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Reference ( gi|4 )            :                                                                        ATAC-ACAAGCACCGGTCACA--A--TC----TTTATTT----T-A--GCA-T----T-TATA--GTCATAAA--ATATATAGATACCATATGACCATAC----A---C----------AC---AAAAGATATAG--TGTGATCTTCGCGTTTGGCTTTA-------TACCAGTAGGT-TCATAT--------ATG--TGT----AGTTATAAACAGG--TCTAGCTTGTTTTCG-GAACAAT
gi|1                          :                                                                        ATAC-ACAGGTACAGGGCATA-----------TTTTTTT----T-A--GAA-T----A-TATG--GTCATGAA--GTTTATAGACACTATATGACCATAT----A---T----------AC---TAAA-ATATAT--TGTGACCGACCC--CTGTCTTAA-------TACCAGTAGGA-TTTTAC--------ATG--TGT----A----T---------TCTGGCTTGTTT
gi|2                          :              cagtatacaaaactgtttacatgtgcttaaatataataaacttgttcccagctactttATAC-GCAGGCCACGGTAACA--A--TA----CTTATTT----TTA--G-A-TAAAAT-TATG--TTTATATA--GCATGTGGAAACTACATGATCATAT----A---TGCTATTAAAAAC---AAAA-ACAGAT--TGTGACCGATGCCTGTAGCTTTA-------TATCAGTAGGT-TTATAC--------ATG--TGT----ATTTATAAACTGG--TTTAACTTCATTT-A-AAACAAat
gi|3                          :                                                                      ttATAC-ACAGGCAACGGTCACG--A--TA----TAT-TTT----T-A--A-G-T----T-TATATGGTCATAAA--GTATATAGATGTTAAATTGCTAAAA----A---T----------CT---GAAGAAGATAA--TGTGACCGGTGCCTGGGGCTTTA-------TACCAGTATGT-TTATAC--------ATG--TG
gi|5                          :                                          gaatacattaaaattgttcctaactgctttATAC-ACAGGGACTAGTCATA------C----ACTATTT----C-T--GTA-T----A-TATT--GTTATAAAGTATATATATATACTATATCACAATAT----A---T----------ACT--AAAAGA-AAAT--TGTGACC--AGTGTCT-------------------GTGGCT-TCATAC--------ATG--TGTAGACAGACATAGACTGG--TCCAGCTTGTTTTGG-GATCAATacaatttaa
gi|10                         :                                                                      ttATACCACAGGCACCAGTCACA--A--TC------TATTT----T-A--GTA-T----G-TATG--GTCATAttta
gi|9                          :                                                                       aATAC-ACAGGTGCCGGGCACA--A--TC----TTT--------T--------T----C-TATG--ACTATGCA--GTATATAGATATCACATGACCATAT----A---A----------ACTGTAAAA-ATATAT--TGTGACCcataccagtcggtttatacaggtgtacttatgaactggtgtagcttgtttggggaga
gi|6                          :                                                                   gcgttATGC-ACAGGCACCGATCACA--A--TA----TCT--TT----T-A--GTA-T--------------CAT------TTT-TAG----CACAT----ATAC----T---T----------AG---AAAAGAGAT----TGTGACCGGTGCCTGTGGCATTA-------TAGCAGTAGGT-GTATATAGGCCTACATG--TGC----ACTAACAAATTAG--TCTA-CCTGGTTTGG-GAATAggtacctgtggct
gi|11                         :                                                                          AT-ACAGGCACTGGTCACA--A--TT----TTTTTTT----A-A--GTA-T----A-TGTG--GTCAT-----AT-TCTA-----CA-ATGACCATAA----A---T----------AT---TAAAAA-AGAGTTTGTGACC
gi|5                          :                                                                           C-ACAGACACTGGTCACA--A--T-----TTTCTTT----T-A--GTA-T----A-TATT--GTGATATAGTATATATATATACTTTATAACAATAT----A---T----------AC---AGAA---ATAG--TGTggtgcct
gi|8                          :                                                      ttatacacagggactagtcatC-ACAGTCATTGGTCACA--A--TA----TGT-TTT----T-A--GTA-T----A-AAT---GTTAT-----ATAT-TATATATTGTATGACCTTAT----A---T----------AC----TAAGACAGAGATTGTGATgcttcatacatgtgtagacagacatagactggtccagcttgttttgggatcaatttta
gi|9                          :                                                                     gcatccC-ACAGGTACCGGTCACA--A--TA------TATTT----T-T--ACAGT----T-TATATGGTCATGTG--ATATCTATATACTGCATAGTCATAG----A-------------------AAAAGATgttttataccagtaggttta
