lowQualScore                  :                3333333                          333333333333333333333333333333333333333333333  1                   
lowQualScore                  :                8888888   777777  5555        33 000000000000000000000000000000000000000000000  2 5  7777           
lowQualScore                  :                .......   ......  ....        .. .............................................  . .  ....           
lowQualScore                  :                8888888   777777  3333        44 222222222222222222222222222222222222222222222  5 0  8888           
consensus                     :    NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTAAAAT--A-C----C----C------------CAT-----GGC--------G-GG-G-AT----ATTGACGACAA
Reference ( gi|17 )           :    CAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTAAAAT--A-T----C----C------------CAT-----GGC--------A-GG-G-AT----ATTGACGACAA
gi|10                         :     AGTTTCAGAACTGTGAACATC------TA----AGTAAAGT--A------C----C------------CAT-----GGC--------A-GGTG-AT----ATTGACAAC
gi|4                          :     AGTTTCAGAGC-------ATC------TA----AGTGAAAT--A-T----C----C------------AATTGCCGGGCCCGTGTCGG-GG-G-AT----ATTGACGACtgtcttg
gi|8                          :     AGTTTCAGAAC-------ATC--------------TAAAAT--A-C----CTCATT------------CAT-----GAC--------AGGG-G-AT----ATTGACGACtacatctttt
gi|1                          :    tAGTTTCAGGAC-------ATC------TA----AATTAAAT--A-A----C----CTATGGTGGGACACAT-----GGC--------G-GG-G-ATC---ATTGACGACtacgtcttgttaag
gi|13                         :   caAGCTTCAGAACTTGGAATGTC------TA----AGTAAAAT--A-C----C----C------------CAT-----GTT--------T-GGTG-AT----ATTGATGACttatttaattcata
gi|3                          :     AGTTTCAGAAC-------ATCTACGAGTA----AGTAAAAT--AGTAGGAC----A------------CAT-----TGCG-------G-GG-G-AT----ATTAACAACAAt
gi|2                          :     AGTTTCAGAACTCGTAACATC------TG----AGTAAAAT--A-A----A----C------------CAT-----TGC-------------G-ATAAAAATTGACGACcgtcttcttgt
gi|18                         :     AGTTTCAGAA----------C------TG----TGTAATGT--AGC----C----C------------CAT-----GAT--------T-GGTG-AT----ATTGATGACtgttctttcatgttattca
gi|11                         :       TTTCAGAACTCAAAC-AGC------TC----AGTAAAAT--A-C----G----A------------CAT-----GTC--------G-GG-GAAT----ATTGACGACt
gi|9                          :       TTTTGGAAC-------ATT------TA----AGTAAAATAAA-T----A----C------------TCTG----GGCG-------G-GG-G-AT----ATTGGCAACtaagtctca
gi|5                          :    caatTTCAAAAC-------ATC------TC----AATAAAAT--A-C----C----C------------AAT-----GGT--------G-GGCA-AT----ATTTACGACtacgtcttgt
gi|7                          : tttcagaaTCAAAAT-------ATT------CACCAGAGTAAAAT--A-C----C----C------------CAT-----GGC--------A-GGAG-AT----ATTGACAACtgcgtcatcttgt
gi|16                         :     tttcagaacAC-------ACA------TA----AGTAAACT--A-C----C----A------------CAT-----GAC--------G-GG-GAAT----ATTGAGGACttgttt
gi|15                         :                        TC------TA----AATAAAAT--A------C----C------------CAC-----GGC----------GG-A-AT----ATTGACGACtgagctttcttc
gi|14                         :                         C------TA----AGTAAAAT--A-C----C----C------------CAT-----TGTG-------A-AA-G-AT----ATTGACGACtacatcttcttgttattt
gi|19                         :                                  ----AGTAAAAT--A-C----C----C------------CAT-----GATG-------A-GA-G-AT----ATTGATGACccattttcttgttattttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTAGATCGCACGTAAGTAAAATACCCAATGTCGAGACCCATAGCGGGGGAAATTGAAGACTACGACTT
Unaligned ( gi|12 ): TTCAAGTTTTAGAACTTAAAATATCTGAATAAATACCCCATTTTGGGCAATACTGATGACTA






Alignments
lowQualScore                  :                     4444444                            111111111111111111111111             11111111                      
lowQualScore                  :                     2222222   666666  4444    4444     444444444444444444444444   55555 2 2 66666666 4 2 6 4  2           
lowQualScore                  :                     .......   ......  ....    ....     ........................   ..... . . ........ . . . .  .           
