lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 11 1 222222222 2222 1111 666666666666 4444444444444444444444 11 11 111111 222222222 1111111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3333333333 11
lowQualScore : 6 4 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 00 1 77 2 66 4 1 000000000 5 4 4444 0000 888 4 444444444444 7 2222222222222222222222 66 333 55 777777 1 222222222 5555555 44 6 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 0 8 0 8888888888 33
lowQualScore : . . . .......................................................................................................................................................................................................................................... . .. . .. . .. . . ......... . . .... .... ... . ............ . ...................... .. ... .. ...... . ......... ....... .. . . ............................................................................................................................................................................................................................................................. . . . . . .......... ..
lowQualScore : 0 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 11 0 44 2 99 1 9 000000000 0 4 9999 6666 555 9 222222222222 3 5555555555555555555555 55 000 22 777777 3 777777777 3333333 55 6 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 0 2 2 0000000000 88
consensus : GCGTTANTNTTCATTCAACAAACCCGTATGNTATAAGTGATTTTTGAAAAA-TCAGTGG----CG-G-GGTAT-GG-----CGGTG-GATCCCGAACGTCTGTC--C-CCTCTGGATCCG----CCAGTAA-AA-CTC---------------TTT----TGATATCAT-TTAT------AAACTA----AATGTAGT---AATA---CT-----TAG---T----AACAT---T-TTGA-----AGTTTATGTGTTTTACGTGTCC--AGCATCCAT---------GTG-TTT-TGTGTATGTCA---CTGACT----TCCAATAAGA-ATAC--CTAC--GTACTATTTCCTTTAA---CTAAA--TGCGCTCCCC--GC-GCTTNCGTGGGTCC-----TCTCCTANCAT-----TCCTTG--T---ATTAATGTAATTAGCNTAC--TT----A-----------AAATG----TANCAGA-AATG----TG--AAATCNGAT-GTTCTGTTTA---CAAAATAAATGCACTCGAAGAAAATANGAA-CATGACAAA---TGAG---AAATAAGA---------GA--TCATCCGGTTTGGAAT---TTATGAGGT--CT----AACA---TTATAAGGACG--------TT-CA----AACGT-CTGGGTCANATT--ANGC-ATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC-N-----CT--TTTAGAGAC
Reference ( gi|2 ) : GCATTATTTTTCG---AA--AACGTTTATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAAATCAGTTG----CG-GCGGT---GG-----TGGTGCGACCCTGACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCG----TTAGTGA-AA-CTC---------------TTT----TGCTATTAT-TTAT------AAACTA----AAAGCAGT---AATA---CT-----TAG---T----AACAT---T-TTGA-----CGTTCATGCTTTTTATTTGTCC--AACAGCCAT---------GTG-TTT-TGTGTATGTCA---ATGACT----TCCAATAAGA-ATAC--CTACATGTACTATTTCCTTTAA---CTAAA--TGCAATCTCC--GC-GCTTGCGTGCGTCT-----TCTCCTACTAT-----TCCTTA--T---ATTAATGTTATTAGCATG---TT----A-----------AAATGTG--TATCAGA-AAT-----TG--AAATCTGATCGTTTTATTTACTTCAAAATGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAA-CATAACACA---GGAT---AAATAAGATACCTGCGTGA--TCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGT--CT----AACA---TTATAAGAACG--------TT-CA----AACGT-CTGAGTCATATA--ATGC-AGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC-C-----CT--TTTAGAGAC
gi|7 : GCGTTATTGTTCA---AACAAA-----ATAGTATAAGTGATGTTTAAAACATTCAGTGG----TGAGTGGT---GGATGTTTGTTGAGGGGTAGAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCA----CTAGTGA-AC-TTA---------------TTT----TGATAGCAT---AT------AAAATA----------TT---AATA----------TAT---T----CATA--------GA------GTTTATATGCTTAACATGTTA--AGCATCCTT---------GTG-TTTGTGTGTATGTCACTGACGACT----TCGAATAGTATATACTACT-CATATACTACTTCC-CTAA---CTAAA--TGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA--AACCCGTATGATGTACGTTAGTTTTGAGAATGTCAGTGGGTATTG-G-GGTATAGA-----CGGCG-GATCCCGACCCCCT--CATA-CTTCTGGATCAG----CTAGTGA-AA-CTC---------------ATT----TGATATACT-TTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAGTTGTAATAAA-CTAAATATAG---TCATCAATATAAGTATTGAAAAAATATATATGCTTTACATGAG--C--AGCGTCCGT---------GTG-TTT-TGTGTATGTCA---CTGTCT----TCCAGTGAG--ATAC--CTA-------TATT---TGTAA---CT-AA--CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-----TGTNNNNNNNN-----NNC-TA--T---ATT--TGTAACTAtccc
gi|10 : aATGTTAAAAGTGATTTTTGAAAAA-----TTA----CA-G-GGTAT-GG------GGT-CGATCCTGAACATCTGTC----TCTCTAGAGTGA----CCAGTAA-AA-CTA---------------TTT----TGTTAGCAT-TTAT------GCACTT----AATGTAGT-----TG---CT-----Ta
gi|1 : acagccttagcaaaaaaaaaaAC-CCTCTAGATCCG----CCAGTAA-AA-TTTATAAACAAAACATGGTTTCTCGTGGTATAATCTTA-------AAATTA----AATGTAGT---CATA------------------------AT---T-T-GA-----AGTTTATATATGTTACTTGACCTGAAC--CAAT---------GTG-TTG-TGCGTTTGTCA---CTGGTT----TCCAATCAAA-AGAC--CCGC------TATTTCCTTTAACACCT-----TGTACTCCCC--GC-ACTTGCTCGGGTCT-----TCTCCTAATAT-----TCATTG--T---ATCAATGTAATTAGCTTGC--TT----GAATACAGAGGTAAATGTGCATATCACA-TAA-----TG--AAATCCGATAGTTCTATTTACTTAAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAA-TATGACAAA---TGAG---AAAGAA------------A--TCATCCAATC-GGAATATATTATAAGG----------ACATTCTTGTGTG-ACC--------TT-GA----ATCGTGTTGA-TCAGTTC--AAAC-ATGCG------TGCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACT--TATAGAGAttgatataattca
gi|13 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccaccGATTCGCCAATCAATAATAATCTC---------------TTT----TGGTATCAA-GTAT------AAACAT----AATGAAGT-----------C-----TAG-----------AT---T-TTGA-----AGTTGATGCTTTTCACATACCC--AGCATCCAT---------GTGTTTT-TGTGTTTGTTA---CTGAC-----TCCAATACGA-ggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|6 : A-AA-CTC---------------CTT----T--TATCAT-TTAT------AAACTA----AATG-------AATT---CA-----TAGGTCT----A-CAT---T-TTGA-----AGTTTGTGTGTTGTACATGTCC--AGCATCCAT---------ATG-TAT-TGTccataacat
gi|8 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacat-AA-GTC---------------TCT----TGATATCAT-TTAT------AAACTA----AATGTAGT---CATATATCTA----CAGT--T----TACAG---T-TTAA--------TTATGTACTTGGCATGTTC--AGCATCCAT----------TA-GTC-TGTATATGTCA---CTTGCT----TCCAATAAGA-AGAC--GTAC
gi|3 : aactcttctgataccatataatctaagct---T----AACAT---T-TAAA-----AATGTATGTGTTTTACGTGTCC--AGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGT-ATGACTGACATTCAATCAGA-A-----------GTGCTAGT--ATTTTA---TCAAA--------------GC-GCTCGAAT----CC-----TCTCCCGTCAA-----TCCTTG--C---ATT---GTTATTAGCATA---TT----T-----------AAA-------AACAGA-AATGTA--TG--AAATCTGATTGTTTTGTTTA------AATAAATACACTTGAGATAA--TGGAAACATAGCAAA---TGAG---AAAT----TA-------GA--TCACCCAGTTTGGAAT-----ATGATCTTACT----AATA---TTATAAAAATG--------TT-TA----AAAGT-CTGGGCCAAATT--AGAC-ATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC-A-----CT--TTTAGAGGCct
gi|12 : aatatattcataagtTTTACATATCC--AGCATTCAT---------GGG-TTT-TGTGTATGCCA---TCCACT----TACAATAAAA-ATAC--CTA-A-----TATTTCCTTTAT---TCAAAATTGTGCTCCCT--GC--CTTTTGTGGGTCCAAAGACCTATTACT-T-----TCTTTAACTAAAATTAATGTaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|16 : T-TCTGTATCCCA---CTGACT----TCC--TAA---ATAC--CC---TGTACTATTTCCTTTAA---CTAAA--TG
gi|9 : cGTCC-----TCTCTCATCATAGCGTTCCTTG--T---ATTAATTTTTTTAACATATTTTT----A-----------AA-------TAT-AAA-AATAATTGTG--AAATCAG----------------CAAAA-AAATGCACTCGAAG-AAATATGAA-CACGACAAATGCGAACTTAAAATAAGA
gi|5 : cggCC-----TCTCGTAGCGT-----TTCTTG--T---ATTA-TGTAATTAGCCTT---TTTTTTA-----------AAATA-----AAGAGATAAT-----TGTAAAATCAG----------------CCAAATAACTGCACT-AAAGAAAATATGAA-CATGACA-------------AATGCGA--CCT---TAAAGT-ATCTGGTTTAGA-T---TTA---GGT--CTTACTAACA---TAATAAGGACGATTATATATTACAGTGAAACGT-CTGGGTCACA-AGCATGCTCAGTAACAGTA-----ACAAA-AAATAAACATATGA----C-----CTACTTTGGAAACataatgttctacgtacatagcaagg
gi|14 : ggtcTAAGGTCA--------TT-CC----AACAC-CTGTATCACAGT--TTGC-ATGCCTGATTATGCCGACCAA-AGGCAAACATTTGATTC-A-----CT--TTAAGAGaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA
Unaligned ( gi|15 ): ATCATATATAAACTTAATGTAGTCATATGTCTATATTAAGTTTGTGTGTTTACATGTGTAATCAAATGTTTGT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555 1 1 1 333333333333333333333333333333 1111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666 111111111 111111 222222222 2222222 11 11111 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 33333333333333333333333 2222 33333 1 1 1 5555555555555 1111 111111 1 2222222
lowQualScore : 1 1 5555555555555 1 9 0 0 0 2 2 555555555555555555555555555555 66 3 0 0 7777 3 4444 5 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 4 777777 2 888888888888888888888888 4 777 9999 1 6 777777777 4 4 222222 777 9999 1 3 888888888 5 33 1111111 1 99 66 0 3 5 1 66666 222 4 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 000 6 33 0 99999999999999999999999 3 2 3 1 3 0000 444 88888 0 0 0 7777777777777 5555 1 555555 0 0 0 1 9999999 3
lowQualScore : . . ............. . . . . . . . .............................. .. . . . .... . .... . . .............................................. . ...... . ........................ . ... .... . . ......... . . ...... ... .... . . ......... . .. ....... . .. .. . . . . ..... ... . . ............................................................................. .. ... . .. . ....................... . . . . . .... ... ..... . . . ............. .... . ...... . . . . ....... .
