lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            1                  1111111                          1111111   3                                                3                                               1111                                      1                                    11         4444444444        111       33              333333          1111                                      111          2                 1111   111  222222222222222222222222222222222222222                                                     11111                                                     333333333                              1       4444444444    111          11                  1     33333333         2222222222     111        2222                      2222          2222222                                                               1         1                                         1111               11                                                                                    11                                                      666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                                                                      1                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            5                  4444444              4       6   4444444   3  6                                33    6      4  5         77  5                      5       2222               0   6    0             5                            3       11    0    0000000000        444       00       2      000000     1    0000    6             1       6      3    777   99  6  0     6           5555   111  666666666666666666666666666666666666666               6       6          44     4       5   88888 0     3                0           0       6        555555555      3     0          3      6 0     5555555555    444 77 0 0   11    5        1    2     00000000  1    2 4444444444     888    4   6666      4          8    8888   7      2222222                                                0  8           0         9     1             6  7  1           1   8888 8             11     5 0         8     0     5                                  99       2  1       44   0          99   3 1            7    0      0       222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5  0   2                            66     0  6      1    3                        5                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .                  .......              .       .   .......   .  .                                ..    .      .  .         ..  .                      .       ....               .   .    .             .                            .       ..    .    ..........        ...       ..       .      ......     .    ....    .             .       .      .    ...   ..  .  .     .           ....   ...  .......................................               .       .          ..     .       .   ..... .     .                .           .       .        .........      .     .          .      . .     ..........    ... .. . .   ..    .        .    .     ........  .    . ..........     ...    .   ....      .          .    ....   .      .......                                                .  .           .         .     .             .  .  .           .   .... .             ..     . .         .     .     .                                  ..       .  .       ..   .          ..   . .            .    .      .       ............................................................   .  .   .                            ..     .  .      .    .                        .                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            0                  8888888              1       0   3333333   3  7                                99    0      3  7         99  7                      7       1111               7   0    8             0                            2       00    8    4444444444        000       44       8      666666     0    4444    0             7       7      5    777   22  7  5     0           8888   777  555555555555555555555555555555555555555               0       0          66     4       7   11111 7     0                7           7       0        000000000      2     8          8      4 8     6666666666    000 22 8 6   00    8        0    0     33333333  2    5 8888888888     555    0   8888      0          3    3333   3      2222222                                                8  2           6         6     4             0  8  0           0   8888 0             00     2 6         6     8     9                                  99       2  5       55   7          33   7 7            6    4      7       999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999   7  7   1                            00     7  6      4    0                        1                
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACA-TTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGA-TGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG--CT------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAANGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTC-ACT--AC-AAAAAAGAAAACAATCGGAT--ATGTA---TT----T--------A------AA------A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATTA-TAGAGAA-ATTA----TCTATCTCGCATTCTGTGAAGTTTGCAAGTAGGGTACGCGAATAGGGCAACCGGGCTACT-AGGTGATGAAGTGTATTCCAAATGTTATAGATTATTTTTT-T-CC----AAAT---GATCAAATTG--ATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGNCAATGTATGGGCTTNTTTTATTCAACTTAGGTCTNAAAANGTTGCTTGNTTCATATTTCATACT----TTGACAATTTTCA----ATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACT-G-CACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATCGTCTCATCTTANAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGNTATCACCCGAAAAGGCAGA-GTCGATAAACAAACGNTGTAGGCATTGTAAGATCGAATTCAAAATGCAAACTTC----------A-------C----------A----------TAGAT---------------AAT-TTCTCTNTAATTTGACTGTGAACAAACCGTAACTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CA-TTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GA-TGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG--CG------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTG-ACT--AC-AATAAAGAGAACAATCGGAT--ATGTA---TT----T--------A------CA------A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATTA-TAGAGAA-ATTG----TCTATCTCGCATTCTGTGAAGTTTGCAAGTAGGGTACGTGAATAAGGCAACCGG-CTACTTTGGTGATGAAGTGTATTCCAAATGTTATAGAATATTTTTT-T-CC----AAAT---GTTCAAATTG--ATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACT----TTGACAATTT-CA----ATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-T-G-CACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGAAAAGGTAGA-GTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTC----------A-------C----------A----------TA-AT---------------AAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGTCGCCGGTGTTAACGAATCA
gi|14                         :                                                                                                                       tcaatataattaacagtttggtgttaagtccccataggtcagcaaagaataaactgaagaaaaacaatcgatttctgcaacttttaggtgatggtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagcactttttaaacagtactcggacattatctcatcttatagtatgagcgattcgttactaccggaagtgatcctctatcgataaacgtcgataaacaaacgatgtaggcattgtaacattgaattcaaaatacaaacttcacagaatgcaagatagataatttctccataatttgactgtgaacaaaccataatttttaattttgtgagtattaaataaaaagTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTctg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACA-TTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGA-TGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA--CT------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTC-ACT--AC-AAGAAAGAAAACAATCGGAT--A-GTA---TT----TCTTCAAAAA------AG------A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGC--A--AATTAGTAGGGgtataacaatatcaaataaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACA-TTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGA-AAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTTtatgtgaatagggcaactgggctactaaggtgattaagtgtattccaaatgttatagatcattttttctaaatgttcaaattgatcttaggagtgaatttaataatttatggcactgtatgggcttattttatacaacttaagtcttaaaatattgcttgattcatatttcatactttgacaattttcaatataattaacagtttggtgtcaagtcgccacaggttagtaaagaataaacagaggaaaaacaatcgatttctgcaacttttagatgatagtttctgtataactggtagtttgatacggcacagtactttttaaacatcactcagacatgatctcatcttatagtatgagcgattcgttactaccggaagtgaccccctatcacccgaaaaggtaaagtcaataaacaaacgatgtaggcattgtaagactgaattcaaaatgcaaagttaacagaatgcgagatagataatttctctataatttgactgaacaaaccgtaattttcaattttaacattgattttgtgagtattaaataaaaaattaacaccggcgacaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCCGGTGTTAACGAATC-------------------ATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACA-TGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGA-TGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG--CT------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTC-ACT--AC-AAAAAAGAAAACAATCGGAT--AGGTATATTT----T--------A------AA------AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCGAA--