lowQualScore                  :                     3333333   888888  7777    7777     111111111111111111111111   66666 2 2 99999999 4 2 7 4  2           
consensus                     :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
Reference ( family-3859 )     :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
gi|1                          :          AGTTTCAGGAC-------ATC------TA----AATT----AAATA-----AC----CTATGGTGGGACACAT-----G-G-C--------G-G-G-G-ATCATTGACGAC
gi|10                         :        caAGTTTCAGAACTGTGAACATC------TA----AGTA----AAGTA------C----C------------CAT-----G-G-C--------A-G-GTG-AT-ATTGACAACttatttaattcata
gi|11                         :            TTTCAGAACTCAAAC-AGC------TC----AGTA----AAATA-----CG----A------------CAT-----G-T-C--------G-G-G-GAAT-ATTGACGACtgtcttg
gi|12                         :          AGTTTTAGAACTTAAAATATC------TG----AATA----AA-TA-----CC----C------------CAT-----T-T-T--------G-G-GCA-AT-ACTGATGACtaagtctca
gi|13                         :      ttcaAGCTTCAGAACTTGGAATGTC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----GTT-T--------G-G-T-G-AT-ATTGATGACta
gi|14                         :                              C------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----T-G-T--------GAA-A-G-AT-ATTGACGACt
gi|15                         :                             TC------TA----AATA----AAATA------C----C------------CAC-----G-G-C----------G-G-A-AT-ATTGACGACccattttcttgttattttt
gi|16                         :                   AC-------ACA------TA----AGTA----AACTA-----CC----A------------CAT-----G-A-C--------G-G-G-GAAT-ATTGAGGACtacatcttcttgttattt
gi|17                         :          AGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----TC----C------------CAT-----G-G-C--------A-G-G-G-AT-ATTGACGACAAtgagctttcttc
gi|18                         :         cAGTTTCAGAA----------C------TG----TGTA----ATGTAG----CC----C------------CAT-----G-ATT--------G-G-T-G-AT-ATTGATGAC
gi|19                         :                                       ----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-A-T--------GAG-A-G-AT-ATTGATGACt
gi|2                          :         gAGTTTCAGAACTCGTAACATC------TG----AGTA----AAATA-----AA----C------------CAT-----T-G-C--------G-ATA-A-AA-ATTGACGACt
gi|3                          :          AGTTTCAGAAC-------ATCTACGAGTA----AGTA----AAATAGTAGGAC----A------------CAT-----T-G-CG-------G-G-G-G-AT-ATTAACAACAAtgttctttcatgttattca
gi|4                          :          AGTTTCAGAGC-------ATC------TA----AGTG----AAATA-----TC----C------------AATTGCCGG-G-CCCGTGTCGG-G-G-G-AT-ATTGACGACcgtcttcttgt
gi|5                          :             TTCAAAAC-------ATC------TC----AATA----AAATA-----CC----C------------AAT-----G-G-T--------G-G-GCA-AT-ATTTACGACtacatctttt
gi|7                          :      tttcagaaTCAAAAT-------ATT------CACCAGAGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-CA-------G-G-A-G-AT-ATTGACAACtgcgtcatcttgt
gi|8                          : tttcagaacAGTTTCAGAAC-------ATC--------------TA----AAATA-----CCTCATT------------CAT-----G-A-CA-------G-G-G-G-AT-ATTGACGACttgttt
gi|9                          :           tTTTTGGAAC-------ATT------TA----AGTAAAATAAATA-----CT----C------------TG------G-G-CG-------G-G-G-G-AT-ATTGGCAACtacgtcttgttaag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTAGATCGCACGTAAGTAAAATACCCAATGTCGAGACCCATAGCGGGGGAAATTGAAGACTACGACTT






Alignments
lowQualScore                  :                     4444444                            111111111111111111111111             11111111                      
lowQualScore                  :                     2222222   666666  4444    4444     444444444444444444444444   55555 2 2 66666666 4 2 6 4  2           
lowQualScore                  :                     .......   ......  ....    ....     ........................   ..... . . ........ . . . .  .           
