lowQualScore : 444 1 333333333 2222222 111 111 1 22222222222 1111 2222 11
lowQualScore : 666 6 0 000000000 6666666 0 000 333 0 6 8888 1 1 33 5 4 99999999999 55 2 333 4444 55 999 2 2222 7 66 2 2 33 33 55555555 99 33 33
lowQualScore : ... . . ......... ....... . ... ... . . .... . . .. . . ........... .. . ... .... .. ... . .... . .. . . .. .. ........ .. .. ..
lowQualScore : 000 0 2 555555555 6666666 3 000 222 9 2 5555 2 5 22 3 4 88888888888 00 1 777 9999 11 333 1 8888 8 66 2 2 11 11 22222222 44 11 11
consensus : ATATATTCCACGGGCGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTG-TAAATATNTTATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCT-AATT---T---TC--AT-A---TTTC-TTGCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAA-GTGA--GTACATGCGCGCGCG-GCA-GTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
Reference ( gi|3 ) : ATATATTCCACGGAACTCATGGCCTACGTCTAATAAATTTG-TAAATTTATTATCCACGAAA--GGA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTTCCAAATTTATATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTTATACCT-ATTT---T---TC--AT-A---TTTCGTTGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAA-GTGA--CTACATGCTCGCGCG-GCA-GTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|1 : ATATATTCCACGGGCGGCATGGCCTACGTCCAATAAATGTG-T--------TATCCATGAAA--AAAACGAAAACTATTTGTTTTCAATGTTC-----TTTGT----------TTTTAGATTTATAA--ATGACGAATTTA--CCT-AATA---T----C--AT-A---TTTCTTT-CTTTGCAT-TAAAACGT-G-AAGAGG-GTGA--GTATATACGCGCGCA-GTA-GTGTAC-AT--T--TATGCGTG--T--A--ACA--T--GGT--TTACTGTGTCTCATCTAT
gi|2 : gttaatatgtcccagatactacgattttcgttgtaaatTATATTCCACGGATGGCGTGGCCTACGTTCAATAAATGTG-T---TTTGT-ATCCACGAAA--AAA-CGAAGACTACTCGTT---ATTCTTTCTCAATTTATATATGAAGCATCTAAGGTTCGTAACCGT--CTGAATAACACTTCA--T---T---AC--AT-A---TTTC-TTGT--------------GTA------------------CATACGCGCGC--GC--GTGTGT-GT--C--TTTATATGATT--C--ACA--T--GTT--TGACTTTTTCTCATCTAT
gi|19 : tgatatgtccgagctattacgatttacgttgtaatATAGCCTACGTCCAATAAACGTGATAA--TAATTTTCCGCGAAATAAAA-CGAATATTACTTGTT---AATTTTGCTAAATTCATCAATG-----TT--ATGTTCGTTACCa
gi|4 : GGCTTACGTCCAGTAAATGTG-TTAATATTTTGTTCACGAAA--AAA----AACCTACTTGTT---AATATT-CCTAATTTACTTATGAAACATTTAAGATTCGTTACCAT--CTGATTAATACCT-AATT---A----C--GT-A---TTTCTTT-CTTTGCTT-GAAAACGTAG-AAAAAA-GTGA--GTATATGCGCGCGCA-GCA-GTGTGT-AT--T--TATGTATG--T--T--AAAT-TTGTTT--TTCTTGGTTCTCATCTATg
gi|5 : AATAAATTTG-CAAATATTTTATTCATGAAA--AAG-TGAAAACTACTGGAA---AGCATTGCTAAATGTCTAT-------ATTTAAGGTTCGGAACCAT--CTGA---------------------TC--AC-A---TTTC-T--CTTTGCCG-AGAAACGTTG-AAAAAATGTG----TACATG--CGTGT--TCATATGTGT-GT--T--TTTGTAAG--A--T--GCA-----TTT--TTAATGTCTCTCATCg
gi|6 : cTG-TAAATATATTATTCGCGTAA--AAA-CGCAAACTTCTTGTT---AATATTTCGAATTTTTTATAGGAAGCATTTAAGCTTCGTAACCAT--CTAATTAATACCT-A-AT---T---TC--AT-A---TTTC-TTTCTTTCTTT-AAAAACGT-----------TGA--GTATATGCGCGCGCG-GCA-GTATGC-A---------------------------C--TTT--TTACTGTGTCTCATCTAat
gi|7 : TTATCCGCGAAA----A-TGA-----------T---AATATTGCTAACTTTCTATATGAAG-ACTTAAGATTCGTAACGAT--CTGATTAGTACCTCA------T---CCA-AT-A---TTTC----TTTAGTGT-------NNNN-NNNNNN-NNNN--NNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNN-NN--N--NNNNNNNN--N--T--ACA--T--TCT--TTACTGTTTTTCATCTAT
