lowQualScore : 1 11111111 1 1 333333333 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 1 33333333 22222 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666 222222222222222 11 22222 11 11111 1 2222 222 1 1111111 1111
lowQualScore : 4 1 2 2 2 8888 444 44444444 6 2 2 0 6 5 33 555555555 444 2 7 444 0 222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 9 33 444 4444 777777 6 2 2 666666 444 2 2 22222222 77 33333 2 33 2 777777 444 3333333333 66666666666666666666666666666666666666666666 33 2 0 8888888 1 2 333333333333333 33 5555 2 44 77 5 5 44444 2 2 11 4 9 2 0 2 33333 2 4444 33 2 33 9 2 2 3 6666 33 1 8888 5 5 99 3 000 5 2 999999999 2 3 7777777 1111
lowQualScore : . . . . . .... ... ........ . . . . . . .. ......... ... . . ... . ... ...................................................... . . .. ... .... ...... . . . ...... ... . . ........ .. ..... . .. . ...... ... .......... ............................................ .. . . ....... . . ............... .. .... . .. .. . . ..... . . .. . . . . . ..... . .... .. . .. . . . . .... .. . .... . . .. . ... . . ......... . . ....... ....
lowQualScore : 0 6 5 4 4 9999 444 11111111 1 7 7 5 7 0 44 000000000 444 5 5 444 2 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 77 777 3333 111111 4 2 4 888888 444 5 5 99999999 22 55555 5 44 5 222222 444 4444444444 44444444444444444444444444444444444444444444 44 5 8 4444444 5 7 555555555555555 77 7777 7 88 33 1 3 00000 7 7 00 6 9 9 6 9 88888 5 5555 44 5 44 4 9 9 8 1111 99 9 9999 7 5 99 1 222 4 4 444444444 4 8 4444444 7777
consensus : AAGGTC-TCACTTAAGAAT-TACCTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGG--CATT--AT---T---T-T-GTT---GAAAATGCNTAA---A-A------T----G-----T-NT----------T--A----T-----T-TCTTTGTACATA--T---GAGA-CATTGGAACATTT-----TCATGAGTTCTGCC-A------AGTTTGGATG---ACA-T-TG--GGTACTGTTN-GATGAAGA--TAT-A--AC-AG------TTT---AAA----------GAT----------G----------C----------GC----------TGC--A-ACAAATGG-GCAGA-ATT----G----------TCAAA--AAT----GAA-GG-GG--TGTCATC-AAACCATC-GA--AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGAG----G--ACTATCTAT-GGAA-ACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TA---------T-GTAGAACAGTGCAAAA-----TTAATTG---NTGTGTGAGAC
Reference ( gi|5 ) : AAGGTC-TGACTTAAGAAT-TACCTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTTACGCCGAAG-A-AATTAGAGTTGTGTAAAGCGGTTGGG--CA----AT---T---T-T-GTT---GAAAATACCTAA---A-A------T----G-----T-AT----------T--A----T-----T-TCTTTGTGCAAA--T---GGGATCATTGGAACATTT-----TCATAATTTCTGCC-A------AGTTTGGATG---ACA-T-TG--GGAAATGTTT-GATGATGC--TAT-A--AC-AG------TTT---AAA----------GAT----------G----------C----------AC----------TGC--A-ACAAATGG-GCAGA-ATT----G----------TCAAA--AAT----GAA-GT-GG--TGCCATC-AAACCATC-TA--AAT-TG-TGAAAAAGAAACCTTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CATAG----G--ACTATCTAT-TCGA-ACAAGGCACTTTTAGAATCATTAATAA-TGTATTCAGTG--ATCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TA---------T-GAAGAACAGTACAAAA-----TAAATTG---TTGTGTGAGAC
gi|15 : AAGAAC-TGACTTACAAAT-TACCCGC-CTT-ATTTAGTGGCGGTAACA---TGTTT-------TCTACAC--AAGCATAACTCGAACCATGTTA--CAGTTTGG--C------T---T---T-T-GTTTTCAAAGATGGCTAATAGA-A------A----G-----T-GT----------T--C----T-----TCTCTTTGTAGAGA--T---G---TCATT-----ATTT--------TAA---CTGCC-ACGTTCCAATTTTGATGTCCATA-TCT--------TCTTTCGATGATTA--TAT-G--AC-GG------CAT---TGA----------GAT----------G----------T----------GC----------AGC--G-ATACATA----AGA-ATT----GATTTCGGATTTCCAA--GATTGAAGAG-GA-GG--TGTCATCTAGGCTA-C-TGGCACT-TG-TGAAAGAGGAA------CA-A----TATA---TATTT-T--TTC--T-GGACATAAT
gi|28 : cattAAGGTC-TCACTGAAGAAT-TACCTCC-CTT-AC---ACGACAGgatgaatacaata
gi|29 : cAAGGTCATCACTGAACAAT-TACCTCC-CTT-
gi|1 : cttAGGTC-GCACTCACCAAT-TACCTCC-CTT-TA---GTGACGGTAGCAGCAAGATT-------TTTGCCCTCAAG-A-AACTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGG--CATT--AT---T---TAT-GTT---GAAAATGC-TAA---A-AAT----T----G-----T-CA----------T--A----T-----T-TCTTTGTACATA--TTTGGGGA-AAGCGGAACATTT-----TCTTGAGTTCTGCC-A------AGTTTTGATG---TCA-T-TT--GATACAGTTG-GATGAAGG--TAT-A--AC-TA------TTT---AAA----------GAC----------GAGTAGTGATAC----------AC----------TGC--A-ACAAATGG-GCAGA-ATT----G----------TCAAA--CAT----GAA-GG-GG--TGTCAGT-AAACTATC-GT--AAT-TG-TGAAAAAGCAGTCTGGTCA-AAT-CCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTTTGACCAAA-CAGAG----GAAACAATTTAT-GGAA-ACAATACACATTTTTAACCAATGGCAA-TGTGCTCAGTG--TTCCAGAAGTACATGTATGTA-CA---------T-GTAGAACAGTACAAAA-----TTGATTG---GTGTGTGAGACtagtga
gi|8 : GGTC-TCACTTAAGAAT-TATCTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTAATGTCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAAGTGGTTGAG--CATA--AT---T---T-TTGTT---GAAAATG--TAA---A-AAAATTTT----G-----TCAT----------T-------T-----T-TCTTTGTG--GA--T---AGAA-CATTGGAACATTT-----TCATGATTTCTGCT-A------ACTTTAGATG---ACA-T-TG--AG----------------C--TAT-A--GG-AG------TTT---AAA----------GAT----------G---------------------------------TGT--A-G----TG----ATACACT----G----------CCACA--AAT----GAA-GG-GG--TGTCATC-AAACCATC-GA--CAT-TG-TGAAAAACCAACCCTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-A--CCTAATTGGATC-AAACAGAGAGAGG--ACTATCTAC-AGGA-GCAAGGTACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTATCCAGTG--TTCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TA---------T-GTAGAACAATGCACAA-----TTAATTG---TTGTGTGAGA
gi|6 : GGTC-TCACTTAAGAAA-TAACTCC-CTT-AC---ATGACAGTAGCA---AGA------------------------GATTATAGCTGTATAAATCGGTTTGG--CA----ATATGT---T-T-GTT---GAAAATGCATAAC--ACA------T----G-----T-TT----------T--G----TCATAAT-TATATGTACATA--T---GAGAACATTGGAACATTT------CATGAGTTCTACC-A------AGCTTGGATG---ACA-T-TG--GAGACTGTTT-GATGAAGC--TAT-A--AC-AG------TTT---AAAAATGCGTAGTGAT----------A----------C----------AT----------TGCAAA-AAAAATGG-GCAGA-TTT----G----------TCAAG--AAT----TGA-GG-GG--TGTCATC-AAACCATC-----AATCTGATGAAAAAGCAACCTGGTCACCCC-CCATGTTCTTTTT-C--TTC--T-G--CATGTTTGTACC-AG-CAGAG----G--ACTATCTA--TGGACACAAGGCACTTTGAGAACCATTGGTAATTTTGTTCAGTG--TTCCAGACTTGCTTTTTTCTA-TA---------T-GCAGAACAGTA
gi|9 : GGTC-TAACTTACCAGT-TAGTTCCTCTT-G----GTGATGGTAGTG---AGGTT-------GTTACGCC-AAG-T-AATTAGAGATGAATAAATTGGTTGTG--CATT--ATG--T---T-T-GTT---AAAATTGCGTAC---A-C------T----G-------GT----------C--G----T-----A-TGTCTGTACATA--T---GAAA-CGTTGAAACATTT-----TCATTAGTTCTGCC-A------AGGTTGGATG---GCA-T-TT--GGTACTGTTG-GAAGA--A--TAT-AATAC-AG------TTT---AAA----------GATGTGTAGTGACG----------C----------AC----------TCC--A-GCAATTGG-GCAGA-AGT----A----------TCAAA--AAT----GAATTT-GG------ATC-AAACCATC-------------GAA----AAGTCTTG---------CATA---TT-----------------------TGGACC-AA-CATAG----G--ATTTTCTAT-GGAA-AGAAAGCACATTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCGGTG--TGTCAGAAGTGCATGTAAATA-TA---------T-GCAGAAGAGTGTAAAA-----TTAATTG-------GTGAGAC
gi|26 : GGTC-TCACTTAAGAAAATACCTCT-CTT-AC---ATGATGGTGGCG---AGAg
gi|3 : acGTC-TCACTTAAAAAT-TACCTCC-CTT-AT---ATGACGGTATCA---AGATT-------ATTACGCCAAAC-C-AATTAGAGCTGTGAATATCGGTTGGG--CA----AT---TATTT-T-GTT---AAAAATGCATAA---A-A------T----G-----T-CA----------T--A----T-----T-TCTTTGTGCCTA--T---GGGAACATTGAAACATTT-----CTATGATTTCTGCA-A------AGTTTGGATG---ACA-T-TG--GGAACTGTTT-GATTATGC--TAT-A--AC-AG------TTT---AAA----------GAT----------GCGTAGTGATAC----------AC----------TGC--A-AC-AATAG-GCATA-ATT----G----------TCAAA--AAT----GGA-GG-GG--TGCCATC-AAACCATC-AA--AAT-CG-TGAAAAAACAACCTGGTCA-ACC-CAA------TTTG-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CAGAG----G--ACTATCTAT-CGGT-ACAATGCACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGTG---TCTAGAAGTGCATGTCTCTA-TA---------T-GTAGAACAGCACAAAA-----TTAATTC---TTGTGTGAGAC
gi|4 : GTC-TCTCTGAAGTAT-TACCTCC-CCT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------ATTACGCCCGAG-A-AATTAGAGCTGTGTTATTTGGTTTTG--CATAGTAT---T---T-T---T---GAAAATGCTTTA---A-A------T----G-----C---------------------------T-TTTGTCTACAGA--T---GAGAAGAATGGAACATTG-----TCATGAGTTGTGCC-A------AGTTTGGCTG---ACA-C-TG--GTTGCTGTTT-GATGAAGA--TAT-A--AC-AG------TTT---GAA----------GAT----------G----------CGTAGAGATACAC----------TGC--A-AAAATTGA-ACAGA-ATT----G----------TCAAA--AAT----GAA-GG-GG--TGTCCTC-AAACCATG-GA--TAT-TG-TAAAAAAGCAGCCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-G--CATA-TTTGACC-AA-CAGAT----G--ACAATCTAT-GGAA-ACAAAGTGCTTTTAGAACCATCAGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TA---------T-GTAGTACAGTGCAAAA-----TTAATTG---GTATGTGAGAC
gi|2 : ACATACGAAT-TACCTTC-CCT-AA---GTGATGATAACA---AGATTTTTTATTCTTGCGCCCAAG-A-AATAAGAGCTATGTTAACCGGTCGGG--CATTC-GT---T---T-T-GTT---GAGAA-A---AA---A-A------T----G-----T-TTACGTTGGTCAT--A----T-----G-TCTTTGTAAATA--T---GAGAACATTGGAACATTT-----TCATGAGTTCTACC-A------AGTTTGGATG---ATA-T-TG--CATACTGTTG-GATGGCAA--TAT-A--AC-AG------TTT---AAA----------GAT----------G----------C----------GCAGTGATACATTGC--A-ACGAAAGG-GCGGA-ATT----G----------TCACA--AAT----GAA-G--GGAATGCGATC-AAACCATC-AA--CAT-TC-TGAAAAA-----CTGGTCA-ACC-CCAT------TTT-T--TCC--T-A--CATATTTGGATC-AA-CAGAA----G--A--ATTTATATGGATACAAGCCACTATTAGAACCATCCGTAA-TGTGTTTAGTG--TTCCAGAAGTGCATATCTCTA-TG---------T-GCAGAAGACTGAAAAA-----TTAATTG---GTGTGGGAGAC
gi|16 : cccACTTAAGAAT-TACCTCA-TTT-TC---ATGACGGTAACA---AAATT-------CTAACGCCCAAG-A-AATAAGAGCTGTGTAAATCGGTCAAGTATA----AT---T---T-T-GTT---TAAAATACATAC---A-A------T----------T-GC----------CAAA----T-----T-TTTTTGGGAAAA--------------TGGAACATTT-----CCAAGAATTCTGTC-A------AGTTTGGATG---GTA-T-TG--TGTACTGTTT-GACGAAGCTATAT-A--AC-AT------TAT---TAG----------GAT----------G----------CGTAGTGAG--ACAA--------TGC--A-ACACATGG-G
gi|12 : cTTAAGAAT-TACCT------------A-GACGGTAACA---AGATT-------CTTGCGCCTAAG-G-AATTATAGCTGTGTAAATCGATTGG---CA----ATATTT---T-T-GTT---GAAA-TACATAC---A-A------T----------T-GT----------C--ACGTTT-----C-TCTTTGTACATA--T---GAGCACATTGGACCATTT-----TCAAGAGTTCTGCC-A------AGTTTGAATG---GCA-T-TG--GGTACGGTTT-GATGAAAA--TAT-A--AC-AG------TTT---AA------------------------G----------T----------A----------------A-GTAAATGA-GCAAC-ATT----G----------TCAAA--AAT----TAA-GG-GG--TGTCATC-AAACCATC-GA--AAT-AG-TGAAAAAGAAAGCTGTTCA-ATC-CGATG----ACTT-T--ATC--T-G--CACACTTGGATC-AA-CAGCG----G--ACTATTTAT-AGAA-ACAAGGCACTTTCAGAAGCATCGATAA-TGTGTTCAGTG--TTCCA-AAGTGCATTCCTCTA-TA---------TAGGAGAA
gi|17 : tcagAAGAAT-TACCTTA-CTT-GC---ATGACGGT---A---AGATT-------CGTGCGTCCAAG-A-AAT---AACTATGTAAATCGGTTTGA--CATTC-AT---T---T-T-GTT---GAAAATACATAC---ATT------T----G-----T-CA----------T--A----T-----T-TCTCT
