lowQualScore : 111 1111 33 222 333333333333333 1 1 2 2222 1 8888888888888888888888888888888888888 11111 3333 33333333333333333333333 111111 111
lowQualScore : 222 2222 66 4 55 000 0 7 333333333333333 2 22 444 2 0 6 7 7 888 66 0 2222 5 555 6666 0000000000000000000000000000000000000 66666 1111 3 0 77777777777777777777777 6666 777777 44 000 55 3 6
lowQualScore : ... .... .. . .. ... . . ............... . .. ... . . . . . ... .. . .... . ... .... ..................................... ..... .... . . ....................... .... ...... .. ... .. . .
lowQualScore : 444 6666 99 4 22 222 5 6 888888888888888 8 00 777 7 5 7 5 2 999 33 4 7777 0 000 1111 9999999999999999999999999999999999999 33333 0000 1 1 88888888888888888888888 5555 777777 22 555 88 1 7
consensus : ATACTAACTCAAAA--A-A--GAAACTAT-A--CATGG--TTTTGATTTGAAATATTTTCAT---GCAC-G-----TGCAAACTATAG---A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCAATA--AAT--ACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CGTAG----TATAGGTT---NA----------------ATAATATAT----TA-ATGAATC--GAAACAT-TGAAT-AAAATATATGGGTGTTT-------A---TA-NAC-A---GATACATCA----T------G--TATA--GTTTCTT-TTTTA-TTA
Reference ( gi|2 ) : ATACTAATTCTAAA--A-A--GAAACTAT-AT-CATGG--ATTTGATCTGAAATATTTTCAC---GCAC-T-----TGCAAACTATAG---A-AATGGCATTAACTGTCGTGTGGCTCAATG--AAT--ACACCATTTGTATATTGATAACAAACCGT---CGTAG----TATAGGTT---AA----------------ATAATATATTAG-TAAATGAATC--TAAACAT-TCTAT-AAAATATATGGGTGTTT------AA---TA-TGC-A---GATACATCA----T------G--TATA--ATTTCCT-TTTTA-TTA
gi|7 : ATACTAACTCAAAA--A-A--GATACTAT-A--CATGG--TTTTGATTTGA----TTTTCAC---------------------TATAG---A-ATTTGGATTCACTGTAGAATGGTTCGATA--AAT--TCACACTTTGTTTAGAGATGACAAACCTT---CATAG----TAGGGGTT---TA----------------CTAATATAT-------ATGAATC--GAAACAT-TGAAT-AAAATATACGGGTGT----------------CGC-------TACATTA----T------G--CATAC-ATGTAGT-TTCTA-
gi|4 : atATACTAATT-TAAA--ATA--GAAACTAT-A--AATGG--TATTGATTTGAAATATTTTCAT---AAGG-T-----CGT-TACCACAT---A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCAATA--AAC--ACACAAGTC--------ATAACACTCCTTAGAAGTAGCCCCTATGGGTT---TA----------------ATAATATATTCG-TATATGAAACAATGAA------TAC-AAAGTATA-GGGT-TTT-------A---TA-AAC-A---GATACGTCA----T------GTATATA--GTGTTTT-TTTTAGTTActggagtt
gi|6 : tATACTAAT---AAACAA-ATGGAAACTAT-A--CATGT--TTTTTATTTGAGAAACTGTCAT---TCAC-G-----TTCAAAGTATAG---G-AATGGAATTAACTGT--------TCAATG--TAT--GTACAATTTGTATAGTGATAACACACCTT---CGCAG----TCCAGGTT---TG----------------ACAATA-------TAGATGAATC--AGAACAT-C------GAATAT-------TT--------A---TA-AAC-A---AAATCATCA----T------G--TATATTATCTTCTGTTTTG-gt
gi|20 : catATACTA-TCTTAAG--ACA--GAAACTAT-A--CATGG--TTTTGACAATAAATATATTCAA---TCAT-G-----TGCAAACTATAGAAAA-AAAGG-ATTAACTatatttag
gi|16 : tTACTTACTCAGAA--A-A--GAAACTAC-A--CATGA--TTTTGATTCGAAATATTTTCATTA-GGATGT-----T----ACGATAG---A-AATGTGATTACATATCGAGGGGTTCAATG--AGT--ACACAATTTGTTAAGTGATAACA
gi|19 : AACTCAGAA--A-A--TGAACTATTATACATGA--TTTTGACTGGAAATATTTTTGT---GCGC-G-----TGCAA----------------------ACTGTCGAGTGGTTCAACA--AAT--ACAC
gi|3 : ACTCAAAA--T-A--AAAACTAT-A--CATGG--TTTTAATTCGAAAGGTTTTTGT---GCAC-G-----TACAAACTATAC---ATACTGGGATTAACTGTCGGTTGGTTCAATA--AAT--AAACATTTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CATAA----TATAGGTT---TA----------------ATAATATAAAAATTATATGAATA--GAAATAT-TGGAC-AAAATACGTGAGTGTTTTGAAACAA---TA-TTT-A---G------CA----T------G--TATA--GTTTCTT-a
gi|15 : -A--AAAACTAT-A--CATGA--TTTTCATTTGAAATAGTTTCAT---GCAC-TACACGTGCATACTATAG---A-TATGGAATTTACCGTCG--------A---------------ATTTGCTTAGTGGTAACAAACCTT---CGTAG----TATATGTT---TT----------------ATAAT-TA-TAG-TTTTTCAATC--GAAATAT-atgtttagtta
gi|10 : tatatgataattAT-AC-GATGGTAATGTTATGTAAAACATTTCAAT---GCAC-G-----TGCAAATTATAA---A-AAATGAATTAATTGTCGAGTGGTTCAATATAAAT--GCATAATTGTTTTAGTGA--ACAATTCTT---TGTAC----TACAGGT--------------------------------------ATGAACC--GAAACAT-TTAAT-AACATATATTGGTGTTT--------------TAC-G---GATGCATCA----T------G--GGTA--GTTTACT-TTT
gi|8 : aaatgaatattgTTTATTTAAAATATTTTCATAAAGGAG-T-----T----ACTATAG---A-AATAGGATTAACTGACAAGTGGTTCAATA--AAT--ACAGAATTTATTTAGTAATAACAAACCTT---TGTAG----TGTAGGTT---TATACC------------ATAA-AAATTA--TATATGAATC--GAAACAA-TGAAT-AAAACATAT-GACGTTT-------A---TA-ATC-A---GATACATCATGATT------G--TATA--GTTTCTT-TTTTg
gi|12 : tggtgTTGATTTAAGATATGTTCA---------------TGCAAACTATAG---A-AATGTGATTAACTGTCGAGTG-TTAAAAA--AATC-ACAC--TTTA---AGTGATAACGGATCTT---CGTAG----TATAGGTT---AA----------------ATAATAAAT-------ATGAACC--GACACAT-T------GAATAAACGAGCGTTA------AACTTTA-TA--ACTTGATACGTCA----C------G--TATG--GTTTTCT-TTTt
gi|18 : TGAAATATTTCCAT---GCAC-G-----TGCAAACTATCG---A-TATTGGGTTAACTGTAGAGCGATTCAATagag
gi|13 : atactaacttaaaatagaaaaaaaaatCAT---GCAC-A-----TGCAGGCTTTAG---A-AATAAGATTATCCATCGAGTGGTTCA-------T--A----ACTTGTTTAGTAATGA-AAGCCTT---CGTAG----TATTGGTA---AA----------------ATGATACAT-------ATGAATC--AAAACAT-TGAAT-AAAGTATACGGGTGTTA------AA---CA-TAC------------------T------G--TATA--CTTTCTT-TTT
gi|17 : aACTATAG---A-AATTGGATAAGCTGTTGAGTGTTTCCATA--AATGAACAC--TTTGT---TTAGTA--AAACATT---CGTAG----Tgagttaa
