lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444444444 11 1111111111111111 22222222222 111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222 11 11 11
lowQualScore : 444444444444444444 11 55555 22 6666666666666666 1 88888888888 222 2222 11 999999 1 0 1 1 0 666666666666666666666666666666666 22 66666 1 3333 222 0000000000000000000000000000000 2 2 00 2 00 33
lowQualScore : .................. .. ..... .. ................ . ........... ... .... .. ...... . . . . . ................................. .. ..... . .... ... ............................... . . .. . .. ..
lowQualScore : 000000000000000000 22 99999 33 4444444444444444 5 33333333333 555 8888 88 333333 1 3 3 4 6 999999999999999999999999999999999 33 99999 5 1111 777 5555555555555555555555555555555 1 1 00 4 66 88
consensus : GGATTTGAA----GT--ATTA-----AAATCAATTCAAGGT-----CAGAAAA--A----A-GCT--NA--TTT-CTG---C----N-TTGT---TAACACC----A--TA-----GGACCTTCAGTTTT-TA-TCCAAACCT---------------AA---------C-----GAAACTTGTC-AGG-G-ATGT-T----TA---TGA--TCATG--ATCTCTAAAA-TCTC-AAA-CTATTT-CTTG-AACCGGTC-AAATTGGACCAGNATG--AGAAGTA
Reference ( gi|5 ) : GGATTTAAA----GT--ATTA-----AAATCATTTCAAGGT-----CAGAAAA--A----A-GCT--TA--TTT-CTA---T----G-TTGT---TAACACC----A--TG-----GAACCTTCAGTTTT-TA-TCCAAACCT---------------AA---------C-----AAAACTTGTC-AAG-A-ATGT-T----TA---TGT--TCATGCCATCTCTACAA-TCTCTACATCTATTT-CTTG-AACTCATC-AAATTGGACCATTATG--AGAAGTA
gi|3 : GGTTTTGAG----GT--AT---------ATCAATTCAAAGT-----CAGAAAA--AGT--A-TAT--AA--TTT-CTG---T----C-TTGT---TAACAC-----A--TG-----GGACCTTCAGTTTT-TA-TCCAGACAT---------------AA---------C-----GAAAGTTATC-AGG-G-ATGTAT----TG---TCTAATCATGAAAT-----CAG------ACAT-TGTTC-CTTG-AACCAGTC-AACCTG------TATGACAGAAG
gi|34 : tGGATTTGAG----ATTGATTA-----A------CTCAAGGT-----CAGAAAA--G----A-GAT--GA--CTT-CTG---CCTTAA-TTGT---TAACACT----A--AA-----GAACTTACAGTTTG-TA-TTAAAACCT---------------AA---------C-----GAagtgataaggttctatagggcctcttgt
gi|42 : gatgGGATTTGAA-----------------AAAT----TCAAGGT-----CAGAAAA--A----G-G-T--AA--TTT-CTG---TCAAAA-TTGC---TAACTCC----A--ta
gi|13 : ttgggattTTTAAACAATGTC-ATTA-----ACATCAATTAAAAATAATTATAGTAAG--A----A-GCT--AA--CTT-CTG---C----C-CTGT---TAACACC----A--TA-----GGACCTTCAGTTTT-TA-TTCATACCTTATAGCATATTATAGAACTGTCTTTAC-----AAAACTTGTT-ATG-A-GTGT-T----GA---TGG--TCATGAAATCTTTa
gi|1 : TAAT----GT--ATTGGAAGTAAATCATGGCAAGGT-----TAGAAGA--A----ATGCT--GA--TAT-CTGCCTT----G-TTGCATGTAACAAC----A--CA-----GACCCTTCAGTTTT-TA-TTCAAATAT---------------TT---------T-----CAAACATATA-GAG-G-GTGT-T----TA---TGA--TTATAAAAACTC-AAAA--CT----ATTTA-TT-CTTATAAC-CATCAAAATTGAACCAttcttgagttg
gi|39 : TAAA----AT--A--A-----AAA--AT--CAGGGT-------AAAAG--A----A-GCT--AA--CTT-TCG---C----T-TAGT---TAACACC----A--TA-----GGA-TTTCAGTTTT-gaattgaacagttgagcgcttcatgcacacttgggtctcttgtt
gi|14 : ttgagaTTT-----AAATCAGTTCAAGGT-----CAGAAAA--A----A-GTT--TA--CTC-CT----------------------GCC----A--CA-----GGACCT---GTT------CCCAA------------------------------------GAAATTTGTC-TGG-G-ATGT-T----TA---TGA--TCA---------TAAAA-TCTTTAAA-GTAATT-TTTG-AA---A---AGATTAGACCATTA
gi|9 : t-----AAATCATTTGACTGT-----CAGAATA--A--------T--AA--ATT-CTG---C----C-TTAT---TGACACC----A--AA-----GAACCTTCAATTTA-TA-TTCAAGCCT---------------AA---------T-----GAAATTTGAC-AGA-A-ATGT-TTTAATA---TGA--TCATGAAAT-TTTAAAA-T---------TGTTC-CTTG-AACTGATT-AAATTGaataaaccagtagagcaatataggtgctattgggtgatttgtt
gi|17 : ggt-----AAATTAATTCAAGGT-----CAGAAAA--T----A-ACT--T-------CTG---C----T-CTGT---AAATACC----A--TA-----GAAACTTCAGATTT-TA-TCCAAACTT---------------TA---------C-----AAAACTGGTC-TGG-G-CTAC-T----TA---TGG--TCAagtttatagtagaatgatacaggccccattag
gi|12 : aggt-----AAATCAAATCAAGGT-----CAGAGAA--ATATCA-ATT--T---TTT-ACA---TCA--A-TTGT---TTACACC----A--TA-----GAACCTTC-GTTTT-TAATCCGATCCT---------------AA---------C-----GAAACTTGTC-Aaacacttgtcaaaatggtacagatgaacagtagagcgatacaggccctatttgcccttt
gi|21 : actgttttttaggtAATCAATTCAAGGT-----CGGAAAGGTA----A-ACT------CTT-CCA---T----G-TTAG---CAGCA-C----A--TG-----G--CCTTC--CTTT-T-------------------------------------C-----AGAATT-----------ATGT-T----T----TAT--T-ATG--A-------AA-TCTCAAAA--TATTT-CTTT-AACTGATC-ATATTGAACtgcacgtaaatgataatgattgtttaaaccaggcgttgtgctgaatagtagaacggtatagacc
gi|19 : ATTAATTCATTGT-----CAGAAAA--G----A-GCA--AA--GTT-CTC---C----C-TTGT---TATCACC-------TA-----GGACCTTCATTTTT-TA-TCCAAACCT---------------GA---------T-----GAAACCTATC-TTG-G-ATGG-T----TA---TGA--TCACGAAATCTgagaatgaatggtacaccgatacaggtcctgtttg
gi|33 : ATCAATTCACTTT-----AAAAACA--A----C-ACT--TC--TTC-CTA---A----C-TTAT---TAACACC----A--TA-----GGACCTTCAGTTTT-AA-TCCATACGT---------------AA---------T-----GAAATTTgaacttgtcagattggatgagaatgaactgtagagtgatacatgcctcttg
gi|10 : ttgATCAATTGACGGT-----CATAAAA--A----ATGC-----------CTG---T----C-TGGT---TTATACT----A--TAA----GAAC------TATT-TG-TCTAAATCT---------------AA---------CGAACCAAAACTGGTT-AGG-G-ATAT-T----TA---TGA--GTATG--GACTCT-CAA------A---CTATGT-TTTG-AACTTGTT-AAATTGAAtgaactgatttgaccagga
gi|7 : TTCAAGGA-----CAGAAAT--A----A-GCT--AA--ATT-GTT---T----C-TTGT---TAATACC----A--TA-----GAATCTTCAA-TTT-TA-CCCAAACCT---------------AA---------T-----GAAACTTGTC-AAA-G-ATGT-C----CA---TGA--TTGTG--A-------AA-TTTC-AAA-CTATTT-TTTG-AAATGGT--AAATTtaagtacaagtggagtgatacaagtctactgagcctct
gi|11 : aaAGGT-----CATACAA--C----A-GCT--TACCTTTGCTT---T----A-CTGT-------ATT----A---------GGACCTTGAGTTTT--A-TTAAAACCT---------------TA---------C-----GAA-CT---C-AGG-G-ATGT-T----TT---TGA--TCATG--ATTTCT-CAA-ACTTTG--------T-CTTG-AGCTGATC-AAATTGGA--ATTATttaacaagattgaacagagagtaatacaggccctactgggtttcatg
gi|32 : GT-----CAGAAAA--A-------TC--TAC-TTT-CT-----------TCCC---TAATAACTGTAA--TG-----GA-CCTTCAGTTTCGTA-TCCATGCCT---------------AA---------T-----GAAACTT-T-----------T-T----TA---TGA--TCATGAAATTTCatcaacagtagagcgataaggctttgtaaggcttcttattatttt
gi|8 : AAAAAA--A----A-ACT---G--CCT-C-A---T----A-TTGT---TAACACC----A--CT-----GGACATTCATTTTT-T--TCCA-------------------------------C-----GAAATTTGAC-AGG-G-ATGT-T----TA---TG----------ATATCAAGAAATC---ACAT-TATTT-CTTG-AGCTGGTC-AAATTGGACCAGAATG--aaatatgttgtactggtca
gi|4 : acaaataatggcagaaaAAAAAA--A----G-GCC--AA--TTT-CTT---C----C-TTGA---CAACACC----A--GT-----GAATCTTCAG-TTT-TA-TCCATTTCT---------------AA---------T-----CAATTTTGTC-ATG-G-ATGT-T----TG---Tatactatagcggttctggctaaataggaccgtttttt
gi|2 : atcaatatcaactaatcaatcgttgaGAAAA--A----G-GCTAATA--TTT-CTA---C----T-TTGT---TGACACC----A--CG-----GAAACTTTAGCTCT-TA-TCCAAACAT---------------AG---------C-----CAGACTTtagtattagaaattattggaactggccaaattaaaccagattaaacagtagagtgatgcaggcactgctgaacctcttg
gi|16 : AAA--A----A-G-T--AA--TTT-CTG---C----C-TTGA---TAGCACC----A--TT-----GCA---TCAGTTTT--A-TTCAAACCT---------------AT---------C-----CAAACTTGTC-AAG-G-ACGT-T----T----CGG--TGATG--A-------AA-TCTC-AAA-CTGTTT-CTTA-AACCAGTC-AAA-TGGACCAcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggacttgtttcttggacggatcaaattagatcaaaatatacagtagagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|18 : AA--A----G-ACT--TC--TGC-CCA---A----A-TTAT---TAAC-CC----AAATA-----GGACATTCAGTTTT-TA-TCCAAACCA---------------AA---------C------AATCTTGTT-AGG-G-ATGT-T----TA---TGG--TCATgagtgaagacttgtagagtgatatagaccctgctggacctcttat
gi|28 : atAA--A----C-ACT--AA--TTT-CTG---G----A-TTTT---AAACACT----A--TAATTAAGAACTTTCAGTTTT-TA-TACGAACAT---------------AC---------T-----CAAACGTAT--AAC-G-ATGT-T----TA---TGG--TCAT----TAACTACAT-TAT-TA-ACCTATTT-CTTG-ACATAGTC-AAATGGGAaaaattgcactatattttagaagtggtgaagattgacatgaatttacatgtagagcgatacaggccttgtttat
gi|24 : A--A----A-GCT--CA--TTT---A---T----GCTTGT---TAATACC----A--TA-----TGGCATTCATATTT-TA-TCCAAGAAT---------------AA---------C-----AAGATATATA-AGG-A-ATGT-T----TA---TGC--TC---------CTGGAA-TCGC-ACA--GATTT-CTTG-AAC
gi|15 : ttgaattggtgttgcggtaaatagattcaaattattA--CTT-CTG---T----C-TTGT---T-------------CG-----GA-CCGTCAGATTT-TA-TCCAAACCT---------------AA---------A-----GAAGCTTGTC-AG-----TGT-T----TACTGTAT--TTAT---AGTTGTGAAA-TCT-TAAAACTGTTTTCTTG-AACTCGTC-AGATTGGACCAAAATG--AAAAGTA
gi|27 : gttta-CTA---T----A-TCGT---TAACACT----G--TA-----GGACCAACAGTTTT-TA-TACAAACTT---------------AA---------C-----CAAATTTGTC-AGG-G-ATGT-T----TA---TGA--TCATAGAATCTCgagcgatactggccctcttaggcctcttatt
gi|25 : ttgc-CTA---A----A-TTGC---AAACACC----A--TA-----GGACC---------------CACACAT---------------AA---------C-----AAAA-TTGTC-AGA-G-ATGT-T----TA---TGA--TCATATTATTTagtccagagtgaaccagtagagttatacaggcccttctgggcttcttgt
gi|6 : tctgcTGT---TTTCACA----A--TA-----GTACCATCTGTTTT-TA-TCCAAAGGT---------------AA---------C-----TAAACTTATC-CAG-G-ATGT-T----Ttaattaattggccaattaagaccagaatgaacaagtacagtgataatgtcctattggacatctcgttttt
gi|29 : aaaaaatgaaatgtctgcagAAAACC----C--TA-----GAACATCCAGGTTT-TA-TTCAAAACC---------------AG---------T-----CAAACTTGTT-AAATA-ATAA-T----TA---TGT--TAATG--ATCATTA-AA-TGTC-A-GTCAATTT-CTTG-AACTTAgcgaccttgaaaattaatttcacttatttttattgactcagtttaatttgactagaacatacagtagagcggtacaggcacggttgtgtctcttgttttgt
gi|30 : ACACC----A--TA-----AGACCTTCAGCTAT-TA-TTGAAACCT---------------TA---------C-----ACAATTTGT--AAG-AGATGT-T----TA---TA----------ATC-CTGAAA-TTT-TAAAC---TTT-TGTG-AATTAGTC-AAATTGGATCAGTATctgtaacttttgctcagaatgaatagtagag
gi|36 : TTT-TA-TCCAAACCT---------------AT---------T-----TGAACTTGTC-AAG-A-ATAA-T----TA---TGtcatagtactttggtgcaggtc
gi|37 : agAAATTTGTT-AGG-G-ATGT-T----TA---TGT--TCA---------TAAAA-TCCATTAATTTTTTT-TTTA-AA--CA---AAATTAGATCAaccaagaaatgtgaacagttggatggtacaggctctgtttggcttcttgt
gi|31 : gCTTATCTAAC-A-AGGT-T----TA---TGA--TCATG--------AAAA-TCTTGAAAACTATTT-CTTG-AACCAGTG-AAAATGGACCAgaacgaacaagcagagcgatgcag
gi|44 : tttatctcagcCTATTT-CTTG-AACCAGTC-AAATTGGACCAgaaagcacagtagagtgatacaggcagtattgggtctcttgtt
gi|47 : gtgtatatgatcatggaatgtcaaaATTT-TTTG-AGCTGGTC-AAATTGGACCAGAATG--a
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACCGCCAAGGTGTATCCAAAACTAACGAAACTTGACATAGCTGTTTGTAATGACACTGAAGCGATTGGAATCTAAACGTTTTTTTTAACAGGTCGAATCTGATCAGAATGAACAGTAGAGTGATATATGTCCCAATTGGACCCCTTTTTTGT
Unaligned ( gi|22 ): TTGGAGTTGAATCTATCAAGGTTAGGATAAAATAAACTTCGGCCTAAACGGTTAACAACAAAGGAACTATTTGTCCGGAATGTTTATGAGCATAAAATGTTTTTTTTAACTAATCAGATTATAACTAAATGAATCAGTAATGCCACACAGA
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAATCTAAATTATGCCTAAACTGTTAACACTATACCATCTACCATGATTTGTCAGGGATATGTATGATCATAAAATCTCAAACTATTTATTTAACGGCCCAAAATGAACCACTAGAGCAATACAGGTCATATTGGACCCTCATATT
Unaligned ( gi|26 ): TTTTATCCAGTCTAACCAAACTTATGAAGGATAGGAACTTTATACAAGTCATGGTATATCGGATTAGTTCTTAAACAGGTCAAACTGGAACATACGGAACAGTAGATCGATACTGACCCTAACAGGCATCTCACTACT
Unaligned ( gi|35 ): AATGATGTTTATAATCACAACATCACGGACGAGTTTTTGAATATCCAAATTGGACCGGCATCGAAAAGTAGAGCGATACAGGCTCTGCTGGATGTCTTGTT
Unaligned ( gi|38 ): CTTACCTAACAGCACTTGTCAAGGAAGAAAGCTATTTTTTGGTCTGGCCAGATTGAACCAGACTGAACAGTAGAGTAATACA
Unaligned ( gi|40 ): TAGTTATTTCAAGCGAGAGCCGGAAGCAGTCAAATTGGATTATAATGAACAGTAGAGTGATACAGCCCTGT
Unaligned ( gi|41 ): AAACTTTTTTTGAACTGGTGTAATTGACCAGAATGAACAATAAAGCGACACAGGCCATATTGGGACTCT
Unaligned ( gi|43 ): AGATTGGACCGGAGTAAAAAGTAGAATGATAGGCCCTCTTGAGTCTCTTTTTTAT
Unaligned ( gi|45 ): TATTTATAATTATGAAATCTCAAAACTATTTCCTTAACTGGTTAAACTGGTCC
Unaligned ( gi|46 ): GAACCAGTCAAATTGAACTATAATGTACAGTAGAGCTATACAGAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 8888888888888888888888
lowQualScore : 0 99 33 44 33 55555 6666666 2 4444 11111111111111 2222 333333 11 55555 1 1 1 777777777777777 444444444 1 33333 0 1 22222 1 2222 22 222 1 1 11 5555555555555555555555 33 55 444 1 333 11 1 99999 2 1 1 1 2 33 777
lowQualScore : . .. .. .. .. ..... ....... . .... .............. .... ...... .. ..... . . . ............... ......... . ..... . . ..... . .... .. ... . . .. ...................... .. .. ... . ... .. . ..... . . . . . .. ...
