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consensus : GTTACAACGCACTGAGCCATA--T-----G-----CGGCAGTAAGCCA--TA---A---------TA-------------------A-TAT----GGC--T------TACTGC----CGCAGTT-------T---ATATGGCTTACTGCG--GC-A-AC-A-GGC----TTAG-TG-------CT-CAGGAAGGGGTAACGCAGTGC--TAC--ATATGTG-T--AT----------TTT---GTATGGCTTAGTGCAGCAGTTGTTTTGATATTT----TCATAGAT----GTG---TTAACAAAATGATACTGTCAAATAA-CAAATTAA-CG-GTCATTTGACAGTA--ATT--------ATATTAAAAAATCGTAGGCAGTTGATTTT--CTTTGCAAAGGACGAGAAA-T-A-T-TCCAG-TAATTGGGAATTTTATCTAAAGATTACTTTTCAAGAACTTTTC-CAACTTT-TATTATACAGTAG-TATTTTTTAACTAAAATAATAATGAAGTATA-TTTCGTTGATAATTTTCTTCTTTTATATCATTTTGCGGCATAGTTTTGTATGTCATAGTTTGTGTGTTTACTTACC-GA-CGCAATA-A-G----CCATACGAAAATTTTCTGTTGGAATTTTTCGTATGG-CTTACTGCGTTGGGTACTTTTATGGC-----TC-----ACTGCACTGCGTCGATGTGCAAGCAAACGAATTGAGCT--------TACTTT-----GCCCG-----NTTT---AAAAAAAACGGGACGT-ATTATGTGAT
Reference ( gi|4 ) : GTTACAACGCACTGAGCCATA--T-----G-----CGGCAGTAAGCCA--TA--AA---------TA---------------A---A-TAT----GGC--T------TACTGC----CGCAGTT-------T---ATATGGCTTACTGCA--GC-A-AC-A-GGC----TTAG-TG-------TT-CAGGAAGGGGTAACACAGTGC--TAC--AT--GTG-T--AT----------TTT---GTATGGCTTAGTGCAGCAGTTGTTTTTATATTT----TCATAGAT----GTG---TTAACAAAATGATACTGTCAAATAA-CAAATTAA-CG-GTCATTTGACAGTA--ATT--------ATATTAAAAAATCGTAGGCAGTTGATTTT--CTTTGCAAAGGAAGAGAAA-T-A-C-TCCAG-TAATTGAGAATTTTATTTAAAGATTACTTTTCAAGAACTTTTCTTTACTTT-T-TTATACAGTAG-TATTTTTTAAATAAAATAATAATGAAGTATA-TTTCGTAGATAATTTTCTCCTTTGATATCAGTTTGCGGCATAGTTTTGTATGTCATAGTTTGTGTGTTTACTTACC-GA-CGCAATA-A-G----CCATACGAAAATTTTCTGTTGGAATTTTTTATATGA-CTTACTGCGTTGGGTACTTTTATGGC-----TC-----ACTGCA------CGATGTGCAAGCAAACGAATTGAGCT--------TAC--------GCCCA-----ATTT--AAAAAAAAACGGGACAT-ATTATGTGAT
gi|9 : GTTACAACGCA--GAGCCATA--T-----G-----CGGCAGTAAGC--------AA---------TA---------------A---A-TAT----GGT--T------TACTGC----CGCAGTT-------T---ATATGGCTTATTGCA--GC-A-AC-A-TGC----TTAG-TG-------CT-CAGGAAGGGGTAACACAGTGC--TAC--ATATGTG-T--AT----------TTT---GTATGGCTTAATGCAGCAGTTGTTTTGATATTT----TCATAGAT----GTG---TTAACAAAATGATACTGTCAAATAA-CAAATTAA-CG-GTCATTTGACAGTA--ATT--------ATATT-AAAATTCGTAGGCAGTTGATTTT--CTTTGCAAAAGACGAGAAA-T-A-CTTCCAG-TAATTGGAAATTTTATCTTAAGATTACTTTTCAAGAACTTTTC-CAACTTT-TATTATACAGTAG-TATTTTTTAACTCAAATAATAATGAAGTATA-TTTCGTTGATAATTTTCTTCTTTTATATCATTTTGCGGCATAGTTTTGTATGTCATAGTTTGTGTGT----TTACC-GG-CGCAATA-A-G----CCATACGAACATTTTCTGTTGGAATTTTTCATATGA-CTTACTGTGTTGGGTACTTTTATGGC-----TC-----ACTGCACTGCCCCGATGTGCAAGCAAACGAATTGAGCT--------TA
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gi|8 : ttaaatgtccgaatatttttgttaagcatttgttacacgcagcatacccagttgtaaaaagaaaataatagcaaactgccgcatgtcctcgattgtttctaacaacggcagcattaagctatattaaaaaatcatatgacgtactgcagcagtcatttttcaaatatcgaCATAAGT-----G-----CGGCAATAAGCCA--TA-------------TG---------------------TAT----GGC--T------TACTGC----CGC---------------ATATGGCTCAGTGCGTTGT-A-AC-A-