gi|13 : AGAAT-AACCTCC-ATT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATA-------CCTACGCCCAAT-A-GATAAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGG--CATT--AT---T---T-TTGTT---GAAAATGCATAA---A-A------TTACAA-----T-AT----------T-------------T-TCGTTGTACATA--T---GAGA-------AACATTT-----TTACGATTTCTACCTA------AGTTTGAATG---ATA-T-TG-----AA------------GC--TAT-A--AC-AG------TTT---AAA----------GAT----------G----------C-----------C----------TA--------------GTA-A-ATT----------------------AAC----G------GG--TGTCATC-AAACCATT-GC--AAT-TG-TGAAAAAGCAACTTGATCA-ATC-C-ATG---TCTTT-T----C--T-A--CATAATTGGACC-AA-CA--G----G--ACGATCTAT-GGAA-ACAACGATTTTTTAGAACCGTTGGTAA-TGTATCAAGTG--TTCGAGAAGTGCATTTCTCTA-CA---------T-GTAGAACAGTGCAAAA-----TTAATTG---CTGTGTGAGttaccttcaaaggaaatacaacactattggaatcaaagttgtgctcatgttt
gi|14 : ctcactatAAT-TATCACC-CTTTAG---TTAACGGTAG-A---ATATT--------TTGCGATTAA--A-AATTAGAACTGTATAAA----TTGG--------------T---T-A-GCT---G--------TA-------------T----G------------------------------------CTTTG--CAAA--T---A----CATTGTCACATGTGAGTGCCATGAGTTCTGCC-A------AGTTAGAATT---GCA-T-TG--GACGCTATTA-GATG-TA---TAT-A--AG-TA------TTT---GAA----------GAT----------G----------C----------G-----------TGG--ACACACACAGTACAG---TT----GAAAACGAAA-TCAAAACAAC----GAA-AG-GG--TGTCATT-AAGTTATTGGA--AAT-TG-AGTAAGGGCAATTTGGTGA-ATT-TCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTT
gi|10 : ttatggtttcaatgaccC-CTT-A----GTAACG-TGGCA---ACAGT-------ATTGCGTTCAAG-A-TATTAGAGCTGTGTAAATCAGT--GT--TA----TT---T---T-T-GTT---GAAA-TGCCTAA---A-A------CA---G-----T-CA----------T--A----T-----T-TCTTTCTACATT--T---GATAGCATTGGGACATTT-----TCATGAGTTCTGCC-A------AGTTTTGATG---ACA-C-TG--CATACTGTTG-AATGAAGA--TAT-A--AC-AT------TTC---AAA----------GAT----------G----------CGTAATTTTACAC----------TGT--A-ACAAATGA-GCAGA-ATT----G----------TCAAA--AAT----GAA-AA-GG--TGTCATT-AAACCATC-GA--AAT-TG-TGAAAATGCAATCTGGTGA-ACC-CCATG----TTTT-T--TCC--T-G--CATATTTTGACT-AA-CAGAA----A--ACTATCTAT-GGAA-ACAAGACGCATTTAGAACCATTGACAC-TGTGTTAAGTG--TTCTTGAAGTACATGTCTCTA-TA---------T-GTTGAACAGTACatagataccgatctatatctgtggacacaatatattttaaaat
gi|11 : TGAAAGTATCA---AGAAT-------ATTGCGCCCAAG-A-AATCAGAGCTGTGTAAATCGGTTGAG--CATT--AT---T---T-TTGTT---GAAAACACTTAA---G-A------T----GGTCGGT-CA----------T--A----T-----A-TTGTTATGCATA--T---GAGAGCATTGGAACACTT-----TCATGAGTTCTGTC-A------GGTTTGGATG---ACATT-TT--GGTTCTGTTG-GATGAAGA--TAT-G--AA-AG------TTT---AAA----------GAT----------G----------C----------GT----------AGT--G-ATA-------C----ACT----G----------TCAAA--AAT----GAA-GG-GT--TGTCATCAAAAACATC--A--A---TA-TG-------------GTCA-ACCTTCA------TTTT-T--TCC--TGG--CATATTTGGACA-AA-CAAAG----G--ACAATCTAT-GAAA-ACAAGACACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCAGCGTTTTCCAGAAATGCGTTTCTCCATTA---------T-GTAGAACAG-----AA-----TTAATTG---GTGTGTGAGAC
gi|7 : tgtagTTGGG--AATT--AT---T---T-T-GTT---ACGAATACTTCA---A-A------T----G-------GT----------C--A----T-----T-TTTTT-TGTAAGGTT---GAAATATTTTGAACATTT-----TCATTAGTTTTGCC-T------AGCT-GGATG---ACT-C-TG--GGTGTTGTCA-GATGAAGG--GAT-G--AC-AGACTGGATCTCGGAAGT---------GAT----------A----------C----------AC----------AAC--A-ACACATGG--CAAA--------G----------TTAGA--AAT----GA---T-CGCATGTCATT-AAACTATT-TGT-AAC-TG-TGAAAAAGCAGTCTTGTCC-ACT-ACATA---TTACT-CAGTCCATT-A--TATTGTTG---C-AA-CGAAT----G--GCTATCTAT-ATAA-AAAAGATACTTTAAGAATTATTGCTTA-TTTGTTCAATG--ATCCAAAGGTACATT---------------------GAGAACAGTGCAACA-----TTAATTC---CTGTGTGAg
gi|23 : gtctcactaacaatgacattcccttagcgacaagatttATTGGGACATGT-----CCATGGGTTCTGCC-A------AGTtaagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|19 : aaatgatcatgttaatttctacaatagagttgatgtTGCC-A------AGTTTGAATG---ACA-T-TGTTGGA------T-GATGAAAA--TATGA--ACAAG------CCT---GAA----------CAT----------A----------C----------AT----------TAC--A-ACA----G-TTAAA-ATTACAAA----------TAAAA--AAT----TCA-GTCGG--TGAGATT-AAACAATT-TA--AAT-CG-
gi|18 : TG---TTTTTAT--TTC--T-G--CATAAAAGGACC-AA-CAAAT----G--GTTACCTAT-GGGA-ACAAGGGACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGCG--TTTCAGAAGTGCATATCTTTA-TA---------T-GTAGAACAGTACAAAAATGTTT---TTG---TTGTGT
gi|21 : TTT-T--TTC--T-G--TATATTTGGAGT-AA-CATAT----G--CAAATCTAT-GAAA-AGAAGATGCTT
gi|22 : gttnnnnnnnnnnCAGTG--TTCCAGAAGCGCATGTATTTA-TATATTTTTCCT-GA--AATAGTGCAA--------AAATTGGATTTATGTG
gi|25 : AGTG--TTCCAGAAGTGTATGTCTCTG-TA---------T-GTAGAACAGTACA---------AAATTG---GTGTG
gi|27 : TG--TTCTAGAAGTGCGTGTCTCTA-TC---------C-GTAGAACAGTACCAAA-----Tg
gi|24 : AGAAGTGCATTTCTAAA-AA---------T-GTAGAACAGAGTGAAG-----CTAATTG---TTCTCTGAGAt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTCATACATATGCTACAGAGTATGGAACCTGTTCACGAAATGTGCCAGGTTTGTAGCATCACATGTTATTGTTGGTGTAGATATGACATTTAAGATGCGTAGTAC
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 22222222222222222222222222222222222222 11111111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666 111111 2222222222 111111 11111111
lowQualScore : 2 1 2 2 2 2 11111 333 22222222 1 2 2 666666 2 4 2 9 444 55555 1 77777777777777777777777777777777777777 2 00000000000 2 4444 333 6666666666 2 0 2 2 555555 33 2 333 2 7777 2 33 2 2 666666 33 33 33333333333333333333333333333333333333333333 33 2 2 222222 111 5555 0000000000 33 5555 444 2 2 2 2 4444 2 2 2 2 2 000000 2 33 7 33 2 33 1 2 2 11111111 33 444 1 2 33 4 2 2 7777777 2 5555 2 3
lowQualScore : . . . . . . ..... ... ........ . . . ...... . . . . ... ..... . ...................................... . ........... . .... ... .......... . . . . ...... .. . ... . .... . .. . . ...... .. .. ............................................ .. . . ...... ... .... .......... .. .... ... . . . . .... . . . . . ...... . .. . .. . .. . . . ........ .. ... . . .. . . . ....... . .... . .
lowQualScore : 5 9 2 2 1 1 55555 999 22222222 4 5 5 999999 4 7 4 4 111 99999 0 99999999999999999999999999999999999999 8 00000000000 1 5555 777 5555555555 1 5 0 0 888888 11 2 999 2 1111 6 11 2 2 444444 11 11 00000000000000000000000000000000000000000000 22 4 4 555555 111 3333 9999999999 44 3333 444 5 5 5 5 5555 7 7 9 9 9 333333 5 44 6 22 4 22 0 5 5 11111111 44 444 4 9 22 3 2 2 2222222 5 7777 7 8
consensus : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA---A-A----T-----G----TCNTA----T-----T-TCTTTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
Reference ( family-33 ) : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA---A-A----T-----G----TNTTA----T-----T-TCTTTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
gi|1 : AGGTC-GCACTCACC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGACGGTAGCAGCAAGATT-------TTTGCCCTCAAG-A-AACTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TTAT-GTT---GA-----AAATGCTAAA---A-A----TT----G----TCATA----T-----T-TCTTTGTAC-----------A-TA----TTTGGGG-A-A-A---G-CGGAACATTTTCTTGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---TCA-TTTGATACAGTTGGATGAAG--GTAT-AAC-TA------TTT--AAA--GAC----------GAGTAGTGATACA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--CAT----GAA---G-GGG-TGTCAGT-AAACTA-TC-GT-AAT-TG-TGAAAAAGCAGTCTGGTCA-AAT-CCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTTTGACCAAA-CAGA---G----GAAAC---AATTTATGGAAACAATACACATTTTTAACCAATGGCAA-TGTGCTCAGTG--TTCCAGAAGTACATGTATGTA-CAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAA----TT-GATTGGTGTGTGAGAC
gi|10 : C-CTT-A----GTAACG-TGGCA---ACAGT-------ATTGCGTTCAAG-A-TATTAGAGCTGTGTAAATCAGT-----G-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TGCCTAA---A-A----CA----G----TCATA----T-----T-TCTTTCTAC-----------A-TT----T---GAT-AGC-A---T-TGGGACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---ACA-CTGCATACTGTTGAATGAAG--ATAT-AAC-AT------TTC--AAA--GAT----------G----------CGTAATTTTACAC----------TGT--A-A-CAAATGA-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---A-AGG-TGTCATT-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAATGCAATCTGGTGA-ACC-CCATG---TTTTT-T--C-C--T-G--CATATTTTGACT-AA-CAGA---A----A--AC---TATCTATGGAAACAAGACGCATTTAGAACCATTGACAC-TGTGTTAAGTG--TTCTTGAAGTACATGTCTCTA-TAT-G-------TTGAACAGTAC-
gi|11 : ---GTGAAAGTATCA---AGAAT-------ATTGCGCCCAAG-A-AATCAGAGCTGTGTAAATCGGTTGAGCA-T--T-ATT-TT-T-GTT---GA-----AAACACTTAA---G-A----TGGTCGG----TCATA----T-----A-TTGTTATGC-----------A-TA----T---GAG-AGC-A---T-TGGAACACTTTCATGAGTTCTGT-C-A------GGTTTG--G-ATG---ACATTTTGGTTCTGTTGGATGAAG--ATAT-GAA-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------T----------AGT--G-A-TA-------C---ACT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGT-TGTCATC-AA--------------------AAACATCAATATGGTCA-ACCTTCA------TTTT-T--TCC--TGG--CATATTTGGACA-AA-CAAA---G----G--AC---AATCTATGAAAACAAGACACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCAGCGTTTTCCAGAAATGCGTTTCTCCATTAT-G-------TAGAACAG------AA----TT-AATTGGTGTGTGAGAC
gi|12 : tgta-TCAGTTAAG-AATTAC-CT-------A------GACGGTAACA---AGATT-------CTTGCGCCTAAG-G-AATTATAGCTGTGTAAATCGATTGG-CA-A--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TACATAC---A-A----T----------TGTCACGTTT-----C-TCTTTGTAC-----------A-TA----T---GAGCA-C-A---T-TGGACCATTTTCAAGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---GCA-TTGGGTACGGTTTGATGAAA--ATAT-AAC-AG------TTT--AA---------------------------------------------------GT--A-AGTAAATGA-GCAACATT----G----------TCAAA--AAT----TAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-AG-TGAAAAAGAAAGCTGTTCA-ATC-CGATG---ACTTT-A--T-C--T-G--CACACTTGGATC-AA-CAGC---G----G--AC---TATTTATAGAAACAAGGCACTTTCAGAAGCATCGATAA-TGTGTTCAGTG--TTCCA-AAGTGCATTCCTCTA-TATAG-------GAGAAg
gi|13 : C-TCACTATAG-AATAAC-CTCC-ATT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATA-------CCTACGCCCAAT-A-GATAAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGCATAA---A-A----TTACA-A----TATT-----------T-TCGTTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A------------AACATTTTTACGATTTCTAC-CTA------AGTTTG--A-ATG---ATA-TTG--------------AAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------C-----------C----------TA---------------------------G----------T---A--AAT----TAA---C-GGG-TGTCATC-AAACCA-TT-GC-AAT-TG-TGAAAAAGCAACTTGATCA-ATC-C-ATG---TCTTT-T----C--T-A--CATAATTGGACC-AA-CAG---------G--AC---GATCTATGGAAACAACGATTTTTTAGAACCGTTGGTAA-TGTATCAAGTG--TTCGAGAAGTGCATTTCTCTA-CAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGCTGTGTGAG
gi|14 : GGTT-TCAATGACC-AATTAT-CACC-CTTTAG---TTAACGGTAG-A---ATATT--------TTGCGATTAA--A-AATTAGAACTGTATAAATTGGTTAG-CT-G--T-A-T-GC-T--TT---GC-----AAATACAT------------T-----G----TC----------------------AC-----------A-TG----T---GAG-----------TG--------CCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTAG--A-ATT---GCA-TTGGACGCTATTAGATG--T--ATAT-AAG-TA------TTT--GAA--GAT----------G----------CG---------------------TGG--ACA-CACACAGTACAG--TT----GAAAACGAAA-TCAAAACAAC----GAA---A-GGG-TGTCATT-AAGTTA-TTGGA-AAT-TG-AGTAAGGGCAATTTGGTGA-ATT-TCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTT-------A-TAGATACC----G--ATCTATATCTGTGGACACAATATA-TTTTAAAA
