lowQualScore                  :                                                                                                  1    1                 1             222                           1                      3333        1111           1111           1        111   1                                                                  2222222222          1111         1                 555555555555555555555555555555555555555555555555              11                              111111111                    333333333333                        111    1       1                  1111               1111111111            3333333                                                    1               1111                   
lowQualScore                  :                                                                                                6 7    7     2    4      3   0     1   222  00   3 4           0     5  1                   7777     2  3333  2  8     2222           5    3   000   4 1              0    4        3  6         77        3            1111111111          3333     4   3               2 222222222222222222222222222222222222222222222222  888888      99     3                 33  3  888888888   888              444444444444   2           33     1 888    8       2    3333          6666       5     1 7777777777    444   2 2222222   444           2 33  33                   777 5   5 2             5555  5555 2           
lowQualScore                  :                                                                                                . .    .     .    .      .   .     .   ...  ..   . .           .     .  .                   ....     .  ....  .  .     ....           .    .   ...   . .              .    .        .  .         ..        .            ..........          ....     .   .               . ................................................  ......      ..     .                 ..  .  .........   ...              ............   .           ..     . ...    .       .    ....          ....       .     . ..........    ...   . .......   ...           . ..  ..                   ... .   . .             ....  .... .           
lowQualScore                  :                                                                                                0 0    0     5    0      3   7     0   000  22   0 6           1     0  9                   7777     0  2222  0  3     1111           0    6   222   1 0              3    3        6  5         00        6            5555555555          8888     9   3               5 111111111111111111111111111111111111111111111111  333333      33     3                 99  4  333333333   333              000000000000   7           99     4 666    9       5    2222          2222       6     7 8888888888    444   5 5555555   222           5 44  44                   333 3   8 7             5555  7777 7           
consensus                     :                                                                                            NNAAGTACAGAACCTTANTTCANGATTAA-TTTAATAAACGCT-G-CTTTTAANTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAACATATGTTTAAA--A-GTTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGT--NTTATTGAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-CT-CT----A-TTGTGA-GGTCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGNTATTGCTA-AAA--C--TTGT---TTA-T--CT---CTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGG--AA-AATAA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
Reference ( gi|1 )            :                                                                                            ATAAATTCAAATCTTTACTTCAAGATTAA-TTTGATAAATACT-G-CTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTTTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAAAAAATGTTTAAA--ATGTTAAAATAGACACAATTAATAAGTACGAAA-TGT--TTTAATAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-CT-CT----A-TTGTGA-CGTCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATTGAGATAGTGTTTTTATGGAAATATGGAATAC---TTGTATTGATATTGCTC-AGA--T--TTGT---TTA-T---T---CTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGG--AA-AATTA-ATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|13                         :                                                                                              AAGTACAGAACTTTACTTCATGATTAA-TCTGATAAACACTTG-CTT---AGCCCCTTTCGT------------TCACCCATG---TAGTAAAACAT-TGTTT-------GTAAAAAAAGA-----TTAATAAGCAAGAAA-TGT--TCTACTGAAACAAATAAGACATGTAAATAGACCTT-AACAATAACACCCTCCATAATG-GAACA------T-T--------TTATCATTAT----CATATTGTATGCAACCATGCACA
gi|17                         :                                                                                                  aCAAAACCTTAATTCAACATTAAATTTAAAAAATGAT-A-TAGTTAAGTCCCTTCCAAGCAACTTGT
gi|6                          : acagactgaaacattcctttagggcaaacaaatatgtaacagttaaaataaaacatcaactttttttaaccccactcacccccaaaaaaacaacaacaacaaaaatacccacaaGATTAA-TTTAATAAACACT-GGCT---GAGCCCTTTCCATACA------------CCCAGGCTGTAGTAAAACAT-TGCTTGAA--A----AAAA-AGA-----TTAATAAGCAAAAAA-TGT--TCTACTGCAACAAATGAGACATGTAAATAGACCCT-AACAATAACACCCTCCATAATG-TAACATATTATC------------AGTATCAT-------ATTGTATGTAACCGTGCACACAGAGAGTTTTTTTGTTGG----TTTATAT--------------TATTTCT-TTTTATA-TTAT-----TTCACTTCTTTGA--TGGGGGT--CTAAT-------AA-AT---AAAATT---ATTTA------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGT----CTGAGA----GTATTTATG----T-T--AATAC---ATGAATTGTTATTGTTA-AAA--C--TTAT---TTA-T---TA--TTC--TCACAAAAAAAC-G---------CCATGATGTAAATTGG--CA-AATAA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|3                          :                                                                                                                                           TTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAA-AAATGTTTAAA--ATGTTAATATAGACACAATTAATAAGTAAGAAA-TGT--TTTATTAAAACAAATGAAGCAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-CT-CT----A-TTGTGG--GTCCA-TTATTTAAAATAAATGC---AAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGGATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATAC---TTGTATTGATATTGCTC-AGA--T--TTGT---TTA-T---T---CTC--GCTCAAACACAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGG--AA-AATAA-ATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|5                          :                                                                                                                                           TTTTGATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGTTAAAAAA--------------GTTAATATAGACACGACTCATAAGTAAGAAA-TGT--ATTATTAAAAGGAATGAAACAAATA----GACCCTTAAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTAGT-T--------TTATTATTATT-------------GTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTTTGTTGTTT---T--------------TCTC-TT-CT----A-TTGTGA-GGTCCA-TTATTTTAACTCAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTTTGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAAAAC---TTGTATTGTTACTGCTA-TAA--C--TTGT---TTA-TTACT---CTC--GCTGAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAGTTGG--AA-AATAA-ATGGGCCACTATAA---TG----T-AGAATGGCT
gi|2                          :                                                                                                                                           TTTTATGTCTCTTCCATACAACTTGTGTTATATCCAGACTTTGTTAAAA---ATGTTTAAA--AAGTTAATATAAACACGATTAACAAGTAAGAAA-TGT--ACAATTGAACCAAATAAGACAAGTAAGTAGATCCT-GACAACAACAACACTCATTATG-GAACATATTATTATTATAATTATTATTACTATTTT-TGTATTGTATGTAACCGTGCACACAGG-------------CA----TTT---T--------------T-CT-CT-CC----GTTTGTGA-GATCGA-ATATTTAAACTATATGC--TT-AA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA--GAG--AGTGCTTATATGGAAATATGAAATAC---ATGTATTGGTATTGTCA-AAA--T--TTGT---TTA-TTACT---CTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCCACGTTGTTAACTGG--AA-AATTA-ATTGCCCACTACAC---TG----T-AGAACTGCT
gi|10                         :                                                                                                                                           TTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAACAATATGTTTAAA--AGGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGT--ATTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GATAATAACA-CAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTGTTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGT--------------------TTTT----TTC---T--------------CGCT--T-CT----A-TTGTGA-GGTCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TT-AA-------AACGT---AAGAGTAACAGCTG------------AAA-ATTGAGCGAAa
