lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 11 1 333 66666666666666666666666666666 4444 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 666666666666 11111 1111 1 11111 111
lowQualScore : 55 22 6 0 3 777 3 33333333333333333333333333333 4 5 5 2222 2 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 7 3 555555555555 2 9 55555 8888 0 7 00000 3 6 1 444 3 33 0 88 1 6 8 1
lowQualScore : .. .. . . . ... . ............................. . . . .... . . .................................................................................................................. . . . ............ . . ..... .... . . ..... . . . ... . .. . .. . . . .
lowQualScore : 33 66 7 8 3 555 3 00000000000000000000000000000 1 7 7 0000 0 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 3 777777777777 2 6 22222 4444 0 5 22222 0 0 4 000 2 88 6 22 2 0 2 0
consensus : NNTCCTNATTATGCAA-GGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA-A-CATGTTT-TAGAAGCATTCC--TG-TATAAAT----TTATACTCTATATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-AC-TNTTTTCAGAGAG----NAGG-AGAGANNNNNNNNNNNNNNNGTATGAAGTATGAAGGTATGATGGTTTGTTTTGACGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCNAATTGT---T-A-TA-----GGCATTGTNTAATA-CTAAGT------NAA-A-TTTCGTACTGGAAATAAATT--CA-TGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTGGGTAGCGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
Reference ( gi|3 ) : TGTTCTAGTTATACAA-GGTGCTTTTATAATACTAAGTAATGGTTAGATGGTGACAGCATGTTT-TAGAAGCATTGC--TG-TATACAT----TTATACTCCCTATTGTATAAGCAAAGTA-T-TATTTAAT-TCTTTTCATAGAG----GAAG-AGGGACAGACAGAGCTACAGATATAA------AAGGC-CAAT-ATTT-TTTT---------AATATA-----TAT--GTTGTGAAATTGT---T-ACTAA----GGCATTGTATTATA-CTAAGT------AAATATTTTTATACTGGAAATAATTT--TA-TGTTCGGATCGAAATATGAGTTCATTTACGAACATTGGAAGATACTTATCACCAAACAACACTAT---ATCAACGGATACATTATGATATTGTTAAATAGCGACTATCATTTTGCTTCTCTGAAAATTAT
gi|9 : TCCTAGTTATAGAAAGGTGCTATTATAATGCTAAATAACGGTTAGACAATGA---CATGTTT-AAAAGGCATT-C--TGTTATAAAT----TAA--------ATTGTTTAAGCAAGATA-T-T
gi|6 : tgctTTCTTATTAT-TAA-GGTGCTATTAT-----TGA---ATGGTTAGATGGTAACA-------------AGTATTCC--TG-TACAAAA----TAAAACTCTATATTGTATTAGCATTGTATT-TATTT--TCTCTTTTCAGAGAGAGACGAAG-A
gi|8 : CTGATTATGCAA-GGTGCTGTTATAATACTAAGTAATGCTTAAGTGGTGAAAACATGTTT-TAGTAGTATTCC--TG-TGTTAAT----TTATACTCTATATTGTTTAAGTAAAGTA-T-
gi|17 : CAA-GGTGCTGTTATAAAACTAAGTAATGGTTAGATGGTGA---CATGTTT-TAGA
gi|1 : gttccctattttagA-GATACTATCATAATACAAAGTAATGGTAGGATGGTAACAACATGGTT-TAGAAACATTCC--TG-TTTACATTATATCATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN----NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATGAAGTATGAAGGTATGATGGTTTGTTTTGACGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCCAATTGT--------------AGCATTGTACAATA-CTAAGT------TAA-AGTTTCGTATTGGAAATACATT--CA-TGTACGGATCTATATCCAAGTTCATATATGAGCATTGGAAGAGGTCGGTCACCAAACAACATTTT---ATCAAT-GATACGTTATAATAGTGTTGGATAGCGGCTATCATGTTGTTTCTTTGAAG
gi|16 : A-GGTGCTATTATAATACTAAACAAGGGTTAGATGGTGA---CATGTTT-TAGAAGCA-TACTTTG-TATAgtttgcagcggacattgtaaaagatagttttgtgtatccaatacttgcgcatgcacataaattactattttaaatacaagtgctgcttgcagttgctgcactgtgtcataagacatg
gi|13 : GCTTTTATACTAC---ATAATGGTTAAATGGTGA---CATGTTT-TAGAAGCGTT-C--CG------------TTATAAACGACATTATGTAAGCAAagc
gi|12 : CTATTTTAATGCTGGATAAAGGTTAGATGGTGA---CATGTTT-GAGAAGTATTCC--CT-TATA-A-------ATA-----TATTGTACAAGCAATGTA-T-g
gi|11 : ttTTT-TAATACTACATAATGGTTAGATGTTG---GCATGTTT-TAAAAGTATTCC--GA-AATAAAT----T---A-----TATTGTATAAGCAAGGTA-T-TATTT
gi|14 : caATAATGCTAAATAATGGTTAAATGGTGA---CATATTT-GAGAAACATT-C--AG-T-TAAAA----TT-TAC-----ATTATATAAGCAAc
