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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                             tT-T---GTTGTT--A-AT-GCTCTTGA---TCGAC------ATATCGGTACGGTGGCTGTTGAAGCACACCGACCTGCTACCTTG-TTT--TTTTCGTCTCTACATTATATTCGTTTTCTGACG--CCCTGA-AAAA-------AG-TC---AA-----CCACGT--G-T---G--------T-GATG-TT-----CTTGATGTC-TTTTGG-CAAGCGCGAT-----A--TATG--C-AGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AGAC-T-GGCCG-TGTCATGCCTTGACAAGATTACA-----A---T-CATC----TTCATTTTGCAt
gi|11                         :                                                                                                                                                                    gtaacaataaagtatatgaaatcttcatgaatggtacaatacaaaataatgtttatggtgtttgtcttta--A-A--GTTCTTGA---TTAAC------ATATAGGTGCGGT-ATT-------TGCACCGACATGCTTCCTTG-GTT--TG-TCTTCCTTACGTTCTATTCGCTTTATGAGGT-CCTTGG--AAATAAGT--AG-TG---AA-----ACGCTT--A-T---A--------T-TATG-TTC-ATGC--G--GTC-TTTTGA-CAAGCGCAAT-----A--TATC--A-AGCGTTTTT-----ATATAATT-ATA-TAA-----AACCAC-GAGCGTTGTCATGTCTCGCAAAGATCAGA-----A-----TGTC----TTTA-TTTTTATA-A----TAAGAATTGA-T-ATTAGCACTGACCAAACATTTTCATCAT-----GTAAATA-AAGAGA-CA-TGT--TACA----CATGGAAATTTAT-AA-TACAATT-G--ATTTT----TT-ACTA-----A----TTGTTGATGTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                            ttgcaaTCCTTTA---TT--C------GTATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGACCTGCCTCCTTG-GTT--TT-TCGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGG--CCTTGA-GAAATAAAT--AG-TC---AA-----ACGCTC--A-T---ACATGTA--T-GATG-TCT-ATGCAACCTTTT--TT----CAAGCGCGAT-----A--TATC--A-AGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCATA-A----TCAGAACTGA-T-ATTAACACTGACCAAAT-ATTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AA-TT-AACTCG--GCTTA----TA----------A----ATGTTGATGTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                            gtaacaataaagtttatgtttagcatatgtattttcatcaatacaacataaagattcattgtatctcttccattttaacgataattatatcCCTGCTTCACGG-GTT--TG-TCGTCTCTATATTAGATTCTCCTTTTGAGA--CCCTGA--AAATAAAT--AAATC---AA-----ACGTTT--AAT---A--------T-GATG-TTG-ATGCC----GTC-TATAGA-CAAG----AT-----GGCTATTT-ACAGCG--TTT-----T------TTATG-TAA-----AGGCAT-GGGCATTGTCCCGCCATGCAAATATCACA-----G---T-TATT----TCTA-TCGGGATA-A----ACAGAAATGA-T-ATCAGCACTGACCAAATATATTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-TA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT--T-ATAAACGCG--A--TG----TACATTA-----A----ATATTGATa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                           gaacggtaatatagggtaagattctggtctattgtcagatcattgtagtcgctctattgatgtaacgataagtgcatcatttttgtTCCACATCATATTCTTTTTTTGATG--CCCTGA-------AAT--TG-TTTTTAA-----TCAATTTAA-G---A--------T-GTTG-TTT-ATGCC----GTC--TTAGGACAAGCGAGGT-----A--TATA--C-AGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tCTATATTATGTTCTCTTTGCTAGGTGCCTCGG--AAATAAATGAAG-TC---CA-----ACTCTTT-A-TTT-A--------T-GATGCTTT-ATGC-----------TGGG-CAAACAGGGC-----G--TGTA--C-AGCG--TTTGTATAA------T-ATA-TAA-----ACTCAAAGGGCTTTGTCAAGTATCACAACGTTTACAAAGCCG---G-CATCC---TTTA-TTTGTATAGA----TAGTACCTG--T-GTTTGCAC-GGACAAATACTTTTATCAT-----GTAAATA-AGGAGA-CA-GTC--TACA----TAT-ACTGTCTAC-A--ATAAACTCG--TTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttcttgttaatgatcggtatgttcctttaggtaatatagttaTTCT-TTTGTCT-GTG-GT--CCGTGA----ATAAA---AG-AG---AAGGCTAACTCTT--T-T---AAA------T-TATG-TTTTATG---GCCGCCTATTGGG-C--------T-----T--T-TC--A--GCG--TTA-----A------T-ATA-AAA-----AAACAT-TTGCTTTGTCACGACTTGCAAAGATTGCAGC---G---C-CATA----TTAA-TTTGCATG-A----ATTGCAC-GACT-GTTTACAATGACCAGATA----------------TAAAC---AGAGACCA-T-T--TACA----TGTTGTAATTTAT-G--GTATATTCA----TTT----TA-CTTCA----A----ATATTTATGTgctataaatataaatga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATGAATAAATCAATC-AA-TC---AA-----ACACTT--AAT---A--------T-TATG-TTC-ATGCC----GTC-TCTAGG-ATAGCG-GATTATACG--TATA--T-AACG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AACTAT-CAGCATTGTCACGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTCA-TTTTCATA-A----
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttata--A-T---A--------T-GATG-TTC-ATGCC----GTCTATT-GG-CAAGCACGAC-----A--CATCTTG-AGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGTCGTTATCATGACTTGTAAAGATTCCA-----G---T-TTTC----TTTA-TTTGAATG-A----GCAGAAGAGA-T-ATTAGCACTGATCAAAT-ATTTTATCAA-----GTAACTT-AAGAGA-AA-TGC--CACA----TATGGCAATTGAT-AA-TAAAATT----GTTTT-------ATTTTACTAA----ATGTTGAac
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCACG-A----CTTG-TCAGATT-GTTTACAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCATA-A----TCAGAACTGA-T-ATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-AT-TTAAATTCG--TTTTT----TT-AGTA-----A----ATATTGATGTTacgatagttta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cTA-TTTGCATA-AATTGTCC-AAGTG-----CTTGCACTTACCAGGTACTTTTATTAA-----ATAAATT-AAGAAG-CA-GTC--CACG----TATAGTAATTTAT-A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgAACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGA---TGAATTCA--A--TT----CACACTA-----A----ATGTTAATGTTa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A--TTAAACTCG--GTTTTCA--CA-AT------------ATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-AT-TT-AACTC---GTTTT----T---TTC-----ACTACATGTTGATGTT
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-AT-TTAAACTCGT-TTTTT----TT-ACTA-----A----ATGTTGATGTTcactaaaaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|23 ): TAGATGCTATATTTTTATTCACAAATAATCGCTGTTTGTATACTGTTAAAATAAGTTAACGAATAACAAGATATTTCATATTTGTTCTTATT
Unaligned ( gi|30 ): TTTAACGATAAATACATCCTTTCCATCCGTATCGGTACGGTTTCCGTGA
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAATACGGTTTCAACTAATTACTAATTTTCATCCTACAATTGTCAT
Unaligned ( gi|32 ): TTTTTTGCGACAACGAGTTAGTATCTTTCGGTTTTCCACC






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Reference ( family-3585 )     :                                                                                                                                          TGTTACAATAAAGT----T---ATT-TATC--ACAT----G-CA--CT-------T-C----ATCGA-T-G-TA----ACAN--TA-A-G-----TT------------AT-ATGN----T-GNT---CTN---ATTT-----A-----TTGTT---AA-GT------T--CTTNA---TTAAC------ATATCGGTGCGGTTACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TNAAACGCTT-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCT-TTNGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGGCGTTGTCACGCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAGCACTGACCAAATANTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-ATTTAAACTC-G--NTT--TTTNACT--AAATGTTGATGTT
gi|1                          :                                                                                                                                          TGTAAAAATAAA------------T-TA-C--AAAT----GGCA--TC-------T-C----TACGAATAG-TA----A-AA--TA-A-A-----CC------------AT-ATGA----T-GTT---CTTCTTATTG-----A-----TTGTTTA-AA-GT------T--CTTTG---TTAAC------ACATCGGTGCCGTTACTGT-GAAGTACACCGA-CCTGCTTCCTTGTTT--TTTTCGTCTTTACATTCTATTCGCTTTG----------------------AATAAAT--AG-TGAAAAGCTT-A-T---A--------T-GATG-TAT-ATG-CC----GTCT-TTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGAG--TTT-----A------T-TTA-TAA-----ATTCAT-CGGTGTTGTTTAGCCTTGCAAAATTTACA-----G---C-TATC----TTTA-TTTACAT-AA----T--CAGAACTGACACTAGCACTGACCAAATAGTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAT--CACA----TATGGGAATTTAT-AGTTAAACTA-G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATG
gi|10                         : ttataaattttcataaattattaaaatttaatttgttttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtaacaataaattgtatgtgacatatccaaaGTTACAATAACGC----T---ATA-CATCGGACAA----G-TAT-CT-------T-C----ATCAA-T-G-TA----ACGT--GA-ACA-----TT-------------T-ATGG----C-ACTTT-CCA---ATTT-----A-------------AACGG------T--GTT----------------ATATCGGTTCAGTAACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGTTTCCTTGTTTCTTTT-CGTCTTTACATTCTATTCGTTTTTTGAGGC-CCTGAAA--------AATAAAT--AG-TGATAAGCTG-A-T---A--------T-GAAG-TCC-ATG-CC----GTCT-TTTGGCAAGT---G-------CAATATATA--TAGCA--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GAGCGTTGTCGTGCCTT-------------------------TC---------TGTGCAT-AA----T--CAAAACCGAT------------CAAGTAA----ATCAA-----GTAAGTA-AAGAGA-TG-TAC--CACA----TCTGGCAATTTCT-ATTT-AACTCTG--GTT--T---------AATGTTGATGTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          atctcccaaa---AA-GT------T--CTTGA---TTAAC------ATATAGGTGCGGT-ATT-T-G-----CACCGA-CATGCTTCCTTGGTT--TGT-CTTCCTTACGTTCTATTCGCTTTATGAGGT-CCTTGGA--------AATAAGT--AG-TGAAACGCTT-A-T---A--------T-TATG-TTC-ATG-CG----GTCT-TTTGACAAGC---G-------CAATATATC--AAGCGTTTTT-----ATATAATT-ATA-TAA-----AACCAC-GAGCGTTGTCATGTCTCGCAAAGATCAGA-----A-----TGTC----TTTA-TTTTTAT-AA----T--AAGAATTGATATTAGCACTGACCAAACATTTTCATCAT-----GTAAATA-AAGAGA-CA-TGT--TACA----CATGGAAATTTAT-A-ATACAATT-G--ATT--TTTTACT--AATTGTTGATGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttgcaaCTATATTATGTTCTCTTTGCTAGGTGCCTCGGA--------AATAAATGAAG-TCCAACTCTTTA-TTT-A--------T-GATGCTTT-ATG-C-----------TGGGCAAACAGGG-------CG-TGTAC----AGCG--TTTGTATAA------T-ATA-TAA-----ACTCAAAGGGCTTTGTCAAGTATCACAACGTTTACAAAGCCG---G-CATCC---TTTA-TTTGTAT-AG----A--TAGTACCTGTGTTTGCACGGAC-AAATACTTTTATCAT-----GTAAATA-AGGAGA-CA-GTC--TACA----TAT-ACTGTCTAC-A-ATAAACTC-G--TTT--TGCTA-T--AAATATAAATG
gi|13                         :                                                                                                 ttcttgttaatgatcggtatgttcctttaggtaatatagttaGTAACAATAAAGT--------AT---ATG--AAAT----------CT-------T-C----ATGAA-T-GGTACAATACAAAATA-ATG-----TT-------------T-ATGG----T-GTT---TGT---CTTT-----A-----TTGTTGTTAATGC------T--CTTGA---TCGAC------ATATCGGTACGGTGGCTGTTGAAGCACACCGA-CCTGCTACCTTGTTT--TTTTCGTCTCTACATTATATTCGTTTTCTGACGC-CCTGAAA--------AA-------AG-TCAACCACGT-G-T---G--------T-GATG-TTC-TTG-AT----GTCT-TTTGGCAAGC---G-------CGATATATG--CAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AGAC-T-GGCCG-TGTCATGCCTTGACAAGATTACA-----A---T-CATC----TTCATTTTGCAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TT-A-A---A--------T-TATG-TTTTATGGCC----GCCTATTGGGC--------------------TTTT--CAGCG--TTA-----A------T-ATA-AAA-----AAACAT-TTGCTTTGTCACGACTTGCAAAGATTGCAGC---G---C-CATA----TTAA-TTTGCATGAA----TTGCACGACTG-T-TTA-CAATGACCAGATA----------------TAAAC---AGAGACCA-T-T--TACA----TGTTGTAATTTAT-G-GTATATTC-A-------TTTTACTTCAAATATTTATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcttttgtctgtggtccgtgaataaaagagaaggctaactctt-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCT-ATTGGCAAGC---A-------CGACACATCTTGAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGTCGTTATCATGACTTGTAAAGATTCCA-----G---T-TTTC----TTTA-TTTGAAT-GA----G--CAGAAGAGATATTAGCACTGATCAAATA-TTTTATCAA-----GTAACTT-AAGAGA-AA-TGC--CACA----TATGGCAATTGAT-A-ATAAAATT-G--TTTTATTTTACT--AAATGTTGA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A--------AATCAATC-AA-TCAAACACTT-AAT---A--------T-TATG-TTC-ATG-CC----GTCT-CTAGGATAGC---GGATTATACG-TATAT----AACG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AACTAT-CAGCATTGTCACGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTCA-TTTTCAT-AA----