gi|11 : ataataatgaacaattagggaatatttggaacatttgaaacaggacgttTGTAG---A-ACTGGGATTAATTGTCGAGTGGTTTAATA--AAT--ACAC--TTTGTTTAGTGATAACAAACATC---CGTAG----TATAGGTT---
gi|14 : aaATTAACTGTCGCTTGGTTCAATA--AAT--AAACAATATGATTAGTGATAACAAACCCT---CATTA----TATATGTT---AA----------------TTAATATAT-------ATGAA----TAGACATATTGAT-TAAATACGTGGATGTTT-----------TACCACAA---GATACATCA----T------G--TACA--GTTT-CT-CTTTA-tgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgaaaaactgaatacaatatatgggtgtttatatgcagaaatatcatgtatagtttattttagttagta
gi|9 : ggT--ACACAATTTGTTCAGCCATAAGAAATCTT---CGTAG----TATAGGTTTTAAA----------------ATAGTATG------AAAGGAA-------ACAT-TGAAC-AAAATGTGTGGGTGTTT------TA---TT-AAC-A---GATATATCA----T------A--TATA--GATTCTT-ATGTA-gagttag
gi|1 : taattaaaatattaattataattagtattattataattattataatattgatgataatannnnnnnnnnacTTTGTTTAGTGACAACAAACCTT---CTTAG----TATGGGTT---AAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNGAATC--GTAACAT-TGAGG-AAAATGTGTGGGTGATT------TA---TA-AGC-G---GATACATCA----TATACTCG--TATA--ATTTCAT-TTTTG-TTAaaatttc
gi|5 : ATGAAGC--GAAACAT--CGATTAAAATTTATGGATGTTT------AA---CA-AGC-A---GATACATCA----TATACACG--TATT--GTTTCTT-TTTTgtatattatttatcaaactttataataaaatatcaaatactattcattaatagcaataacttctatattaggacatactatttttttcgatgttcaacctactaattctctatcaaaataaaaaaaacatacggtaatgttgacaaatacttg
gi|11 : AT-ACAATATATGGGTGTTT------A----TA-TGC-A---GAAATATCA----T------G--TATA--GTTTATT-TTtaagctagaatattatttattaatcttatcaattacatataagaaactatttattaaagtaaattctacaacaactgttttcgacgctcaatctacaaattctttattataatcaaaaccatgcggtaatgtttacaaatactcgt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAATAAATAAACACTTTGTTTAGTGATATCAGACATTAGTAGTCACAGTGAGTAAATGTTTAATAATATATACATGTATATG
Unaligned ( gi|22 ): TATATATATATCTGTATCAAAGCCAACATTACAAACTACAAGTGCGATTAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222 111111 111111
lowQualScore : 4 2 88 55 3 3 44 0 444 00000000 9999 33 2 0 33 0 3 444 5555 2 000000000 88888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111111111 33 555 555 33 333333 99 33 44 33 2 6666 666666 33 555 2 8
lowQualScore : . . .. .. . . .. . ... ........ .... .. . . .. . . ... .... . ......... ............................................... .................... .. ... ... .. ...... .. .. .. .. . .... ...... .. ... . .
lowQualScore : 0 7 66 00 3 3 22 2 777 11111111 6666 44 5 8 22 9 2 444 3333 5 777777777 88888888888888888888888888888888888888888888888 77777777777777777777 99 000 000 99 999999 00 99 99 99 9 1111 444444 99 000 9 0
consensus : ATACTAACTCA-AAANA--GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTTTA--------------------ATAA----TAT----A-TT------ATGAATCGAAACA--------------------TTGAAT--AA---AATA---TAT--GGGTG------TTT-ATA-AAC-AGATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
Reference ( family-3786 ) : ATACTAACTCA-AAAAA--GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTTNA--------------------ATAA----TAT----A-TT----A-ATGAATCGAAACA--------------------TTGAAT--AA---AATA---TAT--GGGTG------TTT-ATA-NAC-AGATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
gi|1 : TTTGTTTAGTGACAACAAACCTT---CTTAG----T-ATGG---------GTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNN----N-NN----N-NNGAATCGTAACA--------------------TTGAGG--AA---AATG---TGT--GGGTGA-----TTT-ATA-AGC-GGATA--CAT-CA----TATACTCG--TATAAT---TT-CATTTTTG-TTA
gi|10 : ATA-CGATGGTAATGTTATGTAAAACATTTC---AAT--G-----CACGTGCAAATTATAA--A-AAATGAATTAATTGTCGAGTGGTTCAATATAAATGCATAATTGTTTTAGTG--AACAATTCTT---TGTAC----T-ACAG---------GT------------------------------------------------ATGAACCGAAACA--------------------TTTAAT--AA---CATA---TAT--TGGTG------TTT-----TAC-GGATG--CAT-CA----T------G--GGTAGT---TTACTTTTgtatattatttatcaaactttataataaaatatcaaatactattcattaatagcaataacttctatattaggacatactatttttttcgatgttcaacctactaattctctatcaaaataaaaaaaacatacggtaatgttgacaaatacttg
gi|11 : aaatgaatattgTGTAG--A-ACTGGGATTAATTGTCGAGTGGTTTA--ATAAATACAC--TTTGTTTAGTGATAACAAACATC---CGTAG----T-ATAG---------GTTTG--------------------ATNN----NNN----N-NN----N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGAAA--AACTGAATACAATATATGGGTG------TTT-ATA-TGC-AGAAA--TAT-CA----T------G--TATAGT---TT-ATTTTg
gi|12 : aaTTGATTTAAGATATGTT---CAT--G-----CA------AACTATAG--A-AATGTGATTAACTGTCGAGT-GTTAA--AAAAAT-CACACTTTA---AGTGATAACGGATCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTTAA--------------------ATAA----TAA----A-T-------ATGAACCGACACA--------------------TTGAAT--AA-----------AC--GAGCGTTAAACTTT-ATA-ACT-TGATA--CGT-CA----C------G--TATGGT---TT-TCTTTTagttagta
gi|13 : ---CAT--G-----CACATGCAGGCTTTAG--A-AATAAGATTATCCATCGAGTGGTT-----------CATAACTTGTTTAGTAATGA-AAGCCTT---CGTAG----T-ATTG---------GTAAA--------------------ATGA----TAC----A-T-------ATGAATCAAAACA--------------------TTGAAT--AA---AGTA---TAC--GGGTG------T----TA-AAC---ATA--C---------T------G--TATACT---TT-CTTTTTagag
gi|14 : aGGATTAACTGTCGCTTGGTTCA--ATAAATAAACAATATGATTAGTGATAACAAACCCT---CATTA----T-ATAT---------GTTAA--------------------TTAA----TAT----A-T-------ATGAATAGACATA--------------------TTG-AT--TA---AATA---CGT--GGATG------TTT--TACCACAAGATA--CAT-CA----T------G--TACAGT---TT-CTCTTTgagttaa
