lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 11 77777777777777777777777 333333333333333333333333333333 77777777777777777777 1 3333 222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 111111 11111 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11
lowQualScore : 6 6 88888 33 66666666666666666666666 5 555555555555555555555555555555 4 55 6 55 4 77 66 99999999999999999999 66 4 9 1111 0 111111 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 11 4444 7777 3 44 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 77 4 99 3 222222 11111 1 4 6 4 5 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88
lowQualScore : . . ..... .. ....................... . .............................. . .. . .. . .. .. .................... .. . . .... . ...... . ..................................................... . .. .... .... . .. . ............................................................... . .. . .. . ...... ..... . . . . . . ...................................................................................... ..
lowQualScore : 0 0 55555 00 11111111111111111111111 7 666666666666666666666666666666 0 55 5 55 0 99 11 22222222222222222222 11 4 6 6666 9 222222 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 88 6666 5555 8 66 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 44 2 88 7 888888 11111 9 4 8 3 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00
consensus : ATAATGTCTT--TA-TTTN-AGAAG--AT-----------AT--TA--TATACA-AA-A-------T--------ACAA-C-A-T--TA-T-CTACCACAAGGCCTTC--T-TTAAAA-TATA--TAT-TACA----TA---------TT--AA-ACATATTTAACA-T-ATCAGCAAC-----AATAATATACTTCAAATATAC-TAC--ATAG-A--AACAT--ATATAG---AAAAA--------CA-----GATGTAAAGCAGTTAC--CTAAA-C-ATTTTCCAATA--AAT-ATGTCTTA-TA-TA----TGCGT---AATGTTTA-AA--CATG--AAGAGA--CTGAA---A--GCCGAATAT-GAATA-GGAATTGAAT------TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAAT-----------ATA-TTCTCTGTT-----TNTGG-TGA-TTTNAAT-T----A--------TATCTTTTC-----GTTTT--G-GATGATTTTAAAA
Reference ( gi|3 ) : ACAACGTCTT--T--TTTT-AGAAG--A------------AT--T---TATACA-AA-A-------T--------ACAA-C-AAT--TA-T-TTACCATAAGGCCTTC--T-TTAAAA-CATA--TAT-TGC-----TA---G-----TT--AA-ACTTATTTAACATTGATCAGCAAC-----CACAGTATACTTCAAATACACCTAC--ATAGGACCAACAT--ATATAG---AAAGA--------CA-----GATGCAAAGCAGTTAT--GTAAA-C-GTTTTCTAATA--AAT-ATGCCTTA-TA-TAAATCTACAT---AATGTTTA-AGGCCATG--AAGAGA--CTGAT---A--GTCGAATAT-TAACA-AGAAATGAAT------TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTA-------------CT--TTCTATGTT-----TGTAGATGACCTTTAAT-T----A--------TAACTTTTCAA---GTTTT--GTGATATTTTTAAAAGATTACCACTGTA
gi|9 : ATAATGTCTTCAT--TTTG-AGAAG--ATAACTCATTAATAT--TATATATACA-AT-A-------T--------ACGA--------TG-C-TTA---TAAGGCCTTC--T-TTAAAA-TACA--TAT-AACA----TA----------T--AACACAAATCTAAAATTAATCAGCTAC-----AATATTATTCTTCAAATATACATACATATAGAA--AA-------ATAG---CAA-A--------CA-----GGTGTAAAGAAATTAC--CTAAA-C-ATTTGCCACTA--AAT-ATG----A-CA-------TGCGT----ATGTTTA-AATGCATA--AAGAGA--C
gi|1 : taataataacaATGTATT--TAATTTG-AGAAGGCA------------AC--T---TGTACA-AT-A-------T--------ACAC-T-ATT--TA-T-CTACAAAGAGGCCTT---T-TTAAAA-AATA--TAT-TAT-----TACATA-----TT--AA-AA-TATGTAACAa
gi|5 : aataattagtTCTT--TA-TTTTGAGAAGGTA------------ATGTTAAATATACA-AA-AAAACATGT--------AAAAGC-AATGCTAAT-TTACCAGAAAGTCTTC--T-TTAAAA-TATA--TCT-GACA----TA---------CC--AA-ACAAACGTAACAAT-ATCAAAAAC-----AATAACATCATTCAAATATATCTAC--ATA-----AAT-----TATAG---AAA----------------------AAACCTGCTAT--CTAAC-A-GTTACCTCACA--CGC-GTGTCTTATTA-TAAGGTTA------AATGCATA-A---CGAG--AGGCGA--CTGAA---A--GCCGGATAT-GAATG-GTTATTGAAT------TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTccagaaatgactaccaaactcaaaaatgcattcttatagaaacatcgaatgatgttctaatcagtaagtattatgataatatggagagctgaaagccgaatgcattctatgccagtgtagctgaatgttaaatatcgcatctttgtttttggtttgggatgaaaatatgtctgtttttatatgatatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|15 : TT--T--TATT-GTGAG--AT-----------AT--TA--TATACACAATA-------T--------ATAA-T-AAT--TA-T-CTACCACAAGGTCTTC--AACTATAGTCATG--TAT-TACA----TA---------TT--AA-ACATATTTAAAATTtatatattcattc
gi|2 : aataatgatggAAG--A------------TT--A---TATATA-AA-A-------T--------AC-------C--TA-T-CTATCACAAGGACTTC--T-TTGAAA-TATAAGTAT-TAC------A---C-----TTTAAA-ACATATTTAAC----ACCGGCAAC-----AACAGCATAC----------------------------AT--ATA------AAAG---------TA-----GATGTGAAATGATAGC--CTAAA-CTGTTTTC-AATA--AAT-ATGtaaaaactaacatgcatacagaaaagtcagattaaagtagtatcttttttc
gi|12 : aattatgtctttattatgagaatgtgacacattAAG--A----------------T---TATACA-TA---------T--------ACAA-TTACT--TA-T-TTACCACATGGTATAC--T-TTAAAA-TATA--TAT-AACA----TA---------TC--AA-CCATATTCAACAAC-ATCAGTTGC-----AATAAAATAATTCAAATATA--TAC--AT-GTAC--AT-T--GTGTAG---AAAAAG-------CC-----GATGTCGATTTGATAC--CTAAA-C-ATTTTCTAATACCAAT-Aaaatatgaaagccgattatgaatacatattgtattccatgtctgcatgacagaatagctgaatggttattaaatgtttttatttttgtttaaattgacaatatctttgttttaaatgatcttaaaattgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : gataataataatgatatcaatacattttgagaagatctcccattAAG--ATT----------AT--T---GATATA-AA-A-------TGTGAAGTAAAAA-C-AAT---A-T-CTACCACAAGGCCTTT--T-TTAAAaata
gi|6 : ttatattgtttttattttaaggtggtaactcatt-A-------T--------ACAA-T-ATT--CG-T-CTACCACAAAACCTTCAGT-TTAATA-TA-A--TGT-TGCACGTATAAATG-----TT--AA-ATATATTTAAC----ATCAGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATAC---------GAACGTACAC--ATAGAA---AAAGA--------C---------GTAAAGGAGATAC--CTGAA-C-AGTTTCCAATA--GATAATGTCGT--------------AC---AATGTGTA-AAG--------AGAGG--CTGGA---A--GCCGAATAT-GAATA-GGAATTGAAG------TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTT
gi|7 : aatgataataatggctttataatgaaaagtttactcatttagattttaattatAA-C-A----TA-TACTACTACAAGGTCTTC--T-TTAAAT-TTTA--TAA-CACA----TA---------TT--AA-ATATATATAA----AACCAACAGC-----AACATTATACTTTAAATGTACTAGC--ATAA-ATTA-CA---GTAT-G---AAAAA--------CA-----GATGTAAAGCAGTTAA--CTAAA-C-ATTTTTCAATA--AAT-ATGTCTTT-TACTA---TTGCAT---A-----------CC-----AAGAGC--CAGAC---A--GTCAAATAT-AGATA-GGAATTGGAT------TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|16 : aacactgtctatattttaagatggtaactcattaaggttatgta--TA-T-CTATCACAAGCCCTTC--T-TTGAAA-CATA--CATGTACAT---TA---AGACATTT--AA-ACATATTTAACAC--A--AGCGAC-----AACAATATACT---AACATAC--AT--ATAGTAAAGGCAG--ATATA
gi|18 : ataccTTAACATTGATCAGTAAC-----CATTATTTACTTTAAATGTACTAAC--ATA-----AA-------ATAG---AAATAG-------CATTTATTATGTAAAGCAGTTAC---TAAATC-ATTTCCCAATA--ACT-ATAC--GA-TA-T-------TAT---TATGTTTATATG-CATAATAAGAGA--CTagccgataatcacaatatggttttataacataatgtaatattaaa
gi|4 : aCTTCAAACAAACTTAT--ACATG-----CAT--ATAGAA---AAAAAACAGCAAACA-----GATGTAAA----TTAC--CTAAG-A-ATTTTCCAATA--AAT-ATGTATTA-TA------CT---------TGTTTA-AATGCAT----AGAGA--ATAAA---A--ACCGAATAT-GAATA-GGAATTGAAT------TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATACTCTGTTCTT--TTCTTTATTCTCTCTGTAGATGATTTTAAAT-T----A--------TACCTTTTtgaaac
gi|10 : ACTAACATGCATATAG---AAAAA--------AAC----GATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAGC-ATTTTCCAATA--AAT-ATGTCTTG-C------TCTA------AA-GTTTT-A----ATG----------CTG----------C--ATAT-AAATG-GGAATTAAAT------TTC-----CTG--TGCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTA-------------gttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|8 : aaatatACAT--ACAT-GCTTAAAAA--------CA-----GGTGTAAAGAAATCAT--CTAAA-C-ATTTTCCAATA--AA--------TA-TA-TAAA--TGCAT---AAAG---A-GAGCC-TG--AAAACA--C--------------AATAT-TAACA-GGAACTAAAT------TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGA-------------ATAATTTTCTGTT-----TTT-------TTTTGGT-T----AAAGATGGGTAATTTCTC-T---GTTTG--GAGATGATTTTAAAaaatactctgggtttgattgaggatgagtgatatctccgtttttggatgatcgtaagttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|14 : ttgT--ATATAG---AAAAAG-------CA-----GATGTCAGGCATTTAA--CTCAA-C-ATTTTCTAACA--AAT-ACATTTTA-GA-T---TTTAT-T---TATGTATA-GATGCATA--AAGAAAGTCTGATCTGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTtcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
gi|11 : atgAGGCAGTAAA--CTAAA-T-GTTTCCTAACA--AAT-ATATTTTAATA-CAAAT-TATGTTGAAATGCTTA-----CA----GAGTGG--CCAAA---A--ACTGAATAT-GACTA-GGATCTGAAC-------CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA-------------ATA-TTCTCTGTT-----TTTGGTTGA----TAATAT----A--------TTTGTTTTTAAATGGTCATAAGTGATAATTTTgat
gi|2 : cTGAA---A--GCCGATTAT-GAATA-CATATTGTAT------TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTATTAAAT-----------GT--TTTTATTTT-----TGT--------TTAAAT-TGACAA--------TATCTTT-------GTTTT--A-AATGATCTTAAAAgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|17 ): ACTGAATGACTGTTTAATACACTCTGTGCTTAATTTTAGGTGGGTTATATCTGAATCTTGTTTTTGAATGATCTTGAATTATACATTCTGTTACTAAAAAAAATAAATAAAAAACTTAAATAAGTAAGCGTCAAATTCTTAACATCCTT
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|21 ): GTATTTATTTTGAGAAGGTATCCCATTAAGATTATATATACAATATACACTGCTTAACTACAAAACCTTCTTTCAAAGAAATGTATCACATAAAA
Unaligned ( gi|23 ): AGTAATAATAATAATGTCTTTATTTTGGGAAGATATCCCATTAATATTATACATGTATATA
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111 333333333 111111111 55555555555555555555555555 2222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 4 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 3 44 3 44 55 3 55 3 44 8888888888888888 4 222222222 0 444444444 1 0 3 00000000000000000000000000 0 0 555 2 3333333333333333 222 3 555 33 33 33 2 66666666666666666666666666666666666666666666 8888888888 3 1 666 55 666 99999 2 3 0 0 9999 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0
lowQualScore : . . ........................................................................................................ . . . .. . .. .. . .. . .. ................ . ......... . ......... . . . .......................... . . ... . ................ ... . ... .. .. .. . ............................................ .......... . . ... .. ... ..... . . . . .... . .......................................................... .
