lowQualScore : 111111 111111 1 2222222222 2 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 1 333333333333333333333 6666666666666666666666666 222222 1111 3333333 4444444444444444444444444 111111 44444444444444444 1111 444444444444444444 111111 11 2
lowQualScore : 111111 111111 1 0 6 1 1 1 4444444444 3 55 88 1 777 33 0 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555 4 777 3333333 1 7 3 7777 555555555555555555555 3 3 44 5555555555555555555555555 888888 0 333333 4444 1111111 66 4 7 1 7777 6666666666666666666666666 222222 4 777 66 66 8 0 66 44444444444444444 1 4 2 1 2 0 0 2222 2 5 3 999999999999999999 99 6 999999 6 44 3 7 0
lowQualScore : ...... ...... . . . . . . .......... . .. .. . ... .. . . ................................................. . ... ....... . . . .... ..................... . . .. ......................... ...... . ...... .... ....... .. . . . .... ......................... ...... . ... .. .. . . .. ................. . . . . . . . .... . . . .................. .. . ...... . .. . . .
lowQualScore : 555555 555555 4 1 6 4 9 8 7777777777 3 00 77 8 444 44 5 8 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 000 8888888 3 3 6 7777 111111111111111111111 6 6 99 2222222222222222222222222 777777 5 777777 5555 1111111 55 9 5 6 7777 1111111111111111111111111 888888 4 888 11 11 9 9 11 33333333333333333 7 3 6 1 6 8 1 1111 1 6 3 222222222222222222 22 7 222222 0 22 7 0 7
consensus : TGAAGATGG------AT------AAAGACATAACTCAAACAAATGAAC-----TA--GTT-TA--TAN-TTATTGG--NATATAATTGGCCATGGCTTC----NAT------AAT---------------ATA---------T-G---AA-T---ACA------AANTGTG-CAGTCA-TG----AA------------A-G-T----C-A-TCAAGAAATAGTATG--TTCATAN-CA------CA--NACCAGAT-TATTGAATTGT---AACTGANNAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAA----GATAGCTATTAAA---TAAC--------TTTC------C-T---T--CGAA--AT-GTCCA--CAA-----A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATNANATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACATAAACAATCGAAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTT
Reference ( gi|7 ) : TGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAACAAATGAAC-----TG--GTT-TA--TAG-T-ATTGG--AATATAATTGGCCATGGCTTC----TAT------AAT---------------ATA---------T-G---AA-T---ACA------AAATGTG-CAGTCA-TG----AA------------A-G-T----C-A-TTAAGAAATAGTATG--TTCGTAC-CA------CA--GACCAGAT-TAT--AATTGT---CACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAA----GAT-----TTGAA---TAAC--------TTTC------C-T---T--CGAA--AT-GTCCA--CAA-----A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTATATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACATAAACGATTACAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|6 : TGAAGATGG------AT------AAAGGCAAAACTCAAACAAATGAAC-----TG--GTT-TA--TAG-T-ATTGT--AATATAATTGGCCATGGCTTC----TAT------AAT---------------ATA---------T-G---GA-T---ACA------AAATGTG-CAGTCA-TG----AA------------A-G-T----C-A-TTAAGAAATAGTATG--TTCGTAT-CA------CA--GACCAGTT-TAT--AATTGT---CACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTTGGTACAGATGTTCACAAA----GAT-----GTGAA---TAAC--------TTTC------C-T---T--CGAA--AT-GTCCA--CAA-----A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACATAAACAATTGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|3 : TGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAACAAGTGAAC-----TG--GTT-TA--TAG-T-ATTTG--AATTTAATT-----T--CTTT----CAT------AAT---------------ATA---------T-A---AA-T---ACA------AACTATG-CAGTCA-TG----AA------------A-G-T----C-A-TTAAGAAATAATATG--TTCATAT-CA------CA--TACAAGTT-TAT--AATTGT----ACTGAAAAA-TTGACCCTGTAAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAA----GAT-----TGAAA---TCAC--------TTTC------C-T---T--CGAA--AT-GTCAA--CAA-----A-----------CAATGATCATTAAA-AGTGCTGTGACCGTGAAATTCTCATATATGCCAATTGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AT--GCACAGCCATAA-AATGGGTGAAGCG------AAACAGCAACATAAACAATTGTAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTT
gi|8 : tTGAAGATGG------AT------AAAGTCAAAACTCAAACAAGTGAAC-----TA--GTT-GA--TAG-T-ATTGG--TATTTAATAGGCCATGGCTTC----CAT------AAT---------------ATA---------T-G---AA-T---ACA------AACTGTG-CGGTCA-TG----AA------------A-T-T----C-A-TTAAGTAATAGTATG--TTCATAT-CA------CA--CACCAGTT-TAT--AATTGT---CACTG-AAAAATTGACCCAGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCTCAAA----GAT-----TTAAA---TCAC--------TTTC------C-T---T--CGAA--AT-GTCCA--C-A-----A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAGTACTGCCATATGCCAATAGTGGCGTATATTATATGcaaatgttttattcaagctaa
gi|15 : tTGAAGATGG------AT------AAATTCAAAACTCAAACAAGTGAAC-----TA--GTT-Ttaaatataaagtgtagttcaatgttttagttacccagagaaacaagcatcccatttggtaa
gi|4 : TGACGATGG------ATTATAATAAAGACATAATTTAA-----TGAA------TA--GTTATAGTTAA-T-ATTTGTTGGCTTGAATGGCCATGGCCTC-------------AAG---------------ATA---------G-A---AA-T---AGA------AAATCTGGCAAATA-TG----GATTACAATTGTACA-G-T----C-A-C---GAAA-AGTTTA--TCTAGAA-AA------CA--TATTAAATATATTGAATTGTAACCACT----AACTTGACTTTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCACAAA----GACAGCTATTCAACATTAAG--------TCACAATAATC-T---TAATAAA--ATTGTTT---TAT-----A-----------CACCGATCACTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGCCATATGCTTCTAGTGGT----ATAACATACCACTAGGTGGTATAACTTACCACAAGATGCACCGCCATAC-AAAGAGGGAAGCGGAGATCAAGCAGCAACnnnnnnnnnntttccttcgaaatgtccacaaacaatgatcattaaatggtgctgtgatcgcgaaatactgccatatgccaataatggcataagatgcaactagaggcaccgccataaaatgggggaagcgaaacagcaacataaacaatcgaaatgaaataaaataactgatccctcaatataaaacttcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|13 : TGAAGATGGGTTATAAT------AATGACATAATT-----AATTGAA------TA--GTT-TA--TAT-TCATTGT--CATAAAATTTGCCATTGCTTCAA--GAT------AAA---------------ATA---------
gi|10 : attat------AT------AATGACATAATT-----AAATGAATAGTTATA--GTT-TA--TAT-TTATTGG----CATAAATGACCATGGCCTCAAGATAA------AATTAGAAAGTTTGGCAAATA---------TTG---AT-T---ACA------AT-TTTG-CAGTCACTA----AA------------A-GTT----C-A-TCTAGAAAACGTAT-------------------CA--GA-TATAT-TG---AATTGT---AACT-ACTAGCTTGATTCTATGAATGTTGGGAACAGACATTCATGAA----GACAGCTATTCAA---CA----------TTTA------G-T---T--ACAATCAT-CTCAA--TAA-----AATTGTTTTAAGCACCGATCTCTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGTCCTATgagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaactatggattacaattgtgcaatcacgaaaggtttatctagaaaacacattcgatttattgaattgtaactactaacttcactctatgcat
gi|14 : gaagacaggttata------AT------AAAAACATAA-TAAGATTAATTAGT-----TATAGTT-TA--TATCT-ATTGG--CAT-CAATTG-CCATGGCCTCAA--GATAAAAAAAATGTTTTGCAA------ATA---------T-G---GATT---AC-------AATTGTG-CAGTCA-CG----AAG-----------A-GTT----T-A-TCTAGAAA------------------A------CA--TATCAGATATATTGAATTGT---AACT-ACTAACTTGATTCTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCAAAAA----GAct
gi|12 : gttata------AT------AATGCCATAATT-AAATAAAT-AGC-----TATAGCT-TA--TAT-TTATTGG--CATACAAT-GGCCATGGCTTCAA--GAT------AAA---------------ATAGAAAGTT--T-GGCAAA-T---ACGGATGACAATTGTG-CAGTCA-CG----AA------------ATGCT----T-A-TCTAGAA--------------TACACAT-----CA--GA-TAAAT-CG---AATTGT---AACT------ACTAA--CT-TGACTCCTGAGAACAGACATTCACAAA----GATAGCTATTAAA---TAATAGGCAAAATTAT------C-TAAAT--AAAA--AT-GTTTA--TAATTATTA-----------TACCGAT-A-TATACGCTGCTGAGACCGCGAcagctattcaacatttattcacaatcatctaaacaaaattattttatttgtcacaccaacata
gi|9 : gatgggttata------AT------AATGAAATAACT--AACA--TGAAA------A--GTT-TA--TAT-TTATTGG--CATAAAAATGGCCATGGCGTC----CAG------AATAGA------------ATAGAGTAACCGT-A---AA-TTTAAC-------AAGTGTG-TTGTCA-TT----AA---------------------C-A-ATATGAAATAA-ATG--TACATAG-CA------CA--GTCAAGAT-T
gi|2 : tgggttataCAAACATATGGA------TA--GTT-TA--TAG-TTATTGG--AATAAAATTG-CCA------------AT------A-T---------------ATG---------T-G---AC-T---ACA------AACAGTG-CAGTCA-TG----AG------------A-T-T----C-A-TTACAAAATAGTATACTTTTATAT-GATTATGTCAACGATCTGTT-TAT--AATTGT---CACTGAAAACGT-GATCATGTCAACGATGGGTACAGATATTCTCAAA----GGT-----TTAAA---TCAA--------TTTC------C-T---C--CGAA--AT-ATTCA--CAA-----A-----------CAAAGATCAATAAATGGGGCTGTGATTGTGAAATAATG--ACATGCCAATAGTGCC----ATTACATGTCGCTAG------------------AG--ACACCGCCATAA-ATTAGGGGTAGCG------GAACAGCAAAATcgtaaatatggtttacattgtgcagccaataaacgtttatctagaaatcccatcagttatattgaaatgtaactactaacttgaaactatgaaccctgggaacagatattcacaaagacagctatttaacatatagtcacactcgtttaaattaaagttctcacattcttata
