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Reference ( gi|10 )           :                                    TCTTACCTGGGCAAG-ATTCTAA-CG---AGCA---AGT-A--TTGTTT---TCCA--TCTTGCTG--------CCTGTGCAGTCTAATCCACCATCT---GCAGGG-GCAG----GG-TTTGT-ACATGTCCGGGAACGTGTT-C-T----TG-TTG--TA-----TTAC-----C------ACACGTGGCAGTGCACGA--TG-T---CCA--T--GGTAACCAGTTTGACC--ATTTTCCATCAACTTA
gi|5                          :                                    TCTTACCTGGGCATG-GCTCTAG-AG---AGCA---TCT-T--TTTGTT---TCCA--TCTTATTT--------CCTGTACAGTCTAATCCGCCATCT---GCAGGG-GCAG----GG-TTTGT-ACATGTACGGGTACGAGTC-T-G----TG-TTG--TA-----TTAC-----C------ACATGTGGCCGTGCATGA--TG-T---CCA--T--GGTGACCAGTTTGACC--ATTTCCCATCCACT
gi|8                          : catacaaaaacgtataaatataatattattataagTCTCACCTGGGCATGTACT-TAA------AACACACGGT-G--TTG-TA---TCGATGTCTT--TA--------CCTACACAGTCGTGTCCTCCATGT---GCTGGT-GCCG----GG-TATGT-GCATGTTCTAGA------C-C-T----CG--TGAATAAACCTTTCT-----C------ACACGTGACACTGCAATC--TG-A---CCACGT--GCT--CCAGTTTGACC--AACCACCATCGACTatt
gi|2                          :                                   atCTCACTCGGACAAT-AATCCAATCG---A-CA---GGG-A--ATGTGG---TCTG--TTCGGGCC--------CCTGTACAGTCTAACCCCCCGTGA---GCGGGG-GCGG----GG-TCGGA-ACAGGT------ACGTGTT-CGT----TC-TCG--TA-----TTCCATTTTC------GCACGTGACACTACAGCC--TC-C---CCAAGT--GGT--CCA--TTGGCCCCAATTACCATCAACTgattaa
gi|9                          :                                    aCTCACTTGGACACT-TTTCTAG-AG---AGCA---AAC-ACGTTGTTCGAATGAA--TC-----A--------CCATCACAATCGAGGCCTCCGTGC---CCAGGT-GCAG----GG-TTAGA-ACACGTGCGAG------TT-C-T----TG-CGA--TA-----TGAC-----CGGGTCCACACGTGACGTCACACGT--TC-C---CCAATT--GCT--CCATTGTGACC--Aacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
gi|4                          :                                     aTTACCTGGACA----TTCTTT-TGTGAAACA---AGTTA--CTTTTTC--TCTG--TCTTG--G--------CCTGCACAGTTTGCACCGCGGTGT---GCCGGA-GCAG----GG-TTCGT-GCATGTCCGCGTTCGTGTT-T-C----CG-TTC--CG-----TTAC-----C------ACATGTGAC-GT-CAC-A--TGCT---CCA--TATGATGACCAAACTGACC--ACTGCCCATCAACTagcactgtcagctgaaa
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gi|7                          : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaCTT--------CCTGTACA-TGTAA--CACCACCTTGAGAAGGG-ACGG----GG-TTACT-ACACGTCCG---ATTTCTCAC-T----TGCTTG--CC-----TTCC-----C-------CACACGACTGTGTAC-A--TG-CGCCCCA--A--TGTTGCCAGGCAGCCC--ACTGACCATCAACTgttgatga
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Reference ( family-3819 )     :                                                                                                   TCTCACCTGGACANNNNTCTAACGAACA---GGT-A-TTGTTNTC--CG------T-CTTG-TN-CCTG-CACAGTCTAGN-CCGCCGT---GTGCNGGG-GCGGGGTTCGT-ACACGTNCGAGTACGTGTC-CT----CG--T---TG--CA---TTNCCACA----CGTGACNNCGCACGN-TGNCC--A--TGNTGACCA--GNCTGACCANCGACCATCAACT
gi|1                          :                                                                                                     TTACCTGGACAACTGTCTAACGTACA---GTT-T-CCAGTCTC--CGAAG---T-C--A-TT-CCCA-CACAGTCGAGG-CCACCAT---GGGACGGA-CTTGGCTCCGT-ACACGTACG---AC---TT-CTGGAACG--T---TGACCA---TTGCCACA----TGTTACCCCACATTT-TGACC--A--GGATAACCA--CGATGACCATCGACCATCCACT
gi|10                         : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaTCTTACCTGGGCAAGATTCTAACGAGCA---AGT-A-TTGTTTTC--CA------T-CTTGCTG-CCTG-TGCAGTCTAAT-CCACCAT---CTGCAGGG-GCAGGGTTTGT-ACATGTCCGGGAACGTGTT-CT----TG--T---TG--TA---TTACCACA----CGTGGCAGTGCACGA-TGTCC--A--TGGTAACCA--GTTTGACCATTTTCCATCAACTgttgatga
gi|11                         :                                                                                                                                       -TTATGTTC--AG------T-ATCG-TC-ACCGACACAATC---A-CTGCCATTATGTGCCGGG-GTAGGGTT-GTCACATTTGCGAGTTCGCATC-TG----TG--T---GC--CA---TTGCCACA----CGTGACGTCACACAT-TGTCC--AATTACT--CCA--GTCTGACCATCta
gi|13                         :                                                                                                                                         tacatggacatcttctctgttcacattctTG-CA-AGTAT-GT-CCACCGT---GAGAAGGATGCGGG-TTCGT-GCATGAACGGGTACGTGTG-TG----CG--T---TC--CA---TTACCACATGTCCGTGA----GCAACT-TGACC--A--AGACGACCA--CCTTGTCCACCctcca
gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATCCAATCGACA---GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG-CC-CCTG-TACAGTCTAAC-CCCCCGT---GAGCGGGG-GCGGGGTCGGA-ACAGGTACGTGTTC--GTT-CT----CGTAT---TC--CA---TTTTCGCA----CGTGACACTACAGCC-TCCCC--A--AGTGGTCCATTGGCC--CCAATTACCATCAACTcgcctgccactat