lowQualScore : 6 33 33 22 22 33333 1111111 0 6666 99999999999999 8888 777777 77 00000 2 2 2 666666666666666 888888888 6 00000 3 2 99999 1 4444 77 000 1 1 66 2222222222222222222222 00 33 222 2 333 77 2 99999 6 3 0 9 1 22 000
consensus : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAA-C--TTCTGC----C----T----T----GTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--T---G-A-T--CA------TG--A-----TAA---AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTGGACCAGAA-T-G--AA-NAGTA
Reference ( family-419 ) : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTNA-T--TTCTGC----N----T----T----GTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--T---G-A-T--CA------TG--ATC-TCTAA---AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTGGACCAGNA-T-G--AG-AAGTA
gi|1 : ATTGGAAGTA------AATCATG--GCAAGGT-----TAGAAGAA--ATG-CTGA-T--ATCTGC----C----T----T----GTTGCATGTAACAACA--CA-----GACCCTTCAGTTTT-T-ATTCAAATAT---------------TT---------TCAA-----ACATATAGAG-GGTG-----T-T----TA--T---G-A-T--TA----------------TAA---AAAC--TCA-AAA-C-TA-TTTATTC--TTATAAC---C-ATCAAA-ATTGAACCAGAATT-G--AA-CAGT
gi|10 : taatgtATCAAT--TGACGGT-----CATAAAAA--ATG-C---------CTGT----C----T----G----GTT------TATACTA--TA-----AGAACT--A---TT-T-GTCTAAATCT---------------AA---------CGAACCAAAACTGGTTAGG-GATA-----T-T----TA--T---G-A-G--TA------TG--G-----------ACTC--TC--AAA-C-TA-T---GTT--TTG-AAC---TTGTT-AA-ATTGAATAAGTA-C-A--AG-tgagcgcttcatgcacacttgggtctcttgtt
gi|11 : AGGT-----CATACAAC--A-G-CTTA-C--CTTTGC----T----T----T----ACT------G-TAT----TA-----GGACCTTGAGTTTT---ATTAAAACCT---------------TA---------CGAA------CT---CAGG-GATG-----T-T----TT--T---G-A-T--CA------TG--ATT-----------TC--TC--AAA-C-TT-T---GTC--TTG-AGC---TGATC-AA-ATTGGAtggagtgatacaagtctactgagcctct
gi|12 : A--AATCAAA--TCAAGGT-----CAGAGAAA--T-A-TCAATT--TTTTACATCAA----T----T----GTT------TACACCA--TA-----GAACCTTC-GTTTT-TAATCCGATCCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCATG-CACG-----T-A----AA--T---G-A-T--AA------TG--ATTGTTTAA---Aattatatcaacagtagagcgataaggctttgtaaggcttcttattatttt
gi|13 : actgttttttaggtATTAA--CATCAAT--TAAAAATAATTATAGTAAGA--A-G-CTAA-C--TTCTGC----C----C----T----GTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATTCATACCTTATAGCATATTATAGAACTGTCTTTACAAA-----ACTTGTTATG-AGTG-----T-T----GA--T---G-G-T--CA------TG----------A---AATC--TT-----------T---TTC--TTG-Accaggcgttgtgctgaatagtagaacggtatagacc
gi|14 : tttaaacaatgtcTTTA--AATCAGT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-TTTA-C--TCCTG---------------------------------CCA--CA-----GGACCT---GTT------CCCAA-------------------------------GAA-----ATTTGTCTGG-GATG-----T-T----TA--T---G-A-T--CA----------------TAA---AATCT-TT--AAA-G-TA-A---TTT--TTG-AA--------A-AG-ATTAGACCAgttg
gi|15 : tTAA-C--TTCTGT----C----T----T----GTT-----------C----------GGACCGTCAGATTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------AGAA-----GCTTGTCAG----TG-----T-T----TAC-T---GTATT--TA------TA--GT--TGTGA---AATC--TTA-AAA-C-TGTT---TTC--TTG-AAC---TCGTC-AG-ATTGGACCAAAA-T-G--AA-AAGTAttaaataaaccagtagagcaatataggtgctattgggtgatttgtt
gi|16 : gttAAAA--A-G--TAA-T--TTCTGC----C----T----T----GAT------AGCACCA--TT-----GCA---TCAGTTTT---ATTCAAACCT---------------AT---------CCAA-----ACTTGTCAAG-GACG-----T-T----T---C---G-G-T--GA------TG--A-----------AATC--TC--AAA-C-TG-T---TTC--TTA-AAC---CAGTC-AA-A-TGGACCAGAG-T-G--Agagcgatactggccctcttaggcctcttatt
gi|17 : A--AATTAAT--TCAAGGT-----CAGAAAA--------TAA-C--TTCTGC----T----C----T----GTA------AATACCA--TA-----GAAACTTCAGATTT-T-ATCCAAACTT---------------TA---------CAAA-----ACTGGTCTGG-GCTA-----C-T----TA--T---G-G-T--CA------agacttgtagagtgatatagaccctgctggacctcttat
gi|18 : aggtAA--A-G----A-C--TTCTGC----CCAAAT----T----ATT------AAC-CCAAATA-----GGACATTCAGTTTT-T-ATCCAAACCA---------------AA---------C-AA-----TCTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--T---G-G-T--CA----------------TAA---AATT--GC----A-C-TA-TA--TTT--TAG-AAG---TGGTG-AAGATTGaacacttgtcaaaatggtacagatgaacagtagagcgatacaggccctatttgcccttt
gi|19 : atATTAAT--TCATTGT-----CAGAAAAG--A-G-CAAA-G--TTCTCC----C----T----T----GTT------ATCACC---TA-----GGACCTTCATTTTT-T-ATCCAAACCT---------------GA---------TGAA-----ACCTATCTTG-GATG-----G-T----TA--T---G-A-T--CA------CG----------A---AATC-------------------------TG-AAC---TTGTC-AG-ATTGGATGAGAA-T-G--Aacatgaatttacatgtagagcgatacaggccttgtttat
gi|2 : GAAAAA--G-G-CTAA-TATTTCTAC----T----T----T----GTT------GACACCA--CG-----GAAACTTTAGCTCT-T-ATCCAAACAT---------------AG---------CCAG-----ACTTactgtagagtgatacatgcctcttg
gi|2 : -TG-T---TTC--TTG-GAC---GGATC-AA-ATTAGATCAAAA-T-catnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggacttgtttcttggacggatcaaattagatcaaaatatacagtagagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|20 : gaaaaaggctaatatttctactttgttgacaccacggaaactttagctcttatccaaacatagccagacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggact-T-ATCCAAAACT---------------AA---------CGAA-----ACTTGACATA-GCTG-----T-T----TG--T---A-A-TGACACTGAAGCG--AT----TGG---AATC--T---AAA-C-GT-T---TTT--TTT-AAC---AGGTC-GA-ATCTGATCAGAA-T-G--AA-CAGTAatacagtagagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|21 : accgccaaggtg--AATCAAT--TCAAGGT-----CGG---AA--A-G-GTAA-A--CTCTTC----C----A----T----GTT------AGCAGCA--CA-----TGGCCTTC--CTTT-T----CA--------------------------------GAA-------TT--------ATG-----T-T----T---T-----A-T--TA------TG----------A---AATC--TC--AAA-A-TA-T---TTC--TTT-AAC---TGATC-AT-ATTGAACGAGAA-T-G--Agagtgatatatgtcccaattggaccccttttttgt
gi|23 : AAAAA--A-T-CTAA-A--TTATGC----C----TAAACT----GTT------AACACTA--TA--------CC------------ATCTA--CC-----------------A---------TGA-------TTTGTCAGG-GATA-----T-G----TA--T---G-A-T--CA------T----------AA---AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTA--TTT-AAC---GGCCC-AA-AATGAACCACTA---G--AG-CAATAatggtacaccgatacaggtcctgtttg
gi|24 : AA--A-G-CTCA-T--TTATGC---------T----T----GTT------AATACCA--TA-----TGGCATTCATATTT-T-ATCCAAGAAT---------------AA---------CAAG-----ATATATAAGG-AATG-----T-T----TA--T---G-C-T--C----------------CTGG---AATC--GC--ACA---GA-T---TTC--TTG-AAC---caggtcatattggaccctcatatt
gi|25 : ttgaattggtgttgcggtaaatagattcaaattattTCTGC----C----TAAATT----GCA------AACACCA--TA-----GGACC---------------CACACAT---------------AA---------CAAA-----A-TTGTCAGA-GATG-----T-T----TA--T---G-A-T--CA------T---ATT----------ATT--TT--A------A-T---T--------AAT---TGGCC-AA-TTAAGACCAGAA-T-G--AACAAGTA
gi|26 : TTT-T-ATCC-AGTCT---------------AA---------CCAA-----ACTTATGAAG-GATAGGAACT-T----TA--TACAA-G-T--CA------TG--GT-----------ATA--TC--GGA-T-TA-G---TTC--TTA-AAC---AGGTC-AA-ACTGGAACAcagtgataatgtcctattggacatctcgttttt
gi|27 : CTAT----A----T----C----GTT------AACACTG--TA-----GGACCAACAGTTTT-T-ATACAAACTT---------------AA---------CCAA-----ATTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--T---G-A-T--CA----------------TAG---AATC--TC--Atacggaacagtagatcgatactgaccctaacaggcatctcactact
gi|28 : ttgcAAA--C-A-CTAA-T--TTCTGG----A----T----T----TTA------AACACTA--TAATTAAGAACTTTCAGTTTT-T-ATACGAACAT---------------AC---------TCAA-----ACGTAT-AAC-GATG-----T-T----TA--T---G-G-T--CA------T----TA-ACTAC---ATTA--TT--AAC-C-TA-T---TTC--TTG-ACA---TAGTC-AA-ATGGGAgtccagagtgaaccagtagagttatacaggcccttctgggcttcttgt
gi|29 : ------AAAACCC--TA-----GAACATCCAGGTTT-T-ATTCAAAACC---------------AG---------TCAA-----ACTTGTTAAATAATA-----A-T----TA--T---G-T-T--AA------TG--ATC-ATTAA---A-TG--TC--AGT-C-AA-T---TTC--TTG-AACTTACTGTA-AC-TTTTGCTCAGAA-T-G--AA-TAGTA
gi|3 : GGTTTTGAGGTAT------ATCAAT--TCAAAGT-----CAGAAAAAGTA-T-ATAA-T--TTCTGT----C----T----T----GTT------AACAC-A--TG-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAGACAT---------------AA---------CGAA-----AGTTATCAGG-GATG-----TAT----TGTCT---A-A-T--CA------TG----------A---AATC--AG--ACA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---CAGTC-A-------ACCTGTA-T-GACAG-AAGgag
gi|30 : tACACCA--TA-----AGACCTTCAGCTAT-T-ATTGAAACCT---------------TA---------CACA-----ATTTGTAAGA-GATG-----T-T----TA--T---A-A-T--C----------------CTGA---AATT--TT--AAA-C----T---TTT--GTG-AAT---TAGTC-AA-ATTGGATCAGTA-T-agtgataaggttctatagggcctcttgt
gi|31 : G-----T-T----TA--T---G-A-T--CA------TG--A-------A---AATC--TTGAAAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTG-AA-AATGGACCAGAA-tcatagtactttggtgcaggtc
gi|32 : tttatctcagccttatctaacaagGT-----CAGAAAAA----T-CTAC-T--TTCTTC----C----C----T----AAT------AAC--TG--TAAT---GGACCTTCAGTTTCGT-ATCCATGCCT---------------AA---------TGAA-----ACTT-T--------------T-T----TA--T---G-A-T--CA------TG----------A---AATT--TC--AAA---TA------TG--TTG-TAC---TGGTC-Aagcacagtagagtgatacaggcagtattgggtctcttgtt
gi|33 : ATCAAT--TCACTTT-----AAAAACAA--C-A-CTTC-T--TCCTAA----C----T----T----ATT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-A-ATCCATACGT---------------AA---------TGAA-----ATTT