gi|15 : AGTAATAGTCGGTTGGTGACAATATATTT-TAGAAGCATTCC--TG-TA
gi|10 : GTTGGATGGTTATAACCAGTTTCTAGAATCATTCA--TG-TATACAT----CTATACTCTACATTGTATACACAAAATA-TATGTTT-AC-TGTTTTCA-AGAG----TAGGTAGAGAaagtaaaaaatatgctctacattgta
gi|2 : ATA-----TAT--GTTGTCAAACTGTATCTGACTAACACTGTCATTGTGTAATAACTAAGT------CA----TTTTGTACAGGAAATAAATT--TA-TGTACATATCTAAATATGGGTTCATTTATGGACATTGGAAGATATTTATCACCAAACAGCATTTT---ATCAACAGATACGTTATGATATTGGTGAATATAGGCTATCATTTCGTTTCTCTGAt
gi|4 : gacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaATTGT---TCAATA------GCATAGTCTAATA-CCAAAACAAAAAAAATATTTTCGTACTGGAAATAATTC--CT-TGTAAGTATCGAACTATGAGTTAATTCGTGAACATTGGTATAGACTGACCAGCAAACAGCATTAT---ATCAACGAATGCA-------GTTGTTGGGCAGCTGCTATCATTTTGATTCTCTGGAGtcaatgtacaatggacattgtaaaagataatatttcgtgtctccaatactttcacatccacataaaggactatctatcttttatatttttaatacaagtgtgttatttgaggttgctgcattatgtccaaagacatgtgtggagaactggtaactttctttatgatggttatacagtgtattaaat
gi|5 : tccTTTATATTGGAAATAACGTAATAATGTACATATCTAAATATGAGTAAATTTTTGAACATTGGAAGAGATATATCACGAAATAGCATTATTAGATCAACGGATACGTTATGCTATTATTcggtgcaacgaacattgtaaaagataatggtgtg
gi|18 : atattttaatcgatattgatatatttgttgtcaagctgtaacttaTAAATT--CA-TCCACGTATCTAAATATGAGTTCGTTCATGAACGTTGGACGAGATTGATCACCAAACggttggtaaattggctattat
gi|7 : ATATGAGTTCGTTTAGGAACATTTGAAGATAATGATCCCCAAACAGCATTAT---ATCGACGGATACGTTATGATATTGTTGGGAAGCGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11 333333 333333333333 1 1 1 3333333333333333 222222 3333333333333 222 4444444 99999999999999999999 4444444444444 111 111 111
lowQualScore : 1 99 111111 3 3 3 555 3 111111111111 1 5 5 0 1 1 1 3 5555555555555555 999999 2222222222222 444 9999999 1 33333333333333333333 1 3 1 8 8888888888888 8 111 1 0 0 111 1 111 99
lowQualScore : . .. ...... . . . ... . ............ . . . . . . . . ................ ...... ............. ... ....... . .................... . . . . ............. . ... . . . ... . ... ..
lowQualScore : 0 22 888888 1 3 3 888 3 111111111111 0 0 0 0 0 5 0 3 0000000000000000 555555 7777777777777 333 9999999 0 66666666666666666666 0 8 0 0 2222222222222 0 777 4 7 7 777 0 777 22
consensus : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTTA-CTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATA----TTATATGTTGTCAAATTGT---T--A--T--A-----GGCATTGTATAAT-ACTAAGTCAA-A--------TTTC-GTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
Reference ( family-3543 ) : NNTCCTNATTAT-GCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTATATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTTA-CTNTTTTCAGAGAGNAGG-AGAGANNNNNNNNNNNNNNN-GTATGAAGTATGAAGGT--ATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCNAATTGT---T--A--T--A-----GGCATTGTNTAAT-ACTAAGTNAA-A--------TTTC-GTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
gi|1 : AGATACTATCATAATACAAAGTAATGGTAGGATGGTAACAA--CATGGTT-TAGAAACATTC-CTG-TT---T-ACATTATATCATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATGAAGTATGAAGGT--ATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCCAATTGT------------------AGCATTGTACAAT-ACTAAGTTAA-AG-------TTTC-GTATTGGAAATAC---ATTCATGTACGGATCTATATCCAAGTTCATATATGAGCATTGGAAGAGGTCGGTCACCAAACAACATTTT---ATCAAT-GATACGTTATAATAGTGTTG---GATAG--CGGCTATCATGTTGTTTCTTTGAAGA
gi|10 : GTTGGATGGTTATAA--CCAGTTTCTAGAATCATTC-ATG-TA---T-ACATC----TATACTCTACATTGTATACACAAAATA-TATGTTTA-CTGTTTTCA-AGAGTAGGTAGAGAgtttgcagcggacattgtaaaagatagttttgtgtatccaatacttgcgcatgcacataaattactattttaaatacaagtgctgcttgcagttgctgcactgtgtcataagacatg