lowQualScore : 0 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 3 66 3 66 00 6 00 6 33 0000000000000000 0 000000000 4 111111111 2 9 1 55555555555555555555555555 5 7 000 9 7777777777777777 111 5 000 00 99 99 9 44444444444444444444444444444444444444444444 8888888888 1 2 444 00 444 11111 0 6 9 8 4444 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0
consensus : ATAATGTCTTTA-TT-TT-AG--------------AA---GAT--------A------------T-----------TA----TATACA-AA-A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCT-ACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-AT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTAT-A---TA----TG--T----ATGTNTAAA--CATGAAGAG--A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-T----GA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
Reference ( family-3369 ) : ATAATGTCTTTA-TT-TN-AG--------------AA---GAT--------A------------T-----------TA----TATACA-AA-A-------T--------A----CAAC-A-TT-A-TCT-ACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-AT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTAT-A---TA----TGCGT--A-ATGTTTAAA--CATGAAGAG--A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTCTGTTT--NT-GG-T----GA-TTTNA-----ATT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATTTTAAAA
gi|1 : ATGTATTTAATT-TG-AG--------------AA---GGC--------A------------A-----------CT----TGTACA-AT-A-------T--------A----CACT-A-TTTA-TCT-ACAAAGAGGCCTT---T-TT--AAAAAAT-ATA--TTAT-TACA--------TA------TTAAA--ATATGTAAC-A-C----CAGAAATGAC----TACCAAACT-CAAAAATG-CATT-CTTATAG-AA---A--C-------ATCG---AAT-------------G-----ATGT----------TCT---AA--------TCAGTA--A--GTA-T-------------TA----TG-------AT-----AA--TATGGAGAG----------C-TGAAAGCCGAATG--------------------------C-----AT-TCT--A-TGCCAGTGTAGCTGAATG-----TTAA-ATATCGCATCTTTGTTT--TT-GG-TTTGGGA--TGAA-----AAT----A--------TGTCT---GT------TTTTA-TATGAT
gi|10 : aataattagtAAATATA-C-TAAC--ATG----------CA-T--ATAGAA---AAA-AA--------C-G-----ATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAG-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTT--------------GC---------TCTAAA----------G--T-------T-TTAATGCTGCATATAA---ATGGGAATTA--AAT---TTC-----CTGT--GCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTAAAATAC----TCTGGGTTTGATT-GA-G----GA---TGA-----GTG----A--------TATC-----TCC--GTTTTTG-GATGATCGTAAatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|11 : AGGCAGTAAACT---AAA-TGTTTCCTAACA--A--ATA-TA-TTTTA--A---TA----CAAAT--T-ATGTTGAAATGCTTACAGAGTGG-------C-CAAAAACTGAATATGA---CTAGGATCTG--AAC----CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA--ATAT----TCTCTGTTT--TT-GGTT----GA-T---A-----A-T----A--------TATTT---GT------TTTTA-AATGGTCATAAgttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|12 : c-TT-TG-AG--------------AA---GATCTCCC---A------------T-----------TAAGATTATACA-TA---------T--------A----CAATTACTT-A-TTT-ACCACATGGTATAC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-AT-AACA--------TA------TCAAC-CATATTCAACAA-C--ATCAGTTGCAA-----TAAAATAATTCAAATATA---TA-C--ATGT------A--CATT--GTGTAG---AAA-AAG-------CCG-----ATGTCGATTTGATACCT---AAA-CATTTTCTAATACCA--ATA-gtgataattttgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
gi|14 : gataataataatgatatcaatacat-T--ATATAG---AAA-AAG-------CAG-----ATGTCAGGCATTTAACT---CAA-CATTTTCTAACA--A--ATA-CA-TTTTAG-ATTTTA----T---T--T-ATGTATAGATGCATAAAGAA--AGTCTGATC-TGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTGATaata
gi|15 : atgATGATGGTTTTA-TT-GT-G----------------A---GAT--------A------------T-----------TA----TATACACAATA-------T--------A----TAAT-AATT-A-TCT-ACCACAAGGTCTTC--AACT--ATAG--TCATG--T-AT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA----------------AA-----T-------TTAAAA---A-C-T-----------A---A--CA-TGCATACAG---AAA-AGT-------CAG-----AT-TAAAGTAGT
gi|16 : aataT-A-TCT-ATCACAAGCCCTTC--T-TT--GAAA--C-ATA--C-ATGTACAT-------TAAGACATTTAAA-CATATTTAAC-A-C--A--AGCGACAA-----CAATATACT---AACATA-C--A-T--ATAGTAA---AGGCA-G--ATATAatcttttttc
gi|17 : ataccCTGAATGACTGTTTAATACAC----TCTGTGCTT--A-----------A-TTTTAGGTGGGTT----A--------TATCTGAATCTT--GTTTTTG-AATGATCTTGAAagccgataatcacaatatggttttataacataatgtaatattaaa
gi|18 : aTTAAC-A-TTGATCAGTAACCA-----TTATTTACTTTAAATGTA-C-TAAC--ATAA-AA---------------TAG---AAATAG--------CATTTATTATGTAAAGCAGTTA-CT---AAATCATTTCCCAATA--ACTATA-CGATATTAT-----TA----TGTTT--ATATGCATA-----AT-AAGAG--A-------CTTGAAAttatacattctgttactaaaaaaaataaataaaaaacttaaataagtaagcgtcaaattcttaacatcctt
gi|2 : aATTATGTCTTTA-TTATG-AG--------------AATGTGAC--------ACATTAAGA----T-----------TA----TATATA-AA-A-------T--------A----C------CT-A-TCT-ATCACAAGGACTTC--T-TT--GAAA--T-ATAAGT-AT-TACA--------CT------TTAAAACATATTTAAC------ACCGGCA--------------------------A-C-AA-C--A---------G--CA-T--ACATAT---AAA-AG--------TAG-----ATGTGAAATGATAGCCT---AAA-CTGTTTTCAATA--A--A-----------------TA----TG-------------AAA--TATGAA-------------------AGCCGATTATGA---ATACATATTG--TAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTATTAAATGTTT----T---TATTT--TT-G----------TTTAA-----ATTGACAA--------TATCT---TT----G-TTTTA-AATGATCTTAAAAc
gi|21 : aGTATTTA-TT-TTGAG--------------AA---GGT--------A------------TCCCATTAAGATTA----TATATA-CA-A-------T--------A----T-AC-A-CT-G-CTTAACTACAAAACCTTC--T-TTCAAAGA--A-ATG--T-AT-CACA--------TA------ttgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : ATATTGTTTTTA-TT-TT-AAGGTGGTAACTCATTAA---GATT-------A------------T-----------TG-----ATATA-AA-A-------TGTGAAGTAA----AAAC-A-AT-A-TCT-ACCACAAGGCCTTT--T-TT--AAAaaa
gi|3 : ttACAACGTCTTT--TT-TT-AG--------------AA---GA---------A------------T-----------T-----TATACA-AA-A-------T--------A----CAAC-AATT-A-TTT-ACCATAAGGCCTTC--T-TT--AAAA--C-ATA--T-AT-TGC---------TAG-----TTAAA-CTTATTTAAC-A-TTGATCAGCAACCA-----CAGTATACTTCAAATACA-CCTA-C--ATAG-GACCAA--CA-T--ATATAG---AAA-GA--------CAG-----ATGCAAAGCAGTTATGT---AAA-CGTTTTCTAATA--A--ATA-TG-CCTTAT-A---TAAATCTACAT--A-ATGTTTAAGGCCATGAAGAG--A-------C-TGATAGTCGAATATTA---ACAAGAAATG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTACT---T----TCTATGTTT--GTAGA-T----GACCTTTA-----ATT----A--------TAACT---TTTCAAG-TTTTGTGATATTTTTAAAA
gi|4 : CTTCAAACAAA-C-T--T--ATAC-AT---G--CA-T--ATAGAA---AAA-AAACAGCAAACAG-----ATGTAAA----TTACCT---AAG-AATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TATTAT-A---C---------T-----TGTTTAAATGCAT--AGAG--A-------A-TAAAAACCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATA------CTCTGTTC--TT------------TTCT-------TT----A--------T-TCT---CTCT--G----TA-GATGATTTTAAAgattaccactgta
gi|5 : TCTTTA-TT-TTGAG--------------AA---GGT--------AATG---------T-----------TAAA--TATACA-AA-AAAACATGT--------AAAAGCAAT-G-CT-AATTT-ACCAGAAAGTCTTC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-CT-GACA--------TA------CCAAA-CAAACGTAAC-AAT--ATCAAAAACAA-----TAACATCATTCAAATATATC-TA-C--ATAA-A----------T---TATAG---AAA-AAAC------CTGCT---ATCTAA--CAGTTACCT---CA--CAC--------------GCG-TG-TCTTATTA---TA----AG-GTTAA-ATGCATAA---CGAGAGGCG--A-------C-TGAAAGCCGGATATGA---ATGGTTATTG--AAT---TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTTATATAT----TCttataccttttgttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|6 : --------A------------T-----------TA----TATACA-AT-A-------T--------------------TC-G-TCT-ACCACAAAACCTTCAGT-TT--AATA--T-A-A--T-GT-TGCACGTATAAATG------TTAAA-TATATTTAAC-A-T----CAGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATA-C----------G-AAC--G--TA-C--ACATAG---AAA-AA----------G-----ACGTAAAGGAGATACCT---GAA-CAGTTTCCAATA--G--ATAATG-TCGTAC-A------------------ATGTGTAAA------GAGAG--G-------C-TGGAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAG---TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTTattc
gi|7 : aatgataataatggctttataatgaaaagtttactcatttagattttaTGTCTATA-TT-TT-A----------------A---GATGGTAACTCA------------T-----------TAAGGTTATGTA-AACA-------T--------A----TA-----------CT-ACTACAAGGTCTTC--T-TT--AAAT--T-TTA--T-AA-CACA--------TA------TTAAA-TATATATAA--A----ACCAACAGCAA-----CATTATACTTTAAATGTA-C-TAGC--ATA--AATT-A--CA----GTAT-G---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTAACT---AAA-CATTTTTCAATA--A--ATA-TG-TCTTTT-AC--TA----T---------TGC----A--TACCAAGAG--C-------C-AGACAGTCAAATATAG---ATAGGAATTG--GAT---TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|8 : aacac---A--CA-T--ACAT-GCTTAAA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATCATCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-T------AT-A---AA----TGCAT--A-AAG-------------AGAG--C-------C-TGAAAACACAATATTA---ACAGGAACTA--AAT---TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGAATA-AT----TTTCTGTTT--TT------------TTTTG-----GTT----AAAGATGGGTAATT---TCTCT-G-TTTGGAGATGATTTTAAA
gi|9 : ttgATAATGTCTTCA-TT-TTGAG--------------AA---GAT--------AACTCATTAATATTA----------TA----TATACA-AT-A-------T--------A----CGAT-GCTT-A-T--------AAGGCCTTC--T-TT--AAAA--T-ACA--T-AT-AACA--------TA------TAACA-CAAATCTAAA-A-TTAATCAGCTACAA-----TATTATTCTTCAAATATA-CATA-CATATAG-AA---A--AA-T--A--------GCA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATTACCT---AAA-CATTTGCCACTA--A--ATA-TG--------A---CA----TGCGT----ATGTTTAAATGCATAAAGAG--A-------C-tcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|23 ): AGTAATAATAATAATGTCTTTATTTTGGGAAGATATCCCATTAATATTATACATGTATATA
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333333333333333333333 1111111111111111 333333333 111111111 55555555555555555555555555 2222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 000000000000000000000000000000 6 3 0 44 3 44 3 55 666 44 8888888888888888 4 222222222 0 444444444 0 3 00000000000000000000000000 0 0 555 2 3333333333333333 222 3 555 33 33 33 2 888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 3 1 666 55 666 99999 2 3 5 0 9999 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444 1
lowQualScore : . . ................................................................... . .............................. . . . .. . .. . .. ... .. ................ . ......... . ......... . . .......................... . . ... . ................ ... . ... .. .. .. . ............................................. .......... . . ... .. ... ..... . . . . .... . .. .................................................. .