gi|34 : ttgGGATTTGAG--ATTGA----TTAAC--TCAAGGT-----CAGAAAAG--A-G-ATGA-C--TTCTGC----C----T----TAATTGTT------AACACTA--AA-----GAACTTACAGTTTG-T-ATTAAAACCT---------------AA---------CGAtgaactgatttgaccagga
gi|35 : gatg-GATG-----T-T----TA--T---A-A-T--CA------C----------AA---CATC--AC--GGA-C-GA-G---TTT--TTG-AAT-----ATCCAA-ATTGGACCGGCA-TCG--AA-AAGTAta
gi|36 : aatTTT-T-ATCCAAACCT---------------AT---------TTGA-----ACTTGTCAAG-AATA-----A-T----TA--T---G-A-C--CA------AG--Agagcgatacaggctctgctggatgtcttgtt
gi|37 : agGAA-----ATTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--T---G-T-T--CA----------------TAA---AATCCATT--AAT-T-TT-T---TTT--TTA-AAC-------A-AA-ATTAGATCAGAA-C-G--Aaatgtgaacagttggatggtacaggctctgtttggcttcttgt
gi|39 : TAA--AATAAAAAATCAGGGT-------AAAAGA--A-G-CTAA-C--TTTCGC----T----T----A----GTT------AACACCA--TA-----GGA-TTTCAGTTTT-acaagcagagcgatgcag
gi|4 : ttgagaAATATCAACTAATCAAT--C---GTT-----GAAAAAAA--A-GGCCAA-T--TTCTTC----C----T----T----GAC------AACACCA--GT-----GAATCTTCAG-TTT-T-ATCCATTTCT---------------AA---------TCAA-----TTTTGTCATG-GATG-----T-T----TG--T---T-A-G--TA------T---------TAG-------------AAA-T-TA-T--------TGG-AAC---TGGCC-AA-ATTAAACCAGAT-T-A--AA-CAGTA
gi|42 : atcGGATTGGA--T-TTGA--AA--AAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--G-G--TAA-T--TTCTGTCAAAA----T----T----GCT------AACTCCA--gagtgatgcaggcactgctgaacctcttg
gi|44 : ttgTG-----T-A----TA--T---G-A-T--CA------TG--G-----------AATG--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTC-AA-ATTGGACCAa
gi|45 : gTA-----T-T----TA--T---A-A-T--TA------TG--A-----------AATC--TC--AAAAC-TA-T---TTC--CTT-AAC---TGGTT-AA-ACTGGTCCa
gi|47 : C--AAA-T-GA-T---TTT--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTGGACCAGAA-T-G--A
gi|5 : GGATTTAAAGTATTAA--AATCATT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTTA-T--TTCTAT----G----T----T----GTT------AACACCA--TG-----GAACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CAAA-----ACTTGTCAAG-AATG-----T-T----TA--T---G-T-T--CA------TGCCATC-TCTAC---AATC--TCT-ACATC-TA-T---TTC--TTG-AAC---TCATC-AA-ATTGGACCATTA-T-G--AG-AAGTAat
gi|6 : AAAAA--A-T-GAAA-T--GTCTGC----A----G----T----GTT------TTCACAA--TA-----GTACCATCTGTTTT-T-ATCCAAAGGT---------------AA---------CTAA-----ACTTATCCAG-GATG-----T-T----TG--C---G-A-C--CT------TG--A------AAATTAATT--TC----A-CTTA-T---TTTTATTG-ACT---CAGTT-TA-ATTTGACTAGAA-
gi|7 : AAT--TCAAGGA-----CAGAAATA--A-G-CTAA-A--TTGTTT----C----T----T----GTT------AATACCA--TA-----GAATCTTCAA-TTT-T-ACCCAAACCT---------------AA---------TGAA-----ACTTGTCAAA-GATG-----T-C----CA--T---G-A-T--TG------TG----------A---AATT--TC--AAA-C-TA-T---TTT--TTG-AAA---TGGT--AA-ATTcatacagtagagcggtacaggcacggttgtgtctcttgttttgt
gi|8 : AAAAAAA--A-A-CTGC-C--TCAT------A----T----T----GTT------AACACCA--CT-----GGACATTCATTTTT-T--TCCA-------------------------------CGAA-----ATTTGACAGG-GATG-----T-T----TA--T---G-A-T--------------ATC----AA---GAAA--TC--ACA-T-TA-T---TTC--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTGGACCAGAA-T-G--Attaacaagattgaacagagagtaatacaggccctactgggtttcatg
gi|9 : acaaataatggcagaaaA--AATCATT--TGACTGT-----CAGAATAA-------TAA-A--TTCTGC----C----T----T----ATT------GACACCA--AA-----GAACCTTCAATTTA-T-ATTCAAGCCT---------------AA---------TGAA-----ATTTGACAGA-AATG-----T-TTTAATA--T---G-A-T--CA------TG---------AA---ATTT--TA--AAA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---TGATT-AA-ATTGatactatagcggttctggctaaataggaccgtttttt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTGGAGTTGAATCTATCAAGGTTAGGATAAAATAAACTTCGGCCTAAACGGTTAACAACAAAGGAACTATTTGTCCGGAATGTTTATGAGCATAAAATGTTTTTTTTAACTAATCAGATTATAACTAAATGAATCAGTAATGCCACACAGA
Unaligned ( gi|38 ): CTTACCTAACAGCACTTGTCAAGGAAGAAAGCTATTTTTTGGTCTGGCCAGATTGAACCAGACTGAACAGTAGAGTAATACA
Unaligned ( gi|40 ): TAGTTATTTCAAGCGAGAGCCGGAAGCAGTCAAATTGGATTATAATGAACAGTAGAGTGATACAGCCCTGT
Unaligned ( gi|41 ): AAACTTTTTTTGAACTGGTGTAATTGACCAGAATGAACAATAAAGCGACACAGGCCATATTGGGACTCT
Unaligned ( gi|43 ): AGATTGGACCGGAGTAAAAAGTAGAATGATAGGCCCTCTTGAGTCTCTTTTTTAT
Unaligned ( gi|46 ): GAACCAGTCAAATTGAACTATAATGTACAGTAGAGCTATACAGAC
Alignments
lowQualScore : 22222222222 333333333333333333333
lowQualScore : 0 99 33 33 33 44444 6666666 444 1 00000000000 333333 11 44444 1 1 1 0 7777777777777777777777777777 22222 1 22222 1 2222 22 44444 11 222222222222222222222 777777 333 1 333 33 1 77777 1 1 222 22 1 1 55
lowQualScore : . .. .. .. .. ..... ....... ... . ........... ...... .. ..... . . . . ............................ ..... . ..... . .... .. ..... .. ..................... ...... ... . ... .. . ..... . . ... .. . . ..
lowQualScore : 6 33 33 99 11 88888 2222222 999 3 55555555555 666666 77 88888 7 1 2 7 9999999999999999999999999999 99999 2 88888 1 4444 66 77777 55 333333333333333333333 000000 999 1 111 11 1 55555 1 2 111 00 5 6 88
consensus : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---GACCA--GAA-T-GAA-CAGTA
Reference ( family-419 ) : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---GACCA--GAA-T-GAA-NAGTA
gi|1 : ATTGGAAGTA------AATCATG--GCAAGGT-----TAGAAGAA--ATG-CTGAT--A-TCTGCC-----T-----TGTTGCATGTAACAACA--CA-----GACCCTTCAGTTTT-T-ATTCAAATAT---------------TT---------TCAA-----ACATATAGAG-GGTG-----T-T----TA--TG-----AT--T------A------T-A--A--AAAC--TCA-AAA-C-TA-TTTATTC--TTATAAC---C-ATCAAA-ATTG---AACCA--GAATT-GAA-CAGT
gi|10 : taatgtATCAAT--TGACGGT-----CATAAAAA--ATG-C---------CTGTC-----T-----GGTT------TATACTA--TA-----AGAACT--A---TT-T-GTCTAAATCT---------------AA---------CGAACCAAAACTGGTTAGG-GATA-----T-T----TA--TG-----AG--TA-TG--G--------------ACTC--TC--AAA-C-TA-T---GTT--TTG-AAC---TTGTT-AA-ATTG---AAtgagcgcttcatgcacacttgggtctcttgtt
gi|11 : AGGT-----CATACAAC--A-G-CTTAC--C-TTTGCT-----T-----TACT------G-TAT----TA-----GGACCTTGAGTTTT---ATTAAAACCT---------------TA---------CGAA------CT---CAGG-GATG-----T-T----TT--TG-----AT--CA-TG--A------T-T-------TC--TC--AAA-C-TT-T---GTC--TTG-AGC---TGATC-AA-ATTG---GAtaagtacaagtggagtgatacaagtctactgagcctct
gi|12 : A--AATCAAA--TCAAGGT-----CAGAGAAA--T-A-TCAAT--T-TTTTACATCAAT-----TGTT------TACACCA--TA-----GAACCTTC-GTTTT-TAATCCGATCCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCATG-CACG-----T-A----AA--TG-----AT--AA-TG--A------T-attatatcaacagtagagcgataaggctttgtaaggcttcttattatttt
gi|13 : actgttttttaggtATTAA--CATCAAT--TAAAAATAATTATAGTAAGA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----C-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATTCATACCTTATAGCATATTATAGAACTGTCTTTACAAA-----ACTTGTTATG-AGTG-----T-T----GA--TG-----GT--CA-TG--------------A--AATC--TT-----------T---TTC--TTG-Atgtttaaaccaggcgttgtgctgaatagtagaacggtatagacc
gi|14 : tttaaacaatgtcTTTA--AATCAGT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-TTTAC--T-CCTG---------------------------CCA--CA-----GGACCT---GTT------CCCAA-------------------------------GAA-----ATTTGTCTGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--A--AATCT-TT--AAA-G-TA-A---TTT--TTG-AA--------A-AG-ATTA---GACCATTAAA-T-AAACCAGTAgttg
gi|15 : tTAAC--T-TCTGTC-----T-----TGTT-----------C----------GGACCGTCAGATTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------AGAA-----GCTTGTCAG----TG-----T-T----TAC-TGTATTTAT--AG-TT--G------T-G--A--AATC--TTA-AAA-C-TGTT---TTC--TTG-AAC---TCGTC-AG-ATTG---GACCA--AAA-T-GAA-AAGTAgagcaatataggtgctattgggtgatttgtt
gi|16 : gttAAAA--A-G--TAAT--T-TCTGCC-----T-----TGAT------AGCACCA--TT-----GCA---TCAGTTTT---ATTCAAACCT---------------AT---------CCAA-----ACTTGTCAAG-GACG-----T-T----TC--GG------------TG--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-C-TG-T---TTC--TTA-AAC---CAGTC-AA-A-TG---GACCA--GAG-T-GAA-Ggagcgatactggccctcttaggcctcttatt
gi|17 : A--AATTAAT--TCAAGGT-----CAGAAAA--------TAAC--T-TCTGCT-----C-----TGTA------AATACCA--TA-----GAAACTTCAGATTT-T-ATCCAAACTT---------------TA---------CAAA-----ACTGGTCTGG-GCTA-----C-T----TA--TG-----GT--CA-cttgtagagtgatatagaccctgctggacctcttat
gi|18 : aggtAA--A-G----AC--T-TCTGCCCAAA-T-----TATT------AAC-CCAAATA-----GGACATTCAGTTTT-T-ATCCAAACCA---------------AA---------C-AA-----TCTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--C------A------T-A--A--AATT--GC----A-C-TA-TA--TTT--TAG-AAG---TGGTG-AAGATTG---aacacttgtcaaaatggtacagatgaacagtagagcgatacaggccctatttgcccttt
gi|19 : atATTAAT--TCATTGT-----CAGAAAAG--A-G-CAAAG--T-TCTCCC-----T-----TGTT------ATCACC---TA-----GGACCTTCATTTTT-T-ATCCAAACCT---------------GA---------TGAA-----ACCTATCTTG-GATG-----G-T----TA--TG-----AT--CA-CG--------------A--AATC-------------------------TG-AAC---TTGTC-AG-ATTG---GATGA--GAA-T-GAA-CTGTAacatgaatttacatgtagagcgatacaggccttgtttat
gi|2 : GAAAAA--G-G-CTAATATT-TCTACT-----T-----TGTT------GACACCA--CG-----GAAACTTTAGCTCT-T-ATCCAAACAT---------------AG---------CCAG-----ACTTgagtgatacatgcctcttg
