lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 1111111 22 22222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 22222222222222 111 333333333 11111 11111111 2222222222222 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111111111 1111
lowQualScore : 2 66 5555555 4 3333333 6 22 4 4 1 66 22222 2 0 6 888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 444 33 444 3 3 2 55555555555555 66 4 8888 000 3 44 1 444444444 99999 4 7 66666666 2 5 55 2 9999999999999 0000 555 4 2 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999 333 9999 6 7 4444
lowQualScore : . .. ....... . ....... . .. . . . .. ..... . . . ... .............................................................................. . . ... .. ... . . . .............. .. . .... ... . .. . ......... ..... . . ........ . . .. . ............. .... ... . . . . ....................................................................................................................................................... .................. ... .... . . ....
lowQualScore : 8 11 6666666 0 0000000 9 33 1 0 6 66 77777 7 1 2 222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 0 777 77 777 8 1 9 33333333333333 33 0 5555 000 3 66 6 000000000 44444 9 4 33333333 5 0 99 5 7777777777777 6666 000 1 7 7 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000000000000000000 333 2222 6 7 2222
consensus : GACATTGACAGA--GACCG--ACACC-TA-------ATGACTAACAAAGCGNCTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGA----TCGACTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------A--------TTTC-------------T-CCC-A--AGAG---T--CATACCACTGT--------GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGT---T--GCC---ATGGCTACAGTAG-ATT-CTTTTA--AG------TCAAN-TC-T----TAATTAGACA---A-AA--AATG--AGAG---TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTA-A-T----T-AG-T--T-T---T-AT-G----TTAAG---GTCAG---TAGTC-A-TT-TT--A-------CT------TT---TT-ACN-TTT--A-A------T------A-C---------------ATAGACNCT----A----------------T------------A----------TACAGTTTCT--GNCT-G----------CATA------------------T---ATGCC---ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
Reference ( gi|6 ) : GGCATTGACAGA--GACAG--ATGCC-TA-------ATGACTAGCAAAGCAACTAGATATTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACACGAATACGA----ACGACTGACTGTCTCAGCTG-A-C--------------A--------TTTC-------------C-CCCAA--AAAG---T--CATACCGCTGTAC----GTGGAATGCTATTCCGGAATCTACTGT---T--GCC---ATGACTACAGTTG-ATT-CTTTGA--AG------TAAAC-TC-T----TAATTAGACA---A-AA--AATG--ATAC---TTGTATATGCACACAAATCTGATATCAAATTTGTA-G-T----T-AG-T--T-T---C-AT-G----TTAAG---ATCAG---TAATC-A-TT-TT--A-------CT------CT---TT-GCG-TTT--A-A------T------A-C---------------ATAGGCCCT----A----------------T------------A----------TACAGTTTAT--ATCA-G----------CATA------------------T---ATGCC---TCAACCCTGTCGCGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
gi|2 : GACATTGACAGA--GACCG--ATACC-TT-------ATGGTTAACAAGGCAACCAGATACTC-TAAAAGAATATATCAACTACAACAATACCA----TTGACTGACTGCCTCAAATG-T-C--------------A--------TTTTAAAGTTATCATATT-CCCAA--GA-G---T--CATACA--TGTACCAATGTGGAATGCTCATGCAGAGTCTATTGT---T--GCC---ATAACATCCGTAG-ATT-AGTTTA--AG------TCAAA-TC-T----T-ATT---C----A-AA--TATG----AG---TTTTATATAAACTCCACTCTCACATCAAAATTGTA-A-T----A-AGTT--T-T---T-AT-G----TTAAA---GTCAG---TAGTC-A-TT-TTTAA-------CTTCTCCATT---TT-ACT-TTTTAG-A------T------A-CTGTACTTAACTTTTAATA---CGT----A----------------T------------A----------TACAGTTTTT--GACT-G----------CATA------------------T---ATTAC---ACCACCCTGTCGTAAT----CATCATAATTGATCGGTGACA
gi|1 : aatacaagattgatatttaaaaaaacggggacttgttGGCATTGATATA--TACA---ACACC-CAGTACTTTATGTCTAACAAAGAGACTGGGTATTCATAAAAATATATATCACTTACAATAATACGA----TCGACAAACTGCCTCAACTG-A-CCTTTTTAAGATTTAA--------TTTT-------------T-CCCAA--AA-G---T--CGTACTGCTGT--------GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGT---T--GCC---CTTAACACAGTAG-ATA-ATTTAATGAG------AAAAC-T-------TGACTGAACA---A-GA--A-TG--AG-----TTGTATATGCACACAAGTCTCACATCAAATTTGTA-A-T----T-AG-T--T-T---TAAT-G----TTAAG---GTTAG---TATTC-A-TT-Tgtatcggaagaaa
gi|17 : ctcttcaatttgaaatccccatattcaggtcaaaaagcataacattgaaatagtgcagctcgatgtacatataggagatggcgtaacactaatcatgttggggacatgcttaacaatatacgatatccaatccttgagcaaatacgtaccaatacatgtttgacattattttacaaaacacgtaaccgattgattGACATTGACAGA--GACCG--ACACC-TA-------ATGACTAACAAAGCCTCTAAATACTC-TAACA-AATATCTCGCCTACACCAATACAA----TCAACTGACTGTCTCAACTGCC-C--------------A--------TTTT-------------T-CCTCA--GGAG---T--CATACCACTGT-C-------AAATACTCCTCCAGAATTCACATT---T--ACG---ATGGCTACAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttctgactacgtaaatggcaccctgatcataattga
gi|18 : gttGACATTGACAGA--GACCG--ACACT-TA-------ATAACTAACCAAGCATCTAAATACTC---AAAGAATATCTCGCCTAC---AACATGA----TCGATTGACTGCCTCAACTG-C-C--------------CT-------TTTC-------------T-CCTTA--GGAG---T--CGTACCACT--------GTGGAATGCTCTTCCAGATTCTACTTT---T--GCG---ATAGCTTTAGTAC-ATT-CTTacatttt
gi|14 : tggttGACGCTAACAGA--GACCG------------------TAACTATCAAAGCTGCTAGATACTC-TCAATGAATACCTCAACTACAACAACACGC----TCGACTGA
gi|5 : acatacaggagatgacataacactagacgtgttagggatatgtttgacaatttatggtaaagcaaagacatatcaatataagcttgtcatttttttacaaaatatataatggattggttCAATGACAGA--GACCG--ATACC-TA-------ATGACTAACAAAGAAGCTAGATACTC-TAACAGAATATCTCACCTACAGCAACACGA----TCGACTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------C--------TTT--------------------A--AAAGTTTT--CAT----TTGT-----------------TTCCAGAATCT----T---TCANNN---NNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNN--NN------NNNNN-NN-N----NNNNNNNNNN---N-NN--AATA--AGAG---TTGTATATGCAAACAACTCTCACATCAACTGTGTA-A-T----T-AA-TG-T-G---A-AT-G----TTAAGTTCATCAG---TTAT----TT-TT--A-------A-------GT---TT-ACT-TTT--A-A------A------A-C----------------------------A----------------T------------A----------TACAGCTTCTGAAT---G----------CATG------------------T---ATGCCA--TCAG-ACTGTCGTGAT----GGTCAGAGTTGATCGGTGACA
gi|19 : atgttccaatacaagcttgacattgttttacataatgcattacagacagacttaCATTGACAGA--TACCGTAATGACATT-------ATGACTAACAAAGCGACAAGACACTC-TAAAA-AACATCTCACCCTCATCATTACGATTGGAAGTCTGGTTACCT-ACCTA-A-C--------------A--------TTttattggaagaaaggaaa
gi|4 : aagacgttcaaaaacaagctttacgggtttttttctacaaaaacataatgaactgattaaTTGACTGGTTGACTG--ATACC-TA-------ATTACTAATAAAGTGACAAGATACTC-TAAAAGAATATCTTGCCTATAACAATA------------TGACTGTCTGATTT--A-C--------------G--------TT-----------------CTTATTTAGAG------CATACCACTGT--------GGAATGCTCTTCCAGAATCAACTGT---T--GTCATGATGATTACAGTAG-A----TTTCA-----------AAAC-TTATTAGGTAATTAGACATATA-AA--AATG---------TT---TATGCACATGACTCACACATCAAATTTGTA-A-T----T-AG-TAGT-T-------------TTAAG---GTCAA---TAAGC-A-TT-TTTAA-------CT------TT---TT--CA-TTT--T-A------CTTTCAGA-C---------------ATTGTACTT----AACTTTTAATTATGCATT------------A----------TACAGTTTCT--GACT-G----------CATA------------------T---ATGCC---ACCACCCTGTTGTGAT----AATCAGAATTGGTCAGTGACaaat
gi|7 : cgtttgaatacaaccttgatatttttgttacaaaatacatagTGACAGA--CACCG--ACACC-TA-------ATGACTAACAACACATCTAGATAATC-TCAAAGAGTATCTCGCCTACAC---CATGA----TCAACTGACTGCCTCAACTG-CTC--------------T--------TTTT-------------T-CCTCA--GCAG---T--CTTACCACT--------GTGGAATGCTCTTCCGGATTCTACATT---T--GCG---ATGATTACAGTAC-ATT-CTggaagcaaa
gi|3 : aattgaaatggtgcaaagacaatggacatgtaggagatggcataacacgtcatattaaggacatgcttgacaatttgcgatgatcaacccttgagtaaagacgtaccactacaaggttaacacttgtttacaaaatgcatattaaactggttcaaaACTG--GTACC-TA-------A--GC-AACAAAGCAACTAAATATTC-TAAAAGAATATATCATCTTCAATAATACGA----TTGAATGTCTGCCTTAACTG-G-CCTCTTAA-------AGTTCTCCTTTTC-------------C-CACGA--AGAC---T--CATACCACTGT------GT--AATG-------GG-------TGT---T--GCC---ATGACTACAGTAC-ATT-CTTTTA--AG------TCAGA-TC-T----TAATTAGACA---ACAA--CGTG--AGAG---CTGTTTATGCACACAA--CTCACGTCAGCATTGTA-A-TTA--T-AGCT--T-T---T-AT-G----TTAAG---GTCAG---CAGTG-A-TT-TTA-A-------CT------TT---TCAACT-TTT--A-G-------------A-C---------------ACTG--CTT----T----------------T------------A-------------AGTTTTA--AT---G----------CATA------------------T---ATg
gi|23 : ggaataaaattgttacgcttgggacatgcttgccgattgacgatggtcatccctagcacaaggacgcaccaatacaagcttgacatttgtgtacaaaatacataatttAGTTT-A-C--------------A--------TTTA-------------T-CC--A--ACAG---T--CATACCACTAT--------GGAATGCATTTCCAGAATCTGTTGT---T--GCC---ATGGCTACAGTAGAATA-CTTAAA--AGCACTGCTAAAC-Tatttttatataatttacgtcaaat
gi|10 : tatcttaaactcttttacttttaa-A-C--------------T--------TTTC-------------C-----A--AGAG---T--TATACCACTGT--------GGAATGCTga
gi|9 : gtgatcgactaacttaattgtccttttaaagtttct-C--------------A--------TTTT-------------T-CC------AAG---TTGCATACCACTAT--------GGAATGCTATTCCAGAAACGAATGC---T--GCA---ATGGCTGCAGTAG-ATT-CCTTTA--A-------TCAACAGC-T----TAACTAGACA---T-AC--AA------AC------------CATACAACACTCACATCATACTTGTA-A-T----CAAG------------GT-G----TTAGT---GTCAG---TAATC-C-TT-TT----------CTTATCA-TT---CC-ACT-TTT--A-AAACCTGT------A-C---------------TCAGCTTTT----A----------------T------------AATATAAATTGTATAGTTTCT--TTCT-G----------CAGT------------------T---ATGCC---ACCATCCTGTccaaaccaaagcttatcaagccatacaaattgagagctgtatatgcacaaaactctcacatcgcaccggtaactagtcagtagtaatttttaattcagacactgtaccaaacttttattatatatactcttatgccatatcaacctgtcgatatgatcagattcggtcggcgacagtataagaagaaagaa
gi|8 : gacattataaaggttt--------TTTC-------------CTCCCTA--AGAG---T--CGTACTACTGT--------GGAAGGCTCTTCCAGAATCTACTGT---T--TCC---ATGACTACAATAG-ATT-CTTTTA--CA------TCCAT-TC-T----TAATAAGACA---A-AA--AAAGGAAGAG---TTGTATATATGCAC-AAT---ATATTAAAACTGTA-A-TTTAAT-AG-T--TAT---A-AA-G----TTAAA---GTCAGTACTAATC-A-TT-TTTAA-------CT-------T---TT-AAG-TT-----------------------------------------GACTT----T----------------T------------A----------GACA-CTGAT--CTTA-A----------C-------------------------ATGCC---ACCACC--ATCGTGAT----GATCAGAATTGATTGGTGA
gi|34 : aaagtttcctA--ACAG---T--CCTATCACTAT--------GGAATTCTTTTCCTGAATAAACTGT---T--GCC---ATGGCTACaaataaccaaagaaagta
gi|4 : cTTTTGAAATCTACTGTAATC--ATC---ATGACAACAGTTG-ATT-CT
gi|8 : cgtttgaatacaaccttgatatttttgttacaaaatacatagttgactggttgactgatacctaattactaataaagtgacaagatactctaaaagaatatcttgcctataacaatatgactgtctgatttacgttcttatttagagcataccactgtggaatgctcttccGAATCTATTGT---A--GTC---ATGGAAACAGTAG-ATT-CTcttattaggtaattagacatataaaaatgtttatgcacatgactcacacatcaaatttgtaattagtagttttaaggtcaataagcatttttaactttttcattttactttcagacattgtacttaacttttaattatgcattatacagtttctgactgcatatatgccaccaccctgttgtgataatcagaattggtcagtgacggaagcaaa
