lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999 22 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 0 00000000000000000000000000000000000000000 3 77 222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 7 5 1
lowQualScore : . ......................................... . .. ... ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . .
lowQualScore : 8 00000000000000000000000000000000000000000 8 88 888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 0 0 0
consensus : TCATTGACAGAAACGATATTGATACA---TTTACTGT--ATA--C--CCA--AATTGATACGATATCGATACAAATTTTGAAATATTGATACAAC--C-AN-AC-T--ATGA-AAAAGAGT--TCTACTATNTA-CACCNA-AAGCAC--GNTAAAA--A--NA--TTTTCTGA------C--TT--C--ATT-----ATTNTT---------------ATCGTNT----ACTCCAC---TTCTGCATT--CAGCATATTCAC--T-G---NTAT-TCCTT-AG-T-AATTT-ACACA-----C--CGTGGNCGTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCT-C--GA-TATGTT-TTA-T-ATCACTTTA--TTG-TGG-GT--TTTATAATAATT-GTAACACCAATTGA---C--ACTTN-NANATTTTN-TAANAAA-A-A-ATANAC-----TAATCTT-------T--NAC-TCNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Reference ( gi|1 ) : TCATTGATAGAAATGATATTGGTATA---TTTACTGTA-ATA--C--ACA--AATTGGTAAGATATTGATACAAATGCTGAGGTATTGATACAAC--CAAA-ACATTAATGA-AAAAGATT--TTTATTATCTG-CACTTA-AAGGAT--GTTTAAA--A--GA--TTTTCCGA------C--TT--C--AT------ATTTTT---------------ATGGTGT----ACTCCAC---TTCTGTATTACTAGCATATTCAC--T-G---TTAT-TTCAT-AA-T-AATTC-CCACA-----C--CATGGATATCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCT-T--GA-TGTGTT-TTG-TGATTACTTCA--TTGCTGA-CT--TATACAGTAATT-GTAATACCAATTAAAAGCGGACTTC-AACATTTCATTAACCAA-ATA-ATAAAC----TTAATCTT-------T--GAC-TCCATATATCATTATGAACTTGGCCATTAA
gi|2 : TCATTGACAGAAACAATATTGATATA----TTATCG---ATACCC--ACA--AGTTGATACGATGTTGATACAAAT-TTGAAATATTGATGCAAC--------------TGA-AAAA-------CTACTATTTA-TGC-TA-AAGTAC--CCTAAAA--A--TATTTTTTCAAA------C--TTTCC--ATTATATCATTATTATCATCATCATCACCATCATCT----ACTCCAT---TTATGCATT--CAGCATTTTCTC--T-G---GTAT-TCCTT-TA-A-AATTA-ACACA-----A--GATGGTTGTCATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCT-T--AATTGTG----GG-TG-TT--TTCA---------------------TAATT-ATAAAACCAATTAACA------TGT-AAT-TTTTTTTAAAAAA-A-A-GTTGACTTCTTTAATCTTGTACATAT--CAC-TTGATATATCAATACAAACATTGACATCAA
gi|9 : taTCACTGATAAAAATGATATTGGTACA---TTAACTAT---TC--C--CCC--AA--GTTA--ATATTGATACAAATTATAAAATATTGATACACC--TAAATGC-TTAACAACAAAAAATTCATTT-TTATATA-CACCAA-AAGAACAAGGTTAAA--A--CA----CTCC-A------C--TT--------------TTATT---------------ATAGT-C----ACTCt
gi|4 : gATAGATAAAAACAAAATT--TATACTCTTTCTTATATATA--C--CCAGAAATTGAAACAATATCAATACAAATTTTGAAA-AACGATACAACTTC-AG-AC----ATGA-AAAAGAGT--TCTATT-TATGACA-TTATAAGCA---ATTCAAAATA--AA--TTTT-TGA------C------------------TTTTTGCA------------ATTGTCT----ACCGCAC---AATTGCATT--CAGAATATTCAC--T-G---TAAT-TTAATCAATT-AACT--TAAAA-----T--TGTGGTAATCTTT---------GAA--AC-AAAT-GC--CC-T--AA-TACACC-T-----ATTTCTTTA--TTGATGG-GT--TTTATAATAATT-GGAGCACCAATT-----C--ACTTG-TAAATTTTG-TAACAAA-A-G-ATA---------AATGTT-------TACAAC-TCCATATATTAATAAGAACTTGGCC
gi|3 : TTGACAGAAACAATATTG------------------ATA--C--CCA--AAT-GTT--GATAT-GAGATGGATTTTGAAATATTGATACAA-----AT-ACATGCATGA-CCAAGAAC--TTAACTATGTA-AACCAG-AAGCAC--AATAAAA--T--AA--TGTTCTGA------C--TT--CCTGT------ATCACA---------------ATAATATTTTAAATCCACGTATTCTTT-TTAACAGCATATTCACAAT-G---TTCT-T---T-AG-T-AATTT-ACACA-----T--AATGGGCATAATG---------AAA--GCCAAATGAGGACT-T--G----------------TTACACCA----GTCAA-TT--TGTA-AGT--TTGGTTACGCTAATT-----C--ACTTCTGTCATTTTAGTAATCAATATATATATAT----ATCACTCT-------T--GATATCAATATAGCAAAACGAACTTGGCCTTCAA
gi|17 : tgctgAATGATA--GAAACA---T--ACTG---ATA--CCAATA--AGTTGATACAATATTGATACAAATTTTGAAATATTGATACAAt
gi|5 : gtcATGA-AAAAGAGA--TCAACTATTTA-CAC------GCAT--GTT-AAA--ATTAA--TTTTCTAATTTTCCC--TT--A--AA------ATTGTC---------------ATC-TAT----AC--CAA---TTCTGCATT--CGGCATATTCAC--CAG---CT-T-CCCTT-AG-T-AACTGATCACA-----TGACACG-ACGTCATG---------GAA--GCAAAATGGCAGTT-C--AG-TATGTTGTCA-T-ATCACTTTAATTTG-TGG-GT--TTTATAATAATA-GTAtta
gi|6 : gaatcagtatcaaaaattgttgatactcatgttttgatacaatatcaatccgtatcaattttggaaatttacacAT--GCTAAAA--T--TG--TTTTCT--------T--TC--C--ATT-----ATTCTT------------------GTTT----AATCTAT---TTCTGCATT--CAGCATATCCAC--T-T---ATAT-TCCTT-CG-T-AATTT-GTACATAGGGT--CTTGG-TATCATA---------GAAACACAAAACAACAG------GA-TGTcatgcaataataacaccatgtaaatttgttataaaaagttgatgtttatcaataattaattactcaatatattgacat
gi|8 : gatatatatatcaactgatacacatttggaataatcatataagaatgcacatcagcaaagagctccactattaacgcaagtttattA--TTTTGTGG------C--T------AC------ATTTCT---------------GTTTTCT----GCTTCAT---GTTTGCATTA--AGTATAT--AC--T-C---TTGTATTCAT-AT-TTAATTT-ATACA-----C--AGCAGGTGT---G---------GAT--ATAAAATGGCAGCT-C--GG-TATATC-TTACTGG-TACTTTT--TTG-TGT-GT--TTTATAATATTT-GTAACACTAATTcgactgtttacttatatgtgtgttttatgatagttttaacatgttaatgtattaatttgacttctgttatattaatggatcactacaacatatcaatatcatatatatct
gi|12 : taagcaA--TTTTCTGA------CATTC--C--ATT-----ATCATT---------------ATCGTCT----AGTCCAC---TTTTACATT--CAGCTTATTCAC--T-G---GCAT-TCC
gi|7 : actatttatactaatcatgcgaaaattGTGT----AC----------CTGTA-----AGCATATTCAC--T-AAACTTGC-TTTGA-AA-T-G-TTC-ACACA-----A--CA--GGTGTTACGCAGGCTTCAGAA--ACAAAATGGCAGCT-tttgtaagtgacaca
gi|10 : tcaaaactgccatTAT----ACTCCAC---TTCCTCATT--CAGCATAGTAAC--T-A---GTAT-TCC----------TT---------------------TGTTATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCTCT--GA--ATGTT-ATC-CTATCACTTTA--TTTGTGG-ATAATATAAAA-AATT-GTAACTCAAATTGAcagctgtcatcctatcactgtattgttttaatgggtattattaacataaaacttttgtaacagaacagtgacttgactgttatcattttattaataaatcaatcaatata
gi|14 : ca---TTCTGCATT--CAGCATATTCAC--T-G---GAAT-TCCTT-TG-T-AACAC-TGACA-----C--GATAGTCATTAT----------GAA--ATAAAACTGAAGCT-C---A-TA-GTT-TTA-Ttgttgtaaag
gi|15 : g-AATTT-ATGCA-----C--AATGGATATTATG---------GAA--ACACAATTGCAGCT-CAAGA-TGTCCT-T------TCACTTTAC-TTG-TGAGTT--TTTATAATAATT-TGAATACCAGTtttaatc
gi|18 : A-AAAAAC------AAACTT-------T------TCCACATGTCAATGTGAACTTGGCCATT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGTATAAATATAGATTTTGAAACACTGATACAACTATTCACATGAAAAAAAAAGAGCTCTGTTATTTACATAAGAAGTCCACAATATTGAAATTTCTGTCTTTCTACTTTTTCCATTATTTAC
Unaligned ( gi|13 ): TTATCACTGGTATTTCTTTGAGATTTATTAATCACAACGGGTGTCACTGAAATAGAATGATAGCCCAGTGGCTTTATGTGAATTTTATAATTGTATCACCAAT
Unaligned ( gi|16 ): TTGGGATGTCAATGACAGAAACTATATCATACATTATCAATACCAACATGTTGATACATCATTGATAAAAATTGGAAATAT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444 11111 6666666666666666 1111 222 11111111 11111 333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 111111111 33333333333333333333333 44444444444444444444 11 111111 222222222 111 11 66666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 0 55555555555555555555 77 66 22 11111 8888 3 7777777777777777 5 0000 5 33 66 4 1 222 99999999 222 66 66666 1 666 55 000000000000000000000000000000000000000 33 2 7777 777 4444 1 0000 44 4 666666666 99999999999999999999999 0 1 44 1 555 88888888888888888888 55 3 777777 0 0 3 3 5555 99999 55 3 3 88 999999999 0 5 22 444 88 5 3 44444444444444444444444444444444444444444444 5 1 1
lowQualScore : . . .................... .. .. .. ..... .... . ................ . .... . .. .. . . ... ........ ... .. ..... . ... .. ....................................... .. . .... ... .... . .... .. . ......... ....................... . . .. . ... .................... .. . ...... . . . . .... ..... .. . . .. ......... . . .. ... .. . . ............................................ . . .