lowQualScore : 0 0 3333333333333 0 2 0 0 0 5 5 222222222222222222222222222222 88 0 2 2 2222 2 2222 0 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 999999 3 555555555555555555555555 7 888 4444 4 2 888888888 4 0 888888 888 4444 9 1 555555555 0 77 3333333 0 99 22 6 8 7 0 77777 000 0 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 444 0 22 6 00000000000000000000000 2 0 2 2 2 8888 555 22222 0 0 0 8888888888888 0000 0 888888 2 2 0 2 8888888 2
consensus : GCGTTATTTTTCG---AA-AAAC-C-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-G--GT--ATGG-CGGT----G-GATCCCGANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGT----GA-AA-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTAAATGTAGT----NATA---CTTAG---T-AACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---A-----------AAA--TG----TAACAG-ATAAT-G--TGAAATCNGA-T-GTTTTATTTA---C--AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTC---CTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATNAAGCATGCGNGNTTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
Reference ( family-3803 ) : GCGTTANTNTTCATTCAACAAACCCGTATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-G--GT--ATGG-CGGT----G-GATCCCGAACGTCTGTC--C-CCTCTGGATCCGCCAGT----AA-AA-CT-----------C---------------TTT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTAAATGTAGT----AATA---CTTAG---T-AACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACGTGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTAATTAGCNTA-CTT---A-----------AAA--TG----TANCAG-A-AAT-G--TGAAATCNGA-T-GTTCTGTTTA---C--AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATANGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCGGTTTGGAAT---TTATGAGGT----CTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATTANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------NCTTTTAGAGAC
gi|1 : --C-CCTCTAGATCCGCCAGT----AA-AA-TT-----------TATAAACAAAACATGGTTTCTCG------------TGGTATAATCTT---A-AAATTAAATGTAGT----CATA----------------ATTT-GAAG---T----TTATATATGTTACTTGACCTGAA---------CCAATGTG-TTG-TGCGTTTGTC------ACT---GGTTTCCAATC----AAAAGACC--C--G--CTATTTCCTTTAAC---ACCTTGT-ACTCCC-CGC-ACTTGCTCGGGTCT-TCTCCTAATAT-----TCATTGTATCAATGTAATTAGCTTG-CTT---GAATACAGAGGTAAA--TGTGCATATCAC-ATAA-----TGAAATCCGA-TAGTTCTATTTA---CTTAAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAATATGACAAATGAG------A---AAGA---------AATCATCCAA-TCGGAATATATTATAAGG--------ACATTCTTGTGTGACC-TT--------G----AATCGTGTTGATCAGTTCAAACATGCGT------GCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACTTATAGAGA
gi|10 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccaccaATGTTAAAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-TA--------CAG-G--GT--ATGG--GGT----C-GATCCTGAACATCTGTC--T-C-TCTAGAGTGACCAGT----AA-AA-CT-----------A---------------TTT----------------TGTTAGCAT-TT---ATGCACTTAATGTAGT------TG---CTTggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|12 : acagccttagcaaaaaaaaaaTTTACATATCCAGCA---------TTCATGGG-TTT-TGTGTATGCC------ATC---CACTTACAATA----AAAATACCTA-----A-TATTTCCTTTATTCAAAAT-TGT-GCTCCC-TGC--CTTTTGTGGGTCC-ttgatataattca
gi|13 : GATTCGCCAATCAATAATAATCT-----------C---------------TTT----------------TGGTATCAA-GT---ATAAACATAATGAAGT------------CTAG--------ATTTTGAAG---T----TGATGCTTTTCACATACCCAGCA---------TCCATGTGTTTT-TGTGTTTGTT------ACT---GAC-TCCAATA----CGAaaagacctattactttctttaactaaaattaatgt
gi|15 : ATCAT-AT---ATAAACTTAATGTAGT----CATATGTCT---------ATATT---AAG---T----TTGTGTG-TTTACATGTccataacat
gi|16 : T-TCTGTATCCC------ACT---GACTTCC--TA----A--ATACCC-T--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGgtaatcaaatgtttgt
gi|2 : cGCATTATTTTTCG----A-AAACGTTTATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAA-AT-CAGTTG----CGGCG--GT----GG-TGGT----GCGACCCTGACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCGTTAGT----GA-AA-CT-----------C---------------TTT----------------TGCTATTAT-TT---ATAAACTAAAAGCAGT----AATA---CTTAG---T-AACATTTTGACG---T----TCATGCTTTTTATTTGTCCAACA---------GCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------AAT---GACTTCCAATA----AGAATACCTACATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-AATCTC-CGC-GCTTGCGTGCGTCT-TCTCCTACTAT-----TCCTTATATTAATGTTATTAGCATG--TT---A-----------AAATGTG----TATCAG-A-AAT----TGAAATCTGA-TCGTTTTATTTACTTC--AAAA-TGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAACATAACACAGGAT------AAATAAGATACCTGCGTGATCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGT----CTAACATTA-TAAG-AACG-TT--------C----AAACGTCTGAGTCATATAATGCAGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC------CCTTTTAGAGAC
gi|3 : AATATATT----CATA------AG---TTAACATTTAAAAA---T----GTATGTGTTTTACGTGTCCAGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGTATGACT---GACATTCAATC----AGAA---------GTGCTAGT--ATTTTATCAAA----GC-GCTC---------------GAATCC-TCTCCCGTCAA-----TCCTTGCAT---TGTTATTAGCATA-TTT---A-----------AA----------AACAG-A-AAT-GTATGAAATCTGATT-GTTTTGTTT--------AAA-TAAATACACTTG-AGATAATGGAAACATAGCAAATGAG------AAAT--TA---------GATCACCCAGTTTGGAA-----TATGATCTTA--CTAATATTA-TAAA-AATG-TT--------T----AAAAGTCTGGGCCAAATTAGACATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA--AACCCGTATGATGTACGTTAGTTTT-GAGAATGT-CAGTGGGTATTGG-G--GT--ATAGACGGC----G-GATCCCGACCCCCTCAT--A-CTTCTGGATCAGCTAGT----GA-AA-CTCATTTGATATAC---------------TTTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAG-TTGTAATAAACTAAATATAGTCATCAATA----TAAG---T-A-----TTGAAAAAAT----ATATATGCTTTACATGAGCAGCG---------TCCGTGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GTCTTCCAGTG----AG-ATACCTA-------TATT---TGTAACT-AA---CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-TGTNNNNNNNN-----NNC-TATATT--TGTAACTAaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|5 : aGGTCCCTCTCGTAGCGT-----TTCTTGTATTA-TGTAATTAGCCTT-TTTTTTA-----------AAA--TA-----AAGAG-ATAATTG--TAAAATCAG-----------------C--CAAA-TAACTGCACT-AAAGAAAATATGAACATGACAAATGCG------ACCTTAAA---------G--TATCTGGTTTAG-AT---TT---AGGTCTTACTAACATAA-TAAG-GACGATTATATATTACAGTGAAACGTCTGGGTCAC---AAGCATGCTCAGTAACAGTAACAAA-AAATAAACATATGACCT------AC-TTTGGAAACa
gi|6 : A-AA-CT-----------C---------------CTT----------------T--TATCAT-TT---ATAAACTAAATG--------AATT---CATAGGTCT-A-CATTTTGAAG---T----TTGTGTGTTGTACATGTCCAGCA---------TCCATATG-TAT-TGTaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
gi|7 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacatGCGTTATTGTTCA---AACAAA-----ATAGTATAAGTGATGTTT-AAAAC-ATTCAGTGG----TGA-GTGGTGGATGT-TTGTTGAGG-GGTA--GAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCACTAGT----GA-AC-TT-----------A---------------TTT----------------TGATAGCAT------ATAAA----ATAT--T----AATA-----TAT---T---CAT---AGAG---T----TTATATGCTTAACATGTTAAGCA---------TCCTTGTG-TTTGTGTGTATGTC------ACTGACGACTTCGAATAGTATATACTACTCAT--ATACTACTTCC-CTAACTAAA---T---GCTCCC-
gi|8 : -AA-GT-----------C---------------TCT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTAAATGTAGT----CATA-----TAT---C-TACAGTTTACAG---TTTAATTATGTACTTGGCATGTTCAGCA---------TCCAT-TA-GTC-TGTATATGTC------ACT---TGCTTCCAATA----AGAAGACGTAC--
gi|9 : aactcttctgataccatataatctaagctGGGTCC-TCTCTCATCATAGCGTTCCTTGTATTAATTTTTTTAACATATTTT---T-----------AAA--TA----TAAAAATA-ATT-G--TGAAATCAG-----------------C--AAAA--AAATGCACTCGAAG-AAATATGAACACGACAAATGCGAACTTAAAATAAGA---------ct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA
Unaligned ( gi|14 ): TAAGGTCATTCCAACACCTGTATCACAGTTTGCATGCCTGATTATGCCGACCAAAGGCAAACATTTGATTCACTTTAAGAG
Alignments
lowQualScore : 1111 1 444444 1 1 1 333333333333333333333333333333 1111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777 77777777777777 111111111 111111 222222222 2222222 11 11111 11 111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333 5555555555555555 4444444444444 111111 1111 222222
lowQualScore : 8888 0 999999 1 9 0 0 0 2 2 555555555555555555555555555555 66 1 0 0 7777 3 22222 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 2 777777 55 4 88888888888888 4 777 9999 1 777777777 4 4 222222 777 9999 1 3 888888888 5 33 1111111 1 99 66 0 3 5 1 66666 44 1 1 333 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 99 0 6 22 0 99999999999999999999999 3 3 4 3 5555555555555555 8 8 8 4444444444444 222222 3333 1 1 8 333333 0
lowQualScore : .... . ...... . . . . . . . .............................. .. . . . .... . ..... . .............................................. . ...... .. . .............. . ... .... . ......... . . ...... ... .... . . ......... . .. ....... . .. .. . . . . ..... .. . . ... ... ................................................................. .. .. . . .. . ....................... . . . . ................ . . . ............. ...... .... . . . ...... .