gi|11 : acattacattgaaatgaaattagacaatgacttttaggcatgttgttatgttca-----TA--GTT-AA--TAT-TTATTGG----CATAAATGGCCATGGCTTC-------------AAG---------------ATA---------A-A---AA-T---AGA------AAGTTTGGCAAATA-TGGATTAA------------A-A-TTGTAC-AGTCACGAAAC-GTTTA--TCTAGAA-TA------CA--CATTAGATATATTGAATTGT---AA-TAACTTACTTGACTCTATGAAACCTGGGAACAGACATTCACAAA----GAtacaacatcaaatattctatccagatggtataaa
gi|1 : agatttgttataataatgacatcagttaataattgttaTG-CAGTCA-CG----AAC-----------A-G-T----TTA-TCTAGAAA------------------A------CA--CATCAGATGTATTGAATTGT---AACT-ACTAACTTCACTCTATGAACTCTTGGAACAGGTATTAACAAAAACAGATA----TTAAA---CA------------TC------CAG---T--CAAA--ATCATCTAAATAA-----AACTGTTTTATACACTGGTCACTATACGCTGCTGAGACCGCGATATACTGCCATATGcagctattcaacatttagtcacaatcatcttgataaaattgttttatataccgatcactatatgatgctgagaccgcaacataccgtcctatc
gi|9 : aataacgataaaaaaaattagatgaatagtttatatttattgcattaagatggccattgcttcaggataaaatagagttatacataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcataaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttcAACTTGAAACTATGAACCCTGGGAACAGATATTCACAAA----GAattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|15 : tgggttataataatgaaataactaacatgaaaagtttatatttattggcataaaaatggccatggcgtccagaatagaatagagtaaccgtaaatttaacaagtgtgttgtcattaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaagattcgtaaatatggtttacattgtgcagccaataaacgtttatctagaaatcccatcagttatattgaaatgtaactact--------TTTC------C-T---T--CGAA--AT-GTCCA--CAA-----A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGATCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAATGGC----ATAAGATGCAACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACATAAACAATCGAAATGAAAT-AAAATAACTGATCCCTCAATATAAAACTTcagctatttaacatatagtcacactcgtttaaattaaagttctcacattcttata
gi|17 : tgaagatggataaattcaaaactcaaacaagtgaactagtttnnnnnnnnnnTACTGCCATATGCCATTATAGGC----ATACTCTACCACTAG------------------TG--ACACCGCTATAATATTGGCAGAAG---------AACAG----AGAAACAATCAcaaatgttttattcaagctaatattac
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ACTATTTTTCTCTAAGTGTACATTTAAAATCAACAACATATTTAAAACAACAACAACATTTTCTGCATTCATTTAAACTAAAAAAAAATATTGTTAATTACATTTCTTATCAAAATTTATTTTTGTAAAATAAAAACAATTCAAGTTTTTAAAAAAAAACACATAATGAAACATCATCTAGATTAACTATTTTTATTATATACACTTTAAGTGTGTCGTTACACTTTATCAGATTTACAAATAAAAAAGTAAGAATTCATTCTAATATATATAAAATAACGATAAAAAAAATTAGATGAATAGTTTATATTTATTGCATTAAGATGGCCATTGCTTCAGGATAAAATAGAGTTATACATAATACTTTACAGTGAGTTCAACAATTGTGCTGTCATA
Unaligned ( gi|16 ): GATGGGTTTTAGTAATGATATAATTAAATGATTAGTTACAGTTTATATTTATTGGCATCAATGGCCATGGCCTCAAGATAGAAATAAAAAGTTTGGCAAATATGGATTACAATTGTGCAGTCACGAAAAGTTTATCTAGAAAACACA
Unaligned ( gi|18 ): TTACATGTATCATTTATATTTATTGGCATAAAAAGGGTCATGGCTTCAAGATAAAATAGAGTTATACATAGTACTTTACACTTAATTTACTCTGCTGTCA
Unaligned ( gi|19 ): CAACAACTCTGCTTTATAACTGTTTCTCGAAAACGTGAACATGTCAAAAGGTGAGCACAAACTCATTTATATCAA
Unaligned ( gi|20 ): TTATAATCAGTAACATGATGACAGAGAATACGTAAGTTTAAATGCTCGACTTGAGATATAATGTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222222222 11 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333 55555555555555555 22222 1 1 11111 3333333333333333333333 111111 33333333333333333333333 1111 444444444444444444 111111 2
lowQualScore : 999999 888888 3 1 1 1 33 0 2222222222222 77 1 5 1 66 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 4 4 5555 2222222222222222 4 1 99999999999999999 2 1 33 22222 2 3 1 8 55 1 0 1 1 0 55555 3 0000000000000000000000 444444 3 555 99 44 6 6 3 888 11111111111111111111111 22 4 1 0 1 1 0000 1 1 222222222222222222 77 5 666666 6 6 1 1 0 2
lowQualScore : ...... ...... . . . . .. . ............. .. . . . .. .. ................................................................................................................ .. . . .... ................ . . ................. . . .. ..... . . . . .. . . . . . ..... . ...................... ...... . ... .. .. . . . ... ....................... .. . . . . . .... . . .................. .. . ...... . . . . . .
lowQualScore : 666666 888888 0 0 9 9 77 7 3333333333333 33 0 1 0 00 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 7 7 0000 4444444444444444 7 7 11111111111111111 7 0 77 77777 7 1 0 2 00 5 5 9 8 7 66666 7 2222222222222222222222 222222 3 888 22 66 7 7 3 222 00000000000000000000000 00 1 0 5 0 2 6666 0 0 111111111111111111 99 7 444444 7 7 7 0 0 5
consensus : TGAAGATGG------AT------AANGACATAACTCAAACAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAAT-TGGCCATGGCTTC--GA-----------------T----AA-----------T--------------ATA---------------TG---A---A-T---AC----------------A------AANTGTG-CAGTCA-TG----AA----A-G--T----C-A-TCAAGAAATAGTATG--T-CATA-CAC-ACATCA--GAT-----T-A-TTGAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
Reference ( family-2927 ) : TGAAGATGG------AT------AAAGACATAACTCAAACAAATGA------AC-----TA--GTTTATANTTATTGGNATATAAT-TGGCCATGGCTTC--NA-----------------T----AA-----------T--------------ATA---------------TG---A---A-T---AC----------------A------AANTGTG-CAGTCA-TG----AA----A-G--T----C-A-TCAAGAAATAGTATG--TTCATANCAC-ANACCA--GAT-----T-A-TTGAATTGTAACTGANNAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGATAGCTATTAAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATNANATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTT
gi|1 : AGATGA------A------TA--GTTTATATTTATT-GCAT-TAAGATGGCCATTGCTTCAGGA-----------------T----AAAATAGAGT---T--------------ATACATAATACTTTACAGTG---A---G-T---TC----------------AAC----AATTGTG-CTGTCA-TA----AA--------------C-A-ATATGAAATAA-ATG--TACATAGCAC-AGTCAA--GGT-----T-
gi|1 : aataacgataaaaaaaattTG-CAGTCA-CG----AAC---A-G--T----TTA-TCTAGAAA-----------------AC-ACATCA--GATG----T-A-TTGAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGAACTCTTGGAACAGGTATTAACAAAAACAGATATTAAA---CA-------------------TC------CAG---T--CAAA--A-TCA-TCTAAATAAAACTGTTTTATA-----------CACTGGTCACTATACGCTGCTGAGACCGCGATATACTGCCATATGggcaaatatggattatatttctgcagtcacgaacagtttatctagaaaacacatcagatgtattgaattgtaactactaacttcactctatgaactcttggaacaggtattaacaaaaacagatattaaacatccagtcaaaatcatctaaataaaactgttttatacactggtcactatacgctgctgagaccgcgatatactgccatatgattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|10 : aataacgataaaaaaaattagatgaatagtttatatttattgcattaagatggccattgcttcaggataaaatagagttatacataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcataaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttc------AT------AATGACATAATT-----AAATGA------ATAGTTATA--GTTTATATTTATTGGCATA-AAT--GACCATGGCCTC--AAGATAAAATTAGAAAGTTTGGCAAA-----------T--------------AT----------------TG---A---T-T---AC----------------A------A-TTTTG-CAGTCACTA----AA----A-G--TT---C-A-TCTAGAAA-----------------AC-GTATCA--GATA----T-A-TTGAATTGTAACT-ACTAGCTTGATTCTATGAATGTTGGGAACAGACATTCATGAAGACAGCTATTCAA---CA-----------------TTTA------G-T---T--ACAATCA-T-C-TCA--ATAA-----------AATTGTTTTAAGCACCGATCTCTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGTCCTATattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|11 : gaagacaggttata------AT------AATGACATCAGTTAA-TAATTGT------TA-----TA--GTTAATATTTATTGGCATA-AAT--GGCCATGGCTTC--------------------------AA-----------G--------------ATA---------------AA---A---A-T---AG----------------A------AAGTTTGGCAAATA-TGGATTAA----A-A--TTGTAC-AGTCACGAAAC-GTTTA--TCTAGAATAC-ACATTA--GATA----T-A-TTGAATTGTAA-TAACTTACTTGACTCTATGAAACCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAA---CATTTAGTCAC--------AATCAT----C-T---TGATAAA--ATT-GTTTT--ATAT-----------A-----------C--CGATCACTATATGATGCTGAGACCGCAACATACCGTCCTATct
gi|12 : agatttgttata------AT------AATGCCATAATT-AAATAAAT-A------GC-----TATAGCTTATATTTATTGGCATACAAT--GGCCATGGCTTC--AAGA---------------T----AA-----------A--------------ATAGAAAGTT--------TGGCAA---A-T---AC----------------GGATGACAATTGTG-CAGTCA-CG----AA----ATGC-T----T-A-TCTAGAA-----------------TAC-ACATCA--GAT-----A-AATCGAATTGTAACT-ACTAACTTGACTC--------CTGAGAACAGACATTCACAAAGATAGCTATTAAA---TA-------ATAGGCAAAATTAT------C-TAAAT--AAAA--A-T-G-TTT--ATAATTATT------A-----------TACCGAT-A-TATACGCTGCTGAGACCGCGAc
gi|13 : gatgggttataTGAAGATGGGTTATAAT------AATGACATAATT-----AATTGA------A------TA--GTTTATATTCATTGTCATAAAAT-TTGCCATTGCTTCAAGA-----------------T----AAAATAGAGTTT-T--------------ACA---------------T----A---A-T---ACTTAACAGTAAATTCAAA------AACTTTG-CTGTCA-TA----AA--------------C-A-ATAAGCAATAA-GTG--TACATAGCA
gi|13 : attatTA---------------TG---G---A-TT--AC----------------A------A-TTGTG-CAATCA-CG----AA----A-GGTT----T-A-TCTAGAAA-----------------AC-ACATTC--GAT-----TTA-TTGAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGgaatcaagtttggaaactatggattacaattgtgcaatcacgaaaggtttatctagaaaacacattcgatttattgaattgtaactactaacttcactctatgcat