lowQualScore : 4 7 11111111111111111111 99 99 55 55555 5555 2 2222222222222222 0 6666 0 11 99 4 0 999 77777777 888 11 11111 6 222 55 666666666666666666666666666666666666666 88 3 7777 000 0000 0 8888 22 0 000000000 88888888888888888888888 2 8 66 6 888 44444444444444444444 99 6 777777 4 2 6 6 4444 11111 00 6 6 66 666666666 7 7 00 111 11 0 0 44444444444444444444444444444444444444444444 7 0 4
consensus : TCATTGACAGAAACGATATTGATACATTTACC---GTA-TACC-ACA--AGT--TGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAAC--TA--NA---C-C--A-TG----AA-AAAGAGCTC--TACT-ATTTACACCAAAAG--C-----ACGNTA--AAA-NNA-TTTTCT--GAC--T----------T--CAT-TATTNT------------T---ATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTNGT-AAT--TNA-----C---ACACN--GTG-------GNC-----GTCATGGAA--ACAAAATGGCAG---CTC-GATATGTC-TT--T-ATCACTTTA--T-TG------TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTATTAATAAA-----A-AAT--ANAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Reference ( family-3439 ) : TCATTGACAGAAACGATATTGATACATTTACT---GTA-TACC--CA--AAT--TGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAAC--CA--NA---C-T--A-TG----AA-AAAGAGTTC--TACT-ATNTACACCNAAAG--C-----ACGNTA--AAA-ANA-TTTTCT--GAC--T----------T--CAT-TATTNT------------T---ATCGTNT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGNTATTCCTTAGT-AAT--TTA-----C---ACACC--GTG-------GNC-----GTCATGGAA--ACAAAATGGCAG---CTC-GATATGTT-TTA-T-ATCACTTTA--T-TG------TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TGA---C---ACT-TNNA-NATTTT-NTAANAAA-----A-AAT--ANAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
gi|1 : TCATTGATAGAAATGATATTGGTATATTTACT---GTAATACA--CA--AAT--TGGTAAGATATT----GATACA----AATGCTGAGGTATTGATACAAC--CA--AAACAT-T--AATG----AA-AAAGATTTT--TATT-ATCTGCACTTAAAG--G-----ATGTTT--AAA-AGA-TTTTCC--GAC--T----------T--CAT--ATTTT------------T---ATGGTGT----ACTCCAC---TTCTGTATTAC--TAGCATATTCACTGTTATTTCATAAT-AAT--TCC-----C---ACACC--ATG-------GAT-----ATCATGGAA--ACAAAATGGCAG---CTT-GATGTGTT-TTG-TGATTACTTCA--T-TGC-----TGACTTAT-A-C-A--GTAA-----TTGTAATA--C-CA-AT--TAAAAGCGG-ACT-TCAA-CATTTCATTAACCAA-----ATAAT--AAACT----TAATC-----TT-------T--GACT-CCATATATCATTATGAACTTGGCCATTAA
gi|10 : CATAT----ACTCCAC---TTCCTCATT----CAGCATAGTAACTAGTATTCCTT----------------------------------------T-----GTTATGGAA--ACAAAGTGACAG---CTCTGA-ATGTTATCC-T-ATCACTTTAT-T-TG------TGGATAAT-A-TAA--AAAA-----TTGTAACT--C-AA-AT--TGA---
gi|11 : TATA----AATATA----GATTTTGAAACACTGATACAAC--TATTCA---C----A-TGAAAAAA-AAAGAGCTC--TGTT-ATTTACATAAGAAGTCC-----ACAATATTGAA-A----TTTCT--GTC--T----------T--T-C-TACTTT------------TTCCATTATTT----ACtgttgtaaag
gi|12 : agACT-ATTTATACT--AAT--C-----ATGCGA--AAA-TTA-TTTTCT--GACATT----------C--CAT-TATCAT------------T---ATCGTCT----AGTCCAC---TTTTACATT----CAGCTTATTCACTGGCATTCCTTTGT-AAG--TGA-----C---ACA
gi|13 : TCACTGGTATTTCTTTGA-GAT--TTATTAATC---ACAAC--G---------GGT-----GTCACTGAA--ATAGAATGATAG---CCC-AGTG--------------GCTTTA--T--G------TGAATTTT-A-T-A--AT--------TGTATCA--C-CA-AT--
gi|14 : tta---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGAATTCCTTTGT-AA----CA-----CTG-ACACG--ATA-------GTC-----ATTAT-GAA--ATAAAACTGAAG---CTC--ATA-GTT-TTA-T-
gi|15 : g-AAT--TTA-----T---GCACA--ATG-------GAT-----ATTATGGAA--ACACAATTGCAG---CTC-AAGATGTC-CT--T--TCACTTTAC-T-TG------TGAGTTTTTA-T-A--ATAA-----TTTGAATA--C-CA-GT--tttaatc
gi|16 : TCAATGACAGAAACTATATC-ATACA-TTATC---A-A-TACCAACA--TGT--TGATACATCATT----GATAAA----AA-TTGGAAATAT
gi|17 : ttgggatgAATGATA--GAAACAT--ACT---G-A-TACCAATA--AGT--TGATACAATATT----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAA
gi|18 : gtcAAA-----A-AAC--AAAC-----T----------T-------T-----T-CCACATGTCAATGTGAACTTGGCCATtta
gi|2 : tttaatatatttagctcaatatgtaTCATTGACAGAAACAATATTGATATA-TTATC---G-A-TACCCACA--AGT--TGATACGATGTT----GATACA----AA-TTTGAAATATTGATGCAAC------------------TG----AA-AAA-----C--TACT-ATTTATG-CTAAAG--T-----ACCCTA--AAA-ATA-TTTTTTCAAAC--TTTCCATTATAT--CAT-TATTATCATCATCATCACC---ATCATCT----ACTCCAT---TTATGCATT----CAGCATTTTCTCTGGTATTCCTTTAA-AAT--TAA-----C---ACAAG--ATG-------GTT-----GTCATGGAA--ACAAAGTGACAG---CT----TA-------------------A--T-TG------TGGGTGTT-T-T-C--ATAA-----TTATAAAA--C-CA-AT--TAA---C---A-T-GTAA-TTTTTT-TTAAAAAA-----A-AGT--TGACTTCTTTAATC-----TTGTACATAT--CACT-TGATATATCAATACAAACATTGACATCAAt
gi|3 : taTTGACAGAAACAATATTGATAC-----------------C--CA--AATGTTGATATGAGATG----GAT----------TTTGAAATATTGATACAAA--TA--CA---TGC--A-TG----AC-CAAGAACTT--AACT-ATGTAAACCAGAAG--C-----ACAATA--AAA-TAA-TGTTCT--GAC--T----------T--CCTGTATCAC------------A---ATAATATTTTAAATCCACGTATTCT---TTTTAACAGCATATTCAC-AATGTTCTTTAGT-AAT--TTA-----C---ACATA--ATG-------GGC-----ATAATGAAA--GCCAAATG--AG-------GACTTG---TTA-C-ACCAGTCAAT-T-TG------TAAGTT-------------------TGGTTACG--C-TA-AT--T-----C---ACT-TCTGTCATTTTAGTAATCAATATATA-TAT--ATAT-----CACTC-----TT-------G--ATAT-CAATATAGCAAAACGAACTTGGCCTTCAAt
gi|4 : tgctgATAGATAAAAACAAAATTTATACTCTTTCTTATATA-TACC--CAGAAAT--TGAAACAATATC----AATACA----AATTTTGAAAAAC-GATACAACTTCA--GA---C----A-TG----AA-AAAGAGTTC--TATTTATG-ACATTATAAG--C-----AATTCA--AAATAAA-TTTT-T--GAC--T----------T--T-----TTGC------------A---ATTGTCT----ACCGCAC---AATTGCATT----CAGAATATTCACTGTAATT---TAATCAAT--TAA-----CTTAAAATT--GTG-------GTA-----ATCTTTGAA--ACAAA-TGCC-----CT--AATACACC-T-----ATTTCTTTA--T-TGA-----TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TTGGAGCA--C-CA-AT--T-----C---ACT-TGTA-AATTTT-GTAACAAA-----A-GAT--A---------AATG-----TT-------TACAACT-CCATATATTAATAAGAACTTGGCCt
gi|5 : T--TGATACAATATC----AATCCGTATCAATTTTGGAA-ATT--TACA---------------C--A-TG----AA-AAAGAGATC--AACT-ATTTACAC-----G--C-----ATGTTA--AAA-TTAATTTTCT--AAT--T----------TTCCCT-TAAAAT------------T---GTCATCT----ATACCAA---TTCTGCATT----CGGCATATTCACCAGCTTCCCTTAGT-AAC--TGAT----C---ACA-----TGACAC---GAC-----GTCATGGAA--GCAAAATGGCAG---TTC-AGTATGTTGTCA-T-ATCACTTTAATT-TG------TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TAGT-ACA--TGCA-ATAATAA---C---ACCATGTA-AATTTG-TT-ATAAA-----A-AGTTGATGT-----TTATCAATAATTAA-----T--TACT-CAATATAT
gi|6 : gaatcagtatcaaaaattgttgatactcatgttATATCAACTGATACA----CATTT-GGAATAATCATATAAG--AA--TG---CAC--A-TC----AGCAAAGAGCTC--CACT-ATTAACGC---AAG--TTTATTATGCTA--AAA-TTG-TTTTCT----T--T----------C--CAT-TATTCT------------T------GTTT----AATCTAT---TTCTGCATT----CAGCATATCCACTTATATTCCTTCGT-AAT--TTG-----T---ACATA--G-G-------GTCTTGGTATCATAGAAACACAAAACAACAGGATGTC-GAC-TGTT-T--------AC-TTA--TATG------TGTGTTTT-A-T-G--ATAG-----TTTTAACATGT-TA-ATG-TAT---T---AAT-TTGA-C-TTCT-GT---------------T--ATAT-----TAATG-----GA-------T--CACTACAACATATCAATAtgacat
gi|7 : gatatatAGCATATTCACTAAACTTGCTTTGA-AATGTTCA-----C---ACAACAGGTGTTACGCAGGC-----TTCA--GAA--ACAAAATGGCAG---CTC-AGC-TGTCATCC-T-ATCACTGTA--T-TGTTTTAATGGGTATT-ATT-AACATAAAACTTTTGTAACA--G-AACAG--TGA---CTTGACT-GTTATCATTTTATTAATAAA-----tcatatatatct
gi|8 : tcaaaactgccatgtgtacctgtaA-TTTTGT--GGC--T----------A--CAT-TTCTGT------------T---TTC---T----GCTTCAT---GTTTGCATT----AAGTATATACTCTTGTATTCATATTT-AAT--TTA-----T---ACACA--GCA-------GGT-----GT---GGAT--ATAAAATGGCAG---CTC-GGTATATC-TTACT-GGTACTTTT--T-TG------TGTGTTTT-A-T-A--ATAT-----TTGTAACA--C-TA-AT--Ttcaatcaatata
gi|9 : taagcaTCACTGATAAAAATGATATTGGTACATTAACT---ATT-CCCC--CA--AGT--TAATA-----TT----GATACA----AATTATAAAATATTGATACACC--TA--AATG-C-TTAA-CA----AC-AAAAAATTCATTTTT-ATATACACCAAAAGAAC-----AAGGTT--AAA-AC-----------AC--T----------C--CAC-TTTTAT------------T---ATAGTC-----ACTC
Alignments
lowQualScore : 77777777777777777 11111 44444444444444 1111 1111 22222222222222 1111 333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 11111111 111111111 55555555555555555555555555555 111111 222222222 111 66666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 7 0 00000000000000000 6666 22 11111 8888 3 2 44444444444444 0000 5555 22 66 22222222222222 77777 777 2222 666 55 444444444444444444444444444444444444444444 7777 777 4444 3 1 3 2 22222 44 77777 22222222 1 333333333 44 33333333333333333333333333333 3 777777 0 3 0 777777 99999 55 3 3 88 666666666 0 5 1 333 22 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444 5 1 1
lowQualScore : . . . ................. .... .. ..... .... . . .............. .... .... .. .. .............. ..... ... .... ... .. .......................................... .... ... .... . . . . ..... .. ..... ........ . ......... .. ............................. . ...... . . . ...... ..... .. . . .. ......... . . . ... .. . . ............................................ . . .
