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originalCons : GAGCATCAAGGTGCTA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAT-G------AA--G-GCA----CATAGCACCTTGATGCTCCAA
finalCons : GAGCATCAAGGTGCTA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAT-G------AA--G-GCA----CATAGCACCTTGATGCTCCAA
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AGTTTTGTCCCAATTTGTGCAGAAAGGAACCAAAAGTACACAAACTGAGATGGCATTTAGTTCCTTTCTGCAGAAATGGAAAA
Unaligned ( gi|2 ): TTTTGTCCCATTAGTGCAATACGGTACCAAGTATTTATATGAAATGAGAAGGCGCCTAGCTGGTACCTTTTTGCAACAATGA
Unaligned ( gi|3 ): TAATATCGTCCCATTGGTGCAATAAGGTACCAAGTGTATATAAAATAAAAAGGCTCTGAACGTATTATTACATTTACCGA
Unaligned ( gi|7 ): AATTTCATCGCATAAGCGCAAACAGGTGCAAAGTGTTTTATAAAAAGAAAATCATTTAGCACCTTTTGGCACTG
Unaligned ( gi|13 ): CCTTACAGCATCATGTGTCATGTACATAAAGTTTATAGTACATGTCCCTTGATGCATCAAGGGGTCAA
Unaligned ( gi|18 ): TTGGAGCAACAAGGTATTACGTGTGTATAAAACACGATGGCGAAAAAGCACGTTAATGCTTTAAGG
Unaligned ( gi|55 ): AATTCGTCCATTAAGAGCAAAATGGTACCAAGTATATAAGAAATTAGAAGGCGCCTC
Unaligned ( gi|57 ): TGTCCAATTAGTGCAAGACAGTACCAAAGTATATGAAGTATATGAAATAAAAAAG
Unaligned ( gi|58 ): ATAATAACCAAGTATATGTAAAATAAGAAAGCATTTGTCAACTTTTTTGTATTA
Unaligned ( gi|65 ): GTGTAAATGCAATAAGACGGCTCTTGGCGTCTTTTTGTACTGA
Unaligned ( gi|68 ): TGCACAGTACATCATGAAATACAAGCACTTAATTGACCTA
Unaligned ( gi|69 ): ACAATATCATCACATTGGAGCAAGAAGGTACCAAGTGTAC
Alignments
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lowQualScore : ...... .. ............. .. ...... . ..... . ...... .. . ....
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consensus : GAGCATCAAGGTGCTA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAT-G------AA--G-GCA----CATAGCACCTTGATGCTCCAA
Reference ( family-4292 ) : GAGCATCAAGGTGCTA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAT-G------AA--G-GCA----CATAGCACCTTGATGCTCCAA
gi|10 : GGTGCTA------T--CAGT-------------A--GA------TG-ACA-----CAT-G------AA--A-CCA----CATAACAACTTGATGCTTCAA
gi|11 : accttggagctggagctgtGAGCATACAGGTGCTA------T--AAGT-------------A--TA------TG-AAA-----CTT-G------TT--G-GCACAGTCATGTCACCTTGATGCTCCAAg
gi|12 : ttaGAGTATGAAAATGCTA------T--GTGTAAATAAACACGAAA--TA------T--AAA-----CAC-G------AA--G-GCA----CATAGCACCTTGATggg
gi|14 : GAGCATGAAG-TACAT------T--GCGC-------------A--TA------TG-AAT-----CAC-GAATTTCAA--A-GTA----CATAACACATTGATGTTCctgcc
gi|15 : ctcttgGAGCATCAACGTATTA------C--AATT-------------A--TA------TG-AAA-----CAT-G------AA--GAGGA----GGAGGCACTTTGATGCTCCGA
gi|16 : ctcaGAGCATCAAGACGGCA------T--GTGT-------------C--TA------AG-AAA-----TAT-G------TA--A-GCA----CATACCACCTTAATGCTCTAAag
gi|17 : taGAGCAGCAATGTGCTA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAT-G------TA--G-GTA----CATAGTAACTTACTGCTCCGAgcgt
gi|19 : cGAGCAGGAATGTGCTA------T--GCGT-------------A--T--------G-AAA-----CAA-G------AT--G-GCA----TATA-CACC-TACTGCTCTAAttagg
gi|20 : ttgATCA--GTTCCA------A--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAA-G------AA--G-GCA----CTTGGTACCTTggggtca
gi|21 : tcgtcccactggtgcaAGCATCAAGGAGCTA------T--ATAT-------------A--TATATATATG-AAA-----CAT-G------AA--A-GCA----CATAGCACCTTGATGTTttaaca
gi|22 : ttaATTAAGGTGCTA------T--AAGT-------------T--TA------TG-ATA-----CTA-G------AA--G-GCA----CATAGCTGCTTAATGCTCCAAt
gi|23 : tggactGCATCAAGGTGCTG------TAAGTAT-------------AATTA------TG-GGG-----CAT-G------AA--A-GCA----CATTGAACGTTGATACCCCAgag
gi|24 : ttgtGAGCATAAAGTTGTTA------T--GTAT-------------A--TA------TG-AAG-----CAT-A------AA--G-GCG----CATAGCACCTTGATGCTCTAA
gi|25 : tgGAGCATTAAGTTGCTA------A--GTGT-------------A--TA------TG-CAA-----CAT-G------AA--G-ACA----CATCGCCCCTTGATGCTCCAAgg
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gi|28 : ctgGAGCATTAATACACTA------C--GTGT-------------A--TG------TG-AAA-----CCT-T------AA--G-ACA----CATAGCACCTTGATGCTg
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gi|60 : ccccttaGAGCATCAAGGTGCAG------C--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----TAT-C------AA--G-AAA----CATAACACCTataa
gi|61 : ATCAAGGTGCCA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAC-G------GA--G-ACA----CACAGCACCTTGAcca
gi|62 : AGCACCAATGTGCTA------T--GTTG-------------G--TA------TG-AAA-----CAT-G------AA--G-GCA----aa
gi|63 : caagT-------------A--TG------CG-AAA-----CAT-G------AA--A-GCA----CATAGCACCTTGATGTTCCAAgtgaggg
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gi|66 : AGCATGACAGTGCTA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAA-----CAT-G------TA--G-Gggggc
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gi|71 : ccttgaA------TG-AAA-----CAT-G------AA--A-ACA----CATAGCACGTTGATTCTTCAc
gi|8 : GCAATAAGGTACCA------T--GTGT-------------A--TA------TG-AAC-----TAA-G------AA--G-GCA----TTTGGTACTTTTGTGC
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12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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