777777 2 333 1 55555 33
lowQualScore : .. . .. . .... . ............................................... . . ... . . .................................................. ... .. . ... ... . . . .. . ..................... . . . . . . ..... .. ... .... .................................. .. ....... . .... . . ........ . ... . ..... ..
lowQualScore : 99 0 66 4 6666 1 00000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 888 6 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333 000 00 7 888 888 0 3 8 55 0 444444444444444444444 1 0 0 0 0 6 22222 66 444 7777 0000000000000000000000000000000000 77 7777777 4 5555 1 1 66666666 1 777 0 99999 22
consensus : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------A-A---ACTT---TG-TAT---ATAT--A----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
Reference ( family-445 ) : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------A-A---ACTT---TG-TAT---ATAT--A----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|1 : CTTTTAAGATATTTTAAGGATTTTATA----------TACAAAATGATA----A-TTAA-----T--A-ATCCCGTATATAACGAAATAGCGAA-AA-TAATGGAGAACAAATCTG-TGTGCATACACATTCCCTTTG----------------------TT---T--CAC---AT------------GTA---AATG---AATT----TGTGA---A---AAA-GATTATTATTGTAGAATTG----AATATATACC------A----TT--------TCAGATA
gi|1 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttAT----ATA--------TTA---CA-------T------TTGATAATGTTTCTG-------TTACTTGT-AAATATATATATATACTTAT-TCACAATGAAT-GCTA--------CATAAGTTG-TAC---AGTAATTATTATTTTGTTATCAT-----GTCGTGT--GTAAAATCTCCTTAAAAAATGAAATAAAGAGacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaatatattacatttgataatgtttctgttacttgtaaatatatatatatacttattcacaatgaatgctacataagttgtacagtaattattattttgttatcatgtcgtgtgtaaaatctccttaaaaaatgaaataaagaggcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|10 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttcttttaagatattttaaggattttatatacaaaatgataattaataatcccgtatataacgaaatagcgaaaataatggagaacaaatctgtgtgcatacacattccctttgtttcacatgtaaatgaatttgtgaaaaagattattattgtagaattgaatatataccatttcagataacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaATAAATTGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATT--A-AAAAAAAAAATTAAAAAA----ATTAAA-AAAATTAAGA--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AC-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGTACAGTTACTTTGC-------------ACAGTTACTT---TGCTAT---ATAT--AC---CC-ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATgcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|11 : TGATA---ATTATTAC-T-T-T-TA-TTT----TA--AA---TAAAT----ATA--------CTA---TA-------A------TT--G--CATTCATAAAACATTTTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GTTG--------TATAATGTG-TAC---ATCTCATATTGTTTTGTTAACCT-----TCCATGT--TCATAATCTCATCAAGGGAGGAAATAAAGAGAGTTTA
gi|12 : TGTATCATAAT-A-TGT-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA---------TG---TA-------TAAATG-TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTA-TAC---ATTTCTTTTTGTTTTGTTAATAT-----TCCATGT--TCATAATCTCGTAAAGGGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|13 : ATATGTATCATAAT-AAT-C-CA-TGT----AA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---T---------------TT--T--TGTGTATA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATA
gi|14 : cATTTATTATAAA-A-T-TTCA-TGTAATATAAATA---TGTAT----ATA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATG-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATG-------------TTTCATATTGTTTTGTAAACAT-----TCCATTT--TCATAATCTCCTTAAGAGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|15 : A-TGT-----A--TACTTTGTAT----AAA--------ATG---T----------------T--T--TGTTTATA-------TTCCCTAC-AAACATACATA----CTTGT-TTACATTGAAT-G-----------------------C---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACATAATTGTTT-TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAAAGAATAT
gi|17 : gtagtTAT----ATA--------ATA---T-------------------T--TGTTTATA-------TTTCCTGT-AAACATAAATA----CTTGT-TCACATATAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATATTGTTTTGTTACTAT-----TCCGTGT--TCGTAATCTCCTTAATGGAGGAAATAAAGAGAAT
gi|18 : -TGTGTGA---T---TCA-T---ACTCA---GAAATTG-------GCACAGCT-----C----TC--------TCTGATATTCATCATGAT-A-T-T------T----CA--TA---T---------------------------------------------T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATACATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TAT-ATTTG-CAC---AT
gi|2 : AA--TGCATGAAATTAAC-----TTTTAA-----------------A-A----------TAAAAAA----A----ATAGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAATTAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATATG-TTTGTATGCACAGTTA-TGTGT-------------G-A---A----------AT---ATGTC-A----CTTGTG---AAAATTGAATTA--ATGNNN---N---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATAAT-A-T-T-TAATGA----TA--TA---TTTAT----ATA--------ATG---TT-------T------TTA-T--TGTTTTTA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-ACTT--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTATTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGAAATAAAGATAA
gi|20 : agaatttggcaattctgtcaaaaataaactcaataacggtacaaatgagactaaactgcaactgttaattggtcgaatattactatcattatcaagtttgaaggttcacaaacactttctcctgatagcaatcatattcgttgcaaCCCTGT-AAACTTCTATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATGTTTTTTTTTTAACAT-----TCCATGTTCTCATAATCTCCTTAAGAGAGAAAATAAAGAGATTA
gi|21 : GCAAACAA-TG---GAAAGCAAATCTC-TTTGCATGCACAGTTACTTTGC-----------------------------TAT---ACAT--A--------TA---AATGT--A-----TATGTGA---A---AAA-TGTCATTTGTGTAAAATTGAATTAATGCATA
gi|22 : GT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTTA------G--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTACCAA-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAATGGAGGAAATAGAGAGAATATagt
gi|23 : ATATG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------------------------T---ATAA--A----CT--TA---AATAT--A-----TGTGTGA---A---AAAGTGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATAACT-----C----
gi|25 : TA----CTTGT-TTACATTTAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTAaata
gi|3 : AA--TGCATGAAATTA-------------GATA----AAGAATT--C-------------------------------GAA-----A--ATATCCAACACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTTATATG-GGTGTATGCACAATTACTTTGCTACACACATAAATATA---ACTG---TG-TGTGAAATAT--GAAATTC-GTGT--AAAATTGAATTAATGTATGA---ATCGATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATTAT-A-T-TTCA-TGA----TA--TA---TGTAT----ATATGTTTATAATGATTTT-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGC-AAACATATACA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTA--------TAAAGTTTG-AAC---ACTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCCAAGT--GTATAATCTCCTTAAGGGAAGAATTAAAGAGAGT
gi|4 : gtcgaagattactatcattatcaagaaagaatgttcacaaagactttctccgaatagcaattagattcgttgtaaAA--TATACGAATTTAAATAAACACG-AAGATA----AAGAATT---------------TAAAAAA----A----A-ATAA-----------TCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---TAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTATTTTGC-----------------------------TAT---ACA---------C-ATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---AAA-TGTCATTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATA
gi|4 : ATATCTATA----CGTGT-TCACACTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-AAC---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTCGTTAAGTGAGGATATAAAGAGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatctatacgtgttcacactgaatgctgtataatttgaacatttcattttgttttgttaacattctatgttcataatctcgttaagtgaggatataaagaga