lowQualScore : 6 6 7 33333333333333333 6666 55 55555 5555 2 3 33333333333333 6666 6666 55 99 88888888888888 99999 000 5555 222 55 555555555555555555555555555555555555555555 7777 000 0000 7 0 1 1 66666 22 88888 88888888 6 333333333 66 11111111111111111111111111111 6 777777 4 6 2 999999 11111 00 6 6 66 111111111 7 7 0 999 66 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555 7 0 4
consensus : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-ATT-ATCGTA-TA---CC-A-CAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-C----ATG----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAATNA-TTTTCT--GAC--T----------T--CAT-TATTNT------------T---ATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Reference ( family-3439 ) : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-ATTTACCGTA-TA---CC-A-CAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-C----ATG----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACCAAAAG--C-----AC---GNTA---AAANNA-TTTTCT--GAC--T----------T--CAT-TATTNT------------T---ATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTNGT-AATTNA-C---A--CACNGTG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTATTAATAAA-----A-AAT--ANAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
gi|1 : TCATTGATAGAAATGATATTGGTAT-ATTTACTGTAATA---C--A-CAAATTGGTAAGATATT----GATACA----AATGCTGAGGTATTGATACAACC--AAAA-CATTAATG----AA----AAAGATTTT--TATTATCTGCACTTAAAG--G-----AT---GTTT---AAAAGA-TTTTCC--GAC--T----------T--CA--TATTTT------------T---ATGGTGT----ACTCCAC---TTCTGTATTAC--TAGCATATTCACTGTTATTTCATAAT-AATTCC-C---A--CACCATG-GAT-----ATCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTT-GATGT-GTTTTG-TGA-TTACTTCA--T-TGC-----TGAC-TTATA-C-A--GTAA-----TTGTAATA--C-CA-AT--TAAAAGCGG-ACT-TCAA-CATTTCATTAACCAA-----ATAAT--AAACT----TAATC-----TT-------T--GACT-CCATATATCATTATGAACTTGGCCATTAA
gi|10 : T----ACTCCAC---TTCCTCATT----CAGCATAGTAACTAGTATTCCTTTGT---------------------------------TATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCTCTGA-AT-GTTATCCT-A-TCACTTTAT-T-TG------TGGA-TAATA-TAA--AAAA-----TTGTAACT--C-AA-AT--TGA---
gi|11 : cataTATA----AATATA----GATTTTGAAACACTGATACAACT--ATTCAC----ATGAAAAAA----AAAGAGCTC--TGTTATTTACATAAGAAGTCC-----AC---AATATTGAAA-----TTTCT--GTC--T----------T--T-C-TACTTT------------TTCCATTATTT----ACtgttgtaaag
gi|12 : agACTATTTATACTAA--T--C-----AT---GCGA---AAATTA-TTTTCT--GACATT----------C--CAT-TATCAT------------T---ATCGTCT----AGTCCAC---TTTTACATT----CAGCTTATTCACTGGCATTCCTTTGT-AAGTGA-C---A--CA
gi|13 : TCACTGGTATTTCTTTGA-GATTTATT---AATCACAACG-GGT-----GTCACT---------GAA--ATAGAATGATAGCCC-A--GT-GGCTT--T-A-------------TG------TGAA-TTTT-------ATAA-----TTGTATCA--C-CA-AT--
gi|14 : tta---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGAATTCCTTTGT-AA--CA-CTG-A--CACGATA-GTC-----ATTAT----------GAA--ATAAAACTGAAGCTC--ATA--GT-TT--T-A-T---TTTA--
gi|15 : g-AATTTA-T---G--CACAATG-GAT-----ATTATG---------GAA--ACACAATTGCAGCTC-AAGAT-GTCCT--T---TCACTTTAC-T-TG------TGAGTTTTTA-T-A--ATAA-----TTTGAATA--C-CA-GT--atc
gi|16 : TCAATGACAGAAACTATATC-ATAC-ATT-ATCA-A-TA---CC-AACATGTTGATACATCATT----GATAAA----AA-TTGGAAATAT
gi|17 : ttgggatgTCAATGATAGAAAC-ATACTGATAC-----------------CA-A-TAAGTTGATACAATATT----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAATT--A
gi|18 : gTAAA-----A-AA-----AC-----AAA-C-----TT-------T-----T-CCACATGTCAATGTGAACTTGGCCAT
gi|2 : tttaatatatttagctcaatatgTCATTGACAGAAACAATATTGATAT-ATT-ATCG-A-TA---CCCA-CAAGTTGATACGATGTT----GATACA----AA-TTTGAAATATTGATGCAAC--------------TG----AA----AAA-----C--TACTATTTATGCT-AAAG--T-----AC---CCTA---AAAATA-TTTTTTCAAAC--TTTCCATTATAT--CAT-TATTATCATCATCATCACC---ATCATCT----ACTCCAT---TTATGCATT----CAGCATTTTCTCTGGTATTCCTTTAA-AATTAA-C---A--CAAGATG-GTT-----GTCATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCT----TA--------------------A--T-TG------TGGG-TGTTT-T-C--ATAA-----TTATAAAA--C-CA-AT--TAA---C---A---TGTA-ATTTTTTTTAAAAAA-----A-AGT--TGACTTCTTTAATC-----TTGTACATAT--CACT-TGATATATCAATACAAACATTGACATCAAt
gi|3 : taTTGACAGAAACAATATTGATAC-----------------CC-A-AATGTTGATATGAGATG----GAT----------TTTGAAATATTGATACAAAT--ACATGC----ATG----AC----CAAGAACTT--AACTATGTAAACCAGAAG--C-----AC---AATA---AAATAA-TGTTCT--GAC--T----------T--CCTGTATCAC------------A---ATAATATTTTAAATCCACGTATTCT---TTTTAACAGCATATTCAC-AATGTTCTTTAGT-AATTTA-C---A--CATAATG-GGC-----ATAATG---------AAA--GCCAAATGAGGACTT-GTTAC-ACC------AGTCAAT-----T-TG------TAAG-TT------------------TGGTTACG--C-TA-AT--T-----C---ACT-TCTGTCATTTTAGTAATCAATATATA-TAT--ATAT-----CACTC-----TT-------G--ATAT-CAATATAGCAAAACGAACTTGGCCTTCAAt
gi|4 : tgctgATAGATAAAAACAAAATTTATACTCTTTCTTATA-TATACCC-A-GAAATTGAAACAATATC----AATACA----AATTTTGAAA-AACGATACAACTTCAGA--C----ATG----AA----AAAGAGTTC--TATTTATGACATTATAAG--C-----AA---TTCA---AAATAA-ATTTTT--GAC--T----------T--T-----TTGC------------A---ATTGTCT----ACCGCAC---AATTGCATT----CAGAATATTCACT-GTAAT--TTAATCAATTAA-CTTAA--AATTGTG-GTA-----ATCTTT---------GAA--AC-AAATGCC--CT--AATAC-ACC----T-A-TTTCTTTA--T-TGA-----TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGGAGCA--C-CA-AT--T-----C---ACT-TGTA-AATTTTG-TAACAAA-----A-GAT--A---------AATG-----TT-------TACAACT-CCATATATTAATAAGAACTTGGCCt
gi|5 : TTGATACAATATC----AATCCGTATCAATTTTGGAA-ATT--TACA----------C----ATG----AA----AAAGAGATC--AACTATTTACAC-----G--C-----AT---GTTA---AAATTAATTTTCT--AAT--T----------TTCCCT-TAAAAT------------T---GTCATCT----ATACCAA---TTCTGCATT----CGGCATATTCACCAGCTTCCCTTAGT-AACTGATC---A--CATGACACGAC-----GTCATG---------GAA--GCAAAATGGCAGTTC-AGTAT-GTTGTCAT-A-TCACTTTAATT-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TAGT-ACA--TGCA-ATAATAA---C---ACCATGTA-AA-TTTGTT-ATAAA-----A-AGTTGATGT-----TTATCAATAATTAA-----T--TACT-CAATATAT
gi|6 : gaatcagtatcaaaaattgttgatactcatgttATATCAACTGATACA----CATTT-GGAATAATCATATAAGA--ATGCAC----ATC----AGC---AAAGAGCTC--CACTATTAACGC---AAG--TTTATTAT---GCTA---AAATTG-TTTTCT----T--T----------C--CAT-TATTCT------------T------GTTT----AATCTAT---TTCTGCATT----CAGCATATCCACTTATATTCCTTCGT-AATTTG-T---A--CATAG-G-GTCTTGGTATCATA---------GAAACACAAAACAACAG----GATGTCGACTG--T---TTAC-TTA--TATG------TGTG-TTTTA-T-G--ATAG-----TTTTAACATGT-TA-ATG-TAT---T---AAT-TTGA-C-TTCTGT----------------T--ATAT-----TAATG-----GA-------T--CACTACAACATATCAATAtgacat
gi|7 : gatatatAGCATATTCACTAAACTTGCTTTGA-AATGTT-C---A--CACAACA-GGT-----GTTACGCAGGCTTCAGAA--ACAAAATGGCAGCTC-AGC-T-GTCATCCT-A-TCACTGTA--T-TGTTTTAATGGG-TATTATT-AACATAAAACTTTTGTAACA--G-AACAG--TGA---CTTGACT-GTTATCATTTTATTAATAAA-----tcatatatatct
gi|8 : tcaaaactgccatgtgtacctgta---AAGCAA-TTTTGT--GGC--T----------A--CAT-TTCTGT------------T----T--TCT----GCTTCAT---GTTTGCATT----AAGTATATACTCTTGTATTCATATTT-AATTTA-T---A--CACAGCA-GGT-----GT---G---------GAT--ATAAAATGGCAGCTC-GGTAT-ATCTTACT-G-GTACTTTT--T-TG------TGTG-TTTTA-T-A--ATAT-----TTGTAACA--C-TA-AT--Ttcaatcaatata
gi|9 : tTCACTGATAAAAATGATATTGGTAC-ATTAACTAT--TC---CC-C-CAAGTTAATA-----TT----GATACA----AATTATAAAATATTGATACACCT--AAAT-G----CTT----AACAACAAAAAATTCATTTTTATATACACCAAAAG--A-----ACAAGGTTA---AAAC------------AC--T----------C--CAC-TTTTAT------------T---ATAGTC-----ACTC