gi|15 : ttatAAGAAC-TGACTTACA-AATTAC-CCGC-CTT-ATTTAGTGGCGGTAACA---TGTTT-------TCTACAC--AAGCATAACTCGAACCATGTTA--CAGTTTGGC---------T-TT-T-GTTTTCAA-----AGATGGCTAATAGA-A----A-----G----TGTTC----T-----TCTCTTTGTAG-----------A-GA----T---GT----C-A---T-T-----ATTTTAA------CTGC-C-ACGTTCCAATTTT--G-ATGTCCATA-TC---TTCT-TTCGATGATT--ATAT-GAC-GG------CAT--TGA--GAT----------G----------TG----------C----------AGC--G-A-TACATA----AGAATT----GATTTCGGATTTCCAA--GATTGAAGAG---G-AGG-TGTCATCTAGGCTA-CT-GGCACT-TG-TGAAAGAGGAA------CA-A----TATA---TATTT-T--TTC--T-GGACATAATt
gi|16 : cattCACTTAAG-AATTAC-CTCA-TTT-TC---ATGACGGTAACA---AAATT-------CTAACGCCCAAG-A-AATAAGAGCTGTGTAAATCGGTCAAGTA-T--A-A-T-TT-T-GTT---TA-----AAATACATAC---A-AT---T-----G----CCAAA----T-----T-TTTT------------------------T---GGG-A-A-A---A-TGGAACATTTCCAAGAATTCTGT-C-A------AGTTTG--G-ATG---GTA-TTGTGTACTGTTTGACGAAGCTATAT-AAC-AT------TAT--TAG--GAT----------G----------CG----------TAGTGAGACAATGC--A-A-CACATGG-Ggatgaatacaata
gi|17 : AAG-AATTAC-CTTA-CTT-GC---ATGACGGT---A---AGATT-------CGTGCGTCCAAG-A-AAT---AACTATGTAAATCGGTTTGACA-T--TCA-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACATAC---ATT----T-----G----TCATA----T-----T-TCTCTTTACCTTCAAAGGAAA-TA----C---AAC-A-CTA---T-TGGAA-----TCA-AAGTTGTGCTC-A------TGTTT
gi|18 : TG---TTTTTAT--TTC--T-G--CATAAAAGGACC-AA-CAAA---T----G--GT---TACCTATGGGAACAAGGGACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGCG--TTTCAGAAGTGCATATCTTTA-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAAATGTTT---TTGTTGTGT
gi|19 : TGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---ACA-TTG----TTGGATGATGAAA--ATATGAACAAG------CCT--GAA--CAT----------A----------CA----------T----------TAC--A-A-CA----G-TTAAAATTACAAA----------TAAAA--AAT----TCA---GTCGG-TGAGATT-AAACAA-TT-TA-AAT-CG-
gi|2 : C-CCACATACG-AATTAC-CTTC-CCT-AA---GTGATGATAACA---AGATTTTTTATTCTTGCGCCCAAG-A-AATAAGAGCTATGTTAACCGGTCGGGCA-T--TCG-T-TT-T-GTT---GAGAAAAAAATGTTTAC---G-T----T-----GG---TCATA----T-----G-TCTTTGTAA-----------A-TA----T---GAG-AAC-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTAC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ATA-TTGCATACTGTTGGATGGCA--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------CAGTGATACATTGC--A-A-CGAAAGG-GCGGAATT----G----------TCACA--AAT----GAA---G-GGAATGCGATC-AAACCA-TC-AA-CAT-TC-TGAAAAA-----CTGGTCA-ACC-CCAT------TTT-T--TCC--T-A--CATATTTGGATC-AA-CAGA---A----G--AA---TTTATATGGATACAAGCCACTATTAGAACCATCCGTAA-TGTGTTTAGTG--TTCCAGAAGTGCATATCTCTA-TGT-G-------CAGAAGACTGA-AAAA----TT-AATTGGTGTGGGAGAC
gi|20 : TAC-----------A-TA----T---GCT-A-C-AGAGTATGGAACCTGTTCACGAAATGTGC-C-A------GGTTTGTAGCATC---ACA-T--GTTATTGTTGG-TGTAG--ATAT-GAC-A-------TTT--AA---GAT----------G----------CG----------
gi|21 : gtcaTTT-T--TTC--T-G--TATATTTGGAGT-AA-CATA---T----G--CA---AATCTATGAAAAGAAGATGCTTtagtac
gi|22 : gttnnnnnnnnnnCAGTG--TTCCAGAAGCGCATGTATTTA-TAT-ATTTTTCCTGAAATAGTGCAAAAA----TTGGATTTATGTG
gi|23 : A---A-A----T-----GATCATGTTAA---T-----T-TCT----AC-----------AATAGAGTT---GAT-G-T-A---T-TGGGACATGTCCATGGGTTCTGC-C-A------AGT
gi|24 : AGAAGTGCATTTCTAAA-AAT-G-------TAGAACAGAGT-GAAG----CT-AATTGTTCTCTGAGA
gi|25 : aAGTG--TTCCAGAAGTGTATGTCTCTG-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AA---------AATTGGTGTG
gi|26 : GGTC-TCACTTAAGAAAATAC-CTCT-CTT-AC---ATGATGGTGGCG---AGAg
gi|27 : acTG--TTCTAGAAGTGCGTGTCTCTA-TCC-G-------TAGAACAGTAC-CAAA----TT-
gi|28 : AAGGTC-TCACTGAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ACGACAG
gi|29 : cAAGGTCATCACTGAAC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGA
gi|3 : cttGTC-TCACTTAAA-AATTAC-CTCC-CTT-AT---ATGACGGTATCA---AGATT-------ATTACGCCAAAC-C-AATTAGAGCTGTGAATATCGGTTGGGCAAT--T-A-T-TT-T-GTT---AA-----AAATGCATAA---A-A----T-----G----TCATA----T-----T-TCTTTGTGC-----------C-TA----T---GGG-AAC-A---T-TGAAACATTTCTATGATTTCTGC-A-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAACTGTTTGATTATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CGTAGTGATACAC----------TGC--A-A-CAA-TAG-GCATAATT----G----------TCAAA--AAT----GGA---G-GGG-TGCCATC-AAACCA-TC-AA-AAT-CG-TGAAAAAACAACCTGGTCA-ACC-CAAT------TTG-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATCGGTACAATGCACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGTG---TCTAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGCAC-AAAA----TT-AATTCTTGTGTGAGAC
gi|4 : GTC-TCTCTGAAG-TATTAC-CTCC-CCT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------ATTACGCCCGAG-A-AATTAGAGCTGTGTTATTTGGTTTTGCA-TAGT-A-T-TT-T---T---GA-----AAATGCTTTA---A-A----T-----G----CTTT-----T-----G-TCT----AC-----------A-GA----T---GAG-A-AGA---A-TGGAACATTGTCATGAGTTGTGC-C-A------AGTTTG--G-CTG---ACA-CTGGTTGCTGTTTGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--GAA--GAT----------G----------CGTAGAGATACAC----------TGC--A-A-AAATTGA-ACAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCCTC-AAACCA-TG-GA-TAT-TG-TAAAAAAGCAGCCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-G--CATATTTG-ACC-AA-CAGA---T----G--AC---AATCTATGGAAACAAAGTGCTTTTAGAACCATCAGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGTACAGTGC-AAAA----TT-AATTGGTATGTGAGAC
gi|5 : AAGGTC-TGACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTTACGCCGAAG-A-AATTAGAGTTGTGTAAAGCGGTTGGGCA------A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACCTAA---A-A----T-----G----TATTA----T-----T-TCTTTGTGC-----------A-AA----T---GGG-ATC-A---T-TGGAACATTTTCATAATTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAAATGTTTGATGATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-TGG-TGCCATC-AAACCA-TC-TA-AAT-TG-TGAAAAAGAAACCTTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CATA---G----G--AC---TATCTATTCGAACAAGGCACTTTTAGAATCATTAATAA-TGTATTCAGTG--ATCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------AAGAACAGTAC-AAAA----TA-AATTGTTGTGTGAGAC
gi|6 : GGTC-TCACTTAAG-AAATAA-CTCC-CTT-AC---ATGACAGTAGCA---AGA------------------------GATTATAGCTGTATAAATCGGTTTGGCA-A--T-A-TGTT-T-GTT---GA-----AAATGCATAAC--ACA----T-----G----TTTTG----TCATAAT-TATATGTAC-----------A-TA----T---GAGAA-C-A---T-TGGAACA-TTTCATGAGTTCTAC-C-A------AGCTTG--G-ATG---ACA-TTGGAGACTGTTTGATGAAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--AAT----------G----------CGTAGTGATACAT----------TGCAAA-A-AAAATGG-GCAGATTT----G----------TCAAG--AAT----TGA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC----AATCTGATGAAAAAGCAACCTGGTCACCCC-CCATGTTCTTTTT-C--TTC--T-G--CATGTTTGTACC-AG-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGACACAAGGCACTTTGAGAACCATTGGTAATTTTGTTCAGTG--TTCCAGACTTGCTTTTTTCTA-TAT-G-------CAGAACAGT
gi|7 : GTC-TCACT-AAC-AATGACATTCC-CTT-A----GCGAC------A---AGATT-------TTTGa
gi|7 : TTGGGAA-T--T-A-T-TT-T-GTT---AC-----GAATACTTCA---A-A----T-----G-----GTCAT---T-----T-TTTTTGTAA-----------G-GT----T---GAA-A-T-AT--T-TTGAACATTTTCATTAGTTTTGC-C-T------AG-CTG--G-ATG---ACT-CTGGGTGTTGTCAGATGAAG--GGAT-GAC-AGACTGGATCTCGGAAGTGAT----------A----------CA----------C----------AAC--A-A-CACAT-G-GCAAA-------G----------TTAGA--AAT----GAT---C-GCA-TGTCATT-AAACTATTT-GT-AAC-TG-TGAAAAAGCAGTCTTGTCC-ACT-ACATA---TTACT-CAGTCCATT-A--TATTGTTG---C-AA-CGAA---T----G--GC---TATCTATATAAAAAAGATACTTTAAGAATTATTGCTTA-TTTGTTCAATG--ATCCAAAGGTACAT----------T-G--------AGAACAGTGC-AACA----TT-AATTCCTGTGTGAggaattattttgttacgaatacttcaaatggtcattttttttgtaaggttgaaatattttgaacattttcattagttttgcctagctggatgactctgggtgttgtcagatgaagggatgacagactggatctcggaagtgatacacaacaacacatggcaaagttagaaatgatcgcatgtcattaaactatttgtaactgtgaaaaagcagtcttgtccactacatattactcagtccattatattgttgcaacgaatggctatctatataaaaaagatactttaagaattattgcttatttgttcaatgatccaaaggtacattgagaacagtgcaacattaattcctgtgtgataagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|8 : gtctcactaacaatgacattcccttagcgacaagatttGGTC-TCACTTAAG-AATTAT-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTAATGTCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAAGTGGTTGAGCA-T--A-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGTAAAA---A-AATTTT-----G----TCATT----T-----T-TCTTTGTGG-----------A-TA--------GA--A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGATTTCTGC-T-A------ACTTTA--G-ATG---ACA-TTG---------------AG--CTAT-AGG-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------TG----------T----------AGT--G-A-TA-------CA---CT----G----------CCACA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-CAT-TG-TGAAAAACCAACCCTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-A--CCTAATTGGATC-AAACAGA---GAGAGG--AC---TATCTACAGGAGCAAGGTACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTATCCAGTG--TTCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAATGC-ACAA----TT-AATTGTTGTGTGAGAtaagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|9 : GGTC-TAACTTACC-AGTTAG-TTCCTCTT-G----GTGATGGTAGTG---AGGTT-------GTTACGCC-AAG-T-AATTAGAGATGAATAAATTGGTTGTGCA-T--T-A-TGTT-T-GTT---AA-----AATTGCGTAC---A-C----T-----GG---TCGTA----T-----G-TCT--GTAC-----------A-TA----T---GAA-A-C-G---T-TGAAACATTTTCATTAGTTCTGC-C-A------AGGTTG--G-ATG---GCA-TTTGGTACTGTTGGAAGAAT--ATAA-TAC-AG------TTT--AAA--GATGTGTAGTGACG----------CA----------C----------TCC--A-G-CAATTGG-GCAGAAGT----A----------TCAAA--AAT----GAATTTG-G-------ATC-AAACCA-TC-GA-AA
gi|9 : --T-G--CATATTTGGACC-AA-CATA---G----G--AT---TTTCTATGGAAAGAAAGCACATTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCGGTG--TGTCAGAAGTGCATGTAAATA-TAT-G-------CAGAAGAGTGT-AAAA----TT-AATTG----GTGAGACagtcttgcatatttggaccaacataggattttctatggaaagaaagcacatttagaaccattggtaatgtatccggtgtgtcagaagtgcatgtaaatatatgcagaagagtgtaaaattaattggtgagacg
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 222222222222222222222 11111111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666 111111 2222222222 111111 11111111
lowQualScore : 2 1 2 2 2 2 11111 333 22222222 1 2 2 666666 2 4 2 9 444 55555 1 000000000000000000000 6 66 2 2 33 00000000000 2 4444 333 6666666666 2 0 2 2 555555 33 2 333 2 7777 2 33 2 2 666666 33 33 33333333333333333333333333333333333333333333 33 2 2 222222 111 5555 0000000000 33 5555 444 2 2 2 2 4444 2 2 2 2 2 000000 2 33 7 33 2 33 1 2 2 11111111 33 444 1 2 33 4 2 2 7777777 2 5555 2 3
lowQualScore : . . . . . . ..... ... ........ . . . ...... . . . . ... ..... . ..................... . .. . . .. ........... . .... ... .......... . . . . ...... .. . ... . .... . .. . . ...... .. .. ............................................ .. . . ...... ... .... .......... .. .... ... . . . . .... . . . . . ...... . .. . .. . .. . . . ........ .. ... . . .. . . . ....... . .... . .