gi|14 : CTAACTCATAAAGA--GAA--ACTGTA-C-ATGAT--atgagttag
gi|15 : ggattaactgtcgcttggttcaataaataaacaatatgattagtgataacaaaccctcattatatatgttaattaatatatatgaatagacatattgattaaatacgtggatgttttaccacaagatacA--AAA--ACTATA-C-ATGAT--TTTCATTTGAAATAGTTT---CAT--GCACTACACGTGCATACTATAG--A-TATGGAATTTACCGTCG---------------------AATTTGCTTAGTGGTAACAAACCTT---CGTAG----T-ATAT---------GTTTT--------------------ATAAT---TAT----AGTT----T-TTCAATCGAAATA--------------------T
gi|16 : tatatgataattTACTTACTCA-GAAAA--GAA--ACTACA-C-ATGAT--TTTGATTCGAAATATTTT---CATTAG-----GATGTT---ACGATAG--A-AATGTGATTACATATCGAGGGGTTCA--ATGAGTACACAATTTGTTAAGTGATAACA
gi|17 : ATTTGGAACATTTGAAACAG--G------ACGTT---ACTATAG--A-AATTGGATAAGCTGTTGAGTGTTTCC--ATAAATGAACACTTTGTTTAGTAA-AACA----TT---CGTAG----T-
gi|18 : ataataatgaacaattagggaatATACTAACTTA-AAATA--GAA--A----A-A-A---------AAATTGAAATATTTC---CAT--G-----CACGTGCAAACTATCG--A-TATTGGGTTAACTGTAGAGCGATTCA--AT
gi|19 : AACTCA-GAAAAT-GAACTATTATA-C-ATGAT--TTTGACTGGAAATATTTT---TGT--G-----CGCGTGCA---------------------AACTGTCGAGTGGTTCA--ACAAATACACA
gi|2 : ATACTAATTCT-AAAAA--GAA--ACTATATC-ATGGA--TTTGATCTGAAATATTTT---CAC--G-----CACTTGCAAACTATAG--A-AATGGCATTAACTGTCGTGTGGCTCA--ATGAATACACCATTTGTATATTGATAACAAACCGT---CGTAG----T-ATAG---------GTTAA--------------------ATAA----TAT----A-TTAGTAA-ATGAATCTAAACA--------------------TTCTAT--AA---AATA---TAT--GGGTG------TTTAATA-TGC-AGATA--CAT-CA----T------G--TATAAT---TT-CCTTTTTA-TTA
gi|20 : ATACTATCTTA-AGACA--GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGACAATAAATATATT---CAA--T-----CATGTGCAAACTATAGAAA-AAAAGGATTAACT
gi|21 : tCA--ATAAATAAACACTTTGTTTAGTGATATCAGACATT---AGTAG----TCACAGTGAGTAAATGTTTA--------------------ATAA----TAT----A-T
gi|3 : ACTCA-AAATA--AAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTAATTCGAAAGGTTTT---TGT--G-----CACGTACAAACTATAC--ATACTGGGATTAACTGTCGGTTGGTTCA--ATAAATAAACATTTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CATAA----T-ATAG---------GTTTA--------------------ATAA----TATAAAAA-TT----ATATGAATAGAAATA--------------------TTGGAC--AA---AATA---CGT--GAGTG------TTT-TGA-AAC-A-ATATTTAG-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTacatgtatatg
gi|4 : ATACTAATTTA-AAATA--GAA--ACTATA-A-ATGGT--ATTGATTTGAAATATTTT---CATAAG-----GTCGTT---ACCACAT--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAACACACA--------AGTCATAACACTCCTTAGAAGTAGCCCCT-ATGG---------GTTTA--------------------ATAA----TAT----A-TT----C-GTATAT-GAAACA--------------------ATGAATACAA---AGTA---TA---GGGT-------TTT-ATA-AAC-AGATA--CGT-CA----T------GTATATAGT---GT-TTTTTTTAGTTAatgtttagtta
gi|5 : t-ATGAAGCGAAACA--------------------TCGATT--AA---AATT---TAT--GGATG------TTTAACA-AGC-AGATA--CAT-CA----TATACACG--TATTGT---TT-CTTTTTTgt
gi|6 : ATACTAA-TAA-ACAAATGGAA--ACTATA-C-ATGTT--TTTTATTTGAGAAACTGT---CAT--T-----CACGTTCAAAGTATAG--G-AATGGAATTAACT--------GTTCA--ATGTATGTACAATTTGTATAGTGATAACACACCTT---CGCAG----T-CCAG---------GTTTG--------------------ACAA----TAT----A-------G-ATGAATCAGAACA--------------------TCGAAT--A---------------------------TTT-ATA-AAC-AAAAT--CAT-CA----T------G--TATATTATCTT-CTGTTTTG-taagctagaatattatttattaatcttatcaattacatataagaaactatttattaaagtaaattctacaacaactgttttcgacgctcaatctacaaattctttattataatcaaaaccatgcggtaatgtttacaaatactcgt
gi|7 : catATACTAACTCA-AAAAA--GAT--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGA----TTTT---CA-------------------CTATAG--A-ATTTGGATTCACTGTAGAATGGTTCG--ATAAATTCACACTTTGTTTAGAGATGACAAACCTT---CATAG----T-AGGG---------GTTTA--------------------CTAA----TAT----A-T-------ATGAATCGAAACA--------------------TTGAAT--AA---AATA---TAC--GGGTG------TCG-CTA-CAT--TATG--CATACA----T------G----TAGT---TT-CTatatttag
gi|8 : atTGGT--GTTTATTTAAAATATTTT---CAT--A-----AAGGAGTTA-CTATAG--A-AATAGGATTAACTGACAAGTGGTTCA--ATAAATACAGAATTTATTTAGTAATAACAAACCTT---TGTAG----T-GTAG---------GTTTATACC----------------ATAAAAATTAT----A-T-------ATGAATCGAAACA--------------------ATGAAT--AA---AACA---TAT---GACG------TTT-ATA-ATC-AGATA--CAT-CATGATT------G--TATAGT---TT-CTTTTTTatctggagtt
gi|9 : TACACAATTTGTTCAGCCATAAGAAATCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTTT----------------------TAA----AAT----A-GT------ATGAAAGGAAACA--------------------TTGAAC--AA---AATG---TGT--GGGTGT-----TTT-ATT-AAC-AGATA--TAT-CA----T------A--TATAGA---TT-CTTATGTA-t
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATATATATCTGTATCAAAGCCAACATTACAAACTACAAGTGCGATTAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 222222222222222222222222222 22222222222 111111 111111
lowQualScore : 4 55 1 3 55 3 3 44 0 444 00000000 9999 33 2 0 33 0 0 444 5555 2 000000000 888888888888888888888888888 8888 6666 33333333333 2 33 333333 99 2 444 33 2 6666 666666 33 555 2 8
lowQualScore : . .. . . .. . . .. . ... ........ .... .. . . .. . . ... .... . ......... ........................... .... .... ........... . .. ...... .. . ... .. . .... ...... .. ... . .