gi|6                          :                                                  gcgttatacacaggtgccgggcacaC-ACAGGCACCGGTCACA--A--TC----TCTTTTC----TAA--GTA--------TAT---GTGCTAAA--A-AT---GATAC---------------------------------T---AAAAGATAT----TGTGATCgct
gi|14                         :                                                              atgcacaggcaccC-ACAGGCAATGGTCACA--A--TC----TCT-TTT----T-A--G---------------------------TGTATA-----CGTATGGTCATAT----A---T----------ACT--AAAAAAGAGAG--TGTGATCgcattatagcagtaggtgtatataggcctacatgtgcactaacaaattagtctacctggtttgggaata
gi|15                         :                                                                         acC-ACAGACACTGGTCACA--AACTC----TCTCTCT----T-A--GTA-T----TATATA--CTTAAAAA--Aagtacctgt
gi|1                          :                                              taagcacattctgacactggtcactaactc-ACAGGGGTCGGTCACA--A--TA----T--ATTT----T-A--GTA-T----A-TATG--GTCATATA--GTGTCTATAAACTTCATGACCATAT----ATTCT----------AA---AAAAAATATa
gi|2                          : cagtatacaaaactgtttacatgtgcttaaatataataaacttgttcccagctactttatacacaggtacagggc-ACAGGCATCGGTCACA--A--TCTGTTTTTGTTTTTAAT-A--GCA-T----A-TATG--ATCATGTA--GTTTCCACATGCTATATAAACATActtaataccagtaggattttacatgtgtattctggcttgtttat
gi|14                         :                                 ttatacgcaggccacggtaacaatacttatttttagataaaat-ACAGGTACTGATCACA--C--TC----TCTTTTT----T-A--GTA-T-----------------------------------ATATGACCATACGTATA---C----------ACTA-AAAAGAGAT----TGTGACCATTGCCTGTGGagctttatatcagtaggtttatacatgtgtatttataaactggtttaacttcatttaaaacaa
gi|3                          :                                                                             aCAGGCACCGGTCACATTA--TC----TTC--TT----C-A--G-A-T----T-TTTA--GCAATTTA--ACATCTATATACTTTATGACCATAT----A---A----------ACTT-AAAA-ATATAT--CGTGACCGTTGC
gi|7                          :                                        gaatacattaaaattgttcctaactgctttatacacagCAGGCACCAGTTGCA--A--TC----TCC-TTT----T-AAAGCA-T----A-TATG--GTCATAAAGCATCTATAGGTgggctttataccagtatgtttatacatgtgacaatttaa
gi|11                         :                                                                               AGGCACCGGTCACA--A--AC----TCTTTTT----T-A--ATA-T----T-TATG--GTCAT--------TGTAGA----ATATGACCACAT----A---T----------ACTTAAAAAAAAAT----TGTGACCttcagagattgtgaatggtgccagtaggtggcttatacggctgtactaataaacatgtttttatcttgtttgagaaca
gi|8                          :                                                                      atacaggcactGCATCCATCACA--A--TC----TCTGTCT----T-A--GTA-T----A-TAAG--GTCATACA--ATATATA-AT---ATATAA-CATTT----A---T----------AC---TAAAAACATAT--TGTGACCAATGACTGTGGTTTTA-------TACCAGTAGGT-TTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                ATATGACCATAC----A---T----------AC---TAAA-ATAGAT--TGTGACTGGTGCCTGTGGTATCA-------TACCAGTCGGT-TTATAC--------AGG--TGT----ACTTATGAACTGG--TGTAGCTTGTTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                          TATAT--TGTGACTTGTGAATGTGGCTTTA-------TACCGGTAGAT-CTAAAA--------ATG--TGT----AGTTA-AAACTGG--TCTAGCTTGTTTTGG-GAACAggggaga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                        aaatTGG--TGTGTTCGT-GCATTTGGCTTTATACATTGTACCAGTA------AT-----------TG--TGC------TTATAAACCTG--TCTGGGTTG-TTTGG-GAACAAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                             at--TGTGACCGGTGCATGTGACTTTA-------TACCAGTAGGT-TTTTAC--------ATG--TGA----ACGTATAAAATGA--TCTAGCTTGTTTtttatttct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                      at-------TGCCAGTAGGTGGCTTAT--------ACGGCTGT----ACTAATAAACATGTTTTTATCTTGTTT--GAGAACA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CCTAGCTGCTTTATACACTGACACCAGTTACAATCTCTCTCTAGTATGTGCGTAATAGATATCAT
Unaligned ( gi|18 ): AAATATATCACTGTTGTATACTTACGATTTACTTTATGTTA






Alignments