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACA-TTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGA-TGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG--TT------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATG-C----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTA-ACT--ATAAAAAAAGAAAACAATTGGAT--ATGTA---TT----T--------tcagtagggtacgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TAT-AAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGA-TGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTAct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CGGT-----AGTAACGAATCGCGCATATTTTA
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcaT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACA-TTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGA-TGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG--CT------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTC-GCT--AC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT---TGTA---TT----TCTTTAAAAA------AA------A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--gaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGA-TGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATtcagtaaggtacgtgaacagggcaaccgggctacttaggtgatgaattgtatttcaaatgttatagattattttttataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACC---ACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATGTT---TC----T--------G------TAAAGATCA-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTA-Tactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acgacttgtaataccatacgtTCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTC-TAACCGCACC--AC-AA-AAAAAAAATAATCCATT--AAATG---TTCCTGT--------AAAAAATCA------C-------TT--TTATGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--gcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aA--AATTA-TAGAGAA-ATTA----TCTATCTCGCATTCTGTTAACTTTGCAtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|3                          :                                                                     gctgctggtgttaacgaatcatcggtggtaatgaatcacttacattttaacctatacattgtacattacaaaataatttgttattcagatttttattttcatacatttgaagatgaatccttaaacaacaactgacaaaaattgcgaaaacagttctcagtcaatgtttccagttagttatatagattttagtacctccaccaaaaagaatgtgttaaaaatgacgtaatccaaattactactatcagagaaacacaaacgctgtacgcacatgccttaataaaaagtcaatattaacatctttaaatattgtaattttggtgctcatgcctcactacaagaaagaaaacaatcggatagtatttcttcaaaaaagactggtaatgcatttaccgtctttttaggagtagcaaattagtagggtatgtgaatagggcaactgggctactaaggtgattaagtgtattccaaatgttatagatcattttttctaaatgttcaaattgatcttaggagtgaatttaataatttatggcactgtatgggcttattttatacaacttaagtcttaaaatattgcttgattcatatttcatactttgacaattttcaatataattaacagtttggtgtcaagtcgccacaggttagtaaagaataaacagaggaaaaacaatcgatttctgcaacttttagatgatagtttctgtataactggtagtttgatacggcacagtactttttaaacatcactcagacatgatctcatcttatagtatgagcgattcgttactaccggaagtgaccccctatcacccgaaaaggtaaagtcaataaacaaacgatgtaggcattgtaagactgaattcaaaaA--AATTA-TAGAGAA-ATTA----TCTATGTCGCATTCTGTGAAGTTTGCAgactgaacaaaccgtaattttcaattttaacattgattttgtgagtattaaataaaaaattaacaccggcgacaat
gi|8                          :                                                                                                                                              tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcagtagcgaatcagtagggtacgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaaA--AATTA-TGGAGAA-ATTA----TCTATCTTGCATTCTGTGAAGTTTGTAgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcaatataattaacagtttggtgttaagtccccataggtcagcaaagaataaactgaagaaaaacaatcgatttctgcaacttttaggtgatggtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagcactttttaaacagtactcggacattatctcatcttatagtatgagcgattcgttactaccggaagtgatcctctatcgataaacgtcgataaacaaacgatgtaggcattgtaacattgaattcaaaaA--AATTA-AATACAA-ATTA----TGTATCCAGCATTCTGTAAAGTTTCCATGTgactgtgaacaaaccataatttttaattttgtgagtattaaataaaaagtgattcgttaacaccggcgacactg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattaaaaaaaatataaggaaaacacctatttgttaaatattaggtgataattactgtaaagctgatagttaaatattggacagtactttttaaacagccctcggacaccgcttcctaaaaatatgagcaattcgttactaccagaagtgacccggtatcacttcagaaggcagtgtcaatgaacaaatgctgtagacattgtaagttcgaatttaA--AATTA-TAGAGAA-ATTA----TCTGTCCCGAATTCTGTGAAGTTTGCAaactgtaaataaatcataacttacactttgaagattgattttattagtattaaatgaaaagtaattcgttaacaccagcgacact
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctgtaggcaatgcaagattgaattcaaaa--AATTA-AAGATAATATTAATGATATATCTAGCATTCTGTGAAGTTTTCAgactgtgaacaaaccacaattttcaatttggacattgattctgtgagtatttaataaaaagtgattcgttaacactggcgacactg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaa--AATTA-AAGACAA-GCTA----TGTATCTAGCATTCTTTGAAGTTTCCAgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        caattcattactaccgaaagtgacccggtatcacctgaaaaggcagtgttaataaaaaacgctgtagacgttgtaagatcgaatttaaaaAGTAGGGTATGTGAATAGGGCAACTGGGCTACTAAGGTGATTAAGTGTATTCCAAATGTTATAGATCATTTTTT---CT----AAAT---GTTCAAATTG--ATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACT----TTGACAATTTTCA----ATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATA-C-GGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGAAAAGGTAAA-GTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTA----------A-------CAGAATGCGAGA----------TAGAT---------------AAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA---ATT----AACACCGGCGACAgaactgtaaataaaccataactaacaatttgaagattgatttaattagtattaaaagaaaagtgattcgttaacacaggcgacact
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gctgctggtgttaacgaatcatcggtggtaatgaatcacttacattttaacctatacattgtacattacaaaataatttgttattcagatttttattttcatacatttgaagatgaatccttaaacaacaactgacaaaaattgcgaaaacagttctcagtcaatgtttccagttagttatatagattttagtacctccaccaaaaagaatgtgttaaaaatgacgtaatccaaattactactatcagagaaacacaaacgctgtacgcacatgccttaataaaaagtcaatattaacatctttaaatattgtaattttggtgctcatgcctcactacaagaaagaaaacaatcggatagtatttcttcaaaaaagactggtaatgcatttaccgtctttttaggagtagcaaattAGTAAGGTACGTGAACAGGGCAACCGGGCTACTTAGGTGATGAATTGTATTTCAAATGTTATAGATTATTTTTTATACCACTGAAATACGGATC-AATTGGCAACTTA--ACTTAACTTG--AATTAATat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tggtaacgaatcacttacattttaacctattgtacattacaaaataatttgttattcagatttttattttcatacgtttgaagatgaatcctaaacaacaactgacaaaaattgcgaaaaacagaagtcagtgttttcaattagttaaataagttttagtacctgcaccgaaaagaatgtgttaaaaatgacgtaatccaaattaccgctatcggagactgaacacaaacgctgaacacacatgcctaaacaaaaagtcaacggtaacatatttaaatattgtcattttggtgctcatgtctcgctacaaaaaagaaaacaatcgaattgtatttctttaaaaaaaactggtaatgcatttaccgtcttttcaggagtagcgaatcTATGCAAATAGGGCAACCG---TAC----------AAGTG-ATGGCGGATG--ACC-AATATGTTTG---------AGAT---GAGCAACTTG--ATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACT----TCTAAAACAG-AGTTTGTTTCATATTTGTAATTAGCATTG-CTATTG-CAGAAGATATAATT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acgacttgtaataccatacgtttgaagatgaatccttaaataccaactggaaaacatcgaaaaacacaaatactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagtGTGATAAAGTGTAATCCAAATGCTATAGA-TAATTTTT-T-TC----AAAT---GTTCAAATTG--ATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATT----------TATGG------------CAACTTAGGTCTAAAA-TATTGCTTTATTCATATTTCATACG----TTGACAATTTTCA----ACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACT-G-CACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGAAAAGGTAGA-GTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGA-------C----------A----------TAGAT---------------AAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcagtagcgaatcagtagggtacGTGATGATGGGTGTTCAAAATGTTTTAGATT-TCTTTG-T-GC----AAAT---GAGCAACTTG--ATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAAAG-TGCTTGTTTCATAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaaT-CA----ATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACT-G-CACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC---------GATAAACGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTC----------A-------C----------AGAATGCAAGATAGAT---------------AAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTT------------TGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT--------------------AT--T-G-CAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGACAAGGCGG--GTCAATAAGCAAACGTTGCGA-CATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTC----------A-------C----------A----------GA-ATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatAAAAAATA----TAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATA-TTG-GACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCAGAAGGCAGT-GTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTT----------A-------C----------AGAATGCTGGATACAT---------------AAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattaaTTAAAATGTAAGTGATTCGTTACCACCG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgcaggtgttaacaaatcatTTAAAATGTAAGTGATTCGTTACCACCG---ATGATTCGTTAACACCcctattgtacattacaaaataatttgttattcagattttcatttttatacgtttgaagatgaatcctttaaacacaacaactgacaaaaattgcgaaaacagaaatcaatgttttcaattagttttataggttttagtacctccattgaaaagattttgttgaaaatgacttaatccaaattaccgttatcggagaaacacaaacactgtacacacatgccaaaaaattaaacatctttaaatattgtcattttggtgctcatgcttaactataaaaaaagaaaacaattggatatgtatttct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gctgccCAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGAAAAGGCAGT-GTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTC----------AAAGAATGCTAG-------A----------TACAT---------------AGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACTcctattgtacattacaaaataatgtgttattcagatttttgttttcatacgttggaaaatgaatccttaaacaacaactgacaaaaattgtgaaaacaaaagttgatgttttcaattagttatataggtt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTC----------A-------C----------A----------GA-ATTCGGGACAGAT----AAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      