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666 11111 444444444444444444444444444 222222222222222222222 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 11111111 111111111 55555555555555555555555555555 111111 222222222 111 66666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 7 0 7777777777777777777 66 22 11111 8888 0 111111111111111111111111111 22 66 000000000000000000000 777 222222 4 111 55 11111111111111111111111111111111111111111 8888 777 4444 0 0 3 2 22222 44 7 2 3 22222222 1 333333333 44 33333333333333333333333333333 3 777777 0 3 0 777777 99999 55 3 3 88 666666666 0 5 1 333 11 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444 5 1 1
lowQualScore : . . . ................... .. .. ..... .... . ........................... .. .. ..................... ... ...... . ... .. ......................................... .... ... .... . . . . ..... .. . . . ........ . ......... .. ............................. . ...... . . . ...... ..... .. . . .. ......... . . . ... .. . . ............................................ . . .
lowQualScore : 6 6 7 4444444444444444444 44 55 55555 5555 8 777777777777777777777777777 55 99 333333333333333333333 000 333333 0 222 55 66666666666666666666666666666666666666666 5555 000 0000 2 9 1 1 66666 22 1 2 3 88888888 6 333333333 66 11111111111111111111111111111 6 777777 4 6 2 999999 11111 00 6 6 66 111111111 7 7 0 999 99 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555 7 0 4
consensus : TCATTGACAGAAACGATATTGATACATT-ATC-TA-T-A-----CC-ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-CAT----G----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--T----------T----CAT-TATTAT------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Reference ( family-3439 ) : TCATTGACAGAAACGATATTGATACATT-ATCGTA-T-A-----CC-ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-CAT----G----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--T----------T----CAT-TATTNT------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
gi|1 : TCATTGATAGAAATGATATTGGTATATTTACTGTAAT-A-----C--ACAAATTGGTAAGATATT----GATACA----AATGCTGAGGTATTGATACAACC--AAAA-CATTAATG----AA----AAAGATTTT--TATTATCTGCACTTAAAG--G-----AT---GTTT---AAAA---GA-T-TTTCC--GAC--T----------T----CAT--ATTTT------------TATGGTGT----ACTCCAC---TTCTGTATTAC--TAGCATATTCACTGTTATTTCATAAT-AATTCC-C---A--CACCATG-GAT-----ATCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTT-GATGT-GTTTTG-TGA-TTACTTCA--T-TGC-----TGAC-TTATA-C-A--GTAA-----TTGTAATA--C-CA-AT--TAAAAGCGG-ACT-TCAA-CATTTCATTAACCAA-----ATAAT--AAACT----TAATC-----TT-------T--GACT-CCATATATCATTATGAACTTGGCCATTAA
gi|10 : T----ACTCCAC---TTCCTCATT----CAGCATAGTAACTAGTATTCCTTTGT---------------------------------TATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCTCTGA-AT-GTTATCCT-A-TCACTTTAT-T-TG------TGGA-TAATA-TAA--AAAA-----TTGTAACT--C-AA-AT--TGA---
gi|11 : cataTATA----AATATA----GATTTTGAAACACTGATACAACT--ATTCACAT----GAAAAAA----AAAGAGCTC--TGTTATTTACATAAGAAGTCC-----AC---AATATTGAAATTTCTG-TCTTTCT---AC--T----------TTTTCCAT-TATTtgttgtaaag
gi|12 : agACTATTTATACTAA--T--C-----AT---GCGA---AAAT---TA-T-TTTCT--GACATT----------C----CAT-TATCAT------------TATCGTCT----AGTCCAC---TTTTACATT----CAGCTTATTCACTGGCATTCCTTTGT-AAGTGA-C---A--CAtac
gi|13 : TCACTGGTATTTCTTTGA-GATTTATT---AATCACAACG-GGT-----GTCACT---------GAA--ATAGAATGATAGCCC-A--GT-GGCTT--T-A-------------TG------TGAA-TTTT-------ATAA-----TTGTATCA--C-CA-AT--
gi|14 : tta---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGAATTCCTTTGT-AA--CA-CTG-A--CACGATA-GTC-----ATTAT----------GAA--ATAAAACTGAAGCTC--ATA--GT-TT--T-A-T---TTTA--
gi|15 : g-AATTTA-T---G--CACAATG-GAT-----ATTATG---------GAA--ACACAATTGCAGCTC-AAGAT-GTCCT--T---TCACTTTAC-T-TG------TGAGTTTTTA-T-A--ATAA-----TTTGAATA--C-CA-GT--atc
gi|16 : TCAATGACAGAAACTATATC-ATACATT-ATCA-A-T-A-----CCAACATGTTGATACATCATT----GATAAA----AA-TTGGAAATAT
gi|17 : ttgggatgTCAATGATAGAAAC-ATACTGATAC-------------------CA-ATAAGTTGATACAATATT----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAATT--A
gi|18 : gTAAA-----A-AA-----AC-----AAA-C-----TT-------T-----T-CCACATGTCAATGTGAACTTGGCCAT
gi|2 : tttaatatatttagctcaatatgTCATTGACAGAAACAATATTGATATATT-ATCG-A-T-AC----CC-ACAAGTTGATACGATGTT----GATACA----AA-TTTGAAATATTGATGCAAC----------T----G----AA----AAA-----C--TACTATTTATGCT-AAAG--T-----AC---CCTA---AAAA---TA-T-TTTTTCAAAC--TTTCCATTATAT----CAT-TATTATCATCATCATCACCATCATCT----ACTCCAT---TTATGCATT----CAGCATTTTCTCTGGTATTCCTTTAA-AATTAA-C---A--CAAGATG-GTT-----GTCATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCT----TA--------------------A--T-TG------TGGG-TGTTT-T-C--ATAA-----TTATAAAA--C-CA-AT--TAA---C---A---TGTA-ATTTTTTTTAAAAAA-----A-AGT--TGACTTCTTTAATC-----TTGTACATAT--CACT-TGATATATCAATACAAACATTGACATCAAt
gi|3 : taTTGACAGAAACAATATTGATAC-------------------CC-AAATGTTGATATGAGATG----G----------ATTTTGAAATATTGATACAAAT--ACATGCAT----G----AC----CAAGAACTT--AACTATGTAAACCAGAAG--C-----AC---AATA---AAAT---AA-T-GTTCT--GAC--T----------T----CCTGTATCAC------------AATAATATTTTAAATCCACGTATTCT---TTTTAACAGCATATTCAC-AATGTTCTTTAGT-AATTTA-C---A--CATAATG-GGC-----ATAATG---------AAA--GCCAAATGAGGACTT-GTTAC-ACC------AGTCAAT-----T-TG------TAAG-TT------------------TGGTTACG--C-TA-AT--T-----C---ACT-TCTGTCATTTTAGTAATCAATATATA-TAT--ATAT-----CACTC-----TT-------G--ATAT-CAATATAGCAAAACGAACTTGGCCTTCAAt
gi|4 : tgctgATAGATAAAAACAAAATTTATACTCT-TTCTTA-T-ATATACCC-AGAAATTGAAACAATATC----AATACA----AATTTTGAAAAAC-GATACAACTTCAGAC--AT----G----AA----AAAGAGTTC--TATTTATGACATTATAAG--C-----AA---TTCA---AAAT---AA-A-TTTTT--GAC--T----------T----T-----TTGC------------AATTGTCT----ACCGCAC---AATTGCATT----CAGAATATTCACTG-TAAT--TTAATCAATTAA-CTTAA--AATTGTG-GTA-----ATCTTT---------GAA--ACAAA-TGCC--CT--AATAC-ACCT-----A-TTTCTTTA--T-TGA-----TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGGAGCA--C-CA-AT--T-----C---ACT-TGTA-AATTTTG-TAACAAA-----A-GAT--A---------AATG-----TT-------TACAACT-CCATATATTAATAAGAACTTGGCCt
gi|5 : TTGATACAATATC----AATCCGTATCAATTTTGGAA-ATT--TACA----------CAT----G----AA----AAAGAGATC--AACTATTTACAC-----G--C-----AT---GTTA---AAAT---TAAT-TTTCT--AAT--T----------TTC--CCT-TAAAAT------------TGTCATCT----ATACCAA---TTCTGCATT----CGGCATATTCACCAGCTTCCCTTAGT-AACTGATC---A--CATGACACGAC-----GTCATG---------GAA--GCAAAATGGCAGTTC-AGTAT-GTTGTCAT-A-TCACTTTAATT-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TAGT-ACA--TGCA-ATAATAA---C---ACCATGTA-AA-TTTGTT-ATAAA-----A-AGTTGATGT-----TTATCAATAATTAA-----T--TACT-CAATATAT
gi|6 : gaatcagtatcaaaaattgttgatactcatgttATATCAACTGATACA----CATTT-GGAATAATCATATAAGA--ATGCACAT----C----AGC---AAAGAGCTC--CACTATTAACGC---AAG--TTTATTAT---GCTA---AAAT---TG-T-TTTCT----T--T----------C----CAT-TATTCT------------T---GTTT----AATCTAT---TTCTGCATT----CAGCATATCCACTTATATTCCTTCGT-AATTTG-T---A--CAT-AGG-GTCTTGGTATCATA---------GAAACACAAAACAACAG----GATGTCGACTG--T---TTAC-TTA--TATG------TGTG-TTTTA-T-G--ATAG-----TTTTAACATGT-TA-ATG-TAT---T---AAT-TTGA-C-TTCTGT----------------T--ATAT-----TAATG-----GA-------T--CACTACAACATATCAATAtgacat
