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gi|4                          :         GATCAAATGTAAAGATATATAAGAATAGAA-AT-------TGAAGAAAA-CATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATAT--------TAAATACATATT-CGGGGGAGTTATGGGCGACATTTGGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCAGTTAAAACCA-TATGTGTGACATTATGAACGATGTGTATTT-T-CGATGTAA--TT--ATGT-------GTTGCACTGAAAATGATTATATTTGTATCGATAGGAGAA
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gi|16                         :    ataaaGATCAATTGTAAAGATATATTAGAATAGAA-ATGG-AAATTGCGGAAAA-CATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATGT--------TAAATACATATT-TGGGGGAGTTATGGGCAACGTTGGGATGGGAGGATTTGTTAACTTTCATGTCAGTTAAAACTA-TATGTGTGATAgtttcttctccaaagagaagatgggcagttcgcagatggggtggtaatgattgctggagaactgtcgtgaatcgc
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gi|17                         :      ataGATCAAATGGAAAGATATATAAG----------------TTGCGAAAAA-CTAGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATT-AGGGGGAATTATGGACAACATTGGGATGGGAGGATTTATTAATGTTCATGTAAGCTAAAACTA-Tgtgtcgtctccaaagagaagtacatgggtagttattcgccggtggagttgtaataacctgccgggtaccgttcgtgtgtcgt
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gi|28                         :   aatgaaGATCAAAAAGAAAGATATATTAGAATAGAA-ATGG-AAGTTGCGGAAAA-CATGAAC---AGAGCGT---T------ATAG
gi|13                         :  ataataacATTAACTGTAAA-ATATTTTAGAGTAGAA-ATTG-AAATTGCGGAAAA-CATGGAT---A-----C---T------ATAGAATGTAATATGT--------TAAATACATATCATGGGGCAATCATGGGCGGCATTGTGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TATGTG
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gi|19                         :  aaataaatATCAAATGTATAGATAGATTAGAACAAAA-ACGG-AACTTGAGAAAAA-TATGAAT---A-----TACATTGTA--ATATAATGCAATATGT--------T-AATTCATATT-AGGAGTA-TTGTGGACGACATTGTGA
gi|6                          :             AAACATCAAAATATATTAGCATAGAA-ATGG-AAGTT-CGGGAAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGTATCTAATATATCATTTATGTAAATATATATT-AGGGGGA------------ATTTGGTTGAGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTATAATTA-----TGTGAC
gi|8                          :              ataatAAAGATATATAAGAATAGAA-ATGG-AAGTTGTGGAAAA-CATGGAT---G-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATT-TGGAGGAGTTATGGGCGACATTGGGACGGGAGAATGTATTGACGTTCATGCCATTTAAAACTG-TATACGTGACATTACAAACGAAGTGTATTT-T-CGATTTAA--TT--ATGT-------ACTGTACTGAATATGATAACATTCATATCctaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgggtaaatattcgtagatggggtggtaatgatctttcgaatactgttcgtgagt
gi|1                          :                            TAAGTATAGAAGACAACAAGTTGTGGGAAAACATGGAT---A-----T---T------GTAGAATGTAATACGT--------TAAATACATATT-AGGGGGAATTACGGGCGACATTGGGATGGGGGGATTTATTGATGTTCAT----ATTAAAACTA-TATATGTGACGTTAGAAACGATGTGT--TT-T----TGCAATGTT--ATGT-------ACTGCACGGAATATGATAATAGTATTATCGACAGAAAAAtccaaagagaagaagatgggtaattcgcagatggtgtggtaataatctttcga
gi|14                         :                             tagtATAGAA-ATGG-AAGTTGCGGAAAA-CATTGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATGCATATT-TTGGGGAGTTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TATGTGTGACATTAGA--------------------TGTAA--TT--ATGT-------TGTGCACTGAATATTATAATTTTTGTACCGACAGAAGtttcgtttccatagagaaatagatcggtagttattcgcagatggggtagtatttttcaagtactaatcgtgagtcgtgatacgaaatgcaatgaagtaaaacattttgtacgtcttcaattttgcccaatatacaaagaggtgattcaatcatatggttttttgaaaacaagtcattattaagtgcatgtcatttggttcggagaggtgttattatgttagtatgtaaaatttgaagttttcttgttccaaaaagaaataaaaaactactctagaaaggaaggtacattaaatttacatttaagtgcatattaaaaagataagtttttataatattccattcacgtatggatgaaaatagaaaataacagactaagtgataatttgcacatgcgcgtatagt
gi|23                         :                                                                                           ATGCAATATGT--------TATATCCTTATA-AGGGTTAATTGTGGACGACATTGAAATGGAAGGGTTTTTTATCGTCCATTCCAGTTAAAtttcgtc
