lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1
lowQualScore : 2 2 2 66 8 999999999999999999999999 33 2 555 3 9 44 66 9999999 666 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 55 333 22 1 2 2 2 2 555 99 2 11 1 0 0 5 5 4
lowQualScore : . . . .. . ........................ .. . ... . . .. .. ....... ... . ...................................................................................................................................................................................................................................................................... . .. ... .. . . . . . ... .. . .. . . . . . .
lowQualScore : 2 2 5 55 6 777777777777777777777777 99 9 444 3 3 66 22 4444444 444 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 777 66 9 0 0 1 1 777 22 5 88 2 1 9 0 0 3
consensus : NCCGGTTTCACT-A-AACATCTCAANCTGAGATTTT--CCTCAA--C----AA--A-ATTTC-A----ATTTCTC--T-A---AA-TNA--TTACTTGAA--CT---C---AT-TA-------AATGA----TCACACATAATTNAAG-TAGACGTCCAT-ATTTATGGTC---A---CAAA-CTC--GTTATACATT-AAATGACCACACA--TAA--TTG------A------------TATT--AA--TA-C---TTANTN-----G-TAAAGGANAACA--TG-C--A-AA-T-GA-TC-AN---T--GTAAATGAAGTT-------------A---------A-------AATAT--------T---------T-G--AG---TTGAGGAA--AA-TCTCAAG-TTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTNCGTTTTCACTAAACAT-CTCAANCTGAGATTT
Reference ( gi|1 ) : TCCGGTTTCACT-A-AACATCTCAAGTTGAGATTTT--CATCAA--C----AA--ACATTTT-A----ATTTCTC--T-A---AA-TGA--TTACTTGAA--TT---C---AT-TA-------AATGA----TCGCAAATAATTTAAG-TAGATATCCATCATTTACAGTC---A---CAAA-CTC--ATAATACATT-AAATGACCAGACA--TAA--TTG------A------------TATT------TA-C---TTAGCT-----G-TAAAGGATAACA--TG-T--A-AA-T-GA-TC-AC---T--ATAAATGAAGTT-------------A---------A-------AATAT--------T---------T-G--AG---TTGAGGAA--AA-TCTCAAG-TTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTCATTTTCACTACACAT-CTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : CCGGTTTCGCT-A-AACAGCTCATGCAGAGATTTT--CCTCAA--CTAG-AA--AAATCTC-A----ATTTCCC--T-A---AA-TAA--TTCCTTGAA--CT---
gi|11 : gCCAGTTTCGCCGA-AACATCTAAACTTGAGATTTT--T-TC-------------ACATCTC-AG---ACTTCTT--T-A---ggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|19 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacttgaacttactatacatttatttaccacacatttaatatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgCCAGTTTCACT-A-AACATCTCAACTAGAGAATT
gi|15 : CCGGTTTTACT-A-AACAACCTAATCAGAAATTTT--CCTCAG--CT---GA--AAACTTT-A----AATTCgccag
gi|17 : ccaggagCCGGTTTCGCT-C-AACTTCTCGAGCGGAGATTTTTCCA-CAA--CTG--AA--AAATGTC-A------TTCTC--T-ac
gi|11 : CGGTTCCATT-A-CACATCTCAAGCTGGGA-----------------------AC----C-A----ATTTCTC--T-A---AA-CTA--TTACTTGAA--CT---T---AC-TA-------
gi|6 : GGTTTCACC-A-AATACATCAAGTTGAGAATGT--CCTCAA--C----AAAGAAAACTC-A----GTTTCTC--T-A---AA-TGA--TT---------TC---C---A--TA-------AAGCA----TTACACA----TTAAA-AAAACATTCA-GATCTGAAGTCAGAA---CAAATCTTTGGTAAAAAATT-ACATG-C--------TAA--CTG------A------------TAAA------TA-C-----------------AAACG----CAGTTA-T--A-A--------C-AC---TTCATAA---------------------------------------AATA---------------------G--AG---TTGAGGAA--AA-TCTCAAA-TTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAtacatttatttaccacacatttaatatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|10 : acgGTTTCACT-A-AACATCTCAACTTAAGATTTT--CTTCAA--C----TC--A-ATTTT-ACATCATTTGTA--T-A---GG-TTATTTTGCATGTA--TT---CTTTAT-TT-------AATAACTGTTCACCAATAACT
gi|2 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatGTTTCACT-A-AACAAATCACCTTGAGATATT--CCTCAA--C-------------TC-A----GTTTTTT--TCA---AA-TTG--TTA--TAAAACTT---C---AT-Ttag
gi|18 : aaacatcttgagctcagcttaaaattcctcaactaaaatatagtttgtttcggaatggtcccttgagcttgttacacattaaatgaccatagaattaaagtcggaacaaatcttcactgactggttacggaaaacatacaattgatcaatgtaGTCTCAAT-A-AACATCTCAACTTGAGATTTT--CCTTAA--C----tttggagttaagttacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|16 : acatcatttccaaactatggGTTTCATT-A-AGCATCTCAAGCAGAGATTTT--C-TCAA--T----A-------------------TCTC--T-A---AA-TGA--TCA---GAG--AT---C---ATATA-------AAT
gi|13 : GTTTTATT-A-ATCATCTCAACTTGAGATTTT--
gi|6 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgttgagtaagttggtaaaacaggaaccaggtTTTCACT-G-AACATCTCAATTTGAGATTTT--CCTCAA--C----tc
gi|9 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagcattacacattaaaaaaacattcagatctgaagtcagaacaaatctttggtaaaaaattacatgctaactgataaatacaaacgcagttataacacttcataaaatagaTCCGCT-A-AACATATCACGCTGAGATTTT--CCTCAA--CCCAGAA--A---TCT-A----ATTTC-CAAT-G---AA-CAA--CTACTTGAA--CT---C---AT-CA-------AAC-A----TT-TAAATGA-CCACA-CAGATTTCCAT
gi|9 : TTCACT-T-AACATCTCAATTTGAGATTTT--CTTCAGCCC----AA--TTTTTTT-A----ATTGTTA--T-A---AC-T----TTATTTACA--TTGACC---AT-Tggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
gi|7 : tccgctaaacatatcacgctgagattttcctcaacccagaaatctaatttccaatgaacaactacttgaactcatcaaacatttaaatgaccacacagatttccatggtatatgataacgtgctaTTCACC-A-AACATCTTAAGCTTGGATTTT--CTTCAA--CTA--AG--AAATATC-A----TTTTTTT--T-A---AA-TGA--TTACTTTAA--CT---T---AT-TA----------GA----TC-TACATA--TTAA--------------ATTCATGGCC---A---CA-----C--AGAAT---------TGG--AG-TA--GGA--TTC------A------------TCGT------TA-C---TTATTA-----G-TAACGA--AACA--C----------T-GA-TCAAT---T--GTAAATGAAGTTACAGCATTTAA--A---------A-------AATA---------C---------T-G--AA---TTGAGACA--AA-TCTCAAA-TTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|4 : TTCA-T-A-AATATCTCAAGCTGAGATTTT--CCTTAAATT----AT--A-ATTCTAA----ATTTCTC--T-A---AA-GCA--TAAATTGAA--CT---C---AT-TATACGTTGAGTGA----CCACACACGATTAAAG-T
gi|8 : TTCATT-AGAACCCATCAAGTTTAGATTTTTTC-TCAA--CTA--AA--ACATCTC-A----ATTTCTG--T-ATTTAA-TTA--TTCATTGAA-------C---AT-TA-------AATGA----CCAAACAGAATGT-AG-TAAA-ATAC----TTTATGGTA---AGAGAAAA-C-------ATGCAT---AATGACCA-ATA--TAA--tggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|12 : ATTCT-A----ATTTTTT--T-A---AAATTA--TTACTAAAA--CT---C---AT-TACACGTGAAATGA----TTACAAATAATGAAAGTTTGGCG-CCATC-TT----------------AA-CTC--TTTACACGTG-GAATGATCACACA--TAA--Taggaagttatagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtaAA-CTC--ATCAAACATTTAAATGACCACACA---------G------A------------T--T------TC-C---ATGG---------TATATGATAACG--TGCT--A-AA-T-GG-TC-AA---T--GTAAATAAAGTT-------------ATAACAATTAA-------AAAAA--------T---------T-G--GG---CTGAAGAA--AA-TCTCAAA-TTGAG-ATGTTA-AG-TGAAga
gi|2 : tccgctaaacatatcacgctgagattttcctcaacccagaaatctaatttccaatgaacaactacttgAG-CTT--GTTACACATT-AAATGACCATAGAATTAAAGTCGGAACAAA------------TCTT------CA-C---TGA-CT-----GGTTACGGAAAACA--TA-C--A-AT-T-GA-TC-AA---T--GTAAATGAAGTTTTATAACAATTTGA---------A-------AAAAA--------C---------T-G--AG---TTGAGGAA--TA-TCTCAAG-GTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTTACAT
gi|4 : aaacatcttgagctcagcttaaaattcctcaactaaaatatagtttgtttcggaatggtcccttgAA-CTC--ATTATACGTT-GAGTGACCACACA--CGA--TTA------A------------AGTTGGAACACATC---TTAATTCATTAG-TAGAGGATAACA--T--TCAA-AA-T-GATTC-A----T--GTAAACGAAG-T-------------A---------ACATTTCCAACAT--------T---------T-G--AG---TT---------A-T-----G--TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTCATT---ACTAatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|11 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcataaattgAA-CTT--ACTATACATT-TATTTACCACACA--T----TTA------A------------TATCAGAA--TA-CACTTTCGTT--------AAAGAAGAACA--CG-C--A-ACCT-GA-TC-ATGGTT--GTAAA-GAAGTC------------------------------------------------------T-G--AG---ATGTGAAA--AAATCTCAAG-TTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGaaatgtttaattgaaat
gi|8 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacttgACATT-AAATGACCAAACA--GAA--T--------G------------TAGTAAAA--TA-C---TTTATG-----G-TAAGAGAAAACA--TG-C--ATAA-T-GA-CC-AA---T--ATAAAGGAAGTT-------------A---------T-------AGCAT--------TTTAAAAAAAT-G--GG---TTAAGCAAATAA-T---AAG-TTGAG-ATAT
gi|5 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgtatttaattattcattgaATGACCGTATA--CAA--TTG------AAGTCGGAACAAATATT------TA-C---TCATTG-----G-TAAAGGAAAACA--TG-TA-A-AA-T-GG-CC-AA---G--GCAAATACAATT-------------A---------T-------AGCATTTTAACAAT---------T-A--AG---TTGAGAAA--AA-TCTCAAgaag
gi|10 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcttgaacgaattacacgtcg-TAAAGAATA-CA--TG-C--A-AAAT-AA-CC-TA---T--ACAAATGATGT--------------A---------A-------AAT--------------------T-G--AG---TTGAAGAA--AA-TCTTAAG-TTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGtattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|3 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttattggtgaacagttattaaaAAAGGAAAAGA--TG-C--A-GA-TTGA-TC-AT---T--GTTAAGGAAGTT-------------ATAGCAGTGTA-------AA-AT--------T---------T-G--AG---TTCTGGAA--AT-TCTCAAG-TTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAG
gi|7 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcatagctaaatcaacatatatatttgaagttagaacaaatcttcgacattaaaTAATA--AG-TTAA-AG-T-AA-TC-AT---T---TAAAAAAAAT--------------------------------GATAT--------T---------T-CTTAG---TTGAAGAA--AA-TC-CAAGCTTAAG-ATGTTT-GG-TGAAcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : C---T--TTAGAGAAATTT-------------A---------G-------AAT-T--------A---------T-A--AT---TTAAGGAA--AA-TCTCAGC-TTGAG-ATATTT-A--TGAAgatctacatattaaattcatggccacacagaattggagtaggattcatcgttacttattagtaacgaaacactgatcaattgtaaatgaagttacagcatttaaaaaatactgaattgagacaaatctcaaattaagatgttagt
gi|15 : TGAATTT-------------A---------A-------AGT-T--------T---------T-C--AG---CTGAGGAA--AA-TTTCTGA-TTAGG-TTGTTT-AG-TAAAAC--CGGcataaattgaactcattatacgttgagtgaccacacacgattaaagttggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|9 : ccaggagGAAATT-------------A---------G-------ATT-T--------C---------T-G--GG---TTGAGGAA--AA-TCTCAGC-GTGAT-ATGTTT-AG-CGGAc
gi|10 : GAAATT-------------G---------A-------GATTT--------T---------T-CT-AG---TTGAGGAA--AA-TCTCTGC-ATGAG-CTGTTT-AG-CGAAAC--CGGcaatgaacaactacttgaactcatcaaacatttaaatgaccacacagatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
gi|13 : gAAACT-------------A---------T-------AATATG-------T---------T-G--TA---TTTAGGTA--TA-TT----G-TTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT---GTTTT-ATTAATCAT-CTCAACTTGAGATTTcctaaataattccttgaactggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|16 : AT--------T---------TAG--AGATATTGAG-AA--AA-TCTCTGC-TTGAG-ATGCTT-AA-TGAAAC--ttc
gi|18 : ---------T-G--GG---TTAAGGAA--AA-TCTCAAG-TTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--gatcagagatcatataaat
gi|6 : acatcatttccaaactaG---TTGAGGAC--AT-TCTCAAC-TTGAT-GTATTT-GG-TGAAAC--
gi|13 : acggGAAA--AA-TCTCAAG-TTGAG-ATGATT-AA-TAAAAC------ACCTGGTTCCTGTTTTACCA-ACTTACTCAAaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagcattacacattaaaaaaacattcagatctgaagtcagaacaaatctttggtaaaaaattacatgctaactgataaatacaaacgcagttataacacttcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|19 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgA--AT-TCTCTAG-TTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGG-GCCAG
gi|10 : TTTCACTAAACAT-CTCAACTTAAGATTT
gi|6 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaTTTCACTGAACAT-CTCAATTTGAGATTTctag
gi|11 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagcattacacattaaaaaaacattcagatctgaagtcagaacaaatctttggtaaaaaattacatgctaactgataaatacaaacgcagttataacacttcataaaatagagttgaggaTTCCATTACACAT-CTCAAGCTGGGA
gi|16 : cggTTTCATTAAGCAT-CTCAAGCAGAGATTTaccaatttctctaaactattacttgaacttactatacatttatttaccacacatttaatatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|9 : gTTCACTTAACAT-CTCAATTTGAGATTTtctcaatatctctaaatgatcagagatcatataaat
gi|4 : tccgctaaacatatcacgctgagattttcctcaacccagaaatctaatttccaatgaacaactacttgaactcatcaaacatttaaatgaccacacagatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaTTCA-TAAATAT-CTCAAGCTGAGATTT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACTCTTTACACGTGGAATGATCACACATAATGAAAGTTTTACCTTATCTTAACTCATTACACGCGGAATGATCACACATAATGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 33333333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 222
lowQualScore : 3 44 3 555 1 3 555 999999999999999999 1 2 44 666 3 1 33 44444444444444444444444444444 3 1 3333333333333333333333333333333333333 0 3 2 888 1 444 3333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 3 3 0 1 1 44444444 3 7777 3 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 33 2 2 3 3 55 0 0 0000 111 6 11
lowQualScore : . .. . ... . . ... .................. . . .. ... . . .. ............................. . . ..................................... . . . ... . ... .... ............................................................ . . . . . . ........ . .... . . ................................................................. . .. . . . . .. . . .... ... . ..