lowQualScore : 5 9 2 2 1 1 55555 999 22222222 4 5 5 999999 4 7 4 4 111 99999 0 999999999999999999999 7 22 2 2 11 00000000000 1 5555 777 5555555555 1 5 0 0 888888 11 2 999 2 1111 6 11 2 2 444444 11 11 00000000000000000000000000000000000000000000 22 4 4 555555 111 3333 9999999999 44 3333 444 5 5 5 5 5555 7 7 9 9 9 333333 5 44 6 22 4 22 0 5 5 11111111 44 444 4 9 22 3 2 2 2222222 5 7777 7 8
consensus : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
Reference ( family-33 ) : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA-----A-A-------T-----G-TCN-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
gi|1 : AGGTC-GCACTCACC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGACGGTAGCAGCAAGATT-------TTTGCCCTCAAG-A-AACTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TTAT-GTT---GA-----AAATGCTAAA-----A-A-------TT----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----TTTGGGG-A-A-A---G-CGGAACATTTTCTTGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---TCA-TTTGATACAGTTGGATGAAG--GTAT-AAC-TA------TTT--AAA--GAC----------GAGTAGTGATACA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--CAT----GAA---G-GGG-TGTCAGT-AAACTA-TC-GT-AAT-TG-TGAAAAAGCAGTCTGGTCA-AAT-CCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTTTGACCAAA-CAGA---G----GAAAC---AATTTATGGAAACAATACACATTTTTAACCAATGGCAA-TGTGCTCAGTG--TTCCAGAAGTACATGTATGTA-CAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAA----TT-GATTGGTGTGTGAGAC
gi|10 : C-CTT-A----GTAACG-TGGCA---ACAGT-------ATTGCGTTCAAG-A-TATTAGAGCTGTGTAAATCAGT-----G-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TGCCTAA-----A-A-------CA----G-TCA-TATTT-CT--TTCTAC-----------A-TT----T---GAT-AGC-A---T-TGGGACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---ACA-CTGCATACTGTTGAATGAAG--ATAT-AAC-AT------TTC--AAA--GAT----------G----------CGTAATTTTACAC----------TGT--A-A-CAAATGA-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---A-AGG-TGTCATT-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAATGCAATCTGGTGA-ACC-CCATG---TTTTT-T--C-C--T-G--CATATTTTGACT-AA-CAGA---A----A--AC---TATCTATGGAAACAAGACGCATTTAGAACCATTGACAC-TGTGTTAAGTG--TTCTTGAAGTACATGTCTCTA-TAT-G-------TTGAACAGTAC-
gi|11 : ---GTGAAAGTATCA---AGAAT-------ATTGCGCCCAAG-A-AATCAGAGCTGTGTAAATCGGTTGAGCA-T--T-ATT-TT-T-GTT---GA-----AAACACTTAA-----G-A-------TGGTCGG-TCA-TATAT-TG--TTATGC-----------A-TA----T---GAG-AGC-A---T-TGGAACACTTTCATGAGTTCTGT-C-A------GGTTTG--G-ATG---ACATTTTGGTTCTGTTGGATGAAG--ATAT-GAA-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------T----------AGT--G-A-TA-------C---ACT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGT-TGTCATC-AA--------------------AAACATCAATATGGTCA-ACCTTCA------TTTT-T--TCC--TGG--CATATTTGGACA-AA-CAAA---G----G--AC---AATCTATGAAAACAAGACACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCAGCGTTTTCCAGAAATGCGTTTCTCCATTAT-G-------TAGAACAG------AA----TT-AATTGGTGTGTGAGAC
gi|12 : tgta-TCAGTTAAG-AATTAC-CT-------A------GACGGTAACA---AGATT-------CTTGCGCCTAAG-G-AATTATAGCTGTGTAAATCGATTGG-CA-A--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TACATAC-----A-A-------TT----G-TCA-CGTTT-CTCTTTGTAC-----------A-TA----T---GAGCA-C-A---T-TGGACCATTTTCAAGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---GCA-TTGGGTACGGTTTGATGAAA--ATAT-AAC-AG------TTT--AA---------------------------------------------------GT--A-AGTAAATGA-GCAACATT----G----------TCAAA--AAT----TAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-AG-TGAAAAAGAAAGCTGTTCA-ATC-CGATG---ACTTT-A--T-C--T-G--CACACTTGGATC-AA-CAGC---G----G--AC---TATTTATAGAAACAAGGCACTTTCAGAAGCATCGATAA-TGTGTTCAGTG--TTCCA-AAGTGCATTCCTCTA-TATAG-------GAGAAg
gi|13 : C-TCACTATAG-AATAAC-CTCC-ATT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATA-------CCTACGCCCAAT-A-GATAAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGCATAA-----A-A-------T-----T-ACAATATTTTCG--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A------------AACATTTTTACGATTTCTAC-CTA------AGTTTG--A-ATG---ATA-TTG--------------AAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------C-----------C----------TA---------------------------G----------T---A--AAT----TAA---C-GGG-TGTCATC-AAACCA-TT-GC-AAT-TG-TGAAAAAGCAACTTGATCA-ATC-C-ATG---TCTTT-T----C--T-A--CATAATTGGACC-AA-CAG---------G--AC---GATCTATGGAAACAACGATTTTTTAGAACCGTTGGTAA-TGTATCAAGTG--TTCGAGAAGTGCATTTCTCTA-CAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGCTGTGTGAG
gi|14 : GGTT-TCAATGACC-AATTAT-CACC-CTTTAG---TTAACGGTAG-A---ATATT--------TTGCGATTAA--A-AATTAGAACTGTATAAATTGGTTAG-CT-G--T-A-T-GC-T--TT---GC-----AAATACAT-----------------T-----G-TC----------------AC-----------A-TG----T---GAG-----------TG--------CCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTAG--A-ATT---GCA-TTGGACGCTATTAGATG--T--ATAT-AAG-TA------TTT--GAA--GAT----------G----------CG---------------------TGG--ACA-CACACAGTACAG--TT----GAAAACGAAA-TCAAAACAAC----GAA---A-GGG-TGTCATT-AAGTTA-TTGGA-AAT-TG-AGTAAGGGCAATTTGGTGA-ATT-TCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTT-------A-TAGATACC----G--ATCTATATCTGTGGACACAATATA-TTTTAAAA
gi|15 : ttatAAGAAC-TGACTTACA-AATTAC-CCGC-CTT-ATTTAGTGGCGGTAACA---TGTTT-------TCTACAC--AAGCATAACTCGAACCATGTTA--CAGTTTGGC---------T-TT-T-GTTTTCAA-----AGATGGCTAATAGAAA-G-------T-----G-TTC-T-TCT-CT--TTGTAG-----------A-GA----T---GT----C-A---T-T-----ATTTTAA------CTGC-C-ACGTTCCAATTTT--G-ATGTCCATA-TC---TTCT-TTCGATGATT--ATAT-GAC-GG------CAT--TGA--GAT----------G----------TG----------C----------AGC--G-A-TACATA----AGAATT----GATTTCGGATTTCCAA--GATTGAAGAG---G-AGG-TGTCATCTAGGCTA-CT-GGCACT-TG-TGAAAGAGGAA------CA-A----TATA---TATTT-T--TTC--T-GGACATAATt
gi|16 : cattCACTTAAG-AATTAC-CTCA-TTT-TC---ATGACGGTAACA---AAATT-------CTAACGCCCAAG-A-AATAAGAGCTGTGTAAATCGGTCAAGTA-T--A-A-T-TT-T-GTT---TA-----AAATACATAC-----A-AT------T-----G-CCA-AATTT-TT--T------------------------T---GGG-A-A-A---A-TGGAACATTTCCAAGAATTCTGT-C-A------AGTTTG--G-ATG---GTA-TTGTGTACTGTTTGACGAAGCTATAT-AAC-AT------TAT--TAG--GAT----------G----------CG----------TAGTGAGACAATGC--A-A-CACATGG-Ggatgaatacaata
gi|17 : AAG-AATTAC-CTTA-CTT-GC---ATGACGGT---A---AGATT-------CGTGCGTCCAAG-A-AAT---AACTATGTAAATCGGTTTGACA-T--TCA-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACATAC-----ATT-------T-----G-TCA-TATTT-CT--CTTTACCTTCAAAGGAAA-TA----C---AAC-A-CTA---T-TGGAA-----TCA-AAGTTGTGCTC-A------TGTTT
gi|18 : TG---TTTTTAT--TTC--T-G--CATAAAAGGACC-AA-CAAA---T----G--GT---TACCTATGGGAACAAGGGACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGCG--TTTCAGAAGTGCATATCTTTA-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAAATGTTT---TTGTTGTGT
gi|19 : TGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---ACA-TTG----TTGGATGATGAAA--ATATGAACAAG------CCT--GAA--CAT----------A----------CA----------T----------TAC--A-A-CA----G-TTAAAATTACAAA----------TAAAA--AAT----TCA---GTCGG-TGAGATT-AAACAA-TT-TA-AAT-CG-
gi|2 : C-CCACATACG-AATTAC-CTTC-CCT-AA---GTGATGATAACA---AGATTTTTTATTCTTGCGCCCAAG-A-AATAAGAGCTATGTTAACCGGTCGGGCA-T--TCG-T-TT-T-GTT---GAGAAAAAAATGTTTAC-----G-T-------T-----GGTCA-TATGT-CT--TTGTAA-----------A-TA----T---GAG-AAC-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTAC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ATA-TTGCATACTGTTGGATGGCA--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------CAGTGATACATTGC--A-A-CGAAAGG-GCGGAATT----G----------TCACA--AAT----GAA---G-GGAATGCGATC-AAACCA-TC-AA-CAT-TC-TGAAAAA-----CTGGTCA-ACC-CCAT------TTT-T--TCC--T-A--CATATTTGGATC-AA-CAGA---A----G--AA---TTTATATGGATACAAGCCACTATTAGAACCATCCGTAA-TGTGTTTAGTG--TTCCAGAAGTGCATATCTCTA-TGT-G-------CAGAAGACTGA-AAAA----TT-AATTGGTGTGGGAGAC
gi|20 : TAC-----------A-TA----T---GCT-A-C-AGAGTATGGAACCTGTTCACGAAATGTGC-C-A------GGTTTGTAGCATC---ACA-T--GTTATTGTTGG-TGTAG--ATAT-GAC-A-------TTT--AA---GAT----------G----------CG----------
gi|21 : gtcaTTT-T--TTC--T-G--TATATTTGGAGT-AA-CATA---T----G--CA---AATCTATGAAAAGAAGATGCTTtagtac
gi|22 : gttnnnnnnnnnnCAGTG--TTCCAGAAGCGCATGTATTTA-TAT-ATTTTTCCTGAAATAGTGCAAAAA----TTGGATTTATGTG
gi|23 : A-----A-A-------T-----GATCA-TGTTA-AT--TTCTAC-----------AATAGAGTT---GAT-G-T-A---T-TGGGACATGTCCATGGGTTCTGC-C-A------AGT
gi|24 : AGAAGTGCATTTCTAAA-AAT-G-------TAGAACAGAGT-GAAG----CT-AATTGTTCTCTGAGA
gi|25 : aAGTG--TTCCAGAAGTGTATGTCTCTG-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AA---------AATTGGTGTG
gi|26 : GGTC-TCACTTAAGAAAATAC-CTCT-CTT-AC---ATGATGGTGGCG---AGAg
gi|27 : acTG--TTCTAGAAGTGCGTGTCTCTA-TCC-G-------TAGAACAGTAC-CAAA----TT-
gi|28 : AAGGTC-TCACTGAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ACGACAG
gi|29 : cAAGGTCATCACTGAAC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGA
gi|3 : cttGTC-TCACTTAAA-AATTAC-CTCC-CTT-AT---ATGACGGTATCA---AGATT-------ATTACGCCAAAC-C-AATTAGAGCTGTGAATATCGGTTGGGCAAT--T-A-T-TT-T-GTT---AA-----AAATGCATAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTGC-----------C-TA----T---GGG-AAC-A---T-TGAAACATTTCTATGATTTCTGC-A-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAACTGTTTGATTATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CGTAGTGATACAC----------TGC--A-A-CAA-TAG-GCATAATT----G----------TCAAA--AAT----GGA---G-GGG-TGCCATC-AAACCA-TC-AA-AAT-CG-TGAAAAAACAACCTGGTCA-ACC-CAAT------TTG-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATCGGTACAATGCACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGTG---TCTAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGCAC-AAAA----TT-AATTCTTGTGTGAGAC
gi|4 : GTC-TCTCTGAAG-TATTAC-CTCC-CCT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------ATTACGCCCGAG-A-AATTAGAGCTGTGTTATTTGGTTTTGCA-TAGT-A-T-TT-T---T---GA-----AAATGCTTTA-----A-A-------T-----G-C------TT-TT--GTCTAC-----------A-GA----T---GAG-A-AGA---A-TGGAACATTGTCATGAGTTGTGC-C-A------AGTTTG--G-CTG---ACA-CTGGTTGCTGTTTGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--GAA--GAT----------G----------CGTAGAGATACAC----------TGC--A-A-AAATTGA-ACAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCCTC-AAACCA-TG-GA-TAT-TG-TAAAAAAGCAGCCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-G--CATATTTG-ACC-AA-CAGA---T----G--AC---AATCTATGGAAACAAAGTGCTTTTAGAACCATCAGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGTACAGTGC-AAAA----TT-AATTGGTATGTGAGAC