gi|30                         :                                                                                                                 ATACATATT-GGAGGGA-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGCTACGTTC
gi|31                         :                                                                                                         tattaacgtttCATACT-GGAGGGA-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGTTACGTTCAT
gi|26                         :                                                                                                                    acaATT-TTGGGGAGTTATGGGCGACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAAAACTA-TATGTGTGACATa
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTTTCAGATAACTCGTCCCAAGATTCGGAATATGAGATGCAATGTCGATTTTACCAAACATAAAAAGAGGGGAGTCAATCGTTGTTATTATTTTTCGAGAATAAGTCGCTTAAAAGTACACTACAGTGGAGACGTGTATGTAAAATTTAAAATTTTGTTTTTCTAAAATGGAAATGATTTGAAATTGACATTTGAGTGCATATTTAAAAGATGAGACAGATTCAGAGTTTCGGATTCACTCTGAAAATGGTCGTAGTGATAGTTTTCACATGTATGTATGGTT
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Alignments
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Reference ( family-396 )      :                      GATCAAATGTAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATTNGGGGG-AATTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACGTTAGAAACGATGTGTA-TT-T-CGATGTAATT--ATGT-------ACTGCACTGAATATGATAATATTTGTATCGATAGGAGAA
gi|1                          :                                                        AAGTTGTGGGAAAACATGGAT---A-----T---T------GTAGAATGTAATACGT--------TAAATACATATTAGGGGG-AATTACGGGCGACATTGGGATGGGGGGATTTATTGATGTTCAT----ATTAAAACTA-TAT-ATGTGACGTTAGAAACGATGTGTT-TT-TGCAATG---TT--ATGT-------ACTGCACGGAATATGATAATAGTATTATCGACAGAAAAA
gi|10                         : tagttaagtatagaagacaacGATCAAATGTAAAGACAAATTAGAAAACAAACGGAAGTTGTGG-AAAATATGAAT---A-----T---T------ATACATCTTCATATGT--------TAAGAACATATTAAGTGG--ATTGTGTACGATATTGTGATGGCAGAATTAATCAATGTTCATACCAGTTCAAATCA-TGT-AAGTGATGGTA-AAACGATGTGCA-TT----------------TGT-------ACTGCATTCAAAACGATAACATGCATATCAATAGAAtttcgtttccatagagaaatagatcggtagttattcgcagatggggtagtatttttcaagtactaatcgtgagtcgtgatacgaaatgcaatgaagtaaaacattttgtacgtcttcaattttgcccaatatacaaagaggtgattcaatcatatggttttttgaaaacaagtcattattaagtgcatgtcatttggttcggagaggtgttattatgttagtatgtaaaatttgaagttttcttgttccaaaaagaaataaaaaactactctagaaaggaaggtacattaaatttacatttaagtgcatattaaaaagataagtttttataatattccattcacgtatggatgaaaatagaaaataacagactaagtgataatttgcacatgcgcgtatagt
gi|12                         :                   taaGATCAAACGTAT-GATATATTAGAATAAAAAAGGTAGTTTGGG-AAAACATATAT---A-----T---T------ATAGAATTTAATATGT--------TAAATACATATTGGGAAG-AAGTGTGGGCGACATTGGAATAGGAGGATGTGTTAACGTT-----CAGTTAAAACTA-CAT-ATGTGACGTTAGAatagtgt
gi|13                         :                taataaaATTAACTGTAAA-ATATTTTAGAGTAGAAATTGAAATTGCGG-AAAACATGGAT---A-----C---T------ATAGAATGTAATATGT--------TAAATACATATCATGGGGCAATCATGGGCGGCATTGTGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCA----------------------GTTA-AAACTATATGTG--------------------GT-------ACTGCACTGAATATGATACTATTTGTATCGATAGGAAAcatcatttatactaacttaaacattcgaaattatttgtcccaacataaatga
gi|14                         :                                              ATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATTGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATGCATATTTTGGGG-AGTTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACATTA--------------------GATGTAATT--ATGT-------TGTGCACTGAATATTATAATTTTTGTACCGACAGAAGcgt
gi|15                         :                      GATCAAATGTAAAGATATATTAGAATA-AAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ACAGAAT-----ATAT--------TAAATACATATTAGGGGT-AATTATGGGCGACATTGGGATGAGAAGATTTATTAACtttcgtc
gi|16                         :               taataacGATCAATTGTAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAATTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGGGGG-AGTTATGGGCAACGTTGGGATGGGAGGATTTGTTAACTTTCATGTCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGAtgtctctttgatgtatgactattacaagtagtaactgagaagcaa