gi|9 : tATTGCTAAATTGCTAT--GAATCATTAAAGGTTTGTAACCAC--CTGATTAATAACT-A-AT---C---AC--AT-ATTTTTTCATTGCTTTGCTTAAAAAACGT---GAAAAA-GTG------CGTGTGCGCGCT-GAC-GTGAG--A--------TATATA--T--T--GAA------TT--TCACTGTTTTTCATCTa
gi|8 : aaATTGCTAAGTTTCTAATTGATGCATGTAAGGTTTGTAACCAT--TTGATTAATACAT-A-TC---T---AC--ATAA---TTT--TTTCTTTACTT--TAAATGTGA-AAAAAT-GTG----TTTATGCGAGTGT------GTGTGC-AT--T--TATATTTG--A--GAAACA--T--GTT--TTACTGTTTCTCATCTGTtt
gi|23 : TGTGAAGCATTTAAGCTTTGTAGCCTT--CTGGTTAATAat
gi|10 : aacttctGGAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCT-TATT---T---TC--AT-A---TTTCGTT-TTTTACTT-AAAAACGTAG-AAAAAA-GTGA--GTACATGTTCGCACG-GCA-GAGTGC-AT--T--TTTGTGAG--T--T--ACAT-A--TTT--TTACTGTTTCTCATTTATtataatgacatattt
gi|12 : AGAATTTAAGGCTCGTAACTAT--CTGATTAATACCT-A-AT---T---TC--AT-A---TTTC-TTTCTTTGCTT-AAAAGCGTAGAAAAAAA-GTGAGTATATATGCACACGCA-GCA-GTGTGCTGTGAC--TTTGTGAG--T--T--ACA--T--TTT--TTACAGTTTCTCATCTATgtt
gi|11 : GCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCT-AATT---T---TC--AT-A---TTTCGTTGTTTTGTTT-AAAAATGTAG-AAAAAA-GTGA--GTACATGCTCGCGCG-GCA-GTGTGC-AT--T--TTTATGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|14 : TTTAAGGTTTGTAACCAT--CTGATTAATACCT-AATT---T---TC--AT-A---TTTCGTTGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAA-GTGA--GTACATGCTCGCGCG-GCA-GTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgtta
gi|13 : TTTAAGGTTCGTATCCAT--CTGATTAATACCT-AATT---T---TC--AT-A---TTTCGTCGCTTTGCTA-AAAAACGTAG-AAAAAA-GTGA--GTACATGCTCGCGCG-GCA-GTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTTTTTCTCATCTATgtta
gi|16 : TCGTAAACAT--TTGATAAATACCT-AAT---------CGAAT-A---T------ATTTTAC------------G-ACAAAG-GCG----TGCGTGT--GCGTGTGC--GTGTGC-GT--TCGTTTGTGTG--AGAT--ACAG-T--TTT---TACTGTTTCTCATCTATgttat
gi|22 : aCGTAACCAT--CTGATTAATACCT-ACTTACAT---T----T-T---TTTCATT-CTTTGGTT-AAAA-------AAAAAT-GTGA--
gi|15 : T--CTGATTAATACCT-AATT---T---TC--AT-A---TTTCGTTGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAA-GTGA--GTACATGTTCGCGCG-GCA-GTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--A--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATaa
gi|21 : TTGATACCT-AATT---A----C--GC-A---TTT-ATTGTTTTGCTTAAAAAACGT-G-AAAAAA-GTG--------TGCTTAT----ACA-ATATAC-AT--T--TTTgtta
gi|18 : T-ACTT---TATGTC--AT-A---TTTCATC--TTTGCTT-AAAAACATA--AAAATG-GT-A--GTATATGC--GCGTG-GCA-GTGTGT-AT--T--GTTGTGAG--T--A--AC-C-T--TTT--TCACTGTTTTTCATCT
gi|17 : actaaTT---T---TC--AT-A---TTTCTTTGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAA-ATGA--GTACAAGCTCGCGCG-GCA-GTGTGA-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|25 : G--T--T--ACAG-T--TTTTTTTACTGTTTCTCATCTATgtta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTCCTAATATGTCCATGATACTACGATTATGGTGTAAATATATTCCACGAATAATAATTTCTTTTGTTGATATTTTATTCACGAAAAAAAC
Unaligned ( gi|24 ): TACGAGTTATGGATTAAAATATTCCAAGGCTGGAATGAAAAAAAAAATG
Alignments
lowQualScore : 1 1111 11111111111 11
lowQualScore : 44 0 2 1 3 5 66 66 888 5 3 1 888 0 0 33 2 1111 44 66666666666 44 777 0 33 1 4 2 33 33 22 44444 77 22 22
lowQualScore : .. . . . . . .. .. ... . . . ... . . .. . .... .. ........... .. ... . .. . . . .. .. .. ..... .. .. ..