lowQualScore : 0 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 888888888888888888888888888888 7 3 2 66 3 66 6 00 444 33 0000000000000000 0 000000000 4 111111111 9 1 55555555555555555555555555 5 7 000 9 9999999999999999 111 5 000 00 99 99 9 444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 1 2 444 00 444 11111 0 6 8 8 4444 0 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000 4
consensus : ATAATGTCTTTA-TT-TTGAG--------------AA---GAT--------A------------T-----------TA----T--ATACA-AA-A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TA---T-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTATA---TAC---G---T-------ATGTNTAAA--CATGAAGAG--A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
Reference ( family-3369 ) : ATAATGTCTTTA-TT-TT-AG--------------AA---GAT--------A------------T-----------TA----T--ATACA-AA-A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TA---T-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTATA---TAT---G---T-------ATGTNTAAA--CATGAAGAG--A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
gi|1 : ATGTATTTAATT-TG-AG--------------AA---GGC--------A------------A-----------CT----T--GTACA-AT-A-------T--------A----CACT-A-TTTA-TCTACAAAGAGGCCTT---T-TT--AAAAA-ATA--TATTAT-TACA--------TA------TTAAA--ATATGTAAC------ACCAGAAATGAC----TACCAAAC-TCAAAAATG-CATT-CTTATAG-AA---A--C-------ATCG---AA-------------TG-----ATGT----------TCT---AA--------TCAGTA--A--GTA-T------------TAT---G---------------ATAA---TATGGAGAG----------C-TGAAAGCCGAATG--------------------------C-----AT-TCT--A-TGCCAGTGTAGCTGAATG-----TTAA-ATATCGCATCTTTGTTT--TT-GG-T
gi|10 : aataattagtAAATATA-C-TAAC--ATG----------CA-T--ATAGAA---AAA-AA--------C-G-----ATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAG-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTGC-------------------------TCTAAA----------G--T-------T-TTAATGCTGCATATAA---ATGGGAATTA--AAT---TTC-----CTGT--GCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTAAAATAC----TCTGGGTTTGATT-GA-GGA---TGA-----GTG----A--------TATC-----TCC--GTTTTTG-GATGATCGTAAttgggatgaaaatatgtctgtttttatatgatatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|11 : AGGCAGTAAACT---AAA-TGTTTCCTAACA--A--ATA-TA-TTTTA-A---TAC---AAATT-------ATGTTGAAATGCTTACAGAGTGG-------C-CAAAAACTGAATATGA---CTAGGATCTG--AAC----CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA--ATAT----TCTCTGTTT--TT-GGTTGA----TA-----A-T----A--------TATTT---GT------TTTTA-AATGGTCATAAgttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|12 : cA-TT-TTGAG--------------AA---GATCTCCC---A------------T-----------TAAGATT--ATACA-TA---------T--------A----CAATTACTT-A-TTTACCACATGGTATAC--T-TT--AAAAT-ATA--TA---T-AACA--------TA------TCAAC-CATATTCAACAA-C--ATCAGTTGCAA-----TAAAATAATTCAAATATA---TA-C--ATGT------A--CATT--GTGTAG---AAA-AAG-------CCG-----ATGTCGATTTGATACCT---AAA-CATTTTCTAATACCA--ATA-gtgataattttgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
gi|14 : gataataataatgatatcaatac-T--ATATAG---AAA-AAG-------CAG-----ATGTCAGGCATTTAACT---CAA-CATTTTCTAACA--A--ATA-CA-TTTTAGATTTTAT---T---T-------ATGTATAGATGCATAAAGAA--AGTCTGATC-TGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTGATaata
gi|15 : atgATGATGGTTTTA-TT-GT-G----------------A---GAT--------A------------T-----------TA----T--ATACACAATA-------T--------A----TAAT-AATT-A-TCTACCACAAGGTCTTC--AACT--ATAGTCATG--TA---T-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA----------------AA-----T-------TTAAAA---A-C-T-----------A---A--CA-TGCATACAG---AAA-AGT-------CAG-----AT-TAAAGTAGT
gi|16 : aataT-A-TCTATCACAAGCCCTTC--T-TT--GAAAC-ATA--CA---TGTACAT-------TAAGACATTTAAA-CATATTTAAC-A-C--A--AGCGACAA-----CAATATACT---AACATA-C--A-T--ATAGTAA---AGGCA-G--ATATAatcttttttc
gi|17 : ataccCTGAATGACTGTTTAATACAC----TCTGTGCT---------TAA-TTTTAGGTGGGTT----A--------TATCTGAATCTT--GTTTTTG-AATGATCTTGAAagccgataatcacaatatggttttataacataatgtaatattaaa
gi|18 : aTTAAC-A-TTGATCAGTAACCA-----TTATTTACTTTAAATGTA-C-TAAC--ATAA-AA---------------TAG---AAATAG--------CATTTATTATGTAAAGCAGTTA-CT---AAATCATTTCCCAATA--ACTATA-CGATATTAT----TAT---G---T-------TTATATGCA--TAATAAGAG--A-------CTTGAAAttatacattctgttactaaaaaaaataaataaaaaacttaaataagtaagcgtcaaattcttaacatcctt
gi|2 : aATTATGTCTTTA-TTATG-AG--------------AATGTGAC--------ACATTAAGA----T-----------TA----T--ATATA-AA-A-------T--------A----C------CT-A-TCTATCACAAGGACTTC--T-TT--GAAAT-ATAAGTA---T-TACA--------CT------TTAAAACATATTTAAC------ACCGGCA--------------------------A-C-AA-C--A---------G--CA-T--ACATAT---AAA-AG--------TAG-----ATGTGAAATGATAGCCT---AAA-CTGTTTTCAATA--A--ATA-TG-----------------------------------AAA--TATGAA-------------------AGCCGATTATGA---ATACATATTG--TAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTA-TTAA-ATGT----T-TTTATTT--TT-G------TTTAA-----ATTGACAA--------TATCT---TT----G-TTTTA-AATGATCTTAAAAc
gi|21 : aGTATTTA-TT-TTGAG--------------AA---GGT--------A------------TCCCATTAAGATTA----TATATACA-AT-A-------T--------A----CACT-GCTT-A----ACTACAAAACCTTC--T-TTCAAAGAA-ATG--TA---T-CACA--------TA------ttgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : ATATTGTTTTTA-TT-TT-AAGGTGGTAACTCATTAA---GATT-------A------------T-----------TG-------ATATA-AA-A-------TGTGAAGTAA----AAAC-A-AT-A-TCTACCACAAGGCCTTT--T-TT--AAAaaa
gi|3 : ttACAACGTCTTT--TT-TT-AG--------------AA---GA---------A------------T-----------T-----T--ATACA-AA-A-------T--------A----CAAC-AATT-A-TTTACCATAAGGCCTTC--T-TT--AAAAC-ATA--TA---T-TGC---------TAG-----TTAAA-CTTATTTAAC-A-TTGATCAGCAACCA-----CAGTATACTTCAAATACA-CCTA-C--ATAG-GACCAA--CA-T--ATATAG---AAA-GA--------CAG-----ATGCAAAGCAGTTATGT---AAA-CGTTTTCTAATA--A--ATA-TG-CCTTATA---TAA---A---TCTACATAATGTTTAAGGCCATGAAGAG--A-------C-TGATAGTCGAATATTA---ACAAGAAATG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTACT---T----TCTATGTTT--GTAGA-TGACCTTTA-----ATT----A--------TAACT---TTTCAAG-TTTTGTGATATTTTTAAAA
gi|4 : CTTCAAACAAA-C-T--T--ATAC-AT---G--CA-T--ATAGAA---AAA-AAACAGCAAACAG-----ATGTAAA----TTACCT---AAG-AATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TATTATA---C---------T--------TGTTTAAATGCAT--AGAG--A-------A-TAAAAACCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATA------CTCTGTTC--TT--------TTCT-------TT----A--------T-TCT---CTCT--G----TA-GATGATTTTAAAgattaccactgta
gi|5 : TCTTTA-TT-TTGAG--------------AA---GGT--------AATG---------T-----------TAAA--T--ATACA-AA-AAAACATGT--------AAAAGCAAT-G-CT-AATTTACCAGAAAGTCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TC---T-GACA--------TA------CCAAA-CAAACGTAAC-AAT--ATCAAAAACAA-----TAACATCATTCAAATATATC-TA-C--ATAA-A----------T---TATAG---AAA-AAAC------CTGCT---ATCTAA--CAGTTACCT---CA--CAC--------------GCG-TG-TCTTAT----TATAAGG---TTAA----ATGCATAA---CGAGAGGCG--A-------C-TGAAAGCCGGATATGA---ATGGTTATTG--AAT---TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTTATATAT----TCttataccttttgttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|6 : -A-------T--------A----CAAT-A-TTCG-TCTACCACAAAACCTTCAGT-TT--AATAT-A-A--TG---T-TGCACGTATAAATG------TTAAA-TATATTTAAC-A-T----CAGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATA-C----------G-AAC--G--TA-C--ACATAG---AAA-AA----------G-----ACGTAAAGGAGATACCT---GAA-CAGTTTCCAATA--G--ATAATG-TCGTACA---------------------ATGTGTAAA------GAGAG--G-------C-TGGAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAG---TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTTattc
gi|7 : aatgataataatggctttataatgaaaagtttactcatttagattttaattatTGTCTATA-TT-TT-A----------------A---GATGGTAACTCA------------T-----------TAAGGTT--ATGTA-AACA-------T--------A----TA-----------CTACTACAAGGTCTTC--T-TT--AAATT-TTA--TA---A-CACA--------TA------TTAAA-TATATATAA--A----ACCAACAGCAA-----CATTATACTTTAAATGTA-C-TAGC--ATA--AATT-A--CA----GTAT-G---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTAACT---AAA-CATTTTTCAATA--A--ATA-TG-TCTTTTAC--TAT----------------TGCAT------ACCAAGAG--C-------C-AGACAGTCAAATATAG---ATAGGAATTG--GAT---TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|8 : aacac---A--CA-T--ACAT-GCTTAAA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATCATCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-T------ATA---AAT---G----------------------CATAAAGAG--AGC-----C-TGAAAACACAATATTA---ACAGGAACTA--AAT---TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGAATA-AT----TTTCTGTTT--TT--------TTTTG-----GTT----AAAGATGGGTAATT---TCTCT-G-TTTGGAGATGATTTTAAA
gi|9 : ttgATAATGTCTTCA-TT-TTGAG--------------AA---GAT--------AACTCATTAATATTA----------TA----T--ATACA-AT-A-------T--------A----CGAT-GCTT-A-T-------AAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ACA--TA---T-AACA--------TA------TAACA-CAAATCTAAA-A-TTAATCAGCTACAA-----TATTATTCTTCAAATATA-CATA-CATATAG-AA---A--AA-T--A--------GCA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATTACCT---AAA-CATTTGCCACTA--A--ATA-TG-----ACA---TGC---G---T-------ATGTTTAAATGCATAAAGAG--A-------C-tcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|23 ): AGTAATAATAATAATGTCTTTATTTTGGGAAGATATCCCATTAATATTATACATGTATATA
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333333333333333 1111111111111111 333333333 111111111 55555555555555555555555555 2222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 888888888888888888888888888888888 6 3 0 44 3 44 55 3 55 3 44 8888888888888888 4 222222222 0 444444444 1 0 3 00000000000000000000000000 0 0 555 2 3333333333333333 222 3 555 33 33 33 2 999999999999999999999999999999999999999999999 8888888888 3 1 666 55 666 99999 2 3 5 0 9999 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444 1
lowQualScore : .................................................................. . ................................. . . . .. . .. .. . .. . .. ................ . ......... . ......... . . . .......................... . . ... . ................ ... . ... .. .. .. . ............................................. .......... . . ... .. ... ..... . . . . .... . .. .................................................. .