gi|4                          :                                                                                                                                            TTTAGTC-CCTATCACACAACGTGTGTTATATCTAGGCTCTTGTAAAACAA-TGGTTAAATCATAT--AAATATGC----TTAATAAGTGAAAGA-CCT--ATTATTGCAACA--T---ACAA-----TA--CCCT-GACAAAAGCATATTCTATCATG-TAACCTATCATA-A--------TTATTGT-GTTACATGTAT-ATGGGCAACCATGCGTACA--------------TCT----TTT---G--------------TA---CG-AT----A-AAGAGAATGCACA-TTG----AATAAAATGC--TTAGAGAAGATTAACATGG-AAAAGTGACAGCTGTTATAAGAAAAAAAA-AAAGAGTGAAA--AGGTA----TAAAATAATGTT----------TATGGAATAA---ATGTATAGCTACTGTTA-AAA--C--TTGT---TTATT---T---CTCAAATACAAATATAC-A--AT--TGTAGATGTTGTAAACTGGCAAA-GAT---ATGGGCCATTACAATCTTG----T-AGAATGGCTGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                     AAA--ATGTTAGTATAAATATGAT-AATAAGTTGGAAA-TGTACTCTGA--AAACAAATGAGACAAAAAATTAGACCGT-GACAGTAGCACCACCAATGATGCTAACATATAATT------------ATTATTATTTC-TGTATTGTATGTTACCATGCACACATA--------------------TT---T--------------TATT-CTTCT----C-TTTTTA-GGTCCA-TTATTTAAATTAAA------------------GCAT---AAGACTGACAGCCG------------AGA-AATGAACGAAA--GAGTATGA--GGGA--GTGTCT--------ATATGGAATAG---ACGTAATGATATTATTC-AAA--ACATTGT---TT----------CTC--GCTCAAATATAT-A--AT--TATACGTGTAGTTACTTTG--CA-AATAA-AAGGGCCACTACAT---TG----T-AGAAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                             TTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGT--ATTGTTAAAACAAATGAAAC-------------CT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TGACATATTTAT-T--------TTATTATAATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACATAG-------TTGTTTT----TTT---TGTTTTGGGGTTTTTTACT-CTTCT----A-TTGTGA-GGTCCA-TTATTTAAACTTAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTAGCAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCTAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGTTATTGCCA-AAA--C--TTGT---TTA-TAAAT---CTC--GCTTAAACGTAT-T--AT--TATTCATGTTGTTAATTGG--GATAA--A-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                  aaatactggttTAATAAGTAACAAA-TGT--ATTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTATACCCC-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTAC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG---------GTTTT----TCT------------------------T-CT----A-TTATGA-GGTCCA-TTATTTAAACTAATTGC--TGAAA-------A--AT---GAG--TGACA--T--------------AG-TATGATT--------GTATGATTGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGTTATTGCTA-AAA--C--TTGT---TTA-TTACT---CTC--GTTCAAACATAT-A--AT--TAGCCATATTGTTAATTGG--AA-AATAA-ATAGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGAag
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                               ATAAGTAAGAAAATGT--TTTACTTTAATACATGAGACATGCAATTAGACC-T-GACAATAACATCT-TCATAATG-TAACATATTATC-A--------TTACCATTAT----TGTATa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agTATATC-TGTATAGTACGTAACCGTGAACACAGAG------------CT----TTT---T--------------TCTT-TT-CT----T-TTGTGA-TGTTGA-TTATTTAAATTAAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGTTTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTATTCATGGGATTATGGGATAC---ATGTATTGTTATTGTTA-AAA--C--TTGT---TAA-TAACT---CTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCGATGTTGTTAATTGG--GA-AATAA-ATGGACCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcaTT---T--------------TCTC-TT-CT----A-TTGTGA-GGCCCA-TTATCTAAACTAAATGC--TTACA-------A-CAT---AAAATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATAGAATACTTGTTGTATTGTTATTGCTA-AAA--C--TTGT---TTA-TTACT---CTC--GCTCAAACATAA-A--AT--TAAACATGTTGTTAACTGG--AA-AATAA-ATGGGCCGTTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTCCA-TTA----AATAAAATGC--TTTAA-------GACTT---GCATCTAACAGCCG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA--GAGAGAGT----TTATGGAA-----GAAAAC---ATATATTGACATTGTTA-AAA--C--TCAT---TT--T---T---CCC-----CACACAAATCA--AT-------ATGTTGTTAATCGG--CA-AATAA-ATGGGCGACTACAA---TG----T-AGAATGGCTAAa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aTTAAATAGAACGC--TTTAA-------GACATTATAAAACCAACAGCTGTTTTTACA----AAA-AATGAGTGA----------------GAAAGTGTTT----------ATAGAATAC---ATGTATTGCTATTGCTTTAAA--C--TTGG---TTA-CATCT---CTC--ATATAAACATAT-A--AT--TTTCCATGTTGTTAGTTG--------TCATATGGATCACTACAATCTTG----TGAGAATGGCT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ccaAAATGCGATTAAG-------G-CAA---AAGATTGTCAGCTGTTTTTACAA---AAACAATGCATGAAAAAGAGTATA--CGAGA--GTGTTT--------ATACAAAGTAG---GTGTATTTATATT-------A--T--TTAT---T-A-C---T---CTC--ATACATACATAT-ATAATAGTATATATATTTCTAATTGT--CA-AATAA-ATGGGCCACTATAA---TATTGTT-AAAATGGCTAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttaCAT---ATAATTGACAGCTG------------AGA-AATAAGTGAAA--GAGTA-G---GAGAGAGTG--TTTATGGAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aagtTGTATTGATATTG-TA-AAAAAC--TTGTATATTA-C---T---CTC--GCTCAAACATAT-T--AT--TA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atatcaaatcatgacagcaaaaaGTATTGATATTGCAA-AAAA-C--TTGT---TTA-T---TTCTCTC--GCTCCAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGG--AA-AATAA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATTGTTA-AAA--C--CTGT---TTA-T---TA--CTC----TCACGCA----A--AC--CGTC-GTGTTATTAACTGGC-AATAA--A-ATAGGCCACTACAA---TG----T-AG-ATGGCTGcaaat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAAAGATCTACTATTGTTACAAATAAGTCATGTGAGTAAACACTGACGATAACATCTTAAATAATATAATATATCATTATAACTGTATTATATGGGTAATCGTGCATACAAAATATGTTTTTTTTCTTCTATGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAGACTTAATCATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTGAAAAAAAATG






Alignments
lowQualScore                  :                              1            1  1                                                  2222         222                                                                                                         1111111111          1111                           3333333333333333333333333333333333333333333333                                                111111111                    333333333333                        111                                                                     222222                                                                                         
lowQualScore                  :          0   0   1    1      0          2 0  0       1         1            0                   7777     0   000    3     0                   3   1     1          0        3        3  1         22        3            8888888888          0000     3   0               1 5555555555555555555555555555555555555555555555 6  7777 3        3    3                 33  2  555555555   777              111111111111   2           33       444            5       2          444        1     1 2 2   55 2     33  666666    33            2 33  33                   3      2              888  5555 2           
lowQualScore                  :          .   .   .    .      .          . .  .       .         .            .                   ....     .   ...    .     .                   .   .     .          .        .        .  .         ..        .            ..........          ....     .   .               . .............................................. .  .... .        .    .                 ..  .  .........   ...              ............   .           ..       ...            .       .          ...        .     . . .   .. .     ..  ......    ..            . ..  ..                   .      .              ...  .... .           
lowQualScore                  :          7   7   0    0      0          0 0  0       0         0            5                   6666     8   111    4     7                   3   0     4          1        1        3  8         22        3            9999999999          6666     7   6               4 4444444444444444444444444444444444444444444444 7  1111 3        1    1                 77  6  999999999   888              999999999999   5           77       999            5       6          777        0     0 4 4   66 4     22  666666    22            4 22  22                   4      5              888  3333 5           
consensus                     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAA-TTTGATAAACAC-TG-CTTTTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAANA-ATGTTTAAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTATTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-CT-CT----A-TTGTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTT--TA--TTACTCTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
Reference ( family-3315 )     : NNAAGTACAGAACCTTANTTCANGATTAA-TTTAATAAACGC-TG-CTTTTAANTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAACATATGTTTAAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTNTTATTGAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-CT-CT----A-TTGTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTNTATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTT--TA--T--CTCTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|1                          :   AAATTCAAATCTTTACTTCAAGATTAA-TTTGATAAATAC-TG-CTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTTTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAAAAAATGTTTAAAATG-TTAAAATAGACACAATTAATAAGTACGAAA-TGTTTTAATAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-CT-CT----A-TTGTGACG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATTGAGATAGTGTTTTTATGGAAATATGGAATAC---TTGTATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTT--TA--T---TCTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATTA-ATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|10                         :                                              atTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAACAATATGTTTAAAA-GGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GATAATAACAC-AACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTGTTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGT--------------------TTTT----TTC---T--------------CGCT--T-CT----A-TTGTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TT-AA-------AACGT---AAGAGTAACAGCTG------------AAA-ATTGAGCGAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                           TATATC-TGTATAGTACGTAACCGTGAACACAGAG------------CT----TTT---T--------------TCTT-TT-CT----T-TTGTGATG-TTGA-TTATTTAAATTAAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGTTTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTATTCATGGGATTATGGGATAC---ATGTATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTGTTAATA--A--CTCTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCGATGTTGTTAATTGGGAAATAA-ATGGACCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tcaTT---T--------------TCTC-TT-CT----A-TTGTGAGG-CCCA-TTATCTAAACTAAATGC--TTACA-------A-CAT---AAAATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATAGAATACTTGTTGTATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTT--TA--TTACTCTC--GCTCAAACATAA-A--AT--TAAACATGTTGTTAACTGGAAAATAA-ATGGGCCGTTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|13                         :   AAGTACAGAACTTTACTTCATGATTAA-TCTGATAAACACTTG-CTT---AGCCCCTTTCG------------TTCACCCATG---TAGTAAAACAT-TGTTT-----G-TAAA-----AAAAGATTAATAAGCAAGAAA-TGTTCTACTGAAACAAATAAGACATGTAAATAGACCTT-AACAATAACACCCTCCATAATG-GAACA------T-T--------TTATCATTAT----CATATTGTATGCAACCATGCACAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aAAATGCGATTAAG-------G-CAA---AAGATTGTCAGCTGTTTTTACAA---AAACAATGCATGAAAAAGAGTATA--CGAGAG--TGTTTATACA-AAGTA-GG---------TGTATTTATATT--------A--T-TTATT---A-----CTCTC--ATACATACATAT-ATAATAGTATATATATTTCTAATTGTCAAATAA-ATGGGCCACTATAA---TATTGTT-AAAATGGCTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttaTTAAATAGAACGC--TTTAA-------GACATTATAAAACCAACAGCTGTTTTTACA----AAA-AATGAGTGA----------------GAAAGTGTTTATA----------GAATAC---ATGTATTGCTATTGCT-TTAAA--C-TTGGT--TACAT--CTCTC--ATATAAACATAT-A--AT--TTTCCATGTTGTTAGTTG-----TCATATGGATCACTACAATCTTG----TGAGAATGGCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ccaG-TCCA-TTA----AATAAAATGC--TTTAA-------GACTT---GCATCTAACAGCCG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA--GAGAGAGT----TTATGGAA-----GAAAAC---ATATATTGACATTGTT-A-AAA--C-TCATT--TT--T--CCC-------CACACAAATCA--AT-------ATGTTGTTAATCGGCAAATAA-ATGGGCGACTACAA---TG----T-AGAATGGCTAA