gi|17                         :                gataatGATCAAATGGAAAGATATAT--------------AAGTTGCGA-AAAACTAGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATTAGGGGG-AATTATGGACAACATTGGGATGGGAGGATTTATTAATGTTCATGTAAGCTAAAACTA-Tta
gi|18                         :                  taacGATCAAATATAAAGATAAATAAGATAAGAAACGGAAGTTGAGG-AAAACATGGAT---A-----T---C------ACAGAATGCAATATGT------------TGCTTATTAGGGGA-AATTGTGGGTTACATTGGGATGGGAGGATTAGTTAACGGTCATGtataatatatattaa
gi|19                         :                   taatATCAAATGTATAGATAGATTAGAACAAAAACGGAACTTGAGA-AAAATATGAAT---A-----TACATTGTA--ATATAATGCAATATGT--------T-AATTCATATTAGGAGT--ATTGTGGACGACATTGTGA
gi|2                          :                      GATCAAATGTAAAAATATATCAGAATAGAAAGGAAAGATGGAG-ATAACATGTAT---A-----T---TTAATAGACAGAATGTAATATGT--------TAAATACATATAAGAGGT-AAGTGTGGGCGAAATTTTGATGGG--GATTTATCAACGTTCATGCAGGATAAAACTA-TAA-GTGTGGCGTTAGAAACGATGTGTA-TT-T-CGATGTAACTACATGTATGTCGAATTGCACTGAATATAATAATATTTGTATCGGTAGAAAA
gi|20                         :                   ataGATCAATTTTAAAGATATATTAGAATAGAAATGAAAGTTGCGG-AAAACGTTGAT---G-----T---T------ATAGGATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGTGGG-AATTATGGACgtgtcgtctccaaagagaagtacatgggtagttattcgccggtggagttgtaataacctgccgggtaccgttcgtgtgtcgt
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gi|23                         :                                                                                                      ATGCAATATGT--------TATATCCTTATAAGGGTT-AATTGTGGACGACATTGAAATGGAAGGGTTTTTTATCGTCCATTCCAGTTAAAcatttcgtctccaaagagaagtagattggtaataa
gi|24                         :                       ATCAATTGTCAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ACAGAATGCGAAATGT--------TA
gi|25                         :                                                                                                                                                                              aaataaatTGCCAAT-AACATGA-CAT-GAGTGATGTAAGAAACTATTGGTA-TT-TTCAATGTAATT--ATGT-------GCTGCACTGAAAATGATAA
gi|26                         :                                                                                                                                ctATTTTGGGG-AGTTATGGGCGACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                            GCGACATTAAAAACGATGTGTA-TT-TTCCATGTCATG--ATGT-------AATTCACTGAAAATGATAAACTCTGTATTGGCAG
gi|28                         :                      GATCAAAAAGAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGAAC---AGAGCGT---T------ATAGa
gi|29                         :              ataataacGATCAATTGTAAAGATGTATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGGTATAA-----T---T------ATAGAAT
gi|3                          :                aatgaaGATCAATTGTAAAGATATATAAGAATAGAAATGGAAGTTGGGA-AAAAGATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGAAATATGT--------TAAATACGTATTAGGGGG-AATTATTGGCGACATTGGGATGGGAGGATTAATTAATGTTCATGCCAGTAATAAATA-TAC-ATATGACATTAGAAACGATATGTT-TTAT-CGATATAATT--ATGC-------ACTGCACTGAATATAATACAATTTGTATCGATAGGAGAA
gi|30                         :                                                                                                                     taataaaATACATATTGGAGGG-A-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGCTACGTTCggtccgtctccaaagagaagtagataggtagttattcgcagatggggcggtaatgatctttcgagtactgttcctgagtcgcg
gi|31                         :                                                                                                                 tattaacgtttACACATACTGGAGGG-A-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGTTACGTTCAT
gi|32                         :                                                                                                                                                                    AGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TATAGCATGA-GTTa
