lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 777777777 33333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777 1111 33333333333 11111111111111111111 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111111111
lowQualScore : 1 333 1 44444 888888 66 444444444 2 6 6 6 55555555555555555555555555555555555 4444444444444444444444 888 8888 0 11 3 2222 77777777777 1 333 88 5 33 11 2222 4 5555 1 7 2222 66666666666 1 888 444444 22 22 555555555 5555555 22222222222222222222 888888888 222 1 22 1 22 1 00 222 4444444 33333 888 7 22 666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555 1 1 44444
lowQualScore : . ... . ..... ...... .. ......... . . . . ................................... ...................... ... .... . .. . .... ........... . ... .. . .. .. .... . .... . . .... ........... . ... ...... .. .. ......... ....... .................... ......... ... . .. . .. . .. ... ....... ..... ... . .. ................................................... ................ . . .....
lowQualScore : 9 333 2 88888 111111 88 000000000 7 0 2 6 00000000000000000000000000000000000 7777777777777777777777 888 9999 9 55 1 4444 99999999999 9 333 88 3 88 77 7777 2 3333 2 6 8888 33333333333 3 111 000000 00 00 999999999 7777777 00000000000000000000 888888888 666 5 11 4 00 4 99 555 5555555 44444 222 4 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888888888888888 6 6 00000
consensus : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCT-----GG-----CTAGCACGAGCATTTTC-ATAGTGA--------TACCA-CGGGGAAGTCGGTGNGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTG------TG-GCG-G-GCG----TGTGT---GT---GGGTTGGGTCG-G--GTGGGGGG--GG-T----CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--G-----------AT--------------C-----------G-----------CC-------TG-------AG-CC-A-----AATCACAGAGATTATCA
Reference ( gi|6 ) : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCT-----GC-----CTAGCACGAACATTTTT-ATAGTGAT-AC-ATGTACCA-CAGGGAAATCGGTGTGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTG------TGCGCGAGCGCG----TGTGT---GT---GGGTTGGGTTG-G--TTGGGGGT--TG-T----CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CG-TTTAGGTTATCGAGTTTG----AG-----------TA-AA--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TA-ACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTT--GCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------A-----------CC-------TG-------AG-CC-A-----AATCACAGAGATTATCA
gi|3 : TTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTG---AGTCTGGCTAGCACGAACTAGCAGGAAAGTCTGG-CTAGC--------TG-GCTAGCAGGAAAGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTG------TG--------------TTTGG---GT---GGGTT---TTG-G--GGAGGGGG--GG-T----CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TGTC--AGACACT----CATTATGTAA---TG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-TGTATAT--ATT-CAATAAT--T-TA-ATGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTT--GAAAATTACTT--G-----------AT--------------C-----------ACCGTAGCAACGCC-------TG-------AG-CC-A-----AATCACAGAGATTATCA
gi|9 : ttaTTTGCGAATTCATATCATTT-CGCTA---TATCT-----GG-----CTAGAACGAACATT
gi|11 : ttcaTTTGTGGATTGACATCATTT-CGCTA---AATCT-----GG-----CTAGCACGAACATTTTC-AAAGTGA--------TACCA-TGGGGAAGTCGGTGTGTGTGTGCGTgaactctctgctgcgcttgtcggacattaacttccgaaatataaaataaaaaaatacaaactatcagatactcgttatgcaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtgaatataccatttgcaggtatgtattcaataattttaccgcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtaacaacgacacctgaccaaaatcacagatattatcattttgg
gi|8 : tcaTTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---CGTCT-----GG-----CTAGCACGAACATTTTC-ATAATGAT-AC-------CA-CAGGGAAGTCGGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNTGTGT---GTCTTGGGATGGGTTG-G--GTGGGGGGAGGG-T----CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------gcgtgtgtttcgggggtggaggtggggggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcgttatgtaacgttttagtcaaatttaagtaagaatttttcaatctaccatttgcaggtatgtacggcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatcgatcctcgtagcagcgcctgagccaaatcacagagagtatcattttg
gi|4 : tgaggcatgtataaaactattcatttaTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCT-----GG-----CTAGCACGAACCTTTTTCATAGTGA--------TATCA-CAGGGAAGTCGGTG-G-------GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCGCGTGTGTGTG------T------------------------------GTTGGGTTG-G--GTGGGGGcgtaacgtaacccaaaaccaatgcattttgcaaattactcgatcaccgtagcaacgcctgagccaaaatcacagcgattatc
gi|32 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttaTTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AATCT-----GG-----CTAGCACGAACATGTTC-ATACTGA--------TACCA-TGGGGAAGTGGGgatggagggaacggtgggggtggggggtgtaggtcatcgagtttgagtaagaatgtgtcagtctaccatttgcaggtatgtattcaataattttacggcgtctcgacgtaacgtaacgcaaaaccagtgcattttgcaaattactcgatcaccatagtaatgccttagccaaatcccagagattatc
gi|18 : ttcaTTTGCGGATTTATATCATTT-TGCTA---AGTCT-----GG-----GTAGCACGAACATTTTC-ATAGTGA--------TACCA-CAGGGAAGTCGGTGTGTGTGgaaggcggccaaactagtagacactcgttgtgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtcaatttaccatttgcaggtatttattcaataattttacggcgtctcgatgtaaca
gi|36 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttaTTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCT-----GG-----CTAGCACGAACATTTTC-ATAGTGA--------TACCA-CATGGAAGTCGGTGGGTGTGTTTGgggtggtggggtggggggtgaaaaatcaaaaaaatcacatactatcagacactcgttatgtaacatttaggtcatcaagtttgagtaataatttgtcaatctaccatttgcaggtat
gi|19 : ttaTTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCT-----GG-----CTAGCACGAACATTTTC-ATAGTGA--------TACCA-CATGGAAGTCGGTGGGTGTGTTTGaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngg
gi|24 : tttgacgaaaatggaaatgagggatgtaccaaaaccgttcatttaTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCT-----GG-----CTAGC----ACATTTTC-ATAGTGA--------TACCA-CAGGGAAGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGCGCGCGTGCGTGCGTGCGTGTATGCACGCGCGCG----TGTGT---GT-----GTTGGGGTG-GGTTTGGGGAT--aggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaa
gi|43 : ttggacgaaattggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttaTTTGCGGATTGATATCATTTTCGCTA---AGTCT-----GG-----CTAGCACGAATATTTTC-ATAGTGA--------TACCA-CATGGAAGCCGGTGTGgggggggg
gi|5 : ttggacgaaaatggaaatgacacatgtaccaaaagcgttaatttaTTTGTGGGTGAATATCACTT-CACTT---AATCT-----GG-----CTACCATAAGGACTTTC-ATAGTGA--------TACCA-TGGTGAAGTCAGT
gi|13 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcaTTTGTGGATCGATATCAATT-CACTG---AATTT-----AG-----CTAGAATGAGCA--GTC-ATAGTTAT-ACTATGaggggtcaaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|16 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaaTTTGAGGATTGAAATAATTT-CACTA---A---------------------AC---CATTTTC-ATAGTA--------GTGCCA-T-GGGAAGTCGGTGAGTGTgcaaagtcgacaggggtcaaaataaaaaattacaaaatatcagacactcgctatataatgcttaggtcatcaaatttgaataagaatttttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcaTTTGTGGATTGATA--ACTT-CACAA---AATCT-----GA-----CTAGCATGAGCAGTCTC-ATAGTGATAAC-ATG--------GGGAAGTCAGTccggggttggggtgaggggtgaggggggaggggggggggtgatggggcaaaataaaatatcataaaatatcagacactcgttatgtaacgttttagtcatcgagtcggcatttgtcacttgcattaattttcgt
gi|20 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttaTTTCTGGATTGATATCAATT-CACTATAAAATCT-----GG-----CTAGCACAAGCACTTTT-ATATTGAT-AC-aggggtcaaaataaaaaatcacaaaatatcagacactctgacattatgtagcacttcaaccattgatattgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcatTTTGCGGACTGATTTCAATT-CATTA---AATGT-----GG-----CTATCATGAGCACTTTcttagctaagtttgcaggggtcaaaaatcacaaacaatcagaaacttgttatgtaatattaaggtttcatattgagta
gi|17 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattcaGGATCGATATTAATT-TAGTA---AATCT-----TT-----TTAGCACGAGCATTGTT-ATGGTGAT-Agggatgccctggcaaaattggtaggggataaaaaaaaaataatatatatcagacacacgttatgcaacatttaggtaattgaatttattgcagaatttatcacctgct
gi|1 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtggaTTGATATCATGT-CACTC---AATCT-----GA-----CTAGCACGAGCATTTTC-ATAGTtcagacacgcgttatgtaatatcgtttaggccatcgaattttattcagaatttgtcatctgcaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|10 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatGATGTCATTT-CGCTT---AGTCT-----TG-----CTAGCATGAACATTTTC-ATAGTGA--------TACCA-CATGGAAGTCGGTAGGTGTGTTTGagaagtcggttggggtcaaaattaaaaatcacaaaatgtctgacactctttatgtaacgtttaggttatcgagtttgagtcagatttgtcacttgcattaattttcattaaagcgagtttgaccaccatttgcaggtatatattcaataatgtttaatgagcctcgacgtaacgtaatgcaatatcaatgaatttggcaaattattcgattcccgttgcaacgccagtcagatcacaaagattatcattttgg
gi|49 : TT-CACCA---ATTCT-----GG-----CTAGCATGGGCACTTTC-TTGGTGAT--------ACCA-TGGGGGAGTTGATGagagaggggtgggtgagtggggggggggagtaaaataaaaaatcagacactcgttatgtaagtttaggtaatcgagtttgagtaagaatttgtcaatctaccatttgcaggtatatattcaataattttacggcgtttcgacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtagcaacgcctaagctaaatcacagagattatcattttg
gi|12 : AGCACGAGCATTTTA-ATAGTGAT-AC-ggggtca
gi|10 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaGTGTGTT------TGAGAGAGGG-------GTGG---GT---GAGTGGGG---------GGGGGG--AG-T-----AAAAT-A---AAA-AA------------TC--AGACACT----CGTTATGTAA----G-TTTAGGTAATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATAT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAGCAA---C-----------G-----------CC-------TA-------AG-CT-A-----AATCACAGAGATTATCAtattggaaggttgttgggggtcaaaataaaaaaaatcacaaaatatcagacactcgttatgtaacgtttggcgtatcgagtttgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcgactgtgaccacaatttgctggtatatattcaatatttatgcggcacctcgacgtacagtaacttaaaacaatcgtttttggcaaattactcgactaccgctgtaa
gi|11 : gatgtcatttcgcttagtcttgctagcatgaacattttcatagtgataccacatggaagtcggtagGTGTGTG------TGTGCG--TGCG----TGTGT---TT---CGG--GGGTGGAG--GTGGGGG----G-T----CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTAG----TCAAATTTA----AG-----------TA-AG--A------ATTT--T--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--------------------ACGGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCAT------CGA--TCCTC--GTAGC-------AG--------------C-----------G-----------CC-------TG-------AG-CC-A-----AATCACAGAGAGTATCAttttg
gi|21 : tcatttgtggattgacatcatttcgctaaatctggctagcacgaacattttcaaagtgataccatggggaagtcgG----TATGTTGGGT---GGGTTGGGGCG-G--GGGGGGGG--GG-GGGG-CAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TA-ACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTT--GCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------A-----------CC-------GT-------AG-CA-ACGCCTAATCACAGAGATTATCttttg
gi|18 : tG----TGTGT---GT---GGGGTGG-TGG-G--GTGGGGGG--TG------AAAAATCA---AAA-AAATCACATAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CA-TTTAGGTCATCAAGTTTG----AG-----------TA-AT--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTAT
gi|22 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttatttgcggatttatatcattttgctaagtctgggtagcacgaacattttcatagtgataccacagggaagtcg---GGGTTGGGGCG-G--GGGGGGGG--GGGT----CAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATAATGTAA---CT-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TA-ACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACTAATGCAATTT--GCAAATTACTC--T-----------AT--------------C-----------ACCGTAGCAACGCC-------TG-------AG-CC-A-----AATCACAGAGATTATCA
gi|5 : gGGTGAAGTCA-G--TAGGGG-------T----CAAAAT-A---AAA--AATCACAAGA-TATC--AGACACT----CGTTGTGTAA---TG-TTTAGGTCATTGAGTTTA----TG-----------TC-AG--A------ATAT--G--TC----------A-------C--------------------CT---------G-C---ATTT------TATG----TT-CATTAA-----TA-ACGtt
gi|12 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatGGTTG----TTGGGGGT----------CAAAAT-A---AAAAAAATCACAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CG-TTTGGCGTATCGAGTTTG----AG-----------TC-AG--A------ATTT--G--TCACTTGCATTAA-------T--------------------TTTCGACTGTGACCACAATTTGCT-GGTATAT--ATT-CAAT-AT--T-TATGCGGCA---CCTC-------GAC-----GTACAGTAACTTAAAA-CAAT-CGTTTTTGGCAAATTACTC--G-----------AC--------------T-----------A-----------CC-------agagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|1 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaagcacgagcattttaatagtgatactattggaaGTCG-G--TTGGGG-------T----CAAAAT-T---AAA-AA-TCACAAAA-TGTC--TGACACT----CTTTATGTAA---CG-TTTAGGTTATCGAGTTTG----AG-----------TC-AG--ATTTGTCACTT--GCATT---------AA-------TTTTCATTAAAGCGAGTTTGACC---------ACC---ATTTGCA-GGTATAT--ATT-CAATAATGTT-TA-ATGA-G---CCTC-------GAC-----GTAACGTAATGCAATATCAATGAATTTG--GCAAATTATTC--G-----------AT--------------T-----------C-----------CCGT-----TGCAACGCCAG-TC-A-----GATCACAAAGATTATCAgctgtaa