lowQualScore : 3 66 3 888 0 3 666 111111111111111111 4 4 66 444 6 0 44 88888888888888888888888888888 7 0 6666666666666666666666666666666666666 5 1 6 666 7 000 8888 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 3 3 2 0 0 88888888 3 4444 6 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 77 7 9 1 1 55 1 4 6666 555 7 77
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC-T---CAAGCTGAGA-TTTTC-CTCAA--CT---A---AA-ATC-TCAATTTCTC--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAATTAAAGTA-GACGTTCAT-A-TTT----ACGGTC---A---C--AAACTCATT-ACACGTT-GAATGACCACACA--TAA--T-TG-------A------------T--ATT--A----AT----A---C--------TT----ANTGG-T-AAAGGANAACATGC-A-A--A-T-GATCAA---T-GTAAATGAAGTT-------------A---------A-------AACAT--------T---------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC-T---CAANCTGAGA-TTTTC-CTCAA--C----A---AA-ATT-TCAATTTCTC--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGATCACACATAATTNAAGTA-GACGTCCAT-A-TTT----ATGGTC---A---C--AAACTCGTT-ATACATT-AAATGACCACACA--TAA--T-TG-------A------------T--ATT--A----AT----A---C--------TT----ANTNG-T-AAAGGANAACATGC-A-A--A-T-GATCAN---T-GTAAATGAAGTT-------------A---------A-------AATAT--------T---------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTNC-GTTTTCACTAAACATCTCAANCTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC-T---CAAGTTGAGA-TTTTC-ATCAA--C----A---AACATT-TTAATTTCTC--TA---AA-TGATTA-CTTGAATT-------CA--------T-TA-------AATGATCGCAAATAATTTAAGTA-GATATCCATCA-TTT----ACAGTC---A---C--AAACTCATA-ATACATT-AAATGACCAGACA--TAA--T-TG-------A------------T--ATT--------T----A---C--------TT----AGCTG-T-AAAGGATAACATGT-A-A--A-T-GATCAC---T-ATAAATGAAGTT-------------A---------A-------AATAT--------T---------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTC-ATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC-T---CATGCAGAGA-TTTTC-CTCAA--CTAGAA---AA-ATC-TCAATTTCCC--TA---AA-TAATTC-CTTGAACT-------
gi|10 : gA--T-TG-------G------------T--G----A----AC----A---G--------TT----ATTAAAT-AAAGAATA-CATGC-A-A--AAT-AACCTA---T-ACAAATGATGT--------------A---------A-------AAT--------------------T----------GAGTTGAAGAA--AA-TCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttCGGTTCCATTA-CAC--ATC-T---CAAGCTGGG-----------AA--C----------------CAATTTCTC--TA---AA-CTATTA-CTTGAACTTACTATACA--------T-TT-------ATTTACCACACAT
gi|11 : AACTTACT-ATACATT-TATTTACCACACA--T----T-TA-------A------------T--ATC--AGAATAC----A---C--------TT------TCG-TTAAAGAAGAACACGC-A-A--CCT-GATCATGGTT-GTAAA-GAAGTC------------------------------------------------------T----------GAGATGTGAAA--AAATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGttaatatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacttgA-ATT-CTAATTTTTT--TA---AAATTATTA-CTAAAACT-------CA--------T-TACACGTGAAATGATTACAAATAATGAAAGTTTGGCG-CCAT-C-TT----------------------AACTCTTT-ACACGTG-GAATGATCACACA--TAA--T-
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtAAACT-------------A---------T-------AATATG-------T---------T----------GTATTTAGGTA--TA-TT----GTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT----GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|13 : GAAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGATT-AA-TAAAAC------ACCTGGTTCCTGTTTT-ACCAAttc
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgttgagtaagACTCTTT-ACACGTG-GAATGATCACACA--TAA----TG-------A------------A--AGT--T----TT----A---C--------CT----TATCT-T-AACTCATTACACGCGG-A--A-T-GATCA
gi|14 : -------AATGATCACACATAATGAAAGT------TTTAC---CTT----ATCTT------------AACTCATT-ACACGCG-GAATGATCACACA--TAA--T-cacataatga
gi|15 : actctttacacgtggCCGGTTTTACTA-AAC--AAC-C---TAATCAGAAA-TTTTC-CTCAG--CTG--A---AA-ACT-TTAAATTCga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC-T---CAAGCAGAGA-TTTTC------------------------TCAATATCTC--TA---AA-TGATCA----GAGAT-------CA--------TATA-------AATac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC-T---CGAGCGGAGATTTTTC-CACAA--CTGA-A---AA-ATG-TCA--TTCTC--T
gi|18 : ---------T----------GGGTTAAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatcatttccaaactaA--AT-TCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCT-------CAGC------T-TA-------AA--ATTCCTCA--ACTAAAATA-TA-GTT--T-G-TTTCGGAATGGTC---C---CTTGAGCTTGTT-ACACATT-AAATGACCATAGAATTAAAGT-CG-------G------------A--ACA--A----ATCTTCA---C--------TG----ACTGG-T-TACGGAAAACATAC-A-A--T-T-GATCAA---T-GTAAATGAAGTTTTATAACAATTTGA---------A-------AAAAA--------C---------T----------GAGTTGAGGAA--TA-TCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTTAC-AT
gi|3 : aaacatT-AAATCAACATATA--TAT--T-TG-------A------------A--GTT--AGA--AC----AAATC--------TTCGACATTAA-A-AAAGGAAAAGATGC-A-G--A-TTGATCAT---T-GTTAAGGAAGTT-------------ATAGCAGTGTA-------AA-AT--------T---------T----------GAGTTCTGGAA--AT-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcatagcTTCA-TA-AAT--ATC-T---CAAGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT----A---TA-ATTCTAAATTTCTC--TA---AA-GCATAA-ATTGAACT-------CA--------T-TATACGTTGAGTGACCACACACGATTAAAGTcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : AACTCATT-ATACGTT-GAGTGACCACACA--CGA--T-TA-------A------------A--GTTGGA----AC----A---CATCTTAATTC----ATTAG-T-AGAGGATAACATTCAA-A--A-T-GATTCA---T-GTAAACGAAG-T-------------A---------ACATTTCCAACAT--------T---------T----------GAGTT---------A-T-----G-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTC-ATT---ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATtggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcataaattgGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTTC-T---------------AA-ATT-TC----TC-C--TA---AA-TA--TATCTTGAACG-------AA--------T-TACACGTC-GATGACCGTATACAATTGAAGT
gi|5 : gaTT-ACACGTC-GA-TGACCGTATA--CAA--T-TG-------AAGTCGGAACAAAT--ATT--------T----A---C--------TC----ATTGG-T-AAAGGAAAACATGTAA-A--A-T-GGCCAA---G-GCAAATACAATT-------------A---------T-------AGCATTTTAACAAT---------T----------AAGTTGAGAAA--AA-TCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcttgaacgaaGGTTTCACCA-AAT--ACA-T---CAAGTTGAGA-ATGTC-CTCAA--C----AAAGAA-AAC-TCAGTTTCTC--TA---AA-TGATTT-C--------------CA----------TA-------AAGCATTACAC---ATTAAAA-A-AACATTCAG-A-TCT----GAAGTCAGAA---C--AAA-TCTTTGGTAAA---AAATTA-CATGC---TAA--C-TG-------A------------T--A----A----AT----A---C----------------------------AAAC--GC-A-GTTA-T-AA-CAC---T-TCA--------T-------------A---------A-------AATA------------------------------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAtattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|7 : acgTTCACCA-AAC--ATC-T---TAAGCTTGGA-TTTTC-TTCAA--CT---A---AG-A-----AAT-------------A-TCATTT-TTT----------------------T-TA-------AATGATTACTT-TAACTTA-TTA-GATCTACAT-A-TT---------------------AAATTC--------------ATGGCCACACA--GAA--T-TGGAGTAGGA------------TTCATC--G----TT----A---C--------TT----ATTAG-T-AACG--AAACAC----------T-GATCAA---TTGTAAATGAAGTT-------------A---------C-------AGCAT--------T---------TAAAAAATACTGAATTGAGACA--AA-TCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|8 : TTCATTAGAAC--CCA-T---CAAGTTTAGA-TTTTTTCTCAA--CTA--A---AACATC-TCAATTTCTG--TATTTAA-TTATTC-ATTGAAC---------A--------T-TA-------AATGACCAAACAGAATGT-AGTA-AA-----AT-ACTTT----ATGGTA---AGAGA--AAAC------ATGCAT---AATGACCA-ATA--TAA--
gi|8 : ATTCATT-GAACATT-AAATGACCAAACA--GAA--TGTA-------G------------T--A-A--A----AT----A---C--------TT----TATGG-T-AAGAGAAAACATGC-ATA--A-T-GACCAA---T-ATAAAGGAAGTT-------------A---------T-------AGCAT--------TTTAAAAAAAT----------GGGTTAAGCAAATAA-T---AAGTTGAG-ATATaggaagttatagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgtatttaattTCCGCTA-AAC--ATA-T---CACGCTGAGA-TTTTC-CTCAA--CCCA-G---AA-ATC-T-AATTTC-CAATG---AA-CAACTA-CTTGAACT-------CATCAAACATT-TA-------AATGACCACACAgaag
gi|9 : AACTCATC-AAACATTTAAATGACCACACA----------G-------A------------T----------------------T--------TC----CATGG-T-ATATGATAACGTGCTA-A--A-T-GGTCAA---T-GTAAATAAAGTT-------------ATAACAATTAA-------AAAAA--------T---------T----------GGGCTGAAGAA--AA-TCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 333333333333333333333333333333333333 11 8888888888888888888888888888888888888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 1
lowQualScore : 3 44 44 44 3 3 3 0000000000000000 3 44 666 3 1 33 555555555555555555555555555555555555 00 4 777 5555555555555555555555555555555555555 555 1 555 33 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 1 4 3 7 3 666 3 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 3 3 3 3 66 2 22222 3 6 1
lowQualScore : . .. .. .. . . . ................ . .. ... . . .. .................................... .. . ... ..................................... ... . ... .. . ..................................................... . . . . . . ... . . ................................................................... .. . . . . .. . ..... . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 3 3 3 6666666666666666 3 66 444 6 0 44 888888888888888888888888888888888888 88 0 000 6666666666666666666666666666666666666 999 7 777 77 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 0 5 6 3 6 444 6 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 1 3 3 11 5 33333 3 7 0
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-T-------A-------AATGACCACACATAAT-TAA---AG-TAGACGTTCAT-A-TTT----A-GGT--C---AC--AAACTCATTACACGTT-GAATGACCACACA--TAA--T-TG------------AT--ATC--A----AC----A---C--------TT----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCAA---T-GTAAATGAAGTT-------------A---------N-------AACA--T--------T---------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTCGTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-T-------A-------AATGACCACACATAAT-TAA---AG-TAGACGTTCAT-A-TTT----ACGGT--C---AC--AAACTCATTACACGTT-GAATGACCACACA--TAA--T-TG------------AT--ATT--A----AT----A---C--------TT----ANTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCAA---T-GTAAATGAAGTT-------------A---------A-------AACA--T--------T---------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTCGTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGTTGAGA-TTTTC-ATC-AACA---A--ACA--TTTTAATTTCT-C--TA---AA-TGATTA-CTTGAATT-------CA--------T-T-------A-------AATGATCGCAAATAAT-TTA---AG-TAGATATCCATCA-TTT----ACAGT--C---AC--AAACTCATAATACATT-AAATGACCAGACA--TAA--T-TG------------AT--ATT--------T----A---C--------TT----AGCTG-TAAAGGATAACATGT-A-AA-T-GATCAC---T-ATAAATGAAGTT-------------A---------A-------AATA--T--------T---------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTCATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC--TCA--TGCAGAGA-TTTTC-CTC-AACTAGAA--AAA--TCTCAATTTCC-C--TA---AA-TAATTC-CTTGAACT-------