gi|14 : attattgaagatgggttataataatgacataattaattgaatagtttatattcattgtcataaaatttgccattgcttcaagataaaatagagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaac------AT------AAAAACATAA-TAAGATTAATTA------GT-----TATAGTTTATATCTATTGGCAT-CAAT-TG-CCATGGCCTC--AAGA---------------T----AAAAAAAATGTTTTGCAA----------ATA---------------TG---G---A-TT--AC----------------A------A-TTGTG-CAGTCA-CG----AAG---A-G--T----TTA-TCTAGAAA-----------------AC-ATATCA--GATA----T-A-TTGAATTGTAACT-ACTAACTTGATTCTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCAAAAAGACAGCTATTCAA---CA------------------TTT------A-T---T--CACA--A-TCA-TC----TAA-----------A-----------CAAcat
gi|15 : gttataTGAAGATGG------AT------AAATTCAAAACTCAAACAAGTGA------AC-----TA--GTTTaattattttatttgtcacaccaacata
gi|15 : --------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGATCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAATGGC----ATAAGATGCAACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAT-AAAATAACTGATCCCTCAATATAAAACTTnnnnnnnnnntttccttcgaaatgtccacaaacaatgatcattaaatggtgctgtgatcgcgaaatactgccatatgccaataatggcataagatgcaactagaggcaccgccataaaatgggggaagcgaaacagcaacataaacaatcgaaatgaaataaaataactgatccctcaatataaaacttcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|16 : tgaagatggataaattcaaaactcaaacaagtgaactagtttnnnnnnnnnnT------AATGATATAATT-----AAATGATTAGTTAC------A--GTTTATATTTATTGGCAT-CAA--TGGCCATGGCCTCAAGA-----------------TAGA-AA-----------TAAAAAGTTTGGCAAATA---------------TG---G---ATT---AC-----------------------AATTGTG-CAGTCA-CG----AA----A-AGTT----T-A-TCTAGAAAcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|17 : gatgggttttagTACTGCCATATGCCATTATAGGC----ATACTCTACCACTAG------------------TG--ACACCGCTATAATATTGGCAGAAG---------AACAG----A-GA-AACAATCacaca
gi|18 : TTTATATTTATTGGCATAAAAA-GGGTCATGGCTTCAAGA-----------------T----AA-----------A--------------ATA----------------G---AGTTA-T---AC----------------A------atcttataaaaaatgagattgaatacctcgagccaaaataaacactt
gi|2 : ttacatgtatcaCAAACATATGG------A------TA--GTTTATAGTTATTGGAATAAAAT-TG-CCA----------A-----------------T----A------------T--------------ATG---------------TG---A---C-T---AC----------------A------AACAGTG-CAGTCA-TG----AG----A-T--T----C-A-TTACAAAATAGTATACTTTTATATGATTATGTCAACGATCTGTTT-A-T--AATTGTCACTGAA-AACGTGATCATGTCAACGATGGGTACAGATATTCTCAAAGGT-----TTAAA---TC-------AA--------TTTC------C-T---C--CGAA--A-T-A-TTC--ACAA-----------A-----------CAAAGATCAATAAATGGGGCTGTGATTGTGAAATAATG--ACATGCCAATAGTGCC----ATTACATGTCGCTAG------------------AG--ACACCGCCATAA-ATTAGGGGTAGCG------GAACAGCAAAATTACAAC-ATCAAAtagtactttacacttaatttactctgctgtca
gi|3 : acattacattgaaatgaaattagacaatgacttttaggcatgttgttatgttcaTGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAACAAGTGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTTGAATTTAAT-T-----T--CTTT--CA-----------------T----AA-----------T--------------ATA---------------TA---A---A-T---AC----------------A------AACTATG-CAGTCA-TG----AA----A-G--T----C-A-TTAAGAAATAATATG--TTCATATCAC-ATACAA--GTT-----T-A-T--AATTGTA-CTGAAAAA-TTGACCCTGTAAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TGAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCA--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAA-AGTGCTGTGACCGTGAAATTCTCATATATGCCAATTGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AT--GCACAGCCATAA-AATGGGTGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGTAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTTtattctatccagatggtataaa
gi|4 : tTGACGATGG------ATTATAATAAAGACATAATTTAA-----TGA------ATAGTTATA--GTTAATATTTGTTGGCTTG-AAT--GGCCATGGCCTC--------------------------AA-----------G--------------ATA---------------GA---A---A-T---AG----------------A------AAATCTGGCAAATA-TG----GATTACA-A--TTGTAC-AGTCACGAAA-AGTTTA--TCTAGAAAAC-ATATTA--AATA----T-A-TTGAATTGTAACC-ACTAACTTGACTTTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAACATTA-------AG--------TCACAATAATC-T---TAATAAA--ATT-G-TTT---TAT-----------A-----------CACCGATCACTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGCCATATGCTTCTAGTGGT----ATAACATACCACTAGGTGGTATAACTTACCACAAGATGCACCGCCATAC-AAAGAGGGAAGCGGAGATCAAGCAGCAACcaaatgttttattcaagctaa
gi|6 : TGAAGATGG------AT------AAAGGCAAAACTCAAACAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGTAATATAAT-TGGCCATGGCTTC--TA-----------------T----AA-----------T--------------ATA---------------TG---G---A-T---AC----------------A------AAATGTG-CAGTCA-TG----AA----A-G--T----C-A-TTAAGAAATAGTATG--TTCGTATCAC-AGACCA--GTT-----T-A-T--AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTTGGTACAGATGTTCACAAAGATG-----TGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|7 : TGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAACAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGGAATATAAT-TGGCCATGGCTTC--TA-----------------T----AA-----------T--------------ATA---------------TG---A---A-T---AC----------------A------AAATGTG-CAGTCA-TG----AA----A-G--T----C-A-TTAAGAAATAGTATG--TTCGTACCAC-AGACCA--GAT-----T-A-T--AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TTGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTATATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACGATTACAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|8 : TGAAGATGG------AT------AAAGTCAAAACTCAAACAAGTGA------AC-----TA--GTTGATAGT-ATTGGTATTTAAT-AGGCCATGGCTTC--CA-----------------T----AA-----------T--------------ATA---------------TG---A---A-T---AC----------------A------AACTGTG-CGGTCA-TG----AA----A-T--T----C-A-TTAAGTAATAGTATG--TTCATATCAC-ACACCA--GTT-----T-A-T--AATTGTCACTGAAAAA-TTGACCCAGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCTCAAAGAT-----TTAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--AC-A-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAGTACTGCCATATGCCAATAGTGGCGTATATTATATG
gi|9 : t------AT------AATGAAATAACT--AACA--TGA------AA------A--GTTTATATTTATTGGCATAAAAA-TGGCCATGGCGTC--CA-----------------G----AA-----------TAGA-----------ATAGAGTAACCG------TA---A---A-TTTAAC-----------------------AAGTGTG-TTGTCA-TT----AA--------------C-A-ATATGAAATAA-ATG--TACATAGCAC-AGTCAA--GAT-----T-taaatataaagtgtagttcaatgttttagttacccagagaaacaagcatcccatttggtaa
gi|9 : tgggttataATTGTG-CAGCCAATA----AA----C-G--T----TTA-TCTAGAAAT-----------------C-CCATCA--GTTA----T-A-TTGAAATGTAACT-ACTAACTTGAAACTATGAACCCTGGGAACAGATATTCACAAAGACAGCTATTTAA---CA-------cgtaaatatggtttacattgtgcagccaataaacgtttatctagaaatcccatcagttatattgaaatgtaactactaacttgaaactatgaaccctgggaacagatattcacaaagacagctatttaacatatagtcacactcgtttaaattaaagttctcacattcttata
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ACTATTTTTCTCTAAGTGTACATTTAAAATCAACAACATATTTAAAACAACAACAACATTTTCTGCATTCATTTAAACTAAAAAAAAATATTGTTAATTACATTTCTTATCAAAATTTATTTTTGTAAAATAAAAACAATTCAAGTTTTTAAAAAAAAACACATAATGAAACATCATCTAGATTAACTATTTTTATTATATACACTTTAAGTGTGTCGTTACACTTTATCAGATTTACAAATAAAAAAGTAAGAATTCATTCTAATATATATAAAATAACGATAAAAAAAATTAGATGAATAGTTTATATTTATTGCATTAAGATGGCCATTGCTTCAGGATAAAATAGAGTTATACATAATACTTTACAGTGAGTTCAACAATTGTGCTGTCATA
Unaligned ( gi|19 ): CAACAACTCTGCTTTATAACTGTTTCTCGAAAACGTGAACATGTCAAAAGGTGAGCACAAACTCATTTATATCAA
Unaligned ( gi|20 ): TTATAATCAGTAACATGATGACAGAGAATACGTAAGTTTAAATGCTCGACTTGAGATATAATGTTGTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 2222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222 0000000000000000000000000000 2 1 1 11111 3333333333333333333333 111111 33333333333333333333333 1111 444444444444444444 111111 1
lowQualScore : 888888 777777 1 3 666666666 0 2222222222222 66 4 55 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999999999 888 4 4 0000000 4 3333333333333333333333333333 44 2 0 0 2 1 8 6 3 1 1 0 55555 1 0000000000000000000000 444444 3 555 99 44 6 6 3 888 11111111111111111111111 22 4 1 0 1 1 0000 0 1 1 222222222222222222 77 5 666666 6 6 1 1 5 1
lowQualScore : ...... ...... . . ......... . ............. .. . .. .. ................................................................................. ......... ... . . ....... . ............................ .. . . . . . . . . . . . ..... . ...................... ...... . ... .. .. . . . ... ....................... .. . . . . . .... . . . .................. .. . ...... . . . . . .