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttataatgaatCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-ATTTAAATTC-G--TTT--TTTTAGT--AAATATTGATGTTac
gi|2                          :                                                                                                                                           GTCACAATAAA----------ATT-TAT---GCATC---G-CA--CTATAAGTAT-CTTTAATCGA-T-G-TA----ACAT--TA-A-G-----AA------------TT-ATGG----TAGCT---TTTCC-ATTT-----AAACCATAATT---AT-ATCG----T--TTTTA---TC--C------GTATCGGTGCAGTTGCTGT-AAAGCACATTGA-CCT-CTTTCTTGGAT--TTT-CGTTTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGAC-CCTAAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACACTT-A-T---A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----ATCT-TTCGACAAGC---G-------CTTTATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATACTAATACACAATCAT-TGGCGTTGCCATGCCTCGCAATTATTAAA-----G---T-TATC----TTTA-TTTCCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAGTATCTTAATCAA-----GTACATC-AAGAGA-TATTACAGCATAGAATTATGGCAATTTAT-ATATTAACT--A--ATT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCACATCATATTCTTTTTTTGATGC-CCTGAAATTGTTTTTAATCAAT-----TTAAG------------A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----GTCT-TAGGACAAGC---G-------AGGTATATA--CAGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tGCGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCAC-GACTTGT--CAG-ATTG-T-TTA-CAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGA--TGAATTC-A--A-T--TCACACT--AAATGTTAATGTTacgatagttta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A-TTAAACTC-G--G-T--TTTCACA--ATATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-ATTT-AACTC-GT-TTT--TTTCACT--ACATGTTGATGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGAATAGTTTTATCAA-----GTATATT-AAAAGA-CT-TAC--TACA----TATGGCAATTTCT-ATTT-AATTC-G--TTT--TTTCACT--AAA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-ATTTAAACTC-GT-TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTTaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      T---CTT---ATCT-----A-----TTGTT---AAAGT------T--CTTGA---TTAAC------ATATCGGTGCAGTTACTGT-GAAG-----CGATCCTGCTa
gi|3                          :                                                                                                                                         tTGTAACAATAAAGT----T---ATA-CATC--ACATATCTG-T---CT-------T-C----ATCGA-T-G-TA----ACAA--TATA-G-----TTTGTGTCATCTGCATTATGTAACAT-GAT-----G---ATTT-----A-----TGAT-----A-GC------T--CTTCAGTTCTAACGGTGTTATATTGGTGCGGTTACTGC-GAAGCATATCGA-CATGCTACCTTGGTT--TTT-CGTCTTTATATTCTATTGGCTTCGTGAGGC-CCTGAGA--------AGTAAAT--AG-TGAAACGTTT---T---A--------T-CATG-TTC-AAG-CC----GTCT-TTTGGTAAGC---A-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-GAA-----AATCAT-TGGCGTTGTCATTCCTTGCAAAGGTTAAA-----G---T-TATC----GTTA-TTTAGAT-AA----T--CAGAACTGATAGCAGCACTG
gi|4                          :                                                       ttagccatgcttattttgataacattgcacataaacgcattttatcaacattttacacaaatggttaagtgacattctgtttttGTAACAATAAAGT----TTATGTT-TAGC--ATAT----G-TA--TT-------TTC----ATCAA-T-A-CA----ACAT--AA-A-GATTCATT------------GT-AT-C----T-CTT---CCA---TTTT-----A-----ACGAT---AA-TTATATCTC--CTTTA---TT--C------GTATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGA-CCTGCCTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGGC-CTTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGCTC-A-T---ACATGTA--T-GATG-TCT-ATG-CA----ACCT-TTTTTCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAATA-TTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AATT-AACTC-G--GCT--T---A-T--AAATGTTGATGTT
gi|5                          :                                                                                                                                                 ATTAAGT----T---TTTATATC--ACAT------CAATCG-------T-C----ATCAA-T-G-TA----ACAT--GA-A-GGT---TT------------AT-A-GT----A-GCT---CTTTC-ATTTTAACCA-----TAATT---AC-AT------TGTTTTCA---TC--C------GTATCGGTGCGGTTCCTTT-GAAGCACACCAA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTATATGATATTCGCATTATGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGTTT-A-TAGGA--------TGGATG-TTT-GTG-CC----GTCG-TTTGGCAAGC---G-------CGATTTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATC-TTA-----AAGCAT-GGGCGTTTTCAGGACGTGCAAAGATAACA-----G---T-TATTACAGTTGA-TTTGTAT-AA----T--CATA------ATTAGCACTGACCAACTATTTTTA-CAA-----GTGAATT-AAGTGG-CA-TAC--CACA----TATAGAAATTCAT-A-ATAAACTC-G--TTT--TTTCAAT--AGTTTTTGATGTTa
gi|6                          :                                                                                                                                     gtaacTGTTACAATAAATT----T---AT---ATG--ACCT----------CT-------C-T----ACGAA-T-G-GT----ACAA--TA-A-G-----GT------------AT-ATGC----T-GTTGATTTT---ATTT-----A-----TTGCT---AATGT------T--CTTGA---TTGAC------ATATCGATGATGTTACTGT-GAAGCA-ACCCA-CCTGCTTCCTTGCTT--TTT-CGTGTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAAGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACTTTT-A-T---AAAAAATTAT-GATG-TTT-ATG-CC----GTCT-ATTGGCAAGC---G-------AGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-TGGCATTGTCATGCCTTGCAAAGATTTCA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAATTGATATTAACACTGACCAAACATTTTTATCAA-----GTTAATA-AAGAGA-CA-TGC--CACA----CATGGCAATTGATGA--TAAAATT-G--TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTa
gi|7                          :                                                                                                                                          TGTTACAATGAGGT----T---ATT-TAT---ACA-----G-CA--CT-------T-C-----CCAA-T-G-TA----ACAC--TATA-G-----TT------------AT-ATGA----T-GAT---CTA---ATTT-----A-----TTGTT---AA-GT------T--CTTGA---TTAAC------ATATCGGTGCAGTTACTGT-GAAGCGCACCTA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACGTTCTATTCGTTTTGTGAGGC-CATGACA--------AATAAAT--AG-TGAAACGCTT-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CCTGCTGTCA-TTAGGCAAGC---A-------CGATGTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGACGTTGTCATGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CCGAACTGATATTAGCACTGGCCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-ATTTAAATTC-G--GTT--TTTAATT--TAATGTTGATGTT
gi|8                          :                                                                                                                                              ACAATAAATTAATAT---ATT-TATC--TC-T----A-CG------------------AACGG-T---------ACAC--TA-A-A-----GT------------AT-ATGC----T-GTT---CTT---CTTTTGT--A-----TTGTT---AAAGT------T--CTTCA---TTTTG------ATATCGGTGCGGCTACTGT-AAAGTACACCGA-TCTGCTTCCTTTTTT--TTT-CGTCTCTACATTCCATTCGCTTTGTAAAGT-CCGGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACGTTT-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CG----GTAT-TTTGGTAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------G-ATA-TAA-----AATCAT-AGGCGTTGTCATGCCGTGCAAATATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGTACTGACCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-AA-T----------------GCAATTTAT-ATTTAAATTC-GTTTTT--TTTCATT--AAATATTGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ta-CCTGCTTCACGGGTT--TGT-CGTCTCTATATTAGATTCTCCTTTTGAGAC-CCTGA-A--------AATAAAT--AAATCAAACGTTT-AAT---A--------T-GATG-TTG-ATG-CC----GTCT-ATAGACAAGATG-G-------CTATTTAC----AGCG--TTT-----T------TTATG-TAA-----AGGCAT-GGGCATTGTCCCGCCATGCAAATATCACA-----G---T-TATT----TCTA-TCGGGAT-AA----A--CAGAAATGATATCAGCACTGACCAAATATATTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-TA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT--TATAAACGC-G--A-T--GTACATT--AAATATTGAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|23 ): TAGATGCTATATTTTTATTCACAAATAATCGCTGTTTGTATACTGTTAAAATAAGTTAACGAATAACAAGATATTTCATATTTGTTCTTATT
Unaligned ( gi|24 ): TGTATTTGCATAAATTGTCCAAGTGCTTGCACTTACCAGGTACTTTTATTAAATAAATTAAGAAGCAGTCCACGTATAGTAATTTATAA
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Reference ( family-3585 )     :                                                                                                                                          TGTNACAATAAAGT----TATT-TATC--ACAT----G-CA--CT-------TC----ATCGA-T-G-TA----ACAN--TA-A-G--TTATATGNT-G--T-T---C---TT---ATTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTNA---TTAAC------ATATCGGTGCGGTTACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TNAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGGCGTTGTCACGCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAGCACTGACCAAATANTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-ATTTAAACTC-G--NTT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttcttttgtctgtggtccgtgaataaaagagaaggctaactctt-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---A-------CGACACATCTTGAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGTCGTTATCATGACTTGTAAAGATTCCA-----G---T-TTTC----TTTA-TTTGAAT-GA----G--CAGAAGAGATATTAGCACTGATCAAATA-TTTTATCAA-----GTAACTT-AAGAGA-AA-TGC--CACA----TATGGCAATTGAT-A-ATAAAATT-G--TTTTATTTTACT--AAATGTTGA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A--------AATCAATC-AA-TCAAACACT------T-AAT---A--------T-TATG-TTC-ATG-CC----GTCTCTAGGATAGC---GGATTATACG-TATAT----AACG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AACTAT-CAGCATTGTCACGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTCA-TTTTCAT-AA----
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttataatgaatCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-ATTTAAATTC-G--TTT--TTTTAGT--AAATATTGATGTTac
gi|2                          :                                                                                                                                           GTCACAATAAA-------ATT-TAT---GCATC---G-CA--CTATAAGTATCTTTAATCGA-T-G-TA----ACAT--TA-A-G--AATTATGGTAG--C-T---T---TTCC-ATTT-----AAACCA-----TAATT---A-T-A--TCGT--TTTTA---TC--C------GTATCGGTGCAGTTGCTGT-AAAGCACATTGA-CCT-CTTTCTTGGAT--TTT-CGTTTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGAC-CCTAAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACACT------T-A-T---A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----ATCTTTCGACAAGC---G-------CTTTATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATACTAATACACAATCAT-TGGCGTTGCCATGCCTCGCAATTATTAAA-----G---T-TATC----TTTA-TTTCCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAGTATCTTAATCAA-----GTACATC-AAGAGA-TATTACAGCATAGAATTATGGCAATTTAT-ATATTAACT--A--ATT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TCCACATCATATTCTTTTTTTGATGC-CCTGAAATTGTTTTTAATCAAT-----TTAAG------------------A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----GTCTTAGGACAAGC---G-------AGGTATATA--CAGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tGCGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCAC-GACTTGT--CAG-ATTG-T-TTA-CAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGA--TGAATTC-A--A-T--TCACACT--AAATGTTAATGTTacgatagttta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A-TTAAACTC-G--G-T--TTTCACA--ATATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-ATTT-AACTC-GT-TTT--TTTCACT--ACATGTTGATGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CGAATAGTTTTATCAA-----GTATATT-AAAAGA-CT-TAC--TACA----TATGGCAATTTCT-ATTT-AATTC-G--TTT--TTTCACT--AAA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-ATTTAAACTC-GT-TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTTaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                             --T-T---C---TT---ATCT-----A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTGA---TTAAC------ATATCGGTGCAGTTACTGT-GAAG-----CGATCCTGCTa