gi|17                         :      aACAAAACCTTAATTCAACATTAAATTTAAAAAATGA-TA-TAGTTAAGTCCCTTCCAAGCAACTTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acagactgaaacattcctttagggcaaacaaatatgtaacagttaaaataaaacatcaactttttttaaccccactcacccccaaaaaaacaacaacaacaaaaatacccacaGTATTGATATTGCA-A-AAAA-C-TTGTT--TA--TTTCTCTC--GCTCCAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAAT
gi|2                          :                                                TTTTATGTCTCTTCCATACAACTTGTGTTATATCCAGACTTTGTTAAAA---ATGTTTAAAAAG-TTAATATAAACACGATTAACAAGTAAGAAA-TGTACAATTGAACCAAATAAGACAAGTAAGTAGATCCT-GACAACAACAACACTCATTATG-GAACATATTATTATTATAATTATTATTACTATTTT-TGTATTGTATGTAACCGTGCACACAGG-------------CA----TTT---T--------------T-CT-CT-CC----GTTTGTGAGA-TCGA-ATATTTAAACTATATGC--TT-AA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTAT----GAGAGAGTGCTTATATGGAAATATGAAATAC---ATGTATTGGTATTGTC-A-AAA--T-TTGTT--TA--TTACTCTC--GCTCAAACATAT-A--AT--TATCCACGTTGTTAACTGGAAAATTA-ATTGCCCACTACAC---TG----T-AGAACTGCTcaaat
gi|20                         :                                                                                                                                   ATAAGTAAGAAAATGTTTTACTTTAATACATGAGACATGCAATTAGACC-T-GACAATAACATC-TTCATAATG-TAACATATTATC-A--------TTACCATTAT----TGTATa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agTATTGTT-A-AAA--C-CTGTT--TA--TTACTCTC--ACGCAAAC------------CGTC-GTGTTATTAACTGGCAATAAA-ATAGGCCACTACAA---TG----T-AG-ATGGCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---ATGTATTGATATTG-T-A-AAAAAC-TTGTA--TA--TTACTCTC--GCTCAAACATAT-T--AT--TAg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atatcaaatcatgacagcaaaaCAT---ATAATTGACAGCTG------------AGA-AATAAGTGAAA--GAGTA-G---GAGAGAGTGTT--TATGGAA
gi|3                          :                                            aagtTTTTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAAAA-ATGTTTAAAATG-TTAATATAGACACAATTAATAAGTAAGAAA-TGTTTTATTAAAACAAATGAAGCAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-CT-CT----A-TTGTG-GG-TCCA-TTATTTAAAATAAATGC---AAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGGATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATAC---TTGTATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTT--TA--T---TCTC--GCTCAAACACAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAA-ATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|4                          :                                                 TTTA-GTCCCTATCACACAACGTGTGTTATATCTAGGCTCTTGTAAAACA-ATGGTTAAA-----TCATATAAATATGCTTAATAAGTGAAAGA-CCTATTATTGCAACA--T---ACAA-----TA--CCCT-GACAAAAGCATATTCTATCATG-TAACCTATCATA-A--------TTATTGT-GTTACATGTAT-ATGGGCAACCATGCGTACA--------------TCT----TTT---G--------------TA------CG----A-TAAAGAGAATGCA-C-ATT-GAATAAAATGC--TTAGAGAAGATTAACATGG-AAAAGTGACAGCTGTTATAAGAAAAAAAA-AAAGAGTGAAA--AGGTAT----AAAATAATGTT----------TATGGAATAA---ATGTATAGCTACTGTT-A-AAA--C-TTGTT--TA--T--TTCTCAAATACAAATATAC-A--AT--TGTAGATGTTGTAAACTGGCAAAGAT-ATGGGCCATTACAATCTTG----T-AGAATGGCTGA
gi|5                          :                                                TTTTGATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGTTAAAA-----------AA-G-TTAATATAGACACGACTCATAAGTAAGAAA-TGTATTATTAAAAGGAATGAAACAAATA----GACCCTTAAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTAGT-T--------TTATTATTATT-------------GTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTTTGTTGTTT---T--------------TCTC-TT-CT----A-TTGTGAGG-TCCA-TTATTTTAACTCAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTTTGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAAAAC---TTGTATTGTTACTGCT-A-TAA--C-TTGTT--TA--TTACTCTC--GCTGAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAGTTGGAAAATAA-ATGGGCCACTATAA---TG----T-AGAATGGCT
gi|6                          :                        GATTAA-TTTAATAAACAC-TGGCT---GAGCCCTTTCCATACA------------CCCAGGCTGTAGTAAAACAT-TGCTTGAAA-----AA---AAA---GATTAATAAGCAAAAAA-TGTTCTACTGCAACAAATGAGACATGTAAATAGACCCT-AACAATAACACCCTCCATAATG-TAACATATTATC------------AGTATCAT-------ATTGTATGTAACCGTGCACACAGAGAGTTTTTTTGTTGG----TTTATAT--------------TATTTCT-TTTTATA-TTAT-----TTCACTTCTTTGA--TGGGGGT--CTAAT-------AA-AT---AAAATT---ATTTA------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTCTGA------GAGTATTTATGT-------T--AATAC---ATGAATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTATT--TA--T--TATTC--TCACAAAAAAAC-G---------CCATGATGTAAATTGGCAAATAA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|7                          :                                                                                                                -TTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTGTTAAAACAAATGAAAC-------------CT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TGACATATTTAT-T--------TTATTATAATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACATAG-------TTGTTTT----TTT---TGTTTTGGGGTTTTTTACT-CTTCT----A-TTGTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTTAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTAGCAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCTAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGTTATTGCC-A-AAA--C-TTGTT--TA--TAAATCTC--GCTTAAACGTAT-T--AT--TATTCATGTTGTTAATTGGGATA-AA-ATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGC
gi|8                          :                                                                                               aaatactggttAAAATG-TTAGTATAAATATGAT-AATAAGTTGGAAA-TGTACTCTGAAAACAAATGAGACAAAAAATTAGACCGT-GACAGTAGCACCACCAATGATGCTAACATATAATT------------ATTATTATTTC-TGTATTGTATGTTACCATGCACACATA--------------------TT---T--------------TATT-CTTCT----C-TTTTTAGG-TCCA-TTATTTAAATTAAA------------------GCAT---AAGACTGACAGCCG------------AGA-AATGAACGAAA--GAGTATGA----GGGAGTGTCT--------ATATGGAATAG---ACGTAATGATATTATTCA-AAA--CATTGTT--T--------CTC--GCTCAAATATAT-A--AT--TATACGTGTAGTTACTTTGCAAATAA-AAGGGCCACTACAT---TG----T-AGAATag
gi|9                          :                                                                                                                                 TAATAAGTAACAAA-TGTATTATTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTATACCCC-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTAC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG---------GTTTT----TCT------------------------T-CT----A-TTATGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAATTGC--TGAAA-------A--AT---GAG--TGACA--T--------------AG-TATGATT--------GTATGATTGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTT--TA--TTACTCTC--GTTCAAACATAT-A--AT--TAGCCATATTGTTAATTGGAAAATAA-ATAGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAAAGATCTACTATTGTTACAAATAAGTCATGTGAGTAAACACTGACGATAACATCTTAAATAATATAATATATCATTATAACTGTATTATATGGGTAATCGTGCATACAAAATATGTTTTTTTTCTTCTATGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAGACTTAATCATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTGAAAAAAAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                           1 1                                                     11111           2222                                                                                                          1111111111          1111                           33333333333333333333333333333333333333333333333                                                111111111                    333333333333                        111                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                 6     0   0 0  7777    1                      0                   88888     66    2222   3     0                   3   1   44             0        3        3  1         22        3          1 6666666666          0000     3   0               1 88888888888888888888888888888888888888888888888 3  7777   3      3    3                 33     777777777   777              111111111111   2           33       444            5       2              444    1     2 2 2   55 2        55       0         2 33  33                   1                    888  5555 2           
lowQualScore                  :                                 .     .   . .  ....    .                      .                   .....     ..    ....   .     .                   .   .   ..             .        .        .  .         ..        .          . ..........          ....     .   .               . ............................................... .  ....   .      .    .                 ..     .........   ...              ............   .           ..       ...            .       .              ...    .     . . .   .. .        ..       .         . ..  ..                   .                    ...  .... .           