gi|5 : aatatacgaatttaaataaacacgaagataaagaatttaaaaaaaaataatccagcacataaagaaatagtaaaaatataaagctaatctgtttgtatgcacagttattttgctatacacatgaatataattatgtgtgaaaaatgtcattcgtgtaaaattgaattaatgtataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAA--TGCATGATGTTAACCAAACTTTTAATATA----AAGAATT--A-A------------AAAAA----A----A-AAAA-----T--A-ATCCAGCACATAAAAAAAAAGTAAA-AAATA---GAAAGCTAATTTAATTTGTGTGTGCAGTTACTTTGC-------------------------------T---ATAC--A----C--ATG---CATAT--AATTA-TATGTGA---A---AAA-TGTTATTCGTGTGAAATTGAATTAATGTATAACCCAATAC----TC--------TCT
gi|5 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaA--CA---TGCAT----ATA--------AT-------------------------------TATA-------T-----GTGAAAAATGT-TA----TTCGTGTGAAATTGAATTAATG--------TATAACCCAATACTCTCTTTC-TTTTGTTTTGTTAACTT-----TCCATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGTAATAATGAGAATATAttcttttgttttgttaactttccatgttcataatcttcttaagggaggtaataatgagaatata
gi|6 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaaatgcatgatgttaaccaaacttttaatataaagaattaaaaaaaaaaaaataatccagcacataaaaaaaaagtaaaaaatagaaagctaatttaatttgtgtgtgcagttactttgctatacATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATTTAA-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----AGAA-ATTCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AC-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGAACAGTTACTTTGC-------------ACAGTTACTT---TGCTAT---ATAT--A----CCCATG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATTTTTTGTATACCT-----C----TC--------TCTCATATGTATCATAATTA-T-C-CA-TGC----AA--TA---TGTAT----ATA--------ACG---TA-------T------TT--T--TGTTTGTA-------TTCCCTGC-AAACATATAAA----CATGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TAAAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTGACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATTTA
gi|7 : tAA--TCCATGAAGTTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAA------A----------TAAAAAA----A----A-A----------------CAGCACATAAAGAAATCGTTTA-AA-TG---GAAAGCTAATAAG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGCTAT----------A-C---ACATGAATG-TAT---GTGTTCAT---CC-GTGTAAAATGG--AATTAATGTATAACTCA---ATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATTTATCACACC-AAT-T-CA-TGT----TG--TA---TATAT----ATAT-------ATG---TA-------TATACTGTT--T--TGTTTATG-------TTCCTTGT-AAACATATATA----CTTGT-TAACATTGAAC-GCTC--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATATTGTTTTGTTAACAT-----TACATGT--TTATA-----------GGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|8 : tga---ATAT--A----CCCATG---GATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ATA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTAAAACT-----CAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-N-NN-NNN----NA--TA---TGTATCACAATAGTTC----ATG---TATATAATGT------TT--T--TATTTGTA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTATATAATTTTATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTTTT-----------------TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|9 : A---TATAT----ACA--------ACA---TA-------T--------------ATTAATG-------CTCCCTGC-ACGCTTAAATT----CTTTT-TCACATGTAAT-GCTG--------TATT-TTTG-TAA---GTTTCACATTGTTATGCAAACGT-----TCCATGT--TCATACTCTCCTTATAGGAGGAATTAAAGATAATca
blockSeqs : . T A . AAAAAAAAAAATTAAAAAAATTAAAAAAATTAAGAA C A . C A TACACACATAAATATAACTGTGTGTGAAATATGAAATTCG TAA TG A CTC TCG T G G AT G TCAATATCNNNNNNNN G T A G T A AATAT AA CTT CACA TGTTTATAATGATTTTTTT . AAACATT G . G T TATAATTT A TCT A AATTG TC
blockSeqs : . C G . TAAATAAAAAAAAAGAAAGAA . . . A . TATACACATGAATGTATGTGTTCATCCG T TG A . . C . N NN N CCAATACTC G . A . T . T . . . GTTCATGTATATAATGTTT . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . C G . AATAAAAAAAATAGAAAA . . . C . ACAGTTACTTTGCTATATATACCCA . . . . . N . G AA A TCTC T . . . . . A . . . TATGTATATACTGTT . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . C T . AAAAAAAAAAAAATA . . . A . ACAGTTACTTTGCTATATATACCCA . . . . . A . G AA N NNNN T . . . . . C . . . TGTATAAATGTT . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A . TAAAAAAAAATAA . . . A . GAAATATGTCACTTG . . . . . A . G NN A NNNN G . . . . . T . . . ATGTTTTTA . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . G . ATAAAAAAAAA . . . C . TATACATA . . . . . T . G AA C TCTC G . . . . . T . . . CTATAATT . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . CGAAAAT . . . T . TATAAACT . . . . . A . G AA N NNNN G . . . . . A . . . ACGTATTT . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . C . TATACACA . . . . . A . G AT A T . . . . . T . . . ATGTTT . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : A . TATACACA . . . . . T . . NN N . . . . . N . . . ACATAT . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . AA . . . . . ATGTT . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . ATGTT . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . ATAT . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . AT . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** **** AAAAAAAAAATAAAA******************************** *** ATATACACA***************************************** AA TCTC***************** ATGTTT**************************** ** ****
originalCons : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--A-A----------TAAAAAA----A----A-AGAA-----A--A-ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGC-------------A-A---ACTT---TG-TAT---ATAT--A----CC-GTG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATA--------ATG---TA-------T------TT--T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
finalCons : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATTAAAAAAAAAATAAAA--------------------------------ATCCAGCACATAAAGAAATAGTAAA-AA-TA---GAAAGCTAATCTG-TTTGTATGCACAGTTACTTTGCATATACACA-----------------------------------------TG---AATAT--AATTA-TGTGTGA---A---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAATTAATGTATANCTCTC-----------------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTAT----ATAATGTTT----------------------------T--TGTTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATTAAAACACATATAAGCTTGTTCTATTGGATCATGACAGTATGTCATTTTATAGATATTTGTAAGAACAGTGATATAATTATTGTAAAAATTATTGTAAAAACTGTTGTAGATCTACTTTGGAGCGTATTAAACATTA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGATATAGCATTCATACATCATTAAGCTATGTTATAATAATATGTACATTGTAAAAAATCTACCTGTATAATTAACTTAATATTTGAAAGCATGTTTTGTTGGCACATATTCGTATCA
Unaligned ( gi|24 ): TAAGTAAAAAACACATCGAATTTGTACAGTTAAATGCATGGACATGTTGTTT
Unaligned ( gi|26 ): ATGAATAATTCAATTAGAACAATACAATTTAATCTGTTACCATATCAT
Alignments
lowQualScore : 1111 666666666666666666666666666666 22222222 4444444444444 555555555555 1111111111 1111111 111111111 2222222222222222222 222222222222222222222 11111111111111111 22222222222222222222222222222222
lowQualScore : 77 3 00 0000 111111111111111111111111111111 33333333 4 4 777 1 4 4444444444444 444444444444 7 5555555555 55 1111111 55 444444444 999999 555 1 3 0 11 5555555555555555555 1 777777777777777777777 1 4 8 4 8 3 88888 44 555 0 88888888888888888 66666666666666666666666666666666 33 8888888 2 4444 2 2 77777777 2 333 1 55555 33
lowQualScore : .. . .. .... .............................. ........ . . ... . . ............. ............ . .......... .. ....... .. ......... ...... ... . . . .. ................... . ..................... . . . . . . ..... .. ... . ................. ................................ .. ....... . .... . . ........ . ... . ..... ..
lowQualScore : 99 0 66 6666 444444444444444444444444444444 00000000 4 4 888 6 0 0000000000000 111111111111 3 9999999999 00 8888888 00 444444444 666666 888 0 3 6 88 8888888888888888888 0 444444444444444444444 1 0 0 0 0 3 66666 22 000 6 77777777777777777 22222222222222222222222222222222 77 7777777 4 5555 1 1 66666666 1 777 0 99999 22