gi|3                          :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATA-CATC--ACATATCTG-T---CT-------TC----ATCGA-T-G-TA----ACAA--TATA-G--TT-TGTGTC-A--T-C---TGCATT---ATGT-----AACATGATGATTTATG---ATA-G--C--T--CTTCAGTTCTAACGGTGTTATATTGGTGCGGTTACTGC-GAAGCATATCGA-CATGCTACCTTGGTT--TTT-CGTCTTTATATTCTATTGGCTTCGTGAGGC-CCTGAGA--------AGTAAAT--AG-TGAAACGTT------T---T---A--------T-CATG-TTC-AAG-CC----GTCTTTTGGTAAGC---A-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-GAA-----AATCAT-TGGCGTTGTCATTCCTTGCAAAGGTTAAA-----G---T-TATC----GTTA-TTTAGAT-AA----T--CAGAACTGATAGCAGCACTG
gi|4                          :                                                       ttagccatgcttattttgataacattgcacataaacgcattttatcaacattttacacaaatggttaagtgacattctgtttttGTAACAATAAAGTTTA-TGTT-TAGC--ATAT----G-TAT-TT-------TC----ATCAA-T-A-CA----ACAT--AA-A-G--ATTCATTGT-A--TCT---C---TTCC-ATTTTAACGA----------TAATT---A-T-ATCT--C--CTTTA---TT--C------GTATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGA-CCTGCCTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGGC-CTTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGCTCATACAT-G-T---A--------T-GATG-TCT-ATG-CA----ACCTTTTTTCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAATA-TTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AATT-AACTC-G--GCT--T---A-T--AAATGTTGATGTT
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Reference ( family-3585 )     :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATT-TATC--ACAT----G-CA--CT-------TC----ATCGA-T-GTAACANTA--AGNTA-----TATGNT-G--T-T---C---TT---ATTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTNA---TTAAC------ATATCGGTGCGGTTACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TNAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGGCGTTGTCACGCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAGCACTGACCAAATANTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|1                          :                                                                                                                                          TGTAAAAATAAA---------T-TA-C--AAAT----GGCA--TC-------TC----TACGAATAGTAA-AATA--AACCA-----TATGAT-G--T-T---C---TTCTTATTG-----A----------TTGTTTA-A-A-G--T--T--CTTTG---TTAAC------ACATCGGTGCCGTTACTGT-GAAGTACACCGA-CCTGCTTCCTTGTTT--TTTTCGTCTTTACATTCTATTCGCTTTG----------------------AATAAAT--AG-TGAAAAGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TAT-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGAG--TTT-----A------T-TTA-TAA-----ATTCAT-CGGTGTTGTTTAGCCTTGCAAAATTTACA-----G---C-TATC----TTTA-TTTACAT-AA----T--CAGAACTGACACTAGCACTGACCAAATAGTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAT--CACA----TATGGGAATTTAT-AG---TTAAACTA--G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATG
gi|10                         : ttataaattttcataaattattaaaatttaatttgttttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtaacaataaattgtatgtgacatatccaaaGTTACAATAACGC----TATA-CATCGGACAA----G-TAT-CT-------TC----ATCAA-T-GTAACGTGA--ACATT-----TATGGC-ACTT-T---C---CA---ATTT-----A------------------A-ACG--G--T--GTT----------------ATATCGGTTCAGTAACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGTTTCCTTGTTTCTTTT-CGTCTTTACATTCTATTCGTTTTTTGAGGC-CCTGAAA--------AATAAAT--AG-TGATAAGCT------G-A-T---A--------T-GAAG-TCC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGT---G-------CAATATATA--TAGCA--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GAGCGTTGTCGTGCCTT-------------------------TC---------TGTGCAT-AA----T--CAAAACCGAT------------CAAGTAA----ATCAA-----GTAAGTA-AAGAGA-TG-TAC--CACA----TCTGGCAATTTCT-AT---TT-AACTCTGG--TTT------------AATGTTGATGTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         atctcccaaa---A-A-G--T--T--CTTGA---TTAAC------ATATAGGTGCGGT-ATT-T-G-----CACCGA-CATGCTTCCTTGGTT--TGT-CTTCCTTACGTTCTATTCGCTTTATGAGGT-CCTTGGA--------AATAAGT--AG-TGAAACGCT------T-A-T---A--------T-TATG-TTC-ATG-CG----GTCTTTTGACAAGC---G-------CAATATATC--AAGCGTTTTT-----ATATAATT-ATA-TAA-----AACCAC-GAGCGTTGTCATGTCTCGCAAAGATCAGA-----A-----TGTC----TTTA-TTTTTAT-AA----T--AAGAATTGATATTAGCACTGACCAAACATTTTCATCAT-----GTAAATA-AAGAGA-CA-TGT--TACA----CATGGAAATTTAT-A----ATACAATT--G--ATT--TTTTACT--AATTGTTGATGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgcaaCTATATTATGTTCTCTTTGCTAGGTGCCTCGGA--------AATAAATGAAG-TCCAACTCT------TTA-TTT-A--------T-GATGCTTT-ATG-CT----G------GGCAAACAGGG-------CG-TGTAC----AGCG--TTTGTATAA------T-ATA-TAA-----ACTCAAAGGGCTTTGTCAAGTATCACAACGTTTACAAAGCCG---G-CATCC---TTTA-TTTGTAT-AG----A--TAGTACCTGTGTTTGCACGGAC-AAATACTTTTATCAT-----GTAAATA-AGGAGA-CA-GTC--TACA----TAT-ACTGTCTAC-A----ATAAACTC--G--TTT--TGCTA-T--AAATATAAATG
gi|13                         :                                                                                                 ttcttgttaatgatcggtatgttcctttaggtaatatagttaGTAACAATAAAGT-----AT---ATG--AAAT----------CT-------TC----ATGAA-T-GGTACAATACAAAATAATGTTTATGGT-G--T-T---T---GT---CTTT-----A----------TTGTTGTTA-ATG--C--T--CTTGA---TCGAC------ATATCGGTACGGTGGCTGTTGAAGCACACCGA-CCTGCTACCTTGTTT--TTTTCGTCTCTACATTATATTCGTTTTCTGACGC-CCTGAAA--------AA-------AG-TCAACCACG------T-G-T---G--------T-GATG-TTC-TTG-AT----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATG--CAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AGAC-T-GGCCG-TGTCATGCCTTGACAAGATTACA-----A---T-CATC----TTCATTTTGCAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T------T-A-A---A--------T-TATG-TTTTATGGCC----GCCTATTGG--------G-------C----TTTT--CAGCG--TTA-----A------T-ATA-AAA-----AAACAT-TTGCTTTGTCACGACTTGCAAAGATTGCAGC---G---C-CATA----TTAA-TTTGCATGAA----TTGCACGACTG-T-TTA-CAATGACCAGATA----------------TAAAC---AGAGACCA-T-T--TACA----TGTTGTAATTTAT-G----GTATATTC--A--TTT--T---ACTTCAAATATTTATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttcttttgtctgtggtccgtgaataaaagagaaggctaactctt-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---A-------CGACACATCTTGAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGTCGTTATCATGACTTGTAAAGATTCCA-----G---T-TTTC----TTTA-TTTGAAT-GA----G--CAGAAGAGATATTAGCACTGATCAAATA-TTTTATCAA-----GTAACTT-AAGAGA-AA-TGC--CACA----TATGGCAATTGAT-A----ATAAAATT--G--TTTTATTTTACT--AAATGTTGA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A--------AATCAATC-AA-TCAAACACT------T-AAT---A--------T-TATG-TTC-ATG-CC----GTCTCTAGGATAGC---GGATTATACG-TATAT----AACG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AACTAT-CAGCATTGTCACGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTCA-TTTTCAT-AA----
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttataatgaatCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--TTT--TTTTAGT--AAATATTGATGTTac
gi|2                          :                                                                                                                                           GTCACAATAAA-------ATT-TAT---GCATC---G-CA--CTATAAGTATCTTTAATCGA-T-GTAACATTA--AGAAT-----TATGGTAG--C-T---T---TTCC-ATTT-----AAACCA-----TAATT---A-T-A--TCGT--TTTTA---TC--C------GTATCGGTGCAGTTGCTGT-AAAGCACATTGA-CCT-CTTTCTTGGAT--TTT-CGTTTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGAC-CCTAAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACACT------T-A-T---A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----ATCTTTCGACAAGC---G-------CTTTATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATACTAATACACAATCAT-TGGCGTTGCCATGCCTCGCAATTATTAAA-----G---T-TATC----TTTA-TTTCCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAGTATCTTAATCAA-----GTACATC-AAGAGA-TATTACAGCATAGAATTATGGCAATTTAT-AT---ATTAACTA--A---TT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TCCACATCATATTCTTTTTTTGATGC-CCTGAAATTGTTTTTAATCAAT-----TTAAG------------------A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----GTCTTAGGACAAGC---G-------AGGTATATA--CAGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tGCGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCAC-GACTTGT--CAG-ATTG-T-TTA-CAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGATGAATTCAATTC--A----------CACT--AAATGTTAATGTTacgatagttta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A----TTAAACTC--G---GT--TTTCACA--ATATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-AT---TT-AACTC--GT-TTT--TTTCACT--ACATGTTGATGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGAATAGTTTTATCAA-----GTATATT-AAAAGA-CT-TAC--TACA----TATGGCAATTTCT-AT---TT-AATTC--G--TTT--TTTCACT--AAA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--GT-TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTTaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                         --T-T---C---TT---ATCT-----A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTGA---TTAAC------ATATCGGTGCAGTTACTGT-GAAG-----CGATCCTGCTa
gi|3                          :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATA-CATC--ACATATCTG-T---CT-------TC----ATCGA-T-GTAACAATAT-AGTT------TGTGTC-A--T-C---TGCATT---ATGT-----AACATGATGATTTATG---ATA-G--C--T--CTTCAGTTCTAACGGTGTTATATTGGTGCGGTTACTGC-GAAGCATATCGA-CATGCTACCTTGGTT--TTT-CGTCTTTATATTCTATTGGCTTCGTGAGGC-CCTGAGA--------AGTAAAT--AG-TGAAACGTT------T---T---A--------T-CATG-TTC-AAG-CC----GTCTTTTGGTAAGC---A-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-GAA-----AATCAT-TGGCGTTGTCATTCCTTGCAAAGGTTAAA-----G---T-TATC----GTTA-TTTAGAT-AA----T--CAGAACTGATAGCAGCACTG
gi|4                          :                                                       ttagccatgcttattttgataacattgcacataaacgcattttatcaacattttacacaaatggttaagtgacattctgtttttGTAACAATAAAGTTTA-TGTT-TAGC--ATAT----G-TAT-TT-------TC----ATCAA-T-ACAACATAA--AGATT-----CATTGT-A--TCT---C---TTCC-ATTTTAACGA----------TAATT---A-T-ATCT--C--CTTTA---TT--C------GTATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGA-CCTGCCTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGGC-CTTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGCTCATACAT-G-T---A--------T-GATG-TCT-ATG-CA----ACCTTTTTTCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAATA-TTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AA---TT-AACTC--G--GCT--T---A-T--AAATGTTGATGTT