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 555555555555555555555555555555555 7 3 2 66 3 66 00 6 00 6 33 0000000000000000 0 000000000 4 111111111 2 9 1 55555555555555555555555555 5 7 000 9 7777777777777777 111 5 000 00 99 99 9 777777777777777777777777777777777777777777777 8888888888 1 2 444 00 444 11111 0 6 8 8 4444 0 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000 4
consensus : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-AT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTAT-A---TA-----------TA--TGTNTAAATGCATG--AAGAG--A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
Reference ( family-3369 ) : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-AT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTAT-A---TA------CG---TA--TGTNTAAA--CATG--AAGAG--A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
gi|1 : ATGTATTTAATTTGAG-------------AA---G-------GC-----A------------A-------------CT----TGTACA-AT----A-------T--------A----CACT-A-TTTA-TCTACAAAGAGGCCTT---T-TT--AAAAAAT-ATA--TTAT-TACA--------TA------TTAAA--ATATGTAAC-A-C----CAGAAATGAC----TACCAAACT-CAAAAATG-CATT-CTTATAG-AA---A--C-------ATCG---AAT-------------G-----ATGT----------TCT---AA--------TCAGTA--A--GTA-T--------------------------TA--TG-ATAA---TATG--GAGAG----------C-TGAAAGCCGAATG--------------------------C-----AT-TCT--A-TGCCAGTGTAGCTGAATG-----TTAA-ATATCGCATCTTTGTTT--TT-GG-T
gi|10 : aataattagtAAATATA-C-TAAC--ATG----------CA-T--ATAGAA---AAA-AA--------C-G-----ATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAG-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTGC------------------------TCTAAA------------G--T-------T-TTAATGCTGCATATAA---ATGGGAATTA--AAT---TTC-----CTGT--GCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTAAAATAC----TCTGGGTTTGATT-GA-GGA---TGA-----GTG----A--------TATC-----TCC--GTTTTTG-GATGATCGTAAttgggatgaaaatatgtctgtttttatatgatatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|11 : AGGCAGTAAACT---AAA-TGTTTCCTAACA--A--ATA-TA-TTTTA--A---TA------CAAATTA--TGTTGAAATGCTTA--CAGAGTGG-------C-CAAAAACTGAATATGA---CTAGGATCTG--AAC----CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA--ATAT----TCTCTGTTT--TT-GGTTGA----TA-----A-T----A--------TATTT---GT------TTTTA-AATGGTCATAAgttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|12 : cATTTTGAG-------------AA---G-------ATCTCCCA------------T-------------TAAGATTATACA-TA------------T--------A----CAATTACTT-A-TTTACCACATGGTATAC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-AT-AACA--------TA------TCAAC-CATATTCAACAA-C--ATCAGTTGCAA-----TAAAATAATTCAAATATA---TA-C--ATGT------A--CATT--GTGTAG---AAA-AAG-------CCG-----ATGTCGATTTGATACCT---AAA-CATTTTCTAATACCA--ATA-gtgataattttgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
gi|14 : gataataataatgatatcaatac-T--ATATAG---AAA-AAG-------CAG-----ATGTCAGGCATTTAACT---CAA-CATTTTCTAACA--A--ATA-CA-TTTTAG-ATTTTA------TT---TA--TGTATAGATGCATA--AAGAA--AGTCTGATC-TGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTGATaata
gi|15 : atgATGATGGTTTTATTGTGAG-------------A-------------T-----A------------T-------------TA----TATACACAAT---A-------T--------A----TAAT-AATT-A-TCTACCACAAGGTCTTC--AACT--ATAG--TCATG--T-AT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA----------------AA-----T-------TTAAAA---A-C-T-----------A---A--CA-TGCATACAG---AAA-AGT-------CAG-----AT-TAAAGTAGT
gi|16 : aataT-A-TCTATCACAAGCCCTTC--T-TT--GAAA--C-ATA--C-ATGTACAT-------TAAGACATTTAAA-CATATTTAAC-A-C--A--AGCGACAA-----CAATATACT---AACATA-C--A-T--ATAGTAA---AGGCA-G--ATATAatcttttttc
gi|17 : ataccCTGAATGACTGTTTAATACAC----TCTGTGCT---------TAA-TTTTAGGTGGGTT----A--------TATCTGAATCTT--GTTTTTG-AATGATCTTGAAagccgataatcacaatatggttttataacataatgtaatattaaa
gi|18 : aTTAAC-A-TTGATCAGTAACCA-----TTATTTACTTTAAATGTA-C-TAAC--ATAA-AA---------------TAG---AAATAG--------CATTTATTATGTAAAGCAGTTA-CT---AAATCATTTCCCAATA--ACTATA-CGATATTAT------------------TA--TGTTTATATGCATAATAAGAG--A-------CTTGAAAttatacattctgttactaaaaaaaataaataaaaaacttaaataagtaagcgtcaaattcttaacatcctt
gi|2 : aATTATGTCTTTATTATGAG-------------AATGTG-------AC-----ACATTAAGA----T-------------TA----TATATA-AA----A-------T--------A----C------CT-A-TCTATCACAAGGACTTC--T-TT--GAAA--T-ATAAGT-AT-TACA--------CT------TTAAAACATATTTAAC------ACCGGCA--------------------------A-C-AA-C--A---------G--CA-T--ACATAT---AAA-AG--------TAG-----ATGTGAAATGATAGCCT---AAA-CTGTTTTCAATA--A--ATA-TG----------------------------------AAA--TATG--AA-------------------AGCCGATTATGA---ATACATATTG--TAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTA-TTAA-ATGT----T-TTTATTT--TT-G------TTTAA-----ATTGACAA--------TATCT---TT----G-TTTTA-AATGATCTTAAAAc
gi|21 : aGTATTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----A------------TCCCATTAAGATTATA----TATACA-AT----A-------T--------A----CACT-GCTT-A----ACTACAAAACCTTC--T-TTCAAAGA--A-ATG--T-AT-CACA--------TA------ttgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : ATATTGTTTTTATTTTAAGGTGGTAACTCATTAA---G-------ATT----A------------T-------------TG-----ATATA-AA----A-------TGTGAAGTAA----AAAC-A-AT-A-TCTACCACAAGGCCTTT--T-TT--AAAaaa
gi|23 : ttATAATGTCTTTATTTTGGG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------
gi|3 : agtaataataACAACGTCTTT-TTTT-AG-------------AA---G-------A------A------------T-------------T-----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAC-AATT-A-TTTACCATAAGGCCTTC--T-TT--AAAA--C-ATA--T-AT-TGC---------TAG-----TTAAA-CTTATTTAAC-A-TTGATCAGCAACCA-----CAGTATACTTCAAATACA-CCTA-C--ATAG-GACCAA--CA-T--ATATAG---AAA-GA--------CAG-----ATGCAAAGCAGTTATGT---AAA-CGTTTTCTAATA--A--ATA-TG-CCTTAT-A---TAAATCTACA---TAA-TGTTTAAGGCCATG--AAGAG--A-------C-TGATAGTCGAATATTA---ACAAGAAATG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTACT---T----TCTATGTTT--GTAGA-TGACCTTTA-----ATT----A--------TAACT---TTTCAAG-TTTTGTGATATTTTTAAAAcccattaatattatacatgtatata
gi|4 : CTTCAAACAAA-C-T--T--ATAC-AT---G--CA-T--ATAGAA---AAA-AAACAGCAAACAG-----ATGTAAA----TTACCT---AAG-AATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TATTAT-A---C------------T---TGTTTAAATGCAT----AGAG--A-------A-TAAAAACCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATA------CTCTGTTC--TT--------TTCT-------TT----A--------T-TCT---CTCT--G----TA-GATGATTTTAAAgattaccactgta
gi|5 : TCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----AATG---------T-------------TAAA--TATACA-AA----AAAACATGT--------AAAAGCAAT-G-CT-AATTTACCAGAAAGTCTTC--T-TT--AAAA--T-ATA--T-CT-GACA--------TA------CCAAA-CAAACGTAAC-AAT--ATCAAAAACAA-----TAACATCATTCAAATATATC-TA-C--ATAA-A----------T---TATAG---AAA-AAAC------CTGCT---ATCTAA--CAGTTACCT---CA--CAC--------------GCG-TG-TCTTATTA---TA------AGGT-TAAATGCATAA---CGAG--AGGCG--A-------C-TGAAAGCCGGATATGA---ATGGTTATTG--AAT---TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTTATATAT----TCttataccttttgttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|6 : ATAATGGCTTTATAATGAA-------------AA---GTTTACTCAT------------------T-------------TA----GATTTT-AATTATA-------T--------A----CAAT-A-TTCG-TCTACCACAAAACCTTCAGT-TT--AATA--T-A-A--T-GT-TGCACGTATAAATG------TTAAA-TATATTTAAC-A-T----CAGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATA-C----------G-AAC--G--TA-C--ACATAG---AAA-AA----------G-----ACGTAAAGGAGATACCT---GAA-CAGTTTCCAATA--G--ATAATG-TCGTAC-A-----------------A--TGTGTAAA--------GAGAG--G-------C-TGGAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAG---TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTTattc
gi|7 : aatgataTGTCTATATTTTAAG-------------AT---G-------GT-----AACTCA-------T-------------TAAGGTTATGTA-AAC---A-------T--------A----TA-----------CTACTACAAGGTCTTC--T-TT--AAAT--T-TTA--T-AA-CACA--------TA------TTAAA-TATATATAA--A----ACCAACAGCAA-----CATTATACTTTAAATGTA-C-TAGC--ATA--AATT-A--CA----GTAT-G---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTAACT---AAA-CATTTTTCAATA--A--ATA-TG-TCTT-T-----TA------C----TA--T---TGCA--TACC--AAGAG--C-------C-AGACAGTCAAATATAG---ATAGGAATTG--GAT---TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|8 : aacac---A--CA-T--ACAT-GCTTAAA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATCATCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-------TAT-A----A------------A--TGCATAAA--------GAGAG--C-------C-TGAAAACACAATATTA---ACAGGAACTA--AAT---TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGAATA-AT----TTTCTGTTT--TT--------TTTTG-----GTT----AAAGATGGGTAATT---TCTCT-G-TTTGGAGATGATTTTAAA
gi|9 : ttgATAATGTCTTCATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----AACTCATTAATATTA------------TA----TATACA-AT----A-------T--------A----CGAT-GCTT-A-T-------AAGGCCTTC--T-TT--AAAA--T-ACA--T-AT-AACA--------TA------TAACA-CAAATCTAAA-A-TTAATCAGCTACAA-----TATTATTCTTCAAATATA-CATA-CATATAG-AA---A--AA-T--A--------GCA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATTACCT---AAA-CATTTGCCACTA--A--ATA-TG-----AC-A---TG------CG---TA--TGTTTAAATGCATA--AAGAG--A-------C-tcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111 333333333 111111111 55555555555555555555555555 2222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 0 44 3 99 3 88 44 8888888888888888 4 222222222 0 444444444 0 3 00000000000000000000000000 0 0 555 2 3333333333333333 222 3 555 33 33 33 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 1 666 55 666 99999 2 3 5 0 9999 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444 1
lowQualScore : ............................................................................................................ . . . .. . .. . .. .. ................ . ......... . ......... . . .......................... . . ... . ................ ... . ... .. .. .. . ............................................................ . . ... .. ... ..... . . . . .... . .. .................................................. .