gi|11 : aaagtttccttttcctccctaagagtcgtactactgtggaaggctcttccCTGT---T--GCC---ATGACTACAGTAG-ATTATTTTTA--AA------TCAAA-TC-T----TAATTAGAAA---A-AA--AAAG--ATTG---TTGTATATGCACAAAACTCATACATCAAAATTGTA-A-A----T-AG-T--T-T---TAAT-G----TTAAG---GTCAG---TATTT-A-TT-TT--A-------A-------CT---TT-TCA-TTT--C-A------C------T-T---------------TTAGACACT----A----------------T------------A----------CTTAACTTTT--ATTA------------CATAATATAAAGTTTCTGACTTT---ATGCC---ACCACCCTGCCGTGAT----GATCAGAAATGCTCAGTGACAttttacatccattcttaataagacaaaaaaaggaagagttgtatatatgcacaatatattaaaactgtaatttaatagttataaagttaaagtcagtactaatcatttttaacttttaagttgacttttagacactgatcttaacatgccaccaccatcgtgatgatcagaattgattggtgaaaataaccaaagaaagta
gi|20 : TT-CTTTTA--AG------TCACA-GC-T----TAACTAGACAT--A-CA--AAT----TAGGGGTTGTGTGCACACACAAGTTTCATAT-------------T----T-AG-T--T-T---T-ATTG----TTAAG---GTCAG---TAGTCAA-TT-TT--A-------TT------TTTCATT-GCA-CTT-----------T-------------------------TAGACACT----G----------------T------------A----------TTTAACTTTT--AT--------------TATA------------------T---Agtaatggaagaaagcac
gi|12 : -TC-T----TAATTAGACA---A-AATAAAAG--AGAG---TTGTATATGTCCACAACCCTCATATCAAAAGTGTA-ATT----T-AT-T--T-T---A-AT-GATACTTTAG---GTCAG---TAGTC-A-TT-TT--A-------A-------CT---TT-TCA-TTT--T-A------T------caatacttatataatata
gi|20 : ccccaagagtcatacaagtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAATAAAACT---A-AA--TATG--AAAC---TTGTGTGTGCACACAACCC------CTAATTTGTATG-TC---T-AG-T--T-ttttaataacaagtacatac
gi|10 : ttcttttaagtcacagctt-AA--ATTG--AGAG---CTGTATATGCACAAAACTCTCACATCGCACCGGTA-A-C----T-AG-T----------------------------CAG---TAGTA-A-TT-TT--------------------------------T--A-A------T------T-C---------------A--GACACT----G----------------T------------A----------CCAAACTTTT--ATTATA----------TATACTCT--------------T---ATGCCATATCAACC-TGTCGATAT----GATCAGATTCGGTCGGCGACAgttaaggtcagtagtcaattttatttttcattgcacttttagacactgtatttaacttttattatatacaatacttatataatata
gi|15 : gtgatcgactaacttaattgtccttttaaagtttctacttttccaagagttataccactgtggaatgctccaaaccaaagcttatcaagccatac---TTGTATACACATACAACTGTCACATCATATTTGTA-A-T----T-AG-T--T-TTAAT-AT-GATAATTAAG---GTTGG---TAGTC-A-TTCTT--AATGTCTTCT------TT---TT-ACT-TTT--AGA------T------A-----------------AT--GTTTT----A----------------TATATAA------A----------TATAGTTTCT--GACT-G----------CATA------------------T---ATGCC---ACCATCTTGTTGTGATGTTAGATCAGAATTAATCGGCGACAgtataagaagaaagaa
gi|37 : ---TTGTATATGCACACAACTCTCA---CAAAATTAAA-A-T----T-AG-T--T-T---T-Agtattggaagaaagaa
gi|21 : agTATATGCACACAACTCTCACATCATAATTGTA-A-T----T-AG-T--T-T---TAAA-A----TAAAG---GTCAA---TTTTC-AGTT-TC--A-------AT------TT---GT-TCATTTT--A-A------T--------T---------------TTAAACACT----G----------------T------------A----------C---GTTTCT--GACT-G----------CATA------------------T---ATACC---AGCACCCTGTCGTGAT----AGTCAGTGTTGa
gi|16 : ATGCACACAACTCTCATATCAAAATTGTA-A-C----T-AT-T--T-T---TAAT-G----TTAAG---GTCAG---TAGTC-A-TT-TTC-A-------CT-------T---TT-CCA-TTT-----------T------A-CTT-------------TTAGACACT----G----------------TACTAAACGTTTAA----------TACA-TTTAT--AT-A-GTTTCTGACTCCATA------------------T---ATGCC---ACCGTCCCGTCGTGGT----CATAAGAAATGATCGGTGACAgaagaaaga
gi|26 : C-A-TT-GT--A-------CT-----------TA-ACC-TTT--A-A------T------ATC---------------ATAA---------------------------------------A----------TACAGTTTCT--GACT-T----------CAAA------------------T---ATACC---ACAATCCTGCCGTGAT----GATCAgtatcggaagaaagaaa
gi|22 : cttttaga-TTT--A-A------TT-----A-T---------------ATATGCAGTCAGAA----------------T------------A----------TACAGCATCC--GACT-G----------CATA------------------C---ATGTT---ACCACTCTGTTGTTAT----GATCAGAATTTATCGGCGACA
gi|28 : tgttattggacttttatacttaaaatgtagtta-TTT--A-A------T------A-A---------------ATG---------------------------T------------A----------TACAGTTTCT--TACT-G----------CACA------------------T---ATGCC---AAAACCCTGTCGCGAgcagaaaaaaatga
gi|30 : tctcagacactatacttaact------------A----------CACAGGTTCT--GGCA-G----------CATA------------------TTATATGCCA--TCA-CCATGTCGTTAT----GGTCAGAATTGATCGGTGGCAatt
gi|25 : a-G----------CATA------------------T---ATGCT---ACCACCCTGTCTTGAT----GATCAGAATTCATTGGTTACgtatctg
gi|27 : tttctgact-G----------CATA------------------T---ATGCT---ACCACCCTCTCTTGAT----GATCCGAATTCATTGGTGACtatatggaagagatagaaaaagaaag
gi|31 : tttctgact-G----------CATA------------------T---ATGCT---GCCACTCTGTTT---T----GATCAGAATTCATCGGCGACAcatatggatgagagaaataaag
gi|29 : tttcttact-G----------CATA------------------T---ATGCT---ACAACCCTCATTTGTT----GATCAGAATTTATTGGTGACatatggaagagataaggaaa
gi|33 : tttctgact---ATGCC---ACCACTCTGTTGTGAT----GATCAT--TTGATCAGTGACAcatatggaagaaagacaaaaa
gi|32 : CC---TCA-TCCTGTAGTTAT----GATCAGAACTGATTATTGACgtacctaaagaaatt
gi|35 : ttttaactgaataacCTGTCGGAAT----GATCAAAATTGATCGCAGACAggagtatagggagaaaga
gi|36 : cattGTGGT----GATCAGAATTGATGGGTCACAgtagcatatgaagaaaga
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AATACTTAAAAGCACTGCTAAACTGACCTTTTAAAGTTTTCATTTTTTTCCCAAAGTGTTGCCATGGTAGATTCCTTTTCCCAAAGTGTTGCTACAGTAGATTCCTTTAAGCCACAGATGAAATAGACATACAAAATTACTATACTTTTAATTACTTAAATGTTGAGTTCAGTTGTTATTTTTTCATTGCACTTTTAGACACTGTAATT
Unaligned ( gi|24 ): CTCTCTAATTTGGAATGCCCACGCTCATGTCAACAAACATAAAATTGAAATGGTGCAAAGAACAGAATCTCGATGGACATGTAGGATATGGCATAACACTA
Unaligned ( gi|38 ): CATTCTTTGCCGCCAAACCGACCCCACTGTAGTGTTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111 222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 55 99999 1111111 44 3 0 1 7777 99999 3 2 666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 999 444 1 2 33 0 777777 5555 1 0 33 4444 22 66666 999999 2 44 2 0000 44 2222 3 44 2222 2 0 1 33 6666 77 33 000000000000 2 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 1 3333 333 22 3333
lowQualScore : .. ..... ....... .. . . . .... ..... . . ... .................................................... ... ... . . .. . ...... .... . . .. .... .. ..... ...... . .. . .... .. .... . .. .... . . . .. .... .. .. ............ . . ..................................................................................................................................... . . . .... ... .. ....
lowQualScore : 55 11111 8888888 33 6 5 3 1111 11111 6 0 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 444 8 5 44 2 222222 3333 5 3 22 2222 66 22222 777777 9 22 4 4444 22 0000 1 22 5555 7 8 8 11 9999 55 11 555555555555 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 8 9999 000 55 9999
consensus : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACT-----G-CCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TT-T-------------T-----CC-C-A---AGA-GT--CGTAC------CACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT------CTT-T--TAAGTCAA-ATCTTAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT--T----AG--T--TTT-A---T-G----TTAAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TTAC----TTTT--A------ATA------C-A------TA---GAC-NC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGAC-TGCATA----T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
Reference ( family-4347 ) : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGNCTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACT-----G-CCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TT-C-------------T-----CC-C-A---AGA-GT--CATAC------CACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT------CTT-T--TAAGTCAA-NTCTTAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT--T----AG--T--TTT-A---T-G----TTAAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TTAC----NTTT--A------ATA------C-A------TA---GAC-NC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGNC-TGCATA----T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
gi|1 : GGCATTGATATA--TAC-A-----ACACCCAGTACTTTATGTCTAACAAAGAGACTGGGTATTCATAAAAATATATATCACTTACAATAATACGATCGA----CAAACT-----G-CCTCAACTG-A-CCTTTTTAAGATTTAAT-------------TT-T-------------T-----CC-C-A---AAA-GT--CGTAC------TGCTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---CTT-AACACA-----GTAGATA------ATT-TAATGAG--AA-AACTTGACTGA--AC----A-AG--AAT----GAG-TTGTATATGCACACAAGTCTCACATCAAATTTGTAAT--T----AG--T--TTTAA---T-G----TTAAGGTTAGTATTC-A-TT-TNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-------NN------N---N-NNNN----NNNN--N------NNN------N-N------NN---NNN-NN--------N---------N---------NN----------NNNNGTTTCTGAC-TACGTA----A---ATGGC--ACC-C----------T----GATCATAATTGA
gi|10 : ctcttcaatttgaaatccccatattcaggtcaaaaagcataacattgaaatagtgcagctcgatgtacatataggagatggcgtaacactaatcatgttggggacatgcttaacaatatacgatatccaatccttgagcaaatacgtaccaatacatgtttgacattattttacaaaacacgtaaccgattgattGATCGA----CTAACTTAATTGTCCTT--TTA-A-A--------------GT-------------TT-C-------------TACTTTTC-C-A---AGA-GT--TATAC------CACTGT----GGAATGCTC
gi|10 : gtTCTACTTTT---CC---AAGAGTTATACCACTGTGGAAT------GCT-C--CAAACCAA-AGCTTATCAAGCCATA---C-AA--ATTG--AGAG-CTGTATATGCACAAAACTCTCACATCGCACCGGTAAC--T----A--------------------------GTCAGTAGTA-A-TT----------------------------------------------------TTT--A------ATT------C---------A---GAC-AC--------T---------G---------TA----------CCAAACTTTTATTATATATACTCTT---ATGCCATATCAACCTGTCGATAT----GATCAGATTCGGTCGGCGACAcaaaccaaagcttatcaagccatacaaattgagagctgtatatgcacaaaactctcacatcgcaccggtaactagtcagtagtaatttttaattcagacactgtaccaaacttttattatatatactcttatgccatatcaacctgtcgatatgatcagattcggtcggcgacagtataagaagaaagaa
gi|11 : gtgatcgactaacttaattgtccttttaaagttCTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTAGATTA-----TTT-T--TAAATCAA-ATCTTAATTAG--AAA---A-AA--AAAG--ATTG-TTGTATATGCACAAAACTCATACATCAAAATTGTAAA--T----AG--T--TTTAA---T-G----TTAAGGTCAGTATTT-A-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TCAC----TTTT--AGACACTATA------C-T------TA----AC-TT--------TTATTACATAA---------TA----------TAAAGTTTCTGAC-T---T-----T---ATGCC--ACCACCCTGCCGTGAT----GATCAGAAATGCTCAGTGACAgtataagaagaaagaa
gi|12 : -----CC-C-A---AGA-GT--CATAC------AAGTGN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN------NNN-N--NNNNNNNN-ATCTTAATTAG--ACA---A-AATAAAAG--AGAG-TTGTATATGTCCACAACCCTCATATCAAAAGTGTAAT--T----TA--T--TTTAA---T-GATACTTTAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TTAT----TTTT--A------ATA------gtaatggaagaaagcac
gi|13 : cT-------------TT-T-------------T-----CC-C-A---A-A-GT--GTTGC------CATGGT----AGATTCCTTTTCCCAAAG----TGTT--GC----------TACA-----GTAGATT------CCT-T--TAAGCCA----------CAG--ATG---A-AA----------------TAGACATACAAAATT-----ACTATACTTTTAAT--T----AC--T--TAA-A---T-G----TTGAGTTCAGTTGTT-A-TT-T----------------T-----------T------T---CATTGC----ACTT----------T----------------TA---GAC-AC--------T---------G---------TA----------acaagtacatac
gi|14 : aatacttaaaagcactgctaaactgaccttttaaagttttcattGACGCTAACAGA--GACCG--------------------TAACTATCAAAGCTGCTAGATACTC-TCAATGAATACCTCAACTACAACAACACGCTCGA----CTGAatt
