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Reference ( gi|2 ) : GATTCTCC-ATCTAAACCATTGTTTCGAGAGCTTAAATGGTTAAA--TATGGCAGAGCGAATACATT--TTCATGAAGCAAAACAAGTTT-ATAAATGTGTCAACAAGATGACACC-AGATTATCTTACATCTTTTTTTCTA-GAGGCTAAA-----TCATCTTATGAA-TTAAGAGCTTGTGCAAATGGTGGTATAG-TGATTCTTAAATAAAGATTAAACAAAAACAGACA--AAGTCTTCACTATTCTGGGGCTCTAATATGGAACTCTATAA-CCCCAACTGTAGG-----ACAAGCAAAGAATACTAAAA-AAAATT---AAAAT-GAAAAAT-CA-----A--------GC-T-ACTCTCTTA--A-GTA-ATTTTAACTGATACA--TATTG-TAGATTTAAATCT-TCAATATTTC--TAT-AAG----A-C---A-TGC--TA--C-----ATA--CTAT-----A--TAA-TTGTCTTAACATTGTATAGC-CATGAATATCTTAGATATGCAG-TGACTTTAATTAATTGTTTGAT------TG------T-ATGTTTATTTA------GTATTTGAATGT--------A----------TTTG-------TTAT-AACCATG-CTTTGCTTTGTAGATA-GCT-TTAGG--G---GAG--A-----------A----------ATTGA-TTGAGTTA-CCATT-GTTAA--G-AAAATA---ATTTATTATTA
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Reference ( family-3011 ) : GATTCTCC-ATCTAAACCATTGTTTCGGGAGCTNAAATGGTTAAA--TATTGCAAAACGAATAAATTTCCATNAAGCA-NTACAAGTTT-AT-AAATGCGTCANCAAGCTCGCTCCAGACTATCTTACATCTTTTTTTCAA-GAGGCTAAATCATCTTATGAA-TTAAGAGCTTGTGCAAATGGGGATATAGT-GATTCCTAAATATAGATTAAACAAA-TACAA-ACAAAGTCTTCACTATTCTGGGGCTCTCATATGGAACTCTATAA-CCCCAAGTGTACGACAA-----GCAAAGAATATT-AAAAAAATT-AAA-AA-G-AAA------TAT------T--ANGCAACTCTCTTA--A-GTA-ATTCTAACTGATACA-GT----GGTAGATTAAAAT-TCTCAATATTTC--TA-TAAGA-C---AT--A-------N--TA-----T--AT--GCTATA--TA-ATTGTCATAACATTGTATATTCATGAATATCTTGGAAATGCAATGACTCTAATTAATTGTATGAT------TG------T-ATGTTTATTTA------GTATTTGAATGT--------A----------TTTG-------TTAT-AACCATGATTTGCTCTGTTGATGGCCTCAAGG---GAG--A---------GTA--------ATTG-----A-TTGAGTTACCATCGTTAAATAAAGA---ATTTATTATTA
gi|1 : TTCTCC-ATCTAAATCATTGTTTCGGGAGCTTAAATTATTAGA--TATTGCAAAACGAATAATTTTTCATTAAACA-ATACAAGTTC-AT-AAATGTGTCATGAAGCTCACTCCAAATTATCTTGCATCTTTTTTTCAA-GAGGCTAAAGTATCTTTTGAG-TTAAGAGCTTGTGCAAATGGGGATATAGT-GATTCCTAAATATAGATTAAACAAA-TACAA-ACAAAGCCTTCACTATTCTGGGACTCTCATATGAAAATCAATGA-CCCCAAGTGCACGACAA-----GCAAATGATATT-AATTAATTC-AAA-GA-T-AAA------TAT------A--ACGCCACTCTCT------GTA-A-TCTAACTGATACA-GC----GGTAGATTAAAAT-TATCAATATTTCTATA-TAAGA-CAATAT--A-------A--TATC---T--AT--GCTATA--TA-ATTGTCAAAACAATGTATATTCATGCATATCTTGAAAATGCAATGAATTTAAATAACTGTATGTT------TGTACATAT-ATGTTTATTTA------GTATTTAAATAT--------A----------TTCA-------TTAT-AACCATCATTTGCTTTATT-ATGTTCTCAAGG---GAA--AACAGTTACTGCA--------GTTG-----A-TTGAGTTACCATCGTTAAATAAAGA---
gi|10 : tatCTATTATCCCCAAGTGCAGGACAA-----GTACAGAATACG-AAAGAACTT-AAA-CA-G-AAATACATGTAT------A--ACATAACTCTCTTA--A-ATATTTTTTTACTGATACA-GT----GGT
gi|10 : ATGCGTTAATATGTTAGAAATGTAATGACT--AATTAATTGTATGAC------AG------TCATATTAACATA------GTATTTGAATGT--------ACATGACTGTATTTA-------TTATTAACGATGACCTGCTCTGTTTATGGTCTCAAGT---CAG--A---------GCA--------ATT------A-TT--GTCATATTCATTGAAAAAATA---ATTTATTATTAtactaagaaaaacataatgcgttaatatgttagaaatgtaatgactaattaattgtatgacagtcatattaacatagtatttgaatgtacatgactgtatttattattaacgatgacctgctctgtttatggtctcaagtcagagcaattattgtcatattcattgaaaaaataatttattattatta