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|14 : ttaaatgtccgaatatttttgttaagcatttgttacacgcagcatacccagttgtaaaaagaaaataatagcaaactgccgcatgtcctcgattgtttctaacaacggcagcattaagctatattaaaaaatcatatgacgtactgcagcagtcatttttcaaatatcgCATAAGTGCG-------------------GCAGTAAGCCAT---------------A-T------G-TATAGCTTACTGCCGC---------------A-----TAT-GGCTCAG-TGCGTTGTAAC-ATAGC----TTAGATGCTACAAGAatagcttagatgctacaaga
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gi|21 : ttttcaaatatcgacattag-----T--T---G-----TAT-GACTTAC-TGCA--GCAAC-A-GGC----TTAG-TGCT-CAGGAAGGGGTAACACAGTGCTaaa
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gi|8 : tacaagtataagtacttatacttactcgagtacagaagcaaaaataagtacttttttatacttgaaaaataatttctataaaaaaatatataacaggaattttttagcaagaaaaaagaaaagggtaacaagattctttgataaatagtttctttaatttaatcattaaatagggatctttttaactacagagtacaggtagagagtagctggtaaaagccttttttcttcattgtttacccacaatgtgtcttttgagagaattgtttaggtctatttatgcactacataccaaatattccaagtgaccccaacgccagggtcaaagcaccctgtgataaatggcagaatatctttgttaagcatttgttacacgcagtatacccagttgtaaaaagaaaataatagcatactgccgcatgtcgtcgatagtttctaataacGTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCG-------------------GCAGTAAGCCAT-------A---------------CA-TATGGCTTATTGCCGCA-C-----T--T---A-----TGT-catatgtatggcttactgccgcatatggctcagtgcgttgtaacaacg
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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gi|1 : GTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCA-------------------GCAGTTAACCATA---------CATA----TGGCTTACTGCCGCA-CT--TA-----TGT
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gi|8 : gttacaacgcactgagccatatgcggcagtaagccataaatat--TGCT-------------------GCAGTACGTCATATGATTTTTTAAAA----TAGCTTAATGCTGCAGTTATTAGAAACTATCGACGACATGCG--GCAGT-A-TGC----Tt
gi|8 : tacaagtataagtacttatacttactcgagtacagaagcaaaaataagtacttttttatacttgaaaaataatttctataaaaaaatatataacaggaattttttagcaagaaaaaagaaaagggtaacaagattctttgataaatagtttctttaatttaatcattaaatagggatctttttaactacagagtacaggtagagagtagctggtaaaagccttttttcttcattgtttacccacaatgtgtcttttgagagaattgtttaggtctatttatgcactacataccaaatattccaagtgaccccaacgccagggtcaaagcaccctgtgataaatggcagaatatctttgttaagcatttgttacacgcagtatacccagttgtaaaaagaaaataatTATGGCTTATTGCCGCACTTATGTCGATA----TTTatcatttttcaaatatcgacataagtgcggcaataagccatatgtatggcttactgccgcatatggctcagtgcgttgtaacaacg
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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gi|8 : gttacaacgcactgagccatatgcggcagtaagccataaatatTATGGCTTATTGCCGCACTTATGTCGATA----TTTt
