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Reference ( gi|2 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GGTAGAGAACTGTGTGTGCATTTACAGTATATGTATTTCTTTTA--AACAT--CTACACTTGGGT-CCAGTGATAACGTGGTTCAATATAA---CATGAAACTTGTTATAATGCA-------G--------TGGCTCCCAAACTTAAAATTGATATTTTC-AACCTGATTCATTAAAAAC-TCATGGTATAAT--------AATT--------GAT--------CGAAAT-TCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGTGAGCAAGTTA-CATTTTTCC-AAACTGTGA-CA-ATATATTTGTGCAACAATTACACCTTCATAATTCAGACTGA---AATGATAACAAGTTCTTATT-AT-TA-----AAC---ATCGCTTTTAATTGATTTACGTCGACAAACAATGGTCTGTCATGTTTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------TTTGTTTATGGTACTTCGACAGGAAACAGTATTGCCAAATAATATAGCGCAGTGCACCTTGGGATATTTATAACGCGGTGCCGCGT-ACAAT-GTGGTTTCATTCCGTCGATCCCGGCTAC-------CGCC-TTATAATGAGGTTTGAGTGTAGTAAAGTCAGAAATTATTTAATATTTGTTACATATTG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTAGTAATATTACTACACTGGGGT-CCCATTATAATGCGGTT
gi|1                          : acacttggattccattgtaaagcagttcggtataacacaaaactcattataatgcgttttgctattgctcccaaatttagaaaaaactcgcggtatgataattgataaattgatcgaaaatctcagcttaattgctaagtgtttgtgagcttgttacgtttttacaaactgaccatgtatttgtgcatcaactacaccttgattattcagattgacatgataacaacttcttattgatataaacaaaatcgctttcaattgatttattccaacaaaccatgggctgtcatattaatcacacattgtcatgtgtttgttttcaacaagataaagtattgccaaatagtagcccagtgcatcttgggatatttataatggggtcccgggtaataatcatgggttcattctgtgtatcccggcA--GACAC--ATACACTTGGGT-CCTGTTATAACGAGGTCTGATATAA---CATGAAACTTGTTATAAGGCA-------GATTTTCTATGGCTGCCAAATCTGAAATTGATATTTTC-AACCTGAG--ATTCAAAAC-TCTTGGTGTAAT--------AATT--------AATTAATTCATCTAAAA-TCTAAACTAAACCGCTAAAAGTTTGCGATCTTGTTA-CGTTTTTCC-AAACAGCAA-CA-ATGTATTTGTGCATCAATTACACCTTGATAATTCAGACTGA---AATGATAACAAATTCTTGTT-GT-TATAAACAAC---ACCGCTTTTAATTGATTTACACTGACAAACAATGGTCTGTCATATTTATCAAACG-------T--------TTT-CA-TGCG------TTTGTTTACGGTACTTCGACCGGAAATAGTATCGCCAAATAATGTAGCACAGTGCATCTTGTGATATTTATAATACAGTTCTGCGT-ATATC-CCAGTTTCATTCCGTGAATCTCAGCTACCGTATAACGCCATTATAACAAGACCCGAGTGTATTAttttattgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atatcacTAAACTCGGGT-CCTGTTATAATGTGGTCCGATATGATATCACGAAACTCGTTATA----------------------------TAAATTTAAAA---ATATTTTTTAACAAGATTTGTTAAAATC-TCGCAGTATAAT--------AACT--------GATGAACTGATTGAAAT--CTCAACTAAATCGCAAAGTGTTTGTAGGTTCGTTA-CGTTCTTCC-AAACTGTGA-CC-TTGTATTTATGCATCAATTACACCTAGATAATTCAGACTGA---CATGATAACAA-TTCTTATT-GT-TATAAACAAT---ATCGCTTTCAATTCATTTACG-CGACAAACAATGGTCTGTCA---TTGTCA---------------------TG----T--G------TTTGTTTAcatataattttatgcaactgctatgtaagtcaaggcatccaccatcctca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACACTTGGATTCCATTG-TAAAGCAGTTCGGTATAA---CACAAAACTCATTATAATGCGTTTTGCTA--------TTGCTCCCAAATTTAGA--------------------------AAAAAC-TCGCGGTATGAT--------AATTGATAAATTGAT--------CGAAAA-TCTCAGCTTAATTGCTAAGTGTTTGTGAGCTTGTTA-CGTTTTTAC-AAAC--TGA-CC-ATGTATTTGTGCATCAACTACACCTTGATTATTCAGATTGA---CATGATAACAACTTCTTATTGATATA-----AACAAAATCGCTTTCAATTGATTTATTCCAACAAACCATGGGCTGTCATATTAATCACACA-------TT-G-----TCA-TG-T--G------TTTGTT--------TTCAACAAGATAAAGTATTGCCAAATA--GTAGCCCAGTGCATCTTGGGATATTTATAATGGGGTCCCGGGTAATAATCATGGGTTCATTCTGTGTATCCCGGCAAC-------CGCA-TTATAATGGGACCCCAGTGTAGTAAcaatagtgcactttaggatattcgtaacgcggttcagcgtatatcgctgtgtcattccgtggattctggcaacagcgttatgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGGTCCAATATTA---CAT--AATTTTCTAT----------------------TG-CTCCTAAATTTAAAGTTAATATTTTC-ACTCAGATCTGT-AAAAACATCATGTTATTATGACTGATGAATT--------GAT--------TGAAAAATCTAAACTAAATTGCAAAATTTTTTCGAGTTTGTTAGCATTTTTCCCAAACTGTGAACACGTGGGTTGGTATATCAATTGCACGTTAATGATTCTGATTGACATGATGATAACA----C----------------AAC---ATTGCTTTTAATTGATTTAAACTGATAAACAATGGACTGTCTTGTTTATCACACAATAATTGTC-ATGGCTTTG-CA-T--GAAGCCAATTGTTTA---CATTTTAACCAGATACAGTATTGCCAtattactaaattttattgtaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatctTTAATTGATTTAGGACATCAAACAATGGTCTGCCCTGCTTTTCACACA-------TC-A-----TTT-CAGG--G------CTTTTTTATGTTAgtggg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GACAAACAATTGTCTGTCTTGTTTATCAC----------TC-------TT--CA-T--G------TTTt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  