lowQualScore                  :                                 5     2   0 0  0000    1                      5                   22222     11    6666   4     7                   3   8   66             1        1        3  8         22        3          2 8888888888          6666     7   6               4 77777777777777777777777777777777777777777777777 3  1111   3      1    1                 77     555555555   888              999999999999   5           77       999            9       6              444    0     5 4 4   66 4        44       8         4 22  22                   0                    888  3333 5           
consensus                     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAANA-A-TGTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
Reference ( family-3315 )     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAANA-A-TGTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|1                          :   AAATTCAAATCTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACT-G-CT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTTTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAAAA-AATGTTT--AAAATG-TTAAAATAGACACAATTAATAAGTACGAAA-TGTTTTA--ATAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTGACG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATTGAGATAGTGTTTTTATGGAAATATGGAATACTTGT---ATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTTTAT---TCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATTAATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|10                         :                                             atT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAACAATA-TGTTT--AAAA-GGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GATAATAACAC-AACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTGTTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGT--------------------TTTT----TTC---T--------------CGCT---T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TT-AA-------AACGT---AAGAGTAACAGCTG------------AAA-ATTGAGCGAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                  TATATC-TGTATAGTACGTAACCGTGAACACAGAG------------CT----TTT---T--------------TCTT-T-T-CT----TTT-GTGATG-TTGA-TTATTTAAATTAAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGTTTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTATTCATGGGATTATGGGATACATGT---ATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTGTTAATAACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCGATGTTGTTAATTGGGAAATAAATGGACCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tcaTT---T--------------TCTC-T-T-CT----ATT-GTGAGG-CCCA-TTATCTAAACTAAATGC--TTACA-------A-CAT---AAAATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATAGAATACTTGTTGTATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAA-A--AT--TAAACATGTTGTTAACTGGAAAATAAATGGGCCGTTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|13                         :   AAGTACAGAACTTTACTTCATGATTAATCTGATAAACACTTG-CT-T-----AGCCCCTTTCGT------------TCACCCATG---TAGTAAAACA-T-TGTTTGTAAAA-A---AA---------GATTAATAAGCAAGAAA-TGTTCTA--CTGAAACAAATAAGACATGTAAATAGACCTT-AACAATAACACCCTCCATAATG-GAACA------T--------T-TTATCATTAT----CATATTGTATGCAACCATGCACAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aAAATGCGATTAAG-------G-CAA---AAGATTGTCAGCTGTTTTTACAA---AAACAATGCATGAAAAAGAGTATA--CGAGAG--TGTTTATACA-AAGTA-GG------TGT---ATTTATATTA---------------TTTATTACTCTCATACATACATAT-ATAATAGTATATATATTTCTAATTGTCAAATAAATGGGCCACTATAA---TATTGTT-AAAATGGCTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttaTTAAATAGAACGC--TTTAA-------GACATTATAAAACCAACAGCTGTTTTTACA----AAA-AATGAGTGA----------------GAAAGTGTTTATA----------GAATACATGT---ATTGCTATTGCT-TTAAA--C-TTGGTTACATCTCTCATATAAACATAT-A--AT--TTTCCATGTTGTTAGTTGTC--AT--ATGGATCACTACAATCTTG----TGAGAATGGCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ccaG-TCCA-TTA----AATAAAATGC--TTTAA-------GACTT---GCATCTAACAGCCG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA--GAGAGAGT---T-TATGGAA-----GAAAACATAT---ATTGACATTGTT-A-AAA--C-TCATTT------TTC-CCCACACAAATCA--AT-------ATGTTGTTAATCGGCAAATAAATGGGCGACTACAA---TG----T-AGAATGGCTAA
gi|17                         :      aACAAAACCTTAATTCAACATTAAATT--TAAAAAAT-G-ATATAGTTAAGTCCCTTCCAAGCAACTTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acagactgaaacattcctttagggcaaacaaatatgtaacagttaaaataaaacatcaactttttttaaccccactcacccccaaaaaaacaacaacaacaaaaatacccacaGT---ATTGATATTGCA-A-AAAA-C-TTGTTTATTTCTCTCGCTCCAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAAT
gi|2                          :                                               T-T--TTATGTCTCTTCCATACAACTTGTGTTATATCCAGACTTTGTTAAAA---A-TGTTT--AAAAAG-TTAATATAAACACGATTAACAAGTAAGAAA-TGTACAA--TTGAACCAAATAAGACAAGTAAGTAGATCCT-GACAACAACAACACTCATTATG-GAACATATTATTATTATAATTATTATTACTATTTT-TGTATTGTATGTAACCGTGCACACAGG-------------CA----TTT---T--------------T-CT-C-T-CC----GTTTGTGAGA-TCGA-ATATTTAAACTATATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA----GAGAGTGCTTATATGGAAATATGAAATACATGT---ATTGGTATTGTC-A-AAA--T-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCACGTTGTTAACTGGAAAATTAATTGCCCACTACAC---TG----T-AGAACTGCTcaaat
gi|20                         :                                                                                                                                        ATAAGTAAGAAAATGTTTTACTTTAATACA--TGAGACATGCAATTAGACC-T-GACAATAACATC-TTCATAATG-TAACATATTATC--------A-TTACCATTAT----TGTATa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agTATTGTT-A-AAA--C-CTGTTTATTACTCTCACGCAAAC------------CGTC-GTGTTATTAACTGGCAATAAAATAGGCCACTACAA---TG----T-AG-ATGGCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATGT---ATTGATATTG-T-A-AAAAAC-TTGTATATTACTCTCGCTCAAACATAT-T--AT--TAg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atatcaaatcatgacagcaaaaCAT---ATAATTGACAGCTG------------AGA-AATAAGTGAAA--GAGTA-G---GAGAGAGTGTT--TATGGAA
gi|3                          :                                           aagtT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAAAA-A-TGTTT--AAAATG-TTAATATAGACACAATTAATAAGTAAGAAA-TGTTTTA--TTAAAACAAATGAAGCAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTG-GG-TCCA-TTATTTAAAATAAATGC---AAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGGATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATACTTGT---ATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTTTAT---TCTCGCTCAAACACAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAAATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|4                          :                                                -T--TTA-GTCCCTATCACACAACGTGTGTTATATCTAGGCTCTTGTAAAACA-A-TGGTT--AAA-----TCATATAAATATGCTTAATAAGTGAAAGA-CCTATTA--TTGCAACA--T---ACAA-----TA--CCCT-GACAAAAGCATATTCTATCATG-TAACCTATCATA--------A-TTATTGT-GTTACATGTAT-ATGGGCAACCATGCGTACA--------------TCT----TTT---G--------------TA-------CG----ATA-AAGAGAATGCA-C-ATT-GAATAAAATGC--TTAGAGAAGATTAACATGG-AAAAGTGACAGCTGTTATAAGAAAAAAAA-AAAGAGTGAAA--AGGTAT----AAAATAATGTT----------TATGGAATAAATGT---ATAGCTACTGTT-A-AAA--C-TTGTTTATTTCTCAAATACAAATATAC-A--AT--TGTAGATGTTGTAAACTGGCAAAGATATGGGCCATTACAATCTTG----T-AGAATGGCTGA
gi|5                          :                                               T-T--TTGATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGTTAAAA--------------AA-G-TTAATATAGACACGACTCATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAAGGAATGAAACAAATA----GACCCTTAAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTAGT--------T-TTATTATTATT-------------GTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTTTGTTGTTT---T--------------TCTC-T-T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTTAACTCAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTTTGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAAAACTTGT---ATTGTTACTGCT-A-TAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTGAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAGTTGGAAAATAAATGGGCCACTATAA---TG----T-AGAATGGCT