gi|2 : -TG-T---TTC--TTG-GAC---GGATC-AA-ATTA---GATCA--AAA-T-ATA-CAGTAcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggacttgtttcttggacggatcaaattagatcaaaatatacagtagagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|20 : gaaaaaggctaatatttctactttgttgacaccacggaaactttagctcttatccaaacatagccagacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggact-T-ATCCAAAACT---------------AA---------CGAA-----ACTTGACATA-GCTG-----T-T----TG--TA-----ATGACACTG--AAGCGATT-G--G--AATC--T---AAA-C-GT-T---TTT--TTT-AAC---AGGTC-GA-ATCT---GATCA--GAA-T-GAA-CAGTAgagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|21 : accgccaaggtg--AATCAAT--TCAAGGT-----CGGAAA------G-GTAAA--C-TCTTCC-----A-----TGTT------AGCAGCA--CA-----TGGCCTTC--CTTT-T----CA--------------------------------GAA-------TT--------ATG-----T-T----T--------------TA-TT--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-A-TA-T---TTC--TTT-AAC---TGATC-AT-ATTG---AACGA--GAA-T-GAA-TGGTAgagtgatatatgtcccaattggaccccttttttgt
gi|22 : --AATCTAT---CAAGGT-----TAGGATAA--A-A-TAAAC--T-TCGGCC-----TAAAC-GGTT------AACAACA--AA-----GGAACT--------------------------------------------------------ATTTGTCCGG-AATG-----T-T----TA--TG-----AG--C------A------T-A--A--AATG--T------------T---TTT--TTT-AAC---TAATC-AG-ATTA---TAACT--AAA-T-GAATCAGTAcaccgatacaggtcctgtttg
gi|23 : ttggagttgAAAAA--A-T-CTAAA--T-TATGCC-----TAAAC-TGTT------AACACTA--TA--------CC------------ATCTA--CC-----------------A---------TGA-------TTTGTCAGG-GATA-----T-G----TA--TG-----AT--CA-T------------A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTA--TTT-AAC---GGCCC-AA-AATG---AACCA--atgccacacaga
gi|24 : AA--A-G-CTCAT--T-TATGC------T-----TGTT------AATACCA--TA-----TGGCATTCATATTT-T-ATCCAAGAAT---------------AA---------CAAG-----ATATATAAGG-AATG-----T-T----TA--TG-----CT--CC-TG--------------G--AATC--GC--ACA---GA-T---TTC--TTG-AAC---ctagagcaatacaggtcatattggaccctcatatt
gi|25 : ttgaattggtgttgcggtaaatagattcaaattatt-TCTGCC-----TAAAT-TGCA------AACACCA--TA-----GGACC---------------CACACAT---------------AA---------CAAA-----A-TTGTCAGA-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-T------------------------------A-T-TA-T---TTTAATT--AAT---TGGCC-AA-TTAA---GACCA--GAA-T-GAACAAGTA
gi|26 : TTT-T-ATCCAG-TCT---------------AA---------CCAA-----ACTTATGAAG-GATAGGAACT-T----TA--TACAA--GT--CA-TG--G------T-A-------TA--TC--GGA-T-TA-G---TTC--TTA-AAC---AGGTC-AA-ACTG---GAACA--TAC-G-GAA-CAGTAcagtgataatgtcctattggacatctcgttttt
gi|27 : -----T-----CGTT------AACACTG--TA-----GGACCAACAGTTTT-T-ATACAAACTT---------------AA---------CCAA-----ATTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--G--AATC--TC--Agatcgatactgaccctaacaggcatctcactact
gi|28 : ttgcctataAAA--C-A-CTAAT--T-TCTGGA-----T-----TTTA------AACACTA--TAATTAAGAACTTTCAGTTTT-T-ATACGAACAT---------------AC---------TCAA-----ACGTAT-AAC-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--CA-TT--AAC----T-A--C--ATTA--TT--AAC-C-TA-T---TTC--TTG-ACA---TAGTC-AA-ATGG---GAgtccagagtgaaccagtagagttatacaggcccttctgggcttcttgt
gi|29 : ------AAAACCC--TA-----GAACATCCAGGTTT-T-ATTCAAAACC---------------AG---------TCAA-----ACTTGTTAAATAATA-----A-T----TA--TG-----TT--AA-TG--A------TCATTA--AATG--TC--AGT-C-AA-T---TTC--TTG-AACTTACTGTA-AC-TTTT---GCTCA--GAA-T-GAA-TAGTA
gi|3 : GGTTTTGAGGTAT------ATCAAT--TCAAAGT-----CAGAAAAAGTA-T-ATAAT--T-TCTGTC-----T-----TGTT------AACAC-A--TG-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAGACAT---------------AA---------CGAA-----AGTTATCAGG-GATG-----TAT----TGTCTA-----AT--CA-TG--------------A--AATC--AG--ACA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---CAGTC-AA-CCTGTATGA-CA--GAA-gag
gi|30 : tACACCA--TA-----AGACCTTCAGCTAT-T-ATTGAAACCT---------------TA---------CACA-----ATTTGTAAGA-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--CC-TG--------------A--AATT--TT--AAA-C----T---TTT--GTG-AAT---TAGTC-AA-ATTG---GATCA--GTA-T-TCA-TAGTAgagtgataaggttctatagggcctcttgt
gi|31 : G-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--AATC--TTGAAAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTG-AA-AATG---GACCA--GAA-A-GCA-CAGTActttggtgcaggtc
gi|32 : tttatctcagccttatctaacaagGT-----CAGAAAAA----T-CTACT--T-TCTTCC-----C-----TAAT------AAC--TG--TAAT---GGACCTTCAGTTTCGT-ATCCATGCCT---------------AA---------TGAA-----ACTT-T--------------T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--------------A--AATT--TC--AAA---TA------TG--TTG-TAC---TGGTC-Agagtgatacaggcagtattgggtctcttgtt
gi|33 : ATCAAT--TCAC--T-----TTAAAAAC--A-A-C--AC--T-TCTTCC-----TAACT-TATT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-A-ATCCATACGT---------------AA---------TGAA-----ATTT
gi|34 : ttgGGATTTGAG--ATTGA----TTAAC--TCAAGGT-----CAGAAAAG--A-G-ATGAC--T-TCTGCCTTAA-T-----TGTT------AACACTA--AA-----GAACTTACAGTTTG-T-ATTAAAACCT---------------AA---------CGAtgaactgatttgaccagga
gi|35 : gatg-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--C------A------C-A--A--CATC--AC--GGA-C-GA-G---TTT--TTG-AA----TATCC-AA-ATTG---GACCG--GCA-TCGAA-AAGTAta
gi|36 : aatTTT-T-ATCCAAACCT---------------AT---------TTGA-----ACTTGTCAAG-AATA-----A-T----TA--TG-----AC--CA-AG--A------gagcgatacaggctctgctggatgtcttgtt
gi|37 : agGAA-----ATTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----TT--C------A------T-A--A--AATCCATT--AAT-T-TT-T---TTT--TTA-AAC-------A-AA-ATTA---GATCA--GAA-C-GAA-Caatgtgaacagttggatggtacaggctctgtttggcttcttgt
gi|39 : TAA--AATAAAAAATCAGGGT-------AAAAGA--A-G-CTAAC--T-TTCGCT-----T-----AGTT------AACACCA--TA-----GGA-TTTCAGTTTT-agcagagcgatgcag
gi|4 : ttgagaAATATCAACTAATCAAT--C---GTT-----GAAAAAAA--A-GGCCAAT--T-TCTTCC-----T-----TGAC------AACACCA--GT-----GAATCTTCAG-TTT-T-ATCCATTTCT---------------AA---------TCAA-----TTTTGTCATG-GATG-----T-T----TG--TT-----AG--TA-T----------T-A--G------------AAA-T-TA-T--------TGG-AAC---TGGCC-AA-ATTA---AACCA--GAT-T-AAA-CAGTA
gi|40 : atcG-AAG---CAGTC-AA-ATTG---GATTA--TAA-T-GAA-CAGTAgagtgatgcaggcactgctgaacctcttg
gi|41 : tagttatttcaagcgagagccg--AAA-C-T--T---TTT--TTG-AAC---TGGTG-TA-ATTG----ACCA--GAA-T-GAA-CAATAgagtgatacagccctgt
gi|42 : GGATTGGA--T-TTGA--AA--AAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--G-G--TAAT--T-TCTGTCAAAA-T-----TGCT------AACTCCA--aagcgacacaggccatattgggactct
gi|44 : ttgTG-----T-A----TA--TG-----AT--CA-TG--G--------------AATG--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTC-AA-ATTG---GACCA--a
gi|45 : gTA-----T-T----TA--TA-----AT--TA-TG--A--------------AATC--TC--AAAAC-TA-T---TTC--CTT-AAC---TGGTT-AA-ACTG---GTCCa
gi|46 : G-AAC---CAGTC-AA-ATTG---AACTA--TAA-T-GTA-CAGTA
gi|47 : C--AAA-T-GA-T---TTT--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---GACCA--GAA-T-GAA-gagctatacagac
gi|5 : GGATTTAAAGTATTAA--AATCATT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTTAT--T-TCTATG-----T-----TGTT------AACACCA--TG-----GAACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CAAA-----ACTTGTCAAG-AATG-----T-T----TA--TG-----TT--CA-TGCCATCTC--T-A--C--AATC--TCT-ACATC-TA-T---TTC--TTG-AAC---TCATC-AA-ATTG---GACCA--TTA-T-GAG-AAGTAt
gi|6 : AAAA--A-A-TGAAA--TGTCTGCA-----G-----TGTT------TTCACAA--TA-----GTACCATCTGTTTT-T-ATCCAAAGGT---------------AA---------CTAA-----ACTTATCCAG-GATG-----T-T----TG--CG-----AC--CT-TG--A------A-A--ATTAATT--TC----A-CTTA-T---TTTTATTG-ACT---CAGTT-TA-ATTT---GACTA--GAA-C-ATA-CAGTA
gi|7 : AAT--TCAAGGA-----CAGAAATA--A-G-CTAAA--T-TGTTTC-----T-----TGTT------AATACCA--TA-----GAATCTTCAA-TTT-T-ACCCAAACCT---------------AA---------TGAA-----ACTTGTCAAA-GATG-----T-C----CA--TG-----AT--TG-TG--------------A--AATT--TC--AAA-C-TA-T---TTT--TTG-AAA---TGGTA-AA-TTTT---AACAA--GAT-T-GAA-CAGgagcggtacaggcacggttgtgtctcttgttttgt
gi|8 : -----CAGAAAAA--A-A-AAAAA-----CTGCC-----TCATATTGTT------AACACCA--CT-----GGACATTCATTTTT-T--TCCA-------------------------------CGAA-----ATTTGACAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT---A-TC--A------A-G--A--AATC------ACA-T-TA-T---TTC--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---GACCA--GAA-T-GAA-TACTAagagtaatacaggccctactgggtttcatg
gi|9 : acaaataatggA--AATCATT--TGACTGT-----CAGAATAA-------TAAA--T-TCTGCC-----T-----TATT------GACACCA--AA-----GAACCTTCAATTTA-T-ATTCAAGCCT---------------AA---------TGAA-----ATTTGACAGA-AATG-----T-TTTAATA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--ATTT--TA--AAA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---TGATT-AA-ATTG---tagcggttctggctaaataggaccgtttttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|38 ): CTTACCTAACAGCACTTGTCAAGGAAGAAAGCTATTTTTTGGTCTGGCCAGATTGAACCAGACTGAACAGTAGAGTAATACA
Unaligned ( gi|43 ): AGATTGGACCGGAGTAAAAAGTAGAATGATAGGCCCTCTTGAGTCTCTTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 333333333333333333333
lowQualScore : 0 99 33 33 33 44444 6666666 444 1 00000000000 333333 11 44444 1 1 1 0 777777777777777 44444444444 22222 0 1 22222 1 2222 22 44444 11 666666666666666666666 666666 333 1 333 333 1 77777 1 1 111 333333 11 1 1 1 2 1
lowQualScore : . .. .. .. .. ..... ....... ... . ........... ...... .. ..... . . . . ............... ........... ..... . . ..... . .... .. ..... .. ..................... ...... ... . ... ... . ..... . . ... ...... .. . . . . .