gi|11 : ATTTTAATACTACATAATGGTTAGATGTTGG-----CATGTTT-TAAAAGTATTC-CGA-AA---T-AAATT------------ATATTGTATAAGCAAGGTA-T-TATTTt
gi|12 : cCTATTTTAATGCTGGATAAAGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-GAGAAGTATTC-CCT-TA---T-AAA-------------TATATTGTACAAGCAATGTA-T-c
gi|13 : ttATACTACATAATGGTTAAATGGTGA-----CATGTTT-TAGAAGCGTTC-CGT-TA---T-AAA------------CGACATTATGTAAGCAA
gi|14 : gcttttATAATGCTAAATAATGGTTAAATGGTG---A--CATATTT-GAGAAACATTC--------------AGT----TAAAATTTACATTATATAAGCAAg
gi|15 : AGTAATAGTCGGTTGGTGACAA--TATATTT-TAGAAGCATTC-CTG-TAAAGTAAAAAA----TATGCTCTACATTGTA
gi|16 : AGGTGCTATTATAATACTAAACAAGGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAAGCATACTTTG-TA---T-AA
gi|17 : TCCCTATTTTAGCAAGGTGCTGTTATAAAACTAAGTAATGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAgc
gi|18 : gtTAA---ATTCATCCACGTATCTAAATATGAGTTCGTTCATGAACGTTGGACGAGATTGATCACCAAAC
gi|2 : TATATGTTGTCAAACTGTATCT--GACT--AACACTGTCATTGTGTAATAACTAAGTC---A--------TTTT-GTACAGGAAATAA---ATTTATGTACATATCTAAATATGGGTTCATTTATGGACATTGGAAGATATTTATCACCAAACAGCATTTT---ATCAACAGATACGTTATGATATTGGTG---AATAT--AGGCTATCATTTCGTTTCTCTGA
gi|3 : gacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaTTCTAGTTAT-ACAAGGTGCTTTTATAATACTAAGTAATGGTTAGATGGTGACAG--CATGTTT-TAGAAGCATTG-CTG-TA---T-ACATT----TATACTCCCTATTGTATAAGCAAAGTA-T-TATTTAATTCTTTTCATAGAGGAAG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-ATATAAA------AGGCCAAT-AT------TTTT--------TTAATATA-------TATGTTGTGAAATTGT---T--A--CTAA-----GGCATTGTATTAT-ACTAAGTAAATA--------TTTTTATACTGGAAATAA---TTTTATGTTCGGATCGAAATATGAGTTCATTTACGAACATTGGAAGATACTTATCACCAAACAACACTAT---ATCAACGGATACATTATGATATTGTTA---AATAG--CGACTATCATTTTGCTTCTCTGAAAATtcaatgtacaatggacattgtaaaagataatatttcgtgtctccaatactttcacatccacataaaggactatctatcttttatatttttaatacaagtgtgttatttgaggttgctgcattatgtccaaagacatgtgtggagaactggtaactttctttatgatggttatacagtgtattaaat
gi|4 : tgATTGT---TCAA--T--A-----G-CATAGTCTAAT-ACCAAAACAA-AAAAAATATTTTC-GTACTGGAAATAA---TTCCTTGTAAGTATCGAACTATGAGTTAATTCGTGAACATTGGTATAGACTGACCAGCAAACAGCATTAT---ATCAACGAATGCA-------GTTGTTG---GGCAG--CTGCTATCATTTTGATTCTCTGGAGAtat
gi|5 : tccTATTTTAATCGATATTGATATA----TT---TGTTGTCAAGCTGT-----------------------------------AACTTA------------TTT-ATATTGGAAATAACGTAATAATGTACATATCTAAATATGAGTAAATTTTTGAACATTGGAAGAGATATATCACGAAATAGCATTATTAGATCAACGGATACGTTATGCTATTATTGGTTGGTAAATTGGCTATTATcggtgcaacgaacattgtaaaagataatggtgtg
gi|6 : aTTCTTATTAT--TAAGGTGCTATTAT-----TGAAT---GGTTAGATGGT-A--A--CA----------AGTATTC-CTG-TA---C-AAAAT----AAAACTCTATATTGTATTAGCATTGTATT-TATTTT-CTCTTTTCAGAGAG
gi|7 : ATATGAGTTCGTTTAGGAACATTTGAAGATAATGATCCCCAAACAGCATTAT---ATCGACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGAAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAAATagacgaaga
gi|8 : CTGATTAT-GCAAGGTGCTGTTATAATACTAAGTAATGCTTAAGTGGTGA--AAACATGTTT-TAGTAGTATTC-CTG-TG---T-TAATT----TATACTCTATATTGTTTAAGTAAAGTA-T-
gi|9 : TCCTAGTTATAGAAAGGTGCTATTATAATGCTAAATAACGGTTAGACAATG---A--CATGTTT-AAAAGGCATT--CTGTTA---T-AAAT------------TAAATTGTTTAAGCAAGATA-T-T
Alignments
lowQualScore : 11 333333 333333333333 1 1 2 222222 11 1 222222 222 2222222 88888888888888888888 666666666666 111 111 111
lowQualScore : 1 55 111111 3 3 3 555 3 111111111111 0 1 5 5 8 0 1 3 0 999999 88 5 666666 444 5555555 3 0 33333333333333333333 0 44 8 0 111111111111 6 111 1 0 0 111 1 111 99
lowQualScore : . .. ...... . . . ... . ............ . . . . . . . . . ...... .. . ...... ... ....... . . .................... . .. . . ............ . ... . . . ... . ... ..