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 2 66 3 22 6 66 33 0000000000000000 0 000000000 4 111111111 9 1 55555555555555555555555555 5 7 000 9 9999999999999999 111 5 000 00 99 99 9 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2 444 00 444 11111 0 6 8 8 4444 0 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000 4
consensus : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTA-----TAC---------TA-TGTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
Reference ( family-3369 ) : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTA-----TATA--------TA-TGTNTAAATGCATG--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
gi|1 : ATGTATTTAATTTGAG-------------AA---G-------GC-----A------------A-------------CT----TGTACA-AT----A-------T--------A----CACT-ATTT-A-TCTACAAAGAGGCCTT---T-TTAAAAAAT-ATAT-TAT-TACA--------TA------TTAAA--ATATGTAAC------ACCAGAAATGAC----TACCAAAC-TCAAAAATG-CATT-CTTATAG-AA---A--C-------ATCG---AA-------------TG-----ATGT----------TCT---AA--------TCAGTA--A--GTA-T------------------------TA-TG-ATAA---TATG--G--AGAG-----------C-TGAAAGCCGAATG--------------------------C-----AT-TCT--A-TGCCAGTGTAGCTGAATG-----TTAA-ATATCGCATCTTTGTTT--TT-GG-T
gi|10 : aataattagtAAATATA-C-TAAC--ATG----------CA-T--ATAGAA---AAA-AA--------C-G-----ATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAG-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTG-----C----------------TCTAAA--------------G---T-------T-TTAATGCTGCATATAA---ATGGGAATTA--AAT---TTC-----CTGT--GCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTAAAATAC----TCTGGGTTTGATT-GA-GGA---TGA-----GTG----A--------TATC-----TCC--GTTTTTG-GATGATCGTAAttgggatgaaaatatgtctgtttttatatgatatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|11 : AGGCAGTAAACT---AAA-TGTTTCCTAACA--A--ATA-TA-TTTTAA----TACAAAT-----TA-TGTTGAAATGCTTA--C--AGAGTG-G-------C-CAAAAACTGAATATGA---CTAGGATCTG--AAC----CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA--ATAT----TCTCTGTTT--TT-GGTTGA----TA-----A-T----A--------TATTT---GT------TTTTA-AATGGTCATAAgttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|12 : cATTTTGAG-------------AA---G-------ATCTCCCA------------T-------------TAAGATTATACA-TA------------T--------A----CAATTACTT-A-TTTACCACATGGTATAC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-AACA--------TA------TCAAC-CATATTCAACAA-C--ATCAGTTGCAA-----TAAAATAATTCAAATATA---TA-C--ATGT------A--CATT--GTGTAG---AAA-AAG-------CCG-----ATGTCGATTTGATACCT---AAA-CATTTTCTAATACCA--ATA-gtgataattttgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
gi|14 : gataataataatgatatcaatac-T--ATATAG---AAA-AAG-------CAG-----ATGTCAGGCATTTAACT---CAA-CATTTTCTAACA--A--ATA-CA-TTTTAGATTTTATT--------TA-TGTATAGATGCATA--A--AGAA---AGTCTGATC-TGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTGATaata
gi|15 : atgATGATGGTTTTATTGTGAG-------------A-------------T-----A------------T-------------TA----TATACACAAT---A-------T--------A----TAAT-AATT-A-TCTACCACAAGGTCTTC--AACT--ATAGTCATG--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA----------------AA-----T-------TTAAAA---A-C-T-----------A---A--CA-TGCATACAG---AAA-AGT-------CAG-----AT-TAAAGTAGT
gi|16 : aataT-A-TCTATCACAAGCCCTTC--T-TT--GAAAC-ATA--CATGTACAT-------TAAGACATTTAAA-CATATTTAAC-A-C--A--AGCGACAA-----CAATATACT---AACATA-C--A-T--ATAGTAA---AGGCA-G--ATATAatcttttttc
gi|17 : ataccCTGAATGACTGTTTAATACAC----TCTGTGCT---------TAA-TTTTAGGTGGGTT----A--------TATCTGAATCTT--GTTTTTG-AATGATCTTGAAagccgataatcacaatatggttttataacataatgtaatattaaa
gi|18 : aTTAAC-A-TTGATCAGTAACCA-----TTATTTACTTTAAATGTA-C-TAAC--ATAA-AA---------------TAG---AAATAG--------CATTTATTATGTAAAGCAGTTA-CT---AAATCATTTCCCAATA--ACTATA-CGATATTA-----T-----------TA-TGTTTATATGCATAATA--AGAG---A-------CTTGAAAttatacattctgttactaaaaaaaataaataaaaaacttaaataagtaagcgtcaaattcttaacatcctt
gi|2 : aATTATGTCTTTATTATGAG-------------AATGTG-------AC-----ACATTAAGA----T-------------TA----TATATA-AA----A-------T--------A----C------CT-A-TCTATCACAAGGACTTC--T-TT--GAAAT-ATAAGTAT-TACA--------CT------TTAAAACATATTTAAC------ACCGGCA--------------------------A-C-AA-C--A---------G--CA-T--ACATAT---AAA-AG--------TAG-----ATGTGAAATGATAGCCT---AAA-CTGTTTTCAATA--A--ATA-TG-------------------------------AAATA--------------------------TGAAAGCCGATTATGA---ATACATATTG--TAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTA-TTAA-ATGT----T-TTTATTT--TT-G------TTTAA-----ATTGACAA--------TATCT---TT----G-TTTTA-AATGATCTTAAAAc
gi|21 : aGTATTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----A------------TCCCATTAAGATTATA----TATACA-AT----A-------T--------A----CACT-GCTT-A----ACTACAAAACCTTC--T-TTCAAAGAA-ATG--TAT-CACA--------TA------ttgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : ATATTGTTTTTATTTTAAGGTGGTAACTCATTAA---G-------ATT----A------------T-------------TG-----ATATA-AA----A-------TGTGAAGTAA----AAAC-A-AT-A-TCTACCACAAGGCCTTT--T-TT--AAAaaa
gi|23 : ttATAATGTCTTTATTTTGGG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------
gi|3 : agtaataataACAACGTCTTT-TTTT-AG-------------AA---G-------A------A------------T-------------T-----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAC-AATT-A-TTTACCATAAGGCCTTC--T-TT--AAAAC-ATA--TAT-TGC---------TAG-----TTAAA-CTTATTTAAC-A-TTGATCAGCAACCA-----CAGTATACTTCAAATACA-CCTA-C--ATAG-GACCAA--CA-T--ATATAG---AAA-GA--------CAG-----ATGCAAAGCAGTTATGT---AAA-CGTTTTCTAATA--A--ATA-TG-CCTTA-----TATAAATCTACATAATGTTTAAGGCCATG--A--AGAG---A-------C-TGATAGTCGAATATTA---ACAAGAAATG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTACT---T----TCTATGTTT--GTAGA-TGACCTTTA-----ATT----A--------TAACT---TTTCAAG-TTTTGTGATATTTTTAAAAcccattaatattatacatgtatata
gi|4 : CTTCAAACAAA-C-T--T--ATAC-AT---G--CA-T--ATAGAA---AAA-AAACAGCAAACAG-----ATGTAAA----TTACCT---AAG-AATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TATTA-----TAC---------T--TGTTTAAATGCAT------AGAG---A-------A-TAAAAACCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATA------CTCTGTTC--TT--------TTCT-------TT----A--------T-TCT---CTCT--G----TA-GATGATTTTAAAgattaccactgta
gi|5 : TCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----AATG---------T-------------TAAA--TATACA-AA----AAAACATGT--------AAAAGCAAT-G-CT-AATTTACCAGAAAGTCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TCT-GACA--------TA------CCAAA-CAAACGTAAC-AAT--ATCAAAAACAA-----TAACATCATTCAAATATATC-TA-C--ATAA-A----------T---TATAG---AAA-AAAC------CTGCT---ATCTAA--CAGTTACCT---CA--CAC--------------GCG-TG-TCTTA-----T-TA--------TA-AGGTTAAATGCATA--ACGAGAGGCGA-------C-TGAAAGCCGGATATGA---ATGGTTATTG--AAT---TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTTATATAT----TCttataccttttgttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|6 : ATAATGGCTTTATAATGAA-------------AA---GTTTACTCAT------------------T-------------TA----GATTTT-AATTATA-------T--------A----CAAT-A-TTCG-TCTACCACAAAACCTTCAGT-TT--AATAT-A-A--TGT-TGCACGTATAAATG------TTAAA-TATATTTAAC-A-T----CAGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATA-C----------G-AAC--G--TA-C--ACATAG---AAA-AA----------G-----ACGTAAAGGAGATACCT---GAA-CAGTTTCCAATA--G--ATAATG-TCGTA-----CA-----------A-TGTGTAAA--------G--AGAG---G-------C-TGGAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAG---TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTTattc
gi|7 : aatgataTGTCTATATTTTAAG-------------AT---G-------GT-----AACTCA-------T-------------TAAGGTTATGTA-AAC---A-------T--------A----TA-----------CTACTACAAGGTCTTC--T-TT--AAATT-TTA--TAA-CACA--------TA------TTAAA-TATATATAA--A----ACCAACAGCAA-----CATTATACTTTAAATGTA-C-TAGC--ATA--AATT-A--CA----GTAT-G---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTAACT---AAA-CATTTTTCAATA--A--ATA-TG-TCTTT-----TAC---------TA-T-------TGCATACCA--AGAG---C-------C-AGACAGTCAAATATAG---ATAGGAATTG--GAT---TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|8 : aacac---A--CA-T--ACAT-GCTTAAA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATCATCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-------------------------------TATAAATGCATA--A--AGAG---AGC-----C-TGAAAACACAATATTA---ACAGGAACTA--AAT---TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGAATA-AT----TTTCTGTTT--TT--------TTTTG-----GTT----AAAGATGGGTAATT---TCTCT-G-TTTGGAGATGATTTTAAA
gi|9 : ttgATAATGTCTTCATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----AACTCATTAATATTA------------TA----TATACA-AT----A-------T--------A----CGAT-GCTT-A-T-------AAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ACA--TAT-AACA--------TA------TAACA-CAAATCTAAA-A-TTAATCAGCTACAA-----TATTATTCTTCAAATATA-CATA-CATATAG-AA---A--AA-T--A--------GCA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATTACCT---AAA-CATTTGCCACTA--A--ATA-TG-AC--A-----TGCG--------TA-TGTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-tcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111 333333333 111111111 55555555555555555555555555 2222222222222222 555555555555555555555555555555555555 11111 22222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 0 44 3 99 3 88 44 8888888888888888 4 222222222 0 444444444 0 3 00000000000000000000000000 0 0 555 2 3333333333333333 222 3 555 33 33 33 2 222222222222222222222222222222222222 0 55555 66666666666 3 1 666 55 666 99999 2 3 5 0 9999 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444 1
lowQualScore : ............................................................................................................ . . . .. . .. . .. .. ................ . ......... . ......... . . .......................... . . ... . ................ ... . ... .. .. .. . .................................... . ..... ........... . . ... .. ... ..... . . . . .... . .. .................................................. .
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 2 66 3 22 6 66 33 0000000000000000 0 000000000 4 111111111 9 1 55555555555555555555555555 5 7 000 9 9999999999999999 111 5 000 00 99 99 9 333333333333333333333333333333333333 5 33333 55555555555 1 2 444 00 444 11111 0 6 8 8 4444 0 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000 4
consensus : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTA-----TA-----C----TA-----T-GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
Reference ( family-3369 ) : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTA-----TA-----C----TA-----T-GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
gi|1 : ATGTATTTAATTTGAG-------------AA---G-------GC-----A------------A-------------CT----TGTACA-AT----A-------T--------A----CACT-ATTT-A-TCTACAAAGAGGCCTT---T-TTAAAAAAT-ATAT-TAT-TACA--------TA------TTAAA--ATATGTAAC------ACCAGAAATGAC----TACCAAAC-TCAAAAATG-CATT-CTTATAG-AA---A--C-------ATCG---AA-------------TG-----ATGT----------TCT---AA--------TCAGTA--A--GTA-T------------------------TA-----T-GAT--AAT--ATG--G--AGAG-----------C-TGAAAGCCGAATG--------------------------C-----AT-TCT--A-TGCCAGTGTAGCTGAATG-----TTAA-ATATCGCATCTTTGTTT--TT-GG-T