lowQualScore : 33 7 4 6 0 0 99 44 888 0 5 0 222 3 7 11 1 6666 55 00000000000 44 555 1 11 2 4 2 11 11 99 22222 99 99 99
consensus : ATATATTCCACGGACGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATTT-TATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTC----T--T-GCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
Reference ( family-2943 ) : ATATATTCCACGGGCGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATNT-TATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTC----T--T-GCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|1 : ATATATTCCACGGGCGGCATGGCCTACGTCCAATAAATGTGT---------TATCCATGAAA--AAAACGAAAACTATTTGTTTTCAATGTT-CT----TTGT----------TTTTAGATTTATAA--ATGACGAATT--TACCTAATAT-C--ATATTTC----T--T-TCTTTGCAT-TAAAACGT-G-AAGAGGGTGAG--TATATACGCGCGCAGTAGTGTAC-AT--T--TATGCGTG--T--A--ACA--T--GGT--TTACTGTGTCTCATCTAT
gi|10 : gttaatatgtcccagatactacgattttcgttgtaaatGGAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTTATTTTC--ATATTTC----G--T-TTTTTACTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGTTCGCACGGCAGAGTGC-AT--T--TTTGTGAG--T--T--ACAT-A--TTT--TTACTGTTTCTCATTTAT
gi|11 : GCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGTTT-AAAAATGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTATGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgtt
gi|12 : AGAATTTAAGGCTCGTAACTAT--CTGATTAATACCTAA-TTTC--ATATTTC----T--T-TCTTTGCTT-AAAAGCGTAGAAAAAAAGTGAGTATATATGCACACGCAGCAGTGTGCTGTGAC--TTTGTGAG--T--T--ACA--T--TTT--TTACAGTTTCTCATCTATgtta
gi|13 : TTTAAGGTTCGTATCCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--C-GCTTTGCTA-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTTTTTCTCATCTAT
gi|14 : TTTAAGGTTTGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgttat
gi|15 : T--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGTTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--A--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgtta
gi|16 : TCGTAAACAT--TTGATAAATACCTAAT---CGAATATATT----T--T---------------ACG-----ACAAAG-GCG--TGCGTGTGCGTGTG-C-GTGTGC-GT--TCGTTTGTGTG--AGAT--ACAG-T--TTT---TACTGTTTCTCATCTATgtta
gi|17 : aTTTTC--ATATTTC----T--TTGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAATGAG--TACAAGCTCGCGCGGCAGTGTGA-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|18 : ACTAATACTTTATGT-C--ATATTTC----A--T--CTTTGCTT-AAAAACATA--AAAATGGT-AG--TATATGCGCGTG--GCAGTGTGT-AT--T--GTTGTGAG--T--A--AC-C-T--TTT--TCACTGTTTTTCATCTgtta
gi|19 : TAGCCTACGTCCAATAAACGTGATAATAATT-T-TCCGCGAAATAAAA-CGAATATTACTTGTT---AATTTTGCTAAATTCATCAATG-----TT--ATGTTCGTTACC
gi|2 : aTATATTCCACGGATGGCGTGGCCTACGTTCAATAAATGTGT-----TTTGTATCCACGAAA--AAA-CGAAGACTACTCGTT---ATTCTTTCTCAATTTATATATGAAGCATCTAAGGTTCGTAACCGT--CTGAATAACACTTCA-TTAC--ATATTTC----T--T-G--------------TGTAC-A------------TAC--GCGCGCGC----GTGTGT-GT--C--TTTATATGATT--C--ACA--T--GTT--TGACTTTTTCTCATCTATg