gi|5 : AAGGTC-TGACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTTACGCCGAAG-A-AATTAGAGTTGTGTAAAGCGGTTGGGCA------A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACCTAA-----A-A-------T-----G-TAT-TATTT-CT--TTGTGC-----------A-AA----T---GGG-ATC-A---T-TGGAACATTTTCATAATTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAAATGTTTGATGATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-TGG-TGCCATC-AAACCA-TC-TA-AAT-TG-TGAAAAAGAAACCTTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CATA---G----G--AC---TATCTATTCGAACAAGGCACTTTTAGAATCATTAATAA-TGTATTCAGTG--ATCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------AAGAACAGTAC-AAAA----TA-AATTGTTGTGTGAGAC
gi|6 : GGTC-TCACTTAAG-AAATAA-CTCC-CTT-AC---ATGACAGTAGCA---AGA------------------------GATTATAGCTGTATAAATCGGTTTGGCA-A--T-A-TGTT-T-GTT---GA-----AAATGCATAA-----C-ACATGTTTT-----G-TCA-TAATT-AT--ATGTAC-----------A-TA----T---GAGAA-C-A---T-TGGAACA-TTTCATGAGTTCTAC-C-A------AGCTTG--G-ATG---ACA-TTGGAGACTGTTTGATGAAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--AAT----------G----------CGTAGTGATACAT----------TGCAAA-A-AAAATGG-GCAGATTT----G----------TCAAG--AAT----TGA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC----AATCTGATGAAAAAGCAACCTGGTCACCCC-CCATGTTCTTTTT-C--TTC--T-G--CATGTTTGTACC-AG-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGACACAAGGCACTTTGAGAACCATTGGTAATTTTGTTCAGTG--TTCCAGACTTGCTTTTTTCTA-TAT-G-------CAGAACAGT
gi|7 : GTC-TCACT-AAC-AATGACATTCC-CTT-A----GCGAC------A---AGATT-------TTTGa
gi|7 : TTGGGAA-T--T-A-T-TT-T-GTT---AC-----GAATACTTCA-----A-A-------TG----G-TCA-T-TTT-TT--TTGTAA-----------G-GT----T---GAA-A-T-AT--T-TTGAACATTTTCATTAGTTTTGC-C-T------AG-CTG--G-ATG---ACT-CTGGGTGTTGTCAGATGAAG--GGAT-GAC-AGACTGGATCTCGGAAGTGAT----------A----------CA----------C----------AAC--A-A-CACAT-G-GCAAA-------G----------TTAGA--AAT----GAT---C-GCA-TGTCATT-AAACTATTT-GT-AAC-TG-TGAAAAAGCAGTCTTGTCC-ACT-ACATA---TTACT-CAGTCCATT-A--TATTGTTG---C-AA-CGAA---T----G--GC---TATCTATATAAAAAAGATACTTTAAGAATTATTGCTTA-TTTGTTCAATG--ATCCAAAGGTACAT----------T-G--------AGAACAGTGC-AACA----TT-AATTCCTGTGTGAggaattattttgttacgaatacttcaaatggtcattttttttgtaaggttgaaatattttgaacattttcattagttttgcctagctggatgactctgggtgttgtcagatgaagggatgacagactggatctcggaagtgatacacaacaacacatggcaaagttagaaatgatcgcatgtcattaaactatttgtaactgtgaaaaagcagtcttgtccactacatattactcagtccattatattgttgcaacgaatggctatctatataaaaaagatactttaagaattattgcttatttgttcaatgatccaaaggtacattgagaacagtgcaacattaattcctgtgtgataagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|8 : gtctcactaacaatgacattcccttagcgacaagatttGGTC-TCACTTAAG-AATTAT-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTAATGTCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAAGTGGTTGAGCA-T--A-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGTAAAA-----A-AATTT---T-----G-TCA-TTTTT-CT--TTGTGG-----------A-TA--------GA--A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGATTTCTGC-T-A------ACTTTA--G-ATG---ACA-TTG---------------AG--CTAT-AGG-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------TG----------T----------AGT--G-A-TA-------CA---CT----G----------CCACA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-CAT-TG-TGAAAAACCAACCCTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-A--CCTAATTGGATC-AAACAGA---GAGAGG--AC---TATCTACAGGAGCAAGGTACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTATCCAGTG--TTCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAATGC-ACAA----TT-AATTGTTGTGTGAGAtaagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|9 : GGTC-TAACTTACC-AGTTAG-TTCCTCTT-G----GTGATGGTAGTG---AGGTT-------GTTACGCC-AAG-T-AATTAGAGATGAATAAATTGGTTGTGCA-T--T-A-TGTT-T-GTT---AA-----AATTGCGTAC-----A-C-------T-----GGTCG-TATGT-CT----GTAC-----------A-TA----T---GAA-A-C-G---T-TGAAACATTTTCATTAGTTCTGC-C-A------AGGTTG--G-ATG---GCA-TTTGGTACTGTTGGAAGAAT--ATAA-TAC-AG------TTT--AAA--GATGTGTAGTGACG----------CA----------C----------TCC--A-G-CAATTGG-GCAGAAGT----A----------TCAAA--AAT----GAATTTG-G-------ATC-AAACCA-TC-GA-AA
gi|9 : --T-G--CATATTTGGACC-AA-CATA---G----G--AT---TTTCTATGGAAAGAAAGCACATTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCGGTG--TGTCAGAAGTGCATGTAAATA-TAT-G-------CAGAAGAGTGT-AAAA----TT-AATTG----GTGAGACagtcttgcatatttggaccaacataggattttctatggaaagaaagcacatttagaaccattggtaatgtatccggtgtgtcagaagtgcatgtaaatatatgcagaagagtgtaaaattaattggtgagacg
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 222222222222222222222 11111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666 111111 2222222222 111111 11111111
lowQualScore : 2 1 2 2 2 2 11111 333 22222222 1 2 2 666666 2 4 2 9 444 55555 1 000000000000000000000 6 2 2 2 33 00000000000 2 4444 333 44 6666666 2 0 2 2 555555 33 2 333 2 7777 2 33 2 2 666666 33 33 33333333333333333333333333333333333333333333 33 2 2 222222 111 5555 0000000000 33 5555 444 2 2 2 2 4444 2 2 2 2 2 000000 2 33 7 33 2 33 1 2 2 11111111 33 444 1 2 33 4 2 2 7777777 2 5555 2 3
lowQualScore : . . . . . . ..... ... ........ . . . ...... . . . . ... ..... . ..................... . . . . .. ........... . .... ... .. ....... . . . . ...... .. . ... . .... . .. . . ...... .. .. ............................................ .. . . ...... ... .... .......... .. .... ... . . . . .... . . . . . ...... . .. . .. . .. . . . ........ .. ... . . .. . . . ....... . .... . .
lowQualScore : 5 9 2 2 1 1 55555 999 22222222 4 5 5 999999 4 7 4 4 111 99999 0 999999999999999999999 7 2 2 2 11 00000000000 1 5555 777 33 5555555 1 5 0 0 888888 11 2 999 2 1111 6 11 2 2 444444 11 11 00000000000000000000000000000000000000000000 22 4 4 555555 111 3333 9999999999 44 3333 444 5 5 5 5 5555 7 7 9 9 9 333333 5 44 6 22 4 22 0 5 5 11111111 44 444 4 9 22 3 2 2 2222222 5 7777 7 8
consensus : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
Reference ( family-33 ) : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
gi|1 : AGGTC-GCACTCACC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGACGGTAGCAGCAAGATT-------TTTGCCCTCAAG-A-AACTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TTAT-GTT---GA-----AAATGCTAAA-----A-A-------TT----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----TTTGGGG-A-A-A---G-CGGAACATTTTCTTGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---TCA-TTTGATACAGTTGGATGAAG--GTAT-AAC-TA------TTT--AAA--GAC----------GAGTAGTGATACA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--CAT----GAA---G-GGG-TGTCAGT-AAACTA-TC-GT-AAT-TG-TGAAAAAGCAGTCTGGTCA-AAT-CCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTTTGACCAAA-CAGA---G----GAAAC---AATTTATGGAAACAATACACATTTTTAACCAATGGCAA-TGTGCTCAGTG--TTCCAGAAGTACATGTATGTA-CAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAA----TT-GATTGGTGTGTGAGAC
gi|10 : C-CTT-A----GTAACG-TGGCA---ACAGT-------ATTGCGTTCAAG-A-TATTAGAGCTGTGTAAATCAGT-----G-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TGCCTAA-----A-A-------CA----G-TCA-TATTT-CT--TTCTAC-----------A-TT----T---GAT-AGC-A---T-TGGGACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---ACA-CTGCATACTGTTGAATGAAG--ATAT-AAC-AT------TTC--AAA--GAT----------G----------CGTAATTTTACAC----------TGT--A-A-CAAATGA-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---A-AGG-TGTCATT-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAATGCAATCTGGTGA-ACC-CCATG---TTTTT-T--C-C--T-G--CATATTTTGACT-AA-CAGA---A----A--AC---TATCTATGGAAACAAGACGCATTTAGAACCATTGACAC-TGTGTTAAGTG--TTCTTGAAGTACATGTCTCTA-TAT-G-------TTGAACAGTAC-
gi|11 : ---GTGAAAGTATCA---AGAAT-------ATTGCGCCCAAG-A-AATCAGAGCTGTGTAAATCGGTTGAGCA-T--T-ATT-TT-T-GTT---GA-----AAACACTTAA-----G-A-------TGGTCGG-TCA-TATAT-TG--TTATGC-----------A-TA----T---GAG-AGC-A---T-TGGAACACTTTCATGAGTTCTGT-C-A------GGTTTG--G-ATG---ACATTTTGGTTCTGTTGGATGAAG--ATAT-GAA-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------T----------AGT--G-A-TA-------C---ACT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGT-TGTCATC-AA--------------------AAACATCAATATGGTCA-ACCTTCA------TTTT-T--TCC--TGG--CATATTTGGACA-AA-CAAA---G----G--AC---AATCTATGAAAACAAGACACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCAGCGTTTTCCAGAAATGCGTTTCTCCATTAT-G-------TAGAACAG------AA----TT-AATTGGTGTGTGAGAC
gi|12 : tgta-TCAGTTAAG-AATTAC-CT-------A------GACGGTAACA---AGATT-------CTTGCGCCTAAG-G-AATTATAGCTGTGTAAATCGATTGG-CA-A--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TACATAC-----A-A-------TT----G-TCA-CGTTT-CTCTTTGTAC-----------A-TA----T---GAGCA-C-A---T-TGGACCATTTTCAAGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---GCA-TTGGGTACGGTTTGATGAAA--ATAT-AAC-AG------TTT--AA---------------------------------------------------GT--A-AGTAAATGA-GCAACATT----G----------TCAAA--AAT----TAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-AG-TGAAAAAGAAAGCTGTTCA-ATC-CGATG---ACTTT-A--T-C--T-G--CACACTTGGATC-AA-CAGC---G----G--AC---TATTTATAGAAACAAGGCACTTTCAGAAGCATCGATAA-TGTGTTCAGTG--TTCCA-AAGTGCATTCCTCTA-TATAG-------GAGAAg
gi|13 : C-TCACTATAG-AATAAC-CTCC-ATT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATA-------CCTACGCCCAAT-A-GATAAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGCATAA-----A-A-------T-----T-ACAATATTTTCG--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A------------AACATTTTTACGATTTCTAC-CTA------AGTTTG--A-ATG---ATA-TTG--------------AAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------C-----------C----------TA---------------------------G----------T---A--AAT----TAA---C-GGG-TGTCATC-AAACCA-TT-GC-AAT-TG-TGAAAAAGCAACTTGATCA-ATC-C-ATG---TCTTT-T----C--T-A--CATAATTGGACC-AA-CAG---------G--AC---GATCTATGGAAACAACGATTTTTTAGAACCGTTGGTAA-TGTATCAAGTG--TTCGAGAAGTGCATTTCTCTA-CAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGCTGTGTGAG
gi|14 : GGTT-TCAATGACC-AATTAT-CACC-CTTTAG---TTAACGGTAG-A---ATATT--------TTGCGATTAA--A-AATTAGAACTGTATAAATTGGTTAG-CT-G--T-A-T-GC-T--TT---GC-----AAATACAT-----------------T-----G-TCA----------------C-----------A-TG----T---GAG-----------TG--------CCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTAG--A-ATT---GCA-TTGGACGCTATTAGATG--T--ATAT-AAG-TA------TTT--GAA--GAT----------G----------CG---------------------TGG--ACA-CACACAGTACAG--TT----GAAAACGAAA-TCAAAACAAC----GAA---A-GGG-TGTCATT-AAGTTA-TTGGA-AAT-TG-AGTAAGGGCAATTTGGTGA-ATT-TCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTT-------A-TAGATACC----G--ATCTATATCTGTGGACACAATATA-TTTTAAAA
gi|15 : ttatAAGAAC-TGACTTACA-AATTAC-CCGC-CTT-ATTTAGTGGCGGTAACA---TGTTT-------TCTACAC--AAGCATAACTCGAACCATGTTA--CAGTTTGGC---------T-TT-T-GTTTTCAA-----AGATGGCTAATAGAAA-G-------T-----G-TTC-T-TCT-CT--TTGTAG-----------A-GA----T---GT----C-A---T-T-----ATTTTAA------CTGC-C-ACGTTCCAATTTT--G-ATGTCCATA-TC---TTCT-TTCGATGATT--ATAT-GAC-GG------CAT--TGA--GAT----------G----------TG----------C----------AGC--G-A-TACATA----AGAATT----GATTTCGGATTTCCAA--GATTGAAGAG---G-AGG-TGTCATCTAGGCTA-CT-GGCACT-TG-TGAAAGAGGAA------CA-A----TATA---TATTT-T--TTC--T-GGACATAATt
gi|16 : cattCACTTAAG-AATTAC-CTCA-TTT-TC---ATGACGGTAACA---AAATT-------CTAACGCCCAAG-A-AATAAGAGCTGTGTAAATCGGTCAAGTA-T--A-A-T-TT-T-GTT---TA-----AAATACATAC-----A-AT------T-----G-CCA-AATTT-TT--T------------------------T---GGG-A-A-A---A-TGGAACATTTCCAAGAATTCTGT-C-A------AGTTTG--G-ATG---GTA-TTGTGTACTGTTTGACGAAGCTATAT-AAC-AT------TAT--TAG--GAT----------G----------CG----------TAGTGAGACAATGC--A-A-CACATGG-Ggatgaatacaata
gi|17 : AAG-AATTAC-CTTA-CTT-GC---ATGACGGT---A---AGATT-------CGTGCGTCCAAG-A-AAT---AACTATGTAAATCGGTTTGACA-T--TCA-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACATAC-----ATT-------T-----G-TCA-TATTT-CT--CTTTACCTTCAAAGGAAA-TA----C---AAC-A-CTA---T-TGGAA-----TCA-AAGTTGTGCTC-A------TGTTT
gi|18 : TG---TTTTTAT--TTC--T-G--CATAAAAGGACC-AA-CAAA---T----G--GT---TACCTATGGGAACAAGGGACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGCG--TTTCAGAAGTGCATATCTTTA-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAAATGTTT---TTGTTGTGT
gi|19 : TGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---ACA-TTG----TTGGATGATGAAA--ATATGAACAAG------CCT--GAA--CAT----------A----------CA----------T----------TAC--A-A-CA----G-TTAAAATTACAAA----------TAAAA--AAT----TCA---GTCGG-TGAGATT-AAACAA-TT-TA-AAT-CG-
gi|2 : C-CCACATACG-AATTAC-CTTC-CCT-AA---GTGATGATAACA---AGATTTTTTATTCTTGCGCCCAAG-A-AATAAGAGCTATGTTAACCGGTCGGGCA-T--TCG-T-TT-T-GTT---GAGAAAAAAATGTTTAC-----G-T-------T-----GGTCA-TATGT-CT--TTGTAA-----------A-TA----T---GAG-AAC-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTAC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ATA-TTGCATACTGTTGGATGGCA--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------CAGTGATACATTGC--A-A-CGAAAGG-GCGGAATT----G----------TCACA--AAT----GAA---G-GGAATGCGATC-AAACCA-TC-AA-CAT-TC-TGAAAAA-----CTGGTCA-ACC-CCAT------TTT-T--TCC--T-A--CATATTTGGATC-AA-CAGA---A----G--AA---TTTATATGGATACAAGCCACTATTAGAACCATCCGTAA-TGTGTTTAGTG--TTCCAGAAGTGCATATCTCTA-TGT-G-------CAGAAGACTGA-AAAA----TT-AATTGGTGTGGGAGAC
gi|20 : TAC-----------A-TA----T---GCT-A-C-AGAGTATGGAACCTGTTCACGAAATGTGC-C-A------GGTTTGTAGCATC---ACA-T--GTTATTGTTGG-TGTAG--ATAT-GAC-A-------TTT--AA---GAT----------G----------CG----------
gi|21 : gtcaTTT-T--TTC--T-G--TATATTTGGAGT-AA-CATA---T----G--CA---AATCTATGAAAAGAAGATGCTTtagtac
gi|22 : gttnnnnnnnnnnCAGTG--TTCCAGAAGCGCATGTATTTA-TAT-ATTTTTCCTGAAATAGTGCAAAAA----TTGGATTTATGTG
gi|23 : A-----A-A-------T-----GATCA-TGTTA-AT--TTCTAC-----------AATAGAGTT---GAT-G-T-A---T-TGGGACATGTCCATGGGTTCTGC-C-A------AGT
gi|24 : AGAAGTGCATTTCTAAA-AAT-G-------TAGAACAGAGT-GAAG----CT-AATTGTTCTCTGAGA
gi|25 : aAGTG--TTCCAGAAGTGTATGTCTCTG-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AA---------AATTGGTGTG
gi|26 : GGTC-TCACTTAAGAAAATAC-CTCT-CTT-AC---ATGATGGTGGCG---AGAg
gi|27 : acTG--TTCTAGAAGTGCGTGTCTCTA-TCC-G-------TAGAACAGTAC-CAAA----TT-
gi|28 : AAGGTC-TCACTGAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ACGACAG
gi|29 : cAAGGTCATCACTGAAC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGA
gi|3 : cttGTC-TCACTTAAA-AATTAC-CTCC-CTT-AT---ATGACGGTATCA---AGATT-------ATTACGCCAAAC-C-AATTAGAGCTGTGAATATCGGTTGGGCAAT--T-A-T-TT-T-GTT---AA-----AAATGCATAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTGC-----------C-TA----T---GGG-AAC-A---T-TGAAACATTTCTATGATTTCTGC-A-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAACTGTTTGATTATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CGTAGTGATACAC----------TGC--A-A-CAA-TAG-GCATAATT----G----------TCAAA--AAT----GGA---G-GGG-TGCCATC-AAACCA-TC-AA-AAT-CG-TGAAAAAACAACCTGGTCA-ACC-CAAT------TTG-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATCGGTACAATGCACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGTG---TCTAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGCAC-AAAA----TT-AATTCTTGTGTGAGAC
gi|4 : GTC-TCTCTGAAG-TATTAC-CTCC-CCT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------ATTACGCCCGAG-A-AATTAGAGCTGTGTTATTTGGTTTTGCA-TAGT-A-T-TT-T---T---GA-----AAATGCTTTA-----A-A-------T-----G-C------TT-TT--GTCTAC-----------A-GA----T---GAG-A-AGA---A-TGGAACATTGTCATGAGTTGTGC-C-A------AGTTTG--G-CTG---ACA-CTGGTTGCTGTTTGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--GAA--GAT----------G----------CGTAGAGATACAC----------TGC--A-A-AAATTGA-ACAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCCTC-AAACCA-TG-GA-TAT-TG-TAAAAAAGCAGCCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-G--CATATTTG-ACC-AA-CAGA---T----G--AC---AATCTATGGAAACAAAGTGCTTTTAGAACCATCAGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGTACAGTGC-AAAA----TT-AATTGGTATGTGAGAC
gi|5 : AAGGTC-TGACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTTACGCCGAAG-A-AATTAGAGTTGTGTAAAGCGGTTGGGCA------A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACCTAA-----A-A-------T-----G-TAT-TATTT-CT--TTGTGC-----------A-AA----T---GGG-ATC-A---T-TGGAACATTTTCATAATTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAAATGTTTGATGATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-TGG-TGCCATC-AAACCA-TC-TA-AAT-TG-TGAAAAAGAAACCTTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CATA---G----G--AC---TATCTATTCGAACAAGGCACTTTTAGAATCATTAATAA-TGTATTCAGTG--ATCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------AAGAACAGTAC-AAAA----TA-AATTGTTGTGTGAGAC
gi|6 : GGTC-TCACTTAAG-AAATAA-CTCC-CTT-AC---ATGACAGTAGCA---AGA------------------------GATTATAGCTGTATAAATCGGTTTGGCA-A--T-A-TGTT-T-GTT---GA-----AAATGCATAA-----C-ACATGTTTT-----G-TCA-TAATT-AT--ATGTAC-----------A-TA----T---GAG-AAC-A---T-TGGAACATTT-CATGAGTTCTAC-C-A------AGCTTG--G-ATG---ACA-TTGGAGACTGTTTGATGAAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--AAT----------G----------CGTAGTGATACAT----------TGCAAA-A-AAAATGG-GCAGATTT----G----------TCAAG--AAT----TGA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC----AATCTGATGAAAAAGCAACCTGGTCACCCC-CCATGTTCTTTTT-C--TTC--T-G--CATGTTTGTACC-AG-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGACACAAGGCACTTTGAGAACCATTGGTAATTTTGTTCAGTG--TTCCAGACTTGCTTTTTTCTA-TAT-G-------CAGAACAGT
gi|7 : GTC-TCACT-AAC-AATGACATTCC-CTT-A----GCGAC------A---AGATT-------TTTGa
gi|7 : TTGGGAA-T--T-A-T-TT-T-GTT---AC-----GAATACTTCA-----A-A-------TG----G-TCA-T-TTT-TT--TTGTAA-----------G-GT----T---GAA-A-T-AT--T-TTGAACATTTTCATTAGTTTTGC-C-T------AG-CTG--G-ATG---ACT-CTGGGTGTTGTCAGATGAAG--GGAT-GAC-AGACTGGATCTCGGAAGTGAT----------A----------CA----------C----------AAC--A-A-CACAT-G-GCAAA-------G----------TTAGA--AAT----GAT---C-GCA-TGTCATT-AAACTATTT-GT-AAC-TG-TGAAAAAGCAGTCTTGTCC-ACT-ACATA---TTACT-CAGTCCATT-A--TATTGTTG---C-AA-CGAA---T----G--GC---TATCTATATAAAAAAGATACTTTAAGAATTATTGCTTA-TTTGTTCAATG--ATCCAAAGGTACAT----------T-G--------AGAACAGTGC-AACA----TT-AATTCCTGTGTGAggaattattttgttacgaatacttcaaatggtcattttttttgtaaggttgaaatattttgaacattttcattagttttgcctagctggatgactctgggtgttgtcagatgaagggatgacagactggatctcggaagtgatacacaacaacacatggcaaagttagaaatgatcgcatgtcattaaactatttgtaactgtgaaaaagcagtcttgtccactacatattactcagtccattatattgttgcaacgaatggctatctatataaaaaagatactttaagaattattgcttatttgttcaatgatccaaaggtacattgagaacagtgcaacattaattcctgtgtgataagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|8 : gtctcactaacaatgacattcccttagcgacaagatttGGTC-TCACTTAAG-AATTAT-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTAATGTCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAAGTGGTTGAGCA-T--A-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGTAAAA-----A-AATTT---T-----G-TCA-TTTTT-CT--TTGTGG-----------A-TA--------GA--A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGATTTCTGC-T-A------ACTTTA--G-ATG---ACA-TTG---------------AG--CTAT-AGG-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------TG----------T----------AGT--G-A-TA-------CA---CT----G----------CCACA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-CAT-TG-TGAAAAACCAACCCTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-A--CCTAATTGGATC-AAACAGA---GAGAGG--AC---TATCTACAGGAGCAAGGTACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTATCCAGTG--TTCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAATGC-ACAA----TT-AATTGTTGTGTGAGAtaagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|9 : GGTC-TAACTTACC-AGTTAG-TTCCTCTT-G----GTGATGGTAGTG---AGGTT-------GTTACGCC-AAG-T-AATTAGAGATGAATAAATTGGTTGTGCA-T--T-A-TGTT-T-GTT---AA-----AATTGCGTAC-----A-C-------T-----GGTCG-TATGT-CT----GTAC-----------A-TA----T---GAA-A-C-G---T-TGAAACATTTTCATTAGTTCTGC-C-A------AGGTTG--G-ATG---GCA-TTTGGTACTGTTGGAAGAAT--ATAA-TAC-AG------TTT--AAA--GATGTGTAGTGACG----------CA----------C----------TCC--A-G-CAATTGG-GCAGAAGT----A----------TCAAA--AAT----GAATTTG-G-------ATC-AAACCA-TC-GA-AA