gi|15 : acatacaggagatgacataacactagacgtgttagggatatgtttgacaatttatggtaaagcaaagacatatcaatataagcttgtcatttttttacaaaatatataatggattggtt-TTGTATACACATACAACTGTCACATCATATTTGTAAT--T----AG--T--TTT-AATAT-GATAATTAAGGTTGGTAGTC-A-TTCT----------------T--AATGTCTTCT------T---T-TTAC----TTTT--AG-----ATAATGTTTT-A------TA---TA------------T---------A---------AA----------TATAGTTTCTGAC-TGCATA----T---ATGCC--ACCATCTTGTTGTGATGTTAGATCAGAATTAATCGGCGACA
gi|16 : ATGCACACAACTCTCATATCAAAATTGTAAC--T----AT--T--TTTAA---T-G----TTAAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------TC-A-------CTTTTCCAT---T-TTAC----TTTT--A------G-A------C-ACTGTACTA---AACGTT--------T---------AATACATT--TA----------TATAGTTTCTGAC-TCCATA----T---ATGCC--ACCGTCCCGTCGTGGT----CATAAGAAATGATCGGTGACAgtattggaagaaagaa
gi|17 : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCCTCTAAATACTC-TAACA-AATATCTCGCCTACACCAATACAATCAA----CTGACT-----G-TCTCAACTGCC-C--------------AT-------------TT-T-------------T-----CCTC-A---GGA-GT--CATAC------CACTGT----CAAATACTCCTCCAGAATTCACATTT--ACG---ATG-GCTACA-----GTACATT------TTgtatcggaagaaagaaa
gi|18 : gttGACATTGACAGA--GACCG-----ACACTTA-------ATAACTAACCAAGCATCTAAATACTC---AAAGAATATCTCGCCTACAACA---TGATCGA----TTGACT-----G-CCTCAACTG-C-C--------------CT-------------TTTC-------------T-----CC-TTA---GGA-GT--CGTAC------CACTGT----GGAATGCTCTTCCAGATTCTACTTTT--GCG---ATA-GCTTTA-----GTACATT------CTT-
gi|19 : tggttACATTGACAGA--TACCGTAATGACA--TT-------ATGACTAACAAAGCGACAAGACACTC-TAAAA-AACATCTCACCCTCATCATTACGATTGGAAGTCTGGTT-----A-CCT-ACCTA-A-C--------------AT-------------T
gi|2 : aagacgttcaaaaacaagctttacgggtttttttctacaaaaacataatgaactgattaGACATTGACAGA--GACCG-----ATACCTT-------ATGGTTAACAAGGCAACCAGATACTC-TAAAAGAATATATCAACTACAACAATACCATTGA----CTGACT-----G-CCTCAAATG-T-C--------------AT-------------TT-TAAAGTTATCATATT-----CC-C-A---AGA-GT--CATACATGTACCAATGT----GGAATGCTCATGCAGAGTCTATTGTT--GCC---ATA-ACATCC-----GTAGATT------AGT-T--TAAGTCAA-ATCTT-ATT-----C-------A--AATA--TGAG-TTTTATATAAACTCCACTCTCACATCAAAATTGTAAT--A----AGT-T--TTT-A---T-G----TTAAAGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------TTAA-------CTTCTCCAT---T-TTAC----TTTTTAG------ATA------CTG------TACTTAAC-TTTTAATACGT---------A---------TA----------TACAGTTTTTGAC-TGCATA----T---ATTAC--ACCACCCTGTCGTAAT----CATCATAATTGATCGGTGACAaaat
gi|20 : aatacaagattgatatttaaaaaaacggggacttgttTT------CTT-T--TAAGTCAC-AGCTTAACTAG--ACAT--A-CA--AATT--AGGGGTTGTGTGCACACACAAGTTTCATAT-----------T--T----AG--T--TTT-A---TTG----TTAAGGTCAGTAGTCAA-TT-T----------------T--A-------TT------T---T-TCATTGCACTTT---------------------------TA---GAC-AC--------T---------G---------TA----------Tgtatcggaagaaa
gi|21 : TATATGCACACAACTCTCACATCATAATTGTAAT--T----AG--T--TTTAA---A-A----TAAAGGTCAATTTTC-AGTT-T----------------C--A-------AT------T---TGTTCA----TTTT--A------AT-------T-T------TA---AAC-AC--------T---------G---------TA----------C---GTTTCTGAC-TGCATA----T---ATACC--AGCACCCTGTCGTGAT----AGTCAGTGTTGttaacttttattatatacaatacttatataatata
gi|22 : TGTTAT--T----GGACT--TTT-A---T-AC---TTAAAAT--GTAGTT-A-TT-T----------------A--A---------------------TTAT----AT-----------ATG------C-AGT----CA---GA----------------------A---------TA----------TACAGCATCCGAC-TGCATA----C---ATGTT--ACCACTCTGTTGTTAT----GATCAGAATTTATCGGCGACAgaagaaaga
gi|23 : -A-C--------------AT-------------TT-A-------------T-----CC---A---ACA-GT--CATAC------CACTAT----GGAATGCATTTCCAGAATCTGTTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGAgcagaaaaaaatga
gi|25 : tatcttaaactcttttacttttaaagtttTTTCTGAC-TGCATA----T---ATGCT--ACCACCCTGTCTTGAT----GATCAGAATTCATTGGTTACatacttaaaagcactgctaaactga
gi|26 : TAGAC-A-TT-G----------------T--A-------CT------T---A---AC----CTTT--A------ATAT-----C-A------TA---AA--------------------------------------------TACAGTTTCTGAC-TTCAAA----T---ATACC--ACAATCCTGCCGTGAT----GATCAtatatggaagagatagaaaaagaaag
gi|27 : ctttTTTCTGAC-TGCATA----T---ATGCT--ACCACCCTCTCTTGAT----GATCCGAATTCATTGGTGAC
gi|28 : AGAC-A-CT-A----------------T--A-------CT------T---A---AC----TTTT--A------ATA------A-A------TG-------------------------------------TA----------TACAGTTTCTTAC-TGCACA----T---ATGCC--AAAACCCTGTCGCGAcatatggatgagagaaataaag
gi|29 : tctcTTTCTGAC-TGCATA----T---ATGCT--ACAACCCTCATTTGTT----GATCAGAATTTATTGGTGACatt
gi|3 : ACTG-----GTACCTA-------A--GC-AACAAAGCAACTAAATATTC-TAAAAGAATATATCATCTTCAATAATACGATTGA----ATGTCT-----G-CCTTAACTG-G-C--------------CTCTTAAAGTTCTCCTT-T-------------T-----CC-C-ACGAAGA-CT--CATAC------CACTGT----GTAATG--------GG------TGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTACATT------CTT-T--TAAGTCAG-ATCTTAATTAG--ACA---ACAA--CGTG--AGAG-CTGTTTATGCACACAA--CTCACGTCAGCATTGTAATTAT----AGC-T--TTT-A---T-G----TTAAGGTCAGCAGTG-A-TT-T----------------TA-A-------CT------T---T-TCAA----CTTT---------------------------TA---GAC-AC--------T---------GCT-------TT----------TA-AGTTT-TAA--TGCATA----T---ATcatatggaagaaagacaaaaa
gi|30 : ggaataaaattgttacgcttgggacatgcttgccgattgacgatggtcatccctagcacaaggacgcaccaatacaagcttgacatttgtgtacaaaatacataatttA----------CACAGGTTCTGGC-AGCATA----TTATATGCC--ATCACCATGTCGTTAT----GGTCAGAATTGATCGGTGGCAatttttatataatttacgtcaaat
gi|31 : aTTTCTTAC-TGCATA----T---ATGCT--GCCACTCTGTT-T--T----GATCAGAATTCATCGGCGACAgtatctg
gi|32 : TTTTAAC-TGAATA----------ACC--CTCATCCTGTAGTTAT----GATCAGAACTGATTATTGACatatggaagagataaggaaa
gi|33 : ---ATGCC--ACCACTCTGTTGTGAT----GATCAT--TTGATCAGTGACAggagtatagggagaaaga
gi|34 : -C-A---ACA-GT--CCTAT------CACTAT----GGAATTCTTTTCCTGAATAAACTGTT--GCC---ATG-GCTACgtacctaaagaaatt
gi|35 : CATTCTGTCGGAAT----GATCAAAATTGATCGCAGACA
gi|36 : GTGGT----GATCAGAATTGATGGGTCACAgtagcatatgaagaaaga
gi|37 : tAG-TTGTATATGCACACAACTCTCA---CAAAATTAAAAT--T----AG--T--TTT-A---gtatcggaagaaaaaaaagaaa
gi|4 : TTGACTGGTTGACTG-----ATACCTA-------ATTACTAATAAAGTGACAAGATACTC-TAAAAGAATATCTTGCCTATAACAATA------------TGACT-----G-TCT-GATTT-A-C--------------GT-------------TC-T-------------T-----AT-T-T---AGA-G---CATAC------CACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCAACTGTT--GTCATGATG-ATTACA-----GTAGATTTCAAAACTTAT--TAGG---------TAATTAG--ACATATA-AA--AAT------G-TT---TATGCACATGACTCACACATCAAATTTGTAAT--T----AG--TAGTT-------------TTAAGGTCAATAAGC-A-TT-T----------------TTAA-------CTTTTTCAT---T-TTAC----TTTC--AGACATTGTA------C-T------TA---ACT-TT--------T---------AATTATGCATTA----------TACAGTTTCTGAC-TGCATA----T---ATGCC--ACCACCCTGTTGTGAT----AATCAGAATTGGTCAGTGACa
gi|5 : cgtttgaatacaaccttgatatttttgttacaaaatacatagACAATGACAGA--GACCG-----ATACCTA-------ATGACTAACAAAGAAGCTAGATACTC-TAACAGAATATCTCACCTACAGCAACACGATCGA----CTGACT-----G-CCTCAACTG-A-C--------------CT-------------TT--------------------------A---AAA-GT--TTT--------CATT----------TGTT--TCCAGAATCT----TTCANNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN------NNN-N--NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNN---N-NN--AATA--AGAG-TTGTATATGCAAACAACTCTCACATCAACTGTGTAAT--T----AA--T--GTG-AA--T-G----TTAAGTTCATCAGTT-A-TT-T----------------T------------------TAAGT-TTAC----TTTT--A------AAA------C-A------TA-------------------------------------------------TACAGCTTCTGAA-TGCATG----T---ATGCC--ATCAGACTGTCGTGAT----GGTCAGAGTTGATCGGTGACAggaagcaaa
gi|6 : atgttccaatacaagcttgacattgttttacataatgcattacagacagacttGGCATTGACAGA--GACAG-----ATGCCTA-------ATGACTAGCAAAGCAACTAGATATTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACACGAATACGAACGA----CTGACT-----G-TCTCAGCTG-A-C--------------AT-------------TT-C-------------C-----CC-C-A---AAAAGT--CATAC------CGCTGTACGTGGAATGCTATTCCGGAATCTACTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTTGATT------CTT-T--GAAGTAAA-CTCTTAATTAG--ACA---A-AA--AATG--ATAC-TTGTATATGCACACAAATCTGATATCAAATTTGTAGT--T----AG--T--TTC-A---T-G----TTAAGATCAGTAATC-A-TT-T----------------T--A-------CT------C---T-TTGC----GTTT--A------ATA------C-A------TA---GGC-CC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTATATC-AGCATA----T---ATGCC--TCAACCCTGTCGCGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACAttattggaagaaaggaaa
gi|7 : TGACAGA--CACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAACACATCTAGATAATC-TCAAAGAGTATCTCGCCTACACC---ATGATCAA----CTGACT-----G-CCTCAACTG-CTC--------------TT-------------TT-T-------------T-----CCTC-A---GCA-GT--CTTAC------CACTGT----GGAATGCTCTTCCGGATTCTACATTT--GCG---ATG-ATTACA-----GTACATT------CT
gi|8 : aattgaaatggtgcaaagacaatggacatgtaggagatggcataacacgtcatattaaggacatgcttgacaatttgcgatgatcaacccttgagtaaagacgtaccactacaaggttaacacttgtttacaaaatgcatattaaactggttcaaaT-------------TC-C-------------T-----CC-CTA---AGA-GT--CGTAC------TACTGT----GGAAGGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--TCC---ATG-ACTACA-----ATAGATT------CTT-T--TACATCCA-TTCTTAATAAG--ACA---A-AA--AAAGGAAGAG-TTGTATATATGCACAAT----ATATTAAAACTGTAAT--TTAATAG--T--TAT-A---AAG----TTAAAGTCAGTACTA-A-TC---------------------A-------TT------T---T-TAAC----TTTT--A------A----------G------TT---GAC-TT--------T-------------------TA----------GACA----CTGAT-CTTA-A----C---ATGCC--ACCACC--ATCGTGAT----GATCAGAATTGATTGGTGAg
gi|9 : aaagtttcctt-C--------------AT-------------TT-T-------------T-----CC--------AA-GTTGCATAC------CACTAT----GGAATGCTATTCCAGAAACGAATGCT--GCA---ATG-GCTGCA-----GTAGATT------CCT-T--TAA-TCAACAGCTTAACTAG--ACAT--A-CA--AAC-----------------CATACAACACTCACATCATACTTGTAAT--CA---AG---------G---T-G----TTAGTGTCAGTAATC-C-TT-T----------------T----------CTTATCA-T---T-CCAC----TTTT--A------AAA------C-C------TG---TAC-TCAGCTTT--T---------A---------TAATATAAATTGTATAGTTTCTTTC-TGCAGT----T---ATGCC--ACCATCCTGTaaataaccaaagaaagta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CTCTCTAATTTGGAATGCCCACGCTCATGTCAACAAACATAAAATTGAAATGGTGCAAAGAACAGAATCTCGATGGACATGTAGGATATGGCATAACACTA
Unaligned ( gi|38 ): CATTCTTTGCCGCCAAACCGACCCCACTGTAGTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111 1111111 11111 111111 111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 55 99999 1111111 44 3 0 1 7777 1 888 777777777777777777777777777777777777777777777 1111 444 2 2 444444444 5555 2 0 33 4444 22 66666 33 44 1 3 3 0000000 44 22222 44 777777 0 0 1 7777 2 77 33 2 999999999999 2 4 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 555555 333 22 3333
lowQualScore : .. ..... ....... .. . . . .... . ... ............................................. .... ... . . ......... .... . . .. .... .. ..... .. .. . . . ....... .. ..... .. ...... . . . .... . .. .. . ............ . . . .................................................................................................................................... . ...... ... .. ....