gi|21 : tgatatgtccgagctattacgatttacgttgtaatTTGATACCTAATTA-C--GCATTTA----T--T-GTTTTGCTTAAAAAACGT-G-AAAAAAGTGa
gi|22 : CGTAACCAT--CTGATTAATACCT-ACTTAC--ATTTTTT----TCAT-TCTTTGGTT-AAAA-------AAAAATGTGAtgcttatacaatatacattttt
gi|23 : AACTTCT-TGTGAAGCATTTAAGCTTTGTAGCCTT--CTGGTTAATATATAA-TGAC--ATATTTaa
gi|25 : G--T--T--ACAG-T--TTTTTTTACTGTTTCTCATCTAT
gi|3 : ATATATTCCACGGAACTCATGGCCTACGTCTAATAAATTTGTAAATTTAT-TATCCACGAAA--GGA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTTCCAAATTTATATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTTATACCTATTTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAC--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgttatctat
gi|4 : GGCTTACGTCCAGTAAATGTGTTAATATTT-TGTTCACGAAA--AAA----AACCTACTTGTT---AATATTCCTAA-TTTACTTATGAAACATTTAAGATTCGTTACCAT--CTGATTAATACCTAATTA-C--GTATTTC----T--T-TCTTTGCTT-GAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TATATGCGCGCGCAGCAGTGTGT-AT--T--TATGTATG--T--T--AAAT-TTGTTT--TTCTTGGTTCTCATCTAT
gi|5 : CAATAAATTTGCAAATATTT-TATTCATGAAA--AAG-TGAAAACTACTGGAA---AGCATTGCTAAATGTCTAT-------ATTTAAGGTTCGGAACCAT--CTGA--------------TC--ACATTTC----T-----CTTTGCCG-AGAAACGTTG-AAAAAA-TGTG--TACATGCGTGTTC-ATA-TGTGT-GT--T--TTTGTAAG--A--T--GCA-----TTT--TTAATGTCTCTCATCg
gi|6 : TGTAAATATAT-TATTCGCGTAA--AAA-CGCAAACTTCTTGTT---AATATTTCGAATTTTTTATAGGAAGCATTTAAGCTTCGTAACCAT--CTAATTAATACCTAA-TTTC--ATATTTC----T--T-TCTTTCTTT-AAAAACGT----------TGAG--TATATGCGCGCGCGGCAGTATGC-A---------------------------C--TTT--TTACTGTGTCTCATCTAat
gi|7 : T-TATCCGCGAAA--A--------------TGAT---AATATTGCTAACTTTCTATATGAAG-ACTTAAGATTCGTAACGAT--CTGATTAGTACCTCA--TCCA-ATATTTC----T------TTAGTGT-------NNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--N--NNNNNNNN--N--T--ACA--T--TCT--TTACTGTTTTTCATCTAT
gi|8 : tATTGCTAAGTTTCTAATTGATGCATGTAAGGTTTGTAACCAT--TTGATTAATACAT-ATCTAC--ATAATTT----T--T-TCTTTACTT--TAAATGT-G-AAAAAA-TGTG--TTTATGCGAGTGT----GTGTGC-AT--T--TATATTTG--A--GAAACA--T--GTT--TTACTGTTTCTCATCTGTa
gi|9 : ATTGCTAAATTGCTAT--GAATCATTAAAGGTTTGTAACCAC--CTGATTAATAACTAA-TCAC--ATATTTTTTCAT--T-GCTTTGCTTAAAAAACGT-G-AAAA-----AG--TGCGTGTGCGCGCTGACGTGAG--A--------TATATA--T--T--GAA------TT--TCACTGTTTTTCATCTat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTCCTAATATGTCCATGATACTACGATTATGGTGTAAATATATTCCACGAATAATAATTTCTTTTGTTGATATTTTATTCACGAAAAAAAC
Unaligned ( gi|24 ): TACGAGTTATGGATTAAAATATTCCAAGGCTGGAATGAAAAAAAAAATG
Alignments
lowQualScore : 1 1111 11111111111 11
lowQualScore : 3 0 2 1 0 5 66 66 888 5 3 1 888 0 0 33 2 1111 44 66666666666 44 777 0 33 1 4 2 33 33 22 44444 77 22 22
lowQualScore : . . . . . . .. .. ... . . . ... . . .. . .... .. ........... .. ... . .. . . . .. .. .. ..... .. .. ..