gi|9 : --T-G--CATATTTGGACC-AA-CATA---G----G--AT---TTTCTATGGAAAGAAAGCACATTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCGGTG--TGTCAGAAGTGCATGTAAATA-TAT-G-------CAGAAGAGTGT-AAAA----TT-AATTG----GTGAGACagtcttgcatatttggaccaacataggattttctatggaaagaaagcacatttagaaccattggtaatgtatccggtgtgtcagaagtgcatgtaaatatatgcagaagagtgtaaaattaattggtgagacg
blockSeqs : A T A A T T TTTAG . TTTTATTC C C T TAGT T G . T TTC GAAAA C CACATGTTTT G A A T CT CTTCAAAGGAA A GAGT . GC CAGAG A T T CGTTCC TA C TCC T CATA G CT G A ACTGGA CG GT GCGTAATTTTACAC AA C G CACAGT GAA ACAA ATTTCGGATT AC TGAA TTT T A T T GGA C A T C T GTTCTT A AG C AT G GA T . A GAGAG . CTA T T TT G T A TTTTTCC A ATGT G G
blockSeqs : . A . . . . CA . A C . . TTC . G . T . . T GATGGTCG A . A . . . . . . T GCA . . . . . . . . GGTT G . . . . . . GCGTAGTGAGACAA . . . AATGA ACA . AAAACGAAA . . . . . . . GGC . . T . . GTT . . T . . . T . . TACC . . T . . T . . . . . . C
blockSeqs : . G . . . . GT . A T . . TTC . . . T . . A TAGAAAGT G . G . . . . . . G GCA . . . . . . . . GGTA T . . . . . . GCGCAGTGATACAT . . . AATGA GAA . . . . . . . . . GA . . G . . GAC . . T . . . C . . A . . C . . T . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . CA . C C . . ATT . . . T . . A AAATTTT . . A . . . . . . G CTA . . . . . . . . GACG A . . . . . . GCGTAGTGATACAC . . . CATGG AAA . . . . . . . . . GA . . C . . GTC . . T . . . A . . G . . T . . T . . . . . . G
blockSeqs : . T . . . . CA . C T . . TT . . . . . . A AACA . . A . . . . . . G ACA . . . . . . . . TGTA C . . . . . . GCGTAGAGATACAC . . . AAAGG GAA . . . . . . . . . GC . . T . . ATA . . C . . . T . . G . . T . . A . . . . . . A
blockSeqs : . T . . . . AG . T C . . TT . . . . . . C AATT . . A . . . . . . G ACA . . . . . . . . CATA T . . . . . . GCGTAGTGATACAT . . . ATTGA TAA . . . . . . . . . TA . . C . . GTT . . T . . . A . . T . . C . . A . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . CA . C C . . AT . . . . . . A AATT . . A . . . . . . C AGA . . . . . . . . GTTA T . . . . . . GTGTAGTGACGCAC . . . AATGG GAA . . . . . . . . . AA . . C . . GTT . . T . . . A . . A . . T . . G . . . . . . G
blockSeqs : . G . . . . CA . C C . . TT . . . . . . A ATTT . . G . . . . . . G TCA . . . . . . . . GGAA G . . . . . . GCGT . . . AATGG GAA . . . . . . . . . AA . . C . . GTT . . T . . . T . . T . . C . . T . . . . . . T
blockSeqs : . G . . . . AG . A A . . GT . . . . . . T AATG . . A . . . . . . T ACA . . . . . . . . GTTG G . . . . . . GTGC . . . ATTGG GAT . . . . . . . . . GA . . C . . ATT . . T . . . T . . G . . T . . G . . . . . . G
blockSeqs : . T . . . . TA . A C . . TA . . . . . . A AAT . . A . . . . . . T TAT . . . . . . . . GGAA T . . . . . . ACAT . . . CATA GAA . . . . . . . . . TA . . T . . GTT . . C . . . A . . T . . T . . G . . . . . . T
blockSeqs : . G . . . . CA . C G . . AT . . . . . . T GTT . . A . . . . . . G CA . . . . . . . . GAGA T . . . . . . GCAC . . . ATAG AA . . . . . . . . . GT . . C . . T . . . . . . T . . G . . T . . G . . . . . . C
blockSeqs : . T . . . . CA . T C . . TT . . . . . . C AAT . . T . . . . . . G CA . . . . . . . . GGTG T . . . . . . ACAC . . . CATG A . . . . . . . . . GA . . . . . G . . . . . . A . . G . . C . . G . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . CA . C . . . TA . . . . . . A AAT . . A . . . . . . G AA . . . . . . . . GGTA T . . . . . . GTGT . . . G G . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . T . . T . . T . . T . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . CA . G . . . TT . . . . . . T AAT . . . . . . . . . G TA . . . . . . . . TT A . . . . . . GCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . G . . . . . . . . . . . . A AAT . . . . . . . . . A CA . . . . . . . . . G . . . . . . GCG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . G ACT . . . . . . . . . A CG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . .
blockSeqs : . . . . G . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : *** AAT****************** *** CA***** GTT*** **
originalCons : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
finalCons : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAAAAT------------------G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-ACA-----T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATGTT---TTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 222222222222222222222 11111111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666 111111 2222222222 111111 11111111
lowQualScore : 2 1 2 2 2 2 11111 333 22222222 1 2 2 666666 2 4 2 9 444 55555 1 000000000000000000000 6 2 2 2 33 00000000000 2 4444 333 44 6666666 2 0 2 2 555555 33 2 333 2 7777 2 33 2 2 666666 33 33 33333333333333333333333333333333333333333333 33 2 2 222222 111 5555 0000000000 33 5555 444 2 2 2 2 4444 2 2 2 2 2 000000 2 33 7 33 2 33 1 2 2 11111111 33 444 1 2 33 4 2 2 7777777 2 5555 2 3
lowQualScore : . . . . . . ..... ... ........ . . . ...... . . . . ... ..... . ..................... . . . . .. ........... . .... ... .. ....... . . . . ...... .. . ... . .... . .. . . ...... .. .. ............................................ .. . . ...... ... .... .......... .. .... ... . . . . .... . . . . . ...... . .. . .. . .. . . . ........ .. ... . . .. . . . ....... . .... . .
lowQualScore : 5 9 2 2 1 1 55555 999 22222222 4 5 5 999999 4 7 4 4 111 99999 0 999999999999999999999 7 2 2 2 11 00000000000 1 5555 777 33 5555555 1 5 0 0 888888 11 2 999 2 1111 6 11 2 2 444444 11 11 00000000000000000000000000000000000000000000 22 4 4 555555 111 3333 9999999999 44 3333 444 5 5 5 5 5555 7 7 9 9 9 333333 5 44 6 22 4 22 0 5 5 11111111 44 444 4 9 22 3 2 2 2222222 5 7777 7 8
consensus : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
Reference ( family-33 ) : AAGGTC-TCACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---GTGACGGTAGCA---AGATT-------CTTGCGCCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATGCNTAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGTACTGTTNGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAAAGCAACCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATANTTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGAAACAAGGCACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGNTGTGTGAGAC
gi|1 : AGGTC-GCACTCACC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGACGGTAGCAGCAAGATT-------TTTGCCCTCAAG-A-AACTAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TTAT-GTT---GA-----AAATGCTAAA-----A-A-------TT----G-TCA-TATTT-CT--TTGTAC-----------A-TA----TTTGGGG-A-A-A---G-CGGAACATTTTCTTGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---TCA-TTTGATACAGTTGGATGAAG--GTAT-AAC-TA------TTT--AAA--GAC----------GAGTAGTGATACA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--CAT----GAA---G-GGG-TGTCAGT-AAACTA-TC-GT-AAT-TG-TGAAAAAGCAGTCTGGTCA-AAT-CCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTTTGACCAAA-CAGA---G----GAAAC---AATTTATGGAAACAATACACATTTTTAACCAATGGCAA-TGTGCTCAGTG--TTCCAGAAGTACATGTATGTA-CAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAA----TT-GATTGGTGTGTGAGAC
gi|10 : C-CTT-A----GTAACG-TGGCA---ACAGT-------ATTGCGTTCAAG-A-TATTAGAGCTGTGTAAATCAGT-----G-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TGCCTAA-----A-A-------CA----G-TCA-TATTT-CT--TTCTAC-----------A-TT----T---GAT-AGC-A---T-TGGGACATTTTCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTTT--G-ATG---ACA-CTGCATACTGTTGAATGAAG--ATAT-AAC-AT------TTC--AAA--GAT----------G----------CGTAATTTTACAC----------TGT--A-A-CAAATGA-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---A-AGG-TGTCATT-AAACCA-TC-GA-AAT-TG-TGAAAATGCAATCTGGTGA-ACC-CCATG---TTTTT-T--C-C--T-G--CATATTTTGACT-AA-CAGA---A----A--AC---TATCTATGGAAACAAGACGCATTTAGAACCATTGACAC-TGTGTTAAGTG--TTCTTGAAGTACATGTCTCTA-TAT-G-------TTGAACAGTAC-
gi|11 : ---GTGAAAGTATCA---AGAAT-------ATTGCGCCCAAG-A-AATCAGAGCTGTGTAAATCGGTTGAGCA-T--T-ATT-TT-T-GTT---GA-----AAACACTTAA-----G-A-------TGGTCGG-TCA-TATAT-TG--TTATGC-----------A-TA----T---GAG-AGC-A---T-TGGAACACTTTCATGAGTTCTGT-C-A------GGTTTG--G-ATG---ACATTTTGGTTCTGTTGGATGAAG--ATAT-GAA-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------T----------AGT--G-A-TA-------C---ACT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGT-TGTCATC-AA--------------------AAACATCAATATGGTCA-ACCTTCA------TTTT-T--TCC--TGG--CATATTTGGACA-AA-CAAA---G----G--AC---AATCTATGAAAACAAGACACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCAGCGTTTTCCAGAAATGCGTTTCTCCATTAT-G-------TAGAACAG------AA----TT-AATTGGTGTGTGAGAC
gi|12 : tgta-TCAGTTAAG-AATTAC-CT-------A------GACGGTAACA---AGATT-------CTTGCGCCTAAG-G-AATTATAGCTGTGTAAATCGATTGG-CA-A--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AA-TACATAC-----A-A-------TT----G-TCA-CGTTT-CTCTTTGTAC-----------A-TA----T---GAGCA-C-A---T-TGGACCATTTTCAAGAGTTCTGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---GCA-TTGGGTACGGTTTGATGAAA--ATAT-AAC-AG------TTT--AA---------------------------------------------------GT--A-AGTAAATGA-GCAACATT----G----------TCAAA--AAT----TAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-AAT-AG-TGAAAAAGAAAGCTGTTCA-ATC-CGATG---ACTTT-A--T-C--T-G--CACACTTGGATC-AA-CAGC---G----G--AC---TATTTATAGAAACAAGGCACTTTCAGAAGCATCGATAA-TGTGTTCAGTG--TTCCA-AAGTGCATTCCTCTA-TATAG-------GAGAAg
gi|13 : C-TCACTATAG-AATAAC-CTCC-ATT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATA-------CCTACGCCCAAT-A-GATAAGAGCTGTGTAAATCGGTTGGGCA-T--T-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGCATAA-----A-A-------T-----T-ACAATATTTTCG--TTGTAC-----------A-TA----T---GAG-A------------AACATTTTTACGATTTCTAC-CTA------AGTTTG--A-ATG---ATA-TTG--------------AAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------C-----------C----------TA---------------------------G----------T---A--AAT----TAA---C-GGG-TGTCATC-AAACCA-TT-GC-AAT-TG-TGAAAAAGCAACTTGATCA-ATC-C-ATG---TCTTT-T----C--T-A--CATAATTGGACC-AA-CAG---------G--AC---GATCTATGGAAACAACGATTTTTTAGAACCGTTGGTAA-TGTATCAAGTG--TTCGAGAAGTGCATTTCTCTA-CAT-G-------TAGAACAGTGC-AAAA----TT-AATTGCTGTGTGAG