gi|8 : tacaagtataagtacttatacttactcgagtacagaagcaaaaataagtacttttttatacttgaaaaataatttctataaaaaaatatataacaggaattttttagcaagaaaaaagaaaagggtaacaagattctttgataaatagtttctttaatttaatcattaaatagggatctttttaactacagagtacaggtagagagtagctggtaaaagccttttttcttcattgtttacccacaatgtgtcttttgagagaattgtttaggtctatttatgcactacataccaaatattccaagtgaccccaacgccagggtcaaagcaccctgtgataaatggcagaatatctttgttaagcatttgttacacgcagtatacccagttgtaaaaagaaaataatagcatactgccgcatgtcgtcgatagtttctaataactgcagcattaagctattttaaaaaatcatatgacgtactgcagcaatcatttttcGTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCG-------------------GCAGTAAGCCATACATA----TGGCTTATTGCCGCA-CTTATGTtgtatggcttactgccgcatatggctcagtgcgttgtaacaacg
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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finalCons : GTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCG-------------------GCAGTAAGCCATAAATA----TGGCTTACTGCCGCAGTTTATATGGCTTACTGCA--GCAAC-A-GGC----TTAG-TGCT-CAGGAAGGGGTAACACAGTGCTACATATGTG-TAT----------TTTGTATGGCTTAGTGCAGCAGTTGTTTTGATA----TTTTCATAGAT----GTG---TTAACAAAATGATACTGTCAAATAACAAATTAACGGTCATTTGACAGTA--------ATTATATTAAAAAATCGTAGGCAGTTGATTTT--CTTTGCAAAGGACGAGAAA-T-A-TTCCAGTAATTGGGAATTTTATCTAAAGATTACTTTTCAAGAACTTTTCC-AACTTTTATTATACAGTAG-TATTTTTTAACTAAAATAATAATGAAGTATA-TTTCGTTGATAATTTTCTTCTTTTATATCATTTTGCGGCATAGTTTTGTATGTCATAGTTTGTGTGTTTACTTACCGACGCAATAA-GCCATACGAAAATTTTCTGTTGGAATTTTTCATATGACTTACTGTGTTGGGTACTTTTATGGCTCACTGCACTGCGTCGATGTGCAAGCAAACGAATTGAGCTTATTTTTATACGCCC-G-----TTTT--AAAAAAAACGGGACGT-ATTATGTGAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|19 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATACTTCGTGTCCGGAGCAG
Unaligned ( gi|24 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACTTTGTGTC
Alignments
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Reference ( family-3224 ) : GTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCG-------------------GCAGTAAGCCATAAATA----TGGCTTACTGCCGCAGTTTATATGGCTTACTGCA--GCAAC-A-GGC----TTAG-TGCT-CAGGAAGGGGTAACACAGTGCTACATATGTG-TAT----------TTTGTATGGCTTAGTGCAGCAGTTGTTTTGATA----TTTTCATAGAT----GTG---TTAACAAAATGATACTGTCAAATAACAAATTAACGGTCATTTGACAGTA--------ATTATATTAAAAAATCGTAGGCAGTTGATTTT--CTTTGCAAAGGACGAGAAA-T-A-TTCCAGTAATTGGGAATTTTATCTAAAGATTACTTTTCAAGAACTTTTC-CAACTTTTATTATACAGTAG-TATTTTTTAACTAAAATAATAATGAAGTATA-TTTCGTTGATAATTTTCTTCTTTTATATCATTTTGCGGCATAGTTTTGTATGTCATAGTTTGTGTGTTTACTTACCGACGCAATAA-GCCATACGAAAATTTTCTGTTGGAATTTTTCATATGACTTACTGTGTTGGGTACTTTTATGGCTCACTGCACTGCGTCGATGTGCAAGCAAACGAATTGAGCTTATTTTTATACGCCC-G-----TTTT--AAAAAAAACGGGACGT-ATTATGTGAT
gi|1 : GTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCA-------------------GCAGTTAACCATACATA----TGGCTTACTGCCGCA-CTTATGT