gi|4                          :                                                                                                    aTTACCTGGACATTCTTTTGTGAAACA---AGTTACTTTTTCTC--TG------T-CTTG--G-CCTG-CACAGTTTGCA-CCGCGGT---GTGCCGGA-GCAGGGTTCGT-GCATGTCCGCGTTCGTGTT-TC----CG--T---TC--CG---TTACCACA----TGTGACGTCACATGC-TCCAT--A--TGATGACCA--AACTGACCACTGCCCATCAACTacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
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gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACTTAA--AACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT--TA-CCTA-CACAGTCGTGT-CCTCCAT---GTGCTGGT-GCCGGGTATGT-GCATGTTCTAG-A-----C-CT----CG--TGAATA--AACCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAATC-TGACC--ACGTGCT--CCA--GTTTGACCAACCACCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3819 )     :                                                                                                   TCTCACCTGGGCANNNNTC----TAANGAGCA-GGT-A-TTGTTNTC--CG------T-CTTG----TN-CCTG-CACAGTCTAGN-CCGCCGT---GNGCNGG--G-GCGGGGTTCGT-ACACGTNCGGGTNCGTGTC-CT----CG--T---TG--CA---TTNCCACA----CGTGACGNCGCACGT-TGCCC--A--TGN-TGACCA--GNCTGACCANCGACCATCAACT
gi|1                          :                                                                                                     TTACCTGGACAACTGTC----TAACGTACA-GTT-T-CCAGTCTC--CGAAG---T-C--A----TT-CCCA-CACAGTCGAGG-CCACCAT---GGGACGG--A-CTTGGCTCCGT-ACACGTACG---AC---TT-CTGGAACG--T---TGACCA---TTGCCACA----TGTTACCCCACATTT-TGACC--A--GGA-TAACCA--CGATGACCATCGACCATCCACT
gi|10                         : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaTCTTACCTGGGCAAGATTC----TAACGAGCA-AGT-A-TTGTTTTC--CA------T-CTTGC---TG-CCTG-TGCAGTCTAAT-CCACCAT---CTGCAGG--G-GCAGGGTTTGT-ACATGTCCGGGAACGTGTT-CT----TG--T---TG--TA---TTACCACA----CGTGGCAGTGCACGA-TGTCC--A--TGG-TAACCA--GTTTGACCATTTTCCATCAACTgttgatga
gi|11                         :                                                                                                                                         -TTATGTTC--AG------T-ATCG----TC-ACCGACACAATC---A-CTGCCATTATGTGCCGG--G-GTAGGGTT-GTCACATTTGCGAGTTCGCATC-TG----TG--T---GC--CA---TTGCCACA----CGTGACGTCACACAT-TGTCC--AATTAC-T--CCA--GTCTGACCATCta
gi|13                         :                                                                                                                                              tacatggacatcttctctgttcacattctTG-CA-AGTAT-GT-CCACCGT---GAGAAGG--ATGCGGG-TTCGT-GCATGAACGGGTACGTGTG-TG----CG--T---TC--CA---TTACCACATGTCCGTGA----GCAACT-TGACC--A--AGA-CGACCA--CCTTGTCCACCctcca
gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATC----CAATCGACA-GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG----CC-CCTG-TACAGTCTAAC-CCCCCGT---GAGCGGG--G-GCGGGGTCGGA-ACAGGTACGTGTTC--GTT-CT----CGTAT---TC--CA---TTTTCGCA----CGTGACACTACAGCC-TCCCC--A--AGT-GGTCCATTGGCC--CCAATTACCATCAACTcgcctgccactat
gi|3                          :                                                                                                        aCTGGGCATACTCCATTGTCATAAGCA-AGC------TTTTC--CG------T-C--GGAGATC-CGTG--ACAATGTTTG-CCGCCAC----TGCTTGCCG-GCGGA-TTGTT-ACATGCACGTGTTCGTGTC-TT----TG--T---GC--CG---GCGGTACA----GCTGACGGAACATGC-AGACC--A--CGTGTG-CCA--TTCTGACCATCCGCCGTCAACTacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
gi|4                          :                                                                                                     TTACCTGGACATTCTTT----TGTGAAACA-AGTTACTTTTTCTC--TG------T-CTTG-----G-CCTG-CACAGTTTGCA-CCGCGGT---GTGCCGG--A-GCAGGGTTCGT-GCATGTCCGCGTTCGTGTT-TC----CG--T---TC--CG---TTACCACA----TGTGACGTCACATGC-TCCAT--A--TGA-TGACCA--AACTGACCACTGCCCATCAACTaatgccagtgtggtaaaatgcaatgatacatttacatgccgcttgcaagattcaatatt
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gi|7                          :                                                                                                                               catacaaaaacgtataaatataatattattataag----TT-CCTG-TACA-TGTAACACCACCTT---GAGAAGG--G-ACGGGGTTACT-ACACGTCCGATTTC---TCACT----TGC-T---TG--CC---TTCCC-CA----CACGACTGTGTACATGCGCCCCAA--TGT-TG-CCA--GGCAGCCCACTGACCATCAACTatt
gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACT----TAAAACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT-----TA-CCTA-CACAGTCGTGT-CCTCCAT---GTGCTGG--T-GCCGGGTATGT-GCATGTTC---TA---GAC-CT----CG--TGAATA--AACCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAATC-TGACC--ACGTGC-T--CCA--GTTTGACCAACCACCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3819 )     :                                                                                                   TCTCACCTGGGCANNNNTC----TAANGAGCA-GGT-A-TTGTTNTC--CG------T-CTTG----TN-CCTG-CACAGTCTAGN-CCGCCGT---GTGCNGG--G-GCGGGGTTNGTACACG------TNCGNGTN--CGTGTC-CT----CG--T---T----N--CA---TTNCCACA----CGTGACGNCGCAC--GCTGNCC--A--TGN-TGACCAG-----TC----TGA--CCANCNACCATCAACT
gi|1                          :                                                                                                     TTACCTGGACAACTGTC----TAACGTACA-GTT-T-CCAGTCTC--CGAAG---T-C--A----TT-CCCA-CACAGTCGAGG-CCACCAT---G-----G--G-ACGGACTTGGCTC-CG------TACACGTA--CGACTT-CTGGAACG--T---T----GACCA---TTGCCACA----TGTTAC--CCCAC-----------A--TTT-TGACCAGGATAACCACGATGA--CCATCGACCATCCACT
gi|10                         : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaTCTTACCTGGGCAAGATTC----TAACGAGCA-AGT-A-TTGTTTTC--CA------T-CTTGC---TG-CCTG-TGCAGTCTAAT-CCACCAT---CTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATG------TCCGGGAA--CGTGTT-CT----TG--T---T----G--TA---TTACCACA----CGTGGCAGTGCAC--GATGTCC--A--TGG-TAACCAG-----TT----TGA--CCATTTTCCATCAACTgttgatga
gi|11                         :                                                                                                                                         -TTATGTTC--AG------T-ATCG----TC-ACCGACACAATC---A-CTGCCATTATGTGCCGG--G-GTAGGGTTGTCACATT------TGCGAGTT--CGCATC-TG----TG--T---G----C--CA---TTGCCACA----CGTGACGTCACAC--ATTGTCC--AATTAC-T--CCAG-----TC----TGA--CCATCCTCCAta
gi|13                         :                                                                                                                                              tacatggacatcttctctgttcacattctTG-CA-AGTAT-GT-CCACCGT---GAGAAGG--ATGCGGG-TTCGTGCATGAACGGGTACGTGTGTGCGT------------------T----C--CA---TTACCACATGTCCGTGA----GCAA--CTTGACC--A--AGA-CGACCAC-----CT----TGT--CCACCCGCC
gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATC----CAATCGACA-GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG----CC-CCTG-TACAGTCTAAC-CCCCCGT---GAGCGGG--G-GCGGGGTCGGAACAGG------TACGTGTT--C--GTT-CT----CGTAT---T----C--CA---TTTTCGCA----CGTGACACTACAG--CCTCCCC--A--AGT-GGTCCA-------T----TGGCCCCAATTACCATCAACTtgccactat
gi|3                          :                                                                                                        aCTGGGCATACTCCATTGTCATAAGCA-AGC------TTTTC--CG------T-C--GGAGATC-CGTG--ACAATGTTTG-CCGCCAC----TGCTTGCCG-GCGGA-TTGTTACATG------CACGTGTT--CGTGTC-TT----TG--T---G----C--CG---GCGGTACA----GCTGACGGAACAT--GCAGACC--A--CGTGTG-CCAT-----TC----TGA--CCATCCGCCGTCAACTacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
gi|4                          :                                                                                                     TTACCTGGACATTCTTT----TGTGAAACA-AGTTACTTTTTCTC--TG------T-CTTG-----G-CCTG-CACAGTTTGCA-CCGCGGT---GTGCCGG--A-GCAGGGTTCGTGCATG------TCCGCGTT--CGTGTT-TC----CG--T---T----C--CG---TTACCACA----TGTGACGTCACAT--GCTCCAT--A--TGA-TGACCAA-----AC----TGA--CCACTGCCCATCAACTaatgccagtgtggtaaaatgcaatgatacatttacatgccgcttgcaagattcaatatt
gi|5                          :                                                                                                  aTCTTACCTGGGCATGGCTC----TAGAGAGCA-TCT-T-TTTGTTTC--CA------T-CTTA----TTTCCTG-TACAGTCTAAT-CCGCCAT---CTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATG------TACGGGTA--CGAGTC-TG----TG--T---T----G--TA---TTACCACA----TGTGGCCGTGCAT--GATGTCC--A--TGG-TGACCAG-----TT----TGA--CCATTTCCCATCCACTgttcaaataaatgaatataagacatatcattctctcattgcatttaatattg
gi|7                          :                                                                                                                               catacaaaaacgtataaatataatattattataag----TT-CCTG-TACA-TGTAACACCACCTT---GAGAAGG--G-ACGGGGTTACTACACG------TCCGATTT--C---TCACT----TGC-T---T----G--CC---TTCCC-CA----CACGACTGTGTACATGC-GCCCCAA--TGT-TG-CCAG-----GC----AGC--CCACTGACCATCAACTatt
gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACT----TAAAACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT-----TA-CCTA-CACAGTCGTGT-CCTCCAT---GTGCTGG--T-GCCGGGTATGTGCATG------TTC---TA-----GAC-CT----CG--TGAAT----A--AACCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAA--TCTGACC--ACGTGC-T--CCAG-----TT----TGA--CCAACCACCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