gi|7 : gatatatAGCATATTCACTAAACTTGCTTTGA-AATGTT-C---A--CACAACA-GGT-----GTTACGCAGGCTTCAGAA--ACAAAATGGCAGCTC-AGC-T-GTCATCCT-A-TCACTGTA--T-TGTTTTAATGGG-TATTATT-AACATAAAACTTTTGTAACA--G-AACAG--TGA---CTTGACT-GTTATCATTTTATTAATAAA-----tcatatatatct
gi|8 : tcaaaactgccatgtgtacctgta---AAGC---AA-T-TTTGT--GGC--T----------A----CAT-TTCTGT------------T-T--TCT----GCTTCAT---GTTTGCATT----AAGTATATACTCTTGTATTCATATTT-AATTTA-T---A--CACAGCA-GGT-----GT---G---------GAT--ATAAAATGGCAGCTC-GGTAT-ATCTTACT-G-GTACTTTT--T-TG------TGTG-TTTTA-T-A--ATAT-----TTGTAACA--C-TA-AT--Ttcaatcaatata
gi|9 : tTCACTGATAAAAATGATATTGGTACATT-AAC-TA-TTC-----CC-CCAAGTTAATA-----TT----GATACA----AATTATAAAATATTGATACACCT--AAAT-GCT----T----AACAACAAAAAATTCATTTTTATATACACCAAAAG--A-----ACAAGGTTA---AAAC----------------AC--T----------C----CAC-TTTTAT------------TATAGTC-----ACTC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 444444444444444444444444444 222222222222222222222 111111 111 3333333333333333333333333333333333333 1111 11111 11111111 111111111 55555555555555555555555555555 111111 222222222 111 66666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 7 0 8888888888888888888888 22 11111 8888 0 2 111111111111111111111111111 22 66 000000000000000000000 777 222222 4 111 55 1111111111111111111111111111111111111 0 7 8888 777 4444 3 0 3 2 22222 44 7 2 3 22222222 1 333333333 44 33333333333333333333333333333 3 777777 0 3 0 777777 99999 55 3 3 88 666666666 0 5 1 333 11 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444 5 1 1
lowQualScore : . . . ...................... .. ..... .... . . ........................... .. .. ..................... ... ...... . ... .. ..................................... . . .... ... .... . . . . ..... .. . . . ........ . ......... .. ............................. . ...... . . . ...... ..... .. . . .. ......... . . . ... .. . . ............................................ . . .
lowQualScore : 6 6 7 0000000000000000000000 55 55555 5555 8 3 777777777777777777777777777 55 99 333333333333333333333 000 333333 0 222 55 0000000000000000000000000000000000000 8 4 5555 000 0000 7 9 1 1 66666 22 1 2 3 88888888 6 333333333 66 11111111111111111111111111111 6 777777 4 6 2 999999 11111 00 6 6 66 111111111 7 7 0 999 99 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555 7 0 4
consensus : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-----ATTATCTAT-A-C--C-ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-CAT----G----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--T----------T----CAT-TATTAT------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Reference ( family-3439 ) : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-----ATTATCTAT-A-C--C-ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-CAT----G----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--T----------T----CAT-TATTAT------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
gi|1 : TCATTGATAGAAATGATATTGGTAT-----ATTTACTGT-A-ATAC-ACAAATTGGTAAGATATT----GATACA----AATGCTGAGGTATTGATACAACC--AAAA-CATTAATG----AA----AAAGATTTT--TATTATCTGCACTTAAAG--G-----AT---GTTT---AAAA---GA-T-TTTCC--GAC--T----------T----CAT--ATTTT------------TATGGTGT----ACTCCAC---TTCTGTATTAC--TAGCATATTCACTGTTATTTCATAAT-AATTCC-C---A--CACCATG-GAT-----ATCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTT-GATGT-GTTTTG-TGA-TTACTTCA--T-TGC-----TGAC-TTATA-C-A--GTAA-----TTGTAATA--C-CA-AT--TAAAAGCGG-ACT-TCAA-CATTTCATTAACCAA-----ATAAT--AAACT----TAATC-----TT-------T--GACT-CCATATATCATTATGAACTTGGCCATTAA
gi|10 : T----ACTCCAC---TTCCTCATT----CAGCATAGTAACTAGTATTCCTTTGT---------------------------------TATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCTCTGA-AT-GTTATCCT-A-TCACTTTAT-T-TG------TGGA-TAATA-TAA--AAAA-----TTGTAACT--C-AA-AT--TGA---
gi|11 : cataTATA----AATATA----GATTTTGAAACACTGATACAACT--ATTCACAT----GAAAAAA----AAAGAGCTC--TGTTATTTACATAAGAAGTCC-----AC---AATATTGAAATTTCTG-TCTTTCT---AC--T----------TTTTCCAT-TATTtgttgtaaag
gi|12 : agACTATTTATACTAA--T--C-----AT---GCGA---AAAT---TA-T-TTTCT--GACATT----------C----CAT-TATCAT------------TATCGTCT----AGTCCAC---TTTTACATT----CAGCTTATTCACTGGCATTCCTTTGT-AAGTGA-C---A--CAtac
gi|13 : TCACTGGTATTTCTTTGA-GATTTATT---AATCACAACG-GGT-----GTCACT---------GAA--ATAGAATGATAGCCC-A--GT-GGCTT--T-A-------------TG------TGAA-TTTT-------ATAA-----TTGTATCA--C-CA-AT--
gi|14 : tta---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGAATTCCTTTGT-AA--CA-CTG-A--CACGATA-GTC-----ATTAT----------GAA--ATAAAACTGAAGCTC--ATA--GT-TT--T-A-T---TTTA--
gi|15 : g-AATTTA-T---G--CACAATG-GAT-----ATTATG---------GAA--ACACAATTGCAGCTC-AAGAT-GTCCT--T---TCACTTTAC-T-TG------TGAGTTTTTA-T-A--ATAA-----TTTGAATA--C-CA-GT--atc
gi|16 : TCAATGACAGAAACTATATC-ATAC-----ATTATCAAT-A-C--CAACATGTTGATACATCATT----GATAAA----AA-TTGGAAATAT
gi|17 : ttgggatgTCAATGATAGAAAC-ATACTGATAC-----------------C--A-ATAAGTTGATACAATATT----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAATT--A
gi|18 : gTAAA-----A-AA-----AC-----AAA-C-----TT-------T-----T-CCACATGTCAATGTGAACTTGGCCAT
gi|2 : tttaatatatttagctcaatatgTCATTGACAGAAACAATATTGATAT-----ATTATCGAT-ACC--C-ACAAGTTGATACGATGTT----GATACA----AA-TTTGAAATATTGATGCAAC----------T----G----AA----AAA-----C--TACTATTTATGCT-AAAG--T-----AC---CCTA---AAAA---TA-T-TTTTTCAAAC--TTTCCATTATAT----CAT-TATTATCATCATCATCACCATCATCT----ACTCCAT---TTATGCATT----CAGCATTTTCTCTGGTATTCCTTTAA-AATTAA-C---A--CAAGATG-GTT-----GTCATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCT----TA--------------------A--T-TG------TGGG-TGTTT-T-C--ATAA-----TTATAAAA--C-CA-AT--TAA---C---A---TGTA-ATTTTTTTTAAAAAA-----A-AGT--TGACTTCTTTAATC-----TTGTACATAT--CACT-TGATATATCAATACAAACATTGACATCAAt
gi|3 : taTTGACAGAAACAATATTGATAC-----------------C--C-AAATGTTGATATGAGATG----G----------ATTTTGAAATATTGATACAAAT--ACATGCAT----G----AC----CAAGAACTT--AACTATGTAAACCAGAAG--C-----AC---AATA---AAAT---AA-T-GTTCT--GAC--T----------T----CCTGTATCAC------------AATAATATTTTAAATCCACGTATTCT---TTTTAACAGCATATTCAC-AATGTTCTTTAGT-AATTTA-C---A--CATAATG-GGC-----ATAATG---------AAA--GCCAAATGAGGACTT-GTTAC-ACC------AGTCAAT-----T-TG------TAAG-TT------------------TGGTTACG--C-TA-AT--T-----C---ACT-TCTGTCATTTTAGTAATCAATATATA-TAT--ATAT-----CACTC-----TT-------G--ATAT-CAATATAGCAAAACGAACTTGGCCTTCAAt
gi|4 : tgctgATAGATAAAAACAAAATTTATACTCTTTCTTATATAT-A-C--CCAGAAATTGAAACAATATC----AATACA----AATTTTGAAA-AACGATACAACTTCAGA--CAT----G----AA----AAAGAGTTC--TATTTATGACATTATAAG--C-----AA---TTCA---AAAT---AA-A-TTTTT--GAC--T----------T----T-----TTGC------------AATTGTCT----ACCGCAC---AATTGCATT----CAGAATATTCACT-GTAAT--TTAATCAATTAA-CTTAA--AATTGTG-GTA-----ATCTTT---------GAA--AC-AAATGCC--CT--AATAC-ACC----T-A-TTTCTTTA--T-TGA-----TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGGAGCA--C-CA-AT--T-----C---ACT-TGTA-AATTTTG-TAACAAA-----A-GAT--A---------AATG-----TT-------TACAACT-CCATATATTAATAAGAACTTGGCCt