lowQualScore : 7 7 4 6 5 0 99 44 888 0 5 0 222 3 7 11 1 6666 55 00000000000 44 555 1 11 2 4 2 11 11 99 22222 99 99 99
consensus : ATATATTCCACGGACGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATTT-TATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTC----T--T-GCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
Reference ( family-2943 ) : ATATATTCCACGGACGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATTT-TATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTC----T--T-GCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|1 : ATATATTCCACGGGCGGCATGGCCTACGTCCAATAAATGTGT---------TATCCATGAAA--AAAACGAAAACTATTTGTTTTCAATGTT-CT----TTGT----------TTTTAGATTTATAA--ATGACGAATT--TACCTAATAT-C--ATATTTC----T--T-TCTTTGCAT-TAAAACGT-G-AAGAGGGTGAG--TATATACGCGCGCAGTAGTGTAC-AT--T--TATGCGTG--T--A--ACA--T--GGT--TTACTGTGTCTCATCTAT
gi|10 : gttaatatgtcccagatactacgattttcgttgtaaatGGAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTTATTTTC--ATATTTC----G--T-TTTTTACTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGTTCGCACGGCAGAGTGC-AT--T--TTTGTGAG--T--T--ACAT-A--TTT--TTACTGTTTCTCATTTAT
gi|11 : GCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGTTT-AAAAATGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTATGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgtt
gi|12 : AGAATTTAAGGCTCGTAACTAT--CTGATTAATACCTAA-TTTC--ATATTTC----T--T-TCTTTGCTT-AAAAGCGTAGAAAAAAAGTGAGTATATATGCACACGCAGCAGTGTGCTGTGAC--TTTGTGAG--T--T--ACA--T--TTT--TTACAGTTTCTCATCTATgtta
gi|13 : TTTAAGGTTCGTATCCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--C-GCTTTGCTA-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTTTTTCTCATCTAT
gi|14 : TTTAAGGTTTGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgttat
gi|15 : T--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGTTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--A--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgtta
gi|16 : TCGTAAACAT--TTGATAAATACCTAAT---CGAATATATT----T--T---------------ACG-----ACAAAG-GCG--TGCGTGTGCGTGTG-C-GTGTGC-GT--TCGTTTGTGTG--AGAT--ACAG-T--TTT---TACTGTTTCTCATCTATgtta
gi|17 : aTTTTC--ATATTTC----T--TTGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAATGAG--TACAAGCTCGCGCGGCAGTGTGA-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|18 : ACTAATACTTTATGT-C--ATATTTC----A--T--CTTTGCTT-AAAAACATA--AAAATGGT-AG--TATATGCGCGTG--GCAGTGTGT-AT--T--GTTGTGAG--T--A--AC-C-T--TTT--TCACTGTTTTTCATCTgtta
gi|19 : TAGCCTACGTCCAATAAACGTGATAATAATT-T-TCCGCGAAATAAAA-CGAATATTACTTGTT---AATTTTGCTAAATTCATCAATG-----TT--ATGTTCGTTACC
gi|2 : aTATATTCCACGGATGGCGTGGCCTACGTTCAATAAATGTGT-----TTTGTATCCACGAAA--AAA-CGAAGACTACTCGTT---ATTCTTTCTCAATTTATATATGAAGCATCTAAGGTTCGTAACCGT--CTGAATAACACTTCA-TTAC--ATATTTC----T--T-G--------------TGTAC-A------------TAC--GCGCGCGC----GTGTGT-GT--C--TTTATATGATT--C--ACA--T--GTT--TGACTTTTTCTCATCTATg
gi|21 : tgatatgtccgagctattacgatttacgttgtaatTTGATACCTAATTA-C--GCATTTA----T--T-GTTTTGCTTAAAAAACGT-G-AAAAAAGTGa
gi|22 : CGTAACCAT--CTGATTAATACCT-ACTTAC--ATTTTTT----TCAT-TCTTTGGTT-AAAA-------AAAAATGTGAtgcttatacaatatacattttt
gi|23 : AACTTCT-TGTGAAGCATTTAAGCTTTGTAGCCTT--CTGGTTAATATATAA-TGAC--ATATTTaa