gi|9                          :                                                                                                  atCTCACTTGGACACTTTTC----TAGAGAGCA-AAC-A-C-GTTGTT--CGAATGAAT-C--------A-CCAT-CACAATCGAGG-CCTCCGT---GCCCAGG--T-GCAGGGTTAGAACACG------TGCGAGTT--CTTG---------CG--A---TATGAC--CG---GGTCCACA----CGTGACGTCACAC--GTTCCCC--AATTGC-T--CCAT-----TG----TGA--CCAAGCACTGTCAGCTgattaa
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Reference ( family-3819 )     :                                                                                                   TCTCACCTGGGCANNNNTC----TAANGAGCA-GGT-A-TTGTTNTC--CG------T-CTTG----TN-CCTG-CACAGTCTAGN-CCGCCGT---GTGCNGG--G-GCGGGGTTNGTACACGTNCGNGTNCGTGTC-CTCG--T---T----CCATTNCCACA----CGTGACGNCGCAC--GCTGCCC--A--TGN-TGACCAGTC-TGA---CCANCCG-CCATCAACT
gi|1                          :                                                                                                     TTACCTGGACAACTGTC----TAACGTACA-GTT-T-CCAGTCTC--CGAAG---T-C--A----TT-CCCA-CACAGTCGAGG-CCACCAT---GGGACGG--A-CTTGGCTCCGTACACGTACGACTTC-TGGA-A-CG--T---TGA--CCATTGCCACA----TGTTACCCCACAT--TTTGACC--A--GGA-TAACCACGA-TGA---CCATCGA-CCATCCACT
gi|10                         : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaTCTTACCTGGGCAAGATTC----TAACGAGCA-AGT-A-TTGTTTTC--CA------T-CTTGC---TG-CCTG-TGCAGTCTAAT-CCACCAT---CTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTCCGGGAACGTGTT-CTTG--T---T----GTATTACCACA----CGTGGCAGTGCAC--GATGTCC--A--TGG-TAACCAGTT-TGA---CCATTTT-CCATCAACTgttgatga
gi|11                         :                                                                                                                                         -TTATGTTC--AG------T-ATCG----TC-ACCGACACAATC---A-CTGCCATTATGTGCCGG--G-GTAGGGTTGTCACATTTGCGAGTTCGCATC-TGTG--T---G----CCATTGCCACA----CGTGACGTCACAC--ATTGTCC--AATTAC-T--CCAGTC-TGA---CCATCCT-CCAta
gi|12                         :                                                                                                                         tacatggacatcttctctgttcacattct------T-CTTG----T--CCTG-GACAATTCATT-CCACCGT---AAAACGG--T-CCAAAG------CAGGTCCTGTTGCGTGTC-TGAG--T---G----CCAGAACCACA----TGTGACACTACAG--TCTGTCC--A---AT-TGGCC---CATGATTCCCACACA-CCATCAACT
gi|13                         :                                                                                                                                                                   tttcgtttTG-CA-AGTAT-GT-CCACCGT---GAGAAGG--ATGCGGG-TTCGTGCATGAACGGGTACGTGTG-TGCG--T---T----CCATTACCACATGTCCGTGA----GCAA--CTTGACC--A--AGA-CGACCACCT-TGT---CCACCCG-CCgtaaaatgagtatatacg
gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATC----CAATCGACA-GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG----CC-CCTG-TACAGTCTAAC-CCCCCGT---GAGCGGG--G-GCGGGGTCGGAACAGGTACGTGTTC--GTT-CTCGTAT---T----CCATTTTCGCA----CGTGACACTACAG--CCTCCCC--A--AGT-GGTCCA--T-TGGCC-CCAATTA-CCATCAACTtgccactat
gi|3                          :                                                                                                        aCTGGGCATACTCCATTGTCATAAGCA-AGC------TTTTC--CG------T-C--GGAGATC-CGTG--ACAATGTTTG-CCGCCAC----TGCTTGCCG-GCGGA-TTGTTACATGCACGTGTTCGTGTC-TTTG--T---G----CCGGCGGTACA----GCTGACGGAACAT--GCAGACC--A--CGTGTG-CCATTC-TGA---CCATCCG-CCGTCAACTacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
gi|4                          :                                                                                                     TTACCTGGACATTCTTT----TGTGAAACA-AGTTACTTTTTCTC--TG------T-CTTG-----G-CCTG-CACAGTTTGCA-CCGCGGT---GTGCCGG--A-GCAGGGTTCGTGCATGTCCGCGTTCGTGTT-TCCG--T---T----CCGTTACCACA----TGTGACGTCACAT--GCTCCAT--A--TGA-TGACCAAAC-TGA---CCA-CTGCCCATCAACTaatgccagtgtggtaaaatgcaatgatacatttacatgccgcttgcaagattcaatatt
gi|5                          :                                                                                                  aTCTTACCTGGGCATGGCTC----TAGAGAGCA-TCT-T-TTTGTTTC--CA------T-CTTA----TTTCCTG-TACAGTCTAAT-CCGCCAT---CTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTACGGGTACGAGTC-TGTG--T---T----GTATTACCACA----TGTGGCCGTGCAT--GATGTCC--A--TGG-TGACCAGTT-TGA---CCATTTC-CCATCCACTgttcaaataaatgaatataagacatatcattctctcattgcatttaatattg