gi|15 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatttgatatcatgtcactcaatctgactagcacgagcattttcatagtagaaTTG-G--TAGGGGAT------------AAA--A---AAA-AAATAATATA--TATC--AGACACA----CGTTATGCAA---CA-TTTAGGTAATTGAATTT-----AT-----------TGCAG--A------ATTT--A--TC---------Attttgg
gi|16 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattcatttgcggactgatttcaattcattaaatgtggctatcatgagcactttgggatgccctggcaaaaGGGGGT--GA-TGGGGCAAAAT-A---AAA-TA-TCATAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CG-TTTTAGTCATCGAGTcctgct
gi|28 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcatttgaggattgaaataatttcactaaaccattttcatagtagtgccatgggaagtcggtgagtgtccggggttggggtgaggggtgaggggggagggggG-T----AAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATT------GTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--GTAGC-------AA--------------C-----------G-----------CCCGTCG--TG-------AA-CC-A-----AATCACAGAGATTATCAcggcatttgtcacttgcattaattttcgt
gi|13 : gG-T----CAAAAT-A---AAA-AA-TTACAAAA-TATC--AGACACT----CGCTATATAA---TG-CTTAGGTCATCAAATTTG----AA-----------TA-AG--A------ATTT--aattg
gi|14 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaatttgtggatcgatatcaattcactgaatttagctagaatgagcagtcatagttatactatggcaaagtcgacagggG-T----CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAA-TATC--AGACACTCTGACATTATGTAG---CA-CTTCAACCATTGATATTG----AG-----------TC-AG--A------ATTT--G--TC---------Attaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|52 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttatttgtggattgataacttcacaaaatctgactagcatgagcagtctcatagtgataacatggggaagtcagtagggG-T----CAAAAT-A---AAA---ATCACAAAA-TATC--AGACACT----TGTTGTcttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|29 : ggaaa-T----CAAAAT-ATTAAAA-AAA----AAAA-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TA-ACGGCG---TCTT-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTT--GCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------ACCATAGCAACGCC-------TG-------AG-CC-A-----TATCACAGAGATAATCAct
gi|27 : AAAAT-A---AAA-AC-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----G-TTTAGGTAATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--CCAAATTCCTT--G-----------AT--------------CCCCTTAGCAACG-----------CC-------TA-------AG-CT-A-----AATCACAGTGATTATCA
gi|9 : ggcgtAAAAT-A---AAA-AAAT-ACAAAC-TATC--AGATACT----CGTTATGCAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TG---------AA-------T--------------------AT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACCGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAACAACGAC-----------A-----------CC-------TG-------AC-CA-A-----AATCACAGATATTATCAtttc
gi|30 : ttcatttgcgaattcatatcatttcgctatatctggctagaacgaacattgaactctctgctgcgcttgtcggacattaacttccgaaatatAAT-A---AAA--AATCACAAA---ATTAAAGACACT----CGTTATGTAA---CA-TTTAGGTCATCCAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAATGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAGCAA---C-----------G-----------CC-------TA-------AG-CT-T-----AATCACAGAGATTATCAttttgg
gi|33 : -A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----G-TTTAGGTAATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCA---TTTC-------GAC-----GTAACGTGACGCAAAACCAACGCATTTG--GCAAATTCCTC--T-----------AG--------------C-----------AACG--------CC-------TA-------AG-CT-A-----AATCACAGAGATTATCAgttt
gi|31 : ataAG-AAAT-ACAAAC-TATT--AGACACT----CCTTATGTAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------ACC---ATTTGCA-AGTATGT--ATT-CAATAAT--G-TT-ACGGAG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAACCCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--T-----------AT--------------CCCCGTAGCAACG-----------CC-------CG-------AG-CC-A-----AATCACAAATATTATCAtttt
gi|20 : AA-AAATCACAAAC-AATC--AGAAACT----TGTTATGTAA---TA-TTAAGGTT-TC-ATATTG----AG-----------TA-atttg
gi|34 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcattttctggattgatatcaattcactataaaatctggctagcacaagcacttttatattgataccttagctaagtttgcaggggtcAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTT--GTAA----G-TTTAGGTAATTGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTT--G-----------ATCCCCGTACTA----C-----------G-----------CC-------TA-------AG-CT-A-----AATCACAGAGATTATC
gi|35 : CACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----G-TTTAGGTAATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAGCAA---C-----------G-----------CC-------TA-------AG-CT-A-----AATCATAGAGATTATCAtttttg
gi|26 : ACAAAA-TATC--AGCCATT----CGTTATTTAA---GG-TTAAGGTCAACGAGTTTGTTTCAGATTTTGTCACTTA-AATTA------ATTTTCG--TT---------AAAAACGAGT--------------------GTGAAC-----ACC---ATTTGCA-GGTGTGTGTATA-AAATAAT--T-TT-ACGGCT---TCTC-----------------------------AACCAATTAATTTT--GCAAATTGTTC--T-----------ATAACCGCTGCAA---C-----------A-----------CC-------TG-------AG-TC-A-----GATCACAAAGAGTATCAtttt
gi|32 : CAAAC-TAGT--AGACACT----CGTTGTGTAA---CG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------ACC---ATTTGCA-GGTATTT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACttttag
gi|37 : ttcatttgcggattgatatcatttcgctaaatctggctagcacgaacatgttcatactgataccatggggaagtggggaaggcggcAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----G-TTTAGGTAATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--CCAAATTCCTT--G-----------AT--------------CCCCTTAGCAACG-----------CC-------TT-------AG-CT-A-----AATCACAGTGATTATCAa
gi|7 : AACATATC--AGACACT----CGCTGTGTAA---CG-TTAAGGTCATCGAGTTTtttcg
gi|51 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaatcaatatcgtttcacaagatatggctagcagtagcatggcgaagtcagtaggggtcAAA-TATC--AGACAGT----CGTGA---AA---TG-TTTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TC-AT--A------ATTT--G--TC---------Aacacccgaagaattcacctgcatttagtttcgtttataatgaatgtgatatccttttcaggttgattgcaatacttctacggtgcctcggcgtaacgtaacgcaaaaccaatgcattcggcaaatccttaattcccactgcaaagcccgaatcagattacgaattttatcaatttggt
gi|25 : -TATC--AGACACT----CTTAATGTAA---CG-TTTAGGTAATATAGTTTG----AG-----------AA-AG--A------ATTT--G--TC---------c
gi|17 : ta-TATC--AGACACG----CGTTATGTAATATCG-TTTAGGCCATCGAATTTT----AT-----------TC-AG--A------ATTT--G--TC----------A-------T--------------------CT---------GCccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaccaccatttgcatgtatatattcaataattttacggcgctacggcgtaacggaacgcaaaaccaatgcgttatgcaaattcctcctgctgcaacacttgagacaagcgacaaagatgatcttttt
gi|4 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtggaggatcgatattaatttagtaaatctttttagcacgagcattgttatggtgaG-TGTAGGTCATCGAGTTTG----AG-----------TA-AG--A------ATGT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------ACC---ATTTGCA-GGTATGT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAGTGCATTTT--GCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------A-----------CCATAGTAATGCCTT---AG-CC-A-----AATCCCAGAGATTATCaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|25 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttatttgcagattgatatcatttcgctaagtctggctagcacgaacctttttcatagtgatatcacagggaagtcggtgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcgcgtgtgtgtgtgttgggttgggtggggggatggagggaacggtgggggtggggg--------------------CC---------ACC---ATTTGCA-TGTATAT--ATT-CAATAAT--T-TT-ACGGCG---CTAC-------GGC-----GTAACGGAACGCAAAACCAATGCGTTAT--GCAAATTCCTCCTG-----------CTGCAA----------C-----------A-----------CT-------TG-------AG-AC-A-----AGCGACAAAGATGATC
gi|5 : tatatcagacactcttaatgtaacgtttaggtaatatagtttgagaaagaatttgtcccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaa--------------------CC---------ACC---ATTTGCA-GGTACGT--ATG-CAATAAT--T-TT-ATGGCG---CCTC-------GAC-----ATAACATTACttttt
gi|46 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagtaggggtcaaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaa--------------------CT---------ACC---GTTTGCACGAT-TGA--ATG-TAATACT--T-GT-ACAGCGCATTCGCATGATGGGACATAATGTAACGTAACACAAAACCAATGCATTCA--GCAatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|2 : taataacgagtgtga--------------------CC---------ACC---ATTTCCA-CGAATAC--AGA-CCATAAT--TCTA-A-GGCG---CATG-------GAC-----GCGACATCACGCACAATTAGTGCTTTAG--GCAAATTTCTC--
gi|7 : tatactgagcaaatgtagaaatgtcccaccatattccaagaaagattgctagaaatctataaggttggtggtactaacacttatacagaaaatgaagtttattcatatgtgaacccatatcagttgacctaattttgctgcgataaaaaggggtcaaaataaaaaagctgagttttttttagaaatgttaagggattaatgatttctctcccataacaagtccaagttgtattcagtatgattaatatcgtgtgtggT---------ATC---CTTTTCA-GGT-TG---ATTGCAATACT--T-CT-ACGGTG---CCTC-------GGC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTCG--GCAAATC-CTT--A-----------ATTCC-----------C-----------A------------C-------TGCAA----AGCCC-G-----AATC----AGATTAcactcttacagccctgggctgtcagatctcgaatgttgtcaatttg
gi|44 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaatcaatatcgtttcacaagatatggctagcagtagcatggcgaagtcagtaggggtcaacatatcagacactcgctgtgtaacgttaaggtcatcgagtttacacccgaagaattcacctgcatttagtttcgtttataatgaatgtgaTT-TAATAAT--C-TT-ACGGCG---TCTC-------CAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--GATCCCCGTAGCAT--------------C-----------G-----------CC-------TA-------AG-CT-A-----AATAATAGAAATTATCAcgaattttatcaatttggt
gi|45 : g-CAATAAT--T-TT-ACAGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTG--GCAAATTCCTC--GTAGC-------AT--------------C-----------G-----------CCTGTCG--TG-------AG-CC-A-----AATCACAGATATTATCAttt
gi|47 : GGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCAAAACCAATGCATTTT--GCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------ACCGTAGCAACGCC-------TG-------AG-CC-A-----AATTACAGAGATGATCAttttg
gi|8 : -------GAC-----GTAACGTAACCCAAAACCAATGCATTTT--GCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------ACCGTAGCAACGCC-------TG-------AG-CCAA-----AATCACAGCGATTATC
gi|50 : tgaggcatgtataaaactattcatttatttgcggattgatatcatttcgctacgtctggctagcacgaacattttcataatgataccacagggaagtcggtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgtgtcttgggatgggttgggtggggggagggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcattatgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaa--------------C-----------G-----------CC-------CG-------AG-TC-A-----AATCATAAAGATTGTCA
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGAATCAAAATAGAAAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCGAGAGATAACCGGTCAAGAGAGGTTGGGGTCAAAATCAAAAATCCCAAAAACTCAGAAAGGTGTAATTGAATA
Unaligned ( gi|38 ): TCAATTATGATATATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGGATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCCAGAGATAACTG
Unaligned ( gi|39 ): TAGACTAATCGAGTTTAATTCAGAATTTGTCACCTGTAATAAGTTCCGTTAATAACGGGTGTGGCCACCCAGGCAATACTTTCTTCGGAGTAGTGACGCAGCGCAGTGCAGAAATTAATGCATTCGCAAAATTCCTTCATTCCCGTTACAAATAGATCACGAATATGATCAATTTCAT
Unaligned ( gi|40 ): TCATTTGTGAAATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTCATCGAAAACCAAAAGGTTTACTTTTTTTAATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCATAACCAAGTAATAACATCTGGCTATCTTGTTCACTTTTCGAGAGATAACCG
Unaligned ( gi|41 ): ATACTAAACACTAGAAACGTCTCTCCGGGTTTAAGTGAATATTTCTAGAATTCCAAAAATGTTGCATTTATAAATCATAATCAAACAAAGTTTTTTAATTTGTTGATGGATATCCACTCACTAAATCTGGGAAGCACATTTATAATGATGCCCTGACGAAGTCGGTAGGAGT
Unaligned ( gi|42 ): TACACTGAGCAAAAATAGAAACATTTTTCCTGTTTAAGATGGATTACCGGAAATCTTAAAAAGTTACAGTTATAAATAAATCACAATGAGACATAAAATTTAATCATTTGTGGATAGAAATCTGGATATCACAGA
Unaligned ( gi|48 ): TTAGACGAAAATGTAAATGAGGGATGTACCAAAACCGTTCATTTATTTGCGGATTGATGTCATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444 66666666666666666666666 11111111111 1111 11 11111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222 1 33333 666666 1 1 555555 44 1 2222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 11111111111 7777 8 3333 7777 4444 22 55555 1 333 00 2 44 11 2222 4444 1 11 2222 55555555555 222 1 11 333333 11 11 666666666 6666666 00000000000000000000 888888888 6666666 222 11 1 66666666 555555555 444444444 1 1 1 222 4444444 33333 1 1 33 111111111111111111111111111111111111111 77777 3333 1 33333
lowQualScore : . ... . ..... ...... . . ...... .. . ............................... ....................... ........... .... . .... .... .... .. ..... . ... .. . .. .. .... .... . .. .... ........... ... . .. ...... .. .. ......... ....... .................... ......... ....... ... .. . ........ ......... ......... . . . ... ....... ..... . . .. ....................................... ..... .... . .....