gi|6                          :                        GATTAATTTAATAAACACT-GGCT------GAGCCCTTTCCATACA------------CCCAGGCTGTAGTAAAACA-T-TGCTT--GAAA-----AA---AAA---GATTAATAAGCAAAAAA-TGTTCTA--CTGCAACAAATGAGACATGTAAATAGACCCT-AACAATAACACCCTCCATAATG-TAACATATTATC------------AGTATCAT-------ATTGTATGTAACCGTGCACACAGAGAGTTTTTTTGTTGG----TTTATAT--------------TATTTC-T-TTTTATATT-AT-----TTCACTTCTTTGA--TGGGGGT--CTAAT-------AA-AT---AAAATT---ATTTA------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTCTGA------GAGTATTTATGT-------T--AATACATGA---ATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTATTTATTATTCTCAC--AAAAAAAC-G---------CCATGATGTAAATTGGCAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|7                          :                                                                                                                     -TTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTG--TTAAAACAAATGAAAC-------------CT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TGACATATTTAT--------T-TTATTATAATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACATAG-------TTGTTTT----TTT---TGTTTTGGGGTTTTTTACT-C-TTCT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTTAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTAGCAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCTAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGTTATTGCC-A-AAA--C-TTGTTTATAAATCTCGCTTAAACGTAT-T--AT--TATTCATGTTGTTAATTGGGATA-AAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGC
gi|8                          :                                                                                                  aaatactggtt--AAAATG-TTAGTATAAATATGAT-AATAAGTTGGAAA-TGTACTC--TGAAAACAAATGAGACAAAAAATTAGACCGT-GACAGTAGCACCACCAATGATGCTAACATATAA------------TTATTATTATTTC-TGTATTGTATGTTACCATGCACACATA--------------------TT---T--------------TATT-CTT-CT----CTT-TTTAGG-TCCA-TTATTTAAATT-----------AA-------AGCAT---AAGACTGACAGCCG------------AGA-AATGAACGAAA--GAGTAT----GAGGGAGTGTCT--------ATATGGAATAGACGT---AATGATATTATTCA-AAA--CATTGTT------TCTCGCTCAAATATAT-A--AT--TATACGTGTAGTTACTTTGCAAATAAAAGGGCCACTACAT---TG----T-AGAATag
gi|9                          :                                                                                                                                      TAATAAGTAACAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTATACCCC-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTAC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG---------GTTTT----TCT-------------------------T-CT----ATT-ATGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAATTGC--TGAAA-------A--AT---GAG--TGACA--T--------------AG-TATGATT--------GTATGATTGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGTTCAAACATAT-A--AT--TAGCCATATTGTTAATTGGAAAATAAATAGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAAAGATCTACTATTGTTACAAATAAGTCATGTGAGTAAACACTGACGATAACATCTTAAATAATATAATATATCATTATAACTGTATTATATGGGTAATCGTGCATACAAAATATGTTTTTTTTCTTCTATGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAGACTTAATCATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTGAAAAAAAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                           1 1                                                     11111           2222                                                                                                          1111111111          1111                           33333333333333333333333333333333333333333333333                                                111111111                    333333333333                        111                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                 6     0   0 0  7777    1                      0                   88888     66    2222   3     0                   3   1   44             0        3        3  1         22        3          1 6666666666          0000     3   0               1 88888888888888888888888888888888888888888888888 3  7777   3      3    3                 33     777777777   777              111111111111   2           33       444            5       2              444    1     2 2 2   55 2        55       0         2 33  33                   1                    888  5555 2           
lowQualScore                  :                                 .     .   . .  ....    .                      .                   .....     ..    ....   .     .                   .   .   ..             .        .        .  .         ..        .          . ..........          ....     .   .               . ............................................... .  ....   .      .    .                 ..     .........   ...              ............   .           ..       ...            .       .              ...    .     . . .   .. .        ..       .         . ..  ..                   .                    ...  .... .           
lowQualScore                  :                                 5     2   0 0  0000    1                      5                   22222     11    6666   4     7                   3   8   66             1        1        3  8         22        3          2 8888888888          6666     7   6               4 77777777777777777777777777777777777777777777777 3  1111   3      1    1                 77     555555555   888              999999999999   5           77       999            9       6              444    0     5 4 4   66 4        44       8         4 22  22                   0                    888  3333 5           
consensus                     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAANA-A-TGTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
Reference ( family-3315 )     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAANA-A-TGTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|1                          :   AAATTCAAATCTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACT-G-CT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTTTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAAAA-AATGTTT--AAAATG-TTAAAATAGACACAATTAATAAGTACGAAA-TGTTTTA--ATAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTGACG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATTGAGATAGTGTTTTTATGGAAATATGGAATACTTGT---ATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTTTAT---TCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATTAATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|10                         :                                             atT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAACAATA-TGTTT--AAAA-GGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GATAATAACAC-AACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTGTTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGT--------------------TTTT----TTC---T--------------CGCT---T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TT-AA-------AACGT---AAGAGTAACAGCTG------------AAA-ATTGAGCGAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                  TATATC-TGTATAGTACGTAACCGTGAACACAGAG------------CT----TTT---T--------------TCTT-T-T-CT----TTT-GTGATG-TTGA-TTATTTAAATTAAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGTTTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTATTCATGGGATTATGGGATACATGT---ATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTGTTAATAACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCGATGTTGTTAATTGGGAAATAAATGGACCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tcaTT---T--------------TCTC-T-T-CT----ATT-GTGAGG-CCCA-TTATCTAAACTAAATGC--TTACA-------A-CAT---AAAATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATAGAATACTTGTTGTATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAA-A--AT--TAAACATGTTGTTAACTGGAAAATAAATGGGCCGTTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|13                         :   AAGTACAGAACTTTACTTCATGATTAATCTGATAAACACTTG-CT-T-----AGCCCCTTTCGT------------TCACCCATG---TAGTAAAACA-T-TGTTTGTAAAA-A---AA---------GATTAATAAGCAAGAAA-TGTTCTA--CTGAAACAAATAAGACATGTAAATAGACCTT-AACAATAACACCCTCCATAATG-GAACA------T--------T-TTATCATTAT----CATATTGTATGCAACCATGCACAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aAAATGCGATTAAG-------G-CAA---AAGATTGTCAGCTGTTTTTACAA---AAACAATGCATGAAAAAGAGTATA--CGAGAG--TGTTTATACA-AAGTA-GG------TGT---ATTTATATTA---------------TTTATTACTCTCATACATACATAT-ATAATAGTATATATATTTCTAATTGTCAAATAAATGGGCCACTATAA---TATTGTT-AAAATGGCTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttaTTAAATAGAACGC--TTTAA-------GACATTATAAAACCAACAGCTGTTTTTACA----AAA-AATGAGTGA----------------GAAAGTGTTTATA----------GAATACATGT---ATTGCTATTGCT-TTAAA--C-TTGGTTACATCTCTCATATAAACATAT-A--AT--TTTCCATGTTGTTAGTTGTC--AT--ATGGATCACTACAATCTTG----TGAGAATGGCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ccaG-TCCA-TTA----AATAAAATGC--TTTAA-------GACTT---GCATCTAACAGCCG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA--GAGAGAGT---T-TATGGAA-----GAAAACATAT---ATTGACATTGTT-A-AAA--C-TCATTT------TTC-CCCACACAAATCA--AT-------ATGTTGTTAATCGGCAAATAAATGGGCGACTACAA---TG----T-AGAATGGCTAA