gi|5 : TTGATACAATATC----AATCCGTATCAATTTTGGAA-ATT--TACA----------CAT----G----AA----AAAGAGATC--AACTATTTACAC-----G--C-----AT---GTTA---AAAT---TAAT-TTTCT--AAT--T----------TTC--CCT-TAAAAT------------TGTCATCT----ATACCAA---TTCTGCATT----CGGCATATTCACCAGCTTCCCTTAGT-AACTGATC---A--CATGACACGAC-----GTCATG---------GAA--GCAAAATGGCAGTTC-AGTAT-GTTGTCAT-A-TCACTTTAATT-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TAGT-ACA--TGCA-ATAATAA---C---ACCATGTA-AA-TTTGTT-ATAAA-----A-AGTTGATGT-----TTATCAATAATTAA-----T--TACT-CAATATAT
gi|6 : gaatcagtatcaaaaattgttgatactcatgttATATCAACTGATACA----CATTT-GGAATAATCATATAAGA--ATGCACAT----C----AGC---AAAGAGCTC--CACTATTAACGC---AAG--TTTATTAT---GCTA---AAAT---TG-T-TTTCT-------T----------T----C---CATTAT------------TCTTGTTT----AATCTAT---TTCTGCATT----CAGCATATCCACTTATATTCCTTCGT-AATTTG-T---A--CAT-AGG-GTCTTGGTATCATA---------GAAACACAAAACAACAG----GATGTCGACTG--T---TTAC-TTA--TATG------TGTG-TTTTA-T-G--ATAG-----TTTTAACATGT-TA-ATG-TAT---T---AAT-TTGA-C-TTCTGT----------------T--ATAT-----TAATG-----GA-------T--CACTACAACATATCAATAtgacat
gi|7 : gatatatAGCATATTCACTAAACTTGCTTTGA-AATGTT-C---A--CACAACA-GGT-----GTTACGCAGGCTTCAGAA--ACAAAATGGCAGCTC-AGC-T-GTCATCCT-A-TCACTGTA--T-TGTTTTAATGGG-TATTATT-AACATAAAACTTTTGTAACA--G-AACAG--TGA---CTTGACT-GTTATCATTTTATTAATAAA-----tcatatatatct
gi|8 : tcaaaactgccatgtgtacctgta---AAGC---AA-T-TTTGT--GGC--T----------A----CAT-TTCTGT------------T-T--TCT----GCTTCAT---GTTTGCATT----AAGTATATACTCTTGTATTCATATTT-AATTTA-T---A--CACAGCA-GGT-----GT---G---------GAT--ATAAAATGGCAGCTC-GGTAT-ATCTTACT-G-GTACTTTT--T-TG------TGTG-TTTTA-T-A--ATAT-----TTGTAACA--C-TA-AT--Ttcaatcaatata
gi|9 : tTCACTGATAAAAATGATATTGGTAC-----ATTAACTATTC-C--C-CCAAGTTAATA-----TT----GATACA----AATTATAAAATATTGATACACCT--AAAT-GCT----T----AACAACAAAAAATTCATTTTTATATACACCAAAAG--A-----ACAAGGTTA---AAAC----------------AC--T----------C----CAC-TTTTAT------------TATAGTC-----ACTC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444 11111 444444444444444444444444444 222222222222222222222 111111 111 3333333333333333333333333333333333333 1111 11111 11111111 111111111 55555555555555555555555555555 111111 222222222 111 66666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 7 0 8888888888888888888888 22 11111 8888 0 2 111111111111111111111111111 22 66 000000000000000000000 777 222222 4 111 55 1111111111111111111111111111111111111 0 7 8888 777 4444 3 0 3 2 22222 44 7 2 3 22222222 1 333333333 44 33333333333333333333333333333 3 777777 0 3 0 777777 99999 55 3 3 88 666666666 0 5 1 333 11 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444 5 1 1
lowQualScore : . . . ...................... .. ..... .... . . ........................... .. .. ..................... ... ...... . ... .. ..................................... . . .... ... .... . . . . ..... .. . . . ........ . ......... .. ............................. . ...... . . . ...... ..... .. . . .. ......... . . . ... .. . . ............................................ . . .
lowQualScore : 6 6 7 0000000000000000000000 55 55555 5555 8 3 777777777777777777777777777 55 99 333333333333333333333 000 333333 0 222 55 0000000000000000000000000000000000000 8 4 5555 000 0000 7 9 1 1 66666 22 1 2 3 88888888 6 333333333 66 11111111111111111111111111111 6 777777 4 6 2 999999 11111 00 6 6 66 111111111 7 7 0 999 99 4 0 55555555555555555555555555555555555555555555 7 0 4
consensus : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-----ATTATCTAT-A-C--C-ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-CAT----G----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--T----------T----CAT-TATTAT------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Reference ( family-3439 ) : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-----ATTATCTAT-A-C--C-ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-CAT----G----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--T----------T----CAT-TATTAT------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
gi|1 : TCATTGATAGAAATGATATTGGTAT-----ATTTACTGT-A-ATAC-ACAAATTGGTAAGATATT----GATACA----AATGCTGAGGTATTGATACAACC--AAAA-CATTAATG----AA----AAAGATTTT--TATTATCTGCACTTAAAG--G-----AT---GTTT---AAAA---GA-T-TTTCC--GAC--T----------T----CAT--ATTTT------------TATGGTGT----ACTCCAC---TTCTGTATTAC--TAGCATATTCACTGTTATTTCATAAT-AATTCC-C---A--CACCATG-GAT-----ATCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTT-GATGT-GTTTTG-TGA-TTACTTCA--T-TGC-----TGAC-TTATA-C-A--GTAA-----TTGTAATA--C-CA-AT--TAAAAGCGG-ACT-TCAA-CATTTCATTAACCAA-----ATAAT--AAACT----TAATC-----TT-------T--GACT-CCATATATCATTATGAACTTGGCCATTAA
gi|10 : T----ACTCCAC---TTCCTCATT----CAGCATAGTAACTAGTATTCCTTTGT---------------------------------TATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCTCTGA-AT-GTTATCCT-A-TCACTTTAT-T-TG------TGGA-TAATA-TAA--AAAA-----TTGTAACT--C-AA-AT--TGA---
gi|11 : cataTATA----AATATA----GATTTTGAAACACTGATACAACT--ATTCACAT----GAAAAAA----AAAGAGCTC--TGTTATTTACATAAGAAGTCC-----AC---AATATTGAAATTTCTG-TCTTTCT---AC--T----------TTTTCCAT-TATTtgttgtaaag
gi|12 : agACTATTTATACTAA--T--C-----AT---GCGA---AAAT---TA-T-TTTCT--GACATT----------C----CAT-TATCAT------------TATCGTCT----AGTCCAC---TTTTACATT----CAGCTTATTCACTGGCATTCCTTTGT-AAGTGA-C---A--CAtac
gi|13 : TCACTGGTATTTCTTTGA-GATTTATT---AATCACAACG-GGT-----GTCACT---------GAA--ATAGAATGATAGCCC-A--GT-GGCTT--T-A-------------TG------TGAA-TTTT-------ATAA-----TTGTATCA--C-CA-AT--
gi|14 : tta---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGAATTCCTTTGT-AA--CA-CTG-A--CACGATA-GTC-----ATTAT----------GAA--ATAAAACTGAAGCTC--ATA--GT-TT--T-A-T---TTTA--
gi|15 : g-AATTTA-T---G--CACAATG-GAT-----ATTATG---------GAA--ACACAATTGCAGCTC-AAGAT-GTCCT--T---TCACTTTAC-T-TG------TGAGTTTTTA-T-A--ATAA-----TTTGAATA--C-CA-GT--atc
gi|16 : TCAATGACAGAAACTATATC-ATAC-----ATTATCAAT-A-C--CAACATGTTGATACATCATT----GATAAA----AA-TTGGAAATAT
gi|17 : ttgggatgTCAATGATAGAAAC-ATACTGATAC-----------------C--A-ATAAGTTGATACAATATT----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAATT--A
gi|18 : gTAAA-----A-AA-----AC-----AAA-C-----TT-------T-----T-CCACATGTCAATGTGAACTTGGCCAT
gi|2 : tttaatatatttagctcaatatgTCATTGACAGAAACAATATTGATAT-----ATTATCGAT-ACC--C-ACAAGTTGATACGATGTT----GATACA----AA-TTTGAAATATTGATGCAAC----------T----G----AA----AAA-----C--TACTATTTATGCT-AAAG--T-----AC---CCTA---AAAA---TA-T-TTTTTCAAAC--TTTCCATTATAT----CAT-TATTATCATCATCATCACCATCATCT----ACTCCAT---TTATGCATT----CAGCATTTTCTCTGGTATTCCTTTAA-AATTAA-C---A--CAAGATG-GTT-----GTCATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCT----TA--------------------A--T-TG------TGGG-TGTTT-T-C--ATAA-----TTATAAAA--C-CA-AT--TAA---C---A---TGTA-ATTTTTTTTAAAAAA-----A-AGT--TGACTTCTTTAATC-----TTGTACATAT--CACT-TGATATATCAATACAAACATTGACATCAAt
gi|3 : taTTGACAGAAACAATATTGATAC-----------------C--C-AAATGTTGATATGAGATG----G----------ATTTTGAAATATTGATACAAAT--ACATGCAT----G----AC----CAAGAACTT--AACTATGTAAACCAGAAG--C-----AC---AATA---AAAT---AA-T-GTTCT--GAC--T----------T----CCTGTATCAC------------AATAATATTTTAAATCCACGTATTCT---TTTTAACAGCATATTCAC-AATGTTCTTTAGT-AATTTA-C---A--CATAATG-GGC-----ATAATG---------AAA--GCCAAATGAGGACTT-GTTAC-ACC------AGTCAAT-----T-TG------TAAG-TT------------------TGGTTACG--C-TA-AT--T-----C---ACT-TCTGTCATTTTAGTAATCAATATATA-TAT--ATAT-----CACTC-----TT-------G--ATAT-CAATATAGCAAAACGAACTTGGCCTTCAAt