lowQualScore : 6 33 33 99 11 88888 2222222 999 3 55555555555 666666 77 88888 7 1 2 7 111111111111111 66666666666 99999 2 2 77777 1 3333 66 66666 55 000000000000000000000 999999 111 1 000 111 0 88888 1 1 999 333333 77 3 4 4 8 5
consensus : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
Reference ( family-419 ) : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
gi|1 : ATTGGAAGTA------AATCATG--GCAAGGT-----TAGAAGAA--ATG-CTGAT--A-TCTGCC-----T-----TGTTGCATGTAACAACA--CA-----GACCCTTCAGTTTT-T-ATTCAAATAT---------------TT---------TCAA-----ACATATAGAG-GGTG-----T-T----TA--TG-----AT--T------A------T-A--A--AAAC--TCA-AAA-C-TA-TTTATTC--TTATAAC---C-ATCAAA-ATTG---A------ACCA--GAATT-GA-A-C-AGT
gi|10 : taatgtATCAAT--TGACGGT-----CATAAAAA--ATG-C---------CTGTC-----T-----GGTT------TATACTA--TA-----AGAACT--A---TT-T-GTCTAAATCT---------------AA---------CGAACCAAAACTGGTTAGG-GATA-----T-T----TA--TG-----AG--TA-TG--G--------------ACTC--TC--AAA-C-TA-T---GTT--TTG-AAC---TTGTT-AA-ATTG---A------Atgagcgcttcatgcacacttgggtctcttgtt
gi|11 : AGGT-----CATACAAC--A-G-CTTAC--C-TTTGCT-----T-----TACT------G-TAT----TA-----GGACCTTGAGTTTT---ATTAAAACCT---------------TA---------CGAA------CT---CAGG-GATG-----T-T----TT--TG-----AT--CA-TG--A------T-T-------TC--TC--AAA-C-TT-T---GTC--TTG-AGC---TGATC-AA-ATTG---G------AATT--ATA-T-CA-A-C-AGTAtaagtacaagtggagtgatacaagtctactgagcctct
gi|12 : A--AATCAAA--TCAAGGT-----CAGAGAAA--T-A-TCAAT--T-TTTTACATCAAT-----TGTT------TACACCA--TA-----GAACCTTC-GTTTT-TAATCCGATCCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCATG-CACG-----T-A----AA--TG-----AT--AA-TG--A------T-gagcgataaggctttgtaaggcttcttattatttt
gi|13 : actgttttttaggtATTAA--CATCAAT--TAAAAATAATTATAGTAAGA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----C-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATTCATACCTTATAGCATATTATAGAACTGTCTTTACAAA-----ACTTGTTATG-AGTG-----T-T----GA--TG-----GT--CA-TG--------------A--AATC--TT-----------T---TTC--TTG-Atgtttaaaccaggcgttgtgctgaatagtagaacggtatagacc
gi|14 : tttaaacaatgtcTTTA--AATCAGT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-TTTAC--T-CCTG---------------------------CCA--CA-----GGACCT---GTT------CCCAA-------------------------------GAA-----ATTTGTCTGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--A--AATCT-TT--AAA-G-TA-A---TTT--TTG-AA--------A-AG-ATTA---G------ACCATTAAA-T-AA-ACC-AGTAgttg
gi|15 : tTAAC--T-TCTGTC-----T-----TGTT-----------C----------GGACCGTCAGATTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------AGAA-----GCTTGTCAG----TG-----T-T----TAC-TGTATTTAT--AG-TT--G------T-G--A--AATC--TTA-AAA-C-TGTT---TTC--TTG-AAC---TCGTC-AG-ATTG---G------ACCA--AAA-T-GA-A-A-AGTAgagcaatataggtgctattgggtgatttgtt
gi|16 : gttAAAA--A-G--TAAT--T-TCTGCC-----T-----TGAT------AGCACCA--TT-----GCA---TCAGTTTT---ATTCAAACCT---------------AT---------CCAA-----ACTTGTCAAG-GACG-----T-T----TC--GG------------TG--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-C-TG-T---TTC--TTA-AAC---CAGTC-AA-A-TG---G------ACCA--GAG-T-GA-A-gagcgatactggccctcttaggcctcttatt
gi|17 : A--AATTAAT--TCAAGGT-----CAGAAAA--------TAAC--T-TCTGCT-----C-----TGTA------AATACCA--TA-----GAAACTTCAGATTT-T-ATCCAAACTT---------------TA---------CAAA-----ACTGGTCTGG-GCTA-----C-T----TA--TG-----G-------------------------------TC--AAA-C--A-C---TT---------------GTC-AA-AATG---G------TACA--G-A-T-GA-A-C-AGTAgacttgtagagtgatatagaccctgctggacctcttat
gi|18 : aggtAA--A-G----AC--T-TCTGCCCAAA-T-----TATT------AAC-CCAAATA-----GGACATTCAGTTTT-T-ATCCAAACCA---------------AA---------C-AA-----TCTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--C------A------T-A--A--AATT--GC----A-C-TA-TA--TTT--TAG-AAG---TGGTG-AAGATTG---gagcgatacaggccctatttgcccttt
gi|19 : atATTAAT--TCATTGT-----CAGAAAAG--A-G-CAAAG--T-TCTCCC-----T-----TGTT------ATCACC---TA-----GGACCTTCATTTTT-T-ATCCAAACCT---------------GA---------TGAA-----ACCTATCTTG-GATG-----G-T----TA--TG-----AT--CA-CG--------------A--AATC-------------------------TG-AAC---TTGTC-AG-ATTG---G------ATGA--GAA-T-GA-A-C-TGTAacatgaatttacatgtagagcgatacaggccttgtttat
gi|2 : GAAAAA--G-G-CTAATATT-TCTACT-----T-----TGTT------GACACCA--CG-----GAAACTTTAGCTCT-T-ATCCAAACAT---------------AG---------CCAG-----ACTTgagtgatacatgcctcttg
gi|2 : -TG-T---TTC--TTG-GAC---GGATC-AA-ATTA---G------ATCA--AAA-T-AT-A-C-AGTAcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggacttgtttcttggacggatcaaattagatcaaaatatacagtagagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|20 : gaaaaaggctaatatttctactttgttgacaccacggaaactttagctcttatccaaacatagccagacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggact-T-ATCCAAAACT---------------AA---------CGAA-----ACTTGACATA-GCTG-----T-T----TG--TA-----ATGACACTG--AAGCGATT-G--G--AATC--T---AAA-C-GT-T---TTT--TTT-AAC---AGGTC-GA-ATCT---G------ATCA--GAA-T-GA-A-C-AGTAgagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|21 : accgccaaggtg--AATCAAT--TCAAGGT-----CGGAAA------G-GTAAA--C-TCTTCC-----A-----TGTT------AGCAGCA--CA-----TGGCCTTC--CTTT-T----CA--------------------------------GAA-------TT--------ATG-----T-T----T--------------TA-TT--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-A-TA-T---TTC--TTT-AAC---TGATC-AT-ATTG---A------ACGA--GAA-T-GA-A-T-GGTAgagtgatatatgtcccaattggaccccttttttgt
gi|22 : --AATCTAT---CAAGGT-----TAGGATAA--A-A-TAAAC--T-TCGGCC-----TAAAC-GGTT------AACAACA--AA-----GGAACT--------------------------------------------------------ATTTGTCCGG-AATG-----T-T----TA--TG-----AG--C------A------T-A--A--AATG--T------------T---TTT--TTT-AAC---TAATC-AG-ATTA---T------AACT--AAA-T-GA-ATC-AGTAcaccgatacaggtcctgtttg
gi|23 : ttggagttgAAAAA--A-T-CTAAA--T-TATGCC-----TAAAC-TGTT------AACACTA--TA--------CC------------ATCTA--CC-----------------A---------TGA-------TTTGTCAGG-GATA-----T-G----TA--TG-----AT--CA-T------------A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTA--TTT-AAC---GGCCC-AA-AATG---A------ACCA--atgccacacaga
gi|24 : AA--A-G-CTCAT--T-TATGC------T-----TGTT------AATACCA--TA-----TGGCATTCATATTT-T-ATCCAAGAAT---------------AA---------CAAG-----ATATATAAGG-AATG-----T-T----TA--TG-----CT--CC-TG--------------G--AATC--GC--ACA---GA-T---TTC--TTG-AAC---ctagagcaatacaggtcatattggaccctcatatt
gi|25 : ttgaattggtgttgcggtaaatagattcaaattatt-TCTGCC-----TAAAT-TGCA------AACACCA--TA-----GGACC---------------CACACAT---------------AA---------CAAA-----A-TTGTCAGA-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-T------------------------------A-T-TA-T---TTTAATT--AAT---TGGCC-AA-TTAA---G------ACCA--GAA-T-GA-A-CAAGTA
gi|26 : TTT-T-ATCCAG-TCT---------------AA---------CCAA-----ACTTATGAAG-GATAGGAACT-T----TA--TACAA--GT--CA-TG--G------T-A-------TA--TC--GGA-T-TA-G---TTC--TTA-AAC---AGGTC-AA-ACTG---G------AACA--TAC-G-GA-A-C-AGTAcagtgataatgtcctattggacatctcgttttt
gi|27 : -----T-----CGTT------AACACTG--TA-----GGACCAACAGTTTT-T-ATACAAACTT---------------AA---------CCAA-----ATTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--G--AATC--TC--Agatcgatactgaccctaacaggcatctcactact
gi|28 : ttgcctataAAA--C-A-CTAAT--T-TCTGGA-----T-----TTTA------AACACTA--TAATTAAGAACTTTCAGTTTT-T-ATACGAACAT---------------AC---------TCAA-----ACGTAT-AAC-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--CA-TT--AAC----T-A--C--ATTA--TT--AAC-C-TA-T---TTC--TTG-ACA---TAGTC-AA-ATGG---G------Agtccagagtgaaccagtagagttatacaggcccttctgggcttcttgt
gi|29 : ------AAAACCC--TA-----GAACATCCAGGTTT-T-ATTCAAAACC---------------AG---------TCAA-----ACTTGTTAAATAATA-----A-T----TA--TG-----TT--AA-TG--A------TCATTA--AATG--TC--AGT-C-AA-T---TTC--TTG-AACTTACTGTA-AC-TTTT---G------CTCA--GAA-T-GA-A-T-AGTA
gi|3 : GGTTTTGAGGTAT------ATCAAT--TCAAAGT-----CAGAAAAAGTA-T-ATAAT--T-TCTGTC-----T-----TGTT------AACAC-A--TG-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAGACAT---------------AA---------CGAA-----AGTTATCAGG-GATG-----TAT----TGTCTA-----AT--CA-TG--------------A--AATC--AG--ACA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---CAGTC-AA-CCTGTATG------A-CA--GAA-gag
gi|30 : tACACCA--TA-----AGACCTTCAGCTAT-T-ATTGAAACCT---------------TA---------CACA-----ATTTGTAAGA-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--CC-TG--------------A--AATT--TT--AAA-C----T---TTT--GTG-AAT---TAGTC-AA-ATTG---G------ATCA--GTA-T-TC-A-T-AGTAgagtgataaggttctatagggcctcttgt
gi|31 : G-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--AATC--TTGAAAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTG-AA-AATG---G------ACCA--GAA-A-GC-A-C-AGTActttggtgcaggtc
gi|32 : tttatctcagccttatctaacaagGT-----CAGAAAAA----T-CTACT--T-TCTTCC-----C-----TAAT------AAC--TG--TAAT---GGACCTTCAGTTTCGT-ATCCATGCCT---------------AA---------TGAA-----ACTT-T--------------T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--------------A--AATT--TC--AAA---TA------TG--TTG-TAC---TGGTC-Agagtgatacaggcagtattgggtctcttgtt
gi|33 : ATCAAT--TCAC--T-----TTAAAAAC--A-A-C--AC--T-TCTTCC-----TAACT-TATT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-A-ATCCATACGT---------------AA---------TGAA-----ATTT
gi|34 : ttgGGATTTGAG--ATTGA----TTAAC--TCAAGGT-----CAGAAAAG--A-G-ATGAC--T-TCTGCCTTAA-T-----TGTT------AACACTA--AA-----GAACTTACAGTTTG-T-ATTAAAACCT---------------AA---------CGAtgaactgatttgaccagga
gi|35 : gatg-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--C------A------C-A--A--CATC--AC--GGA-C-GA-G---TTT--TTG-AA----TATCC-AA-ATTG---G------ACCG--GCA-TCGA-A-A-AGTAta
gi|36 : aatTTT-T-ATCCAAACCT---------------AT---------TTGA-----ACTTGTCAAG-AATA-----A-T----TA--TG-----AC--CA-AG--A------gagcgatacaggctctgctggatgtcttgtt
gi|37 : agGAA-----ATTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----TT--C------A------T-A--A--AATCCATT--AAT-T-TT-T---TTT--TTA-AAC-------A-AA-ATTA---G------ATCA--GAA-C-GA-A-C-aatgtgaacagttggatggtacaggctctgtttggcttcttgt
gi|38 : ACCT---------------AA---------CAGC-----ACTTGTCAAG-GA------------------------------------------------A--GA--------AAG-C-TA-T---TTT--TTG-GTC---TGGCC-AG-ATTG---A------ACCA--GAC-T-GA-A-C-AGTAagcagagcgatgcag
gi|39 : cttTAA--AATAAAAAATCAGGGT-------AAAAGA--A-G-CTAAC--T-TTCGCT-----T-----AGTT------AACACCA--TA-----GGA-TTTCAGTTTT-gagtaataca
gi|4 : ttgagaAATATCAACTAATCAAT--C---GTT-----GAAAAAAA--A-GGCCAAT--T-TCTTCC-----T-----TGAC------AACACCA--GT-----GAATCTTCAG-TTT-T-ATCCATTTCT---------------AA---------TCAA-----TTTTGTCATG-GATG-----T-T----TG--TT-----AG--TA-T----------T-A--G------------AAA-T-TA-T--------TGG-AAC---TGGCC-AA-ATTA---A------ACCA--GAT-T-AA-A-C-AGTA
gi|40 : atcG-AAG---CAGTC-AA-ATTG---G------ATTA--TAA-T-GA-A-C-AGTAgagtgatgcaggcactgctgaacctcttg
gi|41 : tagttatttcaagcgagagccg--AAA-C-T--T---TTT--TTG-AAC---TGGTG-TA-ATTG----------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AATAgagtgatacagccctgt
gi|42 : GGATTGGA--T-TTGA--AA--AAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--G-G--TAAT--T-TCTGTCAAAA-T-----TGCT------AACTCCA--aagcgacacaggccatattgggactct
gi|44 : ttgTG-----T-A----TA--TG-----AT--CA-TG--G--------------AATG--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTC-AA-ATTG---G------ACCA--a
gi|45 : gTA-----T-T----TA--TA-----AT--TA-TG--A--------------AATC--TC--AAAAC-TA-T---TTC--CTT-AAC---TGGTT-AA-ACTG---G------TCCa
gi|46 : G-AAC---CAGTC-AA-ATTG---A------ACTA--TAA-T-GT-A-C-AGTA
gi|47 : C--AAA-T-GA-T---TTT--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-gagctatacagac
gi|5 : GGATTTAAAGTATTAA--AATCATT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTTAT--T-TCTATG-----T-----TGTT------AACACCA--TG-----GAACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CAAA-----ACTTGTCAAG-AATG-----T-T----TA--TG-----TT--CA-TGCCATCTC--T-A--C--AATC--TCT-ACATC-TA-T---TTC--TTG-AAC---TCATC-AA-ATTG---G------ACCA--TTA-T-GA-G-A-AGTAt
gi|6 : AAAA--A-A-TGAAA--TGTCTGCA-----G-----TGTT------TTCACAA--TA-----GTACCATCTGTTTT-T-ATCCAAAGGT---------------AA---------CTAA-----ACTTATCCAG-GATG-----T-T----TG--CG-----AC--CT-TG--A------A-A--ATTAATT--TC----A-CTTA-T---TTTTATTG-ACT---CAGTT-TA-ATTT---G------ACTA--GAA-C-AT-A-C-AGTA
gi|7 : AAT--TCAAGGA-----CAGAAATA--A-G-CTAAA--T-TGTTTC-----T-----TGTT------AATACCA--TA-----GAATCTTCAA-TTT-T-ACCCAAACCT---------------AA---------TGAA-----ACTTGTCAAA-GATG-----T-C----CA--TG-----AT--TG-TG--------------A--AATT--TC--AAA-C-TA-T---TTT--TTG-AAA---TGGTA-AA-TTTT---A------ACAA--GAT-T-GA-A-C-AGgagcggtacaggcacggttgtgtctcttgttttgt
gi|8 : -----CAGAAAAA--A-A-AAAAA-----CTGCC-----TCATATTGTT------AACACCA--CT-----GGACATTCATTTTT-T--TCCA-------------------------------CGAA-----ATTTGACAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT---A-TC--A------A-G--A--AATC------ACA-T-TA-T---TTC--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-T-ACTAagagtaatacaggccctactgggtttcatg
gi|9 : acaaataatggA--AATCATT--TGACTGT-----CAGAATAA-------TAAA--T-TCTGCC-----T-----TATT------GACACCA--AA-----GAACCTTCAATTTA-T-ATTCAAGCCT---------------AA---------TGAA-----ATTTGACAGA-AATG-----T-TTTAATA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--ATTT--TA--AAA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---TGATT-AA-ATTG---AGTTTATAGTA--GAA-T-GATA-C-AGtagcggttctggctaaataggaccgtttttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|43 ): AGATTGGACCGGAGTAAAAAGTAGAATGATAGGCCCTCTTGAGTCTCTTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 333333333333333333333
lowQualScore : 0 99 33 33 33 44444 6666666 444 1 00000000000 333333 11 44444 1 1 1 0 777777777777777 44444444444 22222 0 1 22222 1 2222 22 44444 11 666666666666666666666 666666 333 1 333 333 1 77777 1 1 111 333333 11 1 1 1 2 1
lowQualScore : . .. .. .. .. ..... ....... ... . ........... ...... .. ..... . . . . ............... ........... ..... . . ..... . .... .. ..... .. ..................... ...... ... . ... ... . ..... . . ... ...... .. . . . . .