lowQualScore : 0 66 888888 1 3 3 888 3 111111111111 5 0 0 0 0 8 0 3 0 555555 00 0 222222 333 0000000 2 8 66666666666666666666 8 88 0 8 444444444444 4 777 4 7 7 777 0 777 22
consensus : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATA----TTATATGTTGTCAAATTGT-------T--A-C--A--GGCATTGTATAATA-CTAAGTCAAA-A------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
Reference ( family-3543 ) : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATA----TTATATGTTGTCAAATTGT-------T--A-T--A--GGCATTGTATAATA-CTAAGTCAAA--------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
gi|1 : AGATACTATCATAATACAAAGTAATGGTAGGATGGTAACAA--CATGGTT-TAGAAACATTC-CTG-TT---T-ACATTATATCATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATGAAGTATGAAGGT--ATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCCAATTGT------------------AGCATTGTACAATA-CTAAGTTAAAG-------TTTCGTATTGGAAATAC---ATTCATGTACGGATCTATATCCAAGTTCATATATGAGCATTGGAAGAGGTCGGTCACCAAACAACATTTT---ATCAAT-GATACGTTATAATAGTGTTG---GATAG--CGGCTATCATGTTGTTTCTTTGAAGA
gi|10 : GTTGGATGGTTATAA--CCAGTTTCTAGAATCATTC-ATG-TA---T-ACATC----TATACTCTACATTGTATACACAAAATA-TATGTTT-ACTGTTTTCA-AGAGTAGGTAGAGAgtttgcagcggacattgtaaaagatagttttgtgtatccaatacttgcgcatgcacataaattactattttaaatacaagtgctgcttgcagttgctgcactgtgtcataagacatg
gi|11 : ATTTTAATACTACATAATGGTTAGATGTTGG-----CATGTTT-TAAAAGTATTC-CGA-AA---T-AAATT------------ATATTGTATAAGCAAGGTA-T-TATTT-t
gi|12 : cCTATTTTAATGCTGGATAAAGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-GAGAAGTATTC-CCT-TA---T-AAA-------------TATATTGTACAAGCAATGTA-T-c
gi|13 : ttATACTACATAATGGTTAAATGGTGA-----CATGTTT-TAGAAGCGTTC-CGT-TA---T-AAA------------CGACATTATGTAAGCAA
gi|14 : gcttttATAATGCTAAATAATGGTTAAATGGTG---A--CATATTT-GAGAAACATTC--------------AGT----TAAAATTTACATTATATAAGCAAg
gi|15 : AGTAATAGTCGGTTGGTGACAA--TATATTT-TAGAAGCATTC-CTG-TAAAGTAAAAAA----TATGCTCTACATTGTA
gi|16 : AGGTGCTATTATAATACTAAACAAGGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAAGCATACTTTG-TA---T-AA
gi|17 : TCCCTATTTTAGCAAGGTGCTGTTATAAAACTAAGTAATGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAgc
gi|18 : gtTAA---ATTCATCCACGTATCTAAATATGAGTTCGTTCATGAACGTTGGACGAGATTGATCACCAAAC
gi|2 : TA----ATATATGTTGTCAAACTGTATCTGACT--AAC--ACTGTCATTGTGTAATAACTAAGTCA----------TTTTGTACAGGAAATAA---ATTTATGTACATATCTAAATATGGGTTCATTTATGGACATTGGAAGATATTTATCACCAAACAGCATTTT---ATCAACAGATACGTTATGATATTGGTG---AATAT--AGGCTATCATTTCGTTTCTCTGA
gi|3 : gacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTCTAGTTATA-CAAGGTGCTTTTATAATACTAAGTAATGGTTAGATGGTGACAG--CATGTTT-TAGAAGCATTG-CTG-TA---T-ACATT----TATACTCCCTATTGTATAAGCAAAGTA-T-TATTTAATTCTTTTCATAGAGGAAG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-ATATAA------AAGGCCAAT-AT------TTTT--------TTAATA-------TATATGTTGTGAAATTGT-------T--A-CTAA--GGCATTGTATTATA-CTAAGT-AAATAT-----TTTTATACTGGAAATAA---TTTTATGTTCGGATCGAAATATGAGTTCATTTACGAACATTGGAAGATACTTATCACCAAACAACACTAT---ATCAACGGATACATTATGATATTGTTA---AATAG--CGACTATCATTTTGCTTCTCTGAAAATtcaatgtacaatggacattgtaaaagataatatttcgtgtctccaatactttcacatccacataaaggactatctatcttttatatttttaatacaagtgtgttatttgaggttgctgcattatgtccaaagacatgtgtggagaactggtaactttctttatgatggttatacagtgtattaaat
gi|4 : tgATTGT-------TCAA-T--A--G-CATAGTCTAATA-CCAAAACAAAAAAAATATTTTCGTACTGGAAATAA---TTCCTTGTAAGTATCGAACTATGAGTTAATTCGTGAACATTGGTATAGACTGACCAGCAAACAGCATTAT---ATCAACGAATGCA-------GTTGTTG---GGCAG--CTGCTATCATTTTGATTCTCTGGAGAtat
gi|5 : tccTATTTTAATCGATATTGATATA----TT---TGTTGTCAA------------------------GC--TGTA----A-CT---T---A--------TTT-ATATTGGAAATAACGTAATAATGTACATATCTAAATATGAGTAAATTTTTGAACATTGGAAGAGATATATCACGAAATAGCATTATTAGATCAACGGATACGTTATGCTATTATTGGTTGGTAAATTGGCTATTATcggtgcaacgaacattgtaaaagataatggtgtg
gi|6 : aTTCTTATTAT--TAAGGTGCTATTAT-----TGAAT---GGTTAGATGGT-A--A--CA----------AGTATTC-CTG-TA---C-AAAAT----AAAACTCTATATTGTATTAGCATTGTATT-TATTT-TCTCTTTTCAGAGAG
gi|7 : ATATGAGTTCGTTTAGGAACATTTGAAGATAATGATCCCCAAACAGCATTAT---ATCGACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGAAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAAATagacgaaga
gi|8 : CTGATTAT-GCAAGGTGCTGTTATAATACTAAGTAATGCTTAAGTGGTGA--AAACATGTTT-TAGTAGTATTC-CTG-TG---T-TAATT----TATACTCTATATTGTTTAAGTAAAGTA-T-
gi|9 : TCCTAGTTATAGAAAGGTGCTATTATAATGCTAAATAACGGTTAGACAATG---A--CATGTTT-AAAAGGCATT--CTGTTA---T-AAAT------------TAAATTGTTTAAGCAAGATA-T-T
Alignments
lowQualScore : 11 333333 333333333333 1 1 2 222222 11 1 222222 222 2222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 111
lowQualScore : 1 55 111111 3 3 3 555 3 333333333333 0 1 5 5 8 0 1 3 0 999999 88 5 666666 444 5555555 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 111 1 0 0 111 1 111 99
lowQualScore : . .. ...... . . . ... . ............ . . . . . . . . . ...... .. . ...... ... ....... . .................................................... . ... . . . ... . ... ..