lowQualScore : 7 999 1 44444 222222 7 7 000000 00 0 2222222222222222222222222222222 00000000000000000000000 66666666666 7777 8 7777 5555 5555 88 77777 7 000 11 8 11 77 6666 8888 2 77 5555 66666666666 111 2 77 555555 77 88 999999999 5555555 88888888888888888888 222222222 7777777 444 99 4 44444444 555555555 555555555 3 3 4 333 2222222 22222 3 3 88 000000000000000000000000000000000000000 11111 1111 5 77777
consensus : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGTGGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTG---------GCGNGCG-------TGTGT---G---T---G----GGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--G-----------ATC-CCGTAGCAA---C-----------GCC-----TG----AGCC-A-----AATCACAGAGATTATCA
Reference ( family-3158 ) : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGTGNGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTG---------GCGGGCG-------TGTGT---G---T---G----GGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--G-----------AT--------------C-----------GCC-----TG----AGCC-A-----AATCACAGAGATTATCA
gi|1 : TTGATATCATGT-CACTC---AATCTGACTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TA-----------------GAAGTCGGT
gi|1 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatGTC---GGT---TGGGG-----------T---CAAAAT-T---AAA-AA-TCACAAAA-TGTC--TGACACT----CTTTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--ATTTGTCACTT--GCATT---------AA-------TTTTCATTAAAGCGAGTTTGACC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAATGTT-TAATGAG---CCTC-------GAC-----GTAACGTAATGCA-ATATCAAT-GAATTTGGCAAATTATTC--G-----------ATTCCCGTTGCAA---C-----------GCC-----------AGTC-A-----GATCACAAAGATTATCAtggggtcaaaattaaaaatcacaaaatgtctgacactctttatgtaacgtttaggttatcgagtttgagtcagatttgtcacttgcattaattttcattaaagcgagtttgaccaccatttgcaggtatatattcaataatgtttaatgagcctcgacgtaacgtaatgcaatatcaatgaatttggcaaattattcgattcccgttgcaacgccagtcagatcacaaagattatcattttgg
gi|10 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatttgatatcatgtcactcaatctgactagcacgagcattttcatagtagaaGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTTGCTAGCATGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGTAGGTGTGTTTGttttgg
gi|10 : G---------GTAGGTG-------TGTTT---G---A---GAGAGGGGTGGGT----GAG---TGGGGG----G--GG------GGAGT-A---AAA-TAA----AAA---ATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAGCAA---C-----------GCC-----TA----AGCT-A-----AATCACAGAGATTATCAagagaggggtgggtgagtggggggggggagtaaaataaaaaatcagacactcgttatgtaagtttaggtaatcgagtttgagtaagaatttgtcaatctaccatttgcaggtatatattcaataattttacggcgtttcgacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtagcaacgcctaagctaaatcacagagattatcattttg
gi|11 : gatgtcatttcgcttagtcttgctagcatgaacattttcatagtgataccacatggaagtcTTTGTGGATTGACATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCAAAG-TGA-TAC------CATGGGGAAGTCGGTGTGTGTGTttttg
gi|11 : tcaGTGTGTGTGT--------GCGTGCG-------TGTGT---T---T---C----GG--GGGTG---GAG----GTGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCA---AAT----TTAAG-----------T---A-AG--A------ATTT--T--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------------------------TACGGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCAT----CGA--TCCTC--GTAGC-------AG--------------C-----------GCC-----TG----AGCC-A-----AATCACAGAGAGTATCAgcgtgcgtgtgtttcgggggtggaggtggggggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcgttatgtaacgttttagtcaaatttaagtaagaatttttcaatctaccatttgcaggtatgtacggcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatcgatcctcgtagcagcgcctgagccaaatcacagagagtatcattttg
gi|12 : tcatttgtggattgacatcatttcgctaaatctggctagcacgaacattttcaaagtgataccatggggaagtcgAGCACGA----GCA------TTTTAATAG-TGA-TAC------TATTGGAAGGTTGTTGGGGGTttttg
gi|12 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAAAAAATCACAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTGGCG--T-ATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TCACTTGCATTAA-------T--------------------TTTCGACTGTGA-------CCACAATT--TG-CT--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATATT-TA-TGCGGCA---CCTC-------GAC-----GTACAGTAACTTA-AAA-CAATCGTTTTTGGCAAATTACTC--G-----------AC--------------T-----------ACC-----caaaataaaaaaaatcacaaaatatcagacactcgttatgtaacgtttggcgtatcgagtttgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcgactgtgaccacaatttgctggtatatattcaatatttatgcggcacctcgacgtacagtaacttaaaacaatcgtttttggcaaattactcgactaccgctgtaa
gi|13 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaagcacgagcattttaatagtgatactattggaaggttgttTTTGTGGATCGATATCAATT-CACTG---AATTTAGCTAGAATGA----GCA--------GTCATAG-TTA-TAC------TATGGCAAAGTCGgctgtaa
gi|13 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AA-TTACAAAA-TATC--AGACACT----CGCTATATAA---TGCTTAG-G--TCATCAAAT----TTGAA-----------T---A-AG--A------ATTT--acaggggtcaaaataaaaaattacaaaatatcagacactcgctatataatgcttaggtcatcaaatttgaataagaatttttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaatttgtggatcgatatcaattcactgaatttagctagaatgagcagtcatagttatactatggcaaagtcgacaTTTGTGGATTGATA--ACTT-CACAA---AATCTGACTAGCATGA----GCA------GTCTCATAG-TGA-TAA------CATGGGGAAGTCAGTAGGGGTttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAA-TATC--AGACACTCTGACATTATGTAG---CACTTCA-A--CCATTGATA----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------Acaaaataaaaaatcacaaaatatcagacactctgacattatgtagcacttcaaccattgatattgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttatttgtggattgataacttcacaaaatctgactagcatgagcagtctcatagtgataacatggggaagtcagtaTTTGCGGACTGATTTCAATT-CATTA---AATGTGGCTATCATGA----GCA------CTTT----G-GGA-TGC------CCTGGCAAAATTGGTAGGcttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattca---TGGTAG----G--GG-A---TAAAA------AAA-AAATAATATA--TATC--AGACACA----CGTTATGCAA---CATTTAG-G--TAATTGAAT----TT-AT-----------T---GCAG--A------ATTT--A--TC---------Aggataaaaaaaaaataatatatatcagacacacgttatgcaacatttaggtaattgaatttattgcagaatttatcacctgct
gi|16 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattcatttgcggactgatttcaattcattaaatgtggctatcatgagcactttgggatgccctggcaaaatTTTGAGGATTGAAATAATTT-CACTA---A-----------AC-------CA------TTTTCATAG-TAG-TGC------CAT-GGGAAGTCGGTGAGTGTcctgct
gi|16 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcaGT---G---A---G----GG--GGGAG---GGG---GGGGGGTGATG--GG-G---CAAAAT-A---AAA-TA-TCATAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCATCGAGT----C---------------------GG--C------ATTT--G--TC---------Accggggttggggtgaggggtgaggggggaggggggggggtgatggggcaaaataaaatatcataaaatatcagacactcgttatgtaacgttttagtcatcgagtcggcatttgtcacttgcattaattttcgt
gi|17 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcatttgaggattgaaataatttcactaaaccattttcatagtagtgccatgggaagtcggtgagtgtccggggttggggtgagggGGATCGATATTAATT-TAGTA---AATCTTTTTAGCACGA----GCA------TTGTTATGG-TGA-TAT------CActtgcattaattttcgt
gi|17 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtgga-TATC--AGACACG----CGTTATGTAATATCGTTTAG-G--CCATCGAAT----TTTAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC----------A-------T--------------------CT---------G-------Cgacacgcgttatgtaatatcgtttaggccatcgaattttattcagaatttgtcatctgcaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtggaggatcgatattaatttagtaaatctttttagcacgagcattgttatggtgaTTTGCGGATTTATATCATTT-TGCTA---AGTCTGGGTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGTGTGTGTGaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttaG-------TGTGT---G---T---G----GGGTGG-TG---GGG---TGGGGG----G--TG-----AAAAATCA---AAA-AAATCACATAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCAAGT----TTGAG-----------T---A-AT--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------gggtggtggggtggggggtgaaaaatcaaaaaaatcacatactatcagacactcgttatgtaacatttaggtcatcaagtttgagtaataatttgtcaatctaccatttgcaggtat
gi|19 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttatttgcggatttatatcattttgctaagtctgggtagcacgaacattttcatagtgataccacagggaagtcgTTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGTGGGTGTGTTTG
gi|2 : tttgacgaaaatggaaatgagggatgtaccaaaaccgttcattta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TC-CA--------CGAAT---------A------C--AGA-CCATAAT-TC-TAAGGCG---CATG-------GAC-----GCGACATCACGCA-CAATTAGT-GCTTTAGGCAAATTTCTC--aggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaa
gi|20 : tatactgagcaaatgtagaaatgtcccaccatattccaagaaagattgctagaaatctataaggttggtggtactaacacttatacagaaaatgaagtttattcatatgtgaacccatatcagttgacctaattttgctgcgataaaaaggggtcaaaataaaaaagctgagttttttttagaaatgttaagggattaatgatttctctcccataacaagtccaagttgtattcagtatgattaatatcgtgtgtggTTTCTGGATTGATATCAATT-CACTATAAAATCTGGCTAGCACAA----GCA------CTTTTATAT-TGA-TAC------Ccactcttacagccctgggctgtcagatctcgaatgttgtcaatttg
gi|20 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcatG----G--GG-T---CAAAA------------ATCACAAAC-AATC--AGAAACT----TGTTATGTAA---TATTAAG-GTTTCAT--A------TTGAG-----------T---A-ttagctaagtttgcaggggtcaaaaatcacaaacaatcagaaacttgttatgtaatattaaggtttcatattgagta
gi|21 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcattttctggattgatatcaattcactataaaatctggctagcacaagcacttttatattgataccttagctaagtttgcaG-------TATGTTGGG---T---G----GGTTGGGGC---GGG---GGGGGG----G--GG-GGGGCAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------ACC-----GT----AGCA-ACGCCTAATCACAGAGATTATC
gi|22 : t---G----GGTTGGGGC---GGG---GGGGGG----G--GGGT---CAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATAATGTAA---CTTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACTAAT-GCAATTTGCAAATTACTC--T-----------ATCACCGTAGCAA---C-----------GCC-----TG----AGCC-A-----AATCACAGAGATTATCA
gi|24 : gTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCAC--------A------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGCGCGCGTGCGTGCGTGCGTGTATGCACGCGCGCG-------TGTGT---GTGTT---G----GGGTGGGTTTGGGGA---TGGGGG----G--GG-tt
gi|25 : ttggacgaaattggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcattta-TATC--AGACACT----CTTAATGTAA---CGTTTAG-G--TAATATAGT----TTGAG-----------A---A-AG--A------ATTT--G--TC---------
gi|25 : ta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---CTAC-------GGC-----GTAACGGAACGCA-AAACCAAT-GCGTTATGCAAATTCCTCCTG-----------CTGCAA----------C-----------ACT-----TG----AGAC-A-----AGCGACAAAGATGATCccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaccaccatttgcatgtatatattcaataattttacggcgctacggcgtaacggaacgcaaaaccaatgcgttatgcaaattcctcctgctgcaacacttgagacaagcgacaaagatgatcttttt
gi|26 : tatatcagacactcttaatgtaacgtttaggtaatatagtttgagaaagaatttgtcccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaACAAAA-TATC--AGCCATT----CGTTATTTAA---GGTTAAG-G--TCAACGAGTTTGTTTCAGATTTTGTCACTT---A-AATTA------ATTTTCG--TT---------AAAAACGAGT--------------------GTGAAC-----A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTGT---------G------TGTATA-AAATAAT-TT-TACGGCT---TCTC------------------------------AACCAAT-TAATTTTGCAAATTGTTC--T-----------ATAACCGCTGCAA---C-----------ACC-----TG----AGTC-A-----GATCACAAAGAGTATCAttttt
gi|27 : AAAAT-A---AAA-AC-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTT--G-----------ATCCCCTTAGCAA---C-----------GCC-----TA----AGCT-A-----AATCACAGTGATTATCAttttag
gi|28 : ggcgt--GG-T---AAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT----------------GTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--GTAGC-------AA--------------C-----------GCCCGTCGTG----AACC-A-----AATCACAGAGATTATCAtttc
gi|29 : -T---CAAAAT-ATTAAAA-AAA----AAAA-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTT-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTC--G-----------ATCACCATAGCAA---C-----------GCC-----TG----AGCC-A-----TATCACAGAGATAATCAaattg
gi|3 : TTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTG---AGTCTGGCTAGCACGAACTAGCAGGAAAGTCTGGCTAGCTGGCTAG------CA--GGAAAGTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTGTG-----------------------TTTGG---G---T---G----GGTT---TT---GGG---GAGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TGTC--AGACACT----CATTATGTAA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-AATGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGAAAATTACTT--G-----------ATCACCGTAGCAA---C-----------GCC-----TG----AGCC-A-----AATCACAGAGATTATCA
gi|30 : ttaAAT-A---AAA--AATCACAAA---ATTAAAGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCCAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAATGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAGCAA---C-----------GCC-----TA----AGCT-T-----AATCACAGAGATTATCA
gi|31 : AG-AAAT-ACAAAC-TATT--AGACACT----CCTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------AGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-GT-TACGGAG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AACCCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--T-----------ATCCCCGTAGCAA---C-----------GCC-----CG----AGCC-A-----AATCACAAATATTATCAgttt
gi|32 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TGTTCATAC-TGA-TAC------CATGGGGAAGTGGGatttg
gi|32 : ttcaCAAAC-TAGT--AGACACT----CGTTGTGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------T------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACgaaggcggccaaactagtagacactcgttgtgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtcaatttaccatttgcaggtatttattcaataattttacggcgtctcgatgtaaca
gi|33 : ttcatttgcggattgatatcatttcgctaaatctggctagcacgaacatgttcatactgataccatggggaagtggggaaggcggc-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCA---TTTC-------GAC-----GTAACGTGACGCA-AAACCAAC-GCATTTGGCAAATTCCTCTAGC----------AA--------------C-----------GCC-----TA----AGCT-A-----AATCACAGAGATTATCAa
gi|34 : ataAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTT--GTAA----GTTTAG-G--TAATTGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTT--G-----------ATCCCCGTACTA----C-----------GCC-----TA----AGCT-A-----AATCACAGAGATTATCtttt
gi|35 : CACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAGCAA---C-----------GCC-----TA----AGCT-A-----AATCATAGAGATTATCAtttttg
gi|36 : TTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGTGGGTGTGTTTGtttt
gi|37 : ttaAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTT--G-----------ATCCCCTTAGCAA---C-----------GCC-----TT----AGCT-A-----AATCACAGTGATTATCAaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngg
gi|39 : ATCGAGT----TTAAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------ACC------T--------------------GT---------AATAAGTTCC---GTTAATAACG--------GGTGT---------GGCCACCC--AGG-CAATACT-TTCTTCGGAG---TAGT-------GAC-----GCAGCGCAGTGCAGAAATTAAT-GCATTCGCAAAATTCCTT--C-----------AT--------------T------------CC-----CGTTACAAAT-A-----GATCACGAATATGATCAtttcg
gi|4 : tagactaTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ACCT-----TTTTCATAG-TGA-TAT------CACAGGGAAGTCGGTGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA----------CGCGCGTGTGTGT----------------G-------TGT---------T---G----GGTTGGGTG---GGGGGATGGAGG----G--atttcat