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consensus                     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTATA----TATGGTCATAAA--GTATATAGATACTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
Reference ( family-3285 )     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTATN----TATGGTCATANA--ATATATAGATACTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
gi|1                          :                               ATACACAGGTACAGGGCATA-----TTT-T-TTTT--A-GAATA----TATGGTCATGAA--GTTTATAGACACTATATGACCATATAT----------AC---TAAA-ATATATTGTGACCGACCCCTGT--CTTAATACCAGTAGGATTT--------TAC-----ATGTGTAT-------------TCTGGCTTGTTT
gi|10                         :                                                cagtatacaaaactgtttacatgtgcttaaatataataaacttgttcccagctactttATATGACCATACAT----------AC---TAAA-ATAGATTGTGACTGGTGCCTGTGGTATCATACCAGTCGGTTTA--------TAC-----AGGTGTACTTATGAAC-TG-GTGTAGCTTGTTTGGGGAat
gi|11                         :                                     AGGCACCGGTCACAA--A-CTCTT-TTTT--A-ATATT----TATGGTCAT--------TGTAGA----ATATGACCACATAT----------ACTT-AAAAAA-AAATTGTGACCAGTGCCTGTga
gi|12                         :                                                                                                                                                        atGTGCATTTGGCTTTATAC----A---TTG--------TACCAGTAAT-TGTGCTTATAAAC-CT-GTCTGGGTTG-TTTGGGAACAAT
gi|13                         :                                                                                                                                 attggtgtgttcTATATTGTGACTTGTGAATGTGGCTTTATACCGGTAGATCTA--------AAA-----ATGTGTAGTTA-AAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAtttatttct
gi|14                         :                              aaatCACAGGCAATGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTGTA----TACG------------------------TATGGTCATATAT----------ACT--AAAAAAGAGAGTGTGATCAGTACCTGT
gi|15                         :                                    acGACACTGGTCACTA--A-CTC-T-TTTTTAA-GTATA----TA
gi|15                         :                      taagcacattctCACAGACACTGGTCACAAACT-CTC-TCTCTT--A-GTAT-----TATatactaagagagagagtttgtgaccagtgtctgtga
gi|16                         :                                                                                                      taagcacattctgacactggtcactaactcttttttaagtatATTGTGACCGGTGCATGTGACTTTATACCAGTAGGTTTT--------TAC-----ATGTGAACGTATAAAA-TG-ATCTAGCTTGTTTa
gi|17                         :                               ATACACTGACACCAGTTACAA--T-CTC-T-CTCT--A-GTATG----TGC-GTAATAG---ATAT
gi|2                          :                   cctagctgctttATACGCAGGCCACGGTAACAA--TACTTAT-TTTT--A-G-ATAAAATTATGTTTATATA--GCATGTGGAAACTACATGATCATATATGCTATTAAAAAC---AAAA-ACAGATTGTGACCGATGCCTGTAGCTTTATATCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTATTTATAAAC-TG-GTTTAACTTCATTT-AAAACAAcat
gi|3                          :                             ttATACACAGGCAACGGTCACGA--T-ATA-T-TTTT--AAGTTTA----TATGGTCATAAA--GTATATAGATGTTAAATTGCTAAAAAT----------CT---GAAGAAGATAATGTGACCGGTGCCTGGGGCTTTATACCAGTATGTTTA--------TAC-----ATGTG
gi|4                          : gaatacattaaaattgttcctaactgctttATACACAAGCACCGGTCACAA--T-CTT-TATTTT--A-GCATT----TATAGTCATAAA--ATATATAGATACCATATGACCATACAC----------AC---AAAAGATATAGTGTGATCTTCGCGTTTGGCTTTATACCAGTAGGTTCA--------TAT-----ATGTGTAGTTATAAAC-AG-GTCTAGCTTGTTTTCGGAACAATacaatttaa
gi|5                          :                               ATACACAGGGACTAGTCATAC--A-CTA-T-TTCT----GTATA----TATTGTTATAAAGTATATATATATACTATATCACAATATAT----------ACT--AAAAGA-AAATTGTGACCAGTGTCTGTGGCTTCATAC----ATGTGTA--------GAC-----A-G---AC--ATAGAC-TG-GTCCAGCTTGTTTTGGGATCAAT
gi|6                          :                             ttATGCACAGGCACCGATCACAA--T-ATC-T-TTT---A-GTATC-----AT--TTTTAGC--ACATATA----CT-------------T----------AG---AAAAGAGAT--TGTGACCGGTGCCTGTGGCATTATAGCAGTAGGTGTATATAGGCCTAC-----ATGTGCACTAACAAAT-TA-GTCTA-CCTGGTTTGGGAATAttta