gi|10 : gA--T-TG------------GT--G----A----AC----A---G--------TT----ATTAAATAAAGAATA-CATGC-A-AAAT-AACCTA---T-ACAAATGATGT--------------A---------A-------AA-------------T---------T----------GAGTTGAAGAA--AA-TCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttCGGTTCCATTA-CAC--ATC--TCA--AGCTGGGA------------AC---------------CAATTTCT-C--TA---AA-CTATTA-CTTGAACTTACTATACA--------T-T-------T-------ATTTACCACACAT--T-TAA---
gi|11 : AACTTACTATACATT-TATTTACCACACA--T----T-TA------------AT--ATC--AGAATAC----A---C--------TT-----TCGT-TAAAGAAGAACACGC-A-ACCT-GATCATGGTT-GTAAA-GAAGTC--------------------------------------------------------T----------GAGATGTGAAA--AAATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGtatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacttgAA--TTCTAATTTTT-T--TA---AAATTATTA-CTAAAACT-------CA--------T-TACACGTGA-------AATGATTACAAATAAT-GAA---AGTTTGGCG-CCAT-C-TT---------------------AACTCTTTACACGTG-GAATGATCACACA--TAA--T-
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtGTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT---GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattACTCTTTACACGTG-GAATGATCACACA--TAA--T-ttc
gi|14 : -------AATGATCACACATAAT-GAA---AG-T-----TTTAC---CTT----A---T--C---TT--AA-CTCATTACACGCG-GAATGATCACACA--TAA--T-gaaagttttaccttatcttaactcattacacgcggaatgatcacacataatga
gi|15 : actctttacacgtggCCGGTTTTACTA-AAC--AAC--CTA--ATCAGAAA-TTTTC-CTC-AGCTG--A--AAA--CTTTAAATTCga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC--TCA--AGCAGAGA-TTT----------------------TCTCAATATCT-C--TA---AA-TGATCA----GAGAT-------CA--------TAT-------A-------AATac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC--TCG--AGCGGAGATTTTTC-CAC-AACTGA-A--AAA--TGTCA--TTCT-C--T
gi|18 : ---------A-------AAC---T--------A---------T----------GGGTTAAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatcatttccA--AT-TCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCT-------CAGC------T-T-------A-------AA--ATTCCTCA--AC-TAA---AA-TATA-GTT--T-G-TTTCGGAATGGT--C---CCTTGAGCTTGTTACACATT-AAATGACCATAGAATTAAAGT-CG------------GA--ACA--A----ATCTTCA---C--------TG----ACTGG-TTACGGAAAACATAC-A-AT-T-GATCAA---T-GTAAATGAAGTTTTATAACAATTTGA---------A-------AAAA--A--------C---------T----------GAGTTGAGGAA--TA-TCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTT
gi|3 : aaacatGCT-AAATCAACATATA--TAT--T-TG------------AA--GTT--AGA--AC----AAATC--------TTCGACATTAA-AAAAGGAAAAGATGC-A-GA-TTGATCAT---T-GTTAAGGAAGTT-------------ATAGCAGTGTA-------AA-A--T--------T---------T----------GAGTTCTGGAA--AT-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcataTTCA-TA-AAT--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT---AT-AAT--TCTAAATTTCT-C--TA---AA-GCATAA-ATTGAACT-------CA--------T-T-------ATACGTTGAGTGACCACACACGAT-TAA---AG-Tcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : AACTCATTATACGTT-GAGTGACCACACA--CGA--T-TA------------AA--GTTGGA----AC----A---CATCTTAATTC----ATTAG-TAGAGGATAACATTCAA-AA-T-GATTCA---T-GTAAACGAAG-T-------------A---------ACATTTCCAACA--T--------T---------T----------GAGTT---------A-T-----G-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTCA--TT-ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATtggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcataaattgGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTT--------CT---A-----------AATTTCTCC--TA---AA-TA--TATCTTGAACG-------AA--------T-T-------ACACGTC-GATGACCGTATACAAT-TGA---AG-T
gi|5 : gaATTACACGTC-G-ATGACCGTATA--CAA--T-TGAAGTCGGAACAAAT--ATT--------T----A---C--------TC----ATTGG-TAAAGGAAAACATGTAA-AA-T-GGCCAA---G-GCAAATACAATT-------------A---------T-------AGCA--TTTTAACAAT---------T----------AAGTTGAGAAA--AA-TCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcttgaacgaGGTTTCACCA-AAT--ACA--TCA--AGTTGAGA-ATGTC-CTC-AACA---AAGAAA--ACTCAGTTTCT-C--TA---AA-TGATTT-C--------------CA----------T-------A-------AAGCATTACAC---AT-TAA---AA--AAACATTCAG-A-TCT----GAAGT--CAGAAC--AAAtattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : acgCATTACACATT-AAAAAAACATTCA--GAT--C-TG------------AA--GTC--A----GA----A---CAAA-----TC----TTTGG-TAAAAAATTACATGCTA-AC-T-GATAAA---T-ACAAACGCAGTT-------------A---------T-------AACA--C--------T---------TCATAAAATA-GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAtctttggtaaaaaattacatgctaactgataaatacaaacgcagttataacacttcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|7 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagTTCACCA-AAC--ATC--TTA--AGCTTGGA-TTTTC-TTC-AACT---A--AGA------AAT--------------A-TCATTT-TTT----------------------T-T-------A-------AATGATTAC---T--T-TAACTTAT-TAGATCTACAT-A-TT--------------------AAATTCAT-------------GGCCACACA--GAA--T-TGGAGTAGG-----ATTCATC--G----TT----A---C--------TT----ATTAG-TAACG--AAACAC--------T-GATCAA---TTGTAAATGAAGTT-------------A---------C-------AGCA--T--------T---------TAAAAAATACTGAATTGAGACA--AA-TCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|8 : TTCATTAGAAC--CCA--TCA--AGTTTAGA-TTTTTTCTC-AACT---A--AAACATCTCAATTTCT-G--TATTTAA-TTATTC-ATTGAAC---------A--------T-T-------A-------AATGACCAAACAGAATGT-----AG-TAAA-----AT-ACTTT----ATGGTAAG---AG--AAA------ACATGCA-TAATGACCA-ATA--TAA--
gi|8 : ATTCATTGAACATT-AAATGACCAAACA--GAA--TGTA------------GT--A-A--A----AT----A---C--------TT----TATGG-TAAGAGAAAACATGC-ATAA-T-GACCAA---T-ATAAAGGAAGTT-------------A---------T-------AGCA--T--------TTTAAAAAAAT----------GGGTTAAGCAAATAA-T---AAGTTGAG-ATATaggaagttatagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgtatttaattTCCGCTA-AAC--ATA--TCA--CGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACCCA-G--AAA--TCT-AATTTC--CAATG---AA-CAACTA-CTTGAACT-------CATCAAACATT-T-------A-------AATGACCACACAgaag
gi|9 : AACTCATCAAACATTTAAATGACCACACA----------G------------AT----------------------T--------TC----CATGG-TATATGATAACGTGCTA-AA-T-GGTCAA---T-GTAAATAAAGTT-------------A---------T-------AACAATTAAAAAAA-T---------T----------GGGCTGAAGAA--AA-TCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 33333333333333333333333333333 11 9999999999999999999999999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1 111111 777777777777777777777777777777777777777 111111 1
lowQualScore : 3 44 44 44 3 3 3 0000000000000000 3 44 666 3 1 33 44444444444444444444444444444 00 8888 777 6666666666666666666666666666666666 0 44 6 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444 3 1 4 3 7 3 666 3 2 444444 2 3 444444444444444444444444444444444444444 0 33 2 2 3 3 55 0 0 222222 0 6 1
lowQualScore : . .. .. .. . . . ................ . .. ... . . .. ............................. .. .... ... .................................. . .. . . .................................................. . . . . . . ... . . ...... . . ....................................... . .. . . . . .. . . ...... . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 3 3 3 6666666666666666 3 66 444 6 0 44 88888888888888888888888888888 88 5555 000 9999999999999999999999999999999999 2 33 4 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777 6 0 5 6 3 6 444 6 5 222222 2 3 777777777777777777777777777777777777777 2 77 7 9 1 1 55 1 4 000000 0 7 0
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT----A-AGTC----C--AAACTCATTACACGTT-GAATGACCACACATAAT-TG-------AN--GTC--A----ACA--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCAA---T-GTAAATGAAG------TTATAAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT----A-GGTC---AC--AAACTCATTACACGTT-GAATGACCACACATAAT-TG-------AT--ATC--A----ACA--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCAA---T-GTAAATGAAG------TTANAAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGTTGAGA-TTTTC-ATC-AACA---A--ACA--TTTTAATTTCT-C--TA---AA-TGATTA-CTTGAATT-------CA--------T-TA-------AATGATCGCAAATAAT----TTA---AGTA-GATATCCATCATTT----ACAGTC---AC--AAACTCATAATACATT-AAATGACCAGACATAAT-TG-------AT--ATT--------TA--------C--------TT-----AGCTG-TAAAGGATAACATGT-A-AA-T-GATCAC---T-ATAAATGAAG------TTAAAAT-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTC-ATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC--TCA--TGCAGAGA-TTTTC-CTC-AACTAGAA--AAA--TCTCAATTTCC-C--TA---AA-TAATTC-CTTGAACT-------
gi|10 : gAT-TG-------GT--G----A----ACA--------G--------TT-----ATTAAATAAAGAATA-CATGC-A-AAAT-AACCTA---T-ACAAATGATG------T-AAAA--------------------T----------T----------GAGTTGAAGAA--AA-TCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttCGGTTCCATTA-CAC--ATC--TCA--AGCTGGGA------------AC---------------CAATTTCT-C--TA---AA-CTATTA-CTTGAACTTACTATACA--------T-TT-------ATTTACCACACAT--T----TAA---
gi|11 : AACTTACTATACATT-TATTTACCACACAT--T-TA-------AT--ATC--AGAATACA--------C--------TT------TCGT-TAAAGAAGAACACGC-A-ACCT-GATCATGGTT-GTAAA-GAAG------TC-----------------------------------T----------GAGATGTGAAA--AAATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGtatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacttgAA--TTCTAATTTTT-T--TA---AAATTATTA-CTAAAACT-------CA--------T-TACACGTGAAATGATTACAAATAAT----GAA---AGTTTGGCGC-CAT-CTT-------------------AACTCTTTACACGTG-GAATGATCACACATAAT-
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtAAA------CTATAAT-A--------TG-------T----------T----------GTATTTAGGTA--TA-TT----GTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT----GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|13 : GAAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGATT-AA-TAAAAC------ACCTGGTTCCTGTTTT-ACCAAttc