lowQualScore : 2222 0 222222 0 2 0 0 0 5 5 222222222222222222222222222222 88 0 2 2 2222 2 55555 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 8 999999 55 9 00000000000000 7 888 4444 4 888888888 4 0 888888 888 4444 9 1 555555555 0 77 3333333 0 99 22 6 8 7 0 77777 55 0 0 222 000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 66 8 0 44 6 00000000000000000000000 2 2 2 2 2222222222222222 0 0 0 2222222222222 000000 0000 0 4 0 000000 8
consensus : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-G--GT--ATGG-CGGT----G-GATCCCGANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATA---CTTAG----ACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----A--TGTAA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTA---C--AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
Reference ( family-3803 ) : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-G--GT--ATGG-CGGT----G-GATCCCGANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTNATA---CTTAGT-A-ACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----A--TGTAA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTA---C--AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTC---CTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATNAAGCATGCGNGNTTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
gi|1 : --C-CCTCTAGATCCGCCAGTAAA-----A-TT-----------TATAAACAAAACATGGTTTCTCG------------TGGTATAATCTT---A-AAATTA--AATGTAGTCATA--------------ATTT-GAAG---T----TTATATATGTTACTTGACCTGAA---------CCAATGTG-TTG-TGCGTTTGTC------ACT---GGTTTCCAATC----AAAAGACC--C--G--CTATTTCCTTTAAC---ACCTTGT-ACTCCC-CGC-ACTTGCTCGGGTCT-TCTCCTAATAT-----TCATTGTATCAATGTAATTAGCTTG-CTT---GAATACAGA--GGTAAATGTGCATATCACATAA----T--GAAATCCGATAGTTCTATTTA---CTTAAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAATATGACAAATGAG------A---AAGA---------AATCATCCAA-TCGGAATATATTATAAGG--------ACATTCTTGTGTGACC-TT--------G----AATCGTGTTGATCAGTTCAAACATGCGT------GCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACTTATAGAGA
gi|10 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccacca---AA-AA-A----ATGTTAAAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-TA--------CAG-G--GT--ATGG--GGT----C-GATCCTGAACATCTGTC--T-C-TCTAGAGTGACCAGTAAA-----A-CT-----------A---------------TTT----------------TGTTAGCAT-TT---ATGCACTT--AATGTAGT--TG---CTTggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|12 : acagccttagcaaaaaTTTACATATCCAGCA---------TTCATGGG-TTT-TGTGTATGCC------ATC---CACTTACAATA----AAAATACCTA-----A-TATTTCCTTTATTCAAAAT-TGT-GCTCCC-TGC--CTTTTGTGGGTCC-ttgatataattca
gi|13 : GATTCGCCAATCAATAATAATCT-----------C---------------TTT----------------TGGTATCAA-GT---ATAAACAT--AATGAAGTC--------TAG------ATTTTGAAG---T----TGATGCTTTTCACATACCCAGCA---------TCCATGTGTTTT-TGTGTTTGTT------ACT---GAC-TCCAATA----CGAaaagacctattactttctttaactaaaattaatgt
gi|14 : -TAAG-GTCA-TT--------C----CAACACCTGTATCACAGTTTGCATGCCTGATTATGCCGACCAA-AGGCAAACATTTGATTC------ACTTTAAGAGccataacat
gi|15 : ATCAT-AT---ATAAACTT--AATGTAGTCATATGTCT-------ATATT---AAG---T----TTGTGTG-TTTACATGT
gi|16 : T-TCTGTATCCC------ACT---GACTTCC--TA----A--ATACCC-T--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGgtaatcaaatgtttgt
gi|2 : cGCATTATTTTTCG---AA-AACGTT-TATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAA-AT-CAGTTG----CGGCG--GT----GG-TGGT----GCGACCCTGACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCGTTAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGCTATTAT-TT---ATAAACTA--AAAGCAGTAATA---CTTAGT-A-ACATTTTGACG---T----TCATGCTTTTTATTTGTCCAACA---------GCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------AAT---GACTTCCAATA----AGAATACCTACATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-AATCTC-CGC-GCTTGCGTGCGTCT-TCTCCTACTAT-----TCCTTATATTAATGTTATTAGCATG--TT---AAA-----ATGTGTAT----------CAGA-AA-T--T--GAAATCTGATCGTTTTATTTACTTC--AAAA-TGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAACATAACACAGGAT------AAATAAGATACCTGCGTGATCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGT----CTAACATTA-TAAG-AACG-TT--------C----AAACGTCTGAGTCATATAATGCAGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC------CCTTTTAGAGAC
gi|3 : --AATATATTCATA------AGTTA-ACATTTAAAAA---T----GTATGTGTTTTACGTGTCCAGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGTATGACT---GACATTCAATC----AGAA---------GTGCTAGT--ATTTTATCAAA----GC-GCTC---------------GAATCC-TCTCCCGTCAA-----TCCTTGCATT---GTTATTAGCATA-TTT---AAA-----A------A----------CAGA-AA-T-GTATGAAATCTGATTGTTTTGTTTA--------AA-TAAATACACTTGA-GATAATGGAAACATAGCAAATGAG------AAAT--TA---------GATCACCCAGTTTGGAAT-----AT--GATCTTACTAATATTA-TAAA-AATG-TT--------T----AAAAGTCTGGGCCAAATTAGACATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA-AA-CCCGTATGATGTACGTTAGTTTT-GAGAATGT-CAGTGGGTATTGG-G--GT--ATAGACGGC----G-GATCCCGACCCCCTCAT--A-CTTCTGGATCAGCTAGTGAA-----A-CTCATTTGATATAC---------------TTTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAG-TTGTAATAAACTA--AATATAGTCAT------CAAT-ATAAGTATTGAAAAAAT----ATATATGCTTTACATGAGCAGCG---------TCCGTGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GTCTTCCAGTG----AG-ATACCTA-------TATT---TGTAACT-AA---CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-TGTNNNNNNNN-----NNC-TATATT--TGTAACTAaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|5 : aGGTCCCTCTCGTAGCGT-----TTCTTGTATTA-TGTAATTAGCCTT-TTTTTTAAA-----A--TA-AA----------GAGATAA-TTGT--AAAATCAG----------------C--CAAA-TAACTGCACT-AAAGAAAATATGAACATGACAAATGCG------ACCTTAAA---------G--TATCTGGTTTAG-AT---TT---AGGTCTTACTAACATAA-TAAG-GACGATTATATATTACAGTGAAACGTCTGGGTCA---CAAGCATGCTCAGTAACAGTAACAAA-AAATAAACATATGACCT------AC-TTTGGAAACa
gi|6 : AA-----A-CT-----------C---------------CTT----------------T--TATCAT-TT---ATAAACTA--AATGAATTCATAGGTCT-------ACATTTTGAAG---T----TTGTGTGTTGTACATGTCCAGCA---------TCCATATG-TAT-TGTaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
gi|7 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacatGCGTTATTGTTCA---AACAA-A----ATAGTATAAGTGATGTTT-AAAAC-ATTCAGTGG----TGA-GTGGTGGATGT-TTGTTGAGG-GGTA--GAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCACTAGTGAA-----C-TT-----------A---------------TTT----------------TGATAGCAT------ATAAAATATTAATATATTCATA--------------------GAG---T----TTATATGCTTAACATGTTAAGCA---------TCCTTGTG-TTTGTGTGTATGTC------ACTGACGACTTCGAATAGTATATACTACTCAT--ATACTACTTCC-CTAACTAAA---T---GCTCCC-
gi|8 : A-----A-GT-----------C---------------TCT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATA-----TATC-T-ACAGTTTACAG---TTTAATTATGTACTTGGCATGTTCAGCA---------TCCAT-TA-GTC-TGTATATGTC------ACT---TGCTTCCAATA----AGAAGACGTAC--
gi|9 : aactcttctgataccatataatctaagctGGGTCC-TCTCTCATCATAGCGTTCCTTGTATTAATTTTTTTAACATATTTT---TAA-----A--TATAA-----------AAATAATT-GT--GAAATCAG----------------C--AAAA--AAATGCACTCGAAG-AAATATGAACACGACAAATGCGAACTTAAAATAAGA---------ct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 444444 1 1 1 33333333333333333 1 5555555555555 1111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777 4444444444 111111111 111111 222222222 2222222 11 11111 11 111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333 2222222222222222 4444444444444 1111 222222
lowQualScore : 8888 0 999999 1 9 0 0 0 2 2 66666666666666666 0 3333333333333 1 0 0 7777 3 22222 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 777 55 5555555555 4 777 9999 1 777777777 4 4 222222 777 9999 1 3 888888888 5 33 1111111 1 99 66 0 3 5 1 66666 44 1 1 333 444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 99 0 6 22 0 99999999999999999999999 3 3 4 3 9999999999999999 8 8 8 4444444444444 1111 1 8888 1 1 8 333333 0
lowQualScore : .... . ...... . . . . . . . ................. . ............. . . . .... . ..... . .............................................. . .. ... .. .......... . ... .... . ......... . . ...... ... .... . . ......... . .. ....... . .. .. . . . . ..... .. . . ... ... ................................................................. .. .. . . .. . ....................... . . . . ................ . . . ............. .... . .... . . . ...... .