lowQualScore : 55 11111 8888888 11 6 5 3 7777 6 222 000000000000000000000000000000000000000000000 1111 777 6 7 444444444 7777 3 3 22 2222 66 22222 77 22 2 1 2 0000000 22 11111 22 555555 3 7 8 8888 2 55 11 2 444444444444 1 2 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 222222 000 55 9999
consensus : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--A-GAGTTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---TG----TTAAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-ACT----TTT--A------ATA------C-G------TA---GAC-NC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
Reference ( family-4347 ) : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ATCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--A-GAGTTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---TG----TTAAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-ACT----TTT--A------ATA------C-A------TA---GAC-NC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
gi|1 : GGCATTGATATA--TAC-A-----ACACCCAGTACTTTATGTCTAACAAAGAGACTGGGTATTCATAAAAATATATATCACTTACAATAATACGATCGA----CAAACTGCCTCAACTG-A-CCTTTTTAAGATTTAAT-------------TTT-------------TCC-C--A---AAA-GTC------G--TACTGCTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---CTT-AACACA-----GTAGATA-ATTTAATGAG--AA-AACT-------TGACTGA--AC----A-AG--AAT-----GAGTTGTATATGCACACAAGTCTCACATCAAATTTGTAAT----T-AG--T--T-TTAA---TG----TTAAGGTTAGTATTC-A-TT-TNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-------NN------N---N-NN-NNN----NNN--N------NNN------N-N------NN---NNN-NN--------N---------N---------NN----------NNNNGTTTCTGACTACGTA------A---ATGGC--ACC-C----------T----GATCATAATTGA
gi|10 : ctcttcaatttgaaatccccatattcaggtcaaaaagcataacattgaaatagtgcagctcgatgtacatataggagatggcgtaacactaatcatgttggggacatgcttaacaatatacgatatccaatccttgagcaaatacgtaccaatacatgtttgacattattttacaaaacacgtaaccgattgattTCTACTTTT---CC---AAGAGTTATACCACTGTGGAAT-GCTC--CAAACCAA-AGCT-------TATCAAGCCATA---C-AA--ATTG--A-GAGCTGTATATGCACAAAACTCTCACATCGCACCGGTAAC----T-A--------------------------GTCAGTAGTA-A-T-------------------------------------------------T----TTT--A------ATT------C---------A---GAC-AC--------T---------G---------TA----------CCAAACTTTT-ATTATATATACTCTT---ATGCCATATCAACCTGTCGATAT----GATCAGATTCGGTCGGCGACA
gi|11 : gtgatcgactaacttaattgtccttttaaagttCTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTAGATTATTTT--TAAATCAA-ATCT-------TAATTAG--AAA---A-AA--AAAG--A-TTGTTGTATATGCACAAAACTCATACATCAAAATTGTAAA----T-AG--T--T-TTAA---TG----TTAAGGTCAGTATTT-A-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TC-ACT----TTT--AGACACTATA------C-T------TA----AC-TT--------TTATTACATAA---------TA----------TAAAGTTTCTGACT---T-------T---ATGCC--ACCACCCTGCCGTGAT----GATCAGAAATGCTCAGTGACAgtataagaagaaagaa
gi|12 : CC-C--A---AGA-GTC------A--TACAAGTGN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-ATCT-------TAATTAG--ACA---A-AATAAAAG--A-GAGTTGTATATGTCCACAACCCTCATATCAAAAGTGTAAT----T-TA--T--T-TTAA---TGATACTTTAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TT-ATT----TTT--A------ATA------gtaatggaagaaagcac
gi|13 : cT-------------TTT-------------TCC-C--A---A-A-GTG------T--TGCCATGGT----AGATTCCTTTTCCCAAAG----TGTT--GC----------TACA-----GTAGATT-CCTT--TAAGCCAC-AGAT-------GAAATAG--ACA---T-AC--AA-------AATT-------------ACT-----AT---ACTTTTAAT----T-AC--T--T-AA-A---TG----TTGAGTTCAGTTGTT-ATTT-T----------------T--T-------CA------T---T-GC-ACT----TT----------------------------TA---GAC-AC--------T---------G---------TA----------acaagtacatac
gi|14 : aatacttaaaagcactgctaaactgaccttttaaagttttcattGACGCTAACAGA--GACCG--------------------TAACTATCAAAGCTGCTAGATACTC-TCAATGAATACCTCAACTACAACAACACGCTCGA----CTGAatt
gi|15 : acatacaggagatgacataacactagacgtgttagggatatgtttgacaatttatggtaaagcaaagacatatcaatataagcttgtcatttttttacaaaatatataatggattggttTTGTATACACATACAACTGTCACATCATATTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-AATATGATAATTAAGGTTGGTAGTC-A-TTCT----------------T--AATGTCTTCT------T---T-TT-ACT----TTT--AG-----ATAATGTTTT-A------TA---TA------------T---------A---------AA----------TATAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCATCTTGTTGTGATGTTAGATCAGAATTAATCGGCGACA
gi|16 : ATGCACACAACTCTCATATCAAAATTGTAAC----T-AT--T--T-TTAA---TG----TTAAGGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------TC-A-------CTTTTCCAT---T-TT-ACT----TTT--A------G-A------C-ACTGTACTA---AACGTT--------T---------AATACATT--TA----------TATAGTTTCTGACTCCATA------T---ATGCC--ACCGTCCCGTCGTGGT----CATAAGAAATGATCGGTGACAgtattggaagaaagaa
gi|17 : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCCTCTAAATACTC-TAACA-AATATCTCGCCTACACCAATACAATCAA----CTGACTGTCTCAACTGCC-C--------------AT-------------TTT-------------TCCTC--A---GGA-GTC------A--TACCACTGT----CAAATACTCCTCCAGAATTCACATTT--ACG---ATG-GCTACA-----GTACATT-TTgtatcggaagaaagaaa
gi|18 : gttGACATTGACAGA--GACCG-----ACACTTA-------ATAACTAACCAAGCATCTAAATACTC---AAAGAATATCTCGCCTACAACA---TGATCGA----TTGACTGCCTCAACTG-C-C--------------CT-------------TTT-------------CTC-CTTA---GGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGATTCTACTTTT--GCG---ATA-GCTTTA-----GTACATT-CTT
gi|19 : tggttACATTGACAGA--TACCGTAATGACA--TT-------ATGACTAACAAAGCGACAAGACACTC-TAAAA-AACATCTCACCCTCATCATTACGATTGGAAGTCTGGTTACCT-ACCTA-A-C--------------AT-------------T
gi|2 : aagacgttcaaaaacaagctttacgggtttttttctacaaaaacataatgaactgattaGACATTGACAGA--GACCG-----ATACCTT-------ATGGTTAACAAGGCAACCAGATACTC-TAAAAGAATATATCAACTACAACAATACCATTGA----CTGACTGCCTCAAATG-T-C--------------AT-------------TTTAAAGTTATCATATTCC-C--A---AGA-GTCATACATG--TACCAATGT----GGAATGCTCATGCAGAGTCTATTGTT--GCC---ATA-ACATCC-----GTAGATT-AGTT--TAAGTCAA-ATCT-------T-ATT-----C-------A--AATA--T-GAGTTTTATATAAACTCCACTCTCACATCAAAATTGTAAT----A-AGT-T--T-TT-A---TG----TTAAAGTCAGTAGTC-A-TT-T----------------TTAA-------CTTCTCCAT---T-TT-ACT----TTTTAG------ATA------CTG------TACTTAAC-TTTTAATACGT---------A---------TA----------TACAGTTTTTGACTGCATA------T---ATTAC--ACCACCCTGTCGTAAT----CATCATAATTGATCGGTGACAaaat
gi|20 : aatacaagattgatatttaaaaaaacggggacttgttTT-CTTT--TAAGTCAC-AGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AATT--AGGGGTTGTGTGCACACACAAGTTTCATAT-----------T----T-AG--T--T-TT-AT--TG----TTAAGGTCAGTAGTCAA-TT-T----------------T--A-------TT------T---T-TC-ATTGCACTTT---------------------------TA---GAC-AC--------T---------G---------TA----------Tgtatcggaagaaa
gi|21 : TATATGCACACAACTCTCACATCATAATTGTAAT----T-AG--T--T-TTAA---AA----TAAAGGTCAATTTTC-AGTT-T----------------C--A-------AT------T---TGTT-CAT----TTT--A------AT-------T-T------TA---AAC-AC--------T---------G---------TA----------C---GTTTCTGACTGCATA------T---ATACC--AGCACCCTGTCGTGAT----AGTCAGTGTTGttaacttttattatatacaatacttatataatata
gi|22 : TGTTAT----T-GGACT--T-TT-A---TAC---TTAAAAT--GTAGTT-A-TT-T----------------A--A---------------------TT-AT-----------------ATA------T-G------CA---GTC-AG--------A---------A---------TA----------TACAGCATCCGACTGCATA------C---ATGTT--ACCACTCTGTTGTTAT----GATCAGAATTTATCGGCGACAgaagaaaga
gi|23 : -A-C--------------AT-------------TTA-------------TCC----A---ACA-GTC------A--TACCACTAT----GGAATGCATTTCCAGAATCTGTTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGAgcagaaaaaaatga
gi|25 : tatcttaaactcttttacttttaaagtttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTGTCTTGAT----GATCAGAATTCATTGGTTACatacttaaaagcactgctaaactga
gi|26 : TAGAC-A-TT-G----------------T--A-------CT------T---A----ACC----TTT--A------ATAT-----C-A------TA---AA--------------------------------------------TACAGTTTCTGACTTCAAA------T---ATACC--ACAATCCTGCCGTGAT----GATCAtatatggaagagatagaaaaagaaag
gi|27 : ctttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTCTCTTGAT----GATCCGAATTCATTGGTGAC
gi|28 : AGAC-A-CT-A----------------T--A-------CT------T---A----ACT----TTT--A------ATA------A-A------TG-------------------------------------TA----------TACAGTTTCTTACTGCACA------T---ATGCC--AAAACCCTGTCGCGAcatatggatgagagaaataaag
gi|29 : tctcTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACAACCCTCATTTGTT----GATCAGAATTTATTGGTGACatt
gi|3 : ACTG-----GTACCTA-------A--GC-AACAAAGCAACTAAATATTC-TAAAAGAATATATCATCTTCAATAATACGATTGA----ATGTCTGCCTTAACTG-G-C--------------CTCTTAAAGTTCTCCTTT-------------TCC-C--ACGAAGA-CTC------A--TACCACTGT----GTAATG--------GG------TGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTACATT-CTTT--TAAGTCAG-ATCT-------TAATTAG--ACA---ACAA--CGTG--A-GAGCTGTTTATGCACACAA--CTCACGTCAGCATTGTAATTA--T-AGC-T--T-TT-A---TG----TTAAGGTCAGCAGTG-A-TT-T----------------TA-A-------CT------T---T-TCAACT----TT----------------------------TA---GAC-AC--------T---------GCT-------TT----------TA-AGTTT-TAA-TGCATA------T---ATcatatggaagaaagacaaaaa
gi|30 : ggaataaaattgttacgcttgggacatgcttgccgattgacgatggtcatccctagcacaaggacgcaccaatacaagcttgacatttgtgtacaaaatacataatttA----------CACAGGTTCTGGCAGCATA------TTATATGCC--ATCACCATGTCGTTAT----GGTCAGAATTGATCGGTGGCAatttttatataatttacgtcaaat
gi|31 : aTTTCTTACTGCATA------T---ATGCT--GCCACTCTGTT-T--T----GATCAGAATTCATCGGCGACAgtatctg
gi|32 : TTTTAACTGAATA------------ACC--CTCATCCTGTAGTTAT----GATCAGAACTGATTATTGACatatggaagagataaggaaa
gi|33 : ---ATGCC--ACCACTCTGTTGTGAT----GATCAT--TTGATCAGTGACAggagtatagggagaaaga
gi|34 : -C--A---ACA-GTC------C--TATCACTAT----GGAATTCTTTTCCTGAATAAACTGTT--GCC---ATG-GCTACgtacctaaagaaatt
gi|35 : CATTCTGTCGGAAT----GATCAAAATTGATCGCAGACA
gi|36 : GTGGT----GATCAGAATTGATGGGTCACAgtagcatatgaagaaaga
gi|37 : tAGTTGTATATGCACACAACTCTCA---CAAAATTAAAAT----T-AG--T--T-TT-A---gtatcggaagaaaaaaaagaaa
gi|4 : TTGACTGGTTGACTG-----ATACCTA-------ATTACTAATAAAGTGACAAGATACTC-TAAAAGAATATCTTGCCTATAACAATA------------TGACTGTCT-GATTT-A-C--------------GT-------------TCT-------------TAT-T--T---AGA-G-C------A--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCAACTGTT--GTCATGATG-ATTACA-----GTAGATT-----------TCAA-AACTTATTAGGTAATTAG--ACATATA-AA--AAT-------GTT---TATGCACATGACTCACACATCAAATTTGTAAT----T-AG--TAGT-T------------TTAAGGTCAATAAGC-A-TT-T----------------TTAA-------CTTTTTCAT---T-TT-ACT----TTC--AGACATTGTA------C-T------TA---ACT-TT--------T---------AATTATGCATTA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTTGTGAT----AATCAGAATTGGTCAGTGACa
gi|5 : cgtttgaatacaaccttgatatttttgttacaaaatacatagACAATGACAGA--GACCG-----ATACCTA-------ATGACTAACAAAGAAGCTAGATACTC-TAACAGAATATCTCACCTACAGCAACACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------CT-------------TT---------------------A---AAA-GTT------T--T--CATT----------TGTT--TCCAGAATCT----TTCANNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-NNNN-------NNNNNNN--NNN---N-NN--AATA--A-GAGTTGTATATGCAAACAACTCTCACATCAACTGTGTAAT----T-AA--T--G-TG-AA--TG----TTAAGTTCATCAGTT-A-TT-T----------------T------------------TAAGT-TT-ACT----TTT--A------AAA------C-A------TA-------------------------------------------------TACAGCTTCTGAATGCATG------T---ATGCC--ATCAGACTGTCGTGAT----GGTCAGAGTTGATCGGTGACAggaagcaaa
gi|6 : atgttccaatacaagcttgacattgttttacataatgcattacagacagacttGGCATTGACAGA--GACAG-----ATGCCTA-------ATGACTAGCAAAGCAACTAGATATTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACACGAATACGAACGA----CTGACTGTCTCAGCTG-A-C--------------AT-------------TTC-------------CCC-C--A---AAAAGTC------A--TACCGCTGTACGTGGAATGCTATTCCGGAATCTACTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTTGATT-CTTT--GAAGTAAA-CTCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--A-TACTTGTATATGCACACAAATCTGATATCAAATTTGTAGT----T-AG--T--T-TC-A---TG----TTAAGATCAGTAATC-A-TT-T----------------T--A-------CT------C---T-TT-GCG----TTT--A------ATA------C-A------TA---GGC-CC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTATATCAGCATA------T---ATGCC--TCAACCCTGTCGCGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACAttattggaagaaaggaaa
gi|7 : TGACAGA--CACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAACACATCTAGATAATC-TCAAAGAGTATCTCGCCTACACC---ATGATCAA----CTGACTGCCTCAACTG-CTC--------------TT-------------TTT-------------TCCTC--A---GCA-GTC------T--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCGGATTCTACATTT--GCG---ATG-ATTACA-----GTACATT-CT
gi|8 : aattgaaatggtgcaaagacaatggacatgtaggagatggcataacacgtcatattaaggacatgcttgacaatttgcgatgatcaacccttgagtaaagacgtaccactacaaggttaacacttgtttacaaaatgcatattaaactggttcaaaT-------------TCC-------------TCC-CT-A---AGA-GTC------G--TACTACTGT----GGAAGGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--TCC---ATG-ACTACA-----ATAGATT-CTTT--TACATCCA-TTCT-------TAATAAG--ACA---A-AA--AAAGGAA-GAGTTGTATATATGCACAA----TATATTAAAACTGTAATTTAAT-AG--T--TATA-A---AG----TTAAAGTCAGTACTA-A----T----------------C--A-------TT------T---T-TA-ACT----TTT--A------A----------G------TT---GAC-TT--------T-------------------TA----------GACA----CTGATCTTA-A------C---ATGCC--ACCACC--ATCGTGAT----GATCAGAATTGATTGGTGAg
gi|9 : aaagtttcctt-C--------------AT-------------TTT-------------TCC---------AA-GTT------GCATACCACTAT----GGAATGCTATTCCAGAAACGAATGCT--GCA---ATG-GCTGCA-----GTAGATT-CCTT--TAA-TCAACAGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AAC-----------------CATACAACACTCACATCATACTTGTAAT----CAAG----------G---TG----TTAGTGTCAGTAATC-C-TT-T----------------T----------CTTATCA-T---T-CC-ACT----TTT--A------AAA------C-C------TG---TAC-TCAGCTTT--T---------A---------TAATATAAATTGTATAGTTTCTTTCTGCAGT------T---ATGCC--ACCATCCTGTaaataaccaaagaaagta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CTCTCTAATTTGGAATGCCCACGCTCATGTCAACAAACATAAAATTGAAATGGTGCAAAGAACAGAATCTCGATGGACATGTAGGATATGGCATAACACTA
Unaligned ( gi|38 ): CATTCTTTGCCGCCAAACCGACCCCACTGTAGTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111 1111111 11111 11111 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 55 99999 1111111 44 3 0 1 7777 1 888 777777777777777777777777777777777777777777777 1111 444 2 2 444444444 5555 2 0 33 4444 22 66666 33 44 1 3 1 0000000 44 22222 44 44444 2 0 0 1 7777 2 77 33 2 7777777777777 2 6 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9999999999 0 555555 333 22 3333
lowQualScore : .. ..... ....... .. . . . .... . ... ............................................. .... ... . . ......... .... . . .. .... .. ..... .. .. . . . ....... .. ..... .. ..... . . . . .... . .. .. . ............. . . . ..................................................................................................................... .......... . ...... ... .. ....