gi|4 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttaGTGTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATGT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAGT-GCATTTTGCAAATTACTC--G-----------AT--------------CACCATAGTAATGCC-----TT----AGCC-A-----AATCCCAGAGATTATCaacggtgggggtggggggtgtaggtcatcgagtttgagtaagaatgtgtcagtctaccatttgcaggtatgtattcaataattttacggcgtctcgacgtaacgtaacgcaaaaccagtgcattttgcaaattactcgatcaccatagtaatgccttagccaaatcccagagattatc
gi|41 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttatttgcagattgatatcatttcgctaagtctggctagcacgaacctttttcatagtgatatcacagggaagtcggtgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcgcgtgtgtgtgtgttgggttgggtggggggatggagggaacggtgggggtgggggTTTGTTGATGGATATCCACT-CACTA---AATCTGGGAAGCAC--------A------TTT--ATAA-TGA-TGC------CCTGACGAAGTCGGTAGGAGT
gi|43 : atactaaacactagaaacgtctctccgggtttaagtgaatatttctagaattccaaaaatgttgcatttataaatcataatcaaacaaagttttttaaTTTGCGGATTGATATCATTTTCGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ATA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGCCGGTGTG
gi|44 : ttggacgaaaatggaaatgacacatgtaccaaaagcgttaatttaTT-TAATAAT-CT-TACGGCG---TCTC-------CAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--GATCCCCGTAGCAT--------------C-----------GCC-----TA----AGCT-A-----AATAATAGAAATTATCA
gi|45 : g-CAATAAT-TT-TACAGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--GTAGC-------AT--------------C-----------GCCTGTCGTG----AGCC-A-----AATCACAGATATTATCAttt
gi|46 : --------------------CT---------A-------CC---GTT--TG-CAC-------GAT-T---------G------A--ATG-TAATACT-TG-TACAGCGCATTCGCATGATGGGACATAATGTAACGTAACACA-AAACCAAT-GCATTCAGCAttttg
gi|47 : taataacgagtgtgaGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTC--G-----------ATCACCGTAGCAA---C-----------GCC-----TG----AGCC-A-----AATTACAGAGATGATCA
gi|49 : TT-CACCA---ATTCTGGCTAGCATGG----GCA------CTTTCTTGG-TGA-TAC------CATGGGGGAGTTGATGGGGGT
gi|5 : TTTGTGGGTGAATATCACTT-CACTT---AATCTGGCTACCATAA----GGA------CTTTCATAG-TGA-TAC------CATGGTGAAGTCAGTAGGGGTca
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAGA-TATC--AGACACT----CGTTGTGTAA---TGTTTAG-G--TCATTGAGT----TTATG-----------T---C-AG--A------ATAT--G--TC----------A-------C--------------------CT---------G--------C---ATT--T--------------TAT---------G----------TT-CATTAAT-caaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAC---------G------T--ATG-CAATAAT-TT-TATGGCG---CCTC-------GAC-----ATAACATTACATC-ACACAAA--GC---TG---AATTCCTC--A-----------AT--------------aacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|50 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagtaggggtcaaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaa--------------C-----------GCC-----CG----AGTC-A-----AATCATAAAGATTGTCAttccaatttgat
gi|51 : tctattatctatgctacaaAAA-TATC--AGACAGT----CGTGA---AA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AT--A------ATTT--G--TC---------Attttggtgatttgc
gi|52 : GGA----A--AG-T---CAAAAT-A---AAA---ATCACAAAA-TATC--AGACACT----TGTTGTc
gi|6 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGCCTAGCACGA----ACA------TTTTTATAG-TGA-TACATGTACCACAGGGAAATCGGTGTGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGTGC--------GCGAGCGCG-----TGTGT---G---T---G----GGTTGGGTT---GGT---TGGGGG----T--TG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AA--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTC--G-----------AT--------------C-----------ACC-----TG----AGCC-A-----AATCACAGAGATTATCAct
gi|7 : ATCAATATCGTTT-CACAA---GATATGGCTAGCAGTA----GCA------T
gi|7 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaAACATATC--AGACACT----CGCTGTGTAA---CGTTAAG-G--TCATCGAGT----TTACA-----------CCCGA-AG--A------ATTC--A--CCTG-------CA-------T--------------------TT---------AGTT----TC---GTT--TA-TAATGAATGTGATATCCTTTTCAGG------TTGATTGCAATACT-TC-TACGGTG---CCTC-------GGC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTCGGCAAA-TCCTT--A-----------AT--------------TCCCACTGCAAAGCC-----CG----AATC-A-----GATTACGAATTTTATCAggcgaagtcagtaggggtcaacatatcagacactcgctgtgtaacgttaaggtcatcgagtttacacccgaagaattcacctgcatttagtttcgtttataatgaatgtgatatccttttcaggttgattgcaatacttctacggtgcctcggcgtaacgtaacgcaaaaccaatgcattcggcaaatccttaattcccactgcaaagcccgaatcagattacgaattttatcaatttggt
gi|8 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaatcaatatcgtttcacaagatatggctagcagtagcatggcgaagtcagtaggggtcTTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---CGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAA-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNTGTGT---G---TCTTG----GGATGGGTT---GGG---TGGGGG----GAGGG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------atttggt
gi|8 : tgaggcatgtataaaactattcattta-------GAC-----GTAACGTAACCCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTC--G-----------ATCACCGTAGCAA---C-----------GCC-----TG----AGCCAA-----AATCACAGCGATTATCcgtaacgtaacccaaaaccaatgcattttgcaaattactcgatcaccgtagcaacgcctgagccaaaatcacagcgattatc
gi|9 : tgaggcatgtataaaactattcatttatttgcggattgatatcatttcgctacgtctggctagcacgaacattttcataatgataccacagggaagtcggtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgtgtcttgggatgggttgggtggggggagggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcattatgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaaTTTGCGAATTCATATCATTT-CGCTA---TATCTGGCTAGAACGA----ACA------TT
gi|9 : ttcaAAAAT-A---AAA-AAAT-ACAAAC-TATC--AGATACT----CGTTATGCAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TG---------AA-------T--------------------AT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACCGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTC--G-----------ATCCCCGTAACAACGAC-----------ACC-----TG----ACCA-A-----AATCACAGATATTATCAgaactctctgctgcgcttgtcggacattaacttccgaaatataaaataaaaaaatacaaactatcagatactcgttatgcaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtgaatataccatttgcaggtatgtattcaataattttaccgcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtaacaacgacacctgaccaaaatcacagatattatcattttgg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGAATCAAAATAGAAAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCGAGAGATAACCGGTCAAGAGAGGTTGGGGTCAAAATCAAAAATCCCAAAAACTCAGAAAGGTGTAATTGAATA
Unaligned ( gi|38 ): TCAATTATGATATATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGGATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCCAGAGATAACTG
Unaligned ( gi|40 ): TCATTTGTGAAATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTCATCGAAAACCAAAAGGTTTACTTTTTTTAATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCATAACCAAGTAATAACATCTGGCTATCTTGTTCACTTTTCGAGAGATAACCG
Unaligned ( gi|42 ): TACACTGAGCAAAAATAGAAACATTTTTCCTGTTTAAGATGGATTACCGGAAATCTTAAAAAGTTACAGTTATAAATAAATCACAATGAGACATAAAATTTAATCATTTGTGGATAGAAATCTGGATATCACAGA
Unaligned ( gi|48 ): TTAGACGAAAATGTAAATGAGGGATGTACCAAAACCGTTCATTTATTTGCGGATTGATGTCATT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444 666666666666666666666666 1111 11111111111111111111 222
lowQualScore : 1 222 1 33333 666666 1 1 555555 44 22 0 0000000000000000000000000000000 444444444444444444444444 9999999 666 6 3333 9999 4444 22 2 333 1 333 77 4 33 11 2222 4444 1 11 2222 55555555555 222 1 11 333333 11 11 666666666 6666666 00000000000000000000 888888888 6666666 222 11 1 66666666 555555555 444444444 1 1 1 222 4444444 33333 1 1 0 4 000 1 222 77777 222 1
lowQualScore : . ... . ..... ...... . . ...... .. .. . ............................... ........................ ....... ... . .... .... .... .. . ... . ... .. . .. .. .... .... . .. .... ........... ... . .. ...... .. .. ......... ....... .................... ......... ....... ... .. . ........ ......... ......... . . . ... ....... ..... . . . . ... . ... ..... ... .
lowQualScore : 7 999 1 44444 222222 7 7 000000 00 88 2 2222222222222222222222222222222 111111111111111111111111 0000000 444 6 7777 4444 5555 88 0 777 7 000 00 7 33 77 6666 8888 2 77 5555 66666666666 111 2 77 555555 77 88 999999999 5555555 88888888888888888888 222222222 7777777 444 99 4 44444444 555555555 555555555 3 3 4 333 2222222 22222 3 3 9 1 222 5 666 44444 666 5
consensus : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTG---------GCGNGCG-------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-T-C-C-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
Reference ( family-3158 ) : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTG---------GCGNGCG-------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-T-C-C-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|1 : TTGATATCATGT-CACTC---AATCTGACTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TA-----------------GAAGTCGGTTGGGGT
gi|1 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatGTC---GGT---TGGGG-----------T---CAAAAT-T---AAA-AA-TCACAAAA-TGTC--TGACACT----CTTTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--ATTTGTCACTT--GCATT---------AA-------TTTTCATTAAAGCGAGTTTGACC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAATGTT-TAATGAG---CCTC-------GAC-----GTAACGTAATGCA-ATATCAAT-GAATTTGGCAAATTATTCGATT-C-C-CGTTGCAACG---CC-------AGT---C-AGATCACAAAGATTATCAcaaaattaaaaatcacaaaatgtctgacactctttatgtaacgtttaggttatcgagtttgagtcagatttgtcacttgcattaattttcattaaagcgagtttgaccaccatttgcaggtatatattcaataatgtttaatgagcctcgacgtaacgtaatgcaatatcaatgaatttggcaaattattcgattcccgttgcaacgccagtcagatcacaaagattatcattttgg
gi|10 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatttgatatcatgtcactcaatctgactagcacgagcattttcatagtagaaGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTTGCTAGCATGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--AGGTGTGTTTGttttgg
gi|10 : GTGTGTTTG---------A-GAGAG-------GG------G---T---GGGT-GAGTG---GGG----GGGGG----G--AG-T----AAAAT-A---AAA-AA------------TC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCAagagaggggtgggtgagtggggggggggagtaaaataaaaaatcagacactcgttatgtaagtttaggtaatcgagtttgagtaagaatttgtcaatctaccatttgcaggtatatattcaataattttacggcgtttcgacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtagcaacgcctaagctaaatcacagagattatcattttg
gi|11 : gatgtcatttcgcttagtcttgctagcatgaacattttcatagtgataccacatggaagtcggtagTTTGTGGATTGACATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCAAAG-TGA-TAC------CATGGGGAAGTCGGT--GTGTGTGTttttg
gi|11 : tcaGTGTGTGTGT----------GCGTGCG-------TGTGT---T---T---CGG--GGGT----GGA---GGTGGG----G--GG-T---CAAAAT-----AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCA---AAT----TTAAG-----------T---A-AG--A------ATTT--T--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------------------------TACGGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCA-------------TCGA-T-C-CTCGTAGCAGCG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGAGTATCAgcgtgcgtgtgtttcgggggtggaggtggggggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcgttatgtaacgttttagtcaaatttaagtaagaatttttcaatctaccatttgcaggtatgtacggcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatcgatcctcgtagcagcgcctgagccaaatcacagagagtatcattttg
gi|12 : tcatttgtggattgacatcatttcgctaaatctggctagcacgaacattttcaaagtgataccatggggaagtcgAGCACGA----GCA------TTTTAATAG-TGA-TAC------TATTGGAAGGTTGTT--GGGGGTttttg
gi|12 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAAAAAATCACAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTGGCG--T-ATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TCACTTGCATTAA-------T--------------------TTTCGACTGTGA-------CCACAATT--TG-CT--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATATT-TA-TGCGGCA---CCTC-------GAC-----GTACAGTAACTTA-AAA-CAATCGTTTTTGGCAAATTACTCGA-caaaataaaaaaaatcacaaaatatcagacactcgttatgtaacgtttggcgtatcgagtttgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcgactgtgaccacaatttgctggtatatattcaatatttatgcggcacctcgacgtacagtaacttaaaacaatcgtttttggcaaattactcgactaccgctgtaa
gi|13 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaagcacgagcattttaatagtgatactattggaaggttgttTTTGTGGATCGATATCAATT-CACTG---AATTTAGCTAGAATGA----GCA--------GTCATAG-TTA-TAC------TATGGCAAAGTCGAC--AGGGGTctaccgctgtaa
gi|13 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AA-TTACAAAA-TATC--AGACACT----CGCTATATAA---TGCTTAG-G--TCATCAAAT----TTGAA-----------T---A-AG--A------ATTT--caaaataaaaaattacaaaatatcagacactcgctatataatgcttaggtcatcaaatttgaataagaatttttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaatttgtggatcgatatcaattcactgaatttagctagaatgagcagtcatagttatactatggcaaagtcgacaTTTGTGGATTGATA--ACTT-CACAA---AATCTGACTAGCATGA----GCA------GTCTCATAG-TGA-TAA------CATGGGGAAGTCAGT--AGGGGTttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAA-TATC--AGACACTCTGACATTATGTAG---CACTTCA-A--CCATTGATA----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------Acaaaataaaaaatcacaaaatatcagacactctgacattatgtagcacttcaaccattgatattgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttatttgtggattgataacttcacaaaatctgactagcatgagcagtctcatagtgataacatggggaagtcagtaTTTGCGGACTGATTTCAATT-CATTA---AATGTGGCTATCATGA----GCA------CTTT----G-GGA-TGC------CCTGGCAAAATTGGT--AGGcttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattca---TGGTAG----G--GG-A---TAAAA------AAA-AAATAATATA--TATC--AGACACA----CGTTATGCAA---CATTTAG-G--TAATTGAAT----TT-AT-----------T---GCAG--A------ATTT--A--TC---------Aggataaaaaaaaaataatatatatcagacacacgttatgcaacatttaggtaattgaatttattgcagaatttatcacctgct
gi|16 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattcatttgcggactgatttcaattcattaaatgtggctatcatgagcactttgggatgccctggcaaaatTTTGAGGATTGAAATAATTT-CACTA---A-----------AC-------CA------TTTTCATAG-TAG-TGC------CAT-GGGAAGTCGGT--GAGTGTcctgct
gi|16 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcaGT---G---A---GGG--GGGAG---GGG---GGGGGGTGATG--GG-G---CAAAAT-A---AAA-TA-TCATAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCATCGAGT----C---------------------GG--C------ATTT--G--TC---------Accggggttggggtgaggggtgaggggggaggggggggggtgatggggcaaaataaaatatcataaaatatcagacactcgttatgtaacgttttagtcatcgagtcggcatttgtcacttgcattaattttcgt
gi|17 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcatttgaggattgaaataatttcactaaaccattttcatagtagtgccatgggaagtcggtgagtgtccggggttggggtgagggGGATCGATATTAATT-TAGTA---AATCTTTTTAGCACGA----GCA------TTGTTATGG-TGA-TAT------CActtgcattaattttcgt