gi|25 : G--T--T--ACAG-T--TTTTTTTACTGTTTCTCATCTAT
gi|3 : ATATATTCCACGGAACTCATGGCCTACGTCTAATAAATTTGTAAATTTAT-TATCCACGAAA--GGA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTTCCAAATTTATATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTTATACCTATTTTTC--ATATTTCG---T--T-GTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAC--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgttatctat
gi|4 : GGCTTACGTCCAGTAAATGTGTTAATATTT-TGTTCACGAAA--AAA----AACCTACTTGTT---AATATTCCTAA-TTTACTTATGAAACATTTAAGATTCGTTACCAT--CTGATTAATACCTAATTA-C--GTATTTC----T--T-TCTTTGCTT-GAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TATATGCGCGCGCAGCAGTGTGT-AT--T--TATGTATG--T--T--AAAT-TTGTTT--TTCTTGGTTCTCATCTAT
gi|5 : CAATAAATTTGCAAATATTT-TATTCATGAAA--AAG-TGAAAACTACTGGAA---AGCATTGCTAAATGTCTAT-------ATTTAAGGTTCGGAACCAT--CTGA--------------TC--ACATTTC----T-----CTTTGCCG-AGAAACGTTG-AAAAAA-TGTG--TACATGCGTGTTC-ATA-TGTGT-GT--T--TTTGTAAG--A--T--GCA-----TTT--TTAATGTCTCTCATCg
gi|6 : TGTAAATATAT-TATTCGCGTAA--AAA-CGCAAACTTCTTGTT---AATATTTCGAATTTTTTATAGGAAGCATTTAAGCTTCGTAACCAT--CTAATTAATACCTAA-TTTC--ATATTTC----T--T-TCTTTCTTT-AAAAACGT----------TGAG--TATATGCGCGCGCGGCAGTATGC-A---------------------------C--TTT--TTACTGTGTCTCATCTAat
gi|7 : TT-TATCCGCGAAA--A--------------TGAT---AATATTGCTAACTTTCTATATGAAG-ACTTAAGATTCGTAACGAT--CTGATTAGTACCTCA--TCCA-ATATTTC----T------TTAGTGT-------NNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--N--NNNNNNNN--N--T--ACA--T--TCT--TTACTGTTTTTCATCTAT
gi|8 : ATTGCTAAGTTTCTAATTGATGCATGTAAGGTTTGTAACCAT--TTGATTAATACAT-ATCTAC--ATAATTT----T--T-TCTTTACTT--TAAATGT-G-AAAAAA-TGTG--TTTATGCGAGTGT----GTGTGC-AT--T--TATATTTG--A--GAAACA--T--GTT--TTACTGTTTCTCATCTGTa
gi|9 : ATTGCTAAATTGCTAT--GAATCATTAAAGGTTTGTAACCAC--CTGATTAATAACTAA-TCAC--ATATTTTTTCAT--T-GCTTTGCTTAAAAAACGT-G-AAAA-----AG--TGCGTGTGCGCGCTGACGTGAG--A--------TATATA--T--T--GAA------TT--TCACTGTTTTTCATCTat
blockSeqs : T T A G TA C . G A A CAA . T TTTT GA TTCATTGC AA AGA TA T G T GA CG AT GAT GT TG TT
blockSeqs : A A T . . C . T A A ATA . A TTTT A TCATTC AA AG . T G . . . . GAA GT . .
blockSeqs : T A . . C . T A C ATA . A TTTT . GTTGT A AG . A A . . . . T T . .
blockSeqs : A A . . T . C A A TTA . A TTTT . GTCGC A AG . T G . . . . T G . .
blockSeqs : A A . . C . G A A ATA . A TTTT . GTTGT A AG . T G . . . . T G . .
blockSeqs : . . . . . . T T C ATA . A TTTT . GTTGT A AG . T G . . . . T G . .
blockSeqs : . . . . G C T AAT . A CTTA . TTTGT A AG . G G . . . . T G . .
blockSeqs : G G C TG . T TTTT . GTTGT A AC . T G . . . . A C . .
blockSeqs : G A C AT . C TCTA . GTTT A AG . G G . . . . T G . .
blockSeqs : . C AT . A TTT . TTTC A AG . G A . . . . A G . .
blockSeqs : . A TGT . TTGT A TG . T G . . . . C T . .
blockSeqs : . A TTA . TTTC A NN . G N . . . . T . . .
blockSeqs : . A TTA . TTTC G A . G T . . . . T . . .
blockSeqs : . A TGA . TTTC A G . G . . . . . T . . .
blockSeqs : . C TTA . ATC A G . N . . . . . T . . .
blockSeqs : . A TTT . TTG . G . G . . . . . T . . .
blockSeqs : . . TCA . TT . . . G . . . . . T . . .
blockSeqs : . TC . TC . . . . . . .
blockSeqs : . T . T . .
blockSeqs : T .