lowQualScore : 55 11111 8888888 11 6 5 3 7777 6 222 000000000000000000000000000000000000000000000 1111 777 6 7 444444444 7777 3 3 22 2222 66 22222 77 22 2 1 0 0000000 22 11111 22 44444 7 3 7 8 8888 2 55 11 2 4444444444444 4 3 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222 2 222222 000 55 9999
consensus : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---T-G----TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
Reference ( family-4347 ) : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---T-G----TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
gi|1 : GGCATTGATATA--TAC-A-----ACACCCAGTACTTTATGTCTAACAAAGAGACTGGGTATTCATAAAAATATATATCACTTACAATAATACGATCGA----CAAACTGCCTCAACTG-A-CCTTTTTAAGATTTAAT-------------TTT-------------TCC-C--A---AAA-GTC------G--TACTGCTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---CTT-AACACA-----GTAGATA-ATTTAATGAG--AA-AACT-------TGACTGA--AC----A-AG--AAT----GAG-TTGTATATGCACACAAGTCTCACATCAAATTTGTAAT----T-AG--T--T-TTAA---T-G----TTAA-GGTTAGTATTCA-TT-TNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-------NN------N---N-NN-N-----NNNNN--N-----------NNN-N-NN---N---NNNNN--------N---------N---------NN----------NNNNGTTTCTGACTACGTA------A---ATGGC--ACC-C----------T----GATCATAATTGA
gi|10 : ctcttcaatttgaaatccccatattcaggtcaaaaagcataacattgaaatagtgcagctcgatgtacatataggagatggcgtaacactaatcatgttggggacatgcttaacaatatacgatatccaatccttgagcaaatacgtaccaatacatgtttgacattattttacaaaacacgtaaccgattgattTCTACTTTT---CC---AAGAGTTATACCACTGTGGAAT-GCTC--CAAACCAA-AGCT-------TATCAAGCCATA---C-AA--ATTG--AGAG-CTGTATATGCACAAAACTCTCACATCGCACCGGTAAC----T-A----------------------------GTCAGTAGTAA-T------------------------------------------------------TTTT--A-----------ATT-C------A---GACAC--------T---------G---------TA----------CCAAACTTTT-ATTATATATACTCTT---ATGCCATATCAACCTGTCGATAT----GATCAGATTCGGTCGGCGACA
gi|11 : gtgatcgactaacttaattgtccttttaaagttCTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTAGATTATTTT--TAAATCAA-ATCT-------TAATTAG--AAA---A-AA--AAAG--ATTG-TTGTATATGCACAAAACTCATACATCAAAATTGTAAA----T-AG--T--T-TTAA---T-G----TTAA-GGTCAGTATTTA-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TC-A-----CTTTT--AGACACT-----ATA-C-TT---A----ACTT--------TTATTACATAA---------TA----------TAAAGTTTCTGACT---T-------T---ATGCC--ACCACCCTGCCGTGAT----GATCAGAAATGCTCAGTGACAgtataagaagaaagaa
gi|12 : CC-C--A---AGA-GTC------A--TACAAGTGN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-ATCT-------TAATTAG--ACA---A-AATAAAAG--AGAG-TTGTATATGTCCACAACCCTCATATCAAAAGTGTAAT----T-TA--T--T-TTAA---T-GATACTTTA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TT-A-----TTTTT--A-----------ATA-gtaatggaagaaagcac
gi|13 : cT-------------TTT-------------TCC-C--A---A-A-GTG------T--TGCCATGGT----AGATTCCTTTTCCCAAAG----TGTT--GC----------TACA-----GTAGATT-CCTT--TAAGCCAC-AGAT-------GAAATAG--ACA---T-AC--AA------AA-TT-------------ACT-----AT---ACTTTTAAT----T-AC--T--T-AA-A---T-G----TTGA-GTTCAGTTGTTATTT-T----------------T--T-------CA------T---T-GC-A-----CTTT----------------------T---A---GACAC--------T---------G---------TA----------acaagtacatac
gi|14 : aatacttaaaagcactgctaaactgaccttttaaagttttcattGACGCTAACAGA--GACCG--------------------TAACTATCAAAGCTGCTAGATACTC-TCAATGAATACCTCAACTACAACAACACGCTCGA----CTGAatt
gi|15 : acatacaggagatgacataacactagacgtgttagggatatgtttgacaatttatggtaaagcaaagacatatcaatataagcttgtcatttttttacaaaatatataatggattggtt-TTGTATACACATACAACTGTCACATCATATTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-AATAT-GATAATTAA-GGTTGGTAGTCA-TTCT----------------T--AATGTCTTCT------T---T-TT-A-----CTTTT--AG----------ATAAT-GTTTTA---TATA---------T---------A---------AA----------TATAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCATCTTGTTGTGATGTTAGATCAGAATTAATCGGCGACA
gi|16 : ATGCACACAACTCTCATATCAAAATTGTAAC----T-AT--T--T-TTAA---T-G----TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TC-A-------CTTTTCCAT---T-TT-A-----CTTTT--AGACACTGTACTAAA-C-GTTTAA---TACAT--------T-------------------TA----------TATAGTTTCTGACTCCATA------T---ATGCC--ACCGTCCCGTCGTGGT----CATAAGAAATGATCGGTGACAgtattggaagaaagaa
gi|17 : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCCTCTAAATACTC-TAACA-AATATCTCGCCTACACCAATACAATCAA----CTGACTGTCTCAACTGCC-C--------------AT-------------TTT-------------TCCTC--A---GGA-GTC------A--TACCACTGT----CAAATACTCCTCCAGAATTCACATTT--ACG---ATG-GCTACA-----GTACATT-TTgtatcggaagaaagaaa
gi|18 : gttGACATTGACAGA--GACCG-----ACACTTA-------ATAACTAACCAAGCATCTAAATACTC---AAAGAATATCTCGCCTACAACA---TGATCGA----TTGACTGCCTCAACTG-C-C--------------CT-------------TTT-------------CTC-CTTA---GGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGATTCTACTTTT--GCG---ATA-GCTTTA-----GTACATT-CTT
gi|19 : tggttACATTGACAGA--TACCGTAATGACA--TT-------ATGACTAACAAAGCGACAAGACACTC-TAAAA-AACATCTCACCCTCATCATTACGATTGGAAGTCTGGTTACCT-ACCTA-A-C--------------AT-------------T
gi|2 : aagacgttcaaaaacaagctttacgggtttttttctacaaaaacataatgaactgattaGACATTGACAGA--GACCG-----ATACCTT-------ATGGTTAACAAGGCAACCAGATACTC-TAAAAGAATATATCAACTACAACAATACCATTGA----CTGACTGCCTCAAATG-T-C--------------AT-------------TTTAAAGTTATCATATTCC-C--A---AGA-GTCATACATG--TACCAATGT----GGAATGCTCATGCAGAGTCTATTGTT--GCC---ATA-ACATCC-----GTAGATT-AGTT--TAAGTCAA-ATCT-------T-ATT-----C-------A--AATA--TGAG-TTTTATATAAACTCCACTCTCACATCAAAATTGTAAT----A-AGT-T--T-TT-A---T-G----TTAA-AGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TTAA-------CTTCTCCAT---T-TT-A-----CTTTTTAG-----------ATA-CTGT---ACTTAACTTTTAATACGT---------A---------TA----------TACAGTTTTTGACTGCATA------T---ATTAC--ACCACCCTGTCGTAAT----CATCATAATTGATCGGTGACAaaat
gi|20 : aatacaagattgatatttaaaaaaacggggacttgttTT-CTTT--TAAGTCAC-AGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AATT--AGGGGTTGTGTGCACACACAAGTTTCATAT-----------T----T-AG--T--T-TT-A---TTG----TTAA-GGTCAGTAGTCAATT-T----------------T--A-------TT------T---T-TC-ATTGCACTTTT--AG----------ACA-CTGT---ATTTAACTT--------TTATT-----A---------TA----------TACAATgtatcggaagaaa
gi|21 : TATATGCACACAACTCTCACATCATAATTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---A-A----ATAAAGGTCAATTTTCAGTT-T----------------C--A-------AT------T---TGTT-C-----ATTTT--A-----------AT--T-TT---A---AACAC--------T---------G---------TA----------C---GTTTCTGACTGCATA------T---ATACC--AGCACCCTGTCGTGAT----AGTCAGTGTTGacttatataatata
gi|22 : TGTTAT----T-GGACT--T-TT-A---T-AC---TTAA-AAT--GTAGTTA-TT-T----------------A--A---------------------TT-A-----T------------------ATA-T-GC---A---GTCAG--------A---------A---------TA----------TACAGCATCCGACTGCATA------C---ATGTT--ACCACTCTGTTGTTAT----GATCAGAATTTATCGGCGACAgaagaaaga
gi|23 : -A-C--------------AT-------------TTA-------------TCC----A---ACA-GTC------A--TACCACTAT----GGAATGCATTTCCAGAATCTGTTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGAgcagaaaaaaatga
gi|25 : tatcttaaactcttttacttttaaagtttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTGTCTTGAT----GATCAGAATTCATTGGTTACatacttaaaagcactgctaaactga
gi|26 : TAGACA-TT-G----------------T--A-------CT------T---A----A-----CCTTT--A-----------ATATC-AT---A---AA-------------------------------------------TACAGTTTCTGACTTCAAA------T---ATACC--ACAATCCTGCCGTGAT----GATCAtatatggaagagatagaaaaagaaag
gi|27 : ctttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTCTCTTGAT----GATCCGAATTCATTGGTGAC
gi|28 : AGACA-CT-A----------------T--A-------CT------T---A----A-----CTTTT--A-----------ATA---------------AA--------T---------G---------TA----------TACAGTTTCTTACTGCACA------T---ATGCC--AAAACCCTGTCGCGAcatatggatgagagaaataaag
gi|29 : tctcTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACAACCCTCATTTGTT----GATCAGAATTTATTGGTGACatt
gi|3 : ACTG-----GTACCTA-------A--GC-AACAAAGCAACTAAATATTC-TAAAAGAATATATCATCTTCAATAATACGATTGA----ATGTCTGCCTTAACTG-G-C--------------CTCTTAAAGTTCTCCTTT-------------TCC-C--ACGAAGA-CTC------A--TACCACTGT----GTAATG--------GG------TGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTACATT-CTTT--TAAGTCAG-ATCT-------TAATTAG--ACA---ACAA--CGTG--AGAG-CTGTTTATGCACACAA--CTCACGTCAGCATTGTAATTA--T-AGC-T--T-TT-A---T-G----TTAA-GGTCAGCAGTGA-TT-T----------------TA-A-------CT------T---T-TCAA-----CTTT----------------------T---A---GACAC--------T---------GCT-------TT----------TA-AGTTT-TAA-TGCATA------T---ATcatatggaagaaagacaaaaa
gi|30 : ggaataaaattgttacgcttgggacatgcttgccgattgacgatggtcatccctagcacaaggacgcaccaatacaagcttgacatttgtgtacaaaatacataatttA----------CACAGGTTCTGGCAGCATA------TTATATGCC--ATCACCATGTCGTTAT----GGTCAGAATTGATCGGTGGCAatttttatataatttacgtcaaat
gi|31 : aTTTCTTACTGCATA------T---ATGCT--GCCACTCTGTT-T--T----GATCAGAATTCATCGGCGACAgtatctg
gi|32 : TTTTAACTGAATA------------ACC--CTCATCCTGTAGTTAT----GATCAGAACTGATTATTGACatatggaagagataaggaaa
gi|33 : ---ATGCC--ACCACTCTGTTGTGAT----GATCAT--TTGATCAGTGACAggagtatagggagaaaga
gi|34 : -C--A---ACA-GTC------C--TATCACTAT----GGAATTCTTTTCCTGAATAAACTGTT--GCC---ATG-GCTACgtacctaaagaaatt
gi|35 : CATTCTGTCGGAAT----GATCAAAATTGATCGCAGACA
gi|36 : GTGGT----GATCAGAATTGATGGGTCACAgtagcatatgaagaaaga
gi|37 : tAG-TTGTATATGCACACAACTCTCA---CAAAATTAAAAT----T-AG--T--T-TT-A---gtatcggaagaaaaaaaagaaa
gi|4 : TTGACTGGTTGACTG-----ATACCTA-------ATTACTAATAAAGTGACAAGATACTC-TAAAAGAATATCTTGCCTATAACAATA------------TGACTGTCT-GATTT-A-C--------------GT-------------TCT-------------TAT-T--T---AGA-G-C------A--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCAACTGTT--GTCATGATG-ATTACA-----GTAGATT-----------TCAA-AACTTATTAGGTAATTAG--ACATATA-AA--AAT------G-TT---TATGCACATGACTCACACATCAAATTTGTAAT----T-AG--TAGT-T-------------TTAA-GGTCAATAAGCA-TT-T----------------TTAA-------CTTTTTCAT---T-TT-A-----CTTTC--AGACATT-----GTA-C-TT---A---ACTTT--------T---------AATTATGCATTA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTTGTGAT----AATCAGAATTGGTCAGTGACa
gi|5 : cgtttgaatacaaccttgatatttttgttacaaaatacatagACAATGACAGA--GACCG-----ATACCTA-------ATGACTAACAAAGAAGCTAGATACTC-TAACAGAATATCTCACCTACAGCAACACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------CT-------------TT---------------------A---AAA-GTT------T--T--CATT----------TGTT--TCCAGAATCT----TTCANNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-NNNN-------NNNNNNN--NNN---N-NN--AATA--AGAG-TTGTATATGCAAACAACTCTCACATCAACTGTGTAAT----T-AA--T--G-TG-AA--T-G----TTAA-GTTCATCAGTTA-TT-T----------------T------------------TAAGT-TT-A-----CTTTT--A-----------AAA-C---------------------------------A---------TA----------TACAGCTTCTGAATGCATG------T---ATGCC--ATCAGACTGTCGTGAT----GGTCAGAGTTGATCGGTGACAggaagcaaa
gi|6 : atgttccaatacaagcttgacattgttttacataatgcattacagacagacttGGCATTGACAGA--GACAG-----ATGCCTA-------ATGACTAGCAAAGCAACTAGATATTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACACGAATACGAACGA----CTGACTGTCTCAGCTG-A-C--------------AT-------------TTC-------------CCC-C--A---AAAAGTC------A--TACCGCTGTACGTGGAATGCTATTCCGGAATCTACTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTTGATT-CTTT--GAAGTAAA-CTCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--ATAC-TTGTATATGCACACAAATCTGATATCAAATTTGTAGT----T-AG--T--T-TC-A---T-G----TTAA-GATCAGTAATCA-TT-T----------------T--A-------CT------C---T-TT-G-----CGTTT--A-----------ATA-C-AT---A---GGCCC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTATATCAGCATA------T---ATGCC--TCAACCCTGTCGCGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACAttattggaagaaaggaaa
gi|7 : TGACAGA--CACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAACACATCTAGATAATC-TCAAAGAGTATCTCGCCTACACC---ATGATCAA----CTGACTGCCTCAACTG-CTC--------------TT-------------TTT-------------TCCTC--A---GCA-GTC------T--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCGGATTCTACATTT--GCG---ATG-ATTACA-----GTACATT-CT
gi|8 : aattgaaatggtgcaaagacaatggacatgtaggagatggcataacacgtcatattaaggacatgcttgacaatttgcgatgatcaacccttgagtaaagacgtaccactacaaggttaacacttgtttacaaaatgcatattaaactggttcaaaT-------------TCC-------------TCC-CT-A---AGA-GTC------G--TACTACTGT----GGAAGGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--TCC---ATG-ACTACA-----ATAGATT-CTTT--TACATCCA-TTCT-------TAATAAG--ACA---A-AA--AAAGGAAGAG-TTGTATATATGCACAA----TATATTAAAACTGTAATTTAAT-AG--T--TATA-A---A-G----TTAA-AGTCAGTACTAA----T----------------C--A-------TT------T---T-TA-A-----CTTTT--A-----------A-----GT---T---GACTT--------T-------------------TA----------GACA----CTGATCTTA-A------C---ATGCC--ACCACC--ATCGTGAT----GATCAGAATTGATTGGTGAg
gi|9 : aaagtttcctt-C--------------AT-------------TTT-------------TCC---------AA-GTT------GCATACCACTAT----GGAATGCTATTCCAGAAACGAATGCT--GCA---ATG-GCTGCA-----GTAGATT-CCTT--TAA-TCAACAGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AAC-----------------CATACAACACTCACATCATACTTGTAAT----CAAG----------G---T-G----TTAG-TGTCAGTAATCC-TT-T----------------T----------CTTATCA-T---T-CC-A-----CTTTT--A-----------AAA-C-CT---G---TACTCAGCTTT--T---------A---------TAATATAAATTGTATAGTTTCTTTCTGCAGT------T---ATGCC--ACCATCCTGTaaataaccaaagaaagta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CTCTCTAATTTGGAATGCCCACGCTCATGTCAACAAACATAAAATTGAAATGGTGCAAAGAACAGAATCTCGATGGACATGTAGGATATGGCATAACACTA
Unaligned ( gi|38 ): CATTCTTTGCCGCCAAACCGACCCCACTGTAGTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111 1111111 11111 11111 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 55 99999 1111111 44 3 0 1 7777 1 888 777777777777777777777777777777777777777777777 1111 444 2 2 444444444 5555 2 0 33 4444 22 66666 33 44 1 3 1 0000000 44 22222 44 44444 2 0 0 1 7777 2 77 33 2 7777777777777 2 6 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9999999999 0 555555 333 22 3333
lowQualScore : .. ..... ....... .. . . . .... . ... ............................................. .... ... . . ......... .... . . .. .... .. ..... .. .. . . . ....... .. ..... .. ..... . . . . .... . .. .. . ............. . . . ..................................................................................................................... .......... . ...... ... .. ....