gi|7                          :                                    CAGGCACCAGTTGCAA--T-CTC-C-TTTTAAA-GCATA----TATGGTCATAAA--GCAT-------CTATAGG----T---T----------TC---AGAG-----ATTGTGAATGGTGCCAGTAG----------GT-GGCTTA--------TAC-----GGCTGTACTAATAAACATGTTTTTATCTTG-TTTGAGAACA
gi|8                          :                                       GCATCCATCACAA--T-CTC-TGTCTT--A-GTATA----TAAGGTCATACA--ATATATAA----TATATAAC-ATTTAT----------AC---TAAAAACATATTGTGACCAATGACTGTGGTTTTATACCAGTAGGTTTA--------
gi|9                          :                               ATACACAGGTGCCGGGCACAA--T-CTT-T-TT----------C----TATGACTATGCA--GTATATAGATATCACATGACCATATAA----------ACTGTAAAA-ATATATTGTGACCGGTACCTGTGGCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAATATATCACTGTTGTATACTTACGATTTACTTTATGTTA






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lowQualScore                  :                                                    1111   7 6    99 9 2 9 11111    8     2     4  666666         8      222222222222222    444 4                            4          11111111   11111        22      0  0          8            
consensus                     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
Reference ( family-3285 )     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
gi|1                          :                               ATACACAGGTACAGGGCATA-----TTT-T-TTTT--A-GAA-TA----TATGGTCATGAAGTTTATAGACA--CTATATGACCATATAT----------AC---TAAA-ATATATTGTGACCGACCCCTGT--CTTAATACCAGTAGGATTT--------TAC-----ATGTGTAT-------------TCTGGCTTGTTT
gi|10                         :                                                 cagtatacaaaactgtttacatgtgcttaaatataataaacttgttcccagctactttATATGACCATACAT----------AC---TAAA-ATAGATTGTGACTGGTGCCTGTGGTATCATACCAGTCGGTTTA--------TAC-----AGGTGTACTTATGAAC-TG-GTGTAGCTTGTTTGGGGAat
gi|11                         :                                     AGGCACCGGTCACAA--A-CTCTT-TTTT--A-ATA-TT----TATGGTCAT------TGTAGA------ATATGACCACATAT----------ACTT-AAAAAA-AAATTGTGACCAGTGCCTGTga
gi|12                         :                                                                                                                                                         atGTGCATTTGGCTTTATAC----A---TTG--------TACCAGTAAT-TGTGCTTATAAAC-CT-GTCTGGGTTG-TTTGGGAACAAT
gi|13                         :                                                                                                                                  attggtgtgttcTATATTGTGACTTGTGAATGTGGCTTTATACCGGTAGATCTA--------AAA-----ATGTGTAGTTA-AAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAtttatttct
gi|14                         :                              aaatCACAGGCAATGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTG-TA----TACG------------------------TATGGTCATATAT----------ACT--AAAAAAGAGAGTGTGATCAGTACCTGT
gi|15                         :                                    acGACACTGGTCACTA--A-CTC-T-TTTTTAA-GTA-TA----TA
gi|15                         :                      taagcacattctCACAGACACTGGTCACAAACT-CTC-TCTCTT--A-GTATTA----TATACTTAAAAAatactaagagagagagtttgtgaccagtgtctgtga
gi|16                         :                                                                                                                  taagcacattctgacactggtcactaactctATTGTGACCGGTGCATGTGACTTTATACCAGTAGGTTTT--------TAC-----ATGTGAACGTATAAAA-TG-ATCTAGCTTGTTTa
gi|17                         :                               ATACACTGACACCAGTTACAA--T-CTC-T-CTCT--A-GTA-TG----T