lowQualScore : 222222 777777 0 1 777777777 1 8888888888888 99 2 66 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888888888 222 7 7 6666666 8 3333333333333333333333333333 66 9 3 0 9 0 2 3 2 9 8 7 66666 0 2222222222222222222222 222222 3 888 22 66 7 7 3 222 00000000000000000000000 00 1 0 5 0 2 6666 8 0 4 111111111111111111 99 7 444444 7 7 7 0 5 0
consensus : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGCTTCAAGAT---A----------A-------------------T--------------ATA---------TG---A---A-T---ACA------AANTG---TGCAGTCA-CGAA-A-G--TC-ATCNAGAAAT-GTA-TG---T-CATA---------C-ACAC-ATC-AGATAT-ATTGAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
Reference ( family-2927 ) : TGAAGATGG------AT------AANGACATAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGCTTC--GAT---A----------A-------------------T--------------ATA---------TG---A---A-T---ACA------AANTG---TGCAGTCA-TGAA-A-G--TC-ATCAAGAAATAGTA-TG---T-CATA---------C-ACAC-ATC-AGAT-T-ATTGAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
gi|1 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATT-GCATTAAGATGGCCATTGCTTCAGGAT---A----------A-------------------A--------------ATA----------G---AGTTA-T---ACA------TAATACTTTACAGT------G-A-G--T---TCAA-CAATTGTGCTG---T-CATA---------A-ACA
gi|1 : a---TGCAGTCA-CGAACA-GT-TT-ATCTAGAAA----------------------------ACAC-ATC-AGATGT-ATTGAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGAACTCTTGGAACAGGTATTAACAAAAACAGATATTAAA---CA-------------------TC------CAG---T--CAAA--A-TCA-TCTAAATAAAACTGTTTTATA-----------CACTGGTCACTATACGCTGCTGAGACCGCGATATACTGCCATATGatatgaaataaatgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttctgcagtcacgaacagtttatctagaaaacacatcagatgtattgaattgtaactactaacttcactctatgaactcttggaacaggtattaacaaaaacagatattaaacatccagtcaaaatcatctaaataaaactgttttatacactggtcactatacgctgctgagaccgcgatatactgccatatgattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|10 : aataacgataaaaaaaattagatgaatagtttatatttattgcattaagatggccattgcttcaggataaaatagagttatacataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcataaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttc------AT------AATGACATAATT-------AAATGA------ATAGTTATA--GTTTATATTTATTGGCATAAA--TGACCATGGCCTCAAGAT---A----------AAATTAGAAAGTTTGGCAAAT--------------AT----------TG---A---T-T---ACA------A-TTT---TGCAGTCACTAAA-A-GT-TC-ATCTAGAAA----------------------------ACGT-ATC-AGATAT-ATTGAATTGTAACT-ACTAGCTTGATTCTATGAATGTTGGGAACAGACATTCATGAAGACAGCTATTCAA---CA-----------------TTTA------G-T---T--ACAATCA-T-C-TCA--ATAA-----------AATTGTTTTAAGCACCGATCTCTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGTCCTATattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|11 : gaagacaggttata------AT------AATGACATCAGTTAA---TAATTGT------TA-----TA--GTTAATATTTATTGGCATAAA--TGGCCATGGCTTCAAGAT---A----------AAAATAGAAAGTT-------TGGCAA---------ATA---------TG---G---A-T---TAA------AATTG---TACAGTCA-CGAA-ACG--TTTATCTAGAA---------------------------T-ACAC-ATT-AGATAT-ATTGAATTGTAA-TAACTTACTTGACTCTATGAAACCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAA---CATTTAGTCAC--------AATCAT----C-T---TGATAAA--ATT-GTTTT--ATAT-----------A-----------C--CGATCACTATATGATGCTGAGACCGCAACATACCGTCCTATct
gi|12 : agatttgttata------AT------AATGCCATAATT-AAA--TAAAT-A------GC-----TATAGCTTATATTTATTGGCATACAAT-GGCCATGGCTTCAAGAT---A----------A-------------------A--------------ATAGAAAGTT--TGGCAA---A-T---ACGGATGACAATTG---TGCAGTCA-CGAA-ATGC-TT-ATCTAGA------------------A---------T-ACAC-ATC-AGATAA-ATCGAATTGTAACT-ACTAACTTGAC--------TCCTGAGAACAGACATTCACAAAGATAGCTATTAAA---TA-------ATAGGCAAAATTAT------C-TAAAT--AAAA--A-T-G-TTT--ATAATTATT------A-----------TACCGAT-A-TATACGCTGCTGAGACCGCGAc
gi|13 : gatgggttataTGAAGATGGGTTATAAT------AATGACATAATT-------AATTGA------A------TA--GTTTATATTCATTGTCATAAAATTTGCCATTGCTTCAAGAT---A----------A-------------------A--------------ATA---------
gi|13 : attatTA---------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TGCAATCA-CGAA-A-GGTTT-ATCTAGAAA----------------------------ACAC-ATT-CGAT-TTATTGAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGgagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaactatggattacaattgtgcaatcacgaaaggtttatctagaaaacacattcgatttattgaattgtaactactaacttcactctatgcat
gi|14 : attattgaagatgggttataataatgacataattaattgaatagtttatattcattgtcataaaatttgccattgcttcaagataaaatagagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaac------AT------AAAAACATAA-TAAGA--TTAATTA------GT-----TATAGTTTATATCTATTGGCAT-CAATTG-CCATGGCCTCAAGAT---A----------AAAAAAATGTTT--------TGCAA----------ATA---------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TGCAGTCA-CGAAGA-G--TTTATCTAGAAA----------------------------ACAT-ATC-AGATAT-ATTGAATTGTAACT-ACTAACTTGATTCTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCAAAAAGACAGCTATTCAA---CA------------------TTT------A-T---T--CACA--A-TCA-TC----TAA-----------A-----------CAAcat
gi|15 : gttataTGAAGATGG------AT------AAATTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTTaattattttatttgtcacaccaacata
gi|15 : --------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGATCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAATGGC----ATAAGATGCAACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAT-AAAATAACTGATCCCTCAATATAAAACTTnnnnnnnnnntttccttcgaaatgtccacaaacaatgatcattaaatggtgctgtgatcgcgaaatactgccatatgccaataatggcataagatgcaactagaggcaccgccataaaatgggggaagcgaaacagcaacataaacaatcgaaatgaaataaaataactgatccctcaatataaaacttcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|16 : tgaagatggataaattcaaaactcaaacaagtgaactagtttnnnnnnnnnnT------AATGATATAATT-------AAATGATTAGTTAC------A--GTTTATATTTATTGGCAT-CAA-TGGCCATGGCCTCAAGATAGAA----------A-------------------TAAAAAGTTTGGCAAATA---------TG---G---ATT---AC-------AATTG---TGCAGTCA-CGAA-A-AGTTT-ATCTAGAAAcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|17 : gatgggttttagTACTGCCATATGCCATTATAGGC----ATACTCTACCACTAG------------------TG--ACACCGCTATAATATTGGCAGAAG---------AACAG----A-GA-AACAATCacaca
gi|18 : TTTATATTTATTGGCATAAAAAGGGTCATGGCTTCAAGAT---A----------A-------------------A--------------ATA----------G---AGTTA-T---ACA------atcttataaaaaatgagattgaatacctcgagccaaaataaacactt
gi|2 : ttacatgtatcaCAAA--CATATGG------A------TA--GTTTATAGTTATTGGAATAAAATTG-CCA----------AT---A------------------------------T--------------ATG---------TG---A---C-T---ACA------AACAG---TGCAGTCA-TGAG-A-T--TC-ATTACAAAATAGTA-TACTTT-TATATGATTATGTC-A-ACGATC-TGTT-T-AT--AATTGTCACTGAA-AACGTGATCATGTCAACGATGGGTACAGATATTCTCAAAGGT-----TTAAA---TC-------AA--------TTTC------C-T---C--CGAA--A-T-A-TTC--ACAA-----------A-----------CAAAGATCAATAAATGGGGCTGTGATTGTGAAATAATG--ACATGCCAATAGTGCC----ATTACATGTCGCTAG------------------AG--ACACCGCCATAA-ATTAGGGGTAGCG------GAACAGCAAAATTACAAC-ATCAAAtagtactttacacttaatttactctgctgtca
gi|3 : acattacattgaaatgaaattagacaatgacttttaggcatgttgttatgttcaTGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTTGAATTTAATT-----T--CTTT--CAT---A----------A-------------------T--------------ATA---------TA---A---A-T---ACA------AACTA---TGCAGTCA-TGAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAATA-TG---TTCATAT--------C-ACAT-ACA-AGTT-T-AT--AATTGTA-CTGAA-AAATTGACCCTGTAAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TGAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCA--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAA-AGTGCTGTGACCGTGAAATTCTCATATATGCCAATTGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AT--GCACAGCCATAA-AATGGGTGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGTAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTTtattctatccagatggtataaa
gi|4 : tTGACGATGG------ATTATAATAAAGACATAATTTAA-------TGA------ATAGTTATA--GTTAATATTTGTTGGCTTGAA--TGGCCATGGCCTCAAGAT---AGAAATAGAAAA-------------------TCTGGCAA-------ATA---------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TACAGTCA-CGAA-A-AGTTT-ATCTAGAAA----------------------------ACAT-ATT-AAATAT-ATTGAATTGTAACC-ACTAACTTGACTTTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAACATTA-------AG--------TCACAATAATC-T---TAATAAA--ATT-G-TTT---TAT-----------A-----------CACCGATCACTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGCCATATGCTTCTAGTGGT----ATAACATACCACTAGGTGGTATAACTTACCACAAGATGCACCGCCATAC-AAAGAGGGAAGCGGAGATCAAGCAGCAACcaaatgttttattcaagctaa
gi|5 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATT-GCATTAAGATGGCCATTGCTTCAGGAT---A----------A-------------------A--------------ATA----------G---AGTTA-T---ACA------TAATACTTTACAGT------G-A-G--T---TCAA-CAATTGTGCTG---T-CATA---------
gi|6 : actatttttctctaagtgtacatttaaaatcaacaacatatttaaaacaacaacaacattttctgcattcatttaaactaaaaaaaaatattgttaattacatttcttatcaaaatttatttttgtaaaataaaaacaattcaagtttttaaaaaaaaacacataatgaaacatcatctagattaactatttttattatatacactttaagtgtgtcgttacactttatcagatttacaaataaaaaagtaagaattcattctaatatatataaaTGAAGATGG------AT------AAAGGCAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGTAATATAATTGGCCATGGCTTC--TAT---A----------A-------------------T--------------ATA---------TG---G---A-T---ACA------AAATG---TGCAGTCA-TGAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAGTA-TG---TTCGTAT--------C-ACAG-ACC-AGTT-T-AT--AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTTGGTACAGATGTTCACAAAGATG-----TGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|7 : TGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TAT---A----------A-------------------T--------------ATA---------TG---A---A-T---ACA------AAATG---TGCAGTCA-TGAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAGTA-TG---TTCGTA---------CCACAG-ACC-AGAT-T-AT--AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TTGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTATATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACGATTACAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|8 : TGAAGATGG------AT------AAAGTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTGATAGT-ATTGGTATTTAATAGGCCATGGCTTC--CAT---A----------A-------------------T--------------ATA---------TG---A---A-T---ACA------AACTG---TGCGGTCA-TGAA-A-T--TC-ATTAAGTAATAGTA-TGT--T-CATAT--------C-ACAC-ACC-AGTT-T-AT--AATTGTCACTGAA-AAATTGACCCAGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCTCAAAGAT-----TTAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--AC-A-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAGTACTGCCATATGCCAATAGTGGCGTATATTATATG
gi|9 : t------AT------AATGAAATAACT--AA--CA--TGA------AA------A--GTTTATATTTATTGGCATAAAAATGGCCATGGCGTC--CAG---A----------A-------------------TAGA-----------ATAGAGTAACCGTA---A---A-TTTAAC-------AAGTG---TGTTGTCA-TTAA-------C-AATATGAAATAA-A-TG---TACATAG--------C-ACA--GTCAAGAT-T-taaatataaagtgtagttcaatgttttagttacccagagaaacaagcatcccatttggtaa
gi|9 : tgggttataTTC--G-T---A----------A----------------------------------ATA---------TG---G---T-TT--ACA--------TTG---TGCAGCCAATAAA-C-G--TTTATCTAGAAAT----------------------------CCC-ATC-AGTTAT-ATTGAAATGTAACT-ACTAACTTGAAACTATGAACCCTGGGAACAGATATTCACAAAGACAGCTATTTAA---CA-------cgtaaatatggtttacattgtgcagccaataaacgtttatctagaaatcccatcagttatattgaaatgtaactactaacttgaaactatgaaccctgggaacagatattcacaaagacagctatttaacatatagtcacactcgtttaaattaaagttctcacattcttata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAACAACTCTGCTTTATAACTGTTTCTCGAAAACGTGAACATGTCAAAAGGTGAGCACAAACTCATTTATATCAA
Unaligned ( gi|20 ): TTATAATCAGTAACATGATGACAGAGAATACGTAAGTTTAAATGCTCGACTTGAGATATAATGTTGTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111111111111 2222222 99999999999999999999999 111 1 11111 3333333333333333333333 111111 33333333333333333333333 1111 444444444444444444 111111 1
lowQualScore : 888888 777777 1 1 666666666 0 2222222222222 66 0 1 55 00 2 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222 333 9999999999999999999999 999999999 888 22 7 4444444 1 88888888888888888888888 2 2 33 8 111 2 8 6 3 1 1 0 55555 1 0000000000000000000000 444444 3 555 99 44 6 6 3 888 55555555555555555555555 22 4 1 0 1 1 0000 0 1 1 222222222222222222 77 5 666666 6 6 1 1 5 1
lowQualScore : ...... ...... . . ......... . ............. .. . . .. .. . . .................................................. ... ...................... ......... ... .. . ....... . ....................... . . .. . ... . . . . . . . ..... . ...................... ...... . ... .. .. . . . ... ....................... .. . . . . . .... . . . .................. .. . ...... . . . . . .
