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gi|9 : tA-AGA---TTAAGT-TT--------------ATTTTGCATGCAGAATATT--TTGCATAAAGT----------TTA-CAGTACAATCTTAAA--ACAT---G-----ATGACAAAATATTTGGA-----------T---TTGACCATTGTAATTCAAATTGTTTTAACA------GC--CAAAGAATTGTGGCTTGTTGAATTTAGCTGGATCATTGAAAATGACGGAAAAtttaaatatacc
gi|4 : tgggccccagaaaatatgcacaacccgaaattatgtgttttgtttgtttgcaaaataatttacttaaagtttactcagggttggaaatctcaactcatccT--CTACATCA-------------CTA-T--TA------TAAATAACAC---AGAGACA-----AAATATTTGGA-----------T---AAGACTATTGCAATTTAAAT-ATTT-------TTAAGTGTCAAAGATTTGTCGCTTCATGAATTTAGCTGGATCATTATAAATGACTAAAAAtg
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-3695 ) : AGTTTT-TGCTCCAGATAGGCCACGTATCCA-CGTAATTTACGC--------AAATA--AA-GTT---CATGATACGGATTAT-ATTCCAATACTG-TACG----TATAG--GATACGCATACAAA--TTCC-C--AT--A----AATG--AATATAGAAACAAGCGTA-------A---AAT---G-CA-AACAAAGN-----TTT-GTTGT-CGCAATCCTTATAATGTTCTACGGCGGAACGCGCAT---AACTAAAATTGAAAGCGTCC-CCCCCA--C--------CCTTTGC-GTAT--AGT----AGGGTCGTCCT-------ATACGCTATTATGGACCGTTCTATTTATAAAAT------AGGTGTATCGATCTTTCATGCATGCTATTTTCCCGCCGTTTGTCAAAA----AC---ATAATA-AA--TATGGCGTCAAAACAATTGAC-TATTA-A-TGGCGATTTCATT--TG-------A-AAAGA-AACATCTATTAGC-T-AGCGAAGTCCATTGTGACA-AAATTCTGCACGACACGATTACGTCAGCTGTT-AAA-TT-GCTGAGAAGCAAAAATCCAA--ACACACAGGTAAGTTATAA-NTCAGACTGGACGATATANA-G-CCCA-TGTGGGCCCCGGAAAATATGNNCAAC----CCA--AGATTANG---TTTA---TT---T--T---TGCAGAAT-AT----T--TTAC----ATAAAGT----------TTA-C--------TA------T--AAA----ACAT---G--A--ACAAAATATTTGGAT-----TAGACCATTGTAATTTAAATTGTTTTAACAT---AGTCAAAGAATCGTGGCTTGATGAATTTAGCTGGATCATTGAAAAGGACGAAAAA
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gi|8 : CTCCAGATATGCCACTGATCCA-CGTAATTTACGC--------AAATA--AA-GTT---CAATATACAGATTAT-AATCCAATTATG-TATG----TATCA--GATACATATATAAA--ATCT-C---T-------AATG----TACGGAAATAAATGAAG------A---GAA---G-CA-AGCAAAGA-----TTA-ATTGT-CGCAATCC-TATAATGTTCTATGGCGGAATGCGCAT---TACTAAAATTGGAAGTGTCC-CCCCCACCC--------CCTTTGC-TTAT--AGC----AGAGTCGTCTT-------ATATGCTATAATTGACTGTTCTATTTATAAAAT------AGGT
gi|9 : TGGGCCCCAGAAAATATGCACAAC----CCG--AAATTATGTGTTTTG---TTTG-T--T---TGCAAAAT-AA----T--TTAC----TTAAAGT----------TTA-C--------T