gi|5                          :                                                                                                                                           GTAACATTAA-GT----TTTTATATC--ACAT------CAATCG-------TC----ATCAA-T-GTAACATGA--AGGTT-----TATAGTAG--C-T---C---TTTC-ATTTTAACCA----------TAATT---A-C-A--T--TGTTTTCA---TC--C------GTATCGGTGCGGTTCCTTT-GAAGCACACCAA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTATATGATATTCGCATTATGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGTT------T-A-TAGGA--------TGGATG-TTT-GTG-CC----GTCGTTTGGCAAGC---G-------CGATTTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATC-TTA-----AAGCAT-GGGCGTTTTCAGGACGTGCAAAGATAACA-----G---T-TATTACAGTTGA-TTTGTAT-AA----T--CATA------ATTAGCACTGACCAACTATTTTTA-CAA-----GTGAATT-AAGTGG-CA-TAC--CACA----TATAGAAATTCAT-A----ATAAACTC--G--TTT--TTTCAAT--AGTTTTTGATGTTa
gi|6                          :                                                                                                                                          TGTTACAATAAATT----TAT---ATG--ACCT----------CT-------CT----ACGAA-T-GGTACAATA--AGGTA-----TATGCT-G--T-TGATT---TT---ATTT-----A----------TTGCT---A-ATG--T--T--CTTGA---TTGAC------ATATCGATGATGTTACTGT-GAAGCA-ACCCA-CCTGCTTCCTTGCTT--TTT-CGTGTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAAGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACTTT------T-A-T---AAAAAATTAT-GATG-TTT-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---G-------AGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-TGGCATTGTCATGCCTTGCAAAGATTTCA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAATTGATATTAACACTGACCAAACATTTTTATCAA-----GTTAATA-AAGAGA-CA-TGC--CACA----CATGGCAATTGATGA-----TAAAATT--G--TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTa
gi|7                          :                                                                                                                                          TGTTACAATGAGGT----TATT-TAT---ACA-----G-CA--CT-------TC-----CCAA-T-GTAACACTAT-AGTTA-----TATGAT-G--A-T---C---TA---ATTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTGA---TTAAC------ATATCGGTGCAGTTACTGT-GAAGCGCACCTA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACGTTCTATTCGTTTTGTGAGGC-CATGACA--------AATAAAT--AG-TGAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CCTGCTGTCATTAGGCAAGC---A-------CGATGTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGACGTTGTCATGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CCGAACTGATATTAGCACTGGCCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--GTT--TTTAATT--TAATGTTGATGTT
gi|8                          :                                                                                                                                            TAACAATAAATTAATATATT-TATC--TC-T----A-CG-----------------AACGG-T----ACACTA--AAGTA-----TATGCT-G--T-T---C---TT---CTTTTGT--A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTCA---TTTTG------ATATCGGTGCGGCTACTGT-AAAGTACACCGA-TCTGCTTCCTTTTTT--TTT-CGTCTCTACATTCCATTCGCTTTGTAAAGT-CCGGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACGTT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CG----GTATTTTGGTAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------G-ATA-TAA-----AATCAT-AGGCGTTGTCATGCCGTGCAAATATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGTACTGACCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-AA-T----------------GCAATTTAT-AT---TTAAATTC--GTTTTT--TTTCATT--AAATATTGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CCTGCTTCACGGGTT--TGT-CGTCTCTATATTAGATTCTCCTTTTGAGAC-CCTGA-A--------AATAAAT--AAATCAAACGTT------T-AAT---A--------T-GATG-TTG-ATG-CC----GTCTATAGACAAGATG-G-------CTATTTAC----AGCG--TTT-----T------TTATG-TAA-----AGGCAT-GGGCATTGTCCCGCCATGCAAATATCACA-----G---T-TATT----TCTA-TCGGGAT-AA----A--CAGAAATGATATCAGCACTGACCAAATATATTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-TA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT--T---ATAAACGC--G---AT--GTACATT--AAATATTGAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GTCACACTAAAGTTATACATCGTGTAGGTATCTTCTACAATGTAACATCAAAGTGGATGGCATCTCCATTATGTAATATGAAGATTTACAGTAGCTCTTCCGTTTTAACGTTAATTACATTGTTTACATCCGTGTTGGTGCG
Unaligned ( gi|19 ): ATTATAAACTTTGAATATCATAACATTCTTGTTAGCACTTGTTTGCCATGATATATTATTATGTAATGGTGTAATAGTACACCCGTCTGTTGCTATATTTGCATGTCTGTATAATTTGTTTGCTTATTCAT
Unaligned ( gi|23 ): TAGATGCTATATTTTTATTCACAAATAATCGCTGTTTGTATACTGTTAAAATAAGTTAACGAATAACAAGATATTTCATATTTGTTCTTATT
Unaligned ( gi|24 ): TGTATTTGCATAAATTGTCCAAGTGCTTGCACTTACCAGGTACTTTTATTAAATAAATTAAGAAGCAGTCCACGTATAGTAATTTATAA
Unaligned ( gi|30 ): TTTAACGATAAATACATCCTTTCCATCCGTATCGGTACGGTTTCCGTGA
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Reference ( family-3585 )     :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATT-TATC--ACAT----G-CA--CT-------TC----ATCGA-T-G-TA----ACAN--TA-AGNTNTATGGT-G--T--T---CT----T---A---TTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTNA---TTAAC------A----TATCGGTGCGGTTACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TNAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGGCGTTGTCACGCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAGCACTGACCAAATANTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A--------AATCAATC-AA-TCAAACACT------T-AAT---A--------T-TATG-TTC-ATG-CC----GTCTCTAGGATAGC---GGATTATACG-TATAT----AACG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AACTAT-CAGCATTGTCACGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTCA-TTTTCAT-AA----
gi|17                         :                                                                                         ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttataatgaatTGTAACATCAAAGT----GG----ATG--GCAT----------CT-------CC----ATT-A-T-G-TA----ATAT--GA-AGATTTACAGTAG--C--T---CT----T---CCGTTTT-----A----------ACGTT---A-A-T--T--A--CATTG---TTTAC------ATCCGTGTTGGTGCGac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtcacactaaagttatacatcgtgtaggtatcttctacaaCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--TTT--TTTTAGT--AAATATTGATGTT
gi|2                          :                                                                                                                                           GTCACAATAAA-------ATT-TAT---GCATC---G-CA--CTATAAGTATCTTTAATCGA-T-G-TA----ACAT--TA-AGAATTATGGTAG--C--T---TT----TCC-A---TTT-----AAACCA-----TAATT---A-T-A--TCGT--TTTTA---TC--C------G----TATCGGTGCAGTTGCTGT-AAAGCACATTGA-CCT-CTTTCTTGGAT--TTT-CGTTTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGAC-CCTAAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACACT------T-A-T---A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----ATCTTTCGACAAGC---G-------CTTTATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATACTAATACACAATCAT-TGGCGTTGCCATGCCTCGCAATTATTAAA-----G---T-TATC----TTTA-TTTCCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAGTATCTTAATCAA-----GTACATC-AAGAGA-TATTACAGCATAGAATTATGGCAATTTAT-AT---ATTAACTA--A---TT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCCACATCATATTCTTTTTTTGATGC-CCTGAAATTGTTTTTAATCAAT-----TTAAG------------------A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----GTCTTAGGACAAGC---G-------AGGTATATA--CAGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tGCGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCAC-GACTTGT--CAG-ATTG-T-TTA-CAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGATGAATTCAATTC--A----------CACT--AAATGTTAATGTTacgatagttta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A----TTAAACTC--G---GT--TTTCACA--ATATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-AT---TT-AACTC--GT-TTT--TTTCACT--ACATGTTGATGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CGAATAGTTTTATCAA-----GTATATT-AAAAGA-CT-TAC--TACA----TATGGCAATTTCT-AT---TT-AATTC--G--TTT--TTTCACT--AAA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--GT-TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTTaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                          --T--T---CT----T---A---TCT-----A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATCGGTGCAGTTACTGT-GAAG-----CGATCCTGCTa
gi|3                          :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATA-CATC--ACATATCTG-T---CT-------TC----ATCGA-T-G-TA----ACAA--TATAGTTT----GT-G--TCAT---CTGCATT---A---TGT-----AACATGATGATTTATG---ATA-G--C--T--CTTCAGTTCTAACGGTGTTA----TATTGGTGCGGTTACTGC-GAAGCATATCGA-CATGCTACCTTGGTT--TTT-CGTCTTTATATTCTATTGGCTTCGTGAGGC-CCTGAGA--------AGTAAAT--AG-TGAAACGTT------T---T---A--------T-CATG-TTC-AAG-CC----GTCTTTTGGTAAGC---A-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-GAA-----AATCAT-TGGCGTTGTCATTCCTTGCAAAGGTTAAA-----G---T-TATC----GTTA-TTTAGAT-AA----T--CAGAACTGATAGCAGCACTG
gi|4                          :                                                       ttagccatgcttattttgataacattgcacataaacgcattttatcaacattttacacaaatggttaagtgacattctgtttttGTAACAATAAAGTTTA-TGTT-TAGC--ATAT----G-TAT-TT-------TC----ATCAA-T-A-CA----ACAT--AA-AGATTCATTGT-A--TC-T---CT----TCC-A---TTTTAACGA----------TAATT---A-T-ATCT--C--CTTTA---TT--C------G----TATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGA-CCTGCCTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGGC-CTTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGCTCATACAT-G-T---A--------T-GATG-TCT-ATG-CA----ACCTTTTTTCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAATA-TTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AA---TT-AACTC--G--GCT--T---A-T--AAATGTTGATGTT
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gi|1                          :                                                                                                                                          TGTAAAAATAAA---------T-TA-C--AAAT----GGCA--TC-------TC----TACGAATAG-TA----A-AA--TAAACCA-TATGAT-G--T--T---C--T----TCTTA---TTG-----A----------TTGTTTA-A-A-G--T--T--CTTTG---TTAAC------A----CATCGGTGCCGTTACTGT-GAAGTACACCGA-CCTGCTTCCTTGTTT--TTTTCGTCTTTACATTCTATTCGCTTTG----------------------AATAAAT--AG-TGAAAAGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TAT-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGAG--TTT-----A------T-TTA-TAA-----ATTCAT-CGGTGTTGTTTAGCCTTGCAAAATTTACA-----G---C-TATC----TTTA-TTTACAT-AA----T--CAGAACTGACACTAGCACTGACCAAATAGTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAT--CACA----TATGGGAATTTAT-AG---TTAAACTA--G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATG
gi|10                         : ttataaattttcataaattattaaaatttaatttgttttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtaacaataaattgtatgtgacatatccaaaGTTACAATAACGC----TATA-CATCGGACAA----G-TAT-CT-------TC----ATCAA-T-G-TA----ACGT--GAACATT-TATGGC-ACTT--T---C--C----A---A---TTT-----A------------------A-ACG--G--T--GTT----------------A----TATCGGTTCAGTAACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGTTTCCTTGTTTCTTTT-CGTCTTTACATTCTATTCGTTTTTTGAGGC-CCTGAAA--------AATAAAT--AG-TGATAAGCT------G-A-T---A--------T-GAAG-TCC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGT---G-------CAATATATA--TAGCA--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GAGCGTTGTCGTGCCTT-------------------------TC---------TGTGCAT-AA----T--CAAAACCGAT------------CAAGTAA----ATCAA-----GTAAGTA-AAGAGA-TG-TAC--CACA----TCTGGCAATTTCT-AT---TT-AACTCTGG--TTT------------AATGTTGATGTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 atctcccaaa---A-A-G--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATAGGTGCGGT-ATT-T-G-----CACCGA-CATGCTTCCTTGGTT--TGT-CTTCCTTACGTTCTATTCGCTTTATGAGGT-CCTTGGA--------AATAAGT--AG-TGAAACGCT------T-A-T---A--------T-TATG-TTC-ATG-CG----GTCTTTTGACAAGC---G-------CAATATATC--AAGCGTTTTT-----ATATAATT-ATA-TAA-----AACCAC-GAGCGTTGTCATGTCTCGCAAAGATCAGA-----A-----TGTC----TTTA-TTTTTAT-AA----T--AAGAATTGATATTAGCACTGACCAAACATTTTCATCAT-----GTAAATA-AAGAGA-CA-TGT--TACA----CATGGAAATTTAT-A----ATACAATT--G--ATT--TTTTACT--AATTGTTGATGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttgcaaCTATATTATGTTCTCTTTGCTAGGTGCCTCGGA--------AATAAATGAAG-TCCAACTCT------TTA-TTT-A--------T-GATGCTTT-ATG-CT----G------GGCAAACAGGG-------CG-TGTAC----AGCG--TTTGTATAA------T-ATA-TAA-----ACTCAAAGGGCTTTGTCAAGTATCACAACGTTTACAAAGCCG---G-CATCC---TTTA-TTTGTAT-AG----A--TAGTACCTGTGTTTGCACGGAC-AAATACTTTTATCAT-----GTAAATA-AGGAGA-CA-GTC--TACA----TAT-ACTGTCTAC-A----ATAAACTC--G--TTT--TGCTA-T--AAATATAAATG
gi|13                         :                                                                                                 ttcttgttaatgatcggtatgttcctttaggtaatatagttaGTAACAATAAAGT-----AT---ATG--AAAT----------CT-------TC----ATGAA-T-GGTACAATACAAAATAATGTT-TATGGT-G--T--T---T--G----T---C---TTT-----A----------TTGTTGTTA-ATG--C--T--CTTGA---TCGAC------A----TATCGGTACGGTGGCTGTTGAAGCACACCGA-CCTGCTACCTTGTTT--TTTTCGTCTCTACATTATATTCGTTTTCTGACGC-CCTGAAA--------AA-------AG-TCAACCACG------T-G-T---G--------T-GATG-TTC-TTG-AT----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATG--CAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AGAC-T-GGCCG-TGTCATGCCTTGACAAGATTACA-----A---T-CATC----TTCATTTTGCAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T------T-A-A---A--------T-TATG-TTTTATGGCC----GCCTATTGG--------G-------C----TTTT--CAGCG--TTA-----A------T-ATA-AAA-----AAACAT-TTGCTTTGTCACGACTTGCAAAGATTGCAGC---G---C-CATA----TTAA-TTTGCATGAA----TTGCACGACTG-T-TTA-CAATGACCAGATA----------------TAAAC---AGAGACCA-T-T--TACA----TGTTGTAATTTAT-G----GTATATTC--A--TTT--T---ACTTCAAATATTTATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcttttgtctgtggtccgtgaataaaagagaaggctaactctt-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---A-------CGACACATCTTGAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGTCGTTATCATGACTTGTAAAGATTCCA-----G---T-TTTC----TTTA-TTTGAAT-GA----G--CAGAAGAGATATTAGCACTGATCAAATA-TTTTATCAA-----GTAACTT-AAGAGA-AA-TGC--CACA----TATGGCAATTGAT-A----ATAAAATT--G--TTTTATTTTACT--AAATGTTGA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A--------AATCAATC-AA-TCAAACACT------T-AAT---A--------T-TATG-TTC-ATG-CC----GTCTCTAGGATAGC---GGATTATACG-TATAT----AACG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AACTAT-CAGCATTGTCACGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTCA-TTTTCAT-AA----
gi|17                         :                                                                                          ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttataatgaatGTCACACTAAAGT----TATA-CATC--GTGTAG--G-TAT-CT-------TC----TACAA-T-G-TA----ACAT--CAAAGTG-GATGGC-A--TC-T---CCAT----T---A---TGT-----A----------ATATG---A-A-G--ac
gi|17                         :                                                                                                                                          TGTAACATCAAAGT----GG----ATG--GCAT----------CT-------CC----ATT-A-T-G-TA----ATAT--GAAGATT-TACAGTAG--C--T---C--T----T---CCGTTTT-----A----------ACGTT---A-A-T--T--A--CATTG---TTTAC------ATCCGTGTTGGTGCGatttacagtagctcttccgttttaacgttaattacattgtttacatccgtgttggtgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtcacactaaagttatacatcgtgtaggtatcttctacaaCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--TTT--TTTTAGT--AAATATTGATGTT
gi|2                          :                                                                                                                                           GTCACAATAAA-------ATT-TAT---GCATC---G-CA--CTATAAGTATCTTTAATCGA-T-G-TA----ACAT--TAAGAAT-TATGGTAG--C--T---T--T----TCC-A---TTT-----AAACCA-----TAATT---A-T-A--TCGT--TTTTA---TC--C------G----TATCGGTGCAGTTGCTGT-AAAGCACATTGA-CCT-CTTTCTTGGAT--TTT-CGTTTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGAC-CCTAAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACACT------T-A-T---A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----ATCTTTCGACAAGC---G-------CTTTATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATACTAATACACAATCAT-TGGCGTTGCCATGCCTCGCAATTATTAAA-----G---T-TATC----TTTA-TTTCCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAGTATCTTAATCAA-----GTACATC-AAGAGA-TATTACAGCATAGAATTATGGCAATTTAT-AT---ATTAACTA--A---TT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCCACATCATATTCTTTTTTTGATGC-CCTGAAATTGTTTTTAATCAAT-----TTAAG------------------A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----GTCTTAGGACAAGC---G-------AGGTATATA--CAGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tGCGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCAC-GACTTGT--CAG-ATTG-T-TTA-CAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGATGAATTCAATTC--A----------CACT--AAATGTTAATGTTacgatagttta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A----TTAAACTC--G---GT--TTTCACA--ATATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-AT---TT-AACTC--GT-TTT--TTTCACT--ACATGTTGATGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAATAGTTTTATCAA-----GTATATT-AAAAGA-CT-TAC--TACA----TATGGCAATTTCT-AT---TT-AATTC--G--TTT--TTTCACT--AAA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--GT-TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTTaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                          --T--T---C--T----T---A---TCT-----A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATCGGTGCAGTTACTGT-GAAG-----CGATCCTGCTa
gi|3                          :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATA-CATC--ACATATCTG-T---CT-------TC----ATCGA-T-G-TA----ACAA--TATAGTT-T---GT-G--TCAT---C--TGCATT---A---TGT-----AACATGATGATTTATG---ATA-G--C--T--CTTCAGTTCTAACGGTGTTA----TATTGGTGCGGTTACTGC-GAAGCATATCGA-CATGCTACCTTGGTT--TTT-CGTCTTTATATTCTATTGGCTTCGTGAGGC-CCTGAGA--------AGTAAAT--AG-TGAAACGTT------T---T---A--------T-CATG-TTC-AAG-CC----GTCTTTTGGTAAGC---A-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-GAA-----AATCAT-TGGCGTTGTCATTCCTTGCAAAGGTTAAA-----G---T-TATC----GTTA-TTTAGAT-AA----T--CAGAACTGATAGCAGCACTG
gi|4                          :                                                       ttagccatgcttattttgataacattgcacataaacgcattttatcaacattttacacaaatggttaagtgacattctgtttttGTAACAATAAAGTTTA-TGTT-TAGC--ATAT----G-TAT-TT-------TC----ATCAA-T-A-CA----ACAT--AAAGATT-CATTGT-A--TC-T---C--T----TCC-A---TTTTAACGA----------TAATT---A-T-ATCT--C--CTTTA---TT--C------G----TATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGA-CCTGCCTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGGC-CTTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGCTCATACAT-G-T---A--------T-GATG-TCT-ATG-CA----ACCTTTTTTCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAATA-TTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AA---TT-AACTC--G--GCT--T---A-T--AAATGTTGATGTT
gi|5                          :                                                                                                                                           GTAACATTAA-GT----TTTTATATC--ACAT------CAATCG-------TC----ATCAA-T-G-TA----ACAT--GAAGGTT-TATAGTAG--C--T---C--T----TTC-A---TTTTAACCA----------TAATT---A-C-A--T--TGTTTTCA---TC--C------G----TATCGGTGCGGTTCCTTT-GAAGCACACCAA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTATATGATATTCGCATTATGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGTT------T-A-TAGGA--------TGGATG-TTT-GTG-CC----GTCGTTTGGCAAGC---G-------CGATTTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATC-TTA-----AAGCAT-GGGCGTTTTCAGGACGTGCAAAGATAACA-----G---T-TATTACAGTTGA-TTTGTAT-AA----T--CATA------ATTAGCACTGACCAACTATTTTTA-CAA-----GTGAATT-AAGTGG-CA-TAC--CACA----TATAGAAATTCAT-A----ATAAACTC--G--TTT--TTTCAAT--AGTTTTTGATGTTa
gi|6                          :                                                                                                                                          TGTTACAATAAATT----TAT---ATG--ACCT----------CT-------CT----ACGAA-T-G-GT----ACAA--TAAGGTA-TATGCT-G--T--TGATT--T----T---A---TTT-----A----------TTGCT---A-ATG--T--T--CTTGA---TTGAC------A----TATCGATGATGTTACTGT-GAAGCA-ACCCA-CCTGCTTCCTTGCTT--TTT-CGTGTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAAGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACTTT------T-A-T---AAAAAATTAT-GATG-TTT-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---G-------AGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-TGGCATTGTCATGCCTTGCAAAGATTTCA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAATTGATATTAACACTGACCAAACATTTTTATCAA-----GTTAATA-AAGAGA-CA-TGC--CACA----CATGGCAATTGATGA-----TAAAATT--G--TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTa
gi|7                          :                                                                                                                                          TGTTACAATGAGGT----TATT-TAT---ACA-----G-CA--CT-------TC-----CCAA-T-G-TA----ACAC--TATAGTTATATGAT-G--A--T---C--T----A---A---TTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATCGGTGCAGTTACTGT-GAAGCGCACCTA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACGTTCTATTCGTTTTGTGAGGC-CATGACA--------AATAAAT--AG-TGAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CCTGCTGTCATTAGGCAAGC---A-------CGATGTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGACGTTGTCATGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CCGAACTGATATTAGCACTGGCCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--GTT--TTTAATT--TAATGTTGATGTT
gi|8                          :                                                                                                                                            TAACAATAAATTAATATATT-TATC--TC-T----A-CG-----------------AACGG-T---------ACAC--TAAAGTA-TATGCT-G--T--T---C--T----T---C---TTTTGT--A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTCA---TTTTG------A----TATCGGTGCGGCTACTGT-AAAGTACACCGA-TCTGCTTCCTTTTTT--TTT-CGTCTCTACATTCCATTCGCTTTGTAAAGT-CCGGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACGTT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CG----GTATTTTGGTAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------G-ATA-TAA-----AATCAT-AGGCGTTGTCATGCCGTGCAAATATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGTACTGACCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-AA-T----------------GCAATTTAT-AT---TTAAATTC--GTTTTT--TTTCATT--AAATATTGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -CCTGCTTCACGGGTT--TGT-CGTCTCTATATTAGATTCTCCTTTTGAGAC-CCTGA-A--------AATAAAT--AAATCAAACGTT------T-AAT---A--------T-GATG-TTG-ATG-CC----GTCTATAGACAAGATG-G-------CTATTTAC----AGCG--TTT-----T------TTATG-TAA-----AGGCAT-GGGCATTGTCCCGCCATGCAAATATCACA-----G---T-TATT----TCTA-TCGGGAT-AA----A--CAGAAATGATATCAGCACTGACCAAATATATTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-TA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT--T---ATAAACGC--G---AT--GTACATT--AAATATTGAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|23 ): TAGATGCTATATTTTTATTCACAAATAATCGCTGTTTGTATACTGTTAAAATAAGTTAACGAATAACAAGATATTTCATATTTGTTCTTATT