gi|17                         :      aACAAAACCTTAATTCAACATTAAATT--TAAAAAAT-G-ATATAGTTAAGTCCCTTCCAAGCAACTTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acagactgaaacattcctttagggcaaacaaatatgtaacagttaaaataaaacatcaactttttttaaccccactcacccccaaaaaaacaacaacaacaaaaatacccacaGT---ATTGATATTGCA-A-AAAA-C-TTGTTTATTTCTCTCGCTCCAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAAT
gi|2                          :                                               T-T--TTATGTCTCTTCCATACAACTTGTGTTATATCCAGACTTTGTTAAAA---A-TGTTT--AAAAAG-TTAATATAAACACGATTAACAAGTAAGAAA-TGTACAA--TTGAACCAAATAAGACAAGTAAGTAGATCCT-GACAACAACAACACTCATTATG-GAACATATTATTATTATAATTATTATTACTATTTT-TGTATTGTATGTAACCGTGCACACAGG-------------CA----TTT---T--------------T-CT-C-T-CC----GTTTGTGAGA-TCGA-ATATTTAAACTATATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA----GAGAGTGCTTATATGGAAATATGAAATACATGT---ATTGGTATTGTC-A-AAA--T-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCACGTTGTTAACTGGAAAATTAATTGCCCACTACAC---TG----T-AGAACTGCTcaaat
gi|20                         :                                                                                                                                        ATAAGTAAGAAAATGTTTTACTTTAATACA--TGAGACATGCAATTAGACC-T-GACAATAACATC-TTCATAATG-TAACATATTATC--------A-TTACCATTAT----TGTATa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agTATTGTT-A-AAA--C-CTGTTTATTACTCTCACGCAAAC------------CGTC-GTGTTATTAACTGGCAATAAAATAGGCCACTACAA---TG----T-AG-ATGGCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATGT---ATTGATATTG-T-A-AAAAAC-TTGTATATTACTCTCGCTCAAACATAT-T--AT--TAg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atatcaaatcatgacagcaaaaCAT---ATAATTGACAGCTG------------AGA-AATAAGTGAAA--GAGTA-G---GAGAGAGTGTT--TATGGAA
gi|3                          :                                           aagtT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAAAA-A-TGTTT--AAAATG-TTAATATAGACACAATTAATAAGTAAGAAA-TGTTTTA--TTAAAACAAATGAAGCAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTG-GG-TCCA-TTATTTAAAATAAATGC---AAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGGATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATACTTGT---ATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTTTAT---TCTCGCTCAAACACAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAAATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|4                          :                                                -T--TTA-GTCCCTATCACACAACGTGTGTTATATCTAGGCTCTTGTAAAACA-A-TGGTT--AAA-----TCATATAAATATGCTTAATAAGTGAAAGA-CCTATTA--TTGCAACA--T---ACAA-----TA--CCCT-GACAAAAGCATATTCTATCATG-TAACCTATCATA--------A-TTATTGT-GTTACATGTAT-ATGGGCAACCATGCGTACA--------------TCT----TTT---G--------------TA-------CG----ATA-AAGAGAATGCA-C-ATT-GAATAAAATGC--TTAGAGAAGATTAACATGG-AAAAGTGACAGCTGTTATAAGAAAAAAAA-AAAGAGTGAAA--AGGTAT----AAAATAATGTT----------TATGGAATAAATGT---ATAGCTACTGTT-A-AAA--C-TTGTTTATTTCTCAAATACAAATATAC-A--AT--TGTAGATGTTGTAAACTGGCAAAGATATGGGCCATTACAATCTTG----T-AGAATGGCTGA
gi|5                          :                                               T-T--TTGATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGTTAAAA--------------AA-G-TTAATATAGACACGACTCATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAAGGAATGAAACAAATA----GACCCTTAAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTAGT--------T-TTATTATTATT-------------GTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTTTGTTGTTT---T--------------TCTC-T-T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTTAACTCAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTTTGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAAAACTTGT---ATTGTTACTGCT-A-TAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTGAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAGTTGGAAAATAAATGGGCCACTATAA---TG----T-AGAATGGCT
gi|6                          :                        GATTAATTTAATAAACACT-GGCT------GAGCCCTTTCCATACA------------CCCAGGCTGTAGTAAAACA-T-TGCTT--GAAA-----AA---AAA---GATTAATAAGCAAAAAA-TGTTCTA--CTGCAACAAATGAGACATGTAAATAGACCCT-AACAATAACACCCTCCATAATG-TAACATATTATC------------AGTATCAT-------ATTGTATGTAACCGTGCACACAGAGAGTTTTTTTGTTGG----TTTATAT--------------TATTTC-T-TTTTATATT-AT-----TTCACTTCTTTGA--TGGGGGT--CTAAT-------AA-AT---AAAATT---ATTTA------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTCTGA------GAGTATTTATGT-------T--AATACATGA---ATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTATTTATTATTCTCAC--AAAAAAAC-G---------CCATGATGTAAATTGGCAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|7                          :                                                                                                                     -TTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTG--TTAAAACAAATGAAAC-------------CT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TGACATATTTAT--------T-TTATTATAATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACATAG-------TTGTTTT----TTT---TGTTTTGGGGTTTTTTACT-C-TTCT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTTAATGC--TTAAA-------A-CAT---AAGATTAGCAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCTAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGTTATTGCC-A-AAA--C-TTGTTTATAAATCTCGCTTAAACGTAT-T--AT--TATTCATGTTGTTAATTGGGATA-AAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGC
gi|8                          :                                                                                                  aaatactggtt--AAAATG-TTAGTATAAATATGAT-AATAAGTTGGAAA-TGTACTC--TGAAAACAAATGAGACAAAAAATTAGACCGT-GACAGTAGCACCACCAATGATGCTAACATATAA------------TTATTATTATTTC-TGTATTGTATGTTACCATGCACACATA--------------------TT---T--------------TATT-CTT-CT----CTT-TTTAGG-TCCA-TTATTTAAATT-----------AA-------AGCAT---AAGACTGACAGCCG------------AGA-AATGAACGAAA--GAGTAT----GAGGGAGTGTCT--------ATATGGAATAGACGT---AATGATATTATTCA-AAA--CATTGTT------TCTCGCTCAAATATAT-A--AT--TATACGTGTAGTTACTTTGCAAATAAAAGGGCCACTACAT---TG----T-AGAATag
gi|9                          :                                                                                                                                      TAATAAGTAACAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTATACCCC-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTAC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG---------GTTTT----TCT-------------------------T-CT----ATT-ATGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAATTGC--TGAAA-------A--AT---GAG--TGACA--T--------------AG-TATGATT--------GTATGATTGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGTTCAAACATAT-A--AT--TAGCCATATTGTTAATTGGAAAATAAATAGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA


blockSeqs                     :                                 G         T G  ATAG    T                                          AATA      GT    GGT    T                         A   A   CT                      G        T  T         AA        C          T ATTATAATTA          TACA     C                   G GTTGTTTTTTTTGTTTTGGGGTTTTTTACTC                 T  TTAT   T      A    C                 GA     GAAGATTAA   TAT              TTATAAGAAAAA   C           AA       ATC            T       T              TGT    T     T C T   AA A        AA                 C TA  AG                   G                    TCT  TTGT G
blockSeqs                     :                                 A         . .  T       G                                          CAT       .     AGT    T                         .   T   .                       A        .  C         CT        .          T T                   TTC      A                   G GAGTTTTTTTGTTGGTTTATATTATTTC                    .  .      .      .    .                 .      AA          GG               TTTTTACAA      .           .        ATC            A       A              .      T     C . .   A  .        TA                 . .   .                    A                    TCT  .    .