lowQualScore : 0 66 888888 1 3 3 888 3 333333333333 5 0 0 0 0 8 0 3 0 555555 00 0 222222 333 0000000 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 777 4 7 7 777 0 777 22
consensus : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
Reference ( family-3543 ) : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
gi|1 : AGATACTATCATAATACAAAGTAATGGTAGGATGGTAACAA--CATGGTT-TAGAAACATTC-CTG-TT---T-ACATTATATCATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATGAAGTATGAAGGT--ATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCCAATTGT----------------A--GCATTGTACAATA-CTAAGTTAA-AG-------TTTCGTATTGGAAATAC---ATTCATGTACGGATCTATATCCAAGTTCATATATGAGCATTGGAAGAGGTCGGTCACCAAACAACATTTT---ATCAAT-GATACGTTATAATAGTGTTG---GATAG--CGGCTATCATGTTGTTTCTTTGAAGA
gi|10 : GTTGGATGGTTATAA--CCAGTTTCTAGAATCATTC-ATG-TA---T-ACATC----TATACTCTACATTGTATACACAAAATA-TATGTTT-ACTGTTTTCA-AGAGTAGGTAGAGAgtttgcagcggacattgtaaaagatagttttgtgtatccaatacttgcgcatgcacataaattactattttaaatacaagtgctgcttgcagttgctgcactgtgtcataagacatg
gi|11 : ATTTTAATACTACATAATGGTTAGATGTTG---G--CATGTTT-TAAAAGTATTC-CGA-AA---T-AAAT------------TATATTGTATAAGCAAGGTA-T-TATTT-t
gi|12 : cCTATTTTAATGCTGGATAAAGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-GAGAAGTATTC-CCT-TA---T-AAA-------------TATATTGTACAAGCAATGTA-T-c
gi|13 : ttATACTACATAATGGTTAAATGGTGA-----CATGTTT-TAGAAGCGTTC-CGT-TA---T-AAA------------CGACATTATGTAAGCAA
gi|14 : gcttttATAATGCTAAATAATGGTTAAATGGTG---A--CATATTT-GAGAAACATTC--------------AGT----TAAAATTTACATTATATAAGCAAg
gi|15 : AGTAATAGTCGGTTGGTGACAA--TATATTT-TAGAAGCATTC-CTG-TAAAGTAAAAAA----TATGCTCTACATTGTA
gi|16 : AGGTGCTATTATAATACTAAACAAGGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAAGCATACTTTG-TA---T-AA
gi|17 : TCCCTATTTTAGCAAGGTGCTGTTATAAAACTAAGTAATGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAgc
gi|18 : gtTAA---ATTCATCCACGTATCTAAATATGAGTTCGTTCATGAACGTTGGACGAGATTGATCACCAAAC
gi|2 : T----AATATATGTTGTCAAACTGTATCTGACTAAC--ACTG--TCATTGTGTAATAACTAAGTCA-----------TTTTGTACAGGAAATAA---ATTTATGTACATATCTAAATATGGGTTCATTTATGGACATTGGAAGATATTTATCACCAAACAGCATTTT---ATCAACAGATACGTTATGATATTGGTG---AATAT--AGGCTATCATTTCGTTTCTCTGA
gi|3 : gacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTCTAGTTATA-CAAGGTGCTTTTATAATACTAAGTAATGGTTAGATGGTGACAG--CATGTTT-TAGAAGCATTG-CTG-TA---T-ACATT----TATACTCCCTATTGTATAAGCAAAGTA-T-TATTTAATTCTTTTCATAGAGGAAG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-ATATAA------AAGGCCAAT-AT------TTTT--------TTAATA-------TATATGTTGTGAAATTGT-------TA-CTAA--G--GCATTGTATTATA-CTAAGTAAATAT-------TTTTATACTGGAAATAA---TTTTATGTTCGGATCGAAATATGAGTTCATTTACGAACATTGGAAGATACTTATCACCAAACAACACTAT---ATCAACGGATACATTATGATATTGTTA---AATAG--CGACTATCATTTTGCTTCTCTGAAAATtcaatgtacaatggacattgtaaaagataatatttcgtgtctccaatactttcacatccacataaaggactatctatcttttatatttttaatacaagtgtgttatttgaggttgctgcattatgtccaaagacatgtgtggagaactggtaactttctttatgatggttatacagtgtattaaat
gi|4 : tgATTGT-------T--C--A--ATAGCATAGTCTAATA-CCAAAACAA-AAAAAATATTTTCGTACTGGAAATAA---TTCCTTGTAAGTATCGAACTATGAGTTAATTCGTGAACATTGGTATAGACTGACCAGCAAACAGCATTAT---ATCAACGAATGCA-------GTTGTTG---GGCAG--CTGCTATCATTTTGATTCTCTGGAGAtat
gi|5 : tccTATTTTAATCGATATTGATAT----ATT---TGTTGTCAAGCTGT-------AA-C-----------TT--------------------A-------TTT-ATATTGGAAATAACGTAATAATGTACATATCTAAATATGAGTAAATTTTTGAACATTGGAAGAGATATATCACGAAATAGCATTATTAGATCAACGGATACGTTATGCTATTATTGGTTGGTAAATTGGCTATTATcggtgcaacgaacattgtaaaagataatggtgtg
gi|6 : aTTCTTATTAT--TAAGGTGCTATTAT-----TGAAT---GGTTAGATGGT-A--A--CA----------AGTATTC-CTG-TA---C-AAAAT----AAAACTCTATATTGTATTAGCATTGTATT-TATTT-TCTCTTTTCAGAGAG
gi|7 : ATATGAGTTCGTTTAGGAACATTTGAAGATAATGATCCCCAAACAGCATTAT---ATCGACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGAAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAAATagacgaaga
gi|8 : CTGATTAT-GCAAGGTGCTGTTATAATACTAAGTAATGCTTAAGTGGTGA--AAACATGTTT-TAGTAGTATTC-CTG-TG---T-TAATT----TATACTCTATATTGTTTAAGTAAAGTA-T-
gi|9 : TCCTAGTTATAGAAAGGTGCTATTATAATGCTAAATAACGGTTAGACAATG---A--CATGTTT-AAAAGGCATT--CTGTTA---T-AAAT------------TAAATTGTTTAAGCAAGATA-T-T
Alignments
lowQualScore : 11 333333 333333333333 1 1 2 222222 11 1 222222 222 2222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 111
lowQualScore : 1 55 111111 3 3 3 555 3 333333333333 0 1 5 5 8 0 1 3 0 999999 88 5 666666 444 5555555 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 111 1 0 0 111 1 111 99
lowQualScore : . .. ...... . . . ... . ............ . . . . . . . . . ...... .. . ...... ... ....... . .................................................... . ... . . . ... . ... ..