gi|7                          :                                                                                                                               catacaaaaacgtataaatataatattattataag----TT-CCTG-TACA-TGTAACACCACCTT---GAGAAGG--G-ACGGGGTTACTACACGTCCGATTTC---TCACTTG--C---TTG--CCTTCCCCACA----CG--ACTGTGTACATGC-GCCCCAA--TGT-TG-CCAGGC-AGC---CCACTGA-CCATCAACTatt
gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACT----TAAAACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT-----TA-CCTA-CACAGTCGTGT-CCTCCAT---GTGCTGG--T-GCCGGGTATGTGCATGTTC---TA---GAC-CTCG--TGAATAAA-CCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAA--TCTGACC--ACGTGC-T--CCAGTT-TGA---CCAACCA-CCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
gi|9                          :                                                                                                  atCTCACTTGGACACTTTTC----TAGAGAGCA-AAC-A-C-GTTGTT--CGAATGAAT-C--------A-CCAT-CACAATCGAGG-CCTCCGT---GCCCAGG--T-GCAGGGTTAGAACACGTGCGAGTTCTTG-----CG--A---TATGACCGGGTCCACA----CGTGACGTCACAC--GTTCCCC--AATTGC-T--CCATTG-TGA---CCAAGCA-CTGTCAGCTgattaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): CCGCCATTATATGGCAGAGGTTCATTACACTCTCTGCTTCGGGTCTGTGTACCGTTTTCACAAGTTTTTGAACATGGTCCCCAGTTTCCCCAGTTTGACCAGCCACCAT
Unaligned ( gi|15 ): AACGACTATTTATAAACAATAAACGATGAAGTATTTCATTTTCAATTGAATATAATAGTTGAACATGCTAT
Unaligned ( gi|16 ): TAATTAGAATCAGGATTAAAAAAGAAGTACTACTACATTGGATAAAATATTGTTG






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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATC----CAATCGACA-GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG----CC-CCTG-TACAGTCTAAC-CCCCCGT---GAGCGGG--G-GCGGGGTCG-GAACAGGTAC--GTGTT-CGT-TCTCG---TATT----CCATTTTCGCA----CGTGACACTACAG--CCTCCCC--A--AG-TGGTCCA--T-TGGCC-CCAATTA-CCATCAACTtgccactat
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gi|4                          :                                                                                                     TTACCTGGACATTCTTT----TGTGAAACA-AGTTACTTTTTCTC--TG------T-CTTG-----G-CCTG-CACAGTTTGCA-CCGCGGT---GTGCCGG--A-GCAGGGTTC-GTGCATGTCC--GCGTT-CGTGTTT-C---CGTT----CCGTTACCACA----TGTGACGTCACAT--GCTCCAT--A--TG-ATGACCAAAC-TGA---CCA-CTGCCCATCAACTaatgccagtgtggtaaaatgcaatgatacatttacatgccgcttgcaagattcaatatt
gi|5                          :                                                                                                  aTCTTACCTGGGCATGGCTC----TAGAGAGCA-TCT-T-TTTGTTTC--CA------T-CTTA----TTTCCTG-TACAGTCTAAT-CCGCCAT---CTGCAGG--G-GCAGGGTTT-GTACATGTAC--GGGTA-CGAGTCT-G---TGTT----GTATTACCACA----TGTGGCCGTGCAT--GATGTCC--A--TG-GTGACCAGTT-TGA---CCATTTC-CCATCCACTgttcaaataaatgaatataagacatatcattctctcattgcatttaatattg
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gi|7                          :                                                                                                                       acctggacattcctgtatattacactgctttatttcttcaccg----TT-CCTG-TACA-TGTAACACCACCTT---GAGAAGG--G-ACGGGGTTA-CTACACGTCC--GATTT-CTCACTT-G---CTTG----CCTTCCCCACA----CG--ACTGTGTACATGC-GCCCCAA--TG-TTG-CCAGGC-AGC---CCACTGA-CCATCAACTtaaaagtcaagtcaaaatacattgtattgacatgtcgc
gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACT----TAAAACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT-----TA-CCTA-CACAGTCGTGT-CCTCCAT---GTGCTGG--T-GCCGGGTAT-GTGCATGTTCTAGACCT-CGTGAAT-A---AA------CCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAA--TCTGACC--ACGTG-CT--CCAGTT-TGA---CCAACCA-CCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
gi|9                          :                                                                                                  atCTCACTTGGACACTTTTC----TAGAGAGCA-AAC-A-C-GTTGTT--CGAATGAAT-C--------A-CCAT-CACAATCGAGG-CCTCCGT---GCCCAGG--T-GCAGGGTTA-GAACACGTGC--GAGTT-C----TT-G---CGATATGACCGGGTCCACA----CGTGACGTCACAC--GTTCCCC--AATTG-CT--CCATTG-TGA---CCAAGCA-CTGTCAGCTgattaa
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Reference ( family-3819 )     :                                                                                                   TCTCACCTGGGCANNNNTC----TAANGAGCA-GGT-A-TTGTTNTC--CG------T-CTTG----TN-CCTG-CACA-GTCTANNCCGCCGTGNGCNGG--G-GCGGGGTTNGTACACGTNC--GNGTT-CGTGTCT-G---CGTT----CCATTNCCACA----CGTGACGNCGCAC--GCTGNCC--A--TG-NTGACCAGTC-TGA---CCANCCG-CCATCAACT