gi|9 : AT----CCA--AGATTAAG---TTTA---TT---T--TGCATGCAGAAT-AT----T--TTGC----ATAAAGT----------TTA-CAG------TACAATCTT--AAA----ACAT---G--ATGACAAAATATTTGGAT-----TTGACCATTGTAATTCAAATTGTTTTAACA-----GCCAAAGAATTGTGGCTTGTTGAATTTAGCTGGATCATTGAAAATGACGGAAAAcagggttggaaatctcaactcatccaagattaagtttattttgcatgcagaatattttgcataaagtttacagtacaatcttaaaacatgatgacaaaatatttggatttgaccattgtaattcaaattgttttaacagccaaagaattgtggcttgttgaatttagctggatcattgaaaatgacggaaaatg
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Reference ( family-3695 ) : AGTTTT-TGCTCCAGATAGGCCACGTATCCA-CGTAATTTACGC--------AAATA--AA-GTT---CATGATACGGATTAT-ATTCCAATACTG-TACG----TATAG--GATACGCATACAAA--TTCC-C--AT--A----AATG--AATATAGAAACAAGCGTA-------A---AAT---G-CA-AACAAAGN-----TTT-GTTGT-CGCAATCCTTATAATGTTCTACGGCGGAACGCGCGT---AACTAAAATTGAAAGCGTCC-CCCCCA---C---------C-TTTG-CGTGT--AGT----AGAGTCGTCCT-------ATACGCTATTATGGACCGTTCTATTTATAAAAT------AGGTGTATCGATCTTTCATGCATGCTATTTTCCCGCCGTTTGTCAAAA----AC---ATAATA-AA--TATGGCGTCAAAACAATTGAC-TATTA-A-TGGCGATTTCATT--TG-------A-AAAGA-AACATCTATTAGC-T-AG-CGAAGTCCATTGTGACA-AAATTCTGCACGGCACGATNACGTCAGCTGTT-AAA-TT-GCTGAGAAGCAAAAATCCAA--ACACACAGGTAAGTTATAANTC-AGACTGGACG--ATATANNGCCCA-TGTGGGCCCCGGAAAATATGNNCAAC----CCA--AGATTANG---TTTA---TT---T--T---TGCAGAAT-AT----T--TTAC----ATAAAGT----------TTA-C--------TA------T--AAA----ACAT---G--A--ACAAAATATTTGGAT-----TAGGCCATTGTAATTTAAATTGTTTTAACAT---AGTCAAAGAATCGTGGCTTGATGAATTTAGCTGGATCATTGAAAAGGACGAAAAA
gi|1 : AGTTTTGTGCTCCAGATAGGCCACATATCCA-CATATTTTATGC--------AAAAA--AA-GTT---CATGATACAGATTAT-ATTCCAATACTG-TACG----TATAG--GATACGT-TGCAAA--TTC-----AT--A----AATG--AATATAGAAGCAATCGTA-------A---AAT---G-TA-AACGAAGA-----TTT-GTTTT-TGCAATCCTTATAATATTCTATGATGGAACGTGCATTATAACTAAAACTGAATGCATCCACCCCCA---CAAACCACCCC-TGTG-TGGGTGAAGT----AGGATCATCCT-------ATACACTATTATGGACTGTTCCATTTATAAGAT------AGGTGTATTTATCTTTCTTGCATGCTGTTTTCCTGACATTTGTCAAAT----TC---ATAATG-AA--AATGGCATCCAAACAATTGGC-TATTACA-TGGAGATTTC-TT--CGGGGGGAAA-AAAGA-AACATCTATTAGC-T-AAACAAAGTCCATTATAACAGAAATTCTGCACAGCACAATAACGTCAGCTGTT-AAACTT-GCTGAGAAGCAAAAATCTAA--GTACACAGGTAAATTATAATTTTAGACTGGACACTATACATGCCCCA-TGTGGGCCCCAGAAAATATGGGCAAC----CAA--AGATTACG---TTTA---------------------AT-AT----T--TTAC----ATAAAGT----------TTA-T--------TA------T--AAA----ACAT---A--A--A---AATA----GAC-----TAGGCCATTGTGATTTTAATTGTTTAAACATTTAAGTCAAAGAATCATGGATTGATGAATATAGCTGGATCATTGAAAAGGACGAAAAA
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gi|12 : gg---T--T---TGCAGAAC-AT----T--TTACTTTTAAAAAGT----------TTA-C--------