lowQualScore                  :                     3333333   888888  7777    7777     111111111111111111111111   66666 2 2 99999999 4 2 7 4  2           
consensus                     :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
Reference ( family-3859 )     :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
gi|1                          :          AGTTTCAGGAC-------ATC------TA----AATT----AAATA-----AC----CTATGGTGGGACACAT-----G-G-C--------G-G-G-G-ATCATTGACGAC
gi|10                         :        caAGTTTCAGAACTGTGAACATC------TA----AGTA----AAGTA------C----C------------CAT-----G-G-C--------A-G-GTG-AT-ATTGACAACttatttaattcata
gi|11                         :            TTTCAGAACTCAAAC-AGC------TC----AGTA----AAATA-----CG----A------------CAT-----G-T-C--------G-G-G-GAAT-ATTGACGACtgtcttg
gi|12                         :          AGTTTTAGAACTTAAAATATC------TG----AATA----AA-TA-----CC----C------------CAT-----T-T-T--------G-G-GCA-AT-ACTGATGACtaagtctca
gi|13                         :      ttcaAGCTTCAGAACTTGGAATGTC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----GTT-T--------G-G-T-G-AT-ATTGATGACta
gi|14                         :                              C------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----T-G-T--------GAA-A-G-AT-ATTGACGACt
gi|15                         :                             TC------TA----AATA----AAATA------C----C------------CAC-----G-G-C----------G-G-A-AT-ATTGACGACccattttcttgttattttt
gi|16                         :                   AC-------ACA------TA----AGTA----AACTA-----CC----A------------CAT-----G-A-C--------G-G-G-GAAT-ATTGAGGACtacatcttcttgttattt
gi|17                         :          AGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----TC----C------------CAT-----G-G-C--------A-G-G-G-AT-ATTGACGACAAtgagctttcttc
gi|18                         :         cAGTTTCAGAA----------C------TG----TGTA----ATGTAG----CC----C------------CAT-----G-ATT--------G-G-T-G-AT-ATTGATGAC
gi|19                         :                                       ----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-A-T--------GAG-A-G-AT-ATTGATGACt
gi|2                          :         gAGTTTCAGAACTCGTAACATC------TG----AGTA----AAATA-----AA----C------------CAT-----T-G-C--------G-ATA-A-AA-ATTGACGACt
gi|3                          :          AGTTTCAGAAC-------ATCTACGAGTA----AGTA----AAATAGTAGGAC----A------------CAT-----T-G-CG-------G-G-G-G-AT-ATTAACAACAAtgttctttcatgttattca
gi|4                          :          AGTTTCAGAGC-------ATC------TA----AGTG----AAATA-----TC----C------------AATTGCCGG-G-CCCGTGTCGG-G-G-G-AT-ATTGACGACcgtcttcttgt
gi|5                          :             TTCAAAAC-------ATC------TC----AATA----AAATA-----CC----C------------AAT-----G-G-T--------G-G-GCA-AT-ATTTACGACtacatctttt
gi|7                          :      tttcagaaTCAAAAT-------ATT------CACCAGAGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-CA-------G-G-A-G-AT-ATTGACAACtgcgtcatcttgt
gi|8                          : tttcagaacAGTTTCAGAAC-------ATC--------------TA----AAATA-----CCTCATT------------CAT-----G-A-CA-------G-G-G-G-AT-ATTGACGACttgttt
gi|9                          :           tTTTTGGAAC-------ATT------TA----AGTAAAATAAATA-----CT----C------------TG------G-G-CG-------G-G-G-G-AT-ATTGGCAACtacgtcttgttaag


blockSeqs                     :                     TGTGAAC   TACGAG  CCAG    AAAT     GTAGGACA                   TGCCG T T CCGTGTCG A T T A  .
blockSeqs                     :                     TTAAAAT   .       .       .        CCTCATT                    .     . . G        A . C A  .
blockSeqs                     :                     TTGGAAT   .       .       .        GCCC                       .     . . A        . . C .  .
blockSeqs                     :                     TCGTAAC   .       .       .        CGA                        .     . . A        . . . .  .
blockSeqs                     :                     TCAAAC    .       .       .        CCC                        .     . . G        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        CCC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        CCC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        CCA                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        TCC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        CCC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        AAC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        TCC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        CCC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                     .         .       .       .        CCC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                               .       .       .        CTC                        .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                               .       .       .        CC                         .     . . .        . . . .  .
blockSeqs                     :                                       .       .        CC                         .     . . .        . . . .  .