gi|10 : aataattagtAAATATA-C-TAAC--ATG----------CA-T--ATAGAA---AAA-AA--------C-G-----ATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAG-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTG-----CT-----C----TA-----AAGTTTTAATGC--------------------------------TGCATATAA---ATGGGAATTA--AAT---TTC-----CTGT--GCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTAAAATAC----TCTGGGTTTGATT-GA-GGA---TGA-----GTG----A--------TATC-----TCC--GTTTTTG-GATGATCGTAAttgggatgaaaatatgtctgtttttatatgatatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|11 : AGGCAGTAAACT---AAA-TGTTTCCTAACA--A--ATA-TA-TTTTAA----TA-----CAAATTA-----T-GTTGAAATGCTTA--C--AGAGTG-G-------C-CAAAAACTGAATATGA---CTAGGATCTG--AAC----CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA--ATAT----TCTCTGTTT--TT-GGTTGA----TA-----A-T----A--------TATTT---GT------TTTTA-AATGGTCATAAgttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|12 : cATTTTGAG-------------AA---G-------ATCTCCCA------------T-------------TAAGATTATACA-TA------------T--------A----CAATTACTT-A-TTTACCACATGGTATAC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-AACA--------TA------TCAAC-CATATTCAACAA-C--ATCAGTTGCAA-----TAAAATAATTCAAATATA---TA-C--ATGT------A--CATT--GTGTAG---AAA-AAG-------CCG-----ATGTCGATTTGATACCT---AAA-CATTTTCTAATACCA--ATA-gtgataattttgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
gi|14 : gataataataatgatatcaatac-T--ATATAG---AAA-AAG-------CAG-----ATGTCAGGCATTTAACT---CAA-CATTTTCTAACA--A--ATA-CA-TTTTAGATTTTAT----T----TA-----T-GTATAGATGCATA--A--AGAA---AGTCTGATC-TGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTGATaata
gi|15 : atgATGATGGTTTTATTGTGAG-------------A-------------T-----A------------T-------------TA----TATACACAAT---A-------T--------A----TAAT-AATT-A-TCTACCACAAGGTCTTC--AACT--ATAGTCATG--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA----------------AA-----T-------TTAAAA---A-C-T-----------A---A--CA-TGCATACAG---AAA-AGT-------CAG-----AT-TAAAGTAGT
gi|16 : aataT-A-TCTATCACAAGCCCTTC--T-TT--GAAAC-ATA--CATGTACAT-------TAAGACATTTAAA-CATATTTAAC-A-C--A--AGCGACAA-----CAATATACT---AACATA-C--A-T--ATAGTAA---AGGCA-G--ATATAatcttttttc
gi|17 : ataccCTGAATGACTGTTTAATACAC----TCTGTGCT---------TAA-TTTTAGGTGGGTT----A--------TATCTGAATCTT--GTTTTTG-AATGATCTTGAAagccgataatcacaatatggttttataacataatgtaatattaaa
gi|18 : aTTAAC-A-TTGATCAGTAACCA-----TTATTTACTTTAAATGTA-C-TAAC--ATAA-AA---------------TAG---AAATAG--------CATTTATTATGTAAAGCAGTTA-CT---AAATCATTTCCCAATA--ACTATA-CGATATTA-----T-----------TA-----T-GTTTATATGCATAATA--AGAG---A-------CTTGAAAttatacattctgttactaaaaaaaataaataaaaaacttaaataagtaagcgtcaaattcttaacatcctt
gi|2 : aATTATGTCTTTATTATGAG-------------AATGTG-------AC-----ACATTAAGA----T-------------TA----TATATA-AA----A-------T--------A----C------CT-A-TCTATCACAAGGACTTC--T-TT--GAAAT-ATAAGTAT-TACA--------CT------TTAAAACATATTTAAC------ACCGGCA--------------------------A-C-AA-C--A---------G--CA-T--ACATAT---AAA-AG--------TAG-----ATGTGAAATGATAGCCT---AAA-CTGTTTTCAATA--A--ATA-TG------------------------------------AAATA--------------------------TGAAAGCCGATTATGA---ATACATATTG--TAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTA-TTAA-ATGT----T-TTTATTT--TT-G------TTTAA-----ATTGACAA--------TATCT---TT----G-TTTTA-AATGATCTTAAAAc
gi|21 : aGTATTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----A------------TCCCATTAAGATTATA----TATACA-AT----A-------T--------A----CACT-GCTT-A----ACTACAAAACCTTC--T-TTCAAAGAA-ATG--TAT-CACA--------TA------ttgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : ATATTGTTTTTATTTTAAGGTGGTAACTCATTAA---G-------ATT----A------------T-------------TG-----ATATA-AA----A-------TGTGAAGTAA----AAAC-A-AT-A-TCTACCACAAGGCCTTT--T-TT--AAAaaa
gi|23 : ttATAATGTCTTTATTTTGGG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------
gi|3 : agtaataataACAACGTCTTT-TTTT-AG-------------AA---G-------A------A------------T-------------T-----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAC-AATT-A-TTTACCATAAGGCCTTC--T-TT--AAAAC-ATA--TAT-TGC---------TAG-----TTAAA-CTTATTTAAC-A-TTGATCAGCAACCA-----CAGTATACTTCAAATACA-CCTA-C--ATAG-GACCAA--CA-T--ATATAG---AAA-GA--------CAG-----ATGCAAAGCAGTTATGT---AAA-CGTTTTCTAATA--A--ATA-TG-CCTTA-----TATAAATC----TACATAAT-GTTTAAGGCCATG--A--AGAG---A-------C-TGATAGTCGAATATTA---ACAAGAAATG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTACT---T----TCTATGTTT--GTAGA-TGACCTTTA-----ATT----A--------TAACT---TTTCAAG-TTTTGTGATATTTTTAAAAcccattaatattatacatgtatata
gi|4 : CTTCAAACAAA-C-T--T--ATAC-AT---G--CA-T--ATAGAA---AAA-AAACAGCAAACAG-----ATGTAAA----TTACCT---AAG-AATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TATTA-----TA-----C----T------T-GTTTAAATGCATA------GAG---A-------A-TAAAAACCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATA------CTCTGTTC--TT--------TTCT-------TT----A--------T-TCT---CTCT--G----TA-GATGATTTTAAAgattaccactgta
gi|5 : TCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----AATG---------T-------------TAAA--TATACA-AA----AAAACATGT--------AAAAGCAAT-G-CT-AATTTACCAGAAAGTCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TCT-GACA--------TA------CCAAA-CAAACGTAAC-AAT--ATCAAAAACAA-----TAACATCATTCAAATATATC-TA-C--ATAA-A----------T---TATAG---AAA-AAAC------CTGCT---ATCTAA--CAGTTACCT---CA--CAC--------------GCG-TG-TCTTA-----TT-----A----TA-----A-GGTTAAATGCATA--ACGAGAGGCGA-------C-TGAAAGCCGGATATGA---ATGGTTATTG--AAT---TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTTATATAT----TCttataccttttgttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|6 : ATAATGGCTTTATAATGAA-------------AA---GTTTACTCAT------------------T-------------TA----GATTTT-AATTATA-------T--------A----CAAT-A-TTCG-TCTACCACAAAACCTTCAGT-TT--AATAT-A-A--TGT-TGCACGTATAAATG------TTAAA-TATATTTAAC-A-T----CAGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATA-C----------G-AAC--G--TA-C--ACATAG---AAA-AA----------G-----ACGTAAAGGAGATACCT---GAA-CAGTTTCCAATA--G--ATAATG-TCGTA-----CA-----------A-----T-GTGTAAA--------G--AGAG---G-------C-TGGAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAG---TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTTattc
gi|7 : aatgataTGTCTATATTTTAAG-------------AT---G-------GT-----AACTCA-------T-------------TAAGGTTATGTA-AAC---A-------T--------A----TA-----------CTACTACAAGGTCTTC--T-TT--AAATT-TTA--TAA-CACA--------TA------TTAAA-TATATATAA--A----ACCAACAGCAA-----CATTATACTTTAAATGTA-C-TAGC--ATA--AATT-A--CA----GTAT-G---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTAACT---AAA-CATTTTTCAATA--A--ATA-TG-TCTTT-----TA-----C----TA-----T--------TGCATACCA--AGAG---C-------C-AGACAGTCAAATATAG---ATAGGAATTG--GAT---TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|8 : aacac---A--CA-T--ACAT-GCTTAAA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATCATCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TA-T----------------------------------AAATGCATA--A--AGAG---AGC-----C-TGAAAACACAATATTA---ACAGGAACTA--AAT---TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGAATA-AT----TTTCTGTTT--TT--------TTTTG-----GTT----AAAGATGGGTAATT---TCTCT-G-TTTGGAGATGATTTTAAA
gi|9 : ttgATAATGTCTTCATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----AACTCATTAATATTA------------TA----TATACA-AT----A-------T--------A----CGAT-GCTT-A-T-------AAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ACA--TAT-AACA--------TA------TAACA-CAAATCTAAA-A-TTAATCAGCTACAA-----TATTATTCTTCAAATATA-CATA-CATATAG-AA---A--AA-T--A--------GCA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATTACCT---AAA-CATTTGCCACTA--A--ATA-TG-AC--A-----TG-----CG---TA-----T-GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-tcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111 333333333 111111111 55555555555555555555555555 2222222222222222 555555555555555555555555555555555555 11111 22222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 0 44 3 99 3 88 44 8888888888888888 4 222222222 0 444444444 0 3 00000000000000000000000000 0 0 555 2 3333333333333333 222 3 555 33 33 33 2 222222222222222222222222222222222222 0 55555 66666666666 3 1 666 55 666 99999 2 3 5 0 9999 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444 1
lowQualScore : ............................................................................................................ . . . .. . .. . .. .. ................ . ......... . ......... . . .......................... . . ... . ................ ... . ... .. .. .. . .................................... . ..... ........... . . ... .. ... ..... . . . . .... . .. .................................................. .
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 2 66 3 22 6 66 33 0000000000000000 0 000000000 4 111111111 9 1 55555555555555555555555555 5 7 000 9 9999999999999999 111 5 000 00 99 99 9 333333333333333333333333333333333333 5 33333 55555555555 1 2 444 00 444 11111 0 6 8 8 4444 0 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000 4
consensus : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTA-----TA-----C----TA-----T-GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
Reference ( family-3369 ) : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTA-----TA-----C----TA-----T-GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
gi|1 : ATGTATTTAATTTGAG-------------AA---G-------GC-----A------------A-------------CT----TGTACA-AT----A-------T--------A----CACT-ATTT-A-TCTACAAAGAGGCCTT---T-TTAAAAAAT-ATAT-TAT-TACA--------TA------TTAAA--ATATGTAAC------ACCAGAAATGAC----TACCAAAC-TCAAAAATG-CATT-CTTATAG-AA---A--C-------ATCG---AA-------------TG-----ATGT----------TCT---AA--------TCAGTA--A--GTA-T------------------------TA-----T-GAT--AAT--ATG--G--AGAG-----------C-TGAAAGCCGAATG--------------------------C-----AT-TCT--A-TGCCAGTGTAGCTGAATG-----TTAA-ATATCGCATCTTTGTTT--TT-GG-T
gi|10 : aataattagtAAATATA-C-TAAC--ATG----------CA-T--ATAGAA---AAA-AA--------C-G-----ATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAG-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTG-----CT-----C----TA-----AAGTTTTAATGC--------------------------------TGCATATAA---ATGGGAATTA--AAT---TTC-----CTGT--GCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTAAAATAC----TCTGGGTTTGATT-GA-GGA---TGA-----GTG----A--------TATC-----TCC--GTTTTTG-GATGATCGTAAttgggatgaaaatatgtctgtttttatatgatatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|11 : AGGCAGTAAACT---AAA-TGTTTCCTAACA--A--ATA-TA-TTTTAA----TA-----CAAATTA-----T-GTTGAAATGCTTA--C--AGAGTG-G-------C-CAAAAACTGAATATGA---CTAGGATCTG--AAC----CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA--ATAT----TCTCTGTTT--TT-GGTTGA----TA-----A-T----A--------TATTT---GT------TTTTA-AATGGTCATAAgttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|12 : cATTTTGAG-------------AA---G-------ATCTCCCA------------T-------------TAAGATTATACA-TA------------T--------A----CAATTACTT-A-TTTACCACATGGTATAC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-AACA--------TA------TCAAC-CATATTCAACAA-C--ATCAGTTGCAA-----TAAAATAATTCAAATATA---TA-C--ATGT------A--CATT--GTGTAG---AAA-AAG-------CCG-----ATGTCGATTTGATACCT---AAA-CATTTTCTAATACCA--ATA-gtgataattttgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