gi|2                          :                   cctagctgctttATACGCAGGCCACGGTAACAA--TACTTAT-TTTT--A-G-A-TAAAATTATGTTTATATAGCATGTGGAAA--CTACATGATCATATATGCTATTAAAAAC---AAAA-ACAGATTGTGACCGATGCCTGTAGCTTTATATCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTATTTATAAAC-TG-GTTTAACTTCATTT-AAAACAAgcgtaatagatatcat
gi|3                          :                             ttATACACAGGCAACGGTCACGA--T-ATA-T-TTTT--AAGTT-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATG--TTAAATTGCTAAAAAT----------CT---GAAGAAGATAATGTGACCGGTGCCTGGGGCTTTATACCAGTATGTTTA--------TAC-----ATGTG
gi|4                          : gaatacattaaaattgttcctaactgctttATACACAAGCACCGGTCACAA--T-CTT-TATTTT--A-GCA-TT----TATAGTCATAAAATATATAGATA--CCATATGACCATACAC----------AC---AAAAGATATAGTGTGATCTTCGCGTTTGGCTTTATACCAGTAGGTTCA--------TAT-----ATGTGTAGTTATAAAC-AG-GTCTAGCTTGTTTTCGGAACAATacaatttaa
gi|5                          :                               ATACACAGGGACTAGTCATAC--A-CTA-T-TTCT----GTA-TA----TATTGTTATAAAGTATATATATATACTATATCACAATATAT----------ACT--AAAAGA-AAATTGTGACCAGTGTCTGTGGCTTCATAC----ATGTGTA--------GAC-----A-G---AC--ATAGAC-TG-GTCCAGCTTGTTTTGGGATCAAT
gi|6                          :                             ttATGCACAGGCACCGATCACAA--T-ATC-T-TTT---A-GTA-T-----CAT--TTTTA--GCACATA--TA--CT-------------T----------AG---AAAAGAGAT--TGTGACCGGTGCCTGTGGCATTATAGCAGTAGGTGTATATAGGCCTAC-----ATGTGCACTAACAAAT-TA-GTCTA-CCTGGTTTGGGAATAttta
gi|7                          :                                    CAGGCACCAGTTGCAA--T-CTC-C-TTTTAAA-GCA-TA----TATGGTCATAAAGCAT---------CTATAGG----T---T----------TC---AGAG-----ATTGTGAATGGTGCCAGTAG----------GT-GGCTTA--------TAC-----GGCTGTACTAATAAACATGTTTTTATCTTG-TTTGAGAACA
gi|8                          :                                       GCATCCATCACAA--T-CTC-TGTCTT--A-GTA-TA----TAAGGTCATACAATATATAA------TATATAAC-ATTTAT----------AC---TAAAAACATATTGTGACCAATGACTGTGGTTTTATACCAGTAGGTTTA--------
gi|9                          :                               ATACACAGGTGCCGGGCACAA--T-CTT-T-TTCT--A-------------TGACTATGCAGTATATAGATA--TCACATGACCATATAA----------ACTGTAAAA-ATATATTGTGACCGGTACCTGTGGCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAATATATCACTGTTGTATACTTACGATTTACTTTATGTTA






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consensus                     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
Reference ( family-3285 )     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
gi|1                          :                               ATACACAGGTACAGGGCATA-----TTT-T-TTTT--A-GAA-TA----TATGGTCATGAAGTTTATAGACA--CTATATGACCATATAT----------AC---TAAA-ATATATTGTGACCGACCCCTGT--CTTAATACCAGTAGGATTT--------TAC-----ATGTGTAT-------------TCTGGCTTGTTT
gi|10                         :                                                 cagtatacaaaactgtttacatgtgcttaaatataataaacttgttcccagctactttATATGACCATACAT----------AC---TAAA-ATAGATTGTGACTGGTGCCTGTGGTATCATACCAGTCGGTTTA--------TAC-----AGGTGTACTTATGAAC-TG-GTGTAGCTTGTTTGGGGAat
gi|11                         :                                     AGGCACCGGTCACAA--A-CTCTT-TTTT--A-ATA-TT----TATGGTCAT------TGTAGA------ATATGACCACATAT----------ACTT-AAAAAA-AAATTGTGACCAGTGCCTGTga
gi|12                         :                                                                                                                                                         atGTGCATTTGGCTTTATAC----A---TTG--------TACCAGTAAT-TGTGCTTATAAAC-CT-GTCTGGGTTG-TTTGGGAACAAT
gi|13                         :                                                                                                                                  attggtgtgttcTATATTGTGACTTGTGAATGTGGCTTTATACCGGTAGATCTA--------AAA-----ATGTGTAGTTA-AAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAtttatttct
gi|14                         :                              aaatCACAGGCAATGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTG-TA----TACG------------------------TATGGTCATATAT----------ACT--AAAAAAGAGAGTGTGATCAGTACCTGT