caagctAAACAATGGTCGGTGCTGTTTATCCCACT-------TCAA-----CTGTCA-C--G------TTTtagtgagtcaccaattgtttgcacagtattgccaatagaggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AATGGCCTGACTTGTTTATCGCACA-------TTGA-----TTGTCA-T--G------TTTtagcacaaagctataattgtttacactttaaccggaaaccataattccatagaggg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTGCACTTTAGGATATTCGTAACGCGGTTCAGCGT-ATATC-GCTGTGTCATTCCGTGGATTCTGGCAAC-------AGCG-TTATttcgtgaagccaaatatttacaatttaccgaatatcttgttttgtgaaatccccattgagagctaaatataacttcacactaggtg
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|7 ): ACAAAGCATTGCTTGAAAGTGATAAAAACTGACAATGGTCAGGTGTGTTTAGGTGGACTTATATATCACCTATCAATTGTAAAGTCAATTGTTTACACTTTAAATACATATTGATACGGCATTGCCAG
Unaligned ( gi|9 ): TGACAAACAATCCTCAACCTTGATTATCACACATAAATTCAGCTGAAGAAGCCATTAGTTAACGCTTTACCAGATACCTTCTGTATTGTCAGTAGGGGACTATATACAGATTTGTCAGGTTTG
Unaligned ( gi|12 ): ATATACACTGTGGCCCTGTAATTACGAGGTCTGATAAGTAAATTCCGTTATAATGTNNNNNNNNNNGGCTGGCCGCAATCTGAAA
Unaligned ( gi|13 ): GCTTAAATTATTGTCATGTTTTTTGCGAGAAGCCATTTGTTTACAATTTAATCGGATGCCTTCTGTATTACCAGTGAGGGACT
Unaligned ( gi|14 ): AGCTAATATTATTGTCATGTTCTCACGAGAAGCCATTTGTTTACTTTAACGGGATGTCTTCTGTATTGCCAGCTGGGGACT
Unaligned ( gi|15 ): AATTATTGCCATGTTTTCGCGAGAAGCCATCTATTTTACACTTTAACCAGATACCTTTAACAATGCCAGTGGAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCAGTTGTTCACACATTACCTGATATCAATGCCAATCGAAAGCTAAATATAGACTTCTCGCTAGGTGGCTTACTT
Unaligned ( gi|18 ): ACTGGATGCCTTCTGTATTGCCAATTGGAGACTAAATATAGATTTCTTACATGTTTG
Unaligned ( gi|19 ): ATCCAATTGTTTACAATTTTAACTAGATATAGCATTAACAGTTGGTG
Unaligned ( gi|20 ): ATGTACCAATTGTTTACACTTTAACCCGATATAGTATTGCCAATGG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCAAGGCCAATTGTTTATATCAATACAGTAATGCCAATGGGG






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Reference ( family-4240 )     :                                                                                                                                                                                                                                                NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAGTGACACTANTACACTCGGGTCCCGTTATAACGCGGTCCGATATAA---CACGAAACT-CGTTATAA-G-CG-------G--------TGGCTCCCAAATTTAAAATTGATATTTTC-AACC--AGATCTGTTAAAAAC-TCGCGGTATAATAATTGA-T-AACT--ATCGAAAA-TCTNAACTAAATCGCNAAGTGTTTGCGAGCTTGTTA-CGTTTTTCC-AAACTGCGA-C-CGTGTATTTGTGCATCAATTACACCTTGATAATTCAGACTGANATGAT---AAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACAATGGTCTGTCNTGTTTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------TTTGTTTAC------G-TACTTCGACCGGATANAGTATCGCCAAATAATGTAGCNCAGTGCATCTTGGGATATTTATAACGCGGTTCCGCGT-AT-ATCGCGGTTTCATTCCGTGNATCCCGGCAACCG--------CGTTATAACGGGACCCNAGTGTANTAA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TACACTTGGGTCCAGTGATAACGTGGTTCAATATAA---CATGAAACT-TGTTATAATG-CA-------G--------TGGCTCCCAAACTTAAAATTGATATTTTC-AACC--TGATTCATTAAAAAC-TCATGGTATAATAATTGA-T---------CGAAAT-TCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGTGAGCAAGTTA-CATTTTTCC-AAACTGTGA-C-AATATATTTGTGCAACAATTACACCTTCATAATTCAGACTGAAATGAT---AAC-AAGTTCTTATTATTA-----AACATCGCTTTTAATTGATTTACGTCGACAAACAATGGTCTGTCATGTTTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------TTTGTTTAT------GGTACTTCGACAGGAAACAGTATTGCCAAATAATATAGCGCAGTGCACCTTGGGATATTTATAACGCGGTGCCGCGT-AC-AATGTGGTTTCATTCCGTCGATCCCGGCTACCG--------CCTTATAATGAGGTTTGAGTGTAGTAAtat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggtagagaactgtgtgtgcatttacagtatatgtatttcttttaaacatcTTGTTTAC---------ACTTTAACCCGATATAGTATTGCCAAagtcagaaattatttaatatttgttacatattg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              