lowQualScore : 2222 0 222222 0 2 0 0 0 5 5 00000000000000000 0 2222222222222 0 2 2 2222 2 55555 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 8 44 888 55 9999999999 7 888 4444 4 888888888 4 0 888888 888 4444 9 1 555555555 0 77 3333333 0 99 22 6 8 7 0 77777 55 0 0 222 000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 66 8 0 44 6 00000000000000000000000 2 2 2 2 2222222222222222 0 0 0 2222222222222 8888 0 8888 0 4 0 000000 8
consensus : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN-NTAT--ACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----A--TGTAA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTA---C--AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
Reference ( family-3803 ) : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCC------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAC-TTAG--ACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----A--TGTAA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTA---C--AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
gi|1 : --C-CCTCTAGATCCGCCAGTAAA-----A-TT-----------TATAAACAAAACATGGTTTCTCG------------TGGTATAATCTT---A-AAATTA--AATGTAGTCATA----------ATTT-GAAG---T----TTATATATGTTACTTGACCTGAA---------CCAATGTG-TTG-TGCGTTTGTC------ACT---GGTTTCCAATC----AAAAGACC--C--G--CTATTTCCTTTAAC---ACCTTGT-ACTCCC-CGC-ACTTGCTCGGGTCT-TCTCCTAATAT-----TCATTGTATCAATGTAATTAGCTTG-CTT---GAATACAGA--GGTAAATGTGCATATCACATAA----T--GAAATCCGATAGTTCTATTTA---CTTAAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAATATGACAAATGAG------A---AAGA---------AATCATCCAA-TCGGAATATATTATAAGG--------ACATTCTTGTGTGACC-TT--------G----AATCGTGTTGATCAGTTCAAACATGCGT------GCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACTTATAGAGA
gi|10 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccacca---AA-AA-A----ATGTTAAAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-TA--------CAG-GGTATGG--GGTC-GATCCT------------GAACATCTGTC--T-C-TCTAGAGTGACCAGTAAA-----A-CT-----------A---------------TTT----------------TGTTAGCAT-TT---ATGCACTT--AATGTAGT--TGC-TTggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|12 : acagccttagcaaaaaTTTACATATCCAGCA---------TTCATGGG-TTT-TGTGTATGCC------ATC---CACTTACAATA----AAAATACCTA-----A-TATTTCCTTTATTCAAAAT-TGT-GCTCCC-TGC--CTTTTGTGGGTCC-ttgatataattca
gi|13 : GATTCGCCAATCAATAATAATCT-----------C---------------TTT----------------TGGTATCAA-GT---ATAAACAT--AATGAAGTC------TAG--A--TTTTGAAG---T----TGATGCTTTTCACATACCCAGCA---------TCCATGTGTTTT-TGTGTTTGTT------ACT---GAC-TCCAATA----CGAaaagacctattactttctttaactaaaattaatgt
gi|14 : -TAAG-GTCA-TT--------C----CAACACCTGTATCACAGTTTGCATGCCTGATTATGCCGACCAA-AGGCAAACATTTGATTC------ACTTTAAGAGccataacat
gi|15 : ATCAT-AT---ATAAACTT--AATGTAGTCATAT-GTCT--ATATT---AAG---T----TTGTGTG-TTTACATGT
gi|16 : T-TCTGTATCCC------ACT---GACTTCC--TA----A--ATACCC-T--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGgtaatcaaatgtttgt
gi|2 : cGCATTATTTTTCG---AA-AACGTT-TATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAA-AT-CAGTTG----CGGCGGT--GG-TGGTGCGACCCT------------GACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCGTTAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGCTATTAT-TT---ATAAACTA--AAAGCAGTAATAC-TTAGTAACATTTTGACG---T----TCATGCTTTTTATTTGTCCAACA---------GCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------AAT---GACTTCCAATA----AGAATACCTACATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-AATCTC-CGC-GCTTGCGTGCGTCT-TCTCCTACTAT-----TCCTTATATTAATGTTATTAGCATG--TT---AAA-----ATGTGTAT----------CAGA-AA-T--T--GAAATCTGATCGTTTTATTTACTTC--AAAA-TGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAACATAACACAGGAT------AAATAAGATACCTGCGTGATCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGT----CTAACATTA-TAAG-AACG-TT--------C----AAACGTCTGAGTCATATAATGCAGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC------CCTTTTAGAGAC
gi|3 : --AATATATTCATAAGTTA---ACATTTAAAAA---T----GTATGTGTTTTACGTGTCCAGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGTATGACT---GACATTCAATC----AGAA---------GTGCTAGT--ATTTTATCAAA----GC-GCTC---------------GAATCC-TCTCCCGTCAA-----TCCTTGCATT---GTTATTAGCATA-TTT---AAA-----A------A----------CAGA-AA-T-GTATGAAATCTGATTGTTTTGTTTA--------AA-TAAATACACTTGA-GATAATGGAAACATAGCAAATGAG------AAAT--TA---------GATCACCCAGTTTGGAAT-----AT--GATCTTACTAATATTA-TAAA-AATG-TT--------T----AAAAGTCTGGGCCAAATTAGACATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA-AA-CCCGTATGATGTACGTTAGTTTT-GAGAATGT-CAGTGGGTATTGG-GGTATAGACGGCG-GATCCC------------GACCCCCTCAT--A-CTTCTGGATCAGCTAGTGAA-----A-CTCATTTGATATAC---------------TTTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAG-TTGTAATAAACTA--AATATAGTCATCA-ATAT--AAGTATTGAAAAAAT----ATATATGCTTTACATGAGCAGCG---------TCCGTGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GTCTTCCAGTG----AG-ATACCTA-------TATT---TGTAACT-AA---CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-TGTNNNNNNNN-----NNC-TATATT--TGTAACTAaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|5 : aGGTCCCTCTCGTAGCGT-----TTCTTGTATTA-TGTAATTAGCCTT-TTTTTTAAA-----A--TA-AA----------GAGATAA-TTGT--AAAATCAG----------------C--CAAA-TAACTGCACT-AAAGAAAATATGAACATGACAAATGCG------ACCTTAAA---------G--TATCTGGTTTAGA-T---TTA---GGTCTTACTAACATAA-TAAG-GACGATTATATATTACAGTGAAACGTCTGGGTCA---CAAGCATGCTCAGTAACAGTAACAAA-AAATAAACATATGACCT------AC-TTTGGAAACa
gi|6 : AA-----A-CT-----------C---------------CTT----------------T--TATCAT-TT---ATAAACTA--AATGAATTCATAG-GTCT--ACATTTTGAAG---T----TTGTGTGTTGTACATGTCCAGCA---------TCCATATG-TAT-TGTaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
gi|7 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacatGCGTTATTGTTCA---AACAA-A----ATAGTATAAGTGATGTTT-AAAAC-ATTCAGTGG----TGA-G-------TGGTG-GATGTTTGTTGAGGGGTAGAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCACTAGTGAA-----C-TT-----------A---------------TTT----------------TGATAGCA---T---ATAAAATATTAATATATTCATA----------------GAG---T----TTATATGCTTAACATGTTAAGCA---------TCCTTGTG-TTTGTGTGTATGTC------ACTGACGACTTCGAATAGTATATACTACTCAT--ATACTACTTCC-CTAACTAAA---T---GCTCCC-
gi|8 : A-----A-GT-----------C---------------TCT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAT-ATCT--ACAGTTTACAG---TTTAATTATGTACTTGGCATGTTCAGCA---------TCCAT-TA-GTC-TGTATATGTC------ACT---TGCTTCCAATA----AGAAGACGTAC--
gi|9 : aactcttctgataccatataatctaagctGGGTCC-TCTCTCATCATAGCGTTCCTTGTATTAATTTTTTTAACATATTTT---TAA-----A--TATAA-----------AAATAATT-GT--GAAATCAG----------------C--AAAA--AAATGCACTCGAAG-AAATATGAACACGACAAATGCGAACTTAAAATAAGA---------ct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 444444 1 1 1 33333333333333333 1 555555555555 1111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777 333333333 111111111 111111 222222222 2222222 11 11111 11 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333 222222222 1111 4444444444444 1111 222222
lowQualScore : 8888 0 999999 1 9 0 0 0 2 2 66666666666666666 0 111111111111 1 0 0 7777 3 22222 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 777 55 000000000 777 9999 1 777777777 4 4 222222 777 9999 1 3 888888888 5 33 1111111 1 99 66 0 3 5 1 66666 44 1 1 99 4444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 99 0 6 22 0 99999999999999999999999 3 3 4 3 444444444 3 7777 8 8 8 4444444444444 1111 1 8888 1 1 8 333333 0
lowQualScore : .... . ...... . . . . . . . ................. . ............ . . . .... . ..... . .............................................. . .. ... .. ......... ... .... . ......... . . ...... ... .... . . ......... . .. ....... . .. .. . . . . ..... .. . . .. .... ............................................................... .. .. . . .. . ....................... . . . . ......... . .... . . . ............. .... . .... . . . ...... .