consensus : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--------AAA-------------------AAAAAAAT--AAA-AATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---GAAAGCTAATCT-GTTTGTATG-------------CACAGTTACTTTGC-----------ATATA-C----------AC--ATGAA-------TAT--AATT------ATGT------GTGAA---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAAT-------------------TAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTA-----------------TATA--------ATG-----T--------TTTT---G--TTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
Reference ( family-445 ) : NATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAATT--------AAA-------------------AAAAAAAT--AAA-AATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---GAAAGCTAATCT-GTTTGTATG-------------CACAGTTACTTTGC-----------ATATA-C----------AC--ATGAA-------TAT--AATT------ATGT------GTGAA---ANA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAAT-------------------TAATGTATANCT-----C----TC--------TCTGATATGTATCATAAT-A-T-T-CA-TGT----TA--TA---TGTA-----------------TATA--------ATG-----T--------TTTT---G--TTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATNTTGTTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|1 : CTTTTAAGATATTTTAAGGATTTTATATACAAA-------------------ATGATAAT--TAATAATCCCGTATATAACGAAATAGC-GAA-AATAATGGAGAACAAATCT-GTGTGCATA-------------CACATTCCCTTTGT--------------TT-C----------AC--ATGTA-------AAT--GA--------ATTT------GTGAA---AAA-GATTATTATTGTAGAATTG-----------------------AATATATACC------A----TT--------TCAGATA
gi|1 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttA-TAT----TA--CA---TTTG------------------ATA--------ATG-----T--------TTCT---G--TT---A----------CTTGT-AAATATATATATATACTTAT-TCACAATGAAT-GCTA--------CATAAGTTG-TAC---AGTAATTATTATTTTGTTATCAT-----GTCGTGT--GTAAAATCTCCTTAAAAAATGAAATAAAGAGacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaatatattacatttgataatgtttctgttacttgtaaatatatatatatacttattcacaatgaatgctacataagttgtacagtaattattattttgttatcatgtcgtgtgtaaaatctccttaaaaaatgaaataaagaggcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|10 : aagacaattttataatccaaaataaatagtttataaagacttttcccttcttttaagatattttaaggattttatatacaaaatgataattaataatcccgtatataacgaaatagcgaaaataatggagaacaaatctgtgtgcatacacattccctttgtttcacatgtaaatgaatttgtgaaaaagattattattgtagaattgaatatataccatttcagataacctaccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatatcgacttatgaaaaaaatATAAATTGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATT--------AAAAAAAAAAATTAAAAAAATTAAAAAAATTAAGA-AATCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-ACTA---GAAAGCTAATCT-GTTTGTATGTACAGTTACTTTGCACAGTTACTTTGCTAT--------ATATA-C----------CC--ATGAA-------TAT--AATT------ATGT------GTGAA---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATT-------------------TTTTGTATgcctacatgtacacgcatattcatagcatatatatataaatttctaattaatcgggtatgctatagttatttactttcattttacaaacactttataatccg
gi|11 : TGATA---ATTATTAC-T-T-T-TA-TTT----TA--AA---TAAA-----------------TATA--------CTA-----T--------AATT---GCATTCATAAAACATTTTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GTTG--------TATAATGTG-TAC---ATCTCATATTGTTTTGTTAACCT-----TCCATGT--TCATAATCTCATCAAGGGAGGAAATAAAGAGAGTTTA
gi|12 : TGTATCATAAT-A-TGT-CA-TGT----TA--TA---TGTA-----------------TATATGTATAA-ATG-----T--------TTT----G--TTTATA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTA-TAC---ATTTCTTTTTGTTTTGTTAATAT-----TCCATGT--TCATAATCTCGTAAAGGGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|13 : ATATGTATCATAAT-AAT-C-CA-TGT----AA--TA---TGTA-----------------TATA--------ATG-----T--------TTTT---G--TGTATA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTAACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATA
gi|14 : cATTTATTATAAA-A-T-TTCA-TGTAATATAAATA---TGTA-----------------TATA--------ATG-----T--------TTT----G--TTTATG-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATG-------------TTTCATATTGTTTTGTAAACAT-----TCCATTT--TCATAATCTCCTTAAGAGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|15 : A-TGT-----A--TACTTTGTA-----------------TAAA--------ATG-----T--------TTT----G--TTTATA-------TTCCCTAC-AAACATACATA----CTTGT-TTACATTGAAT-G-----------------------C---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACATAATTGTTT-TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAAAGAATAT
gi|17 : gtagtTA-----------------TATA--------ATA-----T--------TT-----G--TTTATA-------TTTCCTGT-AAACATAAATA----CTTGT-TCACATATAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATATTGTTTTGTTACTAT-----TCCGTGT--TCGTAATCTCCTTAATGGAGGAAATAAAGAGAAT
gi|18 : TGT------GTGAT---TCA-T---ACTCA---GAAATTG--------------------------GCACAGCT-----C----TC--------TCTGATATTCATCATGAT-A-T-T------T----CA--TA---T---------------------------------------------------TT---G--TTTATA-------TTCCCTGT-AAACATACATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TAT-ATTTG-CAC---AT
gi|2 : AA--TGCATGAAATTAAC-----TTTTAAAATA----AA-----------------------------------AAAAATAG--AAA-AATCCAGCACATAAAGAATTAGT-AAA-AATA---GAAAGCTAATAT-GTTTGTATG-------------CACAGTTA-TGTGTGAA--------ATATGTC----------ACTTGTGAA-------AATTGAATT------A-AT------GNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------NNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATAAT-A-T-T-TAATGA----TA--TA---TTTA-----------------TATA--------ATG-----T--------TTTTATTG--TTTTTA-------TTCCCTGC-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGAAT-ACTT--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTATTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGAAATAAAGATAA
gi|20 : agaatttggcaattctgtcaaaaataaactcaataacggtacaaatgagactaaactgcaactgttaattggtcgaatattactatcattatcaagtttgaaggttcacaaacactttctcctgatagcaatcatattcgttgcaaCCCTGT-AAACTTCTATA----CTTGT-TCACATTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-TAC---ATTTCATGTTTTTTTTTTAACAT-----TCCATGTTCTCATAATCTCCTTAAGAGAGAAAATAAAGAGATTA
gi|21 : GC-AAACAATG---GAAAGCAAATCT-CTTTGCATG-------------CACAGTTACTTTGC------------TATA-C----------AT--ATAAA-------TGT--A----------TAT------GTGAA---AAA-TGTCATTTGTGTAAAATTGAAT-------------------TAATGCATA
gi|22 : GT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTTA------G--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTACCAA-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAATGGAGGAAATAGAGAGAATATagt
gi|23 : ATAT-GTTTGTATG-------------CACAGTTACTTTGC------------TATA-A----------AC--TTAAA-------TAT--A----------TGT------GTGAA---AAAGTGTCATTCGTGTAAAATTGAAT-------------------TAATGTATAACT-----C----
gi|25 : TA----CTTGT-TTACATTTAAT-GCTG--------TATAATTTG-CAC---ATTTCATAAT-TTTTGTTAaata
gi|3 : AA--TGCATGAAATTA-------------GATA----AAGAATT--------CGA-------------------AAA----T--A-----TCCAACACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---GAAAGCTTATAT-GGGTGTATG-------------CACAATTACTTTGCTACACACATAAATATAACTGTGTGTGAAAT--ATGAAATTCGTGTAA--AATTGAATTAATGT------ATGAATCGATA-T----CNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------NNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATGTATCATTAT-A-T-TTCA-TGA----TA--TA---TGTA-----------------TATATGTTTATAATGATTTTT--------TTTT---G--TTTATA-------TTCCCTGC-AAACATATACA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTA--------TAAAGTTTG-AAC---ACTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCCAAGT--GTATAATCTCCTTAAGGGAAGAATTAAAGAGAGT
gi|4 : gtcgaagattactatcattatcaagaaagaatgttcacaaagactttctccgaatagcaattagattcgttgtaaAA--TATACGAATTTAAATAAACACG-AAGATA----AAGAATT--------TAA-------------------AAAAAAAT--AA----TCCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-AATA---TAAAGCTAATCT-GTTTGTATG-------------CACAGTTATTTTGC------------TATA-C----------AC--ATGAA-------TAT--AATT------ATGT------GTGAA---AAA-TGTCATTCGTGTAAAATTGAAT-------------------TAATGTATA