atgtaccaaACACTTGGATTCCATTGTAAAGCAGTTCGGTATAA---CACAAAACT-CATTATAATG-CGTTTTGCTA--------TTGCTCCCAAATTTAGAA----------------------------AAAAC-TCGCGGTATGATAATTGA-T-AAATTGATCGAAAA-TCTCAGCTTAATTGCTAAGTGTTTGTGAGCTTGTTA-CGTTTTTAC-AAACTG--A-C-CATGTATTTGTGCATCAACTACACCTTGATTATTCAGATTGACATGAT---AAC-AACTTCTTATTGATATAAACAAAATCGCTTTCAATTGATTTATTCCAACAAACCATGGGCTGTCATATTAATCACACA-------TT-G-----TCA-TG-T--G------TTTGTT--------------TTCAACAAGATAAAGTATTGCCAAATA--GTAGCCCAGTGCATCTTGGGATATTTATAATGGGGTCCCGGGTAATAATCATGGGTTCATTCTGTGTATCCCGGCAACCG--------CATTATAATGGGACCCCAGTGTAGTAAtgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAAACTCGGGTCCTGTTATAATGTGGTCCGATATGATATCACGAAACT-CGTTATA-----------------------------TAAATTTAAAA---ATATTTTTTAACA--AGATTTGTTAAAATC-TCGCAGTATAATAACTGA-TGAACTG-ATTGAAA--TCTCAACTAAATCGCAAAGTGTTTGTAGGTTCGTTA-CGTTCTTCC-AAACTGTGA-C-CTTGTATTTATGCATCAATTACACCTAGATAATTCAGACTGACATGAT---AAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAATATCGCTTTCAATTCATTTACG-CGACAAACAATGGTCTGTCA---TTGTCA---------------------TG----T--G------TTTGTTTACAATAGTG-CACTTTA---GGATAT----TCG-----TAACGCGGTTCAGCGTATtattactaaattttattgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTGCACTTTAGGATATTCGTAACGCGGTTCAGCGT-AT-ATCGCTGTGTCATTCCGTGGATTCTGGCAACAG--------CGTTATatcgctgtgtcattccgtggattctggcaacagcgttatgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|5                          : taaactcgggtcctgttataatgtggtccgatatgatatcacgaaactcgttatataaatttaaaaatattttttaacaagatttgttaaaatctcgcagtataataactgatgaactgattgaaatctcaactaaatcgcaaagtgtttgtaggttcgttacgttcttccaaactgtgaccttgtatttatgcatcaattacacctagataattcagactgacatgataacaattcttattgttataaacaatatcgctttcaattcatttacgcgacaaacaatggtctgtcattgtcatgtgtttgtttacaatGGTCCAATATTA---CAT--AATT---TTCTA----------------------TTGCTCCTAAATTTAAAGTTAATATTTTC-ACTC--AGATCTGT-AAAAACATCATGTTATTATGACTGA-TGAATTG-ATTGAAAAATCTAAACTAAATTGCAAAATTTTTTCGAGTTTGTTAGCATTTTTCCCAAACTGTGAACACGTGGGTTGGTATATCAATTGCACGTTAATGATTCTGATTGACATGATGATAAC-------------------ACAACATTGCTTTTAATTGATTTAAACTGATAAACAATGGACTGTCTTGTTTATCACACAATAATTGTC-ATGGCTTTG-CA-T--GAAGCCAATTGTTTAC---------ATTTTAACCAGATACAGTATTGCCAgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tatcttAATGGCCTGACTTGTTTATCGCACA-------TTGA-----TTGTCA-T--G------TTTgtggg
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|7 ): ACAAAGCATTGCTTGAAAGTGATAAAAACTGACAATGGTCAGGTGTGTTTAGGTGGACTTATATATCACCTATCAATTGTAAAGTCAATTGTTTACACTTTAAATACATATTGATACGGCATTGCCAG
Unaligned ( gi|9 ): TGACAAACAATCCTCAACCTTGATTATCACACATAAATTCAGCTGAAGAAGCCATTAGTTAACGCTTTACCAGATACCTTCTGTATTGTCAGTAGGGGACTATATACAGATTTGTCAGGTTTG
Unaligned ( gi|13 ): GCTTAAATTATTGTCATGTTTTTTGCGAGAAGCCATTTGTTTACAATTTAATCGGATGCCTTCTGTATTACCAGTGAGGGACT
Unaligned ( gi|14 ): AGCTAATATTATTGTCATGTTCTCACGAGAAGCCATTTGTTTACTTTAACGGGATGTCTTCTGTATTGCCAGCTGGGGACT
Unaligned ( gi|15 ): AATTATTGCCATGTTTTCGCGAGAAGCCATCTATTTTACACTTTAACCAGATACCTTTAACAATGCCAGTGGAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCAGTTGTTCACACATTACCTGATATCAATGCCAATCGAAAGCTAAATATAGACTTCTCGCTAGGTGGCTTACTT