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgttgagtaagACTCTTTACACGTG-GAATGATCACACATAAT-
gi|14 : -------AATGATCACACATAAT----GAA---AGT------TTTAC--CTT----A---TC----T--TAACTCATTACACGCG-GAATGATCACACATAAT-gaaagttttaccttatcttaactcattacacgcggaatgatcacacataatga
gi|15 : actctttacacgtggCCGGTTTTACTA-AAC--AAC--CTA--ATCAGAAA-TTTTC-CTC-AGCTG--A--AAA--CTTTAAATTCga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC--TCA--AGCAGAGA-TTT----------------------TCTCAATATCT-C--TA---AA-TGATCA----GAGAT-------CA--------TATA-------AATac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC--TCG--AGCGGAGATTTTTC-CAC-AACTGA-A--AAA--TGTCA--TTCT-C--T
gi|18 : ----------T----------GGGTTAAGGAA--AA-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatcatttccaaactaA--AT-TCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCT-------CAGC------T-TA-------AA--ATTCCTCA--AC----TAA---AATA-TA-GTT--T-GTTTCGGAATGGTC---CCTTGAGCTTGTTACACATT-AAATGACCATAGA--AT-TA-------AA--GTCGGA----ACAAAT-----C--------TTCACTGACTGG-TTACGGAAAACATAC-A-AT-T-GATCAA---T-GTAAATGAAGTT----TTATAACAA--------T--------TTGAAAAAAACT----------GAGTTGAGGAA--TA-TCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTT
gi|3 : aaacatGCT-AAATCAACATATATATT-TG-------AA--GTT--AGA--ACAAAT-----C--------TTCGAC-ATTAA-AAAAGGAAAAGATGC-A-GA-TTGATCAT---T-GTTAAGGAAG------TTATAGC-AGTGTAAAAT--------T----------T----------GAGTTCTGGAA--AT-TCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcataTTCA-TA-AAT--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT---AT-AAT--TCTAAATTTCT-C--TA---AA-GCATAA-ATTGAACT-------CA--------T-TATACGTTGAGTGACCACACACGAT----TAA---AGTcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : AACTCATTATACGTT-GAGTGACCACACACGAT-TA-------AA--GTTGGA----ACA--------CATCTTAATTC-----ATTAG-TAGAGGATAACATTCAA-AA-T-GATTCA---T-GTAAACGAAGTAACATTTCCAAC-A--------T--------T----------T----------GAGTT---------A-T-----G-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTC-A--TT-ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATtggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcataaattgGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTT--------CT---A-----------AATTTCTCC--TA---AA-TA--TATCTTGAACG-------AA--------T-TACACGTC-GATGACCGTATACAAT----TGA---AGT
gi|5 : gaATTACACGTC-GA-TGACCGTATACAAT-TG-------AA--GTCGGA----ACAAATATTTAC--------TC-----ATTGG-TAAAGGAAAACATGTAA-AA-T-GGCCAA---G-GCAAATACAA------TTATAGC-A--------TTTTAACAAT----------T----------AAGTTGAGAAA--AA-TCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcttgaacgaGGTTTCACCA-AAT--ACA--TCA--AGTTGAGA-ATGTC-CTC-AACA---AAGAAA--ACTCAGTTTCT-C--TA---AA-TGATTT-C--------------CA----------TA-------AAGCATTACAC---AT----TAA---AA-A-AACATTCAG-ATCTG---A-AGTCAGAAC--AAAtattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : acgCATTACACATT-AAAAAAACATTCAGATC-TG-------AA--GTC--AGA--ACAAAT-----C--------TT-------TGG-TAAAAAATTACATGCTA-AC-T-GATAAA---T-ACAAACGCAG------TTATAAC-A--------C--------T----------TCATAAAATA-GAGTTGAGGAA--AA-TCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAtctttggtaaaaaattacatgctaactgataaatacaaacgcagttataacacttcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|7 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagTTCACCA-AAC--ATC--TTA--AGCTTGGA-TTTTC-TTC-AACT---A--AGA------AAT--------------A-TCATTT-TTT----------------------T-TA-------AATGATTAC---T--T----TAACTTATTA-GATCTACAT-ATT------------------AAATTCAT-------------GGCCACACAGAAT-TGGAGTAGGATTCATC--G----TTA--------C--------TT-----ATTAG-TAACG--AAACAC--------T-GATCAA---TTGTAAATGAAG------TTACAGC-A--------T--------T----------TAAAAAATACTGAATTGAGACA--AA-TCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|8 : TTCATTAGAAC--CCA--TCA--AGTTTAGA-TTTTTTCTC-AACT---A--AAACATCTCAATTTCT-G--TATTTAA-TTATTC-ATTGAAC---------A--------T-TA-------AATGACCAAACAGAATGTAGTAA---AATA-
gi|8 : ATTCATTGAACATT-AAATGACCAAACAGAATGTA-------GT--A-A--A----ATA--------C--------TT-----TATGG-TAAGAGAAAACATGC-ATAA-T-GACCAA---T-ATAAAGGAAG------TTATAGC-A--------T--------TTTAAAAAAA-T----------GGGTTAAGCAAATAA-T---AAGTTGAG-ATATctttatggtaagagaaaacatgcataatgaccaatataaaggaagttatagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgtatttaattTCCGCTA-AAC--ATA--TCA--CGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACCCA-G--AAA--TCT-AATTTC--CAATG---AA-CAACTA-CTTGAACT-------CATCAAACATT-TA-------AATGACCACACAgaag
gi|9 : AACTCATCAAACATTTAAATGACCACACA------G-------AT--TTC--------CA--------------------------TGG-TATATGATAACGTGCTA-AA-T-GGTCAA---T-GTAAATAAAG------TTATAAC-AAT------TAAAAAAA-T----------T----------GGGCTGAAGAA--AA-TCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 33333333333333333333333333333 11 7777777777777777777777777777777777 8888888888888888888888888888888888888888888888 1 777777777777777777777777777777777777777 111111 1
lowQualScore : 3 44 44 44 3 3 3 0000000000000000 3 44 666 3 1 33 44444444444444444444444444444 00 8888 777 1111111111111111111111111111111111 0 44 6 2 3 0000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 0 1 6 3 6 3 66666 3 1 44 44 7777 3 444444444444444444444444444444444444444 2 33 2 3 3 55 0 0 222222 0 6 1
lowQualScore : . .. .. .. . . . ................ . .. ... . . .. ............................. .. .... ... .................................. . .. . . . .............................................. . . . . . . . . ..... . . .. .. .... . ....................................... . .. . . . .. . . ...... . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 3 3 3 6666666666666666 3 66 444 6 0 44 88888888888888888888888888888 88 5555 000 7777777777777777777777777777777777 2 33 4 2 3 1111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 2 0 7 3 7 3 55555 3 6 66 66 1111 3 555555555555555555555555555555555555555 1 77 9 1 1 55 1 4 000000 0 7 0
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC-C---G-AACTCATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC-C---A-AACTCATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGANG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGTTGAGA-TTTTC-ATC-AACA---A--ACA--TTTTAATTTCT-C--TA---AA-TGATTA-CTTGAATT-------CA--------T-TA-------AATGATCGCAAATAAT----TTA---AGTA-GATATCCATCATTT---ACA--GTCAC---A-AACTCATAATACATT-AAATGACCAGACATAATTGATA-T------T--------T---A--------C--------TT-----AGCTG-TAAAGGATAACATGT-A-AA-T-GATCA-C---T-ATAAATGAAG--T--TAA----AAT-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTC-ATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC--TCA--TGCAGAGA-TTTTC-CTC-AACTAGAA--AAA--TCTCAATTTCC-C--TA---AA-TAATTC-CTTGAACT-------
gi|10 : gATTG--G-T------G--A----AC---A--------G--------TT-----ATTAAATAAAGAATA-CATGC-A-AAAT-AACCT-A---T-ACAAATGA-------TGT----AAA-A--------T--------T---------------------GAGTTGAAGAA--AATCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttCGGTTCCATTA-CAC--ATC--TCA--AGCTGGGA------------AC---------------CAATTTCT-C--TA---AA-CTATTA-CTTGAACTTACTATACA--------T-TT-------ATTTACCACACAT--T----TAA---
gi|11 : -AACTTACTATACATT-TATTTACCACACAT--TTAATA-T------C--AGAATAC---A--------C--------TT------TCGT-TAAAGAAGAACACGC-A-ACCT-GATCA-TGGTT-GTAAA-GAAG--T--C-T----GAG-A--------T--------G----------T----------GAA------AA--AATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGtatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacttgAA--TTCTAATTTTT-T--TA---AAATTATTA-CTAAAACT-------CA--------T-TACACGTGAAATGATTACAAATAAT----GAA---AGTTTGGCGC-CAT-CTT-------------------AACTCTTTACACGTG-GAATGATCACACATAAT
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtAAA--C--TAT----AAT-A--------TG-------T----------T----------GTATTTAGGTA--TATT----GTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT----GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|13 : GAAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGATT-AA-TAAAAC------ACCTGGTTCCTGTTTT-ACCAAttc
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgttgagtaagACTCTTTACACGTG-GAATGATCACACATAATGAAAGTT------T--T----AC------------C--------TT-----ATC-T-TAACTCATTACACGCGG-AA-T-GATCACA---C-AT-AATGA
gi|14 : -------AATGATCACACATAAT----GAA---AGT------TTTAC--CTT---A-----TC-T---T-AACTCATTACACGCG-GAATGATCACACATAAT
gi|15 : actctttacacgtggCCGGTTTTACTA-AAC--AAC--CTA--ATCAGAAA-TTTTC-CTC-AGCTG--A--AAA--CTTTAAATTCga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC--TCA--AGCAGAGA-TTT----------------------TCTCAATATCT-C--TA---AA-TGATCA----GAGAT-------CA--------TATA-------AATac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC--TCG--AGCGGAGATTTTTC-CAC-AACTGA-A--AAA--TGTCA--TTCT-C--T
gi|18 : ----------T----------GGGTTAAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatcatttccaaactaA--ATTCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCT-------CAGC------T-TA-------AA--ATTCCTCA--AC----TAA---AATA-TA-GTT--T-GTTTCGGA-ATGGTC-CCTTG-AGCTTGTTACACATT-AAATGACCATAGA--ATTAAAG-T------CGGA----AC---AAAT-----C--------TTCACTGACTGG-TTACGGAAAACATAC-A-AT-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAGTTT--TAT----AACAA--------T--------TTGAAAAAAACT----------GAGTTGAGGAA--TATCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTT
gi|3 : aaacatGCT-AAATCAACATATATATTTGAAG-T------T--AGA--AC---AAAT-----C--------TTCGAC-ATTAA-AAAAGGAAAAGATGC-A-GA-TTGATCA-T---T-GTTAAGGAAG--T--TAT----AGC-AGTGTAAAAT--------T----------T----------GAGTTCTGGAA--ATTCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcataTTCA-TA-AAT--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT---AT-AAT--TCTAAATTTCT-C--TA---AA-GCATAA-ATTGAACT-------CA--------T-TATACGTTGAGTGACCACACACGAT----TAA---AGTcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : -AACTCATTATACGTT-GAGTGACCACACACGATTAAAG-T------TGGA----AC---A--------CATCTTAATTC-----ATTAG-TAGAGGATAACATTCAA-AA-T-GATTC-A---T-GTAAACGAAG--TAACATTTCCAAC-A--------T--------T----------T----------GAGTT---------AT-----G-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTC-A--TT-ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATtggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcataaattgGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTT--------CT---A-----------AATTTCTCC--TA---AA-TA--TATCTTGAACG-------AA--------T-TACACGTC-GATGACCGTATACAAT----TGA---AGT