gi|15                         :                                    acGACACTGGTCACTA--A-CTC-T-TTTTTAA-GTA-TA----TA
gi|15                         :                      taagcacattctCACAGACACTGGTCACAAACT-CTC-TCTCTT--A-GTATTA----TATACTTAAAAAatactaagagagagagtttgtgaccagtgtctgtga
gi|16                         :                                                                                                                  taagcacattctgacactggtcactaactctATTGTGACCGGTGCATGTGACTTTATACCAGTAGGTTTT--------TAC-----ATGTGAACGTATAAAA-TG-ATCTAGCTTGTTTa
gi|17                         :                               ATACACTGACACCAGTTACAA--T-CTC-T-CTCT--A-GTA-TG----T
gi|2                          :                   cctagctgctttATACGCAGGCCACGGTAACAA--TACTTAT-TTTT--A-G-A-TAAAATTATGTTTATATAGCATGTGGAAA--CTACATGATCATATATGCTATTAAAAAC---AAAA-ACAGATTGTGACCGATGCCTGTAGCTTTATATCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTATTTATAAAC-TG-GTTTAACTTCATTT-AAAACAAgcgtaatagatatcat
gi|3                          :                             ttATACACAGGCAACGGTCACGA--T-ATA-T-TTTT--AAGTT-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATG--TTAAATTGCTAAAAAT----------CT---GAAGAAGATAATGTGACCGGTGCCTGGGGCTTTATACCAGTATGTTTA--------TAC-----ATGTG
gi|4                          : gaatacattaaaattgttcctaactgctttATACACAAGCACCGGTCACAA--T-CTT-TATTTT--A-GCA-TT----TATAGTCATAAAATATATAGATA--CCATATGACCATACAC----------AC---AAAAGATATAGTGTGATCTTCGCGTTTGGCTTTATACCAGTAGGTTCA--------TAT-----ATGTGTAGTTATAAAC-AG-GTCTAGCTTGTTTTCGGAACAATacaatttaa
gi|5                          :                               ATACACAGGGACTAGTCATAC--A-CTA-T-TTCT----GTA-TA----TATTGTTATAAAGTATATATATATACTATATCACAATATAT----------ACT--AAAAGA-AAATTGTGACCAGTGTCTGTGGCTTCATAC----ATGTGTA--------GAC-----A-G---AC--ATAGAC-TG-GTCCAGCTTGTTTTGGGATCAAT
gi|6                          :                             ttATGCACAGGCACCGATCACAA--T-ATC-T-TTT---A-GTA-T-----CAT--TTTTA--GCACATA--TA--CT-------------T----------AG---AAAAGAGAT--TGTGACCGGTGCCTGTGGCATTATAGCAGTAGGTGTATATAGGCCTAC-----ATGTGCACTAACAAAT-TA-GTCTA-CCTGGTTTGGGAATAttta
gi|7                          :                                    CAGGCACCAGTTGCAA--T-CTC-C-TTTTAAA-GCA-TA----TATGGTCATAAAGCAT---------CTATAGG----T---T----------TC---AGAG-----ATTGTGAATGGTGCCAGTAG----------GT-GGCTTA--------TAC-----GGCTGTACTAATAAACATGTTTTTATCTTG-TTTGAGAACA
gi|8                          :                                       GCATCCATCACAA--T-CTC-TGTCTT--A-GTA-TA----TAAGGTCATACAATATATAA------TATATAAC-ATTTAT----------AC---TAAAAACATATTGTGACCAATGACTGTGGTTTTATACCAGTAGGTTTA--------
gi|9                          :                               ATACACAGGTGCCGGGCACAA--T-CTT-T-TTCT--A-------------TGACTATGCAGTATATAGATA--TCACATGACCATATAA----------ACTGTAAAA-ATATATTGTGACCGGTACCTGTGGCT


blockSeqs                     :                                                    ACT    T C    TA A   T AAAAT    G     A        TATATA         C      GCTATTAAAAAC       AAG G                                       TATAGGCC   CAGTA        TT      A  T          T
blockSeqs                     :                                                    TA     A A    AA .   . T        C     T        GAAA           C      ACTGT              AAG A                                       .          .            TT      .  .          T
blockSeqs                     :                                                    A      . G    .  .   . A        T     A        GATG           C      ACTT               GAT T                                       .          .            TT      .  .          T
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . A        G     A        GATA           C      ACT                GAG G                                       .          .            GT      .  .          A