lowQualScore : 2222 0 222222 0 2 0 0 0 5 5 00000000000000000 0 222222222222 0 2 2 2222 2 55555 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 8 44 888 55 000000000 888 4444 4 888888888 4 0 888888 888 4444 9 1 555555555 0 77 3333333 0 99 22 6 8 7 0 77777 55 0 0 44 8888 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 66 8 0 44 6 00000000000000000000000 2 2 2 2 222222222 2 8888 0 0 0 2222222222222 8888 0 8888 0 4 0 000000 8
consensus : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATANGTC-TA-CATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
Reference ( family-3803 ) : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATANNTA-TA-CATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTAC---AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
gi|1 : --C-CCTCTAGATCCGCCAGTAAA-----A-TT-----------TATAAACAAAACATGGTTTCTCG------------TGGTATAATCTT---A-AAATTA--AATGTAGTCATAA----------TTTGAAG---T----TTATATATGTTACTTGACCTGAA---------CCAATGTG-TTG-TGCGTTTGTC------ACT---GGTTTCCAATC----AAAAGACC--C--G--CTATTTCCTTTAAC---ACCTTGT-ACTCCC-CGC-ACTTGCTCGGGTCT-TCTCCTAATAT-----TCATTGTATCAATGTAATTAGCTTG-CTT---GAATACAGAGGT--AAATGTGCATATCACATAA----T--GAAATCCGATAGTTCTATTTACTT-AAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAATATGACAAATGAG------A---AAGA---------AATCATCCAA-TCGGAATATATTATAAGG--------ACATTCTTGTGTGACC-TT--------G----AATCGTGTTGATCAGTTCAAACATGCGT------GCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACTTATAGAGA
gi|10 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccacca---AA-AA-A----ATGTTAAAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-TA--------CAG-GGTATGG--GGTC-GATCCT------------GAACATCTGTC--T-C-TCTAGAGTGACCAGTAAA-----A-CT-----------A---------------TTT----------------TGTTAGCAT-TT---ATGCACTT--AATGTAGTggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|12 : acagccttagcaaaaaTTTACATATCCAGCA---------TTCATGGG-TTT-TGTGTATGCC------ATC---CACTTACAATA----AAAATACCTA-----A-TATTTCCTTTATTCAAAAT-TGT-GCTCCC-TGC--CTTTTGTGGGTCC-tgcttttgatataattca
gi|13 : GATTCGCCAATCAATAATAATCT-----------C---------------TTT----------------TGGTATCAA-GT---ATAAACAT--AATGAAGTC--------TA-GATTTTGAAG---T----TGATGCTTTTCACATACCCAGCA---------TCCATGTGTTTT-TGTGTTTGTT------ACT---GAC-TCCAATA----CGAaaagacctattactttctttaactaaaattaatgt
gi|14 : -TAAG-GTCA-TT--------C----CAACACCTGTATCACAGTTTGCATGCCTGATTATGCCGACCAA-AGGCAAACATTTGATTC------ACTTTAAGAGccataacat
gi|15 : ATCAT-AT---ATAAACTT--AATGTAGTCATATGTC-TA-TATT---AAG---T----TTGTGTG-TTTACATGT
gi|16 : T-TCTGTATCCC------ACT---GACTTCC--TA----A--ATACCC-T--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGgtaatcaaatgtttgt
gi|2 : cGCATTATTTTTCG---AA-AACGTT-TATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAA-AT-CAGTTG----CGGCGGT--GG-TGGTGCGACCCT------------GACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCGTTAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGCTATTAT-TT---ATAAACTA--AAAGCAGTAATACTTAGTAACATTTTGACG---T----TCATGCTTTTTATTTGTCCAACA---------GCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------AAT---GACTTCCAATA----AGAATACCTACATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-AATCTC-CGC-GCTTGCGTGCGTCT-TCTCCTACTAT-----TCCTTATATTAATGTTATTAGCATG-TT----AAA-----ATGTGTAT----------CAGA-AA-T--T--GAAATCTGATCGTTTTATTTACTTCAAAA-TGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAACATAACACAGGAT------AAATAAGATACCTGCGTGATCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGTCT----AACATTA-TAAG-AACG-TT--------C----AAACGTCTGAGTCATATAATGCAGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC------CCTTTTAGAGAC
gi|3 : --AATATATTCATAAGTT-AA-CATTTAAAAA---T----GTATGTGTTTTACGTGTCCAGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGTATGACT---GACATTCAATC----AGAA---------GTGCTAGT--ATTTTATCAAA----GC-GCTC---------------GAATCC-TCTCCCGTCAA-----TCCTTGCATT---GTTATTAGCATA-TTT---AAA-----A------A----------CAGA-AA-T-GTATGAAATCTGATTGTTTTGTTTA------AA-TAAATACACTTGA-GATAATGGAAACATAGCAAATGAG------AAAT--TA---------GATCACCCAGTTTGGAAT-----AT--GATCTTACTAATATTA-TAAA-AATG-TT--------T----AAAAGTCTGGGCCAAATTAGACATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA-AA-CCCGTATGATGTACGTTAGTTTT-GAGAATGT-CAGTGGGTATTGG-GGTATAGACGGCG-GATCCC------------GACCCCCTCAT--A-CTTCTGGATCAGCTAGTGAA-----A-CTCATTTGATATAC---------------TTTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAG-TTGTAATAAACTA--AATATAGTCATCAATA-TA-AGTATTGAAAAAAT----ATATATGCTTTACATGAGCAGCG---------TCCGTGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GTCTTCCAGTG----AG-ATACCTA-------TATT---TGTAACT-AA---CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-TGTNNNNNNNN-----NNC-TATATT--TGTAACTAaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|5 : aGGTCCCTCTCGTAGCGT-----TTCTTGTATTA-TGTAATTAGCCTT-TTTTTTAAA-----ATA---AA----------GAGATAA-TTGT--AAAATCAG-------------C---CAAA-TAACTGCACT-AAAGAAAATATGAACATGACAAATGCG------ACCTTAAA---------G--TATCTGGTTTAGA-T---TTA---GGTCTTACTAACATAA-TAAG-GACGATTATATATTACAGTGAAACGTCTGGGTCA---CAAGCATGCTCAGTAACAGTAACAAA-AAATAAACATATGACCT------AC-TTTGGAAACa
gi|6 : AA-----A-CT-----------C---------------CTT----------------T--TATCAT-TT---ATAAACTA--AATGAATTCATAGGTC-TA-CATTTTGAAG---T----TTGTGTGTTGTACATGTCCAGCA---------TCCATATG-TAT-TGTaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
gi|7 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacatGCGTTATTGTTCA---AACAA-A----ATAGTATAAGTGATGTTT-AAAAC-ATTCAGTGG----TGA-G-------TGGTG-GATGTTTGTTGAGGGGTAGAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCACTAGTGAA-----C-TT-----------A---------------TTT----------------TGATAGCA---T---ATAAAATATTAATATATTCATAG---------------AG---T----TTATATGCTTAACATGTTAAGCA---------TCCTTGTG-TTTGTGTGTATGTC------ACTGACGACTTCGAATAGTATATACTACTCAT--ATACTACTTCC-CTAACTAAA---T---GCTCCC-
gi|8 : A-----A-GT-----------C---------------TCT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATATATC-TA-CAGTTTACAG---TTTAATTATGTACTTGGCATGTTCAGCA---------TCCAT-TA-GTC-TGTATATGTC------ACT---TGCTTCCAATA----AGAAGACGTAC--
gi|9 : aactcttctgataccatataatctaagctGGGTCC-TCTCTCATCATAGCGTTCCTTGTATTAATTTTTTTAACATATTTT---TAA-----ATAT--AA-----------AAATAATT-GT--GAAATCAG-------------C---AAAA--AAATGCACTCGAAG-AAATATGAACACGACAAATGCGAACTTAAAATAAGA---------ct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 444444 1 1 1 33333333333333333 1 555555555555 1111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111111 111111 222222222 2222222 11 11111 11 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333 222222222 1111 4444444444444 1111 222222
lowQualScore : 8888 0 999999 1 9 0 0 0 2 2 66666666666666666 0 111111111111 1 0 0 7777 3 22222 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 777 55 77777777 2 777 9999 1 777777777 4 4 222222 777 9999 1 3 888888888 5 33 1111111 1 99 66 0 3 5 1 66666 44 1 1 99 4444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 99 0 6 22 0 99999999999999999999999 3 3 4 3 444444444 3 7777 8 8 8 4444444444444 1111 1 8888 1 1 8 333333 0
lowQualScore : .... . ...... . . . . . . . ................. . ............ . . . .... . ..... . .............................................. . .. ... .. ........ . ... .... . ......... . . ...... ... .... . . ......... . .. ....... . .. .. . . . . ..... .. . . .. .... ............................................................... .. .. . . .. . ....................... . . . . ......... . .... . . . ............. .... . .... . . . ...... .