gi|17 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtgga-TATC--AGACACG----CGTTATGTAATATCGTTTAG-G--CCATCGAAT----TTTAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC----------A-------T--------------------CT---------G-------Cgacacgcgttatgtaatatcgtttaggccatcgaattttattcagaatttgtcatctgcaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtggaggatcgatattaatttagtaaatctttttagcacgagcattgttatggtgaTTTGCGGATTTATATCATTT-TGCTA---AGTCTGGGTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGT--GTGTGTGaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttaG-------TGTGT---G---T---GGGGTGG-TG---GGG---TGGGGG----G--TG-----AAAAATCA---AAA-AAATCACATAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCAAGT----TTGAG-----------T---A-AT--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------gggtggtggggtggggggtgaaaaatcaaaaaaatcacatactatcagacactcgttatgtaacatttaggtcatcaagtttgagtaataatttgtcaatctaccatttgcaggtat
gi|19 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttatttgcggatttatatcattttgctaagtctgggtagcacgaacattttcatagtgataccacagggaagtcgTTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTG
gi|2 : tttgacgaaaatggaaatgagggatgtaccaaaaccgttcattta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TC-CA--------CGAAT---------A------C--AGA-CCATAAT-TC-TAAGGCG---CATG-------GAC-----GCGACATCACGCA-CAATTAGT-GCTTTAGGCAAATTTCTCCA---C-T-CTTA-CAGC----CC-----TGGGCTGTC-AGATCTCGAATGTTGTCAaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaa
gi|20 : tatactgagcaaatgtagaaatgtcccaccatattccaagaaagattgctagaaatctataaggttggtggtactaacacttatacagaaaatgaagtttattcatatgtgaacccatatcagttgacctaattttgctgcgataaaaaggggtcaaaataaaaaagctgagttttttttagaaatgttaagggattaatgatttctctcccataacaagtccaagttgtattcagtatgattaatatcgtgtgtggTTTCTGGATTGATATCAATT-CACTATAAAATCTGGCTAGCACAA----GCA------CTTTTATAT-TGA-TAC------Catttg
gi|20 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcatG----G--GG-T---CAAAA------------ATCACAAAC-AATC--AGAAACT----TGTTATGTAA---TATTAAG-GTTTCAT--A------TTGAG-----------T---A-ttagctaagtttgcaggggtcaaaaatcacaaacaatcagaaacttgttatgtaatattaaggtttcatattgagta
gi|21 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcattttctggattgatatcaattcactataaaatctggctagcacaagcacttttatattgataccttagctaagtttgcaG-------TATGTTGGG---T---GGGTTGGGGC---GGG---GGGGGG----G--GG-GGGGCAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----T----------AATCACAGAGATTATC
gi|22 : t---GGGTTGGGGC---GGG---GGGGGG----G--GGGT---CAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATAATGTAA---CTTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACTAAT-GCAATTTGCAAATTACTCTA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|24 : gTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCAC--------A------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGCGCGCGTGCGTGCGTGCGTGTATGCACGCGCGCG-------TGTGT---GTGTT---GGGGTGGGTTTGGGGA---TGGGGG----G--GG-tt
gi|25 : ttggacgaaattggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcattta-TATC--AGACACT----CTTAATGTAA---CGTTTAG-G--TAATATAGT----TTGAG-----------A---A-AG--A------ATTT--G--TC---------
gi|25 : ta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---CTAC-------GGC-----GTAACGGAACGCA-AAACCAAT-GCGTTATGCAAATTCC-----T-C-C-TGCTGCAACA---CT-----TGAGA---C-AAGCGACAAAGATGATCccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaccaccatttgcatgtatatattcaataattttacggcgctacggcgtaacggaacgcaaaaccaatgcgttatgcaaattcctcctgctgcaacacttgagacaagcgacaaagatgatcttttt
gi|26 : tatatcagacactcttaatgtaacgtttaggtaatatagtttgagaaagaatttgtcccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaACAAAA-TATC--AGCCATT----CGTTATTTAA---GGTTAAG-G--TCAACGAGTTTGTTTCAGATTTTGTCACTT---A-AATTA------ATTTTCG--TT---------AAAAACGAGT--------------------GTGAAC-----A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTGT---------G------TGTATA-AAATAAT-TT-TACGGCT---TCTC------------------------------AACCAAT-TAATTTTGCAAATTGTTCTA-TAA-C-CGCTGCAACA---CC-----TGAGT---C-AGATCACAAAGAGTATCAttttt
gi|27 : AAAAT-A---AAA-AC-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTTGA-TCC-C-CTTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGTGATTATCAttttag
gi|28 : ggcgt--GG-T---AAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT----------------GTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCT----------CGTAGCAACG---CCCGTCGTGAAC---C-AAATCACAGAGATTATCAtttc
gi|29 : -T---CAAAAT-ATTAAAA-AAA----AAAA-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTT-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CATAGCAACG---CC-----TGAGC---C-ATATCACAGAGATAATCAaattg
gi|3 : TTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTG---AGTCTGGCTAGCACGAACTAGCAGGAAAGTCTGGCTAGCTGGCTAG------CA--GGAAAGTCGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTGTG-----------------------TTTGG---G---T---GGGTT---TT---GGG---GAGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TGTC--AGACACT----CATTATGTAA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-AATGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGAAAATTACTTGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|30 : ttaAAT-A---AAA--AATCACAAA---ATTAAAGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCCAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAATGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-TAATCACAGAGATTATCA
gi|31 : AG-AAAT-ACAAAC-TATT--AGACACT----CCTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------AGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-GT-TACGGAG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AACCCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCTA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----CGAGC---C-AAATCACAAATATTATCAgttt
gi|32 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TGTTCATAC-TGA-TAC------CATGGGGAAGTGGGatttg
gi|32 : ttcaCAAAC-TAGT--AGACACT----CGTTGTGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------T------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACgaaggcggccaaactagtagacactcgttgtgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtcaatttaccatttgcaggtatttattcaataattttacggcgtctcgatgtaaca
gi|33 : ttcatttgcggattgatatcatttcgctaaatctggctagcacgaacatgttcatactgataccatggggaagtggggaaggcggc-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCA---TTTC-------GAC-----GTAACGTGACGCA-AAACCAAC-GCATTTGGCAAATTCCTC-----------TAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCAa
gi|34 : ataAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTT--GTAA----GTTTAG-G--TAATTGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTTGA-TCC-C-CGTA-CTACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCtttt
gi|35 : CACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCATAGAGATTATCAtttttg
gi|36 : TTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGtttt
gi|37 : ttaAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTTGA-TCC-C-CTTAGCAACG---CC-----TTAGC---T-AAATCACAGTGATTATCAaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngg
gi|39 : ATCGAGT----TTAAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------ACC------T--------------------GT---------AATAAGTTCC---GTTAATAACG--------GGTGT---------GGCCACCC--AGG-CAATACT-TTCTTCGGAG---TAGT-------GAC-----GCAGCGCAGTGCAGAAATTAAT-GCATTCGCAAAATTCCTTCATT-C-C-CGTTACAAtttcg
gi|4 : tagactaTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ACCT-----TTTTCATAG-TGA-TAT------CACAGGGAAGTCGGT--GGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA----------CGCGCGTGTGTGT----------------G-------TGT---------T---GGGTTGGGTG---GGGGGATGGAGG----G--atagatcacgaatatgatcaatttcat
gi|4 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttaGTGTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATGT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAGT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CATAGTAATG---CC-----TTAGC---C-AAATCCCAGAGATTATCaacggtgggggtggggggtgtaggtcatcgagtttgagtaagaatgtgtcagtctaccatttgcaggtatgtattcaataattttacggcgtctcgacgtaacgtaacgcaaaaccagtgcattttgcaaattactcgatcaccatagtaatgccttagccaaatcccagagattatc
gi|41 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttatttgcagattgatatcatttcgctaagtctggctagcacgaacctttttcatagtgatatcacagggaagtcggtgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcgcgtgtgtgtgtgttgggttgggtggggggatggagggaacggtgggggtgggggTTTGTTGATGGATATCCACT-CACTA---AATCTGGGAAGCAC--------A------TTT--ATAA-TGA-TGC------CCTGACGAAGTCGGT--AGGAGT
gi|43 : atactaaacactagaaacgtctctccgggtttaagtgaatatttctagaattccaaaaatgttgcatttataaatcataatcaaacaaagttttttaaTTTGCGGATTGATATCATTTTCGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ATA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGCCGGT--G
gi|44 : ttggacgaaaatggaaatgacacatgtaccaaaagcgttaatttaTT-TAATAAT-CT-TACGGCG---TCTC-------CAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCATCG---CC-----TAAGC---T-AAATAATAGAAATTATCAtg
gi|45 : g-CAATAAT-TT-TACAGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCT----------CGTAGCATCG---CCTGTCGTGAGC---C-AAATCACAGATATTATCAttt
gi|46 : --------------------CT---------A-------CC---GTT--TG-CAC-------GAT-T---------G------A--ATG-TAATACT-TG-TACAGCGCATTCGCATGATGGGACATAATGTAACGTAACACA-AAACCAAT-GCATTCAGCAttttg
gi|47 : taataacgagtgtgaGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATTACAGAGATGATCA
gi|49 : TT-CACCA---ATTCTGGCTAGCATGG----GCA------CTTTCTTGG-TGA-TAC------CATGGGGGAGTTGAT--GGGGGT
gi|5 : TTTGTGGGTGAATATCACTT-CACTT---AATCTGGCTACCATAA----GGA------CTTTCATAG-TGA-TAC------CATGGTGAAGTCAGT--AGGGGTca
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAGA-TATC--AGACACT----CGTTGTGTAA---TGTTTAG-G--TCATTGAGT----TTATG-----------T---C-AG--A------ATAT--G--TC----------A-------C--------------------CT---------G--------C---ATT--T--------------TAT---------G----------TT-CATTAAT-caaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAC---------G------T--ATG-CAATAAT-TT-TATGGCG---CCTC-------GAC-----ATAACATTACATC-ACACAAA--GC---TG---AATTCCTCAA-T-aacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|50 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagtaggggtcaaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaCAACG---CC-----CGAGT---C-AAATCATAAAGATTGTCAttccaatttgat
gi|51 : tctattatctatgctaAAA-TATC--AGACAGT----CGTGA---AA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AT--A------ATTT--G--TC---------Attttggtgatttgc
gi|52 : GGA----A--AG-T---CAAAAT-A---AAA---ATCACAAAA-TATC--AGACACT----TGTTGTc
gi|6 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGCCTAGCACGA----ACA------TTTTTATAG-TGA-TACATGTACCACAGGGAAATCGGT--GTGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGTGC--------GCGAGCGCG-----TGTGT---G---T---GGGTTGGGTT---GGT---TGGGGG----T--TG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AA--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-------------CA---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCAct
gi|7 : ATCAATATCGTTT-CACAA---GATATGGCTAGCAGTA----GCA------T
gi|7 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaAACATATC--AGACACT----CGCTGTGTAA---CGTTAAG-G--TCATCGAGT----TTACA-----------CCCGA-AG--A------ATTC--A--CCTG-------CA-------T--------------------TT---------AGTT----TC---GTT--TA-TAATGAATGTGATATCCTTTTCAGG------TTGATTGCAATACT-TC-TACGGTG---CCTC-------GGC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTCGGCAAA-TCCTTAATT-C-C-CACTGCAAAG---CC-----CGAAT---C-AGATTACGAATTTTATCAggcgaagtcagtaggggtcaacatatcagacactcgctgtgtaacgttaaggtcatcgagtttacacccgaagaattcacctgcatttagtttcgtttataatgaatgtgatatccttttcaggttgattgcaatacttctacggtgcctcggcgtaacgtaacgcaaaaccaatgcattcggcaaatccttaattcccactgcaaagcccgaatcagattacgaattttatcaatttggt
gi|8 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaatcaatatcgtttcacaagatatggctagcagtagcatggcgaagtcagtaggggtcTTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---CGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAA-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGT--GTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNTGTGT---G---TCTTGGGATGGGTT---GGG---TGGGGG----GAGGG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------atttggt
gi|8 : tgaggcatgtataaaactattcattta-------GAC-----GTAACGTAACCCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---CAAAATCACAGCGATTATCcgtaacgtaacccaaaaccaatgcattttgcaaattactcgatcaccgtagcaacgcctgagccaaaatcacagcgattatc
gi|9 : tgaggcatgtataaaactattcatttatttgcggattgatatcatttcgctacgtctggctagcacgaacattttcataatgataccacagggaagtcggtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgtgtcttgggatgggttgggtggggggagggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcattatgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaaTTTGCGAATTCATATCATTT-CGCTA---TATCTGGCTAGAACGA----ACA------TT
gi|9 : ttcaAAAAT-A---AAA-AAAT-ACAAAC-TATC--AGATACT----CGTTATGCAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TG---------AA-------T--------------------AT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACCGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAACAACGACACC-----TGACC---A-AAATCACAGATATTATCAgaactctctgctgcgcttgtcggacattaacttccgaaatataaaataaaaaaatacaaactatcagatactcgttatgcaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtgaatataccatttgcaggtatgtattcaataattttaccgcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtaacaacgacacctgaccaaaatcacagatattatcattttgg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGAATCAAAATAGAAAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCGAGAGATAACCGGTCAAGAGAGGTTGGGGTCAAAATCAAAAATCCCAAAAACTCAGAAAGGTGTAATTGAATA
Unaligned ( gi|38 ): TCAATTATGATATATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGGATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCCAGAGATAACTG
Unaligned ( gi|40 ): TCATTTGTGAAATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTCATCGAAAACCAAAAGGTTTACTTTTTTTAATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCATAACCAAGTAATAACATCTGGCTATCTTGTTCACTTTTCGAGAGATAACCG
Unaligned ( gi|42 ): TACACTGAGCAAAAATAGAAACATTTTTCCTGTTTAAGATGGATTACCGGAAATCTTAAAAAGTTACAGTTATAAATAAATCACAATGAGACATAAAATTTAATCATTTGTGGATAGAAATCTGGATATCACAGA
Unaligned ( gi|48 ): TTAGACGAAAATGTAAATGAGGGATGTACCAAAACCGTTCATTTATTTGCGGATTGATGTCATT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444 666666666666666666666666 1111 11111111111111111111 222
lowQualScore : 1 222 1 33333 666666 1 1 555555 44 22 0 0000000000000000000000000000000 444444444444444444444444 9999999 666 6 3333 9999 4444 22 2 333 1 333 77 4 33 11 2222 4444 1 11 2222 55555555555 222 1 11 333333 11 11 666666666 6666666 00000000000000000000 888888888 6666666 222 11 1 66666666 555555555 444444444 1 1 1 222 4444444 33333 1 1 0 4 000 1 222 77777 222 1
lowQualScore : . ... . ..... ...... . . ...... .. .. . ............................... ........................ ....... ... . .... .... .... .. . ... . ... .. . .. .. .... .... . .. .... ........... ... . .. ...... .. .. ......... ....... .................... ......... ....... ... .. . ........ ......... ......... . . . ... ....... ..... . . . . ... . ... ..... ... .