lowQualScore : 55 11111 8888888 11 6 5 3 7777 6 222 000000000000000000000000000000000000000000000 1111 777 6 7 444444444 7777 3 3 22 2222 66 22222 77 22 2 1 0 0000000 22 11111 22 44444 7 3 7 8 8888 2 55 11 2 4444444444444 4 3 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222 2 222222 000 55 9999
consensus : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---T-G----TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
Reference ( family-4347 ) : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---T-G----TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
gi|1 : GGCATTGATATA--TAC-A-----ACACCCAGTACTTTATGTCTAACAAAGAGACTGGGTATTCATAAAAATATATATCACTTACAATAATACGATCGA----CAAACTGCCTCAACTG-A-CCTTTTTAAGATTTAAT-------------TTT-------------TCC-C--A---AAA-GTC------G--TACTGCTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---CTT-AACACA-----GTAGATA-ATTTAATGAG--AA-AACT-------TGACTGA--AC----A-AG--AAT----GAG-TTGTATATGCACACAAGTCTCACATCAAATTTGTAAT----T-AG--T--T-TTAA---T-G----TTAA-GGTTAGTATTCA-TT-TNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-------NN------N---N-NN-N-----NNNNN--N-----------NNN-N-NN---N---NNNNN--------N---------N---------NN----------NNNNGTTTCTGACTACGTA------A---ATGGC--ACC-C----------T----GATCATAATTGA
gi|10 : ctcttcaatttgaaatccccatattcaggtcaaaaagcataacattgaaatagtgcagctcgatgtacatataggagatggcgtaacactaatcatgttggggacatgcttaacaatatacgatatccaatccttgagcaaatacgtaccaatacatgtttgacattattttacaaaacacgtaaccgattgattTCTACTTTT---CC---AAGAGTTATACCACTGTGGAAT-GCTC--CAAACCAA-AGCT-------TATCAAGCCATA---C-AA--ATTG--AGAG-CTGTATATGCACAAAACTCTCACATCGCACCGGTAAC----T-A----------------------------GTCAGTAGTAA-T------------------------------------------------------TTTT--A-----------ATT-C------A---GACAC--------T---------G---------TA----------CCAAACTTTT-ATTATATATACTCTT---ATGCCATATCAACCTGTCGATAT----GATCAGATTCGGTCGGCGACA
gi|11 : gtgatcgactaacttaattgtccttttaaagttCTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTAGATTATTTT--TAAATCAA-ATCT-------TAATTAG--AAA---A-AA--AAAG--ATTG-TTGTATATGCACAAAACTCATACATCAAAATTGTAAA----T-AG--T--T-TTAA---T-G----TTAA-GGTCAGTATTTA-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TC-A-----CTTTT--AGACACT-----ATA-C-TT---A----ACTT--------TTATTACATAA---------TA----------TAAAGTTTCTGACT---T-------T---ATGCC--ACCACCCTGCCGTGAT----GATCAGAAATGCTCAGTGACAgtataagaagaaagaa
gi|12 : CC-C--A---AGA-GTC------A--TACAAGTGN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-ATCT-------TAATTAG--ACA---A-AATAAAAG--AGAG-TTGTATATGTCCACAACCCTCATATCAAAAGTGTAAT----T-TA--T--T-TTAA---T-GATACTTTA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TT-A-----TTTTT--A-----------ATA-gtaatggaagaaagcac
gi|13 : cT-------------TTT-------------TCC-C--A---A-A-GTG------T--TGCCATGGT----AGATTCCTTTTCCCAAAG----TGTT--GC----------TACA-----GTAGATT-CCTT--TAAGCCAC-AGAT-------GAAATAG--ACA---T-AC--AA------AA-TT-------------ACT-----AT---ACTTTTAAT----T-AC--T--T-AA-A---T-G----TTGA-GTTCAGTTGTTATTT-T----------------T--T-------CA------T---T-GC-A-----CTTT----------------------T---A---GACAC--------T---------G---------TA----------acaagtacatac
gi|14 : aatacttaaaagcactgctaaactgaccttttaaagttttcattGACGCTAACAGA--GACCG--------------------TAACTATCAAAGCTGCTAGATACTC-TCAATGAATACCTCAACTACAACAACACGCTCGA----CTGAatt
gi|15 : acatacaggagatgacataacactagacgtgttagggatatgtttgacaatttatggtaaagcaaagacatatcaatataagcttgtcatttttttacaaaatatataatggattggtt-TTGTATACACATACAACTGTCACATCATATTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-AATAT-GATAATTAA-GGTTGGTAGTCA-TTCT----------------T--AATGTCTTCT------T---T-TT-A-----CTTTT--AG----------ATAAT-GTTTTA---TATA---------T---------A---------AA----------TATAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCATCTTGTTGTGATGTTAGATCAGAATTAATCGGCGACA
gi|16 : ATGCACACAACTCTCATATCAAAATTGTAAC----T-AT--T--T-TTAA---T-G----TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TC-A-------CTTTTCCAT---T-TT-A-----CTTTT--AGACACTGTACTAAA-C-GTTTAA---TACAT--------T-------------------TA----------TATAGTTTCTGACTCCATA------T---ATGCC--ACCGTCCCGTCGTGGT----CATAAGAAATGATCGGTGACAgtattggaagaaagaa
gi|17 : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCCTCTAAATACTC-TAACA-AATATCTCGCCTACACCAATACAATCAA----CTGACTGTCTCAACTGCC-C--------------AT-------------TTT-------------TCCTC--A---GGA-GTC------A--TACCACTGT----CAAATACTCCTCCAGAATTCACATTT--ACG---ATG-GCTACA-----GTACATT-TTgtatcggaagaaagaaa
gi|18 : gttGACATTGACAGA--GACCG-----ACACTTA-------ATAACTAACCAAGCATCTAAATACTC---AAAGAATATCTCGCCTACAACA---TGATCGA----TTGACTGCCTCAACTG-C-C--------------CT-------------TTT-------------CTC-CTTA---GGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGATTCTACTTTT--GCG---ATA-GCTTTA-----GTACATT-CTT
gi|19 : tggttACATTGACAGA--TACCGTAATGACA--TT-------ATGACTAACAAAGCGACAAGACACTC-TAAAA-AACATCTCACCCTCATCATTACGATTGGAAGTCTGGTTACCT-ACCTA-A-C--------------AT-------------T
gi|2 : aagacgttcaaaaacaagctttacgggtttttttctacaaaaacataatgaactgattaGACATTGACAGA--GACCG-----ATACCTT-------ATGGTTAACAAGGCAACCAGATACTC-TAAAAGAATATATCAACTACAACAATACCATTGA----CTGACTGCCTCAAATG-T-C--------------AT-------------TTTAAAGTTATCATATTCC-C--A---AGA-GTCATACATG--TACCAATGT----GGAATGCTCATGCAGAGTCTATTGTT--GCC---ATA-ACATCC-----GTAGATT-AGTT--TAAGTCAA-ATCT-------T-ATT-----C-------A--AATA--TGAG-TTTTATATAAACTCCACTCTCACATCAAAATTGTAAT----A-AGT-T--T-TT-A---T-G----TTAA-AGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TTAA-------CTTCTCCAT---T-TT-A-----CTTTTTAG-----------ATA-CTGT---ACTTAACTTTTAATACGT---------A---------TA----------TACAGTTTTTGACTGCATA------T---ATTAC--ACCACCCTGTCGTAAT----CATCATAATTGATCGGTGACAaaat
gi|20 : aatacaagattgatatttaaaaaaacggggacttgttTT-CTTT--TAAGTCAC-AGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AATT--AGGGGTTGTGTGCACACACAAGTTTCATAT-----------T----T-AG--T--T-TT-A---TTG----TTAA-GGTCAGTAGTCAATT-T----------------T--A-------TT------T---T-TC-ATTGCACTTTT--AG----------ACA-CTGT---ATTTAACTT--------TTATT-----A---------TA----------TACAATgtatcggaagaaa
gi|21 : TATATGCACACAACTCTCACATCATAATTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---A-A----ATAAAGGTCAATTTTCAGTT-T----------------C--A-------AT------T---TGTT-C-----ATTTT--A-----------AT--T-TT---A---AACAC--------T---------G---------TA----------C---GTTTCTGACTGCATA------T---ATACC--AGCACCCTGTCGTGAT----AGTCAGTGTTGacttatataatata
gi|22 : TGTTAT----T-GGACT--T-TT-A---T-AC---TTAA-AAT--GTAGTTA-TT-T----------------A--A---------------------TT-A-----T------------------ATA-T-GC---A---GTCAG--------A---------A---------TA----------TACAGCATCCGACTGCATA------C---ATGTT--ACCACTCTGTTGTTAT----GATCAGAATTTATCGGCGACAgaagaaaga
gi|23 : -A-C--------------AT-------------TTA-------------TCC----A---ACA-GTC------A--TACCACTAT----GGAATGCATTTCCAGAATCTGTTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGAgcagaaaaaaatga
gi|25 : tatcttaaactcttttacttttaaagtttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTGTCTTGAT----GATCAGAATTCATTGGTTACatacttaaaagcactgctaaactga
gi|26 : TAGACA-TT-G----------------T--A-------CT------T---A----A-----CCTTT--A-----------ATATC-AT---A---AA-------------------------------------------TACAGTTTCTGACTTCAAA------T---ATACC--ACAATCCTGCCGTGAT----GATCAtatatggaagagatagaaaaagaaag
gi|27 : ctttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTCTCTTGAT----GATCCGAATTCATTGGTGAC
gi|28 : AGACA-CT-A----------------T--A-------CT------T---A----A-----CTTTT--A-----------ATA---------------AA--------T---------G---------TA----------TACAGTTTCTTACTGCACA------T---ATGCC--AAAACCCTGTCGCGAcatatggatgagagaaataaag
gi|29 : tctcTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACAACCCTCATTTGTT----GATCAGAATTTATTGGTGACatt
gi|3 : ACTG-----GTACCTA-------A--GC-AACAAAGCAACTAAATATTC-TAAAAGAATATATCATCTTCAATAATACGATTGA----ATGTCTGCCTTAACTG-G-C--------------CTCTTAAAGTTCTCCTTT-------------TCC-C--ACGAAGA-CTC------A--TACCACTGT----GTAATG--------GG------TGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTACATT-CTTT--TAAGTCAG-ATCT-------TAATTAG--ACA---ACAA--CGTG--AGAG-CTGTTTATGCACACAA--CTCACGTCAGCATTGTAATTA--T-AGC-T--T-TT-A---T-G----TTAA-GGTCAGCAGTGA-TT-T----------------TA-A-------CT------T---T-TCAA-----CTTT----------------------T---A---GACAC--------T---------GCT-------TT----------TA-AGTTT-TAA-TGCATA------T---ATcatatggaagaaagacaaaaa
gi|30 : ggaataaaattgttacgcttgggacatgcttgccgattgacgatggtcatccctagcacaaggacgcaccaatacaagcttgacatttgtgtacaaaatacataatttA----------CACAGGTTCTGGCAGCATA------TTATATGCC--ATCACCATGTCGTTAT----GGTCAGAATTGATCGGTGGCAatttttatataatttacgtcaaat