lowQualScore : 222222 777777 0 0 777777777 1 8888888888888 99 1 1 66 22 5 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999 999 5555555555555555555555 888888888 222 44 1 0000000 8 33333333333333333333333 7 9 99 0 555 2 2 3 2 9 8 7 66666 0 2222222222222222222222 222222 3 888 22 66 7 7 3 222 11111111111111111111111 00 1 0 5 0 2 6666 8 0 4 111111111111111111 99 7 444444 7 7 7 0 5 0
consensus : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AANTG---TGCAGTCAC-GAA-A-G--TC-ATCNAGAAAT-GTA-TG---T-CATA-C-A--C-ACAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
Reference ( family-2927 ) : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AANTG---TGCAGTCAC-GAA-A-G--TC-ATCNAGAAAT-GTA-TG---T-CATA-C-A--C-ACAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
gi|1 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATTG-CATTAAGATGGCCATTGC-TTCAGGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA--------G---AGTTA-T---ACA------TAATACTTTACAGT------G-A-G--T---TCAACAATT-GTGCTG---T-CATA-A-A--CAATAT-GA--AATAAAT
gi|1 : a---TGCAGTCAC-GAACA-GT-TT-ATCTAGAAA--------------------A--C-ACAT-CA--GATGTATT--GAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGAACTCTTGGAACAGGTATTAACAAAAACAGATATTAAA---CA-------------------TC------CAG---T--CAAA--A-TCA-TCTAAATAAAACTGTTTTATA-----------CACTGGTCACTATACGCTGCTGAGACCGCGATATACTGCCATATGgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttctgcagtcacgaacagtttatctagaaaacacatcagatgtattgaattgtaactactaacttcactctatgaactcttggaacaggtattaacaaaaacagatattaaacatccagtcaaaatcatctaaataaaactgttttatacactggtcactatacgctgctgagaccgcgatatactgccatatgattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|10 : aataacgataaaaaaaattagatgaatagtttatatttattgcattaagatggccattgcttcaggataaaatagagttatacataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcataaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttc------AT------AATGACATAATT-------AAATGA------ATAGTTATA--GTTTATATTTATTGGCATAAA--TGACCATGGC-CTCAAGAT----A----------AAATTAGAAAGTTTGGCAAAT--------------A---T--------TG---A---T-T---ACA------A-TTT---TGCAGTCACTAAA-A-GT-TC-ATCTAGAAA--------------------A--C-GTAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACT-ACTAGCTTGATTCTATGAATGTTGGGAACAGACATTCATGAAGACAGCTATTCAA---CA-----------------TTTA------G-T---T--ACAATCA-T-C-TCA--ATAA-----------AATTGTTTTAAGCACCGATCTCTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGTCCTATattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|11 : gaagacaggttata------AT------AATGACATCAGTTAA---TAATTGT------TA-----TA--GTTAATATTTATTGGCATAAA--TGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------AAAATAGAAAGTT-------TGGCAA---------A---TA-------TG---G---A-T---TAA------AATTG---TACAGTCAC-GAA-ACG--TTTATCTAGAA-------------------T-A--C-ACAT-TA--GATATATT--GAATTGTAA-TAACTTACTTGACTCTATGAAACCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAA---CATTTAGTCAC--------AATCAT----C-T---TGATAAA--ATT-GTTTT--ATAT-----------A-----------C--CGATCACTATATGATGCTGAGACCGCAACATACCGTCCTATct
gi|12 : agatttgttata------AT------AATGCCATAATT-AAA--TAAAT-A------GC-----TATAGCTTATATTTATTGGCATACAA-TGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------A--------------A---TAGAAAGTTTGGCAA---A-T---ACGGATGACAATTG---TGCAGTCAC-GAA-ATGC-TT-ATCTAGA------------------A-T-A--C-ACAT-CA--GATAAATC--GAATTGTAACT-ACTAACTTGAC--------TCCTGAGAACAGACATTCACAAAGATAGCTATTAAA---TA-------ATAGGCAAAATTAT------C-TAAAT--AAAA--A-T-G-TTT--ATAATTATT------A-----------TACCGAT-A-TATACGCTGCTGAGACCGCGAc
gi|13 : gatgggttataTGAAGATGGGTTATAAT------AATGACATAATT-------AATTGA------A------TA--GTTTATATTCATTGTCATAAAATTTGCCATTGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA-------
gi|13 : attat---TA-------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TGCAATCAC-GAA-A-GGTTT-ATCTAGAAA--------------------A--C-ACAT-TC--GATTTATT--GAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGgagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaactatggattacaattgtgcaatcacgaaaggtttatctagaaaacacattcgatttattgaattgtaactactaacttcactctatgcat
gi|14 : attattgaagatgggttataataatgacataattaattgaatagtttatattcattgtcataaaatttgccattgcttcaagataaaatagagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaac------AT------AAAAACATAA-TAAGA--TTAATTA------GT-----TATAGTTTATATCTATTGGCAT-CAATTG-CCATGGC-CTCAAGAT----A----------AAAAAAATGTTT--------TGCAA----------A---TA-------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TGCAGTCAC-GAAGA-G--TTTATCTAGAAA--------------------A--C-ATAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACT-ACTAACTTGATTCTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCAAAAAGACAGCTATTCAA---CA------------------TTT------A-T---T--CACA--A-TCA-TC----TAA-----------A-----------CAAcat
gi|15 : gttataTGAAGATGG------AT------AAATTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTTaattattttatttgtcacaccaacata
gi|15 : --------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGATCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAATGGC----ATAAGATGCAACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAT-AAAATAACTGATCCCTCAATATAAAACTTnnnnnnnnnntttccttcgaaatgtccacaaacaatgatcattaaatggtgctgtgatcgcgaaatactgccatatgccaataatggcataagatgcaactagaggcaccgccataaaatgggggaagcgaaacagcaacataaacaatcgaaatgaaataaaataactgatccctcaatataaaacttcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|16 : tgaagatggataaattcaaaactcaaacaagtgaactagtttnnnnnnnnnnT------AATGATATAATT-------AAATGATTAGTTAC------A--GTTTATATTTATTGGCAT-CAA-TGGCCATGGC-CTCAAGATAGA-A----------A-------------------TAAAAAGTTTGGCAAA---TA-------TG---G---ATT---AC-------AATTG---TGCAGTCAC-GAA-A-AGTTT-ATCTAGAAAcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|17 : gatgggttttagTACTGCCATATGCCATTATAGGC----ATACTCTACCACTAG------------------TG--ACACCGCTATAATATTGGCAGAAG---------AACAG----A-GA-AACAATCacaca
gi|18 : TTTATATTTATTGGCATAAAAAGGGTCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA--------G---AGTTA-T---ACA------atcttataaaaaatgagattgaatacctcgagccaaaataaacactt
gi|2 : ttacatgtatcaCAAA--CATATGG------A------TA--GTTTATAGTTATTGGAATAAAATT-GCCA-----------AT---------------A-------------------T--------------A---TG-------TG---A---C-T---ACA------AACAG---TGCAGTCAT-GAG-A-T--TC-ATTACAAAATAGTA-TACTTT-TATA-T-GATT-ATGT-CAACGATCTGTTTATAATTGTCACTGAA-AACGTGATCATGTCAACGATGGGTACAGATATTCTCAAAGGT-----TTAAA---TC-------AA--------TTTC------C-T---C--CGAA--A-T-A-TTC--ACAA-----------A-----------CAAAGATCAATAAATGGGGCTGTGATTGTGAAATAATG--ACATGCCAATAGTGCC----ATTACATGTCGCTAG------------------AG--ACACCGCCATAA-ATTAGGGGTAGCG------GAACAGCAAAATTACAAC-ATCAAAtagtactttacacttaatttactctgctgtca
gi|3 : acattacattgaaatgaaattagacaatgacttttaggcatgttgttatgttcaTGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TG--GTTTATA-GTATTTGAATTTAATT--TC----T-TTC---AT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TA---A---A-T---ACA------AACTA---TGCAGTCAT-GAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAATA-TGT--T-CATA-T----C-ACATACA--AGTTTAT----AATTGT-ACTGAA-AAATTGACCCTGTAAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TGAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCA--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAA-AGTGCTGTGACCGTGAAATTCTCATATATGCCAATTGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AT--GCACAGCCATAA-AATGGGTGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGTAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTTtattctatccagatggtataaa
gi|4 : tTGACGATGG------ATTATAATAAAGACATAATTTAA-------TGA------ATAGTTATA--GTTAATATTTGTTGGCTTGAA--TGGCCATGGC-CTCAAGAT----AGAAATAGAAAA-------------------TCTGGCAA-------A---TA-------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TACAGTCAC-GAA-A-AGTTT-ATCTAGAAA--------------------A--C-ATAT-TA--AATATATT--GAATTGTAACC-ACTAACTTGACTTTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAACATTA-------AG--------TCACAATAATC-T---TAATAAA--ATT-G-TTT---TAT-----------A-----------CACCGATCACTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGCCATATGCTTCTAGTGGT----ATAACATACCACTAGGTGGTATAACTTACCACAAGATGCACCGCCATAC-AAAGAGGGAAGCGGAGATCAAGCAGCAACcaaatgttttattcaagctaa
gi|5 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATTG-CATTAAGATGGCCATTGC-TTCAGGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA--------G---AGTTA-T---ACA------TAATACTTTACAGT------G-A-G--T---TCAACAATT-GTGCTG---T-CATA-
gi|6 : actatttttctctaagtgtacatttaaaatcaacaacatatttaaaacaacaacaacattttctgcattcatttaaactaaaaaaaaatattgttaattacatttcttatcaaaatttatttttgtaaaataaaaacaattcaagtttttaaaaaaaaacacataatgaaacatcatctagattaactatttttattatatacactttaagtgtgtcgttacactttatcagatttacaaataaaaaagtaagaattcattctaatatatataaaTGAAGATGG------AT------AAAGGCAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGTAATATAATTGGCCATGGC-TTC--TAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---G---A-T---ACA------AAATG---TGCAGTCAT-GAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAGTA-TG---TTCGTATC-A--C-AGAC-CA--GTT-TAT----AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTTGGTACAGATGTTCACAAAGATG-----TGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|7 : TGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGGAATATAATTGGCCATGGC-TTC--TAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AAATG---TGCAGTCAT-GAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAGTA-TG---TTCGTA-CCA--C-AGAC-CA--GAT-TAT----AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TTGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTATATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACGATTACAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|8 : TGAAGATGG------AT------AAAGTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTGATAGT-ATTGGTATTTAATAGGCCATGGC-TTCCA--T----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AACTG---TGCGGTCAT-GAA-A-T--TC-ATTAAGTAATAGTA-TG---TTCATATC-A--C-ACAC-CA--GTT-TAT----AATTGTCACTGAA-AAATTGACCCAGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCTCAAAGAT-----TTAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------------------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAGTACTGCCATATGCCAATAGTGGCGTATATTATATG
gi|9 : t------AT------AATGAAATAACT--AA--CA--TGA------AA------A--GTTTATATTTATTGGCATAAAAATGGCCATGGCGTCCAGAATAG--A----------A-------------------T--------------AGAGTAACCG---TA---A---A-TTTAAC-------AAGTG---TGTTGTCAT-TAACA-A--T--AT---GAAAT-AAA-TG---TACATAGC-A--C-Ataaatataaagtgtagttcaatgttttagttacccagagaaacaagcatcccatttggtaa
gi|9 : tgggttataTCAAGATTCGTA----------A----------------------------------A---TA-------TG---G---T-TT--ACA--------TTG---TGCAGCCAA-TAA-ACG--TTTATCTAGAAAT----------------------C-CCAT-CA--GTTATATT--GAAATGTAACT-ACTAACTTGAAACTATGAACCCTGGGAACAGATATTCACAAAGACAGCTATTTAA---CA-------gtcaagattcgtaaatatggtttacattgtgcagccaataaacgtttatctagaaatcccatcagttatattgaaatgtaactactaacttgaaactatgaaccctgggaacagatattcacaaagacagctatttaacatatagtcacactcgtttaaattaaagttctcacattcttata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAACAACTCTGCTTTATAACTGTTTCTCGAAAACGTGAACATGTCAAAAGGTGAGCACAAACTCATTTATATCAA
Unaligned ( gi|20 ): TTATAATCAGTAACATGATGACAGAGAATACGTAAGTTTAAATGCTCGACTTGAGATATAATGTTGTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111111111111 2222222 99999999999999999999999 111 1 11111 3333333333333333333333 111111 33333333333333333333333 1111 444444444444444444 111111 1
lowQualScore : 888888 777777 1 1 666666666 0 2222222222222 66 0 1 55 00 2 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222 333 9999999999999999999999 999999999 888 22 7 4444444 1 88888888888888888888888 2 2 33 8 111 2 8 6 3 1 1 0 55555 1 0000000000000000000000 444444 3 555 99 44 6 6 3 888 55555555555555555555555 22 4 1 0 1 1 0000 0 1 1 222222222222222222 77 5 666666 6 6 1 1 5 1
lowQualScore : ...... ...... . . ......... . ............. .. . . .. .. . . .................................................. ... ...................... ......... ... .. . ....... . ....................... . . .. . ... . . . . . . . ..... . ...................... ...... . ... .. .. . . . ... ....................... .. . . . . . .... . . . .................. .. . ...... . . . . . .