gi|1                          :                                                                                                     TTACCTGGACAACTGTC----TAACGTACA-GTT-T-CCAGTCTC--CGAAG---T-C--A----TT-CCCA-CACA-GTCGAGGCCACCATGGGACGG--A-CTTGGCTCCGTACACGTAC--GACT------TCT-GGAACGTTGA--CCATTGCCACA----TGTTACCCCACAT--TTTGACC--A--GG-ATAACCACGA-TGA---CCATCGA-CCATCCACT
gi|10                         : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaTCTTACCTGGGCAAGATTC----TAACGAGCA-AGT-A-TTGTTTTC--CA------T-CTTGC---TG-CCTG-TGCA-GTCTAATCCACCATCTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTCC--GGGAA-CGTGTTC-T---TGTT----GTATTACCACA----CGTGGCAGTGCAC--GATGTCC--A--TG-GTAACCAGTT-TGA---CCATTTT-CCATCAACTgttgatga
gi|11                         :                                                                                                                                         -TTATGTTC--AG------T-ATCG----TC-ACCGACACA-ATCACTGCCATTATGTGCCGG--G-GTAGGGTTGTCACATTTGC--GAGTT-CGCATCT-G---TGTG----CCATTGCCACA----CGTGACGTCACAC--ATTGTCC--AATTA-CT--CCAGTC-TGA---CCATCCT-CCAta
gi|12                         :                                                                                                                         tacatggacatcttctctgttcacattct------T-CTTG----T--CCTG-GACA-ATTCATTCCACCGTAAAACGG--T-CCAAAG------CAGGTCC---TGTTGCGTGTCT-G---AGTG----CCAGAACCACA----TGTGACACTACAG--TCTGTCC--A---A-TTGGCC---CATGATTCCCACACA-CCATCAACT
gi|13                         :                                                                                                                                                                   tttcgtttTG-CA-A-GTAT-GTCCACCGTGAGAAGG--ATGCGGG-TTCGTGCATGAAC--GGGTA-CGTGTGT-G---CGTT----CCATTACCACATGTCCGTGA----GCAA--CTTGACC--A--AG-ACGACCACCT-TGT---CCACCCG-CCgtaaaatgagtatatacg
gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATC----CAATCGACA-GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG----CC-CCTG-TACA-GTCTAACCCCCCGTGAGCGGG--G-GCGGGGTCGGAACAGGTAC--GTGTT-CGT-TCTCG---TATT----CCATTTTCGCA----CGTGACACTACAG--CCTCCCC--A--AG-TGGTCCA--T-TGGCC-CCAATTA-CCATCAACTtgccactat
gi|3                          :                                                                                                        aCTGGGCATACTCCATTGTCATAAGCA-AGC------TTTTC--CG------T-C--GGAGATC-CGTG--ACA-ATGTTTGCCGCCAC-TGCTTGCCG-GCGGA-TTGTTACATGCAC--GTGTT-CGTGTCT-T---TGTG----CCGGCGGTACA----GCTGACGGAACAT--GCAGACC--A--CGTGTG-CCATTC-TGA---CCATCCG-CCGTCAACTacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
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gi|5                          :                                                                                                  aTCTTACCTGGGCATGGCTC----TAGAGAGCA-TCT-T-TTTGTTTC--CA------T-CTTA----TTTCCTG-TACA-GTCTAATCCGCCATCTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTAC--GGGTA-CGAGTCT-G---TGTT----GTATTACCACA----TGTGGCCGTGCAT--GATGTCC--A--TG-GTGACCAGTT-TGA---CCATTTC-CCATCCACTgttcaaataaatgaatataagacatatcattctctcattgcatttaatattg
gi|7                          :                                                                                                                               catacaaaaacgtataaatataatattattataag----TT-CCTG-TACATGTA-ACACCACCTTGAGAAGG--G-ACGGGGTTACTACACGTCC--GATTT-CTCACTT-G---CTTG----CCTTCCCCACA----CG--ACTGTGTACATGC-GCCCCAA--TG-TTG-CCAGGC-AGC---CCACTGA-CCATCAACTatt
gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACT----TAAAACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT-----TA-CCTA-CACA-GTCGTGTCCTCCATGTGCTGG--T-GCCGGGTATGTGCATGTTCTAGACCT-CGTGAAT-A---AA------CCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAA--TCTGACC--ACGTG-CT--CCAGTT-TGA---CCAACCA-CCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
gi|9                          :                                                                                                  atCTCACTTGGACACTTTTC----TAGAGAGCA-AAC-A-C-GTTGTT--CGAATGAAT-C--------A-CCAT-CACA-ATCGAGGCCTCCGTGCCCAGG--T-GCAGGGTTAGAACACGTGC--GAGTT-C----TT-G---CGATATGACCGGGTCCACA----CGTGACGTCACAC--GTTCCCC--AATTG-CT--CCATTG-TGA---CCAAGCA-CTGTCAGCTgattaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3819 )     :                                                                                                   TCTCACCTGGGCANNNNTC----TAANGAGCA-GGT-A-TTGTTNTC--CG------T-CTTG----TN-CCTG-CACA-GTCTANNCCGCCGTGNGCNGG--G-GCGGGGTTNGTACACGTNC--GNGTT-CGTGTCT-G---CGTT----CCGTTNCCACA----CGTGACGNCGCAC--GCTGNCC--A--TG-NTGACCAGTC-TGA---CCANCCG-CCATCAACT