gi|5 : gaATTACACGTC-GA-TGACCGTATACAATTGAAG-T------CGGA----AC---AAATATTTAC--------TC-----ATTGG-TAAAGGAAAACATGTAA-AA-T-GGCCA-A---G-GCAAATACAA--T--TAT----AGC-A--------TTTTAACAAT----------T----------AAGTTGAGAAA--AATCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcttgaacgaGGTTTCACCA-AAT--ACA--TCA--AGTTGAGA-ATGTC-CTC-AACA---AAGAAA--ACTCAGTTTCT-C--TA---AA-TGATTT-C--------------CA----------TA-------AAGCATTACAC---AT----TAA---AA-A-AACATTCAG-ATCTG--A-A--GTC-A---G-AACtattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : acgTC-C---ATAAAGCATTACACATT-AAAAAAACATTCAGATCTGAAG-T------C--AGA--AC---AAAT-----C--------TT-------TGG-TAAAAAATTACATGCTA-AC-T-GATAA-A---T-ACAAACGCAG--T--TAT----AAC-A--------C--------T----------TCATAAAATA-GAGTTGAGGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAaaatctttggtaaaaaattacatgctaactgataaatacaaacgcagttataacacttcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|7 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgattTTCACCA-AAC--ATC--TTA--AGCTTGGA-TTTTC-TTC-AACT---A--AGA------AAT--------------A-TCATTT-TTT----------------------T-TA-------AATGATTAC---T--T----TAACTTATTA-GATCTACAT-ATT-----------------A-AATTCAT-------------GGCCACACAGAATTGGAG-TAGGATTC--A----TCGTTA--------C--------TT-----ATTAG-TAACG--AAACAC--------T-GATCA-A---TTGTAAATGAAG--T--TAC----AGC-A--------T--------T----------TAAAAAATACTGAATTGAGACA--AATCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|8 : TTCATTAGAAC--CCA--TCA--AGTTTAGA-TTTTTTCTC-AACT---A--AAACATCTCAATTTCT-G--TATTTAA-TTATTC-ATTGAAC---------A--------T-TA-------AATGACCAAACAGAATGTAGTAA---AATA-
gi|8 : T-ATTT---A-A--TT---------ATTCATTGAACATT-AAATGACCAAACAGAA-TGTAG-TA-----A--A----AT---A--------C--------TT-----TATGG-TAAGAGAAAACATGC-ATAA-T-GACCA-A---T-ATAAAGGAAG--T--TAT----AGC-A--------T--------TTTAAAAAAA-T----------GGGTTAAGCAAATAAT---AAGTTGAG-ATATctttatggtaagagaaaacatgcataatgaccaatataaaggaagttatagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgTCCGCTA-AAC--ATA--TCA--CGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACCCA-G--AAA--TCT-AATTTC--CAATG---AA-CAACTA-CTTGAACT-------CATCAAACATT-TA-------AATGACCACACAgaag
gi|9 : -AACTCATCAAACATTTAAATGACCACACA-----GATT-T------C--------C---A--------------------------TGG-TATATGATAACGTGCTA-AA-T-GGTCA-A---T-GTAAATAAAG--T--TAT----AAC-AAT------TAAAAAAA-T----------T----------GGGCTGAAGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 33333333333333333333333333333 11 66666666666666666666666666666666 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 1 777777777777777777777777777777777777777 111111 1
lowQualScore : 3 44 44 44 3 3 3 0000000000000000 3 44 666 3 1 33 44444444444444444444444444444 00 8888 777 77777777777777777777777777777777 555 33333333333 555 2 5 0 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 0 1 6 3 6 3 66666 3 1 44 44 7777 3 444444444444444444444444444444444444444 2 33 2 3 3 55 0 0 222222 0 6 1
lowQualScore : . .. .. .. . . . ................ . .. ... . . .. ............................. .. .... ... ................................ ... ........... ... . . . . .............................................. . . . . . . . . ..... . . .. .. .... . ....................................... . .. . . . .. . . ...... . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 3 3 3 6666666666666666 3 66 444 6 0 44 88888888888888888888888888888 88 5555 000 77777777777777777777777777777777 444 66666666666 333 6 3 9 9 5555555555555555555555555555555555555555555555 6 3 2 0 7 3 7 3 55555 3 6 66 66 1111 3 555555555555555555555555555555555555555 1 77 9 1 1 55 1 4 000000 0 7 0
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC-----GAAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC-C---GAAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGTTGAGA-TTTTC-ATC-AACA---A--ACA--TTTTAATTTCT-C--TA---AA-TGATTA-CTTGAATT-------CA--------T-TA-------AATGATCGCAAATAAT----TTA---AGTA-GATATCCATCATTT---ACA--GTCAC---AAAC---TC-----------ATAATACATT-AAATGACCAGACATAATTGATA-T------T--------T---A--------C--------TT-----AGCTG-TAAAGGATAACATGT-A-AA-T-GATCA-C---T-ATAAATGAAG--T--TAA----AAT-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTC-ATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC--TCA--TGCAGAGA-TTTTC-CTC-AACTAGAA--AAA--TCTCAATTTCC-C--TA---AA-TAATTC-CTTGAACT-------
gi|10 : gATTG--G-T------G--A----AC---A--------G--------TT-----ATTAAATAAAGAATA-CATGC-A-AAAT-AACCT-A---T-ACAAATGA-------TGT----AAA-A--------T--------T---------------------GAGTTGAAGAA--AATCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttCGGTTCCATTA-CAC--ATC--TCA--AGCTGGGA------------AC---------------CAATTTCT-C--TA---AA-CTATTA-CTTGAACTTACTATACA--------T-TT-------ATTTACCACACAT--T----TAA---
gi|11 : ---GAAC---TT-----------ACTATACATT-TATTTACCACACAT--TTAATA-T------C--AGAATAC---A--------C--------TT------TCGT-TAAAGAAGAACACGC-A-ACCT-GATCA-TGGTT-GTAAA-GAAG--T--C-T----GAG-A--------T--------G----------T----------GAA------AA--AATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGtatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacttAA--TTCTAATTTTT-T--TA---AAATTATTA-CTAAAACT-------CA--------T-TACACGTGAAATGATTACAAATAAT----GAA---AGTTTGGCGC-CAT-CTT------------------AAC---TC-----------TTTACACGTG-GAATGATCACACATAAT
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtAAA--C--TAT----AAT-A--------TG-------T----------T----------GTATTTAGGTA--TATT----GTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT----GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|13 : GAAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGATT-AA-TAAAAC------ACCTGGTTCCTGTTTT-ACCAAttc
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgttgagtaagAC---TC-----------TTTACACGTG-GAATGATCACACATAATGAAAGTT------T--T----AC------------C--------TT-----ATC-T-TAACTCATTACACGCGG-AA-T-GATCACA---C-AT-AATGA
gi|14 : -------AATGATCACACATAAT----GAA---AGT------TTTAC--CTT---A-----TC-T---TAAC---TC-----------ATTACACGCG-GAATGATCACACATAAT
gi|15 : actctttacacgtggCCGGTTTTACTA-AAC--AAC--CTA--ATCAGAAA-TTTTC-CTC-AGCTG--A--AAA--CTTTAAATTCga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC--TCA--AGCAGAGA-TTT----------------------TCTCAATATCT-C--TA---AA-TGATCA----GAGAT-------CA--------TATA-------AATac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC--TCG--AGCGGAGATTTTTC-CAC-AACTGA-A--AAA--TGTCA--TTCT-C--T
gi|18 : ----------T----------GGGTTAAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatcatttccaaactaA--ATTCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCT-------CAGC------T-TA-------AA--ATTCCTCA--AC----TAA---AATA-TA-GTT--T-GTTTCGGA-ATGGTC-CCTTGAGC---TT-----------GTTACACATT-AAATGACCATAGA--ATTAAAG-T------CGGA----AC---AAAT-----C--------TTCACTGACTGG-TTACGGAAAACATAC-A-AT-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAGTTT--TAT----AACAA--------T--------TTGAAAAAAACT----------GAGTTGAGGAA--TATCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTT
gi|3 : aaacatGCT-AAATCAACATATATATTTGAAG-T------T--AGA--AC---AAAT-----C--------TTCGAC-ATTAA-AAAAGGAAAAGATGC-A-GA-TTGATCA-T---T-GTTAAGGAAG--T--TAT----AGC-AGTGTAAAAT--------T----------T----------GAGTTCTGGAA--ATTCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcataTTCA-TA-AAT--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT---AT-AAT--TCTAAATTTCT-C--TA---AA-GCATAA-ATTGAACT-------CA--------T-TATACGTTGAGTGACCACACACGAT----TAA---AGTcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : ---GAAC---TC-----------ATTATACGTT-GAGTGACCACACACGATTAAAG-T------TGGA----AC---A--------CATCTTAATTC-----ATTAG-TAGAGGATAACATTCAA-AA-T-GATTC-A---T-GTAAACGAAG--TAACATTTCCAAC-A--------T--------T----------T----------GAGTT---------AT-----G-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTC-A--TT-ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATtggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcataaattGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTT--------CT---A-----------AATTTCTCC--TA---AA-TA--TATCTTGAACG-------AA--------T-TACACGTC-GATGACCGTATACAAT----TGA---AGT
gi|5 : ga---GAAC---GA-----------ATTACACGTC-GA-TGACCGTATACAATTGAAG-T------CGGA----AC---AAATATTTAC--------TC-----ATTGG-TAAAGGAAAACATGTAA-AA-T-GGCCA-A---G-GCAAATACAA--T--TAT----AGC-A--------TTTTAACAAT----------T----------AAGTTGAGAAA--AATCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcttGGTTTCACCA-AAT--ACA--TCA--AGTTGAGA-ATGTC-CTC-AACA---AAGAAA--ACTCAGTTTCT-C--TA---AA-TGATTT-C--------------CA----------TA-------AAGCATTACAC---AT----TAA---AA-A-AACATTCAG-ATCTG--A-A--GTC-A---GAACAAATCTTTGGTAAAAAATTACATGCT-AACTGA-TAAATACAAACGCAG-TTA----T--A----AC---A--------C--------TT-----tattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : acgC-----------ATTACACATT-AAAAAAACATTCAGATCTGAAG-T------C--AGA--AC---AAAT-----C--------TT-------TGG-TAAAAAATTACATGCTA-AC-T-GATAA-A---T-ACAAACGCAG--T--TAT----AAC-A--------C--------T----------TCATAAAATA-GAGTTGAGGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|7 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagTTCACCA-AAC--ATC--TTA--AGCTTGGA-TTTTC-TTC-AACT---A--AGA------AAT--------------A-TCATTT-TTT----------------------T-TA-------AATGATTAC---T--T----TAACTTATTA-GATCTACAT-ATTA---A-A--TTC--------------------------------------ATGGCCACACAGAATTGGAG-TAGGATTC--A----TCGTTA--------C--------TT-----ATTAG-TAACG--AAACAC--------T-GATCA-A---TTGTAAATGAAG--T--TAC----AGC-A--------T--------T----------TAAAAAATACTGAATTGAGACA--AATCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|8 : TTCATTAGAAC--CCA--TCA--AGTTTAGA-TTTTTTCTC-AACT---A--AAACATCTCAATTTCT-G--TATTTAA-TTATTC-ATTGAAC---------A--------T-TA-------AATGACCAAACAGAATGTAGTAA---AAT---AC-TTTAT-G-GT---A-A--G---A---GAA-----------------A--ACATGCA-TAATGACCA-ATATAAAGGAAG-T------T--A----