gi|4                          :                      GATCAAATGTAAAGATATATAAGAATAGAAATTGAAG-------AAAACATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATAT--------TAAATACATATTCGGGGG-AGTTATGGGCGACATTTGGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCAGTTAAAACCA-TAT-GTGTGACATTATGAACGATGTGTATTT-T-CGATGTAATT--ATGT-------GTTGCACTGAAAATGATTATATTTGTATCGATAGGAGAAgatactgcctg
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gi|6                          :                     ataaaAAACATCAAAATATATTAGCATAGAAATGGAAGTTCGGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGTATCTAATATATCATTTATGTAAATATATATTAGGGGG-AATT-TGG------T-----TGAGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTATAATTA-TGT-Ggtttcttctccaaagagaagatgggcagttcgcagatggggtggtaatgattgctggagaactgtcgtgaatcgc
gi|8                          :                           ataatAAAGATATATAAGAATAGAAATGGAAGTTGTGG-AAAACATGGAT---G-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGGAGG-AGTTATGGGCGACATTGGGACGGGAGAATGTATTGACGTTCATGCCATTTAAAACTG-TAT-ACGTGACATTACAAACGAAGTGTATTT-T-CGATTTAATT--ATGT-------ACTGTACTGAATATGATAACATTCATATCacctaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgggtaaatattcgtagatggggtggtaatgatctttcgaatactgttcgtgagt
gi|9                          :                      GATCAAATGTAAAGATATATAAGAATAGAAATAGAAGTTGCAG-GAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATGCATATTTGGGGG-AGTTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-TTGTGACATTAGAAACGATGTGTA-TT-T-CGGTGTAATT--ATGT-------ACTGCACTGGATATGATAATATTTGTATCGATAGGAGAAtccaaagagaagaagatgggtaattcgcagatggtgtggtaataatctttcga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|10                         : tagttaagtatagaagacaacGATCAAATGTAAAGACAAATTAGAAAACAAACGGAAGTTGTGG-AAAATATGAAT---A-----T---T------ATACATCTTCATATGT--------TAAGAACATATTAAGTGG--ATTGTGTACGATATTGTGATGGCAGAATTAATCAATGTTCATACCAGTTCAAATCA-TGT-AAGTGATGGTA-AAACGATGTGCA-TT----------------TGT-------ACTGCATTCAAAACGATAACATGCATATCAATAGAAtttcgtttccatagagaaatagatcggtagttattcgcagatggggtagtatttttcaagtactaatcgtgagtcgtgatacgaaatgcaatgaagtaaaacattttgtacgtcttcaattttgcccaatatacaaagaggtgattcaatcatatggttttttgaaaacaagtcattattaagtgcatgtcatttggttcggagaggtgttattatgttagtatgtaaaatttgaagttttcttgttccaaaaagaaataaaaaactactctagaaaggaaggtacattaaatttacatttaagtgcatattaaaaagataagtttttataatattccattcacgtatggatgaaaatagaaaataacagactaagtgataatttgcacatgcgcgtatagt
gi|12                         :                   taaGATCAAACGTAT-GATATATTAGAATAAAAAAGGTAGTTTGGG-AAAACATATAT---A-----T---T------ATAGAATTTAATATGT--------TAAATACATATTGGGAAG-AAGTGTGGGCGACATTGGAATAGGAGGATGTGTTAACGTT-----CAGTTAAAACTA-CAT-ATGTGACGTTAGAatagtgt
gi|13                         :                taataaaATTAACTGTAAA-ATATTTTAGAGTAGAAATTGAAATTGCGG-AAAACATGGAT---A-----C---T------ATAGAATGTAATATGT--------TAAATACATATCATGGGGCAATCATGGGCGGCATTGTGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCA----------------------GTTA-AAACTATATGTG--------------------GT-------ACTGCACTGAATATGATACTATTTGTATCGATAGGAAAcatcatttatactaacttaaacattcgaaattatttgtcccaacataaatga
gi|14                         :                                              ATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATTGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATGCATATTTTGGGG-AGTTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACATTA--------------------GATGTAATT--ATGT-------TGTGCACTGAATATTATAATTTTTGTACCGACAGAAGcgt
gi|15                         :                      GATCAAATGTAAAGATATATTAGAATA-AAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ACAGAAT-----ATAT--------TAAATACATATTAGGGGT-AATTATGGGCGACATTGGGATGAGAAGATTTATTAACtttcgtc