blockSeqs                     :                                 .         . .  T       G                                          AAA       .     TGT    T                         .   A   .                       G        .  C         AC        .          T T                   ATC      T                   G GTTGTTTTGTTGTTTTTCTCT                           .  .      .      .    .                 .      GA          .                TTTTTACA       .           .        ATC            A       G              .      A     C . .   .  .        TA                 . .   .                    C                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                T       G                                          CAA       .     TGT    T                         .   T   .                       T        .  C         AA        .          T A                   TTT      T                   G GTTGTTCTTTTTTATTC                               .  .      .      .    .                 .      GA          .                .              .           .        ATC            A       A              .      C     T . .   .  .        AT                 . .   .                    C                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                T       T                                          CAT       .     GT     T                         .   T   .                       G        .  A         TT        .          T T                   TTC      C                   G TTTTTTCTCGCT                                    .  .      .      .    .                 .      AA          .                .              .           .        ATC            A       A              .      A     C . .   .  .        TT                 . .   .                    C                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                T       G                                          A         .     A      T                         .   A   .                       A        .  C         AA        .          G A                   TTC      T                   T GCTTTTTTCTTT                                    .  .      .      .    .                 .      AA          .                .              .           .        ATT            T       A              .      A     T . .   .  .        TA                 . .   .                    A                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                T       T                                          .         .     .      T                         .   A   .                       T        .  A         CT        .          T T                   TTC      C                   T CATTTTTCTC                                      .  .      .      .    .                 .      AG          .                .              .           .        C              A       A              .      G     T . .   .  .        TA                 . .   .                    A                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                .       G                                                    .     .      .                         .   T   .                       G        .  C         AA        .          A T                   TAC      T                   G TCTTTTGTA                                       .  .      .      .    .                 .      A           .                .              .           .        A              A       A              .      A     C . .   .  .        TA                 . .   .                    C                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                          .                         .   A   .                       .        .  A         AC        .          T T                   T        C                   . TTTTATTCT                                       .  .      .      .    .                 .      A           .                .              .           .        A              A       A              .      A     T . .   .  .        TT                 . .   .                    A                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .   A   .                       .        .  C         AA        .          . .                   .        .                   . GGTTTTTCT                                       .  .      .      .    .                 .      G           .                .              .           .        A              A       .              .      C     C . .   .  .        TA                 . .   .                    C                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .   A   .                       .        .  A         T         .          . .                   .        .                                                                     .  .      .      .    .                 .      A           .                .              .           .        .              .       .              .      T     T . .   .  .        TA                 . .   .                    A                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                     .                                                                                               .    .                 .      A           .                .              .           .        .              .       .              .      T     C . .   .  .        AA                 . .   .                    C                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .      A           .                .              .           .        .              .       .              .      T     T . .   .  .        TA                 . .   .                    G                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .      A           .                .              .           .        .              .                      .      A     C . .   .  .        .                  . .   .                    C                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .                .              .                                                          .      T     . . .   .  .        .                  . .   .                    A                    .    .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       . . .   .  .        .                  . .   .                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                                   CAN**                                                                                                                                                                            GGTTCTTTTTTACTC********************************                                                A********                                                                                                                               TA
originalCons                  : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAANA-A-TGTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-------TTGTTCT----TTT---T--------------TATT-C-T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAA-------AACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
finalCons                     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAACAN--TGTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT--------T-TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAGGTTCTTTTTTACTC--------------------------------T-CT----ATT-GTGAGG-TCCA-TTATTTAAACTAAATGC--TTAAAA--------CAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATACATGT---ATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAAAGATCTACTATTGTTACAAATAAGTCATGTGAGTAAACACTGACGATAACATCTTAAATAATATAATATATCATTATAACTGTATTATATGGGTAATCGTGCATACAAAATATGTTTTTTTTCTTCTATGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAGACTTAATCATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTGAAAAAAAATG






Alignments
lowQualScore                  :                                           1 1                                                                      1111                                                                                                        111111111111                                         5555555555555555555555      1111111                1111111                                                              333333333333                       2222                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                 6     0   0 0  7777    1                      0                  88888 66 0  99    8888   3     0                   3   1   44             0        3        3  1         22        3          888888888888          8888     3   0               1 2222222222222222222222   3  3333333   3        3   0000000          1  444   5555  33  8   99999999    777              111111111111   2           33      0000            5       2  0       444        1     2 2 2   55 2        55                 2 33  33                   1                    888  5555 2           
lowQualScore                  :                                 .     .   . .  ....    .                      .                  ..... .. .  ..    ....   .     .                   .   .   ..             .        .        .  .         ..        .          ............          ....     .   .               . ......................   .  .......   .        .   .......          .  ...   ....  ..  .   ........    ...              ............   .           ..      ....            .       .  .       ...        .     . . .   .. .        ..                 . ..  ..                   .                    ...  .... .           
lowQualScore                  :                                 5     2   0 0  0000    1                      5                  22222 11 7  55    3333   4     7                   3   8   66             1        1        3  8         22        3          555555555555          7777     7   6               4 4444444444444444444444   3  7777777   3        1   0000000          1  777   7777  77  0   77777777    888              999999999999   5           77      9999            9       6  7       777        0     5 4 4   66 4        44                 4 22  22                   0                    888  3333 5           
consensus                     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAACAA-T--GTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-----------GTTCT-----TTT-TTACTC-T-CTA-TTGTGAGG-TCC-------ATTATTTAAACTA---AAT----GC--TT-AAA--------ACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