lowQualScore : 0 66 888888 1 3 3 888 3 333333333333 5 0 0 0 0 8 0 3 0 555555 00 0 222222 333 0000000 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 777 4 7 7 777 0 777 22
consensus : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
Reference ( family-3543 ) : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
gi|1 : AGATACTATCATAATACAAAGTAATGGTAGGATGGTAACAA--CATGGTT-TAGAAACATTC-CTG-TT---T-ACATTATATCATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATGAAGTATGAAGGT--ATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCCAATTGT----------------A--GCATTGTACAATA-CTAAGTTAA-AG-------TTTCGTATTGGAAATAC---ATTCATGTACGGATCTATATCCAAGTTCATATATGAGCATTGGAAGAGGTCGGTCACCAAACAACATTTT---ATCAAT-GATACGTTATAATAGTGTTG---GATAG--CGGCTATCATGTTGTTTCTTTGAAGA
gi|10 : GTTGGATGGTTATAA--CCAGTTTCTAGAATCATTC-ATG-TA---T-ACATC----TATACTCTACATTGTATACACAAAATA-TATGTTT-ACTGTTTTCA-AGAGTAGGTAGAGAgtttgcagcggacattgtaaaagatagttttgtgtatccaatacttgcgcatgcacataaattactattttaaatacaagtgctgcttgcagttgctgcactgtgtcataagacatg
gi|11 : ATTTTAATACTACATAATGGTTAGATGTTG---G--CATGTTT-TAAAAGTATTC-CGA-AA---T-AAAT------------TATATTGTATAAGCAAGGTA-T-TATTT-t
gi|12 : cCTATTTTAATGCTGGATAAAGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-GAGAAGTATTC-CCT-TA---T-AAA-------------TATATTGTACAAGCAATGTA-T-c
gi|13 : ttATACTACATAATGGTTAAATGGTGA-----CATGTTT-TAGAAGCGTTC-CGT-TA---T-AAA------------CGACATTATGTAAGCAA
gi|14 : gcttttATAATGCTAAATAATGGTTAAATGGTG---A--CATATTT-GAGAAACATTC--------------AGT----TAAAATTTACATTATATAAGCAAg
gi|15 : AGTAATAGTCGGTTGGTGACAA--TATATTT-TAGAAGCATTC-CTG-TAAAGTAAAAAA----TATGCTCTACATTGTA
gi|16 : AGGTGCTATTATAATACTAAACAAGGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAAGCATACTTTG-TA---T-AA
gi|17 : TCCCTATTTTAGCAAGGTGCTGTTATAAAACTAAGTAATGGTTAGATGGTG---A--CATGTTT-TAGAgc
gi|18 : gtTAA---ATTCATCCACGTATCTAAATATGAGTTCGTTCATGAACGTTGGACGAGATTGATCACCAAAC
gi|2 : T----AATATATGTTGTCAAACTGTATCTGACTAAC--ACTG--TCATTGTGTAATAACTAAGTCA-----------TTTTGTACAGGAAATAA---ATTTATGTACATATCTAAATATGGGTTCATTTATGGACATTGGAAGATATTTATCACCAAACAGCATTTT---ATCAACAGATACGTTATGATATTGGTG---AATAT--AGGCTATCATTTCGTTTCTCTGA
gi|3 : gacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTCTAGTTATA-CAAGGTGCTTTTATAATACTAAGTAATGGTTAGATGGTGACAG--CATGTTT-TAGAAGCATTG-CTG-TA---T-ACATT----TATACTCCCTATTGTATAAGCAAAGTA-T-TATTTAATTCTTTTCATAGAGGAAG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-ATATAA------AAGGCCAAT-AT------TTTT--------TTAATA-------TATATGTTGTGAAATTGT-------TA-CTAA--G--GCATTGTATTATA-CTAAGTAAATAT-------TTTTATACTGGAAATAA---TTTTATGTTCGGATCGAAATATGAGTTCATTTACGAACATTGGAAGATACTTATCACCAAACAACACTAT---ATCAACGGATACATTATGATATTGTTA---AATAG--CGACTATCATTTTGCTTCTCTGAAAATtcaatgtacaatggacattgtaaaagataatatttcgtgtctccaatactttcacatccacataaaggactatctatcttttatatttttaatacaagtgtgttatttgaggttgctgcattatgtccaaagacatgtgtggagaactggtaactttctttatgatggttatacagtgtattaaat
gi|4 : tgATTGT-------T--C--A--ATAGCATAGTCTAATA-CCAAAACAA-AAAAAATATTTTCGTACTGGAAATAA---TTCCTTGTAAGTATCGAACTATGAGTTAATTCGTGAACATTGGTATAGACTGACCAGCAAACAGCATTAT---ATCAACGAATGCA-------GTTGTTG---GGCAG--CTGCTATCATTTTGATTCTCTGGAGAtat
gi|5 : tccTATTTTAATCGATATTGATAT----ATT---TGTTGTCAAGCTGT-------AA-C-----------TT--------------------A-------TTT-ATATTGGAAATAACGTAATAATGTACATATCTAAATATGAGTAAATTTTTGAACATTGGAAGAGATATATCACGAAATAGCATTATTAGATCAACGGATACGTTATGCTATTATTGGTTGGTAAATTGGCTATTATcggtgcaacgaacattgtaaaagataatggtgtg