gi|31 : aTTTCTTACTGCATA------T---ATGCT--GCCACTCTGTT-T--T----GATCAGAATTCATCGGCGACAgtatctg
gi|32 : TTTTAACTGAATA------------ACC--CTCATCCTGTAGTTAT----GATCAGAACTGATTATTGACatatggaagagataaggaaa
gi|33 : ---ATGCC--ACCACTCTGTTGTGAT----GATCAT--TTGATCAGTGACAggagtatagggagaaaga
gi|34 : -C--A---ACA-GTC------C--TATCACTAT----GGAATTCTTTTCCTGAATAAACTGTT--GCC---ATG-GCTACgtacctaaagaaatt
gi|35 : CATTCTGTCGGAAT----GATCAAAATTGATCGCAGACA
gi|36 : GTGGT----GATCAGAATTGATGGGTCACAgtagcatatgaagaaaga
gi|37 : tAG-TTGTATATGCACACAACTCTCA---CAAAATTAAAAT----T-AG--T--T-TT-A---gtatcggaagaaaaaaaagaaa
gi|4 : TTGACTGGTTGACTG-----ATACCTA-------ATTACTAATAAAGTGACAAGATACTC-TAAAAGAATATCTTGCCTATAACAATA------------TGACTGTCT-GATTT-A-C--------------GT-------------TCT-------------TAT-T--T---AGA-G-C------A--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCAACTGTT--GTCATGATG-ATTACA-----GTAGATT-----------TCAA-AACTTATTAGGTAATTAG--ACATATA-AA--AAT------G-TT---TATGCACATGACTCACACATCAAATTTGTAAT----T-AG--TAGT-T-------------TTAA-GGTCAATAAGCA-TT-T----------------TTAA-------CTTTTTCAT---T-TT-A-----CTTTC--AGACATT-----GTA-C-TT---A---ACTTT--------T---------AATTATGCATTA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTTGTGAT----AATCAGAATTGGTCAGTGACa
gi|5 : cgtttgaatacaaccttgatatttttgttacaaaatacatagACAATGACAGA--GACCG-----ATACCTA-------ATGACTAACAAAGAAGCTAGATACTC-TAACAGAATATCTCACCTACAGCAACACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------CT-------------TT---------------------A---AAA-GTT------T--T--CATT----------TGTT--TCCAGAATCT----TTCANNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-NNNN-------NNNNNNN--NNN---N-NN--AATA--AGAG-TTGTATATGCAAACAACTCTCACATCAACTGTGTAAT----T-AA--T--G-TG-AA--T-G----TTAA-GTTCATCAGTTA-TT-T----------------T------------------TAAGT-TT-A-----CTTTT--A-----------AAA-C---------------------------------A---------TA----------TACAGCTTCTGAATGCATG------T---ATGCC--ATCAGACTGTCGTGAT----GGTCAGAGTTGATCGGTGACAggaagcaaa
gi|6 : atgttccaatacaagcttgacattgttttacataatgcattacagacagacttGGCATTGACAGA--GACAG-----ATGCCTA-------ATGACTAGCAAAGCAACTAGATATTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACACGAATACGAACGA----CTGACTGTCTCAGCTG-A-C--------------AT-------------TTC-------------CCC-C--A---AAAAGTC------A--TACCGCTGTACGTGGAATGCTATTCCGGAATCTACTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTTGATT-CTTT--GAAGTAAA-CTCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--ATAC-TTGTATATGCACACAAATCTGATATCAAATTTGTAGT----T-AG--T--T-TC-A---T-G----TTAA-GATCAGTAATCA-TT-T----------------T--A-------CT------C---T-TT-G-----CGTTT--A-----------ATA-C-AT---A---GGCCC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTATATCAGCATA------T---ATGCC--TCAACCCTGTCGCGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACAttattggaagaaaggaaa
gi|7 : TGACAGA--CACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAACACATCTAGATAATC-TCAAAGAGTATCTCGCCTACACC---ATGATCAA----CTGACTGCCTCAACTG-CTC--------------TT-------------TTT-------------TCCTC--A---GCA-GTC------T--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCGGATTCTACATTT--GCG---ATG-ATTACA-----GTACATT-CT
gi|8 : aattgaaatggtgcaaagacaatggacatgtaggagatggcataacacgtcatattaaggacatgcttgacaatttgcgatgatcaacccttgagtaaagacgtaccactacaaggttaacacttgtttacaaaatgcatattaaactggttcaaaT-------------TCC-------------TCC-CT-A---AGA-GTC------G--TACTACTGT----GGAAGGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--TCC---ATG-ACTACA-----ATAGATT-CTTT--TACATCCA-TTCT-------TAATAAG--ACA---A-AA--AAAGGAAGAG-TTGTATATATGCACAA----TATATTAAAACTGTAATTTAAT-AG--T--TATA-A---A-G----TTAA-AGTCAGTACTAA----T----------------C--A-------TT------T---T-TA-A-----CTTTT--A-----------A-----GT---T---GACTT--------T-------------------TA----------GACA----CTGATCTTA-A------C---ATGCC--ACCACC--ATCGTGAT----GATCAGAATTGATTGGTGAg
gi|9 : aaagtttcctt-C--------------AT-------------TTT-------------TCC---------AA-GTT------GCATACCACTAT----GGAATGCTATTCCAGAAACGAATGCT--GCA---ATG-GCTGCA-----GTAGATT-CCTT--TAA-TCAACAGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AAC-----------------CATACAACACTCACATCATACTTGTAAT----CAAG----------G---T-G----TTAG-TGTCAGTAATCC-TT-T----------------T----------CTTATCA-T---T-CC-A-----CTTTT--A-----------AAA-C-CT---G---TACTCAGCTTT--T---------A---------TAATATAAATTGTATAGTTTCTTTCTGCAGT------T---ATGCC--ACCATCCTGTaaataaccaaagaaagta
blockSeqs : TT TAATG . TG . A AAGT C CC ATTTTAAAGTTATCATAT CTT CGA G A ATACATG ACGT N CA CATG AG CCACT AT . A C G TATTAGG CC TATA TA AGGAA G C TTAA A AC AG A TAATATGATAA A T C TTAACTTTTTCATTTTACTTTCAGACATTGTACTTAACTTTTAATTATGCAT ATATAAATTG TACTCT TAT AT GTTA
blockSeqs : . . . CT . C . C CT CTCTTAAAGTTCTCCTTT TC . G . GCA . T . C A . G . A . T . . TA . TGA . A TA . T . . TAATGATAC . A . TTAACTTCTCCATTTTACTTTTTAGATACTGTACTTAACTTTTAATACGTA . . . . .
blockSeqs : . . . AT . A . C C ATTTT TC . G . A . C . C N . N . N . T . . AC . AGA . A . . C . . TAATG . G . TAACTTTTCATTTCACTTTTAGACACTATACTTAACTTTTATTACATAA . . . . .
blockSeqs : . . . GA . T . T A CTTTT CT . G . T . C . N G . C . G . G . . TA . AGA . C . . . . . TAATG . . . TCACTTTTCCATTTTACTTTTAGACACTGTACTAAACGTTTAATACATT . . . . .
blockSeqs : . . . AA . A . C T ATTTA C . C . A . C . G G . T . G . T . . C . TAT . T . . . . . TATTG . . . TATTTTTCATTGCACTTTTAGACACTGTATTTAACTTTTATTA . . . . .
blockSeqs : . . . AA . A . C A GTTCT C . G . G . T . G A . C . G . G . . A . TTA . A . . . . . TATAC . . . TAATGTCTTCTTTTTACTTTTAGATAATGTTTTATATATA . . . . .
blockSeqs : . . . GA . A . C G ATTTC C . C . A . T . C G . A . G . T . . A . TGA . A . . . . . GAATG . . . TCTTATCATTCCACTTTTAAAACCTGTACTCAGCTTTTA . . . . .
blockSeqs : . . . AG . G . . A TTTTT C . G . A . C . C A . C . N . A . . T . TAA . A . . . . . AATG . . . CAATTTGTTCATTTTAATTTTAAACACTG . . . . .
blockSeqs : . . . AA . C . . A ATTTT C . A . C . A . C G . C . G . N . . N . TGA . A . . . . . TATG . . . TACTCTTTGCGTTTAATACATAGGCCCTA . . . . .
blockSeqs : . . AT . C . A CTTT T . A . A . C . C A . N . A . T . . A . T . A . . . . . TAAA . . . TAACTTTTCAACTTTTAGACACTGCT . . . . .
blockSeqs : C . C . T . C . N N . C . . . T . . A . C . T . . . . . TATG . . . CATTTTTAACTTTTAAGTTGACTTT . . . . .
blockSeqs : . . G . A . A . C A . C . . . G . . . . . . T . . . . . CATG . . . TACTTAACCTTTAATATCATAAA . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . G A . C . T . . . . . AAAG . . . TTCATTGCACTTTTAGACACTG . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . C A . C . A . . . . . GTG . . . AATTATATATGCAGTCAGAA . . . . .
blockSeqs : . A G . . C . . . . . . . . . TACTTAACTTTTAATAAATG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TTAAGTTTACTTTTAAAACA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TTTTAATTCAGACACTG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ******* ATTTT**************************************** ** TGA** TAATG********
originalCons : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TT-A---T-G----TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
finalCons : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-CATTTT----------------------------------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATGA--GAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----T-AG--T--T-TTAATG--------TTAA-GGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CTCTCTAATTTGGAATGCCCACGCTCATGTCAACAAACATAAAATTGAAATGGTGCAAAGAACAGAATCTCGATGGACATGTAGGATATGGCATAACACTA
Unaligned ( gi|38 ): CATTCTTTGCCGCCAAACCGACCCCACTGTAGTGTTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111 1111111 111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 55 99999 1111111 44 3 0 1 7777 1 888 777777777777777777777777777777777777777777777 1111 444 2 2 444444444 5555 2 0 33 4444 22 66666 33 44 1 3 1 0000000 44 333333333333333 0 2 0 0 1 7777 33 2 5555 666666 6 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9999999999 0 555555 333 22 3333
lowQualScore : .. ..... ....... .. . . . .... . ... ............................................. .... ... . . ......... .... . . .. .... .. ..... .. .. . . . ....... .. ............... . . . . . .... .. . .... ...... . . ..................................................................................................................... .......... . ...... ... .. ....