lowQualScore : 7 999 1 44444 222222 7 7 000000 00 88 2 2222222222222222222222222222222 111111111111111111111111 0000000 444 6 7777 4444 5555 88 0 777 7 000 00 7 33 77 6666 8888 2 77 5555 66666666666 111 2 77 555555 77 88 999999999 5555555 88888888888888888888 222222222 7777777 444 99 4 44444444 555555555 555555555 3 3 4 333 2222222 22222 3 3 9 1 222 5 666 44444 666 5
consensus : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTG---------GCGNGCG-------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-T-C-C-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
Reference ( family-3158 ) : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTG---------GCGNGCG-------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-T-C-C-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|1 : TTGATATCATGT-CACTC---AATCTGACTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TA-----------------GAAGTCGGTTGGGGT
gi|1 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatGTC---GGT---TGGGG-----------T---CAAAAT-T---AAA-AA-TCACAAAA-TGTC--TGACACT----CTTTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--ATTTGTCACTT--GCATT---------AA-------TTTTCATTAAAGCGAGTTTGACC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAATGTT-TAATGAG---CCTC-------GAC-----GTAACGTAATGCA-ATATCAAT-GAATTTGGCAAATTATTCGATT-C-C-CGTTGCAACG---CC-------AGT---C-AGATCACAAAGATTATCAcaaaattaaaaatcacaaaatgtctgacactctttatgtaacgtttaggttatcgagtttgagtcagatttgtcacttgcattaattttcattaaagcgagtttgaccaccatttgcaggtatatattcaataatgtttaatgagcctcgacgtaacgtaatgcaatatcaatgaatttggcaaattattcgattcccgttgcaacgccagtcagatcacaaagattatcattttgg
gi|10 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatttgatatcatgtcactcaatctgactagcacgagcattttcatagtagaaGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTTGCTAGCATGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--AGGTGTGTTTGttttgg
gi|10 : GTGTGTTTG---------A-GAGAG-------GG------G---T---GGGT-GAGTG---GGG----GGGGG----G--AG-T----AAAAT-A---AAA-AA------------TC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCAagagaggggtgggtgagtggggggggggagtaaaataaaaaatcagacactcgttatgtaagtttaggtaatcgagtttgagtaagaatttgtcaatctaccatttgcaggtatatattcaataattttacggcgtttcgacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtagcaacgcctaagctaaatcacagagattatcattttg
gi|11 : gatgtcatttcgcttagtcttgctagcatgaacattttcatagtgataccacatggaagtcggtagTTTGTGGATTGACATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCAAAG-TGA-TAC------CATGGGGAAGTCGGT--GTGTGTGTttttg
gi|11 : tcaGTGTGTGTGT----------GCGTGCG-------TGTGT---T---T---CGG--GGGT----GGA---GGTGGG----G--GG-T---CAAAAT-----AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCA---AAT----TTAAG-----------T---A-AG--A------ATTT--T--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------------------------TACGGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCA-------------TCGA-T-C-CTCGTAGCAGCG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGAGTATCAgcgtgcgtgtgtttcgggggtggaggtggggggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcgttatgtaacgttttagtcaaatttaagtaagaatttttcaatctaccatttgcaggtatgtacggcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatcgatcctcgtagcagcgcctgagccaaatcacagagagtatcattttg
gi|12 : tcatttgtggattgacatcatttcgctaaatctggctagcacgaacattttcaaagtgataccatggggaagtcgAGCACGA----GCA------TTTTAATAG-TGA-TAC------TATTGGAAGGTTGTT--GGGGGTttttg
gi|12 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAAAAAATCACAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTGGCG--T-ATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TCACTTGCATTAA-------T--------------------TTTCGACTGTGA-------CCACAATT--TG-CT--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATATT-TA-TGCGGCA---CCTC-------GAC-----GTACAGTAACTTA-AAA-CAATCGTTTTTGGCAAATTACTCGA-caaaataaaaaaaatcacaaaatatcagacactcgttatgtaacgtttggcgtatcgagtttgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcgactgtgaccacaatttgctggtatatattcaatatttatgcggcacctcgacgtacagtaacttaaaacaatcgtttttggcaaattactcgactaccgctgtaa
gi|13 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaagcacgagcattttaatagtgatactattggaaggttgttTTTGTGGATCGATATCAATT-CACTG---AATTTAGCTAGAATGA----GCA--------GTCATAG-TTA-TAC------TATGGCAAAGTCGAC--AGGGGTctaccgctgtaa
gi|13 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AA-TTACAAAA-TATC--AGACACT----CGCTATATAA---TGCTTAG-G--TCATCAAAT----TTGAA-----------T---A-AG--A------ATTT--caaaataaaaaattacaaaatatcagacactcgctatataatgcttaggtcatcaaatttgaataagaatttttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaatttgtggatcgatatcaattcactgaatttagctagaatgagcagtcatagttatactatggcaaagtcgacaTTTGTGGATTGATA--ACTT-CACAA---AATCTGACTAGCATGA----GCA------GTCTCATAG-TGA-TAA------CATGGGGAAGTCAGT--AGGGGTttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAA-TATC--AGACACTCTGACATTATGTAG---CACTTCA-A--CCATTGATA----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------Acaaaataaaaaatcacaaaatatcagacactctgacattatgtagcacttcaaccattgatattgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttatttgtggattgataacttcacaaaatctgactagcatgagcagtctcatagtgataacatggggaagtcagtaTTTGCGGACTGATTTCAATT-CATTA---AATGTGGCTATCATGA----GCA------CTTT----G-GGA-TGC------CCTGGCAAAATTGGT--AGGcttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattca---TGGTAG----G--GG-A---TAAAA------AAA-AAATAATATA--TATC--AGACACA----CGTTATGCAA---CATTTAG-G--TAATTGAAT----TT-AT-----------T---GCAG--A------ATTT--A--TC---------Aggataaaaaaaaaataatatatatcagacacacgttatgcaacatttaggtaattgaatttattgcagaatttatcacctgct
gi|16 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattcatttgcggactgatttcaattcattaaatgtggctatcatgagcactttgggatgccctggcaaaatTTTGAGGATTGAAATAATTT-CACTA---A-----------AC-------CA------TTTTCATAG-TAG-TGC------CAT-GGGAAGTCGGT--GAGTGTcctgct
gi|16 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcaGT---G---A---GGG--GGGAG---GGG---GGGGGGTGATG--GG-G---CAAAAT-A---AAA-TA-TCATAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCATCGAGT----C---------------------GG--C------ATTT--G--TC---------Accggggttggggtgaggggtgaggggggaggggggggggtgatggggcaaaataaaatatcataaaatatcagacactcgttatgtaacgttttagtcatcgagtcggcatttgtcacttgcattaattttcgt
gi|17 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcatttgaggattgaaataatttcactaaaccattttcatagtagtgccatgggaagtcggtgagtgtccggggttggggtgagggGGATCGATATTAATT-TAGTA---AATCTTTTTAGCACGA----GCA------TTGTTATGG-TGA-TAT------CActtgcattaattttcgt
gi|17 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtgga-TATC--AGACACG----CGTTATGTAATATCGTTTAG-G--CCATCGAAT----TTTAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC----------A-------T--------------------CT---------G-------Cgacacgcgttatgtaatatcgtttaggccatcgaattttattcagaatttgtcatctgcaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtggaggatcgatattaatttagtaaatctttttagcacgagcattgttatggtgaTTTGCGGATTTATATCATTT-TGCTA---AGTCTGGGTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGT--GTGTGTGaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttaG-------TGTGT---G---T---GGGGTGG-TG---GGG---TGGGGG----G--TG-----AAAAATCA---AAA-AAATCACATAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCAAGT----TTGAG-----------T---A-AT--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------gggtggtggggtggggggtgaaaaatcaaaaaaatcacatactatcagacactcgttatgtaacatttaggtcatcaagtttgagtaataatttgtcaatctaccatttgcaggtat
gi|19 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttatttgcggatttatatcattttgctaagtctgggtagcacgaacattttcatagtgataccacagggaagtcgTTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTG
gi|2 : tttgacgaaaatggaaatgagggatgtaccaaaaccgttcattta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TC-CA--------CGAAT---------A------C--AGA-CCATAAT-TC-TAAGGCG---CATG-------GAC-----GCGACATCACGCA-CAATTAGT-GCTTTAGGCAAATTTCTCCA---C-T-CTTA-CAGC----CC-----TGGGCTGTC-AGATCTCGAATGTTGTCAaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaa
gi|20 : tatactgagcaaatgtagaaatgtcccaccatattccaagaaagattgctagaaatctataaggttggtggtactaacacttatacagaaaatgaagtttattcatatgtgaacccatatcagttgacctaattttgctgcgataaaaaggggtcaaaataaaaaagctgagttttttttagaaatgttaagggattaatgatttctctcccataacaagtccaagttgtattcagtatgattaatatcgtgtgtggTTTCTGGATTGATATCAATT-CACTATAAAATCTGGCTAGCACAA----GCA------CTTTTATAT-TGA-TAC------Catttg
gi|20 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcatG----G--GG-T---CAAAA------------ATCACAAAC-AATC--AGAAACT----TGTTATGTAA---TATTAAG-GTTTCAT--A------TTGAG-----------T---A-ttagctaagtttgcaggggtcaaaaatcacaaacaatcagaaacttgttatgtaatattaaggtttcatattgagta
gi|21 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcattttctggattgatatcaattcactataaaatctggctagcacaagcacttttatattgataccttagctaagtttgcaG-------TATGTTGGG---T---GGGTTGGGGC---GGG---GGGGGG----G--GG-GGGGCAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----T----------AATCACAGAGATTATC
gi|22 : t---GGGTTGGGGC---GGG---GGGGGG----G--GGGT---CAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATAATGTAA---CTTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACTAAT-GCAATTTGCAAATTACTCTA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|24 : gTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCAC--------A------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGCGCGCGTGCGTGCGTGCGTGTATGCACGCGCGCG-------TGTGT---GTGTT---GGGGTGGGTTTGGGGA---TGGGGG----G--GG-tt
gi|25 : ttggacgaaattggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcattta-TATC--AGACACT----CTTAATGTAA---CGTTTAG-G--TAATATAGT----TTGAG-----------A---A-AG--A------ATTT--G--TC---------
gi|25 : ta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---CTAC-------GGC-----GTAACGGAACGCA-AAACCAAT-GCGTTATGCAAATTCC-----T-C-C-TGCTGCAACA---CT-----TGAGA---C-AAGCGACAAAGATGATCccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaccaccatttgcatgtatatattcaataattttacggcgctacggcgtaacggaacgcaaaaccaatgcgttatgcaaattcctcctgctgcaacacttgagacaagcgacaaagatgatcttttt
gi|26 : tatatcagacactcttaatgtaacgtttaggtaatatagtttgagaaagaatttgtcccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaACAAAA-TATC--AGCCATT----CGTTATTTAA---GGTTAAG-G--TCAACGAGTTTGTTTCAGATTTTGTCACTT---A-AATTA------ATTTTCG--TT---------AAAAACGAGT--------------------GTGAAC-----A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTGT---------G------TGTATA-AAATAAT-TT-TACGGCT---TCTC------------------------------AACCAAT-TAATTTTGCAAATTGTTCTA-TAA-C-CGCTGCAACA---CC-----TGAGT---C-AGATCACAAAGAGTATCAttttt
gi|27 : AAAAT-A---AAA-AC-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTTGA-TCC-C-CTTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGTGATTATCAttttag
gi|28 : ggcgt--GG-T---AAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT----------------GTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCT----------CGTAGCAACG---CCCGTCGTGAAC---C-AAATCACAGAGATTATCAtttc
gi|29 : -T---CAAAAT-ATTAAAA-AAA----AAAA-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTT-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CATAGCAACG---CC-----TGAGC---C-ATATCACAGAGATAATCAaattg
gi|3 : TTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTG---AGTCTGGCTAGCACGAACTAGCAGGAAAGTCTGGCTAGCTGGCTAG------CA--GGAAAGTCGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTGTG-----------------------TTTGG---G---T---GGGTT---TT---GGG---GAGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TGTC--AGACACT----CATTATGTAA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-AATGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGAAAATTACTTGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|30 : ttaAAT-A---AAA--AATCACAAA---ATTAAAGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCCAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAATGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-TAATCACAGAGATTATCA
gi|31 : AG-AAAT-ACAAAC-TATT--AGACACT----CCTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------AGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-GT-TACGGAG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AACCCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCTA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----CGAGC---C-AAATCACAAATATTATCAgttt
gi|32 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TGTTCATAC-TGA-TAC------CATGGGGAAGTGGGatttg
gi|32 : ttcaCAAAC-TAGT--AGACACT----CGTTGTGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------T------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACgaaggcggccaaactagtagacactcgttgtgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtcaatttaccatttgcaggtatttattcaataattttacggcgtctcgatgtaaca
gi|33 : ttcatttgcggattgatatcatttcgctaaatctggctagcacgaacatgttcatactgataccatggggaagtggggaaggcggc-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCA---TTTC-------GAC-----GTAACGTGACGCA-AAACCAAC-GCATTTGGCAAATTCCTC-----------TAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCAa
gi|34 : ataAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTT--GTAA----GTTTAG-G--TAATTGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTTGA-TCC-C-CGTA-CTACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCtttt
gi|35 : CACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCATAGAGATTATCAtttttg
gi|36 : TTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGtttt
gi|37 : ttaAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTTGA-TCC-C-CTTAGCAACG---CC-----TTAGC---T-AAATCACAGTGATTATCAaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngg
gi|39 : ATCGAGT----TTAAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------ACC------T--------------------GT---------AATAAGTTCC---GTTAATAACG--------GGTGT---------GGCCACCC--AGG-CAATACT-TTCTTCGGAG---TAGT-------GAC-----GCAGCGCAGTGCAGAAATTAAT-GCATTCGCAAAATTCCTTCATT-C-C-CGTTACAAtttcg
gi|4 : tagactaTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ACCT-----TTTTCATAG-TGA-TAT------CACAGGGAAGTCGGT--GGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA----------CGCGCGTGTGTGT----------------G-------TGT---------T---GGGTTGGGTG---GGGGGATGGAGG----G--atagatcacgaatatgatcaatttcat
gi|4 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttaGTGTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATGT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAGT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CATAGTAATG---CC-----TTAGC---C-AAATCCCAGAGATTATCaacggtgggggtggggggtgtaggtcatcgagtttgagtaagaatgtgtcagtctaccatttgcaggtatgtattcaataattttacggcgtctcgacgtaacgtaacgcaaaaccagtgcattttgcaaattactcgatcaccatagtaatgccttagccaaatcccagagattatc
gi|41 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttatttgcagattgatatcatttcgctaagtctggctagcacgaacctttttcatagtgatatcacagggaagtcggtgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcgcgtgtgtgtgtgttgggttgggtggggggatggagggaacggtgggggtgggggTTTGTTGATGGATATCCACT-CACTA---AATCTGGGAAGCAC--------A------TTT--ATAA-TGA-TGC------CCTGACGAAGTCGGT--AGGAGT
gi|43 : atactaaacactagaaacgtctctccgggtttaagtgaatatttctagaattccaaaaatgttgcatttataaatcataatcaaacaaagttttttaaTTTGCGGATTGATATCATTTTCGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ATA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGCCGGT--G
gi|44 : ttggacgaaaatggaaatgacacatgtaccaaaagcgttaatttaTT-TAATAAT-CT-TACGGCG---TCTC-------CAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCATCG---CC-----TAAGC---T-AAATAATAGAAATTATCAtg
gi|45 : g-CAATAAT-TT-TACAGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCT----------CGTAGCATCG---CCTGTCGTGAGC---C-AAATCACAGATATTATCAttt
gi|46 : --------------------CT---------A-------CC---GTT--TG-CAC-------GAT-T---------G------A--ATG-TAATACT-TG-TACAGCGCATTCGCATGATGGGACATAATGTAACGTAACACA-AAACCAAT-GCATTCAGCAttttg
gi|47 : taataacgagtgtgaGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATTACAGAGATGATCA
gi|49 : TT-CACCA---ATTCTGGCTAGCATGG----GCA------CTTTCTTGG-TGA-TAC------CATGGGGGAGTTGAT--GGGGGT
gi|5 : TTTGTGGGTGAATATCACTT-CACTT---AATCTGGCTACCATAA----GGA------CTTTCATAG-TGA-TAC------CATGGTGAAGTCAGT--AGGGGTca
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAGA-TATC--AGACACT----CGTTGTGTAA---TGTTTAG-G--TCATTGAGT----TTATG-----------T---C-AG--A------ATAT--G--TC----------A-------C--------------------CT---------G--------C---ATT--T--------------TAT---------G----------TT-CATTAAT-caaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAC---------G------T--ATG-CAATAAT-TT-TATGGCG---CCTC-------GAC-----ATAACATTACATC-ACACAAA--GC---TG---AATTCCTCAA-T-aacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|50 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagtaggggtcaaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaCAACG---CC-----CGAGT---C-AAATCATAAAGATTGTCAttccaatttgat
gi|51 : tctattatctatgctaAAA-TATC--AGACAGT----CGTGA---AA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AT--A------ATTT--G--TC---------Attttggtgatttgc
gi|52 : GGA----A--AG-T---CAAAAT-A---AAA---ATCACAAAA-TATC--AGACACT----TGTTGTc
gi|6 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGCCTAGCACGA----ACA------TTTTTATAG-TGA-TACATGTACCACAGGGAAATCGGT--GTGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGTGC--------GCGAGCGCG-----TGTGT---G---T---GGGTTGGGTT---GGT---TGGGGG----T--TG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AA--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-------------CA---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCAct
gi|7 : ATCAATATCGTTT-CACAA---GATATGGCTAGCAGTA----GCA------T
gi|7 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaAACATATC--AGACACT----CGCTGTGTAA---CGTTAAG-G--TCATCGAGT----TTACA-----------CCCGA-AG--A------ATTC--A--CCTG-------CA-------T--------------------TT---------AGTT----TC---GTT--TA-TAATGAATGTGATATCCTTTTCAGG------TTGATTGCAATACT-TC-TACGGTG---CCTC-------GGC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTCGGCAAA-TCCTTAATT-C-C-CACTGCAAAG---CC-----CGAAT---C-AGATTACGAATTTTATCAggcgaagtcagtaggggtcaacatatcagacactcgctgtgtaacgttaaggtcatcgagtttacacccgaagaattcacctgcatttagtttcgtttataatgaatgtgatatccttttcaggttgattgcaatacttctacggtgcctcggcgtaacgtaacgcaaaaccaatgcattcggcaaatccttaattcccactgcaaagcccgaatcagattacgaattttatcaatttggt
gi|8 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaatcaatatcgtttcacaagatatggctagcagtagcatggcgaagtcagtaggggtcTTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---CGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAA-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGT--GTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNTGTGT---G---TCTTGGGATGGGTT---GGG---TGGGGG----GAGGG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------atttggt
gi|8 : tgaggcatgtataaaactattcattta-------GAC-----GTAACGTAACCCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGA-T-CAC-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---CAAAATCACAGCGATTATCcgtaacgtaacccaaaaccaatgcattttgcaaattactcgatcaccgtagcaacgcctgagccaaaatcacagcgattatc
gi|9 : tgaggcatgtataaaactattcatttatttgcggattgatatcatttcgctacgtctggctagcacgaacattttcataatgataccacagggaagtcggtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgtgtcttgggatgggttgggtggggggagggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcattatgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaaTTTGCGAATTCATATCATTT-CGCTA---TATCTGGCTAGAACGA----ACA------TT
gi|9 : ttcaAAAAT-A---AAA-AAAT-ACAAAC-TATC--AGATACT----CGTTATGCAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TG---------AA-------T--------------------AT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACCGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAACAACGACACC-----TGACC---A-AAATCACAGATATTATCAgaactctctgctgcgcttgtcggacattaacttccgaaatataaaataaaaaaatacaaactatcagatactcgttatgcaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtgaatataccatttgcaggtatgtattcaataattttaccgcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtaacaacgacacctgaccaaaatcacagatattatcattttgg
blockSeqs : T TAA G ACTAG GGAAAG C C ATGTAC CA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GTGTATGCACGCGCGCG TGGG CTT G TTGG GGAT TGAT AG G GGG C TTA AA A CA AA CTGA TATC C TT TTGT ATTTTGTCACT CCG C TT . TC . ACTTGCATT AAACGAG . TCGACTGTG ATAAGTT ACA AA A ATGAATGT CCTTTTCAG GCCACCC G . C CAT ATGATGG ATAAT G C T CC T ACA CGTCG TGT A
blockSeqs : . . A A T . . . TG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNN GTGT . T G G . . . . . . A A C . . C . . . . . . . . . . TG C . GAAC GTT . . . C . TGT . . . . . . . . T CA . . TGTCG . .