lowQualScore : 6 33 33 99 11 88888 2222222 999 3 55555555555 666666 77 88888 7 1 2 7 111111111111111 66666666666 99999 2 2 77777 1 3333 66 66666 55 000000000000000000000 999999 111 1 000 111 0 88888 1 1 999 333333 77 3 4 4 8 5
consensus : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
Reference ( family-419 ) : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
gi|1 : ATTGGAAGTA------AATCATG--GCAAGGT-----TAGAAGAA--ATG-CTGAT--A-TCTGCC-----T-----TGTTGCATGTAACAACA--CA-----GACCCTTCAGTTTT-T-ATTCAAATAT---------------TT---------TCAA-----ACATATAGAG-GGTG-----T-T----TA--TG-----AT--T------A------T-A--A--AAAC--TCA-AAA-C-TA-TTTATTC--TTATAAC---C-ATCAAA-ATTG---A------ACCA--GAATT-GA-A-C-AGT
gi|10 : taatgtATCAAT--TGACGGT-----CATAAAAA--ATG-C---------CTGTC-----T-----GGTT------TATACTA--TA-----AGAACT--A---TT-T-GTCTAAATCT---------------AA---------CGAACCAAAACTGGTTAGG-GATA-----T-T----TA--TG-----AG--TA-TG--G--------------ACTC--TC--AAA-C-TA-T---GTT--TTG-AAC---TTGTT-AA-ATTG---A------Atgagcgcttcatgcacacttgggtctcttgtt
gi|11 : AGGT-----CATACAAC--A-G-CTTAC--C-TTTGCT-----T-----TACT------G-TAT----TA-----GGACCTTGAGTTTT---ATTAAAACCT---------------TA---------CGAA------CT---CAGG-GATG-----T-T----TT--TG-----AT--CA-TG--A------T-T-------TC--TC--AAA-C-TT-T---GTC--TTG-AGC---TGATC-AA-ATTG---G------AATT--ATA-T-CA-A-C-AGTAtaagtacaagtggagtgatacaagtctactgagcctct
gi|12 : A--AATCAAA--TCAAGGT-----CAGAGAAA--T-A-TCAAT--T-TTTTACATCAAT-----TGTT------TACACCA--TA-----GAACCTTC-GTTTT-TAATCCGATCCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCATG-CACG-----T-A----AA--TG-----AT--AA-TG--A------T-gagcgataaggctttgtaaggcttcttattatttt
gi|13 : actgttttttaggtATTAA--CATCAAT--TAAAAATAATTATAGTAAGA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----C-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATTCATACCTTATAGCATATTATAGAACTGTCTTTACAAA-----ACTTGTTATG-AGTG-----T-T----GA--TG-----GT--CA-TG--------------A--AATC--TT-----------T---TTC--TTG-Atgtttaaaccaggcgttgtgctgaatagtagaacggtatagacc
gi|14 : tttaaacaatgtcTTTA--AATCAGT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-TTTAC--T-CCTG---------------------------CCA--CA-----GGACCT---GTT------CCCAA-------------------------------GAA-----ATTTGTCTGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--A--AATCT-TT--AAA-G-TA-A---TTT--TTG-AA--------A-AG-ATTA---G------ACCATTAAA-T-AA-ACC-AGTAgttg
gi|15 : tTAAC--T-TCTGTC-----T-----TGTT-----------C----------GGACCGTCAGATTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------AGAA-----GCTTGTCAG----TG-----T-T----TAC-TGTATTTAT--AG-TT--G------T-G--A--AATC--TTA-AAA-C-TGTT---TTC--TTG-AAC---TCGTC-AG-ATTG---G------ACCA--AAA-T-GA-A-A-AGTAgagcaatataggtgctattgggtgatttgtt
gi|16 : gttAAAA--A-G--TAAT--T-TCTGCC-----T-----TGAT------AGCACCA--TT-----GCA---TCAGTTTT---ATTCAAACCT---------------AT---------CCAA-----ACTTGTCAAG-GACG-----T-T----TC--GG------------TG--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-C-TG-T---TTC--TTA-AAC---CAGTC-AA-A-TG---G------ACCA--GAG-T-GA-A-gagcgatactggccctcttaggcctcttatt
gi|17 : A--AATTAAT--TCAAGGT-----CAGAAAA--------TAAC--T-TCTGCT-----C-----TGTA------AATACCA--TA-----GAAACTTCAGATTT-T-ATCCAAACTT---------------TA---------CAAA-----ACTGGTCTGG-GCTA-----C-T----TA--TG-----G-------------------------------TC--AAA-C--A-C---TT---------------GTC-AA-AATG---G------TACA--G-A-T-GA-A-C-AGTAgacttgtagagtgatatagaccctgctggacctcttat
gi|18 : aggtAA--A-G----AC--T-TCTGCCCAAA-T-----TATT------AAC-CCAAATA-----GGACATTCAGTTTT-T-ATCCAAACCA---------------AA---------C-AA-----TCTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--C------A------T-A--A--AATT--GC----A-C-TA-TA--TTT--TAG-AAG---TGGTG-AAGATTG---gagcgatacaggccctatttgcccttt
gi|19 : atATTAAT--TCATTGT-----CAGAAAAG--A-G-CAAAG--T-TCTCCC-----T-----TGTT------ATCACC---TA-----GGACCTTCATTTTT-T-ATCCAAACCT---------------GA---------TGAA-----ACCTATCTTG-GATG-----G-T----TA--TG-----AT--CA-CG--------------A--AATC-------------------------TG-AAC---TTGTC-AG-ATTG---G------ATGA--GAA-T-GA-A-C-TGTAacatgaatttacatgtagagcgatacaggccttgtttat
gi|2 : GAAAAA--G-G-CTAATATT-TCTACT-----T-----TGTT------GACACCA--CG-----GAAACTTTAGCTCT-T-ATCCAAACAT---------------AG---------CCAG-----ACTTgagtgatacatgcctcttg
gi|2 : -TG-T---TTC--TTG-GAC---GGATC-AA-ATTA---G------ATCA--AAA-T-AT-A-C-AGTAcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggacttgtttcttggacggatcaaattagatcaaaatatacagtagagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|20 : gaaaaaggctaatatttctactttgttgacaccacggaaactttagctcttatccaaacatagccagacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggact-T-ATCCAAAACT---------------AA---------CGAA-----ACTTGACATA-GCTG-----T-T----TG--TA-----ATGACACTG--AAGCGATT-G--G--AATC--T---AAA-C-GT-T---TTT--TTT-AAC---AGGTC-GA-ATCT---G------ATCA--GAA-T-GA-A-C-AGTAgagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|21 : accgccaaggtg--AATCAAT--TCAAGGT-----CGGAAA------G-GTAAA--C-TCTTCC-----A-----TGTT------AGCAGCA--CA-----TGGCCTTC--CTTT-T----CA--------------------------------GAA-------TT--------ATG-----T-T----T--------------TA-TT--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-A-TA-T---TTC--TTT-AAC---TGATC-AT-ATTG---A------ACGA--GAA-T-GA-A-T-GGTAgagtgatatatgtcccaattggaccccttttttgt
gi|22 : --AATCTAT---CAAGGT-----TAGGATAA--A-A-TAAAC--T-TCGGCC-----TAAAC-GGTT------AACAACA--AA-----GGAACT--------------------------------------------------------ATTTGTCCGG-AATG-----T-T----TA--TG-----AG--C------A------T-A--A--AATG--T------------T---TTT--TTT-AAC---TAATC-AG-ATTA---T------AACT--AAA-T-GA-ATC-AGTAcaccgatacaggtcctgtttg
gi|23 : ttggagttgAAAAA--A-T-CTAAA--T-TATGCC-----TAAAC-TGTT------AACACTA--TA--------CC------------ATCTA--CC-----------------A---------TGA-------TTTGTCAGG-GATA-----T-G----TA--TG-----AT--CA-T------------A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTA--TTT-AAC---GGCCC-AA-AATG---A------ACCA--atgccacacaga
gi|24 : AA--A-G-CTCAT--T-TATGC------T-----TGTT------AATACCA--TA-----TGGCATTCATATTT-T-ATCCAAGAAT---------------AA---------CAAG-----ATATATAAGG-AATG-----T-T----TA--TG-----CT--CC-TG--------------G--AATC--GC--ACA---GA-T---TTC--TTG-AAC---ctagagcaatacaggtcatattggaccctcatatt
gi|25 : ttgaattggtgttgcggtaaatagattcaaattatt-TCTGCC-----TAAAT-TGCA------AACACCA--TA-----GGACC---------------CACACAT---------------AA---------CAAA-----A-TTGTCAGA-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-T------------------------------A-T-TA-T---TTTAATT--AAT---TGGCC-AA-TTAA---G------ACCA--GAA-T-GA-A-CAAGTA
gi|26 : TTT-T-ATCCAG-TCT---------------AA---------CCAA-----ACTTATGAAG-GATAGGAACT-T----TA--TACAA--GT--CA-TG--G------T-A-------TA--TC--GGA-T-TA-G---TTC--TTA-AAC---AGGTC-AA-ACTG---G------AACA--TAC-G-GA-A-C-AGTAcagtgataatgtcctattggacatctcgttttt
gi|27 : -----T-----CGTT------AACACTG--TA-----GGACCAACAGTTTT-T-ATACAAACTT---------------AA---------CCAA-----ATTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--G--AATC--TC--Agatcgatactgaccctaacaggcatctcactact
gi|28 : ttgcctataAAA--C-A-CTAAT--T-TCTGGA-----T-----TTTA------AACACTA--TAATTAAGAACTTTCAGTTTT-T-ATACGAACAT---------------AC---------TCAA-----ACGTAT-AAC-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--CA-TT--AAC----T-A--C--ATTA--TT--AAC-C-TA-T---TTC--TTG-ACA---TAGTC-AA-ATGG---G------Agtccagagtgaaccagtagagttatacaggcccttctgggcttcttgt
gi|29 : ------AAAACCC--TA-----GAACATCCAGGTTT-T-ATTCAAAACC---------------AG---------TCAA-----ACTTGTTAAATAATA-----A-T----TA--TG-----TT--AA-TG--A------TCATTA--AATG--TC--AGT-C-AA-T---TTC--TTG-AACTTACTGTA-AC-TTTT---G------CTCA--GAA-T-GA-A-T-AGTA
gi|3 : GGTTTTGAGGTAT------ATCAAT--TCAAAGT-----CAGAAAAAGTA-T-ATAAT--T-TCTGTC-----T-----TGTT------AACAC-A--TG-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAGACAT---------------AA---------CGAA-----AGTTATCAGG-GATG-----TAT----TGTCTA-----AT--CA-TG--------------A--AATC--AG--ACA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---CAGTC-AA-CCTGTATG------A-CA--GAA-gag
gi|30 : tACACCA--TA-----AGACCTTCAGCTAT-T-ATTGAAACCT---------------TA---------CACA-----ATTTGTAAGA-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--CC-TG--------------A--AATT--TT--AAA-C----T---TTT--GTG-AAT---TAGTC-AA-ATTG---G------ATCA--GTA-T-TC-A-T-AGTAgagtgataaggttctatagggcctcttgt
gi|31 : G-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--AATC--TTGAAAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTG-AA-AATG---G------ACCA--GAA-A-GC-A-C-AGTActttggtgcaggtc
gi|32 : tttatctcagccttatctaacaagGT-----CAGAAAAA----T-CTACT--T-TCTTCC-----C-----TAAT------AAC--TG--TAAT---GGACCTTCAGTTTCGT-ATCCATGCCT---------------AA---------TGAA-----ACTT-T--------------T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--------------A--AATT--TC--AAA---TA------TG--TTG-TAC---TGGTC-Agagtgatacaggcagtattgggtctcttgtt
gi|33 : ATCAAT--TCAC--T-----TTAAAAAC--A-A-C--AC--T-TCTTCC-----TAACT-TATT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-A-ATCCATACGT---------------AA---------TGAA-----ATTT
gi|34 : ttgGGATTTGAG--ATTGA----TTAAC--TCAAGGT-----CAGAAAAG--A-G-ATGAC--T-TCTGCCTTAA-T-----TGTT------AACACTA--AA-----GAACTTACAGTTTG-T-ATTAAAACCT---------------AA---------CGAtgaactgatttgaccagga
gi|35 : gatg-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--C------A------C-A--A--CATC--AC--GGA-C-GA-G---TTT--TTG-AA----TATCC-AA-ATTG---G------ACCG--GCA-TCGA-A-A-AGTAta
gi|36 : aatTTT-T-ATCCAAACCT---------------AT---------TTGA-----ACTTGTCAAG-AATA-----A-T----TA--TG-----AC--CA-AG--A------gagcgatacaggctctgctggatgtcttgtt
gi|37 : agGAA-----ATTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----TT--C------A------T-A--A--AATCCATT--AAT-T-TT-T---TTT--TTA-AAC-------A-AA-ATTA---G------ATCA--GAA-C-GA-A-C-aatgtgaacagttggatggtacaggctctgtttggcttcttgt
gi|38 : ACCT---------------AA---------CAGC-----ACTTGTCAAG-GA------------------------------------------------A--GA--------AAG-C-TA-T---TTT--TTG-GTC---TGGCC-AG-ATTG---A------ACCA--GAC-T-GA-A-C-AGTAagcagagcgatgcag
gi|39 : cttTAA--AATAAAAAATCAGGGT-------AAAAGA--A-G-CTAAC--T-TTCGCT-----T-----AGTT------AACACCA--TA-----GGA-TTTCAGTTTT-gagtaataca
gi|4 : ttgagaAATATCAACTAATCAAT--C---GTT-----GAAAAAAA--A-GGCCAAT--T-TCTTCC-----T-----TGAC------AACACCA--GT-----GAATCTTCAG-TTT-T-ATCCATTTCT---------------AA---------TCAA-----TTTTGTCATG-GATG-----T-T----TG--TT-----AG--TA-T----------T-A--G------------AAA-T-TA-T--------TGG-AAC---TGGCC-AA-ATTA---A------ACCA--GAT-T-AA-A-C-AGTA