Unaligned ( gi|18 ): ACTGGATGCCTTCTGTATTGCCAATTGGAGACTAAATATAGATTTCTTACATGTTTG
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Reference ( family-4240 )     :                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACACATACACTTGGGTCCCGTTATAACGNGGTCCGATATAA---CACGAAACT-CGTTATAA-G-CG-------G--------TNGCTCCCAAATTTAAAATTGATATTTTC-AACC--AGATTCGTTAAAAAC-TCGCGGTATAATAATTGATGAATTNATCG-AAAATCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGCGAGCTTGTTA-CGTTTTT-CCAAACTGCGACCATGT--ATTTGTGCATCAATTACACCTTGATAATTCAGACTGACATGATAAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACAATGGTCTGTCNTG-T-TTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------T------------------TTGTTTAC-------G-T-------ACTTCAACCGGATATAGTATCGCCAAATAACGTAGCNCAGTGCATCTTGGGATATTTATAACGCGGTTCCGCGT-AT-ATCGCGGTTTCATTCCGTGGATCCCGGCNACCG--------CGTTATAACGAGACCCGAGTGTAGTAA
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggtagagaactgtgtgtgcatttacagtatatgtatttcttttaa------------------TTGTTTAC-----------------ACTTTAACCCGATATAGTATTGCCAAagtcagaaattatttaatatttgttacatattg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              atgtaccaaACACTTGGATTCCATTGTAAAGCAGTTCGGTATAA---CACAAAACT-CATTATAATG-CGTTTTGCTA--------TTGCTCCCAAATTTAGAA----------------------------AAAAC-TCGCGGTATGATAATTGATAAATTGATCG-AAAATCTCAGCTTAATTGCTAAGTGTTTGTGAGCTTGTTA-CGTTTTT-ACAAACT--GACCATGT--ATTTGTGCATCAACTACACCTTGATTATTCAGATTGACATGATAAC-AACTTCTTATTGATATAAACAAAATCGCTTTCAATTGATTTATTCCAACAAACCATGGGCTGTCATA-T-TAATCACACA-------TT-G-----TCA-TG-T--G------T------------------TTGTT----------------------TTCAACAAGATAAAGTATTGCCAAATA--GTAGCCCAGTGCATCTTGGGATATTTATAATGGGGTCCCGGGTAATAATCATGGGTTCATTCTGTGTATCCCGGCAACCG--------CATTATAATGGGACCCCAGTGTAGTAAtgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAAACTCGGGTCCTGTTATAATGTGGTCCGATATGATATCACGAAACT-CGTTATA-----------------------------TAAATTTAAAA---ATATTTTTTAACA--AGATTTGTTAAAATC-TCGCAGTATAATAACTGATGAACTGATTG-AAA-TCTCAACTAAATCGCAAAGTGTTTGTAGGTTCGTTA-CGTTCTT-CCAAACTGTGACCTTGT--ATTTATGCATCAATTACACCTAGATAATTCAGACTGACATGATAAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAATATCGCTTTCAATTCATTTACG-CGACAAACAATGGTCTGTCA-----TTGTCA---------------------TG----T--G------T------------------TTGTTTACAATAGT-G-C-------ACTTTA---GGATAT----TCG-----TAACGCGGTTCAGCGTATtattactaaattttattgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGTGCACTTTAGGATATTCGTAACGCGGTTCAGCGT-AT-ATCGCTGTGTCATTCCGTGGATTCTGGCAACAG--------CGTTATatcgctgtgtcattccgtggattctggcaacagcgttatgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|5                          : taaactcgggtcctgttataatgtggtccgatatgatatcacgaaactcgttatataaatttaaaaatattttttaacaagatttgttaaaatctcgcagtataataactgatgaactgattgaaatctcaactaaatcgcaaagtgtttgtaggttcgttacgttcttccaaactgtgaccttgtatttatgcatcaattacacctagataattcagactgacatgataacaattcttattgttataaacaatatcgctttcaattcatttacgcgacaaacaatggtctgtcattgtcatgtgtttgtttacaatGGTCCAATATTA---CAT--AATT---TTCTA----------------------TTGCTCCTAAATTTAAAGTTAATATTTTC-ACTC--AGATCTG-TAAAAACATCATGTTATTATGACTGATGAATTGATTGAAAAATCTAAACTAAATTGCAAAATTTTTTCGAGTTTGTTAGCATTTTTCCCAAACTGTGAACACGTGGGTTGGTATATCAATTGCACGTTAATGATTCTGATTGACATGATGAT-AA-C--------------ACAACATTGCTTTTAATTGATTTAAACTGATAAACAATGGACTGTCTTG-T-TTATCACACAATAATTGTC-ATGGCTTTG-CA-T--GAAGCCAA------------------TTGTTTAC-----------------ATTTTAACCAGATACAGTATTGCCAgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatcttGTCCTGATATTATCGCACA-------TCAA-----TTGTCA-T--G------T------------------TT-TTCACAAAACCAA-TTCTTTAAACTTAAAACGGATGTAGTATTGCTAgtggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aggttaatgtctgacccccatagttatatatgtttttgataacgctgataaaccacgataaaaattaaaggtacactgggAATGGCCTGACTTG-T-TTATCGCACA-------TTGA-----TTGTCA-T--G------T------------------TT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACAAAGCATTGCTTGAAAGTGATAAAAACTGACAATGGTCAGGTGTGTTTAGGTGGACTTATATATCACCTATCAATTGTAAAGTCAATTGTTTACACTTTAAATACATATTGATACGGCATTGCCAG