lowQualScore : 2222 0 222222 0 2 0 0 0 5 5 00000000000000000 0 222222222222 0 2 2 2222 2 55555 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 8 44 888 55 33333333 9 888 4444 4 888888888 4 0 888888 888 4444 9 1 555555555 0 77 3333333 0 99 22 6 8 7 0 77777 55 0 0 44 8888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 66 8 0 44 6 00000000000000000000000 2 2 2 2 222222222 2 8888 0 0 0 2222222222222 8888 0 8888 0 4 0 000000 8
consensus : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN---GTCTACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
Reference ( family-3803 ) : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN---GTCTACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
gi|1 : --C-CCTCTAGATCCGCCAGTAAA-----A-TT-----------TATAAACAAAACATGGTTTCTCG------------TGGTATAATCTT---A-AAATTA--AATGTAGTCATAA-----------TTTGAAG---T----TTATATATGTTACTTGACCTGAA---------CCAATGTG-TTG-TGCGTTTGTC------ACT---GGTTTCCAATC----AAAAGACC--C--G--CTATTTCCTTTAAC---ACCTTGT-ACTCCC-CGC-ACTTGCTCGGGTCT-TCTCCTAATAT-----TCATTGTATCAATGTAATTAGCTTG-CTT---GAATACAGAGGT--AAATGTGCATATCACATAA----T--GAAATCCGATAGTTCTATTTACTT-AAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAATATGACAAATGAG------A---AAGA---------AATCATCCAA-TCGGAATATATTATAAGG--------ACATTCTTGTGTGACC-TT--------G----AATCGTGTTGATCAGTTCAAACATGCGT------GCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACTTATAGAGA
gi|10 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccacca---AA-AA-A----ATGTTAAAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-TA--------CAG-GGTATGG--GGTC-GATCCT------------GAACATCTGTC--T-C-TCTAGAGTGACCAGTAAA-----A-CT-----------A---------------TTT----------------TGTTAGCAT-TT---ATGCACTT--AATGTAGTggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|12 : acagccttagcaaaaaTTTACATATCCAGCA---------TTCATGGG-TTT-TGTGTATGCC------ATC---CACTTACAATA----AAAATACCTA-----A-TATTTCCTTTATTCAAAAT-TGT-GCTCCC-TGC--CTTTTGTGGGTCC-tgcttttgatataattca
gi|13 : GATTCGCCAATCAATAATAATCT-----------C---------------TTT----------------TGGTATCAA-GT---ATAAACAT--AATG-------AA---GTCTAGATTTTGAAG---T----TGATGCTTTTCACATACCCAGCA---------TCCATGTGTTTT-TGTGTTTGTT------ACT---GAC-TCCAATA----CGAaaagacctattactttctttaactaaaattaatgt
gi|14 : -TAAG-GTCA-TT--------C----CAACACCTGTATCACAGTTTGCATGCCTGATTATGCCGACCAA-AGGCAAACATTTGATTC------ACTTTAAGAGccataacat
gi|15 : ATCAT-AT---ATAAACTT--AATGTAGTCATAT---GTCTATATT---AAG---T----TTGTGTG-TTTACATGT
gi|16 : T-TCTGTATCCC------ACT---GACTTCC--TA----A--ATACCC-T--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGgtaatcaaatgtttgt
gi|2 : cGCATTATTTTTCG---AA-AACGTT-TATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAA-AT-CAGTTG----CGGCGGT--GG-TGGTGCGACCCT------------GACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCGTTAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGCTATTAT-TT---ATAAACTA--AAAGCAGTAATACTTAGTA-ACATTTTGACG---T----TCATGCTTTTTATTTGTCCAACA---------GCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------AAT---GACTTCCAATA----AGAATACCTACATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-AATCTC-CGC-GCTTGCGTGCGTCT-TCTCCTACTAT-----TCCTTATATTAATGTTATTAGCATG-TT----AAA-----ATGTGTAT----------CAGA-AA-T--T--GAAATCTGATCGTTTTATTTACTTCAAAA-TGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAACATAACACAGGAT------AAATAAGATACCTGCGTGATCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGTCT----AACATTA-TAAG-AACG-TT--------C----AAACGTCTGAGTCATATAATGCAGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC------CCTTTTAGAGAC
gi|3 : --AATATATTCATAA---GTTAACATTTAAAAA---T----GTATGTGTTTTACGTGTCCAGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGTATGACT---GACATTCAATC----AGAA---------GTGCTAGT--ATTTTATCAAA----GC-GCTC---------------GAATCC-TCTCCCGTCAA-----TCCTTGCATT---GTTATTAGCATA-TTT---AAA-----A------A----------CAGA-AA-T-GTATGAAATCTGATTGTTTTGTTTA------AA-TAAATACACTTGA-GATAATGGAAACATAGCAAATGAG------AAAT--TA---------GATCACCCAGTTTGGAAT-----AT--GATCTTACTAATATTA-TAAA-AATG-TT--------T----AAAAGTCTGGGCCAAATTAGACATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA-AA-CCCGTATGATGTACGTTAGTTTT-GAGAATGT-CAGTGGGTATTGG-GGTATAGACGGCG-GATCCC------------GACCCCCTCAT--A-CTTCTGGATCAGCTAGTGAA-----A-CTCATTTGATATAC---------------TTTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAG-TTGTAATAAACTA--AATATAGTCATCA---ATATAAGTATTGAAAAAAT----ATATATGCTTTACATGAGCAGCG---------TCCGTGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GTCTTCCAGTG----AG-ATACCTA-------TATT---TGTAACT-AA---CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-TGTNNNNNNNN-----NNC-TATATT--TGTAACTAaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|5 : aGGTCCCTCTCGTAGCGT-----TTCTTGTATTA-TGTAATTAGCCTT-TTTTTTAAA-----ATA---AA----------GAGATAA-TTGT--AAAATCAG-------------CC---AAA-TAACTGCACT-AAAGAAAATATGAACATGACAAATGCG------ACCTTAAA---------G--TATCTGGTTTAGA-T---TTA---GGTCTTACTAACATAA-TAAG-GACGATTATATATTACAGTGAAACGTCTGGGTCA---CAAGCATGCTCAGTAACAGTAACAAA-AAATAAACATATGACCT------AC-TTTGGAAACa
gi|6 : AA-----A-CT-----------C---------------CTT----------------T--TATCAT-TT---ATAAACTA--AATGAATTCATAG---GTCTACATTTTGAAG---T----TTGTGTGTTGTACATGTCCAGCA---------TCCATATG-TAT-TGTaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
gi|7 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacatGCGTTATTGTTCA---AACAA-A----ATAGTATAAGTGATGTTT-AAAAC-ATTCAGTGG----TGA-G-------TGGTG-GATGTTTGTTGAGGGGTAGAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCACTAGTGAA-----C-TT-----------A---------------TTT----------------TGATAGCA---T---ATAAAATATTAATATATTCATAG----------------AG---T----TTATATGCTTAACATGTTAAGCA---------TCCTTGTG-TTTGTGTGTATGTC------ACTGACGACTTCGAATAGTATATACTACTCAT--ATACTACTTCC-CTAACTAAA---T---GCTCCC-
gi|8 : A-----A-GT-----------C---------------TCT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAT---ATCTACAGTTTACAG---TTTAATTATGTACTTGGCATGTTCAGCA---------TCCAT-TA-GTC-TGTATATGTC------ACT---TGCTTCCAATA----AGAAGACGTAC--
gi|9 : aactcttctgataccatataatctaagctGGGTCC-TCTCTCATCATAGCGTTCCTTGTATTAATTTTTTTAACATATTTT---TAA-----ATAT--AA-----------AAATAATT-GT--GAAATCAG---------------C-AAAA--AAATGCACTCGAAG-AAATATGAACACGACAAATGCGAACTTAAAATAAGA---------ct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 444444 1 1 1 33333333333333333 1 555555555555 1111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111111 111111 222222222 2222222 11 11111 11 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333 222222222 1111 4444444444444 1111 222222
lowQualScore : 8888 0 999999 1 9 0 0 0 2 2 66666666666666666 0 111111111111 1 0 0 7777 3 22222 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 777 55 77777777 2 777 9999 1 777777777 4 4 222222 777 9999 1 3 888888888 5 33 1111111 1 99 66 0 3 5 1 66666 44 1 1 99 4444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 99 0 6 22 0 99999999999999999999999 3 3 4 3 444444444 3 7777 8 8 8 4444444444444 1111 1 8888 1 1 8 333333 0
lowQualScore : .... . ...... . . . . . . . ................. . ............ . . . .... . ..... . .............................................. . .. ... .. ........ . ... .... . ......... . . ...... ... .... . . ......... . .. ....... . .. .. . . . . ..... .. . . .. .... ............................................................... .. .. . . .. . ....................... . . . . ......... . .... . . . ............. .... . .... . . . ...... .