gi|16                         :               taataacGATCAATTGTAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAATTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGGGGG-AGTTATGGGCAACGTTGGGATGGGAGGATTTGTTAACTTTCATGTCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGAtgtctctttgatgtatgactattacaagtagtaactgagaagcaa
gi|17                         :                gataatGATCAAATGGAAAGATATAT--------------AAGTTGCGA-AAAACTAGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATTAGGGGG-AATTATGGACAACATTGGGATGGGAGGATTTATTAATGTTCATGTAAGCTAAAACTA-Tta
gi|18                         :                  taacGATCAAATATAAAGATAAATAAGATAAGAAACGGAAGTTGAGG-AAAACATGGAT---A-----T---C------ACAGAATGCAATATGT------------TGCTTATTAGGGGA-AATTGTGGGTTACATTGGGATGGGAGGATTAGTTAACGGTCATGtataatatatattaa
gi|19                         :                   taatATCAAATGTATAGATAGATTAGAACAAAAACGGAACTTGAGA-AAAATATGAAT---A-----TACATTGTA--ATATAATGCAATATGT--------T-AATTCATATTAGGAGT--ATTGTGGACGACATTGTGA
gi|2                          :                      GATCAAATGTAAAAATATATCAGAATAGAAAGGAAAGATGGAG-ATAACATGTAT---A-----T---TTAATAGACAGAATGTAATATGT--------TAAATACATATAAGAGGT-AAGTGTGGGCGAAATTTTGATGGG--GATTTATCAACGTTCATGCAGGATAAAACTA-TAA-GTGTGGCGTTAGAAACGATGTGTA-TT-T-CGATGTAACTACATGTATGTCGAATTGCACTGAATATAATAATATTTGTATCGGTAGAAAA
gi|20                         :                   ataGATCAATTTTAAAGATATATTAGAATAGAAATGAAAGTTGCGG-AAAACGTTGAT---G-----T---T------ATAGGATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGTGGG-AATTATGGACgtgtcgtctccaaagagaagtacatgggtagttattcgccggtggagttgtaataacctgccgggtaccgttcgtgtgtcgt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                  taacaaaCGATGTGTA-TT-TTCGATGTAATA--CTGC-------ACTGCACTGAAAATGATAATAGTTGTTTAGATAGAAAAa
gi|23                         :                                                                                                      ATGCAATATGT--------TATATCCTTATAAGGGTT-AATTGTGGACGACATTGAAATGGAAGGGTTTTTTATCGTCCATTCCAGTTAAAcatttcgtctccaaagagaagtagattggtaataa
gi|24                         :                       ATCAATTGTCAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ACAGAATGCGAAATGT--------TA
gi|25                         :                                                                                                                                                                              aaataaatTGCCAAT-AACATGA-CAT-GAGTGATGTAAGAAACTATTGGTA-TT-TTCAATGTAATT--ATGT-------GCTGCACTGAAAATGATAA
gi|26                         :                                                                                                                                ctATTTTGGGG-AGTTATGGGCGACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                            GCGACATTAAAAACGATGTGTA-TT-TTCCATGTCATG--ATGT-------AATTCACTGAAAATGATAAACTCTGTATTGGCAG
gi|28                         :                      GATCAAAAAGAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGAAC---AGAGCGT---T------ATAGa
gi|29                         :              ataataacGATCAATTGTAAAGATGTATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGGTATAA-----T---T------ATAGAAT
gi|3                          :                aatgaaGATCAATTGTAAAGATATATAAGAATAGAAATGGAAGTTGGGA-AAAAGATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGAAATATGT--------TAAATACGTATTAGGGGG-AATTATTGGCGACATTGGGATGGGAGGATTAATTAATGTTCATGCCAGTAATAAATA-TAC-ATATGACATTAGAAACGATATGTT-TTAT-CGATATAATT--ATGC-------ACTGCACTGAATATAATACAATTTGTATCGATAGGAGAA
gi|30                         :                                                                                                                     taataaaATACATATTGGAGGG-A-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGCTACGTTCggtccgtctccaaagagaagtagataggtagttattcgcagatggggcggtaatgatctttcgagtactgttcctgagtcgcg
gi|31                         :                                                                                                                 tattaacgtttACACATACTGGAGGG-A-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGTTACGTTCAT
gi|32                         :                                                                                                                                                                    AGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TATAGCATGA-GTTa
gi|4                          :                      GATCAAATGTAAAGATATATAAGAATAGAAATTGAAG-------AAAACATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATAT--------TAAATACATATTCGGGGG-AGTTATGGGCGACATTTGGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCAGTTAAAACCA-TAT-GTGTGACATTATGAACGATGTGTATTT-T-CGATGTAATT--ATGT-------GTTGCACTGAAAATGATTATATTTGTATCGATAGGAGAAgatactgcctg
gi|5                          :              ataataaaGATCAATTGTTGAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACGTGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAGTACATATTTTGGGG-AGTTACGGGTGACTTTGGGATGGGAGGATTTATTAA-ATTTGTGCTATTTAAAACTATTAT-GTGTGGCATAAAAAACAATGTGTATTT-T-CGATGTCATT--ATTT-------ACTGCACTGGATATGATTATATGTGTATCGATAGGAGAAgtttcgtctctaaagagaagtagatgggtagttgtttgcagattaggtggtagagatctttcgagtactgttcgtgagtcacg
gi|6                          :                     ataaaAAACATCAAAATATATTAGCATAGAAATGGAAGTTCGGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGTATCTAATATATCATTTATGTAAATATATATTAGGGGG-AATT-TGG------T-----TGAGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTATAATTA-TGT-Ggtttcttctccaaagagaagatgggcagttcgcagatggggtggtaatgattgctggagaactgtcgtgaatcgc
gi|8                          :                           ataatAAAGATATATAAGAATAGAAATGGAAGTTGTGG-AAAACATGGAT---G-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGGAGG-AGTTATGGGCGACATTGGGACGGGAGAATGTATTGACGTTCATGCCATTTAAAACTG-TAT-ACGTGACATTACAAACGAAGTGTATTT-T-CGATTTAATT--ATGT-------ACTGTACTGAATATGATAACATTCATATCacctaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgggtaaatattcgtagatggggtggtaatgatctttcgaatactgttcgtgagt
gi|9                          :                      GATCAAATGTAAAGATATATAAGAATAGAAATAGAAGTTGCAG-GAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATGCATATTTGGGGG-AGTTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-TTGTGACATTAGAAACGATGTGTA-TT-T-CGGTGTAATT--ATGT-------ACTGCACTGGATATGATAATATTTGTATCGATAGGAGAAtccaaagagaagaagatgggtaattcgcagatggtgtggtaataatctttcga


blockSeqs                     :                            A             T                      .           ATA GAGCG ACA TAATAG                CATTTATG            A     C                                                         T   A           G            TTTT            AC    ATGTCGA           A
blockSeqs                     :                            C             T                      .           .   .     .   TGTA                  .                   G     .                                                         .   .           G            TTTT            .     .                 T
blockSeqs                     :                            A             T                      .           .   .     .   .                     .                   A     .                                                         .   .           G            TTTT            .     .                 T
blockSeqs                     :                            T             T                      .           .   .     .   .                     .                   T     .                                                         .   .           A            TTAT            .     .                 T
blockSeqs                     :                            A             A                      .           .   .     .   .                     .                   A     .                                                         .   .           G            TTTT            .     .                 A
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|11 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAAAATAAAATACTTTAGAATTGAAGGTATAATAAGTTTACGTACATATTTAACAGATGAG