lowQualScore : 55 11111 8888888 11 6 5 3 7777 6 222 000000000000000000000000000000000000000000000 1111 777 6 7 444444444 7777 3 3 22 2222 66 22222 77 22 2 1 0 0000000 22 111111111111111 9 7 3 7 8 8888 11 2 0000 888888 3 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222 2 222222 000 55 9999
consensus : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----TAG--TTTTA-ATG----T------TAAGGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
Reference ( family-4347 ) : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCGACTAGATACTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACAACAATACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------AT-------------TTT-------------TCC-C--A---AGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGATT-CTTT--TAAGTCAA-ANCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--AGAG-TTGTATATGCACACAACTCTCACATCAAANTTGTAAT----TAG--TTTTA-ATG----T------TAAGGTCAGTAGTCA-TT-T----------------T--A-------CT------T---T-TT-A-----CTTTT--A-----------ATA-C-GT---A---GACNC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTCGTGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACA
gi|1 : GGCATTGATATA--TAC-A-----ACACCCAGTACTTTATGTCTAACAAAGAGACTGGGTATTCATAAAAATATATATCACTTACAATAATACGATCGA----CAAACTGCCTCAACTG-A-CCTTTTTAAGATTTAAT-------------TTT-------------TCC-C--A---AAA-GTC------G--TACTGCTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--GCC---CTT-AACACA-----GTAGATA-ATTTAATGAG--AA-AACT-------TGACTGA--ACA---A-GA--A-TG--AG---TTGTATATGCACACAAGTCTCACATCAAATTTGTAAT----TAG--TTTTA-ATG----T------TAAGGTTAGTATTCA-TT-TNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-------NN------N---N-NN-N-----NNNNN--N-----------NNN-N-NN---N---NNNNN--------N---------N---------NN----------NNNNGTTTCTGACTACGTA------A---ATGGC--ACC-C----------T----GATCATAATTGA
gi|10 : ctcttcaatttgaaatccccatattcaggtcaaaaagcataacattgaaatagtgcagctcgatgtacatataggagatggcgtaacactaatcatgttggggacatgcttaacaatatacgatatccaatccttgagcaaatacgtaccaatacatgtttgacattattttacaaaacacgtaaccgattgattTCTACTTTT---CC---AAGAGTTATACCACTGTGGAAT-GCTC--CAAACCAA-AGCT-------TATCAAGCCATA---C-AA--ATTG--AGAG-CTGTATATGCACAAAACTCTCACATCGCACCGGTAAC----TA---------------------------GTCAGTAGTAA-T------------------------------------------------------TTTT--A-----------ATT-C------A---GACAC--------T---------G---------TA----------CCAAACTTTT-ATTATATATACTCTT---ATGCCATATCAACCTGTCGATAT----GATCAGATTCGGTCGGCGACA
gi|11 : gtgatcgactaacttaattgtccttttaaagttCTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTAGATTATTTT--TAAATCAA-ATCT-------TAATTAG--AAA---A-AA--AAAG--ATTG-TTGTATATGCACAAAACTCATACATCAAAATTGTAAA----TAG--TTTTA-ATG----T------TAAGGTCAGTATTTA-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TC-A-----CTTTT--AGACACT-----ATA-C-TT---A----ACTT--------TTATTACATAA---------TA----------TAAAGTTTCTGACT---T-------T---ATGCC--ACCACCCTGCCGTGAT----GATCAGAAATGCTCAGTGACAgtataagaagaaagaa
gi|12 : CC-C--A---AGA-GTC------A--TACAAGTGN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-ATCT-------TAATTAG--ACA---A-AATAAAAG--AGAG-TTGTATATGTCCACAACCCTCATATCAAAAGTGTAAT----TTA--TTTTA-ATGATACT------TTAGGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TA-A-------CTTTTCA-T---T-TT-A-----TTTTT--A-----------ATA-gtaatggaagaaagcac
gi|13 : cT-------------TTT-------------TCC-C--A---A-A-GTG------T--TGCCATGGT----AGATTCCTTTTCCCAAAG----TGTT--GC----------TACA-----GTAGATT-CCTT--TAAGCCAC-AGAT-------GAAATAG--ACA---T-AC--AA------AA-TT-------------ACT-----AT---ACTTTTAAT----TA---CTTAA-ATG----T------TGAGTTCAGTTGTTATTT-T----------------T--T-------CA------T---T-GC-A-----CTTT----------------------T---A---GACAC--------T---------G---------TA----------acaagtacatac
gi|14 : aatacttaaaagcactgctaaactgaccttttaaagttttcattGACGCTAACAGA--GACCG--------------------TAACTATCAAAGCTGCTAGATACTC-TCAATGAATACCTCAACTACAACAACACGCTCGA----CTGAatt
gi|15 : acatacaggagatgacataacactagacgtgttagggatatgtttgacaatttatggtaaagcaaagacatatcaatataagcttgtcatttttttacaaaatatataatggattggtt-TTGTATACACATACAACTGTCACATCATATTTGTAAT----TAG--TTTTA-ATA----TGATAATTAAGGTTGGTAGTCA-TTCT----------------T--AATGTCTTCT------T---T-TT-A-----CTTTT--AG----------ATAAT-GTTTTA---TATA---------T---------A---------AA----------TATAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCATCTTGTTGTGATGTTAGATCAGAATTAATCGGCGACA
gi|16 : ATGCACACAACTCTCATATCAAAATTGTAAC----TAT--TTTTA-ATG----T------TAAGGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TC-A-------CTTTTCCAT---T-TT-A-----CTTTT--AGACACTGTACTAAA-C-GTTTAA---TACAT--------T-------------------TA----------TATAGTTTCTGACTCCATA------T---ATGCC--ACCGTCCCGTCGTGGT----CATAAGAAATGATCGGTGACAgtattggaagaaagaa
gi|17 : GACATTGACAGA--GACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAAAGCCTCTAAATACTC-TAACA-AATATCTCGCCTACACCAATACAATCAA----CTGACTGTCTCAACTGCC-C--------------AT-------------TTT-------------TCCTC--A---GGA-GTC------A--TACCACTGT----CAAATACTCCTCCAGAATTCACATTT--ACG---ATG-GCTACA-----GTACATT-TTgtatcggaagaaagaaa
gi|18 : gttGACATTGACAGA--GACCG-----ACACTTA-------ATAACTAACCAAGCATCTAAATACTC---AAAGAATATCTCGCCTACAACA---TGATCGA----TTGACTGCCTCAACTG-C-C--------------CT-------------TTT-------------CTC-CTTA---GGA-GTC------G--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGATTCTACTTTT--GCG---ATA-GCTTTA-----GTACATT-CTT
gi|19 : tggttACATTGACAGA--TACCGTAATGACA--TT-------ATGACTAACAAAGCGACAAGACACTC-TAAAA-AACATCTCACCCTCATCATTACGATTGGAAGTCTGGTTACCT-ACCTA-A-C--------------AT-------------T
gi|2 : aagacgttcaaaaacaagctttacgggtttttttctacaaaaacataatgaactgattaGACATTGACAGA--GACCG-----ATACCTT-------ATGGTTAACAAGGCAACCAGATACTC-TAAAAGAATATATCAACTACAACAATACCATTGA----CTGACTGCCTCAAATG-T-C--------------AT-------------TTTAAAGTTATCATATTCC-C--A---AGA-GTCATACATG--TACCAATGT----GGAATGCTCATGCAGAGTCTATTGTT--GCC---ATA-ACATCC-----GTAGATT-AGTT--TAAGTCAA-ATCT-------TA-TT-----CA---A-A-----TA--TGAG-TTTTATATAAACTCCACTCTCACATCAAAATTGTAAT----AAG--TTTTT-ATG----T------TAAAGTCAGTAGTCA-TT-T----------------TTAA-------CTTCTCCAT---T-TT-A-----CTTTTTAG-----------ATA-CTGT---ACTTAACTTTTAATACGT---------A---------TA----------TACAGTTTTTGACTGCATA------T---ATTAC--ACCACCCTGTCGTAAT----CATCATAATTGATCGGTGACAaaat
gi|20 : aatacaagattgatatttaaaaaaacggggacttgttTT-CTTT--TAAGTCAC-AGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AATT--AGGGGTTGTGTGCACACACAAGTTTCATAT-----------T----TAG--TTTTA-TTG----T------TAAGGTCAGTAGTCAATT-T----------------T--A-------TT------T---T-TC-ATTGCACTTTT--AG----------ACA-CTGT---ATTTAACTT--------TTATT-----A---------TA----------TACAATgtatcggaagaaa
gi|21 : TATATGCACACAACTCTCACATCATAATTGTAAT----TAG--TTTTA-AAA----T------AAAGGTCAATTTTCAGTT-T----------------C--A-------AT------T---TGTT-C-----ATTTT--A-----------AT--T-TT---A---AACAC--------T---------G---------TA----------C---GTTTCTGACTGCATA------T---ATACC--AGCACCCTGTCGTGAT----AGTCAGTGTTGacttatataatata
gi|22 : TGTTAT----TGGACTTTTATAC-----T------TAAAAT--GTAGTTA-TT-T----------------A--A---------------------TT-A-----T------------------ATA-T-GC---A---GTCAG--------A---------A---------TA----------TACAGCATCCGACTGCATA------C---ATGTT--ACCACTCTGTTGTTAT----GATCAGAATTTATCGGCGACAgaagaaaga
gi|23 : -A-C--------------AT-------------TTA-------------TCC----A---ACA-GTC------A--TACCACTAT----GGAATGCATTTCCAGAATCTGTTGTT--GCC---ATG-GCTACA-----GTAGAgcagaaaaaaatga
gi|25 : tatcttaaactcttttacttttaaagtttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTGTCTTGAT----GATCAGAATTCATTGGTTACatacttaaaagcactgctaaactga
gi|26 : TAGACA-TT-G----------------T--A-------CT------T---A----A-----CCTTT--A-----------ATATC-AT---A---AA-------------------------------------------TACAGTTTCTGACTTCAAA------T---ATACC--ACAATCCTGCCGTGAT----GATCAtatatggaagagatagaaaaagaaag
gi|27 : ctttTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACCACCCTCTCTTGAT----GATCCGAATTCATTGGTGAC
gi|28 : AGACA-CT-A----------------T--A-------CT------T---A----A-----CTTTT--A-----------ATA---------------AA--------T---------G---------TA----------TACAGTTTCTTACTGCACA------T---ATGCC--AAAACCCTGTCGCGAcatatggatgagagaaataaag
gi|29 : tctcTTTCTGACTGCATA------T---ATGCT--ACAACCCTCATTTGTT----GATCAGAATTTATTGGTGACatt
gi|3 : ACTG-----GTACCTA-------A--GC-AACAAAGCAACTAAATATTC-TAAAAGAATATATCATCTTCAATAATACGATTGA----ATGTCTGCCTTAACTG-G-C--------------CTCTTAAAGTTCTCCTTT-------------TCC-C--ACGAAGA-CTC------A--TACCACTGT----GTAATG--------GG------TGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTACATT-CTTT--TAAGTCAG-ATCT-------TAATTAG--ACA---ACAA--CGTG--AGAG-CTGTTTATGCACACAA--CTCACGTCAGCATTGTAATTA--TAG--CTTTT-ATG----T------TAAGGTCAGCAGTGA-TT-T----------------TA-A-------CT------T---T-TCAA-----CTTT----------------------T---A---GACAC--------T---------GCT-------TT----------TA-AGTTT-TAA-TGCATA------T---ATcatatggaagaaagacaaaaa
gi|30 : ggaataaaattgttacgcttgggacatgcttgccgattgacgatggtcatccctagcacaaggacgcaccaatacaagcttgacatttgtgtacaaaatacataatttA----------CACAGGTTCTGGCAGCATA------TTATATGCC--ATCACCATGTCGTTAT----GGTCAGAATTGATCGGTGGCAatttttatataatttacgtcaaat
gi|31 : aTTTCTTACTGCATA------T---ATGCT--GCCACTCTGTT-T--T----GATCAGAATTCATCGGCGACAgtatctg
gi|32 : TTTTAACTGAATA------------ACC--CTCATCCTGTAGTTAT----GATCAGAACTGATTATTGACatatggaagagataaggaaa
gi|33 : ---ATGCC--ACCACTCTGTTGTGAT----GATCAT--TTGATCAGTGACAggagtatagggagaaaga
gi|34 : -C--A---ACA-GTC------C--TATCACTAT----GGAATTCTTTTCCTGAATAAACTGTT--GCC---ATG-GCTACgtacctaaagaaatt
gi|35 : CATTCTGTCGGAAT----GATCAAAATTGATCGCAGACA
gi|36 : GTGGT----GATCAGAATTGATGGGTCACAgtagcatatgaagaaaga
gi|37 : tAG-TTGTATATGCACACAACTCTCA---CAAAATTAAAAT----TAG--TTTTA-Agtatcggaagaaaaaaaagaaa
gi|4 : TTGACTGGTTGACTG-----ATACCTA-------ATTACTAATAAAGTGACAAGATACTC-TAAAAGAATATCTTGCCTATAACAATA------------TGACTGTCT-GATTT-A-C--------------GT-------------TCT-------------TAT-T--T---AGA-G-C------A--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCAGAATCAACTGTT--GTCATGATG-ATTACA-----GTAGATT-----------TCAA-AACTTATTAGGTAATTAG--ACATATA-AA--AAT------G-TT---TATGCACATGACTCACACATCAAATTTGTAAT----TAG-----TA-GTT----T------TAAGGTCAATAAGCA-TT-T----------------TTAA-------CTTTTTCAT---T-TT-A-----CTTTC--AGACATT-----GTA-C-TT---A---ACTTT--------T---------AATTATGCATTA----------TACAGTTTCTGACTGCATA------T---ATGCC--ACCACCCTGTTGTGAT----AATCAGAATTGGTCAGTGAC
gi|5 : cgtttgaatacaaccttgatatttttgttacaaaatacatagACAATGACAGA--GACCG-----ATACCTA-------ATGACTAACAAAGAAGCTAGATACTC-TAACAGAATATCTCACCTACAGCAACACGATCGA----CTGACTGCCTCAACTG-A-C--------------CT-------------TT---------------------A---AAA-GTT------T--T--CATT----------TGTT--TCCAGAATCT----TTCANNN---NNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNN--NNNNNNNN-NNNN-------NNNNNNN--NNN---N-NN--AATA--AGAG-TTGTATATGCAAACAACTCTCACATCAACTGTGTAAT----TAA--TGTGA-ATG----T------TAAGTTCATCAGTTA-TT-T----------------------------T------TAAGT-TT-A-----CTTTT--A-----------AAA-C---------------------------------A---------TA----------TACAGCTTCTGAATGCATG------T---ATGCC--ATCAGACTGTCGTGAT----GGTCAGAGTTGATCGGTGACAggaagcaaa
gi|6 : atgttccaatacaagcttgacattgttttacataatgcattacagacagacttGGCATTGACAGA--GACAG-----ATGCCTA-------ATGACTAGCAAAGCAACTAGATATTC-TAAAAGAATATCTCGCCTACACGAATACGAACGA----CTGACTGTCTCAGCTG-A-C--------------AT-------------TTC-------------CCC-C--A---AAAAGTC------A--TACCGCTGTACGTGGAATGCTATTCCGGAATCTACTGTT--GCC---ATG-ACTACA-----GTTGATT-CTTT--GAAGTAAA-CTCT-------TAATTAG--ACA---A-AA--AATG--ATAC-TTGTATATGCACACAAATCTGATATCAAATTTGTAGT----TAG--TTTC--ATG----T------TAAGATCAGTAATCA-TT-T----------------T--A-------CT------C---T-TT-G-----CGTTT--A-----------ATA-C-AT---A---GGCCC--------T---------A---------TA----------TACAGTTTATATCAGCATA------T---ATGCC--TCAACCCTGTCGCGAT----GATCAGAATTGATCGGTGACAttattggaagaaaggaaa
gi|7 : TGACAGA--CACCG-----ACACCTA-------ATGACTAACAACACATCTAGATAATC-TCAAAGAGTATCTCGCCTACACC---ATGATCAA----CTGACTGCCTCAACTG-CTC--------------TT-------------TTT-------------TCCTC--A---GCA-GTC------T--TACCACTGT----GGAATGCTCTTCCGGATTCTACATTT--GCG---ATG-ATTACA-----GTACATT-CT
gi|8 : aattgaaatggtgcaaagacaatggacatgtaggagatggcataacacgtcatattaaggacatgcttgacaatttgcgatgatcaacccttgagtaaagacgtaccactacaaggttaacacttgtttacaaaatgcatattaaactggttcaaaT-------------TCC-------------TCC-CT-A---AGA-GTC------G--TACTACTGT----GGAAGGCTCTTCCAGAATCTACTGTT--TCC---ATG-ACTACA-----ATAGATT-CTTT--TACATCCA-TTCT-------TAATAAG--ACA---A-AA--AAAGGAAGAG-TTGTATATATGCACAA----TATATTAAAACTGTAATTTAATAG--TTATA-AAG----T------TAAAGTCAGTACTAA----T----------------C--A-------TT------T---T-TA-A-----CTTTT--A-----------A-----GT---T---GACTT--------T-------------------TA----------GACA----CTGATCTTA-A------C---ATGCC--ACCACC--ATCGTGAT----GATCAGAATTGATTGGTGAg
gi|9 : aaagtttcctt-C--------------AT-------------TTT-------------TCC---------AA-GTT------GCATACCACTAT----GGAATGCTATTCCAGAAACGAATGCT--GCA---ATG-GCTGCA-----GTAGATT-CCTT--TAA-TCAACAGCT-------TAACTAG--ACAT--A-CA--AAC-----------------CATACAACACTCACATCATACTTGTAAT----CAA------G-GTG----T------TAGTGTCAGTAATCC-TT-T----------------T----------CTTATCA-T---T-CC-A-----CTTTT--A-----------AAA-C-CT---G---TACTCAGCTTT--T---------A---------TAATATAAATTGTATAGTTTCTTTCTGCAGT------T---ATGCC--ACCATCCTGTaaataaccaaagaaagta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CTCTCTAATTTGGAATGCCCACGCTCATGTCAACAAACATAAAATTGAAATGGTGCAAAGAACAGAATCTCGATGGACATGTAGGATATGGCATAACACTA
Unaligned ( gi|38 ): CATTCTTTGCCGCCAAACCGACCCCACTGTAGTGTTG