Unaligned ( gi|9 ): TGACAAACAATCCTCAACCTTGATTATCACACATAAATTCAGCTGAAGAAGCCATTAGTTAACGCTTTACCAGATACCTTCTGTATTGTCAGTAGGGGACTATATACAGATTTGTCAGGTTTG
Unaligned ( gi|13 ): GCTTAAATTATTGTCATGTTTTTTGCGAGAAGCCATTTGTTTACAATTTAATCGGATGCCTTCTGTATTACCAGTGAGGGACT
Unaligned ( gi|14 ): AGCTAATATTATTGTCATGTTCTCACGAGAAGCCATTTGTTTACTTTAACGGGATGTCTTCTGTATTGCCAGCTGGGGACT
Unaligned ( gi|15 ): AATTATTGCCATGTTTTCGCGAGAAGCCATCTATTTTACACTTTAACCAGATACCTTTAACAATGCCAGTGGAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCAGTTGTTCACACATTACCTGATATCAATGCCAATCGAAAGCTAAATATAGACTTCTCGCTAGGTGGCTTACTT
Unaligned ( gi|18 ): ACTGGATGCCTTCTGTATTGCCAATTGGAGACTAAATATAGATTTCTTACATGTTTG
Unaligned ( gi|19 ): ATCCAATTGTTTACAATTTTAACTAGATATAGCATTAACAGTTGGTG
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Reference ( family-4240 )     :                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATATACACTTGGGTCCCGTTATAACGNGGTCCGATATAA---CACGAAACT-CGTTATAA-G-CG-------G--------TNGCTCCCAAATTTAAAATTGATATTTTC-AACC--AGATTCGTTAAAAAC-TCGCGGTATAATAATTGATGAATTGATCG-AAAATCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGCGAGCTTGTTA-CGTTTTT-CCAAACTGCGACCATGT--ATTTGTGCATCAATTACACCTTGATAATTCAGACTGACATGATAAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACAATGGTCTGTCNTG-T-TTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------T------------------TTGTTTAC-------G-T-------ACTTCAACCGGATATAGTATCGCCAAATAACGTAGCNCAGTGCATCTTGGGATATTTATAACGCGGTTCCGCGT-AT-ATCGCGGTTTCATTCCGTGGATCCCGGCNACCG--------CGTTATAACGAGACCCGAGTGTAGTAA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACATCTACACTTGGGTCCAGTGATAACGTGGTTCAATATAA---CATGAAACT-TGTTATAATG-CA-------G--------TGGCTCCCAAACTTAAAATTGATATTTTC-AACC--TGATTCATTAAAAAC-TCATGGTATAATAATTGAT--------CG-AAATTCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGTGAGCAAGTTA-CATTTTT-CCAAACTGTGACAATAT--ATTTGTGCAACAATTACACCTTCATAATTCAGACTGAAATGATAAC-AAGTTCTTATTATTA-----AACATCGCTTTTAATTGATTTACGTCGACAAACAATGGTCTGTCATG-T-TTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------T------------------TTGTTTAT-------GGT-------ACTTCGACAGGAAACAGTATTGCCAAATAATATAGCGCAGTGCACCTTGGGATATTTATAACGCGGTGCCGCGT-AC-AATGTGGTTTCATTCCGTCGATCCCGGCTACCG--------CCTTATAATGAGGTTTGAGTGTAGTAAtat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ggtagagaactgtgtgtgcatttacagtatatgtatttcttttaa------------------TTGTTTAC-----------------ACTTTAACCCGATATAGTATTGCCAAagtcagaaattatttaatatttgttacatattg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              atgtaccaaACACTTGGATTCCATTGTAAAGCAGTTCGGTATAA---CACAAAACT-CATTATAATG-CGTTTTGCTA--------TTGCTCCCAAATTTAGAA----------------------------AAAAC-TCGCGGTATGATAATTGATAAATTGATCG-AAAATCTCAGCTTAATTGCTAAGTGTTTGTGAGCTTGTTA-CGTTTTT-ACAAACT--GACCATGT--ATTTGTGCATCAACTACACCTTGATTATTCAGATTGACATGATAAC-AACTTCTTATTGATATAAACAAAATCGCTTTCAATTGATTTATTCCAACAAACCATGGGCTGTCATA-T-TAATCACACA-------TT-G-----TCA-TG-T--G------T------------------TTGTT----------------------TTCAACAAGATAAAGTATTGCCAAATA--GTAGCCCAGTGCATCTTGGGATATTTATAATGGGGTCCCGGGTAATAATCATGGGTTCATTCTGTGTATCCCGGCAACCG--------CATTATAATGGGACCCCAGTGTAGTAAtgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAAACTCGGGTCCTGTTATAATGTGGTCCGATATGATATCACGAAACT-