blockSeqCons                  :                                                        CCC*********************
originalCons                  :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
finalCons                     :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATACCC---------------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTAGATCGCACGTAAGTAAAATACCCAATGTCGAGACCCATAGCGGGGGAAATTGAAGACTACGACTT






Alignments
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lowQualScore                  :                     2222222   666666  4444    4444     444444444444444444444444   55555 2 2 66666666 4 2 6 4  2           
lowQualScore                  :                     .......   ......  ....    ....     ........................   ..... . . ........ . . . .  .           
lowQualScore                  :                     3333333   888888  7777    7777     111111111111111111111111   66666 2 2 99999999 4 2 7 4  2           
consensus                     :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
Reference ( family-3859 )     :         NAGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-C--------G-G-G-G-AT-ATTGACGACAA
gi|1                          :          AGTTTCAGGAC-------ATC------TA----AATT----AAATA-----AC----CTATGGTGGGACACAT-----G-G-C--------G-G-G-G-ATCATTGACGAC
gi|10                         :        caAGTTTCAGAACTGTGAACATC------TA----AGTA----AAGTA------C----C------------CAT-----G-G-C--------A-G-GTG-AT-ATTGACAACttatttaattcata
gi|11                         :            TTTCAGAACTCAAAC-AGC------TC----AGTA----AAATA-----CG----A------------CAT-----G-T-C--------G-G-G-GAAT-ATTGACGACtgtcttg
gi|12                         :          AGTTTTAGAACTTAAAATATC------TG----AATA----AA-TA-----CC----C------------CAT-----T-T-T--------G-G-GCA-AT-ACTGATGACtaagtctca
gi|13                         :      ttcaAGCTTCAGAACTTGGAATGTC------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----GTT-T--------G-G-T-G-AT-ATTGATGACta
gi|14                         :                              C------TA----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----T-G-T--------GAA-A-G-AT-ATTGACGACt
gi|15                         :                             TC------TA----AATA----AAATA------C----C------------CAC-----G-G-C----------G-G-A-AT-ATTGACGACccattttcttgttattttt
gi|16                         :                   AC-------ACA------TA----AGTA----AACTA-----CC----A------------CAT-----G-A-C--------G-G-G-GAAT-ATTGAGGACtacatcttcttgttattt
gi|17                         :          AGTTTCAGAAC-------ATC------TA----AGTA----AAATA-----TC----C------------CAT-----G-G-C--------A-G-G-G-AT-ATTGACGACAAtgagctttcttc
gi|18                         :         cAGTTTCAGAA----------C------TG----TGTA----ATGTAG----CC----C------------CAT-----G-ATT--------G-G-T-G-AT-ATTGATGAC
gi|19                         :                                       ----AGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-A-T--------GAG-A-G-AT-ATTGATGACt
gi|2                          :         gAGTTTCAGAACTCGTAACATC------TG----AGTA----AAATA-----AA----C------------CAT-----T-G-C--------G-ATA-A-AA-ATTGACGACt
gi|3                          :          AGTTTCAGAAC-------ATCTACGAGTA----AGTA----AAATAGTAGGAC----A------------CAT-----T-G-CG-------G-G-G-G-AT-ATTAACAACAAtgttctttcatgttattca
gi|4                          :          AGTTTCAGAGC-------ATC------TA----AGTG----AAATA-----TC----C------------AATTGCCGG-G-CCCGTGTCGG-G-G-G-AT-ATTGACGACcgtcttcttgt
gi|5                          :             TTCAAAAC-------ATC------TC----AATA----AAATA-----CC----C------------AAT-----G-G-T--------G-G-GCA-AT-ATTTACGACtacatctttt
gi|7                          :      tttcagaaTCAAAAT-------ATT------CACCAGAGTA----AAATA-----CC----C------------CAT-----G-G-CA-------G-G-A-G-AT-ATTGACAACtgcgtcatcttgt
gi|8                          : tttcagaacAGTTTCAGAAC-------ATC--------------TA----AAATA-----CCTCATT------------CAT-----G-A-CA-------G-G-G-G-AT-ATTGACGACttgttt
gi|9                          :           tTTTTGGAAC-------ATT------TA----AGTAAAATAAATA-----CT----C------------TG------G-G-CG-------G-G-G-G-AT-ATTGGCAACtacgtcttgttaag
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Unaligned ( gi|6 ): TTAGATCGCACGTAAGTAAAATACCCAATGTCGAGACCCATAGCGGGGGAAATTGAAGACTACGACTT