111111111111111111111111111111111                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  7777777777777777777777777777                                            1     66666666666666666666      3333333                       55555555555555                                                                                                                              1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     111111111111111111111111111111111      1  22222222                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0              55555           44                   0       5                  5      0              8   000  9999999999999999999999999999  6                                  99     3     55555555555555555555      2222222         7  0   3      33333333333333               6                       999     77   0       1        1    1         1  66 4      1 3 0   77     11     8    1 0      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                444          1                                  55       0  5      5 4               1                 2                    333333333333333333333333333333333      0  66666666      1                     2      5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .              .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  ............................  .                                  ..     .     ....................      .......         .  .   .      ..............               .                       ...     ..   .       .        .    .         .  .. .      . . .   ..     ..     .    . .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                ...          .                                  ..       .  .      . .               .                 .                    .................................      .  ........      .                     .      .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7              33333           33                   1       7                  7      7              9   000  7777777777777777777777777777  7                                  22     3     55555555555555555555      0000000         6  4   9      44444444444444               7                       000     22   6       0        0    4         0  44 0      0 8 6   22     44     8    0 6      0                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                555          0                                  33       4  7      0 0               0                 0                    222222222222222222222222222222222      0  99999999      0                     0      9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATTA-TAGGGAAATTGTCTATCTCGCATTCTGTGAAGTTTGCAAGTAGGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAAATGTTATAGATTATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTNAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTC----------AC----------AGAATGC----TAGATA-AT--------TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAANGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATATGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATTA-TAGAGAAATTATCTATCTCGCATTCTGTGAAGTTTGCAAGTAGGGTACGCGAATAGGGCAACCGGGCTAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAAATGTTATAGATTATTTTTTTCCAAATGATCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGNCAATGTATGGGCTTNTTTTATTCAACTTAGGTCTNAAAANGTTGCTTGNTTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATCGTCTCATCTTANAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGNTATCACCCGA-AAAGGCAGAGTCGATAAACAAACGNTGTAGGCATTGTAAGATCGAATTCAAAATGCAAACTTC----------AC----------A----------TAGATA-AT--------TTCTCTNTAATTTGACTGTGAACAAACCGTAACTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATTA-TAGAGAAATTGTCTATCTCGCATTCTGTGAAGTTTGCAAGTAGGGTACGTGAATAAGGCAACC-GGCTACTT-TGGTGATGAAGTGTATT-CCAAATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTC----------AC----------A----------TA-ATA-AT--------TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTC----------AA----------AGAATGC----TAGATACATAGC-----TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTC----------AC----------AGAATTCGGGACAGATA-AT--------TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGC--A--AATTAGTAGGG----TA--------------TGTGAA---------TAGGGC-----AACTGGGC--------TAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAAATGTTATAGATCA-TTTTTTCTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTA----------ACAGAATGCGAGA----------TAGATA-AT--------TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCGAA--at
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAAATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAC----------A----------TAGATA-AT--------TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGtcagtagggtacgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAA----AAATCA--CTTTTA-TGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAAATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAACA-TGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAAAG-TGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACG-CGCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTC----------AC----------AGAATGC----TAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--ta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTAAGGTACGTGAACAGGGCAACCGGGCTAC-TTAGGTGATGAATTGTATT-TCAAATGTTATAGATTATTTTTTtcagtaaggtacgtgaacagggcaaccgggctacttaggtgatgaattgtatttcaaatgttatagattattttttataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                tggtaacgaatcacttacattttaacctattgtacattacaaaataatttgttattcagatttttattttcatacgtttgaagatgaatcctaaacaacaactgacaaaaattgcgaaaaacagaagtcagtgttttcaattagttaaataagttttagtacctgcaccgaaaagaatgtgttaaaaatgacgtaatccaaattaccgctatcggagactgaacacaaacgctgaacacacatgcctaaacaaaaagtcaacggtaacatatttaaatattgtcattttggtgctcatgtctcgctacaaaaaagaaaacaatcgaattgtatttctttaaaaaaaactggtaatgcatttaccgtcttttcaggagtagcgaatcGACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATCA-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTA-Tactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               acgacttgtaataccatacgtTATGCAAATAGGGCAACCG---TAC---AAGTGATGgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            acgacttgtaataccatacgtttgaagatgaatccttaaataccaactggaaaacatcgaaaaacacaaatactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagtTATGCAAATAGGGCAACCG---TAC---AAGTGATG--GCGGATGACCAA-----------TATGTTTG---AGATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACT----TCTAAAACAG-AGTTTGTTTCATATTTgcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acgacttgtaataccatacgtttgaagatgaatccttaaataccaactggaaaacatcgaaaaacacaaatactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTT----------ACAGAATGCTGGA----------TACATA-AT--------TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA--C---GTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTC----------AC----------AGAATGCAAGATAGATA-AT--------TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  77777777777777777777777777777                                           33333333     9999999999999999999999999999999999999999999                     44444444444444                                                                                                                        1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     4444   1111   1  22222222                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  99999999999999999999999999999  6  1                             3 99    99999999     3333333333333333333333333333333333333333333       7      6      55555555555555               6    6           888       8     66   0       1        1    1           0 0 4      1 3 0   44     11     6      5      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               2222   0000   0  66666666      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  .............................  .  .                             . ..    ........     ...........................................       .      .      ..............               .    .           ...       .     ..   .       .        .    .           . . .      . . .   ..     ..     .      .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               ....   ....   .  ........      