CGTTATA-----------------------------TAAATTTAAAA---ATATTTTTTAACA--AGATTTGTTAAAATC-TCGCAGTATAATAACTGATGAACTGATTG-AAA-TCTCAACTAAATCGCAAAGTGTTTGTAGGTTCGTTA-CGTTCTT-CCAAACTGTGACCTTGT--ATTTATGCATCAATTACACCTAGATAATTCAGACTGACATGATAAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAATATCGCTTTCAATTCATTTACG-CGACAAACAATGGTCTGTCA-----TTGTCA---------------------TG----T--G------T------------------TTGTTTACAATAGT-G-C-------ACTTTA---GGATAT----TCG-----TAACGCGGTTCAGCGTATtattactaaattttattgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGTGCACTTTAGGATATTCGTAACGCGGTTCAGCGT-AT-ATCGCTGTGTCATTCCGTGGATTCTGGCAACAG--------CGTTATatcgctgtgtcattccgtggattctggcaacagcgttatgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|5                          : taaactcgggtcctgttataatgtggtccgatatgatatcacgaaactcgttatataaatttaaaaatattttttaacaagatttgttaaaatctcgcagtataataactgatgaactgattgaaatctcaactaaatcgcaaagtgtttgtaggttcgttacgttcttccaaactgtgaccttgtatttatgcatcaattacacctagataattcagactgacatgataacaattcttattgttataaacaatatcgctttcaattcatttacgcgacaaacaatggtctgtcattgtcatgtgtttgtttacaatGGTCCAATATTA---CAT--AATT---TTCTA----------------------TTGCTCCTAAATTTAAAGTTAATATTTTC-ACTC--AGATCTGT-AAAAACATCATGTTATTATGACTGATGAATTGATTGAAAAATCTAAACTAAATTGCAAAATTTTTTCGAGTTTGTTAGCATTTTTCCCAAACTGTGAACACGTGGGTTGGTATATCAATTGCACGTTAATGATTCTGATTGACATGATGAT-AA-C--------------ACAACATTGCTTTTAATTGATTTAAACTGATAAACAATGGACTGTCTTG-T-TTATCACACAATAATTGTC-ATGGCTTTG-CA-T--GAAGCCAA------------------TTGTTTAC-----------------ATTTTAACCAGATACAGTATTGCCAgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatcttGTCCTGATATTATCGCACA-------TCAA-----TTGTCA-T--G------T------------------TT-TTCACAAAACCAA-TTCTTTAAACTTAAAACGGATGTAGTATTGCTAgtggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aggttaatgtctgacccccatagttatatatgtttttgataacgctgataaaccacgataaaaattaaaggtacactgggAATGGCCTGACTTG-T-TTATCGCACA-------TTGA-----TTGTCA-T--G------T------------------TT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T  A      A          A TAT  GT     CC      ATGCGTTTTGCTA          G                TTG        TAACAAGATTTGTTA       A  A                A         A   T               T                    G       C        T        GG                                              .  G         T  TAA                        G C                   C  A A          TCAACTGTCACGTTTTAGCACAAAGCTATAATTGTTTAC                                          T               T        AT     G                                     A  A                            T    .        C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A  G      T          A .    TG     T       ATGCAG                 T                TTA        AACCTGATTCATTA        .  G                G         .   A               T                    .       .        T        .                                               .  C         A  TAA                        C A                   T  . .          ATAATTGTCATGGCTTTGCATGAAGCCAATTGTTTAC                                            C               T        AC     C                                     .  .                            A    .        A
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finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATATACACTTGGGTCCCGTTATAACGNGGTCCGATATAA---CACGAAACT-CGTTATA----------------------TNGCTCCCAAATTTAAAA---ATATTTTCACCGATCCGTA------AAAAC-TCGCGGTATAATAATTGATGAATTGATCG-AAAATCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGCGAGCTTGTTA-CGTTTTT-CCAAACTGCGACCATGT--ATTTGTGCATCAATTACACCTTGATAATTCAGACTGACATGATAAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACAATGGTCTGTCNTG-T-TTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------T------------------TTGTTTAC-------G-T-------ACTTCAACCGGATATAGTATCGCCAAATAACGTAGCNCAGTGCATCTTGGGATATTTATAACGCGGTTCCGCGT-AT-ATCGCGGTTTCATTCCGTGGATCCCGGCNACCG--------CGTTATAACGAGACCCGAGTGTAGTAA