gi|4 : tgctgATAGATAAAAACAAAATTTATACTCTTTCTTATATAT-A-C--CCAGAAATTGAAACAATATC----AATACA----AATTTTGAAA-AACGATACAACTTCAGA--CAT----G----AA----AAAGAGTTC--TATTTATGACATTATAAG--C-----AA---TTCA---AAAT---AA-A-TTTTT--GAC--T----------T----T-----TTGC------------AATTGTCT----ACCGCAC---AATTGCATT----CAGAATATTCACT-GTAAT--TTAATCAATTAA-CTTAA--AATTGTG-GTA-----ATCTTT---------GAA--AC-AAATGCC--CT--AATAC-ACC----T-A-TTTCTTTA--T-TGA-----TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGGAGCA--C-CA-AT--T-----C---ACT-TGTA-AATTTTG-TAACAAA-----A-GAT--A---------AATG-----TT-------TACAACT-CCATATATTAATAAGAACTTGGCCt
gi|5 : TTGATACAATATC----AATCCGTATCAATTTTGGAA-ATT--TACA----------CAT----G----AA----AAAGAGATC--AACTATTTACAC-----G--C-----AT---GTTA---AAAT---TAAT-TTTCT--AAT--T----------TTC--CCT-TAAAAT------------TGTCATCT----ATACCAA---TTCTGCATT----CGGCATATTCACCAGCTTCCCTTAGT-AACTGATC---A--CATGACACGAC-----GTCATG---------GAA--GCAAAATGGCAGTTC-AGTAT-GTTGTCAT-A-TCACTTTAATT-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TAGT-ACA--TGCA-ATAATAA---C---ACCATGTA-AA-TTTGTT-ATAAA-----A-AGTTGATGT-----TTATCAATAATTAA-----T--TACT-CAATATAT
gi|6 : gaatcagtatcaaaaattgttgatactcatgttATATCAACTGATACA----CATTT-GGAATAATCATATAAGA--ATGCACAT----C----AGC---AAAGAGCTC--CACTATTAACGC---AAG--TTTATTAT---GCTA---AAAT---TG-T-TTTCT-------T----------T----C---CATTAT------------TCTTGTTT----AATCTAT---TTCTGCATT----CAGCATATCCACTTATATTCCTTCGT-AATTTG-T---A--CAT-AGG-GTCTTGGTATCATA---------GAAACACAAAACAACAG----GATGTCGACTG--T---TTAC-TTA--TATG------TGTG-TTTTA-T-G--ATAG-----TTTTAACATGT-TA-ATG-TAT---T---AAT-TTGA-C-TTCTGT----------------T--ATAT-----TAATG-----GA-------T--CACTACAACATATCAATAtgacat
gi|7 : gatatatAGCATATTCACTAAACTTGCTTTGA-AATGTT-C---A--CACAACA-GGT-----GTTACGCAGGCTTCAGAA--ACAAAATGGCAGCTC-AGC-T-GTCATCCT-A-TCACTGTA--T-TGTTTTAATGGG-TATTATT-AACATAAAACTTTTGTAACA--G-AACAG--TGA---CTTGACT-GTTATCATTTTATTAATAAA-----tcatatatatct
gi|8 : tcaaaactgccatgtgtacctgta---AAGC---AA-T-TTTGT--GGC--T----------A----CAT-TTCTGT------------T-T--TCT----GCTTCAT---GTTTGCATT----AAGTATATACTCTTGTATTCATATTT-AATTTA-T---A--CACAGCA-GGT-----GT---G---------GAT--ATAAAATGGCAGCTC-GGTAT-ATCTTACT-G-GTACTTTT--T-TG------TGTG-TTTTA-T-A--ATAT-----TTGTAACA--C-TA-AT--Ttcaatcaatata
gi|9 : tTCACTGATAAAAATGATATTGGTAC-----ATTAACTATTC-C--C-CCAAGTTAATA-----TT----GATACA----AATTATAAAATATTGATACACCT--AAAT-GCT----T----AACAACAAAAAATTCATTTTTATATACACCAAAAG--A-----ACAAGGTTA---AAAC----------------AC--T----------C----CAC-TTTTAT------------TATAGTC-----ACTC
blockSeqs : T TCTTTCTTATATATACCC CA CAACT TATC C CTATTCACATGAAAAAA GC AT CAAAAGAACAAGGT TTG TTCTG C CAA AT TTCCATTATATCATTATTATCATCATCATCAC C TTTA GTA TTAA A C G CTTA AT A C C TCTTGGTA T CAGGCTTCA AC CAGTATGTTGTCATATCACTTTAAT A TTTTAA T TTAAC AACTT TG G C AA GACTTG A G TCA TT A T AAGTTGACTTCTTTAATCTTGTACATATC A C T
blockSeqs : A ATTATCAATACCA CA A . T CTAAATGCTTAACAAC AC . AAGAAGTCCACAA . TAA . G . TTCCCTTAAAAT C . . . G . T CTG . G T . GTG C . . CTGAATGTTATCCTATCACTTTAT . A . TAA . . . . G AAC . C TCA AG A A AAGTTGATGTTTATCAATAATTAATT . G C
blockSeqs : A ATTATCGATACCC CG T . T GAATGCACATCAGC GT . AAGTTTATTATGC . TA . G . TCCTGTATCAC A . . . G . C TT . A T . TCA T . . CGGTATATCTTACTGGTACTTTT . . . TA . . . . . AAC . G AT GT A T TATATATATATATCACTCTTGA . A C
blockSeqs : A ATTAACTATTCCC TG T . T ATACATGCATGAC GA . CAGAAGCACAA . TA . G . CCATTATCAT T . . . G . T TC . G T . ATA T . . CAGCTGTCATCCTATCACTGTA . . . TC . . . . . ATT . G AA GT A C AGATAAATGTTTACA . C A
blockSeqs : G CA CA T . T CTTCAGACATGAA GC . TATAAGCAATT . AA . A . ACATTTCTGT C . . . G . A C . A T . TTG C . . CAAGATGTCCTTTCACTTTAC . . . TA . . . . . C . T AA AT . T TATATTAATGGATC . A
blockSeqs : . CC CA G . T CATGAA AT . TAAAGTACCC . AA . G . CCACTTTTAT T . . . A . T T . T T . GCA A . . GATGTCGACTGTTTACTTA . . . TA . . . . . C . T C G . T AAAACAAACTTT . A
blockSeqs : . C . T CTGAA . . TAATCATGC . TG . . . TCCATTAT A . . . A . A C . G C . TAA C . . AATACACCTATTTCTTTA . . . TG . . . . . .
blockSeqs : C . . GCATGT . AA . . . TTTTGC . . . . T . G C . A G . ACG C . . TGTTACACCAGTCAAT . . . TA . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . A . T T . A C . GTG C . . CATAGTTTTATTTTA . . . . . . . . .
blockSeqs : T . T C . . C . GTG T . . CAGTGGCTTTA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T T . . . . . . . . TAA
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ATTATCTATACCC********* TCAGCACGAA***************** NAAAGCACGN*********** TCCATTATCGC************************** **** CANATGTCGTCCTATCACTTTA******* ****** AAC****** AATTATTTATCAATCATTGATC**********************
originalCons : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-----ATTATCTAT-A-C--C-ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAACT--ANAC-CAT----G----AA----AAAGAGCTC--TACTATTTACACTAAAAG--C-----AC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--T----------T----CAT-TATTAT------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-GATAT-GTCTT--T-A-TCACTTTA--T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAA-----A-AAT--ATAC-----TAATC-----TT-------T--NACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
finalCons : TCATTGACAGAAACGATATTGATACATTATCTATACCC---------ACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAAATATTGATACAATCAGCACGAA-----------------AAAGAGCTC--TACTATTTACACNAAAGCACGN-----------TA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC--TTCCATTATCGC--------------------------TATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTCANATGTCGTCCTATCACTTTA-------T-TG------TGGG-TTTTA-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAAC------ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAAAATTATTTATCAATCATTGATC----------------------ACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 11111 11111 66666666666666666666666666666666 222222222222 111111 11111111 4444444444444444444444444 1111 11111 11111111 111111111 444444444444444444444 11 111111 11111111 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 0 7 222 3333333333333 5 0 0 11111 8888 0 00000 2 55 4 77777777777777777777777777777777 22 66 4 000000000000 77777 777 000000 4 55555555 4 1 0000000000000000000000000 2 9999 0 777 4444 3 0 3 2 22222 44 7 2 3 22222222 1 333333333 44 333333333333333333333 0 22 3 777777 0 0 11111111 99999 55 3 3 88 666666666 0 5 1 333 11 555555555555555555555555555555555555555 5 1 1
lowQualScore : . . ... ............. . . . ..... .... . ..... . .. . ................................ .. .. . ............ ..... ... ...... . ........ . . ......................... . .... . ... .... . . . . ..... .. . . . ........ . ......... .. ..................... . .. . ...... . . ........ ..... .. . . .. ......... . . . ... .. ....................................... . . .