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  77777777777777777777777777777  7  7                             2 22    88888888     1111111111111111111111111111111111111111111       8      0      88888888888888               7    7           333       2     66   6       0        0    4           8 8 0      0 6 6   88     44     6      6      4                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5555   6666   0  99999999      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT------AGTAGGG-AACCGT-----CTAT--CG-AT--TCTGTGAAGTTTGCAAG-TAGGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAG----ATA-AT--------TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT------A-TAGGGAAATTGT-----CTATCTCGCAT--TCTGTGAAGTTTGCAAG-TAGGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTNAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGC----TAG----ATA-AT--------TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA-----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATT------A-TAGAGAAATTGT-----CTATCTCGCAT--TCTGTGAAGTTTGCAAG-TAGGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TACTT-TGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCACA----------TA-----ATA-AT--------TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGC----TAG----ATACATAGC-----TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAG----ATA-AT--------TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGC--A--AATT------AGTAGGG-------------TA------------TGTGAA----------TAGGGC-----AACTGGGC--------TAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCA-TTTTTTCTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAG----ATA-AT--------TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA-----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCG----AATC------AGTAGGGat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAG----ATA-AT--------TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGtacgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAAAAATCA-------CTTTT-ATGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAAAG-TGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGC----TAG----ATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--ta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AG-TAAGGTACGTGAACAGGGCAACCGGGCTAC-TTAGGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTtcagtaaggtacgtgaacagggcaaccgggctacttaggtgatgaattgtatttcaaatgttatagattattttttataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                tggtaacgaatcacttacattttaacctattgtacattacaaaataatttgttattcagatttttattttcatacgtttgaagatgaatcctaaacaacaactgacaaaaattgcgaaaaacagaagtcagtgttttcaattagttaaataagttttagtacctgcaccgaaaagaatgtgttaaaaatgacgtaatccaaattaccgctatcggagactgaacacaaacgctgaacacacatgcctaaacaaaaagtcaacggtaacatatttaaatattgtcattttggtgctcatgtctcgctacaaaaaagaaaacaatcgaattgtatttctttaaaaaaaactggtaatgcatttaccgtcttttcaggagtagcgaatcGACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATC-A-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTATGCAAA-TAGGGCAACCGTACAAGTGATGGCGGATGATC-ANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC---AAGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACT----TCT-AAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGC----TGGATACATA-AT--------TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAG----ATA-AT--------TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  77777777777777777777777777777                                   1111    22222        00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  99999999999999999999999999999  6  1                             9999    00000 3   8  22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222               6    6           777       8     66   0       1        1    1           0 0 4      1 3 0   44      5     6    3 0      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  .............................  .  .                             ....    ..... .   .  ................................................................................               .    .           ...       .     ..   .       .        .    .           . . .      . . .   ..      .     .    . .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  77777777777777777777777777777  7  7                             5555    00000 2   0  22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222               7    7           555       2     66   6       0        0    4           8 8 0      0 6 6   88      6     0    8 6      4                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAG-GG-NACCGT-CTA---CG-AT--CG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAG-GG-AACCGT-CTA--TCG-ATTCTG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA-----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATT-----A-TAGAGA-AATTGT-CTATCTCGCATTCTG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TACTT-TGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGC--A--AATT-----AGTAG-GG---------TA----------TG--TGA--A---------TA-----GG-------------GCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCA-TTTTTTCTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA-----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCG----AATC-----AGTAG-GG-TACat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAAAAATCA-------CTTTT-ATGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCG----AATC-----AGTAA-GG-TAC------------------G--TGA--A---------CA-----GGGC-----AACCGGGC--------TACTT-AGGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATC-A-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTATGCAAATAG-GGCAACCGTACAA--GTG-ATGGCGGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC---AAGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  7777777777777777777777777777                                   1111    22222           0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  9999999999999999999999999999  6                                9999    00000 3   8  99 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               6    6           777       8     66   0       1        1    1           0 0 4      1 3 0   44      5     6    3 0      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  ............................  .                                ....    ..... .   .  .. ............................................................................               .    .           ...       .     ..   .       .        .    .           . . .      . . .   ..      .     .    . .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  7777777777777777777777777777  7                                5555    00000 2   0  00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999               7    7           555       2     66   6       0        0    4           8 8 0      0 6 6   88      6     0    8 6      4                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAG-GG-TACCGT-CA---CG-AT--CG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAG-GG-NACCGTCTA---CG-AT--CG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATT-----A-TAGAGA-AATTGTCTATCTCGCATTCTG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TACTT-TGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGC--A--AATT-----AGTAG-GG-TA-----------------TG--TGA--A---------TA-----GG-------------GCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCA-TTTTTTCTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCG----AATC-----AGTAG-GG-TACat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAA----AAATCA--CTTTTA-TGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCG----AATC-----AGTAA-GG-TA-----------------CG--TGA--A---------CA-----GGG-------------CAACCGGGCTACTT-AGGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATCA-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTATGCAAATAG-GGCAACCGTACAAG-TG-ATGGCGGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC---AAGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  7777777777777777777777777777                                   1111    22222       11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  9999999999999999999999999999  6                                9999    00000 3     77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               6    6           777       8     66   0       1        1    1           0 0 4      1 3 0   44      5     6    3 0      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  ............................  .                                ....    ..... .     ......................................................................................               .    .           ...       .     ..   .       .        .    .           . . .      . . .   ..      .     .    . .