lowQualScore : 0 55 0 6 00 3 3 22 2 777 11111111 6666 44 5 8 22 9 1 444 3333 5 777777777 888888888888888888888888888 9999 1111 44444444444 7 99 999999 00 9 222 99 9 1111 444444 99 000 9 0
consensus : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--T-----ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
Reference ( family-3786 ) : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--T-----ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
gi|1 : TTTGTTTAGTGACAACAAACCTTCT---TAG----T-ATGG---------GTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN----NNN----N--N--N-----NNGAAT-CGTAACATTGAGG--AAAATGTGTGGGTGA-----TTT-ATA-AGC-G-GATA--CAT-CA----TATACTCG--TATAAT---TT-CATTTTTG-TTA
gi|10 : ATA-CGATGGTAATGTTATGTAAAACATTTC---AAT--G-----CACGTGCAAATTATAA--A-AAATGAATTAATTGTCGAGTGGTTCAATATAAATGCATAATTGTTTTAGTG--AACAATTCTTTG---TAC----T-ACAG---------G--------------------------------------------------T-----ATGAAC-CGAAACATTTAAT--AACATATATTGGTG------TTT--T---AC-G-GATG--CAT-CA----T------G--GGTAGT---TTACTTTTgtatattatttatcaaactttataataaaatatcaaatactattcattaatagcaataacttctatattaggacatactatttttttcgatgttcaacctactaattctctatcaaaataaaaaaaacatacggtaatgttgacaaatacttg
gi|11 : aaatgaatattgTGTAG--A-ACTGGGATTAATTGTCGAGTGGTTTA--ATAAATACAC--TTTGTTTAGTGATAACAAACATCCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------TG----ATg
gi|11 : aaT-CGAAAAACTGAAT--ACAATATATGGGTG------TTT-ATA-TGC-A-GAAA--TAT-CA----T------G--TATAGT---TT-ATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgaaaaactgaatacaatatatgggtgtttatatgcagaaatatcatgtatagtttattttagttagta
gi|12 : aatgtagaactgggattaattgtcgagtggtttaataaatacactttgtttagtgataacaaacatccgtagtataggtttgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTGATTTAAGATATGTT---CAT--G-----CA------AACTATAG--A-AATGTGATTAACTGTCGAGT-GTTAA--AAAAAT-CACACTTTA---AGTGATAACGGATCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------AA----ATAA----TA-----A--A--T-----ATGAAC-CGACACATTGAAT--AA-----ACGAGCGTTAAACTTT-ATA-ACT-T-GATA--CGT-CA----C------G--TATGGT---TT-TCTTTTagttagta
gi|13 : ---CAT--G-----CACATGCAGGCTTTAG--A-AATAAGATTATCCATCGAGTGGTTCA-----------TAACTTGTTTAGTAATGA-AAGCCTTCG---TAG----T-ATTG---------GTA---------------------AA----ATGA----TAC----A--T--------ATGAAT-CAAAACATTGAAT--AAAGTATACGGGTG------T----TA-AAC----ATA--C---------T------G--TATACT---TT-CTTTTTagag
gi|14 : aGGATTAACTGTCGCTTGGTTCA--ATAAATAAACAATATGATTAGTGATAACAAACCCTCA---TTA----T-ATAT---------GTT---------------------AA----TTAA----TAT----A-----T-----ATGAAT-AGACATATTG-AT--TAAATACGTGGATG------TTT--TACCACAA-GATA--CAT-CA----T------G--TACAGT---TT-CTCTTTgagttaa
gi|14 : CTAACTCATA--AAGA-GAA--ACTGTA-C-ATGAT--atgagttag
gi|15 : ggattaactgtcgcttggttcaataaataaacaatatgattagtgataacaaaccctcattatatatgttaattaatatatatgaatagacatattgattaaatacgtggatgttttaccacaagatacA-AAA--ACTATA-C-ATGAT--TTTCATTTGAAATAGTTT---CAT--GCACTACACGTGCATACTATAG--A-TATGGAATTTACCGTCG---------------------AATTTGCTTAGTGGTAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAT---------GTT---------------------TT----ATAAT---TAT----AGTT--T-----TTCAAT-CGAAATAT
gi|16 : tatatgataattTACTTACTCA-G--AAAA-GAA--ACTACA-C-ATGAT--TTTGATTCGAAATATTTT---CATTAG-----GATGTT---ACGATAG--A-AATGTGATTACATATCGAGGGGTTCA--ATGAGTACACAATTTGTTAAGTGATAACA
gi|17 : ATTTGGAACATTTGAAACAG--G------ACGTT---ACTATAG--A-AATTGGATAAGCTGTTGAGTGTTTCC--ATAAATGAACACTTTGTTTAGTAA-AACA----TTCG---TAG----T-
gi|18 : ataataatgaacaattagggaatATACTAACTTA-A--AATA-GAA--A----A-A-A---------AAATTGAAATATTTC---CAT--G-----CACGTGCAAACTATCG--A-TATTGGGTTAACTGTAGAGCGATTCA--AT
gi|19 : AACTCA-G--AAAATGAACTATTATA-C-ATGAT--TTTGACTGGAAATATTTT---TGT--G-----CGCGTGCA---------------------AACTGTCGAGTGGTTCA--ACAAATACACA