gi|8 : T-ATTT---A-A--TT--------AT---TC-----------ATTGAACATT-AAATGACCAAACAGAA-TGTAG-TA-----A--A----AT---A--------C--------TT-----TATGG-TAAGAGAAAACATGC-ATAA-T-GACCA-A---T-ATAAAGGAAG--T--TAT----AGC-A--------T--------TTTAAAAAAA-T----------GGGTTAAGCAAATAAT---AAGTTGAG-ATATtagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgTCCGCTA-AAC--ATA--TCA--CGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACCCA-G--AAA--TCT-AATTTC--CAATG---AA-CAACTA-CTTGAACT-------CATCAAACATT-TA-------AATGACCACACAgaag
gi|9 : ---GAAC---TC-----------ATCAAACATTTAAATGACCACACA-GATT-----T------C--------C---A--------------------------TGG-TATATGATAACGTGCTA-AA-T-GGTCA-A---T-GTAAATAAAG--T--TAT----AAC-AAT------TAAAAAAA-T----------T----------GGGCTGAAGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 33333333333333333333333333333 11 5555555555555555555555555555555555 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 1 777777777777777777777777777777777777777 111111 1
lowQualScore : 3 44 44 44 3 3 3 0000000000000000 3 44 666 3 1 33 44444444444444444444444444444 00 8888 777 9999999999999999999999999999999999 555 33333333333 555 2 5 0 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 0 1 6 3 6 3 66666 3 1 44 44 7777 3 444444444444444444444444444444444444444 2 33 2 3 3 55 0 0 222222 0 6 1
lowQualScore : . .. .. .. . . . ................ . .. ... . . .. ............................. .. .... ... .................................. ... ........... ... . . . . .............................................. . . . . . . . . ..... . . .. .. .... . ....................................... . .. . . . .. . . ...... . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 3 3 3 6666666666666666 3 66 444 6 0 44 88888888888888888888888888888 88 5555 000 5555555555555555555555555555555555 444 66666666666 333 6 3 9 9 5555555555555555555555555555555555555555555555 6 3 2 0 7 3 7 3 55555 3 6 66 66 1111 3 555555555555555555555555555555555555555 1 77 9 1 1 55 1 4 000000 0 7 0
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC----G--AAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC----G--AAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGTTGAGA-TTTTC-ATC-AACA---A--ACA--TTTTAATTTCT-C--TA---AA-TGATTA-CTTGAATT-------CA--------T-TA-------AATGATCGCAAATAAT----TTA---AGTA-GATATCCATCATTT---ACA--GTC----ACAAAC---TC-----------ATAATACATT-AAATGACCAGACATAATTGATA-T------T--------T---A--------C--------TT-----AGCTG-TAAAGGATAACATGT-A-AA-T-GATCA-C---T-ATAAATGAAG--T--TAA----AAT-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTC-ATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC--TCA--TGCAGAGA-TTTTC-CTC-AACTAGAA--AAA--TCTCAATTTCC-C--TA---AA-TAATTC-CTTGAACT-------
gi|10 : gATTG--G-T------G--A----AC---A--------G--------TT-----ATTAAATAAAGAATA-CATGC-A-AAAT-AACCT-A---T-ACAAATGA-------TGT----AAA-A--------T--------T---------------------GAGTTGAAGAA--AATCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttCGGTTCCATTA-CAC--ATC--TCA--AGCTGGGA------------AC---------------CAATTTCT-C--TA---AA-CTATTA-CTTGAACTTACTATACA--------T-TT-------ATTTACCACACAT--T----TAA---
gi|11 : TT----G--AAC---TT-----------ACTATACATT-TATTTACCACACAT--TTAATA-T------C--AGAATAC---A--------C--------TT------TCGT-TAAAGAAGAACACGC-A-ACCT-GATCA-TGGTT-GTAAA-GAAG--T--C-T----GAG-A--------T--------G----------T----------GAA------AA--AATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGtatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacAA--TTCTAATTTTT-T--TA---AAATTATTA-CTAAAACT-------CA--------T-TACACGTGAAATGATTACAAATAAT----GAA---AGTTTGGCGC-CAT-CTT-------------------AAC---TC-----------TTTACACGTG-GAATGATCACACATAAT
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtAAA--C--TAT----AAT-A--------TG-------T----------T----------GTATTTAGGTA--TATT----GTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT----GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|13 : GAAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGATT-AA-TAAAAC------ACCTGGTTCCTGTTTT-ACCAAttc
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgttgagtaagAC---TC-----------TTTACACGTG-GAATGATCACACATAATGAAAGTT------T--T----AC------------C--------TT-----ATC-T-TAACTCATTACACGCGG-AA-T-GATCACA---C-AT-AATGA
gi|14 : -------AATGATCACACATAAT----GAA---AGT------TTTAC--CTT---A-----TCT---T--AAC---TC-----------ATTACACGCG-GAATGATCACACATAAT
gi|15 : actctttacacgtggCCGGTTTTACTA-AAC--AAC--CTA--ATCAGAAA-TTTTC-CTC-AGCTG--A--AAA--CTTTAAATTCga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC--TCA--AGCAGAGA-TTT----------------------TCTCAATATCT-C--TA---AA-TGATCA----GAGAT-------CA--------TATA-------AATac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC--TCG--AGCGGAGATTTTTC-CAC-AACTGA-A--AAA--TGTCA--TTCT-C--T
gi|18 : ----------T----------GGGTTAAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatcatttccaaactaA--ATTCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCT-------CAGC------T-TA-------AA--ATTCCTCA--AC----TAA---AATA-TA-GTT--T-GTTTCGGA-ATGGTCCCTTG--AGC---TT-----------GTTACACATT-AAATGACCATAGA--ATTAAAG-T------CGGA----AC---AAAT-----C--------TTCACTGACTGG-TTACGGAAAACATAC-A-AT-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAGTTT--TAT----AACAA--------T--------TTGAAAAAAACT----------GAGTTGAGGAA--TATCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTT
gi|3 : aaacatGCT-AAATCAACATATATATTTGAAG-T------T--AGA--AC---AAAT-----C--------TTCGAC-ATTAA-AAAAGGAAAAGATGC-A-GA-TTGATCA-T---T-GTTAAGGAAG--T--TAT----AGC-AGTGTAAAAT--------T----------T----------GAGTTCTGGAA--ATTCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcataTTCA-TA-AAT--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT---AT-AAT--TCTAAATTTCT-C--TA---AA-GCATAA-ATTGAACT-------CA--------T-TATACGTTGAGTGACCACACACGAT----TAA---AGTcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : T---A-A--ATT----G--AAC---TC-----------ATTATACGTT-GAGTGACCACACACGATTAAAG-T------TGGA----AC---A--------CATCTTAATTC-----ATTAG-TAGAGGATAACATTCAA-AA-T-GATTC-A---T-GTAAACGAAG--TAACATTTCCAAC-A--------T--------T----------T----------GAGTT---------AT-----G-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTC-A--TT-ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATtggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcaGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTT--------CT---A-----------AATTTCTCC--TA---AA-TA--TATCTTGAACG-------AA--------T-TACACGTC-GATGACCGTATACAAT----TGA---AGT
gi|5 : gaTT----G--AAC---GA-----------ATTACACGTC-GA-TGACCGTATACAATTGAAG-T------CGGA----AC---AAATATTTAC--------TC-----ATTGG-TAAAGGAAAACATGTAA-AA-T-GGCCA-A---G-GCAAATACAA--T--TAT----AGC-A--------TTTTAACAAT----------T----------AAGTTGAGAAA--AATCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcGGTTTCACCA-AAT--ACA--TCA--AGTTGAGA-ATGTC-CTC-AACA---AAGAAA--ACTCAGTTTCT-C--TA---AA-TGATTT-C--------------CA----------TA-------AAGCATTACAC---AT----TAA---AA-A-AACATTCAG-ATCTG--A-A--GTCA---G--AACAAATCTTTGGTAAAAAATTACATGCT-AACTGA-TAAATACAAACGCAG-TTA----T--A----AC---A--------C--------TT-----tattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : acgC-----------ATTACACATT-AAAAAAACATTCAGATCTGAAG-T------C--AGA--AC---AAAT-----C--------TT-------TGG-TAAAAAATTACATGCTA-AC-T-GATAA-A---T-ACAAACGCAG--T--TAT----AAC-A--------C--------T----------TCATAAAATA-GAGTTGAGGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|7 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagTTCACCA-AAC--ATC--TTA--AGCTTGGA-TTTTC-TTC-AACT---A--AGA------AAT--------------A-TCATTT-TTT----------------------T-TA-------AATGATTAC---T--T----TAACTTATTA-GATCTACAT-ATTA---A-A--TTC---------------------------------------ATGGCCACACAGAATTGGAG-TAGGATTC--A----TCGTTA--------C--------TT-----ATTAG-TAACG--AAACAC--------T-GATCA-A---TTGTAAATGAAG--T--TAC----AGC-A--------T--------T----------TAAAAAATACTGAATTGAGACA--AATCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|8 : TTCATTAGAAC--CCA--TCA--AGTTTAGA-TTTTTTCTC-AACT---A--AAACATCTCAATTTCT-G--TATTTAA-TTATTC-ATTGAAC---------A--------T-TA-------AATGACCAAACAGAATGTAGTAA---AAT---AC-TTTAT-G-GT---A-A--G-A----G--AA-----------------A--ACATGCA-TAATGACCA-ATATAAAGGAAG-T------T--A----
gi|8 : T-ATTT---A-A--TT---------AT---TC-----------ATTGAACATT-AAATGACCAAACAGAA-TGTAG-TA-----A--A----AT---A--------C--------TT-----TATGG-TAAGAGAAAACATGC-ATAA-T-GACCA-A---T-ATAAAGGAAG--T--TAT----AGC-A--------T--------TTTAAAAAAA-T----------GGGTTAAGCAAATAAT---AAGTTGAG-ATATtagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgTCCGCTA-AAC--ATA--TCA--CGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACCCA-G--AAA--TCT-AATTTC--CAATG---AA-CAACTA-CTTGAACT-------CATCAAACATT-TA-------AATGACCACACAgaag
gi|9 : TT----G--AAC---TC-----------ATCAAACATTTAAATGACCACACA-GATT-----T------C--------C---A--------------------------TGG-TATATGATAACGTGCTA-AA-T-GGTCA-A---T-GTAAATAAAG--T--TAT----AAC-AAT------TAAAAAAA-T----------T----------GGGCTGAAGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 33333333333333333333333333333 11 5555555555555555555555555555555555 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 1 777777777777777777777777777777777777777 111111 1
lowQualScore : 3 44 44 44 3 3 3 0000000000000000 3 44 666 3 1 33 44444444444444444444444444444 00 8888 777 9999999999999999999999999999999999 555 33333333333 555 2 5 0 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 0 1 6 3 6 3 66666 3 1 44 44 7777 3 444444444444444444444444444444444444444 2 33 2 3 3 55 0 0 222222 0 6 1
lowQualScore : . .. .. .. . . . ................ . .. ... . . .. ............................. .. .... ... .................................. ... ........... ... . . . . .............................................. . . . . . . . . ..... . . .. .. .... . ....................................... . .. . . . .. . . ...... . . .