lowQualScore : 222222 777777 0 0 777777777 1 8888888888888 99 1 1 66 22 5 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999 999 5555555555555555555555 888888888 222 44 1 0000000 8 33333333333333333333333 7 9 99 0 555 2 2 3 2 9 8 7 66666 0 2222222222222222222222 222222 3 888 22 66 7 7 3 222 11111111111111111111111 00 1 0 5 0 2 6666 8 0 4 111111111111111111 99 7 444444 7 7 7 0 5 0
consensus : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AANTG---TGCAGTCAC-GAA-A-G--TC-ATCNAGAAAT-GTA-TG---T-CATA-C-A--C-ACAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
Reference ( family-2927 ) : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AANTG---TGCAGTCAC-GAA-A-G--TC-ATCNAGAAAT-GTA-TG---T-CATA-C-A--C-ACAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
gi|1 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATTG-CATTAAGATGGCCATTGC-TTCAGGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA--------G---AGTTA-T---ACA------TAATACTTTACAGT------G-A-G--T---TCAACAATT-GTGCTG---T-CATA-A-A--CAATAT-GA--AATAAAT
gi|1 : a---TGCAGTCAC-GAACA-GT-TT-ATCTAGAAA--------------------A--C-ACAT-CA--GATGTATT--GAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGAACTCTTGGAACAGGTATTAACAAAAACAGATATTAAA---CA-------------------TC------CAG---T--CAAA--A-TCA-TCTAAATAAAACTGTTTTATA-----------CACTGGTCACTATACGCTGCTGAGACCGCGATATACTGCCATATGgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttctgcagtcacgaacagtttatctagaaaacacatcagatgtattgaattgtaactactaacttcactctatgaactcttggaacaggtattaacaaaaacagatattaaacatccagtcaaaatcatctaaataaaactgttttatacactggtcactatacgctgctgagaccgcgatatactgccatatgattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|10 : aataacgataaaaaaaattagatgaatagtttatatttattgcattaagatggccattgcttcaggataaaatagagttatacataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcataaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttc------AT------AATGACATAATT-------AAATGA------ATAGTTATA--GTTTATATTTATTGGCATAAA--TGACCATGGC-CTCAAGAT----A----------AAATTAGAAAGTTTGGCAAAT--------------A---T--------TG---A---T-T---ACA------A-TTT---TGCAGTCACTAAA-A-GT-TC-ATCTAGAAA--------------------A--C-GTAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACT-ACTAGCTTGATTCTATGAATGTTGGGAACAGACATTCATGAAGACAGCTATTCAA---CA-----------------TTTA------G-T---T--ACAATCA-T-C-TCA--ATAA-----------AATTGTTTTAAGCACCGATCTCTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGTCCTATattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|11 : gaagacaggttata------AT------AATGACATCAGTTAA---TAATTGT------TA-----TA--GTTAATATTTATTGGCATAAA--TGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------AAAATAGAAAGTT-------TGGCAA---------A---TA-------TG---G---A-T---TAA------AATTG---TACAGTCAC-GAA-ACG--TTTATCTAGAA-------------------T-A--C-ACAT-TA--GATATATT--GAATTGTAA-TAACTTACTTGACTCTATGAAACCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAA---CATTTAGTCAC--------AATCAT----C-T---TGATAAA--ATT-GTTTT--ATAT-----------A-----------C--CGATCACTATATGATGCTGAGACCGCAACATACCGTCCTATct
gi|12 : agatttgttata------AT------AATGCCATAATT-AAA--TAAAT-A------GC-----TATAGCTTATATTTATTGGCATACAA-TGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------A--------------A---TAGAAAGTTTGGCAA---A-T---ACGGATGACAATTG---TGCAGTCAC-GAA-ATGC-TT-ATCTAGA------------------A-T-A--C-ACAT-CA--GATAAATC--GAATTGTAACT-ACTAACTTGAC--------TCCTGAGAACAGACATTCACAAAGATAGCTATTAAA---TA-------ATAGGCAAAATTAT------C-TAAAT--AAAA--A-T-G-TTT--ATAATTATT------A-----------TACCGAT-A-TATACGCTGCTGAGACCGCGAc
gi|13 : gatgggttataTGAAGATGGGTTATAAT------AATGACATAATT-------AATTGA------A------TA--GTTTATATTCATTGTCATAAAATTTGCCATTGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA-------
gi|13 : attat---TA-------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TGCAATCAC-GAA-A-GGTTT-ATCTAGAAA--------------------A--C-ACAT-TC--GATTTATT--GAATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGgagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaactatggattacaattgtgcaatcacgaaaggtttatctagaaaacacattcgatttattgaattgtaactactaacttcactctatgcat
gi|14 : attattgaagatgggttataataatgacataattaattgaatagtttatattcattgtcataaaatttgccattgcttcaagataaaatagagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaac------AT------AAAAACATAA-TAAGA--TTAATTA------GT-----TATAGTTTATATCTATTGGCAT-CAATTG-CCATGGC-CTCAAGAT----A----------AAAAAAATGTTT--------TGCAA----------A---TA-------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TGCAGTCAC-GAAGA-G--TTTATCTAGAAA--------------------A--C-ATAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACT-ACTAACTTGATTCTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCAAAAAGACAGCTATTCAA---CA------------------TTT------A-T---T--CACA--A-TCA-TC----TAA-----------A-----------CAAcat
gi|15 : gttataTGAAGATGG------AT------AAATTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTTaattattttatttgtcacaccaacata
gi|15 : --------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGATCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAATGGC----ATAAGATGCAACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAT-AAAATAACTGATCCCTCAATATAAAACTTnnnnnnnnnntttccttcgaaatgtccacaaacaatgatcattaaatggtgctgtgatcgcgaaatactgccatatgccaataatggcataagatgcaactagaggcaccgccataaaatgggggaagcgaaacagcaacataaacaatcgaaatgaaataaaataactgatccctcaatataaaacttcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|16 : tgaagatggataaattcaaaactcaaacaagtgaactagtttnnnnnnnnnnT------AATGATATAATT-------AAATGATTAGTTAC------A--GTTTATATTTATTGGCAT-CAA-TGGCCATGGC-CTCAAGATAGA-A----------A-------------------TAAAAAGTTTGGCAAA---TA-------TG---G---ATT---AC-------AATTG---TGCAGTCAC-GAA-A-AGTTT-ATCTAGAAAcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|17 : gatgggttttagTACTGCCATATGCCATTATAGGC----ATACTCTACCACTAG------------------TG--ACACCGCTATAATATTGGCAGAAG---------AACAG----A-GA-AACAATCacaca
gi|18 : TTTATATTTATTGGCATAAAAAGGGTCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA--------G---AGTTA-T---ACA------atcttataaaaaatgagattgaatacctcgagccaaaataaacactt
gi|2 : ttacatgtatcaCAAA--CATATGG------A------TA--GTTTATAGTTATTGGAATAAAATT-GCCA-----------AT---------------A-------------------T--------------A---TG-------TG---A---C-T---ACA------AACAG---TGCAGTCAT-GAG-A-T--TC-ATTACAAAATAGTA-TACTTT-TATA-T-GATT-ATGT-CAACGATCTGTTTATAATTGTCACTGAA-AACGTGATCATGTCAACGATGGGTACAGATATTCTCAAAGGT-----TTAAA---TC-------AA--------TTTC------C-T---C--CGAA--A-T-A-TTC--ACAA-----------A-----------CAAAGATCAATAAATGGGGCTGTGATTGTGAAATAATG--ACATGCCAATAGTGCC----ATTACATGTCGCTAG------------------AG--ACACCGCCATAA-ATTAGGGGTAGCG------GAACAGCAAAATTACAAC-ATCAAAtagtactttacacttaatttactctgctgtca
gi|3 : acattacattgaaatgaaattagacaatgacttttaggcatgttgttatgttcaTGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TG--GTTTATA-GTATTTGAATTTAATT--TC----T-TTC---AT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TA---A---A-T---ACA------AACTA---TGCAGTCAT-GAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAATA-TGT--T-CATA-T----C-ACATACA--AGTTTAT----AATTGT-ACTGAA-AAATTGACCCTGTAAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TGAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCA--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAA-AGTGCTGTGACCGTGAAATTCTCATATATGCCAATTGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AT--GCACAGCCATAA-AATGGGTGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGTAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTTtattctatccagatggtataaa
gi|4 : tTGACGATGG------ATTATAATAAAGACATAATTTAA-------TGA------ATAGTTATA--GTTAATATTTGTTGGCTTGAA--TGGCCATGGC-CTCAAGAT----AGAAATAGAAAA-------------------TCTGGCAA-------A---TA-------TG---G---A-TT--ACA------A-TTG---TACAGTCAC-GAA-A-AGTTT-ATCTAGAAA--------------------A--C-ATAT-TA--AATATATT--GAATTGTAACC-ACTAACTTGACTTTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAACATTA-------AG--------TCACAATAATC-T---TAATAAA--ATT-G-TTT---TAT-----------A-----------CACCGATCACTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGCCATATGCTTCTAGTGGT----ATAACATACCACTAGGTGGTATAACTTACCACAAGATGCACCGCCATAC-AAAGAGGGAAGCGGAGATCAAGCAGCAACcaaatgttttattcaagctaa
gi|5 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATTG-CATTAAGATGGCCATTGC-TTCAGGAT----A----------A-------------------A--------------A---TA--------G---AGTTA-T---ACA------TAATACTTTACAGT------G-A-G--T---TCAACAATT-GTGCTG---T-CATA-