Unaligned ( gi|24 ): TGTATTTGCATAAATTGTCCAAGTGCTTGCACTTACCAGGTACTTTTATTAAATAAATTAAGAAGCAGTCCACGTATAGTAATTTATAA
Unaligned ( gi|30 ): TTTAACGATAAATACATCCTTTCCATCCGTATCGGTACGGTTTCCGTGA
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Reference ( family-3585 )     :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATT-TATC--ACAT----G-CA--CT-------TC----ATCGA-T-G-TA----ACAN--TAAGGTT-TATGGT-G--T--T---C--T----T---A---TTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTNA---TTAAC------A----TATCGGTGCGGTTACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TNAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGGCGTTGTCACGCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAGCACTGACCAAATANTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
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gi|17                         :                                                                                          ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttataatgaatGTCACACTAAAGT----TATA-CATC--GTGTAG--G-TAT-CT-------TC----TACAA-T-G-TA----ACAT--CAAAGTG-GATGGC-A--TC-T---CCAT----T---A---TGT-----A----------ATATG---A-A-G--ac
gi|17                         :                                                                                                                                          TGTAACATCAAAGT----GG----ATG--GCAT----------CT-------CC----ATT-A-T-G-TA----ATAT--GAAGATT-TACAGTAG--C--T---C--T----T---CCGTTTT-----A----------ACGTT---A-A-T--T--A--CATTG---TTTAC------ATCCGTGTTGGTGCGatttacagtagctcttccgttttaacgttaattacattgtttacatccgtgttggtgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtcacactaaagttatacatcgtgtaggtatcttctacaaCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--TTT--TTTTAGT--AAATATTGATGTT
gi|2                          :                                                                                                                                           GTCACAATAAA-------ATT-TAT---GCATC---G-CA--CTATAAGTATCTTTAATCGA-T-G-TA----ACAT--TAAGAAT-TATGGTAG--C--T---T--T----TCC-A---TTT-----AAACCA-----TAATT---A-T-A--TCGT--TTTTA---TC--C------G----TATCGGTGCAGTTGCTGT-AAAGCACATTGA-CCT-CTTTCTTGGAT--TTT-CGTTTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGAC-CCTAAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACACT------T-A-T---A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----ATCTTTCGACAAGC---G-------CTTTATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATACTAATACACAATCAT-TGGCGTTGCCATGCCTCGCAATTATTAAA-----G---T-TATC----TTTA-TTTCCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAGTATCTTAATCAA-----GTACATC-AAGAGA-TATTACAGCATAGAATTATGGCAATTTAT-AT---ATTAACTA--A---TT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCCACATCATATTCTTTTTTTGATGC-CCTGAAATTGTTTTTAATCAAT-----TTAAG------------------A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----GTCTTAGGACAAGC---G-------AGGTATATA--CAGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tGCGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCAC-GACTTGT--CAG-ATTG-T-TTA-CAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGATGAATTCAATTC--A----------CACT--AAATGTTAATGTTacgatagttta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A----TTAAACTC--G---GT--TTTCACA--ATATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-AT---TT-AACTC--GT-TTT--TTTCACT--ACATGTTGATGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAATAGTTTTATCAA-----GTATATT-AAAAGA-CT-TAC--TACA----TATGGCAATTTCT-AT---TT-AATTC--G--TTT--TTTCACT--AAA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--GT-TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTTaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                          --T--T---C--T----T---A---TCT-----A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATCGGTGCAGTTACTGT-GAAG-----CGATCCTGCTa
gi|3                          :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGT----TATA-CATC--ACATATCTG-T---CT-------TC----ATCGA-T-G-TA----ACAA--TATAGTT-T---GT-G--TCAT---C--TGCATT---A---TGT-----AACATGATGATTTATG---ATA-G--C--T--CTTCAGTTCTAACGGTGTTA----TATTGGTGCGGTTACTGC-GAAGCATATCGA-CATGCTACCTTGGTT--TTT-CGTCTTTATATTCTATTGGCTTCGTGAGGC-CCTGAGA--------AGTAAAT--AG-TGAAACGTT------T---T---A--------T-CATG-TTC-AAG-CC----GTCTTTTGGTAAGC---A-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-GAA-----AATCAT-TGGCGTTGTCATTCCTTGCAAAGGTTAAA-----G---T-TATC----GTTA-TTTAGAT-AA----T--CAGAACTGATAGCAGCACTG
gi|4                          :                                                       ttagccatgcttattttgataacattgcacataaacgcattttatcaacattttacacaaatggttaagtgacattctgtttttGTAACAATAAAGTTTA-TGTT-TAGC--ATAT----G-TAT-TT-------TC----ATCAA-T-A-CA----ACAT--AAAGATT-CATTGT-A--TC-T---C--T----TCC-A---TTTTAACGA----------TAATT---A-T-ATCT--C--CTTTA---TT--C------G----TATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGA-CCTGCCTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGGC-CTTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGCTCATACAT-G-T---A--------T-GATG-TCT-ATG-CA----ACCTTTTTTCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAATA-TTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AA---TT-AACTC--G--GCT--T---A-T--AAATGTTGATGTT
gi|5                          :                                                                                                                                           GTAACATTAA-GT----TTTTATATC--ACAT------CAATCG-------TC----ATCAA-T-G-TA----ACAT--GAAGGTT-TATAGTAG--C--T---C--T----TTC-A---TTTTAACCA----------TAATT---A-C-A--T--TGTTTTCA---TC--C------G----TATCGGTGCGGTTCCTTT-GAAGCACACCAA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTATATGATATTCGCATTATGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGTT------T-A-TAGGA--------TGGATG-TTT-GTG-CC----GTCGTTTGGCAAGC---G-------CGATTTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATC-TTA-----AAGCAT-GGGCGTTTTCAGGACGTGCAAAGATAACA-----G---T-TATTACAGTTGA-TTTGTAT-AA----T--CATA------ATTAGCACTGACCAACTATTTTTA-CAA-----GTGAATT-AAGTGG-CA-TAC--CACA----TATAGAAATTCAT-A----ATAAACTC--G--TTT--TTTCAAT--AGTTTTTGATGTTa
gi|6                          :                                                                                                                                          TGTTACAATAAATT----TAT---ATG--ACCT----------CT-------CT----ACGAA-T-G-GT----ACAA--TAAGGTA-TATGCT-G--T--TGATT--T----T---A---TTT-----A----------TTGCT---A-ATG--T--T--CTTGA---TTGAC------A----TATCGATGATGTTACTGT-GAAGCA-ACCCA-CCTGCTTCCTTGCTT--TTT-CGTGTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAAGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACTTT------T-A-T---AAAAAATTAT-GATG-TTT-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---G-------AGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-TGGCATTGTCATGCCTTGCAAAGATTTCA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAATTGATATTAACACTGACCAAACATTTTTATCAA-----GTTAATA-AAGAGA-CA-TGC--CACA----CATGGCAATTGATGA-----TAAAATT--G--TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTa
gi|7                          :                                                                                                                                          TGTTACAATGAGGT----TATT-TAT---ACA-----G-CA--CT-------TC-----CCAA-T-G-TA----ACAC--TATAGTTATATGAT-G--A--T---C--T----A---A---TTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATCGGTGCAGTTACTGT-GAAGCGCACCTA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACGTTCTATTCGTTTTGTGAGGC-CATGACA--------AATAAAT--AG-TGAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CCTGCTGTCATTAGGCAAGC---A-------CGATGTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGACGTTGTCATGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CCGAACTGATATTAGCACTGGCCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--GTT--TTTAATT--TAATGTTGATGTT
gi|8                          :                                                                                                                                            TAACAATAAATTAATATATT-TATC--TC-T----A-CG-----------------AACGG-T---------ACAC--TAAAGTA-TATGCT-G--T--T---C--T----T---C---TTTTGT--A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTCA---TTTTG------A----TATCGGTGCGGCTACTGT-AAAGTACACCGA-TCTGCTTCCTTTTTT--TTT-CGTCTCTACATTCCATTCGCTTTGTAAAGT-CCGGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACGTT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CG----GTATTTTGGTAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------G-ATA-TAA-----AATCAT-AGGCGTTGTCATGCCGTGCAAATATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGTACTGACCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-AA-T----------------GCAATTTAT-AT---TTAAATTC--GTTTTT--TTTCATT--AAATATTGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -CCTGCTTCACGGGTT--TGT-CGTCTCTATATTAGATTCTCCTTTTGAGAC-CCTGA-A--------AATAAAT--AAATCAAACGTT------T-AAT---A--------T-GATG-TTG-ATG-CC----GTCTATAGACAAGATG-G-------CTATTTAC----AGCG--TTT-----T------TTATG-TAA-----AGGCAT-GGGCATTGTCCCGCCATGCAAATATCACA-----G---T-TATT----TCTA-TCGGGAT-AA----A--CAGAAATGATATCAGCACTGACCAAATATATTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-TA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT--T---ATAAACGC--G---AT--GTACATT--AAATATTGAT


blockSeqs                     :                                                                                                                                             T        G ATTTATGCATCGCACTATAAGTA                 TTTA   A . . G  CAAT   AAAT      A      GTCATCTGCATTATGTAACATGATGATTTATGATA                        TC CG GT   G GTT  AACGGTGTTA                      T            T               CT   T                              G       TTGTTTTT       GA  A G       CATACA T A AGG AAAAATTA G    C   T   G  TGCT              GGATTATA           CTTG    TT   GTATA TATAAT T   C   TACAC      A           T                 AAGCC GCCTA    ACAG    T       G  CTTG TG          A   G             TT        ACAAT      TA      C  T A AG    GAAT             G TGAAT A     TG TTT  TA     C TC