Reference ( family-3315 )     : NNAAGTACAAAACTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAACACT-G-CT-T--TTAAGTCCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAACAN-T--GTTT--AAAA-G-TTAATATAGACACGATTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAGACAAGTAAGTAGACCCT-GACAATAACACCANCCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-----------GTTCT-----TTT-TTACTC-T-CTA-TTGTGAGG-TCC-------ATTATTTAAACTA---AAT----GC--TT-AAA--------ACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGNTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGNAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|1                          :   AAATTCAAATCTTTACTTCAAGATTAATTTGATAAATACT-G-CT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTTTTTTATCCAGGCTCTGGTAAAAAAAAT--GTTT--AAAATG-TTAAAATAGACACAATTAATAAGTACGAAA-TGTTTTA--ATAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAGTT---------GTTCT-----TTT-TTATTC-T-CTA-TTGTGACG-TCC-------ATTATTTAAACTA---AAT----GC--TTAAAA--------ACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATTGAGATAGTGTTTTTATGGAAATATGGAATAC---TTGTATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTTTAT---TCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATTAATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|10                         :                                             atT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGGTAAA-CAA-TATGTTT--AAAA-GGTTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTAGACCCT-GATAATAACA-CAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTGTTATTATTTC-TGTATCGTATGTAACCGT----------------------TTTT-----TTC-TCGCT--T-CTA-TTGTGAGG-TCC-------ATTATTTAAACTA---AAT----GC--TT-AAA--------ACGT---AAGAGTAACAGCTG------------AAA-ATTGAGCGAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                   TATATC-TGTATAGTACGTAACCGTGAACACAGAG--------------CT-----TTT-TTCTTT-T-CTT-TTGTGATG-TTG-------ATTATTTAAATTA---AAT----GC--TT-AAA--------ACAT---AAGTTTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTATTCATGGGATTATGGGATAC---ATGTATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTGTTAATAACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCGATGTTGTTAATTGGGAAATAAATGGACCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tcaTT-TT-CTC-TTCTA-TTGTGAGG-CCC-------ATTATCTAAACTA---AAT----GC--TT-ACA--------ACAT---AAAATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATAGAATACTTGTTGTATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAA-A--AT--TAAACATGTTGTTAACTGGAAAATAAATGGGCCGTTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|13                         :   AAGTACAGAACTTTACTTCATGATTAATCTGATAAACACTTG-CT-T-----AGCCCCTTTCGT------------TCACCCATG---TAGTAAAACAT-T--GTTTGTAAAA-A---AA---------GATTAATAAGCAAGAAA-TGTTCTA--CTGAAACAAATAAGACATGTAAATAGACCTT-AACAATAACACCCTCCATAATG-GAACA------T-T--------TTATCATTAT----CATATTGTATGCAACCATGCACAa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aA---AAT----GCGATT-AAG--------GCAA---AAGATTGTCAGCTGTTTTTACAA---AAACAATGCATGAAAAAGAGTATA--CGAGAG--TGTTTATACA-AAGTA-GG---------TGTATTTATATTA---------------TTTATTACTCTCATACATACATAT-ATAATAGTATATATATTTCTAATTGTCAAATAAATGGGCCACTATAA---TATTGTT-AAAATGGCTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttaTTAAATAG---AAC----GC--TTTAAG--------ACATTATAAAACCAACAGCTGTTTTTACA----AAA-AATGAGTGA----------------GAAAGTGTTTATA----------GAATAC---ATGTATTGCTATTGCT-TTAAA--C-TTGGTTACATCTCTCATATAAACATAT-A--AT--TTTCCATGTTGTTAGTTGTC--AT--ATGGATCACTACAATCTTG----TGAGAATGGCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ccaG-TCC-------ATTA----AATAA---AAT----GC--TTTAAG--------ACTT---GCATCTAACAGCCG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTATGA--GAGAGAGT---T-TATGGAA-----GAAAAC---ATATATTGACATTGTT-A-AAA--C-TCATTT------TTC-CCCACACAAATCA--AT-------ATGTTGTTAATCGGCAAATAAATGGGCGACTACAA---TG----T-AGAATGGCTAA
gi|17                         :      aACAAAACCTTAATTCAACATTAAATT--TAAAAAAT-G-ATATAGTTAAGTCCCTTCCAAGCAACTTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acagactgaaacattcctttagggcaaacaaatatgtaacagttaaaataaaacatcaactttttttaaccccactcacccccaaaaaaacaacaacaacaaaaatacccacaGTATTGATATTGCA-A-AAAA-C-TTGTTTATTTCTCTCGCTCCAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAAT
gi|2                          :                                               T-T--TTATGTCTCTTCCATACAACTTGTGTTATATCCAGACTTTGTTAAA--AA-T--GTTTA-AAAA-G-TTAATATAAACACGATTAACAAGTAAGAAA-TGTACAA--TTGAACCAAATAAGACAAGTAAGTAGATCCT-GACAACAACAACACTCATTATG-GAACATATTATTATTATAATTATTATTACTATTTT-TGTATTGTATGTAACCGTGCACACAGG---------------CA-----TTT-TT-CTC-T-CCGTTTGTGAGA-TCG-------AATATTTAAACTA---TAT----GC--TT-AAA--------ACAT---AAGATTGACAGCTG------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTAT----GAGAGAGTGCTTATATGGAAATATGAAATAC---ATGTATTGGTATTGTC-A-AAA--T-TTGTTTATTACTCTCGCTCAAACATAT-A--AT--TATCCACGTTGTTAACTGGAAAATTAATTGCCCACTACAC---TG----T-AGAACTGCTcaaat
gi|20                         :                                                                                                                                         ATAAGTAAGAAAATGTTTTACTTTAATACA--TGAGACATGCAATTAGACC-T-GACAATAACATC-TTCATAATG-TAACATATTATC-A--------TTACCATTAT----TGTATa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agTATTGTT-A-AAA--C-CTGTTTATTACTCTCACGCAAAC------------CGTC-GTGTTATTAACTGGCAATAAAATAGGCCACTACAA---TG----T-AG-ATGGCTG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---ATGTATTGATATTG-T-A-AAAAAC-TTGTATATTACTCTCGCTCAAACATAT-T--AT--TAg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atatcaaatcatgacagcaaaaCAT---ATAATTGACAGCTG------------AGA-AATAAGTGAAA--GAGTA-G---GAGAGAGTGTT--TATGGAA
gi|3                          :                                           aagtT-T--TTAATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGTTCTGGTAAAAAAA-T--GTTT--AAAATG-TTAATATAGACACAATTAATAAGTAAGAAA-TGTTTTA--TTAAAACAAATGAAGCAAGTAAGTAGACCCT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTTC-TGTATCGTAAGTAACCGTGCACACAGAGTT---------GTTCT-----TTT-TTATTC-T-CTA-TTGTG-GG-TCC-------ATTATTTAAAATA---AAT----GC--AA-AAA--------ACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGGATGATCGAGAAAGTGTTTTTATGGAAATACGGAATAC---TTGTATTGATATTGCT-C-AGA--T-TTGTTTAT---TCTCGCTCAAACACAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAATTGGAAAATAAATGGGCCACTACAG---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|4                          :                                                -T--TTA-GTCCCTATCACACAACGTGTGTTATATCTAGGCTCTTGTAAAACAA-T--GGTT--AAA-----TCATATAAATATGCTTAATAAGTGAAAGA-CCTATTA--TTGCAACA--T---ACAA-----TA--CCCT-GACAAAAGCATATTCTATCATG-TAACCTATCATA-A--------TTATTGT-GTTACATGTAT-ATGGGCAACCATGCGTACA----------------TCT-----TTT-GTACG------A-TAAAGAGAATGC-------AC-ATT-GAATAA---AAT----GC--TT-AGAGAAGATTAACATGG-AAAAGTGACAGCTGTTATAAGAAAAAAAA-AAAGAGTGAAA--AGGTAT----AAAATAATGTT----------TATGGAATAA---ATGTATAGCTACTGTT-A-AAA--C-TTGTTTATTTCTCAAATACAAATATAC-A--AT--TGTAGATGTTGTAAACTGGCAAAGATATGGGCCATTACAATCTTG----T-AGAATGGCTGA
gi|5                          :                                               T-T--TTGATTTCCTTCCATACAACTTGTGTTTTATCCAGGCTCTGTTAAAA---------------AA-G-TTAATATAGACACGACTCATAAGTAAGAAA-TGTATTA--TTAAAAGGAATGAAACAAATA----GACCCTTAAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTAGT-T--------TTATTATTATT-------------GTAACCGTGCACACAGAGTT---------GTTTTGTTG-TTT-TT-CTC-TTCTA-TTGTGAGG-TCC-------ATTATTTTAACTC---AAT----GC--TT-AAA--------ACAT---AAGATTGACAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTTTGATCGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAAAAC---TTGTATTGTTACTGCT-A-TAA--C-TTGTTTATTACTCTCGCTGAAACATAT-A--AT--TATCCATGTTGTTAGTTGGAAAATAAATGGGCCACTATAA---TG----T-AGAATGGCT
gi|6                          :                        GATTAATTTAATAAACACT-GGCT------GAGCCCTTTCCATACA------------CCCAGGCTGTAGTAAAACAT-T--GCTT--GAAA-----AA---AAA---GATTAATAAGCAAAAAA-TGTTCTA--CTGCAACAAATGAGACATGTAAATAGACCCT-AACAATAACACCCTCCATAATG-TAACATATTA------------TCAGTATCA-------TATTGTATGTAACCGTGCACACAGAGA----------GTTTT-----TTTGTTGGTT-T-ATA-TTAT-----TTCTTTTTATATTATTTCACTTCTTTGATGGGGGT--CT-AAT--------AAAT---AAAATT---ATTTA------------AGA-AATGAGTGAAA--GAGTCT------GAGAGTATTTATGT-----T----AATAC---ATGAATTGTTATTGTT-A-AAA--C-TTATTTATTATTCTCA--CAAAAAAAC-G---------CCATGATGTAAATTGGCAAATAAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
gi|7                          :                                                                                                AAATAC-T--GGTT---------TTAATATAGACACGACTAATAAGTAAGAAA-TGTATTG--TTAAAACAAATGAAAC-------------CT-GAAAATAACACCAACCATAATG-TGACATATTTAT-T--------TTATTATAATTTC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACATAGTTGTTTTTTTTGTTTTGGGGTTTT-TTACTC-TTCTA-TTGTGAGG-TCC-------ATTATTTAAACTT---AAT----GC--TT-AAA--------ACAT---AAGATTAGCAGCTG------------AAA-AATGAGTGAAA--GAGTATGATCTAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGTTATTGCC-A-AAA--C-TTGTTTATAAATCTCGCTTAAACGTAT-T--AT--TATTCATGTTGTTAATTGGGATA-AAATGGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGC
gi|8                          :                                                                                                              --AAAATG-TTAGTATAAATATGAT-AATAAGTTGGAAA-TGTACTC--TGAAAACAAATGAGACAAAAAATTAGACCGT-GACAGTAGCACCACCAATGATGCTAACATATAA------------TTATTATTATTTC-TGTATTGTATGTTACCATGCACACATA-----------------------TT-TTATTCTT-CTC-TTTTTAGG-TCC-------ATTATTTAAA-----------------TT-AAA--------GCAT---AAGACTGACAGCCG------------AGA-AATGAACGAAA--GAGTAT----GAGGGAGTGTCT--------ATATGGAATAG---ACGTAATGATATTATTCA-AAA--CATTGTT------TCTCGCTCAAATATAT-A--AT--TATACGTGTAGTTACTTTGCAAATAAAAGGGCCACTACAT---TG----T-AGAATag
gi|9                          :                                                                                                                                       TAATAAGTAACAAA-TGTATTA--TTAAAACAAATGAAACAAGTAAGTATACCCC-GAAAATAACACCAACCATAATG-TAACATATTATT-T--------TTATTATTATTAC-TGTATCGTATGTAACCGTGCACACAGAG-----------GTTTT-----TCT--------T-CTA-TTATGAGG-TCC-------ATTATTTAAACTA---ATT----GC--TG-AAA--------A-AT---GAG--TGACA--T--------------AG-TATGATT--------GTATGATTGAGAGAGTGTTTATATGGAAATATGGAATAC---ATGTATTGTTATTGCT-A-AAA--C-TTGTTTATTACTCTCGTTCAAACATAT-A--AT--TAGCCATATTGTTAATTGGAAAATAAATAGGCCACTACAA---TG----T-AGAATGGCTGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAAAGATCTACTATTGTTACAAATAAGTCATGTGAGTAAACACTGACGATAACATCTTAAATAATATAATATATCATTATAACTGTATTATATGGGTAATCGTGCATACAAAATATGTTTTTTTTCTTCTATGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAGACTTAATCATTCCTTTAGGGCAAACAAATATATAGCAGTTAAAAATAATACCATAAAAACTTTTGAAAAAAAATG