gi|14 : gataataataatgatatcaatac-T--ATATAG---AAA-AAG-------CAG-----ATGTCAGGCATTTAACT---CAA-CATTTTCTAACA--A--ATA-CA-TTTTAGATTTTAT----T----TA-----T-GTATAGATGCATA--A--AGAA---AGTCTGATC-TGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTGATaata
gi|15 : atgATGATGGTTTTATTGTGAG-------------A-------------T-----A------------T-------------TA----TATACACAAT---A-------T--------A----TAAT-AATT-A-TCTACCACAAGGTCTTC--AACT--ATAGTCATG--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA----------------AA-----T-------TTAAAA---A-C-T-----------A---A--CA-TGCATACAG---AAA-AGT-------CAG-----AT-TAAAGTAGT
gi|16 : aataT-A-TCTATCACAAGCCCTTC--T-TT--GAAAC-ATA--CATGTACAT-------TAAGACATTTAAA-CATATTTAAC-A-C--A--AGCGACAA-----CAATATACT---AACATA-C--A-T--ATAGTAA---AGGCA-G--ATATAatcttttttc
gi|17 : ataccCTGAATGACTGTTTAATACAC----TCTGTGCT---------TAA-TTTTAGGTGGGTT----A--------TATCTGAATCTT--GTTTTTG-AATGATCTTGAAagccgataatcacaatatggttttataacataatgtaatattaaa
gi|18 : aTTAAC-A-TTGATCAGTAACCA-----TTATTTACTTTAAATGTA-C-TAAC--ATAA-AA---------------TAG---AAATAG--------CATTTATTATGTAAAGCAGTTA-CT---AAATCATTTCCCAATA--ACTATA-CGATATTA-----T-----------TA-----T-GTTTATATGCATAATA--AGAG---A-------CTTGAAAttatacattctgttactaaaaaaaataaataaaaaacttaaataagtaagcgtcaaattcttaacatcctt
gi|2 : aATTATGTCTTTATTATGAG-------------AATGTG-------AC-----ACATTAAGA----T-------------TA----TATATA-AA----A-------T--------A----C------CT-A-TCTATCACAAGGACTTC--T-TT--GAAAT-ATAAGTAT-TACA--------CT------TTAAAACATATTTAAC------ACCGGCA--------------------------A-C-AA-C--A---------G--CA-T--ACATAT---AAA-AG--------TAG-----ATGTGAAATGATAGCCT---AAA-CTGTTTTCAATA--A--ATA-TG------------------------------------AAATA--------------------------TGAAAGCCGATTATGA---ATACATATTG--TAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTA-TTAA-ATGT----T-TTTATTT--TT-G------TTTAA-----ATTGACAA--------TATCT---TT----G-TTTTA-AATGATCTTAAAAc
gi|21 : aGTATTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----A------------TCCCATTAAGATTATA----TATACA-AT----A-------T--------A----CACT-GCTT-A----ACTACAAAACCTTC--T-TTCAAAGAA-ATG--TAT-CACA--------TA------ttgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : ATATTGTTTTTATTTTAAGGTGGTAACTCATTAA---G-------ATT----A------------T-------------TG-----ATATA-AA----A-------TGTGAAGTAA----AAAC-A-AT-A-TCTACCACAAGGCCTTT--T-TT--AAAaaa
gi|23 : ttATAATGTCTTTATTTTGGG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------
gi|3 : agtaataataACAACGTCTTT-TTTT-AG-------------AA---G-------A------A------------T-------------T-----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAC-AATT-A-TTTACCATAAGGCCTTC--T-TT--AAAAC-ATA--TAT-TGC---------TAG-----TTAAA-CTTATTTAAC-A-TTGATCAGCAACCA-----CAGTATACTTCAAATACA-CCTA-C--ATAG-GACCAA--CA-T--ATATAG---AAA-GA--------CAG-----ATGCAAAGCAGTTATGT---AAA-CGTTTTCTAATA--A--ATA-TG-CCTTA-----TATAAATC----TACATAAT-GTTTAAGGCCATG--A--AGAG---A-------C-TGATAGTCGAATATTA---ACAAGAAATG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTACT---T----TCTATGTTT--GTAGA-TGACCTTTA-----ATT----A--------TAACT---TTTCAAG-TTTTGTGATATTTTTAAAAcccattaatattatacatgtatata
gi|4 : CTTCAAACAAA-C-T--T--ATAC-AT---G--CA-T--ATAGAA---AAA-AAACAGCAAACAG-----ATGTAAA----TTACCT---AAG-AATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TATTA-----TA-----C----T------T-GTTTAAATGCATA------GAG---A-------A-TAAAAACCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATA------CTCTGTTC--TT--------TTCT-------TT----A--------T-TCT---CTCT--G----TA-GATGATTTTAAAgattaccactgta
gi|5 : TCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----AATG---------T-------------TAAA--TATACA-AA----AAAACATGT--------AAAAGCAAT-G-CT-AATTTACCAGAAAGTCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TCT-GACA--------TA------CCAAA-CAAACGTAAC-AAT--ATCAAAAACAA-----TAACATCATTCAAATATATC-TA-C--ATAA-A----------T---TATAG---AAA-AAAC------CTGCT---ATCTAA--CAGTTACCT---CA--CAC--------------GCG-TG-TCTTA-----TT-----A----TA-----A-GGTTAAATGCATA--ACGAGAGGCGA-------C-TGAAAGCCGGATATGA---ATGGTTATTG--AAT---TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTTATATAT----TCttataccttttgttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|6 : ATAATGGCTTTATAATGAA-------------AA---GTTTACTCAT------------------T-------------TA----GATTTT-AATTATA-------T--------A----CAAT-A-TTCG-TCTACCACAAAACCTTCAGT-TT--AATAT-A-A--TGT-TGCACGTATAAATG------TTAAA-TATATTTAAC-A-T----CAGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATA-C----------G-AAC--G--TA-C--ACATAG---AAA-AA----------G-----ACGTAAAGGAGATACCT---GAA-CAGTTTCCAATA--G--ATAATG-TCGTA-----CA-----------A-----T-GTGTAAA--------G--AGAG---G-------C-TGGAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAG---TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTTattc
gi|7 : aatgataTGTCTATATTTTAAG-------------AT---G-------GT-----AACTCA-------T-------------TAAGGTTATGTA-AAC---A-------T--------A----TA-----------CTACTACAAGGTCTTC--T-TT--AAATT-TTA--TAA-CACA--------TA------TTAAA-TATATATAA--A----ACCAACAGCAA-----CATTATACTTTAAATGTA-C-TAGC--ATA--AATT-A--CA----GTAT-G---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTAACT---AAA-CATTTTTCAATA--A--ATA-TG-TCTTT-----TA-----C----TA-----T--------TGCATACCA--AGAG---C-------C-AGACAGTCAAATATAG---ATAGGAATTG--GAT---TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|8 : aacac---A--CA-T--ACAT-GCTTAAA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATCATCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TA-T----------------------------------AAATGCATA--A--AGAG---AGC-----C-TGAAAACACAATATTA---ACAGGAACTA--AAT---TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGAATA-AT----TTTCTGTTT--TT--------TTTTG-----GTT----AAAGATGGGTAATT---TCTCT-G-TTTGGAGATGATTTTAAA
gi|9 : ttgATAATGTCTTCATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----AACTCATTAATATTA------------TA----TATACA-AT----A-------T--------A----CGAT-GCTT-A-T-------AAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ACA--TAT-AACA--------TA------TAACA-CAAATCTAAA-A-TTAATCAGCTACAA-----TATTATTCTTCAAATATA-CATA-CATATAG-AA---A--AA-T--A--------GCA-AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATTACCT---AAA-CATTTGCCACTA--A--ATA-TG-AC--A-----TG-----CG---TA-----T-GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-tcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
blockSeqs : GTGGTAACTCATTAAGATTATTGATATAAAATGTGAAGTAAAAACA C A AG A CA C AG GT CGTATAAATG A CATTGAT AAACATAAT T CTACATAGGACCAACAT CTT T ACAGCAAACAG GGC T GTA AT CC CT A CCTTATATAAATCTACATAATGTTT ATA AGTCTGAT T A AAT AC GTG ATGAA T T A . G GA TAATTTTAGGTGGGTTATATCTGAATCTTGT T
blockSeqs : AAGGTAATGTTAAATATACAAAAAAACATGTAAAAGCAATG . . . . . . . A TTAAGACAT . CATTGAT TAAA . ATACATATAGAAAAAT . . CATTTATT ATT A . G . . . TTTTAGATTTTATTTATGTAT ACG GCGA . G . . . . C . T . C . AGATGACCTTTAATTATAACTTTTCAAG A
blockSeqs : AAGGTATCCCATTAAGATTATATATACAATATACACTGC . . . . . . . T TAG . AATTAAT CAAT . ATATAGTAAAGGCAG . . ACCTGCT GGC C . A . . . TTTTAATACAAATTATGTTG CCA TGG . A . . . . C . T . G . TTTTGGTTAAAGATGGGTAATTTCTCTG .
blockSeqs : AAGATAACTCATTAATATTATATATACAATATACGATGC . . . . . . . T TA . CAACAT TTAT . TAGCATAAATTACA . . GCCG AGT A . A . . . TCTTGCTCTAAAGTTT C AGC . G . . . . T . T . T . GTTTAAATTGACAATATCTTTG .
blockSeqs : AAGATCTCCCATTAAGATTATACATATACAATTAC . . . . . . . C TA . CAATAT CAGT . TACATGTACATT . . GCAG AGC C . A . . . TCTTATTATAAGGTT A A . T . . . . C . T . A . GGTTGATAATATATTTGT .
blockSeqs : AAGTTTACTCATTTAGATTTTAATTATATACAATA . . . . . . . T CT . CACA TAAC . TTATACATGCAT . . TCAG AAT T . A . . . ATATTATTATGTTT A A . G . . . . C . T . C . TTCTTTATTCTCTCTG .
blockSeqs : AATGTGACACATTAAGATTATATATAAAATAC . . . . . . . G TA . CAC CATT . TAACATGCAT . . TAG AGC C . A . . . TATTATACTTGTTT G A . G . . . . C . T . C .
blockSeqs : ATGGTAACTCATTAAGGTTATGTAAACATATA . . . . . . . T TA . CAT TATT . TAACATAAAA . . CAG AGG C . G . . . ACATGCGTATGTTT A G . G . . . . C . . .
blockSeqs : ATATTATATACACAATATATAATAA . . . . . . . C TA . AAC T . TACATAAAT . . CAG AGC C . A . . . TCGTACAATGTGT A C . A . . . . . . .
blockSeqs : AAGAATTTATACAAAATACAACAA . . . . . . . A TA . . . TAACATGC . . CAG AGA A . A . . . TCTTTTACTAT . A . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AACAGCAT . . CAG AGA T . A . . . T . . .
blockSeqs : . GAACGTAC . . CG GC C . A . . . . . . .
blockSeqs : . . G A . . . . . .
blockSeqs : C
blockSeqCons : ** ** CAAT***** CAAT***** TAACATGCAT**************** CAG************* AGC A* TNTTATTATGTTT*********************** A********** **** TATTTTAGGTTGGTAATATCTTTGT*************************
originalCons : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAAC-A-T--ATCAGCAACAA-----TAATATACTTCAAATATA-C-TA-C--ATAG-AA---A--CA-T--ATATAG---AAA-AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TG-TCTTA-----TA-----C----TA-----T-GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TT-GG-TGA-TTTTA-----GTT----A--------TATCT---TTTC--G-TTTTG-GATGATCTTAAAA
finalCons : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAACAAT-----CAGCAACAACAAT-----ATACTTCAAATATA-CTAACATGCAT----------------ATATAG---AAA-AACAG-------------ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CATTTTCCAATA--A--ATA-TGTNTTATTATGTTT-----------------------AAATGCATA--A--AGAGA----------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTT--TTTATTTTAGGTTGGTAATATCTTTGT-------------------------TTTTG-GATGATCTTAAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111 222222222222 22222222222222 1111 111111111111111111 22222222 11111 555555555555555555555555555555 11111 22222222222 1 33333333333 11111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 0 44 3 99 3 88 44 8888888888888888 4 666666666666 3 99999999999999 1111 666666666666666666 0 2 99999 44444444 0 00000 222 4 444 2 33 0 33 66 2 2 9999 000000000000000000000000000000 11 55555 66666666666 3 1 666 55 666 99999 2 3 0 0 9999 11 2 00000000000 33 66 44444 5 11
lowQualScore : ............................................................................................................ . . . .. . .. . .. .. ................ . ............ . .............. .... .................. . . ..... ........ . ..... ... . ... . .. . .. .. . . .... .............................. .. ..... ........... . . ... .. ... ..... . . . . .... .. . ........... .. .. ..... . ..