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A        G TTATGTTTAGCATATGTATTT                   .      A . . .  .      TG        .      AGCTTTTCCATTTAAACCATAATTAT                                 .  .  .    G .    TACATCCG                        .            .               .    .                              .       .              C   . G       .      . A TT  .        .    .   .   .  .                 AGGG               AT      .    .     .      .   .   .          .           T                 GC    G        TA      .       .  .    .           G   G             CT        .          A       .  . G .     .                G TT    A     .  TT   .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             C        G TATACATCGGACAAGTATCT                    .      A . . .  .      TC        .      ATCTCTTCCATTTTAACGATAATTAT                                 .  .  .    T .    AACA                            .            .               .    .                              .       .              .   . C       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 TGG                CA      .    .     .      .   .   .          .           A                 .     T        C       .       .  .    .           A   G             TT        .          A       .  . T .     .                . TT    A     .  TT   .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A        G TATACATCGTGTAGGTATCT                    .      G . . .  .      TG        .      AGCTCTTTCATTTTAACCATAATTAC                                 .  .  .    T .    GACA                            .            .               .    .                              .       .              .   . C       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  GC      .    .     .      .   .   .          .           T                 .     C        .       .       .  .    .           A   G             TC        .          A       .  . G .     .                . TA    A     .  T    .      G . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                             A        G TTTTATATCACATCAATCG                     .      A . . .  .      AT        .      AGCTCTTCCGTTTTAACGTTAA                                     .  .  .    C .    GACA                            .            .               .    .                              .       .              .   . C       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  CA      .    .     .      .   .   .          .           T                 .     T        .       .       .  .    .           A   A             TT        .          T       .  . A .     .                . TT    T     .  T    .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A        G AATATATTTATCTCTACG                      .      A . . .  .      TA        .      GTTGATTTTATTTATTGCTAAT                                     .  .  .    T .    AACA                            .            .               .    .                              .       .              .   . T       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  AC      .    .     .      .   .   .          .           C                 .     T        .       .       .  .    .           A   G             GT        .          C       .  . A .     .                . TT    C     .  T    .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A        T TATTTATACAGCACT                         .      A . . .  .      TG        .      GTTCTTCTTTTGTATTGTTAAA                                     .  .  .    C .    TTGA                            .            .               .    .                              .       .              .   . G       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 A                  CA      .    .     .      .   .   .          .           T                 .     T        .       .       .  .    .           A   A             GT        .          T       .  . A .     .                . AT    A     .  T    .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             T        G TATATGACCTCT                            .      A . . .  .      AT        .      ATCTCCATTATGTAATATGAA                                      .  .  .    G .    CG                              .            .               .    .                              .       .              .   . C       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  CA      .    .     .      .   .   .          .           C                 .     T        .       .       .  .    .           A   G             TT        .          T       .  . A .     .                . TT    A     .  T    .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             T        T ATATGAAATCT                             .      G . . .  .      CT        .      GATCTAATTTATTGTTAA                                         .  .  .    G .    CG                              .            .               .    .                              .       .              .   . C       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  CA      .    .     .      .   .   .          .           T                 .     T        .       .       .  .    .           A   A             TT        .          T       .  . A .     .                . TT    A     .  T    .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A        . GGATGGCATCT                             .      . . . .  .      CT        .      ACTTTCCAATTTAAAC                                           .  .  .    C .    CG                              .            .               .    .                              .       .              .   . G       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 A                  CA      .    .     .      .   .   .          .           T                 .     T        .       .       .  .    .           A   G             AT        .          T       .  . A .     .                . TA    A     .  G    .      A . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .  .  .    . .    A                                            .                                                   .       .              .   . G       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  CA      .    .     .      .   .   .          .           G                 .     T        .       .       .  .    .           A   G             AT        .          G       .  . A .     .                . A     A     .  T    .      C . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .                                                                                                                  .       .              .   . G       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  CA      .    .     .      .   .   .          .           T                 .     T        .       .       .  .    .           .   G             TA        .          T       .  . G .     .                . A     A     .  T    .      T . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .              .   . C       .      . . .   .        .    .   .   .  .                 G                  .       .    .     .      .   .   .          .           T                 .     T        .       .       .  .    .           .   .             A         .          A       .  . A .     .                . G     A     .  G    .      T . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .      . . .   .        .    .   .   .  .                 A                  .       .    .     .      .   .   .          .           T                 .     T        .       .       .  .    .           .   .             T         .          T       .  . A .     .                . A     .     .  .    .      T . 
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Reference ( family-3585 )     :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGTT-ATATATCG-A-C----A---G---TA-TCTTCA-TCGAT-G-TA----ACAN--TAAGGTT-TATGGT-G--T--T---C--T----T---A---TTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTNA---TTAAC------A----TATCGGTGCGGTTACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TNAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGGCGTTGTCACGCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAGCACTGACCAAATANTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|1                          :                                                                                                                                          TGTAAAAATAAA-TT-ACAAAT----------G---G---CA-TCTCTA-CGAATAG-TA----A-AA--TAAACCA-TATGAT-G--T--T---C--T----TCTTA---TTG-----A----------TTGTTTA-A-A-G--T--T--CTTTG---TTAAC------A----CATCGGTGCCGTTACTGT-GAAGTACACCGA-CCTGCTTCCTTGTTT--TTTTCGTCTTTACATTCTATTCGCTTTG----------------------AATAAAT--AG-TGAAAAGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TAT-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATC--AAGAG--TTT-----A------T-TTA-TAA-----ATTCAT-CGGTGTTGTTTAGCCTTGCAAAATTTACA-----G---C-TATC----TTTA-TTTACAT-AA----T--CAGAACTGACACTAGCACTGACCAAATAGTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAT--CACA----TATGGGAATTTAT-AG---TTAAACTA--G--TTT--TTTCACT--AAATGTTGATG
gi|10                         : ttataaattttcataaattattaaaatttaatttgttttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtaacaataaattgtatgtgacatatccaaaGTTACAATAACGCT-ATACATCGGA-C----AA--G---TA-TCTTCA-TCAAT-G-TA----ACGT--GAACATT-TATGGC-ACTT--T---C--C----A---A---TTT-----A------------------A-ACG--G--T--GTT----------------A----TATCGGTTCAGTAACTGT-GAAGCACACCGA-CCTGTTTCCTTGTTTCTTTT-CGTCTTTACATTCTATTCGTTTTTTGAGGC-CCTGAAA--------AATAAAT--AG-TGATAAGCT------G-A-T---A--------T-GAAG-TCC-ATG-CC----GTCTTTTGGCAAGT---G-------CAATATATA--TAGCA--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GAGCGTTGTCGTGCCTT-------------------------TC---------TGTGCAT-AA----T--CAAAACCGAT------------CAAGTAA----ATCAA-----GTAAGTA-AAGAGA-TG-TAC--CACA----TCTGGCAATTTCT-AT---TT-AACTCTGG--TTT------------AATGTTGATGTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       atctcccaaa---A-A-G--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATAGGTGCGGT-ATT-T-G-----CACCGA-CATGCTTCCTTGGTT--TGT-CTTCCTTACGTTCTATTCGCTTTATGAGGT-CCTTGGA--------AATAAGT--AG-TGAAACGCT------T-A-T---A--------T-TATG-TTC-ATG-CG----GTCTTTTGACAAGC---G-------CAATATATC--AAGCGTTTTT-----ATATAATT-ATA-TAA-----AACCAC-GAGCGTTGTCATGTCTCGCAAAGATCAGA-----A-----TGTC----TTTA-TTTTTAT-AA----T--AAGAATTGATATTAGCACTGACCAAACATTTTCATCAT-----GTAAATA-AAGAGA-CA-TGT--TACA----CATGGAAATTTAT-A----ATACAATT--G--ATT--TTTTACT--AATTGTTGATGTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttgcaaCTATATTATGTTCTCTTTGCTAGGTGCCTCGGA--------AATAAATGAAG-TCCAACTCT------TTA-TTT-A--------T-GATGCTTT-ATG-CT----G------GGCAAACAGGG-------CG-TGTAC----AGCG--TTTGTATAA------T-ATA-TAA-----ACTCAAAGGGCTTTGTCAAGTATCACAACGTTTACAAAGCCG---G-CATCC---TTTA-TTTGTAT-AG----A--TAGTACCTGTGTTTGCACGGAC-AAATACTTTTATCAT-----GTAAATA-AGGAGA-CA-GTC--TACA----TAT-ACTGTCTAC-A----ATAAACTC--G--TTT--TGCTA-T--AAATATAAATG