blockSeqs                     :                                                    A      . .    .  .   . A        G     A        GATA           T      ACT                AAC G                                       .          .            TT      .  .          T
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . G        G     A        GA             C      AC                 AT  T                                       .          .            TT      .  .          T
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . A        G     C        TA             A      CT                 AA  T                                       .          .            TA      .  .          G
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . T        G     C        A              C      AC                 AC  A                                       .          .            TA      .  .          .
blockSeqs                     :                                                    A      . .    .  .   . A        A     .        .              .      AG                 GA  T                                       .          .            .       .  .          .
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . A        .     .        .              .      TC                 AT  T                                       .          .                                   
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . A        .     .                       .      AC                 .   T                                       .                                              
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . .                                                                    .                                                                                      
blockSeqs                     :                                                    T      . .    .  .   . .                                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                    T***                                                                                                                                                        TT
originalCons                  :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
finalCons                     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAAT---CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAATATATCACTGTTGTATACTTACGATTTACTTTATGTTA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                    1111   7 6    99 9 2 9 11111    8     2     4  666666         8      222222222222222    444 4                            4          11111111   11111        22      0  0          8            
consensus                     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
Reference ( family-3285 )     :                               ATACACAGGCACCGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTA-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATA--CTATATGACCATATAT----------AC---AAAAGATATATTGTGACCGGTGCCTGTGGCTTTATACCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTACTTATAAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAAT
gi|1                          :                               ATACACAGGTACAGGGCATA-----TTT-T-TTTT--A-GAA-TA----TATGGTCATGAAGTTTATAGACA--CTATATGACCATATAT----------AC---TAAA-ATATATTGTGACCGACCCCTGT--CTTAATACCAGTAGGATTT--------TAC-----ATGTGTAT-------------TCTGGCTTGTTT
gi|10                         :                                                 cagtatacaaaactgtttacatgtgcttaaatataataaacttgttcccagctactttATATGACCATACAT----------AC---TAAA-ATAGATTGTGACTGGTGCCTGTGGTATCATACCAGTCGGTTTA--------TAC-----AGGTGTACTTATGAAC-TG-GTGTAGCTTGTTTGGGGAat