blockSeqCons : C* *** ATA ** TTTT TTTGC****** AG* G*
originalCons : ATATATTCCACGGACGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATTT-TATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTC----T--T-GCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
finalCons : ATATATTCCACGGACGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATTT-TATCCGCGAAA--AAAC-GAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCTTTGC------TTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTCCTAATATGTCCATGATACTACGATTATGGTGTAAATATATTCCACGAATAATAATTTCTTTTGTTGATATTTTATTCACGAAAAAAAC
Unaligned ( gi|24 ): TACGAGTTATGGATTAAAATATTCCAAGGCTGGAATGAAAAAAAAAATG
Alignments
lowQualScore : 1 1111 11111 11
lowQualScore : 3 0 2 1 0 5 66 66 888 5 3 1 888 0 0 33 3333 44 333 88888 4 888 33 1 4 2 33 33 22 44444 77 22 22
lowQualScore : . . . . . . .. .. ... . . . ... . . .. .... .. ... ..... . ... .. . . . .. .. .. ..... .. .. ..
lowQualScore : 7 7 4 6 5 0 99 44 888 0 5 0 222 3 7 11 1111 55 555 33333 0 777 11 2 4 2 11 11 99 22222 99 99 99
consensus : ATATATTCCACGGACGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATTT-TATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCT---T---TGCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
Reference ( family-2943 ) : ATATATTCCACGGACGGCGTGGCCTACGTCCAATAAATGTGTAAATATTT-TATCCGCGAAA--AAA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTGCTAAATTTNTATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCT---T---TGCTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCGCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|1 : ATATATTCCACGGGCGGCATGGCCTACGTCCAATAAATGTGT---------TATCCATGAAA--AAAACGAAAACTATTTGTTTTCAATGTT-CT----TTGT----------TTTTAGATTTATAA--ATGACGAATT--TACCTAATAT-C--ATATTTCT---T---T-CTTTGCAT-TAAAACGT-G-AAGAGGGTGAG--TATATACGCGCGCAGTAGTGTAC-AT--T--TATGCGTG--T--A--ACA--T--GGT--TTACTGTGTCTCATCTAT
gi|10 : gttaatatgtcccagatactacgattttcgttgtaaatGGAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTTATTTTC--ATATTTCG---T---T-TTTTACTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGTTCGCACGGCAGAGTGC-AT--T--TTTGTGAG--T--T--ACAT-A--TTT--TTACTGTTTCTCATTTAT
gi|11 : GCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T---TGTTTTGTTT-AAAAATGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTATGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgtt
gi|12 : AGAATTTAAGGCTCGTAACTAT--CTGATTAATACCTAA-TTTC--ATATTTCT---T---T-CTTTGCTT-AAAAGCGTAGAAAAAAAGTGAGTATATATGCACACGCAGCAGTGTGCTGTGAC--TTTGTGAG--T--T--ACA--T--TTT--TTACAGTTTCTCATCTATgtta
gi|13 : TTTAAGGTTCGTATCCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T---CGCTTTGCTA-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTTTTTCTCATCTAT
gi|14 : TTTAAGGTTTGTAACCAT--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T---TGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgttat
gi|15 : T--CTGATTAATACCTAATTTTC--ATATTTCG---T---TGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TACATGTTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--A--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgtta
gi|16 : TCGTAAACAT--TTGATAAATACCTAAT---CGAATATATTT---T------------------ACG-----ACAAAG-GCG--TGCGTGTGCGTGTG-C-GTGTGC-GT--TCGTTTGTGTG--AGAT--ACAG-T--TTT---TACTGTTTCTCATCTATgtta