gi|13                         :                                                                                                 ttcttgttaatgatcggtatgttcctttaggtaatatagttaGTAACAATAAAGT----ATATGA-A---------------A-TCTTCA-TGAAT-GGTACAATACAAAATAATGTT-TATGGT-G--T--T---T--G----T---C---TTT-----A----------TTGTTGTTA-ATG--C--T--CTTGA---TCGAC------A----TATCGGTACGGTGGCTGTTGAAGCACACCGA-CCTGCTACCTTGTTT--TTTTCGTCTCTACATTATATTCGTTTTCTGACGC-CCTGAAA--------AA-------AG-TCAACCACG------T-G-T---G--------T-GATG-TTC-TTG-AT----GTCTTTTGGCAAGC---G-------CGATATATG--CAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AGAC-T-GGCCG-TGTCATGCCTTGACAAGATTACA-----A---T-CATC----TTCATTTTGCAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T------T-A-A---A--------T-TATG-TTTTATGGCC----GCCTATTGG--------G-------C----TTTT--CAGCG--TTA-----A------T-ATA-AAA-----AAACAT-TTGCTTTGTCACGACTTGCAAAGATTGCAGC---G---C-CATA----TTAA-TTTGCATGAA----TTGCACGACTG-T-TTA-CAATGACCAGATA----------------TAAAC---AGAGACCA-T-T--TACA----TGTTGTAATTTAT-G----GTATATTC--A--TTT--T---ACTTCAAATATTTATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttcttttgtctgtggtccgtgaataaaagagaaggctaactctt-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---A-------CGACACATCTTGAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGTCGTTATCATGACTTGTAAAGATTCCA-----G---T-TTTC----TTTA-TTTGAAT-GA----G--CAGAAGAGATATTAGCACTGATCAAATA-TTTTATCAA-----GTAACTT-AAGAGA-AA-TGC--CACA----TATGGCAATTGAT-A----ATAAAATT--G--TTTTATTTTACT--AAATGTTGA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A--------AATCAATC-AA-TCAAACACT------T-AAT---A--------T-TATG-TTC-ATG-CC----GTCTCTAGGATAGC---GGATTATACG-TATAT----AACG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AACTAT-CAGCATTGTCACGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTCA-TTTTCAT-AA----
gi|17                         :                                                                                          ctcctttgataatatttttgtcttcagacattacaaagttataatgaatGTCACACTAAAGTT-ATACATCGTG-T----AG--G---TA-TCTTCT-ACAAT-G-TA----ACAT--CAAAGTG-GATGGC-A--TC-T---CCAT----T---A---TGT-----A----------ATATG---A-A-G--ac
gi|17                         :                                                                                                                                          TGTAACATCAAAG--------TGG-A-T----G---G---CA-TCTCCA-TT-AT-G-TA----ATAT--GAAGATT-TACAGTAG--C--T---C--T----T---CCGTTTT-----A----------ACGTT---A-A-T--T--A--CATTG---TTTAC------ATCCGTGTTGGTGCGatttacagtagctcttccgttttaacgttaattacattgtttacatccgtgttggtgcg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcacactaaagttatacatcgtgtaggtatcttctacaaCCTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGG---------CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--TTT--TTTTAGT--AAATATTGATGTT
gi|2                          :                                                                                                                                           GTCACAATAAAATTTATGCATCGCA-CTATAA---G---TA-TCTTTAATCGAT-G-TA----ACAT--TAAGAAT-TATGGTAG--C--T---T--T----TCC-A---TTT-----AAACCA-----TAATT---A-T-A--TCGT--TTTTA---TC--C------G----TATCGGTGCAGTTGCTGT-AAAGCACATTGA-CCT-CTTTCTTGGAT--TTT-CGTTTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAGAC-CCTAAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACACT------T-A-T---A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----ATCTTTCGACAAGC---G-------CTTTATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATACTAATACACAATCAT-TGGCGTTGCCATGCCTCGCAATTATTAAA-----G---T-TATC----TTTA-TTTCCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAGTATCTTAATCAA-----GTACATC-AAGAGA-TATTACAGCATAGAATTATGGCAATTTAT-AT---ATTAACTA--A---TT--TTTCACT--AAATGTTGATGTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCACATCATATTCTTTTTTTGATGC-CCTGAAATTGTTTTTAATCAAT-----TTAAG------------------A--------T-GTTG-TTT-ATG-CC----GTCTTAGGACAAGC---G-------AGGTATATA--CAGCG--TGT-----A------T-ATA-TAA-----AATAAC-GGGCGTTa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tGCGTTGTCACGACTTGC-ACGATTGGA-----GGCCTATATCTA--TTTA-TTGGCAC-GACTTGT--CAG-ATTG-T-TTA-CAATAACCAAATACCTTAATCAAACAATGTAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AACACTGACCAAATAA-TTTATCAA-----GTAAATTAAAGAGA-CA-GAC--CACA----TATGTCAATTTATGATGAATTCAATTC--A----------CACT--AAATGTTAATGTTacgatagttta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aCACTGACCAAATATTTTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-CA-TAA--CACA----TATGGCAATTTAT-A----TTAAACTC--G---GT--TTTCACA--ATATGTTGATG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CCAAACAGTTTAATCAA-----GTAAATT-AAGAAA-CA-TAC--CACA----TACGGCAATTTTT-AT---TT-AACTC--GT-TTT--TTTCACT--ACATGTTGATGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CGAATAGTTTTATCAA-----GTATATT-AAAAGA-CT-TAC--TACA----TATGGCAATTTCT-AT---TT-AATTC--G--TTT--TTTCACT--AAA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CAAA----TATAGCAATTTAT-AT---TTAAACTC--GT-TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTTaa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                --T--T---C--T----T---A---TCT-----A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATCGGTGCAGTTACTGT-GAAG-----CGATCCTGCTa
gi|3                          :                                                                                                                                          TGTAACAATAAAGTT-ATACATC--A-C----A---TATCTG-TCTTCA-TCGAT-G-TA----ACAA--TATAGTT-T---GT-G--TCAT---C--TGCATT---A---TGT-----AACATGATGATTTATG---ATA-G--C--T--CTTCAGTTCTAACGGTGTTA----TATTGGTGCGGTTACTGC-GAAGCATATCGA-CATGCTACCTTGGTT--TTT-CGTCTTTATATTCTATTGGCTTCGTGAGGC-CCTGAGA--------AGTAAAT--AG-TGAAACGTT------T---T---A--------T-CATG-TTC-AAG-CC----GTCTTTTGGTAAGC---A-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-GAA-----AATCAT-TGGCGTTGTCATTCCTTGCAAAGGTTAAA-----G---T-TATC----GTTA-TTTAGAT-AA----T--CAGAACTGATAGCAGCACTG
gi|4                          :                                                       ttagccatgcttattttgataacattgcacataaacgcattttatcaacattttacacaaatggttaagtgacattctgtttttGTAACAATAAAGTT--TATGTTT-AGC----ATATG---TA-TTTTCA-TCAAT-A-CA----ACAT--AAAGATT-CATTGT-A--TC-T---C--T----TCC-A---TTTTAACGA----------TAATT---A-T-ATCT--C--CTTTA---TT--C------G----TATCAGAGCGGTTACTAT-GAAGCAAATCGA-CCTGCCTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCCACATTATATTCGCTTTGTGAGGC-CTTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGCTCATACAT-G-T---A--------T-GATG-TCT-ATG-CA----ACCTTTTTTCAAGC---G-------CGATATATC--AAGCC--TTT-----A------T-GTA-TAA-----AATCCC-GGGCGTCGTCATGCCTTACAAAGATTACA-----T---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTAACACTGACCAAATA-TTTTATCAA-----GTTTATG-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATAGCAACTTAT-AA---TT-AACTC--G--GCT--T---A-T--AAATGTTGATGTT
gi|5                          :                                                                                                                                           GTAACATTAAGTTT-TTATATC--A-C----A---T---CAATCGTCA-TCAAT-G-TA----ACAT--GAAGGTT-TATAGTAG--C--T---C--T----TTC-A---TTTTAACCA----------TAATT---A-C-A--T--TGTTTTCA---TC--C------G----TATCGGTGCGGTTCCTTT-GAAGCACACCAA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTATATGATATTCGCATTATGAGGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TCAAACGTT------T-A-TAGGA--------TGGATG-TTT-GTG-CC----GTCGTTTGGCAAGC---G-------CGATTTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATC-TTA-----AAGCAT-GGGCGTTTTCAGGACGTGCAAAGATAACA-----G---T-TATTACAGTTGA-TTTGTAT-AA----T--CATA------ATTAGCACTGACCAACTATTTTTA-CAA-----GTGAATT-AAGTGG-CA-TAC--CACA----TATAGAAATTCAT-A----ATAAACTC--G--TTT--TTTCAAT--AGTTTTTGATGTTa
gi|6                          :                                                                                                                                          TGTTACAATAAATTT-ATAT---G-A-C----C----------TCTCTA-CGAAT-G-GT----ACAA--TAAGGTA-TATGCT-G--T--TGATT--T----T---A---TTT-----A----------TTGCT---A-ATG--T--T--CTTGA---TTGAC------A----TATCGATGATGTTACTGT-GAAGCA-ACCCA-CCTGCTTCCTTGCTT--TTT-CGTGTCTACATTCTATTCGCTTTGTGAAGC-CCTGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACTTT------T-A-T---AAAAAATTAT-GATG-TTT-ATG-CC----GTCTATTGGCAAGC---G-------AGATATATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-TGGCATTGTCATGCCTTGCAAAGATTTCA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAATTGATATTAACACTGACCAAACATTTTTATCAA-----GTTAATA-AAGAGA-CA-TGC--CACA----CATGGCAATTGATGA-----TAAAATT--G--TTT--TTTTACT--AAATGTTGATGTa
gi|7                          :                                                                                                                                          TGTTACAATGAGGTT-ATTTAT---A-C----A---G---CA--CTTC--CCAAT-G-TA----ACAC--TATAGTTATATGAT-G--A--T---C--T----A---A---TTT-----A----------TTGTT---A-A-G--T--T--CTTGA---TTAAC------A----TATCGGTGCAGTTACTGT-GAAGCGCACCTA-CCTGCTTCCTTGGTT--TTT-CGTCTCTACGTTCTATTCGTTTTGTGAGGC-CATGACA--------AATAAAT--AG-TGAAACGCT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CCTGCTGTCATTAGGCAAGC---A-------CGATGTATC--AAGCG--TTT-----A------T-ATA-TAA-----AATCAT-GGACGTTGTCATGACTTGCAAAGATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CCGAACTGATATTAGCACTGGCCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-CA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT-AT---TTAAATTC--G--GTT--TTTAATT--TAATGTTGATGTT
gi|8                          :                                                                                                                                            TAACAATAAATTA-ATATATT-----------------TA-TCTCTA-CGAAC-G-GT----ACAC--TAAAGTA-TATGCT-G--T--T---C--T----T---C---TTTTGT--A----------TTGTT---A-AAG--T--T--CTTCA---TTTTG------A----TATCGGTGCGGCTACTGT-AAAGTACACCGA-TCTGCTTCCTTTTTT--TTT-CGTCTCTACATTCCATTCGCTTTGTAAAGT-CCGGAGA--------AATAAAT--AG-TGAAACGTT------T-A-T---A--------T-GATG-TTC-ATG-CG----GTATTTTGGTAAGC---G-------CGATATATC--AAGCG--TTT-----A------G-ATA-TAA-----AATCAT-AGGCGTTGTCATGCCGTGCAAATATTACA-----G---T-TATC----TTTA-TTTGCAT-AA----T--CAGAACTGATATTCGTACTGACCAAATAATTTTATCAA-----GTAAATT-AAGAGA-AA-T----------------GCAATTTAT-AT---TTAAATTC--GTTTTT--TTTCATT--AAATATTGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -CCTGCTTCACGGGTT--TGT-CGTCTCTATATTAGATTCTCCTTTTGAGAC-CCTGA-A--------AATAAAT--AAATCAAACGTT------T-AAT---A--------T-GATG-TTG-ATG-CC----GTCTATAGACAAGATG-G-------CTATTTAC----AGCG--TTT-----T------TTATG-TAA-----AGGCAT-GGGCATTGTCCCGCCATGCAAATATCACA-----G---T-TATT----TCTA-TCGGGAT-AA----A--CAGAAATGATATCAGCACTGACCAAATATATTTATCAA-----ATAAATT-AAGAGA-TA-TAC--CACA----TATGGCAATTTAT--T---ATAAACGC--G---AT--GTACATT--AAATATTGAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTATAAACTTTGAATATCATAACATTCTTGTTAGCACTTGTTTGCCATGATATATTATTATGTAATGGTGTAATAGTACACCCGTCTGTTGCTATATTTGCATGTCTGTATAATTTGTTTGCTTATTCAT
Unaligned ( gi|23 ): TAGATGCTATATTTTTATTCACAAATAATCGCTGTTTGTATACTGTTAAAATAAGTTAACGAATAACAAGATATTTCATATTTGTTCTTATT
Unaligned ( gi|24 ): TGTATTTGCATAAATTGTCCAAGTGCTTGCACTTACCAGGTACTTTTATTAAATAAATTAAGAAGCAGTCCACGTATAGTAATTTATAA
Unaligned ( gi|30 ): TTTAACGATAAATACATCCTTTCCATCCGTATCGGTACGGTTTCCGTGA
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAATACGGTTTCAACTAATTACTAATTTTCATCCTACAATTGTCAT
Unaligned ( gi|32 ): TTTTTTGCGACAACGAGTTAGTATCTTTCGGTTTTCCACC