gi|2 : ATACTAATTCT-A--AAAA-GAA--ACTATATC-ATGGA--TTTGATCTGAAATATTTT---CAC--G-----CACTTGCAAACTATAG--A-AATGGCATTAACTGTCGTGTGGCTCA--ATGAATACACCATTTGTATATTGATAACAAACCGTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------AA----ATAA----TAT----A--T--TAGTAAATGAAT-CTAAACATTCTAT--AAAATATATGGGTG------TTTAATA-TGC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAAT---TT-CCTTTTTA-TTA
gi|20 : ATACTATCTTA-A--GACA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGACAATAAATATATT---CAA--T-----CATGTGCAAACTATAGAAA-AAAAGGATTAACT
gi|21 : tCA--ATAAATAAACACTTTGTTTAGTGATATCAGACATTAG---TAG----TCACAGTGAGTAAATGTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--
gi|3 : ACTCA-A--AATA-AAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTAATTCGAAAGGTTTT---TGT--G-----CACGTACAAACTATAC--ATACTGGGATTAACTGTCGGTTGGTTCA--ATAAATAAACATTTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCA---TAA----T-ATAG---------GTT---------------------TA----ATAA----TATAAAAA--TTAT-----ATGAAT-AGAAATATTGGAC--AAAATACGTGAGTG------TTT-TGA-AAC-A--ATATTTAG-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTacatgtatatg
gi|4 : ATACTAATTTA-A--AATA-GAA--ACTATA-A-ATGGT--ATTGATTTGAAATATTTT---CATAAG-----GTCGTT---ACCACAT--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAACACACAA--------GTCATAACACTCCTTAGAAGTAGCCCCT-ATGG---------GTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--T------CGTATATGAAACAATGAATACAAAGTATA-GGGT-------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CGT-CA----T------GTATATAGT---GT-TTTTTTTAGTTAatgtttagtta
gi|5 : t-----ATGAAG-CGAAACATCGATT--AAAATTTATGGATG------TTTAACA-AGC-A-GATA--CAT-CA----TATACACG--TATTGT---TT-CTTTTTTgt
gi|6 : ATACTAA-TAA-ACAAATG-GAA--ACTATA-C-ATGTT--TTTTATTTGAGAAACTGT---CAT--T-----CACGTTCAAAGTATAG--G-AATGGAATTAACT--------GTTCA--ATGTATGTACAATTTGTATAGTGATAACACACCTTCG---CAG----T-CCAG---------GTT---------------------TG----ACAA----TAT----A-----G-----ATGAAT-CAGAACATCGAAT--A-------------------TTT-ATA-AAC-A-AAAT--CAT-CA----T------G--TATATTATCTT-CTGTTTTG-taagctagaatattatttattaatcttatcaattacatataagaaactatttattaaagtaaattctacaacaactgttttcgacgctcaatctacaaattctttattataatcaaaaccatgcggtaatgtttacaaatactcgt
gi|7 : catATACTAACTCA-A--AAAA-GAT--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGA----TTTT---CA-------------------CTATAG--A-ATTTGGATTCACTGTAGAATGGTTCG--ATAAATTCACACTTTGTTTAGAGATGACAAACCTTCA---TAG----T-AGGG---------GTT---------------------TA----CTAA----TAT----A-----T-----ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATACGGGTG------TCG-CT---AC-ATTATG--CATACA----T------G----TAGT---TT-CTatatttag
gi|8 : atTGGT--GTTTATTTAAAATATTTT---CAT--A-----AAGGAGTTA-CTATAG--A-AATAGGATTAACTGACAAGTGGTTCA--ATAAATACAGAATTTATTTAGTAATAACAAACCTTTG---TAG----T-GTAG---------GTT---------------------TATACCATAAAAATTAT----A-----T-----ATGAAT-CGAAACAATGAAT--AAAACATAT-GACG------TTT-ATA-ATC-A-GATA--CAT-CATGATT------G--TATAGT---TT-CTTTTTTatctggagtt
gi|9 : TACACAATTTGTTCAGCCATAAGAAATCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------T------TAA----AAT----A--G--T-----ATGAAA-GGAAACATTGAAC--AAAATGTGTGGGTGT-----TTT-ATT-AAC-A-GATA--TAT-CA----T------A--TATAGA---TT-CTTATGTA-t
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATATATATCTGTATCAAAGCCAACATTACAAACTACAAGTGCGATTAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 222222222222222222222222222 22222222222 111111 111111
lowQualScore : 4 55 1 3 55 3 3 44 0 444 00000000 9999 33 2 0 33 0 0 444 5555 2 000000000 888888888888888888888888888 8888 6666 33333333333 2 33 333333 99 2 444 33 2 6666 666666 33 555 2 8
lowQualScore : . .. . . .. . . .. . ... ........ .... .. . . .. . . ... .... . ......... ........................... .... .... ........... . .. ...... .. . ... .. . .... ...... .. ... . .