lowQualScore : 6 4 444 1111111111111 0 2 8 55555 5555 8 00000 3 55 4 55555555555555555555555555555555 55 99 4 777777777777 99999 000 999999 0 22222222 0 6 5555555555555555555555555 2 4444 1 000 0000 7 9 1 1 66666 22 1 2 3 88888888 6 333333333 66 222222222222222222222 4 33 6 777777 4 2 55555555 11111 00 6 6 66 111111111 7 7 0 999 99 555555555555555555555555555555555555555 7 0 4
consensus : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-----ATTATCNATACC-CACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAA-----ATAT--TGATAC-A-A----T-CA---G-C---AC------G----AAAAAGAGCTC--TACTATTTACA-CN-A-A---AG--CAC---GCTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC---TT-CCATT--------------------ATCGCTATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-A-G-ATGTCGTCCT---A-TCACTTTA--T-TG------TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAAAA-T---TA--TTTA--TCAATC-TTG-----ATCACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
Reference ( family-3439 ) : TCATTGACAGAAACGATATTGATAC-----ATTATCTATACC-CACAAGTTGATACGATATC----GATACA----AATTTTGAA-----ATAT--TGATAC-A-A----T-CA---G-C---AC------G----AAAAAGAGCTC--TACTATTTACA-CN-A-A---AG--CAC---GNTA---AAAT---NA-T-TTTCT--GAC---TT-CCATT--------------------ATCGCTATCGTCT----ACTCCAC---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGTATTCCTTTGT-AATTNA-C---A--CACGACG-GNC-----GTCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTC-A-N-ATGTCGTCCT---A-TCACTTTA--T-TG------TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TTGTAACA--C-CA-AT--TAA---C---ACT-TNTA-CATTTTGTTAATAAAAA-T---TA--TTTA--TCAATCATTG-----ATCACT-CNATATATCAATACGAACTTGGCCATCAA
gi|1 : TCATTGATAGAAATGATATTGGTAT-----ATTTACTGTAATACACAAATTGGTAAGATATT----GATACA----AATGCTGAG-----GTAT--TGATAC-A-A----C-CA---A-A---ACATTAATG----AAAAAGATTTT--TATTATCTGCA-CTTA-A---AG--GAT---GTTT---AAAA---GA-T-TTTCC--GAC---TT-C-AT---------------------ATTTTTATGGTGT----ACTCCAC---TTCTGTATTAC--TAGCATATTCACTGTTATTTCATAAT-AATTCC-C---A--CACCATG-GAT-----ATCATG---------GAA--ACAAAATGGCAGCTT---G-ATGT-GTTTTGTGA-TTACTTCA--T-TGC-----TGACTTAT-A-C-A--GTAA-----TTGTAATA--C-CA-AT--TAAAAGCGG-ACT-TCAA-CATTTCATTAACCAAA------TA--ATAAACTTAATCTTTG--------ACT-CCATATATCATTATGAACTTGGCCATTAA
gi|10 : T----ACTCCAC---TTCCTCATT----CAGCATAGTAACTAGTATTCCTTTGT---------------------------------TATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCTCTG-A-ATGTTATCCT---A-TCACTTTAT-T-TG------TGGATAAT-A-TAA--AAAA-----TTGTAACT--C-AA-AT--TGA---
gi|11 : cataTATA----AATATA----GATTTTGAA-----ACAC--TGATAC-A-ACTATT-CA-----C---AT------GAAAAAAAAAGAGCTC--TGTTATTTACA-TA-AGA---AGTCCAC---AATATTGAAATTTCTG-TCTTTCT---ACTTTTT-CCATT--------------------ATtgttgtaaag
gi|12 : agACTATTTATA-CT-A-A----T--CAT---GCGA---AAAT---TA-T-TTTCT--GACA--TT-CCATT--------------------ATCATTATCGTCT----AGTCCAC---TTTTACATT----CAGCTTATTCACTGGCATTCCTTTGT-AAGTGA-C---A--CAttac
gi|13 : TCACTGGTATTTCTTTGA-GATTTATT---AATCACAACG-GGT-----GTCACT---------GAA--ATAGAATGATAGCCC-A-----GTGG------------CTTTA----TG------TGAATTTT--------ATAA-----TTGTATCA--C-CA-AT--
gi|14 : tta---TTCTGCATT----CAGCATATTCACTGGAATTCCTTTGT-AA--CA-CTG-A--CACGATA-GTC-----ATTAT----------GAA--ATAAAACTGAAGCTC-A-T-A
gi|15 : g-AATTTA-T---G--CACAATG-GAT-----ATTATG---------GAA--ACACAATTGCAGCTC-A-AGATGTC---CT---T-TCACTTTAC-T-TG------TGAGTTTTTA-T-A--ATAA-----TTTGAATA--C-CA-GT--gttttattttaatc
gi|16 : TCAATGACAGAAACTATATC-ATAC-----ATTATCAATACC-AACATGTTGATACATCATT----GATAAA----AA-TTGGAA-----ATAT--
gi|17 : ttgggatgTCAATGATAGAAAC-ATACTGATAC----------------C-AATAAGTTGATACAATATT----GATACA----AATTTTGAA-----ATAT--TGATAC-A-A----T-TA---
gi|18 : gT-CCACATGTCAATGTGAACTTGGCCAT
gi|2 : tttaatatatttagctcaatatgtaaaaaaacaaactttTCATTGACAGAAACAATATTGATAT-----ATTATCGATACC-CACAAGTTGATACGATGTT----GATACA----AA-TTTGAA-----ATAT--TGATGC-A-A----C-------------T------G----AAAAA-----C--TACTATTTATG-CT-A-A---AG--TAC---CCTA---AAAA---TA-T-TTTTTCAAACT--TT-CCATTATATCATTATTATCATCATCATCACCATCATCT----ACTCCAT---TTATGCATT----CAGCATTTTCTCTGGTATTCCTTTAA-AATTAA-C---A--CAAGATG-GTT-----GTCATG---------GAA--ACAAAGTGACAGCTT-A-------------------------A--T-TG------TGGGTGTT-T-T-C--ATAA-----TTATAAAA--C-CA-AT--TAA---C---A---TGTA-ATTTTTTTTAAAAAAAAGT---TGACTTCT--TTAATC-TTGTACATATCACT-TGATATATCAATACAAACATTGACATCAAt
gi|3 : taTTGACAGAAACAATATTG----------------ATACC-CAAATGTTGATATGAGATG----G----------ATTTTGAA-----ATAT--TGATACAA-A----TACAT--G-C---AT------G----ACCAAGAACTT--AACTATGTAAA-CC-AGA---AG--CAC---AATA---AAAT---AA-T-GTTCT--GAC---TT-CCTGT--------------------ATCACAATAATATTTTAAATCCACGTATTCT---TTTTAACAGCATATTCAC-AATGTTCTTTAGT-AATTTA-C---A--CATAATG-GGC-----ATAATG---------AAA--GCCAAATGAGGACT-------TGTTACACC---AGTCAAT-----T-TG------TAAGTT-------------------TGGTTACG--C-TA-AT--T-----C---ACT-TCTGTCATTTTAGTAATCAATA-TATATA--TATA--TCACTC-TTG-----AT-A-T-CAATATAGCAAAACGAACTTGGCCTTCAAt
gi|4 : tgctgATAGATAAAAACAAAATTTATACTCTTTCTTATATATACC-CAGAAATTGAAACAATATC----AATACA----AATTTTGAA-----A-AA--CGATAC-A-ACT--T-CA---GAC---AT------G----AAAAAGAGTTC--TATTTATGACA-TT-ATA---AG--CAA---TTCA---AAAT---AA-A-TTTTT--GAC---TT-T-------------------------TTGCAATTGTCT----ACCGCAC---AATTGCATT----CAGAATATTCACT-GTAAT--TTAATCAATTAA-CTTAA--AATTGTG-GTA-----ATCTTT---------GAA--AC-AAATGCC--CTA-A-T-ACA----CCT---A-TTTCTTTA--T-TGA-----TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TTGGAGCA--C-CA-AT--T-----C---ACT-TGTA-AATTTTG-TAACAAAAG------------A--TAAAT-GTTT-----ACAACT-CCATATATTAATAAGAACTTGGCCt
gi|5 : GAATCAGTATCAA-AA-----ATTGTTGATACT-CATGTTTTGATACAATATC----AATCCGTATCAATTTTGGA-----A-AT--T--TAC-A---------------C---AT------G----AAAAAGAGATC--AACTATTTACA-C---------G--CAT---GTTA---AAAT---TAAT-TTTCT--AAT---TTTCCCTT--------------------AAAATTGTCATCT----ATACCAA---TTCTGCATT----CGGCATATTCACCAGCTTCCCTTAGT-AACTGATC---A--CATGACACGAC-----GTCATG---------GAA--GCAAAATGGCAGTTC-AGT-ATGTTGTCAT---A-TCACTTTAATT-TG------TGGGTTTT-A-T-A--ATAA-----TAGT-ACA--TGCA-ATAATAA---C---ACCATGTA-AA-TTTGTT-ATAAAAAGTTGATG--TTTA--TCAATAATTA-----ATTACT-CAATATAT
gi|6 : ATATCAACTGATACA----CATTTGGAATAATCATATAAGAATGC-ACA----T-CA---G-C---A---------------AAGAGCTC--CACTATTAACG-CA-A-GTTTAT--TAT---GCTA---AAAT---TG-T-TTTCT--------TT-CCATT--------------------AT---TCTTGTTT----AATCTAT---TTCTGCATT----CAGCATATCCACTTATATTCCTTCGT-AATTTG-T---A--CAT-AGG-GTCTTGGTATCATA---------GAAACACAAAACAACAG------G-ATGTCGACTG---T-TTAC-TTA--TATG------TGTGTTTT-A-T-G--ATAG-----TTTTAACATGT-TA-ATG-TAT---T---AAT-TTGA-C-TTCTGTTA------------------TA--TTA---ATGG-----ATCACTACAACATATCAATAtgacat
gi|7 : gatatatAGCATATTCACTAAACTTGCTTTGA-AATGTT-C---A--CACAACA-GGT-----GTTACGCAGGCTTCAGAA--ACAAAATGGCAGCTC-A-G-CTGTCATCCT---A-TCACTGTA--T-TGTTTTAATGGGTATT-ATT-AACATAAAACTTTTGTAACA--G-AACAG--TGA---CTTGACT-GTTATCATTTTATTAAT--AAA-T---CA-----A--TCAATtcatatatatct
gi|8 : tcaaaactgccatgtgtacctgta---AAGC---AA-T-TTTGT--GGC---T--ACATT---------------------TC--TGTTTTCT----GCTTCAT---GTTTGCATT----AAGTATATACTCTTGTATTCATATTT-AATTTA-T---A--CACAGCA-GGT-----GT---G---------GAT--ATAAAATGGCAGCTC-G-GTATATCTTACT---G-GTACTTTT--T-TG------TGTGTTTT-A-T-A--ATAT-----TTGTAACA--C-TA-AT--Tata
gi|9 : tTCACTGATAAAAATGATATTGGTAC-----ATTAACTATTCC-CCCAAGTT-----AATATT----GATACA----AATTATAAA-----ATAT--TGATAC-A-C----C-TAAATG-CTTAAC------A----ACAAAAAATTCATTTTTATATACACCA-A-A---AG--AACAAGGTTA---AAAC---A----CTCC----AC---TT-TTATT--------------------AT