lowQualScore : 2222 0 222222 0 2 0 0 0 5 5 00000000000000000 0 222222222222 0 2 2 2222 2 55555 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 8 44 888 55 33333333 9 888 4444 4 888888888 4 0 888888 888 4444 9 1 555555555 0 77 3333333 0 99 22 6 8 7 0 77777 55 0 0 44 8888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 66 8 0 44 6 00000000000000000000000 2 2 2 2 222222222 2 8888 0 0 0 2222222222222 8888 0 8888 0 4 0 000000 8
consensus : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN---GTCTACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
Reference ( family-3803 ) : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN---GTCTACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
gi|1 : --C-CCTCTAGATCCGCCAGTAAA-----A-TT-----------TATAAACAAAACATGGTTTCTCG------------TGGTATAATCTT---A-AAATTA--AATGTAGTCATAA-----------TTTGAAG---T----TTATATATGTTACTTGACCTGAA---------CCAATGTG-TTG-TGCGTTTGTC------ACT---GGTTTCCAATC----AAAAGACC--C--G--CTATTTCCTTTAAC---ACCTTGT-ACTCCC-CGC-ACTTGCTCGGGTCT-TCTCCTAATAT-----TCATTGTATCAATGTAATTAGCTTG-CTT---GAATACAGAGGT--AAATGTGCATATCACATAA----T--GAAATCCGATAGTTCTATTTACTT-AAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAATATGACAAATGAG------A---AAGA---------AATCATCCAA-TCGGAATATATTATAAGG--------ACATTCTTGTGTGACC-TT--------G----AATCGTGTTGATCAGTTCAAACATGCGT------GCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACTTATAGAGA
gi|10 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccacca---AA-AA-A----ATGTTAAAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-TA--------CAG-GGTATGG--GGTC-GATCCT------------GAACATCTGTC--T-C-TCTAGAGTGACCAGTAAA-----A-CT-----------A---------------TTT----------------TGTTAGCAT-TT---ATGCACTT--AATGTAGTggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|12 : acagccttagcaaaaaTTTACATATCCAGCA---------TTCATGGG-TTT-TGTGTATGCC------ATC---CACTTACAATA----AAAATACCTA-----A-TATTTCCTTTATTCAAAAT-TGT-GCTCCC-TGC--CTTTTGTGGGTCC-tgcttttgatataattca
gi|13 : GATTCGCCAATCAATAATAATCT-----------C---------------TTT----------------TGGTATCAA-GT---ATAAACAT--AATG-------AA---GTCTAGATTTTGAAG---T----TGATGCTTTTCACATACCCAGCA---------TCCATGTGTTTT-TGTGTTTGTT------ACT---GAC-TCCAATA----CGAaaagacctattactttctttaactaaaattaatgt
gi|14 : -TAAG-GTCA-TT--------C----CAACACCTGTATCACAGTTTGCATGCCTGATTATGCCGACCAA-AGGCAAACATTTGATTC------ACTTTAAGAGccataacat
gi|15 : ATCAT-AT---ATAAACTT--AATGTAGTCATAT---GTCTATATT---AAG---T----TTGTGTG-TTTACATGT
gi|16 : T-TCTGTATCCC------ACT---GACTTCC--TA----A--ATACCC-T--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGgtaatcaaatgtttgt
gi|2 : cGCATTATTTTTCG---AA-AACGTT-TATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAA-AT-CAGTTG----CGGCGGT--GG-TGGTGCGACCCT------------GACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCGTTAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGCTATTAT-TT---ATAAACTA--AAAGCAGTAATACTTAGTA-ACATTTTGACG---T----TCATGCTTTTTATTTGTCCAACA---------GCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------AAT---GACTTCCAATA----AGAATACCTACATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-AATCTC-CGC-GCTTGCGTGCGTCT-TCTCCTACTAT-----TCCTTATATTAATGTTATTAGCATG-TT----AAA-----ATGTGTAT----------CAGA-AA-T--T--GAAATCTGATCGTTTTATTTACTTCAAAA-TGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAACATAACACAGGAT------AAATAAGATACCTGCGTGATCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGTCT----AACATTA-TAAG-AACG-TT--------C----AAACGTCTGAGTCATATAATGCAGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC------CCTTTTAGAGAC
gi|3 : --AATATATTCATAA---GTTAACATTTAAAAA---T----GTATGTGTTTTACGTGTCCAGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGTATGACT---GACATTCAATC----AGAA---------GTGCTAGT--ATTTTATCAAA----GC-GCTC---------------GAATCC-TCTCCCGTCAA-----TCCTTGCATT---GTTATTAGCATA-TTT---AAA-----A------A----------CAGA-AA-T-GTATGAAATCTGATTGTTTTGTTTA------AA-TAAATACACTTGA-GATAATGGAAACATAGCAAATGAG------AAAT--TA---------GATCACCCAGTTTGGAAT-----AT--GATCTTACTAATATTA-TAAA-AATG-TT--------T----AAAAGTCTGGGCCAAATTAGACATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA-AA-CCCGTATGATGTACGTTAGTTTT-GAGAATGT-CAGTGGGTATTGG-GGTATAGACGGCG-GATCCC------------GACCCCCTCAT--A-CTTCTGGATCAGCTAGTGAA-----A-CTCATTTGATATAC---------------TTTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAG-TTGTAATAAACTA--AATATAGTCATCA---ATATAAGTATTGAAAAAAT----ATATATGCTTTACATGAGCAGCG---------TCCGTGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GTCTTCCAGTG----AG-ATACCTA-------TATT---TGTAACT-AA---CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-TGTNNNNNNNN-----NNC-TATATT--TGTAACTAaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|5 : aGGTCCCTCTCGTAGCGT-----TTCTTGTATTA-TGTAATTAGCCTT-TTTTTTAAA-----ATA---AA----------GAGATAA-TTGT--AAAATCAG-------------CC---AAA-TAACTGCACT-AAAGAAAATATGAACATGACAAATGCG------ACCTTAAA---------G--TATCTGGTTTAGA-T---TTA---GGTCTTACTAACATAA-TAAG-GACGATTATATATTACAGTGAAACGTCTGGGTCA---CAAGCATGCTCAGTAACAGTAACAAA-AAATAAACATATGACCT------AC-TTTGGAAACa
gi|6 : AA-----A-CT-----------C---------------CTT----------------T--TATCAT-TT---ATAAACTA--AATGAATTCATAG---GTCTACATTTTGAAG---T----TTGTGTGTTGTACATGTCCAGCA---------TCCATATG-TAT-TGTaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
gi|7 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacatGCGTTATTGTTCA---AACAA-A----ATAGTATAAGTGATGTTT-AAAAC-ATTCAGTGG----TGA-G-------TGGTG-GATGTTTGTTGAGGGGTAGAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCACTAGTGAA-----C-TT-----------A---------------TTT----------------TGATAGCA---T---ATAAAATATTAATATATTCATAG----------------AG---T----TTATATGCTTAACATGTTAAGCA---------TCCTTGTG-TTTGTGTGTATGTC------ACTGACGACTTCGAATAGTATATACTACTCAT--ATACTACTTCC-CTAACTAAA---T---GCTCCC-
gi|8 : A-----A-GT-----------C---------------TCT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAT---ATCTACAGTTTACAG---TTTAATTATGTACTTGGCATGTTCAGCA---------TCCAT-TA-GTC-TGTATATGTC------ACT---TGCTTCCAATA----AGAAGACGTAC--
gi|9 : aactcttctgataccatataatctaagctGGGTCC-TCTCTCATCATAGCGTTCCTTGTATTAATTTTTTTAACATATTTT---TAA-----ATAT--AA-----------AAATAATT-GT--GAAATCAG---------------C-AAAA--AAATGCACTCGAAG-AAATATGAACACGACAAATGCGAACTTAAAATAAGA---------ct
blockSeqs : ATTC C CGTTT T C T T T G T GTATTGGGGTATAGAC C TGTTGAGGGGTA C AAC C TAATA T CATTTGATATACTTTATTAAAGGAAATTACT T T GTA TT CTTAGTA G AAA TTAA T GCCATAGGT T G TGTATG GAC GTAT A T TACATGTAC T CA ATTGT C GA AG T C C AGCGT AA T A AT TTTT ATGTGTATCAGAAATTGAAATCTGATCGTTTTATTTACTTCA T TG T TA AAATAAGATACCTGCGT A T A A TTATAA T TACT . . A ATATATTACAGTG CAGT T CTGA T T T .
blockSeqs : A . CCCGT A A . . . G G CGGCGGTGGT . . C CT T . . ATTT G A . . AGTCT T . . T . . . . . . G T CATATAC T TA CGCT T T G G . T . AA T A G T AACAGAAATGTATGAAATCTGATTGTTTTGTTTA T TG A GG AACTTAAAATAAGA A T T A TTA T TACT . . . C TATA T GGGA T T . .
blockSeqs : . A G . . . . G G TGAGT . . A T C . . CTTT C T . . TGTCT C . . T . . . . . . G T CTGTAC T TA TGC C C . C . N . A A C A T ATAAAGAGATAATTGTAAAATCAGCC T CG A AT ACCTTAAA . T T . AT T . . . . C AATT G TGGC T C . .
blockSeqs : A . . . CTTT A T . . AGTTA C . . C . . . . . . G T GTGC T CA GC C . . . . G . . A A T . ATATAAAAATAATTGTGAAATCAGCA . A . AT AAATTA . . . T C A TCAG A C . .
blockSeqs : . . CCTT A G . . AATAT A . . T . . . . . . G T TAA . TA T . . T . . T
blockSeqs : . . ATTT A T . . GGTCT C . . C . . . . . . T G TA . T .
blockSeqs : . . CTCT . T . . TATCT C . . C . . . . . . G .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CTTT****************************************** T* NGTCT*** ATGTAC*** TA TGC**** G* T* CG AAATTAAA*************** CGGA ******
originalCons : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN---GTCTACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCTAC--GTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAG------AAATAAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCNNGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
finalCons : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CTCTTT------------------------------------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATANGTCT---ACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATA----AGAATACCATGTAC---TATTTCCTTTAACTAAATGC----GCTCCC-CGCG-CTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-GT--GAAATCNGAT-GTTTTATTTACTT-AAAAT-AAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAGAAATTAAA---------------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCCGGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111 1 444444 1 1 1 33333333333333333 1 555555555555 1111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111111 111111 1111 33333333333 2222222 11 11111 111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 333333333333333 2222 1111 4444444444444 1111 1111 222222
lowQualScore : 8888 0 999999 1 9 0 0 0 2 2 66666666666666666 0 111111111111 1 0 0 7777 3 22222 5 3333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 777 55 77777777 2 777 9999 1 777777777 4 4 222222 777 1111 1 66666666666 5 33 1111111 1 99 66 0 3 5 1 66666 222 1 1 99 4444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 000 6 22 0 222222222222222 3 3 4 3 0000 999 3 7777 8 8 8 4444444444444 1111 1 8888 1 8 333333 0
lowQualScore : .... . ...... . . . . . . . ................. . ............ . . . .... . ..... . .............................................. . .. ... .. ........ . ... .... . ......... . . ...... ... .... . ........... . .. ....... . .. .. . . . . ..... ... . . .. .... ................................................................ .. ... . .. . ............... . . . . .... ... . .... . . . ............. .... . .... . . ...... .