gi|1                          :                                                                                                     TTACCTGGACAACTGTC----TAACGTACA-GTT-T-CCAGTCTC--CGAAG---T-C--A----TT-CCCA-CACA-GTCGAGGCCACCATGGGACGG--A-CTTGGCTCCGTACACGTAC--GACT------TCT-GGAACGTTGA--CCATTGCCACA----TGTTACCCCACAT--TTTGACC--A--GG-ATAACCACGA-TGA---CCATCGA-CCATCCACT
gi|10                         : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaTCTTACCTGGGCAAGATTC----TAACGAGCA-AGT-A-TTGTTTTC--CA------T-CTTGC---TG-CCTG-TGCA-GTCTAATCCACCATCTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTCC--GGGAA-CGTGTTC-T---TGTT----GTATTACCACA----CGTGGCAGTGCAC--GATGTCC--A--TG-GTAACCAGTT-TGA---CCATTTT-CCATCAACTgttgatga
gi|11                         :                                                                                                                                         -TTATGTTC--AG------T-ATCG----TC-ACCGACACA-ATCACTGCCATTATGTGCCGG--G-GTAGGGTTGTCACATTTGC--GAGTT-CGCATCT-G---TGTG----CCATTGCCACA----CGTGACGTCACAC--ATTGTCC--AATTA-CT--CCAGTC-TGA---CCATCCT-CCAta
gi|12                         :                                                                                                                         tacatggacatcttctctgttcacattct------T-CTTG----T--CCTG-GACA-ATTCATTCCACCGTAAAACGG--T-CCAAAG------CAGGTCC---TGTTGCGTGTCT-G---AGTG----CCAGAACCACA----TGTGACACTACAG--TCTGTCC--A---A-TTGGCC---CATGATTCCCACACA-CCATCAACT
gi|13                         :                                                                                                                                                                   tttcgtttTG-CA-A-GTAT-GTCCACCGTGAGAAGG--ATGCGGG-TTCGTGCATGAAC--GGGTA-CGTGTGT-G---CGTT----CCATTACCACATGTCCGTGA----GCAA--CTTGACC--A--AG-ACGACCACCT-TGT---CCACCCG-CCgtaaaatgagtatatacg
gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATC----CAATCGACA-GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG----CC-CCTG-TACA-GTCTAACCCCCCGTGAGCGGG--G-GCGGGGTCGGAACAGGTAC--GTGTT-CGT-TCTCG---TATT----CCATTTTCGCA----CGTGACACTACAG--CCTCCCC--A--AG-TGGTCCA--T-TGGCC-CCAATTA-CCATCAACTtgccactat
gi|3                          :                                                                                                        aCTGGGCATACTCCATTGTCATAAGCA-AGC------TTTTC--CG------T-C--GGAGATC-CGTG--ACA-ATGTTTGCCGCCAC-TGCTTGCCG-GCGGA-TTGTTACATGCAC--GTGTT-CGTGTCT-T---TGTG----CCGGCGGTACA----GCTGACGGAACAT--GCAGACC--A--CGTGTG-CCATTC-TGA---CCATCCG-CCGTCAACTacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
gi|4                          :                                                                                                     TTACCTGGACATTCTTT----TGTGAAACA-AGTTACTTTTTCTC--TG------T-CTTG-----G-CCTG-CACA-GTTTGCACCGCGGTGTGCCGG--A-GCAGGGTTCGTGCATGTCC--GCGTT-CGTGTTT-C---CGTT----CCGTTACCACA----TGTGACGTCACAT--GCTCCAT--A--TG-ATGACCAAAC-TGA---CCA-CTGCCCATCAACTaatgccagtgtggtaaaatgcaatgatacatttacatgccgcttgcaagattcaatatt
gi|5                          :                                                                                                  aTCTTACCTGGGCATGGCTC----TAGAGAGCA-TCT-T-TTTGTTTC--CA------T-CTTA----TTTCCTG-TACA-GTCTAATCCGCCATCTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTAC--GGGTA-CGAGTCT-G---TGTT----GTATTACCACA----TGTGGCCGTGCAT--GATGTCC--A--TG-GTGACCAGTT-TGA---CCATTTC-CCATCCACTgttcaaataaatgaatataagacatatcattctctcattgcatttaatattg
gi|7                          :                                                                                                                               catacaaaaacgtataaatataatattattataag----TT-CCTG-TACATGTA-ACACCACCTTGAGAAGG--G-ACGGGGTTACTACACGTCC--GATTT-CTCACTT-G---CTTG----CCTTCCCCACA----CG--ACTGTGTACATGC-GCCCCAA--TG-TTG-CCAGGC-AGC---CCACTGA-CCATCAACTatt
gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACT----TAAAACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT-----TA-CCTA-CACA-GTCGTGTCCTCCATGTGCTGG--T-GCCGGGTATGTGCATGTTCTAGACCT-CGTGAAT-A---AA------CCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAA--TCTGACC--ACGTG-CT--CCAGTT-TGA---CCAACCA-CCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3819 )     :                                                                                                   TCTCACCTGGGCANNNNTC----TAANGAGCA-GGT-A-TTGTTNTC--CG------T-CTTG----TN-CCTG-CACA-GTCTANNCCGCCGTGNGCNGG--G-GCGGGGTTNGTACACGTNC--GNGTT-CGTGTCT-G---CGTT----CCGTTNCCACA----CGTGACGNCGCAC--GCTGNCC--A--TG-NTGACCAGTC-TGA---CCANCCG-CCATCAACT