gi|11 : ctattatccccaagtgcaggacaagtacagaatacgaaagaacttaaacagaaatacatgtataacataactctcttaaatatttttttactgatacagtggttactaagaaaaacataGCTCTCATATGGAACTCTATAA-CCCCAAGTATACGACAA-----GCAAAGAATACT-AAAGAATTC-AAA-AA-G-AAA------TAT------T--ACGCAACTCTCTTA--A-GCA-ACTCTAACAAATACA-GT----GGTAGATTAAATA-TCTCAATATTCC--TA-CAAGA-CAATAC--A-------A--TATC---T--AT--ACTATA--TA-ATTGTCATTACACTGTATATTCATGTATATCTTAGAAATGCAATGACTTTAATTAAATGTATGCT------TG------T-ATATTTATTTA------GTATTTGAATAT--------A----------TTTG-------TTAT-CACTATGCTTTGtta
gi|12 : CA-TT----GACAGATTAAAAT-TCTCAATAATTT--T--TAAGA-T---AT--A-------TAATA-----TCTAT--GCTGTA--TG-ACTGTCATAACATTGTATATTCATGAATGTCTTCGAAATGCAATGACTTTAATTAATTGTATGAT------T-------T-ATGTTTATTTA------GTATTTGAATGT--------A----------TTTG-------TTAT-AACCATGATTTGCTTTGTTGATGGCCTCAAGA---GAG--A---------
gi|13 : AAAGCTTGTGAAAATGGGGATATAGT-GATTCTTAAATATAGATTAATCAAA---CAA-ACAAATTGTTCACTACTCTGGGGCTTTCATATGGAACTCTATTT-CCCCAAGTGTACGACAA-----GCAAAACATATT-AAAGAATTC-AAA-AA-G-AAA------TAT------T--AAACAACTCTCTTA--A-GTA-ATTCTAACTGATACA-GT----GGTAGA-TAA--------GATATTTC------AAGA-C---AT--A-------annnnnnnnnnctatccactgtatgaccacctcgcttgaaaaatggtcatttttagcagcttacttc
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Reference ( family-3011 ) : GATTCTCC-ATCTAAACCATTGTTTCGGGAGCTTAAATGGTTAAA--TATTGCAAAACGAATAAATTTCCATNAAGCA-NTACAAGTTT-AT-AAATGCGTCANCAAGCTNGCTCCAGACTATCTTACATCTTTTTTTCAA-GAGGCTAAATCATCTTATGAA-TTAAGAGCTTGTGCAAATGGGGATATAGT-GATTCCTAAATATAGATTAAACAAA--TGCAA-ACAAAGTCTTCACTATTC-TGGGGCTCTCATATGGAACTCTATAA-CCCCAAGTGTACGACAA-----GCAAAGAATAT-T--AAAGAATTCAAAAAGAAA------TAT------T--ACGCAACTCTCT--TAA-GTA-ATTCTAACTGATA----CA-GTGGT-----AGATTAA---AAT-TC-TCAATATT-TC--TA-TAAGAC---AT----A-------ATA-----T--AT--GCTATA--TA-ATTGTCATAACATTGTATATTCATGAATATCTTGGAAATGCAATGACTTTAATTAATTGTATGAT------TG------T-ATGTTTATTTA------GTATTTGAATGT--------A----------TTTG-------TTAT-AACCATGATTTGCTCTGTTGATGGCCTCAA-G-G-GAG-AA-C----G----T---TGTAATTGA-TTGAGT----TACCATC-GTTAAATAAAGA---ATTTATTATTA
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gi|3 : cGATTCTCC-ATCTTAACCATAGTTTCAGGAGCTTAAATGGTTAGA--TAGTGCAGAACGAATACACTTCCATCAAGCA-ATACAAGTTA-AC-AA-TGTGTCTACAAGTTGGGTTCA--TTGTATTGCATCTATTAT-CAA-GAGGTTAAATCATCTTATAGA-TTAAGATCTTGTGCAAATGGGAATATAGT-TGTTCCTAAGTGTAGATTAAACAAA--TACAA-ACAAAGTCTTGACTTTTC-AGTAGTTCTCATTTGAAACTTTATAA-TCCTAAGTGTACGATAACATAAGCAA-GAATAT-T--GTATAATT-AAAAATAAA------CAT------T--ACGCAA-----------------TTCAAACTCGTA----CA-ATGGT-----AGAT-AA---AATATA-TCATTATA-TC--TA-TACAAC---ATT---A-------ATA-----T--CTAAGCTATA--TACACTGT-ATAGCATTGCATAT----------CTTGGAAATACATTGACTCTAATAAATTGTATAGT------TA------T-ATGTTTAATGA------GAGTTGGAATGT--------A----------TTTG-------TTTA-AACCATGACTTACTCCGTTGGTGGCCTCAA-C-G-GAGAAA-A----G---------GTAACTAA-TTGAGT----TACCATC-GTTAAATGAAAA---ATTGATTATtta
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gi|6 : gtgGGGATTTTCACACATAACGATATAA-TCCCACTTGTATGA----------ATAAAATAA-A--AACAAAATCAAGATGACA------CATAAAAAGTGGACGCAGCTTT-T--TAATGTT-ATTCAAATTGATG----TA-ACGAA-----AAATCAA---GCC-TG-CCAATATTGTT--TA-----AT---AT----C-------ATG-----TCAAT--GCTTTA--TA-ATTGTCAT-------TATATTAATGTATATGTTAGAATTGCAATAACTGTAAATAAT------AC-------A------T-ATGTTTATACA------GTATCTGGATGT--------G----------TTTG-------TTAC-AACCATGATTTACCTTGTTGGTGGCTTTAA-ACA-GAGCAATT----G----T---TGTACTTGA-TT-AGTGTGATGCCACCAGGAAAACACAGA---TTTCATT
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