blockSeqs : . . A A . . . . TT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GCGCGAGCGCG T . T G T . . . . . . A A A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTG . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . A G . . . . TG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA GCGTGCG G . G G G . . . . . . A A A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . A G . . . . TG . G G . T C T . . . . . . A A A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . A G . . . . TG . G G . T C G . . . . . . T A A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . G G . . . . CA . G . T T G . . . . . . A A C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . G G . . . . CA . G . A G T . . . . . . A A C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . CA . . . . T G . . . . . . A A C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . G A . . . . TG . . . T T . . . . . . A A C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . G G . . . . CA . . T . . . . . . A A A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . CA . . . . . . . . A A C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . G A . . . . TG . . . . . . . A A C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . G A . . . . CA . . . . . . . A A A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . TG . . . . . . . A A C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . G G . . . . TG . . . . . . . A A C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . T G . . . . CA . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CC . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . CA . . . . . . . . A C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . G G . . . . T . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . G A . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : CG ** GCGCGCG***************** ****** ** ******************** CC*
originalCons : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTG---------GCGNGCG-------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-T-C-C-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
finalCons : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGCGCGCG-----------------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGG---TGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGA-TCC-C-CGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGAATCAAAATAGAAAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCGAGAGATAACCGGTCAAGAGAGGTTGGGGTCAAAATCAAAAATCCCAAAAACTCAGAAAGGTGTAATTGAATA
Unaligned ( gi|38 ): TCAATTATGATATATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGGATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCCAGAGATAACTG
Unaligned ( gi|40 ): TCATTTGTGAAATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTCATCGAAAACCAAAAGGTTTACTTTTTTTAATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCATAACCAAGTAATAACATCTGGCTATCTTGTTCACTTTTCGAGAGATAACCG
Unaligned ( gi|42 ): TACACTGAGCAAAAATAGAAACATTTTTCCTGTTTAAGATGGATTACCGGAAATCTTAAAAAGTTACAGTTATAAATAAATCACAATGAGACATAAAATTTAATCATTTGTGGATAGAAATCTGGATATCACAGA
Unaligned ( gi|48 ): TTAGACGAAAATGTAAATGAGGGATGTACCAAAACCGTTCATTTATTTGCGGATTGATGTCATT
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111111111111111111
lowQualScore : 1 222 1 33333 666666 1 1 555555 44 22 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 777 777 666 6 2222 4 4444 22 2 333 1 333 77 4 33 11 2222 4444 1 11 2222 55555555555 222 1 11 333333 11 11 666666666 6666666 00000000000000000000 888888888 6666666 222 11 1 66666666 555555555 444444444 1 1 1 222 4444444 33333 1 1 0 1 222 77777 222 1
lowQualScore : . ... . ..... ...... . . ...... .. .. . ......................................................................... ... ... ... . .... . .... .. . ... . ... .. . .. .. .... .... . .. .... ........... ... . .. ...... .. .. ......... ....... .................... ......... ....... ... .. . ........ ......... ......... . . . ... ....... ..... . . . . ... ..... ... .
lowQualScore : 7 999 1 44444 222222 7 7 000000 00 88 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000 000 444 6 9999 0 5555 88 0 777 7 000 00 7 33 77 6666 8888 2 77 5555 66666666666 111 2 77 555555 77 88 999999999 5555555 88888888888888888888 222222222 7777777 444 99 4 44444444 555555555 555555555 3 3 4 333 2222222 22222 3 3 9 8 666 44444 666 5
consensus : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGTGCGTGTGTG----------TGCGCG----CG--------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGGTGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGATCCCCGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
Reference ( family-3158 ) : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACGGGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTG----------TGCGCG----CG--------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTC---GGGTGGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGATCCCCGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|1 : TTGATATCATGT-CACTC---AATCTGACTAGCACGA----GCA------TTTTCATAG-TA-----------------GAAGTCGGTTGGGGT
gi|1 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatGTC---GGTTGGGG-----------T---CAAAAT-T---AAA-AA-TCACAAAA-TGTC--TGACACT----CTTTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--ATTTGTCACTT--GCATT---------AA-------TTTTCATTAAAGCGAGTTTGACC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAATGTT-TAATGAG---CCTC-------GAC-----GTAACGTAATGCA-ATATCAAT-GAATTTGGCAAATTATTCGATTCCCGTTGCAACG---CC-------AGT---C-AGATCACAAAGATTATCAcaaaattaaaaatcacaaaatgtctgacactctttatgtaacgtttaggttatcgagtttgagtcagatttgtcacttgcattaattttcattaaagcgagtttgaccaccatttgcaggtatatattcaataatgtttaatgagcctcgacgtaacgtaatgcaatatcaatgaatttggcaaattattcgattcccgttgcaacgccagtcagatcacaaagattatcattttgg
gi|10 : tatactgagcaaaaaaaagaatcgcccatccctatttgagtaacttttttcagaaagccaaaatgttatagtgataaatcataatcatatataaaatgtattcatttgtatttgatatcatgtcactcaatctgactagcacgagcattttcatagtagaaGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTTGCTAGCATGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--AGGTGTGTTTGttttgg
gi|10 : GTGTGTT----------TGAGAG----AG--------GG------G---T---GGGT-GAGTG---GGG-GGGGG----G--AG-T----AAAAT-A---AAA-AA------------TC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGATCCCCGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCAagagaggggtgggtgagtggggggggggagtaaaataaaaaatcagacactcgttatgtaagtttaggtaatcgagtttgagtaagaatttgtcaatctaccatttgcaggtatatattcaataattttacggcgtttcgacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtagcaacgcctaagctaaatcacagagattatcattttg
gi|11 : gatgtcatttcgcttagtcttgctagcatgaacattttcatagtgataccacatggaagtcggtagTTTGTGGATTGACATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCAAAG-TGA-TAC------CATGGGGAAGTCGGT--GTGTGTGTttttg
gi|11 : tcaGTGTGTGTG----------TGCGTG----CG--------TGTGT---T---T---CGG--GGGT----GGAGGTGGG----G--GG-T---CAAAAT-----AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCA---AAT----TTAAG-----------T---A-AG--A------ATTT--T--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------------------------TACGGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCA-------------TCGATCCTCGTAGCAGCG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGAGTATCAgcgtgcgtgtgtttcgggggtggaggtggggggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcgttatgtaacgttttagtcaaatttaagtaagaatttttcaatctaccatttgcaggtatgtacggcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatcgatcctcgtagcagcgcctgagccaaatcacagagagtatcattttg
gi|12 : tcatttgtggattgacatcatttcgctaaatctggctagcacgaacattttcaaagtgataccatggggaagtcgAGCACGA----GCA------TTTTAATAG-TGA-TAC------TATTGGAAGGTTGTT--GGGGGTttttg
gi|12 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAAAAAATCACAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTGGCG--T-ATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TCACTTGCATTAA-------T--------------------TTTCGACTGTGA-------CCACAATT--TG-CT--------GGTAT---------A------T--ATT-CAATATT-TA-TGCGGCA---CCTC-------GAC-----GTACAGTAACTTA-AAA-CAATCGTTTTTGGCAAATTACTCGACTACCGcaaaataaaaaaaatcacaaaatatcagacactcgttatgtaacgtttggcgtatcgagtttgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcgactgtgaccacaatttgctggtatatattcaatatttatgcggcacctcgacgtacagtaacttaaaacaatcgtttttggcaaattactcgactaccgctgtaa
gi|13 : aatgagcagaaagataaacgcccctacatatttgagttttcaagaaagccaaaaagcacgagcattttaatagtgatactattggaaggttgttTTTGTGGATCGATATCAATT-CACTG---AATTTAGCTAGAATGA----GCA--------GTCATAG-TTA-TAC------TATGGCAAAGTCGAC--AGGGGTctgtaa
gi|13 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA-AA-TTACAAAA-TATC--AGACACT----CGCTATATAA---TGCTTAG-G--TCATCAAAT----TTGAA-----------T---A-AG--A------ATTT--caaaataaaaaattacaaaatatcagacactcgctatataatgcttaggtcatcaaatttgaataagaatttttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : actatactgagcaataataaaaacatctctccctgttaaagtacatatttcctgatatccacagttacagttatacatgtaaattataattaaaaaaagtttgttaatttgtggatcgatatcaattcactgaatttagctagaatgagcagtcatagttatactatggcaaagtcgacaTTTGTGGATTGATA--ACTT-CACAA---AATCTGACTAGCATGA----GCA------GTCTCATAG-TGA-TAA------CATGGGGAAGTCAGT--AGGGGTttaaccccagctattaaagcgattttaatgataatt
gi|14 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAA-TATC--AGACACTCTGACATTATGTAG---CACTTCA-A--CCATTGATA----TTGAG-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------Acaaaataaaaaatcacaaaatatcagacactctgacattatgtagcacttcaaccattgatattgagtcagaatttgtcacttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : tatactgagcaaaagaagaaaagtccctccctatttgagtaacattttcctgaaaaccaaaaaagttatagatataaatcatattcaaatataaagtttgtttatttgtggattgataacttcacaaaatctgactagcatgagcagtctcatagtgataacatggggaagtcagtaTTTGCGGACTGATTTCAATT-CATTA---AATGTGGCTATCATGA----GCA------CTTT----G-GGA-TGC------CCTGGCAAAATTGGT--AGGcttgcattaattttcattaaaaatgagtgt
gi|15 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattcaTGGTAG----G--GG-A---TAAAA------AAA-AAATAATATA--TATC--AGACACA----CGTTATGCAA---CATTTAG-G--TAATTGAAT----TT-AT-----------T---GCAG--A------ATTT--A--TC---------Aggataaaaaaaaaataatatatatcagacacacgttatgcaacatttaggtaattgaatttattgcagaatttatcacctgct
gi|16 : aactcagcaaaaacagaaacatccctccttgtttaaataaagacttccagaaataaaaaaaaaaagctacagttataaatcttgatcaaacataaagtttattcatttgcggactgatttcaattcattaaatgtggctatcatgagcactttgggatgccctggcaaaatTTTGAGGATTGAAATAATTT-CACTA---A-----------AC-------CA------TTTTCATAG-TAG-TGC------CAT-GGGAAGTCGGT--GAGTGTcctgct
gi|16 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcaGT---G---A---GGG--GGGAG---GGGGGGGGGTGATG--GG-G---CAAAAT-A---AAA-TA-TCATAAAA-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTTA-G--TCATCGAGT----C---------------------GG--C------ATTT--G--TC---------Accggggttggggtgaggggtgaggggggaggggggggggtgatggggcaaaataaaatatcataaaatatcagacactcgttatgtaacgttttagtcatcgagtcggcatttgtcacttgcattaattttcgt
gi|17 : aaaaagcaaaataggttatagtaataaatcataatcaaatatacagtttatgcatttgaggattgaaataatttcactaaaccattttcatagtagtgccatgggaagtcggtgagtgtccggggttggggtgagggGGATCGATATTAATT-TAGTA---AATCTTTTTAGCACGA----GCA------TTGTTATGG-TGA-TAT------CActtgcattaattttcgt
gi|17 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtgga-TATC--AGACACG----CGTTATGTAATATCGTTTAG-G--CCATCGAAT----TTTAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC----------A-------T--------------------CT---------G-------Cgacacgcgttatgtaatatcgtttaggccatcgaattttattcagaatttgtcatctgcaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : tgaactaaaatagaaacgttcctctctgttgaaatacatccagaaatcccaaaaggttacgattataaatcataagcgatacataaactttattgatttgtggaggatcgatattaatttagtaaatctttttagcacgagcattgttatggtgaTTTGCGGATTTATATCATTT-TGCTA---AGTCTGGGTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGT--GTGTGTGaaaaactttcgtttatgacttgtgtgaac
gi|18 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttaG--------TGTGT---G---T---GGGGTGG-TG---GGGTGGGGG----G--TG-----AAAAATCA---AAA-AAATCACATAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCAAGT----TTGAG-----------T---A-AT--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------gggtggtggggtggggggtgaaaaatcaaaaaaatcacatactatcagacactcgttatgtaacatttaggtcatcaagtttgagtaataatttgtcaatctaccatttgcaggtat
gi|19 : ggaagaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaacagttcatttatttgcggatttatatcattttgctaagtctgggtagcacgaacattttcatagtgataccacagggaagtcgTTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTG
gi|2 : tttgacgaaaatggaaatgagggatgtaccaaaaccgttcattta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TC-CA--------CGAAT---------A------C--AGA-CCATAAT-TC-TAAGGCG---CATG-------GAC-----GCGACATCACGCA-CAATTAGT-GCTTTAGGCAAATTTCTCCACTCTTACAGC-------CC-----TGGGCTGTC-AGATCTCGAATGTTGTCAaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaa
gi|20 : tatactgagcaaatgtagaaatgtcccaccatattccaagaaagattgctagaaatctataaggttggtggtactaacacttatacagaaaatgaagtttattcatatgtgaacccatatcagttgacctaattttgctgcgataaaaaggggtcaaaataaaaaagctgagttttttttagaaatgttaagggattaatgatttctctcccataacaagtccaagttgtattcagtatgattaatatcgtgtgtggTTTCTGGATTGATATCAATT-CACTATAAAATCTGGCTAGCACAA----GCA------CTTTTATAT-TGA-TAC------Catttg
gi|20 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcatG----G--GG-T---CAAAA------------ATCACAAAC-AATC--AGAAACT----TGTTATGTAA---TATTAAG-GTTTCAT--A------TTGAG-----------T---A-ttagctaagtttgcaggggtcaaaaatcacaaacaatcagaaacttgttatgtaatattaaggtttcatattgagta