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACAAAGCATTGCTTGAAAGTGATAAAAACTGACAATGGTCAGGTGTGTTTAGGTGGACTTATATATCACCTATCAATTGTAAAGTCAATTGTTTACACTTTAAATACATATTGATACGGCATTGCCAG
Unaligned ( gi|9 ): TGACAAACAATCCTCAACCTTGATTATCACACATAAATTCAGCTGAAGAAGCCATTAGTTAACGCTTTACCAGATACCTTCTGTATTGTCAGTAGGGGACTATATACAGATTTGTCAGGTTTG
Unaligned ( gi|13 ): GCTTAAATTATTGTCATGTTTTTTGCGAGAAGCCATTTGTTTACAATTTAATCGGATGCCTTCTGTATTACCAGTGAGGGACT
Unaligned ( gi|14 ): AGCTAATATTATTGTCATGTTCTCACGAGAAGCCATTTGTTTACTTTAACGGGATGTCTTCTGTATTGCCAGCTGGGGACT
Unaligned ( gi|15 ): AATTATTGCCATGTTTTCGCGAGAAGCCATCTATTTTACACTTTAACCAGATACCTTTAACAATGCCAGTGGAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCAGTTGTTCACACATTACCTGATATCAATGCCAATCGAAAGCTAAATATAGACTTCTCGCTAGGTGGCTTACTT
Unaligned ( gi|18 ): ACTGGATGCCTTCTGTATTGCCAATTGGAGACTAAATATAGATTTCTTACATGTTTG
Unaligned ( gi|19 ): ATCCAATTGTTTACAATTTTAACTAGATATAGCATTAACAGTTGGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCAAGGCCAATTGTTTATATCAATACAGTAATGCCAATGGGG






Alignments
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Reference ( family-4240 )     :                                                                                                                                                                                                                                                  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATATACACTTGGGTCCCGTTATAACGNGGTCCGATATAA---CACGAAACT-CGTTATA--------------TNGCTCCCAAATTTAAA---A---ATATTTTC--A--CC---GATCCGT-AAAAA-C-TCGCGGTATAATAATTGATGAATTGATCGAAAA-TCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGCGAGCTTGTTA-CGTTTTTCC-AAACTGCGACCATGTA--TTTGTGCATCAATTACACCTTGATAATTCAGACTGACATGATAAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAACATCGCTTTTAATTGATTTACGCCGACAAACAATGGTCTGTCNTG-T-TTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------T------------------TTGTTTAC-------G-T-------ACTTCAACCGGATATAGTATCGCCAAATAACGTAGCNCAGTGCATCTTGGGATATTTATAACGCGGTTCCGCGT-AT-ATCGCGGTTTCATTCCGTGGATCCCGGCNACCG--------CGTTATAACGAGACCCGAGTGTAGTAA
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTAATTGATTTAGGACATCAAACAATGGTCTGCCCTG-C-TTTTCACACA-------TC-A-----TTT-CAGG--G------C------------------TTTTTTAT-------G-T-------atgtnnnnnnnnnnggctggccgcaatctgaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACATCTACACTTGGGTCCAGTGATAACGTGGTTCAATATAA---CATGAAACT-TGTTATAATGCAG--------TGGCTCCCAAACTTAAA---ATTGATATTTTC--AACCT---GATTCATTAAAAA-C-TCATGGTATAATAATTGAT--------CGAAAT-TCTCAACTAAATCGCTAAGTGTTTGTGAGCAAGTTA-CATTTTTCC-AAACTGTGACAATATA--TTTGTGCAACAATTACACCTTCATAATTCAGACTGAAATGATAAC-AAGTTCTTATTATTA-----AACATCGCTTTTAATTGATTTACGTCGACAAACAATGGTCTGTCATG-T-TTATCACACA-------TC-A-----TTG-CA-T--G------T------------------TTGTTTAT-------GGT-------ACTTCGACAGGAAACAGTATTGCCAAATAATATAGCGCAGTGCACCTTGGGATATTTATAACGCGGTGCCGCGT-AC-AATGTGGTTTCATTCCGTCGATCCCGGCTACCG--------CCTTATAATGAGGTTTGAGTGTAGTAAtat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggtagagaactgtgtgtgcatttacagtatatgtatttcttttaa------------------TTGTTTAC-----------------ACTTTAACCCGATATAGTATTGCCAAagtcagaaattatttaatatttgttacatattg