lowQualScore : 3 66 66 66 3 3 3 6666666666666666 3 66 444 6 0 44 88888888888888888888888888888 88 5555 000 5555555555555555555555555555555555 444 66666666666 333 6 3 9 9 5555555555555555555555555555555555555555555555 6 3 2 0 7 3 7 3 55555 3 6 66 66 1111 3 555555555555555555555555555555555555555 1 77 9 1 1 55 1 4 000000 0 7 0
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC----G--AAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC----G--AAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGTTGAGA-TTTTC-ATC-AACA---A--ACA--TTTTAATTTCT-C--TA---AA-TGATTA-CTTGAATT-------CA--------T-TA-------AATGATCGCAAATAAT----TTA---AGTA-GATATCCATCATTT---ACA--GTC----ACAAAC---TC-----------ATAATACATT-AAATGACCAGACATAATTGATA-T------T--------T---A--------C--------TT-----AGCTG-TAAAGGATAACATGT-A-AA-T-GATCA-C---T-ATAAATGAAG--T--TAA----AAT-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTC-ATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC--TCA--TGCAGAGA-TTTTC-CTC-AACTAGAA--AAA--TCTCAATTTCC-C--TA---AA-TAATTC-CTTGAACT-------
gi|10 : gATTG--G-T------G--A----AC---A--------G--------TT-----ATTAAATAAAGAATA-CATGC-A-AAAT-AACCT-A---T-ACAAATGA-------TGT----AAA-A--------T--------T---------------------GAGTTGAAGAA--AATCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGggtgatagttattggtgaacagttattaaataaagaatacatgcaaaataacctatacaaatgatgtaaaattgagttgaagaaaatcttaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttCGGTTCCATTA-CAC--ATC--TCA--AGCTGGGA------------AC---------------CAATTTCT-C--TA---AA-CTATTA-CTTGAACTTACTATACA--------T-TT-------ATTTACCACACAT--T----TAA---
gi|11 : TT----G--AAC---TT-----------ACTATACATT-TATTTACCACACAT--TTAATA-T------C--AGAATAC---A--------C--------TT------TCGT-TAAAGAAGAACACGC-A-ACCT-GATCA-TGGTT-GTAAA-GAAG--T--C-T----GAG-A--------T--------G----------T----------GAA------AA--AATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGtatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattacAA--TTCTAATTTTT-T--TA---AAATTATTA-CTAAAACT-------CA--------T-TACACGTGAAATGATTACAAATAAT----GAA---AGTTTGGCGC-CAT-CTT-------------------AAC---TC-----------TTTACACGTG-GAATGATCACACATAAT
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtAAA--C--TAT----AAT-A--------TG-------T----------T----------GTATTTAGGTA--TATT----GTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT----GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|13 : GAAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGATT-AA-TAAAAC------ACCTGGTTCCTGTTTT-ACCAAttc
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattgttgagtaagAC---TC-----------TTTACACGTG-GAATGATCACACATAATGAAAGTT------T--T----AC------------C--------TT-----ATC-T-TAACTCATTACACGCGG-AA-T-GATCACA---C-AT-AATGA
gi|14 : -------AATGATCACACATAAT----GAA---AGT------TTTAC--CTT---A-----TCT---T--AAC---TC-----------ATTACACGCG-GAATGATCACACATAAT
gi|15 : actctttacacgtggCCGGTTTTACTA-AAC--AAC--CTA--ATCAGAAA-TTTTC-CTC-AGCTG--A--AAA--CTTTAAATTCga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC--TCA--AGCAGAGA-TTT----------------------TCTCAATATCT-C--TA---AA-TGATCA----GAGAT-------CA--------TATA-------AATac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC--TCG--AGCGGAGATTTTTC-CAC-AACTGA-A--AAA--TGTCA--TTCT-C--T
gi|18 : ----------T----------GGGTTAAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatcatttccaaactaA--ATTCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCT-------CAGC------T-TA-------AA--ATTCCTCA--AC----TAA---AATA-TA-GTT--T-GTTTCGGA-ATGGTCCCTTG--AGC---TT-----------GTTACACATT-AAATGACCATAGA--ATTAAAG-T------CGGA----AC---AAAT-----C--------TTCACTGACTGG-TTACGGAAAACATAC-A-AT-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAGTTT--TAT----AACAA--------T--------TTGAAAAAAACT----------GAGTTGAGGAA--TATCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTT
gi|3 : aaacatGCT-AAATCAACATATATATTTGAAG-T------T--AGA--AC---AAAT-----C--------TTCGAC-ATTAA-AAAAGGAAAAGATGC-A-GA-TTGATCA-T---T-GTTAAGGAAG--T--TAT----AGC-AGTGTAAAAT--------T----------T----------GAGTTCTGGAA--ATTCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcataTTCA-TA-AAT--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT---AT-AAT--TCTAAATTTCT-C--TA---AA-GCATAA-ATTGAACT-------CA--------T-TATACGTTGAGTGACCACACACGAT----TAA---AGTcagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : T---A-A--ATT----G--AAC---TC-----------ATTATACGTT-GAGTGACCACACACGATTAAAG-T------TGGA----AC---A--------CATCTTAATTC-----ATTAG-TAGAGGATAACATTCAA-AA-T-GATTC-A---T-GTAAACGAAG--TAACATTTCCAAC-A--------T--------T----------T----------GAGTT---------AT-----G-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTC-A--TT-ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATtggaacacatcttaattcattagtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcaGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTT--------CT---A-----------AATTTCTCC--TA---AA-TA--TATCTTGAACG-------AA--------T-TACACGTC-GATGACCGTATACAAT----TGA---AGT
gi|5 : gaTT----G--AAC---GA-----------ATTACACGTC-GA-TGACCGTATACAATTGAAG-T------CGGA----AC---AAATATTTAC--------TC-----ATTGG-TAAAGGAAAACATGTAA-AA-T-GGCCA-A---G-GCAAATACAA--T--TAT----AGC-A--------TTTTAACAAT----------T----------AAGTTGAGAAA--AATCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatatcGGTTTCACCA-AAT--ACA--TCA--AGTTGAGA-ATGTC-CTC-AACA---AAGAAA--ACTCAGTTTCT-C--TA---AA-TGATTT-C--------------CA----------TA-------AAGCATTACAC---AT----TAA---AA-A-AACATTCAG-ATCTG--A-A--GTCA---G--AACAAATCTTTGGTAAAAAATTACATGCT-AACTGA-TAAATACAAACGCAG-TTA----T--A----AC---A--------C--------TT-----tattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : acgC-----------ATTACACATT-AAAAAAACATTCAGATCTGAAG-T------C--AGA--AC---AAAT-----C--------TT-------TGG-TAAAAAATTACATGCTA-AC-T-GATAA-A---T-ACAAACGCAG--T--TAT----AAC-A--------C--------T----------TCATAAAATA-GAGTTGAGGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|7 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagTTCACCA-AAC--ATC--TTA--AGCTTGGA-TTTTC-TTC-AACT---A--AGA------AAT--------------A-TCATTT-TTT----------------------T-TA-------AATGATTAC---T--T----TAACTTATTA-GATCTACAT-ATTA---A-A--TTC---------------------------------------ATGGCCACACAGAATTGGAG-TAGGATTC--A----TCGTTA--------C--------TT-----ATTAG-TAACG--AAACAC--------T-GATCA-A---TTGTAAATGAAG--T--TAC----AGC-A--------T--------T----------TAAAAAATACTGAATTGAGACA--AATCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-T
gi|8 : TTCATTAGAAC--CCA--TCA--AGTTTAGA-TTTTTTCTC-AACT---A--AAACATCTCAATTTCT-G--TATTTAA-TTATTC-ATTGAAC---------A--------T-TA-------AATGACCAAACAGAATGTAGTAA---AAT---AC-TTTAT-G-GT---A-A--G-A----G--AA-----------------A--ACATGCA-TAATGACCA-ATATAAAGGAAG-T------T--A----
gi|8 : T-ATTT---A-A--TT---------AT---TC-----------ATTGAACATT-AAATGACCAAACAGAA-TGTAG-TA-----A--A----AT---A--------C--------TT-----TATGG-TAAGAGAAAACATGC-ATAA-T-GACCA-A---T-ATAAAGGAAG--T--TAT----AGC-A--------T--------TTTAAAAAAA-T----------GGGTTAAGCAAATAAT---AAGTTGAG-ATATtagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgTCCGCTA-AAC--ATA--TCA--CGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACCCA-G--AAA--TCT-AATTTC--CAATG---AA-CAACTA-CTTGAACT-------CATCAAACATT-TA-------AATGACCACACAgaag
gi|9 : TT----G--AAC---TC-----------ATCAAACATTTAAATGACCACACA-GATT-----T------C--------C---A--------------------------TGG-TATATGATAACGTGCTA-AA-T-GGTCA-A---T-GTAAATAAAG--T--TAT----AAC-AAT------TAAAAAAA-T----------T----------GGGCTGAAGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa
blockSeqs : G TT AT CA T T A TAGAAAAATCTC C AA TTT A A AT TCATCAAACATTTA TA GTAG CTT ATAGTTTGTTTCGGAATGGTCCCTTG AAA TTTGGTAAAAA TTA C T T CGGAACAAATCTTCACTGAC A A T G T A T TGGT T T TT AA TTCC A TTTGAAAAAAACT G AT T C T TT TCCTGT . C C
blockSeqs : . . . . . . . TGAAAAATGTC . . . . T C TTACTATACATTT TA . . AAACATTCAGATCTGAAGTCAG . . TT C T . TGGAACACATCTTAATTCAT G . G A . C . CA . T . . . . TTTAAAAAATACT T . . . . . TTCA . . A
blockSeqs : . . . . . . . AAAGAAAACTC . . . . T A TCATTACACGTGA CG . . AGATCTACATATTAAATTC . . GG C T . CGGAACAAATATTTACTCAT G . T A . . . A . T . . . . CTTCATAAAATA A . . . . . GT .
blockSeqs : . . . . . . . TAAAACATCTC . . . . G A TCATTATACGTTG CA . . ACTTTATGGTAAGAG . . GG C T . TAGAACAAATCTTCGACAT A . A T . . . A . G . . . . TTTTAAAAAAAT G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TGAAAACTTT . . . . C A GAATTACACGTC GA . . TTGGCGCCATCTT . . GG T T . AGGATTCATCGTTACTTAT A . A T . . . T . C . . . . ATTAAAAAAATT C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TATAATTCTA . . . . A A TCAGCTTA T . . TTTACCTTATCTT . . TA T C . CAGAATACACTTT G . T . . . . A . T . . . . GTGTAAAATTT G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CCAGAAATCT . . . . G T TCATATA T . . . . TA C C . CAGAACAAATCTT G . A . . . . A . C . . . . TTTTAACAATT G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TAAGA . . . . C T CATA . . . . . TG T C . AAAATACTTTA A . T . . . . A . T . . . . TGTT G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TCTC . . . . T C ATTA . . . . . CG A G . GAACAGTTAT G . A . . . . A . G . . . . TGT A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TA . . . . A A TTA . . TA T G . TTACCTTAT G . A . . . . A . T . . . . TTT G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . TA C T . CCA . . T . . . . A . . . . . . TT . . . . .
blockSeqs : . . AT A G . . . . . .
blockSeqs : . TA C . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TAAGAAATCTC***** TCATTATACTTA***************** AATTCGCNTCATCTT******************* CGGAACAAATCTTTACTCAT************************** TTTAAAAAAT*****************************
originalCons : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACT---A--AAA--TCTCAATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACT-------CA--------T-TA-------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTA-GACGTTCAT-ATTT---A-A--GTC----G--AAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-T------C--A----AC---A--------C--------TT-----ATTGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-A--------T--------T----------T----------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
finalCons : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTC-AACTAAGAAATCTC-----AATTTCT-C--TA---AA-TNATTA-CTTGAACTCATTATACTTA-----------------AATGACCACACATAAT----TAA---AGTAATTCGCNTCATCTT-------------------AAC---TC-----------ATTACACGTT-GAATGACCACACATAATTGAAG-TCGGAACAAATCTTTACTCAT--------------------------TGG-TAAAGGANAACATGC-A-AA-T-GATCA-A---T-GTAAATGAAG--T--TAT----AAC-ATTTAAAAAAT-----------------------------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTC-GTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Alignments
lowQualScore : 11111 3333333333333333 66666666666666666666666666666666666666 11111111 1 22222222222222 11111 1
lowQualScore : 3 44 44 44 3 33 99999 1 2 6666 3 44 555 3 1 44 3 2 0000000000000000 6666 7777 55 7777 66666666666666666666666666666666666666 2 777777 66 6666 2 7 0 66 777 4 3 77777777 1 4 3 777 3 666 3 2 55 3 3 3 44444444444444 3 1 44 3 3 3 66 2 22222 3 6 1
lowQualScore : . .. .. .. . .. ..... . . .... . .. ... . . .. . . ................ .... .... .. .... ...................................... . ...... .. .... . . . .. ... . . ........ . . . ... . ... . . .. . . . .............. . . .. . . . .. . ..... . . .