gi|1                          :                                                                                                     TTACCTGGACAACTGTC----TAACGTACA-GTT-T-CCAGTCTC--CGAAG---T-C--A----TT-CCCA-CACA-GTCGAGGCCACCATGGGACGG--A-CTTGGCTCCGTACACGTAC--GACT------TCT-GGAACGTTGA--CCATTGCCACA----TGTTACCCCACAT--TTTGACC--A--GG-ATAACCACGA-TGA---CCATCGA-CCATCCACT
gi|10                         : aaataattgtttatagaacagtttatagtaaacacatgtactatattcattcaatcttgagtatgcaaataagcgtagtttaaacacattaaattgtaTCTTACCTGGGCAAGATTC----TAACGAGCA-AGT-A-TTGTTTTC--CA------T-CTTGC---TG-CCTG-TGCA-GTCTAATCCACCATCTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTCC--GGGAA-CGTGTTC-T---TGTT----GTATTACCACA----CGTGGCAGTGCAC--GATGTCC--A--TG-GTAACCAGTT-TGA---CCATTTT-CCATCAACTgttgatga
gi|11                         :                                                                                                                                         -TTATGTTC--AG------T-ATCG----TC-ACCGACACA-ATCACTGCCATTATGTGCCGG--G-GTAGGGTTGTCACATTTGC--GAGTT-CGCATCT-G---TGTG----CCATTGCCACA----CGTGACGTCACAC--ATTGTCC--AATTA-CT--CCAGTC-TGA---CCATCCT-CCAta
gi|12                         :                                                                                                                         tacatggacatcttctctgttcacattct------T-CTTG----T--CCTG-GACA-ATTCATTCCACCGTAAAACGG--T-CCAAAG------CAGGTCC---TGTTGCGTGTCT-G---AGTG----CCAGAACCACA----TGTGACACTACAG--TCTGTCC--A---A-TTGGCC---CATGATTCCCACACA-CCATCAACT
gi|13                         :                                                                                                                                                                   tttcgtttTG-CA-A-GTAT-GTCCACCGTGAGAAGG--ATGCGGG-TTCGTGCATGAAC--GGGTA-CGTGTGT-G---CGTT----CCATTACCACATGTCCGTGA----GCAA--CTTGACC--A--AG-ACGACCACCT-TGT---CCACCCG-CCgtaaaatgagtatatacg
gi|2                          :                                                                                                    CTCACTCGGACAATAATC----CAATCGACA-GGG-A-ATGTGGTC--TG------TTCGGG----CC-CCTG-TACA-GTCTAACCCCCCGTGAGCGGG--G-GCGGGGTCGGAACAGGTAC--GTGTT-CGT-TCTCG---TATT----CCATTTTCGCA----CGTGACACTACAG--CCTCCCC--A--AG-TGGTCCA--T-TGGCC-CCAATTA-CCATCAACTtgccactat
gi|3                          :                                                                                                        aCTGGGCATACTCCATTGTCATAAGCA-AGC------TTTTC--CG------T-C--GGAGATC-CGTG--ACA-ATGTTTGCCGCCAC-TGCTTGCCG-GCGGA-TTGTTACATGCAC--GTGTT-CGTGTCT-T---TGTG----CCGGCGGTACA----GCTGACGGAACAT--GCAGACC--A--CGTGTG-CCATTC-TGA---CCATCCG-CCGTCAACTacataaaaaagaaatagaaagcagcatttagttaatataacttgccattcgttatggcaaaagaaaggaataaa
gi|4                          :                                                                                                     TTACCTGGACATTCTTT----TGTGAAACA-AGTTACTTTTTCTC--TG------T-CTTG-----G-CCTG-CACA-GTTTGCACCGCGGTGTGCCGG--A-GCAGGGTTCGTGCATGTCC--GCGTT-CGTGTTT-C---CGTT----CCGTTACCACA----TGTGACGTCACAT--GCTCCAT--A--TG-ATGACCAAAC-TGA---CCA-CTGCCCATCAACTaatgccagtgtggtaaaatgcaatgatacatttacatgccgcttgcaagattcaatatt
gi|5                          :                                                                                                  aTCTTACCTGGGCATGGCTC----TAGAGAGCA-TCT-T-TTTGTTTC--CA------T-CTTA----TTTCCTG-TACA-GTCTAATCCGCCATCTGCAGG--G-GCAGGGTTTGTACATGTAC--GGGTA-CGAGTCT-G---TGTT----GTATTACCACA----TGTGGCCGTGCAT--GATGTCC--A--TG-GTGACCAGTT-TGA---CCATTTC-CCATCCACTgttcaaataaatgaatataagacatatcattctctcattgcatttaatattg
gi|7                          :                                                                                                                               catacaaaaacgtataaatataatattattataag----TT-CCTG-TACATGTA-ACACCACCTTGAGAAGG--G-ACGGGGTTACTACACGTCC--GATTT-CTCACTT-G---CTTG----CCTTCCCCACA----CG--ACTGTGTACATGC-GCCCCAA--TG-TTG-CCAGGC-AGC---CCACTGA-CCATCAACTatt
gi|8                          :                                                    atcacctggacagtgctgcttgttacacactctcgtatcacctgcacTCTCACCTGGGCATGTACT----TAAAACACACGGT-G-TTGT-ATCGATG------T-CTT-----TA-CCTA-CACA-GTCGTGTCCTCCATGTGCTGG--T-GCCGGGTATGTGCATGTTCTAGACCT-CGTGAAT-A---AA------CCTTTCTCACA----CGTGACACTGCAA--TCTGACC--ACGTG-CT--CCAGTT-TGA---CCAACCA-CCATCGACTgtatttatgtgatgtattgaatataa
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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