lowQualScore : 0 55 0 6 00 3 3 22 2 777 11111111 6666 44 5 8 22 9 1 444 3333 5 777777777 888888888888888888888888888 9999 1111 44444444444 7 99 999999 00 9 222 99 9 1111 444444 99 000 9 0
consensus : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--T-----ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
Reference ( family-3786 ) : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--T-----ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
gi|1 : TTTGTTTAGTGACAACAAACCTTCT---TAG----T-ATGG---------GTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN----NNN----N--N--N-----NNGAAT-CGTAACATTGAGG--AAAATGTGTGGGTGA-----TTT-ATA-AGC-G-GATA--CAT-CA----TATACTCG--TATAAT---TT-CATTTTTG-TTA
gi|10 : ATA-CGATGGTAATGTTATGTAAAACATTTC---AAT--G-----CACGTGCAAATTATAA--A-AAATGAATTAATTGTCGAGTGGTTCAATATAAATGCATAATTGTTTTAGTG--AACAATTCTTTG---TAC----T-ACAG---------G--------------------------------------------------T-----ATGAAC-CGAAACATTTAAT--AACATATATTGGTG------TTT--T---AC-G-GATG--CAT-CA----T------G--GGTAGT---TTACTTTTgtatattatttatcaaactttataataaaatatcaaatactattcattaatagcaataacttctatattaggacatactatttttttcgatgttcaacctactaattctctatcaaaataaaaaaaacatacggtaatgttgacaaatacttg
gi|11 : aaatgaatattgTGTAG--A-ACTGGGATTAATTGTCGAGTGGTTTA--ATAAATACAC--TTTGTTTAGTGATAACAAACATCCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------TG----ATg
gi|11 : aaT-CGAAAAACTGAAT--ACAATATATGGGTG------TTT-ATA-TGC-A-GAAA--TAT-CA----T------G--TATAGT---TT-ATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgaaaaactgaatacaatatatgggtgtttatatgcagaaatatcatgtatagtttattttagttagta
gi|12 : aatgtagaactgggattaattgtcgagtggtttaataaatacactttgtttagtgataacaaacatccgtagtataggtttgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTGATTTAAGATATGTT---CAT--G-----CA------AACTATAG--A-AATGTGATTAACTGTCGAGT-GTTAA--AAAAAT-CACACTTTA---AGTGATAACGGATCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------AA----ATAA----TA-----A--A--T-----ATGAAC-CGACACATTGAAT--AA-----ACGAGCGTTAAACTTT-ATA-ACT-T-GATA--CGT-CA----C------G--TATGGT---TT-TCTTTTagttagta
gi|13 : ---CAT--G-----CACATGCAGGCTTTAG--A-AATAAGATTATCCATCGAGTGGTTCA-----------TAACTTGTTTAGTAATGA-AAGCCTTCG---TAG----T-ATTG---------GTA---------------------AA----ATGA----TAC----A--T--------ATGAAT-CAAAACATTGAAT--AAAGTATACGGGTG------T----TA-AAC----ATA--C---------T------G--TATACT---TT-CTTTTTagag
gi|14 : aGGATTAACTGTCGCTTGGTTCA--ATAAATAAACAATATGATTAGTGATAACAAACCCTCA---TTA----T-ATAT---------GTT---------------------AA----TTAA----TAT----A-----T-----ATGAAT-AGACATATTG-AT--TAAATACGTGGATG------TTT--TACCACAA-GATA--CAT-CA----T------G--TACAGT---TT-CTCTTTgagttaa
gi|14 : CTAACTCATA--AAGA-GAA--ACTGTA-C-ATGAT--atgagttag
gi|15 : ggattaactgtcgcttggttcaataaataaacaatatgattagtgataacaaaccctcattatatatgttaattaatatatatgaatagacatattgattaaatacgtggatgttttaccacaagatacA-AAA--ACTATA-C-ATGAT--TTTCATTTGAAATAGTTT---CAT--GCACTACACGTGCATACTATAG--A-TATGGAATTTACCGTCG---------------------AATTTGCTTAGTGGTAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAT---------GTT---------------------TT----ATAAT---TAT----AGTT--T-----TTCAAT-CGAAATAT
gi|16 : tatatgataattTACTTACTCA-G--AAAA-GAA--ACTACA-C-ATGAT--TTTGATTCGAAATATTTT---CATTAG-----GATGTT---ACGATAG--A-AATGTGATTACATATCGAGGGGTTCA--ATGAGTACACAATTTGTTAAGTGATAACA
gi|17 : ATTTGGAACATTTGAAACAG--G------ACGTT---ACTATAG--A-AATTGGATAAGCTGTTGAGTGTTTCC--ATAAATGAACACTTTGTTTAGTAA-AACA----TTCG---TAG----T-
gi|18 : ataataatgaacaattagggaatATACTAACTTA-A--AATA-GAA--A----A-A-A---------AAATTGAAATATTTC---CAT--G-----CACGTGCAAACTATCG--A-TATTGGGTTAACTGTAGAGCGATTCA--AT
gi|19 : AACTCA-G--AAAATGAACTATTATA-C-ATGAT--TTTGACTGGAAATATTTT---TGT--G-----CGCGTGCA---------------------AACTGTCGAGTGGTTCA--ACAAATACACA
gi|2 : ATACTAATTCT-A--AAAA-GAA--ACTATATC-ATGGA--TTTGATCTGAAATATTTT---CAC--G-----CACTTGCAAACTATAG--A-AATGGCATTAACTGTCGTGTGGCTCA--ATGAATACACCATTTGTATATTGATAACAAACCGTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------AA----ATAA----TAT----A--T--TAGTAAATGAAT-CTAAACATTCTAT--AAAATATATGGGTG------TTTAATA-TGC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAAT---TT-CCTTTTTA-TTA
gi|20 : ATACTATCTTA-A--GACA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGACAATAAATATATT---CAA--T-----CATGTGCAAACTATAGAAA-AAAAGGATTAACT
gi|21 : tCA--ATAAATAAACACTTTGTTTAGTGATATCAGACATTAG---TAG----TCACAGTGAGTAAATGTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--
gi|3 : ACTCA-A--AATA-AAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTAATTCGAAAGGTTTT---TGT--G-----CACGTACAAACTATAC--ATACTGGGATTAACTGTCGGTTGGTTCA--ATAAATAAACATTTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCA---TAA----T-ATAG---------GTT---------------------TA----ATAA----TATAAAAA--TTAT-----ATGAAT-AGAAATATTGGAC--AAAATACGTGAGTG------TTT-TGA-AAC-A--ATATTTAG-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTacatgtatatg
gi|4 : ATACTAATTTA-A--AATA-GAA--ACTATA-A-ATGGT--ATTGATTTGAAATATTTT---CATAAG-----GTCGTT---ACCACAT--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAACACACAA--------GTCATAACACTCCTTAGAAGTAGCCCCT-ATGG---------GTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--T------CGTATATGAAACAATGAATACAAAGTATA-GGGT-------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CGT-CA----T------GTATATAGT---GT-TTTTTTTAGTTAatgtttagtta
gi|5 : t-----ATGAAG-CGAAACATCGATT--AAAATTTATGGATG------TTTAACA-AGC-A-GATA--CAT-CA----TATACACG--TATTGT---TT-CTTTTTTgt