lowQualScore : 1 22 22 22 1 22 22222 7 4 1111 1 22 888 3 0 66 1 6 1111111111111111 5555 1111 99 7777 22222222222222222222222222222222222222 9 777777 22 1111 9 1 5 99 888 2 6 44444444 0 5 6 222 6 444 6 5 00 3 3 3 11111111111111 3 0 22 1 3 3 11 5 33333 3 7 0
consensus : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTCAACTA-AAAAATCTCA----ATTTCT-C--TA---AA-TNA--TTA-CTTGAACTCATTA----TAC---TT-A--A----ATGAC----CACACA-TAAT----TAAAGT---A--AT-T-GCNT-C---AT-----CT----T----AA-CTCATTA------CACGTT-AAAT----GACCACACANAATTGAAGTCGGAA-CAAAT-CTTTACTCATTGGTAAAGGANAACATGC-A-A-A-T-GATCA---AT-GTAAATGAAG--TTATAAC-A-TT-T--AA-AAA--A---T-GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTCGTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
Reference ( family-3298 ) : NCCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTCAACTA-AGAAATCTCA----ATTTCT-C--TA---AA-TNA--TTA-CTTGAACTCATTA----TAC---TT-A--A----ATGAC----CACACA-TAAT----TAAAGT---A--AT-TCGCNT-C---AT-----CT----T----AA-CTCATTA------CACGTT-GAAT----GACCACACATAATTGAAGTCGGAA-CAAAT-CTTTACTCATTGGTAAAGGANAACATGC-A-A-A-T-GATCA---AT-GTAAATGAAG--TTATAAC-A-TT-T--AA-AAA--A---T-GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGGGCCAGGTTTCGTTTT-ACTAAACATCTCAANTTGAGATTT
gi|1 : CCGGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--AGTTGAGA-TTTTC-ATCAAC---AAACATTTTA----ATTTCT-C--TA---AA-TGA--TTA-CTTGAATTCATTA----------------A----ATGAT----CGCAAA-TAAT----TTAAGT---AG-ATATC-CAT-C---AT-----TTACAGTCACAAA-CTCATAA------TACATT-AAAT----GACCAGACATAATTGA-------------T-ATTTACTTAGCTGTAAAGGATAACATGT-A-A-A-T-GATCA---CT-ATAAATGAAG--TTAAAAT-A-TT-T----------------GAGTTGAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TGGAACCAGGTCTCATTTTCACTACACATCTCAAGCTGAGATTT
gi|10 : tCCGGTTTCGCTA-AAC--AGC--TCA--TGCAGAGA-TTTTC-CTCAACTAGAAAAATCTCA----ATTTCC-C--TA---AA-TAA--TTC-CTTGAACTGGTGA----TAG---TT-ATTG----GTGAA----CAGTTATTAAA----TAAAG----A--AT---ACATGC---AA-----AA----T----AA-CCTA-TA------CA------AAT----G---ATGTAAAATTG-AGTTGAAG-AAAAT-CTT
gi|10 : gGTTTCACTA-AAC--ATC--TCA--ACTTAAGA-TTTTC-TTCAACT----CAATTTTACATCATTTGT-A--TA---GG-TTATTTTG-CATGTATTCTTTA----T-----TT----A----ATAACTGTTCACCAA-TAAC----TAaagttgagatgtttagtgaaactag
gi|10 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgaTAAAGAATA-CATGC-A-A-AAT-AACCT---AT-ACAAATGATG--T----------------A-AAA--T---T-GAGTTGAAGAA--AATCTTAAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--TAGtag
gi|11 : gccggtttcgctaaacagctcatgcagagattttcctcaactagaaaaatctcaatttccctaaataattccttgaactggtgatagttattggtgaacagttattaaaCGGTTCCATTA-CAC--ATC--TCA--AGCTGGGA-----------AC-----------CA----ATTTCT-C--TA---AA-CTA--TTA-CTTGAACTTACTA----TACA--TT-T--A----TTTAC----CACACA-T--T----TAA
gi|11 : -----CT----TG---AA-CTTACTA------TACATT-TATT----TACCACACAT--TTAATATCAGAA-TACA--CTT---TCGT---TAAAGAAGAACACGC-A-ACC-T-GATCATGGTT-GTAAA-GAAG--TC-TGAG-A-TG-T--GA-A-------------------AA--AATCTCAAGTTTAG-ATGTTTCGG-CGAAAC--TGGtatcagaatacactttcgttaaagaagaacacgcaacctgatcatggttgtaaagaagtctgagatgtgaaaaaatctcaagtttagatgtttcggcgaaactgg
gi|12 : cggttccattacacatctcaagctgggaaccaatttctctaaactattaAATTCTA----ATTTTT-T--TA---AAATTA--TTA-CTAAAACTCATTA----CAC---GTGA--A----ATGAT----TACAAA-TAAT----GAAAGT-------T-TGGCGC-C---AT-----CT----T----AA-CTCTTTA------CACGTG-GAAT----GATCACACATAAT
gi|13 : aggcatgaatgttcttgtgactcgtGTTGAGTAAGTT--GG-TAAAAC--AGGAACCAGGT---GTTTT-ATTAATCATCTCAACTTGAGATTTga
gi|14 : aaactataatatgttgtatttaggtatattACTCTTTA----CAC---GT-GG-A----ATGAT----CACACA-TAAT----GAAAGT-------T-TTACCT-T---AT-----CT----T----AA-CTCATTA------CACGCG-GAAT----GATCACACATAATttc
gi|15 : CCGGTTTTACTA-AAC--AAC--CTA--ATCAGAAA-TTTTC-CTCAGCTG-AAAACTTTAA----ATTga
gi|16 : ccaggagGTTTCATTA-AGC--ATC--TCA--AGCAGAGA-TTT-----------------TCTCA----ATATCT-C--TA---AA-TGA--TCA----GAGATCA-TA----TAcac
gi|17 : CCGGTTTCGCTC-AAC--TTC--TCG--AGCGGAGATTTTTC-CACAACTG-AAAAATGTCA------TTCT-C--Taat
gi|18 : C-A-TT-T--CC-AAACTA---T-GGGTTAAGGAA--AATCTCAAGTTGAG-ATGTTT-AT-TGAGAC--
gi|19 : acatA--ATTCTCTAGTTGAG-ATGTTT-AG-TGAAAC--T-GGGCCAG
gi|2 : -CTTGAGCTCA--------GC---TT-A--A----A--AT----TCCTCA---AC----TAAAAT---ATAGT-TTGTTT-CGGAATGGTCCCT----T----GAGCTTGTTA------CACATT-AAAT----GACCATAGA--ATTAAAGTCGGAA-CAAAT-CTTCACTGACTGGTTACGGAAAACATAC-A-A-T-T-GATCA---AT-GTAAATGAAGTTTTATAACAA-TT-T--GA-AAA--AAACT-GAGTTGAGGAA--TATCTCAAGGTGAT-TTGTTT-AG-TGAAACTTTGGAGTTAAGTT
gi|3 : aaacatGCT-AAAT----CAACATATATATTTGAAGTTAGAA-CAAAT-CTTCGA-CATTAAAAAAGGAAAAGATGC-A-G-A-TTGATCA---TT-GTTAAGGAAG--TTATAGC-A-GTGT--AA-AAT--T---T-GAGTTCTGGAA--ATTCTCAAGTTGAG-ATGTTT-TGTTAAAAG--TGGGGCCAGacatatataatgttatctcagatcatttgcttggaggttg
gi|4 : taagaatctcaagtacttaattatcactttgttgtagcatggtgtttagcataTTCA-TA-AAT--ATC--TCA--AGCTGAGA-TTTTC-CTTAAATT-ATAATTCTAA----ATTTCT-C--TA---AA-GCA--TAA-ATTGAACTCATTA----TACG--TT-G--A----GTGAC----CACACA-CGAT----TAAAGTTGGA--A-----CA--C---AT-----CT----T----AA-TTCATTA------cagcgttaaggtcgggcaatatttaagtcttgtctcctgtcatctgaataacttgggttg
gi|4 : ----AA-CTCATTA------TACGTT-GAGT----GACCACACACGATTAAAGTTGGAA-CACAT-CTTAATTCATTAGTAGAGGATAACATTCAA-A-A-T-GATTC---AT-GTAAACGAAG-----TAAC-A-TT-T--CC-AAC--A---T----TTGAG---------TTATG-TGAG--TG--T-AG-TGAAAC--TGGGGCCAG--TTCA--TT-ACTAAA-ATGTTTAATTGAAATgtagaggataacattcaaaatgattcatgtaaacgaagtaacatttccaacatttgagttatgtgagtgtagtgaaactggggccagttcattactaaaatgtttaattgaaat
gi|5 : ttcataaatatctcaagctgagattttccttaaattataattctaaatttctctaaagcataaattgGTTTCACTA-AACTTATCATTCACAAGCTGATA-TTTT-------CTA----------A----ATTTCTCC--TA---AA-TA----TATCTTGAACGAATTA----CAC---GT-C--G----ATGAC----CGTATA-CAAT----TGAAGT---
gi|5 : ga---AT-----CT----TG---AA-CGAATTA------CACGTC-GA-T----GACCGTATACAATTGAAGTCGGAA-CAAAT-ATTTACTCATTGGTAAAGGAAAACATGTAA-A-A-T-GGCCA---AG-GCAAATACAA--TTATAGC-ATTT-T--AA-CAA--T---T-AAGTTGAGAAA--AATCTCAAcggaacaaatatttactcattggtaaaggaaaacatgtaaaatggccaaggcaaatacaattatagcattttaacaattaagttgagaaaaatctcaatattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : gagtttcactaaacttatcattcacaagctgatattttctaaatttctcctaaatatGGTTTCACCA-AAT--ACA--TCA--AGTTGAGA-ATGTC-CTCAACAA-AGAAAACTCA----GTTTCT-C--TA---AA-TGA--TTT-CCATAAAGCATTA----CACA--TT-A--A----Atattgcacacatcatatatatattgaattttaagac
gi|6 : acgCATTA------CACATT-AAAA----AAACATTCAGATCTGAAGTCAGAA-CAAAT-CTTT-------GGTAAAAAATTACATGCTA-A-C-T-GATAA---AT-ACAAACGCAG--TTATAAC-A-CT-T--CATAAA--A---TAGAGTTGAGGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTC-AG-TGAAAaaaacattcagatctgaagtcagaacaaatctttggtaaaaaattacatgctaactgataaatacaaacgcagttataacacttcataaaatagagttgaggaaaatctcaaattgagatgttcagtgaaa
gi|7 : acgggtttcaccaaatacatcaagttgagaatgtcctcaacaaagaaaactcagtttctctaaatgatttccataaagTTCACCA-AAC--ATC--TTA--AGCTTGGA-TTTTC-TTCAACTA-AGAAATATCA----TTTTTT-T--TA---AA-TGA--TTA-CTTTAACTTATTAGATCTACATATT-A--AATTCATGGC----CACACA-GAAT----TGGAGT---A--G----GATT-C---AT-----CG----T----TA-CTTATTA------
gi|7 : T----T----AA-CTTATTAGATCTACATATT-AAATTCATGGCCACACAGAATTGGAGTAGGATTCA--T-CGTTACTTATTAGTAACG--AAACAC---------T-GATCA---ATTGTAAATGAAG--TTACAGC-A-TT-T--AA-AAA--ATACT-GAATTGAGACA--AATCTCAAATTAAG-ATG-TT-AG-Tgtaacgaaacactgatcaattgtaaatgaagttacagcatttaaaaaatactgaattgagacaaatctcaaattaagatgttagt
gi|8 : ttcaccaaacatcttaagcttggattttcttcaactaagaaatatcattttttttaaatgattactTTCATTAGAAC--CCA--TCA--AGTTTAGA-TTTTTTCTCAACTA-AAACATCTCA----ATTTCT-G--TATTTAA-TTA--TTC-ATTGAA--CA-------------TT-A--A----ATGAC----CAAACA-GAATGTAGTAAAAT---A--------CTT-T---AT-----GG----T----AA-GAGAAAA------CATGCA-TAAT----GACCA-ATATAAAGGAAGT
gi|8 : A-TTCATTG------AACATT-AAAT----GACCAAACAGAAT-GTAGT----A--AAATACTTTA-----TGGTAAGAGAAAACATGC-ATA-A-T-GACCA---AT-ATAAAGGAAG--TTATAGC-A-TT-TTAAA-AAA--A---T-GGGTTAAGCAAATAAT---AAGTTGAG-ATATtatagcattttaaaaaaatgggttaagcaaataataagttgagatatgaag
gi|9 : ttcattagaacccatcaagtttagattttttctcaactaaaacatctcaatttctgtatttaattTCCGCTA-AAC--ATA--TCA--CGCTGAGA-TTTTC-CTCAACCC-AGAAATCT-A----ATTTC--CAATG---AA-CAA--CTA-CTTGAACTCATCA----AACAT-TT-A--A----ATGAC----CACACA-gaag
gi|9 : -----CT----TG---AA-CTCATCA------AACATTTAAAT----GACCACACA------------GA---------TTT--CCAT-GGTATATGATAACGTGCTA-A-A-T-GGTCA---AT-GTAAATAAAG--TTATAAC-A-AT-T--AA-AAA--AAT-T-GGGCTGAAGAA--AATCTCAAATTGAG-ATGTTA-AG-TGAAgatttccatggtatatgataacgtgctaaatggtcaatgtaaataaagttataacaattaaaaaaattgggctgaagaaaatctcaaattgagatgttaagtgaa