lowQualScore : 2222 0 222222 0 2 0 0 0 5 5 00000000000000000 0 222222222222 0 2 2 2222 2 55555 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 8 44 888 55 33333333 9 888 4444 4 888888888 4 0 888888 888 6666 8 66666666666 0 77 3333333 0 99 22 6 8 7 0 77777 000 0 0 44 8888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 444 0 44 6 888888888888888 2 2 2 2 8888 555 2 8888 0 0 0 2222222222222 8888 0 2222 0 0 000000 8
consensus : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN---GTCTACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATAAGA--ATAC----C----TGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-G--TGAAATCNGA-T-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAGAANTTAGA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCCGGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
Reference ( family-3803 ) : GCGTTATTTTTCG---AA-AA-ACC-TATGNTATAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-CAGTGG----CGG-GGTATGG-CGGTG-GATCCT------------GANCGCCTGTC--C-CCTCTAGATCCGCCAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGNTATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAN---GTCTACATTTTGAAG---T----TTATGTGTTTTACATGTCCAGCA---------TCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GACTTCCAATAAGA--ATAC----C---ATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-GCTCCC-CGC-GCTTNCGTGGGTCC-TCTCCTANCAT-----TCCTTGTATTAATGTNATTAGCATG-TTT---AAA-----ATGT--AA----------CAGATAA-T-G--TGAAATCNGA-T-GTTTTATTTACTT-AAAA-TAAATGCACTCGAAGAAAATGNGAACATGACAAATGAGAAATTAAA---------GATCATCCAGTTCGGAAT---TTATAAGGTCTTACTAACATTA-TAAG-GACG-TT--------C----AAACGTCTGGGTCANATCANGCATGCCGGATTACGCCGACAAA-AGGTAAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGAC
gi|1 : --C-CCTCTAGATCCGCCAGTAAA-----A-TT-----------TATAAACAAAACATGGTTTCTCG------------TGGTATAATCTT---A-AAATTA--AATGTAGTCATAA-----------TTTGAAG---T----TTATATATGTTACTTGACCTGAA---------CCAATGTG-TTG-TGCGTTTGTC------ACT---GGTTTCCAATCAAA--AGAC----C------CGCTATTTCCTTTAAC---ACCTTGT-ACTCCC-CGC-ACTTGCTCGGGTCT-TCTCCTAATAT-----TCATTGTATCAATGTAATTAGCTTG-CTT---GAATACAGAGGT--AAATGTGCATATCACATAA------TGAAATCCGA-TAGTTCTATTTACTT-AAAACTAAATGCACTC-AAGAAAATGACAATATGACAAATGAGAA---AGA---------AATCATCCAA-TCGGAATATATTATAAGG--------ACATTCTTGTGTGACC-TT--------G----AATCGTGTTGATCAGTTCAAACATGC------GTGCCGACAAA-AGATAAACGTCTTATTTGCAGTAACTTATAGAGA
gi|10 : aaataattcagtgtggggttgatatagatcgcatgacgcccccccccccctcacaccacca---AA-AA-A----ATGTTAAAAGTGATTTTT-GAAAA-AT-TA--------CAG-GGTATGG--GGTC-GATCCT------------GAACATCTGTC--T-C-TCTAGAGTGACCAGTAAA-----A-CT-----------A---------------TTT----------------TGTTAGCAT-TT---ATGCACTT--AATGTAGTggcaattctttgcacattactttgacactttt
gi|12 : acagccttagcaaaaaTTTACATATCCAGCA---------TTCATGGG-TTT-TGTGTATGCC------ATC---CACTTACAATAAAA--ATAC----C------TAATATTTCCTTTATTCAAAAT-TGT-GCTCCC-TGC--CTTTTGTGGGTCC-tgcttttgatataattca
gi|13 : GATTCGCCAATCAATAATAATCT-----------C---------------TTT----------------TGGTATCAA-GT---ATAAACAT--AATG-------AA---GTCTAGATTTTGAAG---T----TGATGCTTTTCACATACCCAGCA---------TCCATGTGTTTT-TGTGTTTGTT------ACT---GAC-TCCAATACGACCATAA----C---ATaaagacctattactttctttaactaaaattaatgt
gi|14 : -TAAG-GTCA-TT--------C----CAACACCTGTATCACAGTTTGCATGCCTGATTATGCCGACCAA-AGGCAAACATTTGATTC------ACTTTAAGAG
gi|15 : ATCAT-AT---ATAAACTT--AATGTAGTCATAT---GTCTATATT---AAG---T----TTGTGTG-TTTACATGT
gi|16 : T-TCTGTATCCC------ACT---GACTTCC--TAA----ATAC----C---CTGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGgtaatcaaatgtttgt
gi|2 : cGCATTATTTTTCG---AA-AACGTT-TATGTTATA-GAGATTTTTTAAAAA-AT-CAGTTG----CGGCGGT--GG-TGGTGCGACCCT------------GACCGCCTGTCAAC-CCTCTAGATTCGTTAGTGAA-----A-CT-----------C---------------TTT----------------TGCTATTAT-TT---ATAAACTA--AAAGCAGTAATACTTAGTA-ACATTTTGACG---T----TCATGCTTTTTATTTGTCCAACA---------GCCATGTG-TTT-TGTGTATGTC------AAT---GACTTCCAATAAGA--ATAC----CTACATGTACTATTTCCTTTAACTAAA---TGC-AATCTC-CGC-GCTTGCGTGCGTCT-TCTCCTACTAT-----TCCTTATATTAATGTTATTAGCATG-TT----AAA-----ATGTGTAT----------CAGA-AA-T----TGAAATCTGA-TCGTTTTATTTACTTCAAAA-TGAATGCACTTGAAGTAAATTAGAACATAACACAGGATAAATAAGATACCTGCGTGATCATTTAGTTAAGAAT---TTATAAGGTCT----AACATTA-TAAG-AACG-TT--------C----AAACGTCTGAGTCATATAATGCAGGTGGGATTATGCCGACAAA-AGGTGAACATCTGATTC------CCTTTTAGAGAC
gi|3 : --AATATATTCATAA---GTTAACATTTAAAAA---T----GTATGTGTTTTACGTGTCCAGCAGCCATAGGTTTCATGTG-TTT-TGTGTATGCCTGTATGACT---GACATTCAATCAGA--A-------------GTGCTAGT--ATTTTATCAAA----GC-GCTC---------------GAATCC-TCTCCCGTCAA-----TCCTTGCAT---TGTTATTAGCATA-TTT---AAA-----------AA----------CAGA-AA-T-GTATGAAATCTGATT-GTTTTGTTT------AAA-TAAATACACTTG-AGATAATGGAAACATAGCAAATGAGAAATT--A---------GATCACCCAGTTTGGAA-----TAT--GATCTTACTAATATTA-TAAA-AATG-TT--------T----AAAAGTCTGGGCCAAATTAGACATGCTGGCTTACGTCAACACATAGGTTAACATCTGATTC------ACTTTTAGAGGC
gi|4 : GCGTTAATTTTCATTCAA-AA-CCCGTATGATGTACGTTAGTTTT-GAGAATGT-CAGTGGGTATTGG-GGTATAGACGGCG-GATCCC------------GACCCCCTCAT--A-CTTCTGGATCAGCTAGTGAA-----A-CTCATTTGATATAC---------------TTTATTAAAGGAAATTACTTGATATCAG-TTGTAATAAACTA--AATATAGTCATCA---ATATAAGTATTGAAAAAAT----ATATATGCTTTACATGAGCAGCG---------TCCGTGTG-TTT-TGTGTATGTC------ACT---GTCTTCCAGTGAG---ATAC----C------TA-TATT---TGTAACT-AA---CGCTGCTTCCGAGCAGCGTCCGTGTGTTT-TGTNNNNNNNN-----NNC-TATATT--TGTAACTAaaacttttatacaaattatttcaacattttttgggatcccagattcgtgcgtacgaggtaaaaactatttttgtgttgttttcttttttgtattt
gi|5 : aGGTCCCTCTCGTAGCGT-----TTCTTGTATTA-TGTAATTAGCCTT-TTTTTTAAA-----ATA---AA----------GAGATAA-TTG--TAAAATCAG--------------CC---AAA-TAACTGCACT-AAAGAAAATATGAACATGACAAATGCGACCTTAAA---------G--TATCTGGTTTAG-AT---TT---AGGTCTTACTAACATAA-TAAG-GACGATTATATATTACAGTGAAACGTCTGGGTCA---CAAGCATGCTCAGTAACAGTAACAAA-AAATAAACATATGACCT------AC-TTTGGAAACa
gi|6 : AA-----A-CT-----------C---------------CTT----------------T--TATCAT-TT---ATAAACTA--AATGAATTCATAG---GTCTACATTTTGAAG---T----TTGTGTGTTGTACATGTCCAGCA---------TCCATATG-TAT-TGTaaatgtataagcatattatttcgacattttatcacgattggattcttttatgaatttaattatctcgcatgttttcttttcagtattt
gi|7 : gtcattatatgtatagtttaacattaccaataaatttcatgtttattgaagttggattttttccataaaatgaaagaaaaaatgtttttgttttgaaaaaattggaaaaaccttgaataaaaaacctggtgttggtaggattctgacccattctacaaatagacaaatgtaatgttatttgagaaagccctgtgtaatgtataataggggcactccaaatagttgcattggtcacatGCGTTATTGTTCA---AACAA-A----ATAGTATAAGTGATGTTT-AAAAC-ATTCAGTGG----TGA-G-------TGGTG-GATGTTTGTTGAGGGGTAGAATGTCTATC--CTCCTCTGAATCCACTAGTGAA-----C-TT-----------A---------------TTT----------------TGATAGCA---T---ATAAAATATTAATATATTCATAG----------------AG---T----TTATATGCTTAACATGTTAAGCA---------TCCTTGTG-TTTGTGTGTATGTC------ACTGACGACTTCGAATAGTAT-ATACTACTC---ATATACTACTTCC-CTAACTAAA---T---GCTCCC-
gi|8 : A-----A-GT-----------C---------------TCT----------------TGATATCAT-TT---ATAAACTA--AATGTAGTCATAT---ATCTACAGTTTACAG---TTTAATTATGTACTTGGCATGTTCAGCA---------TCCAT-TA-GTC-TGTATATGTC------ACT---TGCTTCCAATAAGA--AGAC----------GTAC
gi|9 : aactcttctgataccatataatctaagctGGGTCC-TCTCTCATCATAGCGTTCCTTGTATTAATTTTTTTAACATATTTT---TAA-----ATAT--AA-----------AAATAATT-G--TGAAATCAG----------------C-AAAA--AAATGCACTCGAAG-AAATATGAACACGACAAATGCGAACTTAAA---------ct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TAAATCAGGAGTCCAGGGTGGGGGATATGAACCCCCTCCCCACCCCCTCCACACCCACCCTTGATCCACCAGTAAACAGCAACAGCTGTAATATGATTAAATGTAATACATTGCATAATATGTTATATATGCTTATTACCAGA