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Reference ( family-396 )      :                      GATCAAATGTAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATTNGGGGG-AATTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACGTTAGAAACGATGTGTA-TT-T-CGATGTAATT--ATGT-------ACTGCACTGAATATGATAATATTTGTATCGATAGGAGAA
gi|1                          :                                                        AAGTTGTGGGAAAACATGGAT---A-----T---T------GTAGAATGTAATACGT--------TAAATACATATTAGGGGG-AATTACGGGCGACATTGGGATGGGGGGATTTATTGATGTTCAT----ATTAAAACTA-TAT-ATGTGACGTTAGAAACGATGTGTT-TT-TGCAATG---TT--ATGT-------ACTGCACGGAATATGATAATAGTATTATCGACAGAAAAA
gi|10                         : tagttaagtatagaagacaacGATCAAATGTAAAGACAAATTAGAAAACAAACGGAAGTTGTGG-AAAATATGAAT---A-----T---T------ATACATCTTCATATGT--------TAAGAACATATTAAGTGG--ATTGTGTACGATATTGTGATGGCAGAATTAATCAATGTTCATACCAGTTCAAATCA-TGT-AAGTGATGGTA-AAACGATGTGCA-TT----------------TGT-------ACTGCATTCAAAACGATAACATGCATATCAATAGAAtttcgtttccatagagaaatagatcggtagttattcgcagatggggtagtatttttcaagtactaatcgtgagtcgtgatacgaaatgcaatgaagtaaaacattttgtacgtcttcaattttgcccaatatacaaagaggtgattcaatcatatggttttttgaaaacaagtcattattaagtgcatgtcatttggttcggagaggtgttattatgttagtatgtaaaatttgaagttttcttgttccaaaaagaaataaaaaactactctagaaaggaaggtacattaaatttacatttaagtgcatattaaaaagataagtttttataatattccattcacgtatggatgaaaatagaaaataacagactaagtgataatttgcacatgcgcgtatagt
gi|12                         :                   taaGATCAAACGTAT-GATATATTAGAATAAAAAAGGTAGTTTGGG-AAAACATATAT---A-----T---T------ATAGAATTTAATATGT--------TAAATACATATTGGGAAG-AAGTGTGGGCGACATTGGAATAGGAGGATGTGTTAACGTT-----CAGTTAAAACTA-CAT-ATGTGACGTTAGAatagtgt
gi|13                         :                taataaaATTAACTGTAAA-ATATTTTAGAGTAGAAATTGAAATTGCGG-AAAACATGGAT---A-----C---T------ATAGAATGTAATATGT--------TAAATACATATCATGGGGCAATCATGGGCGGCATTGTGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCA----------------------GTTA-AAACTATATGTG--------------------GT-------ACTGCACTGAATATGATACTATTTGTATCGATAGGAAAcatcatttatactaacttaaacattcgaaattatttgtcccaacataaatga
gi|14                         :                                              ATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATTGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATGCATATTTTGGGG-AGTTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACATTA--------------------GATGTAATT--ATGT-------TGTGCACTGAATATTATAATTTTTGTACCGACAGAAGcgt
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gi|16                         :               taataacGATCAATTGTAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAATTGCGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGGGGG-AGTTATGGGCAACGTTGGGATGGGAGGATTTGTTAACTTTCATGTCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGAtgtctctttgatgtatgactattacaagtagtaactgagaagcaa
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gi|25                         :                                                                                                                                                                              aaataaatTGCCAAT-AACATGA-CAT-GAGTGATGTAAGAAACTATTGGTA-TT-TTCAATGTAATT--ATGT-------GCTGCACTGAAAATGATAA
gi|26                         :                                                                                                                                ctATTTTGGGG-AGTTATGGGCGACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAAAACTA-TAT-GTGTGACAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                            GCGACATTAAAAACGATGTGTA-TT-TTCCATGTCATG--ATGT-------AATTCACTGAAAATGATAAACTCTGTATTGGCAG
gi|28                         :                      GATCAAAAAGAAAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGAAC---AGAGCGT---T------ATAGa
gi|29                         :              ataataacGATCAATTGTAAAGATGTATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACATGGGTATAA-----T---T------ATAGAAT