gi|14 : GGTT-TCAATGACC-AATTAT-CACC-CTTTAG---TTAACGGTAG-A---ATATT--------TTGCGATTAA--A-AATTAGAACTGTATAAATTGGTTAG-CT-G--T-A-T-GC-T--TT---GC-----AAATACAT-----------------T-----G-TCA----------------C-----------A-TG----T---GAG-----------TG--------CCATGAGTTCTGC-C-A------AGTTAG--A-ATT---GCA-TTGGACGCTATTAGATG--T--ATAT-AAG-TA------TTT--GAA--GAT----------G----------CG---------------------TGG--ACA-CACACAGTACAG--TT----GAAAACGAAA-TCAAAACAAC----GAA---A-GGG-TGTCATT-AAGTTA-TTGGA-AAT-TG-AGTAAGGGCAATTTGGTGA-ATT-TCATG-----TTT-T--TTC--T-G--CATATTT-------A-TAGATACC----G--ATCTATATCTGTGGACACAATATA-TTTTAAAA
gi|15 : ttatAAGAAC-TGACTTACA-AATTAC-CCGC-CTT-ATTTAGTGGCGGTAACA---TGTTT-------TCTACAC--AAGCATAACTCGAACCATGTTA--CAGTTTGGC---------T-TT-T-GTTTTCAA-----AGATGGCTAATAGAAA-G-------T-----G-TTC-T-TCT-CT--TTGTAG-----------A-GA----T---GT----C-A---T-T-----ATTTTAA------CTGC-C-ACGTTCCAATTTT--G-ATGTCCATA-TC---TTCT-TTCGATGATT--ATAT-GAC-GG------CAT--TGA--GAT----------G----------TG----------C----------AGC--G-A-TACATA----AGAATT----GATTTCGGATTTCCAA--GATTGAAGAG---G-AGG-TGTCATCTAGGCTA-CT-GGCACT-TG-TGAAAGAGGAA------CA-A----TATA---TATTT-T--TTC--T-GGACATAATt
gi|16 : cattCACTTAAG-AATTAC-CTCA-TTT-TC---ATGACGGTAACA---AAATT-------CTAACGCCCAAG-A-AATAAGAGCTGTGTAAATCGGTCAAGTA-T--A-A-T-TT-T-GTT---TA-----AAATACATAC-----A-AT------T-----G-CCA-AATTT-TT--T------------------------T---GGG-A-A-A---A-TGGAACATTTCCAAGAATTCTGT-C-A------AGTTTG--G-ATG---GTA-TTGTGTACTGTTTGACGAAGCTATAT-AAC-AT------TAT--TAG--GAT----------G----------CG----------TAGTGAGACAATGC--A-A-CACATGG-Ggatgaatacaata
gi|17 : AAG-AATTAC-CTTA-CTT-GC---ATGACGGT---A---AGATT-------CGTGCGTCCAAG-A-AAT---AACTATGTAAATCGGTTTGACA-T--TCA-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACATAC-----ATT-------T-----G-TCA-TATTT-CT--CTTTACCTTCAAAGGAAA-TA----C---AAC-A-CTA---T-TGGAA-----TCA-AAGTTGTGCTC-A------TGTTT
gi|18 : TG---TTTTTAT--TTC--T-G--CATAAAAGGACC-AA-CAAA---T----G--GT---TACCTATGGGAACAAGGGACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGCG--TTTCAGAAGTGCATATCTTTA-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AAAAATGTTT---TTGTTGTGT
gi|19 : TGC-C-A------AGTTTG--A-ATG---ACA-TTG----TTGGATGATGAAA--ATATGAACAAG------CCT--GAA--CAT----------A----------CA----------T----------TAC--A-A-CA----G-TTAAAATTACAAA----------TAAAA--AAT----TCA---GTCGG-TGAGATT-AAACAA-TT-TA-AAT-CG-
gi|2 : C-CCACATACG-AATTAC-CTTC-CCT-AA---GTGATGATAACA---AGATTTTTTATTCTTGCGCCCAAG-A-AATAAGAGCTATGTTAACCGGTCGGGCA-T--TCG-T-TT-T-GTT---GAGAAAAAAATGTTTAC-----G-T-------T-----GGTCA-TATGT-CT--TTGTAA-----------A-TA----T---GAG-AAC-A---T-TGGAACATTTTCATGAGTTCTAC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ATA-TTGCATACTGTTGGATGGCA--ATAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CG----------CAGTGATACATTGC--A-A-CGAAAGG-GCGGAATT----G----------TCACA--AAT----GAA---G-GGAATGCGATC-AAACCA-TC-AA-CAT-TC-TGAAAAA-----CTGGTCA-ACC-CCAT------TTT-T--TCC--T-A--CATATTTGGATC-AA-CAGA---A----G--AA---TTTATATGGATACAAGCCACTATTAGAACCATCCGTAA-TGTGTTTAGTG--TTCCAGAAGTGCATATCTCTA-TGT-G-------CAGAAGACTGA-AAAA----TT-AATTGGTGTGGGAGAC
gi|20 : TAC-----------A-TA----T---GCT-A-C-AGAGTATGGAACCTGTTCACGAAATGTGC-C-A------GGTTTGTAGCATC---ACA-T--GTTATTGTTGG-TGTAG--ATAT-GAC-A-------TTT--AA---GAT----------G----------CG----------
gi|21 : gtcaTTT-T--TTC--T-G--TATATTTGGAGT-AA-CATA---T----G--CA---AATCTATGAAAAGAAGATGCTTtagtac
gi|22 : gttnnnnnnnnnnCAGTG--TTCCAGAAGCGCATGTATTTA-TAT-ATTTTTCCTGAAATAGTGCAAAAA----TTGGATTTATGTG
gi|23 : A-----A-A-------T-----GATCA-TGTTA-AT--TTCTAC-----------AATAGAGTT---GAT-G-T-A---T-TGGGACATGTCCATGGGTTCTGC-C-A------AGT
gi|24 : AGAAGTGCATTTCTAAA-AAT-G-------TAGAACAGAGT-GAAG----CT-AATTGTTCTCTGAGA
gi|25 : aAGTG--TTCCAGAAGTGTATGTCTCTG-TAT-G-------TAGAACAGTAC-AA---------AATTGGTGTG
gi|26 : GGTC-TCACTTAAGAAAATAC-CTCT-CTT-AC---ATGATGGTGGCG---AGAg
gi|27 : acTG--TTCTAGAAGTGCGTGTCTCTA-TCC-G-------TAGAACAGTAC-CAAA----TT-
gi|28 : AAGGTC-TCACTGAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ACGACAG
gi|29 : cAAGGTCATCACTGAAC-AATTAC-CTCC-CTT-TA---GTGA
gi|3 : cttGTC-TCACTTAAA-AATTAC-CTCC-CTT-AT---ATGACGGTATCA---AGATT-------ATTACGCCAAAC-C-AATTAGAGCTGTGAATATCGGTTGGGCAAT--T-A-T-TT-T-GTT---AA-----AAATGCATAA-----A-A-------T-----G-TCA-TATTT-CT--TTGTGC-----------C-TA----T---GGG-AAC-A---T-TGAAACATTTCTATGATTTCTGC-A-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAACTGTTTGATTATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CGTAGTGATACAC----------TGC--A-A-CAA-TAG-GCATAATT----G----------TCAAA--AAT----GGA---G-GGG-TGCCATC-AAACCA-TC-AA-AAT-CG-TGAAAAAACAACCTGGTCA-ACC-CAAT------TTG-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CAGA---G----G--AC---TATCTATCGGTACAATGCACTTTTAGAACCATTGGTAA-TGTATTCAGTG---TCTAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAGCAC-AAAA----TT-AATTCTTGTGTGAGAC
gi|4 : GTC-TCTCTGAAG-TATTAC-CTCC-CCT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------ATTACGCCCGAG-A-AATTAGAGCTGTGTTATTTGGTTTTGCA-TAGT-A-T-TT-T---T---GA-----AAATGCTTTA-----A-A-------T-----G-C------TT-TT--GTCTAC-----------A-GA----T---GAG-A-AGA---A-TGGAACATTGTCATGAGTTGTGC-C-A------AGTTTG--G-CTG---ACA-CTGGTTGCTGTTTGATGAAG--ATAT-AAC-AG------TTT--GAA--GAT----------G----------CGTAGAGATACAC----------TGC--A-A-AAATTGA-ACAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCCTC-AAACCA-TG-GA-TAT-TG-TAAAAAAGCAGCCTGGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-G--CATATTTG-ACC-AA-CAGA---T----G--AC---AATCTATGGAAACAAAGTGCTTTTAGAACCATCAGTAA-TGTGTTCAGTG--TTCCAGAAGTGCATGTCTCTA-TAT-G-------TAGTACAGTGC-AAAA----TT-AATTGGTATGTGAGAC
gi|5 : AAGGTC-TGACTTAAG-AATTAC-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTTACGCCGAAG-A-AATTAGAGTTGTGTAAAGCGGTTGGGCA------A-T-TT-T-GTT---GA-----AAATACCTAA-----A-A-------T-----G-TAT-TATTT-CT--TTGTGC-----------A-AA----T---GGG-ATC-A---T-TGGAACATTTTCATAATTTCTGC-C-A------AGTTTG--G-ATG---ACA-TTGGGAAATGTTTGATGATG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------CA----------C----------TGC--A-A-CAAATGG-GCAGAATT----G----------TCAAA--AAT----GAA---G-TGG-TGCCATC-AAACCA-TC-TA-AAT-TG-TGAAAAAGAAACCTTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--TTC--T-G--CATAATTGGACC-AA-CATA---G----G--AC---TATCTATTCGAACAAGGCACTTTTAGAATCATTAATAA-TGTATTCAGTG--ATCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------AAGAACAGTAC-AAAA----TA-AATTGTTGTGTGAGAC
gi|6 : GGTC-TCACTTAAG-AAATAA-CTCC-CTT-AC---ATGACAGTAGCA---AGA------------------------GATTATAGCTGTATAAATCGGTTTGGCA-A--T-A-TGTT-T-GTT---GA-----AAATGCATAA-----C-ACATGTTTT-----G-TCA-TAATT-AT--ATGTAC-----------A-TA----T---GAG-AAC-A---T-TGGAACATTT-CATGAGTTCTAC-C-A------AGCTTG--G-ATG---ACA-TTGGAGACTGTTTGATGAAG--CTAT-AAC-AG------TTT--AAA--AAT----------G----------CGTAGTGATACAT----------TGCAAA-A-AAAATGG-GCAGATTT----G----------TCAAG--AAT----TGA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC----AATCTGATGAAAAAGCAACCTGGTCACCCC-CCATGTTCTTTTT-C--TTC--T-G--CATGTTTGTACC-AG-CAGA---G----G--AC---TATCTATGGACACAAGGCACTTTGAGAACCATTGGTAATTTTGTTCAGTG--TTCCAGACTTGCTTTTTTCTA-TAT-G-------CAGAACAGT
gi|7 : GTC-TCACT-AAC-AATGACATTCC-CTT-A----GCGAC------A---AGATT-------TTTGa
gi|7 : TTGGGAA-T--T-A-T-TT-T-GTT---AC-----GAATACTTCA-----A-A-------TG----G-TCA-T-TTT-TT--TTGTAA-----------G-GT----T---GAA-A-T-AT--T-TTGAACATTTTCATTAGTTTTGC-C-T------AG-CTG--G-ATG---ACT-CTGGGTGTTGTCAGATGAAG--GGAT-GAC-AGACTGGATCTCGGAAGTGAT----------A----------CA----------C----------AAC--A-A-CACAT-G-GCAAA-------G----------TTAGA--AAT----GAT---C-GCA-TGTCATT-AAACTATTT-GT-AAC-TG-TGAAAAAGCAGTCTTGTCC-ACT-ACATA---TTACT-CAGTCCATT-A--TATTGTTG---C-AA-CGAA---T----G--GC---TATCTATATAAAAAAGATACTTTAAGAATTATTGCTTA-TTTGTTCAATG--ATCCAAAGGTACAT----------T-G--------AGAACAGTGC-AACA----TT-AATTCCTGTGTGAggaattattttgttacgaatacttcaaatggtcattttttttgtaaggttgaaatattttgaacattttcattagttttgcctagctggatgactctgggtgttgtcagatgaagggatgacagactggatctcggaagtgatacacaacaacacatggcaaagttagaaatgatcgcatgtcattaaactatttgtaactgtgaaaaagcagtcttgtccactacatattactcagtccattatattgttgcaacgaatggctatctatataaaaaagatactttaagaattattgcttatttgttcaatgatccaaaggtacattgagaacagtgcaacattaattcctgtgtgataagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|8 : gtctcactaacaatgacattcccttagcgacaagatttGGTC-TCACTTAAG-AATTAT-CTCC-CTT-AC---ATGACGGTAGCA---AGATT-------CTAATGTCCAAG-A-AATTAGAGCTGTGTAAAGTGGTTGAGCA-T--A-A-T-TT-TTGTT---GA-----AAATGTAAAA-----A-AATTT---T-----G-TCA-TTTTT-CT--TTGTGG-----------A-TA--------GA--A-C-A---T-TGGAACATTTTCATGATTTCTGC-T-A------ACTTTA--G-ATG---ACA-TTG---------------AG--CTAT-AGG-AG------TTT--AAA--GAT----------G----------TG----------T----------AGT--G-A-TA-------CA---CT----G----------CCACA--AAT----GAA---G-GGG-TGTCATC-AAACCA-TC-GA-CAT-TG-TGAAAAACCAACCCTGTCA-ACC-CCATG---TTTTT-T--T-C--T-A--CCTAATTGGATC-AAACAGA---GAGAGG--AC---TATCTACAGGAGCAAGGTACTTTTAGAACCATCGGTAA-TGTATCCAGTG--TTCCAGAAGTGCATTTCTCTA-TAT-G-------TAGAACAATGC-ACAA----TT-AATTGTTGTGTGAGAtaagttcaagtaattatacaagaaattcc
gi|9 : GGTC-TAACTTACC-AGTTAG-TTCCTCTT-G----GTGATGGTAGTG---AGGTT-------GTTACGCC-AAG-T-AATTAGAGATGAATAAATTGGTTGTGCA-T--T-A-TGTT-T-GTT---AA-----AATTGCGTAC-----A-C-------T-----GGTCG-TATGT-CT----GTAC-----------A-TA----T---GAA-A-C-G---T-TGAAACATTTTCATTAGTTCTGC-C-A------AGGTTG--G-ATG---GCA-TTTGGTACTGTTGGAAGAAT--ATAA-TAC-AG------TTT--AAA--GATGTGTAGTGACG----------CA----------C----------TCC--A-G-CAATTGG-GCAGAAGT----A----------TCAAA--AAT----GAATTTG-G-------ATC-AAACCA-TC-GA-AA
gi|9 : --T-G--CATATTTGGACC-AA-CATA---G----G--AT---TTTCTATGGAAAGAAAGCACATTTAGAACCATTGGTAA-TGTATCCGGTG--TGTCAGAAGTGCATGTAAATA-TAT-G-------CAGAAGAGTGT-AAAA----TT-AATTG----GTGAGACagtcttgcatatttggaccaacataggattttctatggaaagaaagcacatttagaaccattggtaatgtatccggtgtgtcagaagtgcatgtaaatatatgcagaagagtgtaaaattaattggtgagacg