gi|6 : aTTCTTATTAT--TAAGGTGCTATTAT-----TGAAT---GGTTAGATGGT-A--A--CA----------AGTATTC-CTG-TA---C-AAAAT----AAAACTCTATATTGTATTAGCATTGTATT-TATTT-TCTCTTTTCAGAGAG
gi|7 : ATATGAGTTCGTTTAGGAACATTTGAAGATAATGATCCCCAAACAGCATTAT---ATCGACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGAAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAAATagacgaaga
gi|8 : CTGATTAT-GCAAGGTGCTGTTATAATACTAAGTAATGCTTAAGTGGTGA--AAACATGTTT-TAGTAGTATTC-CTG-TG---T-TAATT----TATACTCTATATTGTTTAAGTAAAGTA-T-
gi|9 : TCCTAGTTATAGAAAGGTGCTATTATAATGCTAAATAACGGTTAGACAATG---A--CATGTTT-AAAAGGCATT--CTGTTA---T-AAAT------------TAAATTGTTTAAGCAAGATA-T-T
blockSeqs : A AG ATAA C T T AAG A TCTATACT A T A A T T T . . CA . . AAT TAA A ATCTGACTAACACTGTCATTGTGTAATAACTAAGTCA T CGT G TAG A GTT AT
blockSeqs : T A ACAA . . . . . GTTAAAAT G . . . G G . . TAT A TCAATAGCATAGTCTAATACCAAAACAAAAAAAATAT T . A . G . .
blockSeqs : G G ACAG . . . . . AATATGCT T . . . . . . TACTAAGGCATTGTATTATACTAAGTAAATAT C . A . G . .
blockSeqs : A . AAAA . . . . . TTTATACT A . . . AACTTA . . A . G . .
blockSeqs : AA . . . . . ATAAAACT T . . . A . G . .
blockSeqs : G . . . . . TTTATACT A . . G
blockSeqs : A . . . . . T G . .
blockSeqs : A . . . . . T
blockSeqs : A . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqs : A .
blockSeqCons : G* A***** NTTATACT****
originalCons : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA--A--CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAATT----TATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
finalCons : NNTCCTNATTATG-CAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA-----CATGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAANTTATACT----CTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG-GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
Alignments
lowQualScore : 11 1111 111 333333333 1 1 555555 222222 11 1 222222 222 2222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 111
lowQualScore : 1 99 1111 666 3 3 0 3 555 3 555555555 0 1 5 5 8 0 1 3 777777 999999 88 5 666666 444 5555555 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 111 1 0 0 111 1 111 99
lowQualScore : . .. .... ... . . . . ... . ......... . . . . . . . . ...... ...... .. . ...... ... ....... . .................................................... . ... . . . ... . ... ..
lowQualScore : 0 22 9999 222 1 3 3 3 888 3 777777777 4 0 0 0 0 8 0 3 555555 555555 00 0 222222 333 0000000 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 777 4 7 7 777 0 777 22
consensus : NNTCCTNATTATAGCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA----CA---TGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAA-TTATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG------GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
Reference ( family-3543 ) : NNTCCTNATTAT-GCAAGGTGCTATTATAATACTAAATAATGGTTAGATGGTGA----CA---TGTTT-TAGAAGCATTC-CTG-TA---T-AAANTTATACTCTACATTGTATAAGCAANGTA-T-TATTT-ACTCTTTTCANAGAGNAGG-AGGGACAGACAGAGCTACAG------GTATGAAGTATGAAGGCCAATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATAT----ATTATATGTTGTCAAATTGT-------TA-C--A--G--GCATTGTATAATA-CTAAGTCAA-AA-------TTTCGTACTGGAAATAA---ATTCATGTACGTATCTAAATATGAGTTCGTTTATGAACATTGGAAGAGATTGATCACCAAACAGCATTAT---ATCAACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGTAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAGAT
gi|1 : AGATACTATCATAATACAAAGTAATGGTAGGATGGTAA----CAACATGGTT-TAGAAACATTC-CTG-TT---T-ACA-TTATATCATACNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATGAAGTATGAAGGT--ATGATGGTTTGTTTTGA-CGATATTAATATAAAAATTATATGTTGTCCAATTGT----------------A--GCATTGTACAATA-CTAAGTTAA-AG-------TTTCGTATTGGAAATAC---ATTCATGTACGGATCTATATCCAAGTTCATATATGAGCATTGGAAGAGGTCGGTCACCAAACAACATTTT---ATCAAT-GATACGTTATAATAGTGTTG---GATAG--CGGCTATCATGTTGTTTCTTTGAAGA
gi|10 : GTTGGATGGTTATAACCA----GTTTCTAGAATCATTC-ATG-TA---T-ACATCTATACTCTACATTGTATACACAAAATA-TATGTTT-ACTGTTTTCA-AGAGTAGGTAGAGAgtttgcagcggacattgtaaaagatagttttgtgtatccaatacttgcgcatgcacataaattactattttaaatacaagtgctgcttgcagttgctgcactgtgtcataagacatg
gi|11 : ATTTTAATACTACATAATGGTTAGATGTTGG----CA---TGTTT-TAAAAGTATTC-CGA-AA---T-AAA-TTAT-------ATTGTATAAGCAAGGTA-T-TATTT-t
gi|12 : cCTATTTTAATGCTGGATAAAGGTTAGATGGTGA----CA---TGTTT-GAGAAGTATTC-CCT-TA---T-AAA---------TATATTGTACAAGCAATGTA-T-c
gi|13 : ttATACTACATAATGGTTAAATGGTGA----CA---TGTTT-TAGAAGCGTTC-CGT-TA---T-AAA--------CGACATTATGTAAGCAA
gi|14 : gcttttATAATGCTAAATAATGGTTAAATGGTGA----CA---TATTT-GAGAAACATTC-A-G-T----T-AAAATT------TACATTATATAAGCAAg
gi|15 : AGTAATAGTCGGTTGGTGA----CAATATATTT-TAGAAGCATTC-CTG-TAAAGTAAAAAATATGCTCTACATTGTA
gi|16 : AGGTGCTATTATAATACTAAACAAGGGTTAGATGGTGA----CA---TGTTT-TAGAAGCATACTTTG-TA---T-AA
gi|17 : TCCCTATTTTAGCAAGGTGCTGTTATAAAACTAAGTAATGGTTAGATGGTGA----CA---TGTTT-TAGAgc
gi|18 : gtTAA---ATTCATCCACGTATCTAAATATGAGTTCGTTCATGAACGTTGGACGAGATTGATCACCAAAC
gi|2 : T----AATATATGTTGTCAAACTGTATCTGACTAAC--ACTG--TCATTGTGTAATAACTAAGTCA-----------TTTTGTACAGGAAATAA---ATTTATGTACATATCTAAATATGGGTTCATTTATGGACATTGGAAGATATTTATCACCAAACAGCATTTT---ATCAACAGATACGTTATGATATTGGTG---AATAT--AGGCTATCATTTCGTTTCTCTGA
gi|3 : gacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTCTAGTTAT-ACAAGGTGCTTTTATAATACTAAGTAATGGTTAGATGGTGA----CAGCATGTTT-TAGAAGCATTG-CTG-TA---T-ACATTTATACTCCCTATTGTATAAGCAAAGTA-T-TATTTAATTCTTTTCATAGAGGAAG-AGGGACAGACAGAGCTACAG------ATATAA------AAGGCCAAT-AT------TTTT--------TTAATA-------TATATGTTGTGAAATTGT-------TA-CTAA--G--GCATTGTATTATA-CTAAGTAAATAT-------TTTTATACTGGAAATAA---TTTTATGTTCGGATCGAAATATGAGTTCATTTACGAACATTGGAAGATACTTATCACCAAACAACACTAT---ATCAACGGATACATTATGATATTGTTA---AATAG--CGACTATCATTTTGCTTCTCTGAAAATtcaatgtacaatggacattgtaaaagataatatttcgtgtctccaatactttcacatccacataaaggactatctatcttttatatttttaatacaagtgtgttatttgaggttgctgcattatgtccaaagacatgtgtggagaactggtaactttctttatgatggttatacagtgtattaaat
gi|4 : tgATTGT-------T--C--A--ATAGCATAGTCTAATA-CCAAAACAA-AAAAAATATTTTCGTACTGGAAATAA---TTCCTTGTAAGTATCGAACTATGAGTTAATTCGTGAACATTGGTATAGACTGACCAGCAAACAGCATTAT---ATCAACGAATGCA-------GTTGTTG---GGCAG--CTGCTATCATTTTGATTCTCTGGAGAtat
gi|5 : tccTATTTTAATCGATATTGATAT----ATT---TGTTGTCAAGCTGT-------AA-C-----------TT--------------------A-------TTT-ATATTGGAAATAACGTAATAATGTACATATCTAAATATGAGTAAATTTTTGAACATTGGAAGAGATATATCACGAAATAGCATTATTAGATCAACGGATACGTTATGCTATTATTGGTTGGTAAATTGGCTATTATcggtgcaacgaacattgtaaaagataatggtgtg
gi|6 : aTTCTTATTAT--TAAGGTGCTATTAT-----TGAAT---GGTTAGATGGTAA----CA-------------AGTATTC-CTG-TA---C-AAAATAAAACTCTATATTGTATTAGCATTGTATT-TATTT-TCTCTTTTCAGAGAG
gi|7 : ATATGAGTTCGTTTAGGAACATTTGAAGATAATGATCCCCAAACAGCATTAT---ATCGACGGATACGTTATGATATTGTTG---GGAAG--CGGCTATCATTTTGTTTCTCTGAAAATagacgaaga
gi|8 : CTGATTAT-GCAAGGTGCTGTTATAATACTAAGTAATGCTTAAGTGGTGAAAA-CA---TGTTT-TAGTAGTATTC-CTG-TG---T-TAATTTATACTCTATATTGTTTAAGTAAAGTA-T-
gi|9 : TCCTAGTTATAGAAAGGTGCTATTATAATGCTAAATAACGGTTAGACAATGA----CA---TGTTT-AAAAGGCATT--CTGTTA---T-AAAT--------TAAATTGTTTAAGCAAGATA-T-T