gi|6 : actatttttctctaagtgtacatttaaaatcaacaacatatttaaaacaacaacaacattttctgcattcatttaaactaaaaaaaaatattgttaattacatttcttatcaaaatttatttttgtaaaataaaaacaattcaagtttttaaaaaaaaacacataatgaaacatcatctagattaactatttttattatatacactttaagtgtgtcgttacactttatcagatttacaaataaaaaagtaagaattcattctaatatatataaaTGAAGATGG------AT------AAAGGCAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGTAATATAATTGGCCATGGC-TTC--TAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---G---A-T---ACA------AAATG---TGCAGTCAT-GAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAGTA-TG---TTCGTATC-A--C-AGAC-CA--GTT-TAT----AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTTGGTACAGATGTTCACAAAGATG-----TGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|7 : TGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGGAATATAATTGGCCATGGC-TTC--TAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AAATG---TGCAGTCAT-GAA-A-G--TC-ATTAAGAAATAGTA-TG---TTCGTA-CCA--C-AGAC-CA--GAT-TAT----AATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TTGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTATATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACGATTACAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|8 : TGAAGATGG------AT------AAAGTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTGATAGT-ATTGGTATTTAATAGGCCATGGC-TTCCA--T----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AACTG---TGCGGTCAT-GAA-A-T--TC-ATTAAGTAATAGTA-TG---TTCATATC-A--C-ACAC-CA--GTT-TAT----AATTGTCACTGAA-AAATTGACCCAGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCTCAAAGAT-----TTAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------------------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAGTACTGCCATATGCCAATAGTGGCGTATATTATATG
gi|9 : t------AT------AATGAAATAACT--AA--CA--TGA------AA------A--GTTTATATTTATTGGCATAAAAATGGCCATGGCGTCCAGAATAG--A----------A-------------------T--------------AGAGTAACCG---TA---A---A-TTTAAC-------AAGTG---TGTTGTCAT-TAACA-A--T--AT---GAAAT-AAA-TG---TACATAGC-A--C-Ataaatataaagtgtagttcaatgttttagttacccagagaaacaagcatcccatttggtaa
gi|9 : tgggttataTCAAGATTCGTA----------A----------------------------------A---TA-------TG---G---T-TT--ACA--------TTG---TGCAGCCAA-TAA-ACG--TTTATCTAGAAAT----------------------C-CCAT-CA--GTTATATT--GAAATGTAACT-ACTAACTTGAAACTATGAACCCTGGGAACAGATATTCACAAAGACAGCTATTTAA---CA-------gtcaagattcgtaaatatggtttacattgtgcagccaataaacgtttatctagaaatcccatcagttatattgaaatgtaactactaacttgaaactatgaaccctgggaacagatattcacaaagacagctatttaacatatagtcacactcgtttaaattaaagttctcacattcttata
blockSeqs : GTTATA TATAAT T T CTCAAAC TTAGTTAC TA T AA AT G A AAAATTAGAAAGTTTGGCAAAT GAG GAAAGTTTGGCAAAT GATGACAAT CTT CT C CGTTT T TAGTATACTTTTATATGAT . A AC G TTA A A T T A A AGCTA C TAATAGGCAAAA AATAAT . AAA GA TC T C T A AATTGTTTTAAG CC C T A T GTAT T A GTGGTATAACTTACCACA AT T GAGATC T C A A A C
blockSeqs : . . T T CTCAAAC ATAGTTA TA T AA AT . A AAAAATAGAAAGTTTGGCAA . ACCGTAAATTTA AAT . C G TGCTT T TAGTATGTTCGTATCA . . . A T A G T T A A AGCTA C CATTTAGTCAC AT . . AA . T . . T TTATTA CC C T A C . C G . . . . . . A T A A
blockSeqs : . . T T CTCAAAC ATAGTTA . T AC AA . A AGAAATAAAAAGTTTGGCAA . GAGTTAT AAT . C C GGTTT T TAGTATGTTCGTACCA . . . A T A G T T A A AGCTA A CATTAAG . . . . . . . . T A AT T T A A . G A . . . . . . A A . A
blockSeqs : . . T T CTCAAAC TA . C AA AT . A AGAAATAGAAAATCTGGCAA . GAGTTAT AAC . C . AGTTT T TAGTATGTTCATATCA . . . A C A G T T C A AGCTA C TCAA . . . . . . . . C A AA A A T A . C A . . . . . . G C
blockSeqs : . . A T CTCAAAC GC . T AA AT . A AAAAAAAATGTTTTGCAA . TGGATT AAC . C . AGTTT T TAAATGTACATAGCA . . . T T A G T C G T AGCTA A TCAC . . . . . . . . C A AT T A T A . G A . . . . . . .
blockSeqs : . . A A GTTAAT GT . T AA GA . A TCGTAA . TGGATT TAA . C . CGTTT T TAATATGTTCATAT . . . A T C G T C G T AGCTA A TAAC . . . . . . . . A A CC C A T T . T G . . . .
blockSeqs : . . T T TTAAAT AC . T TT AT . A AGAAT . TGGATT AAA . C . GTTT T ATA . . . C T A . A T C A G C TAAC . . . . . . . . T A AT T T A A . T
blockSeqs : . . A A TAAGAT AC . T GA AT . A AAA . TGGATT AAA . T . GTTC A TA . . . T T C . A C G T . G TCAC . . . . . . . . C A AT T A T A
blockSeqs : . . A T AAAATT AC . T TA AT . A AAA . TGGTTT AAC . T . GTTT A A . . . A . C . T C G T . G CA . . . . . . . . C A AT T A T A
blockSeqs : . . C A TTTAA AC . T AT AA . C AAA . TGATT AAG . C . TTC T A . . . A . C . . C G T . A CA . . . . . . . . C A C . A T
blockSeqs : . . A A CTAAC AC . T AT A . A AAT . TGGAT AT . T . GTC A A . . . . . A . . A A A . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A A TT AA . T TT A . A AAA . TGACT AT . T . GTC A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A A TT A . . AA . . . AAT . TAAAT AT . T . GTC A A . . . .
blockSeqs : . T T TT A . . C . . . AAT . TGGAT AT . T . TTC A T .
blockSeqs : A . . C . . . AAT . TGAAT T . A . GT T
blockSeqs : . AT . TGAAT . . . AT .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CTCAAAC** AC*********** TGGATT**************** *** C* GTTT*** TAATTTAA*************** TAAC****************** C** A**********************
originalCons : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------T--------------A---TA-------TG---A---A-T---ACA------AANTG---TGCAGTCAC-GAA-A-G--TC-ATCNAGAAAT-GTA-TG---T-CATA-C-A--C-ACAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
finalCons : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAAC--AAATGAAC-----------TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGC-TTCAAGAT----A----------A-------------------T--------------A---TATGGATT----------------ACA------AANTG---TGCAGTCAC-GAA-AGTTT---ATCNAGAAATAATTTAA---------------C-ACAT-CA--GATATATT--GAATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAATAAC------------------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAAA----------------------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAACAACTCTGCTTTATAACTGTTTCTCGAAAACGTGAACATGTCAAAAGGTGAGCACAAACTCATTTATATCAA
Unaligned ( gi|20 ): TTATAATCAGTAACATGATGACAGAGAATACGTAAGTTTAAATGCTCGACTTGAGATATAATGTTGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 111111111 2222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 1 11111111111111111111 1 11111 3333333333333333333333 111111 33333333333333333333333 1111 444444444444444444 111111 1
lowQualScore : 888888 777777 1 1 666666666 0 2222222222222 66 0 1 55 444 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 2 1 88 2 2 5 1 2 2 1 55555555555555555555 3 44 44 7 555 555 44 2 8 6 0 1 1 0 55555 1 0000000000000000000000 444444 3 555 99 44 6 6 3 888 55555555555555555555555 22 4 1 0 1 1 0000 0 1 1 222222222222222222 77 5 666666 6 6 1 1 5 1
lowQualScore : ...... ...... . . ......... . ............. .. . . .. ... . .......................................................... . . . .. . . . . . . . .................... . .. .. . ... ... .. . . . . . . . ..... . ...................... ...... . ... .. .. . . . ... ....................... .. . . . . . .... . . . .................. .. . ...... . . . . . .
lowQualScore : 222222 777777 0 0 777777777 1 8888888888888 99 1 1 66 333 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 4 1 22 9 9 7 4 9 3 0 99999999999999999999 1 22 22 3 444 555 22 2 2 3 5 9 8 7 66666 0 2222222222222222222222 222222 3 888 22 66 7 7 3 222 11111111111111111111111 00 1 0 5 0 2 6666 8 0 4 111111111111111111 99 7 444444 7 7 7 0 5 0
consensus : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGCTTCAAGAT----A----------A------------T--------------A--------------TATG-GATTACAAATTGTGCAGTCAC-G-AA-A-G-TTTATCTAGAAATA-TAT----T--TA----AC-ACA--TCA--GATATA---TTG-A--ATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
Reference ( family-2927 ) : TGAAGATGG------AT------AANGACANAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TA--GTTTATATTTATTGGCATANAATTGGCCATGGCTTCAAGAT----A----------A------------T--------------A--------------TATG-GATTACAAANTGTGCAGTCAC-G-AA-A-G-TTTATCNAGAAATAAT------T--TA----AC-ACA--TCA--GATATA---TTG-A--ATTGTAACTGACTAACTTGACCCTGTGAACCCTGGGAACAGACGTTCACAAAGACAGCTATTNAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAACGATCACTANATGGTGCTGNGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTANATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTNTCCAAGTAAAACTT
gi|1 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATTG-CATTAAGATGGCCATTGCTTCAGGAT----A----------A------------A--------------A--------------TA-G-AGTTATA
gi|1 : aTCAAGGTTGGCA----------A---------------------------A--------------TATG-GATTATAT-TTCTGCAGTCAC-G-AACA-G-TTTATCTAGAAA-------------------AC-ACA--TCA--GATGTA---TTG-A--ATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGAACTCTTGGAACAGGTATTAACAAAAACAGATATTAAA---CA-------------------TC------CAG---T--CAAA--A-TCA-TCTAAATAAAACTGTTTTATA-----------CACTGGTCACTATACGCTGCTGAGACCGCGATATACTGCCATATGcataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcataaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaaggttggcaaatatggattatatttctgcagtcacgaacagtttatctagaaaacacatcagatgtattgaattgtaactactaacttcactctatgaactcttggaacaggtattaacaaaaacagatattaaacatccagtcaaaatcatctaaataaaactgttttatacactggtcactatacgctgctgagaccgcgatatactgccatatgattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|10 : aataacgataaaaaaaattagatgaatagtttatatttattgcattaagatggccattgcttcaggataaaatagagttatacataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcataaacaatatgaaataaatgtacatagcacag------AT------AATGACATAATT-------AAATGA------ATAGTTATA--GTTTATATTTATTGGCATAAA--TGACCATGGCCTCAAGAT----A----------AAATTAGAAAGTTTGGCAA---------A--------------TATT-GATTACAA-TTTTGCAGTCACTA-AA-A-G-TTCATCTAGAAA-------------------AC-GTA--TCA--GATATA---TTG-A--ATTGTAACT-ACTAGCTTGATTCTATGAATGTTGGGAACAGACATTCATGAAGACAGCTATTCAA---CA-----------------TTTA------G-T---T--ACAATCA-T-C-TCA--ATAA-----------AATTGTTTTAAGCACCGATCTCTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGTCCTATattatttagcgacgtatatataaataatgaaatagttttttcttcattaaagccctgaaaacacatgtcgaatggtaaccgtttttat