gi|4 : ATATCTATA----CGTGT-TCACACTGAAT-GCTG--------TATAATTTG-AAC---ATTTCATTTTGTTTTGTTAACAT-----TCTATGT--TCATAATCTCGTTAAGTGAGGATATAAAGAGAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatatctatacgtgttcacactgaatgctgtataatttgaacatttcattttgttttgttaacattctatgttcataatctcgttaagtgaggatataaagaga
gi|5 : aatatacgaatttaaataaacacgaagataaagaatttaaaaaaaaataatccagcacataaagaaatagtaaaaatataaagctaatctgtttgtatgcacagttattttgctatacacatgaatataattatgtgtgaaaaatgtcattcgtgtaaaattgaattaatgtataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAA--TGCATGATGTTAACCAAACTTTTAATATA----AAGAATT--------AAA-------------------AAAAAAAA--AAT-AATCCAGCACATAAAAAAAAAGTAAAA-AATA---GAAAGCTAATTTAATTTGTGTG-------------TGCAGTTACTTTGC------------TATA-C----------AC--ATGCA-------TAT--AATT------ATAT------GTGAA---AAA-TGTTATTCGTGTGAAATTGAAT-------------------TAATGTATAACCCAATAC----TC--------TCT
gi|5 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaA--CA---TGCA-----------------TATA--------AT---------------------------TATA-------T-----GTGAAAAATGT-TA----TTCGTGTGAAATTGAATTAATG--------TATAACCCAATACTCTCTTTC-TTTTGTTTTGTTAACTT-----TCCATGT--TCATAATCTTCTTAAGGGAGGTAATAATGAGAATATAttcttttgttttgttaactttccatgttcataatcttcttaagggaggtaataatgagaatata
gi|6 : acagtttgggtattatgtcataaaataactcaacaacgttacacatgagactaaatagcaaaagttaattggttgaagattactatcataattaagtaagaatgttcacagacactttttccaaatagcaattagattcgttgcaaaatgcatgatgttaaccaaacttttaatataaagaattaaaaaaaaaaaaataatccagcacataaaaaaaaagtaaaaaatagaaagctaatttaatttgtgtgtgcagttactttgctatacATAA--TGCATGAAATTAACCAAACTTTTTAAATA----AAGAATTTAAATA--AAA-------------------AAAAAGAA--AGA-AATTCAGCACATAAAGAAATAGT-AAA-ACTA---GAAAGCTAATCT-GTTTGTATGAACAGTTACTTTGCACAGTTACTTTGCTAT--------ATATA-C----------CC--ATGAA-------TAT--AATT------ATGT------GTGAA---ATA-TGTCACACGTGTAAAATTGATT-------------------TTTTGTATACCT-----C----TC--------TCTCATATGTATCATAATTA-T-C-CA-TGC----AA--TA---TGTA-----------------TATA--------ACG-----TAT------TTTT---G--TTTGTA-------TTCCCTGC-AAACATATAAA----CATGT-TCACATTGAAT-GCTT--------TAAAATTTA-TAC---ATTTCATTTTGCTTTGTTGACAT-----TCCATGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATTTA
gi|7 : tAA--TCCATGAAGTTAACCAAACTTTTAAGATA----AAGAAAT--------AAA-------------------AAAAAA------------CAGCACATAAAGAAATCGT-TTA-AATG---GAAAGCTAATAA-GTTTGTATG-------------CACAGTTACTTTGC------------TATA-C----------AC--ATGAA-------TGT--A--T------GTGTTCATCCGTGTA---AAA-TGGAATTAATGTATAACTCAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N----NN--------NNNGATATTTATCACACC-AAT-T-CA-TGT----TG--TA---TATA-----------------TATAT-------ATG-----TATATACTGTTTT---G--TTTATG-------TTCCTTGT-AAACATATATA----CTTGT-TAACATTGAAC-GCTC--------TATAATTTA-TAC---ATTTCATATTGTTTTGTTAACAT-----TACATGT--TTATA-----------GGAGGAAATAAAGAGAATAT
gi|8 : tga-----------ATATA-C----------CC--ATGGA-------TAT--AATT------ATGT------GTGAA---ATA-TGTCACTCGTGTAAAATTGAAT-------------------TAATGTAAAACT-----CAATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N-N-NN-NNN----NA--TA---TGTATCACAATAGTTCATGTATATA--------ATG-----T--------TTTT---A--TTTGTA-------TTCCCTGT-AAACATATATA----CTTGT-TCACATTGTAT-GCTATATAATTTTATAATTTG-TAC---ATTTCATTTTGTTTT-----------------TGT--TCATAATCTCCTTAAGGGAGGAAATAAAGAGAATATA
gi|9 : A---TATA-----------------TACA--------ACA-----T--------AT-----A--TTAATG-------CTCCCTGC-ACGCTTAAATT----CTTTT-TCACATGTAAT-GCTG--------TATT-TTTG-TAA---GTTTCACATTGTTATGCAAACGT-----TCCATGT--TCATACTCTCCTTATAGGAGGAATTAAAGATAATca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATTAAAACACATATAAGCTTGTTCTATTGGATCATGACAGTATGTCATTTTATAGATATTTGTAAGAACAGTGATATAATTATTGTAAAAATTATTGTAAAAACTGTTGTAGATCTACTTTGGAGCGTATTAAACATTA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGATATAGCATTCATACATCATTAAGCTATGTTATAATAATATGTACATTGTAAAAAATCTACCTGTATAATTAACTTAATATTTGAAAGCATGTTTTGTTGGCACATATTCGTATCA
Unaligned ( gi|24 ): TAAGTAAAAAACACATCGAATTTGTACAGTTAAATGCATGGACATGTTGTTT
Unaligned ( gi|26 ): ATGAATAATTCAATTAGAACAATACAATTTAATCTGTTACCATATCAT