gi|1 : tacaagtataagtacgcatacttactcgagtacagaagcaaaaataagtacttttttatacttgaaaaataatttctgtataaaaatatataacaggaatttttaagtaagaaaaaaaaagggtcaacagtttctttaattaaaatgtttctttaatttaatcattttatagggatcttttttacaacagagtacaggtagagaataactggtaaaagcctgtttttttccttcattgtttgcccacaatgtgtctgttaagagaattgttatgtctatttatgcactacataccaaatataccaagtgacccccatgccatggtcatagcagcctgagataaacgtcagaatatctttgtttgacattaattttattacacgcagcatacccagttgtaaaaagaaaataatagcattctgccgcatgtcctcgatagtttctaacaactgcatcattaagctatattaaaaaatcatttgacgtactgcagcagtcatttttcaaatatcgCATAAGTGCG-------------------GCAGTAAGCCATATGTA----TGGTTAACTGCTGC-----ATATGGCTCAGTGCGTTGTAACAA-AGCACCGTTGA-TATT-CAGGACGTTGTTATGT-GTGCAGTA-ATGTGATATAGCAATGTTATTTGCATAGATTA-TGCA-------TTTT-ATA----TTGTTATCGTT----GTGCATTTAAaaagcaccgttgatattcaggacgttgttatgtgtgcagtaatgtgatatagcaatgttatttgcatagattatgcattttatattgttatcgttgtgcatttaatttggatacattttaattgtgctacactgttcaaattaccattgtacaacatttgcgtttctaattcag
gi|10 : tacaagtataagtacgcatacttactcgagtacagaagcaaaaataagtacttttttatacttgaaaaataatttctgtataaaaatatataacaggaatttttaagtaagaaaaaaaaagggtcaacagtttctttaattaaaatgtttctttaatttaatcattttatagggatcttttttacaacagagtacaggtagagaataactggtaaaagcctgtttttttccttcattgtttgcccacaatgtgtctgttaagagaattgttatgtctatttatgcactacataccaaatataccaagtgacccccatgccatggtcatagcagcctgagataaacgtcagaatatctttgtttgacattaattttattacacgcagcatacccagttgtaaaaagaaaataatagcattctgccgcatgtcctcgatagtttctaacaactgcatcattaagctatattaaaaaatcatttgacgtactgcagcagtcatttttcaaatatcgaGTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCG-------------------GCAGTAAGCCATAAATA----TGGTTTACTGCCGCAGTTTATACGGCTTACTGCA--GCAAC-A-GGC----TTAG-TGCT-CATGAAGGGGTAACACAGTGCTACATATGTT-TAT----------TTTGTATGGCTTAGTGCAGCAGTTGTTTTGATATTTGTTTTTATATAT----GTG---TTAACAAAATGATACTGTCAAATAACAAATTAACGGTCATTTGACAGTA--------ATTATATTAAAAAATCGTACGCAGTTGATTTT--CTTTGCAAAGGAAGAGAAA-TAA-TTCAAATAATTGAGGATGTTATATAAAAAATACTTTTCAAGAACT---------TTTTA-TATACAGTAGATTTTTTTTAACTAAAATAATAATGAAGTATA-TTTCGTAGATAATTTTCTTTTTTTATATCCTTTTGCGGCATAGTTTTGTATGTCATAGTTTCTGTGTTTATTTACCGACGCAATAA-GCCATACGGTAATTTTCTGTTGGAATTTTTCATATGACTTACtttggatacattttaattgtgctacactgttcaaattaccattgtacaacatttgcgtttctaattcag
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gi|8 : gttacaacgcactgagccatatgcggcagtaagccataaatatTATGGCTTATTGCCGCACTTATGTCGATA----TTTt
gi|8 : tacaagtataagtacttatacttactcgagtacagaagcaaaaataagtacttttttatacttgaaaaataatttctataaaaaaatatataacaggaattttttagcaagaaaaaagaaaagggtaacaagattctttgataaatagtttctttaatttaatcattaaatagggatctttttaactacagagtacaggtagagagtagctggtaaaagccttttttcttcattgtttacccacaatgtgtcttttgagagaattgtttaggtctatttatgcactacataccaaatattccaagtgaccccaacgccagggtcaaagcaccctgtgataaatggcagaatatctttgttaagcatttgttacacgcagtatacccagttgtaaaaagaaaataatagcatactgccgcatgtcgtcgatagtttctaataactgcagcattaagctattttaaaaaatcatatgacgtactgcagcaatcatttttcGTTACAACGCACTGAGCCATA--TGCG-------------------GCAGTAAGCCATACATA----TGGCTTATTGCCGCA-CTTATGTtgtatggcttactgccgcatatggctcagtgcgttgtaacaacg
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