gi|6 : ATACTAA-TAA-ACAAATG-GAA--ACTATA-C-ATGTT--TTTTATTTGAGAAACTGT---CAT--T-----CACGTTCAAAGTATAG--G-AATGGAATTAACT--------GTTCA--ATGTATGTACAATTTGTATAGTGATAACACACCTTCG---CAG----T-CCAG---------GTT---------------------TG----ACAA----TAT----A-----G-----ATGAAT-CAGAACATCGAAT--A-------------------TTT-ATA-AAC-A-AAAT--CAT-CA----T------G--TATATTATCTT-CTGTTTTG-taagctagaatattatttattaatcttatcaattacatataagaaactatttattaaagtaaattctacaacaactgttttcgacgctcaatctacaaattctttattataatcaaaaccatgcggtaatgtttacaaatactcgt
gi|7 : catATACTAACTCA-A--AAAA-GAT--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGA----TTTT---CA-------------------CTATAG--A-ATTTGGATTCACTGTAGAATGGTTCG--ATAAATTCACACTTTGTTTAGAGATGACAAACCTTCA---TAG----T-AGGG---------GTT---------------------TA----CTAA----TAT----A-----T-----ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATACGGGTG------TCG-CT---AC-ATTATG--CATACA----T------G----TAGT---TT-CTatatttag
gi|8 : atTGGT--GTTTATTTAAAATATTTT---CAT--A-----AAGGAGTTA-CTATAG--A-AATAGGATTAACTGACAAGTGGTTCA--ATAAATACAGAATTTATTTAGTAATAACAAACCTTTG---TAG----T-GTAG---------GTT---------------------TATACCATAAAAATTAT----A-----T-----ATGAAT-CGAAACAATGAAT--AAAACATAT-GACG------TTT-ATA-ATC-A-GATA--CAT-CATGATT------G--TATAGT---TT-CTTTTTTatctggagtt
gi|9 : TACACAATTTGTTCAGCCATAAGAAATCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------T------TAA----AAT----A--G--T-----ATGAAA-GGAAACATTGAAC--AAAATGTGTGGGTGT-----TTT-ATT-AAC-A-GATA--TAT-CA----T------A--TATAGA---TT-CTTATGTA-t
blockSeqs : . CA A T CT T . . AAA GCACTA GCAG AA T . AAG CCCC C TGAGTAAAT TATACC AAAT AAAA TTAGTAA A AC TTAAAC AA C AA TT A TGAT ATACAC TA ATC A G
blockSeqs : . . T . . . . . . TAG GCAT . . . . . . . TG T . GTTT . . T AA . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . AAG GCAA . . . . . . . AA . . TTAT . . . A . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . G GCAA . . . . . . . AA . . AT . . . A . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . G GCAA . . . . . . . AA . . TT . . . T . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . G ACAA . . . . . . . TT . . GT . . . A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . G TCAA . . . . . . . AA . . T . . . A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . G GTTA . . . . . . . TA . . T . . . C . A . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . G GCA . . . . . . . TA . . T . . . A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T A . . . . . . . TA . . G . . . A . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G T . . . . . . . TG . . T . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . . . . . . TA . . T . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . A T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** ** TA************************* T********** ****** ******
originalCons : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTT---------------------TA----ATAA----TAT----A--T--T-----ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
finalCons : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTTCG---TAG----T-ATAG---------GTTTA-------------------------ATAA----TAT----AT----------ATGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATATATATCTGTATCAAAGCCAACATTACAAACTACAAGTGCGATTAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 2222222222222222222222222222 111111 111111
lowQualScore : 4 55 1 3 55 3 3 44 0 444 00000000 9999 33 2 0 33 0 3 444 5555 2 000000000 9999999999999999999999999999 6666 9999999 2 777777777777 2 33 333333 99 2 444 33 2 6666 666666 33 555 2 8
lowQualScore : . .. . . .. . . .. . ... ........ .... .. . . .. . . ... .... . ......... ............................ .... ....... . ............ . .. ...... .. . ... .. . .... ...... .. ... . .
lowQualScore : 0 55 0 6 00 3 3 22 2 777 11111111 6666 44 5 8 22 9 2 444 3333 5 777777777 8888888888888888888888888888 1111 3333333 9 777777777777 7 99 999999 00 9 222 99 9 1111 444444 99 000 9 0
consensus : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTT----------------------TA----ATAA----TA-------TA-T------A-----TGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
Reference ( family-3786 ) : ATACTAACTCA-A--AANA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGAAATATTTT---CAT--G-----CACGTGCAAACTATAG--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAATACACAATTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTT----------------------TA----ATAA----TA-------TA-T------A-----TGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATATGGGTG------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTTTTTA-TTA
gi|1 : TTTGTTTAGTGACAACAAACCTT---CTTAG----T-ATGG---------GTTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN----NN-------NN-N------N-----NGAAT-CGTAACATTGAGG--AAAATGTGTGGGTGA-----TTT-ATA-AGC-G-GATA--CAT-CA----TATACTCG--TATAAT---TT-CATTTTTG-TTA
gi|10 : ATA-CGATGGTAATGTTATGTAAAACATTTC---AAT--G-----CACGTGCAAATTATAA--A-AAATGAATTAATTGTCGAGTGGTTCAATATAAATGCATAATTGTTTTAGTG--AACAATTCTT---TGTAC----T-ACAG---------G--------------------------------------------------T------A-----TGAAC-CGAAACATTTAAT--AACATATATTGGTG------TTT--T---AC-G-GATG--CAT-CA----T------G--GGTAGT---TTACTTTTgtatattatttatcaaactttataataaaatatcaaatactattcattaatagcaataacttctatattaggacatactatttttttcgatgttcaacctactaattctctatcaaaataaaaaaaacatacggtaatgttgacaaatacttg
gi|11 : aaatgaatattgTGTAG--A-ACTGGGATTAATTGTCGAGTGGTTTA--ATAAATACAC--TTTGTTTAGTGATAACAAACATC---CGTAG----T-ATAG---------GTT----------------------TG----ATg