gi|12 : ttgGGAAAAT----TCAACTTCTCCA--GGATTAAG---TTTA---TT---TAGTA--TGCAGAATAAG----T--TTAC--------AG------------TA-C--------TA------TTCTAA----AGA----G--A--ACAAAACATacagggttggaaaattcaacttctccaggattaagtttatttagtatgcagaataagtttacagtactattctaaagagaacaaaacat
gi|13 : ttgtttgcagaacattttacttttaaaaagtttacacagggttTGTAGAAATCTTT-ATGTATGCTATTTTTCTGCCATTTGTCAAAATAATACTAAATAATACAATGTATTGTGTCAAAACAATTGAC-TAT-----TGGCTATTTC-TT--TG-------
gi|14 : tataaGAAATTATAAGTAAC----CCA--AGATTACG---TTTAGTTTT---T--T---TGCAGAAT-AT----T--TTAC----ATAAA-T----------TTATT--------TA------T--AAA----GCATTTAG--AAGACAAACTATTTAAAT-----
gi|15 : ta-TGTTCCATGTATGCCATCTATCCA-TGTAATTTATGT--------AAATT--AT-GTTTTCCA-ACTACAGTTAAT-ATTTCAGTATTA-TATG----TATatacc
gi|16 : TGTAGTTTAAATTGTTTTAACA-----GTCAAAGAATCGTGGCTTGATAAATTTAGCTGGATCTTTGAAAAGGATGAAAAAcaaac
gi|17 : AGTTGT-TATTCCAGATGGGCCAATGATCCA-CGTTATTTATGC--------ATATA--AA-ATT---CATGATACt
gi|2 : cTTT-TGCACCAGACAGGACACGTATCCA-CGTAATTTGTGC--------AAATA--AA-GTT---CATGATAAAAATTAT-ATTCAAAAACTG-TACA----TATCT--GTTAAATATATAAA--TTCC-CCAAT--ACTGAAATA--AATATAGAAGCAAGGGTA-------A---AAT---G-CG-AACAAATG-----TTA-GTTGT-TGCAATCTATATTATGTTCTACGGTGGAATGCGCAT---AACCAAAGTTGAAAGTGT---TTTCCA---C---------CATTTG-CGTAT--AGTACTAAGGGTTATTCT-------GTATGCTATTATGGACTGTACTATTTATAAAAT------AGGTGAATCAGTCTTTCACCCATatgatga
gi|2 : atgATA-AA--TATGGTGTCCAAATAATTGAC-TA----A-TGGCACTTTCAAC--TA-------A-AAAAAGAACAT---TTAGC-TTAG-CAA-------TGTGACA-AA-TTCTGCACAACACGATAACGTCAGCTG--------------AGATGCAAAAATTTAA--ACACATAGGTAAATTGTTATTC-AGACTCTACA--ATATATTGCCCA-TGTGTGTCCCAGAAAATATGCCCAAC----CCA--A-ATT------TTTG--------T--T---TGCAGAAT-GA----TAAATAT----ATGAAGTATACCGTTTATTA-T--------TA------T--AAA----ACAT---GAAA--ACAAAATATTTTAATTCAAGTAGGCCAATGTTATTT-TATTGTTTTAAC-----AGTTCAAGTATTTTGGCTTGACGAATTTAGCTTGGTCATTGGAAAGGACAAAAAAaaatatggtgtccaaataattgactaatggcactttcaactaaaaaaagaacatttagcttagcaatgtgacaaattctgcacaacacgataacgtcagctgagatgcaaaaatttaaacacataggtaaattgttattcagactctacaatatattgcccatgtgtgtcccagaaaatatgcccaacccaaatttttgtttgcagaatgataaatatatgaagtataccgtttattattataaaacatgaaaacaaaatattttaattcaagtaggccaatgttattttattgttttaacagttcaagtattttggcttgacgaatttagcttggtcattggaaaggacaaaaaat