gi|40 : atcG-AAG---CAGTC-AA-ATTG---G------ATTA--TAA-T-GA-A-C-AGTAgagtgatgcaggcactgctgaacctcttg
gi|41 : tagttatttcaagcgagagccg--AAA-C-T--T---TTT--TTG-AAC---TGGTG-TA-ATTG----------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AATAgagtgatacagccctgt
gi|42 : GGATTGGA--T-TTGA--AA--AAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--G-G--TAAT--T-TCTGTCAAAA-T-----TGCT------AACTCCA--aagcgacacaggccatattgggactct
gi|44 : ttgTG-----T-A----TA--TG-----AT--CA-TG--G--------------AATG--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTC-AA-ATTG---G------ACCA--a
gi|45 : gTA-----T-T----TA--TA-----AT--TA-TG--A--------------AATC--TC--AAAAC-TA-T---TTC--CTT-AAC---TGGTT-AA-ACTG---G------TCCa
gi|46 : G-AAC---CAGTC-AA-ATTG---A------ACTA--TAA-T-GT-A-C-AGTA
gi|47 : C--AAA-T-GA-T---TTT--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-gagctatacagac
gi|5 : GGATTTAAAGTATTAA--AATCATT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTTAT--T-TCTATG-----T-----TGTT------AACACCA--TG-----GAACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CAAA-----ACTTGTCAAG-AATG-----T-T----TA--TG-----TT--CA-TGCCATCTC--T-A--C--AATC--TCT-ACATC-TA-T---TTC--TTG-AAC---TCATC-AA-ATTG---G------ACCA--TTA-T-GA-G-A-AGTAt
gi|6 : AAAA--A-A-TGAAA--TGTCTGCA-----G-----TGTT------TTCACAA--TA-----GTACCATCTGTTTT-T-ATCCAAAGGT---------------AA---------CTAA-----ACTTATCCAG-GATG-----T-T----TG--CG-----AC--CT-TG--A------A-A--ATTAATT--TC----A-CTTA-T---TTTTATTG-ACT---CAGTT-TA-ATTT---G------ACTA--GAA-C-AT-A-C-AGTA
gi|7 : AAT--TCAAGGA-----CAGAAATA--A-G-CTAAA--T-TGTTTC-----T-----TGTT------AATACCA--TA-----GAATCTTCAA-TTT-T-ACCCAAACCT---------------AA---------TGAA-----ACTTGTCAAA-GATG-----T-C----CA--TG-----AT--TG-TG--------------A--AATT--TC--AAA-C-TA-T---TTT--TTG-AAA---TGGTA-AA-TTTT---A------ACAA--GAT-T-GA-A-C-AGgagcggtacaggcacggttgtgtctcttgttttgt
gi|8 : -----CAGAAAAA--A-A-AAAAA-----CTGCC-----TCATATTGTT------AACACCA--CT-----GGACATTCATTTTT-T--TCCA-------------------------------CGAA-----ATTTGACAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT---A-TC--A------A-G--A--AATC------ACA-T-TA-T---TTC--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-T-ACTAagagtaatacaggccctactgggtttcatg
gi|9 : acaaataatggA--AATCATT--TGACTGT-----CAGAATAA-------TAAA--T-TCTGCC-----T-----TATT------GACACCA--AA-----GAACCTTCAATTTA-T-ATTCAAGCCT---------------AA---------TGAA-----ATTTGACAGA-AATG-----T-TTTAATA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--ATTT--TA--AAA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---TGATT-AA-ATTG---AGTTTATAGTA--GAA-T-GATA-C-AGtagcggttctggctaaataggaccgtttttt
blockSeqs : GG TA CT AA AATTA GTATA TAT G ATCAAT . AA ATTAA T G A TATAGCATATTATAG CTGTCTTTACA CCAAA T GGAAC A TTAA TC TATTT GA ACTGAAGCGATTGG TTGA AC T A TAA . TTACT . G TAT GTTTAT TT . C T C A
blockSeqs : AA TT . . . ATGC C . TCATAT . . AT T . . . CG . . . . . C CAA . ATGCCATCTCTAC CATT TC . . TTA . TT . . . . . . . . T .
blockSeqs : AG TG . . . AGGC T . CAAAT . . . T . . . CG . . . . . . . . ATGATCATTA TTT CT . . T . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : G TA . . . AGC C . TAAAC . . . T . . . CG . . . . . . . . ATTAACTAC TTA C . . C . TC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CA . . . TAT C . TAAAC . . . A . . . AG . . . . . . . . TTGAAAATT TCT C . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : TG . . . AGC C . TAAAT . . . T . . . CC . . . . . . . . GTTGTGA TC G . . T . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . . . AGT T . TAACT . . . A . . . CA . . . . . . . . ATTATGA TC C . . C . TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGC C . TTAAT . . . T . . . TG . . . . . . . . ATCAAGA TT C . . C . GG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GGC C . AAAAT . . . T . . . CC . . . . . . . . ATGATT TC C . . T . AG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAT G . T . . . C . . . CG . . . . . . . . TGATGA TC C . . C . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATC A . T . . . C . . . TG . . . . . . . . ATGGTA GC C . . T . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AGC C . C . . . A . . . CA . . . . . . . . ATGAA TC A . . C . GG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CAC A . T . . . T . . . CA . . . . . . . . ATTAG TC C . . T . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AAC T . T . . . T . . . CC . . . . . . . . ATGAA GC T . . A . AG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AGA T . C . . . G . . . CC . . . . . . . . ATGG TC T . . C . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AGC T . T . . . T . . . TC . . . . . . . . ATGA TC C . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AGC T . T . . . C . . . TC . . . . . . . . ATAA TT C . . C . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AAT C . A . . . T . . . CG . . . . . . . . ATAA TC T . . C . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AGC C . T . . . T . . . CA . . . . . . . . ACGA AG C . . C . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AAA C . T . . . T . . . TG . . . . . . . . ATAA TT C . . T . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : AG T . T . . . T . . . TG . . . . . . . . ATAA TC C . . C . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : AG T . T . . . T . . . CG . . . . . . . . CTGG AC T . . G . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG T . C . . . T . . . TT . . . . . . . . ATAG TC C . . T . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : TC A . T . . . T . . . CA . . . . . . . . ATGA TC T . . T . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG A . T . . . T . . . TC . . . . . . . . CTGA TC C . . T . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . T . . . . . . . CA . . . . . . . . ATGA TC C . . T . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . G . . . . . . . CT . . . . . . . . ACAA TA T . . C . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . TG . . . . . . . . ATAA T C . . C . TG . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . CG . . . . . . . . ATGG T T . . T . TC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TG . . . . . . . . ATGA . T . . C . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . GTGA . . . . T . TG . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . AT . . . . C . TG . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . A . . . . C . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TA AGC**** ****** TC**** *** CG***
originalCons : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
finalCons : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAAAGC----TAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATCTC----AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AACCG---GTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|43 ): AGATTGGACCGGAGTAAAAAGTAGAATGATAGGCCCTCTTGAGTCTCTTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 333333333333333333333
lowQualScore : 0 99 33 33 33 44444 6666666 444 1 00000000000 333333 11 44444 1 1 1 0 777777777777777 44444444444 22222 0 1 22222 1 2222 22 44444 11 666666666666666666666 666666 333 1 333 333 1 77777 1 1 111 333333 11 1 1 1 2 1
lowQualScore : . .. .. .. .. ..... ....... ... . ........... ...... .. ..... . . . . ............... ........... ..... . . ..... . .... .. ..... .. ..................... ...... ... . ... ... . ..... . . ... ...... .. . . . . .
lowQualScore : 6 33 33 99 11 88888 2222222 999 3 55555555555 666666 77 88888 7 1 2 7 111111111111111 66666666666 99999 2 2 77777 1 3333 66 66666 55 000000000000000000000 999999 111 1 000 111 0 88888 1 1 999 333333 77 3 4 4 8 5
consensus : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
Reference ( family-419 ) : GGATTTGAAGTATTAA--AATCAAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----T-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--A------T-A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AGTA
gi|1 : ATTGGAAGTA------AATCATG--GCAAGGT-----TAGAAGAA--ATG-CTGAT--A-TCTGCC-----T-----TGTTGCATGTAACAACA--CA-----GACCCTTCAGTTTT-T-ATTCAAATAT---------------TT---------TCAA-----ACATATAGAG-GGTG-----T-T----TA--TG-----AT--T------A------T-A--A--AAAC--TCA-AAA-C-TA-TTTATTC--TTATAAC---C-ATCAAA-ATTG---A------ACCA--GAATT-GA-A-C-AGT
gi|10 : taatgtATCAAT--TGACGGT-----CATAAAAA--ATG-C---------CTGTC-----T-----GGTT------TATACTA--TA-----AGAACT--A---TT-T-GTCTAAATCT---------------AA---------CGAACCAAAACTGGTTAGG-GATA-----T-T----TA--TG-----AG--TA-TG--G--------------ACTC--TC--AAA-C-TA-T---GTT--TTG-AAC---TTGTT-AA-ATTG---A------Atgagcgcttcatgcacacttgggtctcttgtt
gi|11 : AGGT-----CATACAAC--A-G-CTTAC--C-TTTGCT-----T-----TACT------G-TAT----TA-----GGACCTTGAGTTTT---ATTAAAACCT---------------TA---------CGAA------CT---CAGG-GATG-----T-T----TT--TG-----AT--CA-TG--A------T-T-------TC--TC--AAA-C-TT-T---GTC--TTG-AGC---TGATC-AA-ATTG---G------AATT--ATA-T-CA-A-C-AGTAtaagtacaagtggagtgatacaagtctactgagcctct
gi|12 : A--AATCAAA--TCAAGGT-----CAGAGAAA--T-A-TCAAT--T-TTTTACATCAAT-----TGTT------TACACCA--TA-----GAACCTTC-GTTTT-TAATCCGATCCT---------------AA---------CGAA-----ACTTGTCATG-CACG-----T-A----AA--TG-----AT--AA-TG--A------T-gagcgataaggctttgtaaggcttcttattatttt
gi|13 : actgttttttaggtATTAA--CATCAAT--TAAAAATAATTATAGTAAGA--A-G-CTAAC--T-TCTGCC-----C-----TGTT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATTCATACCTTATAGCATATTATAGAACTGTCTTTACAAA-----ACTTGTTATG-AGTG-----T-T----GA--TG-----GT--CA-TG--------------A--AATC--TT-----------T---TTC--TTG-Atgtttaaaccaggcgttgtgctgaatagtagaacggtatagacc
gi|14 : tttaaacaatgtcTTTA--AATCAGT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-TTTAC--T-CCTG---------------------------CCA--CA-----GGACCT---GTT------CCCAA-------------------------------GAA-----ATTTGTCTGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--A--AATCT-TT--AAA-G-TA-A---TTT--TTG-AA--------A-AG-ATTA---G------ACCATTAAA-T-AA-ACC-AGTAgttg
gi|15 : tTAAC--T-TCTGTC-----T-----TGTT-----------C----------GGACCGTCAGATTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------AGAA-----GCTTGTCAG----TG-----T-T----TAC-TGTATTTAT--AG-TT--G------T-G--A--AATC--TTA-AAA-C-TGTT---TTC--TTG-AAC---TCGTC-AG-ATTG---G------ACCA--AAA-T-GA-A-A-AGTAgagcaatataggtgctattgggtgatttgtt