gi|11 : aaT-CGAAAAACTGAAT--ACAATATATGGGTG------TTT-ATA-TGC-A-GAAA--TAT-CA----T------G--TATAGT---TT-ATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgaaaaactgaatacaatatatgggtgtttatatgcagaaatatcatgtatagtttattttagttagta
gi|12 : aatgtagaactgggattaattgtcgagtggtttaataaatacactttgtttagtgataacaaacatccgtagtataggtttgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTGATTTAAGATATGTT---CAT--G-----CA------AACTATAG--A-AATGTGATTAACTGTCGAGTG-TTAA--AAAAAT-CACACTTTA---AGTGATAACGGATCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTT----------------------AA----ATAA----TA-------AA-T------A-----TGAAC-CGACACATTGAAT--AA-----ACGAGCGTTAAACTTT-ATA-ACT-T-GATA--CGT-CA----C------G--TATGGT---TT-TCTTTTagttagta
gi|13 : ---CAT--G-----CACATGCAGGCTTTAG--A-AATAAGATTATCCATCGAGTGGTTCA-----------TAACTTGTTTAGTAATGA-AAGCCTT---CGTAG----T-ATTG---------GTA----------------------AA----ATGA----TA-------CA-T------A-----TGAAT-CAAAACATTGAAT--AAAGTATACGGGTG------T----TA-AAC----ATA--C---------T------G--TATACT---TT-CTTTTTagag
gi|14 : aGGATTAACTGTCGCTTGGTTCA--ATAAATAAACAATATGATTAGTGATAACAAACCCT---CATTA----T-ATAT---------GTT----------------------AA----TTAA----TA-------TA-T------A-----TGAAT-AGACATATTG-AT--TAAATACGTGGATG------TTT--TACCACAA-GATA--CAT-CA----T------G--TACAGT---TT-CTCTTTgagttaa
gi|14 : CTAACTCATA--AAGA-GAA--ACTGTA-C-ATGAT--atgagttag
gi|15 : ggattaactgtcgcttggttcaataaataaacaatatgattagtgataacaaaccctcattatatatgttaattaatatatatgaatagacatattgattaaatacgtggatgttttaccacaagatacA-AAA--ACTATA-C-ATGAT--TTTCATTTGAAATAGTTT---CAT--GCACTACACGTGCATACTATAG--A-TATGGAATTTACCGTCG---------------------AATTTGCTTAGTGGTAACAAACCTT---CGTAG----T-ATAT---------GTT----------------------TT----ATAA----T--------TA-T------AGTTTTTCAAT-CGAAATAT
gi|16 : tatatgataattTACTTACTCA-G--AAAA-GAA--ACTACA-C-ATGAT--TTTGATTCGAAATATTTT---CATTAG-----GATGTT---ACGATAG--A-AATGTGATTACATATCGAGGGGTTCA--ATGAGTACACAATTTGTTAAGTGATAACA
gi|17 : ATTTGGAACATTTGAAACAG--G------ACGTT---ACTATAG--A-AATTGGATAAGCTGTTGAGTGTTTCC--ATAAATGAACACTTTGTTTAGTAA-AACA----TT---CGTAG----T-
gi|18 : ataataatgaacaattagggaatATACTAACTTA-A--AATA-GAA--A----A-A-A---------AAATTGAAATATTTC---CAT--G-----CACGTGCAAACTATCG--A-TATTGGGTTAACTGTAGAGCGATTCA--AT
gi|19 : AACTCA-G--AAAATGAACTATTATA-C-ATGAT--TTTGACTGGAAATATTTT---TGT--G-----CGCGTGCA---------------------AACTGTCGAGTGGTTCA--ACAAATACACA
gi|2 : ATACTAATTCT-A--AAAA-GAA--ACTATATC-ATGGA--TTTGATCTGAAATATTTT---CAC--G-----CACTTGCAAACTATAG--A-AATGGCATTAACTGTCGTGTGGCTCA--ATGAATACACCATTTGTATATTGATAACAAACCGT---CGTAG----T-ATAG---------GTT----------------------AA----ATAA----TA-------TA-TTAGTAAA-----TGAAT-CTAAACATTCTAT--AAAATATATGGGTG------TTTAATA-TGC-A-GATA--CAT-CA----T------G--TATAAT---TT-CCTTTTTA-TTA
gi|20 : ATACTATCTTA-A--GACA-GAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTGACAATAAATATATT---CAA--T-----CATGTGCAAACTATAGAAA-AAAAGGATTAACT
gi|21 : tCA--ATAAATAAACACTTTGTTTAGTGATATCAGACATT---AGTAG----TCACAGTGAGTAAATGTT----------------------TA----ATAA----TA-------TA-T------A-----
gi|3 : ACTCA-A--AATA-AAA--ACTATA-C-ATGGT--TTTAATTCGAAAGGTTTT---TGT--G-----CACGTACAAACTATAC--ATACTGGGATTAACTGTCGGTTGGTTCA--ATAAATAAACATTTTGTTTAGTGATAACAAACCTT---CATAA----T-ATAG---------GTT----------------------TA----ATAA----TATAAAAATTA-T------A-----TGAAT-AGAAATATTGGAC--AAAATACGTGAGTG------TTT-TGA-AAC-A--ATATTTAG-CA----T------G--TATAGT---TT-CTTcatgtatatg
gi|4 : ATACTAATTTA-A--AATA-GAA--ACTATA-A-ATGGT--ATTGATTTGAAATATTTT---CATAAG-----GTCGTT---ACCACAT--A-AATGGGATTAACTGTCGAGTGGTTCA--ATAAACACACA--------AGTCATAACACTCCTTAGAAGTAGCCCCT-ATGG---------GTT----------------------TA----ATAA----TA-------TA-T------T-----CGTATATGAAACAATGAATACAAAGTATA-GGGT-------TTT-ATA-AAC-A-GATA--CGT-CA----T------GTATATAGT---GT-TTTTTTTAGTTAatgtttagtta
gi|5 : t------A-----TGAAG-CGAAACATCGATT--AAAATTTATGGATG------TTTAACA-AGC-A-GATA--CAT-CA----TATACACG--TATTGT---TT-CTTTTTTgt
gi|6 : ATACTAA-TAA-ACAAATG-GAA--ACTATA-C-ATGTT--TTTTATTTGAGAAACTGT---CAT--T-----CACGTTCAAAGTATAG--G-AATGGAATTAACTGT--------TCA--ATGTATGTACAATTTGTATAGTGATAACACACCTT---CGCAG----T-CCAG---------GTT----------------------TG----ACAA----TA-------TA-G------A-----TGAAT-CAGAACATCGAAT--A-------------------TTT-ATA-AAC-A-AAAT--CAT-CA----T------G--TATATTATCTT-CTGTTTTG-taagctagaatattatttattaatcttatcaattacatataagaaactatttattaaagtaaattctacaacaactgttttcgacgctcaatctacaaattctttattataatcaaaaccatgcggtaatgtttacaaatactcgt
gi|7 : catATACTAACTCA-A--AAAA-GAT--ACTATA-C-ATGGT--TTTGATTTGA----TTTT---CA-------------------CTATAG--A-ATTTGGATTCACTGTAGAATGGTTCG--ATAAATTCACACTTTGTTTAGAGATGACAAACCTT---CATAG----T-AGGG---------GTT----------------------TA----CTAA----TA-------TA-T------A-----TGAAT-CGAAACATTGAAT--AAAATATACGGGTG------TCG-CT---AC-ATTATG--CATACA----T------G----TAGT---TT-CTatatttag
gi|8 : atTGGT--GTTTATTTAAAATATTTT---CAT--A-----AAGGAGTTA-CTATAG--A-AATAGGATTAACTGACAAGTGGTTCA--ATAAATACAGAATTTATTTAGTAATAACAAACCTT---TGTAG----T-GTAG---------GTT----------------------TATACCATAAAAATTA-------TA-T------A-----TGAAT-CGAAACAATGAAT--AAAACATAT-GACG------TTT-ATA-ATC-A-GATA--CAT-CATGATT------G--TATAGT---TT-CTTTTTTatctggagtt
gi|9 : TACACAATTTGTTCAGCCATAAGAAATCTT---CGTAG----T-ATAG---------GTT----------------------T------TAA----AA-------TAGT------A-----TGAAA-GGAAACATTGAAC--AAAATGTGTGGGTGT-----TTT-ATT-AAC-A-GATA--TAT-CA----T------A--TATAGA---TT-CTTATGTA-t
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATATATATCTGTATCAAAGCCAACATTACAAACTACAAGTGCGATTAAT