gi|11                         :                                     AGGCACCGGTCACAA--A-CTCTT-TTTT--A-ATA-TT----TATGGTCAT------TGTAGA------ATATGACCACATAT----------ACTT-AAAAAA-AAATTGTGACCAGTGCCTGTga
gi|12                         :                                                                                                                                                         atGTGCATTTGGCTTTATAC----A---TTG--------TACCAGTAAT-TGTGCTTATAAAC-CT-GTCTGGGTTG-TTTGGGAACAAT
gi|13                         :                                                                                                                                  attggtgtgttcTATATTGTGACTTGTGAATGTGGCTTTATACCGGTAGATCTA--------AAA-----ATGTGTAGTTA-AAAC-TG-GTCTAGCTTGTTTTGGGAACAtttatttct
gi|14                         :                              aaatCACAGGCAATGGTCACAA--T-CTC-T-TTTT--A-GTG-TA----TACG------------------------TATGGTCATATAT----------ACT--AAAAAAGAGAGTGTGATCAGTACCTGT
gi|15                         :                                    acGACACTGGTCACTA--A-CTC-T-TTTTTAA-GTA-TA----TA
gi|15                         :                      taagcacattctCACAGACACTGGTCACAAACT-CTC-TCTCTT--A-GTATTA----TATACTTAAAAAatactaagagagagagtttgtgaccagtgtctgtga
gi|16                         :                                                                                                                  taagcacattctgacactggtcactaactctATTGTGACCGGTGCATGTGACTTTATACCAGTAGGTTTT--------TAC-----ATGTGAACGTATAAAA-TG-ATCTAGCTTGTTTa
gi|17                         :                               ATACACTGACACCAGTTACAA--T-CTC-T-CTCT--A-GTA-TG----T
gi|2                          :                   cctagctgctttATACGCAGGCCACGGTAACAA--TACTTAT-TTTT--A-G-A-TAAAATTATGTTTATATAGCATGTGGAAA--CTACATGATCATATATGCTATTAAAAAC---AAAA-ACAGATTGTGACCGATGCCTGTAGCTTTATATCAGTAGGTTTA--------TAC-----ATGTGTATTTATAAAC-TG-GTTTAACTTCATTT-AAAACAAgcgtaatagatatcat
gi|3                          :                             ttATACACAGGCAACGGTCACGA--T-ATA-T-TTTT--AAGTT-TA----TATGGTCATAAAGTATATAGATG--TTAAATTGCTAAAAAT----------CT---GAAGAAGATAATGTGACCGGTGCCTGGGGCTTTATACCAGTATGTTTA--------TAC-----ATGTG
gi|4                          : gaatacattaaaattgttcctaactgctttATACACAAGCACCGGTCACAA--T-CTT-TATTTT--A-GCA-TT----TATAGTCATAAAATATATAGATA--CCATATGACCATACAC----------AC---AAAAGATATAGTGTGATCTTCGCGTTTGGCTTTATACCAGTAGGTTCA--------TAT-----ATGTGTAGTTATAAAC-AG-GTCTAGCTTGTTTTCGGAACAATacaatttaa
gi|5                          :                               ATACACAGGGACTAGTCATAC--A-CTA-T-TTCT----GTA-TA----TATTGTTATAAAGTATATATATATACTATATCACAATATAT----------ACT--AAAAGA-AAATTGTGACCAGTGTCTGTGGCTTCATAC----ATGTGTA--------GAC-----A-G---AC--ATAGAC-TG-GTCCAGCTTGTTTTGGGATCAAT
gi|6                          :                             ttATGCACAGGCACCGATCACAA--T-ATC-T-TTT---A-GTA-T-----CAT--TTTTA--GCACATA--TA--CT-------------T----------AG---AAAAGAGAT--TGTGACCGGTGCCTGTGGCATTATAGCAGTAGGTGTATATAGGCCTAC-----ATGTGCACTAACAAAT-TA-GTCTA-CCTGGTTTGGGAATAttta
gi|7                          :                                    CAGGCACCAGTTGCAA--T-CTC-C-TTTTAAA-GCA-TA----TATGGTCATAAAGCAT---------CTATAGG----T---T----------TC---AGAG-----ATTGTGAATGGTGCCAGTAG----------GT-GGCTTA--------TAC-----GGCTGTACTAATAAACATGTTTTTATCTTG-TTTGAGAACA
gi|8                          :                                       GCATCCATCACAA--T-CTC-TGTCTT--A-GTA-TA----TAAGGTCATACAATATATAA------TATATAAC-ATTTAT----------AC---TAAAAACATATTGTGACCAATGACTGTGGTTTTATACCAGTAGGTTTA--------
gi|9                          :                               ATACACAGGTGCCGGGCACAA--T-CTT-T-TTCT--A-------------TGACTATGCAGTATATAGATA--TCACATGACCATATAA----------ACTGTAAAA-ATATATTGTGACCGGTACCTGTGGCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAATATATCACTGTTGTATACTTACGATTTACTTTATGTTA