gi|17 : aTTTTC--ATATTTCT---T---TGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAATGAG--TACAAGCTCGCGCGGCAGTGTGA-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAGTT--TTT--TTACTGTTTCTCATCTAT
gi|18 : ACTAATACTTTATGT-C--ATATTTCA---T-----CTTTGCTT-AAAAACATA--AAAATGGT-AG--TATATGCGCGTG--GCAGTGTGT-AT--T--GTTGTGAG--T--A--AC-C-T--TTT--TCACTGTTTTTCATCTgtta
gi|19 : TAGCCTACGTCCAATAAACGTGATAATAATT-T-TCCGCGAAATAAAA-CGAATATTACTTGTT---AATTTTGCTAAATTCATCAATG-----TT--ATGTTCGTTACC
gi|2 : aTATATTCCACGGATGGCGTGGCCTACGTTCAATAAATGTGT-----TTTGTATCCACGAAA--AAA-CGAAGACTACTCGTT---ATTCTTTCTCAATTTATATATGAAGCATCTAAGGTTCGTAACCGT--CTGAATAACACTTCA-TTAC--ATATTTCT---T-------------------------------GTGTA--CATACGCGCGCGC----GTGTGT-GT--C--TTTATATGATT--C--ACA--T--GTT--TGACTTTTTCTCATCTATg
gi|21 : tgatatgtccgagctattacgatttacgttgtaatTTGATACCTAATTA-C--GCATTTAT---T----GTTTTGCTTAAAAAACGT-G-AAAAAAGTGa
gi|22 : CGTAACCAT--CTGATTAATACCTACTT-----ACATTTTT---TTCATTCTTTGGTT-AAAA-------AAAAATGTGAtgcttatacaatatacattttt
gi|23 : AACTTCT-TGTGAAGCATTTAAGCTTTGTAGCCTT--CTGGTTAATATATAA-TGAC--ATATTTaa
gi|25 : G--T--T--ACAG-T--TTTTTTTACTGTTTCTCATCTAT
gi|3 : ATATATTCCACGGAACTCATGGCCTACGTCTAATAAATTTGTAAATTTAT-TATCCACGAAA--GGA-CGAAAACTACTTGTT---AATATTTCCAAATTTATATATGAAGCATTTAAGGTTCGTAACCAT--CTGATTTATACCTATTTTTC--ATATTTCG---T---TGTTTTGCTT-AAAAACGTAG-AAAAAAGTGAC--TACATGCTCGCGCGGCAGTGTGC-AT--T--TTTGTGTG--T--T--ACAG-T--TTT--TTACTGTTTCTCATCTATgttatctat
gi|4 : GGCTTACGTCCAGTAAATGTGTTAATATTT-TGTTCACGAAA--AAA----AACCTACTTGTT---AATATTCCTAA-TTTACTTATGAAACATTTAAGATTCGTTACCAT--CTGATTAATACCTAATTA-C--GTATTTCT---T---T-CTTTGCTT-GAAAACGTAG-AAAAAAGTGAG--TATATGCGCGCGCAGCAGTGTGT-AT--T--TATGTATG--T--T--AAAT-TTGTTT--TTCTTGGTTCTCATCTAT
gi|5 : CAATAAATTTGCAAATATTT-TATTCATGAAA--AAG-TGAAAACTACTGGAA---AGCATTGCTAAATGTCTAT-------ATTTAAGGTTCGGAACCAT--CTGA--------------TC--ACATTTCT---------CTTTGCCG-AGAAACGTTG-AAAAAA-TGTG--TACATGCGTGTTC-ATA-TGTGT-GT--T--TTTGTAAG--A--T--GCA-----TTT--TTAATGTCTCTCATCg
gi|6 : TGTAAATATAT-TATTCGCGTAA--AAA-CGCAAACTTCTTGTT---AATATTTCGAATTTTTTATAGGAAGCATTTAAGCTTCGTAACCAT--CTAATTAATACCTAA-TTTC--ATATTTCT---T---T-CTTTCTTT-AAAAACGT----------TGAG--TATATGCGCGCGCGGCAGTATGC-A---------------------------C--TTT--TTACTGTGTCTCATCTAat
gi|7 : TT-TATCCGCGAAA--A--------------TGAT---AATATTGCTAACTTTCTATATGAAG-ACTTAAGATTCGTAACGAT--CTGATTAGTACCTCA--TCCA-ATATTTCT---T---TAGTGT-----------NNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--N--NNNNNNNN--N--T--ACA--T--TCT--TTACTGTTTTTCATCTAT
gi|8 : ATTGCTAAGTTTCTAATTGATGCATGTAAGGTTTGTAACCAT--TTGATTAATACAT-ATCTAC--ATAATTTT---T---T-CTTTACTT--TAAATGT-G-AAAAAA-TGTG--TTTATGCGAGTGT----GTGTGC-AT--T--TATATTTG--A--GAAACA--T--GTT--TTACTGTTTCTCATCTGTa
gi|9 : ATTGCTAAATTGCTAT--GAATCATTAAAGGTTTGTAACCAC--CTGATTAATAACTAA-TCAC--ATATTTTTTCAT---TGCTTTGCTTAAAAAACGT-G-AAAA-----AG--TGCGTGTGCGCGCTGACGTGAG--A--------TATATA--T--T--GAA------TT--TCACTGTTTTTCATCTat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTCCTAATATGTCCATGATACTACGATTATGGTGTAAATATATTCCACGAATAATAATTTCTTTTGTTGATATTTTATTCACGAAAAAAAC
Unaligned ( gi|24 ): TACGAGTTATGGATTAAAATATTCCAAGGCTGGAATGAAAAAAAAAATG