gi|16 : gttAAAA--A-G--TAAT--T-TCTGCC-----T-----TGAT------AGCACCA--TT-----GCA---TCAGTTTT---ATTCAAACCT---------------AT---------CCAA-----ACTTGTCAAG-GACG-----T-T----TC--GG------------TG--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-C-TG-T---TTC--TTA-AAC---CAGTC-AA-A-TG---G------ACCA--GAG-T-GA-A-gagcgatactggccctcttaggcctcttatt
gi|17 : A--AATTAAT--TCAAGGT-----CAGAAAA--------TAAC--T-TCTGCT-----C-----TGTA------AATACCA--TA-----GAAACTTCAGATTT-T-ATCCAAACTT---------------TA---------CAAA-----ACTGGTCTGG-GCTA-----C-T----TA--TG-----G-------------------------------TC--AAA-C--A-C---TT---------------GTC-AA-AATG---G------TACA--G-A-T-GA-A-C-AGTAgacttgtagagtgatatagaccctgctggacctcttat
gi|18 : aggtAA--A-G----AC--T-TCTGCCCAAA-T-----TATT------AAC-CCAAATA-----GGACATTCAGTTTT-T-ATCCAAACCA---------------AA---------C-AA-----TCTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--C------A------T-A--A--AATT--GC----A-C-TA-TA--TTT--TAG-AAG---TGGTG-AAGATTG---gagcgatacaggccctatttgcccttt
gi|19 : atATTAAT--TCATTGT-----CAGAAAAG--A-G-CAAAG--T-TCTCCC-----T-----TGTT------ATCACC---TA-----GGACCTTCATTTTT-T-ATCCAAACCT---------------GA---------TGAA-----ACCTATCTTG-GATG-----G-T----TA--TG-----AT--CA-CG--------------A--AATC-------------------------TG-AAC---TTGTC-AG-ATTG---G------ATGA--GAA-T-GA-A-C-TGTAacatgaatttacatgtagagcgatacaggccttgtttat
gi|2 : GAAAAA--G-G-CTAATATT-TCTACT-----T-----TGTT------GACACCA--CG-----GAAACTTTAGCTCT-T-ATCCAAACAT---------------AG---------CCAG-----ACTTgagtgatacatgcctcttg
gi|2 : -TG-T---TTC--TTG-GAC---GGATC-AA-ATTA---G------ATCA--AAA-T-AT-A-C-AGTAcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggacttgtttcttggacggatcaaattagatcaaaatatacagtagagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|20 : gaaaaaggctaatatttctactttgttgacaccacggaaactttagctcttatccaaacatagccagacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggccagacttataaccagggact-T-ATCCAAAACT---------------AA---------CGAA-----ACTTGACATA-GCTG-----T-T----TG--TA-----ATGACACTG--AAGCGATT-G--G--AATC--T---AAA-C-GT-T---TTT--TTT-AAC---AGGTC-GA-ATCT---G------ATCA--GAA-T-GA-A-C-AGTAgagcgattcagtcgctgctgggcctcttatctgttaat
gi|21 : accgccaaggtg--AATCAAT--TCAAGGT-----CGGAAA------G-GTAAA--C-TCTTCC-----A-----TGTT------AGCAGCA--CA-----TGGCCTTC--CTTT-T----CA--------------------------------GAA-------TT--------ATG-----T-T----T--------------TA-TT--A------T-G--A--AATC--TC--AAA-A-TA-T---TTC--TTT-AAC---TGATC-AT-ATTG---A------ACGA--GAA-T-GA-A-T-GGTAgagtgatatatgtcccaattggaccccttttttgt
gi|22 : --AATCTAT---CAAGGT-----TAGGATAA--A-A-TAAAC--T-TCGGCC-----TAAAC-GGTT------AACAACA--AA-----GGAACT--------------------------------------------------------ATTTGTCCGG-AATG-----T-T----TA--TG-----AG--C------A------T-A--A--AATG--T------------T---TTT--TTT-AAC---TAATC-AG-ATTA---T------AACT--AAA-T-GA-ATC-AGTAcaccgatacaggtcctgtttg
gi|23 : ttggagttgAAAAA--A-T-CTAAA--T-TATGCC-----TAAAC-TGTT------AACACTA--TA--------CC------------ATCTA--CC-----------------A---------TGA-------TTTGTCAGG-GATA-----T-G----TA--TG-----AT--CA-T------------A--A--AATC--TC--AAA-C-TA-T---TTA--TTT-AAC---GGCCC-AA-AATG---A------ACCA--atgccacacaga
gi|24 : AA--A-G-CTCAT--T-TATGC------T-----TGTT------AATACCA--TA-----TGGCATTCATATTT-T-ATCCAAGAAT---------------AA---------CAAG-----ATATATAAGG-AATG-----T-T----TA--TG-----CT--CC-TG--------------G--AATC--GC--ACA---GA-T---TTC--TTG-AAC---ctagagcaatacaggtcatattggaccctcatatt
gi|25 : ttgaattggtgttgcggtaaatagattcaaattatt-TCTGCC-----TAAAT-TGCA------AACACCA--TA-----GGACC---------------CACACAT---------------AA---------CAAA-----A-TTGTCAGA-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--CA-T------------------------------A-T-TA-T---TTTAATT--AAT---TGGCC-AA-TTAA---G------ACCA--GAA-T-GA-A-CAAGTA
gi|26 : TTT-T-ATCCAG-TCT---------------AA---------CCAA-----ACTTATGAAG-GATAGGAACT-T----TA--TACAA--GT--CA-TG--G------T-A-------TA--TC--GGA-T-TA-G---TTC--TTA-AAC---AGGTC-AA-ACTG---G------AACA--TAC-G-GA-A-C-AGTAcagtgataatgtcctattggacatctcgttttt
gi|27 : -----T-----CGTT------AACACTG--TA-----GGACCAACAGTTTT-T-ATACAAACTT---------------AA---------CCAA-----ATTTGTCAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT--C------A------T-A--G--AATC--TC--Agatcgatactgaccctaacaggcatctcactact
gi|28 : ttgcctataAAA--C-A-CTAAT--T-TCTGGA-----T-----TTTA------AACACTA--TAATTAAGAACTTTCAGTTTT-T-ATACGAACAT---------------AC---------TCAA-----ACGTAT-AAC-GATG-----T-T----TA--TG-----GT--CA-TT--AAC----T-A--C--ATTA--TT--AAC-C-TA-T---TTC--TTG-ACA---TAGTC-AA-ATGG---G------Agtccagagtgaaccagtagagttatacaggcccttctgggcttcttgt
gi|29 : ------AAAACCC--TA-----GAACATCCAGGTTT-T-ATTCAAAACC---------------AG---------TCAA-----ACTTGTTAAATAATA-----A-T----TA--TG-----TT--AA-TG--A------TCATTA--AATG--TC--AGT-C-AA-T---TTC--TTG-AACTTACTGTA-AC-TTTT---G------CTCA--GAA-T-GA-A-T-AGTA
gi|3 : GGTTTTGAGGTAT------ATCAAT--TCAAAGT-----CAGAAAAAGTA-T-ATAAT--T-TCTGTC-----T-----TGTT------AACAC-A--TG-----GGACCTTCAGTTTT-T-ATCCAGACAT---------------AA---------CGAA-----AGTTATCAGG-GATG-----TAT----TGTCTA-----AT--CA-TG--------------A--AATC--AG--ACA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---CAGTC-AA-CCTGTATG------A-CA--GAA-gag
gi|30 : tACACCA--TA-----AGACCTTCAGCTAT-T-ATTGAAACCT---------------TA---------CACA-----ATTTGTAAGA-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--CC-TG--------------A--AATT--TT--AAA-C----T---TTT--GTG-AAT---TAGTC-AA-ATTG---G------ATCA--GTA-T-TC-A-T-AGTAgagtgataaggttctatagggcctcttgt
gi|31 : G-----T-T----TA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--AATC--TTGAAAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTG-AA-AATG---G------ACCA--GAA-A-GC-A-C-AGTActttggtgcaggtc
gi|32 : tttatctcagccttatctaacaagGT-----CAGAAAAA----T-CTACT--T-TCTTCC-----C-----TAAT------AAC--TG--TAAT---GGACCTTCAGTTTCGT-ATCCATGCCT---------------AA---------TGAA-----ACTT-T--------------T-T----TA--TG-----AT--CA-TG--------------A--AATT--TC--AAA---TA------TG--TTG-TAC---TGGTC-Agagtgatacaggcagtattgggtctcttgtt
gi|33 : ATCAAT--TCAC--T-----TTAAAAAC--A-A-C--AC--T-TCTTCC-----TAACT-TATT------AACACCA--TA-----GGACCTTCAGTTTT-A-ATCCATACGT---------------AA---------TGAA-----ATTT
gi|34 : ttgGGATTTGAG--ATTGA----TTAAC--TCAAGGT-----CAGAAAAG--A-G-ATGAC--T-TCTGCCTTAA-T-----TGTT------AACACTA--AA-----GAACTTACAGTTTG-T-ATTAAAACCT---------------AA---------CGAtgaactgatttgaccagga
gi|35 : gatg-GATG-----T-T----TA--TA-----AT--C------A------C-A--A--CATC--AC--GGA-C-GA-G---TTT--TTG-AA----TATCC-AA-ATTG---G------ACCG--GCA-TCGA-A-A-AGTAta
gi|36 : aatTTT-T-ATCCAAACCT---------------AT---------TTGA-----ACTTGTCAAG-AATA-----A-T----TA--TG-----AC--CA-AG--A------gagcgatacaggctctgctggatgtcttgtt
gi|37 : agGAA-----ATTTGTTAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----TT--C------A------T-A--A--AATCCATT--AAT-T-TT-T---TTT--TTA-AAC-------A-AA-ATTA---G------ATCA--GAA-C-GA-A-C-aatgtgaacagttggatggtacaggctctgtttggcttcttgt
gi|38 : ACCT---------------AA---------CAGC-----ACTTGTCAAG-GA------------------------------------------------A--GA--------AAG-C-TA-T---TTT--TTG-GTC---TGGCC-AG-ATTG---A------ACCA--GAC-T-GA-A-C-AGTAagcagagcgatgcag
gi|39 : cttTAA--AATAAAAAATCAGGGT-------AAAAGA--A-G-CTAAC--T-TTCGCT-----T-----AGTT------AACACCA--TA-----GGA-TTTCAGTTTT-gagtaataca
gi|4 : ttgagaAATATCAACTAATCAAT--C---GTT-----GAAAAAAA--A-GGCCAAT--T-TCTTCC-----T-----TGAC------AACACCA--GT-----GAATCTTCAG-TTT-T-ATCCATTTCT---------------AA---------TCAA-----TTTTGTCATG-GATG-----T-T----TG--TT-----AG--TA-T----------T-A--G------------AAA-T-TA-T--------TGG-AAC---TGGCC-AA-ATTA---A------ACCA--GAT-T-AA-A-C-AGTA
gi|40 : atcG-AAG---CAGTC-AA-ATTG---G------ATTA--TAA-T-GA-A-C-AGTAgagtgatgcaggcactgctgaacctcttg
gi|41 : tagttatttcaagcgagagccg--AAA-C-T--T---TTT--TTG-AAC---TGGTG-TA-ATTG----------ACCA--GAA-T-GA-A-C-AATAgagtgatacagccctgt
gi|42 : GGATTGGA--T-TTGA--AA--AAT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--G-G--TAAT--T-TCTGTCAAAA-T-----TGCT------AACTCCA--aagcgacacaggccatattgggactct
gi|44 : ttgTG-----T-A----TA--TG-----AT--CA-TG--G--------------AATG--TC--AAA-C-TA-T---TTC--TTG-AAC---CAGTC-AA-ATTG---G------ACCA--a
gi|45 : gTA-----T-T----TA--TA-----AT--TA-TG--A--------------AATC--TC--AAAAC-TA-T---TTC--CTT-AAC---TGGTT-AA-ACTG---G------TCCa
gi|46 : G-AAC---CAGTC-AA-ATTG---A------ACTA--TAA-T-GT-A-C-AGTA
gi|47 : C--AAA-T-GA-T---TTT--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-gagctatacagac
gi|5 : GGATTTAAAGTATTAA--AATCATT--TCAAGGT-----CAGAAAAA--A-G-CTTAT--T-TCTATG-----T-----TGTT------AACACCA--TG-----GAACCTTCAGTTTT-T-ATCCAAACCT---------------AA---------CAAA-----ACTTGTCAAG-AATG-----T-T----TA--TG-----TT--CA-TGCCATCTC--T-A--C--AATC--TCT-ACATC-TA-T---TTC--TTG-AAC---TCATC-AA-ATTG---G------ACCA--TTA-T-GA-G-A-AGTAt
gi|6 : AAAA--A-A-TGAAA--TGTCTGCA-----G-----TGTT------TTCACAA--TA-----GTACCATCTGTTTT-T-ATCCAAAGGT---------------AA---------CTAA-----ACTTATCCAG-GATG-----T-T----TG--CG-----AC--CT-TG--A------A-A--ATTAATT--TC----A-CTTA-T---TTTTATTG-ACT---CAGTT-TA-ATTT---G------ACTA--GAA-C-AT-A-C-AGTA
gi|7 : AAT--TCAAGGA-----CAGAAATA--A-G-CTAAA--T-TGTTTC-----T-----TGTT------AATACCA--TA-----GAATCTTCAA-TTT-T-ACCCAAACCT---------------AA---------TGAA-----ACTTGTCAAA-GATG-----T-C----CA--TG-----AT--TG-TG--------------A--AATT--TC--AAA-C-TA-T---TTT--TTG-AAA---TGGTA-AA-TTTT---A------ACAA--GAT-T-GA-A-C-AGgagcggtacaggcacggttgtgtctcttgttttgt
gi|8 : -----CAGAAAAA--A-A-AAAAA-----CTGCC-----TCATATTGTT------AACACCA--CT-----GGACATTCATTTTT-T--TCCA-------------------------------CGAA-----ATTTGACAGG-GATG-----T-T----TA--TG-----AT---A-TC--A------A-G--A--AATC------ACA-T-TA-T---TTC--TTG-AGC---TGGTC-AA-ATTG---G------ACCA--GAA-T-GA-A-T-ACTAagagtaatacaggccctactgggtttcatg
gi|9 : acaaataatggA--AATCATT--TGACTGT-----CAGAATAA-------TAAA--T-TCTGCC-----T-----TATT------GACACCA--AA-----GAACCTTCAATTTA-T-ATTCAAGCCT---------------AA---------TGAA-----ATTTGACAGA-AATG-----T-TTTAATA--TG-----AT--CA-TG-----------A--A--ATTT--TA--AAA-T-TG-T---TCC--TTG-AAC---TGATT-AA-ATTG---AGTTTATAGTA--GAA-T-GATA-C-AGtagcggttctggctaaataggaccgtttttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|43 ): AGATTGGACCGGAGTAAAAAGTAGAATGATAGGCCCTCTTGAGTCTCTTTTTTAT