gi|11 : gaagacaggttata------AT------AATGACATCAGTTAA---TAATTGT------TA-----TA--GTTAATATTTATTGGCATAAA--TGGCCATGGCTTCAAGATAAA-A----------A------------TAGAAAGTTTGGCAAA--------------TATG-GATTA-AAATTGTACAGTCAC-G-AA-ACG-TTTATCTAG-AAT------------------AC-ACA--TTA--GATATA---TTG-A--ATTGTAA-TAACTTACTTGACTCTATGAAACCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAA---CATTTAGTCAC--------AATCAT----C-T---TGATAAA--ATT-GTTTT--ATAT-----------A-----------C--CGATCACTATATGATGCTGAGACCGCAACATACCGTCCTATct
gi|12 : agatttgttata------AT------AATGCCATAATT-AAA--TAAAT-A------GC-----TATAGCTTATATTTATTGGCATACAAT-GGCCATGGCTTCAAGAT----A----------AAATAGAAAGTT-TGGCAA---------A--------------TACG-GATGACAA-TTGTGCAGTCAC-G-AA-ATG-CTTATCTAGAA--------------TA-----C-ACA--TCA--GATAAA---TCG-A--ATTGTAACT-ACTAACTTGACTC--------CTGAGAACAGACATTCACAAAGATAGCTATTAAA---TA-------ATAGGCAAAATTAT------C-TAAAT--AAAA--A-T-G-TTT--ATAATTATT------A-----------TACCGAT-A-TATACGCTGCTGAGACCGCGAc
gi|13 : gatgggttataTGAAGATGGGTTATAAT------AATGACATAATT-------AATTGA------A------TA--GTTTATATTCATTGTCATAAAATTTGCCATTGCTTCAAGAT----A----------A------------A--------------A--------------TA
gi|13 : attat--------------TATG-GATTACAA-TTGTGCAATCAC-G-AA-A-GGTTTATCTAGAAA-------------------AC-ACA--TTC--GATTTA---TTG-A--ATTGTAACT-ACTAACTTCACTCTATGgagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaactatggattacaattgtgcaatcacgaaaggtttatctagaaaacacattcgatttattgaattgtaactactaacttcactctatgcat
gi|14 : attattgaagatgggttataataatgacataattaattgaatagtttatattcattgtcataaaatttgccattgcttcaagataaaatagagttttacataatacttaacagtaaattcaaaaactttgctgtcataaacaataagcaataagtgtacatagcagaatcaagtttggaaac------AT------AAAAACATAA-TAAGA--TTAATTA------GT-----TATAGTTTATATCTATTGGCAT-CAATTG-CCATGGCCTCAAGAT----A----------AAAAAAATGTTT-TGCAA----------A--------------TATG-GATTACAA-TTGTGCAGTCAC-G-AAGA-G-TTTATCTAGAAA-------------------AC-ATA--TCA--GATATA---TTG-A--ATTGTAACT-ACTAACTTGATTCTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCAAAAAGACAGCTATTCAA---CA------------------TTT------A-T---T--CACA--A-TCA-TC----TAA-----------A-----------CAAcat
gi|15 : gttataTGAAGATGG------AT------AAATTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTTaattattttatttgtcacaccaacata
gi|15 : --------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGATCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAATGGC----ATAAGATGCAACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATCGAAATGAAAT-AAAATAACTGATCCCTCAATATAAAACTTnnnnnnnnnntttccttcgaaatgtccacaaacaatgatcattaaatggtgctgtgatcgcgaaatactgccatatgccaataatggcataagatgcaactagaggcaccgccataaaatgggggaagcgaaacagcaacataaacaatcgaaatgaaataaaataactgatccctcaatataaaacttcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|16 : tgaagatggataaattcaaaactcaaacaagtgaactagtttnnnnnnnnnnT------AATGATATAATT-------AAATGATTAGTTAC------A--GTTTATATTTATTGGCAT-CAAT-GGCCATGGCCTCAAGAT----AGAA-------A------------T--------------AAAAAGTTTGGCAAATATG-GATTACAA-TTGTGCAGTCAC-GAAA-A-G-TTTATCTAGAAAcaaatgttttattcaagctaatattac
gi|17 : gatgggttttagTACTGCCATATGCCATTATAGGC----ATACTCTACCACTAG------------------TG--ACACCGCTATAATATTGGCAGAAG---------AACAG----A-GA-AACAATCacaca
gi|18 : TTTATATTTATTGGCATAAAAAGGGTCATGGCTTCAAGAT----A----------A------------A--------------A--------------TA-G-AGTTATAatcttataaaaaatgagattgaatacctcgagccaaaataaacactt
gi|2 : ttacatgtatcaCAAA--CATATGG------A------TA--GTTTATAGTTATTGGAATAAAATTG-CCA---------------------------A------------T--------------A--------------TATGTGACTACAAACAGTGCAGTCAT-G-AG-A---TTCATTACAAAATAGTATACTTT--TATATGATTATG--TCAACGATCTG---TTT-ATAATTGTCACTGAA-AACGTGATCATGTCAACGATGGGTACAGATATTCTCAAAGGT-----TTAAA---TC-------AA--------TTTC------C-T---C--CGAA--A-T-A-TTC--ACAA-----------A-----------CAAAGATCAATAAATGGGGCTGTGATTGTGAAATAATG--ACATGCCAATAGTGCC----ATTACATGTCGCTAG------------------AG--ACACCGCCATAA-ATTAGGGGTAGCG------GAACAGCAAAATTACAAC-ATCAAAcatagtactttacacttaatttactctgctgtca
gi|3 : acattacattgaaatgaaattagacaatgacttttaggcatgttgttatgttcaTGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TG--GTTTATA-GTATTTGAATTTAATT--TC----TTTC---AT----A----------A------------T--------------A--------------TATA-AA-TACAAACTATGCAGTCAT-G-AA-A-G--TCATTAAGAAATAATATG---T--T------C-ATA--TCA--CATACAAGTTTATA--ATTGT-ACTGAA-AAATTGACCCTGTAAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TGAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCA--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAA-AGTGCTGTGACCGTGAAATTCTCATATATGCCAATTGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AT--GCACAGCCATAA-AATGGGTGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGTAATGAAAG-AAAATAACTGGTCTCTCCAAATAAAACTTtattctatccagatggtataaa
gi|4 : tTGACGATGG------ATTATAATAAAGACATAATTTAA-------TGA------ATAGTTATA--GTTAATATTTGTTGGCTTGAA--TGGCCATGGCCTCAAGAT----AGAAATAGAAAA------------TCTGGCAA-------A--------------TATG-GATTACAA-TTGTACAGTCAC-G-AA-AAG-TTTATCTAGAAA-------------------AC-ATA--TTA--AATATA---TTG-A--ATTGTAACC-ACTAACTTGACTTTCTGAATCCTGGGAACAGACATTCACAAAGACAGCTATTCAACATTA-------AG--------TCACAATAATC-T---TAATAAA--ATT-G-TTT---TAT-----------A-----------CACCGATCACTATATGCTGCTGAGACCGTGATATACTGCCATATGCTTCTAGTGGT----ATAACATACCACTAGGTGGTATAACTTACCACAAGATGCACCGCCATAC-AAAGAGGGAAGCGGAGATCAAGCAGCAACcaaatgttttattcaagctaa
gi|5 : ------AT------AACGATAAAA---AAAATTAGATGA------A------TA--GTTTATATTTATTG-CATTAAGATGGCCATTGCTTCAGGAT----A----------A------------A--------------A--------------TA-G-AGTTATA
gi|6 : actatttttctctaagtgtacatttaaaatcaacaacatatttaaaacaacaacaacattttctgcattcatttaaactaaaaaaaaatattgttaattacatttcttatcaaaatttatttttgtaaaataaaaacaattcaagtttttaaaaaaaaacacataatgaaacatcatctagattaactatttttattatatacactttaagtgtgtcgttacactttatcagatttacaaataaaaaagtaagaattcattctaatatatataaaTGAAGATGG------AT------AAAGGCAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGTAATATAATTGGCCATGGCTTC--TAT----A----------A------------T--------------A--------------TATG-GAT-ACAAAATGTGCAGTCAT-G-AA-A-G-TC-ATTAAGAAATAGTATGT--TCGTATC--AC-AGA--CCA--GTT-TA---T---A--ATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTTGGTACAGATGTTCACAAAGATG-----TGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTAGATGCCACTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACAATTGAAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTTcataatactttacagtgagttcaacaattgtgctgtcata
gi|7 : TGAAGATGG------AT------AAAGACAAAACTCAAA--CAAATGA------AC-----TG--GTTTATAGT-ATTGGAATATAATTGGCCATGGCTTC--TAT----A----------A------------T--------------A--------------TATG-AAT-ACAAAATGTGCAGTCAT-G-AA-A-G-TC-ATTAAGAAATAGTATGT--TCGTA----CC-ACAGACCA--GAT-TA---T---A--ATTGTCACTGAAAAAATTGATCCTGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCACAAAGAT-----TTGAA---TA-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------A-----------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAATACTGCCATATGCCAATAGTGGC----ATTATATGCCGCTAG------------------AG--GCACCGCCATAA-AATGGGGGAAGCG------AAACAGCAACA-TA-AACGATTACAATGAAAGAAAAATAACTGGTCTATCCAAGTAAAACTT
gi|8 : TGAAGATGG------AT------AAAGTCAAAACTCAAA--CAAGTGA------AC-----TA--GTTGATAGT-ATTGGTATTTAATAGGCCATGGCTTCCA--T----A----------A------------T--------------A--------------TATG-AAT-ACAAACTGTGCGGTCAT-G-AA-A---TTCATTAAGTAATAGTATGT--T--CATATCAC-ACA--CCA--GTT-TA---T---A--ATTGTCACTGAA-AAATTGACCCAGTGAACCCTGGGTACAGATGTTCTCAAAGAT-----TTAAA---TC-------AC--------TTTC------C-T---T--CGAA--A-T-G-TCC--ACAA-----------------------CAATGATCATTAAATGGTGCTGTGACCGCGAAGTACTGCCATATGCCAATAGTGGCGTATATTATATG
gi|9 : t------AT------AATGAAATAACT--AA--CA--TGA------AA------A--GTTTATATTTATTGGCATAAAAATGGCCATGGCGTCCAGAtaaatataaagtgtagttcaatgttttagttacccagagaaacaagcatcccatttggtaa
gi|9 : tgggttataTCAAGATTCGTA----------A---------------------------A--------------TATG-GTTTACA--TTGTGCAGCCAA-T-AA-ACG-TTTATCTAGAAAT-------------------C-CCA--TCA--GTTATA---TTG-A--AATGTAACT-ACTAACTTGAAACTATGAACCCTGGGAACAGATATTCACAAAGACAGCTATTTAA---CA-------atagaatagagtaaccgtaaatttaacaagtgtgttgtcattaacaatatgaaataaatgtacatagcacagtcaagattcgtaaatatggtttacattgtgcagccaataaacgtttatctagaaatcccatcagttatattgaaatgtaactactaacttgaaactatgaaccctgggaacagatattcacaaagacagctatttaacatatagtcacactcgtttaaattaaagttctcacattcttata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CAACAACTCTGCTTTATAACTGTTTCTCGAAAACGTGAACATGTCAAAAGGTGAGCACAAACTCATTTATATCAA
Unaligned ( gi|20 ): TTATAATCAGTAACATGATGACAGAGAATACGTAAGTTTAAATGCTCGACTTGAGATATAATGTTGTT