gi|21 : atatactgagcaaaaatagaaacatttaagtaaagatttctagaaatcttaaaaaaggttacagttgtaaattataatcaaacataatgtttattcattttctggattgatatcaattcactataaaatctggctagcacaagcacttttatattgataccttagctaagtttgcaG--------TATGTTGGG---T---GGGTTGGGGC---GGGGGGGGG----G--GG-GGGGCAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGATCACCGTAGCAACG---CC-----T----------AATCACAGAGATTATC
gi|22 : t---GGGTTGGGGC---GGGGGGGGG----G--GGGT---CAAAAT-A---AAA-AG-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CATAATGTAA---CTTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACTAAT-GCAATTTGCAAATTACTCTATCACCGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|24 : gTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCAC--------A------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCGCGCGCGTGCGTGCGTGCGTGTATGCACGCGCG----CG--------TGTGT---GTGTT---GGGGTGGGTTTGGGGATGGGGG----G--GG-tt
gi|25 : ttggacgaaattggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcattta-TATC--AGACACT----CTTAATGTAA---CGTTTAG-G--TAATATAGT----TTGAG-----------A---A-AG--A------ATTT--G--TC---------
gi|25 : ta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---CTAC-------GGC-----GTAACGGAACGCA-AAACCAAT-GCGTTATGCAAATTCCT-----CCTGCTGCAACA---CT-----TGAGA---C-AAGCGACAAAGATGATCccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaccaccatttgcatgtatatattcaataattttacggcgctacggcgtaacggaacgcaaaaccaatgcgttatgcaaattcctcctgctgcaacacttgagacaagcgacaaagatgatcttttt
gi|26 : tatatcagacactcttaatgtaacgtttaggtaatatagtttgagaaagaatttgtcccttgcatttattttcgctaaaagcgagtgtaaACAAAA-TATC--AGCCATT----CGTTATTTAA---GGTTAAG-G--TCAACGAGTTTGTTTCAGATTTTGTCACTT---A-AATTA------ATTTTCG--TT---------AAAAACGAGT--------------------GTGAAC-----A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTGT---------G------TGTATA-AAATAAT-TT-TACGGCT---TCTC------------------------------AACCAAT-TAATTTTGCAAATTGTTCTATAACCGCTGCAACA---CC-----TGAGT---C-AGATCACAAAGAGTATCAttttt
gi|27 : AAAAT-A---AAA-AC-TCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTTGATCCCCTTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGTGATTATCAttttag
gi|28 : ggcgt--GG-T---AAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT----------------GTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCT-------CGTAGCAACG---CCCGTCGTGAAC---C-AAATCACAGAGATTATCAtttc
gi|29 : -T---CAAAAT-ATTAAAA-AAA----AAAA-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTT-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGATCACCATAGCAACG---CC-----TGAGC---C-ATATCACAGAGATAATCAaattg
gi|3 : TTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTG---AGTCTGGCTAGCACGAACTAGCAGGAAAGTCTGGCTAGCTGGCTAG------CA--GGAAAGTCGNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTG----------TG------------------TTTGG---G---T---GGGTT---TT---GGGGAGGGG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TGTC--AGACACT----CATTATGTAA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------TGTAT---------A------T--ATT-CAATAAT-TT-AATGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGAAAATTACTTGATCACCGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCA
gi|30 : ttaAAT-A---AAA--AATCACAAA---ATTAAAGACACT----CGTTATGTAA---CATTTAG-G--TCATCCAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAATGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGATCCCCGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-TAATCACAGAGATTATCA
gi|31 : AG-AAAT-ACAAAC-TATT--AGACACT----CCTTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------AGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-GT-TACGGAG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AACCCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCTATCCCCGTAGCAACG---CC-----CGAGC---C-AAATCACAAATATTATCAgttt
gi|32 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AATCTGGCTAGCACGA----ACA------TGTTCATAC-TGA-TAC------CATGGGGAAGTGGGatttg
gi|32 : ttcaCAAAC-TAGT--AGACACT----CGTTGTGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------TT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------T------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAT-----GTAACgaaggcggccaaactagtagacactcgttgtgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtcaatttaccatttgcaggtatttattcaataattttacggcgtctcgatgtaaca
gi|33 : ttcatttgcggattgatatcatttcgctaaatctggctagcacgaacatgttcatactgataccatggggaagtggggaaggcggc-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCA---TTTC-------GAC-----GTAACGTGACGCA-AAACCAAC-GCATTTGGCAAATTCCTC--------TAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCAa
gi|34 : ataAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CGTT--GTAA----GTTTAG-G--TAATTGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTTGATCCCCGTA-CTACG---CC-----TAAGC---T-AAATCACAGAGATTATCtttt
gi|35 : CACAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGATCCCCGTAGCAACG---CC-----TAAGC---T-AAATCATAGAGATTATCAtttttg
gi|36 : TTTGCGGATTGATGTCATTT-CGCTT---AGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGTCGGT--GGGTGTGTTTGtttt
gi|37 : ttaAAAC-TATC--AGACACT----CGTTATGTAA----GTTTAG-G--TAATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TTTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGCCAAATTCCTTGATCCCCTTAGCAACG---CC-----TTAGC---T-AAATCACAGTGATTATCAaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngg
gi|39 : ATCGAGT----TTAAT-----------T---C-AG--A------ATTT--G--TC---------ACC------T--------------------GT---------AATAAGTTCC---GTTAATAACG--------GGTGT---------GGCCACCC--AGG-CAATACT-TTCTTCGGAG---TAGT-------GAC-----GCAGCGCAGTGCAGAAATTAAT-GCATTCGCAAAATTCCTTCATTCCCGTTACAAtttcg
gi|4 : tagactaTTTGCAGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ACCT-----TTTTCATAG-TGA-TAT------CACAGGGAAGTCGGT--GGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC----------------------------------GCG----CG--------TGTGT---G---T---GTGTTGGGTT---GGGTGGGGG----G--atagatcacgaatatgatcaatttcat
gi|4 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttaGTGTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATGT--G--TC---------AG-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAGT-GCATTTTGCAAATTACTCGATCACCATAGTAATG---CC-----TTAGC---C-AAATCCCAGAGATTATCatggagggaacggtgggggtggggggtgtaggtcatcgagtttgagtaagaatgtgtcagtctaccatttgcaggtatgtattcaataattttacggcgtctcgacgtaacgtaacgcaaaaccagtgcattttgcaaattactcgatcaccatagtaatgccttagccaaatcccagagattatc
gi|41 : tttaaacgaaaatggaaatgaggcatgtaccaaaaccattcatttatttgcagattgatatcatttcgctaagtctggctagcacgaacctttttcatagtgatatcacagggaagtcggtgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcgcgtgtgtgtgtgttgggttgggtggggggatggagggaacggtgggggtgggggTTTGTTGATGGATATCCACT-CACTA---AATCTGGGAAGCAC--------A------TTT--ATAA-TGA-TGC------CCTGACGAAGTCGGT--AGGAGT
gi|43 : atactaaacactagaaacgtctctccgggtttaagtgaatatttctagaattccaaaaatgttgcatttataaatcataatcaaacaaagttttttaaTTTGCGGATTGATATCATTTTCGCTA---AGTCTGGCTAGCACGA----ATA------TTTTCATAG-TGA-TAC------CACATGGAAGCCGGT--G
gi|44 : ttggacgaaaatggaaatgacacatgtaccaaaagcgttaatttaTT-TAATAAT-CT-TACGGCG---TCTC-------CAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGATCCCCGTAGCATCG---CC-----TAAGC---T-AAATAATAGAAATTATCAtg
gi|45 : g-CAATAAT-TT-TACAGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCT-------CGTAGCATCG---CCTGTCGTGAGC---C-AAATCACAGATATTATCAttt
gi|46 : --------------------CT---------A-------CC---GTT--TG-CAC-------GAT-T---------G------A--ATG-TAATACT-TG-TACAGCGCATTCGCATGATGGGACATAATGTAACGTAACACA-AAACCAAT-GCATTCAGCAttttg
gi|47 : taataacgagtgtgaGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGATCACCGTAGCAACG---CC-----TGAGC---C-AAATTACAGAGATGATCA
gi|49 : TT-CACCA---ATTCTGGCTAGCATGG----GCA------CTTTCTTGG-TGA-TAC------CATGGGGGAGTTGAT--GGGGGT
gi|5 : TTTGTGGGTGAATATCACTT-CACTT---AATCTGGCTACCATAA----GGA------CTTTCATAG-TGA-TAC------CATGGTGAAGTCAGT--AGGGGTca
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcaG----G--GG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAGA-TATC--AGACACT----CGTTGTGTAA---TGTTTAG-G--TCATTGAGT----TTATG-----------T---C-AG--A------ATAT--G--TC----------A-------C--------------------CT---------G--------C---ATT--T--------------TAT---------G----------TT-CATTAAT-caaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|5 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagta--------------------CC---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAC---------G------T--ATG-CAATAAT-TT-TATGGCG---CCTC-------GAC-----ATAACATTACATC-ACACAAA--GC---TG---AATTCCTCAATTTCCaacgagagtaaccaccatttgcaggtacgtatgcaataattttatggcgcctcgacataacattacatcacacaaagctgaattcctcaatttccaatttgat
gi|50 : tatactgagaaaaaatagaaatgtccctccctatttgagtaaaattttccaggatacagttataaatcataatcaaatataaagtttattcatttgtgggtgaatatcacttcacttaatctggctaccataaggactttcatagtgataccatggtgaagtcagtaggggtcaaaataaaaaatcacaagatatcagacactcgttgtgtaatgtttaggtcattgagtttatgtcagaatatgtcacctgcattttatgttcattaataacgagagtaaCAACG---CC-----CGAGT---C-AAATCATAAAGATTGTCAaatttgat
gi|51 : tctattatctatgctaAAA-TATC--AGACAGT----CGTGA---AA---TGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---C-AT--A------ATTT--G--TC---------Attttggtgatttgc
gi|52 : GGA----A--AG-T---CAAAAT-A---AAA---ATCACAAAA-TATC--AGACACT----TGTTGTc
gi|6 : TTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---AGTCTGCCTAGCACGA----ACA------TTTTTATAG-TGA-TACATGTACCACAGGGAAATCGGT--GTGTGTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTG----------TGCGCGAGCGCG--------TGTGT---G---T---GGGTTGGGTT---GGTTGGGGG----T--TG-T---CAAAAT-A---AAA-AAATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TTATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AA--A------ATTT--G--TC---------AA-------T--------------------CT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-AACGGCG---TCTC-------GAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGAT-----------CA---CC-----TGAGC---C-AAATCACAGAGATTATCAct
gi|7 : ATCAATATCGTTT-CACAA---GATATGGCTAGCAGTA----GCA------T
gi|7 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaAACATATC--AGACACT----CGCTGTGTAA---CGTTAAG-G--TCATCGAGT----TTACA-----------CCCGA-AG--A------ATTC--A--CCTG-------CA-------T--------------------TT---------AGTT----TC---GTT--TA-TAATGAATGTGATATCCTTTTCAGG------TTGATTGCAATACT-TC-TACGGTG---CCTC-------GGC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTCGGCAAA-TCCTTAATTCCCACTGCAAAG---CC-----CGAAT---C-AGATTACGAATTTTATCAggcgaagtcagtaggggtcaacatatcagacactcgctgtgtaacgttaaggtcatcgagtttacacccgaagaattcacctgcatttagtttcgtttataatgaatgtgatatccttttcaggttgattgcaatacttctacggtgcctcggcgtaacgtaacgcaaaaccaatgcattcggcaaatccttaattcccactgcaaagcccgaatcagattacgaattttatcaatttggt
gi|8 : taaactgagcaaaaaagaaacgcccttccctgcctgagtaaaattttctagaaatctaaaaagatcacagtaataaataattatcaaatcaatatcgtttcacaagatatggctagcagtagcatggcgaagtcagtaggggtcTTTGCGGATTGATATCATTT-CGCTA---CGTCTGGCTAGCACGA----ACA------TTTTCATAA-TGA-TAC------CACAGGGAAGTCGGT--GTGTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNNN----NNNNNNNNNNTGTGT---G---TCTTGGGATGGGTT---GGGTGGGGG----GAGGG-T---CAAAAT-A---AAA--AATCACAAAC-TATC--AGACACT----CATTATGTAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------atttggt
gi|8 : tgaggcatgtataaaactattcattta-------GAC-----GTAACGTAACCCA-AAACCAAT-GCATTTTGCAAATTACTCGATCACCGTAGCAACG---CC-----TGAGC---CAAAATCACAGCGATTATCcgtaacgtaacccaaaaccaatgcattttgcaaattactcgatcaccgtagcaacgcctgagccaaaatcacagcgattatc
gi|9 : tgaggcatgtataaaactattcatttatttgcggattgatatcatttcgctacgtctggctagcacgaacattttcataatgataccacagggaagtcggtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgtgtcttgggatgggttgggtggggggagggtcaaaataaaaaatcacaaactatcagacactcattatgtaacgtttaggtcatcgagtttgagtaaTTTGCGAATTCATATCATTT-CGCTA---TATCTGGCTAGAACGA----ACA------TT
gi|9 : ttcaAAAAT-A---AAA-AAAT-ACAAAC-TATC--AGATACT----CGTTATGCAA---CGTTTAG-G--TCATCGAGT----TTGAG-----------T---A-AG--A------ATTT--G--TG---------AA-------T--------------------AT---------A-------CC---ATT--TG-CA--------GGTAT---------G------T--ATT-CAATAAT-TT-TACCGCG---TCTC-------AAC-----GTAACGTAACGCA-AAACCAAT-GCATTTGGCAAATTCCTCGATCCCCGTAACAACGACACC-----TGACC---A-AAATCACAGATATTATCAgaactctctgctgcgcttgtcggacattaacttccgaaatataaaataaaaaaatacaaactatcagatactcgttatgcaacgtttaggtcatcgagtttgagtaagaatttgtgaatataccatttgcaggtatgtattcaataattttaccgcgtctcaacgtaacgtaacgcaaaaccaatgcatttggcaaattcctcgatccccgtaacaacgacacctgaccaaaatcacagatattatcattttgg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGAATCAAAATAGAAAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCGAGAGATAACCGGTCAAGAGAGGTTGGGGTCAAAATCAAAAATCCCAAAAACTCAGAAAGGTGTAATTGAATA
Unaligned ( gi|38 ): TCAATTATGATATATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTTATCGAAAACCAAAAGGGTTACTTTTATGGATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCAAAACCAATTAATAACATCTGGCTATCTTGTTAACTTTTCCAGAGATAACTG
Unaligned ( gi|40 ): TCATTTGTGAAATATACTCAGCAAAAATAGAAACGTCCCTCCATATTTCAGGAAAGATTCATCGAAAACCAAAAGGTTTACTTTTTTTAATCAAAATAGAAAAACAAGTTCATTCATTTCTGTATCATAACCAAGTAATAACATCTGGCTATCTTGTTCACTTTTCGAGAGATAACCG
Unaligned ( gi|42 ): TACACTGAGCAAAAATAGAAACATTTTTCCTGTTTAAGATGGATTACCGGAAATCTTAAAAAGTTACAGTTATAAATAAATCACAATGAGACATAAAATTTAATCATTTGTGGATAGAAATCTGGATATCACAGA
Unaligned ( gi|48 ): TTAGACGAAAATGTAAATGAGGGATGTACCAAAACCGTTCATTTATTTGCGGATTGATGTCATT