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  7777777777777777777777777777  7                                5555    00000 2     33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333               7    7           555       2     66   6       0        0    4           8 8 0      0 6 6   88      6     0    8 6      4                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAGGG--------T-ACC-T-CG--CG-T--C-G--TGA--AGTTTGCAGGTA-----GGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAGGG--------T-ACCGT-CA--CGAT--C-G--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-T-AGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATT-----A-TAGAGAAATTGTCT-ATC-T-CG--CATT--CTG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TACTT-TGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGC--A--AATT-----AGTAGGG--------T-A---------------T-G--TGA--A---------TA-----GG-------------GCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCA-TTTTTTCTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCG----AATC-----AGTAGGG--------T-ACat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAA----AAATCA--CTTTTA-TGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCG----AATC-----AGTAAGG--------T-A---------------C-G--TGA--A-----CAGG----------------------GCAACCGGGCTACTT-AGGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATCA-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTATGCAAATAGGG--------CAACCGTACAAGTGATGGC-GGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC---AAGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  7777777777777777777777777777                                   2222222222222       7777777777777777777777777777777777777777777777777777777    1             111111   33333                                        111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  9999999999999999999999999999  6                    4           6666666666666 44    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444    0      1      444444   55555               6    6           1       333     66   0       1        1    1            66 4      1 3 0   44      5     6    3 0      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  ............................  .                    .           ............. ..    .......................................................    .      .      ......   .....               .    .           .       ...     ..   .       .        .    .            .. .      . . .   ..      .     .    . .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  7777777777777777777777777777  7                    2           1111111111111 00    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444    5      7      555555   77777               7    7           0       888     66   6       0        0    4            44 0      0 6 6   88      6     0    8 6      4                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAGGG--------T-ACC----------T-GCG-----T--CGTGAAGTTTGCA-AGTAGGGTATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAGGG--------T-ACC----------TCGCG-----T--CGTGAAGTTTGCA-GGTAGGGTACGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATT-----A-TAGAGAAATTGTCT-ATC----------TCGCA-----TTCTGTGAAGTTTGCA-AGTAGGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TACTTT-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTT------------------TT-----AG--GAG--------T-A--------------GC-------------AAATT-----AGTAGGGTATGTGAATAGGGCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCATTTTTT-CTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCG----AATC-----AGTAGGG--------T-ACat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGgtgataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAA----AAATCA--CTTTTA-TGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAACA-TGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCG----AATC-----AGTAAGG--------T-A-------------------------CGTGAA-----------------------CAGGGCAACCGGGCTACTTA-GGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATCA-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTATGCAAATAGGG--------CAACCGTACAAGTGATGGCGGATGAT--CANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC--A-AGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  7777777777777777777777777777                                   88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                  111111   33333                                        111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  9999999999999999999999999999  6                                88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    5      1      444444   55555               6    6           1       333     66   0       1        1    1           0 0 4      1 3 0   44      5     6    3 0      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  ............................  .                                ..........................................................................    .      .      ......   .....               .    .           .       ...     ..   .       .        .    .           . . .      . . .   ..      .     .    . .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  7777777777777777777777777777  7                                22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    7      7      555555   77777               7    7           0       888     66   6       0        0    4           8 8 0      0 6 6   88      6     0    8 6      4                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATC-----AGTAGGG--------TA-CC-GC----GT-----CG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--AATT-----AGTAGGG--------TACCT-GC----GT-----CG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAA--AATT-----A-TAGAGAAATTGTCTATCTCGC----ATTC---TG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TACTTT-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGG--------------------AGTAG-----------------------------C-----A--AATT----AGTA-----GGGTATGTGAATAGGGCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCATTTTTT-CTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCG----AATC-----AGTAGGG--------TACGT-Gat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGataaagtgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAA----AAATCA--CTTTTA-TGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCG----AATC-----AGTAAGG--------TA-----------------CG--TGA--A---------------------------CAGGGCAACCGGGCTACTTA-GGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATCA-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAATCAGTTATGCAAATAGGG--------CAACC-GTACAAGTGATGGCGGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC--A-AGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  77777777777777777777777777777                                   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                  111111   33333                                        111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  99999999999999999999999999999  6  1                             7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    5      1      444444   55555               6    6           1       333     66   0       1        1    1           0 0 4      1 3 0   44      5     6    3 0      1                      7                                                   3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  .............................  .  .                             ...............................................................................    .      .      ......   .....               .    .           .       ...     ..   .       .        .    .           . . .      . . .   ..      .     .    . .      .                      .                                                   .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  77777777777777777777777777777  7  7                             8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    7      7      555555   77777               7    7           0       888     66   6       0        0    4           8 8 0      0 6 6   88      6     0    8 6      4                      3                                                   5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCG--AATCAG---------TAGGG--------T-A-C-C----G---T-----C-G--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAAAATCAG---------TAGGG--------T-ACCGC----G---T-----C-G--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA-----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAAAATTA----------TAGAGAAATTGTCT-ATCTC----GCATT-----CTG--TGA--AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TACTTT-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAA-TTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGG-------------AG---------TAG-------------------------------C------A--AATT----AGTA-----GGGTATGTGAATAGGGCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCATTTTTT-CTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA-----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCG--AATCAG---------TAGGG--------T-A---C----G---T-----G-A--TAA--AGTat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgcttttaccgtcttttcagcaATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAAAAATCA-------CTTTT-ATGCATTTACTGTCTTTCCAGGAGTAGCGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATATtctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgtCAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA-----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCG--AATCAG---------TAAGG--------T-A------------------C-G--TGA-----------------------------ACAGGGCAACCGGGCTACTTA-GGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATC-A-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCG--AATCAGTTATGCAAATAGGG--------CAACCGTACAAG---TGATGGC-GGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC--A-AGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                  111  7777777777777777777777777777                                  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                111111   33333                                        111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6   000  9999999999999999999999999999  6                               00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  5      1      444444   55555               6    6           1       333     66   0       1        1    1           0 0 4      1 3 0   44      5     6    3 0      1                         3                                                3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .   ...  ............................  .                               ...................................................................................  .      .      ......   .....               .    .           .       ...     ..   .       .        .    .           . . .      . . .   ..      .     .    . .      .                         .                                                .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6   000  7777777777777777777777777777  7                               33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  7      7      555555   77777               7    7           0       888     66   6       0        0    4           8 8 0      0 6 6   88      6     0    8 6      4                         2                                                5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------T-ACC--G---T-C--GT-A------------AGTTTGCAAGTA-----GG-TATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------T-ACC--G---T-C--GTGA------------AGTTTGCAAGTA-----GGGTATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTA---TT----T--------ACA----A-------TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAAAATTA----------TAGAGAAATTGTCT-ATCTCGCATT-CT-GTGA------------AGTTTGCAAGTA-----GGGTACGTGAATAAGGCAACCGGC-TAC-TTTGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAATTT-CAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTA---TT----TCTTCAAAAAAG----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGC--------------------------------------------------A------------AATT----AGTA-----GGGTATGTGAATAGGGCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCATTTTTT-CTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATATTT----T--------AAA----AAAAAAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------T-A-C--G---T-G--ATAA------------AGTat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --------T-ACC--G---T-C--------------------TTTTCA-GCA-----G--TA-GCGAAT----CAGTAGGG-TAC-----GTGATAAAGTGTAAT-CCAA-ATGCTATAGATAATTTTTTTC-AAATGTTCAAATTGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAA----------------------CTTAGGTCT-AAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGgtaatccaaatgctatagataatttttttcaaatgttcaaattgatctaaggagtgaatttgctaatttatggcaacttaggtctaaaatattgctttattcatatttcatacgttgacaattttcaacataattaacagtttggtgttaagtccccacaggtcagcaaagaataaatcgaagaaaaacaattgatttctgtaacttttaggtgatagtttctgtaaaactggtagtttgatactgcacagtactttttaaacaacactcaggcattatcgcatcttatagtatgaacgattcgttactactggaagtgaccctctatcacccgaaaaggtagagtcgttaaacaaacgatgtaggcattgtaagattgaattaaaaatgcaaacttcacagaatgcgacatagataatttctctataatttgactgtgaacaaaccgtaattttcaatttgaatattgattttgtaagtattaaataaaaagtgattcgtgaacaccggcgacactg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgccggtgttaacgaatcatcacttacattttaacctattgtacatgacaaaataatttgttattcagatttttattgcatacgtttgaagatgaatccttaaacaacaattgacaaaaattgcgaaaacagaagtcattgttttcagttagttactaggttatagtacctccaccgaaaagaatgagttgaaaatgatgtaatcaaaattaccgctatcggagaaacacaaacactgtacacacatgcctaagcaaaatgtcaaatttaccatatttaaatattgtcattatggtgcttatgtctcactacaaaaaagaaaacaatcggataggtatattttaaaaaaaaaagctgtaatgctttATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATG---TTCCTGT--------AAA----AAATCA--CTTTTA-TGCATTTACTGTCTTTCCAGG-------------AG---------TAG-----------------------C--G---------------AATCTGT-------------TATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATT-TCTTTGTGCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTA---TT----TCTTTAAAAAAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAAGG--------T-AC---------------------------------------------------GTGAACAGGGCAACCGGGCTACTTA-GGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTTta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATG---TTTCTGT--------AAAGATCA-------CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAA--TCAGTTATGCAAATAGGG--------CAACC--G---TACAAGTGATGGCGGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGTTATGCAAATAGGGCAACC--G-TAC--A-AGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTA---TT----T--------


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTAA                            CA ACAT                                      TT                       TA  C                      A       TTCT                                                                   C       TT         A  GGAAAAC        CTG                        CTTAA           TA                           T                  A                     G   TAT  CCTGTAAAAAATCA                G                               GAATCAGTTATGCAAATAGGGCAACCGTACAAGTGATGGCGGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGT                 T      A      CTGGGC   TAAG                A    T           C       TGC     TT           T        A    A               T      T A     TA      A     T    T        A                         T                                                T    A           A         G                   T                      C               TT                 G                                              GG          T     CA T               C                                               T     C TCAT    A                                   A         G           T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                .  .                                         GC                       .   .                      .       .                                                                      T       .          .  .              .                          CTAAG           AT                           .                  .                     A   .    TCTTCAAAAAAGA                 T                               GAATCAGTAAGGTAC                                                                      T      G      CCGGGC   TTAG                .    .           A       CT      TT           A        A    C               C      T C     TT      A     T    T        A                         T                                                T    C           A         G                   T                      C               .                  T                                              CC          .     TA A               A                                               G     G .       .                                   T         C           G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                .  .                                         TT                       .   .                      .       .                                                                      C       .          .  .              .                          CTAAA           CG                           .                  .                     T   .    TCTTTAAAAAAAA                 G                               AGTAGCGAATCTGT                                                                       T      A      TAGGG    AA                  .    .           T       TC      AG           G        C    T               A      T G     AT      A     T    C        T                         T                                                A    A           A         G                   A                      T               .                  C                                              TC          .     TA A               A                                               G     G .       .                                   T         C           G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                .  .                                         TT                       .   .                      .       .                                                                      C       .          .  .              .                          .               AG                           .                  .                     A   .    TCTGTAAAGATCA                 T                               AAATTAGTAGGG                                                                         .      A      CCG      .                   .    .           T       .       .            G        T    C               .      . .     .       .     .    .        T                                                                          T    A           .         .                   T                      T               .                  T                                              GG          .     CA G               T                                               G     G .       .                                   