gi|3                          :                aatgaaGATCAATTGTAAAGATATATAAGAATAGAAATGGAAGTTGGGA-AAAAGATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGAAATATGT--------TAAATACGTATTAGGGGG-AATTATTGGCGACATTGGGATGGGAGGATTAATTAATGTTCATGCCAGTAATAAATA-TAC-ATATGACATTAGAAACGATATGTT-TTAT-CGATATAATT--ATGC-------ACTGCACTGAATATAATACAATTTGTATCGATAGGAGAA
gi|30                         :                                                                                                                     taataaaATACATATTGGAGGG-A-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGCTACGTTCggtccgtctccaaagagaagtagataggtagttattcgcagatggggcggtaatgatctttcgagtactgttcctgagtcgcg
gi|31                         :                                                                                                                 tattaacgtttACACATACTGGAGGG-A-TTGTGGGCGACATTGAGTTAGGAAGACTTAGTTACGTTCAT
gi|32                         :                                                                                                                                                                    AGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TATAGCATGA-GTTa
gi|4                          :                      GATCAAATGTAAAGATATATAAGAATAGAAATTGAAG-------AAAACATGGAT---A-----T---T------ATATAATGCAATATAT--------TAAATACATATTCGGGGG-AGTTATGGGCGACATTTGGATGGGAGGATTTAATAACGTTCATGCCAGTTAAAACCA-TAT-GTGTGACATTATGAACGATGTGTATTT-T-CGATGTAATT--ATGT-------GTTGCACTGAAAATGATTATATTTGTATCGATAGGAGAAgatactgcctg
gi|5                          :              ataataaaGATCAATTGTTGAGATATATTAGAATAGAAATGGAAGTTGCGG-AAAACGTGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAGTACATATTTTGGGG-AGTTACGGGTGACTTTGGGATGGGAGGATTTATTAA-ATTTGTGCTATTTAAAACTATTAT-GTGTGGCATAAAAAACAATGTGTATTT-T-CGATGTCATT--ATTT-------ACTGCACTGGATATGATTATATGTGTATCGATAGGAGAAgtttcgtctctaaagagaagtagatgggtagttgtttgcagattaggtggtagagatctttcgagtactgttcgtgagtcacg
gi|6                          :                     ataaaAAACATCAAAATATATTAGCATAGAAATGGAAGTTCGGG-AAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGTATCTAATATATCATTTATGTAAATATATATTAGGGGG-AATT-TGG------T-----TGAGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTATAATTA-TGT-Ggtttcttctccaaagagaagatgggcagttcgcagatggggtggtaatgattgctggagaactgtcgtgaatcgc
gi|8                          :                           ataatAAAGATATATAAGAATAGAAATGGAAGTTGTGG-AAAACATGGAT---G-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATACATATTTGGAGG-AGTTATGGGCGACATTGGGACGGGAGAATGTATTGACGTTCATGCCATTTAAAACTG-TAT-ACGTGACATTACAAACGAAGTGTATTT-T-CGATTTAATT--ATGT-------ACTGTACTGAATATGATAACATTCATATCacctaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgggtaaatattcgtagatggggtggtaatgatctttcgaatactgttcgtgagt
gi|9                          :                      GATCAAATGTAAAGATATATAAGAATAGAAATAGAAGTTGCAG-GAAACATGGAT---A-----T---T------ATAGAATGCAATATGT--------TAAATGCATATTTGGGGG-AGTTATGGGCGACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAACTA-TAT-TTGTGACATTAGAAACGATGTGTA-TT-T-CGGTGTAATT--ATGT-------ACTGCACTGGATATGATAATATTTGTATCGATAGGAGAAtccaaagagaagaagatgggtaattcgcagatggtgtggtaataatctttcga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTTTCAGATAACTCGTCCCAAGATTCGGAATATGAGATGCAATGTCGATTTTACCAAACATAAAAAGAGGGGAGTCAATCGTTGTTATTATTTTTCGAGAATAAGTCGCTTAAAAGTACACTACAGTGGAGACGTGTATGTAAAATTTAAAATTTTGTTTTTCTAAAATGGAAATGATTTGAAATTGACATTTGAGTGCATATTTAAAAGATGAGACAGATTCAGAGTTTCGGATTCACTCTGAAAATGGTCGTAGTGATAGTTTTCACATGTATGTATGGTT
Unaligned ( gi|11 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAAAATAAAATACTTTAGAATTGAAGGTATAATAAGTTTACGTACATATTTAACAGATGAG
Unaligned ( gi|22 ): AGAGGGGAATCAATCGCGTTTTTTTCGAAAATAAATCACTATTAAGTGCAATGCATTTTGCCCGGAGATGTGTTAAGTATTTGAAGTTTTCTT
Unaligned ( gi|33 ): ATATGAGATGAAACGAAGTAGAAAATGTTTTGTGTCTTCAATT
Unaligned ( gi|34 ): AACAGAACTGTGGGCTATTACGACGATCACTAGA