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              atgtaccaaACACTTGGATTCCATTGTAAAGCAGTTCGGTATAA---CACAAAACT-CATTATAATGCGTTTTGCTA-TTGCTCCCAAATTTAGA---A---A---------------------------AAA-C-TCGCGGTATGATAATTGATAAATTGATCGAAAA-TCTCAGCTTAATTGCTAAGTGTTTGTGAGCTTGTTA-CGTTTTTAC-AAACT--GACCATGTA--TTTGTGCATCAACTACACCTTGATTATTCAGATTGACATGATAAC-AACTTCTTATTGATATAAACAAAATCGCTTTCAATTGATTTATTCCAACAAACCATGGGCTGTCATA-T-TAATCACACA-------TT-G-----TCA-TG-T--G------T------------------TTGTT----------------------TTCAACAAGATAAAGTATTGCCAAATA--GTAGCCCAGTGCATCTTGGGATATTTATAATGGGGTCCCGGGTAATAATCATGGGTTCATTCTGTGTATCCCGGCAACCG--------CATTATAATGGGACCCCAGTGTAGTAAtgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAAACTCGGGTCCTGTTATAATGTGGTCCGATATGATATCACGAAACT-CGTTATA--------------T-------AAATTTAAA---A---ATATTTTTTAA--CAA--GATTTGT-TAAAATC-TCGCAGTATAATAACTGATGAACTGATTGAAA--TCTCAACTAAATCGCAAAGTGTTTGTAGGTTCGTTA-CGTTCTTCC-AAACTGTGACCTTGTA--TTTATGCATCAATTACACCTAGATAATTCAGACTGACATGATAAC-AA-TTCTTATTGTTATAAACAATATCGCTTTCAATTCATTTACG-CGACAAACAATGGTCTGTCA-----TTGTCA---------------------TG----T--G------T------------------TTGTTTACAATAGT-G-C-------ACTTTA---GGATAT----TCG-----TAACGCGGTTCAGCGTATtattactaaattttattgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTGCACTTTAGGATATTCGTAACGCGGTTCAGCGT-AT-ATCGCTGTGTCATTCCGTGGATTCTGGCAACAG--------CGTTATatcgctgtgtcattccgtggattctggcaacagcgttatgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|5                          : taaactcgggtcctgttataatgtggtccgatatgatatcacgaaactcgttatataaatttaaaaatattttttaacaagatttgttaaaatctcgcagtataataactgatgaactgattgaaatctcaactaaatcgcaaagtgtttgtaggttcgttacgttcttccaaactgtgaccttgtatttatgcatcaattacacctagataattcagactgacatgataacaattcttattgttataaacaatatcgctttcaattcatttacgcgacaaacaatggtctgtcattgtcatgtgtttgtttacaatGGTCCAATATTA---CAT--AATT---TTCTA--------------TTGCTCCTAAATTTAAAGTTA---ATATTTTC--A--CTCA-GATCTGT-AAAAA-CATCATGTTATTATGACTGATGAATTGATTGAAAAATCTAAACTAAATTGCAAAATTTTTTCGAGTTTGTTAGCATTTTTCCCAAACTGTGAACACGTGGGTTGGTATATCAATTGCACGTTAATGATTCTGATTGACATGATGAT-AA-C--------------ACAACATTGCTTTTAATTGATTTAAACTGATAAACAATGGACTGTCTTG-T-TTATCACACAATAATTGTC-ATGGCTTTG-CA-T--GAAGCCAA------------------TTGTTTAC-----------------ATTTTAACCAGATACAGTATTGCCAgtgtacattaatttcacttctgttcaaggatccaatacctc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tatcttGTCCTGATATTATCGCACA-------TCAA-----TTGTCA-T--G------T------------------TT-TTCACAAAACCAA-TTCTTTAAACTTAAAACGGATGTAGTATTGCTAgtggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aggttaatgtctgacccccatagttatatatgtttttgataacgctgataaaccacgataaaaattaaaggtacactgggAATGGCCTGACTTG-T-TTATCGCACA-------TTGA-----TTGTCA-T--G------T------------------TT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ACAAAGCATTGCTTGAAAGTGATAAAAACTGACAATGGTCAGGTGTGTTTAGGTGGACTTATATATCACCTATCAATTGTAAAGTCAATTGTTTACACTTTAAATACATATTGATACGGCATTGCCAG
Unaligned ( gi|9 ): TGACAAACAATCCTCAACCTTGATTATCACACATAAATTCAGCTGAAGAAGCCATTAGTTAACGCTTTACCAGATACCTTCTGTATTGTCAGTAGGGGACTATATACAGATTTGTCAGGTTTG
Unaligned ( gi|13 ): GCTTAAATTATTGTCATGTTTTTTGCGAGAAGCCATTTGTTTACAATTTAATCGGATGCCTTCTGTATTACCAGTGAGGGACT
Unaligned ( gi|14 ): AGCTAATATTATTGTCATGTTCTCACGAGAAGCCATTTGTTTACTTTAACGGGATGTCTTCTGTATTGCCAGCTGGGGACT
Unaligned ( gi|15 ): AATTATTGCCATGTTTTCGCGAGAAGCCATCTATTTTACACTTTAACCAGATACCTTTAACAATGCCAGTGGAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCAGTTGTTCACACATTACCTGATATCAATGCCAATCGAAAGCTAAATATAGACTTCTCGCTAGGTGGCTTACTT
Unaligned ( gi|18 ): ACTGGATGCCTTCTGTATTGCCAATTGGAGACTAAATATAGATTTCTTACATGTTTG
Unaligned ( gi|19 ): ATCCAATTGTTTACAATTTTAACTAGATATAGCATTAACAGTTGGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTGCAAGGCCAATTGTTTATATCAATACAGTAATGCCAATGGGG