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 2 66 3 22 6 66 33 0000000000000000 0 777777777777 6 44444444444444 9999 999999999999999999 1 7 33333 00000000 2 33333 666 3 777 7 77 3 77 33 7 7 0000 999999999999999999999999999999 22 33333 66666666666 1 2 444 00 444 11111 0 6 9 8 4444 11 4 00000000000 11 11 33333 0 99
consensus : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA---CA---AT--C-AGCAACAA-----CAATATACTTCAAATATACT-A-ACATG-------CA---T----ATATAG-AAA-----AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CAT--TTTCCAATA--A--AT-A-TG--TCTTA--------T-----------TA-T--GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTTTTTGTT--TT--AGGTTG-GTAATATCT-----CTGTTTTTAGATGATCTTAAAA
Reference ( family-3369 ) : ATAATGTCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------TA----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAT-A-TT-A-TCTACCACAAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA---CA---AT--C-AGCAACAA-----CAATATACTTCAAATATACT-A-ACATG-------CA---T----ATATAG-AAA-----AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTACCT---AAA-CAT--TTTCCAATA--A--AT-A-TG--TNTTA--------T-----------TA-T--GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-TGAAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGACTGTTTAATATAT----TCTNTGTTTTTTATT--TT--AGGTTG-GTAATATCT-----TTGTTTTTGGATGATCTTAAAA
gi|1 : ATGTATTTAATTTGAG-------------AA---G-------GC-----A------------A-------------CT----TGTACA-AT----A-------T--------A----CACT-ATTT-A-TCTACAAAGAGGCCTT---T-TTAAAAAAT-ATAT-TAT-TACA--------TA------TTAAA--ATATGTAA---C----AC--C-AGAAATGA-----C----TAC--CAAACTCA---A-AAATG-------CA---TTC--TTATAG-AAA-----CAT-------CGA-----ATG----------------------AT--GTTCTAATC--A--GT-A-AG--TATTA--------T-----------GA-T-------AAT--ATG--G--AGAG-----------C-TGAAAGCCGAATG--------------------------C-----AT-TCT--A-TGCCAGTGTAGCTGAATG-----TTAA-ATATCGCATCTTTG-TTTTTGGT--TT--GGGATG-AAAATATGT-----CTGTTTTTATATGAT
gi|10 : aataattagtAAATATACT-A-ACATG-------CA---T----ATAGAA-AAA-----AA--------C-G-----ATGTAA-GCTGTTATCTGTAAAG-CAT--TTTCCAATA--A--AT-A-TG--TCTTG--------C-----------T-------CTAAA--------------G---T-------T-TTAATGCTGCATATAA---ATGGGAATTA--AAT---TTC-----CTGT--GCA-TGAAAGAGTGGTTGAATGACTGTTTAAAATAC----TCTGGG---TTTGAT--TG--AGGATGAGTGATATCT-----CCGTTTTTGGATGATCGTAAatactgtataacttttgttgtcagaaagactggaatacctatatatagaagcgtaaaattattttaccgacattgtaaacacatttcatgttatata
gi|11 : AGGCAGTAAACT---AAA-TGT--TTCCTAACA--A--AT-A-TA--TTTTAATACAAA-T-----------TA-T--GTTGAAATGCTTA--C--AGAGTG-G-------C-CAAAAACTGAATATGA---CTAGGATCTG--AAC----CC-----ATGTTTGTA-AGCCAGAGTAACTGAATGACTGTTGA--ATAT----TCTCTGTTTTT-----------GGTTG-ATAATATAT-----TTGTTTTTAAATGGTCATAAgttatacattttgttgttagaaagaataatta
gi|12 : cATTTTGAG-------------AA---G-------ATCTCCCA------------T-------------TAAGATTATACA-TA------------T--------A----CAATTACTT-A-TTTACCACATGGTATAC--T-TT--AAAAT-ATA--TAT-AACA--------TA------TCAAC-CATATTCAA---CAAC-AT--C-AGTTGCAA-----TAAAATAATTCAAATATAT----ACATG-------TACATT----GTGTAG-AAA-----AAG-------CCG-----ATGTCGATTTGATACCT---AAA-CAT--TTTCTAATACCA--AT-A-gtgataattttgttgtctgaaagaacattgaaattacttatata
gi|14 : gataataataatgatatcaatac---T----ATATAG-AAA-----AAG-------CAG-----ATGTCAGGCATTTAACT---CAA-CAT--TTTCTAACA--A--AT-A-CA--TTTTAGATTTTATT-----------TA-T--GTATAGATGCATA--A--AGAA---AGTCTGATC-TGAATGTCAAATATAAAATATAGAAATCAACAATGTGTTC-----ATGT---CA-TGCCAGAGTAACCGAATGACTGTTTGATaata
gi|15 : atgATGATGGTTTTATTGTGAG-------------A-------------T-----A------------T-------------TA----TATACACAAT---A-------T--------A----TAAT-AATT-A-TCTACCACAAGGTCTTC--AACT--ATAGTCATG--TAT-TACA--------TA------TTAAA-CATATTTAA----A---AT-------------------------TTAAAA---ACT-A-ACATG-------C---------ATACAG-AAA-----AGT-------CAG-----AT-TAAAGTAGT
gi|16 : aataT-A-TCTATCACAAGCCCTTC--T-TT--GAAAC-ATA--CATGTACAT-------TAAGACATTTAAA-CATATTTAA---CA-------CAAGCGACAA-----C-----------AATATACT-A-ACATA-------C---------ATATAGTAAA-----GG--------CAG-----ATATAAGCCGATAATCA---CAA-TATGGTTTT--ATA--AC-ATAA-TG--TAATA--------T-----------TA-atcttttttc
gi|17 : ataccCTGAATGACTGTTTAATACAC----TCTGTG--CTTAATT--TT--AGGTGG-GTTATATCTGAATCTTGTTTTTGAATGATCTTGAAaa
gi|18 : aTTAA---CATTGAT--C-AGTAACCA-----TTATTTACTTTAAATGTACT-A-ACATA-------AA----------ATAG-AAAT----AG--------CATTTATTATGTAAAGCAGTTA-CT---AAATCAT--TTCCCAATA--ACTAT-A-CGA-TATTA--------T-----------TA-T--GTTTATATGCATAATA--AGAG---A-------CTTGAAAttatacattctgttactaaaaaaaataaataaaaaacttaaataagtaagcgtcaaattcttaacatcctt
gi|2 : aATTATGTCTTTATTATGAG-------------AATGTG-------AC-----ACATTAAGA----T-------------TA----TATATA-AA----A-------T--------A----C------CT-A-TCTATCACAAGGACTTC--T-TT--GAAAT-ATAAGTAT-TACA--------CT------TTAAAACATATTTAA---CA----C--C-GGCAACAA-----CA-------------------------G-------CA---T----ACATAT-AAA-----AG--------TAG-----ATGTGAAATGATAGCCT---AAA-CTG--TTTTCAATA--A--AT-A-TG-------------------------------------AAATA--------------------------TGAAAGCCGATTATGA---ATACATATTG--TAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGACAGAATAGCTGAATGGTTATTAAATGT-T----TTTA---TTTTTG-T--TT--AAATTG-ACAATATCT-----TTG-TTTTAAATGATCTTAAAAc
gi|21 : aGTATTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----A------------TCCCATTAAGATTATA----TATACA-AT----A-------T--------A----CACT-GCTT-A----ACTACAAAACCTTC--T-TTCAAAGAA-ATG--TAT-CACA--------TA------ttgtcaaaaagaatagttaaattacttgtataggtaggtgtgaaattattaattgcattgtatacaaggatttcttgttggaatg
gi|22 : ATATTGTTTTTATTTTAAGGTGGTAACTCATTAA---G-------ATT----A------------T-------------TG-----ATATA-AA----A-------TGTGAAGTAA----AAAC-A-AT-A-TCTACCACAAGGCCTTT--T-TT--AAAaaa
gi|23 : ttATAATGTCTTTATTTTGGG-------------AA---G-------AT-----A------------T-------------
gi|3 : agtaataataACAACGTCTTT-TTTT-AG-------------AA---G-------A------A------------T-------------T-----TATACA-AA----A-------T--------A----CAAC-AATT-A-TTTACCATAAGGCCTTC--T-TT--AAAAC-ATA--TAT-TGC---------TAG-----TTAAA-CTTATTTAA---CATTGAT--C-AGCAACCA-----CAGTATACTTCAAATACACC-T-ACATAGGACCAACA---T----ATATAG-AAA-----GA--------CAG-----ATGCAAAGCAGTTATGT---AAA-CGT--TTTCTAATA--A--AT-A-TG--CCTTA--------TATAAATCTACATAAT--GTTTAAGGCCATG--A--AGAG---A-------C-TGATAGTCGAATATTA---ACAAGAAATG--AAT---TCC-----ATGTCTGCA-TGTCAGAGTAGCTAAATTACTGTTTACT---T----TCTATGTTTcccattaatattatacatgtatata
gi|4 : CTTCAAACAAACTTATACATG-------CA---T----ATAGAA-AAA-----AAACAGCAAACAG-----ATGTAAA----TTACCT---AAG-AAT--TTTCCAATA--A--AT-A-TG--TATTA--------TAC---------T--T--GTTTAAATGCATA------GAG---A-------A-TAAAAACCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAT---TCC-----AGATTTGCA-TGCCAGAGTAGCCAAGTGAGTGTTTAATATA------CTCTGTTCTTT-TC--TT----------TATTCTCT-----CTG----TAGATGATTTTAAAgtagatgacctttaattataacttttcaagttttgtgatatttttaaaagattaccactgta
gi|5 : TCTTTATTTTGAG-------------AA---G-------GT-----AATG---------T-------------TAAA--TATACA-AA----AAAACATGT--------AAAAGCAAT-G-CT-AATTTACCAGAAAGTCTTC--T-TT--AAAAT-ATA--TCT-GACA--------TA------CCAAA-CAAACGTAA---CA---ATATC-AAAAACAA-----TAACATCATTCAAATATATC-T-ACATA-------AA---T-----TATAG-AAA-----AAAC------CTGCT---ATCTAA--CAGTTACCT---CA--CAC----------------GC-G-TG--TCTTA--------T-----------TA-TAAGGTTAAATGCATA--ACGAGAGGCGA-------C-TGAAAGCCGGATATGA---ATGGTTATTG--AAT---TCCATGAAATGTCTGCG-TGTTAGAATAATTGTATAGCTATTTTATATAT----TCttataccttttgttatcagacagaatgataacatttcttatataagtaggcgttaagttatttaataccttgtatagaagtagtcgcaggtgaaatttgcatctatttttaaaagttaact
gi|6 : ATAATGGCTTTATAATGAA-------------AA---GTTTACTCAT------------------T-------------TA----GATTTT-AATTATA-------T--------A----CAAT-A-TTCG-TCTACCACAAAACCTTCAGT-TT--AATAT-A-A--TGT-TGCACGTATAAATG------TTAAA-TATATTTAA---CA----T--C-AGCAACAAAAACATAATGTACATCAAATATACG-A-ACGTA-------CA---C----ATA--G-AAA-----AA----------G-----ACGTAAAGGAGATACCT---GAA-CAG--TTTCCAATA--G--AT-AATG--TCGTA--------C-----------AA-T--GTGTAAA--------G--AGAG---G-------C-TGGAAGCCGAATATGA---ATAGGAATTG--AAG---TCC-----GTGTCTGCA-TGCCAGAGTAGCTGAATGGCTGTTTattc
gi|7 : aatgataTGTCTATATTTTAAG-------------AT---G-------GT-----AACTCA-------T-------------TAAGGTTATGTA-AAC---A-------T--------A----TA-----------CTACTACAAGGTCTTC--T-TT--AAATT-TTA--TAA-CACA--------TA------TTAAA-TATATATAA----A---AC--C-AACAGCAA-----CATTATACTTTAAATGTACT-A-GCATA-------AA---TTACAGTAT-G-AAA-----AA--------CAG-----ATGTAAAGCAGTTAACT---AAA-CAT--TTTTCAATA--A--AT-A-TGTCTTTTA--------C-----------TA-T---------TGCATACCA--AGAG---C-------C-AGACAGTCAAATATAG---ATAGGAATTG--GAT---TTC-----ATGTCTGCCTTGCCCAAGTAACTGAAt
gi|8 : aacacT-G-ACATA-------CA---T----GCTTA---AA-----AA--------CAG-----GTGTAAAGAAATCATCT---AAA-CAT--TTTCCAATA--A--AT-A-TA--T----------------------------------AAATGCATA--A--AGAG---AGC-----C-TGAAAACACAATATTA---ACAGGAACTA--AAT---TCC-----ATATCTGCA-TGCCACAGTAGCTGAATGACTGTTGAATA-AT----TTTCTGTTTTTTTTTGGTTAAAGATGG-GTAATTTCT-----CTGTTTGGAGATGATTTTAAA
gi|9 : tATAATGTCTTCATTTTGAG-------------AA---G-------AT-----AACTCATTAATATTA------------TA----TATACA-AT----A-------T--------A----CGAT-GCTT-A-T-------AAGGCCTTC--T-TT--AAAAT-ACA--TAT-AACA--------TA------TAACA-CAAATCTAAAATTA---AT--C-AGCTACAA-----TATTATTCTTCAAATATAC------ATA-------CA---T----ATAGAA-AAATAGCAAA--------CAG-----GTGTAAAGAAATTACCT---AAA-CAT--TTGCCACTA--A--AT-A-TG--ACATG--------CG----------TA-T--GTTTAAATGCATA--A--AGAG---A-------C-tcatataggcattgtagaaaagtaactttaattcatgtgtcaagta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATTTATACCATGTCTTATTTTGATAAATACAAATACCTGCGTTATTAGAGGCGTTAATTATATGTTTTGGTTTGAGTAAGACAATATCTCTTTTTAAGATAATCTTAAACAACACCTTATGGTGTCAGAATACATTAATTACGTATATAGGTAGGCGTAAGATTATTTACTGTCTTGTATACAGGAAAACATATCTTATTTGA
Unaligned ( gi|19 ): ATAGTAATACTAATAATGATATCGTTTTGTTTGAGAAGGAAACTCATTAATATCATACATACGTCAATATACATTTACAGTACTTATCGATTTCGAGAAATTATTTAAAATATATATTACATATACAACAAGT
Unaligned ( gi|20 ): TTCTGATAACACTATCAAATAACTAATATAAGAAGGCGCTAAGTTGTTAAGTGCTTTGTAACCAAGTAATCCATCATGGTATTTGCGTCGTTTATTAAAAGATAACCATT
Unaligned ( gi|24 ): TGATAACACGATAGAATTACTAATATAAAAAGGTGCTAATTTATTAATTGCTT