T         T           A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                .  .                                         AC                       .   .                      .       .                                                                      .       .          .  .              .                          .               .                            .                  .                     T   .    TAAAAAAAAAAG                  .                                                                                                                    .      .      .        .                   .    .           G                                                                                                                                                                                .    T           .         .                   .                      C               .                  .                                              GG          .     C  T               C                                               T     T .       .                                   A         A           T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                .  .                                         TT                       .   .                      .       .                                                                                                                                                                                   .                  .                     .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TC          .     .  C               A                                               T     C .       .                                   A         G           G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                .  .                                         G                        .   .                      .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A     G .       .                                   .         .           .


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TCTTTAAAAAANA***************                                                                                                                                     CCGGG*                                                CC*
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TT----T--------AAA----A-------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------T-ACC--G---T-C--GT-A------------AGTTTGCAAGTA-----GG-TATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTA---TTTCTTTAAAAAANA---------------CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------T-ACC--G---T-C--GT-A------------AGTTTGCAAGTA-----GG-TATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTTCC-AAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              11111                               1111                                                                                                  1111                                                                                         2222222        111                                                                                                                                  111                                           222222222     7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777               4444444444444                                 1111111111      11                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    1111                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0  22222                            66 0000                                      11                       66  5                      5       0000                                                                   1       99         6  1111111        111         0      0       55555           44                   0       5                  5      0              6      4 3       77 111  6                          1       99    666666666   1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        1      3333333333333      999    1  6    6     7     9999999999      66   5       1        1    1          999  4      1 3 0   44      5    3     3 0      1                         3                                                3    1           7         9                   3                      3               99                 5                                              11       0  5     11 1               1                                               4     5 0000    5      0                            5         2           1                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .  .....                            .. ....                                      ..                       ..  .                      .       ....                                                                   .       ..         .  .......        ...         .      .       .....           ..                   .       .                  .      .              .      . .       .. ...  .                          .       ..    .........   . ...................................................................        .      .............      ...    .  .    .     .     ..........      ..   .       .        .    .          ...  .      . . .   ..      .    .     . .      .                         .                                                .    .           .         .                   .                      .               ..                 .                                              ..       .  .     .. .               .                                               .     . ....    .      .                            .         .           .                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           7  55555                            99 6666                                      11                       99  0                      0       6666                                                                   0       22         7  7777777        777         7      7       33333           33                   1       7                  7      7              6      3 0       77 777  7                          0       22    777777777   0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777        7      5555555555555      000    7  7    7     8     0000000000      22   4       0        0    4          444  0      0 6 6   88      6    8     8 6      4                         2                                                5    0           3         3                   5                      7               22                 7                                              77       4  7     99 0               6                                               5     6 6666    0      8                            9         8           4                                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTATTTCTTTAAAAAAN-A---CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------TA-CC-T-GCA--------AGT--C-GCAAGT-------------------------T-ATGCGAATAGGGCAACCGG--TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATTATTTTTT-CCAAATGTTCAANTTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
Reference ( family-3889 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAGTTATATAGGTTTTAGTACCTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATANGTATTTCTTTAAAAAAN-A---CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------TA-CCGTCGTA--------AGT--TTGCAAGT---------------------AGG-T-ATGCGAATAGGGCAACCGGG-TAC-TA-GGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATNATTTTTT-CCAAATGTTCAAATTGATCTNAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGGCAATGTATGGGCTTATTTTATNCAACTTAGGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACNGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAGCACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCNCTATCACCCGA-AAAGGCAGNGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTTNCAATTTGAANATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCTGCCGTTGTTAACGAATCATCGGT-----GATAACGAATCACTTATATTTTAATCTA--T----TGT-CATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATATGTTTGA-GATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCAATGTTTTCAGTTAATTATATAGGTTTTAGTACGTCCACCGAAAAGAATGTGTTGAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CG-------ATCGGAGA---AACACAACAACTGTACGCACATGACTAAACAAAAAGTCAAAGTTAACGTCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCCTGACTAC-AATAAAGAGAACAATCGGATATGTATTT--------ACA-A---TTGGTAATGCATTTACCGCCTTTTCAAGAGTAGCGAAAATTA----------TAGAGAAATTGTCTA-TC-TCGCATTCTGTGAAGT--TTGCAAGT---------------------AGGGT-ACGTGAATAAGGCAACCGGC-TAC-TTTGGTGATGAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGAATATTTTTTTCCAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTGTTAATTAATGGCAATGTATGGGCATATTTTATACAACTTCGGTCTAAAAATGTTGCTTGATTCATATTTCTTACTTTGACAATTT-CAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAACCGAAGAAAAACAATCGATTTCTACAACTTTTAGGTGATAGTTTCTATAAAACTGGTAGTTTGATA-TGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGATAAACAAACAATGTGGGCATTGTAAGATTAAATTCAAAATGCAAACTTCAC----------ATA-A----TAAT-TTCTCTATAATTTAACTGTGAACAAACCATAATTTTTAATTTGAAGATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTAAACACCGGCGACACTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CAATTCATTACTACCGAAAGTGACCCGGTATCACCTGA-AAAGGCAGTGTTAATAAA-AAACGCTGTAGACGTTGTAAGATCGAATTTAAAATGGAAACTTCAAAGAATGCTAGATACA----TAGC-TTGTCTTTAATTGAACTGTAAATAAACCATAACTAACAATTTGAAGATTGATTTAATTAGTATTAAAAGAAAAGTGATTCGTTAACACAGGCGACACT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GCTGCCGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATGTGTTATTCAGATTTTTGTTTTCATACGTTGGAAAATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGTG-AAAACAA----AAGTTGATGTTTTCAATTAGTTATATAGGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCTGTGTAAATGAACTATTCATATTAAGGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTACAT----TATAAATTACAAAGTTGTTAATTATTACGATTTTTAATGCTATACATTTGAAGATGACTCCTT--AA-ACAACAACTGGCAAAAAGTGCC-AAAACAG----AAATCAA--TTTTTAATTAGTTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGTAGGCAATGCAAGATTGAATTCAAAATGCAAACTTCACAGAATTCGGGACAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCACAATTTTCAATTTGGACATTGATTCTGTGAGTATTTAATAAAAAGTGATTCGTTAACACTGGCGACACTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cTGCTACTGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTG---TA--T------AACAATATCAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atGCTGCTGGTGTTAACGAATCATCGGT-----GGTAATGAATCACTTACATTTTAACCTA--TACATTGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACATTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAGTTCTCAGTCAATGTTTCCAGTTAGTTATATAGATTTTAGTACCTCCACCAAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACTA-CT-------ATCAGAGA---AACACAAACGCTGTACGCACATGCCTTAATAAAAAGTCAATATTAACATCTTTAAATATTGTAATTTTG-GTGCTCATGCCTCACTAC-AAGAAAGAAAACAATCGGATA-GTATTTCTTCAAAAAAG-A---CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTTAGGAGTAGCAAA--TTAG---------TAGGG--------TA----------------------------------------------------------TGTGAATAGGGCAACTGGGCTAC-TAAGGTGATTAAGTGTATT-CCAA-ATGTTATAGATCATTTTTT-CTAAATGTTCAAATTGATCTTAGGAGTGAATTTAATAATTTATGGCACTGTATGGGCTTATTTTATACAACTTAAGTCTTAAAATATTGCTTGATTCATATTTCATACTTTGACAATTTTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTCAAGTCGCCACAGGTTAGTAAAGAATAAACAGAGGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGATGATAGTTTCTGTATAACTGGTAGTTTGATACGGCACAGTACTTTTT--AAACATCACTCAGACATGATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCCCTATCACCCGA-AAAGGTAAAGTCAATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGACTGAATTCAAAATGCAAAGTTAACAGAATGCGAGATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGAC--TGAACAAACCGTAATTTTCAATTTTAACATTGATTTTGTGAGTATTAAATAAAAA-------ATTAACACCGGCGACAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCCGGTGTTAACGAATCATC-------------------ACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATGACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTG-CATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ACAACAATTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAGTCATTGTTTTCAGTTAGTTAC-TAGGTTATAGTACCTCCACCGAAAAGAATGAGTTGAAAATGATGTAATCA--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGCCTAAGCAAAATGTCAAATTTACCATATTTAAATATTGTCATTATG-GTGCTTATGTCTCACTAC-AAAAAAGAAAACAATCGGATAGGTATAT-TTTAAAAAAA-AAAGCT-GTAATGCTTTTACCGTCTTTTCAGCAGTAGCGAA--TCAG---------TAGGG--------TA--CGTGATA-----------------AAGT-----------------------G-TAATCCAAAT---GC--------TA--TA-GATAAT----TTT-TT-TCAA-ATGTT----------------CAAAT--------TGATCTAAGGAGTGAATTTGCTAATTTATGG----------------------CAACTTAGGTC-TAAAATATTGCTTTATTCATATTTCATACGTTGACAATTTTCAACATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCACAGGTCAGCAAAGAATAAATCGAAGAAAAACAATTGATTTCTGTAACTTTTAGGTGATAGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGTACTTTTT--AAACAACACTCAGGCATTATCGCATCTTATAGTATGAACGATTCGTTACTACTGGAAGTGACCCTCTATCACCCGA-AAAGGTAGAGTCGTTAAACAAACGATGTAGGCATTGTAAGATTGAATTAAAAATGCAAACTTCACAGAATGCGACATAGA----TAAT-TTCTCTATAATTTGACTGTGAACAAACCGTAATTTTCAATTTGAATATTGATTTTGTAAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTGAACACCGGCGACACTGat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATCTTAAAATAATG-CATTTTTTATGTTCTAACCGCACCAC-AAAAAA-AAAATAATCCATTAAATGTTCCTGTAAAAAATCA---CTTTTA-TGCATTTACTGTCTTTCCAGGA-------------G---------TAG-----------------CG----------AAT--CTGT-----------------------------T-ATGCAAATGGGGCAA--------------GTGATGATGGGTGTT-CAAA-ATGTTTTAGATTTCTTTGT-GCAAATGAGCAACTTGATCTGAGGAGTGACTTTGTTTGTTTACAAC-ATGCGTGGGCTTCTGTTATTCAACATAGGCCTTAAAA-AGTGCTTGTTTCATAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CAAAAAAAAAACAGAAGGAAAACA-CCAATTTCT-TAAATATTAGGTGATAATT----------------------ATTGCAAAGTACTTTTTTTCAACAGCCCTCGGACGC-GCCCCATCATAAAATATGCGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGACCCGGTATCACCTGA-CAAGGC-GGGTCAATAAGCAAACGTTGC-GACATTGTAAGATTTAATTTAAAATGAAAACTTCACAGAATGCTAGATATATCATTAATATTATCTTTAATTGAACTGCAAATAAACCATAACTAACACTTTGAAAATTGAT----------TTAAATGAAAAGTGATTCGTTAACA----CGACATTGgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatcaaaaaaaaaacagaaggaaaacaccaatttcttaaatattaggtgataattattgcaaagtactttttttcaacagccctcggacgcgccccatcataaaatatgcgcgattcgttactaccggaagtgacccggtatcacctgacaaggcgggtcaataagcaaacgttgcgacattgtaagatttaatttaaaatgaaaacttcacagaatgctagatatatcattaatattatctttaattgaactgcaaataaaccataactaacactttgaaaattgatttaaatgaaaagtgattcgttaacacgacattgta
gi|5                          : atcttaaaataatgcattttttatgttctaaccgcaccacaaaaaaaaaataatccattaaatgttcctgtaaaaaatcacttttatgcatttactgtctttccaggagtagcgaatctgttatgcaaatggggcaagtgatgatgggtgttcaaaatgttttagatttctttgtgcaaatgagcaacttgatctgaggagtgactttgtttgtttacaacatgcgtgggcttctgttattcaacataggccttaaaaagtgcttgtttcatatgcaaggttgtagtattttatataagcatagaacctacaatttaaacatttactgggcaattatcgcattcatgacgatatttttaaggccgaatttatcatcttttcacttacttcttcaatT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTTATTTTCATACGTTTGAAGATGAATCC-T--AA-ACAACAACTGACAAAAATTGCGAAAAACAG----AAGTCAGTGTTTTCAATTAGTTAAATAAGTTTTAGTACCTGCACCGAAAAGAATGTGTTAAAAATGACGTAATCC--AAATTACCG-CT-------ATCGGAGACTGAACACAAACGCTGAACACACATGCCTAAACAAAAAGTCAACGGTAACATATTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGTCTCGCTAC-AAAAAAGAAAACAATCGAAT-TGTATTTCTTTAAAAAAA-A---CTGGTAATGCATTTACCGTCTTTTCAGGAGTAGCGAA--TCAG---------TAAGG--------TA-C---------------------------------------------------------GTGAACAGGGCAACCGGGCTACTTA-GGTGATGAATTGTATT-TCAA-ATGTTATAGATTATTTTTT-ta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACTTGTAATACCATACGTTTGAAGATGAATCCTT--AA-ATACCAACTGGAAAACATCG-A-AAAACAC----AAATataccactgaaatacggatcaattggcaacttaacttaacttgaattaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acTTGAAGATGA----ATCCTTAAAT-ACCAACTGGAAAACATCGAA-A---AACACAAATACTGTACACACAT---------------CAAAGTTAACATCTTTAAATATTGCCATTTTA-ATGTTCTAACCACTCCAT-AAAAAATAAAATAATCTGATAAATGTTTCTGTAAAGATC-A---CTTGTGATACATTTACTGTCTTTCCAGGAATAGCGAA--TCAGTTATGCAAATAGGG--------CAACCGT-ACA--------AGTGATGGCGGATGATCANNNNNNNNNNATGATCAGT-T-ATGCAAATAGGGCAACCG---TAC--A-AGTGATG--GCGGATGACCAATATGTTTGAGATGA-------------G--CAACTTGATCTGAGGAGTGATTTTGCTGGTTTATGTTAATGAATGGGCTTGTTTTAATCAACTT-----CTAAAACAGAGTTTGTTTCATATTTactgtacacacatcaaagttaacatctttaaatattgccattttaatgttctaaccactccataaaaaataaaataatctgataaatgtttctgtaaagatcacttgtgatacatttactgtctttccaggaatagcgaatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgatcannnnnnnnnnatgatcagttatgcaaatagggcaaccgtacaagtgatggcggatgaccaatatgtttgagatgagcaacttgatctgaggagtgattttgctggtttatgttaatgaatgggcttgttttaatcaacttctaaaacagagtttgtttcatatttgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            acgacttgtaataccatacgtAAAAA-AAATATAAGGAAAACA-CCTATTTGT-TAAATATTAGGTGATAATTACTGTAAAGCTGATAGTTAAATATTGGACAGTACTTTTT--AAACAGCCCTCGGACACCGCTTC--CTAAAAATATGAGCAATTCGTTACTACCAGAAGTGACCCGGTATCACTTCA-GAAGGCAGTGTCAATGAACAAATGCTGTAGACATTGTAAGTTCGAATTTAACATGGAAACTTTACAGAATGCTGGATACA----TAAT-TTGTATTTAATTTAACTGTAAATAAATCATAACTTACACTTTGAAGATTGATTTTATTAGTATTAAATGAAAAGTAATTCGTTAACACCAGCGACACTgtaattagcattgctattgcagaagatataatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   agaacctgcaacctagacatttaattggcaatgatcacattgatgatgatgatttttaagaccgaatatatcatctttaattTCAATATAATTAACAGTTTGGTGTTAAGTCCCCATAGGTCAGCAAAGAATAAACTGAAGAAAAACAATCGATTTCTGCAACTTTTAGGTGATGGTTTCTGTAAAACTGGTAGTTTGATACTGCACAGCACTTTTT--AAACAGTACTCGGACATTATCTCATCTTATAGTATGAGCGATTCGTTACTACCGGAAGTGATCCTCTATC----GATAAA-----CGTCGATAAACAAACGATGTAGGCATTGTAACATTGAATTCAAAATACAAACTTCACAGAATGCAAGATAGA----TAAT-TTCTCCATAATTTGACTGTGAACAAACCATAATTT------------TTAATTTTGTGAGTATTAAATAAAAAGTGATTCGTTAACACCGGCGACACTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAGGTGTTAACAAATCATCGGT-----GGTAACGAATCACTTACATTTTAACCTA--T----TGTACATTACAAAATAATTTGTTATTCAGATTTTCATTTTTATACGTTTGAAGATGAATCCTTTAAACACAACAACTGACAAAAATTGCG-AAAACAG----AAATCAATGTTTTCAATTAGTTTTATAGGTTTTAGTACCTCCATTGAAAAGATTTTGTTGAAAATGACTTAATCC--AAATTACCG-TT-------ATCGGAGA---AACACAAACACTGTACACACATGC-----CAAAAAATTA-----AACATCTTTAAATATTGTCATTTTG-GTGCTCATGCTTAACTATAAAAAAAGAAAACAATTGGATATGTATTTCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTAGTACAAACACCTATATTATATCAATTTAACATTGTTATTCGAGTTTCTGAATAATATCTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGACACTATTGTACACATTACGACAAGAAACTATATTTAAATCTGT