gi|3 : atgttttgcaccagacaggacacgtatccacgtaatttgtgcaaataaagttcatgataaaaattatattcaaaaactgtacatatctgttaaatatataaattccccaatactgaaataaatatagaagcaagggtaaaatgcgaacaaatgttagttgttgcaatctatattatgttctacggtggaatgcgcataaccaaagttgaaagtgttttccaccatttgcgtatagtactaagggttattctgtatgctattatggactgtactatttataaaataggtgaatcagtctttcacccTTTC-TGCTGCAAATAGGACATGTACCCA-TGTAAATTACGCCAGTGATTAAATG--AA-GTT---CAGGATACTGATTATGAT--CAA-ACT---AC------ATAGCAGATACATATACAAA--TTCCTC--ATT-A----AACG--AAAATAGATATA----TA-------A---------G-CA-AACA--GT-----TTA-ATCGT--GAAATCCTTGTAATGCTATACGGCAGA-CATGCTT---AACTTAAATTGAAAGTGTTT-TCCCCA---T---------A-TTTG-CTTAA--ACT----AGAGTC---CC-------ATACACCACTATGGACTGTCCTGTTTATAAAAT------ATGTGTATGAATCATTCATGCATGCTATTTTCCCGCCATTTATCAAAA----AC------ATA-AA--TATGGTGTCAAAGCTATTGACTTATCA-ATTTGCGATTT--TT--TG---------------------TATTAGT-C-AA-TGAA---CA----GAT--ATATTCTGCATGGCATGATTACATCAGCTGTTAAAA-TT-GCTGGGAAGCAAAAACCCAA--ACGCACAGGTAAGTTATAAATC-AAACTGGACG--ATAAAGCTCTCA-TGTGGGACCCGGAAAATATGCCAAAC----CCA--AAA--ATG---TTTAAT-TT---T--T---TGCAGAAT-AT----T--TTAC----ATAAAGT----------TTA-C--------TA------t
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Reference ( family-3695 ) : AGTTTT-TGCTCCAGATAGGCCACGTATCCA-CGTAATTTACGC--------AAATA--AA-GTT---CATGATACGGATTAT-ATTCCAATACTG-TACG----TATAG--GATACGCATACAAA--TTCC-C--AT--A----AATG--AATATAGAAACAAGCGTA-------A---AAT---G-CA-AACAAAGN-----TTT-GTTGT-CGCAATCCTTATAATGTTCTACGGCGGAACGCGCGT---AACTAAAATTGAAAGCGTCC-CCCCCA---C---------C-TTTG-CGTGT--AGT----AGAGTCGTCCT-------ATACGCTATTATGGACCGTTCTATTTATAAAAT------AGGTGTATCGATCTTTCATGCATGCTATTTTCCCGCCGTTTGTCAAAA----AC---ATAATA-AA--TATGGCGTCAAAACAATTGAC-TATTA-A-TGGCGATTTCATT--TG-------A-AAAGA-AACATCTATTAGC-T-AG-CGAAGTCCATTGTGACA-AAATTCTGCACGGCACGATNACGTCAGCTGTT-AAA-TT-GCTGAGAAGCAAAAATCCAA--ACACACAGGTAAGTTATAANTC-AGACTGGACG--ATATANNNCCCA-TGTGGGCCCCGGAAAATATGNNCAAC----CCA--AGATTANG---TTTA---TT---T--T---TGCAGAAT-AT----T--TTAC----ATAAAGT----------TTA-C--------TA------T--AAA----ACAT---G--A--ACAAAATATTTGGAT-----TAGGCCATTGTAATTTAAATTGTTTTAACAT---AGTCAAAGAATCGTGGCTTGATGAATTTAGCTGGATCATTGAAAAGGACGAAAAA
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Reference ( family-3695 ) : AGTTTT-TGCTCCAGATAGGCCACGTATCCA-CGTAATTTACGC--------AAATA--AA-GTT---CATGATACGGATTAT-ATTCCAATACTG-TACG----TATAG--GATACGCATACAAA--TTCC-C--AT--A----AATG--AATATAGAAACAAGCGTA-------A---AAT---G-CA-AACAAAGN-----TTT-GTTGT-CGCAATCCTTATAATGTTCTACGGCGGAACGCGCGT---AACTAAAATTGAAAGCGTCC-CCCCCA---C---------C-TTTG-CGTGT--AGT----AGAGTCGTCCT-------ATACGCTATTATGGACCGTTCTATTTATAAAAT------AGGTGTATCGATCTTTCATGCATGCTATTTTCCCGCCGTTTGTCAAAA----AC---ATAATA-AA--TATGGCGTCAAAACAATTGAC-TATTA-A-TGGCGATTTCATT--TG-------A-AAAGA-AACATCTATTAGC-T-AG-CGAAGTCCATTGTGACA-AAATTCTGCACGGCACGATNACGTCAGCTGTT-AAA-TT-GCTGAGAAGCAAAAATCCAA--ACACACAGGTAAGTTATAANTC-AGACTGGACG--ATATATNNCCCA-TGTGGGCCCCGGAAAATATGNNCAAC----CCA--AGATTANG---TTTA---TT---T--T---TGCAGAAT-AT----T--TTAC----ATAAAGT----------TTA-C--------TA------T--AAA----ACAT---G--A--ACAAAATATTTGGAT-----TAGGCCATTGTAATTTAAATTGTTTTAACAT---AGTCAAAGAATCGTGGCTTGATGAATTTAGCTGGATCATTGAAAAGGACGAAAAA
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gi|13 : ttgtttgcagaacattttacttttaaaaagtttacacagggttTGTAGAAATCTTT-ATGTATGCTATTTTTCTGCCATTTGTCAAAATAATACTAAATAATACAATGTATTGTGTCAAAACAATTGAC-TAT-----TGGCTATTTC-TT--TG-------
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gi|15 : ta-TGTTCCATGTATGCCATCTATCCA-TGTAATTTATGT--------AAATT--AT-GTTTTCCA-ACTACAGTTAAT-ATTTCAGTATTA-TATG----TATatacc
gi|16 : TGTAGTTTAAATTGTTTTAACA-----GTCAAAGAATCGTGGCTTGATAAATTTAGCTGGATCTTTGAAAAGGATGAAAAAcaaac
gi|17 : AGTTGT-TATTCCAGATGGGCCAATGATCCA-CGTTATTTATGC--------ATATA--AA-ATT---CATGATACt
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gi|4 : ggccttttctgctgcaaataggacatgtacccatgtaaattacgccagtgattaaatgaagttcaggatactgattatgatcaaactacatagcagatacatatacaaattcctcattaaacgaaaatagatatataagcaaacagtttaatcgtgaaatccttgtaatgctatacggcagacatgcttaacttaaattgaaagtgttttccccatatttgcttaaactagagtcccatacaccactatggactgtcctgtttataaaatatgtgtatgaatcattcatgcatgctattttcccgccatttatcaaaaacataaatatggtgtcaaagctattgacttatcaatttgcgattttttgtattagtcaatgaacagatatattctgcatggcatgattacatcagctgttaaaattgctgggaagcaaaaacccaaacgcacaggtaagttataaatcaaactggacgataaagctctcatgtgggacccggaaaatatgccaaacccaaaaatgtttaattttttgcagaatattttacataaagtttactagggttAAAGC-----TTT-ATTGT-CGCAATCCT-ATAATGATCTATGGCGGAACGTGCGG---AACTAAAATTGAAAGTGTCC-CCCCC----C---------A-TTTG-CTTAT--AGT----ACAGTCGTCCT-------ATATGTTATTATTGACTGTCCTATTTATAAAATGCAAGTAAGTGTATTTATCTTTCATGCATGTTATTTTCCCACCGTCTGTCAAAA----AC---GTAATA-AA--TAT-GTGTCCAAGCAATTGAC-TAT-----TGACGAT---ATC--T--------------------TCTACTAGTAT-AG-CAAAGTCCATTGTGGCA-CAACT-TGCACGACATGATTTCAGCAGCTATC-ACA-CTAGCTTAGAAGCAAAAATCCAAACACACACAGACAAGTTATAAATC-A-----------ATCTA-AACCCATTGTGAGCCTCGGAAAATATGGACAAT----CCAATAAAACATG---TTTT---TTTTGT--T---TGCAGACA-AT----T--TCAC----TTTAAGT----------TTA-C--------Tagt
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